JP2005218369A - 変異型微生物およびこれを用いたペプチドの製造方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子が破壊されており、かつ、ペプチド生成活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換えDNAで形質転換された微生物を培地中で培養し、培養された微生物および当該微生物の細胞破砕物の少なくとも一方を、カルボキシ成分およびアミン成分と混合してペプチドを合成する。
【選択図】 なし
Description
他方、酵素を用いたペプチドの製造方法も開発されてきた。しかしながら、従来の酵素を用いたペプチドの製造方法では、ペプチド生成速度が極めて遅い、ペプチド生成収率が低いなどの点で改善の余地が残されるものであった。このような背景の下、これらペプチドの工業的にも効率の良い製造法の開発が望まれていた。
〔2〕さらに、染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子が破壊された、上記〔1〕に記載の微生物。
〔3〕エシェリヒア属に属する細菌である、上記〔1〕または〔2〕に記載の微生物。
〔4〕アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子が破壊されており、かつ、ペプチド生成活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換えDNAで形質転換された微生物。
〔5〕さらに、染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子が破壊された、上記〔4〕に記載の微生物。
〔6〕エシェリヒア属に属する細菌である、上記〔4〕または〔5〕に記載の微生物。
〔7〕前記ペプチド生成活性を有するタンパク質が、エンペドバクター属またはスフィンゴバクテリウム属に属する細菌に由来するタンパク質である、上記〔4〕から〔6〕のいずれかに記載の微生物。
〔8〕前記ペプチド生成活性を有するタンパク質が、下記(A)または(B)に示すタンパク質である、上記〔4〕から〔6〕のいずれかに記載の微生物。
(A)配列表の配列番号14に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
(B)配列表の配列番号14に記載のアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付加、および/または逆位を含むアミノ酸配列を有し、かつペプチド生成活性を有するタンパク質
〔9〕前記ペプチド生成活性を有するタンパク質が、下記(C)または(D)に示すタンパク質である、上記〔4〕から〔6〕のいずれかに記載の微生物。
(C)配列表の配列番号20に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
(D)配列表の配列番号20に記載のアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付加、および/または逆位を含むアミノ酸配列を有し、かつペプチド生成活性を有するタンパク質
〔10〕アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子を破壊する、微生物の作製方法。
〔11〕さらに、染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子を破壊する、上記〔10〕に記載の微生物の作製方法。
〔12〕アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子を破壊し、かつ、ペプチド生成活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換えDNAで形質転換する、微生物の作製方法。
〔13〕さらに、染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子を破壊する、上記〔12〕に記載の微生物の作製方法。
〔14〕アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子が破壊されており、かつ、ペプチド生成活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換えDNAで形質転換された微生物を培地中で培養し、培養された微生物および当該微生物の細胞破砕物の少なくとも一方を、カルボキシ成分およびアミン成分と混合してペプチドを合成する、ペプチドの製造方法。
〔15〕前記微生物が、さらに染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子が破壊された微生物である、上記〔14〕に記載のペプチドの製造方法。
