JP2003189883A5 - - Google Patents
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Description
【特許請求の範囲】
【請求項1】 下記の群より選ばれる脱ユビキチン化活性を有するポリペプチド;
(1)配列表の配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、または配列番号15に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチド、
(2)前記(1)のポリペプチドを含有するポリペプチド、
(3)前記(1)のポリペプチドと少なくとも70%のアミノ酸配列上の相同性を有するポリペプチド、
および
(4)前記(1)のアミノ酸配列において1ないし数個のアミノ酸の欠失、置換、付加、または挿入といった変異を有するポリペプチド。
【請求項2】 下記の群より選ばれるポリペプチドであって、ユビキチン(Ub)が結合したグルタチオン S−トランスフェラーゼからUbを解離する活性を有するポリペプチド;
(1)配列表の配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、または配列番号15に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチド、
(2)前記(1)のポリペプチドを含有するポリペプチド、
(3)前記(1)のポリペプチドと少なくとも70%のアミノ酸配列上の相同性を有し、かつ脱ユビキチン化活性を有するポリペプチド、
および
(4)前記(1)のアミノ酸配列において1ないし数個のアミノ酸の欠失、置換、付加、または挿入といった変異を有し、かつ脱ユビキチン化活性を有するポリペプチド。
【請求項3】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはその相補鎖。
【請求項4】 脱ユビキチン化活性、および/またはユビキチン(Ub)が結合したグルタチオン S−トランスフェラーゼからUbを解離する活性を有するポリペプチドをコードする、配列表の配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、または配列番号16に記載の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたはその相補鎖。
【請求項5】 請求項3または請求項4に記載のポリヌクレオチドまたはその相補鎖とストリンジェントな条件下でハイブリダイゼーションするポリヌクレオチド。
【請求項6】 請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドを含有する組換えベクター。
【請求項7】 組換えベクターが発現組換えベクターである請求項6に記載の組換えベクター。
【請求項8】 請求項6または請求項7に記載の組換えベクターを導入されてなる形質転換体。
【請求項9】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドの製造方法であって、請求項7に記載の組換えベクターを導入されてなる形質転換体を培養する工程、または請求項6若しくは請求項7に記載の組換えベクターを利用した無細胞蛋白質合成手段を含む方法。
【請求項10】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドを免疫学的に認識する抗体。
【請求項11】 請求項10に記載の抗体であって、脱ユビキチン化活性を抑制する抗体。
【請求項12】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドと相互作用してその生理活性を阻害するまたは活性化する化合物、および/または請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドと相互作用してその発現を阻害するまたは促進する化合物の同定方法であって、請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体のうちの少なくともいずれか1つを用いることを特徴とする方法。
【請求項13】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドと相互作用してその生理活性を阻害するまたは促進する化合物、および/または請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドと相互作用してその発現を阻害するまたは促進する化合物の同定方法であって、化合物と該ポリペプチドまたは該ポリヌクレオチドとの相互作用を可能にする条件下で、該ポリペプチドまたは該ポリヌクレオチドと化合物とを接触させ、次いで、化合物と該ポリペプチドまたは該ポリヌクレオチドとの相互作用により生じるシグナルの存在または不存在または変化を検出することにより、化合物が該ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと相互作用して、該ポリペプチドの生理活性または該ポリヌクレオチドの発現を阻害するまたは促進するかどうかを決定する方法。
