JP2006158393A - 銀ナノ粒子を利用した標的物質の精製方法 - Google Patents

銀ナノ粒子を利用した標的物質の精製方法 Download PDF

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Abstract

【課題】銀ナノ粒子を利用した核酸の精製法を提供する。
【解決手段】(a)チオール基を有する分子を含む試料と銀ナノ粒子とを混合し、分子と銀ナノ粒子との複合体を含む混合物を形成するステップと、(b)該混合物から複合体を分離して除去するステップと、を含む銀ナノ粒子を利用して標的物質を精製する方法である。これにより、既存の核酸精製法に比べ、チオール基を有する分子を含む試料を溶解する作業を入れたとしても三段階作業で速かにPCR増幅が可能であるDNAを精製できるので、LOCに非常に有用に利用可能である。
【選択図】図3

Description

本発明は、銀ナノ粒子を利用した標的物質の精製方法に関する。
高純度の二本鎖プラスミドDNA、一本鎖ファージDNA、染色体DNAまたはアガロースゲル精製されたDNA断片などの精製は、分子生物学において非常に重要である。DNAを精製する理想的な方法は、簡単かつ迅速であり、付加的な試料操作段階が殆ど無い方法である。また、精製されたDNAは、直ちに形質転換、制限酵素分析、ライゲーションまたは配列決定などが行えるように、不純物の混在が少ないことが望まれる。前記特徴の全てを備えた方法は、核酸試料製造の自動化を進めるにおいてに非常に魅力的である。従来技術における核酸の精製方法として、一般的に、アルコール沈殿物からのプラスミドDNAの精製が知られているが前記方法は困難な方法である。他の一般的な方法としてCsCl勾配、ゲル濾過、イオン交換クロマトグラフィ、またはRNA分解酵素、蛋白質分解酵素K、及び反復されたアルコール沈殿ステップを利用する方法がある。前記方法は、またCsCl及びその他の塩、EtBr及びアルコールを除去するために、相当な後処理ステップが必要である。また、従来技術には更なる問題点があり、小さな負電荷の細胞成分がDNAと共に沈殿されうる。その結果、DNAに、望ましくない水準のDNA以外の細胞成分が混入する場合がある。
従来技術として、固相物質を利用した核酸の精製方法が公知である。例えば、特許文献1には、核酸に結合する固相物質を利用した核酸の精製方法が開示されている。具体的に、前記方法は、出発物質、カオトロピック物質(chaotropic material)、及び固相物質を混合し、核酸と固相物質を結合させるステップ、前記結合した核酸を有する前記固相物質を液体から分離するステップ及び前記固相物質と核酸との複合体を洗浄するステップを含む。前記カオトロピック物質としては、例えば、チオシアン酸グアニジニウム(GuSCN)、塩酸グアニジン(GuHCl)、ヨウ化ナトリウム(NaI)、ヨウ化カリウム(KI)、チオシアン酸ナトリウム(NaSCN)、ヨウ素またはそれらの組み合わせなどが含まれる。固相物質には、シリカ粒子が含まれる。
しかし、前記方法は、長時間を必要とする上に、工程が複雑であり、LOC(Lab−On−a−Chip、バイオチップ)などに適さない。また、前記方法は、必ずカオトロピック物質を使用せねばならないという問題点があった。すなわち、前記カオトロピック物質を使用しない場合には、固相物質に核酸が結合しない。また、前記カオトロピック物質は、人体に有害な物質であるので、注意して扱わねばならず、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)のような、DNA精製後に行われうる後続ステップにおいて妨害物質として作用するので、精製過程中または精製が完了した後に、精製された核酸から除去せねばならない。
また、固相物質と核酸との効率的な結合のために、大面積を有する固相物質を開発する研究が進められていたが、相変らず多くの処理ステップが必要であり、時間がかかり、カオトロピック塩が必要であるという短所があった。
