JP2009509545A - 生物検体の生物活性を解析するための方法及び構築物、並びに生物の状態を測定するための方法及び構築物 - Google Patents
生物検体の生物活性を解析するための方法及び構築物、並びに生物の状態を測定するための方法及び構築物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2009509545A JP2009509545A JP2008533695A JP2008533695A JP2009509545A JP 2009509545 A JP2009509545 A JP 2009509545A JP 2008533695 A JP2008533695 A JP 2008533695A JP 2008533695 A JP2008533695 A JP 2008533695A JP 2009509545 A JP2009509545 A JP 2009509545A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- activity
- biological
- sample
- treatment
- biosensor
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/502—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects
- G01N33/5023—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics for testing non-proliferative effects on expression patterns
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/46—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans from vertebrates
- G01N2333/47—Assays involving proteins of known structure or function as defined in the subgroups
- G01N2333/4701—Details
- G01N2333/4703—Regulators; Modulating activity
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
【選択図】 図1
Description
本明細書は、あらゆる目的のために引用により本明細書に組み込まれている、2005年9月28日に出願された米国仮出願第60/721,860号の利益を主張する。
(2.発明の分野)
本明細書は、細胞の転写因子及びシス-制御エレメントの転写活性を解析する方法、例えば、前記細胞に適用されたサンプルの生物活性を測定する方法に関する。
多細胞生物において、細胞は、神経介在因子、ホルモン、成長因子、サイトカインなどの無数のシグナルを放出することによって情報交換する。これらの介在因子は、特定の細胞型、器官及び組織が、それらの振る舞いをどのように変更すべきかに関する、特定の指示を伝達する。
宿主の状態(例えば、健康対疾患)は、異なる細胞型及び組織におけるそれらの作用に関して、その生体液内の生物活性のスペクトルを評価することによって解析することができる。
しかしながらそのようなアプローチは、いくつかの欠点を有する。その一つは、当該転写反応を解析することが、数万種の遺伝子の解析を必要とすることである。別の難題は、マイクロアレイによって作り出される大量のデータの解釈方法である。何千もの遺伝子の発現の特徴的なパターンを見出すために、類似する様式で制御される遺伝子クラスターを同定することを可能にするアルゴリズムが開発されているが(例えば、Hughesらの文献, 2000, J. Mol. Biol. 296:1205-1214を参照されたい)、それでもこの問題は、高次の統計解析及びデータ管理のさらなる統合を必要とする。それゆえ、そのようなアッセイは、困難かつ高価であり、及びそれらの結果は、解析されたサンプルの生物活性に関して解釈することが難しい。
遺伝子発現のレベルで細胞を表現すること(すなわち、トランスクリプトミクス)に対する代替案は、シグナル伝達レベルで起こる分子変化を検討することである。細胞刺激に対する応答において、細胞は、遺伝子発現の変更をもたらすシグナル伝達経路を活性化させる。ほとんどのシグナル伝達経路の頂点には誘導性の転写因子(TF)があり、該タンパク質は、遺伝子のプロモーター領域内の特定のDNA配列に結合し、それによって転写を開始又は抑制させる。TFの活性は、翻訳後修飾(例えば、リン酸化又はアセチル化)、分解、核移行、DNA結合など多くのレベルで制御され、及び/又は基本転写機構、活性化補助因子若しくはコリプレッサー、並びに他のTFを含む他のタンパク質との相互作用によって制御される。 制御のこれらの異なるレベルは、遺伝子発現をしっかりと統制することを可能にする。これらの制御機構の異なる組み合わせを介して、真核細胞生物は、無数の遺伝子発現パターンを誘発することができる。