【請求項14】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドと相互作用してその生理活性を阻害するまたは促進する化合物、および/または請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドと相互作用してその発現を阻害するまたは促進する化合物の同定方法であって、請求項8に記載の形質転換体と化合物とを接触させ、請求項1または請求項2に記載のポリペプチドの発現または生理活性の有無を検出することのできるシグナルおよび/またはマーカーを使用する系を用い、このシグナルおよび/またはマーカーの存在または不存在または変化を検出することにより、該化合物が請求項1または請求項2に記載のポリペプチドの発現または生理活性を促進するまたは阻害するかどうかを決定する方法。
【請求項15】 生理活性が脱ユビキチン化活性である、請求項12から請求項14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項16】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体のうちの少なくともいずれか1つを含有することを特徴とする医薬組成物。
【請求項17】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体のうちの少なくともいずれか1つを含有することを特徴とする神経変性疾患の防止剤および/または治療剤。
【請求項18】 前記神経変性疾患がアルツハイマー病および/またはパーキンソン病である請求項17に記載の神経変性疾患の防止剤および/または治療剤。
【請求項19】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体のうちの少なくともいずれか1つを含有することを特徴とする筋萎縮症の防止剤および/または治療剤。
【請求項20】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、または請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドを定量的あるいは定性的に測定する方法。
【請求項21】 請求項12から請求項14、および請求項20のいずれか1項に記載の方法に使用する試薬キットであって、請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体を少なくとも1つ以上含んでなる試薬キット。
【請求項1】 下記の群より選ばれる脱ユビキチン化活性を有するポリペプチド;
(1)配列表の配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、または配列番号15に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチド、
(2)前記(1)のポリペプチドを含有するポリペプチド、
(3)前記(1)のポリペプチドと少なくとも70%のアミノ酸配列上の相同性を有するポリペプチド、
および
(4)前記(1)のアミノ酸配列において1ないし数個のアミノ酸の欠失、置換、付加、または挿入といった変異を有するポリペプチド。
【請求項2】 下記の群より選ばれるポリペプチドであって、ユビキチン(Ub)が結合したグルタチオン S−トランスフェラーゼからUbを解離する活性を有するポリペプチド;
(1)配列表の配列番号1、配列番号3、配列番号5、配列番号7、配列番号9、配列番号11、配列番号13、または配列番号15に記載のアミノ酸配列からなるポリペプチド、
(2)前記(1)のポリペプチドを含有するポリペプチド、
(3)前記(1)のポリペプチドと少なくとも70%のアミノ酸配列上の相同性を有し、かつ脱ユビキチン化活性を有するポリペプチド、
および
(4)前記(1)のアミノ酸配列において1ないし数個のアミノ酸の欠失、置換、付加、または挿入といった変異を有し、かつ脱ユビキチン化活性を有するポリペプチド。
【請求項3】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはその相補鎖。
【請求項4】 脱ユビキチン化活性、および/またはユビキチン(Ub)が結合したグルタチオン S−トランスフェラーゼからUbを解離する活性を有するポリペプチドをコードする、配列表の配列番号2、配列番号4、配列番号6、配列番号8、配列番号10、配列番号12、配列番号14、または配列番号16に記載の塩基配列からなるポリヌクレオチドまたはその相補鎖。
【請求項5】 請求項3または請求項4に記載のポリヌクレオチドまたはその相補鎖とストリンジェントな条件下でハイブリダイゼーションするポリヌクレオチド。
【請求項6】 請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドを含有する組換えベクター。
【請求項7】 組換えベクターが発現組換えベクターである請求項6に記載の組換えベクター。
【請求項8】 請求項6または請求項7に記載の組換えベクターを導入されてなる形質転換体。
【請求項9】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドの製造方法であって、請求項7に記載の組換えベクターを導入されてなる形質転換体を培養する工程、または請求項6若しくは請求項7に記載の組換えベクターを利用した無細胞蛋白質合成手段を含む方法。
【請求項10】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドを免疫学的に認識する抗体。
【請求項11】 請求項10に記載の抗体であって、脱ユビキチン化活性を抑制する抗体。
【請求項12】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドと相互作用してその生理活性を阻害するまたは活性化する化合物、および/または請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドと相互作用してその発現を阻害するまたは促進する化合物の同定方法であって、請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体のうちの少なくともいずれか1つを用いることを特徴とする方法。
【請求項13】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドと相互作用してその生理活性を阻害するまたは促進する化合物、および/または請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドと相互作用してその発現を阻害するまたは促進する化合物の同定方法であって、化合物と該ポリペプチドまたは該ポリヌクレオチドとの相互作用を可能にする条件下で、該ポリペプチドまたは該ポリヌクレオチドと化合物とを接触させ、次いで、化合物と該ポリペプチドまたは該ポリヌクレオチドとの相互作用により生じるシグナルの存在または不存在または変化を検出することにより、化合物が該ポリペプチドまたはポリヌクレオチドと相互作用して、該ポリペプチドの生理活性または該ポリヌクレオチドの発現を阻害するまたは促進するかどうかを決定する方法。
【請求項14】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチドと相互作用してその生理活性を阻害するまたは促進する化合物、および/または請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドと相互作用してその発現を阻害するまたは促進する化合物の同定方法であって、請求項8に記載の形質転換体と化合物とを接触させ、請求項1または請求項2に記載のポリペプチドの発現または生理活性の有無を検出することのできるシグナルおよび/またはマーカーを使用する系を用い、このシグナルおよび/またはマーカーの存在または不存在または変化を検出することにより、該化合物が請求項1または請求項2に記載のポリペプチドの発現または生理活性を促進するまたは阻害するかどうかを決定する方法。
【請求項15】 生理活性が脱ユビキチン化活性である、請求項12から請求項14のいずれか1項に記載の方法。
【請求項16】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体のうちの少なくともいずれか1つを含有することを特徴とする医薬組成物。
【請求項17】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体のうちの少なくともいずれか1つを含有することを特徴とする神経変性疾患の防止剤および/または治療剤。
【請求項18】 前記神経変性疾患がアルツハイマー病および/またはパーキンソン病である請求項17に記載の神経変性疾患の防止剤および/または治療剤。
【請求項19】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体のうちの少なくともいずれか1つを含有することを特徴とする筋萎縮症の防止剤および/または治療剤。
【請求項20】 請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、または請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドを定量的あるいは定性的に測定する方法。
【請求項21】 請求項12から請求項14、および請求項20のいずれか1項に記載の方法に使用する試薬キットであって、請求項1または請求項2に記載のポリペプチド、請求項3から請求項5のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド、請求項6または請求項7に記載の組換えベクター、請求項8に記載の形質転換体、および請求項10または請求項11に記載の抗体を少なくとも1つ以上含んでなる試薬キット。
USPの発現や活性の増加、減少若しくは欠失等の機能障害は、USPが係るユビキチンシステムの異常をきたし、ひいては病的症状を引き起こす。例えば、USPの異常と発癌や神経変性疾患との関連が示唆されている(非特許文献17)。USPは染色体構造の維持にも関与しており、ユビキチン化されたヒストンの脱ユビキチン化が染色体凝集に重要であることが知られている (非特許文献24)し、USPファミリーの1つであるUSP16がH2Aを脱ユビキチン化することが報告されている(非特許文献25)。また、アルツハイマー病やパーキンソン病で観察される蛋白質凝集体の多くが抗ユビキチン抗体に反応することからも(非特許文献17)、神経変性疾患とUSPの機能異常の関係が示唆される。本発明に係るUSPは、種々の組織における発現が認められており、特にKIAA1097およびAK024318は脳における発現が強い。また、細胞内においては、KIAA1097、KIAA1003、KIAA1372、KIAA1063、およびKIAA0190はいずれも発現量の約50%〜約65%が、KIAA0891およびAK024318はそれぞれ約26%および約39%が、核内に認められた。さらにKIAA1453は、発現量の約87%が核内に認められた。
従って、本発明は、USPの関与する生体機能の解明、例えば発癌プロセスの解明、神経変性疾患、例えばアルツハイマー病やパーキンソン病等の解明、および筋萎縮症の解明、並びにそれらの防止剤および/または治療剤の開発、およびそれらの診断手段として用いる測定法の開発を可能とする上で非常に有用なものである。
従って、本発明は、USPの関与する生体機能の解明、例えば発癌プロセスの解明、神経変性疾患、例えばアルツハイマー病やパーキンソン病等の解明、および筋萎縮症の解明、並びにそれらの防止剤および/または治療剤の開発、およびそれらの診断手段として用いる測定法の開発を可能とする上で非常に有用なものである。
(KIAA1003の大腸菌における発現)
かずさDNA研究所から入手したKIAA1003クローン(pBluescript II SK(+)のSalI−NotI部位に挿入)を鋳型とし、プライマーとして、attB−KIAA1003(+)とattB−KIAA1003(−)とを用いて(表2)実施例1と同様に、ORF領域を増幅した後に組替え反応によりエントリーベクター(pDONR201)に挿入して、pDONR−K1003を作成した。次に、pDONR−K1003とpDEST17を用いて、実施例1と同様His−タグが付加されたKIAA1003発現プラスミド(pHis−K1003)を作製した。発現プラスミドは大腸菌BL21−SI(Life Technologies社)に導入した。なお、ORF領域にPCRエラー等の変異が起きていないことはシーケンシングにより確認した。
かずさDNA研究所から入手したKIAA1003クローン(pBluescript II SK(+)のSalI−NotI部位に挿入)を鋳型とし、プライマーとして、attB−KIAA1003(+)とattB−KIAA1003(−)とを用いて(表2)実施例1と同様に、ORF領域を増幅した後に組替え反応によりエントリーベクター(pDONR201)に挿入して、pDONR−K1003を作成した。次に、pDONR−K1003とpDEST17を用いて、実施例1と同様His−タグが付加されたKIAA1003発現プラスミド(pHis−K1003)を作製した。発現プラスミドは大腸菌BL21−SI(Life Technologies社)に導入した。なお、ORF領域にPCRエラー等の変異が起きていないことはシーケンシングにより確認した。
このKIAA1063のヒト脳における存在の確認を行った。かずさDNA研究所で取得した新規遺伝子KIAA1063は、5.2kbであったが、バイオインフォマティックスを用いた解析により、ORFの5’末端側の一部が欠損していると推定された。現在公開されている配列で必要なORFは約1.7kbであった。まず、本クローンの塩基配列の整合性について検討した。まずRT−PCRを試みたが、ORF1.7kbは増幅されなかったことから、断片化して検討した。ヒト脳poly(A)+RNA(whole cerebral brain,CLONTECH)500ngを鋳型とし、ランダムヘキサマーを使用して逆転写反応を行なってcDNAを合成した。このcDNAを鋳型として各種プライマーを組み合わせてPCRを行なった。予想されるサイズのPCR産物を精製し(DNA purification kit、BioRad社)、平滑末端化、リン酸化処理した(BKL kit,Takara)。このPCR産物をpBluescript KS(+)ベクター(制限酵素SmaI消化により平滑末端化、脱リン酸化処理)とライゲーションし、コンピテントセル(JM109)にトランスフォーメーションした。目的とするインサートを有するプラスミドを含む大腸菌コロニーを選択し、プラスミドを抽出した。
(酵素活性中心の確認)
