JP2004514434A - 単離ヒトホスファターゼタンパク質、ヒトホスファターゼタンパク質をコード化する核酸分子及びその使用 - Google Patents

Abstract

現在の発明がヒトゲノム（現在の発明のホスファターゼ・ペプチド）の範囲内で、遺伝子によってコード化されるペプチドのアミノ酸シーケンスに提供する。現在の発明は、特に孤立したペプチドと核酸分子、ホスファターゼ・ペプチドのｏｒｔｈｏｌｏｇｓとパラログｓを確認する方法とホスファターゼ・ペプチドのモジュレータを確認する方法を提供する。

Description

【０００１】
【技術分野】
本発明は、ある有糸分裂促進物質−起動するタンパク質（ＭＡＰ）キナーゼ・ホスファターゼ亜族、組み換えＤＮＡ分子とタンパク質生産に関連があるホスファターゼ・タンパク質に関する。本発明はそのようなペプチドとタンパク質分子をコード化している新しいホスファターゼ・ペプチドとタンパク質と核酸分子を提供する。そして、これらは人間の治療学と診断上の製剤と方法の開発に役立つ。具体的には、本発明は、新規なＭＡＰキナーゼホスファターゼスプライス型に関する。
【０００２】
【背景技術】
ホスファターゼタンパク質、特にＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ亜族は、薬学的機能と発展の主な目標である。したがって、ホスファターゼ・タンパク質の亜族の未知種を確認して、特徴づけることは、製薬発展の分野において重要である。本発明は、ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ亜族に対して相同性を持つ未知のヒトホスファターゼ・タンパク質を提供するものである。
【０００３】
タンパク質ホスファターゼ
細胞信号伝達系は、多様な細胞プロセスを制御する外刺激が細胞の内部に中継される基本的メカニズムである。信号が細胞の内で送られる生化学経路は、直接または機能的に関係のある対話的タンパク質の回路から成る。信号形質導入の重要な生化学メカニズムのうちの１つは、タンパク質の上で特定の残基の可逆的リン酸化である。タンパク質のリン酸化状態は、その細胞位置と同様にその形態や酵素的な活動に影響を及ぼすかもしれない。タンパク質のリン酸化状態は、各種の特定のアミノ酸残基でタンパク質ホスファターゼ（ＰＫｓ）とタンパク質ホスファターゼ（ＰＰｓ）の互恵的な作用を通して調整される。
【０００４】
タンパク質リン酸化は、真核生物細胞の活動を制御するのに用いられる普遍的な機能である。典型的哺乳類の細胞で活発なタンパク質の１０％が燐酸化されると見積もられる。起動を授けて、アデノシン三リン酸分子からタンパク質−タンパク質ホスファターゼまで移される高エネルギーのリン酸塩は、その後タンパク質−タンパク質ホスファターゼから除去される。このように、ホスファターゼは細胞成長と分化を管理する大部分の細胞信号作用、ｃｅｌｌ−ｔｏ−ｃｅｌｌ接触、細胞周期と腫瘍形成を制御する。
【０００５】
タンパク質リン酸化／脱リン酸化サイクルは、細胞活動を制御するために真核生物細胞によって使用される主なメカニズムのうちの１つである。典型的哺乳類の細胞の中の活性タンパク質の１０％以上が燐酸化されると見積もられる。タンパク質リン酸化／脱リン酸化の間、リン酸基はアデノシン三リン酸分子からタンパク質−タンパク質ホスファターゼまで移されて、タンパク質−タンパク質ホスファターゼから除去される。タンパク質ホスファターゼは、細胞成長と分化を管理する細胞信号作用、ｃｅｌｌ−ｔｏ−ｃｅｌｌ接触、細胞周期と腫瘍形成で機能する。進化論的に異なった３つのタンパク質ホスファターゼ族は確認されている。これらは、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅホスファターゼ、タンパク質チロシン・ホスファターゼと酸性／アルカリ・ホスファターゼを含む（Ｃａｒｂｏｎｎｅａｕ Ｈ．とＴｏｎｋｓ Ｎ． Ｋ．（１９９２）Ａｎｎｕ．Ｒｅｒ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ． ８：４６３−９３）。
【０００６】
ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅホスファターゼは、シトゾルであるかレセプターと関係している。２つの温度安定性のタンパク質、抑制剤１と２と、それらの二価の陽イオン必要性へのそれらの感度に基づいて、ｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅホスファターゼは、４つの異なったグループ、ＰＰＩ、ＰＰ−ＩＩＡ、ＰＰ−ＩＩＢとＰＰ−ＩＩＣに分けられることができる。ＰＰＩは、サイクリックＡＭＰ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔなタンパク質ホスファターゼによって燐酸化されるタンパク質の多数を脱リン酸化し、このためそれは多くのサイクリックＡＭＰの重要なモジュレーター（細胞の中のホルモン反応）である。ＰＰ−ＩＩＡは細胞周期（成長と増殖）の制御のために、広い特性を持ち、そして、ＤＮＡ複写、そして、主なホスファターゼはｓｅｒｉｎｅ／ｔｈｒｅｏｎｉｎｅホスファターゼのリン酸化を翻す役割を果たす。ＰＰ−ＩＩＢまたはｃａｌｃｉｎｅｕｒｉｎ（Ｃｎ）は、Ｃａ．ｓｕｐ．＋２−起動するホスファターゼである；それは、イオン・チャンネル規則のような多様な細胞機能、ｎｅｕｒｏｎａｌな伝達、遺伝子転写、筋肉グリコーゲン代謝とリンパ球行動の調整に関係している。
【０００７】
ＰＰ−ＩＩＣは、サイクリックＡＭＰ起動するタンパク質−ホスファターゼ活動を管理することを含む多種多様な機能、Ｃａ．ｓｕｐ．＋＋に依存する信号の形質導入、信号の伝達が熱ショック反応と関係づけたｔＲＮＡに参加するＭｇ．ｓｕｐ．＋＋に依存するホスファターゼである。ＰＰ−ＩＩＣは、ｋＤａの４０−４５についての分子の量による単量体タンパク質である。ＰＰ−ＩＩＣの１つの．ａｌｐｈａ．といくつかの．ｂｅｔａ． ｉｓｏｆｏｒｍｓが確認された（Ｗｅｎｋ， Ｊ． ｅｔ ａｌ． （１９９２） ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ． ２９７： １３５−１３８； Ｔｅｒａｓａｗａ， Ｔ． ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ａｒｃｈ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． ３０７： ３４２−３４９； ａｎｄ Ｋａｔｏ， Ｓ． ｅｔ ａｌ． （１９９５） Ａｒｃｈ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｐｈｙｓ． ３１８： ３８７−３９３）。
【０００８】
いつでも通常の細胞成長と分化のために必要なタンパク質リン酸化のレベルは、ＰＫｓとＰＰＳの調整された動作を通して提供される。細胞前後関係に従い、酵素のこれらの２つのタイプは、敵対行動をとるかもしれないか信号形質導入の間、互いと協力するかもしれない。これらの酵素の間のアンバランスは、代謝の障害と細胞変換に至っている通常の細胞機能を弱めるかもしれない。
【０００９】
たとえば、インシュリン・レセプター（それはＰＴＫである）に結合しているインシュリンは、ブドウ糖輸送、グリコーゲンと脂肪の生合成、ＤＮＡ合成、細胞分裂と分化のようないろいろな代謝の成長進めている影響を誘発する。真性糖尿病、そしてそれは特徴づける不十分な、あるいは、インシュリン信号形質導入の不足は、経路に合図しているインシュリンに沿ってどんなステップででもどんな異常にでも起因することがありえる。（Ｏｌｅｆｓｋｙ， １９８８， ｉｎ ”Ｃｅｃｉｌ Ｔｅｘｔｂｏｏｋ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，” １８ｔｈ Ｅｄ．， ２：１３６０−８１）。
【００１０】
たとえば、ＰＴＫｓ（例えばＨＥＲ２）の過剰発現がガンの発達で決定的な役割を演ずることができることは、また、有名である‖（Ｓｌａｍｏｎ ｅｔ ａｌ．， １９８７， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３５：７７−８２）、まったく、この酵素の活動を妨げることができる抗体は、腫瘍成長を廃止することができる（Ｄｒｅｂｉｎ ｅｔ ａｌ．， １９８８， Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ２：３８７−３９４）。Ｆｌｋ−１とＰＤＧＦレセプターのようなチロシン・ホスファターゼ信号の形質導入能力をブロックすることは、動物のモデルで腫瘍成長をブロックすることが示された（Ｍｉｌｌａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．， １９９４， Ｎａｔｕｒｅ ３６７：５７７； Ｕｅｎｏ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ， ２５２：８４４−８４８）。
【００１１】
相対的に、より少ないものは信号形質導入においてホスファターゼの直接の役割に関して知られている；ＰＰｓは、人間の病気で役割を果たすかもしれない。たとえば、ＲＰＴＰ．ａｌｐｈａ．のｅｃｔｏｐｉｃな現れは胚線維芽細胞（Ｚｈｅｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３５９：３３６−３３９）において、異なる発現型を生じる、そして、ｅｍｂｒｙｏｎａｌな癌細胞の中のＲＰＴＰ．ａｌｐｈａ．の過剰発現は細胞がｎｅｕｒｏｎａｌな発現型（ｄｅｎ Ｈｅｒｔｏｇ ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ １２：３７８９−３７９８）で、細胞タイプに分化する原因になる。腎臓、小さい肺癌において、しばしば変えられる部分である染色体３ｐ２１に、人間のＲＰＴＰ．ｇａｍｍａ．のための遺伝子は、局所化された。突然変異は、外部の信号にもはや応答しないＲＰＴＰを生じるＲＰＴＰ．ｇａｍｍａ．の細胞外部分で起こるかもしれない（ＬａＦｏｒｇｉａ ｅｔ ａｌ．， Ｗａｒｙ ｅｔ ａｌ．， １９９３， Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ５２：４７８−４８２）。ＰＴＰ１Ｃ（別名ＨＣＰ、ＳＨＰ）をコード化している遺伝子の中の突然変異は、高度の免疫不全にかかるマウスと大食細胞のｈｙｐｅｒｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎが付いてくる全身自己免疫病気での発現型の原因である（Ｓｃｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．， １９９３， Ｃｅｌｌ ７３：１４４５−１４５４）。ＰＴＰ１Ｄ（別名ＳｙｐまたはＰＴＰ２Ｃ）は、ＰＤＧＦＲ、ＥＧＦＲとインシュリン・レセプター・基質１（ＩＲＳ−１）においてリン酸化のサイトにＳＨ２領域を通して結合することが示された。反ＰＴＰ１Ｄ抗体の顕微鏡下注射によってＰＴＰ１Ｄの活動を減らし、インシュリンまたはＥＧＦによって誘発された有糸分裂生起を妨げることが示された（Ｘｉａｏ ｅｔ ａｌ．， １９９４， Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ２６９：２１２４４−２１２４８）。
【００１２】
ＭＡＰ キナーゼホスファターゼ
本発明は３つの新規なｍｉｔｏｇｅｎ−ａｃｔｉｖａｔｅｄタンパク質（ＭＡＰ）キナーゼ・ホスファターゼを提供する。変形スプライス型１、２、３は、ここに参照される。具体的には、図３で示されるように、スプライス型２はエクソン１３と１４（それはスプライス型１と３で存在しない）を含み、そして、スプライス型３はエクソン７を欠く。そして、それはスプライス型１と２で存在する。全ての３つのｉｓｏｆｏｒｍｓからのｃＤＮＡクローンは、人間のｃｈｒｏｍｓｏｍｅ １１の同じ領域にマップされた。スプライス型１は、アメリカ・アプリケーション２０００年１１月２０日に出願０９／７１５１７７号で出願人によって以前明らかにされた。
【００１３】
ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼは、多数の危機的な生物学的過程に関係している二重特性タンパク質ホスファターゼである。ショウジョウバエにおいて、ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼが、生存能力にとって不可欠であるとわかった。さらに、ｌ機能欠如突然変異は、ねじれられたおよび／または分岐された剛毛と翼髪を引き起こす。植物では、ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼは、ストレスと病原体（グプタ朝ほか（Ｇｕｐｔａ ｅｔ ａｌ．， Ｐｌａｎｔ Ｊ １９９８ Ｄｅｃ；１６（５）：５８１−９））への反応で、重要な役割を演ずる。ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼは、怪我と退行性の刺激（Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓ １９９８ Ａｕｇ １０；８０１（１−２）：１９８−２０５）の後でｎｅｕｒｏｎａｌな生き残りとｎｅｕｒｏｎａｌな細胞死で重要な役割を演ずる。ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼは、また、糖尿病と他のインシュリンに関連した状況で役割を果たすかもしれない；インシュリンはマップキナーゼホスファターゼ−１（ＭＫＰ−１）を管理する、そして、ＭＫＰ−１が合図している（Ｋｕｓａｒｉ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ １９９７ Ｓｅｐ；１１（１０）：１５３２−４３）インシュリンのネガティブモジュレータの働きをすることを示唆された。さらに、ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼは細胞増殖（Ｅｍｓｌｉｅ ｅｔ ａｌ．， Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ １９９４ Ｍａｙ；９３（５）：５１３−６）のネガティブ調整のために重要かもしれず、そして、したがって、新しい人間のＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ遺伝子はｃａｎｄｉｄａｔｅ腫瘍−抑制器遺伝子として有効である。その上、ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼは、特に膵臓のガン（Ｆｕｒｕｋａｗａ ｅｔ ａｌ．， Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔ Ｃｅｌｌ Ｇｅｎｅｔ １９９８；８２（３−４）：１５６−９）に関係しているかもしれない。
【００１４】
ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼの更なる再調査のために、Ｓｃｉｍｅｃａ ｅｔ ａｌ．， Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １９９７ Ａｕｇ ７；１５（６）：７１７−２５を参照。情報を他のスプライス変形で支えることについてはＷａｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ５７ （２）， ３１０−３１５ （１９９９）を参照。
これらをコード化している新しい人間のタンパク質ホスファターゼとポリヌクレオチドの発見は、診断、防止と異常であるか不必要なタンパク質リン酸化と関連する生物学的プロセスの処置に役立つ新しい構成を提供することによって当該分野において必要を満たす。
【００１５】
【発明の要約】
本発明が基礎を形成される発明の概要は、人間のホスファターゼ・ペプチドのアミノ酸シーケンスとＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ亜族（対立変種とその他の哺乳類のオルトログｓと同様に）と関連があるタンパク質の識別に関して分かれる。具体的には、本発明は、ホスファターゼスプライスが作る３つの新しいＭＡＰキナーゼを提供する。これらのペプチドをコード化して、人間の治療的な目標（治療的なタンパク質の識別での援助）の発展のモデルとして使われることができて、細胞でホスファターゼ活動を調整する人間の治療的な試薬とホスファターゼを表す組織の発展の目標として用いられるこれらのユニークなペプチド・シーケンスと核酸シーケンス。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス型１が人間のすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳、（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺において発現されることを示した。さらに、スプライス型３は、胎児の脳において発現される。
【００１６】
【発明を実施するための最良の形態】
概論
本発明は、ヒトゲノムのシーケンスに関するものである。ヒトゲノムの配列とアセンブリ、シーケンス情報の分析により、ホスファターゼ・タンパク質と当該分野で特徴づけられるタンパク質／ペプチド／ドメインまたはホスファターゼ・タンパク質の一部に構造上、あるいはシーケンス相同性を有するペプチドをコード化して、ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ亜族と関連があるヒトゲノムの以前未確認の断片が発現された。これらのシーケンスを利用して、更なるゲノム・シーケンスは集められ、複写し、および／又はｃＤＮＡシーケンスを単離し、特徴づけた。この分析に基づいて、本発明は、ホスファターゼスプライスが作る３つの新しい人間のＭＡＰキナーゼ、ｃＤＮＡシーケンスの形の核酸シーケンスとこれらのホスファターゼスプライス型、核酸バリエーション（対立な情報）、発現の組織拡散と最も緻密な当該分野に関する情報をコード化するゲノム・シーケンスのアミノ酸シーケンスに本発明のホスファターゼ・タンパク質に、構造上のシーケンス異体同形を持つ既知のタンパク質／ペプチド／ドメインを提供する。
【００１７】
以前知られていないことに加えて、本発明において提供されるペプチドは、商業上重要な製品とサービスの発展のために使われる彼らの能力に基づいて選ばれる。具体的には、現在のペプチドは、ホスファターゼ亜族と発現パターンが観察したＭＡＰキナーゼの既知のホスファターゼ・タンパク質に、相同性や構造上の相関性に基づいて選ばれる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。当該分野は、明らかにタンパク質のこのファミリーのメンバーと発現パターンを現在の遺伝子のそれと類似しているようにするタンパク質の商用の重要性を確立した。本発明と使用のペプチドのより特定の特徴の一部は、それについて、特に発明の背景で、そして、図に示される注釈において、ここで記述されておよび／または既知のＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ族の各々用の技術またはホスファターゼ・タンパク質の亜族の範囲内で知られている。
【００１８】
【実施例の詳細】
ペプチド分子
本発明はタンパク質のホスファターゼファミリーの一種であることと確認され、ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ亜族（タンパク質シーケンスは、図２、転写／ｃＤＮＡシーケンスは図１、そして、ゲノム・シーケンスが図３に示される）と関連があるタンパク質分子をコード化する核酸シーケンスに関する。
【００１９】
具体的には、本発明は、ホスファターゼスプライスが作る３つの新しいＭＡＰキナーゼを提供する。図２に示されるペプチド・シーケンスとともに、明らかな変形として、特にａｌｌｅｌｉｃば変形を図３の情報を用いて記述したペプチド・シーケンスは、本発明のホスファターゼ・ペプチド、本発明のホスファターゼ・ペプチド、ホスファターゼスプライス型またはペプチド／タンパク質／スプライスを意味する。
【００２０】
本発明は、製作し使用する当該分野の範囲内であるこれらのペプチドの全ての明らかな変形と同様に図２（図１（転写／ｃＤＮＡまたは図３）で示される核酸分子によって、ゲノム・シーケンスをコード化した）で明らかにされるホスファターゼ・ペプチドのアミノ酸シーケンスから成るか、本質的に成るか、含むペプチドとタンパク質分子を提供する。これらの変形の一部は、下で詳述する。
【００２１】
ここに、それがかなり細胞材料ないしと縁がないか化学前駆物質を観桜的に含まないとき、ペプチドは「単離する」、ないし「精製される」という。本発明のペプチドは、均質な純度または他の程度にまで精製されることができる。精製のレベルは、意図された使用により決定される。組成物が他の構成要素（分子が議論される単離した核酸の特徴）のかなりの量の限界的な状態でないペプチドの要求された機能を発揮できればよい。
若干の用途には「実質的に細胞材料を含まない」は、他のタンパク質（すなわち汚染タンパク質）をおよそ３０％（乾物重量）未満にしているペプチド、およそ２０％未満の他のタンパク質、およそ１０％未満のタンパク質または他のおよそ５％未満の他のタンパク質の組成物を含む。
【００２２】ペプチドが組換え的に生産されるとき、それはまた、培養（すなわち媒体がタンパク質組成物の量のおよそ２０％以下）で、かなり自由でありえる。
「官能的に化学前駆物質または他の化学製品を含まない」言語は、そこに含まれている化学前駆体または他化学製品から分離されたペプチドの組成物を含む。１つの具体例で、「官能的に化学前駆物質または他の化学製品を含まない」言語は、化学前駆物質をおよそ３０％（乾燥重量）未満にしているホスファターゼ・ペプチドの組成物または化学およそ１０％の前駆物質または他の化学製品より少ないか化学およそ５％の前駆物質または他の化学製品より少ない他の化学製品（化学およそ２０％未満の前駆物質または他の化学製品）を含む。
