JP2009168725A - スポット定量装置、スポット定量方法及びプログラム - Google Patents
スポット定量装置、スポット定量方法及びプログラム Download PDFInfo
- Publication number
- JP2009168725A JP2009168725A JP2008009261A JP2008009261A JP2009168725A JP 2009168725 A JP2009168725 A JP 2009168725A JP 2008009261 A JP2008009261 A JP 2008009261A JP 2008009261 A JP2008009261 A JP 2008009261A JP 2009168725 A JP2009168725 A JP 2009168725A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- spot
- image
- filtering
- kernel
- quantification
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
- G01N21/6452—Individual samples arranged in a regular 2D-array, e.g. multiwell plates
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
- G01N21/6456—Spatial resolved fluorescence measurements; Imaging
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/10—Segmentation; Edge detection
- G06T7/11—Region-based segmentation
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06V—IMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
- G06V20/00—Scenes; Scene-specific elements
- G06V20/60—Type of objects
- G06V20/69—Microscopic objects, e.g. biological cells or cellular parts
- G06V20/695—Preprocessing, e.g. image segmentation
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
- G01N2021/6463—Optics
- G01N2021/6471—Special filters, filter wheel
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/10—Image acquisition modality
- G06T2207/10064—Fluorescence image
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/30—Subject of image; Context of image processing
- G06T2207/30004—Biomedical image processing
- G06T2207/30024—Cell structures in vitro; Tissue sections in vitro
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Optics & Photonics (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Multimedia (AREA)
- Image Processing (AREA)
- Image Analysis (AREA)
- Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
Abstract
【解決手段】画像入力部10によりスポット定量装置1にスポットを含む画像が入力される。フィルタリング部15は、画像入力部10により入力された画像に対してカーネルのパラメータを所定範囲内で変更してフィルタリング複数回施す。特徴量算出部50は、フィルタリング部15によりフィルタリングが複数回施された各画像領域における輝度分布に基づいて前記スポットの特徴を定量する。
【選択図】図1
Description
を有する。
本発明を実施するための第1実施形態について図1〜図9を参照して詳細に説明する。
本発明を実施するための第2実施形態について図10及び図11を参照して詳細に説明する。
10 画像入力部
15 フィルタリング部
20 画像フィルタリング部
30 領域分割部
40 スポット検出部
50 特徴量算出部
60 クラスタリング部
100 光源
101 励起フィルタ
102 バリアフィルタ
103 CCDカメラ
104 試料
105 対眼レンズ
106 対物レンズ
107 ダイクロックミラー
108 コンピュータ
109 モニタ
S1〜S6,A1〜A10,T1 ステップ
P1,P2,P6,P7 スポット
I’,D1’,D2’,D3’,D4’,R0’ R1’ 画像領域
Claims (14)
- スポットを含む画像を入力する画像入力手段と、
前記画像入力手段により入力された画像に対して、カーネルのパラメータを所定範囲内で変更してフィルタリングを複数回施すフィルタリング手段と、
前記フィルタリング手段によりフィルタリングが複数回施された各画像における輝度分布に基づいて前記スポットの特徴を定量するスポット定量手段と、
を有するスポット定量装置。 - 前記スポット定量手段は、
前記フィルタリング手段によりフィルタリングが複数回施された各画像における正規化された輝度分布のピーク値を求め、該ピーク値が最大となる画像で使用されたカーネルのパラメータの値に基づいて前記スポットの特徴を定量する、請求項1に記載のスポット定量装置。 - 前記フィルタリング手段は、前記カーネルのパラメータを、前記スポットの特徴量に対応するパラメータの値を含む所定範囲内で変更してフィルタリングを施す、請求項1又は2に記載のスポット定量装置。
- 前記カーネルがガウシアンカーネルである、請求項1乃至3のいずれか1項に記載のスポット定量装置。
- 前記カーネルがイパネクニコフカーネルである、請求項1乃至3のいずれか1項に記載のスポット定量装置。
- 前記カーネルがメキシカンハットカーネルである、請求項1乃至3のいずれか1項に記載のスポット定量装置。
- 前記フィルタリング手段は、前記カーネルのバンド幅を所定範囲内で変更してフィルタリングを複数回施し、
前記スポット定量手段は、前記フィルタリング手段によりフィルタリングが複数回施された各画像における正規化された輝度分布のピーク値を求め、該ピーク値が最大となる画像で使用されたカーネルのバンド幅を前記スポットの直径として定量する、請求項4乃至6のいずれか1項に記載のスポット定量装置。 - 前記カーネルが同心円カーネルである、請求項1乃至3のいずれか1項に記載のスポット定量装置。
- 前記フィルタリング手段は、カーネルの内円半径を所定範囲内で変更してフィルタリングを複数回施し、
