JP2003304882A - リボソームの構造およびタンパク質合成インヒビター - Google Patents
リボソームの構造およびタンパク質合成インヒビターInfo
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Abstract
(57)【要約】 （修正有）
【課題】単独または蛋白質合成インヒビターと組み合わ
せた大リボソームサブユニットの３次元構造を解明する
ための方法及び組成物を提供する。 【解決手段】リボソームおよびリボソームサブユニット
の高分解能の結晶を生成するための方法、及び生成され
た結晶、単独又は蛋白質合成インヒビターと組み合わせ
てのリボソームサブユニットの高分解能の構造、ならび
に、リボソーム関連リガンド及び蛋白質合成インヒビタ
ーとして作用し得るリガンドを設計するための方法。
せた大リボソームサブユニットの３次元構造を解明する
ための方法及び組成物を提供する。 【解決手段】リボソームおよびリボソームサブユニット
の高分解能の結晶を生成するための方法、及び生成され
た結晶、単独又は蛋白質合成インヒビターと組み合わせ
てのリボソームサブユニットの高分解能の構造、ならび
に、リボソーム関連リガンド及び蛋白質合成インヒビタ
ーとして作用し得るリガンドを設計するための方法。
Description
【０００１】（関連出願）本出願は、２００１年８月３
日に出願された同時継続中の米国特許出願番号０９／９
２２，２５１の一部継続出願である、２００２年２月８
日に出願された同時継続中の米国出願番号１０／０７
２，６３４の一部継続出願、ならびに（ｉ）２００２年
１月１４日に出願された米国仮出願番号６０／３４８，
７３１、（ｉｉ）２００２年１月２５日に出願された米
国仮出願番号６０／３５２，０２４の利益を主張する。
前述の開示の各々は、本明細書中で参考として援用され
る。
日に出願された同時継続中の米国特許出願番号０９／９
２２，２５１の一部継続出願である、２００２年２月８
日に出願された同時継続中の米国出願番号１０／０７
２，６３４の一部継続出願、ならびに（ｉ）２００２年
１月１４日に出願された米国仮出願番号６０／３４８，
７３１、（ｉｉ）２００２年１月２５日に出願された米
国仮出願番号６０／３５２，０２４の利益を主張する。
前述の開示の各々は、本明細書中で参考として援用され
る。
【０００２】（政府のライセンス権利）本明細書中で記
載された特定の研究は、米国国立衛生研究所によって授
与された連邦政府助成金番号ＮＩＨ−ＧＭ２２７７８お
よびＮＩＨ−ＧＭ５４２１６によって、一部支援され
た。政府は、本発明において特定の権利を有し得る。
載された特定の研究は、米国国立衛生研究所によって授
与された連邦政府助成金番号ＮＩＨ−ＧＭ２２７７８お
よびＮＩＨ−ＧＭ５４２１６によって、一部支援され
た。政府は、本発明において特定の権利を有し得る。
【０００３】（発明の分野）本発明は、一般的には、タ
ンパク質生合成の分野およびタンパク質生合成のモジュ
レーター（例えば、インヒビター）に関する。より特
に、本発明は、単独またはタンパク質合成インヒビター
と組み合わせた大リボソームサブユニットの３次元構造
を解明するための方法および組成物；単独またはタンパ
ク質合成インヒビターと組み合わせた大リボソームサブ
ユニットの３次元構造；このような構造の、新規のタン
パク質合成インヒビターの設計および試験における使
用；ならびに、新規のタンパク質合成インヒビター、に
関する。
ンパク質生合成の分野およびタンパク質生合成のモジュ
レーター（例えば、インヒビター）に関する。より特
に、本発明は、単独またはタンパク質合成インヒビター
と組み合わせた大リボソームサブユニットの３次元構造
を解明するための方法および組成物；単独またはタンパ
ク質合成インヒビターと組み合わせた大リボソームサブ
ユニットの３次元構造；このような構造の、新規のタン
パク質合成インヒビターの設計および試験における使
用；ならびに、新規のタンパク質合成インヒビター、に
関する。
【０００４】（背景）
（Ｉ．リボソーム：構造、機能および組成）リボソーム
は、原核生物および真核生物の両方において存在するリ
ボ核タンパク質である。リボソームは、約３分の２のＲ
ＮＡ、そして３分の１のタンパク質からなる。リボソー
ムは、タンパク質合成を担う細胞小器官である。遺伝子
発現の間、リボソームは、メッセンジャーＲＮＡにコー
ドされた遺伝情報を、タンパク質に翻訳する（Ｇａｒｒ
ｅｔｔら（２０００）「Ｔｈｅ Ｒｉｂｏｓｏｍｅ：Ｓ
ｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，Ａｎｔｉｂｉｏ
ｔｉｃｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｎｔｅｒａｃ
ｔｉｏｎｓ，」Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆ
ｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏ
ｎ，Ｄ．Ｃ．）。
は、原核生物および真核生物の両方において存在するリ
ボ核タンパク質である。リボソームは、約３分の２のＲ
ＮＡ、そして３分の１のタンパク質からなる。リボソー
ムは、タンパク質合成を担う細胞小器官である。遺伝子
発現の間、リボソームは、メッセンジャーＲＮＡにコー
ドされた遺伝情報を、タンパク質に翻訳する（Ｇａｒｒ
ｅｔｔら（２０００）「Ｔｈｅ Ｒｉｂｏｓｏｍｅ：Ｓ
ｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，Ａｎｔｉｂｉｏ
ｔｉｃｓ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｎｔｅｒａｃ
ｔｉｏｎｓ，」Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆ
ｏｒ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏ
ｎ，Ｄ．Ｃ．）。
【０００５】リボソームは、２つの等価ではないリボ核
タンパク質サブユニットを構成する。大きい方のサブユ
ニット（「大リボソームサブユニット」としても公知で
ある）は、小さい方のサブユニット（「小リボソームサ
ブユニット」としても公知である）の大きさの約２倍で
ある。小リボソームサブユニットは、メッセンジャーＲ
ＮＡ（ｍＲＮＡ）を結合し、そして翻訳の忠実度が依存
するｍＲＮＡとトランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）のア
ンチコドンとの間の相互作用を媒介する。大リボソーム
サブユニットは、ペプチド結合形成を触媒し（タンパク
質合成のペプチジルトランスフェラーゼ反応）、そして
（少なくとも）２つの異なるｔＲＮＡ結合部位を含む：
入来するアミノアシルｔＲＮＡ（成長するペプチド鎖に
アミノ酸を与える）を適応させるＡ部位、およびペプチ
ジルｔＲＮＡ複合体（すなわち、ペプチド鎖に付加され
るまではすべてのアミノ酸に連結されるｔＲＮＡ）を適
応させるＰ部位。大リボソームサブユニットはまた、タ
ンパク質合成の開始期、伸長期および終結期において援
助するＧタンパク質因子の１つ以上の結合部位を含む。
大リボソームサブユニットおよび小リボソームサブユニ
ットは、タンパク質合成の開始期の間に独立してふるま
う；しかし、これらのサブユニットは、今にも伸長が開
始されようとしているときに、完全なリボソームへと集
合する。
タンパク質サブユニットを構成する。大きい方のサブユ
ニット（「大リボソームサブユニット」としても公知で
ある）は、小さい方のサブユニット（「小リボソームサ
ブユニット」としても公知である）の大きさの約２倍で
ある。小リボソームサブユニットは、メッセンジャーＲ
ＮＡ（ｍＲＮＡ）を結合し、そして翻訳の忠実度が依存
するｍＲＮＡとトランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）のア
ンチコドンとの間の相互作用を媒介する。大リボソーム
サブユニットは、ペプチド結合形成を触媒し（タンパク
質合成のペプチジルトランスフェラーゼ反応）、そして
（少なくとも）２つの異なるｔＲＮＡ結合部位を含む：
入来するアミノアシルｔＲＮＡ（成長するペプチド鎖に
アミノ酸を与える）を適応させるＡ部位、およびペプチ
ジルｔＲＮＡ複合体（すなわち、ペプチド鎖に付加され
るまではすべてのアミノ酸に連結されるｔＲＮＡ）を適
応させるＰ部位。大リボソームサブユニットはまた、タ
ンパク質合成の開始期、伸長期および終結期において援
助するＧタンパク質因子の１つ以上の結合部位を含む。
大リボソームサブユニットおよび小リボソームサブユニ
ットは、タンパク質合成の開始期の間に独立してふるま
う；しかし、これらのサブユニットは、今にも伸長が開
始されようとしているときに、完全なリボソームへと集
合する。
【０００６】原核生物のリボソームの分子量は、約２．
６×１０６ダルトンである。原核生物において、小リボ
ソームサブユニットは、約５．０×１０５ダルトンの分
子量を有する１６Ｓ（Ｓｖｅｄｂｅｒｇ単位）リボソー
ムＲＮＡ（ｒＲＮＡ）を含む。大リボソームサブユニッ
トは、約１．０×１０６ダルトンの分子量を有する２３
Ｓ ｒＲＮＡ、および約４．０×１０５ダルトンの分子
量を有する５Ｓ ｒＲＮＡを含む。原核生物の小サブユ
ニットは、約２０の異なるタンパク質を含み、そしてそ
の大サブユニットは、約３５のタンパク質を含む。大リ
ボソームサブユニットおよび小リボソームサブユニット
は、原核生物において、一緒に７０Ｓリボソームを構成
する。
６×１０６ダルトンである。原核生物において、小リボ
ソームサブユニットは、約５．０×１０５ダルトンの分
子量を有する１６Ｓ（Ｓｖｅｄｂｅｒｇ単位）リボソー
ムＲＮＡ（ｒＲＮＡ）を含む。大リボソームサブユニッ
トは、約１．０×１０６ダルトンの分子量を有する２３
Ｓ ｒＲＮＡ、および約４．０×１０５ダルトンの分子
量を有する５Ｓ ｒＲＮＡを含む。原核生物の小サブユ
ニットは、約２０の異なるタンパク質を含み、そしてそ
の大サブユニットは、約３５のタンパク質を含む。大リ
ボソームサブユニットおよび小リボソームサブユニット
は、原核生物において、一緒に７０Ｓリボソームを構成
する。
【０００７】真核生物のリボソームは、一般的に、その
原核生物の対応物よりも大きい。真核生物において、大
リボソームサブユニットおよび小サブユニットは、一緒
に８０Ｓリボソームを構成する。真核生物のリボソーム
の小サブユニットは、単一の１８Ｓ ｒＲＮＡを含む
が、一方、大サブユニットは、５Ｓ ｒＲＮＡ、５．８
Ｓ ｒＲＮＡおよび２８Ｓ ｒＲＮＡを含む。５．８Ｓ
ｒＲＮＡは、構造的に、原核生物の２３Ｓ ｒＲＮＡ
の５’末端に関連し、そして２８Ｓ ｒＲＮＡは、構造
的に、原核生物の２３Ｓ ｒＲＮＡの残りに関連する
（Ｍｏｏｒｅ（１９９８）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐ
ｈｙｓ．２７：３５−５８）。真核生物のリボソームタ
ンパク質は、性質上原核生物のリボソームタンパク質に
類似する；しかし、真核生物のタンパク質はより大き
く、そしてより多数からなる（Ｍｏｏｒｅ（１９９８）
前出）。
原核生物の対応物よりも大きい。真核生物において、大
リボソームサブユニットおよび小サブユニットは、一緒
に８０Ｓリボソームを構成する。真核生物のリボソーム
の小サブユニットは、単一の１８Ｓ ｒＲＮＡを含む
が、一方、大サブユニットは、５Ｓ ｒＲＮＡ、５．８
Ｓ ｒＲＮＡおよび２８Ｓ ｒＲＮＡを含む。５．８Ｓ
ｒＲＮＡは、構造的に、原核生物の２３Ｓ ｒＲＮＡ
の５’末端に関連し、そして２８Ｓ ｒＲＮＡは、構造
的に、原核生物の２３Ｓ ｒＲＮＡの残りに関連する
（Ｍｏｏｒｅ（１９９８）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐ
ｈｙｓ．２７：３５−５８）。真核生物のリボソームタ
ンパク質は、性質上原核生物のリボソームタンパク質に
類似する；しかし、真核生物のタンパク質はより大き
く、そしてより多数からなる（Ｍｏｏｒｅ（１９９８）
前出）。
【０００８】（ＩＩ．大リボソームサブユニットの構造
保存）大リボソームサブユニットの化学組成は、種間に
よって異なるが、この成分の配列は、これらが３次元構
造において類似し、類似の様式で機能し、そして進化的
に関連するという明白な証拠を提供する。入手可能なｒ
ＲＮＡ配列データの進化的に密接な関係は、Ｒｉｂｏｓ
ｏｍａｌ ＲＮＡ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｅｖｏｌｕｔ
ｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉ
ｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉ
ｓ，（ＺｉｍｍｅｒｍａｎｎおよびＤａｈｌｂｅｒｇ、
編）、（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，
ＦＬ，１９９６）の第ＩＩ章におけるＷｏｅｓｅなどの
論文において総説される。同じ巻の第ＩＶ章におけるＧ
ａｒｒｅｔおよびＲｏｄｒｉｇｕｅｚ−Ｆｏｎｓｅｃａ
による論文では、大リボソームサブユニットのペプチジ
ルトランスフェラーゼ領域において観察される、著しく
高レベルの配列保存が議論される。Ｈａｌｏａｒｃｕｌ
ａ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉのような古細菌（ａｒｃｈ
ｅａｌ）種のリボソームは、Ｅ．ｃｏｌｉのような真正
細菌種から得られたリボソームに大きさおよび複雑さが
似ている。しかし、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉリボソ
ームにおけるタンパク質は、真核生物において見出され
たリボソームタンパク質により密接に関連する（Ｗｏｏ
ｌら（１９９５）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏ
ｌ．７３：９３３−９４７）。
保存）大リボソームサブユニットの化学組成は、種間に
よって異なるが、この成分の配列は、これらが３次元構
造において類似し、類似の様式で機能し、そして進化的
に関連するという明白な証拠を提供する。入手可能なｒ
ＲＮＡ配列データの進化的に密接な関係は、Ｒｉｂｏｓ
ｏｍａｌ ＲＮＡ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｅｖｏｌｕｔ
ｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉ
ｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉ
ｓ，（ＺｉｍｍｅｒｍａｎｎおよびＤａｈｌｂｅｒｇ、
編）、（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，
ＦＬ，１９９６）の第ＩＩ章におけるＷｏｅｓｅなどの
論文において総説される。同じ巻の第ＩＶ章におけるＧ
ａｒｒｅｔおよびＲｏｄｒｉｇｕｅｚ−Ｆｏｎｓｅｃａ
による論文では、大リボソームサブユニットのペプチジ
ルトランスフェラーゼ領域において観察される、著しく
高レベルの配列保存が議論される。Ｈａｌｏａｒｃｕｌ
ａ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉのような古細菌（ａｒｃｈ
ｅａｌ）種のリボソームは、Ｅ．ｃｏｌｉのような真正
細菌種から得られたリボソームに大きさおよび複雑さが
似ている。しかし、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉリボソ
ームにおけるタンパク質は、真核生物において見出され
たリボソームタンパク質により密接に関連する（Ｗｏｏ
ｌら（１９９５）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏ
ｌ．７３：９３３−９４７）。
【０００９】（ＩＩＩ．リボソームの構造の決定）リボ
ソームの構造について公知の事柄の多くは、比較的低分
解能の情報を生成する物理学的方法および化学的方法か
ら導かれる。電子顕微鏡（ＥＭ）は、リボソームが発見
されて以来ずっと、リボソーム構造の理解に寄与してき
た。１９７０年代に、低分解能のＥＭによって、リボソ
ームの形状および４要素からなる構成が明らかにされ
た。１９８０年代末までに、Ｅ．ｃｏｌｉの小サブユニ
ットにおけるすべてのタンパク質、ならびに大サブユニ
ットにおける多くのタンパク質の表面エピトープの位置
が、免疫電子顕微鏡法技術を使用して、マッピングされ
た（Ｏａｋｅｓら（１９８６）、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，
Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ
Ｒｉｂｏｓｏｍｅｓ，（Ｈａｒｄｅｓｔｙ，Ｂ．および
Ｋｒａｍｅｒ，Ｇ．、編）Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌ
ａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ，４７−６７頁；Ｓｔｏ
ｅｆｆｌｅｒら（１９８６），Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆ
ｕｎｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｒ
ｉｂｏｓｏｍｅｓ，（Ｈａｒｄｅｓｔｙ，Ｂ．およびＫ
ｒａｍｅｒ，Ｇ．、編）Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａ
ｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ，２８−４６頁）。最近数
年間に、単一粒子の凍結ＥＭおよび画像再構築における
利点が、１５Åと２５Åとの間の分解能までのＥ．ｃｏ
ｌｉの７０ＳリボソームならびにｔＲＮＡおよび伸長因
子とのその複合体の３次元再構築を導いた（Ｓｔａｒｋ
ら（１９９５）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ３：８１５−８２
１；Ｓｔａｒｋら（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ３８９８：
４０３−４０６；Ａｇｒａｗａｌら（１９９６）Ｓｃｉ
ｅｎｃｅ ２７１：１０００−１００２；Ｓｔａｒｋら
（１９９７）Ｃｅｌｌ ２８：１９−２８）。さらに、
リボソームの３次元ＥＭ画像が、十分に高い分解能で生
成され、その結果、タンパク質合成において援助するタ
ンパク質および核酸の多くが、リボソームに結合して可
視化され得る。大サブユニットにおけるＲＮＡ構造の近
似モデルが、Ｅ．ｃｏｌｉ由来の５０Ｓサブユニットの
７．５Å分解能の電子顕微鏡地図、および入手可能な生
化学的データに適合するように構築された（Ｍｕｅｌｌ
ｅｒら（２０００）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９８：３
５−５９）。
ソームの構造について公知の事柄の多くは、比較的低分
解能の情報を生成する物理学的方法および化学的方法か
ら導かれる。電子顕微鏡（ＥＭ）は、リボソームが発見
されて以来ずっと、リボソーム構造の理解に寄与してき
た。１９７０年代に、低分解能のＥＭによって、リボソ
ームの形状および４要素からなる構成が明らかにされ
た。１９８０年代末までに、Ｅ．ｃｏｌｉの小サブユニ
ットにおけるすべてのタンパク質、ならびに大サブユニ
ットにおける多くのタンパク質の表面エピトープの位置
が、免疫電子顕微鏡法技術を使用して、マッピングされ
た（Ｏａｋｅｓら（１９８６）、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，
Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ
Ｒｉｂｏｓｏｍｅｓ，（Ｈａｒｄｅｓｔｙ，Ｂ．および
Ｋｒａｍｅｒ，Ｇ．、編）Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌ
ａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ，４７−６７頁；Ｓｔｏ
ｅｆｆｌｅｒら（１９８６），Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆ
ｕｎｃｔｉｏｎ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｒ
ｉｂｏｓｏｍｅｓ，（Ｈａｒｄｅｓｔｙ，Ｂ．およびＫ
ｒａｍｅｒ，Ｇ．、編）Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａ
ｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ，２８−４６頁）。最近数
年間に、単一粒子の凍結ＥＭおよび画像再構築における
利点が、１５Åと２５Åとの間の分解能までのＥ．ｃｏ
ｌｉの７０ＳリボソームならびにｔＲＮＡおよび伸長因
子とのその複合体の３次元再構築を導いた（Ｓｔａｒｋ
ら（１９９５）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ３：８１５−８２
１；Ｓｔａｒｋら（１９９７）Ｎａｔｕｒｅ３８９８：
４０３−４０６；Ａｇｒａｗａｌら（１９９６）Ｓｃｉ
ｅｎｃｅ ２７１：１０００−１００２；Ｓｔａｒｋら
（１９９７）Ｃｅｌｌ ２８：１９−２８）。さらに、
リボソームの３次元ＥＭ画像が、十分に高い分解能で生
成され、その結果、タンパク質合成において援助するタ
ンパク質および核酸の多くが、リボソームに結合して可
視化され得る。大サブユニットにおけるＲＮＡ構造の近
似モデルが、Ｅ．ｃｏｌｉ由来の５０Ｓサブユニットの
７．５Å分解能の電子顕微鏡地図、および入手可能な生
化学的データに適合するように構築された（Ｍｕｅｌｌ
ｅｒら（２０００）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９８：３
５−５９）。
【００１０】ＥＭによって提供された洞察が有用である
一方、リボソーム構造の完全な理解はＸ線結晶学のみか
ら導かれると長い間認識されていた。１９７９年に、Ｙ
ｏｎａｔｈおよびＷｉｔｔｍａｎは、リボソームおよび
リボソームサブユニットの最初の潜在的に有用な結晶を
得た（Ｙｏｎａｔｈら（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｉ
ｎｔｅｒｎａｔ．１：４２８−４３５）。１９８０年代
中頃までに、科学者らは、Ｘ線結晶学のためのリボソー
ムの結晶を調製していた（Ｍａｓｋｏｗｓｋｉら（１９
８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９３：８１８−８２
２）。Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５０Ｓリボソ
ームサブユニットの最初の結晶は、１９８７年に得られ
た。１９９１年には、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５
０Ｓリボソームサブユニットの結晶から得られ得る回折
データの分解能における改良が報告された（ｖａｎ Ｂ
ｏｈｌｅｎ，Ｋ．（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．
２２２：１１）。
一方、リボソーム構造の完全な理解はＸ線結晶学のみか
ら導かれると長い間認識されていた。１９７９年に、Ｙ
ｏｎａｔｈおよびＷｉｔｔｍａｎは、リボソームおよび
リボソームサブユニットの最初の潜在的に有用な結晶を
得た（Ｙｏｎａｔｈら（１９８０）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｉ
ｎｔｅｒｎａｔ．１：４２８−４３５）。１９８０年代
中頃までに、科学者らは、Ｘ線結晶学のためのリボソー
ムの結晶を調製していた（Ｍａｓｋｏｗｓｋｉら（１９
８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９３：８１８−８２
２）。Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５０Ｓリボソ
ームサブユニットの最初の結晶は、１９８７年に得られ
た。１９９１年には、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５
０Ｓリボソームサブユニットの結晶から得られ得る回折
データの分解能における改良が報告された（ｖａｎ Ｂ
ｏｈｌｅｎ，Ｋ．（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．
２２２：１１）。
【００１１】１９９５年には、好塩菌供給源および好熱
性細菌供給源由来の大リボソームサブユニットおよび小
リボソームサブユニットの低分解能電子密度地図が報告
された（Ｓｃｈｌｕｎｚｅｎら（１９９５）Ｂｉｏｃｈ
ｅｍ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．７３：７３９−７４９）。
しかし、これらの低分解能電子密度地図は、偽であるこ
とが証明された（Ｂａｎら（１９９８）Ｃｅｌｌ ９
３：１１０５−１１１５）。
性細菌供給源由来の大リボソームサブユニットおよび小
リボソームサブユニットの低分解能電子密度地図が報告
された（Ｓｃｈｌｕｎｚｅｎら（１９９５）Ｂｉｏｃｈ
ｅｍ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．７３：７３９−７４９）。
しかし、これらの低分解能電子密度地図は、偽であるこ
とが証明された（Ｂａｎら（１９９８）Ｃｅｌｌ ９
３：１１０５−１１１５）。
【００１２】二重鎖ＲＮＡとして認識できる特徴を示し
たリボソームの最初の電子密度地図は、Ｈａｌｏａｒｃ
ｕｌａ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の大サブユニット
の９Åの分解能のＸ線結晶学的地図であった（Ｂａｎら
（１９９８）前出）。５Åの分解能までのこの地図のフ
ェイジング（ｐｈａｓｉｎｇ）の拡大は、いくつかのタ
ンパク質および核酸配列の位置決定を可能にし、これら
の構造は独立に決定された（Ｂａｎら（１９９９）Ｎａ
ｔｕｒｅ ４００：８４１−８４７）。
たリボソームの最初の電子密度地図は、Ｈａｌｏａｒｃ
ｕｌａ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の大サブユニット
の９Åの分解能のＸ線結晶学的地図であった（Ｂａｎら
（１９９８）前出）。５Åの分解能までのこの地図のフ
ェイジング（ｐｈａｓｉｎｇ）の拡大は、いくつかのタ
ンパク質および核酸配列の位置決定を可能にし、これら
の構造は独立に決定された（Ｂａｎら（１９９９）Ｎａ
ｔｕｒｅ ４００：８４１−８４７）。
【００１３】ほぼ同時に、同様の結晶学的ストラテジー
を使用して、ｔＲＮＡ分子のＡ部位、Ｐ部位およびＥ部
位（タンパク質の出口部位）に結合したｔＲＮＡ分子の
位置を示す完全なＴｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉ
ｌｕｓのリボソームの７．８Åの分解能の地図が生成さ
れ（Ｃａｔｅら（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８５：
２０９５−２１０４）、そして、解かれたタンパク質の
構造およびそのＲＮＡの特徴のいくつかの解釈の適合を
可能にするＴ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ由来の３０Ｓ
サブユニットの５．５Åの分解能の地図が得られた（Ｃ
ｌｅｍｏｎｓ，Ｊｒ．ら（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ ４
００：８３３−８４０）。引き続いて、Ｔ．ｔｈｅｒｍ
ｏｐｈｉｌｕｓの３０Ｓサブユニットの４．５Åの分解
能の地図が公表され、この地図は、６Åの分解能の実験
地図を使用して得られたサブユニットの質量の２８％に
対応するモデルから計算された位相に、一部基づいた
（Ｔｏｃｉｌｊら（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａ
ｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９６：１４２５２−１４２５
７）。
を使用して、ｔＲＮＡ分子のＡ部位、Ｐ部位およびＥ部
位（タンパク質の出口部位）に結合したｔＲＮＡ分子の
位置を示す完全なＴｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏｐｈｉ
ｌｕｓのリボソームの７．８Åの分解能の地図が生成さ
れ（Ｃａｔｅら（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８５：
２０９５−２１０４）、そして、解かれたタンパク質の
構造およびそのＲＮＡの特徴のいくつかの解釈の適合を
可能にするＴ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ由来の３０Ｓ
サブユニットの５．５Åの分解能の地図が得られた（Ｃ
ｌｅｍｏｎｓ，Ｊｒ．ら（１９９９）Ｎａｔｕｒｅ ４
００：８３３−８４０）。引き続いて、Ｔ．ｔｈｅｒｍ
ｏｐｈｉｌｕｓの３０Ｓサブユニットの４．５Åの分解
能の地図が公表され、この地図は、６Åの分解能の実験
地図を使用して得られたサブユニットの質量の２８％に
対応するモデルから計算された位相に、一部基づいた
（Ｔｏｃｉｌｊら（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａ
ｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９６：１４２５２−１４２５
７）。
【００１４】（ＩＶ．大リボソームサブユニットにおけ
るペプチジルトランスフェラーゼ部位の位置）約３５年
間、メッセンジャーＲＮＡ指向性タンパク質合成の間に
起こるペプチド結合形成を担うペプチジルトランスフェ
ラーゼ活性が、大リボソームサブユニットに内因性であ
ることが公知であり（Ｔｒａｕｔら（１９６４）Ｊ．Ｍ
ｏｌ．Ｂｉｏｌ．１０：６３；Ｒｙｃｈｌｉｋ（１９６
６）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ １１
４：４２５；Ｍｏｎｒｏ（１９６７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉ
ｏｌ．２６：１４７−１５１；Ｍａｎｄｅｎら（１９６
８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３５：３３３−３４５）、
そしてリボソームが、タンパク質ならびにＲＮＡを含む
ことが、いっそう長い間理解されていた。例えば、細菌
の特定の種では、大リボソームサブユニットは、約３５
の異なるタンパク質および２つのＲＮＡを含む（Ｎｏｌ
ｌｅｒ（１９８４）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．
５３：１１９−１６２；Ｗｉｔｔｍａｎｎ−Ｌｉｅｂｏ
ｌｄら（１９９０）Ｔｈｅ Ｒｉｂｏｓｏｍｅ：Ｓｔｒ
ｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ Ｅｖｏｌｕ
ｔｉｏｎ，（Ｗ．Ｅ．Ｈｉｌｌら、編）Ａｍｅｒｉｃａ
ｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇ
ｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．（１９９０），５
９８−６１６頁）。これらの知見は、３つの関連した質
問を提起した。どの大リボソームサブユニットの約４０
の高分子成分が、そのペプチジルトランスフェラーゼ部
位に寄与するのか、どこが、大サブユニットに位置する
ペプチジルトランスフェラーゼ部位なのか、そしてどの
ようにして働くのか。
るペプチジルトランスフェラーゼ部位の位置）約３５年
間、メッセンジャーＲＮＡ指向性タンパク質合成の間に
起こるペプチド結合形成を担うペプチジルトランスフェ
ラーゼ活性が、大リボソームサブユニットに内因性であ
ることが公知であり（Ｔｒａｕｔら（１９６４）Ｊ．Ｍ
ｏｌ．Ｂｉｏｌ．１０：６３；Ｒｙｃｈｌｉｋ（１９６
６）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ １１
４：４２５；Ｍｏｎｒｏ（１９６７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉ
ｏｌ．２６：１４７−１５１；Ｍａｎｄｅｎら（１９６
８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３５：３３３−３４５）、
そしてリボソームが、タンパク質ならびにＲＮＡを含む
ことが、いっそう長い間理解されていた。例えば、細菌
の特定の種では、大リボソームサブユニットは、約３５
の異なるタンパク質および２つのＲＮＡを含む（Ｎｏｌ
ｌｅｒ（１９８４）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．
５３：１１９−１６２；Ｗｉｔｔｍａｎｎ−Ｌｉｅｂｏ
ｌｄら（１９９０）Ｔｈｅ Ｒｉｂｏｓｏｍｅ：Ｓｔｒ
ｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ Ｅｖｏｌｕ
ｔｉｏｎ，（Ｗ．Ｅ．Ｈｉｌｌら、編）Ａｍｅｒｉｃａ
ｎ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｆｏｒＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇ
ｙ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．（１９９０），５
９８−６１６頁）。これらの知見は、３つの関連した質
問を提起した。どの大リボソームサブユニットの約４０
の高分子成分が、そのペプチジルトランスフェラーゼ部
位に寄与するのか、どこが、大サブユニットに位置する
ペプチジルトランスフェラーゼ部位なのか、そしてどの
ようにして働くのか。
【００１５】１９８０年までに、リボソームのペプチジ
ルトランスフェラーゼの一部分であり得る成分のリスト
が、約６つのタンパク質および２３Ｓ ｒＲＮＡに減少
された（Ｃｏｏｐｅｒｍａｎ（１９８０）Ｒｉｂｏｓｏ
ｍｅｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ａｎ
ｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，（Ｇ．Ｃｈａｍｂｌｉｓｓら、
編）Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐａｒｋ Ｐｒｅｓｓ，Ｂ
ａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ（１９８０），５３１−５５
４）を参照のこと）。その後、触媒ＲＮＡが発見され
（Ｇｕｅｒｒｉｅｒ−Ｔａｋａｄａら（１９８３）Ｃｅ
ｌｌ ３５：８４９−８５７；Ｋｒｕｎｇｅｒら（１９
８２）Ｃｅｌｌ ３１：１４７−１５７）、２３Ｓ ｒ
ＲＮＡが、その唯一の成分であると仮定され、これは、
支持を得る数年前に提唱された。１９８４年には、Ｎｏ
ｌｌｅｒおよび同僚が、Ｕ２６１９およびＵ２６２０
（Ｅ．ｃｏｌｉでは、Ｕ２５８４、Ｕ２５８５）が、Ｐ
部位に結合したｔＲＮＡのＣＣＡ末端に隣接することを
示したアフィニティー標識の結果を公表した（Ｂａｒｔ
ａら（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃ
ｉ．ＵＳＡ ８１：３６０７−３６１１；Ｖｅｓｔｅｒ
ら（１９８８）ＥＭＢＯ Ｊ．７：３５７７−３５８
７）。これらのヌクレオチドは、２３Ｓ ｒＲＮＡのＶ
ドメインの中央の高度に保存された内部ループの一部分
のようである。このループが、ペプチジルトランスフェ
ラーゼ活性に密接に関与するという仮説は、ループにお
ける変異が、細胞をペプチジルトランスフェラーゼの多
くのインヒビターに対して耐性にするという観察によっ
て支持され、そしてこの活性に関係している証拠が、マ
ウントに寄与した（Ｎｏｌｌｅｒ（１９９１）Ａｎｎ．
Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６０：１９１−２２７；Ｇａ
ｒｒｅｔｔら（１９９６）Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮ
Ａ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏ
ｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐ
ｒｏｔｅｉｎ Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｒ．Ａ．
ＺｉｍｍｅｒｍａｎおよびＡ．Ｅ．Ｄａｈｌｂｅｒｇ、
編）ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，ＦＬ
（１９９６），３２７−３５５頁を参照のこと）。
ルトランスフェラーゼの一部分であり得る成分のリスト
が、約６つのタンパク質および２３Ｓ ｒＲＮＡに減少
された（Ｃｏｏｐｅｒｍａｎ（１９８０）Ｒｉｂｏｓｏ
ｍｅｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ａｎ
ｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，（Ｇ．Ｃｈａｍｂｌｉｓｓら、
編）Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐａｒｋ Ｐｒｅｓｓ，Ｂ
ａｌｔｉｍｏｒｅ，ＭＤ（１９８０），５３１−５５
４）を参照のこと）。その後、触媒ＲＮＡが発見され
（Ｇｕｅｒｒｉｅｒ−Ｔａｋａｄａら（１９８３）Ｃｅ
ｌｌ ３５：８４９−８５７；Ｋｒｕｎｇｅｒら（１９
８２）Ｃｅｌｌ ３１：１４７−１５７）、２３Ｓ ｒ
ＲＮＡが、その唯一の成分であると仮定され、これは、
支持を得る数年前に提唱された。１９８４年には、Ｎｏ
ｌｌｅｒおよび同僚が、Ｕ２６１９およびＵ２６２０
（Ｅ．ｃｏｌｉでは、Ｕ２５８４、Ｕ２５８５）が、Ｐ
部位に結合したｔＲＮＡのＣＣＡ末端に隣接することを
示したアフィニティー標識の結果を公表した（Ｂａｒｔ
ａら（１９８４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃ
ｉ．ＵＳＡ ８１：３６０７−３６１１；Ｖｅｓｔｅｒ
ら（１９８８）ＥＭＢＯ Ｊ．７：３５７７−３５８
７）。これらのヌクレオチドは、２３Ｓ ｒＲＮＡのＶ
ドメインの中央の高度に保存された内部ループの一部分
のようである。このループが、ペプチジルトランスフェ
ラーゼ活性に密接に関与するという仮説は、ループにお
ける変異が、細胞をペプチジルトランスフェラーゼの多
くのインヒビターに対して耐性にするという観察によっ
て支持され、そしてこの活性に関係している証拠が、マ
ウントに寄与した（Ｎｏｌｌｅｒ（１９９１）Ａｎｎ．
Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．６０：１９１−２２７；Ｇａ
ｒｒｅｔｔら（１９９６）Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮ
Ａ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏ
ｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐ
ｒｏｔｅｉｎ Ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｒ．Ａ．
ＺｉｍｍｅｒｍａｎおよびＡ．Ｅ．Ｄａｈｌｂｅｒｇ、
編）ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｂｏｃａ Ｒａｔｏｎ，ＦＬ
（１９９６），３２７−３５５頁を参照のこと）。
【００１６】しかし、Ｖドメインの中央のループが、ペ
プチジルトランスフェラーゼ活性に関与するリボソーム
の唯一の成分であるという決定的な証拠は、分かりにく
いものであった。大リボソームサブユニットのますます
強力な脱タンパク質化（ｄｅｐｒｏｔｅｉｎｉｚａｔｉ
ｏｎ）によって、ペプチジルトランスフェラーゼ活性を
保持した粒子を調製することが可能であったが、完全に
タンパク質を含まない活性な粒子を生成することは可能
ではなかったという研究が示された。にもかかわらず、
初期の再構成の結果（Ｆｒａｎｃｅｓｃｈｉら（１９９
０）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：６６７６−６６
８２）と相まって、この研究は、関与し得るタンパク質
の数を、ただ２つ：Ｌ２およびＬ３に限定した（Ｇｒｅ
ｅｎら（１９９７）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅ
ｍ．６６：６７９−７１６）。より最近には、Ｗａｔａ
ｎａｂｅおよび共同研究者が、インビトロで合成された
タンパク質を含まない２３Ｓ ｒＲＮＡ由来のペプチジ
ルトランスフェラーゼ活性の誘発における成功を報告し
た（Ｎｉｔｔａら（１９９８）ＲＮＡ ４：２５７−２
６７）。しかし、これらの観察は、さらなる精査に耐え
られないようである。従って、問題がなお残った：リボ
ソームはリボザイムか、またはリボソームはリボザイム
ではないのか。
プチジルトランスフェラーゼ活性に関与するリボソーム
の唯一の成分であるという決定的な証拠は、分かりにく
いものであった。大リボソームサブユニットのますます
強力な脱タンパク質化（ｄｅｐｒｏｔｅｉｎｉｚａｔｉ
ｏｎ）によって、ペプチジルトランスフェラーゼ活性を
保持した粒子を調製することが可能であったが、完全に
タンパク質を含まない活性な粒子を生成することは可能
ではなかったという研究が示された。にもかかわらず、
初期の再構成の結果（Ｆｒａｎｃｅｓｃｈｉら（１９９
０）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：６６７６−６６
８２）と相まって、この研究は、関与し得るタンパク質
の数を、ただ２つ：Ｌ２およびＬ３に限定した（Ｇｒｅ
ｅｎら（１９９７）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅ
ｍ．６６：６７９−７１６）。より最近には、Ｗａｔａ
ｎａｂｅおよび共同研究者が、インビトロで合成された
タンパク質を含まない２３Ｓ ｒＲＮＡ由来のペプチジ
ルトランスフェラーゼ活性の誘発における成功を報告し
た（Ｎｉｔｔａら（１９９８）ＲＮＡ ４：２５７−２
６７）。しかし、これらの観察は、さらなる精査に耐え
られないようである。従って、問題がなお残った：リボ
ソームはリボザイムか、またはリボソームはリボザイム
ではないのか。
【００１７】数年にわたり、リボソームにおけるペプチ
ジルトランスフェラーゼ部位の位置は、電子顕微鏡によ
ってほとんど独占的に近づいた。１９８０年代中頃に
は、大リボソームサブユニットのサブユニット界面側の
中央から、その後ろまで、大リボソームサブユニットを
通って走るトンネルが存在するという証拠（Ｍｉｌｌｉ
ｇａｎら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３１９：６９３−
６９５；Ｙｏｎａｔｈら（１９８７）Ｓｃｉｅｎｃｅ
２３６：８１３−８１６）が蓄積され始め、そしてポリ
ペプチドが合成されるときに、ポリペプチドがトンネル
を通過すると考えられる強い根拠が存在している（Ｂｅ
ｒｎａｂｅｕら（１９８２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａ
ｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７９：３１１１−３１１５；Ｒｙ
ａｂｏｖａら（１９８８）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ
２２６：２５５−２６０；Ｂｅｃｋｍａｎｎら（１９９
７）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７８：２１２３−２１２６）。
より最近には、凍結ＥＭ研究（Ｆｒａｎｋら（１９９
５）Ｎａｔｕｒｅ ３７６：４４１−４４４；Ｆｒａｎ
ｋら（１９９５）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏ
ｌ．７３：７５７−７６５；Ｓｔａｒｋら（１９９５）
前出）が、トンネルの存在を確認し、そしてＡ部位およ
びＰ部位に結合した、リボソーム結合ｔＲＮＡのＣＣＡ
末端が、トンネルのサブユニットの界面の末端で見出さ
れたことが示された。結果として、ペプチジルトランス
フェラーゼ部位は、同じ位置に配置されるはずであり、
この位置は、大サブユニットのサブユニットの界面の表
面の中央の深い裂け目の底、すなわちその中央の隆起の
直下である。
ジルトランスフェラーゼ部位の位置は、電子顕微鏡によ
ってほとんど独占的に近づいた。１９８０年代中頃に
は、大リボソームサブユニットのサブユニット界面側の
中央から、その後ろまで、大リボソームサブユニットを
通って走るトンネルが存在するという証拠（Ｍｉｌｌｉ
ｇａｎら（１９８６）Ｎａｔｕｒｅ ３１９：６９３−
６９５；Ｙｏｎａｔｈら（１９８７）Ｓｃｉｅｎｃｅ
２３６：８１３−８１６）が蓄積され始め、そしてポリ
ペプチドが合成されるときに、ポリペプチドがトンネル
を通過すると考えられる強い根拠が存在している（Ｂｅ
ｒｎａｂｅｕら（１９８２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａ
ｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ７９：３１１１−３１１５；Ｒｙ
ａｂｏｖａら（１９８８）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ
２２６：２５５−２６０；Ｂｅｃｋｍａｎｎら（１９９
７）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７８：２１２３−２１２６）。
より最近には、凍結ＥＭ研究（Ｆｒａｎｋら（１９９
５）Ｎａｔｕｒｅ ３７６：４４１−４４４；Ｆｒａｎ
ｋら（１９９５）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏ
ｌ．７３：７５７−７６５；Ｓｔａｒｋら（１９９５）
前出）が、トンネルの存在を確認し、そしてＡ部位およ
びＰ部位に結合した、リボソーム結合ｔＲＮＡのＣＣＡ
末端が、トンネルのサブユニットの界面の末端で見出さ
れたことが示された。結果として、ペプチジルトランス
フェラーゼ部位は、同じ位置に配置されるはずであり、
この位置は、大サブユニットのサブユニットの界面の表
面の中央の深い裂け目の底、すなわちその中央の隆起の
直下である。
【００１８】大サブユニットのペプチジルトランスフェ
ラーゼ部位で触媒される反応の基質は、アミノアシルｔ
ＲＮＡ（ａａ−ｔＲＮＡ）およびペプチジルｔＲＮＡで
ある。アミノアシルｔＲＮＡは、リボソームのＡ部位で
結合し、そしてペプチジルｔＲＮＡは、そのＰ部位で結
合する。ａａ−ｔＲＮＡのαアミノ基は、ペプチジルｔ
ＲＮＡの３’ヒドロキシル基をアシル化するカルボニル
の炭素を攻撃し、そして四面体の中間体が、カルボニル
炭素で形成される。四面体の中間体は、ｔＲＮＡを結合
したＡ部位にエステル化された１つのアミノ酸、および
Ｐ部位の脱アシル化ｔＲＮＡによって伸長されたペプチ
ドを生じることを解明する。
ラーゼ部位で触媒される反応の基質は、アミノアシルｔ
ＲＮＡ（ａａ−ｔＲＮＡ）およびペプチジルｔＲＮＡで
ある。アミノアシルｔＲＮＡは、リボソームのＡ部位で
結合し、そしてペプチジルｔＲＮＡは、そのＰ部位で結
合する。ａａ−ｔＲＮＡのαアミノ基は、ペプチジルｔ
ＲＮＡの３’ヒドロキシル基をアシル化するカルボニル
の炭素を攻撃し、そして四面体の中間体が、カルボニル
炭素で形成される。四面体の中間体は、ｔＲＮＡを結合
したＡ部位にエステル化された１つのアミノ酸、および
Ｐ部位の脱アシル化ｔＲＮＡによって伸長されたペプチ
ドを生じることを解明する。
【００１９】この反応スキームは、ホスホルアミド（ｐ
ｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）基を介して、プロマイシン
に配列ＣＣｄＡを有するオリゴヌクレオチドを結合させ
ることによって、四面体の中間体のアナログを合成した
Ｙａｒｕｓおよび同僚の知見によって支持される（Ｗｅ
ｌｃｈら（１９９５）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３
４：３８５−３９０）。すべてのｔＲＮＡの３’末端配
列である配列ＣＣＡは、単独で大サブユニットに結合
し、これは、ｔＲＮＡと大サブユニットとの間の相互作
用が、それらのＣＣＡ配列に主として依存することを示
す生化学的データと矛盾しない（Ｍｏａｚｅｄら（１９
９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
８８：３７２５−３７２８）。プロマイシンは、リボ
ソームのＡ部位と相互作用するａａ−ｔＲＮＡアナログ
であり、そして化合物のホスホルアミド基は、四面体の
炭素中間体を模倣する。この遷移状態のアナログ（ＣＣ
ｄＡ−リン酸−プロマイシン（ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒ
ｏ）は、リボソームに堅固に結合し、そしてそのペプチ
ジルトランスフェラーゼ活性を阻害する（Ｗｅｌｃｈら
（１９９５）前出）。
ｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）基を介して、プロマイシン
に配列ＣＣｄＡを有するオリゴヌクレオチドを結合させ
ることによって、四面体の中間体のアナログを合成した
Ｙａｒｕｓおよび同僚の知見によって支持される（Ｗｅ
ｌｃｈら（１９９５）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３
４：３８５−３９０）。すべてのｔＲＮＡの３’末端配
列である配列ＣＣＡは、単独で大サブユニットに結合
し、これは、ｔＲＮＡと大サブユニットとの間の相互作
用が、それらのＣＣＡ配列に主として依存することを示
す生化学的データと矛盾しない（Ｍｏａｚｅｄら（１９
９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ
８８：３７２５−３７２８）。プロマイシンは、リボ
ソームのＡ部位と相互作用するａａ−ｔＲＮＡアナログ
であり、そして化合物のホスホルアミド基は、四面体の
炭素中間体を模倣する。この遷移状態のアナログ（ＣＣ
ｄＡ−リン酸−プロマイシン（ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒ
ｏ）は、リボソームに堅固に結合し、そしてそのペプチ
ジルトランスフェラーゼ活性を阻害する（Ｗｅｌｃｈら
（１９９５）前出）。
【００２０】（Ｖ．Ｘ線結晶学を使用した高分子の構造
決定）リボソームの構造を決定するために行われる試み
をより良く記載するために、Ｘ線結晶学の一般的な概要
を以下に提供する。
決定）リボソームの構造を決定するために行われる試み
をより良く記載するために、Ｘ線結晶学の一般的な概要
を以下に提供する。
【００２１】結晶中の各々の原子は、すべての方向にＸ
線を散乱するが、結晶性回折は、結晶がＸ線ビームに対
して方向付けられ、その結果、原子散乱が構成的に干渉
する場合のみに、観察される。回折を導く配向は、使用
されるＸ線の波長ならびに結晶の単位格子の対称および
寸法が既知である場合に、計算され得る（Ｂｌｕｎｄｅ
ｌｌら（１９７６）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｒｙｓｔａｌｌ
ｏｇｒａｐｈｙ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ
Ｓｅｒｉｅｓ），Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｌ
ｏｎｄｏｎ）。結果は、検出器が、適切な波長の単色Ｘ
線で照射される結晶の背面に位置する場合、記録された
回折パターンはスポットからなり、各々のスポットは、
構成的な干渉を生じる配向のうちの一つを示す。
線を散乱するが、結晶性回折は、結晶がＸ線ビームに対
して方向付けられ、その結果、原子散乱が構成的に干渉
する場合のみに、観察される。回折を導く配向は、使用
されるＸ線の波長ならびに結晶の単位格子の対称および
寸法が既知である場合に、計算され得る（Ｂｌｕｎｄｅ
ｌｌら（１９７６）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｒｙｓｔａｌｌ
ｏｇｒａｐｈｙ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ
Ｓｅｒｉｅｓ），Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｌ
ｏｎｄｏｎ）。結果は、検出器が、適切な波長の単色Ｘ
線で照射される結晶の背面に位置する場合、記録された
回折パターンはスポットからなり、各々のスポットは、
構成的な干渉を生じる配向のうちの一つを示す。
【００２２】記録はされているが、このようなパターン
の各々のスポットは、（ｉ）強度（しばしば、スポット
の黒さともいわれる）；（ｉｉ）回折の配向についての
情報をコードする位置；および（ｉｉｉ）位相、によっ
て特徴付けられる。これらの事柄のすべてが、結晶回折
パターンの各々のスポットについて既知であれば、結晶
の単位格子における電子分布は、フーリエ変換によって
計算され得（Ｂｌｕｎｄｅｌｌら（１９７６）前出）、
そしてこの分布または電子密度地図から、原子の位置が
決定され得る。
の各々のスポットは、（ｉ）強度（しばしば、スポット
の黒さともいわれる）；（ｉｉ）回折の配向についての
情報をコードする位置；および（ｉｉｉ）位相、によっ
て特徴付けられる。これらの事柄のすべてが、結晶回折
パターンの各々のスポットについて既知であれば、結晶
の単位格子における電子分布は、フーリエ変換によって
計算され得（Ｂｌｕｎｄｅｌｌら（１９７６）前出）、
そしてこの分布または電子密度地図から、原子の位置が
決定され得る。
【００２３】残念ながら、電子分布の計算に必須の位相
情報は、回折パターンから直接測定できない。高分子
（例えば、タンパク質および核酸）の位相を決定するた
めに慣用的に用いられる方法の一つは、多重同形置換法
（ＭＩＲ）と呼ばれ、この方法は、結晶の単位格子への
Ｘ線散乱の導入に関与する。代表的には、これらの添加
は重原子であり、これは、回折パターンに有意に寄与す
る。添加は、これらの位置が位置付けされ得るような十
分に少ない数であることが重要であり、そしてこれらの
位置は、分子または結晶の構造を、変更されていない格
子のままにしておく（すなわち、結晶が同形であるべき
である）ことが重要である。同形置換は、通常、異なる
重金属複合体を、あらかじめ形成されたタンパク質結晶
のチャネルに拡散させることによって行われる。高分子
は、重金属を結合し得るこれらの溶媒チャネルにおける
側鎖（例えば、ＳＨ基）を露出する。金属タンパク質に
おける内因性の軽金属を、より重い金属で置換すること
（例えば、水銀で銅を置換、またはサマリウムでカルシ
ウムを置換）もまた可能である。あるいは、同形の誘導
体は、溶液中で重金属を高分子に共有結合的に付着させ
ることによって得られ得、次いで、これを結晶化状態に
供する。
情報は、回折パターンから直接測定できない。高分子
（例えば、タンパク質および核酸）の位相を決定するた
めに慣用的に用いられる方法の一つは、多重同形置換法
（ＭＩＲ）と呼ばれ、この方法は、結晶の単位格子への
Ｘ線散乱の導入に関与する。代表的には、これらの添加
は重原子であり、これは、回折パターンに有意に寄与す
る。添加は、これらの位置が位置付けされ得るような十
分に少ない数であることが重要であり、そしてこれらの
位置は、分子または結晶の構造を、変更されていない格
子のままにしておく（すなわち、結晶が同形であるべき
である）ことが重要である。同形置換は、通常、異なる
重金属複合体を、あらかじめ形成されたタンパク質結晶
のチャネルに拡散させることによって行われる。高分子
は、重金属を結合し得るこれらの溶媒チャネルにおける
側鎖（例えば、ＳＨ基）を露出する。金属タンパク質に
おける内因性の軽金属を、より重い金属で置換すること
（例えば、水銀で銅を置換、またはサマリウムでカルシ
ウムを置換）もまた可能である。あるいは、同形の誘導
体は、溶液中で重金属を高分子に共有結合的に付着させ
ることによって得られ得、次いで、これを結晶化状態に
供する。
【００２４】慣用的に同形置換のために使用される重金
属原子としては、水銀、ウラン、白金、金、鉛およびセ
レンが挙げられるが、これらに限定されない。特定の例
としては、塩化水銀、リン酸エチル水銀およびペンタミ
ン（ｐｅｎｔａｍｉｎｅ）オスミウム、ペンタミンイリ
ジウムが挙げられる。このような重金属は、タンパク質
の軽い原子（Ｈ、Ｎ、Ｃ、ＯおよびＳ）よりも多くの電
子を含むので、重金属は、より強力にＸ線を散乱する。
従って、すべての回折されたビームは、すべての干渉が
正であった場合、重金属置での換後に強度が増加する。
しかし、実際に、いくつかの干渉が負である；結果とし
て、重金属での置換後に、いくつかのスポットの強度が
増加し、他のスポットの強度は減少し、そして多くは、
検出可能な差を示さない。
属原子としては、水銀、ウラン、白金、金、鉛およびセ
レンが挙げられるが、これらに限定されない。特定の例
としては、塩化水銀、リン酸エチル水銀およびペンタミ
ン（ｐｅｎｔａｍｉｎｅ）オスミウム、ペンタミンイリ
ジウムが挙げられる。このような重金属は、タンパク質
の軽い原子（Ｈ、Ｎ、Ｃ、ＯおよびＳ）よりも多くの電
子を含むので、重金属は、より強力にＸ線を散乱する。
従って、すべての回折されたビームは、すべての干渉が
正であった場合、重金属置での換後に強度が増加する。
しかし、実際に、いくつかの干渉が負である；結果とし
て、重金属での置換後に、いくつかのスポットの強度が
増加し、他のスポットの強度は減少し、そして多くは、
検出可能な差を示さない。
【００２５】回折されたスポット間の位相の差は、重金
属での置換後の強度の変化から決定され得る。第一に、
強度の差は、結晶の単位格子における重原子の位置を推
定するために使用される。これらの強度差のフーリエ加
法は、重原子間のベクトルの地図（いわゆるパターソン
地図）を与える。これらのベクトル地図から、重原子の
原子配列が推定される。単位格子における重金属の位置
から、重金属を含むタンパク質結晶の回折されたビーム
への寄与の振幅および位相が計算される。
属での置換後の強度の変化から決定され得る。第一に、
強度の差は、結晶の単位格子における重原子の位置を推
定するために使用される。これらの強度差のフーリエ加
法は、重原子間のベクトルの地図（いわゆるパターソン
地図）を与える。これらのベクトル地図から、重原子の
原子配列が推定される。単位格子における重金属の位置
から、重金属を含むタンパク質結晶の回折されたビーム
への寄与の振幅および位相が計算される。
【００２６】次いで、この情報は、重金属原子の存在し
ないタンパク質からの寄与の位相を見出すために使用さ
れる。重金属の位相および振幅、ならびにタンパク質単
独の振幅の両方が公知である場合、ならびにタンパク質
および重金属（すなわち、タンパク質−重金属複合体）
の振幅が公知である場合、一つの位相および三つの振幅
が公知である。これより、重金属およびタンパク質によ
って散乱されるＸ線の干渉は、干渉が構成的または破壊
的である場合に、決定するために使用され得る。重金属
の位相の情報を有する正の干渉または負の干渉の程度
が、タンパク質の位相の評価を与える。２つの異なる位
相の角度が決定され、そしてこの２つの異なる位相の角
度は、等しく良好な解釈であるので、２つの可能な位相
角度もまた与える第二の重金属複合体が用いられ得る。
これらのうちの一つのみが、２つの以前の位相角度のう
ちの一つと同じ値を有する；従って、これは、正確な位
相角度を表す。実際には、２つ以上の異なる重金属複合
体が、通常、すべての反射についての位相の合理的に良
好な評価を与えるために作製される。各々の個々の位相
の評価は、測定された振幅における誤差から生じた実験
誤差を含む。さらに、多くの反射について、強度差は、
小さすぎてある特定の同形置換後に測定できず、そして
他の同形置換が試みられ得る。
ないタンパク質からの寄与の位相を見出すために使用さ
れる。重金属の位相および振幅、ならびにタンパク質単
独の振幅の両方が公知である場合、ならびにタンパク質
および重金属（すなわち、タンパク質−重金属複合体）
の振幅が公知である場合、一つの位相および三つの振幅
が公知である。これより、重金属およびタンパク質によ
って散乱されるＸ線の干渉は、干渉が構成的または破壊
的である場合に、決定するために使用され得る。重金属
の位相の情報を有する正の干渉または負の干渉の程度
が、タンパク質の位相の評価を与える。２つの異なる位
相の角度が決定され、そしてこの２つの異なる位相の角
度は、等しく良好な解釈であるので、２つの可能な位相
角度もまた与える第二の重金属複合体が用いられ得る。
これらのうちの一つのみが、２つの以前の位相角度のう
ちの一つと同じ値を有する；従って、これは、正確な位
相角度を表す。実際には、２つ以上の異なる重金属複合
体が、通常、すべての反射についての位相の合理的に良
好な評価を与えるために作製される。各々の個々の位相
の評価は、測定された振幅における誤差から生じた実験
誤差を含む。さらに、多くの反射について、強度差は、
小さすぎてある特定の同形置換後に測定できず、そして
他の同形置換が試みられ得る。
【００２７】タンパク質結晶からの回折データの振幅お
よび位相は、結晶の繰り返し単位の電子密度地図を計算
するために使用される。次いで、この地図は、目的の分
子の残基を適応させるように解釈される。この解釈は、
データにおけるいくつかの限定によってより複雑になさ
れる。第一に、地図自体は、主に、位相角度における誤
差に起因した誤差を含む。さらに、地図の質は、回折デ
ータの分解能に依存し、次には、どのくらい結晶が順序
よく配置されているかに依存する。これは、生成され得
る地図の質に直接影響する。分解能は、オングストロー
ム単位（Å）で測定される；この数が小さい程、分解能
は高くなり、従って、観察され得る細部の量がより多く
なる。
よび位相は、結晶の繰り返し単位の電子密度地図を計算
するために使用される。次いで、この地図は、目的の分
子の残基を適応させるように解釈される。この解釈は、
データにおけるいくつかの限定によってより複雑になさ
れる。第一に、地図自体は、主に、位相角度における誤
差に起因した誤差を含む。さらに、地図の質は、回折デ
ータの分解能に依存し、次には、どのくらい結晶が順序
よく配置されているかに依存する。これは、生成され得
る地図の質に直接影響する。分解能は、オングストロー
ム単位（Å）で測定される；この数が小さい程、分解能
は高くなり、従って、観察され得る細部の量がより多く
なる。
【００２８】初期モデルの形成は、試行錯誤のプロセス
である。第一に、どのように、ポリペプチド鎖または核
酸が、電子密度地図を通って縫うように進むかを決定し
なければならない。得られた鎖のトレースは、ポリペプ
チドまたは核酸の既知の配列に、側鎖の密度を整合させ
ようとする仮説を構成する。無理のない鎖のトレースが
最終的に得られると、分子の原子を電子密度に整合する
初期モデルが形成される。コンピュータグラフィック
が、鎖のトレースおよびモデル形成の両方のために使用
され、データおよび操作されたモデルを示す。
である。第一に、どのように、ポリペプチド鎖または核
酸が、電子密度地図を通って縫うように進むかを決定し
なければならない。得られた鎖のトレースは、ポリペプ
チドまたは核酸の既知の配列に、側鎖の密度を整合させ
ようとする仮説を構成する。無理のない鎖のトレースが
最終的に得られると、分子の原子を電子密度に整合する
初期モデルが形成される。コンピュータグラフィック
が、鎖のトレースおよびモデル形成の両方のために使用
され、データおよび操作されたモデルを示す。
【００２９】初期モデルは、いくつかの誤差を含む。結
晶が、十分に高い分解能まで（例えば、３．５Åより良
好に）回折するならば、ほとんどすべての誤差または実
質的にすべての誤差は、コンピュータアルゴリズムを使
用して、モデルの結晶学的精密化によって取り除かれ
る。このプロセスにおいて、モデルは、実験的に観察さ
れた回折振幅とモデルを含む推測に基づく結晶（実際の
分子の代わりに）について計算された回折振幅との間の
差を最小にするために変化される。この差は、Ｒ因子
（説明がつかない不一致）として表され、Ｒ因子は、正
確に一致すると０．０であり、そして合計の不一致は約
０．５９である。
晶が、十分に高い分解能まで（例えば、３．５Åより良
好に）回折するならば、ほとんどすべての誤差または実
質的にすべての誤差は、コンピュータアルゴリズムを使
用して、モデルの結晶学的精密化によって取り除かれ
る。このプロセスにおいて、モデルは、実験的に観察さ
れた回折振幅とモデルを含む推測に基づく結晶（実際の
分子の代わりに）について計算された回折振幅との間の
差を最小にするために変化される。この差は、Ｒ因子
（説明がつかない不一致）として表され、Ｒ因子は、正
確に一致すると０．０であり、そして合計の不一致は約
０．５９である。
【００３０】一般的に、首尾良く決定された高分子構造
のＲ因子は、好ましくは、０．１５と０．３５との間で
ある（例えば、約０．２４〜０．２８未満）。残りの差
は、データにおける誤差および不完全の結果である。こ
れらは、種々の源（タンパク質分子の立体配座のわずか
な変異、ならびに溶媒の存在および結晶が生成される微
結晶の配向における差の両方の不正確な補正を含む）に
由来する。これは、最終モデルが、立体配座および配向
の両方においてわずかに異なる分子の平均を示す。
のＲ因子は、好ましくは、０．１５と０．３５との間で
ある（例えば、約０．２４〜０．２８未満）。残りの差
は、データにおける誤差および不完全の結果である。こ
れらは、種々の源（タンパク質分子の立体配座のわずか
な変異、ならびに溶媒の存在および結晶が生成される微
結晶の配向における差の両方の不正確な補正を含む）に
由来する。これは、最終モデルが、立体配座および配向
の両方においてわずかに異なる分子の平均を示す。
【００３１】高分解能での精密化された構造において、
タンパク質または核酸の配列が既知であれば、個々の残
基の配向における重大な誤差は通常存在せず、そして原
子位置における見積もられた誤差は、通常約０．１〜
０．２Åである。目的分子の内部の水素結合および結合
したリガンドへの水素結合の両方は、高度の信頼性で同
定され得る。
タンパク質または核酸の配列が既知であれば、個々の残
基の配向における重大な誤差は通常存在せず、そして原
子位置における見積もられた誤差は、通常約０．１〜
０．２Åである。目的分子の内部の水素結合および結合
したリガンドへの水素結合の両方は、高度の信頼性で同
定され得る。
【００３２】代表的には、分解能が３．５Åよりも良好
であれば、Ｘ線構造は決定され得る。電子密度地図は、
既知のアミノ酸配列および／または核酸配列を電子密度
の領域に整合させることによって解釈される。
であれば、Ｘ線構造は決定され得る。電子密度地図は、
既知のアミノ酸配列および／または核酸配列を電子密度
の領域に整合させることによって解釈される。
【００３３】（ＶＩ．５０Ｓリボソームサブユニットの
より高い分解能のための必要性）本技術は、５０Ｓリボ
ソームサブユニットの結晶ならびに５０Ｓリボソーム構
造の９Åおよび５Åの分解能のＸ線結晶学的地図を提供
するが、先行技術の結晶およびＸ線回折データは、５０
Ｓリボソームサブユニットの３１個のタンパク質および
３，０４３個のヌクレオチドすべての３次元構造を確立
するに十分ではない。従って、先行技術の結晶および地
図は、活性薬剤（例えば、除草剤、薬物、殺虫剤および
動物毒）の、構造に基づいた設計に不十分である。
より高い分解能のための必要性）本技術は、５０Ｓリボ
ソームサブユニットの結晶ならびに５０Ｓリボソーム構
造の９Åおよび５Åの分解能のＸ線結晶学的地図を提供
するが、先行技術の結晶およびＸ線回折データは、５０
Ｓリボソームサブユニットの３１個のタンパク質および
３，０４３個のヌクレオチドすべての３次元構造を確立
するに十分ではない。従って、先行技術の結晶および地
図は、活性薬剤（例えば、除草剤、薬物、殺虫剤および
動物毒）の、構造に基づいた設計に不十分である。
【００３４】より詳細には、より高分解能のＸ線結晶学
的地図が、リボソームおよびリボソームサブユニット
（特に、５０Ｓリボソームサブユニット）におけるタン
パク質およびヌクレオチドの、位置および３次元構造を
決定するために必要である。５０Ｓリボソームサブユニ
ットの正確な分子構造は、タンパク質合成の機構のさら
なる研究および理解を可能にするだけではなく、タンパ
ク質合成を調節する（例えば、誘導するかまたは阻害す
る）効果的な治療剤および薬物の開発もまた可能にす
る。
的地図が、リボソームおよびリボソームサブユニット
（特に、５０Ｓリボソームサブユニット）におけるタン
パク質およびヌクレオチドの、位置および３次元構造を
決定するために必要である。５０Ｓリボソームサブユニ
ットの正確な分子構造は、タンパク質合成の機構のさら
なる研究および理解を可能にするだけではなく、タンパ
ク質合成を調節する（例えば、誘導するかまたは阻害す
る）効果的な治療剤および薬物の開発もまた可能にす
る。
【００３５】（発明の要旨）
（項１）コンピュータシステムであって、以下：
（ａ）少なくとも約４．５Åの分解能を有し、そしてリ
ボソームの大サブユニットのリボファンクショナル位置
を規定する電子密度地図から誘導される原子座標を示
す、メモリ内に保存されたデータを有するメモリ；およ
び（ｂ）前記メモリと電気的に連通しているプロセッサ
であって、前記プロセッサが、前記リボファンクショナ
ル位置を表わす３次元モデルを生成するためのプログラ
ムを備える、プロセッサ、を備える、コンピュータシス
テム。 （項２）項１に記載のコンピュータシステムであって、
前記コンピュータシステムが、前記モデルの視覚表示を
提供するためのデバイスをさらに備える、コンピュータ
システム。 （項３）項１に記載のコンピュータシステムであって、
前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ
に、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、Ｉ
ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、ま
たは１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原子座標の少
なくとも一部分を含む、コンピュータシステム。 （項４）項１に記載のコンピュータシステムであって、
前記原子座標が、リボファンクショナル位置と関連して
タンパク質合成インヒビターの少なくとも一部分をさら
に規定する、コンピュータシステム。 （項５）前記タンパク質合成インヒビターが抗生物質で
ある、項４に記載のコンピュータシステム。 （項６）前記タンパク質合成インヒビターが、アニソマ
イシン、ブラスチシジン、カルボマイシンＡ、スパルソ
マイシン、スピラマイシン、チロシン、ヴァージニアマ
イシンＭ、アジスロマイシン、リネゾリド、またはエリ
スロマイシンである、項５に記載のコンピュータシステ
ム。 （項７）項５に記載のコンピュータシステムであって、
前記原子座標が、ディスク番号１に、ファイル名ａｎｉ
ｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐ
ｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔ
ｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴＩＣ
Ｉ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲＳＯ
ＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳ
ＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ、ＡＺＩＴＨ
ＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢ、ａｚｉｔ
ｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄ
ｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下で記
録された原子座標の少なくとも一部分を含む、コンピュ
ータシステム。 （項８）前記リボファンクショナル位置が、前記リボソ
ームサブユニットにおける活性部位の少なくとも一部分
を含む、項１に記載のコンピュータシステム。 （項９）前記活性部位が、ペプチジルトランスフェラー
ゼ部位の少なくとも一部分を含む、項８に記載のコンピ
ュータシステム。 （項１０）前記ペプチジルトランスフェラーゼ部位が、
表５Ａまたは表５Ｂに示される複数の残基によって規定
される、項９に記載のコンピュータシステム。 （項１１）前記リボファンクショナル位置が、Ａ部位の
少なくとも一部分を含む、項１に記載のコンピュータシ
ステム。 （項１２）前記Ａ部位が、表６Ａまたは表６Ｂに示され
る複数の残基によって規定される、項１１に記載のコン
ピュータシステム。 （項１３）前記リボファンクショナル位置が、Ｐ部位の
少なくとも一部分を含む、項１または１１に記載のコン
ピュータシステム。 （項１４）前記Ｐ部位が、表７Ａまたは表７Ｂに示され
る複数の残基によって規定される、項１３に記載のコン
ピュータシステム。 （項１５）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項１また
は１１に記載のコンピュータシステム。 （項１６）前記出口トンネルが、表８Ａ、表８Ｂ、表９
または表１０に示される複数の残基によって規定され
る、項１５に記載のコンピュータシステム。 （項１７）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項１３に
記載のコンピュータシステム。 （項１８）前記出口トンネルが、表８Ａ、表８Ｂ、表９
または表１０に示される複数の残基によって規定され
る、項１７に記載のコンピュータシステム。 （項１９）前記リボファンクショナル位置が、表１１
Ａ、表１１Ｂ、表１２Ａ、表１２Ｂ、表１３Ａ、表１３
Ｂ、表１４Ａ、表１４Ｂ、表１５Ａ、表１５Ｂ、表１６
Ａ、表１６Ｂ、表１７Ａ、表１７Ｂ、表１８Ａ、表１８
Ｂ、表１９Ａ、表１９Ｂ、表２０Ａまたは表２０Ｂに示
される複数の残基によって規定される、項１に記載のコ
ンピュータシステム。 （項２０）前記原子座標が、分子モデリングによって生
成される、項１に記載のコンピュータシステム。 （項２１）項１または２０に記載のコンピュータシステ
ムであって、前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔ
ａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、
１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、
１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された
原子座標の少なくとも一部分を使用して、相同性モデリ
ングによって生成される、コンピュータシステム。 （項２２）項１または２０に記載のコンピュータシステ
ムであって、前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔ
ａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、
１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、
１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された
原子座標の少なくとも一部分を使用して、分子置換によ
って生成される、コンピュータシステム。 （項２３）前記リボファンクショナル位置が、リボソー
ムＲＮＡの原子によって規定される、項１に記載のコン
ピュータシステム。 （項２４）前記リボファンクショナル位置が、リボソー
ムタンパク質の原子によって規定される、項１または２
３に記載のコンピュータシステム。 （項２５）前記原子座標が、病原体のリボソームに存在
するが、宿主生物のリボソームには存在しない残基を規
定する、項１に記載のコンピュータシステム。 （項２６）前記宿主生物が、哺乳動物である、項２５に
記載のコンピュータシステム。 （項２７）前記哺乳動物が、ヒトである、項２６に記載
のコンピュータシステム。 （項２８）前記原子座標が、１つ以上の病原体または疾
患状態の間で保存された残基を規定する、項１に記載の
コンピュータシステム。 （項２９）前記原子座標が、原核生物のリボソームには
存在するが、真核生物のリボソームまたは真核生物ミト
コンドリアのリボソームには存在しない残基を規定す
る、項１に記載のコンピュータシステム。 （項３０）前記真核生物のリボソームが、哺乳動物のリ
ボソームである、項２９に記載のコンピュータシステ
ム。 （項３１）項１に記載のコンピュータシステムであっ
て、前記コンピュータシステムが、薬物設計を行うため
のプログラムをさらに備える、コンピュータシステム。 （項３２）項１に記載のコンピュータシステムによって
生成された、分子モデル。 （項３３）候補分子を同定する方法であって、以下の工
程： （ａ）リボソームの大サブユニットのリボファンクショ
ナル位置の分子モデルを提供する工程であって、ここ
で、前記分子モデルが、少なくとも約４．５Åの分解能
を有する電子密度地図から誘導された原子により規定さ
れる、工程；および（ｂ）前記モデルを使用して、前記
リボファンクショナル位置に相補的な表面を有する候補
分子を同定する、工程、を包含する、方法。 （項３４）前記候補分子が、前記リボソームの大サブユ
ニットのリボファンクショナル位置に結合する、項３３
に記載の方法。 （項３５）項３３に記載の方法であって、前記方法が、
工程（ｂ）において同定された候補分子を生成するさら
なる工程を包含する、方法。 （項３６）項３３または３５に記載の方法であって、前
記方法が、前記候補分子が、リボソーム活性を調節する
か否かを決定するさらなる工程を包含する、方法。 （項３７）項３６に記載の方法であって、前記方法が、
改変された分子を同定するさらなる工程を包含する、方
法。 （項３８）項３７に記載の方法であって、前記方法が、
前記改変された分子を生成するさらなる工程を包含す
る、方法。 （項３９）項３８に記載の方法であって、前記方法が、
前記改変された分子が、リボソーム活性を調節するか否
かを決定するさらなる工程を包含する、方法。 （項４０）項３９に記載の方法であって、前記方法が、
前記改変された分子を生成するさらなる工程を包含す
る、方法。 （項４１）前記候補分子が、抗生物質または抗生物質の
アナログである、項３３に記載の方法。 （項４２）前記改変された分子が、抗生物質または抗生
物質のアナログである、項３７に記載の方法。 （項４３）前記抗生物質または抗生物質のアナログが、
マクロライドである、項４１に記載の方法。 （項４４）前記リボファンクショナル位置が、活性部位
の少なくとも一部分を含む、項３３に記載の方法。 （項４５）前記活性部位が、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ部位の少なくとも一部分を含む、項４４に記載の方
法。 （項４６）前記ペプチジルトランスフェラーゼ部位が、
表５Ａまたは表５Ｂに示される複数の残基によって規定
される、項４４に記載の方法。 （項４７）前記リボファンクショナル位置が、Ａ部位の
少なくとも一部分を含む、項３３に記載の方法。 （項４８）前記Ａ部位が、表６Ａまたは表６Ｂに示され
る複数の残基によって規定される、項４７に記載の方
法。 （項４９）前記リボファンクショナル位置が、Ｐ部位の
少なくとも一部分を含む、項３３または４７に記載の方
法。 （項５０）前記Ｐ部位が、表７Ａまたは表７Ｂに示され
る複数の残基によって規定される、項４９に記載の方
法。 （項５１）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項３３ま
たは４７に記載の方法。 （項５２）前記出口トンネルが、表８Ａ、表８Ｂ、表９
または表１０に示される複数の残基によって規定され
る、項５１に記載の方法。 （項５３）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項４９に
記載の方法。 （項５４）前記出口トンネルが、表８Ａ、表８Ｂ、表９
または表１０に示される複数の残基によって規定され
る、項５３に記載の方法。 （項５５）前記リボファンクショナル位置が、表１１
Ａ、表１１Ｂ、表１２Ａ、表１２Ｂ、表１３Ａ、表１３
Ｂ、表１４Ａ、表１４Ｂ、表１５Ａ、表１５Ｂ、表１６
Ａ、表１６Ｂ、表１７Ａ、表１７Ｂ、表１８Ａ、表１８
Ｂ、表１９Ａ、表１９Ｂ、表２０Ａ、または表２０Ｂに
示される複数の残基によって規定される、項３３に記載
の方法。 （項５６）前記分子モデルが電子形態である、項３３に
記載の方法。 （項５７）前記分子モデルが、分子モデリングによって
生成された原子座標から生成される、項３３に記載の方
法。 （項５８）項３３または５７に記載の方法であって、前
記分子モデルが、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ
に、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１
ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、ま
たは１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原子座標の少
なくとも一部分を使用して、相同性モデリングによって
生成された原子座標から生成される、方法。 （項５９）項３３または５７に記載の方法であって、前
記分子モデルが、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ
に、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１
ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、ま
たは１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原子座標の少
なくとも一部分を使用して、分子置換によって生成され
た原子座標から生成される、方法。 （項６０）前記分子モデルが、１つ以上の原核生物間で
保存される残基を含む、項３３に記載の方法。 （項６１）前記分子モデルが、原核生物のリボソームに
おいて存在するが、真核生物のリボソームまたは真核生
物ミトコンドリアのリボソームにおいては存在しない残
基を含む、項３３に記載の方法。 （項６２）前記真核生物のリボソームが、哺乳動物のリ
ボソームである、項６１に記載の方法。 （項６３）コンピュータシステムであって、以下： （ａ）タンパク質合成インヒビターが、リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置と相互作用す
る場合に、前記タンパク質合成インヒビターの少なくと
も一部分を規定する電子密度地図から誘導される原子座
標を示す、メモリ内に保存されたデータを有するメモ
リ；および（ｂ）前記メモリと電気的に連通しているプ
ロセッサであって、前記プロセッサが、前記タンパク質
合成インヒビターの少なくとも一部分を表わす３次元モ
デルを生成するためのプログラムを備える、プロセッ
サ、を備える、コンピュータシステム。 （項６４）項６３に記載のコンピュータシステムであっ
て、前記コンピュータシステムが、前記モデルの視覚表
示を提供するためのデバイスをさらに備える、コンピュ
ータシステム。 （項６５）前記タンパク質合成インヒビターが抗生物質
である、項６３に記載のコンピュータシステム。 （項６６）前記タンパク質合成インヒビターが、アニソ
マイシン、ブラスチシジン、カルボマイシンＡ、スパル
ソマイシン、スピラマイシン、チロシン、ヴァージニア
マイシンＭ、アジスロマイシン、リネゾリド、またはエ
リスロマイシンである、項６５に記載のコンピュータシ
ステム。 （項６７）項６６に記載のコンピュータシステムであっ
て、前記原子座標が、ディスク番号１に、ファイル名ａ
ｎｉｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉ
ｎ．ｐｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒ
ｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄ
ｂ、ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃ
ｉｎ．ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴ
ＩＣＩ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲ
ＳＯＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬ
ＯＳＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ、ＡＺＩ
ＴＨＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢ、ａｚ
ｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．
ｐｄｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下
で記録された原子座標の少なくとも一部分を含む、コン
ピュータシステム。 （項６８）前記リボファンクショナル位置が、活性部位
の少なくとも一部分を含む、項６３に記載のコンピュー
タシステム。 （項６９）前記活性部位が、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ部位の少なくとも一部分を含む、項６８に記載のコ
ンピュータシステム。 （項７０）前記リボファンクショナル位置が、Ａ部位の
少なくとも一部分を含む、項６８に記載のコンピュータ
システム。 （項７１）前記リボファンクショナル位置が、Ｐ部位の
少なくとも一部分を含む、項６８または７０に記載のコ
ンピュータシステム。 （項７２）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項６８ま
たは７０に記載のコンピュータシステム。 （項７３）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項７１に
記載のコンピュータシステム。 （項７４）リード候補を同定する方法であって、以下： （ａ）タンパク質合成インヒビターが、リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置と相互作用す
る場合に、前記タンパク質合成インヒビターの少なくと
も一部分の分子モデルを提供する工程；および（ｂ）前
記モデルを使用して、前記リード候補を同定する工程、
を包含する、方法。 （項７５）前記リード候補が、前記リボファンクショナ
ル位置と相互作用し得る、項７４に記載の方法。 （項７６）前記リード候補が、前記リボファンクショナ
ル位置に結合し得る、項７４に記載の方法。 （項７７）工程（ｂ）において同定された前記リード候
補を生成するさらなる工程を包含する、項７４に記載の
方法。 （項７８）前記リード候補が、リボソーム活性を調節す
るか否かを決定するさらなる工程を包含する、項７４ま
たは項７７に記載の方法。 （項７９）前記リード候補を改変するさらなる工程を包
含する、項７８に記載の方法。 （項８０）前記改変されたリード候補を生成するさらな
る工程を包含する、項７９に記載の方法。 （項８１）前記改変されたリード候補が、リボソーム活
性を調節するか否かを決定するさらなる工程を包含す
る、項８０に記載の方法。 （項８２）前記改変されたリード候補を生成するさらな
る工程を包含する、項８１に記載の方法。 （項８３）前記リード候補が、抗生物質または抗生物質
のアナログである、項７４に記載の方法。 （項８４）前記リード候補が、ハイブリッド抗生物質で
ある、項７４に記載の方法。 （項８５）前記リード候補が、第一の抗生物質の少なく
とも一部分および第二の異なる抗生物質の少なくとも一
部分を含む、項８４に記載の方法。 （項８６）前記改変されたリード候補が、抗生物質また
は抗生物質のアナログである、項８２に記載の方法。 （項８７）前記抗生物質または抗生物質のアナログが、
マクロライドである、項８６に記載の方法。 （項８８）前記タンパク質合成インヒビターが抗生物質
である、項７４に記載の方法。 （項８９）前記抗生物質が、アニソマイシン、ブラスチ
シジン、カルボマイシンＡ、スパルソマイシン、スピラ
マイシン、チロシン、ヴァージニアマイシンＭ、アジス
ロマイシン、リネゾリド、またはエリスロマイシンであ
る、項８８に記載の方法。 （項９０）項８９に記載の方法であって、前記分子モデ
ルが、ディスク番号１に、ファイル名ａｎｉｓｏｍｙｃ
ｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂ、ｃａ
ｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔｙｌｏｓｉ
ｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、Ａ
ＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢ、
ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤ
Ｂ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳＩＮ．ＰＤ
Ｂ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ、ＡＺＩＴＨＲＯＭ．Ｐ
ＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢ、ａｚｉｔｈｒｏｍｙ
ｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ、または
ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下で記録された原
子座標の少なくとも一部分により規定される、方法 （項９１）前記リボファンクショナル位置が、活性部位
の少なくとも一部分を含む、項７４に記載の方法。 （項９２）前記活性部位が、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ部位の少なくとも一部分を含む、項９１に記載の方
法。 （項９３）前記リボファンクショナル位置が、Ａ部位の
少なくとも一部分を含む、項９１に記載の方法。 （項９４）前記リボファンクショナル位置が、Ｐ部位の
少なくとも一部分を含む、項７４または９３に記載の方
法。 （項９５）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項７４ま
たは９３に記載の方法。 （項９６）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項９４に
記載の方法。 （項９７）前記分子モデルが電子形態である、項７４に
記載の方法。 （項９８）前記分子モデルが、分子モデリングにより生
成される原子座標から生成される、項７４に記載の方
法。 （項９９）タンパク質合成インヒビターであって、以
下：大リボソームサブユニットにおける第一の接触部位
と結合する既知の第一の分子の表面を模倣するか、また
は前記表面を複製する表面を有する、第一の結合ドメイ
ン；および前記リボソームサブユニットにおける第二の
接触部位と結合する既知の第二の分子の表面を模倣する
か、または前記表面を複製する表面を有する、第二の結
合ドメイン、を含み、ここで、前記第一のドメインは、
前記第一のドメインおよび前記第二のドメインの両方
が、そのそれぞれの接触部位と結合することを可能にす
るように、前記第二のドメインに付着され、それによっ
て、リボソームサブユニットにおけるタンパク質合成を
中断すし、ここで、前記タンパク質合成インヒビター
が、約１，５００未満の分子量を有し、約５０μＭ未満
のＩＣ５０を有する、タンパク質合成インヒビター。 （項１００）前記第一の分子が、第一の抗生物質であ
る、項９９に記載のインヒビター。 （項１０１）前記第一の抗生物質が、リボファンクショ
ナル位置の少なくとも一部分に結合する、項１００に記
載のインヒビター。 （項１０２）前記第一の抗生物質が、スパルソマイシン
である、項１００に記載のインヒビター。 （項１０３）前記第二の分子が、第二の抗生物質であ
る、項９９または１００に記載のインヒビター。 （項１０４）前記第二の抗生物質が、リボファンクショ
ナル位置の少なくとも一部分に結合する、項１０３に記
載のインヒビター。 （項１０５）前記第二の抗生物質が、アニソマイシンま
たはクロラムフェニコールである、項１０３に記載のイ
ンヒビター。 （項１０６）前記インヒビターが、約２５０〜約１５０
０の範囲の分子量を有する、項９９に記載のインヒビタ
ー。 （項１０７）前記インヒビターが、約０．００１〜約
μＭのＩＣ５０を有する、項９９に記載のインヒビタ
ー。 （項１０８）操作された合成のタンパク質合成インヒビ
ターであって、以下：リボソームサブユニットにおける
接触部位と結合する既知の分子の表面を模倣するか、ま
たは前記表面を複製する表面を有する結合ドメイン；お
よび前記接触部位との前記結合ドメインの結合に際し
て、前記リボソームサブユニットの内部または隣接する
空間を占有し、それによって、前記リボソームサブユニ
ットにおけるタンパク質合成を中断する、前記結合ドメ
インに付着されたエフェクタードメイン、を含み、ここ
で、前記タンパク質合成インヒビターが、１，５００未
満の分子量を有し、約５０μＭ未満のＩＣ５０を有す
る、インヒビター。 （項１０９）前記結合ドメインの表面が、前記接触部位
に結合する既知の抗生物質の表面を模倣するか、または
前記表面を複製する、項１０８に記載のインヒビター。 （項１１０）タンパク質合成インヒビターであって、以
下：大リボソームサブユニットのアニソマイシン結合ポ
ケットを共に規定する、表１１Ａにおける少なくとも３
個であるが１３個未満である残基と接触し得る、分子；
大リボソームサブユニットのブラスチシジン結合ポケッ
トを共に規定する、表１２Ａにおける少なくとも３個で
あるが２０個未満である残基と接触し得る、分子；大リ
ボソームサブユニットのカルボマイシンＡ結合ポケット
を共に規定する、表１３Ａにおける少なくとも３個であ
るが１６個未満である残基と接触し得る、分子；大リボ
ソームサブユニットのチロシン結合ポケットを共に規定
する、表１４Ａにおける少なくとも３個であるが２０個
未満である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブ
ユニットのスパルソマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１５Ａにおける少なくとも３個であるが９個未満
である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブユニ
ットのヴァージニアマイシンＭ結合ポケットを共に規定
する、表１６Ａにおける少なくとも３個であるが１３個
未満である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブ
ユニットのスピラマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１７Ａにおける少なくとも３個であるが１５個未
満である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブユ
ニットのエリスロマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１８Ａにおける少なくとも３個であるが１３個未
満である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブユ
ニットのアジスロマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１９Ａにおける少なくとも３個であるが１１個未
満である残基と接触し得る、分子；または大リボソーム
サブユニットのリネゾリド結合ポケットを共に規定す
る、表２０Ａにおける少なくとも３個であるが１５個未
満である残基と接触し得る、分子；を含む、タンパク質
合成インヒビター。
ボソームの大サブユニットのリボファンクショナル位置
を規定する電子密度地図から誘導される原子座標を示
す、メモリ内に保存されたデータを有するメモリ；およ
び（ｂ）前記メモリと電気的に連通しているプロセッサ
であって、前記プロセッサが、前記リボファンクショナ
ル位置を表わす３次元モデルを生成するためのプログラ
ムを備える、プロセッサ、を備える、コンピュータシス
テム。 （項２）項１に記載のコンピュータシステムであって、
前記コンピュータシステムが、前記モデルの視覚表示を
提供するためのデバイスをさらに備える、コンピュータ
システム。 （項３）項１に記載のコンピュータシステムであって、
前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ
に、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、Ｉ
ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、ま
たは１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原子座標の少
なくとも一部分を含む、コンピュータシステム。 （項４）項１に記載のコンピュータシステムであって、
前記原子座標が、リボファンクショナル位置と関連して
タンパク質合成インヒビターの少なくとも一部分をさら
に規定する、コンピュータシステム。 （項５）前記タンパク質合成インヒビターが抗生物質で
ある、項４に記載のコンピュータシステム。 （項６）前記タンパク質合成インヒビターが、アニソマ
イシン、ブラスチシジン、カルボマイシンＡ、スパルソ
マイシン、スピラマイシン、チロシン、ヴァージニアマ
イシンＭ、アジスロマイシン、リネゾリド、またはエリ
スロマイシンである、項５に記載のコンピュータシステ
ム。 （項７）項５に記載のコンピュータシステムであって、
前記原子座標が、ディスク番号１に、ファイル名ａｎｉ
ｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐ
ｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔ
ｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴＩＣ
Ｉ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲＳＯ
ＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳ
ＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ、ＡＺＩＴＨ
ＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢ、ａｚｉｔ
ｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄ
ｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下で記
録された原子座標の少なくとも一部分を含む、コンピュ
ータシステム。 （項８）前記リボファンクショナル位置が、前記リボソ
ームサブユニットにおける活性部位の少なくとも一部分
を含む、項１に記載のコンピュータシステム。 （項９）前記活性部位が、ペプチジルトランスフェラー
ゼ部位の少なくとも一部分を含む、項８に記載のコンピ
ュータシステム。 （項１０）前記ペプチジルトランスフェラーゼ部位が、
表５Ａまたは表５Ｂに示される複数の残基によって規定
される、項９に記載のコンピュータシステム。 （項１１）前記リボファンクショナル位置が、Ａ部位の
少なくとも一部分を含む、項１に記載のコンピュータシ
ステム。 （項１２）前記Ａ部位が、表６Ａまたは表６Ｂに示され
る複数の残基によって規定される、項１１に記載のコン
ピュータシステム。 （項１３）前記リボファンクショナル位置が、Ｐ部位の
少なくとも一部分を含む、項１または１１に記載のコン
ピュータシステム。 （項１４）前記Ｐ部位が、表７Ａまたは表７Ｂに示され
る複数の残基によって規定される、項１３に記載のコン
ピュータシステム。 （項１５）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項１また
は１１に記載のコンピュータシステム。 （項１６）前記出口トンネルが、表８Ａ、表８Ｂ、表９
または表１０に示される複数の残基によって規定され
る、項１５に記載のコンピュータシステム。 （項１７）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項１３に
記載のコンピュータシステム。 （項１８）前記出口トンネルが、表８Ａ、表８Ｂ、表９
または表１０に示される複数の残基によって規定され
る、項１７に記載のコンピュータシステム。 （項１９）前記リボファンクショナル位置が、表１１
Ａ、表１１Ｂ、表１２Ａ、表１２Ｂ、表１３Ａ、表１３
Ｂ、表１４Ａ、表１４Ｂ、表１５Ａ、表１５Ｂ、表１６
Ａ、表１６Ｂ、表１７Ａ、表１７Ｂ、表１８Ａ、表１８
Ｂ、表１９Ａ、表１９Ｂ、表２０Ａまたは表２０Ｂに示
される複数の残基によって規定される、項１に記載のコ
ンピュータシステム。 （項２０）前記原子座標が、分子モデリングによって生
成される、項１に記載のコンピュータシステム。 （項２１）項１または２０に記載のコンピュータシステ
ムであって、前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔ
ａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、
１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、
１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された
原子座標の少なくとも一部分を使用して、相同性モデリ
ングによって生成される、コンピュータシステム。 （項２２）項１または２０に記載のコンピュータシステ
ムであって、前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔ
ａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、
１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、
１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された
原子座標の少なくとも一部分を使用して、分子置換によ
って生成される、コンピュータシステム。 （項２３）前記リボファンクショナル位置が、リボソー
ムＲＮＡの原子によって規定される、項１に記載のコン
ピュータシステム。 （項２４）前記リボファンクショナル位置が、リボソー
ムタンパク質の原子によって規定される、項１または２
３に記載のコンピュータシステム。 （項２５）前記原子座標が、病原体のリボソームに存在
するが、宿主生物のリボソームには存在しない残基を規
定する、項１に記載のコンピュータシステム。 （項２６）前記宿主生物が、哺乳動物である、項２５に
記載のコンピュータシステム。 （項２７）前記哺乳動物が、ヒトである、項２６に記載
のコンピュータシステム。 （項２８）前記原子座標が、１つ以上の病原体または疾
患状態の間で保存された残基を規定する、項１に記載の
コンピュータシステム。 （項２９）前記原子座標が、原核生物のリボソームには
存在するが、真核生物のリボソームまたは真核生物ミト
コンドリアのリボソームには存在しない残基を規定す
る、項１に記載のコンピュータシステム。 （項３０）前記真核生物のリボソームが、哺乳動物のリ
ボソームである、項２９に記載のコンピュータシステ
ム。 （項３１）項１に記載のコンピュータシステムであっ
て、前記コンピュータシステムが、薬物設計を行うため
のプログラムをさらに備える、コンピュータシステム。 （項３２）項１に記載のコンピュータシステムによって
生成された、分子モデル。 （項３３）候補分子を同定する方法であって、以下の工
程： （ａ）リボソームの大サブユニットのリボファンクショ
ナル位置の分子モデルを提供する工程であって、ここ
で、前記分子モデルが、少なくとも約４．５Åの分解能
を有する電子密度地図から誘導された原子により規定さ
れる、工程；および（ｂ）前記モデルを使用して、前記
リボファンクショナル位置に相補的な表面を有する候補
分子を同定する、工程、を包含する、方法。 （項３４）前記候補分子が、前記リボソームの大サブユ
ニットのリボファンクショナル位置に結合する、項３３
に記載の方法。 （項３５）項３３に記載の方法であって、前記方法が、
工程（ｂ）において同定された候補分子を生成するさら
なる工程を包含する、方法。 （項３６）項３３または３５に記載の方法であって、前
記方法が、前記候補分子が、リボソーム活性を調節する
か否かを決定するさらなる工程を包含する、方法。 （項３７）項３６に記載の方法であって、前記方法が、
改変された分子を同定するさらなる工程を包含する、方
法。 （項３８）項３７に記載の方法であって、前記方法が、
前記改変された分子を生成するさらなる工程を包含す
る、方法。 （項３９）項３８に記載の方法であって、前記方法が、
前記改変された分子が、リボソーム活性を調節するか否
かを決定するさらなる工程を包含する、方法。 （項４０）項３９に記載の方法であって、前記方法が、
前記改変された分子を生成するさらなる工程を包含す
る、方法。 （項４１）前記候補分子が、抗生物質または抗生物質の
アナログである、項３３に記載の方法。 （項４２）前記改変された分子が、抗生物質または抗生
物質のアナログである、項３７に記載の方法。 （項４３）前記抗生物質または抗生物質のアナログが、
マクロライドである、項４１に記載の方法。 （項４４）前記リボファンクショナル位置が、活性部位
の少なくとも一部分を含む、項３３に記載の方法。 （項４５）前記活性部位が、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ部位の少なくとも一部分を含む、項４４に記載の方
法。 （項４６）前記ペプチジルトランスフェラーゼ部位が、
表５Ａまたは表５Ｂに示される複数の残基によって規定
される、項４４に記載の方法。 （項４７）前記リボファンクショナル位置が、Ａ部位の
少なくとも一部分を含む、項３３に記載の方法。 （項４８）前記Ａ部位が、表６Ａまたは表６Ｂに示され
る複数の残基によって規定される、項４７に記載の方
法。 （項４９）前記リボファンクショナル位置が、Ｐ部位の
少なくとも一部分を含む、項３３または４７に記載の方
法。 （項５０）前記Ｐ部位が、表７Ａまたは表７Ｂに示され
る複数の残基によって規定される、項４９に記載の方
法。 （項５１）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項３３ま
たは４７に記載の方法。 （項５２）前記出口トンネルが、表８Ａ、表８Ｂ、表９
または表１０に示される複数の残基によって規定され
る、項５１に記載の方法。 （項５３）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項４９に
記載の方法。 （項５４）前記出口トンネルが、表８Ａ、表８Ｂ、表９
または表１０に示される複数の残基によって規定され
る、項５３に記載の方法。 （項５５）前記リボファンクショナル位置が、表１１
Ａ、表１１Ｂ、表１２Ａ、表１２Ｂ、表１３Ａ、表１３
Ｂ、表１４Ａ、表１４Ｂ、表１５Ａ、表１５Ｂ、表１６
Ａ、表１６Ｂ、表１７Ａ、表１７Ｂ、表１８Ａ、表１８
Ｂ、表１９Ａ、表１９Ｂ、表２０Ａ、または表２０Ｂに
示される複数の残基によって規定される、項３３に記載
の方法。 （項５６）前記分子モデルが電子形態である、項３３に
記載の方法。 （項５７）前記分子モデルが、分子モデリングによって
生成された原子座標から生成される、項３３に記載の方
法。 （項５８）項３３または５７に記載の方法であって、前
記分子モデルが、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ
に、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１
ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、ま
たは１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原子座標の少
なくとも一部分を使用して、相同性モデリングによって
生成された原子座標から生成される、方法。 （項５９）項３３または５７に記載の方法であって、前
記分子モデルが、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ
に、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１
ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、ま
たは１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原子座標の少
なくとも一部分を使用して、分子置換によって生成され
た原子座標から生成される、方法。 （項６０）前記分子モデルが、１つ以上の原核生物間で
保存される残基を含む、項３３に記載の方法。 （項６１）前記分子モデルが、原核生物のリボソームに
おいて存在するが、真核生物のリボソームまたは真核生
物ミトコンドリアのリボソームにおいては存在しない残
基を含む、項３３に記載の方法。 （項６２）前記真核生物のリボソームが、哺乳動物のリ
ボソームである、項６１に記載の方法。 （項６３）コンピュータシステムであって、以下： （ａ）タンパク質合成インヒビターが、リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置と相互作用す
る場合に、前記タンパク質合成インヒビターの少なくと
も一部分を規定する電子密度地図から誘導される原子座
標を示す、メモリ内に保存されたデータを有するメモ
リ；および（ｂ）前記メモリと電気的に連通しているプ
ロセッサであって、前記プロセッサが、前記タンパク質
合成インヒビターの少なくとも一部分を表わす３次元モ
デルを生成するためのプログラムを備える、プロセッ
サ、を備える、コンピュータシステム。 （項６４）項６３に記載のコンピュータシステムであっ
て、前記コンピュータシステムが、前記モデルの視覚表
示を提供するためのデバイスをさらに備える、コンピュ
ータシステム。 （項６５）前記タンパク質合成インヒビターが抗生物質
である、項６３に記載のコンピュータシステム。 （項６６）前記タンパク質合成インヒビターが、アニソ
マイシン、ブラスチシジン、カルボマイシンＡ、スパル
ソマイシン、スピラマイシン、チロシン、ヴァージニア
マイシンＭ、アジスロマイシン、リネゾリド、またはエ
リスロマイシンである、項６５に記載のコンピュータシ
ステム。 （項６７）項６６に記載のコンピュータシステムであっ
て、前記原子座標が、ディスク番号１に、ファイル名ａ
ｎｉｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉ
ｎ．ｐｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒ
ｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄ
ｂ、ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃ
ｉｎ．ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴ
ＩＣＩ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲ
ＳＯＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬ
ＯＳＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ、ＡＺＩ
ＴＨＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢ、ａｚ
ｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．
ｐｄｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下
で記録された原子座標の少なくとも一部分を含む、コン
ピュータシステム。 （項６８）前記リボファンクショナル位置が、活性部位
の少なくとも一部分を含む、項６３に記載のコンピュー
タシステム。 （項６９）前記活性部位が、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ部位の少なくとも一部分を含む、項６８に記載のコ
ンピュータシステム。 （項７０）前記リボファンクショナル位置が、Ａ部位の
少なくとも一部分を含む、項６８に記載のコンピュータ
システム。 （項７１）前記リボファンクショナル位置が、Ｐ部位の
少なくとも一部分を含む、項６８または７０に記載のコ
ンピュータシステム。 （項７２）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項６８ま
たは７０に記載のコンピュータシステム。 （項７３）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項７１に
記載のコンピュータシステム。 （項７４）リード候補を同定する方法であって、以下： （ａ）タンパク質合成インヒビターが、リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置と相互作用す
る場合に、前記タンパク質合成インヒビターの少なくと
も一部分の分子モデルを提供する工程；および（ｂ）前
記モデルを使用して、前記リード候補を同定する工程、
を包含する、方法。 （項７５）前記リード候補が、前記リボファンクショナ
ル位置と相互作用し得る、項７４に記載の方法。 （項７６）前記リード候補が、前記リボファンクショナ
ル位置に結合し得る、項７４に記載の方法。 （項７７）工程（ｂ）において同定された前記リード候
補を生成するさらなる工程を包含する、項７４に記載の
方法。 （項７８）前記リード候補が、リボソーム活性を調節す
るか否かを決定するさらなる工程を包含する、項７４ま
たは項７７に記載の方法。 （項７９）前記リード候補を改変するさらなる工程を包
含する、項７８に記載の方法。 （項８０）前記改変されたリード候補を生成するさらな
る工程を包含する、項７９に記載の方法。 （項８１）前記改変されたリード候補が、リボソーム活
性を調節するか否かを決定するさらなる工程を包含す
る、項８０に記載の方法。 （項８２）前記改変されたリード候補を生成するさらな
る工程を包含する、項８１に記載の方法。 （項８３）前記リード候補が、抗生物質または抗生物質
のアナログである、項７４に記載の方法。 （項８４）前記リード候補が、ハイブリッド抗生物質で
ある、項７４に記載の方法。 （項８５）前記リード候補が、第一の抗生物質の少なく
とも一部分および第二の異なる抗生物質の少なくとも一
部分を含む、項８４に記載の方法。 （項８６）前記改変されたリード候補が、抗生物質また
は抗生物質のアナログである、項８２に記載の方法。 （項８７）前記抗生物質または抗生物質のアナログが、
マクロライドである、項８６に記載の方法。 （項８８）前記タンパク質合成インヒビターが抗生物質
である、項７４に記載の方法。 （項８９）前記抗生物質が、アニソマイシン、ブラスチ
シジン、カルボマイシンＡ、スパルソマイシン、スピラ
マイシン、チロシン、ヴァージニアマイシンＭ、アジス
ロマイシン、リネゾリド、またはエリスロマイシンであ
る、項８８に記載の方法。 （項９０）項８９に記載の方法であって、前記分子モデ
ルが、ディスク番号１に、ファイル名ａｎｉｓｏｍｙｃ
ｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂ、ｃａ
ｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔｙｌｏｓｉ
ｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、Ａ
ＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢ、
ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤ
Ｂ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳＩＮ．ＰＤ
Ｂ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ、ＡＺＩＴＨＲＯＭ．Ｐ
ＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢ、ａｚｉｔｈｒｏｍｙ
ｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ、または
ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下で記録された原
子座標の少なくとも一部分により規定される、方法 （項９１）前記リボファンクショナル位置が、活性部位
の少なくとも一部分を含む、項７４に記載の方法。 （項９２）前記活性部位が、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ部位の少なくとも一部分を含む、項９１に記載の方
法。 （項９３）前記リボファンクショナル位置が、Ａ部位の
少なくとも一部分を含む、項９１に記載の方法。 （項９４）前記リボファンクショナル位置が、Ｐ部位の
少なくとも一部分を含む、項７４または９３に記載の方
法。 （項９５）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項７４ま
たは９３に記載の方法。 （項９６）前記リボファンクショナル位置が、ポリペプ
チド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、項９４に
記載の方法。 （項９７）前記分子モデルが電子形態である、項７４に
記載の方法。 （項９８）前記分子モデルが、分子モデリングにより生
成される原子座標から生成される、項７４に記載の方
法。 （項９９）タンパク質合成インヒビターであって、以
下：大リボソームサブユニットにおける第一の接触部位
と結合する既知の第一の分子の表面を模倣するか、また
は前記表面を複製する表面を有する、第一の結合ドメイ
ン；および前記リボソームサブユニットにおける第二の
接触部位と結合する既知の第二の分子の表面を模倣する
か、または前記表面を複製する表面を有する、第二の結
合ドメイン、を含み、ここで、前記第一のドメインは、
前記第一のドメインおよび前記第二のドメインの両方
が、そのそれぞれの接触部位と結合することを可能にす
るように、前記第二のドメインに付着され、それによっ
て、リボソームサブユニットにおけるタンパク質合成を
中断すし、ここで、前記タンパク質合成インヒビター
が、約１，５００未満の分子量を有し、約５０μＭ未満
のＩＣ５０を有する、タンパク質合成インヒビター。 （項１００）前記第一の分子が、第一の抗生物質であ
る、項９９に記載のインヒビター。 （項１０１）前記第一の抗生物質が、リボファンクショ
ナル位置の少なくとも一部分に結合する、項１００に記
載のインヒビター。 （項１０２）前記第一の抗生物質が、スパルソマイシン
である、項１００に記載のインヒビター。 （項１０３）前記第二の分子が、第二の抗生物質であ
る、項９９または１００に記載のインヒビター。 （項１０４）前記第二の抗生物質が、リボファンクショ
ナル位置の少なくとも一部分に結合する、項１０３に記
載のインヒビター。 （項１０５）前記第二の抗生物質が、アニソマイシンま
たはクロラムフェニコールである、項１０３に記載のイ
ンヒビター。 （項１０６）前記インヒビターが、約２５０〜約１５０
０の範囲の分子量を有する、項９９に記載のインヒビタ
ー。 （項１０７）前記インヒビターが、約０．００１〜約
μＭのＩＣ５０を有する、項９９に記載のインヒビタ
ー。 （項１０８）操作された合成のタンパク質合成インヒビ
ターであって、以下：リボソームサブユニットにおける
接触部位と結合する既知の分子の表面を模倣するか、ま
たは前記表面を複製する表面を有する結合ドメイン；お
よび前記接触部位との前記結合ドメインの結合に際し
て、前記リボソームサブユニットの内部または隣接する
空間を占有し、それによって、前記リボソームサブユニ
ットにおけるタンパク質合成を中断する、前記結合ドメ
インに付着されたエフェクタードメイン、を含み、ここ
で、前記タンパク質合成インヒビターが、１，５００未
満の分子量を有し、約５０μＭ未満のＩＣ５０を有す
る、インヒビター。 （項１０９）前記結合ドメインの表面が、前記接触部位
に結合する既知の抗生物質の表面を模倣するか、または
前記表面を複製する、項１０８に記載のインヒビター。 （項１１０）タンパク質合成インヒビターであって、以
下：大リボソームサブユニットのアニソマイシン結合ポ
ケットを共に規定する、表１１Ａにおける少なくとも３
個であるが１３個未満である残基と接触し得る、分子；
大リボソームサブユニットのブラスチシジン結合ポケッ
トを共に規定する、表１２Ａにおける少なくとも３個で
あるが２０個未満である残基と接触し得る、分子；大リ
ボソームサブユニットのカルボマイシンＡ結合ポケット
を共に規定する、表１３Ａにおける少なくとも３個であ
るが１６個未満である残基と接触し得る、分子；大リボ
ソームサブユニットのチロシン結合ポケットを共に規定
する、表１４Ａにおける少なくとも３個であるが２０個
未満である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブ
ユニットのスパルソマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１５Ａにおける少なくとも３個であるが９個未満
である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブユニ
ットのヴァージニアマイシンＭ結合ポケットを共に規定
する、表１６Ａにおける少なくとも３個であるが１３個
未満である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブ
ユニットのスピラマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１７Ａにおける少なくとも３個であるが１５個未
満である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブユ
ニットのエリスロマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１８Ａにおける少なくとも３個であるが１３個未
満である残基と接触し得る、分子；大リボソームサブユ
ニットのアジスロマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１９Ａにおける少なくとも３個であるが１１個未
満である残基と接触し得る、分子；または大リボソーム
サブユニットのリネゾリド結合ポケットを共に規定す
る、表２０Ａにおける少なくとも３個であるが１５個未
満である残基と接触し得る、分子；を含む、タンパク質
合成インヒビター。
【００３６】本発明は、部分的に、リボソームサブユニ
ット、より特に、リボソームの大サブユニットの高分解
能の原子構造の決定に基づく。さらに本発明は、一部、
特定のタンパク質合成インヒビター（すなわち、抗生物
質）が、リボソームの大サブユニットと相互作用する際
のそれらの高分解能の原子構造の決定に基づく。
ット、より特に、リボソームの大サブユニットの高分解
能の原子構造の決定に基づく。さらに本発明は、一部、
特定のタンパク質合成インヒビター（すなわち、抗生物
質）が、リボソームの大サブユニットと相互作用する際
のそれらの高分解能の原子構造の決定に基づく。
【００３７】本発明は、生物Ｈａｌｏａｒｃｕｌａ ｍ
ａｒｉｓｍｏｒｔｕｉから単離されたリボソームの大サ
ブユニットの構造を提供する。しかし、異なる界の生物
のリボソーム間における高レベルの配列相同性および高
レベルの構造相同性を考慮して、本明細書中で開示され
る構造情報は、慣用的な技術を使用して、目的の任意の
生物についての大リボソームサブユニットの高分解能の
構造モデルを生成するために使用され得る。
ａｒｉｓｍｏｒｔｕｉから単離されたリボソームの大サ
ブユニットの構造を提供する。しかし、異なる界の生物
のリボソーム間における高レベルの配列相同性および高
レベルの構造相同性を考慮して、本明細書中で開示され
る構造情報は、慣用的な技術を使用して、目的の任意の
生物についての大リボソームサブユニットの高分解能の
構造モデルを生成するために使用され得る。
【００３８】異なる生物のリボソーム間（例えば、ヒト
のリボソームと特定のヒト病原体のリボソームとの間）
において有意な相同性が存在するが、治療的に利用され
得る差異は、依然として存在する。例えば、多くの臨床
的および産業的に有意なタンパク質合成インヒビター
（例えば、ストレプトマイシン、テトラサイクリン、ク
ロラムフェニコールおよびエリトロマイシンのような抗
生物質）は、リボソームを選択的に標的化し、そして細
菌のタンパク質合成を中断するが、同時に、ヒトのリボ
ソーム機能を標的化しないか、そうでなければ有意にそ
の機能に影響を及ぼさない。結果として、長年にわたっ
て、抗生物質は、ヒトにおける微生物感染の処置におい
て非常に貴重であることが証明されていた。しかし、新
規のタンパク質合成インヒビターについての進行中の必
要性が依然として存在する。なぜなら、特に、既知の抗
生物質に対して耐性の病原体の菌株が発生するからであ
る。本明細書中で提供される情報は、新規のタンパク質
合成インヒビターの設計への洞察を提供する。
のリボソームと特定のヒト病原体のリボソームとの間）
において有意な相同性が存在するが、治療的に利用され
得る差異は、依然として存在する。例えば、多くの臨床
的および産業的に有意なタンパク質合成インヒビター
（例えば、ストレプトマイシン、テトラサイクリン、ク
ロラムフェニコールおよびエリトロマイシンのような抗
生物質）は、リボソームを選択的に標的化し、そして細
菌のタンパク質合成を中断するが、同時に、ヒトのリボ
ソーム機能を標的化しないか、そうでなければ有意にそ
の機能に影響を及ぼさない。結果として、長年にわたっ
て、抗生物質は、ヒトにおける微生物感染の処置におい
て非常に貴重であることが証明されていた。しかし、新
規のタンパク質合成インヒビターについての進行中の必
要性が依然として存在する。なぜなら、特に、既知の抗
生物質に対して耐性の病原体の菌株が発生するからであ
る。本明細書中で提供される情報は、新規のタンパク質
合成インヒビターの設計への洞察を提供する。
【００３９】本発明は、リボソーム、より特には大リボ
ソームサブユニットの３次元構造の少なくとも一部分を
規定する原子座標を含むコンピュータシステムを提供す
る。さらに、本発明は、原子座標を使用する方法を提供
し、選択的にリボソームに結合し得、そして、好ましく
は、タンパク質合成の選択的インヒビターとして作用す
る新規の分子を同定する。さらに、本発明は、特定の抗
生物質が大リボソームサブユニットのそれらの結合部位
と相互作用する際にそれらの少なくとも一部分を規定す
る原子座標を含むコンピュータシステムを提供する。さ
らに、本発明は、抗生物質の原子座標を使用して、リボ
ソームに選択的に結合する（好ましくは、タンパク質合
成の選択的インヒビターとして作用する）新規の分子を
同定する方法を提供する。さらに、本発明は、タンパク
質合成インヒビターの新規のファミリーを提供する。本
発明のこれらの局面の各々を、以下により詳細に議論す
る。
ソームサブユニットの３次元構造の少なくとも一部分を
規定する原子座標を含むコンピュータシステムを提供す
る。さらに、本発明は、原子座標を使用する方法を提供
し、選択的にリボソームに結合し得、そして、好ましく
は、タンパク質合成の選択的インヒビターとして作用す
る新規の分子を同定する。さらに、本発明は、特定の抗
生物質が大リボソームサブユニットのそれらの結合部位
と相互作用する際にそれらの少なくとも一部分を規定す
る原子座標を含むコンピュータシステムを提供する。さ
らに、本発明は、抗生物質の原子座標を使用して、リボ
ソームに選択的に結合する（好ましくは、タンパク質合
成の選択的インヒビターとして作用する）新規の分子を
同定する方法を提供する。さらに、本発明は、タンパク
質合成インヒビターの新規のファミリーを提供する。本
発明のこれらの局面の各々を、以下により詳細に議論す
る。
【００４０】１つの局面において、本発明は、（ａ）少
なくとも約４．５Å、より好ましくは、少なくとも約
３．０Å、そして最も好ましくは、約２．４Åまでの分
解能を有し、そしてリボソームの大サブユニットのリボ
ファンクショナル位置を決定する電子密度地図から誘導
される原子座標を示す、メモリ内に保存されたデータを
有するメモリ；および（ｂ）メモリを有する電気通信に
おけるプロセッサであって、このプロセッサが、このリ
ボファンクショナル位置を表わす３次元モデルを生成す
るためのプログラムを含むプロセッサ、を含むコンピュ
ータシステムを提供する。好ましい実施形態において
は、このコンピュータシステムは、デバイス（例えば、
分子モデルの視覚表示を提供するためのコンピュータモ
ニターまたはターミナル）をさらに含む。別の好ましい
実施形態において、このプロセッサは、合理的な薬物設
計を容易にするための１つ以上のプログラムをさらに含
む。
なくとも約４．５Å、より好ましくは、少なくとも約
３．０Å、そして最も好ましくは、約２．４Åまでの分
解能を有し、そしてリボソームの大サブユニットのリボ
ファンクショナル位置を決定する電子密度地図から誘導
される原子座標を示す、メモリ内に保存されたデータを
有するメモリ；および（ｂ）メモリを有する電気通信に
おけるプロセッサであって、このプロセッサが、このリ
ボファンクショナル位置を表わす３次元モデルを生成す
るためのプログラムを含むプロセッサ、を含むコンピュ
ータシステムを提供する。好ましい実施形態において
は、このコンピュータシステムは、デバイス（例えば、
分子モデルの視覚表示を提供するためのコンピュータモ
ニターまたはターミナル）をさらに含む。別の好ましい
実施形態において、このプロセッサは、合理的な薬物設
計を容易にするための１つ以上のプログラムをさらに含
む。
【００４１】好ましい実施形態において、このコンピュ
ータシステムは、ＰｒｏｔｅｉｎＤａｔａ Ｂａｎｋ
に、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ（大リボソームサブユニッ
ト）、１ＦＦＺ（ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏと複合体化し
た大リボソームサブユニット）、１ＦＧ０（アミノアシ
ルｔＲＮＡの小ヘリックスアナログと複合体化した大リ
ボソームサブユニット）、１ＪＪ２（大リボソーム構
造）、１Ｋ７３（アニソマイシンと複合体化した大リボ
ソームサブユニット）、１ＫＣ８（ブラスチシジンと複
合体化した大リボソームサブユニット）、１Ｋ８Ａ（カ
ルボマイシンと複合体化した大リボソームサブユニッ
ト）、１ＫＤ１（スピラマイシンと複合体化した大リボ
ソームサブユニット）；または１Ｋ９Ｍ（チロシンと複
合体化した大リボソームサブユニット）の登録番号の下
で登録された原子座標またはコンパクトディスク（ディ
スク番号１の１）に記録された原子座標の少なくとも一
部分をさらに含む。
ータシステムは、ＰｒｏｔｅｉｎＤａｔａ Ｂａｎｋ
に、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ（大リボソームサブユニッ
ト）、１ＦＦＺ（ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏと複合体化し
た大リボソームサブユニット）、１ＦＧ０（アミノアシ
ルｔＲＮＡの小ヘリックスアナログと複合体化した大リ
ボソームサブユニット）、１ＪＪ２（大リボソーム構
造）、１Ｋ７３（アニソマイシンと複合体化した大リボ
ソームサブユニット）、１ＫＣ８（ブラスチシジンと複
合体化した大リボソームサブユニット）、１Ｋ８Ａ（カ
ルボマイシンと複合体化した大リボソームサブユニッ
ト）、１ＫＤ１（スピラマイシンと複合体化した大リボ
ソームサブユニット）；または１Ｋ９Ｍ（チロシンと複
合体化した大リボソームサブユニット）の登録番号の下
で登録された原子座標またはコンパクトディスク（ディ
スク番号１の１）に記録された原子座標の少なくとも一
部分をさらに含む。
【００４２】１つの好ましい実施形態において、この原
子座標は、タンパク質合成インヒビター（例えば、抗生
物質、より詳細には、リボファンクショナル位置と複合
体化した、アニソマイシン、ブラスチシジン、カルボマ
イシンＡ、スパルソマイシン、スピラマイシン、チロシ
ン、ヴァージニアマイシンＭ、アジスロマイシン、リネ
ゾリド、クロラムフェニコール、およびエリスロマイシ
ンからなる群より選択される抗生物質）の少なくとも一
部分をさらに規定する。より詳細には、本発明は、大リ
ボソームサブユニットの原子座標と共に、大リボソーム
サブユニットと相互作用する抗生物質の原子座標を提供
する。これらの原子座標は、コンパクトディスク（ディ
スク番号１）に記録されており、そして以下のように対
応する：アニソマイシンと複合体化した大リボソームサ
ブユニット（ファイル名：ａｎｉｓｏｍｙｓｉｎ．ｐｄ
ｂまたはＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ）；ブラスチシジン
と複合体化した大リボソームサブユニット（ファイル
名：ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂまたはＢＬＡＳＴ
ＩＣＩ．ＰＤＢ）；カルボマイシンと複合体化した大リ
ボソームサブユニット（ファイル名：ｃａｒｂｏｍｙｃ
ｉｎ．ｐｄｂまたはＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ）；チロ
シンと複合体化した大リボソームサブユニット（ファイ
ル名：ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂまたはＴＹＬＯＳＩＮ．
ＰＤＢ）；スパルソマイシンと複合体化した大リボソー
ムサブユニット（ファイル名：ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉ
ｎ．ｐｄｂまたはＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢ）；ヴァー
ジニアマイシンＭと複合体化した大リボソームサブユニ
ット（ファイル名：ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄ
ｂまたはＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ）；スピラマイシン
と複合体化した大リボソームサブユニット（ファイル
名：ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂまたはＳＰＩＲＡＭ
ＹＣ．ＰＤＢ）；アジスロマイシンと複合体化した大リ
ボソームサブユニット（ファイル名：ＡＺＩＴＨＲＯ
Ｍ．ＰＤＢまたはａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄ
ｂ）；またはリネゾリドと複合体化した大リボソームサ
ブユニット（ファイル名：ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢま
たはｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ）；もしくはエリスロ
マイシンと複合体化した大リボソームサブユニット（フ
ァイル名：ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ）。
子座標は、タンパク質合成インヒビター（例えば、抗生
物質、より詳細には、リボファンクショナル位置と複合
体化した、アニソマイシン、ブラスチシジン、カルボマ
イシンＡ、スパルソマイシン、スピラマイシン、チロシ
ン、ヴァージニアマイシンＭ、アジスロマイシン、リネ
ゾリド、クロラムフェニコール、およびエリスロマイシ
ンからなる群より選択される抗生物質）の少なくとも一
部分をさらに規定する。より詳細には、本発明は、大リ
ボソームサブユニットの原子座標と共に、大リボソーム
サブユニットと相互作用する抗生物質の原子座標を提供
する。これらの原子座標は、コンパクトディスク（ディ
スク番号１）に記録されており、そして以下のように対
応する：アニソマイシンと複合体化した大リボソームサ
ブユニット（ファイル名：ａｎｉｓｏｍｙｓｉｎ．ｐｄ
ｂまたはＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ）；ブラスチシジン
と複合体化した大リボソームサブユニット（ファイル
名：ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂまたはＢＬＡＳＴ
ＩＣＩ．ＰＤＢ）；カルボマイシンと複合体化した大リ
ボソームサブユニット（ファイル名：ｃａｒｂｏｍｙｃ
ｉｎ．ｐｄｂまたはＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ）；チロ
シンと複合体化した大リボソームサブユニット（ファイ
ル名：ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂまたはＴＹＬＯＳＩＮ．
ＰＤＢ）；スパルソマイシンと複合体化した大リボソー
ムサブユニット（ファイル名：ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉ
ｎ．ｐｄｂまたはＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢ）；ヴァー
ジニアマイシンＭと複合体化した大リボソームサブユニ
ット（ファイル名：ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄ
ｂまたはＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ）；スピラマイシン
と複合体化した大リボソームサブユニット（ファイル
名：ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂまたはＳＰＩＲＡＭ
ＹＣ．ＰＤＢ）；アジスロマイシンと複合体化した大リ
ボソームサブユニット（ファイル名：ＡＺＩＴＨＲＯ
Ｍ．ＰＤＢまたはａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄ
ｂ）；またはリネゾリドと複合体化した大リボソームサ
ブユニット（ファイル名：ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢま
たはｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ）；もしくはエリスロ
マイシンと複合体化した大リボソームサブユニット（フ
ァイル名：ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ）。
【００４３】好ましい実施形態において、このリボファ
ンクショナル位置は、リボソームサブユニットにおける
活性部位の少なくとも一部分（例えば、１つ以上の以
下：ペプチジルトランスフェラーゼ部位（表５Ａまたは
表５Ｂに示される複数の残基によって規定され得る部
分）；Ａ部位（表６Ａまたは表６Ｂに示される複数の残
基によって規定され得る部分）；Ｐ部位（表７Ａまたは
表７Ｂに示される複数の残基によって規定され得る部
分）；ポリペプチド出口トンネル（表８Ａまたは表８
Ｂ、表９または表１０に示される複数の残基によって規
定され得る部分）；あるいは抗生物質結合ドメイン（表
１１Ａまたは表１１Ｂ、表１２Ａまたは表１２Ｂ、表１
３Ａまたは表１３Ｂ、表１４Ａまたは表１４Ｂ、表１５
Ａまたは表１５Ｂ、表１６Ａまたは表１６Ｂ、表１７Ａ
または表１７Ｂ、表１８Ａまたは表１８Ｂ、表１９Ａま
たは表１９Ｂ、もしくは表２０Ａまたは表２０Ｂに示さ
れる複数の残基によって規定され得る部分）の少なくと
も一部分）を含む。複数の残基は、少なくとも３残基、
好ましくは、少なくとも５残基、そしてより好ましく
は、少なくとも１０残基を含むように考慮されるべきで
ある。リボファンクショナル位置は、リボソームＲＮＡ
の原子、１つ以上のリボソームタンパク質の原子、また
はリボソームＲＮＡおよび１つ以上のリボソームタンパ
ク質との組み合わせの原子によって規定され得る。
ンクショナル位置は、リボソームサブユニットにおける
活性部位の少なくとも一部分（例えば、１つ以上の以
下：ペプチジルトランスフェラーゼ部位（表５Ａまたは
表５Ｂに示される複数の残基によって規定され得る部
分）；Ａ部位（表６Ａまたは表６Ｂに示される複数の残
基によって規定され得る部分）；Ｐ部位（表７Ａまたは
表７Ｂに示される複数の残基によって規定され得る部
分）；ポリペプチド出口トンネル（表８Ａまたは表８
Ｂ、表９または表１０に示される複数の残基によって規
定され得る部分）；あるいは抗生物質結合ドメイン（表
１１Ａまたは表１１Ｂ、表１２Ａまたは表１２Ｂ、表１
３Ａまたは表１３Ｂ、表１４Ａまたは表１４Ｂ、表１５
Ａまたは表１５Ｂ、表１６Ａまたは表１６Ｂ、表１７Ａ
または表１７Ｂ、表１８Ａまたは表１８Ｂ、表１９Ａま
たは表１９Ｂ、もしくは表２０Ａまたは表２０Ｂに示さ
れる複数の残基によって規定され得る部分）の少なくと
も一部分）を含む。複数の残基は、少なくとも３残基、
好ましくは、少なくとも５残基、そしてより好ましく
は、少なくとも１０残基を含むように考慮されるべきで
ある。リボファンクショナル位置は、リボソームＲＮＡ
の原子、１つ以上のリボソームタンパク質の原子、また
はリボソームＲＮＡおよび１つ以上のリボソームタンパ
ク質との組み合わせの原子によって規定され得る。
【００４４】別の好ましい実施形態において、原子座標
は、分子モデリングによって生成される。本明細書中で
提供される原子座標を使用して、当業者は、従来技術
（例えば、従来の相同性モデリング、および分子置換技
術）を使用して、目的の任意のリボソームのモデルを生
成し得る。別の実施形態において、原子座標は、Ｐｒｏ
ｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１Ｆ
ＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧＯ、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１Ｋ
Ｃ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号
の下で登録された原子座標、あるいはディスク番号１の
コンパクトディスクに含まれる原子座標いずれかの少な
くとも一部分を使用した相同性モデリングによって生成
される。別の実施形態において、原子座標は、Ｐｒｏｔ
ｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦ
Ｋ、１ＦＦＺ、１ＦＧＯ、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ
８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の
下で登録された原子座標、あるいはディスク番号１のコ
ンパクトディスクに含まれる原子座標のいずれかの少な
くとも一部分を使用した分子置換によって生成される。
は、分子モデリングによって生成される。本明細書中で
提供される原子座標を使用して、当業者は、従来技術
（例えば、従来の相同性モデリング、および分子置換技
術）を使用して、目的の任意のリボソームのモデルを生
成し得る。別の実施形態において、原子座標は、Ｐｒｏ
ｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１Ｆ
ＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧＯ、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１Ｋ
Ｃ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号
の下で登録された原子座標、あるいはディスク番号１の
コンパクトディスクに含まれる原子座標いずれかの少な
くとも一部分を使用した相同性モデリングによって生成
される。別の実施形態において、原子座標は、Ｐｒｏｔ
ｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦ
Ｋ、１ＦＦＺ、１ＦＧＯ、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ
８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の
下で登録された原子座標、あるいはディスク番号１のコ
ンパクトディスクに含まれる原子座標のいずれかの少な
くとも一部分を使用した分子置換によって生成される。
【００４５】好ましい実施形態において、原子座標は、
病原体（例えば、原核生物）のリボソームまたはリボソ
ームサブユニット間で保存される残基、そして必要に応
じて、しかしより好ましくは、宿主生物（例えば、ヒ
ト）のリボソームまたはリボソームサブユニットにはま
た存在しない残基を規定する。別の好ましい実施形態に
おいて、原子座標は、原核生物（例えば、細菌）のリボ
ソームまたはリボソームサブユニット間で保存される残
基、そして必要に応じて、しかしより好ましくは、真核
生物（例えば、哺乳動物、より好ましくは、ヒト）のリ
ボソームサブユニットにはまた存在しない残基を規定す
る。この情報は、例えば、１つ以上の分子モデルの使用
を介して使用され、新規の分子（例えば、病原体（例え
ば、細菌）におけるタンパク質合成を中断するが、宿主
細胞（例えば、ヒト）におけるタンパク質合成を中断し
ないか、またはそうでなければ、この合成に実質的に影
響を及ぼさないタンパク質合成インヒビター）を開発す
るために利用され得る合理的な薬物設計の標的を同定し
得る。
病原体（例えば、原核生物）のリボソームまたはリボソ
ームサブユニット間で保存される残基、そして必要に応
じて、しかしより好ましくは、宿主生物（例えば、ヒ
ト）のリボソームまたはリボソームサブユニットにはま
た存在しない残基を規定する。別の好ましい実施形態に
おいて、原子座標は、原核生物（例えば、細菌）のリボ
ソームまたはリボソームサブユニット間で保存される残
基、そして必要に応じて、しかしより好ましくは、真核
生物（例えば、哺乳動物、より好ましくは、ヒト）のリ
ボソームサブユニットにはまた存在しない残基を規定す
る。この情報は、例えば、１つ以上の分子モデルの使用
を介して使用され、新規の分子（例えば、病原体（例え
ば、細菌）におけるタンパク質合成を中断するが、宿主
細胞（例えば、ヒト）におけるタンパク質合成を中断し
ないか、またはそうでなければ、この合成に実質的に影
響を及ぼさないタンパク質合成インヒビター）を開発す
るために利用され得る合理的な薬物設計の標的を同定し
得る。
【００４６】別の局面において、本発明は、合理的な薬
物設計を介した、新規の分子の設計、試験および精密化
のための種々の方法を提供する。例えば、本発明は、
（ａ）リボソームの大リボソームサブユニットのリボフ
ァンクショナル位置を有するモデル（例えば、分子モデ
ル）を提供する工程であって、ここで、このモデルが、
少なくとも約４．５Å、より好ましくは、少なくとも約
３．０Å、そしてより好ましくは、約２．４Åまでの分
解能を有する電子密度地図から誘導される原子の空間配
置によって規定される工程；および（ｂ）このモデルを
使用して、リボファンクショナル位置に相補的な表面を
有する候補分子を同定する工程を包含する方法を提供す
る。好ましくは、この候補分子は、リボソームの大サブ
ユニットのリボファンクショナル位置を立体化学的に内
部適合させ（ｉｎｔｅｒｆｉｔ）、そしてより好ましく
は、この位置に結合する。
物設計を介した、新規の分子の設計、試験および精密化
のための種々の方法を提供する。例えば、本発明は、
（ａ）リボソームの大リボソームサブユニットのリボフ
ァンクショナル位置を有するモデル（例えば、分子モデ
ル）を提供する工程であって、ここで、このモデルが、
少なくとも約４．５Å、より好ましくは、少なくとも約
３．０Å、そしてより好ましくは、約２．４Åまでの分
解能を有する電子密度地図から誘導される原子の空間配
置によって規定される工程；および（ｂ）このモデルを
使用して、リボファンクショナル位置に相補的な表面を
有する候補分子を同定する工程を包含する方法を提供す
る。好ましくは、この候補分子は、リボソームの大サブ
ユニットのリボファンクショナル位置を立体化学的に内
部適合させ（ｉｎｔｅｒｆｉｔ）、そしてより好ましく
は、この位置に結合する。
【００４７】好ましい実施形態において、この方法は、
１つ以上のさらなる以下の工程：このような方法におい
て同定された候補分子を生成する工程；生成された場
合、この候補分子が、リボソーム活性を調節（例えば、
誘導または減少）するか否かを決定する工程；改変され
た分子を同定する工程；この改変された分子を生成する
工程；生成された場合、この改変された分子が、リボソ
ーム活性を調節するか否かを決定する工程；および、単
独または薬学的に受容可能なキャリアと組み合わせての
いずれかの使用のために、改変された分子を生成する工
程を包含する。この候補分子および／または改変された
分子は、抗生物質または抗生物質のアナログ（例えば、
マクロライド抗生物質またはマクロライドアナログ）で
あり得る。
１つ以上のさらなる以下の工程：このような方法におい
て同定された候補分子を生成する工程；生成された場
合、この候補分子が、リボソーム活性を調節（例えば、
誘導または減少）するか否かを決定する工程；改変され
た分子を同定する工程；この改変された分子を生成する
工程；生成された場合、この改変された分子が、リボソ
ーム活性を調節するか否かを決定する工程；および、単
独または薬学的に受容可能なキャリアと組み合わせての
いずれかの使用のために、改変された分子を生成する工
程を包含する。この候補分子および／または改変された
分子は、抗生物質または抗生物質のアナログ（例えば、
マクロライド抗生物質またはマクロライドアナログ）で
あり得る。
【００４８】好ましい実施形態において、このような方
法において使用されるリボファンクショナル位置は、リ
ボソームサブユニットにおいて、活性部位の少なくとも
一部分を含む。別の好ましい実施形態において、このリ
ボファンクショナル位置は、１つ以上の以下：ペプチジ
ルトランスフェラーゼ部位（表５Ａまたは表５Ｂにおい
て示される複数の残基によって規定され得る部分）；Ａ
部位（表６Ａまたは表６Ｂにおいて示される複数の残基
によって規定され得る部分）；Ｐ部位（表７Ａまたは表
７Ｂにおいて示される複数の残基によって規定され得る
部分）；ポリペプチド出口トンネル（表８Ａ、表８Ｂ、
表９、表１０において示される複数の残基によって規定
され得る部分）；あるいは抗生物質結合ドメイン（表１
１Ａ、表１１Ｂ、表１２Ａ、表１２Ｂ、表１３Ａ、表１
３Ｂ、表１４Ａ、表１４Ｂ、表１５Ａ、表１５Ｂ、表１
６Ａ、表１６Ｂ、表１７Ａ、表１７Ｂ、表１８Ａ、表１
８Ｂ、表１９Ａ、表１９Ｂ、表２０Ａまたは表２０Ｂに
おいて示される複数の残基によって規定され得る部分）
の少なくとも一部分によって規定される。このリボファ
ンクショナル位置は、リボソームＲＮＡの原子、１つ以
上のリボソームタンパク質の原子、またはリボソームＲ
ＮＡおよび１つ以上のリボソームタンパク質との組み合
わせの原子によって規定され得る。
法において使用されるリボファンクショナル位置は、リ
ボソームサブユニットにおいて、活性部位の少なくとも
一部分を含む。別の好ましい実施形態において、このリ
ボファンクショナル位置は、１つ以上の以下：ペプチジ
ルトランスフェラーゼ部位（表５Ａまたは表５Ｂにおい
て示される複数の残基によって規定され得る部分）；Ａ
部位（表６Ａまたは表６Ｂにおいて示される複数の残基
によって規定され得る部分）；Ｐ部位（表７Ａまたは表
７Ｂにおいて示される複数の残基によって規定され得る
部分）；ポリペプチド出口トンネル（表８Ａ、表８Ｂ、
表９、表１０において示される複数の残基によって規定
され得る部分）；あるいは抗生物質結合ドメイン（表１
１Ａ、表１１Ｂ、表１２Ａ、表１２Ｂ、表１３Ａ、表１
３Ｂ、表１４Ａ、表１４Ｂ、表１５Ａ、表１５Ｂ、表１
６Ａ、表１６Ｂ、表１７Ａ、表１７Ｂ、表１８Ａ、表１
８Ｂ、表１９Ａ、表１９Ｂ、表２０Ａまたは表２０Ｂに
おいて示される複数の残基によって規定され得る部分）
の少なくとも一部分によって規定される。このリボファ
ンクショナル位置は、リボソームＲＮＡの原子、１つ以
上のリボソームタンパク質の原子、またはリボソームＲ
ＮＡおよび１つ以上のリボソームタンパク質との組み合
わせの原子によって規定され得る。
【００４９】別の好ましい実施形態において、原子座標
は、電子形態における分子モデルを生成するために使用
される。原子座標は、好ましくは、分子モデリングによ
って生成される。別の実施形態において、原子座標は、
Ｐｒｏｔｅｉｎ ＤａｔａＢａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：
１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、
１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ、または１Ｋ９Ｍの登録番
号の下で登録された原子座標、あるいはディスク番号１
のコンパクトディスクに記録された原子座標の少なくと
も一部分を使用した相同性モデリングによって生成され
る。別の実施形態において、原子座標は、Ｐｒｏｔｅｉ
ｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢＩＤ：１ＦＦＫ、１
ＦＦＺ、１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１
Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登
録された原子座標、あるいはディスク番号１のコンパク
トディスクに含まれる原子座標の少なくとも一部分を使
用した分子置換によって生成される。
は、電子形態における分子モデルを生成するために使用
される。原子座標は、好ましくは、分子モデリングによ
って生成される。別の実施形態において、原子座標は、
Ｐｒｏｔｅｉｎ ＤａｔａＢａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：
１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、
１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ、または１Ｋ９Ｍの登録番
号の下で登録された原子座標、あるいはディスク番号１
のコンパクトディスクに記録された原子座標の少なくと
も一部分を使用した相同性モデリングによって生成され
る。別の実施形態において、原子座標は、Ｐｒｏｔｅｉ
ｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢＩＤ：１ＦＦＫ、１
ＦＦＺ、１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１
Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登
録された原子座標、あるいはディスク番号１のコンパク
トディスクに含まれる原子座標の少なくとも一部分を使
用した分子置換によって生成される。
【００５０】好ましい実施形態において、原子座標は、
病原体（例えば、原核生物）のリボソームまたはリボソ
ームサブユニットの間で保存される残基、あるいは宿主
生物（例えば、ヒト）のリボソームまたはリボソームサ
ブユニットにはまた存在しない残基を規定し得る。別の
好ましい実施形態において、原子座標は、原核生物（例
えば、細菌）のリボソームまたはリボソームサブユニッ
トの間で保存される残基、あるいは、必要に応じて、真
核生物（例えば、哺乳動物、より好ましくは、ヒト）の
リボソームまたはリボソームサブユニットにはまた存在
しない残基を規定し得る。この情報は、例えば、１つ以
上の分子モデルの使用を介して使用され、新規の分子
（例えば、病原体（例えば、細菌）においてはタンパク
質合成を中断するが、宿主生物（例えば、ヒト）におい
てはタンパク質合成を中断しないか、またはそうでなけ
れば、実質的にタンパク質合成に影響を及ぼさないタン
パク質合成インヒビター）を開発するために利用され得
る合理的な薬物設計のための標的を同定し得る。
病原体（例えば、原核生物）のリボソームまたはリボソ
ームサブユニットの間で保存される残基、あるいは宿主
生物（例えば、ヒト）のリボソームまたはリボソームサ
ブユニットにはまた存在しない残基を規定し得る。別の
好ましい実施形態において、原子座標は、原核生物（例
えば、細菌）のリボソームまたはリボソームサブユニッ
トの間で保存される残基、あるいは、必要に応じて、真
核生物（例えば、哺乳動物、より好ましくは、ヒト）の
リボソームまたはリボソームサブユニットにはまた存在
しない残基を規定し得る。この情報は、例えば、１つ以
上の分子モデルの使用を介して使用され、新規の分子
（例えば、病原体（例えば、細菌）においてはタンパク
質合成を中断するが、宿主生物（例えば、ヒト）におい
てはタンパク質合成を中断しないか、またはそうでなけ
れば、実質的にタンパク質合成に影響を及ぼさないタン
パク質合成インヒビター）を開発するために利用され得
る合理的な薬物設計のための標的を同定し得る。
【００５１】好ましい実施形態において、このコンピュ
ータシステムは、ＰｒｏｔｅｉｎＤａｔａ Ｂａｎｋに
以下の登録番号ＰＤＢ ＩＤの下で登録された原子座
標、またはディスク番号１のコンパクトディスクに記録
された原子座標の少なくとも一部分をさらに含む：１Ｆ
ＦＫ（大リボソームサブユニット）、１ＦＦＺ（ＣＣｄ
Ａ−ｐ−Ｐｕｒｏと複合体化した大リボソームサブユニ
ット）、１ＦＧ０（アミノアシルｔＲＮＡの小ヘリック
スアナログと複合体化した大リボソームサブユニッ
ト）、１ＪＪ２（大リボソームサブユニット）、１Ｋ７
３（アニソマイシンと複合体化した大リボソームサブユ
ニット）、１ＫＣ８（ブラスチシジンと複合体化した大
リボソームサブユニット）、１Ｋ８Ａ（カルボマイシン
と複合体化した大リボソームサブユニット）、１ＫＤ１
（スピラマイシンと複合体化した大リボソームサブユニ
ット）；または１Ｋ９Ｍ（チロシンと複合体化した大リ
ボソームサブユニット）。
ータシステムは、ＰｒｏｔｅｉｎＤａｔａ Ｂａｎｋに
以下の登録番号ＰＤＢ ＩＤの下で登録された原子座
標、またはディスク番号１のコンパクトディスクに記録
された原子座標の少なくとも一部分をさらに含む：１Ｆ
ＦＫ（大リボソームサブユニット）、１ＦＦＺ（ＣＣｄ
Ａ−ｐ−Ｐｕｒｏと複合体化した大リボソームサブユニ
ット）、１ＦＧ０（アミノアシルｔＲＮＡの小ヘリック
スアナログと複合体化した大リボソームサブユニッ
ト）、１ＪＪ２（大リボソームサブユニット）、１Ｋ７
３（アニソマイシンと複合体化した大リボソームサブユ
ニット）、１ＫＣ８（ブラスチシジンと複合体化した大
リボソームサブユニット）、１Ｋ８Ａ（カルボマイシン
と複合体化した大リボソームサブユニット）、１ＫＤ１
（スピラマイシンと複合体化した大リボソームサブユニ
ット）；または１Ｋ９Ｍ（チロシンと複合体化した大リ
ボソームサブユニット）。
【００５２】別の局面において、本発明は、以下を備え
るコンピュータシステムを提供する：（ａ）タンパク質
合成インヒビターが、リボソームの大サブユニットのリ
ボファンクショナル位置と相互作用する場合に、このタ
ンパク質合成インヒビターの少なくとも一部分を規定す
る電子密度地図から誘導される原子座標を示す、メモリ
内に保存されたデータを有するメモリ；および（ｂ）こ
のメモリと電気的に連通しているプロセッサであって、
このタンパク質合成インヒビターの少なくとも一部分を
表わす３次元モデルを生成するためのプログラムを備え
る、プロセッサ。好ましい局面において、このコンピュ
ータシステムは、この分子モデルの視覚表示を提供する
ためのデバイス（例えば、コンピュータモニタまたはタ
ーミナル）をさらに備える。別の好ましい実施形態にお
いて、このプロセッサは、合理的な薬物設計を容易にす
るための１つ以上のプログラムをさらに供える。
るコンピュータシステムを提供する：（ａ）タンパク質
合成インヒビターが、リボソームの大サブユニットのリ
ボファンクショナル位置と相互作用する場合に、このタ
ンパク質合成インヒビターの少なくとも一部分を規定す
る電子密度地図から誘導される原子座標を示す、メモリ
内に保存されたデータを有するメモリ；および（ｂ）こ
のメモリと電気的に連通しているプロセッサであって、
このタンパク質合成インヒビターの少なくとも一部分を
表わす３次元モデルを生成するためのプログラムを備え
る、プロセッサ。好ましい局面において、このコンピュ
ータシステムは、この分子モデルの視覚表示を提供する
ためのデバイス（例えば、コンピュータモニタまたはタ
ーミナル）をさらに備える。別の好ましい実施形態にお
いて、このプロセッサは、合理的な薬物設計を容易にす
るための１つ以上のプログラムをさらに供える。
【００５３】好ましい実施形態において、この原子座標
は、タンパク質合成インヒビター（例えば、抗生物質、
より詳細には、リボファンクショナル位置と複合体化し
た、アニソマイシン、ブラスチシジン、カルボマイシン
Ａ、スパルソマイシン、スピラマイシン、チロシン、ヴ
ァージニアマイシンＭ、アジスロマイシン、リネゾリ
ド、およびエリスロマイシンからなる群より選択される
抗生物質）の少なくとも一部分をさらに規定する。好ま
しい実施形態において、このリボファンクショナル位置
は、リボソームの活性部位の少なくとも一部分（例え
ば、（ｉ）ペプチジルトランスフェラーゼ部位、（ｉ
ｉ）Ａ部位、（ｉｉｉ）Ｐ部位、（ｉｖ）ポリペプチド
出口トンネルの１つ以上の少なくとも一部分）を含む。
は、タンパク質合成インヒビター（例えば、抗生物質、
より詳細には、リボファンクショナル位置と複合体化し
た、アニソマイシン、ブラスチシジン、カルボマイシン
Ａ、スパルソマイシン、スピラマイシン、チロシン、ヴ
ァージニアマイシンＭ、アジスロマイシン、リネゾリ
ド、およびエリスロマイシンからなる群より選択される
抗生物質）の少なくとも一部分をさらに規定する。好ま
しい実施形態において、このリボファンクショナル位置
は、リボソームの活性部位の少なくとも一部分（例え
ば、（ｉ）ペプチジルトランスフェラーゼ部位、（ｉ
ｉ）Ａ部位、（ｉｉｉ）Ｐ部位、（ｉｖ）ポリペプチド
出口トンネルの１つ以上の少なくとも一部分）を含む。
【００５４】より詳細には、本発明は、大リボソームサ
ブユニットと相互作用する抗生物質の原子座標を提供す
る。これらの原子座標は、ディスク番号１のコンパクト
ディスクに記録されており、そして以下のように対応す
る：アニソマイシンと複合体化した大リボソームサブユ
ニット（ファイル名：ａｎｉｓｏｍｙｓｉｎ．ｐｄｂま
たはＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ）；ブラスチシジンと複
合体化した大リボソームサブユニット（ファイル名：ｂ
ｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂまたはＢＬＡＳＴＩＣ
Ｉ．ＰＤＢ）；カルボマイシンと複合体化した大リボソ
ームサブユニット（ファイル名：ｃａｒｂｏｍｙｃｉ
ｎ．ｐｄｂまたはＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ）；チロシ
ンと複合体化した大リボソームサブユニット（ファイル
名：ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂまたはＴＹＬＯＳＩＮ．Ｐ
ＤＢ）；スパルソマイシンと複合体化した大リボソーム
サブユニット（ファイル名：ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂまたはＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢ）；ヴァージニ
アマイシンＭと複合体化した大リボソームサブユニット
（ファイル名：ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂま
たはＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ）；スピラマイシンと複
合体化した大リボソームサブユニット（ファイル名：ｓ
ｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂまたはＳＰＩＲＡＭＹＣ．
ＰＤＢ）；アジスロマイシンと複合体化した大リボソー
ムサブユニット（ファイル名：ＡＺＩＴＨＲＯＭ．ＰＤ
Ｂまたはａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ）；または
リネゾリドと複合体化した大リボソームサブユニット
（ファイル名：ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢまたはｌｉｎ
ｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ）；もしくはエリスロマイシンと
複合体化した大リボソームサブユニット（ファイル名：
ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ）。
ブユニットと相互作用する抗生物質の原子座標を提供す
る。これらの原子座標は、ディスク番号１のコンパクト
ディスクに記録されており、そして以下のように対応す
る：アニソマイシンと複合体化した大リボソームサブユ
ニット（ファイル名：ａｎｉｓｏｍｙｓｉｎ．ｐｄｂま
たはＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ）；ブラスチシジンと複
合体化した大リボソームサブユニット（ファイル名：ｂ
ｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂまたはＢＬＡＳＴＩＣ
Ｉ．ＰＤＢ）；カルボマイシンと複合体化した大リボソ
ームサブユニット（ファイル名：ｃａｒｂｏｍｙｃｉ
ｎ．ｐｄｂまたはＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ）；チロシ
ンと複合体化した大リボソームサブユニット（ファイル
名：ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂまたはＴＹＬＯＳＩＮ．Ｐ
ＤＢ）；スパルソマイシンと複合体化した大リボソーム
サブユニット（ファイル名：ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂまたはＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢ）；ヴァージニ
アマイシンＭと複合体化した大リボソームサブユニット
（ファイル名：ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂま
たはＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ）；スピラマイシンと複
合体化した大リボソームサブユニット（ファイル名：ｓ
ｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂまたはＳＰＩＲＡＭＹＣ．
ＰＤＢ）；アジスロマイシンと複合体化した大リボソー
ムサブユニット（ファイル名：ＡＺＩＴＨＲＯＭ．ＰＤ
Ｂまたはａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ）；または
リネゾリドと複合体化した大リボソームサブユニット
（ファイル名：ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢまたはｌｉｎ
ｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ）；もしくはエリスロマイシンと
複合体化した大リボソームサブユニット（ファイル名：
ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ）。
【００５５】別の局面において、本発明は、新規のタン
パク質合成インヒビターのためのリード候補を同定する
方法を提供する。この方法は、以下の工程を包含する
（ａ）タンパク質合成インヒビターが、リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置と相互作用す
る場合に、このタンパク質合成インヒビターの少なくと
も一部分の分子モデルを提供する工程；および（ｂ）こ
のモデルを使用して、リード候補を同定する工程。
パク質合成インヒビターのためのリード候補を同定する
方法を提供する。この方法は、以下の工程を包含する
（ａ）タンパク質合成インヒビターが、リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置と相互作用す
る場合に、このタンパク質合成インヒビターの少なくと
も一部分の分子モデルを提供する工程；および（ｂ）こ
のモデルを使用して、リード候補を同定する工程。
【００５６】別の好ましい実施形態において、この方法
は、リード候補を生成するさらなる工程を包含する。合
成後、リード候補は、生物活性（例えば、インビトロア
ッセイにおけるリボソーム活性の調節または目的の微生
物の増殖阻害）について試験され得る。このような研究
結果に基づき、構造−活性の関係を決定することが可能
であり、次いでこれは、目的の特定の性質を改善するた
めのリード候補のさらなる改変を設計するために用いら
れる。次いで、改変されたリード化合物は、これまでと
同様に生成され、そして生物学的活性についてアッセイ
され得る。一旦、目的の化合物が設計され、合成され、
そして活性について試験されると、次いで、これは、薬
品としての使用のために商業的に適した量で製造され得
る。
は、リード候補を生成するさらなる工程を包含する。合
成後、リード候補は、生物活性（例えば、インビトロア
ッセイにおけるリボソーム活性の調節または目的の微生
物の増殖阻害）について試験され得る。このような研究
結果に基づき、構造−活性の関係を決定することが可能
であり、次いでこれは、目的の特定の性質を改善するた
めのリード候補のさらなる改変を設計するために用いら
れる。次いで、改変されたリード化合物は、これまでと
同様に生成され、そして生物学的活性についてアッセイ
され得る。一旦、目的の化合物が設計され、合成され、
そして活性について試験されると、次いで、これは、薬
品としての使用のために商業的に適した量で製造され得
る。
【００５７】好ましい実施形態において、出発分子（す
なわち、タンパク質合成インヒビター）、リード化合
物、および最後から２番目の化合物（ｐｅｎｕｌｔｉｍ
ａｔｅｃｏｍｐｏｕｎｄ）は、抗生物質または抗生物質
のアナログである。別の実施形態において、リード化合
物および最後から２番目の化合物はまた、ハイブリッド
抗生物質（すなわち、第一の抗生物質の一部分および第
二の異なる抗生物質の一部分を含む抗生物質）である。
なわち、タンパク質合成インヒビター）、リード化合
物、および最後から２番目の化合物（ｐｅｎｕｌｔｉｍ
ａｔｅｃｏｍｐｏｕｎｄ）は、抗生物質または抗生物質
のアナログである。別の実施形態において、リード化合
物および最後から２番目の化合物はまた、ハイブリッド
抗生物質（すなわち、第一の抗生物質の一部分および第
二の異なる抗生物質の一部分を含む抗生物質）である。
【００５８】別の好ましい実施形態において、本発明の
実施に用いられる分子モデルは、アニソマイシン、ブラ
スチシジン、カルボマイシンＡ、スパルソマイシン、ス
ピラマイシン、チロシン、ヴァージニアマイシンＭ、ア
ジスロマイシン、リネゾリド、またはエリスロマイシン
からなる群より選択される抗生物質のモデルである。こ
のモデルは好ましくは、ディスク番号１のコンパクトデ
ィスクに以下のファイル名で記録されている原子座標の
一部分を含む：ａｎｉｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａ
ｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐ
ｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇ
ｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤ
Ｂ、ＢＬＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．Ｐ
ＤＢ、ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．
ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．
ＰＤＢ、ＡＺＩＴＨＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬ
Ｉ．ＰＤＢ、ａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉ
ｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃ
ｉｎ．ｐｄｂ。別の好ましい実施形態において、最後か
ら２番目の化合物は、アニソマイシン、ブラスチシジ
ン、カルボマイシンＡ、スパルソマイシン、スピラマイ
シン、チロシン、ヴァージニアマイシンＭ、アジスロマ
イシン、リネゾリド、またはエリスロマイシンからなる
群より選択される抗生物質のアナログである。
実施に用いられる分子モデルは、アニソマイシン、ブラ
スチシジン、カルボマイシンＡ、スパルソマイシン、ス
ピラマイシン、チロシン、ヴァージニアマイシンＭ、ア
ジスロマイシン、リネゾリド、またはエリスロマイシン
からなる群より選択される抗生物質のモデルである。こ
のモデルは好ましくは、ディスク番号１のコンパクトデ
ィスクに以下のファイル名で記録されている原子座標の
一部分を含む：ａｎｉｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａ
ｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐ
ｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇ
ｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤ
Ｂ、ＢＬＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．Ｐ
ＤＢ、ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．
ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．
ＰＤＢ、ＡＺＩＴＨＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬ
Ｉ．ＰＤＢ、ａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉ
ｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃ
ｉｎ．ｐｄｂ。別の好ましい実施形態において、最後か
ら２番目の化合物は、アニソマイシン、ブラスチシジ
ン、カルボマイシンＡ、スパルソマイシン、スピラマイ
シン、チロシン、ヴァージニアマイシンＭ、アジスロマ
イシン、リネゾリド、またはエリスロマイシンからなる
群より選択される抗生物質のアナログである。
【００５９】好ましい実施形態において、リボファンク
ショナル位置は、リボソームの活性部位の少なくとも一
部分（例えば、（ｉ）ペプチジルトランスフェラーゼ部
位、（ｉｉ）Ａ部位、（ｉｉｉ）Ｐ部位、（ｉｖ）ポリ
ペプチド出口トンネルの１つ以上の少なくとも一部分）
を含む。別の実施形態において、本発明の実施に用いら
れる分子モデルは、電子形態にあり、この場合、この分
子モデルは好ましくは分子モデリングにより生成され
る。
ショナル位置は、リボソームの活性部位の少なくとも一
部分（例えば、（ｉ）ペプチジルトランスフェラーゼ部
位、（ｉｉ）Ａ部位、（ｉｉｉ）Ｐ部位、（ｉｖ）ポリ
ペプチド出口トンネルの１つ以上の少なくとも一部分）
を含む。別の実施形態において、本発明の実施に用いら
れる分子モデルは、電子形態にあり、この場合、この分
子モデルは好ましくは分子モデリングにより生成され
る。
【００６０】別の局面において、本発明は、標的リボソ
ームの機能を断つ新規のタンパク質合成インヒビターを
提供する。これらのインヒビターは、本明細書中で開示
されるように、容易に設計され、そして試験され得る。
ームの機能を断つ新規のタンパク質合成インヒビターを
提供する。これらのインヒビターは、本明細書中で開示
されるように、容易に設計され、そして試験され得る。
【００６１】本発明のタンパク質合成インヒビターの１
つの型は、以下：表面（例えば、既知の第一の分子（例
えば、大リボソームサブユニット内または大リボソーム
サブユニット上の第一の接触部位（例えば、第一のリボ
ファンクショナル位置）に結合する第一の抗生物質）の
表面を模倣するか複製する、溶媒に近づきやすい表面）
を有する第一の結合ドメイン；および表面（例えば、既
知の第二の分子（例えば、リボソームサブユニット内ま
たはリボソームサブユニット上の第二の接触部位（例え
ば、第二のリボファンクショナル位置）に結合する第二
の抗生物質）の表面を模倣するか複製する、溶媒に近づ
きやすい表面）を有する第二の結合ドメインを含む。第
一のドメインが第二のドメインに結合し、その結果、第
一のドメインおよび第二のドメインの両方が、リボソー
ムサブユニットの内部またはリボソームサブユニット上
のそれぞれの接触部位に同時に結合することを可能に
し、その結果、リボソームサブユニットにおけるタンパ
ク質合成を中断する。好ましい実施形態において、この
タンパク質合成インヒビターは、約１，５００未満の分
子量、および約５０μＭ未満、より好ましくは約１０μ
Ｍ未満のＩＣ５０を有する。
つの型は、以下：表面（例えば、既知の第一の分子（例
えば、大リボソームサブユニット内または大リボソーム
サブユニット上の第一の接触部位（例えば、第一のリボ
ファンクショナル位置）に結合する第一の抗生物質）の
表面を模倣するか複製する、溶媒に近づきやすい表面）
を有する第一の結合ドメイン；および表面（例えば、既
知の第二の分子（例えば、リボソームサブユニット内ま
たはリボソームサブユニット上の第二の接触部位（例え
ば、第二のリボファンクショナル位置）に結合する第二
の抗生物質）の表面を模倣するか複製する、溶媒に近づ
きやすい表面）を有する第二の結合ドメインを含む。第
一のドメインが第二のドメインに結合し、その結果、第
一のドメインおよび第二のドメインの両方が、リボソー
ムサブユニットの内部またはリボソームサブユニット上
のそれぞれの接触部位に同時に結合することを可能に
し、その結果、リボソームサブユニットにおけるタンパ
ク質合成を中断する。好ましい実施形態において、この
タンパク質合成インヒビターは、約１，５００未満の分
子量、および約５０μＭ未満、より好ましくは約１０μ
Ｍ未満のＩＣ５０を有する。
【００６２】タンパク質合成インヒビターの別の型は、
以下：（ｉ）表面（例えば、既知の分子（例えば、リボ
ソームサブユニット内またはリボソームサブユニット上
の接触部位（例えば、リボファンクショナル位置）に結
合する第一の既知の抗生物質）の表面を模倣するか複製
する、溶媒に近づきやすい表面）を有する第一の結合ド
メイン；および（ｉｉ）接触部位との結合ドメインの結
合に際して、リボソームサブユニットの内部またはリボ
ソームサブユニットに隣接した空間を占有し、それによ
って、リボソームサブユニットにおけるタンパク質合成
を中断する、結合ドメインに結合した新規のエフェクタ
ードメイン、を含む、合成され、操作された分子であ
る。好ましい実施形態において、このタンパク質合成イ
ンヒビターは、約１，５００未満の分子量、および約５
０μＭ未満、より好ましくは約１０μＭ未満のＩＣ５０
を有する。
以下：（ｉ）表面（例えば、既知の分子（例えば、リボ
ソームサブユニット内またはリボソームサブユニット上
の接触部位（例えば、リボファンクショナル位置）に結
合する第一の既知の抗生物質）の表面を模倣するか複製
する、溶媒に近づきやすい表面）を有する第一の結合ド
メイン；および（ｉｉ）接触部位との結合ドメインの結
合に際して、リボソームサブユニットの内部またはリボ
ソームサブユニットに隣接した空間を占有し、それによ
って、リボソームサブユニットにおけるタンパク質合成
を中断する、結合ドメインに結合した新規のエフェクタ
ードメイン、を含む、合成され、操作された分子であ
る。好ましい実施形態において、このタンパク質合成イ
ンヒビターは、約１，５００未満の分子量、および約５
０μＭ未満、より好ましくは約１０μＭ未満のＩＣ５０
を有する。
【００６３】別の局面において、本発明は、新規のタン
パク質合成インヒビター、例えば以下の分子を提供す
る：大リボソームサブユニットのアニソマイシン結合ポ
ケットを共に規定する、表１１Ａにおける少なくとも３
個であるが１３個未満である残基と接触し得る分子、大
リボソームサブユニットのブラスチシジン結合ポケット
を共に規定する、表１２Ａにおける少なくとも３個であ
るが１０個未満である接触残基と接触し得る分子、大リ
ボソームサブユニットのカルボマイシンＡ結合ポケット
を共に規定する、表１３Ａにおける少なくとも３個であ
るが１６個未満である接触残基と接触し得る分子、大リ
ボソームサブユニットのチロシン結合ポケットを共に規
定する、表１４Ａにおける少なくとも３個であるが２０
個未満である残基と接触し得る分子、大リボソームサブ
ユニットのスパルソマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１５Ａにおける少なくとも３個であるが９個未満
である残基と接触し得る分子、大リボソームサブユニッ
トのヴァージニアマイシンＭ結合ポケットを共に規定す
る、表１６Ａにおける少なくとも３個であるが１３個未
満である残基と接触し得る分子、大リボソームサブユニ
ットのスピラマイシン結合ポケットを共に規定する、表
１７Ａにおける少なくとも３個であるが１５個未満であ
る残基と接触し得る分子、大リボソームサブユニットの
エリスロマイシン結合ポケットを共に規定する、表１８
Ａにおける少なくとも３個であるが１３個未満である残
基と接触し得る分子、大リボソームサブユニットのアジ
スロマイシン結合ポケットを共に規定する、表１９Ａに
おける少なくとも３個であるが１１個未満である残基と
接触し得る分子、または大リボソームサブユニットのリ
ネゾリド結合ポケットを共に規定する、表２０Ａにおけ
る少なくとも３個であるが１５個未満である残基と接触
し得る分子。この接触残基は、目的の抗生物質とファン
デルワールス接触している大リボソームサブユニット中
の残基である。
パク質合成インヒビター、例えば以下の分子を提供す
る：大リボソームサブユニットのアニソマイシン結合ポ
ケットを共に規定する、表１１Ａにおける少なくとも３
個であるが１３個未満である残基と接触し得る分子、大
リボソームサブユニットのブラスチシジン結合ポケット
を共に規定する、表１２Ａにおける少なくとも３個であ
るが１０個未満である接触残基と接触し得る分子、大リ
ボソームサブユニットのカルボマイシンＡ結合ポケット
を共に規定する、表１３Ａにおける少なくとも３個であ
るが１６個未満である接触残基と接触し得る分子、大リ
ボソームサブユニットのチロシン結合ポケットを共に規
定する、表１４Ａにおける少なくとも３個であるが２０
個未満である残基と接触し得る分子、大リボソームサブ
ユニットのスパルソマイシン結合ポケットを共に規定す
る、表１５Ａにおける少なくとも３個であるが９個未満
である残基と接触し得る分子、大リボソームサブユニッ
トのヴァージニアマイシンＭ結合ポケットを共に規定す
る、表１６Ａにおける少なくとも３個であるが１３個未
満である残基と接触し得る分子、大リボソームサブユニ
ットのスピラマイシン結合ポケットを共に規定する、表
１７Ａにおける少なくとも３個であるが１５個未満であ
る残基と接触し得る分子、大リボソームサブユニットの
エリスロマイシン結合ポケットを共に規定する、表１８
Ａにおける少なくとも３個であるが１３個未満である残
基と接触し得る分子、大リボソームサブユニットのアジ
スロマイシン結合ポケットを共に規定する、表１９Ａに
おける少なくとも３個であるが１１個未満である残基と
接触し得る分子、または大リボソームサブユニットのリ
ネゾリド結合ポケットを共に規定する、表２０Ａにおけ
る少なくとも３個であるが１５個未満である残基と接触
し得る分子。この接触残基は、目的の抗生物質とファン
デルワールス接触している大リボソームサブユニット中
の残基である。
【００６４】なお別の局面において、本発明は、タンパ
ク質合成インヒビター、例えば、以下の分子を提供す
る：大リボソームサブユニットのアニソマイシン結合ポ
ケットを共に規定するが、アニソマイシン分子中に存在
する１つ以上の原子を欠く、表１１Ａにおける複数の残
基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク番号１
にファイル名ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢの下で記録され
ている）；大リボソームサブユニットのブラスチシジン
結合ポケットを共に規定するが、ブラスチシジン分子中
に存在する１つ以上の原子を欠く、表１２Ａにおける複
数の残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク
番号１にファイル名ＢＬＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢの下で記
録されている）；大リボソームサブユニットのカルボマ
イシンＡ結合ポケットを共に規定するが、カルボマイシ
ンＡ中に存在する１つ以上の原子を欠く、表１３Ａにお
ける複数の残基と接触し得る分子（その原子座標は、デ
ィスク番号１にファイル名ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢの
下で記録されている）；大リボソームサブユニットのチ
ロシン結合ポケットを共に規定するが、チロシン中に存
在する１つ以上の原子を欠く、表１４Ａにおける複数の
残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク番号
１にファイル名ＴＹＬＯＳＩＮ．ＰＤＢの下で記録され
ている）；大リボソームサブユニットのスパルソマイシ
ン結合ポケットを共に規定するが、スパルソマイシン中
に存在する１つ以上の原子を欠く、表１５Ａにおける複
数の残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク
番号１にファイル名ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢの下で記
録されている）；大リボソームサブユニットのヴァージ
ニアマイシンＭ結合ポケットを共に規定するが、ヴァー
ジニアマイシンＭ中に存在する１つ以上の原子を欠く、
表１６Ａにおける複数の残基と接触し得る分子（その原
子座標は、ディスク番号１にファイル名ＶＩＲＧＩＮＩ
Ａ．ＰＤＢの下で記録されている）；大リボソームサブ
ユニットのスピラマイシン結合ポケットを共に規定する
が、スピラマイシン中に存在する１つ以上の原子を欠
く、表１７Ａにおける複数の残基と接触し得る分子（そ
の原子座標は、ディスク番号１にファイル名ＳＰＩＲＡ
ＭＹＣ．ＰＤＢの下で記録されている）；大リボソーム
サブユニットのエリスロマイシン結合ポケットを共に規
定するが、エリスロマイシン中に存在する１つ以上の原
子を欠く、表１８Ａにおける複数の残基と接触し得る分
子（その原子座標は、ディスク番号１にファイル名ｅｒ
ｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下で記録されてい
る）；大リボソームサブユニットのアジスロマイシン結
合ポケットを共に規定するが、アジスロマイシン中に存
在する１つ以上の原子を欠く、表１９Ａにおける複数の
残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク番号
１にファイル名ａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下
で記録されている）；または大リボソームサブユニット
のリネゾリド結合ポケットを共に規定するが、リネゾリ
ド中に存在する１つ以上の原子を欠く、表２０Ａにおけ
る複数の残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディ
スク番号１にファイル名ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂの
下で記録されている）。
ク質合成インヒビター、例えば、以下の分子を提供す
る：大リボソームサブユニットのアニソマイシン結合ポ
ケットを共に規定するが、アニソマイシン分子中に存在
する１つ以上の原子を欠く、表１１Ａにおける複数の残
基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク番号１
にファイル名ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢの下で記録され
ている）；大リボソームサブユニットのブラスチシジン
結合ポケットを共に規定するが、ブラスチシジン分子中
に存在する１つ以上の原子を欠く、表１２Ａにおける複
数の残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク
番号１にファイル名ＢＬＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢの下で記
録されている）；大リボソームサブユニットのカルボマ
イシンＡ結合ポケットを共に規定するが、カルボマイシ
ンＡ中に存在する１つ以上の原子を欠く、表１３Ａにお
ける複数の残基と接触し得る分子（その原子座標は、デ
ィスク番号１にファイル名ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢの
下で記録されている）；大リボソームサブユニットのチ
ロシン結合ポケットを共に規定するが、チロシン中に存
在する１つ以上の原子を欠く、表１４Ａにおける複数の
残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク番号
１にファイル名ＴＹＬＯＳＩＮ．ＰＤＢの下で記録され
ている）；大リボソームサブユニットのスパルソマイシ
ン結合ポケットを共に規定するが、スパルソマイシン中
に存在する１つ以上の原子を欠く、表１５Ａにおける複
数の残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク
番号１にファイル名ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢの下で記
録されている）；大リボソームサブユニットのヴァージ
ニアマイシンＭ結合ポケットを共に規定するが、ヴァー
ジニアマイシンＭ中に存在する１つ以上の原子を欠く、
表１６Ａにおける複数の残基と接触し得る分子（その原
子座標は、ディスク番号１にファイル名ＶＩＲＧＩＮＩ
Ａ．ＰＤＢの下で記録されている）；大リボソームサブ
ユニットのスピラマイシン結合ポケットを共に規定する
が、スピラマイシン中に存在する１つ以上の原子を欠
く、表１７Ａにおける複数の残基と接触し得る分子（そ
の原子座標は、ディスク番号１にファイル名ＳＰＩＲＡ
ＭＹＣ．ＰＤＢの下で記録されている）；大リボソーム
サブユニットのエリスロマイシン結合ポケットを共に規
定するが、エリスロマイシン中に存在する１つ以上の原
子を欠く、表１８Ａにおける複数の残基と接触し得る分
子（その原子座標は、ディスク番号１にファイル名ｅｒ
ｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下で記録されてい
る）；大リボソームサブユニットのアジスロマイシン結
合ポケットを共に規定するが、アジスロマイシン中に存
在する１つ以上の原子を欠く、表１９Ａにおける複数の
残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディスク番号
１にファイル名ａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下
で記録されている）；または大リボソームサブユニット
のリネゾリド結合ポケットを共に規定するが、リネゾリ
ド中に存在する１つ以上の原子を欠く、表２０Ａにおけ
る複数の残基と接触し得る分子（その原子座標は、ディ
スク番号１にファイル名ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂの
下で記録されている）。
【００６５】本発明の前述の局面および実施形態は、以
下の図、詳細な説明および特許請求の範囲を参照して、
より完全に理解され得る。さらなる利点は、図面から明
白である。
下の図、詳細な説明および特許請求の範囲を参照して、
より完全に理解され得る。さらなる利点は、図面から明
白である。
【００６６】（発明の詳細な説明）
（Ｉ．定義）本明細書中で使用されるように、用語「活
性部位」は、タンパク質合成に直接関与するリボソーム
またはリボソームサブユニット上の領域（例えば、ペプ
チジルトランスフェラーゼ部位、Ａ部位、Ｐ部位、ポリ
ペプチド出口トンネル、伸長因子結合部位および他の類
似の部位）をいう。
性部位」は、タンパク質合成に直接関与するリボソーム
またはリボソームサブユニット上の領域（例えば、ペプ
チジルトランスフェラーゼ部位、Ａ部位、Ｐ部位、ポリ
ペプチド出口トンネル、伸長因子結合部位および他の類
似の部位）をいう。
【００６７】本明細書中で使用されるように、用語「因
子」、「リガンド」、および「リード候補」は、同義で
使用され、そしてリボソーム、リボソームサブユニット
またはリボソームフラグメントと結合または相互作用す
る任意の原子、分子または化学基をいう。従って、リガ
ンドとしては、一つの重原子、抗生物質もしくはそれら
のアナログまたは誘導体、ｔＲＮＡ、ペプチジルｔＲＮ
Ａ、アミノアシルｔＲＮＡまたはシグナル認識粒子
（「ＳＲＰ」）が挙げられるが、これらに限定されな
い。
子」、「リガンド」、および「リード候補」は、同義で
使用され、そしてリボソーム、リボソームサブユニット
またはリボソームフラグメントと結合または相互作用す
る任意の原子、分子または化学基をいう。従って、リガ
ンドとしては、一つの重原子、抗生物質もしくはそれら
のアナログまたは誘導体、ｔＲＮＡ、ペプチジルｔＲＮ
Ａ、アミノアシルｔＲＮＡまたはシグナル認識粒子
（「ＳＲＰ」）が挙げられるが、これらに限定されな
い。
【００６８】本明細書中で使用されるように、「始原細
菌」は、メタンプロデューサー、硫黄依存種、および非
常に塩基性の環境または高温の環境に耐性のある多くの
種を含むモネラ界をいう。
菌」は、メタンプロデューサー、硫黄依存種、および非
常に塩基性の環境または高温の環境に耐性のある多くの
種を含むモネラ界をいう。
【００６９】本明細書中で使用されるように、用語「Ａ
部位」は、ペプチド結合形成反応への関与の直前に、ア
ミノアシルｔＲＮＡ分子によって占有される位置をい
う。
部位」は、ペプチド結合形成反応への関与の直前に、ア
ミノアシルｔＲＮＡ分子によって占有される位置をい
う。
【００７０】本明細書中で使用されるように、用語「非
対称単位」は、結晶の対称操作によって操作される場合
に、完全な結晶を再生する原子座標の最小のセットをい
う。
対称単位」は、結晶の対称操作によって操作される場合
に、完全な結晶を再生する原子座標の最小のセットをい
う。
【００７１】本明細書中で使用されるように、「少なく
とも〜の一部分」または「少なくとも〜の３次元構造の
一部分」は、リボソームまたはリボソームサブユニット
の３次元構造の一部分を意味し、このリボソームまたは
リボソームサブユニットは、少なくとも３、より好まし
くは少なくとも３〜１０、そして最も好ましくは、少な
くとも１０の、リボソームまたはリボソームサブユニッ
トのアミノ酸および／またはヌクレオチド残基によって
形成される荷電分布および親水性／疎水性特徴を含む。
このような部分を形成する残基は、例えば、リボソーム
ＲＮＡまたはリボソームタンパク質の一次配列の隣接す
る部分を形成する残基、すなわちリボソームまたはリボ
ソームサブユニットあるいはその組み合わせの３次元構
造の隣接する部分を形成する残基であり得る。本明細書
中で使用されるように、リボソームまたはリボソームサ
ブユニット「の３次元構造の一部分」を形成する残基
は、隣接する３次元形状を形成し、この形状の一部分を
形成する各々の原子または官能基は、４０Å未満、好ま
しくは、２０Å未満、より好ましくは、５〜１０Å未
満、そして最も好ましくは、１〜５Å未満まで、この形
状の一部分を形成する最も近接した原子または官能基か
ら分離される。
とも〜の一部分」または「少なくとも〜の３次元構造の
一部分」は、リボソームまたはリボソームサブユニット
の３次元構造の一部分を意味し、このリボソームまたは
リボソームサブユニットは、少なくとも３、より好まし
くは少なくとも３〜１０、そして最も好ましくは、少な
くとも１０の、リボソームまたはリボソームサブユニッ
トのアミノ酸および／またはヌクレオチド残基によって
形成される荷電分布および親水性／疎水性特徴を含む。
このような部分を形成する残基は、例えば、リボソーム
ＲＮＡまたはリボソームタンパク質の一次配列の隣接す
る部分を形成する残基、すなわちリボソームまたはリボ
ソームサブユニットあるいはその組み合わせの３次元構
造の隣接する部分を形成する残基であり得る。本明細書
中で使用されるように、リボソームまたはリボソームサ
ブユニット「の３次元構造の一部分」を形成する残基
は、隣接する３次元形状を形成し、この形状の一部分を
形成する各々の原子または官能基は、４０Å未満、好ま
しくは、２０Å未満、より好ましくは、５〜１０Å未
満、そして最も好ましくは、１〜５Å未満まで、この形
状の一部分を形成する最も近接した原子または官能基か
ら分離される。
【００７２】本明細書中で使用されるように、用語「原
子座標」または「構造座標」は、リボソームまたはリボ
ソームサブユニットの結晶における原子の位置を記載す
る数学的座標（「Ｘ」値、「Ｙ」値および「Ｚ」値とし
て表される）をいう。結晶から得られた回折データは、
結晶の繰り返し単位の電子密度地図を計算するために使
用される。電子密度地図は、一つのリボソームサブユニ
ット内の個々の原子の位置を確立するために使用され
る。当業者は、Ｘ線結晶学によって決定された一組の構
造座標が、標準誤差を有することを理解する。本発明の
目的のために、２つのリボソーム、リボソームサブユニ
ット、またはそれらの一部分の構造は、それらが以下の
２つの試験の１つを満たす場合に同一であるとみなされ
る。第１の試験においては、任意の供給源由来のリボソ
ームまたはリボソームサブユニットについての構造座標
のセットが、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔ
ｏｒｙ ｆｏｒ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｉｎｆ
ｏｒｍａｔｉｃｓ（ＲＣＳＢ）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔ
ａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）（Ｂｅｒｍａｎら（２０００）
Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２
８，２３５−２４２；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｃｓ
ｂ．ｏｒｇ／ｐｄｂ／）に、登録番号ＰＤＢ ＩＤ：１
ＦＦＫ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＺ；ＰＤＢ ＩＤ：１Ｆ
Ｇ０；ＰＤＢ ＩＤ：１ＪＪ２；ＰＤＢ ＩＤ：１Ｋ７
３；ＰＤＢ ＩＤ：１ＫＣ８；ＰＤＢ ＩＤ：１Ｋ８
Ａ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＫＤ１；またはＰＤＢ ＩＤ：１
Ｋ９Ｍで登録された原子座標、またはディスク１の１に
含まれる原子座標の非水素原子位置上に重ね合わせた場
合、約２．０Å未満（またはより好ましくは約０．７５
Å未満）の非水素原子の根二乗平均偏差を有する場合
に、構造は同一であるとみなされる。前述の各々の開示
は、本明細書中でその全体において参考として援用され
る。第２の試験においては、試験化構造中の原子のセッ
トと参照構造中の原子の対応するセットとの間のｒ．
ｍ．ｓ．偏差が、２．０Å未満である場合に、構造は同
一であるとみなされる。この試験の目的のために、参照
構造中の原子のセットは、ＰＤＢにＰＤＢ ＩＤ：１Ｊ
Ｊ２の登録番号の下に登録された構造、またはディスク
１の１にファイル名１ｊｊ２．ｒｔｆとして含まれる構
造の６３１−６３３、８３５−８４１、８４４−８４
６、８８２−８８５、１８３６−１８３９、２０９５−
２１０５、２４７４−２４７８、２４８５−２４９０、
２５２８−２５３０、２５３２−２５４３、２６０７−
２６１２、２６１４−２６２３、２６４２−２６４８と
して以下に列挙される一連の２３Ｓ ｒＲＮＡ残基の中
の少なくとも５つを含む。試験構造中の上記で列挙され
る残基に対応する残基は、プログラムＬａｓｅｒｇｅｎ
ｅ ｖ．５．０（ＤＮＡ Ｓｔａｒ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄ
ｉｓｏｎ，ＷＩ）をデフォルト設定で使用する、配列ア
ラインメントにより同定される。具体的には、このコン
ピュータプログラムは、Ｈａｌｏａｒｃｕｌａｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡ配列中の上記で列挙
された残基と、試験生物のｒＲＮＡ中の残基とを整列さ
せるために用いられる。一旦、整列されると、試験生物
のｒＲＮＡ中の対応する残基が同定される。試験構造中
の原子の骨格原子の原子座標（Ｐ、Ｃ５’、０５’、Ｃ
４’、Ｃ３’、０３’）は、プログラムＭＩＤＡＳ Ｐ
ｌｕｓ（Ｆｅｒｒｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｊ．
Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ ６：１３−２７および３６
−３７）を用いて、参照構造の対応する骨格原子（Ｐ、
Ｃ５’、０５’、Ｃ４’、Ｃ３’、０３’）上に重ね合
わせられる。ＭＩＤＡＳ Ｐｌｕｓにより決定される場
合、重ね合わせ後のこれら２つの原子間のｒ．ｍ．ｓ．
偏差が、２．０Å未満である場合に、試験構造および参
照構造は同一であるとみなされる。
子座標」または「構造座標」は、リボソームまたはリボ
ソームサブユニットの結晶における原子の位置を記載す
る数学的座標（「Ｘ」値、「Ｙ」値および「Ｚ」値とし
て表される）をいう。結晶から得られた回折データは、
結晶の繰り返し単位の電子密度地図を計算するために使
用される。電子密度地図は、一つのリボソームサブユニ
ット内の個々の原子の位置を確立するために使用され
る。当業者は、Ｘ線結晶学によって決定された一組の構
造座標が、標準誤差を有することを理解する。本発明の
目的のために、２つのリボソーム、リボソームサブユニ
ット、またはそれらの一部分の構造は、それらが以下の
２つの試験の１つを満たす場合に同一であるとみなされ
る。第１の試験においては、任意の供給源由来のリボソ
ームまたはリボソームサブユニットについての構造座標
のセットが、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔ
ｏｒｙ ｆｏｒ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｉｎｆ
ｏｒｍａｔｉｃｓ（ＲＣＳＢ）Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔ
ａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）（Ｂｅｒｍａｎら（２０００）
Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２
８，２３５−２４２；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｃｓ
ｂ．ｏｒｇ／ｐｄｂ／）に、登録番号ＰＤＢ ＩＤ：１
ＦＦＫ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＺ；ＰＤＢ ＩＤ：１Ｆ
Ｇ０；ＰＤＢ ＩＤ：１ＪＪ２；ＰＤＢ ＩＤ：１Ｋ７
３；ＰＤＢ ＩＤ：１ＫＣ８；ＰＤＢ ＩＤ：１Ｋ８
Ａ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＫＤ１；またはＰＤＢ ＩＤ：１
Ｋ９Ｍで登録された原子座標、またはディスク１の１に
含まれる原子座標の非水素原子位置上に重ね合わせた場
合、約２．０Å未満（またはより好ましくは約０．７５
Å未満）の非水素原子の根二乗平均偏差を有する場合
に、構造は同一であるとみなされる。前述の各々の開示
は、本明細書中でその全体において参考として援用され
る。第２の試験においては、試験化構造中の原子のセッ
トと参照構造中の原子の対応するセットとの間のｒ．
ｍ．ｓ．偏差が、２．０Å未満である場合に、構造は同
一であるとみなされる。この試験の目的のために、参照
構造中の原子のセットは、ＰＤＢにＰＤＢ ＩＤ：１Ｊ
Ｊ２の登録番号の下に登録された構造、またはディスク
１の１にファイル名１ｊｊ２．ｒｔｆとして含まれる構
造の６３１−６３３、８３５−８４１、８４４−８４
６、８８２−８８５、１８３６−１８３９、２０９５−
２１０５、２４７４−２４７８、２４８５−２４９０、
２５２８−２５３０、２５３２−２５４３、２６０７−
２６１２、２６１４−２６２３、２６４２−２６４８と
して以下に列挙される一連の２３Ｓ ｒＲＮＡ残基の中
の少なくとも５つを含む。試験構造中の上記で列挙され
る残基に対応する残基は、プログラムＬａｓｅｒｇｅｎ
ｅ ｖ．５．０（ＤＮＡ Ｓｔａｒ，Ｉｎｃ．，Ｍａｄ
ｉｓｏｎ，ＷＩ）をデフォルト設定で使用する、配列ア
ラインメントにより同定される。具体的には、このコン
ピュータプログラムは、Ｈａｌｏａｒｃｕｌａｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡ配列中の上記で列挙
された残基と、試験生物のｒＲＮＡ中の残基とを整列さ
せるために用いられる。一旦、整列されると、試験生物
のｒＲＮＡ中の対応する残基が同定される。試験構造中
の原子の骨格原子の原子座標（Ｐ、Ｃ５’、０５’、Ｃ
４’、Ｃ３’、０３’）は、プログラムＭＩＤＡＳ Ｐ
ｌｕｓ（Ｆｅｒｒｉｎ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｊ．
Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ ６：１３−２７および３６
−３７）を用いて、参照構造の対応する骨格原子（Ｐ、
Ｃ５’、０５’、Ｃ４’、Ｃ３’、０３’）上に重ね合
わせられる。ＭＩＤＡＳ Ｐｌｕｓにより決定される場
合、重ね合わせ後のこれら２つの原子間のｒ．ｍ．ｓ．
偏差が、２．０Å未満である場合に、試験構造および参
照構造は同一であるとみなされる。
【００７３】ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂ
ａｎｋに登録された原子座標またはコンパクトディスク
に記録されたファイルのように本明細書中に含まれる原
子座標のリストにおいて、用語「原子座標」または構造
座標は、各々Ｘ、Ｙ、ＺおよびＢを含むＰｒｏｔｅｉｎ
Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）フォーマットにおける
構造中の原子の測定された位置をいう。用語「原子型」
は、座標が測定されたエレメントをいう。縦列の最初の
文字は、エレメントを規定する。用語「Ｘ」、「Ｙ」、
「Ｚ」は、選択された結晶学的原点に関して測定された
エレメントの結晶学的に規定された原子位置をいう。用
語「Ｂ」は、平均位置に関して、原子の位置の平均変化
を測定する温度因子をいう。
ａｎｋに登録された原子座標またはコンパクトディスク
に記録されたファイルのように本明細書中に含まれる原
子座標のリストにおいて、用語「原子座標」または構造
座標は、各々Ｘ、Ｙ、ＺおよびＢを含むＰｒｏｔｅｉｎ
Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）フォーマットにおける
構造中の原子の測定された位置をいう。用語「原子型」
は、座標が測定されたエレメントをいう。縦列の最初の
文字は、エレメントを規定する。用語「Ｘ」、「Ｙ」、
「Ｚ」は、選択された結晶学的原点に関して測定された
エレメントの結晶学的に規定された原子位置をいう。用
語「Ｂ」は、平均位置に関して、原子の位置の平均変化
を測定する温度因子をいう。
【００７４】本明細書とともに含まれ、そしてコンパク
トディスク（１つのオリジナルのコンパクトディスクお
よびオリジナルのコンパクトディスクの複製コピーを含
む合計２つのコンパクトディスク）で提出される原子座
標および関連する表に対する参照がなされる。ディスク
番号１は、３９個のファイルを含む。ディスク番号１
は、大リボソームサブユニットを規定する原子座標のフ
ァイルを示すＰＤＢ１ＦＦＫ．ＤＯＣおよびＰＤＢ１Ｆ
ＦＫ．ＥＮＴとして同定されるファイルを含み；大リボ
ソームサブユニット−ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏ複合体を
規定する原子座標のファイルを示すＰＤＢ１ＦＦＺ．Ｄ
ＯＣおよびＰＤＢ１ＦＦＺ．ＥＮＴとして同定されるフ
ァイルを含み；そして大リボソームサブユニット−ａａ
−ｔＲＮＡ−アナログ複合体を規定する原子座標のファ
イルを示すＰＤＢ１ＦＧＯ．ＤＯＣおよびＰＤＢ１ＦＧ
Ｏ．ＥＮＴ；完全に精密化された大リボソームサブユニ
ットを規定する原子座標のファイルを示す１ＪＪ２．Ｒ
ＴＦおよび１ＪＪ２．ＴＸＴ；それぞれ、アニソマイシ
ン、ブラスチシジン、カルボマイシン、スパルソマイシ
ン、スピラマイシン、チロシンおよびヴァージニアマイ
シンに結合した大リボソームサブユニットを規定する原
子座標のファイルを示すａｎｉｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄ
ｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙ
ｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓ
ｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ
およびｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂとして同定
されるファイル；３つのフォルダ（ＦＯＬＤＥＲＡは、
１ＪＪ２ＰＤＢ（これは、大リボソームサブユニットを
規定する、より高度に精密化された座標のファイルを示
す）として同定されるファイルを含み、ＦＯＬＤＥＲＢ
は、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴＩＣＩ．Ｐ
ＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲＳＯＭＹ．
ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳＩＮ．
ＰＤＢ、およびＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ（これらは、
それぞれ、アニソマイシン、ブラスチシジン、カルボマ
イシン、スパルソマイシン、スピラマイシン、チロシ
ン、およびヴァージニアマイシンに結合する大リボソー
ムサブユニットを規定する、精密化された座標のファイ
ルを示す）として同定されるファイルを含み、ＦＯＬＤ
ＥＲＣは、ＡＺＩＴＨＲＯＭ．ＰＤＢおよびＬＩＮＥＺ
ＯＬＩ．ＰＤＢ（これらは、それぞれ、アジスロマイシ
ンおよびリネゾリドに結合する大リボソームサブユニッ
トを規定する、精密化された座標のファイルを示す）と
して同定されるファイルを含む）；ｅｒｙｔｈｒｏｍｙ
ｃｉｎ．ｐｄｂ（これは、エリスロマイシンに結合する
大リボソームサブユニットを規定する座標のファイルを
示す）、ならびにａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂお
よびｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ（これは、それぞれア
ジスロマイシンおよびリネゾリドに結合する大リボソー
ムサブユニットを規定する座標のファイルを示す）とし
て同定されファイルを含む。
トディスク（１つのオリジナルのコンパクトディスクお
よびオリジナルのコンパクトディスクの複製コピーを含
む合計２つのコンパクトディスク）で提出される原子座
標および関連する表に対する参照がなされる。ディスク
番号１は、３９個のファイルを含む。ディスク番号１
は、大リボソームサブユニットを規定する原子座標のフ
ァイルを示すＰＤＢ１ＦＦＫ．ＤＯＣおよびＰＤＢ１Ｆ
ＦＫ．ＥＮＴとして同定されるファイルを含み；大リボ
ソームサブユニット−ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏ複合体を
規定する原子座標のファイルを示すＰＤＢ１ＦＦＺ．Ｄ
ＯＣおよびＰＤＢ１ＦＦＺ．ＥＮＴとして同定されるフ
ァイルを含み；そして大リボソームサブユニット−ａａ
−ｔＲＮＡ−アナログ複合体を規定する原子座標のファ
イルを示すＰＤＢ１ＦＧＯ．ＤＯＣおよびＰＤＢ１ＦＧ
Ｏ．ＥＮＴ；完全に精密化された大リボソームサブユニ
ットを規定する原子座標のファイルを示す１ＪＪ２．Ｒ
ＴＦおよび１ＪＪ２．ＴＸＴ；それぞれ、アニソマイシ
ン、ブラスチシジン、カルボマイシン、スパルソマイシ
ン、スピラマイシン、チロシンおよびヴァージニアマイ
シンに結合した大リボソームサブユニットを規定する原
子座標のファイルを示すａｎｉｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄ
ｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙ
ｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓ
ｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ
およびｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂとして同定
されるファイル；３つのフォルダ（ＦＯＬＤＥＲＡは、
１ＪＪ２ＰＤＢ（これは、大リボソームサブユニットを
規定する、より高度に精密化された座標のファイルを示
す）として同定されるファイルを含み、ＦＯＬＤＥＲＢ
は、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴＩＣＩ．Ｐ
ＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲＳＯＭＹ．
ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳＩＮ．
ＰＤＢ、およびＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ（これらは、
それぞれ、アニソマイシン、ブラスチシジン、カルボマ
イシン、スパルソマイシン、スピラマイシン、チロシ
ン、およびヴァージニアマイシンに結合する大リボソー
ムサブユニットを規定する、精密化された座標のファイ
ルを示す）として同定されるファイルを含み、ＦＯＬＤ
ＥＲＣは、ＡＺＩＴＨＲＯＭ．ＰＤＢおよびＬＩＮＥＺ
ＯＬＩ．ＰＤＢ（これらは、それぞれ、アジスロマイシ
ンおよびリネゾリドに結合する大リボソームサブユニッ
トを規定する、精密化された座標のファイルを示す）と
して同定されるファイルを含む）；ｅｒｙｔｈｒｏｍｙ
ｃｉｎ．ｐｄｂ（これは、エリスロマイシンに結合する
大リボソームサブユニットを規定する座標のファイルを
示す）、ならびにａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂお
よびｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄｂ（これは、それぞれア
ジスロマイシンおよびリネゾリドに結合する大リボソー
ムサブユニットを規定する座標のファイルを示す）とし
て同定されファイルを含む。
【００７５】当業者に明らかなように、本明細書中で示
される原子構造は、その配向に関係なく、そして本明細
書中で同定された原子座標が、単に特定の大リボソーム
サブユニットの１つの可能な配向を表す。従って、本明
細書中で同定された原子座標は、それぞれの構造の相対
的な原子の位置または特徴を変化せずに、数学的に回転
され得るか、並進され得るか、率に応じて定められ得る
か、またはそれを組み合わせられ得ることが明らかであ
る。このような数学的操作は、本明細書中で採用される
ことが意図される。
される原子構造は、その配向に関係なく、そして本明細
書中で同定された原子座標が、単に特定の大リボソーム
サブユニットの１つの可能な配向を表す。従って、本明
細書中で同定された原子座標は、それぞれの構造の相対
的な原子の位置または特徴を変化せずに、数学的に回転
され得るか、並進され得るか、率に応じて定められ得る
か、またはそれを組み合わせられ得ることが明らかであ
る。このような数学的操作は、本明細書中で採用される
ことが意図される。
【００７６】本明細書中で使用されるように、用語「〜
誘導された原子座標」および「〜誘導された原子」は、
電子密度地図から直接的または間接的のいずれかで誘導
された原子座標または原子をいう。電子密度地図から
「直接的に」誘導された原子座標または原子は、従来の
結晶学的技術および／または分子モデル技術を使用する
ことによって、電子密度地図から同定されるか、および
／または電子密度地図に適合される原子座標または原子
をいい、従って、一次的な原子座標または原子であると
みなされ得ることが理解される。電子密度地図から「間
接的に」誘導された原子座標または原子は、一次的な原
子座標または原子から誘導される原子座標あるいは一次
的な原子座標または原子から誘導される原子をいい、従
って、一次的な原子座標または原子の誘導体あるいは一
次的な原子座標または原子の変形体であり、従って、二
次的な原子座標または原子であるとみなされ得ることが
理解される。二次的な原子座標または原子は、従来の分
子モデリング技術を使用することによって、一次的な原
子座標または原子から生成され得る。非限定的な例示の
目的で、以下に記載される通り、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉの大リボソームサブユニットについての原子座標
は、一次的な座標であるとみなされ、一方、分子モデリ
ング（例えば、相同性モデリングおよび／または分子置
換を含む）によって、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの原
子座標から誘導され得る哺乳動物の大リボソームサブユ
ニットの原子座標は、二次的な座標であるとみなされ得
る。原子座標および原子の両方の型は、本発明によって
採用されるとみなされる。
誘導された原子座標」および「〜誘導された原子」は、
電子密度地図から直接的または間接的のいずれかで誘導
された原子座標または原子をいう。電子密度地図から
「直接的に」誘導された原子座標または原子は、従来の
結晶学的技術および／または分子モデル技術を使用する
ことによって、電子密度地図から同定されるか、および
／または電子密度地図に適合される原子座標または原子
をいい、従って、一次的な原子座標または原子であると
みなされ得ることが理解される。電子密度地図から「間
接的に」誘導された原子座標または原子は、一次的な原
子座標または原子から誘導される原子座標あるいは一次
的な原子座標または原子から誘導される原子をいい、従
って、一次的な原子座標または原子の誘導体あるいは一
次的な原子座標または原子の変形体であり、従って、二
次的な原子座標または原子であるとみなされ得ることが
理解される。二次的な原子座標または原子は、従来の分
子モデリング技術を使用することによって、一次的な原
子座標または原子から生成され得る。非限定的な例示の
目的で、以下に記載される通り、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉの大リボソームサブユニットについての原子座標
は、一次的な座標であるとみなされ、一方、分子モデリ
ング（例えば、相同性モデリングおよび／または分子置
換を含む）によって、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの原
子座標から誘導され得る哺乳動物の大リボソームサブユ
ニットの原子座標は、二次的な座標であるとみなされ得
る。原子座標および原子の両方の型は、本発明によって
採用されるとみなされる。
【００７７】本明細書中で使用されるように、用語「結
合する（ｂｉｎｄ）」、「結合（している）（ｂｉｎｄ
ｉｎｇ）」、「結合した（ｂｏｕｎｄ）」、「結合（ｂ
ｏｎｄ）」または「結合した（される、された）（ｂｏ
ｎｄｅｄ）」は、原子、分子または化学基の会合に関し
て使用される場合、２つ以上の原子、分子または化学基
の任意の物理的な接触または会合をいう（例えば、リボ
ソームサブユニットとのリガンドの結合は、リガンドと
リボソームサブユニットとの間の物理的な接触をい
う）。このような接触および会合としては、相互作用の
共有結合型および非共有結合型が挙げられる。
合する（ｂｉｎｄ）」、「結合（している）（ｂｉｎｄ
ｉｎｇ）」、「結合した（ｂｏｕｎｄ）」、「結合（ｂ
ｏｎｄ）」または「結合した（される、された）（ｂｏ
ｎｄｅｄ）」は、原子、分子または化学基の会合に関し
て使用される場合、２つ以上の原子、分子または化学基
の任意の物理的な接触または会合をいう（例えば、リボ
ソームサブユニットとのリガンドの結合は、リガンドと
リボソームサブユニットとの間の物理的な接触をい
う）。このような接触および会合としては、相互作用の
共有結合型および非共有結合型が挙げられる。
【００７８】本明細書中で使用されるように、用語「複
合体」または「複合体化した」は、より高い次数（ｏｒ
ｄｅｒ）の構造（例えば、リガンドに結合した５０Ｓリ
ボソームサブユニット）を得るための２つ以上の分子の
集合をいう。
合体」または「複合体化した」は、より高い次数（ｏｒ
ｄｅｒ）の構造（例えば、リガンドに結合した５０Ｓリ
ボソームサブユニット）を得るための２つ以上の分子の
集合をいう。
【００７９】本明細書中で使用されるように、用語「計
算機化学」は、分子の物理的性質おおよび化学的性質の
計算をいう。
算機化学」は、分子の物理的性質おおよび化学的性質の
計算をいう。
【００８０】本明細書中で使用されるように、用語「結
合した系」は、電子が、系の全体に完全に非局在化する
ように、空間的に配置された２を超える二重結合をい
う。芳香族残基は、結合した二重結合系を含む。
合した系」は、電子が、系の全体に完全に非局在化する
ように、空間的に配置された２を超える二重結合をい
う。芳香族残基は、結合した二重結合系を含む。
【００８１】本明細書中で使用されるように、用語「共
有結合」または「原子価結合」は、結合した原子によっ
て、通常２つ一組での電子の共有によって生成された分
子における２つの原子間の化学結合をいう。
有結合」または「原子価結合」は、結合した原子によっ
て、通常２つ一組での電子の共有によって生成された分
子における２つの原子間の化学結合をいう。
【００８２】本明細書中で使用されるように、用語「結
晶」は、Ｘ線を回折する分子の任意の３次元に整列した
アレイをいう。
晶」は、Ｘ線を回折する分子の任意の３次元に整列した
アレイをいう。
【００８３】本明細書中で使用されるように、「結晶学
的起点」は、結晶学的な対称操作に関して、単位格子に
おける基準点をいう。
的起点」は、結晶学的な対称操作に関して、単位格子に
おける基準点をいう。
【００８４】本明細書中で使用されるように、用語「伸
長因子結合ドメイン」は、伸長因子（例えば、伸長因
子、ＥＦ−ＴｕおよびＥＦ−Ｇを含む）と直接相互作用
するリボソームの領域をいう。
長因子結合ドメイン」は、伸長因子（例えば、伸長因
子、ＥＦ−ＴｕおよびＥＦ−Ｇを含む）と直接相互作用
するリボソームの領域をいう。
【００８５】本明細書中で使用されるように、用語「Ｅ
部位」は、ペプチド結合形成に関与した後にリボソーム
を離れる脱アシル化ｔＲＮＡによって占有される位置を
いう。
部位」は、ペプチド結合形成に関与した後にリボソーム
を離れる脱アシル化ｔＲＮＡによって占有される位置を
いう。
【００８６】本明細書中で使用されるように、用語「重
原子誘導体化」は、リボソームおよびリボソームサブユ
ニットならびにその複合体の結晶の「重原子誘導体」と
しても公知である、化学的に改変された形態を生成する
方法をいう。実際には、結晶を、結晶を通って拡散し
得、そしてリボソームまたはリボソームサブユニットに
結合し得る重金属原子塩または有機金属化合物（例え
ば、塩化水銀、リン酸エチル水銀、ペンタミン（ｐｅｎ
ｔａｍｉｎｅ）オスミウムまたはペンタミンイリジウ
ム）を含む溶液に浸漬する。結合した重金属原子の位置
は、浸漬された結晶のＸ線回折分析によって決定され得
る。この情報は、順に、複合体の３次元構造を構築する
ために使用される位相情報を生成するために使用される
（Ｂｌｕｎｄｅｌｌら（１９７６）前出）。
原子誘導体化」は、リボソームおよびリボソームサブユ
ニットならびにその複合体の結晶の「重原子誘導体」と
しても公知である、化学的に改変された形態を生成する
方法をいう。実際には、結晶を、結晶を通って拡散し
得、そしてリボソームまたはリボソームサブユニットに
結合し得る重金属原子塩または有機金属化合物（例え
ば、塩化水銀、リン酸エチル水銀、ペンタミン（ｐｅｎ
ｔａｍｉｎｅ）オスミウムまたはペンタミンイリジウ
ム）を含む溶液に浸漬する。結合した重金属原子の位置
は、浸漬された結晶のＸ線回折分析によって決定され得
る。この情報は、順に、複合体の３次元構造を構築する
ために使用される位相情報を生成するために使用される
（Ｂｌｕｎｄｅｌｌら（１９７６）前出）。
【００８７】本明細書中で使用されるように、用語「ホ
モログ」は、以下の任意の１つまたは組み合わせ：
（ｉ）リボソームまたはリボソームサブユニットから単
離されたかまたは単離され得る任意のタンパク質（すな
わち、リボソームタンパク質）、（ｉｉ）リボソームま
たはリボソームサブユニットから単離されたかまたは単
離され得る任意の核酸（すなわち、リボソームＲＮ
Ａ）、（ｉｉｉ）すべてのデフォルトパラメータを実行
するコンピュータプログラム「ＢＬＡＳＴ」２．１．１
版を使用して決定される通り、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＲａ
ｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓから単離されたリボソ
ームタンパク質に、少なくとも２５％の配列同一性を有
する任意のタンパク質、あるいは（ｉｖ） すべてのデ
フォルトパラメータを実行するコンピュータプログラム
「ＢＬＡＳＴ」２．１．１版を使用して決定される通
り、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＲａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉ
ｃｕｓから単離されたリボソームタンパク質に、少なく
とも３０％の配列同一性を有する任意のタンパク質、を
意味することが理解される。「ＢＬＡＳＴ」２．１．１
版は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ／ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉ
ｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／のワールドワイドウェブを介
して入手可能であり、そして利用可能であるか、または
独立型のコンピュータ上で、完全に実行できるプログラ
ムとして局部的に作動され得る。
モログ」は、以下の任意の１つまたは組み合わせ：
（ｉ）リボソームまたはリボソームサブユニットから単
離されたかまたは単離され得る任意のタンパク質（すな
わち、リボソームタンパク質）、（ｉｉ）リボソームま
たはリボソームサブユニットから単離されたかまたは単
離され得る任意の核酸（すなわち、リボソームＲＮ
Ａ）、（ｉｉｉ）すべてのデフォルトパラメータを実行
するコンピュータプログラム「ＢＬＡＳＴ」２．１．１
版を使用して決定される通り、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＲａ
ｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓから単離されたリボソ
ームタンパク質に、少なくとも２５％の配列同一性を有
する任意のタンパク質、あるいは（ｉｖ） すべてのデ
フォルトパラメータを実行するコンピュータプログラム
「ＢＬＡＳＴ」２．１．１版を使用して決定される通
り、Ｅ．ｃｏｌｉまたはＲａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉ
ｃｕｓから単離されたリボソームタンパク質に、少なく
とも３０％の配列同一性を有する任意のタンパク質、を
意味することが理解される。「ＢＬＡＳＴ」２．１．１
版は、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ／ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉ
ｈ．ｇｏｖ／ＢＬＡＳＴ／のワールドワイドウェブを介
して入手可能であり、そして利用可能であるか、または
独立型のコンピュータ上で、完全に実行できるプログラ
ムとして局部的に作動され得る。
【００８８】本明細書中で使用されるように、用語「相
同性モデリング」は、ホモログについて既存の３次元構
造から、高分子の３次元構造についてのモデルを誘導す
る実行をいう。相同性モデルは、目的の分子の配列が、
公知の構造の分子の配列と同一ではない位置で、残基の
同一性の変更を可能にするコンピュータシステムを使用
して得られる。
同性モデリング」は、ホモログについて既存の３次元構
造から、高分子の３次元構造についてのモデルを誘導す
る実行をいう。相同性モデルは、目的の分子の配列が、
公知の構造の分子の配列と同一ではない位置で、残基の
同一性の変更を可能にするコンピュータシステムを使用
して得られる。
【００８９】本明細書中で使用されるように、用語「水
素結合」は、２つの負に帯電した原子（ＯまたはＮのい
ずれか）をいい、これらの原子は、一方と相互作用しな
がら、ただ１つの原子に共有結合する水素を共有する。
素結合」は、２つの負に帯電した原子（ＯまたはＮのい
ずれか）をいい、これらの原子は、一方と相互作用しな
がら、ただ１つの原子に共有結合する水素を共有する。
【００９０】本明細書中で使用されるように、用語「疎
水性相互作用」は、２つの疎水性残基によって形成され
る相互作用をいう。
水性相互作用」は、２つの疎水性残基によって形成され
る相互作用をいう。
【００９１】本明細書中で使用されるように、用語「Ｉ
Ｃ５０」または「阻害濃度５０」は、目的の生物学的プ
ロセスの活性（細胞生存性および／またはタンパク質翻
訳活性を含むがこれらに限定されない）の５０％を阻害
する分子の濃度を意味すると理解される。
Ｃ５０」または「阻害濃度５０」は、目的の生物学的プ
ロセスの活性（細胞生存性および／またはタンパク質翻
訳活性を含むがこれらに限定されない）の５０％を阻害
する分子の濃度を意味すると理解される。
【００９２】本明細書中で使用されるように、リボソー
ムタンパク質は、「ＬＸ」または「ＳＸ」と示され、こ
こで、Ｌは、「大サブユニット」を表し；Ｓは、「小サ
ブユニット」を表し；そしてどちらの場合にもＸは整数
である。
ムタンパク質は、「ＬＸ」または「ＳＸ」と示され、こ
こで、Ｌは、「大サブユニット」を表し；Ｓは、「小サ
ブユニット」を表し；そしてどちらの場合にもＸは整数
である。
【００９３】本明細書中で使用されるように、用語「Ｍ
ＩＲ」は、多重同形置換をいい、これは、重原子化合物
で処理した結晶から、位相情報を誘導するために使用さ
れる技術である。
ＩＲ」は、多重同形置換をいい、これは、重原子化合物
で処理した結晶から、位相情報を誘導するために使用さ
れる技術である。
【００９４】本明細書中で使用されるように、用語「分
子グラフィック（ス）」は、原子の３次元表示（好まし
くは、コンピュータスクリーン上での）をいう。
子グラフィック（ス）」は、原子の３次元表示（好まし
くは、コンピュータスクリーン上での）をいう。
【００９５】本明細書中で使用されるように、用語「分
子モデル」または「分子構造」は、特定の物体内部の原
子の３次元配置（例えば、リボソームまたはリボソーム
サブユニットを含む原子の３次元構造、およびリボソー
ムまたはリボソームサブユニットと相互作用するリガン
ド、特に、大リボソームサブユニットと相互作用するリ
ガンド、より特に、５０Ｓリボソームサブユニットと相
互作用するリガンドを含む原子の３次元構造）をいう。
子モデル」または「分子構造」は、特定の物体内部の原
子の３次元配置（例えば、リボソームまたはリボソーム
サブユニットを含む原子の３次元構造、およびリボソー
ムまたはリボソームサブユニットと相互作用するリガン
ド、特に、大リボソームサブユニットと相互作用するリ
ガンド、より特に、５０Ｓリボソームサブユニットと相
互作用するリガンドを含む原子の３次元構造）をいう。
【００９６】本明細書中で使用されるように、用語「分
子モデリング」は、１つ以上のモデルを作成するため
に、そして必要に応じて、リガンドの構造活性関係につ
いての予測を立てるために、コンピュータを用いるかま
たは用いずに実行され得る方法または手順をいう。分子
モデリングにおいて使用される方法は、分子グラフィッ
クから計算機化学に及ぶ。
子モデリング」は、１つ以上のモデルを作成するため
に、そして必要に応じて、リガンドの構造活性関係につ
いての予測を立てるために、コンピュータを用いるかま
たは用いずに実行され得る方法または手順をいう。分子
モデリングにおいて使用される方法は、分子グラフィッ
クから計算機化学に及ぶ。
【００９７】本明細書中で使用されるように、用語「分
子置換」は、未知の結晶の観察された回折パターンを最
良に説明するために、未知のリボソームの結晶の単位格
子において、本発明に記載された原子座標を修正し、そ
して配置することによって、原子座標が既知ではないリ
ボソームまたはリボソームサブユニットのモデルの作成
に関わる方法をいう。次いで、このモデルから位相が計
算され得、そして観察された振幅と組み合わされ得、未
知のリボソームまたはリボソームサブユニットの原子座
標を与える。この型の方法は、例えば、Ｔｈｅ Ｍｏｌ
ｅｃｕｌａｒＲｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ｍｅｔｈｏｄ
（Ｒｏｓｓｍａｎｎ，Ｍ．Ｇ．、編）、Ｇｏｒｄｏｎ＆
Ｂｒｅａｃｈ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，（１９７２）に記載
される。
子置換」は、未知の結晶の観察された回折パターンを最
良に説明するために、未知のリボソームの結晶の単位格
子において、本発明に記載された原子座標を修正し、そ
して配置することによって、原子座標が既知ではないリ
ボソームまたはリボソームサブユニットのモデルの作成
に関わる方法をいう。次いで、このモデルから位相が計
算され得、そして観察された振幅と組み合わされ得、未
知のリボソームまたはリボソームサブユニットの原子座
標を与える。この型の方法は、例えば、Ｔｈｅ Ｍｏｌ
ｅｃｕｌａｒＲｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ｍｅｔｈｏｄ
（Ｒｏｓｓｍａｎｎ，Ｍ．Ｇ．、編）、Ｇｏｒｄｏｎ＆
Ｂｒｅａｃｈ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，（１９７２）に記載
される。
【００９８】本明細書中で使用されるように、「非共有
結合」は、原子および／または分子間の共有結合の形成
に関与しない原子および／または分子間の相互作用をい
う。
結合」は、原子および／または分子間の共有結合の形成
に関与しない原子および／または分子間の相互作用をい
う。
【００９９】本明細書中で使用されるように、用語「ペ
プチジルトランスフェラーゼ部位」は、ペプチド結合が
合成される大サブユニットの位置をいう。
プチジルトランスフェラーゼ部位」は、ペプチド結合が
合成される大サブユニットの位置をいう。
【０１００】本明細書中で使用されるように、用語「ポ
リペプチド出口トンネル」は、ペプチジルトランスフェ
ラーゼ部位からリボソームの外部へ、大リボソームサブ
ユニットを通過するチャネルをいい、新規に合成された
ペプチドが通過する。
リペプチド出口トンネル」は、ペプチジルトランスフェ
ラーゼ部位からリボソームの外部へ、大リボソームサブ
ユニットを通過するチャネルをいい、新規に合成された
ペプチドが通過する。
【０１０１】本明細書中で使用されるように、用語「タ
ンパク質合成インヒビター」は、リボソームにおいて、
タンパク質合成またはポリペプチド合成を減じ得るか、
阻害し得るか、またはそうでなければ中断し得る任意の
分子をいう。
ンパク質合成インヒビター」は、リボソームにおいて、
タンパク質合成またはポリペプチド合成を減じ得るか、
阻害し得るか、またはそうでなければ中断し得る任意の
分子をいう。
【０１０２】本明細書中で使用されるように、用語「Ｐ
部位」は、ペプチド結合形成反応に関与するときに、ペ
プチジルｔＲＮＡによって占有される位置をいう。
部位」は、ペプチド結合形成反応に関与するときに、ペ
プチジルｔＲＮＡによって占有される位置をいう。
【０１０３】本明細書中で使用されるように、用語「リ
ボファンクショナル位置」は、リボソームもしくはリボ
ソームサブユニットの内部でのタンパク質合成もしくは
ポリペプチド合成、および／あるいはリボソーム外のタ
ンパク質もしくはポリペプチドの輸送またはリボソーム
外のタンパク質もしくはポリペプチドの移動に、能動的
または受動的のいずれかで関与するリボソームまたはリ
ボソームサブユニットの領域をいう。リボファンクショ
ナル位置としては、例えば、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ部位、Ａ部位、Ｐ部位、Ｅ部位、伸長因子結合ドメ
イン、ポリペプチド出口トンネルおよびシグナル認識粒
子（ＳＲＰ）結合ドメインが挙げられる。リボファンク
ショナル位置が、特定のトポロジーのみならず、原子
（例えば、水素結合に関与し（例えば、プロトンドナー
および／またはアクセプター）、特定の静電的特性およ
び／または親水性特徴もしくは疎水性特徴を有する原
子）によって規定された粒子の表面化学もまた有するこ
とが理解される。
ボファンクショナル位置」は、リボソームもしくはリボ
ソームサブユニットの内部でのタンパク質合成もしくは
ポリペプチド合成、および／あるいはリボソーム外のタ
ンパク質もしくはポリペプチドの輸送またはリボソーム
外のタンパク質もしくはポリペプチドの移動に、能動的
または受動的のいずれかで関与するリボソームまたはリ
ボソームサブユニットの領域をいう。リボファンクショ
ナル位置としては、例えば、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ部位、Ａ部位、Ｐ部位、Ｅ部位、伸長因子結合ドメ
イン、ポリペプチド出口トンネルおよびシグナル認識粒
子（ＳＲＰ）結合ドメインが挙げられる。リボファンク
ショナル位置が、特定のトポロジーのみならず、原子
（例えば、水素結合に関与し（例えば、プロトンドナー
および／またはアクセプター）、特定の静電的特性およ
び／または親水性特徴もしくは疎水性特徴を有する原
子）によって規定された粒子の表面化学もまた有するこ
とが理解される。
【０１０４】本明細書中で使用されるように、用語「リ
ボソームサブユニット」は、タンパク質合成の初期段階
の間に、独立して機能し得るリボソームの２つのサブユ
ニットのうちの１つをいうが、両方が一緒にリボソーム
を構築する。例えば、原核生物リボソームは、５０Ｓサ
ブユニット（大サブユニット）および３０Ｓサブユニッ
ト（小サブユニット）を含む。
ボソームサブユニット」は、タンパク質合成の初期段階
の間に、独立して機能し得るリボソームの２つのサブユ
ニットのうちの１つをいうが、両方が一緒にリボソーム
を構築する。例えば、原核生物リボソームは、５０Ｓサ
ブユニット（大サブユニット）および３０Ｓサブユニッ
ト（小サブユニット）を含む。
【０１０５】本明細書中で使用されるように、用語「リ
ボソーム」は、大リボソームサブユニットおよび小リボ
ソームサブユニットを含む複合体をいう。
ボソーム」は、大リボソームサブユニットおよび小リボ
ソームサブユニットを含む複合体をいう。
【０１０６】本明細書中で使用されるように、用語「シ
グナル認識粒子結合ドメイン」は、シグナル認識粒子と
直接相互作用するリボソームの位置をいう。
グナル認識粒子結合ドメイン」は、シグナル認識粒子と
直接相互作用するリボソームの位置をいう。
【０１０７】本明細書中で使用されるように、用語「空
間群」は、結晶の対称エレメントの配置をいう。
間群」は、結晶の対称エレメントの配置をいう。
【０１０８】本明細書中で使用されるように、用語「対
称操作」は、別の非対称単位の対応する原子上に、非対
称単位の原子を配置する所定の空間群における操作をい
う。
称操作」は、別の非対称単位の対応する原子上に、非対
称単位の原子を配置する所定の空間群における操作をい
う。
【０１０９】本明細書中で使用されるように、用語「双
晶である」は、すべての回折パターンを重ね合わせると
いった方法で、有意に配向が異なる同じ対称の微小なド
メインを含む、単一の巨視的な結晶をいう。双晶の結晶
において、モザイク塊またはドメインは、いくつかはあ
る方向に向いており、そして他のものは、第二の明確に
区別される方向に向いているように配向され、そしてこ
れらの方向は、塊の１つの群によって生成される回折パ
ターンが、他の群の回折パターンのちょうど上に来るよ
うな方向である。
晶である」は、すべての回折パターンを重ね合わせると
いった方法で、有意に配向が異なる同じ対称の微小なド
メインを含む、単一の巨視的な結晶をいう。双晶の結晶
において、モザイク塊またはドメインは、いくつかはあ
る方向に向いており、そして他のものは、第二の明確に
区別される方向に向いているように配向され、そしてこ
れらの方向は、塊の１つの群によって生成される回折パ
ターンが、他の群の回折パターンのちょうど上に来るよ
うな方向である。
【０１１０】本明細書中で使用されるように、用語「双
晶ではない」は、ドメインが整列した結晶格子をいう。
このドメインはまた、「モザイク塊」としても公知であ
る。大半の結晶は、モザイク塊の集合であるかのように
回折する。これは、より大きな結晶（これは、全体的に
は、あまり良好には整列していない）の内部の小さい、
完全に整列された領域であると考えられ得、。各々の塊
は、他のすべてと同じ対称および単位格子充填を有す
る。
晶ではない」は、ドメインが整列した結晶格子をいう。
このドメインはまた、「モザイク塊」としても公知であ
る。大半の結晶は、モザイク塊の集合であるかのように
回折する。これは、より大きな結晶（これは、全体的に
は、あまり良好には整列していない）の内部の小さい、
完全に整列された領域であると考えられ得、。各々の塊
は、他のすべてと同じ対称および単位格子充填を有す
る。
【０１１１】本明細書中で使用されるように、用語「単
位格子」は、基本的な平行六面体形状の塊をいう。結晶
の全体の大きな塊は、このような塊の規則正しい集合に
よって構築され得る。各々の単位格子は、パターンの単
位の完全な表示、すなわち、結晶を築き上げる反復を含
む。
位格子」は、基本的な平行六面体形状の塊をいう。結晶
の全体の大きな塊は、このような塊の規則正しい集合に
よって構築され得る。各々の単位格子は、パターンの単
位の完全な表示、すなわち、結晶を築き上げる反復を含
む。
【０１１２】（ＩＩ．大リボソームサブユニットの構造
および使用） （Ａ．２．４Åの分解能、初期精密化での大リボソーム
サブユニットの原子構造）本発明は、リボソームの結晶
を調製するための新規の方法の開発に一部基づく。新規
の方法は、以前に入手された結晶よりもさらに厚く、そ
して約２．４Åの分解能までＸ先を回折し得る５０Ｓリ
ボソームサブユニットの結晶を提供する。この方法は、
長年Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５０Ｓリボソー
ムサブユニットの結晶構造の決定の進歩を妨げた双晶の
結晶を排除する。５０Ｓリボソームサブユニットの結晶
を調製する方法を、以下に議論する。
および使用） （Ａ．２．４Åの分解能、初期精密化での大リボソーム
サブユニットの原子構造）本発明は、リボソームの結晶
を調製するための新規の方法の開発に一部基づく。新規
の方法は、以前に入手された結晶よりもさらに厚く、そ
して約２．４Åの分解能までＸ先を回折し得る５０Ｓリ
ボソームサブユニットの結晶を提供する。この方法は、
長年Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５０Ｓリボソー
ムサブユニットの結晶構造の決定の進歩を妨げた双晶の
結晶を排除する。５０Ｓリボソームサブユニットの結晶
を調製する方法を、以下に議論する。
【０１１３】本発明はまた、重原子誘導体を使用して実
験的に位相を等しくした２．４Åの分解能の電子密度地
図から誘導された、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の
５０Ｓリボソームサブユニットの結晶の原子構造に一部
基づく。大リボソームサブユニットを規定する原子座標
は、２０００年７月１０日に、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏ
ｌｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａ
ｌ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（ＲＣＳＢ）Ｐｒｏ
ｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）（Ｂｅｒｍａ
ｎら（２０００）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅ
ａｒｃｈ ２８，２３５−２４２；ｈｔｔｐ：／／ｗｗ
ｗ．ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｐｄｂ／）に、登録番号ＰＤＢ
ＩＤ：１ＦＦＫの下で登録された。
験的に位相を等しくした２．４Åの分解能の電子密度地
図から誘導された、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の
５０Ｓリボソームサブユニットの結晶の原子構造に一部
基づく。大リボソームサブユニットを規定する原子座標
は、２０００年７月１０日に、Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｏ
ｌｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａ
ｌ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（ＲＣＳＢ）Ｐｒｏ
ｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）（Ｂｅｒｍａ
ｎら（２０００）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅ
ａｒｃｈ ２８，２３５−２４２；ｈｔｔｐ：／／ｗｗ
ｗ．ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｐｄｂ／）に、登録番号ＰＤＢ
ＩＤ：１ＦＦＫの下で登録された。
【０１１４】さらに、本発明は、この節で簡単に要約さ
れ、そして本明細書の以下の節で詳細に議論される以下
のモデルの原子座標からの派生物に一部基づく。このモ
デルは、２３Ｓ ｒＲＮＡの２，９２３個のヌクレオチ
ドのうちの２，８１１個、その５Ｓ ｒＲＮＡのすべて
の１２２個のヌクレオチド、およびサブユニット中で良
好に整列した２７個のタンパク質についての構造を含
む。
れ、そして本明細書の以下の節で詳細に議論される以下
のモデルの原子座標からの派生物に一部基づく。このモ
デルは、２３Ｓ ｒＲＮＡの２，９２３個のヌクレオチ
ドのうちの２，８１１個、その５Ｓ ｒＲＮＡのすべて
の１２２個のヌクレオチド、およびサブユニット中で良
好に整列した２７個のタンパク質についての構造を含
む。
【０１１５】５Ｓ ｒＲＮＡおよび２３Ｓ ｒＲＮＡの
両方の二次構造は、系統発生的比較によって、その二次
構造について推論された二次構造に著しく近い。２３Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造は、６つの大きなドメインに分け
られ、その各々は、非常に非対称な３次構造を有する。
これらの形状の変則にもかかわらず、ドメインは、連動
の様式でともに適合し、ほぼ等軸であるＲＮＡの密集し
た塊を得る。タンパク質は、構造の至るところに分散
し、その表面上に主として密集するが、タンパク質合成
に対して本来機能的に重要であるサブユニットの領域
（３０Ｓサブユニット表面、ｔＲＮＡの結合領域および
ペプチジルトランスフェラーゼ活性部位）になおさら豊
富ではない。これらのタンパク質の多くの最も驚くべき
特徴は、これらのループおよび末端の伸長した不規則な
構造であり、これは、ＲＮＡヘリックスの間を貫く。サ
ブユニットにおける大半のタンパク質の主な役割は、そ
のｒＲＮＡの３次元構造の安定化のようである。
両方の二次構造は、系統発生的比較によって、その二次
構造について推論された二次構造に著しく近い。２３Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造は、６つの大きなドメインに分け
られ、その各々は、非常に非対称な３次構造を有する。
これらの形状の変則にもかかわらず、ドメインは、連動
の様式でともに適合し、ほぼ等軸であるＲＮＡの密集し
た塊を得る。タンパク質は、構造の至るところに分散
し、その表面上に主として密集するが、タンパク質合成
に対して本来機能的に重要であるサブユニットの領域
（３０Ｓサブユニット表面、ｔＲＮＡの結合領域および
ペプチジルトランスフェラーゼ活性部位）になおさら豊
富ではない。これらのタンパク質の多くの最も驚くべき
特徴は、これらのループおよび末端の伸長した不規則な
構造であり、これは、ＲＮＡヘリックスの間を貫く。サ
ブユニットにおける大半のタンパク質の主な役割は、そ
のｒＲＮＡの３次元構造の安定化のようである。
【０１１６】（１．５０Ｓリボソームサブユニットの結
晶の調製および構造決定）いくつかの実験的アプローチ
は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５０Ｓリボソームサ
ブユニットの電子密度地図の分解能を、５Åから２．４
Åに広げるために使用された（結晶の改良を含む）。逆
抽出手順は、以前に入手可能であった結晶よりも厚く、
そして２．２Åの分解能まで回折し得る再現可能に成長
する結晶のために開発された（実施例１を参照のこ
と）。手短に言えば、結晶を、沈殿したサブユニットか
ら逆抽出された結晶種を入れた溶液から、蒸気拡散によ
るハンギングドロップで、室温で成長させた。得られた
結晶は、０．５×０．５×０．２ｍｍの最大の大きさを
有し、そして３週間後に収集した。長年進歩を妨げた双
晶の結晶（Ｂａｎら（１９９９）前出）を、結晶の安定
化条件を調整することによって排除した（実施例１を参
照のこと）。結晶は、１２％ ＰＥＧ６０００、２２％
エチレングリコール、１．７Ｍ ＮａＣｌ、０．５Ｍ
ＮＨ４Ｃｌ、１００ｍＭ 酢酸カリウム、３０ｍＭ
ＭｇＣｌ２および１ｍＭ ＣｄＣｌ２、ｐＨ６．２を含
む溶液への漸進的移行によって安定化され、そして液体
プロパンでフラッシュ凍結した。塩濃度を１．７Ｍ Ｎ
ａＣｌ未満に減少することによって、双晶になる結晶の
傾向が増加した。１．２Ｍと同程度まで低い塩濃度で
は、ほぼすべての結晶が双晶となった。
晶の調製および構造決定）いくつかの実験的アプローチ
は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５０Ｓリボソームサ
ブユニットの電子密度地図の分解能を、５Åから２．４
Åに広げるために使用された（結晶の改良を含む）。逆
抽出手順は、以前に入手可能であった結晶よりも厚く、
そして２．２Åの分解能まで回折し得る再現可能に成長
する結晶のために開発された（実施例１を参照のこ
と）。手短に言えば、結晶を、沈殿したサブユニットか
ら逆抽出された結晶種を入れた溶液から、蒸気拡散によ
るハンギングドロップで、室温で成長させた。得られた
結晶は、０．５×０．５×０．２ｍｍの最大の大きさを
有し、そして３週間後に収集した。長年進歩を妨げた双
晶の結晶（Ｂａｎら（１９９９）前出）を、結晶の安定
化条件を調整することによって排除した（実施例１を参
照のこと）。結晶は、１２％ ＰＥＧ６０００、２２％
エチレングリコール、１．７Ｍ ＮａＣｌ、０．５Ｍ
ＮＨ４Ｃｌ、１００ｍＭ 酢酸カリウム、３０ｍＭ
ＭｇＣｌ２および１ｍＭ ＣｄＣｌ２、ｐＨ６．２を含
む溶液への漸進的移行によって安定化され、そして液体
プロパンでフラッシュ凍結した。塩濃度を１．７Ｍ Ｎ
ａＣｌ未満に減少することによって、双晶になる結晶の
傾向が増加した。１．２Ｍと同程度まで低い塩濃度で
は、ほぼすべての結晶が双晶となった。
【０１１７】高分解能のフェージング（ｐｈａｓｉｎ
ｇ）のために使用されたすべてのＸ線データを、Ａｄｖ
ａｎｃｅｄ Ｐｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅ ａｔ Ａｒ
ｇｏｎｎｅで収集した２つのネイティブデータセットを
使用した以外は、Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ Ｎａｔｉｏｎ
ａｌ Ｓｙｎｃｈｒｏｔｒｏｎ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒ
ｃｅで収集した（実施例２を参照のこと）（表１）。ペ
ンタミンオスミウム（１３２部位）誘導体およびヘキサ
ミン（ｈｅｘａｍｉｎｅ）イリジウム（８４部位）誘導
体が、３．２Åの分解能までの同形置換の位相情報およ
び異常分散の位相情報の両方を生成する点において最も
有効であることが証明された（実施例２を参照のこ
と）。より低い分解能で有意に寄与した結晶内部の密度
の平均化は、約５Åを超えて有用ではなかった。電子密
度地図は、ＣＮＳの溶媒フリッピング（ｆｌｉｐｐｉｎ
ｇ）手順を使用して、劇的に改良され、そしてその分解
能はついに２．４Åまで広がった（Ａｂｒａｈａｍｓら
（１９９６）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔｏｌｌｏｇｒ．Ｄ
５２：３０；Ｂｒｕｅｎｇｅｒら（１９９８）Ａｃｔａ
Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ Ｂｉｏｌ．Ｃｒｙｓｔａ
ｌｌｏｇｒ．５４：９０５−９２１）。
ｇ）のために使用されたすべてのＸ線データを、Ａｄｖ
ａｎｃｅｄ Ｐｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅ ａｔ Ａｒ
ｇｏｎｎｅで収集した２つのネイティブデータセットを
使用した以外は、Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ Ｎａｔｉｏｎ
ａｌ Ｓｙｎｃｈｒｏｔｒｏｎ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒ
ｃｅで収集した（実施例２を参照のこと）（表１）。ペ
ンタミンオスミウム（１３２部位）誘導体およびヘキサ
ミン（ｈｅｘａｍｉｎｅ）イリジウム（８４部位）誘導
体が、３．２Åの分解能までの同形置換の位相情報およ
び異常分散の位相情報の両方を生成する点において最も
有効であることが証明された（実施例２を参照のこ
と）。より低い分解能で有意に寄与した結晶内部の密度
の平均化は、約５Åを超えて有用ではなかった。電子密
度地図は、ＣＮＳの溶媒フリッピング（ｆｌｉｐｐｉｎ
ｇ）手順を使用して、劇的に改良され、そしてその分解
能はついに２．４Åまで広がった（Ａｂｒａｈａｍｓら
（１９９６）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔｏｌｌｏｇｒ．Ｄ
５２：３０；Ｂｒｕｅｎｇｅｒら（１９９８）Ａｃｔａ
Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ Ｂｉｏｌ．Ｃｒｙｓｔａ
ｌｌｏｇｒ．５４：９０５−９２１）。
【０１１８】
【表１】
【０１１９】
【表２】
【０１２０】ё、波長；Ｒｅｄｕｎ．、重複性；（＊）
最終分解能シェル。Ｒｉｓｏ：Σ｜ＦＰＨ−ＦＰ｜／Σ
ＦＰ、ここでＦＰＨおよびＦＰは、それぞれ誘導体およ
びネイティブ構造因子の振幅である。Ｒｓｙｍ：ΣΣｉ
｜Ｉ（ｈ）−Ｉ（ｈ）ｉ｜／ΣΣ：Ｉ（ｈ）ｉ、ここで
Ｉ（ｈ）は反射後の強度を意味する。位相力：閉鎖の
ｒ．ｍ．ｓ残余欠乏（ｒ．ｍ．ｓ ｒｅｓｉｄｕａｌ
ｌａｃｋｏｆ ｃｌｏｓｕｒｅ）により除算されたｒ．
ｍ．ｓ同形の差違。Ｒｃｕｌｌ ｉｓ：Σ（｜｜ＦＰＨ−
ＦＰ｜−｜ＦＨ（ｃａｌｃ）｜｜）／Σ｜ＦＰＨ−ＦＰ
｜、ここでＦＰＨは、誘導体の構造因子であり、そして
ＦＰは、ネイティブデータの構造因子である。合計は、
中心反射（ｃｅｎｔｒｉｃ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ）に
ついてのみ妥当である。ＦＯＭ（ｆｉｇｕｒｅ ｏｆ
ｍｅｒｉｔ）は、位相角度における誤差のコサインの値
を意味する。略語：ＭＩＲＡＳ：複数の同系の置換、異
常な散乱；ＳＤ：単一波長の異常な回折；ＦＯＭ：図の
真価。ディスオーダーによる不明確な領域を除いて、実
験的にフェイジングされた２．４Åの分解能の電子密度
地図は十分な質であり、その結果、タンパク質および核
酸の配列誤差の両方が、同定されそして補正され得た。
各々のヌクレオチドは、個々に適合され得、そしてＡと
Ｇとの間の差は、プリンとピリミジンとの間の距離であ
るように、化学的配列を参照せずに、通常明らかであっ
た（図１）。
最終分解能シェル。Ｒｉｓｏ：Σ｜ＦＰＨ−ＦＰ｜／Σ
ＦＰ、ここでＦＰＨおよびＦＰは、それぞれ誘導体およ
びネイティブ構造因子の振幅である。Ｒｓｙｍ：ΣΣｉ
｜Ｉ（ｈ）−Ｉ（ｈ）ｉ｜／ΣΣ：Ｉ（ｈ）ｉ、ここで
Ｉ（ｈ）は反射後の強度を意味する。位相力：閉鎖の
ｒ．ｍ．ｓ残余欠乏（ｒ．ｍ．ｓ ｒｅｓｉｄｕａｌ
ｌａｃｋｏｆ ｃｌｏｓｕｒｅ）により除算されたｒ．
ｍ．ｓ同形の差違。Ｒｃｕｌｌ ｉｓ：Σ（｜｜ＦＰＨ−
ＦＰ｜−｜ＦＨ（ｃａｌｃ）｜｜）／Σ｜ＦＰＨ−ＦＰ
｜、ここでＦＰＨは、誘導体の構造因子であり、そして
ＦＰは、ネイティブデータの構造因子である。合計は、
中心反射（ｃｅｎｔｒｉｃ ｒｅｆｌｅｃｔｉｏｎ）に
ついてのみ妥当である。ＦＯＭ（ｆｉｇｕｒｅ ｏｆ
ｍｅｒｉｔ）は、位相角度における誤差のコサインの値
を意味する。略語：ＭＩＲＡＳ：複数の同系の置換、異
常な散乱；ＳＤ：単一波長の異常な回折；ＦＯＭ：図の
真価。ディスオーダーによる不明確な領域を除いて、実
験的にフェイジングされた２．４Åの分解能の電子密度
地図は十分な質であり、その結果、タンパク質および核
酸の配列誤差の両方が、同定されそして補正され得た。
各々のヌクレオチドは、個々に適合され得、そしてＡと
Ｇとの間の差は、プリンとピリミジンとの間の距離であ
るように、化学的配列を参照せずに、通常明らかであっ
た（図１）。
【０１２１】実験的電子密度地図からの原子モデルの減
算は、水およびイオンを除いて、有意な密度を残さず、
これは、このモデルが、すべての高分子の密度の説明と
なることを示す。モデルの初期精密化は、プログラムＣ
ＮＳにおいて、混合された標的を使用して達成された
（Ｂｒｕｅｎｇｅｒら（１９９８）前出）。このモデル
を、プログラムＴＮＴを使用して、２．４Åの電子密度
地図に対する実空間においてさらに精密化した（Ｔｒｏ
ｎｒｕｄ（１９９７）、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ
Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ，Ｐａｒｔ Ｂ，Ｍ
ｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ）。そし
て、この得られたモデルは、０．３３のフリーＲ因子を
有した。ＣＮＳを使用して、原子位置およびＢ因子の両
方の混合された標的の精密化の１つのさらなる繰り返し
が、以下に記載される構造を導いた。このフリーＲ因子
は、０．２７である（表１）。
算は、水およびイオンを除いて、有意な密度を残さず、
これは、このモデルが、すべての高分子の密度の説明と
なることを示す。モデルの初期精密化は、プログラムＣ
ＮＳにおいて、混合された標的を使用して達成された
（Ｂｒｕｅｎｇｅｒら（１９９８）前出）。このモデル
を、プログラムＴＮＴを使用して、２．４Åの電子密度
地図に対する実空間においてさらに精密化した（Ｔｒｏ
ｎｒｕｄ（１９９７）、Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ
Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ，Ｐａｒｔ Ｂ，Ｍ
ｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ）。そし
て、この得られたモデルは、０．３３のフリーＲ因子を
有した。ＣＮＳを使用して、原子位置およびＢ因子の両
方の混合された標的の精密化の１つのさらなる繰り返し
が、以下に記載される構造を導いた。このフリーＲ因子
は、０．２７である（表１）。
【０１２２】（２．配列整合（ｆｉｔｔｉｎｇ）および
タンパク質の同定）２３Ｓ ｒＲＮＡの配列を、サルシ
ン／リシン（ｓａｒｃｉｎ／ｒｉｃｉｎ）ループ配列
（Ａ２６９１〜Ａ２７０２）から開始するヌクレオチド
によって、電子密度地図のヌクレオチドに整合させた
（Ｅ．ｃｏｌｉ番号Ａ２６５４〜Ａ２６６５）。この位
置は、５Åの分解能で決定された（Ｂａｎら（１９９
９）前出）。２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造についての入
手可能な情報によって導かれるように（Ｇｕｔｅｌｌ，
Ｒ．Ｒ．（１９９６），「Ｃｏｍｐａｒａｔｉｃｅ Ｓ
ｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｔｈｅ
Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ１６Ｓ ａｎｄ ２３Ｓ ｒ
ＲＮＡ，」Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡ．Ｓｔｒｕｃｔ
ｕｒｅ，Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，
ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂ
ｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｄａｈｌｂｅｒｇ Ａ．お
よびＺｉｍｍｅｒｍａｎ Ｂ．編）、ＣＲＣ Ｐｒｅｓ
ｓ．ＢｏｃａＲａｔｏｎ，ＦＬ．１１１−１２８頁）、
残りのＲＮＡの電子密度は、５ＳｒＲＮＡの配列を適切
に適応させた。タンパク質に対応するタンパク質の電子
密度の解釈は、より複雑である。なぜなら、各々のタン
パク質領域が、適切な配列がこの電子密度に整合され得
る前に化学的に同定されたが、約４，０００個のアミノ
酸残基が、電子密度に整合されたからである。
タンパク質の同定）２３Ｓ ｒＲＮＡの配列を、サルシ
ン／リシン（ｓａｒｃｉｎ／ｒｉｃｉｎ）ループ配列
（Ａ２６９１〜Ａ２７０２）から開始するヌクレオチド
によって、電子密度地図のヌクレオチドに整合させた
（Ｅ．ｃｏｌｉ番号Ａ２６５４〜Ａ２６６５）。この位
置は、５Åの分解能で決定された（Ｂａｎら（１９９
９）前出）。２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造についての入
手可能な情報によって導かれるように（Ｇｕｔｅｌｌ，
Ｒ．Ｒ．（１９９６），「Ｃｏｍｐａｒａｔｉｃｅ Ｓ
ｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｔｈｅ
Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ１６Ｓ ａｎｄ ２３Ｓ ｒ
ＲＮＡ，」Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡ．Ｓｔｒｕｃｔ
ｕｒｅ，Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，
ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂ
ｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｄａｈｌｂｅｒｇ Ａ．お
よびＺｉｍｍｅｒｍａｎ Ｂ．編）、ＣＲＣ Ｐｒｅｓ
ｓ．ＢｏｃａＲａｔｏｎ，ＦＬ．１１１−１２８頁）、
残りのＲＮＡの電子密度は、５ＳｒＲＮＡの配列を適切
に適応させた。タンパク質に対応するタンパク質の電子
密度の解釈は、より複雑である。なぜなら、各々のタン
パク質領域が、適切な配列がこの電子密度に整合され得
る前に化学的に同定されたが、約４，０００個のアミノ
酸残基が、電子密度に整合されたからである。
【０１２３】Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５０Ｓサブ
ユニットは、３１個のタンパク質を含むようであり、そ
してＳｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔデータバンクには、最初は小
リボソームサブユニットと割り当てられた１つ（ＨＭＳ
６またはＬ７ａｅ）を含むこの３１個のタンパク質のう
ちの２８個のタンパク質の配列が存在する（Ｗｈｉｔｔ
ｍａｎｎ−Ｌｉｅｂｏｌｄら（１９９０）前出）。３つ
の残りのタンパク質を、規準として、真核生物および他
の始原種（ａｒｃｈｅａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ）由来のリ
ボソームタンパク質の配列を使用して同定した。配列デ
ータベースＬＸにおいて、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
の大リボソームサブユニットタンパク質のうちの１つの
電子密度は、見出されなかった。大サブユニットに対す
るＬＸの割当てが誤っているか、またはＬＸが、サブユ
ニットののディスオーダーした領域に関連するか、ある
いはＬＸが、全体で試験されたサブユニットに存在しな
いかのいずれかである。
ユニットは、３１個のタンパク質を含むようであり、そ
してＳｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔデータバンクには、最初は小
リボソームサブユニットと割り当てられた１つ（ＨＭＳ
６またはＬ７ａｅ）を含むこの３１個のタンパク質のう
ちの２８個のタンパク質の配列が存在する（Ｗｈｉｔｔ
ｍａｎｎ−Ｌｉｅｂｏｌｄら（１９９０）前出）。３つ
の残りのタンパク質を、規準として、真核生物および他
の始原種（ａｒｃｈｅａｌ ｓｐｅｃｉｅｓ）由来のリ
ボソームタンパク質の配列を使用して同定した。配列デ
ータベースＬＸにおいて、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
の大リボソームサブユニットタンパク質のうちの１つの
電子密度は、見出されなかった。大サブユニットに対す
るＬＸの割当てが誤っているか、またはＬＸが、サブユ
ニットののディスオーダーした領域に関連するか、ある
いはＬＸが、全体で試験されたサブユニットに存在しな
いかのいずれかである。
【０１２４】２．４Åの分解能の電子密度地図は、タン
パク質Ｌ１、Ｌ１０、Ｌ１１およびＬ１２の明確な電子
密度を欠失する。これらのタンパク質の位置は、初期の
低分解能のＸ線研究および／または電子顕微鏡研究から
公知である。これらのタンパク質は、サブユニットの２
つの側面の隆起の成分であり、このタンパク質は両方と
も、結晶中で不完全に整列する。Ｌ１は、これらのうち
の１つの唯一のタンパク質成分であり（Ｏａｋｅｓ，
Ｍ．ら（１９８６），Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔ
ｉｏｎ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｒｉｂｏｓ
ｏｍｅｓ，（Ｈａｒｄｅｓｔｙ，Ｂ．およびＫｒａｍｅ
ｒ，Ｇ．編）Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ
Ｙｏｒｋ，ＮＹ，４７−６７）、そしてサブユニット
の９Åの分解能の密度地図において明らかである（Ｂａ
ｎら（１９９８）前出）が、より高い分解能の密度地図
においては明らかではない。Ｌ１０、Ｌ１１およびＬ１
２は、他の隆起の成分であり、これは、しばしばＬ７／
Ｌ１２「茎上部（ｓｔａｌｋ）」といわれる（Ｏａｋｅ
ｓら（１９８６）前出）。結合するＬ１１およびＲＮＡ
は、この複合体の独立に決定された結晶構造を使用して
（Ｃｏｎｎ ＧＬら（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８
４：１１７１−１１７４；Ｗｉｍｂｅｒｌｙら（１９９
９）Ｃｅｌｌ ９７：４９１−５０２）、Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉの大サブユニットの５Åの分解能の電子
密度地図に配置された（Ｂａｎら（１９９９）前出）。
Ｌ１１複合体を支持するＲＮＡ軸と会合するタンパク質
フラグメント（約１００残基）は、２．４Åの分解能地
図において見られ得る。位置に基づいて、これは、Ｌ１
０の一部分のはずである。任意の分解能で観察されるＬ
１２に対応する電子密度は存在しないが、Ｌ１２テトラ
マーは、Ｌ１０を通してリボソームに結合することが公
知であり、そしてＬ１０／Ｌ１２の会合は、いくつかの
環境下で可撓性であることが公知であり（Ｍｏｌｌｅｒ
ら（１９８６）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏ
ｎ，ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｒｉｂｏｓｏｍ
ｅｓ、前出、３０９−３２５頁）、これは、ここでのそ
の不可視性を説明し得る。
パク質Ｌ１、Ｌ１０、Ｌ１１およびＬ１２の明確な電子
密度を欠失する。これらのタンパク質の位置は、初期の
低分解能のＸ線研究および／または電子顕微鏡研究から
公知である。これらのタンパク質は、サブユニットの２
つの側面の隆起の成分であり、このタンパク質は両方と
も、結晶中で不完全に整列する。Ｌ１は、これらのうち
の１つの唯一のタンパク質成分であり（Ｏａｋｅｓ，
Ｍ．ら（１９８６），Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔ
ｉｏｎ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｒｉｂｏｓ
ｏｍｅｓ，（Ｈａｒｄｅｓｔｙ，Ｂ．およびＫｒａｍｅ
ｒ，Ｇ．編）Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ
Ｙｏｒｋ，ＮＹ，４７−６７）、そしてサブユニット
の９Åの分解能の密度地図において明らかである（Ｂａ
ｎら（１９９８）前出）が、より高い分解能の密度地図
においては明らかではない。Ｌ１０、Ｌ１１およびＬ１
２は、他の隆起の成分であり、これは、しばしばＬ７／
Ｌ１２「茎上部（ｓｔａｌｋ）」といわれる（Ｏａｋｅ
ｓら（１９８６）前出）。結合するＬ１１およびＲＮＡ
は、この複合体の独立に決定された結晶構造を使用して
（Ｃｏｎｎ ＧＬら（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８
４：１１７１−１１７４；Ｗｉｍｂｅｒｌｙら（１９９
９）Ｃｅｌｌ ９７：４９１−５０２）、Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉの大サブユニットの５Åの分解能の電子
密度地図に配置された（Ｂａｎら（１９９９）前出）。
Ｌ１１複合体を支持するＲＮＡ軸と会合するタンパク質
フラグメント（約１００残基）は、２．４Åの分解能地
図において見られ得る。位置に基づいて、これは、Ｌ１
０の一部分のはずである。任意の分解能で観察されるＬ
１２に対応する電子密度は存在しないが、Ｌ１２テトラ
マーは、Ｌ１０を通してリボソームに結合することが公
知であり、そしてＬ１０／Ｌ１２の会合は、いくつかの
環境下で可撓性であることが公知であり（Ｍｏｌｌｅｒ
ら（１９８６）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏ
ｎ，ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ｏｆ Ｒｉｂｏｓｏｍ
ｅｓ、前出、３０９−３２５頁）、これは、ここでのそ
の不可視性を説明し得る。
【０１２５】タンパク質Ｌ２、Ｌ４、Ｌ６、Ｌ１４およ
びＬ２２のユーバクテリアのホモログの構造は、以前
に、全部または一部が決定された（表２を参照のこ
と）。Ｌ２、Ｌ６およびＬ１４は、５Åの分解能の地図
に最初は位置していた（Ｂａｎら（１９９９）前出）。
Ｌ４およびＬ２２が、同様に現在同定され、そして位置
決定された。残りのタンパク質の大半に対応する電子密
度は、電子密度地図から推定された鎖長および配列モチ
ーフを、既知の配列長と比較することによって割り当て
られ、これは、相対的なタンパク質の位置についての入
手可能な情報（Ｗａｌｌｅｃｚｅｋら（１９８８）ＥＭ
ＢＯ Ｊ．７：３５７１−３５７６）および２３Ｓ ｒ
ＲＮＡと５Ｓ ｒＲＮＡとのタンパク質相互作用につい
ての入手可能な情報（Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら（１９９
８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８４：２２７−２４０）
によって導かれた。このように同定されたタンパク質の
電子密度領域の各々は、そのアミノ酸配列によってよく
説明される。
びＬ２２のユーバクテリアのホモログの構造は、以前
に、全部または一部が決定された（表２を参照のこ
と）。Ｌ２、Ｌ６およびＬ１４は、５Åの分解能の地図
に最初は位置していた（Ｂａｎら（１９９９）前出）。
Ｌ４およびＬ２２が、同様に現在同定され、そして位置
決定された。残りのタンパク質の大半に対応する電子密
度は、電子密度地図から推定された鎖長および配列モチ
ーフを、既知の配列長と比較することによって割り当て
られ、これは、相対的なタンパク質の位置についての入
手可能な情報（Ｗａｌｌｅｃｚｅｋら（１９８８）ＥＭ
ＢＯ Ｊ．７：３５７１−３５７６）および２３Ｓ ｒ
ＲＮＡと５Ｓ ｒＲＮＡとのタンパク質相互作用につい
ての入手可能な情報（Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら（１９９
８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８４：２２７−２４０）
によって導かれた。このように同定されたタンパク質の
電子密度領域の各々は、そのアミノ酸配列によってよく
説明される。
【０１２６】配列類似性によって同定されるタンパク質
の一番の興味は、Ｌ７ａｅであり、これは、最初はＬ３
０ｅであるように見えた。Ｌ３０ｅの同定は、もっとも
であるように見えた。なぜなら、酵母のＬ３０の構造
は、Ｌ７ａｅの電子密度に整然と重ね合わされ、そして
Ｌ７ａｅが結合するＲＮＡの構造が、酵母のＬ３０に結
合するＲＮＡの構造に類似するからである（Ｍａｏ，
Ｈ．ら（１９９９）Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．
６：１１３９−１１４７）。それにもかかわらず、配列
類似性からＬ７ａｅタンパク質ファミリーのメンバーで
あるＨＭＳ６の配列は、電子密度に良好に整合する。配
列類似性によって同定された他のタンパク質のうちの４
つ（Ｌ２４ｅ、Ｌ３７ｅ、Ｌ３７ａｅおよびＬ４４ｅ）
は、ジンクフィンガーモチーフを含む。Ｌ３７ｅおよび
Ｌ３７ａｅのラットのホモログは、配列に基づいて、ジ
ンクフィンガータンパク質であると予測され（Ｗｏｏｌ
ら（１９９５）前出）、そしてこの予測は、Ｈ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉにおけるそのホモログであるという同
定を助けた。
の一番の興味は、Ｌ７ａｅであり、これは、最初はＬ３
０ｅであるように見えた。Ｌ３０ｅの同定は、もっとも
であるように見えた。なぜなら、酵母のＬ３０の構造
は、Ｌ７ａｅの電子密度に整然と重ね合わされ、そして
Ｌ７ａｅが結合するＲＮＡの構造が、酵母のＬ３０に結
合するＲＮＡの構造に類似するからである（Ｍａｏ，
Ｈ．ら（１９９９）Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．
６：１１３９−１１４７）。それにもかかわらず、配列
類似性からＬ７ａｅタンパク質ファミリーのメンバーで
あるＨＭＳ６の配列は、電子密度に良好に整合する。配
列類似性によって同定された他のタンパク質のうちの４
つ（Ｌ２４ｅ、Ｌ３７ｅ、Ｌ３７ａｅおよびＬ４４ｅ）
は、ジンクフィンガーモチーフを含む。Ｌ３７ｅおよび
Ｌ３７ａｅのラットのホモログは、配列に基づいて、ジ
ンクフィンガータンパク質であると予測され（Ｗｏｏｌ
ら（１９９５）前出）、そしてこの予測は、Ｈ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉにおけるそのホモログであるという同
定を助けた。
【０１２７】
【表３】
【０１２８】
【表４】
【０１２９】１番目のブロックのタンパク質は、同名の
真正細菌ホモログを有することで公知の全てのタンパク
質を含む。２番目のブロックは、真核生物ホモログのみ
を有するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大リボソームサブ
ユニットにおいて見出されるタンパク質を列挙する（Ｗ
ｉｔｔｍａｎｎ−Ｌｉｅｂｏｌｄ ｅｔ ａｌ．（１９
９０）前出）。それらの名前は、後に文字「ｅ」が続
き、そうでなければ同名を有する真生細菌タンパク質と
それらと、を区別する。３番目のブロックは、Ｈ．ｍａ
ｒｉｓｍｏｒｔｕｉ配列がまだ存在しない大サブユニッ
トタンパク質である。それらは、標準的なＬ名を用いて
配列相同性により同定される。１以下のタンパク質のホ
モログの全てまたは一部の構造は、以前に決定されてい
る：Ｌ１（Ｎｅｖｓｋａｙａ ｅｔ ａｌ．（２００
０）Ｓｔｒｕｃｔ．Ｆｏｌｄ．Ｄｅｓ．８：３６３）、
Ｌ２（Ｎａｋａｇａｗａ，Ａ．ｅｔ ａｌ．（１９９
９）ＥＭＢＯ Ｊ．１８：１４５９−１４６７）、Ｌ４
（Ｗａｈｌ ｅｔ ａｌ．（２０００）ＥＭＢＯ Ｊ．
１９：８０７−８１８）、Ｌ６（Ｇｏｌｄｅｎｅｔ ａ
ｌ．（１９９３）ＥＭＢＯ Ｊ．１２：４９０１−４９
０８）、Ｌ１１（Ｃｏｎｎ ｅｔ ａｌ．（１９９９）
前出；Ｗｉｍｂｅｒｌｙ ｅｔ ａｌ．（１９９９）前
出；Ｍａｒｋｕｓ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎａｔｕ
ｒｅＳｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．４：７０−７７）、Ｌ１
２（Ｌｅｉｊｏｎｍａｒｃｋ，Ｍ． ｅｔ ａｌ．（１
９８０）Ｎａｔｕｒｅ２８６：８２４−８２７）、Ｌ１
４（Ｄａｖｉｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｓｔｒｕ
ｃｔｕｒｅ ４：５５−６６）、Ｌ２２（Ｕｎｇｅ ｅ
ｔ ａｌ．（１９９８）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ６：１５７
７−１５８６）、Ｌ３０（Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．
（１９８６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ
ＳＡ ８３：７２５１−７２５５）。全ての他の構造
（１０を除く）は、この研究において新たに決定され
た。２Ｒａｔホモログ。Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉに
対するラットの等価物は、（Ｍａｏ ｅｔ ａｌ．（１
９９９）前出）に由来する。３ 配列の鎖長。４ コンフォメーション：ｇｌｂ＝球状：ｅｘｔ＝伸長。 このタンパク質と、５２３Ｓ ｒＲＮＡ、５Ｓ ｒＲＮ
Ａ、および他のタンパク質の６つのドメインとの相互作
用が特定された。（＋）は、相互作用が実質的であるこ
とを意味する。（Å）は、弱い、接線の相互作用を意味
する。タンパク質名は、括弧内に示され、相互作用が弱
いか；そうでなければ相互作用が実質的であることを意
味する。＊ このように示される全てのエントリーは、本明細書に
記載される電子密度地図において完全に表わされていな
いタンパク質を記載する。提供される要約情報は、文献
の供給源に由来し、そして完全性のためだけに本明細書
中に含まれる。†単離においてこのタンパク質について
利用可能な構造は、本明細書で報告される伸長を含まな
い。
真正細菌ホモログを有することで公知の全てのタンパク
質を含む。２番目のブロックは、真核生物ホモログのみ
を有するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大リボソームサブ
ユニットにおいて見出されるタンパク質を列挙する（Ｗ
ｉｔｔｍａｎｎ−Ｌｉｅｂｏｌｄ ｅｔ ａｌ．（１９
９０）前出）。それらの名前は、後に文字「ｅ」が続
き、そうでなければ同名を有する真生細菌タンパク質と
それらと、を区別する。３番目のブロックは、Ｈ．ｍａ
ｒｉｓｍｏｒｔｕｉ配列がまだ存在しない大サブユニッ
トタンパク質である。それらは、標準的なＬ名を用いて
配列相同性により同定される。１以下のタンパク質のホ
モログの全てまたは一部の構造は、以前に決定されてい
る：Ｌ１（Ｎｅｖｓｋａｙａ ｅｔ ａｌ．（２００
０）Ｓｔｒｕｃｔ．Ｆｏｌｄ．Ｄｅｓ．８：３６３）、
Ｌ２（Ｎａｋａｇａｗａ，Ａ．ｅｔ ａｌ．（１９９
９）ＥＭＢＯ Ｊ．１８：１４５９−１４６７）、Ｌ４
（Ｗａｈｌ ｅｔ ａｌ．（２０００）ＥＭＢＯ Ｊ．
１９：８０７−８１８）、Ｌ６（Ｇｏｌｄｅｎｅｔ ａ
ｌ．（１９９３）ＥＭＢＯ Ｊ．１２：４９０１−４９
０８）、Ｌ１１（Ｃｏｎｎ ｅｔ ａｌ．（１９９９）
前出；Ｗｉｍｂｅｒｌｙ ｅｔ ａｌ．（１９９９）前
出；Ｍａｒｋｕｓ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｎａｔｕ
ｒｅＳｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．４：７０−７７）、Ｌ１
２（Ｌｅｉｊｏｎｍａｒｃｋ，Ｍ． ｅｔ ａｌ．（１
９８０）Ｎａｔｕｒｅ２８６：８２４−８２７）、Ｌ１
４（Ｄａｖｉｅｓ ｅｔ ａｌ．（１９９６）Ｓｔｒｕ
ｃｔｕｒｅ ４：５５−６６）、Ｌ２２（Ｕｎｇｅ ｅ
ｔ ａｌ．（１９９８）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ６：１５７
７−１５８６）、Ｌ３０（Ｗｉｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．
（１９８６）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ
ＳＡ ８３：７２５１−７２５５）。全ての他の構造
（１０を除く）は、この研究において新たに決定され
た。２Ｒａｔホモログ。Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉに
対するラットの等価物は、（Ｍａｏ ｅｔ ａｌ．（１
９９９）前出）に由来する。３ 配列の鎖長。４ コンフォメーション：ｇｌｂ＝球状：ｅｘｔ＝伸長。 このタンパク質と、５２３Ｓ ｒＲＮＡ、５Ｓ ｒＲＮ
Ａ、および他のタンパク質の６つのドメインとの相互作
用が特定された。（＋）は、相互作用が実質的であるこ
とを意味する。（Å）は、弱い、接線の相互作用を意味
する。タンパク質名は、括弧内に示され、相互作用が弱
いか；そうでなければ相互作用が実質的であることを意
味する。＊ このように示される全てのエントリーは、本明細書に
記載される電子密度地図において完全に表わされていな
いタンパク質を記載する。提供される要約情報は、文献
の供給源に由来し、そして完全性のためだけに本明細書
中に含まれる。†単離においてこのタンパク質について
利用可能な構造は、本明細書で報告される伸長を含まな
い。