【００２３】
単離したホスファターゼ・ペプチドは、自然にそれを発現する細胞から精製されることができるか、それ（組み換え）を発現するために変えられた細胞から（組換え）精製されることができるか、既知のタンパク質合成方法を使用して合成されることができる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１が人間のすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺で発現される。その上、スプライス型３は、胎児の脳においても表される。たとえば、ホスファターゼ・ペプチドをコード化している核酸分子は発現ベクターにクローンをつくられる。そして、宿主細胞とタンパク質に導入される発現ベクターが宿主細胞で表される。タンパク質は、それから標準のタンパク質精製テクニックを使用している適当な精製計画によって、細胞から分離されることができる。これらのテクニックの多くは、下で詳述する。
【００２４】
したがって、本発明は、図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２，５，７）（たとえば図１（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１，４，６）とゲノム・シーケンスで示される核酸シーケンスが図３（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）で提供したｃＤＮＡによってコード化されるタンパク質）で提供されるアミノ酸シーケンスから成るタンパク質を提供する。そのようなタンパク質のアミノ酸シーケンスは、図２で提供される。アミノ酸シーケンスがタンパク質の最終的なアミノ酸シーケンスであるとき、タンパク質はアミノ酸シーケンスから成る。
【００２５】
本発明は、さらに本質的に図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２，５，７）（たとえば図１（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１，４，６）とゲノム・シーケンスで示される核酸シーケンスが図３（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）で提供したｃＤＮＡによってコード化されるタンパク質）で提供されるアミノ酸シーケンスから成るタンパク質を提供する。例えば、約１〜１００あるいはさらに付加的な残基、典型例には最終的タンパク質に１〜２０のアミノ酸残基が含まれる特場合にように、そのようなアミノ酸シーケンスがほんの少しの更なるアミノ酸残基だけで存在するとき、タンパク質は本質的にアミノ酸シーケンスから成る。本発明は、さらに図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２，５，７）に示されるアミノ酸配列、タンパク質、たとえば図１（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１，４，６）に示される核酸シーケンス、図３（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）のゲノム・シーケンスで示されるｃＤＮＡによってコード化されるタンパク質を含む。アミノ酸シーケンスが少なくともタンパク質の最終的なアミノ酸シーケンスの、部分であるとき、タンパク質はアミノ酸シーケンスから成る。そのようなやり方では、タンパク質はペプチドだけであることができるか、付加的なアミノ酸分子（例えばそれまたは非相同的なアミノ酸残基／ペプチド・シーケンスと自然に関係しているアミノ酸残基（隣接するコード化されたシーケンス））を持つことができる。そのようなタンパク質は、更なる２、３のアミノ酸残基を持つことができるか、数百またはより多くの付加的なアミノ酸から成ることができる。
【００２６】
本発明のホスファターゼ・ペプチドから成るタンパク質の好ましい種は、自然に発生している成熟したタンパク質である。いろいろな種類のこれらのタンパク質が作られることができて／孤立することができる方法の概要は、下で提供される。
【００２７】
本発明のホスファターゼ・ペプチドは、仮想的な融合タンパク質を形成するために非相同的なシーケンスに付けられることができる。そのような仮想的なおよび融合タンパク質は、アミノ酸シーケンスをホスファターゼ・ペプチドにかなり相応するようにしていない非相同的なタンパク質に、有効に結合されるホスファターゼ・ペプチドから成る。「有効に、結合される」ホスファターゼ・ペプチドと非相同的なタンパク質が溶かされたｉｎ−ｆｒａｍｅであることを示す。非相同的なタンパク質は、ホスファターゼ・ペプチドのＮ−末端Ｃ−末端に一体化されることができる。
【００２８】
若干の用途には、融合タンパク質は、本質的にホスファターゼ・ペプチドの活動に影響を及ぼさない。たとえば融合タンパク質は、酵素の融合タンパク質（制限はされないが）に含まれることができ、たとえばベータ−ガラクトシダーゼ融合、イースト２−ハイブリッドＧＡＬ融合、ｐｏｌｙ−Ｈｉｓ融合、ＭＹＣ−ｔａｇｇｅｄ、ＨＩ−ｔａｇｇｅｄ、Ｉｇ融合等が例示される。そのような融合タンパク質（特にｐｏｌｙ−Ｈｉｓ融合）は、組み換えホスファターゼ・ペプチドの精製を容易にすることができる。特定の宿主細胞（例えば哺乳類の宿主細胞）で、発現やタンパク質の分泌は、非相同的な信号のシーケンスを用いて増やされることができる。
【００２９】
仮想的な融合タンパク質は、標準の組み換えＤＮＡテクニックによって生産されることができる。たとえば、異なるタンパク質シーケンスのために符号化しているＤＮＡ断片は、従来のテクニックに従う結さつされた一緒にはやりのフレームである。もう一つの具体例で、融合遺伝子は、自動ＤＮＡシンセサイザーを含む従来のテクニックによって合成されることができる。あるいは、遺伝子断片のＰＣＲ増幅は、与えるプライマーがその後復元されることができる２つの連続的遺伝子断片の間に相補的に実行され、仮想的な遺伝子シーケンス（Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， １９９２参照）を生成するために再増幅ｄしたアンカーを使用して、行われることができる。さらに、多くの発現ベクターは、とてもすでに市販である融合半体（例えばＧＳＴタンパク質）をコード化する。ホスファターゼペプチド−コード化核酸は、融合半体がホスファターゼ・ペプチドへの結合されたｉｎ−ｆｒａｍｅであるように結合された発現ベクターへクローン化することができる。
【００３０】
上で言及されるように、本発明も対立な本発明（例えばペプチドの自然に発生している成熟した形）／ペプチド、ペプチドの非自然に発生している組換え的な引き出された変形とオルトログｓのシーケンス変形のタンパク質のアミノ酸シーケンスの明らかな変形及びペプチドのパラログｓの提供を可能にする。そのような変形は、組み換え核酸技術とタンパク質生化学の分野で、当該分野−既知のテクニックを使用して、すぐに発生することができる。しかし、変形が発明の前に明らかにされるどんなアミノ酸シーケンスでも除外することは、理解される。そのような変形は、すぐに確認されることができて／分子のテクニックとシーケンス情報を使うことをここで明らかにされるようにした。さらに、そのような変形は、すぐに本発明のホスファターゼ・ペプチドに、シーケンスや構造上の相同性に基づく他のペプチドを区別されることができる。相同性／アイデンティティ・プレゼントの程度は、主にペプチドの機能が異なるか機能しない変形、パラログファミリーの中の分岐存在量とオルトログｓの間の進化の距離であるかどうかに基づく。
【００３１】
２つのアミノ酸シーケンスまたは２つの核酸シーケンスのパーセント・アイデンティティを決定するために、シーケンスは最適の比較目的（例えば、相違は一方、又は両方とも第一と第二のアミノ酸、または核酸シーケンスの最適の配置へ導入することができ、非相応するシーケンスは比較目的のために無視されることができる）のために列記する。
【００３２】
好ましい具体例において、少なくとも３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０， ９０％あるいはそれ以上、リファレンス・シーケンスの長さを、比較目的のために列記する。対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドは、それから比較される。最初のシーケンスでの位置が第二のシーケンスでの対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによってふさがっているとき、分子はその位置（中古のここでアミノ酸または核酸「アイデンティティ」がアミノ酸または核酸「相同性」に等しくて）で同一である。２つのシーケンスの間のパーセント・アイデンティティは、相違の数と各々の長さが相違を作る口座に取って、シーケンスによって共有される同一の位置の数の機能である。そして、それは２つのシーケンスの最適の配置のために紹介される必要がある。
【００３３】
パーセント・アイデンティティのシーケンスと決定の比較と２つのシーケンスの類似性は、数学的なアルゴリズムを使用して達成されることができる。（Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｌｅｓｋ， Ａ．Ｍ．， ｅｄ．， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９８８； Ｂｉｏｃｏｍｐｕｔｉｎｇ：　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｇｅｎｏｍｅ Ｐｒｏｊｅｃｔｓ， Ｓｍｉｔｈ， Ｄ．Ｗ．， ｅｄ．， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９３； Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄａｔａ， Ｐａｒｔ １， Ｇｒｉｆｆｉｎ， Ａ．Ｍ．， ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ， Ｈ．Ｇ．， ｅｄｓ．， Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ， １９９４； Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， ｖｏｎ Ｈｅｉｎｊｅ， Ｇ．， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， １９８７； ａｎｄ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐｒｉｍｅｒ， Ｇｒｉｂｓｋｏｖ， Ｍ． ａｎｄ Ｄｅｖｅｒｅｕｘ， Ｊ．， ｅｄｓ．， Ｍ Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， １９９１）． Ｉｎ ａ ｐｒｅｆｅｒｒｅｄ ｅｍｂｏｄｉｍｅｎｔ， ｔｈｅ ｐｅｒｃｅｎｔ ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｗｏ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｓ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅ Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ （Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． （４８）：４４４−４５３ （１９７０））。好ましい具体例で、２つのアミノ酸シーケンスの間のパーセント・アイデンティティがＮｅｅｄｌｅｍａｎとＷｕｎｓｃｈを使って決定されること（Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． （４８）：４４４−４５３ （１９７０））、ブロッサム６２のマトリックスかＰＡＭ２５０マトリックスと１６、１４、１２、１０、８、６の相違重量を使って、ＧＣＧソフトウェア・パッケージ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで利用できる）において、ＧＡＰプログラムに組み込まれた、あるいは、４と長さが１、２、３、４、５または６の重くするアルゴリズム。まだもう一つの好ましい具体例で、２つのヌクレオチド配列の間のパーセント・アイデンティティはＧＣＧソフトウェア・パッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ， Ｊ．， ｅｔ ａｌ．，（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １２（１）：３８７（１９８４）））（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍで利用できる）において、ＧＡＰプログラムを使用して決定される。そして、マトリックスと相違が４０、５０、６０、７０の重くする、あるいは、８０と長さが１、２、３、４、５または６の重くするＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰを使う。もう一つの具体例で、２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列の間のパーセント・アイデンティティはＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれたＥ． Ｍｙｅｒｓ ａｎｄ Ｗ． Ｍｉｌｌｅｒ （ＣＡＢＩＯＳ， ４：１１−１７ （１９８９））のアルゴリズムを使用して決定される。そして、ＰＡＭ１２０重さ残りテーブル（１２の相違長さ刑と４の相違刑）を使う。
【００３４】
たとえば、本発明のシーケンスがシーケンス・データベースに対して検索を実行するために「質問シーケンス」としてさらに使われることができる核酸とタンパク質は、他のファミリーの身元を確認するか、シーケンスを話した。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ， ｅｔ ａｌ． （Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２１５：４０３−１０ （１９９０））のＮＢＬＡＳＴとＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して実行されることができる。ヌクレオチドが捜すＢＬＡＳＴは、発明の核酸分子に、相応するヌクレオチド配列を得るためにＮＢＬＡＳＴプログラム、得点＝ １００、ｗｏｒｄｌｅｎｇｔｈ ＝ １２で実行されることができる。タンパク質が捜すＢＬＡＳＴは、発明のタンパク質に相応するアミノ酸シーケンスを得るためにＸＢＬＡＳＴプログラム、得点＝ ５０、ｗｏｒｄｌｅｎｇｔｈ ＝ ３で実行されることができる。比較目的のために相違を作られた配置を得るために、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ． （Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２５（１７）：３３８９−３４０２ （１９９７））で記述されるように、ＧａｐｐｅｄされたＢＬＡＳＴは利用されることができる。ＢＬＡＳＴを利用して、ＢＬＡＳＴプログラムに相違を作るとき、それぞれのプログラム（例えばＸＢＬＡＳＴとＮＢＬＡＳＴ）のデフォルト・パラメータが使われることができる。
【００３５】
本発明のペプチドのうちの１つから成るタンパク質の省略なしの前処理された形態（成熟した処理された形式と同様に）は、すぐにホスファターゼ・ペプチドと同じ遺伝子の場所のそばでコード化されることと同様に本発明のホスファターゼ・ペプチドのうちの１つまで、完全なシーケンス・アイデンティティをここで提供しておくことと確認される。本発明の新しいホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子は公共のＢＡＣ ＡＰ００１８８５に置かれる。そして、それは染色体１１（図３で示されるように）にマップされることを知られている。
【００３６】
ホスファターゼ・ペプチドの対立変種は、すぐにホスファターゼ・ペプチドと同じ遺伝子の場所のそばでコード化されることと同様に最も少なく一部のホスファターゼ・ペプチドでに、シーケンス相同性／アイデンティティの高い程度（重要な）をここで提供しておいている人間のタンパク質であることと確認されることができる。遺伝子の場所は、図３（例えばリファレンス人間にマップされるゲノム・シーケンス）で提供されるゲノム情報に基づいて、すぐに決定されることができる。本発明の新しいホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子は公共のＢＡＣ ＡＰ００１８８５に置かれる。そして、それは染色体１１（図３で示されるように）にマップされることを知られている。ここで使われるように、アミノ酸シーケンスがだいたい７０−８０％に概して少なくとも８０−９０％であるか９０−９５％について概して少なくともより多くであるかより相応するとき、２つのタンパク質（またはタンパク質の部位）は重要な相同性を持つ。より完全に、下で述べられるように、厳しい状況の下で核酸分子をコード化しているホスファターゼ・ペプチドに交雑する核酸シーケンスによって、本発明によれば、かなり相応するアミノ酸シーケンスは、コード化される。
【００３７】
図３は、本発明のホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子において見つかったＳＮＰｓに関する情報を提供する。以下のＳＮＰｓは、確認された：Ｇ５７７Ａ、Ｇ１４５１ＡとＧ２６４１Ａ．Ｇ５７７ＡとＧ１４５１Ａは、非同義のコーディングＳＮＰｓである。これらのＳＮＰｓに起因するシーケンスが示されるアミノ酸の中の変化図３、そして、リファレンスとして図２で提供される一般的な遺伝暗号とタンパク質シーケンスを使って、すぐに決定することができる。Ｇ２６４１Ａは、ＯＲＦの３であり、そして、制御／規定する要素に影響を及ぼすかもしれない。
【００３８】
ホスファターゼ・ペプチドのパラログｓは、すぐに、人間から遺伝子によってコード化されながら、最も少なく一部のホスファターゼ・ペプチドでに、そして、類似した活動または機能を持ちながら重要なシーケンス相同性／アイデンティティのある程度を持つことと確認されることができる。２つのタンパク質は、概してアミノ酸シーケンスが概して少なくともおよそ６０％以上であるパラログｓと考えられて、所定の部位または領域を通して７０％またはより大きい相同性について概して少なくともより多くである。より完全に、下で述べられるように、穏やかにの下で厳しい状況に核酸分子をコード化しているホスファターゼ・ペプチドに交雑する核酸シーケンスによって、そのようなパラログｓは、コード化される。
【００３９】
ホスファターゼ・ペプチドのオルトログｓは、すぐにもう一つの有機体から遺伝子によってコード化されることと同様に最も少なく一部のホスファターゼ・ペプチドでに、重要なシーケンス相同性／アイデンティティのある程度を持つことと確認されることができる。
【００４０】
好ましいオルトログｓは、人間の治療的な目標と試薬の発展のための哺乳類（望ましくは霊長類）から分離される。より完全に、下で述べられるように、穏やかにの下で厳しい状況に核酸分子をコード化しているホスファターゼ・ペプチドに交雑する核酸シーケンスによって、そのようなオルトログｓはコード化される。そして、タンパク質を産している２つの有機体の相関性の程度に依存する。
【００４１】
本発明のホスファターゼ・ペプチドの非自然に発生している変形は、組み換えテクニックを使用して、すぐに発生することができる。このような変形は、ホスファターゼ・ペプチドのアミノ酸シーケンスで、削除、追加と代用に限られているものを含む。たとえば、代用の１つの例は、節約されたアミノ酸代用である。そのような代用は、同様の特徴のもう一つのアミノ酸によってホスファターゼ・ペプチドにおいて与えられたアミノ酸を代えるものである。概して、脂肪族のアミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、ＬｅｕとＩｌｅの中の一方から他方への置き換えは、保守的な代用とみなされる；ヒドロキシ基を含む残基ＳｅｒとＴｈｒの交換；酸性の残基ＡｓｐとＧｌｕの交換；アミド残基ＡｓｎとＧｌｎの間の代用；基本的残基ＬｙｓとＡｒｇの交換；そして、方向族残基ＰｈｅとＴｙｌの中の置き換え。アミノ酸変化が形質的に問題なしとされる基準が、Ｂｏｗｉｅ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４７：１３０６−１３１０ （１９９０）であるとわかる。
【００４２】
異なるホスファターゼ・ペプチドは、完全に機能的でありえるか、一つ以上の活動（例えば基質を結びつける能力、基質を脱リン酸化する能力、合図することを調整する能力、その他）において、機能が不足することができる。完全に機能変形は、概して保守的なバリエーションだけまたは非重要な残留物の中のまたは非棄却域での変化だけを含む。図２は、タンパク質分析の結果を提供して、重要な領域／部位を確認するのに用いられることができる。機能変形は、また、変化に終わらない類似したアミノ酸の置換または機能の微々たる変化を含むことができる。あるいは、そのような代用は、ある程度に明らかにまたは否定的に機能に影響を及ぼすかもしれない。
【００４３】
機能しない変形は、概して一つ以上の非保守的なアミノ酸代用、削除、挿入、倒置または打ちきり、あるいは、代用、挿入、倒置または重要な残りまたは棄却域での削除を含む。
