JP2002541802A - チロシンキナーゼ基質(Tks)蛋白質 - Google Patents

チロシンキナーゼ基質(Tks)蛋白質

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Abstract

(57)【要約】 本発明は,新規なTks107,Tks113,Tks118およびTks202ポリペプチド,新規ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列,ならびに種々の関連疾病および状態の診断および治療に有用な種々の産物および方法に関する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】発明の分野 本発明は,新規なポリペプチド,新規ポリペプチドをコードするヌクレオチド
配列,ならびに種々の疾病および状態の診断および治療に有用な種々の産物およ
び方法に関する。
【0002】発明の背景 本発明の背景の以下の記載は,本発明の理解を助けるために提供され,本発明
に対する先行技術であるかまたはそれを記載すると認めるものではない。
【0003】 細胞シグナル伝達は,各種の細胞プロセスを制御する外部刺激を細胞内部にリ
レーするための基本的メカニズムである。シグナル伝達の重要な生物化学機序の
一つに,その構造と機能を変化させることで成熟蛋白質の活性を制御できる蛋白
質の可逆的リン酸化がある。
【0004】 真核生物で最も良く特性決定されている蛋白質キナーゼはセリン,スレオニン
およびチロシン残基のヒドロキシ置換基で蛋白質をリン酸化する。これらのキナ
ーゼは,セリンおよびトレオニンのリン酸化に特異的なものと,チロシンのリン
酸化に特異的なものの2グループに大別される。”二重特異性”キナーゼと称さ
れるキナーゼはチロシンおよびセリン/トレオニン残基をリン酸化することがで
きる。
【0005】 多くのキナーゼは,その基質がリン酸化状態により活性が制御される他のキナ
ーゼを含む制御カスケードに関与する。最終的に,そのような経路の活性化によ
り生ずるリン酸化によって,下流のエフェクターの活性が調節される。
【0006】 非レセプターチロシンキナーゼは,原形質膜にリクルートされ,ここで固有の
蛋白質チロシンキナーゼ活性を有しない細胞表面レセプターによる細胞シグナリ
ングを媒介する。例えば,蛋白質チロシンキナーゼのSrcファミリーのメンバ
ーは,成長因子レセプターおよびG−蛋白質共役レセプターの刺激,ならびに多
くの他の細胞外刺激に応答して活性化される(Thomas,et al.,1
997.Annu.Rev.Cell.Dev.Biol.13:513−60
9)。
【0007】 Srcファミリーのキナーゼは,血小板の被覆膜領域と会合していることが見
いだされている(Stenberg,et al.,1997.Blood 8
9:2384−93)。PC12細胞においてSrcはシナプス小胞とともに精
製される(Linstedt,et al.,1992.J.Cell Bio
l.117:1077−84)。Srcは膜輸送に関与するいくつかの蛋白質,
例えばニューロンシナプス小胞付随蛋白質であるシナプシンI,シナプトフィシ
ンおよびシナプトギリンと会合しこれをリン酸化する(Barnekow,et
al.,1990.Oncogene 5:1019−24;Poster−
Barber,et al.,1998.Proc.Natl.Acad.Sc
i.USA 95:4673−7;Janz,et al.,1998.J.B
iol.Chem.273:2851−7)。
【0008】 小GTPaseは,細胞増殖および分化,細胞骨格編成,蛋白質輸送,細胞サ
イクルおよびフリーラジカル生成等の多様な生物学的機能を制御する分子スイッ
チとして作用する蛋白質の大きなファミリーである(Bourne,H.R.e
t.al..Nature,348(6297):125−32,1990.B
ourne,H.R.et.al..Nature,349(6305):11
7−27,1991)。このGTPaseは,これらの中心的細胞経路を調節し
,GTPaseおよびそのレギュレーターの両方が非常に重要であることを示唆
する。
【0009】 dblホモロジー領域(DHドメイン)は,約250アミノ酸の領域であり,
DblおよびCdc24蛋白質において最初に見いだされた。多くの蛋白質がD
Hドメインを含むことが見いだされている。多くのDH含有蛋白質は,N末端の
切断により細胞トランスフォーメーション活性を示す(Quilliam,LA
.,et.al.BioEssays,17:395−404,1995.Wh
itehead,I.P.,et.al.,Biochemicaet Bio
physica Acta,1332:F1−F23,1997.Cerion
e,R.A.andZheng,Y.Curr.Opin.Cell.Biol
.8:216−222,1996に概説されている)。
【0010】 多くのDblファミリー蛋白質のDH/PHモジュールは,グアニン交換因子
(GEP)として作用することにより,種々のRhoサブファミリー小GTPa
seの活性を制御することが示されている(Whitehead,I.P.,e
t.al,Biochimicaet Biophysica Acta,13
32:F1−F23,1997.Cerione,R.A.andZheng,
Y.Curr.Opin.CellBiol.8:216−222,1996)
。多くのRhoファミリーGTPaseは,アクチン構造の組立を制御すること
が示されており,種々のキナーゼ経路を介して遺伝子転写を制御することができ
る(Hall,A.Science,279:509−514,1998)。
【0011】発明の概要 本発明は,細胞質チロシンキナーゼSrcの新規な基質である,Tks107
,Tks113,Tks118およびTks202に関する。
【0012】 本発明の第1の観点は,Tks107,Tks113,Tks118およびT
ks202からなる群より選択されるポリペプチドをコードする,単離され,濃
縮され,または精製された核酸分子を特徴とする。
【0013】 核酸に関連して"単離された"とは,天然の起源から単離されたかまたは合成さ
れた,互いに結合したヌクレオチドのポリマーを意味し,DNAおよびRNAを
含む。本発明の単離された核酸は,これが自然には純粋なまたは分離された状態
で見いだされないという点において独特である。"単離された"との用語の使用は
,天然に生ずる配列がその通常の細胞環境(すなわち染色体)から除かれている
ことを表す。すなわち,配列は,無細胞溶液中にあってもよく,または異なる細
胞環境に置かれていてもよい。この用語は,この配列が存在する唯一のヌクレオ
チド鎖であることを意味するものではなく,天然にこれに付随する非ヌクレオチ
ド物質を本質的に含まず(少なくとも約90−95%純粋),したがって,単離
された染色体とは区別されることを意味する。
【0014】 核酸に関連して,"濃縮された"との用語の使用は,特定のDNAまたはRNA
配列が,目的とする細胞または溶液中に存在する総DNAまたはRNA中で,正
常または疾病細胞,またはこの配列が由来する細胞におけるより有意に高い割合
(2−5倍)を占めることを意味する。これは,存在する他のDNAまたはRN
Aの量の優先的減少,または特定のDNAまたはRNA配列の量の優先的増加,
またはこれらの2つの組み合わせにより,人が生じさせることができる。しかし
,濃縮されたとは,他のDNAまたはRNA配列が存在しないことを意味するも
のではなく,単に,目的とする配列の相対的な量が有意に増加されていることを
意味することに注意すべきである。"有意に"との用語は,増加のレベルがそのよ
うな増加を作成した人にとって有用であることを示すために用いられ,一般に,
他の核酸に比べて少なくとも約2倍,より好ましくは少なくとも5−10倍,ま
たはそれ以上増加していることを意味する。またこの用語は,他の起源からのD
NAまたはRNAが存在しないことを意味するものではない。他の起源のDNA
は,例えば,酵母または細菌ゲノム,またはクローニングベクター,例えばpU
C19からのDNAでありうる。この用語は,1つのmRNAのレベルが他の種
のmRNAと比較して自然に増加している天然に生ずる事象,例えばウイルス感
染または腫瘍タイプの成長から区別される。すなわち,この用語は,人が所望の
核酸の比率を上昇させることを意図する状況のみをカバーする。
【0015】 ある目的のためには,ヌクレオチド配列が精製された形であることも有利であ
る。核酸に関して,"精製された"との用語は,絶対的純度(例えば均一な調製物
)を要求するものではない。むしろ,これは配列が天然の環境におけるより比較
的純粋であることを示す(天然のレベルと比較して,このレベルは,例えばmg
/mLで少なくとも2−5倍高い)。cDNAライブラリから単離された個々の
クローンは,電気泳動的に均一にまで精製することができる。これらのクローン
から得られた本発明のDNA分子は,総DNAからまたは総RNAから直接得る
ことができる。cDNAクローンは天然に生じず,好ましくは部分的に精製した
天然に生ずる物質(メッセンジャーRNA)の操作により得る。mRNAからの
cDNAライブラリの構築は,合成物質(cDNA)の作成を含み,純粋な個々
のcDNAクローンは,cDNAライブラリを有する細胞のクローン選択により
合成ライブラリから単離することができる。すなわち,mRNAからcDNAラ
イブラリを構築し,個々のcDNAクローンを単離することを含む工程により,
天然のメッセンジャーのおよそ106倍の精製が得られる。すなわち,少なくと
も1桁,好ましくは2または3桁,より好ましくは4または5桁の精製が明示的
に企図される。
【0016】 ポリペプチドとは,それぞれ配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列
番号8に記載されるアミノ酸配列,または対応する全長アミノ酸配列の少なくと
も108,93,60または203個またはそれ以上の連続するアミノ酸,また
は本明細書に記載されるその機能的誘導体を意味する。全長配列が与えられてい
ない配列については,残りの配列は当業者によく知られる方法を用いて決定する
ことができ,これらも本発明に含まれる。ポリペプチドは,全長核酸配列,また
はポリペプチドの機能的活性が保持される限り全長核酸配列の任意の部分により
コードされることができる。
【0017】 アミノ酸配列は,配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に示
される配列,または対応する全長アミノ酸配列,またはそのフラグメントと実質
的に類似するであろう。配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8
の配列と実質的に類似する配列は,好ましくはそれぞれの配列と,少なくとも9
0%(より好ましくは少なくとも95%,最も好ましくは99−100%)の同
一性を有するであろう。
【0018】 "同一性"とは,その類似性または関係の尺度である配列の性質を意味する。一
般に,同一性は,同一の残基の数を残基とギャップの合計数で割り,100を乗
ずることにより測定する。"ギャップ"とは,アミノ酸の付加または欠失により生
ずる,アラインメント中の空間である。すなわち,完全に同一の配列の2つのコ
ピーは100%の同一性を有するが,より低い程度に保存され,欠失,付加また
は置換を含む配列はより低い程度の同一性を有するであろう。当業者は,標準的
なパラメータをデフォルト設定として用いる,配列の同一性を決定するためのい
くつかのコンピュータプログラムが利用可能であることを認識するであろう。そ
のようなプログラムの例は,Gapped BLASTまたはPSI−BLAS
T(Altschul,et al.(1997)Nucleic Acids
Res.25:3389−3402),BLAST(Altschul,et
al.(1990)J.Mol.Biol.215:403−410),およ
びSmith−Waterman(Smith,et al.(1981)J.
Mol.Biol.147:195−197)である。好ましくは,これらのプ
ログラムのデフォルト設定を用いるが,当業者はこれらの設定を変更する必要が
あるか否かを認識し,どのようにして変更するかを理解している。
【0019】 好ましい態様においては,本発明は,(a)配列番号5,配列番号6,配列番
号7または配列番号8に記載されるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコード
する;(b)(a)のヌクレオチド配列の相補体である;(c)より高いストリ
ンジェント条件下で(a)または(b)のヌクレオチド分子にハイブリダイズし
,かつ天然に生ずるポリペプチドをコードする;(d)以下のアミノ酸残基のセ
グメントの全部ではないが1またはそれ以上を欠失することにより,配列番号5
,配列番号6,配列番号7または配列番号8のアミノ酸配列を有するポリペプチ
ドとは異なる:配列番号5の1−1082,1083−1257,1258−1
264,1265−1372または1373−1519;配列番号6の1−38
3または384−476;配列番号7の1−227,228−371または37
2−431;または配列番号8の1−629または630−832;(e)(d
)のヌクレオチド配列の相補体である;(f)以下のアミノ酸残基に記載される
アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする:配列番号5の1−1082,
1083−1257,1258−1264,1265−1372または1373
−1519;配列番号6の1−383または384−476;配列番号7の1−
227,228−371または372−431;または配列番号8の1−629
または630−832;(g)(f)のヌクレオチド配列の相補体である;(h
)N末端ドメイン,DHドメイン,C末端ドメイン,PHドメイン,スペーサー
領域,SH3ドメイン,GTPaseドメインおよびプロリンリッチ領域からな
る群より選択される1またはそれ以上のドメインを欠失することにより,配列番
号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミノ酸配列を有
するポリペプチドとは異なる;または(i)(h)のヌクレオチド配列の相補体
である,ヌクレオチド配列を含むポリペプチドをコードする,単離され,濃縮さ
れ,または精製された核酸分子を特徴とする。
【0020】 "相補体"との用語は,互いに多くの望ましい相互作用を形成しうる2つのヌク
レオチドを表す。例えば,アデニンはチミンと2つの水素結合を形成することが
できるため,チミンに相補的である。同様に,グアニンとシトシンは3つの水素
結合を形成することができるため,相補的である。あるヌクレオチド配列は,第
1の配列のすべてのヌクレオチドが第2の配列のすべてのヌクレオチドと相補的
である場合,他のヌクレオチド配列の相補体である。
【0021】 "ドメイン"との用語は,特定の機能を含むポリペプチドの領域を表す。例えば
,シグナル伝達蛋白質のN末端またはC末端ドメインは,例えば,限定されない
が,シグナル伝達分子を細胞の異なる領域に局在させる分子に結合し,特定の細
胞シグナルを伝播するのに直接関与する他のシグナリング分子に結合する,等の
機能を提供することができる。あるドメインは蛋白質の残りと別々に発現させて
それ自身で機能することができるが,他のドメインはその機能を保持するために
は無傷の蛋白質の一部のままでなければならない。後者は蛋白質の機能的領域と
も称され,これもまたドメインと関連する。
【0022】 "N末端ドメイン"との用語は,蛋白質キナーゼの開始メチオニンと触媒的ドメ
インとの間に位置する触媒外領域を表す。N末端ドメインは,蛋白質配列を非重
複蛋白質データベースに対してスミス−ウォーターマンアラインメントを行い,
触媒的ドメインのN末端境界を規定することにより同定することができる。N末
端ドメインは,その長さに応じて,キナーゼ機能において制御的役割を果たすか
または果たさない。N末端ドメインが制御的役割を果たすことが知られている蛋
白質キナーゼの例はPAK65であり,これはCdc42およびrac結合に用
いられるCRIBモチーフを含む(Burbelo,P.D.et al.(1
995)J.Biol.Chem.270,29071−29074)。
【0023】 N末端ドメインは,配列番号5のアミノ酸残基1−2082,配列番号6の1
−383,配列番号7の1−227および配列番号81−629にわたる。
【0024】 本明細書において用いる場合,"基質"との用語は,本発明の蛋白質によりリン
酸化される分子を表す。
【0025】 "C末端ドメイン"との用語は,一般に,最後の(C末端に最も近い位置にある
)機能ドメインと前のドメインのカルボキシ末端アミノ酸残基との間に位置する
領域を表す。"機能"ドメインとは,他の蛋白質とのアミノ酸配列ホモロジーから
推定して,または特定の構造的コンフォメーションを生じさせることができるア
ミノ酸配列が存在することにより,制御的または触媒的役割を果たしうるポリペ
プチドの任意の領域を意味する。C末端ドメインは,非重複蛋白質データベース
に対して蛋白質配列のスミス−ウォーターマンアラインメントを用いて,触媒ド
メインまたは任意の機能的末端触媒ドメインのC末端境界を規定することにより
同定することができる。
【0026】 C末端ドメインは,配列番号5のアミノ酸残基1373−1519にわたる。
【0027】 "dblホモロジードメイン(DHドメイン)"との用語は,本質的にα−らせ
んからなるドメインを表し,このいくつかは,隠れマルコフモデルにより同定し
て,先に定義されている保存領域(Soisson,S.M.,et.al,C
ell,95:259−268)に対応する(http://hmmer.wu
stl.edu)。
【0028】 DHドメインは,配列番号5のアミノ酸残基1083−1257にわたる。
【0029】 "PHドメイン"とは,プレクストリンの約100アミノ酸の領域に対してホモ
ロジーを有するポリペプチドを意味する。現在提唱されているPHドメインの総
数は70を越える。最近の構造的研究は,PHドメインが独特の構造的モジュー
ルであることを示した。折り畳みは,C−末端らせんにより1つの角で閉じてい
る2つの垂直なβシートの7連鎖サンドイッチとして最もよく記述される。ドメ
インの分極は明白であり,サンドイッチのらせんにより閉じた角と反対側の角で
3つの最も可変のループが正に荷電した表面を構成している(Ferguson
,K.M.et al..Cell.79,199−209,1994(図面を
含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する))。種々のPHドメイン
の例は,Musacchio,A.,et al.,TIBS,18:343−
348,1993およびGibson,TJ.,et al,TIBS,19:
349−353,1994,(図面を含めその全体を本明細書の一部としてここ
に引用する)に記載されている。他のPHドメインは,これらの刊行物に記載さ
れる配列アラインメント手法および三次元構造比較を用いて同定することができ
る。PHドメインには,セリン/トレオニンキナーゼならびにチロシンキナーゼ
;小GTP−結合蛋白質のレギュレータ;細胞骨格蛋白質;および推定シグナリ
ングアダプター分子中のものが含まれる。PHドメインはまたダイナミン(細胞
膜輸送に関与する蛋白質)およびホスホリパーゼCアイソフォームからも得られ
る。多くの形態のホスホリパーゼCのクローニングおよび配列は,Suh,et
al..Cell,54:161−169,1988(図面を含めその全体を
本明細書の一部としてここに引用する)に記載されている。
【0030】 PHドメインは,配列番号5のアミノ酸1265−1372にわたる。
【0031】 "SH3"ドメイン"およびGTPaseドメインとの用語は,よく知られる用
語であり,その意味は当業者に知られているように定義される。
【0032】 SH3ドメインは配列番号9のアミノ酸372−431にわたる。GTPas
eドメインは,配列番号8のアミノ酸630−832にわたる。
【0033】 "シグナル伝達経路"との用語は,細胞外シグナルを細胞膜を通して伝播し,細
胞内シグナルとなる分子を表す。このシグナルは,次に細胞性応答を刺激するこ
とができる。シグナル伝達プロセスに関与するポリペプチド分子は,典型的には
レセプターおよび非レセプター蛋白質チロシンキナーゼ,レセプターおよび非レ
セプター蛋白質ホスファターゼ,SRCホモロジー2および3ドメイン,ホスホ
チロシン結合蛋白質(SRCホモロジー2(SH2)およびホスホチロシン結合
(PTBおよびPH)ドメイン含有蛋白質),プロリンリッチ結合蛋白質(SH
3ドメイン含有蛋白質),ヌクレオチド交換因子および転写因子である。
【0034】 本明細書において用いる場合,"プロリンリッチ領域"との用語は,蛋白質キナ
ーゼの,所定のアミノ酸長さにわたるプロリン含量が蛋白質において見いだされ
るこのアミノ酸の平均含量より高い(すなわち,>10%)領域を表す。プロリ
ンリッチ領域は,アミノ酸配列を目で調べることにより容易に識別され,標準的
なコンピュータ配列分析プログラム,例えばDNAStarプログラムEdit
Seqにより定量することができる。プロリンリッチ領域は,制御蛋白質と蛋白
質との相互作用に関与することが示されている(例えば,Galisteo,M
.L.et al.(1996)J.Biol.Chem.271:20997
−21000,およびSudol,M.(1996)Prog.Biochys
.Mol.Bio.65:113−132を参照)。
【0035】 プロリンリッチ領域は配列番号5のアミノ酸残基384−476にわたる。
【0036】 本明細書において用いる場合,"スペーサー領域"との用語は,予測される機能
的ドメインの間に位置する蛋白質の領域を表す。
【0037】 スペーサー領域は,データベース中の任意のアミノ酸配列に対する検出可能な
ホモロジーを有しない。これは,非重複蛋白質データベースに対して蛋白質配列
のスミスウォーターマンアラインメントを用いてフランキングしている機能的ド
メインのCおよびN末端境界を規定することにより同定することができる。スペ
ーサー領域は,蛋白質キナーゼ機能において基本的な機能を果たすかもしれず果
たさないかもしれない。スペーサー領域のキナーゼ機能における制御的役割の先
例は,srcキナーゼスペーサーのドメイン間相互作用における役割により提供
される(Xu,W.et al(1997)Nature 385:595−6
02)。
【0038】 スペーサー領域は,配列番号5のアミノ酸残基1258−1264にわたる。
【0039】 所望の特異性および選択性に応じて,種々の低いまたは高いストリンジェンシ
ーのハイブリダイゼーション条件を用いることができる。これらの条件は,当業
者にはよく知られている。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で
は,高度に相補的な核酸配列のみがハイブリダイズする。好ましくは,そのよう
な条件は,20個の連続するヌクレオチド中に1または2個のミスマッチを有す
る核酸のハイブリダイゼーションを防止し,より好ましくは,そのような条件は
,50個の連続するヌクレオチド中に1または2個のミスマッチを有する核酸の
ハイブリダイゼーションを防止し,最も好ましくは,そのような条件は,100
個の連続するヌクレオチド中に1または2個のミスマッチを有する核酸のハイブ
リダイゼーションを防止する。場合によっては,この条件は,全長配列中に5個
のミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを防止する。
【0040】 ストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件とは,少なくとも以
下の程度にストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件を意味する
:50%ホルムアミド,5XSSC,50mM NaH2PO4,pH6.8,0
.5%SDS,0.1mg/mL超音波処理サケ精子DNA,および5Xデンハ
ルト溶液中で42℃で一夜のハイブリダイゼーション;2XSSC,0.1%S
DSで45℃での洗浄;および0.2XSSC,0.1%SDSで45℃での洗
浄。よりストリンジェントな条件は,2回目の洗浄について,0.1XSSC,
0.05%SDSおよび55℃を含む。いくつかの最もストリンジェントなハイ
ブリダイゼーションアッセイ条件においては,2回目の洗浄は,0.1XSSC
で70℃までの温度で行うことができる(Berger et al(1987
)Guide to Molecular Cloning Techniqu
es pg421,(図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここ
に引用する)。しかし,他の用途は,これらの条件の組の間に入る条件の使用を
必要とするかもしれない。所望のハイブリダイゼーションを達成するのに必要な
条件を決定する方法は当業者にはよく知られており,いくつかの因子,例えば,
限定されないが,ハイブリダイズすべき配列および試験すべき試料に基づく。よ
り低いストリンジェンシーの洗浄条件は,洗浄工程においてより低い温度,例え
ば65℃,60℃,55℃,50℃または42℃を用いる。
【0041】 別の好ましい態様においては,本発明は,ポリペプチドをコードし,かつ宿主
細胞において転写を開始するのに有効なベクターまたはプロモーターをさらに含
む,単離された,濃縮された,または精製された核酸分子を特徴とする。本発明
はまた,組換え核酸,好ましくは細胞または生物中の組換え核酸を特徴とする。
組換え核酸は,配列番号1,配列番号2,配列番号3または配列番号4に記載さ
れる配列,配列番号5,配列番号6,配列番号7,または配列番号8に記載され
るポリペプチドをコードする核酸,またはそれらの機能的誘導体,および宿主細
胞において転写を開始するのに有効なベクターまたはプロモーターを含むことが
できる。あるいは,組換え核酸は,細胞中で機能的な転写開始領域,ポリペプチ
ドをコードするRNA配列に相補的な配列,および細胞中で機能的な転写終止領
域を含むことができる。
【0042】 "ベクター"との用語は,細胞にトランスフェクトすることができ,細胞ゲノム
中でまたはそれとは独立に複製しうる一本鎖または二本鎖の環状核酸分子を表す
。環状二本鎖核酸分子は,制限酵素で処理することにより切断し,したがって直
鎖状にすることができる。核酸ベクターの分類,制限酵素,および制限酵素によ
り切断されるヌクレオチド配列の知識は,当業者には容易に入手可能である。キ
ナーゼをコードする核酸分子は,ベクターを制限酵素で切断し,2つの断片を一
緒にライゲーションすることにより,ベクター中に挿入することができる。
【0043】 "トランスフェクトする"との用語は,核酸ベクターまたは他の核酸分子を細胞
性生物中に挿入する多数の方法を規定する。これらの方法には,種々の手法が含
まれ,例えば,細胞を高濃度の塩,電界,界面活性剤,またはDMSOで処理す
ることにより,細胞の外膜または壁を目的の核酸分子に対して透過性にすること
,または種々のウイルス伝達戦略を用いることが含まれる。
【0044】 本明細書において用いる場合,"プロモーター"との用語は,遺伝子配列の発現
に必要な核酸配列を表す。プロモーター領域は生物によって様々であるが,種々
の生物について当業者によく知られている。例えば,原核生物においては,プロ
モーター領域は,プロモーター(RNA転写の開始を指示する)ならびに,RN
Aに転写されたときに合成の開始を合図するDNA配列の両方を含む。そのよう
な領域は,通常は転写および翻訳の開始に関与する5’非コーディング配列,例
えばTATAボックス,キャッピング配列,CAAT配列等を含む。
【0045】 好ましい態様においては,単離された核酸は,配列番号1,配列番号2,配列
番号3または配列番号4に記載される核酸配列,または対応する全長配列を含む
か,本質的にそれからなるか,またはそれからなるか,配列番号5,配列番号6
,配列番号7または配列番号8のアミノ酸配列,または対応する全長アミノ酸配
列,それらの機能的誘導体,またはそれぞれ配列番号5,配列番号6,または配
列番号7または配列番号8または対応する全長アミノ酸配列の少なくとも108
,93,60または203個の連続するアミノ酸をコードする。核酸は,cDN
Aクローニングまたはサブトラクティブハイブリダイゼーションにより天然の起
源から単離することができる。天然の起源は哺乳動物であることができ,好まし
くはヒト,血液,精液,または組織であり,核酸はトリエステル法によりまたは
自動化DNA合成機を用いて合成してもよい。
【0046】 "哺乳動物"とは,好ましくはマウス,ラット,ウサギ,モルモット,ヒツジ,
およびヤギ等の生物を表し,より好ましくはネコ,イヌ,有尾サル,および無尾
サルを表し,最も好ましくはヒトを表す。
【0047】 さらに別の好ましい態様においては,核酸は,例えば,追加のポリペプチドの
同定およびクローニングを容易にするためのハイブリダイゼーションプローブを
設計するのに,追加のポリペプチドのクローニングを容易にするためのPCRプ
ローブを設計するのに,ポリペプチド領域に対する抗体を得るために,およびア
ンチセンスオリゴヌクレオチドを設計するのに有用な,保存されたまたは独特の
領域である。
【0048】 "保存された核酸領域"とは,ポリペプチドをコードする2つまたはそれ以上の
核酸上に存在する領域を意味し,特定の核酸配列がこの領域に低いストリンジェ
ンシー条件下でハイブリダイズすることができる。キナーゼポリペプチドをコー
ドする核酸のスクリーニングに適した低ストリンジェンシー条件の例は,Ber
ger et al.(1987)Guide to Molecular C
loning Techniques pg421(図面および表を含めその全
体を本明細書の一部としてここに引用する)に提供される。好ましくは,保存領
域は,20ヌクレオチド中7個以下で異なる。
【0049】 "独特の核酸領域"とは,ポリペプチドをコードする核酸中に存在し,天然に生
ずる任意の他のポリペプチドをコードする配列中には存在しない配列を意味する
。そのような領域は,好ましくは,それぞれ配列番号5,配列番号6,配列番号
7または配列番号8に記載されるアミノ酸配列,または対応する全長アミノ酸配
列またはそれらの機能的誘導体の,108,93,60または203個またはそ
れ以上の連続するアミノ酸をコードする。特に,独特の核酸領域は,好ましくは
哺乳動物起源のものである。
【0050】 本発明の別の観点は,試料中でポリペプチドをコードする核酸を検出するため
の核酸プローブを特徴とする。ここで,前記ポリペプチドは,Tks107,T
ks113,Tks118およびTks202からなる群より選択される。核酸
プローブは,配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載され
るアミノ酸配列,または対応する全長アミノ酸配列,またはそれらの相補体によ
りコードされる蛋白質のフラグメントであるポリペプチドをコードしてもよい。
核酸プローブは,配列番号1,配列番号2,配列番号3または配列番号4に記載
される配列,または対応する全長配列,またはそれらの機能的誘導体にハイブリ
ダイズするであろうヌクレオチド塩基配列を含む。
【0051】 プローブを使用する方法には,ハイブリダイゼーションが生ずるような条件下
で試料を核酸プローブと接触させ,RNAに結合したプローブの存在または量を
検出することにより,試料中のRNAの存在または量を検出することが含まれる
。プローブとポリペプチドをコードする核酸配列との間に形成される核酸デュー
プレックスを,検出された核酸の配列の同定において用いることができる(Ne
lson et al.,Nonisotopic DNA Probe Te
chniques,Academic Press,San Diego,Kr
icka,ed.,p.275,1992(図面および表を含めその全体を本明
細書の一部としてここに引用する)。そのような方法を実施するためのキットは
,その中に核酸プローブが置かれている容器手段を含むように構築することがで
きる。
【0052】 別の観点においては,本発明は,Tks107,Tks113,Tks118
およびTks202からなる群より選択されるポリペプチドをコードする組換え
核酸分子を含む組換えDNA分子,または細胞または組織を記載する。そのよう
な細胞においては,核酸は遺伝的制御要素の制御下にあってもよく,または外来
性プロモーターを含む外来性制御要素の制御下にあってもよい。"外来性"とは,
通常はポリペプチドのコーディング配列とインビボで転写的にカップリングして
いないプロモーターを意味する。
【0053】 ポリペプチドは,好ましくは配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列
番号8に記載されるアミノ酸配列またはその全長配列によりコードされる蛋白質
のフラグメントである。"フラグメント"とはポリペプチド中に存在するアミノ酸
配列を意味する。好ましくは,そのような配列は,それぞれ配列番号5,配列番
号6,配列番号7または配列番号8に記載される配列の少なくとも108,93
,60または203個の連続するアミノ酸を含む。
【0054】 別の観点においては,本発明は,Tks107,Tks113,Tks118
およびTks202からなる群より選択される,単離され,濃縮され,または精
製されたポリペプチドを特徴とする。
【0055】 ポリペプチドに関して"単離された"とは,互いに結合した2個以上のアミノ酸
のポリマーを意味し,天然の起源から単離されたまたは合成されたポリペプチド
を含む。本発明の単離されたポリペプチドは,天然には純粋なまたは分離された
形で見いだされない点において独特である。"単離された"との用語の使用は,天
然に生ずる配列がその正常な細胞性環境から除かれていることを示す。すなわち
,配列は,無細胞溶液中にあってもよく,異なる細胞性環境に置かれていてもよ
い。この用語は,その配列が存在する唯一のアミノ酸鎖であることを意味するも
のではなく,配列が天然にこれに付随する非アミノ酸物質を本質的に含まない(
少なくとも約90−95%純粋)ことを意味する。
【0056】 ポリペプチドに関して使用する場合,"濃縮された"との用語は,特定のアミノ
酸配列が,正常または疾病細胞におけるより,または配列が由来する細胞におけ
るより,目的とする細胞または溶液中に存在する総アミノ酸配列の有意に高い割
合(2−5倍)を占めることを意味する。これは,存在する他のアミノ酸配列の
量の優先的減少により,または目的とする特定のアミノ酸配列の量の優先的増加
により,またはこれら2つの組み合わせにより,人が生じさせることができる。
しかし,濃縮されたとは,他のアミノ酸配列が存在しないことを意味するもので
はなく,単に目的とする配列の相対的な量が有意に増加していることを意味する
ことに注意すべきである。本明細書において有意にとの用語は,増加のレベルが
そのような増加を作成した人にとって有用であることを示し,一般に,他のアミ
ノ酸配列と比較して少なくとも約2倍,より好ましくは少なくとも5−10倍,
またはそれより多い増加を意味する。この用語はまた,他の起源からのアミノ酸
配列が存在しないことを意味するものではない。アミノ酸配列の他の起源は,例
えば,酵母または細菌のゲノム,またはクローニングベクター,例えばpUC1
9によりコードされるアミノ酸配列を含みうる。この用語は,人が介在して所望
のアミノ酸配列の比率を増加させる状況のみをカバーすることを意味する。
【0057】 ある目的のためには,アミノ酸配列が精製された形であることも有利である。
ポリペプチドに関して"精製された"との用語は絶対的純度(例えば均一調製物)
を要求するものではなく,この用語は配列が天然の環境におけるより比較的純粋
であることを示す。天然のレベルと比較して,このレベルは少なくとも2−5倍
高くあるべきである(例えばmg/mLで)。少なくとも1桁の精製,好ましく
は2または3桁,より好ましくは4または5桁の精製が明示的に意図される。物
質は,好ましくは機能的に有意なレベルで夾雑物を含まず,例えば,90%,9
5%,または99%純粋である。
【0058】 好ましい態様においては,ポリペプチドは,配列番号5,配列番号6,配列番
号7または配列番号8に記載されるアミノ酸配列,または対応する全長アミノ酸
配列によりコードされる蛋白質のフラグメントである。好ましくは,ポリペプチ
ドは,それぞれ配列番号5,配列番号6,または配列番号7または配列番号8の
,少なくとも108,93,60または203個の連続するアミノ酸を含む。
【0059】 好ましい態様においては,ポリペプチドは, (a)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
ノ酸配列; (b)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
ノ酸配列と,以下のアミノ酸残基のセグメントの全部ではないが1またはそれ以
上を欠失する点において異なるアミノ酸配列:配列番号5の1−1082,10
83−1257,1258−1264,1265−1372または配列番号6の
1373−1519;1−383または配列番号7の384−476;1−22
7,228−371または372−431または配列番号8の1−629または
630−832; (c)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
ノ酸配列の,配列番号5の1−1082,1083−1257,1258−12
64,1265−1372または1373−1519;配列番号6の1−383
または384−476;配列番号7の1−227,228−371または372
−431,または配列番号8の1−629または630−832のアミノ酸残基
:;または (d)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
ノ酸配列と,C末端ドメイン,PHドメイン,DHドメイン,N末端ドメイン,
SH3ドメイン,スペーサー領域,プロリンリッチ領域およびGTPaseドメ
インからなる群より選択されるドメインの,全部ではないが1またはそれ以上を
欠失する点において異なるアミノ酸配列, を有するアミノ酸配列を含む。
【0060】 ポリペプチドは,当該技術分野においてよく知られる方法により,天然の起源
から単離することができる。天然の起源は哺乳動物であることができ,好ましく
はヒト,血液,精液,または組織であり,またはポリペプチドは自動化ポリペプ
チド合成機を用いて合成してもよい。単離され,濃縮され,または精製されたポ
リペプチドは,好ましくは,Tks107,Tks113,Tks118または
Tks202ポリペプチドである。
【0061】 ある態様においては,本発明は,Tks107,Tks113,Tks118
およびTks202からなる群より選択される組換えポリペプチドを含む。"組
換えポリペプチド"とは,その存在位置(例えば,天然に見いだされる物とは異
なる細胞または組織に存在),純度または構造において天然に生ずるポリペプチ
ドと区別されるように,組換えDNA技術により製造されるポリペプチドを意味
する。一般に,そのような組換えポリペプチドは,天然に通常観察される量とは
異なる量で細胞中に存在するであろう。
【0062】 別の観点においては,本発明は,ポリペプチドまたはポリペプチドドメインま
たはフラグメントに対して特異的結合親和性を有する抗体(例えば,モノクロー
ナルまたはポリクローナル抗体)を特徴とし,ここで,ポリペプチドは,Tks
107,Tks113,Tks118およびTks202からなる群より選択さ
れる。"特異的結合親和性"とは,抗体が,特定の条件下において,他のポリペプ
チドに結合するより高い親和性をもって標的ポリペプチドに結合することを意味
する。抗体または抗体フラグメントは,他のポリペプチドに結合しうる領域を含
むポリペプチドである。"特異的結合親和性"との用語は,特定の条件下で,他の
ポリペプチドに結合するより高い親和性をもってポリペプチドに結合する抗体を
記述する。
【0063】 "ポリクローナル"との用語は,抗原またはその抗原性機能的誘導体で免疫した
動物の血清から誘導される抗体分子の異成分集団である抗体を表す。ポリクロー
ナル抗体の製造のためには,種々の宿主動物に抗原を注射することにより免疫す
ることができる。宿主の種により,種々のアジュバントを用いて免疫学的応答を
増加させることができる。
【0064】 "モノクローナル抗体"は,特定の抗原に対する抗体の実質的に均一な集団であ
る。モノクローナル抗体は,培養連続細胞株による抗体分子の生成を与える任意
の技術により得ることができる。モノクローナル抗体は,当業者に知られる方法
により得ることができる(Kohler et al.Nature 256:
495−497,1975,および米国特許4,376,110(これらの両方
は,図面または表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する))。
【0065】 "抗体フラグメント"との用語は,特定の分子に対して特異的結合親和性を表示
する抗体の一部,しばしば超可変領域および周囲の重鎖および軽鎖の一部を表す
。超可変領域は,抗体のポリペプチド標的に物理的に結合する部分である。
【0066】 本発明のポリペプチドに対して特異的結合親和性を有する抗体または抗体フラ
グメントは,試料をポリペプチド−抗体免疫複合体の形成に適した条件下で抗体
で探索し,ポリペプチドに結合した抗体の存在および/または量を検出すること
により,試料中のポリペプチドの存在および/または量を検出する方法において
用いることができる。そのような方法を実施するための診断キットは,ポリペプ
チドに特異的な抗体または抗体フラグメント,ならびに抗体の結合パートナーま
たは抗体それ自体のコンジュゲートを含むように構築することができる。
【0067】 本発明のポリペプチドに対して特異的結合親和性を有する抗体または抗体フラ
グメントは,原核生物または真核生物から単離,濃縮,または精製することがで
きる。当業者に知られる日常的な方法により,原核生物および真核生物の両方に
おいて,抗体または抗体フラグメントを製造することができる。ポリペプチド分
子である抗体の精製,濃縮および単離は,上に記載される。
【0068】 本発明のポリペプチドに対して特異的結合親和性を有する抗体は,免疫複合体
が形成するような条件下で試料を抗体と接触させ,ポリペプチドに結合した抗体
の存在および/または量を検出することにより,試料中のポリペプチドの存在お
よび/または量を検出するための方法において用いることができる。そのような
方法を実施するための診断キットは,抗体を含む第1の容器および抗体の結合パ
ートナーおよび標識(例えば放射性同位体)を含む第2の容器を含むように構築
することができる。診断キットはまた,FDAに認可された使用の通知およびそ
の指針を含んでいてもよい。
【0069】 本発明のさらに別の観点は,ポリペプチドまたはポリペプチドドメインに対し
て特異的結合親和性を有する抗体を産生するハイブリドーマを特徴とし,ここで
,ポリペプチドは,Tks107,Tks113,Tks118およびTks2
02からなる群より選択される。"ハイブリドーマ"とは,抗体(例えば本発明の
ポリペプチドに対する抗体)を分泌しうる不死化細胞株を意味する。好ましい態
様においては,ポリペプチドに対する抗体は,本発明のポリペプチドに特異的に
結合することができるアミノ酸の配列を含む。
【0070】 別の観点においては,本発明は,Tks107,Tks113,Tks118
およびTks202からなる群より選択されるポリペプチドに結合することがで
きるポリペプチド結合剤を特徴とする。結合薬剤は,好ましくは,本発明のポリ
ペプチド上に存在するエピトープを認識する精製された抗体である。他の結合薬
剤には,そのようなポリペプチドに結合する分子およびポリペプチドに結合する
類似の分子が含まれる。そのような結合薬剤は,キナーゼ結合パートナー活性を
測定するアッセイを用いて同定することができる。
【0071】 本発明はまた,本発明のポリペプチドまたは同等の配列を含むヒト細胞をスク
リーニングする方法を特徴とする。該方法は,当該技術分野において日常的かつ
標準的な技術,例えば本発明のポリペプチドの同定のために本明細書において記
載される技術(例えば,クローニング,サザンまたはノザンブロット分析,イン
シトゥーハイブリダイゼーション,PCR増幅等)を用いて,ヒト細胞において
新規ポリペプチドを同定することを含む。
【0072】 さらに別の観点においては,本発明は,ポリペプチド活性を調節する物質を同
定する方法を特徴とする。該方法は,(a)Tks107,Tks113,Tk
s118およびTks202からなる群より選択されるポリペプチドを試験物質
と接触させ;(b)前記ポリペプチドの活性を測定し;そして(c)前記物質が
前記ポリペプチドの活性を調節するか否かを決定する,ことを含む。
【0073】 "調節する"との用語は,化合物が本発明のポリペプチドの機能を変化させる能
力を表す。調節剤は,好ましくは,ポリペプチドに暴露される化合物の濃度に依
存して,本発明のポリペプチドの活性を活性化しまたは阻害する。
【0074】 "活性化する"との用語は,ポリペプチドの細胞活性を増加させることを表す。
"阻害する"との用語は,ポリペプチドの細胞活性を減少させることを表す。活性
は,好ましくは,天然の結合パートナー,例えばsrcとの相互作用に影響を与
える。
【0075】 "調節する"との用語はまた,ポリペプチドと天然の結合パートナーとの間に複
合体が形成される可能性を増加または減少させることにより,本発明のポリペプ
チドの機能を変更することを表す。調節剤は,好ましくは,ポリペプチドと天然
の結合パートナーとの間にそのような複合体が形成される可能性を増加させ,よ
り好ましくは,暴露される化合物の濃度に依存して複合体が形成される確率を増
加または減少させ,最も好ましくは,ポリペプチドと天然の結合パートナーとの
間に複合体が形成される可能性を減少させる。
【0076】 "複合体"との用語は,互いに結合した少なくとも2つの分子の集合を表す。シ
グナル伝達複合体は,しばしば,互いに結合した少なくとも2つの蛋白質分子を
含む。
【0077】 "天然の結合パートナー"との用語は,細胞中でポリペプチドに結合するポリペ
プチド,脂質,小分子,または核酸を表す。ポリペプチドと天然の結合パートナ
ーとの間の相互作用の変化は,相互作用が形成される確率の増加または減少,ま
たはポリペプチド/天然の結合パートナー複合体の濃度の増加または減少として
現れることができる。
【0078】 本明細書において用いる場合,"接触する"との用語は,試験化合物を含む溶液
を,本発明の方法の細胞を浸している液体培地と混合することを表す。化合物を
含む溶液はまた,該方法の細胞内への試験化合物の取り込みを容易にする他の成
分,例えばジメチルスルホキシド(DMSO)を含んでいてもよい。試験化合物
を含む溶液は,輸送装置,例えば,ピペットに基づく装置またはシリンジに基づ
く装置を用いて,細胞を浸している培地に加えることができる。
【0079】 別の観点においては,本発明は,細胞においてポリペプチド活性を調節する物
質を同定する方法を特徴とする。該方法は,(a)細胞中でポリペプチドを発現
させ,ここで,前記ポリペプチドは,Tks107,Tks113,Tks11
8およびTks202からなる群より選択され;(b)前記細胞を試験物質と接
触させ;そして(c)細胞表現型または前記ポリペプチドと天然の結合パートナ
ーとの間の相互作用の変化をモニターする,ことを含む。
【0080】 本明細書において用いる場合,"発現"との用語は,細胞中で核酸ベクターから
本発明のポリペプチドが産生されることを表す。本明細書に記載されるように,
核酸ベクターを,当該技術分野においてよく知られる手法を用いて細胞中にトラ
ンスフェクトする。
【0081】 別の観点においては,本発明は,治療を必要とする患者に,Tks107,T
ks113,Tks118およびTks202からなる群より選択されるポリペ
プチドの活性を調節する物質を投与することにより,疾病を治療する方法を提供
する。好ましくは,疾病は,慢性関節リウマチ,動脈硬化,自己免疫疾患,臓器
移植,心筋梗塞,心筋症,発作,腎不全,酸化ストレス関連神経変性性疾患およ
び癌からなる群より選択される。
【0082】 疾患または疾病の治療に有用な物質は,好ましくは,問題とする疾病または疾
患の治療に対応する活性についての1またはそれ以上のインビトロアッセイにお
いて陽性の結果を示す。ポリペプチドの活性を調節する物質は,好ましくは,限
定されないが,アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび蛋白質キナーゼの阻害剤
を含む。
【0083】 "予防する"との用語は,生物が異常な状態に罹患するかこれを発達させる可能
性を減少させることを表す。
【0084】 "治療する"との用語は,生物において治療効果を有し,異常な状態を少なくと
も部分的に緩和するかまたは排除することを表す。
【0085】 "治療効果"との用語は,異常な状態を引き起こすかまたはこれに寄与する阻害
または活性化率を表す。治療効果は,異常な状態の1またはそれ以上の症状をあ
る程度緩和する。異常な状態の治療に関して,治療効果は,以下の1またはそれ
以上を表すことができる:(a)細胞の増殖,成長,および/または分化の増加
;(b)細胞死の阻害(すなわち,遅延または停止);(c)変性の阻害;(d
)異常な状態に伴う1またはそれ以上の症状のある程度の緩和;および(e)影