本発明は、生物検体の生物活性のスペクトルを提供する方法であって、転写因子(TF)の活性、並びにこれらのTFによって制御されるシス制御応答エレメント(cisRE)の転写活性を解析する方法で提供されたシグナルにおける効果を評価することによる方法である。本発明の利点は、例えば、生物の機能状態を、当該生物由来の生体サンプルの生物活性を解析することによって特徴づけることを含む。これは、調査宿主へのレポーターシステムの導入の必要性を取り除き、それゆえ非侵襲的な評価の機会を提供する。さらに本発明は、例えば血清、組織などの保管材料の収集物の評価をする。本発明は、TF及びcisREの転写活性を解析する方法;様々な生物検体の生物活性に関する情報を送達する方法;並びに疾患、調査薬剤候補、治療的処置用標的の発掘、多くの他の生医学的用途の選択的マーカーを同定する方法;を提供する。
本発明は、一部、以下の前提に基づく:
(i)生物系の状態は、その構成要素(例えば、生体液、組織抽出物、又は他の検体)の生物活性を解析することによって特徴づけることができる;
(ii)解析サンプルの生物活性は、当該サンプルを試験細胞系(以下、バイオセンサーという)と接触させること、並びに当該バイオセンサー内のシグナル伝達の変化を測定することにより評価できる;
(iii)シグナル伝達の変化は、複数の転写因子(TF)の活性プロファイル、又はそれらのTFによって統制されるシス応答配列(cisRE)を含むレポーター構築物の活性プロファイルを評価することにより包括的に記述できる;
(iv)バイオセンサーの十分な分解能は、解析される生物系の異なる状態を区別することで達成することができる。
一実施態様において、TF活性は、TF結合配列を含むDNAプローブに対する、TFの結合活性を測定することによって評価される。これは、任意の利用可能なDNA結合アッセイ、例えばゲルシフトアッセイ(エレクトロモビリティシフトアッセイ、又はEMSAとしても知られる)、ELISAに基づくDNA結合アッセイなどにおける細胞抽出物をアッセイすることにより実施可能である。
一つのアプローチにおいて、異なる細胞型を表すバイオセンサーのパネルを使用することによって、サンプルを解析できる。すなわち、当該サンプルを、上皮細胞、免疫細胞、線維芽細胞、神経細胞などを表すバイオセンサーと接触させることによって分子的サインを評価し、それらの細胞におけるTF活性のプロファイルを評価する。分子的サインは、異なる細胞型において異なることは予想される。例えば、LPSは、LPS受容体(例えば、TLR-4)を発現する細胞においてNF-kBを活性化させるが、この受容体を欠く細胞では活性化させない。同様に、当該サンプルにおけるTNFαの存在は、TNFα受容体を発現している細胞においてNF-kBを活性化させるが、前記受容体を欠いている細胞内では活性化させない、などである。それゆえ、2つの異なる生物活性間を区別するために、所望の分解能が達成されるまで異なる細胞型を含むバイオセンサーのパネルを拡大すべきである(図2)。
疾患、前疾患状態、加齢、生物系の機能状態を変化させる様々な処置、例えば、ストレス、食事制限、治療的処置、化合物投与、毒素、病原体などを含む、様々な種の撹乱を評価できる。
本発明は、生物系の異なる撹乱機能状態を区別するマーカーの同定方法を確立する。そのようにするために、生物のある撹乱状態及び別の撹乱状態の生物系由来の1つ又は複数の生体サンプルの生物活性を測定し、かつそれらの生物活性を比較することにより、それらの撹乱状態を区別するマーカーを同定する。
同様に、本発明は、薬剤候補及び疾患に対する他の治療の効果の評価方法を明示する。
以下の実施例は、異なる型のレポーター細胞を使用して、糖尿病動物の血清中に存在する生物活性の非重複セットを測定するための健常動物及び糖尿病動物由来の血清の生物活性の成功的評価、並びに疾患を同定するためにどのように情報を組み合わせ得るかを実証する。
(5.1. 実施例1)
以下の実施例に使用される材料及び一般的手順を以下に記載する。
動物。実験用ラットを用いた操作は、動物施設内において保証され、かつ認可された動物プロトコルに従って実施した。
プラスミドDNA操作。プラスミドDNAを用いた操作は、例えば、Sambrook及びRussellの文献, 『分子クローニング:研究室マニュアル第3版(Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd Ed)』(Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 2001)、並びに分子生物学の最新プロトコル(Ausubelら編, John Wiley & Sons, 1994-1998, 最新プロトコル, 1987-1994、2005年7月に追補された(付録71))に記載されているように、当業者に既知の標準的な分子生物学的手法を使用して実施した。
細胞性RNAの単離。総細胞性RNAは、製造業者のプロトコルに従いTRIZOL試薬(Invitrogen社, Carlsbad, CA, USA)を使用して単離し、水に再溶解した。日常的に、0.5mlのTRIZOL試薬を使用して、12ウエルプレートのウエル内の細胞のコンフルエント単層からRNAを抽出した。
エンドヌクレアーゼ制限。Hpa I制限エンドヌクレアーゼ(New England Biolabs社, Ipswich, MA, USA)を、5U/反応物の濃度で、前記標識PCR産物に直接添加した。当該サンプルを2時間消化し、Qiaquick PCR精製カラム(Qiagen社, Hilden, Germany)を使用し、製造業者のプロトコルに従って精製した。
キャピラリー電気泳動。各Hpa I消化サンプルの連続希釈物を、ABI PRIZM 3100ジェネティックアナライザー(Applied Biosystems社, Foster City, CA, USA)を使用するキャピラリー電気泳動で解析した。X-ローダミン標識MAPMARKER1000分子量標準(Murfreesboro, TN USA)のセットを、分子量対照として、解析サンプルと同時に泳動した。