【０１３０】（３．サブユニットの総体的外観）頂部図
（ｃｒｏｗｎ ｖｉｅｗ）において（図２を参照のこ
と）、直径約２５０Åである大リボソームサブユニット
には、読み手に対して、強調された表面から四方に広が
る３つの突起を有する小サブユニットと相互作用する表
面が存在する。Ｌ１を含む隆起は、２．４Åの分解能の
電子密度地図では認識できないが、独立して決定された
（Ｎｉｋｏｎｏｖら（１９９６）ＥＭＢＯ Ｊ．１５：
１３５０−１３５９）Ｌ１の構造は、より低い分解能の
地図においてほぼ位置決定され、そして読み手に向くよ
うにここに含まれる。この２つの側面の隆起を除いて、
大リボソームサブユニットが、モノリシックであること
が明らかである。トポロジー的に（ｔｏｐｏｌｏｇｉｃ
ａｌｌｙ）独立したドメインへの構造の分割の疑いはな
い。さらに、幾分、明らかなドメインのサブ構造を欠失
するが、また非常に大きいため、全体として見ることを
理解するのは不可能である。読み手に、どのようにして
組み合わせられたかの観念を伝えるために、サブユニッ
トを、その化学的成分に解体しなければならない。
（ｃｒｏｗｎ ｖｉｅｗ）において（図２を参照のこ
と）、直径約２５０Åである大リボソームサブユニット
には、読み手に対して、強調された表面から四方に広が
る３つの突起を有する小サブユニットと相互作用する表
面が存在する。Ｌ１を含む隆起は、２．４Åの分解能の
電子密度地図では認識できないが、独立して決定された
（Ｎｉｋｏｎｏｖら（１９９６）ＥＭＢＯ Ｊ．１５：
１３５０−１３５９）Ｌ１の構造は、より低い分解能の
地図においてほぼ位置決定され、そして読み手に向くよ
うにここに含まれる。この２つの側面の隆起を除いて、
大リボソームサブユニットが、モノリシックであること
が明らかである。トポロジー的に（ｔｏｐｏｌｏｇｉｃ
ａｌｌｙ）独立したドメインへの構造の分割の疑いはな
い。さらに、幾分、明らかなドメインのサブ構造を欠失
するが、また非常に大きいため、全体として見ることを
理解するのは不可能である。読み手に、どのようにして
組み合わせられたかの観念を伝えるために、サブユニッ
トを、その化学的成分に解体しなければならない。
【０１３１】（４．ＲＮＡの二次構造）少なくとも２つ
の水素結合によって安定化されたＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉの２３Ｓ ｒＲＮＡにおけるすべての塩基対は、
３．２Å未満で分離された水素結合のドナーおよびアク
セプターについての構造を検索するコンピュータプログ
ラムを使用して同定された。少なくとも２つのこのよう
な結合によって結合した塩基を、標準間の角度が４５°
未満であり、そして結合と塩基標準間角度がまた、４５
°未満である場合に、結合したとみなす。この分析の結
果に基づいて、二次構造の図を、２３Ｓ／２８Ｓ ｒＲ
ＮＡについてのフォーマット標準で調製した（図３を参
照のこと）。系統発生的比較によってこの分子について
予測された二次構造は、非常に正確であるが、３次元対
形成のすべてを見出さず、そして保存塩基を含む相互作
用を同定できなかった。ほぼすべての型の塩基対に加え
て、ＲＮＡは、周知の二次構造モチーフ（例えば、塩基
トリプレット、テトラループおよび交差鎖のプリンスタ
ック（ｃｒｏｓｓ−ｓｔｒａｎｄ ｐｕｒｉｎｅ ｓｔ
ａｃｋ））の多数の例を含むが、劇的な新規の二次構造
のモチーフは、これまで同定されなかった。
の水素結合によって安定化されたＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉの２３Ｓ ｒＲＮＡにおけるすべての塩基対は、
３．２Å未満で分離された水素結合のドナーおよびアク
セプターについての構造を検索するコンピュータプログ
ラムを使用して同定された。少なくとも２つのこのよう
な結合によって結合した塩基を、標準間の角度が４５°
未満であり、そして結合と塩基標準間角度がまた、４５
°未満である場合に、結合したとみなす。この分析の結
果に基づいて、二次構造の図を、２３Ｓ／２８Ｓ ｒＲ
ＮＡについてのフォーマット標準で調製した（図３を参
照のこと）。系統発生的比較によってこの分子について
予測された二次構造は、非常に正確であるが、３次元対
形成のすべてを見出さず、そして保存塩基を含む相互作
用を同定できなかった。ほぼすべての型の塩基対に加え
て、ＲＮＡは、周知の二次構造モチーフ（例えば、塩基
トリプレット、テトラループおよび交差鎖のプリンスタ
ック（ｃｒｏｓｓ−ｓｔｒａｎｄ ｐｕｒｉｎｅ ｓｔ
ａｃｋ））の多数の例を含むが、劇的な新規の二次構造
のモチーフは、これまで同定されなかった。
【０１３２】この２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造は、末端
のステムによって閉ざされる中央のループからなり、１
１以上の入り組んだステム−ループが四方に広がる。６
つのドメインからなるような分子を記載すること、およ
び５’末端から連続して開始されるヘリックスの軸に番
号を付すことは慣例である（図４を参照のこと）（Ｌｅ
ｆｆｅｒｓら（１９８７）前出）。図４に示されるドメ
インへの分子の分割は、ヘリックス２５に関して、標準
的な実行から逸脱し、通常、ドメインＩの一部としてみ
なされる。ドメインＩＩに配置される。なぜなら、ドメ
インＩの他のエレメントとよりも、ドメインＩＩとより
強力に相互作用するからである。
のステムによって閉ざされる中央のループからなり、１
１以上の入り組んだステム−ループが四方に広がる。６
つのドメインからなるような分子を記載すること、およ
び５’末端から連続して開始されるヘリックスの軸に番
号を付すことは慣例である（図４を参照のこと）（Ｌｅ
ｆｆｅｒｓら（１９８７）前出）。図４に示されるドメ
インへの分子の分割は、ヘリックス２５に関して、標準
的な実行から逸脱し、通常、ドメインＩの一部としてみ
なされる。ドメインＩＩに配置される。なぜなら、ドメ
インＩの他のエレメントとよりも、ドメインＩＩとより
強力に相互作用するからである。
【０１３３】２３Ｓ ｒＲＮＡ中に、１０個のヌクレオ
チドよりも長い５つの配列が存在し、この２３Ｓ ｒＲ
ＮＡの構造は、ディスオーダーに起因して、２．４Åの
分解能地図から決定できない。要するに、最終モデルか
らはずされる２３２個のヌクレオチドのうち２０７の説
明となる。ディスオーダーの領域は：（１）ヘリックス
１のすべて、（２）ヘリックス３８の遠位端、（３）リ
ボソームタンパク質Ｌ１１が結合するヘリックス４３／
４４、（４）ステム−ループ６９のループ末端、および
（５）Ｌ１が結合するＲＮＡ構造であるヘリックス７６
／７７／７８である。完全性のために、これらの領域
は、系統発生的に決定された二次構造を用いて、図３
（灰色で）に含まれる。
チドよりも長い５つの配列が存在し、この２３Ｓ ｒＲ
ＮＡの構造は、ディスオーダーに起因して、２．４Åの
分解能地図から決定できない。要するに、最終モデルか
らはずされる２３２個のヌクレオチドのうち２０７の説
明となる。ディスオーダーの領域は：（１）ヘリックス
１のすべて、（２）ヘリックス３８の遠位端、（３）リ
ボソームタンパク質Ｌ１１が結合するヘリックス４３／
４４、（４）ステム−ループ６９のループ末端、および
（５）Ｌ１が結合するＲＮＡ構造であるヘリックス７６
／７７／７８である。完全性のために、これらの領域
は、系統発生的に決定された二次構造を用いて、図３
（灰色で）に含まれる。
【０１３４】（５．ｒＲＮＡの全体構造）２３Ｓ ｒＲ
ＮＡおよび５Ｓ ｒＲＮＡの６つのドメインは、それに
もかかわらず一緒に整合する、複雑で入り組んだ形状を
すべて有し、密集したモノリシックなＲＮＡの塊を生成
する（図４（Ａ）および４（Ｂ）を参照のこと）。従っ
て、二次構造レベルでのそのＲＮＡの構成にもかかわら
ず、３次元においては、大サブユニットは単一の巨大な
ドメインである。この点で、小サブユニットとはまった
く異なり、この小サブユニットは、モノリシックでない
平坦な物体である。低い分解能の電子顕微鏡写真におい
てさえも、小サブユニットは、３つのドメインからな
り、これらの各々は、そのＲＮＡの３つの二次構造ドメ
インのうちの一つを含むことが判明する（Ｎｏｌｌｅｒ
ら（１９９０）Ｔｈｅ Ｒｉｂｏｓｏｍｅ：Ｓｔｒｕｃ
ｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉ
ｏｎ、前出、７３−９２頁）。２つのサブユニット間の
性質の相違は、小サブユニットのより大きな構造可撓性
の必要性を反映し得る。
ＮＡおよび５Ｓ ｒＲＮＡの６つのドメインは、それに
もかかわらず一緒に整合する、複雑で入り組んだ形状を
すべて有し、密集したモノリシックなＲＮＡの塊を生成
する（図４（Ａ）および４（Ｂ）を参照のこと）。従っ
て、二次構造レベルでのそのＲＮＡの構成にもかかわら
ず、３次元においては、大サブユニットは単一の巨大な
ドメインである。この点で、小サブユニットとはまった
く異なり、この小サブユニットは、モノリシックでない
平坦な物体である。低い分解能の電子顕微鏡写真におい
てさえも、小サブユニットは、３つのドメインからな
り、これらの各々は、そのＲＮＡの３つの二次構造ドメ
インのうちの一つを含むことが判明する（Ｎｏｌｌｅｒ
ら（１９９０）Ｔｈｅ Ｒｉｂｏｓｏｍｅ：Ｓｔｒｕｃ
ｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉ
ｏｎ、前出、７３−９２頁）。２つのサブユニット間の
性質の相違は、小サブユニットのより大きな構造可撓性
の必要性を反映し得る。
【０１３５】マッシュルームのように見えるドメインＩ
（図４（Ｅ）を参照のこと）は、粒子の裏、すなわちＬ
１領域の後ろおよび下に位置する。ドメインの細い部分
は、ドメインＶＩの付近に始まり、これは、第一の残基
および最後の残基が位置する場所である。ヘリックス１
および２５は、裏側で粒子にわたり、次いで、ドメイン
は、Ｌ１領域の下および後ろで、より大きくより球状の
構造に伸長する。
（図４（Ｅ）を参照のこと）は、粒子の裏、すなわちＬ
１領域の後ろおよび下に位置する。ドメインの細い部分
は、ドメインＶＩの付近に始まり、これは、第一の残基
および最後の残基が位置する場所である。ヘリックス１
および２５は、裏側で粒子にわたり、次いで、ドメイン
は、Ｌ１領域の下および後ろで、より大きくより球状の
構造に伸長する。
【０１３６】粒子の裏面の大半を占める、６つの２３Ｓ
ｒＲＮＡのドメインの最も大きなドメインであるドメ
インＩＩは、粒子のサブユニットの界面に達する３つの
隆起を有する（図４（Ｆ）を参照のこと）。これらのう
ちの一つ（ヘリックス４２〜４４）は、Ｌ７／Ｌ１２茎
上部のＲＮＡ部分であり、これは、伸長因子と相互作用
することが公知であり、これらの結晶中でよく整列して
いない。第二のドメインＩＩの隆起は、ヘリックス３８
であり、これは、粒子において最も長く、分枝していな
い軸である。これは、粒子の裏側で始まり、約９０°曲
がり、そしてドメインＶと５Ｓ ｒＲＮＡとの間の小サ
ブユニットに突出する。第三の領域でああるヘリックス
３２〜３５．１は、小サブユニットおよびその末端に向
かって直接向き、ステム−ループ３４のループは、小リ
ボソームサブユニットと直接相互作用する（Ｃｕｌｖｅ
ｒら（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８５：２１３３−
２１３５）。このループは、ドメインＩＩＩとＩＶとの
間のサブユニットの界面で現れる。
ｒＲＮＡのドメインの最も大きなドメインであるドメ
インＩＩは、粒子のサブユニットの界面に達する３つの
隆起を有する（図４（Ｆ）を参照のこと）。これらのう
ちの一つ（ヘリックス４２〜４４）は、Ｌ７／Ｌ１２茎
上部のＲＮＡ部分であり、これは、伸長因子と相互作用
することが公知であり、これらの結晶中でよく整列して
いない。第二のドメインＩＩの隆起は、ヘリックス３８
であり、これは、粒子において最も長く、分枝していな
い軸である。これは、粒子の裏側で始まり、約９０°曲
がり、そしてドメインＶと５Ｓ ｒＲＮＡとの間の小サ
ブユニットに突出する。第三の領域でああるヘリックス
３２〜３５．１は、小サブユニットおよびその末端に向
かって直接向き、ステム−ループ３４のループは、小リ
ボソームサブユニットと直接相互作用する（Ｃｕｌｖｅ
ｒら（１９９９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８５：２１３３−
２１３５）。このループは、ドメインＩＩＩとＩＶとの
間のサブユニットの界面で現れる。
【０１３７】ドメインＩＩＩは、頂部図において、サブ
ユニットの左下の領域を占有する密集した球状ドメイン
である（図４（Ｇ）を参照のこと）。ドメイン（ステム
−ループ４８）の起点、ならびに点を形成するステム−
ループ５２、５７および５８を有する４つの先の尖った
星のように見える。ドメインＩＩＩの最も広範な接触
は、ドメインＩＩとの接触であるが、ドメインＩ、ＩＶ
およびＶＩともまた相互作用する。すべての他のドメイ
ンと異なり、ドメインＩＩＩは、ドメインＶとほとんど
まったく相互作用しない；唯一の接触は、各々のドメイ
ン由来の単一の塩基を含む単一のファンデルワールス接
触である。
ユニットの左下の領域を占有する密集した球状ドメイン
である（図４（Ｇ）を参照のこと）。ドメイン（ステム
−ループ４８）の起点、ならびに点を形成するステム−
ループ５２、５７および５８を有する４つの先の尖った
星のように見える。ドメインＩＩＩの最も広範な接触
は、ドメインＩＩとの接触であるが、ドメインＩ、ＩＶ
およびＶＩともまた相互作用する。すべての他のドメイ
ンと異なり、ドメインＩＩＩは、ドメインＶとほとんど
まったく相互作用しない；唯一の接触は、各々のドメイ
ン由来の単一の塩基を含む単一のファンデルワールス接
触である。
【０１３８】ドメインＩＶは、３０Ｓサブユニットと接
触する５０Ｓサブユニットの界面表面の大半を占める
（図４（Ｈ）を参照のこと）。サブユニット側に、平坦
な表面の大きな斜方向の断片を形成し、そして粒子の裏
面で、ドメインＩＩＩおよびＶと接触する。ヘリックス
６７〜７１は、ドメインＩＶの最も顕著な特徴であり、
そして活性部位のクレフトの前端を形成する。これは、
低分解能で明らかに認識できる（図２を参照のこと）。
これは、リボソームタンパク質によって広範に安定化さ
れない２３Ｓ ｒＲＮＡのいくつかの領域のうちの一つ
である。この隆起の中央のヘリックス６９は、小リボソ
ームサブユニットにおける１６Ｓ ｒＲＮＡの、長い終
わりから２番目の軸と相互作用し、そしてｔＲＮＡを結
合したＰ部位からｔＲＮＡを結合したＡ部位を分離する
仕切りとして見られ得る。
触する５０Ｓサブユニットの界面表面の大半を占める
（図４（Ｈ）を参照のこと）。サブユニット側に、平坦
な表面の大きな斜方向の断片を形成し、そして粒子の裏
面で、ドメインＩＩＩおよびＶと接触する。ヘリックス
６７〜７１は、ドメインＩＶの最も顕著な特徴であり、
そして活性部位のクレフトの前端を形成する。これは、
低分解能で明らかに認識できる（図２を参照のこと）。
これは、リボソームタンパク質によって広範に安定化さ
れない２３Ｓ ｒＲＮＡのいくつかの領域のうちの一つ
である。この隆起の中央のヘリックス６９は、小リボソ
ームサブユニットにおける１６Ｓ ｒＲＮＡの、長い終
わりから２番目の軸と相互作用し、そしてｔＲＮＡを結
合したＰ部位からｔＲＮＡを結合したＡ部位を分離する
仕切りとして見られ得る。
【０１３９】サブユニットの中央で、ドメインＩＶとＩ
Ｉとの間に挟まれるドメインＶは、リボソームのペプチ
ジルトランスフェラーゼ活性に深く関与することが公知
である。構造的に、ドメインは、３つの領域に分けられ
得る（図４（Ｉ）および４（Ｊ）を参照のこと）。第一
の領域は、ヘリックス７５から始まり、そして最後にタ
ンパク質Ｌ１の結合部位を形成する。ヘリックス８０〜
８８からなる第二の領域は、中央の隆起領域の大半を形
成し、そして５Ｓ ｒＲＮＡおよびドメインＩＩによっ
て裏面で支持される。ヘリックス８９〜９３を含む第三
の領域は、ドメインＶＩに伸長し、そしてリボソームの
伸長因子結合領域の安定化を助ける。
Ｉとの間に挟まれるドメインＶは、リボソームのペプチ
ジルトランスフェラーゼ活性に深く関与することが公知
である。構造的に、ドメインは、３つの領域に分けられ
得る（図４（Ｉ）および４（Ｊ）を参照のこと）。第一
の領域は、ヘリックス７５から始まり、そして最後にタ
ンパク質Ｌ１の結合部位を形成する。ヘリックス８０〜
８８からなる第二の領域は、中央の隆起領域の大半を形
成し、そして５Ｓ ｒＲＮＡおよびドメインＩＩによっ
て裏面で支持される。ヘリックス８９〜９３を含む第三
の領域は、ドメインＶＩに伸長し、そしてリボソームの
伸長因子結合領域の安定化を助ける。
【０１４０】２３Ｓ ｒＲＮＡにおける最も小さなドメ
イン（Ｌ７／Ｌ１２軸の直下のサブユニットの表面の大
きな部分を形成する）は、底に鉄棒を有する文字Ｘのよ
うに見える（図４（Ｋ）を参照のこと）。このドメイン
の興味深い領域は、サルシン−リシンループ（ＳＲＬ）
であり（ステム−ループ９５）、この構造は、単離して
広範に研究された（Ｓｚｅｗｃｚａｋら（１９９５）
Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４７：８１−９８）。ＳＲＬ
は、因子の結合に不可欠であり、そしてリボソームは、
このループにおける一つの共有結合の切断によって不活
化され得る（Ｗｏｏｌら（１９９２）ＴＩＢＳ １７：
２６６−２６９）。ヌクレオチド保護データによって示
唆されるように、このループの大きい方の溝は、溶媒に
曝露され（Ｍｏａｚｅｄら（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ
３３４：３６２−３６４）、そしてこの立体配座は、タ
ンパク質によって安定化され、そして小さい方の溝側で
２つの塩基を含むドメインＶとの相互作用を介して安定
化される。含まれるヌクレオチドは、ドメインＶＩのＡ
２６９９およびＧ２７００、ならびにドメインＶのＡ２
５６６およびＧ２５６７である。
イン（Ｌ７／Ｌ１２軸の直下のサブユニットの表面の大
きな部分を形成する）は、底に鉄棒を有する文字Ｘのよ
うに見える（図４（Ｋ）を参照のこと）。このドメイン
の興味深い領域は、サルシン−リシンループ（ＳＲＬ）
であり（ステム−ループ９５）、この構造は、単離して
広範に研究された（Ｓｚｅｗｃｚａｋら（１９９５）
Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２４７：８１−９８）。ＳＲＬ
は、因子の結合に不可欠であり、そしてリボソームは、
このループにおける一つの共有結合の切断によって不活
化され得る（Ｗｏｏｌら（１９９２）ＴＩＢＳ １７：
２６６−２６９）。ヌクレオチド保護データによって示
唆されるように、このループの大きい方の溝は、溶媒に
曝露され（Ｍｏａｚｅｄら（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ
３３４：３６２−３６４）、そしてこの立体配座は、タ
ンパク質によって安定化され、そして小さい方の溝側で
２つの塩基を含むドメインＶとの相互作用を介して安定
化される。含まれるヌクレオチドは、ドメインＶＩのＡ
２６９９およびＧ２７００、ならびにドメインＶのＡ２
５６６およびＧ２５６７である。
【０１４１】サブユニットにおける実際上第七のＲＮＡ
ドメインである５ＳリボソームＲＮＡは、ループＡと呼
ばれる共通の接合点から四方に広がる３つの軸からなる
（図４（Ｄ）を参照のこと）。Ｅ．ｃｏｌｉの５Ｓ ｒ
ＲＮＡ由来のフラグメント１の結晶構造において見られ
るものと対照的に（Ｃｏｒｒｅｌｌら（１９９７）Ｃｅ
ｌｌ ９１：７０５−７１２）、この分子のヘリックス
２／３腕は、そのヘリックス４／５腕上に積み重なる
が、ヘリックス１には積み重ならない（図４（Ｌ）を参
照のこと）。この配置は、２つの積み重なった塩基トリ
プレットを含むループＡ残基のゆがんだ立体配座に起因
する。実際に、二次構造の観点から、５ＳｒＲＮＡのル
ープＡ−ヘリックス２，３腕は、非常に注目すべきであ
る。サブユニットのどこにも、異常な対形成および入り
組んだＲＮＡの二次構造のより高い集中が存在しない。
ドメインである５ＳリボソームＲＮＡは、ループＡと呼
ばれる共通の接合点から四方に広がる３つの軸からなる
（図４（Ｄ）を参照のこと）。Ｅ．ｃｏｌｉの５Ｓ ｒ
ＲＮＡ由来のフラグメント１の結晶構造において見られ
るものと対照的に（Ｃｏｒｒｅｌｌら（１９９７）Ｃｅ
ｌｌ ９１：７０５−７１２）、この分子のヘリックス
２／３腕は、そのヘリックス４／５腕上に積み重なる
が、ヘリックス１には積み重ならない（図４（Ｌ）を参
照のこと）。この配置は、２つの積み重なった塩基トリ
プレットを含むループＡ残基のゆがんだ立体配座に起因
する。実際に、二次構造の観点から、５ＳｒＲＮＡのル
ープＡ−ヘリックス２，３腕は、非常に注目すべきであ
る。サブユニットのどこにも、異常な対形成および入り
組んだＲＮＡの二次構造のより高い集中が存在しない。
【０１４２】（６．２３Ｓ ｒＲＮＡにおける配列保存
および相互作用）２３Ｓ／２８Ｓ ｒＲＮＡは、多くの
保存配列を含むが、この配列はまた、実質的に鎖長が異
なる。より短い２３Ｓ／２８Ｓ ｒＲＮＡは、全体のス
テム−ループの切断によって、または全体のステム−ル
ープの除去までもによってそのより長いホモログと識別
され、そして配列の比較によって、すべてによって共有
される最小限の構造を同定し得る（Ｇｅｒｂｉ（１９９
５）ＲｉｂｏｓｏｍａｌＲＮＡ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，
Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ
Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂｉｏｓｙ
ｎｔｈｅｓｉｓ、前出、７７−８８頁）。Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉの２３Ｓ ｒＲＮＡにおける伸長配列
（すなわち、最小のものよりも大きい配列を含む）を、
図５に緑色で示す。これらは、粒子のサブユニット界面
の表面に豊富に存在しないが、活性部位から遠いその裏
面の表面に豊富に存在する。これは、低分解能の電子顕
微鏡での知見と矛盾しない。この知見は、構造が最も保
存される大サブユニットの領域が、小サブユニットと相
互作用する表面であることを示唆する（Ｄｕｂｅら（１
９９８）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ６：３８９−３９９）。
および相互作用）２３Ｓ／２８Ｓ ｒＲＮＡは、多くの
保存配列を含むが、この配列はまた、実質的に鎖長が異
なる。より短い２３Ｓ／２８Ｓ ｒＲＮＡは、全体のス
テム−ループの切断によって、または全体のステム−ル
ープの除去までもによってそのより長いホモログと識別
され、そして配列の比較によって、すべてによって共有
される最小限の構造を同定し得る（Ｇｅｒｂｉ（１９９
５）ＲｉｂｏｓｏｍａｌＲＮＡ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，
Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ
Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂｉｏｓｙ
ｎｔｈｅｓｉｓ、前出、７７−８８頁）。Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉの２３Ｓ ｒＲＮＡにおける伸長配列
（すなわち、最小のものよりも大きい配列を含む）を、
図５に緑色で示す。これらは、粒子のサブユニット界面
の表面に豊富に存在しないが、活性部位から遠いその裏
面の表面に豊富に存在する。これは、低分解能の電子顕
微鏡での知見と矛盾しない。この知見は、構造が最も保
存される大サブユニットの領域が、小サブユニットと相
互作用する表面であることを示唆する（Ｄｕｂｅら（１
９９８）Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ６：３８９−３９９）。
【０１４３】２３Ｓ ｒＲＮＡには、２つのクラスの保
存配列が存在する。一方は、大サブユニットの活性部位
領域に集中する残基を含む。第二のクラスは、粒子の全
体に渡って散乱するより短い配列からなる（図５：赤色
の配列）。ドメインＶＩのＳＲＬ配列およびペプチジル
トランスフェラーゼのクレフトの底に位置するドメイン
Ｖに属する保存残基のクラスターは、第一のクラスのメ
ンバーである。これらは保存されている。なぜなら、こ
れらは、基質結合、因子結合および触媒活性に不可欠で
あるからである。保存残基の第二のクラスにおける残基
の大半は、２３Ｓ ｒＲＮＡの３次構造を安定化するド
メイン間（ｉｎｔｅｒ−ｄｏｍａｉｎ）相互作用および
ドメイン内（ｉｎｔｒａ−ｄｏｍａｉｎ）相互作用に関
与する。アデノシンは、このクラスにおいて不釣り合い
に表示される。ｒＲＮＡにおける保存残基間のＡの優占
は、過去に指摘されていた（Ｗａｒｅら（１９８３）Ｎ
ｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．２２：７７９５−７８１
７）。
存配列が存在する。一方は、大サブユニットの活性部位
領域に集中する残基を含む。第二のクラスは、粒子の全
体に渡って散乱するより短い配列からなる（図５：赤色
の配列）。ドメインＶＩのＳＲＬ配列およびペプチジル
トランスフェラーゼのクレフトの底に位置するドメイン
Ｖに属する保存残基のクラスターは、第一のクラスのメ
ンバーである。これらは保存されている。なぜなら、こ
れらは、基質結合、因子結合および触媒活性に不可欠で
あるからである。保存残基の第二のクラスにおける残基
の大半は、２３Ｓ ｒＲＮＡの３次構造を安定化するド
メイン間（ｉｎｔｅｒ−ｄｏｍａｉｎ）相互作用および
ドメイン内（ｉｎｔｒａ−ｄｏｍａｉｎ）相互作用に関
与する。アデノシンは、このクラスにおいて不釣り合い
に表示される。ｒＲＮＡにおける保存残基間のＡの優占
は、過去に指摘されていた（Ｗａｒｅら（１９８３）Ｎ
ｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．２２：７７９５−７８１
７）。
【０１４４】Ａ依存性モチーフに対する信頼性に加え
て、２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインの３次元構造およびそ
れらの相対的位置は、ＲＮＡジッパーおよびテトラルー
プ／テトラループレセプターモチーフのような類似する
３次元構造エレメントによって安定化され（Ｍｏｏｒ
ｅ，Ｐ．Ｂ．（１９９９）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃ
ｈｅｍ．６８：２８７−３００）、そして多くの位置
で、塩基対形成および塩基三重形成（ｔｒｉｐｌｅ）
が、２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の異なる成分に属する
配列の相互作用を安定化する。
て、２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインの３次元構造およびそ
れらの相対的位置は、ＲＮＡジッパーおよびテトラルー
プ／テトラループレセプターモチーフのような類似する
３次元構造エレメントによって安定化され（Ｍｏｏｒ
ｅ，Ｐ．Ｂ．（１９９９）Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃ
ｈｅｍ．６８：２８７−３００）、そして多くの位置
で、塩基対形成および塩基三重形成（ｔｒｉｐｌｅ）
が、２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の異なる成分に属する
配列の相互作用を安定化する。
【０１４５】興味深いことに、５Ｓ ｒＲＮＡおよび２
３Ｓ ｒＲＮＡは、互いに広範に相互作用しない。存在
するいくつかのＲＮＡ／ＲＮＡ相互作用は、５Ｓ ｒＲ
ＮＡのヘリックス４／５腕の骨格および２３Ｓ ｒＲＮ
Ａのヘリックス３８の骨格を含む。大リボソームサブユ
ニットに結合する５Ｓ ｒＲＮＡの大半の自由エネルギ
ーおよびこの５Ｓ ｒＲＮＡのすべての特異性は、リボ
ソームの残りに張り付けるモデリング粘土として作用す
るタンパク質との広範な相互作用に依存するようであ
る。
３Ｓ ｒＲＮＡは、互いに広範に相互作用しない。存在
するいくつかのＲＮＡ／ＲＮＡ相互作用は、５Ｓ ｒＲ
ＮＡのヘリックス４／５腕の骨格および２３Ｓ ｒＲＮ
Ａのヘリックス３８の骨格を含む。大リボソームサブユ
ニットに結合する５Ｓ ｒＲＮＡの大半の自由エネルギ
ーおよびこの５Ｓ ｒＲＮＡのすべての特異性は、リボ
ソームの残りに張り付けるモデリング粘土として作用す
るタンパク質との広範な相互作用に依存するようであ
る。
【０１４６】（７．５０Ｓリボソームサブユニットにお
けるタンパク質）Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの大リボ
ソームサブユニットにおいてみいだされた２７個のタン
パク質の構造（表２）が決定された。これらのタンパク
質構造のうちの２１個が、任意のホモログについて以前
に確立され、そして既知の構造のホモログを有する５つ
の構造が、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ配列を使用し
て、電子密度地図に再構築された。さらに、Ｈ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉＬ１、Ｌ１１およびＬ１２のホモログ
に使用可能な構造が存在し、これは、２．４Åの分解能
の電子密度地図では見ることができなかった。Ｌ１０の
構造のみが、存在することが公知である３１個のタンパ
ク質の間で、いまだ未知である。
けるタンパク質）Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの大リボ
ソームサブユニットにおいてみいだされた２７個のタン
パク質の構造（表２）が決定された。これらのタンパク
質構造のうちの２１個が、任意のホモログについて以前
に確立され、そして既知の構造のホモログを有する５つ
の構造が、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ配列を使用し
て、電子密度地図に再構築された。さらに、Ｈ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉＬ１、Ｌ１１およびＬ１２のホモログ
に使用可能な構造が存在し、これは、２．４Åの分解能
の電子密度地図では見ることができなかった。Ｌ１０の
構造のみが、存在することが公知である３１個のタンパ
ク質の間で、いまだ未知である。
【０１４７】これらの構造のすべてが完全ではない。例
えば、Ｌ５の全体のドメインは、電子密度から落とされ
ており、これは、おそらくディスオーダーのためであ
る。Ｌ３２ｅはまた、この点で注目すべきである。Ｎ末
端から約２０残基が、電子密度地図において観察され
ず、そしてこの電子密度地図は、Ｃ末端残基が、認識で
きる残基の最もＮ末端側に共有結合することを示唆す
る。
えば、Ｌ５の全体のドメインは、電子密度から落とされ
ており、これは、おそらくディスオーダーのためであ
る。Ｌ３２ｅはまた、この点で注目すべきである。Ｎ末
端から約２０残基が、電子密度地図において観察され
ず、そしてこの電子密度地図は、Ｃ末端残基が、認識で
きる残基の最もＮ末端側に共有結合することを示唆す
る。
【０１４８】構造が既知である３０個の大サブユニット
のリボソームタンパク質のうちの１７個が、球状タンパ
ク質であり、構造がＰｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎ
ｋに存在する多数の構造と特徴が類似する（表２）。残
りの１３個のタンパク質は、このタンパク質から突出す
る伸長を有する球状体を有するか（「ｇｌｂ＋ｅｘ
ｔ」）、または完全に伸長しているか（「ｅｘｔ」）の
いずれかである。これらの伸長は、しばしば、明らかな
３次元構造を欠失し、そして多くの領域において、同様
に二次構造を欠失する（図６を参照のこと）。これらの
伸長は、多くのリボソームタンパク質が、単離されて結
晶化に耐える理由を説明し得る。通則を証明する例外
は、Ｌ２およびＬ４であり、これらの両方は、「ｇｌｂ
＋ｅｘｔ」クラスに属するタンパク質である。タンパク
質Ｌ２は、結晶化され、そしてリボソームに伸長するＬ
４の２つの領域のうちの１つは、インタクトなＬ４の結
晶構造中でディスオーダーする（Ｗａｈｌら（２００
０）前出）。
のリボソームタンパク質のうちの１７個が、球状タンパ
ク質であり、構造がＰｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎ
ｋに存在する多数の構造と特徴が類似する（表２）。残
りの１３個のタンパク質は、このタンパク質から突出す
る伸長を有する球状体を有するか（「ｇｌｂ＋ｅｘ
ｔ」）、または完全に伸長しているか（「ｅｘｔ」）の
いずれかである。これらの伸長は、しばしば、明らかな
３次元構造を欠失し、そして多くの領域において、同様
に二次構造を欠失する（図６を参照のこと）。これらの
伸長は、多くのリボソームタンパク質が、単離されて結
晶化に耐える理由を説明し得る。通則を証明する例外
は、Ｌ２およびＬ４であり、これらの両方は、「ｇｌｂ
＋ｅｘｔ」クラスに属するタンパク質である。タンパク
質Ｌ２は、結晶化され、そしてリボソームに伸長するＬ
４の２つの領域のうちの１つは、インタクトなＬ４の結
晶構造中でディスオーダーする（Ｗａｈｌら（２００
０）前出）。
【０１４９】２つの側面の隆起の先端を形成するタンパ
ク質Ｌ１、Ｌ７、Ｌ１０およびＬ１１を除いて、５０Ｓ
サブユニットのタンパク質は、ＲＮＡによって規定され
たエンベロープを超えて有意に伸長しない（図７を参照
のこと）。これらの球状ドメインは、粒子の外部上に主
として見出され、しばしばＲＮＡのフォールディングに
よって形成されたギャップおよび裂け目に横たわる。従
って、球状ウイルスにおけるタンパク質と異なって、大
リボソームサブユニットのタンパク質は、会合する核酸
の周囲のシェルを形成せず、そしてヌクレオソームにお
けるタンパク質と異なって、このタンパク質はまた、核
酸によって囲まれない。代わりに、タンパク質は、「Ｒ
ＮＡブリック」間のギャップおよび裂け目を充填するモ
ルタルのように作用する。
ク質Ｌ１、Ｌ７、Ｌ１０およびＬ１１を除いて、５０Ｓ
サブユニットのタンパク質は、ＲＮＡによって規定され
たエンベロープを超えて有意に伸長しない（図７を参照
のこと）。これらの球状ドメインは、粒子の外部上に主
として見出され、しばしばＲＮＡのフォールディングに
よって形成されたギャップおよび裂け目に横たわる。従
って、球状ウイルスにおけるタンパク質と異なって、大
リボソームサブユニットのタンパク質は、会合する核酸
の周囲のシェルを形成せず、そしてヌクレオソームにお
けるタンパク質と異なって、このタンパク質はまた、核
酸によって囲まれない。代わりに、タンパク質は、「Ｒ
ＮＡブリック」間のギャップおよび裂け目を充填するモ
ルタルのように作用する。
【０１５０】サブユニット表面上のタンパク質の分布
は、活性部位のクレフトおよび３０Ｓサブユニットと相
互作用する平坦な表面を除いて、ほぼ均一である。頂部
図において、タンパク質は、サブユニットの末梢周辺に
横たわる（図７（Ａ）を参照のこと）が、３０Ｓサブユ
ニットの結合部位と反対側から見ると（「裏側」）、タ
ンパク質は、その全体の表面にわたってほぼ均一な格子
を形成するようである（図７（Ｂ）を参照のこと）。同
様に、ポリペプチドトンネルの出口を含むサブユニット
の底の表面は、タンパク質をちりばめてある（図７
（Ｃ）を参照のこと）。実際に、トンネル出口を囲む５
つのタンパク質は、タンパク質分泌の役割を果たしてい
る。なぜなら、膜タンパク質および分泌タンパク質が合
成される場合に、膜およびトランスロコン（ｔｒａｎｓ
ｌｏｃｏｎ）に面する表面の一部であるからである。
は、活性部位のクレフトおよび３０Ｓサブユニットと相
互作用する平坦な表面を除いて、ほぼ均一である。頂部
図において、タンパク質は、サブユニットの末梢周辺に
横たわる（図７（Ａ）を参照のこと）が、３０Ｓサブユ
ニットの結合部位と反対側から見ると（「裏側」）、タ
ンパク質は、その全体の表面にわたってほぼ均一な格子
を形成するようである（図７（Ｂ）を参照のこと）。同
様に、ポリペプチドトンネルの出口を含むサブユニット
の底の表面は、タンパク質をちりばめてある（図７
（Ｃ）を参照のこと）。実際に、トンネル出口を囲む５
つのタンパク質は、タンパク質分泌の役割を果たしてい
る。なぜなら、膜タンパク質および分泌タンパク質が合
成される場合に、膜およびトランスロコン（ｔｒａｎｓ
ｌｏｃｏｎ）に面する表面の一部であるからである。
【０１５１】図７は、リボソーム内部に姿を消すタンパ
ク質鎖を示すが、タンパク質が粒子の本体を貫通する程
度は、ＲＮＡが剥ぎ取られる場合にのみ、完全に認識さ
れる。粒子の内部は、タンパク質を含まないものではな
いが、粒子の表面に比較して、タンパク質が乏しい。ポ
リペプチドの伸長した触手（この触手の多くは、表面上
の球状ドメインから放射する）は、ＲＮＡの二次構造の
近隣のエレメント間のギャップを充填する内部へ放射す
る（図８（Ｅ）を参照のこと）。これらの伸長の奇異な
構造は、ＲＮＡとの相互作用によって説明される。
ク質鎖を示すが、タンパク質が粒子の本体を貫通する程
度は、ＲＮＡが剥ぎ取られる場合にのみ、完全に認識さ
れる。粒子の内部は、タンパク質を含まないものではな
いが、粒子の表面に比較して、タンパク質が乏しい。ポ
リペプチドの伸長した触手（この触手の多くは、表面上
の球状ドメインから放射する）は、ＲＮＡの二次構造の
近隣のエレメント間のギャップを充填する内部へ放射す
る（図８（Ｅ）を参照のこと）。これらの伸長の奇異な
構造は、ＲＮＡとの相互作用によって説明される。
【０１５２】伸長した非球状の構造が、タンパク質デー
タベースで珍しいが、この構造は、未知なわけではな
い。伸長したタンパク質の末端は、しばしばタンパク質
間接触（例えば、ウイルスキャプシドにおいて）を形成
し、これはおそらく、キャプシド形成に際してのみ、固
定された構造を採用する。ヒストンの塩基性の「テイ
ル」は、ヌクレオソームが形成される場合に、同様にふ
るまい得る。キャプシドタンパク質のＮ末端配列は、し
ばしば正に荷電し、そしてウイルスの結晶構造において
は、これらの配列の電子密度は、しばしば、これらの配
列が、非対称的に整列した核酸とおそらく相互作用する
ウイルスの内部に姿を消す。リボソームにおいて観察さ
れた相互作用は、これらのウイルス相互作用のモデルに
有用であり得る。
タベースで珍しいが、この構造は、未知なわけではな
い。伸長したタンパク質の末端は、しばしばタンパク質
間接触（例えば、ウイルスキャプシドにおいて）を形成
し、これはおそらく、キャプシド形成に際してのみ、固
定された構造を採用する。ヒストンの塩基性の「テイ
ル」は、ヌクレオソームが形成される場合に、同様にふ
るまい得る。キャプシドタンパク質のＮ末端配列は、し
ばしば正に荷電し、そしてウイルスの結晶構造において
は、これらの配列の電子密度は、しばしば、これらの配
列が、非対称的に整列した核酸とおそらく相互作用する
ウイルスの内部に姿を消す。リボソームにおいて観察さ
れた相互作用は、これらのウイルス相互作用のモデルに
有用であり得る。
【０１５３】大サブユニットにおける伸長したポリペプ
チドおよびＲＮＡの相互作用（塊状の核酸構造を安定化
する）は、サブユニットの中央において、ＲＮＡおよび
タンパク質のもつれを生じる（図８（Ａ）および８
（Ｂ）を参照のこと）。高度に整列した様式以外に有効
な成分から会合するような物体を想像するのは難しい。
シャペロンは、これらのタンパク質の伸長した領域の集
合を妨げるためにおそらく必要であり得、これは、ｒＲ
ＮＡによって提供された状況の外部でディスオーダーす
るようであり、そしてｒＲＮＡのフォールディングを統
御するようである。
チドおよびＲＮＡの相互作用（塊状の核酸構造を安定化
する）は、サブユニットの中央において、ＲＮＡおよび
タンパク質のもつれを生じる（図８（Ａ）および８
（Ｂ）を参照のこと）。高度に整列した様式以外に有効
な成分から会合するような物体を想像するのは難しい。
シャペロンは、これらのタンパク質の伸長した領域の集
合を妨げるためにおそらく必要であり得、これは、ｒＲ
ＮＡによって提供された状況の外部でディスオーダーす
るようであり、そしてｒＲＮＡのフォールディングを統
御するようである。
【０１５４】（８．タンパク質およびＲＮＡの相互作
用）タンパク質は、驚くべき程度で大サブユニットに浸
透するので、タンパク質とまったく相互作用しない２３
Ｓ ｒＲＮＡのいくつかのセグメントのみしか存在しな
い。２３Ｓ ｒＲＮＡにおいて２９２３個のヌクレオチ
ドのうちの１１５７個のヌクレオチドが、タンパク質と
少なくともファンデルワールス接触を形成する（図８
（Ｄ）を参照のこと）。そして、２０個のヌクレオチド
よりも長い１０個の配列しか存在せず、ヌクレオチドは
タンパク質と接触しない。このような最も長い配列は、
４７個のヌクレオチドを含み、そして活性部位のクレフ
トの隆起を形成するドメインＩＶの一部である。
用）タンパク質は、驚くべき程度で大サブユニットに浸
透するので、タンパク質とまったく相互作用しない２３
Ｓ ｒＲＮＡのいくつかのセグメントのみしか存在しな
い。２３Ｓ ｒＲＮＡにおいて２９２３個のヌクレオチ
ドのうちの１１５７個のヌクレオチドが、タンパク質と
少なくともファンデルワールス接触を形成する（図８
（Ｄ）を参照のこと）。そして、２０個のヌクレオチド
よりも長い１０個の配列しか存在せず、ヌクレオチドは
タンパク質と接触しない。このような最も長い配列は、
４７個のヌクレオチドを含み、そして活性部位のクレフ
トの隆起を形成するドメインＩＶの一部である。
【０１５５】大サブユニットが会合する場合に生じる、
ＲＮＡとタンパク質との間の相互作用の程度は、定量的
に評価され得る。接近可能な表面領域を計算するため
に、Ｒｉｃｈａｒｄｓアルゴリズム（Ｌｅｅ，Ｂ．ら
（１９７１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５５：３７９−４
００）、および１．７Åの半径のプローブを使用して、
サブユニットが、単離されたが完全に構築された成分か
ら形成される場合に、１８０，０００Å２の表面が埋め
られるようになることが示され得る。これは、総表面領
域の約半分である。平均は、タンパク質当たり役６，０
００Å２である。大半のタンパク質オリゴマーを形成す
る場合、埋められた表面と比較して、これは莫大な量で
あるが、リボソームアセンブリが、大半のタンパク質が
オリゴマー形成する場合に生じない構造エントロピーの
大きな損失によって付随されるはずであることが認識さ
れるべきである。リボソームタンパク質の伸長したタン
パク質末端およびループは、単離されてほぼ間違いなく
可撓性であり、そしてタンパク質が存在しない場合、Ｒ
ＮＡは、同様におそらくかなり可撓性である。従って、
表面領域の大量の埋没は、これらの分子の構造の固定に
必要なエネルギーを提供するために必要とされ得る。
ＲＮＡとタンパク質との間の相互作用の程度は、定量的
に評価され得る。接近可能な表面領域を計算するため
に、Ｒｉｃｈａｒｄｓアルゴリズム（Ｌｅｅ，Ｂ．ら
（１９７１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５５：３７９−４
００）、および１．７Åの半径のプローブを使用して、
サブユニットが、単離されたが完全に構築された成分か
ら形成される場合に、１８０，０００Å２の表面が埋め
られるようになることが示され得る。これは、総表面領
域の約半分である。平均は、タンパク質当たり役６，０
００Å２である。大半のタンパク質オリゴマーを形成す
る場合、埋められた表面と比較して、これは莫大な量で
あるが、リボソームアセンブリが、大半のタンパク質が
オリゴマー形成する場合に生じない構造エントロピーの
大きな損失によって付随されるはずであることが認識さ
れるべきである。リボソームタンパク質の伸長したタン
パク質末端およびループは、単離されてほぼ間違いなく
可撓性であり、そしてタンパク質が存在しない場合、Ｒ
ＮＡは、同様におそらくかなり可撓性である。従って、
表面領域の大量の埋没は、これらの分子の構造の固定に
必要なエネルギーを提供するために必要とされ得る。
【０１５６】Ｌ１２を除いて、粒子におけるすべてのタ
ンパク質は、ＲＮＡと直接相互作用し、そして残りの３
０個のタンパク質のうちの７個を除くすべては、２つ以
上のｒＲＮＡと相互作用する（表２）。この点におい
て、「シャペロン」はＬ２２であり、これは、２３Ｓ
ｒＲＮＡのすべての６つのドメインに属するＲＮＡ配列
と相互作用するタンパク質のみである（図８（Ｃ）を参
照のこと）。５Ｓ ｒＲＮＡと２３Ｓ ｒＲＮＡとの間
のタンパク質媒介性相互作用は、特に広範である。タン
パク質Ｌ１８は、５Ｓ ｒＲＮＡのヘリックス１および
ヘリックス２／３を、２３Ｓ ｒＲＮＡのヘリックス８
７に結合する。タンパク質Ｌ３１ｅは、５Ｓ ｒＲＮＡ
の同一部分とドメインＩＩおよびＶとの間の相互作用を
媒介する。ループＣは、タンパク質Ｌ５によってドメイ
ンＶに結合し、そしてループＤは、タンパク質Ｌ１０ｅ
によってドメインＩＩおよびＶに結合する。どんなこと
が起こり得ようとも、これらのタンパク質の重要な機能
は、隣接するＲＮＡドメインの相対的配向の安定化であ
ることが明らかである。いくつかはまた、相互作用する
ドメインの３次元構造の固定を助ける。
ンパク質は、ＲＮＡと直接相互作用し、そして残りの３
０個のタンパク質のうちの７個を除くすべては、２つ以
上のｒＲＮＡと相互作用する（表２）。この点におい
て、「シャペロン」はＬ２２であり、これは、２３Ｓ
ｒＲＮＡのすべての６つのドメインに属するＲＮＡ配列
と相互作用するタンパク質のみである（図８（Ｃ）を参
照のこと）。５Ｓ ｒＲＮＡと２３Ｓ ｒＲＮＡとの間
のタンパク質媒介性相互作用は、特に広範である。タン
パク質Ｌ１８は、５Ｓ ｒＲＮＡのヘリックス１および
ヘリックス２／３を、２３Ｓ ｒＲＮＡのヘリックス８
７に結合する。タンパク質Ｌ３１ｅは、５Ｓ ｒＲＮＡ
の同一部分とドメインＩＩおよびＶとの間の相互作用を
媒介する。ループＣは、タンパク質Ｌ５によってドメイ
ンＶに結合し、そしてループＤは、タンパク質Ｌ１０ｅ
によってドメインＩＩおよびＶに結合する。どんなこと
が起こり得ようとも、これらのタンパク質の重要な機能
は、隣接するＲＮＡドメインの相対的配向の安定化であ
ることが明らかである。いくつかはまた、相互作用する
ドメインの３次元構造の固定を助ける。
【０１５７】大半のリボソームタンパク質が、多くのＲ
ＮＡ配列と相互作用し、そしてタンパク質の数が、ＲＮ
Ａドメインの数を大いに超えるので、あらゆるｒＲＮＡ
ドメインが複数のタンパク質と相互作用することは、意
外な結果ではあり得ない（表２）。例えば、ドメインＶ
は、１３個のタンパク質と、いくつかは密接に、そして
いくつかはついでに相互作用する。
ＮＡ配列と相互作用し、そしてタンパク質の数が、ＲＮ
Ａドメインの数を大いに超えるので、あらゆるｒＲＮＡ
ドメインが複数のタンパク質と相互作用することは、意
外な結果ではあり得ない（表２）。例えば、ドメインＶ
は、１３個のタンパク質と、いくつかは密接に、そして
いくつかはついでに相互作用する。
【０１５８】長い間、リボソームタンパク質のＲＮＡ結
合性質についての情報に依存したオリゴヌクレオチド結
合実験は、ＲＮＡとの相互作用についての可能性を過小
評価したことが明らかである。このような実験によって
タンパク質について同定された高親和性のＲＮＡ結合部
位は、実際に、リボソームアセンブリに重要であり得る
が、他の配列とのその多くのより弱い相互作用は、避け
られるようであり、そしてこの相互作用はまた、リボソ
ーム構造にきわめて重大であり得る。大半のリボソーム
タンパク質は、ＲＮＡと架橋し、そして架橋は、複数の
相互作用なしでは不可能である。類似の考察は、スライ
セオソーム（ｓｌｉｃｅｏｓｏｍｅ）のような他のリボ
核タンパク質の成分であるタンパク質に適用し得る。
合性質についての情報に依存したオリゴヌクレオチド結
合実験は、ＲＮＡとの相互作用についての可能性を過小
評価したことが明らかである。このような実験によって
タンパク質について同定された高親和性のＲＮＡ結合部
位は、実際に、リボソームアセンブリに重要であり得る
が、他の配列とのその多くのより弱い相互作用は、避け
られるようであり、そしてこの相互作用はまた、リボソ
ーム構造にきわめて重大であり得る。大半のリボソーム
タンパク質は、ＲＮＡと架橋し、そして架橋は、複数の
相互作用なしでは不可能である。類似の考察は、スライ
セオソーム（ｓｌｉｃｅｏｓｏｍｅ）のような他のリボ
核タンパク質の成分であるタンパク質に適用し得る。
【０１５９】ただ１つのドメインと相互作用する７個の
タンパク質のうちの３つ（Ｌ１、Ｌ１０，Ｌ１１）は、
タンパク質合成プロセスに直接関係する。ＲＮＡが適切
な構造を採用することを保証するために、リボソームに
含まれるというよりは、正確な配置を確実にするために
構築されたように、ＲＮＡを眺めるにより適切であるよ
うに見える。別の３つ（Ｌ２４、Ｌ２９、Ｌ１８ｅ）
は、結合し、そしておそらくこのドメインの三次構造を
安定化するように機能するドメインの内部で、いくつか
の二次構造エレメントと相互作用する。一つのＲＮＡド
メインタンパク質の最後であるＬ７ａｅは、難解であ
る。一方、ＲＮＡ安定化タンパク質として機能すること
はできない。なぜなら、これは、ドメインＩの一つの短
い配列とのみ相互作用し、そして一方、サブユニット、
ペプチジルトランスフェラーゼ部位および因子結合部位
における重要な機能的部位にはほど遠いからである。し
かし、Ｅ部位機能に重要であるようであり（Ａｇｒａｗ
ａｌら（１９９９）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：
８７２３−８７２９）、そしておそらくこの活性に関与
するＬ１にかなり近い。
タンパク質のうちの３つ（Ｌ１、Ｌ１０，Ｌ１１）は、
タンパク質合成プロセスに直接関係する。ＲＮＡが適切
な構造を採用することを保証するために、リボソームに
含まれるというよりは、正確な配置を確実にするために
構築されたように、ＲＮＡを眺めるにより適切であるよ
うに見える。別の３つ（Ｌ２４、Ｌ２９、Ｌ１８ｅ）
は、結合し、そしておそらくこのドメインの三次構造を
安定化するように機能するドメインの内部で、いくつか
の二次構造エレメントと相互作用する。一つのＲＮＡド
メインタンパク質の最後であるＬ７ａｅは、難解であ
る。一方、ＲＮＡ安定化タンパク質として機能すること
はできない。なぜなら、これは、ドメインＩの一つの短
い配列とのみ相互作用し、そして一方、サブユニット、
ペプチジルトランスフェラーゼ部位および因子結合部位
における重要な機能的部位にはほど遠いからである。し
かし、Ｅ部位機能に重要であるようであり（Ａｇｒａｗ
ａｌら（１９９９）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７４：
８７２３−８７２９）、そしておそらくこの活性に関与
するＬ１にかなり近い。
【０１６０】多くのリボソームタンパク質が、主として
ＲＮＡと相互作用するが、いくつかは、他のタンパク質
と有意に相互作用する。タンパク質−タンパク質相互作
用によって生成された最も著しい構造は、因子結合部位
に近接することが見出されたＬ３、Ｌ６、Ｌ１４、Ｌ１
９およびＬ２４ｅから構成されるタンパク質クラスター
である。これらが提供するタンパク質表面は、因子相互
作用に重要であり得る。
ＲＮＡと相互作用するが、いくつかは、他のタンパク質
と有意に相互作用する。タンパク質−タンパク質相互作
用によって生成された最も著しい構造は、因子結合部位
に近接することが見出されたＬ３、Ｌ６、Ｌ１４、Ｌ１
９およびＬ２４ｅから構成されるタンパク質クラスター
である。これらが提供するタンパク質表面は、因子相互
作用に重要であり得る。
【０１６１】上記で示された構造は、単離された成分の
構造決定に依存する複合体の集合への接近の強度および
弱さの両方を解明する。Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由
来の大リボソームサブユニットのタンパク質のホモログ
の球状ドメインの構造は、インタクトのサブユニットに
おける対応するドメインの構造と主として同一である
が、ドメインの位置の補正が、時折必要である。結果と
して、これらの構造は、タンパク質の位置決定および低
分解能の電子密度地図の解釈に非常に有用であった。し
かし、明らかな理由のために、リボソームタンパク質の
伸長したテイルおよびループは、構造を与えるＲＮＡが
ない場合は決定されることができず、そしてこのような
タンパク質の構造を固定するために必要なすべてのＲＮ
Ａ接触を有する低分子量のＲＮＡ−タンパク質複合体の
生成に依存するストラテジーの可能性は、ありそうもな
いように見える。ＲＮＡはまた問題である。サルシン／
リシンループは、リボソームと同様に、単離されてほぼ
同じ構造を有するが、単離された５Ｓ ｒＲＮＡの構造
は、リボソームにおいて見られたものとどこか異なり、
そして単離されたＰループの構造は（Ｐｕｇｌｉｓｉら
（１９９７）Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．４：７
７５−７７８）、リボソームのＰループの構造にまった
く類似しない。明らかに、すべてのタンパク質およびす
べての可能なｒＲＮＡフラグメントの構造決定を必要と
するリボソームへの「構造ゲノム」アプローチは、うま
くいっていない。他の高分子アセンブリもまた、成功し
ないかもしれない。
構造決定に依存する複合体の集合への接近の強度および
弱さの両方を解明する。Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由
来の大リボソームサブユニットのタンパク質のホモログ
の球状ドメインの構造は、インタクトのサブユニットに
おける対応するドメインの構造と主として同一である
が、ドメインの位置の補正が、時折必要である。結果と
して、これらの構造は、タンパク質の位置決定および低
分解能の電子密度地図の解釈に非常に有用であった。し
かし、明らかな理由のために、リボソームタンパク質の
伸長したテイルおよびループは、構造を与えるＲＮＡが
ない場合は決定されることができず、そしてこのような
タンパク質の構造を固定するために必要なすべてのＲＮ
Ａ接触を有する低分子量のＲＮＡ−タンパク質複合体の
生成に依存するストラテジーの可能性は、ありそうもな
いように見える。ＲＮＡはまた問題である。サルシン／
リシンループは、リボソームと同様に、単離されてほぼ
同じ構造を有するが、単離された５Ｓ ｒＲＮＡの構造
は、リボソームにおいて見られたものとどこか異なり、
そして単離されたＰループの構造は（Ｐｕｇｌｉｓｉら
（１９９７）Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．４：７
７５−７７８）、リボソームのＰループの構造にまった
く類似しない。明らかに、すべてのタンパク質およびす
べての可能なｒＲＮＡフラグメントの構造決定を必要と
するリボソームへの「構造ゲノム」アプローチは、うま
くいっていない。他の高分子アセンブリもまた、成功し
ないかもしれない。
【０１６２】（Ｂ．ペプチド結合合成におけるリボソー
ム活性の構造基礎）同様に精密化された種々のアナログ
と複合体化したリボソームサブユニットのさらなる原子
座標とともに、上記の第ＩＩＡ章で議論された原子座標
の分析は、リボソーム機能の分析を可能にする。従っ
て、本発明はまた、Ｙａｒｕｓ遷移状態アナログである
ＣＣｄＡ−ｐ−ＰｕｒｏまたはアミノアシルｔＲＮＡの
ミニヘリックスアナログのいずれかと複合体化したＨａ
ｌｏａｒｃｕｌａ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５０Ｓリ
ボソームサブユニットの結晶に基づく。本発明は、両方
の複合体の構造を提供する。両方の複合体の構造の原子
座標は、２０００年７月２６日に、Ｒｅｓｅａｒｃｈ
Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｓｔｒｕｃｔｕ
ｒａｌ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（ＲＣＳＢ）Ｐ
ｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）に、登録
番号ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＺ（５０Ｓリボソーム／ＣＣ
ｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏ複合体）およびＰＤＢ ＩＤ：１Ｆ
ＧＯ（５０Ｓリボソーム／ａａ−ｔＲＮＡアナログ）の
下で登録された（Ｂｅｒｍａｎら（２０００）Ｎｕｃｌ
ｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２８：２３５−
２４２；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｐ
ｄｂ／）。
ム活性の構造基礎）同様に精密化された種々のアナログ
と複合体化したリボソームサブユニットのさらなる原子
座標とともに、上記の第ＩＩＡ章で議論された原子座標
の分析は、リボソーム機能の分析を可能にする。従っ
て、本発明はまた、Ｙａｒｕｓ遷移状態アナログである
ＣＣｄＡ−ｐ−ＰｕｒｏまたはアミノアシルｔＲＮＡの
ミニヘリックスアナログのいずれかと複合体化したＨａ
ｌｏａｒｃｕｌａ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５０Ｓリ
ボソームサブユニットの結晶に基づく。本発明は、両方
の複合体の構造を提供する。両方の複合体の構造の原子
座標は、２０００年７月２６日に、Ｒｅｓｅａｒｃｈ
Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｓｔｒｕｃｔｕ
ｒａｌ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（ＲＣＳＢ）Ｐ
ｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）に、登録
番号ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＺ（５０Ｓリボソーム／ＣＣ
ｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏ複合体）およびＰＤＢ ＩＤ：１Ｆ
ＧＯ（５０Ｓリボソーム／ａａ−ｔＲＮＡアナログ）の
下で登録された（Ｂｅｒｍａｎら（２０００）Ｎｕｃｌ
ｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２８：２３５−
２４２；ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｐ
ｄｂ／）。
【０１６３】以下で議論するように、２つの基質アナロ
グを有する大リボソームサブユニットおよびその複合体
の完全な原子構造は、リボソームはリボザイムであるこ
とを示す。完全な原子構造はまた、そのすべてのＲＮＡ
の活性部位の触媒性質に関して情報を提供する。基質ア
ナログの両方は、２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＶ由来の
保存されたｒＲＮＡ残基によって独占的に接触する；合
成されたペプチド結合に、約１８Åよりも近いタンパク
質側鎖は存在しない。ペプチド結合合成の機構は、セリ
ンプロテアーゼにおける脱アシル化工程の逆に類似する
ようであり、Ｅ．ｃｏｌｉのＡ２４８６（Ａ２４５１）
の塩基は、キモトリプシンにおけるＨｉｓ５７と同じ一
般的な塩基の役割を果たす。Ａ２４８６が所有し、この
機能を遂行するはずである異常なｐＫａは、触媒に必要
とされる２つの塩基の異常な互変体を安定化し得る埋没
したリン酸基（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）と相互作用するＧ
２４８２（Ｇ２４４７）に結合するその水素に由来す
る。ポリペプチド出口トンネルは、主にＲＮＡによって
形成されるが、タンパク質Ｌ２２、Ｌ３９およびＬ４か
らの有意な寄与を有し、そしてその出口は、タンパク質
Ｌ１９、Ｌ２２、Ｌ２３ａ、Ｌ２４およびＬ２９によっ
て豊富になる。
グを有する大リボソームサブユニットおよびその複合体
の完全な原子構造は、リボソームはリボザイムであるこ
とを示す。完全な原子構造はまた、そのすべてのＲＮＡ
の活性部位の触媒性質に関して情報を提供する。基質ア
ナログの両方は、２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＶ由来の
保存されたｒＲＮＡ残基によって独占的に接触する；合
成されたペプチド結合に、約１８Åよりも近いタンパク
質側鎖は存在しない。ペプチド結合合成の機構は、セリ
ンプロテアーゼにおける脱アシル化工程の逆に類似する
ようであり、Ｅ．ｃｏｌｉのＡ２４８６（Ａ２４５１）
の塩基は、キモトリプシンにおけるＨｉｓ５７と同じ一
般的な塩基の役割を果たす。Ａ２４８６が所有し、この
機能を遂行するはずである異常なｐＫａは、触媒に必要
とされる２つの塩基の異常な互変体を安定化し得る埋没
したリン酸基（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）と相互作用するＧ
２４８２（Ｇ２４４７）に結合するその水素に由来す
る。ポリペプチド出口トンネルは、主にＲＮＡによって
形成されるが、タンパク質Ｌ２２、Ｌ３９およびＬ４か
らの有意な寄与を有し、そしてその出口は、タンパク質
Ｌ１９、Ｌ２２、Ｌ２３ａ、Ｌ２４およびＬ２９によっ
て豊富になる。
【０１６４】Ｙａｒｕｓアナログ由来のＣＣｄＡは、い
わゆるＰループに結合し、そしてそれ故、Ｐ部位にある
はずである。ａａ−ｔＲＮＡアナログの末端のＣＣＡの
みが認識されるが、それは適切にＡループと相互作用す
るため（Ｋｉｍら（１９９９）Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ
４：８５９−８６４）、Ａ部位にあるはずである。プロ
マイシンの群は、両方の構造において同じ位置を占有
し、そしてこの部位に近接するタンパク質は存在しな
い。それ故、活性部位の触媒活性は、完全にＲＮＡに依
存するはずである。Ａ２４８６のＮ３（Ｅ．ｃｏｌｉの
Ａ２４５１）は、合成されたペプチド結合に最も近い滴
定可能な群であり、そして一般的な塩基として機能し、
Ａ部位基質のαアミノ基による求核攻撃を容易にするよ
うである。この能力で機能するために、この塩基のｐＫ
ａは、通常よりも約５ユニット高いはずである。
わゆるＰループに結合し、そしてそれ故、Ｐ部位にある
はずである。ａａ−ｔＲＮＡアナログの末端のＣＣＡの
みが認識されるが、それは適切にＡループと相互作用す
るため（Ｋｉｍら（１９９９）Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ
４：８５９−８６４）、Ａ部位にあるはずである。プロ
マイシンの群は、両方の構造において同じ位置を占有
し、そしてこの部位に近接するタンパク質は存在しな
い。それ故、活性部位の触媒活性は、完全にＲＮＡに依
存するはずである。Ａ２４８６のＮ３（Ｅ．ｃｏｌｉの
Ａ２４５１）は、合成されたペプチド結合に最も近い滴
定可能な群であり、そして一般的な塩基として機能し、
Ａ部位基質のαアミノ基による求核攻撃を容易にするよ
うである。この能力で機能するために、この塩基のｐＫ
ａは、通常よりも約５ユニット高いはずである。
【０１６５】（１．基質アナログ複合体の構造）基質
が、大サブユニットのＡ部位およびＰ部位でどのように
相互作用するかを確立するために、２つの基質アナログ
を使用した。アナログのうちの一つ（ａａ−ｔＲＮＡの
アクセプター軸を模倣し、そしてＡ部位に結合するよう
に設計された）は、３’末端に、アミノアシル化された
４つのヌクレオチド伸長を有する１２個の塩基対のＲＮ
Ａヘアピンであった（図９を参照のこと）。使用された
配列は、ｔＲＮＡ ｔｙｒアクセプター軸の配列であ
り、そしてプロマイシンで終了し、これ自身は、チロシ
ル（ｔｙｒｏｓｙｌ）−Ａ７６のアナログである。使用
された第二のアナログは、Ｙａｒｕｓ遷移状態アナログ
であるＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシンであった。Ａ部位基
質アナログの場合のように、Ｙａｒｕｓインヒビターの
プロマイシンは、Ａ部位で結合することが予期される
が、このＣＣｄＡ部分は、Ｐ部位で結合するはずであ
る。
が、大サブユニットのＡ部位およびＰ部位でどのように
相互作用するかを確立するために、２つの基質アナログ
を使用した。アナログのうちの一つ（ａａ−ｔＲＮＡの
アクセプター軸を模倣し、そしてＡ部位に結合するよう
に設計された）は、３’末端に、アミノアシル化された
４つのヌクレオチド伸長を有する１２個の塩基対のＲＮ
Ａヘアピンであった（図９を参照のこと）。使用された
配列は、ｔＲＮＡ ｔｙｒアクセプター軸の配列であ
り、そしてプロマイシンで終了し、これ自身は、チロシ
ル（ｔｙｒｏｓｙｌ）−Ａ７６のアナログである。使用
された第二のアナログは、Ｙａｒｕｓ遷移状態アナログ
であるＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシンであった。Ａ部位基
質アナログの場合のように、Ｙａｒｕｓインヒビターの
プロマイシンは、Ａ部位で結合することが予期される
が、このＣＣｄＡ部分は、Ｐ部位で結合するはずであ
る。
【０１６６】ＹａｒｕｓインヒビターおよびｔＲＮＡア
クセプター軸アナログの位置は、これらの分子を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニッ
トの結晶に浸漬することによって決定され、３．２Åの
分解能まで回折データを測定し、そして差電子密度地図
を計算した（Ｗｅｌｃｈら（１９９７）Ｂｉｏｃｈｅｍ
ｉｓｔｒｙ ３６：６６１４−６６２３）。複合体の地
図はまた、係数として２Ｆ０（複合体化）−Ｆ０（非複
合体化）を使用して計算し、これらのアナログが結合し
た場合に（図１０（Ｂ）および表３を参照のこと）生じ
るリボソーム残基の位置における変化を試験した。
クセプター軸アナログの位置は、これらの分子を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニッ
トの結晶に浸漬することによって決定され、３．２Åの
分解能まで回折データを測定し、そして差電子密度地図
を計算した（Ｗｅｌｃｈら（１９９７）Ｂｉｏｃｈｅｍ
ｉｓｔｒｙ ３６：６６１４−６６２３）。複合体の地
図はまた、係数として２Ｆ０（複合体化）−Ｆ０（非複
合体化）を使用して計算し、これらのアナログが結合し
た場合に（図１０（Ｂ）および表３を参照のこと）生じ
るリボソーム残基の位置における変化を試験した。
【０１６７】
【表５】
【０１６８】括弧内の統計は、地図計算に用いられる高
分解能ｂｉｎについて算出され、これはときどき、示さ
れるように、データ縮小において使用される高分解能よ
りも低い分解能である。†Ｒｍｅｒｇｅ：ΣΣｉ｜Ｉ
（ｈ）−Ｉ（ｈ）ｉ｜ＩΣΣＩ（ ｈ）ｉ’、ここで、Ｉ
（ｈ）は、反射後の平均強度である。‡Ｒｉｓｏ：Σ｜
Ｆ ＰＨ−ＦＰ｜ΣＦＰＨ＿、ここで、ＦＰＨおよびＦＰ
は、それぞれ、浸漬された結晶構造因子の振幅およびネ
イティブの結晶構造因子の振幅全体のＹａｒｕｓインヒ
ビターのモデルは、差密度に適合され得（図１０（Ａ）
を参照のこと）、そして複合体の電子密度地図は、ホス
ホルアミドの非架橋酸素の水素結合距離内に、Ａ２４８
６（２４５１）のＮ３を示す（図１０（Ｂ）を参照のこ
と）。ペプチジルｔＲＮＡのＣ７４およびＣ７５に対応
する、インヒビターの２つのＣは、それぞれ、Ｐループ
におけるＧ２２８５（２２５２）およびＧ２２８４（２
２５１）とのワトソン−クリック塩基対形成をする（図
１１（Ａ）を参照のこと）。Ｃ７４−Ｇ２２８５（２２
５２）相互作用は、Ｎｏｌｌｅｒらの結果によって推測
された（Ｎｏｌｌｅｒら（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ
２５６：１４１６−１４１９）。Ｐ部位のｔＲＮＡのＡ
７６に対応するｄＡは、塩基対形成していないが、Ａ２
４８６のリボースに、むしろ積み重なり、そしてヌクレ
オチドＡ２４８５の２’ＯＨに水素結合する（図１２
（Ｂ）を参照のこと）。
分解能ｂｉｎについて算出され、これはときどき、示さ
れるように、データ縮小において使用される高分解能よ
りも低い分解能である。†Ｒｍｅｒｇｅ：ΣΣｉ｜Ｉ
（ｈ）−Ｉ（ｈ）ｉ｜ＩΣΣＩ（ ｈ）ｉ’、ここで、Ｉ
（ｈ）は、反射後の平均強度である。‡Ｒｉｓｏ：Σ｜
Ｆ ＰＨ−ＦＰ｜ΣＦＰＨ＿、ここで、ＦＰＨおよびＦＰ
は、それぞれ、浸漬された結晶構造因子の振幅およびネ
イティブの結晶構造因子の振幅全体のＹａｒｕｓインヒ
ビターのモデルは、差密度に適合され得（図１０（Ａ）
を参照のこと）、そして複合体の電子密度地図は、ホス
ホルアミドの非架橋酸素の水素結合距離内に、Ａ２４８
６（２４５１）のＮ３を示す（図１０（Ｂ）を参照のこ
と）。ペプチジルｔＲＮＡのＣ７４およびＣ７５に対応
する、インヒビターの２つのＣは、それぞれ、Ｐループ
におけるＧ２２８５（２２５２）およびＧ２２８４（２
２５１）とのワトソン−クリック塩基対形成をする（図
１１（Ａ）を参照のこと）。Ｃ７４−Ｇ２２８５（２２
５２）相互作用は、Ｎｏｌｌｅｒらの結果によって推測
された（Ｎｏｌｌｅｒら（１９９２）Ｓｃｉｅｎｃｅ
２５６：１４１６−１４１９）。Ｐ部位のｔＲＮＡのＡ
７６に対応するｄＡは、塩基対形成していないが、Ａ２
４８６のリボースに、むしろ積み重なり、そしてヌクレ
オチドＡ２４８５の２’ＯＨに水素結合する（図１２
（Ｂ）を参照のこと）。
【０１６９】ミニヘリックスのアクセプター軸アナログ
のＣＣ−プロマイシン部分のみが、差電子密度地図にお
いて整列した電子密度を示した（図１０（Ｃ）を参照の
こと）。アクセプター軸ＣＣＡのＣ７５は、Ａループの
Ｇ２５８８（２５５３）とワトソン−クリック塩基対形
成し、一方、Ｃ７４は、よりディスオーダーしており、
そして塩基対形成していないが、リボソーム塩基に積み
重なっているようである。Ａ部位のインヒビターである
プロマイシンのジメチルＡは、Ｙａｒｕｓインヒビター
のジメチルＡに等しく位置する。さらに、プロマイシン
のジメチルＡ（Ａ部位のｔＲＮＡのＡ７６等価物であ
る）は、Ｐ部位のＣＣＡ由来のＡ７６が、Ｐループと相
互作用する様式とほぼ同じ様式で、Ａループと相互作用
する（図１１（Ｂ）を参照のこと）。
のＣＣ−プロマイシン部分のみが、差電子密度地図にお
いて整列した電子密度を示した（図１０（Ｃ）を参照の
こと）。アクセプター軸ＣＣＡのＣ７５は、Ａループの
Ｇ２５８８（２５５３）とワトソン−クリック塩基対形
成し、一方、Ｃ７４は、よりディスオーダーしており、
そして塩基対形成していないが、リボソーム塩基に積み
重なっているようである。Ａ部位のインヒビターである
プロマイシンのジメチルＡは、Ｙａｒｕｓインヒビター
のジメチルＡに等しく位置する。さらに、プロマイシン
のジメチルＡ（Ａ部位のｔＲＮＡのＡ７６等価物であ
る）は、Ｐ部位のＣＣＡ由来のＡ７６が、Ｐループと相
互作用する様式とほぼ同じ様式で、Ａループと相互作用
する（図１１（Ｂ）を参照のこと）。
【０１７０】遷移状態アナログの結合によって誘導され
る、リボソームにおけるいくつかの構造変化の最も顕著
なものは、塩基Ａ２６３７（２６０２）の整列であり、
これは、リガンドを含まない酵素ではディスオーダーす
る（図１１（Ｂ）を参照のこと）。この塩基は、Ａ部位
で結合したＣＣＡとＰ部位で結合したＣＣＡとの間に位
置するようになる。Ｕ２６２０（２５８５）の塩基はま
た移動し、その結果、Ａ部位のＡ７６のリボースの２’
ヒドロキシルと水素結合を形成し得、そしてＵ２６１９
およびＧ２６１８の位置が変化し、Ａ７６の位置決定を
可能にする。位置におけるより小さい位置変化は、Ａ２
４８６の位置において観察され、Ａ２４８６のＮ３は、
リン酸基の非架橋酸素および相互作用するＧ残基のうち
の一つであるＧ２１０２（２４８２）に近接する。
る、リボソームにおけるいくつかの構造変化の最も顕著
なものは、塩基Ａ２６３７（２６０２）の整列であり、
これは、リガンドを含まない酵素ではディスオーダーす
る（図１１（Ｂ）を参照のこと）。この塩基は、Ａ部位
で結合したＣＣＡとＰ部位で結合したＣＣＡとの間に位
置するようになる。Ｕ２６２０（２５８５）の塩基はま
た移動し、その結果、Ａ部位のＡ７６のリボースの２’
ヒドロキシルと水素結合を形成し得、そしてＵ２６１９
およびＧ２６１８の位置が変化し、Ａ７６の位置決定を
可能にする。位置におけるより小さい位置変化は、Ａ２
４８６の位置において観察され、Ａ２４８６のＮ３は、
リン酸基の非架橋酸素および相互作用するＧ残基のうち
の一つであるＧ２１０２（２４８２）に近接する。
【０１７１】（２．ペプチジルトランスフェラーゼ部位
の位置および化学組成）インヒビターは、近くにタンパ
ク質を有さない２３Ｓ ｒＲＮＡから完全に形成された
部位に結合し、リボソームはリボザイムであることを証
明する。Ｙａｒｕｓインヒビターおよびａａ−ｔＲＮＡ
のＡ部位アナログは、サブユニットの裏を走る１００Å
長のポリペプチド出口トンネルの入り口の大きくそして
深いクレフトの底で、大サブユニットと結合する（図１
２を参照のこと）。この部位は、２３Ｓ ｒＲＮＡのド
メインＶの中央のループ（「ペプチジルトランスフェラ
ーゼループ」）に属するヌクレオチドによって囲まれ
る。このループの一つの鎖の位置由来のヌクレオチド
は、四面体炭素中間体を模倣するリン酸基への最も近接
した接近を形成する。一般的に、２３Ｓ ｒＲＮＡの２
次構造図において、ペプチジルトランスフェラーゼルー
プから伸長するヘリックスはまた、３次構造において、
活性部位から離れて伸長する（図１３を参照のこと）。
ドメインＶと相互作用する１３個のタンパク質が存在す
るが（図１４（Ａ）を参照のこと）、インヒビターの付
近には球状タンパク質は存在しない。最も近接したポリ
ペプチドは、ドメインＶに深く貫通し、そして活性部位
に接近するいくつかのタンパク質（Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、
Ｌ１０ｅ）の非球状伸長である（図１４（Ｂ）を参照の
こと）。これらの伸長は、ドメインＶのＲＮＡヘリック
ス間の多くの空隙を充填し、リン酸基の骨格の電荷を中
和し、そしておそらく、ドメインの構造および他のＲＮ
Ａとの会合を安定化する。しかし、これらの側鎖の原子
のいずれも、ペプチド結合を形成する部位を特徴付ける
インヒビターのリン酸基のリンに約１８Åよりも近接し
ていない。さらに、基質アナログは、ｒＲＮＡキャビテ
ィに完全に囲まれる。このキャビティは、非常にきつく
パッキングされるので、同定されていないペプチドが、
近くに潜み得る可能性は存在しない（図１５を参照のこ
と）。従って、リボソームの触媒の本質はＲＮＡのはず
である。
の位置および化学組成）インヒビターは、近くにタンパ
ク質を有さない２３Ｓ ｒＲＮＡから完全に形成された
部位に結合し、リボソームはリボザイムであることを証
明する。Ｙａｒｕｓインヒビターおよびａａ−ｔＲＮＡ
のＡ部位アナログは、サブユニットの裏を走る１００Å
長のポリペプチド出口トンネルの入り口の大きくそして
深いクレフトの底で、大サブユニットと結合する（図１
２を参照のこと）。この部位は、２３Ｓ ｒＲＮＡのド
メインＶの中央のループ（「ペプチジルトランスフェラ
ーゼループ」）に属するヌクレオチドによって囲まれ
る。このループの一つの鎖の位置由来のヌクレオチド
は、四面体炭素中間体を模倣するリン酸基への最も近接
した接近を形成する。一般的に、２３Ｓ ｒＲＮＡの２
次構造図において、ペプチジルトランスフェラーゼルー
プから伸長するヘリックスはまた、３次構造において、
活性部位から離れて伸長する（図１３を参照のこと）。
ドメインＶと相互作用する１３個のタンパク質が存在す
るが（図１４（Ａ）を参照のこと）、インヒビターの付
近には球状タンパク質は存在しない。最も近接したポリ
ペプチドは、ドメインＶに深く貫通し、そして活性部位
に接近するいくつかのタンパク質（Ｌ２、Ｌ３、Ｌ４、
Ｌ１０ｅ）の非球状伸長である（図１４（Ｂ）を参照の
こと）。これらの伸長は、ドメインＶのＲＮＡヘリック
ス間の多くの空隙を充填し、リン酸基の骨格の電荷を中
和し、そしておそらく、ドメインの構造および他のＲＮ
Ａとの会合を安定化する。しかし、これらの側鎖の原子
のいずれも、ペプチド結合を形成する部位を特徴付ける
インヒビターのリン酸基のリンに約１８Åよりも近接し
ていない。さらに、基質アナログは、ｒＲＮＡキャビテ
ィに完全に囲まれる。このキャビティは、非常にきつく
パッキングされるので、同定されていないペプチドが、
近くに潜み得る可能性は存在しない（図１５を参照のこ
と）。従って、リボソームの触媒の本質はＲＮＡのはず
である。
【０１７２】ドメインＶのｒＲＮＡ骨格を貫通する長い
末端またはループを有するタンパク質のうちの２つは、
ペプチジルトランスフェラーゼ反応Ｌ２およびＬ３の関
与から以前に除外されなかったタンパク質である（Ｎｏ
ｌｌｅｒ（１９９１）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅ
ｍ．６０：１９１−２２７）。Ｎｏｌｌｅｒら（Ｎｏｌ
ｌｅｒら（１９９２）前出）は、ＲＮＡ変性を防ぐ条件
下で、プロテアーゼでのＴｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏ
ｐｈｉｌｕｓ ５０Ｓサブユニットの広範な消化、その
後のフェノールおよびタンパク質−ＲＮＡ相互作用を分
裂する他の薬剤での抽出が、分子量１０，０００未満で
あるサブユニットから、いくつかのペプチドを取り除か
ないことを見出した。この構造は、これらのタンパク質
フラグメントは、特に、プロテアーゼ処理に耐性である
理由を明らかにする。プロテアーゼ処理は、大サブユニ
ットの表面上の球状タンパク質ドメインを消化し得る
が、２３Ｓ ｒＲＮＡに深く貫通する長い末端およびル
ープを取り除くことはできなかった。なぜなら、これら
は、ｒＲＮＡの内部に封鎖され、従って、球状ドメイン
に関係なく切断から保護されるからである。
末端またはループを有するタンパク質のうちの２つは、
ペプチジルトランスフェラーゼ反応Ｌ２およびＬ３の関
与から以前に除外されなかったタンパク質である（Ｎｏ
ｌｌｅｒ（１９９１）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅ
ｍ．６０：１９１−２２７）。Ｎｏｌｌｅｒら（Ｎｏｌ
ｌｅｒら（１９９２）前出）は、ＲＮＡ変性を防ぐ条件
下で、プロテアーゼでのＴｈｅｒｍｕｓ ｔｈｅｒｍｏ
ｐｈｉｌｕｓ ５０Ｓサブユニットの広範な消化、その
後のフェノールおよびタンパク質−ＲＮＡ相互作用を分
裂する他の薬剤での抽出が、分子量１０，０００未満で
あるサブユニットから、いくつかのペプチドを取り除か
ないことを見出した。この構造は、これらのタンパク質
フラグメントは、特に、プロテアーゼ処理に耐性である
理由を明らかにする。プロテアーゼ処理は、大サブユニ
ットの表面上の球状タンパク質ドメインを消化し得る
が、２３Ｓ ｒＲＮＡに深く貫通する長い末端およびル
ープを取り除くことはできなかった。なぜなら、これら
は、ｒＲＮＡの内部に封鎖され、従って、球状ドメイン
に関係なく切断から保護されるからである。
【０１７３】（３．ペプチジルトランスフェラーゼ活性
部位）基質アナログを囲むＲＮＡは、きつくパッキング
され、タンパク質酵素の活性部位領域のようであり、そ
してインヒビターと接触するヌクレオチドは、すべての
３つの生物界において９５％を超えて保存される（図１
５を参照のこと）。従って、リボソームがリボザイムで
あることは明らかであるが、ＲＮＡに触媒力を与えるも
のは何であろうか。
部位）基質アナログを囲むＲＮＡは、きつくパッキング
され、タンパク質酵素の活性部位領域のようであり、そ
してインヒビターと接触するヌクレオチドは、すべての
３つの生物界において９５％を超えて保存される（図１
５を参照のこと）。従って、リボソームがリボザイムで
あることは明らかであるが、ＲＮＡに触媒力を与えるも
のは何であろうか。
【０１７４】理論に束縛されることを望まずに、おそら
く一般的な塩基として、最も触媒に関与するらしい残基
は、Ａ２４８６である。Ａ２４８６のＮ３は、発生期の
ペプチド結合のカルボニル酸素のアナログであるＹａｒ
ｕｓインヒビターのホスホルアミド酸素から約３Åであ
り、そして合成されたペプチド結合のアミド窒素に対応
するアミドから約４Åである。通常、アデノシン一リン
酸のＮ１のｐＫａは、約３．５であり、そしてそのＮ３
のｐＫａは、おそらく２ｐＨユニット低く（Ｓａｅｎｇ
ｅｒ（１９８４）Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｎｕｃ
ｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，（Ｃ．Ｒ．
Ｃａｎｔｏｒ、編）、ＳｐｒｉｎｇｅｒＡｄｖａｎｃｅ
ｄ Ｔｅｘｔｓ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｓｐｒｉ
ｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ
Ｙ）、そして一般的な塩基としてＡ２４８６が機能する
ために、このｐＫａは、７以上に上昇されるはずであ
る。それ自身の結晶構造は、実際に、そのｐＫａがかな
り異常であることを示唆する。Ａ２４８６のＮ３は、観
察されるように、Ｎ３（または、そのリン酸基の酸素
（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｏｘｙｇｅｎ））がプロトン化
される場合に、リン酸基の酸素にのみ水素結合し得る。
これらの２つの原子間の距離は約３Åであり、水素結合
が、実際にこれらの間に存在することを示す。結晶は、
ｐＨ５．８であるので、これは、Ｎ３のｐＫａが６を超
えることを意味する。ＭｕｔｈおよびＳｔｒｏｂｅｌ
は、ｐＨの機能として硫酸ジメチル反応性を試験するこ
とによって、Ｅ．ｃｏｌｉ ２３Ｓ ＲＮＡにおいて対
応するＡのｐＫａを測定し、そしてこのｐＫａが７．６
であると結論付けた。しかし、測定したｐＫａが、Ｎ３
のものかＮ１のものであるかは、この実験から確かでは
なかった（Ｍｕｔｈら（２０００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２
８９：９４７−９５０）。発生期のペプチド結合に約７
Åより近接する滴定可能なＲＮＡ官能基の他に利用でき
るものはなかったので、一般的な塩基として機能するよ
うな利用可能な他の基は存在しない。
く一般的な塩基として、最も触媒に関与するらしい残基
は、Ａ２４８６である。Ａ２４８６のＮ３は、発生期の
ペプチド結合のカルボニル酸素のアナログであるＹａｒ
ｕｓインヒビターのホスホルアミド酸素から約３Åであ
り、そして合成されたペプチド結合のアミド窒素に対応
するアミドから約４Åである。通常、アデノシン一リン
酸のＮ１のｐＫａは、約３．５であり、そしてそのＮ３
のｐＫａは、おそらく２ｐＨユニット低く（Ｓａｅｎｇ
ｅｒ（１９８４）Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｎｕｃ
ｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，（Ｃ．Ｒ．
Ｃａｎｔｏｒ、編）、ＳｐｒｉｎｇｅｒＡｄｖａｎｃｅ
ｄ Ｔｅｘｔｓ ｉｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｓｐｒｉ
ｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｎ
Ｙ）、そして一般的な塩基としてＡ２４８６が機能する
ために、このｐＫａは、７以上に上昇されるはずであ
る。それ自身の結晶構造は、実際に、そのｐＫａがかな
り異常であることを示唆する。Ａ２４８６のＮ３は、観
察されるように、Ｎ３（または、そのリン酸基の酸素
（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｏｘｙｇｅｎ））がプロトン化
される場合に、リン酸基の酸素にのみ水素結合し得る。
これらの２つの原子間の距離は約３Åであり、水素結合
が、実際にこれらの間に存在することを示す。結晶は、
ｐＨ５．８であるので、これは、Ｎ３のｐＫａが６を超
えることを意味する。ＭｕｔｈおよびＳｔｒｏｂｅｌ
は、ｐＨの機能として硫酸ジメチル反応性を試験するこ
とによって、Ｅ．ｃｏｌｉ ２３Ｓ ＲＮＡにおいて対
応するＡのｐＫａを測定し、そしてこのｐＫａが７．６
であると結論付けた。しかし、測定したｐＫａが、Ｎ３
のものかＮ１のものであるかは、この実験から確かでは
なかった（Ｍｕｔｈら（２０００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２
８９：９４７−９５０）。発生期のペプチド結合に約７
Åより近接する滴定可能なＲＮＡ官能基の他に利用でき
るものはなかったので、一般的な塩基として機能するよ
うな利用可能な他の基は存在しない。
【０１７５】ｐＫａに影響を及ぼし得るＡ２４８６（２
４５１）の環境のいくつかの特徴が存在する。Ａ２４８
６（２４５１）のＮ３のｐＫａは、セリンプロテアーゼ
の活性部位で生じる機構に類似する電荷リレー機構によ
って一部有意に増加し得、Ａ２４８５（２４５０）の埋
没したリン酸基は、キモトリプシンのＡｓｐ１０２の埋
没したカルボキシル基と類似の機能を果たす。実験的な
２．４Åの電子密度地図は、明白に、活性部位のこの最
も重大な領域での水素結合相互作用を確立する（図１６
（Ａ）を参照のこと）。Ａ２４８６のＮ６は、Ｇ２４８
２（２４４７）およびＧ２１０２（２０６１）のＯ６原
子と相互作用する（図１６（Ｂ）を参照のこと）。Ｇ２
４８２のＮ２はまた、２．４Åの分解能の地図において
任意の中和対イオンが見られない大リボソームサブユニ
ットにおける３つの最も溶媒に接近不可能なリン酸基
（８２６、１４９７および２４８５）の間にあるＡ２４
８５（２４５０）のリン酸基の非架橋水素と相互作用す
る。水分子に対応し得る弱い密度は、他の非架橋酸素に
結合した水素である。中和対イオンは、この構造におい
ては明白ではない。Ａ２４８５の埋没したリン酸基は、
エネルギー的に不利な埋没した負の電荷を中和するため
に、Ｇ２４８２の環外Ｎ２からプロトンを引き抜き得
る。これは、順に、この塩基の他の点では珍しいイミノ
四面体を安定化する。同様に、Ａ２４８６とのＧ２４８
２のイミノの相互作用は、プロトン化されていなけれ
ば、そのＮ３上で負の電荷を生じるＡ２４８６のイミノ
四面体を安定化し得る（図１６（Ｃ）を参照のこと）。
このようにして、Ａ２４８５の埋没したリン酸基上に生
ずる負の静電電荷のいくつかは、Ａ２４８６のＮ３に中
継され得、それによって、そのｐＫａを増加する。
４５１）の環境のいくつかの特徴が存在する。Ａ２４８
６（２４５１）のＮ３のｐＫａは、セリンプロテアーゼ
の活性部位で生じる機構に類似する電荷リレー機構によ
って一部有意に増加し得、Ａ２４８５（２４５０）の埋
没したリン酸基は、キモトリプシンのＡｓｐ１０２の埋
没したカルボキシル基と類似の機能を果たす。実験的な
２．４Åの電子密度地図は、明白に、活性部位のこの最
も重大な領域での水素結合相互作用を確立する（図１６
（Ａ）を参照のこと）。Ａ２４８６のＮ６は、Ｇ２４８
２（２４４７）およびＧ２１０２（２０６１）のＯ６原
子と相互作用する（図１６（Ｂ）を参照のこと）。Ｇ２
４８２のＮ２はまた、２．４Åの分解能の地図において
任意の中和対イオンが見られない大リボソームサブユニ
ットにおける３つの最も溶媒に接近不可能なリン酸基
（８２６、１４９７および２４８５）の間にあるＡ２４
８５（２４５０）のリン酸基の非架橋水素と相互作用す
る。水分子に対応し得る弱い密度は、他の非架橋酸素に
結合した水素である。中和対イオンは、この構造におい
ては明白ではない。Ａ２４８５の埋没したリン酸基は、
エネルギー的に不利な埋没した負の電荷を中和するため
に、Ｇ２４８２の環外Ｎ２からプロトンを引き抜き得
る。これは、順に、この塩基の他の点では珍しいイミノ
四面体を安定化する。同様に、Ａ２４８６とのＧ２４８
２のイミノの相互作用は、プロトン化されていなけれ
ば、そのＮ３上で負の電荷を生じるＡ２４８６のイミノ
四面体を安定化し得る（図１６（Ｃ）を参照のこと）。
このようにして、Ａ２４８５の埋没したリン酸基上に生
ずる負の静電電荷のいくつかは、Ａ２４８６のＮ３に中
継され得、それによって、そのｐＫａを増加する。
【０１７６】安定性、四面体状態および静電電荷分布に
影響を及ぼし得る触媒部位の環境の第二の特徴は、結合
した一価の陽イオンである。カリウムイオンまたはナト
リウムイオンは、Ｇ２４８２およびＧ２１０２のＯ６な
らびに３つの他の塩基と相互作用する。カリウムイオン
としてのその同一性は、観察された継続によって確立さ
れ、そしてルビジウムイオンがこの状態に結合し得るこ
とを示す独立した実験によって確立される。一価のイオ
ンはまた、非標準的四面体を安定化し得るが、Ａ２４８
６のｐＫａへの予期された影響は、あまり明らかではな
い。初期の生化学的実験は、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ活性に対するカリウムの重要性を示し（Ｍｏｎｒｏ
（１９６７）前出；Ｍａｄｅｎら（１９６８）前出）、
そしてこの結合部位は、この影響の原因であり得る。
影響を及ぼし得る触媒部位の環境の第二の特徴は、結合
した一価の陽イオンである。カリウムイオンまたはナト
リウムイオンは、Ｇ２４８２およびＧ２１０２のＯ６な
らびに３つの他の塩基と相互作用する。カリウムイオン
としてのその同一性は、観察された継続によって確立さ
れ、そしてルビジウムイオンがこの状態に結合し得るこ
とを示す独立した実験によって確立される。一価のイオ
ンはまた、非標準的四面体を安定化し得るが、Ａ２４８
６のｐＫａへの予期された影響は、あまり明らかではな
い。初期の生化学的実験は、ペプチジルトランスフェラ
ーゼ活性に対するカリウムの重要性を示し（Ｍｏｎｒｏ
（１９６７）前出；Ｍａｄｅｎら（１９６８）前出）、
そしてこの結合部位は、この影響の原因であり得る。
【０１７７】埋没されたリン酸基によるイミノ四面体の
安定化は、デルタ肝炎ウイルスリボザイムの活性部位の
触媒シトシンの予期されたより高いｐＫａを説明する
（Ｆｅｒｒｅ−Ｄ’Ａｍａｒｅら（１９９８）Ｎａｔｕ
ｒｅ ３９５：５６７−５７４；Ｎａｈａｒｏら（２０
００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８７：１４９３−１４９
７）。この場合、溶媒への接近可能性がリボソームのＡ
２４８５と類似するリン酸基骨格は、ＣのＮ４およびＣ
がリン酸基を中和するイミノ四面体のプロトン化形態と
水素結合することが観察され、一般的な酸としてのＮ３
の機能を促進する（Ｎａｈａｒｏら（２０００）前
出）。
安定化は、デルタ肝炎ウイルスリボザイムの活性部位の
触媒シトシンの予期されたより高いｐＫａを説明する
（Ｆｅｒｒｅ−Ｄ’Ａｍａｒｅら（１９９８）Ｎａｔｕ
ｒｅ ３９５：５６７−５７４；Ｎａｈａｒｏら（２０
００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８７：１４９３−１４９
７）。この場合、溶媒への接近可能性がリボソームのＡ
２４８５と類似するリン酸基骨格は、ＣのＮ４およびＣ
がリン酸基を中和するイミノ四面体のプロトン化形態と
水素結合することが観察され、一般的な酸としてのＮ３
の機能を促進する（Ｎａｈａｒｏら（２０００）前
出）。
【０１７８】（４．ペプチド結合形成の触媒機構）合成
されたペプチド結合へのＡ２４８６（２４５１）の近接
および触媒された反応の性質は、ペプチド加水分解の間
のセリンプロテアーゼにおいて見られる脱アシル化工程
の逆に類似するペプチド合成の化学的機構を示唆する
（Ｂｌｏｗら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ２２１：３３
７−３４０；Ｓｔｅｉｔｚら（１９８２）Ａｎｎ．Ｒｅ
ｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｅｎｇ．１１：４１９−４
４４）。この機構において、Ｈｉｓ５７の塩基形態は、
アシル−Ｓｅｒ１９５を攻撃するように、ペプチド産物
のαアミノ基からプロトンを引き抜く。四面体カルボニ
ル炭素中間体の形成は、アミド骨格で形成されるオキシ
アニオンの相互作用によって安定化される（「オキシア
ニオン孔」）；Ｈｉｓ５７は、四面体中間体が破壊され
る場合、α−ＮＨ２からＳｅｒ１９５へ必要とされるプ
ロトンを往復輸送する。
されたペプチド結合へのＡ２４８６（２４５１）の近接
および触媒された反応の性質は、ペプチド加水分解の間
のセリンプロテアーゼにおいて見られる脱アシル化工程
の逆に類似するペプチド合成の化学的機構を示唆する
（Ｂｌｏｗら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ２２１：３３
７−３４０；Ｓｔｅｉｔｚら（１９８２）Ａｎｎ．Ｒｅ
ｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｅｎｇ．１１：４１９−４
４４）。この機構において、Ｈｉｓ５７の塩基形態は、
アシル−Ｓｅｒ１９５を攻撃するように、ペプチド産物
のαアミノ基からプロトンを引き抜く。四面体カルボニ
ル炭素中間体の形成は、アミド骨格で形成されるオキシ
アニオンの相互作用によって安定化される（「オキシア
ニオン孔」）；Ｈｉｓ５７は、四面体中間体が破壊され
る場合、α−ＮＨ２からＳｅｒ１９５へ必要とされるプ
ロトンを往復輸送する。
【０１７９】残基Ａ２４８６（２４５１）は、キモトリ
プシンにおいてＨｉｓ５７に類似するようであり、そし
てペプチジルｔＲＮＡは、アシル−Ｓｅｒ−１９５に類
似する。従って、非常に上昇したｐＫａを有するＡ２４
８６のＮ３は、アミノアシル−ｔＲＮＡを結合したＡ部
位のαアミノ基からプロトンを引き抜き、Ｐ部位におい
てｔＲＮＡの３’ＯＨをアシル化するカルボニル炭素上
のアミノ基の求核攻撃を容易にする（図１７（Ａ）を参
照のこと）。しかし、セリンプロテアーゼと対照的に、
四面体中間体のオキシアニオンは、分離したオキシアニ
オン結合部位に近位ではなく、Ａ２４８６（Ａ２４５
１）のプロトン化されたＮ３に近接する。従って、Ａ２
４８６のプロトン化されたＮ３は、Ｙａｒｕｓインヒビ
ター複合体において観察されるように、このＮ３への水
素結合によるオキシアニオンの形成を安定化し得る（図
１７（Ｂ）を参照のこと）。次いで引き続いて、Ａ２４
８６のＮ３は、ｔＲＮＡを結合したＰ部位の３’ヒドロ
キシルにプロトンを移動し得、ペプチドは、ｔＲＮＡを
結合したＡ部位に位置を変える場合に遊離される（図１
７（Ｃ）を参照のこと）。
プシンにおいてＨｉｓ５７に類似するようであり、そし
てペプチジルｔＲＮＡは、アシル−Ｓｅｒ−１９５に類
似する。従って、非常に上昇したｐＫａを有するＡ２４
８６のＮ３は、アミノアシル−ｔＲＮＡを結合したＡ部
位のαアミノ基からプロトンを引き抜き、Ｐ部位におい
てｔＲＮＡの３’ＯＨをアシル化するカルボニル炭素上
のアミノ基の求核攻撃を容易にする（図１７（Ａ）を参
照のこと）。しかし、セリンプロテアーゼと対照的に、
四面体中間体のオキシアニオンは、分離したオキシアニ
オン結合部位に近位ではなく、Ａ２４８６（Ａ２４５
１）のプロトン化されたＮ３に近接する。従って、Ａ２
４８６のプロトン化されたＮ３は、Ｙａｒｕｓインヒビ
ター複合体において観察されるように、このＮ３への水
素結合によるオキシアニオンの形成を安定化し得る（図
１７（Ｂ）を参照のこと）。次いで引き続いて、Ａ２４
８６のＮ３は、ｔＲＮＡを結合したＰ部位の３’ヒドロ
キシルにプロトンを移動し得、ペプチドは、ｔＲＮＡを
結合したＡ部位に位置を変える場合に遊離される（図１
７（Ｃ）を参照のこと）。
【０１８０】さらなる問題は、Ｐ部位におけるペプチジ
ルｔＲＮＡの触媒された加水分解が、次の適切なａａ−
ｔＲＮＡをＡ部位へ送達する前に、どのように妨げられ
るかである。この複合体から、Ａ部位が空いている場
合、水が、Ｐ部位のｔＲＮＡへのペプチジル結合の接近
から除外されるようである。類似の問題は、１９６０年
代に、Ｋｏｓｈｌａｎｄによって議論された（Ｋｏｓｈ
ｌａｎｄ，Ｊｒ．（１９６３）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ
Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．２
８：４７３−４８９）。Ｋｏｓｈｌａｎｄは、水がグル
コースの６ヒドロキシルによって使用される結合部位に
完全に良好に結合するはずであるので、ヘキソキナーゼ
が、グルコースの非存在下でＡＴＰを加水分解しない理
由を理論づけた。提唱された回答は、整合を誘導され
た。すなわち、ヘキソキナーゼは、グルコースが結合
し、そして最適に基質および触媒基を配向する構造変化
を生成するまで、触媒反応能を有さない。これは、実際
にこの場合であるようである（Ｂｅｎｎｅｔｔ，Ｊｒ．
ら（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃ
ｉ．ＵＳＡ ７５：４８４８−４８５２）。同様に、触
媒Ａ２４８６および／またはペプチジル基質が、適切に
配向しないか、またはα−ＮＨ２基の結合部位が、Ａ部
位におけるａａ−ｔＲＨＡの非存在下において、再配向
したリボソーム塩基によってブロックされる可能性があ
る。Ｕ２６２０の塩基は、リガンドを含まない構造にお
いてＡ２４８６に近接しているようであり、そしてペプ
チジルｔＲＮＡの自発的な加水分解を妨げる適切なプラ
グとして役立ち得る。
ルｔＲＮＡの触媒された加水分解が、次の適切なａａ−
ｔＲＮＡをＡ部位へ送達する前に、どのように妨げられ
るかである。この複合体から、Ａ部位が空いている場
合、水が、Ｐ部位のｔＲＮＡへのペプチジル結合の接近
から除外されるようである。類似の問題は、１９６０年
代に、Ｋｏｓｈｌａｎｄによって議論された（Ｋｏｓｈ
ｌａｎｄ，Ｊｒ．（１９６３）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ
Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．２
８：４７３−４８９）。Ｋｏｓｈｌａｎｄは、水がグル
コースの６ヒドロキシルによって使用される結合部位に
完全に良好に結合するはずであるので、ヘキソキナーゼ
が、グルコースの非存在下でＡＴＰを加水分解しない理
由を理論づけた。提唱された回答は、整合を誘導され
た。すなわち、ヘキソキナーゼは、グルコースが結合
し、そして最適に基質および触媒基を配向する構造変化
を生成するまで、触媒反応能を有さない。これは、実際
にこの場合であるようである（Ｂｅｎｎｅｔｔ，Ｊｒ．
ら（１９７８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃ
ｉ．ＵＳＡ ７５：４８４８−４８５２）。同様に、触
媒Ａ２４８６および／またはペプチジル基質が、適切に
配向しないか、またはα−ＮＨ２基の結合部位が、Ａ部
位におけるａａ−ｔＲＨＡの非存在下において、再配向
したリボソーム塩基によってブロックされる可能性があ
る。Ｕ２６２０の塩基は、リガンドを含まない構造にお
いてＡ２４８６に近接しているようであり、そしてペプ
チジルｔＲＮＡの自発的な加水分解を妨げる適切なプラ
グとして役立ち得る。
【０１８１】従って、このＲＮＡ酵素は、タンパク質酵
素と同じ触媒原理を使用するようである。第一に、大き
な触媒の増強が、２つの反応物（Ａ部位のアミノアシル
ｔＲＮＡ由来のαＮＨ２およびＰ部位のペプチジルｔＲ
ＮＡ由来のカルボニル炭素）を正確に配向することによ
って達成される。これは部分的に、それぞれ、Ａループ
およびＰループとのＡ部位およびＰ部位のｔＲＮＡのＣ
ＣＡ末端の相互作用によって果たされ得る。第二に、酸
塩基触媒および遷移状態の安定化が、化学的性質が、活
性部位の環境によって適切に変更される酵素の官能基
（この場合、Ａ２４８６（２４５１））によって達成さ
れる。第三に、類似の化学的原理が、ＲＮＡおよびタン
パク質酵素によって使用され、官能基のｐＫａを変更し
得る。Ｈｉｓ５７を介して作用するＡｓｐ１０２の埋没
したカルボキシレート（ｃａｒｂｏｘｙｌａｔｅ）は、
キモトリプシンのＳｅｒ１９５の求核性を変更する（Ｂ
ｌｏｗら（１９６９）前出）。リボソームにおいて、溶
媒に接近不可能なリン酸基は、Ｇ２４８２（２４４７）
を介して作用し得、Ａ２４８６（２４５１）のＮ３の求
核性を変更する。ＲＮＡ分子が、タンパク質分子が触媒
の化学的原理を使用する前に、有意に触媒の化学的原理
を使用する方法を「学習した」可能性がある。
素と同じ触媒原理を使用するようである。第一に、大き
な触媒の増強が、２つの反応物（Ａ部位のアミノアシル
ｔＲＮＡ由来のαＮＨ２およびＰ部位のペプチジルｔＲ
ＮＡ由来のカルボニル炭素）を正確に配向することによ
って達成される。これは部分的に、それぞれ、Ａループ
およびＰループとのＡ部位およびＰ部位のｔＲＮＡのＣ
ＣＡ末端の相互作用によって果たされ得る。第二に、酸
塩基触媒および遷移状態の安定化が、化学的性質が、活
性部位の環境によって適切に変更される酵素の官能基
（この場合、Ａ２４８６（２４５１））によって達成さ
れる。第三に、類似の化学的原理が、ＲＮＡおよびタン
パク質酵素によって使用され、官能基のｐＫａを変更し
得る。Ｈｉｓ５７を介して作用するＡｓｐ１０２の埋没
したカルボキシレート（ｃａｒｂｏｘｙｌａｔｅ）は、
キモトリプシンのＳｅｒ１９５の求核性を変更する（Ｂ
ｌｏｗら（１９６９）前出）。リボソームにおいて、溶
媒に接近不可能なリン酸基は、Ｇ２４８２（２４４７）
を介して作用し得、Ａ２４８６（２４５１）のＮ３の求
核性を変更する。ＲＮＡ分子が、タンパク質分子が触媒
の化学的原理を使用する前に、有意に触媒の化学的原理
を使用する方法を「学習した」可能性がある。
【０１８２】（５．ｔＲＮＡ結合）立体配置に関する理
由のために、これらの結晶中で、Ａ部位またはＰ部位の
いずれかへのｔＲＮＡ分子の結合は不可能であるが、Ｃ
ａｔｅらが、Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ ７
０Ｓリボソームの結晶学的研究において観察した同じ相
対的配向で、大リボソームサブユニット上のＰ部位のｔ
ＲＮＡ分子およびＥ部位のｔＲＮＡ分子を配置すること
は可能である。７０Ｓリボソームにおいて見られる相対
的配置における３つのｔＲＮＡ分子の原子座標は、立体
衝突を避け、そして本発明者らがＡループおよびＰルー
プに結合したことを観察したＣＣＡの位置の近くのＡ部
位のｔＲＮＡおよびＰ部位のｔＲＮＡのアクセプター軸
を配置する様式で、Ｈａｌｏａｒｃｕｌａ ｍａｒｉｓ
ｍｏｒｔｕｉの大リボソームサブユニット上にドッキン
グされ得る（図１８を参照のこと）。ヌクレオチドＣ７
４およびＣ７５が７．８Åのリボソーム地図においてこ
となる立体配座でモデル化されたが、Ａ部位およびＰ部
位の両方におけるＣＣＡ由来のＣ７４残基が、モデル化
された残基７３を通してドッキングされたＡ部位のｔＲ
ＮＡおよびＰ部位のｔＲＮＡの残基７２に接続され得、
そしてｔＲＮＡ分子は、サブユニットの表面上に良好に
整合するようである。予想外に、このモデリングは、３
つのリボソームタンパク質に極めて近接して、ｔＲＮＡ
分子を結合したＥ部位、Ｐ部位およびＡ部位を配置す
る。タンパク質Ｌ５およびＬ１０ｅは、Ｐ部位およびＡ
部位においてｔＲＮＡに近接する。これらのタンパク質
の両方はまた、５Ｓ ｒＲＮＡと相互作用するので、こ
の知見は、５Ｓ ｒＲＮＡおよびこの会合したタンパク
質のいくつかが、ｔＲＮＡを結合したリボソームの位置
決定の安定化を助け得る可能性を引き上げ、そして５Ｓ
ｒＲＮＡが、リボソーム活性を増強する事実に矛盾し
ないが、この活性に完全に不可欠なわけではない（Ｍｏ
ｏｒｅ，Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡ＆Ｓｔｒｕｃｔｕ
ｒｅ，Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａ
ｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂｉ
ｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（１９９６）、前出、１９９−２
３６頁）。タンパク質Ｌ４４ｅは、Ｅ部位のｔＲＮＡと
相互作用するようであり、そしてＥ部位活性に寄与し得
る。このドッキング実験に従って、Ａ部位のｔＲＮＡ
は、高度に保存されたステム−ループ２５０２−２５１
８（２４６７−２４８３）と相互作用し、このステム−
ループは、Ｌ１０ｅとともに、Ｔ軸上でｔＲＮＡと接触
する大きな凹状表面を形成し、ＥＦ−Ｔｕによって利用
される全く同じ結合部位を利用する（Ｇｕｔｅｌｌら
（２０００）前出）。
由のために、これらの結晶中で、Ａ部位またはＰ部位の
いずれかへのｔＲＮＡ分子の結合は不可能であるが、Ｃ
ａｔｅらが、Ｔｈｅｒｍｕｓ ａｑｕａｔｉｃｕｓ ７
０Ｓリボソームの結晶学的研究において観察した同じ相
対的配向で、大リボソームサブユニット上のＰ部位のｔ
ＲＮＡ分子およびＥ部位のｔＲＮＡ分子を配置すること
は可能である。７０Ｓリボソームにおいて見られる相対
的配置における３つのｔＲＮＡ分子の原子座標は、立体
衝突を避け、そして本発明者らがＡループおよびＰルー
プに結合したことを観察したＣＣＡの位置の近くのＡ部
位のｔＲＮＡおよびＰ部位のｔＲＮＡのアクセプター軸
を配置する様式で、Ｈａｌｏａｒｃｕｌａ ｍａｒｉｓ
ｍｏｒｔｕｉの大リボソームサブユニット上にドッキン
グされ得る（図１８を参照のこと）。ヌクレオチドＣ７
４およびＣ７５が７．８Åのリボソーム地図においてこ
となる立体配座でモデル化されたが、Ａ部位およびＰ部
位の両方におけるＣＣＡ由来のＣ７４残基が、モデル化
された残基７３を通してドッキングされたＡ部位のｔＲ
ＮＡおよびＰ部位のｔＲＮＡの残基７２に接続され得、
そしてｔＲＮＡ分子は、サブユニットの表面上に良好に
整合するようである。予想外に、このモデリングは、３
つのリボソームタンパク質に極めて近接して、ｔＲＮＡ
分子を結合したＥ部位、Ｐ部位およびＡ部位を配置す
る。タンパク質Ｌ５およびＬ１０ｅは、Ｐ部位およびＡ
部位においてｔＲＮＡに近接する。これらのタンパク質
の両方はまた、５Ｓ ｒＲＮＡと相互作用するので、こ
の知見は、５Ｓ ｒＲＮＡおよびこの会合したタンパク
質のいくつかが、ｔＲＮＡを結合したリボソームの位置
決定の安定化を助け得る可能性を引き上げ、そして５Ｓ
ｒＲＮＡが、リボソーム活性を増強する事実に矛盾し
ないが、この活性に完全に不可欠なわけではない（Ｍｏ
ｏｒｅ，Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡ＆Ｓｔｒｕｃｔｕ
ｒｅ，Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａ
ｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂｉ
ｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（１９９６）、前出、１９９−２
３６頁）。タンパク質Ｌ４４ｅは、Ｅ部位のｔＲＮＡと
相互作用するようであり、そしてＥ部位活性に寄与し得
る。このドッキング実験に従って、Ａ部位のｔＲＮＡ
は、高度に保存されたステム−ループ２５０２−２５１
８（２４６７−２４８３）と相互作用し、このステム−
ループは、Ｌ１０ｅとともに、Ｔ軸上でｔＲＮＡと接触
する大きな凹状表面を形成し、ＥＦ−Ｔｕによって利用
される全く同じ結合部位を利用する（Ｇｕｔｅｌｌら
（２０００）前出）。
【０１８３】Ａ部位およびＰ部位に結合したＣＣＡと、
結合したｔＲＮＡとの間の関係ならびにその相互作用に
ついての試験はまた、移動へのいくつかの洞察を導く。
新規のペプチド結合の形成およびＰ部位のｔＲＮＡの脱
アシル化の直後に、Ｐ部位のｔＲＮＡのアクセプター末
端がＥ部位へ移動し、そしてＡ部位のｔＲＮＡのアクセ
プター末端がＰ部位へ移動することが公知である（Ｂｌ
ｏｂｅｌら（１９７０）Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．４
５：１３０−１４５）。大サブユニット上の３つのｔＲ
ＮＡ分子の近似モデリングは、このプロセスへのいくつ
かの可能な寄与を示唆する。第一に、Ｐ部位のｔＲＮＡ
とＰループとの間に２つの塩基対が存在し、そしてＡ部
位とＡループとの間に１つの塩基対のみが存在する。Ａ
部位からＰ部位への移動が、塩基対形成を増加するが、
脱アシル化されたＰ部位のｔＲＮＡのＥ部位への同時に
生ずる誘引であるはずである。さらに、ＣＣＡは、１８
０°回転によって関連づけられ、一方、結合するｔＲＮ
Ａは、関連づけられない。従って、アクセプター軸への
ＣＣＡの関係は、両方の部位において同一であり得ず、
そして等しく安定ではないかもしれない。Ａ部位のｔＲ
ＮＡの立体配座が、より安定でない場合、次いで、Ａ部
位からＰ部位へのｔＲＮＡの移動は、エネルギー的に有
利であり得る。
結合したｔＲＮＡとの間の関係ならびにその相互作用に
ついての試験はまた、移動へのいくつかの洞察を導く。
新規のペプチド結合の形成およびＰ部位のｔＲＮＡの脱
アシル化の直後に、Ｐ部位のｔＲＮＡのアクセプター末
端がＥ部位へ移動し、そしてＡ部位のｔＲＮＡのアクセ
プター末端がＰ部位へ移動することが公知である（Ｂｌ
ｏｂｅｌら（１９７０）Ｊ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．４
５：１３０−１４５）。大サブユニット上の３つのｔＲ
ＮＡ分子の近似モデリングは、このプロセスへのいくつ
かの可能な寄与を示唆する。第一に、Ｐ部位のｔＲＮＡ
とＰループとの間に２つの塩基対が存在し、そしてＡ部
位とＡループとの間に１つの塩基対のみが存在する。Ａ
部位からＰ部位への移動が、塩基対形成を増加するが、
脱アシル化されたＰ部位のｔＲＮＡのＥ部位への同時に
生ずる誘引であるはずである。さらに、ＣＣＡは、１８
０°回転によって関連づけられ、一方、結合するｔＲＮ
Ａは、関連づけられない。従って、アクセプター軸への
ＣＣＡの関係は、両方の部位において同一であり得ず、
そして等しく安定ではないかもしれない。Ａ部位のｔＲ
ＮＡの立体配座が、より安定でない場合、次いで、Ａ部
位からＰ部位へのｔＲＮＡの移動は、エネルギー的に有
利であり得る。
【０１８４】（６．ポリペプチド出口トンネル）構造か
ら、すべての発生期のポリペプチドが、リボソームから
出る前に、ポリペプチド出口トンネルを通過するようで
ある。なぜなら、他に出口がないようであるからであ
る。本発明者らは、現在、ポリペプチド出口トンネルの
機能についての２つの重要な問題を扱い得る：（１）な
ぜ、発生期のタンパク質は、その壁に付着しないのか。
テフロン（登録商標）は、変性した卵タンパク質に付着
しない驚くべき性質を有する。では、リボソームは、ト
ンネルを通過しなければならない変性したタンパク質の
類似の付着しない表面をどのように獲得したのか。
（２）タンパク質は、トンネル内で任意の程度に折り畳
まれ、リボソームにシャペロン様機能を与えるのか。
ら、すべての発生期のポリペプチドが、リボソームから
出る前に、ポリペプチド出口トンネルを通過するようで
ある。なぜなら、他に出口がないようであるからであ
る。本発明者らは、現在、ポリペプチド出口トンネルの
機能についての２つの重要な問題を扱い得る：（１）な
ぜ、発生期のタンパク質は、その壁に付着しないのか。
テフロン（登録商標）は、変性した卵タンパク質に付着
しない驚くべき性質を有する。では、リボソームは、ト
ンネルを通過しなければならない変性したタンパク質の
類似の付着しない表面をどのように獲得したのか。
（２）タンパク質は、トンネル内で任意の程度に折り畳
まれ、リボソームにシャペロン様機能を与えるのか。
【０１８５】ペプチド合成部位からその出口までのトン
ネルの長さは、約１００Åであり、リボソームによるタ
ンパク質分解性切断から保護される発生期のポリペプチ
ドの長さ（Ｍｏａｚｅｄら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ
３４２：１４２）および出口での抗体認識に必要な最小
限の長さ（Ｐｉｃｋｉｎｇら（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅ
ｍｉｓｔｒｙ ３１：２３６８−２３７５）に大まかに
は矛盾しない。トンネルは、ペプチジルトランスフェラ
ーゼの中央部からの２０〜３５Åの屈曲を除いて、主と
して一直線である（図１９を参照のこと）。この直径
は、最初期および約１５Åの平均直径を有する出口トン
ネルから２８Åの位置でで、最も広い点での約２０Åか
ら狭い点での約１０Åに変化する。ポリペプチド産物が
通過しなければならない最も小さな穴は、αヘリックス
の直径にかろうじて適応するので、αヘリックスの構造
を超えた有意なタンパク質の折り畳みが、リボソームに
おいて生じることは不可能であるようである。
ネルの長さは、約１００Åであり、リボソームによるタ
ンパク質分解性切断から保護される発生期のポリペプチ
ドの長さ（Ｍｏａｚｅｄら（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ
３４２：１４２）および出口での抗体認識に必要な最小
限の長さ（Ｐｉｃｋｉｎｇら（１９９２）Ｂｉｏｃｈｅ
ｍｉｓｔｒｙ ３１：２３６８−２３７５）に大まかに
は矛盾しない。トンネルは、ペプチジルトランスフェラ
ーゼの中央部からの２０〜３５Åの屈曲を除いて、主と
して一直線である（図１９を参照のこと）。この直径
は、最初期および約１５Åの平均直径を有する出口トン
ネルから２８Åの位置でで、最も広い点での約２０Åか
ら狭い点での約１０Åに変化する。ポリペプチド産物が
通過しなければならない最も小さな穴は、αヘリックス
の直径にかろうじて適応するので、αヘリックスの構造
を超えた有意なタンパク質の折り畳みが、リボソームに
おいて生じることは不可能であるようである。
【０１８６】トンネル表面の大半は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
のドメインＩ〜Ｖによって形成されるが、有意な寄与は
また、ＲＮＡ骨格においていくつかの空隙を充填するだ
けでなく、トンネル壁の有意な部分を形成する、タンパ
ク質Ｌ２２、Ｌ４およびＬ３９の非球状領域によってな
される（図１９を参照のこと）。トンネルの表面への最
も大きなタンパク質の誘因は、Ｌ２２であり、Ｌ２２の
長いαヘアピンループは、ドメインＩからドメインＩＶ
のＲＮＡセグメントの間に横たわり、そしてトンネルの
軸にほぼ平行である。他のトンネルタンパク質と異な
り、タンパク質Ｌ３９は、粒子の表面で球状ドメインを
有さず、そしてタンパク質Ｌ２３の下のドメインＩおよ
びＩＩＩにほぼ完全に埋没される。興味深いことに、ト
ンネル壁を形成する２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド
は、主に２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造におけるループ由
来である（図１９を参照のこと）。活性部位からトンネ
ルへ進行するように、発生期のポリペプチドは、ドメイ
ンＩＩおよびドメインＩＶならびにタンパク質Ｌ４およ
びタンパク質Ｌ２２に沿って２０Å続くドメインＶに最
初に出会う。トンネルの最後の半分は、ドメインＩおよ
びＩＩＩならびにタンパク質Ｌ３９ｅによって形成され
る。
のドメインＩ〜Ｖによって形成されるが、有意な寄与は
また、ＲＮＡ骨格においていくつかの空隙を充填するだ
けでなく、トンネル壁の有意な部分を形成する、タンパ
ク質Ｌ２２、Ｌ４およびＬ３９の非球状領域によってな
される（図１９を参照のこと）。トンネルの表面への最
も大きなタンパク質の誘因は、Ｌ２２であり、Ｌ２２の
長いαヘアピンループは、ドメインＩからドメインＩＶ
のＲＮＡセグメントの間に横たわり、そしてトンネルの
軸にほぼ平行である。他のトンネルタンパク質と異な
り、タンパク質Ｌ３９は、粒子の表面で球状ドメインを
有さず、そしてタンパク質Ｌ２３の下のドメインＩおよ
びＩＩＩにほぼ完全に埋没される。興味深いことに、ト
ンネル壁を形成する２３Ｓ ｒＲＮＡのヌクレオチド
は、主に２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造におけるループ由
来である（図１９を参照のこと）。活性部位からトンネ
ルへ進行するように、発生期のポリペプチドは、ドメイ
ンＩＩおよびドメインＩＶならびにタンパク質Ｌ４およ
びタンパク質Ｌ２２に沿って２０Å続くドメインＶに最
初に出会う。トンネルの最後の半分は、ドメインＩおよ
びＩＩＩならびにタンパク質Ｌ３９ｅによって形成され
る。
【０１８７】トンネルの最も狭い部分は、トンネルの反
対側からトンネルに接近するタンパク質Ｌ２２およびＬ
４によって形成され、門を備えられた開口部のようなも
のを形成する（図１９Ｃを参照のこと）。この緊縮の機
能は、たとえあったにしても、明らかではない。発生期
の鎖の性質が検知され、そして情報が、おそらくＬ２２
またはＬ４を介して粒子の表面に伝達される場所であり
得る。この穴の部位のＬ２２のαヘアピンおよびこれと
相互作用する２３Ｓ ｒＲＮＡは、高度に保存されてい
る；この球状部分は、タンパク質分泌の間にトランスロ
コンに面するはずである表面上の出口トンネルに近接し
て位置する（図１９を参照のこと）。
対側からトンネルに接近するタンパク質Ｌ２２およびＬ
４によって形成され、門を備えられた開口部のようなも
のを形成する（図１９Ｃを参照のこと）。この緊縮の機
能は、たとえあったにしても、明らかではない。発生期
の鎖の性質が検知され、そして情報が、おそらくＬ２２
またはＬ４を介して粒子の表面に伝達される場所であり
得る。この穴の部位のＬ２２のαヘアピンおよびこれと
相互作用する２３Ｓ ｒＲＮＡは、高度に保存されてい
る；この球状部分は、タンパク質分泌の間にトランスロ
コンに面するはずである表面上の出口トンネルに近接し
て位置する（図１９を参照のこと）。
【０１８８】トンネル壁の「付着しない」特徴は、遭遇
する任意のタンパク質配列または構造への構造相補性お
よび極性相補性の欠失を反映するはずである。トンネル
表面は、主として親水性であり、そして塩基、リン酸基
骨格および極性タンパク質側鎖由来の露出した水素結合
基を含む（図１９を参照のこと）。同様に、トンネルに
面する多くの疎水性基（糖、塩基、タンパク質側鎖）が
存在するが、発生期のポリペプチドにおける疎水性配列
のための有意な結合部位を形成するに十分大きな疎水性
表面の断片は存在しない。トンネルは、直径約２０Åで
あり、そして水で満たされ、そして新たに合成されたポ
リペプチドが、おそらく自由に可動するため、トンネル
壁へのペプチドの結合は、７００Åを超える大きな相補
的相互作用表面によって補われるべきエントロピーの大
損失を生じる（Ｃｈｏｔｈｉａら（１９７５）Ｎａｔｕ
ｒｅ ２５６：７０５−７０８）。同様に、発生期のペ
プチド由来のＡｒｇおよびＬｙｓ側鎖が、実際に、トン
ネルに露出されたリン酸基と相互作用し得るが、結合し
た対イオンを置換した後に得られる構造相補性および正
味の結合エネルギーの程度は、ペプチド結合に起因する
固定の不利なエントロピーを克服するには小さすぎるは
ずである。従って、リボソームトンネルは主としてＲＮ
Ａから形成されるが、その表面の性質は、非結合立体配
座でのシャペロニン（ＧｒｏＥＬ）の内部表面を連想さ
せる（Ｘｕら（１９９８）Ｊ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏ
ｌ．１２４：１２９−１４１）。大きな疎水性表面を露
出する立体配座においてのみ、ＧｒｏＥＬは変性したタ
ンパク質を結合する。
する任意のタンパク質配列または構造への構造相補性お
よび極性相補性の欠失を反映するはずである。トンネル
表面は、主として親水性であり、そして塩基、リン酸基
骨格および極性タンパク質側鎖由来の露出した水素結合
基を含む（図１９を参照のこと）。同様に、トンネルに
面する多くの疎水性基（糖、塩基、タンパク質側鎖）が
存在するが、発生期のポリペプチドにおける疎水性配列
のための有意な結合部位を形成するに十分大きな疎水性
表面の断片は存在しない。トンネルは、直径約２０Åで
あり、そして水で満たされ、そして新たに合成されたポ
リペプチドが、おそらく自由に可動するため、トンネル
壁へのペプチドの結合は、７００Åを超える大きな相補
的相互作用表面によって補われるべきエントロピーの大
損失を生じる（Ｃｈｏｔｈｉａら（１９７５）Ｎａｔｕ
ｒｅ ２５６：７０５−７０８）。同様に、発生期のペ
プチド由来のＡｒｇおよびＬｙｓ側鎖が、実際に、トン
ネルに露出されたリン酸基と相互作用し得るが、結合し
た対イオンを置換した後に得られる構造相補性および正
味の結合エネルギーの程度は、ペプチド結合に起因する
固定の不利なエントロピーを克服するには小さすぎるは
ずである。従って、リボソームトンネルは主としてＲＮ
Ａから形成されるが、その表面の性質は、非結合立体配
座でのシャペロニン（ＧｒｏＥＬ）の内部表面を連想さ
せる（Ｘｕら（１９９８）Ｊ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏ
ｌ．１２４：１２９−１４１）。大きな疎水性表面を露
出する立体配座においてのみ、ＧｒｏＥＬは変性したタ
ンパク質を結合する。
【０１８９】トンネルからの出口に位置する６つのタン
パク質（Ｌ１９、Ｌ２２、Ｌ２３、Ｌ２４、Ｌ２９およ
びＬ３１ｅ）が存在し、タンパク質分泌の間に、リボソ
ームとドッキングするトランスロコンに面する。プロテ
アーゼによるタンパク質の広範な消化の後でさえ、リボ
ソームがトランスロコンを結合する証拠が存在し、これ
は、トランスロコンとリボソームとの間の相互作用が、
ＲＮＡによって媒介されることを意味する。しかし、ト
ランスロコンへのこれらのタンパク質の近接は、たとえ
あるにしても、タンパク質分泌プロセスにおける役割を
果たし得るという役割について疑問を抱かせる。Ｄｏｂ
ｂｅｒｓｔｅｉｎ研究室からの最近のデータは、ＳＲＰ
５４のＮ末端ドメイン（シグナルペプチド結合に関与す
るシグナル認識粒子由来のＧタンパク質）が、リボソー
ムタンパク質Ｌ２３およびＬ２９と架橋し得ることを示
す。これらの２つのタンパク質は、互いに近接し、そし
てトンネル出口に位置する（図１９を参照のこと）。
パク質（Ｌ１９、Ｌ２２、Ｌ２３、Ｌ２４、Ｌ２９およ
びＬ３１ｅ）が存在し、タンパク質分泌の間に、リボソ
ームとドッキングするトランスロコンに面する。プロテ
アーゼによるタンパク質の広範な消化の後でさえ、リボ
ソームがトランスロコンを結合する証拠が存在し、これ
は、トランスロコンとリボソームとの間の相互作用が、
ＲＮＡによって媒介されることを意味する。しかし、ト
ランスロコンへのこれらのタンパク質の近接は、たとえ
あるにしても、タンパク質分泌プロセスにおける役割を
果たし得るという役割について疑問を抱かせる。Ｄｏｂ
ｂｅｒｓｔｅｉｎ研究室からの最近のデータは、ＳＲＰ
５４のＮ末端ドメイン（シグナルペプチド結合に関与す
るシグナル認識粒子由来のＧタンパク質）が、リボソー
ムタンパク質Ｌ２３およびＬ２９と架橋し得ることを示
す。これらの２つのタンパク質は、互いに近接し、そし
てトンネル出口に位置する（図１９を参照のこと）。
【０１９０】（７．進化）ＲＮＡオリゴヌクレオチドの
インビトロ進化は、Ｙａｒｕｓインヒビターのような分
子を効果的に結合し得るか、またはペプチド転移反応を
触媒し得る小ＲＮＡ分子を生成した（Ｚｈａｕｇら（１
９９８）Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．５：５３９−５５３；Ｗ
ｅｌｃｈら（１９９７）前出）。これらの分泌ＲＮＡの
配列および二次構造は、２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＶ
におけるペプチジルトランスフェラーゼループを連想さ
せる（Ｚｈａｕｇら（１９９８）前出）。最も著しい類
似性は、触媒Ａ２４８６、Ｇ２４８２およびＡ２４８５
の埋没したリン酸基を含むドメインＶの配列に同一の５
つのヌクレオチド配列である。著しく、リボソームにお
けるＡ２４８６の活性化についての提唱された電荷リレ
ー系に関与するすべての基は、インビトロで選択された
リボザイムに存在する。従って、周囲の構造状況は異な
るようであるが、この人工的に進化したリボザイムが、
アデニンのｐＫａを変換するためのリボソームおよびペ
プチド合成のための塩基と同じ機構を使用することは、
もっともであるようである。第二のＲＮＡ（Ｗｅｌｃｈ
ら（１９９７）前出）は、ペプチジルトランスフェラー
ゼループの同一の領域に見出された９つの塩基配列を含
む１２のヌクレオチドループを含む。
インビトロ進化は、Ｙａｒｕｓインヒビターのような分
子を効果的に結合し得るか、またはペプチド転移反応を
触媒し得る小ＲＮＡ分子を生成した（Ｚｈａｕｇら（１
９９８）Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．５：５３９−５５３；Ｗ
ｅｌｃｈら（１９９７）前出）。これらの分泌ＲＮＡの
配列および二次構造は、２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＶ
におけるペプチジルトランスフェラーゼループを連想さ
せる（Ｚｈａｕｇら（１９９８）前出）。最も著しい類
似性は、触媒Ａ２４８６、Ｇ２４８２およびＡ２４８５
の埋没したリン酸基を含むドメインＶの配列に同一の５
つのヌクレオチド配列である。著しく、リボソームにお
けるＡ２４８６の活性化についての提唱された電荷リレ
ー系に関与するすべての基は、インビトロで選択された
リボザイムに存在する。従って、周囲の構造状況は異な
るようであるが、この人工的に進化したリボザイムが、
アデニンのｐＫａを変換するためのリボソームおよびペ
プチド合成のための塩基と同じ機構を使用することは、
もっともであるようである。第二のＲＮＡ（Ｗｅｌｃｈ
ら（１９９７）前出）は、ペプチジルトランスフェラー
ゼループの同一の領域に見出された９つの塩基配列を含
む１２のヌクレオチドループを含む。
【０１９１】リボソームのペプチジルトランスフェラー
ゼ活性部位に見出された重要な触媒エレメントを含む配
列と、ペプチジルトランスフェラーゼを触媒し得る小Ｒ
ＮＡドメインの出現を明らかにする関連した活性を有す
るインビトロで選択されたＲＮＡの配列との間の類似性
は、リボソームでのタンパク質合成の進化のもっともら
しい第一の工程であった。この始源的なペプチド合成酵
素によって構成される第一のペプチドは、ランダムポリ
マーまたはコポリマーであり得、そしてアミノアシル化
ＣＣＡと同じくらい単純な基質とともに機能し得る。２
３Ｓ ｒＲＮＡとともに折り畳まれる非球状伸長を形成
することが観察された型の基本的なペプチドは、機能的
に有用である合成された第一のペプチドの中にある。こ
のようなペプチドは、今日のリボソームのより複雑化さ
れたペプチドが、プロトリボソームおよび他の初期のリ
ボソームの安定性を増大し得るように、プロトリボソー
ム（ｐｒｏｔｏｒｉｂｏｓｏｍｅ）および他の初期のリ
ボソームの安定性を増大し得る。
ゼ活性部位に見出された重要な触媒エレメントを含む配
列と、ペプチジルトランスフェラーゼを触媒し得る小Ｒ
ＮＡドメインの出現を明らかにする関連した活性を有す
るインビトロで選択されたＲＮＡの配列との間の類似性
は、リボソームでのタンパク質合成の進化のもっともら
しい第一の工程であった。この始源的なペプチド合成酵
素によって構成される第一のペプチドは、ランダムポリ
マーまたはコポリマーであり得、そしてアミノアシル化
ＣＣＡと同じくらい単純な基質とともに機能し得る。２
３Ｓ ｒＲＮＡとともに折り畳まれる非球状伸長を形成
することが観察された型の基本的なペプチドは、機能的
に有用である合成された第一のペプチドの中にある。こ
のようなペプチドは、今日のリボソームのより複雑化さ
れたペプチドが、プロトリボソームおよび他の初期のリ
ボソームの安定性を増大し得るように、プロトリボソー
ム（ｐｒｏｔｏｒｉｂｏｓｏｍｅ）および他の初期のリ
ボソームの安定性を増大し得る。
【０１９２】（Ｃ．２．４Åの分解能、完全な精密化で
の大リボソームサブユニットの原子構造）Ｈａｌｏａｒ
ｃｕｌａ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の大リボソーム
サブユニットの３次元構造が、現在、２．４Åの分解能
で完全に精密化された。モデルは、２８７６個のＲＮＡ
ヌクレオチド、２８個のリボソームタンパク質由来の３
７０１個のアミノ酸、１１７個のマグネシウムイオン、
８８個の一価の陽イオンおよび７８９８個の水分子を含
む。このタンパク質の多くは、表面に露出した球状ドメ
インおよびｒＲＮＡに埋没された１つ以上の塩基性の非
球状伸長からなる。これらのうちの半分は、非リボソー
ムタンパク質に共通のモチーフ（例えば、ＲＲＭドメイ
ン、ＳＨ３様バレルおよびジンクフィンガーを含む）を
含む。有意な配列類似性および構造類似性を有するタン
パク質（例えば、Ｌ１５およびＬ１８ｅ）は、ｒＲＮＡ
との本質的に同一の相互作用を形成する。
の大リボソームサブユニットの原子構造）Ｈａｌｏａｒ
ｃｕｌａ ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の大リボソーム
サブユニットの３次元構造が、現在、２．４Åの分解能
で完全に精密化された。モデルは、２８７６個のＲＮＡ
ヌクレオチド、２８個のリボソームタンパク質由来の３
７０１個のアミノ酸、１１７個のマグネシウムイオン、
８８個の一価の陽イオンおよび７８９８個の水分子を含
む。このタンパク質の多くは、表面に露出した球状ドメ
インおよびｒＲＮＡに埋没された１つ以上の塩基性の非
球状伸長からなる。これらのうちの半分は、非リボソー
ムタンパク質に共通のモチーフ（例えば、ＲＲＭドメイ
ン、ＳＨ３様バレルおよびジンクフィンガーを含む）を
含む。有意な配列類似性および構造類似性を有するタン
パク質（例えば、Ｌ１５およびＬ１８ｅ）は、ｒＲＮＡ
との本質的に同一の相互作用を形成する。
【０１９３】より特に、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの
５０Ｓサブユニットが、ＣＮＳを使用してグラジエント
エネルギー最小化およびＢ因子の継続によって完全に再
形成され、そして精密化された（Ｂｒｕｅｎｇｅｒら
（１９９８）前出）。リボソームタンパク質およびｒＲ
ＮＡは、溶媒および金属イオンのモデリングの前に、２
Ｆｏ−Ｆｃ電子密度地図を用いて、ソフトウェアプログ
ラム「Ｏ」を使用して、完全に再形成された（Ｊｏｎｅ
ｓ，Ｔ．Ａ．ら（１９９１）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌ
ｌｏｇｒ．Ａ４６：１１０−１１９）。タンパク質にお
けるモデリング誤差は、ＰＲＯＣＨＥＣＫを使用して同
定され（Ｌａｓｋｏｗｓｋｉら（１９９３）Ｊ．Ａｐｐ
ｌ．Ｃｒｙｓｔ．２６：２８３−２９１）、そしてＦｏ
−Ｆｃ地図の点検によって同定された。差地図はまた、
ｒＲＮＡにおける誤差の同定を助け、最も頻繁に、糖の
縮み（ｐｕｃｋｅｒ）に関連する。このプロセスにおい
て、アミノ酸の立体配座、配列登録（ｒｅｇｉｓｔｅ
ｒ）および配列それ自体のいくつかの補正が行われた。
行われた配列変化は、直接配列決定されないＨ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の唯一の３つのタンパク質である
Ｌ１０ｅ、Ｌ１５ｅおよびＬ３７Ａｅに主として限定さ
れた。さらに、５１個のアミノ酸が、ＩＩＡ節に記載さ
れたモデルに追加され、これらのうちの４４個は、Ｌ７
／Ｌ１２茎状部およびＬ３９ｅの塩基のＬ１０に由来
し、ポリペプチド出口トンネルの壁の一部分に並べられ
る。ｒＲＮＡ構造に対する補正はほとんど行わなかっ
た。４９個の新規のヌクレオチドが、主に２３Ｓ ｒＲ
ＮＡのドメインＩＩのヘリックス４３および４４におい
てモデル化され、そして精密化された。さらに、糖の縮
みまたはグリコシド結合の立体配座は、いくつかのヌク
レオチドに近接した。精密化プロセスは、モデルならび
にＲ／Ｒｆｒｅｅ値に由来する位相を使用して計算され
た電子密度地図の質によってモニターされた。完全に精
密化されたモデルは、現在、２８７６個のＲＮＡヌクレ
オチド、３７０１個のアミノ酸、２１０個の金属イオン
および７８９８個の水分子を含む。このモデルは、Ｒ／
Ｒｆｒｅｅ値を１８．９％／２２．３％まで精密化し、
そして優れたジオメトリを有する（表４）。
５０Ｓサブユニットが、ＣＮＳを使用してグラジエント
エネルギー最小化およびＢ因子の継続によって完全に再
形成され、そして精密化された（Ｂｒｕｅｎｇｅｒら
（１９９８）前出）。リボソームタンパク質およびｒＲ
ＮＡは、溶媒および金属イオンのモデリングの前に、２
Ｆｏ−Ｆｃ電子密度地図を用いて、ソフトウェアプログ
ラム「Ｏ」を使用して、完全に再形成された（Ｊｏｎｅ
ｓ，Ｔ．Ａ．ら（１９９１）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌ
ｌｏｇｒ．Ａ４６：１１０−１１９）。タンパク質にお
けるモデリング誤差は、ＰＲＯＣＨＥＣＫを使用して同
定され（Ｌａｓｋｏｗｓｋｉら（１９９３）Ｊ．Ａｐｐ
ｌ．Ｃｒｙｓｔ．２６：２８３−２９１）、そしてＦｏ
−Ｆｃ地図の点検によって同定された。差地図はまた、
ｒＲＮＡにおける誤差の同定を助け、最も頻繁に、糖の
縮み（ｐｕｃｋｅｒ）に関連する。このプロセスにおい
て、アミノ酸の立体配座、配列登録（ｒｅｇｉｓｔｅ
ｒ）および配列それ自体のいくつかの補正が行われた。
行われた配列変化は、直接配列決定されないＨ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の唯一の３つのタンパク質である
Ｌ１０ｅ、Ｌ１５ｅおよびＬ３７Ａｅに主として限定さ
れた。さらに、５１個のアミノ酸が、ＩＩＡ節に記載さ
れたモデルに追加され、これらのうちの４４個は、Ｌ７
／Ｌ１２茎状部およびＬ３９ｅの塩基のＬ１０に由来
し、ポリペプチド出口トンネルの壁の一部分に並べられ
る。ｒＲＮＡ構造に対する補正はほとんど行わなかっ
た。４９個の新規のヌクレオチドが、主に２３Ｓ ｒＲ
ＮＡのドメインＩＩのヘリックス４３および４４におい
てモデル化され、そして精密化された。さらに、糖の縮
みまたはグリコシド結合の立体配座は、いくつかのヌク
レオチドに近接した。精密化プロセスは、モデルならび
にＲ／Ｒｆｒｅｅ値に由来する位相を使用して計算され
た電子密度地図の質によってモニターされた。完全に精
密化されたモデルは、現在、２８７６個のＲＮＡヌクレ
オチド、３７０１個のアミノ酸、２１０個の金属イオン
および７８９８個の水分子を含む。このモデルは、Ｒ／
Ｒｆｒｅｅ値を１８．９％／２２．３％まで精密化し、
そして優れたジオメトリを有する（表４）。
【０１９４】溶媒のモデリングは、ＣＮＳを使用した自
動ピーク選択によって得られる可能なマグネシウムイオ
ンのリストの生成から始めた。Ｎ原子またはＯ原子から
のマグネシウムの球内（ｉｎｎｎｅｒ−ｓｐｈｅｒｅ）
座標距離が１．９〜２．１Å内で配置されるＦｏ−Ｆｃ
地図において、３．５σを超えるピークが選択された。
得られたリストを手動で調べ、そして明らかに八面体の
座標ジオメトリを示すピークのみを、マグネシウムとし
て選択した。
動ピーク選択によって得られる可能なマグネシウムイオ
ンのリストの生成から始めた。Ｎ原子またはＯ原子から
のマグネシウムの球内（ｉｎｎｎｅｒ−ｓｐｈｅｒｅ）
座標距離が１．９〜２．１Å内で配置されるＦｏ−Ｆｃ
地図において、３．５σを超えるピークが選択された。
得られたリストを手動で調べ、そして明らかに八面体の
座標ジオメトリを示すピークのみを、マグネシウムとし
て選択した。
【０１９５】一価の陽イオンを、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉ５０Ｓサブユニットのルビジウム浸漬結晶とＨ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ５０Ｓサブユニットのネイティ
ブ結晶との間の同形性の差異に基づいて同定した。ネイ
ティブ結晶は、１．６Ｍ ＮａＣｌの存在下で安定なの
で、これらの部位は、Ｎａ＋１として最初にモデル化さ
れ、そして精密化された。Ｋ＋１としてのこれらの部位
の精密化は、ほぼ常に、異常に高い温度因子を生じ、本
発明者らがＫ＋１をモデル化した場合に２つの例外を伴
った。５０Ｓサブユニットの大半の一価の部位は、本発
明者らの結晶中で、Ｎａ＋１によって占有されるようで
あるが、これらの部位は、インビボではＫ＋１によって
占有されるようである。
ｔｕｉ５０Ｓサブユニットのルビジウム浸漬結晶とＨ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ５０Ｓサブユニットのネイティ
ブ結晶との間の同形性の差異に基づいて同定した。ネイ
ティブ結晶は、１．６Ｍ ＮａＣｌの存在下で安定なの
で、これらの部位は、Ｎａ＋１として最初にモデル化さ
れ、そして精密化された。Ｋ＋１としてのこれらの部位
の精密化は、ほぼ常に、異常に高い温度因子を生じ、本
発明者らがＫ＋１をモデル化した場合に２つの例外を伴
った。５０Ｓサブユニットの大半の一価の部位は、本発
明者らの結晶中で、Ｎａ＋１によって占有されるようで
あるが、これらの部位は、インビボではＫ＋１によって
占有されるようである。
【０１９６】水は、Ｆｏ−Ｆｃ電子密度地図において、
３．５σを超え、そしてＯ原子またはＮ原子の２．５Å
と３．３Åとの間のピークとして選択された。個々のＢ
因子値は、水分子の割当てを評価するために使用され
た。多くの水が、周囲のＲＮＡおよびタンパク質原子よ
りも有意に低いＢ因子まで精密化された。多くの場合、
これらのピークは、金属イオンまたは塩化イオンである
ことが見出された。少数の低いＢ因子の水分子が、最終
モデルにおいて保持された。なぜなら、これらの水分子
は、他の種のように明白に割当てられないからである。
添加した金属イオンおよび水分子の結果として、最終モ
デルは、現在９８，５４７個の非水素原子を含む。大リ
ボソームサブユニットの精密化およびモデル統計を、表
４に要約する。
３．５σを超え、そしてＯ原子またはＮ原子の２．５Å
と３．３Åとの間のピークとして選択された。個々のＢ
因子値は、水分子の割当てを評価するために使用され
た。多くの水が、周囲のＲＮＡおよびタンパク質原子よ
りも有意に低いＢ因子まで精密化された。多くの場合、
これらのピークは、金属イオンまたは塩化イオンである
ことが見出された。少数の低いＢ因子の水分子が、最終
モデルにおいて保持された。なぜなら、これらの水分子
は、他の種のように明白に割当てられないからである。
添加した金属イオンおよび水分子の結果として、最終モ
デルは、現在９８，５４７個の非水素原子を含む。大リ
ボソームサブユニットの精密化およびモデル統計を、表
４に要約する。
【０１９７】
【表６】
【０１９８】
【表７】
【０１９９】精密化はまた、２３Ｓ ｒＲＮＡのＬ１
０、Ｌ３９ｅおよびＬ１１結合部位のさらなるモデリン
グを可能にした。さらに、特定のモチーフ（例えば、Ｒ
ＲＭトポロジー、ＳＨ３様バレルおよびジンクフィンガ
ー）が、５０Ｓタンパク質に共通であり、そして各々
は、多くの異なる様式で、ｒＲＮＡを認識することが発
見された。しかし、有意な３次元相同性（例えば、Ｌ１
５およびＬ１８ｅ、ならびにＬ１８およびＳ１１）を有
するタンパク質は、ｒＲＮＡとの本質的に同一の相互作
用を形成する。５０Ｓタンパク質と非リボソームタンパ
ク質との間のさらなる構造相同性もまた、明らかであ
る。これらの球状タンパク質ドメインの溶媒に露出した
表面は、アスパラギン酸残基およびグルタミン酸残基に
富むが、不規則なタンパク質伸長は、リボソームのＲＮ
Ａのコアを貫通する。これらの伸長は、頻繁に高度に保
存され、そしてアルギニン、リシンおよびグリシン残基
がこれらの伸長に豊富であることは、この伸長の機能に
重要である。集合的に、結果は、多くのリボソームタン
パク質間の進化的関連を示し、そして高度に特異的であ
るが、リボソームにおけるタンパク質−ＲＮＡ相互作用
がいくつかの共通の原理を共有することを説明する。
０、Ｌ３９ｅおよびＬ１１結合部位のさらなるモデリン
グを可能にした。さらに、特定のモチーフ（例えば、Ｒ
ＲＭトポロジー、ＳＨ３様バレルおよびジンクフィンガ
ー）が、５０Ｓタンパク質に共通であり、そして各々
は、多くの異なる様式で、ｒＲＮＡを認識することが発
見された。しかし、有意な３次元相同性（例えば、Ｌ１
５およびＬ１８ｅ、ならびにＬ１８およびＳ１１）を有
するタンパク質は、ｒＲＮＡとの本質的に同一の相互作
用を形成する。５０Ｓタンパク質と非リボソームタンパ
ク質との間のさらなる構造相同性もまた、明らかであ
る。これらの球状タンパク質ドメインの溶媒に露出した
表面は、アスパラギン酸残基およびグルタミン酸残基に
富むが、不規則なタンパク質伸長は、リボソームのＲＮ
Ａのコアを貫通する。これらの伸長は、頻繁に高度に保
存され、そしてアルギニン、リシンおよびグリシン残基
がこれらの伸長に豊富であることは、この伸長の機能に
重要である。集合的に、結果は、多くのリボソームタン
パク質間の進化的関連を示し、そして高度に特異的であ
るが、リボソームにおけるタンパク質−ＲＮＡ相互作用
がいくつかの共通の原理を共有することを説明する。
【０２００】（Ｄ．抗生物質結合部位）前述の構造研究
に加えて、９つの異なる抗生物質の各々と複合体化した
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの大リボソームサブユニッ
トの構造が決定された。より特に、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉの大リボソームサブユニットの結晶を、以下の
抗生物質のうちの一つに浸漬した：アニソマイシン、ブ
ラスチシジン、カルボマイシンＡ、チロシン、スパルソ
マイシン、ヴァージニアマイシンＭ、スピラマイシン、
アジスロマイシン、リネゾリド、またはエリスロマイシ
ン。次いで、各々の抗生物質と複合体化した大リボソー
ムサブユニットの構造は、各々の結晶について生成され
たＸ線回折データに基づいて解明された。
に加えて、９つの異なる抗生物質の各々と複合体化した
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの大リボソームサブユニッ
トの構造が決定された。より特に、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉの大リボソームサブユニットの結晶を、以下の
抗生物質のうちの一つに浸漬した：アニソマイシン、ブ
ラスチシジン、カルボマイシンＡ、チロシン、スパルソ
マイシン、ヴァージニアマイシンＭ、スピラマイシン、
アジスロマイシン、リネゾリド、またはエリスロマイシ
ン。次いで、各々の抗生物質と複合体化した大リボソー
ムサブユニットの構造は、各々の結晶について生成され
たＸ線回折データに基づいて解明された。
【０２０１】手短に言えば、少量の濃縮された抗生物質
溶液を、安定化溶液中で懸濁された大サブユニットの結
晶に添加し、そして数時間インキュベートした。通常、
実験使用のためのこのような結晶を調製するために使用
される凍結手順およびその他の手順の後に、Ｘ線回折デ
ータは、結晶を含む抗生物質から収集された。結晶は、
上記の構造に由来する結晶に同形なので、ネイティブ結
晶について得られた位相は、抗生物質に浸漬された結晶
から得られた回折強度と組み合わされ、抗生物質に浸漬
された結晶構造を得る。結晶中の結合した抗生物質の位
置は、差電子密度地図において最も明瞭に示され、この
差電子密度地図は、抗生物質を含む結晶の振幅（適切に
スケーリングされた）から、抗生物質を含む結晶の振幅
を減ずることによって得られる振幅とまさにいわれる位
相を使用して計算された電子密度地図である。上述の方
法を使用することによって、大リボソームサブユニット
内の特定の抗生物質と結合部位との間の空間的関係を示
す原子座標を決定することが可能であった。類似の方法
が、大リボソームサブユニットと複合体化した他の抗生
物質の構造を解明するために使用され得ることが意図さ
れる。
溶液を、安定化溶液中で懸濁された大サブユニットの結
晶に添加し、そして数時間インキュベートした。通常、
実験使用のためのこのような結晶を調製するために使用
される凍結手順およびその他の手順の後に、Ｘ線回折デ
ータは、結晶を含む抗生物質から収集された。結晶は、
上記の構造に由来する結晶に同形なので、ネイティブ結
晶について得られた位相は、抗生物質に浸漬された結晶
から得られた回折強度と組み合わされ、抗生物質に浸漬