響を受けた細胞の集団の機能の増強。異常な状態に対して有効性を示す化合物は
,本明細書に記載されるようにして同定することができる。
【0086】 "異常な状態"との用語は,生物の細胞または組織における,その生物における
正常な機能からはずれた機能を表す。異常な状態は,細胞増殖,細胞分化,また
は細胞生存に関連しうる。
【0087】 異常な細胞増殖状態には,癌,例えば繊維性およびメサンギウム疾患,異常な
新脈管形成および脈管形成,創傷治癒,乾癬,真性糖尿病,および炎症,ならび
に本発明の癌が含まれる。
【0088】 異常な分化状態には,限定されないが,神経変性性疾患,遅い創傷治癒速度,
および遅い組織移植治癒速度が含まれる。
【0089】 異常な細胞生存状態は,プログラムされた細胞死(アポトーシス)経路が活性
化されているかまたは排除されている状態に関連する。多くの蛋白質キナーゼが
アポトーシス経路に関連している。蛋白質キナーゼのいずれかの機能の異常は,
細胞の不死または未成熟細胞死につながりうる。
【0090】 シグナル伝達プロセスにおけるキナーゼポリペプチドの機能に関連して,"異
常な"との用語は,生物において過剰発現または過小発現されているか,その触
媒活性が野生型蛋白質キナーゼ活性より低いかまたは高いように変異しているか
,天然の結合パートナーともはや相互作用できないように変異しているか,別の
蛋白質キナーゼまたは蛋白質ホスファターゼによりもはや修飾されないか,また
は天然の結合パートナーともはや相互作用しない,キナーゼを表す。
【0091】 "投与する"との用語は,化合物を生物の細胞または組織内に取り込ませる方法
に関連する。異常な状態は,生物の細胞または組織が生物中または生物外に存在
する場合,予防または治療することができる。生物の外に存在する細胞は,細胞
培養皿中で維持または成長させることができる。生物中に含まれる細胞について
は,当該技術分野には化合物を投与する多くの手法が存在し,例えば,限定され
ないが,経口,非経口,経皮,注入およびエアロゾル外用が含まれる。生物外の
細胞については,当該技術分野には化合物を投与する多数の手法が存在し,例え
ば,限定されないが,細胞マイクロインジェクション手法,トランスフォーメー
ション手法,および担体手法が含まれる。
【0092】 異常な状態はまた,シグナル伝達経路に異常を有する一群の細胞を有する生物
に化合物を投与することにより,予防または治療することができる。次に,化合
物の投与が生物機能に及ぼす影響をモニターすることができる。生物は,好まし
くはマウス,ラット,ウサギ,モルモット,またはヤギであり,より好ましくは
有尾サルまたは無尾サルであり,最も好ましくはヒトである。
【0093】 本発明の別の観点は,疾病または疾患の診断道具として,試料中においてポリ
ペプチド(またはポリペプチドをコードする核酸)を検出する方法を特徴とする
。該方法は,(a)試料を,ハイブリダイゼーションアッセイ条件下で,Tks
107,Tks113,Tks118およびTks202からなる群より選択さ
れるポリペプチドの核酸標的領域とハイブリダイズする核酸プローブと接触させ
,該プローブは,ポリペプチドをコードする核酸配列,そのフラグメント,およ
びその配列およびフラグメントの相補体を含み;そして(b)プローブ:標的領
域ハイブリッドの存在または量を疾病または疾患の指標として検出する,の工程
を含む。
【0094】 本発明の好ましい態様においては,疾病または疾患は,慢性関節リウマチ,動
脈硬化,自己免疫疾患,臓器移植,心筋梗塞,心筋症,発作,腎不全,酸化スト
レス関連神経変性性疾患および癌からなる群より選択される。
【0095】 ハイブリダイゼーション条件は,他の核酸分子が存在したとしても,遺伝子と
のみハイブリダイゼーションが生ずるような条件であるべきである。ストリンジ
ェントなハイブリダイゼーション条件下では,高度に相補的な核酸配列のみがハ
イブリダイズする。好ましくは,そのような条件は,20個の連続するヌクレオ
チド中に1または2個のミスマッチを有する核酸のハイブリダイゼーションを防
止する。そのような条件は上で定義される。
【0096】 試料中の遺伝子の検出により診断することができる疾病には,核酸(DNAお
よび/またはRNA)が正常細胞と比較して増幅されている疾病が含まれる。"
増幅"とは,正常細胞と比較して,細胞中でDNAまたはRNAの数が増加して
いることを意味する。
【0097】 RNAに関する場合,"増幅"は,細胞においてRNAが検出可能なように存在
することでありうる。ある正常細胞においては,RNAの基底発現がないためで
ある。他の正常細胞においては,そのような発現の基底レベルが存在し,したが
ってこれらの場合には増幅は基底レベルと比較して少なくとも1−2倍,好まし
くはそれより多い,検出可能な存在の増加を示す核酸の増加である。
【0098】 試料中の核酸の検出により診断することができる疾病には,好ましくは,癌が
含まれる。本発明の核酸探索方法に適した試験試料には,例えば,細胞または細
胞の核酸抽出物,または体液が含まれる。上述の方法において用いられる試料は
,アッセイフォーマット,検出方法,およびアッセイする組織,細胞または抽出
物の性質により様々でありうる。細胞の核酸抽出物を調製する方法は,当該技術
分野においてよく知られており,用いる方法に適合した試料を得るために容易に
適合させることができる。
【0099】 最後に,本発明はTks107,Tks113,Tks118およびTks2
02を用いる,トランスジェニック動物および遺伝子治療に関する。
【0100】 本明細書においては,発明を広くかつ一般的に記載している。一般的開示に含
まれるより狭い種および亜属のそれぞれのグループもまた本発明の一部を形成す
る。これには,除かれたものが具体的に記載されているか否かにかかわらず,属
から任意の主題を除く「ただし・・・」またはネガティブ限定を含む発明の一般
的記載が含まれる。
【0101】 上述の本発明の概要は,限定的なものではなく,本発明の他の特徴および利点
は,以下の発明の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかであろう。
【0102】図面の簡単な説明 図1は,Tks107のヌクレオチド配列(配列番号1)を示す。
【0103】 図2は,Tks113のヌクレオチド配列(配列番号2)を示す。
【0104】 図3は,Tks118のヌクレオチド配列(配列番号3)を示す。
【0105】 図4は,Tks202のヌクレオチド配列(配列番号4)を示す。
【0106】 図5は,Tks107の翻訳されるアミノ酸配列(配列番号5)を示す。
【0107】 図6は,Tks113の翻訳されるアミノ酸配列(配列番号6)を示す。
【0108】 図7は,Tks118の翻訳されるアミノ酸配列(配列番号7)を示す。
【0109】 図8は,Tks202の翻訳されるアミノ酸配列(配列番号8)を示す。
【0110】 図9は,dbl,cdc24,vav,tiam,fgdlおよびGrubの
dblホモロジー(DH)ドメインの隠れマルコフモデル(HMM)アラインメ
ントを示す。配列の上のバーは,h−sos(H1−H8)または保存領域(C
R1−CR3)のDH/PHドメインの結晶構造から予測される重要なα−らせ
んを示す。いくつかのよく保存されているアミノ酸は影で示す(Soisson
,S.,et al.(1988)Cell 95:259−268)。
【0111】 図10は,Grubプレクストリンホモロジー(PH)ドメインと,dbl,
tiam,およびfgdlのPHドメインの隠れマルコフモデル(HMM)アラ
インメントを示す。影で示したアミノ酸は,PHドメイン中に見いだされるいく
つかのよく保存されているアミノ酸である(Shaw,G.(1996)Bio
Essays18:35−46)。
【0112】 図11は,種々の組織におけるGrubの発現を示す。元のTks107クロ
ーンを用いて,Multiple Tissue Northern Blot
sを探索した。
【0113】 図12は,正常組織およびNCI腫瘍細胞におけるGrubの発現を示す。元
のTks107クローンを用いて,種々の起源からの総RNAを探索した。上の
2つのパネルは正常組織からのRNAを含み,残りのパネルは種々の腫瘍細胞株
からのRNAを含む。
【0114】 図13は,293細胞におけるGrubとSrcの共発現を示す。mycでタ
グづけした,Grubの全長(wt),N末端(N),またはC末端(C)を発
現する構築物を,293細胞中で活性化Src(k+)キナーゼ,不活性Src
(k−)とともに,またはSrcなしで共発現させた。溶解物を抗myc抗体(
9E10)で免疫沈澱させ,9E10または抗ホスホチロシン抗体(pTyr)
でウエスタンブロットを行った。全長またはN末端Grubのみが活性化Src
によりリン酸化され,C末端Grubを活性化Srcと共発現させたとき,また
はいずれかのGrub構築物をキナーゼ不活性Srcと共発現させたとき,リン
酸化は観察されなかった。
【0115】 図14は,種々の組織におけるTks113の発現を示す。Tks113から
の1.5kbEcoRIフラグメントを用いて,Multiple Tissu
e Northerns(Clontech)を探索した。
【0116】 図15は,Tks113特異的抗体を示す。レーン1および3は,NIH3T
3細胞からの細胞溶解物を含み,レーン2および4は,NCIH460細胞から
の細胞溶解物を含む。パネルAはウサギ前免疫血清で免疫ブロットした。パネル
Bは,Gst−Tks113で免疫したウサギからの血清で免疫ブロットした。
【0117】 図16は,Tks118とmSH3P7,ドレブリンEおよびSrcのSH3
ドメインのアミノ酸配列アラインメント(J.Heinの方法を用いるMegA
lign)を示す。
【0118】 図17は,種々の組織におけるTks118の発現を示す。Tks118から
の1.6kbEcoRI/XhoIフラグメントを用いてMultiple T
issue Northerns(Clontech)を探索した。
【0119】 図18は,正常組織およびNCI腫瘍細胞におけるTks118の発現を示す
。元のTks118クローンを用いて,種々の組織からの総RNAを探索した。
上の2つのパネルは正常組織からのRNAを含み,残りのパネルは種々の腫瘍細
胞株からのRNAを含む。
【0120】 図19は,293細胞におけるTks118とSrcの共発現を示す。293
細胞において,mycでタグ付けしたTks119を発現する構築物を,活性化
Src(k+),キナーゼ不活性Src(k−)または空ベクター対照(−)と
ともに共発現させた。溶解物を抗myc抗体(9E10)で免疫沈澱させ,9E
10または抗ホスホチロシン抗体でウエスタンブロットを行った。Tks118
は,活性化Srcと共発現した場合にのみリン酸化され,キナーゼ不活性Src
ではリン酸化されなかったことに注意すべきである。
【0121】 図20は,NIH3T3−Y527F細胞の抗Tks118(α5033)お
よび抗ビンクリン(Upstate Biotechnology)の共染色を
示す。染色は,Tks118の染色がビンクリンと共局在化していることを示し
,これらの細胞に見られる細胞突起部の末端の丸いポドソーム構造が染色された
【0122】 図21は,Tks202のC末端と,c−melおよびrab8のアラインメ
ント(Clustal法を用いるMegAlign)を示す。
【0123】 図22は,種々の組織におけるTks202の発現を示す。元のTks202
クローンの5’の500b.p.を用いて,Multiple Tissue
Northerns(Clontech)を探索した。
【0124】 図23は,Grubの5つの他のリーディングフレームの翻訳を示す。
【0125】 図24は,Tks113の5つの他のリーディングフレームの翻訳を示す。
【0126】 図25は,Tks118の5つの他のリーディングフレームの翻訳を示す。
【0127】 図26は,Tks202の5つの他のリーディングフレームの翻訳を示す。
【0128】発明の詳細な説明 本発明は,部分的には,本発明の新規な基質であるTks107,Tks11
3,Tks118およびTks202に関連するポリペプチド,そのようなポリ
ペプチドをコードする核酸,そのような核酸を含む細胞,そのようなポリペプチ
ドに対する抗体,そのようなポリペプチドを用いるアッセイ,および上述のすべ
てに関連する方法に関する。ポリペプチドおよび核酸は,本明細書に記載される
配列が与えられれば,よく知られた標準的な合成法を用いて製造することができ
る。以下の例は,蛋白質Tks107/Grub,Tks113,Tks118
/DreshおよびTks202(チロシンキナーゼ基質)の単離および特性決
定を示す。
【0129】 蛋白質チロシンキナーゼは,細胞外環境から細胞の内部にシグナルを伝達する
よう機能する,関連する蛋白質の大きなスーパーファミリーを構成する。これら
のシグナルは,細胞機能のあらゆる観点,例えば,成長,分化および死を指示す
る。任意の特定のキナーゼについて,関連の深い基質の同定はその機能を解明す
るための重要な工程である。
【0130】 我々は,細胞質チロシンキナーゼSrcの新規な基質の同定を記述する。我々
は,ニトロセルロースフィルターに固定化したラムダ発現ライブラリのSrc含
有Sf9溶解物(Lock,P.et.al.EMBOJ.17(15):43
46−4357,1998)によるインビトロリン酸化に基づくスクリーニング
戦略を用いた。このようにして,4つのSrc基質をコードするラムダクローン
Tks107,113,118およびTks202が同定された。
【0131】本発明の核酸 本明細書に記載される単離された核酸分子の機能的等価物も本発明の範囲内に
含まれる。遺伝コードの縮重のため,あるコドンを同じアミノ酸を規定する他の
コドンで置き換え,同じ蛋白質を生じさせることができる。既知のアミノ酸は,
メチオニンおよびトリプトファンを除き,2以上のコドンによりコードすること
ができるため,核酸配列は実質的に様々でありうる。すなわち,本発明の遺伝子
の一部または全部を合成して,配列番号1,配列番号2,配列番号3および配列
番号4に示される核酸配列と有意に異なる核酸配列を得ることができる。しかし
,これによりコードされるアミノ酸配列は保存される。
【0132】 さらに,核酸配列は,配列番号1,配列番号2,配列番号3または配列番号4
に示される核酸の式またはその誘導体の5’−末端および/または3’−末端で
少なくとも1つのヌクレオチドを付加,欠失または置換することにより得られる
ヌクレオチド配列を含んでいてもよい。その付加,欠失または置換が,ヌクレオ
チド配列によりコードされる配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番
号8のアミノ酸配列を変更しない限り,任意のヌクレオチドまたはポリヌクレオ
チドをこのように用いることができる。例えば,本発明は,本発明の核酸配列ま
たはその誘導体の5’−末端に開始コドンとしてATGを付加することにより,
または本発明のヌクレオチド配列またはその誘導体の3’−末端に終止コドンと
してTTA,TAGまたはTGAを付加することにより得られる任意の核酸配列
を含むことを意図する。さらに,本発明の核酸分子は,必要に応じて,これらの
5’−末端および/または3’−末端に付加された制限エンドヌクレアーゼ認識
部位を有することができる。
【0133】 所定の核酸配列のそのような機能的変更により,これに融合した外来核酸配列
によりコードされる異種蛋白質の分泌および/またはプロセシングが促進される
機会が与えられる。したがって,遺伝コードにより許容される本発明の遺伝子お
よびそのフラグメントのヌクレオチド配列のすべての変種は本発明に含まれる。
【0134】 さらに,コドンを削除するかまたは1またはそれ以上のコドンを縮重コドン以
外のコドンと置換して,構造的に改変されているが,未改変核酸分子により産生
されるポリペプチドと実質的に同じ有用性または活性を有するポリペプチドを製
造することが可能である。当該技術分野において認識されているように,2つの
ポリペプチドは機能的に同等であり,これらの核酸分子の間の相違が遺伝コード
の縮重に関連しない場合であっても,これらの製造を生じさせる2つの核酸分子
も機能的に同等である。
【0135】 本発明のSrc基質を単離するために,Lock,P.et.al.EMBO
J.17(15):4346−4357,1998(図面を含めその全体を本明
細書の一部としてここに引用する)に記載されるように,ニトロセルロースフィ
ルター上に固定化されたラムダ発現ライブラリのSrc含有Sf9溶解物による
インビトロリン酸化に基づくスクリーニング戦略を用いて,Src基質を単離し
た。このようにして,4つのSrc基質をコードするラムダクローンTks10
7,113,118およびTks202が同定された。
【0136】 Tks107(Grub) ラムダクローンtks107は,ヒト肺腫瘍細胞株NCI−H460からのc
DNAを用いて構築したλZapcDNAライブラリから単離された。Tks1
07をコードするDNAフラグメントを用いて,同じライブラリからTks10
7の種々の重複クローンを単離した。これらのクローンの1つ(Tks107−
4)は,推定開始メチオニンの上流にインフレームで終止コドンを有する,大き
いオープンリーディングフレーム(ORF)を含む。このORFは,1511ア
ミノ酸の蛋白質をコードすると予測され,Grubと名付けられた。この配列を
クエリーとして公共配列データベースをコンピュータ検索すると,このORFが
dblホモロジードメイン(DH),続いてそのC末端にプレクストリンホモロ
ジードメイン(PH)を有することが明らかになった。
【0137】 dblホモロジードメイン(DHドメイン)は,最初にDblおよびCdc2
4蛋白質において見いだされた約250アミノ酸の領域である。その後,増加す
る蛋白質のリスト(>20)がDHドメインを含有することが示された。異なる
蛋白質のDHドメインは,互いに約30%のアミノ酸同一性を有する。DHドメ
インを含む蛋白質は,小GTPaseのRhoメンバーのグアニン交換因子(G
EF)として作用することが示されている。多くのDH含有蛋白質は,N末端切
断により細胞トランスフォーメーション活性を示す(ここで,DHドメインは変
異されない)(Quilliam,LA.,et.al.Bio Essays
,17:395−404,1995.Whitehead,I.P.,et.a
l.,Biochimicaet Biophysica Acta,1332
:F1−F23,1997.Cerione,R.A.andZheng,Y.
Curr.Opin.CellBiol.8:216−222,1996に概説
されている)。最近,ヒトSosのDHドメインの三次元構造が解明された(S
oisson,S.M.,et.al.,Cell,95:259−268)。
これはα−らせんから構成されていることが示され,このいくつかは先に定義さ
れたDHドメインの保存領域(CR)とよく対応する(Whitehead,I
.P.,et.al.,Biochimicae tBiophysica A
cta,1332:F1−P23,1997,およびGrubGEPアラインメ
ントの図)。HMMER(http://hmmer.wustl.edu)を
用いてDHドメインについて隠れマルコフモデル(HMM)を作成した。HMM
ERへの入力は,CLUSTALW(Thmpson,JD,Higgins
DG,Gibson,TJ,Nucleic Acid Research,1
994)により評価された多配列アラインメント遺伝子である。(Soisso
n,S.M.,et.al..Cell,95:259−268)からの二次構
造情報をCLUSTALWアラインメントに導入した。配列番号5(Tks10
7/Grub)の1083−1257のアミノ酸領域は,この隠れマルコフモデ
ルとよく整合し,保存α−らせんモチーフならびに保存アミノ酸残基の両方を示
した(GrubGEFアラインメント図)。
【0138】 さらに,2つのEST(AA778210およびAA829341)がTks
107−4の3’配列と重複し,3’非翻訳配列がポリアデニル化まで延びてい
ることが見いだされた。Tks107,tks107−4および2つのESTか
ら編集された配列が配列番号1に示されており,これはGrubと名付けられた
。この配列の提唱される関連性のある特徴は以下のものを含む:
【表1】 ヌクレオチド コメント 155−1778 元のTks107の配列 1−5107 Tks107−4の配列 208−4764 Grubの推定コーディング領域 3454−3978 Dblホモロジードメイン 4000−4323 プレクストリンホモロジードメイン 4164−5335 ESTAA778210 ?−5332 ESTAA829341(5’末端は未知) 5305−5315 AA829341には存在せず 4897 ESTにおいてはGの代わりにT 5005 ESTにおいてはGの代わりにT 5010 ESTにおいてはGの代わりにT 5072 ESTにおいてはGの代わりにT 5103 ESTにおいてはGの代わりにT
【0139】 GrubのC末端におけるDH/PHドメインのタンデムアレイは,Dblフ
ァミリーの蛋白質の顕著な特徴である。このファミリーの多くのメンバーは,N
末端切断により細胞トランスフォーメーション活性を示す。細胞トランスフォー
メーションには,DH/PHモジュールが無傷であることが必要である。多くの
Dblファミリー蛋白質のDH/PHモジュールは,グアニン交換因子(GEF
)として作用することにより種々のRhoサブファミリー小GTPaseの活性
を制御することが示されている。多くのRhoファミリーGTPaseは,アク
チン構造の組立を制御し,種々のキナーゼ経路,例えばJnkの活性化を通して
遺伝子転写を制御するかもしれないことが示されている(Hall,A.Sci
ence,279:509−514,1998)。
【0140】 Grub mRNAは,調べたすべてのヒト組織において発現されており,特
に膵臓および脾臓で高い発現が見られる。60種類の腫瘍細胞株についてGru
bの発現レベルを測定し,13(〜21%)種類の細胞株で有意に上昇している
ことが見いだされ,10またはそれ以上の細胞株でわずかに上昇しているかもし
れない。欠失分析は,293細胞中で両方を共発現させたときにGrubがN末
端でSrcによりリン酸化されることを示す。293細胞において発現させた組
換えGrubは,見かけMr約190,000で移動する。これは予測されたM
rである164,701(一次アミノ酸配列に基づく)より大きいが,この範囲
のサイズの蛋白質のMrを正確に決定することはしばしば困難であり,Grub
がそのMrを変化させるかもしれない翻訳後修飾を有するか否かは明らかではな
い。
【0141】 Grubの全長,N末端またはC末端を安定に発現するNIH3T3クローン
を作成した。これらのクローンは,増強された成長速度,軟寒天中での成長,あ
るいは変化したモルホロジーを示さない(データ示さず)。しかし,293細胞
でGrubのNまたはC末端をHA−JNKと共発現させると,Jnk活性をベ
クター単独の4−6倍活性化した。野生型GrubをHA−Jnkと共発現させ
ると,野生型GrubをGrubのNまたはC末端よりはるかに低いレベル(約
1/10)で発現させたにもかかわらず,Jnk活性が2.5倍促進された。こ
れに対し,他の異種蛋白質(SH3P7ΔSH3)の過剰発現はJnk発現を弱
く活性化させたのみであった。これらのデータは,GrubのC末端が,おそら
くは未知のRhoファミリーGTPaseのグアニン交換因子として作用するこ
とによりJnk活性を活性化しうることを示唆する。GrubのDH/PHまた
はDHドメインはそれ自体Jnk活性を強く活性化しないことに注意することは
興味深い。このことは,ある種のdblファミリーメンバーのDHドメインは完
全な活性を示すためにフランキング領域を必要とする(おそらくは,フランキン
グ配列により付与される追加の構造的安定性のため)という挿話的証拠と一致す
る。N末端はまた,Jnkを活性化することができる。N末端がJnkを活性化
するメカニズムは現在不明であるが,N末端がJnkを活性化することができる
蛋白質に対する酵素的(すなわち,隠れたGEF活性)または結合活性を有する
ドメインを含む可能性がある。
【0142】 可能性のあるGrub機能をさらに理解するため,Grub相互作用蛋白質を
単離するために,酵母2−ハイブリッドスクリーニングにおいてGrubのN末
端をおとりとして用いた。HelacDNAライブラリの約1.8x106個の
トランスフォーマントを単離した。このアッセイにおいては,蛋白質スナピンを
コードする6個の独立したcDNAおよびラットRACK1のヒト相同体をコー
ドする2個の独立したcDNAが単離された。
【0143】 スナピンは小さいニューロン特異的蛋白質であり,シナプス小胞に局在し,S
NARE複合体とシナプトタグミンとの間の架橋として働く(Dardi,J.
