JP2003515331A5 - - Google Patents
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Description
【特許請求の範囲】
【請求項1】 特異的標的リガンドを用いる予備選択をしていないナイーブポリペプチドレパートリーから、該特異的標的リガンドと相互作用し得る対象のポリペプチドを単離する方法であって、標的リガンドを用いてナイーブポリペプチドレパートリーを直接スクリーニングして対象のポリペプチドを特定することを含む、上記方法。
【請求項2】 ナイーブポリペプチドレパートリーを、機能的に発現させたポリペプチドレパートリー中の分子と結合可能な一般的リガンドを用いて予備選択することを特徴とする、請求項1記載の方法。
【請求項3】 上記一般的リガンドがポリペプチドのレパートリーのサブセットに結合するものである、請求項1または2記載の方法。
【請求項4】 2つ以上の上記サブセットが、ポリペプチドのレパートリーから選択されることを特徴とする、請求項3記載の方法。
【請求項5】 上記選択を2つ以上の一般的リガンドを用いて実施することを特徴とする、請求項4記載の方法。
【請求項6】 2つ以上の上記サブセットを選択した後に組み合わせて、1つの別のポリペプチドのレパートリーを作製することを特徴とする、請求項4または5記載の方法。
【請求項7】 2つ以上のポリペプチドのレパートリーを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたポリペプチドのサブセットを組み合わせることを特徴とする、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項8】 機能的に発現された標的リガンドを、1種以上の一般的リガンドへの結合能に基づいて一群の標的リガンドから選択することを特徴とする、請求項1記載の方法。
【請求項9】 レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドが免疫グロブリンスーパーファミリーに属するものである、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項10】 レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドが抗体またはT細胞受容体ポリペプチドである、請求項8記載の方法。
【請求項11】 レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドがVHまたはVβドメインである、請求項9記載の方法。
【請求項12】 レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドがVLまたはVαドメインである、請求項9記載の方法。
【請求項13】 請求項11記載のポリペプチドのレパートリーと請求項12記載のポリペプチドのレパートリーとを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたサブセットを組み合わせることを特徴とする方法。
【請求項14】 一般的リガンドが、金属イオンマトリクス、有機化合物の集団、タンパク質の集団、ペプチドの集団、モノクローナル抗体の集団、ポリクローナル抗体の集団およびスーパー抗原からなる群より選択されることを特徴とする、請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
【請求項15】 請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法により選択されたポリペプチドのレパートリーの1つ以上のメンバーを、検出、固定化、精製または免疫沈降するための方法であって、一般的リガンドを該メンバーに結合させることを含む、上記方法。
【請求項16】 ポリペプチドのレパートリーをコードする核酸分子をランダムに配置させてアレイを作製することを含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項17】 ポリペプチドのレパートリーをコードする核酸分子を規則正しく並べて配置させてアレイを作製することを含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項18】 ロボット工学的なトランスファーを用いてアレイ化することを特徴とする、請求項17記載の方法。
【請求項19】 ポリペプチドのレパートリーを2種以上の標的分子について別々にスクリーニングすることを特徴とする、請求項1〜18のいずれか1項に記載の方法。
【請求項20】 特異的標的リガンドを用いて直接スクリーニングするのに適していることを特徴とする、1種以上の一般的リガンドと結合させることにより非機能的なメンバーを完全にまたは部分的に排除したナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項21】 一般的リガンドおよび標的リガンドの両方を用いて選択するために設計されたナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項22】 免疫グロブリンスーパーファミリーのポリペプチドをコードするかまたは含む、請求項20または21記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項23】 ポリペプチドが抗体またはT細胞受容体ポリペプチドである、請求項22記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項24】 ポリペプチドがVHまたはVβドメインである、請求項23記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項25】 ポリペプチドがVLまたはVαドメインである、請求項24記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項26】 