以下の実施例は、健常動物及び糖尿病動物由来の血清の生物活性の成功的評価を示す。
ラットにD-グルコサミンのN-ニトロソ誘導体であるストレプトゾトシン(STZ)を使用することにより、実験的糖尿病I型を誘導した。ストレプトゾトシンは、ランゲルハンス島の膵臓B細胞の急速なネクローシスを引き起こす(Okamotoの文献, 1985, Bioessays 2:15-21)。STZは、様々な実験動物にインスリン依存性糖尿病状態を誘発させるために広く使用されており、かつSTZ処理動物は、糖尿病のモデルとして当業者に認識されている(Like及びRossiniの文献, 1976, Science 193:415-417)。
糖尿病ラット及び健常ラット由来の血清を比較するアプローチの設計を図4に図示する。10〜12週齢のスプラーグ-ダウリーラットのオスを、2つの群にランダムに振り分けた。1つの群のラットは、新規に調製した50mMクエン酸緩衝液(pH 4.0)に溶解させた70mg/kgのSTZ(Sigma-Aldrich社, St. Louis, MO, USA)の1回の腹腔内注射を受けた。コントロール群の動物は、同容量のクエン酸緩衝液を受けた。注射の7日後、血液サンプルは、コントロール動物及びSTZ処理動物の尾静脈由来であった。STZ処理動物の糖尿病状態の進行は、血液グルコース濃度測定で確認した。全てのSTZ処理ラットにおいて高血糖(少なくとも300mg/dlのグルコースレベル)が観測されたが、コントロール群由来の全ての動物のグルコースレベルは正常(100mg/dl以下)であった。
個々の転写レポーター構築物のライブラリ(ここで、各レポーターは、特定のTFに応答するシス制御エレメントを含み、かつ各レポーターRNA構築物は、識別可能なレポーター配列を有した)を構築した。該ライブラリ内において位置が異なるプロセシングタグを提供する同一のレポーター配列を提供する各々の個別的レポーター構築物により、前記アプローチを使用した。当該アプローチは、引用によりその全てが本明細書に組み込まれる米国特許公報第2006/0160108号に詳細に記載されている。
本実施例は、データから、例えば、ラットにおける実験的糖尿病を診断するための比較標準のような有用なマトリクス形態への組み立てを実証する。
実施例2及び3において、糖尿病動物及び正常動物由来の血清は、示差的変化に基づいて区別でき、それらが転写レポーター構築物の活性プロファイルに影響することを実証した。
図7において示したものと同様の転写反応のマトリクスは、STZ誘導性糖尿病状態の唯一の分子的サインを提供する。これは、当該疾患の同定目的に使用することができる。
Claims (38)
- 生体サンプルの生物活性を測定する方法であって:
所定の時間、前記生体サンプルをバイオセンサーと接触させること;
前記バイオセンサー内の転写因子(TF)の活性プロファイルを評価すること;
前記転写因子(TF)の活性プロファイルを、前記生体サンプルと接触させなかったバイオセンサーにおけるTFの活性プロファイルと比較すること;及び、
前記調査サンプルの生物活性を表すTF活性の変化の示差的プロファイルを作成すること;
を含む、前記方法。 - 前記TF活性プロファイルが、1より多いTFの活性を表す、請求項1記載の方法。
- 前記TF活性プロファイルが、2、5、10、20、40、100、200、1,000、又は2,000種のTFの活性を含む、請求項1記載の方法。
- 生体サンプルの生物活性を測定する方法であって:
前記生体サンプルをバイオセンサーと接触させること;
前記接触後、異なる時間点で、前記バイオセンサー内のTFの時間的活性プロファイルを評価すること;
前記TFの時間的活性プロファイルを、前記生体サンプルを接触させなかったバイオセンサー内のTFの時間的活性プロファイルと比較すること;及び、
前記調査サンプルの生物活性を表すTF活性の変化の示差的な時間的プロファイルを作成すること;
を含む、前記方法。 - 前記TF活性プロファイルが、1より多いTFの活性を表す、請求項4記載の方法。
- 前記TF活性プロファイルが、2、5、10、20、40、100、200、1,000、又は2,000種のTFの活性を含む、請求項4記載の方法。
- 前記プロファイルが、1より多い時間点で測定されたTF活性を含む、請求項4記載の方法。
- 前記プロファイルが、2、5、10、20、40、100、又は200個の時間点で測定されたTF活性を含む、請求項4記載の方法。
- 生体サンプルの生物活性を測定する方法であって:
前記生体サンプルを、バイオセンサーのパネルと接触させること;
前記接触に応答する、個々のバイオセンサー内でのTF活性の変化を評価すること;及び、
前記複数のバイオセンサー内のTF活性の変化のプロファイルを作成し、それによって前記調査サンプルの生物活性を特徴づけること;
を含む、前記方法。 - 前記バイオセンサーのパネルが、1より多いバイオセンサーを表す、請求項9記載の方法。
- 前記バイオセンサーのパネルが、2、5、10、20、40、100、又は200個の個別的バイオセンサーを表す、請求項9記載の方法。
- 前記個別的バイオセンサーが、異なる細胞型を含み、前記細胞型が、線維芽細胞、上皮細胞、免疫細胞、神経細胞、幹細胞などを含む、請求項9記載の方法。
- 前記個別的バイオセンサーが、異なる組織培養物、器官培養物、動物へと移植された細胞及び組織培養物、生きている動物の器官及び組織、並びに生きている動物全体を含む、請求項9記載の方法。