なお、以下に挙げる種々の遺伝子工学的な技法については、Molecular Cloning, 2nd edition, Cold Spring Harbor press (1989)、細胞工学ハンドブック、黒木登志夫ら編、羊土社(1992)、新遺伝子工学ハンドブック改訂第3版、村松ら編、羊土社(1999)など、多くの標準的な実験マニュアルがあり、これらの文献の内容は本明細書に取り込まれるものとする。
本発明の変異型微生物は、ペプチドの効率的な生産を阻害する遺伝子を破壊したものである。破壊する遺伝子としては、微生物の染色体に存在する、アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子(以下、「pepD遺伝子」ともいう)、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子(以下、「pepA遺伝子」ともいう)およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子(以下、「iadA遺伝子」ともいう)があげられる。これらの遺伝子は1種のみを破壊しても、また複数の遺伝子を破壊してもよい。また、さらに、染色体に存在する、α−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子(以下、「pepE遺伝子」ともいう)を破壊した微生物もより好ましい形態として例示される。
(B)配列表の配列番号14に記載のアミノ酸残基番号23〜616のアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付加、および/または逆位を含むアミノ酸配列を有し、かつペプチド生成活性を有するタンパク質
(C)配列表の配列番号20に記載のアミノ酸配列のうちアミノ酸残基番号21〜619を有するタンパク質
(D)配列表の配列番号20に記載のアミノ酸残基番号23〜616のアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付加、および/または逆位を含むアミノ酸配列を有し、かつペプチド生成活性を有するタンパク質
また、形質転換体を選別するために、該ベクターがアンピシリン耐性遺伝子等のマーカーを有することが好ましい。このようなプラスミドとして、強力なプロモータを持つ発現ベクターが市販されている(pUC系(宝酒造(株)製)、pPROK系(クローンテック製)、pKK233-2(クローンテック製)ほか)。
本発明のペプチドの製造方法は、上記本発明の微生物等を用いて、ペプチドを生成させるものである。すなわち、本発明のペプチド製造方法では、アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子が破壊されており、かつ、ペプチド生成活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換えDNAで形質転換された微生物を培地中で培養し、培養された微生物および当該微生物の細胞破砕物の少なくとも一方を、カルボキシ成分およびアミン成分と混合してペプチドを合成する。より好ましい一形態としては、前記微生物は、さらに染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子が破壊された微生物が用いられる。
以下に示した操作で、エシェリヒア・コリATCC8739株を親株とし、この親株のアミノアシルヒスチジンジペプチダーゼ遺伝子(pepD遺伝子)、イソアスパルチルジペプチダーゼ遺伝子(iadA遺伝子)α−アスパルチルジペプチダーゼ遺伝子(pepE遺伝子)、ロイシルアミノペプチダーゼ遺伝子(pepA遺伝子)、を順に欠損させて、pepD欠損株、pepD、iadA二重欠損株、pepD、iadA、pepE三重欠損株、およびpepD、iadA、pepE、pepA四重欠損株を構築し、そのアスパルチルフェニルアラニン分解活性を測定した。
遺伝子データバンクのアミノアシルヒスチジンジペプチダーゼ遺伝子(pepD遺伝子)の配列情報(DDBJ/EMBL/GeneBank Accession No. AE000132)に基づき、5'- GATCTGGCGCACTAAAAACC(配列番号1)と5'-GGGATGGCTTTTATCGAAGG(配列番号2)のプライマーを合成した。本プライマーを用い、エシェリヒア・コリATCC8739株のゲノムDNAを鋳型として、PCR法 (94℃, 1 min, 54℃, 2 min, 72℃, 3 min, 30サイクル) により、SD-ATGと翻訳終止コドンをカバーする構造遺伝子領域の約1.6Kbpを増幅した。これをSureClone Ligation Kit (Amersham Pharmacia Biotech社製) を用いてpUC18(宝酒造社製)ベクターのSma Iサイトに連結し、pUC18-pepDを構築した。本プラスミドでエシェリヒア・コリJM109 competene cells(宝酒造社製)を形質転換し、アンピシリン50μg/mlを含むLB寒天プレート(Tryptone 1%, Yeast extract 0.5%, NaCl 0.5%, 寒天 1.5%, pH7.0)に生育させた。