JP2008518207A - Eph受容体腫瘍バイオマーカー - Google Patents
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Abstract
正常脳と比較したGBM細胞およびヒトGBM腫瘍の双方におけるEphA2の特異的差次的発現が示される。EphA2は、診断および予後などのかかる分野での癌の有用な分子マーカーとして有用である。さらに、EphA2は、分子標的薬物送達などの腫瘍に関する新規治療法の開発で用いられる。
Description
本発明は、癌の診断および予後にとって重要な、バイオマーカーの信頼できる検出および同定を提供する。腫瘍細胞を有する患者のタンパク質/ペプチドプロファイルは、費用のかからない技術を用いて正常個体と区別される。これらの技術は、簡単であるが感度の高い、体液を用いる癌の診断法を提供する。
Eph受容体はチロシンキナーゼ受容体の最も大きなファミリーを備えており、これは例えば、増殖、遊走および分化を制御するものとして、細胞の重要なシグナル伝達経路の仲介において不可欠な膜貫通タンパク質の一群である。Eph受容体の14種類のメンバーは、それらの細胞外ドメインの類似性と、それらの膜結合リガンドであるエフリンとの相互作用能力とに基づいて、AクラスおよびBクラスに分類されている。これらの内因性リガンドが隣接する細胞の表面に係留されるという事実は、それらを受容体チロシンキナーゼの中で特有のものとし、一般に、表皮増殖因子(EGF)および血管性内皮増殖因子(VEGF)などの可溶性因子と結合する。
Eph受容体の大部分は、細胞間の接触依存型過程の仲介により神経成長中の軸索誘導で重要な役割を果たす。
(特に初期の)腫瘍の診断は診断が困難であり、ほとんどの場合、治療が困難である。問題としては、以下が挙げられる:(1)患者は通常、死亡前の6カ月〜1年に診断される。したがって、治療が開始される時期までに重度の腫瘤がすでに定着している。(2)癌細胞は正常組織に侵襲し、制限関門は設定されておらず、したがって、外科手術による残存腫瘍細胞除去は不完全なものとなる。(3)脳は血液脳関門によって外的環境から保護されている。この関門は脳の領域に影響を及ぼすが、さらに保護されている領域があり、その結果、化学療法の利用可能性が制限される。標準的化学療法の効力は、脳毛細管の毛細管内皮中の多剤耐性−1(MDR)遺伝子によりコードされているP−糖タンパク質の発現によってさらに低下する。(4)多数の原発腫瘍が脳に転移して多重病変をもたらし、治療をさらに複雑なものとする。(5)脳腫瘍に関する基礎知識は他の種類の癌と比べると極めて少ない。このため、分子標的を限定し、また疾患の経過を予測することが困難となる。標準的治療は、外科的切除および術後放射線照射である。腫瘍位置によっては腫瘍の完全除去が出来ない場合があり、一部のグリオーマは完全に手術が不可能である。
(特に初期の)腫瘍の診断は診断が困難であり、ほとんどの場合、治療が困難である。問題としては、以下が挙げられる:(1)患者は通常、死亡前の6カ月〜1年に診断される。したがって、治療が開始される時期までに重度の腫瘤がすでに定着している。(2)癌細胞は正常組織に侵襲し、制限関門は設定されておらず、したがって、外科手術による残存腫瘍細胞除去は不完全なものとなる。(3)脳は血液脳関門によって外的環境から保護されている。この関門は脳の領域に影響を及ぼすが、さらに保護されている領域があり、その結果、化学療法の利用可能性が制限される。標準的化学療法の効力は、脳毛細管の毛細管内皮中の多剤耐性−1(MDR)遺伝子によりコードされているP−糖タンパク質の発現によってさらに低下する。(4)多数の原発腫瘍が脳に転移して多重病変をもたらし、治療をさらに複雑なものとする。(5)脳腫瘍に関する基礎知識は他の種類の癌と比べると極めて少ない。このため、分子標的を限定し、また疾患の経過を予測することが困難となる。標準的治療は、外科的切除および術後放射線照射である。腫瘍位置によっては腫瘍の完全除去が出来ない場合があり、一部のグリオーマは完全に手術が不可能である。
したがって、当技術分野では、初期段階における腫瘍増殖の診断、および周囲の正常組織に影響を及ぼさず癌細胞を標的とする治療分子の同定が切望されている。
本発明は、対照被験体の試料と比較した場合に、癌罹患患者および/または癌関連疾患の試料中に差異的に存在する腫瘍バイオマーカーを提供する。また本発明は、これらのマーカーを検出することにより癌および/または癌関連疾患の診断の補助として使用可能な、高感度で迅速な方法およびキットを提供する。患者の試料において、単独で、または組み合わせてこれらのマーカーを測定することにより、診断医が癌の程度に関する推定診断(例えば、正常または癌に罹患していないなど)と相関させることができる情報を提供する。マーカーは、分子量によって特性決定されることができる。本マーカーは、種々の分画技術(例えば、質量分析と組み合わせたクロマトグラフィー分離)を用いることによって、または従来のイムノアッセイによって、試料中の他のタンパク質から分離可能である。好ましい実施形態では、分離方法には表面増強レーザー脱離イオン化(「SELDI」)質量分析が含まれるが、その分析では、質量分析プローブの表面は本マーカーと結合する吸着剤を含んでいる。
好ましい実施形態では、癌の診断をさらに補助するため、様々な組成物が提供される。好ましいバイオマーカー組成物は、Eph受容体およびエフリン分子である。具体的なEPH受容体としては、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体が挙げられる。エフリン分子としては、これらに限定されるものではないが、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2およびエフリン−B3が挙げられる。Eph受容体バイオマーカーとしては、本受容体タンパク質の膜形態、およびそれらの特異的リガンドに結合する能力を保持する可溶性細胞外断片が挙げられる。組成物中の各マーカーは、精製されていることが好ましい。
別の好ましい実施形態では、本発明は、エフリンA1ポリペプチド、好ましくはエフリンA1ポリペプチドの実質的に純粋な調製物、または組換え型エフリンA1ポリペプチドを特徴とする。エフリンA1はEphA2に対する天然リガンドであり、治療送達用ベクターおよび治療薬発見候補としての役割を果たすことができる。好ましい実施形態では、本ポリペプチドは、そのEphA2受容体への結合に関係している生物活性を有しているが、それはEphA2受容体によるシグナル伝達をアゴナイズまたはアンタゴナイズすることができる。ポリ本ペプチドは哺乳動物エフリンA1ポリペプチドと同一でもよく、あるいは、その配列に単に相同でもよい。例えば、本ポリペプチドは、好ましくはエフリンA1に少なくとも70%の相同性のあるアミノ酸配列を有しているが、例えば、80%、85%、90%または95%の高い相同性の配列もまた考えられる。本ポリペプチドは、完全長エフリンA1タンパク質を含んでいてもよいか、そのタンパク質の断片からなっていてもよく、その断片は、例えば、少なくとも5、10、20、50または100個のアミノ酸長でもよい。本ポリペプチドはグリコシル化可能であり、あるいは、それを生産する発現系によって、またはグリコシル化を妨げるタンパク質配列の改変によって、低炭水化物類似体を提供することができる。同様に、内因性シグナル配列を欠失している(たとえ、これは本タンパク質のプロ体に存在している場合であっても一般に切断される)か、あるいは、ホスファチジルイノシトールの添加を妨げるようにホスファチジルイノシトール結合部位を欠失しているエフリンA1ポリペプチドも生成することができる。また、少なくとも最後の15個のアミノ酸残基を欠失しているポリペプチド、およびいずれかの位置で切断されているポリペプチドも検討される。
さらに、本ポリペプチドはアゴニスト(例えば、模倣体)でもよいし、あるいは、本タンパク質の天然形態の生物活性のアンタゴニストでもよく、例えば、本ポリペプチドは、EphA2受容体を発現する細胞の増殖および/または分化をモジュレートすることができる。
別の好ましい実施形態では、エフリン分子は、候補治療用化合物の標的リガンドであって、候補治療用化合物を同定するために用いられる。好ましい実施形態では、腫瘍を治療するための候補治療薬を同定する方法は、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片のいずれか一種を含む受容体を発現する単離細胞を培養する工程と、候補治療薬を該培養細胞へ投与する工程と、候補治療薬の存在下または不在下での該受容体の発現レベルおよびリン酸化を、正常細胞、およびエフリン分子の存在下で培養した細胞と比較して場合と相関させる工程と、それにより、エフリン分子に結合する候補治療薬を同定する工程と、腫瘍治療用の候補治療薬を同定する工程とを備える。好ましくは、候補治療薬が正常細胞および癌細胞に投与され、エフリン分子への結合についてアッセイされる。適当な対照が用いられ、例えば、候補治療薬のエフリン分子への結合が、前記治療薬の正常細胞および癌細胞への結合と比較される。エフリン分子に結合することにより有しているこれらの候補治療薬の作用は、Eph分子の発現および活性化と比較されるが、この場合、Eph分子の活性化は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph、および候補治療薬の存在下でのEphと比較した場合のチロシン分子のリン酸化によって測定される。Ephの発現は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph+細胞、および候補治療薬の存在下でのEph+細胞と比較されることが好ましい。
好ましい実施形態では、エフリンA1ポリペプチドの少なくとも一種の生物活性を有するペプチドは、アミノ酸配列で相違してもよいが、しかし、かかる相違は、天然エフリンA1タンパク質と同様または類似の方法で機能するか、天然エフリンA1タンパク質と同様または類似の特性を有している改変タンパク質をもたらすものである。しかし、天然タンパク質の正常な生理学的役割にアンタゴニスト的な天然タンパク質の相同体も考えられる。
別の好ましい実施形態では、本発明は、本願に記載されたポリペプチド組成物の変異体を提供する。本発明により一般に包含されるポリペプチド変異体は、典型的には、本願に記載されたポリペプチド配列に対して、その長さに(下記のようにして決定された)少なくとも約70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%以上の同一性を示す。
他の好ましい実施形態では、比較のタンパク質プロファイルは、癌と診断された患者からの、および公知の腫瘍性癌に罹患していない患者からのマイクロアレイを用いて作製される。バイオマーカーのサブセットは、管理下の分析法から得られた共同研究的結果に基づいて選択される。分析法の例としては、例えば、Biomarker Pattern Software V4.0(BPS)(カリフォルニア州サイファージェン(Ciphergen)所在)で実施されている、Classification And Regression Tree(CART)、およびProPeak(サウスカロライナ州3Z インフォマティクス(Informatics)所在)で実施されている、Unified Maximum Separability Analysis(UMSA)法が挙げられる。
好ましい実施形態では、これらの分析法が個別に、およびクロス比較で用いられ、癌患者と対照の非癌患者の間の区別に対して最も寄与するピークについてスクリーニングされる。これらのマーカーの絶対的特性は未だ知られていないが、かかる知識は患者試料中に存在するマーカーを測定するのには必要ではない。なぜなら、マーカーは、例えば質量によって、および親和特性によって十分に特性決定されるためである。分子量および結合特性はこれらのマーカーの特徴的な特性であるが、検出または分離の手段を限定するものではないことに留意されたい。さらに、本マーカーの絶対的特性を、本願に記載された方法または当技術分野で周知の他の方法を用いて決定することができる。
癌を検出および診断するための好ましい方法は、被験体試料中の少なくとも一種または複数のタンパク質バイオマーカーを検出する工程と、一種または複数のタンパク質バイオマーカーの検出を癌の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較した場合の各診断における一種または複数のバイオマーカーの検出を考慮に入れる工程とを備える。
他の好ましい実施形態では、複数のバイオマーカーが検出され、好ましくは、少なくとも2種のバイオマーカーが検出され、さらに好ましくは、少なくとも3種のバイオマーカーが検出され、最も好ましくは、少なくとも4種のバイオマーカーが検出される。
一態様では、各バイオマーカーの量が被験体試料中で測定され、マーカー間の量の比が決定される。また好ましくは、癌病期を判断するために、被験体試料中の各バイオマーカーの量、およびバイオマーカーと公知の癌マーカーの間の量の比が決定される。
別の態様では、好ましくは、単一バイオマーカーが癌診断用の一種または複数の公知の癌バイオマーカーと組み合わされて用いられ、さらに好ましくは、複数のマーカーが癌診断用の一種または複数の公知の癌マーカーと組み合わされて用いられる。好ましい癌マーカーは、癌診断用の癌マーカー、例えばEphである。一種または複数のタンパク質バイオマーカーは、癌に罹患しやすい患者または癌罹患患者から得たタンパク質プロファイルを正常被験体と比較するのに用いられることが好ましい。
好ましい検出法には、バイオチップアレイの使用が含まれる。本発明で有用なバイオチップアレイには、タンパク質アレイおよび核酸アレイが含まれる。一種または複数のマーカーがバイオチップアレイ上に固定化され、レーザーイオン化に供されてマーカーの分子量が検出される。マーカーは、例えば、全イオン流に対して標準化されている閾値強度に対する一種または複数のマーカーの分子量により分析される。好ましくは、検出されたマーカーの数値を限定するためピーク強度範囲の低減に対数変換が用いられる。
別の好ましい方法では、前記バイオチップアレイをレーザーイオン化に供し、質量/変化率に関するシグナル強度を検出する工程と、データをコンピュータによる読取り可能な形態に変換する工程と、癌患者に存在するマーカーを表し、かつ対照の癌でない被験体に存在していないシグナルの検出に関して、ユーザインプットパラメーターに従ってデータを分類するアルゴリズムを実施する工程とによって、データがバイオチップアレイ上の固定化被験体試料で作成される。
好ましくは、バイオチップ表面は、例えばイオン性、アニオン性であり、固定化ニッケルイオンからなり、陽イオンおよび陰イオンの混合物からなり、一種または複数の抗体、1本鎖または2本鎖核酸を備え、タンパク質、そのペプチドまたは断片、アミノ酸プローブからなり、ファージ提示ライブラリーを備える。
他の好ましい方法では、一種または複数のマーカーは、そこに付着している吸着剤を含む質量分析計による使用に適したプローブを準備する工程と、被験体試料を吸着剤と接触させる工程と、一種または複数のマーカーをプローブから脱離させてイオン化する工程と、脱イオン化/イオン化マーカーを質量分析計で検出する工程とを備えるレーザー脱離/イオン化質量分析を用いて検出される。
好ましくは、レーザー脱離/イオン化質量分析は、そこに付着している吸着剤を含む基材を準備する工程と、被験体試料を吸着剤と接触させる工程と、そこに付着している吸着剤を含む質量分析計による使用に適したプローブを基材上に置く工程と、一種または複数のマーカーをプローブから脱離させてイオン化する工程と、脱離/イオン化した一種または複数のマーカーを質量分析計で検出する工程とを備える。
吸着剤は、例えば疎水性、親水性、イオン性、または金属性のキレート吸着剤、例えばニッケル、または抗体、一本鎖もしくは二本鎖オリゴヌクレオチド、アミノ酸、タンパク質、そのペプチドまたは断片でもよい。
別の実施形態では、バイオマーカーの精製方法は、サイズ排除クロマトグラフィーにより一種または複数のタンパク質バイオマーカーを含む試料を分画し、一種または複数のバイオマーカーを含む分画を回収する工程、および/あるいは、陰イオン交換クロマトグラフィーにより一種または複数のバイオマーカーからなる試料を分画し、一種または複数のバイオマーカーを含む分画を回収する工程を備える。分画は、順相および固定化ニッケルアレイにおける純度についてモニターされる。アレイ上の固定化マーカー分画に関するデータ作成は、前記アレイをレーザーイオン化に供し、質量/変化率のシグナル強度を検出する工程と、データをコンピュータで読取り可能な形態に変換する工程と、癌患者に存在し、かつ対照の癌でない被験体に存在していないマーカーを表すシグナルの検出について、ユーザインプットパラメーターに従ってデータを分類するアルゴリズムを実施する工程とによって達成される。好ましくは、分画はゲル電気泳動法に供され、質量分析により作成されたデータと相関される。一態様では、有望なマーカーの代表的なゲルバンドを切り出されて酵素処理に供され、ペプチドマッピング用のバイオチップアレイに用いられる。
別の好ましい実施形態では、EphA2陽性腫瘍に罹患している被験体の治療方法は、エフリン、エフリンA1、そのペプチド、変異体および断片を含む治療上有効な量の医薬組成物をその治療を必要とする患者に投与する工程と、腫瘍におけるEphの発現をモジュレートする工程と、それによりEphA2陽性腫瘍を改善する工程とを備える。好ましくは、エフリン分子は、EphA2受容体の結合、該受容体の活性化および/またはEphA2受容体の細胞内在化によるEphの発現をモジュレートする。
好ましい実施形態では、Ephのモジュレーションは、治療上有効な量のエフリン分子またはEph特異的抗体を投与することによる。好ましい範囲は、脊椎動物被験体の体重1キログラム当たり約0.1から約300ミリグラムであり、さらに好ましくは、脊椎動物被験体の体重1キログラム当たり約0.2から約200ミリグラムの範囲、さらに好ましくは、脊椎動物被験体の体重1キログラム当たり約0.5から約20ミリグラムまでである。
別の好ましい実施形態では、Eph受容体の活性状態対不活性状態は、EphA2分子のリン酸化状態を検出することにより測定される。実験の詳細は、以下の実施例部分に記載する。
別の好ましい実施形態では、エフリン分子は、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2およびエフリン−B3タンパク質、そのペプチド、変異体および断片である。
別の好ましい実施形態では、エフリンを含む医薬組成物は、化学療法剤の投与前、投与時、または投与後に患者に投与される。患者への医薬組成物および化学療法剤の投与は、静脈内投与、滑液嚢内投与、経皮投与、筋内投与、皮下投与または経口投与を含む。
別の好ましい実施形態では、本医薬組成物は、EphA2に特異的に結合する抗体を含む。
別の好ましい実施形態では、腫瘍の悪性腫瘍または侵襲性を測定する方法は、被験体試料中の少なくとも一種または複数のEphバイオマーカーおよび/またはそのリガンドを検出する工程と、一種または複数のEphバイオマーカーおよび/またはそのリガンドの検出を悪性腫瘍の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較した場合の各診断における一種または複数のバイオマーカーの検出を考慮に入れ、Ephバイオマーカーは、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体、そのペプチドまたは断片の一種または複数であり、リガンドは、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片の少なくとも一種を含む工程と、一種または複数のバイオマーカーの検出を悪性腫瘍の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較した場合の各診断における一種または複数のバイオマーカーの検出を考慮に入れる工程とを備える。腫瘍の侵襲性を測定する方法は、下記の実施例で浸潤アッセイなどを詳述する。
別の好ましい実施形態では、腫瘍の悪性腫瘍または侵襲性を測定する方法は、被験体試料中の少なくとも一種または複数のEphバイオマーカーおよび/またはそのリガンドを検出する工程と、一種または複数のEphバイオマーカーおよび/またはそのリガンドの検出を悪性腫瘍の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較した場合の各診断における一種または複数のバイオマーカーの検出を考慮に入れ、Ephバイオマーカーは、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体、そのペプチドまたは断片の一種または複数であり、リガンドは、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片の少なくとも一種を含む工程と、一種または複数のバイオマーカーの検出を悪性腫瘍の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較した場合の各診断における一種または複数のバイオマーカーの検出を考慮に入れる工程とを備える。腫瘍の侵襲性を測定する方法は、下記の実施例で浸潤アッセイなどを詳述する。
別の好ましい実施形態では、Ephバイオマーカーは不活性EphA2であり、良性腫瘍および正常細胞と比較した場合の濃度増加で検出される。
また別の好ましい実施形態では、腫瘍を治療するための候補治療薬を同定する方法は、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkまたはnuk受容体、そのタンパク質、ペプチド、断片および誘導体のいずれか一種を含む受容体を発現する単離細胞を培養する工程と、候補治療薬を培養細胞へ投与する工程と、候補治療薬の存在下または不在下における受容体の発現レベルおよびリン酸化を、正常細胞、およびエフリン分子の存在下で培養した細胞と比較した場合と相関させる工程と、それにより、Eph発現を減少させ、Eph分子を活性化する候補治療薬を同定する工程と、それにより、腫瘍治療用の候補治療薬を同定する工程とを備える。Eph分子の活性化は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph、および候補治療薬の存在下でのEphと比較した場合のチロシン分子のリン酸化によって測定される。活性化またはリン酸化状態を測定するためのリン酸化アッセイは、下記の実施例において記載する。Ephの発現は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph+細胞、および候補治療薬の存在下でのEph+細胞と比較される。
また別の好ましい実施形態では、腫瘍を治療するための候補治療薬を同定する方法は、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkまたはnuk受容体、そのタンパク質、ペプチド、断片および誘導体のいずれか一種を含む受容体を発現する単離細胞を培養する工程と、候補治療薬を培養細胞へ投与する工程と、候補治療薬の存在下または不在下における受容体の発現レベルおよびリン酸化を、正常細胞、およびエフリン分子の存在下で培養した細胞と比較した場合と相関させる工程と、それにより、Eph発現を減少させ、Eph分子を活性化する候補治療薬を同定する工程と、それにより、腫瘍治療用の候補治療薬を同定する工程とを備える。Eph分子の活性化は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph、および候補治療薬の存在下でのEphと比較した場合のチロシン分子のリン酸化によって測定される。活性化またはリン酸化状態を測定するためのリン酸化アッセイは、下記の実施例において記載する。Ephの発現は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph+細胞、および候補治療薬の存在下でのEph+細胞と比較される。
別の好ましい実施形態では、本発明は、エフリン分子、エフリン特異抗体、そのペプチド、変異体および断片を含む、Eph受容体をモジュレートするための組成物を提供する。好ましくは、エフリン分子は、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片をさらに含んでいる。エフリン分子がEphへ結合するとEphが活性化され、細胞による受容体リガンド複合体の内在化が起こる。
さらに本発明は、基材に結合している吸着剤を含むキットであって、該吸着剤は一種または複数のバイオマーカーを保持する、癌の診断を補助するためのキットを提供する。
好ましい実施形態では、被験体の癌を診断するためのキットは、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnukのいずれか一種により特定される少なくとも一種のバイオマーカーと、損傷を受けた神経細胞を有している疑いのあるヒト被験者から単離した生体試料を保持するための基材と、バイオマーカーの少なくとも一種または複数を検出する抗体と、薬剤を生体試料または生体試料の一部と反応させ、生体試料中の少なくとも一種のマーカーの存在または量を検出するための印刷した取扱説明書とを備える。好ましくは、本キットは、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnukにより特定される複数のバイオマーカーを備える。
好ましい実施形態では、被験体の癌を診断するためのキットは、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnukのいずれか一種により特定される少なくとも一種のバイオマーカーと、損傷を受けた神経細胞を有している疑いのあるヒト被験者から単離した生体試料を保持するための基材と、バイオマーカーの少なくとも一種または複数を検出する抗体と、薬剤を生体試料または生体試料の一部と反応させ、生体試料中の少なくとも一種のマーカーの存在または量を検出するための印刷した取扱説明書とを備える。好ましくは、本キットは、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnukにより特定される複数のバイオマーカーを備える。
別の好ましい実施形態では、本キットは、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnukのいずれか一種に特異的な少なくとも一種の抗体を備える。
好ましくは、本キットは、癌検出用のキットの使用について記載した取扱説明書を備え、該取扱説明書は、試験試料を吸着剤と接触させること、および吸着剤により保持されている一種または複数のバイオマーカーを検出することを提供する。
本キットは、前記吸着剤の吸着を可能にする基材を提供する。好ましくは、該基材は、疎水性、親水性、荷電性、極性、金属イオンでもよい。
また本キットは、抗体、一本鎖または二本鎖のオリゴヌクレオチド、アミノ酸、タンパク質、そのペプチドまたはその断片である吸着剤を提供する。
また本キットは、抗体、一本鎖または二本鎖のオリゴヌクレオチド、アミノ酸、タンパク質、そのペプチドまたはその断片である吸着剤を提供する。
本キットを用いる一種または複数のタンパク質バイオマーカーの検出は、質量分析またはELISAなどのイムノアッセイによる。
別の実施形態では、癌の診断をさらに補助するため、様々な組成物を提供する。好ましくは、組成物中の各マーカーは精製されている。
別の実施形態では、癌の診断をさらに補助するため、様々な組成物を提供する。好ましくは、組成物中の各マーカーは精製されている。
別の好ましい実施形態では、本発明は、本願に記載されたポリペプチド組成物の変異体を提供する。本発明により一般に包含されるポリペプチド変異体は、典型的には、本願に記載されたポリペプチド配列に対して、その長さに、(下記のようにして決定された)少なくとも約70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%または99%以上の同一性を示す。
好ましい一実施形態では、本発明により提供されるポリペプチド断片および変異体は、抗体および/または完全長ポリペプチドと反応するT細胞と免疫学的に反応する。
別の好ましい実施形態では、本発明により提供されるポリペプチド断片および変異体は、好ましくは、本願に詳しく記載された完全長ポリペプチド配列により示したものの少なくとも約50%、好ましくは少なくとも約70%、および最も好ましくは少なくとも約90%以上の免疫原性活性をレベル示す。
別の好ましい実施形態では、本発明により提供されるポリペプチド断片および変異体は、好ましくは、本願に詳しく記載された完全長ポリペプチド配列により示したものの少なくとも約50%、好ましくは少なくとも約70%、および最も好ましくは少なくとも約90%以上の免疫原性活性をレベル示す。
他の好ましい実施形態では複数のバイオマーカーが検出され、好ましくは、少なくとも2種類のバイオマーカーが検出され、さらに好ましくは、少なくとも3種類のバイオマーカーが検出され、最も好ましくは、少なくとも4種類のバイオマーカーが検出される。
一態様では、各バイオマーカーの量は被験体試料中で測定され、マーカー間の量の比が決定される。好ましくは、被験体試料中の各バイオマーカーの量、およびバイオマーカー間の量の比が正常な健全個体と比較される。健全個体と癌に罹患している個体との間のバイオマーカー量の比の上昇は、癌の規模(臨床的関係データと比較した疾患の進行)を示す。
好ましくは、癌の異なる病期で検出されるバイオマーカーと臨床上の癌とを相関させて、解剖上の癌(細胞癌の種類)が評価される。どのバイオマーカーが癌のどの病期、程度で検出されるかをモニタリングすることにより、癌の機序における特定情報を提供し、癌の複数の細胞内部位を同定し、癌関連の癌に関与する複数の細胞型を同定し、癌の解剖上の位置を同定する、バイオマーカーのパネルが提供される。
別の態様では、好ましくは、癌、癌の位置、ならびに癌および/または癌関連疾患の進行を診断するために、単一のバイオマーカーが正常な健全個体由来の一種または複数のバイオマーカーと組み合わされて用いられ、さらに好ましくは、癌、癌の位置、ならびに癌および/または癌関連疾患の進行を診断するために、複数のマーカーが正常な健全個体由来の一種または複数のバイオマーカーと組み合わされて用いられる。一種または複数のタンパク質バイオマーカーは、癌および/または癌関連疾患に罹患しやすい患者、あるいは癌および/または癌関連疾患に罹患している患者から得たタンパク質プロファイルを正常な被験体と比較するのに用いられることが好ましい。
本発明の他の態様を以下に記載する。
本発明は、添付の請求項において詳細に説明される。本発明の前記の利点およびさらなる利点を、以下の説明と添付の図面とを併せて参照することによってさらに理解することができる。
本発明は、添付の請求項において詳細に説明される。本発明の前記の利点およびさらなる利点を、以下の説明と添付の図面とを併せて参照することによってさらに理解することができる。
本発明は、癌および/または癌関連疾患の診断薬であるバイオマーカーを同定する。また、本発明の異なるバイオマーカーの検出は、癌の重症度、関与している一種または複数の細胞、および疾患の予後の診断でもある。特に、本発明は、一種または複数のEph受容体タンパク質の存在または量を癌の重症度および/または種類と相関させる工程を用いる。バイオマーカー、その断片または誘導体の量は、癌の予後、診断、腫瘍進行、特定の病期に直接関係している。
定義
特に断りのない限り、本願中のすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解されるのと同様な意味を有している。本発明の実施または試験で、本願に記載したものと類似または同等のすべての方法および材料を用いることができるが、好ましい方法および材料を本願に記載する。
特に断りのない限り、本願中のすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解されるのと同様な意味を有している。本発明の実施または試験で、本願に記載したものと類似または同等のすべての方法および材料を用いることができるが、好ましい方法および材料を本願に記載する。
本願では、「Eph受容体」または「Eph型受容体」という用語は、少なくとも11個のパラロガス遺伝子を含む受容体チロシンキナーゼのクラスを意味するが、このクラスには、さらに多くのオーソログ(例えば、異種間の相同体)が存在する。Eph受容体は一般に、相同性により関連のある受容体の個別の群である。これらは、N末端の付近の特徴的位置のシステイン残基および2つのフィブロネクチンIII型反復配列を含有する細胞外ドメインにより特性決定される。具体的なEph受容体としては、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体が挙げられる。「EPH受容体」という用語は、受容体タンパク質の膜形態、ならびに、それらの特異的リガンドを結合する能力を保持する可溶性細胞外断片を意味する。リガンドとしては、これらに限定されるものではないが、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3が挙げられる。さらに、「mek4/sek型受容体」はEPH受容体ファミリーに密接に関係するサブグループを意味しており、そのサブグループとしては、「mek4関連受容体」(例えば、mek4、cek4、hekおよびtyro4);「sek関連受容体」(例えば、sek、cek8、pagliaccio、tyro1およびrtk1);ならびに、他の系統発生的に関連する相同体、例えばeek、bsk、ehk1、ehk2およびcek7が挙げられる。「オーソログ」という用語は、例えば、密接な関連があり、構造上および機能上の検討に基づいた共通の系統を有していることが想定される、分種化により相同体である遺伝子またはタンパク質を意味する。オーソロガスタンパク質は、異なる種においてすぐにわかる程度同様の活性として機能する。「パラログ」という用語は、遺伝子複製により相同体である遺伝子またはタンパク質(例えば、ゲノム内での遺伝子の複製変異体)を意味する。
「不活性Eph」は、不活性状態(例えば非チロシンリン酸化状態)のEph受容体を意味する。分子のリン酸化状態の測定については、当技術分野では周知である。Eph受容体リン酸化の詳細な測定方法を以下の実施例部分に記載する。
「試料」は、本願ではその最も広い意味で使用される。ポリヌクレオチド、ポリペプチド、ペプチド、抗体等を含む試料は、体液;細胞調製物の可溶性分画、または細胞を増殖させた培養物;細胞から単離または抽出した染色体、細胞器官または細胞膜;溶液中の、または基材に結合されているゲノムDNA、RNA、またはcDNA、ポリペプチド、またはペプチド;細胞;組織;組織プリント;フィンガープリント、皮膚または毛髪等を含むことができる。
本願では、「製薬上許容可能な」成分は、適切なリスク対効果比に相応の、過度の副作用(毒性、刺激およびアレルギー反応など)のない、ヒトおよび/または動物での使用において好適なものである。
本願で用いられる(例えば、「候補治療薬」または「試験化合物」における)「化合物」という用語は、外因的に添加した試験化合物、およびペプチドライブラリーから内生的に発現されたペプチドの両方を包むことを意味する。例えば、特定の実施形態では、試薬細胞はまた、スクリーニングされる試験化合物を産生する。例えば、試薬細胞は、例えば、受容体/チャンネル活性をモジュレートするその能力についてスクリーニングされる、試験ポリペプチド、試験核酸および/または試験炭水化物を産生可能である。かかる実施形態では、かかる試薬細胞の培養物は、選択および同定され得る受容体またはイオンチャネル機能をアゴナイズまたはアンタゴナイズする、有望なエフェクター分子のライブラリーおよびそのライブラリーのメンバーをまとめて提供する。さらにまた、試薬細胞を用いて、対象の受容体またはチャンネルを介してシグナルを伝達する薬剤を検出することができることは明らかであろう。