- 前記TF活性プロファイルが、前記TFのDNA結合活性である、請求項1、4又は9記載の方法。
- 前記バイオセンサーが、前記TFの転写活性及びTFによって制御されるシス制御エレメント(cisRE)を評価することを可能にするレポーター遺伝子構築物で供給される、請求項1、4又は9記載の方法。
- 前記cisREが、遺伝子プロモーター、遺伝子エンハンサー、RNA安定性決定因子、転写活性が調査サンプルを接触させることで調節される天然又は合成DNA配列のDNA配列である、請求項15記載の方法。
- 前記レポーター遺伝子構築物が、あるTFのトランス活性化ドメインと、別のタンパク質のDNA結合ドメインとの融合を表すキメラTFの転写活性を評価するために設計されている、請求項15記載の方法。
- 前記生物学的バイオセンサーが、複数の細胞培養物、細胞の混合集団、組織培養物、器官培養物、移植された細胞及び組織培養物、生きている動物の器官又は組織である、請求項1、4又は9記載の方法。
- 前記サンプルが、生体液(唾液、血液、血清、脳脊髄液、滑液、尿、精液、母乳、胆液、涙、糞便、抽出物など)、並びにそれらの抽出物、濃縮物、構成要素、又は画分を含む、請求項1、4又は9記載の方法。
- 前記サンプルが、細胞及び組織抽出物、調整細胞培地などを含む、請求項1、4又は9記載の方法。
- 前記サンプルが、生細胞又は固定細胞を含む、請求項1、4又は9記載の方法。
- 前記バイオセンサーを、前記サンプルと応答修飾作用物質との組み合わせと接触させる、請求項1、4又は9記載の方法。
- 前記修飾作用物質が、サイトカイン、低分子量化合物、低分子干渉RNA、遺伝子発現ベクター、アンチセンスオリゴヌクレオチド、放射線、又はバイオセンサーの前記TF活性プロファイルを変化させることができる全ての他の処理である、請求項22記載の方法。
- 生物系の機能状態の記載方法であって、前記生物系由来の1つ又は複数のサンプルの生物活性の分子的サインを、請求項1、4及び9に記載したように測定することによる、前記方法。
- 生物系の撹乱的機能状態のマーカーを同定する方法であって:
前記撹乱生物由来の1つ又は複数の生体サンプルの生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること;
非撹乱生物由来の生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること;及び、
前記生物活性を比較し、前記撹乱を特徴づける示唆的な分子的サインを作成すること;
による、前記方法。 - 調査サンプルにおける、前記撹乱に関連する生物活性強度を定量的に評価することによる、撹乱強度の評価方法。
- 前記撹乱が、疾患、前疾患状態、加齢、物理的処置、ストレス、食事制限、治療的処置、化合物投与、毒素、病原体などである、請求項25記載の方法。
- 前記生物系が、細胞培養物、細胞の混合集団、組織培養物、器官培養物、移植された細胞及び組織培養物、生きている動物の器官又は組織、若しくは生きている動物全体である、請求項25記載の方法。
- 前記生物系がヒトである、請求項25記載の方法。
- 生物系の2つの撹乱機能状態を区別する示唆的マーカーを同定する方法であって:
生物のある撹乱状態由来の1つ又は複数の生体サンプルの生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること;
生物の別の撹乱状態由来の1つ又は複数の生体サンプルの生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること;及び、
前記生物活性を比較し、前記撹乱状態を区別する示唆的な分子的サインを作成すること;による、前記方法。 - 生物の疾患状態及び前疾患状態の診断方法であって:調査サンプル由来の1つ又は複数の生体サンプルの生物活性を、請求項1、4及び9に記載したように測定すること;及び、請求項25に記載したように、前記サンプルの生物活性を、撹乱機能状態マーカーデータベースで適合させること;による、前記方法。
- 前記疾患が、炎症性疾患、代謝疾患、ガン、神経変性疾患、心身症、感染、早老などである、請求項31記載の方法。
- 疾患又は前疾患状態の治療様式を同定する方法であって:
請求項25に記載したように、疾患又は前疾患状態のマーカーを同定すること;
前記疾患又は前記前疾患状態において、活性が示差的に制御されるTFを同定すること;
前記非撹乱状態におけるそれらの活性に対してそれらのTF活性を変化させること;
による、前記方法。 - 所望の治療特性を有する薬剤候補を選択する方法であって:
撹乱生物系を、調査薬剤候補で処理すること;
前記処理に応答する、前記撹乱系由来の生体サンプルにおける生物活性の変化を評価すること;及び、
非撹乱生物系に対する前記サンプルの生物活性を標準化させる薬剤候補を選択すること;
による、前記方法。 - 前記生物系が、細胞培養物、細胞の混合集団、組織培養物、器官培養物、移植された細胞及び組織培養物、生きている動物の器官又は組織、若しくは生きている動物全体である、請求項34記載の方法。
- 治療的処置への応答の個別的変動のマーカーを同定する方法であって:
前記治療的処置を、患者群に処理すること;
前記処置群を、前記処置の所望の結果を提供する1群と、前記処置の所望的でない結果を提供する別の群とに分割すること;
前記処置の所望の治療的結果を示す患者群から前記処置前及び処置後に生体サンプルを回収し、前記処置に応答した検体の生物活性に共通的な変化マーカーを測定すること;