機能にとって不可欠であるアミノ酸は当該分野（例えばサイトに誘導された突然変異生成またはアラニン−スキャン突然変異生成（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：１０８１−１０８５ （１９８９））において知られている方法によって確認されることができる。そして、特に図２で提供される結果を使う。後の手順は、分子においてあらゆる残りで一つのアラニン突然変異を紹介する。結果として生じる変異体分子は、それからホスファターゼ活動のような生物学的活動のためにまたは試験管内の増殖的な活動のような分析評価においてテストされる。結合しているパートナー／基質がまた、あることがありえることを結びつけるために重要であるサイトは、結晶化のような構造上の分析、核磁気共鳴またはｐｈｏｔｏａｆｆｉｎｉｔｙによってラベルをつけることを決定した（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉｏｌ． ２２４：８９９−９０４ （１９９２）。
【００４４】
そのような断片から成って、成るタンパク質とペプチドに加えて、本発明はさらにホスファターゼ・ペプチドの断片を提供する。そして、残りを含んでいる特にそれらが図２で確認される。しかし、発明が付随する断片は、本発明の前に公的に明らかにされるかもしれない断片を含むこととして解釈されることになっていない。
【００４５】
ここで使われるように、断片はホスファターゼ・ペプチドから少なくとも８、１０、１２、１４、１６またはより隣接するアミノ酸残基から成る。そのような断片はホスファターゼ・ペプチドの生物学的活動の一つ以上を保持する能力に基づいて選ばれることができるか、機能を実行する能力のために選ばれることができた例えば、免疫原として基質または行為を結びつける。特に重要な断片は、生物学上活発な断片（たとえばあるペプチド）である、長さでのおよそ８つ以上のアミノ酸。そのような断片は、概してホスファターゼ・ペプチド（例えば活性部位、膜内外領域または基質結合領域）の領域またはモティーフから成る。さらに、断片が含む、制限される可能性はそうする。そして、断片、一体化するペプチド断片と断片を含んでいる領域またはモティーフが免疫原性構造を含む。
【００４６】
予測された領域と機能サイトは、すぐに有名なコンピュータープログラムによって定義可能ですぐに当該分野（例えばＰＲＯＳＩＴＥ分析）の技術のそれらが利用できる。そのような分析の結果は、図２で提供される。
ポリペプチドは、しばしば２０の自然に発生しているアミノ酸と、一般に呼ばれる２０のアミノ酸以外のアミノ酸を含む。終端のアミノ酸を含んで、更なる、多くのアミノ酸は、自然の過程（例えば処理と他の翻訳後の修正）までにまたは当該分野において有名な化学の修正テクニックによって修正されるかもしれない。自然にホスファターゼ・ペプチドで起こる一般の修正は基本的テキスト、詳細なモノグラフと調査文学で記述される、そして、彼らは当該分野（これらの特徴の一部は、図２で確認される）の技術のそれらに有名である。
【００４７】
既知の修正は（アセチル化）ａｃｙｌａｔｉｏｎ、ＡＤＰ−ｒｉｂｏｓｙｌａｔｉｏｎ、ａｍｉｄａｔｉｏｎ、フラビンの共有結合付属品、ヘム半分の共有結合付属品、ヌクレオチドまたは派生的なヌクレオチドの共有結合付属品、脂質の共有結合付属品または、クロスリンクして、ｐｈｏｓｐｈｏｔｉｄｙｌｉｎｏｓｉｔｏｌの脂質派生的な、共有結合付属品環化、二硫化物結合形成、ｄｅｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ、共有結合クロスリンクの形成、シスチンの形成、形成のｐｙｒｏｇｌｕｔａｍａｔｅする（ｆｏｒｍｙｌａｔｉｏｎ）ガンマ・カルボキシル化、グリコシル化、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル化、ｉｏｄｉｎａｔｉｏｎ、メチル化、ｍｙｒｉｓｔｏｙｌａｔｉｏｎ、酸化、タンパク質分解処理、リン酸化、ｐｒｅｎｙｌａｔｉｏｎ、ラセミ化、ｓｅｌｅｎｏｙｌａｔｉｏｎ、硫酸化、移動−ＲＮＡ調整されたａｒｇｉｎｙｌａｔｉｏｎのようなタンパク質へのアミノ酸の追加、そして、ｕｂｉｑｕｉｔｉｎａｔｉｏｎを含むが制限はされない。
【００４８】
そのような修正は、当該分野の技術のそれらに有名で、科学的な文学において大きい詳細において記述された。特に一般のいくつかの修正、グリコシル化、脂質配属、硫酸化、グルタミン酸残りのガンマ−カルボキシル化、ヒドロキシル化と、たとえば、ＡＤＰ−ｒｉｂｏｓｙｌａｔｉｏｎは（例えばタンパク質ｓ）、大部分の基本的テキストＰｒｏｔｅｉｎｓ − Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ， ２ｎｄ Ｅｄ．， Ｔ．Ｅ． Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ， Ｗ． Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ （１９９３）に記述されてある。多くの詳細な批評は、例えばＷｏｌｄ， Ｆ．， Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｖａｌｅｎｔ Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ， Ｂ．Ｃ． Ｊｏｈｎｓｏｎ， Ｅｄ．， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １−１２ （１９８３）； Ｓｅｉｆｔｅｒ ｅｔ ａｌ． （Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ． １８２： ６２６−６４６ （１９９０）） ａｎｄ Ｒａｔｔａｎ ｅｔ ａｌ． （Ａｎｎ． Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ６６３：４８−６２ （１９９２））Ｐｒｏｔｅｉｎｓ − Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ， ２ｎｄ Ｅｄ．， Ｔ．Ｅ． Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ， Ｗ． Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ （１９９３）によってこの主題で利用可能である； Ｓｅｉｆｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ． １８２： ６２６−６４６ （１９９０））、そして、Ｒａｔｔａｎ ｅｔ ａｌ． （Ａｎｎ． Ｎ．Ｙ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ６６３：４８−６２ （１９９２））。
【００４９】
したがって、本発明のホスファターゼ・ペプチドも派生物を含む、あるいは、成熟したホスファターゼ・ペプチドがもう一つの合成物（例えばホスファターゼ・ペプチドの半減期を増やす合成物）で溶かされて、どちらであるか、あるいは、付加的なアミノ酸がどれでリーダーまたは分泌腺のような成熟したホスファターゼ・ペプチドに一体化されるか、代えられたアミノ酸残基が遺伝暗号によってコード化されるものでない、置換分として働くグループがあるアナログは成熟したホスファターゼ・ペプチドまたはプロ・タンパク質シーケンスの精製のために、シーケンスまたはシーケンスを含んだ。
【００５０】
タンパク質／ペプチド 使用ｓ
本発明のタンパク質／ペプチドの使用例が、図に示される機能情報に関連した相当で特定の分析評価において使われる；抗体を上げるか、もう一つの免疫反応を引き出すこと；分析法の中の試薬（ラベルをつけられた試薬を含むこと）が生物学的流体において量的にタンパク質（またはその結合するパートナーまたはリガンド）のレベルを決定するために設計したので；そして、対応するタンパク質が優先して表される（構成的にまたは組織分化または発展のまたは病気での特定のステージで州の）組織のための目印として。タンパク質が結合するか、もう一つのタンパク質またはリガンド（例えば（たとえば）ホスファターゼ−ｅｆｆｅｃｔｏｒタンパク質相互作用またはホスファターゼ−ｌｉｇａｎｄ相互作用の中の）に潜在的に結合する所で、タンパク質は結合する相互作用の抑制剤を確認するためにシステムを開発するために結合するパートナー／リガンドを確認するのに用いられることができる。何でもまたはこれらの使用の全ては、商品として商業化のために試薬等級またはキット・形態へ発達することができる。
【００５１】
上でリストされる使用を実行する方法は、当該分野に熟練したそれらに有名である。そのような方法を明らかにしているリファレンスは、含む「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ」２ｄ ｅｄ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ．， Ｅ． Ｆ． Ｆｒｉｔｓｃｈ ａｎｄ Ｔ． Ｍａｎｉａｔｉｓ ｅｄｓ．，、そして、「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ： Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｂｅｒｇｅｒ， Ｓ． Ｌ． ａｎｄ Ａ． Ｒ． Ｋｉｍｍｅｌ ｅｄｓ．， １９８７。
【００５２】
本発明のペプチドの潜在的な使用は、主に種／タンパク質の作用と同様にタンパク質の源に基づく。たとえば、人間と彼らの人間の／哺乳類のオルトログｓから分離されるホスファターゼは、特に細胞の中の生物学的であるか病理学的反応またはホスファターゼを表す組織を調整することでの哺乳類の治療的なアプリケーション（例えば人間の薬）のために、試薬の身元を確認することの目標として用いられる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のホスファターゼ・タンパク質のスプライス形１が人間のすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型は、胎児の脳において発現する。具体的には、仮想北のしみは、すい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫と卵巣腫瘍組織の発現を示す。
【００５３】
それに加えて、パネルを隠しているＰＣＲに基づく組織は、脳（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺での発現を示す。ホスファターゼ・タンパク質（ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ亜族（発明の背景を見る）の特にメンバー）の活動を調整する医薬試薬の大きいパーセンテージは、開発されてある。特に図１で提供される発現情報と結合して、Ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄで提供される構造上で機能情報と図は特定で相当な使用を本発明の分子のために用意する。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。そのような使用はここで提供される情報を使って、すぐに決定されることができる。そして、あるそれが当該分野とルーチン実験で知られている。
【００５４】
本発明（本発明の前に明らかにされたかもしれない変形と断片を含むこと）のタンパク質は、ＭＡＰキナーゼ・ホスファターゼ亜族のメンバーと関連があるホスファターゼに関連した生物学的分析評価に役立つ。そのような分析評価は、既知のホスファターゼ機能または活動の何でもまたは診断と、特にホスファターゼを表す細胞と組織において、本発明の一つが属しているホスファターゼの亜族に特有であるホスファターゼに関連した状況の治療に役立つ資産を含む。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のホスファターゼ・タンパク質のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。具体的には、仮想北のしみは、すい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫と卵巣腫瘍組織の発現を示す。それに加えて、パネルを隠しているＰＣＲに基づく組織は、脳の発現を示す（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。
【００５５】
本発明のタンパク質は、また、細胞ベースであるか細胞のないシステムでは、分析評価を隠している薬に役立つ。細胞ベースのシステムは、生検としての土地の人（すなわち通常ホスファターゼを表す細胞）でありえるか、細胞培養において広がった。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。交互の具体例で、細胞ベースの分析法は、ホスファターゼ・タンパク質を表している組み換え宿主細胞を含む。
【００５６】
ポリペプチドは、その自然の州でのタンパク質または特異的疾患を引き起こす変えられた形式のホスファターゼ活動またはホスファターゼと関連する病理学を調整する合成物を確認するのに用いられることができる。本発明と適切な変形のホスファターゼと断片が、ホスファターゼに結合する能力のために、候補合成物を分析するために高いスループット・スクリーンにおいて使われることができる。これらの合成物は、ホスファターゼ活動に関して合成物の影響を決定するために機能ホスファターゼに対してさらにふるいにかけられることができる。
【００５７】
さらに、これらの合成物は、活動／効果を決定するために動物であるか背骨のないシステムにおいてテストされることができる。合成物は確認されることができる。そして、それは起動させる（作動筋）か、ホスファターゼを機能させない（敵対者）要求された程度。さらに、本発明のタンパク質は、ホスファターゼ・タンパク質の間で刺激するか、相互作用を禁ずる能力と通常ホスファターゼ・タンパク質（例えば基質またはホスファターゼ・タンパク質が通常相互に作用する（たとえばもう一つのホスファターゼ）信号の経路の構成要素）と相互に作用する分子のために合成物をふるいにかけるのに用いられることができる。そのような分析評価は、概して、目標分子と相互に作用するために、ホスファターゼ・タンパク質を許す状況または断片の下でホスファターゼ・タンパク質を候補合成物と組み合わせるステップを含む、そして、タンパク質と目標の間の複合体の形成見つける‖またはホスファターゼ・タンパク質と、信号形質導入（例えばタンパク質リン酸化、サイクリックアデニル酸取引高とａｄｅｎｙｌａｔｅなシクラーゼ起動、その他）の関連する影響の何のようなでも、目標に対する相互作用の生化学結果見つける‖
【００５８】
たとえば、候補合成物は、１）を含む）ランダムなペプチドライブラリーのＩｇ尾のある融合ペプチドとメンバーを含む可溶性ペプチドのようなペプチド（例えば、Ｌａｍ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３５４：８２−８４ （１９９１）； Ｈｏｕｇｈｔｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３５４：８４−８６ （１９９１）参照）、そして、Ｄ−でできている組合せの化学から派生した分子のライブラリーやＬ−構成アミノ酸、２）ｐｈｏｓｐｈｏペプチド（例えば、偶然と部分的に退化したもの（誘導されたｐｈｏｓｐｈｏペプチドライブラリー）のメンバー（Ｓｏｎｇｙａｎｇ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ ７２：７６７−７７８ （１９９３）参照）、３）抗体（例えばＦａｂ、Ｆ（ａｂ´）２、Ｆａｂ発現ライブラリー断片と抗体のエピトープ−結合断片と同様に多クローン性で、単クローンで、人間らしくされて、反イディオタイプで、仮想的でシングルの鎖抗体）；そして、４）小さい有機質で非有機的な分子（例えば組合せのおよび天産物ライブラリーから得られる分子）。
【００５９】
１つの候補合成物は、結合している基質を争うレセプターの溶ける断片である。他の候補合成物は、変異体ホスファターゼを含んで、ホスファターゼ機能に影響を及ぼす突然変異を含んでいる断片をあてて、このように基質を争う。したがって、より高い類似性による例または基質を結びつけるが、リリースを許さない断片のために、基質を争う断片は、発明に取り囲まれている。
【００６０】
発明は、ホスファターゼ活動を調整する（刺激するか、禁ずる）合成物を確認するために他の末端分析評価を更に含む。ホスファターゼ活動を示す信号の形質導入経路で、分析評価は概してイベントの分析評価を必要とする。このように、基質の脱リン酸化、タンパク質の起動、ｕｐ−であるか、応えて刺激に対する反応が弱まった遺伝子の発現の変化、依存しているホスファターゼ・タンパク質は、滝が分析されることができると合図する。
【００６１】
ホスファターゼによって調整される生物学的であるか生化学機能の何でも、エンドポイント分析評価として使われることができる。これらは、これらのエンドポイント分析評価目標のためにリファレンスによってここで引用されるリファレンスに取り入れられて、ここで記述される生化学ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ／ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌイベントの全てを含む、そして、当該分野またはそれの普通の技術のそれらに知られている他の機能は図（特に図２）に示される情報を使って、すぐに確認されることができる。具体的には、細胞の生物学的機能またはホスファターゼを表す組織は、分析されることができる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のホスファターゼ・タンパク質のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。具体的には、仮想北のしみは、すい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫と卵巣腫瘍組織の発現を示す。それに加えて、パネルを隠しているＰＣＲに基づく組織は、脳の発現を示す（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。
【００６２】
合成物を結びつけておよび／または起動させることはまた、仮想的なホスファターゼ・タンパク質を用いて中で隠されることができる、そしてそれはアミンの末期の細胞外領域またはその部分（７つの膜内外部分であるか少しも細胞内であるか細胞外ループの何のようなでも全ての膜内外領域または小区域）、そして、カルボキシ、ターミナルの細胞内領域またはその部品は非相同的な領域または小区域と取り替えられることができる。たとえば、異なる基質と相互に作用する基質結合部位が使われることができる、そして、あるそれは天然のホスファターゼによって誓約書を出した。したがって、信号の形質導入構成要素の異なる集合は、起動の末端検査法として使われる。これは、分析評価がホスファターゼが誘導される特定の宿主細胞以外の中で実行されるのを許す。
【００６３】
本発明のタンパク質は、また、設計される方法において分析評価にホスファターゼ（例えば結合するパートナーやリガンド）と相互に作用する合成物を発見する義務を負わせている競争に役立つ。このように、合成物を結合するか、さもなければポリペプチドと相互に作用させる状況の下で、合成物はホスファターゼ・ポリペプチドにさらされる。可溶性ホスファターゼ・ポリペプチドは、また、混合に加えられる。テスト合成物が可溶性ホスファターゼ・ポリペプチドと相互に作用するならば、それはホスファターゼ目標から形成される複合体の量または活動を減少させる。この種の分析評価は、特にホスファターゼの特定の部位と相互に作用する合成物が捜される事例に役立つ。このように、目標ホスファターゼ部位と争う可溶性ポリペプチドは、重要な部位と一致しているペプチド・シーケンスを含むようになっている。
【００６４】
それが時々固定する好ましいものでもあって、無料の薬上映が分析する細胞を実行するためにホスファターゼ・タンパク質または断片、あるいは、オートメーションを適応させるために分析評価であるのと、同じくらいよく、タンパク質の一方または両方のｕｎｃｏｍｐｌｅｘｅｄされた種類から、複合体の分離を容易にするその目標分子。
【００６５】
マトリックスでタンパク質を固定することのテクニックが、分析評価を隠している薬において使われることができる。１つの具体例で、タンパク質をマトリックスに束縛されさせる領域を加える融合タンパク質は、提供されることができる。たとえば、グルタチオン−Ｓ転移酵素融合タンパク質はグルタチオンｓｅｐｈａｒｏｓｅビーズ（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ， Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ， ＭＯ）の上へ吸着されることができる、あるいは、グルタチオンはｍｉｃｒｏｔｉｔｒｅプレート（それはそれから一体化物（例えば、３５Ｓ−ｌａｂｅｌｅｄされた）と候補が混ぜ合わせる細胞と組み合わせられる）をｄｅｒｉｖａｔｉｚｅｄした、そして、混合は複雑な形成（例えば、塩とｐＨの生理的条件で）に貢献する状況の下で卵を抱いた。インキュベーションの後で、ビーズはどんな束縛を解かれたラベルでも削除するために洗われる、そして、固定されるマトリックスと複合体の後、上澄みでか直接決定される識別用放射性同位元素は解離される。あるいは、複合体はマトリックスから解離されることができる。そして、標準のｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｉｃなテクニックを使用しているゲルから量をはかられるビーズ分数において見つかるホスファターゼ−結合タンパク質のＳＤＳ−ＰＡＧＥとレベルで切り離される。たとえば、ポリペプチドかその目標分子は、ビオチンの活用とテクニックを当該分野において有名に扱っているｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎを利用して固定されることができる。あるいは、どちらがその目標分子にタンパク質の結合することを妨げないか、タンパク質で反動的な抗体がプレートの源にｄｅｒｉｖａｔｉｚｅｄされることができる、そして、タンパク質は抗体活用によって井戸でトラップをとりつけた。ホスファターゼ−結合タンパク質と候補合成物の準備は井戸をタンパク質−ｐｒｅｓｅｎｔｉｎｇしているホスファターゼにおいて暖められる、そして、井戸で閉じ込められる複合体の量は量をはかられることができる。ＧＳＴ−固定された複合体のためのそれらの記述された上記に加えて、そのような複合体を見つける方法は抗体をホスファターゼ・タンパク質目標分子で反動的に扱っている複合体のｉｍｍｕｎｏｄｅｔｅｃｔｉｏｎを含む、あるいは、ホスファターゼ・タンパク質で反動的で、目標分子（目標分子と関連する酵素の活動を見つけることに頼る酵素にリンクされた分析評価と同様に）と争う。
【００６６】
本発明のホスファターゼのうちの１つを調整する試薬は、単独であるいは、組合せで、上記の分析評価のうちの１つ以上を使って身元を確認されることができる。一般に最初に細胞−ベースの細胞無料のシステムを使用して、それから動物または他のモデル・システムにおいて活動を確かめることが、好ましい。そのようなモデル・システムは、当該分野において有名で、この文脈において、すぐに使用されることができる。
【００６７】
分析評価を隠しているこれらの薬によって確認されるホスファターゼ・タンパク質活動のモジュレータは、ホスファターゼを表す細胞または組織を扱うことによって、キナーゼ経路のそばで調整される障害で、主題を扱うのに用いられることができる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。処置のこれらの方法はそのような処置を必要とする主題に、製薬構成でホスファターゼ活動のモジュレータを管理するステップを含む。そして、ここで述べられるように、モジュレータが確認される。
【００６８】
発明のまだもう一つの面には、ホスファターゼ・タンパク質が２−ハイブリッド分析評価または３−ハイブリッド分析評価において「餌タンパク質」として使われることができること（例えば、Ｕ．Ｓ． Ｐａｔｅｎｔ Ｎｏ． ５，２８３，３１７； Ｚｅｒｖｏｓ ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ｃｅｌｌ ７２：２２３−２３２； Ｍａｄｕｒａ ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２６８：１２０４６−１２０５４； Ｂａｒｔｅｌ ｅｔ ａｌ． （１９９３）　Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １４：９２０−９２４； Ｉｗａｂｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ． （１９９３） Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ８：１６９３−１６９６； ａｎｄ Ｂｒｅｎｔ ＷＯ９４／１０３００参照）、結合して、ホスファターゼを相互に作用して、ホスファターゼ活動に関係している他のタンパク質を確認するために）。そのようなホスファターゼ−結合タンパク質は、また、たとえば、キナーゼによって媒介される合図している経路の要素として、ホスファターゼ・タンパク質またはホスファターゼ目標によって信号の普及に下流に関係していそうである。あるいは、そのようなホスファターゼ−結合タンパク質は、ホスファターゼ抑制剤でありそうである。
【００６９】
２−ハイブリッド・システムは大部分の転写要因のモジュール式の性質に基づく。そして、それは分離できるＤＮＡ結合するおよび起動領域から成る。手短に言うと、分析評価は２つの異なるＤＮＡ構成概念を利用する。１つの構成概念において、それがホスファターゼ・タンパク質のためにコード化する遺伝子は、既知の転写要因（例えばＧＡＬ−４）の領域を結びつけているＤＮＡをコード化している遺伝子に一体化される。ＤＮＡシーケンスのライブラリーからの他の構造物（ＤＮＡシーケンス）の中の、それが未確認のタンパク質（「餌食」または「サンプル」）をコード化すること既知の転写の起動領域のためのコードが因数に分解する遺伝子に溶かす。「餌」と「餌食」タンパク質が相互に作用することができるならば、生体内に、ホスファターゼに依存する複合体を形成して、転写要因のＤＮＡ結合するおよび起動領域は近い近接に持ってこられる。この近接は、ｏｐｅｒａｂｌｙに転写要因に反応する転写規定するサイトにリンクされるリポーター遺伝子（例えばＬａｃＺ）の転写を許す。リポーター遺伝子の発現は見つけられることができる、そして、機能転写要因を含んでいる細胞植民地は孤立することができて、ホスファターゼ・タンパク質と相互に作用するタンパク質をコード化するクローンをつくられた遺伝子を得るのに用いられることができる。
【００７０】
この発明は、さらに上記の審査分析評価によって身元を確認される新しい試薬に付随する。したがって、適当な動物のモデルでここで述べられるように、さらに身元を確認される試薬を使用することは、この発明の範囲内である。たとえば、ここで記述され（例えばホスファターゼ−ｍｏｄｕｌａｔｉｎｇしている試薬、アンチセンスのホスファターゼ核酸分子、ホスファターゼに特有の抗体またはホスファターゼ−結合パートナー）て、同じになられる試薬が、そのような試薬と有効性を決定する動物であるか他のモデル、毒性または処置の副作用において使われることができる。あるいは、ここで記述されて、同じになられる試薬が、そのような試薬の働きのメカニズムを決定するために動物または他のモデルで使われることができる。さらに、ここで述べられるように、この発明は処置の上記の審査検査法によって身元を確認される新しい試薬の利用に付随する。
【００７１】
本発明のホスファターゼ・タンパク質はまた、目標を病気を診断するために提供するために役に立つ、あるいは、病気に対する素因はペプチドによって調整した。したがって、発明は存在またはレベルを見つけることのための方法（細胞の中のタンパク質（またはｍＲＮＡをコード化すること））に組織または有機体を提供する。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。方法は、相互作用があることがありえるようなものは見つけたホスファターゼ・タンパク質と相互に作用することができる合成物で生物学的サンプルに連絡することを含む。そのような分析評価は、一つの発見形態または複数の発見形態（例えば抗体チップ配列）で提供されることができる。
【００７２】
サンプルでタンパク質を見つけるための１つの薬品は、タンパク質に選択的に結合することができる抗体である。生物学的サンプルは、主題の範囲内で組織、細胞と流体プレゼントと同様に組織（主題から分離される細胞と生物学的流体）を含む。
【００７３】
異なるペプチドを持っている患者、特に活動と現在のものがふさわしいタンパク質のファミリーの他のメンバーに知られている状況には、本発明のペプチドも、活発なタンパク質活動を診断することの目標、病気または病気に対する素因を提供する。このように、ペプチドは生物学的サンプルから分離されることができて、異常なペプチドに終わる遺伝子突然変異の存在のために分析されることができる。これは、アミノ酸代用、削除、挿入（再配置）（異常な継いでいるイベントの結果として）を含む、そして、不適当な翻訳後の修正。分析的方法は変えられたｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｉｃな機動性（変えられたｔｒｙｐｔｉｃなペプチド・概要）を含む。そして、タンパク質に突然変異を認めて、細胞ベースであるか細胞のない分析法、基質または抗体−結合パターンでの変更、変えられた等電点、直接のアミノ酸性の配列と役に立つ既知の分析評価テクニックの他のものでホスファターゼ活動を変えられる。そのような分析評価は、一つの発見形態または複数の発見形態（例えば抗体チップ配列）で提供されることができる。
【００７４】
ペプチドの探知の試験管内のテクニックは酵素結ばれた免疫吸着剤分析評価（ＥＬＩＳＡｓ）を含む。そして、西洋のしみ、免疫沈降と免疫蛍光検査法が発見試薬（例えば試薬を結びつけている抗体またはタンパク質）を使う。あるいは、ペプチドは生体内にラベルをつけられた反ペプチド抗体を主題にもたらすことによる主題または他の種類の発見試薬に認められることができる。抗体が放射性の目印でラベルをつけられることができて、たとえば、被験者の中の存在と場所は、標準のイメージング・テクニックによって見つけられて、誰のものでありえる。主語で表されるペプチドの対立変種を見つける方法とサンプルでペプチドの断片を見つける方法は、特に役に立つ。
【００７５】
ペプチドは、また、ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃな分析に役立つ。Ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓは、影響を受ける人において変えられた薬性質と異常な行動のために薬に対するレスポンスにおける臨床的に重要な遺伝変化を扱う。例えばＥｉｃｈｅｌｂａｕｍ， Ｍ． （Ｃｌｉｎ． Ｅｘｐ． Ｐｈａｒｍａｃｏｌ． Ｐｈｙｓｉｏｌ． ２３（１０−１１）：９８３−９８５ （１９９６））， Ｌｉｎｄｅｒ， Ｍ．Ｗ． （Ｃｌｉｎ． Ｃｈｅｍ． ４３（２）：２５４−２６６ （１９９７））参照。これらのバリエーションの臨床結果は、代謝における個々の変化の結果として特定の個人において特定の個人の中の治療的な薬の厳しい毒性または薬の治療的な失敗に終わる。このように、個人の遺伝子型は、治療的な合成物が体または体が合成物を新陳代謝させる方法に従って行動する方法を決定することができる。さらに、酵素を新陳代謝させている薬の活動は、強度と薬アクションの継続をもたらす。このように、個人のｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃｓは、個人の遺伝子型に基づく予防であるか治療的な処置のために、効果的合成物の選択とそのような合成物の効果的投薬を許す。酵素を新陳代謝させている若干の薬の中の遺伝子の多形性の発見は、一部の患者が期待される薬効果を得ないか、誇張された薬効果を示さないか、標準の薬投薬から重大な毒性を経験しない理由を説明した。多形性は、広範囲なｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒの発現型と貧しいｍｅｔａｂｏｌｉｚｅｒの発現型で表されることができる。したがって、遺伝子の多形性は、１人の住民の中のホスファターゼ機能のうちの１つ以上がもう一人の住民においてそれらと異なるホスファターゼ・タンパク質の対立なタンパク質変形に至るかもしれない。ペプチドは、このように目標を処置様相に影響を及ぼすことができる遺伝子の傾向を確かめさせる。このように、リガンドに基づく処置において、多形性は基質結合とホスファターゼ起動において多少活発であるアミンのターミナルの細胞外領域や他の基質結合部位を引き起こすかもしれない。したがって、基質投薬は、多形性を含んでいる与えられた人口の範囲内で、治療的な影響を最大にするために必然的に修正される。ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇすることに代わるものとして、特定の多形態のペプチドは、確認されることができた。
【００７６】
ペプチドは、また、不在によって特徴づけられる障害を治療することに役立つか、不適当であるか不必要なタンパク質の発現である。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。したがって、処置のための方法は、ホスファターゼ・タンパク質または断片の使用を含む。
【００７７】
Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ
本発明は、本発明のペプチド、そのようなペプチドを含んでいるタンパク質、それらの変形と断片に、選択的に結合する抗体を提供する。ここで使われるように、それが目標ペプチドを結びつけて、無関係なタンパク質にかなり縛らないとき、抗体は選択的に目標ペプチドを結びつける。そのようなタンパク質が断片による相同性または抗体のペプチド標的の領域を共有する限り、たとえ目標ペプチドでかなり相応しない他のタンパク質に、それも結合するとしても、抗体は選択的にペプチドを結びつけるとさらに考えられる。この場合、ペプチドに結合している抗体が交差反応性のある程度にもかかわらずさらに選択的であると思われる。
【００７８】
ここで使われるように、抗体は当該分野の範囲内で認められるそれと一致している語で定義される：彼らは、抗原挑戦に応じて哺乳類の有機体によって生産されるマルチ・サブユニット・タンパク質である。本発明の抗体はＦａｂまたはＦ（ａｂ´）２を含むがこれに限らず多クローン性抗体と単クローン性抗体（そのような抗体の断片と同様に）を含む、そして、Ｆｖはバラバラになる。
多くの方法は、与えられた目標ペプチドに対する抗体を生成しておよび／または確認することに知られている。そのような方法がＨａｒｌｏｗ， Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ， （１９８９）にいくつか記述されている。
【００７９】
一般に、抗体を生成するために、単離したペプチドが、免疫原として使われて、哺乳類の有機体（例えばネズミ、ウサギまたはマウス）に与えられる。全身のタンパク質、抗原性ペプチド断片または融合タンパク質が、使われることができる。特に重要な断片は、それらがタンパク質配置方法を使用して、すぐに確認されることができるそれらのような機能領域（例えば図２で確認される領域とファミリーの間のシーケンス相同性または分岐の領域）をカバーすることである、そして、図に示す。
【００８０】
抗体は、部位またはホスファターゼ・タンパク質の離散的な断片から望ましくは準備される。ここで述べられるように、抗体はペプチドのどんな部位からでも準備されることができる。しかし、好ましい部位は、機能／活動やホスファターゼ／結合パートナー相互作用に関係しているそれらを含む。シーケンス配置が節約されてユニークなシーケンス断片を確認するのに用いられることができる間、図２は特に重要な部位を確認するのに用いられることができる。
【００８１】
抗原性断片は、概して少なくとも８つの隣接するアミノ酸残基から成る。抗原性ペプチドは、しかし少なくとも１０の、１２の、１４の、１６の以上アミノ酸残基から成ることができる。そのような断片は物理的な資産の上で選ばれることができる。そして、断片は、例えば、タンパク質の表面にある部位と一致する親水性の部位、あるいは、シーケンス・ユニークさ（図２参照）に基づいて選ぶことができる。
【００８２】
本発明の抗体の発見は、抗体を見つけられる物質に結びつける（すなわち、身体的につながっている）ことによって容易にされることができる。見つけられる物質の例は、いろいろな酵素、補綴のグループ、蛍光性の材料、発光の材料、ｂｉｏｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔな材料と放射性物質を含む。適当な酵素の例は、セイヨウワサビ・ペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ｂ−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼを含む；適当な補綴のグループ複合体の例は、ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ／ビオチンとａｖｉｄｉｎ／ｂｉｏｔｉｎを含む；適当な蛍光性の材料の例は、ｕｍｂｅｌｌｉｆｅｒｏｎｅ、フルオレセイン、フルオレセイン・イソチオシアン酸塩、ローダミン、ｄｉｃｈｌｏｒｏｔｒｉａｚｉｎｙｌａｍｉｎｅフルオレセイン、ｄａｎｓｙｌ塩化物またはフィコエリトリンを含む；発光の材料の例は、ルミノールを含む；ｂｉｏｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔな材料の例は発光酵素、ルシフェリンとエクオリンを含む、そして、適当な放射性物質の例は１２５Ｉ、１３１Ｉ、３５Ｓまたは３Ｈを含む。
【００８３】
Ａｎｔｉｂｏｄｙ 使用ｓ
抗体が使われることができる抗体使用ｓは、標準のテクニック（例えば類似性クロマトグラフィまたは免疫沈降）によって、本発明のタンパク質のうちの１つを孤立させる。
【００８４】
抗体は、細胞からの自然のタンパク質の精製を容易にすることができて、組換え的に宿主細胞で表されるタンパク質を生産した。それに加えて、そのような抗体は、有機体のいろいろな組織の中で、そして、通常の発展のコースの上にタンパク質の発現のパターンを決定するために細胞または組織において本発明のタンパク質のうちの１つの存在を見つけるために役に立つ。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のホスファターゼ・タンパク質のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。具体的には、仮想北のしみは、すい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫と卵巣腫瘍組織の発現を示す。それに加えて、パネルを隠しているＰＣＲに基づく組織は、脳の発現を示す（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。さらに、そのような抗体は、多量と発現のパターンを評価するために、ｖｉｔｒｏで、ｓｉｔｕでまたは細胞一体化物または上澄みでタンパク質を認めるのに用いられることができる。また、そのような抗体は、発展または生物学的状態の進行の間、異常な組織配布または異常な発現を評価するのに用いられることができる。全長タンパク質の断片を回すことの抗体探知は、取引高を確認するのに用いられることができる。
【００８５】
さらに、抗体は病気の活発な段階に例えば病気州の発現を評価するのに用いられることができるか、個人において傾向で病気の方へタンパク質の機能に関連があった。障害が不適当な組織配布、発達上の発現、タンパク質の発現のレベルまたは表された／処理された形式に起因するとき、抗体は通常のタンパク質に対して準備されることができる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。障害がタンパク質において特定の突然変異によって特徴づけられるならば、この変異体タンパク質に固有な抗体が特定の変異体タンパク質の存在のために、分析評価に使われることができる。
【００８６】
抗体は、また、有機体のいろいろな組織において、細胞の通常で異常な亜細胞性の局地化を評価するのに用いられることができる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。遺伝子のテストだけでなくおいて処置様相をモニターする際にも、診断上の使用は、適用されることができる。
【００８７】
したがって、処置が最終的にあるところは発現レベルまたは異常なシーケンスと異常な組織配布の存在を修正することを目指した、あるいは、発達上の発現、タンパク質に向けられる抗体または関連した断片は治療的な有効性をモニターするのに用いられることができる。
その上、抗体はｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃな分析に役立つ。このように、多形態のタンパク質に対して準備される抗体は、修正された処置様相を必要とする個人の身元を確認するのに用いられることができる。抗体は、また、ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｉｃな機動性、等電点、ｔｒｙｐｔｉｃなペプチド・概要と当該分野においてそれらに知られている他の物理的な分析評価によって分析される異常なタンパク質のために、免疫学の目印として診断上のツールとして有効である。
【００８８】
抗体は、また、組織適合試験に役立つ。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。このように、特定のタンパク質が特定のティッシュの発現と相関していた所で、このタンパク質に特有である抗体は組織タイプを確認するのに用いられることができる。
【００８９】
抗体はまた、たとえば、タンパク質機能を禁ずることに役立つ。そして、基質のような結合するパートナーに、ホスファターゼ・ペプチドの結合を妨げる。処置がタンパク質の機能を禁ずることを含む治療的な前後関係において、これらの使用は、また、適用されることができる。たとえば、抗体が結合しているブロックに使われることができる。そして、このようにペプチド活動を調整する（苦しませるか、敵対している）。抗体は、機能のために必要なサイトを含んでいる特定の断片に対してまたは細胞または細胞膜と関係している無傷のタンパク質に対して準備されることができる。本発明のタンパク質に関して、構造上の情報については図２を参照。
【００９０】
発明も、生物学的サンプルでタンパク質の存在を見つけるために抗体を使うためにキットを含む。キットは、生物学的サンプルでタンパク質を見つけるためにラベルをつけられるかｌａｂｅｌａｂｌｅな抗体と合成物のような抗体または試薬から成ることができる；サンプルでタンパク質の量を決定するための手段；標準でサンプルでタンパク質の量を比較するための手段；そして、使用のための指示。そのようなキットは、一つのタンパク質またはエピトープを見つけるために供給されることができるか、抗体発見配列でエピトープの多数のうちの１つを見つけるために設定されることができる。配列はｎｕｌｅｉｃな酸性の配列のためにの下で詳述する、そして、類似した方法は抗体配列のために開発された。
【００９１】
本発明がさらに提供する核のＡｃｉｄ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓは、本発明（ｃＤＮＡ、転写とゲノム・シーケンス）のホスファターゼ・ペプチドまたはタンパク質をコード化する核酸分子を孤立させた。
【００９２】
Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ
そのような核酸分子は、本発明、その対立変種またはオルトログのホスファターゼ・ペプチドのうちの１つをコード化するヌクレオチド配列から成るか、本質的に成るか、成る、あるいは、そのパラログ。
【００９３】
ここで使われるように、「単離した」核酸分子は核酸の自然な源で、他の核酸プレゼントから切り離されるものである。望ましくは、「単離した」核酸は、当然核酸の側面に位置するシーケンスと縁がない（シーケンスが居住を定めて、すなわちで５』、そして、３』核酸の終わり）核酸が誘導される有機体のゲノムＤＮＡで。しかし、およそ５ＫＢ、４ＫＢ、３ＫＢ、２ＫＢまたは特に１ＫＢ以下までの例のために、側面を接している若干のヌクレオチド配列が、あることがありえる同じ遺伝子の範囲内でシーケンスをコード化しているシーケンスとペプチドをコード化している隣接するペプチド・ゲノム・シーケンスでイントロンによって分かれた。重要な点は核酸がそれが特定の操作を受けることができるようなものは組み換え発現、調査の準備と下塗りのようなここで記述した遠くて重要でない側面を接しているシーケンスから分離されるということである、そして、他はシーケンスを核酸に特有に扱う。
【００９４】
さらに、組み換えテクニックまたは化学前駆者または他化学製品によって生じられるとき、化学的に、総合されるとき、「単離した」核酸分子（例えば転写／ｃＤＮＡ分子）は他の細胞材料または文化媒体でかなり自由でありえる。しかし、核酸分子は、他のコーディングまたは規定するシーケンスに一体化されることができて、孤立してまだ考慮されることができる。
たとえば、ベクターに含まれる組み換えＤＮＡ分子は、孤立して考慮される。単離したＤＮＡ分子の更なる例は、非相同的な宿主細胞で維持される組み換えＤＮＡ分子を含むか、解決でＤＮＡ分子を精製した（部分的にまたはかなり）。単離したＲＮＡ分子は、本発明の単離したＤＮＡ分子の写しを活発であるか試験管内のＲＮＡで含む。本発明に従う単離した核酸分子は、合成的に生産されるそのような分子を更に含む。
【００９５】
したがって、本発明は、図１または３ ［ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１，４，６（ｃＤＮＡシーケンス）とＳＥＱは、ＮＯ：３（ゲノム・シーケンス）の身元を確認する］において示されるヌクレオチド配列から成る核酸分子または図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２，５，７）で提供されるタンパク質をコード化するどんな核酸分子でも提供する。ヌクレオチド配列が核酸分子の完全なヌクレオチド配列であるとき、核酸分子はヌクレオチド配列から成る。
【００９６】
本発明は、さらに本質的に図１または３ ［ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１，４，６（ｃＤＮＡシーケンス）とＳＥＱは、ＮＯ：３（ゲノム・シーケンス）の身元を確認する］において示されるヌクレオチド配列から成る核酸分子または図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２，５，７）で提供されるタンパク質をコード化するどんな核酸分子でも提供する。そのようなヌクレオチド配列が最終的な核酸分子においてほんの少しの更なる核酸残りだけで存在するとき、核酸分子は本質的にヌクレオチド配列から成る。
【００９７】
本発明は、さらに図１または３ ［ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１，４，６（ｃＤＮＡシーケンス）とＳＥＱは、ＮＯ：３（ゲノム・シーケンス）の身元を確認する］において示されるヌクレオチド配列から成る核酸分子または図２（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２，５，７）で提供されるタンパク質をコード化するどんな核酸分子でも提供する。ヌクレオチド配列が少なくとも核酸分子の最終的なヌクレオチド配列の部分であるとき、核酸分子はヌクレオチド配列から成る。そのようなやり方では、核酸分子は、ヌクレオチド配列だけであることができるか、更なる核酸残り（例えばそれまたは非相同的なヌクレオチド配列と自然に関係している核酸残り）を持つことができる。そのような核酸分子は更なる２、３のヌクレオチドを持つことができる、あるいは、缶は数百またはより更なるヌクレオチドから成る。いろいろな種類のこれらの核酸分子がすぐに作られることができて／孤立することができる方法の概要は、下で提供される。
【００９８】
図１と３において、コーディングと非コーディング・シーケンスは、提供される。本発明、人間ゲノム・シーケンス（図３）とｃＤＮＡ／転写・シーケンス（図１）の源のため、図の中の核酸分子はゲノムｉｎｔｒｏｎｉｃなシーケンス（５）を含む』、そして、３』非コーディング・シーケンス、遺伝子規定する部位、そして、非コーディングｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃなシーケンス。一般に、そのようなシーケンス機能は、図１と３において有名であるか、当該分野において知られている計算のツールを使用して、すぐに確認されることができる。
【００９９】
下で議論されるように、非コーディング部位（プロモーターのような特に遺伝子規定する要素）の一部はいろいろな目的（例えば非相同的な遺伝子発現の制御、合成物を調整している遺伝子活動を確認することの目標）に役立って、特にここで提供されるゲノム・シーケンスの断片として主張される。
【０１００】
単離した核酸分子は、成熟したペプチド（たとえば、成熟した形式が複数のペプチド・チェーンを持つとき）に、付加的なアミノであるかカルボキシル−ターミナル・アミノ酸またはアミノ酸内部をプラスして成熟したタンパク質をコード化することができる。そのようなシーケンスは、前駆者から成熟した形式へのタンパク質の処理で役割を果たすかもしれないか、取引しているタンパク質を促進するかもしれないか、長くするかもしれないか、タンパク質半減期を短くするかもしれないか、とりわけ、分析評価または生産のためにタンパク質の操作を容易にするかもしれない。一般に、原位置にケースであって、付加的なアミノ酸は細胞酵素によって成熟したタンパク質から離れて処理されるかもしれない。
【０１０１】
上で言及する、単離した核酸分子は、含む、しかし、制限する（単独でホスファターゼ・ペプチドをコード化しているシーケンス）成熟したペプチドをコード化しているシーケンス、そして、付加的なコーディング、更なる非コーディング・シーケンス（たとえばイントロンと非コーディング５）をプラスした更なるコーディング・シーケンスの有無にかかわらないリーダーまたは分泌腺シーケンス（例えば予めプロであるかプロのタンパク質シーケンス）（成熟したペプチドをコード化しているシーケンス）のような、シーケンス』、そして、３』例えば写されるシーケンス、しかし、転写、ｍＲＮＡ処理（継いでいるおよびポリアデニル化信号を含むこと）、結合しているリボソームとｍＲＮＡの安定性で役割を果たす非翻訳されたシーケンス。それに加えて、核酸分子は、目印シーケンス符号化（たとえば精製を容易にするペプチド）に一体化されるかもしれない。
【０１０２】
単離した核酸分子がＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）の形でまたは形式ＤＮＡの中にあることがありえる。そして、クローニングによって得られるか、化学の合成のテクニックによってまたはその組合せによって生じられるｃＤＮＡとゲノムＤＮＡを含む。核酸（特にＤＮＡ）は、二倍の要素をもつかシングルの要素をもつことがありえる。シングルの要素をもつ核酸は、コーディング岸（感覚岸）または非コーディング岸（アンチセンスの岸）でありえる。
【０１０３】
発明は、さらに上で記述される本発明のホスファターゼ・タンパク質の明らかな変形をコード化する核酸分子と同様に本発明のペプチドの断片をコード化する核酸分子を提供する。そのような核酸分子は、対立変種（同じ場所）、パラログｓ（異なる場所）とオルトログｓ（異なる有機体）のような、自然に発生しているかもしれないか、組み換えＤＮＡ方法によってまたは化学の統合によって造られるかもしれない。そのような非自然に発生している変形は、核酸分子、細胞または有機体に適用されるそれらを含む突然変異生成テクニックによって作られるかもしれない。したがって、上で示したように、変形はヌクレオチド代用、削除、倒置と挿入を含むことができる。バリエーションは、両方ともかどちらででも起こることができるコーディング、そして、非コーディング部位。バリエーションは、保守的で非保守的なアミノ酸代用を生じることができる。
【０１０４】
本発明は、さらに図１と３に示される核酸分子の非コーディング断片を提供する。断片が含む、制限される非コーディングがそうする、プロモーターが配列する、エンハンサーが配列する、シーケンスと遺伝子終了を調整している遺伝子が配列する優先株。そのような断片は、遺伝子−変調している試薬の身元を確認するために非相同的な遺伝子発現を制御する際に、そして、発展中のスクリーンにおいて役立つ。プロモーターは、すぐに５であることと確認されることができる』、図３で提供されるゲノム・シーケンスでのサイトは、ＡＴＧに始まる。
【０１０５】
断片は、１２以上のヌクレオチドより大きい隣接するヌクレオチド配列から成る。さらに、断片はそうすることができた長さでの少なくとも３０か、４０か、５０か、１００か、２５０か５００ヌクレオチド。断片の長さは、その意図された使用に基づく。たとえば、断片はペプチドの部位を運んでいるエピトープをコード化することができるか、ＤＮＡプローブと下塗りとして有効でありえる。そのような断片は、オリゴヌクレオチド調査を総合するために既知のヌクレオチド配列を使って孤立することができる。ラベルをつけられた調査は、それからコーディング部位と一致している核酸を孤立させるためにｃＤＮＡライブラリー、ゲノムＤＮＡライブラリーまたはｍＲＮＡを隠すのに用いられることができる。さらに、下塗りが遺伝子のクローン特定の部位に対するＰＣＲ反応において使われることができる。
【０１０６】
調査／下塗りは、かなり概して精製されたオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド・ペアから成る。オリゴヌクレオチドは、概しておよそ１２の、２０の、２５の、４０の、５０の以上連続的ヌクレオチドに、少なくとも厳しい状況の下で交雑するヌクレオチド配列の部位から成る。
【０１０７】
オルトログｓ、相同物と対立変種は、方法を当該分野において有名に扱って確認されることができる。ペプチド Ｓｅｃｔｉｏｎで記述されるように、これらの変形は概して６０−７０％であるか、７０−８０％であるか、８０−９０％であるか９０−９５％について概して少なくともより多くであるか図シートにおいて示されるヌクレオチド配列またはこのシーケンスの断片により相応するペプチドをコード化しているヌクレオチド配列から成る。そのような核酸分子は、すぐに、図シートにおいて示されるヌクレオチド配列またはシーケンスの断片にとって、穏やかにの下で厳しい状況に雑種を産むことができることと確認されることができる。対立変種は、コード化している遺伝子の遺伝子の場所のそばで、すぐに決定されることができる。本発明の新しいホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子は公共のＢＡＣ ＡＰ００１８８５に置かれる。そして、それは染色体１１（図３で示されるように）にマップされることを知られている。
【０１０８】
図３は、本発明のホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子において見つかったＳＮＰｓに関する情報を提供する。以下のＳＮＰｓは、確認された：Ｇ５７７Ａ、Ｇ１４５１ＡとＧ２６４１Ａ．Ｇ５７７ＡとＧ１４５１Ａは、非同義のコーディングＳＮＰｓである。これらのＳＮＰｓに起因するシーケンスが示されるアミノ酸の中の変化図３、そして、リファレンスとして図２で提供される一般的な遺伝暗号とタンパク質シーケンスを使って、すぐに決定することができる。Ｇ２６４１Ａは、３である』ＯＲＦの、そして、制御／規定する要素に影響を及ぼすかもしれない。
【０１０９】
ここで使われるように、語が「厳しい状況の下で雑種を産ん」で、概して互いに最少の相応する６０−７０％でペプチドをコード化しているヌクレオチド配列が互いに雑種を作られるままである交雑と洗濯の条件を記述するつもりである。
状況は、少なくとも利用できるか、少なくとも７０％についてまたは少なくとも利用できるかより互いに相応するそのようなそのシーケンスが概して８０％ ６０％互いに雑種を作られるままであるということでありえる。そのような厳しい状況は、当該分野に熟練したそれらに知られていて、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、ジョン・ワイリー、Ｎ．Ｙ．（１９８９）、６．３．１−６．３．６でＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓで見つかる。厳しい交雑状況の１つの例は、塩化物／４５Ｃころにクエン酸（ＳＳＣ）ナトリウムが０．２のＸ ＳＳＣ（５０−６５Ｃの０．１％の特別割引販売）で、一つ以上の洗浄によって続いた６Ｘナトリウムの中の交雑である。低い厳しさ交雑状況への穏健派の例は、当該分野において有名である。
【０１１０】
Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｎｏｌｅｃｕｌｅ 使用ｓ
本発明の核酸分子が役立つ使用ｓが徹底調査する核のＡｃｉｄ Ｍｏｌｅｃｕｌｅ、下塗り、そして、生物学的分析法では、化学中間体。核酸分子はメッセンジャーＲＮＡのために交雑調査として有効である。そして、転写／ｃＤＮＡと図２で記述されるペプチドをコード化している全身のｃＤＮＡとゲノム・クローンを孤立させて、同じであるか関連したペプチドを生産している変形（対立遺伝子、オルトログｓ、その他）と一致するｃＤＮＡとゲノム・クローンを孤立させるゲノムＤＮＡが図２で示される。図３で図示されるように、以下のＳＮＰバリエーションは確認された：Ｇ５７７Ａ、Ｇ１４５１ＡとＧ２６４１Ａ．
調査は、図に示される核酸分子の全ての長さに沿って、どんなシーケンスでもと一致することができる。したがって、それは５に由来することができた』部位、コーディング部位と３ ｎｏｎｃｏｄｉｎｇする』部位をｎｏｎｃｏｄｉｎｇする。しかし、議論されるように、断片は本発明の前に明らかにされる断片を含むこととして解釈されることになっていない。
【０１１１】
核酸分子は、また、核酸分子のどんな与えられた部位でも拡大するＰＣＲのための下塗りとして有効で、要求された長さとシーケンスのアンチセンスの分子を合成するために役に立つ。
核酸分子は、また、組み換えベクターを造ることに役立つ。ベクターが部分を表す発現ベクターを含むそれまたは全ての、ペプチド・シーケンス。ベクターも、挿入ベクター（遺伝子や遺伝子製品の元の位置の発現を変えるために、統合されてにもう一つの核酸分子シーケンスに例えば細胞ゲノムに使われる）を含む。たとえば、内部から発生するコーディング・シーケンスは、一つ以上の特に紹介された突然変異を含んでいるコーディング部位の全部または一部で、相応する組換えを通して取り替えられることができる。
【０１１２】
核酸分子は、また、タンパク質の抗原性部分を表すことに役立つ。
核酸分子は、また、原位置ハイブリッド形成方法によって核酸分子の染色体の位置を測定するために調査として有効である。本発明の新しいホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子は公共のＢＡＣ ＡＰ００１８８５に置かれる。そして、それは染色体１１（図３で示されるように）にマップされることを知られている。
核酸分子は、また、ベクターを本発明の核酸分子の遺伝子規定する部位を含んでいるようにすることに役立つ。
【０１１３】
核酸分子は、また、ここで記述される核酸分子から作り出されるｍＲＮＡの、全てまたは部分と一致しているｒｉｂｏｚｙｍｅｓを設計することに役立つ。
核酸分子は、また、ペプチドの、部分または全てを表すベクターを作ることに役立つ。
核酸分子は、また、核酸分子とペプチドの、部分または全てを表している宿主細胞を造ることに役立つ。
核酸分子は、また、核酸分子とペプチドの、全てまたは部分を表している遺伝子導入動物を造ることに役立つ。
【０１１４】
核酸分子は、また、存在を決定するための交雑調査、レベル、形式と核酸発現の配布として有効である。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のホスファターゼ・タンパク質のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。具体的には、仮想北のしみは、すい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫と卵巣腫瘍組織の発現を示す。それに加えて、パネルを隠しているＰＣＲに基づく組織は、脳の発現を示す（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。したがって、調査は存在を見つけるのに用いられることができるの、あるいは、レベルを決定するの（細胞の中の特定の核酸分子）、そして、有機体において、組織。レベルが決定される核酸は、ＤＮＡまたはＲＮＡでありえる。したがって、ここで記述されるペプチドと一致している調査は、所定の細胞、組織または有機体において発現や遺伝子転写番号を評価するのに用いられることができる。これらの使用は、増加を含んでいる障害の診断のために関連するか、通常の結果と比較してホスファターゼ・タンパク質発現で減少する。ｍＲＮＡの発見の試験管内のテクニックは、ノーザン交雑と原位置ハイブリッド形成を含む。見つけることのｖｉｔｒｏテクニックでは、ＤＮＡは米国南部の人交雑と原位置ハイブリッド形成を含む。
【０１１５】
調査が、細胞を確認するための診断上のテスト・キットまたはホスファターゼ・タンパク質を表す組織の一部として、例えば主題、ｍＲＮＡまたはゲノムＤＮＡからの細胞のサンプルでのホスファターゼ−符号化核酸のレベルを測定するか、ホスファターゼ遺伝子が変化したかどうか決定することによって使われることができる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のホスファターゼ・タンパク質のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。具体的には、仮想北のしみは、すい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫と卵巣腫瘍組織の発現を示す。それに加えて、パネルを隠しているＰＣＲに基づく組織は、脳の発現を示す（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。
【０１１６】
核酸発現分析評価は、ホスファターゼ核酸発現を調整する合成物を確認するために薬審査に役立つ。
発明は、このように方法をホスファターゼ遺伝子の核酸発現と関連する障害を治療するのに用いられることができる合成物、細胞でホスファターゼによって調整される特に生物学的で病理学的プロセスとそれを表す組織を確認するために提供する。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。方法は、概してホスファターゼ核酸の発現を調整する合成物の能力を分析して、このように望まれていないホスファターゼ核酸発現によって特徴づけられる障害を治療するのに用いられることができる合成物を確認することを含む。
【０１１７】
分析評価は、細胞ベースで細胞のないシステムにおいて実行されることができる。細胞ベースの分析法は、特定の核酸シーケンスを表すために遺伝子工学によるホスファターゼ核酸または組み換え細胞を自然に表している細胞を含む。
【０１１８】
ホスファターゼ核酸発現のための分析評価は、核酸濃度（例えばｍＲＮＡレベル）のまたは信号の経路に関係している副次的な合成物の直接の分析評価を必要とすることができる。さらに、ｕｐ−であるか、ホスファターゼ・タンパク質に反応した信号経路の刺激に対する反応を抑制した遺伝子の発現は、また、分析されることができる。この具体例で、これらの遺伝子の規定する部位は、ｏｐｅｒａｂｌｙに発光酵素のようなリポーター遺伝子に結ばれることができる。
【０１１９】
このように、合成物とｍＲＮＡの現れが決定した候補と、細胞が連絡される方法において、ホスファターゼ遺伝子発現のモジュレータは、確認されることができる。候補合成物の面前でホスファターゼｍＲＮＡの現れのレベルは、候補合成物がない場合、ホスファターゼｍＲＮＡの現れのレベルと比較してある。
候補合成物が、それからこの比較に基づく核酸発現のモジュレータと確認されることができて、たとえば異常な核酸発現によって特徴づけられる障害を治療するために、使われることができる。ｍＲＮＡの現れが統計学的に候補合成物の面前でその不在にはかなり大きいとき、候補合成物は核酸発現の刺激器と確認される。核酸発現が統計学的に候補合成物の面前でその不在にはかなり少ないとき、候補合成物は核酸発現の抑制剤と確認される。
【０１２０】
細胞のホスファターゼ核酸発現を調整するために遺伝子モジュレータとして薬審査を通して確認される合成物を使用して目標とホスファターゼを表す組織としての核酸で、発明はさらに処置の方法を提供する。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のホスファターゼ・タンパク質のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。具体的には、仮想北のしみは、すい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫と卵巣腫瘍組織の発現を示す。それに加えて、パネルを隠しているＰＣＲに基づく組織は、脳の発現を示す（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。変調は、両方の上に向かう正規である（すなわち起動またはａｇｏｎｉｚａｔｉｏｎ）か下の規則（抑制または対抗）または核酸発現を含む。
【０１２１】
あるいは、ホスファターゼ核酸発現のためのモジュレータは小さい分子でありえる、あるいは、薬または小さい分子が細胞のホスファターゼ核酸発現とタンパク質を表す組織を禁ずる限り、薬はここで記述される審査分析評価を使うことを確認した。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。
【０１２２】
核酸分子は、また、臨床試験でまたは処置養生法において発現の変調している合成物またはホスファターゼ遺伝子の活動の効果をモニターすることに役立つ。このように、特に患者が抵抗を開発することができる合成物で、遺伝子発現パターンは、合成物で処置の継続効果のためにバロメーターとして用いられることができる。遺伝子発現パターンは、また、合成物に影響を受ける細胞の生理的反応を示す目印として用いられることができる。したがって、そのようなモニタリングは、合成物の増加された管理か患者が抵抗するようにならなかった代わりの合成物の管理を許す。同じように、核酸発現のレベルが望ましいレベルの下で減少するならば、合成物の管理は同一基準で減少することができる。
【０１２３】
そして、特に病理学に至る質的な変化には、核酸分子は、また、ホスファターゼ核酸発現の質的な変化の診断上の検査法に役立つ。核酸分子は、ホスファターゼ遺伝子と遺伝子発現製品（例えばｍＲＮＡ）に突然変異を認めるのに用いられることができる。核酸分子は、そして、ホスファターゼ遺伝子に自然に発生している遺伝子突然変異を認めるためにそれによって交雑調査として突然変異による主題が突然変異に起因する障害の危険があるかどうか決定するのに用いられることができる。突然変異は削除（追加）を含む、あるいは、異常なメチル化のような倒置または転位（ゲノムＤＮＡの修正）のような遺伝子（染色体の再配置）の中の一つ以上のヌクレオチドの置換は遺伝子転写番号（例えば拡大）を作るか、変わる。病気がｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ｕｎｄｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）から生じるか、ホスファターゼ・タンパク質の発現を変えたとき、機能不全と関連するホスファターゼ遺伝子の変化する形の探知は進行中の病気のための診断上の道具または病気に対する感染性を提供する。
【０１２４】
ホスファターゼ遺伝子において突然変異をもたらしている個人は、いろいろなテクニックによって核の酸性のレベルで見つけられることができる。図３は、本発明のホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子において見つかったＳＮＰｓに関する情報を提供する。以下のＳＮＰｓは、確認された：Ｇ５７７Ａ、Ｇ１４５１ＡとＧ２６４１Ａ．Ｇ５７７ＡとＧ１４５１Ａは、非同義のコーディングＳＮＰｓである。これらのＳＮＰｓに起因するシーケンスが示されるアミノ酸の中の変化図３、そして、リファレンスとして図２で提供される一般的な遺伝暗号とタンパク質シーケンスを使って、すぐに決定することができる。Ｇ２６４１Ａは、３である』ＯＲＦの、そして、制御／規定する要素に影響を及ぼすかもしれない。本発明の新しいホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子は公共のＢＡＣ ＡＰ００１８８５に置かれる。そして、それは染色体１１（図３で示されるように）にマップされることを知られている。ゲノムＤＮＡは、直接分析されることができるか、分析の前にＰＣＲを用いて拡大されることができる。ＲＮＡまたはｃＤＮＡが、同様に使われることができる。若干の用途には、突然変異の探知がポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）（わかる（例えばアメリカＰａｔｅｎｔ数字４，６８３，１９５と４，６８３，２０２））、例えばアンカーＰＣＲまたはＲＡＣＥ ＰＣＲでまたは、代わりに、くくること連鎖反応（ＬＣＲ）において調査／下塗りの使用を必要とすること（例えば、Ｌａｎｄｅｇｒａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１：１０７７−１０８０ （１９８８）， Ｎａｋａｚａｗａ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ ９１：３６０−３６４ （１９９４）参照。）、どちらが特に遺伝子（Ａｂｒａｖａｙａ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２３：６７５−６８２ （１９９５）参照）に、点突発変異を認めることに役立つことがありえるか、後者。この方法は、忍耐強い、孤立させている核酸から、細胞のサンプルを集めるステップを含むことができる（例えばゲノム（ｍＲＮＡまたは両方とも）サンプルの細胞から）特に状況の下で遺伝子に交雑する一つ以上の下塗りによる核酸サンプルを連絡するそのようなその交雑、そして、遺伝子（存在するならば）の拡大起こる、そして、拡大製品の有無を見つけて、拡大製品の寸法を見つけて、長さを制御サンプルと比較すること。削除と挿入は、通常の遺伝子型と比較して拡大された製品の寸法の変化によって見つけられることができる。点突発変異は、通常のＲＮＡまたはアンチセンスのＤＮＡシーケンスに拡大されたＤＮＡの雑種を作ることによって確認されることができる。
【０１２５】
あるいは、たとえば、ホスファターゼ遺伝子の中の突然変異は、ゲル電気泳動によって決定される規制酵素消化パターンで、変更によって直接確認されることができる。
更なる、シーケンスに特有のｒｉｂｏｚｙｍｅｓ（米国特許第５，４９８，５３１号）は、発展による特定の突然変異またはｒｉｂｏｚｙｍｅ裂け目サイトの損失の存在のために得点するのに用いられることができる。完全にマッチされたシーケンスは、ヌクレアーゼ裂け目消化分析評価による組合せを誤られたシーケンスからまたは溶ける温度の違いによって特徴づけられることができる。
【０１２６】
特定の場所のシーケンス変化は、また、ＲＮａｓｅとＳ１保護または化学の裂け目方法のようなヌクレアーゼ保護分析評価によって評価されることができる。さらに、変異体ホスファターゼ遺伝子と野生のタイプ遺伝子のシーケンス違いは、直接のＤＮＡ配列によって決定されることができる。質量分析によって配列を含む診断上の分析評価（Ｎａｅｖｅ， Ｃ．Ｗ．， （１９９５） Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ １９：４４８）を実行するとき、いろいろなオートメーション化した配列手順は利用されることができる（例えば、ＰＣＴ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ． ＷＯ ９４／１６１０１； Ｃｏｈｅｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｄｖ． Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ． ３６：１２７−１６２ （１９９６）， ａｎｄ Ｇｒｉｆｆｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ａｐｐｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ． ３８：１４７−１５９ （１９９３）参照）。
【０１２７】
遺伝子に突然変異を認める他の方法は、裂け目試薬からの保護がＲＮＡ／ＲＮＡまたはＲＮＡ／ＤＮＡデュプレックス（Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２ （１９８５）， Ｃｏｔｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ ８５：４３９７ （１９８８）， Ｓａｌｅｅｂａ ｅｔ ａｌ．， Ｍｅｔｈ． Ｅｎｚｙｍｏｌ． ２１７：２８６−２９５ （１９９２））で組合せを誤られたベースを見つけるのに用いられる方法を含む、変異体と荒野のｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｉｃな機動性は入力する。そして、核酸は比較される（Ｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．， ＰＮＡＳ ８６：２７６６ （１９８９）； Ｃｏｔｔｏｎ ｅｔ ａｌ．， Ｍｕｔａｔ． Ｒｅｓ． ２８５：１２５−１４４ （１９９３）； ａｎｄ Ｈａｙａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅｔ． Ａｎａｌ． Ｔｅｃｈ． Ａｐｐｌ． ９：７３−７９ （１９９２））、そして、変性剤の勾配を含んでいるポリアクリルアミドゲルの中の変異体または野生のタイプ断片の動きは、勾配ゲル電気泳動（Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．， Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５ （１９８５））の特性を奪うことを使って分析される。点突発変異を見つけることの他のテクニックの例は、選択的なオリゴヌクレオチド交雑、選択的な拡大と選択的な下塗り拡張を含む。
【０１２８】
核酸分子は、また、必ずしも病気を引き起こすというわけではないことはそれにもかかわらず処置様相に影響を及ぼすその間個人を遺伝子型を見つけるため検査することに役立つ。このように、核酸分子は、個人の遺伝子型の関係と処置（ｐｈａｒｍａｃｏｇｅｎｏｍｉｃな関係）のために使われる合成物への個人の反応を研究するのに用いられることができる。したがって、ここで記述される核酸分子は、適当な合成物を選ぶために処置のために個人または投薬養生法においてホスファターゼ遺伝子の突然変異内容を評価するのに用いられることができる。図３は、本発明のホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子において見つかったＳＮＰｓに関する情報を提供する。以下のＳＮＰｓは、確認された：Ｇ５７７Ａ、Ｇ１４５１ＡとＧ２６４１Ａ．Ｇ５７７ＡとＧ１４５１Ａは、非同義のコーディングＳＮＰｓである。これらのＳＮＰｓに起因するシーケンスが示されるアミノ酸の中の変化図３、そして、リファレンスとして図２で提供される一般的な遺伝暗号とタンパク質シーケンスを使って、すぐに決定することができる。Ｇ２６４１Ａは、３である』ＯＲＦの、そして、制御／規定する要素に影響を及ぼすかもしれない。
【０１２９】
このように、処置に影響を及ぼす遺伝子のバリエーションを表示している核酸分子は、個人において処置を合わせるのに用いられることができる診断上の目標を提供する。したがって、組み換え細胞の生産とこれらの多形性を含んでいる動物は、処置合成物と投薬養生法の効果的臨床デザインを許す。
核酸分子は、このように細胞、組織と有機体のホスファターゼ遺伝子発現を制御するためにアンチセンスの構成概念として有効である。ＤＮＡアンチセンスの核酸分子は転写に関係している遺伝子の部位に相補的になっている。そして、転写とそれゆえに、ホスファターゼ・タンパク質の生産を防ぐ。アンチセンスのＲＮＡまたはＤＮＡ核酸分子は、ｍＲＮＡに雑種を産んで、このようにホスファターゼ・タンパク質にｍＲＮＡの翻訳を妨げる。
【０１３０】
あるいは、アンチセンスの分子の種は、ホスファターゼ核酸の発現を減少させるためにｍＲＮＡを機能させないことに慣れていることができる。
したがって、これらの分子は、異常であるか望まれていないホスファターゼ核酸発現によって特徴づけられる障害を治療することができる。このテクニックは、翻訳されるｍＲＮＡの能力を減らすｍＲＮＡで、一つ以上の部位に相補的なヌクレオチド配列を含んでいるｒｉｂｏｚｙｍｅｓによって、裂け目を含む。可能な部位は、ホスファターゼ・タンパク質（例えば結合している基質）の触媒作用で他の機能活動と一致しているコーディング部位と特にコーディング部位を含む。
【０１３１】
核酸分子も、ホスファターゼ遺伝子発現で異常である細胞を含んでいる患者において、ベクターを遺伝子治療のために用意する。
このように、組み換え細胞（それは活発に設計されたＸであって、患者に戻った患者の細胞を含む）は、セルが個人を扱うために要求されたホスファターゼ・タンパク質を産する個人に導入される。
【０１３２】
発明も、生物学的サンプルでホスファターゼ核酸の存在を見つけるためにキットを含む。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のホスファターゼ・タンパク質のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。具体的には、仮想北のしみは、すい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫と卵巣腫瘍組織の発現を示す。それに加えて、パネルを隠しているＰＣＲに基づく組織は、脳の発現を示す（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。たとえば、キットはラベルをつけられるかｌａｂｅｌａｂｌｅな核酸のような試薬または生物学的サンプルでホスファターゼ核酸を見つけることができる試薬から成ることができる；サンプルでホスファターゼ核酸の量を決定するための手段；そして、標準でサンプルでホスファターゼ核酸の量を比較するための手段。合成物または試薬は、適当な容器に詰められることができる。キットは、ホスファターゼ・タンパク質ｍＲＮＡまたはＤＮＡを見つけるためにキットを使用するために指示を更に含むことができる。
【０１３３】
Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ａｒｒａｙｓ
本発明がさらに核酸発見キット（例えば図１と３（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１，３，４，６）に示されるシーケンス情報に基づく核酸分子の配列またはｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ）に提供する核のＡｃｉｄ Ａｒｒａｙｓ。
【０１３４】
ここで使われるように、「配列」または「Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ」は異なったポリヌクレオチドの配列または、紙、ナイロンまたは膜、フィルタ、チップ、ガラスのスライドまたは他のどの適当な強烈な支持もの他の種のような、基質の上で総合されるオリゴヌクレオチドに言及する。１つの具体例で、ｍｉｃｒｏａｒｒａｙが準備されて、ＵＳ Ｐａｔｅｎｔ ５，８３７，８３２， Ｃｈｅｅ ｅｔ ａｌ．， ＰＣＴ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ Ｗ０９５／１１９９５ （Ｃｈｅｅ ｅｔ ａｌ．）， Ｌｏｃｋｈａｒｔ， Ｄ． Ｊ． ｅｔ ａｌ． （１９９６； Ｎａｔ． Ｂｉｏｔｅｃｈ． １４： １６７５−１６８０） ａｎｄ Ｓｃｈｅｎａ， Ｍ． ｅｔ ａｌ． （１９９６； Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ９３： １０６１４−１０６１９）において記述される方法に一致して扱ったこと、そして、どちらがリファレンスによって彼らの全部でここで取り入れられるかすべてのもの。他の具体例で、そのような配列は、ブラウンほかによって記述される方法によって生じられる、米国特許５，８０７，５２２。
【０１３５】
ｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットは望ましくは多数のユニークな、シングルの要素をもつ核酸シーケンス（通常合成アンチセンスのオリゴヌクレオチドかｃＤＮＡｓの断片）から成る。そして、強烈な支持に固定される。オリゴヌクレオチドは、望ましくは長さ（より望ましくは長さでの１５−３０のヌクレオチド）において、そして、最も望ましくは長さでの２０−２５のヌクレオチドのまわりに６−６０のヌクレオチドのまわりにある。ｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットの特定のタイプのために、長さでの７−２０のヌクレオチドだけであるオリゴヌクレオチドを使うことが、好ましいかもしれない。ｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットは、既知のものをカバーするオリゴヌクレオチドを含むかもしれない５』、あるいは、３』（シーケンス）全長シーケンスをカバーする連続したオリゴヌクレオチド；またはシーケンスに沿って特定部位から選ばれるユニークなオリゴヌクレオチド。ｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットにおいて使われるポリヌクレオチドは、遺伝子または重要な遺伝子に特有であるオリゴヌクレオチドであるかもしれない。
【０１３６】
重要な（または本発明のｃｏｎｔｉｇｓから確認されるＯＲＦ）ｇｅｎｅ（ｓ）が概して始まるコンピュータ・アルゴリズムを使用することを調べられて、ｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットのために、既知のシーケンスにオリゴヌクレオチドを生産するために５』、あるいは、で３』ヌクレオチド配列の終わり。典型的アルゴリズムは、それから遺伝子に特有である定義済みの長さのオリゴマーを確認して、交雑にふさわしい範囲の中のＧＣ内容を持って、交雑を妨げるかもしれない予測された第二の構造が不足する。特定の状況には、ｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットでオリゴヌクレオチドのペアを使うことは、適切かもしれない。シーケンスの中央に望ましくは位置する１つのヌクレオチドを除いて、「ペア」は同一である。ペア（１時までに組合せを誤られて）での第二のオリゴヌクレオチドは、制御として用いられる。オリゴヌクレオチド・ペアの数は、２から１００万まで変動するかもしれない。オリゴマーは、光に誘導された化学のプロセスを使用している基質の上で、指定の部位で合成される。基質は、紙、ナイロンまたは膜、フィルタ、チップ、ガラスのスライドまたは他のどの適当な強烈な支持もの他の種であるかもしれない。
【０１３７】
もう一つの面には、オリゴヌクレオチドは化学の継手手順とインクジェット式のアプリケーション装置を用いて基質の表面で合成されるかもしれない。そして、そのことはＰＣＴ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ Ｗ０９５／２５１１１６ （Ｂａｌｄｅｓｃｈｗｅｉｌｅｒ ｅｔ ａｌ．）においてどちらがリファレンスによってその全部でここで取り入れられるかについて記述した。もう一つの面には、１ドットの（またはスロット）しみに類似している「グリッドを据えられた」配列は、掃除機システム、サーマル、ＵＶ、機械であるか化学の結束している手順を使用している基質の表面に配置して、ｃＤＮＡ断片またはオリゴヌクレオチドを結ぶのに用いられるかもしれない。配列（例えばそれらの記述された上記）は、手によってまたは利用できる装置（スロットしみまたは点しみ装置）、材料（どんな適当な強烈な支持でも）と機械（ロボット器具を含むこと）を用いて生じられるかもしれなくて、市販の計装の効率的利用の役に立つ２と一つの１００万の間で８、２４、９６、３８４、１５３６、６１４４以上のオリゴヌクレオチドまたは他のどの数も含むかもしれない。
【０１３８】
サンプルを行うために、生物学的サンプルからｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キット、ＲＮＡまたはＤＮＡを使っている分析は、交雑調査になる。ｍＲＮＡは孤立する、そして、ｃＤＮＡが生じられて、アンチセンスのＲＮＡ（ａＲＮＡ）を作るためにテンプレートとして使われる。ａＲＮＡは蛍光性のヌクレオチドの面前で拡大される、そして、調査シーケンスがｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットの相補的なオリゴヌクレオチドに交雑するように、ラベルをつけられた調査はｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットで暖められる。交雑が正確な相補的なマッチでまたはより少ない相補性のいろいろな程度で起こるように、インキュベーション状況は調節される。
【０１３９】
ｎｏｎｈｙｂｒｉｄｉｚｅｄされた調査の除去の後、スキャナはレベルと蛍光のパターンを決定するのに用いられる。調べられたイメージは、ｍｉｃｒｏａｒｒａｙまたは発見キットで、相補性の程度と各々のオリゴヌクレオチド・シーケンスの相対的な多量を決定するために調べられる。生物学的サンプルは、どんな身体の流体（例えば血、尿、唾液、痰、胃液、その他）でも、洗練された細胞、生検または他の組織準備から得られるかもしれない。発見システムは、同時に異なったシーケンスの全てのために不在、存在と交雑の量を計るのに用いられるかもしれない。
【０１４０】
このデータが、サンプルの中でシーケンス、発現パターン、突然変異、変形または多形性の大規模な相互関係研究のために使われるかもしれない。
【０１４１】
そのような配列を使って、本発明は、本発明のホスファターゼタンパク質ｓ／ペプチドｓの現れを確認するために方法を提供する。詳細に、そのような方法は、一つ以上の核酸分子によるテスト・サンプルを暖めて、テスト・サンプルの範囲内で構成要素で核酸分子の結合のための含有率を示すことから成る。そのような分析評価は、概して多くの遺伝子を含んでいる配列を含む、どちらが本発明の遺伝子であるか、少なくとも１、そして、または本発明のホスファターゼ遺伝子の対立遺伝子。図３は、本発明のホスファターゼ・タンパク質をコード化している遺伝子において見つかったＳＮＰｓに関する情報を提供する。以下のＳＮＰｓは、確認された：Ｇ５７７Ａ、Ｇ１４５１ＡとＧ２６４１Ａ．Ｇ５７７ＡとＧ１４５１Ａは、非同義のコーディングＳＮＰｓである。これらのＳＮＰｓに起因するシーケンスが示されるアミノ酸の中の変化図３、そして、リファレンスとして図２で提供される一般的な遺伝暗号とタンパク質シーケンスを使って、すぐに決定することができる。Ｇ２６４１Ａは、３である』ＯＲＦの、そして、制御／規定する要素に影響を及ぼすかもしれない。
【０１４２】
テスト・サンプルで核酸分子を暖めることの条件は、変化する。インキュベーション状況は、分析評価、使用される発見方法とタイプにおいて使用される形態に依存する、そして、分析評価において使われる核酸分子の自然。
当該分野に熟練したものは、一般に利用できる交雑、拡大または配列分析評価形態のどんな一つでもすぐにここで明らかにされるＨｕｍａｎゲノムの新しい断片を使用するのに適していることがありえると認める。そのような分析評価の例が、Ｃｈａｒｄ， Ｔ， Ａｎ Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ ａｎｄ Ｒｅｌａｔｅｄ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ， Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ， Ａｍｓｔｅｒｄａｍ， Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ （１９８６）； Ｂｕｌｌｏｃｋ， Ｇ．　Ｒ．　ｅｔ ａｌ．， Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｙｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｏｒｌａｎｄｏ， ＦＬ Ｖｏｌ．　１ （１ ９８２）， Ｖｏｌ．　２ （１９８３）， Ｖｏｌ．　３ （１９８５）； Ｔｉｊｓｓｅｎ， Ｐ．， Ｐｒａｃｔｉｃｅ ａｎｄ Ｔｈｅｏｒｙ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ： Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ， Ａｍｓｔｅｒｄａｍ， Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ （１９８５）からわかる。
【０１４３】
本発明のテスト・サンプルは、細胞（細胞のタンパク質または膜抜粋）を含む。上記の方法において使われるサンプルが変えるテストは分析評価形態、発見方法の性質と組織に基づいた。そして、細胞または抜粋が分析されるサンプルとして使われた。核酸抜粋を準備することのためであるか細胞の方法は、当該分野においてかなり知られてあって、すぐにあることができる利用されるシステムと互換性を持つサンプルを得るために適応させる。
【０１４４】
本発明のもう一つの実施例で、本発明の分析評価を行うために、必要な試薬を含むキットは、提供される。
具体的には、発明は、近い制限（成り立つ一つ以上の容器）で、受けるために区分されたキットを提供する：Ｈｕｍａｎゲノムの断片に結合することができる核酸分子のうちの１つを含んでいる最初の容器がここで明らかにした（ａ）；そして、以下のうちの１つ以上を含んでいる１つ以上の他の（ｂ）容器：試薬（結合された核酸の存在を見つけることができる試薬）を洗う。
【０１４５】
詳細に、区分されたキットは、試薬が別々の容器に含まれるどんなキットでも含む。そのような容器は、小さいガラスの容器、プラスチック容器、プラスチックの小板、ガラスまたは紙を含む、あるいは、二酸化ケイ素のような材料を配列すること。そのような容器能率的に試薬を１つのコンパートメントからサンプルと試薬がクロス汚染しないか試薬であるか各々の容器の解答ようなものは１つのコンパートメントから量的ファッションにおいて加えられることができるもう一つのコンパートメントまで移す１を許すもう。そのような容器はテスト・サンプルを受け入れる容器、核酸調査を含む容器、洗浄試薬（例えば、リン酸塩は塩水湖、Ｔｒｉｓ−バッファ、その他を緩衝した。）を含む容器を含む、そして、試薬を含む容器は結合された調査を見つけたものである。当該分野に熟練したものは、すぐに、本発明の以前未確認のホスファターゼ遺伝子がここで明らかにされるシーケンス情報を使って、通常確認されることができることはすぐに当該分野（特に発現配列）において有名である確立したキット・形態のうちの１つに組み込まれることができると認める。
【０１４６】
Ｖｅｃｔｏｒｓ／ｈｏｓｔ ｃｅｌｌｓ
発明もここで記述される核酸分子を含んでいるベクターに提供するベクター／ホスト細胞。用語「ベクター」は担体（望ましくは核酸分子）に言及する。そして、それは核酸分子を輸送することができる。ベクターが核酸分子であるとき、核酸分子は共有結合してベクター核酸に結合される。発明のこの面で、ベクターがプラスミド、シングルまたは二重の座礁されたバクテリオファージ（一つであるか二重の座礁されたＲＮＡまたはＤＮＡウィルスのベクター）を含むことまたは人工染色体（例えばＢＡＣ、ＰＡＣ、ＹＡＣ、ＯＲ ＭＡＣ）。
【０１４７】
それが核酸分子の付加的な転写を繰り返して、生産する染色体外の要素として、ベクターは宿主細胞で維持されることができる。あるいは、ベクターはゲノムを宿主細胞に組み込むかもしれなくて、ホストが独房生活をする時が繰り返す核酸分子の付加的な転写を生産するかもしれない。
発明は、核酸分子の発現（発現ベクター）のために、ベクターをメンテナンス（クローニング・ベクター）またはベクターのために用意する。ベクターは、ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃであるか真核生物細胞でまたは両方（シャトル・ベクター）ともで機能することができる。
【０１４８】
発現ベクターは、核酸分子のそのようなその転写が宿主細胞で与えられる核酸分子に、ベクターにおいてｏｐｅｒａｂｌｙに結ばれるシス代理の規定する部位を含む。核酸分子は、転写に影響を及ぼすことができる別々の核酸分子で、宿主細胞に導入されることができる。このように、第二の核酸分子は、ベクターから核酸分子の転写を許すためにシス規定する制御部位と相互に作用しているトランス代理の要因を提供するかもしれない。あるいは、トランス代理の要因は、宿主細胞によって供給されるかもしれない。最後に、トランス代理の要因は、ベクターから作り出されることができる。しかし、いくらかの具体例で、核酸分子の転写や翻訳が細胞のないシステムで起こることができることは、理解される。
【０１４９】
ここで記述される核酸分子がｏｐｅｒａｂｌｙに結合されることができる規定するシーケンスは、ｍＲＮＡ転写を指示するためにプロモーターを含む。これらは、含む、しかし、制限する（バクテリオファージｌからの左のプロモーター）ラック、ＴＲＰと大腸菌、ＳＶ４０からの早くて最近のプロモーター、プロモーター前半即時のＣＭＶ、プロモーター前半、そして、遅くアデノウイルスと長いターミナルが繰り返すレトロウイルスからのＴＡＣプロモーター。
【０１５０】
転写を進める制御部位に加えて、発現ベクターは、また、転写（例えばサイトとエンハンサーを結びつけているリプレッサー）を調整する部位を含むかもしれない。例は、ＳＶ４０エンハンサー、サイトメガロウイルス即時の早いエンハンサー、ポリオーマ・エンハンサー、アデノウイルス・エンハンサーとレトロウイルスＬＴＲエンハンサーを含む。転写開始と制御の場所を含むことに加えて、発現ベクターがまた、転写終了のために必要なシーケンスを含むことができること、そして、写された部位で翻訳の場所を結びつけているリボソーム。発現のための他の規定する制御要素は、ポリアデニル化信号と同様に開始と終了コドンを含む。当該分野の普通の技術の人は、発現ベクターに役立つ多数の規定するシーケンスを知っている。たとえば、そのような規定するシーケンスはＳａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ． ２ｎｄ． ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ， （１９８９）で記述される。
【０１５１】
いろいろな発現ベクターは、核酸分子を表すのに用いられることができる。ウイルス（例えばｂａｃｕｌｏｖｉｒ使用ｓ、パポーバウイルス（例えばＳＶ４０）、Ｖａｃｃｉｎｉａウイルス、アデノウイルス、ポックスウイルス、狂犬病恐怖症ウイルスとレトロウイルス）から、イースト人工染色体を含むイースト染色体の要素からのイースト・エピソームから、そのようなベクターは、バクテリオファージからの染色体で、ｅｐｉｓｏｍａｌでウイルスから派生したベクター（たとえば細菌のプラスミドに由来するベクター）を含む。ベクターは、また、プラスミドてバクテリオファージ遺伝子の要素（例えばｃｏｓｍｉｄｓとｐｈａｇｅｍｉｄｓ）に由来するそれらのようなこれらの源の組合せに由来するかもしれない。ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃで真核生物ホストのための適切なクローニングと発現ベクターはＳａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ． ２ｎｄ． ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ， （１９８９）で記述される。
【０１５２】
規定するシーケンスは、一つ以上の宿主細胞（すなわち明確な組織）の構成する発現を提供するかもしれないか、温度、栄養を含む添加物または外生の要因（例えばホルモンまたは他のリガンド）によって例えば一つ以上の細胞タイプのｉｎｄｕｃｉｂｌｅな発現の準備をするかもしれない。ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃで真核生物ホストの構成してｉｎｄｕｃｉｂｌｅな発現の準備をしているいろいろなベクターは、当該分野の普通の技術のそれらに有名である。
【０１５３】
核酸分子は、有名な方法論のそばにベクター核酸に挿入されることができる。通常、最終的に表されるＤＮＡシーケンスは、一つ以上の規制酵素でＤＮＡシーケンスと発現ベクターを裂くことによる発現ベクターに結ばれて、一緒にそれから断片を結さつしている。規制酵素消化とくくることの手続きは、当該分野の普通の技術のそれらに有名である。
適当な核酸分子を含んでいるベクターは、普及のための適切な宿主細胞または有名なテクニックを使用している発現に導入されることができる。
【０１５４】
細菌の細胞は、含む、制限されるために（大腸菌）Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、そして、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ．‖真核生物細胞は、含む、しかし、制限する（イースト）昆虫細胞（例えばショウジョウバエ、ＣＯＳとＣＨＯ細胞のような動物性細胞と設備細胞）。
ここで述べられるように、融合タンパク質としてペプチドを表すことは、望ましいかもしれない。したがって、発明はペプチドの生産を考慮に入れる融合ベクターを提供する。融合ベクターは組み換えタンパク質の発現を増やすことができる、類似性精製のためにたとえばリガンドの働きをすることによって、タンパク質の精製において組み換えタンパク質と援助の可溶性を増やしなさい。
【０１５５】
要求されたペプチドが最終的に融合半分から切り離されることができるように、タンパク質分解裂け目サイトは融合半分が接合する所に紹介されるかもしれない。タンパク質分解酵素は、含む、制限されるＸａ、トロンビンとｅｎｔｅｒｏホスファターゼ．因数に分解する典型的融合発現ベクターはｐＧＥＸ（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ ６７：３１−４０ （１９８８））、グルタチオンＳ−転移酵素（ＧＳＴ）を一体化するｐＭＡＬ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ， Ｂｅｖｅｒｌｙ， ＭＡ））とｐＲＩＴ５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）を含む。そして、それぞれ、マルトースＥがタンパク質またはタンパク質Ａを目標組み換えタンパク質に結びつける。適当なｉｎｄｕｃｉｂｌｅな非融合大腸菌発現ベクターの例は、１１ｄ、ｐＴｒｃ（Ａｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ ６９：３０１−３１５ （１９８８））とｐＥＴ（Ｓｔｕｄｉｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５：６０−８９ （１９９０））を含む。
【０１５６】
組み換えタンパク質発現は、宿主細胞がｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃａｌｌｙに組み換えタンパク質を裂く損なわれた能力を持つ遺伝子の背景を提供することによってホスト・バクテリアにおいて最大にされることができる（Ｇｏｔｔｅｓｍａｎ， Ｓ．， Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ： Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８５， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ （１９９０） １１９−１２８）。あるいは、重要な核酸分子のシーケンスは、優先のコドン使用を特定の宿主細胞（たとえば大腸菌）のために用意するために変えられることができる（Ｗａｄａ ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． ２０：２１１１−２１１８ （１９９２））。
【０１５７】
イーストにおいて働いている発現ベクターのそばで、核酸分子は、また、表されることができる。例えば、Ｓ． ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅなどのイースト発現のためのベクターの例は、ｐＹｅｐＳｅｃ１（Ｂａｌｄａｒｉ， ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ Ｊ． ６：２２９−２３４ （１９８７））、ｐＭＦａ（Ｋｕｒｊａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃｅｌｌ ３０：９３３−９４３（１９８２））、ｐＪＲＹ８８（Ｓｃｈｕｌｔｚ ｅｔ ａｌ．， Ｇｅｎｅ ５４：１１３−１２３ （１９８７））とｐＹＥＳ２（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）を含む。
【０１５８】
核酸分子は、また、たとえば、ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ発現ベクターを使用している昆虫細胞で表されることができる。洗練された昆虫細胞（例えばＳｆ ９セル）の中のタンパク質の発現に利用できるＢａｃｕｌｏｖｉｒｕｓベクターは、ｐＡｃシリーズを含む（Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌ． Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ． ３：２１５６−２１６５ （１９８３））、そして、ｐＶＬシリーズ（Ｌｕｃｋｌｏｗ ｅｔ ａｌ．， Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７０：３１−３９ （１９８９））。
【０１５９】
発明の特定の実施例で、ここで記述される核酸分子は、哺乳類の発現ベクターを使用している哺乳類の細胞で表される。哺乳類の発現ベクターの例は、ｐＣＤＭ８（Ｓｅｅｄ， Ｂ． Ｎａｔｕｒｅ ３２９：８４０（１９８７））とｐＭＴ２ＰＣ（Ｋａｕｆｍａｎ ｅｔ ａｌ．， ＥＭＢＯ　Ｊ． ６：１８７−１９５ （１９８７））を含む。ここでリストされる発現ベクターは、核酸分子を表すために役に立つ当該分野の普通の技術のそれらが利用できる有名なベクターだけの例として提供される。当該分野の普通の技術の人は、メンテナンス普及にふさわしい他のベクターまたはここで記述される核酸分子の発現を知っている。これらはたとえばＳａｍｂｒｏｏｋ， Ｊ．， Ｆｒｉｔｓｈ， Ｅ． Ｆ．， ａｎｄ Ｍａｎｉａｔｉｓ， Ｔ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：　Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ． ２ｎｄ， ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ， １９８９で見られる。
【０１６０】
発明も、ここで記述される核酸シーケンスが逆のオリエンテーションの中のベクターにクローンをつくられるが、ｏｐｅｒａｂｌｙにアンチセンスのＲＮＡの転写を許す規定するシーケンスに結ばれるベクターを包囲する。このように、ここで記述される核酸分子シーケンスの、アンチセンスの転写は全てにまたは部分に生産されることができる。そして、コーディングと非コーディング部位を含む。このアンチセンスのＲＮＡの現れは、感覚ＲＮＡ（規定するシーケンス、構成するかｉｎｄｕｃｉｂｌｅな発現、組織に特有の発現）の現れに関してより上に記述されるパラメータの各々に従属する。
【０１６１】
発明も、ここで記述されるベクターを含んでいる組み換え宿主細胞に関連がある。宿主細胞は、したがって、ｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃな細胞、イーストのような下部の真核生物細胞、昆虫細胞のような他の真核生物細胞と哺乳類の細胞のようなより高い真核生物細胞を含む。
【０１６２】
組み換え宿主細胞は、すぐに当該分野の普通の技術の人が利用できるテクニックによって、細胞にここで記述されるベクター構成概念を紹介することによって準備される。これらは、含む、しかし、制限する（リン酸カルシウム・トランスフェクション）トランスフェクション、陽イオン脂質によって媒介されるトランスフェクション、ｅｌｅｃｔｒｏｐｏｒａｔｉｏｎ、形質導入、伝染病、ｌｉｐｏｆｅｃｔｉｏｎとＳａｍｂｒｏｏｋ， ｅｔ ａｌ． （Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ． ２ｎｄ， ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， ＮＹ， １９８９）で見つけられるそれらのような他のテクニック、ほかをＤＥＡＥ−ｄｅｘｔｒａｎ−ｍｅｄｉａｔｅｄした。
【０１６３】
宿主細胞は、複数のベクターを含むことができる。このように、異なるヌクレオチド配列は、同じ細胞の異なるベクターで紹介されることができる。同じように、それらが発現ベクターのために要因を処理することを提供することのような核酸分子と、関連がない他の核酸分子で、核酸分子は、か単独で紹介されることができる。複数のベクターが細胞に導入されるとき、ベクターは独立して紹介されることができるか、共同紹介するか、核酸分子ベクターに結ばれることができる。
【０１６４】
バクテリオファージとウィルスのベクターの場合、これらは伝染病と形質導入の標準の手続きによって、パックされるかカプセルに入れられたウイルスとして細胞に導入されることができる。ウィルスのベクターは、複写−有能な複写−欠陥品でありえる。ウィルスの複写が不完全であるケースには、複写は欠陥を補足する機能を提供している宿主細胞で起こる。
【０１６５】
ベクターは、一般にベクターが造る組み換えを含む細胞の部分母集団の選択を可能にする選択可能な目印を含む。目印は、ここで記述される核酸分子を含むか、別々のベクターの上にあるかもしれない同じベクターに含まれることができる。目印は、真核生物宿主細胞のためにｐｒｏｋａｒｙｏｔｉｃな宿主細胞とｄｉｈｙｄｒｏｆｏｌａｔｅな還元酵素またはネオマイシン抵抗のためにテトラサイクリンまたはアンピシリン−抵抗遺伝子を含む。
【０１６６】
しかし、選択をｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃな特徴のために用意するどんな目印でも、効果的である。成熟したタンパク質が適切な規定するシーケンスの制御中で、バクテリア、イースト、哺乳類の細胞と他の細胞で生産されることができる間、ｃｅｌｌ−は転写を解く、そして、翻訳システムはまた、ここで記述されるＤＮＡ構成概念に由来するＲＮＡを使っているこれらのタンパク質を生産するのに用いられることができる。
【０１６７】
ペプチドの分泌は、要求される、適当な分泌信号が組み込まれるタンパク質（例えばホスファターゼ）を含んでいるマルチ膜内外領域で、成し遂げるのが難しいベクター。信号のシーケンスは、ペプチドに内部から発生することがありえるかこれらのペプチドに非相同的でありえる。ペプチドは、媒体に分泌されない、概してホスファターゼによるケースである、タンパク質は標準の混乱手順によって宿主細胞から分離されることができる雪解け、超音波処理、機械の混乱、試薬を一体化させる効果などを凍らせる。ペプチドは、それから回収されることができて、硫酸アンモニウム降水を含む有名な精製方法、酸性抽出物、陰イオンまたは疎水性の陽イオン交換クロマトグラフィ（ｐｈｏｓｐｈｏｃｅｌｌｕｌｏｓｅクロマトグラフィ）によって精製した−相互作用クロマトグラフィ、類似性クロマトグラフィ、ｈｙｄｒｏｘｙｌａｐａｔｉｔｅクロマトグラフィ、レクチン・クロマトグラフィまたは高性能な液体のクロマトグラフィ。
【０１６８】
また、ここで記述されるペプチドの組み換え生産での宿主細胞によって、細胞によって、ペプチドがいろいろなグリコシル化パターンを持つことができると思う‖または多分非だろうｇｌｙｃｏｓｙｌａｔｅｄ‖いつとしてバクテリアの中の生じる。それに加えて、ペプチドはホストによって媒介されるプロセスの結果として最初の修正されたメチオニンをいくらかの訴訟に含むかもしれない。
【０１６９】
使用ｓ ｏｆ ｖｅｃｔｏｒｓ ａｎｄ ｈｏｓｔ ｃｅｌｌｓ
ペプチドを表している組み換え宿主細胞がここで記述したベクターとホスト電池の使用は、いろいろな使用を持つ。最初に、細胞はホスファターゼ・タンパク質を生産することに役立つ、あるいは、もっと先でありえるペプチドはホスファターゼ・タンパク質または断片の要求された量を生じるために精製した。このように、発現ベクターを含んでいる宿主細胞は、ペプチド生産に役立つ。
【０１７０】
宿主細胞は、また、当該分野において知られているそれらの描かれた他であるだけでなく上記の形態のような、ホスファターゼ・タンパク質またはホスファターゼ・タンパク質断片を含んでいる細胞ベースの分析法を実行することに役立つ。このように、天然のホスファターゼ・タンパク質を表している組み換え宿主細胞は、ホスファターゼ・タンパク質機能を刺激するか、禁ずる合成物を分析することに役立つ。
【０１７１】
宿主細胞は、また、これらの機能が影響を受けるホスファターゼ・タンパク質変異体を確認することに役立つ。変異体が自然に起こって、病理学を引き起こすならば、突然変異を含んでいる宿主細胞は天然のホスファターゼ・タンパク質に対する彼らの影響によって、示されないかもしれない変異体ホスファターゼ・タンパク質（たとえば、機能を刺激しているか、禁じて）に、要求された影響を及ぼす分析評価合成物にとって有用である。
【０１７２】
遺伝子工学による宿主細胞は、さらに人間外の遺伝子導入動物を生産するのに用いられることができる。遺伝子導入動物は望ましくはネズミまたはマウスのような哺乳類（たとえば齧歯動物）である。そこにおいて、動物の細胞のうちの１つ以上は遺伝子導入を含む。遺伝子導入は、遺伝子導入動物が育つ細胞のゲノムに組み込まれる、そして、一つ以上の細胞タイプの中の成熟した動物のゲノムまたは遺伝子導入動物の組織の中に残る外生のＤＮＡである。これらの動物は、ホスファターゼ・タンパク質活動のモジュレータをホスファターゼ・タンパク質の機能を研究することに役立って、確認していて、評価している。遺伝子導入動物の他の例は、人間外の霊長類、羊、犬、牛、ヤギ、鶏と両生類を含む。
【０１７３】
遺伝子導入動物は、例えば、顕微鏡下注射（レトロウイルスの伝染病）によって核酸を肥やされた卵母細胞の男の前核にもたらすことによって生産されることができる、そして、卵母細胞がｐｓｅｕｄｏｐｒｅｇｎａｎｔな女性において発達するのを許すことは動物を育てる。
【０１７４】
ホスファターゼ・タンパク質ヌクレオチド配列の何でも、人間以外の動物（例えばマウス）のゲノムに、遺伝子導入として紹介されることができる。発現ベクターに役立つ規定するか他のシーケンスの何でも、遺伝子導入・シーケンスの部分をつくることができる。すでに含まれないならば、これはｉｎｔｒｏｎｉｃなシーケンスとポリアデニル化信号を含む。組織に特有の規定するｓｅｑｕｅｎｃｅ（ｓ）は、特定の細胞にホスファターゼ・タンパク質の直接の発現に、ｏｐｅｒａｂｌｙに遺伝子導入に結ばれることができる。
【０１７５】
胎児操作を通して遺伝子導入動物を生成する方法と顕微鏡下注射（マウスのような特に動物）は当該分野においてありきたりになって、たとえば、Ｕ．Ｓ． Ｐａｔｅｎｔ Ｎｏｓ． ４，７３６，８６６ ａｎｄ ４，８７０，００９， ｂｏｔｈ ｂｙ Ｌｅｄｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｕ．Ｓ． Ｐａｔｅｎｔ Ｎｏ． ４，８７３，１９１ ｂｙ Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ． ａｎｄ ｉｎ Ｈｏｇａｎ， Ｂ．， Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｎｇ ｔｈｅ Ｍｏ使用 Ｅｍｂｒｙｏ， （Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ．， １９８６）をＭａｎｉｐｕｌａｔｉｎｇする。類似した方法が、他の遺伝子導入動物の生産のために使われる。遺伝子導入創設者動物は、そのゲノムの中の遺伝子導入や組織の中の遺伝子導入ｍＲＮＡまたは動物の細胞の発現の存在に基づいて確認されることができる。
【０１７６】
遺伝子導入創設者動物は、それから遺伝子導入を運んでいる付加的な動物を育てるのに用いられることができる。さらに、遺伝子導入を運んでいる遺伝子導入動物は、他の遺伝子導入ｓを運んでいる他の遺伝子導入動物に、さらに育てられることができる。遺伝子導入動物も、全ての動物または動物の組織がここで記述されるｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｌｙな組み換え宿主細胞を使って生産された動物を含む。
【０１７７】
もう一つの具体例で、遺伝子導入の管理された現れを考慮に入れる選ばれたシステムを含む遺伝子導入人間以外の動物は、生産されることができる。そのようなシステムの１つの例は、バクテリオファージＰ１のｃｒｅ／ｌｏｘＰ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅシステムである。ｃｒｅ／ｌｏｘＰ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅシステムの記述のために、参照（例えばＬａｋｓｏ ｅｔ ａｌ． ＰＮＡＳ ８９：６２３２−６２３６ （１９９２）参照）。ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅシステムのもう一つの例は、Ｓ． ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ （Ｏ’Ｇｏｒｍａｎ ｅｔ ａｌ． Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５１：１３５１−１３５５ （１９９１）のＦＬＰ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅシステムである。ｃｒｅ／ｌｏｘＰ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅシステムが遺伝子導入の現れを管理するのに用いられるならば、Ｃｒｅ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅと選ばれたタンパク質をコード化している動物含んでいる遺伝子導入ｓは必要である。例えば、そのような動物は２匹の遺伝子導入動物を仲間にすることによって「倍の」遺伝子導入動物の建設を通して提供されることができる。そして、選ばれたタンパク質をコード化している遺伝子導入を含んでいるものと遺伝子導入を含んでいる他がｒｅｃｏｍｂｉｎａｓｅをコード化する。
【０１７８】
ここで記述される人間外の遺伝子導入動物のクローンは、また、Ｗｉｌｍｕｔ， Ｉ． ｅｔ ａｌ． Ｎａｔｕｒｅ ３８５：８１０−８１３ （１９９７） ａｎｄ ＰＣＴ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏｓ． ＷＯ ９７／０７６６８ ａｎｄ ＷＯ ９７／０７６６９に記述される方法によって生産されることができる。手短に言えば、遺伝子導入動物からの細胞（例えば体細胞）は、孤立することができて、成長サイクルを出ることを説いてさせられることができて、Ｇｏフェーズを入れられることができる。
【０１７９】
例えば、静止した細胞が孤立する同じ種の動物からの細胞核を取り除かれた卵母細胞にとって、静止した細胞は、それから電気的な脈の使用を通して一体化されることができる。再建された卵母細胞は、それからそれが桑実胚または胚盤胞に発達して、それから移ったようなものを耕作されるｐｓｅｕｄｏｐｒｅｇｎａｎｔな雌の里の動物。この雌の里の動物の生まれる子は、細胞（例えば体細胞）が孤立する動物のクローンである。
【０１８０】
ここで記述されるペプチドを表す組み換え細胞を含んでいる遺伝子導入動物は、活発な１インチ前後関係においてここで記述される分析評価を実行するために役に立つ。したがって、生体内に存在する、そして、結合している基質、キナーゼ・タンパク質起動と信号形質導入を生じることができたいろいろな生理的要因は、試験管内の細胞のないか細胞ベースの分析法から、明白でないかもしれない。したがって、基質相互作用を含む活発なホスファターゼ・タンパク質機能、ホスファターゼ・タンパク質機能と基質相互作用の特定の変異体ホスファターゼ・タンパク質の影響と仮想的なホスファターゼ・タンパク質の影響において分析評価に人間外の遺伝子導入動物を提供することは、役に立つ。また、無効な突然変異（すなわちかなりまたは完全に一つ以上のホスファターゼ・タンパク質機能を除去する突然変異）の影響を評価することが可能である。
【０１８１】
出版と特許が上記の仕様において言及した全ては、リファレンスによってここで取り入れられる。発明の記述された方法とシステムのいろいろな修正とバリエーションは、範囲から出発することのない当該分野と発明の精神に熟練したそれらにとって明らかである。発明が特定の好ましい具体例と関連して記述されたけれども、それが理解されなければならなくて、その発明要求する‖そのような特定の具体例に過度に制限してはならない。本当に、分子生物学または関連したフィールドのフィールドに熟練したそれらにとって明らかである発明を実行するための上記のモードのいろいろな修正は、以下の要求の範囲内であるつもりである。
【０１８２】
【図面の簡単な説明】
【図１】
図１は、本発明のホスファターゼスプライス形の各々をコード化する３つのｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列を提供する。（スプライス型１つの＝ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１は形式２つの＝ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４を継ぐ、形式３つの＝ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６を継ぎなさい）Ｉｎ追加、構造、そして、ＡＴＧスタート、中止と組織配布のような、情報が提供される汎関数どこで、利用でき、それは１をすぐにこの分子のシーケンスに基づく発明の特定の使用を決定させる。実験的なデータ、そのことは図１が本発明のスプライス形１がすい臓、結腸とすい臓腺癌、すい臓上皮癌、肺大きい細胞癌、腎臓細胞癌、胎盤絨毛膜癌腫、卵巣腫瘍組織、脳において人間において表されることを示すと中で定めた‖（含む胎児）、心臓（含む胎児）、腎臓（含む胎児）（子宮）、そして、甲状腺。その上、スプライス型３は、胎児の脳において表される。
【図２】
図２は、本発明の３枚のホスファターゼスプライス形態の予測されたアミノ酸シーケンスを提供する。（スプライス型１つの＝ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２は形式２つの＝ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：５を継ぐ、形式３つの＝ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：７を継ぎなさい）、Ｉｎ追加は組み立てる、そして、タンパク質族、機能と修正サイトのような機能情報は提供される。そして、すぐに発明の特定の使用を決定する利用できる、許しているものはこの分子のシーケンスに基づいた。
【図３】
図３は、本発明の３枚のホスファターゼスプライス形態をコード化している遺伝子にわたるゲノム・シーケンスを提供する。（ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３）Ｉｎ追加は組み立てる、そして、機能情報（例えばイントロン／エクソン構造、プロモーター場所、その他）は提供される。そして、すぐに発明の特定の使用を決定する利用できる、許しているものはこの分子のシーケンスに基づいた。図３も、３枚のスプライス形態をコード化しているゲノム・シーケンスの地図位置が人間の染色体１１であることを示す。図３で図示されるように、以下のＳＮＰバリエーションは確認された：Ｇ５７７Ａ、Ｇ１４５１ＡとＧ２６４１Ａ．図３は、構造／シーケンス・バリエーションを図示するためにさらに遺伝子構造に３枚のスプライス形態のｃＤＮＡとペプチド・シーケンスの典型的で複数の配置を提供する。具体的には、図３で示されるように、スプライス型２はエクソン１３と１４（それはスプライス型１と３で不在である）を含む、そして、スプライス型３はエクソン７を逃がしている。そして、それはスプライス型１と２で存在する。

Claims (23)

1. 下記グループから選ばれるアミノ酸シーケンスからなる単離ペプチド。
   （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． ２， ５， ７からなるグループから選ばれるアミノ酸シーケンス；
   （ｂ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． ２， ５， ７からなるグループから選ばれるアミノ酸シーケンスの対立変種のアミノ酸シーケンスであって、前記対立変種は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１， ３， ４， ６からなるグループから選ばれる核酸分子の対向鎖に、厳密な条件でハイブリダイズされる核酸分子によってエンコードされるもの；
   （ｃ） ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． ２， ５， ７からなるグループから選ばれるアミノ酸シーケンスのオルトログのアミノ酸シーケンスであって、前記オルトログは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． １， ３， ４， ６からなるグループから選ばれる核酸分子の対向鎖に、厳密な条件でハイプリダイズされる核酸分子によってエンコードされるもの；及び
   （ｄ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． ２， ５， ７からなるグループから選ばれるアミノ酸シーケンスの断片であって、該断片は、少なくとも１０の隣接するアミノ酸からなるもの。
2. 下記グループから選ばれるアミノ酸シーケンスを含んでいる単離したペプチド。
   （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． ２， ５， ７からなるグループから選ばれるアミノ酸シーケンス；
   （ｂ）アミノ酸シーケンスの対立変種のアミノ酸シーケンスがＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１、３、４と６からなるグループから選ばれる核酸分子の対立している岸に、厳しい状況の下で交雑する核酸分子によって、そこで言われた対立変種は、コード化される；
   （ｃ）アミノ酸シーケンスのオルトログのアミノ酸シーケンスがＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１、３、４と６からなるグループから選ばれる核酸分子の対立している岸に、厳しい状況の下で交雑する核酸分子によって、そこで言われたオルトログは、コード化される；
   そして、
   （ｄ）アミノ酸シーケンスの断片がＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、そこで言われた断片は、少なくとも１０の隣接するアミノ酸から成る。
3. 請求項２のペプチドに選択的に反応する単離した抗体。
4. 下記グループから選ばれるヌクレオチド配列からなる単離した核酸分子。
   （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれるアミノ酸シーケンスをコード化するヌクレオチド配列；
   （ｂ）それがアミノ酸シーケンスの対立変種の、コード化するヌクレオチド配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、そこで言われたヌクレオチド配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１、３、４と６からなるグループから選ばれる核酸分子の対立している岸に、厳しい状況の下で交雑する；
   （ｃ）アミノ酸シーケンスのオルトログをコード化するヌクレオチド配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、そこで言われたヌクレオチド配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１、３、４と６からなるグループから選ばれる核酸分子の対立している岸に、厳しい状況の下で交雑する；
   （ｄ）アミノ酸シーケンスの断片をコード化するヌクレオチド配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、そこで言われた断片は、少なくとも１０の隣接するアミノ酸から成る；
   そして、
   （ｅ）（ａ）のヌクレオチド配列を補うものであるヌクレオチド配列−（ｄ）。
5. 下記グループから選ばれるヌクレオチド配列を含んでいる単離した核酸分子。
   （ａ）ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれるアミノ酸シーケンスをコード化するヌクレオチド配列；
   （ｂ）それがアミノ酸シーケンスの対立変種の、コード化するヌクレオチド配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、そこで言われたヌクレオチド配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１、３、４と６からなるグループから選ばれる核酸分子の対立している岸に、厳しい状況の下で交雑する；
   （ｃ）アミノ酸シーケンスのオルトログをコード化するヌクレオチド配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、そこで言われたヌクレオチド配列は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１、３、４と６からなるグループから選ばれる核酸分子の対立している岸に、厳しい状況の下で交雑する；
   （ｄ）アミノ酸シーケンスの断片をコード化するヌクレオチド配列がＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：２、５と７からなるグループから選ばれて、そこで言われた断片は、少なくとも１０の隣接するアミノ酸から成る；
   そして、
   （ｅ）（ａ）のヌクレオチド配列を補うものであるヌクレオチド配列−（ｄ）。
6. 請求項５の核酸分子を含んでいる遺伝子チップ。
7. 請求項５の核酸分子を含んでいる人間以外の遺伝子導入動物。
8. 請求項５の核酸分子を含んでいる核酸ベクター。
9. 請求項８のベクターを含んでいる宿主細胞。
10. 請求項１記載のいずれかのペプチドを製造する方法であって、（ａ）〜（ｄ）のいずれかのアミノ酸シーケンスを宿主細胞に導入し、ペプチドがヌクレオチド配列から発現される状況の下で宿主細胞を培養する方法。
11. 請求項２記載のいずれかのペプチドを製造する方法であって、（ａ）〜（ｄ）のいずれかのアミノ酸シーケンスを宿主細胞に導入し、ペプチドがヌクレオチド配列から発現される状況の下で宿主細胞を培養する方法。
12. 試料中における請求項２記載のいすれかのペプチドを検出する方法であって、該方法は、試料中の該ペプチドの存在を特異的に検出する試薬と接触させ、該ペプチドの存在を検出する方法。
13. 試料中における請求項５記載の核酸分子の存在を検出する方法であって、該方法は、厳密な条件下で前記核酸分子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと試料を接触させ、試料中の核酸分子にオリゴヌクレオチドが結合するかどうかにより検出する方法。
14. 請求項２記載のペプチドのモジュレータを確認する方法であって、該方法は、前記ペプチドと試薬を接触させ、前記ペプチドの機能あるいは活性を調整したか否かを検出する方法。
15. 前記試薬が前記ペプチドを発現する発現ベクターを含んでいる宿主細胞に与えられる請求項１４の方法。
16. 請求項２のペプチドのいずれかに結合する試薬の確認方法であって、該方法は、ペプチドを該試薬と接触させ、混合物中にペプチドと試薬が結合した複合体が検出するか否かを試験する方法。
17. 請求項１６の方法により同定された試薬と、薬学的に許容できる担体とを含む薬剤組成物。。
18. ヒトフォスファターゼタンパク質により誘導される疾患あるいは状態を処置する方法であって、請求項１６記載の方法で特定された試薬を薬学的有効量、患者に投与する方法。
19. 請求項２のペプチドを発現するモジュレータを確認する方法であって、該方法は、前記ペプチドを発現する細胞を試薬と接触させ、該試薬が前記ペプチドの発現を調整するか否かにより確認する方方法。
20. ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． ２， ５， ７からなるグループから選択されるアミノ酸シーケンスと、少なくとも７０％の相同性を有するアミノ酸シーケンス有する単利ヒトホスファターゼ・ペプチド。
21. ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ， ２， ５， ７からなるグループから選ばれるアミノ酸シーケンスと少なくとも９０パーセントの相同性を共有する請求項２０のペプチド。
22. ヒトホスファターゼ・ペプチドをコードしている単離核酸分子であって、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ． １， ３， ４， ６からなるグループから選ばれる核酸分子と少なくとも８０パーセントの相同性を有している核酸分子。
23. 少なくとも９０パーセントの異体同形をＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：１、３、４と６からなるグループから選ばれる核酸分子と共有する請求項２２に従う核酸分子。

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