「化学療法剤」は、癌の治療に有用な化学化合物である。化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド(CYTOXAN(商標));アルキルスルホネート類、例えば、ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファン;アジリジン類、例えば、ベンゾドーパ(benzodopa)、カルボコン、メツレドーパ(meturedopa)およびウレドーパ(uredopa);アルトレートアミン(altretamine)、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド(triethylenethiophosphaoramide)およびトリメチローロメラミン(trimethylolomelamine)をはじめとするエチレンイミン類およびメチラメラミン(methylamelamine)類;ナイトロジェンマスタード類、例えば、クロラムブチル、クロルナファジン、チョロホスファミド(cholophosphamide)、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベンビチン(novembichin)、フェネステリン(phenesterine)、プレドニムスチン(prednimustine)、トロホスファミド(trofosfamide)、ウラシルマスタード;ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン;抗生物質、例えば、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン(authramycin)、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カリケアマイシン、カラビシン(carabicin)、カルノマイシン(carnomycin)、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン(detorubicin)、6−ジアゾ−5−オキソ−L−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン(esorubicin)、イダルビシン、マルセロマイシン(marcellomycin)、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン(potfiromycin)、ピューロマイシン、ケラマイシン(quelamycin)、ロドルビシン(rodorubicin)、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン;代謝拮抗剤、例えば、メトトレキサートおよび5−フルオロウラシル(5−FU);葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート;プリン類似体、例えば、フルダラビン、6−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン;ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、6−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、5−FU;アンドロゲン類、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン;抗副腎剤、例えば、アミノグルテチミド、ミトーテン、トリロスタン;葉酸補充薬、例えば、フロリン酸(frolinic acid);アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド;アミノレブリン酸;アムサクリン;ベストラブシル(bestrabucil);ビサントレン;エダトラキセート(edatraxate);デフォファミン(defofamine);デメコルチン;ジアジコン;エルフォルニチン(elformithine);酢酸エリプチニウム(elliptinium acetate);エトグルシド(etoglucid);硝酸ガリウム;ヒドロキシ尿素;レンティナン;ロニダミン;ミトグアゾン;ミトキサントロン;モピダモール(mopidamol);ニトラクリン(nitracrine);ペントスタチン;フェナメット(phenamet);ピラルビシン;ポドフィリン酸(podophyllinic acid);2−エチルヒドラジド;プロカルバジン;PSK(登録商標);ラゾキサン;シゾフィラン;スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジコン;2,2’,2”−トリクロロトリエチルアミン;ウレタン;ビンデシン;ダカルバジン;マンノムスチン;ミトブロニトール;ミトラクトール;ピポブロマン;ガシトシン(gacytosine);アラビノシド(「Ara−C」);シクロホスファミド;チオテパ;タキサン類、例えば、パクリタキセル(TAXOL(登録商標)、ブリストルマイヤーズスイクイブオンコロジー社(Bristol−Myers Squibb Oncology)、ニュージャージー州プリンストン(Princeton)所在)およびドセタキセル(TAXOTERE(登録商標)、ローヌプーランローラ社(Rhone−Poulenc Rorer)、仏国アントニー(Antony)所在);クロラムブシル;ゲムシタビン;6−チオグアニン;メルカプトプリン;メトトレキサート;白金類似体、例えば、シスプラチンおよびカルボプラチン;ビンブラスチン;白金;エトポシド(VP−16);イホスファミド;マイトマイシンC;ミトキサントロン;ビンクリスチン;ビノレルビン;ナベルビン;ノバントロン;テニポシド;ダウノマイシン;アミノプテリン;キセローダ(xeloda);イバンドロネート;CPT−11;トポイソメラーゼ阻害剤RFS2000;ジフルオロメチルオルニチン(DMFO);レチノイン酸;エスペラミシン;カペシタビン;ならびに、上述した任意のものの製薬的に許容可能な塩類、酸類または誘導体が挙げられる。また、この定義には、腫瘍に対するホルモン作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えば、抗エストロゲン(例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼを阻害する4(5)−イミダゾール類、4−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン(keoxifene)、LY117018、オナプリストンおよびトレミフェン(Fareston)を含む);ならびに抗アンドロゲン、例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリドおよびゴセレリン;ならびに、上記の任意のものの製薬的に許容可能な塩類、酸類または誘導体が含まれる。
「モジュレートする」という用語は、任意の記載した活性が、例えば、増加される、亢進される、増加される、アゴナイズされる(アゴニストとして作用する)、促進される、低下される、減少される、抑制される、遮断される、またはアンタゴナイズされる(アゴニストとして作用する)ことを意味する。モジュレーションは、基線値に対して、1倍、2倍、3倍、5倍、10倍、100倍等を超えて活性を上昇させることができる。またモジュレーションは、基線値より下方にその活性を低下させることができる。
「患者」または「個体」という用語は、本願では同義的に使用されており、治療する哺乳動物被験体を意味しており、ヒト患者であることが好ましい。場合によっては、本発明の方法は、これらに限定されるものではないが、マウス、ラットおよびハムスターをはじめとする齧歯動物;ならびに霊長類を含む、実験動物における、獣医学用途における、および癌の動物モデルの開発における使用が見出される。
「診断の」または「診断された」とは、病態の存在または性質を同定することを意味する。診断法は、それらの感度および特異性で異なる。診断アッセイの「感度」は、陽性のテスト結果が出る癌関連疾患個体の割合である(「真陽性」のパーセント)。アッセイにより検出されない癌関連疾患個体は「偽陰性」である。癌関連疾患でなく、アッセイにおいて陰性のテスト結果が出る被験体を「真陰性」と呼ぶ。診断アッセイの「特異性」は、1−偽陽性率で表されるが、この場合、「偽陽性」率は、陽性のテスト結果が出る癌を除いたそれらの比率として定義される。特定の診断法は、状態の決定的な診断を提供することはできないかもしれないが、その方法が診断を補助する明確な目安を提供する場合には十分である。
本願では、「改善された」または「治療」とは、例えば、ルーチンの統計的検査法を用いて測定した場合の正規化値と50%未満で異なる、好ましくは、正規化値と約25%未満で異なる、さらに好ましくは、正規化値と10%未満で異なる、よりさらに好ましくは、正規化値とは有意に相違しない正規化値に近づいている症状を意味する。
「治療」は、疾患の発症を予防するか、あるいは疾患の病態または症状を改善する意図で行われる処置である。したがって、「治療」は、治療的手段および予防手段または再発防止手段の両方を意味する。治療を必要とするものには、すでに疾患に罹患しているもの、および疾患が予防されるべきものが含まれる。腫瘍(例えば癌)の治療では、治療薬は、腫瘍細胞の病態を直接縮小させることができるか、あるいは、他の治療薬(例えば照射線および/または化学療法)による治療に対して、腫瘍細胞の感受性を高めることができる。本願では、「改善された」または「治療」とは、例えば、ルーチンの統計的検査法を用いて測定した場合の正規化値(例えば、健常患者または個体で得られる値)と50%未満で異なる、好ましくは、正規化値と約25%未満で異なる、さらに好ましくは、正規化値と10%未満で異なる、よりさらに好ましくは、正規化値とは有意に相違しない正規化値に近づいている症状を意味する。
「腫瘍性癌または腫瘍性細胞の治療」とは、以下の1つまたは複数の作用を起こすことができる候補治療薬を意味する:(1)(i)緩徐化、および(ii)完全な増殖停止を含む、腫瘍増殖のある程度の阻害;(2)腫瘍細胞数の減少;(3)腫瘍の大きさの維持;(4)腫瘍の大きさの縮小;(5)末梢器官への腫瘍細胞浸潤の(i)減少、(ii)緩徐化、または(iii)完全なる阻止を含む、阻害;(6)転移の(i)減少、(ii)緩徐化、または(iii)完全なる阻止を含む、阻害;(7)(i)腫瘍の大きさの維持、(ii)腫瘍の大きさの縮小、(iii)腫瘍の増殖の緩和、(iv)浸潤の縮小、遅延または阻止をもたらし得る、抗腫瘍免疫反応の増強;および/あるいは、(8)疾患に関連している一種または複数の症状の重症度または数値のある程度までの軽減。
本願では、「癌」は、哺乳動物で確認されているすべての種類の癌または腫瘍または悪性腫瘍を意味し、これらに限定されるものではないが、白血病、リンパ腫、黒色腫、上皮性腫瘍および肉腫が挙げられる。「癌」の例としては、脳腫瘍、乳癌、膵癌、頸癌、結腸癌、頭頸部癌、腎臓癌、肺癌、非小細胞肺癌、黒色腫癌、中皮腫癌、卵巣癌、肉腫癌、胃癌、子宮癌および髄芽細胞腫癌がある。
「白血病」という用語は、造血器官の進行性の悪性癌を広く意味し、一般に、血液および骨髄中の白血球およびその前駆体の正常でない増殖および成長を特徴とする。一般に、白血病は以下に基づいて臨床的に分類される:(1)急性または慢性癌の期間および特徴;(2)関与している細胞の種類;骨髄系(骨髄性)、リンパ系(リンパ性)、または単球;および(3)白血病患者または非白血性患者(亜白血性患者)における異常細胞数の増加または非増加。したがって、本発明は、白血病を治療する方法、好ましくは、急性非リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性顆粒球白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前骨髄細胞白血病、成人T細胞白血病、非白血性白血病、白血球血症白血病、好塩基性白血病、幼若細胞白血病、ウシ白血病、慢性骨髄性白血病、皮膚白血病、胎生細胞性白血病、好酸球性白血病、グロス白血病、有毛細胞白血病、血芽球白血病、原始血球白血病、組織球白血病、幹細胞性白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ性白血病、リンパ芽球性白血病、リンパ球性白血病、リンパ行性白血病、リンパ球様白血病、リンパ肉腫細胞性白血病、肥胖細胞性白血病、巨核球白血病、小骨髄芽球性白血病、単球性白血病、骨髄芽球白血病、骨髄性白血病、骨髄細胞顆粒球性白血病、骨髄単球性白血病、ネーゲリ白血病、形質細胞白血病、形質細胞性白血病、前骨髄性白血病、リーダー細胞性白血病、シリング白血病、幹細胞性白血病、亜白血性白血症、および未分化細胞白血病を治療する方法を含む。
「肉腫」という用語は、一般に、胎生結合組織のような物質から構成される腫瘍を意味し、一般には、繊維性物質または均質物質に包埋されている密集した細胞からなる。肉腫の例としては、これらに限定されるものではないが、軟骨肉腫、繊維肉腫、リンパ肉腫、黒色肉腫、粘液肉腫、骨肉腫、アベメシー(Abemethy)肉腫、脂肪腫(adipose sarcoma)、脂肪肉腫(liposarcoma)、胞状軟部肉種、エナメル上皮肉腫、ブドウ状肉腫、緑色腫肉腫、絨毛腫、胎児性肉腫、ウィルムス腫瘍肉腫、子宮内膜肉腫、間質性肉腫、ユーイング肉腫、筋膜肉腫、繊維芽細胞肉腫、巨細胞肉腫、顆粒球性肉腫、ホジキン肉腫、特発性多発性色素性出血性肉腫、B細胞の免疫芽球性肉腫、リンパ腫、T細胞の免疫芽球性肉腫、イエンセン肉腫、カポジ肉腫、クッパー星細胞肉腫、血管肉腫、白血肉腫、悪性間葉腫肉腫、傍骨性骨肉腫、網状赤血球肉腫、ラウス肉腫、漿液嚢胞性肉腫、滑膜肉腫および毛細管拡張性肉腫が挙げられる。
「黒色腫」という用語は、皮膚および他の器官のメラノサイト系から発生する腫瘍を意味する。黒色腫としては、これらに限定されるものではないが、例えば、末端性黒子性黒色腫、無色性黒色腫、良性若年性黒色腫、クラウドマン黒色腫、S91黒色腫、ハーディングパッセー黒色腫、若年性黒色腫、悪性黒子性黒色腫、悪性黒色腫、結節型黒色腫、爪下黒色腫および表在拡大型黒色腫が挙げられる。
「癌腫」という用語は、周囲組織に浸潤し、かつ転移を生じさせる傾向がある上皮細胞からなる悪性腫瘍を意味する。癌腫としては、これらに限定されるものではないが、例えば、腺房癌、小葉癌、腺嚢癌、腺様嚢胞癌、腺癌、副腎皮質の癌、細気管支肺胞上皮癌、細気管支肺胞上皮癌、基底細胞癌、基底細胞癌、類基底細胞癌、基底有棘細胞癌、細気管支肺胞上皮癌、細気管支癌、気管支原生癌、脳状癌(cerebriform carcinoma)、胆管細胞性癌、絨毛癌、膠様癌、面皰癌、コーパス癌、篩状癌、鎧状癌、皮膚癌、円柱細胞癌、円柱細胞癌、腺管癌、硬性癌、胎児性癌、髄様癌、類表皮癌、アデノイド上皮癌腫、外向発育癌、潰瘍癌、線維性癌腫、ゼラチン状癌(gelatiniform carcinoma)、コロイド腺癌、巨細胞癌、巨細胞癌、腺癌、顆粒膜細胞癌、毛母癌、血性癌(hematoid carcinoma)、肝細胞癌、ヒュルトレ細胞癌、ガラス体癌(hyaline carcinoma)、副腎様癌、乳児胎児性癌、上皮内癌、表皮内癌、上皮内癌腫、クロムペシェル(Krompecher)癌、クルチィツキー(Kulchitzky)細胞癌、大細胞癌、水晶体癌、レンズ状癌、脂肪腫、リンパ上皮癌、髄様癌(carcinoma medullare)、髄性癌(medullary carcinoma)、黒色癌、軟性癌、粘液性癌、粘液分泌性癌、印環細胞癌、粘液性類表皮癌、粘液癌、粘液性癌、粘液腫状癌、上咽頭癌、燕麦細胞癌、骨化性癌、類骨癌、乳頭状癌、門脈周囲癌、上皮内癌、有棘細胞癌、髄質様癌、腎臓の腎細胞癌、予備細胞癌、肉腫様癌、シュナイダー癌、スキルス癌、陰嚢癌、印環細胞癌(signet−ring cell carcinoma)、単純癌、小細胞癌、ソライド(solanoid)癌、回転楕円面細胞癌、紡錘体細胞癌、海綿様癌、扁平上皮癌、扁平上皮癌、ストリング(string)癌、毛細血管拡張性癌、毛細血管拡張様癌、移行上皮癌、結節癌、結節癌、疣状癌、および絨毛癌が挙げられる。
さらなる癌としては、例えば、ホジキン癌、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、乳癌、癌、肺癌、横紋筋肉腫、原発性血小板血症、原発性マクログロブリン血症、小細胞肺癌、原発性脳腫瘍、胃癌、結腸癌、悪性膵臓癌、悪性カルチノイド、膀胱癌、前癌性皮膚病変、睾丸癌、リンパ腫、甲状腺癌、神経芽細胞腫、食道癌、尿生殖路癌、悪性高カルシウム血症、子宮頸癌、子宮内膜癌、副腎皮質癌、および前立腺癌が挙げられる。
本願では、「細胞表面受容体」とは、細胞の表面に存在し、細胞外の環境と相互に作用し、特異的プロモーターの転写を最終的にモジュレートし、特異的遺伝子の転写をもたらすように環境に関する情報を細胞内に送達または伝達する分子を意味する。
「対立遺伝子」または「変異体」は、遺伝子の代替形態である。本発明で特に有用であるのは、Eph2をコードしている遺伝子の変異体である。変異体は、核酸配列の少なくとも1つの突然変異に起因していてもよく、改変mRNAまたはポリペプチド(この構造または機能は改変されていても、改変されていなくてもよい)を生ずることができる。任意の特定の天然または組換え型遺伝子は、対立形質をまったく有していないか、1個または多数の対立形質を有していてもよい。変異体を生じさせる通常の突然変異変化は一般に、ヌクレオチドの自然欠失、付加または置換によるものとされる。これらの各タイプの変化は、単独で生じてもよく、または他と組み合わせて所与の配列で1回または複数回生じてもよい。
「アミノ酸」または「アミノ酸配列」という用語は、オリゴペプチド、ペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質配列、またはこれらのうちのいずれかの断片であって、天然分子または合成分子を意味する。本願では、「断片」とは、好ましくは少なくとも10〜約30または50、60、70、80、90または100個のアミノ酸長、さらに好ましくは少なくとも15、20、25、30、40または50個のアミノ酸長であるEphの断片を意味する。「アミノ酸配列」を、天然タンパク質分子のアミノ酸配列に言及するように記載している場合、「アミノ酸配列」および同類の用語は、そのアミノ酸配列を、記載したタンパク質分子に関連した完全な天然アミノ酸配列に限定することを意味するものではない。
本願の記載では、「核酸配列の断片」は、少なくとも約10個または15個の核酸残基(ヌクレオチド)、さらに好ましくは少なくとも約20、30、40、50、60、70、80、90の、100、150または200個の核酸残基を含む。
本願では、「細胞外シグナル」には、直接的にまたは間接的にシグナルと相互作用する細胞表面タンパク質を介して細胞内に伝達される分子または環境の変化が含まれる。細胞外シグナルまたはエフェクター分子には、いくつかの方法で細胞表面タンパク質の活性を特異的に変えるすべての化合物または物質が含まれる。かかるシグナルの例としては、これらに限定されるものではないが、アセチルコリン、増殖因子およびホルモン(細胞表面および/または細胞内の受容体ならびにイオンチャネルに結合し、かかる受容体およびチャンネルの活性をモジュレートするもの)などの分子が挙げられる。
本願では、また「細胞外シグナル」には、細胞受容体の活性をモジュレートし、それにより細胞内の機能に影響を及ぼす、未確認の物質が含まれる。かかる細胞外シグナルは、特定の細胞表面受容体の活性をモジュレートすることにより特定の癌の治療に用いることができる有望な薬剤である。
「オーファン受容体」の意味は、特異的天然リガンドがこれまで記載されていない受容体に対して付与されている。
マーカーの「試験量」は、試験している試料中に存在するマーカーの量を意味する。試験量は、絶対量(例えば、μg/ml)または相対量(例えば、シグナルの相対強度)のいずれかでよい。
マーカーの「試験量」は、試験している試料中に存在するマーカーの量を意味する。試験量は、絶対量(例えば、μg/ml)または相対量(例えば、シグナルの相対強度)のいずれかでよい。
マーカーの「診断量」は、癌および/または癌関連疾患の診断と一致している被験体試料中のマーカーの量を意味する。診断量は、絶対量(例えば、μg/ml)または相対量(例えば、シグナルの相対強度)のいずれかでよい。
マーカーの「対照量」は、任意の量であるか、またはマーカーの試験量と比較されることになっている一連の量でよい。例えば、マーカーの対照量は、癌に罹患していない人のマーカーの量でよい。対照量は、絶対量(例えば、μg/ml)または相対量(例えば、シグナルの相対強度)のいずれかでよい。
「プローブ」は、気相イオン分光計へ取り外し可能に挿入することができ、検出用のマーカー提示用の表面を有している基材を含む、デバイスを意味する。プローブは、単一の基材または複数の基材を含むことができる。
「基材」または「プローブ基材」は、吸着剤を(例えば結合、沈着などによって)提供することができる固相を意味する。
「吸着剤」は、マーカーを吸着し得るすべての材料を意味する。本願で用いる「吸着剤」という用語は、マーカーが曝露されている単一の材料(「モノプレックス吸着剤」)(例えば化合物または官能基)、およびマーカーが曝露されている複数の異なる材料(「マルチプレックス吸着剤」)の両方を意味する。マルチプレックス吸着剤中の吸着材料を「吸着剤種」と称する。例えば、プローブ基材上のアドレス可能位置は、異なる結合特性を有する様々な吸着剤種(例えば、陰イオン交換物質、金属キレート化剤、または抗体)を特徴とするマルチプレックス吸着剤を含むことができる。基材の材料それ自体もまた、マーカーの吸着に寄与し、「吸着剤」の一部と考えることができる。
「吸着剤」は、マーカーを吸着し得るすべての材料を意味する。本願で用いる「吸着剤」という用語は、マーカーが曝露されている単一の材料(「モノプレックス吸着剤」)(例えば化合物または官能基)、およびマーカーが曝露されている複数の異なる材料(「マルチプレックス吸着剤」)の両方を意味する。マルチプレックス吸着剤中の吸着材料を「吸着剤種」と称する。例えば、プローブ基材上のアドレス可能位置は、異なる結合特性を有する様々な吸着剤種(例えば、陰イオン交換物質、金属キレート化剤、または抗体)を特徴とするマルチプレックス吸着剤を含むことができる。基材の材料それ自体もまた、マーカーの吸着に寄与し、「吸着剤」の一部と考えることができる。
「吸着」または「保持」とは、溶離剤(選択性閾値調節剤)または洗浄溶液による洗浄前または洗浄後の吸収性物質とマーカーの間の検出可能な結合を意味する。
「溶離剤」または「洗浄溶液」は、吸着剤へのマーカーの吸着を仲介するために使用可能な薬剤を意味する。溶離剤および洗浄溶液を「選択性閾値調節剤」と称する。溶離剤および洗浄溶液は、プローブ基材表面から未結合の材料を洗浄し除去するために用いられることができる。
「溶離剤」または「洗浄溶液」は、吸着剤へのマーカーの吸着を仲介するために使用可能な薬剤を意味する。溶離剤および洗浄溶液を「選択性閾値調節剤」と称する。溶離剤および洗浄溶液は、プローブ基材表面から未結合の材料を洗浄し除去するために用いられることができる。
「除去」、「分離」または「マーカーの分離」とは、試料中の少なくとも一種のマーカーを検出することを意味する。分離には、選別とその後の検出差異によって、試料中の複数のマーカーを検出することが含まれる。分離では、混合物中の他のすべての生体分子から一種または複数のマーカーを完全に選別することは必要ではない。むしろ、少なくとも一種のマーカーと他の生体分子を区別することができる任意の選別も十分であるとみなす。
「気相イオン分光計」は、試料が揮発しイオン化された場合に形成されるイオンの質量電荷比に変換可能なパラメータを測定する装置を意味する。一般に、対象のイオンは単一電荷を有しており、質量電荷比は単に質量として呼ばれることが多い。気相イオン分光計としては、例えば、質量分析計、イオン可動性分光計および全イオン電流計測デバイスが挙げられる。
「質量分析計」は、入口系統、イオン化源、イオン光学アッセンブリー、質量アナライザーおよび検出器を含む気相イオン分光計を意味する。
「レーザー脱離質量分析」は、分析物を脱離して揮発させ、イオン化する手段としてレーザーを用いる質量分析計を意味する。
「レーザー脱離質量分析」は、分析物を脱離して揮発させ、イオン化する手段としてレーザーを用いる質量分析計を意味する。
「検出する」とは、検出する対象の存在、不在または量を同定することを意味する。
「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基のポリマーを意味するように本願で同義に用いられている。この用語は、一種または複数のアミノ酸残基が対応する天然アミノ酸の類似体または擬似体であるアミノ酸ポリマー、および天然アミノ酸ポリマーに適用される。ポリペプチドは、例えば、炭水化物残基を添加して糖タンパク質を形成することにより修飾可能である。「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という用語には、糖タンパク質、および非糖タンパク質が含まれる。
「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という用語は、アミノ酸残基のポリマーを意味するように本願で同義に用いられている。この用語は、一種または複数のアミノ酸残基が対応する天然アミノ酸の類似体または擬似体であるアミノ酸ポリマー、および天然アミノ酸ポリマーに適用される。ポリペプチドは、例えば、炭水化物残基を添加して糖タンパク質を形成することにより修飾可能である。「ポリペプチド」、「ペプチド」および「タンパク質」という用語には、糖タンパク質、および非糖タンパク質が含まれる。
「検出可能な成分」または「標識」とは、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、または化学的手段値によって検出可能な組成物を意味する。例えば、有用な標識としては、32P、35S、蛍光染料、高電子密度試薬、酵素(例えば、一般にELISAで用いられるもの)、ビオチン−ストレプトアビジン、ジオキシゲニン、抗血清またはモノクローナル抗体が利用できるハプテンおよびタンパク質、または標的に相補的な配列を有する核酸分子が挙げられる。多くの場合、検出可能な成分は、試料中の結合した検出可能な成分の量を定量するために使用することができる、測定可能なシグナル(例えば、放射性シグナル、発色性シグナルまたは蛍光性シグナルなど)を生じる。シグナルは、例えば、シンチレーション計数、濃度計測、またはフローサイトメトリーにより定量することができる。
「抗体」とは、一免疫グロブリン遺伝子もしくは複数の免疫グロブリン遺伝子、またはその断片によって実質的にコードされているポリペプチドリガンドを意味し、これはエピトープ(例えば抗原)に特異的に結合し認識する。認識される免疫グロブリン遺伝子としては、κおよびλ軽鎖の定常域遺伝子、アルファ、ガンマ、デルタ、イプシロンおよびミュー重鎖定常域遺伝子、および無数の免疫グロブリン可変部領域遺伝子が挙げられる。抗体は、例えば、完全な免疫グロブリンとして、または様々なペプチダーゼによる消化によって生じた多数の十分に特性決定された断片として存在する。これには、例えば、Fab’およびF(ab)’2断片が含まれる。また本願では、「抗体」という用語には、全抗体の改変によって産生されたか、あるいは組換DNA手法を用いて新しく合成された抗体断片も含まれる。またこれには、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体または単鎖抗体も含まれている。抗体の「Fc」部分は、一種または複数の重鎖定常領域ドメイン、CH1、CH2およびCH3を含むが、重鎖可変領域を含んでいない、免疫グロブリン重鎖の一部を意味する。
「イムノアッセイ」は、抗原(例えばマーカー)を特異的に結合するために抗体を用いるアッセイである。イムノアッセイは、抗原を単離させ、標的化し、かつ/または定量するために特定の抗体の特異的結合特性を使用することを特徴とする。
抗体に「特異的に(または選択的に)結合する」という句、あるいは「〜と特異的に(または選択的に)免疫反応する」という句は、タンパク質またはペプチドを意味する場合、タンパク質の異種混合群中のタンパク質の存在および他のバイオロジーを決定するような結合反応を意味する。したがって、指定したイムノアッセイ条件下では、特定の抗体は、少なくとも2倍のバックグラウンドで特定タンパク質に結合するが、試料中に存在する他のタンパク質には実質的に有意な量で結合しない。かかる条件下での抗体への特異的結合には、特定タンパク質に対するその特異性に関して選択される抗体が必要とされ得る。種々のイムノアッセイフォーマットを用いて、特定タンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択することができる。例えば、固相ELISAイムノアッセイを慣用的に用いて、タンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択する(例えば、特異的免疫反応性の測定に使用可能なイムノアッセイフォーマットおよび条件の記載については、ハーローおよびレーン(Harlow & Lane)、Antibodies、A Laboratory Manual(1988年)を参照されたい)。一般には、特異的または選択的反応は、少なくとも2倍のバックグラウンドシグナルまたはノイズであり、より一般には、10〜100倍を超えるバックグラウンドである。
「エネルギー吸収分子」または「EAM」は、質量分析計中でイオン化源からエネルギーを吸収し、それによりプローブ表面からマーカーなどの分析物の脱離を援助する分子を意味する。分析物の大きさおよび性質によって、エネルギー吸収分子を任意に用いることができる。MALDIで使用するエネルギー吸収分子は一般に「マトリックス」と呼ばれる。珪皮酸誘導体、シナピン酸(「SPA」)、シアノヒドロキシ珪皮酸(「CHCA」)およびジヒドロキシ安息香酸は、一般に生物有機化学分子のレーザー脱離でエネルギー吸収分子として用いられている。
「実質的に精製した」とは、それらの自然環境から取り出され、単離または分離され、それらが自然的に関与している他の成分を少なくとも約60%含まない、好ましくは約75%含まない、最も好ましくは約90%含まない、核酸分子またはタンパク質を意味する。
「基材」とは、核酸分子またはタンパク質が結合する硬質または半硬質のすべての支持体を意味し、膜、フィルター、チップ、スライド、ウエハー、繊維、磁気ビーズもしくは非磁気ビーズ、ゲル、キャピラリーまたは他の管材料、プレート、ポリマー、ならびにウェル、溝、ピン、チャンネルおよび細孔を含めた種々の表層形態を有する微粒子を含む。
Ephおよびエフリンバイオマーカー
Eph受容体はチロシンキナーゼ受容体の最大のファミリーであり、これは例えば、増殖、遊走および分化を調節するものとして、細胞の重要なシグナル伝達経路の仲介において不可欠な一連の膜貫通タンパク質である。Eph受容体の14種類のメンバーは、それらの細胞外ドメインの類似性と、それらの膜結合リガンド(エフリン)と相互作用するそれらの能力とに基づいて、AクラスおよびBクラスに分類されている。Eph受容体の内因性リガンドは隣接する細胞の表面に係留され、それが受容体チロシンキナーゼの中で特有のものとしており、これは一般に、表皮増殖因子(EGF)および血管性内皮増殖因子(VEGF)などの可溶性因子に結合する。
Eph受容体はチロシンキナーゼ受容体の最大のファミリーであり、これは例えば、増殖、遊走および分化を調節するものとして、細胞の重要なシグナル伝達経路の仲介において不可欠な一連の膜貫通タンパク質である。Eph受容体の14種類のメンバーは、それらの細胞外ドメインの類似性と、それらの膜結合リガンド(エフリン)と相互作用するそれらの能力とに基づいて、AクラスおよびBクラスに分類されている。Eph受容体の内因性リガンドは隣接する細胞の表面に係留され、それが受容体チロシンキナーゼの中で特有のものとしており、これは一般に、表皮増殖因子(EGF)および血管性内皮増殖因子(VEGF)などの可溶性因子に結合する。
Eph受容体の大部分は、細胞間の接触依存型過程の仲介により癌進行中の軸索誘導に重要な役割を果たす。しかし、EphA2は通常、成体上皮細胞の表面上において低レベルで発現される。これは細胞間結合に局所的であり、そこでは、その受容体のすべてがそのリガンド(エフリンA1)により実質的に結合される。EphA2は、結腸癌、乳癌および膵癌をはじめとする複数のヒト上皮癌で著しく過剰に発現される。この癌組織での不安定な細胞−細胞接着は、EphA2が隣接する細胞上のエフリンA1と相互作用する能力を妨げる。その結果、受容体活性化ならびにエフリンA1誘導型EphA2分解は著しく低下する。興味深いことに、これが悪性細胞状態(EphA2の活性化が有意に低下し、同時に高度に過剰発現される)をもたらす。侵襲表現型および悪性表現型の癌の多くは、in vitroおよびin vivoの両方で、EphA2の過剰発現と直接的な相関関係がある。
本発明者らは以前のcDNAマイクロアレイの分析において、多形膠芽腫(GBM)(星状膠起源の最も侵襲的で致死性の脳腫瘍)で最も一様に過剰発現された遺伝子の1つであるEphA2を見出した。癌に関連のあるすべてのEphA2の報告が上皮起源の悪性腫瘍にあるとこれまで考えられていたので、この知見は予期されなかった。正常組織と比較した場合にGBMにおいてタンパク質レベルで特異的に過剰発現されたならば、EphA2は新規の分子マーカーおよび治療標的である。具体的なEPH受容体としては、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体が挙げられる。リガンドとしては、これら限定されるものではないが、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3が挙げられる。
別の好ましい実施形態では、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片のいずれか一種からなるエフリン分子は、癌のバイオマーカーである。
現在の既存の製品と比較した場合、本発明はいくつかの優れた利点および効果を提供する。第1に、腫瘍バイオマーカーの同定は、コンピュータ断層撮影(CT)および磁気共鳴画像(MRI)などの既存の診断デバイスに比べて、癌重症度の診断がより迅速に、かつ安価に提供される。また本発明では、器官に対する損傷の定量的検出と高含量評価が可能である。また本発明は、罹患している特定の細胞の種類(例えば、ニューロン対膠)の同定が可能である。さらに、これらの腫瘍特異的タンパク質および腫瘍高濃度タンパク質のレベルは、市販の利用可能なものに比べて、癌の診断、予後および病期に関するより正確な情報を提供する。
別の好ましい実施形態では、被験体の癌の診断は、(a)腫瘍に罹患している疑いのある被験体から単離された生体試料を提供する工程と、(b)一種または複数の腫瘍マーカーから選択した少なくとも一種のマーカーの存在または量を試料中で検出する工程と、(c)マーカーの存在または量を被験体における腫瘍の存在または種類と相関させる工程とにより分析される。好ましくは、腫瘍細胞は、体内の任意の器官、組織などから得たものである。Eph受容体バイオマーカーを発現することができる腫瘍細胞の例は、中枢神経系および末梢神経系に存在するような細胞であって、in vitro培養物中の、または動物被験体のその部位の神経細胞、膠細胞、乏突起膠細胞、小膠細胞または腫瘍幹細胞が挙げられ(「腫瘍特異的または腫瘍高濃度」タンパク質);他の細胞の種類としては、心筋細胞、骨格筋中の筋細胞、肝細胞、腎臓細胞、卵巣細胞、前立腺、精巣中の細胞が挙げられる。一部の実施形態では、試料は腫瘍細胞を含んでいることが好ましく、例えば、中枢神経系または末梢神経系組織のバイオプシーは、本発明での使用に好適な生体試料である。さらに、細胞の損傷が細胞膜を損なうと、これらの腫瘍タンパク質が、最初に細胞外液または細胞外空間に、および脳脊髄液に、最後には循環血液(損なわれた血液脳関門により助長された場合)および他のバイオ液体(例えば尿、汗、唾液など)に流出するに至る。したがって、他の好適な生体試料としては、これらに限定されるものではないが、かかる細胞またはこれらの細胞から分泌された液体が挙げられる。被験体から体液(脳脊髄液、血液、血漿、血清、唾液および尿など)を得ることは、固体組織バイオプシー試料を得るのに比べると一般にそれほど侵襲的ではなく、損傷することはない。したがって、体液である試料は本発明での使用に好ましい。特にCSFは、それが神経系と直接接触があり、容易に取得可能であることから、被験体の腫瘍損傷の検出において好ましい。
生体試料を慣用の技術によって被験体から得ることができる。例えば、CSFを腰椎穿刺により得ることができる。血液を静脈穿刺によって得ることができ、一方、血漿および血清を公知の方法に従って全血を分画することにより得ることができる。固体組織試料を得るための外科技術は当技術分野では周知である。例えば神経系組織試料の取得方法は、Atlas of Neurosurgeryなどの標準の神経外科テキスト:エフ マイヤー(F.Meyer)、チャーチル リビングストン(Churchill Livingstone)、1999年によるBasic Approaches to Cranial and Vascular Procedures;デビッド ジー ティー トーマス(David G.T.Thomas)、ダブリュービーサンダース社(WB Saunders Co.)、1993年によるStereotactic and Image Directed Surgery of Brain Tumors、第1版;ならびに、エル エヌ セカールおよびイー ド オリベイラ(L.N.Sekhar and E.De Oliveira)によるCranial Microsurgery:Approaches and Techniques、第1版、ティーメメディカルパブリッシング(Thieme Medical Publishing)、1999年に記載されている。また、脳組織を取得し分析する方法もベライら(Belay et al.)、Arch.Neurol.、58巻:1673〜1678ページ、(2001年);およびセイジョーら(Seijo et al.)、J.Clin.Microbiol.、38巻:3892〜3895ページ、(2000年)に記載されている。
生体試料を得る被験体として、すべての動物を用いることができる。好ましくは、被験体は哺乳動物であり、例えば、ヒト、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ブタ、ヒツジ、ヤギ、ニワトリ、霊長類、ラットまたはマウスである。さらに好ましくは、被験体はヒトである。特に好ましくは、癌患者である。
本発明のバイオマーカーは、任意の手段によって試料中で検出可能である。バイオマーカーを検出する方法を、以下の材料および方法、ならびに実施例で詳細に記載する。例えば、イムノアッセイとしては、これらに限定されるものではないが、ウェスタンブロットなどの技術を用いる競合的および非競合的アッセイ系、ラジオイムノアッセイ、ELISA(酵素免疫吸着測定法)、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降法、沈降反応、ゲル内拡散沈降素反応、免疫拡散法、蛍光免疫検定法等が挙げられる。かかるアッセイは慣用のアッセイであり、当技術分野で周知である(例えば、オーズベルら(Ausubel et al.)編、1994年、Current Protocols in Molecular Biology、1巻、ジョンワイリーアンドサンズインコーポレイティッド社(John Wiley & Sons,Inc.)、ニューヨーク所在(これについては、その全体を本願に援用する)を参照されたい。具体的なイムノアッセイはすぐ後に記載する(しかし限定することを意図するものではない)。