,et.al,Nature Neuro.1999,2:119−124)。
シナプトタグミンは,シナプス小胞と原形質膜との最終的な融合を誘発するカル
シウムセンサーである。GTPaseのRabサブファミリーの小GTPase
はまた,効率的なシナプス輸送においても役割を果たす(Sudhof,T.C
.,Nature 1996,375:645−653)。Grubがこれらの
小GTPaseのGEFとして作用するという仮説は魅力的である。あるいは,
GrubはRhoファミリーGTPaseのGEFとしてより伝統的な様式で作
用するかもしれないが,スナピンに結合することにより,Rhoファミリーメン
バーを制御することによりアクチンサイクルへの小胞輸送とつながるかもしれな
い。
【0144】 RACK1は最初,活性化蛋白質キナーゼCの細胞内レセプターとしてクロー
ニングされた(Ron,D.,et.al.,P.N.A.S.1994,91
:839−843)。それ以来,RACK1は,種々のシグナリング分子,例え
ばSrcと結合すること,およびシグナリング複合体が組み立てられる分子足場
として作用するかもしれないことが示されている(Rodriguez MM,
et al.Biochemistry.1999 38:13787−94.
Liliental,J.and Chang,D.D.JBC 1998 2
73:2379−2383.Chang,B.,et al.,MCB 199
8 18:3245−3256.)。
【0145】Tks113 ラムダクローンTks113は,ヒト肺腫瘍細胞株NCI−H460からcD
NAを用いて構築したλZapcDNAライブラリから単離された。Tksは,
1430ヌクレオチドのEcoRIXhoIフラグメントを含む。このフラグメ
ントは,476アミノ酸のORFをコードし,公共に入手可能な配列のいずれと
も有意な相同性を有しない。しかし,Tks113は,C末端プロリンリッチド
メイン(26%プロリン)中にいくつかのPXXPモチーフを含み,このことは
,これがSH3ドメインを有するシグナリング分子の結合パートナーかもしれな
いことを示唆する。シグナリング複合体の足場,アンカーまたはアダプターとし
て働く蛋白質は,しばしば蛋白質/蛋白質相互作用の多数のモチーフ(例えばP
XXP)を示す(Pawson,T.andScott,J.D.,Scien
ce278:2075−2080,1997)。
【0146】 Tks113の配列は配列番号2に示される。この配列の関連性のある特徴は
以下のとおりである。Tks113mRNAは調べたすべてのヒト組織において
発現されており,精巣,心臓および骨格筋において最も高く発現されている。こ
れらの実験でのTks113のmRNAの見かけのサイズは約2.4kbである
。さらに,Tks113のN末端に対して生成した抗体は,NIH3T3細胞に
おいて約77kDaの蛋白質を同定する。したがって,これらのデータに基づく
と,Tks113は全長クローンではなさそうである。Tks113の機能を解
明するためには,全長クローンを単離して,発現構築物等の試薬を生成すること
が必要である。
【0147】Tks118 Tks118は,ヒト肺腫瘍細胞株NCI−H460からのcDNAを用いて
構築したλZapcDNAライブラリから単離された。Tks118は,430
アミノ酸の大きいORF(推定開始メチオニンから開始して)を有する1532
ヌクレオチドのクローンである。Tks118の最初の1115ヌクレオチドと
同一の独立したクローン(Tks109)もまた同じスクリーニングから単離さ
れた。これらの配列を用いて公共のデータベースを検索すると,tks118が
先にクローニングされたネズミ配列SH3P7と86%同一であることが示され
,このことは,tks118がおそらくmSH3P7のヒトオルトログであるこ
とを示唆する(Sparks,et al.,Nature Biotech.
14:741−744,1996)。さらに,Tks118のN末端240アミ
ノ酸は,トリ蛋白質であるドレブリン(Drebrin)と44%同一である。
ドレブリンは,アクチン構造に結合しこれを変化させることが報告されている(
Shirao,T.,J.Biochem.,117:231−236,199
5)。さらに,hSH3P7もC末端62アミノ酸にSH3ドメインを含む。T
ks118の配列は配列番号3に示される。この配列の関連性のある特徴は以下
のとおりである。
【表2】 ヌクレオチド コメント 1−1535 Tks118配列 1−1115 Tks109配列 26−1319 Tks118コーディング配列 1−720 ドレブリンホモロジードメイン 1130−1319 SH3ドメイン 966 Tks109においてはCの代わりにT 969 Tks109においてはCの代わりにT 1023 Tks109においてはCの代わりにT
【0148】 Tks118のmRNAは,調べたすべての組織において発現されており,脾
臓,胸腺,前立腺および末梢血リンパ球において最も高い発現が見られる。Tk
s118mRNAは,試験した腫瘍細胞株の40%以上で過剰発現されている。
293細胞中で共発現させたときTks118はSrcによりリン酸化される。
NIH3T3およびSrcでトランスフォームしたNIH3T3細胞中でTks
118を過剰発現させると,アクチン様構造に局在化する。注目すべきことに,
Srcでトランスフォームした細胞においてTks118はポドソームに局在す
る。この局在化は,ドレブリンホモロジードメインに依存しており,ドレブリン
がアクチン構造に結合してこれを変化させるという先の報告と一致する。最近m
−SH3P7が抗原レセプター刺激リンパ球においてチロシンリン酸化され,N
IH3T3細胞中でアクチン構造と共局在することが示されている(Larbo
lette,O.,MCB.19:1539−1546,1999)。現在,我
々は,Tks118がインビトロおよびインビボでアクチン構造に結合し,およ
び/または影響を及ぼすか否かを決定している。種々のTks118構築物を細
胞株中で過剰発現させて,Tks118が,細胞成長,トランスフォーメーショ
ン,および運動性に及ぼす影響を決定することができる。
【0149】Tks202 ラムダクローンTks202は,ヒト結腸腫瘍細胞株Colo205(Str
atagene)からのcDNAを用いて構築したλZapcDNAライブラリ
から単離された。tks202をコードするDNA配列を用いて公共のデータベ
ースを調べて,有益な相同性を明らかにした。この検索により,Tks202の
3’末端が小GTPaseファミリーの蛋白質と相同のアミノ酸配列をコードす
ることが明らかになった。さらに,2つのEST(AA470519およびr7
8655)がtks202の3’配列と重複することも見いだされた。これらの
ESTからの配列を用いてTks202配列をポリアデニル化部位まで延長した
。Tks202からの5’の約500ヌクレオチドのRI/Xbalフラグメン
トを用いてTrip;Ex前立腺ライブラリ(Clontech)を探索し,追
加のTks202クローンを得た。これらのクローンの1つであるTks202
−17は,5’配列を933ヌクレオチド延長した。5’配列の追加の370ヌ
クレオチドは,以下に記載する5’RACEの改変により得た。この5’RAC
E産物は,ヌクレオチド170に終止コドンを示し,これはヌクレオチド647
の推定開始メチオニンの5’側である。Tks202,Tks202−17,2
つのEST,および5’RACE産物から編集された配列が配列番号4に示され
る。この配列の関連性のある特徴は以下のとおりである:
【表3】 ヌクレオチド コメント 1305−3155 Tks202 371−1798 Tks202−17 647−2866 推定Tks202コーディング領域 2258−2866 GTPaseドメイン 1−532 5’RACE産物 1788−3155 EST AA470519 2544−3155 EST r78655
【0150】 tks202のDNAフラグメントを用いて,Multiple Tissu
e Northern Blots(Clontech)を探索した。このこと
により,内因性tks202mRNAが約5kbであり,前立腺および膵臓を除
き,試験したほとんどの組織で非常に低いかまたは検出されないレベルで発現さ
れていることが示された。
【0151】 小GTPaseは,多様な生物学的機能,例えば,細胞増殖および分化,細胞
骨格構成,蛋白質輸送,細胞サイクルおよびフリーラジカル生成を制御する分子
スイッチとして作用する蛋白質の大きなファミリーである(Bourne,H.
R.et.al..Nature,348(6297):125−32,199
0.Bourne,H.R.et.al..Nature,349(6305)
:117−27,1991)。このGTPaseはこれらの中心的細胞経路を調
節し,GTPaseおよびそのレギュレータの両方とも非常に重要であることを
示唆する。
【0152】 小GTPaseは,典型的には約200アミノ酸であり,そのほぼすべてが単
一のGTPaseドメインに折り畳まれている。そのように,tks202は顕
著な延長N末端をそのGTPaseドメインに含む点において珍しい。この延長
の存在は,tks202(および類似の構造のまだ発見されていないGTPas
e)の,GTPaseについてこれまでに知られていない細胞での役割を示唆す
るかもしれず,またはGTPase活性を制御する新規なメカニズムであるかも
しれないと推測することができる。
【0153】II.本発明の蛋白質を検出するための核酸プローブ,方法およびキット 本発明の核酸プローブを用いて,通常のハイブリダイゼーション方法により適
当な染色体またはcDNAライブラリを探索して,本発明の他の核酸分子を得る
ことができる。染色体DNAまたはcDNAライブラリは,当該技術分野におい
て認識されている方法にしたがって,適当な細胞から調製することができる("
Molecular Cloning:A Laboratory Manua
l",第2版.Cold Spring Harbor Laboratory
,Sambrook,Fritsch,&Maniatis,eds.,198
9を参照)。
【0154】 別の方法においては,目的とするポリペプチドのアミノ酸配列のN末端および
C末端部分に対応するヌクレオチド配列を有する核酸プローブを得るために化学
合成を行うことができる。合成された核酸プローブは,ポリメラーゼ連鎖反応(
PCR)においてプライマーとして使用して,認識されているPCR手法にした
がって,本質的にPCR Protocols,"A Guide to Me
thods and Applications",Academic Pre
ss,Michael,et al.,eds.,1990にしたがって,適当
な染色体またはcDNAライブラリを用いて,本発明のフラグメントを得ること
ができる。
【0155】 当業者は,本明細書に開示される配列に基づいて,当該技術分野において知ら
れるコンピュータアラインメントおよび配列分析の方法を用いてそのようなプロ
ーブを用意に設計することができる("Molecular Cloning:
A Laboratory Manual",1989,上掲)。本発明のハイ
ブリダイゼーションプローブは,標準的標識技術,例えば放射性標識,酵素標識
,蛍光標識,ビオチン−アビジン標識,化学発光等を用いる技術により,標識す
ることができる。ハイブリダイゼーション後,プローブは既知の方法を用いて可
視化することができる。
【0156】 本発明の核酸プローブはRNAならびにDNAプローブを含み,そのようなプ
ローブは,例えば当該技術分野において知られる技術を用いて生成される。核酸
プローブは,固体支持体上に固定化してもよい。そのような固体支持体の例とし
ては,限定されないが,プラスチック,例えばポリカーボネート,複合炭水化物
,例えばアガロースおよびセファロース,およびアクリル樹脂,例えばポリアク
リルアミドおよびラテックスビーズが含まれる。核酸プローブをそのような固体
支持体に結合させる技術は当該技術分野においてよく知られている。
【0157】 本発明の核酸探索方法に適した試験試料には,例えば,細胞または細胞の核酸
抽出物,または体液が含まれる。上述の方法において用いられる試料は,アッセ
イフォーマット,検出方法,およびアッセイすべき組織,細胞,または抽出物の
性質により様々であろう。細胞の核酸抽出物を調製する方法は当該技術分野にお
いてよく知られており,用いる方法に適合する試料を得るために容易に適合させ
ることができる。
【0158】 試料中で本発明の核酸の存在を検出する1つの方法は,(a)前記試料をハイ
ブリダイゼーションが生ずるような条件下で上述の核酸プローブと接触させ,そ
して(b)前記核酸分子に結合した前記プローブの存在を検出する,ことを含む
。当業者は,当該技術分野において知られる技術にしたがって,上述のように核
酸プローブを選択するであろう。試験すべき試料には,限定されないが,ヒト組
織のRNA試料が含まれる。
【0159】 試料中で本発明の核酸の存在を検出するためのキットは,その中に上述の核酸
プローブが置かれている少なくとも1つの容器手段を含む。キットはさらに,以
下の1またはそれ以上を含む他の容器を含んでいてもよい:洗浄試薬および結合
した核酸プローブの存在を検出することができる試薬。検出試薬の例としては,
限定されないが,放射性標識プローブ,酵素標識プローブ(西洋ワサビペルオキ
シダーゼ,アルカリホスファターゼ),および親和性標識プローブ(ビオチン,
アビジン,またはストレプトアビジン)が挙げられる。
【0160】 詳細には,コンパートメント化されたキットには,試薬が別々の容器に入れら
れている任意のキットが含まれる。そのような容器には,小ガラス容器,プラス
チック容器またはプラスチックまたは紙のストリップが含まれる。そのような容
器は,試料および試薬が互いに夾雑しないように,かつ各容器の薬剤または溶液
を定量的様式で1つのコンパートメントから別のコンパートメントに加えること
ができるように,1つのコンパートメントから別のコンパートメントに試薬を有
効に移すことができるものである。そのような容器には,試験試料を入れる容器
,アッセイにおいて用いるプローブまたはプライマーを含有する容器,洗浄試薬
(例えばリン酸緩衝化食塩水,Tris緩衝液等)を含有する容器,およびハイ
ブリダイズしたプローブ,結合した抗体,増幅産物等を検出するために用いられ
る試薬を含有する容器が含まれる。当業者は,本発明において記載される核酸プ
ローブを,当該技術分野においてよく知られる確立されたキットフォーマットの
1つに容易に組み込むことができることを容易に認識するであろう。
【0161】III.Tks107,Tks113,Tks118およびTks202関連核 酸分子を含むDNA構築物およびこれらの構築物を含む細胞 本発明はまた,宿主細胞において転写を開始するのに有効なプロモーターおよ
び上述の核酸分子を5’から3’方向に含む組換えDNA分子に関する。さらに
,本発明は,ベクターおよび上述の核酸分子を含む組換えDNA分子に関する。
本発明はまた,細胞において機能的な転写領域,上述のポリペプチドに対応する
アミノ酸配列をコードするRNA配列に相補的な配列,および前記細胞において
機能的な転写終止領域を含む核酸分子に関する。上述の分子は,単離されたおよ
び/または精製されたDNA分子でありうる。
【0162】 本発明はまた,上述の核酸分子を含み,したがってポリペプチドを発現しうる
細胞または生物に関する。ポリペプチドは,そのポリペプチドを発現するよう変
更されている細胞から精製することができる。細胞が,細胞が通常は産生しない
かまたは細胞が通常はより低いレベルで産生する蛋白質を産生するように遺伝子
操作により作成されている場合,細胞は"所望のポリペプチドを発現するよう変
更されている"と言われる。当業者は,ゲノム,cDNA,または合成配列のい
ずれかを真核生物または原核生物細胞のいずれかに導入して発現させるための方
法を容易に適用することができる。
【0163】 核酸分子,例えばDNAは,これが転写および翻訳制御情報を含むヌクレオチ
ド配列を含み,かつそのような配列がポリペプチドをコードするヌクレオチド配
列に"動作可能なように連結されている"場合,ポリペプチドを"発現しうる"と言
われる。動作可能な連結とは,制御DNA配列および発現が求められているDN
A配列が,遺伝子配列の発現を可能とするような様式で接続されているような連
結である。遺伝子配列の発現に必要な制御領域の詳細な性質は生物によって異な
るであろうが,これは一般にプロモーター領域を含む。原核生物においては,プ
ロモーター領域は,プロモーター(RNA転写の開始を指示する)ならびにRN
Aに転写されたときに合成の開始を合図するであろうDNA配列の両方を含む。
そのような領域は,通常は転写および翻訳の開始に関与する5’−非コーディン
グ配列,例えばTATAボックス,キャッピング配列,CAAT配列等を含むで
あろう。
【0164】 所望の場合には,本発明のポリペプチドをコードする配列の3’側の非コーデ
ィング領域を上述の方法により得ることができる。この領域は,その転写終止制
御配列,例えば終止およびポリアデニル化のために保持することができる。すな
わち,本発明のポリペプチドをコードするDNA配列に天然に隣接している3’
領域を保持することにより,転写終止シグナルを提供することができる。発現宿
主細胞において転写終止シグナルが十分に機能性でない場合には,宿主細胞にお
いて機能的な3’領域で置き換えることができる。
【0165】 2つのDNA配列(例えば,プロモーター領域配列および本発明のポリペプチ
ドをコードする配列)は,2つのDNA配列の連結の性質が,(1)フレームシ
フト変異を導入しない,(2)プロモーター領域配列が本発明のポリペプチドを
コードする遺伝子配列の転写を指示する能力を妨害しない,または(3)本発明
のポリペプチドの遺伝子配列がプロモーター領域配列により転写されることを妨
害しない場合,動作可能なように連結されていると言われる。すなわち,プロモ
ーター領域は,プロモーターがそのDNA配列の転写を行うことができる場合,
DNA配列に動作可能なように連結されているであろう。すなわち,本発明のポ
リペプチドをコードする遺伝子を発現させるためには,適当な宿主により認識さ
れる転写および翻訳シグナルが必要である。
【0166】 本発明は,本発明のポリペプチド(またはその機能的誘導体)をコードする遺
伝子を原核生物または真核生物細胞のいずれかにおいて発現させることを包含す
る。原核生物宿主は,一般に,組換え蛋白質の製造において非常に有効でありか
つ便利であり,したがって,本発明のポリペプチドのための1つの好ましい発現
システムである。原核生物は,しばしばE.coliの種々の株により代表され
る。しかし,他の細菌株等の他の微生物株もまた用いることができる。
【0167】 原核生物系においては,宿主と適合性のある種に由来する複製部位および制御
配列を含むプラスミドベクターを用いることができる。適当なプラスミドベクタ
ーの例には,pBR322,pUC118,pUC119等が含まれ,適当なフ
ァージまたはバクテリオファージベクターの例には,λgtl0,λgt11等
が含まれ,適当なウイルスベクターの例には,pMAM−neo,pKRC等が
含まれる。好ましくは,本発明の選択されたベクターは,選択された宿主細胞に
おいて複製する能力を有する。
【0168】 認められている原核生物宿主には,細菌,例えばE.coli,Bacill
us,Streptomyces,Pseudomonas,Salmonel
la,Serratia等が含まれる。しかし,そのような条件下においては,
ポリペプチドはグリコシル化されない。原核生物宿主は発現プラスミド中のレプ
リコンおよび制御配列と適合性でなければならない。
【0169】 本発明のポリペプチド(またはその機能的誘導体)を原核生物細胞において発
現させるためには,本発明のポリペプチドをコードする配列が,機能的原核生物
プロモーターと動作可能なように連結されていることが必要である。そのような
プロモーターは,構成的であってもよく,より好ましくは制御可能(すなわち,
誘導可能または抑制解除可能)である。構成的プロモーターの例には,バクテリ
オファージλのintプロモーター,pBR322のβ−ラクタマーゼ遺伝子配
列のblaプロモーター,およびpPR325のクロラムフェニコールアセチル
トランスフェラーゼ遺伝子配列のcatプロモーター等が含まれる。誘導可能な
原核生物プロモーターの例には,バクテリオファージλの主要右および左プロモ
ーター(PLおよびPR),E.coliのtrp,recA,lacZ,lac
I,およびgalプロモーター,α−アミラーゼ(Ulmanen et al
.,J.Bacteriol.162:176−182,1985)およびB.
subtilisのσ−28−特異的プロモーター(Oilman et al
..Gene Seqeucne 32:11−20,1984),Bacil
lusのバクテリオファージのプロモーター(Gryczan,The Mol
ecular Biology of the Bacilli,Academ
ic Press,Inc.,NY,1982),およびStreptomyc
esプロモーター(Ward et al.,Mol.Gen.Genet.2
03:468−478,1986)が含まれる。原核生物プロモーターは,Gl
ick(Ind.Microbiot.1:277−282,1987),Ce
natiempo(Biochimie 68:505−516,1986),
およびGottesman(Ann.Rev.Genet.18:415−44
2,1984)により概説されている。
【0170】 原核生物細胞における適切な発現には,遺伝子コーディング配列の上流にリボ
ソーム結合部位の存在が必要である。そのようなリボソーム結合部位は,例えば
,Gold et al.(Ann.Rev.Microbiol.35:36
5−404,1981)に記載されている。制御配列,発現ベクター,トランス
フォーメーション方法等の選択は,遺伝子を発現させるために用いられる宿主細
胞のタイプに依存する。本明細書において用いる場合,"細胞","細胞株"および
"細胞培養"は互換的に用いることができ,そのような名称はすべて子孫を含む。
すなわち,"トランスフォーマント"または"トランスフォームした細胞"との語句
は,継代の数にかかわらず,初代対象細胞およびここから誘導された培養物を含
む。また,意図的なまたは偶然の変異のために,すべての子孫がDNA含有物に
おいて精密に同一ではないかもしれないことが理解される。しかし,定義される
ように,変異体子孫は元々のトランスフォームした細胞と同じ機能性を有する。
【0171】 本発明の発現システムにおいて用いることができる宿主細胞は,目的とするポ
リペプチドの発現において用いるのに適当である限り,特に限定されない。適当
な宿主はしばしば真核生物細胞を含むことができる。好ましい真核生物宿主には
,例えば,酵母,真菌,昆虫細胞,哺乳動物細胞(インビボまたは組織培養のい
ずれか)が含まれる。宿主として有用でありうる哺乳動物細胞には,HeLa細
胞,繊維芽細胞由来の細胞,例えばVEROまたはCHO−K1,またはリンパ
球由来の細胞,およびこれらの誘導体が含まれる。好ましい哺乳動物宿主細胞に
は,SP2/0およびJ558L,ならびに神経芽細胞腫細胞株,例えばIMR
332が含まれ,これらは正しい翻訳後プロセシングのよりすぐれた能力を提供
することができる。
【0172】 さらに,植物細胞もまた宿主として利用可能であり,植物細胞と適合しうる制
御配列,例えばカリフラワーモザイクウイルス35Sおよび19S,およびノパ
リンシンターゼプロモーターおよびポリアデニル化シグナル配列が利用可能であ
る。他の好ましい宿主は昆虫細胞,例えば,Drosophila larva
eである。昆虫細胞を宿主として用いる場合,Drosophilaアルコール
デヒドロゲナーゼプロモーターを用いることができる(Rubin,Scien
ce 240:1453−1459,1988)。あるいは,バキュロウイルス
ベクターを,昆虫細胞において本発明のキナーゼを大量に発現するよう遺伝子工
学処理することができる(Jasny,Science 238:1653,1
987;Miller et al.,Genetic Engineerin
g,Vol.8,Plenum,Setlow et al.,eds.,pp
.277−297,1986)。
【0173】 酵母がグルコースの豊富な培地中で成長するときに大量に産生される解糖系酵
素をコードする活発に発現されている配列からのプロモーターおよび終止要素を
組み込んだ一連の酵母発現システムの任意のものを用いることができる。既知の
解糖系遺伝子配列はまた,非常に効率的な転写制御シグナルを提供することがで
きる。酵母は,翻訳後修飾を行うこともできる点において,実質的な利点を与え
る。強いプロモーター配列および高コピー数プラスミドを用いる多くの組換えD
NA戦略が存在し,これを酵母において所望の蛋白質を製造するために用いるこ
とができる。酵母はクローン化された哺乳動物遺伝子のリーダー配列を認識して
,リーダー配列を有するペプチド(すなわちプレペプチド)を分泌する。哺乳動
物宿主における本発明のポリペプチドの発現にはいくつかの可能なベクター系が
利用可能である。
【0174】 宿主の性質に応じて,広範な種類の転写および翻訳制御配列を用いることがで
きる。転写および翻訳制御シグナルは,制御シグナルが高レベルの発現を有する
特定の遺伝子配列に関連しているウイルス起源,例えばアデノウイルス,ウシパ
ピローマウイルス,サイトメガロウイルス,サルウイルス等から誘導することが
できる。あるいは,哺乳動物発現産物,例えばアクチン,コラーゲン,ミオシン
などからのプロモーターを用いることができる。転写開始制御シグナルは,遺伝
子配列の発現を調節することができるように,抑制または活性化を可能とするも
のを選択することができる。興味深いものは,温度を変化させることにより発現
を抑制または開始することができるように温度感受性であるか,化学物質(例え
ば代謝産物)制御を行うことができる制御シグナルである。
【0175】 本発明のポリペプチドの真核生物宿主における発現には,真核生物制御領域を
使用することが必要である。そのような領域は,一般に,RNA合成の開始を指
示するのに十分なプロモーター領域を含む。好ましい真核生物プロモーターには
,例えば,マウスメタロチオネインI遺伝子配列のプロモーター(Hamer
et al.,J.Mol.Appl.Gen.1:273−288,1982
);ヘルペスウイルスのTKプロモーター(McKnight,Cell 31
:355−365,1982);SV40初期プロモーター(Benoist
et al.,Nature(London)290:304−31,1981
);および酵母gal4遺伝子配列プロモーター(Johnston et a
l.,Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)79:6971−6
975,1982;Silver et al.,Proc.Natl.Aca
d.Sci.(USA)81:5951−5955,1984)が含まれる。
【0176】 真核生物mRNAの翻訳は,最初のメチオニンをコードするコドンから開始さ
れる。この理由のため,真核生物プロモーターと,本発明のポリペプチド(また
はその機能的誘導体)をコードするDNA配列との間の連結には,メチオニンを
コードしうる介在コドン(すなわちAUG)が含まれないことを確実にすること
が好ましい。そのようなコドンの存在は,融合蛋白質(AUGコドンが本発明の
ポリペプチドのコーディング配列と同じリーディングフレームにある場合)また
はフレームシフト変異(AUGコドンが本発明のポリペプチドのコーディング配
列と同じリーディングフレームにない場合)の形成のいずれかをもたらす。
【0177】 本発明のポリペプチドをコードする核酸分子および動作可能なように連結され
たプロモーターは,レシピエントである原核生物または真核生物細胞中に,非複
製DNAまたはRNA分子のいずれかとして導入することができ,これは,直線
状分子またはより好ましくは閉環状分子のいずれでもよい。そのような分子は自
己複製することができず,遺伝子の発現は導入された配列の過渡的発現により生
ずる。あるいは,導入されたDNA配列が宿主染色体中にインテグレートされる
ことにより永久発現が得られる。
【0178】 所望の遺伝子配列を宿主細胞染色体中にインテグレートしうるベクターを用い
ることができる。導入されたDNAをその染色体中に安定にインテグレートして
いる細胞は,発現ベクターを含有する宿主細胞の選択を可能とする1またはそれ
以上のマーカーを導入することにより選択することができる。マーカーは,栄養
要求性宿主に対する栄養,殺生物剤耐性(例えば抗生物質,または重金属,例え
ば銅)等を提供することができる。選択マーカー遺伝子配列は,発現させるべき
DNA遺伝子配列に直接連結してもよく,または同じ細胞にコトランスフェクシ
ョンにより導入してもよい。mRNAの最適な合成には追加の要素も必要であろ
う。これらの要素には,スプライシングシグナル,ならびに転写プロモーター,
エンハンサー,および終止シグナルが含まれる。そのような要素を組み込んだc
DNA発現ベクターには,Okayama(Mol.Cell.Biol.3:
280−289,1983)により記載されるものが含まれる。
【0179】 導入された核酸分子は,レシピエント宿主中で自己複製可能なプラスミドまた
はウイルスベクター中に取り込ませることができる。この目的のために広範な種
類のベクターの任意のものを用いることができる。特定のプラスミドまたはウイ
ルスベクターの選択において重要な因子には,ベクターを含むレシピエント細胞
を認識しベクターを含まないレシピエント細胞から選択することの容易性;特定
の宿主において所望されるベクターのコピー数;およびベクターを異なる種の宿
主細胞間で"シャトル"しうることが望ましいか否かが含まれる。
【0180】 好ましい原核生物ベクターには,E.coli中で複製しうるプラスミド(例
えば,,pBR322,ColEl,pSC101,pACYC184,ΣVX
;"Molecular Cloning:A Laboratory Man
ual",1989,上掲)などのプラスミドが含まれる。.Bacillus
プラスミドには,pC194,pC221,pT127等が含まれる(Gryc
zan,The Molecular Biology of the Bac
illi,Academic Press,NY,pp.307−329,19
82)。適当なStreptomycesプラスミドには,p1J101(Ke
ndall et al.,J.Bacteriol.169:4177−41
83,1987),およびStreptomycesバクテリオファージ,例え
ばIC31(Chater et al.,Sixth Internatio
nal Symposiumon Actinomycetales Biol
ogy,Akademiai Kaido,Budapest,Hungary
,pp.45−54,1986)が含まれる。Pseudomonasプラスミ
ドはJohn et al.(Rev.Infect.Dis.8:693−7
04,1986),およびIzaki(Jpn.J.Bacteriol.33
:729−742,1978)により概説されている。
【0181】 好ましい真核生物プラスミドには,例えば,BPV,ワクチニア,SV40,
2−ミクロンサークル等,またはそれらの誘導体が含まれる。そのようなプラス
ミドは当該技術分野においてよく知られている(Botstein et al
.,Miami Wntr.Symp.19:265−274,1982;Br
oach,"The Molecular Biology of the Y
east Saccharomyces:Life Cycle and In
heritance",Cold Spring Harbor Labora
tory,Cold Spring Harbor,NY,p.445−470
,1981;Broach,Cell 28:203−204,1982;Bo
llon et al.,J.Clin.Hematol.Oncol.10:
39−48,1980;Maniatis,Cell Biology:A C
omprehensive Treatise,Vol.3,Gene Seq
uence Expression,Academic Press,NY,p
p.563−608,1980)。
【0182】 構築物を含有するベクターまたは核酸分子を発現用に用意した後,DNA構築
物は,種々の適当な手段,すなわち,トランスフォーメーション,トランスフェ
クション,コンジュゲーション,プロトプラスト融合,エレクトロポレーション
,粒子銃技術,リン酸カルシウム沈澱,直接マイクロインジェクション等により
,適当な宿主細胞中に導入することができる。ベクターを導入した後,レシピエ
ント細胞を,ベクター含有細胞の成長を選択する選択培地中で成長させる。クロ
ーニングされた遺伝子の発現により,本発明のポリペプチドまたはそのフラグメ
ントが産生される。これは,トランスフォームした細胞中でそのまま起こるか,
またはこれらの細胞を分化させるよう誘導した後に起こる(例えば,ブロモデオ
キシウラシルを神経芽細胞腫等に投与することにより)。本発明のペプチドを形
成するために,種々のインキュベーション条件を用いることができる。最も好ま
しい条件は,生理学的条件を模倣した条件である。
【0183】IV.本発明の蛋白質およびその発現パターン 当該技術分野において知られる種々の方法論を用いて,本発明のポリペプチド
を得ることができる。ポリペプチドは,天然にポリペプチドを産生する組織また
は細胞から精製することができる。あるいは,上述の単離された核酸フラグメン
トを用いて本発明のポリペプチドを生物中で発現させることができる。本発明の
試料には,細胞,蛋白質抽出物または細胞の膜抽出物,または生物学的液体が含
まれる。試料は,アッセイフォーマット,検出方法,および試料として用いられ
る組織,細胞または抽出物の性質に基づいて様々であろう。
【0184】 起源生物が天然にそのようなポリペプチドを含む限り,任意の真核生物を本発
明のポリペプチドの起源として用いることができる。本明細書において用いる場
合,"起源生物"とは,その生物においてサブユニットが発現されているか,およ
び最終的にそれから単離されたかにかかわらず,サブユニットのアミノ酸配列が
由来する元の生物を意味する。
【0185】 当業者は,天然の夾雑物を含まないポリペプチドを得るために,蛋白質を単離
する既知の方法に容易にしたがうことができる。これらには,限定されないが,
サイズ排除クロマトグラフィー,HPLC,イオン交換クロマトグラフィー,お
よび免疫アフィニティークロマトグラフィーが含まれる。
【0186】Tks107(Grub) GrubのC末端におけるDH/PHドメインのタンデムアレイは,蛋白質の
Dblファミリーの顕著な特徴である。このファミリーの多くのメンバーは,N
末端切断により細胞トランスフォーメーション活性を示す。細胞トランスフォー
メーションには,DH/PHモジュールが無傷であることが必要である。
【0187】 GrubmRNAは,調べた全てのヒト組織で発現しており,特に膵臓および
脾臓で高い発現が見られる(図11)。60種類の腫瘍細胞株についてGrub
の発現レベルを測定し,13(−21%)種類の細胞株で有意に上昇しているこ
とが見いだされ,10またはそれ以上の細胞株でわずかに上昇しているかもしれ
ない(図12)。欠失分析は,293細胞において両方を共発現させたときGr
ubがN末端においてSrcによりリン酸化されることを示す(図13)。29
3細胞中で発現させた組換えGrubは,見かけのMr約190,000で移動
する(図13)。これは予測されるMrである164,701(一次アミノ酸配
列に基づく)より大きいが,この範囲のサイズの蛋白質のMrを正確に決定する
ことはしばしば困難であり,GrubがそのMrを変更するかもしれない翻訳後
修飾を有するか否かは明らかではない。
【0188】 Grubの正常および切断型変異体の過剰発現の結果の特性決定,特にこれら
が細胞トランスフォーメーションを誘導するか逆転するかに着目したものが進行
中である。組換え的に発現させた全長および切断型Grubを,小GTPase
の種々のメンバーに対するGEF活性の可能性について試験する。これらの組換
え蛋白質を発現する安定なクローンが単離されるであろう。これらは成長速度,
DNA合成,細胞接触阻害(フォーカス形成),アンカー非依存性成長(軟寒天
アッセイ),およびヌードマウスにおける腫瘍原性について特性決定されるであ
ろう。
【0189】Tks113 Tks113mRNAは調べたすべてのヒト組織で発現されており,精巣,心
臓および骨格筋において最も高く発現される(図14)。これらの実験における
Tks113のmRNAの見かけのサイズは約2.4kbである。さらに,Tk
s113のN末端に対して生成させた抗体は,NIH3T3細胞において約77
kDaの蛋白質を同定する。これらのデータに基づくと,Tks113は全長ク
ローンではなさそうである(図15)。
【0190】Tks118 TksmRNAは,調べたすべての組織において発現しており,脾臓,胸腺,
前立腺および末梢血リンパ球において最も発現が高い(図17)。Tks118
mRNAは試験した腫瘍細胞株の40%以上で過剰発現されている(図18)。
293細胞において共発現させるとTks118はSrcによりリン酸化される
(図19)。NIH3T3およびSrcでトランスフォームしたNIH3T3細
胞においてTks118を過剰発現させると,アクチン様構造に局在化する(図
20)。注目すべきことに,Tks118はSrcでトランスフォームした細胞
においてはポドソームに局在化する(図20)。この局在化は,ドレブリンホモ
ロジードメインに依存性であり,ドレブリンがアクチン構造に結合してこれを変
化させるという先の報告と一致する。最近,m−SH3P7が抗原レセプター刺
激リンパ球においてチロシンリン酸化され,NIH3T3細胞中のアクチン構造
に共局在するることが示されている(Larbolette,O.,MCB.1
9:1539−1546,1999)。
【0191】 現在,我々は,Tks118がインビトロおよびインビボでアクチン構造に結
合し,および/またはそれに影響を与えるか否かを決定している。種々のTks
118構築物を細胞株で過剰発現させて,細胞成長,トランスフォーメーション
および運動性に及ぼすTks118の影響を決定する。
【0192】Tks202 tks202のDNAフラグメントを用いてMultiple Tissue Northern Blots(Clontech)を探索した。このことに
より,内因性tks202mRNAが約5kbであり,前立腺および膵臓を除き
,試験したほとんどの組織において非常に低いかまたは検出されないレベルで発
現されていることが示された(図22)。
【0193】 小GTPaseは,典型的には約200アミノ酸であり,そのほとんどすべて
は単一のGTPaseドメイン中に折り畳まれている。そのように,Tks20
2は,そのGTPaseドメインへの顕著なN末端の延長を含む点において珍し
い。この延長の存在は,Tks202(および類似の構造のまだ発見されていな
いGTPase)の,GTPaseについてこれまでに知られていない細胞での
役割を示唆するかもしれず,またはGTPase活性を制御する新規なメカニズ
ムであるかもしれないと推測することができる。
【0194】V.Tks107,Tks113,Tks118またはTks202を検出する ための抗体,ハイブリドーマ,使用方法およびキット 本発明はまた,本発明の全長または部分ポリペプチドに対して特異的結合親和
性を有する抗体に関連する。そのような抗体は,本発明のポリペプチドに対する
その結合親和性を他のポリペプチドに対する結合親和性と比較することにより単
離することができる。本発明のポリペプチドに選択的に結合する抗体を,本発明
のポリペプチドと他のポリペプチドとを区別することを必要とする方法において
用いるために選択することができる。そのような方法には,限定されないが,他
のポリペプチドを含む組織における発現の変化の分析が含まれる。
【0195】 本発明のポリペプチドは,種々の手順および方法,例えば抗体の生成,医薬組
成物の同定,およびDNA/蛋白質相互作用の研究において用いることができる
【0196】 本発明のポリペプチドは,抗体またはハイブリドーマを生成するために用いる
ことができる。当業者は,抗体が望まれる場合,そのようなペプチドを本明細書
に記載されるように生成し,免疫原として用いることができることを認識するで
あろう。本発明の抗体には,モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体,な
らびにこれらの抗体のフラグメント,およびヒト化型が含まれる。本発明の抗体
のヒト化型は,キメラ化またはCDRグラフティング等の当該技術分野において
知られる手法の1つを用いて生成することができる。
【0197】 本発明はまた,上述のモノクローナル抗体,またはその結合フラグメントを産
生するハイブリドーマに関する。ハイブリドーマは,特定のモノクローナル抗体
を分泌することができる不死化細胞株である。
【0198】 一般に,モノクローナル抗体およびハイブリドーマを製造する手法は当該技術
分野においてよく知られている(Campbell,"Monolonal A
ntibody Technology:Laboratory Techni
ques in Biochemistry and Molecular B
iology",Elsevier Science Publishers,
Amsterdam,The Netherlands,1984;St.Gr
oth et al.,J.Immunol.Methods 35:1−21
,1980)。抗体を生成することが知られている任意の動物(マウス,ウサギ
等)を,選択されたポリペプチドで免疫することができる。免疫の方法は当該技
術分野においてよく知られている。そのような方法には,ポリペプチドの皮下ま
たは腹膜内注射が含まれる。当業者は,免疫に用いるポリペプチドの量は,免疫
する動物,ポリペプチドの抗原性,および注入部位により様々であることを認識
するであろう。
【0199】 ポリペプチドは,ペプチドの抗原性を増加させるために,修飾するかまたはア
ジュバント中で投与することができる。ポリペプチドの抗原性を増加させる方法
は当該技術分野においてよく知られている。そのような方法には,抗原を異種蛋
白質(例えばグロブリンまたはβ−ガラクトシダーゼ)とカップリングさせるか
,または免疫の間にアジュバントを含めることが含まれる。
【0200】 モノクローナル抗体のためには,免疫した動物から脾臓細胞を切除し,ミエロ
ーマ細胞,例えばSP2/0−Agl4ミエローマ細胞と融合させ,モノクロー
ナル抗体産生ハイブリドーマ細胞とさせる。当該技術分野においてよく知られる
多数の方法の任意のものを用いて,所望の特性を有する抗体を産生するハイブリ
ドーマ細胞を同定することができる。これらには,ハイブリドーマをELISA
アッセイ,ウエスタンブロット分析,またはラジオイムノアッセイを用いてスク
リーニングすることが含まれる(Lutz et al.,Exp.CellR
es.175:109−124,1988)。所望の抗体を分泌するハイブリド
ーマをクローニングし,当該技術分野において知られる方法を用いてクラスおよ
びサブクラスを決定する(Campbell,"Monoclonal Ant
ibody Technology:Laboratory Techniqu
es in Biochemistry and Molecular Bio
logy",上掲,1984)。
【0201】 ポリクローナル抗体については,免疫した動物から抗体を含有する抗血清を単
離し,上述の方法の1つを用いて所望の特異性を有する抗体の存在についてスク
リーニングする。上述の抗体は,検出可能なように標識することができる。抗体
は,放射性同位体,アフィニティー標識(例えばビオチン,アビジン等),酵素
標識(例えば西洋ワサビペルオキシダーゼ,アルカリホスファターゼ等),蛍光
標識(例えばFITCまたはローダミン等),常磁性原子等を用いて,検出可能
なように標識することができる。そのような標識を行う方法は当該技術分野にお
いてよく知られている。例えば,Stemberger et al.,J.H
istochem.Cytochem.18:315,1970;Bayer
et al.Meth.Enzym.62:308−319,1979;Eng
val et al.,Immunol.109:129−135,1972;
Goding,J.Immunol.Meth.13:215−226,197
6を参照。本発明の標識された抗体は,インビトロ,インビボ,およびインシト
ゥーアッセイに用いて,特定のペプチドを発現する細胞または組織を同定するこ
とができる。
【0202】 上述の抗体は,固体支持体上に固定化してもよい。そのような固体支持体の例
には,プラスチック,例えばポリカーボネート,複合炭水化物,例えばアガロー
スおよびセファロース,アクリル樹脂,例えばポリアクリルアミドおよびラテッ
クスビーズが含まれる。抗体をそのような固体支持体にカップリングさせる技術
は当該技術分野においてよく知られている(Weir et al.,"Han
dbook of Experimental Immunology"4th
Ed.,Blackwell Scientific Publication
s,Oxford,England,Chapter 10,1986;Jac
oby et al.,Meth.Enzym.34,Academic Pr
ess,N.Y.,1974)。本発明の固定化された抗体は,インビトロ,イ
ンビボ,およびインシトゥーアッセイに,ならびに免疫クロマトグラフィーに用
いることができる。
【0203】 さらに,当業者は,合理的に設計された抗ペプチドペプチドを生成するために
,現在利用可能な方法,並びに抗体に関して本明細書に記載される技術,方法お
よびキットを容易に適合させて,特定のペプチド配列に結合しうるペプチドを容
易に生成することができる(Hurby et al.,"Applicati
on of Synthetic Peptides:Antisense P
eptides",In Synthetic Peptides,A Use
r’s Guide,W.H.Freeman,NY,pp.289−307,
1992;Kaspczak et al.,Biochemistry 28
:9230−9238,1989)。
【0204】 抗ペプチドペプチドは,本発明のポリペプチドのペプチド配列中に見いだされ
る塩基性アミノ酸残基を,疎水性および非荷電極性基を維持しながら酸性残基で
置き換えることにより生成することができる。例えば,リジン,アルギニン,お
よび/またはヒスチジン残基をアスパラギン酸またはグルタミン酸で置き換え,
およびグルタミン酸残基をリジン,アルギニンまたはヒスチジンで置き換える。
【0205】 本発明はまた,試料中においてTks107,Tks113,Tks118ま
たはTks202ポリペプチドを検出する方法を包含する。該方法は,(a)試
料を,免疫複合体が形成するような条件下で上述の抗体と接触させ,そして(b
)ポリペプチドに結合した前記抗体の存在を検出する,ことを含む。詳細には,
該方法は,試験試料を1またはそれ以上の本発明の抗体とインキュベートし,抗
体が試験試料に結合するか否かをアッセイすることを含む。試料中で本発明のポ
リペプチドのレベルが正常なレベルと比較して変化していることは疾病を示すか
もしれない。
【0206】 抗体を試験試料とインキュベートする条件は様々である。インキュベーション
条件は,アッセイにおいて用いられるフォーマット,用いられる検出方法,およ
びアッセイにおいて用いられる抗体のタイプおよび性質によって異なる。当業者
は,慣用的に入手可能な免疫学的アッセイフォーマット(例えばラジオイムノア
ッセイ,酵素結合イムノソルベントアッセイ,拡散に基づくオクタロニー,また
はロケット免疫蛍光アッセイ)の任意のものを,本発明の抗体を用いるために容
易に適合させることができることを認識するであろう。そのようなアッセイの例
は,Chard("An Introduction to Radioimm
unoassy and Related Techniques",Else
vier Science Publishers,Amsterdam,Th
e Netherlands,1986),Bullock et al.("
Techniques in Immunocytochemistry",A
cademic Press,Orlando,FLVol.1,1982;V
ol.2,1983;Vol.3,1985),Tijssen("Pract
ice and Theory of Enzyme Immunoassys
:Laboratory Techniques in Biochemist
ry and Molecular Biology",Elsevier S
cience Publishers,Amsterdam,The Neth
erlands,1985)に見いだすことができる。
【0207】 本発明の免疫学的アッセイ試験試料には,細胞,蛋白質または細胞の膜抽出物
,または体液,例えば血液,血清,血漿または尿が含まれる。上述の方法におい
て用いられる試験試料は,アッセイフォーマット,検出方法の性質およびアッセ
イすべき試料として用いられる組織,細胞または抽出物により様々であろう。蛋
白質抽出物または細胞の膜抽出物を製造する方法は当該技術分野においてよく知
られており,用いるシステムにより試験しうる試料を得るために容易に適合させ
ることができる。
【0208】 キットは,先に記載した検出方法を実施するために必要な全ての試薬を含む。
キットは,(i)上述の抗体を含む第1の容器手段,および(ii)抗体の結合
パートナーと標識を含むコンジュゲートを含む第2の容器手段を含むことができ
る。好ましくは,キットは使用の指針も含む。別の好ましい態様においては,キ
ットは以下の1またはそれ以上を含む1またはそれ以上の他の容器をさらに含む
:洗浄試薬および結合した抗体の存在を検出しうる試薬。
【0209】 検出試薬の例には,限定されないが,標識第2抗体が含まれ,あるいは,一次
抗体が標識されている場合には,標識された抗体と反応しうる発色団,酵素,ま
たは抗体結合試薬が含まれる。コンパートメント化キットは核酸プローブキット
について上述したようなものでもよい。当業者は,本発明に記載される抗体を,
当該技術分野においてよく知られる確立されたキットフォーマットの1つに容易
に取り込ませることができることを容易に認識するであろう。
【0210】VI.本発明のポリペプチドと相互作用する化合物の単離 本発明はまた,本発明のTks107,Tks113,Tks118またはT
ks202に結合しうる化合物を検出する方法に関する。該方法は,化合物を本
発明のTks107,Tks113,Tks118またはTks202とともに
インキュベートし,Tks107,Tks113,Tks118またはTks2
02に結合した化合物の存在を検出することを含む。化合物は,複雑な混合物,
例えば,血清,体液,または細胞抽出物中に存在していてもよい。
【0211】 本発明はまた,Tks107,Tks113,Tks118またはTks20
2の活性または結合パートナー(例えばsrc)の活性のアゴニストまたはアン
タゴニストを検出する方法に関する。該方法は,本発明のポリペプチドを産生す
る細胞を化合物の存在下でインキュベートし,ポリペプチド活性またはポリペプ
チド結合パートナーの活性のレベルの変化を検出することを含む。このようにし
て同定される化合物は,化合物の存在を示す活性の変化を生ずるであろう。化合
物は,複雑な混合物,例えば,血清,体液,または細胞抽出物中に存在していて
もよい。いったん化合物が同定されれば,当該技術分野においてよく知られる技
術を用いてこれを単離することができる。
【0212】 本発明はまた,哺乳動物においてsrc−結合パートナー関連活性をアゴナイ
ズ(促進)するかまたはアンタゴナイズする方法を包含する。該方法は,前記哺
乳動物に,Tks107,Tks113,Tks118およびTks202ポリ
ペプチドに対するアゴニストまたはアンタゴニストを前記アゴニズムまたはアン
タゴニズムを生ずるのに十分な量で投与することを含む。Tks107,Tks
113,Tks118またはTks202関連機能をアゴナイズまたはアンタゴ
ナイズするのに十分な量のアゴニストまたはアンタゴニストを哺乳動物に投与す
ることを含む,哺乳動物において,Tks107,Tks113,Tks118
またはTks202活性のアゴニストまたはアンタゴニストを用いて,疾病を治
療する方法もまた本発明に含まれる。
【0213】 疾病の新規な治療を発見することをめざして,生物医学研究者および化学者は
,蛋白質ポリペプチドの機能を阻害する分子を設計し,合成し,試験してきた。
いくつかの小さい有機分子は蛋白質ポリペプチドの機能を調節する化合物の一群
を形成する。蛋白質キナーゼの機能を阻害することが報告されている分子の例と
しては,限定されないが,ビス単環式,二環式または複素環式アリール化合物(
PCT WO92/20642,1992年11月26日公開,Maguire
et al.),ビニレン−アザインドール誘導体(PCT WO94/14
808,1994年7月7日公開,Ballinari et al.),1−
シクロプロピル−4−ピリジル−キノロン類(米国特許5,330,992),
スチリル化合物(米国特許5,217,999),スチリル置換ピリジル化合物
(米国特許5,302,606),ある種のキナゾリン誘導体(欧州特許出願0
566266A1),セレオインドール類およびセレニド類(PCT WO94
/03427,1994年2月17日公開,Denny et al.),三環
式ポリヒドロキシ化合物(PCT WO92/21660,1992年12月1
0日公開,Dow),およびベンジルホスホン酸化合物(PCT WO91/1
5495,1991年10月17日公開,Dow et al)が挙げられる(
これらのすべてを図面を含め本明細書の一部としてここに引用する)。
【0214】 細胞膜を横切ることができ,酸加水分解に耐性の化合物は,患者に経口投与さ
れた後に高度に生物利用性となることができるため,治療剤として利点を有する
可能性がある。しかし,これらの蛋白質阻害剤の多くは,機能を弱くしか阻害し
ない。さらに,多くは種々の蛋白質キナーゼを阻害し,したがって,疾病の治療
剤として多くの副作用を引き起こすであろう。
【0215】 しかし,ある種のインドリノン化合物は,酸耐性であり膜透過性である有機分
子の一群を形成する。WO96/22976(1996年8月1日公開,Bal
linari et al.)は,オキシインドール環に融合したテトラリン,
ナフタレン,キノリン,およびインドール置換基を有する水溶性インドリノン化
合物を記載する。これらの二環式置換基は,さらに,ヒドロキシル化アルキル,
リン酸,およびエーテル成分等の極性成分で置換されている。"Indolin
one Combinatorial Libraries and Rela
ted Products and Methods for the Tre
atment of Deseases"と題するTang et al.の米
国特許出願08/702,232(1996年8月23日出願;Lyon&Ly
on Docket No.221/187)および"Benzylidene
−Z−Indoline Compounds for the Treatm
ent of Deseases"と題するTang et alの米国特許出
願08/485,323(1995年6月7日出願;Lyon&Lyon Do
cket No.223/298)および国際特許出願WO96/40116(
1996年12月19日公開,Tang,et al.)およびWO96/22
976(1996年8月1日公開,Ballinari et al)(これら
はすべて,図面および表を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する
)は,オキシインドール環に融合した他の二環式成分ならびに単環式成分を有す
るインドリノン化合物のインドリノン化学ライブラリを記載する。"Indol
inone Combinatorial Libraries and Re
lated Products and Methods for the T
reatment of Deseases"と題するTang et al.
の出願08/702,232(1996年8月23日出願;Lyon&Lyon
Docket No.221/187),"Benzylidene−Z−I
ndoline Compounds for the Treatment
of Deseases"と題するTang et al.の08/485,3
23(1995年6月7日出願;Lyon&Lyon Docket No.2
23/298),およびWO96/22976(1996年8月1日公開,Ba
llinari et al.)は,インドリノンの合成方法,細胞におけるイ
ンドリノン化合物の生物学的活性を試験する方法およびインドリノン誘導体の阻
害パターンを教示する(いずれも,図面含め本明細書の一部としてここに引用す
る)。
【0216】 キナーゼ活性を調節することができる物質の他の例には,限定されないが,チ
ロホスチン,キナゾリン,キノキソリン,およびキノリンが含まれる。上述のキ
ナゾリン,チロホスチン,キノリン,およびキノキソリンには,よく知られる化
合物,例えば文献に記載される化合物が含まれる。例えば,キナゾリン類を記載
する代表的刊行物には,Barker et al.,欧州特許公開05207
22Al;Jones et al.,米国特許.4,447,608;Kab
be et al.,米国特許.4,757,072;Kaul and Vo
ugioukas,米国特許.5,316,553;Kreighbaum a
nd Comer,米国特許.4,343,940;Pegg and War
dleworth,欧州特許公開0562734A1;Barker et a
l.,(1991)Proc.of Am.Assoc.for Cancer
Research 32,327;Bertino,J.R.,(1979)
Cancer Research 3,293−304;Bertino,J.
R.,(1979)Cancer Research 9(2 part1),
293−304;Curtin et al.,(1986)Br.J.Can
cer 53,361−368;Fernandes et al.,(198
3)Cancer Research 43,1117−1123;Ferri
s et al.J.Org.Chem.44(2),173−178;Fry
et al.,(1994)Science265,1093−1095;Ja
ckmanet al.,(1981)Cancer Research 51
,5579−5586;Jones et al.J.Med.Chem.29
(6),1114−1118;Lee and Skibo,(1987)Bi
ochemistry 26(23),7355−7362;Lemus et
al.,(1989)J.Org.Chem.54,3511−3518;L
ey and Seng,(1975)Synthesis 1975,415
−522;Maxwell et al.,(1991)Magnetic R
esonance in Medicine 17,189−196;Mini
et al.,(1985)Cancer Research 45,325
−330;Phillips and Castle,J.(1980)Het
erocyclic Chem.17(19),1489−1596;Reec
e et al.,(1977)Cancer Research47(11)
−.2996−2999;Sculler et al.,(1986)Can
cer Immunol.and Immunother.23,ASS;Si
kora et al.,(1984)Cancer Letters 23,
289−295;Sikora et al.,(1988)Analytic
al Biochem.172,344−355(これらすべては,図面を含め
その全体を本明細書の一部としてここに引用する)が含まれる。
【0217】 キノキサリン類は,Kaul and Vougioukas,米国特許5,
316,553,(図面を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する
)に記載される。
【0218】 キノリン類は,Dolle et al.,(1994)J.Med.Che
m.37,2627−2629;MaGuire,J.(1994)Med.C
hem.37,2129−2131;Burke et al.,(1993)
J.Med.Chem.36,425−432,−およびBurke et a
l.(1992)Bio Organic Med.Chem.Letters
2,1771−1774(これらすべては,図面を含めその全体を本明細書の
一部としてここに引用する)に記載される。
【0219】 チロホスチン類は,Alien et al.,(1993)Clin.Ex
p.Immunol.91,141−156;Anafi et al..(1
993)Blood 82:12,3524−3529;Baker et a
l.,(1992)J.Cell.Sci.102,543−555;Bild
er et al.,(1991)Amer.Physiol.Soc.pp.
6363−6143−.C721−C730;Bruntonet al.,(
1992)Proceedings of Amer.Assoc.Cance
r Rsch.33,558;Bryckaert et al.,(1992
)Exp.Cell Research 199,255−261;Dong
et al.,(1993)J.Leukocyte Biology 53,
53−60;Dong et al.,(1993)J.Immunol.15
1(5),2717−2724;Gazit et al..(1989)J.
Med.Chem.32,2344−2352;Gazit et al.,(
1993)J.Med.Chem.36,3556−3564;Kaur et
al.,(1994)Anti−Cancer Drugs 5,213−2
22;King et al.,(1991)Biochem.J.275,4
13−418;Kuo et al.,(1993)Cancer Lette
rs 74,197−202;Levitzki,A.,(1992)The
FASEB J.6,3275−3282;Lyall et al..(19
89)J.Biol.Chem.264,14503−14509;Peter
son et al.,(1993)The Prostate 22,335
−345;Pillemeret al.,(1992)Int.J.Canc
er 50,80−85;Posner et al.,(1993)Mole
cular Pharmacology 45,673−683;Rendu
et al.,(1992)Biol.Pharmacology 44(5)
,881−888;Sauro and Thomas,(1993)Life
Sciences 53,371−376;Sauro and Thoma
s,(1993)J.Pharm.and Experimental The
rapeutics 267(3),119−1125;Wolbring e
t al.,(1994)J.Biol.Chem.269(36),2247
0−22472;およびYoneda et al.,(1991)Cance
r Research51,4430−4435;(これらはすべて,図面を含
めその全体を本明細書の一部としてここに引用する)に記載される。
【0220】 調節剤として用いることができる他の化合物には,オキシインドリノン,例え
ば,米国特許出願08/702,232(1996年8月23日出願,図面を含
め本明細書の一部としてここに引用する)に記載されるものが含まれる。
【0221】VIII.トランスジェニック動物 本発明に関連するトランスジェニック動物の製造には,種々の方法が利用可能
である。DNAを雄前核と雌前核の融合前に受精可能卵の前核に注入するか,ま
たはDNAを胚性細胞(例えば,2細胞胚の核)の核に注入した後,細胞分裂を
開始させることができる(Brinster et al.,Proc.Nat
.Acad.Sci.USA 82:4438−4442,1985)。本発明
の無機イオンレセプターヌクレオチド配列を有するよう改変したウイルス,特に
レトロウイルスを胚に感染させることができる。
【0222】 胚の内部細胞塊から誘導され培養中で安定化させた多能性幹細胞を,培養中で
操作して本発明のヌクレオチド配列を取り込ませることができる。トランスジェ
ニック動物は,そのような細胞を胚盤胞中に移植し,これを仮母に移植し,分娩
させることにより製造することができる。トランスジェニック実験に適当な動物
は,標準的な商業的供給源,例えばCharles River(Wilmin
gton,MA),Taconic(Germantown,NY),Harl
an Sprague Dawley(Indianapolis,IN)等か
ら入手することができる。
【0223】 齧歯類胚を操作する方法およびDNAを接合子の前核に注入する方法は,当業
者によく知られている(Hogan et al.,上掲)。魚,両生類卵およ
び鳥類のためのマイクロインジェクション法は,Houdebine and
Chourrout(Experientia 47:897−905,199
1)に詳述されている。DNAを動物の組織中に導入する他の方法は,米国特許
,4,945,050(Sandford et al.,1990年7月30
日)に記載されている。
【0224】 一例にすぎないが,トランスジェニックマウスを製造するためには,雌マウス
を過剰排卵誘発する。雌を雄といっしょに置き,交配した雌をCO2窒息または
頚部脱臼により殺し,切除した卵管から胚を回収する。まわりの丘細胞を除去す
る。次に,前核胚を洗浄し,注入時まで保存する。ランダムな周期の成人雌を精
管切除雄と対にする。レシピエント雌はドナー雌と同じ時に交配させる。次に胚
を外科的に移す。トランスジェニックラットを製造する方法はマウスの場合と類
似する方法である(Hammer et al.,Cell 63:1099−
1112,1990)。
【0225】 胚性幹(ES)細胞を培養し,次にエレクトロポレーション,リン酸カルシウ
ム/DNA沈澱および直接注入等の方法を用いてDNAをES細胞中に導入する
ことによりトランスジェニック動物を製造する方法もまた当業者によく知られて
いる(Teratocarcinomas and Embryonic St
em Cell,A Practical Approach,E.J.Rob
ertson,ed.,IRL Press,1987)。
【0226】 ランダム遺伝子インテグレーションを含む場合には,本発明の配列を含むクロ
ーンを耐性をコードする遺伝子とともにコトランスフェクトすることができる。
あるいは,ネオマイシン耐性をコードする遺伝子を,本発明の配列に物理的に連
結させることができる。所望のクローンのトランスフェクションおよび単離は,
当業者によく知られるいくつかの方法のいずれかを用いて実施することができる
(E.J.Robertson,上掲)。
【0227】 ES細胞中に導入されたDNA分子はまた,相同組換えのプロセスにより染色
体中にインテグレートされることができる(Capecchi,Science
244:1288−1292,1989)。組換え事象のポジティブ選択(す
なわち,neo耐性)および二重ポジティブ−ネガティブ選択(すなわち,ne
o耐性およびガンシクロビル耐性)の方法,および続くPCRによる所望のクロ
ーンの同定は,Capecchi,上掲およびJoyner et al.(N
ature 338:153−156,1989)に記載されており,これらの
教示は,図面を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する。この方法
の最後の段階は,標的とするES細胞を胚盤胞中に注入し,胚盤胞を擬妊娠雌に
移すことである。得られるキメラ動物を繁殖させ,子孫をサザンブロッティング
により分析して,トランスジンを有する個体を同定する。非齧歯類哺乳動物およ
び他の動物の製造方法は別の者により議論されている(Houdebine a
nd Chourrout,上掲;Pursel et al.,Scienc
e 244:1281−1288,1989;and Simms et al
.,Bio/Technology 6:179−183,1988)。
【0228】 本発明は,本発明のポリペプチドをコードするトランスジンまたはポリペプチ
ドの発現に影響する遺伝子を含有するトランスジェニックの非ヒト哺乳動物を提
供する。そのようなトランスジェニックの非ヒト哺乳動物は,ポリペプチドの導
入の効果を研究するため,またはポリペプチドの発現を制御(すなわち,追加の
遺伝子,アンチセンス核酸,またはリボザイムの導入により)するためのインビ
ボ試験系として特に有用である。
【0229】 上述の参考文献はすべて,図面を含め本明細書の一部としてここに引用する。
【0230】 "トランスジェニック動物"とは,細胞中に人工的に挿入されたDNAを含む細
胞を有する動物である。該DNAは,その細胞から発生した動物のゲノムの一部
となる。好ましいトランスジェニック動物は,霊長類,マウス,ラット,ウシ,
ブタ,ウマ,ヤギ,ヒツジ,イヌおよびネコである。トランスジェニックDNA
は,ヒトTks107,Tks113,Tks118またはTks202をコー
ドすることができる。動物における自然の発現は,レセプターの発現を減少させ
るのに有効な量のアンチセンスRNAまたはDNAを与えることにより減少させ
ることができる。
【0231】IX.遺伝子治療 Tks107,Tks113,Tks118またはTks202遺伝子または
その遺伝子配列は,遺伝子治療においても有用である(総説としてMiller
,Nature 357:455−460,1992)。Millerは,進歩
により,ポジティブな初期の結果を示したヒト遺伝子治療に対する実用的なアプ
ローチが得られたと述べている。遺伝子治療の基本的な科学はMulligan
(Science 260:926−931,1993)に記載されている。
【0232】 1つの好ましい態様においては,Tks107,Tks113,Tks118
またはTks202のコーディング配列を含む発現ベクターを細胞に挿入し,細
胞をインビトロで成長させ,次にこれを大量に患者に注入する。別の好ましい態
様においては,選択されたプロモーター(例えば,強いプロモーター)を含むD
NAセグメントを,本発明の内因性遺伝子を含む細胞中に,プロモーターセグメ
ントが内因性ポリペプチド遺伝子の発現を増強する様式で移送する(例えば,プ
ロモーターセグメントをこれが内因性遺伝子に直接連結するように細胞内に移送
する)。
【0233】 遺伝子治療は,腫瘍を標的とするポリペプチドcDNAを含むアデノウイルス
の使用を含むことができる。全身ポリペプチドは,遺伝子工学処理した細胞の移
植,そのようなポリペプチドをコードするウイルスの注入,または裸のDNAの
適当な組織への注入により増加する。
【0234】 そのような複合体の活性を調節するために,標的細胞集団を,蛋白質複合体の
1またはそれ以上の変更された形の成分を導入することにより改変することがで
きる。例えば,標的細胞中における複合体成分の活性を減少させるか阻害するこ
とにより,そのような状態につながる異常なシグナル伝達事象を減少させ,阻害
し,または逆転させることができる。蛋白質複合体の他の成分と相互作用する能
力を保持しているが,シグナル伝達において機能することができない成分の欠失
またはミスセンス変異体を用いて,異常な,有害なシグナル伝達事象を阻害する
ことができる。
【0235】 ウイルス,例えばレトロウイルス,ワクチニアウイルス,アデノウイルス,ア
デノ随伴ウイルス,ヘルペスウイルス,いくつかのRNAウイルス,またはウシ
パピローマウイルスに由来する発現ベクターを用いて,本発明の組換えポリペプ
チドをコードするヌクレオチド配列(例えばcDNA)を標的細胞集団(例えば
腫瘍細胞)に輸送することができる。当業者によく知られる方法を用いて,コー
ディング配列を含む組換えウイルスベクターを構築することができる(Mani
atis et al.,Molecular Cloning:A Labo
ratory Manual,Cold Spring Harbor Lab
oratory,N.Y.,1989;Ausubel et al.,Cur
rent Protocols in Molecular Biology,
Greene Publishing Associates and Wil
ey Interscience,N.Y.,1989)。あるいは,蛋白質配
列をコードする組換え核酸分子を裸のDNAとしてまたは再構築系,例えば標的
細胞への輸送のためのリポソームまたは他の脂質系において用いることができる
(例えば,Felgner et al.,Nature 337:387−8
,1989)。ヒト遺伝子治療において用いるための,プラスミドDNAを細胞
内に直接輸送するいくつかの他の方法が存在し,これはプラスミドDNAを蛋白
質に複合体化させることによりDNAを細胞上のレセプターにターゲティングす
ることを含む(Miller,上掲)。
【0236】 最も簡単な形においては,遺伝子輸送は,単にマイクロインジェクション工程
により細胞の核内に最小量のDNAを注入することにより行うことができる(C
apecchi,Cell 22:479−88,1980)。組換え遺伝子は
,いったん細胞内に導入されると,転写および翻訳に関する細胞の正常なメカニ
ズムにより認識されることができ,遺伝子産物が発現される。より多数の細胞に
DNAを導入するための他の方法も試みられている。これらの方法には,DNA
をCaPO4で沈澱させピノサイトーシスにより細胞中に取り込ませるトランス
フェクション(Chen et al.,Mol.Cell Biol.7:2
745−52,1987);細胞を高圧パルスに暴露して膜に穴をあけるエレク
トロポレーション(Chu et al.,Nucleic Acids Re
s.15:1311−26,1987);DNAを親油性ベヒクル中に封入し,
これを標的細胞と融合させるリポフェクチン/リポソーム融合(Felgner
et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.84:74
13−7417,1987);および小さい発射体に結合させたDNAを用いる
粒子衝撃(Yang et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.
87:9568−9572,1990)が含まれる。DNAを細胞内に導入する
他の方法は,DNAを化学的に修飾した蛋白質にカップリングさせることである
【0237】 また,アデノウイルス蛋白質がエンドソームを不安定化させ,DNAの細胞へ
の取り込みを促進しうることが示されている。アデノウイルスをDNA複合体を
含む溶液と混合するか,または組換え遺伝子の取り込みおよび発現を実質的に改
良する蛋白質架橋試薬を用いてアデノウイルスに共有結合したポリリジンにDN
Aを結合させる(Curiel et al.,Am.J.Respir.Ce
ll.Mol.Biol.6:247−52,1992)。
【0238】 本明細書において用いる場合,"遺伝子輸送"とは,外来核酸分子を細胞中に導
入する工程を意味する。遺伝子輸送は,一般に,遺伝子によりコードされる特定
の産物の発現を可能とするために行われる。産物には,蛋白質,ポリペプチド,
アンチセンスDNAまたはRNA,または酵素的に活性なRNAが含まれる。遺
伝子輸送は,培養細胞中で,または動物への直接投与により行うことができる。
一般に,遺伝子輸送には,核酸を非特異的レセプター媒介性相互作用により標的
細胞と接触させ,核酸を膜を通してまたはエンドサイトーシスにより細胞内に取
り込ませ,核酸を原形質膜またはエンドソームから細胞質内に放出させる工程が
含まれる。さらに,発現には,核酸が細胞の核に移動し,転写のための適当な核
因子に結合することが必要である。
【0239】 本明細書において用いる場合,"遺伝子治療"とは,遺伝子輸送の1つの形であ
り,本明細書において用いられる遺伝子輸送の定義の中に含まれ,特にインビボ
でまたはインビトロで細胞から治療用産物を発現させるための遺伝子治療を表す
。遺伝子輸送は,細胞でエクスビボで行い,次に患者に移植することにより,ま
たは,核酸または核酸蛋白質複合体を患者に直接投与することにより,行うこと
ができる。
【0240】 別の好ましい態様においては,Tks107,Tks113,Tks118ま
たはTks202ポリペプチドをコードする核酸配列を有するベクターが提供さ
れ,ここで,核酸配列は特定の組織においてのみ発現される。組織特異的遺伝子
発現を行う方法は,国際公開WO93/09236(1992年11月3日出願
,1993年5月13日公開)に記載される。
【0241】 上述の参考文献はすべて,図面を含め本明細書の一部としてここに引用する。
【0242】 上述したすべてのベクターにおいて,本発明のさらに別の観点は,ベクターに
含まれる核酸配列が,核酸の配列の一部または全てについて,上で定義したよう
な付加,欠失または修飾を含んでいてもよいことである。
【0243】 別の好ましい態様においては,遺伝子置換の方法が記載される。本明細書にお
いて用いる場合,"遺伝子置換"とは,インビボで発現しうる核酸配列を動物に供
給し,このことによりその動物に欠失しているかまたは不完全な内因性遺伝子の
機能を提供することを意味する。
【0244】X.物質の投与 患者に投与すべき化合物の量を決定する方法,および化合物を生物に投与する
モードは,米国特許08/702,282(1996年8月23日出願)および
国際公開WO96/22976(1996年8月1日公開)に記載されており,
これらの両方とも,図面を含めその全体を本明細書の一部としてここに引用する
。当業者は,そのような記載が本発明に適用可能であり,これに容易に適合しう
ることを理解するであろう。
【0245】 適切な投与量は,種々の因子,例えば,治療している疾病のタイプ,用いられ
る特定の組成物,および患者のサイズおよび生理学的状態等に依存する。本明細
書に記載される化合物の治療的に有効な用量は,最初に細胞培養および動物モデ
ルから見積もることができる。例えば,動物モデルにおいて,最初は細胞培養ア
ッセイにおいて決定されたIC50を考慮して循環濃度範囲を達成するような用量
を処方することができる。動物モデルのデータを用いて,ヒトにおいて有用な用
量をさらに正確に決定することができる。
【0246】 薬剤および代謝産物の血漿半減期および血漿,腫瘍,および主要な臓器におけ
る生物学的分布を決定して,疾患を阻害するのに最も適当な薬剤の選択を容易に
することができる。そのような測定を実施することができる。例えば,薬剤で処
置した動物の血漿についてHPLC分析を行い,X線,CATスキャン,および
MRI等の検出方法を用いて放射性標識した化合物の位置を決定することができ
る。スクリーニングアッセイにおいて強力な阻害活性を示すが,不十分な薬物動
力学的特性を有する化合物は,化学構造の変更および再試験により最適化するこ
とができる。この点に関しては,優れた薬物動力学的特性を示す化合物をモデル
として用いることができる。
【0247】 毒性研究は,血液細胞組成物を測定することにより実施することもできる。例
えば,以下のようにして,適当な動物モデルにおいて毒性研究を行うことができ
る1)化合物をマウスに投与し(未処置対照マウスも用いなければならない);
2)各処置群の1匹のマウスの尾部静脈から定期的に血液試料を採取し;そして
3)試料を,赤血球および白血球数,血液細胞組成物,およびリンパ球対多形核
細胞のパーセントについて分析する。各用量計画および対照からの結果の比較は
,毒性が存在するか否かを示す。
【0248】 各毒性研究の終わりに動物を犠牲にすることにより(好ましくは,the A
merican Veterinary Medical Associati
on guidelines Report of the American
Veterinary Medical Assoc.Panel on E
uthanasia,Journal of American Veteri
nary Medical Assoc./202:229−249,1993
にしたがって),さらなる研究を実施することができる。次に,各処置群の代表
的動物を,肉眼剖検により転移の直接証拠,異常な不健康,または毒性について
調べることができる。組織の肉眼異常を記録し,組織を組織学的に調べる。体重
または血液成分の減少を引き起こす化合物,および主要な臓器に有害な影響を有
する化合物はあまり好ましくない。一般に,有害な影響が大きければ大きいほど
,化合物はより好ましくない。
【0249】 癌の治療においては,疎水性薬剤の予測される1日用量は1−500mg/d
ay,好ましくは,1−250mg/day,最も好ましくは,1−50mg/
dayの範囲である。薬剤は,活性成分の血漿レベルが治療の有効性を維持する
のに十分であるかぎり,より少ない頻度で投与することができる。
【0250】 血漿レベルは薬剤の有効性を反映するはずである。一般に,化合物が強力であ
ればあるほど,有効性を達成するのに必要な血漿レベルは低い。
【0251】実施例 以下の実施例は限定的なものではなく,単に本発明の種々の観点および特徴の
代表例にすぎない。
【0252】リン酸化スクリーニング Src基質を同定するために用いたリン酸化スクリーニング法は,先に報告さ
れている(Lock,P.,et.al.EMBOJ.17(15):4346
−4357,1998)。NCIH460λZAPライブラリからの約1.2X
106個のプラークおよびColo205 λZAPIIライブラリ(Stra
tagene)からの4.9x105個のプラークを150mmペトリ皿に播種
した。プレートを10mMイソプロピル−β−D−チオガラクトピラノシド(I
PTG)に浸漬したニトロセルロースフィルターで覆い,37℃で16時間イン
キュベートして,組換えlacZ融合蛋白質の発現を誘導した。レプリカフィル
ターをTEST(10mMTris−HClpH7.4,150mMNaCl,
0.1%Triton X−100)中でよく洗浄し,次にキナーゼ緩衝液(1
0mM MgCl2および2mM MnCl2を含むTBST)中で1時間平衡化
した。フィルターを3%ウシ血清アルブミン(BSA)を含むキナーゼ緩衝液中
で室温で1時間ブロッキングした。組換え蛋白質は,フィルターを1/10また
は1/20容量のバキュロウイルス由来ヒトSrc,250μMATPおよび1
00μMオルトバナジン酸ナトリウムを含むSf9抽出物を補充したキナーゼ緩
衝液中で,30℃で60分間インキュベートすることによりリン酸化した。フィ
ルターをキナーゼ緩衝液のみで簡単に洗浄し,次にストリッピング緩衝液(62
.5mMTris−HClpH7.0,2%SDS,100mM2−β−メルカ
プトエタノール)中で50℃で30分間インキュベートして,スクリーニングを
妨害するかもしれない付随している可能性のあるリン蛋白質,例えばSrcそれ
自体またはSf9細胞由来蛋白質を除去した。チロシンリン酸化蛋白質は,抗ホ
スホチロシンモノクローナル抗体,4G10で,標準的な免疫ブロッティング法
を用いて検出した。陽性の第一次クローンを単離し,SM緩衝液(0.1MNa
Cl,8mMMgSO4・7H2O,50mM Tris7.5,0.01%ゼラ
チン)中に抽出し,追加の2ラウンドのリン酸化スクリーニングにより精製した
。精製したクローンのpBluescriptファージミドをλZAPクローン
から切り出し,ExAssistヘルパーファージを用いて,製造元の指針にし
たがって(Stratagene)SOLR細胞に導入した。
【0253】ラムダプラークスクリーニングおよびノザンハイブリダイゼーション 約360,000個のNCIH460λZAPライブラリプラークをNCZY
Mプレートに播種し,ニトロセルロースフィルター上に持ち上げた。フィルター
を変性し(0.5MNaOH,1.5MNaCl),中和し(0.5MTris
7.4,1.5MNaCl),80℃で焼き,ハイブリダイゼーション緩衝液(
5XSSPE,10Xデンハルト,2%SDS,50%ホルムアミド,0.1m
g/mLサケ精子DNA)中で3−6時間プレハイブリダイズさせた。元の1.
6kbRI/XhoI tks107フラグメント(切り出したファージミドよ
り)を精製し,Boehringer MannheimのRandom Pr
imed DNA Labelling Kitを用いて標識し,Qiagen
のQiaQuickPCR精製キットを用いて精製した。新鮮なハイブリダイゼ
ーション緩衝液中で42℃で一夜ハイブリダイゼーションする間,フィルターを
この標識フラグメントで探索した。次に室温,2XSSC,0.05%SDS,
10分間で3回,および0.1XSSC,0.1%SDS,50℃で20分間で
2回洗浄した。フィルターを風乾し,増感スクリーン1枚を用いて−80℃で一
夜X−OMAT−ARフィルム(Kodak)を感光させた。陽性プラークを単
離し,続くハイブリダイゼーションスクリーニングのラウンドにより均一になる
まで精製した。精製クローンのpBluescriptファージミドをλZAP
クローンから切り出して,上述したようにSOLR細胞に導入した。
【0254】 約270,000個のTriplEX−前立腺ライブラリプラーク(Clon
tech)を,元のTks202クローンから得られた約500b.p.のEc
oRI/Xbalフラグメントで同様に探索した。このフラグメントをRead
y to Go DNA Labelling Beadsを用いてランダムプ
ライム標識し,Probe Quant G−50マイクロカラム(Pharm
acia)で精製した。
【0255】 Human Multiple Tissue Northern Blot
s IおよびII(Clontech)を,tks107クローンからの1.6
kbEcoRI/XhoIフラグメント,Tks113クローンからの1.5k
bEcoRIフラグメント,Tks118クローンからの1.6kbEcoRI
/XhoIフラグメント,およびTks202クローンからの約500b.p.
EcoRI/Xbalフラグメントを用いて,上述したものと同じ標識,ハイブ
リダイゼーションおよび洗浄プロトコルでハイブリダイズさせた。各プローブの
間では,0.5%SDS中で10分間煮沸し,2XSSCで洗浄することにより
ブロットをはがした。
【0256】構築物 すべての分子生物学的手法および緩衝液はSambrook,et.al.1
989に記載されるように実施し調製した。
【0257】 4.65kbNarI/PvuIフラグメント(Tks107の全オープンリ
ーディングフレーム[ORF]および約90n.t.の3’非翻訳領域[UTR
]を含む)をpCMVneoMyc2のEcoRV部位にクローニングすること
により,pCnM−107を構築した。このことにより,CMVプロモーターの
転写制御下にあるN末端Mycタグ付き全長Tks107が作成された。pCn
M−107のC末端にインフレームの466アミノ酸欠失を含むpCnM−10
7Nは,pCnM−107をBstEII/XhoIで消化し,dNTPおよび
T4ポリメラーゼでフィルインし,T4DNAリガーゼで再閉鎖することにより
作成した。pCnM2のMycタグに融合されたtks107のC末端の477
a.a.からなるpCnM−107Cは,pCnM−107のBamHI/Bs
tEIIフラグメントのインフレーム欠失により作成した。pCANMyc−G
rubDH/PHは,GrubのDH/PHドメインのみをコードするBamH
I/XhoIPCRフラグメントをpCAN−MycAのBamHI/XhoI
部位にクローニングすることにより生成した。PCAN−MycAは,ポリリン
カー中に挿入されたMycタグを有するpCDNA3(Invitrogen)
誘導体である。PCRに用いたプライマーは,CCCCGGATCCGAGCG
CAAGCGAAGCATおよびAACTCCTCGAGCTAGGCTGCC
TGTCTCCAC(イタリックのヌクレオチドはBamHIまたはXhol部
位を表す;下線のCTAは遺伝子工学に作成された終止コドンである)であった
。PCAN−Myc−GrubDHは,GrubのDHドメインのみをコードす
るBamHI/XhoIPCRフラグメントをpCANMycAにクローニング
することにより作成した。PCRに用いたプライマーは,以下のとおりであった
:CCCCGGATCCGAGCGCAAGCGAAGCATおよびCACCT
CGAGCTACGCTTCCACGGCCAGCAGGTC(イタリックのヌ
クレオチドはBamHIまたはXhol部位を表す;下線のCTAは遺伝子工学
的に作成された終止コドンである)。
【0258】 tks118の約330n.t.のBamHI/NcoIPCRフラグメント
は,Tks118の5’コーディング領域にBamHl部位を融合させることに
より生成した。NcoI部位はTks118に天然に見いだされる。用いたプラ
イマーは以下のとおりであった:5’プライマー,GCTGGGATCCGAT
CTATGCGCGCGAACCTG(配列番号9)(イタリックのヌクレオチ
ドはBamHI部位を表す;下線のATGはTks118の開始メチオニンであ
る);3’プライマー,TGAAAGCTGTAGTTGGCACCTGA(配
列番号10)。このPCR産物を用いて,tks118中のBamHI/Nco
Iフラグメントを置き換えた。このことにより,すべての5’UTRが効率よく
削除された。得られた構築物(全長tks118をコードする)からのBamH
I/HindIIフラグメントをpCnM2のBamHI/EcoRV部位にク
ローニングしてpCnM−118を得た。DreshのSH3ドメインを欠失す
る発現構築物pCnM−118ΔSH3は,pCnM−118のBamHI/X
cmIフラグメントをpCnM2のBamHI/EcoRV部位にクローニング
することにより作成した。Tks118のSH3ドメインのみを発現する構築物
pCnM−118SH3は,pCnM−118のXcmI/Asp718フラグ
メントをpCnM2のStuI/Asp718部位にクローニングすることによ
り作成した。
【0259】 グルタチオン−S−トランスフェラーゼ(GST)に融合したTks118の
SH3ドメインを発現する構築物は,プライマー5’CGCGAATTCCGG
GCTCAGTGGGCAAGGG(配列番号11)およびGGGCTCGAG
TCACTCAATGAGCTCCAC(配列番号12)3’を用いてSH3ド
メインをPCR増幅し,EcoRI/XhoIで消化し,pGEX−4T−3(
Pharmacia)の同じ部位にクローニングすることにより作成し,プラス
ミドpGEX−118SH3を得た。
【0260】 GSTに融合したtks113のN末端を発現する構築物は,EcoRItk
s113フラグメントをpGEX−4T−3中にクローニングすることにより作
成して,pGEX−113aを得た。Tks113のC末端をコードするAsp
718/XhoIフラグメントをpGEX−113aから欠失させて,pGEX
−113cを得た。
【0261】5’RACE−PCR Tks202の5’末端を伸長させるために5’RACE PCRを改変した
。第1鎖cDNAは,オリゴDTプライミング逆転写によりヒト膵臓mRNAか
ら作成した。第2鎖は,オリゴ(ML2G)AAGTGGCAACAGAGAT
AACGCGTACCGGGでプライミングした。ML2Gの3’末端の3個の
Gはリバーストランスクリプターゼにより転写産物の末端に付加された非特異的
なCの列と塩基対形成する。Tks202の5’RACE PCR反応は,配列
GGCTGGTTCGGCCACTTGAGGGのtks202特異的プライマ
ーおよびML2Gを用いて,GC−RichPCRキット(Roche Mol
ecular Biochemicals)を用いて行った。PCR反応産物を
アガロースゲルで分離し,ニトロセルロースに移し,ランダムプライム(Rea
dy to Go Beads,Pharmacia)標識したTks202−
17の5’末端からの550ntDNAフラグメントとハイブリダイズさせた(
上述のように)。約500bpの標識されたバンドを切り出し,TopoTAク
ローニングキット(Invitrogen)を用いてpCR2.1Topo中に
クローニングした。所望の挿入物を有するコロニーを,同じtks202−17
プローブを用いてコロニーハイブリダイゼーションにより同定した。これらのコ
ロニーからのDNAを調製し配列決定した。
【0262】細胞培養およびDNAトランスフェクション 活性化トリSrcアレルY527F(NIH3T3−Y527F)を安定に発
現する293,NIH3T3,およびNIH3T3細胞株を,10%FCSおよ
び抗生物質を含むダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)中で成長させた。D
NAトランスフェクションの前日に,コンフルエントの293細胞を1:10に
,またはNIH3T3を1:5に分割した。リポフェクタミン(Gibco)ま
たはエフェクテン(Qiagen)を用いて,製造元の指針にしたがって,細胞
を0.1−5μgのDNAで4−20時間トランスフェクトした。トランスフェ
クトした細胞をDMEM,10%FCS,および抗生物質中で一夜回復させた。
【0263】抗体 GST−DreshSH3およびGST−113c融合蛋白質の産生を細菌中
で誘導し,グルタチオン−アガロースビーズ(Pharmacia)で精製した
。400mLの誘導物からの細胞ペレットを,100mg/mLリゾチウム,1
0μg/mLアプロチニン,20μMロイペプチンおよび100μM(PMSF
)を含む30mLの10mM Tris8.0,150mM NaCl,1mM
EDTA(STE)に再懸濁し,超音波処理して細胞を溶解させた。溶解物を1
7Kgで15分間遠心分離した。10mLのPBSを上清に加え,Tween2
0を加えて最終濃度0.1%とした。これをグルタチオン−アガロースカラムに
負荷し,0.1%Tween20を含むPBSでよく洗浄した。融合蛋白質は,
75mMHepes7.5,150mMNaCl,200mMグルタチオン,5
mMDTTおよび0.1%オクチルグルコシドを用いて溶出した。溶出物をPB
Sに対して透析した。
【0264】 ポリクローナル抗体は,ウサギを2つの融合蛋白質(AnimalPharm
)で免疫することにより生成した。抗体は,(NH42SO4で沈澱させ,PB
S中に再懸濁し,GSTとカップリングさせたカラムを通してGST特異的抗体
を除去した。得られた溶出物をCN−Br活性化セファロース4B(Pharm
acia)にカップリングさせたGST融合蛋白質を含むカラムを通すことによ
り,アフィニティー精製した。
【0265】細胞溶解,免疫沈澱,免疫ブロッティング 溶解用の細胞は,(PBS+Na3VO4)中で洗浄し,100μMNa3
4,10mMNaF,0.5−2.0mMDTT,10μg/mlアプロチニ
ン,20μMロイペプチンおよび100μMフッ化フェニルメチルスルホニル(
PMSF)を含む,RIPA溶解緩衝液(20mMTris7.5,150mM
NaCl,1%TX100,1%デオキシコール酸,0.1%SDS)またはH
NTG(1.5mMMgCl2,150mMNaCl,50mMHepes7.
5.10%グリセロール,1%TX100,1mMEGTA)中で溶解した。抽
出物は16,000gで10分間の遠心分離により透明にした。
【0266】 2−20μgの9E10抗体または12CA5および20μLのプロテインA
/G(Santa Cruz Biotechnology)とともに4℃で4
時間インキュベートすることにより,約0.2−5.0mgの総蛋白質を免疫沈
澱した。免疫複合体を溶解緩衝液で4回洗浄し,45μlのSDS試料緩衝液(
80mMTris6.8,2%SDS,10%グリセロール,1.25%ブロモ
フェノールブルーおよび280mMβ−メルカプトエタノール)に再懸濁し,9
5℃で3−5分間加熱した。試料をSDS−PAGEに供し,Millipor
e半乾燥ブロッティング装置を用いて,ニトロセルロース膜(MSI)上に免疫
ブロットした。
【0267】 フィルターを3%BSAまたは2%無脂乾燥乳を含むTBST(25mMTr
is7.5,150mMNaClおよび0.1%Tween20)中で,室温で
1時間ブロッキングした。フィルターをブロッキング緩衝液中で一次抗体ととも
に,以下の希釈率を用いて1時間インキュベートした:12CA5,9E10,
および4G101:5000;抗cst1,1:200;抗118SH3(α5
033)および抗tks118(α5029),1:1000。フィルターをT
BSTで3x10分間洗浄し,ブロキング緩衝液中1:10000のロバ抗ウサ
ギHRP(Amersham)またはヤギ抗マウスHRP(Amersham)
中で1時間インキュベートした。フィルターを上述したように洗浄し,増強化学
発光(SuperSignal,Pierce)をFujiRXフィルムと組み
合わせて蛋白質バンドを検出した。
【0268】細胞染色 NIH3T3またはNIH3T3−Y527F細胞を1:5でコンフルエント
の皿からカバースリップに分けた。細胞を上述および明細書本文に記載の種々の
プラスミドでトランスフェクトした。カバースリップ上の細胞をPBS中3%パ
ラホルムアルデヒドで固定し,PBS中0.2%TX100で透過性にした。細
胞をPBST中0.2%TX100,0.2%BSAで希釈した種々の組み合わ
せの抗体で染色した。用いた一次抗体は1/50に希釈した。第2抗体も1:5
0に希釈し,これは,Rabbit−TexRed(ImmunoResear
ch)およびMouse−Oregon−Green(MolecularPr
obe)であった。細胞はまた,ビス−ベンジミドで染色して,核を染色した。
【0269】JNKキナーゼアッセイ 293細胞をpCAN−HA−JNKおよび種々の発現プラスミドでトランス
フェクトした。細胞をHNTG中で溶解し,0.2mgを12CA5を用いて4
時間免疫沈澱させた。免疫沈殿物を溶解緩衝液で3回,キナーゼ緩衝液(25m
MHepes7.6,20mMMgCl2,2mMDTT,100μMNa3VO 4 ,1mMPMSF)で2回洗浄した。各免疫沈澱物の1/2をアクリルアミド
ゲルに流し,HA−JNK発現レベルについてウエスタンブロットを行った。残
りを,20μMATP,5μCiγP32ATP,および5μgのGST−Jun
1−223を含む30μlのキナーゼ緩衝液に再懸濁し,30℃で30分間イン
キュベートした。7μlの5xLaemmli試料緩衝液で反応を停止し,沸騰
させ,10%SDS−PAGEゲルで分離し,乾燥し,フィルムに露光した。G
ST−Junバンドを切り出し,シンチレーションカウンターで計数した。
【0270】2−ハイブリッドスクリーニング pCnM−107NからのGrubのN末端ドメインをコードするBamHI
フラグメントを,pEG202のBamHI部位にクローニングして,pEG−
107Nを作成した。このプラスミドは,DNA結合ドメインLexAに融合さ
れたGrubのN末端をコードする。このおとり構築物をS.cervisia
eEGY48株に導入して,得られる株を製造した。EGY48は,LEU2お
よびLexA結合部位を有する合成プロモーターの制御下にあるβ−ガラクトシ
ダーゼ遺伝子を含む。酵母発現ベクターpJG45中のHelacDNA発現ラ
イブラリを,得られた株にトランスフォームした(Gyuris,J.,Gol
emis,E.,Chertkov,H.,and Brent,R.(199
3)Cell 75,791−803)。約1.8X106個のトランスフォー
マントを相互作用クローンについてスクリーニングした。6個の独立したcDN
Aは,先に単離された遺伝子スナピン(Dardi,et.al.Nature
Neuro.(1999)2,119−124)と同一であることが見いださ
れた。2個の独立した重複クローンは,ラットRACK1のヒトのオルトログで
あることが見いだされた(Ron,D.,et.al.P.N.A.S.(19
94)91,839−843)。
【0271】結論 当業者は,本発明が,その目的を実施し,記載される結果および利点,ならび
に本明細書に固有のものを得るのによく適合していることを容易に理解するであ
ろう。本明細書に記載される分子複合体および方法,手順,処理,分子,特定の
化合物は,現在のところ好ましい態様の代表的なものであり,例示的なものであ
って,本発明の範囲を限定することを意図するものではない。当業者は,本発明
の範囲および精神から逸脱することなく,本明細書に開示される本発明に対して
種々の置換および変更をなすことが可能であることを容易に理解するであろう。
【0272】 本明細書において言及されるすべての特許および刊行物は,本発明の属する技
術分野の技術者のレベルを示す。すべての特許および刊行物は,それぞれの刊行
物が特定的に個々に本明細書の一部としてここに引用されることと同じ程度に,
本明細書の一部として引用される。
【0273】 本明細書に例示的に記載されている発明は,本明細書に特定的に開示されてい
ない任意の要素または限定なしでも適切に実施することができる。すなわち,例
えば,本明細書における各例において,"・・・を含む","・・・から本質的に
なる"および"・・・からなる"との用語は,他の2つのいずれかと置き換えるこ
とができる。本明細書において用いた用語および表現は,説明の用語として用い
るものであり,限定ではない。そのような用語および表現の使用においては,示
されかつ記載されている特徴またはその一部の等価物を排除することを意図する
ものではない。特許請求の範囲に記載される本発明の範囲中で種々の変更が可能
であることが理解される。
【0274】 すなわち,好ましい態様および任意の特徴により本発明を特定的に開示してき
たが,当業者には本明細書に記載される概念の変更および変種が可能であり,そ
のような変更および変種も特許請求の範囲に定義される本発明の範囲内であると
考えられることが理解されるべきである。
【0275】 さらに,発明の特徴および観点がマーカッシュグループの用語で記載されてい
る場合,当業者は,本発明が,マーカッシュグループのメンバーの個々のメンバ
ーまたはサブグループに関してもまた記載されていることを認識するであろう。
例えば,Xが,臭素,塩素およびヨウ素からなる群より選択されるとして記載さ
れている場合,Xが臭素である特許請求の範囲およびXが臭素および塩素である
特許請求の範囲も完全に記載されている。
【0276】 遺伝コードの縮重の観点から,核酸の他の組み合わせもまた本明細書のペプチ
ドおよび蛋白質をコードする。例えば,GCT,GCC,GCA,GCGの4つ
の核酸配列はすべてアミノ酸アラニンをコードする。したがって,あるアミノ酸
について平均で3つのコドンが存在し,100アミノ酸の長さのポリペプチドは
平均で3100,もしくは5x1047種類の核酸配列によりコードされるであろ
う。すなわち,日常的な方法を用いて過度の実験なしに,核酸配列を改変して第
1の核酸配列によりコードされるものと同じポリペプチドをコードする第2の核
酸配列を形成することができる。すなわち,特許請求の範囲に記載されるペプチ
ドおよび蛋白質をコードするすべての可能な核酸もまた,コドン使用,特にヒト
において好ましいものを完全に考慮してこれらがすべて書き出されているように
,本明細書に完全に記載されている。さらに,ポリペプチドの有意な活性が変更
しない配列の領域内において,ポリペプチドのアミノ酸配列,またはそのような
ポリペプチドをコードする対応する核酸配列の変更が生ずるよう設計しまたは選
択することができる。例えば,ポリペプチドの活性部位と離れたβターン中で,
アミノ酸変化を生じさせることができる。また,欠失(例えば活性部位に影響を
与えないポリペプチドのセグメントまたはそのようなポリペプチドをコードする
対応する核酸配列を除去する)および付加(例えば,活性部位の機能に影響を与
えずに,ポリペプチド配列により多くのアミノ酸を付加する,例えばGST融合
蛋白質を形成する,または活性部位の機能に影響を与えずにそのようなポリペプ
チドをコードする対応する核酸配列に付加する)もまた本発明の範囲内である。
ポリペプチドに対するそのような変更は,当業者が日常的な方法を用いて過度の
実験なしに行うことができる。すなわち,本発明のペプチドまたは蛋白質の有意
な活性に影響を与えないと容易に決定することができるすべての可能な核酸およ
び/またはアミノ酸配列もまた本明細書に完全に記載されている。
【0277】 本明細書においては,発明を広くかつ一般的に記載している。一般的開示に含
まれるより狭い種および亜属のそれぞれのグループもまた本発明の一部を形成す
る。これには,除かれたものが具体的に記載されているか否かにかかわらず,属
から任意の主題を除く「ただし・・・」またはネガティブ限定を含む発明の一般
的記載が含まれる。
【0278】 他の態様も特許請求の範囲の範囲内である。
【図面の簡単な説明】
【図1】 図1は,Tks107のヌクレオチド配列(配列番号1)を示す
【図2】 図2は,Tks113のヌクレオチド配列(配列番号2)を示す
【図3】 図3は,Tks118のヌクレオチド配列(配列番号3)を示す
【図4】 図4は,Tks202のヌクレオチド配列(配列番号4)を示す
【図5】 図5は,Tks107の翻訳されるアミノ酸配列(配列番号5)
を示す。
【図6】 図6は,Tks113の翻訳されるアミノ酸配列(配列番号6)
を示す。
【図7】 図7は,Tks118の翻訳されるアミノ酸配列(配列番号7)
を示す。
【図8】 図8は,Tks202の翻訳されるアミノ酸配列(配列番号8)
を示す。
【図9】 図9は,dbl,cdc24,vav,tiam,fgdlおよ
びGrubのdblホモロジー(DH)ドメインの隠れマルコフモデル(HMM
)アラインメントを示す。
【図10】 図10は,Grubプレクストリンホモロジー(PH)ドメイ
ンと,dbl,tiam,およびfgdlのPHドメインの隠れマルコフモデル
(HMM)アラインメントを示す。
【図11】 図11は,種々の組織におけるGrubの発現を示す。
【図12】 図12は,正常組織およびNCI腫瘍細胞におけるGrubの
発現を示す。
【図13】 図13は,293細胞におけるGrubとSrcの共発現を示
す。
【図14】 図14は,種々の組織におけるTks113の発現を示す。
【図15】 図15は,Tks113特異的抗体を示す。
【図16】 図16は,Tks118とmSH3P7,ドレブリンEおよび
SrcのSH3ドメインのアミノ酸配列アラインメント(J.Heinの方法を
用いるMegAlign)を示す。
【図17】 図17は,種々の組織におけるTks118の発現を示す。
【図18】 図18は,正常組織およびNCI腫瘍細胞におけるTks11
8の発現を示す。
【図19】 図19は,293細胞におけるTks118とSrcの共発現
を示す。
【図20】 図20は,NIH3T3−Y527F細胞の抗Tks118(
α5033)および抗ビンクリン(Upstate Biotechnolog
y)の共染色を示す。
【図21】 図21は,Tks202のC末端と,c−melおよびrab
8のアラインメント(Clustal法を用いるMegAlign)を示す。
【図22】 図22は,種々の組織におけるTks202の発現を示す。
【図23】 図23は,Grubの5つの他のリーディングフレームの翻訳
を示す。
【図24】 図24は,Tks113の5つの他のリーディングフレームの
翻訳を示す。
【図25】 図25は,Tks118の5つの他のリーディングフレームの
翻訳を示す。
【図26】 図26は,Tks202の5つの他のリーディングフレームの
翻訳を示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61P 11/06 A61P 13/12 4C084 13/12 17/06 4H045 17/06 19/02 19/02 25/00 25/00 29/00 29/00 35/00 35/00 37/06 37/06 C07K 14/47 C07K 14/47 16/18 16/18 C12N 1/15 C12N 1/15 1/19 1/19 1/21 1/21 C12Q 1/02 5/10 1/68 A C12Q 1/02 G01N 33/15 Z 1/68 33/50 Z G01N 33/15 33/53 D 33/50 M 33/53 33/566 C12P 21/02 C 33/566 C12N 15/00 ZNAA // C12P 21/02 5/00 A B (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,SD,SL,SZ,TZ,UG,ZW ),EA(AM,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU, TJ,TM),AE,AL,AM,AT,AU,AZ, BA,BB,BG,BR,BY,CA,CH,CN,C R,CU,CZ,DE,DK,DM,EE,ES,FI ,GB,GD,GE,GH,GM,HR,HU,ID, IL,IN,IS,JP,KE,KG,KP,KR,K Z,LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV,MA ,MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ, PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI,S K,SL,TJ,TM,TR,TT,TZ,UA,UG ,US,UZ,VN,YU,ZA,ZW (72)発明者 ファン,フアン アメリカ合衆国 94002 カリフォルニア 州 ベルモント, チュラ ビスタ ドラ イブ 1512 (72)発明者 コートニッジ,サラ・エー アメリカ合衆国 94010 カリフォルニア 州 バーリンゲイム,アルバラード スト リート 1408 Fターム(参考) 2G045 BB24 CA25 CB01 CB14 DA12 DA13 DA14 DA36 FB02 FB03 FB07 4B024 AA01 AA11 BA43 BA80 CA04 DA02 EA02 GA11 HA01 HA17 4B063 QA01 QA18 QA19 QQ20 QQ42 QQ52 QR55 QR59 QR62 QR77 QR80 QS24 QS25 QS28 QS34 4B064 AG01 CA10 CA19 CC24 DA01 DA13 4B065 AA90X AA93Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA44 CA46 4C084 AA17 ZA01 ZA34 ZA36 ZA45 ZA59 ZA68 ZA81 ZA89 ZA96 ZB02 ZB11 ZB15 ZB26 4H045 AA10 AA11 AA30 BA10 BA41 CA40 DA76 DA86 EA21 EA22 EA23 EA27 EA28 EA50 FA74

Claims (25)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 Tks107,Tks113,Tks118およびTks
    202からなる群より選択されるポリペプチドをコードする,単離され,濃縮さ
    れ,または精製された核酸分子。
  2. 【請求項2】 前記核酸分子が, (a)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
    ノ酸配列を含むポリペプチドをコードする; (b)(a)のヌクレオチド配列の相補体である; (c)高いストリンジェント条件下で(a)または(b)のヌクレオチド分子に
    ハイブリダイズし,かつ天然に生ずるポリペプチドをコードする; (d)アミノ酸残基の以下のセグメントの全部ではないが1またはそれ以上を欠
    失している点において,配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8
    のアミノ酸配列を含むポリペプチドと異なる:配列番号5の1−1082,10
    83−1257,1258−1264,1265−1372または1373−1
    519;配列番号6の1−383または384−476;配列番号7の1−22
    7,228−371または372−431;または配列番号8の1−629また
    は630−832; (e)(d)のヌクレオチド配列の相補体である; (f)以下のアミノ酸残基の少なくとも1つに記載されるアミノ酸配列を含むポ
    リペプチドをコードする:配列番号5の1−1082,1083−1257,1
    258−1264,1265−1372または1373−1519;配列番号6
    の1−383または384−476;配列番号7の1−227,228−371
    または372−431または配列番号8の1−629または630−832; (g)(f)のヌクレオチド配列の相補体である; (h)C末端ドメイン,N末端ドメイン,スペーサー領域,プロリンリッチ領域
    ,DHドメイン,PHドメイン,SH3ドメインおよびGTPaseドメインか
    らなる群より選択されるドメインの全部ではないが1またはそれ以上を欠失して
    いる点において,配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載
    されるアミノ酸配列を含むポリペプチドと異なる;または (i)(h)のヌクレオチド配列の相補体である, ヌクレオチド配列を含む,請求項1記載の核酸分子。
  3. 【請求項3】 宿主細胞において転写を開始するのに有効なベクターまた
    はプロモーターをさらに含む,請求項1記載の核酸分子。
  4. 【請求項4】 前記核酸分子が,哺乳動物から単離され,濃縮され,また
    は精製されたものである,請求項1記載の核酸分子。
  5. 【請求項5】 前記哺乳動物がヒトである,請求項4記載の核酸分子。
  6. 【請求項6】 試料中においてポリペプチドをコードするヌクレオチド配
    列を検出する核酸配列を含む核酸プローブであって,前記ポリペプチドが,Tk
    s107,Tks113,Tks118およびTks202からなる群より選択
    されることを特徴とする核酸プローブ。
  7. 【請求項7】 前記ポリペプチドが,配列番号5,配列番号6,配列番号
    7または配列番号8に記載されるアミノ酸配列によりコードされる蛋白質のフラ
    グメントである,請求項6記載のプローブ。
  8. 【請求項8】 Tks107,Tks113,Tks118およびTks
    202からなる群より選択されるポリペプチドをコードする核酸分子を含む組換
    え細胞。
  9. 【請求項9】 前記ポリペプチドが,配列番号5,配列番号6,配列番号
    7または配列番号8に記載されるアミノ酸配列によりコードされる蛋白質のフラ
    グメントである,請求項8記載の細胞。
  10. 【請求項10】 全長または部分長Tks107,Tks113,Tks
    118およびTks202からなる群より選択される,単離され,濃縮され,ま
    たは精製されたポリペプチド。
  11. 【請求項11】 前記ポリペプチドが,配列番号5,配列番号6,配列番
    号7または配列番号8に記載されるアミノ酸配列によりコードされる蛋白質のフ
    ラグメントである,請求項10記載のポリペプチド。
  12. 【請求項12】 前記ポリペプチドが, (a)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
    ノ酸配列; (b)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
    ノ酸配列,ただし,以下のアミノ酸残基のセグメントの全部ではないが1または
    それ以上を欠失する点において異なる:配列番号5の1−1082,1083−
    1257,1258−1264,1265−1372または1373−1519
    ;配列番号6の1−383または384−476;配列番号7の1−227,2
    28−371または372−431または配列番号8の1−629または630
    −832; (c)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
    ノ酸配列の,以下のアミノ酸残基の少なくとも1つを含むアミノ酸配列:配列番
    号5の1−1082,1083−1257,1258−1264,1265−1
    372または1373−1519;配列番号6の1−383または384−47
    6;配列番号7の1−227,228−371または372−431;または配
    列番号8の1−629または630−832;または (d)配列番号5,配列番号6,配列番号7または配列番号8に記載されるアミ
    ノ酸配列であって,ただし,C末端ドメイン,N−末端ドメイン,スペーサー領
    域,プロリンリッチ領域,DHドメイン,PHドメイン,SH3ドメインおよび
    GTPaseドメインからなる群より選択されるドメインの,全部ではないが1
    またはそれ以上を欠失する点において異なるアミノ酸配列, を含む,請求項10記載のポリペプチド。
  13. 【請求項13】 前記ポリペプチドが,哺乳動物から単離され,精製され
    ,または濃縮されたものである,請求項10記載のポリペプチド。
  14. 【請求項14】 前記哺乳動物がヒトである,請求項13記載のポリペプ
    チド。
  15. 【請求項15】 前記ポリペプチドが,Tks107,Tks113,T
    ks118またはTks202ポリペプチドである,請求項10記載のポリペプ
    チド。
  16. 【請求項16】 Tks107,Tks113,Tks118およびTk
    s202からなる群より選択されるポリペプチドに対して特異的結合親和性を有
    する抗体または抗体フラグメント。
  17. 【請求項17】 Tks107,Tks113,Tks118およびTk
    s202からなる群より選択されるポリペプチドに対して特異的結合親和性を有
    する抗体を産生するハイブリドーマ。
  18. 【請求項18】 ポリペプチド活性を調節する物質を同定する方法であっ
    て, (a)Tks107,Tks113,Tks118およびTks202からなる
    群より選択されるポリペプチドを試験物質と接触させ; (b)ポリペプチドの活性を測定し;および (c)物質が前記ポリペプチドの活性を調節するか否かを判定する, の各工程を含む方法。
  19. 【請求項19】 ポリペプチドの活性がポリペプチドとSrcとの間の相
    互作用を含む,請求項18記載の方法。
  20. 【請求項20】 細胞において活性を調節する物質を同定する方法であっ
    て, (a)ポリペプチドまたはポリペプチドドメインを細胞中で発現させ,ここで,
    前記ポリペプチドまたはポリペプチドドメインは,Tks107,Tks113
    ,Tks118およびTks202からなる群より選択され; (b)試験物質を前記細胞に加え;そして (c)細胞表現型または前記ポリペプチドまたはポリペプチドドメインと天然の
    結合パートナーとの間の相互作用の変化をモニターする, の各工程を含む方法。
  21. 【請求項21】 天然の結合パートナーがSrcである,請求項20記載
    の方法。
  22. 【請求項22】 治療を必要とする患者に,Tks107,Tks113
    ,Tks118およびTks202からなる群より選択されるポリペプチドの活
    性を調節する物質を投与することにより,疾病または疾患を治療する方法。
  23. 【請求項23】 前記疾病またはまたは疾患が,慢性関節リウマチ,動脈
    硬化,自己免疫疾患,臓器移植,心筋梗塞,心筋症,発作,腎不全,酸化ストレ
    ス関連神経変性性疾患,免疫関連疾病および疾患,心臓血管疾病および癌からな
    る群より選択される,請求項22記載の方法。
  24. 【請求項24】 前記免疫関連疾病および疾患が,慢性関節リウマチ,慢
    性炎症性大腸疾病,慢性炎症性骨盤疾病,多発性硬化症,喘息,変形性関節症,
    乾癬,アテローム性動脈硬化症,鼻炎,自己免疫および臓器移植からなる群より
    選択される,請求項23記載の方法。
  25. 【請求項25】 疾病または疾患の診断道具として試料中においてポリペ
    プチドを検出する方法であって, (a)試料を,Tks107,Tks113,Tks118およびTks202
    からなる群より選択されるポリペプチドの核酸標的領域にハイブリダイゼーショ
    ンアッセイ条件下でハイブリダイズする核酸プローブと接触させ,前記プローブ
    は,前記ポリペプチド,そのフラグメント,および前記配列およびフラグメント
    の相補体をコードする核酸配列を含み;そして (b)プローブ:標的領域ハイブリッドの存在または量を前記疾病の指標として
    検出する の各工程を含む方法。
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