この形質転換体をアンピシリン50μg/mlを含むLB液体培地(Tryptone 1%, Yeast extract 0.5%, NaCl 0.5%, pH7.0)で37℃、16h培養し、集菌した形質転換体からプラスミドを調整した。次にpUC18-pepDをNru I並びにHpa I(pepD遺伝子を含む1.6Kbpの挿入断片中の制限酵素サイト)で切断し、セルフライゲーション反応を行った。このライゲーション反応液を用いて、エシェリヒア・コリJM109株のコンピテント・セル(competenet cells)を形質転換し、アンピシリン50μg/mlを含むLB寒天プレートに生育する形質転換体からプラスミドを調整した。これより1.4Kbpの挿入DNA断片を有するプラスミドDNA、pUCΔpepDを選択した。本プラスミドDNAに連結されたpepD遺伝子はNru I−Hpa I領域が欠損し、コードされる酵素は機能を持たなくなると予想される。
遺伝子データバンクのイソアスパルチルジペプチダーゼ遺伝子(iadA遺伝子)の配列情報(DDBJ/EMBL/GeneBank Accession No. AE000503)に基づき、5'-CAAGGAGTTACCATGATTGA (配列番号3) と5'-AACCGTTTAAGCCGTTTCAA (配列番号4) のプライマーを合成した。本プライマーを用い、エシェリヒア・コリATCC8739株のゲノムDNAを鋳型として、PCR法 (94℃, 1 min, 54℃, 2 min, 72℃, 3 min, 30サイクル) により、SD-ATGと翻訳終止コドンをカバーする構造遺伝子領域の約1.7Kbpを増幅した。これをSureClone Ligati on Kitを用いてpUC18ベクターのSma Iサイトに連結し、pUC18-iadAを構築した。本プラスミドで形質転換したエシェリヒア・コリJM109株のコンピテント・セルをアンピシリン50μg/mlを含む液体培地で37℃、16h培養し、集菌した形質転換体からプラスミドを調整した。次に、pUC18-iadAをHpa I(idaA遺伝子を含む1.7Kbpの挿入断片中の制限酵素サイト)で切断し、EcoR I-Not I-BamH Iアダプター(宝酒造社製)と連結した。これをさらにプラスミドをNot Iで切断し、セルフライゲーション反応を行った。このライゲーション反応液を用いて、エシェリヒア・コリJM109株のコンピテント・セルを形質転換し、アンピシリン50μg/mlを含むLB寒天プレートに生育する形質転換体からプラスミドを調整した。これより、Not Iにて切断されるプラスミドDNA、 pUCΔiadAを選択した。本プラスミドDNAが有するiadA遺伝子はHpa Iサイトでフレームシフトが生じることになり、コードされる酵素は機能を持たなくなると予想される。
遺伝子データバンクのα-アスパルチルジペプチダーゼ遺伝子(pepE遺伝子)の配列情報(DDBJ/EMBL/GeneBank Accession No. AE000475)に基づき、5'-TATTTGTTATTT CCATTGGC (配列番号5) と5'-AATGTCGCTCAACCTTGAAC (配列番号6) のプライマーを合成した。本プライマーを用い、エシェリヒア・コリATCC8739株のゲノムDNAを鋳型として、PCR法 (94℃, 1 min, 54℃, 2 min, 72℃, 3 min, 30サイクル) により、SD-ATGと翻訳終止コドンをカバーする構造遺伝子領域の約1.4Kbpを増幅した。これをSureClone Ligation Kitを用いてpUC18ベクターのSma Iサイトに連結し、pUC18-pepEを構築した。本プラスミドで形質転換したエシェリヒア・コリJM109株のコンピテント・セルをアンピシリン50μg/mlを含む液体培地で37℃、16h培養し、集菌した形質転換体からプラスミドを調整した。次に、pUC18-pepEをNru I(pepE断片を含む1.4Kbpの挿入断片中の制限酵素サイト)で切断し、EcoR I-Not I-BamH Iアダプターと連結した。これをさらにプラスミドをNot Iで切断し、セルフライゲーション反応を行った。このライゲーション反応液を用いて、エシェリヒア・コリJM109 competene cellsを形質転換し、アンピシリン50μg/mlを含むLB寒天プレートに生育する形質転換体からプラスミドを調整した。これより、Not Iにて切断されるプラスミドDNA、 pUCΔpepEを選択した。本プラスミドDNAが有するpepE遺伝子はNru Iサイトでフレームシフトが生じることになり、コードされる酵素は機能を持たなくなると予想される。次に、pUCΔpepEをEcoR I並びにSal Iで切断し、欠損型pepE遺伝子を含む1.4KbpのDNA断片を調整した。DNA断片を温度感受性複製起点 (tsori) を有する相同組換え用ベクターであるpMAN997のEcoR I/Sal Iサイトに連結し、pepE遺伝子欠損用プラスミドpMANΔpepEを構築した。pMANΔpepEで形質転換した、エシェリヒア・コリJM 109株をアンピシリン50μg/mlを含むLB液体培地で30℃、16h培養し、集菌した形質転換体からpMANΔpepEを調整した。このpepE遺伝子欠損用プラスミドを用い、エレクトロポーレーション法にて上記のエシェリヒア・コリATCC8739のpepD、iadA二重欠損株を形質転換した。続けて同様の操作により、pepE遺伝子が欠損型pepE遺伝子に置換され、アンピシリン感受性である二回組換え株を得た。二回組換え株の染色体DNAを鋳型として、配列番号5および6の配列のプライマーを用いてPCRによりpepE断片を増幅した。増幅されたpepE断片が、制限酵素Not Iにて切断されることから、本株のpepE遺伝子が欠損型pepE遺伝子で置換されたことを確認し、本株を、pepD、iadA、pepE三重欠損株とした。