一般に免疫沈降プロトコルは、プロテインホスファターゼおよび/またはプロテアーゼ阻害剤(例えば、EDTA、PMSF、アプロチニン、バナジン酸ナトリウム)を補充した、RIPAバッファー(1% NP−40またはトリトンX−100、1%デオキシコール酸ナトリウム、0.1% SDS、0.15M NaCl、pH7.2の0.01Mリン酸ナトリウム、1%トラジロール)などの溶解バッファーに細胞群を溶解させる工程、対象の抗体を細胞溶解物に加える工程、4℃で一定時間(例えば1〜4時間)インキュベートする工程、細胞溶解物へプロテインAおよび/またはプロテインGセファロースビーズを添加する工程、4℃で約1時間またはそれ以上インキュベートする工程、溶解バッファーでビーズを洗浄する工程、ならびにSDS/試料バッファー中にビーズを再懸濁する工程を備える。抗体が特定の抗原を免疫沈降させる能力を、例えばウェスタンブロット解析により評価することができる。当業者は、抗原への抗体の結合を高め、バックグラウンドを低下させるように改変させることができるパラメータに関しては知識が豊富である(例えば、セファロースビーズによる細胞溶解物の事前除去)。免疫沈降プロトコルに関するさらなる記述については、例えば、オーズベルら(Ausubel et al.)編、1994年、Current Protocols in Molecular Biology、1巻、ジョンワイリーアンドサンズインコーポレイティッド社(John Wiley & Sons,Inc.)、ニューヨーク所在の10.16.1を参照されたい。
一般にウェスタンブロット解析は、タンパク質試料を調製する工程、ポリアクリルアミドゲルにおけるタンパク質試料の電気泳動(例えば、抗原分子量に応じて8%〜20%SDS−PAGE)、タンパク質試料をポリアクリルアミドゲルから膜(例えば、ニトロセルロース、PVDFまたはナイロンなど)に移す工程、ブロッキング溶液(例えば、3%BSAまたは無脂肪乳を含むPBS)中で膜をブロッキングする工程、洗浄バッファー(例えば、PBS−ツイーン20)中で膜を洗浄する工程、ブロッキングバッファーで希釈した第1抗体(対象の抗体)で膜をブロッキングする工程、洗浄バッファーで膜を洗浄する工程、ブロッキングバッファーで希釈した酵素基質(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ)または放射性分子(例えば、32Pまたは125I)に結合している第2抗体(これは第1抗体(例えば抗ヒト抗体)を認識する)で膜をブロッキングする工程、洗浄バッファーで膜を洗浄する工程、および抗原の存在を検出する工程を備える。当業者は、検出されたシグナルを拡大し、かつバックグラウンドノイズを低減するように変化させることができるパラメータに関しては知識が豊富である。ウェスタンブロットプロトコルに関するさらなる記述については、例えばオーズベルら(Ausubel et al.)編、1994年、Current Protocols in Molecular Biology、1巻、ジョンワイリーアンドサンズインコーポレイティッド社(John Wiley & Sons,Inc.)、ニューヨーク所在の10.8.1を参照されたい。
ELISAは、抗原(すなわち腫瘍バイオマーカー)を調製する工程、抗原で96ウェルマイクロタイタープレートのウェルを被覆する工程、ウェルに、酵素基質(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼまたはアルカリホスファターゼ)などの検出可能な化合物に結合している対象の抗体を加える工程、一定の時間インキュベートする工程、および抗原の存在を検出する工程を備える。ELISAでは、対象の抗体は、検出可能な化合物に結合されている必要がなく、代わりに、検出可能な化合物に結合されている2次抗体(これは対象の抗体を認識する)をウェルに加えることができる。さらに、抗原でウェルを被覆する代わりに、ウェルに抗体を被覆することができる。この場合、検出可能な化合物に結合している2次抗体を、被覆したウェルに対象の抗原を添加した後に加えることができる。当業者は、検出されたシグナルを拡大するために変化させることができるパラメータ、ならびに当技術分野で周知のELISAの他の変法に関しては知識が豊富である。ELISAに関するさらなる記述については、例えばオーズベルら(Ausubel et al.)編、1994年、Current Protocols in Molecular Biology、1巻、ジョンワイリーアンドサンズインコーポレイティッド社(John Wiley & Sons,Inc.)、ニューヨーク所在の11.2.1を参照されたい。
新規マーカーの同定
好ましい実施形態では、生体試料は、腫瘍に罹患している患者から取得される。他の患者および対照被験体(すなわち、同年齢、性別、健康状態の正常な健全個体)由来のバイオマーカーを含む生体試料が比較として用いられる。生体試料は、上述のようにして抽出される。好ましくは、試料は、バイオマーカーの検出前に調製される。一般に、調製には、試料を分画する工程と、バイオマーカーを含有することを決定する画分を回収する工程とが含まれる。前分画の方法としては、例えば、サイズ排除クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、ヘパリンクロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、連続抽出法、ゲル電気泳動法および液体クロマトグラフィーが挙げられる。また、分析物は検出前に改変可能である。これらの方法は、継続分析用の試料をシンプルにするのに有用である。例えば、分析の前の血液から、アルブミンなどの多量のタンパク質を除去するのに有用であることができる。
好ましい実施形態では、生体試料は、腫瘍に罹患している患者から取得される。他の患者および対照被験体(すなわち、同年齢、性別、健康状態の正常な健全個体)由来のバイオマーカーを含む生体試料が比較として用いられる。生体試料は、上述のようにして抽出される。好ましくは、試料は、バイオマーカーの検出前に調製される。一般に、調製には、試料を分画する工程と、バイオマーカーを含有することを決定する画分を回収する工程とが含まれる。前分画の方法としては、例えば、サイズ排除クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、ヘパリンクロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、連続抽出法、ゲル電気泳動法および液体クロマトグラフィーが挙げられる。また、分析物は検出前に改変可能である。これらの方法は、継続分析用の試料をシンプルにするのに有用である。例えば、分析の前の血液から、アルブミンなどの多量のタンパク質を除去するのに有用であることができる。
一実施形態では、試料は、サイズ排除クロマトグラフィーを用いて、試料中のタンパク質の大きさに従って前分画されることができる。利用可能な試料が少量である生体試料については、サイズ選択スピンカラムを用いることが好ましい。一般に、カラムから溶出される最初の分画「(分画1」)は、高分子量のタンパク質を最も高い割合で有しており;分画2は、高分子量のタンパク質を低い割合を有しており;分画3は、高分子量のタンパク質をより低い割合で有しており;分画4は、大型タンパク質を最低量で有している等である。次いで、各分画は、マーカーを検出するため、イムノアッセイ、気相イオン分光測定等によって分析されることができる。
別の実施形態では、試料は、陰イオン交換クロマトグラフィーによって前分画されることができる。陰イオン交換クロマトグラフィーは、それらの電荷特性に従って、試料中のタンパク質を大ざっぱに前分画することができる。例えば、Q陰イオン交換樹脂を用いることができ(例えばQ Hyper D F、バイオセプラ社(Biosepra))、異なるpH値を有する溶離剤で試料を連続して溶出することができる。陰イオン交換クロマトグラフィーは、より負荷電の試料中のバイオマーカーを別の種類のバイオマーカーから分離することができる。pH値の高い溶離剤で溶出されるタンパク質は弱い負荷電であるようであり、pH値が低い溶離剤で溶出される分画は負荷電が強いようである。したがって、試料の複雑性を低減する他に、陰イオン交換クロマトグラフィーは、それらの結合特性に従ってタンパク質を分離する。
さらに別の実施形態では、試料は、ヘパリンクロマトグラフィーによって前分画されることができる。ヘパリンクロマトグラフィーもまた、ヘパリンと電荷特性との親和性相互作用に基づいて、試料中のマーカーを前分画することができる。硫酸化ムコ多糖のヘパリンは、正電荷分子を有するマーカーと結合し、異なるpH値または塩濃度を有する溶離剤で連続して試料を溶出することができる。pH値が低い溶離剤で溶出されたマーカーは、弱く正の電荷に帯電しているようである。pH値が高い溶離剤で溶出されたマーカーは、強く正の電荷に帯電しているようである。したがって、ヘパリンクロマトグラフィーもまた、試料の複雑性を低減し、かつ、それらの結合特性に従ってマーカーを分離する。
さらに別の実施形態では、試料は、特有の特徴(例えば、グリコシル化)を有しているタンパク質を単離することにより前分画されることができる。例えば、CSF試料は、レクチンクロマトグラフィーカラム(これは糖に対して高親和性である)上に試料を通過させることにより分画されることができる。グリコシル化タンパク質はレクチンカラムへ結合し、非グリコシル化タンパク質は流出により通過する。次いで、グリコシル化タンパク質を、糖(例えばN−アセチルグルコサミン)を含有する溶離剤でレクチンカラムから溶出させて、さらなる分析に利用することができる。
したがって、試料中のタンパク質の結合特性、または試料中のタンパク質の特徴に基づいて試料の複雑性を低減する方法が多数ある。
さらに別の実施形態では、試料は、連続抽出プロトコルを用いて分画されることができる。連続抽出では、試料は、試料から異なる種類のバイオマーカーを抽出するために一連の吸着剤に曝露する。例えば、特定のタンパク質を抽出する第1の吸着剤に試料をアプライし、非吸着性タンパク質(すなわち、第1の吸着剤に結合しなかったタンパク質)を含有している溶離剤を回収する。次いで、その分画を第2の吸着剤に曝露する。これによって、この画分から様々なタンパク質がさらに抽出される。次いで、この第2の分画が第3の吸着剤などに曝露される。
さらに別の実施形態では、試料は、連続抽出プロトコルを用いて分画されることができる。連続抽出では、試料は、試料から異なる種類のバイオマーカーを抽出するために一連の吸着剤に曝露する。例えば、特定のタンパク質を抽出する第1の吸着剤に試料をアプライし、非吸着性タンパク質(すなわち、第1の吸着剤に結合しなかったタンパク質)を含有している溶離剤を回収する。次いで、その分画を第2の吸着剤に曝露する。これによって、この画分から様々なタンパク質がさらに抽出される。次いで、この第2の分画が第3の吸着剤などに曝露される。
試料の連続抽出は、任意の好適な材料および方法を用いて実施されることができる。例えば、異なる吸着剤を含む一連のスピンカラムが用いられることができる。別の例では、そのボトムに異なる吸着剤を含んでいるマルチウェルを用いることができる。別の例では、連続抽出は、気相イオン分光計での使用に適したプローブ上で実施されることができる。この場合、プローブ表面は、バイオマーカー結合用の吸着剤を含んでいる。この実施形態では、プローブ上の第1の吸着剤に試料をアプライし、続いてこれを溶離剤で洗浄する。第1の吸着剤に結合しないマーカーを溶離剤で除去する。この分画にあるマーカーをプローブ上の第2の吸着剤等にアプライすることなどができる。気相イオン分光計プローブで連続抽出を行う利点は、連続抽出プロトコルのすべての段階で様々な吸着剤に結合するマーカーを、気相イオン分光計を用いて直接分析することができることである。
さらに別の実施形態では、試料中のバイオマーカーは、高分解能電気泳動(例えば1または2次元ゲル電気泳動)によって分離されることができる。マーカーを含有している分画を単離し、さらに、気相イオン分光測定によって分析することができる。好ましくは、2次元ゲル電気泳動を用いて、一種または複数のマーカーを含んでいるバイオマーカーの2次元配列のスポットを生成する。例えば、ユングブルートおよびシード(Jungblut and Thiede)、Mass Spectr.Rev.、16巻:145〜162ページ、(1997年)を参照されたい。
2次元ゲル電気泳動は、当技術分野で周知の方法を用いて行われることができる。例えば、ドイッチャー(Deutscher)編、Methods In Enzymology、182巻を参照されたい。一般に、試料中のバイオマーカーは、例えば等電点電気泳動法により分離するが、その間、試料中のバイオマーカーは、それらがスポット(そこでは、それらの総電荷は0(すなわち等電点)である)に到着するまでpH勾配中で分離される。この第1の分離工程により、バイオマーカーの1次元アレイが得られる。さらに1次元アレイのバイオマーカーは、第1の分離工程で用いた技術とは一般に異なる技術を用いて分離される。例えば、2次元において、等電点電気泳動法によって分離したバイオマーカーは、さらに、硫酸ドデシルナトリウム(SDS−PAGE)の存在下で、ポリアクリルアミドゲル電気泳動法などのポリアクリルアミドゲルを用いて分離される。SDS−PAGEゲルは、バイオマーカーの分子量に基づいてさらなる分離を行うことができる。一般に、2次元ゲル電気泳動は、複合混合物中にある1000〜200,000Daの範囲の分子量の化学的に異なるバイオマーカーを分離することができる。
2次元アレイのバイオマーカーは、当技術分野で周知の任意の好適な方法を用いて検出されることができる。例えば、ゲル中のバイオマーカーを標識化または染色することができる(例えば、クーマシーブルまたは銀染色法)。ゲル電気泳動法が本発明の一種または複数のマーカーの分子量に対応するスポットを生成した場合、このスポットは、密度測定分析または気相イオン分光測定によりさらに分析されることができる。例えば、スポットをゲルから切り出し、気相イオン分光測定により分析することができる。あるいは、バイオマーカーを含有しているゲルを電場にアプライすることにより不活性膜に移すことができる。次いで、マーカーの分子量にほぼ対応する膜上のスポットを気相イオン分光測定により分析することができる。気相イオン分光測定では、MALDIまたはSELDIなどの任意の好適な技術も用いてスポットを分析することができる。
気相イオン分光測定分析の前に、プロテアーゼ(例えばトリプシン)などの開裂試薬を用いて、スポットのバイオマーカーをより小さな断片へ開裂するのが望ましい。バイオマーカーを小さな断片へ消化することによりスポットのバイオマーカーの質量フィンガープリントが得られ、これは所望によりマーカーの同一性を決定するために用いることができる。
別の実施形態では、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)を用いて、試料中のバイオマーカーの混合物を、それらの異なる物性(例えば、極性、電荷および大きさなど)に基づいて分離することができる。HPLC機器は一般に、移動相の貯蔵部、ポンプ、注入器、分離カラムおよび検出器からなる。試料中のバイオマーカーは、カラム上に試料のアリコートを注入することにより分離される。混合物中の異なるバイオマーカーは、流動性の液相と固相の間のそれらの分配挙動における差により、異なる速度でカラムを通過する。一種または複数のマーカーの分子量および/または物性に対応する分画を回収することができる。次いで、その分画は、気相イオン分光測定により分析してマーカーを検出することができる。
場合により、分析前にマーカーを改変し、その分離を改善、またはその同一性を決定することができる。例えば、分析前に、マーカーに対してタンパク分解性の消化を行うことができる。任意のプロテアーゼを用いることができる。トリプシンなどのプロテアーゼ(これらは、マーカーを個々の数の断片に開裂する可能性が高い)は特に有用である。消化によって得られた断片は、マーカーのフィンガープリントとして機能し、それによって、間接的にそれらを検出することができる。これは、当該マーカーと混同され得る同様の分子量を有するマーカーがある場合、特に有用である。また、質量分析により容易に小型マーカーが分離されるので、タンパク分解性の断片化は高分子量マーカーに有用である。別の例では、検出分離を向上させるためにバイオマーカーを改変することができる。例えば、ノイラミニダーゼを用いて糖タンパク質から末端シアル酸残基を除去し、アニオン性吸着剤への結合を向上させ、検出分離を高めることができる。別の例では、マーカーを、分子マーカーに特異的に結合し、さらにそれらを区別する特定の分子量のタグを結合させることにより改変することができる。場合により、かかる改変マーカーを検出した後、マーカーの同一性をタンパク質データベース(例えばSwissProt)で、改変マーカーの物理的および化学的特性とマッチングさせることによりさらに決定することができる。
調製後、試料中のバイオマーカーは、一般に検出用の基材上で捕獲される。慣用の基材としては、抗体を被覆した96ウェルプレートまたはニトロセルロース膜が挙げられ、これは続いてタンパク質の存在の探索に用いられる。好ましくは、バイオマーカーは、上述のイムノアッセイを用いて同定される。しかし、好ましい方法には、バイオチップの使用もまた含まれている。好ましくは、バイオチップは、タンパク質の捕捉および検出用のタンパク質バイオチップである。当技術分野では、多数のタンパク質バイオチップが報告されている。これらには、例えば、パッカードバイオサイエンス社(Packard BioScience Company)(コネチカット州メリデン(Meriden)所在)、ザイオミックス社(Zyomyx)(カリフォルニア州ヘイワード(Hayward)所在)、およびフィロス社(Phylos)(マッサチューセッツ州レキシントン(Lexington)所在)によって製造されたタンパク質バイオチップが含まれる。一般に、タンパク質バイオチップは、表面を有する基材を含んでいる。捕捉試薬または吸着剤は基材の表面に結合される。一般的に、表面は多数のアドレス可能な位置を含んでおり、その各位置は、その場所で結合される捕捉試薬を有している。捕捉試薬は、ポリペプチドまたは核酸などの生体分子でもよく、それは特定の方法で他のバイオマーカーを捕獲する。あるいは、捕捉試薬は陰イオン交換材料または親水性材料などのクロマトグラフィー材料でもよい。かかるタンパク質バイオチップの例は、以下の特許または特許出願書類に記載されている:米国特許第6225047号明細書(ハッチェンスおよびイップ(Hutchens and Yip)、「Use of retentate chromatography to generate difference maps」、2001年5月1日)、国際公開公報第99/51773号パンフレット(カイメリスおよびワーグナー(Kuimelis and Wagner)、「Addressable protein arrays」、1999年10月14日)、国際公開公報第00/04389号パンフレット(ワーグナーら(Wagner et al.)、「Arrays of protein−capture agents and methods of use thereof」、2000年7月27日)、国際公開公開公報第00/56934号パンフレット(エングラートら(Englert et al.)、「Continuous porous matrix arrays」、2000年9月28日)。
一般に、バイオマーカーを含有している試料は、結合し得るのに十分な時間、バイオチップの活性表面に置かれる。次いで、未結合の分子が好適な溶離剤を用いて表面から洗浄される。一般に、溶離剤がストリンジェントであるほど、タンパク質が洗浄後に担持されているように、より強固に結合させなければならない。現在、保持されたタンパク質バイオマーカーは適切な手段によって検出されることができる。
タンパク質バイオチップの表面上に捕獲されている分析物は、当技術分野で周知の任意の方法によって検出されることができる。これには、例えば、質量分析、蛍光、表面プラズモン共鳴、楕円偏光法および原子間力顕微鏡検査が含まれる。質量分析、特にSELDI質量分析は、本発明のバイオマーカーの検出に特に有用な方法である。
好ましくは、本発明の実施形態では、レーザー脱離飛行時間型質量分析計を用いる。レーザー脱離質量分析では、マーカーを含む基材またはプローブが入口系へ注入される。マーカーは、イオン化源からのレーザーによって脱離し、気相中へイオン化される。生じたイオンはイオン光学アセンブリーによって回収され、次いで、飛行時間型質量分析計において、イオンが高電圧短フィールドを通って加速され、高真空チャンバーへ流れ込む。高真空チャンバーの遠端では、加速したイオンが異なる時間で高感度検出器の表面にあたる。飛行時間はイオンの質量の関数であることから、イオン形成とイオン検出器衝突との間の経過時間は、特定の質量対電荷比のマーカーの存在または不在を同定するのに用いることができる。
マトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析法、すなわちMALDI−MSは、プローブ表面から完全にタンパク質を脱離するために、一般にマトリックスと呼ばれるエネルギー吸収分子を使用する質量分析法である。MALDIは、例えば、米国特許第5118937号明細書(ヒルレンカンプら(Hillenkamp et al.))および米国特許第5045694号明細書(ビービスおよびチェイト(Beavis and Chait))に記載されている。MALDI−MSでは一般に、試料をマトリックス材料と混合し、不活性プローブの表面に置く。具体的なエネルギー吸収分子としては、珪皮酸誘導体、シナピン酸(「SPA」)、シアノヒドロキシ珪皮酸(「CHCA」)およびジヒドロキシ安息香酸が挙げられる。他の好適なエネルギー吸収分子は当業者に周知である。マトリックスは乾燥され、分析物分子をカプセル化した結晶を形成する。次いで、レーザー脱離/イオン化質量分析により分析物分子が検出される。MALDI−MSは、上述の調製法を用いて実質的に試料の複雑性を低減する場合、本発明のバイオマーカーを検出するのに有用である。
表面増強レーザー脱離/イオン化質量分析、すなわちSELDI−MSは、複合体混合物中の生体分子(例えばタンパク質)の分画および検出に関して、MALDIに改良が加えられている。SELDIは、タンパク質などの生体分子を、捕捉試薬を用いてタンパク質バイオチップの表面で捕捉してそこに結合する、質量分析法である。一般に、非結合分子は、調査前にプローブ表面から洗浄される。SELDIは、例えば、以下に記載されている:米国特許第5719060号明細書(「Method and Apparatus for Desorption and Ionization of Analytes」、ハッチェンスおよびイップ(Hutchens and Yip)、1998年2月17日)、米国特許第6225047号明細書(「Use of Retentate Chromatography to Generate Difference Maps」、ハッチェンスおよびイップ(Hutchens and Yip)、2001年5月1日)、およびワインバーガーら(Weinberger et al.)、「Time−of−flight mass spectrometry」、Encyclopedia of Analytical Chemistry、アール エー マイヤー(R.A.Meyers)編、11915〜11918ページ、ジョンワイリーアンドサンズチチェシャー(John Wiley & Sons Chichesher)、2000年。
基材表面上のマーカーは、気相イオン分光測定を用いて、脱離してイオン化することができる。任意の好適な気相イオン分光計は、それが基材上のマーカーを分離することができる限り用いられることができる。好ましくは、気相イオン分光計はマーカーを定量することができる。
一実施形態では、気相イオン分光計は質量分析計である。典型的な質量分析計では、その表面上にマーカーを含んでいる基材またはプローブが質量分析計の入口系に注入される。次いで、レーザー、高速原子衝撃、高エネルギープラズマ、エレクトロスプレーイオン化、サーモスプレーイオン化、液体2次イオンMS、電界脱離など脱離源によりマーカーが脱離される。生成された脱離揮発種は、予形成イオンまたはニュートラル(脱着現象の直接的な結果としてイオン化される)からなる。生成されたイオンはイオン光学アセンブリーによって回収され、次いで、質量アナライザーが通過イオンを分散させて分析する。質量アナライザーを出るイオンは検出器によって検出される。次いで、検出器は、検出したイオンの情報を質量対電荷比に翻訳する。マーカーまたは他の物質の存在の検出は一般に、シグナル強度の検出を含む。これは、言い換えると、基材に結合しているマーカーの量および特徴を表すことができる。質量分析計のすべての構成要素(例えば、脱離源、質量分析器、検出器など)は、本願に記載した他の好適な構成要素または本発明の実施形態における当技術分野で周知の他のものと組み合わせることができる。
別の実施形態では、イムノアッセイを用いて、試料中のマーカーを検出して分析することができる。この方法は、(a)マーカーに特異的に結合する抗体を提供する工程と、(b)試料を抗体と接触させる工程と、(c)試料中のマーカーに結合している抗体の複合体の存在を検出する工程とを備える。
マーカーに特異的に結合する抗体の調製には、精製マーカーまたはそれらの核酸配列を用いることができる。マーカーに関する核酸およびアミノ酸配列を、これらのマーカーをさらなる特性決定により取得することができる。例えば、各マーカーは、多数の酵素(例えばトリプシン、V8プロテアーゼなど)でマッピングされたペプチドでもよい。各マーカーからの消化断片の分子量は、様々な酵素により生成された消化断片の分子量とマッチする配列について、SwissProtデータベースなどのデータベースを検索するのに用いられることができる。この方法を用いると、他のマーカーの核酸およびアミノ酸配列は、それらのマーカーがデータベース中の公知のタンパク質である場合、同定されることができる。
あるいは、本タンパク質を、タンパク質ラダーシーケンシングを用いてシークエンスすることができる。タンパク質ラダーを、例えば、分子を断片化し、断片を酵素消化に供することにより、または断片の末端から単一アミノ酸を連続して除去する別の方法により得ることができる。タンパク質ラダーの調製法は、例えば、国際公開公報第93/24834パンフレット(チェイトら(Chait et al.))および米国特許第5792664号明細書(チェイトら(Chait et al.))に記載されている。次いで、ラダーを質量分析により分析する。ラダー断片の質量における差異から分子末端から除去したアミノ酸を同定する。
マーカーがデータベース中の公知のタンパク質でない場合、核酸およびアミノ酸配列を、マーカーのアミノ酸配列の一部の情報により決定することができる。例えば、縮重プローブを、マーカーのN末端アミノ酸配列に基づいて作製することができる。次いで、これらのプローブを用いて、マーカーが最初に検出された試料から作製したゲノムまたはcDNAライブラリーをスクリーニングすることができる。陽性クローンを同定、増幅することができ、それらの組換え型DNA配列を、周知の技術を用いてサブクローニングすることができる。例えば、Current Protocols for Molecular Biology(オーズベルら(Ausubel et al.)、グリーンパブリッシングアソーシエーション アンド ウィリー−インターサイエンス(Green Publishing Assoc.and Wiley−Interscience)、1989年)、およびMolecular Cloning:A Laboratory Manual、第3版、(サンブルックら(Sambrook et al.)、コールドスプリングハーバーラボラトリー(Cold Spring Harbor Laboratory)、ニューヨーク、2001年)を参照されたい。
精製マーカーまたはそれらの核酸配列を用いて、マーカーに特異的に結合する抗体を当技術分野で周知の任意の好適な方法を使用して調製することができる。例えば、コリガン(Coligan)、Current Protocols in Immunology(1991年);ハーローおよびレーン(Harlow and Lane)、Antibodies:A Laboratory Manual(1988年);ゴーディング(Goding)、Monoclonal Antibodies:Principles and Practice(第2版、1986年);ならびに、コーラーおよびミルスタイン(Kohler and Milstein)、Nature 256巻:495〜497ページ、(1975年)を参照されたい。かかる技術としては、これらに限定されるものではないが、ファージまたは類似ベクター中の組換え型抗体のライブラリーから抗体を選択することによる抗体調製、ならびに、ウサギまたはマウスの免疫化によるポリクローナルおよびモノクローナル抗体の調製が挙げられる(例えば、ヒューズら(Huse et al.)、Science 246巻:1275〜1281ページ、(1989年);ワードら(Ward et al.)、Nature 341巻:544〜546ページ、(1989年)を参照されたい)。
抗体が提供された後、マーカーを、当技術分野で周知の任意の好適な免疫学的結合アッセイを用いて検出および/または定量することができる(例えば、米国特許第4366241号明細書;同第4376110号明細書;同第4517288号明細書;および同第4837168号明細書を参照されたい)。有用なアッセイとしては、例えば、酵素免疫吸着測定法(ELISA)などの酵素イムノアッセイ(EIA)、ラジオイムノアッセイ(RIA)、ウェスタンブロットアッセイまたはスロットブロットアッセイが挙げられる。またこれらの方法は、例えば、Methods in Cell Biology:Antibodies in Cell Biology、37巻(アサイ(Asai)編、1993年);Basic and Clinical Immunology(スタイツおよびテア(Stites and Terr)編、第7版、1991年);ならびにハーローおよびレーン(Harlow and Lane)(上掲)に記載されている。
一般に、被験体から得られた試料を、マーカーに特異的に結合する抗体と接触させることができる。場合により、抗体を試料と接触させる前に、抗体を固相支持体に固定し、複合体の洗浄とその後の単離を促進させることができる。固相支持体の例としては、例えば、マイクロタイタープレート、スティック、ビーズ、またはマイクロビーズなどの形態のガラスまたはプラスチックが挙げられる。また抗体を、プローブ基材またはマイクロチップアレイに付着させることができる。好ましくは、試料は被験体から得られた体液試料である。体液試料の例としては、脳脊髄液、血液、血清、血漿、ニューロン細胞、組織、尿、涙、唾液などが挙げられる。好ましい実施形態では、体液は脳脊髄液を含む。試料を抗体に接触させる前に、試料を好適な溶離剤で希釈することができる。
試料を抗体とともにインキュベートした後、混合物を洗浄し、形成された抗体マーカー複合体を検出することができる。これは、洗浄混合物を検出試薬とインキュベートすることにより達成することができる。この検出試薬は、例えば、検出可能な標識で標識化した2次抗体でもよい。具体的かつ検出可能な標識としては、マグネティックビーズ(例えば、DYNABEADS(商標))、蛍光染料、放射標識、酵素(例えば、西洋ワサビパーオキシド、アルカリホスファターゼ、およびELISAで一般に使用されている他の酵素)、ならびに、コロイド金または着色ガラスまたはプラスチックビーズなどの比色標識が挙げられる。あるいは、試料中のマーカーを、間接測定法(この場合、例えば、第2の標識抗体を用いて結合マーカー−特異抗体を検出する)を用いて検出することができ、かつ/あるいは競合アッセイまたは阻害アッセイ(この場合、例えば、マーカーの異なるエピトープに結合するモノクローナル抗体を同時に混合物とインキュベートする)において検出することができる。
アッセイ中、試薬の各組合せの後には、インキュベーションおよび/または洗浄工程が必要とされる場合がある。インキュベーション工程は、約5秒から数時間まで、好ましくは約5分から約24時間まで変えることができる。しかし、インキュベーション時間は、アッセイフォーマット、マーカー、溶液容量、濃度等によって決まる。通常、アッセイは室温で実施されるが、10℃〜40℃などの一連の温度範囲で実施されることができる。
イムノアッセイは、試料中のマーカーの存在または不在、および試料中のマーカーの量を測定するのに使用されることができる。まず、試料中のマーカーの試験量を上述のイムノアッセイ法を用いて検出することができる。マーカーが試料中に存在する場合、上述の好適なインキュベーション条件下で、マーカーに特異的に結合する抗体と抗体−マーカー複合体を形成する。抗体−マーカー複合体の量は、基準と比較することにより測定可能である。基準は、例えば、既知の化合物または試料中に存在することが知られている別のタンパク質でもよい。上述のように、測定単位を対照と比較することができる限り、マーカーの試験量を絶対単位で測定する必要はない。
試料中のこれらのマーカーの検出方法には多数の用途がある。例えば、一種または複数のマーカーを、脊髄損傷、脳損傷、ニューロン障害、アルコールおよび薬物乱用による損傷、腫瘍の程度、妊娠している母親によるアルコールおよび/または薬物乱用による胎児損傷の程度などの診断を補助するために測定することができる。別の例では、本マーカーの検出方法を、治療に対する被験体の応答をモニターするために用いることができる。別の例では、本マーカーの検出方法を、in vivoまたはin vitroにおいてこれらのマーカーの発現をモジュレートする化合物についてアッセイし、かつ化合物を同定するために用いることができる。
マーカーの脱離および検出により得られたデータを、任意の好適な手段を用いて分析することができる。一実施形態では、プログラム可能なデジタルコンピュータを使用してデータを分析する。コンピュータプログラムは一般に、コードを保管している可読媒体を含有している。特定のコードは、プローブ上の各特徴の位置、その特徴における吸着剤の特性、および吸着剤を洗浄するために使用する溶離条件が組み込まれているメモリーに供されることができる。またコンピュータは、インプットとして、プローブ上の特定のアドレス可能位置から受け取った様々な分子量のシグナル強度に関するデータを受け取るコードを有している。このデータは、各マーカーにより生じたシグナル強度をはじめとする、検出したマーカーの数値を示すことができる。
データ分析は、検出されたマーカーのシグナル強度(例えば、ピークの高さ)を測定する工程と、「外れ値」(所定の統計的分布に反するデータ)を除く工程とを含むことができる。観測されたピークを標準化することができるが、この工程により、いくつかのレファレンスに対する各ピークの高さが算出される。例えば、レファレンスは、目盛りで0として設定される、機器および化学物質(例えばエネルギー吸収分子)により生じたバックグラウンドノイズである可能性がある。次いで、各マーカーまたは他の生体分子について検出したシグナル強度を、所望の尺度での相対強度の形で示すことができる(例えば100)。あるいは、基準(例えばCSFタンパク質)を、基準から得たピークをレファレンスとして用いて、検出した各マーカーまたは他のマーカーについて観測したシグナルの相対強度が算出できるように、試料と一緒に加えることができる。
コンピュータは、表示用に、得られたデータを様々なフォーマットに変換することができる。あるフォーマットでは、「スペクトル画像または担持物質(retentate)マップ」と呼ばれる、基準スペクトル画像を表示することができるが、この場合、画像は、個々の特定の分子量で検出器に達しているマーカーの量を表す。別のフォーマットでは、「ピークマップ」と呼ばれ、ピークの高さと質量の情報のみがスペクトル画像から保持され、より鮮明な画像が得られるとともに、ほぼ同一の分子量を有するマーカーをより容易に確認できるようになる。さらに別のフォーマットでは、「ゲル画像」と呼ばれ、ピーク画像からの各質量を各ピークの高さに基づいた濃淡画像に変換することができ、その結果、電気泳動ゲル上のバンドに似た画面が得られる。さらに別のフォーマットでは、「3Dオーバーレイ」と呼ばれ、相対的なピーク高さの微妙な変化を研究するために数種類のスペクトルをオーバーレイすることができる。さらに別のフォーマットでは、「差異マップ画像」と呼ばれ、好適には、特異なマーカーおよび試料間でアップレギュレートまたはダウンレギュレートされるマーカーを強調して、2つ以上のスペクトルを比較することができる。任意の2種類の試料から得たマーカープロファイル(スペクトル)を目視により比較することができる。さらに別のフォーマットでは、Spotfire Scatter Plotを用いることができるが、この場合、検出されるマーカーをプロットでドットとして表示する(この場合、プロットの軸の1つが検出したマーカーの見掛けの分子量を表し、別の軸が検出したマーカーのシグナル強度を表す)。各試料については、検出されるマーカーおよび試料中に存在するマーカーの量はコンピュータの可読媒体に保存することができる。次いで、このデータを、対照(例えば、対照(例えば、腫瘍の検出が不可能な正常で健康な被験体)で検出されたマーカーのプロファイルまたは量)と比較することができる。