前記処置の所望的でない治療的結果を示す患者群から前記処置前及び処置後に生体サンプルを回収し、前記処置に応答した検体の生物活性に共通的な変化マーカーを測定すること;及び、
前記処置の所望の結果に関連する示差的マーカーを同定すること;
による、前記方法。 - 治療的処置に対する個別的応答を予測する方法であって:
患者を、前記治療的処置に供すること;
前記処置前及び処置後の生体サンプルを回収し、前記処置に応答する前記サンプルの生物活性の変化を測定すること;及び、
前記サンプルの生物活性における処置誘導性変化を、前記処置の所望的治療結果及び非所望的治療結果を示す患者の生物活性データベースを用いて、請求項36に記載したように比較すること;
による、前記方法。 - 前記治療的処置が、天然及び合成薬剤、放射線、手術、遺伝子療法、催眠術、人的療法などを含むがこれらに限定されない、生物の生理的状態を変化させることに対して向けられる全ての処置を含む、請求項36又は37記載の方法。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US72186005P | 2005-09-28 | 2005-09-28 | |
US60/721,860 | 2005-09-28 | ||
PCT/US2006/038175 WO2007038756A2 (en) | 2005-09-28 | 2006-09-27 | Methods and constructs for analyzing biological activities of biological specimens and determining states of organism |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009509545A true JP2009509545A (ja) | 2009-03-12 |
JP2009509545A5 JP2009509545A5 (ja) | 2009-11-05 |
JP5346583B2 JP5346583B2 (ja) | 2013-11-20 |
Family
ID=37900495
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008533695A Expired - Fee Related JP5346583B2 (ja) | 2005-09-28 | 2006-09-27 | 生物検体の生物活性を解析するための方法及び構築物、並びに生物の状態を測定するための方法及び構築物 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20100009348A1 (ja) |
EP (1) | EP1945795B1 (ja) |
JP (1) | JP5346583B2 (ja) |
CA (1) | CA2623795C (ja) |
WO (1) | WO2007038756A2 (ja) |
Families Citing this family (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2010131162A2 (en) * | 2009-05-11 | 2010-11-18 | Koninklijke Philips Electronics N.V. | Device and method for comparing molecular signatures |
GB201002130D0 (en) * | 2010-02-10 | 2010-03-31 | Tmri Ltd | Cell based bioassay |
US20120245048A1 (en) * | 2011-03-25 | 2012-09-27 | Institute For Systems Biology | Cellular response assay for biofluid biomarker discovery and detection |
EP2753708A4 (en) * | 2011-09-08 | 2015-04-22 | Attagene Inc | SYSTEMS AND METHODS FOR BIOSIMILARITY ASSESSMENT |
WO2013052237A2 (en) | 2011-09-08 | 2013-04-11 | Attagene, Inc. | Systems and methods for assay of bio-contaminants in water |
WO2014121104A1 (en) * | 2013-01-31 | 2014-08-07 | The Regents Of The University Of California | Pooled genetic perturbation effects |
WO2023039392A1 (en) * | 2021-09-07 | 2023-03-16 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Methods and materials for determining pgc target dosage |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20020177218A1 (en) * | 2001-03-30 | 2002-11-28 | Yu Fang | Methods of detecting multiple DNA binding protein and DNA interactions in a sample, and devices, systems and kits for practicing the same |