遺伝子データバンクのアミノペプチダーゼ遺伝子(pepA遺伝子)の配列情報(DDBJ/EMBL/GeneBank Accession No. AE000496)に基づき、5'-ACAGCGGACATGAGTTACGA (配列番号7) と5'-CCCGCTAAATTATGCGGAAC (配列番号8) のプライマーを合成した。本プライマーを用い、エシェリヒア・コリATCC8739株のゲノムDNAを鋳型として、PCR法 (94℃, 1 min, 54℃, 2 min, 72℃, 3 min, 30サイクル) により、SD-ATGと翻訳終止コドンをカバーする構造遺伝子領域の約1.9Kbpを増幅した。これをSureClone Ligation Kit を用いてpUC18ベクターのSma Iサイトに連結し、pUC18-pepAを構築した。本プラスミドで形質転換したエシェリヒア・コリJM109株のコンピテント・セルをアンピシリン50μg/mlを含む液体培地で37℃、16h培養し、集菌した形質転換体からプラスミドを調整した。次に、pUC18-pepAをHpa I(pepA断片を含む1.9Kbpの挿入断片中の制限酵素サイト)で切断し、セルフライゲーション反応を行った。このライゲーション反応液を用いて、エシェリヒア・コリJM109株のコンピテント・セルを形質転換し、アンピシリン50μg/mlを含むLB寒天プレートに生育する形質転換体からプラスミドを調整した。これよりHpa Iにて切断されるプラスミドDNA 、pUCΔpepAを選択した。本プラスミドDNAが有するpepAはHpa I−Hpa I領域が欠失し、コードされる酵素は機能を持たなくなると予想される。次に、pUCΔpepAをSac I並びSph Iで切断し、欠損型pepE遺伝子を含む1.9KbpのDNA断片を調整した。DNA断片を温度感受性複製起点 (tsori) を有する相同組換え用ベクターであるpMAN997のSac I/Sph Iサイトに連結し、pepA遺伝子欠損用プラスミドpMANΔpepAを構築した。pMANΔpepAで形質転換した、エシェリヒア・コリJM 109株をアンピシリン50μg/mlを含むLB液体培地で30℃、16h培養し、集菌した形質転換体からpMANΔpepAを調整した。このpepA遺伝子欠損用プラスミドを用い、エレクトロポーレーション法にて上記のエシェリヒア・コリATCC8739のpepD、iadA、pepE三重欠損株を形質転換した。続けて同様の操作により、pepA遺伝子が欠損型pepA遺伝子に置換され、アンピシリン感受性である二回組換え株を得た。二回組換え株の染色体DNAを鋳型として、配列番号7および8の配列のプライマーを用いてPCRによりpepA断片を増幅した。増幅されたpepA断片を、制限酵素Mul Iにて切断すると、849bpおよび1039bpのDNA断片が生じたことから、本株のpepA遺伝子が欠損型pepA遺伝子で置換されたことを確認し、本株を、pepD、iadA、pepE、pepA四重欠損株とした。
親株並びに各遺伝子欠損株を4mlのLB培地に植菌し、30℃、16時間、振とう培養した。次に、培養液4mlを遠心分離(2200g×15 min)し、菌体沈殿物を得た。この菌体沈殿物に生理食塩水4mlを添加し、遠心分離(2200g×15 min)後、洗浄菌体を得た。この洗浄菌体を1mlの超音波破砕溶液(1mM DTTを含む20 mM MOPS-KOH buffer(pH7.0))に懸濁した。菌体懸濁液を超音波破砕(Bioruptor製、7.5 min)し、遠心分離(12000g×10 min)により無細胞抽出液を得た。プロテインアッセイCBB溶液(ナカライテスク社製)を用い、Bradford法にてタンパクを定量した。Bovine serum alubmin (SIGMA製)を標準タンパクとして用いた。
親株並びに各遺伝子欠損株を3mlのLB培地(Bacto tryptone 1.0%、Bacto yeast extract 1.0%、NaCl 1.0%、PH7.0)に植菌し、37℃、16時間、振とう培養した。次に、培養液1mlを遠心分離(2200g×15 min)し、菌体沈殿物を得た。この菌体沈殿物に生理食塩水1mlを添加し、遠心分離(2200g×15 min)後、洗浄菌体を得た。この洗浄菌体に0.1mlの基質溶液(100 mM アラニルグルタミン、100 mM ホウ酸−NaOH緩衝液(pH9.0))に添加し、30℃、6時間反応した。