癌の診断
別の態様では、本発明は、一種または複数のマーカーを用いて、ヒト腫瘍および/または腫瘍障害の診断を補助する方法を提供する。例えば、Eph受容体、Eph受容体関連タンパク質、そのペプチド、断片および誘導体、ならびに、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片のいずれか一種からなるエフリン分子である。これらのマーカーを単独で用いてもよく、あるいは、任意の一組として他のマーカーと組み合わせて用いることもできる(例えば、CEA、Her2+)。多数の腫瘍抗原が当技術分野で周知である。例えば、バン デン アインデ ビージェイ(Van den Eynde BJ)、バン デル ブルゲン ピー(van der Bruggen P.)、Curr Opin Immunol 1997年;9巻:684〜93ページ;ハウフトン エーエヌ(Houghton AN)、ガルト ジェイエス(Gold JS)、ブルゲン エヌイー(Blachere NE.)、Curr Opin Immunol 2001年;13巻:134〜140ページ;バン デル ブルゲン ピー(van der Bruggen P)、チャン ワイ(Zhang Y)、ショー ピー(Chaux P)、シュトルーバン ブイ(Stroobant V)、パニケリ シー(Panichelli C)、シュルツ イーエス(Schultz ES)、シャピロ ジェイ(Chapiro J)、バン デン アインデ ビージェイ(Van den Eynde BJ)、ブラスール エフ(Brasseur F)、ブーン ティー(Boon T.)、Immunol Rev 2002年;188巻:51〜64ページ(これらを本願に援用する)を参照されたい。あるいは、腫瘍抗原に対する多数の抗体が市販されている。
別の態様では、本発明は、一種または複数のマーカーを用いて、ヒト腫瘍および/または腫瘍障害の診断を補助する方法を提供する。例えば、Eph受容体、Eph受容体関連タンパク質、そのペプチド、断片および誘導体、ならびに、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片のいずれか一種からなるエフリン分子である。これらのマーカーを単独で用いてもよく、あるいは、任意の一組として他のマーカーと組み合わせて用いることもできる(例えば、CEA、Her2+)。多数の腫瘍抗原が当技術分野で周知である。例えば、バン デン アインデ ビージェイ(Van den Eynde BJ)、バン デル ブルゲン ピー(van der Bruggen P.)、Curr Opin Immunol 1997年;9巻:684〜93ページ;ハウフトン エーエヌ(Houghton AN)、ガルト ジェイエス(Gold JS)、ブルゲン エヌイー(Blachere NE.)、Curr Opin Immunol 2001年;13巻:134〜140ページ;バン デル ブルゲン ピー(van der Bruggen P)、チャン ワイ(Zhang Y)、ショー ピー(Chaux P)、シュトルーバン ブイ(Stroobant V)、パニケリ シー(Panichelli C)、シュルツ イーエス(Schultz ES)、シャピロ ジェイ(Chapiro J)、バン デン アインデ ビージェイ(Van den Eynde BJ)、ブラスール エフ(Brasseur F)、ブーン ティー(Boon T.)、Immunol Rev 2002年;188巻:51〜64ページ(これらを本願に援用する)を参照されたい。あるいは、腫瘍抗原に対する多数の抗体が市販されている。
腫瘍抗原の例としては、これらに限定されるものではないが、突然変異による腫瘍抗原、例えば、α−アクチニン−4(肺癌);BCR−ABL融合タンパク質(b3a2)(慢性骨髄白血病);CASP−8(頭部および頚部扁平上皮癌);β−カテニン(黒色腫);Cdc27(黒色腫);CDK4(黒色腫);dek−can融合タンパク質(骨髄性白血病);伸長因子2(肺扁平上皮癌);ETV6−AML1融合タンパク質(急性リンパ芽球性白血病);LDLR−フコシルトランスフェラーゼAS融合タンパク質(黒色腫);HLA−A2dの過剰発現(腎細胞癌);hsp70−2(腎細胞癌);KIAAO205(膀胱癌);MART2(黒色腫);MUM−1f(黒色腫);MUM−2(黒色腫);MUM−3(黒色腫);neo−PAP(黒色腫);ミオシンクラスI(黒色腫);OS−9g;(黒色腫);pml−RARα融合タンパク質(前骨髄細胞白血病);PTPRK(黒色腫);K−ras(膵臓腺癌);N−ras(黒色腫)が挙げられる。分化腫瘍抗原の例としては、これらに限定されるものではないが、CEA(腸癌);gp100/Pmel17(黒色腫);カリクレイン4(前立腺);γグロブリン−A(乳癌);Melan−A/MART−1(黒色腫);PSA(前立腺癌);TRP−1/gp75(黒色腫);TRP−2(黒色腫);チロシナーゼ(黒色腫)が挙げられる。過剰発現腫瘍抗原または低発現腫瘍抗原としては、これらに限定されるものではないが、CPSF(偏在);EphA3;G250/MN/CAIX(胃、肝臓、膵臓);HER−2/neu;腸管カルボキシルエステラーゼ(肝臓、腸、腎臓);α−フェトプロテイン(肝臓);M−CSF(肝臓、腎臓);MUCl(腺上皮);p53(偏在);PRAME(精巣、卵巣、子宮内膜、副腎);PSMA(前立腺、CNS、肝臓);RAGE−1(網膜);RU2AS(精巣、腎臓、膀胱);スルビビン(survivin)(偏在);テロメラーゼ(精巣、胸腺、骨髄、リンパ節);WT1(精巣、卵巣、骨髄、脾臓);CA125(卵巣)が挙げられる。
Ephバイオマーカーは、ヒト患者(例えば、GBM罹患患者などの癌患者)および腫瘍の検出が不可能な正常被験体の試料中に差異的に存在している。例えば、一部のマーカーは、正常被験体と比べた場合、腫瘍および/または癌関連疾患に罹患しているヒト患者では高レベルで発現され、かつ/または高頻度で存在する。したがって、ヒトにおけるこれらの一種または複数のマーカーの検出は、ヒトが腫瘍および/または癌関連疾患に罹患している可能性に関する有用な情報を提供する。
本発明の組成物(例えば、ポリペプチド、ポリヌクレオチド、および/またはアゴニストもしくはアンタゴニスト)で治療、予防、および/または診断することができる他の疾患としては、これらに限定されるものではないが、神経系損傷、ならびに、軸索切断、ニューロンの減少もしくは退化、または脱髄などを起こす疾患、障害および/または状態が挙げられる。本発明に従って患者(ヒトおよび非ヒト哺乳動物の患者を含む)で治療、予防および/または診断され得る神経系病変としては、これらに限定されるものではないが、中枢神経系(脊髄、脳を含む)または末梢神経系のいずれかの以下の病変が挙げられる:(1)虚血性損傷、この場合、神経系の一部における酸素の欠乏でニューロンの損傷または死滅が起こり、これには、脳梗塞または脳虚血、または脊髄梗塞または、脊髄乏血が含まれる;(2)外傷性損傷、これには、人身事故によって生じた損傷、または外科手術(例えば、神経系の一部を切断する損傷)または圧迫傷に伴う損傷が含まれる;(3)悪性病変、この場合、神経系の一部が、神経系関連の悪性腫瘍または非神経系組織由来の悪性腫瘍のいずれかの悪性組織によって破壊または損傷されている;(4)感染性損傷、この場合、神経系の一部が、例えば、膿瘍による感染、あるいは、ヒト免疫不全ウイルス、帯状疱疹もしくは単純ヘルペスウイルス、またはライム病、結核、梅毒による感染の結果、破壊または損傷されている;(5)変性病変、この場合、神経系の一部が、これらに限定されるものではないが、パーキンソン病、アルツハイマー病、ハンチントン舞踏病または筋萎縮性側索硬化症(ALS)に随伴する変性をはじめとする、変性過程の結果、破壊または損傷されている;(6)栄養性疾患、障害および/または症状に随伴した病変、この場合、神経系の一部が、これらに限定されるものではないが、ビタミンB12欠乏症、葉酸欠乏症、ウェルニッケ病、タバコアルコール性弱視、マルキアファーヴァービニャーミ病(脳梁の1次変性)およびアルコール中毒性小脳変性をはじめとする、栄養障害または代謝障害によって破壊または損傷している;(7)これらに限定されるものではないが、糖尿病(糖尿病性神経障害、ベル麻痺)、全身性紅斑性狼瘡、癌腫またはサルコイドーシスをはじめとする、全身性疾患に随伴する神経障害;(8)アルコール、鉛、特に神経毒をはじめとする、毒性物質によって生じた病変;および(9)脱髄病変、この場合、神経系の一部が、これらに限定されるものではないが、多発性硬化症、ヒト免疫不全ウイルスに随伴する脊髄障害、横断脊髄障害または様々な病因、進行性多病巣性白質脳症、および橋中央ミエリン溶解をはじめとする、脱髄疾患によって破壊または損傷している。
したがって、本発明の実施形態は、(a)試料中の少なくとも一種のマーカーを検出する工程であって、該マーカーは、Eph受容体、Eph関連受容体、そのペプチド、断片および誘導体のいずれか一種から選択される工程と、(b)一種または複数のマーカーの検出をヒトの腫瘍および/または癌関連疾患の可能性の高い診断と相関させる工程とを備える、ヒトの腫瘍および/または癌関連疾患の診断方法を含んでいる。相関は、(例えば、ヒト腫瘍が検出不可能な正常被験体における)対照の一種または複数のマーカーの量(一種または複数のマーカーのアップレギュレーションまたはダウンレギュレーション)と比較した場合の試料中の一種または複数のマーカーの量を考慮に入れることができる。相関は、試験試料中のマーカーの存在または不在、および対照中の同一マーカーの検出頻度を考慮に入れることができる。相関は、被験体に腫瘍があるかどうかの決定を容易にするかかる要因、腫瘍の重症度、および損傷の細胞下の位置を考慮に入れてもよく、入れなくてもよい。
好適なすべての試料を、マーカーを検出するために被験体から取得することができる。好ましくは、試料は、被験体の血液試料および/または脳脊髄液試料である。所望であれば、マーカーの検出力を向上させるために、上述のようにして試料を調製することができる。例えば、マーカーの検出力を向上させるには、好ましくは、被験体の血清試料を、例えば、シバクロンブルーアガロースクロマトグラフィーおよび一本鎖DNAアフィニティークロマトグラフィー、陰イオン交換クロマトグラフィー等により分画することができる。前分画プロトコルなどの試料調製は任意であり、用いる検出方法によってはマーカーの検出力の向上に必要でない場合がある。例えば、マーカーに特異的に結合する抗体を試料中のマーカーの存在の検出に用いる場合、試料調製は不要となる可能性がある。
試料中の一種または複数のマーカーの検出に、好適なすべての方法を用いることができる。例えば、イムノアッセイまたは気相イオン分光測定を上述のように用いることができる。これらの方法を用いると、一種または複数のマーカーを検出することができる。好ましくは、試料は、複数のマーカーの存在について試験する。複数のマーカーの存在の検出は、単一マーカー単独の場合よりも、診断医により多くの情報を提供する。特に、試料中の複数のマーカーの検出は、真陽性と真陰性の診断率を向上させ、偽陽性または偽陰性の診断率を低下させる。
次いで、一種または複数のマーカーの検出を、腫瘍および/または癌関連疾患の可能性の高い診断と相関させる。一部の実施形態では、マーカーの量を定量しない、マーカーの単なる存在または不在の検出は有用であり、腫瘍および/または癌関連疾患の可能性の高い診断と相関させることができる。例えば、腫瘍タンパク質、その断片または誘導体(例えば、Eph2Aなど)は、正常被験体に比べると癌患者で検出できる場合が多い。
他の実施形態では、マーカーの検出は、マーカーの検出を腫瘍の可能性の高い診断、腫瘍重症度、腫瘍障害の診断等と相関させるために、マーカーを定量することを含むことができる。したがって、試験している被験体で検出されたマーカーの量が対照の量と比べて高い場合、試験している被験体は腫瘍がある可能性が高い。
同様に、別の実施形態では、マーカーの検出は、マーカーが正常な被験体の血清試料よりも患者のCSFまたは血清試料中に少量で存在する場合に、マーカーの検出を、腫瘍の可能性の高い診断、腫瘍重症度等と相関させるために、マーカーを定量することをさらに含むことができる。したがって、試験している被験体で検出されたマーカーの量が対照の量に比べて低い場合、試験している被験体は腫瘍がある可能性が高い。
マーカーを定量する場合、マーカーを対照と比較することができる。対照は、例えば、腫瘍が検出不可能である正常被験体の比較可能な試料中に存在するマーカーの平均値または中央値でもよい。対照量を、試験量を測定する場合と同じまたは実質的に同様な実験条件下で測定する。例えば、試験試料を被験体の脳脊髄液および/または血清試料から得て、マーカーを特定のプローブを用いて検出する場合、その後、マーカーの対照量を同じプローブを用いて患者の血清試料から測定することが好ましい。マーカーの対照量を、腫瘍および/またはニューロン障害に罹患していない正常被験体から得た多数の試料に応じて、それがその群におけるマーカー量の変化を反映するように測定することが好ましい。
次いで、質量分析によって得られたデータを、コンピュータソフトウェアにより分析することができる。ソフトウェアは、質量分析計からのシグナルをコンピュータの読取り可能な形態に変換するコードを含むことができる。またソフトウェアは、シグナルが本発明のマーカーに対応するシグナル中の「ピーク」を表すか、他の有用なマーカーを表すかどうかを測定するシグナル分析にアルゴリズムを適用するコードを含むことができる。またソフトウェアは、試験試料からのシグナルを「正常」およびヒト腫瘍の典型的なシグナル特性と比較するアルゴリズムを実施し、2つのシグナル間の適合の近さを測定するコードを含むことができる。またソフトウェアは、試験試料がどれに近いかを示し、それにより可能性の高い診断を提供するコードを含むことができる。
腫瘍バイオマーカーを検出するための抗体の産生
Eph+腫瘍等に罹患している患者の試料から得られた腫瘍バイオマーカーを、上述のようにして調製することができる。さらに、腫瘍バイオマーカーに酵素消化を行い、ペプチド対全タンパク質に存在し得る異なる抗原エピトープに対する抗体を産生するためのバイオマーカーの断片またはペプチドを得ることができる。抗原エピトープは、例えば、特異的にエピトープに結合する抗体(モノクローナル抗体を含む)の産生に有用である。抗原エピトープを、イムノアッセイで標的分子として用いることができる。(例えば、ウィルソンら(Wilson et al.)、Cell 37巻:767〜778ページ(1984年);サトクリフら(Sutcliffe et al.)、Science 219巻:660〜666ページ(1983年)を参照されたい)。
Eph+腫瘍等に罹患している患者の試料から得られた腫瘍バイオマーカーを、上述のようにして調製することができる。さらに、腫瘍バイオマーカーに酵素消化を行い、ペプチド対全タンパク質に存在し得る異なる抗原エピトープに対する抗体を産生するためのバイオマーカーの断片またはペプチドを得ることができる。抗原エピトープは、例えば、特異的にエピトープに結合する抗体(モノクローナル抗体を含む)の産生に有用である。抗原エピトープを、イムノアッセイで標的分子として用いることができる。(例えば、ウィルソンら(Wilson et al.)、Cell 37巻:767〜778ページ(1984年);サトクリフら(Sutcliffe et al.)、Science 219巻:660〜666ページ(1983年)を参照されたい)。
腫瘍バイオマーカーエピトープを、例えば、当技術分野で周知の方法に従って抗体を誘導するのに用いることができる。(例えば、サトクリフら(Sutcliffe et al.)、上掲;ウィルソンら(Wilson et al.)、上掲;チャウら(Chow et al.)、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82巻:910〜914ページ;および、ビットルら(Bittle et al.)、J.Gen.Virol.66巻:2347〜2354ページ(1985年)を参照されたい。)一種または複数の免疫原性エピトープを含んでいる腫瘍ポリペプチドは、動物系(ウサギまたはマウスなど)に担体タンパク質(アルブミンなど)とともに抗体応答を引き出すために提供することができるか、ポリペプチドが十分な長さ(少なくとも約25個のアミノ酸)である場合には、ポリペプチドを担体なしで提供することができる。しかし、8〜10個のわずかなアミノ酸からなる免疫原性エピトープは、(例えばウェスタンブロッティングにおいて)変性ポリペプチド中の直鎖状エピトープに(少なくとも)結合可能な抗体を産生するのに十分であることが明らかとなっている。
本発明のエピトープを有するポリペプチドを、これらに限定されるものではないが、in vivoにおおける免疫化、in vitroにおける免疫化、およびファージディスプレイ法をはじめとする、当技術分野で周知の方法に従って抗体を誘導するのに用いることができる。例えば、サトクリフら(Sutcliffe et al.)、上掲;ウィルソンら(Wilson et al.)、上掲、およびビットルら(Bittle et al.)、J.Gen.Virol.、66巻:2347〜2354ページ(1985年)を参照されたい。in vivoにおける免疫化を用いる場合、動物を遊離ペプチドで免疫化することができる。しかし、抗ペプチド抗体価は、キーホールリンペットヘモシアニン(KLH)または破傷風トキソイドなどの巨大分子担体にペプチドを結合することにより追加免疫することができる。例えば、システイン残基を含有しているペプチドは、マレイミドベンゾイル−N−ヒドロキシスクシンイミドエステル(MBS)などのリンカーを用いて担体に結合させることができるが、他のペプチドは、グルタルアルデヒドなどのより一般的なカップリング剤を用いて担体に結合させることができる。ウサギ、ラットおよびマウスなどの動物は、例えば、ペプチドまたは担体タンパク質約100μg、フロイントアジュバントまたは免疫応答の刺激に関して周知の他のアジュバントを含有するエマルジョンを腹膜腔内注射および/または皮内注射することにより、遊離ペプチドまたは担体結合ペプチドで免疫化する。例えば、固体表面に吸着されている遊離ペプチドを用いるELISAアッセイにより検出可能な、抗ペプチド抗体の有用な力価を得るには、数種類のブースター注射が、例えば約2週の間隔で、必要であるかもしれない。免疫動物由来の血清中の抗ペプチド抗体の力価は、抗ペプチド抗体の選択により、例えば、当技術分野で周知の方法に従って固相支持体上へペプチドを吸着させ、選択した抗体を溶離させることにより、高めることができる。
また核酸腫瘍バイオマーカーエピトープは、発現ポリペプチドの検出および精製を補助するため、エピトープタグ(例えば、ヘムアグルチニン(「HA」)タグまたはフラグタグ)として対象の遺伝子と再結合させることができる。例えば、ヤンクネヒトら(Janknecht et al.)によって記載されている系では、ヒト細胞系で発現した未変性融合タンパク質を容易に精製することができる(ヤンクネヒトら(Janknecht et al.)、1991年、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88巻:8972〜897ページ)。この系では、遺伝子のオープンリーディングフレームが6個のヒスチジン残基からなるアミノ末端タグに翻訳的に融合するように、対象の遺伝子をワクシニア組換えプラスミドへサブクローニングする。タグは、融合タンパク質においてマトリックス結合ドメインとして機能する。組換え型ワクシニアウイルスで感染させた細胞の抽出物をNi2+ニトリロ酢酸アガロースカラムに充填し、イミダゾールを含むバッファーでヒスチジンタグタンパク質を選択的に溶出させることができる。
本発明の抗体を、当技術分野で周知の任意の好適な方法により産生することができる。本発明の抗体はポリクローナル抗体を含むことができる。ポリクローナル抗体の調製方法は当業者に周知である(ハーローら(Harlow,et al.)、Antibodies:A Laboratory Manual、(コールドスプリングハーバーラボラトリープレス(Cold spring Harbor Laboratory Press)、第2版(1988年)、これを本願に援用する)。例えば、本発明のポリペプチドは、抗原に特異的なポリクローナル抗体を含有する血清の生産を誘導するため、これらに限定するものではないが、ウサギ、マウス、ラットなどの様々な宿主動物に投与されることができる。本発明のポリペプチドの投与は、免疫剤の一種または複数の注射剤を必要とし、所望によりアジュバントが必要である。種々のアジュバントを、宿主種に応じて免疫応答を高めるために用いることができるが、これには、これに限定するものではないが、フロイントアジュバント(完全および不完全アジュバント)、水酸化アルミニウムなどのミネラルゲル剤、リゾレシチンなどの表面活性物質、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油乳剤、キーホールリンペットヘモシアニン、ジニトロフェノール、ならびにBCG(カルメット−ゲラン杆菌)およびコリネバクテリウムパルブムなどの有用な可能性のあるヒトアジュバントが挙げられる。また、かかるアジュバントも当技術分野で周知である。本発明において、「免疫剤」とは、本発明のポリペプチド(その断片、変異体および/または誘導体を含む)として、さらに、本願に記載され得るような異種ポリペプチドおよび他の形態のポリペプチドとの融合物として定義されることができる。
一般に、免疫剤および/またはアジュバントは、頻回皮下注射または腹膜腔内注射によって哺乳動物に注射されるが、筋肉内投与またはLV投与を行うこともできる。免疫剤は、本発明のポリペプチドまたはその融合タンパク質または変異体を含むことができる。ポリペプチドの性質(すなわち、疎水率、親水率、安定性、総電荷、等電点など)に応じて、免疫化する哺乳動物において免疫原性であることが知られているタンパク質へ免疫剤を結合させることは有用である場合がある。かかる結合には、共有結合が形成されるように活性のある化学官能基を本発明のポリペプチドおよび免疫原性タンパク質の双方に誘導することによる化学結合、または融合タンパク質に基づく方法もしくは当業者に周知の他の方法による化学的結合が含まれる。かかる免疫原性タンパク質の例としては、これらに限定するものではないが、キーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシチログロブリンおよび大豆トリプシンインヒビターが挙げられる。様々なアジュバントを、宿主種に応じて免疫応答を高めるために用いることができるが、これには、これに限定するものではないが、フロイントアジュバント(完全および不完全アジュバント)、水酸化アルミニウムなどのミネラルゲル剤、リゾレシチンなどの表面活性物質、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油乳剤、キーホールリンペットヘモシアニン、ジニトロフェノール、ならびにBCG(カルメット−ゲラン杆菌)およびコリネバクテリウムパルブムなどの有用性のあるヒトアジュバントが挙げられる。使用可能なアジュバントのさらなる例としては、MPL−TDMアジュバント(モノホスホリルリピッドA、合成トレハロースジコリノマイコレート)が挙げられる。免疫化プロトコルは、当業者により不要な試験を行うことなく選択されることができる。
また本発明の抗体は、モノクローナル抗体も含むことができる。モノクローナル抗体を、ハイブリドーマ法、例えば、コーラーおよびミルスタイン(Kohler and Milstein)、Nature、256巻:495ページ(1975年)、およびハーローら(Harlow,et al.)による米国特許第4376110号明細書、Antibodies:A Laboratory Manual、(コールドフプリングファーバーラボラトリープレス(Cold spring Harbor Laboratory Press)、第2版、(1988年)、ハマーリングら(Hammerling,et al.)、Monoclonal Antibodies and T−Cell Hybridomas社(ニューヨーク州エルゼビア(Elsevier)所在、(1981年))に記載されているもの、または当業者に周知の他の方法を用いて調製することができる。モノクローナル抗体を産生するのに使用可能な他の方法の例としては、これらに限定するものではないが、ヒトB細胞ハイブリドーマ法(コスボルら(Kosbor et al.)、1983年、Immunology Today 4巻:72ページ;コールら(Cole et al.)、1983年、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 80巻:2026〜2030ページ)、およびEBVハイブリドーマ法(コールら(Cole et al.)、1985年、Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy、アランアールリスインコーポレイティッド社(Alan R.Liss,Inc.)、77〜96ページ)が挙げられる。かかる抗体は、IgG、IgM、IgE、IgA、IgDおよびその任意のサブクラスをはじめとする、すべての免疫グロブリンのクラスでもよい。本発明のmAbを産生するハイブリドーマは、in vitroまたはin vivoで培養されることができる。in vivoにおける高力価のmAbsの産生が、現在の好ましい産生方法となっている。
ハイブリドーマ法においては一般に、マウス、ヒト化マウス、ヒト免疫系を有するマウス、ハムスター、または他の適切な宿主動物を免疫剤で免疫化し、免疫剤に特異的に結合する抗体を産生するか、または産生し得るリンパ球を誘導する。あるいは、リンパ球をin vitroで免疫化することができる。
免疫剤には一般に、腫瘍ポリペプチド、その断片または融合タンパク質が含まれる。通常、ヒト起源の細胞を所望の場合には末梢血リンパ球(「PBL」)を用いるか、あるいは非ヒト哺乳動物起源を所望の場合には脾臓細胞またはリンパ節細胞を用いる。次いで、ポリエチレングリコールなどの好適な融合剤を用いてリンパ球を不死化細胞系と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成させる(ゴーディング(Goding)、Monoclonal Antibodies:Principles and Practice、アカデミックプレス(Academic Press)、(1986年)、59〜103ページ)。不死化細胞系は通常、形質転換した哺乳動物細胞、特に齧歯動物、ウシおよびヒト起源のミエローマ細胞である。通常、ラットまたはマウスのミエローマ細胞系を用いる。ハイブリドーマ細胞は、非融合の不死化細胞の増殖または生存を阻害する一種または複数の物質を好ましくは含有している好適な培地中で培養することができる。例えば、親細胞が酵素のヒポキサンチングアニンホスホリボシル転移酵素(HGPRTまたはHPRT)を欠損している場合、ハイブリドーマ用の培地は、一般にヒポキサンチン、アミノプテリンおよびチミジン(これらの物質はHGPRT欠損細胞の増殖を阻止する)を含む(「HAT培地」)。
好ましい不死化細胞系は、効率的に融合し、選択した抗体産生細胞による抗体の安定した高レベルの発現をサポートし、HAT培地などの培地に対して感度が高いものである。より好ましい不死化細胞系はマウスのミエローマ系であり、これは、例えば、Salk Institute Cell Distribution Center、カリフォルニア州サンディエゴ(San Diego)所在、およびAmerican Type Culture Collection、ヴァージニア州マナサス(Manassas)所在から入手することができる。本願の全体を通して推測されるように、ヒトミエローマ細胞系およびマウス−ヒトヘテロミエローマ細胞系もまたヒトモノクローナル抗体の産生についてすでに記載されている(コズボル(Kozbor)、J.Immunol.、133巻:3001ページ(1984年);ブローダーら(Brodeur et al.)、Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications、マルセルデッカーインコーポレイディッド社(Marcel Dekker,Inc.)、ニューヨーク、(1987年)、51〜63ページ)。
次いで、ハイブリドーマ細胞を培養した培地を、本発明の腫瘍ポリペプチドに対するモノクローナル抗体の存在についてアッセイすることができる。好ましくは、ハイブリドーマ細胞により産生されたモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降、またはin vitroにおける結合アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ(RIA)もしくは酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)などにより測定される。かかる技術は当技術分野で、また当業者に周知である。モノクローナル抗体の結合親和性を、例えばthe Scatchard analysis of Munson and Pollart、Anal.Biochem.、107巻:220ページ(1980年)により測定することができる。
所望のハイブリドーマ細胞を同定した後、クローンを限界希釈法方法によりサブクローニングし、標準法(ゴーディング(Goding)、前掲)によって増殖させることができる。この目的に好適な培地としては、例えば、ダルベッコ改変イーグル培地およびRPMI−1640が挙げられる。あるいは、ハイブリドーマ細胞を、哺乳動物内の腹水などin vivoで増殖させることができる。
サブクローンにより分泌されたモノクローナル抗体を、例えば、プロテインAセファロース、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル排除クロマトグラフィー、ゲル電気泳動法、透析、またはアフィニティークロマトグラフィーなどの慣用の免疫グロブリン精製法によって、培地または腹水から単離または精製することができる。
当業者は、モノクローナル抗体の産生に多数の技術が当技術分野に存在すること、したがって、本発明がハイブリドーマにおけるそれらの単独産生に限定されるものではないことを理解するであろう。例えば、モノクローナル抗体を、米国特許第4816567号明細書に記載されているような組換えDNA法によって調製することができる。本願では、「モノクローナル抗体」という用語は、単一真核生物、ファージ、または原核生物クローン由来の抗体を意味する。本発明のモノクローナル抗体をコードしているDNAを、慣用の方法を用いて(例えば、マウス抗体の重鎖および軽鎖、またはヒト起源、ヒト化起源、または他の起源由来のかかる鎖をコードしている遺伝子に特異的に結合し得るオリゴヌクレオチドプローブを用いることにより)、容易に単離、シークエンスすることができる。本発明のハイブリドーマ細胞は、かかるDNAの好ましい供給源として有用である。単離した後、DNAは発現ベクターに入れ、次いで、これを宿主細胞(例えば、サルCOS細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、または、それ以外に免疫グロブリンタンパク質を産生しないミエローマ細胞など)に形質転換し、組換え型宿主細胞でモノクローナル抗体を合成することができる。
ハイブリドーマ技術を用いて特異抗体を産生しスクリーニングする方法は、慣用技術であり、当技術分野で周知である。例としては(これに限定するものではない)、マウスを、バイオマーカーポリペプチドまたはかかるペプチドを発現する細胞で免疫化することができる。免疫応答が検出されたなら(例えば、抗原に特異的な抗体がマウス血清中で検出されたなら)、マウス脾臓を回収し、脾細胞を単離する。次いで、脾細胞を、任意の好適なミエローマ細胞(例えば、ATCCから入手可能な細胞系SP20由来の細胞)に周知の技術を用いて融合する。ハイブリドーマを限界希釈により選択し、クローニングする。次いで、ハイブリドーマクローンを、本発明のポリペプチドを結合し得る抗体を分泌する細胞に関して当技術分野で周知の方法によりアッセイする。腹水(通常、高濃度の抗体を含有している)を、陽性ハイブリドーマクローンでマウスを免疫化することによりを生成することができる。
したがって、本発明は、モノクローナル抗体の産生方法、ならびに、本発明の抗体を分泌するハイブリドーマ細胞を培養する工程であって、この場合、好ましくは、該ハイブリドーマは、本発明の抗原をミエローマ細胞とともに免疫化したマウスから単離した脾細胞を融合することにより生成する工程と、次いで、本発明のポリペプチドを結合し得る抗体を分泌するハイブリドーマクローンに関して融合物から得られたハイブリドーマをスクリーニングする工程とを備える方法により産生される抗体を提供する。腫瘍バイオマーカー、そのペプチドおよび誘導体を検出する抗体は、イムノアッセイで、および腫瘍の診断、損傷および/または神経系障害の重症度の診断で使用する新規腫瘍バイオマーカーを同定する他の方法で用いられることができる。
また、腫瘍バイオマーカー特異抗体の大規模な産生に他の方法を用いることもできる。例えば、抗体を、当技術分野で周知の様々なファージディスプレイ法を用いて産生することもできる。ファージディスプレイ法では、機能抗体ドメインは、それらをコードするポリヌクレオチド配列を有するファージ粒子の表面上に提示される。特定の実施形態では、かかるファージは、レパートリーまたは組合せ抗体ライブラリー(例えば、ヒトまたはマウス)から発現される抗原結合ドメインを提示するのに利用されることができる。対象の抗原を結合する抗原結合ドメインを発現しているファージは、抗原を用いて(例えば、標識抗原または固体表面もしくはビーズに結合もしくは捕捉されている抗原を用いて)、選択、同定されることができる。これらの方法で用いられるファージは一般に線状ファージであり、これには、Fab、Fv、またはファージ遺伝子IIIまたは遺伝子VIIIタンパク質のいずれかに組換え的に融合されているジスルフィド安定化Fv抗体ドメインを含むファージから発現されるfdおよびM13結合ドメインが含まれる。本発明の抗体の作製に使用可能なファージディスプレイ法の例としては、ブリンクマンら(Brinkman et al)、J.Immunol.Methods 182巻:41〜50ページ(1995年);エイムズら(Ames et al.)、J.Immunol.Methods 184巻:177〜186ページ(1995年);ケットルボルフら(Kettleborough et al.)、Eur.J.Immunol.24巻:952〜958ページ(1994年);ペルシコら(Persic et al.)、Gene 187巻、9〜18ページ(1997年);バートンら(Burton et al.)、Advances in Immunology 57巻:191〜280ページ(1994年);PCT出願、PCT/GB91/01134号;国際公開公報第90/02809号パンフレット;国際公開公報第91/10737号パンフレット;国際公開公報第92/01047号パンフレット;国際公開公報第92/18619号パンフレット;国際公開公報第93/11236号パンフレット;国際公開公報第95/15982号パンフレット;国際公開公報第95/20401号パンフレット;ならびに米国特許第5698426号明細書;第5223409号明細書;第5403484号明細書;第5580717号明細書;第5427908号明細書;第5750753号明細書;第5821047号明細書;第5571698号明細書;第5427908号明細書;第5516637号明細書;第5780225号明細書;第5658727号明細書;第5733743号明細書および第5969108号明細書(これらの各文献を本願に援用する)に記載されているものが挙げられる。
本発明の抗体は様々な有用性を有している。例えば、かかる抗体は、試料中の本発明のポリペプチドの存在または量を検出する診断アッセイで用いられることができる。かかる診断アッセイは、少なくとも2工程を含むことができる。第1は、試料を抗体に供する工程(この場合、該試料は、組織(例えばヒト、動物など)、体液(例えば血液、尿、喀痰、精液、羊水、唾液など)、生物学的抽出物(例えば組織、細胞のホモジェネートなど)、タンパク質マイクロチップ(例えば、アレンコフ ピーら(Arenkov P,et al.)、Anal Biochem.、278(2)巻:123〜131ページ(2000年)を参照されたい)、またはクロマトグラフィーカラムなどである)である。また第2の工程は、基材に結合している抗体の定量を含んでいる。あるいは、本方法は、さらに、抗体を固相支持体に、共有結合で、静電的に、または可逆的に結合させる第1の工程と、本願の上述および他の部分で定義したように、結合抗体を試料に供する第2の工程とを含んでもよい。