US20030108877A1 (en) * | 2000-12-27 | 2003-06-12 | Yves Blais | Methods for selecting and producing selective pharmaceutical compounds and compositions using an established genetically altered cell-based library responsive to transcription factors; genetic constructs and library therefor. |
US20030143547A1 (en) * | 2002-01-24 | 2003-07-31 | Xianqiang Li | Method for identifying multiple activated transcription factors |
US20030148287A1 (en) * | 2002-01-24 | 2003-08-07 | Xianqiang Li | Libraries and kits for detecting transcription factor activity |
JP2008519605A (ja) * | 2004-11-10 | 2008-06-12 | アッタゲネ インコーポレーテッド | レポーター配列の集団及びそれらの使用方法 |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US5625048A (en) * | 1994-11-10 | 1997-04-29 | The Regents Of The University Of California | Modified green fluorescent proteins |
DE69715621T2 (de) * | 1996-04-26 | 2003-05-22 | Massachusetts Inst Technology | Drei hybriden screening test |
WO2000036106A2 (en) * | 1998-12-17 | 2000-06-22 | Xenogen Corporation | Non-invasive evaluation of physiological response in a mammal |
GB2355791B (en) * | 1999-10-28 | 2004-10-20 | Molecular Light Tech Res Ltd | Detection of mRNA expression using chemiluminescent labelled probes |
US6867348B1 (en) * | 1999-12-16 | 2005-03-15 | Xenogen Corporation | Methods and compositions for screening for angiogenesis modulating compounds |
WO2002099117A2 (en) * | 2001-06-06 | 2002-12-12 | Cogent Neuroscience, Inc. | Nucleic acid regulatory sequences and uses therefor |
DE10211063A1 (de) * | 2002-03-13 | 2003-10-09 | Axaron Bioscience Ag | Neue Verfahren zur Detektion und Analyse von Protein-Interaktionen in vivo |
US20050009052A1 (en) * | 2003-04-22 | 2005-01-13 | Irm Llc, A Delaware Limited Liability Company | Differential tag length analysis of cell proliferation |
US20050181354A1 (en) * | 2004-02-18 | 2005-08-18 | Estep Preston W.Iii | Methods of assaying physiological states |
-
2006
- 2006-09-27 CA CA2623795A patent/CA2623795C/en not_active Expired - Fee Related
- 2006-09-27 JP JP2008533695A patent/JP5346583B2/ja not_active Expired - Fee Related
- 2006-09-27 US US11/992,900 patent/US20100009348A1/en not_active Abandoned
- 2006-09-27 EP EP06825268.3A patent/EP1945795B1/en active Active
- 2006-09-27 WO PCT/US2006/038175 patent/WO2007038756A2/en active Application Filing