請求項24記載のポリペプチドのレパートリーおよび請求項25記載のポリペプチドのレパートリーを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたサブセットをまとめることを特徴とするナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項27】 レパートリーの機能的なメンバーが既知の主鎖立体構造を有することを特徴とする、請求項20〜26のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項28】 レパートリーの機能的なメンバーが単一の主鎖立体構造を有することを特徴とする、請求項27記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項29】 免疫グロブリン骨格が生殖細胞系列のV遺伝子断片の配列に基づくものであることを特徴とする、請求項27または28記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項30】 ポリペプチドがランダムな位置で変異していることを特徴とする、請求項20〜28のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項31】 ポリペプチドが選択された位置で変異していることを特徴とする、請求項20〜28のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項32】 上記選択された位置が標的リガンドに対する結合部位を形成する位置であることを特徴とする、請求項31記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項33】 上記選択された位置が標的リガンドに対する結合部位を形成する位置のサブセットであることを特徴とする、請求項32記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項34】 請求項33記載のポリペプチドのレパートリーをまず標的リガンドと接触させて標的リガンドに対して特異的なポリペプチドのサブセットを単離した後に、該ポリペプチドのサブセットを、その機能、標的リガンドの相互作用、特異性または親和性を変化させるために、その残基のさらなるサブセットを変異させていることを特徴とする、ナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項35】 上記変異が、変異させる位置に、20種全種の異なるアミノ酸を組込むことにより達成される、請求項31〜34のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項36】 上記変異が、変異させる位置に、20種全種ではなく数種の異なるアミノ酸を組込むことにより達成される、請求項31〜34のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項37】 請求項20〜36のいずれか1項に記載のポリペプチドのレパートリーをコードする核酸ライブラリー。
【請求項38】 固相支持体上にアレイの形態で固定化されていることを特徴とする、請求項20〜36のいずれか1項に記載のポリペプチドのレパートリー。
【請求項39】 固相支持体上に固定化されている一般的リガンドに該レパートリーのポリペプチドが結合することによりアレイ化されていることを特徴とする、請求項38記載のレパートリー。
【請求項40】 固相支持体にポリペプチドが直接結合することによりアレイ化されていることを特徴とする、請求項38記載のレパートリー。
【請求項41】 溶液の形態でスクリーニングされることを特徴とする、請求項20〜36のいずれか1項に記載のポリペプチドのレパートリー。
【請求項1】 特異的標的リガンドを用いる予備選択をしていないナイーブポリペプチドレパートリーから、該特異的標的リガンドと相互作用し得る対象のポリペプチドを単離する方法であって、標的リガンドを用いてナイーブポリペプチドレパートリーを直接スクリーニングして対象のポリペプチドを特定することを含む、上記方法。
【請求項2】 ナイーブポリペプチドレパートリーを、機能的に発現させたポリペプチドレパートリー中の分子と結合可能な一般的リガンドを用いて予備選択することを特徴とする、請求項1記載の方法。
【請求項3】 上記一般的リガンドがポリペプチドのレパートリーのサブセットに結合するものである、請求項1または2記載の方法。
【請求項4】 2つ以上の上記サブセットが、ポリペプチドのレパートリーから選択されることを特徴とする、請求項3記載の方法。
【請求項5】 上記選択を2つ以上の一般的リガンドを用いて実施することを特徴とする、請求項4記載の方法。
【請求項6】 2つ以上の上記サブセットを選択した後に組み合わせて、1つの別のポリペプチドのレパートリーを作製することを特徴とする、請求項4または5記載の方法。
【請求項7】 2つ以上のポリペプチドのレパートリーを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたポリペプチドのサブセットを組み合わせることを特徴とする、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
【請求項8】 機能的に発現された標的リガンドを、1種以上の一般的リガンドへの結合能に基づいて一群の標的リガンドから選択することを特徴とする、請求項1記載の方法。
【請求項9】 レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドが免疫グロブリンスーパーファミリーに属するものである、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
【請求項10】 レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドが抗体またはT細胞受容体ポリペプチドである、請求項8記載の方法。
【請求項11】 レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドがVHまたはVβドメインである、請求項9記載の方法。
【請求項12】 レパートリーのポリペプチドまたは標的リガンドがVLまたはVαドメインである、請求項9記載の方法。
【請求項13】 請求項11記載のポリペプチドのレパートリーと請求項12記載のポリペプチドのレパートリーとを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたサブセットを組み合わせることを特徴とする方法。
【請求項14】 一般的リガンドが、金属イオンマトリクス、有機化合物の集団、タンパク質の集団、ペプチドの集団、モノクローナル抗体の集団、ポリクローナル抗体の集団およびスーパー抗原からなる群より選択されることを特徴とする、請求項1〜13のいずれか1項に記載の方法。
【請求項15】 請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法により選択されたポリペプチドのレパートリーの1つ以上のメンバーを、検出、固定化、精製または免疫沈降するための方法であって、一般的リガンドを該メンバーに結合させることを含む、上記方法。
【請求項16】 ポリペプチドのレパートリーをコードする核酸分子をランダムに配置させてアレイを作製することを含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項17】 ポリペプチドのレパートリーをコードする核酸分子を規則正しく並べて配置させてアレイを作製することを含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
【請求項18】 ロボット工学的なトランスファーを用いてアレイ化することを特徴とする、請求項17記載の方法。
【請求項19】 ポリペプチドのレパートリーを2種以上の標的分子について別々にスクリーニングすることを特徴とする、請求項1〜18のいずれか1項に記載の方法。
【請求項20】 特異的標的リガンドを用いて直接スクリーニングするのに適していることを特徴とする、1種以上の一般的リガンドと結合させることにより非機能的なメンバーを完全にまたは部分的に排除したナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項21】 一般的リガンドおよび標的リガンドの両方を用いて選択するために設計されたナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項22】 免疫グロブリンスーパーファミリーのポリペプチドをコードするかまたは含む、請求項20または21記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項23】 ポリペプチドが抗体またはT細胞受容体ポリペプチドである、請求項22記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項24】 ポリペプチドがVHまたはVβドメインである、請求項23記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項25】 ポリペプチドがVLまたはVαドメインである、請求項24記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項26】 請求項24記載のポリペプチドのレパートリーおよび請求項25記載のポリペプチドのレパートリーを一般的リガンドと接触させて、そこで得られたサブセットをまとめることを特徴とするナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項27】 レパートリーの機能的なメンバーが既知の主鎖立体構造を有することを特徴とする、請求項20〜26のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項28】 レパートリーの機能的なメンバーが単一の主鎖立体構造を有することを特徴とする、請求項27記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項29】 免疫グロブリン骨格が生殖細胞系列のV遺伝子断片の配列に基づくものであることを特徴とする、請求項27または28記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項30】 ポリペプチドがランダムな位置で変異していることを特徴とする、請求項20〜28のいずれか1項に記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
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【請求項33】 上記選択された位置が標的リガンドに対する結合部位を形成する位置のサブセットであることを特徴とする、請求項32記載のナイーブポリペプチドレパートリー。
【請求項34】 請求項33記載のポリペプチドのレパートリーをまず標的リガンドと接触させて標的リガンドに対して特異的なポリペプチドのサブセットを単離した後に、該ポリペプチドのサブセットを、その機能、標的リガンドの相互作用、特異性または親和性を変化させるために、その残基のさらなるサブセットを変異させていることを特徴とする、ナイーブポリペプチドレパートリー。
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【請求項38】 固相支持体上にアレイの形態で固定化されていることを特徴とする、請求項20〜36のいずれか1項に記載のポリペプチドのレパートリー。
【請求項39】 固相支持体上に固定化されている一般的リガンドに該レパートリーのポリペプチドが結合することによりアレイ化されていることを特徴とする、請求項38記載のレパートリー。
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