また、非特許文献1には、固体相への可逆的な固定化方法が記載されている。該方法は、自動化のための簡単であって容易な方法であるが、これまで病原菌の検出についての例がなく、LOC試料の製造に適用するには問題がある。
また、GeneReleaser(Bioventures社)、ReleaseIT(CPG Inc.)及びLyse−N−Go(登録商標) RCR Reagent(Pierce社)から市販されている単一チューブ試料の製造キットがある。これらは、二段階だけで試料製造が可能であり、10分から15分以内にPCR試料の準備、つまり核酸の精製が完了するという長所があるが、白色重合体試薬のために、リアルタイムPCRが可能ではなく、細胞溶解後に、試薬及びPCR混合物を添加しなければならないので、不便であって汚染の可能性の問題がある。
米国特許第5,234,809号明細書 Hawkinsら,Nucleic Acids Res.1995;23:22
本発明の目的は、銀ナノ粒子を利用して核酸を短時間内に効率的に精製する方法を提供することである。
本発明の発明者らは、前記のような従来技術を基に核酸の精製法を研究している中で、銀ナノ粒子が試料中のチオール基を有する分子と結合すること、および、銀ナノ粒子がSH改質された構造物により除去可能であるという特性を発見し、本発明を完成するに至った。
本発明の目的を達成するために、本発明は、(a)チオール基を有する分子を含む試料と銀ナノ粒子とを混合し、前記分子と銀ナノ粒子との複合体を含む混合物を形成するステップと、(b)前記混合物から前記複合体を分離して除去するステップと、を含む銀ナノ粒子を利用した標的物質の精製方法を提供する。
本発明の方法において、前記試料は、細胞またはウイルスを含み、前記ステップ(a)の前または後に、更に前記細胞またはウイルスを溶解するステップを含むことができる。
本発明の方法において、前記標的物質は、核酸または糖でありうる。
本発明の方法において、前記細胞またはウイルスを溶解する法は、機械的な粉砕、化学反応を利用した細胞溶解法、電気化学反応を利用した細胞溶解法、酵素など生化学物質を利用した細胞溶解法、超音波、音波、極超短波、加熱、レーザ、電場、電気分解からなる群より選択される少なくとも1種などを含むことができる。
本発明の方法において、前記複合体の除去がチオール基(以下、「SH基」とも記載する)を有する構造物を介して行われうる。
本発明の方法において、前記SH基を有する構造物が3−(メルカプトプロピル)トリメトキシシランにより改質されたガラスファイバ膜、またはチオール基を有するように改質された任意の構造物でありうる。
本発明の方法において、前記銀ナノ粒子のサイズは1nmから100nmでありうる。
本発明の方法において、前記添加される銀ナノ粒子の濃度は、前記混合物に対して、望ましくは10質量ppmから1,000質量ppmであり、より望ましくは、100質量ppmから1,000質量ppmでありうる。
本発明の方法において、前記銀ナノ粒子は、前記試料に直接添加されるか、または銀電極を介した電気分解により前記試料中に生成可能である。
本発明の銀ナノ粒子を介した核酸の精製方法は、既存の核酸精製方法に比べ、速やかに核酸を精製できるので、LOCにきわめて有用に利用可能である。
また、精製条件によってはPCR増幅用の核酸試料として望ましい純度にまで核酸を精製することもできる。
以下、本発明をステップ別に具体的に説明する。
本発明は、(a)チオール基を有する分子を含む試料と銀ナノ粒子とを混合し、前記分子と銀ナノ粒子との複合体を含む混合物を形成するステップと、(b)前記混合物から前記複合体を分離して除去するステップとを含む、銀ナノ粒子を利用して標的物質を精製する方法に関する。