以下、ペプチド生成酵素遺伝子の単離について述べるが、微生物はエンペドバクター ブレビス FERM BP−8113株を用いた。遺伝子の単離にはエシェリヒア コリ(Escherichia coli)JM-109株を宿主に用い、ベクターはpUC118を用いた。
前述のエンペドバクター ブレビス FERM BP−8113株由来のペプチド生成酵素のリジルエンドペプチダーゼによる消化物をエドマン分解法により決定したアミノ酸配列(配列番号9及び10)をもとに、配列番号11及び12にそれぞれ示す塩基配列を有するミックスプライマーを作成した。
エンペドバクター ブレビス FERM BP−8113株をCM2G寒天培地(50g/l グルコース、10g/l 酵母エキス、10g/l ペプトン、5g/l 塩化ナトリウム、20g/l寒天,pH7.0))上で30℃、24時間培養した。この菌体を、50mlのCM2G液体培地(上記培地より寒天を除いた培地)を張り込んだ500mlの坂口フラスコに1白金耳植菌し、30℃で振盪培養した。
培養液50mlを遠心分離(12,000rpm、4℃、15分間)し、集菌した。QIAGEN Genomic-tip System(Qiagen社)を用いて、説明書の方法に基づき、この菌体から染色体DNAを取得した。
52℃ 1分
72℃ 1分
ペプチド生成酵素遺伝子全長を取得するために、まず、上記PCRにおいて増幅されたDNA断片をプローブとして用いたサザンハイブリダイゼーションを行った。サザンハイブリダイゼーションの操作は、Molecular Cloning, 2nd edition, Cold Spring Harbor press(1989)に説明されている。
標識プローブとハイブリダイズしたことが確認された上記2菌株から、エシェリヒア コリ JM109株が保有するプラスミドを、Wizard Plus Minipreps DNA Purification System(プロメガ社製)を用いて調製し、プローブとハイブリダイズした近傍の塩基配列を決定した。シーケンス反応はCEQ DTCS-Quick Start Kit(ベックマン・コールター社製)を用いて、説明書に基づき行った。また、電気泳動はCEQ 2000-XL(ベックマン・コールター社製)を用いて行った。
エシェリヒア コリ(Escherichia coli)W3110染色体DNA上のtrpオペロンのプロモーター領域を配列番号15、16に示すオリゴヌクレオチドをプライマーとしてPCRにより目的遺伝子領域を増幅し、得られたDNA断片をpGEM―Teasyベクター(プロメガ製)にライゲーションした。このライゲーション溶液でE.coli JM109株を形質転換し、アンピシリン耐性株の中からtrpプロモーターの方向がlacプロモーターと反対向きに挿入された目的のプラスミドを有する株を選択した。次にこのプラスミドをEcoO109I/EcoRIにて処理して得られるtrpプロモーターを含むDNA断片と、pUC19(Takara製)のEcoO109I/EcoRI処理物とライゲーションした。このライゲーション溶液でエシェリヒア コリ JM109株を形質転換し、アンピシリン耐性株の中から目的のプラスミドを有する株を選択した。次にこのプラスミドをHindIII/PvuIIにて処理して得られるDNA断片と、pKK223−3(Amersham Pharmacia製)をHindIII/HincIIにて処理し、得られたrrnBターミネーターを含むDNA断片とをライゲーションした。このライゲーション溶液でE.coli JM109株を形質転換し、アンピシリン耐性株の中から目的のプラスミドを有する株を選択し、このプラスミドをpTrpTと命名した。
配列表に記載の配列番号6番のアミノ酸配列をSignalP v1.1プログラム(Protein Engineering, vol12, no.1, pp.3-9, 1999)にて解析したところ、アミノ酸配列の1−22番目までがシグナルとして機能してペリプラズムに分泌すると予測され、成熟タンパクは23番目より下流であると推定された。
pTrpT_Gtg2を有するエシェリヒア コリ JM109株を100mg/lアンピシリンを含むLB培地で、30℃、24時間シード培養した。得られた培養液1mlを、50mlの培地(2g/l グルコース、10g/l 酵母エキス、10g/lカザミノ酸、5g/l硫酸アンモニウム、3g/lリン酸二水素カリウム、1g/lリン酸水素二カリウム、0.5g/l硫酸マグネシウム七水和物、100mg/lアンピシリン)を張り込んだ500ml坂口フラスコにシードし、25℃、24時間の本培養を行い培養菌体を得た。
以下、ペプチド生成酵素遺伝子の単離について述べるが、微生物はスフィンゴバクテリウム エスピー FERM BP−8124株を用いた。遺伝子の単離にはエシェリヒア コリ(Escherichia coli)DH5αを宿主に用い、ベクターはpUC118を用いた。