前記スポット定量手段は、前記フィルタリング手段によりフィルタリングが複数回施された各画像における正規化された輝度分布のピーク値を求め、該ピーク値が最大となる画像で使用されたカーネルの内円半径を前記スポットの半径として定量する、請求項8に記載のスポット定量装置。 - 前記フィルタリング手段は、
前記画像入力手段により入力された画像に対して所定のカーネルを使用してフィルタリングを施す第1のフィルタリング手段と、
前記第1のフィルタリング手段によりフィルタリングが施された画像をスポットの中心間の距離に基づいてスポットを含む画像領域と含まない画像領域とに分割する画像領域分割手段と、
前記画像領域分割手段により分割されたスポットを含む画像領域におけるスポットの中心をスポット位置として検出するスポット検出手段と、
前記スポット検出手段により検出されたスポット位置を中心とした所定の画像領域を前記画像入力手段により入力された画像から抽出し、抽出した画像領域に対してカーネルのパラメータを所定範囲内で変更してフィルタリングを複数回施す第2のフィルタリング手段と、
を有する、請求項1乃至9のいずれか1項に記載のスポット定量装置。 - 前記画像領域分割手段は、互いの中心点が所定距離内にあるスポットを同一の画像領域に帰属させ、互いの中心点が所定距離より離れたスポットを異なる画像領域に帰属させることで、前記第1のフィルタリング手段によりフィルタリングが施された画像をスポットを含む画像領域と含まない画像領域とに分割する、請求項10に記載のスポット定量装置。
- 前記スポット検出手段は、前記画像領域分割手段により分割されたスポットを含む画像領域における各画素を輝度分布に基づいて複数のクラスタに分類し、輝度値の平均値が最も高いクラスタに帰属する画素のうち最高輝度の画素の位置をスポット位置として検出する、請求項10又は11に記載のスポット定量装置。
- スポットを含む画像を入力し、
入力した画像に対してカーネルのパラメータを所定範囲内で変更してフィルタリングを複数回施し、
複数のフィルタリングが施された各画像における輝度分布に基づいて前記スポットの特徴を定量する、スポット定量方法。 - コンピュータを、
スポットを含む画像に対してカーネルのパラメータを所定範囲内で変更してフィルタリングを複数回施すフィルタリング手順、及び
前記フィルタリング手順によりフィルタリングが複数回施された各画像領域における輝度分布に基づいて前記スポットの特徴を定量するスポット定量手順、
として機能させるためのプログラム。
Priority Applications (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2008009261A JP5347272B2 (ja) | 2008-01-18 | 2008-01-18 | スポット定量装置、スポット定量方法及びプログラム |
US12/354,629 US8571279B2 (en) | 2008-01-18 | 2009-01-15 | Spot quantification apparatus, spot quantification method, and recording medium |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2008009261A JP5347272B2 (ja) | 2008-01-18 | 2008-01-18 | スポット定量装置、スポット定量方法及びプログラム |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2009168725A true JP2009168725A (ja) | 2009-07-30 |
JP5347272B2 JP5347272B2 (ja) | 2013-11-20 |
Family
ID=40970049
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008009261A Expired - Fee Related JP5347272B2 (ja) | 2008-01-18 | 2008-01-18 | スポット定量装置、スポット定量方法及びプログラム |
Country Status (2)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US8571279B2 (ja) |
JP (1) | JP5347272B2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010145366A (ja) * | 2008-12-22 | 2010-07-01 | Olympus Corp | 細胞画像解析装置、細胞画像解析方法、及びプログラム |
WO2011121900A1 (ja) * | 2010-03-30 | 2011-10-06 | 日本電気株式会社 | 画像処理装置、画像読取装置、画像処理方法及び画像処理プログラム |
Families Citing this family (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US10306151B2 (en) * | 2015-02-12 | 2019-05-28 | Sony Corporation | Image processing device, image processing method, program and image processing system |
US10467749B2 (en) | 2016-10-10 | 2019-11-05 | Genemind Biosciences Company Limited | Method and system for processing an image comprising spots in nucleic acid sequencing |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH06259784A (ja) * | 1993-03-09 | 1994-09-16 | Ricoh Co Ltd | スポット検査装置 |
JP2004101354A (ja) * | 2002-09-09 | 2004-04-02 | Olympus Corp | 生化学的検査用画像処理方法 |
JP2006505782A (ja) * | 2002-11-12 | 2006-02-16 | キネティック リミテッド | 画像分析 |
JP2006084281A (ja) * | 2004-09-15 | 2006-03-30 | Hitachi Software Eng Co Ltd | スポット画像認識方法及びスポット画像認識システム |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP1380005A1 (en) | 2001-04-09 | 2004-01-14 | Lifespan Biosciences, Inc. | Computer method for image pattern recognition in organic material |
JP3649328B2 (ja) | 2002-04-10 | 2005-05-18 | 日本電気株式会社 | 画像領域抽出方法および装置 |
JP2005198970A (ja) * | 2004-01-19 | 2005-07-28 | Konica Minolta Medical & Graphic Inc | 医用画像処理装置 |