図1は、本発明の各ステップを例示するフローチャートである。図1は、細胞からDNAを精製する方法を例示したものである。図1において、DNAは標的物質に該当し、蛋白質はチオール基を有する分子に該当する。まず、細胞と銀ナノ粒子とを容器内で混合する。次に、煮沸、超音波処理などの方法を介して細胞を溶解する。細胞が溶解されれば、容器内の銀ナノ粒子が蛋白質と結合する。蛋白質と銀ナノ粒子との結合は、蛋白質を構成するアミノ酸中のシステインおよびメチオニンのチオール基を介してなされると推定される。細胞の溶解過程で、蛋白質が変成されてチオール基が外部に表れれば、銀ナノ粒子が蛋白質のチオール基と結合する。チオールと銀ナノ粒子との結合は、共有結合であるため非常に強く、非可逆的である。次に、蛋白質と銀ナノ粒子との複合体をSH改質されたガラスファイバ膜で濾過する。SH改質された膜で蛋白質と銀ナノ粒子との複合体を濾過すれば、蛋白質のほとんどが除去されたDNA溶液が得られる。前記DNA溶液は純度が高いためPCRに用いることもできる。
本発明において、前記標的物質としては、核酸または糖などが挙げられる。標的物質は、他のチオール基を有する分子以外のものならば、いかなるものでも可能であり、望ましくは、LOCに用いるための核酸である。
本発明において、細胞を溶解する方法は、機械的な粉砕、化学反応を利用した細胞溶解法、電気化学反応を利用した細胞溶解法、酵素など生化学物質、超音波、音波、極超短波、加熱、レーザ、電場、電気分解などを利用した細胞溶解法を含むことができる。銀ナノ粒子を添加した状態で、前述の前記細胞溶解法を利用して細胞を溶解しても、PCRの結果には、さして違いがなかった。
本発明において、蛋白質と銀ナノ粒子との複合体の分離には、SH基を有する構造物を用いることが望ましく、例えば、SH改質された膜が用いられうる。前記構造物としてはいかなるものでも可能であるが、3−(メルカプトプロピル)トリメトキシシランにより改質されたガラスファイバ膜が特に望ましい。
本発明において、前記銀ナノ粒子のサイズは1nmから100nmの範囲が望ましい。銀ナノ粒子のサイズが100nmを超える場合、銀ナノ粒子と蛋白質との結合の効率が低下するおそれがあり、1nm未満の場合、銀ナノ粒子が作製し難くなるおそれがある。
本発明において、添加される銀ナノ粒子の濃度は、望ましくは10質量ppmから1,000質量ppmであり、より望ましくは、100質量ppmから1,000質量ppmである。銀ナノ粒子の濃度が10質量ppm未満の場合には、蛋白質が除去されないおそれがあり、1,000質量ppmを超える場合には、SH濾過を行った後にも銀ナノ粒子が残留するおそれがある。従って、銀ナノ粒子の濃度が高ければ、変性蛋白質を多く除去できるが、PCR増幅が困難となるおそれがあるために、SH濾過などの銀ナノ粒子の分離/除去ステップによっては、添加する銀ナノ粒子の濃度に限界がある。また、銀ナノ粒子の濃度が100質量ppm以下である場合には、SH濾過に関係なくPCR阻害は起こりにくい。また、銀ナノ粒子の濃度が10質量ppm以下である場合には、PCRに殆ど影響を与えないということが分かった。しかしながら、SH濾過装置において、膜を複層に使用するか、または膜の表面積を大きくすることにより、銀ナノ粒子の濃度を増加しても、PCR増幅に影響を与えない程度に銀ナノ粒子を分離/除去することもできる。銀ナノ粒子の濾過を強化するか、銀ナノ粒子の使用量を抑制するかは目的に応じて適宜決定することができる。
本発明において、前記銀ナノ粒子は、試料に直接添加してもよいし、または銀電極を介した電気分解により前記試料中に生成することも可能である。
以下、本発明を実施例を介して具体的に説明する。しかし、これら実施例は、本発明を例示的に説明するためのものであり、本発明の範囲がこれら実施例に限定されるものではない。
(実施例1:銀ナノ粒子によるPCR阻害効果)
銀ナノ粒子のPCR増幅に対する阻害効果を知るために、銀ナノ粒子の濃度を変化させ、PCR阻害作用が発生しない濃度を調べた。
HBVプラスミドDNA水溶液は、濃度別に準備された銀ナノ粒子水溶液を利用し、2倍に希釈して(細胞:銀ナノ粒子水溶液=250μl:250μl)準備した。このとき使われた銀ナノ粒子水溶液中の銀ナノ粒子の濃度は、それぞれ0.1、1、10、100、1,000質量ppm(超純水を利用して連続希釈を実施)であり、HBVプラスミドDNA水溶液は、10コピー/μlを使用した。前記準備された試料は、下記の二種の方法でリアルタイムPCR(TMC1,000)を実施した。1つの方法では、精製過程を経ずに直接PCRを行い、他の1つの方法では、SH濾過を利用して銀ナノ粒子を除去した後でPCRを実施した。