された結晶構造を得る。結晶中の結合した抗生物質の位
置は、差電子密度地図において最も明瞭に示され、この
差電子密度地図は、抗生物質を含む結晶の振幅（適切に
スケーリングされた）から、抗生物質を含む結晶の振幅
を減ずることによって得られる振幅とまさにいわれる位
相を使用して計算された電子密度地図である。上述の方
法を使用することによって、大リボソームサブユニット
内の特定の抗生物質と結合部位との間の空間的関係を示
す原子座標を決定することが可能であった。類似の方法
が、大リボソームサブユニットと複合体化した他の抗生
物質の構造を解明するために使用され得ることが意図さ
れる。
【０２０２】アニソマイシンと複合体化した大リボソー
ムサブユニットの原子座標を、ファイル名ａｎｉｓｏｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディスク
番号１に表で列挙される（より精密化されたセットが、
コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名ＡＮ
ＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢの下に表で示されており、そして
これは、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎ
ｋに登録番号ＰＤＢＩＤ：１Ｋ７３の下で登録されてい
る）。さらに、図２０は、抗生物質アニソマイシンと大
リボソームサブユニットとの間の空間的関係を示す。
ムサブユニットの原子座標を、ファイル名ａｎｉｓｏｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディスク
番号１に表で列挙される（より精密化されたセットが、
コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名ＡＮ
ＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢの下に表で示されており、そして
これは、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎ
ｋに登録番号ＰＤＢＩＤ：１Ｋ７３の下で登録されてい
る）。さらに、図２０は、抗生物質アニソマイシンと大
リボソームサブユニットとの間の空間的関係を示す。
【０２０３】ブラスチシジンと複合体化した大リボソー
ムサブユニットの原子座標を、ファイル名ｂｌａｓｔｃ
ｉｄｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディスク
番号１に表で列挙される（より精密化されたセットが、
コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名ＢＬ
ＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢの下に表で示されており、そして
これは、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎ
ｋに登録番号ＰＤＢＩＤ：１ＫＣ８の下で登録されてい
る）。図２１は、抗生物質ブラスチシジンと大リボソー
ムサブユニットとの間の空間的関係を示す。配向につい
ては、図２１はまた、Ｐ部位の基質を含む。
ムサブユニットの原子座標を、ファイル名ｂｌａｓｔｃ
ｉｄｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディスク
番号１に表で列挙される（より精密化されたセットが、
コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名ＢＬ
ＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢの下に表で示されており、そして
これは、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎ
ｋに登録番号ＰＤＢＩＤ：１ＫＣ８の下で登録されてい
る）。図２１は、抗生物質ブラスチシジンと大リボソー
ムサブユニットとの間の空間的関係を示す。配向につい
ては、図２１はまた、Ｐ部位の基質を含む。
【０２０４】カルボマイシンＡと複合体化した大リボソ
ームサブユニットの原子座標を、ファイル名ｃａｒｂｏ
ｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディス
ク番号１に表で列挙される（より精密化されたセット
が、コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名
ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢの下に表で示されており、そ
してこれは、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂ
ａｎｋに登録番号ＰＤＢＩＤ：１Ｋ８Ａの下で登録され
ている）。図２２は、抗生物質カルボマイシンＡと大リ
ボソームサブユニットとの間の空間的関係を示す。図２
２はまた、ポリペプチド出口トンネルの一部分を示す。
ームサブユニットの原子座標を、ファイル名ｃａｒｂｏ
ｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディス
ク番号１に表で列挙される（より精密化されたセット
が、コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名
ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢの下に表で示されており、そ
してこれは、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂ
ａｎｋに登録番号ＰＤＢＩＤ：１Ｋ８Ａの下で登録され
ている）。図２２は、抗生物質カルボマイシンＡと大リ
ボソームサブユニットとの間の空間的関係を示す。図２
２はまた、ポリペプチド出口トンネルの一部分を示す。
【０２０５】チロシンと複合体化した大リボソームサブ
ユニットの原子座標を、ファイル名ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐ
ｄｂの下でコンパクトディスクのディスク番号１に表で
列挙される（より精密化されたセットが、コンパクトデ
ィスクのディスク番号１にファイル名ＴＹＬＯＳＩＮ．
ＰＤＢの下に表で示されており、そしてこれは、ＲＣＳ
Ｂ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに登録番号Ｐ
ＤＢ ＩＤ：１Ｋ９Ｍの下で登録されている）。図２２
は、抗生物質チロシンと大リボソームサブユニットとの
間の空間的関係を示す。図２２はまた、ポリペプチド出
口トンネルの一部分を示す。
ユニットの原子座標を、ファイル名ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐ
ｄｂの下でコンパクトディスクのディスク番号１に表で
列挙される（より精密化されたセットが、コンパクトデ
ィスクのディスク番号１にファイル名ＴＹＬＯＳＩＮ．
ＰＤＢの下に表で示されており、そしてこれは、ＲＣＳ
Ｂ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに登録番号Ｐ
ＤＢ ＩＤ：１Ｋ９Ｍの下で登録されている）。図２２
は、抗生物質チロシンと大リボソームサブユニットとの
間の空間的関係を示す。図２２はまた、ポリペプチド出
口トンネルの一部分を示す。
【０２０６】スパルソマイシンと複合体化した大リボソ
ームサブユニットの原子座標を、ファイル名ｓｐａｒｓ
ｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディ
スク番号１に表で列挙される（より精密化されたセット
が、コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名
ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢの下に表で示されている）。
図２３は、抗生物質スパルソマイシンと大リボソームサ
ブユニットとの間の空間的関係を示す。配向について
は、図２３はまた、Ｐ部位の基質を示す。
ームサブユニットの原子座標を、ファイル名ｓｐａｒｓ
ｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディ
スク番号１に表で列挙される（より精密化されたセット
が、コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名
ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢの下に表で示されている）。
図２３は、抗生物質スパルソマイシンと大リボソームサ
ブユニットとの間の空間的関係を示す。配向について
は、図２３はまた、Ｐ部位の基質を示す。
【０２０７】ヴァージニアマイシンＭと複合体化した大
リボソームサブユニットの原子座標を、ファイル名ｖｉ
ｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディ
スクのディスク番号１に表で列挙される（より精密化さ
れたセットが、コンパクトディスクのディスク番号１に
ファイル名ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢの下に表で示され
ている）。図２４は、抗生物質ヴァージニアマイシンＭ
ならびにカルボマイシンＡと大リボソームサブユニット
との間の空間的関係を示す。
リボソームサブユニットの原子座標を、ファイル名ｖｉ
ｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディ
スクのディスク番号１に表で列挙される（より精密化さ
れたセットが、コンパクトディスクのディスク番号１に
ファイル名ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢの下に表で示され
ている）。図２４は、抗生物質ヴァージニアマイシンＭ
ならびにカルボマイシンＡと大リボソームサブユニット
との間の空間的関係を示す。
【０２０８】スピラマイシンと複合体化した大リボソー
ムサブユニットの原子座標を、ファイル名ｓｐｉｒａｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディスク
番号１に表で列挙される（より精密化されたセットが、
コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名ＳＰ
ＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢの下に表で示されており、そして
これは、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎ
ｋに登録番号ＰＤＢＩＤ：１ＫＤ１の下で登録されてい
る）。図２５は、抗生物質スピラマイシンと大リボソー
ムサブユニットとの間の空間的関係を示す。
ムサブユニットの原子座標を、ファイル名ｓｐｉｒａｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのディスク
番号１に表で列挙される（より精密化されたセットが、
コンパクトディスクのディスク番号１にファイル名ＳＰ
ＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢの下に表で示されており、そして
これは、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎ
ｋに登録番号ＰＤＢＩＤ：１ＫＤ１の下で登録されてい
る）。図２５は、抗生物質スピラマイシンと大リボソー
ムサブユニットとの間の空間的関係を示す。
【０２０９】アジスロマイシンと複合体化した大リボソ
ームサブユニットの原子座標を、ファイル名ＡＺＩＴＨ
ＲＯＭ．ＰＤＢの下でコンパクトディスクのディスク番
号１に表で列挙される（より精密化されたセットが、コ
ンパクトディスクのディスク番号１にファイル名ａｚｉ
ｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下に表で示されてい
る）。図２６は、抗生物質アジスロマイシンと大リボソ
ームサブユニットとの間の空間的関係を示す。
ームサブユニットの原子座標を、ファイル名ＡＺＩＴＨ
ＲＯＭ．ＰＤＢの下でコンパクトディスクのディスク番
号１に表で列挙される（より精密化されたセットが、コ
ンパクトディスクのディスク番号１にファイル名ａｚｉ
ｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下に表で示されてい
る）。図２６は、抗生物質アジスロマイシンと大リボソ
ームサブユニットとの間の空間的関係を示す。
【０２１０】リネゾリドと複合体化した大リボソームサ
ブユニットの原子座標を、ファイル名ＬＩＮＥＺＯＬ
Ｉ．ＰＤＢの下でコンパクトディスクのディスク番号１
に表で列挙される（より精密化されたセットが、コンパ
クトディスクのディスク番号１にファイル名ｌｉｎｅｚ
ｏｌｉｄ．ｐｄｂの下に表で示されている）。図２７
は、抗生物質リネゾリドと大リボソームサブユニットと
の間の空間的関係を示す。
ブユニットの原子座標を、ファイル名ＬＩＮＥＺＯＬ
Ｉ．ＰＤＢの下でコンパクトディスクのディスク番号１
に表で列挙される（より精密化されたセットが、コンパ
クトディスクのディスク番号１にファイル名ｌｉｎｅｚ
ｏｌｉｄ．ｐｄｂの下に表で示されている）。図２７
は、抗生物質リネゾリドと大リボソームサブユニットと
の間の空間的関係を示す。
【０２１１】エリスロマイシンと複合体化した大リボソ
ームサブユニットの原子座標を、ファイル名ｅｒｙｔｈ
ｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのデ
ィスク番号１に表で列挙される。図２８は、抗生物質エ
リスロマイシンと大リボソームサブユニットとの間の空
間的関係を示す。
ームサブユニットの原子座標を、ファイル名ｅｒｙｔｈ
ｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下でコンパクトディスクのデ
ィスク番号１に表で列挙される。図２８は、抗生物質エ
リスロマイシンと大リボソームサブユニットとの間の空
間的関係を示す。
【０２１２】図２９は、いくつかの抗生物質（すなわ
ち、ブラスチシジン、アニソマイシン、ヴァージニアマ
イシンＭおよびカルボマイシンＡ）が、大リボソームサ
ブユニットの内部のそれぞれの抗生物質結合部位に結合
する通り、いくつかの抗生物質（すなわち、ブラスチシ
ジン、アニソマイシン、ヴァージニアマイシンＭおよび
カルボマイシンＡ）の空間的配向を示す。読み手を向か
せる目的のために、Ｐ部位、Ａ部位、およびポリペプチ
ド出口トンネルの位置を図２９に示す。明らかにされる
ように、これらの抗生物質は、大リボソームサブユニッ
トの内部で、特異的な位置に結合するかまたは接触し、
タンパク質生合成を中断する。例えば、ブラスチシジン
は、Ｐ部位の付近に大リボソームサブユニットを結合す
るようであり：アニソマイシンおよびヴァージニアマイ
シンは、Ａ部位の付近に大リボソームサブユニットを結
合し：そしてカルボマイシン、スピラマイシン、チロシ
ン、アジスロマイシン、およびエリスロマイシン（マク
ロライド５）は全て、ペプチジルトランスフェラーゼ部
位に近接したポリペプチド出口トンネルの付近に大リボ
ソームサブユニットを結合する。
ち、ブラスチシジン、アニソマイシン、ヴァージニアマ
イシンＭおよびカルボマイシンＡ）が、大リボソームサ
ブユニットの内部のそれぞれの抗生物質結合部位に結合
する通り、いくつかの抗生物質（すなわち、ブラスチシ
ジン、アニソマイシン、ヴァージニアマイシンＭおよび
カルボマイシンＡ）の空間的配向を示す。読み手を向か
せる目的のために、Ｐ部位、Ａ部位、およびポリペプチ
ド出口トンネルの位置を図２９に示す。明らかにされる
ように、これらの抗生物質は、大リボソームサブユニッ
トの内部で、特異的な位置に結合するかまたは接触し、
タンパク質生合成を中断する。例えば、ブラスチシジン
は、Ｐ部位の付近に大リボソームサブユニットを結合す
るようであり：アニソマイシンおよびヴァージニアマイ
シンは、Ａ部位の付近に大リボソームサブユニットを結
合し：そしてカルボマイシン、スピラマイシン、チロシ
ン、アジスロマイシン、およびエリスロマイシン（マク
ロライド５）は全て、ペプチジルトランスフェラーゼ部
位に近接したポリペプチド出口トンネルの付近に大リボ
ソームサブユニットを結合する。
【０２１３】図２９から、当業者が、大リボソームサブ
ユニットにおける領域と接触する各々の抗生物質の特定
の部分を同定し得ることが明らかである。これらの空間
的関係について、丁寧に互いに知ることによって、当業
者は、第一の鋳型抗生物質の一部分および第二の異なる
鋳型抗生物質の一部分を含むハイブリッド抗生物質分子
を生成し得る。２つの部分は、他の部分に関して一つの
部分の空間的配向を維持するために、化学的リンカーに
よって連結され得る。結果として、このハイブリッド抗
生物質は、各々の鋳型抗生物質によって代表的に結合さ
れるリボソームサブユニットの各々の領域を同時に結合
し得る。このような分子の設計および試験を、以下によ
り詳細に議論する。
ユニットにおける領域と接触する各々の抗生物質の特定
の部分を同定し得ることが明らかである。これらの空間
的関係について、丁寧に互いに知ることによって、当業
者は、第一の鋳型抗生物質の一部分および第二の異なる
鋳型抗生物質の一部分を含むハイブリッド抗生物質分子
を生成し得る。２つの部分は、他の部分に関して一つの
部分の空間的配向を維持するために、化学的リンカーに
よって連結され得る。結果として、このハイブリッド抗
生物質は、各々の鋳型抗生物質によって代表的に結合さ
れるリボソームサブユニットの各々の領域を同時に結合
し得る。このような分子の設計および試験を、以下によ
り詳細に議論する。
【０２１４】図３０（Ａ）は、ポリペプチド出口トンネ
ル内で結合されたチロシン分子を示す。図３０（Ａ）
は、ペプチジルトランスフェラーゼ部位に近接するポリ
ペプチド出口トンネルの先端で抗生物質チロシンが結合
された、大リボソームサブユニットの拡大部分を示す。
図３０（Ｂ）および３０（Ｃ）は、ポリペプチド出口ト
ンネルに沿って切断された大リボソームサブユニットの
各半分を示す表示であり、そして全体として大リボソー
ムサブユニットに対するチロシン結合部位を示すように
読み手を向かせるように提供される。図３０（Ａ）はま
た、ポリペプチド出口トンネルの壁により規定される２
つのキャビティを示し、「キャビティ１」および「キャ
ビティ２」と表示される。さらに、図３０（Ａ）はま
た、二糖結合ポケットを示す。新規に合成されたポリペ
プチド鎖がポリペプチド出口トンネルを通ってリボソー
ムを出る方向が、矢印により表示される。
ル内で結合されたチロシン分子を示す。図３０（Ａ）
は、ペプチジルトランスフェラーゼ部位に近接するポリ
ペプチド出口トンネルの先端で抗生物質チロシンが結合
された、大リボソームサブユニットの拡大部分を示す。
図３０（Ｂ）および３０（Ｃ）は、ポリペプチド出口ト
ンネルに沿って切断された大リボソームサブユニットの
各半分を示す表示であり、そして全体として大リボソー
ムサブユニットに対するチロシン結合部位を示すように
読み手を向かせるように提供される。図３０（Ａ）はま
た、ポリペプチド出口トンネルの壁により規定される２
つのキャビティを示し、「キャビティ１」および「キャ
ビティ２」と表示される。さらに、図３０（Ａ）はま
た、二糖結合ポケットを示す。新規に合成されたポリペ
プチド鎖がポリペプチド出口トンネルを通ってリボソー
ムを出る方向が、矢印により表示される。
【０２１５】（Ｅ．Ｘ線回折データを活用する実験技
術）結晶性固体における分子または原子の集合から得ら
れるＸ線回折パターンに基づいて、この固体の電子密度
は、結晶学およびＸ線回折技術の分野の当業者に周知の
手段を使用して再構成され得る。次いで、回折データお
よび入手可能な公開された文献から引き出されるか、な
らびに／または追加の実験から引き出されるかのいずれ
かのさらなる位相情報を使用して、再構築を完成する。
術）結晶性固体における分子または原子の集合から得ら
れるＸ線回折パターンに基づいて、この固体の電子密度
は、結晶学およびＸ線回折技術の分野の当業者に周知の
手段を使用して再構成され得る。次いで、回折データお
よび入手可能な公開された文献から引き出されるか、な
らびに／または追加の実験から引き出されるかのいずれ
かのさらなる位相情報を使用して、再構築を完成する。
【０２１６】電子密度の構築のためのＸ線回折データの
収集、分析および利用の基本的な概念および手順につい
ては、例えば、Ｃａｍｐｂｅｌｌら（１９８４）Ｂｉｏ
ｌｏｇｉｃａｌ Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ，Ｔｈｅ
Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ Ｐｕｂｌｉｓｈ
ｉｎｇ Ｃｏ．，Ｉｎｃ．，（Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，
ＣＡ）；Ｃａｎｔｏｒら（１９８０）Ｂｉｏｐｈｙｓ
ｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｐａｒｔ ＩＩ：Ｔｅ
ｃｈｎｉｑｕｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ
ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ
ｆｕｎｃｔｉｏｎ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ
Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ；Ａ．
Ｔ．Ｂｒｕｅｎｇｅｒ（１９９３）Ｘ−ＰＬＯＲ ３．
１版：Ａｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ Ｘ−ｒａｙ ｃｒｙｓ
ｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ ａｎｄＮＭＲ，Ｙａｌｅ Ｕ
ｎｉｖ．Ｐｒ．，（Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ，ＣＴ）；Ｍ．
Ｍ．Ｗｏｏｌｆｓｏｎ（１９９７）Ａｎ Ｉｎｔｒｏｄ
ｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｘ−ｒａｙ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏ
ｇｒａｐｈｙ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖ．Ｐ
ｒ．，（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ）；Ｊ．Ｄｒｅｎｔ
ｈ（１９９９）Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔ
ｅｉｎ Ｘ−ｒａｙ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ
（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｔｅｘｔｓ
ｉｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅ
ｒｌａｇ；Ｂｅｒｌｉｎ；Ｔｓｉｒｅｌｓｏｎら（１９
９６）Ｅｌｅｃｔｒｏｎ Ｄｅｎｓｉｔｙ ａｎｄ Ｂ
ｏｎｄｉｎｇ ｉｎ Ｃｒｙｓｔａｌｓ：Ｐｒｉｎｃｉ
ｐｌｅｓ，Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄＸ−ｒａｙ Ｄｉｆｆ
ｒａｃｔｉｏｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ ｉｎ Ｓｏ
ｌｉｄ Ｓｔａｔｅ Ｐｈｙｓｉｃｓ ａｎｄ Ｃｈｅ
ｍｉｓｔｒｙ，Ｉｎｓｔ．ｏｆ Ｐｈｙｓｉｃｓ Ｐｕ
ｂ．；米国特許第５，９４２，４２８号；米国特許第
６，０３７，１１７号；米国特許第５，２００，９１０
号、および米国特許第５，３６５，４５６号（「Ｍｅｔ
ｈｏｄ ｆｏｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｔｈｅＥｌｅｃｔ
ｒｏｎ Ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｆ ａ Ｃｒｙｓｔａ
ｌ」）を参照のこと。
収集、分析および利用の基本的な概念および手順につい
ては、例えば、Ｃａｍｐｂｅｌｌら（１９８４）Ｂｉｏ
ｌｏｇｉｃａｌ Ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ，Ｔｈｅ
Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ Ｐｕｂｌｉｓｈ
ｉｎｇ Ｃｏ．，Ｉｎｃ．，（Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，
ＣＡ）；Ｃａｎｔｏｒら（１９８０）Ｂｉｏｐｈｙｓ
ｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，Ｐａｒｔ ＩＩ：Ｔｅ
ｃｈｎｉｑｕｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ
ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ
ｆｕｎｃｔｉｏｎ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ
Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ；Ａ．
Ｔ．Ｂｒｕｅｎｇｅｒ（１９９３）Ｘ−ＰＬＯＲ ３．
１版：Ａｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ Ｘ−ｒａｙ ｃｒｙｓ
ｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ ａｎｄＮＭＲ，Ｙａｌｅ Ｕ
ｎｉｖ．Ｐｒ．，（Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ，ＣＴ）；Ｍ．
Ｍ．Ｗｏｏｌｆｓｏｎ（１９９７）Ａｎ Ｉｎｔｒｏｄ
ｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｘ−ｒａｙ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏ
ｇｒａｐｈｙ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖ．Ｐ
ｒ．，（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫ）；Ｊ．Ｄｒｅｎｔ
ｈ（１９９９）Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔ
ｅｉｎ Ｘ−ｒａｙ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ
（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｔｅｘｔｓ
ｉｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅ
ｒｌａｇ；Ｂｅｒｌｉｎ；Ｔｓｉｒｅｌｓｏｎら（１９
９６）Ｅｌｅｃｔｒｏｎ Ｄｅｎｓｉｔｙ ａｎｄ Ｂ
ｏｎｄｉｎｇ ｉｎ Ｃｒｙｓｔａｌｓ：Ｐｒｉｎｃｉ
ｐｌｅｓ，Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄＸ−ｒａｙ Ｄｉｆｆ
ｒａｃｔｉｏｎ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔｓ ｉｎ Ｓｏ
ｌｉｄ Ｓｔａｔｅ Ｐｈｙｓｉｃｓ ａｎｄ Ｃｈｅ
ｍｉｓｔｒｙ，Ｉｎｓｔ．ｏｆ Ｐｈｙｓｉｃｓ Ｐｕ
ｂ．；米国特許第５，９４２，４２８号；米国特許第
６，０３７，１１７号；米国特許第５，２００，９１０
号、および米国特許第５，３６５，４５６号（「Ｍｅｔ
ｈｏｄ ｆｏｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｔｈｅＥｌｅｃｔ
ｒｏｎ Ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｆ ａ Ｃｒｙｓｔａ
ｌ」）を参照のこと。
【０２１７】次いで、分子モデルは、実験的電子密度情
報を使用して、前進的に形成され得、そしてＸ線回折デ
ータに対してさらに精密化され得、固体の正確な分子構
造に帰着する。
報を使用して、前進的に形成され得、そしてＸ線回折デ
ータに対してさらに精密化され得、固体の正確な分子構
造に帰着する。
【０２１８】（Ｆ．他の大リボソームサブユニットの構
造決定）当業者が、第一の高分子の原子座標とともに提
供された場合、この情報を使用して、異なるけれども構
造的に関連する高分子の３次元構造を迅速かつ容易に決
定し得ることが理解される。例えば、Ｈ．ｍａｒｉｓｍ
ｏｒｔｕｉ由来の大リボソームサブユニットを規定する
原子座標が使用され、小サブユニットと複合体化した単
離されたサブユニットとしてか、または機能的に重要な
以下のリガンドと複合体化したサブユニットのいずれか
の他の種由来の大リボソームサブユニットの構造を決定
し得る：例えば、アミノアシルｔＲＮＡ；種々のタンパ
ク質合成因子（例えば、伸長因子Ｇ、伸長因子Ｔｕ、終
結因子または再生（ｒｅｃｙｃｌｉｎｇ）因子）（これ
らの両方とも、ＧＴＰおよびＧＤＰ立体配座状態であ
る）；およびタンパク質合成インヒビター（例えば、抗
生物質）。さらに、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉサブユ
ニットの座標がまた使用され、タンパク質分泌機構（例
えば、シグナル認識粒子およびトランスロコン）の成分
とのリボソーム複合体の構造を解き得る。
造決定）当業者が、第一の高分子の原子座標とともに提
供された場合、この情報を使用して、異なるけれども構
造的に関連する高分子の３次元構造を迅速かつ容易に決
定し得ることが理解される。例えば、Ｈ．ｍａｒｉｓｍ
ｏｒｔｕｉ由来の大リボソームサブユニットを規定する
原子座標が使用され、小サブユニットと複合体化した単
離されたサブユニットとしてか、または機能的に重要な
以下のリガンドと複合体化したサブユニットのいずれか
の他の種由来の大リボソームサブユニットの構造を決定
し得る：例えば、アミノアシルｔＲＮＡ；種々のタンパ
ク質合成因子（例えば、伸長因子Ｇ、伸長因子Ｔｕ、終
結因子または再生（ｒｅｃｙｃｌｉｎｇ）因子）（これ
らの両方とも、ＧＴＰおよびＧＤＰ立体配座状態であ
る）；およびタンパク質合成インヒビター（例えば、抗
生物質）。さらに、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉサブユ
ニットの座標がまた使用され、タンパク質分泌機構（例
えば、シグナル認識粒子およびトランスロコン）の成分
とのリボソーム複合体の構造を解き得る。
【０２１９】調べられた結晶が、未知の構造の高分子を
含み、そしてさらなる情報が入手不可能である場合、さ
らなる実験が、高分子の適切な位相の決定のために時折
必要とされ得る。これらの研究はしばしば、時間の浪費
であり得、そして成功するかも不確かであり得る（Ｂｌ
ｕｎｄｅｌｌら（１９７６）前出）。しかし、さらなる
情報（例えば、構造および／または結晶学的情報）が目
的の高分子にある点で関連する分子に利用できる場合、
目的の分子の構造を解明するプロセスは、興味深くな
く、そして時間浪費の仕事である。
含み、そしてさらなる情報が入手不可能である場合、さ
らなる実験が、高分子の適切な位相の決定のために時折
必要とされ得る。これらの研究はしばしば、時間の浪費
であり得、そして成功するかも不確かであり得る（Ｂｌ
ｕｎｄｅｌｌら（１９７６）前出）。しかし、さらなる
情報（例えば、構造および／または結晶学的情報）が目
的の高分子にある点で関連する分子に利用できる場合、
目的の分子の構造を解明するプロセスは、興味深くな
く、そして時間浪費の仕事である。
【０２２０】従って、当業者は、以前に解明された構造
から収集された情報を使用して、目的の新規の分子の３
次元モデルを開発し得る。さらに、当業者は、種々のア
プローチを使用して、新規の分子の３次元構造を解明し
得る。このアプローチは、目的の分子の結晶が入手可能
であるか否か、および／または目的の分子が、構造がす
でに決定されたホモログを有するか否かに依存し得る。
から収集された情報を使用して、目的の新規の分子の３
次元モデルを開発し得る。さらに、当業者は、種々のア
プローチを使用して、新規の分子の３次元構造を解明し
得る。このアプローチは、目的の分子の結晶が入手可能
であるか否か、および／または目的の分子が、構造がす
でに決定されたホモログを有するか否かに依存し得る。
【０２２１】一つのアプローチでは、目的の分子が、同
形（すなわち、構造が決定されている関連分子と同じ単
位格子寸法および空間群を有する）の結晶を形成する場
合、関連分子の位相および／または原子座標が、新規に
観察された振幅と直接組み合わされ、電子密度地図を獲
得し得、従って、目的の分子の原子座標を獲得し得る。
次いで、得られた地図および／または原子座標は、当該
分野で公知の標準的な精密化手順を使用して精密化され
得る。別のアプローチでは、目的の分子が、既知の３次
元構造の別の分子に関連するが、異なる対称を有する異
なる単位格子で結晶化する場合、当業者は、分子置換と
して公知の技術を使用して、構造が既知の分子の座標か
ら有用な位相を獲得し得る（Ｂｌｕｎｄｅｌｌら １９
７６前出）。報告によるとこのアプローチは、Ｄｅｉｎ
ｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓの５０Ｓサブ
ユニットの構造決定に用いられた（Ｈａｒｍｓ Ｊ．
ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ １０７（５）：６７９−８
８；Ｓｃｈｌｕｎｚｅｎ Ｆ．ｅｔ ａｌ．，（２００
１）Ｎａｔｕｒｅ ４１３（６８５８）：８１４−２
１）。次いで、これらの位相が使用され、目的の分子の
電子密度地図および／または原子座標が生成され得る。
別のアプローチでは、結晶が、目的の分子について入手
不可能であるが、３次元構造が既知の別の分子と相同で
ある場合、当業者は、相同性モデリングとして公知のプ
ロセスを使用して、目的の分子の３次元構造を生成し得
る。他のアプローチは、目的の分子の３次元モデルの誘
導に有用であり得ることが意図される。従って、一つの
分子の結晶および／または座標に関する情報は、関連分
子の構造の決定を非常に容易にし得る。
形（すなわち、構造が決定されている関連分子と同じ単
位格子寸法および空間群を有する）の結晶を形成する場
合、関連分子の位相および／または原子座標が、新規に
観察された振幅と直接組み合わされ、電子密度地図を獲
得し得、従って、目的の分子の原子座標を獲得し得る。
次いで、得られた地図および／または原子座標は、当該
分野で公知の標準的な精密化手順を使用して精密化され
得る。別のアプローチでは、目的の分子が、既知の３次
元構造の別の分子に関連するが、異なる対称を有する異
なる単位格子で結晶化する場合、当業者は、分子置換と
して公知の技術を使用して、構造が既知の分子の座標か
ら有用な位相を獲得し得る（Ｂｌｕｎｄｅｌｌら １９
７６前出）。報告によるとこのアプローチは、Ｄｅｉｎ
ｏｃｏｃｃｕｓ ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓの５０Ｓサブ
ユニットの構造決定に用いられた（Ｈａｒｍｓ Ｊ．
ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ １０７（５）：６７９−８
８；Ｓｃｈｌｕｎｚｅｎ Ｆ．ｅｔ ａｌ．，（２００
１）Ｎａｔｕｒｅ ４１３（６８５８）：８１４−２
１）。次いで、これらの位相が使用され、目的の分子の
電子密度地図および／または原子座標が生成され得る。
別のアプローチでは、結晶が、目的の分子について入手
不可能であるが、３次元構造が既知の別の分子と相同で
ある場合、当業者は、相同性モデリングとして公知のプ
ロセスを使用して、目的の分子の３次元構造を生成し得
る。他のアプローチは、目的の分子の３次元モデルの誘
導に有用であり得ることが意図される。従って、一つの
分子の結晶および／または座標に関する情報は、関連分
子の構造の決定を非常に容易にし得る。
【０２２２】１９６０年代にＲｏｓｓｍａｎｎおよびＢ
ｌｏｗによって最初に開発された分子置換法は、現在慣
用的に使用され、相同分子、または異なる連結状態の相
同分子の構造を使用して、未知の構造の高分子の結晶構
造を確立する（Ｍ．Ｇ．Ｒｏｓｓｍａｎｎ編、「Ｔｈｅ
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ｍｅ
ｔｈｏｄｓ，」Ｉｎｔ．Ｓｃｉ．Ｒｅｖ．Ｊ．Ｎｏ．１
３，Ｇｏｒｄｏｎ ＆Ｂｒｅａｃｈ，Ｎｅｗ Ｙｏｒ
ｋ，ＮＹ（１９７２）；Ｅａｔｏｎ Ｌａｔｔｍａｎ，
「Ｕｓｅ ｏｆ Ｒｏｔａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎ
ｓｌａｔｉｏｎＦｕｎｃｔｉｏｎｓ，」Ｈ．Ｗ．Ｗｙｃ
ｋｏｆｆ，Ｃ．Ｈ．Ｗ．Ｈｉｓｔ．（Ｓ．Ｎ．Ｔｉｍａ
ｓｈｅｆｆ編）Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌ
ｏｇｙ，１１５：５５−７７（１９８５））。分子置換
の適用の例としては、例えば、Ｒｉｃｅ，Ｐ．Ａ．＆
Ｓｔｅｉｔｚ，Ｔ．Ａ．（１９９４）ＥＭＢＯ Ｊ．１
３：１５１４−２４を参照のこと。
ｌｏｗによって最初に開発された分子置換法は、現在慣
用的に使用され、相同分子、または異なる連結状態の相
同分子の構造を使用して、未知の構造の高分子の結晶構
造を確立する（Ｍ．Ｇ．Ｒｏｓｓｍａｎｎ編、「Ｔｈｅ
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ Ｍｅ
ｔｈｏｄｓ，」Ｉｎｔ．Ｓｃｉ．Ｒｅｖ．Ｊ．Ｎｏ．１
３，Ｇｏｒｄｏｎ ＆Ｂｒｅａｃｈ，Ｎｅｗ Ｙｏｒ
ｋ，ＮＹ（１９７２）；Ｅａｔｏｎ Ｌａｔｔｍａｎ，
「Ｕｓｅ ｏｆ Ｒｏｔａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎ
ｓｌａｔｉｏｎＦｕｎｃｔｉｏｎｓ，」Ｈ．Ｗ．Ｗｙｃ
ｋｏｆｆ，Ｃ．Ｈ．Ｗ．Ｈｉｓｔ．（Ｓ．Ｎ．Ｔｉｍａ
ｓｈｅｆｆ編）Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌ
ｏｇｙ，１１５：５５−７７（１９８５））。分子置換
の適用の例としては、例えば、Ｒｉｃｅ，Ｐ．Ａ．＆
Ｓｔｅｉｔｚ，Ｔ．Ａ．（１９９４）ＥＭＢＯ Ｊ．１
３：１５１４−２４を参照のこと。
【０２２３】分子置換において、既知の分子の３次元構
造は、観察された回折振幅と位置決定されたサブユニッ
トの座標から計算された振幅との間の最良な一致を提供
する配向および位置を見出すことによって、新規の結晶
の単位格子内で位置決定される。このモデリングから、
未知の結晶についての近似の位相が誘導され得る。未知
であるが、関連する構造の単位格子において、既知の構
造を位置決定するために、単位格子の原点と相対的な３
つの回転角および３つの並進が決定された。回転検索
は、検索する構造と相対的な配向の関数としての標的構
造のパターソン関数との間の一致を探すことによって行
われる（回転関数）。Ｘ−ＰＬＯＲ（Ｂｒｕｅｎｇｅｒ
ら（１９８７）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３５：４５８−４６
０；ＣＮＳ（Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ ＆ Ｎ
ＭＲ Ｓｙｓｔｅｍ，Ｂｒｕｅｎｇｅｒら（１９９８）
Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｓｅｃｔ．Ｄ ５４：９０５−
９２１）およびＡＭＯＲＥ：ａｎ Ａｕｔｏｍａｔｉｃ
Ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｐ
ｌａｃｅｍｅｎｔ（Ｎａｖａｚａ，Ｊ．（１９９４）Ａ
ｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｓｅｃｔ．Ａ，５０：１５７−１
６３）は、回転関数検索および並進関数検索を実行し得
るコンピュータプログラムである。一旦、試験分子の配
向が公知になると、分子の位置は、並進検索を使用して
見出されるはずである。一旦、既知の構造が、未知の分
子の単位格子に位置決定されると、観察された回折デー
タの位相が、既知の分子の構造的に関連する原子の原子
座標から計算され得る。未知の分子についての計算され
た位相およびＸ線回折データを使用することによって、
当業者は、目的の分子の電子密度地図および／または原
子座標を生成し得る。
造は、観察された回折振幅と位置決定されたサブユニッ
トの座標から計算された振幅との間の最良な一致を提供
する配向および位置を見出すことによって、新規の結晶
の単位格子内で位置決定される。このモデリングから、
未知の結晶についての近似の位相が誘導され得る。未知
であるが、関連する構造の単位格子において、既知の構
造を位置決定するために、単位格子の原点と相対的な３
つの回転角および３つの並進が決定された。回転検索
は、検索する構造と相対的な配向の関数としての標的構
造のパターソン関数との間の一致を探すことによって行
われる（回転関数）。Ｘ−ＰＬＯＲ（Ｂｒｕｅｎｇｅｒ
ら（１９８７）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３５：４５８−４６
０；ＣＮＳ（Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｙ ＆ Ｎ
ＭＲ Ｓｙｓｔｅｍ，Ｂｒｕｅｎｇｅｒら（１９９８）
Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｓｅｃｔ．Ｄ ５４：９０５−
９２１）およびＡＭＯＲＥ：ａｎ Ａｕｔｏｍａｔｉｃ
Ｐａｃｋａｇｅ ｆｏｒＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｐ
ｌａｃｅｍｅｎｔ（Ｎａｖａｚａ，Ｊ．（１９９４）Ａ
ｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｓｅｃｔ．Ａ，５０：１５７−１
６３）は、回転関数検索および並進関数検索を実行し得
るコンピュータプログラムである。一旦、試験分子の配
向が公知になると、分子の位置は、並進検索を使用して
見出されるはずである。一旦、既知の構造が、未知の分
子の単位格子に位置決定されると、観察された回折デー
タの位相が、既知の分子の構造的に関連する原子の原子
座標から計算され得る。未知の分子についての計算され
た位相およびＸ線回折データを使用することによって、
当業者は、目的の分子の電子密度地図および／または原
子座標を生成し得る。
【０２２４】例えば、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来
以外のリボソームサブユニットの３次元モデルは、分子
置換を介して生成され得ることが意図される。この方法
において、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉのサブユニット
構造は、観察された回折振幅と、位置決定されたサブユ
ニットの座標から計算された振幅との間の最良の一致を
提供する配向および位置を見出すことによって、新規の
結晶の単位格子内に位置決定される。出発（ｓｔａｒｔ
ｉｎｇ）電子密度地図は、２Ｆｈｋｌ（観測値）−Ｆ
ｈｋｌ（計算値）（ここで、Ｆ（観測値）は、未知の構
造の結晶から測定された回折振幅であり、そしてＦ（計
算値）は、位置決定されたＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
のサブユニット構造から計算された回折振幅である）を
使用して計算された。初期モデルの精密化は、高分子の
結晶学の分野で標準的なように行われ得る。
以外のリボソームサブユニットの３次元モデルは、分子
置換を介して生成され得ることが意図される。この方法
において、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉのサブユニット
構造は、観察された回折振幅と、位置決定されたサブユ
ニットの座標から計算された振幅との間の最良の一致を
提供する配向および位置を見出すことによって、新規の
結晶の単位格子内に位置決定される。出発（ｓｔａｒｔ
ｉｎｇ）電子密度地図は、２Ｆｈｋｌ（観測値）−Ｆ
ｈｋｌ（計算値）（ここで、Ｆ（観測値）は、未知の構
造の結晶から測定された回折振幅であり、そしてＦ（計
算値）は、位置決定されたＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
のサブユニット構造から計算された回折振幅である）を
使用して計算された。初期モデルの精密化は、高分子の
結晶学の分野で標準的なように行われ得る。
【０２２５】Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５０Ｓ構造
はまた、さもなければ低すぎて解釈できない分解能で計
算された電子密度地図の７０Ｓリボソームまたは５０Ｓ
リボソームの構造を確立するために使用され得る。一
方、５Åの分解能の地図は、新規の原子限界点（ｔｅｒ
ｍ）で解釈され得ず、もっともらしい原子モデルが、よ
り低い分解能地図（例えば、４．５Å〜８Å）まで、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５０Ｓ構造を精密化する
ことによって構築され得る。この再適合は、相同性モデ
リングと組み合わされ、異なる種由来のリボソームまた
はリボソームサブユニットの３次元モデルを獲得し得
る。類似の手順が使用され、真核生物の６０Ｓサブユニ
ットおよび／または真核生物のリボソームの構造を決定
し得ることが意図される。
はまた、さもなければ低すぎて解釈できない分解能で計
算された電子密度地図の７０Ｓリボソームまたは５０Ｓ
リボソームの構造を確立するために使用され得る。一
方、５Åの分解能の地図は、新規の原子限界点（ｔｅｒ
ｍ）で解釈され得ず、もっともらしい原子モデルが、よ
り低い分解能地図（例えば、４．５Å〜８Å）まで、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの５０Ｓ構造を精密化する
ことによって構築され得る。この再適合は、相同性モデ
リングと組み合わされ、異なる種由来のリボソームまた
はリボソームサブユニットの３次元モデルを獲得し得
る。類似の手順が使用され、真核生物の６０Ｓサブユニ
ットおよび／または真核生物のリボソームの構造を決定
し得ることが意図される。
【０２２６】一般に、構造を解くための分子置換の成功
は、関連構造の断片およびその同一性の程度に依存す
る。例えば、約５０％以上の構造が、約２Å以下の範囲
で対応する原子間のｒ．ｍ．ｓ．差を示す場合、既知の
構造が首尾良く使用され、未知の構造を解明し得る。
は、関連構造の断片およびその同一性の程度に依存す
る。例えば、約５０％以上の構造が、約２Å以下の範囲
で対応する原子間のｒ．ｍ．ｓ．差を示す場合、既知の
構造が首尾良く使用され、未知の構造を解明し得る。
【０２２７】比較モデリング（ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ
ｍｏｄｅｌｉｎｇ）または経験に基づくモデリング
（ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ−ｂａｓｅｄ ｍｏｄｅｌｉｎ
ｇ）としてもまた公知の相同性モデリングを使用し、ホ
モログの既知の構造に基づく分子の３次元モデルを生成
し得る。一般に、手順は、１つ以上の以下の工程を包含
し得る：構造が以前に決定された分子のアミノ酸または
核酸配列に対して、未知の分子のアミノ酸または核酸配
列を整列させる工程；構造的に保存された領域および構
造的に変化しやすい領域を同定する工程；公知の構造の
コア残基から未知の構造のコア（構造的に保存された）
残基についての原子座標を生成する工程；未知の構造に
おける他の（構造的に変化しやすい）残基についての立
体配座を生成する工程；側鎖の立体配座を形成する工
程；ならびに未知の構造の精密化および／または評価す
る工程。
ｍｏｄｅｌｉｎｇ）または経験に基づくモデリング
（ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ−ｂａｓｅｄ ｍｏｄｅｌｉｎ
ｇ）としてもまた公知の相同性モデリングを使用し、ホ
モログの既知の構造に基づく分子の３次元モデルを生成
し得る。一般に、手順は、１つ以上の以下の工程を包含
し得る：構造が以前に決定された分子のアミノ酸または
核酸配列に対して、未知の分子のアミノ酸または核酸配
列を整列させる工程；構造的に保存された領域および構
造的に変化しやすい領域を同定する工程；公知の構造の
コア残基から未知の構造のコア（構造的に保存された）
残基についての原子座標を生成する工程；未知の構造に
おける他の（構造的に変化しやすい）残基についての立
体配座を生成する工程；側鎖の立体配座を形成する工
程；ならびに未知の構造の精密化および／または評価す
る工程。
【０２２８】例えば、すべての既知の５０Ｓサブユニッ
トのｒＲＮＡのヌクレオチド配列が、互いに、ならびに
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの２３Ｓ ｒＲＮＡおよび
５ＳｒＲＮＡに関して整列され得るので、Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉの構造を使用して、他の５０Ｓ リボソ
ームｒＲＮＡ（特に、トンネルおよび活性部位の領域に
おいて）の構造モデルを構築することが可能である。同
様に、相同なタンパク質はまた、類似の方法論を使用し
てモデル化され得る。比較ＲＮＡ配列分析に有用な方法
は当該分野で公知であり、そして視覚方法および数のパ
ターン（ｎｕｍｂｅｒ ｐａｔｔｅｒｎ）方法、ならび
にχ２統計、系統発生アルゴリズムまたは経験的アルゴ
リズムを利用する方法を含む。上述の方法のいくつかの
記載については、例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｎ
ａ．ｉｃｍｂ．ｕｔｅｘａｓ．ｅｄｕ／；Ｇｕｔｅｌｌ
（１９９６），「Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ Ｓｅｑｕｅ
ｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｓｔｒｕ
ｃｔｕｒｅ ｏｆ １６Ｓ ａｎｄ ２３Ｓ ｒＲＮ
Ａ，」Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒ
ｅ，Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，ａｎ
ｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂｉｏ
ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（ＤａｈｌｂｅｒｇＡ．およびＺ
ｉｍｍｅｒｍａｎ Ｂ．編）ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ．Ｂｏ
ｃａ Ｒａｔｏｎ，１１１−１２８頁；Ｇｕｔｔｅｌｌ
ら（１９９３）Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄＲｅｓ．２１：３０
５５−３０７４；Ｓｃｈｎａｒｅら（１９９６）Ｊ．Ｍ
ｏｌ．Ｂｉｏｌ．２５６：７０１−７１９で入手可能で
ある。特に有用な視覚点検方法としては、Ｅ．ｃｏｌｉ
の二次構造図に対する類似の位置に位置する残基との
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの二次構造図における特定
の位置の比較が挙げられる。相同性モデリングに特に有
用なソフトウェアプログラムとしては、ＸＡＬＩＧＮ
（Ｗｉｓｈａｒｔ，Ｄ．ら（１９９４）Ｃａｂｉｏｓ
１０：６８７−８８）が挙げられる。米国特許第５，８
８４，２３０号もまた、参照のこと。
トのｒＲＮＡのヌクレオチド配列が、互いに、ならびに
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの２３Ｓ ｒＲＮＡおよび
５ＳｒＲＮＡに関して整列され得るので、Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉの構造を使用して、他の５０Ｓ リボソ
ームｒＲＮＡ（特に、トンネルおよび活性部位の領域に
おいて）の構造モデルを構築することが可能である。同
様に、相同なタンパク質はまた、類似の方法論を使用し
てモデル化され得る。比較ＲＮＡ配列分析に有用な方法
は当該分野で公知であり、そして視覚方法および数のパ
ターン（ｎｕｍｂｅｒ ｐａｔｔｅｒｎ）方法、ならび
にχ２統計、系統発生アルゴリズムまたは経験的アルゴ
リズムを利用する方法を含む。上述の方法のいくつかの
記載については、例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｎ
ａ．ｉｃｍｂ．ｕｔｅｘａｓ．ｅｄｕ／；Ｇｕｔｅｌｌ
（１９９６），「Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ Ｓｅｑｕｅ
ｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｔｈｅ Ｓｔｒｕ
ｃｔｕｒｅ ｏｆ １６Ｓ ａｎｄ ２３Ｓ ｒＲＮ
Ａ，」Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡ．Ｓｔｒｕｃｔｕｒ
ｅ，Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ，ａｎ
ｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｂｉｏ
ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（ＤａｈｌｂｅｒｇＡ．およびＺ
ｉｍｍｅｒｍａｎ Ｂ．編）ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ．Ｂｏ
ｃａ Ｒａｔｏｎ，１１１−１２８頁；Ｇｕｔｔｅｌｌ
ら（１９９３）Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄＲｅｓ．２１：３０
５５−３０７４；Ｓｃｈｎａｒｅら（１９９６）Ｊ．Ｍ
ｏｌ．Ｂｉｏｌ．２５６：７０１−７１９で入手可能で
ある。特に有用な視覚点検方法としては、Ｅ．ｃｏｌｉ
の二次構造図に対する類似の位置に位置する残基との
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの二次構造図における特定
の位置の比較が挙げられる。相同性モデリングに特に有
用なソフトウェアプログラムとしては、ＸＡＬＩＧＮ
（Ｗｉｓｈａｒｔ，Ｄ．ら（１９９４）Ｃａｂｉｏｓ
１０：６８７−８８）が挙げられる。米国特許第５，８
８４，２３０号もまた、参照のこと。
【０２２９】新規の種のｒＲＮＡをモデリングするため
に、コンピュータグラフィックプログラム（例えば、
「Ｏ」（Ｊｏｎｅｓら（１９９１）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓ
ｔ．Ｓｅｃｔ．Ａ，４７：１１０−１１９））を使用し
て、相同のｒＲＮＡの塩基（これらの塩基は異なる）で
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉのｒＲＮＡの塩基を置換し
得る。そうでなければ多くのたいていの場合、塩基の同
じ配向が適切である。挿入および欠失は、より難しくそ
して不確かであり得るが、ペプチジルトランスフェラー
ゼ部位を形成するｒＲＮＡおよびこの部位に最も近接す
るトンネルの一部分は、本質的に挿入および欠失と非常
に高度に保存されない。自動化のウェブに基づく相同性
モデリングは、例えば、Ｇｌａｘｏ Ｗｅｌｌｃｏｍｅ
Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｉｎ
Ｇｅｎｅｖａ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ，から入手可
能なＳＷＩＳＳ−ＭＯＤＥＬコンピュータプログラムお
よびＥＭＢＬサーバから入手可能なＷＨＡＴＩＦプログ
ラムを使用して行われ得る。
に、コンピュータグラフィックプログラム（例えば、
「Ｏ」（Ｊｏｎｅｓら（１９９１）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓ
ｔ．Ｓｅｃｔ．Ａ，４７：１１０−１１９））を使用し
て、相同のｒＲＮＡの塩基（これらの塩基は異なる）で
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉのｒＲＮＡの塩基を置換し
得る。そうでなければ多くのたいていの場合、塩基の同
じ配向が適切である。挿入および欠失は、より難しくそ
して不確かであり得るが、ペプチジルトランスフェラー
ゼ部位を形成するｒＲＮＡおよびこの部位に最も近接す
るトンネルの一部分は、本質的に挿入および欠失と非常
に高度に保存されない。自動化のウェブに基づく相同性
モデリングは、例えば、Ｇｌａｘｏ Ｗｅｌｌｃｏｍｅ
Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｉｎ
Ｇｅｎｅｖａ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ，から入手可
能なＳＷＩＳＳ−ＭＯＤＥＬコンピュータプログラムお
よびＥＭＢＬサーバから入手可能なＷＨＡＴＩＦプログ
ラムを使用して行われ得る。
【０２３０】相同性モデリングの他の記載については、
例えば、Ｇｕｔｅｌｌ Ｒ．Ｒ．（１９９６），前出；
Ｇｕｔｅｌｌ Ｒ．Ｒ．ら（１９９３）Ｎｕｃｌｅｉｃ
Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２１：３０５５−３０７４；Ｓ
ｃｈｎａｒｅら（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，
２５６：７０１−７１９；Ｂｌｕｎｄｅｌｌら（１９８
７）Ｎａｔｕｒｅ ３２６：３４７−３５２；Ｆｅｔｒ
ｏｗおよびＢｒｙａｎｔ（１９９３）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈ
ｎｏｌｏｇｙ １１：４７９−４８４；Ｇｒｅｅｒ（１
９９１）Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ
２０２：２３９−２５２；ならびにＪｏｈｎｓｏｎら
（１９９４）Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏ
ｌ．Ｂｉｏｌ．２９：１−６８を参照のこと。相同性モ
デリングの例は、例えば、Ｓｚｋｌａｒｚ Ｇ．Ｄ（１
９９７）Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．６１：２５０７−２５２０
に見出され得る。
例えば、Ｇｕｔｅｌｌ Ｒ．Ｒ．（１９９６），前出；
Ｇｕｔｅｌｌ Ｒ．Ｒ．ら（１９９３）Ｎｕｃｌｅｉｃ
Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２１：３０５５−３０７４；Ｓ
ｃｈｎａｒｅら（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，
２５６：７０１−７１９；Ｂｌｕｎｄｅｌｌら（１９８
７）Ｎａｔｕｒｅ ３２６：３４７−３５２；Ｆｅｔｒ
ｏｗおよびＢｒｙａｎｔ（１９９３）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈ
ｎｏｌｏｇｙ １１：４７９−４８４；Ｇｒｅｅｒ（１
９９１）Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ
２０２：２３９−２５２；ならびにＪｏｈｎｓｏｎら
（１９９４）Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏ
ｌ．Ｂｉｏｌ．２９：１−６８を参照のこと。相同性モ
デリングの例は、例えば、Ｓｚｋｌａｒｚ Ｇ．Ｄ（１
９９７）Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．６１：２５０７−２５２０
に見出され得る。
【０２３１】以前に議論したように、原核生物および真
核生物ならびに真核生物ミトコンドリア由来の大リボソ
ームサブユニットは、構造的に保存される。原核生物お
よび真核生物由来の大リボソームサブユニットのアミノ
酸配列は、基質および触媒部位の結合部位の３次元構
造、性質および形状に重要なアミノ酸残基の同一性の進
化的保存に起因して整列され得る。相同な大リボソーム
サブユニットのアミノ酸配列における類似性により、相
同性モデリングを介して、結晶構造が解かれていない分
子のモデルの構築が可能になる。
核生物ならびに真核生物ミトコンドリア由来の大リボソ
ームサブユニットは、構造的に保存される。原核生物お
よび真核生物由来の大リボソームサブユニットのアミノ
酸配列は、基質および触媒部位の結合部位の３次元構
造、性質および形状に重要なアミノ酸残基の同一性の進
化的保存に起因して整列され得る。相同な大リボソーム
サブユニットのアミノ酸配列における類似性により、相
同性モデリングを介して、結晶構造が解かれていない分
子のモデルの構築が可能になる。
【０２３２】次いで、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの結
晶および／または原子座標を使用して決定された新規の
リボソームまたは大リボソームサブユニットの構造は、
本明細書の以下に記載の１つ以上のアプローチを使用し
て、構造に基づく薬物設計に使用され得る。次いで、こ
の情報が使用され、比較的感化されていない宿主のリボ
ソームを残しながら、選択的に結合し、そして病原体の
リボソームにおけるタンパク質合成を中断する分子を設
計する。
晶および／または原子座標を使用して決定された新規の
リボソームまたは大リボソームサブユニットの構造は、
本明細書の以下に記載の１つ以上のアプローチを使用し
て、構造に基づく薬物設計に使用され得る。次いで、こ
の情報が使用され、比較的感化されていない宿主のリボ
ソームを残しながら、選択的に結合し、そして病原体の
リボソームにおけるタンパク質合成を中断する分子を設
計する。
【０２３３】（Ｇ．合理的な薬物設計）
（１．序論）１つ以上のＸ線結晶学、分子モデリング、
相同性モデリングまたは分子置換から誘導された目的の
大リボソームサブユニットを規定する原子座標が、合理
的な薬物設計（ＲＤＤ）に使用され、目的の新規の分子
（例えば、リボソーム機能の新規のモジュレーター（例
えば、インデューサー、ミメティックまたはインヒビタ
ー）を設計し得ることが意図される。さらに、本明細書
中で開示される原理を使用して、当業者は、目的の生物
または種におけるリボソーム機能を減少、中断、または
そうでなければ阻害するように特に操作された新規のタ
ンパク質合成インヒビターを設計、作製、試験、精密化
および使用し得ることが意図される。例えば、本明細書
中で議論された原理を使用して、当業者は、宿主（例え
ば、真核生物（特に、哺乳動物、そしてより特に、ヒ
ト））におけるリボソーム機能を保護しながら、病原体
（例えば、特定の原核生物）におけるリボソーム機能を
特に標的化しかつ阻害する新規の分子を操作し得る。結
果として、本明細書中で提供されかつ議論された原子座
標により、当業者が、意図されたレシピエント（例え
ば、ヒト）においてはほとんど毒性を有さないか、また
はまったく有さないまま、特定の病原体を殺傷し得る新
規の抗生物質を設計することを可能にする。
相同性モデリングまたは分子置換から誘導された目的の
大リボソームサブユニットを規定する原子座標が、合理
的な薬物設計（ＲＤＤ）に使用され、目的の新規の分子
（例えば、リボソーム機能の新規のモジュレーター（例
えば、インデューサー、ミメティックまたはインヒビタ
ー）を設計し得ることが意図される。さらに、本明細書
中で開示される原理を使用して、当業者は、目的の生物
または種におけるリボソーム機能を減少、中断、または
そうでなければ阻害するように特に操作された新規のタ
ンパク質合成インヒビターを設計、作製、試験、精密化
および使用し得ることが意図される。例えば、本明細書
中で議論された原理を使用して、当業者は、宿主（例え
ば、真核生物（特に、哺乳動物、そしてより特に、ヒ
ト））におけるリボソーム機能を保護しながら、病原体
（例えば、特定の原核生物）におけるリボソーム機能を
特に標的化しかつ阻害する新規の分子を操作し得る。結
果として、本明細書中で提供されかつ議論された原子座
標により、当業者が、意図されたレシピエント（例え
ば、ヒト）においてはほとんど毒性を有さないか、また
はまったく有さないまま、特定の病原体を殺傷し得る新
規の抗生物質を設計することを可能にする。
【０２３４】大リボソームサブユニットの原子座標を使
用したＲＤＤが、当該分野で公知でありかつ使用される
従来のコンピュータハードウェアおよびソフトウェアを
使用したコンピュータ支援薬物設計（ＣＡＤＤ）を通じ
て、最も直ちに容易にされ得ることが意図される。候補
分子は、従来の方法論を使用して、新規に設計され得る
か、またはすでに既存の分子（例えば、現存の抗生物
質）の改変版として設計され得る。一旦設計されると、
候補分子は、当該分野で公知でありかつ使用される標準
的な方法論を使用して合成され得る。合成後、候補分子
は、例えば、リボソーム機能を減少させるかまたは阻害
する能力、リボソームまたはリボソームサブユニットと
相互作用するか、あるいはリボソームまたはリボソーム
サブユニットを結合する能力によって、生物活性につい
てスクリーニングされ得る。一部これらの結果に基づい
て、候補分子は、１つ以上の前述の工程を繰り返し使用
して精密化され、所望の生物学的活性を有するより望ま
しい分子を生成し得る。得られた分子は、標的生物の生
物学的活性の処置、阻害または予防に有用であり得、そ
れによって生物を殺傷するか、またはその増殖を妨げ
る。あるいは、得られた分子は、任意の生物（特に、動
物、より特に、ヒト）における微生物感染の処置、阻害
または予防に有用であり得る。
用したＲＤＤが、当該分野で公知でありかつ使用される
従来のコンピュータハードウェアおよびソフトウェアを
使用したコンピュータ支援薬物設計（ＣＡＤＤ）を通じ
て、最も直ちに容易にされ得ることが意図される。候補
分子は、従来の方法論を使用して、新規に設計され得る
か、またはすでに既存の分子（例えば、現存の抗生物
質）の改変版として設計され得る。一旦設計されると、
候補分子は、当該分野で公知でありかつ使用される標準
的な方法論を使用して合成され得る。合成後、候補分子
は、例えば、リボソーム機能を減少させるかまたは阻害
する能力、リボソームまたはリボソームサブユニットと
相互作用するか、あるいはリボソームまたはリボソーム
サブユニットを結合する能力によって、生物活性につい
てスクリーニングされ得る。一部これらの結果に基づい
て、候補分子は、１つ以上の前述の工程を繰り返し使用
して精密化され、所望の生物学的活性を有するより望ま
しい分子を生成し得る。得られた分子は、標的生物の生
物学的活性の処置、阻害または予防に有用であり得、そ
れによって生物を殺傷するか、またはその増殖を妨げ
る。あるいは、得られた分子は、任意の生物（特に、動
物、より特に、ヒト）における微生物感染の処置、阻害
または予防に有用であり得る。
【０２３５】要約すれば、本発明によって提供される手
段および方法論が使用され、望ましい様式で、リボソー
ムおよびリボソームサブユニットを結合および／または
リボソームおよびリボソームサブユニットと相互作用す
る目的の分子を同定および／または設計し得る。本質的
に、手順は、繰り返しのプロセスを利用し、それによっ
て、分子を合成し、試験し、そして特徴付ける。新規の
分子は、最初の分子の試験および特徴付けにおいて得ら
れた情報に基づいて設計され得、次いで、このような新
規に同定された分子は、それ自身試験され得、そして特
徴づけられ得る。この一連のプロセスは、望ましい結合
性質および／または生物学的活性を有する分子を得るに
必要とされる回数反復され得る。候補分子の同定のため
の方法を、以下により詳細に議論する。
段および方法論が使用され、望ましい様式で、リボソー
ムおよびリボソームサブユニットを結合および／または
リボソームおよびリボソームサブユニットと相互作用す
る目的の分子を同定および／または設計し得る。本質的
に、手順は、繰り返しのプロセスを利用し、それによっ
て、分子を合成し、試験し、そして特徴付ける。新規の
分子は、最初の分子の試験および特徴付けにおいて得ら
れた情報に基づいて設計され得、次いで、このような新
規に同定された分子は、それ自身試験され得、そして特
徴づけられ得る。この一連のプロセスは、望ましい結合
性質および／または生物学的活性を有する分子を得るに
必要とされる回数反復され得る。候補分子の同定のため
の方法を、以下により詳細に議論する。
【０２３６】（２．候補分子の同定）目的の候補分子の
設計が、従来のボール＆スティック型モデリング手順に
よって容易にされ得ることが意図される。しかし、大リ
ボソームサブユニットの大きさおよび複雑さを考慮し
て、候補分子を設計する能力が、コンピュータに基づく
モデリングおよび設計プロトコルを使用して、有意に増
大され得ることが意図される。
設計が、従来のボール＆スティック型モデリング手順に
よって容易にされ得ることが意図される。しかし、大リ
ボソームサブユニットの大きさおよび複雑さを考慮し
て、候補分子を設計する能力が、コンピュータに基づく
モデリングおよび設計プロトコルを使用して、有意に増
大され得ることが意図される。
【０２３７】（ａ．分子モデリング）本明細書中の以下
で詳細に議論される通り、候補分子の設計が、例えば、
ＩＢＭ ＯＳ／２オペレーティングシステム上のＵＮＩ
Ｘ（登録商標）ベースのＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）
ＮＴを作動し、そして分子モデリングおよび合理的な薬
物設計のための従来のコンピュータプログラムを作動し
得る、例えば、Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｒａｐｈｉｃｓ Ｉ
ｎｃ．およびＳｕｎ Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓから市
販されている従来のコンピュータまたはワークステーシ
ョンを使用して容易にされ得ることが意図される。
で詳細に議論される通り、候補分子の設計が、例えば、
ＩＢＭ ＯＳ／２オペレーティングシステム上のＵＮＩ
Ｘ（登録商標）ベースのＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）
ＮＴを作動し、そして分子モデリングおよび合理的な薬
物設計のための従来のコンピュータプログラムを作動し
得る、例えば、Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｒａｐｈｉｃｓ Ｉ
ｎｃ．およびＳｕｎ Ｍｉｃｒｏｓｙｓｔｅｍｓから市
販されている従来のコンピュータまたはワークステーシ
ョンを使用して容易にされ得ることが意図される。
【０２３８】図３１に示される包括的な特徴を有する任
意のコンピュータシステムが、本発明の実施に有用であ
り得ることが理解される。より具体的には、図３１は、
例えば、内部バスまたは外部ネットワーク、セントラル
プロセシングユニット（１０１）、ランダムアクセス記
憶装置（ＲＡＭ）（１０２）、読出し専用メモリ（ＲＯ
Ｍ）、モニタまたはターミナル（１０４）および必要に
応じて外部保存デバイス（例えば、ディスケット、ＣＤ
ＲＯＭまたは磁気テープ（１０５））を介して、互い
に電気通信（１００）される代表的なコンピュータワー
クステーションの略図である。
意のコンピュータシステムが、本発明の実施に有用であ
り得ることが理解される。より具体的には、図３１は、
例えば、内部バスまたは外部ネットワーク、セントラル
プロセシングユニット（１０１）、ランダムアクセス記
憶装置（ＲＡＭ）（１０２）、読出し専用メモリ（ＲＯ
Ｍ）、モニタまたはターミナル（１０４）および必要に
応じて外部保存デバイス（例えば、ディスケット、ＣＤ
ＲＯＭまたは磁気テープ（１０５））を介して、互い
に電気通信（１００）される代表的なコンピュータワー
クステーションの略図である。
【０２３９】本発明のコンピュータに基づくシステム
は、好ましくは、本発明のリボソームまたはリボソーム
サブユニットあるいはフラグメント配列および／または
原子座標／Ｘ線回折データが保存されたデータ保存手
段、ならびに分析手段を支持し、そして実行する必要な
ハードウェアおよびソフトウェア手段を含む。本明細書
中で使用されるように、「コンピュータシステム」また
は「コンピュータに基づくシステム」は、本発明の配
列、Ｘ線回折データおよび／または原子座標を分析する
ために使用される、ハードウェア手段、ソフトウェア手
段およびデータ保存手段をいう。本明細書中で使用され
るように、用語「データ保存手段」は、配列データ、原
子座標および／またはＸ線回折データあるいは本発明の
原子座標を記録された製品にアクセスし得るメモリアク
セス手段を保存し得る任意のメモリをいう。
は、好ましくは、本発明のリボソームまたはリボソーム
サブユニットあるいはフラグメント配列および／または
原子座標／Ｘ線回折データが保存されたデータ保存手
段、ならびに分析手段を支持し、そして実行する必要な
ハードウェアおよびソフトウェア手段を含む。本明細書
中で使用されるように、「コンピュータシステム」また
は「コンピュータに基づくシステム」は、本発明の配
列、Ｘ線回折データおよび／または原子座標を分析する
ために使用される、ハードウェア手段、ソフトウェア手
段およびデータ保存手段をいう。本明細書中で使用され
るように、用語「データ保存手段」は、配列データ、原
子座標および／またはＸ線回折データあるいは本発明の
原子座標を記録された製品にアクセスし得るメモリアク
セス手段を保存し得る任意のメモリをいう。
【０２４０】一つの実施形態において、本発明のリボソ
ームまたはリボソームサブユニット、あるいはその少な
くとも一つのサブドメイン、アミノ酸および核酸配列、
Ｘ線回折データおよび／または原子座標が、コンピュー
タ読取り可能媒体に記録される。本明細書中で使用され
るように、用語「コンピュータ読取り可能媒体」は、コ
ンピュータによって直接読まれ、そしてアクセスされ得
る任意の媒体を意味することが理解される。このような
媒体としては以下が挙げられるが、これらに限定されな
い：磁気記録媒体（例えば、フロッピー（登録商標）デ
ィスク、ハードディスク記録媒体および磁気テープ）；
光学記録媒体（例えば、光学ディスクまたはＣＤ−ＲＯ
Ｍ）；電気記録媒体（例えば、ＲＡＭおよびＲＯＭ）；
ならびにこれらのカテゴリの混成物（例えば、磁気／光
学記録媒体）。当業者は、現在公知のコンピュータ読取
り可能媒体のいずれかを使用し、どのように本発明のア
ミノ酸および／またはヌクレオチド配列、Ｘ線回折デー
タおよび／または原子座標を記録されたコンピュータ読
取り可能媒体を含む製品を創造し得るかを容易に認識す
る。
ームまたはリボソームサブユニット、あるいはその少な
くとも一つのサブドメイン、アミノ酸および核酸配列、
Ｘ線回折データおよび／または原子座標が、コンピュー
タ読取り可能媒体に記録される。本明細書中で使用され
るように、用語「コンピュータ読取り可能媒体」は、コ
ンピュータによって直接読まれ、そしてアクセスされ得
る任意の媒体を意味することが理解される。このような
媒体としては以下が挙げられるが、これらに限定されな
い：磁気記録媒体（例えば、フロッピー（登録商標）デ
ィスク、ハードディスク記録媒体および磁気テープ）；
光学記録媒体（例えば、光学ディスクまたはＣＤ−ＲＯ
Ｍ）；電気記録媒体（例えば、ＲＡＭおよびＲＯＭ）；
ならびにこれらのカテゴリの混成物（例えば、磁気／光
学記録媒体）。当業者は、現在公知のコンピュータ読取
り可能媒体のいずれかを使用し、どのように本発明のア
ミノ酸および／またはヌクレオチド配列、Ｘ線回折デー
タおよび／または原子座標を記録されたコンピュータ読
取り可能媒体を含む製品を創造し得るかを容易に認識す
る。
【０２４１】本明細書中で使用されるように、用語「記
録された」は、コンピュータ読取り可能媒体上に情報を
保存する任意のプロセスを意味することが理解される。
当業者は、コンピュータ読取り可能媒体上に情報を記録
するための現在公知の方法のいずれかを容易に採用し、
本発明のアミノ酸またはヌクレオチド配列、原子座標お
よび／またはＸ線回折データを含む製品を生成し得る。
録された」は、コンピュータ読取り可能媒体上に情報を
保存する任意のプロセスを意味することが理解される。
当業者は、コンピュータ読取り可能媒体上に情報を記録
するための現在公知の方法のいずれかを容易に採用し、
本発明のアミノ酸またはヌクレオチド配列、原子座標お
よび／またはＸ線回折データを含む製品を生成し得る。
【０２４２】本発明のアミノ酸および／またはヌクレオ
チド配列、原子座標および／またはＸ線回折データを記
録されたコンピュータ読取り可能媒体を創造するための
種々のデータ保存構造は、当業者に入手可能である。デ
ータ保存構造の選択は、一般に、保存された情報にアク
セスするように選択された手段に基づく。さらに、種々
のデータプロセッサおよびフォーマットが使用され、コ
ンピュータ読取り可能媒体上に、本発明の配列情報、Ｘ
線データおよび／または原子座標が保存され得る。上述
の情報、データおよび座標は、市販のソフトウェア（例
えば、ＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔおよびＭＩＣＲＯＳＯＦ
Ｔ Ｗｏｒｄ）でフォーマット（例えば、テキストファ
イルまたはデータベース）されたワードプロセッサテキ
ストファイル、またはデータベースアプリケーション
（例えば、ＤＢ２、Ｓｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅなど）
に保存されたＡＳＣＩＩファイルの形態で表され得る。
当業者は、本発明の情報を記録したコンピュータ読取り
可能媒体を得るために、任意の数のデータプロセッサ構
造化（ｓｔｒｕｃｔｕｒｉｎｇ）フォーマットを容易に
適用し得る。
チド配列、原子座標および／またはＸ線回折データを記
録されたコンピュータ読取り可能媒体を創造するための
種々のデータ保存構造は、当業者に入手可能である。デ
ータ保存構造の選択は、一般に、保存された情報にアク
セスするように選択された手段に基づく。さらに、種々
のデータプロセッサおよびフォーマットが使用され、コ
ンピュータ読取り可能媒体上に、本発明の配列情報、Ｘ
線データおよび／または原子座標が保存され得る。上述
の情報、データおよび座標は、市販のソフトウェア（例
えば、ＷｏｒｄＰｅｒｆｅｃｔおよびＭＩＣＲＯＳＯＦ
Ｔ Ｗｏｒｄ）でフォーマット（例えば、テキストファ
イルまたはデータベース）されたワードプロセッサテキ
ストファイル、またはデータベースアプリケーション
（例えば、ＤＢ２、Ｓｙｂａｓｅ、Ｏｒａｃｌｅなど）
に保存されたＡＳＣＩＩファイルの形態で表され得る。
当業者は、本発明の情報を記録したコンピュータ読取り
可能媒体を得るために、任意の数のデータプロセッサ構
造化（ｓｔｒｕｃｔｕｒｉｎｇ）フォーマットを容易に
適用し得る。
【０２４３】リボソームまたはリボソームサブユニット
の配列および／または原子座標を保存されたコンピュー
タ読取り可能媒体を提供することによって、当業者は、
配列および／または原子座標に慣用的にアクセスし得、
リボソームもしくはリボソームサブユニット、そのサブ
ドメイン、そのミメティックまたはリガンドをモデリン
グし得る。当業者が、コンピュータ読取り可能媒体にお
いて提供されるこのデータにアクセスし、そして分子モ
デリングおよび／またはＲＤＤについて分析することを
可能にするコンピュータアルゴリズムは、公的に入手可
能であり、そして市販されている。例えば、Ｂｉｏｔｅ
ｃｈｎｏｌｏｇｙ ＳｏｆｔｗａｒｅＤｉｒｅｃｔｏｒ
ｙ，ＭａｒｙＡｎｎ Ｌｉｅｂｅｒｔ Ｐｕｂｌ．，Ｎ
ｅｗＹｏｒｋ，ＮＹ（１９９５）を参照のこと。
の配列および／または原子座標を保存されたコンピュー
タ読取り可能媒体を提供することによって、当業者は、
配列および／または原子座標に慣用的にアクセスし得、
リボソームもしくはリボソームサブユニット、そのサブ
ドメイン、そのミメティックまたはリガンドをモデリン
グし得る。当業者が、コンピュータ読取り可能媒体にお
いて提供されるこのデータにアクセスし、そして分子モ
デリングおよび／またはＲＤＤについて分析することを
可能にするコンピュータアルゴリズムは、公的に入手可
能であり、そして市販されている。例えば、Ｂｉｏｔｅ
ｃｈｎｏｌｏｇｙ ＳｏｆｔｗａｒｅＤｉｒｅｃｔｏｒ
ｙ，ＭａｒｙＡｎｎ Ｌｉｅｂｅｒｔ Ｐｕｂｌ．，Ｎ
ｅｗＹｏｒｋ，ＮＹ（１９９５）を参照のこと。
【０２４４】コンピュータは必要とされないが、分子モ
デリングは、リボソーム、リボソームサブユニットまた
はその一部分の現実的なモデルを作成するためにコンピ
ュータを使用することによって、最も直ちに容易にされ
得る。分子モデリングはまた、リボソーム、リボソーム
サブユニットまたはその中の一部分に結合し得る新規の
より小さい分子（例えば、リガンド、薬剤および他の分
子）のモデリングを可能にする。分子モデリングに利用
される方法は、分子グラフィック（すなわち、３次元表
示から計算機化学（すなわち、物理学的性質および化学
的性質の計算）に及び、より小さい分子の結合またはそ
の活性についての予測を行い；そして化学合成のための
リガンド（例えば、薬物）を含む新規の分子を予測す
る。
デリングは、リボソーム、リボソームサブユニットまた
はその一部分の現実的なモデルを作成するためにコンピ
ュータを使用することによって、最も直ちに容易にされ
得る。分子モデリングはまた、リボソーム、リボソーム
サブユニットまたはその中の一部分に結合し得る新規の
より小さい分子（例えば、リガンド、薬剤および他の分
子）のモデリングを可能にする。分子モデリングに利用
される方法は、分子グラフィック（すなわち、３次元表
示から計算機化学（すなわち、物理学的性質および化学
的性質の計算）に及び、より小さい分子の結合またはそ
の活性についての予測を行い；そして化学合成のための
リガンド（例えば、薬物）を含む新規の分子を予測す
る。
【０２４５】分子モデリングについての基本的な情報に
ついては、例えば、Ｍ．Ｓｃｈｌｅｃｈｔ，Ｍｏｌｅｃ
ｕｌａｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｏｎ ｔｈｅ ＰＣ（１
９９８）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ；Ｇａｎ
ｓら，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｐｒｉｎｃｉｐａｌｓ
ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ（１９
９６）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｕｂ．Ｃｏｒｐ．；Ｎ．Ｃ．Ｃ
ｏｈｅｎ編，Ｇｕｉｄｅｂｏｏｋ ｏｎ Ｍｏｌｅｃｕ
ｌａｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｉｎ ＤｒｕｇＤｅｓｉｇ
ｎ（１９９６）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；および
Ｗ．Ｂ．Ｓｍｉｔｈ，Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ
Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍ
ｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｏｄｅｌ
ｉｎｇ（１９９６）を参照のこと。分子モデリングにつ
いての詳細な情報を提供する米国特許としては、例え
ば、米国特許第６，０９３，５７３号；同第６，０８
０，５７６号；同第６，０７５，０１４号；同第６，０
７５，１２３号；同第６，０７１，７００号；同第５，
９９４，５０３号；同第５，８８４，２３０号；同第
５，６１２，８９４号；同第５，５８３，９７３号；同
第５，０３０，１０３号；同第４，９０６，１２２号；
および同第４，８１２，１２号が挙げられる。
ついては、例えば、Ｍ．Ｓｃｈｌｅｃｈｔ，Ｍｏｌｅｃ
ｕｌａｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｏｎ ｔｈｅ ＰＣ（１
９９８）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ；Ｇａｎ
ｓら，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｐｒｉｎｃｉｐａｌｓ
ｏｆ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ（１９
９６）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｕｂ．Ｃｏｒｐ．；Ｎ．Ｃ．Ｃ
ｏｈｅｎ編，Ｇｕｉｄｅｂｏｏｋ ｏｎ Ｍｏｌｅｃｕ
ｌａｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｉｎ ＤｒｕｇＤｅｓｉｇ
ｎ（１９９６）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；および
Ｗ．Ｂ．Ｓｍｉｔｈ，Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ
Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍ
ｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｏｄｅｌ
ｉｎｇ（１９９６）を参照のこと。分子モデリングにつ
いての詳細な情報を提供する米国特許としては、例え
ば、米国特許第６，０９３，５７３号；同第６，０８
０，５７６号；同第６，０７５，０１４号；同第６，０
７５，１２３号；同第６，０７１，７００号；同第５，
９９４，５０３号；同第５，８８４，２３０号；同第
５，６１２，８９４号；同第５，５８３，９７３号；同
第５，０３０，１０３号；同第４，９０６，１２２号；
および同第４，８１２，１２号が挙げられる。
【０２４６】３次元モデリングは、以下を含み得るがこ
れらに限定されない：構造の３次元表示を作製する工
程、構造の図を描く工程、構造の物理的モデルを形成す
る工程、ならびに、既知の座標を使用して、関連するリ
ボソーム、リボソームサブユニット、ならびにリボソー
ム／リガンド複合体およびリボソームサブユニット／リ
ガンド複合体を決定する工程。適切な座標は、当該分野
で公知の通り、分子モデリングの１つ以上のコンピュー
タプログラムに入れられる。例えば、３次元構造を見る
か、または操作するために有用なコンピュータプログラ
ムのリストとしては、以下が挙げられる：Ｍｉｄａｓ
（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉ
ａ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ）；ＭｉｄａｓＰｌｕ
ｓ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉ
ａ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ）；ＭＯＩＬ（Ｕｎｉ
ｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）；Ｙｕｍｍ
ｉｅ（Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｓｙｂｙｌ
（Ｔｒｉｐｏｓ，Ｉｎｃ．）；Ｉｎｓｉｇｈｔ／Ｄｉｓ
ｃｏｖｅｒ（Ｂｉｏｓｙｍ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅ
ｓ）；ＭａｃｒｏＭｏｄｅｌ（Ｃｏｌｕｍｂｉａ Ｕｎ
ｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｑｕａｎｔａ（Ｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．）；Ｃｅｒｉｕ
ｓ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉ
ｎｃ．）；Ａｌｃｈｅｍｙ（Ｔｒｉｐｏｓ，Ｉｎ
ｃ．）；ＬａｂＶｉｓｉｏｎ（Ｔｒｉｐｏｓ，Ｉｎ
ｃ．）；Ｒａｓｍｏｌ（Ｇｌａｘｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ
ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）；Ｒｉｂｂｏｎ
（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ａｌａｂａｍａ）；Ｎ
ＡＯＭＩ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｅ
ｘｐｌｏｒｅｒ Ｅｙｅｃｈｅｍ（Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇ
ｒａｐｈｉｃｓ，Ｉｎｃ．）；Ｕｎｉｖｉｓｉｏｎ（Ｃ
ｒａｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）；Ｍｏｌｓｃｒｉｐｔ（Ｕ
ｐｐｓａｌａＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｃｈｅｍ−３Ｄ
（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；Ｃｈ
ａｉｎ（Ｂａｙｌｏｒ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｍｅｄ
ｉｃｉｎｅ）；Ｏ（Ｕｐｐｓａｌａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ）；ＧＲＡＳＰ（Ｃｏｌｕｍｂｉａ Ｕｎｉｖｅｒ
ｓｉｔｙ）；Ｘ−Ｐｌｏｒ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉ
ｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅ
ｒｓｉｔｙ）；Ｓｐａｒｔａｎ（Ｗａｖｅｆｕｎｃｔｉ
ｏｎ，Ｉｎｃ．）；Ｃａｔａｌｙｓｔ（Ｍｏｌｅｃｕｌ
ａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．）；Ｍｏｌｃ
ａｄｄ（Ｔｒｉｐｏｓ，Ｉｎｃ．）；ＶＭＤ（Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｉｌｌｉｎｏｉｓ／Ｂｅｃｋｍａ
ｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）；Ｓｃｕｌｐｔ（Ｉｎｔｅｒ
ａｃｔｉｖｅ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．）；
Ｐｒｏｃｈｅｃｋ（Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ Ｎａｔｉｏ
ｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ）；ＤＧＥＯＭ（ＱＣＰＥ）；
ＲＥ＿ＶＩＥＷ（Ｂｒｕｎｅｌｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔ
ｙ）；Ｍｏｄｅｌｌｅｒ（Ｂｉｒｂｅｃｋ Ｃｏｌｌｅ
ｇｅ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｌｏｎｄｏｎ）；
Ｘｍｏｌ（Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ Ｓｕｐｅｒｃｏｍｐｕ
ｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ）；Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｅ
ｒｔ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；
ＨｙｐｅｒＣｈｅｍ（Ｈｙｐｅｒｃｕｂｅ）；ＭＤ Ｄ
ｉｓｐｌａｙ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈ
ｉｎｇｔｏｎ）；ＰＫＢ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔ
ｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏ
ｒｍａｔｉｏｎ，ＮＩＨ）；ＣｈｅｍＸ（Ｃｈｅｍｉｃ
ａｌ Ｄｅｓｉｇｎ，Ｌｔｄ．）；Ｃａｍｅｌｅｏｎ
（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ，Ｉｎｃ．）；お
よびＩｄｉｔｉｓ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒ，Ｉｎｃ．）。
れらに限定されない：構造の３次元表示を作製する工
程、構造の図を描く工程、構造の物理的モデルを形成す
る工程、ならびに、既知の座標を使用して、関連するリ
ボソーム、リボソームサブユニット、ならびにリボソー
ム／リガンド複合体およびリボソームサブユニット／リ
ガンド複合体を決定する工程。適切な座標は、当該分野
で公知の通り、分子モデリングの１つ以上のコンピュー
タプログラムに入れられる。例えば、３次元構造を見る
か、または操作するために有用なコンピュータプログラ
ムのリストとしては、以下が挙げられる：Ｍｉｄａｓ
（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉ
ａ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ）；ＭｉｄａｓＰｌｕ
ｓ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉ
ａ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ）；ＭＯＩＬ（Ｕｎｉ
ｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｉｌｌｉｎｏｉｓ）；Ｙｕｍｍ
ｉｅ（Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｓｙｂｙｌ
（Ｔｒｉｐｏｓ，Ｉｎｃ．）；Ｉｎｓｉｇｈｔ／Ｄｉｓ
ｃｏｖｅｒ（Ｂｉｏｓｙｍ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅ
ｓ）；ＭａｃｒｏＭｏｄｅｌ（Ｃｏｌｕｍｂｉａ Ｕｎ
ｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｑｕａｎｔａ（Ｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．）；Ｃｅｒｉｕ
ｓ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉ
ｎｃ．）；Ａｌｃｈｅｍｙ（Ｔｒｉｐｏｓ，Ｉｎ
ｃ．）；ＬａｂＶｉｓｉｏｎ（Ｔｒｉｐｏｓ，Ｉｎ
ｃ．）；Ｒａｓｍｏｌ（Ｇｌａｘｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ
ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）；Ｒｉｂｂｏｎ
（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ａｌａｂａｍａ）；Ｎ
ＡＯＭＩ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｅ
ｘｐｌｏｒｅｒ Ｅｙｅｃｈｅｍ（Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇ
ｒａｐｈｉｃｓ，Ｉｎｃ．）；Ｕｎｉｖｉｓｉｏｎ（Ｃ
ｒａｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）；Ｍｏｌｓｃｒｉｐｔ（Ｕ
ｐｐｓａｌａＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）；Ｃｈｅｍ−３Ｄ
（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；Ｃｈ
ａｉｎ（Ｂａｙｌｏｒ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｍｅｄ
ｉｃｉｎｅ）；Ｏ（Ｕｐｐｓａｌａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ）；ＧＲＡＳＰ（Ｃｏｌｕｍｂｉａ Ｕｎｉｖｅｒ
ｓｉｔｙ）；Ｘ−Ｐｌｏｒ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉ
ｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅ
ｒｓｉｔｙ）；Ｓｐａｒｔａｎ（Ｗａｖｅｆｕｎｃｔｉ
ｏｎ，Ｉｎｃ．）；Ｃａｔａｌｙｓｔ（Ｍｏｌｅｃｕｌ
ａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．）；Ｍｏｌｃ
ａｄｄ（Ｔｒｉｐｏｓ，Ｉｎｃ．）；ＶＭＤ（Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｉｌｌｉｎｏｉｓ／Ｂｅｃｋｍａ
ｎ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）；Ｓｃｕｌｐｔ（Ｉｎｔｅｒ
ａｃｔｉｖｅ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｃ．）；
Ｐｒｏｃｈｅｃｋ（Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ Ｎａｔｉｏ
ｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ）；ＤＧＥＯＭ（ＱＣＰＥ）；
ＲＥ＿ＶＩＥＷ（Ｂｒｕｎｅｌｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔ
ｙ）；Ｍｏｄｅｌｌｅｒ（Ｂｉｒｂｅｃｋ Ｃｏｌｌｅ
ｇｅ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｌｏｎｄｏｎ）；
Ｘｍｏｌ（Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ Ｓｕｐｅｒｃｏｍｐｕ
ｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ）；Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｘｐｅ
ｒｔ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）；
ＨｙｐｅｒＣｈｅｍ（Ｈｙｐｅｒｃｕｂｅ）；ＭＤ Ｄ
ｉｓｐｌａｙ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｗａｓｈ
ｉｎｇｔｏｎ）；ＰＫＢ（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔ
ｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏ
ｒｍａｔｉｏｎ，ＮＩＨ）；ＣｈｅｍＸ（Ｃｈｅｍｉｃ
ａｌ Ｄｅｓｉｇｎ，Ｌｔｄ．）；Ｃａｍｅｌｅｏｎ
（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ，Ｉｎｃ．）；お
よびＩｄｉｔｉｓ（Ｏｘｆｏｒｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒ，Ｉｎｃ．）。
【０２４７】ＲＤＤへの一つのアプローチは、目的の部
位に結合し得る既知の分子構造を検索することである。
分子モデリングを使用して、ＲＤＤプログラムは、目的
の部位に適合し得る異なる分子構造の範囲で眺め得、そ
してそしてコンピュータスクリーン上に移動するか、ま
たは計算を介することによって、どの構造が、実際に良
好に部位に適合するかを決定し得る（Ｗｉｌｌｉａｍ
Ｂａｉｎｓ（１９９８）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
ｆｒｏｍ Ａ ｔｏ Ｚ，第２版，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎ
ｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２５９頁）。
位に結合し得る既知の分子構造を検索することである。
分子モデリングを使用して、ＲＤＤプログラムは、目的
の部位に適合し得る異なる分子構造の範囲で眺め得、そ
してそしてコンピュータスクリーン上に移動するか、ま
たは計算を介することによって、どの構造が、実際に良
好に部位に適合するかを決定し得る（Ｗｉｌｌｉａｍ
Ｂａｉｎｓ（１９９８）Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
ｆｒｏｍ Ａ ｔｏ Ｚ，第２版，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎ
ｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２５９頁）。
【０２４８】代替ではあるが関連するアプローチは、小
さい分子リガンドとの複合体の既知の構造、およびリボ
ソームまたはリボソームサブユニットとのさらなる有利
な相互作用を形成するためのこの小さい分子のモデル改
変から開始される。
さい分子リガンドとの複合体の既知の構造、およびリボ
ソームまたはリボソームサブユニットとのさらなる有利
な相互作用を形成するためのこの小さい分子のモデル改
変から開始される。
【０２４９】本発明は、分子モデリング技術およびコン
ピュータモデリング技術を使用することによって、リボ
ソームおよびリボソームサブユニットと相互作用する新
規の分子（例えば、抗生物質または他の治療剤）の設計
および選択を可能にする。このような抗生物質および治
療剤の他の型としては、抗真菌薬、抗ウイルス物質、抗
菌薬、殺虫薬、除草薬、ダニ駆除剤、齧歯類駆除剤（ｒ
ｏｄｅｎｔｃｉｄｅｓ）などが挙げられるがこれらに限
定されない。
ピュータモデリング技術を使用することによって、リボ
ソームおよびリボソームサブユニットと相互作用する新
規の分子（例えば、抗生物質または他の治療剤）の設計
および選択を可能にする。このような抗生物質および治
療剤の他の型としては、抗真菌薬、抗ウイルス物質、抗
菌薬、殺虫薬、除草薬、ダニ駆除剤、齧歯類駆除剤（ｒ
ｏｄｅｎｔｃｉｄｅｓ）などが挙げられるがこれらに限
定されない。
【０２５０】分子モデリングおよび／またはＲＤＤを容
易にするために、当業者は、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ
Ｄａｔａ Ｂａｎｋに登録番号ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦ
Ｋ、１ＪＪ２、１ＦＦＺ、ＩＦＧ０、１Ｋ７３、１ＫＣ
８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍで登録された
原子座標のいくつかまたはすべて、および／あるいはデ
ィスク番号１に含まれる原子座標のいくつかまたはすべ
てを使用し得る。さらに、当業者は、上述の原子座標を
使用して、目的の別の種由来のリボソームのモデルの少
なくとも一部分をともに規定する、例えば、分子モデリ
ングを介して、例えば、相同性モデリングおよび／また
は分子置換技術を使用して、さらなる原子座標を生成し
得る。上述の原子座標を使用することによって、当業者
は、１つ以上の種由来のリボソームに対して有効である
ようにぴったり合うことが可能であるが、他の種のリボ
ソームに対する効果がほとんどないか、またはまったく
ないタンパク質合成インヒビターを設計し得る。このよ
うなインヒビターは、拮抗的インヒビターであり得る。
本明細書中で使用されるように、用語「拮抗的インヒビ
ター」は、リボソームまたはリボソームサブユニットの
活性化形態に、その基質またはｔＲＮＡと同じ部位で結
合するインヒビターをいい、従って、直接基質またはｔ
ＲＮＡと競争する。用語リボソームまたはリボソームの
「活性化形態」は、タンパク質合成を可能にし得る状態
におけるリボソームまたはリボソームサブユニットをい
う。拮抗阻害は、基質濃度またはｔＲＮＡ濃度を増加す
ることによって、完全に逆転され得る。
易にするために、当業者は、ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ
Ｄａｔａ Ｂａｎｋに登録番号ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦ
Ｋ、１ＪＪ２、１ＦＦＺ、ＩＦＧ０、１Ｋ７３、１ＫＣ
８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍで登録された
原子座標のいくつかまたはすべて、および／あるいはデ
ィスク番号１に含まれる原子座標のいくつかまたはすべ
てを使用し得る。さらに、当業者は、上述の原子座標を
使用して、目的の別の種由来のリボソームのモデルの少
なくとも一部分をともに規定する、例えば、分子モデリ
ングを介して、例えば、相同性モデリングおよび／また
は分子置換技術を使用して、さらなる原子座標を生成し
得る。上述の原子座標を使用することによって、当業者
は、１つ以上の種由来のリボソームに対して有効である
ようにぴったり合うことが可能であるが、他の種のリボ
ソームに対する効果がほとんどないか、またはまったく
ないタンパク質合成インヒビターを設計し得る。このよ
うなインヒビターは、拮抗的インヒビターであり得る。
本明細書中で使用されるように、用語「拮抗的インヒビ
ター」は、リボソームまたはリボソームサブユニットの
活性化形態に、その基質またはｔＲＮＡと同じ部位で結
合するインヒビターをいい、従って、直接基質またはｔ
ＲＮＡと競争する。用語リボソームまたはリボソームの
「活性化形態」は、タンパク質合成を可能にし得る状態
におけるリボソームまたはリボソームサブユニットをい
う。拮抗阻害は、基質濃度またはｔＲＮＡ濃度を増加す
ることによって、完全に逆転され得る。
【０２５１】本発明はまた、タンパク質合成の非拮抗的
インヒビターとして作用する分子の設計を可能にする。
本明細書中で使用されるように、用語「非拮抗的インヒ
ビター」は、基質またはｔＲＮＡに結合するよりも、リ
ボソームまたはリボソームサブユニットの異なる部位に
結合することによって、リボソームまたはリボソームサ
ブユニットの機能的活性を阻害する分子をいう。このよ
うなインヒビターは、しばしば、基質またはｔＲＮＡを
伴うリボソームまたはリボソームサブユニットに結合し
得、そしてリボソームまたはリボソームサブユニットそ
れ自身には結合しない。非拮抗阻害は、基質濃度を増加
させることによって完全に逆転することができない。こ
れらのインヒビターは、基質にすでに結合した大リボソ
ームサブユニットの活性部位または他の領域のすべて、
またはその大リボソームサブユニットの活性部位または
他の領域の一部分に結合し得、そして大リボソームサブ
ユニットの活性部位に競合するか、または大リボソーム
サブユニットへの結合に競合する既知の拮抗的インヒビ
ターよりも強力かつ非特異的であり得る。
インヒビターとして作用する分子の設計を可能にする。
本明細書中で使用されるように、用語「非拮抗的インヒ
ビター」は、基質またはｔＲＮＡに結合するよりも、リ
ボソームまたはリボソームサブユニットの異なる部位に
結合することによって、リボソームまたはリボソームサ
ブユニットの機能的活性を阻害する分子をいう。このよ
うなインヒビターは、しばしば、基質またはｔＲＮＡを
伴うリボソームまたはリボソームサブユニットに結合し
得、そしてリボソームまたはリボソームサブユニットそ
れ自身には結合しない。非拮抗阻害は、基質濃度を増加
させることによって完全に逆転することができない。こ
れらのインヒビターは、基質にすでに結合した大リボソ
ームサブユニットの活性部位または他の領域のすべて、
またはその大リボソームサブユニットの活性部位または
他の領域の一部分に結合し得、そして大リボソームサブ
ユニットの活性部位に競合するか、または大リボソーム
サブユニットへの結合に競合する既知の拮抗的インヒビ
ターよりも強力かつ非特異的であり得る。
【０２５２】同様に、別の化学的実体への結合の有無を
問わず、タンパク質合成に結合し、そして阻害する非拮
抗的インヒビターは、大リボソームサブユニットまたは
本発明の大リボソームサブユニットを含む複合体の原子
座標を使用して設計され得る。本明細書中で使用される
ように、用語「非拮抗的インヒビター」は、リボソーム
またはリボソームサブユニットの遊離形態、またはリボ
ソームまたはリボソームサブユニットの基質結合形態、
あるいはリボソームまたはリボソームサブユニットのｔ
ＲＮＡ結合形態のいずれかに結合し得るインヒビターを
いう。
問わず、タンパク質合成に結合し、そして阻害する非拮
抗的インヒビターは、大リボソームサブユニットまたは
本発明の大リボソームサブユニットを含む複合体の原子
座標を使用して設計され得る。本明細書中で使用される
ように、用語「非拮抗的インヒビター」は、リボソーム
またはリボソームサブユニットの遊離形態、またはリボ
ソームまたはリボソームサブユニットの基質結合形態、
あるいはリボソームまたはリボソームサブユニットのｔ
ＲＮＡ結合形態のいずれかに結合し得るインヒビターを
いう。
【０２５３】当業者は、Ｓｅｇｅｌ，Ｉ．Ｈ．，（１９
７５）Ｅｎｚｙｍｅ Ｋｉｎｅｔｉｃｓ：Ｂｅｈａｖｉ
ｏｕｒ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｒａｐｉｄ
Ｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ａｎｄ Ｓｔｅａｄｙ−Ｓ
ｔａｔｅ Ｅｎｚｙｍｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ，（Ｗｉｌｅ
ｙ Ｃｌａｓｓｉｃｓ Ｌｉｂｒａｒｙ）に従った標準
的な式を使用したコンピュータフィッティング酵素動力
学データによって、インヒビターを拮抗的、非拮抗的
（ｕｎｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）または非拮抗的（ｎｏ
ｎｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）と同定し得る。本発明に従
った非拮抗的（ｕｎｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）インヒビ
ターまたは非拮抗的（ｎｏｎｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）
インヒビターが、同じ結合部位または異なる結合部位に
結合し得ることがまた、理解されるべきである。
７５）Ｅｎｚｙｍｅ Ｋｉｎｅｔｉｃｓ：Ｂｅｈａｖｉ
ｏｕｒ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｒａｐｉｄ
Ｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ａｎｄ Ｓｔｅａｄｙ−Ｓ
ｔａｔｅ Ｅｎｚｙｍｅ Ｓｙｓｔｅｍｓ，（Ｗｉｌｅ
ｙ Ｃｌａｓｓｉｃｓ Ｌｉｂｒａｒｙ）に従った標準
的な式を使用したコンピュータフィッティング酵素動力
学データによって、インヒビターを拮抗的、非拮抗的
（ｕｎｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）または非拮抗的（ｎｏ
ｎｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）と同定し得る。本発明に従
った非拮抗的（ｕｎｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）インヒビ
ターまたは非拮抗的（ｎｏｎｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ）
インヒビターが、同じ結合部位または異なる結合部位に
結合し得ることがまた、理解されるべきである。
【０２５４】あるいは、本発明によって提供される原子
座標は、既知のタンパク質合成インヒビターの改良され
たアナログを設計するのに有用であるか、または５０Ｓ
リボソームサブユニット／ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏ複合
体および５０Ｓリボソームサブユニット／ａａ−ｔＲＮ
Ａアナログ複合体の結晶の原子構造および座標に基づく
インヒビターの新規のクラスの設計に有用である。これ
は、高い特異性、安定性および他の薬物様品質の両方
で、タンパク質合成インヒビターの設計のための新規の
経路を提供する（Ｌｉｐｉｎｓｋｉら（１９９７）Ａｄ
ｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．２３：３）。
座標は、既知のタンパク質合成インヒビターの改良され
たアナログを設計するのに有用であるか、または５０Ｓ
リボソームサブユニット／ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏ複合
体および５０Ｓリボソームサブユニット／ａａ−ｔＲＮ
Ａアナログ複合体の結晶の原子構造および座標に基づく
インヒビターの新規のクラスの設計に有用である。これ
は、高い特異性、安定性および他の薬物様品質の両方
で、タンパク質合成インヒビターの設計のための新規の
経路を提供する（Ｌｉｐｉｎｓｋｉら（１９９７）Ａｄ
ｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖ．２３：３）。
【０２５５】本発明の原子座標はまた、リボソームまた
はリボソームサブユニットあるいは種々の異なる化学的
特徴からなる分子を有するその一部分の３次元構造を突
き止めることを可能にし、候補インヒビターおよび／ま
たはアクチベーターとリボソームまたはリボソームサブ
ユニットとの間の相互作用のための最適な部位を決定す
る。例えば、溶媒に浸された結晶から収集されたＸ腺回
折データに基づく高分解能の原子座標により、各々の型
の溶媒分子の付着の位置の決定が可能になる。次いで、
これらの部位に結合する小分子が設計され得、合成され
得、そして阻害活性について試験され得る（Ｔｒａｖｉ
ｓ，Ｊ．（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ２６２：１３７
４）。さらに、任意の公知の抗生物質、インヒビターま
たはＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大サブユニットに結合
する他の小分子が、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大サブ
ユニットの結晶に浸漬され得、そして結合の正確な様式
が、差電子密度地図から決定され得る。これらの分子
は、より良い薬物様化合物が合成され得る先導する化合
物を表し得る。
はリボソームサブユニットあるいは種々の異なる化学的
特徴からなる分子を有するその一部分の３次元構造を突
き止めることを可能にし、候補インヒビターおよび／ま
たはアクチベーターとリボソームまたはリボソームサブ
ユニットとの間の相互作用のための最適な部位を決定す
る。例えば、溶媒に浸された結晶から収集されたＸ腺回
折データに基づく高分解能の原子座標により、各々の型
の溶媒分子の付着の位置の決定が可能になる。次いで、
これらの部位に結合する小分子が設計され得、合成され
得、そして阻害活性について試験され得る（Ｔｒａｖｉ
ｓ，Ｊ．（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ２６２：１３７
４）。さらに、任意の公知の抗生物質、インヒビターま
たはＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大サブユニットに結合
する他の小分子が、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大サブ
ユニットの結晶に浸漬され得、そして結合の正確な様式
が、差電子密度地図から決定され得る。これらの分子
は、より良い薬物様化合物が合成され得る先導する化合
物を表し得る。
【０２５６】（ｂ．標的部位の同定）本発明の原子座標
により、当業者が、合理的な薬物設計における開始地点
として役立ち得るリボソームまたは大リボソームサブユ
ニットにおける標的位置を同定することを可能にする。
閾値問題として、本発明の原子座標により、当業者が、
リボソームを離れてタンパク質合成および／またはタン
パク質分泌に関与するリボソームまたはリボソームサブ
ユニット内の特異的な領域を同定することを可能にす
る。さらに、本発明の原子座標により、当業者が、異な
る生物間で保存されるかまたは保存されないこれらの領
域の一部分をさらに同定することを可能にする。例え
ば、特定の病原体（例えば、特定の原核生物）の間で保
存されるが、宿主生物（例えば、真核生物、より好まし
くは、哺乳動物）においては保存されないこれらの領域
の一部分を同定することによって、当業者は、病原体の
リボソームのタンパク質合成活性を選択的に阻害または
中断するが、宿主のリボソームのタンパク質合成活性を
選択的に阻害または中断しない分子を設計し得る。さら
に、特定の病原体の間で保存されるかまたは保存されな
いのいずれかである領域を分析することによって、特定
の必要性が生じる場合に、広い範囲または狭い範囲のタ
ンパク質合成インヒビター（例えば、抗生物質）を設計
することが可能になり得る。
により、当業者が、合理的な薬物設計における開始地点
として役立ち得るリボソームまたは大リボソームサブユ
ニットにおける標的位置を同定することを可能にする。
閾値問題として、本発明の原子座標により、当業者が、
リボソームを離れてタンパク質合成および／またはタン
パク質分泌に関与するリボソームまたはリボソームサブ
ユニット内の特異的な領域を同定することを可能にす
る。さらに、本発明の原子座標により、当業者が、異な
る生物間で保存されるかまたは保存されないこれらの領
域の一部分をさらに同定することを可能にする。例え
ば、特定の病原体（例えば、特定の原核生物）の間で保
存されるが、宿主生物（例えば、真核生物、より好まし
くは、哺乳動物）においては保存されないこれらの領域
の一部分を同定することによって、当業者は、病原体の
リボソームのタンパク質合成活性を選択的に阻害または
中断するが、宿主のリボソームのタンパク質合成活性を
選択的に阻害または中断しない分子を設計し得る。さら
に、特定の病原体の間で保存されるかまたは保存されな
いのいずれかである領域を分析することによって、特定
の必要性が生じる場合に、広い範囲または狭い範囲のタ
ンパク質合成インヒビター（例えば、抗生物質）を設計
することが可能になり得る。
【０２５７】図３２は、リボソーム内でのタンパク質合
成および／またはリボソーム外で新たに合成されたタン
パク質の輸送または移動に関与するらしい種々の典型的
な標的部位を同定する大リボソームサブユニットの概略
図である。標的部位としては、例えば、Ｐ部位（２０
０）、Ａ部位（２０１）、ペプチジルトランスフェラー
ゼ中央部（２０２）、ペプチジルトランスフェラーゼ部
位（２０３）（少なくともＰ部位およびＡ部位の一部
分、因子結合ドメイン（２０４）（例えば、ＥＦ−Ｔｕ
結合ドメインおよびＥＦ−Ｇ結合ドメインを含む）、ポ
リペプチド出口トンネル（２０５）（出口トンネルの壁
によって規定されるキャビティを含む）、シグナル認識
粒子結合ドメイン（２０６）を含む）が挙げられる。
成および／またはリボソーム外で新たに合成されたタン
パク質の輸送または移動に関与するらしい種々の典型的
な標的部位を同定する大リボソームサブユニットの概略
図である。標的部位としては、例えば、Ｐ部位（２０
０）、Ａ部位（２０１）、ペプチジルトランスフェラー
ゼ中央部（２０２）、ペプチジルトランスフェラーゼ部
位（２０３）（少なくともＰ部位およびＡ部位の一部
分、因子結合ドメイン（２０４）（例えば、ＥＦ−Ｔｕ
結合ドメインおよびＥＦ−Ｇ結合ドメインを含む）、ポ
リペプチド出口トンネル（２０５）（出口トンネルの壁
によって規定されるキャビティを含む）、シグナル認識
粒子結合ドメイン（２０６）を含む）が挙げられる。
【０２５８】例えば、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５
０Ｓリボソームサブユニットの原子座標の点検は、新規
のタンパク質合成インヒビターまたは改変されたタンパ
ク質合成インヒビターの合理的な薬物設計のための基本
の役割を果たし得る種々の標的領域を同定する。標的領
域としては、ペプチジルトランスフェラーゼ部位、Ａ部
位、Ｐ部位、ポリペプチド出口トンネル、ポリペプチド
出口トンネルの壁に配置された特定のキャビティ（例え
ば、キャビティ１およびキャビティ２）、および特定の
抗生物質結合ポケットが挙げられる。上述の領域の各々
の少なくとも一部分をともに規定する残基を、以下の表
に同定する。しかし、同一または類似の標的部位が、本
明細書中で記載される原理を使用して、目的のリボソー
ムまたはリボソームユニットにおいて同定され得ること
が意図される。さらに、これらの原理は、本明細書中で
提供される原子座標の初期のセットのいずれか、または
任意のさらなる原子座標のセット（例えば、目的の任意
のリボソームまたはリボソームサブユニットの分子モデ
リングによって生成され得る二次的な原子座標のセッ
ト）を使用して、利用され得る。
０Ｓリボソームサブユニットの原子座標の点検は、新規
のタンパク質合成インヒビターまたは改変されたタンパ
ク質合成インヒビターの合理的な薬物設計のための基本
の役割を果たし得る種々の標的領域を同定する。標的領
域としては、ペプチジルトランスフェラーゼ部位、Ａ部
位、Ｐ部位、ポリペプチド出口トンネル、ポリペプチド
出口トンネルの壁に配置された特定のキャビティ（例え
ば、キャビティ１およびキャビティ２）、および特定の
抗生物質結合ポケットが挙げられる。上述の領域の各々
の少なくとも一部分をともに規定する残基を、以下の表
に同定する。しかし、同一または類似の標的部位が、本
明細書中で記載される原理を使用して、目的のリボソー
ムまたはリボソームユニットにおいて同定され得ること
が意図される。さらに、これらの原理は、本明細書中で
提供される原子座標の初期のセットのいずれか、または
任意のさらなる原子座標のセット（例えば、目的の任意
のリボソームまたはリボソームサブユニットの分子モデ
リングによって生成され得る二次的な原子座標のセッ
ト）を使用して、利用され得る。
【０２５９】表５Ａは、リボソームのペプチジルトラン
スフェラーゼ部位の少なくとも一部分をともに規定す
る、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサ
ブユニットにおける残基を同定する（５．８Åシェ
ル）。さらに、表５Ａは、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕ
ｓ、ヒト、およびヒトミトコンドリアの大サブユニット
におけるリボソームペプチジルトランスフェラーゼの少
なくとも一部分を規定する対応する残基を同定する。表
５Ｂは、リボソームペプチジルトランスフェラーゼ部位
のより広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を
同定する（５．８Å−１２．６Åシェル）。保存されな
い残基は、他の生物由来の整列された相同な２３Ｓ ｒ
ＲＮＡかまたはリボソームタンパク質のいずれかをコー
ドするゲノムＤＮＡの対応する配列と、上記の部位を形
成するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡ
の構造またはリボソームタンパク質由来の配列とを比較
することによって同定された。
スフェラーゼ部位の少なくとも一部分をともに規定す
る、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサ
ブユニットにおける残基を同定する（５．８Åシェ
ル）。さらに、表５Ａは、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕ
ｓ、ヒト、およびヒトミトコンドリアの大サブユニット
におけるリボソームペプチジルトランスフェラーゼの少
なくとも一部分を規定する対応する残基を同定する。表
５Ｂは、リボソームペプチジルトランスフェラーゼ部位
のより広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を
同定する（５．８Å−１２．６Åシェル）。保存されな
い残基は、他の生物由来の整列された相同な２３Ｓ ｒ
ＲＮＡかまたはリボソームタンパク質のいずれかをコー
ドするゲノムＤＮＡの対応する配列と、上記の部位を形
成するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡ
の構造またはリボソームタンパク質由来の配列とを比較
することによって同定された。
【０２６０】
【表８】
【０２６１】
【表９】
【０２６２】ペプチジルトランスフェラーゼ部位（５．
８Åシェル）を共に規定する残基を、プログラムＭＩＤ
ＡＳａを用いて、ＣＣ−プロマイシンＡ部位リガンドの
原子とＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシン遷移状態インヒビタ
ー（それぞれＰＤＢ登録コード：１ｆｇ０および１ｆｆ
ｚ）のＣＣｄＡ−ＰＯ２部分の原子の５．８Å内にあ
る、５０Ｓリボソームサブユニット中の残基であると決
定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡ ｂ由来
の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードするゲノム
ＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇ
ｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）と
の比較により決定した。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。 ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３
８Åシェル）を共に規定する残基を、プログラムＭＩＤ
ＡＳａを用いて、ＣＣ−プロマイシンＡ部位リガンドの
原子とＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシン遷移状態インヒビタ
ー（それぞれＰＤＢ登録コード：１ｆｇ０および１ｆｆ
ｚ）のＣＣｄＡ−ＰＯ２部分の原子の５．８Å内にあ
る、５０Ｓリボソームサブユニット中の残基であると決
定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡ ｂ由来
の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードするゲノム
ＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇ
ｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）と
の比較により決定した。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。 ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３
【０２６３】
【表１０】
【０２６４】
【表１１】
【０２６５】
【表１２】
【０２６６】ペプチジルトランスフェラーゼ部位（５．
８Å〜１２．６Åシェル）を共に規定する残基を、プロ
グラムＭＩＤＡＳａを用いて、ＣＣ−プロマイシンＡ部
位リガンドの原子とＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシン遷移状
態インヒビター（それぞれＰＤＢ登録コード：１ｆｇ０
および１ｆｆｚ）のＣＣｄＡ−ＰＯ２部分の原子の５．
８〜１２．６Å内にある、５０Ｓリボソームサブユニッ
ト中の残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおけ
る保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２
３Ｓ ｒＲＮＡｂ由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮ
Ａをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉ
ｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、
またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列との比較
により決定した。リボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍ
ａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃ
ｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒ
ト ｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同なタン
パク質をコードする整列されたタンパク質配列の対応す
る配列との間でも比較がなされた。配列アラインメント
を、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍ
ａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデ
フォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同
な残基が同定されなかったことを意味する。＊＊ＸＸ
は、その種において、相同なタンパク質が同定されなか
ったことを意味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 １５８２５９５０ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＮＰ＿１１２３６２ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅ
ｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ＮＰ＿００６００４ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１表６Ａは、リボソームのＡ部位の少なくとも
一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Å）。さらに、表６Ａは、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔ
ｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サブユニット
におけるリボソームＡ部位の少なくとも一部を規定する
対応する残基を同定する。表６Ｂは、リボソームＡ部位
の広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕ
ｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定
する（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残
基は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよ
うに同定した。
８Å〜１２．６Åシェル）を共に規定する残基を、プロ
グラムＭＩＤＡＳａを用いて、ＣＣ−プロマイシンＡ部
位リガンドの原子とＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシン遷移状
態インヒビター（それぞれＰＤＢ登録コード：１ｆｇ０
および１ｆｆｚ）のＣＣｄＡ−ＰＯ２部分の原子の５．
８〜１２．６Å内にある、５０Ｓリボソームサブユニッ
ト中の残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおけ
る保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２
３Ｓ ｒＲＮＡｂ由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮ
Ａをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉ
ｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、
またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列との比較
により決定した。リボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍ
ａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃ
ｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒ
ト ｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同なタン
パク質をコードする整列されたタンパク質配列の対応す
る配列との間でも比較がなされた。配列アラインメント
を、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍ
ａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデ
フォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同
な残基が同定されなかったことを意味する。＊＊ＸＸ
は、その種において、相同なタンパク質が同定されなか
ったことを意味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 １５８２５９５０ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＮＰ＿１１２３６２ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅ
ｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ＮＰ＿００６００４ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１表６Ａは、リボソームのＡ部位の少なくとも
一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Å）。さらに、表６Ａは、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔ
ｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サブユニット
におけるリボソームＡ部位の少なくとも一部を規定する
対応する残基を同定する。表６Ｂは、リボソームＡ部位
の広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕ
ｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定
する（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残
基は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよ
うに同定した。
【０２６７】
【表１３】
【０２６８】Ａ部位（５．８Åシェル）を共に規定する
残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、ＣＣ−プロ
マイシンＡ部位リガンド（ＰＤＢ登録コード１ｆｇ０）
の原子の５．８Å内にある、５０Ｓリボソームサブユニ
ット中の残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにお
ける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ２
３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ
ｒＲＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃ
ｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３
残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、ＣＣ−プロ
マイシンＡ部位リガンド（ＰＤＢ登録コード１ｆｇ０）
の原子の５．８Å内にある、５０Ｓリボソームサブユニ
ット中の残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにお
ける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ２
３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ
ｒＲＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃ
ｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３
【０２６９】
【表１４】
【０２７０】
【表１５】
【０２７１】Ａ部位（５．８Å〜１２．６Åシェル）を
規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、Ｃ
Ｃ−プロマイシンＡ部位リガンドの原子（ＰＤＢ登録コ
ード１ｆｇ０）の５．８〜１２．６Å内にある、５０Ｓ
リボソームサブユニット中の残基であると決定した。２
３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配
列と、相同な２３ＳｒＲＮＡをコードする整列されたゲ
ノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓｎｏｒｖｅ
ｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）
の対応する配列との比較により決定した。リボソームタ
ンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タ
ンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏ
ｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリ
アｌにおける相同なタンパク質をコードする整列された
タンパク質配列の対応する配列との間でも比較がなされ
た。配列アラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇ
ｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓ
ｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータを用いて決
定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されなかったこと
を意味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 表７Ａは、リボソームのＰ部位の少なくとも一部分をと
もに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボ
ソームサブユニットにおける残基を同定する（５．８
Å）。さらに、表７Ａは、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、
ヒトおよびヒトミトコンドリア大サブユニットにおける
リボソームＰ部位の少なくとも一部を規定する対応する
残基を同定する。表７Ｂは、リボソームＰ部位の広範な
部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０
Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、Ｃ
Ｃ−プロマイシンＡ部位リガンドの原子（ＰＤＢ登録コ
ード１ｆｇ０）の５．８〜１２．６Å内にある、５０Ｓ
リボソームサブユニット中の残基であると決定した。２
３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配
列と、相同な２３ＳｒＲＮＡをコードする整列されたゲ
ノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓｎｏｒｖｅ
ｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）
の対応する配列との比較により決定した。リボソームタ
ンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タ
ンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏ
ｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリ
アｌにおける相同なタンパク質をコードする整列された
タンパク質配列の対応する配列との間でも比較がなされ
た。配列アラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇ
ｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓ
ｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータを用いて決
定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されなかったこと
を意味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 表７Ａは、リボソームのＰ部位の少なくとも一部分をと
もに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボ
ソームサブユニットにおける残基を同定する（５．８