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20030108877A1 (en) * | 2000-12-27 | 2003-06-12 | Yves Blais | Methods for selecting and producing selective pharmaceutical compounds and compositions using an established genetically altered cell-based library responsive to transcription factors; genetic constructs and library therefor. |
US20020177218A1 (en) * | 2001-03-30 | 2002-11-28 | Yu Fang | Methods of detecting multiple DNA binding protein and DNA interactions in a sample, and devices, systems and kits for practicing the same |
US20030143547A1 (en) * | 2002-01-24 | 2003-07-31 | Xianqiang Li | Method for identifying multiple activated transcription factors |
US20030148287A1 (en) * | 2002-01-24 | 2003-08-07 | Xianqiang Li | Libraries and kits for detecting transcription factor activity |
JP2008519605A (ja) * | 2004-11-10 | 2008-06-12 | アッタゲネ インコーポレーテッド | レポーター配列の集団及びそれらの使用方法 |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
JPN6012017300; Quarterly journal of medicine. 2000, Vol.93, No.7, p.391-423 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
EP1945795A4 (en) | 2010-01-13 |
US20100009348A1 (en) | 2010-01-14 |
WO2007038756A9 (en) | 2015-10-15 |
WO2007038756A3 (en) | 2007-07-26 |
EP1945795A2 (en) | 2008-07-23 |
EP1945795B1 (en) | 2016-08-10 |
JP5346583B2 (ja) | 2013-11-20 |
CA2623795C (en) | 2016-06-14 |
WO2007038756A2 (en) | 2007-04-05 |
CA2623795A1 (en) | 2007-04-05 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Sun et al. | From discovery to function: the expanding roles of long noncoding RNAs in physiology and disease | |
Díez-Planelles et al. | Circulating microRNAs in Huntington’s disease: Emerging mediators in metabolic impairment | |
JP5346583B2 (ja) | 生物検体の生物活性を解析するための方法及び構築物、並びに生物の状態を測定するための方法及び構築物 | |
US6251590B1 (en) | Differential Qualitative screening | |
JP5002105B2 (ja) | 内因性のmRNAタンパク質(mRNP)複合体の単離および特徴付けの方法 | |
CN101454668A (zh) | 癌症预测与预后以及监测癌症治疗的方法 | |
JP2016027825A (ja) | T細胞受容体v/d/j遺伝子内の反復配列によるクローン細胞の同定 | |
CN110791560B (zh) | 一种用于阿尔茨海默病诊断和/或治疗的miRNA标志物 | |
Sandovici et al. | Ageing is associated with molecular signatures of inflammation and type 2 diabetes in rat pancreatic islets | |
Scott et al. | Life and death: A systematic comparison of antemortem and postmortem gene expression | |
JPWO2020180741A5 (ja) | ||
CN107937532B (zh) | 胶质瘤诊断标志物hsa_circ_0021827及应用 | |
Liu et al. | MicroRNA-223-5p targets long non-coding RNA TP73 antisense RNA1 to promote the invasion of gastric cancer | |