SH濾過を行う為のSH改質されたガラスファイバ膜(以下、「SHフィルタ」とも記載する)は、室温で、ガラスファイバ膜をMPTS(3−(メルカプトプロピル)トリメトキシシラン)53.8mM含有イソプロパノールに浸漬した後、イソプロパノールで二回洗浄し、80℃のオーブンで5分間乾燥させた後、蒸溜水で洗浄することにより製造した。
あらかじめ準備された500μlのHBVプラスミドDNA水溶液と銀ナノ粒子水溶液との混合溶液をSHフィルタで濾過し、銀ナノ粒子を分離/除去した後、濾液を1分以内に遠心分離機を利用して13,000rpmで3分間遠心分離して、DNAを集めた。
上述の実験の結果は、Ct(Cycle of threshold)及びPCR産物濃度(ng/μl)で確認した。Ctとは、蛍光信号による標的物質の検出が可能となるまで繰り返される、PCRのサイクル数をいう。すなわち、初期DNA濃度が高いほど、小さいCtでも標的物質の増幅量は多くなるため、蛍光信号が検出可能であり、逆に初期DNA濃度が低いほどCtは大きくなる。Ctはまた、DNA精製とも関連があるが、DNAの純度が高いほどCtは小さく、DNAの純度が低いほどCtは大きい。従って、Ctが小さいほど溶液中のDNAは、精製されているということが分かる。
図2は、銀ナノ粒子の濃度によるPCRの結果をCtで表したものである。銀ナノ粒子の濃度が10質量ppm以下では、濾過をしてもしなくてもPCRに影響を与えないことがわかる。SH濾過をしていない場合には、銀ナノ粒子の濃度が100質量ppm以上であるときにPCRされていないが、SH濾過をした場合には、銀ナノ粒子の濃度が1,000質量ppm以上であるときにPCRされていないことが分かる。銀ナノ粒子の濃度は高い方がチオール基を有する分子の除去量が向上するため好ましいが、多すぎるとPCRを阻害してしまうおそれがある。SH濾過を行うと、PCR前にチオール基と結合した銀ナノ粒子を除去することができるため、1,000質量ppm未満まで銀ナノ粒子を使用することができる。これは、SH濾過を使用する場合には、100質量ppmの銀ナノ粒子の濃度がSH濾過により10質量ppm以下に低下するということを意味する。従って、銀ナノ粒子を利用して実験する場合に、SH濾過を使用しない場合には、銀ナノ粒子濃度100質量ppm未満で使用することが好ましく、実施例1の条件でSH濾過を使用する場合には、銀ナノ粒子濃度は1000質量ppm未満まで使用可能である。
しかしながら本発明は上記試験方法に限定されず、SH濾過装置で、膜を複層使用するか、または膜の表面積を広げることにより、PCR増幅に影響を与えずに使われる銀ナノ粒子の濃度を1,000質量ppmに高めることができる。銀ナノ粒子の濾過を強化するか、銀ナノ粒子の使用量を抑制するかは目的に応じて適宜決定することができる。
(実施例2:SH改質された膜による銀ナノ粒子複合体の除去)
SH改質された膜が銀ナノ粒子複合体を除去するか否かを知るために、SH濾過前後の銀ナノ粒子の濃度を測定した。SH改質されたガラスファイバ膜は、室温で、ガラスファイバ膜をMPTS(3−(メルカプトプロピル)トリメトキシシラン)53.8mM含有イソプロパノールに浸漬した後、イソプロパノールで二回洗浄し、80℃のオーブンで5分間乾燥させた後、蒸溜水で洗浄することにより製造した。100質量ppmの銀ナノ粒子水溶液(NANOVER(登録商標)製コロイド溶液の1/10希釈液)を利用し、SHフィルタ濾過前後の銀ナノ粒子の濃度を、誘導結合プラズマ原子放出分光器(ICP)を利用して測定した結果、濾過前の銀ナノ粒子の濃度は、100質量ppmである一方、濾過後の銀ナノ粒子の濃度は、0.0022質量ppmであった。これにより、100質量ppmの銀ナノ粒子は、SHフィルタによりほとんど完全に除去されるということが分かった。
(実施例3:銀ナノ粒子と音波溶解とを利用した大腸菌細胞の核酸精製)
本発明の方法を大腸菌検出のための試料製造法に適用できるか否かを知るために、大腸菌(E.coli)細胞に対して本発明の方法を利用して核酸を精製してPCRを行った。