Å）。さらに、表７Ａは、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、
ヒトおよびヒトミトコンドリア大サブユニットにおける
リボソームＰ部位の少なくとも一部を規定する対応する
残基を同定する。表７Ｂは、リボソームＰ部位の広範な
部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０
Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
【０２７２】
【表１６】
【０２７３】Ｐ部位（５．８Åシェル）を共に規定する
残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、ＣＣｄＡ−
ｐ−プロマイシン遷移状態インヒビター（図１０ａ）
（ＰＤＢ登録コード１ｆｆｚ）のＣＣｄＡ−ＰＯ２部分
の原子の５．８Å内にある、５０Ｓリボソームサブユニ
ット中の残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにお
ける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ
ｒＲＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．
ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、
ヒトｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列
との比較により決定した。配列アラインメントを、プロ
グラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓ
ｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルト
パラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３
残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、ＣＣｄＡ−
ｐ−プロマイシン遷移状態インヒビター（図１０ａ）
（ＰＤＢ登録コード１ｆｆｚ）のＣＣｄＡ−ＰＯ２部分
の原子の５．８Å内にある、５０Ｓリボソームサブユニ
ット中の残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにお
ける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ
ｒＲＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．
ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、
ヒトｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列
との比較により決定した。配列アラインメントを、プロ
グラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓ
ｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルト
パラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３
【０２７４】
【表１７】
【０２７５】
【表１８】
【０２７６】Ｐ部位（５．８Å〜１２．６Åシェル）を
共に規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、ＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシン遷移状態インヒビター
（図１０ａ）（ＰＤＢ登録コード１ｆｆｚ）のＣＣｄＡ
−ＰＯ２部分の原子内にある、５０Ｓリボソームサブユ
ニット中の残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡに
おける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３
Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ
（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕ
ｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応す
る配列との比較により決定した。リボソームタンパク質
の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質
配列ｇとＥ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇ
ｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにお
ける相同なタンパク質をコードする整列されたタンパク
質配列の対応する配列との間でも比較がなされた。配列
アラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮ
ＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、Ｕ
ＳＡ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。
＊ＮＰは、相同な残基が同定されなかったことを意味す
る。＊＊ＸＸは、その種において、相同なタンパク質が
同定されなかったことを意味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
１５８２５９５０ ｉ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
番号なし ｊ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＮＰ＿１１２３６２ ｋ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＮＰ＿００６００４ ｌ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
番号なし 表８Ａは、リボソーム出口トンネル内の仮説の新生のポ
リペプチドの１０Å内にある、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔ
ｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同
定する（１０Åシェル）。さらに、表８Ａは、Ｅ．ｃｏ
ｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒト、およびヒトミトコンドリア
大サブユニットにおけるリボソームのポリペプチド出口
トンネルの少なくとも一部分を規定する対応する残基を
同定する。さらに、表８Ｂは、リボソーム出口トンネル
内の仮説の新生のポリペプチドの１０〜１５Å間に存在
する、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソーム
サブユニットにおける残基を同定する（１０Å〜１５Å
シェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび表５Ｂに
関して以前に記載されたように同定した。
共に規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、ＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシン遷移状態インヒビター
（図１０ａ）（ＰＤＢ登録コード１ｆｆｚ）のＣＣｄＡ
−ＰＯ２部分の原子内にある、５０Ｓリボソームサブユ
ニット中の残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡに
おける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３
Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ
（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕ
ｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応す
る配列との比較により決定した。リボソームタンパク質
の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質
配列ｇとＥ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇ
ｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにお
ける相同なタンパク質をコードする整列されたタンパク
質配列の対応する配列との間でも比較がなされた。配列
アラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮ
ＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、Ｕ
ＳＡ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。
＊ＮＰは、相同な残基が同定されなかったことを意味す
る。＊＊ＸＸは、その種において、相同なタンパク質が
同定されなかったことを意味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
１５８２５９５０ ｉ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
番号なし ｊ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＮＰ＿１１２３６２ ｋ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＮＰ＿００６００４ ｌ）タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
番号なし 表８Ａは、リボソーム出口トンネル内の仮説の新生のポ
リペプチドの１０Å内にある、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔ
ｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同
定する（１０Åシェル）。さらに、表８Ａは、Ｅ．ｃｏ
ｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒト、およびヒトミトコンドリア
大サブユニットにおけるリボソームのポリペプチド出口
トンネルの少なくとも一部分を規定する対応する残基を
同定する。さらに、表８Ｂは、リボソーム出口トンネル
内の仮説の新生のポリペプチドの１０〜１５Å間に存在
する、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソーム
サブユニットにおける残基を同定する（１０Å〜１５Å
シェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび表５Ｂに
関して以前に記載されたように同定した。
【０２７７】
【表１９】
【０２７８】
【表２０】
【０２７９】
【表２１】
【０２８０】
【表２２】
【０２８１】１０Åシェルにおける残基を、プログラム
ＭＩＤＡＳａを用いて、出口トンネルの中央に位置する
新規に合成されたペプチドのモデルの原子の１０Å内に
ある、５０Ｓリボソームサブユニット中の残基であると
決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基
を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂ
の構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコード
する整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔ
ｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒト
ミトコンドリアｆ）の対応する配列との比較により決定
した。リボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍ
ｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉｉ、
Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、また
はヒトミトコンドリアｌにおける相同なタンパク質をコ
ードする整列されたタンパク質配列の対応する配列との
間でも比較がなされた。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同
定されなかったことを意味する。＊＊ＸＸは、その種に
おいて、相同なタンパク質が同定されなかったことを意
味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
１２７３５；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｒ５ＨＳ２２；タンパク質Ｌ３９Ｅについての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ２２４５２ ｉ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５；タンパク質Ｌ３９Ｅに
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録なし ｊ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ
Ｃ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｐ２４０４９；タンパク質Ｌ３９Ｅについての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ５７９００ ｋ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
３６５７８、ＮＰ＿００９５９、Ｓ３９８０３、および
Ｔ０９５５１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＸＰ＿０５７５２１；タンパク質Ｌ３９Ｅに
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿０００９９１ ｌ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９；タンパク質Ｌ３９
ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿０５９１４２
およびＮＰ＿５４２９８４
ＭＩＤＡＳａを用いて、出口トンネルの中央に位置する
新規に合成されたペプチドのモデルの原子の１０Å内に
ある、５０Ｓリボソームサブユニット中の残基であると
決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基
を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂ
の構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコード
する整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔ
ｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒト
ミトコンドリアｆ）の対応する配列との比較により決定
した。リボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍ
ｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉｉ、
Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、また
はヒトミトコンドリアｌにおける相同なタンパク質をコ
ードする整列されたタンパク質配列の対応する配列との
間でも比較がなされた。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同
定されなかったことを意味する。＊＊ＸＸは、その種に
おいて、相同なタンパク質が同定されなかったことを意
味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
１２７３５；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｒ５ＨＳ２２；タンパク質Ｌ３９Ｅについての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ２２４５２ ｉ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５；タンパク質Ｌ３９Ｅに
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録なし ｊ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ
Ｃ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｐ２４０４９；タンパク質Ｌ３９Ｅについての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ５７９００ ｋ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
３６５７８、ＮＰ＿００９５９、Ｓ３９８０３、および
Ｔ０９５５１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＸＰ＿０５７５２１；タンパク質Ｌ３９Ｅに
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿０００９９１ ｌ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９；タンパク質Ｌ３９
ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿０５９１４２
およびＮＰ＿５４２９８４
【０２８２】
【表２３】
【０２８３】
【表２４】
【０２８４】
【表２５】
【０２８５】
【表２６】
【０２８６】１０〜１５Åシェルにおける残基を、プロ
グラムＭＩＤＡＳａを用いて、出口トンネルの中央に位
置する新規に合成されたペプチドのモデルの原子の１０
〜１５Å内にある、５０Ｓリボソームサブユニット中の
残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存
された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。
＊＊ＸＸは、その種において、相同なタンパク質が同定
されなかったことを意味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
１２７３５；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｒ５ＨＳ２２；タンパク質Ｌ２４についてのＧ
ｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２２；タンパク質Ｌ２９に
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２９；タンパク
質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録Ｐ３２４１
０；タンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２２４５２ ｉ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５；タンパク質Ｌ２４につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＥＣ２４；タンパク質
Ｌ２９についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＥＣ２９；
タンパク質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録な
し；タンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
なし ｊ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ
Ｃ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｐ２４０４９；タンパク質Ｌ２４についてのＧ
ｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ１２７４９；タンパク質Ｌ２９に
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＲＴ３５；タンパク
質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録ＣＡＡ４７０
１２；タンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登
録 ＣＡＡ５７９００ ｋ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
３６５７８、ＮＰ＿００９５９、Ｓ３９８０３およびＴ
０９５５１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 ＸＰ＿０５７５２１；タンパク質Ｌ２４につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＡＡ６０２７９およびＮＰ
＿０００９７８；タンパク質Ｌ２９についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＡＡＡ５１６４８；タンパク質Ｌ３７Ｅに
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿０００９８８；タ
ンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ
＿０００９９１ ｌ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９；タンパク質Ｌ２４
についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５６３８０；
タンパク質Ｌ２９についてのＧｅｎＢａｎｋ登録なし；
タンパク質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録な
し；タンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＮＰ＿０５９１４２およびＮＰ＿５４２９８４ ｎ）Ｒ６３は、ＧｅｎＢａｎｋ配列 Ｔ０９５５１およ
びＳ３９８０３に存在し、Ｓ６３は、ＧｅｎＢａｎｋ配
列 Ｐ３６５７８およびＮＰ＿０００９５９に存在す
る。
グラムＭＩＤＡＳａを用いて、出口トンネルの中央に位
置する新規に合成されたペプチドのモデルの原子の１０
〜１５Å内にある、５０Ｓリボソームサブユニット中の
残基であると決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存
された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。
＊＊ＸＸは、その種において、相同なタンパク質が同定
されなかったことを意味する。 ａ）ａ．Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、
Ｌ．Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ
（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ Ｄｉｓｐｌａｙ
Ｓｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６
（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
１２７３５；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｒ５ＨＳ２２；タンパク質Ｌ２４についてのＧ
ｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２２；タンパク質Ｌ２９に
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２９；タンパク
質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録Ｐ３２４１
０；タンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２２４５２ ｉ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５；タンパク質Ｌ２４につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＥＣ２４；タンパク質
Ｌ２９についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＥＣ２９；
タンパク質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録な
し；タンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
なし ｊ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ
Ｃ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｐ２４０４９；タンパク質Ｌ２４についてのＧ
ｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ１２７４９；タンパク質Ｌ２９に
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＲＴ３５；タンパク
質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録ＣＡＡ４７０
１２；タンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登
録 ＣＡＡ５７９００ ｋ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
３６５７８、ＮＰ＿００９５９、Ｓ３９８０３およびＴ
０９５５１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 ＸＰ＿０５７５２１；タンパク質Ｌ２４につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＡＡ６０２７９およびＮＰ
＿０００９７８；タンパク質Ｌ２９についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＡＡＡ５１６４８；タンパク質Ｌ３７Ｅに
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿０００９８８；タ
ンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ
＿０００９９１ ｌ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９；タンパク質Ｌ２４
についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５６３８０；
タンパク質Ｌ２９についてのＧｅｎＢａｎｋ登録なし；
タンパク質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録な
し；タンパク質Ｌ３９ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＮＰ＿０５９１４２およびＮＰ＿５４２９８４ ｎ）Ｒ６３は、ＧｅｎＢａｎｋ配列 Ｔ０９５５１およ
びＳ３９８０３に存在し、Ｓ６３は、ＧｅｎＢａｎｋ配
列 Ｐ３６５７８およびＮＰ＿０００９５９に存在す
る。
【０２８７】図３０は、抗生物質が結合する大リボソー
ムサブユニットの領域を示す。図３０（Ａ）は、大リボ
ソームサブユニットの拡大部分を示し、ペプチジルトラ
ンスフェラーゼ部位に近接するポリペプチド出口トンネ
ルの先端で抗生物質チロシンが結合する。図３０（Ｂ）
および３０（Ｃ）は、ポリペプチド出口トンネルに沿っ
て切断された大リボソームサブユニットの各半分を示す
表示であり、そして読み手を向かせるために、全体的な
大リボソームサブユニットに対するチロシン結合部位を
示す。図３０（Ａ）はまた、ポリペプチド出口トンネル
の壁により規定される２つのキャビティを示し、「キャ
ビティ１」および「キャビティ２」と表示される。さら
に、図３０（Ａ）はまた、二糖結合ポケットを示す。ポ
リペプチド出口トンネルを通るリボソームに存在する新
規に合成されたポリペプチド鎖の方向は、矢印により表
示される。
ムサブユニットの領域を示す。図３０（Ａ）は、大リボ
ソームサブユニットの拡大部分を示し、ペプチジルトラ
ンスフェラーゼ部位に近接するポリペプチド出口トンネ
ルの先端で抗生物質チロシンが結合する。図３０（Ｂ）
および３０（Ｃ）は、ポリペプチド出口トンネルに沿っ
て切断された大リボソームサブユニットの各半分を示す
表示であり、そして読み手を向かせるために、全体的な
大リボソームサブユニットに対するチロシン結合部位を
示す。図３０（Ａ）はまた、ポリペプチド出口トンネル
の壁により規定される２つのキャビティを示し、「キャ
ビティ１」および「キャビティ２」と表示される。さら
に、図３０（Ａ）はまた、二糖結合ポケットを示す。ポ
リペプチド出口トンネルを通るリボソームに存在する新
規に合成されたポリペプチド鎖の方向は、矢印により表
示される。
【０２８８】表９は、ポリペプチド出口トンネルの壁の
内側の第一のキャビティ（キャビティ１）を共に規定す
る、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサ
ブユニットにおける残基を同定する。さらに、表９は、
Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒト、およびヒトミトコ
ンドリアにおけるキャビティ１由来の対応する残基を規
定するそれらの残基を同定する。保存されない残基は、
表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたように同
定した。
内側の第一のキャビティ（キャビティ１）を共に規定す
る、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサ
ブユニットにおける残基を同定する。さらに、表９は、
Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒト、およびヒトミトコ
ンドリアにおけるキャビティ１由来の対応する残基を規
定するそれらの残基を同定する。保存されない残基は、
表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたように同
定した。
【０２８９】
【表２７】
【０２９０】
【表２８】
【０２９１】キャビティ残基を、プログラムＭＩＤＡＳ
ａを用いて同定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存さ
れた残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
１２７３５ ｉ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６１ ｊ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ
Ｃ４２７７ ｋ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
３６５７８、ＮＰ＿００９５９、Ｓ３９８０３、および
Ｔ０９５５１ ｌ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿０４９５０２ ｎ）Ｒ６３は、ＧｅｎＢａｎｋ配列 Ｔ０９５５１およ
びＳ３９８０３に存在し、Ｓ６３は、ＧｅｎＢａｎｋ配
列 Ｐ３６５７８およびＮＰ＿０００９５９に存在す
る。
ａを用いて同定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存さ
れた残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
１２７３５ ｉ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６１ ｊ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ
Ｃ４２７７ ｋ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
３６５７８、ＮＰ＿００９５９、Ｓ３９８０３、および
Ｔ０９５５１ ｌ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿０４９５０２ ｎ）Ｒ６３は、ＧｅｎＢａｎｋ配列 Ｔ０９５５１およ
びＳ３９８０３に存在し、Ｓ６３は、ＧｅｎＢａｎｋ配
列 Ｐ３６５７８およびＮＰ＿０００９５９に存在す
る。
【０２９２】表１０は、ポリペプチド出口トンネルの壁
の内部の第二のキャビティをともに規定するＨ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにお
ける残基を同定する。さらに、表１０は、Ｅ．ｃｏｌ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒト、およびヒトミトコンドリアに
おけるキャビティ２由来の対応する残基を規定するそれ
らの残基を同定する。保存されない残基は、表５Ａおよ
び表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
の内部の第二のキャビティをともに規定するＨ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにお
ける残基を同定する。さらに、表１０は、Ｅ．ｃｏｌ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒト、およびヒトミトコンドリアに
おけるキャビティ２由来の対応する残基を規定するそれ
らの残基を同定する。保存されない残基は、表５Ａおよ
び表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
【０２９３】
【表２９】
【０２９４】
【表３０】
【０２９５】キャビティ残基を、プログラムＭＩＤＡＳ
ａを用いて同定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存さ
れた残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同
定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ しかし、表９および１０は、ポリペプチド出口トンネル
の壁の内部に配置された多くのキャビティの中の２つを
規定するのみである。しかし、本明細書中に記載される
原子座標および分子モデリング方法論を使用することに
よって、当業者は、ポリペプチド出口トンネルの壁の内
部の他のキャビティをともに規定する残基（アミノ酸、
ヌクレオチドまたは両方の組み合わせによって寄与され
る）を同定し得る。
ａを用いて同定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存さ
れた残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同
定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ しかし、表９および１０は、ポリペプチド出口トンネル
の壁の内部に配置された多くのキャビティの中の２つを
規定するのみである。しかし、本明細書中に記載される
原子座標および分子モデリング方法論を使用することに
よって、当業者は、ポリペプチド出口トンネルの壁の内
部の他のキャビティをともに規定する残基（アミノ酸、
ヌクレオチドまたは両方の組み合わせによって寄与され
る）を同定し得る。
【０２９６】さらに、本明細書中に記載される原子座標
を使用することによって、当業者は、目的の任意の抗生
物質の抗生物質結合部位を同定し得る。この情報はま
た、抗生物質と、リボソームまたはリボソームサブユニ
ットにおける残基との間の接触部位を提供し、これは、
新規のタンパク質合成インヒビターまたは改変されたタ
ンパク質合成インヒビターの設計に利益を与えるために
使用され得る。種々の抗生物質のための結合部位または
接触部位は、以下でより詳細に議論される。
を使用することによって、当業者は、目的の任意の抗生
物質の抗生物質結合部位を同定し得る。この情報はま
た、抗生物質と、リボソームまたはリボソームサブユニ
ットにおける残基との間の接触部位を提供し、これは、
新規のタンパク質合成インヒビターまたは改変されたタ
ンパク質合成インヒビターの設計に利益を与えるために
使用され得る。種々の抗生物質のための結合部位または
接触部位は、以下でより詳細に議論される。
【０２９７】表１１Ａは、アニソマイシン結合ポケット
の少なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍ
ｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残
基を同定する（５．８Åシェル）。さらに、表１１Ａ
は、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコ
ンドリア大サブユニットにおけるアニソマイシン結合ポ
ケットの少なくとも一部を規定する対応する残基を同定
する。表１１Ｂは、アニソマイシン結合ポケットの広範
な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５
０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
の少なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍ
ｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残
基を同定する（５．８Åシェル）。さらに、表１１Ａ
は、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコ
ンドリア大サブユニットにおけるアニソマイシン結合ポ
ケットの少なくとも一部を規定する対応する残基を同定
する。表１１Ｂは、アニソマイシン結合ポケットの広範
な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５
０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
【０２９８】
【表３１】
【０２９９】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、アニソマ
イシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおけるそれらの残基として決定した。
２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａ
ｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の
配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列され
たゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏ
ｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。配列ア
ラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡ
ＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳ
Ａ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、アニソマ
イシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおけるそれらの残基として決定した。
２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａ
ｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の
配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列され
たゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏ
ｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。配列ア
ラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡ
ＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳ
Ａ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３００】
【表３２】
【０３０１】
【表３３】
【０３０２】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、アニソマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に位
置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれら
の残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存
された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同
定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９６４ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 表１２Ａは、ブラスチシジン結合ポケットの少なくとも
一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Åシェル）。さらに、表１２Ａは、Ｅｃｏｌ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サ
ブユニットにおけるブラスチシジン結合ポケットの少な
くとも一部を規定する対応する残基を同定する。表１２
Ｂは、ブラスチシジン結合ポケットの広範な部分を共に
規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおける残基を同定する（５．８Å〜１
２．６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび
表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、アニソマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に位
置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれら
の残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存
された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。配列アラインメントを、プログ
ラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏ
ｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパ
ラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同
定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９６４ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 表１２Ａは、ブラスチシジン結合ポケットの少なくとも
一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Åシェル）。さらに、表１２Ａは、Ｅｃｏｌ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サ
ブユニットにおけるブラスチシジン結合ポケットの少な
くとも一部を規定する対応する残基を同定する。表１２
Ｂは、ブラスチシジン結合ポケットの広範な部分を共に
規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおける残基を同定する（５．８Å〜１
２．６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび
表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
【０３０３】
【表３４】
【０３０４】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、ブラスチ
シジンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおけるそれらの残基として決定した。
２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａ
ｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の
配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列され
たゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏ
ｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。配列ア
ラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡ
ＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳ
Ａ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、ブラスチ
シジンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおけるそれらの残基として決定した。
２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａ
ｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の
配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列され
たゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏ
ｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。配列ア
ラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡ
ＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳ
Ａ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３０５】
【表３５】
【０３０６】
【表３６】
【０３０７】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、ブラスチシジンの原子の５．８〜１２．６Å内に位
置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれら
の残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存
された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。
＊＊ＸＸは、その種において、相同なタンパク質が同定
されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ
５ＨＳ２Ｌ；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 １５８２５９５０ ｉ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６３；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録なし ｊ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ
５ＲＴＬ８；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＮＰ＿１１２３６２ ｋ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９６４；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿００６００４ ｌ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿００４１４０；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録なし 表１３Ａは、カルボマイシンＡ結合ポケットの少なくと
も一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定す
る（５．８Åシェル）。さらに、表１３Ａは、Ｅｃｏｌ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サ
ブユニットにおけるカルボマイシンＡ結合ポケットの少
なくとも一部を規定する対応する残基を同定する。表１
３Ｂは、カルボマイシンＡ結合ポケットの広範な部分を
共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボ
ソームサブユニットにおける残基を同定する（５．８Å
〜１２．６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａお
よび表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、ブラスチシジンの原子の５．８〜１２．６Å内に位
置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれら
の残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存
された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。
＊＊ＸＸは、その種において、相同なタンパク質が同定
されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ
５ＨＳ２Ｌ；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 １５８２５９５０ ｉ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６３；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録なし ｊ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ
５ＲＴＬ８；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＮＰ＿１１２３６２ ｋ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９６４；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿００６００４ ｌ）タンパク質Ｌ２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿００４１４０；タンパク質Ｌ１０ＥについてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録なし 表１３Ａは、カルボマイシンＡ結合ポケットの少なくと
も一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定す
る（５．８Åシェル）。さらに、表１３Ａは、Ｅｃｏｌ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サ
ブユニットにおけるカルボマイシンＡ結合ポケットの少
なくとも一部を規定する対応する残基を同定する。表１
３Ｂは、カルボマイシンＡ結合ポケットの広範な部分を
共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボ
ソームサブユニットにおける残基を同定する（５．８Å
〜１２．６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａお
よび表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
【０３０８】
【表３７】
【０３０９】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、カルボマ
イシンＡの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソ
ームサブユニットにおけるそれらの残基として決定し
た。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由
来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列
されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコン
ドリアｆ）の対応する配列との比較により決定した。リ
ボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕ
ｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉ ｉ、Ｒａｔｔ
ｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミ
トコンドリアｌにおける相同なタンパク質をコードする
整列されたタンパク質配列の対応する配列との間でも比
較がなされた。配列アラインメントを、プログラムＭｅ
ｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉ
ｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータ
を用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されな
かったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｒ５ＨＳ２２ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５７５２１ ｌ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５１２７９ ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、カルボマ
イシンＡの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソ
ームサブユニットにおけるそれらの残基として決定し
た。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由
来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列
されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコン
ドリアｆ）の対応する配列との比較により決定した。リ
ボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕ
ｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉ ｉ、Ｒａｔｔ
ｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミ
トコンドリアｌにおける相同なタンパク質をコードする
整列されたタンパク質配列の対応する配列との間でも比
較がなされた。配列アラインメントを、プログラムＭｅ
ｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉ
ｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータ
を用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されな
かったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｒ５ＨＳ２２ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５７５２１ ｌ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５１２７９ ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３１０】
【表３８】
【０３１１】
【表３９】
【０３１２】
【表４０】
【０３１３】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、カルボマイシンＡの原子の５．８〜１２．６Å内に
位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれ
らの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保
存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ
ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲ
ＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２ 表１４Ａは、チロシン結合ポケットの少なくとも一部分
をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓ
リボソームサブユニットにおける残基を同定する（５．
８Åシェル）。さらに、表１４Ａは、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａ
ｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サブユニッ
トにおけるチロシン結合ポケットの少なくとも一部を規
定する対応する残基を同定する。表１４Ｂは、チロシン
結合ポケットの広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおけ
る残基を同定する（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保
存されない残基は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に
記載されたように同定した。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、カルボマイシンＡの原子の５．８〜１２．６Å内に
位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれ
らの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保
存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ
ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲ
ＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２ 表１４Ａは、チロシン結合ポケットの少なくとも一部分
をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓ
リボソームサブユニットにおける残基を同定する（５．
８Åシェル）。さらに、表１４Ａは、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａ
ｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サブユニッ
トにおけるチロシン結合ポケットの少なくとも一部を規
定する対応する残基を同定する。表１４Ｂは、チロシン
結合ポケットの広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおけ
る残基を同定する（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保
存されない残基は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に
記載されたように同定した。
【０３１４】
【表４１】
【０３１５】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、チロシン
の原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソームサブ
ユニットにおけるそれらの残基として決定した。２３Ｓ
ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓ
ｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列
と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列されたゲ
ノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖ
ｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。リボソ
ームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの
構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコ
ンドリアｌにおける相同なタンパク質をコードする整列
されたタンパク質配列の対応する配列との間でも比較が
なされた。配列アラインメントを、プログラムＭｅｇＡ
ｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃ
ｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータを用
いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されなかっ
たことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｒ５ＨＳ２２ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５７５２１ ｌ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５１２７９ ｍ）この残基は、実際は５．８７Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、チロシン
の原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソームサブ
ユニットにおけるそれらの残基として決定した。２３Ｓ
ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓ
ｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列
と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列されたゲ
ノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖ
ｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。リボソ
ームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの
構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコ
ンドリアｌにおける相同なタンパク質をコードする整列
されたタンパク質配列の対応する配列との間でも比較が
なされた。配列アラインメントを、プログラムＭｅｇＡ
ｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃ
ｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータを用
いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されなかっ
たことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｒ５ＨＳ２２ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５７５２１ ｌ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５１２７９ ｍ）この残基は、実際は５．８７Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３１６】
【表４２】
【０３１７】
【表４３】
【０３１８】
【表４４】
【０３１９】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、チロシンの原子の５．８〜１２．６Å内に位置す
る、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれらの残
基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存され
た残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲ
ＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡを
コードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、
Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、また
はヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列との比較によ
り決定した。リボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌ
ｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒ
トｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同なタン
パク質をコードする整列されたタンパク質配列の対応す
る配列との間でも比較がなされた。配列アラインメント
を、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍ
ａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデ
フォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同
な残基が同定されなかったことを意味する。＊＊ＸＸ
は、その種において、相同なタンパク質が同定されなか
ったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５；タンパク質Ｌ２２についての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４；タンパク質Ｌ３７
ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ３２４１０ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５；タンパク
質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録なし ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 Ｐ２４０４９；タンパク質Ｌ３７Ｅに
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ４７１０２ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９；タン
パク質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿
０００９８８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２について
のＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９；タンパク
質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録なし表１５Ａ
は、スパルソマイシン結合ポケットの少なくとも一部分
をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓ
リボソームサブユニットにおける残基を同定する（５．
８Åシェル）。さらに、表１５Ａは、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａ
ｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サブユニッ
トにおけるスパルソマイシン結合ポケットの少なくとも
一部を規定する対応する残基を同定する。表１５Ｂは、
スパルソマイシン結合ポケットの広範な部分を共に規定
するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサ
ブユニットにおける残基を同定する（５．８Å〜１２．
６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび表５
Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、チロシンの原子の５．８〜１２．６Å内に位置す
る、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれらの残
基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存され
た残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲ
ＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡを
コードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、
Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、また
はヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列との比較によ
り決定した。リボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒ
ｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌ
ｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒ
トｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同なタン
パク質をコードする整列されたタンパク質配列の対応す
る配列との間でも比較がなされた。配列アラインメント
を、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍ
ａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデ
フォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同
な残基が同定されなかったことを意味する。＊＊ＸＸ
は、その種において、相同なタンパク質が同定されなか
ったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５；タンパク質Ｌ２２についての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４；タンパク質Ｌ３７
ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ３２４１０ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５；タンパク
質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録なし ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 Ｐ２４０４９；タンパク質Ｌ３７Ｅに
ついてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ４７１０２ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９；タン
パク質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＮＰ＿
０００９８８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２について
のＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９；タンパク
質Ｌ３７ＥについてのＧｅｎＢａｎｋ登録なし表１５Ａ
は、スパルソマイシン結合ポケットの少なくとも一部分
をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓ
リボソームサブユニットにおける残基を同定する（５．
８Åシェル）。さらに、表１５Ａは、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａ
ｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サブユニッ
トにおけるスパルソマイシン結合ポケットの少なくとも
一部を規定する対応する残基を同定する。表１５Ｂは、
スパルソマイシン結合ポケットの広範な部分を共に規定
するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサ
ブユニットにおける残基を同定する（５．８Å〜１２．
６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび表５
Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
【０３２０】
【表４５】
【０３２１】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、スパルソ
マイシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソ
ームサブユニットにおけるそれらの残基として決定し
た。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由
来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列
されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコン
ドリアｆ）の対応する配列との比較により決定した。配
列アラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（Ｄ
ＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、
ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータを用いて決定し
た。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｍ）残基Ａ２４８８は、実際は６．０Åであり；残基Ｇ
２５４０は、実際は５．８５Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、スパルソ
マイシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソ
ームサブユニットにおけるそれらの残基として決定し
た。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由
来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列
されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコン
ドリアｆ）の対応する配列との比較により決定した。配
列アラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（Ｄ
ＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、
ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータを用いて決定し
た。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｍ）残基Ａ２４８８は、実際は６．０Åであり；残基Ｇ
２５４０は、実際は５．８５Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３２２】
【表４６】
【０３２３】
【表４７】
【０３２４】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、スパルソマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に
位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれ
らの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保
存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ
ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲ
ＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 表１６Ａは、ヴァージニアマイシンＭ結合ポケットの少
なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を
同定する（５．８Åシェル）。さらに、表１６Ａは、Ｅ
ｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリ
ア大サブユニットにおけるヴァージニアマイシンＭ結合
ポケットの少なくとも一部を規定する対応する残基を同
定する。表１６Ｂは、スパルソマイシン結合ポケットの
広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定す
る（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、スパルソマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に
位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれ
らの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保
存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ
ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲ
ＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 表１６Ａは、ヴァージニアマイシンＭ結合ポケットの少
なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を
同定する（５．８Åシェル）。さらに、表１６Ａは、Ｅ
ｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリ
ア大サブユニットにおけるヴァージニアマイシンＭ結合
ポケットの少なくとも一部を規定する対応する残基を同
定する。表１６Ｂは、スパルソマイシン結合ポケットの
広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定す
る（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
【０３２５】
【表４８】
【０３２６】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、ヴァージ
ニアマイシンＭの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓ
リボソームサブユニットにおけるそれらの残基として決
定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構
造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする
整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕ
ｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミト
コンドリアｆ）の対応する配列との比較により決定し
た。配列アラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇ
ｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓ
ｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータを用いて決
定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、ヴァージ
ニアマイシンＭの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓ
リボソームサブユニットにおけるそれらの残基として決
定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構
造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする
整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕ
ｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミト
コンドリアｆ）の対応する配列との比較により決定し
た。配列アラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇ
ｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓ
ｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータを用いて決
定した。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３２７】
【表４９】
【０３２８】
【表５０】
【０３２９】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、ヴァージニアマイシンＭの原子の５．８〜１２．６
Å内に位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけ
るそれらの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにお
ける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ２
３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ
ｒＲＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃ
ｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 表１７Ａは、スピラマイシン結合ポケットの少なくとも
一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Åシェル）。さらに、表１７Ａは、Ｅｃｏｌ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サ
ブユニットにおけるスピラマイシン結合ポケットの少な
くとも一部を規定する対応する残基を同定する。表１７
Ｂは、スピラマイシン結合ポケットの広範な部分を共に
規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおける残基を同定する（５．８Å〜１
２．６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび
表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、ヴァージニアマイシンＭの原子の５．８〜１２．６
Å内に位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけ
るそれらの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにお
ける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ２
３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ
ｒＲＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃ
ｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 表１７Ａは、スピラマイシン結合ポケットの少なくとも
一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定する
（５．８Åシェル）。さらに、表１７Ａは、Ｅｃｏｌ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリア大サ
ブユニットにおけるスピラマイシン結合ポケットの少な
くとも一部を規定する対応する残基を同定する。表１７
Ｂは、スピラマイシン結合ポケットの広範な部分を共に
規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおける残基を同定する（５．８Å〜１
２．６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび
表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
【０３３０】
【表５１】
【０３３１】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、スピラマ
イシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおけるそれらの残基として決定した。
２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａ
ｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の
配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列され
たゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏ
ｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。配列ア
ラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡ
ＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳ
Ａ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊
ＮＰは、相同な残基が同定されなかったことを意味す
る。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｒ５ＨＳ２２；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＣＡＡ２６４６５；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２４０４９；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５７５２１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５１２７９ ｍ）残基Ｕ２６２０は、実際は５．８３Åであり；Ｍ１
３０は、実際は５．８７Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、スピラマ
イシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソー
ムサブユニットにおけるそれらの残基として決定した。
２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａ
ｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の
配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列され
たゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏ
ｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。配列ア
ラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡ
ＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳ
Ａ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊
ＮＰは、相同な残基が同定されなかったことを意味す
る。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｒ５ＨＳ２２；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＣＡＡ２６４６５；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２４０４９；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５７５２１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５１２７９ ｍ）残基Ｕ２６２０は、実際は５．８３Åであり；Ｍ１
３０は、実際は５．８７Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３３２】
【表５２】
【０３３３】
【表５３】
【０３３４】
【表５４】
【０３３５】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、スピラマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に位
置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれら
の残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存
された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５；タンパク質Ｌ２２についての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２について
のＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、スピラマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に位
置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれら
の残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存
された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓｒ
ＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡ
をコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５；タンパク質Ｌ２２についての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２について
のＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３３６】表１８Ａは、エリスロマイシン結合ポケッ
トの少なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓ
ｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける
残基を同定する（５．８Åシェル）。さらに、表１８Ａ
は、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコ
ンドリア大サブユニットにおけるエリスロマイシン結合
ポケットの少なくとも一部を規定する対応する残基を同
定する。表１８Ｂは、エリスロマイシン結合ポケットの
広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定す
る（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
トの少なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓ
ｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける
残基を同定する（５．８Åシェル）。さらに、表１８Ａ
は、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコ
ンドリア大サブユニットにおけるエリスロマイシン結合
ポケットの少なくとも一部を規定する対応する残基を同
定する。表１８Ｂは、エリスロマイシン結合ポケットの
広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定す
る（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
【０３３７】
【表５５】
【０３３８】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、エリスロ
マイシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソ
ームサブユニットにおけるそれらの残基として決定し
た。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由
来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列
されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコン
ドリアｆ）の対応する配列との比較により決定した。リ
ボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕ
ｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉ ｉ、Ｒａｔｔ
ｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミ
トコンドリアｌにおける相同なタンパク質をコードする
整列されたタンパク質配列の対応する配列との間でも比
較がなされた。配列アラインメントを、プログラムＭｅ
ｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉ
ｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータ
を用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されな
かったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
１２７３５；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ
Ｃ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３９８０３、およ
びＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｍ）Ｃ２０９８は、実際は５．９９Åであり；Ｍ１３０
は、実際は５．９０Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、エリスロ
マイシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソ
ームサブユニットにおけるそれらの残基として決定し
た。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由
来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列
されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコン
ドリアｆ）の対応する配列との比較により決定した。リ
ボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕ
ｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉ ｉ、Ｒａｔｔ
ｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミ
トコンドリアｌにおける相同なタンパク質をコードする
整列されたタンパク質配列の対応する配列との間でも比
較がなされた。配列アラインメントを、プログラムＭｅ
ｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉ
ｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータ
を用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されな
かったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
１２７３５；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ
Ｃ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎ
ｋ登録 Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３９８０３、およ
びＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｘ
Ｐ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎ
Ｂａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｍ）Ｃ２０９８は、実際は５．９９Åであり；Ｍ１３０
は、実際は５．９０Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３３９】
【表５６】
【０３４０】
【表５７】
【０３４１】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、エリスロマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に
位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれ
らの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保
存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ
ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲ
ＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５；タンパク質Ｌ２２についての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２について
のＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、エリスロマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に
位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれ
らの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保
存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ
ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲ
ＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５；タンパク質Ｌ２２についての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２について
のＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３４２】表１９Ａは、アジスロマイシン結合ポケッ
トの少なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓ
ｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける
残基を同定する（５．８Åシェル）。さらに、表１９Ａ
は、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコ
ンドリア大サブユニットにおけるアジスロマイシン結合
ポケットの少なくとも一部を規定する対応する残基を同
定する。表１９Ｂは、アジスロマイシン結合ポケットの
広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定す
る（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
トの少なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓ
ｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける
残基を同定する（５．８Åシェル）。さらに、表１９Ａ
は、Ｅｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコ
ンドリア大サブユニットにおけるアジスロマイシン結合
ポケットの少なくとも一部を規定する対応する残基を同
定する。表１９Ｂは、アジスロマイシン結合ポケットの
広範な部分を共に規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ
５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を同定す
る（５．８Å〜１２．６Åシェル）。保存されない残基
は、表５Ａおよび表５Ｂに関して以前に記載されたよう
に同定した。
【０３４３】
【表５８】
【０３４４】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、アジスロ
マイシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソ
ームサブユニットにおけるそれらの残基として決定し
た。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由
来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列
されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコン
ドリアｆ）の対応する配列との比較により決定した。リ
ボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕ
ｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉ ｉ、Ｒａｔｔ
ｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミ
トコンドリアｌにおける相同なタンパク質をコードする
整列されたタンパク質配列の対応する配列との間でも比
較がなされた。配列アラインメントを、プログラムＭｅ
ｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉ
ｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータ
を用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されな
かったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｒ５ＨＳ２２ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５７５２１ ｌ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５１２７９ ｍ）残基Ｕ２５４１は、実際は５．９３Åであり；Ｍ１
３０は、実際は５．９５Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、アジスロ
マイシンの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソ
ームサブユニットにおけるそれらの残基として決定し
た。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．
ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由
来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列
されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ
ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコン
ドリアｆ）の対応する配列との比較により決定した。リ
ボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕ
ｉの構造タンパク質配列ｇとＥ．ｃｏｌｉ ｉ、Ｒａｔｔ
ｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、またはヒトミ
トコンドリアｌにおける相同なタンパク質をコードする
整列されたタンパク質配列の対応する配列との間でも比
較がなされた。配列アラインメントを、プログラムＭｅ
ｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉ
ｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォルトパラメータ
を用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基が同定されな
かったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｒ５ＨＳ２２ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５７５２１ ｌ）タンパク質Ｌ２２についてのＧｅｎＢａｎｋ登録
ＸＰ＿０５１２７９ ｍ）残基Ｕ２５４１は、実際は５．９３Åであり；Ｍ１
３０は、実際は５．９５Åである。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３４５】
【表５９】
【０３４６】
【表６０】
【０３４７】
【表６１】
【０３４８】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、アジスロマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に
位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれ
らの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保
存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ
ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲ
ＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。
ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およ びＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩ
ＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇ
ｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５；タンパク質Ｌ２２についての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２について
のＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、アジスロマイシンの原子の５．８〜１２．６Å内に
位置する、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれ
らの残基として決定した。２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保
存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ
ｒＲＮＡｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲ
ＮＡをコードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌ
ｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒ
トｅ、またはヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列と
の比較により決定した。リボソームタンパク質の場合、
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列ｇと
Ｅ．ｃｏｌｉｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ
ｊ、ヒトｋ、またはヒトミトコンドリアｌにおける相同
なタンパク質をコードする整列されたタンパク質配列の
対応する配列との間でも比較がなされた。配列アライン
メントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡ
Ｒ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）に
よりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊ＮＰ
は、相同な残基が同定されなかったことを意味する。
ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およ びＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１９８８）「Ｔｈｅ ＭＩ
ＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇ
ｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 Ｐ１２７３５；タンパク質Ｌ２２についての
ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｒ５ＨＳ２４ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａ
ｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６１；タンパク質Ｌ２２につい
てのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＣＡＡ２６４６５ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＪＣ４２７７；タンパク質Ｌ２２についてのＧｅ
ｎＢａｎｋ登録 Ｐ２４０４９ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢ
ａｎｋ登録 Ｐ３６５７８、ＮＰ＿０００９５９、Ｓ３
９８０３、およびＴ０９５５１；タンパク質Ｌ２２につ
いてのＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１；タンパク質Ｌ４についてのＧｅｎＢａｎｋ
登録 ＸＰ＿０４９５０２；タンパク質Ｌ２２について
のＧｅｎＢａｎｋ登録 ＸＰ＿０５１２７９ ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３４９】表２０Ａは、リネゾリド結合ポケットの少
なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を
同定する（５．８Åシェル）。さらに、表２０Ａは、Ｅ
ｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリ
ア大サブユニットにおけるリネゾリド結合ポケットの少
なくとも一部を規定する対応する残基を同定する。表２
０Ｂは、リネゾリド結合ポケットの広範な部分を共に規
定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソーム
サブユニットにおける残基を同定する（５．８Å〜１
２．６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび
表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
なくとも一部分をともに規定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉ ５０Ｓリボソームサブユニットにおける残基を
同定する（５．８Åシェル）。さらに、表２０Ａは、Ｅ
ｃｏｌｉ、Ｒａｔｔｕｓ、ヒトおよびヒトミトコンドリ
ア大サブユニットにおけるリネゾリド結合ポケットの少
なくとも一部を規定する対応する残基を同定する。表２
０Ｂは、リネゾリド結合ポケットの広範な部分を共に規
定するＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ５０Ｓリボソーム
サブユニットにおける残基を同定する（５．８Å〜１
２．６Åシェル）。保存されない残基は、表５Ａおよび
表５Ｂに関して以前に記載されたように同定した。
【０３５０】
【表６２】
【０３５１】結合ポケット（５．８Åシェル）を規定す
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、リネゾリ
ドの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソームサ
ブユニットにおけるそれらの残基として決定した。２３
Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列
と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列されたゲ
ノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖ
ｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。配列ア
ラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡ
ＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳ
Ａ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊
ＮＰは、相同な残基が同定されなかったことを意味す
る。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
る残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用いて、リネゾリ
ドの原子の５．８Å内に位置する、５０Ｓリボソームサ
ブユニットにおけるそれらの残基として決定した。２３
Ｓ ｒＲＮＡにおける保存された残基を、Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮＡｂの構造由来の配列
と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコードする整列されたゲ
ノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖ
ｅｇｉｃｕｓｄ、ヒトｅ、またはヒトミトコンドリ
アｆ）の対応する配列との比較により決定した。配列ア
ラインメントを、プログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡ
ＳＴＡＲ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳ
Ａ）によりデフォルトパラメータを用いて決定した。＊
ＮＰは、相同な残基が同定されなかったことを意味す
る。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｈ）リガンドの水素結合（３．５Å）内にある、残基を
示す：例えば、Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ、ＷＬ、Ｎｇｕｙｅ
ｎ、ＴＢ、Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ（１９９３）１
４：１９５−２０５を参照のこと。 ｖ）抗生物質とファンデルワールス接触している残基
を、抗生物質における任意の原子のｒｍｉｎ内のそれら
の残基として規定した（ここで、ｒｍｉｎ＝２１／６ｓ
であり、Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅｓ対力価における最
小である（Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｏｆ Ｌｉｑｕｉｄｓ；Ａｌｌｅｎ、Ｍ．Ｐ．およびＴ
ｉｌｄｅｓｌｅｙ、Ｄ．Ｊ．；Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ：Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９
２、１１を参照のこと））。Ｌｅｎｎａｒｄ−Ｊｏｎｅ
ｓ ｓｓは、ＯＰＬＳ−ＡＡ力場から獲得される（Ｊｏ
ｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．；Ｍａｘｗｅｌｌ、Ｄ．Ｓ．
およびＴｉｒａｄｏ−Ｒｉｖｅｓ、Ｊ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈ
ｅｍ．Ｓｏｃ．、１９９６、１１８、１１２２５−１１
２３６およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ、Ｗ．Ｌ．ＢＯＳＳ、
Ｖｅｒｓｉｏｎ ４．３；Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉ
ｔｙ：Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ、ＣＴ、２００２を参照のこ
と）。
【０３５２】
【表６３】
【０３５３】
【表６４】
【０３５４】結合ポケット（５．８Å〜１２．６Åシェ
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、リネゾリドの原子の５．８〜１２．６Å内に位置す
る、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれらの残
基として決定した。２３ＳｒＲＮＡにおける保存された
残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮ
Ａｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコ
ードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒ
ａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒト ｅ、または
ヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列との比較により
決定した。リボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列 ｇとＥ．ｃｏｌｉ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、
またはヒトミトコンドリアｌにおける相同なタンパク質
をコードする整列されたタンパク質配列の対応する配列
との間でも比較がなされた。配列アラインメントを、プ
ログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉ
ｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォル
トパラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基
が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 当業者は、上述の例示的な標的部位または他の例示的な
標的部位を所有する場合、合理的な薬物設計のプロセス
を使用して、１つ以上の標的部位に潜在的に結合する分
子および／またはリボソーム活性を阻害する分子を同定
し得る。さらに、標的部位を規定する残基が、病原体の
間で保存されるが、宿主種の間で保存されないことを考
慮することによって、当業者は、新規の種特異的タンパ
ク質合成インヒビターを設計し得る。当業者が、Ｅ．ｃ
ｏｌｉとラットまたはヒトとの間で保存されない領域を
利用して、合理的な薬物設計のための標的領域を提供し
得ることが明らかである。例えば、図３３は、Ｅ．ｃｏ
ｌｉとラットまたはヒトとの間で保存されるポリペプチ
ド出口トンネルの特定の領域（赤色で示される）および
Ｅ．ｃｏｌｉとラットまたはヒトとの間で保存されない
ポリペプチド出口トンネルの領域（青色で示される）を
示す。図３３（Ａ）および３３（Ｂ）は、ポリペプチド
出口トンネルにそって半分に切断する場合の、大リボソ
ームサブユニットの拡大図を提供する。図３３（Ｃ）
は、大リボソームサブユニットに関連して、図３３
（Ａ）における図に読み手を向かせるように提供され
る。図３３（Ｄ）は、大リボソームサブユニットに関連
して、図３３（Ｂ）における図に読み手を向かせるよう
に提供される。さらに、当業者は、抗生物質活性を予防
または減少する（すなわち、抗生物質耐性に関与する）
変異を有する場合、この情報を使用して、次いで基本と
して合理的な薬物設計を使用して、薬物耐性を克服する
小分子を同定し得る、関連する抗生物質結合産物をモデ
リングし得る。種々のコンピュータモデリング手順（例
えば、相同性モデリングプロトコル）が使用され、ヌク
レオチドおよび／またはアミノ酸の部位特異的変異誘発
を実行し、次いで適切なエネルギー最小化および精密化
プロトコルを使用することによって、薬物耐性の標的部
位のモデルを提供し得ることが意図される。
ル）を規定する残基を、プログラムＭＩＤＡＳａを用い
て、リネゾリドの原子の５．８〜１２．６Å内に位置す
る、５０Ｓリボソームサブユニットにおけるそれらの残
基として決定した。２３ＳｒＲＮＡにおける保存された
残基を、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ ２３Ｓ ｒＲＮ
Ａｂの構造由来の配列と、相同な２３Ｓ ｒＲＮＡをコ
ードする整列されたゲノムＤＮＡ（Ｅ．ｃｏｌｉｃ、Ｒ
ａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｄ、ヒト ｅ、または
ヒトミトコンドリアｆ）の対応する配列との比較により
決定した。リボソームタンパク質の場合、Ｈ．ｍａｒｉ
ｓｍｏｒｔｕｉの構造タンパク質配列 ｇとＥ．ｃｏｌｉ
ｉ、Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓｊ、ヒトｋ、
またはヒトミトコンドリアｌにおける相同なタンパク質
をコードする整列されたタンパク質配列の対応する配列
との間でも比較がなされた。配列アラインメントを、プ
ログラムＭｅｇＡｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｍａｄｉ
ｓｏｎ、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、ＵＳＡ）によりデフォル
トパラメータを用いて決定した。＊ＮＰは、相同な残基
が同定されなかったことを意味する。 ａ）Ｔ．Ｅ．Ｆｅｒｒｉｎ、Ｃ．Ｃ．Ｈｕａｎｇ、Ｌ．
Ｅ．Ｊａｒｖｉｓ、およびＲ．Ｌａｎｇｒｉｄｇｅ（１
９８８）「Ｔｈｅ ＭＩＤＡＳ ＤｉｓｐｌａｙＳｙｓ
ｔｅｍ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ、６（１）：１
３−２７、３６−３７ ｂ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ＡＦ０３４６１９ ｃ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｊ０１６９５ ｄ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 ２６２４３９９ ｅ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｍ１１１６７ ｆ）ＧｅｎＢａｎｋ登録 １３６８３ ｇ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ａ
ＡＡ８６８５９ ｉ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｃ
ＡＡ２６４６０ ｊ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
２１５３１ ｋ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｎ
Ｐ＿０００９５８ ｌ）タンパク質Ｌ３についてのＧｅｎＢａｎｋ登録 Ｐ
０９００１ 当業者は、上述の例示的な標的部位または他の例示的な
標的部位を所有する場合、合理的な薬物設計のプロセス
を使用して、１つ以上の標的部位に潜在的に結合する分
子および／またはリボソーム活性を阻害する分子を同定
し得る。さらに、標的部位を規定する残基が、病原体の
間で保存されるが、宿主種の間で保存されないことを考
慮することによって、当業者は、新規の種特異的タンパ
ク質合成インヒビターを設計し得る。当業者が、Ｅ．ｃ
ｏｌｉとラットまたはヒトとの間で保存されない領域を
利用して、合理的な薬物設計のための標的領域を提供し
得ることが明らかである。例えば、図３３は、Ｅ．ｃｏ
ｌｉとラットまたはヒトとの間で保存されるポリペプチ
ド出口トンネルの特定の領域（赤色で示される）および
Ｅ．ｃｏｌｉとラットまたはヒトとの間で保存されない
ポリペプチド出口トンネルの領域（青色で示される）を
示す。図３３（Ａ）および３３（Ｂ）は、ポリペプチド
出口トンネルにそって半分に切断する場合の、大リボソ
ームサブユニットの拡大図を提供する。図３３（Ｃ）
は、大リボソームサブユニットに関連して、図３３
（Ａ）における図に読み手を向かせるように提供され
る。図３３（Ｄ）は、大リボソームサブユニットに関連
して、図３３（Ｂ）における図に読み手を向かせるよう
に提供される。さらに、当業者は、抗生物質活性を予防
または減少する（すなわち、抗生物質耐性に関与する）
変異を有する場合、この情報を使用して、次いで基本と
して合理的な薬物設計を使用して、薬物耐性を克服する
小分子を同定し得る、関連する抗生物質結合産物をモデ
リングし得る。種々のコンピュータモデリング手順（例
えば、相同性モデリングプロトコル）が使用され、ヌク
レオチドおよび／またはアミノ酸の部位特異的変異誘発
を実行し、次いで適切なエネルギー最小化および精密化
プロトコルを使用することによって、薬物耐性の標的部
位のモデルを提供し得ることが意図される。
【０３５５】（ｃ．候補分子の同定）タンパク質生合成
を阻害する候補分子は、デノボで全体的に設計され得る
か、または予め存在するタンパク質生合成インヒビター
に基づき得ることが、意図される。これらのアプローチ
のいずれかは、リボソームまたはリボソームサブユニッ
ト、より好ましくは大リボソームサブユニット、さらに
より好ましくは５０Ｓリボソームサブユニットに、全体
的にかまたは部分的に結合し得る、化学実体、薬剤、リ
ガンド、または化合物についてのデータベースおよび低
分子のライブラリーを計算によりスクリーニングするこ
とにより容易になり得る。このスクリーニングにおい
て、このような実体または化合物の、結合部位（単数ま
たは複数）にフィットする品質は、形状相補性または推
定された相互作用エネルギーのいずれかにより判定され
得る（Ｍｅｎｇら（１９９２）Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅ
ｍ．１３：５０５−５２４）。
を阻害する候補分子は、デノボで全体的に設計され得る
か、または予め存在するタンパク質生合成インヒビター
に基づき得ることが、意図される。これらのアプローチ
のいずれかは、リボソームまたはリボソームサブユニッ
ト、より好ましくは大リボソームサブユニット、さらに
より好ましくは５０Ｓリボソームサブユニットに、全体
的にかまたは部分的に結合し得る、化学実体、薬剤、リ
ガンド、または化合物についてのデータベースおよび低
分子のライブラリーを計算によりスクリーニングするこ
とにより容易になり得る。このスクリーニングにおい
て、このような実体または化合物の、結合部位（単数ま
たは複数）にフィットする品質は、形状相補性または推
定された相互作用エネルギーのいずれかにより判定され
得る（Ｍｅｎｇら（１９９２）Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅ
ｍ．１３：５０５−５２４）。
【０３５６】本発明による、リボソームまたはリボソー
ムサブユニットに結合するか、またはこれらの機能的活
性を阻害する分子の設計は、一般に、２つの因子の考慮
を包含する。第一に、この分子は、大リボソームサブユ
ニットと物理的かつ構造的に会合し得なければならな
い。リボソームおよびリボソームサブユニットと分子と
の会合において重要な、非共有結合的な分子相互作用と
しては、水素結合相互作用、ファンデルワールス相互作
用、および疎水性相互作用が挙げられる。第二に、この
分子は、この分子がリボソームまたはリボソームサブユ
ニット、より好ましくは大リボソームサブユニット、さ
らにより好ましくは５０Ｓリボソームサブユニットと会
合することを可能にする立体配座を呈し得なければなら
ない。この分子の特定の部分は、リボソームまたはリボ
ソームサブユニットとのこの会合に直接関与しないかも
しれないが、これらの部分は依然として、この分子の全
体的な立体配座に影響を与え得る。このことは、次に、
結合親和性、治療効力、薬物様品質、および能力に対し
て、有意な影響を有し得る。このような立体配座要件と
しては、リボソームもしくはリボソームサブユニットの
活性部位または他の領域の全体もしくは一部に対する、
化学的実体または分子の全体的な三次元構造および配
向、あるいはリボソームもしくはリボソームサブユニッ
ト（より好ましくは、大リボソームサブユニット、およ
びなおより好ましくは、５０Ｓリボソームサブユニッ
ト）と直接相互作用するいくつかの化学的実体を含む分
子の、官能基間の間隔が挙げられる。
ムサブユニットに結合するか、またはこれらの機能的活
性を阻害する分子の設計は、一般に、２つの因子の考慮
を包含する。第一に、この分子は、大リボソームサブユ
ニットと物理的かつ構造的に会合し得なければならな
い。リボソームおよびリボソームサブユニットと分子と
の会合において重要な、非共有結合的な分子相互作用と
しては、水素結合相互作用、ファンデルワールス相互作
用、および疎水性相互作用が挙げられる。第二に、この
分子は、この分子がリボソームまたはリボソームサブユ
ニット、より好ましくは大リボソームサブユニット、さ
らにより好ましくは５０Ｓリボソームサブユニットと会
合することを可能にする立体配座を呈し得なければなら
ない。この分子の特定の部分は、リボソームまたはリボ
ソームサブユニットとのこの会合に直接関与しないかも
しれないが、これらの部分は依然として、この分子の全
体的な立体配座に影響を与え得る。このことは、次に、
結合親和性、治療効力、薬物様品質、および能力に対し
て、有意な影響を有し得る。このような立体配座要件と
しては、リボソームもしくはリボソームサブユニットの
活性部位または他の領域の全体もしくは一部に対する、
化学的実体または分子の全体的な三次元構造および配
向、あるいはリボソームもしくはリボソームサブユニッ
ト（より好ましくは、大リボソームサブユニット、およ
びなおより好ましくは、５０Ｓリボソームサブユニッ
ト）と直接相互作用するいくつかの化学的実体を含む分
子の、官能基間の間隔が挙げられる。
【０３５７】リボソームおよびリボソームサブユニット
に対する、分子の潜在的な、予測された阻害効果または
結合効果は、その分子の実際の合成、およびコンピュー
タモデル化技術の使用による試験の前に、分析され得
る。所定の分子の理論的な構造が、この分子とリボソー
ムまたはリボソームサブユニットとの間の不十分な相互
作用および会合を示唆する場合には、この分子の合成お
よび試験が取り除かれる。しかし、コンピュータモデル
化が強い相互作用を示す場合には、この分子は、合成さ
れ得、そしてリボソームまたはリボソームサブユニット
と相互作用し、そしてタンパク質合成を阻害する能力に
ついて、試験され得る。この様式で、非作動的な分子の
合成が回避され得る。いくつかの場合において、モデル
化において予測された不活性分子が合成され、次いで試
験されて、リボソームまたはリボソームサブユニット
（より好ましくは、大リボソームサブユニット、そして
なおより好ましくは、５０Ｓリボソームサブユニット）
の特異的領域と相互作用する分子について、ＳＡＲ（構
造−活性関係）を開発する。本明細書中において使用さ
れる場合に、用語「ＳＡＲ」は、化合物の活性／特定と
その化学的構造との間の関係に直接関係する、構造−活
性／構造特性関係を集合的に言及するべきである。
に対する、分子の潜在的な、予測された阻害効果または
結合効果は、その分子の実際の合成、およびコンピュー
タモデル化技術の使用による試験の前に、分析され得
る。所定の分子の理論的な構造が、この分子とリボソー
ムまたはリボソームサブユニットとの間の不十分な相互
作用および会合を示唆する場合には、この分子の合成お
よび試験が取り除かれる。しかし、コンピュータモデル
化が強い相互作用を示す場合には、この分子は、合成さ
れ得、そしてリボソームまたはリボソームサブユニット
と相互作用し、そしてタンパク質合成を阻害する能力に
ついて、試験され得る。この様式で、非作動的な分子の
合成が回避され得る。いくつかの場合において、モデル
化において予測された不活性分子が合成され、次いで試
験されて、リボソームまたはリボソームサブユニット
（より好ましくは、大リボソームサブユニット、そして
なおより好ましくは、５０Ｓリボソームサブユニット）
の特異的領域と相互作用する分子について、ＳＡＲ（構
造−活性関係）を開発する。本明細書中において使用さ
れる場合に、用語「ＳＡＲ」は、化合物の活性／特定と
その化学的構造との間の関係に直接関係する、構造−活
性／構造特性関係を集合的に言及するべきである。
【０３５８】（ｄ．デノボ設計）当業者は、いくつかの
方法のうちの１つを使用して、化学部分もしくは実体、
化合物、または他の薬剤を、それらがリボソームまたは
リボソームサブユニット内の予め選択された標的部位と
会合する能力について、同定し得る。このプロセスは、
例えば、５０Ｓリボソームサブユニットならびに／また
は他のアナログおよび抗生物質（登録番号ＰＤＢ Ｉ
Ｄ：１ＦＦＫ、１ＪＪ２、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１Ｋ７
３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍで
ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに登録
され、そして／またはディスク番号１に含まれる表に列
挙される）とのその複合体の原子座標に基づく、コンピ
ュータスクリーン上の標的部位の目視検査またはコンピ
ュータ補助モデル化により、開始し得る。１つの実施形
態において、化合物設計は、異なる分子がリボソーム、
リボソームサブユニット、またはそのフラグメントの種
々の部位とどのように相互作用するかを計算するコンピ
ュータモデル化プログラムを使用する。次いで、選択さ
れた化学的部分もしくは実体、化合物、または薬剤は、
リボソームまたはリボソームサブユニット、より好まし
くは大リボソームサブユニット、およびなおより好まし
くは５０Ｓリボソームサブユニットの標的部位の少なく
とも一部で、種々の配向に位置決定またはドッキングさ
れ得る。化学構造のデータベースは、例えば、Ｃａｍｂ
ｒｉｄｇｅ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ Ｄａ
ｔａＣｅｎｔｅｒ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｕ．Ｋ．）お
よびＣｈｅｍｉｃａｌ Ａｂｓｔｒａｃｔｓ Ｓｅｒｖ
ｉｃｅ（Ｃｏｌｕｍｂｕｓ、ＯＨ）から入手可能であ
る。ドッキングは、Ｃｅｒｉｕｓ、Ｑｕａｎｔａ、また
はＳｙｂｙｌのようなソフトウェアを使用し、引き続く
エネルギー最小化および分子力学（ＯＰＬＳ−ＡＡ、Ｃ
ＨＡＲＭＭ、またはＡＭＢＥＲのような標準的な分子力
学力場を用いる）により、達成され得る。
方法のうちの１つを使用して、化学部分もしくは実体、
化合物、または他の薬剤を、それらがリボソームまたは
リボソームサブユニット内の予め選択された標的部位と
会合する能力について、同定し得る。このプロセスは、
例えば、５０Ｓリボソームサブユニットならびに／また
は他のアナログおよび抗生物質（登録番号ＰＤＢ Ｉ
Ｄ：１ＦＦＫ、１ＪＪ２、１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１Ｋ７
３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍで
ＲＣＳＢ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに登録
され、そして／またはディスク番号１に含まれる表に列
挙される）とのその複合体の原子座標に基づく、コンピ
ュータスクリーン上の標的部位の目視検査またはコンピ
ュータ補助モデル化により、開始し得る。１つの実施形
態において、化合物設計は、異なる分子がリボソーム、
リボソームサブユニット、またはそのフラグメントの種
々の部位とどのように相互作用するかを計算するコンピ
ュータモデル化プログラムを使用する。次いで、選択さ
れた化学的部分もしくは実体、化合物、または薬剤は、
リボソームまたはリボソームサブユニット、より好まし
くは大リボソームサブユニット、およびなおより好まし
くは５０Ｓリボソームサブユニットの標的部位の少なく
とも一部で、種々の配向に位置決定またはドッキングさ
れ得る。化学構造のデータベースは、例えば、Ｃａｍｂ
ｒｉｄｇｅ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃ Ｄａ
ｔａＣｅｎｔｅｒ（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｕ．Ｋ．）お
よびＣｈｅｍｉｃａｌ Ａｂｓｔｒａｃｔｓ Ｓｅｒｖ
ｉｃｅ（Ｃｏｌｕｍｂｕｓ、ＯＨ）から入手可能であ
る。ドッキングは、Ｃｅｒｉｕｓ、Ｑｕａｎｔａ、また
はＳｙｂｙｌのようなソフトウェアを使用し、引き続く
エネルギー最小化および分子力学（ＯＰＬＳ−ＡＡ、Ｃ
ＨＡＲＭＭ、またはＡＭＢＥＲのような標準的な分子力
学力場を用いる）により、達成され得る。
【０３５９】専門化されたコンピュータプログラムはま
た、化学実体を選択するプロセスにおいて補助し得る。
これらとしては、以下が挙げられるが、これらに限定さ
れない： （１）ＧＲＩＤ（Ｇｏｏｄｆｏｒｄ，Ｐ．Ｊ．、「Ａ
Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ ｆ
ｏｒ Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ Ｅｎｅｒｇｅｔｉｃａ
ｌｌｙ Ｆａｖｏｒａｂｌｅ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｓｉｔ
ｅｓ ｏｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ Ｉｍｐｏｒｔ
ａｎｔ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ」（１９８５）
Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２８、８４９−８５７）。ＧＲ
ＩＤ（種々の官能基の特徴を有するプローブと、高分子
表面との間の可能な相互作用部位を決定するプログラ
ム）のようなソフトウェアを使用して、類似の阻害タン
パク質または分子の構造を決定するための表面部位を分
析し得る。分子上の適切な阻害基（例えば、プロトン化
された一級アミン）をプローブとして用いるＧＲＩＤ計
算を使用して、適切なエネルギー輪郭レベルにおけるア
クセス可能な位置の周囲の潜在的な熱点を同定する。Ｇ
ＲＩＤは、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｏｘ
ｆｏｒｄ、ＵＫから入手可能である。
た、化学実体を選択するプロセスにおいて補助し得る。
これらとしては、以下が挙げられるが、これらに限定さ
れない： （１）ＧＲＩＤ（Ｇｏｏｄｆｏｒｄ，Ｐ．Ｊ．、「Ａ
Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ ｆ
ｏｒ Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ Ｅｎｅｒｇｅｔｉｃａ
ｌｌｙ Ｆａｖｏｒａｂｌｅ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｓｉｔ
ｅｓ ｏｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ Ｉｍｐｏｒｔ
ａｎｔ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ」（１９８５）
Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２８、８４９−８５７）。ＧＲ
ＩＤ（種々の官能基の特徴を有するプローブと、高分子
表面との間の可能な相互作用部位を決定するプログラ
ム）のようなソフトウェアを使用して、類似の阻害タン
パク質または分子の構造を決定するための表面部位を分
析し得る。分子上の適切な阻害基（例えば、プロトン化
された一級アミン）をプローブとして用いるＧＲＩＤ計
算を使用して、適切なエネルギー輪郭レベルにおけるア
クセス可能な位置の周囲の潜在的な熱点を同定する。Ｇ
ＲＩＤは、Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ、Ｏｘ
ｆｏｒｄ、ＵＫから入手可能である。
【０３６０】（２）ＭＣＳＳ（Ｍｉｒａｎｋｅｒ、Ａ．
およびＭ．Ｋａｒｐｌｕｓ（１９９１）「Ｆｕｎｃｔｉ
ｏｎａｌｉｔｙ Ｍａｐｓ ｏｆ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｓ
ｉｔｅｓ：Ａ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｃｏｐｙ Ｓｉｍｕ
ｌｔａｎｅｏｕｓ Ｓｅａｒｃｈ Ｍｅｔｈｏｄ」、Ｐ
ｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏ
ｎ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １１：２９−３４）。
ＭＣＳＳは、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏ
ｎｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡから入手可能であ
る。
およびＭ．Ｋａｒｐｌｕｓ（１９９１）「Ｆｕｎｃｔｉ
ｏｎａｌｉｔｙ Ｍａｐｓ ｏｆ Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｓ
ｉｔｅｓ：Ａ Ｍｕｌｔｉｐｌｅ Ｃｏｐｙ Ｓｉｍｕ
ｌｔａｎｅｏｕｓ Ｓｅａｒｃｈ Ｍｅｔｈｏｄ」、Ｐ
ｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏ
ｎ ａｎｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １１：２９−３４）。
ＭＣＳＳは、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏ
ｎｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡから入手可能であ
る。
【０３６１】（３）ＡＵＴＯＤＯＣＫ（Ｇｏｏｄｓｅｌ
ｌ，Ｄ．Ｓ．およびＡ．Ｊ．Ｏｌｓｅｎ（１９９０）
「Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｄｏｃｋｉｎｇ ｏｆ Ｓｕｂ
ｓｔｒａｔｅｓ ｔｏ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｂｙ Ｓｉ
ｍｕｌａｔｅｄ Ａｎｎｅａｌｉｎｇ」Ｐｒｏｔｅｉｎ
ｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ａｎｄＧ
ｅｎｅｔｉｃｓ ８：１９５−２０２）。ＡＵＴＯＤＯ
ＣＫは、Ｓｃｒｉｐｐｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔ
ｉｔｕｔｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡから入手可能であ
る。
ｌ，Ｄ．Ｓ．およびＡ．Ｊ．Ｏｌｓｅｎ（１９９０）
「Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｄｏｃｋｉｎｇ ｏｆ Ｓｕｂ
ｓｔｒａｔｅｓ ｔｏ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｂｙ Ｓｉ
ｍｕｌａｔｅｄ Ａｎｎｅａｌｉｎｇ」Ｐｒｏｔｅｉｎ
ｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ａｎｄＧ
ｅｎｅｔｉｃｓ ８：１９５−２０２）。ＡＵＴＯＤＯ
ＣＫは、Ｓｃｒｉｐｐｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔ
ｉｔｕｔｅ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡから入手可能であ
る。
【０３６２】（４）ＤＯＣＫ（Ｋｕｎｔｓ，Ｉ．Ｄ．ら
（１９８２）「Ａ Ｇｅｏｍｅｔｒｉｃ Ａｐｐｒｏａ
ｃｈ ｔｏ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅ−Ｌｉｇａｎ
ｄＩｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．
１６１：２６９−２８８）。プログラムＤＯＣＫを使用
して、活性部位またはリガンド結合部位を分析し得、そ
して相補的な立体特性を有するリガンドを示唆し得る。
ＤＯＣＫは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆ
ｏｒｎｉａ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡから入
手可能である。
（１９８２）「Ａ Ｇｅｏｍｅｔｒｉｃ Ａｐｐｒｏａ
ｃｈ ｔｏ Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅ−Ｌｉｇａｎ
ｄＩｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ」Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．
１６１：２６９−２８８）。プログラムＤＯＣＫを使用
して、活性部位またはリガンド結合部位を分析し得、そ
して相補的な立体特性を有するリガンドを示唆し得る。
ＤＯＣＫは、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆ
ｏｒｎｉａ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡから入
手可能である。
【０３６３】（５）ＡＬＡＤＤＩＮ（Ｖａｎ Ｄｒｉｅ
ら（１９８９）「ＡＬＡＤＤＩＮ：Ａｎ Ｉｎｔｅｇｒ
ａｔｅｄ Ｔｏｏｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｓｓ
ｉｓｔｅｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｓｉｇｎ ａｎ
ｄ Ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉ
ｏｎ Ｆｒｏｍ Ｇｅｏｍｅｔｒｉｃ，Ｓｔｅｒｉｃａ
ｎｄ Ｓｕｂｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｓｅａｒｃｈｉｎｇ
ｏｆ Ｔｈｒｅｅ−Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ Ｓｔｒ
ｕｃｔｕｒｅｓ」Ｊ．Ｃｏｍｐ−ＡｉｄｅｄＭｏｌ．Ｄ
ｅｓ．３：２２５）。
ら（１９８９）「ＡＬＡＤＤＩＮ：Ａｎ Ｉｎｔｅｇｒ
ａｔｅｄ Ｔｏｏｌ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｓｓ
ｉｓｔｅｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｓｉｇｎ ａｎ
ｄ Ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉ
ｏｎ Ｆｒｏｍ Ｇｅｏｍｅｔｒｉｃ，Ｓｔｅｒｉｃａ
ｎｄ Ｓｕｂｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｓｅａｒｃｈｉｎｇ
ｏｆ Ｔｈｒｅｅ−Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ Ｓｔｒ
ｕｃｔｕｒｅｓ」Ｊ．Ｃｏｍｐ−ＡｉｄｅｄＭｏｌ．Ｄ
ｅｓ．３：２２５）。
【０３６４】（６）ＣＬＩＸ（ＤａｖｉｅおよびＬａｗ
ｒｅｎｃｅ（１９９２）「ＣＬＩＸ：Ａ Ｓｅａｒｃｈ
Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ Ｆｕｎｄｉｎｇ Ｎｏ
ｖｅｌ Ｌｉｇａｎｄｓ Ｃａｐａｂｌｅ ｏｆ Ｂｉ
ｎｄｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｋｎｏｗｎ Ｔ
ｈｒｅｅ−Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ Ｓｔｒｕｃｔｕｒ
ｅ」Ｐｒｏｔｅｉｎｓ １２：３１−４１）。
ｒｅｎｃｅ（１９９２）「ＣＬＩＸ：Ａ Ｓｅａｒｃｈ
Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ ｆｏｒ Ｆｕｎｄｉｎｇ Ｎｏ
ｖｅｌ Ｌｉｇａｎｄｓ Ｃａｐａｂｌｅ ｏｆ Ｂｉ
ｎｄｉｎｇ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｋｎｏｗｎ Ｔ
ｈｒｅｅ−Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ Ｓｔｒｕｃｔｕｒ
ｅ」Ｐｒｏｔｅｉｎｓ １２：３１−４１）。
【０３６５】（７）ＧＲＯＵＰＢＵＩＬＤ（Ｒｏｔｓｔ
ｅｉｎおよびＭｕｒｃｋｏ（１９９３）「ＧｒｏｕｐＢ
ｕｉｌｄ：Ａ Ｆｒａｇｍｅｎｔ−Ｂａｓｅｄ Ｍｅｔ
ｈｏｄ ｆｏｒ Ｄｅ Ｎｏｖｏ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉ
ｇｎ」Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ３６：１７００）。
ｅｉｎおよびＭｕｒｃｋｏ（１９９３）「ＧｒｏｕｐＢ
ｕｉｌｄ：Ａ Ｆｒａｇｍｅｎｔ−Ｂａｓｅｄ Ｍｅｔ
ｈｏｄ ｆｏｒ Ｄｅ Ｎｏｖｏ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉ
ｇｎ」Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ３６：１７００）。
【０３６６】（８）ＧＲＯＷ（ＭｏｏｎおよびＨｏｗｅ
（１９９１）「ＣｏｍｐｕｔｅｒＤｅｓｉｇｎ ｏｆ
Ｂｉｏａｃｔｉｖｅ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ：Ａ Ｍｅｔ
ｈｏｄ ｆｏｒ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ−Ｂａｓｅｄ Ｄｅ
Ｎｏｖｏ ＬｉｇａｎｄＤｅｓｉｇｎ」Ｐｒｏｔｅｉ
ｎｓ １１：３１４）。
（１９９１）「ＣｏｍｐｕｔｅｒＤｅｓｉｇｎ ｏｆ
Ｂｉｏａｃｔｉｖｅ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ：Ａ Ｍｅｔ
ｈｏｄ ｆｏｒ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ−Ｂａｓｅｄ Ｄｅ
Ｎｏｖｏ ＬｉｇａｎｄＤｅｓｉｇｎ」Ｐｒｏｔｅｉ
ｎｓ １１：３１４）。
【０３６７】一旦、適切な化学的部分もしくは実体、化
合物、または薬剤が選択されると、これらは単一の分子
に構築され得る。構築の前に、この化学的部分もしくは
実体、化合物、または薬剤の、三次元空間での互いに対
する空間的関係の目視検査および／またはコンピュータ
モデル化およびコンピュータ分析を行い得る。次いで、
これに続いて、ＱｕａｎｔａまたはＳｙｂｙｌのような
ソフトウェアを用いるモデル構築がなされ得る。
合物、または薬剤が選択されると、これらは単一の分子
に構築され得る。構築の前に、この化学的部分もしくは
実体、化合物、または薬剤の、三次元空間での互いに対
する空間的関係の目視検査および／またはコンピュータ
モデル化およびコンピュータ分析を行い得る。次いで、
これに続いて、ＱｕａｎｔａまたはＳｙｂｙｌのような
ソフトウェアを用いるモデル構築がなされ得る。
【０３６８】当業者が個々の化学的実体、化合物、また
は薬剤を接続する際に補助するために有用なプログラム
としては、以下が挙げられるが、これらに限定されな
い： （１）ＣＡＶＥＡＴ（Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｐ．Ａ．ら
（１９８９）「ＣＡＶＥＡＴ：Ａ Ｐｒｏｇｒａｍ ｔ
ｏ Ｆａｃｉｌｉｔａｔｅ ｔｈｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒ
ｅ−Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｂｉｏｌｏ
ｇｉｃａｌｌｙＡｃｔｉｖｅ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ」、
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｉｎ
Ｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｐ
ｒｏｂｌｅｍｓ、Ｓｐｅｃｉａｌ Ｐｕｂ．、Ｒｏｙａ
ｌ Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．７８：８２−１９６）および
（Ｂａｃｏｎら（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２
２５：８４９−８５８）。ＣＡＶＥＡＴは、既に活性部
位に位置する任意数の化学フラグメントを接続するため
の「スペーサー」として作用し得る、環式化合物のデー
タベースを使用する。これは、当業者が迅速に、きつい
結合のために必要であることが既知であるか、またはそ
の疑いのあるフラグメントを接続するための、何百もの
可能な方法を生成することを可能にする。ＣＡＶＥＡＴ
は、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉ
ａ、Ｂｅｒｋｅｌｅｙ、ＣＡから入手可能である。
は薬剤を接続する際に補助するために有用なプログラム
としては、以下が挙げられるが、これらに限定されな
い： （１）ＣＡＶＥＡＴ（Ｂａｒｔｌｅｔｔ，Ｐ．Ａ．ら
（１９８９）「ＣＡＶＥＡＴ：Ａ Ｐｒｏｇｒａｍ ｔ
ｏ Ｆａｃｉｌｉｔａｔｅ ｔｈｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒ
ｅ−Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｂｉｏｌｏ
ｇｉｃａｌｌｙＡｃｔｉｖｅ Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ」、
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｉｎ
Ｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｐ
ｒｏｂｌｅｍｓ、Ｓｐｅｃｉａｌ Ｐｕｂ．、Ｒｏｙａ
ｌ Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．７８：８２−１９６）および
（Ｂａｃｏｎら（１９９２）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２
２５：８４９−８５８）。ＣＡＶＥＡＴは、既に活性部
位に位置する任意数の化学フラグメントを接続するため
の「スペーサー」として作用し得る、環式化合物のデー
タベースを使用する。これは、当業者が迅速に、きつい
結合のために必要であることが既知であるか、またはそ
の疑いのあるフラグメントを接続するための、何百もの
可能な方法を生成することを可能にする。ＣＡＶＥＡＴ
は、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉ
ａ、Ｂｅｒｋｅｌｅｙ、ＣＡから入手可能である。
【０３６９】（２）ＭＡＣＣＳ−３Ｄのような３Ｄ Ｄ
ａｔａｂａｓｅシステム（ＭＤＬＩｎｆｏｒｍａｔｉｏ
ｎ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｓａｎ Ｌｅａｎｄｒｏ（Ｃ
Ａ））。この領域は、Ｍａｒｔｉｎ，Ｙ．Ｃ．、（１９
９２）「３Ｄ Ｄａｔａｂａｓｅ Ｓｅａｒｃｈｉｎｇ
ｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ」、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈ
ｅｍ．３５：２１４５−２１５４に概説される。
ａｔａｂａｓｅシステム（ＭＤＬＩｎｆｏｒｍａｔｉｏ
ｎ Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｓａｎ Ｌｅａｎｄｒｏ（Ｃ
Ａ））。この領域は、Ｍａｒｔｉｎ，Ｙ．Ｃ．、（１９
９２）「３Ｄ Ｄａｔａｂａｓｅ Ｓｅａｒｃｈｉｎｇ
ｉｎ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ」、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈ
ｅｍ．３５：２１４５−２１５４に概説される。
【０３７０】（３）ＨＯＯＫ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓ
ｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡか
ら入手可能）。
ｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ、ＭＡか
ら入手可能）。
【０３７１】上記のように一度の１つの化学的実体で段
階ごとの様式で、目的の分子を構築することに先行する
代わりに、目的の分子は、空の活性部位かまたは既知の
インヒビター（単数または複数）のいくらかの部分（単
数または複数）を必要に応じて含む部位のいずれかを使
用して、全体として設計され得る。これらの方法を実行
するソフトウェアとしては、以下が挙げられる： （１）ＬＵＤＩ（Ｂｏｈｍ，Ｈ．−Ｊ．（１９９２）
「Ｔｈｅ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｐｒｏｇｒａｍ ＬＵＤ
Ｉ：Ａ Ｎｅｗ Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅＤｅ
Ｎｏｖｏ Ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｎｈ
ｉｈｉｔｏｒｓ」、Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ａｉｄ．Ｍｏｌｅ
ｃ．Ｄｅｓｉｇｎ ６：６１−７８）。プログラムＬＵ
ＤＩは、水素結合および疎水性フラグメントの両方を配
置するための相互作用部位の列挙を決定し得る。次い
で、ＬＵＤＩは、約６００のリンカーのライブラリーを
使用して、４つまでの異なる相互作用部位をフラグメン
トに接続する。次いで、小さい方の「架橋」基（例え
ば、−ＣＨ２−および−ＣＯＯ−）を使用して、これら
のフラグメントを接続する。例えば、酵素ＤＨＦＲにつ
いては、周知のインヒビターであるメトトレキサートで
の主要な官能基の配置が、ＬＵＤＩにより再生された。
ＲｏｔｓｔｅｉｎおよびＭｕｒｃｋｏ、（１９９２）
Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３６：１７００−１７１０もま
た参照のこと。ＬＵＤＩは、Ｂｉｏｓｙｍ Ｔｅｃｈｎ
ｏｌｏｇｉｅｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡから入手可
能である。
階ごとの様式で、目的の分子を構築することに先行する
代わりに、目的の分子は、空の活性部位かまたは既知の
インヒビター（単数または複数）のいくらかの部分（単
数または複数）を必要に応じて含む部位のいずれかを使
用して、全体として設計され得る。これらの方法を実行
するソフトウェアとしては、以下が挙げられる： （１）ＬＵＤＩ（Ｂｏｈｍ，Ｈ．−Ｊ．（１９９２）
「Ｔｈｅ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｐｒｏｇｒａｍ ＬＵＤ
Ｉ：Ａ Ｎｅｗ Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅＤｅ
Ｎｏｖｏ Ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｎｈ
ｉｈｉｔｏｒｓ」、Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ａｉｄ．Ｍｏｌｅ
ｃ．Ｄｅｓｉｇｎ ６：６１−７８）。プログラムＬＵ
ＤＩは、水素結合および疎水性フラグメントの両方を配
置するための相互作用部位の列挙を決定し得る。次い
で、ＬＵＤＩは、約６００のリンカーのライブラリーを
使用して、４つまでの異なる相互作用部位をフラグメン
トに接続する。次いで、小さい方の「架橋」基（例え
ば、−ＣＨ２−および−ＣＯＯ−）を使用して、これら
のフラグメントを接続する。例えば、酵素ＤＨＦＲにつ
いては、周知のインヒビターであるメトトレキサートで
の主要な官能基の配置が、ＬＵＤＩにより再生された。
ＲｏｔｓｔｅｉｎおよびＭｕｒｃｋｏ、（１９９２）
Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３６：１７００−１７１０もま
た参照のこと。ＬＵＤＩは、Ｂｉｏｓｙｍ Ｔｅｃｈｎ
ｏｌｏｇｉｅｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡから入手可
能である。
【０３７２】（２）ＬＥＧＥＮＤ（Ｎｉｓｈｉｂａｔ
ａ，Ｙ．およびＡ．Ｉｔａｉ（１９９１）Ｔｅｔｒａｈ
ｅｄｒｏｎ ４７、８９８５）。ＬＥＧＥＮＤは、Ｍｏ
ｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｂｕｒｌｉ
ｎｇｔｏｎ、ＭＡから入手可能である。
ａ，Ｙ．およびＡ．Ｉｔａｉ（１９９１）Ｔｅｔｒａｈ
ｅｄｒｏｎ ４７、８９８５）。ＬＥＧＥＮＤは、Ｍｏ
ｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ、Ｂｕｒｌｉ
ｎｇｔｏｎ、ＭＡから入手可能である。
【０３７３】（３）ＬｅａｐＦｒｏｇ（Ｔｒｉｐｏｓ
Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯから入
手可能）。
Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯから入
手可能）。
【０３７４】（４）Ａｌａｄｄｉｎ（Ｄａｙｌｉｇｈｔ
Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｙｓ
ｔｅｍｓ、Ｉｒｖｉｎｅ、ＣＡから入手可能）。
Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｙｓ
ｔｅｍｓ、Ｉｒｖｉｎｅ、ＣＡから入手可能）。
【０３７５】他の分子モデル化技術もまた、本発明に従
って使用され得る。例えば、Ｃｏｈｅｎ，Ｎ．Ｃ．ら
（１９９０）「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ
Ｓｏｆｔｗａｒｅ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ
Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」、Ｊ．Ｍ
ｅｄ．Ｃｈｅｍ．３３：８８３−８９４を参照のこと。
Ｎａｖｉａ，Ｍ．Ａ．およびＭ．Ａ．Ｍｕｒｃｋｏ（１
９９２）「Ｔｈｅ Ｕｓｅ ｏｆ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａ
ｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｉｎ ＤｒｕｇＤｅｓｉ
ｇｎ」、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎｓ ｉｎ Ｓ
ｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２：２０２−２
１０；およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ（１９９８）「ＢＯＳ
Ｓ−Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｏｒｇａｎｉｃ
Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ」、Ｅｎｃｙｃ
ｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ
Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｐ．Ｖ．Ｒ．Ｓｃｈｌｅｙｅｒ
編）Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓｔｒａ．、Ａｔｈｅｎｓ、
Ｕ．Ｓ．Ａ．５：３２８１−３２８５もまた参照のこ
と。
って使用され得る。例えば、Ｃｏｈｅｎ，Ｎ．Ｃ．ら
（１９９０）「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ
Ｓｏｆｔｗａｒｅ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ
Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ」、Ｊ．Ｍ
ｅｄ．Ｃｈｅｍ．３３：８８３−８９４を参照のこと。
Ｎａｖｉａ，Ｍ．Ａ．およびＭ．Ａ．Ｍｕｒｃｋｏ（１
９９２）「Ｔｈｅ Ｕｓｅ ｏｆ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａ
ｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｉｎ ＤｒｕｇＤｅｓｉ
ｇｎ」、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎｓ ｉｎ Ｓ
ｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２：２０２−２
１０；およびＪｏｒｇｅｎｓｅｎ（１９９８）「ＢＯＳ
Ｓ−Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ ａｎｄ Ｏｒｇａｎｉｃ
Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ」、Ｅｎｃｙｃ
ｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ
Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｐ．Ｖ．Ｒ．Ｓｃｈｌｅｙｅｒ
編）Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓｔｒａ．、Ａｔｈｅｎｓ、
Ｕ．Ｓ．Ａ．５：３２８１−３２８５もまた参照のこ
と。
【０３７６】モデル化の間に、目的の分子に、医薬品と
して投与されるべき分子のために有用であり得る化学的
部分を導入することが可能であり得ることが、意図され
る。例えば、分子の標的領域に対する結合に直接影響を
与えないかもしれないが、例えば、薬学的に受容可能な
キャリアにおける分子の全体的な安定性、分子のバイオ
アベイラビリティおよび／または分子の毒性に寄与し得
る、化学的部分を、目的の分子に導入するか、または目
的の分子から省略することが、可能であり得る。目的の
分子の薬理学を最適化するための考慮および方法は、例
えば、「Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ
Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ
ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」第８版（Ｇｏｏｄ
ｍａｎＧｉｌｍａｎ、Ｒａｌｌ、Ｎｉｅｓ、およびＴａ
ｙｌｏｒ（編））、Ｐｅｒｇａｍａｎ Ｐｒｅｓｓ（１
９８５）；ＪｏｒｇｅｎｓｅｎおよびＤｕｆｆｙ（２０
００）Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１
０：１１５５−１１５８に見出され得る。
して投与されるべき分子のために有用であり得る化学的
部分を導入することが可能であり得ることが、意図され
る。例えば、分子の標的領域に対する結合に直接影響を
与えないかもしれないが、例えば、薬学的に受容可能な
キャリアにおける分子の全体的な安定性、分子のバイオ
アベイラビリティおよび／または分子の毒性に寄与し得
る、化学的部分を、目的の分子に導入するか、または目
的の分子から省略することが、可能であり得る。目的の
分子の薬理学を最適化するための考慮および方法は、例
えば、「Ｇｏｏｄｍａｎ ａｎｄ Ｇｉｌｍａｎ’ｓ
Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ Ｂａｓｉｓ
ｏｆ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ」第８版（Ｇｏｏｄ
ｍａｎＧｉｌｍａｎ、Ｒａｌｌ、Ｎｉｅｓ、およびＴａ
ｙｌｏｒ（編））、Ｐｅｒｇａｍａｎ Ｐｒｅｓｓ（１
９８５）；ＪｏｒｇｅｎｓｅｎおよびＤｕｆｆｙ（２０
００）Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１
０：１１５５−１１５８に見出され得る。
【０３７７】さらに、コンピュータプログラム「Ｑｉｋ
Ｐｒｏｐ」を使用して、目的の有機分子の物理的に有
意な説明および薬学的に関連する特性の迅速な予測を提
供し得る。「５の法則」確率スキームを使用して、新た
に合成された化合物の経口的吸収を推定し得る（Ｌｉｐ
ｉｎｓｋｉら（１９９７）Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉ
ｖ．Ｒｅｖ．２３：３）。
Ｐｒｏｐ」を使用して、目的の有機分子の物理的に有
意な説明および薬学的に関連する特性の迅速な予測を提
供し得る。「５の法則」確率スキームを使用して、新た
に合成された化合物の経口的吸収を推定し得る（Ｌｉｐ
ｉｎｓｋｉら（１９９７）Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉ
ｖ．Ｒｅｖ．２３：３）。
【０３７８】薬物団（ｐｈａｒｍａｃｏｐｈｏｒｅ）の
選択および設計のために適したプログラムとしては、以
下が挙げられる： （１）ＤＩＳＣＯ（Ａｂｂｏｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉ
ｅｓ、Ａｂｂｏｔ Ｐａｒｋ、Ｉｌｌ．） （２）Ｃａｔａｌｙｓｔ（Ｂｉｏ−ＣＡＤ Ｃｏｒ
ｐ．、ＭｏｕｎｔａｉｎＶｉｅｗ、ＣＡ） （３）Ｃｈｅｍ ＤＢＳ−３Ｄ（Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｄ
ｅｓｉｇｎ Ｌｔｄ．Ｏｘｆｏｒｄ、Ｕ．Ｋ．）。
選択および設計のために適したプログラムとしては、以
下が挙げられる： （１）ＤＩＳＣＯ（Ａｂｂｏｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉ
ｅｓ、Ａｂｂｏｔ Ｐａｒｋ、Ｉｌｌ．） （２）Ｃａｔａｌｙｓｔ（Ｂｉｏ−ＣＡＤ Ｃｏｒ
ｐ．、ＭｏｕｎｔａｉｎＶｉｅｗ、ＣＡ） （３）Ｃｈｅｍ ＤＢＳ−３Ｄ（Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｄ
ｅｓｉｇｎ Ｌｔｄ．Ｏｘｆｏｒｄ、Ｕ．Ｋ．）。
【０３７９】さらに、当業者は、適切な治療的に活性な
化合物および薬学的に有用な化合物をどのように設計す
るかに関する利用可能な情報を使用し得、そして本発明
の新たなタンパク質合成インヒビターの設計において、
この情報を使用し得る。例えば、Ｌｉｐｉｎｓｋｉら
（１９９７）Ａｄ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖｉｅ
ｗｓ ２３：３−２５；Ｖａｎ ｄｅ Ｗａｔｅｒｂｅ
ｅｍｄら（１９９６）Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｓｔ
ｒｕｃｔｕｒｅ−Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｒｅｌａｔｉｏｎ
ｓｈｉｐｓ １５：４８０−４９０：およびＣｒｕｃｉ
ａｎｉら（２０００）、Ｔｈｅｏｃｈｅｍ−Ｊ．Ｍｏ
ｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．５０３：１７−３０を参照のこと。
化合物および薬学的に有用な化合物をどのように設計す
るかに関する利用可能な情報を使用し得、そして本発明
の新たなタンパク質合成インヒビターの設計において、
この情報を使用し得る。例えば、Ｌｉｐｉｎｓｋｉら
（１９９７）Ａｄ．Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖ．Ｒｅｖｉｅ
ｗｓ ２３：３−２５；Ｖａｎ ｄｅ Ｗａｔｅｒｂｅ
ｅｍｄら（１９９６）Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｓｔ
ｒｕｃｔｕｒｅ−Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｒｅｌａｔｉｏｎ
ｓｈｉｐｓ １５：４８０−４９０：およびＣｒｕｃｉ
ａｎｉら（２０００）、Ｔｈｅｏｃｈｅｍ−Ｊ．Ｍｏ
ｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．５０３：１７−３０を参照のこと。
【０３８０】リボソームのタンパク質およびＲＮＡ、ま
たはリボソームサブユニットのタンパク質およびＲＮＡ
の座標を、上記コンピュータプログラムに入力すること
により、その高分子の最も見込みのある構造（リボソー
ム、リボソームサブユニットまたはそのフラグメントの
全体的な原子座標を含む）が計算される。これらの構造
を組み合わせ、そしてこのようなプログラムを使用する
さらなる計算により洗練して、リボソーム、リボソーム
サブユニットまたはそのフラグメントの、見込みのある
三次元構造または実際の三次元構造（リガンドの潜在的
または実際の活性部位または結合部位を含む）を決定し
得る。
たはリボソームサブユニットのタンパク質およびＲＮＡ
の座標を、上記コンピュータプログラムに入力すること
により、その高分子の最も見込みのある構造（リボソー
ム、リボソームサブユニットまたはそのフラグメントの
全体的な原子座標を含む）が計算される。これらの構造
を組み合わせ、そしてこのようなプログラムを使用する
さらなる計算により洗練して、リボソーム、リボソーム
サブユニットまたはそのフラグメントの、見込みのある
三次元構造または実際の三次元構造（リガンドの潜在的
または実際の活性部位または結合部位を含む）を決定し
得る。
【０３８１】（ｅ．既存の分子の改変）目的の分子を完
全にデノボで設計する代わりに、予め存在する分子また
はそのタンパク質を、新たな候補の設計のための出発点
として使用し得ることが、意図される。デノボで分子を
設計するために有用なアプローチの多くがまた、既存の
分子を改変するために有用であり得ることが、意図され
る。
全にデノボで設計する代わりに、予め存在する分子また
はそのタンパク質を、新たな候補の設計のための出発点
として使用し得ることが、意図される。デノボで分子を
設計するために有用なアプローチの多くがまた、既存の
分子を改変するために有用であり得ることが、意図され
る。
【０３８２】タンパク質生合成インヒビター（例えば、
抗生物質）と、リボソーム内のそのそれぞれの結合部位
との間の空間的関係の知識は、インヒビターが由来する
分子に対してより良好な結合特性（例えば、より高い結
合親和性および／または特異性）を有し得る改変された
インヒビターの設計を可能にすることが、意図される。
あるいは、リボソーム内のインヒビター接触部位の知識
は、例えば、その接触部位に結合する第一の分子（例え
ば、抗生物質もしくはそれらのアナログまたは誘導体）
の部分、およびさらなる官能性に寄与する別の部分を含
む新たな分子の合成を可能にする。
抗生物質）と、リボソーム内のそのそれぞれの結合部位
との間の空間的関係の知識は、インヒビターが由来する
分子に対してより良好な結合特性（例えば、より高い結
合親和性および／または特異性）を有し得る改変された
インヒビターの設計を可能にすることが、意図される。
あるいは、リボソーム内のインヒビター接触部位の知識
は、例えば、その接触部位に結合する第一の分子（例え
ば、抗生物質もしくはそれらのアナログまたは誘導体）
の部分、およびさらなる官能性に寄与する別の部分を含
む新たな分子の合成を可能にする。
【０３８３】種々の改変された分子（例えば、改変され
た抗生物質）が、本明細書中に提供される原子座標を使
用して設計され得ることが、意図される。例えば、１つ
以上の抗生物質の、大リボソームサブユニットに対する
空間的関係を知ることにより、新たな抗生物質に基づく
分子を生成することが可能であることが意図される。各
抗生物質の、大リボソームサブユニットに対する原子座
標は、リボソームまたはリボソームサブユニットおよび
その抗生物質のどの部分が互いに接触するかに関する情
報を提供する。従って、この情報から、当業者は、上記
のようなデノボ薬物設計のために使用され得るリボソー
ム内の接触位置を同定し得るのみでなく、リボソーム結
合ドメインとして作用し得る抗生物質の部分をまた同定
し得る。
た抗生物質）が、本明細書中に提供される原子座標を使
用して設計され得ることが、意図される。例えば、１つ
以上の抗生物質の、大リボソームサブユニットに対する
空間的関係を知ることにより、新たな抗生物質に基づく
分子を生成することが可能であることが意図される。各
抗生物質の、大リボソームサブユニットに対する原子座
標は、リボソームまたはリボソームサブユニットおよび
その抗生物質のどの部分が互いに接触するかに関する情
報を提供する。従って、この情報から、当業者は、上記
のようなデノボ薬物設計のために使用され得るリボソー
ム内の接触位置を同定し得るのみでなく、リボソーム結
合ドメインとして作用し得る抗生物質の部分をまた同定
し得る。
【０３８４】本明細書中に提供される情報に基づいて、
当業者は、第一の抗生物質もしくはそれらのアナログま
たは誘導体のリボソーム結合ドメインおよび第二の異な
る抗生物質もしくはそれらのアナログまたは誘導体のリ
ボソーム結合ドメインを含むハイブリッド抗生物質を、
容易に同定および生成し得る。得られるハイブリッド抗
生物質は、好ましくは、リボソームサブユニット内のそ
れぞれの接触位置の各々に、同時に結合する。本明細書
中に提供される原子座標は、当業者がハイブリッドの合
成においてテンプレートとして使用し得る候補抗生物質
を同定することを可能にし、そしてまた、結合化学を生
成するために必要な立体情報を提供し、その結果、各リ
ボソーム結合ドメインが、それぞれの接触部位に対して
適切に配向される。その結果として、当業者が、ハイブ
リッドを生成するために使用される個々のテンプレート
抗生物質のいずれよりも高い親和性でリボソームまたは
リボソームサブユニットと結合し、そして／またはより
高いタンパク質合成阻害活性を有するハイブリッド抗生
物質を生成し得ることが、意図される。あるいは、ハイ
ブリッド抗生物質は、テンプレート抗生物質のいずれか
に対して発達したかもしれない抵抗表現型を克服し得
る。例えば、カルボマイシンの二糖類部分により占有さ
れる部位が、アニソマイシン（ａｎｉｓｏｍｙｃｉｎ）
により満たされる部位に近いことは、カルボマイシンと
アニソマイシンの両方の部分を含むハイブリッド化合物
が、タンパク質合成の効果的なインヒビターであり得る
ことを示唆する。
当業者は、第一の抗生物質もしくはそれらのアナログま
たは誘導体のリボソーム結合ドメインおよび第二の異な
る抗生物質もしくはそれらのアナログまたは誘導体のリ
ボソーム結合ドメインを含むハイブリッド抗生物質を、
容易に同定および生成し得る。得られるハイブリッド抗
生物質は、好ましくは、リボソームサブユニット内のそ
れぞれの接触位置の各々に、同時に結合する。本明細書
中に提供される原子座標は、当業者がハイブリッドの合
成においてテンプレートとして使用し得る候補抗生物質
を同定することを可能にし、そしてまた、結合化学を生
成するために必要な立体情報を提供し、その結果、各リ
ボソーム結合ドメインが、それぞれの接触部位に対して
適切に配向される。その結果として、当業者が、ハイブ
リッドを生成するために使用される個々のテンプレート
抗生物質のいずれよりも高い親和性でリボソームまたは
リボソームサブユニットと結合し、そして／またはより
高いタンパク質合成阻害活性を有するハイブリッド抗生
物質を生成し得ることが、意図される。あるいは、ハイ
ブリッド抗生物質は、テンプレート抗生物質のいずれか
に対して発達したかもしれない抵抗表現型を克服し得
る。例えば、カルボマイシンの二糖類部分により占有さ
れる部位が、アニソマイシン（ａｎｉｓｏｍｙｃｉｎ）
により満たされる部位に近いことは、カルボマイシンと
アニソマイシンの両方の部分を含むハイブリッド化合物
が、タンパク質合成の効果的なインヒビターであり得る
ことを示唆する。
【０３８５】さらに、本明細書中に提供される原子座標
は、当業者がリボソーム結合ドメインを同定すること、
および他の型のタンパク質合成インヒビターを設計する
ことに関する情報を使用することを可能にする。例え
ば、リボソーム接触領域および周囲の環境を理解して、
当業者は、一部が抗生物質結合領域（結合ドメイン）に
基づき、そして別の部分（エフェクタードメイン）がリ
ボソームにおけるタンパク質生合成またはポリペプチド
出口トンネルを通る分泌を立体的に阻害または破壊する
新規な空間充填ドメインとして設計され得る、新規な分
子を提供し得る。例えば、当業者は、抗生物質であるタ
イロシンもしくはそれらのアナログまたは誘導体（これ
は、ペプチジルトランスフェラーゼ部位に近いポリペプ
チド出口トンネルの片側に結合する）のリボソーム結合
領域を、例えば、今日までに、このポリペプチド出口ト
ンネルをブロックするに十分に嵩高いと同定された抗生
物質に存在しない新規化学的部分と結合させ得る。しか
し、当業者が、本明細書中に開示される多数の抗生物質
接触領域の１つ以上を利用して、新たな結合ドメインお
よびエフェクタードメインを完全に設計し得ることが、
意図される。
は、当業者がリボソーム結合ドメインを同定すること、
および他の型のタンパク質合成インヒビターを設計する
ことに関する情報を使用することを可能にする。例え
ば、リボソーム接触領域および周囲の環境を理解して、
当業者は、一部が抗生物質結合領域（結合ドメイン）に
基づき、そして別の部分（エフェクタードメイン）がリ
ボソームにおけるタンパク質生合成またはポリペプチド
出口トンネルを通る分泌を立体的に阻害または破壊する
新規な空間充填ドメインとして設計され得る、新規な分
子を提供し得る。例えば、当業者は、抗生物質であるタ
イロシンもしくはそれらのアナログまたは誘導体（これ
は、ペプチジルトランスフェラーゼ部位に近いポリペプ
チド出口トンネルの片側に結合する）のリボソーム結合
領域を、例えば、今日までに、このポリペプチド出口ト
ンネルをブロックするに十分に嵩高いと同定された抗生
物質に存在しない新規化学的部分と結合させ得る。しか
し、当業者が、本明細書中に開示される多数の抗生物質
接触領域の１つ以上を利用して、新たな結合ドメインお
よびエフェクタードメインを完全に設計し得ることが、
意図される。
【０３８６】得られたタンパク質合成インヒビターは、
好ましくは、約１，５００未満、好ましくは約１，００
０未満、より好ましくは約７５０未満、そして最も好ま
しくは約５００未満の分子量を有する。タンパク質合成
インヒビターは、好ましくは、約２５０〜約１５００、
より好ましくは約５００〜約１２００の範囲の分子量を
有する。さらに、タンパク質合成インヒビターは、生物
学的アッセイ（例えば、インビトロ翻訳アッセイ（例え
ば、Ｅ．ｃｏｌｉ翻訳アッセイ））における活性の５０
％阻害する（ＩＣ５０）ために、好ましくは５０μＭ未
満、より好ましくは１０μＭ未満、そしてより好ましく
は１μＭ未満の最小阻害濃度を有する。タンパク質合成
インヒビターは、好ましくは、約０．００１μＭ〜約５
０μＭの範囲、または約０．０１μＭ〜約１０μＭの範
囲、もしくは約０．１μＭ〜約１μＭの範囲のＩＣ５０
を有する。
好ましくは、約１，５００未満、好ましくは約１，００
０未満、より好ましくは約７５０未満、そして最も好ま
しくは約５００未満の分子量を有する。タンパク質合成
インヒビターは、好ましくは、約２５０〜約１５００、
より好ましくは約５００〜約１２００の範囲の分子量を
有する。さらに、タンパク質合成インヒビターは、生物
学的アッセイ（例えば、インビトロ翻訳アッセイ（例え
ば、Ｅ．ｃｏｌｉ翻訳アッセイ））における活性の５０
％阻害する（ＩＣ５０）ために、好ましくは５０μＭ未
満、より好ましくは１０μＭ未満、そしてより好ましく
は１μＭ未満の最小阻害濃度を有する。タンパク質合成
インヒビターは、好ましくは、約０．００１μＭ〜約５
０μＭの範囲、または約０．０１μＭ〜約１０μＭの範
囲、もしくは約０．１μＭ〜約１μＭの範囲のＩＣ５０
を有する。
【０３８７】さらに、本発明は、当業者が、分子（例え
ば、標的生物のリボソーム（例えば、微生物のような病
原体）に対してより強力であり、そして非標的生物のリ
ボソーム（例えば、ヒトのような宿主生物）に対しては
強力ではない（すなわち、毒性が低い）よう作製される
選択的タンパク質合成インヒビター）を設計することを
可能にする。また、本発明は、当業者が、大リボソーム
サブユニットおよびそのタンパク質合成インヒビターと
の複合体の原子座標および構造を使用して、標的リボソ
ーム（例えば、細菌の５０Ｓリボソームサブユニット）
にはよりきつく結合し、そして非標的リボソーム（例え
ば、ヒト６０Ｓリボソームサブユニットまたはヒトミト
コンドリアリボソーム）にはあまりきつく結合しない、
抗生物質のような出発化合物の改変を設計することを可
能にする。
ば、標的生物のリボソーム（例えば、微生物のような病
原体）に対してより強力であり、そして非標的生物のリ
ボソーム（例えば、ヒトのような宿主生物）に対しては
強力ではない（すなわち、毒性が低い）よう作製される
選択的タンパク質合成インヒビター）を設計することを
可能にする。また、本発明は、当業者が、大リボソーム
サブユニットおよびそのタンパク質合成インヒビターと
の複合体の原子座標および構造を使用して、標的リボソ
ーム（例えば、細菌の５０Ｓリボソームサブユニット）
にはよりきつく結合し、そして非標的リボソーム（例え
ば、ヒト６０Ｓリボソームサブユニットまたはヒトミト
コンドリアリボソーム）にはあまりきつく結合しない、
抗生物質のような出発化合物の改変を設計することを可
能にする。
【０３８８】大リボソームサブユニットと出発化合物
（例えば、タイロシンまたは別のタンパク質合成インヒ
ビター）との間の複合体の構造を使用して、また、その
化合物の改変を、適用可能な工業的および他の用途（例
えば、医薬品、除草剤または殺虫剤として）のための、
他の所望の特性（例えば、化学的安定性、溶解度または
膜透過性）を有する新たな化合物を生成するためにガイ
ドし得る。
（例えば、タイロシンまたは別のタンパク質合成インヒ
ビター）との間の複合体の構造を使用して、また、その
化合物の改変を、適用可能な工業的および他の用途（例
えば、医薬品、除草剤または殺虫剤として）のための、
他の所望の特性（例えば、化学的安定性、溶解度または
膜透過性）を有する新たな化合物を生成するためにガイ
ドし得る。
【０３８９】種々の抗生物質は、大リボソームサブユニ
ットを結合し、そしてタンパク質合成を破壊し、そして
以下が挙げられるがこれらに限定されない抗生物質ファ
ミリーのメンバーを含む：クロラムフェニコール、マク
ロライド、リンコサミド（ｌｉｎｃｏｓａｍｉｄｅ）、
ストレプトグラミン（ｓｔｒｅｐｔｏｇｒａｍｉｎ）、
アルシノマイシン（ａｌｔｈｉｎｏｍｙｃｉｎ）、オキ
サゾリノン、ヌクレオチドアナログ、チオストレプトン
（ｔｈｉｏｓｔｒｅｐｔｏｎ）（ミクロコシン（ｍｉｃ
ｒｏｃｏｃｃｉｎ）ファミリーを含む）、ペプチド、グ
ルタルイミド、トリコテセン（ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｅ
ｎｅ）、ＴＡＮ−１０５７、プルーロムチリン（ｐｌｅ
ｕｒｏｍｕｔｉｌｉｎ）、ハイグロマイシン、ベタシン
（ｂｅｔａｃｉｎ）、エバーニノミシン（ｅｖｅｒｎｉ
ｎｏｍｉｃｉｎ）、ボクサゾマイシン（ｂｏｘａｚｏｍ
ｙｃｉｎ）、およびフシダン（ｆｕｓｉｄａｎ）。
ットを結合し、そしてタンパク質合成を破壊し、そして
以下が挙げられるがこれらに限定されない抗生物質ファ
ミリーのメンバーを含む：クロラムフェニコール、マク
ロライド、リンコサミド（ｌｉｎｃｏｓａｍｉｄｅ）、
ストレプトグラミン（ｓｔｒｅｐｔｏｇｒａｍｉｎ）、
アルシノマイシン（ａｌｔｈｉｎｏｍｙｃｉｎ）、オキ
サゾリノン、ヌクレオチドアナログ、チオストレプトン
（ｔｈｉｏｓｔｒｅｐｔｏｎ）（ミクロコシン（ｍｉｃ
ｒｏｃｏｃｃｉｎ）ファミリーを含む）、ペプチド、グ
ルタルイミド、トリコテセン（ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｅ
ｎｅ）、ＴＡＮ−１０５７、プルーロムチリン（ｐｌｅ
ｕｒｏｍｕｔｉｌｉｎ）、ハイグロマイシン、ベタシン
（ｂｅｔａｃｉｎ）、エバーニノミシン（ｅｖｅｒｎｉ
ｎｏｍｉｃｉｎ）、ボクサゾマイシン（ｂｏｘａｚｏｍ
ｙｃｉｎ）、およびフシダン（ｆｕｓｉｄａｎ）。
【０３９０】クロラムフェニコールファミリーのメンバ
ーとしては、例えば、クロラムフェニコールおよびヨー
ドアムフェニコール（Ｉｏｄｏａｍｐｈｅｎｉｃｏｌ）
が挙げられる。マクロライドファミリーのメンバーとし
ては、例えば、ビアキシン（Ｂｉａｘｉｎ）（クラリス
ロマイシン）、ジスロマックス（Ｚｉｔｈｒｏｍａｘ）
（アジスロマイシン；アザリド）、ケテック（Ｋｅｔｅ
ｋ）（テリスロマイシン（Ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉ
ｎ）；ケトリド（ｋｅｔｏｌｉｄｅ））、ＡＢＴ−７７
３、タイロシン、スピラマイシンＩ、スピラマイシンＩ
Ｉ、スピラマイシンＩＩＩ、エリスロマイシンＡ、カル
ボマイシンＡ、テリスロマイシン（Ｔｅｌｉｔｈｒｏｍ
ｙｃｉｎ）、メチマイシン（Ｍｅｔｈｙｍｙｃｉｎ）、
ナルボマイシン（Ｎａｒｂｏｍｙｃｉｎ）、ランカマイ
シン、オレアンドマイシン、メガロマイシン（Ｍｅｇａ
ｌｏｍｙｃｉｎ）、カルコマイシン（Ｃｈａｌｃｏｍｙ
ｃｉｎ）、ニッダマイシン（Ｎｉｄｄａｍｙｃｉｎ）、
ロイコマイシン（Ｌｅｕｃｏｍｙｃｉｎ）、アンゴラマ
イシン（Ａｎｇｏｌａｍｙｃｉｎ）ピクロマイシン（Ｐ
ｉｃｒｏｍｙｃｉｎ）、およびレロマイシンが挙げられ
る。リンコサミドファミリーのメンバーとしては、例え
ば、クリンダマイシンおよびリンコマイシンが挙げられ
る。ストレプトグラミンファミリーのメンバーとして
は、例えば、ストレプトグラミンＡ、ストレプトグラミ
ンＢ、オステオグリシン（Ｏｓｔｅｏｇｒｙｃｉｎ）
Ｇ、シネルシド（Ｓｙｎｅｒｃｉｄ）、ヴァージニアマ
イシン（Ｖｉｒｇｉｎａｍｙｃｉｎ）Ｓ１、ヴァージニ
アマイシンＳ２、ヴァージニアマイシンＳ３、ヴァージ
ニアマイシンＳ４、ヴァージニアマイシンＢ、ベルナマ
イシンＣ（Ｖｅｒｎａｍｙｃｉｎ Ｃ）、パトリシン
Ａ、およびパトリシンＢが挙げられる。アルシノマイシ
ンファミリーのメンバーとしては、例えば、アルシノマ
イシンが挙げられる。オキサゾリジノンファミリーのメ
ンバーとしては、例えば、リネゾリド（Ｌｉｎｅｚｏｌ
ｉｄ）、エペレゾリド（Ｅｐｅｒｅｚｏｌｉｄ）、およ
びＤｕＰ７２１が挙げられる。ヌクレオチドアナログの
ファミリーのメンバーとしては、例えば、スパルソマイ
シン、プロマイシン、アニソマイシン、およびブラスチ
シジン（Ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ）Ｓが挙げられる。チ
オストレプトンファミリーのメンバーとしては、例え
ば、チオストレプトン、シオマイシン（Ｓｉｏｍｙｃｉ
ｎ）、スポランジオマイシン（Ｓｐｏｒａｎｇｉｏｍｙ
ｃｉｎ）、マイクロコシンＭ１（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｉ
ｎ Ｍ１）、マイクロコシンＰ、およびチオペプチン
（Ｔｈｉｏｐｅｐｔｉｎ）が挙げられる。ペプチドファ
ミリーのメンバーとしては、例えば、バイオマイシン、
カプレオマイシンＩＡ、カプレオマイシンＩＢ、カプレ
オマイシンＩＩＡ、およびカプレオマイシンＩＩＢが挙
げられる。グルタルイミドファミリーのメンバーとして
は、例えば、シクロヘキサイミド、ストレプトビタシン
（Ｓｔｒｅｐｔｏｖｉｔａｃｉｎ）、ストレプトイミド
ン、イナクトン（Ｉｎａｃｔｏｎｅ）、アクチフェノー
ル（Ａｃｔｉｐｈｅｎｏｌ）が挙げられる。トリコテセ
ンファミリーのメンバーとしては、例えば、トリコデル
ミン（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍｉｎ）、トリコデルモル
（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍｏｌ）、トリコデルモン（Ｔｒ
ｉｃｈｏｄｅｒｍｏｎｅ）、ボミトキシン（Ｖｏｍｉｔ
ｏｘｉｎ）、Ｔ−２毒素、トリコテシン（Ｔｒｉｃｈｏ
ｔｈｅｃｉｎ）、ニバレノール（Ｎｉｖａｌｅｎｏ
ｌ）、およびベルカリン（Ｖｅｒｒｕｃａｒｉｎ）Ａが
挙げられる。Ｔａｎ−１０５７は、Ｔａｎ−１０５７
Ａ、Ｔａｎ−１０５７Ｂ、Ｔａｎ−１０５７Ｃ、および
Ｔａｎ−１０５７Ｄを含む。プルーロムチリン（Ｐｌｅ
ｕｒｏｍｕｔｉｌｉｎ）は、例えば、プルーロムチリン
（Ｐｌｅｕｒｏｍｕｔｉｌｉｎ）、チアムリン（Ｔｉａ
ｍｕｌｉｎ）、アザミリン（Ａｚａｍｉｌｉｎ）、およ
びバルネムリン（Ｖａｌｎｅｍｕｌｉｎ）を含む。ハイ
グロマイシンは、ハイグロマイシンＡ抗生物質を含む。
ベタシン（Ｂｅｔａｃｉｎ）は、ベタシン天然産物のフ
ァミリーおよびＶＣＲ４２１９を含む。エバーニノミシ
ン（Ｅｖｅｒｎｉｎｏｍｉｃｉｎ）は、例えば、ジラシ
ン（Ｚｉｒａｃｉｎ）、アビラマイシン（Ａｖｉｌａｍ
ｙｃｉｎ）、エバーニミシン（Ｅｖｅｒｎｉｍｉｃｉ
ｎ）およびキュラミシン（Ｃｕｒａｍｉｃｉｎ）を含
む。ボクサゾマイシン（Ｂｏｘａｚｏｍｙｃｉｎ）は、
例えば、ボクサゾマイシンＡおよびＢを含む。フシダン
（Ｆｕｓｉｄａｎｅ）は、例えば、フシジン酸および１
７Ｓ，２０Ｓ−ジヒドロフシジン酸ジエチレングリコー
ルヒドレートを含む。
ーとしては、例えば、クロラムフェニコールおよびヨー
ドアムフェニコール（Ｉｏｄｏａｍｐｈｅｎｉｃｏｌ）
が挙げられる。マクロライドファミリーのメンバーとし
ては、例えば、ビアキシン（Ｂｉａｘｉｎ）（クラリス
ロマイシン）、ジスロマックス（Ｚｉｔｈｒｏｍａｘ）
（アジスロマイシン；アザリド）、ケテック（Ｋｅｔｅ
ｋ）（テリスロマイシン（Ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉ
ｎ）；ケトリド（ｋｅｔｏｌｉｄｅ））、ＡＢＴ−７７
３、タイロシン、スピラマイシンＩ、スピラマイシンＩ
Ｉ、スピラマイシンＩＩＩ、エリスロマイシンＡ、カル
ボマイシンＡ、テリスロマイシン（Ｔｅｌｉｔｈｒｏｍ
ｙｃｉｎ）、メチマイシン（Ｍｅｔｈｙｍｙｃｉｎ）、
ナルボマイシン（Ｎａｒｂｏｍｙｃｉｎ）、ランカマイ
シン、オレアンドマイシン、メガロマイシン（Ｍｅｇａ
ｌｏｍｙｃｉｎ）、カルコマイシン（Ｃｈａｌｃｏｍｙ
ｃｉｎ）、ニッダマイシン（Ｎｉｄｄａｍｙｃｉｎ）、
ロイコマイシン（Ｌｅｕｃｏｍｙｃｉｎ）、アンゴラマ
イシン（Ａｎｇｏｌａｍｙｃｉｎ）ピクロマイシン（Ｐ
ｉｃｒｏｍｙｃｉｎ）、およびレロマイシンが挙げられ
る。リンコサミドファミリーのメンバーとしては、例え
ば、クリンダマイシンおよびリンコマイシンが挙げられ
る。ストレプトグラミンファミリーのメンバーとして
は、例えば、ストレプトグラミンＡ、ストレプトグラミ
ンＢ、オステオグリシン（Ｏｓｔｅｏｇｒｙｃｉｎ）
Ｇ、シネルシド（Ｓｙｎｅｒｃｉｄ）、ヴァージニアマ
イシン（Ｖｉｒｇｉｎａｍｙｃｉｎ）Ｓ１、ヴァージニ
アマイシンＳ２、ヴァージニアマイシンＳ３、ヴァージ
ニアマイシンＳ４、ヴァージニアマイシンＢ、ベルナマ
イシンＣ（Ｖｅｒｎａｍｙｃｉｎ Ｃ）、パトリシン
Ａ、およびパトリシンＢが挙げられる。アルシノマイシ
ンファミリーのメンバーとしては、例えば、アルシノマ
イシンが挙げられる。オキサゾリジノンファミリーのメ
ンバーとしては、例えば、リネゾリド（Ｌｉｎｅｚｏｌ
ｉｄ）、エペレゾリド（Ｅｐｅｒｅｚｏｌｉｄ）、およ
びＤｕＰ７２１が挙げられる。ヌクレオチドアナログの
ファミリーのメンバーとしては、例えば、スパルソマイ
シン、プロマイシン、アニソマイシン、およびブラスチ
シジン（Ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ）Ｓが挙げられる。チ
オストレプトンファミリーのメンバーとしては、例え
ば、チオストレプトン、シオマイシン（Ｓｉｏｍｙｃｉ
ｎ）、スポランジオマイシン（Ｓｐｏｒａｎｇｉｏｍｙ
ｃｉｎ）、マイクロコシンＭ１（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｉ
ｎ Ｍ１）、マイクロコシンＰ、およびチオペプチン
（Ｔｈｉｏｐｅｐｔｉｎ）が挙げられる。ペプチドファ
ミリーのメンバーとしては、例えば、バイオマイシン、
カプレオマイシンＩＡ、カプレオマイシンＩＢ、カプレ
オマイシンＩＩＡ、およびカプレオマイシンＩＩＢが挙
げられる。グルタルイミドファミリーのメンバーとして
は、例えば、シクロヘキサイミド、ストレプトビタシン
（Ｓｔｒｅｐｔｏｖｉｔａｃｉｎ）、ストレプトイミド
ン、イナクトン（Ｉｎａｃｔｏｎｅ）、アクチフェノー
ル（Ａｃｔｉｐｈｅｎｏｌ）が挙げられる。トリコテセ
ンファミリーのメンバーとしては、例えば、トリコデル
ミン（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍｉｎ）、トリコデルモル
（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍｏｌ）、トリコデルモン（Ｔｒ
ｉｃｈｏｄｅｒｍｏｎｅ）、ボミトキシン（Ｖｏｍｉｔ
ｏｘｉｎ）、Ｔ−２毒素、トリコテシン（Ｔｒｉｃｈｏ
ｔｈｅｃｉｎ）、ニバレノール（Ｎｉｖａｌｅｎｏ
ｌ）、およびベルカリン（Ｖｅｒｒｕｃａｒｉｎ）Ａが
挙げられる。Ｔａｎ−１０５７は、Ｔａｎ−１０５７
Ａ、Ｔａｎ−１０５７Ｂ、Ｔａｎ−１０５７Ｃ、および
Ｔａｎ−１０５７Ｄを含む。プルーロムチリン（Ｐｌｅ
ｕｒｏｍｕｔｉｌｉｎ）は、例えば、プルーロムチリン
（Ｐｌｅｕｒｏｍｕｔｉｌｉｎ）、チアムリン（Ｔｉａ
ｍｕｌｉｎ）、アザミリン（Ａｚａｍｉｌｉｎ）、およ
びバルネムリン（Ｖａｌｎｅｍｕｌｉｎ）を含む。ハイ
グロマイシンは、ハイグロマイシンＡ抗生物質を含む。
ベタシン（Ｂｅｔａｃｉｎ）は、ベタシン天然産物のフ
ァミリーおよびＶＣＲ４２１９を含む。エバーニノミシ
ン（Ｅｖｅｒｎｉｎｏｍｉｃｉｎ）は、例えば、ジラシ
ン（Ｚｉｒａｃｉｎ）、アビラマイシン（Ａｖｉｌａｍ
ｙｃｉｎ）、エバーニミシン（Ｅｖｅｒｎｉｍｉｃｉ
ｎ）およびキュラミシン（Ｃｕｒａｍｉｃｉｎ）を含
む。ボクサゾマイシン（Ｂｏｘａｚｏｍｙｃｉｎ）は、
例えば、ボクサゾマイシンＡおよびＢを含む。フシダン
（Ｆｕｓｉｄａｎｅ）は、例えば、フシジン酸および１
７Ｓ，２０Ｓ−ジヒドロフシジン酸ジエチレングリコー
ルヒドレートを含む。
【０３９１】インヒビターは、実施例４および５に記載
のように、大リボソームサブユニットの安定化された結
晶に拡散または浸漬され、Ｘ線回折データを収集するた
めの大リボソームサブユニットとの複合体を形成し得
る。あるいは、インヒビターは、このインヒビターを大
リボソームサブユニットと混合し、その後、高塩により
沈殿させることによって、大リボソームサブユニットと
共結晶化され得る。
のように、大リボソームサブユニットの安定化された結
晶に拡散または浸漬され、Ｘ線回折データを収集するた
めの大リボソームサブユニットとの複合体を形成し得
る。あるいは、インヒビターは、このインヒビターを大
リボソームサブユニットと混合し、その後、高塩により
沈殿させることによって、大リボソームサブユニットと
共結晶化され得る。
【０３９２】Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来のリボソ
ームの構造で出発して、非標的生物由来のリボソーム
（例えば、ヒト６０Ｓリボソームサブユニット）の構造
を、相同性モデル化により（すなわち、目的の標的部位
の残基の構造を非標的リボソームの同じ位置の残基と交
換することにより）構築し得る。このことは、既知の構
造のリボソームから側鎖を除去し、そしてこれらを、立
体的にもっともらしい位置に挿入される未知の構造の側
鎖と置換することにより、計算的に達成され得る。この
様式で、標的リボソームおよび非標的リボソームにおけ
る標的部位の形状がどのように異なるかを理解し得る。
従って、このプロセスは、標的リボソームにきつく特異
的に結合するが同時に非標的リボソームに結合すること
は防止される分子を生成するために、標的部位を結合す
る分子がどのように化学的に変更され得るかに関する情
報を提供する。同様に、溶媒に面する結合分子の部分の
知識は、他の官能基をさらなる薬学的目的で導入するこ
とを可能にする。相同性構造モデル化のプロセスを使用
して、また、変異リボソームが医薬品または農薬（例え
ば、除草剤もしくは殺虫剤）の効果に抵抗性となる機構
を理解し得る。さらに、薬物抵抗性に参加するリボソー
ムサブユニットの部分の知識を用いて、当業者は、薬物
抵抗性の問題を克服する新たな分子を設計し得る。
ームの構造で出発して、非標的生物由来のリボソーム
（例えば、ヒト６０Ｓリボソームサブユニット）の構造
を、相同性モデル化により（すなわち、目的の標的部位
の残基の構造を非標的リボソームの同じ位置の残基と交
換することにより）構築し得る。このことは、既知の構
造のリボソームから側鎖を除去し、そしてこれらを、立
体的にもっともらしい位置に挿入される未知の構造の側
鎖と置換することにより、計算的に達成され得る。この
様式で、標的リボソームおよび非標的リボソームにおけ
る標的部位の形状がどのように異なるかを理解し得る。
従って、このプロセスは、標的リボソームにきつく特異
的に結合するが同時に非標的リボソームに結合すること
は防止される分子を生成するために、標的部位を結合す
る分子がどのように化学的に変更され得るかに関する情
報を提供する。同様に、溶媒に面する結合分子の部分の
知識は、他の官能基をさらなる薬学的目的で導入するこ
とを可能にする。相同性構造モデル化のプロセスを使用
して、また、変異リボソームが医薬品または農薬（例え
ば、除草剤もしくは殺虫剤）の効果に抵抗性となる機構
を理解し得る。さらに、薬物抵抗性に参加するリボソー
ムサブユニットの部分の知識を用いて、当業者は、薬物
抵抗性の問題を克服する新たな分子を設計し得る。
【０３９３】非標的リボソームより標的リボソームによ
りきつく結合する分子を設計するために、相同性構造モ
デル化を使用することは、広範にわたる適用可能性を有
する。本明細書中に概説される方法を使用して、標的生
物の大リボソームサブユニットを阻害し、一方で非標的
生物（例えば、宿主）の５０Ｓまたは６０Ｓリボソーム
サブユニットを同程度には阻害しないかまたは全く阻害
しない分子を設計することにより、任意の標的生物（例
えば、病原体）を制御し得る。本発明の方法により同定
または調製される分子を使用して、標的生物を制御し
得、一方で非標的生物には有害な効果をほとんどまたは
全く引き起こさない。従って、本発明の方法を使用して
同定または開発される分子は、これらの投与が標的生物
を殺傷するかまたは標的生物の生物学的機能のいくらか
の局面を阻害し、一方で非標的生物に対しては類似の効
果を有さないように、設計され得る。標的生物に対する
薬剤の有害な効果としては、以下が挙げられ得るが、こ
れらに限定されない：標的生物の死；成長速度の低下；
１つの成長期から別の成長期への継代の遅延または排除
（例えば、幼虫成長段階の延長）；再生の遅延または排
除、交配の減少または防止、子の産生の減少または排
除、標的生物の重量増加の制限または排除、供給能力お
よび挙動の減少または排除；ならびに細胞機能、組織機
能および／または器官機能の破壊。
りきつく結合する分子を設計するために、相同性構造モ
デル化を使用することは、広範にわたる適用可能性を有
する。本明細書中に概説される方法を使用して、標的生
物の大リボソームサブユニットを阻害し、一方で非標的
生物（例えば、宿主）の５０Ｓまたは６０Ｓリボソーム
サブユニットを同程度には阻害しないかまたは全く阻害
しない分子を設計することにより、任意の標的生物（例
えば、病原体）を制御し得る。本発明の方法により同定
または調製される分子を使用して、標的生物を制御し
得、一方で非標的生物には有害な効果をほとんどまたは
全く引き起こさない。従って、本発明の方法を使用して
同定または開発される分子は、これらの投与が標的生物
を殺傷するかまたは標的生物の生物学的機能のいくらか
の局面を阻害し、一方で非標的生物に対しては類似の効
果を有さないように、設計され得る。標的生物に対する
薬剤の有害な効果としては、以下が挙げられ得るが、こ
れらに限定されない：標的生物の死；成長速度の低下；
１つの成長期から別の成長期への継代の遅延または排除
（例えば、幼虫成長段階の延長）；再生の遅延または排
除、交配の減少または防止、子の産生の減少または排
除、標的生物の重量増加の制限または排除、供給能力お
よび挙動の減少または排除；ならびに細胞機能、組織機
能および／または器官機能の破壊。
【０３９４】本発明により意図される新規な薬剤は、特
定の生物を標的にする、除草剤、農薬（例えば、殺虫
剤、殺線形動物剤、殺鼠薬など）、殺ダニ剤、または抗
菌剤（例えば、抗真菌薬、抗細菌剤（ａｎｔｉｂａｃｔ
ｅｒｉａｌ）、抗原生動物剤（ａｎｔｉｐｒｏｔｏｚｏ
ａｌ）など）として有用であり得る。例えば、これらの
新規な薬剤は、動物および植物に寄生する線虫、原核生
物（疾患を引き起こす微生物）、ならびに真核多細胞有
害生物を標的にし得る。多細胞有害生物の特定の例とし
ては、昆虫、真菌、細菌、線形動物、ダニおよびマダ
ニ、原生動物病原体、動物に寄生する肝臓吸虫などが挙
げられるが、これらに限定されない。リボソームとの相
互作用によりタンパク質合成を阻害する、除草剤、農
薬、殺ダニ剤、および抗菌剤は、当業者に公知である。
いくつかの例が、以下で考察される。これらの公知の薬
剤は、コンピューターモデリング技術、ならびにリボソ
ームおよびリボソームサブユニットの構造の知識ならび
にリボソーム／薬剤複合体およびリボソームサブユニッ
ト／薬剤複合体の構造の知識を使用することにより、新
規な薬剤を得るために改変され得る。
定の生物を標的にする、除草剤、農薬（例えば、殺虫
剤、殺線形動物剤、殺鼠薬など）、殺ダニ剤、または抗
菌剤（例えば、抗真菌薬、抗細菌剤（ａｎｔｉｂａｃｔ
ｅｒｉａｌ）、抗原生動物剤（ａｎｔｉｐｒｏｔｏｚｏ
ａｌ）など）として有用であり得る。例えば、これらの
新規な薬剤は、動物および植物に寄生する線虫、原核生
物（疾患を引き起こす微生物）、ならびに真核多細胞有
害生物を標的にし得る。多細胞有害生物の特定の例とし
ては、昆虫、真菌、細菌、線形動物、ダニおよびマダ
ニ、原生動物病原体、動物に寄生する肝臓吸虫などが挙
げられるが、これらに限定されない。リボソームとの相
互作用によりタンパク質合成を阻害する、除草剤、農
薬、殺ダニ剤、および抗菌剤は、当業者に公知である。
いくつかの例が、以下で考察される。これらの公知の薬
剤は、コンピューターモデリング技術、ならびにリボソ
ームおよびリボソームサブユニットの構造の知識ならび
にリボソーム／薬剤複合体およびリボソームサブユニッ
ト／薬剤複合体の構造の知識を使用することにより、新
規な薬剤を得るために改変され得る。
【０３９５】ケトライドＡＢＴ−７７３は、Ｓ．ｐｎｅ
ｕｍｏｎｉａｅにおいてエリスロマイシンよりも強くリ
ボソームに結合し、そして細菌におけるマクロライド耐
性を無効にし得る（Ｃａｐｏｂｉａｎｃｏら（２００
０）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏ
ｔｈｅｒ ４４（６），１５６２−１５６７）。本発明
のツールおよび方法論を使用して、非標的動物のリボソ
ームおよびリボソームサブユニットに結合するよりも強
く、標的細菌のリボソームまたはリボソームサブユニッ
トに結合するエリスロマイシン誘導体を得ることができ
る。この標的細菌は、任意の感染性細菌、詳細にはＳ．
ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、そしてなおより詳細にはエリス
ロマイシン耐性Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅであり得る。
非標的動物は、任意の動物、詳細には哺乳動物、そして
なおより詳細にはヒトであり得る。
ｕｍｏｎｉａｅにおいてエリスロマイシンよりも強くリ
ボソームに結合し、そして細菌におけるマクロライド耐
性を無効にし得る（Ｃａｐｏｂｉａｎｃｏら（２００
０）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏ
ｔｈｅｒ ４４（６），１５６２−１５６７）。本発明
のツールおよび方法論を使用して、非標的動物のリボソ
ームおよびリボソームサブユニットに結合するよりも強
く、標的細菌のリボソームまたはリボソームサブユニッ
トに結合するエリスロマイシン誘導体を得ることができ
る。この標的細菌は、任意の感染性細菌、詳細にはＳ．
ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、そしてなおより詳細にはエリス
ロマイシン耐性Ｓ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅであり得る。
非標的動物は、任意の動物、詳細には哺乳動物、そして
なおより詳細にはヒトであり得る。
【０３９６】タンパク質合成のインヒビターである抗生
物質の例としては、プロマイシン、シクロヘキシンイミ
ド、クロラムフェニコール、テトラサイクリン、および
ストレプトマイシン（Ｈｅｌｄｔ（１９９６）Ｐｌａｎ
ｔ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕ
ｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２１ ２：４５８−４６４）
が挙げられるが、これらに限定されない。プロマイシン
は、（上記で議論したように）アミノアシル−ｔＲＮＡ
のアナログとしてＡ部位に結合し、そして発生期のペプ
チド鎖に付加され、そして原核生物および真核生物にお
けるさらなる伸長段階を妨げる。シクロヘキシイミド
は、真核生物リボソームにおいてペプチジルトランスフ
ェラーゼを阻害する。クロランフェニコールは、原核生
物リボソームにおいてペプチジルトランスフェラーゼを
阻害する。テトラサイクリンは、３０Ｓサブユニットに
結合し、そしてアミノアシル−ｔＲＮＡの、真核生物リ
ボソームへの結合よりもずっと多く原核生物リボソーム
への結合を阻害する。ストレプトマイシンは、３０Ｓリ
ボソームと相互作用し、その相互作用がｍＲＮＡ配列の
不正確な認識を生じ、そしてそれにより原核生物リボソ
ームにおける開始（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ）を阻害す
る。米国特許第５，８０１，１５３号は、病原体に対す
る抗生物質を開示する。アミノグリコシドは、タンパク
質合成を阻害すると思われる抗菌性抗生物質の例であ
る。しかし、これらの抗生物質の内耳神経毒性特性およ
び腎毒性（ｎｅｐｈｒｏｔｏｘｉｃ）特性のために、こ
れらの使用には限界がある。硫酸アミカマイシン、硫酸
フラマイセチン、硫酸ゲンタマイシン、硫酸カナマイシ
ン、硫酸ネオマイシン、硫酸ネチルミシン、硫酸パロモ
マイシン、硫酸シソマイシン、トブラマイシン、塩酸バ
ンコマイシン、および硫酸バイオマイシンは、アミノグ
リコシドファミリーのメンバーである。本発明のツール
および方法論を使用して、非標的生物（例えば、ヒト）
のタンパク質合成を阻害するよりも多くの程度まで標的
生物のタンパク質合成を阻害するように選択された任意
の抗生物質の誘導体を得ることができる。
物質の例としては、プロマイシン、シクロヘキシンイミ
ド、クロラムフェニコール、テトラサイクリン、および
ストレプトマイシン（Ｈｅｌｄｔ（１９９６）Ｐｌａｎ
ｔ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕ
ｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２１ ２：４５８−４６４）
が挙げられるが、これらに限定されない。プロマイシン
は、（上記で議論したように）アミノアシル−ｔＲＮＡ
のアナログとしてＡ部位に結合し、そして発生期のペプ
チド鎖に付加され、そして原核生物および真核生物にお
けるさらなる伸長段階を妨げる。シクロヘキシイミド
は、真核生物リボソームにおいてペプチジルトランスフ
ェラーゼを阻害する。クロランフェニコールは、原核生
物リボソームにおいてペプチジルトランスフェラーゼを
阻害する。テトラサイクリンは、３０Ｓサブユニットに
結合し、そしてアミノアシル−ｔＲＮＡの、真核生物リ
ボソームへの結合よりもずっと多く原核生物リボソーム
への結合を阻害する。ストレプトマイシンは、３０Ｓリ
ボソームと相互作用し、その相互作用がｍＲＮＡ配列の
不正確な認識を生じ、そしてそれにより原核生物リボソ
ームにおける開始（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ）を阻害す
る。米国特許第５，８０１，１５３号は、病原体に対す
る抗生物質を開示する。アミノグリコシドは、タンパク
質合成を阻害すると思われる抗菌性抗生物質の例であ
る。しかし、これらの抗生物質の内耳神経毒性特性およ
び腎毒性（ｎｅｐｈｒｏｔｏｘｉｃ）特性のために、こ
れらの使用には限界がある。硫酸アミカマイシン、硫酸
フラマイセチン、硫酸ゲンタマイシン、硫酸カナマイシ
ン、硫酸ネオマイシン、硫酸ネチルミシン、硫酸パロモ
マイシン、硫酸シソマイシン、トブラマイシン、塩酸バ
ンコマイシン、および硫酸バイオマイシンは、アミノグ
リコシドファミリーのメンバーである。本発明のツール
および方法論を使用して、非標的生物（例えば、ヒト）
のタンパク質合成を阻害するよりも多くの程度まで標的
生物のタンパク質合成を阻害するように選択された任意
の抗生物質の誘導体を得ることができる。
【０３９７】標的化生物および非標的化生物の例として
は、表２１に提供される生物が挙げられるが、これらに
限定されない。
は、表２１に提供される生物が挙げられるが、これらに
限定されない。
【０３９８】
【表６５】
【０３９９】本発明のツールおよび方法論を使用して、
Ｃｏｃｃｉｎｅｌｌｉｄａｅ科（例えば、テントウム
シ）およびＡｐｉｓ ｍｅｌｌｉｆｅｒａ科（ミツバ
チ）の甲虫のような非標的昆虫のタンパク質合成を阻害
するよりも、オオタバコガの幼虫およびカのような標的
昆虫のタンパク質合成のインヒビターを得ることができ
るということが意図される。他の可能な標的昆虫として
は、Ｃｏｌｅｏｐｔｅｒａ目（甲虫）、Ｄｉｐｔｅｒａ
目（ハエ、カ）、Ｈｙｍｅｎｏｐｔｅｒａ目（スズメバ
チ、アリ、ハバチ）、Ｌｅｐｉｄｏｐｔｅｒａ目（チョ
ウおよびガ）、Ｍａｌｌｏｐｈａｇａ目（シラミ）、Ｈ
ｏｍｏｐｔｅｒａ目（コナジラミ、アリマキ）、Ｈｅｍ
ｉｐｔｅｒａ目（ナンキンムシ（ｂｕｇ））、Ｏｒｔｈ
ｒｏｐｔｅｒａ目（バッタ、ゴキブリ）、Ｔｈｙｓａｎ
ｏｐｔｅｒａ目（アザミウマ）、Ｄｅｒｍａｐｔｅｒａ
目（ハサミムシ）、Ｉｓｏｐｔｅｒａ目、Ａｎｏｐｌｕ
ｒａ目、Ｓｉｐｈｏｎａｐｔｅｒａ目およびＴｒｉｃｈ
ｏｐｔｅｒａ目（トビケラ）が挙げられるが、これらに
限定されない。
Ｃｏｃｃｉｎｅｌｌｉｄａｅ科（例えば、テントウム
シ）およびＡｐｉｓ ｍｅｌｌｉｆｅｒａ科（ミツバ
チ）の甲虫のような非標的昆虫のタンパク質合成を阻害
するよりも、オオタバコガの幼虫およびカのような標的
昆虫のタンパク質合成のインヒビターを得ることができ
るということが意図される。他の可能な標的昆虫として
は、Ｃｏｌｅｏｐｔｅｒａ目（甲虫）、Ｄｉｐｔｅｒａ
目（ハエ、カ）、Ｈｙｍｅｎｏｐｔｅｒａ目（スズメバ
チ、アリ、ハバチ）、Ｌｅｐｉｄｏｐｔｅｒａ目（チョ
ウおよびガ）、Ｍａｌｌｏｐｈａｇａ目（シラミ）、Ｈ
ｏｍｏｐｔｅｒａ目（コナジラミ、アリマキ）、Ｈｅｍ
ｉｐｔｅｒａ目（ナンキンムシ（ｂｕｇ））、Ｏｒｔｈ
ｒｏｐｔｅｒａ目（バッタ、ゴキブリ）、Ｔｈｙｓａｎ
ｏｐｔｅｒａ目（アザミウマ）、Ｄｅｒｍａｐｔｅｒａ
目（ハサミムシ）、Ｉｓｏｐｔｅｒａ目、Ａｎｏｐｌｕ
ｒａ目、Ｓｉｐｈｏｎａｐｔｅｒａ目およびＴｒｉｃｈ
ｏｐｔｅｒａ目（トビケラ）が挙げられるが、これらに
限定されない。
【０４００】さらに、本発明のツールおよび方法論を使
用して、標的植物のタンパク質合成のインヒビターが得
られ得、これらのインヒビターは、非標的植物および動
物のタンパク質合成を阻害するよりも、標的植物のタン
パク質合成を阻害する。標的植物は、任意の所望されな
い植物種、詳細には雑草、およびなおより詳細には有害
な雑草であり得る。特定の植物が、雑草とみなされるか
否かは、その植物が生長する状況に依存する。例えば、
Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ（ダイズ）畑で生長する所望さ
れないＺｅａ ｍａｙｓ（トウモロコシ）植物は、所望
されない雑草とみなされる。標的植物であるような雑草
の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定され
ない：Ａｌｌｉｕｍ ｖｉｎｅｄｅ（野生ニンニク）、
Ｂｒｏｍｕｓ ｔｅｃｔｏｒｕｍ（スズメノチャヒキ属
（ｄｏｗｎｙ ｂｒｏｍｅ））、Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｃ
ｙｌｉｎｄｒｉｃｕｍ（キシュウスズメノヒエ（ｊｏｉ
ｎｔｅｄ ｇｏａｔｇｒａｓｓ）、Ａｍａｒａｎｔｈｕ
ｓ種（ヒユ・アカザ類の雑草）、Ｃｈｅｎｏｐｏｄｉｕ
ｍ ａｌｂｕｍ（シロアカザ）、Ａｖｅｎａ ｆａｔｕ
ａ（カラスムギ）、Ｂ．ｓｅａｌｉｎｕｓ（カラスノチ
ャヒキ）、Ｅｃｈｉｎｏｃｈｌｏａ ｃｒｕｓ−ｇａｌ
ｌｉ（イヌビエ）、Ａｌｏｐｅｃｕｒｕｓｍｙｏｓｕｒ
ｏｉｄｅｓ（ｂｌａｃｋｇｒａｓｓ）、Ｓｔａｒｉａ
ｆａｂｅｒｉｉ（オオムギ（ｇｉａｎｔ ｆｏｘｔａｉ
ｌ））、Ｘａｎｔｈｉｕｍ ｓｔｒｕｍａｒｉｕｍ（一
般的なオナモミ）、Ａｍｂｒｏｓｉａ ａｒｔｅｍｉｓ
ｉｉｆｏｌｉａ（一般的なブタクサ）、およびＩｐｏｍ
ｏｅａ種（アサガオ）。非標的生物は、任意の植物、特
に任意の所望の植物、そしてなおさらに特に任意の農作
物植物であり得る。非標的生物体はまた、任意の動物、
特に哺乳動物、そしてなおさらに特にヒトであり得る。
１つの好ましい実施形態において、本発明のツールおよ
び方法論は、１つ以上の有害な雑草種を殺傷するかまた
は傷つけるが、非標的植物および動物を害しない、タン
パク質合成インヒビターを産生するために使用され得
る。
用して、標的植物のタンパク質合成のインヒビターが得
られ得、これらのインヒビターは、非標的植物および動
物のタンパク質合成を阻害するよりも、標的植物のタン
パク質合成を阻害する。標的植物は、任意の所望されな
い植物種、詳細には雑草、およびなおより詳細には有害
な雑草であり得る。特定の植物が、雑草とみなされるか
否かは、その植物が生長する状況に依存する。例えば、
Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ（ダイズ）畑で生長する所望さ
れないＺｅａ ｍａｙｓ（トウモロコシ）植物は、所望
されない雑草とみなされる。標的植物であるような雑草
の例としては、以下が挙げられるが、これらに限定され
ない：Ａｌｌｉｕｍ ｖｉｎｅｄｅ（野生ニンニク）、
Ｂｒｏｍｕｓ ｔｅｃｔｏｒｕｍ（スズメノチャヒキ属
（ｄｏｗｎｙ ｂｒｏｍｅ））、Ｔｒｉｔｉｃｕｍ ｃ
ｙｌｉｎｄｒｉｃｕｍ（キシュウスズメノヒエ（ｊｏｉ
ｎｔｅｄ ｇｏａｔｇｒａｓｓ）、Ａｍａｒａｎｔｈｕ
ｓ種（ヒユ・アカザ類の雑草）、Ｃｈｅｎｏｐｏｄｉｕ
ｍ ａｌｂｕｍ（シロアカザ）、Ａｖｅｎａ ｆａｔｕ
ａ（カラスムギ）、Ｂ．ｓｅａｌｉｎｕｓ（カラスノチ
ャヒキ）、Ｅｃｈｉｎｏｃｈｌｏａ ｃｒｕｓ−ｇａｌ
ｌｉ（イヌビエ）、Ａｌｏｐｅｃｕｒｕｓｍｙｏｓｕｒ
ｏｉｄｅｓ（ｂｌａｃｋｇｒａｓｓ）、Ｓｔａｒｉａ
ｆａｂｅｒｉｉ（オオムギ（ｇｉａｎｔ ｆｏｘｔａｉ
ｌ））、Ｘａｎｔｈｉｕｍ ｓｔｒｕｍａｒｉｕｍ（一
般的なオナモミ）、Ａｍｂｒｏｓｉａ ａｒｔｅｍｉｓ
ｉｉｆｏｌｉａ（一般的なブタクサ）、およびＩｐｏｍ
ｏｅａ種（アサガオ）。非標的生物は、任意の植物、特
に任意の所望の植物、そしてなおさらに特に任意の農作
物植物であり得る。非標的生物体はまた、任意の動物、
特に哺乳動物、そしてなおさらに特にヒトであり得る。
１つの好ましい実施形態において、本発明のツールおよ
び方法論は、１つ以上の有害な雑草種を殺傷するかまた
は傷つけるが、非標的植物および動物を害しない、タン
パク質合成インヒビターを産生するために使用され得
る。
【０４０１】目的の標的細菌としては、以下が挙げられ
るが、これらに限定されない：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃ
ｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇ
ａｌａｃｔｉｄｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏ
ｖｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎ
ｉａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉ
ｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｎｅ
ｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ、Ｂａｃｉ
ｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔ
ｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉｄｅ、Ｌｉｓｔｅｒｉ
ａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏ
ｔｈｒｉｘ ｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅ、Ｃｌｏｓｔ
ｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒ
ｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ
ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｉａ ｃｏｌ
ｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｐｓｕｅｄ
ｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｋｌｅｂｓｉｅ
ｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕ
ｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ
ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｙ
ｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｆｒ
ａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｐａｓｔ
ｅｕｒｅｌｌａｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃ
ｈｏｌｅｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｅ
ｎｉｎｇｏｓｅｐｔｉｃｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ
ｍａｌｌｅｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｓｅｕｄ
ｏｍａｌｌｅｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊ
ｕｎｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｆｅｔｕｓ、Ｆ
ｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｃａ
ｌｙｍｍａｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｍ
ａｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｏｎｉ
ｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍ
ｏｐｈｉｌａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕ
ｍ−ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔ
ｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｍｙｃｏｂａ
ｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ
ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐｅｒｔｅｎ
ｕｅ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、Ｂ
ｏｒｒｅｌｉａ ｒｅｃｕｒｒｅｎｔｉｓ、Ａｃｔｉｎ
ｏｍｙｃｅｓ ｉｓｒｅａｌｌｉ、Ｎｏｃａｒｄｉａ
ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅ
ａｌｙｔｉｃｕｍ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍ
ｏｎｉａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｓｉｔｔａｃｉ、
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｃｈｌ
ａｍｙｄｉａ ｐｎｅｍｏｎｉａｅ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙ
ｓｔｉｓ ｃａｒｉｎｉｉ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ
ｉｍｍｉｔｉｓ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓ
ｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔ
ｉｔｉｄｉｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂ
ｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃ
ｈｅｎｃｋｉｉ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆ
ｏｒｍａｎｓ。
るが、これらに限定されない：Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃ
ｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ａｇ
ａｌａｃｔｉｄｅ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｂｏ
ｖｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎ
ｉａｅ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ ｃａｔａｒｒｈａｌｉ
ｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｎｅ
ｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ、Ｂａｃｉ
ｌｌｕｓ ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔ
ｅｒｉｕｍ ｄｉｐｈｔｈｅｒｉｄｅ、Ｌｉｓｔｅｒｉ
ａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏ
ｔｈｒｉｘ ｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅ、Ｃｌｏｓｔ
ｒｉｄｉｕｍ ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒ
ｉｄｉｕｍ ｔｅｔａｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ
ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｉａ ｃｏｌ
ｉ、Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｐｓｕｅｄ
ｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｋｌｅｂｓｉｅ
ｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕ
ｓ ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ
ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ ｐｅｓｔｉｓ、Ｙ
ｅｒｓｉｎｉａ ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、Ｆｒ
ａｎｃｉｓｅｌｌａ ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｐａｓｔ
ｅｕｒｅｌｌａｍｕｌｔｏｃｉｄａ、Ｖｉｂｒｉｏ ｃ
ｈｏｌｅｒａｅ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｍｅ
ｎｉｎｇｏｓｅｐｔｉｃｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ
ｍａｌｌｅｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｐｓｅｕｄ
ｏｍａｌｌｅｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｊｅｊ
ｕｎｉ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ ｆｅｔｕｓ、Ｆ
ｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｃａ
ｌｙｍｍａｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｒａｎｕｌｏｍ
ａｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｏｎｉ
ｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ ｐｎｅｕｍ
ｏｐｈｉｌａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ａｖｉｕ
ｍ−ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔ
ｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｍｙｃｏｂａ
ｃｔｅｒｉｕｍ ｌｅｐｒａｅ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ
ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｐｅｒｔｅｎ
ｕｅ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、Ｂ
ｏｒｒｅｌｉａ ｒｅｃｕｒｒｅｎｔｉｓ、Ａｃｔｉｎ
ｏｍｙｃｅｓ ｉｓｒｅａｌｌｉ、Ｎｏｃａｒｄｉａ
ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ ｕｒｅ
ａｌｙｔｉｃｕｍ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｐｎｅｕｍ
ｏｎｉａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｓｉｔｔａｃｉ、
Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｃｈｌ
ａｍｙｄｉａ ｐｎｅｍｏｎｉａｅ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙ
ｓｔｉｓ ｃａｒｉｎｉｉ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ
ｉｍｍｉｔｉｓ、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ ｃａｐｓ
ｕｌａｔｕｍ、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ ｄｅｒｍａｔ
ｉｔｉｄｉｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ ｂ
ｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ ｓｃ
ｈｅｎｃｋｉｉ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆ
ｏｒｍａｎｓ。
【０４０２】一旦候補分子が、上記の方法により設計さ
れるかまたは選択されると、分子がリボソームまたはリ
ボソームサブユニットに結合し得る親和性が、コンピュ
ータを用いる評価および／または化合物を合成した後の
生物学的活性の試験により、試験および最適化され得
る。候補化合物は、各々が類似した全体の結合エネルギ
ーを有する１つより多くの立体配座で、リボソームまた
はリボソームサブユニットと相互作用し得る。これらの
場合、結合の変形エネルギーは、遊離の分子のエネルギ
ーと、この分子がリボソームまたはリボソームサブユニ
ット（より好ましくは大リボソームサブユニット、そし
てなおより好ましくは５０Ｓリボソームサブユニット）
に結合した場合に観察される立体配座の平均エネルギー
との間の差異とみなされ得る。
れるかまたは選択されると、分子がリボソームまたはリ
ボソームサブユニットに結合し得る親和性が、コンピュ
ータを用いる評価および／または化合物を合成した後の
生物学的活性の試験により、試験および最適化され得
る。候補化合物は、各々が類似した全体の結合エネルギ
ーを有する１つより多くの立体配座で、リボソームまた
はリボソームサブユニットと相互作用し得る。これらの
場合、結合の変形エネルギーは、遊離の分子のエネルギ
ーと、この分子がリボソームまたはリボソームサブユニ
ット（より好ましくは大リボソームサブユニット、そし
てなおより好ましくは５０Ｓリボソームサブユニット）
に結合した場合に観察される立体配座の平均エネルギー
との間の差異とみなされ得る。
【０４０３】リボソームまたはリボソームサブユニット
に結合するように設計されるかまたは選択された分子
は、その結合状態においてこの分子が、標的領域との反
発静電相互作用がないように、さらにコンピューターを
用いて最適化され得る。このよな非相補的（例えば、静
電的）相互作用は、反発的電荷−電荷相互作用、双極子
−双極子相互作用および電荷−双極子相互作用を含む。
詳細には、インヒビターがリボソームまたはリボソーム
サブユニットに結合した場合の、インヒビターと酵素の
間の全ての静電相互作用の合計は、好ましくは、結合エ
ンタルピーに対して中性または有利に寄与する。弱く結
合する化合物はまた、ＳＡＲを決定するように、これら
の方法により設計され得る。
に結合するように設計されるかまたは選択された分子
は、その結合状態においてこの分子が、標的領域との反
発静電相互作用がないように、さらにコンピューターを
用いて最適化され得る。このよな非相補的（例えば、静
電的）相互作用は、反発的電荷−電荷相互作用、双極子
−双極子相互作用および電荷−双極子相互作用を含む。
詳細には、インヒビターがリボソームまたはリボソーム
サブユニットに結合した場合の、インヒビターと酵素の
間の全ての静電相互作用の合計は、好ましくは、結合エ
ンタルピーに対して中性または有利に寄与する。弱く結
合する化合物はまた、ＳＡＲを決定するように、これら
の方法により設計され得る。
【０４０４】化合物の変形エネルギーおよび静電相互作
用を評価し得る特定のコンピュータープログラムは、当
該分野で入手可能である。適切なプログラムとしては、
以下が挙げられる：Ｇａｕｓｓｉａｎ ９２，改訂版Ｃ
（Ｍ．Ｊ．Ｆｒｉｓｃｈ，Ｇａｕｓｓｉａｎ，Ｉｎ
ｃ．，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ．）；ＡＭＢＥＲ，
バージョン４．０（Ｐ．Ａ．Ｋｏｌｌｍａｎ，Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ａｔ Ｓ
ａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）；ＱＵＡＮＴＡ／ＣＨ
ＡＲＭＭ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｓ，Ｉｎｃ．，Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）；ＯＰＬ
Ｓ−ＡＡ（「ＯＰＬＳ Ｆｏｒｃｅ Ｆｉｅｌｄｓ．」
Ｗ．Ｌ．Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ．Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉ
ａ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓ
ｔｒｙ，Ｓｃｈｌｅｙｅｒ，Ｅｄ．；Ｗｉｌｅｙ：Ｎｅ
ｗ Ｙｏｒｋ，１９９８；Ｖｏｌ．３，ｐｐ １９８６
−１９８９）；およびＩｎｓｉｇｈｔ ＩＩ／Ｄｉｓｃ
ｏｖｅｒ（Ｂｉｏｓｙｓｍ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ
Ｉｎｃ．，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ）。これらのプロ
グラムは、例えば、Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｒａｐｈｉｃｓ
ワークステーション，ＩＲＩＳ ４Ｄ／３５またはＩ
ＢＭ ＲＩＳＣ／６０００ワークステーションモデル５
５０を使用して、実行され得る。他のハードウェアシス
テムおよびソフトウェアパッケージが、当業者に公知で
ある。
用を評価し得る特定のコンピュータープログラムは、当
該分野で入手可能である。適切なプログラムとしては、
以下が挙げられる：Ｇａｕｓｓｉａｎ ９２，改訂版Ｃ
（Ｍ．Ｊ．Ｆｒｉｓｃｈ，Ｇａｕｓｓｉａｎ，Ｉｎ
ｃ．，Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ．）；ＡＭＢＥＲ，
バージョン４．０（Ｐ．Ａ．Ｋｏｌｌｍａｎ，Ｕｎｉｖ
ｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ａｔ Ｓ
ａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ，ＣＡ）；ＱＵＡＮＴＡ／ＣＨ
ＡＲＭＭ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ
ｓ，Ｉｎｃ．，Ｂｕｒｌｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）；ＯＰＬ
Ｓ−ＡＡ（「ＯＰＬＳ Ｆｏｒｃｅ Ｆｉｅｌｄｓ．」
Ｗ．Ｌ．Ｊｏｒｇｅｎｓｅｎ．Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉ
ａ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓ
ｔｒｙ，Ｓｃｈｌｅｙｅｒ，Ｅｄ．；Ｗｉｌｅｙ：Ｎｅ
ｗ Ｙｏｒｋ，１９９８；Ｖｏｌ．３，ｐｐ １９８６
−１９８９）；およびＩｎｓｉｇｈｔ ＩＩ／Ｄｉｓｃ
ｏｖｅｒ（Ｂｉｏｓｙｓｍ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ
Ｉｎｃ．，ＳａｎＤｉｅｇｏ，ＣＡ）。これらのプロ
グラムは、例えば、Ｓｉｌｉｃｏｎ Ｇｒａｐｈｉｃｓ
ワークステーション，ＩＲＩＳ ４Ｄ／３５またはＩ
ＢＭ ＲＩＳＣ／６０００ワークステーションモデル５
５０を使用して、実行され得る。他のハードウェアシス
テムおよびソフトウェアパッケージが、当業者に公知で
ある。
【０４０５】一旦目的の分子が、上記のように選択また
は設計されると、その分子の結合特性を改善または改変
するために、その分子の原子または側基のいくつかにお
いて、置換がなされ得る。一般的に、最初の置換は保存
的である。すなわち、置換される基は、元々の基と、ほ
ぼ同じサイズ、形状、疎水性および電荷である。当然の
ことながら、公知の構成要素の立体配座を変更すること
は、避けられるべきであるということが、理解される。
次いで、このような置換された化学化合物は、上記で詳
細に記載された同じコンピューターの方法により、リボ
ソームまたはリボソームサブユニットへの適合性につい
て分析され得る。
は設計されると、その分子の結合特性を改善または改変
するために、その分子の原子または側基のいくつかにお
いて、置換がなされ得る。一般的に、最初の置換は保存
的である。すなわち、置換される基は、元々の基と、ほ
ぼ同じサイズ、形状、疎水性および電荷である。当然の
ことながら、公知の構成要素の立体配座を変更すること
は、避けられるべきであるということが、理解される。
次いで、このような置換された化学化合物は、上記で詳
細に記載された同じコンピューターの方法により、リボ
ソームまたはリボソームサブユニットへの適合性につい
て分析され得る。
【０４０６】さらに、実際のリボソーム関連リガンド、
複合体または模倣体（ｍｉｍｅｔｉｃ）が、結晶化され
得、そしてＸ線回折を用いて分析され得る。回折パター
ン相関は、リガンドと、リボソーム、リボソームサブユ
ニット、または模倣体との三次元相互作用を計算するた
めに同様に使用される。この計算は、リボソームまたは
リボソームサブユニット上の特定の部位、または模倣体
が、リボソーム、リボソームサブユニットまたはそのフ
ラグメントと同じ三次元構造を有する部位に、このリガ
ンドが結合するということ、あるいはこれらの部位の立
体配座を変化するということを確認するために、行われ
る。
複合体または模倣体（ｍｉｍｅｔｉｃ）が、結晶化され
得、そしてＸ線回折を用いて分析され得る。回折パター
ン相関は、リガンドと、リボソーム、リボソームサブユ
ニット、または模倣体との三次元相互作用を計算するた
めに同様に使用される。この計算は、リボソームまたは
リボソームサブユニット上の特定の部位、または模倣体
が、リボソーム、リボソームサブユニットまたはそのフ
ラグメントと同じ三次元構造を有する部位に、このリガ
ンドが結合するということ、あるいはこれらの部位の立
体配座を変化するということを確認するために、行われ
る。
【０４０７】（３．リード化合物の合成）本発明のリー
ド化合物は、脂質、核酸、ペプチド、低有機分子もしく
は低無機分子、化学物質、元素、糖質、同位体、炭水化
物、画像化剤、リポタンパク質、糖タンパク質、酵素、
分析プローブ、および抗体もしくはそのフラグメント、
上記のいずれかの任意の組み合わせ、ならびに上記のい
ずれかの任意の化学的変形または改変体から選択される
少なくとも１つであり得るが、これに限定されない。さ
らに、リード化合物は、必要に応じて検出可能な標識を
含み得る。このような標識としては、以下が挙げられる
が、これらに限定されない：酵素的標識、放射性同位体
または放射性化合物もしくは放射性元素、蛍光性化合物
もしくは蛍光性金属、化学発光化合物および生物発光化
合物。周知の方法が、このような検出可能な標識をリー
ド化合物に結合するために使用され得る。
ド化合物は、脂質、核酸、ペプチド、低有機分子もしく
は低無機分子、化学物質、元素、糖質、同位体、炭水化
物、画像化剤、リポタンパク質、糖タンパク質、酵素、
分析プローブ、および抗体もしくはそのフラグメント、
上記のいずれかの任意の組み合わせ、ならびに上記のい
ずれかの任意の化学的変形または改変体から選択される
少なくとも１つであり得るが、これに限定されない。さ
らに、リード化合物は、必要に応じて検出可能な標識を
含み得る。このような標識としては、以下が挙げられる
が、これらに限定されない：酵素的標識、放射性同位体
または放射性化合物もしくは放射性元素、蛍光性化合物
もしくは蛍光性金属、化学発光化合物および生物発光化
合物。周知の方法が、このような検出可能な標識をリー
ド化合物に結合するために使用され得る。
【０４０８】リード化合物（例えば、脂質、脂質、核
酸、ペプチド、低有機分子もしくは低無機分子、化学物
質、元素、糖質、同位体、炭水化物、画像化剤、リポタ
ンパク質、糖タンパク質、酵素、分析プローブ、および
抗体もしくは抗体フラグメント）を合成するために有用
な方法は、当該分野で周知である。このような方法は、
このようなリード化合物の１つの合成の伝統的なアプロ
ーチ（例えば、１度に単一の明確なペプチド、ならびに
１つ以上の容器で複数のリード化合物の組み合わせた合
成）を含む。このような複数のリード化合物は、前もっ
て同定されたリード分子の１つ以上の改変体を含み得
る。複数のリード分子の組合せた合成のための方法は、
コンビナトリアルライブラリーを調製する際に特に有用
である。このコンビナトリアルライブラリーは、当該分
野で公知のスクリーニング技術において使用され得る。
酸、ペプチド、低有機分子もしくは低無機分子、化学物
質、元素、糖質、同位体、炭水化物、画像化剤、リポタ
ンパク質、糖タンパク質、酵素、分析プローブ、および
抗体もしくは抗体フラグメント）を合成するために有用
な方法は、当該分野で周知である。このような方法は、
このようなリード化合物の１つの合成の伝統的なアプロ
ーチ（例えば、１度に単一の明確なペプチド、ならびに
１つ以上の容器で複数のリード化合物の組み合わせた合
成）を含む。このような複数のリード化合物は、前もっ
て同定されたリード分子の１つ以上の改変体を含み得
る。複数のリード分子の組合せた合成のための方法は、
コンビナトリアルライブラリーを調製する際に特に有用
である。このコンビナトリアルライブラリーは、当該分
野で公知のスクリーニング技術において使用され得る。
【０４０９】例として、複数のペプチドおよびオリゴヌ
クレオチドが、同時に合成され得るということが周知で
ある。５０アミノ酸長までの小さいペプチドであるリー
ド分子は、標準的な固相ペプチド合成手順（例えば、Ｍ
ｅｒｒｉｆｉｅｌｄ（１９６３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．
Ｓｏｃ．，８５：２１４９に記載される手順と同様の手
順）を使用して合成され得る。例えば、合成の間、保護
された側鎖を有するＮ−α−保護アミノ酸を、不溶性ポ
リマー支持体（例えば、ポリスチレンビーズ）に、Ｃ末
端により連結された伸長するポリぺプチド鎖に段階的に
付加する。Ｎ−α−脱保護アミノ酸のアミノ基を、Ｎ−
α−保護アミノ酸のα−カルボキシ基に連結することに
より、ペプチドを合成し、このカルボキシ末端は、ジシ
クロヘキシルカルボジイミドのような試薬と反応させる
ことにより活性化されている。遊離アミノ基の、活性化
カルボキシルへの連結によりペプチド結合が形成され
る。最も一般的に使用されるＮ−α−保護基としては、
酸に不安定であるＢｏｃおよび塩基に不安定であるＦｍ
ｏｃが挙げられる。
クレオチドが、同時に合成され得るということが周知で
ある。５０アミノ酸長までの小さいペプチドであるリー
ド分子は、標準的な固相ペプチド合成手順（例えば、Ｍ
ｅｒｒｉｆｉｅｌｄ（１９６３）Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．
Ｓｏｃ．，８５：２１４９に記載される手順と同様の手
順）を使用して合成され得る。例えば、合成の間、保護
された側鎖を有するＮ−α−保護アミノ酸を、不溶性ポ
リマー支持体（例えば、ポリスチレンビーズ）に、Ｃ末
端により連結された伸長するポリぺプチド鎖に段階的に
付加する。Ｎ−α−脱保護アミノ酸のアミノ基を、Ｎ−
α−保護アミノ酸のα−カルボキシ基に連結することに
より、ペプチドを合成し、このカルボキシ末端は、ジシ
クロヘキシルカルボジイミドのような試薬と反応させる
ことにより活性化されている。遊離アミノ基の、活性化
カルボキシルへの連結によりペプチド結合が形成され
る。最も一般的に使用されるＮ−α−保護基としては、
酸に不安定であるＢｏｃおよび塩基に不安定であるＦｍ
ｏｃが挙げられる。
【０４１０】簡単には、Ｃ末端Ｎ−α−保護アミノ酸
を、最初にポリスチレンビーズに連結する。次いで、Ｎ
−α−保護基を、除去する。この脱保護されたα−アミ
ノ基を、次のＮ−α−保護アミノ酸の活性化α−カルボ
キシレート基にカップリングする。このプロセスを、所
望のペプチドが合成されるまで繰り返す。生じたペプチ
ドを、不溶性ポリマー支持体から切断し、そしてアミノ
酸側鎖を脱保護する。より長いペプチドは、例えば約５
０アミノ酸長より大きく、代表的には保護されたペプチ
ドフラグメントの縮合により誘導される。適切な化学、
樹脂、保護基、保護されたアミノ酸および試薬の詳細
は、当該分野で周知であるので、本明細書中において詳
細に考察されない。例えば、Ａｔｈｅｒｔｏｎら、（１
９６３）Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓ
ｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒ
ｏａｃｈ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ）、およびＢｏｄａｎｓ
ｚｋｙ（１９９３）Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｃｈｅｍｉｓｔｒ
ｙ，Ａ ＰｒａｃｔｉｃａｌＴｅｘｔｂｏｏｋ，第２
版、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、ならびにＦｉｅ
ｌｄｓら、（１９９０）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ
Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．３５：１６１−２１４を参照
のこと。
を、最初にポリスチレンビーズに連結する。次いで、Ｎ
−α−保護基を、除去する。この脱保護されたα−アミ
ノ基を、次のＮ−α−保護アミノ酸の活性化α−カルボ
キシレート基にカップリングする。このプロセスを、所
望のペプチドが合成されるまで繰り返す。生じたペプチ
ドを、不溶性ポリマー支持体から切断し、そしてアミノ
酸側鎖を脱保護する。より長いペプチドは、例えば約５
０アミノ酸長より大きく、代表的には保護されたペプチ
ドフラグメントの縮合により誘導される。適切な化学、
樹脂、保護基、保護されたアミノ酸および試薬の詳細
は、当該分野で周知であるので、本明細書中において詳
細に考察されない。例えば、Ａｔｈｅｒｔｏｎら、（１
９６３）Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓ
ｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒ
ｏａｃｈ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ）、およびＢｏｄａｎｓ
ｚｋｙ（１９９３）Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｃｈｅｍｉｓｔｒ
ｙ，Ａ ＰｒａｃｔｉｃａｌＴｅｘｔｂｏｏｋ，第２
版、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、ならびにＦｉｅ
ｌｄｓら、（１９９０）Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ
Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｒｅｓ．３５：１６１−２１４を参照
のこと。
【０４１１】生じたペプチドの精製を、分取ＨＰＬＣ
（例えば、ゲル浸透クロマトグラフィー、分配クロマト
グラフィーおよび／またはイオン交換クロマトグラフィ
ー）のような従来の手順を使用して、達成した。適切な
マトリックスおよび緩衝液の選択は、当該分野で周知で
あるので、本明細書中において詳細には記載しない。
（例えば、ゲル浸透クロマトグラフィー、分配クロマト
グラフィーおよび／またはイオン交換クロマトグラフィ
ー）のような従来の手順を使用して、達成した。適切な
マトリックスおよび緩衝液の選択は、当該分野で周知で
あるので、本明細書中において詳細には記載しない。
【０４１２】本発明に従った合成ペプチドが、天然に存
在するアミノ酸、非天然のアミノ酸、および／または特
定の特徴を有するアミノ酸（例えば、正に荷電したか、
負に荷電したか、疎水性か、親水性か、または芳香族の
アミノ酸）を含み得る。本明細書中で使用される場合、
用語「天然に存在するアミノ酸」とは、通常タンパク質
中に見出されるアミノ酸のＬ−異性体をいう。主な天然
に存在するアミノ酸は、グリシン、アラニン、バリン、
ロイシン、イソロイシン、セリン、メチオニン、トレオ
ニン、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、
システイン、プロリン、ヒスチジン、アスパラギン酸、
アスパラギン、グルタミン酸、グルタミン、アルギニ
ン、およびリシンである。特に示されない限り、全ての
アミノ酸は、本出願においてＬ−形態である。さらに、
本明細書中で使用される場合、用語「非天然のアミノ
酸」とは、タンパク質中に天然に見出されないアミノ酸
をいう。例えば、セレノメチオニン。
在するアミノ酸、非天然のアミノ酸、および／または特
定の特徴を有するアミノ酸（例えば、正に荷電したか、
負に荷電したか、疎水性か、親水性か、または芳香族の
アミノ酸）を含み得る。本明細書中で使用される場合、
用語「天然に存在するアミノ酸」とは、通常タンパク質
中に見出されるアミノ酸のＬ−異性体をいう。主な天然
に存在するアミノ酸は、グリシン、アラニン、バリン、
ロイシン、イソロイシン、セリン、メチオニン、トレオ
ニン、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、
システイン、プロリン、ヒスチジン、アスパラギン酸、
アスパラギン、グルタミン酸、グルタミン、アルギニ
ン、およびリシンである。特に示されない限り、全ての
アミノ酸は、本出願においてＬ−形態である。さらに、
本明細書中で使用される場合、用語「非天然のアミノ
酸」とは、タンパク質中に天然に見出されないアミノ酸
をいう。例えば、セレノメチオニン。
【０４１３】「正に荷電した」アミノ酸は、通常の生理
学的条件下で正に荷電した側鎖を有する任意のアミノ酸
を含む。正に荷電した天然に存在するアミノ酸の例とし
ては、例えば、アルギニン、リシン、およびヒスチジン
が挙げられる。逆に、「負に荷電した」アミノ酸は、通
常の生理学的条件下で負に荷電した側鎖を有する任意の
アミノ酸を含む。負に荷電した天然に存在するアミノ酸
の例としては、例えば、アスパラギン酸およびグルタミ
ン酸が挙げられる。
学的条件下で正に荷電した側鎖を有する任意のアミノ酸
を含む。正に荷電した天然に存在するアミノ酸の例とし
ては、例えば、アルギニン、リシン、およびヒスチジン
が挙げられる。逆に、「負に荷電した」アミノ酸は、通
常の生理学的条件下で負に荷電した側鎖を有する任意の
アミノ酸を含む。負に荷電した天然に存在するアミノ酸
の例としては、例えば、アスパラギン酸およびグルタミ
ン酸が挙げられる。
【０４１４】本明細書中で使用される場合、用語「疎水
性アミノ酸」は、荷電していない、非極性側鎖を有す
る、水に比較的不溶の任意のアミノ酸を含む。天然に存
在する疎水性のアミノ酸としては、例えば、アラニン、
ロイシン、イソロイシン、バリン、プロリン、フェニル
アラニン、トリプトファン、およびメチオニンが挙げら
れる。さらに、本明細書中で使用される場合、用語「親
水性アミノ酸」とは、荷電していない極性の側鎖を有す
る、水に比較的可溶な任意のアミノ酸をいう。天然に存
在する親水性アミノ酸としては、例えば、セリン、トレ
オニン、チロシン、アスパラギン、グルタミンおよびシ
ステインが挙げられる。
性アミノ酸」は、荷電していない、非極性側鎖を有す
る、水に比較的不溶の任意のアミノ酸を含む。天然に存
在する疎水性のアミノ酸としては、例えば、アラニン、
ロイシン、イソロイシン、バリン、プロリン、フェニル
アラニン、トリプトファン、およびメチオニンが挙げら
れる。さらに、本明細書中で使用される場合、用語「親
水性アミノ酸」とは、荷電していない極性の側鎖を有す
る、水に比較的可溶な任意のアミノ酸をいう。天然に存
在する親水性アミノ酸としては、例えば、セリン、トレ
オニン、チロシン、アスパラギン、グルタミンおよびシ
ステインが挙げられる。
【０４１５】最後に、本明細書中で使用される場合、用
語「芳香族」とは、側鎖が非局在化共役系を有するアミ
ノ酸残基をいう。芳香族残基の例としては、例えば、フ
ェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンが挙
げられる。
語「芳香族」とは、側鎖が非局在化共役系を有するアミ
ノ酸残基をいう。芳香族残基の例としては、例えば、フ
ェニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンが挙
げられる。
【０４１６】本発明においてリガンドとして作用する非
ペプチド低有機分子の生成に関して、これらの分子は、
周知でありかつ特許および他の文献において完全に示さ
れる標準的な有機化学を使用して合成され得る。
ペプチド低有機分子の生成に関して、これらの分子は、
周知でありかつ特許および他の文献において完全に示さ
れる標準的な有機化学を使用して合成され得る。
【０４１７】本発明のリードを合成する際に有用な多く
の公知の方法は、自動化され得るか、またはそうでなけ
れば商業的規模で実施され得る。このように、一旦リー
ド化合物が、商業的将来性を有すると同定されれば、大
量のこの化合物が、容易に生産され得る。
の公知の方法は、自動化され得るか、またはそうでなけ
れば商業的規模で実施され得る。このように、一旦リー
ド化合物が、商業的将来性を有すると同定されれば、大
量のこの化合物が、容易に生産され得る。
【０４１８】（４．分子の特徴付け）上記の方法により
設計され、選択され、そして／または最適化された分子
は、一旦生成されると、当業者に公知の種々のアッセイ
を使用して、この化合物が生物学的活性を有するか否か
を決定するために特徴付けされ得る。例えば、これらの
分子は、従来のアッセイ（以下の記載されるアッセイを
含むがこれらに限定されない）により、これらが推定さ
れる活性、結合活性、および／または結合特異性を有す
るか否かを決定するために特徴付けされ得る。
設計され、選択され、そして／または最適化された分子
は、一旦生成されると、当業者に公知の種々のアッセイ
を使用して、この化合物が生物学的活性を有するか否か
を決定するために特徴付けされ得る。例えば、これらの
分子は、従来のアッセイ（以下の記載されるアッセイを
含むがこれらに限定されない）により、これらが推定さ
れる活性、結合活性、および／または結合特異性を有す
るか否かを決定するために特徴付けされ得る。
【０４１９】さらに、ハイスループットスクリーニング
を使用して、このようなアッセイを使用する分析をスピ
ードアップし得る。結果として、本発明のツールおよび
方法を使用して、新しい分子のリボソームまたはリボソ
ームサブユニットと相互作用する能力について、新しい
分子を迅速にスクリーニングすることが可能であり得
る。ハイスループットスクリーニングを実行するための
一般的な方法論は、例えば、Ｄｅｌｖｉｎ，（１９９
８），Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｓｃｒｅｅｎ
ｉｎｇ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ；および米国特許
第５，７６３，２６３号に記載される。ハイスループッ
トアッセイは、１つ以上の異なるアッセイ技術（以下に
記載されるアッセイ技術を含むがこれらに限定されな
い）を使用し得る。
を使用して、このようなアッセイを使用する分析をスピ
ードアップし得る。結果として、本発明のツールおよび
方法を使用して、新しい分子のリボソームまたはリボソ
ームサブユニットと相互作用する能力について、新しい
分子を迅速にスクリーニングすることが可能であり得
る。ハイスループットスクリーニングを実行するための
一般的な方法論は、例えば、Ｄｅｌｖｉｎ，（１９９
８），Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｓｃｒｅｅｎ
ｉｎｇ，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ；および米国特許
第５，７６３，２６３号に記載される。ハイスループッ
トアッセイは、１つ以上の異なるアッセイ技術（以下に
記載されるアッセイ技術を含むがこれらに限定されな
い）を使用し得る。
【０４２０】（１）表面結合研究。種々の結合アッセイ
は、結合活性について新しい分子をスクリーニングする
際に有用であり得る。１つのアプローチとしては、表面
プラズモン共鳴（ｓｕｒｆａｃｅ ｐｌａｓｍｏｎ ｒ
ｅｓｏｎａｎｃｅ）（ＳＰＲ）が挙げられ、これは、リ
ボソーム、リボソームサブユニットまたはそれらのフラ
グメントに対する目的の分子の結合特性を評価するため
に使用され得る。
は、結合活性について新しい分子をスクリーニングする
際に有用であり得る。１つのアプローチとしては、表面
プラズモン共鳴（ｓｕｒｆａｃｅ ｐｌａｓｍｏｎ ｒ
ｅｓｏｎａｎｃｅ）（ＳＰＲ）が挙げられ、これは、リ
ボソーム、リボソームサブユニットまたはそれらのフラ
グメントに対する目的の分子の結合特性を評価するため
に使用され得る。
【０４２１】ＳＰＲ方法論は、量子力学的表面プラズモ
ンの生成により、実時間で２つ以上の高分子の間の相互
作用を測定する。１つのデバイス（Ｐｈａｒｍａｃｉａ
Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ，Ｐｉｓｃａｔａｗｙ，Ｎ．Ｊか
らのＢ１Ａｃｏｒｅ Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ＲＴＭ）
は、多色光の集束ビームを、金フィルム（使い捨てバイ
オセンサー「チップ」として提供される）とバッファー
区画（使用者により調整され得る）との間のインターフ
ェースに提供する。カルボキシル化デキストランからな
る１００ｎｍの厚さの「ヒドロゲル」は、目的の被分析
物の共結合性固定化のためのマトリックスを提供し、こ
れが、金フィルムに装着される。集束光が金フィルムの
自由電子雲と相互作用する場合、プラズモン共鳴が増強
される。生じた反射光は、最適に共鳴した波長において
スペクトル的に減少される。反射多色光を（プリズムの
手段により）その成分に分離し、減少した周波数を決定
することにより、ＢＩＡｃｏｒｅは、発生した表面プラ
ズモン共鳴の挙動を正確に提示する光学インターフェー
スを確立する。上記のように設計される場合、プラズモ
ン共鳴（および減少スペクトル）は、エバネッセント場
における質量（ｍａｓｓ）（これは、ヒドロゲルの厚さ
におおよそ対応する）に敏感である。相互作用対の一方
の構成要素が、ヒドロゲルに固定化される場合、および
相互作用パートナーがバッファー区画を介して提供され
る場合、２つの構成要素の間の相互作用は、エバネッセ
ント場における質量の蓄積、および減少スペクトルによ
り測定されるようなプラズモン共鳴の対応する効果に基
づいて、実時間で測定され得る。この系により、いずれ
の構成要素も標識する必要なく、分子相互作用の迅速で
感度の高い実時間測定が可能である。
ンの生成により、実時間で２つ以上の高分子の間の相互
作用を測定する。１つのデバイス（Ｐｈａｒｍａｃｉａ
Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ，Ｐｉｓｃａｔａｗｙ，Ｎ．Ｊか
らのＢ１Ａｃｏｒｅ Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ＲＴＭ）
は、多色光の集束ビームを、金フィルム（使い捨てバイ
オセンサー「チップ」として提供される）とバッファー
区画（使用者により調整され得る）との間のインターフ
ェースに提供する。カルボキシル化デキストランからな
る１００ｎｍの厚さの「ヒドロゲル」は、目的の被分析
物の共結合性固定化のためのマトリックスを提供し、こ
れが、金フィルムに装着される。集束光が金フィルムの
自由電子雲と相互作用する場合、プラズモン共鳴が増強
される。生じた反射光は、最適に共鳴した波長において
スペクトル的に減少される。反射多色光を（プリズムの
手段により）その成分に分離し、減少した周波数を決定
することにより、ＢＩＡｃｏｒｅは、発生した表面プラ
ズモン共鳴の挙動を正確に提示する光学インターフェー
スを確立する。上記のように設計される場合、プラズモ
ン共鳴（および減少スペクトル）は、エバネッセント場
における質量（ｍａｓｓ）（これは、ヒドロゲルの厚さ
におおよそ対応する）に敏感である。相互作用対の一方
の構成要素が、ヒドロゲルに固定化される場合、および
相互作用パートナーがバッファー区画を介して提供され
る場合、２つの構成要素の間の相互作用は、エバネッセ
ント場における質量の蓄積、および減少スペクトルによ
り測定されるようなプラズモン共鳴の対応する効果に基
づいて、実時間で測定され得る。この系により、いずれ
の構成要素も標識する必要なく、分子相互作用の迅速で
感度の高い実時間測定が可能である。
【０４２２】（（２）免疫診断およびイムノアッセイ）
複合混合物（例えば、生物学的流体）中で通常は低濃
度である特定の生化学的物質の測定に使用され得る一群
の技術が存在し、これは、その補完的抗原に対して適切
に調製および選択された抗体によって示される特異性お
よび高親和性に依存する。測定される物質は、必然的
に、抗原性（免疫原性高分子またはハプテン性低分子の
いずれか）でなければならない。各サンプルに対して、
既知の制限された量の特異的抗体が添加され、そしてそ
の抗体と結合する抗原の画分（しばしば、結合：遊離比
として表される）を、放射性同位体（ラジオイムノアッ
セイ）、蛍光分子（蛍光イムノアッセイ）、安定なフリ
ーラジカル（スピンイムノアッセイ（ｓｐｉｎ ｉｍｍ
ｕｎｏａｓｓａｙ）、酵素（酵素免疫法）、または他の
容易に識別可能な標識で標識された抗原の形態を指示薬
として使用して推定する。
複合混合物（例えば、生物学的流体）中で通常は低濃
度である特定の生化学的物質の測定に使用され得る一群
の技術が存在し、これは、その補完的抗原に対して適切
に調製および選択された抗体によって示される特異性お
よび高親和性に依存する。測定される物質は、必然的
に、抗原性（免疫原性高分子またはハプテン性低分子の
いずれか）でなければならない。各サンプルに対して、
既知の制限された量の特異的抗体が添加され、そしてそ
の抗体と結合する抗原の画分（しばしば、結合：遊離比
として表される）を、放射性同位体（ラジオイムノアッ
セイ）、蛍光分子（蛍光イムノアッセイ）、安定なフリ
ーラジカル（スピンイムノアッセイ（ｓｐｉｎ ｉｍｍ
ｕｎｏａｓｓａｙ）、酵素（酵素免疫法）、または他の
容易に識別可能な標識で標識された抗原の形態を指示薬
として使用して推定する。
【０４２３】抗体を、以下を含む種々の様式で標識し得
る：酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）；
ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；蛍光イムノアッセイ
（ＦＩＡ）；化学発光イムノアッセイ（ＣＬＩＡ）；お
よび金コロイド粒子での抗体の標識（免疫金）。
る：酵素結合イムノソルベント検定法（ＥＬＩＳＡ）；
ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）；蛍光イムノアッセイ
（ＦＩＡ）；化学発光イムノアッセイ（ＣＬＩＡ）；お
よび金コロイド粒子での抗体の標識（免疫金）。
【０４２４】一般的なアッセイ様式としては、以下が挙
げられる：サンドイッチアッセイ、競合アッセイまたは
非競合アッセイ、ラテックス凝集アッセイ、均一系アッ
セイ（ｈｏｍｏｇｅｎｅｎｏｕｓ ａｓｓａｙ）、マイ
クロタイタープレート様式および微小粒子に基づくアッ
セイ。
げられる：サンドイッチアッセイ、競合アッセイまたは
非競合アッセイ、ラテックス凝集アッセイ、均一系アッ
セイ（ｈｏｍｏｇｅｎｅｎｏｕｓ ａｓｓａｙ）、マイ
クロタイタープレート様式および微小粒子に基づくアッ
セイ。
【０４２５】（（３）酵素結合イムノソルベント検定法
（ＥＬＩＳＡ）） ＥＬＩＳＡは、放射化学薬品の危険
および蛍光検出システムの費用を回避する免疫化学技術
である。代わりに、このアッセイは、指示薬として酵素
を使用する。ＥＬＩＳＡは、不溶性キャリア表面に結合
した抗体（または、抗原）の使用に基づいた定量的イム
ノアッセイの形態であり、この表面が、次いで、試験溶
液中の関連の抗原（または、抗体）を「捕捉」するため
に使用される。次いで、抗原−抗体複合体を、抗原（ま
たは、抗体）に予め共有結合されていた適切な酵素の活
性を測定することによって検出する。
（ＥＬＩＳＡ）） ＥＬＩＳＡは、放射化学薬品の危険
および蛍光検出システムの費用を回避する免疫化学技術
である。代わりに、このアッセイは、指示薬として酵素
を使用する。ＥＬＩＳＡは、不溶性キャリア表面に結合
した抗体（または、抗原）の使用に基づいた定量的イム
ノアッセイの形態であり、この表面が、次いで、試験溶
液中の関連の抗原（または、抗体）を「捕捉」するため
に使用される。次いで、抗原−抗体複合体を、抗原（ま
たは、抗体）に予め共有結合されていた適切な酵素の活
性を測定することによって検出する。
【０４２６】ＥＬＩＳＡを実施するための一般的な方法
および組成物は、例えば、Ｃｒｏｗｔｈｅｒ（１９９
５）ＥＬＩＳＡ−Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉ
ｃｅ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂ
ｉｏｌｏｇｙ）、ＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓ；Ｃｈａｌｌ
ａｃｏｍｂｅおよびＫｅｍｅｎｙ（１９９８）ＥＬＩＳ
Ａ ａｎｄ Ｏｔｈｅｒ Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｉ
ｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ−Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ａ
ｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｓｐｅｃｔｓ、Ｊｏｈｎ
Ｗｉｌｅｙ；Ｋｅｍｅｎｙ（１９９１）Ａ Ｐｒａｃ
ｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ＥＬＩＳＡ、Ｐｅｒｇ
ａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ；Ｉｓｈｉｋａｗａ（１９９１）
Ｕｌｔｒａｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ａｎｄ Ｒａｐｉｄ
Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ（Ｌａｂｏｒａ
ｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍ
ｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏ
ｇｙ）Ｅｌｓｅｖｉｅｒに記載される。
および組成物は、例えば、Ｃｒｏｗｔｈｅｒ（１９９
５）ＥＬＩＳＡ−Ｔｈｅｏｒｙ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉ
ｃｅ（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂ
ｉｏｌｏｇｙ）、ＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓ；Ｃｈａｌｌ
ａｃｏｍｂｅおよびＫｅｍｅｎｙ（１９９８）ＥＬＩＳ
Ａ ａｎｄ Ｏｔｈｅｒ Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｉ
ｍｍｕｎｏａｓｓａｙｓ−Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ａ
ｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｓｐｅｃｔｓ、Ｊｏｈｎ
Ｗｉｌｅｙ；Ｋｅｍｅｎｙ（１９９１）Ａ Ｐｒａｃ
ｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ ＥＬＩＳＡ、Ｐｅｒｇ
ａｍｏｎ Ｐｒｅｓｓ；Ｉｓｈｉｋａｗａ（１９９１）
Ｕｌｔｒａｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ａｎｄ Ｒａｐｉｄ
Ｅｎｚｙｍｅ Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ（Ｌａｂｏｒａ
ｔｏｒｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍ
ｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏ
ｇｙ）Ｅｌｓｅｖｉｅｒに記載される。
【０４２７】（（４）比色定量アッセイ） 比色定量
は、任意の定量的化学分析の方法であり、ここでは、化
合物の濃度または量を、その化合物の標準および試験量
の両方との試薬の反応によって生成される呈色を比較す
ること（しばしば、比色計を使用する）によって、決定
する。比色計は、視覚的または光電的のいずれかで、呈
色強度または呈色強度における差異を測定するためのデ
バイスである。
は、任意の定量的化学分析の方法であり、ここでは、化
合物の濃度または量を、その化合物の標準および試験量
の両方との試薬の反応によって生成される呈色を比較す
ること（しばしば、比色計を使用する）によって、決定
する。比色計は、視覚的または光電的のいずれかで、呈
色強度または呈色強度における差異を測定するためのデ
バイスである。
【０４２８】β−ガラクトシダーゼ酵素活性の標準的な
比色定量アッセイは、当業者に周知である（例えば、Ｎ
ｏｒｔｏｎら（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏ
ｌ．５：２８１−２９０を参照のこと）。比色定量アッ
セイは、標準的比色定量β−ガラクトシダーゼアッセイ
では、基質としてＯ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラク
トピラノシド（ＯＮＰＧ、Ｓｉｇｍａ）を使用して、細
胞全体の溶解産物において実施され得る（Ｓａｍｂｒｏ
ｏｋら（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎ
ｇ−Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌ
ｄ ＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ
Ｐｒｅｓｓ）。自動化された比色定量アッセイもま
た、米国特許第５，７３３，７２０号に記載のように、
β−ガラクトシダーゼ活性の検出のために利用可能であ
る。
比色定量アッセイは、当業者に周知である（例えば、Ｎ
ｏｒｔｏｎら（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏ
ｌ．５：２８１−２９０を参照のこと）。比色定量アッ
セイは、標準的比色定量β−ガラクトシダーゼアッセイ
では、基質としてＯ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラク
トピラノシド（ＯＮＰＧ、Ｓｉｇｍａ）を使用して、細
胞全体の溶解産物において実施され得る（Ｓａｍｂｒｏ
ｏｋら（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎ
ｇ−Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌ
ｄ ＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ
Ｐｒｅｓｓ）。自動化された比色定量アッセイもま
た、米国特許第５，７３３，７２０号に記載のように、
β−ガラクトシダーゼ活性の検出のために利用可能であ
る。
【０４２９】（（５）免疫蛍光アッセイ） 免疫蛍光検
査または免疫蛍光顕微鏡検査は、抗原または抗体を、蛍
光色素への結合体化によって蛍光性にし、次いで、組織
切片または塗抹標本中の補完的抗体または抗原と反応さ
せる技術である。次いで、その抗原または抗体の位置
を、紫外光の下で顕微鏡法によって蛍光を観察すること
によって決定し得る。
査または免疫蛍光顕微鏡検査は、抗原または抗体を、蛍
光色素への結合体化によって蛍光性にし、次いで、組織
切片または塗抹標本中の補完的抗体または抗原と反応さ
せる技術である。次いで、その抗原または抗体の位置
を、紫外光の下で顕微鏡法によって蛍光を観察すること
によって決定し得る。
【０４３０】免疫蛍光技術の一般的説明は、例えば、以
下において見られる：Ｋｎａｐｐら（１９７８）Ｉｍｍ
ｕｎｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｎｄ Ｒｅｌａｔ
ｅｄＳｔａｉｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｅｌｓ
ｅｖｉｅｒ；Ａｌｌａｎ（１９９９）Ｐｒｏｔｅｉｎ
Ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｂｙ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅ
ｎｔ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ−Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ
Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｔｈｅ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａ
ｐｐｒｏａｃｈ Ｓｅｒｉｅｓ）Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉ
ｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ；Ｃａｕｌ（１９９３）Ｉ
ｍｍｕｎｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ａｎｔｉｇｅｎ
Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ
Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ、Ｃ
ａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓ
ｓ。本発明に適用可能な免疫蛍光技術の詳細な説明につ
いては、例えば、米国特許第５，９１２，１７６号；同
第５，８６９，２６４号；同第５，８６６，３１９号；
および同第５，８６１，２５９号を参照のこと。
下において見られる：Ｋｎａｐｐら（１９７８）Ｉｍｍ
ｕｎｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ａｎｄ Ｒｅｌａｔ
ｅｄＳｔａｉｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、Ｅｌｓ
ｅｖｉｅｒ；Ａｌｌａｎ（１９９９）Ｐｒｏｔｅｉｎ
Ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ｂｙ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅ
ｎｔ Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ−Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ
Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｔｈｅ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａ
ｐｐｒｏａｃｈ Ｓｅｒｉｅｓ）Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉ
ｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ；Ｃａｕｌ（１９９３）Ｉ
ｍｍｕｎｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ Ａｎｔｉｇｅｎ
Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｉｎ
Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ、Ｃ
ａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓ
ｓ。本発明に適用可能な免疫蛍光技術の詳細な説明につ
いては、例えば、米国特許第５，９１２，１７６号；同
第５，８６９，２６４号；同第５，８６６，３１９号；
および同第５，８６１，２５９号を参照のこと。
【０４３１】（（６）蛍光偏光） 蛍光偏光（ＦＰ）
は、２つの分子間の会合反応のＩＣ５ ０およびＫｄを導
き出すために、タンパク質−タンパク質相互作用および
タンパク質−リガンド相互作用に容易に適用され得る測
定技術である。この技術において、目的の分子の１つ
は、発蛍光団に結合体化される。これは、一般的に、こ
の系においてより小さい方の分子である（この場合、目
的の分子）。リガンド−プローブ結合体およびリボソー
ム、そのリボソームサブユニットまたはフラグメントの
両方を含むサンプル混合物を、垂直方向の偏光で励起す
る。光は、プローブ発蛍光団によって吸収され、そして
短時間の後に再放射される。この放射された光の偏光の
程度を測定する。この放射された光の偏光は、いくつか
の因子に依存するが、最も重要には、溶液の粘度および
発蛍光団の見かけの分子量に依存する。適切なコントロ
ールでは、放射された光の偏光の程度における変化は、
発蛍光団の見かけの分子量における変化にのみ依存し、
これは次に、プローブ−リガンド結合体が、溶液中で遊
離であるのか、またはレセプターに結合されているのか
に依存する。ＦＰに基づいた結合アッセイは、多くの重
要な利点を有し、これには、真の均一な平衡条件下での
ＩＣ５０およびＫｄの測定、分析の速度および自動化へ
のアメニティー（ａｍｅｎｉｔｙ）、ならびに濁った懸
濁液および着色溶液においてスクリーニングする能力が
挙げられる。
は、２つの分子間の会合反応のＩＣ５ ０およびＫｄを導
き出すために、タンパク質−タンパク質相互作用および
タンパク質−リガンド相互作用に容易に適用され得る測
定技術である。この技術において、目的の分子の１つ
は、発蛍光団に結合体化される。これは、一般的に、こ
の系においてより小さい方の分子である（この場合、目
的の分子）。リガンド−プローブ結合体およびリボソー
ム、そのリボソームサブユニットまたはフラグメントの
両方を含むサンプル混合物を、垂直方向の偏光で励起す
る。光は、プローブ発蛍光団によって吸収され、そして
短時間の後に再放射される。この放射された光の偏光の
程度を測定する。この放射された光の偏光は、いくつか
の因子に依存するが、最も重要には、溶液の粘度および
発蛍光団の見かけの分子量に依存する。適切なコントロ
ールでは、放射された光の偏光の程度における変化は、
発蛍光団の見かけの分子量における変化にのみ依存し、
これは次に、プローブ−リガンド結合体が、溶液中で遊
離であるのか、またはレセプターに結合されているのか
に依存する。ＦＰに基づいた結合アッセイは、多くの重
要な利点を有し、これには、真の均一な平衡条件下での
ＩＣ５０およびＫｄの測定、分析の速度および自動化へ
のアメニティー（ａｍｅｎｉｔｙ）、ならびに濁った懸
濁液および着色溶液においてスクリーニングする能力が
挙げられる。
【０４３２】（（７）タンパク質合成） 前述の生化学
的アッセイによる特徴付けに加えて、目的の分子をま
た、リボソームまたはリボソームサブユニットの機能的
活性の調節因子（例えば、タンパク質合成の誘発物質、
またはタンパク質合成のインヒビター）として特徴付け
得ることが意図される。
的アッセイによる特徴付けに加えて、目的の分子をま
た、リボソームまたはリボソームサブユニットの機能的
活性の調節因子（例えば、タンパク質合成の誘発物質、
またはタンパク質合成のインヒビター）として特徴付け
得ることが意図される。
【０４３３】タンパク質合成のインヒビターは、細胞レ
ベルでアッセイされ得る。例えば、目的の分子を、生物
体（例えば、微生物）に対する阻害性作用について、そ
の目的の分子を含むかまたは欠いているかのいずれかの
培地において、目的の微生物を増殖させることによって
アッセイし得る。増殖阻害は、その分子が、タンパク質
合成のインヒビターとして作用し得ることを示し得る。
ベルでアッセイされ得る。例えば、目的の分子を、生物
体（例えば、微生物）に対する阻害性作用について、そ
の目的の分子を含むかまたは欠いているかのいずれかの
培地において、目的の微生物を増殖させることによって
アッセイし得る。増殖阻害は、その分子が、タンパク質
合成のインヒビターとして作用し得ることを示し得る。
【０４３４】さらに、より特異的なタンパク質合成イン
ヒビターアッセイは、化合物を、生物体全体、組織、器
官、オルガネラ、細胞、細胞抽出物もしくは亜細胞抽出
物、または精製されたリボソーム調製物に投与するこ
と、そして例えば、タンパク質合成の阻害についてのそ
の阻害定数（ＩＣ５０）を決定することにより、その薬
理学的特性および阻害特性を観察することによって、実
施され得る。３Ｈロイシンもしくは３５Ｓメチオニンの
取り込み、または類似の実験を実施して、タンパク質合
成活性を調査し得る。
ヒビターアッセイは、化合物を、生物体全体、組織、器
官、オルガネラ、細胞、細胞抽出物もしくは亜細胞抽出
物、または精製されたリボソーム調製物に投与するこ
と、そして例えば、タンパク質合成の阻害についてのそ
の阻害定数（ＩＣ５０）を決定することにより、その薬
理学的特性および阻害特性を観察することによって、実
施され得る。３Ｈロイシンもしくは３５Ｓメチオニンの
取り込み、または類似の実験を実施して、タンパク質合
成活性を調査し得る。
【０４３５】目的の分子の存在下での細胞におけるタン
パク質合成の量または速度における変化は、その分子
が、タンパク質合成の誘発物質であることを示す。タン
パク質合成の速度または量における減少は、その分子
が、タンパク質合成のインヒビターであることを示す。
パク質合成の量または速度における変化は、その分子
が、タンパク質合成の誘発物質であることを示す。タン
パク質合成の速度または量における減少は、その分子
が、タンパク質合成のインヒビターであることを示す。
【０４３６】さらに、細菌病原体に対する本発明の化合
物の抗細菌活性は、ヒト病原体の規定された株の増殖を
阻害する化合物の能力により実証され得る。この目的の
ために、種々の標的病原体種（いくつかは、特徴付けら
れた耐性機構を含む）を含むように、細菌株のパネルが
組み立てられ得る。このような生物パネルの使用は、力
価およびスペクトルに関してだけでなく、耐性機構を取
り除くという目的でも構造−活性の関係の決定を可能に
する。このアッセイは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｍｉ
ｔｔｅｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｌａｂｏｒａｔ
ｏｒｙ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ（ＮＣＣＬＳ）ガイドライ
ン（ＮＣＣＬＳ．Ｍ７−Ａ５−Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ
Ｄｉｌｕｔｉｏｎ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｓｕ
ｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｔｅｓｔｓ ｆｏｒ Ｂａ
ｃｔｅｒｉａ Ｔｈａｔ Ｇｒｏｗ Ａｅｒｏｂｉｃａ
ｌｌｙ；Ａｐｐｒｏｖｅｄ Ｓｔａｎｄａｒｄ−Ｆｉｆ
ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ．ＮＣＣＬＳ Ｄｏｃｕｍｅｎｔ
Ｍ１００−Ｓ１２／Ｍ７（ＩＳＢＮ １−５６２３８
−３９４−９））により公開されているような従来の方
法に従い、マイクロタイタートレイ上で実施され得る。
物の抗細菌活性は、ヒト病原体の規定された株の増殖を
阻害する化合物の能力により実証され得る。この目的の
ために、種々の標的病原体種（いくつかは、特徴付けら
れた耐性機構を含む）を含むように、細菌株のパネルが
組み立てられ得る。このような生物パネルの使用は、力
価およびスペクトルに関してだけでなく、耐性機構を取
り除くという目的でも構造−活性の関係の決定を可能に
する。このアッセイは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｍｍｉ
ｔｔｅｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｌａｂｏｒａｔ
ｏｒｙ Ｓｔａｎｄａｒｄｓ（ＮＣＣＬＳ）ガイドライ
ン（ＮＣＣＬＳ．Ｍ７−Ａ５−Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ
Ｄｉｌｕｔｉｏｎ Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｓｕ
ｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｔｅｓｔｓ ｆｏｒ Ｂａ
ｃｔｅｒｉａ Ｔｈａｔ Ｇｒｏｗ Ａｅｒｏｂｉｃａ
ｌｌｙ；Ａｐｐｒｏｖｅｄ Ｓｔａｎｄａｒｄ−Ｆｉｆ
ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ．ＮＣＣＬＳ Ｄｏｃｕｍｅｎｔ
Ｍ１００−Ｓ１２／Ｍ７（ＩＳＢＮ １−５６２３８
−３９４−９））により公開されているような従来の方
法に従い、マイクロタイタートレイ上で実施され得る。
【０４３７】（Ｈ．薬物処方および投与）一旦同定され
ると、本発明の活性分子は、使用前に、任意の適切なキ
ャリアに組み込まれ得ることが意図される。より詳細に
は、活性分子の用量、投与の様式、および適切なキャリ
アの使用は、目的の標的および非標的生物体に依存す
る。
ると、本発明の活性分子は、使用前に、任意の適切なキ
ャリアに組み込まれ得ることが意図される。より詳細に
は、活性分子の用量、投与の様式、および適切なキャリ
アの使用は、目的の標的および非標的生物体に依存す
る。
【０４３８】哺乳動物レシピエントに関しては、目的の
化合物を、当該分野において公知であり、そして／また
は使用されている、任意の従来的なアプローチによって
投与し得ることが意図される。従って、適切なように、
投与は、経口的または非経口的（静脈内投与経路および
腹腔内投与経路を含む）であり得る。さらに、投与は、
周期的なボーラス注射によってであり得るか、または外
部のリザーバー（例えば、静脈内バッグ）からの静脈内
投与または腹腔内投与によって、より連続的になされ得
る。特定の実施形態では、本発明の化合物は、治療的グ
レードであり得る。すなわち、特定の実施形態は、ヒト
への投与のために必要とされる純度および品質の規制の
基準を満たす。獣医学的適用もまた、本明細書中で使用
されるような意図される目的の範囲内である。
化合物を、当該分野において公知であり、そして／また
は使用されている、任意の従来的なアプローチによって
投与し得ることが意図される。従って、適切なように、
投与は、経口的または非経口的（静脈内投与経路および
腹腔内投与経路を含む）であり得る。さらに、投与は、
周期的なボーラス注射によってであり得るか、または外
部のリザーバー（例えば、静脈内バッグ）からの静脈内
投与または腹腔内投与によって、より連続的になされ得
る。特定の実施形態では、本発明の化合物は、治療的グ
レードであり得る。すなわち、特定の実施形態は、ヒト
への投与のために必要とされる純度および品質の規制の
基準を満たす。獣医学的適用もまた、本明細書中で使用
されるような意図される目的の範囲内である。
【０４３９】獣医学的な医学的用途およびヒトでの医学
的用途の両方について、本発明に従う薬物の処方物は、
代表的に、従って薬学的に受容可能なキャリア、および
必要に応じて、他の治療的成分（１つまたは複数）と合
わせて、このような薬物を含む。キャリア（１つまたは
複数）は、処方物の他の成分と適合性であり、そしてそ
のレシピエントに対して有害でないという意味で、「受
容可能」であるべきである。これに関して、薬学的に受
容可能なキャリアは、薬学的投与に適合性である、任意
そしてすべての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤お
よび抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含むこと
が意図される。薬学的に活性な物質に対するこのような
媒体および薬剤の使用は、当該分野において公知であ
る。いかなる従来の媒体または薬剤も、活性化合物と不
適合性である範囲を除いて、組成物におけるその使用が
意図される。補充的な活性化合物（本発明に従って同定
もしくは設計されるか、および／または当該分野におい
て公知である）もまた、組成物に組み込まれ得る。処方
物は、都合よく、投薬単位形態で提示され得、そして薬
学／微生物学の分野において周知の任意の方法によって
調製され得る。一般的には、薬物を、液状キャリアもし
くは微細に分割した固体キャリア、または両方と合わ
せ、次いで、必要に応じて、その生成物を所望の処方物
に成形することによって、いくつかの処方物を調製す
る。
的用途の両方について、本発明に従う薬物の処方物は、
代表的に、従って薬学的に受容可能なキャリア、および
必要に応じて、他の治療的成分（１つまたは複数）と合
わせて、このような薬物を含む。キャリア（１つまたは
複数）は、処方物の他の成分と適合性であり、そしてそ
のレシピエントに対して有害でないという意味で、「受
容可能」であるべきである。これに関して、薬学的に受
容可能なキャリアは、薬学的投与に適合性である、任意
そしてすべての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤お
よび抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含むこと
が意図される。薬学的に活性な物質に対するこのような
媒体および薬剤の使用は、当該分野において公知であ
る。いかなる従来の媒体または薬剤も、活性化合物と不
適合性である範囲を除いて、組成物におけるその使用が
意図される。補充的な活性化合物（本発明に従って同定
もしくは設計されるか、および／または当該分野におい
て公知である）もまた、組成物に組み込まれ得る。処方
物は、都合よく、投薬単位形態で提示され得、そして薬
学／微生物学の分野において周知の任意の方法によって
調製され得る。一般的には、薬物を、液状キャリアもし
くは微細に分割した固体キャリア、または両方と合わ
せ、次いで、必要に応じて、その生成物を所望の処方物
に成形することによって、いくつかの処方物を調製す
る。
【０４４０】本発明の薬学的組成物は、その意図される
投与経路と適合性であるように処方されるべきである。
投与経路の例としては、経口投与または非経口投与（例
えば、静脈内投与、皮内投与、吸入投与、経皮投与（局
所的）、経粘膜投与および直腸投与）が挙げられる。非
経口適用、皮内適用または皮下適用のために使用される
溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：滅菌希釈
剤（例えば、注射水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポ
リエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコ
ール、または他の合成溶媒）；抗菌剤（例えば、ベンジ
ルアルコールまたはメチルパラベン）；抗酸化剤（例え
ば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム）；キ
レート剤（例えば、エチレンジアミン四酢酸）；緩衝液
（例えば、アセテート、シトレート、またはホスフェー
ト）、および張度の調整のための薬剤（例えば、塩化ナ
トリウムまたはデキストロース）。ｐＨは、塩酸または
水酸化ナトリウムのような酸または塩基で調整され得
る。
投与経路と適合性であるように処方されるべきである。
投与経路の例としては、経口投与または非経口投与（例
えば、静脈内投与、皮内投与、吸入投与、経皮投与（局
所的）、経粘膜投与および直腸投与）が挙げられる。非
経口適用、皮内適用または皮下適用のために使用される
溶液または懸濁液は、以下の成分を含み得る：滅菌希釈
剤（例えば、注射水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポ
リエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコ
ール、または他の合成溶媒）；抗菌剤（例えば、ベンジ
ルアルコールまたはメチルパラベン）；抗酸化剤（例え
ば、アスコルビン酸または亜硫酸水素ナトリウム）；キ
レート剤（例えば、エチレンジアミン四酢酸）；緩衝液
（例えば、アセテート、シトレート、またはホスフェー
ト）、および張度の調整のための薬剤（例えば、塩化ナ
トリウムまたはデキストロース）。ｐＨは、塩酸または
水酸化ナトリウムのような酸または塩基で調整され得
る。
【０４４１】経口投与または非経口投与のために有用な
溶液は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍ
ａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｇｅｎｎａｒ
ｏ，Ａ．編）、Ｍａｃｋ Ｐｕｂ．（１９９０）に記載
される、薬学分野で周知の任意の方法によって調製され
得る。非経口投与のための処方物はまた、口腔内投与の
ためにグリココール酸、直腸投与のためにメトキシサリ
チル酸、または膣内投与のためにクエン酸（ｃｕｔｒｉ
ｃ ａｃｉｄ）を含み得る。非経口調製物は、ガラスま
たはプラスチック製のアンプル、ディスポーザブルのシ
リンジ、または複数回用量のバイアルに封入され得る。
直腸投与のための坐剤はまた、ココアバター、他のグリ
セリド、または室温で固体であり、そして体温で液体で
ある他の組成物のような非刺激性賦形剤と薬物とを混合
することによって、調製され得る。処方物はまた、例え
ば、ポリアルキレングリコール（例えば、ポリエチレン
グリコール）、植物起源の油、水素化ナフタレンなどを
含み得る。直接の投与のための処方物は、グリセロール
および高粘度の他の組成物を含み得る。これらの薬物の
ための他の潜在的に有用な非経口キャリアとしては、エ
チレン−ビニルアセテートコポリマー粒子、浸透圧ポン
プ、移植可能な注入系、およびリポソームが挙げられ
る。吸入投与のための処方物は、賦形剤として、例え
ば、ラクトースを含み得るか、あるいは例えば、ポリオ
キシエチレン−９−ラウリルエーテル、グリココール酸
およびデオキシコール酸を含む水溶液であり得るか、も
しくは点鼻薬の形態での投与のための油性溶液であり得
るか、または鼻腔内適用されるゲルとしてであり得る。
保持浣腸（ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ ｅｎｅｍａ）もまた、
直腸送達のために使用され得る。
溶液は、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍ
ａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｇｅｎｎａｒ
ｏ，Ａ．編）、Ｍａｃｋ Ｐｕｂ．（１９９０）に記載
される、薬学分野で周知の任意の方法によって調製され
得る。非経口投与のための処方物はまた、口腔内投与の
ためにグリココール酸、直腸投与のためにメトキシサリ
チル酸、または膣内投与のためにクエン酸（ｃｕｔｒｉ
ｃ ａｃｉｄ）を含み得る。非経口調製物は、ガラスま
たはプラスチック製のアンプル、ディスポーザブルのシ
リンジ、または複数回用量のバイアルに封入され得る。
直腸投与のための坐剤はまた、ココアバター、他のグリ
セリド、または室温で固体であり、そして体温で液体で
ある他の組成物のような非刺激性賦形剤と薬物とを混合
することによって、調製され得る。処方物はまた、例え
ば、ポリアルキレングリコール（例えば、ポリエチレン
グリコール）、植物起源の油、水素化ナフタレンなどを
含み得る。直接の投与のための処方物は、グリセロール
および高粘度の他の組成物を含み得る。これらの薬物の
ための他の潜在的に有用な非経口キャリアとしては、エ
チレン−ビニルアセテートコポリマー粒子、浸透圧ポン
プ、移植可能な注入系、およびリポソームが挙げられ
る。吸入投与のための処方物は、賦形剤として、例え
ば、ラクトースを含み得るか、あるいは例えば、ポリオ
キシエチレン−９−ラウリルエーテル、グリココール酸
およびデオキシコール酸を含む水溶液であり得るか、も
しくは点鼻薬の形態での投与のための油性溶液であり得
るか、または鼻腔内適用されるゲルとしてであり得る。
保持浣腸（ｒｅｔｅｎｔｉｏｎ ｅｎｅｍａ）もまた、
直腸送達のために使用され得る。
【０４４２】経口投与のために適切な本発明の処方物
は、個別単位の形態（例えば、カプセル、ゼラチンカプ
セル、小袋（ｓａｃｈｅｔ）、錠剤、トローチ、または
ロゼンジ）であり得、各々が、粉末もしくは顆粒の形
態；水溶液もしくは非水性液体における溶液もしくは懸
濁液の形態；または、水中油エマルジョンもしくは油中
水エマルジョンの形態で、予め決められた量の薬物を含
む。薬物はまた、ボーラス、舐剤、またはペーストの形
態で投与され得る。錠剤は、必要に応じて１以上の付属
成分を有する薬物を圧縮または成形することによって作
製され得る。圧縮剤は、必要に応じて、結合剤、潤滑
剤、不活性希釈剤、界面活性剤または分散剤により混合
された、自由流動形態（例えば、粉末または顆粒）の薬
物を、適切な機械において圧縮することによって調製さ
れ得る。成形剤は、粉末化薬物および不活性液状希釈剤
で湿らせた適切なキャリアの混合物を、適切な機械にお
いて成形することによって作製され得る。
は、個別単位の形態（例えば、カプセル、ゼラチンカプ
セル、小袋（ｓａｃｈｅｔ）、錠剤、トローチ、または
ロゼンジ）であり得、各々が、粉末もしくは顆粒の形
態；水溶液もしくは非水性液体における溶液もしくは懸
濁液の形態；または、水中油エマルジョンもしくは油中
水エマルジョンの形態で、予め決められた量の薬物を含
む。薬物はまた、ボーラス、舐剤、またはペーストの形
態で投与され得る。錠剤は、必要に応じて１以上の付属
成分を有する薬物を圧縮または成形することによって作
製され得る。圧縮剤は、必要に応じて、結合剤、潤滑
剤、不活性希釈剤、界面活性剤または分散剤により混合
された、自由流動形態（例えば、粉末または顆粒）の薬
物を、適切な機械において圧縮することによって調製さ
れ得る。成形剤は、粉末化薬物および不活性液状希釈剤
で湿らせた適切なキャリアの混合物を、適切な機械にお
いて成形することによって作製され得る。
【０４４３】経口組成物は、一般的に、不活性希釈剤ま
たは可食性キャリアを含む。経口治療的投与のために、
活性化合物は、賦形剤に組み込まれ得る。うがい薬とし
ての使用のために液状キャリアを使用して調製された経
口組成物は、液状キャリア中の化合物を含み、そして経
口的に適用され、そして水音をたてられ、そして喀出ま
たは嚥下される。薬学的に適合性の結合剤および／また
はアジュバント物質を、組成物の部分として含み得る。
錠剤、丸剤、カプセル、トローチなどは、任意の以下の
成分、または類似の性質の化合物を含み得る：結合剤
（例えば、微結晶性セルロース、トラガカントガム、ま
たはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラク
トース）；崩壊剤（例えば、アルギン酸、Ｐｒｉｍｏｇ
ｅｌ、またはコーンスターチ）；潤滑剤（例えば、ステ
アリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｓ）；流動
促進剤（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化
ケイ素）；甘味剤（例えば、ショ糖またはサッカリ
ン）；または、香料剤（例えば、ペパーミント、サリチ
ル酸メチル、またはオレンジ香料）。
たは可食性キャリアを含む。経口治療的投与のために、
活性化合物は、賦形剤に組み込まれ得る。うがい薬とし
ての使用のために液状キャリアを使用して調製された経
口組成物は、液状キャリア中の化合物を含み、そして経
口的に適用され、そして水音をたてられ、そして喀出ま
たは嚥下される。薬学的に適合性の結合剤および／また
はアジュバント物質を、組成物の部分として含み得る。
錠剤、丸剤、カプセル、トローチなどは、任意の以下の
成分、または類似の性質の化合物を含み得る：結合剤
（例えば、微結晶性セルロース、トラガカントガム、ま
たはゼラチン）；賦形剤（例えば、デンプンまたはラク
トース）；崩壊剤（例えば、アルギン酸、Ｐｒｉｍｏｇ
ｅｌ、またはコーンスターチ）；潤滑剤（例えば、ステ
アリン酸マグネシウムまたはＳｔｅｒｏｔｅｓ）；流動
促進剤（ｇｌｉｄａｎｔ）（例えば、コロイド状二酸化
ケイ素）；甘味剤（例えば、ショ糖またはサッカリ
ン）；または、香料剤（例えば、ペパーミント、サリチ
ル酸メチル、またはオレンジ香料）。
【０４４４】注射可能な用途に適切な薬学的組成物とし
ては、滅菌水溶液（ここでは、水溶性）または分散剤、
および滅菌注射可能溶液もしくは分散剤の即時調製物の
ための滅菌粉末が挙げられる。静脈内投与のために、適
切なキャリアとしては、生理学的食塩水、静菌水、Ｃｒ
ｅｍｏｐｈｏｒ ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐ
ａｎｙ、ＮＪ）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢ
Ｓ）が挙げられる。すべての場合において、組成物は無
菌性であるべきであり、そして容易な注入可能性（ｓｙ
ｒｉｎｇａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度に流体である
べきである。それは、製造および貯蔵の条件下で安定で
あるべきであり、そして微生物（例えば、細菌および真
菌）の汚染作用に対して保護されるべきである。キャリ
アは、溶媒または分散媒であり得、これは、例えば、
水、エタノール、ポリオル（例えば、グリセロール、プ
ロピレングリコール、および液状ポリエチレングリコー
ルなど）、およびそれらの適切な混合物を含む。適切な
流動度は、例えば、コーティング（例えば、レシチン）
の使用によって、分散剤の場合には、必要とされる粒子
サイズの維持によって、そして界面活性剤の使用によっ
て、維持され得る。微生物の作用の予防は、種々の抗菌
剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノー
ル、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）
によって、達成され得る。多くの場合において、組成物
中に等張剤（例えば、糖、多価アルコール（例えば、マ
ンニトール（ｍａｎｉｔｏｌ））、ソルビトール、塩化
ナトリウム）を含むことが好ましい。注射可能組成物の
吸収の延長は、吸収を遅延させる薬剤（例えば、モノス
テアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）を、組成物中
に含ませることによってもたらされ得る。
ては、滅菌水溶液（ここでは、水溶性）または分散剤、
および滅菌注射可能溶液もしくは分散剤の即時調製物の
ための滅菌粉末が挙げられる。静脈内投与のために、適
切なキャリアとしては、生理学的食塩水、静菌水、Ｃｒ
ｅｍｏｐｈｏｒ ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐ
ａｎｙ、ＮＪ）またはリン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢ
Ｓ）が挙げられる。すべての場合において、組成物は無
菌性であるべきであり、そして容易な注入可能性（ｓｙ
ｒｉｎｇａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度に流体である
べきである。それは、製造および貯蔵の条件下で安定で
あるべきであり、そして微生物（例えば、細菌および真
菌）の汚染作用に対して保護されるべきである。キャリ
アは、溶媒または分散媒であり得、これは、例えば、
水、エタノール、ポリオル（例えば、グリセロール、プ
ロピレングリコール、および液状ポリエチレングリコー
ルなど）、およびそれらの適切な混合物を含む。適切な
流動度は、例えば、コーティング（例えば、レシチン）
の使用によって、分散剤の場合には、必要とされる粒子
サイズの維持によって、そして界面活性剤の使用によっ
て、維持され得る。微生物の作用の予防は、種々の抗菌
剤および抗真菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノー
ル、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなど）
によって、達成され得る。多くの場合において、組成物
中に等張剤（例えば、糖、多価アルコール（例えば、マ
ンニトール（ｍａｎｉｔｏｌ））、ソルビトール、塩化
ナトリウム）を含むことが好ましい。注射可能組成物の
吸収の延長は、吸収を遅延させる薬剤（例えば、モノス
テアリン酸アルミニウムおよびゼラチン）を、組成物中
に含ませることによってもたらされ得る。
【０４４５】滅菌注射可能溶液は、上記に列挙された成
分の１つまたは組合せを有する適切な溶媒中に、必要と
される量の活性化合物を組み込むこと、必要に応じて、
次いで濾過滅菌すること、によって調製され得る。一般
的に、分散剤は、塩基性（ｂａｓｉｃ）分散媒および上
記に列挙された成分から必要とされる他の成分を含む滅
菌ビヒクル中に、活性化合物を組み込むことによって調
製される。滅菌注射可能溶液の調製物のための滅菌粉末
の場合、調製方法は、予め濾過滅菌されたその溶液か
ら、活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を
生じる、真空乾燥および凍結乾燥を含む。
分の１つまたは組合せを有する適切な溶媒中に、必要と
される量の活性化合物を組み込むこと、必要に応じて、
次いで濾過滅菌すること、によって調製され得る。一般
的に、分散剤は、塩基性（ｂａｓｉｃ）分散媒および上
記に列挙された成分から必要とされる他の成分を含む滅
菌ビヒクル中に、活性化合物を組み込むことによって調
製される。滅菌注射可能溶液の調製物のための滅菌粉末
の場合、調製方法は、予め濾過滅菌されたその溶液か
ら、活性成分および任意のさらなる所望の成分の粉末を
生じる、真空乾燥および凍結乾燥を含む。
【０４４６】関節内投与のために適切な処方物は、薬物
の滅菌水性調製物の形態であり得、これは、微晶質形態
（例えば、水性微晶質懸濁液の形態）であり得る。リポ
ソーム処方物または生分解性ポリマー系もまた、関節内
投与または眼内投与の両方のための薬物を提示するため
に使用され得る。
の滅菌水性調製物の形態であり得、これは、微晶質形態
（例えば、水性微晶質懸濁液の形態）であり得る。リポ
ソーム処方物または生分解性ポリマー系もまた、関節内
投与または眼内投与の両方のための薬物を提示するため
に使用され得る。
【０４４７】局所投与（眼の処置を含む）のために適切
な処方物としては、液体調製物もしくは半液体調製物
（例えば、リニメント、ローション剤、ゲル、貼用剤
（ａｐｐｌｉｃａｎｔ）、水中油エマルジョンまたは油
中水エマルジョン（例えば、クリーム）、軟膏またはペ
ースト（ｐａｓｔ））；または、溶液もしくは懸濁液
（例えば、滴剤）が挙げられる。皮膚表面への局所投与
のための処方物は、薬物と、皮膚科学的に受容可能なキ
ャリア（例えば、ローション剤、クリーム、軟膏または
石けん）とを分散させることによって調製され得る。特
に有用なのは、適用を局在化させ、そして除去を阻害す
るために、皮膚にわたって被膜または層を形成し得るキ
ャリアである。内部組織表面への局所投与のために、薬
剤は、組織表面への吸収を増強することが公知の液状組
織接着剤または他の物質中に分散され得る。例えば、ヒ
ドロキシプロピルセルロースまたはフィブリノゲン／ト
ロンビン溶液が、有利に使用され得る。あるいは、組織
コーティング溶液（例えば、ペクチン含有処方物）が、
使用され得る。
な処方物としては、液体調製物もしくは半液体調製物
（例えば、リニメント、ローション剤、ゲル、貼用剤
（ａｐｐｌｉｃａｎｔ）、水中油エマルジョンまたは油
中水エマルジョン（例えば、クリーム）、軟膏またはペ
ースト（ｐａｓｔ））；または、溶液もしくは懸濁液
（例えば、滴剤）が挙げられる。皮膚表面への局所投与
のための処方物は、薬物と、皮膚科学的に受容可能なキ
ャリア（例えば、ローション剤、クリーム、軟膏または
石けん）とを分散させることによって調製され得る。特
に有用なのは、適用を局在化させ、そして除去を阻害す
るために、皮膚にわたって被膜または層を形成し得るキ
ャリアである。内部組織表面への局所投与のために、薬
剤は、組織表面への吸収を増強することが公知の液状組
織接着剤または他の物質中に分散され得る。例えば、ヒ
ドロキシプロピルセルロースまたはフィブリノゲン／ト
ロンビン溶液が、有利に使用され得る。あるいは、組織
コーティング溶液（例えば、ペクチン含有処方物）が、
使用され得る。
【０４４８】吸入処置のために、スプレー缶、ネブライ
ザまたはアトマイザで投薬された粉末（自己推進型（ｓ
ｅｌｆ−ｐｒｏｐｅｌｌｉｎｇ）または噴霧処方物）の
吸入が使用され得る。このような処方物は、粉末吸入デ
バイスまたは自己推進型粉末投薬処方物からの肺投与の
ための微細粉末の形態であり得る。自己推進型溶液およ
び噴霧処方物の場合、効果は、所望される噴霧特徴（す
なわち、所望される粒子サイズを有する噴霧を生成し得
る）を有するバルブの選択によってか、または制御され
た粒子サイズ中に懸濁された粉末として活性成分を組み
込むことによってのいずれかにより達成され得る。吸入
による投与のために、化合物はまた、適切な高圧ガス
（例えば、二酸化炭素のようなガス）またはネブライザ
を含む、加圧容器またはディスペンサーからのエアロゾ
ル噴霧の形態で送達され得る。
ザまたはアトマイザで投薬された粉末（自己推進型（ｓ
ｅｌｆ−ｐｒｏｐｅｌｌｉｎｇ）または噴霧処方物）の
吸入が使用され得る。このような処方物は、粉末吸入デ
バイスまたは自己推進型粉末投薬処方物からの肺投与の
ための微細粉末の形態であり得る。自己推進型溶液およ
び噴霧処方物の場合、効果は、所望される噴霧特徴（す
なわち、所望される粒子サイズを有する噴霧を生成し得
る）を有するバルブの選択によってか、または制御され
た粒子サイズ中に懸濁された粉末として活性成分を組み
込むことによってのいずれかにより達成され得る。吸入
による投与のために、化合物はまた、適切な高圧ガス
（例えば、二酸化炭素のようなガス）またはネブライザ
を含む、加圧容器またはディスペンサーからのエアロゾ
ル噴霧の形態で送達され得る。
【０４４９】全身投与はまた、経粘膜手段または経皮手
段により得る。経粘膜投与または経皮投与のために、透
過されるべき障壁に適切な浸透剤が処方物中に使用され
る。このような浸透剤は、一般に当該分野において公知
であり、そして例えば、経粘膜投与のためには、界面活
性剤、胆汁酸塩、およびフィルシジン酸誘導体（ｆｉｌ
ｓｉｄｉｃ ａｃｉｄ ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ）を含
む。経粘膜投与は、鼻噴霧または坐剤の使用を通して達
成され得る。経皮投与のために、活性化合物は、代表的
に、当該分野において一般的に公知であるような、軟膏
（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、ま
たはクリーム中に処方される。
段により得る。経粘膜投与または経皮投与のために、透
過されるべき障壁に適切な浸透剤が処方物中に使用され
る。このような浸透剤は、一般に当該分野において公知
であり、そして例えば、経粘膜投与のためには、界面活
性剤、胆汁酸塩、およびフィルシジン酸誘導体（ｆｉｌ
ｓｉｄｉｃ ａｃｉｄ ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ）を含
む。経粘膜投与は、鼻噴霧または坐剤の使用を通して達
成され得る。経皮投与のために、活性化合物は、代表的
に、当該分野において一般的に公知であるような、軟膏
（ｏｉｎｔｍｅｎｔ）、軟膏（ｓａｌｖｅ）、ゲル、ま
たはクリーム中に処方される。
【０４５０】活性化合物は、身体からの急速な排除に対
して化合物を保護するキャリアを用いて調製され得る
（例えば、制御放出処方物（インプラントおよびマイク
ロカプセル化送達系を含む））。生分解性の生体適合性
ポリマー（例えば、エチレンビニルアセテート、ポリ無
水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエス
テルおよびポリ乳酸）が使用され得る。このような処方
物を調製する方法は、当業者に明らかである。材料はま
た、Ａｌｚａ ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ
Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業
的に入手され得る。リポソーム懸濁物もまた、薬学的に
受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例
えば、米国特許第４，５２２，８１１号に記載のよう
な、当業者に公知の方法に従って調製され得る。ミクロ
ソームおよび微小粒子もまた、使用され得る。
して化合物を保護するキャリアを用いて調製され得る
（例えば、制御放出処方物（インプラントおよびマイク
ロカプセル化送達系を含む））。生分解性の生体適合性
ポリマー（例えば、エチレンビニルアセテート、ポリ無
水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエス
テルおよびポリ乳酸）が使用され得る。このような処方
物を調製する方法は、当業者に明らかである。材料はま
た、Ａｌｚａ ＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎおよびＮｏｖａ
Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．から商業
的に入手され得る。リポソーム懸濁物もまた、薬学的に
受容可能なキャリアとして使用され得る。これらは、例
えば、米国特許第４，５２２，８１１号に記載のよう
な、当業者に公知の方法に従って調製され得る。ミクロ
ソームおよび微小粒子もまた、使用され得る。
【０４５１】経口または非経口組成物は、投与の容易さ
および投薬の均一性のために、投薬単位形態で処方され
得る。投薬単位形態は、処置される被験体に対する単位
投薬量として適切な、物理的に別個の単位をいい；各単
位が、必要とされる薬学的キャリアと組合せて所望の治
療的効果を生じるように計算された、予め決定された量
の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての
特定化は、活性化合物の独特の特徴および達成されるべ
き特定の治療的効果、ならびにこのような化合物を個体
の処置のために調合する分野において固有の制限によっ
て指示され、そしてそれらに直接的に依存する。
および投薬の均一性のために、投薬単位形態で処方され
得る。投薬単位形態は、処置される被験体に対する単位
投薬量として適切な、物理的に別個の単位をいい；各単
位が、必要とされる薬学的キャリアと組合せて所望の治
療的効果を生じるように計算された、予め決定された量
の活性化合物を含む。本発明の投薬単位形態についての
特定化は、活性化合物の独特の特徴および達成されるべ
き特定の治療的効果、ならびにこのような化合物を個体
の処置のために調合する分野において固有の制限によっ
て指示され、そしてそれらに直接的に依存する。
【０４５２】上述したように、本発明に従って同定また
は設計される薬物は、薬学的に受容可能な非毒性の賦形
剤およびキャリアと混合することによって、薬学的組成
物中に処方され得る。このような組成物は、非経口投与
のためには、特に溶液もしくは懸濁液の形態で；経口投
与のためには、特に錠剤もしくはカプセルの形態で；ま
たは鼻腔的には、特に粉末、点鼻薬もしくはエアロゾル
の形態で、調製され得る。組織表面への接着が所望され
る場合、組成物は、フィブリノゲン−トロンビン組成物
または他の生体接着剤中に分散された薬物を含み得る。
次いで、薬物は、所望の組織表面に塗布され得るか、噴
霧され得るか、さもなくば適用され得る。あるいは、薬
物は、例えば、治療的有効量（例えば、所望の効果を誘
導するために十分な時間にわたり、適切な濃度の薬物を
標的組織に提供する量）で、ヒトまたは他の哺乳動物に
非経口投与または経口投与するために処方され得る。
は設計される薬物は、薬学的に受容可能な非毒性の賦形
剤およびキャリアと混合することによって、薬学的組成
物中に処方され得る。このような組成物は、非経口投与
のためには、特に溶液もしくは懸濁液の形態で；経口投
与のためには、特に錠剤もしくはカプセルの形態で；ま
たは鼻腔的には、特に粉末、点鼻薬もしくはエアロゾル
の形態で、調製され得る。組織表面への接着が所望され
る場合、組成物は、フィブリノゲン−トロンビン組成物
または他の生体接着剤中に分散された薬物を含み得る。
次いで、薬物は、所望の組織表面に塗布され得るか、噴
霧され得るか、さもなくば適用され得る。あるいは、薬
物は、例えば、治療的有効量（例えば、所望の効果を誘
導するために十分な時間にわたり、適切な濃度の薬物を
標的組織に提供する量）で、ヒトまたは他の哺乳動物に
非経口投与または経口投与するために処方され得る。
【０４５３】活性化合物が、移植手順の部分として使用
される場合、これは、ドナーからの組織または器官の取
り出し前に、移植される生組織または器官に提供され得
る。薬物は、ドナー宿主に提供され得る。あるいは、ま
たはさらに、一旦ドナーから取り出されると、器官また
は生組織は、活性化合物を含有する保存溶液中に配置さ
れ得る。すべての場合において、活性化合物は、組織へ
の注射による場合には、所望される組織に直接的に投与
され得るか、または活性化合物は、本明細書中に記載さ
れるか、および／または当該分野において公知である任
意の方法および処方物を使用して、経口投与または非経
口投与のいずれかによって、全身的に提供され得る。
される場合、これは、ドナーからの組織または器官の取
り出し前に、移植される生組織または器官に提供され得
る。薬物は、ドナー宿主に提供され得る。あるいは、ま
たはさらに、一旦ドナーから取り出されると、器官また
は生組織は、活性化合物を含有する保存溶液中に配置さ
れ得る。すべての場合において、活性化合物は、組織へ
の注射による場合には、所望される組織に直接的に投与
され得るか、または活性化合物は、本明細書中に記載さ
れるか、および／または当該分野において公知である任
意の方法および処方物を使用して、経口投与または非経
口投与のいずれかによって、全身的に提供され得る。
【０４５４】薬物が組織または器官保存溶液の部分を含
む場合、任意の市販の保存溶液が有利に使用され得る。
例えば、当該分野において公知の有用な溶液としては、
Ｃｏｌｌｉｎｓ溶液、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ溶液、Ｂｅｌ
ｚｅｒ溶液、Ｅｕｒｏｃｏｌｌｉｎｓ溶液、および乳酸
加リンガー溶液が挙げられる。
む場合、任意の市販の保存溶液が有利に使用され得る。
例えば、当該分野において公知の有用な溶液としては、
Ｃｏｌｌｉｎｓ溶液、Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ溶液、Ｂｅｌ
ｚｅｒ溶液、Ｅｕｒｏｃｏｌｌｉｎｓ溶液、および乳酸
加リンガー溶液が挙げられる。
【０４５５】治療的組成物において送達される化合物の
有効濃度は、多くの因子（投与される化合物の最終的に
所望される投薬量および投与経路を含む）に依存して変
動する。投与される好ましい投薬量はまた、処置される
べき疾患または指標の型および程度、特定の患者の全体
的な健康状態、送達される化合物の関連する生物学的効
力、薬物の処方、処方物中における賦形剤の存在および
型、ならびに投与経路のような変数に依存する可能性が
ある。概して、本発明の薬物は、以前に記載された、非
ヒト霊長類およびげっ歯類を使用した哺乳動物研究から
導き出される代表的な用量単位を使用して、個体に提供
され得る。
有効濃度は、多くの因子（投与される化合物の最終的に
所望される投薬量および投与経路を含む）に依存して変
動する。投与される好ましい投薬量はまた、処置される
べき疾患または指標の型および程度、特定の患者の全体
的な健康状態、送達される化合物の関連する生物学的効
力、薬物の処方、処方物中における賦形剤の存在および
型、ならびに投与経路のような変数に依存する可能性が
ある。概して、本発明の薬物は、以前に記載された、非
ヒト霊長類およびげっ歯類を使用した哺乳動物研究から
導き出される代表的な用量単位を使用して、個体に提供
され得る。
【０４５６】活性化合物が核酸分子である場合、核酸は
ベクターに挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとし
て使用され得る。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈
内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を
参照のこと）によってか、または定位注射（例えば、Ｃ
ｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．
Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３０５４−３０５７を参照のこ
と）によって、被験体に送達され得る。遺伝子治療ベク
ターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中の遺伝子治
療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが
包埋された緩徐放出マトリクスを含み得る。あるいは、
完全な遺伝子送達ベクターが、組換え細胞からインタク
トに産生され得る場合（例えば、レトロウイルスベクタ
ー）、薬学的調製物は、遺伝子送達系を生成する１以上
の細胞を含み得る。
ベクターに挿入され得、そして遺伝子治療ベクターとし
て使用され得る。遺伝子治療ベクターは、例えば、静脈
内注射、局所投与（米国特許第５，３２８，４７０号を
参照のこと）によってか、または定位注射（例えば、Ｃ
ｈｅｎら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．
Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９１：３０５４−３０５７を参照のこ
と）によって、被験体に送達され得る。遺伝子治療ベク
ターの薬学的調製物は、受容可能な希釈剤中の遺伝子治
療ベクターを含み得るか、または遺伝子送達ビヒクルが
包埋された緩徐放出マトリクスを含み得る。あるいは、
完全な遺伝子送達ベクターが、組換え細胞からインタク
トに産生され得る場合（例えば、レトロウイルスベクタ
ー）、薬学的調製物は、遺伝子送達系を生成する１以上
の細胞を含み得る。
【０４５７】本発明の活性化合物が、植物宿主への投与
のために意図される場合、本発明は、植物環境に（例え
ば、葉、芽、根、または花の部分の表面に）直接的に、
適用され得る。あるいは、本発明は、種子コーティング
として使用され得る。特定の植物に必要とされるような
本発明の有効量の決定は、当該分野の技術の範囲内であ
り、そして植物種、栽植方法、および土壌型のような因
子に依存する。本発明の薬物を含む組成物は、充填／分
割された粒子状固体、顆粒、ペレット、湿化可能な（ｗ
ｅｔａｂｌｅ）粉末、ダスト、水性懸濁液、または分散
剤およびエマルジョンの形態の組成物を提供するため
に、アジュバント、希釈剤、キャリアなどを有するこの
ような薬物を処方することによって調製され得ることが
意図される。カプセル化形態のこのような薬物を使用す
ることがさらに意図され、例えば、薬物は、ポリマー内
にカプセル化され得、ゼラチン、液体または他の処方補
助剤（例えば、乳化剤、界面活性剤、湿潤剤、消泡剤、
および不凍剤）は、このような組成物が使用前に任意の
期間保存される場合に特に、このような組成物中に組み
込まれ得る。活性剤として本発明の薬物を含む組成物の
適用は、従来技術によって実施され得る。活性化合物
が、昆虫宿主への投与のために意図される場合、標準的
方法（例えば、空中散布が挙げられるが、これに限定さ
れない）が意図される。
のために意図される場合、本発明は、植物環境に（例え
ば、葉、芽、根、または花の部分の表面に）直接的に、
適用され得る。あるいは、本発明は、種子コーティング
として使用され得る。特定の植物に必要とされるような
本発明の有効量の決定は、当該分野の技術の範囲内であ
り、そして植物種、栽植方法、および土壌型のような因
子に依存する。本発明の薬物を含む組成物は、充填／分
割された粒子状固体、顆粒、ペレット、湿化可能な（ｗ
ｅｔａｂｌｅ）粉末、ダスト、水性懸濁液、または分散
剤およびエマルジョンの形態の組成物を提供するため
に、アジュバント、希釈剤、キャリアなどを有するこの
ような薬物を処方することによって調製され得ることが
意図される。カプセル化形態のこのような薬物を使用す
ることがさらに意図され、例えば、薬物は、ポリマー内
にカプセル化され得、ゼラチン、液体または他の処方補
助剤（例えば、乳化剤、界面活性剤、湿潤剤、消泡剤、
および不凍剤）は、このような組成物が使用前に任意の
期間保存される場合に特に、このような組成物中に組み
込まれ得る。活性剤として本発明の薬物を含む組成物の
適用は、従来技術によって実施され得る。活性化合物
が、昆虫宿主への投与のために意図される場合、標準的
方法（例えば、空中散布が挙げられるが、これに限定さ
れない）が意図される。
【０４５８】本発明の方法によって同定または設計され
た活性化合物はまた、活性化合物の前駆体を含む。用語
前駆体は、活性化合物を放出するための生物体におい
て、自然的または酵素的のいずれかでの生体内変化を必
要とする、親分子の薬理学的に不活性（または、部分的
に不活性）な誘導体をいう。前駆体は、代謝条件下で切
断可能な基を有する、本発明の化合物のバリエーション
または誘導体である。前駆体は、それらが生理的条件下
で加溶媒分解を受けるか、または酵素的分解を受ける場
合に、インビボで薬学的に活性な本発明の活性化合物に
なる。前駆体形態は、しばしば、哺乳動物生物体におい
て可溶性、組織適合性、または遅延型放出の利点を提供
する（Ｂｕｎｄｇａｒｄ、Ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｐｒｏ
ｄｒｕｇｓ、７−９頁、２１−２４頁、Ｅｌｓｅｖｉｅ
ｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ（１９８５）；および、Ｓｉｌ
ｖｅｒｍａｎ、Ｔｈｅ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓ
ｔｒｙ ｏｆ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｄｒ
ｕｇ Ａｃｔｉｏｎ、３５２−４０１頁、Ａｃａｄｅｍ
ｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ（１９９
２）を参照のこと）。
た活性化合物はまた、活性化合物の前駆体を含む。用語
前駆体は、活性化合物を放出するための生物体におい
て、自然的または酵素的のいずれかでの生体内変化を必
要とする、親分子の薬理学的に不活性（または、部分的
に不活性）な誘導体をいう。前駆体は、代謝条件下で切
断可能な基を有する、本発明の化合物のバリエーション
または誘導体である。前駆体は、それらが生理的条件下
で加溶媒分解を受けるか、または酵素的分解を受ける場
合に、インビボで薬学的に活性な本発明の活性化合物に
なる。前駆体形態は、しばしば、哺乳動物生物体におい
て可溶性、組織適合性、または遅延型放出の利点を提供
する（Ｂｕｎｄｇａｒｄ、Ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｐｒｏ
ｄｒｕｇｓ、７−９頁、２１−２４頁、Ｅｌｓｅｖｉｅ
ｒ、Ａｍｓｔｅｒｄａｍ（１９８５）；および、Ｓｉｌ
ｖｅｒｍａｎ、Ｔｈｅ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓ
ｔｒｙ ｏｆ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ａｎｄ Ｄｒ
ｕｇ Ａｃｔｉｏｎ、３５２−４０１頁、Ａｃａｄｅｍ
ｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ（１９９
２）を参照のこと）。
【０４５９】本明細書中で記載される方法によって同定
または設計されるような活性化合物は、障害を処置する
ために（予防的または治療的に）、個体に投与され得
る。このような処置と合わせて、薬理ゲノミクス学（す
なわち、個体の遺伝子型と、外来化合物または薬物に対
するその個体の応答との間の関係の研究）が考慮され得
る。治療剤の代謝における差異は、用量と薬理学的に活
性な薬物の血中濃度との間の関係を変更することによっ
て、重篤な毒性または治療の失敗へと導き得る。従っ
て、医師または臨床家は、薬物を投与するか否かを決定
する際、ならびにその薬物での処置の投薬量および／ま
たは治療レジメンを仕立てる際に、関連の薬理ゲノミク
ス学研究において得られた見識を適用することを考慮し
得る。
または設計されるような活性化合物は、障害を処置する
ために（予防的または治療的に）、個体に投与され得
る。このような処置と合わせて、薬理ゲノミクス学（す
なわち、個体の遺伝子型と、外来化合物または薬物に対
するその個体の応答との間の関係の研究）が考慮され得
る。治療剤の代謝における差異は、用量と薬理学的に活
性な薬物の血中濃度との間の関係を変更することによっ
て、重篤な毒性または治療の失敗へと導き得る。従っ
て、医師または臨床家は、薬物を投与するか否かを決定
する際、ならびにその薬物での処置の投薬量および／ま
たは治療レジメンを仕立てる際に、関連の薬理ゲノミク
ス学研究において得られた見識を適用することを考慮し
得る。
【０４６０】哺乳動物に関して、タンパク質合成の誘発
物質またはインヒビターの有効用量は、単回用量または
複数回用量で投与される場合に、約０．０１〜約５０ｍ
ｇ／ｋｇ体重、好ましくは約０．１〜約１０ｍｇ／ｋｇ
体重の範囲であることが意図される。代表的には、誘発
物質またはインヒビターは、１患者あたり約１〜約２０
００ｍｇの１日量の範囲で、処置の必要なヒトレシピエ
ントに投与され得る。
物質またはインヒビターの有効用量は、単回用量または
複数回用量で投与される場合に、約０．０１〜約５０ｍ
ｇ／ｋｇ体重、好ましくは約０．１〜約１０ｍｇ／ｋｇ
体重の範囲であることが意図される。代表的には、誘発
物質またはインヒビターは、１患者あたり約１〜約２０
００ｍｇの１日量の範囲で、処置の必要なヒトレシピエ
ントに投与され得る。
【０４６１】前述の一般的考察に照らして、以下に提示
される特定の実施例は、単に例示であり、そして本発明
の範囲を制限することを意図しない。他の一般的および
特異的な構成が、当業者に明らかである。
される特定の実施例は、単に例示であり、そして本発明
の範囲を制限することを意図しない。他の一般的および
特異的な構成が、当業者に明らかである。
【０４６２】（ＩＩＩ．実施例）
（Ａ．実施例１：５０Ｓリボソームサブユニット結晶の
調製）Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ（ＡＴＣＣ ４３０
４９）を、ＡＴＣＣ培養培地１２３０のわずかな改変版
で、以前に記載された通りに（Ｂａｎら（１９９８）前
出）増殖し、この改変版に、１リットル当たり、４．３
ｇの酵母エキス（ｙｅａｓｔ ｅｘｔｒａｃｔ）、５．
１ｇのＴｒｉｓおよび３．４ｇのグルコースを補充し
た。細菌を、３７℃で、ＯＤ５５０ｎｍが１．０と２．
２との間になるまで増殖した。細菌を、遠心分離によっ
て収集し、そして使用するまで−８０℃で保存した。細
胞を、Ｆｒｅｎｃｈプレスを使用して破裂させた。リボ
ソームを、以前に記載されたように、遠心分離によって
溶解物から調製し、そしてサブユニットを、ショ糖勾配
上で単離した（Ｓｈｅｖａｃｋら（１９８５）ＦＥＢＳ
Ｌｅｔｔ．１８４：６８−７１）。
調製）Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ（ＡＴＣＣ ４３０
４９）を、ＡＴＣＣ培養培地１２３０のわずかな改変版
で、以前に記載された通りに（Ｂａｎら（１９９８）前
出）増殖し、この改変版に、１リットル当たり、４．３
ｇの酵母エキス（ｙｅａｓｔ ｅｘｔｒａｃｔ）、５．
１ｇのＴｒｉｓおよび３．４ｇのグルコースを補充し
た。細菌を、３７℃で、ＯＤ５５０ｎｍが１．０と２．
２との間になるまで増殖した。細菌を、遠心分離によっ
て収集し、そして使用するまで−８０℃で保存した。細
胞を、Ｆｒｅｎｃｈプレスを使用して破裂させた。リボ
ソームを、以前に記載されたように、遠心分離によって
溶解物から調製し、そしてサブユニットを、ショ糖勾配
上で単離した（Ｓｈｅｖａｃｋら（１９８５）ＦＥＢＳ
Ｌｅｔｔ．１８４：６８−７１）。
【０４６３】結晶を以下のようにして調製および安定化
させた。
させた。
【０４６４】（１．逆抽出（ｒｅｖｅｒｓｅ ｅｘｔｒ
ａｃｔｉｏｎ）） （１）濃縮された５０Ｓリボソームサブユニットストッ
ク（１．２Ｍ ＫＣｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、２０ｍ
Ｍ ＭｇＣｌ２、Ｔｒｉｓ １０ｍＭ、ＣｄＣｌ２ １
ｍＭ、Ｔｒｉｓ ５ｍＭ、ｐＨ ７．５中の３０ｍｇ／
ｍｌ）中の１ｍｇのサブユニットを、１／２容の３０％
ＰＥＧ６０００（１リットルの３０％ＰＥＧを作製す
るために、３００ｇ ＰＥＧ、７００ｍｌ Ｈ２０；
０．２μｍフィルターを通して濾過）と混合する。１〜
２時間、氷上に放置する。
ａｃｔｉｏｎ）） （１）濃縮された５０Ｓリボソームサブユニットストッ
ク（１．２Ｍ ＫＣｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、２０ｍ
Ｍ ＭｇＣｌ２、Ｔｒｉｓ １０ｍＭ、ＣｄＣｌ２ １
ｍＭ、Ｔｒｉｓ ５ｍＭ、ｐＨ ７．５中の３０ｍｇ／
ｍｌ）中の１ｍｇのサブユニットを、１／２容の３０％
ＰＥＧ６０００（１リットルの３０％ＰＥＧを作製す
るために、３００ｇ ＰＥＧ、７００ｍｌ Ｈ２０；
０．２μｍフィルターを通して濾過）と混合する。１〜
２時間、氷上に放置する。
【０４６５】（２）卓上用遠心分離機を使用して、エッ
ペンドルフチューブ中で約３０秒間沈殿物をスピンダウ
ンする。
ペンドルフチューブ中で約３０秒間沈殿物をスピンダウ
ンする。
【０４６６】（３）上清を取り除き、そして１００μｌ
のＲＥ緩衝液（７％ ＰＥＧ６０００、１．２Ｍ ＫＣ
ｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、１００ｍＭ ＫＡｃ、３０
ｍＭＭｇＣｌ２、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１０ｍＭ ＭＥ
Ｓ（ｐＨ ７．５）および１ｍＭ ＣｄＣｌ２）を添加
する。
のＲＥ緩衝液（７％ ＰＥＧ６０００、１．２Ｍ ＫＣ
ｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、１００ｍＭ ＫＡｃ、３０
ｍＭＭｇＣｌ２、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１０ｍＭ ＭＥ
Ｓ（ｐＨ ７．５）および１ｍＭ ＣｄＣｌ２）を添加
する。
【０４６７】（４）ペレットを、室温で、５０μｌに設
定したＰ２００ピペットを用いて混合することによっ
て、再懸濁する。
定したＰ２００ピペットを用いて混合することによっ
て、再懸濁する。
【０４６８】（５）エッペンドルフチューブをアルミ箔
で包み、そして平衡のために室温で３０〜６０分間放置
する。溶液は、５０Ｓリボソームサブユニットで飽和す
る。
で包み、そして平衡のために室温で３０〜６０分間放置
する。溶液は、５０Ｓリボソームサブユニットで飽和す
る。
【０４６９】（６）２分間、卓上用遠心分離機で、室温
で沈殿物をスピンダウンし、上清を新しいエッペンドル
フチューブに移す。少量のペレットが、遠心分離に用い
たチューブ内に見出されるはずである。上清を、室温で
保存する。
で沈殿物をスピンダウンし、上清を新しいエッペンドル
フチューブに移す。少量のペレットが、遠心分離に用い
たチューブ内に見出されるはずである。上清を、室温で
保存する。
【０４７０】（７）シッティングドロップトレイ（Ｃｈ
ａｒｌｅｓ−Ｓｕｐｐｅｒ）のサンプルウェルに、８〜
１０μｌの上清を置く。１時間後、結晶種ストックから
結晶種を筋状に塗りつける（ｓｔｒｅａｋ）。結晶種ス
トックを、安定化溶液緩衝液Ａ（以下を参照のこと）中
で以前に成長した結晶を置くことによって調製し、次い
で激しくボルテックスする。結晶種を筋状に塗りつける
ために、水およびエタノールで洗浄し、次いで乾燥させ
たヒトの毛髪を、ボルテックスした溶液に通過し、次い
で新たな結晶化ドロップに触れる。ドロップは、曇るよ
うに見えるはずである。シッティングドロップトレイに
おけるリザーバーは、８％ ＰＥＧ６０００、１．２Ｍ
ＫＣｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、１００ｍＭ ＫＡ
ｃ、６．５ｍＭ ＨＡｃ（収率ｐＨ ５．８）、３０ｍ
Ｍ ＭｇＣｌ２および１ｍＭ ＣｄＣｌ２を含む１００
０μｌの溶液を含む。
ａｒｌｅｓ−Ｓｕｐｐｅｒ）のサンプルウェルに、８〜
１０μｌの上清を置く。１時間後、結晶種ストックから
結晶種を筋状に塗りつける（ｓｔｒｅａｋ）。結晶種ス
トックを、安定化溶液緩衝液Ａ（以下を参照のこと）中
で以前に成長した結晶を置くことによって調製し、次い
で激しくボルテックスする。結晶種を筋状に塗りつける
ために、水およびエタノールで洗浄し、次いで乾燥させ
たヒトの毛髪を、ボルテックスした溶液に通過し、次い
で新たな結晶化ドロップに触れる。ドロップは、曇るよ
うに見えるはずである。シッティングドロップトレイに
おけるリザーバーは、８％ ＰＥＧ６０００、１．２Ｍ
ＫＣｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、１００ｍＭ ＫＡ
ｃ、６．５ｍＭ ＨＡｃ（収率ｐＨ ５．８）、３０ｍ
Ｍ ＭｇＣｌ２および１ｍＭ ＣｄＣｌ２を含む１００
０μｌの溶液を含む。
【０４７１】（８）１日後、結晶種入れ（ｓｅｅｄｉｎ
ｇ）が成功したか否かを調べる。成功したならば、結晶
を３週間成長させる。
ｇ）が成功したか否かを調べる。成功したならば、結晶
を３週間成長させる。
【０４７２】（２．安定化プロトコル）結晶が成長を停
止した時点で（約３週間後）、各々のシッティングドロ
ップチャンバを、ウェルの中央から縁へわずかなシング
ルカット（切り込み）を作成することによって開放す
る。この狭い切り込みを通して、室温で、１０μｌの緩
衝液Ａ（１．２Ｍ ＫＣｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、３
０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１０％ ＰＥＧ６０００、１ｍＭ
ＣｄＣｌ２、１００ｍＭ ＫＡｃ、１０ｍＭ Ｔｒｉ
ｓ（最終ｐＨ ６．１まで滴定した）、３０ｍＭ ＭＥ
Ｓ）を、各々のドロップに添加し、そして４５μｌの緩
衝液（０．６６７Ｍ ＭＥＳ、０．３３３ＭＴｒｉｓ）
を、各々のリザーバーに添加する。
止した時点で（約３週間後）、各々のシッティングドロ
ップチャンバを、ウェルの中央から縁へわずかなシング
ルカット（切り込み）を作成することによって開放す
る。この狭い切り込みを通して、室温で、１０μｌの緩
衝液Ａ（１．２Ｍ ＫＣｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、３
０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１０％ ＰＥＧ６０００、１ｍＭ
ＣｄＣｌ２、１００ｍＭ ＫＡｃ、１０ｍＭ Ｔｒｉ
ｓ（最終ｐＨ ６．１まで滴定した）、３０ｍＭ ＭＥ
Ｓ）を、各々のドロップに添加し、そして４５μｌの緩
衝液（０．６６７Ｍ ＭＥＳ、０．３３３ＭＴｒｉｓ）
を、各々のリザーバーに添加する。
【０４７３】トレイを、ふたのあるプラスチック箱に入
れ、そして約１日、１６℃のインキュベーターに入れ
る。次いで、さらに１日、インキュベーターの温度を１
２℃に低下させる。次いで、このプラスチック箱を、ふ
たのあるポリスチレン容器に入れ、そしてさらにもう１
日、低温室に置く。結晶は、このように長時間保存し得
るが、任意の使用の前に、緩衝液のさらなる変化を受け
る必要がある。
れ、そして約１日、１６℃のインキュベーターに入れ
る。次いで、さらに１日、インキュベーターの温度を１
２℃に低下させる。次いで、このプラスチック箱を、ふ
たのあるポリスチレン容器に入れ、そしてさらにもう１
日、低温室に置く。結晶は、このように長時間保存し得
るが、任意の使用の前に、緩衝液のさらなる変化を受け
る必要がある。
【０４７４】緩衝液Ａ（上記を参照のこと）および緩衝
液Ｂ（１．７Ｍ ＮａＣｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、３
０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ＣｄＣｌ２、１２％ Ｐ
ＥＧ６０００、２０％ ＥＧ、１００ＭＭ ＫＡＣ（Ｈ
ＡＣを用いて、最終ｐＨ ５．８まで滴定した）を使用
して、以下の遷移系列を作成し、緩衝液Ｂ対緩衝液Ａの
最終比：１／１６、１／８、１／４、１／２、３／４を
与える。すべての溶液を、低温室温度で維持するべきで
ある。以下のドロップのすべての操作は、狭い切り込み
を通して行う。
液Ｂ（１．７Ｍ ＮａＣｌ、０．５Ｍ ＮＨ４Ｃｌ、３
０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１ｍＭ ＣｄＣｌ２、１２％ Ｐ
ＥＧ６０００、２０％ ＥＧ、１００ＭＭ ＫＡＣ（Ｈ
ＡＣを用いて、最終ｐＨ ５．８まで滴定した）を使用
して、以下の遷移系列を作成し、緩衝液Ｂ対緩衝液Ａの
最終比：１／１６、１／８、１／４、１／２、３／４を
与える。すべての溶液を、低温室温度で維持するべきで
ある。以下のドロップのすべての操作は、狭い切り込み
を通して行う。
【０４７５】（１）４０μｌの「１／１６」をドロップ
に添加し、１５分間放置する。
に添加し、１５分間放置する。
【０４７６】（２）４０μｌの「１／８」をドロップに
添加し、３０〜６０分間放置する。
添加し、３０〜６０分間放置する。
【０４７７】（３）ドロップから４０μｌを取り出し
（そして、リザーバーに廃棄する）、４０μｌの「１／
４」を添加し、３０〜６０分間放置する。
（そして、リザーバーに廃棄する）、４０μｌの「１／
４」を添加し、３０〜６０分間放置する。
【０４７８】（４）ドロップから４０μｌを取り出し
（そして、リザーバーに廃棄する）、４０μｌの「１／
２」を添加し、１５分間放置する。
（そして、リザーバーに廃棄する）、４０μｌの「１／
２」を添加し、１５分間放置する。
【０４７９】（５）ドロップから４０μｌを取り出し
（そして、リザーバーに廃棄する）、４０μｌの「３／
４」を添加し、１５分間放置する。
（そして、リザーバーに廃棄する）、４０μｌの「３／
４」を添加し、１５分間放置する。
【０４８０】（６）ドロップから４０μｌを取り出し
（そして、リザーバーに廃棄する）、４０μｌの緩衝液
Ｂを添加し、１５分間放置する。
（そして、リザーバーに廃棄する）、４０μｌの緩衝液
Ｂを添加し、１５分間放置する。
【０４８１】（７）ドロップから６０〜８０μｌを取り
出し（そして、リザーバーに廃棄する）、６０〜８０μ
ｌの緩衝液Ｂを添加し、リザーバーを、５００μｌの緩
衝液Ｂで置換する。
出し（そして、リザーバーに廃棄する）、６０〜８０μ
ｌの緩衝液Ｂを添加し、リザーバーを、５００μｌの緩
衝液Ｂで置換する。
【０４８２】（Ｂ．実施例２：初期精密化での５０Ｓリ
ボソームサブユニットの結晶構造の決定）２つのネイテ
ィブデータセットを除くすべてのデータを、ビームライ
ンＸ１２ｂおよびＸ２５を使用して、１００Ｋで凍結さ
せた結晶から、ＮａｔｉｏｎａｌＳｙｎｃｈｒｏｔｒｏ
ｎ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅ（Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ
で収集し、そして３４５ｍｍのＭＡＲイメージングプレ
ートを使用して記録した。各々の重原子誘導体につい
て、異常回折データを、異常散乱するピークに対応する
波長で収集した。ビームの大きさは、Ｘ２５で、大半の
データ収集について１００×１００μｍであり、そして
ビームラインＸ１２ｂで、２００×２００μｍであっ
た。結晶を、単位格子の長軸（５７０Å）に沿って向き
を調整し、その結果、１．００の振動を使用して、ＭＡ
Ｒ検出器の端で、最大２．７Åの分解能の外で反射を収
集し得る。ビームラインＸ１２ｂでは、結晶から検出器
の距離は、波長、結晶の質およびビーム発散に依存して
４５０．０ｍｍと５５０．０ｍｍとの間で変化し、そし
て最大分解能データを、スポットの重複を避けながら収
集し得るように選択した。ビームラインＸ２５では、検
出器は、４８０ｍｍで、堅い台上に配置され、これは、
異常端で設定された波長を有するイリジウム誘導体およ
びオスミウム誘導体についての３．２Åまでのデータ収
集を可能にする。２．４Åの分解能までのネイティブデ
ータは、ＣＣＤ検出器を使用して、Ａｄｖａｎｃｅｄ
Ｐｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅ（Ａｒｇｏｎｎｅ）の構造
生物学ビームライン１９番で収集した。データセット
を、ＤＥＮＺＯおよびＳＣＡＬＥＰＡＣＫ（Ｏｔｗｉｎ
ｏｗｓｋｉ，（１９９３）Ｄａｔａ Ｃｏｌｌｅｃｔｉ
ｏｎ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ）を使用すること
によって処理した。
ボソームサブユニットの結晶構造の決定）２つのネイテ
ィブデータセットを除くすべてのデータを、ビームライ
ンＸ１２ｂおよびＸ２５を使用して、１００Ｋで凍結さ
せた結晶から、ＮａｔｉｏｎａｌＳｙｎｃｈｒｏｔｒｏ
ｎ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅ（Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ
で収集し、そして３４５ｍｍのＭＡＲイメージングプレ
ートを使用して記録した。各々の重原子誘導体につい
て、異常回折データを、異常散乱するピークに対応する
波長で収集した。ビームの大きさは、Ｘ２５で、大半の
データ収集について１００×１００μｍであり、そして
ビームラインＸ１２ｂで、２００×２００μｍであっ
た。結晶を、単位格子の長軸（５７０Å）に沿って向き
を調整し、その結果、１．００の振動を使用して、ＭＡ
Ｒ検出器の端で、最大２．７Åの分解能の外で反射を収
集し得る。ビームラインＸ１２ｂでは、結晶から検出器
の距離は、波長、結晶の質およびビーム発散に依存して
４５０．０ｍｍと５５０．０ｍｍとの間で変化し、そし
て最大分解能データを、スポットの重複を避けながら収
集し得るように選択した。ビームラインＸ２５では、検
出器は、４８０ｍｍで、堅い台上に配置され、これは、
異常端で設定された波長を有するイリジウム誘導体およ
びオスミウム誘導体についての３．２Åまでのデータ収
集を可能にする。２．４Åの分解能までのネイティブデ
ータは、ＣＣＤ検出器を使用して、Ａｄｖａｎｃｅｄ
Ｐｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅ（Ａｒｇｏｎｎｅ）の構造
生物学ビームライン１９番で収集した。データセット
を、ＤＥＮＺＯおよびＳＣＡＬＥＰＡＣＫ（Ｏｔｗｉｎ
ｏｗｓｋｉ，（１９９３）Ｄａｔａ Ｃｏｌｌｅｃｔｉ
ｏｎ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ）を使用すること
によって処理した。
【０４８３】重原子に基づくフェイジングを、一つの誘
導体異常分散（ＳＡＤ）位相と、２つの異なる同形群の
データ（ＭＩＲ１およびＭＩＲ２、表１）について計算
したＭＩＲ位相とを組み合わせることによって、３．２
Åの分解能まで拡張した。最良の２つの誘導体は、ペン
タミンオスミウム（ｏｓｍｉｕｍ ｐｅｎｔａｍｉｎ
ｅ）およびヘキサミンイリジウム（ｉｒｉｄｉｕｍ ｈ
ｅｘａｍｉｎｅ）であり、これらの各々は、多数の結合
部位を含んだ（表１）。少数の部位を有するいくつかの
他の誘導体は、地図の品質をさらに改良した。すべての
フェイジングを、Ｔａ６Ｂｒ１２誘導体以外は、ＣＮＳ
で実行した最尤法によって行った（Ｂｒｕｅｎｇｅｒら
（１９９８）前出）。Ｔａ６Ｂｒ１２誘導体は、球状に
平均化された電子密度として表されるＳＨＡＲＰ（ｄｅ
Ｌａ Ｆｏｒｔｅｌｌｅ，（１９９７）Ｍｅｔｈ．Ｅ
ｎｚｙｍｏｌ．２７６：４７２−４９４）で精密化し
た。位相を改良し、そして溶媒フリッピング（Ａｂｒａ
ｈａｍｓら（１９９６）前出）によって、３．３Åから
２．４Åに拡張し、そしてこのデータセットからモデル
を形成した。
導体異常分散（ＳＡＤ）位相と、２つの異なる同形群の
データ（ＭＩＲ１およびＭＩＲ２、表１）について計算
したＭＩＲ位相とを組み合わせることによって、３．２
Åの分解能まで拡張した。最良の２つの誘導体は、ペン
タミンオスミウム（ｏｓｍｉｕｍ ｐｅｎｔａｍｉｎ
ｅ）およびヘキサミンイリジウム（ｉｒｉｄｉｕｍ ｈ
ｅｘａｍｉｎｅ）であり、これらの各々は、多数の結合
部位を含んだ（表１）。少数の部位を有するいくつかの
他の誘導体は、地図の品質をさらに改良した。すべての
フェイジングを、Ｔａ６Ｂｒ１２誘導体以外は、ＣＮＳ
で実行した最尤法によって行った（Ｂｒｕｅｎｇｅｒら
（１９９８）前出）。Ｔａ６Ｂｒ１２誘導体は、球状に
平均化された電子密度として表されるＳＨＡＲＰ（ｄｅ
Ｌａ Ｆｏｒｔｅｌｌｅ，（１９９７）Ｍｅｔｈ．Ｅ
ｎｚｙｍｏｌ．２７６：４７２−４９４）で精密化し
た。位相を改良し、そして溶媒フリッピング（Ａｂｒａ
ｈａｍｓら（１９９６）前出）によって、３．３Åから
２．４Åに拡張し、そしてこのデータセットからモデル
を形成した。
【０４８４】（Ｃ．実施例３：５０Ｓリボソームサブユ
ニット／プロマイシン複合体の結晶調製およびＸ線回折
データの収集）５０Ｓリボソームサブユニットの結晶
を、上記の通りに成長させ、そして安定化した。ＣＣｄ
Ａ−ｐ−プロマイシン（図９Ａを参照のこと）を、Ｍｉ
ｃｈａｅｌ Ｙａｒｕｓ（Ｗｅｌｃｈら（１９９５）前
出）から、好意により頂いた。アミノ−Ｎ−アシル化ミ
ニヘリックス由来のオリゴヌクレオチド（図９Ｂを参照
のこと）を、Ｄｈａｒｍａｃｏｎによって合成した。脱
保護後、オリゴヌクレオチドを１００℃まで手短に加熱
し、そして氷上で急冷し、再アニールした。リボソーム
の５０Ｓサブユニット結晶を安定化し、次いで液体プロ
パンでの冷凍ガラス化状態（ｃｒｙｏｖｉｔｒｉｆｉｃ
ａｔｉｏｎ）およびＸ線回折データ収集の前に、１００
μＭ ＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシンまたはアミノ−Ｎ−
アシル化ミニヘリックスを含む安定化緩衝液中に２４時
間浸漬した。位相を、６０．０〜３．２Åの振幅のため
に、２Ｆ０（アナログ）−Ｆ０（ネイティブ）を使用し
て、最良の実験的位相から開始する密度改変（ＣＮＳ）
によって計算した。（ネイティブの振幅は、より完全な
ネイティブの２つのデータセットのみに存在する振幅を
除いて、大半の同形のネイティブの１つのデータセット
由来であった。対応する計算された振幅の２倍未満であ
り、そしてＦ０（アナログ）で置換された計算された２
Ｆ０−Ｆ０振幅。）次いで、地図を、密度改変された振
幅、および２Ｆ０（アナログ）−Ｆ０（ネイティブ）の
振幅、またはＦ０（アナログ）−Ｆ０（ネイティブ）の
振幅からの位相を使用して計算した。
ニット／プロマイシン複合体の結晶調製およびＸ線回折
データの収集）５０Ｓリボソームサブユニットの結晶
を、上記の通りに成長させ、そして安定化した。ＣＣｄ
Ａ−ｐ−プロマイシン（図９Ａを参照のこと）を、Ｍｉ
ｃｈａｅｌ Ｙａｒｕｓ（Ｗｅｌｃｈら（１９９５）前
出）から、好意により頂いた。アミノ−Ｎ−アシル化ミ
ニヘリックス由来のオリゴヌクレオチド（図９Ｂを参照
のこと）を、Ｄｈａｒｍａｃｏｎによって合成した。脱
保護後、オリゴヌクレオチドを１００℃まで手短に加熱
し、そして氷上で急冷し、再アニールした。リボソーム
の５０Ｓサブユニット結晶を安定化し、次いで液体プロ
パンでの冷凍ガラス化状態（ｃｒｙｏｖｉｔｒｉｆｉｃ
ａｔｉｏｎ）およびＸ線回折データ収集の前に、１００
μＭ ＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシンまたはアミノ−Ｎ−
アシル化ミニヘリックスを含む安定化緩衝液中に２４時
間浸漬した。位相を、６０．０〜３．２Åの振幅のため
に、２Ｆ０（アナログ）−Ｆ０（ネイティブ）を使用し
て、最良の実験的位相から開始する密度改変（ＣＮＳ）
によって計算した。（ネイティブの振幅は、より完全な
ネイティブの２つのデータセットのみに存在する振幅を
除いて、大半の同形のネイティブの１つのデータセット
由来であった。対応する計算された振幅の２倍未満であ
り、そしてＦ０（アナログ）で置換された計算された２
Ｆ０−Ｆ０振幅。）次いで、地図を、密度改変された振
幅、および２Ｆ０（アナログ）−Ｆ０（ネイティブ）の
振幅、またはＦ０（アナログ）−Ｆ０（ネイティブ）の
振幅からの位相を使用して計算した。
【０４８５】（Ｄ．実施例４：ペプチジルトランスフェ
ラーゼ中央部付近のポリペプチド出口トンネルに位置す
る抗生物質結合部位）電子地図は、３つの抗生物質チロ
シン、カルボマイシンＡおよびアニソマイシンと複合体
化したＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大サブユニットの結
晶性複合体に由来した。これらの抗生物質すべては、Ｙ
ａｒｕｓインヒビター、ＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシン、
およびポリペプチド出口トンネルにおいて小さな穴を形
成する点のタンパク質Ｌ２２およびＬ４の先端によって
規定されるような、ペプチジルトランスフェラーゼ中央
部の間に横たわる領域において、リボソームに結合す
る。この主要な抗生物質結合部位の一般的な位置を、図
１９に示す。チロシンおよびカルボマイシンは、新たに
合成されたポリペプチドの出口をブロックすることによ
って機能するようである。アニソマイシンは、Ａ部位を
ブロックするようである。
ラーゼ中央部付近のポリペプチド出口トンネルに位置す
る抗生物質結合部位）電子地図は、３つの抗生物質チロ
シン、カルボマイシンＡおよびアニソマイシンと複合体
化したＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大サブユニットの結
晶性複合体に由来した。これらの抗生物質すべては、Ｙ
ａｒｕｓインヒビター、ＣＣｄＡ−ｐ−プロマイシン、
およびポリペプチド出口トンネルにおいて小さな穴を形
成する点のタンパク質Ｌ２２およびＬ４の先端によって
規定されるような、ペプチジルトランスフェラーゼ中央
部の間に横たわる領域において、リボソームに結合す
る。この主要な抗生物質結合部位の一般的な位置を、図
１９に示す。チロシンおよびカルボマイシンは、新たに
合成されたポリペプチドの出口をブロックすることによ
って機能するようである。アニソマイシンは、Ａ部位を
ブロックするようである。
【０４８６】抗生物質とリボソームとの間の非常に大部
分の相互作用は、Ａ部位、およびペプチジルトランスフ
ェラーゼ中央部とタンパク質Ｌ２２との間のトンネル表
面を規定するｒＲＮＡを介する。これらの抗生物質は、
全く同じに結合しないので、小分子化合物が、本発明の
手段および方法論を使用して、この領域に結合するよう
に設計され得る多くのさらなる方法が存在する。例え
ば、重複しない部位に結合する異なる抗生物質の各々の
成分を互いに結合することによって、新規のハイブリッ
ド抗生物質を作成することが可能である（実施例６を参
照のこと）。さらに、これらの抗生物質複合体によって
示される小分子ＲＮＡ相互作用の新規の原理に基づい
て、リボソームならびに他の可能性のあるＲＮＡ標的上
の同一の部位に結合する全く新しい小分子を設計するこ
とが可能である。
分の相互作用は、Ａ部位、およびペプチジルトランスフ
ェラーゼ中央部とタンパク質Ｌ２２との間のトンネル表
面を規定するｒＲＮＡを介する。これらの抗生物質は、
全く同じに結合しないので、小分子化合物が、本発明の
手段および方法論を使用して、この領域に結合するよう
に設計され得る多くのさらなる方法が存在する。例え
ば、重複しない部位に結合する異なる抗生物質の各々の
成分を互いに結合することによって、新規のハイブリッ
ド抗生物質を作成することが可能である（実施例６を参
照のこと）。さらに、これらの抗生物質複合体によって
示される小分子ＲＮＡ相互作用の新規の原理に基づい
て、リボソームならびに他の可能性のあるＲＮＡ標的上
の同一の部位に結合する全く新しい小分子を設計するこ
とが可能である。
【０４８７】（Ｅ．実施例５：ハイブリッド抗生物質の
設計および試験）リボソーム、より特に、大リボソーム
サブユニットを標的化し、そしてタンパク質合成を中断
する多くの抗生物質は、より単純なサブ構造の効果的な
連鎖である複雑な分子であり、このうちの少なくとも１
つは、リボソームの別々の部分と相互作用する。問題の
化合物が、いくつかの相互作用的サブ構造を含む場合、
その結合部位は、事実上、各々のこのようなサブ構造と
接触し、そして引き込むサブサイト（ｓｕｂｓｉｔｅ）
の合計である。大リボソームサブユニットを標的化する
多くの抗生物質が、互いに近接する部位で、リボソーム
サブユニットを結合することが見出された。従って、第
一の既知の抗生物質の一つのリボソーム結合部分が、隣
接するサブサイトと相互作用する第二の既知の抗生物質
のリボソーム結合部分に化学的に結合された、新規の抗
生物質を合成する可能性が存在する。従って、生じた新
規の化合物は、由来する２つの抗生物質のキメラまたは
ハイブリッドである。
設計および試験）リボソーム、より特に、大リボソーム
サブユニットを標的化し、そしてタンパク質合成を中断
する多くの抗生物質は、より単純なサブ構造の効果的な
連鎖である複雑な分子であり、このうちの少なくとも１
つは、リボソームの別々の部分と相互作用する。問題の
化合物が、いくつかの相互作用的サブ構造を含む場合、
その結合部位は、事実上、各々のこのようなサブ構造と
接触し、そして引き込むサブサイト（ｓｕｂｓｉｔｅ）
の合計である。大リボソームサブユニットを標的化する
多くの抗生物質が、互いに近接する部位で、リボソーム
サブユニットを結合することが見出された。従って、第
一の既知の抗生物質の一つのリボソーム結合部分が、隣
接するサブサイトと相互作用する第二の既知の抗生物質
のリボソーム結合部分に化学的に結合された、新規の抗
生物質を合成する可能性が存在する。従って、生じた新
規の化合物は、由来する２つの抗生物質のキメラまたは
ハイブリッドである。
【０４８８】キメラ抗生物質は、本明細書中の上記で議
論された抗生物質／リボソーム複合体の構造についての
情報を使用して、設計され得る。これらの構造により、
リボソームにおける抗生物質結合サブサイトの同定、お
よびこのサブサイトと相互作用する化学的実体の特定が
可能になる。このような知識を装備して、有機合成の当
業者は、同時に、目的のサブ構造が、それぞれのサブサ
イトと相互作用し得るべき方法で、目的のサブ構造を互
いに結合する化合物を合成し得る。意図された様式で機
能する方法で発明された任意の化合物は、おそらく細胞
増殖を阻害し、そして実際に阻害する場合、インビトロ
でタンパク質合成をおそらく阻害する。少なくとも、こ
れは、インビトロアッセイ系においてタンパク質合成を
ブロックするはずである。このような化合物のリボソー
ム相互作用についてのさらなる情報は、本明細書中の上
記のＤ節に記載される方法を使用して、リボソームと形
成する複合体の構造を決定することによって得られ得
る。
論された抗生物質／リボソーム複合体の構造についての
情報を使用して、設計され得る。これらの構造により、
リボソームにおける抗生物質結合サブサイトの同定、お
よびこのサブサイトと相互作用する化学的実体の特定が
可能になる。このような知識を装備して、有機合成の当
業者は、同時に、目的のサブ構造が、それぞれのサブサ
イトと相互作用し得るべき方法で、目的のサブ構造を互
いに結合する化合物を合成し得る。意図された様式で機
能する方法で発明された任意の化合物は、おそらく細胞
増殖を阻害し、そして実際に阻害する場合、インビトロ
でタンパク質合成をおそらく阻害する。少なくとも、こ
れは、インビトロアッセイ系においてタンパク質合成を
ブロックするはずである。このような化合物のリボソー
ム相互作用についてのさらなる情報は、本明細書中の上
記のＤ節に記載される方法を使用して、リボソームと形
成する複合体の構造を決定することによって得られ得
る。
【０４８９】例えば、本明細書中で記載される研究の結
果として、カルボマイシンの二糖部分が、アニソマイシ
ンの一部についての結合部位に近接する部位で、大リボ
ソームサブユニットに結合することが発見された。この
情報および本明細書中の上記に記載されたソフトウェア
パッケージを使用して、当業者は、適切な化学リンカー
によって結合した、カルボマイシンおよびアニソマイシ
ンの関連するリボソーム結合部分を含むハイブリッド抗
生物質を設計し得る。
果として、カルボマイシンの二糖部分が、アニソマイシ
ンの一部についての結合部位に近接する部位で、大リボ
ソームサブユニットに結合することが発見された。この
情報および本明細書中の上記に記載されたソフトウェア
パッケージを使用して、当業者は、適切な化学リンカー
によって結合した、カルボマイシンおよびアニソマイシ
ンの関連するリボソーム結合部分を含むハイブリッド抗
生物質を設計し得る。
【０４９０】図３４は、例示的なハイブリッド抗生物質
の設計を示す。この図において、スパルソマイシン抗生
物質の一部分は、クロラムフェニコール抗生物質の一部
分に連結されて、スパルソクロラムフェニコールハイブ
リッド抗生物質を生成する。第１のスパルソクロラムフ
ェニコールハイブリッド抗生物質において、連結領域
（１）においてハイブリッドＡ、ｎ＝１である。第２の
スパルソクロラムフェニコールハイブリッド抗生物質に
おいて、連結領域（２）において、ハイブリッドＢ、ｎ
＝２である。クロラムフェニコール分子の一部分を、Ｓ
ｃｈｌｕｎｚｅｎｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔｕｒ
ｅ ４１３：８１４−８２１に記載される構造研究の結
果として選択した。再度、このハイブリッド抗生物質
を、ハイブリッド抗生物質の各構成成分が、大リボソー
ムサブユニットにおけるそのそれぞれの結合部位に結合
することを可能にするように設計した。
の設計を示す。この図において、スパルソマイシン抗生
物質の一部分は、クロラムフェニコール抗生物質の一部
分に連結されて、スパルソクロラムフェニコールハイブ
リッド抗生物質を生成する。第１のスパルソクロラムフ
ェニコールハイブリッド抗生物質において、連結領域
（１）においてハイブリッドＡ、ｎ＝１である。第２の
スパルソクロラムフェニコールハイブリッド抗生物質に
おいて、連結領域（２）において、ハイブリッドＢ、ｎ
＝２である。クロラムフェニコール分子の一部分を、Ｓ
ｃｈｌｕｎｚｅｎｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔｕｒ
ｅ ４１３：８１４−８２１に記載される構造研究の結
果として選択した。再度、このハイブリッド抗生物質
を、ハイブリッド抗生物質の各構成成分が、大リボソー
ムサブユニットにおけるそのそれぞれの結合部位に結合
することを可能にするように設計した。
【０４９１】図３５は、別の例示的なハイブリッド抗生
物質の設計を示す。この図において、スパルソマイシン
抗生物質の一部分は、アニソマイシン抗生物質の一部分
に連結されて、スパルソアニソマイシンハイブリッド抗
生物質を生成する。各抗生物質の一部分は、各抗生物質
がどのように大リボソームサブユニットに結合するかを
示した本明細書中の構造研究の結果として選択された。
このハイブリッド抗生物質を、ハイブリッド抗生物質の
各構成成分が、大リボソームサブユニットにおけるその
それぞれの結合部位に同時に結合することを可能にする
ように設計した。
物質の設計を示す。この図において、スパルソマイシン
抗生物質の一部分は、アニソマイシン抗生物質の一部分
に連結されて、スパルソアニソマイシンハイブリッド抗
生物質を生成する。各抗生物質の一部分は、各抗生物質
がどのように大リボソームサブユニットに結合するかを
示した本明細書中の構造研究の結果として選択された。
このハイブリッド抗生物質を、ハイブリッド抗生物質の
各構成成分が、大リボソームサブユニットにおけるその
それぞれの結合部位に同時に結合することを可能にする
ように設計した。
【０４９２】これらのハイブリッド分子は、一旦設計さ
れると、従来の合成有機化学および従来の精製スキーム
を用いて合成および精製され得る。一旦、合成および精
製されると、目的のハイブリッド分子は、生物活性につ
いてスクリーニングされ得、そして、例えば、目的の各
分子についてのＩＣ５０値を決定するためにスクリーニ
ングされ得る。これらのスクリーンとして、例えば、こ
のハイブリッド分子を補充されたかまたはこの分子を欠
く培地上または培地中で、微生物を培養させることが挙
げられる。このハイブリッド分子の存在下での微生物の
数またはコロニーのサイズにおけるいかなる減少も、生
物活性の指標となる。さらに、このハイブリッド分子
は、無細胞転写／翻訳連結アッセイ（ｃｅｌｌ−ｆｒｅ
ｅ ｃｏｕｐｌｅｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ／ｔ
ｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）においてか、また
は１つ以上の標識アミノ酸の存在下での翻訳系において
か、あるいは非放射性レポーター系を用いて試験され得
る。このハイブリッド分子を欠く無細胞系に対する、こ
のハイブリッド分子を含む無細胞系におけるタンパク質
に組込まれた標識アミノ酸レベルのいずれの減少も、ハ
イブリッド分子が機能的タンパク質合成インヒビターと
して作用することの指標となる。次いで、このハイブリ
ッド分子が、本明細書の上記で議論されるように繰り返
し精製されて、その生物活性および生物利用性を増強し
得ることが理解される。
れると、従来の合成有機化学および従来の精製スキーム
を用いて合成および精製され得る。一旦、合成および精
製されると、目的のハイブリッド分子は、生物活性につ
いてスクリーニングされ得、そして、例えば、目的の各
分子についてのＩＣ５０値を決定するためにスクリーニ
ングされ得る。これらのスクリーンとして、例えば、こ
のハイブリッド分子を補充されたかまたはこの分子を欠
く培地上または培地中で、微生物を培養させることが挙
げられる。このハイブリッド分子の存在下での微生物の
数またはコロニーのサイズにおけるいかなる減少も、生
物活性の指標となる。さらに、このハイブリッド分子
は、無細胞転写／翻訳連結アッセイ（ｃｅｌｌ−ｆｒｅ
ｅ ｃｏｕｐｌｅｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ／ｔ
ｒａｎｓｌａｔｉｏｎ ａｓｓａｙ）においてか、また
は１つ以上の標識アミノ酸の存在下での翻訳系において
か、あるいは非放射性レポーター系を用いて試験され得
る。このハイブリッド分子を欠く無細胞系に対する、こ
のハイブリッド分子を含む無細胞系におけるタンパク質
に組込まれた標識アミノ酸レベルのいずれの減少も、ハ
イブリッド分子が機能的タンパク質合成インヒビターと
して作用することの指標となる。次いで、このハイブリ
ッド分子が、本明細書の上記で議論されるように繰り返
し精製されて、その生物活性および生物利用性を増強し
得ることが理解される。
【０４９３】（Ｆ．実施例６．スパルソクロラムフェニ
コールハイブリッドの合成）スパルソクロラムフェニコ
ールハイブリッド（１および２）の合成を、図３６〜図
３９に示し、以下のように段階的に記載する。
コールハイブリッドの合成）スパルソクロラムフェニコ
ールハイブリッド（１および２）の合成を、図３６〜図
３９に示し、以下のように段階的に記載する。
【０４９４】（ｉ．酸６の合成）図３６における酸６
を、Ｏｔｔｅｎｈｅｉｊｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒ
ｇ．Ｃｈｅｍ．１９８１，４６，３２７３−３２８３に
記載される手順により、化合物４を用いて開始し、そし
て中間体のアルデヒド５を通じて獲得した。
を、Ｏｔｔｅｎｈｅｉｊｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒ
ｇ．Ｃｈｅｍ．１９８１，４６，３２７３−３２８３に
記載される手順により、化合物４を用いて開始し、そし
て中間体のアルデヒド５を通じて獲得した。
【０４９５】（ｉｉアミン７の合成）図３６におけるア
ミン７を、図３７に示されるように合成した。Ｌ−シス
テイン（１．００ｇ、５．４１ｍｍｏｌ）、ジメトキシ
トリチル（ＤＭＴ）クロリド（２．１２ｇ、５．９５ｍ
ｍｏｌ）、およびトリエチルアミン（１．２０ｍＬ、
８．５６ｍｍｏｌ）を、２５ｍＬの８０％水性酢酸中で
混合し、室温にて２時間反応させた。溶媒を減圧下（ｉ
ｎ ｖａｃｕｏ）でエバポレートし、残渣を６０ｍＬ
酢酸エチル（ＥｔＯＡｃ）に集めた。この溶液を、飽和
水性重炭酸ナトリウム（ＮａＨＣＯ３）（３×５０ｍ
Ｌ）および食塩水（２×５０ｍＬ）で洗浄した。有機層
を硫酸ナトリウム（Ｎａ２ＳＯ４）を用いて乾燥させ、
エバポレートして、次の反応での使用のために適切な純
度のＬ−システイン１０のＤＭＴチオエーテル（２．１
３ｇ、５．０３ｍｍｏｌ、９３％）を獲得した。
ミン７を、図３７に示されるように合成した。Ｌ−シス
テイン（１．００ｇ、５．４１ｍｍｏｌ）、ジメトキシ
トリチル（ＤＭＴ）クロリド（２．１２ｇ、５．９５ｍ
ｍｏｌ）、およびトリエチルアミン（１．２０ｍＬ、
８．５６ｍｍｏｌ）を、２５ｍＬの８０％水性酢酸中で
混合し、室温にて２時間反応させた。溶媒を減圧下（ｉ
ｎ ｖａｃｕｏ）でエバポレートし、残渣を６０ｍＬ
酢酸エチル（ＥｔＯＡｃ）に集めた。この溶液を、飽和
水性重炭酸ナトリウム（ＮａＨＣＯ３）（３×５０ｍ
Ｌ）および食塩水（２×５０ｍＬ）で洗浄した。有機層
を硫酸ナトリウム（Ｎａ２ＳＯ４）を用いて乾燥させ、
エバポレートして、次の反応での使用のために適切な純
度のＬ−システイン１０のＤＭＴチオエーテル（２．１
３ｇ、５．０３ｍｍｏｌ、９３％）を獲得した。
【０４９６】保護されたアミノ酸１０（５．４１ｍｍｏ
ｌ）を２０ｍＬ 無水テトラヒドロフラン（ＴＨＦ）中
に溶解し、ホウ化水素ナトリウム（０．７０ｇ、１８．
２ｍｍｏｌ）を分割して加えた。ホウ素トリフルオリド
エーテル塩（Ｂｏｒｏｎ ｔｒｉｆｌｕｏｒｉｄｅ ｅ
ｔｈｅｒａｔｅ）（３．０３ｍＬ、２３．９ｍｍｏｌ）
を滴下して加え、そしてこの混合物を室温にて一晩攪拌
させた。過剰なホウ素トリフルオリドエーテル塩をエタ
ノールで破壊し、そしてこの混合物を濾過した。この濾
液をエバポレートし、そして残渣をクロロホルム（６０
ｍＬ）中に溶解させ、そして飽和水性ＮａＨＣＯ３（４
０ｍＬ）で洗浄した。水層をクロロホルム（２０ｍＬ）
で抽出し、そして混合有機層を食塩水で洗浄し、そして
Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させた。溶媒をエバポレートし
て、次の工程での使用のために適切な純度の白色固体と
して、予想したアミノアルコール１１（１．７５ｇ、８
５％）を獲得した。
ｌ）を２０ｍＬ 無水テトラヒドロフラン（ＴＨＦ）中
に溶解し、ホウ化水素ナトリウム（０．７０ｇ、１８．
２ｍｍｏｌ）を分割して加えた。ホウ素トリフルオリド
エーテル塩（Ｂｏｒｏｎ ｔｒｉｆｌｕｏｒｉｄｅ ｅ
ｔｈｅｒａｔｅ）（３．０３ｍＬ、２３．９ｍｍｏｌ）
を滴下して加え、そしてこの混合物を室温にて一晩攪拌
させた。過剰なホウ素トリフルオリドエーテル塩をエタ
ノールで破壊し、そしてこの混合物を濾過した。この濾
液をエバポレートし、そして残渣をクロロホルム（６０
ｍＬ）中に溶解させ、そして飽和水性ＮａＨＣＯ３（４
０ｍＬ）で洗浄した。水層をクロロホルム（２０ｍＬ）
で抽出し、そして混合有機層を食塩水で洗浄し、そして
Ｎａ２ＳＯ４上で乾燥させた。溶媒をエバポレートし
て、次の工程での使用のために適切な純度の白色固体と
して、予想したアミノアルコール１１（１．７５ｇ、８
５％）を獲得した。
【０４９７】アミノアルコール１１（１．７０ｇ、４．
１５ｍｍｏｌ）を５ｍＬ アセトニトリルおよび５ｍＬ
塩化メチレン中に溶解させ、この溶液を０℃に冷却し
た。Ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルクロリド（１Ｍ、
５．００ｍＬ、５．００ｍｍｏｌ）を添加し、次いで、
１、８−ジアザビシクロ[５，４，０]ウンデカ−７−エ
ン（ＤＢＵ）（０．６７ｍＬ、４．４０ｍｍｏｌ）を添
加し、そしてこの混合物を、室温にて一晩攪拌させた。
反応を、飽和水性ＮａＨＣＯ３と共に２０分攪拌するこ
とにより、クエンチした。さらなる塩化メチレンを加
え、層を分離させた。有機層をＮａＨＣＯ３、水、次い
で食塩水で洗浄した。有機層を乾燥させ（Ｎａ２Ｓ
Ｏ４）、そしてエバポレートした。残渣を、０〜２％
メタノール／クロロホルムを用いてシリカゲル上でクロ
マトグラフィーに供し、アミン７（０．１００ｇ、５
％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ
Ｃｌ３）δ７．４１（ｄ，Ｊ＝２Ｈｚ，２Ｈ），７．４
１−７．１９（ｍ，８Ｈ），６．８２−６．７９（ｍ，
４Ｈ），３．７９（ｓ，６Ｈ），３．４４−３．４１
（ｍ，１Ｈ），３．３５−３．３２（ｍ，１Ｈ），２．
６９−２．６７（ｍ，１Ｈ），２．３６−２．３３
（ｍ，１Ｈ），２．１９−２．１５（ｍ，１Ｈ），０．
８５（ｓ，９Ｈ），０．０５−０．００（ｍ，６Ｈ）。
１５ｍｍｏｌ）を５ｍＬ アセトニトリルおよび５ｍＬ
塩化メチレン中に溶解させ、この溶液を０℃に冷却し
た。Ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルクロリド（１Ｍ、
５．００ｍＬ、５．００ｍｍｏｌ）を添加し、次いで、
１、８−ジアザビシクロ[５，４，０]ウンデカ−７−エ
ン（ＤＢＵ）（０．６７ｍＬ、４．４０ｍｍｏｌ）を添
加し、そしてこの混合物を、室温にて一晩攪拌させた。
反応を、飽和水性ＮａＨＣＯ３と共に２０分攪拌するこ
とにより、クエンチした。さらなる塩化メチレンを加
え、層を分離させた。有機層をＮａＨＣＯ３、水、次い
で食塩水で洗浄した。有機層を乾燥させ（Ｎａ２Ｓ
Ｏ４）、そしてエバポレートした。残渣を、０〜２％
メタノール／クロロホルムを用いてシリカゲル上でクロ
マトグラフィーに供し、アミン７（０．１００ｇ、５
％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ ＭＨｚ，ＣＤ
Ｃｌ３）δ７．４１（ｄ，Ｊ＝２Ｈｚ，２Ｈ），７．４
１−７．１９（ｍ，８Ｈ），６．８２−６．７９（ｍ，
４Ｈ），３．７９（ｓ，６Ｈ），３．４４−３．４１
（ｍ，１Ｈ），３．３５−３．３２（ｍ，１Ｈ），２．
６９−２．６７（ｍ，１Ｈ），２．３６−２．３３
（ｍ，１Ｈ），２．１９−２．１５（ｍ，１Ｈ），０．
８５（ｓ，９Ｈ），０．０５−０．００（ｍ，６Ｈ）。
【０４９８】（ｉｉｉ．アミド８の合成）図３６のアミ
ド８を、以下のように合成した。酸６（０．０４４ｇ、
０．２２１ｍｍｏｌ）、アミン７（０．０７０ｇ、０．
１３４ｍｍｏｌ）、および１−ヒドロキシベンゾトリア
ゾール（ＨＯＢｔ）（０．０３０ｇ、０．２１ｍｍｏ
ｌ）を、２ｍＬ ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）中に
溶解させた。１，３−ジシクロ−ヘキシルカルボジイミ
ド（ＤＣＣ）（０．０５６ｇ、０．２７２ｍｍｏｌ）を
加え、この混合物を室温にて２４時間撹拌した。この混
合物をエバポレートし、０〜４％のメタノール／クロロ
ホルムを用いてシリカゲル上でクロマトグラフィーに供
し、アミド８（０．０７０ｇ、７５％）を獲得した。１
Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ７．５０−
７．１５（ｍ，１２Ｈ），６．８０（ｄ，Ｊ＝２Ｈｚ，
４Ｈ），５．９１（ｂｒ ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，１Ｈ），
４．２０−４．１１（ｍ，１Ｈ），３．７４（ｓ，６
Ｈ），３．６６−３．６３（ｍ，１Ｈ），３．５２−
３．４９（ｍ，１Ｈ），２．４９−２．４４（ｍ，２
Ｈ），２．３６（ｓ，３Ｈ），０．８４（ｓ，９Ｈ），
０．０１（ｓ，３Ｈ），−０．０１（ｓ，３Ｈ）。
ド８を、以下のように合成した。酸６（０．０４４ｇ、
０．２２１ｍｍｏｌ）、アミン７（０．０７０ｇ、０．
１３４ｍｍｏｌ）、および１−ヒドロキシベンゾトリア
ゾール（ＨＯＢｔ）（０．０３０ｇ、０．２１ｍｍｏ
ｌ）を、２ｍＬ ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）中に
溶解させた。１，３−ジシクロ−ヘキシルカルボジイミ
ド（ＤＣＣ）（０．０５６ｇ、０．２７２ｍｍｏｌ）を
加え、この混合物を室温にて２４時間撹拌した。この混
合物をエバポレートし、０〜４％のメタノール／クロロ
ホルムを用いてシリカゲル上でクロマトグラフィーに供
し、アミド８（０．０７０ｇ、７５％）を獲得した。１
Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ７．５０−
７．１５（ｍ，１２Ｈ），６．８０（ｄ，Ｊ＝２Ｈｚ，
４Ｈ），５．９１（ｂｒ ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，１Ｈ），
４．２０−４．１１（ｍ，１Ｈ），３．７４（ｓ，６
Ｈ），３．６６−３．６３（ｍ，１Ｈ），３．５２−
３．４９（ｍ，１Ｈ），２．４９−２．４４（ｍ，２
Ｈ），２．３６（ｓ，３Ｈ），０．８４（ｓ，９Ｈ），
０．０１（ｓ，３Ｈ），−０．０１（ｓ，３Ｈ）。
【０４９９】（ｉｖ．チオール９の合成）図３６のチオ
ール９を、以下のように合成した。アミド８（０．０６
０ｇ、０．０８６ｍｍｏｌ）を、０℃にてＴＨＦ中に溶
解させた。ホウ素トリフルオリドエーテル塩（０．３０
ｍＬ、２．３７ｍｍｏｌ）を滴下して加え、そして２０
分間撹拌を続けた。この反応混合物を、エタノール（５
ｍＬ、５分間撹拌）を用いてクエンチし、そして溶媒を
エバポレートした。残渣を、クロロホルムを用いて粉砕
し、そして遠心分離により収集された固体を、クロロホ
ルムで洗浄した。この固体を乾燥させて、チオール９
（０．０１５ｇ、６３％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ
（５００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ７．３１（ｄ，Ｊ＝９
Ｈｚ，１Ｈ），７．１１（ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，１Ｈ），
３．９３−３．９０（ｍ，１Ｈ），３．５９−３．５０
（ｍ，３Ｈ），３．２２−３．２０（ｍ，１Ｈ），２．
６８−２．６４（ｍ，１Ｈ），２．５６−２．５３
（ｍ，１Ｈ），２．２３（ｓ，３Ｈ）。
ール９を、以下のように合成した。アミド８（０．０６
０ｇ、０．０８６ｍｍｏｌ）を、０℃にてＴＨＦ中に溶
解させた。ホウ素トリフルオリドエーテル塩（０．３０
ｍＬ、２．３７ｍｍｏｌ）を滴下して加え、そして２０
分間撹拌を続けた。この反応混合物を、エタノール（５
ｍＬ、５分間撹拌）を用いてクエンチし、そして溶媒を
エバポレートした。残渣を、クロロホルムを用いて粉砕
し、そして遠心分離により収集された固体を、クロロホ
ルムで洗浄した。この固体を乾燥させて、チオール９
（０．０１５ｇ、６３％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ
（５００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ７．３１（ｄ，Ｊ＝９
Ｈｚ，１Ｈ），７．１１（ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，１Ｈ），
３．９３−３．９０（ｍ，１Ｈ），３．５９−３．５０
（ｍ，３Ｈ），３．２２−３．２０（ｍ，１Ｈ），２．
６８−２．６４（ｍ，１Ｈ），２．５６−２．５３
（ｍ，１Ｈ），２．２３（ｓ，３Ｈ）。
【０５００】（ｖ．ブロモアセトアミド１３の合成）図
３７のブロモアセトアミド１３を、以下のように合成し
た。（１Ｒ，２Ｒ）−クロラムフェニコール１２の遊離
塩基を、Ｏｒｓｉｎｉ ｅｔ ａｌ．、Ｏｒｇａｎｉｃ
Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｄｕ
ｒｅｓ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ １９８９、２
１、５０５−５０８に記載されるようにして、ビスｔ−
ブチルジメチルシリルエーテル誘導体に変換した。得ら
れた（１Ｒ，２Ｒ）−クロラムフェニコールのビス−シ
リルエーテル（０．５６ｇ、１．３０ｍｍｏｌ）、ブロ
モ酢酸（０．１４６ｇ、１．００ｍｍｏｌ）およびＨＯ
Ｂｔ（０．１６３ｇ、１．２０ｍｍｏｌ）を、６ｍＬ
ＴＨＦ中に溶解させた。ＤＣＣ（０．３３０ｇ、１．６
ｍｍｏｌ）を加え、そしてこの混合物を室温にて一晩撹
拌させた。沈殿を濾過し、そして濾液をエバポレートし
た。残渣を、６０ｍＬ ＥｔＯＡｃ中に集め、そして５
％水性ＮａＨＣＯ３（３０ｍＬ）および食塩水（２×４
０ｍＬ）を用いて抽出した。有機層をＮａ２ＳＯ４上で
乾燥させ、そしてエバポレートした。残渣を、１：７
ＥｔＯＡｃ／ヘキサン〜１：５ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン
を溶出液として用いて、シリカ上でクロマトグラフィー
に供し、油状のブロモアセトアミド１３（０．４８０
ｇ、８６％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨ
ｚ，ＣＤＣｌ３）δ８．３２（ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，２
Ｈ），７．６２（ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，２Ｈ），７．２１
（ｂｒ ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，１Ｈ），５．３６（ｓ，１
Ｈ），４．１１−４．０６（ｍ，１Ｈ），４．０１−
３．８５（ｍ，４Ｈ），３．７５−３．６８（ｍ，２
Ｈ），３．３９−３．３１（ｍ，１Ｈ），１．１０
（ｓ，９Ｈ），１．０５（ｓ，９Ｈ），０．２４（ｓ，
３Ｈ），０．２２（ｓ，３Ｈ），０．２１（ｓ，３
Ｈ），０．００（ｓ，３Ｈ）。
３７のブロモアセトアミド１３を、以下のように合成し
た。（１Ｒ，２Ｒ）−クロラムフェニコール１２の遊離
塩基を、Ｏｒｓｉｎｉ ｅｔ ａｌ．、Ｏｒｇａｎｉｃ
Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎｓ ａｎｄ Ｐｒｏｃｅｄｕ
ｒｅｓ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ １９８９、２
１、５０５−５０８に記載されるようにして、ビスｔ−
ブチルジメチルシリルエーテル誘導体に変換した。得ら
れた（１Ｒ，２Ｒ）−クロラムフェニコールのビス−シ
リルエーテル（０．５６ｇ、１．３０ｍｍｏｌ）、ブロ
モ酢酸（０．１４６ｇ、１．００ｍｍｏｌ）およびＨＯ
Ｂｔ（０．１６３ｇ、１．２０ｍｍｏｌ）を、６ｍＬ
ＴＨＦ中に溶解させた。ＤＣＣ（０．３３０ｇ、１．６
ｍｍｏｌ）を加え、そしてこの混合物を室温にて一晩撹
拌させた。沈殿を濾過し、そして濾液をエバポレートし
た。残渣を、６０ｍＬ ＥｔＯＡｃ中に集め、そして５
％水性ＮａＨＣＯ３（３０ｍＬ）および食塩水（２×４
０ｍＬ）を用いて抽出した。有機層をＮａ２ＳＯ４上で
乾燥させ、そしてエバポレートした。残渣を、１：７
ＥｔＯＡｃ／ヘキサン〜１：５ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン
を溶出液として用いて、シリカ上でクロマトグラフィー
に供し、油状のブロモアセトアミド１３（０．４８０
ｇ、８６％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨ
ｚ，ＣＤＣｌ３）δ８．３２（ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，２
Ｈ），７．６２（ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，２Ｈ），７．２１
（ｂｒ ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，１Ｈ），５．３６（ｓ，１
Ｈ），４．１１−４．０６（ｍ，１Ｈ），４．０１−
３．８５（ｍ，４Ｈ），３．７５−３．６８（ｍ，２
Ｈ），３．３９−３．３１（ｍ，１Ｈ），１．１０
（ｓ，９Ｈ），１．０５（ｓ，９Ｈ），０．２４（ｓ，
３Ｈ），０．２２（ｓ，３Ｈ），０．２１（ｓ，３
Ｈ），０．００（ｓ，３Ｈ）。
【０５０１】（ｖｉ．スルフィド１４の合成）図３８の
スルフィド１４を、以下のように合成した。チオール９
（０．０９０ｇ、０．３１５ｍｍｏｌ）を、３ｍＬ Ｔ
ＨＦ／０．５ｍＬ ＤＭＦ中に懸濁し、そしてＤＢＵ
（４９μＬ、０．３１５ｍｍｏｌ）を加えた。２ｍＬ
ＴＨＦ中のブロモアセトアミド１３（０．１６ｇ、０．
２８４ｍｍｏｌ）の溶液を０℃で加え、そして混合物を
室温まで暖め、次いで室温にて１２時間撹拌した。反応
物を飽和食塩水（２０ｍＬ）およびクロロホルム（ＣＨ
Ｃｌ３）（４０ｍＬ）中に注ぎ、そして層を分離させ
た。有機層を飽和食塩水（２×２０ｍＬ）で洗浄し、そ
してＮａ２ＳＯ４上で乾燥させた。溶媒をエバポレート
し、そして残渣を、１：２０ メタノール／クロロホル
ム〜１：１０ メタノール／クロロホルムの勾配溶出を
用いてシリカ上でクロマトグラフィーに供し（ピペット
カラム）、白色固体のスルフィド１４（０．０９３ｇ、
４３％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨｚ，
１：１ クロロホルム−ｄ／メタノール−ｄ４（ＣＤＣ
ｌ３／ＣＤ ３ＯＤ））δ８．１５（ｄ，Ｊ＝６Ｈｚ，２
Ｈ），７．５５（ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，１Ｈ），７．５３
（ｓ，１Ｈ），７．４７（ｄ，Ｊ＝６Ｈｚ，２Ｈ），
７．３７（ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，１Ｈ），７．１４（ｄ，Ｊ
＝９Ｈｚ，１Ｈ），５．２０（ｂｒ ｓ，１Ｈ），４．
０９−４．０２（ｍ，１Ｈ），３．９８−３．９２
（ｍ，１Ｈ），３．７０−３．５３（ｍ，５Ｈ），３．
３３−３．１２（ｍ，４Ｈ），２．６７−２．６１
（ｍ，２Ｈ），２．３１（ｓ，３Ｈ），０．９１（ｓ，
９Ｈ），０．９０（ｓ，９Ｈ），０．０８（ｓ，３
Ｈ），０．０６（ｓ，３Ｈ），−０．０６（ｓ，３
Ｈ），−０．１４（ｓ，３Ｈ）。
スルフィド１４を、以下のように合成した。チオール９
（０．０９０ｇ、０．３１５ｍｍｏｌ）を、３ｍＬ Ｔ
ＨＦ／０．５ｍＬ ＤＭＦ中に懸濁し、そしてＤＢＵ
（４９μＬ、０．３１５ｍｍｏｌ）を加えた。２ｍＬ
ＴＨＦ中のブロモアセトアミド１３（０．１６ｇ、０．
２８４ｍｍｏｌ）の溶液を０℃で加え、そして混合物を
室温まで暖め、次いで室温にて１２時間撹拌した。反応
物を飽和食塩水（２０ｍＬ）およびクロロホルム（ＣＨ
Ｃｌ３）（４０ｍＬ）中に注ぎ、そして層を分離させ
た。有機層を飽和食塩水（２×２０ｍＬ）で洗浄し、そ
してＮａ２ＳＯ４上で乾燥させた。溶媒をエバポレート
し、そして残渣を、１：２０ メタノール／クロロホル
ム〜１：１０ メタノール／クロロホルムの勾配溶出を
用いてシリカ上でクロマトグラフィーに供し（ピペット
カラム）、白色固体のスルフィド１４（０．０９３ｇ、
４３％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨｚ，
１：１ クロロホルム−ｄ／メタノール−ｄ４（ＣＤＣ
ｌ３／ＣＤ ３ＯＤ））δ８．１５（ｄ，Ｊ＝６Ｈｚ，２
Ｈ），７．５５（ｄ，Ｊ＝５Ｈｚ，１Ｈ），７．５３
（ｓ，１Ｈ），７．４７（ｄ，Ｊ＝６Ｈｚ，２Ｈ），
７．３７（ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，１Ｈ），７．１４（ｄ，Ｊ
＝９Ｈｚ，１Ｈ），５．２０（ｂｒ ｓ，１Ｈ），４．
０９−４．０２（ｍ，１Ｈ），３．９８−３．９２
（ｍ，１Ｈ），３．７０−３．５３（ｍ，５Ｈ），３．
３３−３．１２（ｍ，４Ｈ），２．６７−２．６１
（ｍ，２Ｈ），２．３１（ｓ，３Ｈ），０．９１（ｓ，
９Ｈ），０．９０（ｓ，９Ｈ），０．０８（ｓ，３
Ｈ），０．０６（ｓ，３Ｈ），−０．０６（ｓ，３
Ｈ），−０．１４（ｓ，３Ｈ）。
【０５０２】（ｖｉｉ．スルホキシド１６の合成）図３
８のスルホキシド１６を、以下のように合成した。スル
フィド１４（０．０６０ｇ、０．０７８ｍｍｏｌ）を２
ｍＬ ＴＨＦ中に溶解させ、そしてこの混合物を０℃に
冷却した。ジイロプロピルエチルアミン（ｉ−Ｐｒ２Ｎ
ｅｔ）（１８μＬ、０．１０ｍｍｏｌ）を加え、次いで
クロロメチルメチルエーテル（３３．２μＬ、０．３９
ｍｍｏｌ）を加え、そして０℃にて１時間撹拌を続け
た。冷却漕を取り除き、そして反応物を室温にて１２時
間撹拌させた。この反応を、飽和水性ＮａＨＣＯ３を用
いてクエンチし、そしてクロロホルム（４０ｍＬ）を用
いて分留した。水層をクロロホルム（２０ｍＬ）を用い
て抽出し、そして混合した有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾
燥させ、そしてエバポレートした。粗物質を０〜４％
メタノール／クロロホルムを溶出液として用いて、シリ
カ上でクロマトグラフィーに供した。２つの画分を獲得
した。画分１（１０．８ｍｇ）は、Ｒｆ＝０．６３（１
２％ メタノール／クロロホルム）の微量の不純物およ
びＲｆ＝０．５８の主要成分を含んだ。画分２（１６ｍ
ｇ）は、Ｒｆ＝０．５０の１つの化合物のみを含んだ
（出発アルコールは、Ｒｆ＝０．３６を有した）。これ
らの画分は、目的のヒドロキシル基で完全に保護され、
そして部分的に過剰に保護されていた（この分子のウラ
シル部分におけるＭＯＭエーテル）化合物を含んでいる
ようであった。
８のスルホキシド１６を、以下のように合成した。スル
フィド１４（０．０６０ｇ、０．０７８ｍｍｏｌ）を２
ｍＬ ＴＨＦ中に溶解させ、そしてこの混合物を０℃に
冷却した。ジイロプロピルエチルアミン（ｉ−Ｐｒ２Ｎ
ｅｔ）（１８μＬ、０．１０ｍｍｏｌ）を加え、次いで
クロロメチルメチルエーテル（３３．２μＬ、０．３９
ｍｍｏｌ）を加え、そして０℃にて１時間撹拌を続け
た。冷却漕を取り除き、そして反応物を室温にて１２時
間撹拌させた。この反応を、飽和水性ＮａＨＣＯ３を用
いてクエンチし、そしてクロロホルム（４０ｍＬ）を用
いて分留した。水層をクロロホルム（２０ｍＬ）を用い
て抽出し、そして混合した有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾
燥させ、そしてエバポレートした。粗物質を０〜４％
メタノール／クロロホルムを溶出液として用いて、シリ
カ上でクロマトグラフィーに供した。２つの画分を獲得
した。画分１（１０．８ｍｇ）は、Ｒｆ＝０．６３（１
２％ メタノール／クロロホルム）の微量の不純物およ
びＲｆ＝０．５８の主要成分を含んだ。画分２（１６ｍ
ｇ）は、Ｒｆ＝０．５０の１つの化合物のみを含んだ
（出発アルコールは、Ｒｆ＝０．３６を有した）。これ
らの画分は、目的のヒドロキシル基で完全に保護され、
そして部分的に過剰に保護されていた（この分子のウラ
シル部分におけるＭＯＭエーテル）化合物を含んでいる
ようであった。
【０５０３】上記の画分２由来の物質（０．０１６ｇ、
０．０２０ｍｍｏｌ）を、１ｍＬ四塩化炭素（ＣＣ
ｌ４）中に溶解した。この溶液に、ＣＣｌ４（１ｍＬ）
中のチタン（ＩＶ）イソプロポキシド（Ｔｉ（Ｏｉ−Ｐ
ｒ）４）（０．６μＬ、０．００２ｍｍｏｌ）、ＢＩＮ
ＡＰ（０．００１ｇ、０．００４ｍｍｏｌ）、水（０．
７２μＬ、０．０２ｍｍｏｌ）を含む混合物を加え、そ
して得られた混合物を２０℃にて攪拌した（この酸化プ
ロトコルの詳細な説明については、Ｋｏｍａｔｓｕ ｅ
ｔ ａｌ．、Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９９３、５８、
４５２９−４５３３を参照のこと）。トルエン（１Ｍ、
６０μＬ、０．０６ｍｍｏｌ）中のｔｅｒｔ−ブチルヒ
ドロペルオキシドをこの混合物に加え、そして７２時間
攪拌を続けた。この時点で、ＴＬＣ分析は、新規の低Ｒ
ｆ産物（Ｒｆ＝０．３９、ＣＨＣｌ ３／ＭｅＯＨ ８：
１）への約７５％の変換を示した。この反応物を、飽和
ＮａＨＣＯ３（１０ｍＬ）とＣＨＣｌ３（２０ｍＬ）と
の間で分配させた。水層をＣＨＣｌ３（２×１０ｍＬ）
で洗浄し、そして組合せた有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾
燥させ、そして溶媒をエバポレートした。粗物質をシリ
カゲル上でクロマトグラフィーに供し、ＣＨＣｌ３中の
０〜５％メタノール（ＭｅＯＨ）で溶出した。２つの画
分を獲得した：画分１は未反応の出発物質（４．１ｍ
ｇ）を含み、画分２はスルホキシド１６（７．７ｍｇ、
０．０３６ｍｍｏｌ）を含んだ。
０．０２０ｍｍｏｌ）を、１ｍＬ四塩化炭素（ＣＣ
ｌ４）中に溶解した。この溶液に、ＣＣｌ４（１ｍＬ）
中のチタン（ＩＶ）イソプロポキシド（Ｔｉ（Ｏｉ−Ｐ
ｒ）４）（０．６μＬ、０．００２ｍｍｏｌ）、ＢＩＮ
ＡＰ（０．００１ｇ、０．００４ｍｍｏｌ）、水（０．
７２μＬ、０．０２ｍｍｏｌ）を含む混合物を加え、そ
して得られた混合物を２０℃にて攪拌した（この酸化プ
ロトコルの詳細な説明については、Ｋｏｍａｔｓｕ ｅ
ｔ ａｌ．、Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．１９９３、５８、
４５２９−４５３３を参照のこと）。トルエン（１Ｍ、
６０μＬ、０．０６ｍｍｏｌ）中のｔｅｒｔ−ブチルヒ
ドロペルオキシドをこの混合物に加え、そして７２時間
攪拌を続けた。この時点で、ＴＬＣ分析は、新規の低Ｒ
ｆ産物（Ｒｆ＝０．３９、ＣＨＣｌ ３／ＭｅＯＨ ８：
１）への約７５％の変換を示した。この反応物を、飽和
ＮａＨＣＯ３（１０ｍＬ）とＣＨＣｌ３（２０ｍＬ）と
の間で分配させた。水層をＣＨＣｌ３（２×１０ｍＬ）
で洗浄し、そして組合せた有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾
燥させ、そして溶媒をエバポレートした。粗物質をシリ
カゲル上でクロマトグラフィーに供し、ＣＨＣｌ３中の
０〜５％メタノール（ＭｅＯＨ）で溶出した。２つの画
分を獲得した：画分１は未反応の出発物質（４．１ｍ
ｇ）を含み、画分２はスルホキシド１６（７．７ｍｇ、
０．０３６ｍｍｏｌ）を含んだ。
【０５０４】（ｖｉｉｉ．スパルソクロラムフェニコー
ルハイブリッドＡ１の合成）図３８のスパルソクロラム
フェニコールハイブリッドＡ１（図３４の完全構造）
を、以下のように合成した。スルホキシド１６（０．０
０７５ｇ、０．００９１ｍｍｏｌ）をＭｅＯＨ（２ｍ
Ｌ）中の０．１％塩酸（ＨＣｌ）中に溶解し、そしてＤ
ｏｗｅｘ（登録商標）５０（Ｈ＋形態）（０．２ｇ）を
加えた。この混合物を５０℃にて３時間攪拌し、そして
ＴＬＣ分析は、単一の低Ｒｆ産物（Ｒｆ＝０．２５、Ｃ
ＨＣｌ３／ＭｅＯＨ ２５：３）への完全な変換を示し
た。Ｄｏｗｅｘ（登録商標）５０を濾過により除去し、
そして溶媒を減圧下でエバポレートした。粗生成物をＴ
ＨＦ（０．５ｍＬ）およびＭｅＯＨ（０．５ｍＬ）中に
溶解し、Ｈ２ＳｉＦ６（Ｈ２Ｏ中の２０ｗｔ／ｖｏ
ｌ．）（１２０μＬ、０．１５ｍｍｏｌ）の溶液を加
え、この混合物を室温にて３時間攪拌した。ＴＬＣ分析
は、３時間以内で基準生成物への約５０％の変換を示
し、その後、一晩（約２０時間）攪拌を続け、その間、
基準生成物の量的な形成がほぼ観察された。この反応物
を、ＣＨＣｌ３（１ｍＬ）と水（Ｈ２Ｏ）（１．５ｍ
Ｌ）との間で分配し、層を分離して、水層をＣＨＣｌ３
／ＭｅＯＨ ２：１（１．５ｍＬ）で一度抽出した。Ｔ
ＬＣ分析（ＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨ ７：１）は、基準生
成物が、水槽に専ら存在することを示し、ＴＬＣ（ＣＨ
Ｃｌ３／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２：１：０．１）は、密に
結合した化合物（Ｒｆが０．７１および０．６７）の存
在を示した。水層を濃縮し、そしてＣＨＣｌ３／ＭｅＯ
Ｈ／Ｈ２Ｏ ２：１：０．１を用いてシリカ（ピペット
カラム）上でクロマトグラフィーに供し、白色固体の１
のジアステレオマー混合物（０．００１７ｇ、３４％）
を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ，ｐａｒｔｉａｌ（５００Ｍ
Ｈｚ，ｄｅｕｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｅ（Ｄ２Ｏ）／Ｃ
Ｄ３ＯＤ）δ８．１５（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，
２Ｈ），７．５７（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，２
Ｈ），｛７．４２（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ，ｍ
ａｊｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅｒ），７．３９（ａ
ｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ，ｍｉｎｏｒ ｄｉａｓｔ
ｅｒｅｏｍｅｒ）；１Ｈ｝，｛６．９９（ａｐｐ ｄ，
Ｊ＝１６Ｈｚ，ｍｉｎｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅ
ｒ），６．９６（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ，ｍａ
ｊｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅｒ）；１Ｈ｝，｛２．
５３（ｓ，ｍａｊｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅｒ），
２．５１（ｓ，ｍｉｎｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅ
ｒ）；３Ｈ）。ＨＲＭＳ ｃａｌｃｄ ｆｏｒ Ｃ２２
Ｈ２７Ｎ５Ｏ１０Ｓ（Ｍ，ｍｏｎｏｄｅｕｔｅｒａｔｅ
ｄ） ＋：５５５．１５．Ｆｏｕｎｄ：５５５．１５。
ルハイブリッドＡ１の合成）図３８のスパルソクロラム
フェニコールハイブリッドＡ１（図３４の完全構造）
を、以下のように合成した。スルホキシド１６（０．０
０７５ｇ、０．００９１ｍｍｏｌ）をＭｅＯＨ（２ｍ
Ｌ）中の０．１％塩酸（ＨＣｌ）中に溶解し、そしてＤ
ｏｗｅｘ（登録商標）５０（Ｈ＋形態）（０．２ｇ）を
加えた。この混合物を５０℃にて３時間攪拌し、そして
ＴＬＣ分析は、単一の低Ｒｆ産物（Ｒｆ＝０．２５、Ｃ
ＨＣｌ３／ＭｅＯＨ ２５：３）への完全な変換を示し
た。Ｄｏｗｅｘ（登録商標）５０を濾過により除去し、
そして溶媒を減圧下でエバポレートした。粗生成物をＴ
ＨＦ（０．５ｍＬ）およびＭｅＯＨ（０．５ｍＬ）中に
溶解し、Ｈ２ＳｉＦ６（Ｈ２Ｏ中の２０ｗｔ／ｖｏ
ｌ．）（１２０μＬ、０．１５ｍｍｏｌ）の溶液を加
え、この混合物を室温にて３時間攪拌した。ＴＬＣ分析
は、３時間以内で基準生成物への約５０％の変換を示
し、その後、一晩（約２０時間）攪拌を続け、その間、
基準生成物の量的な形成がほぼ観察された。この反応物
を、ＣＨＣｌ３（１ｍＬ）と水（Ｈ２Ｏ）（１．５ｍ
Ｌ）との間で分配し、層を分離して、水層をＣＨＣｌ３
／ＭｅＯＨ ２：１（１．５ｍＬ）で一度抽出した。Ｔ
ＬＣ分析（ＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨ ７：１）は、基準生
成物が、水槽に専ら存在することを示し、ＴＬＣ（ＣＨ
Ｃｌ３／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２：１：０．１）は、密に
結合した化合物（Ｒｆが０．７１および０．６７）の存
在を示した。水層を濃縮し、そしてＣＨＣｌ３／ＭｅＯ
Ｈ／Ｈ２Ｏ ２：１：０．１を用いてシリカ（ピペット
カラム）上でクロマトグラフィーに供し、白色固体の１
のジアステレオマー混合物（０．００１７ｇ、３４％）
を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ，ｐａｒｔｉａｌ（５００Ｍ
Ｈｚ，ｄｅｕｔｅｒｉｕｍ ｏｘｉｄｅ（Ｄ２Ｏ）／Ｃ
Ｄ３ＯＤ）δ８．１５（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，
２Ｈ），７．５７（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，２
Ｈ），｛７．４２（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ，ｍ
ａｊｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅｒ），７．３９（ａ
ｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ，ｍｉｎｏｒ ｄｉａｓｔ
ｅｒｅｏｍｅｒ）；１Ｈ｝，｛６．９９（ａｐｐ ｄ，
Ｊ＝１６Ｈｚ，ｍｉｎｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅ
ｒ），６．９６（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ，ｍａ
ｊｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅｒ）；１Ｈ｝，｛２．
５３（ｓ，ｍａｊｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅｒ），
２．５１（ｓ，ｍｉｎｏｒ ｄｉａｓｔｅｒｅｏｍｅ
ｒ）；３Ｈ）。ＨＲＭＳ ｃａｌｃｄ ｆｏｒ Ｃ２２
Ｈ２７Ｎ５Ｏ１０Ｓ（Ｍ，ｍｏｎｏｄｅｕｔｅｒａｔｅ
ｄ） ＋：５５５．１５．Ｆｏｕｎｄ：５５５．１５。
【０５０５】（ｉｘ．スルフィド１５の合成）実施例３
８のスルフィド１５を、以下のように合成した。スルフ
ィド１４（０．０２ｇ、０．０２６ｍｍｏｌ）を、ＴＨ
Ｆ（０．３ｍＬ）およびＭｅＯＨ（０．３ｍＬ）中に溶
解させ、Ｈ２ＳｉＦ６の溶液（Ｈ２Ｏ中の２０ｗｔ／ｖ
ｏｌ）（２００μＬ、０．２５ｍｍｏｌ）を加え、そし
てこの混合物を２０℃にて２０時間攪拌した。反応物
を、ＣＨＣｌ３（１ｍＬ）とＨ２Ｏ（０．５ｍＬ）との
間で分配し、層を分離させた。水層を濃縮し、そしてＣ
ＨＣｌ３／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２．５：１：０．１を用
いてシリカ上（ピペットカラム）でクロマトグラフィー
に供し、白色固体の化合物１５（０．００９７ｇ、７０
％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨｚ，Ｄ２Ｏ
／ＣＤ３ＯＤ）δ８．２１（ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，２Ｈ），
７．６７（ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，２Ｈ），７．４４（ｄ，Ｊ
＝１５．５Ｈｚ，１Ｈ），７．１５（ｄ，Ｊ＝１５．５
Ｈｚ，１Ｈ），５．１７（ｄ，Ｊ＝３Ｈｚ，１Ｈ），
４．２７（ｍ，１Ｈ），４．１２（ｍ，１Ｈ），３．８
５（ｍ，２Ｈ），３．６５（ｍ，３Ｈ），３．２０−
３．３９（ｍ，４Ｈ），２．６０（ｍ，２Ｈ），２．４
３（ｓ，３Ｈ）。ＨＲＭＳ ｃａｌｃｄ ｆｏｒ Ｃ
２２Ｈ ２７Ｎ５Ｏ９Ｓ（Ｍ＋Ｈ）＋：５３８．１６．Ｆ
ｏｕｎｄ：５３８．１２。
８のスルフィド１５を、以下のように合成した。スルフ
ィド１４（０．０２ｇ、０．０２６ｍｍｏｌ）を、ＴＨ
Ｆ（０．３ｍＬ）およびＭｅＯＨ（０．３ｍＬ）中に溶
解させ、Ｈ２ＳｉＦ６の溶液（Ｈ２Ｏ中の２０ｗｔ／ｖ
ｏｌ）（２００μＬ、０．２５ｍｍｏｌ）を加え、そし
てこの混合物を２０℃にて２０時間攪拌した。反応物
を、ＣＨＣｌ３（１ｍＬ）とＨ２Ｏ（０．５ｍＬ）との
間で分配し、層を分離させた。水層を濃縮し、そしてＣ
ＨＣｌ３／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２．５：１：０．１を用
いてシリカ上（ピペットカラム）でクロマトグラフィー
に供し、白色固体の化合物１５（０．００９７ｇ、７０
％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨｚ，Ｄ２Ｏ
／ＣＤ３ＯＤ）δ８．２１（ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，２Ｈ），
７．６７（ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，２Ｈ），７．４４（ｄ，Ｊ
＝１５．５Ｈｚ，１Ｈ），７．１５（ｄ，Ｊ＝１５．５
Ｈｚ，１Ｈ），５．１７（ｄ，Ｊ＝３Ｈｚ，１Ｈ），
４．２７（ｍ，１Ｈ），４．１２（ｍ，１Ｈ），３．８
５（ｍ，２Ｈ），３．６５（ｍ，３Ｈ），３．２０−
３．３９（ｍ，４Ｈ），２．６０（ｍ，２Ｈ），２．４
３（ｓ，３Ｈ）。ＨＲＭＳ ｃａｌｃｄ ｆｏｒ Ｃ
２２Ｈ ２７Ｎ５Ｏ９Ｓ（Ｍ＋Ｈ）＋：５３８．１６．Ｆ
ｏｕｎｄ：５３８．１２。
【０５０６】（ｘ．ブロモプロピオンアミド１７の合
成）図３９のブロモプロピオンアミド１７を、ブロモア
セトアミド１３の合成について記載されたのと同一のプ
ロトコル（ブロモ酢酸の代わりに３−ブロモプロピオン
酸を用いたことを除く）を用いて作製した。ブロモプロ
ピオンアミド１７を１：８ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン〜
１：４ ＥｔＯＡｃ／ヘキサンを溶出液として用いて、
シリカゲルカラム上で精製し、油状形態のブロモプロピ
オンアミド１７を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨ
ｚ，ＣＤＣｌ３）（および３０％のアクリルアミド不純
物の混入）δ８．１８（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，２
Ｈ），７．４７（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝９，２Ｈ），５．２
４（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝４．５Ｈｚ，１Ｈ），４．０４
（ｍ，１Ｈ），３．５２−３．６７（ｍ，４Ｈ），２．
６９（ｍ，２Ｈ），０．９５（ｓ，９Ｈ），０．９２
（ｓ，９Ｈ），０．０８（ｓ，３Ｈ），０．０６（ｓ，
３Ｈ），−０．０５（ｓ，３Ｈ），−０．１０（ｓ，３
Ｈ）。
成）図３９のブロモプロピオンアミド１７を、ブロモア
セトアミド１３の合成について記載されたのと同一のプ
ロトコル（ブロモ酢酸の代わりに３−ブロモプロピオン
酸を用いたことを除く）を用いて作製した。ブロモプロ
ピオンアミド１７を１：８ ＥｔＯＡｃ／ヘキサン〜
１：４ ＥｔＯＡｃ／ヘキサンを溶出液として用いて、
シリカゲルカラム上で精製し、油状形態のブロモプロピ
オンアミド１７を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（５００ＭＨ
ｚ，ＣＤＣｌ３）（および３０％のアクリルアミド不純
物の混入）δ８．１８（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ，２
Ｈ），７．４７（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝９，２Ｈ），５．２
４（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝４．５Ｈｚ，１Ｈ），４．０４
（ｍ，１Ｈ），３．５２−３．６７（ｍ，４Ｈ），２．
６９（ｍ，２Ｈ），０．９５（ｓ，９Ｈ），０．９２
（ｓ，９Ｈ），０．０８（ｓ，３Ｈ），０．０６（ｓ，
３Ｈ），−０．０５（ｓ，３Ｈ），−０．１０（ｓ，３
Ｈ）。
【０５０７】（ｘｉ．スルフィド１８の合成）図３９の
スルフィド１８を、スルフィド１４の合成について記載
されたプロトコルを用いてチオール９およびブロモプロ
ピオンアミド１７から作製した。得られた生成物は、シ
リカゲルカラム上で１０：１ ＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨ〜
８：１ＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨを用いて溶出して精製し、
白色固体のスルフィド１８（７％）を獲得した。
スルフィド１８を、スルフィド１４の合成について記載
されたプロトコルを用いてチオール９およびブロモプロ
ピオンアミド１７から作製した。得られた生成物は、シ
リカゲルカラム上で１０：１ ＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨ〜
８：１ＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨを用いて溶出して精製し、
白色固体のスルフィド１８（７％）を獲得した。
【０５０８】（ｘｉｉ．スパルソクロラムフェニコール
ハイブリッドＢ２の合成）図３９のスパルソクロラムフ
ェニコールハイブリッドＢ２（図３４の完全構造）を、
以下のようにして合成した。スルフィド１８（０．０２
ｇ、０．０２６ｍｍｏｌ）を、Ｔｉ（Ｏｉ−Ｐｒ）
４（０．７７μＬ、０．００２６ｍｍｏｌ）、ＢＩＮＡ
Ｐ（０．００１５ｇ、０．００５２ｍｍｏｌ）、水
（０．９２μＬ、０．０２６ｍｍｏｌ）を含むＣＣｌ４
（１．２８ｍＬ）中に溶解し、そしてこの溶液を２０℃
にて攪拌した。トルエン中のｔｅｒｔ−ブチルヒドロペ
ルオキシド（１Ｍ、７１．３μＬ、０．０７ｍｍｏｌ）
を加え、そして２０℃にて７２時間攪拌を続けた。この
反応物を飽和ＮａＨＣＯ３（１０ｍＬ）とＣＨＣｌ
３（２０ｍＬ）との間で分配した。水層をＣＨＣｌ
３（２×１０ｍＬ）で洗浄し、混合した有機層をＮａ２
ＳＯ４上で乾燥させ、そして溶媒をエバポレートした。
粗物質をシリカ上でクロマトグラフィーに供し、ＣＨＣ
ｌ３中の０〜１０％ＭｅＯＨで溶出した。２つの画分を
獲得した：画分１は未反応のスルフィド１８（０．００
５５ｇ）を含み、そして画分２は所望のスルホキシド
（０．００８ｇ、３８％）を含んだ。
ハイブリッドＢ２の合成）図３９のスパルソクロラムフ
ェニコールハイブリッドＢ２（図３４の完全構造）を、
以下のようにして合成した。スルフィド１８（０．０２
ｇ、０．０２６ｍｍｏｌ）を、Ｔｉ（Ｏｉ−Ｐｒ）
４（０．７７μＬ、０．００２６ｍｍｏｌ）、ＢＩＮＡ
Ｐ（０．００１５ｇ、０．００５２ｍｍｏｌ）、水
（０．９２μＬ、０．０２６ｍｍｏｌ）を含むＣＣｌ４
（１．２８ｍＬ）中に溶解し、そしてこの溶液を２０℃
にて攪拌した。トルエン中のｔｅｒｔ−ブチルヒドロペ
ルオキシド（１Ｍ、７１．３μＬ、０．０７ｍｍｏｌ）
を加え、そして２０℃にて７２時間攪拌を続けた。この
反応物を飽和ＮａＨＣＯ３（１０ｍＬ）とＣＨＣｌ
３（２０ｍＬ）との間で分配した。水層をＣＨＣｌ
３（２×１０ｍＬ）で洗浄し、混合した有機層をＮａ２
ＳＯ４上で乾燥させ、そして溶媒をエバポレートした。
粗物質をシリカ上でクロマトグラフィーに供し、ＣＨＣ
ｌ３中の０〜１０％ＭｅＯＨで溶出した。２つの画分を
獲得した：画分１は未反応のスルフィド１８（０．００
５５ｇ）を含み、そして画分２は所望のスルホキシド
（０．００８ｇ、３８％）を含んだ。
【０５０９】上記の画分２のスルホキシド生成物（０．
００８ｇ、０．０１ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（０．５ｍ
Ｌ）およびＭｅＯＨ（０．５ｍＬ）中に溶解し、Ｈ２Ｓ
ｉＦ６の溶液（Ｈ２Ｏ中に２０ｗｔ／ｖｏｌ．）（１２
０μＬ、０．１５ｍｍｏｌ）を加え、そして、混合物を
室温にて一晩（およそ２０時間）攪拌し、この間、基準
生成物の量的な形成がほぼ見出された。この反応物を、
ＣＨＣｌ３（１ｍＬ）とＨ２Ｏ（１．５ｍＬ）との間で
分配し、層を分離し、そして水層をＣＨＣｌ３／ＭｅＯ
Ｈ ２：１（１．５ｍＬ）を用いて一度抽出した。ＴＬ
Ｃ分析（ＣＨＣｌ ３／ＭｅＯＨ ７：１）は、基準生成
物が専ら水層に存在することを示し、一方、ＣＨＣｌ３
／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２：１：０．１を用いたＴＬＣ
は、密に結合した化合物（Ｒｆが０．５２および０．４
７）の存在を示した。水層を濃縮し、そしてＣＨＣｌ３
／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２：１：０．１を用いてシリカ上
でクロマトグラフィーに供し（ピペットカラム）、白色
固体の２のジアステレオマー混合物（０．００３６ｇ、
６９％）を生成した。１Ｈ−ＮＭＲ，ｐａｒｔｉａｌ
（５００ＭＨｚ，Ｄ２Ｏ／ＣＤ３ＯＤ）δ｛８．２０
（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ），８．１３（ａｐｐ
ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ）；２Ｈ｝，｛７．５８（ａｐｐ
ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ），７．５４（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝９Ｈ
ｚ）；２Ｈ），｛７．３４（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈ
ｚ），７．２４（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ）；１
Ｈ｝，｛７．０１（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ），７．
００（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ）；１Ｈ｝，２．７６
（ｍ，２Ｈ），２．３４（ｂｓ，３Ｈ）。ＨＲＭＳ ｃ
ａｌｃｄ ｆｏｒ Ｃ２３Ｈ２９Ｎ５Ｏ１０Ｓ（Ｍ＋
Ｈ）＋：５６８．１７．Ｆｏｕｎｄ：５６８．１４。
００８ｇ、０．０１ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ（０．５ｍ
Ｌ）およびＭｅＯＨ（０．５ｍＬ）中に溶解し、Ｈ２Ｓ
ｉＦ６の溶液（Ｈ２Ｏ中に２０ｗｔ／ｖｏｌ．）（１２
０μＬ、０．１５ｍｍｏｌ）を加え、そして、混合物を
室温にて一晩（およそ２０時間）攪拌し、この間、基準
生成物の量的な形成がほぼ見出された。この反応物を、
ＣＨＣｌ３（１ｍＬ）とＨ２Ｏ（１．５ｍＬ）との間で
分配し、層を分離し、そして水層をＣＨＣｌ３／ＭｅＯ
Ｈ ２：１（１．５ｍＬ）を用いて一度抽出した。ＴＬ
Ｃ分析（ＣＨＣｌ ３／ＭｅＯＨ ７：１）は、基準生成
物が専ら水層に存在することを示し、一方、ＣＨＣｌ３
／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２：１：０．１を用いたＴＬＣ
は、密に結合した化合物（Ｒｆが０．５２および０．４
７）の存在を示した。水層を濃縮し、そしてＣＨＣｌ３
／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２：１：０．１を用いてシリカ上
でクロマトグラフィーに供し（ピペットカラム）、白色
固体の２のジアステレオマー混合物（０．００３６ｇ、
６９％）を生成した。１Ｈ−ＮＭＲ，ｐａｒｔｉａｌ
（５００ＭＨｚ，Ｄ２Ｏ／ＣＤ３ＯＤ）δ｛８．２０
（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ），８．１３（ａｐｐ