様々な診断アッセイ技術は、競合結合測定法、直接または間接サンドイッチアッセイ、および異種相または同種相のいずれかで実施される免疫沈降法など(ゾラ(Zola)、Monoclonal Antibodies:A Manual of Techniques、シーアールシープレスインコーポレイティッド社(CRC Press,Inc.)、(1987年)、l47〜158ページ)などが当技術分野で周知である。診断アッセイで用いられる抗体は、検出可能な成分で標識化可能である。検出可能な成分は、検出可能なシグナルを直接的または間接的に生産することができなければならない。例えば、検出可能な成分は、放射性同位元素、例えば2H、14C、32Pもしくは125I、蛍光化合物もしくは化学発光化合物、例えばフルオレセインイソチオシアネート、ローダミンもしくはルシフェリン、または酵素、例えばアルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、緑色蛍光タンパク質もしくは西洋ワサビペルオキシダーゼなどでもよい。検出可能な成分への抗体の結合に関する当技術分野で周知の任意の方法が使用可能であるが、これには、ハンターら(Hunter et al.)、Nature、144巻:945ページ(1962年);ダビッドら(David et al.)、Biochem.、13巻:1014ページ(1974年);ペインら(Pain et al.)、J.Immunol.Methods、40巻:219ページ(1981年);およびニーグレン(Nygren)、J.Histochem.Cytochem.、30巻:407ページ(1982年)により記載されている方法が含まれる。
腫瘍バイオマーカーを発現している核酸配列の同定
本発明の好ましい実施態様は、患者が癌であると診断された場合、遺伝子および/または変異体を同定し、これらの遺伝子によってコードされるタンパク質の作用を関連づけることである。感受性および抵抗性の個体を区別できる遺伝子の同定は、どの核酸配列が個体をEphに関連した癌に感受性にするかを区別するために重要である。
本発明の好ましい実施態様は、患者が癌であると診断された場合、遺伝子および/または変異体を同定し、これらの遺伝子によってコードされるタンパク質の作用を関連づけることである。感受性および抵抗性の個体を区別できる遺伝子の同定は、どの核酸配列が個体をEphに関連した癌に感受性にするかを区別するために重要である。
PCRによって個体から同定された遺伝子を増幅し、当該技術分野で周知の方法で配列を決定する。次いで、これらの核酸配列を、実施例ならびに材料および方法に記載されたアッセイに用いて、Eph+腫瘍を有すると同定された遺伝子の配列を関連づける。さらに多くの遺伝子配列および遺伝子配列のアミノ酸配列が同定されるにつれて、Eph2の発現効果と異なる遺伝子配列間の相関が可能となる。
さらに多くの遺伝子またはそれら遺伝子変異体が同定されるにつれて、オリゴヌクレオチド配列あるいはオリゴヌクレオチド配列の断片が作成され、類似の配列を有する遺伝子の精製、分離および検出のプローブとして使用することができる。各々のユニークな核酸が一定の場所に位置してアレイを形成するように、基材表面へ核酸のライブラリーを固定化して、目的の生体分子に結合できる核酸配列を同定することができる。次いで、核酸への生体分子の結合に好適な条件下で、本アレイを生体分子に曝露する。所望の結合特異性レベルにより、穏やかな緩衝液からストリンジェントな緩衝液までの条件を用いて、非特異的に結合した生体分子を洗い流すことができる。次いで、核酸配列を分析して、どの核酸配列が生体分子に結合したかを決定する。生体分子は、結合した核酸の位置の検出に使用する蛍光標識を有することが好ましい。核酸配列の固定化したアレイを用いるアッセイを、未知の核酸の配列決定、一塩基遺伝子多型(SNP)分析、特定の種、組織、細胞型などからの遺伝子発現パターンの分析、遺伝子の同定その他に用いることができる。次いで、任意の配列は以下に記載されているマクロファージ生存率測定、または何か他の身体的表現型の基準、例えば局在化、MAPキナーゼ3裂開パターンなどで試験することができる。
個々の遺伝子およびまたはそれらの変異体、ならびにそれらの発現産物の寄与を決定する他の方法。遺伝子またはそれら遺伝子の変異体を分離することができる。任意の遺伝領域を所望の任意の変異に不活化または変更するために、特異的変異を染色体変異体に挿入する標的化相同組み替えを用いる技術を利用できる。相同な変更事象を検出する一つの方法では、ポリメラーゼ連鎖反応法(PCR)を用いて、相同的な挿入に関して形質転換体細胞のプールをスクリーニングし、次いで個々のクローンをスクリーニングする(キムら(Kim et al.)、Nucleic Acids Res、第16巻、8887〜8903ページ、1988年;キムら(Kim et al.)、Gene、第103巻、227〜233ページ、1991年)。あるいは、相同的な挿入が生じた場合にのみ活性な標識遺伝子が作成され、これらの組換え体を直接選択できる正の遺伝的選択法が開発された(セジビら(Sedivy et al.)、Proc.Natl.Acad.Sci USA、第86巻、227〜231ページ、1989年)。選択相同組換え体選択のために開発された最も一般的な方法の一つは、変更の直接的な選択が存在しない遺伝子に対して開発された、ポジティブネガティブセレクション法(PNS)である(マンソウルら(Mansour et al.)、Nature、第336巻、348〜352ページ、1988年;カペッキ(Capecchi)、Science、第244巻、1288〜1292ページ、1989年;カペッキ(Capecchi)、Trends in Genet.第5巻、70〜76ページ、1989年)。PNS法は、標識遺伝子がそれ自体のプロモーターを有するので、高レベルで発現されない遺伝子を標的にするためにより効率的である。単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ(HSV−TK)遺伝子を用いて、そしてガンシクロビル(GANC)またはFIAU(1−(2−デオキシ2−フルオロ−B−D−アラビノフルラノシル)−5−ヨードウラシル)のようなヘルペス薬剤を使用して、この遺伝子の非相同的な挿入に対する選択により、非相同組換え体が選択される。この対抗選択によって、生存する形質転換体内の相同組換え体の数を増やすことができる。以下に記載されているように、このような形質転換体を表現型と関連づけることができる。
治療用化合物および組成物の候補
これらの方法で、対象を先に述べたように選択し、本発明により同定されたEphの対立遺伝子変異体または他の遺伝子の属性を試験する。EphおよびEphの対立遺伝子変異体、エフリン(エフリンA1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、これらの変異体および断片の任意の1つを含む)をコードするポリヌクレオチドを診断に用いることができる。Ephレベルを測定するための、ELISA、RIAおよびFACSを含む種々の手順が当分野において知られており、EphまたはEphにコードされた産物を検出する基礎を提供する。
これらの方法で、対象を先に述べたように選択し、本発明により同定されたEphの対立遺伝子変異体または他の遺伝子の属性を試験する。EphおよびEphの対立遺伝子変異体、エフリン(エフリンA1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、これらの変異体および断片の任意の1つを含む)をコードするポリヌクレオチドを診断に用いることができる。Ephレベルを測定するための、ELISA、RIAおよびFACSを含む種々の手順が当分野において知られており、EphまたはEphにコードされた産物を検出する基礎を提供する。
他の診断法には、種々の方法でのポリヌクレオチドの使用が含まれる。使用可能なポリヌクレオチドには、オリゴヌクレオチド配列、相補的RNAおよびDNA分子、ならびにPNAが含まれる。ポリヌクレオチドを、Ephの発現が癌に対する感受性と相関し得る生検組織で、遺伝子発現を検出し定量化するために使用できる。診断検査法はEphの欠如、存在および過剰発現を測定し、治療的介入の間のEphレベルの調節をモニターするために使用することができる。
好ましい実施形態では、腫瘍を治療するための候補治療薬を同定する方法は、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkまたはnuk受容体、そのタンパク質、ペプチド、断片および誘導体のいずれか一種を含む受容体を発現する単離細胞を培養する工程と、候補治療薬を培養細胞へ投与する工程と、候補治療薬の存在下または不在下における受容体の発現レベルおよびリン酸化を、正常細胞、およびエフリン分子の存在下で培養した細胞と比較した場合と相関させる工程と、それにより、Eph発現を減少させ、Eph分子を活性化する候補治療薬を同定する工程と、それにより、腫瘍治療用の候補治療薬を同定する工程とを備える。Eph分子の活性化は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph、および候補治療薬の存在下でのEphと比較した場合のチロシン分子のリン酸化によって測定される。活性化またはリン酸化状態を測定するためのリン酸化アッセイは、下記の実施例において記載される。Ephの発現は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph+細胞、および候補治療薬の存在下でのEph+細胞と比較される。
診断および候補薬剤の発見のための他の適切な方法には、試験試料をEph遺伝子、対立遺伝子もしくは対立遺伝子の断片、またはEph遺伝子、対立遺伝子もしくは対立遺伝子断片の発現産物と接触させる工程と、試験試料のEph遺伝子、対立遺伝子もしくは対立遺伝子断片、またはEph遺伝子、対立遺伝子もしくは対立遺伝子断片の発現産物との相互作用を検出する工程とが含まれる。試験試料は、哺乳動物組織または液体(例えば血液)試料である。Eph遺伝子、対立遺伝子もしくは対立遺伝子断片、またはEph遺伝子、対立遺伝子もしくは対立遺伝子断片の発現産物は、例えば蛍光または放射性成分で適切に検出可能な程度に標識されることができる。
他の好ましい実施態様においては、エフリン分子は、候補治療化合物の標的リガンドであり、候補治療化合物を同定するために使用される。好ましい実施態様では、腫瘍治療のための候補治療薬を同定する方法は、エフリンA1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片のいずれか一種を含む受容体を発現する単離細胞を培養する工程と、候補治療薬を培養細胞へ投与する工程と、候補治療薬の存在下または不在下における受容体の発現レベルおよびリン酸化を、正常細胞、およびエフリン分子の存在下で培養した細胞と比較した場合と相関させる工程と、それにより、Eph発現を減少させ、Eph分子を活性化する候補治療薬を同定する工程と、それにより、腫瘍治療用の候補治療薬を同定する工程とを備える。候補治療薬を正常細胞および癌細胞に投与し、エフリン分子への結合をアッセイすることが好ましい。例えば、エフリン分子への候補治療薬の結合を正常細胞および癌細胞への前記薬剤の結合と比較するような適切な対照が使用される。エフリン分子に対する結合によるこれらの候補治療薬の作用が、Eph分子の発現および活性化と比較される。ここでは、Eph分子の活性化は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEphおよび候補治療薬の存在下でのEphと比較され、チロシン分子のリン酸化により定量される。Ephの発現は、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph+細胞および候補治療薬の存在下でのEph+細胞と比較されることが好ましい。エフリンに結合する候補治療分子を同定する一つの例が、以下に示す実施例に記載されている。
一つの態様において、Ephまたは密接に関連した分子をコードするゲノム配列を含む、ポリヌクレオチド配列を検出できるオリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションを、Ephをコードする核酸配列を同定するために利用することができる。プローブが非常に特異的な領域、例えば5’制御領域から作成されるか、またはあまり特異的でない領域、例えば、保存されたモティーフから作成されるかというプローブの特異性、およびハイブリダイゼーションのストリンジェンシーまたは増幅(最大、高、中、または低)により、プローブがただ天然に存在するEphをコードする配列、対立遺伝子変異体または関連した配列のみを同定するかどうかが決まる。
またプローブは、関連した配列の検出に利用可能であり、好ましくは、Ephをコードする配列のいずれかに、少なくとも50%の配列同一性または相同性を有し、より好ましくは、Ephをコードする配列のいずれかに少なくとも約60、70、75、80、85、90または95パーセントの配列同一性有するべきである(BLASTプログラムの利用を含む、上述した配列同一性の決定)。本発明のハイブリダイゼーションプローブは、DNAまたはRNAでもよく、本発明の配列またはプロモーター、エンハンサー、およびEph遺伝子のイントロンを含むゲノム配列からから由来してもよい。
本願で用いられる「相同的な」とは、2つの重合体分子間、例えば2つのDNA分子などの2つの核酸分子間または2つのポリペプチド分子の間のサブユニット配列の類似性を意味する。2つの分子の双方のサブユニットの位置が同じ単量体のサブユニットで占められる(例えば、2つのDNA分子のそれぞれのある位置がアデニンによって占められる場合)場合には、それらサブユニットはその位置で相同的である。2つの配列間の相同性は、一致しているかまたは相同な位置の数の1次関数である。例えば、2つの化合物の配列の位置10個中5個が対合しているかまたは相同である場合、2つの配列は、50%相同であり、10個中9個が対合しているかまたは相同である場合は、2つの配列は90%の相同性を有する。一例として、DNA配列3’ATTGCC5’と3’TTTCCG5’とは50%の相同性を有する。
EphをコードするDNAに対する特異的ハイブリダイゼーションプローブを作成する方法は、mRNAプローブ生成のために、EphまたはEphの誘導体をコードするポリヌクレオチド配列をベクターにクローニングする工程を含む。このようなベクターは当分野において知られていて市販されており、適切なRNAポリメラーゼおよび適切な標識したヌクレオチドを添加することにより、in vitroでRNAプローブを合成するために利用することができる。ハイブリダイゼーションプローブは、種々のレポーター基、例えば32Pまたは35Sなどの放射性核種、またはアビジン−ビオチン結合系を介してプローブに結合したアルカリホスファターゼのような酵素標識、蛍光標識、その他によって標識可能である。
Ephをコードするポリヌクレオチド配列を、サザン分析またはノーザン分析、ドットブロットまたは他膜ベースの技術、PCR技術、ディップスティック、ピンおよびマルチフォーマットELISA様アッセイならびに患者からの体液または組織を利用して、Ephの変更した発現を検出するマイクロアレイで利用することができる。ゲルをベースとした移動度シフト分析が使用されてもよい。他の適切な定性的または定量的方法が当分野においてよく知られている。
遺伝子またはそれら遺伝子の変異体の同一性を、当該分野で周知の技術を用いて確認することができる。非限定例には、増幅遺伝子の核酸配列決定、一塩基多型分析(SNP)などのハイブリダイゼーション技術、目的の分子がバイオチップ上で固定化されているマイクロアレイが含まれる。重複するcDNAクローンは、蛍光色素ターミネーターを用いるジデオキシチェーンリアクションおよびABI配列決定装置(アプライドバイオシステムズ社(Applied Biosystems)、カリフォルニア州フォスター市(Foster City)所在)により配列決定されることができる。一つの成分が固定化された任意のタイプのアッセイが、本発明の基質プラットフォームを用いて実施可能である。一つの固定化された成分を利用するバイオアッセイは、当該分野で周知である。一つの固定化された成分を利用するアッセイの例には、例えば免疫測定法、タンパク質間相互作用の分析、タンパク質−核酸相互作用の分析、核酸間相互作用の分析、受容体結合実験、酵素アッセイ、リン酸化アッセイ、疾病状態を判定するための診断アッセイ、薬剤適合性分析のための遺伝プロファイリング、SNP検出その他が含まれる。
Eph受容体またはEph受容体関連遺伝子とは、遺伝子およびその変異体が生み出すことができる種々のmRNA転写物、ならびに明らかにされる可能性のあるさらに任意の遺伝子変異体を含む、遺伝子および現在既知のすべてのそれら遺伝子の変異体を意味する。例示的なEPH受容体には、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体が含まれる。リガンドには、これらに限定するものでないが、エフリンA−1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2およびエフリン−B3が含まれる。
しかしながら、一般にこのような変異体は、Ephの配列に対して、かなりの相同性(配列同一性)を有し、例えば、変異体はEphの配列に対して、少なくとも約70パーセントの相同性(配列同一性)を有し、より典型的には、Ephの配列に対して、少なくとも約75、80、85、90、95、97、98または、99の相同性(配列同一性)を有する。BLASTプログラムのような多くの標準的技術のいずれかにより、変異体の相同性を定量することができる。
各々のユニークな核酸が一定の場所に位置してアレイを形成するように、基材表面へ核酸のライブラリーを固定化して、目的の生体分子に結合できる核酸配列を同定することができる。次いで、核酸への生体分子の結合に好適な条件下で、本配列を生体分子に曝露する。所望の結合特異性レベルにより、穏やかな緩衝液からストリンジェントな緩衝液までの条件を用いて、非特異的に結合した生体分子を洗い流すことができる。次いで、核酸配列を分析して、どの核酸配列が生体分子に結合したかを決定する。生体分子は、結合した核酸の位置の検出に使用する蛍光標識を有することが好ましい。
核酸配列の固定化したアレイを用いるアッセイは、未知の核酸の配列決定、一塩基遺伝子多型(SNP)分析、特定の種、組織、細胞型などからの遺伝子発現パターンの分析、遺伝子の同定その他に用いることができる。
Ephコードする配列から設計されたオリゴヌクレオチドの他の診断用途には、PCRの使用が含まれてもよい。これらのオリゴマーは、化学的に合成可能であり、酵素的に作成可能であり、またはin vitroで生成可能である。オリゴマーは、Ephをコードするポリヌクレオチドの断片またはEphをコードするポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチド断片を含むことが好ましく、特異的遺伝子の同定に最適な条件下で用いられる。また、オリゴマーは、密接に関連しているDNAまたはRNA配列の検出または定量のためにストリンジェンシーの低い条件下で使用されてもよい。
高いストリンジェンシー条件が当分野において知られている。例えば、マニアチスら(Maniatis et al.)、Molecular Cloning:A Laboratory Manual、第2版、1989年、およびShort Protocols in Molecular Biology、アウスベルら(Ausubel et al.)編を参照のこと、この両方を参考として本願に組入れることとする。ストリンジェントな条件は配列依存性であり、そして異なる環境下で異なる。より長い配列が、より高い温度で特異的にハイブリッド形成する。核酸のハイブリダイゼーションについての広範なガイドは、チジュッセン(Tijssen)、Techniques in Biochemistry and Molecular Biology−Hybridization with Nucleic Acid Probes、「Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid assays」、(1993年)に見出される。一般的に、ストリンジェントな条件は、規定されたイオン強度およびpHでの特定の配列に対するする熱融点(Tm)よりも約5〜10℃低く選択される。Tmは、標的に相補的な核酸配列の50%が、平衡状態で標的配列にハイブリダイズする温度(規定されたイオン強度、pHおよび核酸濃度下で)である。ストリンジェントな条件は、塩濃度が約1.0Mのナトリウムイオン未満であり、代表的にはpH7.0〜8.3で、約0.01〜1.0Mのナトリウムイオン濃度(または他の塩類)であり、そして温度は、短い核酸配列(例えば10〜50のヌクレオチド)については、少なくとも約30℃であり、そして長い核酸配列(例えば、50のヌクレオチドより大きい)については少なくとも約60℃である条件である。またストリンジェントな条件は、ホルムアミドのような脱安定剤の添加により達成可能である。
「ストリンジェントハイブリダイゼーション」という語句は、本願においては、ポリ核酸ハイブリッドが安定である条件を指すのに使用される。当業者に知られているように、ハイブリッドの安定性はハイブリッドの融解温度(Tm)に反映される。一般に、ハイブリッドの安定性は、ナトリウムイオン濃度と温度の関数である。典型的には、ハイブリダイゼーション反応は、より低いストリンジェンシーの条件下で実施し、次いで種々の、しかしより高いストリンジェンシーで洗浄される。ハイブリダイゼーションストリンジェンシーに対する言及は、このような洗浄条件に関するものである。本願で用いられる「中等度のストリンジェントハイブリダイゼーション」という語句は、標的DNAと約60%の同一性を有する、好ましくは約75%の同一性を有する、より好ましくは約85%の同一性を有する相補的核酸に、標的DNAの結合を可能にする条件を意味する。標的DNAと約90%以上の同一性を有するものが特に好ましい。好ましくは、中等度にストリンジェント条件は、50%のホルムアミド、5×デンハルト溶液、5×SSPE、0.2%のSDS中で、42℃でのハイブリダイゼーション後、0.2×SSPE、0.2%SDS中で、65℃での洗浄に相当する条件である。
「高いストリンジェンシーハイブリダイゼーション」という語句は、例えば65℃で、0.018M NaCl中で安定なハイブリッドを形成する核酸配列のみのハイブリダイゼーションを可能にする条件を指す(すなわち、ハイブリッドが65℃で、0.018M NaCl中で安定でない場合、ハイブリッドは高いストリンジェンシー条件下で安定ではない)。高いストリンジェンシー条件を、例えば、50%ホルムアミド、5×デンハルト溶液、5×SSPE、0.2%SDS中、42℃でのハイブリダイゼーション後、0.1×SSPE、0.1%SDS中で、65℃での洗浄によって得ることができる。
「低いストリンジェンシーハイブリダイゼーション」という語句は、10%ホルムアミド、5×デンハルト溶液、6×SSPE、0.2%SDS中で、42℃でのハイブリダイゼーション後、1×SSPE、0.2%SDS中で、50℃での洗浄に相当する条件を指す。デンハルト溶液およびSSPE(サムブルックら(Sambrook et al.)、Molecular Cloning、A Laboratory Manual、コールドスプリングハーバーラボラトリープレス社(Cold Spring Harbor Laboratory Press)、1989年を参照)は、他の適切なハイブリダイゼーション緩衝液と同様に、当業者に周知である。
さらなる実施態様では、本願に記載されている、Ephのマウスまたはヒトポリヌクレオチド配列のいずれかから由来する、オリゴヌクレオチドまたはより長い断片を、マイクロアレイで標的として用いることができる。マイクロアレイは、同時に多数の遺伝子および遺伝子転写物の同一性および/または発現レベルをモニターし、EphまたはEphの産物が相互作用する遺伝子を同定するか、および/またはEphA2+受容体腫瘍感受性を媒介する遺伝子の調節における候補治療薬の有効性を評価するために用いることができる。マイクロアレイを、例えばヒトまたは他の研究対象または臨床患者などの哺乳動物からの生体試料でEphA2腫瘍感受性を媒介する遺伝的変異体、変異、および遺伝子の多型を同定するために、診断検査法で特に有利になるように用いることができる。この情報を、遺伝子機能の判定ならびに治療薬の活性を開発およびモニターするために用いることができる。
他の実施態様においては、本願のポリヌクレオチド配列のいずれかから由来するオリゴヌクレオチドまたはより長い断片(非限定的な様式で、ヒト配列を含む)およびそれらに隣接したゲノム配列を、例えばEphもしくは相同遺伝子群の一塩基遺伝子多型もしくは他の変動もしくは変異または相同遺伝子群、Ephの増幅もしくは相同の核酸配列を検出する診断試薬、および核酸配列決定方法に用いる診断試薬として用いることができる。
当該分野で公知の方法を用いて、マイクロアレイを調製、使用、そして分析することができる。(ブレナンら(Brennan et al.)、1995年、米国特許第5,474,796号明細書;スキナら(Schena et al.)、1996年、Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.第93巻、10614〜10619ページ;ボルデスクワイラら(Baldeschweiler et al.)、1995年、国際公開公報第95/251116号パンフレット;シャロンら(Shalon et al.)、1995年、国際公開公報第95/35505号パンフレット;ヘラーら(Heller et al.)、1997年、Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.第94巻、2150〜2155ページ、およびヘラーら(Heller et al.)、1997年、米国特許第5,605,662号明細書を参照)
またEphに関する発現または活性レベルをも調べることができる。正常な哺乳動物対象、好ましくはヒトから採取した、体液または細胞抽出物を複合体形成に適切な条件下で、Ephに対する抗体と組み合わせることにより、Eph発現に関する正常値または基準値が確立される。標準的複合体の形成量は、種々の方法によって、好ましくは測光手段で定量化可能である。対象、対照および生検組織からの疾病試料で発現するEph量を基準値と比較した。標準値と被験者値との偏差からEphバイオマーカー発現に関するパラメータを確立する。検討したパラメータには、下記および本願を通じて記載されたパラメータが含まれるがそれに限定されない。
またEphに関する発現または活性レベルをも調べることができる。正常な哺乳動物対象、好ましくはヒトから採取した、体液または細胞抽出物を複合体形成に適切な条件下で、Ephに対する抗体と組み合わせることにより、Eph発現に関する正常値または基準値が確立される。標準的複合体の形成量は、種々の方法によって、好ましくは測光手段で定量化可能である。対象、対照および生検組織からの疾病試料で発現するEph量を基準値と比較した。標準値と被験者値との偏差からEphバイオマーカー発現に関するパラメータを確立する。検討したパラメータには、下記および本願を通じて記載されたパラメータが含まれるがそれに限定されない。
候補薬剤は多数の化学物質群を含むが、典型的にはそれらは、小さな有機化合物、オリゴヌクレオチドを含む核酸、およびペプチドを含む有機化合物である。小さな有機化合物は、例えば約40または50以上だが約2,500未満の分子量を適切に有してもよい。候補薬剤は、タンパク質および/またはDNAと相互作用する化学官能基を含んでもよい。
候補薬剤を、合成または天然化合物のライブラリーを含む様々な供給源から得ることができる。例えば様々な有機化合物およびランダム化したオリゴヌクレオチドの形質発現を含む生体分子のランダムなおよび誘導された合成に、多数の方法が利用可能である。あるいは、例えば細菌、菌類および動物の抽出液の形の自然化合物のライブラリーを利用、または容易に生成することができる。
本発明の治療薬アッセイは、適切には動物モデル、細胞に基づく方式および非細胞に基づく方式を含む。
好ましくは、Eph、変異体、断片、もしくは断片のオリゴペプチドを、例えば化合物のライブラリーをスクリーニングして、治療上重要な薬剤を同定するために使用するか、または別の種々の薬物スクリーニングあるいは分析技術のいずれかにより目的の化合物を同定するために使用する。このようなスクリーニングに使用されるEph、対立遺伝子、断片、または断片のオリゴペプチドは溶液中で遊離しているか、固体支持体に固定したものか、細胞表面に付着したものか、または細胞内に定着したものでもよい。Ephと試験する薬剤間での結合複合体の形成を測定し、次いで試験することができる。
好ましくは、Eph、変異体、断片、もしくは断片のオリゴペプチドを、例えば化合物のライブラリーをスクリーニングして、治療上重要な薬剤を同定するために使用するか、または別の種々の薬物スクリーニングあるいは分析技術のいずれかにより目的の化合物を同定するために使用する。このようなスクリーニングに使用されるEph、対立遺伝子、断片、または断片のオリゴペプチドは溶液中で遊離しているか、固体支持体に固定したものか、細胞表面に付着したものか、または細胞内に定着したものでもよい。Ephと試験する薬剤間での結合複合体の形成を測定し、次いで試験することができる。
薬物スクリーニングの他の技術では、目的のタンパク質に対して適切な結合親和性を有する化合物の高処理能力のスクリーニングを提供する(例えば、ゲイセンら(Geysen et al.)、1984年、国際公開公報第84/03564号パンフレットを参照)。この方法では多数の異なる小さな試験化合物が固体基質上で合成される。試験化合物は、EphまたはEphの断片と反応し、そして洗い流される。次いで、当該技術分野で周知の方法で結合したEphが検出される。上述した薬物スクリーニング技術で使用のために、精製したEphはまた、プレート上へ直接コーティング可能である。あるいは非中和性抗体を、ペプチドを捕獲し個体支持体上にペプチドを固定するために使用することができる。
発現ベクター
上記したように、本発明で同定された核酸配列の好ましい用途は、腫瘍を改善する治療法の創出である。Eph受容体およびEph−受容体に関連した遺伝子は、野生型、対立遺伝子、変異体、変異または遺伝子の断片をコードするDNA断片を含むベクターによって発現することができる。またEph遺伝子の変異および対立遺伝子は、治療法用ベクターの作成に使用できることが好ましい。Eph2+を発現する所望の核酸配列を含むベクターは、少なくとも一つのこのような核酸配列を有することが好ましい。あるいは、ベクターは2つ以上のこのような核酸配列または対立遺伝子変異体の組合せを含んでもよい。また、ベクターは異なる対立遺伝子変異体のカセットまたは野生型Eph遺伝子を含むことができる。
上記したように、本発明で同定された核酸配列の好ましい用途は、腫瘍を改善する治療法の創出である。Eph受容体およびEph−受容体に関連した遺伝子は、野生型、対立遺伝子、変異体、変異または遺伝子の断片をコードするDNA断片を含むベクターによって発現することができる。またEph遺伝子の変異および対立遺伝子は、治療法用ベクターの作成に使用できることが好ましい。Eph2+を発現する所望の核酸配列を含むベクターは、少なくとも一つのこのような核酸配列を有することが好ましい。あるいは、ベクターは2つ以上のこのような核酸配列または対立遺伝子変異体の組合せを含んでもよい。また、ベクターは異なる対立遺伝子変異体のカセットまたは野生型Eph遺伝子を含むことができる。
Eph受容体の細胞外ドメインの類似性に基づき、およびEph受容体の膜結合型のリガンド(エフリン)と相互作用するEph受容体の能力に基づき、Eph受容体の14のメンバーをAとBのクラスに分割した。Eph受容体の内因性リガンドが隣接細胞の表面に固着して、上皮細胞成長因子(EGF)および血管内皮成長因子(VEGF)のような一般的に可溶性因子を結合する受容体チロシンキナーゼの中で、Eph受容体をユニークなものにしている。
上記したように、細胞間の接触依存的な過程を介する癌の発症間の軸索の誘導に関して、大部分のEph受容体は重要な役割を果たしている。しかしながら、通常、EphA2は成人上皮細胞表面上で、低濃度で発現している。そしてEphA2は細胞間接合部に局在し、そこではほとんど全の受容体が、その受容体のリガンド(エフリンA1)と結合している。EphA2は、結腸癌、乳癌、膵癌を含むいくつかのヒト上皮癌では有意に過剰発現している。癌組織での不安定な細胞間接触が、隣接細胞上のエフリンA1と相互作用するEphA2の能力を妨げる。その結果、受容体活性化ならびにエフリンA1誘導EphA2分解が著しく減少する。興味深いことには、これは、EphA2は著しく活性化されないで、同時に高レベルで過剰発現する悪性細胞における状況を生じる。癌の浸潤性のおよび悪性の表現型の多くが、in vitroおよびin vivoの両方で、EphA2の過剰発現と直接相関している。
本発明によれば、Eph遺伝子またはエフリンA1をコードするプラスミド上のコード配列が、タンパク質中にあるアミノ酸配列が存在することにより、発現タンパク質の特異的な細胞内局在化を生じるアミノ酸配列をコードするコード配列を提供する。
遺伝子、断片または断片の変異体の個体への導入には、ベクター、リポソーム、裸のDNA、アジュバントアシストDNA、遺伝子銃、カテーテルその他の使用が含まれてもよい。ベクターには国際公開公報93/04701号パンフレットで記載されているような標的部分(例えば細胞表面受容体に対するリガンド)を有する化学的結合体、ならびに核酸結合部分(例えばポリリジン)、ウイルスベクター(例えばDNAまたはRNAウイルスベクター)、標的部分(例えば標的細胞に特異的な抗体)および核酸結合部分(例えばプロタミン)を含む融合タンパク質であるPCT/US95/02140(国際公開公報第95/22618号パンフレット)で記載されているような融合タンパク質、プラスミド、ファージなどが含まれる。ベクターは、染色体性、非染色体性または合成でもよい。
Ephおよび/またはエフリンA1をコードする好ましい核酸配列は、任意のEph受容体およびEph受容体のリガンド、およびEphに対しかなりの配列同一性を有する、例えば任意の1つもしくは複数のEphの配列に対し少なくとも約70、75、80、85、90または95パーセントの配列同一性を有する配列を適切に含んでもよい。また改変されたEpha2アミノ酸配列をコードする好ましい核酸配列には、正常な条件または高いストリンジェンシー条件下で(すぐ下に定義されているような条件)、任意のEph遺伝子およびEph遺伝子のリガンド例えば、エフリンA1とハイブリッドを形成する配列が含まれる。
好ましいベクターには、ウイルスベクター、融合タンパク質および化学的結合体が含まれる。レトロウイルスベクターには、モロニーマウス白血病ウイルスが含まれる。DNAウイルスベクターが好ましい。ウイルスベクターを、選択した細胞に遺伝子を導入するために選択することができる。このようなベクターには、オルトポックスまたはアビポックスベクターなどの痘ベクター、単純疱疹Iウイルス(HSV)ベクターなどのヘルペスウイルスベクター(ゲラーら(Geller et al.)、1995年、J.Neurochem.第64巻、487ページ;リムら(Lim et al.)、1995年、in DNA Cloning:Mammalian Systems、ディー グロバー(D.Glover)編、オックスフォード大学出版、オックスフォード、イギリス;ゲラーら(Geller et al.)、1990年、Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.、第87巻、1149ページ)アデノウイルスベクター(レガル ラサルら(LeGal LaSalle et al.)、1993年、Science、第259巻、988ページ;ダビドソンら(Davidson et al.)、1993年、Nat Genet.第3巻、219ページ;ヤンら(Yang et al.)、1995年、J.Virol.第69巻、2004ページ)、およびアデノ随伴ウイルスベクター(カプリットら(Kaplitt et al.)、1994年、Nat Genet.第8巻、148ページ)が含まれる。
痘ウイルスベクターは、細胞の細胞質に遺伝子を導入する。アビポックスウイルスベクターは、核酸の短期的発現のみを生ずる。アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルスベクターおよび単純ヘルペスウイルスベクターが、神経細胞に核酸を導入するために好まれる。アデノウイルスベクターの発現期間(約2カ月)はアデノ関連ウイルスの発現期間(約4カ月)より短く、これはHSVベクターよりも短い発現期間となる。ベクターを、標準的技術、例えば感染、トランスフェクション、形質導入または形質転換によって導入することができる。遺伝子導入の方法の例には、例えば裸のDNAリン酸カルシウム沈殿、DEAEデキストラン、電気穿孔法、プロトプラスト融合、リポフェクション、細胞微量注入およびウイルスベクターが含まれる。
基本的に所望の任意の標的細胞を標的にするために、ベクターを用いることができる。例えば定位的注入を用いて、ベクター(例えばアデノウイルス、HSV)を所望の位置に導くことができる。使用できる他の方法には、カテーテル、静脈内、非経口的、腹腔内、および皮下注射、ならびに経口または既知の他の投与経路が含まれる。
他の好ましい方法はDNA免疫である。DNA免疫には、特異的なEphタンパク質および/またはリガンド(例えばエフリンA1)をコードするプラスミドDNA(pDNA)ベクターの皮下注射を用いる。pDNA配列は、抗原提示細胞(APC)によって取り込まれる。一旦細胞内に取り込まれると、DNAがコードするタンパク質が転写されて翻訳される。遺伝子構築物は、選択したEph、エフリンA1核酸配列をコードする、ヌクレオチド配列を含み、遺伝子発現に必要な制御因子に作動可能に結合された細胞内輸送配列を含むことが好ましい。