Ren et al. | Interaction of circulating TGFβ regulatory miRNAs in different severity of diabetic kidney disease | |
CN110291197A (zh) | 检测方法 | |
JP2010502177A (ja) | 診断方法 | |
Wang et al. | Single-cell map of diverse immune phenotypes in the metastatic brain tumor microenvironment of non small cell lung cancer | |
US6509153B1 (en) | Genetic markers of toxicity preparation and uses | |
Chen et al. | Retinoblastoma protein (pRB) was significantly phosphorylated through a Ras-to-MAPK pathway in mutant K-ras stably transfected human adrenocortical cells | |
Cheng et al. | Identified differently expressed genes in renal cell carcinoma by using multiple microarray datasets running head: differently expressed genes in renal cell carcinoma | |
Kharlap et al. | Atrial appendage transcriptional profile in patients with atrial fibrillation with structural heart diseases | |
Chen et al. | An integrated approach for the identification of USF1-centered transcriptional regulatory networks during liver regeneration | |
Kamei et al. | Evaluation of genes identified by microarray analysis in favorable neuroblastoma | |
van Vliet et al. | A companion to the preclinical common data elements for genomics, transcriptomics, and epigenomics data in rodent epilepsy models. A report of the TASK3‐WG4 omics working group of the ILAE/AES joint translational TASK force | |
Delgado et al. | Single-cell transcriptome analysis reveals evolutionarily conserved features during the transition from normal breast stromal cells to cancer-associated fibroblasts |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20090911 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20090911 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20120424 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20120720 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20120727 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20121024 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20121211 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20130304 |
|
A602 | Written permission of extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A602 Effective date: 20130311 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130607 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130723 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130819 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5346583 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |