JP2004504365A5 - - Google Patents
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Description
【0138】
【表1】
(実施例2)
(ライブラリー2)
8つの市販のモノマーとヌクレオシドを結合したCPGとを用いることにより、潜在的に512個のトリヌクレオチドホスホロチオエートがRp、Spジアステレオマーの混合物として構築され得る。本発明者らは、ホスホルアミダイト化学を用いて、代表的な64個の成員から構成されるライブラリー(表2)を調製した。作業(work−up)および抽出の後、生成物が、逆相HPLCで決定した場合に85〜95%の純度で得られた。
【表1】
(実施例2)
(ライブラリー2)
8つの市販のモノマーとヌクレオシドを結合したCPGとを用いることにより、潜在的に512個のトリヌクレオチドホスホロチオエートがRp、Spジアステレオマーの混合物として構築され得る。本発明者らは、ホスホルアミダイト化学を用いて、代表的な64個の成員から構成されるライブラリー(表2)を調製した。作業(work−up)および抽出の後、生成物が、逆相HPLCで決定した場合に85〜95%の純度で得られた。
【0139】
【表2】
(実施例3)
(ライブラリー3)
4096個の成員から構成されるテトラヌクレオチドライブラリー(8×8×8×8アレイを表わす)が構築可能であったので、テトラヌクレオチドのパラレル構築は、特別な課題を課した。パラレル合成で受け入れ可能なライブラリーを得るため、3つのヌクレオチド位置を固定し、4番目の位置を変性させた。これにより、64個のトリヌクレオチドはそれぞれ、まずパラレル合成によりCPG上に構築され、CPGに結合したトリヌクレオチドはそれぞれ、等モルのdA、dC、dG、およびTヌクレオシドホスホルアミダイトの混合物と反応した(スキーム1)。このようにして、256個の成員から構成されるライブラリーを構築した(表3)。
【表2】
(実施例3)
(ライブラリー3)
4096個の成員から構成されるテトラヌクレオチドライブラリー(8×8×8×8アレイを表わす)が構築可能であったので、テトラヌクレオチドのパラレル構築は、特別な課題を課した。パラレル合成で受け入れ可能なライブラリーを得るため、3つのヌクレオチド位置を固定し、4番目の位置を変性させた。これにより、64個のトリヌクレオチドはそれぞれ、まずパラレル合成によりCPG上に構築され、CPGに結合したトリヌクレオチドはそれぞれ、等モルのdA、dC、dG、およびTヌクレオシドホスホルアミダイトの混合物と反応した(スキーム1)。このようにして、256個の成員から構成されるライブラリーを構築した(表3)。
【0141】
【表3】
(実施例4)
(ライブラリー4)
24の成員から構成される代表的な塩基修飾ライブラリーを、対応する市販のホスホルアミダイトモノマーを用いて、ジホスホロチオエート、トリホスホロチオエート、テトラホスホロチオエート(表4)として構築した。
【表3】
(実施例4)
(ライブラリー4)
24の成員から構成される代表的な塩基修飾ライブラリーを、対応する市販のホスホルアミダイトモノマーを用いて、ジホスホロチオエート、トリホスホロチオエート、テトラホスホロチオエート(表4)として構築した。
【0142】
【表4】
(実施例5)
(ライブラリー5)
ホスホルアミデートジヌクレオチドライブラリー(表5)において、さらなる多様性要素をそのバックボーンに組み込んだ。192個の成員から構成されるジヌクレオチドホスホルアミダイトライブラリーを、H−ホスホネート化学12を一連のアミンとともに用いるパラレル合成により構築した。必要とされるジヌクレオシドH−ホスホネート(5’−DMT−off)を、対応する市販のH−ホスホネートおよびCPG結合ヌクレオシドを、活性剤としての1−アダマンタンカルボニルクロライドとともに用いて、CPG上に構築した。CPG結合ヌクレオシドH−ホスホネートは、報告されている手法14によりホスホルアミデートに変換した。
【表4】
(実施例5)
(ライブラリー5)
ホスホルアミデートジヌクレオチドライブラリー(表5)において、さらなる多様性要素をそのバックボーンに組み込んだ。192個の成員から構成されるジヌクレオチドホスホルアミダイトライブラリーを、H−ホスホネート化学12を一連のアミンとともに用いるパラレル合成により構築した。必要とされるジヌクレオシドH−ホスホネート(5’−DMT−off)を、対応する市販のH−ホスホネートおよびCPG結合ヌクレオシドを、活性剤としての1−アダマンタンカルボニルクロライドとともに用いて、CPG上に構築した。CPG結合ヌクレオシドH−ホスホネートは、報告されている手法14によりホスホルアミデートに変換した。
【図面の簡単な説明】
【図1】
図1は、NAB(商標)骨格を中心に構築した化学ライブラリーの一般構造を示す。2つのタイプの機能的変異体P2およびP4をフラノース骨格P1に結合して、水素結合、親油性、「空間形状」、および電気特性のような、多様な標的認識要素を提供する。P3要素は、フラノース骨格をある配座に拘束するための構造的改変体として作用し、それにより機能的要素に関して三次元突出の全体的な変化が可能となる。
【図2】
図2は、それぞれヌクレオシドの5’ 末端または3’末端に結合した官能性R基を有するライブラリー1および2の一般構造を示す。R、BおよびZの記載に関しては、図6および7を参照されたい。
【図3】
図3は、2’置換に起因するフラノースパッカーのエネルギー的に好適な配座を示す。フラノースパッカーの変化は、フラノース骨格に結合した官能基に関する三次元空間において劇的に異なる突出を引き起こす。
【図4A】
図4Aは、ライブラリー2の代表的成員の化学的構造を示す。2’−デオキシヌクレオチドアナログをパネルAに列挙する。
【図4B】
図4Bは、ライブラリー2の代表的成員の化学的構造を示す。2’−O−メチルヌクレオチドアナログをパネルBに列挙する。
【図5】
図5は、ライブラリー2の代表的成員のHPLC(C18、260nmにて、パネルA)、および31P NMR(D2O中、パネルB)プロフィールを示す。化学物質は、ホスホロチオエートのジアステレオマー混合物として示される。生成物の純度は、一般に95%を越える。
【図6】
図6は、種々の多様性を有するライブラリー種の生成の模式図である。(i)CH3CH中、1H−テトラゾール、(ii)CH3CN中、3H−1,2−ベンゾジチオール−3−オン−1,1−ジオキシド、(iii)2%NaHCO3とEtOAcとの間で分配、(iv)28%NH4OH、(v)Dowex H+、(vi)CHCl3とH2Oとの間で分配。
【図7】
図7は、多様性要素を表す単純なNABライブラリーの一般構造を示す。
【図8】
図8は、表6を示す。
【図9】
図9は、表6の続きを示す。
【図10】
図10は、表7を示す。
【図1】
図1は、NAB(商標)骨格を中心に構築した化学ライブラリーの一般構造を示す。2つのタイプの機能的変異体P2およびP4をフラノース骨格P1に結合して、水素結合、親油性、「空間形状」、および電気特性のような、多様な標的認識要素を提供する。P3要素は、フラノース骨格をある配座に拘束するための構造的改変体として作用し、それにより機能的要素に関して三次元突出の全体的な変化が可能となる。
【図2】
図2は、それぞれヌクレオシドの5’ 末端または3’末端に結合した官能性R基を有するライブラリー1および2の一般構造を示す。R、BおよびZの記載に関しては、図6および7を参照されたい。
【図3】
図3は、2’置換に起因するフラノースパッカーのエネルギー的に好適な配座を示す。フラノースパッカーの変化は、フラノース骨格に結合した官能基に関する三次元空間において劇的に異なる突出を引き起こす。
【図4A】
図4Aは、ライブラリー2の代表的成員の化学的構造を示す。2’−デオキシヌクレオチドアナログをパネルAに列挙する。
【図4B】
図4Bは、ライブラリー2の代表的成員の化学的構造を示す。2’−O−メチルヌクレオチドアナログをパネルBに列挙する。
【図5】
図5は、ライブラリー2の代表的成員のHPLC(C18、260nmにて、パネルA)、および31P NMR(D2O中、パネルB)プロフィールを示す。化学物質は、ホスホロチオエートのジアステレオマー混合物として示される。生成物の純度は、一般に95%を越える。
【図6】
図6は、種々の多様性を有するライブラリー種の生成の模式図である。(i)CH3CH中、1H−テトラゾール、(ii)CH3CN中、3H−1,2−ベンゾジチオール−3−オン−1,1−ジオキシド、(iii)2%NaHCO3とEtOAcとの間で分配、(iv)28%NH4OH、(v)Dowex H+、(vi)CHCl3とH2Oとの間で分配。
【図7】
図7は、多様性要素を表す単純なNABライブラリーの一般構造を示す。
【図8】
図8は、表6を示す。
【図9】
図9は、表6の続きを示す。
【図10】
図10は、表7を示す。
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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PCT/IB2001/002217 WO2002008446A2 (en) | 2000-07-13 | 2001-07-13 | Synthesis and antiviral evaluation of nucleic acid based (nab) libraries |
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JP2004504365A5 true JP2004504365A5 (ja) | 2005-02-24 |
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JP2002513928A Withdrawn JP2004504365A (ja) | 2001-07-13 | 2001-07-13 | 核酸ベース(nab)ライブラリーの合成および抗ウイルス評価 |
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2001
- 2001-07-13 JP JP2002513928A patent/JP2004504365A/ja not_active Withdrawn
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