遺伝子組み換えB型肝炎ウイルス(rHBV)の遺伝子が組み込まれた大腸菌の菌株BL2細胞(STRATAGENE)を37℃で対数期(OD600=1.5)までLB培地(Sambrookら、Molecular cloning,第2版,1989,Cold Spring Harbor Laboratory Press)で好気条件の下で培養した。前記大腸菌を遠心分離で回収し、3mlのリン酸塩緩衝液(PBS)で二回洗浄した。次に、大腸菌細胞をPBSで再懸濁させた(細胞密度:1×10細胞/ml)。
得られたrHBVを含む大腸菌細胞(8×10細胞/μlから8×10細胞/μl)に銀ナノ粒子を100質量ppm添加した後、音波溶解(>500Hz、1分)し、実施例2で作製したSH改質されたガラスファイバ膜を用いてSH濾過を行い、PCRを行った。
細胞溶解をモニタリングし、溶解された細胞から放出されたDNAを検出するために、下記のPCRプライマ対を使用した:順方向プライマ(agtgtggatt cgcactcct:配列番号1)、逆方向プライマ(gagttcttct tctaggggac ctg:配列番号2)。これらのプライマ対は、HBV核酸をコーディングする遺伝子の各末端に相補的である。
PCRは、下記に列挙した各物質を含む総体積1μlの反応混合物を利用し、シリコン−ガラスマイクロPCRチップで行った:1X SYBR Green PCR緩衝液(PE Biosystems)、それぞれ1mMの順方向及び逆方向プライマ(Genotech、Korea)、それぞれ200μMのdNTPs(Sigma)、5mM MgCl(Sigma)、5%グリセロール(Sigma)、500mMホルムアミド(Promega)、0.2ng/μlBSA(Sigma)及び0.1ユニット/μl Taq重合酵素(SolGent.Co,Ltd.,Korea)。
PCR増幅のリアルタイムモニタリングを新しく開発されたGenSpector(登録商標)TMC−1000システムを利用して行った。PCR増幅は、91℃で1分間の予備変性後、40サイクル(92℃で1秒間変性及び62℃で15秒間アニーリング−伸長)を行った。増幅サイクルを完了した後に、融解曲線は、試料を60℃から90℃にゆっくり加熱(0.1℃/秒)して収得した。増幅の40サイクル及び融解分析にかかる総時間は、25分未満であった。リアルタイムPCRの成功を確認するために、増幅されたPCR産物の電気泳動をDNA500分析規模の試薬セットを利用し、Agilent 2100 Bioanalyzer(Palo Alto,CA)を利用して行った。
他の実験として、本発明と比較するために、音波溶解の後にQiagen精製キットを用いた精製を行い、同様にしてPCRを行った。
更に他の実験として、精製度を検討するために、音波溶解の後に精製を行わずにPCRを行った。
精製方法および精製するしないに係らず好ましいPCR結果が得られた。しかし、本発明の方法は他の方法に比べて精製ステップ及び精製時間が少なくかかるので、LOCの具現のために大腸菌細胞にも効率的に適用できるということが分かる。
(実施例4:銀ナノ粒子と音波溶解とを利用したバチルス メガテリウム細胞の核酸精製)
本発明の方法をグラム陽性バクテリア検出のための試料製造法に適用できるか否かを知るために、バチルス メガテリウム細胞から核酸を精製してPCRを行った。
銀ナノ粒子を100質量ppm添加し、バチルス メガテリウム(6.5×10細胞/μlから6.5×10細胞/μl)を音波処理(1分)し、実施例2で作製したSH改質されたガラスファイバ膜を用いてSH濾過を行い、PCRを行った。
PCRは、下記プライマを用いたことを除いては、前記実施例3のものと同一に行った:順方向プライマ(yccakactcc atacgggagg c:配列番号3)、逆方向プライマ(gatttaccgc rrctggcac:配列番号4)。
他の実験として本発明と比較するために、音波溶解の後にQiagen精製キットを用いた精製を行い、同様にしてPCRを行った。