-
2008
- 2008-01-18 JP JP2008009261A patent/JP5347272B2/ja not_active Expired - Fee Related
-
2009
- 2009-01-15 US US12/354,629 patent/US8571279B2/en not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH06259784A (ja) * | 1993-03-09 | 1994-09-16 | Ricoh Co Ltd | スポット検査装置 |
JP2004101354A (ja) * | 2002-09-09 | 2004-04-02 | Olympus Corp | 生化学的検査用画像処理方法 |
JP2006505782A (ja) * | 2002-11-12 | 2006-02-16 | キネティック リミテッド | 画像分析 |
JP2006084281A (ja) * | 2004-09-15 | 2006-03-30 | Hitachi Software Eng Co Ltd | スポット画像認識方法及びスポット画像認識システム |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
JPN6013015919; THOMANN D, DANUSER G: 'Automatic fluorescent tag detection in 3D with super-resolution: Application to the analysis of chro' Journal of Microscopy Vol.208, No.1, 200210, Page.49-64 * |
Cited By (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010145366A (ja) * | 2008-12-22 | 2010-07-01 | Olympus Corp | 細胞画像解析装置、細胞画像解析方法、及びプログラム |
US9176043B2 (en) | 2008-12-22 | 2015-11-03 | Olympus Corporation | Cell image analysis apparatus, cell image analysis method, and program |
WO2011121900A1 (ja) * | 2010-03-30 | 2011-10-06 | 日本電気株式会社 | 画像処理装置、画像読取装置、画像処理方法及び画像処理プログラム |
JP2011210156A (ja) * | 2010-03-30 | 2011-10-20 | Nec Corp | 画像処理装置、画像読取装置、画像処理方法及び画像処理プログラム |
US9438768B2 (en) | 2010-03-30 | 2016-09-06 | Nec Corporation | Image processing apparatus, image reading apparatus, image processing method and information storage medium |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20100021028A1 (en) | 2010-01-28 |
JP5347272B2 (ja) | 2013-11-20 |
US8571279B2 (en) | 2013-10-29 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
AU2022200112B2 (en) | Methods and apparatus for detecting an entity in a bodily sample | |
US10621412B2 (en) | Dot detection, color classification of dots and counting of color classified dots | |
JP6604960B2 (ja) | バイオマーカー陽性の腫瘍細胞を識別するための医用画像解析 | |
JP6110992B2 (ja) | 画像適応的な生理学的に妥当な色分離 | |
US7979212B2 (en) | Method and system for morphology based mitosis identification and classification of digital images | |
CA2914475C (en) | Auto-focus methods and systems for multi-spectral imaging | |
JP5717647B2 (ja) | 多核細胞分類および微小核点数化 | |
EP3053138B1 (en) | Systems and methods for adaptive histopathology image unmixing | |
JP5469070B2 (ja) | 生物検体を処理するための複数の波長を用いる方法およびシステム | |
JP2013050713A (ja) | 合焦位置を決定する方法及びビジョン検査システム | |
US10921252B2 (en) | Image processing apparatus and method of operating image processing apparatus | |
JP5347272B2 (ja) | スポット定量装置、スポット定量方法及びプログラム | |
JP2011044016A (ja) | 三次元細胞画像解析装置 | |
JP2014063019A (ja) | 撮影解析装置、その制御方法及び撮影解析装置用のプログラム | |
JP5530126B2 (ja) | 三次元細胞画像解析システム及びそれに用いる三次元細胞画像解析装置 | |
EP3385882B1 (en) | Automatically identifying regions of interest on images of biological cells | |
JP6576035B2 (ja) | 眼科装置、視細胞検出方法およびプログラム |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20101209 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20120525 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130409 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20130507 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20130702 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20130723 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20130805 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |