JP2003530869A - 新規化合物 - Google Patents
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Abstract
(57)【要約】
表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドならびにかかるポリペプチドを組換え技法により産生する方法を開示する。また、表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドを診断アッセイに利用する方法も開示する。
Description
【０００１】
（技術分野）
本発明は、新たに同定されたポリペプチドおよびかかるポリペプチドをコード
するポリヌクレオチド、診断におけるそれらの使用、および治療において潜在的
に有用なアゴニスト、アンタゴニストである可能性のある化合物の同定における
それらの使用、ならびにかかるポリペプチドおよびポリヌクレオチドの製造に関
する。本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドはまた、シグナル配列を細
胞外に分泌させるか、または膜結合させる、かかるシグナル配列を有する蛋白に
関する（以下、包括的に分泌蛋白または分泌ポリペプチドということも多い）。
するポリヌクレオチド、診断におけるそれらの使用、および治療において潜在的
に有用なアゴニスト、アンタゴニストである可能性のある化合物の同定における
それらの使用、ならびにかかるポリペプチドおよびポリヌクレオチドの製造に関
する。本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドはまた、シグナル配列を細
胞外に分泌させるか、または膜結合させる、かかるシグナル配列を有する蛋白に
関する（以下、包括的に分泌蛋白または分泌ポリペプチドということも多い）。
【０００２】
（背景技術）
ドラッグディスカバリープロセスは、「機能的ゲノミックス」、すなわち、ハ
イスループットゲノム−または遺伝子−を基礎とする生物学を包含するため、こ
のプロセスは現在抜本的な改革を受けている。治療標的としての遺伝子および遺
伝子産物を同定するための手段としてのこの方法は「ポジショナルクローニング
」を基礎とする初期の方法に速やかに取って代わっている。表現型、すなわち生
物学的機能または遺伝病が同定され、ついでその遺伝学的地図位置に基づき、そ
の原因となる遺伝子が追求される。 機能的ゲノミックスは、現在利用できる多くの分子生物学のデータベースから
目的とする可能性のある遺伝子配列を同定するのに、ハイスループットＤＮＡ配
列決定技法および種々の生物情報科学の手段に大きく依存している。ドラッグデ
ィスカバリーの標的として、さらなる遺伝子およびその関連するポリペプチド／
蛋白を同定し、かつ特徴付ける必要がなお存在する。
イスループットゲノム−または遺伝子−を基礎とする生物学を包含するため、こ
のプロセスは現在抜本的な改革を受けている。治療標的としての遺伝子および遺
伝子産物を同定するための手段としてのこの方法は「ポジショナルクローニング
」を基礎とする初期の方法に速やかに取って代わっている。表現型、すなわち生
物学的機能または遺伝病が同定され、ついでその遺伝学的地図位置に基づき、そ
の原因となる遺伝子が追求される。 機能的ゲノミックスは、現在利用できる多くの分子生物学のデータベースから
目的とする可能性のある遺伝子配列を同定するのに、ハイスループットＤＮＡ配
列決定技法および種々の生物情報科学の手段に大きく依存している。ドラッグデ
ィスカバリーの標的として、さらなる遺伝子およびその関連するポリペプチド／
蛋白を同定し、かつ特徴付ける必要がなお存在する。
【０００３】
医薬品の調査または開発のためには、血液、リンパ液および他の体液中に自然
に分泌されるか、あるいは細胞膜に分泌される蛋白およびポリペプチドが主に関
心のあるところである。このように関心を集める理由は蛋白治療物質をその作用
の場所（体液または細胞膜）に向けることが比較的容易だからである。蛋白を細
胞外空間に分泌するための自然経路が、真核生物においては小胞体であり、原核
生物においては内膜である（Palade、1975、Science 189、347；Milstein、Brow
nlee、HarrisonおよびMathews、1972、Nature New Biol.、239、117；Blobelお
よびDobberstein、1975、J.Cell.Biol.、67、835）。他方、（飲作用、ヘビ毒ト
キシンの細胞中への侵入機構は除いて）蛋白を細胞の外部から細胞質ゾルに搬出
することがわかっている自然経路はない。したがって、蛋白治療物質を細胞に向
けることは極めて困難である。
に分泌されるか、あるいは細胞膜に分泌される蛋白およびポリペプチドが主に関
心のあるところである。このように関心を集める理由は蛋白治療物質をその作用
の場所（体液または細胞膜）に向けることが比較的容易だからである。蛋白を細
胞外空間に分泌するための自然経路が、真核生物においては小胞体であり、原核
生物においては内膜である（Palade、1975、Science 189、347；Milstein、Brow
nlee、HarrisonおよびMathews、1972、Nature New Biol.、239、117；Blobelお
よびDobberstein、1975、J.Cell.Biol.、67、835）。他方、（飲作用、ヘビ毒ト
キシンの細胞中への侵入機構は除いて）蛋白を細胞の外部から細胞質ゾルに搬出
することがわかっている自然経路はない。したがって、蛋白治療物質を細胞に向
けることは極めて困難である。
【０００４】
分泌および膜結合蛋白は、限定するものではないが、すべてのペプチドホルモ
ンおよびその受容体（インスリン、成長ホルモン、ケモカイン、サイトカイン、
ニューロペプチド、インテグリン、カリクレイン、ラミン、メラニン、ナトリウ
ム尿排泄亢進性ホルモン、ニューロプシン、ニューロトロピン、下垂体性ホルモ
ン、プレイオトロピン、プロスタグランジン、セクレトグラニン、セレクチン、
トロンボグロブリン、チモシンを包含するが、これらに限定されない）、乳癌お
よび大腸癌遺伝子産物、レプチン、肥満遺伝子蛋白およびその受容体、血清アル
ブミン、スーパーオキサイドディスムターゼ、スプライセオソーム蛋白、７ＴＭ
（膜貫通）蛋白（Ｇ蛋白結合受容体とも称される）、イムノグロブリン、セリン
プロテイナーゼの数種のファミリー（血液凝固カスケードの蛋白、消化酵素を包
含するが、これらに限定されない）、デオキシリボヌクレアーゼＩなどを包含す
る。
ンおよびその受容体（インスリン、成長ホルモン、ケモカイン、サイトカイン、
ニューロペプチド、インテグリン、カリクレイン、ラミン、メラニン、ナトリウ
ム尿排泄亢進性ホルモン、ニューロプシン、ニューロトロピン、下垂体性ホルモ
ン、プレイオトロピン、プロスタグランジン、セクレトグラニン、セレクチン、
トロンボグロブリン、チモシンを包含するが、これらに限定されない）、乳癌お
よび大腸癌遺伝子産物、レプチン、肥満遺伝子蛋白およびその受容体、血清アル
ブミン、スーパーオキサイドディスムターゼ、スプライセオソーム蛋白、７ＴＭ
（膜貫通）蛋白（Ｇ蛋白結合受容体とも称される）、イムノグロブリン、セリン
プロテイナーゼの数種のファミリー（血液凝固カスケードの蛋白、消化酵素を包
含するが、これらに限定されない）、デオキシリボヌクレアーゼＩなどを包含す
る。
【０００５】
ＦＤＡまたは異種物質により証明された分泌または膜結合蛋白を基礎とする治
療物質は、インスリン、グルカゴン、成長ホルモン、絨毛性腺刺激ホルモン、濾
胞刺激ホルモン、黄体形成ホルモン、カルシトニン、副腎皮質刺激ホルモン（Ａ
ＣＴＨ）、バソプレシン、インターロイキン、インターフェロン、イムノグロブ
リン、ラクトフェリン（数社で市販されている種々の製品）、組織型プラスミノ
ゲン活性化剤（ジェネンティックのアルテプラーゼ）、ヒアルロニダーゼ（ワイ
ス−アヤースト社製のワイダーゼ）、ドルナーゼアルファ（ジェネンティック社
製のプルモザイム）、キモジアクチン（クノール社製のキモパパイン）、アルグ
ルセラーゼ（ジンザイム社製のセレダーゼ）、ストレプとキナーゼ（ファルマシ
ア社製のカビキナーゼ）（アストラ社製のストレプターゼ）などを包含するが、
これらに限定されるものではない。このことは、分泌され、かつ膜結合した蛋白
が、治療薬標的として確立され、立証された歴史を有することを意味する。糖尿
病、乳癌、前立腺癌、大腸癌および他の悪性腫瘍、高血圧、低血圧、肥満、過食
症、拒食症、成長異常、喘息、躁鬱病、痴呆、譫妄、精神遅滞、ハンチントン病
、トレット症候群、精神分裂病、成長的、精神的または性的発育障害、卒中に至
る機能不全を含む血液カスケード系の機能不全を包含するが、これらに限定され
ない、機能不全または疾患を防止、改善または矯正することにおいて一の役割を
果たし得る、分泌または膜結合蛋白をさらに同定し、かつ特徴付ける必要がある
のは明らかである。シグナル配列を含む本発明の蛋白はまた、現時点で完全に理
解されていない、蛋白輸送の機構を解明するのに有用であり、かくして研究手段
として用いることができる。
療物質は、インスリン、グルカゴン、成長ホルモン、絨毛性腺刺激ホルモン、濾
胞刺激ホルモン、黄体形成ホルモン、カルシトニン、副腎皮質刺激ホルモン（Ａ
ＣＴＨ）、バソプレシン、インターロイキン、インターフェロン、イムノグロブ
リン、ラクトフェリン（数社で市販されている種々の製品）、組織型プラスミノ
ゲン活性化剤（ジェネンティックのアルテプラーゼ）、ヒアルロニダーゼ（ワイ
ス−アヤースト社製のワイダーゼ）、ドルナーゼアルファ（ジェネンティック社
製のプルモザイム）、キモジアクチン（クノール社製のキモパパイン）、アルグ
ルセラーゼ（ジンザイム社製のセレダーゼ）、ストレプとキナーゼ（ファルマシ
ア社製のカビキナーゼ）（アストラ社製のストレプターゼ）などを包含するが、
これらに限定されるものではない。このことは、分泌され、かつ膜結合した蛋白
が、治療薬標的として確立され、立証された歴史を有することを意味する。糖尿
病、乳癌、前立腺癌、大腸癌および他の悪性腫瘍、高血圧、低血圧、肥満、過食
症、拒食症、成長異常、喘息、躁鬱病、痴呆、譫妄、精神遅滞、ハンチントン病
、トレット症候群、精神分裂病、成長的、精神的または性的発育障害、卒中に至
る機能不全を含む血液カスケード系の機能不全を包含するが、これらに限定され
ない、機能不全または疾患を防止、改善または矯正することにおいて一の役割を
果たし得る、分泌または膜結合蛋白をさらに同定し、かつ特徴付ける必要がある
のは明らかである。シグナル配列を含む本発明の蛋白はまた、現時点で完全に理
解されていない、蛋白輸送の機構を解明するのに有用であり、かくして研究手段
として用いることができる。
【０００６】
（発明の開示）
本発明は、組換え材料を含む、表Ｉに列挙される遺伝子の個々のポリペプチド
およびポリヌクレオチドならびにそれらの製法に関する。かかるポリペプチドお
よびポリヌクレオチドは、表ＩＩＩおよびＶに列挙した疾患（以下、「本発明の
疾患」という）を含むが、これらに限定されるものではない、ある種の疾患の治
療法との関連で興味がある。さらなる態様において、本発明は、該発明により得
られる材料を用いてアゴニストおよびアンタゴニスト（例えば、阻害剤）を同定
するための方法、および表Ｉに列挙された遺伝子のポリペプチドおよび／または
ポリヌクレオチドと同定された化合物との不均衡に付随する症状を治療するため
の方法に関する。さらにもう一つ別の態様において、本発明は、表Ｉに列挙した
遺伝子の不当な活性またはレベルに付随する疾患を検出するための診断アッセイ
に関する。本発明のもう一つ別の態様は、配列表に挙げたいずれかのヌクレオチ
ド配列を含むポリヌクレオチドおよび該ヌクレオチド配列によりコードされるポ
リペプチドを含むポリペプチドに関する。もう一つ別の態様において、本発明は
配列表に挙げたいずれかのポリペプチド配列を含むポリペプチドおよび組換え材
料ならびにその製法に関する。本発明のもう一つ別の態様はかかるポリペプチド
およびポリヌクレオチドを用いる方法に関する。かかる使用は、本発明の遺伝子
の異常な発現、産生、機能および／または代謝により惹起される疾患、異常およ
び障害（以下、単に疾患という）の治療を包含する。そのような疾患は添付した
各配列について開示されている他の蛋白との相同性から当業者であれば容易に理
解できる。さらにもう一つ別の態様において、本発明は、該発明により得られる
材料を用いてアゴニストおよびアンタゴニストを同定する方法、およびその同定
された化合物との不均衡に伴う症状を治療する方法に関する。本発明のさらにも
う一つ別の態様は、本発明の分泌された蛋白の不当な活性またはレベルに伴う疾
患を検出するための診断アッセイに関する。
およびポリヌクレオチドならびにそれらの製法に関する。かかるポリペプチドお
よびポリヌクレオチドは、表ＩＩＩおよびＶに列挙した疾患（以下、「本発明の
疾患」という）を含むが、これらに限定されるものではない、ある種の疾患の治
療法との関連で興味がある。さらなる態様において、本発明は、該発明により得
られる材料を用いてアゴニストおよびアンタゴニスト（例えば、阻害剤）を同定
するための方法、および表Ｉに列挙された遺伝子のポリペプチドおよび／または
ポリヌクレオチドと同定された化合物との不均衡に付随する症状を治療するため
の方法に関する。さらにもう一つ別の態様において、本発明は、表Ｉに列挙した
遺伝子の不当な活性またはレベルに付随する疾患を検出するための診断アッセイ
に関する。本発明のもう一つ別の態様は、配列表に挙げたいずれかのヌクレオチ
ド配列を含むポリヌクレオチドおよび該ヌクレオチド配列によりコードされるポ
リペプチドを含むポリペプチドに関する。もう一つ別の態様において、本発明は
配列表に挙げたいずれかのポリペプチド配列を含むポリペプチドおよび組換え材
料ならびにその製法に関する。本発明のもう一つ別の態様はかかるポリペプチド
およびポリヌクレオチドを用いる方法に関する。かかる使用は、本発明の遺伝子
の異常な発現、産生、機能および／または代謝により惹起される疾患、異常およ
び障害（以下、単に疾患という）の治療を包含する。そのような疾患は添付した
各配列について開示されている他の蛋白との相同性から当業者であれば容易に理
解できる。さらにもう一つ別の態様において、本発明は、該発明により得られる
材料を用いてアゴニストおよびアンタゴニストを同定する方法、およびその同定
された化合物との不均衡に伴う症状を治療する方法に関する。本発明のさらにも
う一つ別の態様は、本発明の分泌された蛋白の不当な活性またはレベルに伴う疾
患を検出するための診断アッセイに関する。
【０００７】
（発明を実施するための最良の形態）
第１の態様において、本発明は、表Ｉに列挙した遺伝子のポリペプチドに関す
る。かかるポリペプチドは： （ａ）配列表に示される配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる、単離
されたポリペプチド（本明細書中、配列表のポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドに言及する場合、その配列表に言及される配列表をも参考とする）； （ｂ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％
、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列を含む、単離されたポ
リペプチド； （ｃ）配列表に示されるポリペプチド配列を含む、単離されたポリペプチド； （ｄ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％
、９８％または９９％の同一性を有する、単離されたポリペプチド； （ｅ）配列表に示されるポリペプチド配列；および （ｆ）配列表に示されるポリペプチド配列と比較して０．９５、０．９６、０．
９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリペプチド配列を有する
かまたは含む、単離されたポリペプチド； （ｇ）（ａ）ないし（ｆ）のポリペプチドのフラグメントおよび変種 を包含する。
る。かかるポリペプチドは： （ａ）配列表に示される配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる、単離
されたポリペプチド（本明細書中、配列表のポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドに言及する場合、その配列表に言及される配列表をも参考とする）； （ｂ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％
、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列を含む、単離されたポ
リペプチド； （ｃ）配列表に示されるポリペプチド配列を含む、単離されたポリペプチド； （ｄ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％
、９８％または９９％の同一性を有する、単離されたポリペプチド； （ｅ）配列表に示されるポリペプチド配列；および （ｆ）配列表に示されるポリペプチド配列と比較して０．９５、０．９６、０．
９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリペプチド配列を有する
かまたは含む、単離されたポリペプチド； （ｇ）（ａ）ないし（ｆ）のポリペプチドのフラグメントおよび変種 を包含する。
【０００８】
本発明のポリペプチドは、表ＩＩに示される遺伝子ファミリーのメンバーであ
ると考えられる。したがって、それらのポリペプチドは表ＩＩＩおよびＶに示さ
れる理由から治療的および診断的に関連している。表Ｉに示される遺伝子のポリ
ペプチドおよびポリヌクレオチドの生物学的特性を、以下、表Ｉに示される遺伝
子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドの「生物学的活性」という。好ましく
は、本発明のポリペプチドは表Ｉに示される遺伝子の少なくとも１つの生物学的
活性を示す。 本発明のポリペプチドはまた、あらゆる対立遺伝子の形態およびスプライス変
種を含む、上記したポリペプチドの変種を包含する。かかるポリペプチドは、挿
入、欠失および置換により対照となるポリペプチドと異なっており、それは同類
であっても、または非同類であっても、あるいはその組み合わせであってもよい
。特に好ましい変種は、数個、例えば、５０ないし３０個、３０ないし２０個、
２０ないし１０個、１０ないし５個、５ないし３個、３ないし２個、２ないし１
個あるいは１個のアミノ酸が、いずれかの組み合わせてにて、挿入、置換または
欠失されているものである。
ると考えられる。したがって、それらのポリペプチドは表ＩＩＩおよびＶに示さ
れる理由から治療的および診断的に関連している。表Ｉに示される遺伝子のポリ
ペプチドおよびポリヌクレオチドの生物学的特性を、以下、表Ｉに示される遺伝
子のポリペプチドおよびポリヌクレオチドの「生物学的活性」という。好ましく
は、本発明のポリペプチドは表Ｉに示される遺伝子の少なくとも１つの生物学的
活性を示す。 本発明のポリペプチドはまた、あらゆる対立遺伝子の形態およびスプライス変
種を含む、上記したポリペプチドの変種を包含する。かかるポリペプチドは、挿
入、欠失および置換により対照となるポリペプチドと異なっており、それは同類
であっても、または非同類であっても、あるいはその組み合わせであってもよい
。特に好ましい変種は、数個、例えば、５０ないし３０個、３０ないし２０個、
２０ないし１０個、１０ないし５個、５ないし３個、３ないし２個、２ないし１
個あるいは１個のアミノ酸が、いずれかの組み合わせてにて、挿入、置換または
欠失されているものである。
【０００９】
本発明のポリペプチドの好ましいフラグメントは、配列表に示されるアミノ酸
配列から由来の少なくとも３０個、５０個または１００個の連続したアミノ酸を
有するアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド、あるいは配列表に示される
アミノ酸配列から少なくとも３０個、５０個または１００個の連続したアミノ酸
の末端切断または欠失したアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドを包含す
る。好ましいフラグメントは、類似活性または改良された活性を有するもの、あ
るいは望ましくない活性の減少したものを含め、表Ｉに示される遺伝子のポリペ
プチドおよびポリヌクレオチドの生物学的活性を媒介する生物学的に活性なフラ
グメントである。哺乳動物、特にヒトにおいて抗原的または免疫学的である、フ
ラグメントも好ましい。
配列から由来の少なくとも３０個、５０個または１００個の連続したアミノ酸を
有するアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド、あるいは配列表に示される
アミノ酸配列から少なくとも３０個、５０個または１００個の連続したアミノ酸
の末端切断または欠失したアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドを包含す
る。好ましいフラグメントは、類似活性または改良された活性を有するもの、あ
るいは望ましくない活性の減少したものを含め、表Ｉに示される遺伝子のポリペ
プチドおよびポリヌクレオチドの生物学的活性を媒介する生物学的に活性なフラ
グメントである。哺乳動物、特にヒトにおいて抗原的または免疫学的である、フ
ラグメントも好ましい。
【００１０】
本発明のポリペプチドのフラグメントは、ペプチド合成により対応する全長の
ポリペプチドを産生するのに利用することができる；従って、これらの変種を本
発明の全長のポリペプチドを産生するための中間体として用いてもよい。本発明
のポリペプチドは「成熟」蛋白の形態であってもよく、あるいは前駆体または融
合蛋白などのより長い蛋白の一部であってもよい。分泌またはリーダー配列、プ
ロ配列、精製を助ける配列、例えば複数のヒスチジン残基、あるいは組換え体の
産生の間に安定性を付与するための付加的な配列を含有する、付加的なアミノ酸
配列を含むことが有利であることが多い。 本発明のポリペプチドは、適当な方法、例えば天然に存在する供給源から、発
現系を含む遺伝子操作された宿主細胞（下記参照）から単離することにより、ま
たは自動式ペプチド合成装置などを用いる化学的合成により、あるいはそのよう
な方法の組み合わせにより調製することができる。かかるポリペプチドを調製す
る方法は、当該分野にて十分に理解されている。
ポリペプチドを産生するのに利用することができる；従って、これらの変種を本
発明の全長のポリペプチドを産生するための中間体として用いてもよい。本発明
のポリペプチドは「成熟」蛋白の形態であってもよく、あるいは前駆体または融
合蛋白などのより長い蛋白の一部であってもよい。分泌またはリーダー配列、プ
ロ配列、精製を助ける配列、例えば複数のヒスチジン残基、あるいは組換え体の
産生の間に安定性を付与するための付加的な配列を含有する、付加的なアミノ酸
配列を含むことが有利であることが多い。 本発明のポリペプチドは、適当な方法、例えば天然に存在する供給源から、発
現系を含む遺伝子操作された宿主細胞（下記参照）から単離することにより、ま
たは自動式ペプチド合成装置などを用いる化学的合成により、あるいはそのよう
な方法の組み合わせにより調製することができる。かかるポリペプチドを調製す
る方法は、当該分野にて十分に理解されている。
【００１１】
さらなる態様において、本発明は表Ｉに示される遺伝子のポリヌクレオチドに
関する。かかるポリヌクレオチドは： （ａ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と少なくとも９５％、９６％、９
７％、９８％または９９％の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む、単離
されたポリヌクレオチド； （ｂ）配列表に示されるポリヌクレオチドを含む、単離されたポリヌクレオチド
； （ｃ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と少なくとも９５％、９６％、９
７％、９８％または９９％の同一性を有する、単離されたポリヌクレオチド； （ｄ）配列表に示される、単離されたポリヌクレオチド； （ｅ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％
、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列をコードするポリヌク
レオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド； （ｆ）配列表に示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む
、単離されたポリヌクレオチド； （ｇ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％
、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列をコードするポリヌク
レオチド配列を有する、単離されたポリヌクレオチド； （ｈ）配列表に示されるポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチ
ド； （ｉ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と比較して０．９５、０．９６、
０．９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリヌクレオチド配列
を有するかまたは含む、単離されたポリヌクレオチド； （ｊ）配列表に示されるポリペプチド配列と比較して０．９５、０．９６、０．
９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリペプチド配列をコード
するポリヌクレオチド配列を有するかまたは含む、単離されたポリヌクレオチド
；および 上記したポリヌクレオチドのフラグメントおよび変種であるポリヌクレオチド、
またはその全長にわたって上記したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチ
ド を包含する。
関する。かかるポリヌクレオチドは： （ａ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と少なくとも９５％、９６％、９
７％、９８％または９９％の同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む、単離
されたポリヌクレオチド； （ｂ）配列表に示されるポリヌクレオチドを含む、単離されたポリヌクレオチド
； （ｃ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と少なくとも９５％、９６％、９
７％、９８％または９９％の同一性を有する、単離されたポリヌクレオチド； （ｄ）配列表に示される、単離されたポリヌクレオチド； （ｅ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％
、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列をコードするポリヌク
レオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチド； （ｆ）配列表に示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む
、単離されたポリヌクレオチド； （ｇ）配列表に示されるポリペプチド配列と少なくとも９５％、９６％、９７％
、９８％または９９％の同一性を有するポリペプチド配列をコードするポリヌク
レオチド配列を有する、単離されたポリヌクレオチド； （ｈ）配列表に示されるポリペプチドをコードする、単離されたポリヌクレオチ
ド； （ｉ）配列表に示されるポリヌクレオチド配列と比較して０．９５、０．９６、
０．９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリヌクレオチド配列
を有するかまたは含む、単離されたポリヌクレオチド； （ｊ）配列表に示されるポリペプチド配列と比較して０．９５、０．９６、０．
９７、０．９８または０．９９の同一性指数を有するポリペプチド配列をコード
するポリヌクレオチド配列を有するかまたは含む、単離されたポリヌクレオチド
；および 上記したポリヌクレオチドのフラグメントおよび変種であるポリヌクレオチド、
またはその全長にわたって上記したポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチ
ド を包含する。
【００１２】
本発明のポリヌクレオチドの好ましいフラグメントは、配列表に示された配列
から由来の少なくとも１５、３０、５０または１００個の連続したヌクレオチド
を有するヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド、あるいは配列表
に示される配列から少なくとも３０個、５０個または１００個の連続したヌクレ
オチドの末端切断または欠失した配列を含む単離されたポリヌクレオチドを包含
する。 本発明のポリヌクレオチドの好ましい変種は、スプライス変種、対立遺伝子変
種、および１またはそれ以上の単一ヌクレオチド多型性（ＳＮＰ）を有するポリ
ヌクレオチドを含む、多形種を包含する。 本発明のポリヌクレオチドはまた、数個、例えば、５０ないし３０個、３０な
いし２０個、２０ないし１０個、１０ないし５個、５ないし３個、３ないし２個
、２ないし１個あるいは１個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせてにて、
置換、欠失または付加されている、配列表に示されるアミノ酸配列を含むポリペ
プチド変種をコードするポリヌクレオチドを包含する。
から由来の少なくとも１５、３０、５０または１００個の連続したヌクレオチド
を有するヌクレオチド配列を含む単離されたポリヌクレオチド、あるいは配列表
に示される配列から少なくとも３０個、５０個または１００個の連続したヌクレ
オチドの末端切断または欠失した配列を含む単離されたポリヌクレオチドを包含
する。 本発明のポリヌクレオチドの好ましい変種は、スプライス変種、対立遺伝子変
種、および１またはそれ以上の単一ヌクレオチド多型性（ＳＮＰ）を有するポリ
ヌクレオチドを含む、多形種を包含する。 本発明のポリヌクレオチドはまた、数個、例えば、５０ないし３０個、３０な
いし２０個、２０ないし１０個、１０ないし５個、５ないし３個、３ないし２個
、２ないし１個あるいは１個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせてにて、
置換、欠失または付加されている、配列表に示されるアミノ酸配列を含むポリペ
プチド変種をコードするポリヌクレオチドを包含する。
【００１３】
さらなる態様において、本発明は、本発明のＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物である
ポリヌクレオチドを提供する。したがって、 （ａ）配列表に示されるポリペプチドをコードするＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物を
含むＲＮＡポリヌクレオチド； （ｂ）配列表に示されるポリペプチドをコードするＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物で
あるＲＮＡポリヌクレオチド； （ｃ）配列表に示されるＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物を含むＲＮＡポリヌクレオチ
ド；または （ｄ）配列表に示されるＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物であるＲＮＡポリヌクレオチ
ド； およびそれらと相補的であるＲＮＡポリヌクレオチドが提供される。
ポリヌクレオチドを提供する。したがって、 （ａ）配列表に示されるポリペプチドをコードするＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物を
含むＲＮＡポリヌクレオチド； （ｂ）配列表に示されるポリペプチドをコードするＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物で
あるＲＮＡポリヌクレオチド； （ｃ）配列表に示されるＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物を含むＲＮＡポリヌクレオチ
ド；または （ｄ）配列表に示されるＤＮＡ配列のＲＮＡ転写物であるＲＮＡポリヌクレオチ
ド； およびそれらと相補的であるＲＮＡポリヌクレオチドが提供される。
【００１４】
配列表に示されるポリヌクレオチド配列は表ＩＩに示されるポリヌクレオチド
配列と相同性を示す。配列表に示されるポリヌクレオチド配列は配列表に示され
るポリペプチドをコードするｃＤＮＡ配列である。配列表に示されるポリペプチ
ドをコードするポリヌクレオチド配列は配列表に示されるポリペプチドをコード
する配列と同一であってもよく、あるいは遺伝コードの重複性（縮重性）の結果
として、また配列表に示されるポリペプチドをコードする、配列表に示される配
列以外の配列であってもよい。配列表に示される配列のポリペプチドは、表ＩＩ
に示されるポリペプチドと相同性および／または構造類似性を有する、表ＩＩに
示される遺伝子ファミリーの他の蛋白と関連している。本発明の好ましいポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドは、とりわけ、その相同的なポリペプチドおよび
ポリヌクレオチドと類似する生物学的機能／特性を有すると考えられる。さらに
は、本発明の好ましいポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、表Ｉに示される
遺伝子の少なくとも１つの活性を有する。
配列と相同性を示す。配列表に示されるポリヌクレオチド配列は配列表に示され
るポリペプチドをコードするｃＤＮＡ配列である。配列表に示されるポリペプチ
ドをコードするポリヌクレオチド配列は配列表に示されるポリペプチドをコード
する配列と同一であってもよく、あるいは遺伝コードの重複性（縮重性）の結果
として、また配列表に示されるポリペプチドをコードする、配列表に示される配
列以外の配列であってもよい。配列表に示される配列のポリペプチドは、表ＩＩ
に示されるポリペプチドと相同性および／または構造類似性を有する、表ＩＩに
示される遺伝子ファミリーの他の蛋白と関連している。本発明の好ましいポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドは、とりわけ、その相同的なポリペプチドおよび
ポリヌクレオチドと類似する生物学的機能／特性を有すると考えられる。さらに
は、本発明の好ましいポリペプチドおよびポリヌクレオチドは、表Ｉに示される
遺伝子の少なくとも１つの活性を有する。
【００１５】
本発明のポリヌクレオチドは、表ＩＶに示される組織のｍＲＮＡから由来のｃ
ＤＮＡライブラリーより標準的なクローニングおよびスクリーニング技法を用い
て得ることができる（例えば、Sambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory
Manual、第２版、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor
、N.Y.（１９８９）を参照のこと）。本発明のポリヌクレオチドはまた、ゲノム
ＤＮＡライブラリーなどの天然源より得ることもでき、あるいは周知で商業的に
利用可能な技法を用いて合成することもできる。 本発明のポリヌクレオチドを本発明のポリペプチドの組換え生産に用いる場合
、ポリヌクレオチドはそれ自体、成熟ポリペプチドのコーディング配列を含むも
のであってもよく、あるいは読み枠中に、リーダーまたは分泌配列、プレ、プロ
、もしくはプレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列、または他の融合ペ
プチド部分などの、他のコーディング配列を伴った、成熟ポリペプチドのコーデ
ィング配列を含むものであってもよい。例えば、融合ポリペプチドの精製を促進
するマーカー配列をコードすることもできる。本発明のこの態様のある種の好ま
しい具体例において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen, Inc.）にて得
られる、Gentzら、Proc Natl Acad Sci USA，86:821-824（1989）に記載される
ような、ヘキサ−ヒスチジンペプチドであるか、またはＨＡタグである。ポリヌ
クレオチドはまた、非コーディング５’および３’配列、例えば、転写された非
翻訳配列、スプライスおよびポリアデニル化シグナル、リボソーム結合部位およ
びｍＲＮＡを安定化する配列などを含有していてもよい。
ＤＮＡライブラリーより標準的なクローニングおよびスクリーニング技法を用い
て得ることができる（例えば、Sambrookら、Molecular Cloning: A Laboratory
Manual、第２版、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor
、N.Y.（１９８９）を参照のこと）。本発明のポリヌクレオチドはまた、ゲノム
ＤＮＡライブラリーなどの天然源より得ることもでき、あるいは周知で商業的に
利用可能な技法を用いて合成することもできる。 本発明のポリヌクレオチドを本発明のポリペプチドの組換え生産に用いる場合
、ポリヌクレオチドはそれ自体、成熟ポリペプチドのコーディング配列を含むも
のであってもよく、あるいは読み枠中に、リーダーまたは分泌配列、プレ、プロ
、もしくはプレプロ蛋白配列をコードするコーディング配列、または他の融合ペ
プチド部分などの、他のコーディング配列を伴った、成熟ポリペプチドのコーデ
ィング配列を含むものであってもよい。例えば、融合ポリペプチドの精製を促進
するマーカー配列をコードすることもできる。本発明のこの態様のある種の好ま
しい具体例において、マーカー配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen, Inc.）にて得
られる、Gentzら、Proc Natl Acad Sci USA，86:821-824（1989）に記載される
ような、ヘキサ−ヒスチジンペプチドであるか、またはＨＡタグである。ポリヌ
クレオチドはまた、非コーディング５’および３’配列、例えば、転写された非
翻訳配列、スプライスおよびポリアデニル化シグナル、リボソーム結合部位およ
びｍＲＮＡを安定化する配列などを含有していてもよい。
【００１６】
配列表に示されるポリヌクレオチド配列と同一であるか、または十分な同一性
を有するポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼ
ーションプローブとして、あるいは核酸増幅反応（例えば、ＰＣＲ）用のプライ
マーとして用いることができる。かかるプローブおよびプライマーを用いて本発
明のポリペプチドをコードする全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離するこ
とができ、配列表に示される配列と高い配列類似性、典型的には少なくとも９５
％の同一性を有する他の遺伝子（ヒトから由来のパラログならびにそれ以外の種
から由来のオーソログおよびパラログをコードする遺伝子を含む）のｃＤＮＡお
よびゲノムクローンを単離することができる。好ましいプローブおよびプライマ
ーは、一般に、少なくとも１５個のヌクレオチド、好ましくは少なくとも３０個
のヌクレオチドを含み、少なくとも１００個のヌクレオチドはないとしても、少
なくとも５０個のヌクレオチドを含んでいてもよい。特に好ましいプローブは３
０個ないし５０個のヌクレオチドを有するであろう。特に好ましいプライマーは
２０ないし２５個のヌクレオチドを有するであろう。
を有するポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡ用のハイブリダイゼ
ーションプローブとして、あるいは核酸増幅反応（例えば、ＰＣＲ）用のプライ
マーとして用いることができる。かかるプローブおよびプライマーを用いて本発
明のポリペプチドをコードする全長ｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離するこ
とができ、配列表に示される配列と高い配列類似性、典型的には少なくとも９５
％の同一性を有する他の遺伝子（ヒトから由来のパラログならびにそれ以外の種
から由来のオーソログおよびパラログをコードする遺伝子を含む）のｃＤＮＡお
よびゲノムクローンを単離することができる。好ましいプローブおよびプライマ
ーは、一般に、少なくとも１５個のヌクレオチド、好ましくは少なくとも３０個
のヌクレオチドを含み、少なくとも１００個のヌクレオチドはないとしても、少
なくとも５０個のヌクレオチドを含んでいてもよい。特に好ましいプローブは３
０個ないし５０個のヌクレオチドを有するであろう。特に好ましいプライマーは
２０ないし２５個のヌクレオチドを有するであろう。
【００１７】
本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、他の種からの相同体
を含め、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、配列表に示される
配列、またはその好ましくは少なくとも１５個のヌクレオチドのフラグメントを
有する標識されたプローブで一のライブラリーをスクリーニングする工程；およ
び配列表に示されるポリヌクレオチド配列を含有する全長ｃＤＮＡおよびゲノム
クローンを単離する工程を含む方法で得ることができる。このようなハイブリダ
イゼーション技法は当業者に周知である。好ましいストリンジェントなハイブリ
ダイゼーション条件は、５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ ＮａＣ
ｌ、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭ リン酸ナトリウム（ｐＨ７．
６）、５ｘデンハート溶液、１０％デキストラン硫酸塩および２０μｇ／ｍｌの
変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一夜インキュベートし、つづい
てフィルターを約６５℃の０．１ｘＳＳＣ中で洗浄することを含む。かくして、
本発明はまた、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、配列表に示
される配列、またはその好ましくは少なくとも１５個のヌクレオチドのフラグメ
ントを有する標識されたプローブで一のライブラリーをスクリーニングすること
で得られる、好ましくは少なくとも１００個のヌクレオチド配列を有する単離さ
れたポリヌクレオチドを包含する。
を含め、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、配列表に示される
配列、またはその好ましくは少なくとも１５個のヌクレオチドのフラグメントを
有する標識されたプローブで一のライブラリーをスクリーニングする工程；およ
び配列表に示されるポリヌクレオチド配列を含有する全長ｃＤＮＡおよびゲノム
クローンを単離する工程を含む方法で得ることができる。このようなハイブリダ
イゼーション技法は当業者に周知である。好ましいストリンジェントなハイブリ
ダイゼーション条件は、５０％ホルムアミド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ ＮａＣ
ｌ、１５ｍＭ クエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭ リン酸ナトリウム（ｐＨ７．
６）、５ｘデンハート溶液、１０％デキストラン硫酸塩および２０μｇ／ｍｌの
変性切断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中、４２℃で一夜インキュベートし、つづい
てフィルターを約６５℃の０．１ｘＳＳＣ中で洗浄することを含む。かくして、
本発明はまた、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下、配列表に示
される配列、またはその好ましくは少なくとも１５個のヌクレオチドのフラグメ
ントを有する標識されたプローブで一のライブラリーをスクリーニングすること
で得られる、好ましくは少なくとも１００個のヌクレオチド配列を有する単離さ
れたポリヌクレオチドを包含する。
【００１８】
多くの場合、ポリペプチドをコードする領域が５’末端までのすべての行程で
伸びていないという点で、単離されたｃＤＮＡ配列が不完全であることは当業者
に明らかであろう。これは、逆転写酵素、すなわち、本質的に「プロセシビティ
」（重合反応の間に該酵素が鋳型に付着しつづける能力の尺度）が低い酵素の結
果であり、第一鎖ｃＤＮＡ合成の間にｍＲＮＡ鋳型のＤＮＡコピーを完成するこ
とができない。 全長ｃＤＮＡを得るのに、あるいは短いｃＤＮＡを伸ばすのに当業者に利用可
能であり、かつ周知のいくつかの方法、例えば、ｃＤＮＡ末端の高速増幅法（Ｒ
ＡＣＥ）を基礎とする方法がある（例えば、Frohmanら、Proc.Nat.Acad.Sci.USA
８５、８９９８−９００２、１９８８を参照のこと）。例えば、マラソン（Mar
athon）（登録商標）法（Clontech Laboratories Inc.）を例えとする最近の変
法は長いｃＤＮＡの検索を有意に簡素化した。マラソン（登録商標）法において
は、選択された組織から抽出したｍＲＮＡおよび各末端にライゲートした「アダ
プター」配列からｃＤＮＡを調製する。ついで、核酸増幅（ＰＣＲ）を行い、遺
伝子特異的およびアダプター特異的オリゴヌクレオチドプライマーを組み合わせ
て用い、そのｃＤＮＡの「欠損」５’末端を増幅させる。ついで、「ネステッド
」プライマー、すなわち、その増幅産物内でアニールするように設計されたプラ
イマー（典型的には、アダプター配列のさらに３’にアニールするアダプター特
異的プライマーおよび既知の遺伝子配列のさらに５’にアニールする遺伝子特異
的プライマー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。ついで、この反応の産物をＤＮ
Ａ配列決定により分析し、該産物を現存するｃＤＮＡに直接結合させて完全な配
列を得るか、または５’プライマーの設計のための新規な配列情報を用いて別個
の全長ＰＣＲを行うかのいずれかで全長ｃＤＮＡを構築する。
伸びていないという点で、単離されたｃＤＮＡ配列が不完全であることは当業者
に明らかであろう。これは、逆転写酵素、すなわち、本質的に「プロセシビティ
」（重合反応の間に該酵素が鋳型に付着しつづける能力の尺度）が低い酵素の結
果であり、第一鎖ｃＤＮＡ合成の間にｍＲＮＡ鋳型のＤＮＡコピーを完成するこ
とができない。 全長ｃＤＮＡを得るのに、あるいは短いｃＤＮＡを伸ばすのに当業者に利用可
能であり、かつ周知のいくつかの方法、例えば、ｃＤＮＡ末端の高速増幅法（Ｒ
ＡＣＥ）を基礎とする方法がある（例えば、Frohmanら、Proc.Nat.Acad.Sci.USA
８５、８９９８−９００２、１９８８を参照のこと）。例えば、マラソン（Mar
athon）（登録商標）法（Clontech Laboratories Inc.）を例えとする最近の変
法は長いｃＤＮＡの検索を有意に簡素化した。マラソン（登録商標）法において
は、選択された組織から抽出したｍＲＮＡおよび各末端にライゲートした「アダ
プター」配列からｃＤＮＡを調製する。ついで、核酸増幅（ＰＣＲ）を行い、遺
伝子特異的およびアダプター特異的オリゴヌクレオチドプライマーを組み合わせ
て用い、そのｃＤＮＡの「欠損」５’末端を増幅させる。ついで、「ネステッド
」プライマー、すなわち、その増幅産物内でアニールするように設計されたプラ
イマー（典型的には、アダプター配列のさらに３’にアニールするアダプター特
異的プライマーおよび既知の遺伝子配列のさらに５’にアニールする遺伝子特異
的プライマー）を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。ついで、この反応の産物をＤＮ
Ａ配列決定により分析し、該産物を現存するｃＤＮＡに直接結合させて完全な配
列を得るか、または５’プライマーの設計のための新規な配列情報を用いて別個
の全長ＰＣＲを行うかのいずれかで全長ｃＤＮＡを構築する。
【００１９】
本発明の組換えポリペプチドは、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞から
当該分野にて周知の方法により製造することができる。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明のポリヌクレオチド（複数でも可）を含む発現系
に、かかる発現系で遺伝子操作されている宿主細胞に、および組換え技法による
本発明のポリペプチドの産生に関する。無細胞翻訳系を利用し、本発明のＤＮＡ
構築物から由来のＲＮＡを用いてかかる蛋白を製造することもできる。 組換え体を製造する場合、宿主細胞を遺伝子操作して、本発明のポリヌクレオ
チドについての発現系もしくはそれらの一部を組み入れることができる。ポリヌ
クレオチドは、Davisら、Basic Methods in Molecular Biology（１９８６）；S
ambrookら（前掲）のような、多くの標準的な実験マニュアルに記載される方法
により宿主細胞に導入することができる。ポリヌクレオチドを宿主細胞に導入す
る好ましい方法は、例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ
−デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マイクロイン
ジェクション、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーショ
ン、トランスダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入または感染を包
含する。
当該分野にて周知の方法により製造することができる。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明のポリヌクレオチド（複数でも可）を含む発現系
に、かかる発現系で遺伝子操作されている宿主細胞に、および組換え技法による
本発明のポリペプチドの産生に関する。無細胞翻訳系を利用し、本発明のＤＮＡ
構築物から由来のＲＮＡを用いてかかる蛋白を製造することもできる。 組換え体を製造する場合、宿主細胞を遺伝子操作して、本発明のポリヌクレオ
チドについての発現系もしくはそれらの一部を組み入れることができる。ポリヌ
クレオチドは、Davisら、Basic Methods in Molecular Biology（１９８６）；S
ambrookら（前掲）のような、多くの標準的な実験マニュアルに記載される方法
により宿主細胞に導入することができる。ポリヌクレオチドを宿主細胞に導入す
る好ましい方法は、例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ
−デキストラン媒介トランスフェクション、トランスベクション、マイクロイン
ジェクション、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーショ
ン、トランスダクション、スクレープ負荷、バリスティック導入または感染を包
含する。
【００２０】
適当な宿主の代表的なものは、細菌細胞、例えば連鎖球菌属（Streptococci）
、ブドウ球菌属（Staphylococci）、大腸菌（E.coli）、ストレプトミセス（Str
eptomyces）および枯草菌（Bacillus subtilis）細胞；真菌細胞、例えば酵母細
胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆虫細胞、例えばドロソフィ
ラＳ２（Drosophila S2）およびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；
動物細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、ＨＥ
Ｋ２９３およびボウズ（Bowes）黒色腫細胞；ならびに植物細胞を包含する。
、ブドウ球菌属（Staphylococci）、大腸菌（E.coli）、ストレプトミセス（Str
eptomyces）および枯草菌（Bacillus subtilis）細胞；真菌細胞、例えば酵母細
胞およびアスペルギルス属（Aspergillus）細胞；昆虫細胞、例えばドロソフィ
ラＳ２（Drosophila S2）およびスポドプテラＳｆ９（Spodoptera Sf9）細胞；
動物細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨｅＬａ、Ｃ１２７、３Ｔ３、ＢＨＫ、ＨＥ
Ｋ２９３およびボウズ（Bowes）黒色腫細胞；ならびに植物細胞を包含する。
【００２１】
多種の発現系、例えば、染色体、エピソームおよびウイルス由来系、例えば細
菌プラスミドから、バクテリオファージから、トランスポゾンから、酵母エピソ
ームから、挿入エレメントから、酵母染色体エレメントから、バキュロウイルス
、パポバウイルスなどの、例えばＳＶ４０、ワクシニアウイルス、アデノウイル
ス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスなどのウイルスか
ら由来のベクター、ならびにその組み合わせから由来のベクター、例えばコスミ
ドおよびファージミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝的因子か
ら由来のベクターを用いることができる。発現系は発現を制御および引き起こす
調節領域を含有していてもよい。一般に、ポリヌクレオチドを維持、伸長または
発現させ、宿主にてポリペプチドを産生することができる系またはベクターを使
用できる。種々の周知かつ慣用的な技法、例えば、Sambroolら（前掲）に記載さ
れている技法により、適当なヌクレオチド配列を発現系に挿入できる。適当な分
泌シグナルを所望のポリペプチドに組み入れ、翻訳された蛋白を小胞体内腔、周
辺腔または細胞外環境の中に分泌させることもできる。これらのシグナルはポリ
ペプチドに固有のものであってもよく、あるいは異種性のシグナルであってもよ
い。
菌プラスミドから、バクテリオファージから、トランスポゾンから、酵母エピソ
ームから、挿入エレメントから、酵母染色体エレメントから、バキュロウイルス
、パポバウイルスなどの、例えばＳＶ４０、ワクシニアウイルス、アデノウイル
ス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルスおよびレトロウイルスなどのウイルスか
ら由来のベクター、ならびにその組み合わせから由来のベクター、例えばコスミ
ドおよびファージミドなどのプラスミドおよびバクテリオファージ遺伝的因子か
ら由来のベクターを用いることができる。発現系は発現を制御および引き起こす
調節領域を含有していてもよい。一般に、ポリヌクレオチドを維持、伸長または
発現させ、宿主にてポリペプチドを産生することができる系またはベクターを使
用できる。種々の周知かつ慣用的な技法、例えば、Sambroolら（前掲）に記載さ
れている技法により、適当なヌクレオチド配列を発現系に挿入できる。適当な分
泌シグナルを所望のポリペプチドに組み入れ、翻訳された蛋白を小胞体内腔、周
辺腔または細胞外環境の中に分泌させることもできる。これらのシグナルはポリ
ペプチドに固有のものであってもよく、あるいは異種性のシグナルであってもよ
い。
【００２２】
本発明のポリペプチドをスクリーニングアッセイにて用いるために発現させる
場合、一般に、そのポリペプチドを細胞表面で生成させることが好ましい。この
場合、スクリーニングアッセイに使用する前に細胞を集めてもよい。該ポリペプ
チドが培地中に分泌されるならば、培地を回収してポリペプチドを回収し精製す
ることができる。細胞内で生成されるならば、まず細胞を溶解し、ついで、ポリ
ペプチドを回収しなければならない。 本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、
陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグ
ラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフ
ィーを含め、周知の方法により、組換え細胞培養基から回収かつ精製できる。高
性能液体クロマトグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペプチドが
細胞内合成、単離および／または精製中に変性する場合、蛋白を再生するための
周知方法を用い、再び活性な立体配座とすることができる。
場合、一般に、そのポリペプチドを細胞表面で生成させることが好ましい。この
場合、スクリーニングアッセイに使用する前に細胞を集めてもよい。該ポリペプ
チドが培地中に分泌されるならば、培地を回収してポリペプチドを回収し精製す
ることができる。細胞内で生成されるならば、まず細胞を溶解し、ついで、ポリ
ペプチドを回収しなければならない。 本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール沈殿、酸抽出、
陰イオンまたは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグ
ラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィ
ー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフ
ィーを含め、周知の方法により、組換え細胞培養基から回収かつ精製できる。高
性能液体クロマトグラフィーを精製に用いるのが最も好ましい。ポリペプチドが
細胞内合成、単離および／または精製中に変性する場合、蛋白を再生するための
周知方法を用い、再び活性な立体配座とすることができる。
【００２３】
本発明のポリヌクレオチドは、関連遺伝子における変異を検出することを介し
て、診断薬として用いることができる。機能不全に伴う、変異形態の遺伝子の検
出は、ｃＤＮＡまたはゲノム配列における配列表に示されるポリヌクレオチドに
より特徴付けられる。遺伝子の過少発現、過剰発現または発現の空間的または時
間的変化よりもたらされる疾患の診断または疾患の疑いに加え、またはそれらを
特定することのできる診断手段が提供される。遺伝子に変異のある個体は、当該
分野にて周知の種々の方法によりＤＮＡレベルで検出できる。
て、診断薬として用いることができる。機能不全に伴う、変異形態の遺伝子の検
出は、ｃＤＮＡまたはゲノム配列における配列表に示されるポリヌクレオチドに
より特徴付けられる。遺伝子の過少発現、過剰発現または発現の空間的または時
間的変化よりもたらされる疾患の診断または疾患の疑いに加え、またはそれらを
特定することのできる診断手段が提供される。遺伝子に変異のある個体は、当該
分野にて周知の種々の方法によりＤＮＡレベルで検出できる。
【００２４】
診断に供する核酸は、対象の細胞、例えば、血液、尿、唾液、組織生検または
剖検材料より得ることができる。ゲノムＤＮＡは、検出するのに直接使用しても
よく、または分析の前にＰＣＲ、好ましくはＲＴ−ＰＣＲもしくはその他の増幅
法を用いることにより酵素的に増幅させてもよい。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた
同じ方法で用いることができる。正常な遺伝子型との比較における増幅産物の大
きさの変化により、欠失および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを
表Ｉに示される遺伝子の標識化ヌクレオチド配列とハイブリッド形成させること
により同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮase消化により、または融解温
度の違いにより、誤対合二重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の違いはまた、変
性物質と一緒にまたはなしで、ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度
の変化により、または直接的ＤＮＡ配列決定法により検出できる（例えば、Myer
sら、Science 230：1242（1985）を参照のこと）。特異的な位置での配列の変化
はまた、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮaseおよびＳ１保護または化学
的切断法によっても明らかにすることができる（Cottonら、Proc Natl Acad Sci
USA，８５：４３９７−４４０１（１９８５）を参照のこと）。
剖検材料より得ることができる。ゲノムＤＮＡは、検出するのに直接使用しても
よく、または分析の前にＰＣＲ、好ましくはＲＴ−ＰＣＲもしくはその他の増幅
法を用いることにより酵素的に増幅させてもよい。ＲＮＡまたはｃＤＮＡもまた
同じ方法で用いることができる。正常な遺伝子型との比較における増幅産物の大
きさの変化により、欠失および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを
表Ｉに示される遺伝子の標識化ヌクレオチド配列とハイブリッド形成させること
により同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮase消化により、または融解温
度の違いにより、誤対合二重らせんと区別できる。ＤＮＡ配列の違いはまた、変
性物質と一緒にまたはなしで、ゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移動度
の変化により、または直接的ＤＮＡ配列決定法により検出できる（例えば、Myer
sら、Science 230：1242（1985）を参照のこと）。特異的な位置での配列の変化
はまた、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えばＲＮaseおよびＳ１保護または化学
的切断法によっても明らかにすることができる（Cottonら、Proc Natl Acad Sci
USA，８５：４３９７−４４０１（１９８５）を参照のこと）。
【００２５】
表Ｉに示される遺伝子のポリヌクレオチド配列またはそのフラグメントを含む
オリゴヌクレオチドプローブのアレイを構築して、例えば、遺伝的変異の効果的
なスクリーニングを行うことができる。かかるアレイは高密度アレイまたはグリ
ッドであることが好ましい。アレイ技法は周知であり、汎用的適用性があって、
それを用いて、遺伝子発現、遺伝的連鎖および遺伝学的変化を含む、分子遺伝学
における種々の問題を解決することができる（例えば、M.Cheeら、Science ２７
４、６１０−６１３（１９９６）およびその中に引用される別の文献を参照のこ
と）。 ポリペプチドまたはｍＲＮＡ発現の異常に減少または増加したレベルの検出も
また、対象の本発明の疾患に対する罹り易さを診断または測定するのに用いるこ
とができる。発現の減少または増加は、例えば、核酸増幅などのポリヌクレオチ
ドの定量法として当該分野で周知の方法、例えば、ＰＣＲ、ＲＴ-ＰＣＲ、ＲＮa
se保護、ノーザンブロッティングおよび他のハイブリダイゼーション法を用いて
ＲＮＡレベルで測定できる。宿主から由来の試料中の本発明のポリペプチドなど
の蛋白のレベルを決定するために用いることができるアッセイ法は、当業者に周
知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ
、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。
オリゴヌクレオチドプローブのアレイを構築して、例えば、遺伝的変異の効果的
なスクリーニングを行うことができる。かかるアレイは高密度アレイまたはグリ
ッドであることが好ましい。アレイ技法は周知であり、汎用的適用性があって、
それを用いて、遺伝子発現、遺伝的連鎖および遺伝学的変化を含む、分子遺伝学
における種々の問題を解決することができる（例えば、M.Cheeら、Science ２７
４、６１０−６１３（１９９６）およびその中に引用される別の文献を参照のこ
と）。 ポリペプチドまたはｍＲＮＡ発現の異常に減少または増加したレベルの検出も
また、対象の本発明の疾患に対する罹り易さを診断または測定するのに用いるこ
とができる。発現の減少または増加は、例えば、核酸増幅などのポリヌクレオチ
ドの定量法として当該分野で周知の方法、例えば、ＰＣＲ、ＲＴ-ＰＣＲ、ＲＮa
se保護、ノーザンブロッティングおよび他のハイブリダイゼーション法を用いて
ＲＮＡレベルで測定できる。宿主から由来の試料中の本発明のポリペプチドなど
の蛋白のレベルを決定するために用いることができるアッセイ法は、当業者に周
知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッセイ、競争結合アッセイ
、ウェスタンブロット分析およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。
【００２６】
かくして、もう一つ別の態様において、本発明は、
（ａ）本発明のポリヌクレオチド、好ましくは配列表に示されるヌクレオチド配
列、またはそのフラグメントもしくはＲＮＡ転写物； （ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列； （ｃ）本発明のポリペプチド、好ましくは配列表に示されるポリペプチドまたは
そのフラグメント；または （ｄ）本発明のポリペプチド、好ましくは配列表に示されるポリペプチドに対す
る抗体 を含む、診断用キットに関する。 かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が実質的な成分
を含んでいてもよいことが理解されよう。かかるキットは、疾患、とりわけ、本
発明の疾患の診断または該疾患への罹り易さを診断するのに有用であろう。
列、またはそのフラグメントもしくはＲＮＡ転写物； （ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列； （ｃ）本発明のポリペプチド、好ましくは配列表に示されるポリペプチドまたは
そのフラグメント；または （ｄ）本発明のポリペプチド、好ましくは配列表に示されるポリペプチドに対す
る抗体 を含む、診断用キットに関する。 かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が実質的な成分
を含んでいてもよいことが理解されよう。かかるキットは、疾患、とりわけ、本
発明の疾患の診断または該疾患への罹り易さを診断するのに有用であろう。
【００２７】
本発明のポリヌクレオチド配列は染色体位置実験に価値がある。配列表に示さ
れる配列は、具体的には、個々のヒト染色体上の特定の位置を標的とし、それと
ハイブリッド形成することができる。本発明に従って染色体と関連する配列をマ
ッピングすることは、これらの配列を遺伝子関連疾患と関連付けるための重要な
第１工程である。配列が正確な染色体位置にマッピングされれば、該配列の染色
体上での物理的位置を遺伝的地図データと相関させることができる。そのような
データは、例えば、V.McKusick, Mendelian Inheritance in Man（ジョン・ホプ
キンス・ユニバーシティ・ウェルチ・メディカル・ライブラリーを介してオンラ
インで利用可能）において見られる。ついで、同じ染色体領域に地図作成された
遺伝子と疾患の間の関係を連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）を介
して同定する。ゲノム配列（遺伝子フラグメントなど）についての正確なヒト染
色体位置はラディエーション・ハイブリッド（ＲＨ）マッピングを用いて測定す
ることができる（Walter,M.、Spillett,D.、Thomas,P.、Weissenbach,J.およびG
oodfellow,P.（１９９４）A method for constructing radiation hybrid maps
of wholes genomes、Nature Genetics ７、２２−２８）。多くのＲＨパネル、
例えばジンブリッジ４ＲＨパネル（Hum Mol Genet １９９６年３月；５（３）：
３３９−４６ A radiation hybrid map of the human genome. Gyapay G、Schm
itt K、Fizames C、Jones H、Vega-Czarny N、Spillett D、Muselet D、Prud'Ho
mme JF、Dib C、Auffray C、Morissette J、Weissenbach J、Goodfellow PN）が
リサーチ・ジェネティックス（米国、ＡＬ、ハントスビル）から入手可能である
。このパネルを用いて遺伝子の染色体位置を測定するために、ＲＨ ＤＮＡ上の
目的とする遺伝子より設計したプライマーを用いて９３回のＰＣＲを行う。これ
らのＤＮＡは、各々、ハムスターバックグラウンド（ヒト／ハムスターのハイブ
リッド細胞系）に維持されているランダムなヒトゲノムフラグメントを含有する
。これらのＰＣＲにより、目的とする遺伝子のＰＣＲ産物の有無を示す９３個の
スコアを得る。これらのスコアをＰＣＲ産物を用いて既知の位置のゲノム配列か
ら得られたスコアと比較する。この比較をhttp://www.genome.wi.mit.edu/で行
う。
れる配列は、具体的には、個々のヒト染色体上の特定の位置を標的とし、それと
ハイブリッド形成することができる。本発明に従って染色体と関連する配列をマ
ッピングすることは、これらの配列を遺伝子関連疾患と関連付けるための重要な
第１工程である。配列が正確な染色体位置にマッピングされれば、該配列の染色
体上での物理的位置を遺伝的地図データと相関させることができる。そのような
データは、例えば、V.McKusick, Mendelian Inheritance in Man（ジョン・ホプ
キンス・ユニバーシティ・ウェルチ・メディカル・ライブラリーを介してオンラ
インで利用可能）において見られる。ついで、同じ染色体領域に地図作成された
遺伝子と疾患の間の関係を連鎖分析（物理的に隣接する遺伝子の同時遺伝）を介
して同定する。ゲノム配列（遺伝子フラグメントなど）についての正確なヒト染
色体位置はラディエーション・ハイブリッド（ＲＨ）マッピングを用いて測定す
ることができる（Walter,M.、Spillett,D.、Thomas,P.、Weissenbach,J.およびG
oodfellow,P.（１９９４）A method for constructing radiation hybrid maps
of wholes genomes、Nature Genetics ７、２２−２８）。多くのＲＨパネル、
例えばジンブリッジ４ＲＨパネル（Hum Mol Genet １９９６年３月；５（３）：
３３９−４６ A radiation hybrid map of the human genome. Gyapay G、Schm
itt K、Fizames C、Jones H、Vega-Czarny N、Spillett D、Muselet D、Prud'Ho
mme JF、Dib C、Auffray C、Morissette J、Weissenbach J、Goodfellow PN）が
リサーチ・ジェネティックス（米国、ＡＬ、ハントスビル）から入手可能である
。このパネルを用いて遺伝子の染色体位置を測定するために、ＲＨ ＤＮＡ上の
目的とする遺伝子より設計したプライマーを用いて９３回のＰＣＲを行う。これ
らのＤＮＡは、各々、ハムスターバックグラウンド（ヒト／ハムスターのハイブ
リッド細胞系）に維持されているランダムなヒトゲノムフラグメントを含有する
。これらのＰＣＲにより、目的とする遺伝子のＰＣＲ産物の有無を示す９３個の
スコアを得る。これらのスコアをＰＣＲ産物を用いて既知の位置のゲノム配列か
ら得られたスコアと比較する。この比較をhttp://www.genome.wi.mit.edu/で行
う。
【００２８】
本発明のポリヌクレオチド配列はまた、組織発現の研究のための価値のある手
段でもある。かかる研究により、本発明のポリヌクレオチドの発現パターンを決
定すること、すなわち、ポリペプチドをコードするｍＲＮＡを検出することによ
り組織中のコードされたポリペプチドの発現パターンについての適応を得ること
ができる。利用される方法は当該分野にて周知であり、ｃＤＮＡマイクロアレイ
ハイブリダイゼーションなどの、グリッド上に配置されたクローンについてのイ
ンサイチュハイブリダイゼーション法（Schenaら、Science、２７０、４６７−
４７０、１９９５およびShalonら、Genome Res、６、６３９−６４５、１９９６
）およびＰＣＲなどのヌクレオチド増幅法を包含する。好ましい方法はパーキン
・エルマー社から入手可能なＴＡＱＭＡＮ（登録商標）技法を使用する。これら
の研究の結果より、ポリペプチドの生物における正常な機能の適応を知ることが
できる。加えて、ｍＲＮＡの正常な発現パターンと別の形態の同じ遺伝子（例え
ば、ポリペプチドのコーディングにて変化する可能性のあるもの、または調節的
変異を有するもの）でコードされたｍＲＮＡの発現パターンを比較する研究によ
り、疾患における本発明のポリペプチドの役割を洞察することができ、あるいは
その不適当な発現の役割を見抜くことができる。このような不適当な発現は、空
間的、時間的または単に量的なものである可能性もある。
段でもある。かかる研究により、本発明のポリヌクレオチドの発現パターンを決
定すること、すなわち、ポリペプチドをコードするｍＲＮＡを検出することによ
り組織中のコードされたポリペプチドの発現パターンについての適応を得ること
ができる。利用される方法は当該分野にて周知であり、ｃＤＮＡマイクロアレイ
ハイブリダイゼーションなどの、グリッド上に配置されたクローンについてのイ
ンサイチュハイブリダイゼーション法（Schenaら、Science、２７０、４６７−
４７０、１９９５およびShalonら、Genome Res、６、６３９−６４５、１９９６
）およびＰＣＲなどのヌクレオチド増幅法を包含する。好ましい方法はパーキン
・エルマー社から入手可能なＴＡＱＭＡＮ（登録商標）技法を使用する。これら
の研究の結果より、ポリペプチドの生物における正常な機能の適応を知ることが
できる。加えて、ｍＲＮＡの正常な発現パターンと別の形態の同じ遺伝子（例え
ば、ポリペプチドのコーディングにて変化する可能性のあるもの、または調節的
変異を有するもの）でコードされたｍＲＮＡの発現パターンを比較する研究によ
り、疾患における本発明のポリペプチドの役割を洞察することができ、あるいは
その不適当な発現の役割を見抜くことができる。このような不適当な発現は、空
間的、時間的または単に量的なものである可能性もある。
【００２９】
本発明のさらなる態様は抗体に関する。本発明のポリペプチドもしくはそれら
のフラグメントまたはそれらを発現する細胞を免疫原として用いて、本発明のポ
リペプチドに対して免疫特異的な抗体を得ることができる。「免疫特異的」なる
語は、抗体が従来技術における他の関連ポリペプチドに対してよりも、本発明の
ポリペプチドに対して実質的により大きなアフィニティーを有することを意味す
る。 本発明のポリペプチドに拮抗して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトー
プ担持フラグメントまたは細胞を、動物、好ましくはヒト以外の動物に、通常の
プロトコルを用いて投与することにより得ることができる。モノクローナル抗体
の産生には、連続的セルライン培養により得られる抗体を提供するいずれの方法
も用いることができる。例えば、ハイブリドーマ法（Kohler,G.およびMilstein,
C.、Nature（１９７５）２５６：４９５−４９７）、トリオーマ法、ヒトＢ-細
胞ハイブリドーマ法（Kozborら、Immunology Today（１９８３）４：７２）およ
びＥＢＶ−ハイブリドーマ法（Coleら、Monoclonal Antibodies and Cancer The
rapy、７７−９６、Alan R.Liss,Inc.（１９８５））が挙げられる。
のフラグメントまたはそれらを発現する細胞を免疫原として用いて、本発明のポ
リペプチドに対して免疫特異的な抗体を得ることができる。「免疫特異的」なる
語は、抗体が従来技術における他の関連ポリペプチドに対してよりも、本発明の
ポリペプチドに対して実質的により大きなアフィニティーを有することを意味す
る。 本発明のポリペプチドに拮抗して生じる抗体は、ポリペプチドまたはエピトー
プ担持フラグメントまたは細胞を、動物、好ましくはヒト以外の動物に、通常の
プロトコルを用いて投与することにより得ることができる。モノクローナル抗体
の産生には、連続的セルライン培養により得られる抗体を提供するいずれの方法
も用いることができる。例えば、ハイブリドーマ法（Kohler,G.およびMilstein,
C.、Nature（１９７５）２５６：４９５−４９７）、トリオーマ法、ヒトＢ-細
胞ハイブリドーマ法（Kozborら、Immunology Today（１９８３）４：７２）およ
びＥＢＶ−ハイブリドーマ法（Coleら、Monoclonal Antibodies and Cancer The
rapy、７７−９６、Alan R.Liss,Inc.（１９８５））が挙げられる。
【００３０】
米国特許第４９４６７７８号に記載される方法などの、一本鎖抗体の産生技法
も適用して、本発明のポリペプチドに対する一本鎖抗体を産生できる。また、ト
ランスジェニックマウスまたは他の哺乳動物を含め、他の生物を用いて、ヒト化
抗体を発現させることができる。 上記した抗体を用いて、ポリペプチドを発現するクローンを単離または同定し
てもよく、あるいはアフィニティークロマトグラフィーによりポリペプチドを精
製してもよい。また、本発明のポリペプチドに対する抗体を利用して、とりわけ
、本発明の疾患を治療することもできる。
も適用して、本発明のポリペプチドに対する一本鎖抗体を産生できる。また、ト
ランスジェニックマウスまたは他の哺乳動物を含め、他の生物を用いて、ヒト化
抗体を発現させることができる。 上記した抗体を用いて、ポリペプチドを発現するクローンを単離または同定し
てもよく、あるいはアフィニティークロマトグラフィーによりポリペプチドを精
製してもよい。また、本発明のポリペプチドに対する抗体を利用して、とりわけ
、本発明の疾患を治療することもできる。
【００３１】
本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオチドはまた、ワクチンとして用いる
こともできる。したがって、さらなる態様において、本発明は、哺乳動物におけ
る免疫学的応答を誘起する方法であって、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞また
は細胞毒性Ｔ細胞を含む、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるのに
適当な本発明のポリペプチドを哺乳動物に接種し、該動物を疾患（個体内ですで
に確立されているかいないかの疾患）から保護することを含む方法に関する。哺
乳動物での免疫学的応答はまた、免疫学的応答を誘発して抗体を産生し、かかる
動物を本発明の疾患から保護するように、ポリヌクレオチドの発現およびインビ
ボでのポリペプチドのコード化を指令するベクターを介して本発明のポリペプチ
ドをデリバリーすることを含む方法により誘導することもできる。迅速にベクタ
ーを所望の細胞中に投与する方法としては、粒子上にコーティングすることなど
が挙げられる。そのような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸またはＤＮ
Ａ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。ワクチンとして用いる場合、ポリ
ペプチドまたは核酸ベクターは、通常、ワクチン処方（組成物）として提供され
るであろう。該処方は、さらに、適当な担体を含んでいてもよい。ポリペプチド
は胃で分解される可能性があるため、非経口的（例えば、皮下、筋肉内、静脈内
、皮内注射）に投与することが好ましい。非経口投与に適する処方は、抗酸化剤
、バッファー、静菌剤および処方を患者の血液と等張にする溶質を含有してもよ
い水性および非水性滅菌注射用溶液；ならびに懸濁化剤または増粘剤を含んでい
てもよい水性および非水性滅菌懸濁液を包含する。処方を１回投与または複数回
投与用容器、例えば、密封アンプルおよびバイアルに入れて提供してもよく、使
用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥状態にて貯蔵してもよい。
またワクチン処方は、水中油系および当該分野で知られた他の系などの処方の免
疫原性を高めるためのアジュバント系を含んでいてもよい。用量は、ワクチンの
比活性に依存しており、通常の実験により容易に決定することができる。
こともできる。したがって、さらなる態様において、本発明は、哺乳動物におけ
る免疫学的応答を誘起する方法であって、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞また
は細胞毒性Ｔ細胞を含む、抗体および／またはＴ細胞免疫応答を生じさせるのに
適当な本発明のポリペプチドを哺乳動物に接種し、該動物を疾患（個体内ですで
に確立されているかいないかの疾患）から保護することを含む方法に関する。哺
乳動物での免疫学的応答はまた、免疫学的応答を誘発して抗体を産生し、かかる
動物を本発明の疾患から保護するように、ポリヌクレオチドの発現およびインビ
ボでのポリペプチドのコード化を指令するベクターを介して本発明のポリペプチ
ドをデリバリーすることを含む方法により誘導することもできる。迅速にベクタ
ーを所望の細胞中に投与する方法としては、粒子上にコーティングすることなど
が挙げられる。そのような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核酸またはＤＮ
Ａ／ＲＮＡハイブリッドを含んでいてもよい。ワクチンとして用いる場合、ポリ
ペプチドまたは核酸ベクターは、通常、ワクチン処方（組成物）として提供され
るであろう。該処方は、さらに、適当な担体を含んでいてもよい。ポリペプチド
は胃で分解される可能性があるため、非経口的（例えば、皮下、筋肉内、静脈内
、皮内注射）に投与することが好ましい。非経口投与に適する処方は、抗酸化剤
、バッファー、静菌剤および処方を患者の血液と等張にする溶質を含有してもよ
い水性および非水性滅菌注射用溶液；ならびに懸濁化剤または増粘剤を含んでい
てもよい水性および非水性滅菌懸濁液を包含する。処方を１回投与または複数回
投与用容器、例えば、密封アンプルおよびバイアルに入れて提供してもよく、使
用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥状態にて貯蔵してもよい。
またワクチン処方は、水中油系および当該分野で知られた他の系などの処方の免
疫原性を高めるためのアジュバント系を含んでいてもよい。用量は、ワクチンの
比活性に依存しており、通常の実験により容易に決定することができる。
【００３２】
本発明のポリペプチドは、１またはそれ以上の病態、特に上記した本発明の疾
患に関連する１またはそれ以上の生物学的機能を有する。したがって、当該ポリ
ペプチドの機能またはレベルを刺激または阻害する化合物を同定することが有用
である。かくして、本発明は、さらなる態様において、ポリペプチドの機能また
はレベルを刺激または阻害する化合物を同定するための化合物のスクリーニング
法を提供する。かかる方法は上記した本発明の疾患について治療または予防を目
的として利用することができるアゴニストまたはアンタゴニストを同定する。化
合物は、種々の供給源、例えば、細胞、無細胞調製物、化学ライブラリー、化合
物の集合体、および天然産物の混合物から同定することができる。そうして同定
されたアゴニストまたはアンタゴニストは、場合によっては、ポリペプチドの天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素など；その構造的または機能的模倣
物（Coliganら、Current Protocols in Immunology １（２）：第５章（１９９
１）を参照のこと）または小分子であってもよい。そのような小分子は、２００
０ダルトンより小さな分子量を有することが好ましく、より好ましくは３００な
いし１０００ダルトンの、最も好ましくは４００ないし７００ダルトンの分子量
を有する。これらの小分子は有機分子であることが好ましい。
患に関連する１またはそれ以上の生物学的機能を有する。したがって、当該ポリ
ペプチドの機能またはレベルを刺激または阻害する化合物を同定することが有用
である。かくして、本発明は、さらなる態様において、ポリペプチドの機能また
はレベルを刺激または阻害する化合物を同定するための化合物のスクリーニング
法を提供する。かかる方法は上記した本発明の疾患について治療または予防を目
的として利用することができるアゴニストまたはアンタゴニストを同定する。化
合物は、種々の供給源、例えば、細胞、無細胞調製物、化学ライブラリー、化合
物の集合体、および天然産物の混合物から同定することができる。そうして同定
されたアゴニストまたはアンタゴニストは、場合によっては、ポリペプチドの天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素など；その構造的または機能的模倣
物（Coliganら、Current Protocols in Immunology １（２）：第５章（１９９
１）を参照のこと）または小分子であってもよい。そのような小分子は、２００
０ダルトンより小さな分子量を有することが好ましく、より好ましくは３００な
いし１０００ダルトンの、最も好ましくは４００ないし７００ダルトンの分子量
を有する。これらの小分子は有機分子であることが好ましい。
【００３３】
スクリーニング方法は、候補化合物と直接的または間接的に結合した標識によ
り、候補化合物のポリペプチドへの、あるいはそのポリペプチドもしくはその融
合蛋白を有する細胞または膜への結合を単に測定するものであってもよい。別法
として、スクリーニング方法は、候補化合物とポリペプチドとの、標識された競
争物質（例えば、アゴニストまたはアンタゴニスト）に対する競争結合を測定ま
たは検定（定性的または定量的）することを含んでもよい。さらには、これらの
スクリーニング方法は、候補化合物がポリペプチドの活性化または阻害により発
生するシグナルを生じるかどうかを、そのポリペプチドを有する細胞に適した検
出系を用いて試験することもできる。活性化の阻害剤は、一般に、既知アゴニス
トの存在下でアッセイされ、候補化合物の存在がアゴニストによる活性化に及ぼ
す作用を観察する。さらには、スクリーニング方法は、単に、候補化合物を本発
明のポリペプチドを含有する溶液と混合して混合物を形成し、その混合物中の表
Ｉに示される遺伝子の活性を測定し、表Ｉに示される遺伝子の混合物の活性を候
補化合物を含まない対照混合物の活性と比較する工程を含むものであってもよい
。
り、候補化合物のポリペプチドへの、あるいはそのポリペプチドもしくはその融
合蛋白を有する細胞または膜への結合を単に測定するものであってもよい。別法
として、スクリーニング方法は、候補化合物とポリペプチドとの、標識された競
争物質（例えば、アゴニストまたはアンタゴニスト）に対する競争結合を測定ま
たは検定（定性的または定量的）することを含んでもよい。さらには、これらの
スクリーニング方法は、候補化合物がポリペプチドの活性化または阻害により発
生するシグナルを生じるかどうかを、そのポリペプチドを有する細胞に適した検
出系を用いて試験することもできる。活性化の阻害剤は、一般に、既知アゴニス
トの存在下でアッセイされ、候補化合物の存在がアゴニストによる活性化に及ぼ
す作用を観察する。さらには、スクリーニング方法は、単に、候補化合物を本発
明のポリペプチドを含有する溶液と混合して混合物を形成し、その混合物中の表
Ｉに示される遺伝子の活性を測定し、表Ｉに示される遺伝子の混合物の活性を候
補化合物を含まない対照混合物の活性と比較する工程を含むものであってもよい
。
【００３４】
本発明のポリペプチドは従来の低容量スクリーニング方法にて利用することも
でき、また、ハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）フォーマットにて利用
することもできる。かかるＨＴＳフォーマットは、十分に確立された９６−ウェ
ルの、最近では、３８４−ウェルのマイクロタイタープレートの使用だけでなく
、Schullekら、Anal Biochem.、２４６：２０−２９（１９９７）に記載される
ようなナノウェル（nanowell）方法などのエマージング（emerging）方法も包含
する。 上記したように、Ｆｃ部と表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドとから形成さ
れる融合蛋白などをハイスループットスクリーニングアッセイにて用い、本発明
のポリペプチドに対するアンタゴニストを同定することもできる（D.Bennettら
、J.Mol.Recognition、８：５２−５８（１９９５）；および K.Johansonら、J.
Biol.Chem.、２７０（１６）：９４５９−９４７１（１９９５）を参照のこと）
。
でき、また、ハイスループットスクリーニング（ＨＴＳ）フォーマットにて利用
することもできる。かかるＨＴＳフォーマットは、十分に確立された９６−ウェ
ルの、最近では、３８４−ウェルのマイクロタイタープレートの使用だけでなく
、Schullekら、Anal Biochem.、２４６：２０−２９（１９９７）に記載される
ようなナノウェル（nanowell）方法などのエマージング（emerging）方法も包含
する。 上記したように、Ｆｃ部と表Ｉに示される遺伝子のポリペプチドとから形成さ
れる融合蛋白などをハイスループットスクリーニングアッセイにて用い、本発明
のポリペプチドに対するアンタゴニストを同定することもできる（D.Bennettら
、J.Mol.Recognition、８：５２−５８（１９９５）；および K.Johansonら、J.
Biol.Chem.、２７０（１６）：９４５９−９４７１（１９９５）を参照のこと）
。
【００３５】
ポリヌクレオチド、ポリペプチドおよび本発明のポリペプチドに対する抗体を
用いて、添加した化合物の細胞中でのｍＲＮＡおよびポリペプチドの産生に対す
る効果を検出するスクリーニング方法を形成することもできる。例えば、エライ
ザアッセイを構築して、当該分野にて公知の標準的方法によりモノクローナルお
よびポリクローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌または細胞結合レベルを測
定してもよい。これを用いて適宜操作した細胞または組織からポリペプチドの産
生を阻害または強化することができる物質（各々、アンタゴニストまたはアゴニ
ストとも称される物質）を見出すことができる。 本発明のポリペプチドを用いて、あるとしても、当該分野において公知の標準
的な受容体結合法を介して、膜結合または可溶性受容体を同定してもよい。これ
らの方法は、ポリペプチドを放射性アイソトープ（例えば１２５Ｉ）で標識し、
化学的に修飾し（例えばビオチン化）または検出および精製に適したペプチド配
列に融合し、推定上の受容体の供給源（例えば、細胞、細胞膜、細胞上清、組織
抽出物、体液）と一緒にインキュベートする、リガンド結合およびクロスリンキ
ングアッセイを包含するが、これらに限定されない。他の方法は表面プラスモン
共鳴および分光学的方法を包含する。これらのスクリーニング方法を用いて、あ
るとしても、ポリペプチドのその受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴ
ニストおよびアンタゴニストを同定することもできる。かかるアッセイを行うた
めの標準的方法は当該分野においてよく知られている。
用いて、添加した化合物の細胞中でのｍＲＮＡおよびポリペプチドの産生に対す
る効果を検出するスクリーニング方法を形成することもできる。例えば、エライ
ザアッセイを構築して、当該分野にて公知の標準的方法によりモノクローナルお
よびポリクローナル抗体を用いてポリペプチドの分泌または細胞結合レベルを測
定してもよい。これを用いて適宜操作した細胞または組織からポリペプチドの産
生を阻害または強化することができる物質（各々、アンタゴニストまたはアゴニ
ストとも称される物質）を見出すことができる。 本発明のポリペプチドを用いて、あるとしても、当該分野において公知の標準
的な受容体結合法を介して、膜結合または可溶性受容体を同定してもよい。これ
らの方法は、ポリペプチドを放射性アイソトープ（例えば１２５Ｉ）で標識し、
化学的に修飾し（例えばビオチン化）または検出および精製に適したペプチド配
列に融合し、推定上の受容体の供給源（例えば、細胞、細胞膜、細胞上清、組織
抽出物、体液）と一緒にインキュベートする、リガンド結合およびクロスリンキ
ングアッセイを包含するが、これらに限定されない。他の方法は表面プラスモン
共鳴および分光学的方法を包含する。これらのスクリーニング方法を用いて、あ
るとしても、ポリペプチドのその受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴ
ニストおよびアンタゴニストを同定することもできる。かかるアッセイを行うた
めの標準的方法は当該分野においてよく知られている。
【００３６】
本発明のポリペプチドのアンタゴニストとして、例えば、抗体、またはある場
合には、ポリペプチドのリガンド、基質、受容体、酵素などと密接に関係するオ
リゴヌクレオチドまたは蛋白、例えばリガンド、基質、受容体、酵素などのフラ
グメント；または応答を惹起しないが、本発明のポリペプチドに結合し、その結
果として該ポリペプチドの活性を妨げる小分子が挙げられる。
合には、ポリペプチドのリガンド、基質、受容体、酵素などと密接に関係するオ
リゴヌクレオチドまたは蛋白、例えばリガンド、基質、受容体、酵素などのフラ
グメント；または応答を惹起しないが、本発明のポリペプチドに結合し、その結
果として該ポリペプチドの活性を妨げる小分子が挙げられる。
【００３７】
スクリーニング方法はまた、トランスジェニック技法および表Ｉに示される遺
伝子の使用を含む。トランスジェニック動物を構築する技術は十分に確立されて
いる。例えば、表Ｉに示される遺伝子を、マイクロインジェクションを介して受
精させた卵母細胞の雄生殖核に導入してもよく、着床の前または後の胚にレトロ
ウイルスにより移入させてもよく、または例えば、エレクトロポレーションによ
り、遺伝学的に修飾された胚性幹細胞を注射を介して宿主胚盤胞中に導入しても
よい。特に有用なトランスジェニック動物は、動物遺伝子がその動物のゲノム中
でヒト均等物により置き換えられている、いわゆる、「ノック−イン」動物であ
る。ノック−イントランスジェニック動物は、化合物が標的とするヒトに特異的
であるとする、確認を目的とする薬物開発工程において有用である。別の有用な
トランスジェニック動物は、本発明の内的ＤＮＡ配列により細胞内でコードされ
る動物にてオーソロガスなポリペプチドの発現が、部分的または完全に無効とさ
れる、いわゆる、「ノック−アウト」動物である。遺伝子のノック−アウトは、
動物の、特定の細胞または組織を標的とすることができ、技法を限定した結果と
して特定の細胞または組織においてだけ生じさせることができ、あるいはすべて
の、または実質的にすべての細胞で生じさせることができる。トランスジェニッ
ク動物技法はまた、導入された遺伝子を発現させて本発明の多量のポリペプチド
を得る、全動物発現クローニング系を提供する。
伝子の使用を含む。トランスジェニック動物を構築する技術は十分に確立されて
いる。例えば、表Ｉに示される遺伝子を、マイクロインジェクションを介して受
精させた卵母細胞の雄生殖核に導入してもよく、着床の前または後の胚にレトロ
ウイルスにより移入させてもよく、または例えば、エレクトロポレーションによ
り、遺伝学的に修飾された胚性幹細胞を注射を介して宿主胚盤胞中に導入しても
よい。特に有用なトランスジェニック動物は、動物遺伝子がその動物のゲノム中
でヒト均等物により置き換えられている、いわゆる、「ノック−イン」動物であ
る。ノック−イントランスジェニック動物は、化合物が標的とするヒトに特異的
であるとする、確認を目的とする薬物開発工程において有用である。別の有用な
トランスジェニック動物は、本発明の内的ＤＮＡ配列により細胞内でコードされ
る動物にてオーソロガスなポリペプチドの発現が、部分的または完全に無効とさ
れる、いわゆる、「ノック−アウト」動物である。遺伝子のノック−アウトは、
動物の、特定の細胞または組織を標的とすることができ、技法を限定した結果と
して特定の細胞または組織においてだけ生じさせることができ、あるいはすべて
の、または実質的にすべての細胞で生じさせることができる。トランスジェニッ
ク動物技法はまた、導入された遺伝子を発現させて本発明の多量のポリペプチド
を得る、全動物発現クローニング系を提供する。
【００３８】
上記した方法にて用いるためのスクリーニングキットは本発明のさらなる態様
を形成する。かかるスクリーニングキットは： （ａ）本発明のポリペプチド； （ｂ）本発明のポリペプチドを発現する組換え細胞； （ｃ）本発明のポリペプチドを発現する細胞膜；または （ｄ）本発明のポリペプチドに対する抗体； を含み、ここにポリペプチドは配列表に示されるものが好ましい。 かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は実質的な成分
を含んでいてもよい。
を形成する。かかるスクリーニングキットは： （ａ）本発明のポリペプチド； （ｂ）本発明のポリペプチドを発現する組換え細胞； （ｃ）本発明のポリペプチドを発現する細胞膜；または （ｄ）本発明のポリペプチドに対する抗体； を含み、ここにポリペプチドは配列表に示されるものが好ましい。 かかるキットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は実質的な成分
を含んでいてもよい。
【００３９】
用語説明
以下の定義は下記頻繁に使用される特定の用語の理解を容易にするために提供
される。 本明細書中に用いる「抗体」とは、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体
、キメラ、一本鎖およびヒト化抗体、ならびにＦａｂまたは他の免疫グロブリン
発現ライブラリーの産物を含む、Ｆａｂフラグメントを包含する。 「単離」とは、「人間の手により」その自然の状態から改変されたこと、すな
わち、それが天然に存在するならば、その初めの環境から変えられるか、または
取り除かれており、あるいはその両方であることを意味する。例えば、生物中に
天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単離」されていないが
、その天然状態の共存する物質から分離されている同じポリヌクレオチドまたは
ポリペプチドは「単離」されており、本明細書ではこの用語を用いるものである
。さらには、形質転換、遺伝的操作により、あるいはいずれか他の組換え技法に
より生物中に導入されているポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、たとえ、
それが生物中にあるとしても、その生物が生きていてもまたは生きていないとし
ても、「単離」されている。 「分泌蛋白活性または分泌ポリペプチド活性」または「分泌蛋白または分泌ポ
リペプチドの生物学的活性」とは、類似活性または改良活性あるいは望ましくな
い副作用の減少したこれらの活性を含む、分泌蛋白の代謝的または物理的機能を
いう。該分泌蛋白の抗原的および免疫原的活性も包含される。 「分泌蛋白遺伝子」とは、結合したヌクレオチド配列またはその対立遺伝子変
種および／またはそれらの補体を含むポリヌクレオチドをいう。
される。 本明細書中に用いる「抗体」とは、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体
、キメラ、一本鎖およびヒト化抗体、ならびにＦａｂまたは他の免疫グロブリン
発現ライブラリーの産物を含む、Ｆａｂフラグメントを包含する。 「単離」とは、「人間の手により」その自然の状態から改変されたこと、すな
わち、それが天然に存在するならば、その初めの環境から変えられるか、または
取り除かれており、あるいはその両方であることを意味する。例えば、生物中に
天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単離」されていないが
、その天然状態の共存する物質から分離されている同じポリヌクレオチドまたは
ポリペプチドは「単離」されており、本明細書ではこの用語を用いるものである
。さらには、形質転換、遺伝的操作により、あるいはいずれか他の組換え技法に
より生物中に導入されているポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、たとえ、
それが生物中にあるとしても、その生物が生きていてもまたは生きていないとし
ても、「単離」されている。 「分泌蛋白活性または分泌ポリペプチド活性」または「分泌蛋白または分泌ポ
リペプチドの生物学的活性」とは、類似活性または改良活性あるいは望ましくな
い副作用の減少したこれらの活性を含む、分泌蛋白の代謝的または物理的機能を
いう。該分泌蛋白の抗原的および免疫原的活性も包含される。 「分泌蛋白遺伝子」とは、結合したヌクレオチド配列またはその対立遺伝子変
種および／またはそれらの補体を含むポリヌクレオチドをいう。
【００４０】
「ポリヌクレオチド」とは、一般に、ポリリボヌクレオチド（ＲＮＡ）または
ポリデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）をいい、それは修飾されていないＲＮ
ＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってもよい。「
ポリヌクレオチド」は、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の
混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、および一本鎖および二本鎖領
域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖、または一本鎖
および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッ
ド分子を包含するが、これに限定されるものではない。加えて、「ポリヌクレオ
チド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域
をいう。「ポリヌクレオチド」なる語はまた、一つまたはそれ以上の修飾された
塩基を含有するＤＮＡまたはＲＮＡ、ならびに安定性または他の理由で修飾され
た骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。「修飾された」塩基は、例えば
、トリチル化された塩基およびイノシンなどの通常でない塩基を包含する。種々
の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡに対してなされていてもよい；かくして、「ポリヌ
クレオチド」は、典型的には天然において見いだされるような化学的、酵素的ま
たは代謝的に修飾された形態のポリヌクレオチド、ならびにウイルスおよび細胞
に特徴的な化学的形態のＤＮＡおよびＲＮＡを包含する。また、「ポリヌクレオ
チド」は、オリゴヌクレオチドと称されることも多い、比較的短いポリヌクレオ
チドも包含する。
ポリデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）をいい、それは修飾されていないＲＮ
ＡもしくはＤＮＡ、または修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってもよい。「
ポリヌクレオチド」は、一本鎖および二本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の
混合物であるＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、および一本鎖および二本鎖領
域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型的には二本鎖、または一本鎖
および二本鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含むハイブリッ
ド分子を包含するが、これに限定されるものではない。加えて、「ポリヌクレオ
チド」は、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域
をいう。「ポリヌクレオチド」なる語はまた、一つまたはそれ以上の修飾された
塩基を含有するＤＮＡまたはＲＮＡ、ならびに安定性または他の理由で修飾され
た骨格を有するＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。「修飾された」塩基は、例えば
、トリチル化された塩基およびイノシンなどの通常でない塩基を包含する。種々
の修飾がＤＮＡおよびＲＮＡに対してなされていてもよい；かくして、「ポリヌ
クレオチド」は、典型的には天然において見いだされるような化学的、酵素的ま
たは代謝的に修飾された形態のポリヌクレオチド、ならびにウイルスおよび細胞
に特徴的な化学的形態のＤＮＡおよびＲＮＡを包含する。また、「ポリヌクレオ
チド」は、オリゴヌクレオチドと称されることも多い、比較的短いポリヌクレオ
チドも包含する。
【００４１】
「ポリペプチド」は、ペプチド結合または修飾されたペプチド結合により互い
に結合している２個またはそれ以上のアミノ酸を有してなるポリペプチド、すな
わち、ペプチドアイソスターをいう。「ポリペプチド」は、通常、ペプチド、オ
リゴペプチドまたはオリゴマーと称される短鎖、および一般に蛋白と称される長
鎖の両方をいう。ポリペプチドは遺伝子によりコードされた２０種のアミノ酸と
は異なるアミノ酸を含有してもよい。「ポリペプチド」は、翻訳後プロセッシン
グなどの自然の工程により、または当業者に周知の化学修飾技法により修飾され
たアミノ酸配列を含む。このような修飾は基本テキストにて、およびさらに詳細
な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献において詳しく記載されている。修飾
は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびアミノまたはカルボキシル末端を含め、
ポリペプチドのどこででも起こり得る。同一の型の修飾が所定のポリペプチドの
幾つかの部位で、同一または異なる程度で存在し得ることは理解されよう。また
、所定のポリペプチドは多くの型の修飾を含んでいてもよい。ポリペプチドはユ
ビキチネーションの結果として分岐していてもよく、分岐しているかまたはして
いない、環状であってもよい。環状、分岐および分岐した環状ポリペプチドは翻
訳後の天然プロセスにより生じたものであってもよく、または合成法により製造
されたものであってもよい。修飾は、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル
化、アミド化、ビオチニル化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌク
レオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結
合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、交差架橋、環化、ジスルフィド結合
形成、脱メチル化、交差架橋共有結合形成、システイン形成、ピログルタメート
形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、
ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギ
ニル化などのトランスファーＲＮＡ媒介したアミノ酸の蛋白への付加、ならびに
ユビキチネーションを包含する（例えば、Proteins‐Structure and Molecular
Properties、第２版、T.E.Creighton、W.H.Freeman and Company、New York、１
９９３；Wold,F.、Post-translational Covalent Modification of Proteins、B
.C.Johnson編、Academic Press、New York、１９８３のPost−translational Pr
otein Modifications：Perspectives and Prospects、１〜１２頁；Seifterら、
“Analysis for Protein modifications and nonprotein cofactors”、Meth.En
zymol. １８２：６２６−６４６、１９９０およびRattanら、“Protein Synthes
is：Post−translational Modifications and Aging"、Ann.N.Y.Acad.Sci.６６
３、４８−６２、１９９２を参照のこと）。
に結合している２個またはそれ以上のアミノ酸を有してなるポリペプチド、すな
わち、ペプチドアイソスターをいう。「ポリペプチド」は、通常、ペプチド、オ
リゴペプチドまたはオリゴマーと称される短鎖、および一般に蛋白と称される長
鎖の両方をいう。ポリペプチドは遺伝子によりコードされた２０種のアミノ酸と
は異なるアミノ酸を含有してもよい。「ポリペプチド」は、翻訳後プロセッシン
グなどの自然の工程により、または当業者に周知の化学修飾技法により修飾され
たアミノ酸配列を含む。このような修飾は基本テキストにて、およびさらに詳細
な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献において詳しく記載されている。修飾
は、ペプチド骨格、アミノ酸側鎖およびアミノまたはカルボキシル末端を含め、
ポリペプチドのどこででも起こり得る。同一の型の修飾が所定のポリペプチドの
幾つかの部位で、同一または異なる程度で存在し得ることは理解されよう。また
、所定のポリペプチドは多くの型の修飾を含んでいてもよい。ポリペプチドはユ
ビキチネーションの結果として分岐していてもよく、分岐しているかまたはして
いない、環状であってもよい。環状、分岐および分岐した環状ポリペプチドは翻
訳後の天然プロセスにより生じたものであってもよく、または合成法により製造
されたものであってもよい。修飾は、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル
化、アミド化、ビオチニル化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌク
レオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質または脂質誘導体の共有結
合、ホスホチジルイノシトールの共有結合、交差架橋、環化、ジスルフィド結合
形成、脱メチル化、交差架橋共有結合形成、システイン形成、ピログルタメート
形成、ホルミル化、ガンマ−カルボキシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、
ヒドロキシル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、蛋白分解的プロ
セッシング、リン酸化、プレニル化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギ
ニル化などのトランスファーＲＮＡ媒介したアミノ酸の蛋白への付加、ならびに
ユビキチネーションを包含する（例えば、Proteins‐Structure and Molecular
Properties、第２版、T.E.Creighton、W.H.Freeman and Company、New York、１
９９３；Wold,F.、Post-translational Covalent Modification of Proteins、B
.C.Johnson編、Academic Press、New York、１９８３のPost−translational Pr
otein Modifications：Perspectives and Prospects、１〜１２頁；Seifterら、
“Analysis for Protein modifications and nonprotein cofactors”、Meth.En
zymol. １８２：６２６−６４６、１９９０およびRattanら、“Protein Synthes
is：Post−translational Modifications and Aging"、Ann.N.Y.Acad.Sci.６６
３、４８−６２、１９９２を参照のこと）。
【００４２】
ポリペプチド配列の「フラグメント」とは、対照となる配列よりも短いが、対
照となるポリペプチドと本質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペ
プチド配列をいう。ポリヌクレオチド配列の「フラグメント」とは、配列表に示
される対照となる配列よりも短いポリヌクレオチド配列をいう。
照となるポリペプチドと本質的に同じ生物学的機能または活性を保持するポリペ
プチド配列をいう。ポリヌクレオチド配列の「フラグメント」とは、配列表に示
される対照となる配列よりも短いポリヌクレオチド配列をいう。
【００４３】
「変種」とは、対照となるポリヌクレオチドまたはポリペプチドとは異なるが
、その本質的な特性は保持している、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドをい
う。ポリヌクレオチドの典型的な変種はヌクレオチド配列が対照となるポリヌク
レオチドとは異なる。変種のヌクレオチド配列における変化は、対照となるポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列と変わっていても
よく、変わっていなくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後記するように、対照
となる配列によりコードされるポリペプチドにおいてアミノ酸置換、付加、欠失
、融合および末端切断をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種はアミノ酸
配列が対照となるポリペプチドとは異なる。一般に、差異は、対照となるポリペ
プチドおよび変種の配列が、全体的に極めて類似しており、多くの領域で同一で
あるように限定される。変種および対照となるポリペプチドは、１またはそれ以
上の置換、挿入、欠失のいずれかの組み合わせにより、アミノ酸配列にて異なっ
ていてもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝暗号によりコードさ
れたものであってもなくてもよい。典型的な同類置換は、Gly、Ala；Val、Ile、
Leu；Asp、Glu；Asn、Gln；Ser、Thr；Lys、Arg；およびPheとTyrを包含する。
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変種は、対立遺伝子のように天然に生じ
るものであってもよく、または天然に発生することが知られていない変種であっ
てもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの天然にない変種は、変異誘発
技術により、または直接的合成により製造できる。１またはそれ以上の翻訳後修
飾、例えば糖鎖形成、リン酸化、メチル化、ＡＤＰリボシル化などを有するポリ
ペプチドも変種として包含される。例えば、Ｎ−末端アミノ酸のメチル化、セリ
ンおよびトレオニンのリン酸化およびＣ−末端グリシンの修飾が挙げられる。
、その本質的な特性は保持している、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドをい
う。ポリヌクレオチドの典型的な変種はヌクレオチド配列が対照となるポリヌク
レオチドとは異なる。変種のヌクレオチド配列における変化は、対照となるポリ
ヌクレオチドによりコードされるポリペプチドのアミノ酸配列と変わっていても
よく、変わっていなくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後記するように、対照
となる配列によりコードされるポリペプチドにおいてアミノ酸置換、付加、欠失
、融合および末端切断をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種はアミノ酸
配列が対照となるポリペプチドとは異なる。一般に、差異は、対照となるポリペ
プチドおよび変種の配列が、全体的に極めて類似しており、多くの領域で同一で
あるように限定される。変種および対照となるポリペプチドは、１またはそれ以
上の置換、挿入、欠失のいずれかの組み合わせにより、アミノ酸配列にて異なっ
ていてもよい。置換または挿入されたアミノ酸残基は、遺伝暗号によりコードさ
れたものであってもなくてもよい。典型的な同類置換は、Gly、Ala；Val、Ile、
Leu；Asp、Glu；Asn、Gln；Ser、Thr；Lys、Arg；およびPheとTyrを包含する。
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドの変種は、対立遺伝子のように天然に生じ
るものであってもよく、または天然に発生することが知られていない変種であっ
てもよい。ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの天然にない変種は、変異誘発
技術により、または直接的合成により製造できる。１またはそれ以上の翻訳後修
飾、例えば糖鎖形成、リン酸化、メチル化、ＡＤＰリボシル化などを有するポリ
ペプチドも変種として包含される。例えば、Ｎ−末端アミノ酸のメチル化、セリ
ンおよびトレオニンのリン酸化およびＣ−末端グリシンの修飾が挙げられる。
【００４４】
「対立遺伝子」とは、ゲノム中の特定の遺伝子座を占める２またはそれ以上の
異なった形態の遺伝子の一つをいう。 「多型性」とは、一の集団中のゲノムでの所定の位置にあるヌクレオチド配列
（関連する場合には、コードされたポリペプチド配列）の違いをいう。 「単一ヌクレオチド多型性」（ＳＮＰ）とは、一の集団中のゲノムでの単一の
ヌクレオチド位置にヌクレオチド変異性が存在することをいう。ＳＮＰは一の遺
伝子の範囲内で、あるいはゲノムの遺伝子内領域の範囲内で生じてもよい。ＳＮ
Ｐは対立遺伝子特異的増幅法（ＡＳＡ）を用いてアッセイすることができる。こ
の方法には、少なくとも３個のプライマーが必要である。アッセイされる多型性
とは逆に相補的な共通のプライマーを用いる。この共通のプライマーは多型性塩
基からの５０ないし１５００塩基対とすることができる。他の２つの（またはそ
れ以上の）プライマーは、最終３’塩基が多型性を形成する２つ（またはそれ以
上の）対立遺伝子の一つと対号するようにゆらいでいることを除き、互いに同一
である。試料となるＤＮＡ上で、各々、共通のプライマーおよび対立遺伝子特異
的プライマーの一つを用いて、２つの（またはそれ以上の）ＰＣＲ反応を行う。
異なった形態の遺伝子の一つをいう。 「多型性」とは、一の集団中のゲノムでの所定の位置にあるヌクレオチド配列
（関連する場合には、コードされたポリペプチド配列）の違いをいう。 「単一ヌクレオチド多型性」（ＳＮＰ）とは、一の集団中のゲノムでの単一の
ヌクレオチド位置にヌクレオチド変異性が存在することをいう。ＳＮＰは一の遺
伝子の範囲内で、あるいはゲノムの遺伝子内領域の範囲内で生じてもよい。ＳＮ
Ｐは対立遺伝子特異的増幅法（ＡＳＡ）を用いてアッセイすることができる。こ
の方法には、少なくとも３個のプライマーが必要である。アッセイされる多型性
とは逆に相補的な共通のプライマーを用いる。この共通のプライマーは多型性塩
基からの５０ないし１５００塩基対とすることができる。他の２つの（またはそ
れ以上の）プライマーは、最終３’塩基が多型性を形成する２つ（またはそれ以
上の）対立遺伝子の一つと対号するようにゆらいでいることを除き、互いに同一
である。試料となるＤＮＡ上で、各々、共通のプライマーおよび対立遺伝子特異
的プライマーの一つを用いて、２つの（またはそれ以上の）ＰＣＲ反応を行う。
【００４５】
本明細書中で使用する「スプライス変種」とは、同じゲノムＤＮＡ配列から最
初に転写されたＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であるが、別のＲＮＡス
プライシングを受けているものをいう。第１のＲＮＡ転写物が、一般にイントロ
ンの除去のための、スプライシングを受けると、別のＲＮＡスプライシングが生
じ、その結果として、各々が異なるアミノ酸配列をコードすることができる１以
上のｍＲＮＡ分子を産生する。スプライス変種なる語はまた、上記したｃＤＮＡ
分子によりコードされる蛋白をもいう。
初に転写されたＲＮＡ分子から産生されたｃＤＮＡ分子であるが、別のＲＮＡス
プライシングを受けているものをいう。第１のＲＮＡ転写物が、一般にイントロ
ンの除去のための、スプライシングを受けると、別のＲＮＡスプライシングが生
じ、その結果として、各々が異なるアミノ酸配列をコードすることができる１以
上のｍＲＮＡ分子を産生する。スプライス変種なる語はまた、上記したｃＤＮＡ
分子によりコードされる蛋白をもいう。
【００４６】
「同一性」は、配列を比較することで決定される、２またはそれ以上のポリペ
プチド配列の間の、あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオチド配列の間の関
係を反映する。一般に、同一性は、比較される配列の全長にわたって、２つのポ
リヌクレオチドまたは２つのポリペプチド配列の、各々、ヌクレオチドに対する
ヌクレオチドの、またはアミノ酸に対するアミノ酸の正確な一致をいう。 「％同一性」については、配列が正確に一致していない場合に、「％同一性」
を決定することができる。一般に、比較する２つの配列を、その配列の間で最大
の相関性が得られるように並べる。これは、その整列の度合いを高めるために、
一方または両方の配列に「ギャップ」を挿入することを含む。％同一性は、同じ
またはほとんど同じ長さの配列に特に適している、比較する配列の各全長にわた
って（いわゆる、グローバルアライメント）測定してもよく、あるいは異なる長
さの配列により適している、より短い、限定された長さにわたって（いわゆる、
ローカルアライメント）測定してもよい。
プチド配列の間の、あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオチド配列の間の関
係を反映する。一般に、同一性は、比較される配列の全長にわたって、２つのポ
リヌクレオチドまたは２つのポリペプチド配列の、各々、ヌクレオチドに対する
ヌクレオチドの、またはアミノ酸に対するアミノ酸の正確な一致をいう。 「％同一性」については、配列が正確に一致していない場合に、「％同一性」
を決定することができる。一般に、比較する２つの配列を、その配列の間で最大
の相関性が得られるように並べる。これは、その整列の度合いを高めるために、
一方または両方の配列に「ギャップ」を挿入することを含む。％同一性は、同じ
またはほとんど同じ長さの配列に特に適している、比較する配列の各全長にわた
って（いわゆる、グローバルアライメント）測定してもよく、あるいは異なる長
さの配列により適している、より短い、限定された長さにわたって（いわゆる、
ローカルアライメント）測定してもよい。
【００４７】
「類似性」は、２つのポリペプチド配列の間の関係をさらにより高度に測定し
たものである。一般に、「類似性」は２つのポリペプチド鎖のアミノ酸の間の比
較を意味し、比較される配列の各々の残基の対の間の正確な一致（同一性に関す
るもの）だけでなく、正確な一致がない場合には進化的な根拠に基づいて、１の
残基が他の残基に置換されている可能性も考慮している。この可能性は関連した
「スコア」を有し、それより２つの配列の「％類似性」を決定することができる
。
たものである。一般に、「類似性」は２つのポリペプチド鎖のアミノ酸の間の比
較を意味し、比較される配列の各々の残基の対の間の正確な一致（同一性に関す
るもの）だけでなく、正確な一致がない場合には進化的な根拠に基づいて、１の
残基が他の残基に置換されている可能性も考慮している。この可能性は関連した
「スコア」を有し、それより２つの配列の「％類似性」を決定することができる
。
【００４８】
２つまたはそれ以上の配列の同一性および類似性を比較する方法は当該分野に
おいてよく知られている。例えば、ウイスコンシン・シーケンス・アナリシス・
パッケージ・バージョン９．１（Devereux J.ら、Nucleic Acids Res, １２、３
８７−３９５、１９８４、Genetics Computer Group、Madison、Wisconsin、USA
から入手可能）にて利用可能なプログラム、例えば、プログラムＢＥＳＴＦＩＴ
およびＧＡＰを用いて２つのポリヌクレオチドの間の％同一性ならびに２つのポ
リペプチド配列の間の％同一性および％類似性を決定してもよい。ＢＥＳＴＦＩ
Ｔはスミス・アンド・ウォーターマン（Smith and Waterman）（J Mol Biol、１
４７、１９５−１９７、１９８１、Advances in Applied Mathematics、２、４
８２−４８９、１９８１）の「ローカルホモロジー」アルゴリズムを用い、２つ
の配列の間で最高の類似性を有する１つの領域を見出すものである。ＢＥＳＴＦ
ＩＴは、長さが同様でない２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド配
列の比較により適したものであり、該プログラムは、短いほうの配列が長いほう
の一部であると仮定するものである。これと比較して、ＧＡＰは２つの配列を並
べ、ニードルマン・アンド・ウォンシュ（Needleman and Wunsch）のアルゴリズ
ム（J Mol Biol、４８、４４３−４５３，１９７０）に従って「最大類似性」を
見出すものである。ＧＡＰはほぼ同じ長さの配列の比較により適したものであり
、アライメントは全長にわたると考えれれる。好ましくは、各プログラムに使用
されるパラメーター「ギャップ・ウエイト」および「レングス・ウエイト」は、
ポリヌクレオチド配列では、各々、５０および３であり、ポリペプチド配列では
、各々、１２および４である。好ましくは、比較される２つの配列が最適に並べ
られる場合に、％同一性および類似性を決定する。
おいてよく知られている。例えば、ウイスコンシン・シーケンス・アナリシス・
パッケージ・バージョン９．１（Devereux J.ら、Nucleic Acids Res, １２、３
８７−３９５、１９８４、Genetics Computer Group、Madison、Wisconsin、USA
から入手可能）にて利用可能なプログラム、例えば、プログラムＢＥＳＴＦＩＴ
およびＧＡＰを用いて２つのポリヌクレオチドの間の％同一性ならびに２つのポ
リペプチド配列の間の％同一性および％類似性を決定してもよい。ＢＥＳＴＦＩ
Ｔはスミス・アンド・ウォーターマン（Smith and Waterman）（J Mol Biol、１
４７、１９５−１９７、１９８１、Advances in Applied Mathematics、２、４
８２−４８９、１９８１）の「ローカルホモロジー」アルゴリズムを用い、２つ
の配列の間で最高の類似性を有する１つの領域を見出すものである。ＢＥＳＴＦ
ＩＴは、長さが同様でない２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド配
列の比較により適したものであり、該プログラムは、短いほうの配列が長いほう
の一部であると仮定するものである。これと比較して、ＧＡＰは２つの配列を並
べ、ニードルマン・アンド・ウォンシュ（Needleman and Wunsch）のアルゴリズ
ム（J Mol Biol、４８、４４３−４５３，１９７０）に従って「最大類似性」を
見出すものである。ＧＡＰはほぼ同じ長さの配列の比較により適したものであり
、アライメントは全長にわたると考えれれる。好ましくは、各プログラムに使用
されるパラメーター「ギャップ・ウエイト」および「レングス・ウエイト」は、
ポリヌクレオチド配列では、各々、５０および３であり、ポリペプチド配列では
、各々、１２および４である。好ましくは、比較される２つの配列が最適に並べ
られる場合に、％同一性および類似性を決定する。
【００４９】
配列の間の同一性および／または類似性を決定するための他のプログラムも当
該分野において知られており、例えば、ＢＬＡＳＴファミリーのプログラム（Al
tschul S F ら、J Mol Biol、２１５、４０３−４１０、１９９０、Altshul S F
ら、Nucleic Acids Res.、２５：３８９−３４０２、１９９７、the National
Center for Biotechnology Information（ＮＣＢＩ）、Bethesda、Maryland、US
Aから利用可能であり、ＮＣＢＩのwww..ncbi..nlm..nih.govのホームページから
アクセス可能）およびＦＡＳＴＡ（Pearson W R、Methods in Enzymology、１８
３、６３−９９、１９９０；Pearson W RおよびLipman D J、Proc Nat Acad Sci
USA、８５、２４４４−２４４８、１９８８、ウイスコンシン・シーケンス・ア
ナリシス・パッケージの一部として利用可能）である。 好ましくは、ポリペプチド配列の比較に、比較する前にヌクレオチド配列を先
ずアミノ酸配列に翻訳することを含む、ＢＬＯＳＵＭ６２アミノ酸置換マトリッ
クス（Henikoff SおよびHenikoff J G、Proc.Nat.Acad.Sci. USA、８９、１０９
１５−１０９１９、１９９２）を使用する。 好ましくは、プログラムＢＥＳＴＦＩＴを用いて、対照となるポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチド配列に対して問題となるポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドの％同一性を決定する。問題となる配列と対照となる配列とを最適に並べ、
上記したプログラムのパラメーターをデフォールト値にセットする。
該分野において知られており、例えば、ＢＬＡＳＴファミリーのプログラム（Al
tschul S F ら、J Mol Biol、２１５、４０３−４１０、１９９０、Altshul S F
ら、Nucleic Acids Res.、２５：３８９−３４０２、１９９７、the National
Center for Biotechnology Information（ＮＣＢＩ）、Bethesda、Maryland、US
Aから利用可能であり、ＮＣＢＩのwww..ncbi..nlm..nih.govのホームページから
アクセス可能）およびＦＡＳＴＡ（Pearson W R、Methods in Enzymology、１８
３、６３−９９、１９９０；Pearson W RおよびLipman D J、Proc Nat Acad Sci
USA、８５、２４４４−２４４８、１９８８、ウイスコンシン・シーケンス・ア
ナリシス・パッケージの一部として利用可能）である。 好ましくは、ポリペプチド配列の比較に、比較する前にヌクレオチド配列を先
ずアミノ酸配列に翻訳することを含む、ＢＬＯＳＵＭ６２アミノ酸置換マトリッ
クス（Henikoff SおよびHenikoff J G、Proc.Nat.Acad.Sci. USA、８９、１０９
１５−１０９１９、１９９２）を使用する。 好ましくは、プログラムＢＥＳＴＦＩＴを用いて、対照となるポリヌクレオチ
ドまたはポリペプチド配列に対して問題となるポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドの％同一性を決定する。問題となる配列と対照となる配列とを最適に並べ、
上記したプログラムのパラメーターをデフォールト値にセットする。
【００５０】
「同一性指数」は配列関連性の尺度であり、これを用いて候補配列（ポリヌク
レオチドまたはポリペプチド）と対照となる配列を比較してもよい。よって、例
えば、対照となるポリヌクレオチド配列と比較して同一性指数０．９５を有する
候補ポリヌクレオチド配列は、候補ポリヌクレオチド配列が対照となる配列の各
１００個のヌクレオチドにつき平均して５個までの相違を含んでいてもよいこと
以外は、対照となる配列と同一である。かかる相違は少なくとも１個のヌクレオ
チドの欠失、置換（トランジションおよびトランスバージョンを含む）または挿
入からなる群より選択される。これらの相違は対照となるポリヌクレオチド配列
の５’または３’末端位置にあってもよく、あるいはこれらの末端位置間のいず
れの位置にあってもよく、対照となる配列中のヌクレオチドの間に個々に散在し
てもよく、あるいは対照となる配列中の１またはそれ以上の連続した群にて存在
してもよい。換言すれば、対照となるポリヌクレオチド配列と比較して同一性指
数０．９５を有するポリヌクレオチド配列を得るには、上記のごとく、対照とな
る配列中のヌクレオチド１００個ごとに平均５個までのヌクレオチドを欠失、置
換または挿入してもよく、あるいはそれらの組み合わせを行ってもよい。他の同
一性指数、例えば０．９６、０．９７、０．９８および０．９９についても必要
な変更を加えてそのものを適用する。
レオチドまたはポリペプチド）と対照となる配列を比較してもよい。よって、例
えば、対照となるポリヌクレオチド配列と比較して同一性指数０．９５を有する
候補ポリヌクレオチド配列は、候補ポリヌクレオチド配列が対照となる配列の各
１００個のヌクレオチドにつき平均して５個までの相違を含んでいてもよいこと
以外は、対照となる配列と同一である。かかる相違は少なくとも１個のヌクレオ
チドの欠失、置換（トランジションおよびトランスバージョンを含む）または挿
入からなる群より選択される。これらの相違は対照となるポリヌクレオチド配列
の５’または３’末端位置にあってもよく、あるいはこれらの末端位置間のいず
れの位置にあってもよく、対照となる配列中のヌクレオチドの間に個々に散在し
てもよく、あるいは対照となる配列中の１またはそれ以上の連続した群にて存在
してもよい。換言すれば、対照となるポリヌクレオチド配列と比較して同一性指
数０．９５を有するポリヌクレオチド配列を得るには、上記のごとく、対照とな
る配列中のヌクレオチド１００個ごとに平均５個までのヌクレオチドを欠失、置
換または挿入してもよく、あるいはそれらの組み合わせを行ってもよい。他の同
一性指数、例えば０．９６、０．９７、０．９８および０．９９についても必要
な変更を加えてそのものを適用する。
【００５１】
同様に、対照となるポリペプチド配列と比較して、例えば、同一性指数０．９
５を有する候補ポリペプチド配列は、ポリペプチド配列が対照配列の各１００個
のアミノ酸につき平均して５個までの相違を含んでいてもよいこと以外は、対照
となる配列と同一である。かかる相違は少なくとも１個のアミノ酸の欠失、置換
（同類および非同類置換を含む）または挿入からなる群より選択される。これら
の相違は対照となるポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端位置にあっ
てもよく、あるいはこれらの末端位置間のどこにあってもよく、対照となる配列
中のアミノ酸の間に個々に散在してもよく、あるいは対照となる配列中の１また
はそれ以上の連続した群として散在してもよい。換言すれば、対照となるポリペ
プチド配列と比較して同一性指数０．９５を有するポリペプチド配列を得るには
、上記のごとく、対照となる配列中のアミノ酸１００個ごとに平均５個までのア
ミノ酸を欠失、置換または挿入してもよく、あるいはそれらの組み合わせを行っ
てもよい。他の同一性指数、例えば０．９６、０．９７、０．９８および０．９
９についても必要な変更を加えてそのものを適用する。
５を有する候補ポリペプチド配列は、ポリペプチド配列が対照配列の各１００個
のアミノ酸につき平均して５個までの相違を含んでいてもよいこと以外は、対照
となる配列と同一である。かかる相違は少なくとも１個のアミノ酸の欠失、置換
（同類および非同類置換を含む）または挿入からなる群より選択される。これら
の相違は対照となるポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端位置にあっ
てもよく、あるいはこれらの末端位置間のどこにあってもよく、対照となる配列
中のアミノ酸の間に個々に散在してもよく、あるいは対照となる配列中の１また
はそれ以上の連続した群として散在してもよい。換言すれば、対照となるポリペ
プチド配列と比較して同一性指数０．９５を有するポリペプチド配列を得るには
、上記のごとく、対照となる配列中のアミノ酸１００個ごとに平均５個までのア
ミノ酸を欠失、置換または挿入してもよく、あるいはそれらの組み合わせを行っ
てもよい。他の同一性指数、例えば０．９６、０．９７、０．９８および０．９
９についても必要な変更を加えてそのものを適用する。
【００５２】
ヌクレオチドまたはアミノ酸の相違の数と同一性指数との間の関係を、次式で
表してもよい： ｎａ<ｘａ−（ｘａ・Ｉ） 式中： ｎａはヌクレオチドまたはアミノ酸の相違の数であり、 ｘａは配列表に示される配列のヌクレオチドまたはアミノ酸の総数であり、 Ｉは同一性指数であり、 ・は積の演算子であり、 ｘａとＩとの整数でない積は切り捨てにより最も近い整数として、その数をｘａ から差し引く。
表してもよい： ｎａ<ｘａ−（ｘａ・Ｉ） 式中： ｎａはヌクレオチドまたはアミノ酸の相違の数であり、 ｘａは配列表に示される配列のヌクレオチドまたはアミノ酸の総数であり、 Ｉは同一性指数であり、 ・は積の演算子であり、 ｘａとＩとの整数でない積は切り捨てにより最も近い整数として、その数をｘａ から差し引く。
【００５３】
「ホモログ」は、対照となる配列に対する高度な配列関連性を有するポリヌク
レオチドまたはポリペプチド配列を示すために当該分野において用いられる一般
的用語である。上記した２つの配列の間の同一性および／または類似性の程度を
決定することによりかかる関連性を定量してもよい。「オーソログ」および「パ
ラログ」なる語はこの一般的用語に包含される。「オーソログ」は、別の種のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドの機能的同等物であるポリヌクレオチドまた
はポリペプチドをいう。「パラログ」は、同じ種中にある機能的に類似するポリ
ヌクレオチドまたはポリペプチドをいう。 「融合蛋白」は、２種の、しばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラグメ
ントによりコードされた蛋白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ−０４６４５３３
−Ａには、別のヒト蛋白またはその一部と一緒になった免疫グロブリン分子の不
変領域の種々の部分を含む融合蛋白が開示されている。多くの場合、免疫グロブ
リンのＦｃ領域を融合蛋白の一部分として用いることは治療および診断における
使用に有利であり、例えば、改善された薬物動態学的特性が得られる（例えば、
ＥＰ−Ａ ０２３２２６２参照）。他方、いくつかの用途には、融合蛋白が発現
、検出および精製された後、Ｆｃ部分を欠失できることが望ましいであろう。
レオチドまたはポリペプチド配列を示すために当該分野において用いられる一般
的用語である。上記した２つの配列の間の同一性および／または類似性の程度を
決定することによりかかる関連性を定量してもよい。「オーソログ」および「パ
ラログ」なる語はこの一般的用語に包含される。「オーソログ」は、別の種のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドの機能的同等物であるポリヌクレオチドまた
はポリペプチドをいう。「パラログ」は、同じ種中にある機能的に類似するポリ
ヌクレオチドまたはポリペプチドをいう。 「融合蛋白」は、２種の、しばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラグメ
ントによりコードされた蛋白をいう。一例において、ＥＰ−Ａ−０４６４５３３
−Ａには、別のヒト蛋白またはその一部と一緒になった免疫グロブリン分子の不
変領域の種々の部分を含む融合蛋白が開示されている。多くの場合、免疫グロブ
リンのＦｃ領域を融合蛋白の一部分として用いることは治療および診断における
使用に有利であり、例えば、改善された薬物動態学的特性が得られる（例えば、
ＥＰ−Ａ ０２３２２６２参照）。他方、いくつかの用途には、融合蛋白が発現
、検出および精製された後、Ｆｃ部分を欠失できることが望ましいであろう。
【００５４】
本明細書にて引用した特許および特許出願（これらに限らない）を包含するす
べての刊行物および文献を、出典明示により、それぞれが個々に詳細に示されて
いるものとして本明細書の一部とする。本願が優先権を主張している特許出願も
同様に、出典明示により本明細書の一部とする。
べての刊行物および文献を、出典明示により、それぞれが個々に詳細に示されて
いるものとして本明細書の一部とする。本願が優先権を主張している特許出願も
同様に、出典明示により本明細書の一部とする。
【００５５】
【表１】
【表２】
【００５６】
【表３】
【表４】
【表５】
【表６】
【表７】
【表８】
【表９】
【表１０】
【表１１】
【００５７】
【表１２】
【表１３】
【表１４】
【表１５】
【表１６】
【表１７】
【表１８】
【表１９】
【表２０】
【表２１】
【表２２】
【表２３】
【表２４】
【００５８】
表IV SybrManを用いて検出される定量的かつ組織特異的なｍRNAの発現
遺伝子の定量的かつ組織特異的なｍRNAの発現パターンをSYBR-Green定量的PCR
（Applied Biosystems, Foster City, CA；Schmittgen T.D.ら, Analytical Bio
chemistry 285：194-204, 2000を参照のこと）および種々のヒト組織から調製し
たヒトｃDNAを用いて測定した。各遺伝子に関して配列表に列挙される第1の拡散
配列を用いて遺伝子特異的PCRプライマーを設計した。結果を各組織１ｎｇのｍR
NAプールにて検出される各々の特異的遺伝子のｍRNAのコピー数として表す。２
つの複製ｍRNA測定物を各々の組織RNAから製造した。
（Applied Biosystems, Foster City, CA；Schmittgen T.D.ら, Analytical Bio
chemistry 285：194-204, 2000を参照のこと）および種々のヒト組織から調製し
たヒトｃDNAを用いて測定した。各遺伝子に関して配列表に列挙される第1の拡散
配列を用いて遺伝子特異的PCRプライマーを設計した。結果を各組織１ｎｇのｍR
NAプールにて検出される各々の特異的遺伝子のｍRNAのコピー数として表す。２
つの複製ｍRNA測定物を各々の組織RNAから製造した。
【００５９】
【表２５】
【表２６】
【００６０】
【表２７】
【配列表】
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考）
Ａ６１Ｐ 11/00 Ａ６１Ｐ 17/06
15/08 19/00
17/06 25/00 １０１
19/00 25/14
25/00 １０１ 29/00
25/14 31/04
29/00 35/00
31/04 37/00
35/00 Ｃ０７Ｋ 14/47
37/00 Ｃ１２Ｎ 1/15
Ｃ０７Ｋ 14/47 1/19
Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21
1/19 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ
1/21 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ
5/10 Ａ６１Ｋ 37/02
Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｎ 5/00 Ａ
(31)優先権主張番号 ６０／２０７，０８７
(32)優先日 平成12年５月25日(2000．5．25)
(33)優先権主張国 米国（ＵＳ）
(31)優先権主張番号 ６０／２０７，５４６
(32)優先日 平成12年５月26日(2000．5．26)
(33)優先権主張国 米国（ＵＳ）
(81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，
ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ
Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ，ＴＲ)，ＯＡ(ＢＦ
，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，
ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，Ｇ
Ｍ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ
，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，
ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，
ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，Ｂ
Ｚ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＯ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ
，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，
ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，Ｉ
Ｓ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ
，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，
ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，Ｐ
Ｔ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ
，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，
ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ
(71)出願人 スミスクライン ビーチャム パブリック
リミテッド カンパニー
ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ
ｐ．ｌ．ｃ．
イギリス国 ティダブリュ８ ９ジーエ
ス，ミドルセックス，ブレントフォード，
グレート ウェスト ロード 980
(72)発明者 パンカジュ・アガーワル
アメリカ合衆国19406ペンシルベニア州キ
ング・オブ・プルシア、ウエスト・デカル
ブ・パイク251番
(72)発明者 ポール・アール・マードック
イギリス、シーエム19・５エイダブリュ
ー、エセックス、ハーロウ、サード・アベ
ニュー、ニュー・フロンティアーズ・サイ
エンス・パーク・サウス
(72)発明者 サフィア・ケイ・リズビ
アメリカ合衆国19143ペンシルベニア州フ
ィラデルフィア、パイン・ストリート4617
番
(72)発明者 ランドール・エフ・スミス
アメリカ合衆国19444ペンシルベニア州ラ
ファイエット・ヒル、プレジデンシャル・
ドライブ4138番
(72)発明者 シャン・ジャオイン
アメリカ合衆国07024ニュージャージー州
フォート・リー、リッジウェイ2413番
(72)発明者 カレン・エス・カブニック
アメリカ合衆国19444ペンシルベニア州ラ
ファイエット・ヒル、プレジデンシャル・
ドライブ4138番
(72)発明者 ライ・イン−タ
アメリカ合衆国19082ペンシルベニア州ア
ッパー・ダービー、スプルース・アベニュ
ー516番
(72)発明者 シェ・キン
アメリカ合衆国19044ペンシルベニア州ホ
ーシャム、ソーミル・レイン310番
Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA11 CA02 CA04 GA16
HA01
4B064 AG01 CA19 CC24 DA01 DA13
4B065 AB01 BA02 CA24 CA44 CA46
4C084 AA06 AA07 BA22 NA14 ZA012
ZA022 ZA222 ZA362 ZA532
ZA592 ZA662 ZA752 ZA812
ZA892 ZA962 ZB072 ZB112
ZB262 ZB352 ZC782
4H045 AA10 AA20 BA10 CA40 FA74
Claims (7)
- 【請求項１】 （ａ）表Ｉに示される配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる単離ポ
リペプチド； （ｂ）表Ｉに示されるポリペプチド配列を含む単離ポリペプチド；および （ｃ）表Ｉに示される遺伝子のポリペプチド配列 からなる群より選択される、単離ポリペプチド。 - 【請求項２】 （ａ）表Ｉに示されるポリヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチド； （ｂ）表Ｉに示される遺伝子の単離ポリヌクレオチド； （ｃ）表Ｉに示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む
単離ポリヌクレオチド； （ｄ）表Ｉに示されるポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド； （ｅ）（ａ）ないし（ｄ）のポリヌクレオチドのＲＮＡ均等物であるポリヌク
レオチド； または上記した単離ポリヌクレオチドに対して相補的なポリヌクレオチド配列 からなる群より選択される、単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項３】 適合する宿主細胞中に存在する場合に請求項１のポリペプチ
ドの産生能を有するポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。 - 【請求項４】 適当な培養条件下で宿主細胞が請求項１のポリペプチドの産
生するように、上記したポリペプチドの産生能を有するポリヌクレオチドを含む
発現ベクターを細胞に導入することを含む、組換え宿主細胞の産生方法。 - 【請求項５】 請求項４の方法により産生される、組換え宿主細胞。
- 【請求項６】 上記したポリペプチドを発現する、請求項５の組換え宿主細
胞の膜。 - 【請求項７】 ポリペプチドの産生方法であって、該ポリペプチドの産生に
十分な条件下で請求項５に記載の宿主細胞を培養し、該ポリペプチドを培養基か
ら回収することを含む、方法。
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