更に他の実験として、精製度を検討するために、音波溶解の後に精製を行わずにPCRを行った。
図3からは、グラム陽性バクテリアであるバチルス メガテリウム細胞の場合、音波溶解後に直接PCRした場合にはPCRがなされず、本発明の方法で精製した後はPCRがなされることがわかる。また、図3からは本願発明はQiagen精製キットで精製した方法に比べて試料精製時間がはるかに短く、精製ステップが簡単なのにも係らず、前記方法に非常に近い精製の効果をあげられることがわかる。
(実施例5:銀ナノ粒子と音波とを利用したrHBVの核酸精製)
本発明の方法をウイルス検出のための試料製造法に適用できるか否かを知るために、再組合B型肝炎ウイルス(rHBV)から核酸を精製してPCRを行った。PCRは、実施例3と同様に行った。
銀ナノ粒子を100質量ppm添加し、rHBV細胞(8×10細胞/μlから8×10細胞/μl)を音波処理(1分)し、実施例2で作製したSH改質されたガラスファイバ膜を用いてSH濾過を行い、実施例3と同様にPCRを行った。
更に他の実験として、精製度を検討するために、音波溶解の後に精製を行わずにPCRを行った。
図3からは、ウイルスであるrHBVの場合、音波溶解後に直接PCRした場合にはPCRがなされず、本発明の方法で精製した後にはPCRがなされることがわかる。また、図3からは本願発明はQiagen精製キットで精製した方法に比べて試料精製時間がはるかに短く、精製ステップが簡単なのにも係らず、前記方法に非常に近い精製の効果をあげられることがわかる。
本発明の銀ナノ粒子を利用した核酸の精製法は、例えば核酸や糖などの精製関連の技術分野に効果的に適用可能である。
本発明の一例の全体的な過程を示すフローチャートである。 銀ナノ粒子濃度によるPCR結果をCtで表したグラフである。 大腸菌細胞、バチルス メガテリウム細胞及びrHBVからそれぞれの核酸精製法によるPCR結果を最終生成物濃度(ng/μl)で表したグラフである。

Claims (10)

  1. (a)チオール基を有する分子を含む試料と、銀ナノ粒子とを混合し、前記分子と銀ナノ粒子との複合体を含む混合物を形成するステップと、
    (b)前記混合物から前記複合体を分離して除去するステップとを、
    含む銀ナノ粒子を利用して標的物質を精製する方法。
  2. 前記試料は、細胞またはウイルスを含み、
    前記ステップ(a)の前または後に、更に前記細胞またはウイルスを溶解するステップを含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。
  3. 前記標的物質は、核酸または糖であることを特徴とする請求項1に記載の方法。
  4. 前記細胞またはウイルスを溶解する方法は、機械的な粉砕、化学反応、電気化学反応、生化学物質、超音波、音波、極超短波、加熱、レーザ、電場及び電気分解よりなる群から選択される少なくとも1種を含むことを特徴とする請求項2に記載の方法。
  5. 前記複合体の除去がチオール基を有する構造物を介して行われることを特徴とする請求項1に記載の方法。
  6. 前記チオール基を有する構造物が、3−(メルカプトプロピル)トリメトキシシランにより改質されたガラスファイバ膜であることを特徴とする請求項5に記載の方法。
  7. 銀ナノ粒子のサイズが1nmから100nmであることを特徴とする請求項1に記載の方法。
  8. 添加される銀ナノ粒子の濃度が、前記混合物の全量に対して10質量ppmから1,000質量ppmであることを特徴とする請求項1に記載の方法。
  9. 添加される銀ナノ粒子の濃度が、前記混合物に対して100質量ppmから1,000質量ppmであることを特徴とする請求項8に記載の方法。
  10. 銀ナノ粒子は、
    前記試料に直接添加されるか、または
    銀電極を介した電気分解により前記試料中に生成されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
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