細胞に取り込まれたとき、(1つまたは複数の)遺伝子構築物は、機能する染色体外分子としておよび/または細胞の染色体DNAに組み込まれて、細胞内に依然として存続できる。DNAは細胞に導入され、1つのプラスミドまたは複数のプラスミドの形態で、別個の遺伝物質として存続することができる。あるいは染色体に組み込むのに可能な線状DNAが細胞に導入されてもよい。細胞にDNAを導入するとき、染色体へのDNAの組込みを促進する試薬を添加してもよい。また組込み促進に有効なDNA配列がDNA分子に含まれていてもよい。あるいはRNAが細胞に投与されてもよい。また動原体、テロメアおよび1つの複製開始点を含む直線状の小染色体として遺伝子構築物を提供することが企図される。遺伝子構築物は、弱毒化した生きた微生物または細胞内に生き続ける組換え型微生物ベクター中の遺伝物質の部分として存続してもよい。遺伝子構築物は、遺伝物質が細胞の染色体に組み込まれるか、または染色体外に存続する組換え型ウイルスワクチンのゲノムの部分でもよい。
遺伝子構築物は、核酸分子の遺伝子発現に必要な制御因子を含む。本因子は1つのプロモーター、1つの開始コドン、1つの終止コドン、および1つのポリアデニル化シグナルを含む。さらに選択した配列(例えば、Eph遺伝子、変異体または変異体の断片)の遺伝子発現に、エンハンサーを必要とする場合がある。これらの因子が、所望のタンパク質をコードする配列に作動可能に結合され、そして、制御因子が、投与された個体で作動可能であることが必要である。
開始コドンおよび終止コドンは、免疫原性の標的タンパク質をコードするヌクレオチド配列の部分であると一般に考えられている。しかしながら、これらの因子は遺伝子構築物が投与される個体で機能を有することが必要である。開始および終止コドンは、コード配列にインフレームでなければならない。
使用されたプロモーターおよびポリアデニル化シグナルは、個体の細胞内で機能を有しなければならない。
本発明を実施するために、特にヒトに対する遺伝子ワクチンの製造において有用なプロモーターの例には、シミアンウイルス40(SV40)からのプロモーター、マウス乳癌ウイルス(MMTV)プロモーター、HIV末端反復配列(LTR)のようなヒト免疫不全ウイルス(HIV)プロモーター、CMV即時初期プロモーターのようなモロニーウイルス、ALV、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、エプスタインバールウイルス(EBV)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)ならびにヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチンおよびヒトメタロチオネインなどのヒト遺伝子由来のプロモーターが含まれるがそれに限定されない。
本発明を実施するために、特にヒトに対する遺伝子ワクチンの製造において有用なプロモーターの例には、シミアンウイルス40(SV40)からのプロモーター、マウス乳癌ウイルス(MMTV)プロモーター、HIV末端反復配列(LTR)のようなヒト免疫不全ウイルス(HIV)プロモーター、CMV即時初期プロモーターのようなモロニーウイルス、ALV、サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター、エプスタインバールウイルス(EBV)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)ならびにヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチンおよびヒトメタロチオネインなどのヒト遺伝子由来のプロモーターが含まれるがそれに限定されない。
本発明を実施するための、特にヒトに対する遺伝子ワクチンの製造において有用なポリアデニル化シグナルの例には、SV40ポリアデニル化シグナルおよびLTRポリアデニル化シグナルが含まれるがそれに限定されない。特に、pCEP4プラスミド(インビトロジェン(Invitrogen)、カリフォルニア州サンディエゴ(San Diego)所在)中のSV40ポリアデニル化シグナルと呼ばれる、SV40ポリアデニル化シグナルが用いられる。
DNA発現のために必要とされる制御因子に加えて、他の因子もまた、DNA分子中に含まれてもよい。このような付加的な因子はエンハンサーを含む。エンハンサーは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチンならびにCMV、RSVおよびEBV由来のエンハンサーのようなウイルスエンハンサーを含む群から選択されてもよいが、これに限定されるものではない。
遺伝子構築物は、染色体外で構築物を維持するために哺乳類の複製開始点を有することができ、細胞内に構築物の多数のコピーを生成する。例えば、インビトロジェン(Invitrogen)(カリフォルニア州サンディエゴ(San Diego)所在)のプラスミドpCEP4およびpREP4は、エプスタインバーウイルス複製開始点および組込みなしで高コピーエピソーム複製を生成する核抗原EBNA−1コード領域を含む。
タンパク質産生を最大にするために、構築物が投与される細胞中で遺伝子発現によく適合する制御配列を選択することができる。さらに細胞内で最も効率的に転写されるコドンを選択することができる。当業者は細胞で機能を有するDNA構築物を作成することができる。
本発明の方法は、個体の組織に核酸分子を投与するステップを含む。いくつかの好ましい実施態様において、核酸分子は、筋肉内に、鼻腔内に、腹腔内に、皮下に、皮内に、もしくは局所的にまたは膣、直腸、尿道、頬側および舌下からなる群から選択される粘膜組織に対する洗浄液によって投与される。
いくつかの実施態様では、核酸分子は促進剤の投与とともに細胞に送達される。促進剤はまた、ポリヌクレオチド機能エンハンサーまたは遺伝子ワクチン促進剤と呼ばれる。促進剤は、例えば1994年1月26日に出願の国際出願第PCT/US94/00899号および1995年3月30日に出願の国際出願第PCT/US95/04071号に記載されており、双方とも本願中に参考として援用される。核酸分子とともに投与される促進剤は、核酸分子との混合物として投与されてもよく、または核酸分子の投与前に、またはその後に、同時に、別々に投与されてもよい。
いくつかの好ましい実施態様において、本発明の遺伝子構築物は、例えば、安息香酸エステル、アニリド、アミジン、ウレタンおよびそれらの塩酸塩(局所麻酔剤群のそれらの塩酸塩等)からなる群から選択される促進剤とともに製剤化されるか、または投与される。促進剤は、遺伝子構築物の前に、同時に、またはその後に投与される。促進剤および遺伝子構築物は同じ組成物中に製剤化されてもよい。
本発明のいくつかの実施例においては、個体は、遺伝子構築物の投与前にまず促進剤の注射をうける。すなわち、例えば遺伝子構築物の投与に先立つ約1週間から10日までに、個体にまず促進剤が注射される。いくつかの実施態様では、個体に約1日から5日に促進剤が注射され、いくつかの実施態様では、遺伝子構築物の投与の前後の24時間に促進剤が注射される。あるいは、もし使うのであれば促進剤は遺伝子構築物の投与と同時に、数分前に、または数分後に投与される。したがって促進剤および遺伝子構築物は、単一の医薬品組成物を形成するために組み合わされてもよい。
いくつかの実施態様では、遺伝子構築物は、促進剤なしで、すなわち促進剤を含まない製剤形態で、遺伝子構築が促進剤の投与とともに投与されない投与プロトコルを使用して投与される。
本発明によれば、細胞に送達される核酸分子は、予防的および/または治療的免疫剤として機能するタンパク質の遺伝的な鋳型として働くことができる。好ましい実施態様においては、核酸分子は動物細胞でコード領域の転写および翻訳に必要な制御配列を含む。
Ephの関連する腫瘍に対する耐性を付与するために重要な核酸配列をさらに限定するために、本発明はEphの変異体および/もしくはエフリンA1を提供する。加えて選択したEphタンパク質をコードする核酸配列をin vitroまたはin vivoで変異させて、翻訳、開始および/または終止配列を生成ならびに/または破壊するか、あるいはコード領域での変異を生成し、ならびに/または新たな制限エンドヌクレアーゼ部位を形成もしくは既存のものを破壊して、invitroでのそれ以上の修飾を容易にすることができる。当分野において知られている突然変異誘発のための、in vitro部位特異的変異誘発(ハッチンソンら(Hutchinson et al.)、1978年、J.Biol.Chem.第253巻、6551ページ;ゾラとスミス(Zoller and Smith)、1984年、DNA、第3巻、479〜488ページ;オリファントら(Oliphant et al.)、1986年、Gene、第44巻、177ページ;ハッチンソンら(Hutchinson et al.)、1986年、Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.第83巻、710ページ;およびその他)を含むがこれに限定されない任意の技術を用いることができる。PCR技術は、部位特異的突然変異誘発ために好ましい(ヒグチ(Higuchi)、1989年、「Using PCR to Engineer DNA」、in PCR Technology:Principles and Applications for DNA Amplification、エイチ エールリッヒ(H.Erlich)編、ストックトンプレス(Stockton Press)、第6章、61〜70ページを参照)。
当業者には周知の種々の方法を用いて、EphA2+腫瘍に耐性を付与する核酸配列を発現しおよび作成することができる。例えば、同定して単離した遺伝子を、適切なクローニングベクターに挿入することができる。当分野において知られている多数のベクター−宿主系が使用可能である。可能なベクターには、プラスミドまたは修飾ウイルスが含まれるがこれらに限定されるものではなく、該ベクター系は、用いた宿主細胞に適合するものでなければならない。ベクターの例には、大腸菌、バクテリオファージ(例えば、ラムダ誘導体)、またはプラスミド(例えばpBR322誘導体もしくはpUCプラスミド誘導体(例えば、PGEXベクター、pmal−c、pFLAGなど))が含まれるがそれに限定されない。例えば、クローニングベクターへの挿入は、相補的粘着性末端を有するクローニングベクターに、DNA断片を連結することによって達成することができる。しかしながら、DNAの分解に用いた相補的制限酵素認識部位がクローニングベクターに存在しない場合は、DNA分子の末端を酵素的に改変することができる。あるいは、DNA末端上にヌクレオチド配列(リンカー)を連結することにより、所望の任意の部位を作ることができる。これらの連結リンカーは、制限エンドヌクレアーゼ認識配列をコードする化学的に合成された特異的オリゴヌクレオチドを含むことが可能である。組換え分子は、形質転換、トランスフェクション、感染、電気穿孔法などを介して宿主細胞に導入され、その結果、該遺伝子配列の多くのコピーが作成可能である。好ましくは、クローニングした遺伝子は、シャトルベクタープラスミド上に含まれ、クローニングした細胞(例えば、大腸菌)中で増殖され、望むならばその後適切な発現細胞系へ挿入するめに、精製を容易にすることが好ましい。例えば、2つ以上の生物種で複製できるベクターであるシャトルベクターは、酵母菌2μプラスミド由来の配列と大腸菌プラスミド由来の配列とを結合して、大腸菌および酵母で複製のために調製可能である。
別の方法では、所望の遺伝子を同定し、「ショットガン」法で、適したクローニングベクターに挿入後、単離することができる。例えば、クローニングベクターへの挿入の前に、サイズ分画、高度反復配列の除去、サブトラクティプハイプリダイゼーションかまたは別の選択的なハイブリダイゼーション、および当分野において知られている他の方法によって、所望の遺伝子を富化することが可能である。
Ephタンパク質エフリンA1、機能を有する断片、誘導体または誘導体の類似体(それらのキメラタンパク質を含む)をコードするヌクレオチド配列を、適切な発現ベクター、すなわち挿入されたタンパク質のコード配列の転写および翻訳のために必要な因子を含むベクターに挿入することができる。このような因子を本願では「プロモーター」と定義する。したがって、本発明のEphタンパク質をコードする核酸、または機能を有する断片、誘導体もしくはそれらの類似体は、本発明の発現ベクター中にプロモーターを操作可能に伴っている。cDNAおよびゲノム配列の両方をクローニングして、そのような制御配列の制御下で発現することができる。また発現ベクターは、複製開始点を含むことが好ましい。必要な転写および翻訳シグナルを、組換え型発現ベクター上に提供することができる。
可能な宿主ベクター系には、ウイルスに感染した哺乳類細胞系(例えば、ワクシニアウイルス、アデノウイルスなど)、ウイルスに感染した昆虫細胞系(例えば、バキュロウイルス)、酵母ベクターを含む酵母菌等の微生物、またはバクテリオファージ、DNA、プラスミドDNA、もしくはコスミドDNAで形質転換した細菌が含まれるがそれに限定されない。ベクターの発現因子は、因子の強度および特異性で異なる。利用する宿主ベクター系に応じて、多数の適切な転写および翻訳因子のいずれか一種が使用可能である。
本発明の組換え型Ephタンパク質は、組換えによるコード配列の組込み後に染色体で発現されてもよい。この点に関しては、多くの増幅系のいずれを使用しても高レベルの安定な遺伝子発現を達成することができる(上述のサムブロックら(Sambrook et al.)、1989年を参照)。
Ephタンパク質、エフリンA1をコードする核酸を含む組換えベクターを有する細胞を、細胞によりEphタンパク質が発現する条件下で、適切な細胞培養培地で培養する。
DNA断片をクローニングベクターへ挿入する以前に記載したいずれかの方法を、適切な転写/翻訳の制御信号およびタンパク質コード配列の遺伝子を含む発現ベクターを構築するために使用することができる。これらの方法には、in vitroでの組換えDNAおよび合成技術ならびにin vivoでの組換え(遺伝的組換え)が含まれてもよい。
DNA断片をクローニングベクターへ挿入する以前に記載したいずれかの方法を、適切な転写/翻訳の制御信号およびタンパク質コード配列の遺伝子を含む発現ベクターを構築するために使用することができる。これらの方法には、in vitroでの組換えDNAおよび合成技術ならびにin vivoでの組換え(遺伝的組換え)が含まれてもよい。
Ephタンパク質、エフリンA1の発現は、当分野において知られている任意のプロモーター/エンハンサー因子によって制御可能であるが、これらの制御因子は発現のために選択された宿主で機能を有しなければならない。
本発明のEphタンパク質、エフリンA1をコードする核酸を含む発現ベクターを、4つの一般的な方法によって検出または同定することができる。すなわち(a)所望のプラスミドDNAまたは特異的mRNAのPCR増幅、(b)核酸ハイブリッド形成、(c)遺伝子機能選択マーカーの有無、および(d)挿入配列の発現である。第1の方法では、核酸をPCRにより増幅し、増幅産物を検出することができるようにする。第2の方法では、発現ベクターに挿入された外来遺伝子の存在を、挿入された標識遺伝子に相同な配列を含むプローブを用いて、核酸ハイブリッド形成により検出することができる。第3の方法では、該ベクター中への外来遺伝子の挿入により生じる、ある「選択マーカー」遺伝子機能(例えば、β−ガラクトシダーゼ活性、チミジンキナーゼ活性、抗生物質耐性、形質転換の表現型、バキュロウイルスにおける封入体形成など)の有無に基づき、組換えベクター/宿主系を同定して選択することができる。他の実施例では、Ephタンパク質、エフリンA1をコードする核酸がベクターの「選択マーカー」遺伝子配列中に挿入される場合、Ephタンパク質挿入断片を含む組換え型は、Ephタンパク質遺伝子機能の喪失により同定可能である。
様々な宿主/発現ベクターの組合せを、本発明のDNA配列の発現において用いることができる。例えば、有用な発現ベクターは、染色体、非染色体のおよび合成のDNA配列断片から構成されてもよい。適切なベクターには、SV40誘導体ならびに既知の細菌プラスミド、例えば、大腸菌のプラスミドcol E1、pCR1、pBR322、pMal−C2、pET、pGEX(スミスら(Smith et al.)、1988年、Gene、第67巻、31〜40ページ)、pMB9およびその誘導体のRP4などのプラスミド);ファージDNA(例えば、λファージの多数の誘導体(例えば、NM989)、ならびに他のファージDNA(例えば、M13および糸状一本鎖ファージDNA));酵母菌プラスミド(例えば2μプラスミドまたはそれらの誘導体);真核細胞で有用なベクター(例えば昆虫または哺乳動物細胞で有用なベクター);プラスミドおよびファージDNAの組合せ由来のベクター(例えば、ファージDNAまたは他の発現調節配列を使用するために改変されたプラスミド);その他が含まれる。
例えば、バキュロウイルス発現系で、非融合転移ベクター、例えばこれらに限定するものでないが、pVL941(BamH1クローニング部位;サマース(Summers))、pVL1393(BamH1、SmaI、XbaI、EcoR1、NotI、XmaIII、BglIIおよびPstIクローニング部位;インビトロジェン(Invitrogen))、pVL1392(BglII、PstI、NotI、XmaIII、EcoRI、XbaI、SmaIおよびBamH1クローニング部位;サマース(Summers)および(Invitrogen))、とpBlueBacIII(BamH1、BglII、PstI、NcoIとHindIIIクローニング部位、青色/白色の組換え型スクリーニング可能;インビトロジェン(Invitrogen))、ならびに融合転移ベクター、例えばこれらに限定するものでないが、pAc700(BamH1認識部位が開始コドンで始まるBamH1およびKpnIクローニング部位;サマース(Summers))、pAc701およびpAc702(pAc700と同じ、異なる読み枠を有する)、pAc360(ポリヘドロン開始コドンの36塩基対下流のBamH1クローニング部位;インビトロジェン(Invitrogen)(195))、とpBlueBacHisA、B、C(3つの異なる読み枠、BamH1、BglII、PstI、NcoIおよびHindIIIクローニング部位を有する、ProBond精製用の1つのN末端のペプチド、およびプラークの青色/白色の組換え型スクリーニング;インビトロジェン(Invitrogen)(220))の両方のベクターを用いることができる。
本発明において使用することが意図されている哺乳類の発現ベクターには、ジヒドロ葉酸還元酵素(DHFR)プロモーター、例えばDHFR発現ベクターを有する任意の発現ベクターまたはDHFR/メトトレキセート同時増幅ベクター(例えばpED(クローニングした遺伝子およびDHFRを発現するベクターがもつ、PstI、SalI、SbaI、SmaIおよびEcoRIクローニング部位))などの誘導性プロモーターを有するベクターが含まれる。カウフマン(Kaufman)、Current Protocols in Molecular Biology、第16巻、12ページ(1991年)を参照。あるいは、グルタミンシンテターゼ/メチオニンスルホキシイミン同時増幅ベクター、例えばpEE14(ベクターがグルタミン合成酵素およびクローニングされた遺伝子を発現するHindIII、XbaI、SmaI、SbaI、EcoRIおよびBclIクローニング部位、セルテック(Celltech))。別の実施形態においては、エプスタインバーウイルス(EBV)の制御下でエピソームの発現を導くベクター、例えばpREP4(BamHI、SfiI、XhoI、NotI、NheI、HindIII、NheI、PvuIIおよびKpnIクローニング部位、構成的なRSV−LTRプロモーター、ハイグロマイシン選択可能マーカー;インビトロジェン(Invitrogen))、pCEP4(BamHI、SfiI、XhoI、NotI、NheI、HindIII、NheI、PvuIIおよびKpnIクローニング部位、構成的なhCMV前初期遺伝子、ハイグロマイシン選択可能マーカー;インビトロジェン(Invitrogen))、pMEP4(KpnI、PvuI、Nhel、HindIII、NotI、XhoI、SfiI、BamHIクローニング部位、誘導性のメタロチオネインIIa遺伝子プロモーター、ハイグロマイシン選択可能マーカー;インビトロジェン(Invitrogen))、pREP8(BamHI、XhoI、NotI、HindIII、NheI、およびKpnIクローニング部位、RSV−LTRプロモーター、ヒスチジノール選択可能マーカー;インビトロジェン(Invitrogen))、pREP9(KpnI、NheI、HindIII、NotI、XhoI、SfiI、およびBamHIクローニング部位、RSV−LTRプロモーター、G418選択可能マーカー;インビトロジェン(Invitrogen)、ならびにpEBVHis(RSV−LTRプロモーター、ハイグロマイシン選択可能マーカー、ProBond樹脂で精製可能でエンテロキナーゼで切断されるN末端のペプチド;インビトロジェン(Invitrogen))を用いることができる。本発明において使用される選択可能な哺乳類の発現ベクターには、pRc/CMV(HindIII、BstXI、NotI、SbaI、およびApaIクローニング部位、G418で選択;インビトロジェン(Invitrogen))、pRc/RSV(HindIII、SpeI、BstXI、NotI、XbaIクローニング部位、G418で選択;インビトロジェン(Invitrogen))などが含まれる。本発明で用いられるワクシニアウイルス哺乳動物発現ベクター(上述のカウフマン(Kaufman)、1991年を参照)には、pSC11(SmaIクローニング部位、TK−およびβ−galで選択)、pMJ601(SalI、SmaI、AflI、NarI、BspMII、BamHI、ApaI、NheI、SacII、KpnIおよびHindIIIクローニング部位;TK−およびβ−galで選択)、ならびにpTKgptF1S(EcoRI、PstI、SalI、AccI、HindII、SbaI、BamHI、およびHpaクローニング部位、TKまたはXPRTで選択)が含まれるがそれに限定されない。
また本発明に従って、酵母菌発現系をEphポリペプチドの発現のために使用することができる。例えば2つの例を挙げると、本発明に従い非融合pYES2ベクター(XbaI、SphI、ShoI、NotI、GstXI、EcoRI、BstXI、BamHI、SacI、KpnIおよびHindIIIクローニング部位;インビトロジェン(Invitrogen))、または融合pYESHisA、B、C(XbaI、SphI、ShoI、NotI、BstXI、EcoRI、BamHI、SacI、KpnIおよびHindIIIクローニング部位、N末端のペプチドをProBond樹脂で精製し、エンテロキナーゼで切断した;インビトロジェン(Invitrogen))を用いることができる。
特定の組換えDNA分子を同定し、単離すると、当分野において知られているいくつかの方法を使用して、該分子を増殖することができる。一旦、適切な宿主系および増殖条件が確立されると、組換え型発現ベクターを増殖して、大量に調製することができる。すでに説明したように使用しうる発現ベクターには、少数ながら列挙すると、下記のベクターまたはそれらの誘導体、すなわちヒトまたは動物ウイルス(例えば、ワクシニアウイルスまたはアデノウイルス)、昆虫ウイルス(例えば、バキュロウイルス)、酵母ベクター、バクテリオファージベクター(例えば、ラムダ)、ならびにプラスミドおよびコスミドDNAベクターが含まれるがそれに限定されない。
本発明のための好ましいベクターは、モロニーマウス白血病ウイルス由来のベクターである。
当分野において知られている方法、例えば形質移入、電気穿孔法、微量注入、形質導入、細胞融合、DEAEデキストラン、リン酸カルシウム沈殿、リポフェクション(リソソーム融合)、遺伝子銃の使用、またはDNAベクタートランスポーターによってベクターを、所望の宿主細胞に導入する(例えば、ウーら(Wu et al.)、1992年、J.Biol.Chem.第267巻、963〜967ページ;ウーおよびウー(Wu and Wu)、1988年、J.Biol.Chem.第263巻、14621〜14624ページ;ハートムットら(Hartmut et al.)、1990年3月15日申請のカナダ特許出願第2,012,311号を参照)。
当分野において知られている方法、例えば形質移入、電気穿孔法、微量注入、形質導入、細胞融合、DEAEデキストラン、リン酸カルシウム沈殿、リポフェクション(リソソーム融合)、遺伝子銃の使用、またはDNAベクタートランスポーターによってベクターを、所望の宿主細胞に導入する(例えば、ウーら(Wu et al.)、1992年、J.Biol.Chem.第267巻、963〜967ページ;ウーおよびウー(Wu and Wu)、1988年、J.Biol.Chem.第263巻、14621〜14624ページ;ハートムットら(Hartmut et al.)、1990年3月15日申請のカナダ特許出願第2,012,311号を参照)。
本発明の好ましい使用方法は、Eph陽性腫瘍を防ぐために哺乳動物を治療することである。上記のように種々の核酸およびアミノ酸配列を、この達成のために使用することができる。本願で用いられる治療的組成物に、例えば上記の任意のウイルス、またはEph分子の完全な核酸配列を含むベクター、エフリン分子、変異体およびそれらの断片;Eph分子の改変された核酸配列;エフリン分子、Eph分子の完全なアミノ酸配列、エフリン分子またはそれらの断片;Eph分子の改変されたアミノ酸断片、エフリン分子、または本発明で例示される任意のペプチドを含むことができる。
治療的組成物を適切な担体で導入することができる。例えば、無菌の食塩水または無菌のリン酸緩衝食塩水。
他の好ましい方法は、上記のベクターまたは当該分野で周知の他のベクターを、in vivo、in vitro、およびex vivoで同等に使用に適した細胞または組織にベクターを導入するために用いることである。ex vivo治療の場合には、患者から採取された幹細胞にベクターを導入し同じ患者に戻す自家移植のために、クローンとして増殖することができる。マクロファージも用いることができる。形質移入、リポゾーム法、またはポリカチオン性アミノポリマーによる送達を、当分野において良く知られている方法を用いて達成することができる(例えば、ゴールドマンら(Goldman et al.)、1997年、Nature Biotechnology、第15巻、462〜466ページを参照)。
他の好ましい方法は、上記のベクターまたは当該分野で周知の他のベクターを、in vivo、in vitro、およびex vivoで同等に使用に適した細胞または組織にベクターを導入するために用いることである。ex vivo治療の場合には、患者から採取された幹細胞にベクターを導入し同じ患者に戻す自家移植のために、クローンとして増殖することができる。マクロファージも用いることができる。形質移入、リポゾーム法、またはポリカチオン性アミノポリマーによる送達を、当分野において良く知られている方法を用いて達成することができる(例えば、ゴールドマンら(Goldman et al.)、1997年、Nature Biotechnology、第15巻、462〜466ページを参照)。
上述した任意の治療法を、例えば、家畜などの哺乳動物(例えばヒツジ、ヤギ、ウシおよびウマ)、イヌ、ネコ、およびウサギなどのペット、好ましくはサルなどの霊長類、ならびに最も好ましくはヒト含むそのような治療を必要とする任意の対象に適用することができる。
動物への組成物の投与
in situで腫瘍細胞を標的にする場合には、上記の組成物を、任意の適切な製剤形態で、ヒトを含む動物に投与することができる。例えば、腫瘍細胞を標的にする組成物を、薬剤学的に許容し得る担体または生理食塩水などの希釈液または緩衝塩溶液に入れて製剤することができる。適切な担体および希釈液は、投与方式および経路ならびに標準的な製薬法を基にして選択されることができる。薬剤学的に許容し得る担体および希釈液の例ならびに医薬製剤についての説明は、この分野の標準的な教科書であるRemington’s Pharmaceutical SciencesおよびUSP/NFに示されている。組成物を安定化および/または保存するために、他の物質を組成物に添加してもよい。
in situで腫瘍細胞を標的にする場合には、上記の組成物を、任意の適切な製剤形態で、ヒトを含む動物に投与することができる。例えば、腫瘍細胞を標的にする組成物を、薬剤学的に許容し得る担体または生理食塩水などの希釈液または緩衝塩溶液に入れて製剤することができる。適切な担体および希釈液は、投与方式および経路ならびに標準的な製薬法を基にして選択されることができる。薬剤学的に許容し得る担体および希釈液の例ならびに医薬製剤についての説明は、この分野の標準的な教科書であるRemington’s Pharmaceutical SciencesおよびUSP/NFに示されている。組成物を安定化および/または保存するために、他の物質を組成物に添加してもよい。
本発明の組成物は、任意の従来法によって動物に投与することができる。例えば組成物を内部標的部位もしくは外部標的部位への外科的送達によって、または血管から接近可能な部位へはカテーテルによって標的部位に直接投与することができる。他の送達法、例えばリポソーム送達または組成物を注入した装置からの拡散が当分野において知られている。組成物を単回のボーラス投与、複数回の注射、または例えば静脈内への連続注入の形で投与することができる。非経口投与の場合、発熱物質を含まない滅菌された形で組成物を処方することが好ましい。
製剤形態
抗体または抗体の断片を単独で投与することができるが、医薬製剤として提供する方が好ましい。局所投与用には、0.001%w/w〜10%w/wまでの、例えば製剤形態の1重量%〜2重量%までの活性成分を含むことができる。しかし活性成分は製剤形態の10%w/wまで含むことができるが、製剤形態の5%w/wを超えないことが好ましく、製剤形態の0.1%〜1%w/wであることがより好ましい。本発明の局所用の製剤形態は、1つの活性成分を1つもしくは複数の許容可能な担体(一種または複数)および場合により任意の他の治療成分(一種または複数)と一緒に含有する。担体(一種または複数)は、製剤形態の他の成分と適合され、その受容者に有害でないという意味で「許容できる」ものでなければならない。
抗体または抗体の断片を単独で投与することができるが、医薬製剤として提供する方が好ましい。局所投与用には、0.001%w/w〜10%w/wまでの、例えば製剤形態の1重量%〜2重量%までの活性成分を含むことができる。しかし活性成分は製剤形態の10%w/wまで含むことができるが、製剤形態の5%w/wを超えないことが好ましく、製剤形態の0.1%〜1%w/wであることがより好ましい。本発明の局所用の製剤形態は、1つの活性成分を1つもしくは複数の許容可能な担体(一種または複数)および場合により任意の他の治療成分(一種または複数)と一緒に含有する。担体(一種または複数)は、製剤形態の他の成分と適合され、その受容者に有害でないという意味で「許容できる」ものでなければならない。
局所投与に適した製剤形態には、治療が必要な部位へ皮膚を貫通するのに適した液体または半液体製剤、例えばリニメント剤、ローション、クリーム、軟膏またはペースト、および眼、耳または鼻への投与に適した滴剤を含む。本発明による滴剤は、滅菌した水性または油性溶液または懸濁液から構成されてもよく、殺菌剤および/または殺真菌薬剤および/または他の適切な保存剤を含む、好ましくは界面活性剤を含む適切な水溶液中に活性成分を溶解して調製してもよい。次いで得られた溶液を濾過によって清澄化し、滅菌して、無菌技術により容器に移す。滴剤中に含有するのに適した殺菌剤および殺真菌薬剤の例には、硝酸フェニル水銀または酢酸フェニル水銀(0.002%)、塩化ベンザルコニウム(0.01%)およびクロルヘキシジンアセテート(0.01%)がある。油性溶液の調製に適した溶媒には、グリセリン、希釈アルコールおよびプロピレングリコールが含まれる。
本発明のローションは、皮膚または眼への適用に適したものを含む。眼ローションは、所望により殺菌剤を含有してもよい滅菌水溶液からなり、滴剤の調製と類似の方法により調製されることができる。また皮膚に適用されるローションまたはリニメント剤は、またアルコールもしくはアセトンのような乾燥を早めて皮膚を冷却するための薬剤および/または加湿剤、例えばグリセリンまたはヒマシ油もしくは落花生油などの油を含んでいてもよい。
本発明のクリーム、軟膏またはペーストは、外部適用するための活性成分の半固体の製剤形態である。これらは、微細化または粉末形態の活性成分を単独または水性もしくは非水性流体中、溶液または懸濁液の形態で適当な機械を用いてグリース性または非グリース性基剤と混合することにより調製可能である。基剤は硬質、軟質もしくは流動パラフィン、グリセリン、蜜蝋、金属石鹸のような炭化水素、粘漿剤、アーモンド油、トウモロコシ油、落花生油、ヒマシ油、オリーブ油のような天然の起源の油、羊毛脂もしくはその誘導体またはプロピレングリコールもしくはマクロゲルのようなアルコールとともにステアリン酸もしくはオレイン酸のような脂肪酸を含んでもよい。本製剤形態に、任意の適切な界面活性剤、例えばソルビタンエステルもしくはそのポリオキシエチレン誘導体のようなアニオン性、陽イオン性または非イオン性の界面活性剤を配合してもよい。天然ゴム、セルロース誘導体または珪質土シリカなどの無機物質のような懸濁剤、およびラノリンのような他の成分も含むことができる。
キット
さらに別の態様において、本発明は腫瘍、腫瘍の病期診断などの助けとなるキットを提供し、本キットを本発明のマーカーを検出するために用いることができる。例えばキットを本願に記載の1つもしくは複数の任意のマーカーを検出するために用いることができ、マーカーは患者および健常被験者の試料に示差的に存在する。本発明のキットは多数の用途を有している。例えば対象が、他の腫瘍よりもGBMの方を有しているかまたは診断は陰性であるかを識別するために使用されることでき、したがってニューロン損傷の診断の助けとなる。他の実施例では、in vitroまたはin vivoの動物モデルで治療効果を測定するために、1つもしくは複数のマーカーの発現をモジュレートする化合物を同定するために本キットを用いることができる。他の実施例で、キットは1つの組成物またはバイオマーカーのパネルを提供する。例示的EPHバイオマーカーには、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体が含まれる。リガンドには、エフリンA1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2およびエフリン−B3が含まれるがこれに限定されるものではない。
さらに別の態様において、本発明は腫瘍、腫瘍の病期診断などの助けとなるキットを提供し、本キットを本発明のマーカーを検出するために用いることができる。例えばキットを本願に記載の1つもしくは複数の任意のマーカーを検出するために用いることができ、マーカーは患者および健常被験者の試料に示差的に存在する。本発明のキットは多数の用途を有している。例えば対象が、他の腫瘍よりもGBMの方を有しているかまたは診断は陰性であるかを識別するために使用されることでき、したがってニューロン損傷の診断の助けとなる。他の実施例では、in vitroまたはin vivoの動物モデルで治療効果を測定するために、1つもしくは複数のマーカーの発現をモジュレートする化合物を同定するために本キットを用いることができる。他の実施例で、キットは1つの組成物またはバイオマーカーのパネルを提供する。例示的EPHバイオマーカーには、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体が含まれる。リガンドには、エフリンA1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2およびエフリン−B3が含まれるがこれに限定されるものではない。
一つの実施態様では、キットは、(a)マーカーに特異的に結合する1つの抗体および(b)検出試薬を含む。そのようなキットを上記の材料から調製することができ、そして材料(例えば、抗体、検出試薬、固定化する支持体など)に関する前の部分での記載が、このセクションに完全に適用可能であることから、ここでは繰り返さない。必要に応じて、本キットはさらに前分画スピンカラムを含んでもよい。いくつかの実施態様では、本キットは表示または独立した差込み文書の形で、適切な作動パラメータに関する使用説明書をさらに含んでもよい。
一つのさらなる実施態様で、本発明は本発明のポリペプチドの抗原を含む血清をスクリーニングするための診断キットを含む。本診断キットは、ポリペプチドまたはポリヌクレオチド抗原と特異的に免疫反応する実質的に単離した抗体、および抗体へのポリヌクレオチドまたはポリペプチド抗原の結合を検出する方法を含む。一つの実施態様では、抗体は固体支持体に付着される。特定の実施態様においては、本抗体はモノクローナル抗体でもよい。本キットの検出方法は、第2の標識モノクローナル抗体を含んでもよい。あるいは、またはさらに本検出方法は競合する標識化抗原を含んでもよい。
一つの診断の構成においては、本発明の方法によって得た表面に結合した抗原を有する固相試薬と試験血清を反応させる。試薬に対し特異的抗原抗体結合をさせ、洗浄して未結合血清成分を除去後、固体支持体上に結合した抗原抗体量に比例してリポーターを試薬に結合させるために、試薬をリポーター標識化抗ヒト抗体と反応させる。試薬を再洗浄して未結合の標識化抗体を除去し、反応物に付随するリポーター量を定量する。典型的には、リポーターは適切な蛍光、発光または比色基質の存在下で、固相をインキュベートすることにより検出される酵素である(シグマ社(Sigma)、ミズーリ州セントルイス(St.Louis)所在)。