ｄ，Ｊ＝８．８Ｈｚ）；２Ｈ｝，｛７．５８（ａｐｐ
ｄ，Ｊ＝９Ｈｚ），７．５４（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝９Ｈ
ｚ）；２Ｈ），｛７．３４（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈ
ｚ），７．２４（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ）；１
Ｈ｝，｛７．０１（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ），７．
００（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ）；１Ｈ｝，２．７６
（ｍ，２Ｈ），２．３４（ｂｓ，３Ｈ）。ＨＲＭＳ ｃ
ａｌｃｄ ｆｏｒ Ｃ２３Ｈ２９Ｎ５Ｏ１０Ｓ（Ｍ＋
Ｈ）＋：５６８．１７．Ｆｏｕｎｄ：５６８．１４。
【０５１０】（Ｇ．実施例７：スパルソアニソマイシン
ハイブリッドの合成）スパルソアニソマイシンハイブリ
ッド３の合成を、図４０および図４１に示し、そして以
下のように段階的に記載する。
ハイブリッドの合成）スパルソアニソマイシンハイブリ
ッド３の合成を、図４０および図４１に示し、そして以
下のように段階的に記載する。
【０５１１】（ｉ．フェノール２１の合成）図４０のフ
ェノール２１を、以下のように合成した。アニソマイシ
ン１９（０．５ｇ、１．８８ｍｍｏｌ）を、１５ｍＬの
アセトニトリル中に懸濁した。９−フルオレニルメチル
スクシンイミド（０．７６２ｇ、２．２６ｍｍｏｌ）を
この懸濁物に加えた。添加の際、全ての固体を溶解させ
た。室温にて１６時間攪拌した後、水を反応溶液に加
え、そして酢酸エチルを用いて抽出した。有機物を混合
し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥させた。濾過および
濃縮後、３：１ ヘキサン：酢酸エチルを移動相として
用いるカラムクロマトグラフィーにより、精製を達成し
た。これにより、量的な収量（０．９１６ｇ）で泡とし
て９−フルオレニルメチルカルバメート２０を獲得し
た。
ェノール２１を、以下のように合成した。アニソマイシ
ン１９（０．５ｇ、１．８８ｍｍｏｌ）を、１５ｍＬの
アセトニトリル中に懸濁した。９−フルオレニルメチル
スクシンイミド（０．７６２ｇ、２．２６ｍｍｏｌ）を
この懸濁物に加えた。添加の際、全ての固体を溶解させ
た。室温にて１６時間攪拌した後、水を反応溶液に加
え、そして酢酸エチルを用いて抽出した。有機物を混合
し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥させた。濾過および
濃縮後、３：１ ヘキサン：酢酸エチルを移動相として
用いるカラムクロマトグラフィーにより、精製を達成し
た。これにより、量的な収量（０．９１６ｇ）で泡とし
て９−フルオレニルメチルカルバメート２０を獲得し
た。
【０５１２】化合物２０（０．９２９ｇ、１．９０ｍｍ
ｏｌ）を、１．５ｍＬの乾燥１−メチル−２−ピロリジ
ノン中に溶解した。この溶液に、イミダゾール（０．７
７６ｇ、１１．４ｍｍｏｌ）、次いでｔｅｒｔ−ブチル
ジメチルシリルクロリド（０．８５９ｇ、５．７０ｍｍ
ｏｌ）を加えた。室温にて１．５時間攪拌した後、反応
溶液を、直接シリカカラムにアプライした。カラムを
６：１ ヘキサン：酢酸エチル溶液を用いて溶出し、白
色泡の所望のシリル化（ｓｉｌｙｌａｔｅｄ）生成物
（１．０４ｇ、９１％）を獲得した。
ｏｌ）を、１．５ｍＬの乾燥１−メチル−２−ピロリジ
ノン中に溶解した。この溶液に、イミダゾール（０．７
７６ｇ、１１．４ｍｍｏｌ）、次いでｔｅｒｔ−ブチル
ジメチルシリルクロリド（０．８５９ｇ、５．７０ｍｍ
ｏｌ）を加えた。室温にて１．５時間攪拌した後、反応
溶液を、直接シリカカラムにアプライした。カラムを
６：１ ヘキサン：酢酸エチル溶液を用いて溶出し、白
色泡の所望のシリル化（ｓｉｌｙｌａｔｅｄ）生成物
（１．０４ｇ、９１％）を獲得した。
【０５１３】上記のシリル化生成物（１．０４ｇ、１．
７３ｍｍｏｌ）を、１５ｍＬの乾燥塩化メチレン中に溶
解した。この溶液を、−１０℃に冷却した。−１０℃の
三臭化ホウ素の１．０Ｍ溶液（１７．３ｍＬ）を加え
た。２時間後、４ｍＬの三臭化ホウ素溶液を加えた。さ
らに−１０℃にて２時間後、反応溶液を、０℃の重炭酸
ナトリウムの飽和水溶液に注いだ。混合物を３０分間激
しく（ｖｉｇｏｒｏｕｓｌｙ）攪拌した。次いでこれを
分離させ、塩化メチレンを用いて抽出した。有機層を混
合し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥させた。カラムク
ロマトグラフィーを用いて４：１ ヘキサン／酢酸エチ
ルで溶出し、次いで出発物質をカラムから除いた後に、
２：１ ヘキサン／酢酸エチルで溶出して精製を達成
し、白色泡のフェノール２１（０．７４８ｇ、７４％）
を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＣＤＣ
ｌ３）δ７．８０（ｄ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，１Ｈ），７．
７４（ｄ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，１Ｈ），７．６３（ｍ，２
Ｈ），７．３６（ｍ，４Ｈ），７．０６（ｄ，Ｊ＝８．
０Ｈｚ，１Ｈ），６．７９（ｄ，Ｊ＝８．３Ｈｚ，１
Ｈ），６．７４（ｓ，２Ｈ），４．８４（ｍ，１Ｈ），
４．６９（ｄ，Ｊ＝４．９Ｈｚ，１Ｈ），４．５０
（ｍ，２Ｈ），４．３４（ｍ，２Ｈ），４．０２（ｍ，
１Ｈ），３．９０（ｍ，１Ｈ），３．３５（ｍ，３
Ｈ），２．８４（ｍ，１Ｈ），２．５１（ｍ，１Ｈ），
２．０１（ｓ，３Ｈ），０．８７および０．８３（ｔｗ
ｏｓ，９Ｈ），０．０６および−０．０１（２ｓ，６
Ｈ）。
７３ｍｍｏｌ）を、１５ｍＬの乾燥塩化メチレン中に溶
解した。この溶液を、−１０℃に冷却した。−１０℃の
三臭化ホウ素の１．０Ｍ溶液（１７．３ｍＬ）を加え
た。２時間後、４ｍＬの三臭化ホウ素溶液を加えた。さ
らに−１０℃にて２時間後、反応溶液を、０℃の重炭酸
ナトリウムの飽和水溶液に注いだ。混合物を３０分間激
しく（ｖｉｇｏｒｏｕｓｌｙ）攪拌した。次いでこれを
分離させ、塩化メチレンを用いて抽出した。有機層を混
合し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥させた。カラムク
ロマトグラフィーを用いて４：１ ヘキサン／酢酸エチ
ルで溶出し、次いで出発物質をカラムから除いた後に、
２：１ ヘキサン／酢酸エチルで溶出して精製を達成
し、白色泡のフェノール２１（０．７４８ｇ、７４％）
を獲得した。１Ｈ−ＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＣＤＣ
ｌ３）δ７．８０（ｄ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，１Ｈ），７．
７４（ｄ，Ｊ＝７．４Ｈｚ，１Ｈ），７．６３（ｍ，２
Ｈ），７．３６（ｍ，４Ｈ），７．０６（ｄ，Ｊ＝８．
０Ｈｚ，１Ｈ），６．７９（ｄ，Ｊ＝８．３Ｈｚ，１
Ｈ），６．７４（ｓ，２Ｈ），４．８４（ｍ，１Ｈ），
４．６９（ｄ，Ｊ＝４．９Ｈｚ，１Ｈ），４．５０
（ｍ，２Ｈ），４．３４（ｍ，２Ｈ），４．０２（ｍ，
１Ｈ），３．９０（ｍ，１Ｈ），３．３５（ｍ，３
Ｈ），２．８４（ｍ，１Ｈ），２．５１（ｍ，１Ｈ），
２．０１（ｓ，３Ｈ），０．８７および０．８３（ｔｗ
ｏｓ，９Ｈ），０．０６および−０．０１（２ｓ，６
Ｈ）。
【０５１４】（ｉｉ．メチルチオメチルフェニルエーテ
ル２３の合成）図４０のメチルチオメチルフェニルエー
テル２３を、以下のようにして調製した。フェノール２
１（０．７４８ｍｇ、１．２７ｍｍｏｌ）を、１０ｍＬ
のＴＨＦ中に溶解し、そして０．２ｍＬのピペリジンを
加えた。室温にて２時間攪拌した後、水を加え、そして
混合物を酢酸エチルを用いて抽出した。有機層を混合
し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥させ、そして濾過し
た。濾液を濃縮し、そして真空ポンプを用いて数時間乾
燥させた。次いで、黄色いの粗い泡を、１０ｍＬの乾燥
ＴＨＦに溶解させ、そしてトリエチルアミン（０．３５
ｍＬ、２．５４ｍｍｏｌ）を加えた。数分間攪拌した
後、ジ−ｔｅｒｔ−ブチルカルボネート（１．１１ｇ、
５．０８ｍｍｏｌ）を加えた。反応物を、室温にて２０
時間攪拌した。水を加え、そしてこの混合物を、酢酸エ
チルを用いて抽出し、そして有機層を混合して硫酸ナト
リウム上で乾燥させた。４：１ ヘキサン／酢酸エチル
を用いてカラムクロマトグラフィーにより精製を達成し
た。所望のＮ−ＢＯＣ保護化合物２２を、白色泡として
単離した（０．３４８ｇ、５９％、２工程）。
ル２３の合成）図４０のメチルチオメチルフェニルエー
テル２３を、以下のようにして調製した。フェノール２
１（０．７４８ｍｇ、１．２７ｍｍｏｌ）を、１０ｍＬ
のＴＨＦ中に溶解し、そして０．２ｍＬのピペリジンを
加えた。室温にて２時間攪拌した後、水を加え、そして
混合物を酢酸エチルを用いて抽出した。有機層を混合
し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥させ、そして濾過し
た。濾液を濃縮し、そして真空ポンプを用いて数時間乾
燥させた。次いで、黄色いの粗い泡を、１０ｍＬの乾燥
ＴＨＦに溶解させ、そしてトリエチルアミン（０．３５
ｍＬ、２．５４ｍｍｏｌ）を加えた。数分間攪拌した
後、ジ−ｔｅｒｔ−ブチルカルボネート（１．１１ｇ、
５．０８ｍｍｏｌ）を加えた。反応物を、室温にて２０
時間攪拌した。水を加え、そしてこの混合物を、酢酸エ
チルを用いて抽出し、そして有機層を混合して硫酸ナト
リウム上で乾燥させた。４：１ ヘキサン／酢酸エチル
を用いてカラムクロマトグラフィーにより精製を達成し
た。所望のＮ−ＢＯＣ保護化合物２２を、白色泡として
単離した（０．３４８ｇ、５９％、２工程）。
【０５１５】Ｎ−ＢＯＣ保護化合物２２（０．２０２
ｇ、０．４３４ｍｍｏｌ）を、アルゴン下で２．０ｍＬ
の乾燥ＴＨＦ中に溶解し、そして０℃に冷却した。水素
化ナトリウム（０．０１８ｇの６０％分散物、０．４６
ｍｍｏｌ）を加え、そしてこの反応物を０℃にて１５分
間攪拌し続けた。ヨウ化ナトリウム（０．０７１ｇ、
０．４８ｍｍｏｌ）、ヘキサメチルホスホールアミド
（０．４５ｍＬ、２．６ｍｍｏｌ）、およびクロロメチ
ルチオメチルエーテル（３６μＬ、０．４８ｍｍｏｌ）
を、この順番で加えた。５分間攪拌した後、氷槽を取り
除き、そして反応物を室温まで暖めた。さらに４５分間
攪拌した後、水をこの反応混合物に加え、そして酢酸エ
チルを用いて抽出した。有機物を混合し、そして硫酸ナ
トリウム上で乾燥させた。カラムクロマトグラフィーを
用いて、６：１ ヘキサン／酢酸エチルで溶出して精製
を達成し、油状のメチルチオメチルフェノールエーテル
２３（０．２０３ｇ、８９％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭ
Ｒ（３００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ７．０７（ｍ，２
Ｈ），６．８６（ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，２Ｈ），５．１
１（ｓ，２Ｈ），４．８４（ｍ，１Ｈ），４．３３
（ｍ，１Ｈ），３．９１（ｍ，１Ｈ），３．３５（ｍ，
３Ｈ），２．８３（ｍ，１Ｈ），２．２４（ｓ，３
Ｈ），２．０６（ｓ，３Ｈ），１．４８（ｓ，９Ｈ），
０．８１（ｓ，９Ｈ），−０．０２（ｓ，６Ｈ）。
ｇ、０．４３４ｍｍｏｌ）を、アルゴン下で２．０ｍＬ
の乾燥ＴＨＦ中に溶解し、そして０℃に冷却した。水素
化ナトリウム（０．０１８ｇの６０％分散物、０．４６
ｍｍｏｌ）を加え、そしてこの反応物を０℃にて１５分
間攪拌し続けた。ヨウ化ナトリウム（０．０７１ｇ、
０．４８ｍｍｏｌ）、ヘキサメチルホスホールアミド
（０．４５ｍＬ、２．６ｍｍｏｌ）、およびクロロメチ
ルチオメチルエーテル（３６μＬ、０．４８ｍｍｏｌ）
を、この順番で加えた。５分間攪拌した後、氷槽を取り
除き、そして反応物を室温まで暖めた。さらに４５分間
攪拌した後、水をこの反応混合物に加え、そして酢酸エ
チルを用いて抽出した。有機物を混合し、そして硫酸ナ
トリウム上で乾燥させた。カラムクロマトグラフィーを
用いて、６：１ ヘキサン／酢酸エチルで溶出して精製
を達成し、油状のメチルチオメチルフェノールエーテル
２３（０．２０３ｇ、８９％）を獲得した。１Ｈ−ＮＭ
Ｒ（３００ＭＨｚ，ＣＤＣｌ３）δ７．０７（ｍ，２
Ｈ），６．８６（ｄ，Ｊ＝８．５Ｈｚ，２Ｈ），５．１
１（ｓ，２Ｈ），４．８４（ｍ，１Ｈ），４．３３
（ｍ，１Ｈ），３．９１（ｍ，１Ｈ），３．３５（ｍ，
３Ｈ），２．８３（ｍ，１Ｈ），２．２４（ｓ，３
Ｈ），２．０６（ｓ，３Ｈ），１．４８（ｓ，９Ｈ），
０．８１（ｓ，９Ｈ），−０．０２（ｓ，６Ｈ）。
【０５１６】（ｉｉｉ．クロロメチルフェニルエーテル
２４の合成）図４０のクロロメチルフェニルエーテル２
４を、以下のようにして合成した。メチルチオメチルフ
ェニルエーテル２３（０．０３２ｇ、０．０６１ｍｍｏ
ｌ）を、０．０５０ｇの３分子ふるいを含む１ｍＬの乾
燥塩化メチレン中に溶解し、次いで０℃に冷却した。ジ
イソプロピルエチルアミン（１５μＬ、０．０８５ｍｍ
ｏｌ）および塩化スルフリル（６．５μＬ、０．０７９
ｍｍｏｌ）を、反応混合物に加えた。この反応混合物を
２分間攪拌した後、シクロヘキセン（１２μＬ、０．１
２ｍｍｏｌ）を加えた。シクロヘキセンの添加後５分
間、反応混合物を室温まで暖めて、その後２０分間攪拌
した。次いで、反応を水でクエンチして、塩化メチレン
を用いて抽出し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥させ
た。カラムクロマトグラフィーを用い、６：１ ヘキサ
ン：酢酸エチルで溶出して精製を達成し、油状のクロロ
メチルフェニルエーテル２４（０．０２１ｇ、６７％）
を獲得した。１Ｈ ＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＣＤＣ
ｌ３）δ７．２６（ｍ，２Ｈ），７．００（ｄ，Ｊ＝
８．５Ｈｚ，２Ｈ），５．８７（ｓ，２Ｈ），４．８４
（ｍ，１Ｈ），４．３５（ｍ，１Ｈ），３．９２（ｍ，
１Ｈ），３．３３（ｍ，３Ｈ），２．８５（ｍ，１
Ｈ），２．０６（ｓ，３Ｈ），１．４８（ｓ，９Ｈ），
０．８１（ｓ，９Ｈ），−０．０１（ｓ，６Ｈ）。
２４の合成）図４０のクロロメチルフェニルエーテル２
４を、以下のようにして合成した。メチルチオメチルフ
ェニルエーテル２３（０．０３２ｇ、０．０６１ｍｍｏ
ｌ）を、０．０５０ｇの３分子ふるいを含む１ｍＬの乾
燥塩化メチレン中に溶解し、次いで０℃に冷却した。ジ
イソプロピルエチルアミン（１５μＬ、０．０８５ｍｍ
ｏｌ）および塩化スルフリル（６．５μＬ、０．０７９
ｍｍｏｌ）を、反応混合物に加えた。この反応混合物を
２分間攪拌した後、シクロヘキセン（１２μＬ、０．１
２ｍｍｏｌ）を加えた。シクロヘキセンの添加後５分
間、反応混合物を室温まで暖めて、その後２０分間攪拌
した。次いで、反応を水でクエンチして、塩化メチレン
を用いて抽出し、そして硫酸ナトリウム上で乾燥させ
た。カラムクロマトグラフィーを用い、６：１ ヘキサ
ン：酢酸エチルで溶出して精製を達成し、油状のクロロ
メチルフェニルエーテル２４（０．０２１ｇ、６７％）
を獲得した。１Ｈ ＮＭＲ（３００ＭＨｚ，ＣＤＣ
ｌ３）δ７．２６（ｍ，２Ｈ），７．００（ｄ，Ｊ＝
８．５Ｈｚ，２Ｈ），５．８７（ｓ，２Ｈ），４．８４
（ｍ，１Ｈ），４．３５（ｍ，１Ｈ），３．９２（ｍ，
１Ｈ），３．３３（ｍ，３Ｈ），２．８５（ｍ，１
Ｈ），２．０６（ｓ，３Ｈ），１．４８（ｓ，９Ｈ），
０．８１（ｓ，９Ｈ），−０．０１（ｓ，６Ｈ）。
【０５１７】（ｉｖ．スルホキシド２５の合成）図４１
のスルホキシド２５を、以下のように合成した。チオー
ル９（０．０２２ｇ、０．０７８ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ
（０．５ｍＬ）、ＤＭＦ（０．２ｍＬ）、およびＤＢＵ
（１０．３μＬ、０．０６６ｍｍｏｌ）中に溶解した。
メチルチオメチルフェニルエーテル２３およびクロロメ
チルフェニルエーテル２４（２４に基づいて０．０３
ｇ、０．０２３ｍｍｏｌ）の３：２混合のＴＨＦ（０．
５ｍＬ）中の溶液を加え、そして得られた混合物を室温
にて一晩攪拌した。反応物を飽和食塩水（１０ｍＬ）お
よびＣＨＣｌ３（２０ｍＬ）中に注ぎ、そして２つの層
を分離させた。有機層を飽和食塩水で洗浄し、Ｎａ２Ｓ
Ｏ４上で乾燥させた。ＴＬＣ分析（ＣＨＣｌ３／ＭｅＯ
Ｈ ７：１）は、未反応のチオール９の量的な除去を示
した。この溶媒をエバポレートし、そしてＣＤ３ＯＤ／
ＣＤＣｌ３中の残渣の１Ｈ−ＮＭＲは、５．９ｐｐｍで
のクロロメチルフェノキシメチレンピークの完全な消失
を明らかにした。
のスルホキシド２５を、以下のように合成した。チオー
ル９（０．０２２ｇ、０．０７８ｍｍｏｌ）を、ＴＨＦ
（０．５ｍＬ）、ＤＭＦ（０．２ｍＬ）、およびＤＢＵ
（１０．３μＬ、０．０６６ｍｍｏｌ）中に溶解した。
メチルチオメチルフェニルエーテル２３およびクロロメ
チルフェニルエーテル２４（２４に基づいて０．０３
ｇ、０．０２３ｍｍｏｌ）の３：２混合のＴＨＦ（０．
５ｍＬ）中の溶液を加え、そして得られた混合物を室温
にて一晩攪拌した。反応物を飽和食塩水（１０ｍＬ）お
よびＣＨＣｌ３（２０ｍＬ）中に注ぎ、そして２つの層
を分離させた。有機層を飽和食塩水で洗浄し、Ｎａ２Ｓ
Ｏ４上で乾燥させた。ＴＬＣ分析（ＣＨＣｌ３／ＭｅＯ
Ｈ ７：１）は、未反応のチオール９の量的な除去を示
した。この溶媒をエバポレートし、そしてＣＤ３ＯＤ／
ＣＤＣｌ３中の残渣の１Ｈ−ＮＭＲは、５．９ｐｐｍで
のクロロメチルフェノキシメチレンピークの完全な消失
を明らかにした。
【０５１８】上記の粗物質をＴｉ（Ｏｉ−Ｐｒ）
４（１．８１μＬ、０．００６ｍｍｏｌ）、ＢＩＮＡＰ
（０．００３５ｇ、０．０１２ｍｍｏｌ）、水（２．１
７μＬ、０．０６ｍｍｏｌ）を含むＣＣｌ４（３．５ｍ
Ｌ）中に溶解し、そしてこの溶液を２０℃にて攪拌し
た。トルエン中のｔｅｒｔ−ブチルヒドロペルオキソド
（１Ｍ、２００μＬ、０．２ｍｍｏｌ）を加え、そして
２０℃にて７２時間攪拌を続けた。この反応物を飽和Ｎ
ａＨＣＯ３（１０ｍＬ）とＣＨＣｌ３（２０ｍＬ）との
間で分配した。水層をＣＨＣｌ３（２×１０ｍＬ）で洗
浄し、混合した有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾燥させ、そ
して溶媒をエバポレート除去した。粗生成物をシリカ上
でクロマトグラフィーに供し、ＣＨＣｌ３中の０〜７％
ＭｅＯＨを用いて溶出し、黄色固体のスルホキシド２
５（０．００５４ｇ、３０％、２工程）を獲得した。
４（１．８１μＬ、０．００６ｍｍｏｌ）、ＢＩＮＡＰ
（０．００３５ｇ、０．０１２ｍｍｏｌ）、水（２．１
７μＬ、０．０６ｍｍｏｌ）を含むＣＣｌ４（３．５ｍ
Ｌ）中に溶解し、そしてこの溶液を２０℃にて攪拌し
た。トルエン中のｔｅｒｔ−ブチルヒドロペルオキソド
（１Ｍ、２００μＬ、０．２ｍｍｏｌ）を加え、そして
２０℃にて７２時間攪拌を続けた。この反応物を飽和Ｎ
ａＨＣＯ３（１０ｍＬ）とＣＨＣｌ３（２０ｍＬ）との
間で分配した。水層をＣＨＣｌ３（２×１０ｍＬ）で洗
浄し、混合した有機層をＮａ２ＳＯ４上で乾燥させ、そ
して溶媒をエバポレート除去した。粗生成物をシリカ上
でクロマトグラフィーに供し、ＣＨＣｌ３中の０〜７％
ＭｅＯＨを用いて溶出し、黄色固体のスルホキシド２
５（０．００５４ｇ、３０％、２工程）を獲得した。
【０５１９】（ｖ．スパルソアニソマイシン３の合成）
図４１のスパルソアニソマイシン３を、以下のように合
成した。スルホキシド２５（０．００３５ｇ、０．００
４５ｍｍｏｌ）を、０℃にて無水塩化メチレン（ＣＨ２
Ｃｌ２）（０．２５ｍＬ）中に溶解した。この溶液に、
トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）（０．２５ｍＬ）を加え、
そして混合物を室温にて３０分間攪拌し、この間に２５
の量的な消費が見出された。この溶媒をエバポレート
し、茶色の残渣を獲得した。
図４１のスパルソアニソマイシン３を、以下のように合
成した。スルホキシド２５（０．００３５ｇ、０．００
４５ｍｍｏｌ）を、０℃にて無水塩化メチレン（ＣＨ２
Ｃｌ２）（０．２５ｍＬ）中に溶解した。この溶液に、
トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）（０．２５ｍＬ）を加え、
そして混合物を室温にて３０分間攪拌し、この間に２５
の量的な消費が見出された。この溶媒をエバポレート
し、茶色の残渣を獲得した。
【０５２０】上記の茶色の残渣を、ファルコンチューブ
内で無水ＴＨＦ（０．４ｍＬ）およびピリジン（０．２
ｍＬ）中に溶解し、０℃にて攪拌を続けた。ピリジンヒ
ドロフルオリド（ＨＦ・ｐｙｒ）（０．１ｍＬ）をこの
反応に加え；混合物を２０℃に暖めて、一晩攪拌した。
この反応を、水溶性の重炭酸トリエチルアンモニウム
（１Ｍ、５０μＬ）を加えることによりクエンチし、そ
してシリカ上でクロマトグラフィーに供し（ピペットカ
ラム）、最初にＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨ ３：１〜２：
１、次いでＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２：１：
０．１で溶出して、白色固体のスパルソアニソマイシン
３（０．００１２ｇ、４７％）を生成した。１Ｈ−ＮＭ
Ｒ，ｐａｒｔｉａｌ（５００ＭＨｚ，Ｄ２Ｏ／ＣＤ３Ｏ
Ｄ）δ｛７．３６（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ），
７．３５（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ）；１Ｈ｝，
７．２５（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．６Ｈｚ，２Ｈ），
｛７．１０（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．６Ｈｚ），７．０９
（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．６Ｈｚ）；２Ｈ｝，｛７．０４
（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ），７．０２（ａｐｐ
ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ）；１Ｈ｝，｛２．３６（ｓ），２．
３５（ｓ）； ３Ｈ｝，｛２．１８，（ｓ），２．１７
（ｓ）；３Ｈ｝。ＨＲＭＳ ｃａｌｃｄ ｆｏｒ Ｃ
２５Ｈ３２Ｎ４Ｏ９Ｓ（Ｍ＋Ｈ）＋：５６５．１９．Ｆ
ｏｕｎｄ：５６５．１６。
内で無水ＴＨＦ（０．４ｍＬ）およびピリジン（０．２
ｍＬ）中に溶解し、０℃にて攪拌を続けた。ピリジンヒ
ドロフルオリド（ＨＦ・ｐｙｒ）（０．１ｍＬ）をこの
反応に加え；混合物を２０℃に暖めて、一晩攪拌した。
この反応を、水溶性の重炭酸トリエチルアンモニウム
（１Ｍ、５０μＬ）を加えることによりクエンチし、そ
してシリカ上でクロマトグラフィーに供し（ピペットカ
ラム）、最初にＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨ ３：１〜２：
１、次いでＣＨＣｌ３／ＭｅＯＨ／Ｈ２Ｏ ２：１：
０．１で溶出して、白色固体のスパルソアニソマイシン
３（０．００１２ｇ、４７％）を生成した。１Ｈ−ＮＭ
Ｒ，ｐａｒｔｉａｌ（５００ＭＨｚ，Ｄ２Ｏ／ＣＤ３Ｏ
Ｄ）δ｛７．３６（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ），
７．３５（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５．５Ｈｚ）；１Ｈ｝，
７．２５（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．６Ｈｚ，２Ｈ），
｛７．１０（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．６Ｈｚ），７．０９
（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝８．６Ｈｚ）；２Ｈ｝，｛７．０４
（ａｐｐ ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ），７．０２（ａｐｐ
ｄ，Ｊ＝１５Ｈｚ）；１Ｈ｝，｛２．３６（ｓ），２．
３５（ｓ）； ３Ｈ｝，｛２．１８，（ｓ），２．１７
（ｓ）；３Ｈ｝。ＨＲＭＳ ｃａｌｃｄ ｆｏｒ Ｃ
２５Ｈ３２Ｎ４Ｏ９Ｓ（Ｍ＋Ｈ）＋：５６５．１９．Ｆ
ｏｕｎｄ：５６５．１６。
【０５２１】（Ｇ．実施例８：翻訳阻害活性についての
アッセイ）実施例６および実施例７で生成された抗生物
質ハイブリッドの翻訳阻害活性を、以下のようにＥ．ｃ
ｏｌｉ ３０Ｓ抽出物およびウサギ網状赤血球溶解物ア
ッセイにおいて試験した。
アッセイ）実施例６および実施例７で生成された抗生物
質ハイブリッドの翻訳阻害活性を、以下のようにＥ．ｃ
ｏｌｉ ３０Ｓ抽出物およびウサギ網状赤血球溶解物ア
ッセイにおいて試験した。
【０５２２】環状ＤＮＡについてのＥ．ｃｏｌｉ Ｓ３
０抽出系（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号：Ｌ１０２０）を用
いて、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ｂｕｌｌ
ｅｔｉｎ Ｎｏ．０９２におけるプロトコルの変形に従
い、翻訳阻害を評価した。５μＬ Ｓ３０抽出物を、
０．４μｇ ＢｅｓｔＬｕｃプラスミドＤＮＡ、１６ユ
ニットのリボヌクレアーゼインヒビター（Ｐｒｏｍｅｇ
ａ製品番号Ｎ２１１５）、１ｍＭ ヌクレオチド三リン
酸（ＮＴＰ）、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、４０ｍＭＴｒｉ
ｓ ｐＨ７と共に、３７℃にて３０分間インキュベート
した。転写を可能にした後、抗生物質（０．１％ ＤＭ
ＳＯの終濃度で）、７μＬ Ｐｒｏｍｅｇａ’ｓ ｐｒ
ｉｍｉｘ、および０．１ｍＭの終濃度のアミノ酸を２０
μＬの終容量で加えた。反応を３７℃にて２０分間イン
キュベートし、そして５０μＬのルシフェラーゼアッセ
イ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号：Ｅ１４８３）を加え
て反応を停止させた。サンプルの発光を、Ｖｉｃｔｏｒ
２Ｖ分光光度計（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を用いて
読み取った。
０抽出系（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号：Ｌ１０２０）を用
いて、Ｐｒｏｍｅｇａ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ｂｕｌｌ
ｅｔｉｎ Ｎｏ．０９２におけるプロトコルの変形に従
い、翻訳阻害を評価した。５μＬ Ｓ３０抽出物を、
０．４μｇ ＢｅｓｔＬｕｃプラスミドＤＮＡ、１６ユ
ニットのリボヌクレアーゼインヒビター（Ｐｒｏｍｅｇ
ａ製品番号Ｎ２１１５）、１ｍＭ ヌクレオチド三リン
酸（ＮＴＰ）、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、４０ｍＭＴｒｉ
ｓ ｐＨ７と共に、３７℃にて３０分間インキュベート
した。転写を可能にした後、抗生物質（０．１％ ＤＭ
ＳＯの終濃度で）、７μＬ Ｐｒｏｍｅｇａ’ｓ ｐｒ
ｉｍｉｘ、および０．１ｍＭの終濃度のアミノ酸を２０
μＬの終容量で加えた。反応を３７℃にて２０分間イン
キュベートし、そして５０μＬのルシフェラーゼアッセ
イ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号：Ｅ１４８３）を加え
て反応を停止させた。サンプルの発光を、Ｖｉｃｔｏｒ
２Ｖ分光光度計（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を用いて
読み取った。
【０５２３】ウサギ網状赤血球溶解物（ヌクレアーゼ処
理）系（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号Ｌ４９６０）を真核生
物翻訳の供給源として用い、Ｐｒｏｍｅｇａ’ｓ Ｔｅ
ｃｈｎｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ２３２におけるプロトコ
ルに従った。例えば、１０μＬの溶解物を、２μＬの１
ｍＭアミノ酸および３μＬの水に加えた。１％ＤＭＳＯ
中の２μＬの抗生物質を加え、次いで０．６μｇ ルシ
フェラーゼｍＲＮＡ（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号Ｌ４５６
１）および１６ユニットのリボヌクレアーゼインヒビタ
ー（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号：Ｎ２１１５）を２０μＬ
の終容量で加えた。この反応物を２４．５℃にて４５分
間インキュベートし、そして４０μＬのルシフェラーゼ
アッセイ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号：Ｅ１４８３）
を加えて、反応を停止した。サンプルの発光を、Ｖｉｃ
ｔｏｒ２Ｖ分光光度計（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を
用いて測定した。
理）系（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号Ｌ４９６０）を真核生
物翻訳の供給源として用い、Ｐｒｏｍｅｇａ’ｓ Ｔｅ
ｃｈｎｉｃａｌ Ｍａｎｕａｌ２３２におけるプロトコ
ルに従った。例えば、１０μＬの溶解物を、２μＬの１
ｍＭアミノ酸および３μＬの水に加えた。１％ＤＭＳＯ
中の２μＬの抗生物質を加え、次いで０．６μｇ ルシ
フェラーゼｍＲＮＡ（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号Ｌ４５６
１）および１６ユニットのリボヌクレアーゼインヒビタ
ー（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号：Ｎ２１１５）を２０μＬ
の終容量で加えた。この反応物を２４．５℃にて４５分
間インキュベートし、そして４０μＬのルシフェラーゼ
アッセイ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ製品番号：Ｅ１４８３）
を加えて、反応を停止した。サンプルの発光を、Ｖｉｃ
ｔｏｒ２Ｖ分光光度計（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）を
用いて測定した。
【０５２４】アニソマイシン、スパルソマイシン、およ
びクロラムフェニコールに対する各ハイブリッド抗生物
質についての得られたＩＣ５０のデータを、表２２に要
約する。
びクロラムフェニコールに対する各ハイブリッド抗生物
質についての得られたＩＣ５０のデータを、表２２に要
約する。
【０５２５】
【表６６】
【０５２６】表２２のデータは、実施例６および実施例
７において生成された全てのハイブリッド抗生物質が、
２つの異なる翻訳アッセイにおける翻訳を阻害し得るこ
とを示す。さらに、特定のアッセイ条件下で、少なくと
も１つのハイブリッド抗生物質（スパルソアニソマイシ
ン）は、その基礎になったいずれの抗生物質よりも強力
なタンパク質合成インヒビターであった。
７において生成された全てのハイブリッド抗生物質が、
２つの異なる翻訳アッセイにおける翻訳を阻害し得るこ
とを示す。さらに、特定のアッセイ条件下で、少なくと
も１つのハイブリッド抗生物質（スパルソアニソマイシ
ン）は、その基礎になったいずれの抗生物質よりも強力
なタンパク質合成インヒビターであった。
【０５２７】（Ｈ．実施例９：大リボソームサブユニッ
トへのマクロライド抗生物質の結合）５つのマクロライ
ド（カルボマイシンＡ、スピラマイシン、チロシン、ア
ジスロマイシン、およびエリスロマイシン）と複合体化
したＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大リボソームサブユニ
ットの結晶構造は、これらの抗生物質が、ペプチジルト
ランスフェラーゼ中心に直近のポリペプチド出口トンネ
ル内で結合することを示す。チロシン、カルボマイシン
Ａ、およびスピラマイシンは１６員マクロライドであ
る。アジスロマイシン（Ａｚｉｔｈｏｔｈｒｏｍｙｃｉ
ｎ）は、１５員マクロライドである。エリスロマイシン
は、１４員マクロライドである。
トへのマクロライド抗生物質の結合）５つのマクロライ
ド（カルボマイシンＡ、スピラマイシン、チロシン、ア
ジスロマイシン、およびエリスロマイシン）と複合体化
したＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大リボソームサブユニ
ットの結晶構造は、これらの抗生物質が、ペプチジルト
ランスフェラーゼ中心に直近のポリペプチド出口トンネ
ル内で結合することを示す。チロシン、カルボマイシン
Ａ、およびスピラマイシンは１６員マクロライドであ
る。アジスロマイシン（Ａｚｉｔｈｏｔｈｒｏｍｙｃｉ
ｎ）は、１５員マクロライドである。エリスロマイシン
は、１４員マクロライドである。
【０５２８】これらの個々の結合位置および結合バルク
は、それらがペプチド出口トンネルを通る新生のポリペ
プチドの通路を遮断することによりタンパク質合成を阻
害することを示唆する。ラクトン環の各々のＣ５位のサ
ッカリドは、ペプチジルトランスフェラーゼ部位の方へ
出口トンネルを延ばしている。カルボマイシンＡ二糖の
イソブチレート伸長は、Ａ部位基質結合部位と重なる。
２３Ｓ ｒＲＮＡにおいて、可逆的な共有結合が、ラク
トン環のＣ６のエチルアルデヒド置換基とＡ２１０３の
Ｎ６との間で形成されるようである。
は、それらがペプチド出口トンネルを通る新生のポリペ
プチドの通路を遮断することによりタンパク質合成を阻
害することを示唆する。ラクトン環の各々のＣ５位のサ
ッカリドは、ペプチジルトランスフェラーゼ部位の方へ
出口トンネルを延ばしている。カルボマイシンＡ二糖の
イソブチレート伸長は、Ａ部位基質結合部位と重なる。
２３Ｓ ｒＲＮＡにおいて、可逆的な共有結合が、ラク
トン環のＣ６のエチルアルデヒド置換基とＡ２１０３の
Ｎ６との間で形成されるようである。
【０５２９】カルボマイシンＡ、スピラマイシン、チロ
シン、アジスロマイシン、およびエリスロマイシンが結
合したＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大リボソームサブユ
ニットを含む結晶を、これらの抗生物質を含む安定化緩
衝液を、前形成（ｐｒｅｆｏｒｍｅｄ）した、大リボソ
ームサブユニット結晶に加えることにより、獲得した。
これらの結晶と複合体化したこれらの抗生物質の構造
を、３．０Åの分解能（エリスロマイシンについては
３．５Å）で、ネイティブおよび複合体結晶からの観察
された回折振幅を用いて最初に算出された異なるフーリ
エ地図から決定し[Ｆ０（複合体）−Ｆ０（ネイティ
ブ）]、次いで複合体全体の原子座標を精密化した。
シン、アジスロマイシン、およびエリスロマイシンが結
合したＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大リボソームサブユ
ニットを含む結晶を、これらの抗生物質を含む安定化緩
衝液を、前形成（ｐｒｅｆｏｒｍｅｄ）した、大リボソ
ームサブユニット結晶に加えることにより、獲得した。
これらの結晶と複合体化したこれらの抗生物質の構造
を、３．０Åの分解能（エリスロマイシンについては
３．５Å）で、ネイティブおよび複合体結晶からの観察
された回折振幅を用いて最初に算出された異なるフーリ
エ地図から決定し[Ｆ０（複合体）−Ｆ０（ネイティ
ブ）]、次いで複合体全体の原子座標を精密化した。
【０５３０】以前に記載された（Ｂａｎ ｅｔ ａ
ｌ．，（２０００））ようにリボソームを精製し、そし
て結晶化した。Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉに対するそ
れらの公知の活性（Ｓａｎｚ ｅｔ ａｌ．，（１９９
３）Ｃａｎ．Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３９：３１１−
３１７）およびそれらの利用可能性に基づき試験するた
めに、抗生物質を選択した。カルボマイシンＡを、Ｐｆ
ｉｚｅｒから入手した。
ｌ．，（２０００））ようにリボソームを精製し、そし
て結晶化した。Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉに対するそ
れらの公知の活性（Ｓａｎｚ ｅｔ ａｌ．，（１９９
３）Ｃａｎ．Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３９：３１１−
３１７）およびそれらの利用可能性に基づき試験するた
めに、抗生物質を選択した。カルボマイシンＡを、Ｐｆ
ｉｚｅｒから入手した。
【０５３１】チロシンをＳｉｇｍａから購入した。スピ
ラマイシンＩ、ＩＩ、およびＩＩＩ（これらは、Ｃ３に
結合した部分の大きさのみが異なる）の混合物もまた、
Ｓｉｇｍａから購入した。アジスロマイシンは、Ｄａｌ
ｅ Ｌ．Ｂｏｇｅｒ（Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｃ
ｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｔｈｅ Ｓｃｒｉｐｐｓ Ｒｅｓｅ
ａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，Ｃ
Ａ）により親切にも提供していただいた。エリスロマイ
シンをＳｉｇｍａから入手した。
ラマイシンＩ、ＩＩ、およびＩＩＩ（これらは、Ｃ３に
結合した部分の大きさのみが異なる）の混合物もまた、
Ｓｉｇｍａから購入した。アジスロマイシンは、Ｄａｌ
ｅ Ｌ．Ｂｏｇｅｒ（Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｃ
ｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｔｈｅ Ｓｃｒｉｐｐｓ Ｒｅｓｅ
ａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，Ｃ
Ａ）により親切にも提供していただいた。エリスロマイ
シンをＳｉｇｍａから入手した。
【０５３２】カルボマイシンＡ、スピラマイシン、チロ
シン、アジスロマイシン、およびエリスロマイシンと複
合体化したＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大リボソームサ
ブユニットを含む結晶を、その抗生物質を含む安定化緩
衝液中に予め形成された大サブユニット結晶を浸漬する
ことにより獲得した。抗生物質をジメチルスルホキシド
（ＤＭＳＯ）中に溶解し、次いで標準安定化緩衝液（Ｂ
ａｎ ｅｔ ａｌ．，（２０００）前出）に添加して終
濃度１．０ｍＭ（および終ＤＭＳＯ １〜４％）にし、
次いで液体プロパン中での結晶の低温透化（ｃｒｙｏ−
ｖｉｔｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ）の前に、４℃にて２４時
間インキュベートした。カルボマイシンＡ、スピラマイ
シン、およびチロシン抗生物質についての最初期のＸ線
回折データを、Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ Ｎａｔｉｏｎａ
ｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙにてビーム線Ｘ２５、Ｘ１２
ｂ、またはＸ１２ｃにて収集した。ｄｅｎｚｏまたはＨ
ＫＬ２０００ソフトウェアを用いてデータを縮小し、そ
してスケールパックを用いて調整した（Ｏｔｗｉｎｏｗ
ｓｋｉ（１９９７）「Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｏｆＸ−
ｒａｙ Ｄｉｆｆｒａｃｔｉｏｎ Ｄａｔａ Ｃｏｌｌ
ｅｃｔｅｄ ＩｎＯｓｃｉｌｌａｔｉｏｎ Ｍｏｄ
ｅ」、Ｍｅｔｈｏｄ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２
７６（Ａ）：３０７−３２６）。これらのマクロライド
に対応する電子密度を、４．０Ａ分解能でＦ０（抗生物
質）−Ｆ０（ネイティブ）差分フーリエマップにて最初
に観察した。より高い分解能のデータを、Ａｄｖａｎｃ
ｅｄＰｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅ，Ａｒｇｏｎｎｅ Ｎ
ａｔｉｏｎａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙにてビーム線Ｉ
Ｄ１９で収集した。最初のマクロライドモデルおよびそ
れらの位相幾何学ならびにパラメータファイルを、標準
的な立体化学幾何学およびソフトウェアｘｐｌｏ−２ｄ
（Ｋｌｅｙｗｅｇｔ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ａｃｔ
ａ Ｃｒｙｓｔ，Ｄ５４：１１１９−１１３１）および
Ｏ（Ｊｏｎｅｓｅｔ ａｌ．（１９９１）Ａｃｔａ Ｃ
ｒｙｓｔ．Ａ４７：１１０−１１９）を用いて、種々の
関連する低分子構造由来のラクトン環および糖に連結お
よび改変することにより構築した（Ｗｏｏ ｅｔ ａ
ｌ．（１９９６）Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ５２（１
１）：３８５７−３８７２；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．
（１９８２）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｎｔｉｂｉｏｔ
ｉｃｓ ３５（４）：４２０−５；Ｓｔｅｐｈｅｎｓｏ
ｎ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉ
ｃａｌ Ｓｃｉ．，８６：１２３９）。スピラマイシン
の混合物について、スピラマイシンＩのみが、構造決定
に用いられた。最初にこの抗生物質モデルをＦ ｏ−Ｆｏ
差分電子密度地図に当てはめた。これらの結晶と複合体
化した抗生物質の構造を、ネイティブおよび複合体の結
晶からの観察された回折振幅を用いて最初に算出された
差分フーリエマップ[Ｆｏ（複合体）−Ｆｏ（ネイティ
ブ）]から３．０Åの分解能にて決定し、次いで複合体
全体の座標を精密化した。これらの複合体の構造を、抗
生物質を含むネイティブのリボソーム構造全体の剛体の
精密化、エネルギーの最小化、およびＢ因子の精密化に
ついて、ＣＮＳ（Ｂｒｕｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９
９８）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｄ５４：９０５−９２
１）を用いて、および結合した抗生物質の周囲の直近領
域のみの手動の改変により精密化した。抗生物質から離
れた非同形の差を無視した。次いで、精密化プロセス
を、抗生物質含有モデルに対して繰り返した。マクロラ
イドの共有結合性の構造およびＡ２１０３に関する立体
配置的な変化は、差分電子密度地図における主要な特徴
を説明した。
シン、アジスロマイシン、およびエリスロマイシンと複
合体化したＨ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ大リボソームサ
ブユニットを含む結晶を、その抗生物質を含む安定化緩
衝液中に予め形成された大サブユニット結晶を浸漬する
ことにより獲得した。抗生物質をジメチルスルホキシド
（ＤＭＳＯ）中に溶解し、次いで標準安定化緩衝液（Ｂ
ａｎ ｅｔ ａｌ．，（２０００）前出）に添加して終
濃度１．０ｍＭ（および終ＤＭＳＯ １〜４％）にし、
次いで液体プロパン中での結晶の低温透化（ｃｒｙｏ−
ｖｉｔｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ）の前に、４℃にて２４時
間インキュベートした。カルボマイシンＡ、スピラマイ
シン、およびチロシン抗生物質についての最初期のＸ線
回折データを、Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ Ｎａｔｉｏｎａ
ｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙにてビーム線Ｘ２５、Ｘ１２
ｂ、またはＸ１２ｃにて収集した。ｄｅｎｚｏまたはＨ
ＫＬ２０００ソフトウェアを用いてデータを縮小し、そ
してスケールパックを用いて調整した（Ｏｔｗｉｎｏｗ
ｓｋｉ（１９９７）「Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｏｆＸ−
ｒａｙ Ｄｉｆｆｒａｃｔｉｏｎ Ｄａｔａ Ｃｏｌｌ
ｅｃｔｅｄ ＩｎＯｓｃｉｌｌａｔｉｏｎ Ｍｏｄ
ｅ」、Ｍｅｔｈｏｄ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２
７６（Ａ）：３０７−３２６）。これらのマクロライド
に対応する電子密度を、４．０Ａ分解能でＦ０（抗生物
質）−Ｆ０（ネイティブ）差分フーリエマップにて最初
に観察した。より高い分解能のデータを、Ａｄｖａｎｃ
ｅｄＰｈｏｔｏｎ Ｓｏｕｒｃｅ，Ａｒｇｏｎｎｅ Ｎ
ａｔｉｏｎａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙにてビーム線Ｉ
Ｄ１９で収集した。最初のマクロライドモデルおよびそ
れらの位相幾何学ならびにパラメータファイルを、標準
的な立体化学幾何学およびソフトウェアｘｐｌｏ−２ｄ
（Ｋｌｅｙｗｅｇｔ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ａｃｔ
ａ Ｃｒｙｓｔ，Ｄ５４：１１１９−１１３１）および
Ｏ（Ｊｏｎｅｓｅｔ ａｌ．（１９９１）Ａｃｔａ Ｃ
ｒｙｓｔ．Ａ４７：１１０−１１９）を用いて、種々の
関連する低分子構造由来のラクトン環および糖に連結お
よび改変することにより構築した（Ｗｏｏ ｅｔ ａ
ｌ．（１９９６）Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ ５２（１
１）：３８５７−３８７２；Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．
（１９８２）Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ａｎｔｉｂｉｏｔ
ｉｃｓ ３５（４）：４２０−５；Ｓｔｅｐｈｅｎｓｏ
ｎ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉ
ｃａｌ Ｓｃｉ．，８６：１２３９）。スピラマイシン
の混合物について、スピラマイシンＩのみが、構造決定
に用いられた。最初にこの抗生物質モデルをＦ ｏ−Ｆｏ
差分電子密度地図に当てはめた。これらの結晶と複合体
化した抗生物質の構造を、ネイティブおよび複合体の結
晶からの観察された回折振幅を用いて最初に算出された
差分フーリエマップ[Ｆｏ（複合体）−Ｆｏ（ネイティ
ブ）]から３．０Åの分解能にて決定し、次いで複合体
全体の座標を精密化した。これらの複合体の構造を、抗
生物質を含むネイティブのリボソーム構造全体の剛体の
精密化、エネルギーの最小化、およびＢ因子の精密化に
ついて、ＣＮＳ（Ｂｒｕｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９
９８）Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔ．Ｄ５４：９０５−９２
１）を用いて、および結合した抗生物質の周囲の直近領
域のみの手動の改変により精密化した。抗生物質から離
れた非同形の差を無視した。次いで、精密化プロセス
を、抗生物質含有モデルに対して繰り返した。マクロラ
イドの共有結合性の構造およびＡ２１０３に関する立体
配置的な変化は、差分電子密度地図における主要な特徴
を説明した。
【０５３３】これらの研究に基づき、１６員マクロライ
ドの各々のラクトン環のＣ６位のエチルアルデヒド基
は、Ａ２１０３のＮ６と共有結合を形成するようであ
る。Ａ２１０３のＮ６およびマクロライドのＣ６のエチ
ルアルデヒドは並列される（ｊｕｘｔａｐｏｓｅｄ）だ
けでなく、それらは３．０Åの分解能で化学結合を示す
連続的な電子密度により結合される。対照的に、１５員
および１４員マクロライドの両方（両方ともアルデヒド
基を欠く）について、このような連続的な電子密度は観
察されなかった。観察された電子密度に十分に合致する
マクロライド−リボソーム複合体の唯一のモデルが、Ａ
２１０３のＮ６がマクロライドのアルデヒド基の炭素に
共有結合するモデルである。アルデヒドは、一級アミン
と可逆的に反応し、そして生じたカルビノールアミンが
脱水する場合、Ｓｃｈｉｆｆ塩基を生成する。しかし、
ヌクレオチド塩基の環外のアミンが関係する場合、予期
される生成物はカルビノールアミンであり、Ｓｃｈｉｆ
ｆ塩基ではない（ＭｃＧｈｅｅｅｔ ａｌ．（１９７
７）Ｂｉｏｃｈｅｍ．１４（６）：１２８１−１３０
３）。それゆえ、この領域の平面電子密度から外れて最
も合致するモデルは、カルビノールアミンを介して（Ｓ
ｃｈｉｆｆ塩基ではない）それらに連結する。
ドの各々のラクトン環のＣ６位のエチルアルデヒド基
は、Ａ２１０３のＮ６と共有結合を形成するようであ
る。Ａ２１０３のＮ６およびマクロライドのＣ６のエチ
ルアルデヒドは並列される（ｊｕｘｔａｐｏｓｅｄ）だ
けでなく、それらは３．０Åの分解能で化学結合を示す
連続的な電子密度により結合される。対照的に、１５員
および１４員マクロライドの両方（両方ともアルデヒド
基を欠く）について、このような連続的な電子密度は観
察されなかった。観察された電子密度に十分に合致する
マクロライド−リボソーム複合体の唯一のモデルが、Ａ
２１０３のＮ６がマクロライドのアルデヒド基の炭素に
共有結合するモデルである。アルデヒドは、一級アミン
と可逆的に反応し、そして生じたカルビノールアミンが
脱水する場合、Ｓｃｈｉｆｆ塩基を生成する。しかし、
ヌクレオチド塩基の環外のアミンが関係する場合、予期
される生成物はカルビノールアミンであり、Ｓｃｈｉｆ
ｆ塩基ではない（ＭｃＧｈｅｅｅｔ ａｌ．（１９７
７）Ｂｉｏｃｈｅｍ．１４（６）：１２８１−１３０
３）。それゆえ、この領域の平面電子密度から外れて最
も合致するモデルは、カルビノールアミンを介して（Ｓ
ｃｈｉｆｆ塩基ではない）それらに連結する。
【０５３４】これらの研究に基づいて、カルボマイシン
Ａ、スピラマイシン、チロシン、アジスロマイシン、お
よびエリスロマイシンの全ては、ペプチジルトランスフ
ェラーゼ中心に近接する大リボソームサブユニットのペ
プチド出口トンネル内で結合することが見出された。５
つの共同結晶構造（ｃｏ−ｃｒｙｓｔａｌ ｓｔｒｕｃ
ｔｕｒｅ）を、それらの相対的な結合を客観的に比較す
るために、リボソームＲＮＡのリンにのみ基づいて重ね
合わせた。３つの１６員マクロライドは、ほぼ原子ごと
を基礎に重ね合わせる。さらに全ての５つのラクトン環
は、非常に類似する位置を有し、共通のコンフォメーシ
ョンおよび方向性を共有し、そしてリボソームとの類似
の相互作用を形成する。さらに、１６員環のミカミノー
ス（ｍｙｃａｍｉｎｏｓｅ）のような共有部分（および
対応する他のマクロライドのデソサミン（ｄｅｓｏｓａ
ｍｉｎｅ））は、ほぼ原子ごとに基づき重ね合わせる。
小分子マクロライド構造において観察されたラクトン環
に関して、全ての糖部分は、同一の弛緩した伸長したコ
ンフォメーションを保証する。
Ａ、スピラマイシン、チロシン、アジスロマイシン、お
よびエリスロマイシンの全ては、ペプチジルトランスフ
ェラーゼ中心に近接する大リボソームサブユニットのペ
プチド出口トンネル内で結合することが見出された。５
つの共同結晶構造（ｃｏ−ｃｒｙｓｔａｌ ｓｔｒｕｃ
ｔｕｒｅ）を、それらの相対的な結合を客観的に比較す
るために、リボソームＲＮＡのリンにのみ基づいて重ね
合わせた。３つの１６員マクロライドは、ほぼ原子ごと
を基礎に重ね合わせる。さらに全ての５つのラクトン環
は、非常に類似する位置を有し、共通のコンフォメーシ
ョンおよび方向性を共有し、そしてリボソームとの類似
の相互作用を形成する。さらに、１６員環のミカミノー
ス（ｍｙｃａｍｉｎｏｓｅ）のような共有部分（および
対応する他のマクロライドのデソサミン（ｄｅｓｏｓａ
ｍｉｎｅ））は、ほぼ原子ごとに基づき重ね合わせる。
小分子マクロライド構造において観察されたラクトン環
に関して、全ての糖部分は、同一の弛緩した伸長したコ
ンフォメーションを保証する。
【０５３５】分解された構造に基づき、疎水性相互作用
は、マクロライド結合において重要であるようである。
これらの抗生物質のラクトン環の１つの面は、完全に疎
水性であり、反対の面は特徴においてより親水性であ
る。これらのマクロライドの５つ全ては、出口トンネル
の壁に面したラクトン環の疎水性の面でリボソームに結
合し、そしてそれらのラクトン環の親水性の面は、溶液
に曝される。トンネル壁結合部位として、Ｇ２６４６の
芳香性の面が挙げられ、これは、Ｇ２０９８−Ｇ２６４
６塩基対がヘリックス末端であることが理由で曝され
る。
は、マクロライド結合において重要であるようである。
これらの抗生物質のラクトン環の１つの面は、完全に疎
水性であり、反対の面は特徴においてより親水性であ
る。これらのマクロライドの５つ全ては、出口トンネル
の壁に面したラクトン環の疎水性の面でリボソームに結
合し、そしてそれらのラクトン環の親水性の面は、溶液
に曝される。トンネル壁結合部位として、Ｇ２６４６の
芳香性の面が挙げられ、これは、Ｇ２０９８−Ｇ２６４
６塩基対がヘリックス末端であることが理由で曝され
る。
【０５３６】さらに、これらの構造は、マクロライドの
毒をはらんだリボソーム（ｍａｃｒｏｌｉｄｅ−ｐｏｉ
ｓｏｎｅｄ ｒｉｂｏｓｏｍｅ）により合成されたオリ
ゴペプチドの長さによって合成する方法が変化する理由
の解明に役立つ。マクロライドインヒビターの存在下で
合成されたオリゴペプチドの長さは、ラクトン環のＣ５
位の置換基がペプチジルトランスフェラーゼ中心を貫通
する程度により決定される。この位置にのみ単糖を有す
るエリスロマイシンおよびアジスロマイシンは、二糖を
有するチロシンまたはスピラマイシンよりも長いペプチ
ドの合成を可能にするはずである。これらの観察は、生
化学的な研究に由来する観察に一致し、エリスロマイシ
ンがテトラペプチドの形成を可能にし、そしてチロシン
およびスピラマイシンがジペプチドのみの形成を可能に
し、そしてカルボマイシンＡが第１のペプチド結合の形
成さえも強く阻害することを示す。
毒をはらんだリボソーム（ｍａｃｒｏｌｉｄｅ−ｐｏｉ
ｓｏｎｅｄ ｒｉｂｏｓｏｍｅ）により合成されたオリ
ゴペプチドの長さによって合成する方法が変化する理由
の解明に役立つ。マクロライドインヒビターの存在下で
合成されたオリゴペプチドの長さは、ラクトン環のＣ５
位の置換基がペプチジルトランスフェラーゼ中心を貫通
する程度により決定される。この位置にのみ単糖を有す
るエリスロマイシンおよびアジスロマイシンは、二糖を
有するチロシンまたはスピラマイシンよりも長いペプチ
ドの合成を可能にするはずである。これらの観察は、生
化学的な研究に由来する観察に一致し、エリスロマイシ
ンがテトラペプチドの形成を可能にし、そしてチロシン
およびスピラマイシンがジペプチドのみの形成を可能に
し、そしてカルボマイシンＡが第１のペプチド結合の形
成さえも強く阻害することを示す。
【０５３７】（参考としての援用）本明細書中で言及さ
れる特許文書、科学論文、原子座標（Ｒｅｓｅａｒｃｈ
Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｓｔｒｕｃｔｕ
ｒａｌ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｐｒｏｔｅｉ
ｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）に、登録番号ＰＤＢ
ＩＤ：１ＦＦＫ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦ２；ＰＤＢ
ＩＤ：１ＦＧＯ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＪＪ２；ＰＤＢ Ｉ
Ｄ：１Ｋ７３；ＰＤＢ ＩＤ：１ＫＣ８；ＰＤＢ Ｉ
Ｄ：１Ｋ８Ａ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＫＤ１；およびＰＤＢ
ＩＤ：１Ｋ９Ｍの下で登録されたセット、および／ま
たはディスク番号１に含まれるセットを含むが、これら
に限定されない）の各々の開示は、本明細書中で参考と
して援用される。
れる特許文書、科学論文、原子座標（Ｒｅｓｅａｒｃｈ
Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｆｏｒ Ｓｔｒｕｃｔｕ
ｒａｌ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｐｒｏｔｅｉ
ｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ（ＰＤＢ）に、登録番号ＰＤＢ
ＩＤ：１ＦＦＫ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦ２；ＰＤＢ
ＩＤ：１ＦＧＯ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＪＪ２；ＰＤＢ Ｉ
Ｄ：１Ｋ７３；ＰＤＢ ＩＤ：１ＫＣ８；ＰＤＢ Ｉ
Ｄ：１Ｋ８Ａ；ＰＤＢ ＩＤ：１ＫＤ１；およびＰＤＢ
ＩＤ：１Ｋ９Ｍの下で登録されたセット、および／ま
たはディスク番号１に含まれるセットを含むが、これら
に限定されない）の各々の開示は、本明細書中で参考と
して援用される。
【０５３８】ディスク番号１のコンパクトディスクで本
明細書と共に提出される全ての材料は、本明細書中で参
考として援用される。ディスク番号１は、２００２年２
月６日に作製され、そして以下の３０のファイルを含む
と同定されている。
明細書と共に提出される全ての材料は、本明細書中で参
考として援用される。ディスク番号１は、２００２年２
月６日に作製され、そして以下の３０のファイルを含む
と同定されている。
【０５３９】
【表６７】
【０５４０】
【表６８】
【０５４１】本発明は、リボソームおよびリボソームサ
ブユニットの高分解能の結晶を生成するための方法、な
らびにこのような方法によって生成された結晶を提供す
る。本発明はまた、単独またはタンパク質合成インヒビ
ターと組み合わせてのいずれかのリボソームサブユニッ
トの高分解能の構造を提供する。本発明は、リボソーム
関連リガンドを同定するための方法、および特定のリボ
ソーム結合性質を有するリガンド、ならびにタンパク質
合成インヒビターとして作用し得るリガンドを設計する
ための方法を提供する。従って、本発明の方法および組
成物は、任意の標的生物の増殖を特異的に殺傷するかま
たは阻害するように設計されるリガンドを生成するため
に使用され得る。
ブユニットの高分解能の結晶を生成するための方法、な
らびにこのような方法によって生成された結晶を提供す
る。本発明はまた、単独またはタンパク質合成インヒビ
ターと組み合わせてのいずれかのリボソームサブユニッ
トの高分解能の構造を提供する。本発明は、リボソーム
関連リガンドを同定するための方法、および特定のリボ
ソーム結合性質を有するリガンド、ならびにタンパク質
合成インヒビターとして作用し得るリガンドを設計する
ための方法を提供する。従って、本発明の方法および組
成物は、任意の標的生物の増殖を特異的に殺傷するかま
たは阻害するように設計されるリガンドを生成するため
に使用され得る。
【０５４２】（等価物）本発明は、その趣旨または不可
欠な特徴から逸脱することなく、他の特異的な形態にお
いて体現され得る。従って、上述の実施形態は、あらゆ
る点で、本明細書中に記載される発明を限定するのでは
なく、例示として見なされるべきである。従って、本発
明の範囲は、上述の記載によって示されるのではなく、
添付の特許請求の範囲によって示される。そして、特許
請求の範囲と同等の意義および範囲内で生じるあらゆる
変化が意図され、特許請求の範囲に包含される。
欠な特徴から逸脱することなく、他の特異的な形態にお
いて体現され得る。従って、上述の実施形態は、あらゆ
る点で、本明細書中に記載される発明を限定するのでは
なく、例示として見なされるべきである。従って、本発
明の範囲は、上述の記載によって示されるのではなく、
添付の特許請求の範囲によって示される。そして、特許
請求の範囲と同等の意義および範囲内で生じるあらゆる
変化が意図され、特許請求の範囲に包含される。
【０５４３】
【表３８】
表３８は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５４４】
【表３９】
表３９は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５４５】
【表４０】
表４０は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５４６】
【表４１】
表４１は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５４７】
【表４２】
表４２は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５４８】
【表４３】
表４３は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５４９】
【表４４】
表４４は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５０】
【表４５】
表４５は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５１】
【表４６】
表４６は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５２】
【表４７】
表４７は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５３】
【表４８】
表４８は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５４】
【表４９】
表４９は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５５】
【表５０】
表５０は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５６】
【表５１】
表５１は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５７】
【表５２】
表５２は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５８】
【表５３】
表５３は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５５９】
【表５４】
表５４は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６０】
【表５５】
表５５は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６１】
【表５６】
表５６は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６２】
【表５７】
表５７は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６３】
【表５８】
表５８は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６４】
【表５９】
表５９は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６５】
【表６０】
表６０は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６６】
【表６１】
表６１は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６７】
【表６２】
表６２は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６８】
【表６３】
表６３は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５６９】
【表６４】
表６４は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５７０】
【表６５】
表６５は公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ「１５
（２００３）−００４（００７）」を参照
（２００３）−００４（００７）」を参照
【０５７１】本特許書類または出願書類は、カラーで作
成された少なくとも１つの図面を含む。カラー図面を有
する本特許公開または特許出願公開は、請求および必要
な料金の支払いの下で、特許局によって提供される。
成された少なくとも１つの図面を含む。カラー図面を有
する本特許公開または特許出願公開は、請求および必要
な料金の支払いの下で、特許局によって提供される。
【０５７２】いくつかの以下の図に類似したカラー表現
は、例えば、Ｂａｎら（２０００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２
８９：９２０−９３０に見出され得る。
は、例えば、Ｂａｎら（２０００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２
８９：９２０−９３０に見出され得る。
【０５７３】本発明の目的および特徴は、以下に記載の
図面を参照して、より完全に理解され得る。
図面を参照して、より完全に理解され得る。
【図１】図１（Ａ）〜（Ｅ）は、２．４Åの分解能の電
子密度地図からの電子密度を示す。特に、図１（Ａ）
は、２３Ｓ ｒＲＮＡドメインＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶ
間の接合部の立体図を示す。図１（Ｂ）は、周囲のＲＮ
Ａと相互作用するタンパク質Ｌ２の伸長したドメインを
示す。図１（Ｃ）は、結合したＭｇ２＋イオンを有する
Ｌ２領域を詳細に示す。図１（Ｄ）は、アミノ酸側鎖を
有するＬ２を詳細に示す。図１（Ｅ）は、ドメイン６由
来のヘリックス９４〜９７を示す。
子密度地図からの電子密度を示す。特に、図１（Ａ）
は、２３Ｓ ｒＲＮＡドメインＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶ
間の接合部の立体図を示す。図１（Ｂ）は、周囲のＲＮ
Ａと相互作用するタンパク質Ｌ２の伸長したドメインを
示す。図１（Ｃ）は、結合したＭｇ２＋イオンを有する
Ｌ２領域を詳細に示す。図１（Ｄ）は、アミノ酸側鎖を
有するＬ２を詳細に示す。図１（Ｅ）は、ドメイン６由
来のヘリックス９４〜９７を示す。
【図２】図２は、頂部図（ｃｒｏｗｎ ｖｉｅｗ）で
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの大リボソームサブユニッ
トを示す。右へのＬ７／Ｌ１２軸（ｓｔａｌｋ）、左へ
のＬ１軸、および上方への隆起（ＣＰ）を有するサブユ
ニットを頂部図で示す。この図において、小リボソーム
サブユニットと相互作用するサブユニットの表面は、読
み手に面する。ＲＮＡは、灰色の空間充填表現で示され
る。認識できるタンパク質の骨格を、金色で表現する。
サブユニットのペプチジルトランスフェラーゼ部位に結
合した遷移状態のアナログを、緑色で表現する。粒子
は、直径約２５０Åである。
Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉの大リボソームサブユニッ
トを示す。右へのＬ７／Ｌ１２軸（ｓｔａｌｋ）、左へ
のＬ１軸、および上方への隆起（ＣＰ）を有するサブユ
ニットを頂部図で示す。この図において、小リボソーム
サブユニットと相互作用するサブユニットの表面は、読
み手に面する。ＲＮＡは、灰色の空間充填表現で示され
る。認識できるタンパク質の骨格を、金色で表現する。
サブユニットのペプチジルトランスフェラーゼ部位に結
合した遷移状態のアナログを、緑色で表現する。粒子
は、直径約２５０Åである。
【図３Ａ】図３Ａは、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来
の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造を示す。この２３Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を、標準化したで示す。図３（Ａ）
は、大サブユニットのｒＲＮＡの５’の半分を示す。こ
の図は、少なくとも２つの水素結合によって安定化され
た大サブユニットの結晶構造において見られるすべての
塩基対を示す。赤色で示される対形成は、予測されてお
り、そして観察される対形成である。緑色で示される対
形成は、予測されていたが、観察されない対形成であ
る。青色で示される相互作用は、観察されるが、予測さ
れなかった相互作用である。黒色で示される塩基は、対
形成相互作用に関与しないようである。２．４Åの分解
能の電子密度地図では視覚化できない配列は、それらの
配列の予測された二次構造をとともに、灰色で示され
る。
の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造を示す。この２３Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を、標準化したで示す。図３（Ａ）
は、大サブユニットのｒＲＮＡの５’の半分を示す。こ
の図は、少なくとも２つの水素結合によって安定化され
た大サブユニットの結晶構造において見られるすべての
塩基対を示す。赤色で示される対形成は、予測されてお
り、そして観察される対形成である。緑色で示される対
形成は、予測されていたが、観察されない対形成であ
る。青色で示される相互作用は、観察されるが、予測さ
れなかった相互作用である。黒色で示される塩基は、対
形成相互作用に関与しないようである。２．４Åの分解
能の電子密度地図では視覚化できない配列は、それらの
配列の予測された二次構造をとともに、灰色で示され
る。
【図３Ｂ】図３（Ｂ）は、大サブユニットのｒＲＮＡの
３’の半分を示す。この図は、少なくとも２つの水素結
合によって安定化された大サブユニットの結晶構造にお
いて見られるすべての塩基対を示す。赤色で示される対
形成は、予測されており、そして観察される対形成であ
る。緑色で示される対形成は、予測されていたが、観察
されない対形成である。青色で示される相互作用は、観
察されるが、予測されなかった相互作用である。黒色で
示される塩基は、対形成相互作用に関与しないようであ
る。２．４Åの分解能の電子密度地図では視覚化できな
い配列は、それらの配列の予測された二次構造をととも
に、灰色で示される。
３’の半分を示す。この図は、少なくとも２つの水素結
合によって安定化された大サブユニットの結晶構造にお
いて見られるすべての塩基対を示す。赤色で示される対
形成は、予測されており、そして観察される対形成であ
る。緑色で示される対形成は、予測されていたが、観察
されない対形成である。青色で示される相互作用は、観
察されるが、予測されなかった相互作用である。黒色で
示される塩基は、対形成相互作用に関与しないようであ
る。２．４Åの分解能の電子密度地図では視覚化できな
い配列は、それらの配列の予測された二次構造をととも
に、灰色で示される。
【図４Ａ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｂ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｃ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｄ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｅ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｆ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｇ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｈ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｉ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｊ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｋ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図４Ｌ】図４（Ａ）〜（Ｌ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏ
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
ｒｔｕｉにおけるＲＮＡの三次構造、全体としてのその
ＲＮＡ、およびそのＲＮＡの概略図を示す。特に、図４
（Ａ）および４（Ｂ）は、全体のサブユニットのＲＮＡ
構造を示す。ドメインを、図５（Ｃ）の概略図に示され
るように色分けする。図４（Ａ）は、頂部図で粒子を示
す。図４（Ｂ）は、像の平面に垂直に走る軸の周りを１
８０°回転した図４（Ａ）の像を示す。図４（Ｃ）およ
び４（Ｄ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図および５Ｓ
ｒＲＮＡの二次構造を示す。図４（Ｃ）は、Ｌｅｆｆｅ
ｒｓら（（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９５：
４３−６１）に従って番号を付されたヘリックスを有す
る図３の２３Ｓ ｒＲＮＡの二次構造の概略図を示し、
そして分子のドメインを、色の変化によって示す。図４
（Ｄ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒｔｕｉ由来の５Ｓ ｒ
ＲＮＡの二次構造を示す。塩基を結合する太線は、ワト
ソン−クリック対形成を示す。小文字の「ｏ」によって
結合される塩基は、非ワトソン−クリック対形成を示
す。細線によって結合される塩基は、一つの水素結合を
介して相互作用する。黒色で示される塩基は、対形成し
ていない。赤色で示される塩基は、現在確認されている
（Ｓｙｍａｎｓｋｉら（１９９８）Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ
ｓ．Ｒｅｓ．２６：１５６−１５９）系統発生的に予測
された対形成である。青色で示される対形成は、観察さ
れるが、予測されなかった対形成であり、そして緑色で
示される対形成は、予測されたが、観察されない対形成
である。図４（Ｅ）〜図４（Ｌ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡ
および５Ｓ ｒＲＮＡにおけるＲＮＡドメインの立体図
を示す。各々のドメインは、その５’末端から３’末端
に色分けされ、見る者の、３次元におけるその軌道の追
跡が容易になる。最も重要な内部ドメインの相互作用が
発生する表面を、立体図の右にモノラルで示す。図４
（Ｅ）は、ドメインＩを示す；図４（Ｆ）は、ドメイン
ＩＩを示す；図４（Ｇ）は、ドメインＩＩＩを示す；図
４（Ｈ）は、ドメインＩＶを示す；図４（Ｉ）は、ドメ
インＶを示す；図４（Ｊ）は、ドメインＶの背面図を示
す；図４（Ｋ）は、ドメインＶＩを示す；そして図４
（Ｌ）は、５Ｓ ｒＲＮＡを示す。
【図５】図５（Ａ）〜（Ｃ）は、Ｈ．ｍａｒｉｓｍｏｒ
ｔｕｉの２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存および伸長を示
す。これらの像におけるＲＮＡの大部分を灰色で示す。
３つの系統発生界にわたって、９５％を超えて保存され
ることが見出された配列を、赤色で示す。基本的な２３
Ｓ構造における伸長が可能である配列を、緑色で示す
（Ｇｕｔｅｌｌら（２０００）前出）。特に、図５
（Ａ）は、頂部図に関して回転した粒子を示し、その結
果、活性部位のクレフトが見られ得る。図５（Ｂ）は、
頂部図を示す。図５（Ｃ）は、粒子の背面図、すなわち
垂直軸の周りを１８０°回転した頂部図を示す。
ｔｕｉの２３Ｓ ｒＲＮＡにおける保存および伸長を示
す。これらの像におけるＲＮＡの大部分を灰色で示す。
３つの系統発生界にわたって、９５％を超えて保存され
ることが見出された配列を、赤色で示す。基本的な２３
Ｓ構造における伸長が可能である配列を、緑色で示す
（Ｇｕｔｅｌｌら（２０００）前出）。特に、図５
（Ａ）は、頂部図に関して回転した粒子を示し、その結
果、活性部位のクレフトが見られ得る。図５（Ｂ）は、
頂部図を示す。図５（Ｃ）は、粒子の背面図、すなわち
垂直軸の周りを１８０°回転した頂部図を示す。
【図６】図６（Ａ）〜（Ｉ）は、非球状伸長を有するい
くつかの大サブユニットのリボソームタンパク質の構造
を示す。これらのタンパク質の球状ドメインを緑色で示
し、そしてその非球状伸長を赤色で示す。Ｌ４４ｅおよ
びＬ３７ｅにおける亜鉛イオンの位置もまた示す。図６
（Ａ）は、Ｌ２を示す；図６（Ｂ）は、Ｌ３を示す；図
６（Ｃ）は、Ｌ３９を示す；図６（Ｄ）は、Ｌ４を示
す；図６（Ｅ）は、Ｌ１５を示す；図６（Ｆ）は、Ｌ２
１ｅを示す；図６（Ｇ）は、Ｌ４４ｅを示す；図６
（Ｈ）は、Ｌ３７ｅを示す；図６（Ｉ）は、Ｌ１９を示
す。
くつかの大サブユニットのリボソームタンパク質の構造
を示す。これらのタンパク質の球状ドメインを緑色で示
し、そしてその非球状伸長を赤色で示す。Ｌ４４ｅおよ
びＬ３７ｅにおける亜鉛イオンの位置もまた示す。図６
（Ａ）は、Ｌ２を示す；図６（Ｂ）は、Ｌ３を示す；図
６（Ｃ）は、Ｌ３９を示す；図６（Ｄ）は、Ｌ４を示
す；図６（Ｅ）は、Ｌ１５を示す；図６（Ｆ）は、Ｌ２
１ｅを示す；図６（Ｇ）は、Ｌ４４ｅを示す；図６
（Ｈ）は、Ｌ３７ｅを示す；図６（Ｉ）は、Ｌ１９を示
す。
【図７】図７（Ａ）〜（Ｃ）は、大リボソームサブユニ
ットの表面上に現れるタンパク質を示す。サブユニット
のＲＮＡは、図２に示されるように、灰色で示し、そし
てタンパク質の骨格を、金色で示す。特に、図７（Ａ）
は、サブユニットの頂部図におけるサブユニットを示
す。図７（Ｂ）は、頂部図の配向でのサブユニットの背
面図を示す。図７（Ｃ）は、底面図を示す；ペプチドト
ンネルの末端は、この像の中央に現れる。各々の像にお
いて認識できるタンパク質を、図の左隅に、小さい像で
同定する。
ットの表面上に現れるタンパク質を示す。サブユニット
のＲＮＡは、図２に示されるように、灰色で示し、そし
てタンパク質の骨格を、金色で示す。特に、図７（Ａ）
は、サブユニットの頂部図におけるサブユニットを示
す。図７（Ｂ）は、頂部図の配向でのサブユニットの背
面図を示す。図７（Ｃ）は、底面図を示す；ペプチドト
ンネルの末端は、この像の中央に現れる。各々の像にお
いて認識できるタンパク質を、図の左隅に、小さい像で
同定する。
【図８】図８（Ａ）〜（Ｆ）は、大リボソームサブユニ
ットにおけるタンパク質の分布およびタンパク質−ＲＮ
Ａ相互作用を示す。特に、図８（Ａ）は、ペプチドトン
ネルの末端の近傍におけるタンパク質の構造、およびタ
ンパク質が、相互作用するＲＮＡ配列にどのように関わ
るかを示す。タンパク質Ｌ２２は、２３Ｓ ｒＲＮＡの
内部に、長いβヘアピン伸長を伸ばす。Ｌ２４は、類似
する伸長を有するが、タンパク質全体は、粒子の表面上
にある。Ｌ３９は、サブユニットにおいて、３次元構造
を欠失する唯一のタンパク質であり、一方、Ｌ３７ｅ
は、ＮＨ２末端伸長およびＣＯＯＨ末端伸長の両方を有
する。Ｌ１９は、ＲＮＡを通って縫うように進む伸長配
列によって結合したサブユニットの表面上に、２つの球
状ドメインを有する点で独特である。Ｌ３９（緑色）の
末端は、実際にはトンネルに入っており、一方、Ｌ３７
ｅ（赤色）は、完全にＲＮＡに取り囲まれている。図８
（Ｂ）は、ペプチジルトランスフェラーゼ部位（ＣＣｄ
Ａ−ｐ−プロマイシン分子によって特徴付けられる）に
向かって、２３Ｓ ｒＲＮＡの塊を通って到達するＬ２
およびＬ３の非球状伸長を示す。図８（Ｃ）は、２３Ｓ
ｒＲＮＡのすべての６つのドメインの一部分と相互作
用するＬ２２を示す。図８（Ｄ）は、タンパク質（赤
色）と少なくともファンデルワールス接触を形成する配
列の位置を示す２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図を示す。図８
（Ｅ）は、大リボソームサブユニットのタンパク質の立
体図を示し、すべてのＲＮＡははぎ取られている。タン
パク質は、視覚化のみの目的のために赤色で示す。図８
（Ｆ）は、トンネルの出口の領域におけるサブユニット
の断面図を示す。タンパク質Ｌ２２は、赤色でリボンと
して示し、そしてエリトロマイシン耐性を与える変異の
存在するβヘアピンループを橙色で示す。表面上の原子
を灰色で示し、タンパク質原子を緑色で示し、そしてス
ライスの界面を青色で示す。
ットにおけるタンパク質の分布およびタンパク質−ＲＮ
Ａ相互作用を示す。特に、図８（Ａ）は、ペプチドトン
ネルの末端の近傍におけるタンパク質の構造、およびタ
ンパク質が、相互作用するＲＮＡ配列にどのように関わ
るかを示す。タンパク質Ｌ２２は、２３Ｓ ｒＲＮＡの
内部に、長いβヘアピン伸長を伸ばす。Ｌ２４は、類似
する伸長を有するが、タンパク質全体は、粒子の表面上
にある。Ｌ３９は、サブユニットにおいて、３次元構造
を欠失する唯一のタンパク質であり、一方、Ｌ３７ｅ
は、ＮＨ２末端伸長およびＣＯＯＨ末端伸長の両方を有
する。Ｌ１９は、ＲＮＡを通って縫うように進む伸長配
列によって結合したサブユニットの表面上に、２つの球
状ドメインを有する点で独特である。Ｌ３９（緑色）の
末端は、実際にはトンネルに入っており、一方、Ｌ３７
ｅ（赤色）は、完全にＲＮＡに取り囲まれている。図８
（Ｂ）は、ペプチジルトランスフェラーゼ部位（ＣＣｄ
Ａ−ｐ−プロマイシン分子によって特徴付けられる）に
向かって、２３Ｓ ｒＲＮＡの塊を通って到達するＬ２
およびＬ３の非球状伸長を示す。図８（Ｃ）は、２３Ｓ
ｒＲＮＡのすべての６つのドメインの一部分と相互作
用するＬ２２を示す。図８（Ｄ）は、タンパク質（赤
色）と少なくともファンデルワールス接触を形成する配
列の位置を示す２３Ｓ ｒＲＮＡの概略図を示す。図８
（Ｅ）は、大リボソームサブユニットのタンパク質の立
体図を示し、すべてのＲＮＡははぎ取られている。タン
パク質は、視覚化のみの目的のために赤色で示す。図８
（Ｆ）は、トンネルの出口の領域におけるサブユニット
の断面図を示す。タンパク質Ｌ２２は、赤色でリボンと
して示し、そしてエリトロマイシン耐性を与える変異の
存在するβヘアピンループを橙色で示す。表面上の原子
を灰色で示し、タンパク質原子を緑色で示し、そしてス
ライスの界面を青色で示す。
【図９】図９（Ａ）〜（Ｃ）は、リボソームペプチジル
トランスフェラーゼの基質およびアナログの化学的構造
を示す。特に、図９（Ａ）は、ペプチド結合形成の間に
生成された四面体炭素中間体を示す；この四面体炭素
を、矢印で示す。図９（Ｂ）は、リン酸基（ＣＣｄＡ−
ｐ−Ｐｕｒｏ）を介して、プロマイシンのＯ−メチルチ
ロシン残基のアミノ基へのＣＣｄＡの３’ＯＨの結合に
よって形成される遷移状態のアナログを示す（Ｗｅｌｃ
ｈら（１９９５）前出）。図９（Ｃ）は、Ａ部位を標的
化するために構築されたアミノ−Ｎ−アシル化ミニヘリ
ックスを示す。オリゴヌクレオチド配列の５’リン酸
（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）ＣＣＧＧＣＧＧＧＣＵＧＧＵＵ
ＣＡＡＡＣＣＧＧＣＣＣＧＣＣＧＧＡＣＣ ３’（配列
番号１）プロマイシンは、１２塩基対を形成するはずで
ある。この構築物は、Ｔｙｒ−ｔＲＮＡシンセターゼに
よるアミノアシル化に適した基質であるミニヘリックス
に基づいた。Ｃ末端の３’ＯＨは、ホスホジエステル結
合によって、プロマイシンのＮ６−ジメチルＡ部分の
５’ＯＨに結合する。
トランスフェラーゼの基質およびアナログの化学的構造
を示す。特に、図９（Ａ）は、ペプチド結合形成の間に
生成された四面体炭素中間体を示す；この四面体炭素
を、矢印で示す。図９（Ｂ）は、リン酸基（ＣＣｄＡ−
ｐ−Ｐｕｒｏ）を介して、プロマイシンのＯ−メチルチ
ロシン残基のアミノ基へのＣＣｄＡの３’ＯＨの結合に
よって形成される遷移状態のアナログを示す（Ｗｅｌｃ
ｈら（１９９５）前出）。図９（Ｃ）は、Ａ部位を標的
化するために構築されたアミノ−Ｎ−アシル化ミニヘリ
ックスを示す。オリゴヌクレオチド配列の５’リン酸
（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）ＣＣＧＧＣＧＧＧＣＵＧＧＵＵ
ＣＡＡＡＣＣＧＧＣＣＣＧＣＣＧＧＡＣＣ ３’（配列
番号１）プロマイシンは、１２塩基対を形成するはずで
ある。この構築物は、Ｔｙｒ−ｔＲＮＡシンセターゼに
よるアミノアシル化に適した基質であるミニヘリックス
に基づいた。Ｃ末端の３’ＯＨは、ホスホジエステル結
合によって、プロマイシンのＮ６−ジメチルＡ部分の
５’ＯＨに結合する。
【図１０】図１０（Ａ）〜（Ｃ）は、３．２Åの分解能
での、実験的に位相を等しくした（ｐｈａｓｅｄ）基質
アナログ複合体の電子密度地図を示し、モデルを重ね合
わせる（酸素は赤；リンは紫；窒素は青；ならびにｒＲ
ＮＡの炭素は緑および基質の炭素は黄色）。特に、図１
０（Ａ）は、Ｆ０（複合体）−Ｆ０（親）の差電子密度
地図を示し、ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏの骨格モデルを重
ね合わせる。図１０（Ｂ）は、活性部位領域のＣＣｄＡ
−ｐ−Ｐｕｒｏの２Ｆ０（複合体）−Ｆ０（親）の電子
密度地図を示し、リボソームおよびインヒビターの構造
を重ね合わせ、これは、Ａ２４８６（２４５１）のＮ３
の、リン酸エステル（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）に対する近
似を示し、この複合体において、酸素は架橋されない。
図１０（Ｃ）は、ｔＲＮＡアクセプターのステム（ｓｔ
ｅｍ）アナログのＦ０（複合体）−Ｆ０（親）の差電子
密度地図を示し、ＣＣｐｕｒｏの骨格モデルを重ね合わ
せる。Ｃ７４のリボースおよびリン酸エステルの密度の
み存在し、そして残りのＲＮＡヘアピンの密度は存在し
ない。
での、実験的に位相を等しくした（ｐｈａｓｅｄ）基質
アナログ複合体の電子密度地図を示し、モデルを重ね合
わせる（酸素は赤；リンは紫；窒素は青；ならびにｒＲ
ＮＡの炭素は緑および基質の炭素は黄色）。特に、図１
０（Ａ）は、Ｆ０（複合体）−Ｆ０（親）の差電子密度
地図を示し、ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏの骨格モデルを重
ね合わせる。図１０（Ｂ）は、活性部位領域のＣＣｄＡ
−ｐ−Ｐｕｒｏの２Ｆ０（複合体）−Ｆ０（親）の電子
密度地図を示し、リボソームおよびインヒビターの構造
を重ね合わせ、これは、Ａ２４８６（２４５１）のＮ３
の、リン酸エステル（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）に対する近
似を示し、この複合体において、酸素は架橋されない。
図１０（Ｃ）は、ｔＲＮＡアクセプターのステム（ｓｔ
ｅｍ）アナログのＦ０（複合体）−Ｆ０（親）の差電子
密度地図を示し、ＣＣｐｕｒｏの骨格モデルを重ね合わ
せる。Ｃ７４のリボースおよびリン酸エステルの密度の
み存在し、そして残りのＲＮＡヘアピンの密度は存在し
ない。
【図１１】図１１（Ａ）および（Ｂ）は、Ａ部位に結合
したミニヘリックスのＣＣＡ部分と、Ａ部位およびＰ部
位に結合したＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏとを組み合わせた
モデルを示し、図２にのように色分けする。特に、図１
１（Ａ）は、Ｐ部位のＣ７４およびＣ７５と、２３Ｓ
ｒＲＮＡのＰループとの間の塩基対形成相互作用を左に
示し、そして２３Ｓ ｒＲＮＡのＡループを有するＡ部
位のＣ７５を右に示す。触媒Ａ２４８６は、四面体中間
体のオキシアニオン（ｏｘｙａｎｉｏｎ）のアナログで
あるリン酸エステル酸素（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｏｘｙ
ｇｅｎ）（Ｐ）の近傍である。図１１（Ｂ）は、Ｎ３が
非架橋リン酸エステル酸素に接近する２つのＣＣＡとＡ
２４８６（緑）との間に横たわるＡ２６３７（すべて
青）を示す。Ａ部位およびＰ部位のｔＲＮＡ由来のＡ７
６塩基のＮ１原子は、それぞれＡループおよびＰループ
の両方で、リボースの２’ＯＨとほぼ等しい相互作用を
形成し、そして約２回軸が、これらの残基に関連する。
したミニヘリックスのＣＣＡ部分と、Ａ部位およびＰ部
位に結合したＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏとを組み合わせた
モデルを示し、図２にのように色分けする。特に、図１
１（Ａ）は、Ｐ部位のＣ７４およびＣ７５と、２３Ｓ
ｒＲＮＡのＰループとの間の塩基対形成相互作用を左に
示し、そして２３Ｓ ｒＲＮＡのＡループを有するＡ部
位のＣ７５を右に示す。触媒Ａ２４８６は、四面体中間
体のオキシアニオン（ｏｘｙａｎｉｏｎ）のアナログで
あるリン酸エステル酸素（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｏｘｙ
ｇｅｎ）（Ｐ）の近傍である。図１１（Ｂ）は、Ｎ３が
非架橋リン酸エステル酸素に接近する２つのＣＣＡとＡ
２４８６（緑）との間に横たわるＡ２６３７（すべて
青）を示す。Ａ部位およびＰ部位のｔＲＮＡ由来のＡ７
６塩基のＮ１原子は、それぞれＡループおよびＰループ
の両方で、リボースの２’ＯＨとほぼ等しい相互作用を
形成し、そして約２回軸が、これらの残基に関連する。
【図１２】図１２は、回転した「頂部図」において活性
部位のクレフトを見下ろす２３ＳｒＲＮＡおよび５Ｓ
ｒＲＮＡ、タンパク質、ならびにＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒ
ｏインヒビターの空間充填モデルを示す。塩基は白色
で、糖リン酸（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）骨格は黄色であ
る。インヒビターを赤色で示し、そして番号付けされた
タンパク質を青色で示す。より低い分解能で位置確認さ
れたＬ１およびＬ１１タンパク質は、青色の骨格であ
る。中央の隆起を、ＣＰと標識する。
部位のクレフトを見下ろす２３ＳｒＲＮＡおよび５Ｓ
ｒＲＮＡ、タンパク質、ならびにＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒ
ｏインヒビターの空間充填モデルを示す。塩基は白色
で、糖リン酸（ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）骨格は黄色であ
る。インヒビターを赤色で示し、そして番号付けされた
タンパク質を青色で示す。より低い分解能で位置確認さ
れたＬ１およびＬ１１タンパク質は、青色の骨格であ
る。中央の隆起を、ＣＰと標識する。
【図１３】図１３（Ａ）は、ループＡおよびＰ、ならび
にペプチジルトランスフェラーゼループを含む残基の３
次元分布の立体図を示す。図１３（Ｂ）は、トンネルの
方向からのドメインＶの中央のループの立体図を示す。
残基を、抗生物質耐性を与える変異に基づいて色分けす
る。図１３（Ｃ）は、ドメインＶ活性部位を示し、その
中央のループを、二次構造として示す。
にペプチジルトランスフェラーゼループを含む残基の３
次元分布の立体図を示す。図１３（Ｂ）は、トンネルの
方向からのドメインＶの中央のループの立体図を示す。
残基を、抗生物質耐性を与える変異に基づいて色分けす
る。図１３（Ｃ）は、ドメインＶ活性部位を示し、その
中央のループを、二次構造として示す。
【図１４】図１４（Ａ）および（Ｂ）は、Ｙａｒｕｓイ
ンヒビター（ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏ）のボール＆ステ
ィック（ｂａｌｌ ａｎｄ ｓｔｉｃｋ）モデルによっ
て特徴付けられたペプチジルトランスフェラーゼ活性部
位へのポリペプチドの最も近接した接近を示す。特に、
図１４（Ａ）は、ドメインＶのＲＮＡ骨格を赤色で、そ
して塩基を灰色で示したコイル表示、および相互作用す
るすべての１３のタンパク質のリボン骨格表示を示す。
図１４（Ｂ）は、活性部位のクローズアップ図を示し、
ＲＮＡは取り除く。すべての原子表示において最も近接
した側鎖を有するＹａｒｕｓアナログのリン酸エステル
およびインヒビターに伸長が最も近接するタンパク質を
リボンで示す。最も近接したタンパク質原子と四面体炭
素のリンアナログ（桃色）との間の距離（Å）を、モデ
ル化されたペプチド（桃色）のままで示す。
ンヒビター（ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏ）のボール＆ステ
ィック（ｂａｌｌ ａｎｄ ｓｔｉｃｋ）モデルによっ
て特徴付けられたペプチジルトランスフェラーゼ活性部
位へのポリペプチドの最も近接した接近を示す。特に、
図１４（Ａ）は、ドメインＶのＲＮＡ骨格を赤色で、そ
して塩基を灰色で示したコイル表示、および相互作用す
るすべての１３のタンパク質のリボン骨格表示を示す。
図１４（Ｂ）は、活性部位のクローズアップ図を示し、
ＲＮＡは取り除く。すべての原子表示において最も近接
した側鎖を有するＹａｒｕｓアナログのリン酸エステル
およびインヒビターに伸長が最も近接するタンパク質を
リボンで示す。最も近接したタンパク質原子と四面体炭
素のリンアナログ（桃色）との間の距離（Å）を、モデ
ル化されたペプチド（桃色）のままで示す。
【図１５】図１５は、ＣＣｄＡ−ｐ−Ｐｕｒｏを結合す
るペプチジルトランスフェラーゼ領域における保存ヌク
レオチドおよび活性部位領域の空間充填表示を示し、Ｙ
ａｒｕｓインヒビターが、活性部位のクレフトを見下ろ
す。すべての３つの界において９５％保存される（Ｇｕ
ｔｅｌｌら（２０００）前出）２３Ｓ ｒＲＮＡヌクレ
オチドに属するすべての原子は赤色である。そしてすべ
ての他のヌクレオチドは白色である；インヒビターは青
色である。
るペプチジルトランスフェラーゼ領域における保存ヌク
レオチドおよび活性部位領域の空間充填表示を示し、Ｙ
ａｒｕｓインヒビターが、活性部位のクレフトを見下ろ
す。すべての３つの界において９５％保存される（Ｇｕ
ｔｅｌｌら（２０００）前出）２３Ｓ ｒＲＮＡヌクレ
オチドに属するすべての原子は赤色である。そしてすべ
ての他のヌクレオチドは白色である；インヒビターは青
色である。
【図１６】図１６（Ａ）〜（Ｃ）は、ペプチジルトラン
スフェラーゼ活性部位の触媒装置を示す。特に、図１６
（Ａ）は、立体での触媒部位の領域における大サブユニ
ットの実験的に２．４Åの分解能の電子密度地図（Ｂａ
ｎら（２０００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８９：９０５−９
２０）の立体図を示す。Ａ２４８６との相互作用に関与
するＴＲＮＡの構造を重ね合わせる。残基Ｇ２１０２
（２０６１）およびＧ２４８２（２４４７）は、近接す
るリン酸基と相互作用するＡ２４８６（２４５１）およ
びＧ２４８２のＮ６に水素結合される。図１６（Ｂ）
は、骨格表示とともに破線の水素結合を示し、Ｇ２４８
２、Ｇ２１０２、Ａ２４８６、およびＧ２４８２からＡ
２４８６のＮ３への電荷リレーを生じると提唱される埋
められたリン酸を示す。図１６（Ｃ）は、残基２４８５
の埋められたリン酸によって安定化されると提唱される
Ｇ２４８２およびＡ２４８６の標準的なイミン互変体形
態およびまれなイミン互変体形態を示す。
スフェラーゼ活性部位の触媒装置を示す。特に、図１６
（Ａ）は、立体での触媒部位の領域における大サブユニ
ットの実験的に２．４Åの分解能の電子密度地図（Ｂａ
ｎら（２０００）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２８９：９０５−９
２０）の立体図を示す。Ａ２４８６との相互作用に関与
するＴＲＮＡの構造を重ね合わせる。残基Ｇ２１０２
（２０６１）およびＧ２４８２（２４４７）は、近接す
るリン酸基と相互作用するＡ２４８６（２４５１）およ
びＧ２４８２のＮ６に水素結合される。図１６（Ｂ）
は、骨格表示とともに破線の水素結合を示し、Ｇ２４８
２、Ｇ２１０２、Ａ２４８６、およびＧ２４８２からＡ
２４８６のＮ３への電荷リレーを生じると提唱される埋
められたリン酸を示す。図１６（Ｃ）は、残基２４８５
の埋められたリン酸によって安定化されると提唱される
Ｇ２４８２およびＡ２４８６の標準的なイミン互変体形
態およびまれなイミン互変体形態を示す。
【図１７】図１７（Ａ）〜（Ｃ）は、リボソームによっ
て触媒されるペプチド合成の提唱されたメカニズムを示
す。特に、図１７（Ａ）は、ＮＨ２が、ペプチジルｔＲ
ＮＡのカルボニル炭素を攻撃する場合の、ＮＨ２基から
プロトンを抜き取るＡ２４８６のＮ３を示す。図１７
（Ｂ）は、オキシアニオンへの水素結合によって、四面
体炭素中間体を安定化するプロトン化されたＮ３を示
す。図１７（Ｃ）は、新規に形成されたペプチドが脱ア
シル化された場合のＮ３からペプチジルｔＲＮＡの３’
ＯＨへ転移されたプロトンを示す。
て触媒されるペプチド合成の提唱されたメカニズムを示
す。特に、図１７（Ａ）は、ＮＨ２が、ペプチジルｔＲ
ＮＡのカルボニル炭素を攻撃する場合の、ＮＨ２基から
プロトンを抜き取るＡ２４８６のＮ３を示す。図１７
（Ｂ）は、オキシアニオンへの水素結合によって、四面
体炭素中間体を安定化するプロトン化されたＮ３を示
す。図１７（Ｃ）は、新規に形成されたペプチドが脱ア
シル化された場合のＮ３からペプチジルｔＲＮＡの３’
ＯＨへ転移されたプロトンを示す。
【図１８】図１８（Ａ）および（Ｂ）は、Ａ部位および
Ｐ部位に結合されたＣＣＡ上にドッキングされた（ｄｏ
ｃｋｅｄ）Ｎｏｌｌｅｒらによる７０Ｓリボソームの構
造において見出される配向と同じ相関的な配向での、５
０Ｓリボソームサブユニットの空間充填表示と、３つの
ｔＲＮＡ分子を示す。特に、左手側に示された図１８
（Ａ）は、回転された頂部図での全体のサブユニットを
示し、ｒＲＮＡを黄色、タンパク質を桃色そしてｔＲＮ
Ａを橙色で示す。右手側に示された図１８（Ｂ）は、ク
ローズアップ図を示し、番号を付されたタンパク質を桃
色、そしてｒＲＮＡを青色で示す。Ａ部位、Ｐ部位およ
びＥ部位の骨格のリボン表示を、それぞれ黄色、赤色お
よび白色で示す。
Ｐ部位に結合されたＣＣＡ上にドッキングされた（ｄｏ
ｃｋｅｄ）Ｎｏｌｌｅｒらによる７０Ｓリボソームの構
造において見出される配向と同じ相関的な配向での、５
０Ｓリボソームサブユニットの空間充填表示と、３つの
ｔＲＮＡ分子を示す。特に、左手側に示された図１８
（Ａ）は、回転された頂部図での全体のサブユニットを
示し、ｒＲＮＡを黄色、タンパク質を桃色そしてｔＲＮ
Ａを橙色で示す。右手側に示された図１８（Ｂ）は、ク
ローズアップ図を示し、番号を付されたタンパク質を桃
色、そしてｒＲＮＡを青色で示す。Ａ部位、Ｐ部位およ
びＥ部位の骨格のリボン表示を、それぞれ黄色、赤色お
よび白色で示す。
【図１９】図１９（Ａ）〜（Ｆ）は、ポリペプチドの出
口トンネルを示す。特に、図１９（Ａ）は、半分に切断
したサブユニット、ほぼ二等分するその中央の隆起、お
よび全体の長さに沿ったそのペプチドトンネルを示す。
２つの半分は、本の頁のように開いている。すべてのリ
ボソーム原子を、ＣＰＫ表示で示し、溶媒と接触しない
すべてのＲＮＡ原子を白色で示し、そして溶媒と接触し
ないすべてのタンパク質原子を緑色で示す。タンパク質
およびＲＮＡの両方の表面の原子を、炭素を黄色、酸素
を赤色、そして窒素を青色で色分けする。トンネルを通
過するポリペプチドの可能な軌道を、白色のリボンで示
す。ペプチジルトランスフェラーゼ部位（ＰＴ）もまた
示す。図１９（Ｂ）は、極性基および非極性基の分布
（原子を図１９（Ａ）のように色付けする）、タンパク
質Ｌ２２およびＬ４（ＰＴに近接する緑色の断片）によ
って形成されるトンネル内の狭搾、ならびにトンネルの
比較的広い出口とともに、ポリペプチド出口トンネルの
詳細を示す。図１９（Ｃ）は、ドメインによって色分け
されたＲＮＡの骨格原子を有するトンネル表面を示す：
ドメインＩ（白色）、ＩＩ（水色）、ＩＩＩ（金色）、
ＩＶ（緑色）、Ｖ（橙色）、５Ｓ（桃色）およびタンパ
ク質（青色）で示す。ペプチジルトランスフェラーゼの
中央部（ＰＴＣ）を示す。図１９（Ｄ）は、トンネルの
出口での大サブユニット表面の空間充填表示であり、タ
ンパク質の配置を示し、このうちのいくつかは、タンパ
ク質の分泌における役割を果たし得る。ＲＮＡは白色
（塩基）および黄色（骨格）であり、そして数を付され
たタンパク質は、青色である。モデル化されたポリペプ
チドは、赤色でトンネルを出ていく。図１９（Ｅ）は、
出口トンネルの半分のクローズアップ図を示し、タンパ
ク質Ｌ４（黄色）およびＬ２２（青色）とのペプチジル
トランスフェラーゼの中央部（ＰＴＣ）の関係を示す。
Ｙａｒｕｓインヒビターおよびモデル化されたペプチド
は紫色であり、そして２３Ｓ ｒＲＮＡは赤色および白
色である。図１９（Ｆ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概要の
二次構造を示し、トンネルと接触する配列を赤色で同定
する。
口トンネルを示す。特に、図１９（Ａ）は、半分に切断
したサブユニット、ほぼ二等分するその中央の隆起、お
よび全体の長さに沿ったそのペプチドトンネルを示す。
２つの半分は、本の頁のように開いている。すべてのリ
ボソーム原子を、ＣＰＫ表示で示し、溶媒と接触しない
すべてのＲＮＡ原子を白色で示し、そして溶媒と接触し
ないすべてのタンパク質原子を緑色で示す。タンパク質
およびＲＮＡの両方の表面の原子を、炭素を黄色、酸素
を赤色、そして窒素を青色で色分けする。トンネルを通
過するポリペプチドの可能な軌道を、白色のリボンで示
す。ペプチジルトランスフェラーゼ部位（ＰＴ）もまた
示す。図１９（Ｂ）は、極性基および非極性基の分布
（原子を図１９（Ａ）のように色付けする）、タンパク
質Ｌ２２およびＬ４（ＰＴに近接する緑色の断片）によ
って形成されるトンネル内の狭搾、ならびにトンネルの
比較的広い出口とともに、ポリペプチド出口トンネルの
詳細を示す。図１９（Ｃ）は、ドメインによって色分け
されたＲＮＡの骨格原子を有するトンネル表面を示す：
ドメインＩ（白色）、ＩＩ（水色）、ＩＩＩ（金色）、
ＩＶ（緑色）、Ｖ（橙色）、５Ｓ（桃色）およびタンパ
ク質（青色）で示す。ペプチジルトランスフェラーゼの
中央部（ＰＴＣ）を示す。図１９（Ｄ）は、トンネルの
出口での大サブユニット表面の空間充填表示であり、タ
ンパク質の配置を示し、このうちのいくつかは、タンパ
ク質の分泌における役割を果たし得る。ＲＮＡは白色
（塩基）および黄色（骨格）であり、そして数を付され
たタンパク質は、青色である。モデル化されたポリペプ
チドは、赤色でトンネルを出ていく。図１９（Ｅ）は、
出口トンネルの半分のクローズアップ図を示し、タンパ
ク質Ｌ４（黄色）およびＬ２２（青色）とのペプチジル
トランスフェラーゼの中央部（ＰＴＣ）の関係を示す。
Ｙａｒｕｓインヒビターおよびモデル化されたペプチド
は紫色であり、そして２３Ｓ ｒＲＮＡは赤色および白
色である。図１９（Ｆ）は、２３Ｓ ｒＲＮＡの概要の
二次構造を示し、トンネルと接触する配列を赤色で同定
する。
【図２０】図２０は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質アニソマイシン間の空間的関係を示す図で
ある。
した抗生物質アニソマイシン間の空間的関係を示す図で
ある。
【図２１】図２１は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質ブラスチシジン間の空間的関係を示す図で
ある。
した抗生物質ブラスチシジン間の空間的関係を示す図で
ある。
【図２２】図２２は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質カルボマイシンおよびチロシン間の空間的
関係を示す図である。
した抗生物質カルボマイシンおよびチロシン間の空間的
関係を示す図である。
【図２３】図２３は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質スパルソマイシン間の空間的関係を示す図
である。
した抗生物質スパルソマイシン間の空間的関係を示す図
である。
【図２４】図２４は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質ヴァージニアマイシンＭ（ストレプトグラ
ミン（ｓｔｒｅｐｔｏｇｒａｍｉｎ）Ａ）およびカルボ
マイシンＡ間の空間的関係を示す図である。
した抗生物質ヴァージニアマイシンＭ（ストレプトグラ
ミン（ｓｔｒｅｐｔｏｇｒａｍｉｎ）Ａ）およびカルボ
マイシンＡ間の空間的関係を示す図である。
【図２５】図２５は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質スピラマイシン間の空間的関係を示す図で
ある。
した抗生物質スピラマイシン間の空間的関係を示す図で
ある。
【図２６】図２６は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質アジスロマイシン間の空間的関係を示す図
である。
した抗生物質アジスロマイシン間の空間的関係を示す図
である。
【図２７】図２７は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質間の空間的関係を示す図である。
した抗生物質間の空間的関係を示す図である。
【図２８】図２８は、大リボソームサブユニットに結合
した抗生物質エリスロマイシン間の空間的関係を示す図
である。
した抗生物質エリスロマイシン間の空間的関係を示す図
である。
【図２９】図２９は、大リボソームサブユニットに結合
した特定の抗生物質、すなわち、アニソマイシン、ブラ
スチシジン、カルボマイシンＡおよびヴァージニアマイ
シンＭの空間的関係を示す図である。結合した抗生物質
の位置を、リボソームのＡ部位、Ｐ部位およびポリペプ
チド出口トンネルに関して示す。
した特定の抗生物質、すなわち、アニソマイシン、ブラ
スチシジン、カルボマイシンＡおよびヴァージニアマイ
シンＭの空間的関係を示す図である。結合した抗生物質
の位置を、リボソームのＡ部位、Ｐ部位およびポリペプ
チド出口トンネルに関して示す。
【図３０】図３０（Ａ）〜（Ｃ）は、大リボソームサブ
ユニット内に配置されたペプチジルトランスフェラーゼ
部位を示す図である。図３０（Ａ）は、結合したチロシ
ン分子を示し、そして二糖結合ポケットならびに「キャ
ビティ１」および「キャビティ２」と示された２つのキ
ャビティを同定する。図３０（Ｂ）および（Ｃ）は、読
み手が、大リボソームサブユニットにおけるペプチジル
トランスフェラーゼ部位（ＰＴ）およびポリペプチド出
口トンネルの位置に向くように、左手側に提供する。
ユニット内に配置されたペプチジルトランスフェラーゼ
部位を示す図である。図３０（Ａ）は、結合したチロシ
ン分子を示し、そして二糖結合ポケットならびに「キャ
ビティ１」および「キャビティ２」と示された２つのキ
ャビティを同定する。図３０（Ｂ）および（Ｃ）は、読
み手が、大リボソームサブユニットにおけるペプチジル
トランスフェラーゼ部位（ＰＴ）およびポリペプチド出
口トンネルの位置に向くように、左手側に提供する。
【図３１】図３１は、リボソームサブユニットの分子モ
デリングに有用なコンピュータシステムおよび／または
合理的な薬物設計を行うためのコンピュータシステムの
概略図である。
デリングに有用なコンピュータシステムおよび／または
合理的な薬物設計を行うためのコンピュータシステムの
概略図である。
【図３２】図３２は、大リボソームサブユニットにおけ
る特定の可能性のある薬物標的部位の概略図である。
る特定の可能性のある薬物標的部位の概略図である。
【図３３】図３３（Ａ）〜（Ｄ）は、Ｅ．ｃｏｌｉとラ
ットの間で保存された（赤色）か、または保存されてい
ない（青色）ポリペプチド出口トンネルの壁の内部の残
基を示す図である。リボソームサブユニットは、ポリペ
プチド出口トンネルを切り取られ、ポリペプチド出口ト
ンネルの半分を図３３（Ａ）に示し、そしてポリペプチ
ド出口トンネルの他の半分を図３３（Ｂ）に示す。図３
３（Ｃ）は、全体としてのリボソームサブユニットに関
して、図３３（Ａ）において示されるリボソームサブユ
ニットの一部分の位置を示すように読み手を向かせるた
めに提供する。図３３（Ｄ）は、全体としてのリボソー
ムサブユニットに関して、図３３（Ｂ）において示され
るリボソームサブユニットの一部分の位置を示すように
読み手を向かせるために提供する。
ットの間で保存された（赤色）か、または保存されてい
ない（青色）ポリペプチド出口トンネルの壁の内部の残
基を示す図である。リボソームサブユニットは、ポリペ
プチド出口トンネルを切り取られ、ポリペプチド出口ト
ンネルの半分を図３３（Ａ）に示し、そしてポリペプチ
ド出口トンネルの他の半分を図３３（Ｂ）に示す。図３
３（Ｃ）は、全体としてのリボソームサブユニットに関
して、図３３（Ａ）において示されるリボソームサブユ
ニットの一部分の位置を示すように読み手を向かせるた
めに提供する。図３３（Ｄ）は、全体としてのリボソー
ムサブユニットに関して、図３３（Ｂ）において示され
るリボソームサブユニットの一部分の位置を示すように
読み手を向かせるために提供する。
【図３４】図３４は、２つのハイブリッド抗生物質（独
立した抗生物質スパルソマイシンおよびクロラムフェニ
コール由来のスパルソクロラムフェニコールＡ（化合物
１）およびＢ（化合物２））の合成を示す概略図であ
る。
立した抗生物質スパルソマイシンおよびクロラムフェニ
コール由来のスパルソクロラムフェニコールＡ（化合物
１）およびＢ（化合物２））の合成を示す概略図であ
る。
【図３５】図３５は、独立した抗生物質スパルソマイシ
ンおよびアニソマイシン由来のハイブリッド抗生物質ス
パルソアニソマイシン（化合物３）の合成を示す概略図
である。
ンおよびアニソマイシン由来のハイブリッド抗生物質ス
パルソアニソマイシン（化合物３）の合成を示す概略図
である。
【図３６】図３６は、スパルソマイシンフラグメント
（化合物９）の合成を示す概略図である。
（化合物９）の合成を示す概略図である。
【図３７】図３７は、システイン誘導体（化合物７）お
よびクロラムフェニコールフラグメント（化合物１３）
の合成を示す概略図である。
よびクロラムフェニコールフラグメント（化合物１３）
の合成を示す概略図である。
【図３８】図３８は、スパルソクロラムフェニコールハ
イブリッドＡ（化合物１）の合成を示す概略図である。
イブリッドＡ（化合物１）の合成を示す概略図である。
【図３９】図３９は、スパルソクロラムフェニコールハ
イブリッドＢ（化合物２）の合成を示す概略図である。
イブリッドＢ（化合物２）の合成を示す概略図である。
【図４０】図４０は、アニソマイシンフラグメント（化
合物２４）の合成を示す概略図である。
合物２４）の合成を示す概略図である。
【図４１】図４１は、スパルソアニソマイシンハイブリ
ッド（化合物３）の合成を示す概略図である。
ッド（化合物３）の合成を示す概略図である。
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(31)優先権主張番号 １０／０７２，６３４
(32)優先日 平成14年２月８日(2002．2．8)
(33)優先権主張国 米国（ＵＳ）
公開・登録公報長大データＣＤ−ＲＯＭ
15(2003)−004(007）
15(2003)−005(008）
(71)出願人 502427253
リブ−エックス ファーマシューティカル
ズ，インコーポレイテッド
Ｒｉｂ−Ｘ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａ
ｌｓ， Ｉｎｃ.
アメリカ合衆国 コネチカット 06511,
ニュー ヘイブン， ジョージ ストリ
ート 300， スイート 301
Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ， Ｃｏｎｎｅｃｔｉ
ｃｕｔ，Ｕ．Ｓ．Ａ.
(72)発明者 トーマス エイ． ステイツ
アメリカ合衆国 コネチカット 06405,
ブラン フォード， プロスペクト ヒ
ル ロード 45
(72)発明者 ピーター ビー． ムーア
アメリカ合衆国 コネチカット 06473,
ノース ヘイブン， ケント ドライ
ブ 30
(72)発明者 ネナド バン
スイス国 ツェーハー−8046 チューリッ
ヒ， リ ーデンハルデン シュトラーセ
255
(72)発明者 ポール ニッセン
デンマーク国 デーカー−8200 アールハ
ス エヌ ， ヴァーゲラーデ ６
(72)発明者 ジェフリー ハンセン
アメリカ合衆国 コネチカット 06511,
ニュー ヘイブン， ウィロウ スト
リート 327
(72)発明者 ジョイス エイ． ストクリフ
アメリカ合衆国 コネチカット 06413,
クリン トン， シルバー バーチ レ
ーン ５
(72)発明者 アデグボヤェガ ケイ． オヤェレレ
アメリカ合衆国 コネチカット 06511,
ニュー ヘイブン， ローレンス ス
トリート 253， ア パート メント
１アール
(72)発明者 ジョセフ エイ． イポリト
アメリカ合衆国 コネチカット 06437,
ギルフ ォード， タウナー スワンプ
ロード 586
Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA11 CA11 HA11
4B063 QA01 QA18 QQ54 QR35 QS15
QS31 QS39 QX01
5B046 AA00
5B075 UU18
Claims (110)
- 【請求項１】 コンピュータシステムであって、該コン
ピュータシステムが、以下： （ａ）少なくとも約４．５Åの分解能を有し、そしてリ
ボソームの大サブユニットのリボファンクショナル位置
を規定する電子密度地図から誘導される原子座標を示
す、メモリ内に保存されたデータを有するメモリ；およ
び（ｂ）該メモリと電気的に連通しているプロセッサで
あって、該プロセッサが、該リボファンクショナル位置
を表わす３次元モデルを生成するためのプログラムを備
える、プロセッサ、を備える、コンピュータシステム。 - 【請求項２】 請求項１に記載のコンピュータシステム
であって、該コンピュータシステムが、前記モデルの視
覚表示を提供するためのデバイスをさらに備える、コン
ピュータシステム。 - 【請求項３】 請求項１に記載のコンピュータシステム
であって、前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ
Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１
ＦＧ０、ＩＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１
ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原
子座標の少なくとも一部分を含む、コンピュータシステ
ム。 - 【請求項４】 請求項１に記載のコンピュータシステム
であって、前記原子座標が、リボファンクショナル位置
と関連してタンパク質合成インヒビターの少なくとも一
部分をさらに規定する、コンピュータシステム。 - 【請求項５】 前記タンパク質合成インヒビターが抗生
物質である、請求項４に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項６】 前記タンパク質合成インヒビターが、ア
ニソマイシン、ブラスチシジン、カルボマイシンＡ、ス
パルソマイシン、スピラマイシン、チロシン、ヴァージ
ニアマイシンＭ、アジスロマイシン、リネゾリド、また
はエリスロマイシンである、請求項５に記載のコンピュ
ータシステム。 - 【請求項７】 請求項５に記載のコンピュータシステム
であって、前記原子座標が、ディスク番号１に、ファイ
ル名ａｎｉｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉ
ｄｉｎ．ｐｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐ
ａｒｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂ、ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉａｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡ
ＳＴＩＣＩ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰ
ＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、Ｔ
ＹＬＯＳＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ、Ａ
ＺＩＴＨＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢ、
ａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚｏｌｉ
ｄ．ｐｄｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ
の下で記録された原子座標の少なくとも一部分を含む、
コンピュータシステム。 - 【請求項８】 前記リボファンクショナル位置が、前記
リボソームサブユニットにおける活性部位の少なくとも
一部分を含む、請求項１に記載のコンピュータシステ
ム。 - 【請求項９】 前記活性部位が、ペプチジルトランスフ
ェラーゼ部位の少なくとも一部分を含む、請求項８に記
載のコンピュータシステム。 - 【請求項１０】 前記ペプチジルトランスフェラーゼ部
位が、表５Ａまたは表５Ｂに示される複数の残基によっ
て規定される、請求項９に記載のコンピュータシステ
ム。 - 【請求項１１】 前記リボファンクショナル位置が、Ａ
部位の少なくとも一部分を含む、請求項１に記載のコン
ピュータシステム。 - 【請求項１２】 前記Ａ部位が、表６Ａまたは表６Ｂに
示される複数の残基によって規定される、請求項１１に
記載のコンピュータシステム。 - 【請求項１３】 前記リボファンクショナル位置が、Ｐ
部位の少なくとも一部分を含む、請求項１または１１に
記載のコンピュータシステム。 - 【請求項１４】 前記Ｐ部位が、表７Ａまたは表７Ｂに
示される複数の残基によって規定される、請求項１３に
記載のコンピュータシステム。 - 【請求項１５】 前記リボファンクショナル位置が、ポ
リペプチド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、請
求項１または１１に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項１６】 前記出口トンネルが、表８Ａ、表８
Ｂ、表９または表１０に示される複数の残基によって規
定される、請求項１５に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項１７】 前記リボファンクショナル位置が、ポ
リペプチド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、請
求項１３に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項１８】 前記出口トンネルが、表８Ａ、表８
Ｂ、表９または表１０に示される複数の残基によって規
定される、請求項１７に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項１９】 前記リボファンクショナル位置が、表
１１Ａ、表１１Ｂ、表１２Ａ、表１２Ｂ、表１３Ａ、表
１３Ｂ、表１４Ａ、表１４Ｂ、表１５Ａ、表１５Ｂ、表
１６Ａ、表１６Ｂ、表１７Ａ、表１７Ｂ、表１８Ａ、表
１８Ｂ、表１９Ａ、表１９Ｂ、表２０Ａまたは表２０Ｂ
に示される複数の残基によって規定される、請求項１に
記載のコンピュータシステム。 - 【請求項２０】 前記原子座標が、分子モデリングによ
って生成される、請求項１に記載のコンピュータシステ
ム。 - 【請求項２１】 請求項１または２０に記載のコンピュ
ータシステムであって、前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉ
ｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、
１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、
１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で
登録された原子座標の少なくとも一部分を使用して、相
同性モデリングによって生成される、コンピュータシス
テム。 - 【請求項２２】 請求項１または２０に記載のコンピュ
ータシステムであって、前記原子座標が、Ｐｒｏｔｅｉ
ｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、
１ＦＦＺ、１ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、
１Ｋ８Ａ、１ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で
登録された原子座標の少なくとも一部分を使用して、分
子置換によって生成される、コンピュータシステム。 - 【請求項２３】 前記リボファンクショナル位置が、リ
ボソームＲＮＡの原子によって規定される、請求項１に
記載のコンピュータシステム。 - 【請求項２４】 前記リボファンクショナル位置が、リ
ボソームタンパク質の原子によって規定される、請求項
１または２３に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項２５】 前記原子座標が、病原体のリボソーム
に存在するが、宿主生物のリボソームには存在しない残
基を規定する、請求項１に記載のコンピュータシステ
ム。 - 【請求項２６】 前記宿主生物が、哺乳動物である、請
求項２５に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項２７】 前記哺乳動物が、ヒトである、請求項
２６に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項２８】 前記原子座標が、１つ以上の病原体ま
たは疾患状態の間で保存された残基を規定する、請求項
１に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項２９】 前記原子座標が、原核生物のリボソー
ムには存在するが、真核生物のリボソームまたは真核生
物ミトコンドリアのリボソームには存在しない残基を規
定する、請求項１に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項３０】 前記真核生物のリボソームが、哺乳動
物のリボソームである、請求項２９に記載のコンピュー
タシステム。 - 【請求項３１】 請求項１に記載のコンピュータシステ
ムであって、該コンピュータシステムが、薬物設計を行
うためのプログラムをさらに備える、コンピュータシス
テム。 - 【請求項３２】 請求項１に記載のコンピュータシステ
ムによって生成された、分子モデル。 - 【請求項３３】 候補分子を同定する方法であって、該
方法が、以下の工程： （ａ）リボソームの大サブユニットのリボファンクショ
ナル位置の分子モデルを提供する工程であって、ここ
で、該分子モデルが、少なくとも約４．５Åの分解能を
有する電子密度地図から誘導された原子により規定され
る、工程；および（ｂ）該モデルを使用して、該リボフ
ァンクショナル位置に相補的な表面を有する候補分子を
同定する、工程、を包含する、方法。 - 【請求項３４】 前記候補分子が、前記リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置に結合する、
請求項３３に記載の方法。 - 【請求項３５】 請求項３３に記載の方法であって、該
方法が、工程（ｂ）において同定された候補分子を生成
するさらなる工程を包含する、方法。 - 【請求項３６】 請求項３３または３５に記載の方法で
あって、該方法が、前記候補分子が、リボソーム活性を
調節するか否かを決定するさらなる工程を包含する、方
法。 - 【請求項３７】 請求項３６に記載の方法であって、該
方法が、改変された分子を同定するさらなる工程を包含
する、方法。 - 【請求項３８】 請求項３７に記載の方法であって、該
方法が、前記改変された分子を生成するさらなる工程を
包含する、方法。 - 【請求項３９】 請求項３８に記載の方法であって、該
方法が、前記改変された分子が、リボソーム活性を調節
するか否かを決定するさらなる工程を包含する、方法。 - 【請求項４０】 請求項３９に記載の方法であって、該
方法が、前記改変された分子を生成するさらなる工程を
包含する、方法。 - 【請求項４１】 前記候補分子が、抗生物質または抗生
物質のアナログである、請求項３３に記載の方法。 - 【請求項４２】 前記改変された分子が、抗生物質また
は抗生物質のアナログである、請求項３７に記載の方
法。 - 【請求項４３】 前記抗生物質または抗生物質のアナロ
グが、マクロライドである、請求項４１に記載の方法。 - 【請求項４４】 前記リボファンクショナル位置が、活
性部位の少なくとも一部分を含む、請求項３３に記載の
方法。 - 【請求項４５】 前記活性部位が、ペプチジルトランス
フェラーゼ部位の少なくとも一部分を含む、請求項４４
に記載の方法。 - 【請求項４６】 前記ペプチジルトランスフェラーゼ部
位が、表５Ａまたは表５Ｂに示される複数の残基によっ
て規定される、請求項４４に記載の方法。 - 【請求項４７】 前記リボファンクショナル位置が、Ａ
部位の少なくとも一部分を含む、請求項３３に記載の方
法。 - 【請求項４８】 前記Ａ部位が、表６Ａまたは表６Ｂに
示される複数の残基によって規定される、請求項４７に
記載の方法。 - 【請求項４９】 前記リボファンクショナル位置が、Ｐ
部位の少なくとも一部分を含む、請求項３３または４７
に記載の方法。 - 【請求項５０】 前記Ｐ部位が、表７Ａまたは表７Ｂに
示される複数の残基によって規定される、請求項４９に
記載の方法。 - 【請求項５１】 前記リボファンクショナル位置が、ポ
リペプチド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、請
求項３３または４７に記載の方法。 - 【請求項５２】 前記出口トンネルが、表８Ａ、表８
Ｂ、表９または表１０に示される複数の残基によって規
定される、請求項５１に記載の方法。 - 【請求項５３】 前記リボファンクショナル位置が、ポ
リペプチド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、請
求項４９に記載の方法。 - 【請求項５４】 前記出口トンネルが、表８Ａ、表８
Ｂ、表９または表１０に示される複数の残基によって規
定される、請求項５３に記載の方法。 - 【請求項５５】 前記リボファンクショナル位置が、表
１１Ａ、表１１Ｂ、表１２Ａ、表１２Ｂ、表１３Ａ、表
１３Ｂ、表１４Ａ、表１４Ｂ、表１５Ａ、表１５Ｂ、表
１６Ａ、表１６Ｂ、表１７Ａ、表１７Ｂ、表１８Ａ、表
１８Ｂ、表１９Ａ、表１９Ｂ、表２０Ａ、または表２０
Ｂに示される複数の残基によって規定される、請求項３
３に記載の方法。 - 【請求項５６】 前記分子モデルが電子形態である、請
求項３３に記載の方法。 - 【請求項５７】 前記分子モデルが、分子モデリングに
よって生成された原子座標から生成される、請求項３３
に記載の方法。 - 【請求項５８】 請求項３３または５７に記載の方法で
あって、前記分子モデルが、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ
Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１
ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１
ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原
子座標の少なくとも一部分を使用して、相同性モデリン
グによって生成された原子座標から生成される、方法。 - 【請求項５９】 請求項３３または５７に記載の方法で
あって、前記分子モデルが、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ
Ｂａｎｋに、ＰＤＢ ＩＤ：１ＦＦＫ、１ＦＦＺ、１
ＦＧ０、１ＪＪ２、１Ｋ７３、１ＫＣ８、１Ｋ８Ａ、１
ＫＤ１、または１Ｋ９Ｍの登録番号の下で登録された原
子座標の少なくとも一部分を使用して、分子置換によっ
て生成された原子座標から生成される、方法。 - 【請求項６０】 前記分子モデルが、１つ以上の原核生
物間で保存される残基を含む、請求項３３に記載の方
法。 - 【請求項６１】 前記分子モデルが、原核生物のリボソ
ームにおいて存在するが、真核生物のリボソームまたは
真核生物ミトコンドリアのリボソームにおいては存在し
ない残基を含む、請求項３３に記載の方法。 - 【請求項６２】 前記真核生物のリボソームが、哺乳動
物のリボソームである、請求項６１に記載の方法。 - 【請求項６３】 コンピュータシステムであって、該コ
ンピュータシステムが、以下： （ａ）タンパク質合成インヒビターが、リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置と相互作用す
る場合に、該タンパク質合成インヒビターの少なくとも
一部分を規定する電子密度地図から誘導される原子座標
を示す、メモリ内に保存されたデータを有するメモリ；
および（ｂ）該メモリと電気的に連通しているプロセッ
サであって、該プロセッサが、該タンパク質合成インヒ
ビターの少なくとも一部分を表わす３次元モデルを生成
するためのプログラムを備える、プロセッサ、を備え
る、コンピュータシステム。 - 【請求項６４】 請求項６３に記載のコンピュータシス
テムであって、該コンピュータシステムが、前記モデル
の視覚表示を提供するためのデバイスをさらに備える、
コンピュータシステム。 - 【請求項６５】 前記タンパク質合成インヒビターが抗
生物質である、請求項６３に記載のコンピュータシステ
ム。 - 【請求項６６】 前記タンパク質合成インヒビターが、
アニソマイシン、ブラスチシジン、カルボマイシンＡ、
スパルソマイシン、スピラマイシン、チロシン、ヴァー
ジニアマイシンＭ、アジスロマイシン、リネゾリド、ま
たはエリスロマイシンである、請求項６５に記載のコン
ピュータシステム。 - 【請求項６７】 請求項６６に記載のコンピュータシス
テムであって、前記原子座標が、ディスク番号１に、フ
ァイル名ａｎｉｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉ
ｃｉｄｉｎ．ｐｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、
ｓｐａｒｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉ
ｎ．ｐｄｂ、ｔｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉ
ａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、Ｂ
ＬＡＳＴＩＣＩ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、
ＳＰＡＲＳＯＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤ
Ｂ、ＴＹＬＯＳＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤ
Ｂ、ＡＺＩＴＨＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．Ｐ
ＤＢ、ａｚｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚ
ｏｌｉｄ．ｐｄｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂの下で記録された原子座標の少なくとも一部分を
含む、コンピュータシステム。 - 【請求項６８】 前記リボファンクショナル位置が、活
性部位の少なくとも一部分を含む、請求項６３に記載の
コンピュータシステム。 - 【請求項６９】 前記活性部位が、ペプチジルトランス
フェラーゼ部位の少なくとも一部分を含む、請求項６８
に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項７０】 前記リボファンクショナル位置が、Ａ
部位の少なくとも一部分を含む、請求項６８に記載のコ
ンピュータシステム。 - 【請求項７１】 前記リボファンクショナル位置が、Ｐ
部位の少なくとも一部分を含む、請求項６８または７０
に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項７２】 前記リボファンクショナル位置が、ポ
リペプチド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、請
求項６８または７０に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項７３】 前記リボファンクショナル位置が、ポ
リペプチド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、請
求項７１に記載のコンピュータシステム。 - 【請求項７４】 リード候補を同定する方法であって、
該方法は、以下： （ａ）タンパク質合成インヒビターが、リボソームの大
サブユニットのリボファンクショナル位置と相互作用す
る場合に、該タンパク質合成インヒビターの少なくとも
一部分の分子モデルを提供する工程；および（ｂ）該モ
デルを使用して、該リード候補を同定する工程、を包含
する、方法。 - 【請求項７５】 前記リード候補が、前記リボファンク
ショナル位置と相互作用し得る、請求項７４に記載の方
法。 - 【請求項７６】 前記リード候補が、前記リボファンク
ショナル位置に結合し得る、請求項７４に記載の方法。 - 【請求項７７】 工程（ｂ）において同定された前記リ
ード候補を生成するさらなる工程を包含する、請求項７
４に記載の方法。 - 【請求項７８】 前記リード候補が、リボソーム活性を
調節するか否かを決定するさらなる工程を包含する、請
求項７４または請求項７７に記載の方法。 - 【請求項７９】 前記リード候補を改変するさらなる工
程を包含する、請求項７８に記載の方法。 - 【請求項８０】 前記改変されたリード候補を生成する
さらなる工程を包含する、請求項７９に記載の方法。 - 【請求項８１】 前記改変されたリード候補が、リボソ
ーム活性を調節するか否かを決定するさらなる工程を包
含する、請求項８０に記載の方法。 - 【請求項８２】 前記改変されたリード候補を生成する
さらなる工程を包含する、請求項８１に記載の方法。 - 【請求項８３】 前記リード候補が、抗生物質または抗
生物質のアナログである、請求項７４に記載の方法。 - 【請求項８４】 前記リード候補が、ハイブリッド抗生
物質である、請求項７４に記載の方法。 - 【請求項８５】 前記リード候補が、第一の抗生物質の
少なくとも一部分および第二の異なる抗生物質の少なく
とも一部分を含む、請求項８４に記載の方法。 - 【請求項８６】 前記改変されたリード候補が、抗生物
質または抗生物質のアナログである、請求項８２に記載
の方法。 - 【請求項８７】 前記抗生物質または抗生物質のアナロ
グが、マクロライドである、請求項８６に記載の方法。 - 【請求項８８】 前記タンパク質合成インヒビターが抗
生物質である、請求項７４に記載の方法。 - 【請求項８９】 前記抗生物質が、アニソマイシン、ブ
ラスチシジン、カルボマイシンＡ、スパルソマイシン、
スピラマイシン、チロシン、ヴァージニアマイシンＭ、
アジスロマイシン、リネゾリド、またはエリスロマイシ
ンである、請求項８８に記載の方法。 - 【請求項９０】 請求項８９に記載の方法であって、前
記分子モデルが、ディスク番号１に、ファイル名ａｎｉ
ｓｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｂｌａｓｔｉｃｉｄｉｎ．ｐ
ｄｂ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐａｒｓｏｍ
ｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｓｐｉｒａｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｔ
ｙｌｏｓｉｎ．ｐｄｂ、ｖｉｒｇｉｎｉａｍｙｃｉｎ．
ｐｄｂ、ＡＮＩＳＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＢＬＡＳＴＩＣ
Ｉ．ＰＤＢ、ＣＡＲＢＯＭＹＣ．ＰＤＢ、ＳＰＡＲＳＯ
ＭＹ．ＰＤＢ、ＳＰＩＲＡＭＹＣ．ＰＤＢ、ＴＹＬＯＳ
ＩＮ．ＰＤＢ、ＶＩＲＧＩＮＩＡ．ＰＤＢ、ＡＺＩＴＨ
ＲＯＭ．ＰＤＢ、ＬＩＮＥＺＯＬＩ．ＰＤＢ、ａｚｉｔ
ｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂ、ｌｉｎｅｚｏｌｉｄ．ｐｄ
ｂ、またはｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ．ｐｄｂの下で記
録された原子座標の少なくとも一部分により規定され
る、方法 - 【請求項９１】 前記リボファンクショナル位置が、活
性部位の少なくとも一部分を含む、請求項７４に記載の
方法。 - 【請求項９２】 前記活性部位が、ペプチジルトランス
フェラーゼ部位の少なくとも一部分を含む、請求項９１
に記載の方法。 - 【請求項９３】 前記リボファンクショナル位置が、Ａ
部位の少なくとも一部分を含む、請求項９１に記載の方
法。 - 【請求項９４】 前記リボファンクショナル位置が、Ｐ
部位の少なくとも一部分を含む、請求項７４または９３
に記載の方法。 - 【請求項９５】 前記リボファンクショナル位置が、ポ
リペプチド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、請
求項７４または９３に記載の方法。 - 【請求項９６】 前記リボファンクショナル位置が、ポ
リペプチド出口トンネルの少なくとも一部分を含む、請
求項９４に記載の方法。 - 【請求項９７】 前記分子モデルが電子形態である、請
求項７４に記載の方法。 - 【請求項９８】 前記分子モデルが、分子モデリングに
より生成される原子座標から生成される、請求項７４に
記載の方法。 - 【請求項９９】 タンパク質合成インヒビターであっ
て、該タンパク質合成インヒビターが、以下：大リボソ
ームサブユニットにおける第一の接触部位と結合する既
知の第一の分子の表面を模倣するか、または該表面を複
製する表面を有する、第一の結合ドメイン；および該リ
ボソームサブユニットにおける第二の接触部位と結合す
る既知の第二の分子の表面を模倣するか、または該表面
を複製する表面を有する、第二の結合ドメイン、を含
み、ここで、該第一のドメインは、該第一のドメインお
よび該第二のドメインの両方が、そのそれぞれの接触部
位と結合することを可能にするように、該第二のドメイ
ンに付着され、それによって、リボソームサブユニット
におけるタンパク質合成を中断すし、ここで、該タンパ
ク質合成インヒビターが、約１，５００未満の分子量を
有し、約５０μＭ未満のＩＣ５０を有する、タンパク質
合成インヒビター。 - 【請求項１００】 前記第一の分子が、第一の抗生物質
である、請求項９９に記載のインヒビター。 - 【請求項１０１】 前記第一の抗生物質が、リボファン
クショナル位置の少なくとも一部分に結合する、請求項
１００に記載のインヒビター。 - 【請求項１０２】 前記第一の抗生物質が、スパルソマ
イシンである、請求項１００に記載のインヒビター。 - 【請求項１０３】 前記第二の分子が、第二の抗生物質
である、請求項９９または１００に記載のインヒビタ
ー。 - 【請求項１０４】 前記第二の抗生物質が、リボファン
クショナル位置の少なくとも一部分に結合する、請求項
１０３に記載のインヒビター。 - 【請求項１０５】 前記第二の抗生物質が、アニソマイ
シンまたはクロラムフェニコールである、請求項１０３
に記載のインヒビター。 - 【請求項１０６】 前記インヒビターが、約２５０〜約
１５００の範囲の分子量を有する、請求項９９に記載の
インヒビター。 - 【請求項１０７】 前記インヒビターが、約０．００１
〜約 μＭのＩＣ５ ０を有する、請求項９９に記載のイ
ンヒビター。 - 【請求項１０８】 操作された合成のタンパク質合成イ
ンヒビターであって、該インヒビターが、以下：リボソ
ームサブユニットにおける接触部位と結合する既知の分
子の表面を模倣するか、または該表面を複製する表面を
有する結合ドメイン；および該接触部位との該結合ドメ
インの結合に際して、該リボソームサブユニットの内部
または隣接する空間を占有し、それによって、該リボソ
ームサブユニットにおけるタンパク質合成を中断する、
該結合ドメインに付着されたエフェクタードメイン、を
含み、ここで、該タンパク質合成インヒビターが、１，
５００未満の分子量を有し、約５０μＭ未満のＩＣ５０
を有する、インヒビター。 - 【請求項１０９】 前記結合ドメインの表面が、前記接
触部位に結合する既知の抗生物質の表面を模倣するか、
または該表面を複製する、請求項１０８に記載のインヒ
ビター。 - 【請求項１１０】 タンパク質合成インヒビターであっ
て、以下：大リボソームサブユニットのアニソマイシン
結合ポケットを共に規定する、表１１Ａにおける少なく
とも３個であるが１３個未満である残基と接触し得る、
分子；大リボソームサブユニットのブラスチシジン結合
ポケットを共に規定する、表１２Ａにおける少なくとも
３個であるが２０個未満である残基と接触し得る、分
子；大リボソームサブユニットのカルボマイシンＡ結合
ポケットを共に規定する、表１３Ａにおける少なくとも
３個であるが１６個未満である残基と接触し得る、分
子；大リボソームサブユニットのチロシン結合ポケット
を共に規定する、表１４Ａにおける少なくとも３個であ
るが２０個未満である残基と接触し得る、分子；大リボ
ソームサブユニットのスパルソマイシン結合ポケットを
共に規定する、表１５Ａにおける少なくとも３個である
が９個未満である残基と接触し得る、分子；大リボソー
ムサブユニットのヴァージニアマイシンＭ結合ポケット
を共に規定する、表１６Ａにおける少なくとも３個であ
るが１３個未満である残基と接触し得る、分子；大リボ
ソームサブユニットのスピラマイシン結合ポケットを共
に規定する、表１７Ａにおける少なくとも３個であるが
１５個未満である残基と接触し得る、分子；大リボソー
ムサブユニットのエリスロマイシン結合ポケットを共に
規定する、表１８Ａにおける少なくとも３個であるが１
３個未満である残基と接触し得る、分子；大リボソーム
サブユニットのアジスロマイシン結合ポケットを共に規
定する、表１９Ａにおける少なくとも３個であるが１１
個未満である残基と接触し得る、分子；または大リボソ
ームサブユニットのリネゾリド結合ポケットを共に規定
する、表２０Ａにおける少なくとも３個であるが１５個
未満である残基と接触し得る、分子；を含む、タンパク
質合成インヒビター。
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