スフィンゴバクテリウム エスピー FERM BP−8124株をCM2G寒天培地(50g/l グルコース、10g/l 酵母エキス、10g/l ペプトン、5g/l 塩化ナトリウム、20g/l寒天,pH7.0))上で25℃、24時間培養した。この菌体を、50mlのCM2G液体培地(上記培地より寒天を除いた培地)を張り込んだ500mlの坂口フラスコに1白金耳植菌し、25℃で振盪培養した。
培養液50mlを遠心分離(12,000rpm、4℃、15分間)し、集菌した。QIAGEN Genomic-tip System(Qiagen社)を用いて、説明書の方法に基づき、この菌体から染色体DNAを取得した。
エンペドバクター ブレビス FERM BP−8113株由来のペプチド生成酵素遺伝子の一部を含むDNA断片を、LA−Taq(宝酒造社製)を用いたPCR法により取得した。エンペドバクター ブレビス FERMBP−8113株から取得した染色体DNAに対し、配列番号11及び12に示す塩基配列を有するプライマーを使用してPCR反応を行った。
52℃ 1分
72℃ 1分
ペプチド生成酵素遺伝子全長を取得するために、まず、上記PCRにおいて増幅されたDNA断片をプローブとして用いたサザンハイブリダイゼーションを行った。サザンハイブリダイゼーションの操作は、Molecular Cloning, 2nd edition, Cold Spring Harbor press(1989)に説明されている。
標識プローブとハイブリダイズしたことが確認された上記6菌株から、エシェリヒア コリ DH5αが保有するプラスミドを、Wizard Plus Minipreps DNA Purification System(プロメガ社製)を用いて調製し、プローブとハイブリダイズした近傍の塩基配列を決定した。シーケンス反応はCEQ DTCS-Quick Start Kit(ベックマン・コールター社製)を用いて、説明書に基づき行った。また、電気泳動はCEQ 2000−XL(ベックマン・コールター社製)を用いて行った。
スフィンゴバクテリウム エスピー FERM BP−8124の染色体DNAを鋳型として配列番号21、22に示すオリゴヌクレオチドをプライマーとしてPCRにより目的遺伝子を増幅した。このDNA断片をNdeI/XbaIにて処理し、得られたDNA断片とpTrpTのNdeI/XbaI処理物をライゲーションした。このライゲーション溶液でエシェリヒア コリ JM109株を形質転換し、アンピシリン耐性株の中から目的のプラスミドを有する株を選択し、このプラスミドをpTrpT_Sm_aetと命名した。
配列表に記載の配列番号20番のアミノ酸配列をSignalP v1.1プログラム(Protein Engineering, vol12, no.1, pp.3-9, 1999)にて解析したところ、アミノ酸配列の1−20番目までがシグナルとして機能してペリプラズムに分泌すると予測され、成熟タンパクは21番目より下流であると推定された。
pTrpT_Sm_aetを有するエシェリヒア コリ JM109株を50mlの培地(2g/l グルコース、10g/l 酵母エキス、10g/lカザミノ酸、5g/l硫酸アンモニウム、3g/lリン酸二水素カリウム、1g/lリン酸水素二カリウム、0.5g/l硫酸マグネシウム七水和物、100mg/lアンピシリン)を張り込んだ普通試験管に一白金耳植菌し、25℃、20時間の本培養を行った。
エシェリヒア・コリJM109株および実施例1で構築したpepD、pepE二重欠損株およびpepD、pepE、pepA三重欠損株に、上記参考例1において構築したEmpedobacter brevis由来アミノ酸エステルトランスペプチダーゼ発現発現プラスミドpTrpT-aetをエレクトロポーレーション法にて導入した。各菌株をアンピシリン(100μg/mL)を含むL−寒天培地上で、20℃で48時間培養した。次に1/4プレート分の細胞を50mLのL−培地(ペプトン10g/L、酵母エキス5g/L、NaCl 10g/L)に移した。シェーカー(140rpm)を用いて22℃、16時間培養した培養液 3ml分(OD610=0.15、26倍希釈)を以下に示す組成の培地300mLに植菌し、1.0Lの容量の実験室用ファーメンター内で700rpmの回転数で攪拌通気(1/1vvm)しながらバッチ培養を行った。糖切れ後の培養液 15ml分(OD610=0.60、51倍希釈)を同じ組成の培地300mlに植菌し、同様のファーメンターによるかくはん通気(1/1vvm)、20℃で糖フィード培養を行った。pHの値は気体アンモニアで自動的に7.0に調整した。
Glucose 25.0
MgSO4 ・7H2O 1.0
(NH4)2SO4 5.0
H3PO4 3.5
FeSO4 ・7H2O 0.05
MnSO4 ・5H2O 0.05
Mameno (TN) 0.45
GD113 0.1
アンヒ゜シリン 0.1
Glucose 500.0
pH 無調
配列番号2;PCRプライマー
配列番号3;PCRプライマー
配列番号4;PCRプライマー
配列番号5;PCRプライマー
配列番号6;PCRプライマー
配列番号7;PCRプライマー
配列番号8;PCRプライマー
配列番号9;エンペドバクター由来酵素をエドマン分解により決定したアミノ酸配列
配列番号10;エンペドバクター由来酵素をエドマン分解により決定したアミノ酸配列