KIAA1063の酵素活性中心を、KIAA1063変異体を用いて基質との共発現系で確認した。まず、KIAA1063の推定活性残基である174−CysのAlaへの置換を、クイックチェンジ サイト−ディレクティド ミュータジェネシス キットを用いて行った。使用したプライマーは、174−CysのコドンであるTGCがAlaのコドンであるGCCに置換するように設計した(5’−GAT CAA CCT TGG GAA CAC AGC CTT CAT GAA CTG CAT CGT GC−3’(配列番号72)および5’−GCA CGA TGC AGT TCA TGA AGG CTG TGT TCC CAA GGT TGA TC−3’(配列番号73))。これらのプライマーを用い、pDONR−KIAA1063を鋳型として使用し、酵素にはPfu ターボ DNAポリメラーゼを使用して、PCR反応を行った。このPCR産物を制限酵素(Dpn I)で消化した後、コンピテントセル(JM109)にトランスフォーメーションし、カナマイシン含有LB−プレートに播種し、pDONR−mut−KIAA1063を獲得した。変異の導入をシーケンシングにて確認し、pDONR−mut−KIAA1063とpDEST17ベクターを用い、LRクロナーゼエンザイム ミックスを使用して室温で1時間反応させた。この反応液をコンピテントセル(BL21−SI)にトランスフォーメーションし、アンピシリン含有LB−プレートに播種し、His−タグが付加されたKIAA1063変異体蛋白質発現ベクター(pDEST17−mut−KIAA1063)を獲得した。これを上記同様に各種基質発現用プラスミドを導入した大腸菌BL21−SIコンピテントセルに形質転換させて組換え大腸菌を得た。その結果、C174A変異体では活性が消失し、本活性がCys box中の174Cysによるものであることが明らかとなった(図24)。ここで、KIAA1063C174Aの発現を確認したところ、野生型(KIAA1063)と同レベルの発現が認められたことから、活性の消失は発現量の差ではないことが判明した。
KIAA1063の酵素活性中心を、KIAA1063変異体を用いて基質との共発現系で確認した。まず、KIAA1063の推定活性残基である174−CysのAlaへの置換を、クイックチェンジ サイト−ディレクティド ミュータジェネシス キットを用いて行った。使用したプライマーは、174−CysのコドンであるTGCがAlaのコドンであるGCCに置換するように設計した(5’−GAT CAA CCT TGG GAA CAC AGC CTT CAT GAA CTG CAT CGT GC−3’(配列番号72)および5’−GCA CGA TGC AGT TCA TGA AGG CTG TGT TCC CAA GGT TGA TC−3’(配列番号73))。これらのプライマーを用い、pDONR−KIAA1063を鋳型として使用し、酵素にはPfu ターボ DNAポリメラーゼを使用して、PCR反応を行った。このPCR産物を制限酵素(Dpn I)で消化した後、コンピテントセル(JM109)にトランスフォーメーションし、カナマイシン含有LB−プレートに播種し、pDONR−mut−KIAA1063を獲得した。変異の導入をシーケンシングにて確認し、pDONR−mut−KIAA1063とpDEST17ベクターを用い、LRクロナーゼエンザイム ミックスを使用して室温で1時間反応させた。この反応液をコンピテントセル(BL21−SI)にトランスフォーメーションし、アンピシリン含有LB−プレートに播種し、His−タグが付加されたKIAA1063変異体蛋白質発現ベクター(pDEST17−mut−KIAA1063)を獲得した。これを上記同様に各種基質発現用プラスミドを導入した大腸菌BL21−SIコンピテントセルに形質転換させて組換え大腸菌を得た。その結果、C174A変異体では活性が消失し、本活性がCys box中の174Cysによるものであることが明らかとなった(図24)。ここで、KIAA1063C174Aの発現を確認したところ、野生型(KIAA1063)と同レベルの発現が認められたことから、活性の消失は発現量の差ではないことが判明した。
【図22】 KIAA1063についてUb−M−GST融合蛋白質の分解活性を共発現系で検討した結果を示す図である。レ−ン1はNaCl非誘導時のKIAA1063、レーン2は0.05MのNaClで誘導時のKIAA1063、レーン3は0.1MのNaClで誘導時のKIAA1063、レーン4は0.2MのNaClで誘導時のKIAA1063、レーン5は0.3MのNaClで誘導時のKIAA1063、レーンMは分子量マーカーを表す。
【図23】 KIAA1063について、Ub−M−GST、Ub−R−GST、Ub−I−GST、Ub−P−GST各融合蛋白質の分解活性を共発現系で比較検討した結果を示す図である。レーン1から4はそれぞれ0.1MのNaClで誘導時のKIAA1063、レーン5から8は非誘導時のKIAA1063を示す。レーン1および5はUb−M−GST、レーン2および6はUb−R−GSTは、レーン3および7はUb−I−GST、レーン4および8はUb−P−GSTを示す。
【図24】 KIAA1063C174SについてUb−M−GST融合蛋白質の分解活性をインビトロで、野生型KIAA1063と比較検討した結果を示す図である。Aは各タンパク質の発現を確認した結果を、Bは分解活性の結果を示す。レーン1から5はそれぞれ0.1MのNaClで誘導時の各蛋白質、レーン6から10は非誘導時の各蛋白質を示す。レーンMは分子量マーカーを表す。レ−ン1および6はKIAA1063#1、レ−ン2および7はKIAA1063#2、レ−ン3および8はKIAA1063C174S#1、レ−ン4および9はKIAA1063C174S#2、レーン5および10は陽性対照であるKIAA0529である。
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