上記のアッセイの固体表面は、ポリマーのビーズ、浸漬スティック、96穴プレートまたは濾材のような固体支持体材料にタンパク質材料を付着する公知の技術により調製される。これらの付着方法には、支持体へのタンパク質の非特異的な吸着、または固体支持体上の活性化されたカルボキシル基、ヒドロキシル基またはアルデヒド基などの化学反応性基への、通常は遊離アミン群を介するタンパク質の共有結合が一般に含まれる。あるいはストレプトアビジン被覆プレートを、ビオチン化抗原(1つまたは複数)とともに用いることができる。
場合によって、キットは、試験試料を対照情報基準と比較して、試料中に検出されたマーカーの試験量が癌の診断と一致する診断量であるかどうかを定量することができるようにする基準または対照情報および/または患者の治療効果をさらに含んでもよい。
別の実施態様では、キットは(a)その上に吸着剤を含み、吸着剤はマーカーを結合するために適切である基質、および(b)吸着剤と試料を接触させることにより、マーカーまたは複数のマーカーを検出するための使用説明書および吸着剤により固定されたマーカーまたは複数のマーカーを検出することを含む。いくつかの実施態様では、キットは、ある溶離剤(ある代替物としてあるいは使用説明書と組み合わせて)または溶離剤を作成するための使用説明書を含んでいてもよく、気相イオンスペクトロメトリー(gas phase ion spectrometry)を用いて、吸着剤と溶離剤の組合せによりマーカーの検出を可能にする。そのようなキットを上記の材料から調製でき、これらの材料(例えば、プローブ基質、吸着剤、洗浄液など)に関する前の部分での記載を、このセクションに完全に適用することができることから、ここでは繰り返さない。
別の実施態様においては、本キットは、その上に吸着剤(例えば、吸着剤で機能化されている粒子)を含む第1の基質、およびその上に第1の基質が気相イオンスペクトロメーターに着脱可能にはめ込みうるプローブを形成するために配置可能な第2の基質を含んでもよい。他の実施態様においては、本キットは、基質上に吸着剤とともに着脱可能にはめ込みうるプローブの形で単一の基質を含んでもよい。さらに別の実施態様では、キットは前分画スピンカラムをさらに含んでもよい(例えば、シバクロンブルーアガロースカラム、抗HSAアガロースカラム、サイズ排除カラム、Q−アニオン交換スピンカラム、1本鎖DNAカラム、レクチンカラムなど)。
任意選択として、本キットは表示または独立した差込み文書の形で、適切な操作パラメータに関する説明書をさらに含むことができる。例えば本キットは、試料をプローブと接触後の、プローブの洗浄法を使用者に伝える標準説明書を有してもよい。他の実施例で、本キットは試料中のタンパク質の複雑さを減らすために、試料を前分画するための説明書を有してもよい。他の実施例では、本キットは分画または他の過程を自動化する説明書を有してもよい。
下記の実施例は、例示であってそれに限定されるものではない。特定の実施例が提供されるが、上述の説明は例示であり限定するものとしてみなされるべきでない。前述の実施態様の任意の1つもしくは複数の特徴は、任意の様式で本発明の任意の他の実施態様の1つもしくは複数の特徴と組み合わされることができる。さらにまた、本発明の数多くの変形形態が、本願をレビューすれば当業者に明らかになるであろう。このように、本発明の範囲は上述の説明を参照して決定されるべきではなく、添付の特許請求の範囲を参照して決められるべきであり、その際、これと均等な全範囲を含むものである。
本出願で引用されたすべての出版物および特許文献は、これらの全体がすべての目的に同じ程度で各個々の出版物または特許文献が個々に引用されるように参考として援用される。本願の種々の参照文献の引用により、本出願人はあらゆる特定の文献が本発明に対する「先行技術」であることを認めない。
材料と方法
細胞系および組織
例えばU−87 MG、SNB−19、U−251 MGおよびA−l72などの細胞系を、アメリカンタイプカルチャーコレクション社(American Type Culture Collection)(ヴァージニア州マナサス(Manassas)所在)から得た。G−48a細胞は、本研究機関で分離した初代ハイグレード星状細胞腫(HGA)である。6B53−11細胞は、メイヨークリニック社(Mayo Clinic)(ミネソタ州ロチェスター(Rochester)所在)のデビッド ジェイムス(David James)から戴いたものである。すべての細胞系を適切な培地に増殖させた。
細胞系および組織
例えばU−87 MG、SNB−19、U−251 MGおよびA−l72などの細胞系を、アメリカンタイプカルチャーコレクション社(American Type Culture Collection)(ヴァージニア州マナサス(Manassas)所在)から得た。G−48a細胞は、本研究機関で分離した初代ハイグレード星状細胞腫(HGA)である。6B53−11細胞は、メイヨークリニック社(Mayo Clinic)(ミネソタ州ロチェスター(Rochester)所在)のデビッド ジェイムス(David James)から戴いたものである。すべての細胞系を適切な培地に増殖させた。
GBM腫瘍および正常脳組織を手術室から得て、直ちに凍結した。検査するまで−80℃に保存した、スライドにマウントしたGBMの10ミクロン切片を解凍した。切片を解凍後、−20℃のアセトン中で10分間固定した。
免疫組織化学および免疫細胞化学
GBM細胞系およびヒト外植片細胞を、適切な培地中、滅菌ガラススライド上で一夜増殖させた。スライドをリン酸塩緩衝食塩水(PBS)で2回洗浄し、−20℃のアセトン中で2分間固定した。次いでスライドをPBSで2回洗浄し、直ちに使用するかまたは使用するまで−80℃で保存した。
GBM細胞系およびヒト外植片細胞を、適切な培地中、滅菌ガラススライド上で一夜増殖させた。スライドをリン酸塩緩衝食塩水(PBS)で2回洗浄し、−20℃のアセトン中で2分間固定した。次いでスライドをPBSで2回洗浄し、直ちに使用するかまたは使用するまで−80℃で保存した。
ウサギポリクローナルEphA2抗体(1:100)を、サンタクルスバイオテテクノロジー社(Santa Cruz Biotechnology)(カリフォルニア州サンタクルス(Santa Cruz)所在)から購入した。マウスモノクローナルEphA2クローンD7抗体を、シグマ社(Sigma)から購入した。スライドをPBSで2回洗浄し、室温で1時間、10%の正常ヤギ血清(NGS)でブロックした。1次抗体を1.5%NGSで希釈し、4℃で1夜インキュベートした。スライドをそれぞれ5分間、3回洗浄した。2次抗体は、ヤギ抗ウサギローダミン(1:200)、ロバ抗ウサギローダミン(1:200)(両方ともジャックソンイミュウノリサーチラボラトリィ社(Jackson ImmunoResearch Laboratories,Inc.)、ペンシルバニア州ウェストグローヴ(West Grove)所在から)またはヤギ抗マウス免疫グロブリンGオレゴングリーン(1:200)(モレキュラープローブ社(Molecular Probes)、オレゴン州ユージン(Eugene)所在)であった。スライドを、PBSでそれぞれ5分間、3回洗浄し、ゲルマウント(バイオメディア社(Biomedia)、カリフォルニア州フォスターシティー(Foster City)所在)でマウントした。スライドを、Hoescht No.33258核対比染色剤(Hoescht No.33258 Nuclear Counterstain)(DAPI)で対比染色した。
すべての場合、顕微鏡写真を、Axiovisionカメラで油浸レンズを用いて63×倍率で撮影した。バックグラウンドを、1次抗体なしの試料に標準化した。画像は、Adobe Photoshop 5.0LEで加工処理した。
ウェスタンブロット
細胞溶解物を、準密集培養(subconfluent cultures)から調製した。細胞をPBSで洗浄し、RIPA緩衝液で溶解した。凍結している間に非悪性腫瘍の脳およびGBM腫瘍組織を小片に細かく切り刻み、哺乳動物のプロテアーゼ阻害剤反応混液を用いてRIPA緩衝液中で解凍した。溶解物を18ゲージの針に通すことによりDNAを剪断した。PMSFを添加し、氷上で30〜60分間インキュベートした。不溶性残渣を、10,000rpmで10分間ペレット化し、上清を採取し、使用するまで−80℃で保存した。また正常ヒト脳溶解物を、ケミコンインターナショナル社(Chemicon International,Inc.)(カリフォルニア州テメクラ(Temecula)所在)およびクロンテクラボラトリー社(Clontech Laboratory,Inc.)(カリフォルニア州パロアルト(Palo Alto)所在)から購入した。溶解物を10%SDS−PAGEに展開した。タンパク質をPVDF膜へ移し、blotto(PBSプラス0.05%Tween−20で作成した5%粉ミルク)を用いて、少なくとも1時間ブロックした。振盪しながら4℃で一夜、blottoに希釈した1次抗体とともに、膜をインキュベートした。1次抗体には、シグマ社(Sigma)からの抗マウスのEphA2(1:10000および1:5000)と抗マウスのβ−アクチン(1:50,000)、ならびにサンタクルスバイオテクノロジイ社(Santa Cruz BiotechnologiesBiotechnologies)からの抗ウサギEphA2(1:100)が含まれていた。PBS/0.05%Tween−20で5分間、3回洗浄後、膜を、1:5000希釈のホースラディッシュペルオキシダーゼ結合2次抗体(ヤギ抗マウスIgGまたはヤギ抗ウサギIgG)とともに、blotto中で1時間インキュベートした。膜を、PBS/0.05%Tween−20でそれぞれ5分間、3回洗浄し、ECLプラスウェスタンブロッティングディテクションシステム(ECL plus Western Blotting Detection System)(アメルシャム バイオサイエンス社(Amersham Biosciences)、イギリス所在)を用いて検出を行った。膜を、オートラジオグラフィーフィルムX−OMAT ARに様々な時間曝露した。
細胞溶解物を、準密集培養(subconfluent cultures)から調製した。細胞をPBSで洗浄し、RIPA緩衝液で溶解した。凍結している間に非悪性腫瘍の脳およびGBM腫瘍組織を小片に細かく切り刻み、哺乳動物のプロテアーゼ阻害剤反応混液を用いてRIPA緩衝液中で解凍した。溶解物を18ゲージの針に通すことによりDNAを剪断した。PMSFを添加し、氷上で30〜60分間インキュベートした。不溶性残渣を、10,000rpmで10分間ペレット化し、上清を採取し、使用するまで−80℃で保存した。また正常ヒト脳溶解物を、ケミコンインターナショナル社(Chemicon International,Inc.)(カリフォルニア州テメクラ(Temecula)所在)およびクロンテクラボラトリー社(Clontech Laboratory,Inc.)(カリフォルニア州パロアルト(Palo Alto)所在)から購入した。溶解物を10%SDS−PAGEに展開した。タンパク質をPVDF膜へ移し、blotto(PBSプラス0.05%Tween−20で作成した5%粉ミルク)を用いて、少なくとも1時間ブロックした。振盪しながら4℃で一夜、blottoに希釈した1次抗体とともに、膜をインキュベートした。1次抗体には、シグマ社(Sigma)からの抗マウスのEphA2(1:10000および1:5000)と抗マウスのβ−アクチン(1:50,000)、ならびにサンタクルスバイオテクノロジイ社(Santa Cruz BiotechnologiesBiotechnologies)からの抗ウサギEphA2(1:100)が含まれていた。PBS/0.05%Tween−20で5分間、3回洗浄後、膜を、1:5000希釈のホースラディッシュペルオキシダーゼ結合2次抗体(ヤギ抗マウスIgGまたはヤギ抗ウサギIgG)とともに、blotto中で1時間インキュベートした。膜を、PBS/0.05%Tween−20でそれぞれ5分間、3回洗浄し、ECLプラスウェスタンブロッティングディテクションシステム(ECL plus Western Blotting Detection System)(アメルシャム バイオサイエンス社(Amersham Biosciences)、イギリス所在)を用いて検出を行った。膜を、オートラジオグラフィーフィルムX−OMAT ARに様々な時間曝露した。
実施例1:EphA2を培養のGBM細胞で過剰発現する
GBM細胞におけるEphA2の分析では、この受容体はタンパク質レベルで過剰発現することを示した。EphA2に対する特異的な染色が、ポリクローナル(細胞は赤色に)およびモノクローナル(細胞は緑色に)EphA2抗体の両方を用いる免疫蛍光法によって観察された(図1)。特にU−251細胞のEphA2染色は、予想される細胞膜局在発現を示す特徴的な蜂窩織像を示した。また5つの異なるGBM株化細胞系および1つの形質転換したグリア細胞系統からの溶解物のウェスタンブロット分析は、EphA2タンパク質の高い濃度を示した(図4)。興味深いことに、クロンテク社(Clontech)から購入した正常ヒト脳タンパク質の混成および正常ヒトの前頭葉由来の組織は、EphA2の発現をほとんど示さなかった(図4)。
GBM細胞におけるEphA2の分析では、この受容体はタンパク質レベルで過剰発現することを示した。EphA2に対する特異的な染色が、ポリクローナル(細胞は赤色に)およびモノクローナル(細胞は緑色に)EphA2抗体の両方を用いる免疫蛍光法によって観察された(図1)。特にU−251細胞のEphA2染色は、予想される細胞膜局在発現を示す特徴的な蜂窩織像を示した。また5つの異なるGBM株化細胞系および1つの形質転換したグリア細胞系統からの溶解物のウェスタンブロット分析は、EphA2タンパク質の高い濃度を示した(図4)。興味深いことに、クロンテク社(Clontech)から購入した正常ヒト脳タンパク質の混成および正常ヒトの前頭葉由来の組織は、EphA2の発現をほとんど示さなかった(図4)。
実施例2:EphA2はヒトGBM腫瘍に豊富に存在する
凍結GBM切片のEphA2の免疫蛍光で、該受容体はヒトGBM腫瘍で有意なレベルで発現することが認められた(図2)。パラフィン包埋ヒトGBM組織および正常な脳の染色は、EphA2がGBMでは豊富であるが、正常な脳でほとんど存在しないことを例示した(図3)。ウェスタンブロット分析で示すように、EphA2タンパク質はまた、正常ヒト脳ではなく、GBM腫瘍に高濃度に存在する(図5)。
凍結GBM切片のEphA2の免疫蛍光で、該受容体はヒトGBM腫瘍で有意なレベルで発現することが認められた(図2)。パラフィン包埋ヒトGBM組織および正常な脳の染色は、EphA2がGBMでは豊富であるが、正常な脳でほとんど存在しないことを例示した(図3)。ウェスタンブロット分析で示すように、EphA2タンパク質はまた、正常ヒト脳ではなく、GBM腫瘍に高濃度に存在する(図5)。
本発明者らは、GBM細胞およびヒトGBM腫瘍の両方で、正常脳と比べてEphA2の特異的な示差的発現を実証した。したがって診断および予後などの分野で、EphA2はGBMの有用な分子的マーカーとして役立つ。さらにEphA2は、分子的な標的化薬物送達のようなGBMの新たな治療の開発に使用することができる。
実施例3:多形性グリア芽細胞腫の新規の分子的マーカーおよび標的としてのEphA2
多形性グリア芽細胞腫(GBM)は、極度に浸潤性のアストログリア起源と考えられている血管に富む腫瘍(well−vascularized tumor)である。この腫瘍は、約12カ月の生存期間中央値を有し、すべての原発性の悪性脳腫瘍で最も一般的で致命的である。腫瘍の外科的切除、それに続く放射線および/または化学療法の標準治療にもかかわらず、生存率は過去30年でわずかに増加しただけであった。GBMを有する患者の予後とクオリティオブライフとを改善するために、新規の治療が必要であることは明らかである。腫瘍細胞上で特異的に見いだされるかまたは悪性細胞上で、高レベルで過剰発現し、ほとんど正常細胞上には存在しない分子的マーカーは、標的化薬物送達のような方法のための魅力的な治療上の標的である。これらの方針に沿って、脳腫瘍関連癌/精巣腫瘍抗原(CTA)で、非常に魅力的な治療上の標的であるインターロイキン13(IL−13)、ILRα2に対する受容体を、本発明者らはすでに同定した。
多形性グリア芽細胞腫(GBM)は、極度に浸潤性のアストログリア起源と考えられている血管に富む腫瘍(well−vascularized tumor)である。この腫瘍は、約12カ月の生存期間中央値を有し、すべての原発性の悪性脳腫瘍で最も一般的で致命的である。腫瘍の外科的切除、それに続く放射線および/または化学療法の標準治療にもかかわらず、生存率は過去30年でわずかに増加しただけであった。GBMを有する患者の予後とクオリティオブライフとを改善するために、新規の治療が必要であることは明らかである。腫瘍細胞上で特異的に見いだされるかまたは悪性細胞上で、高レベルで過剰発現し、ほとんど正常細胞上には存在しない分子的マーカーは、標的化薬物送達のような方法のための魅力的な治療上の標的である。これらの方針に沿って、脳腫瘍関連癌/精巣腫瘍抗原(CTA)で、非常に魅力的な治療上の標的であるインターロイキン13(IL−13)、ILRα2に対する受容体を、本発明者らはすでに同定した。
Eph受容体はチロシンキナーゼ受容体で最大のファミリーであり、細胞で重要なシグナル伝達経路、例えば増殖、遊走および分化を制御するシグナル伝達経路を媒介する際に重要である一群の膜貫通のタンパク質を含んでいる。Eph受容体の14のメンバーは、受容体の細胞外ドメインの相同性に基づいてA型およびB型に分けられ、球状アミノ末端リガンド結合ドメインと、それに続くシステインに富むドメインおよび2つのフィブロネクチンIII様反複とを一般的に含んでいる。すべてのEph受容体の間で保存されるC末端の細胞内ドメインは、受容体の自己リン酸化活性に関わる2つのチロシン残基を含み、このドメインにチロシンキナーゼ触媒ドメインが続いている。細胞膜に隣り合う両方のチロシンのリン酸化および触媒領域のチロシンのリン酸化が、Eph受容体の生物活性を制御する。
Eph受容体の内在性のリガンド、エフリンが、隣接する細胞の表面と結合するという点で、Eph受容体はチロシンキナーゼ受容体の中ではユニークである。エフリンは、細胞表面に結合しているタンパク質の原形質膜との結合状態に基づく2つの型のファミリーである。エフリンAリガンドは、グリコシルホスファチジルイノシトール(GPI)結合を介して連結するのに対し、エフリンBリガンドは、細胞膜への結合を媒介する細胞内ドメインを伴う膜貫通配列を有している。いくつかのエフリンには、2つ以上のEph受容体に結合する混乱した状態があるが、すべてのエフリンは特異的なEph受容体と相互作用する。
Eph受容体およびエフリンリガンドは、発生時に発現の特異的なパターンを示す。これらは、ボディープラン形成の間、細胞集団の境界を設定する複雑な過程に関係している。細胞間の接触依存的な過程を介する軸索誘導において、神経発生でEph受容体およびそれらのリガンドがある重要な役割を果たすことが示された。胚発生の間、EphA2は神経系に存在するが、大部分の他のEph受容体と異なりEphA2は増殖性の成人上皮細胞表面上でも発現する。しかしながら、この発現は比較的低レベルであり、最も一般的には、皮膚、腸、肺および卵巣に限られている。特に、これらの細胞では、受容体は細胞と細胞の接触点に局在し、そのリガンド、エフリンA1により結合されている。
EphA2は、いくつかのヒト上皮悪性腫瘍、例えば胸部、大腸、卵巣、前立腺および膵癌で有意に過剰発現している。EphA2レベルのこの上昇は、一つには、リガンドに媒介される受容体の分解量の減少のせいであると考えられる。例えば、癌組織中の不安定な細胞間接触が、隣接細胞上のエフリンA1との相互作用することがEphA2の能力を妨げる可能性がある。その結果、受容体活性化ならびに引き続くEphA2の分解が著しく減少する。興味深いことには、このことにより、EphA2の活性化が有意に低減し、同時に高レベルで過剰発現する形質転換した上皮細胞での状況を作り出す。EphA2の活性化は、インテグリン媒介付着、細胞伝播および遊走をネガティブに制御する。活性化したEphA2はインテグリンの機能を抑制し、直接、限局的接着性キナーゼの脱リン酸化と、それに続く限局的接着性キナーゼからの解離とを生じる。さらにまた、EphA2活性化は、細胞成長および増殖を抑制し、細胞と細胞外基質との接触を減少させる。したがってEphA2が不活性状態で存在する場合、EphA2が発現している細胞は、運動性が大きく、浸潤性が高く、急速に増殖する傾向を備えている可能性がある。したがって本発明の一つの実施態様は、in vitroおよびin vivoの両方で不活性なEphA2の過剰発現を、上述の癌の浸潤性および悪性な表現型と関連づけることである。
また、EphA2は、その内因性リガンド、エフリンA1との会合を介して、血管形成および腫瘍新血管新生に重要な役割はたしている。エフリンA1は、最初はTNF−α誘導性の内皮遺伝子産物として発表され、血管形成における重要な要素としてエフリンA1の役割が提案された(パンディ エー、セオ エイチ、マークス アールエム、ポルベリニ ピージェイとデクシット ヴイエム(Pandey A,Shao H,Marks RM,Polverini PJ,and Dixit VM)、Science、第268巻、567〜569ページ、1995年)。上皮細胞の状況とは対照的に、正常内皮細胞のEphA2を活性化するためのエフリンA1の不全は、血管内皮成長因子誘導の血管形成を抑制する。
細胞系および組織:ヒト多形性グリア芽細胞腫(U−87 MG、U−251 MG、DBTRG−05 MGおよびA−172 MG)、ヒト悪性グリオーマ(H4)および正常ヒト内皮(HUVEC)由来の細胞系を、アメリカンタイプカルチャーコレクション社(American Type Culture Collection)(ヴァージニア州マナサス(Manassas)所在)から得た。G48a細胞は、本研究所で分離した原発性のGBMヒト外植片細胞培養であった。6B53−11 GBM細胞は、メイヨークリニック社(Mayo Clinic)(ミネソタ州ロチェスター(Rochester)所在)のデビッド ジェイムス博士(David James)から戴いたものである。6B53−11、A−172 MGおよびH4悪性グリオーマ細胞を、10%ウシ胎児血清(FCS)(ライフテクノロジー社(Life Technologies)、メリーランド州ロックビル(Rockville)所在)を含む、ダルベッコ改変イーグルの培地(D−MEM)に増殖させた。U−87 MG細胞を、10%FCS、0.1mMの非必須アミノ酸(NEAA)、2mMのグルタミン(ライフテクノロジー社(Life Technologies)、および100のμg/mLのピルビン酸ナトリウムを含むイーグルの最小必須培地(MEM)に増殖させた。G48a細胞を、10%FCS、100μg/mLのピルビン酸ナトリウム、100μg/mLのL−システイン(ライフテクノロジー社(Life Technologies)、20μg/mLのL−プロリン(シグマ社(Sigma)、ミズーリ州セントルイス(St.Louis)所在)、0.1μMのナトリウムヒポキサンチンおよび0.016μMのチミジン、5単位/mLのペニシリンGおよび5単位/mLの硫酸ストレプトマイシン(ライフテクノロジー社(Life Technologies)からなる1×HTサプリメントを含むRPMI−1640(ライフテクノロジー社(Life Technologies)に増殖させた。ヒトGBMおよび正常脳からの組織試料を手術室から得て、ホルマリン固定するか、あるいは直ちに凍結して−80℃保存した。GBMの10ミクロン切片をスライドに融解マウントし、分析するまで−80℃に保存した。
ウェスタンブロット:細胞溶解物を準密集培養(subconfluent cultures)から調製した。細胞をリン酸塩緩衝食塩水(PBS)で洗浄し、哺乳動物のプロテアーゼ阻害剤反応混液(Mammalian Protease Inhibitor Cocktail)(シグマ社(Sigma))を含むRIPA緩衝液(PBS、0.5%デオキシコール酸ナトリウム、0.1%SDSおよび0.5%Igepal)中で溶解した。非悪性の脳および病理学者に確認されたGBM腫瘍組織を、凍結している間に小片に細かく切り刻み、哺乳動物のプロテアーゼ阻害剤反応混液(シグマ社(Sigma))とともにRIPA緩衝液中でホモジナイズした。溶解物を18ゲージの針に通すことによりDNAを剪断し、氷上で60分間インキュベートした。不溶性残渣を10,000rpmで10分間ペレット化し、上清を採取し、使用するまで−80℃で保存した。正常ヒト脳溶解物を、ケミコンインターナショナル社(Chemicon International,Inc.)(カリフォルニア州テメクラ(Temecula)所在)およびクロンテクラボラトリー社(Clontech Laboratory,Inc.)(カリフォルニア州パロアルト(Palo Alto)所在)から購入した。10%または15%のアクリルアミドを用いるSDS−PAGEまたは4〜15%のトリス−HCl勾配ゲル(バイオラドラボラトリー社(Bio−Rad Laboratory))を用いて、溶解物を分離した。次いで、タンパク質をPVDF膜(ピアス社(Pierce)イリノイ州ロックフォード(Rockford)所在)へ移し、blotto(PBS/0.05%Tween−20中5%ミルク)で少なくとも1時間ブロックした。膜を、blottoに希釈した1次抗体とともに、振盪しながら4℃で1夜インキュベートした。ウサギポリクローナルEphA2(1:100)抗体およびエフリンA1(1:150)抗体を、サンタクルスバイオテテクノロジー社(Santa Cruz Biotechnology)(カリフォルニア州サンタクルス(Santa Cruz)所在)から購入した。マウスモノクローナルEphA2クローンD7(1:500)抗体、ホスホチロシンクローンPY20(1:1000)抗体およびβ−アクチン(1:50,000)抗体を、シグマ社(Sigma)(ミズーリ州セントルイス(St.Louis)所在)から購入した。PBS/0.05%Tween−20で5分間、3回洗浄後、膜を、1:5000希釈のホースラディッシュペルオキシダーゼ結合2次抗体(ヤギ抗マウスIgGまたはヤギ抗ウサギIgG)とともに、blotto中で1時間インキュベートした。膜を、PBS/0.05%Tween−20でそれぞれ5分間、3回洗浄し、ECLプラスウェスタンブロッティングディテクションシステム(ECL plus Western Blotting Detection System)(アメルシャムバイオサイエンス社(Amersham Biosciences)、イギリス所在)を用いて検出を行った。膜を、オートラジオグラフィーフィルムX−OMAT ARに様々な時間曝露した。フィルムを600×dpiで走査し、画像をJasc Paint Shop Pro v6.0を使用して編集した。
蛍光抗体法および免疫組織化学:蛍光抗体法のために、GBM細胞系およびヒト外植片細胞を、適切な培地中、滅菌ガラススライド上で一夜増殖した。スライドをリン酸塩緩衝食塩水(PBS)で、2回洗浄し、−20℃のアセトン中で2分間固定した。次いでスライドをPBSで2回洗浄し、直ちに使用するか、または使用するまで−80℃で保存した。凍結切片を解凍後、−20℃のアセトン中で10分間固定した。スライドをPBSで2回洗浄し、室温で1時間、10%正常ヤギ血清(NGS)でブロックした。1次抗体EphA2ポリクローナル(1:200)抗体もしくはモノクローナル(1:1000)抗体またはエフリンA1ポリクローナル(1:200)抗体を1.5%NGSに希釈し、4℃で1夜インキュベートした。抗体対照スライドを、1.5%NGSでインキュベートしなかった。スライドをそれぞれ、PBSで5分間、2回洗浄し、2次抗体とともに室温で45分間インキュベートした。2次抗体には、ヤギ抗ウサギローダミン(1:200)、ロバ抗ウサギローダミン(1:200)(両方ともジャックソンイミュウノリサーチラボラトリィ社(Jackson ImmunoResearch Laboratories,Inc.)、ペンシルバニア州ウェストグローヴ(West Grove)所在から)またはヤギ抗マウスIgGオレゴングリーン(1:200)(モレキュラープローブ社(Molecular Probes)、オレゴン州ユージン(Eugene)所在)が含まれる。スライドを、Hoeschst No.33258核対比染色剤(Hoescht No.33258 Nuclear Counterstain)(DAPI)で対比染色した。スライドを、PBSでそれぞれ5分間、2回洗浄し、ゲルマウント(バイオメディア社(Biomedia)、カリフォルニア州フォスターシティー(Foster City)所在)でマウントした。
免疫組織化学(IHC)のために、腫瘍試料を緩衝ホルマリンで固定し、パラフィンに包埋した。5μm切片を切り取り、クロムアラムスライド上にマウントした。組織マイクロアレイを、サイブリ社(Cybrdi,Inc.)(メリーランド州ゲイザースバーグ(Gaithersburg)所在)から得た。完全に乾燥した後、パラフィンが溶解するまでスライドを65℃でベーキングした。スライドをキシレンで脱パラフィンし、アルコールで再水和した。抗原検索を、10mMのクエン酸ナトリウム緩衝液(pH6.0)を用いて、電子レンジでそれぞれ2回、5分間培地上で実施した。一旦冷却し、過酸化物/メタノール浴で30分間スライドをインキュベートすることにより、内因性パーオキシダーゼ活性をクエンチした。スライドを、5分間かけてPBSを3回取り替えて洗浄した。染色はSensiTek HRP Anti−Polyvalentキット(シテックラボラトリー社(ScyTek Laboratories)、ユタ州ローガン(Logan)所在)を用いて実施した。バックグラウンド染色を、5分間ScyTek Superblockを使ってブロッキングした。スライドをPBSで洗浄し、PBSで調製した1次抗体(ポリクローナルEphA2、1:200またはエフリンA1ポリクローナル、1:200)とともに、4℃で一夜インキュベートした。抗体対照スライドを、PBSでインキュベートしなかった。過剰量の抗体を、PBSで洗浄して除去した。次いでスライドを15分間、希釈したSuperblock(PBSで、1:10)でブロッキングし、PBSで洗浄した。スライドをScyTekビオチン標識2次抗体で15分間インキュベートし、次いでPBSで洗浄した。ScyTek Avidin−HRPをスライドに塗布し、20分間インキュベートし、スライドを蒸留水ですすいだ。ScyTek AEC/Chromagenによる視覚化を実施し、8〜10分間進行させた。スライドを水道水ですすぎ、ヘマトキシリンで1分間、対比染色した。最後にスライドを水道水ですすぎ、Crystal−Mount(バイオメディア社(Biomedia))を用いてマウントした。
顕微写真を、すべての場合、Zeiss Axiovisionカメラを用いて、63×倍率油浸レンズで撮影した。バックグラウンドを、1次の抗体なしの試料に標準化した。画像を、Jasc Paint Shop Pro v6.01を用いて処理した。
足場非依存性の細胞増殖:2×103のU−251 MG、DBTRG−05 MG、U−87 MGまたはH4細胞を、0.5%寒天添加増殖培地基層上に0.35%寒天(フィッシャー(Fisher))添加増殖培地入りの6穴プレートに播種した。細胞に、組み換えマウスエフリンA1/Fcキメラ(R&Dシステムズ社(R&D Systems))を0.001、0.01、0.1、0.5、1μg/mL添加して、またはビヒクル単独で実施した(各濃度点で、3回反復して実施した)。エフリンA1を、プレーティングの3日後に新しい培地を使って補充し、コロニーを、14日後に低倍率で計数した。DBTRG−05 MGおよびU−251 MGについては、75細胞より大きなコロニー集団、またはU−87 MGおよびH4については、25細胞より大きなコロニー集団(これらの後者の2細胞系は、軟寒天中であまり増殖しない)を、ランダムな10視野で、低倍率で計数した。それぞれの実験条件を、アッセイごとに3回反復して実施した。
浸潤試験:BDバイオコート(BD Biocoat)(商標)マトリゲル(Matrigel)(商標)浸潤チャンバー、対照インサート、およびウェル(BDバイオサイエンス社(BD Biosciences)、マサチューセッツ州ベッドフォード(Bedford)所在)を、500/μLの無血清培地で、37℃で2時間、再水和した。細胞を、0.01、0.1、0.5または1.0μg/mLのエフリンA1−Fc、37℃で1時間前処理し、トリプシン処理し、0.1%BSAを加えたPBSでクエンチして計数した。再水和培地を除去後に、5%FBS添加培地750μLを24穴プレートの各ウェルに加え、その後直ちに4×104細胞(適切な濃度のエフリンA1−Fcをプラスした500μLの無血清培地中)を、それぞれのチャンバーおよび対照インサートに添加した。プレートを37℃で20〜22時間インキュベートした。非浸潤性細胞を、綿棒で膜をこするって膜の上表面から除去した。膜下面の細胞を、DIFF QUIK染色キットを用いて染色した(IMEB社(IMEB,Inc.)、カリフォルニア州サンマルコス(San Marcos)所在)。マトリゲル膜および対照インサート膜を遊走した細胞の平均個数を得るために、ランダムな5つの視野の浸潤性細胞を、各細胞の種類および処理条件に用いた3つのマトリゲルインサートおよび対照インサートに関して(それぞれ3回反復して実施した)、40×レンズで計数した。データを、対照膜を通っての遊走と比較したマトリゲルマトリックス基底膜のパーセント浸潤として表した。
免疫沈降:細胞溶解物を準密集培養から調製した。細胞をPBSで洗浄し、哺乳動物のプロテアーゼ阻害剤反応混液(シグマ社(Sigma))を含むRIPA緩衝液(PBS、0.5%デオキシコール酸ナトリウム、0.1%SDSおよび0.5%Igepal)および1mMのナトリウムバナデート中で溶解した。約500μgの細胞溶解物を、5μgのモノクローナルEphA2(クローンD7)と4℃で一夜、インキュベートした。充填されたタンパク質G−セファロースビーズ(シグマ社(Sigma)、ミズーリ州セントルイス(St.Louis)所在)を、約35μLを含む70μLの50%PBS/ビーズスラリーを加えて4℃で最低1時間インキュベートした。ビーズを遠心分離して回収し、氷冷RIPA緩衝液で3回洗浄し、60μLの3×SDS試料緩衝液に再懸濁した(ニューイングランドバイオラボズ社(New England Biolabs))。試料を100℃で5分間加熱した。上清を採取し、ウェスタンブロッティング用にSDS−PAGEを用いて分離するまで−20℃で保存した。
EphA2受容体のリン酸化:U−251 MG細胞の準密集培養を100mmシャーレで一夜、血清欠乏状態にした。細胞を組み換えマウスエフリンA1/Fcキメラ(R&Dシステムズ社(R&D Systems))またはマウスモノクローナルIgG1アイソタイプ対照(R&Dシステムズ社(R&D Systems))で、指示された時間にわたって処理した。細胞溶解物を指示された時刻に調製し、EphA2を用いる免疫沈降に使用し、次いでP−Tyrに対するウェスタンブロッティング、続いてEphA2に対するウェスタンブロッティングに使用した(上記参照)。
結果
ヒトGBM株化細胞系でのEphA2およびエフリンA1の発現:いくつかのGBM細胞系および正常な脳でのEphA2およびエフリンA1タンパク質の濃度を、最初にウェスタンブロッティングにより測定した。5つの異なるGBM細胞系(A−172 MG、DBTRG−05 MG、U−251 MGおよびG48a)がEphA2タンパク質の非常に高い濃度を示し、130kDaの予想さるサイズの免疫反応性バンドとして移動した(図7A)。例外はU−87 MG細胞であり、調べた他のGBM細胞系よりはるかに少ないEphA2を発現した(図7A)。正常脳の前頭葉から分離した正常脳タンパク質の混成(図1A、標準脳I)ならびにクロンテク社(Clontech)(図7A、標準脳II)およびケミコン社(Chemicon)から入手した正常脳タンパク質の混成は、130kDaの位置に、非常に弱い免疫反応性のバンドかまたはいかなるバンドも存在しないことを示した(図7A)。特に、非腫瘍形成性の悪性グリオーマ細胞系、H4は、正常脳で観察される免疫反応性のEphA2濃度と同様な濃度を示した(図7A)。
ヒトGBM株化細胞系でのEphA2およびエフリンA1の発現:いくつかのGBM細胞系および正常な脳でのEphA2およびエフリンA1タンパク質の濃度を、最初にウェスタンブロッティングにより測定した。5つの異なるGBM細胞系(A−172 MG、DBTRG−05 MG、U−251 MGおよびG48a)がEphA2タンパク質の非常に高い濃度を示し、130kDaの予想さるサイズの免疫反応性バンドとして移動した(図7A)。例外はU−87 MG細胞であり、調べた他のGBM細胞系よりはるかに少ないEphA2を発現した(図7A)。正常脳の前頭葉から分離した正常脳タンパク質の混成(図1A、標準脳I)ならびにクロンテク社(Clontech)(図7A、標準脳II)およびケミコン社(Chemicon)から入手した正常脳タンパク質の混成は、130kDaの位置に、非常に弱い免疫反応性のバンドかまたはいかなるバンドも存在しないことを示した(図7A)。特に、非腫瘍形成性の悪性グリオーマ細胞系、H4は、正常脳で観察される免疫反応性のEphA2濃度と同様な濃度を示した(図7A)。
GBM細胞系のエフリンA1リガンドに対する免疫ブロッティングは、EphA2で観察された結果より著しく異なる結果を示した。EphA2が大量に過剰発現している大部分の同じ細胞系で、例えばA−172 MG、DBTRG−05 MGおよびG48aで、エフリンA1の予想されるサイズ(約25kDa)で移動する免疫反応性のバンドを示す証拠はなかった(図7A)。しかしながら、U−251 MG細胞で、弱いエフリンA1の免疫反応性バンドが観察された(図7A)。さらに正常脳組織は、同じ正常脳組織試料で観察されるEphA2濃度と類似した免疫反応性のエフリンA1の非常に低い濃度を有していた(図7A)。エフリンA1はTNF−α誘導性遺伝子産物なので、TNF−αで剌激されたヒト臍帯静脈内皮細胞(HUVEC)を、細胞溶解物中のエフリンA1検出の陽性対照としてその中に含めた(図7B)。