配列番号11;Mix Primer
配列番号12;Mix Primer
配列番号13;エンペドバクター ブレビス由来のペプチド生成酵素
配列番号14;エンペドバクター ブレビス由来のペプチド生成酵素
配列番号15;pTrpT調製用プライマー
配列番号16;pTrpT調製用プライマー
配列番号17;pTrpT_Gtg2調製用プライマー
配列番号18;pTrpT_Gtg2調製用プライマー
配列番号19;スフィンゴバクテリウム エスピー由来のペプチド生成酵素
配列番号20;スフィンゴバクテリウム エスピー由来のペプチド生成酵素
配列番号21;pTrp_Sm_aet調製用プライマー
配列番号22;pTrp_Sm_aet調製用プライマー
Claims (15)
- アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子が破壊された、変異型微生物。
- さらに、染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子が破壊された、請求項1に記載の微生物。
- エシェリヒア属に属する細菌である、請求項1または2に記載の微生物。
- アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子が破壊されており、かつ、ペプチド生成活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換えDNAで形質転換された微生物。
- さらに、染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子が破壊された、請求項4に記載の微生物。
- エシェリヒア属に属する細菌である、請求項4または5に記載の微生物。
- 前記ペプチド生成活性を有するタンパク質が、エンペドバクター属またはスフィンゴバクテリウム属に属する細菌に由来するタンパク質である、請求項4から6のいずれかに記載の微生物。
- 前記ペプチド生成活性を有するタンパク質が、下記(A)または(B)に示すタンパク質である、請求項4から6のいずれかに記載の微生物。
(A)配列表の配列番号14に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
(B)配列表の配列番号14に記載のアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付加、および/または逆位を含むアミノ酸配列を有し、かつペプチド生成活性を有するタンパク質 - 前記ペプチド生成活性を有するタンパク質が、下記(C)または(D)に示すタンパク質である、請求項4から6のいずれかに記載の微生物。
(C)配列表の配列番号20に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質
(D)配列表の配列番号20に記載のアミノ酸配列において、1もしくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付加、および/または逆位を含むアミノ酸配列を有し、かつペプチド生成活性を有するタンパク質 - アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子を破壊する、微生物の作製方法。
- さらに、染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子を破壊する、請求項10に記載の微生物の作製方法。
- アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子を破壊し、かつ、ペプチド生成活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換えDNAで形質転換する、微生物の作製方法。
- さらに、染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子を破壊する、請求項12に記載の微生物の作製方法。
- アミノアシルヒスチジンペプチダーゼをコードする遺伝子、ロイシルアミノペプチダーゼをコードする遺伝子およびイソアスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子からなる群より選ばれる1種または2種以上の、染色体上の遺伝子が破壊されており、かつ、ペプチド生成活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換えDNAで形質転換された微生物を培地中で培養し、培養された微生物および当該微生物の細胞破砕物の少なくとも一方を、カルボキシ成分およびアミン成分と混合してペプチドを合成する、ペプチドの製造方法。
- 前記微生物が、さらに染色体上のα−アスパルチルジペプチダーゼをコードする遺伝子が破壊された微生物である、請求項14に記載のペプチドの製造方法。
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