次に、GBM細胞でEphA2およびエフリンA1の発現ならびに局在化をさらに研究するために、蛍光抗体法を実施した。モノクローナルおよびポリクローナルEphA2抗体の両方を用いて調べた、EphA2に対する多量の特異的な染色が、すべてのGBM細胞系で観察された(図8A)。集密状態の細胞で、受容体の予想される膜局在性の発現を示す染色の特徴的な蜂窩織像が明らかであった(図8A、U−251 MG細胞)。いくつかの細胞質および核周囲の染色も見られた。1つのGBM細胞系、U−87 MGで、EphA2免疫蛍光のレベルが、他のすべてのGBM細胞と比べ視認できる程に低いことが認められた(図8A)。この所見は、ウェスタンブロッティングによりU−87 MG細胞で見られた免疫反応性のEphA2タンパク質の低いレベルと一致する(図7A)。
GBMでEphA2およびエフリンA1の発現をさらに研究するために、EphA2に対して染色した同じGBM細胞で、エフリンA1に対して蛍光抗体法を実施した。非常に低濃度のエフリンA1に特異的な染色が見られ、そのほとんどがアッセイの検出限界に近いものであった。(図8B、6B53−11、U−373 MGおよびU−87 MG細胞)。
ヒトGBM試料におけるEphA2およびエフリンA1の発現:次に、GBM試料および正常脳組織における受容体およびそのリガンドの発現を、ウェスタンブロッティングおよびIHCによって検討した。ウェスタンブロッティング用には、全組織溶解物を、急速凍結したヒトGBMからから調製するか、正常脳の前頭葉から調製するか、または市販品を購入した。調べたGBM腫瘍14中13で、免疫反応性のEphA2が正常脳でよりも上昇しているのに対して、6つの腫瘍がEphA2の大量の過剰発現を示すことが見出された(図9)。EphA2が上昇した13試料のうち9試料では、免疫反応性のエフリンA1は、著しく低い濃度で存在していた(図9、GBM 6、12、23、114、121、125、24、117および105)。残りの4試料すべてが、EphA2および免疫反応性のエフリンA1の両方で、正常組織で見られものを上回る増加を示した(図9、GBM 102、135、45、112)。ただ1つの腫瘍、GBM 99だけが、受容体およびリガンドの低い濃度を有するようであった(図9)。
EphA2およびエフリンA1の発現をさらに評価するために、蛍光抗体法を、ヒトGBM組織および非悪性の脳のいくつかの凍結切片で実施した。これらの試験で、GBMでEphA2に対する多量の染色と正常脳で検出可能な免疫反応性受容体の極めて低い濃度が認められた(図10A)。正常脳のいくつかの異なる試料をEphA2に対して染色したが、一貫して結果は陰性であった。ウェスタンブロッティングでエフリンA1についても高い濃度を示したGBM102(図9)を除くすべての同じ切片で、免疫蛍光エフリンA1が、ほとんどバックグラウンド濃度で存在していた(図10B)。特に、凍結切片で観察されるEphA2およびエフリンA1の免疫蛍光濃度は、ウェスタンブロッティングで見られる免疫反応性のタンパク質の量と一致した(図9、図10A、図10B)。
ヒトGBMのパラフィン包埋切片のIHCで、ウェスタンブロッティングおよび蛍光抗体法で観察されたものと同様の、高程度のEphA2に対する染色が認められた(図11A)。巨細胞GBMを含む4つの異なる病理学者に確認されたGBM腫瘍試料で、グリア細胞および腫瘍血管内皮細胞を含む切片全体に及ぶ、濃い特異的なEphA2染色が観察された(図11A)。ここでもEphA2染色は、非悪性脳組織でのアッセイの検出限界に近かった(図11A)。EphA2に対して観察された高程度の特異的な染色と異なり、エフリンA1は、GBM試料の全体を通じて低い濃度で見出された(図11B)。非悪性脳で、血管内皮細胞に特異的に極度に局在するエフリンA1染色が観察され(図11B)、またわずかな度合いでEphA2に関してもこの現象が観察された(図11A)。興味深いことには、正常脳でのエフリンA1のこの特異的な血管内皮細胞局在化は、GBMではさほど明白ではないようであった(図11B)。さらに、種々の脳腫瘍および正常脳のパラフィン包埋切片の61個で構成される組織マイクロアレイで、一貫して高悪性度の(WHOグレードIII〜IV)星状細胞腫中にEphA2に対する最も強い染色が認められ、これらの切片のエフリンA1染色では、リガンドの一様な同じ低い濃度が認められた。
GBM細胞の足場非依存性増殖に及ぼすエフリンA1の効果:GBM細胞系と腫瘍組織で観察されるEphA2およびエフリンA1の差次的な発現傾向に基づき、次に本発明者らは、GBMの受容体およびリガンド間の考えられる機能的な関連性を検討した。まず、高いEphA2を発現しているGBM細胞系の足場非依存性増殖に及ぼすエフリンA1の効果を、U−251 MGおよびDBTRG−05 MG細胞の、エフリンA1の共存下または非共存下で、軟寒天中でコロニーを形成する能力を評価することにより検討した。2つの細胞系の足場非依存性増殖に及ぼすエフリンA1の用量依存的な抑制効果が見出された(図12A)。可溶性エフリンA1は、in vitroでEphA2受容体を活性化することがすでに示されていたという事実により、エフリンA1の媒介するEphA2の活性化は、GBM細胞の足場非依存性増殖に対し負の効果を有することを、本発明者らは提案する。この現象は、特異的にEphA2のエフリンA1に媒介された活性化を含むことを確認するために、同じ試験をEphA2の低い濃度を発現する2つの細胞系、H4およびU−87 MGを用いて実施した(図7A)。調査した両方の細胞系において、エフリンA1の濃度増加とともに足場非依存性増殖の如何なる有意な用量依存的な抑制も本発明者らは観察できなかった(図12B)。一般に、これらの細胞は軟寒天中でEphA2を高レベルで過剰発現する細胞よりも小さなコロニーを形成した。
GBM細胞浸潤に及ぼすエフリンA1の効果:EphA2受容体の活性化の欠如の結果として一部生じる可能性のある、GBM細胞の他の増強した悪性な特徴は浸潤である。したがって、3つの異なるGBM細胞系の浸潤性に及ぼす外来性のエフリンA1の効果を検討した。EphA2高レベル発現体であるU−251 MGおよびA172 MG細胞は、エフリンA1の上昇する濃度とともに、実質的に用量依存的な浸潤性の減少を示した(図12)。1.0μg/mLのエフリンA1処理により、A−172 MG細胞で80%の浸潤の減少およびU−251 MG細胞で52%の浸潤の減少を生じた(図12)。これと対照的に、U−87 MG細胞は、高レベルのEphA2を発現している細胞系よりも浸潤性が少なく、無処理の対照から1.0μg/mLのエフリンA1処理までの間で、浸潤に関してわずか20%の減少を本発明者らは観察した(図12)。
GBM細胞におけるEphA2受容体の活性化の状態。GBMにおけるエフリンA1発現の低いレベルは、これらの腫瘍のEphA2受容体は、活性化されていない模様であり、したがって非チロシンリン酸化状態で存在することを示唆している。この可能性を検討するために、いくつかのGBM細胞系および腫瘍からの溶解物の免疫沈降反応を、モノクローナルEphA2抗体を用いて実施した。図14Aに示したように、免疫反応性のEphA2は容易に認められるが、GBM細胞系および腫瘍でチロシンがリン酸化されたEphA2は、殆どないかまたはまったく検出されなかった。特に2つのGBM腫瘍から免疫沈降した免疫反応性のEphA2の量は、ウェスタンブロッティングにより見いだされる量と直接関連している(図9)。検出可能なチロシンリン酸化の欠如は、EphA2受容体は不活性であり、おそらくは隣接する細胞由来のエフリンA1による刺激が欠如しているためであることを示唆している。エフリンA1の処理に応じて、U−251 MG細胞で、チロシンがリン酸化したEphA2の濃度(エフリンA1媒介受容体の活性化の指標)が、時間とともに非常に増加した(図14B)。IgG1処理試料ではリン酸化したEphA2の増加はなかった(図14B)。エフリンA1に誘導されるEphA2リン酸化が、処理後早くも10分で生じ、60分まで持続するのが認められた。エフリンA1刺激の2時間後に、リン酸化したEphA2がもはや検出されなかったので、受容体の活性化は、可逆性であるように考えられる(図14B)。さらに、エフリンA1で処理した細胞溶解物中の全免疫反応性EphA2の濃度が、処理の60分後に減少し始めた(図14C)。
本発明者らは、EphA2は大量に存在し、GBM細胞系およびヒトGBM腫瘍組織で特異的に過剰発現することを示した。医療介入の有力な分子標的としてEphA2を考慮する際に重要なことは、この受容体の発現は、正常脳では非常に低い濃度で検出されることである。さらに、本発明者らは、EphA2を大量に過剰発現する細胞および腫瘍で、エフリンA1は平均してさらに低濃度で存在することを証明した。さらにまた本発明者らの所見は、GBMなどの腫瘍のEphA2とエフリンA1の間に機能的な関連性の存在を示唆している。本発明者らは、エフリンA1はEphA2を活性化し、受容体のチロシンリン酸化を介する腫瘍誘発性、例えば足場非依存性増殖および浸潤の負の調節をもたらすシグナルを誘発することを見いだした。
本発明者らの知る限りでは、これは、アストログリアが起源のヒト癌でEphA2受容体およびそのリガンド、エフリンA1の存在の意義および機能的意義を検討した最初の研究である。さらにEph受容体ファミリーの他のメンバー、EphB2は、遊走およびヒトグリオーマ細胞の浸潤で役割を果たすことが分かった。GBMでのEphA2の多量な過剰発現は、リガンド誘導のセプター分解量の減少の結果として生じる可能性がある。安定な細胞間接触を有する正常組織では、エフリンA1は、EphA2に結合して活性化し、受容体−リガンド複合体の内部移行を生じる。続いてEphA2は、c−Cblと相互作用のため分解し、正常成人上皮組織では活性状態のEphA2は、低濃度で発現していることが見出されている。これとは対照的に、上皮癌で過剰発現したEphA2は、触媒キナーゼドメインのチロシンが非リン酸化した状態を保つ非活性化状態で主に見いだされる。本発明者らのこの結果は、この状況は悪性グリオーマについても当てはまることを示唆している。本発明者らは、GBM細胞系および腫瘍でEphA2受容体のチロシンリン酸化の有意な量を検出できていないので、EphA2は過剰発現するが、生物学的に不活性状態で存在することが示される。GBM細胞および大部分の腫瘍組織でエフリンA1の濃度が非常に低いことが、EphA2受容体活性化の欠如および結果として生じる持続的な過剰発現を少なくとも部分的に説明することができる。さらに受容体の遺伝子発現もGBMで増加し、この疾病で増加した遺伝子産物が存在する原因であると考えられる。
EphA2およびエフリンA1の差次的な発現パターンは、細胞系だけでなくGBM腫瘍でもて認められた。ほとんど例外がないのは、一部にはたぶん腫瘍の不均一な性質に起因している。悪性腫瘍形質転換の1つの性質は、安定な細胞間接触量の減少である。したがって、エフリンA1は、いくつかの腫瘍で実際に存在するが、受容体の内在化と分解を誘発するには不十分な短命な様式でのみEphA2に結合できている可能性がある。あるいは大部分のエフリンA1は、悪性組織でEphA2に正常に結合できるおよび/またはEphA2を活性化できる様式でもはや存在しない可能性がある。例えば、エフリンA1は細胞表面から隔離され、EphA2受容体を事実上結合しない可溶性の単量体の形式で細胞外環境に存在している可能性がある。どちらの予想される展開も、EphA2の過剰発現を促進するだろう。
腫瘍新血管新生において、EphA2が重要であることはすでに示されている。悪性グリオーマは、本質的に高度に血管の腫瘍である。血管新生促進因子、例えば血管内皮成長因子(VEGF)は、腫瘍の微小環境に種々の濃度で存在する。したがって、GBM腫瘍で存在するエフリンA1の濃度が、ある程度血管新生促進因子に対する腫瘍細胞応答に関連している可能性がある。あるいは腫瘍組織でのエフリンA1の存在は、正常血管系で発現しているエフリンA1に由来する可能性もある。特に本発明者らは、正常脳組織の血管内皮細胞にGBM試料では明白ではない特異的に局所化したエフリンA1を認めた。腫瘍の異なる領域で、すなわち中心に対し浸潤端部で、EphA2およびエフリンA1の異なる発現パターンを有する可能性がある。エフリンA1により活性化されたとき、EphA2は細胞成長、遊走、増殖および浸潤の負の調節に関与する経路を介して情報伝達を行う。エフリンA1がEphA2のリン酸化を引き起こすばかりでなく、足場非依存性増殖およびGBM細胞の浸潤の減少と関連する受容体状態におけるこの変化も引き起こすことを本発明者らは見いだした。さらにまた、エフリンA1によりを引き起こされる細胞行動におけるこれらの変化は、低濃度のEphA2を発現している細胞系では変化が観察されないので、EphA2発現の濃度に関連があると思われる。したがって不活性型で過剰発現したEphA2は、腫瘍の発達および/または維持を助長する許されない細胞内情報伝達を可能にすることから、GBMでEphA2/エフリンA1系は非常に重要な役割を果たす可能性をもっている。これらの可能性を検討する研究は、本発明者らの研究所で進行中である。
本発明者らは、EphA2は高いレベルで過剰発現され、GBMの発癌性にとって機能的に重要であることを示した。本特許はEphA2/エフリンA1系を、高悪性度グリオーマに対する分子に基づく介入の開発目標として研究する将来研究の基礎となる。
実施例4:エフリン分子に結合する候補治療化合物の同定。
図15A〜15Cは、大腸菌でのエフリンA1およびDT390−エフリンA1組換えタンパク質の発現ならびにDT390−エフリンA1サイトトキシンの部分精製を示す。図15A:エフリンA1は、IPTG誘発に応じる主要な細菌タンパク質である。1、分子サイズのマーカー、2、前もって誘導した細胞の溶解物、3、細菌でエフリンA1のEPTG誘導による産生(レーン1〜3は、SDS−PAGEを示す)、4、前もって誘導した細胞の溶解物、5、細菌でIPTG誘導によるエフリンA1の産生(レーン4〜5は、ウェスタンブロットを示す)。図15B:DT390−エフリンA1は、IPTG誘発に応じる主要な細菌タンパク質である。I、分子サイズのマーカー、II、前もって誘導した細胞の溶解物、III、細菌でIPTG誘導によるDT390−エフリンA1の産生(レーンI〜IIIは、SDS−PAGEを示す、IV、部分的に精製したDT390−エフリンA1サイトトキシンの抗エフリンA1抗体用いたウェスタンブロット。図15C:過剰量のエフリンA1−Fcの不存在下または存在下で、DT390−エフリンA1(15nM)を用いた、U−215 MG GBM細胞の細胞増殖アッセイ。
図15A〜15Cは、大腸菌でのエフリンA1およびDT390−エフリンA1組換えタンパク質の発現ならびにDT390−エフリンA1サイトトキシンの部分精製を示す。図15A:エフリンA1は、IPTG誘発に応じる主要な細菌タンパク質である。1、分子サイズのマーカー、2、前もって誘導した細胞の溶解物、3、細菌でエフリンA1のEPTG誘導による産生(レーン1〜3は、SDS−PAGEを示す)、4、前もって誘導した細胞の溶解物、5、細菌でIPTG誘導によるエフリンA1の産生(レーン4〜5は、ウェスタンブロットを示す)。図15B:DT390−エフリンA1は、IPTG誘発に応じる主要な細菌タンパク質である。I、分子サイズのマーカー、II、前もって誘導した細胞の溶解物、III、細菌でIPTG誘導によるDT390−エフリンA1の産生(レーンI〜IIIは、SDS−PAGEを示す、IV、部分的に精製したDT390−エフリンA1サイトトキシンの抗エフリンA1抗体用いたウェスタンブロット。図15C:過剰量のエフリンA1−Fcの不存在下または存在下で、DT390−エフリンA1(15nM)を用いた、U−215 MG GBM細胞の細胞増殖アッセイ。
他の実施態様
本発明について本発明の詳細な説明とともに説明してきたが、前述の説明が例示を目的とし、本発明の範囲を限定することを目的としないことが理解されるべきである。本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によって定義される。他の態様、利点、および変更は特許請求の範囲内にある。
本発明について本発明の詳細な説明とともに説明してきたが、前述の説明が例示を目的とし、本発明の範囲を限定することを目的としないことが理解されるべきである。本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によって定義される。他の態様、利点、および変更は特許請求の範囲内にある。
Claims (32)
- Eph受容体、Eph関連受容体、エフリン分子、それらのタンパク質、ペプチド、変異体、断片および誘導体を備える、癌の診断用組成物。
- Eph受容体がEphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体からなる群から選択され、エフリン分子がエフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、それらの変異体および断片の少なくとも一種を備える、請求項1に記載の組成物。
- Eph受容体が、EphA2受容体、そのタンパク質、ペプチド、変異体、断片および誘導体をさらに備える、請求項1に記載の組成物。
- 被験体試料中の少なくとも一種または複数のタンパク質バイオマーカーを検出する工程、および一種または複数のタンパク質バイオマーカーの検出を癌の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較した場合の各診断における一種または複数のバイオマーカーの該検出を考慮に入れ、該一種または複数のタンパク質マーカーは、Eph受容体、EphA2受容体、Eph関連受容体、エフリン分子、その断片および変異体である工程と、
一種または複数のタンパク質バイオマーカーの該検出を癌の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較したときの各診断における一種または複数のタンパク質バイオマーカーの該検出を考慮に入れる工程とを備える、癌および/または癌関連疾患の検出および診断方法。 - 前記タンパク質バイオマーカーが、Eph受容体、EphA2受容体、Eph関連受容体、その断片および変異体である、請求項4に記載の方法。
- Eph受容体がEphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体、そのタンパク質、ペプチド、変異体、断片および誘導体からなる群から選択され、エフリン分子がエフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片のいずれか一種を備える、請求項4に記載の方法。
- Eph受容体がEphA2受容体、そのタンパク質、ペプチド、変異体、断片および誘導体をさらに備える、請求項4に記載の方法。
- Eph受容体、EphA2受容体、エフリンタンパク質、そのペプチド、変異体、断片および誘導体の量が癌病期と相関関係がある、請求項4に記載の方法。
- 一種または複数のタンパク質バイオマーカーを癌の診断に用いる、請求項4に記載の方法。
- 複数のタンパク質バイオマーカーを癌の診断に用いる、請求項4に記載の方法。
- EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkまたはnuk受容体、そのタンパク質、ペプチド、変異体、断片および誘導体のいずれか一種を備える受容体を発現する単離細胞を培養する工程と、
候補治療薬を該培養細胞へ投与する工程と、
候補治療薬の存在下または不在下での該受容体の発現レベルおよびリン酸化を、正常細胞、およびエフリン分子の存在下で培養した細胞と比較した場合と相関させる工程と、
それにより、Eph発現を低下させ、Eph分子を活性化する候補治療薬を同定する工程と、
それによって、腫瘍治療用の候補治療薬を同定する工程とを備える、腫瘍の治療用候補治療薬の同定方法。 - Eph分子の活性化が、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEphおよび候補治療薬の存在下でのEphと比較した場合のチロシン分子のリン酸化によって測定される、請求項11に記載の方法。
- Ephの発現が、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph+細胞および候補治療薬の存在下でのEph+細胞と比較される、請求項11に記載の方法。
- エフリン分子、エフリン特異抗体、そのペプチド、変異体および断片を備える、Eph受容体をモジュレートするための組成物。
- エフリン分子がエフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片をさらに備える、請求項14に記載の組成物。
- エフリン、エフリンA1、そのペプチド、変異体および断片を備える治療上有効な量の医薬組成物を、治療を必要とする患者に投与する工程と、
腫瘍におけるEphの発現をモジュレートする工程と、
それにより、EphA2陽性腫瘍を改善する工程とを備える、EphA2陽性腫瘍に罹患している被験体の治療方法。 - エフリン分子が、前記EphA2受容体への結合、該受容体の活性化かつ/または該EphA2受容体の細胞内在化によりEphの発現をモジュレートする、請求項16に記載の方法。
- Eph受容体の活性化が、EphA2分子のリン酸化を検出することにより測定される、請求項16に記載の方法。
- エフリン分子が、エフリンA1タンパク質、そのペプチド、変異体および断片である、請求項16に記載の方法。
- エフリンを備える医薬組成物が化学療法剤と併用して患者に投与される、請求項16に記載の方法。
- 前記医薬組成物がEphA2に特異的に結合する抗体を備える、請求項16に記載の方法。
- 前記医薬組成物が、静脈内投与、滑液嚢内投与、経皮投与、筋内投与、皮下投与または経口投与によって患者に投与される、請求項16に記載の方法。
- 被験体試料中の少なくとも一種または複数のEphバイオマーカーおよび/またはそのリガンドを検出する工程、および一種または複数のEphバイオマーカーおよび/またはそのリガンドの該検出を悪性腫瘍の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較した場合の各診断における一種または複数のバイオマーカーの該検出を考慮に入れ、該Ephバイオマーカーは、EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erkおよびnuk受容体、そのペプチドまたは断片の一種または複数であり、該リガンドは、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片の少なくとも一種を備える工程と、
一種または複数のバイオマーカーの該検出を悪性腫瘍の診断と相関させる工程であって、該相関は、正常被験体と比較した場合の各診断における一種または複数のバイオマーカーの該検出を考慮に入れる工程とを備える、腫瘍の悪性または侵襲性を測定する方法。 - 前記Ephバイオマーカーが不活性EphA2であり、良性腫瘍および正常細胞と比較した場合の濃度増加で検出される、請求項23に記載の方法。
- EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erk、nuk、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3のいずれか一種により特定される少なくとも一種のバイオマーカーと、
損傷を受けた神経細胞を有している疑いのあるヒト被験体から単離した生体試料を保持するための基材と、
該バイオマーカーの少なくとも一種または複数を検出する抗体と、
該薬剤を該生体試料または該生体試料の一部と反応させ、該生体試料における少なくとも一種のマーカーの存在または量を検出するための、印刷された取扱説明書とを備える、被験体の癌を診断するためのキット。 - EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erk、nuk、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3により特定される複数のバイオマーカーを備える、請求項25に記載のキット。
- EphA1、EphA2、EphA3、EphA4、EphA5、EphA6、EphA7、EphA8、EphB1、EphB2、EphB3、EphB4およびEphB5、eph、elk、eck、sek、mek4、hek、hek2、eek、erk、tyro1、tyro4、tyro5、tyro6、tyro11、cek4、cek5、cek6、cek7、cek8、cek9、cek10、bsk、rtk1、rtk2、rtk3、myk1、myk2、ehk1、ehk2、pagliaccio、htk、erk、nuk、エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3のいずれか一種に特異的な少なくとも一種の抗体を備える、請求項25に記載のキット。
- エフリン−A1、エフリン−A2、エフリン−A3、エフリン−A4、エフリン−A5、エフリン−B1、エフリン−B2またはエフリン−B3、その変異体および断片のいずれか一種を備える受容体を発現する単離細胞を培養する工程と、
候補治療薬を該培養細胞への投与する工程と、
候補治療薬の存在下または不在下での該受容体の発現レベルおよびリン酸化を、正常細胞、およびエフリン分子の存在下で培養した細胞と比較した場合と相関させる工程と、
エフリン分子に結合する候補治療薬を同定する工程と、
それにより、腫瘍治療用の候補治療薬を同定する工程とを備える、腫瘍を治療するための候補治療薬を同定する方法。 - 候補治療薬が正常細胞および癌細胞に投与され、エフリン分子への結合についてアッセイされる、請求項28に記載の方法。
- 前記候補治療薬のエフリン分子への結合が、前記治療薬の正常細胞および癌細胞への結合と比較される、請求項28に記載の方法。
- 前記候補治療薬のエフリン分子への結合が、Eph分子の発現および活性化と比較され、Eph分子の活性化が、正常細胞におけるEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph、および候補治療薬の存在下でのEphと比較した場合のチロシン分子のリン酸化によって測定される、請求項28に記載の方法。
- Ephの発現が、正常細胞でのEph、そのエフリンリガンドの存在下でのEph+細胞、および候補治療薬の存在下でのEph+細胞と比較される、請求項31に記載の方法。
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Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010537201A (ja) * | 2007-08-22 | 2010-12-02 | ズィ、オハイオウ、ステイト、ユーニヴァーサティ、リサーチ、ファウンデイシャン | ヒト急性白血病におけるepha7及びerkリン酸化の調節解除を誘発するための方法及び組成物 |
JP2014534423A (ja) * | 2011-10-04 | 2014-12-18 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッドExpression Pathology, Inc. | エフリンa型受容体2タンパク質に対するsrm/mrmアッセイ |
JP2016029375A (ja) * | 2013-02-13 | 2016-03-03 | 国立大学法人 東京大学 | がんの検査方法及び検査用キット |
Families Citing this family (19)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20080026410A1 (en) * | 2004-12-02 | 2008-01-31 | Antonia Vlahou | Biomarkers for Bladder Cancer |
US8343461B2 (en) | 2006-03-08 | 2013-01-01 | Wake Forest University Health Sciences | Molecular signature of cancer |
EP2946786A1 (en) | 2006-03-08 | 2015-11-25 | Wake Forest University Health Sciences | Soluble monomeric Ephrin A1 |
CN101626784B (zh) * | 2006-08-31 | 2013-07-17 | 作为康可信托公司受托人的A.C.N.135493391股份有限公司 | 利用包含抗体的组合物治疗和/或预防非传染性医学病症 |
WO2008110624A2 (en) * | 2007-03-14 | 2008-09-18 | Universita' Degli Studi Di Milano-Bicocca | Sirna-mediated silencing of genes for treating chemotherapeutic drug-resistant epithelial tumors |
EP2009114A1 (en) * | 2007-06-29 | 2008-12-31 | Bayer Schering Pharma Aktiengesellschaft | Methods, kits, and compounds for determining responsiveness to treatment of a pathological disorder by epothilones |
US20110281279A1 (en) * | 2007-12-21 | 2011-11-17 | Siemens Healthcare Diagnostics Inc. | CIRCULATING Epha2 RECEPTOR |
US8710429B2 (en) * | 2007-12-21 | 2014-04-29 | The Board Of Regents Of The University Of Ok | Identification of biomarkers in biological samples and methods of using same |
WO2010066835A2 (en) * | 2008-12-10 | 2010-06-17 | Ablynx Nv | Eph receptor and ephrin ligand interaction |
EP2414829A1 (en) * | 2009-04-01 | 2012-02-08 | Galapagos N.V. | Methods and means for treatment of osteoarthritis |
US9095541B2 (en) * | 2009-11-24 | 2015-08-04 | Arch Cancer Therapeutics, Inc. | Brain tumor targeting peptides and methods |
US8362207B2 (en) | 2010-04-16 | 2013-01-29 | Wake Forest University Health Sciences | Multi-level specific targeting of cancer cells with IL-13 |
EP2648748A1 (en) | 2010-12-08 | 2013-10-16 | Stem Centrx, Inc. | Novel modulators and methods of use |
EP2702173A1 (en) | 2011-04-25 | 2014-03-05 | OSI Pharmaceuticals, LLC | Use of emt gene signatures in cancer drug discovery, diagnostics, and treatment |
PL2970492T3 (pl) | 2013-03-15 | 2019-10-31 | Univ Wake Forest Health Sciences | Przeciwciała przeciwko ludzkim i psim il-13ra2 |
BR112016010051A2 (pt) | 2013-11-04 | 2017-12-05 | Pfizer | ?conjugados de anticorpo-fármaco anti-efna4? |
CA2930243A1 (en) | 2013-11-11 | 2015-05-14 | Wake Forest University Health Sciences | Epha3 and multi-valent targeting of tumors |
GB201509658D0 (en) | 2015-06-03 | 2015-07-15 | Isis Innovation | Method of diagnosis |
CN114081954B (zh) * | 2021-10-30 | 2023-02-28 | 中国人民解放军陆军军医大学第一附属医院 | 用于胶质母细胞瘤治疗的药物组合物以及预后的诊断试剂 |
Family Cites Families (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
DE4233782A1 (de) * | 1992-10-07 | 1994-04-14 | Chemotherapeutisches Forschungsinstitut Georg Speyer Haus | Klonierung eines neuen Mitgliedes der Familie der Rezeptor-Protein-Tyrosin-Kinasen |
US7442776B2 (en) * | 1999-10-08 | 2008-10-28 | Young David S F | Cancerous disease modifying antibodies |
CA2452578A1 (en) * | 2001-07-03 | 2003-01-16 | The Hospital For Sick Children | Ephrin and eph receptor mediated immune modulation |
AU2003225851A1 (en) * | 2002-03-15 | 2003-09-29 | The Texas A&M University System | Strong gene sets for glioma classification |
JP4557714B2 (ja) * | 2002-05-10 | 2010-10-06 | メディミューン,エルエルシー | EphA2モノクローナル抗体およびその使用法 |
AU2003900541A0 (en) * | 2003-02-07 | 2003-02-20 | Ludwig Institute For Cancer Research | Modulation of cell adhesion and tumour cell metastasis |
US20060019256A1 (en) * | 2003-06-09 | 2006-01-26 | The Regents Of The University Of Michigan | Compositions and methods for treating and diagnosing cancer |
US20050153923A1 (en) * | 2003-12-04 | 2005-07-14 | Kinch Michael S. | Targeted drug delivery using EphA2 or EphA4 binding moieties |
-
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Cited By (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2010537201A (ja) * | 2007-08-22 | 2010-12-02 | ズィ、オハイオウ、ステイト、ユーニヴァーサティ、リサーチ、ファウンデイシャン | ヒト急性白血病におけるepha7及びerkリン酸化の調節解除を誘発するための方法及び組成物 |
JP2014534423A (ja) * | 2011-10-04 | 2014-12-18 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッドExpression Pathology, Inc. | エフリンa型受容体2タンパク質に対するsrm/mrmアッセイ |
US10202635B2 (en) | 2011-10-04 | 2019-02-12 | Expression Pathology, Inc. | SRM/MRM assay for the ephrin type-A receptor 2 protein |
JP2016029375A (ja) * | 2013-02-13 | 2016-03-03 | 国立大学法人 東京大学 | がんの検査方法及び検査用キット |
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