JP2002355088A - 変異嚢胞性線維症膜通過伝導率制御タンパク質(cftr)の製造法 - Google Patents

変異嚢胞性線維症膜通過伝導率制御タンパク質(cftr)の製造法

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JP2002355088A JP2001402257A JP2001402257A JP2002355088A JP 2002355088 A JP2002355088 A JP 2002355088A JP 2001402257 A JP2001402257 A JP 2001402257A JP 2001402257 A JP2001402257 A JP 2001402257A JP 2002355088 A JP2002355088 A JP 2002355088A
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ツイ ラプ−チー
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Manuel Buchwald
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 CFキャリアーのスクリーニング及び検出、
CF診断および治療のための技術を提供すること。 【解決手段】 キャリアーのスクリーニング及び検出、
CF診断および治療に使用し得るCFタンパク質遺伝子
をクローニングし、単離精製する。

Description

【発明の詳細な説明】 本発明は、米国国立衛生研究所(NIH)によって支給
されたグラントR01DK39690−02およびDK
34944による政府後援で行われた。政府は、本発明
について一定の権利を有する。発明の分野 本発明は、概して嚢胞性線維症(CF)遺伝子に関し、
さらに詳細には正常および変異CF遺伝子類に対応する
DNA配列の同定、単離およびクローニング、ならびに
それらの転写体および遺伝子産物類に関する。本発明
は、さらに、CFキャリアーのスクリーニングおよび検
出方法、CF診断および出生前CFスクリーニングおよ
び診断、および前記DNAN タンパク質、および前記
タンパク質の代謝機能から誘導した情報を用いる組換え
技術および薬物療法を利用した遺伝子治療に関する。発明の背景 嚢胞性線維症(CF)は、コーカサス人種において最も
よくみられる重篤な常染色体劣性遺伝的疾患である。そ
れは、北アメリカにおける生存出生2000人中およそ
1人に影響を及ぼす[Boatら、TheMetabo
lic Basis of Inherited Di
sease,第6版、2649−2680頁、 McG
raw Hill、 NY(1989)]。20人中お
よそ1人が本疾患のキャリアーである。本疾患は193
0年代後半に初めて記載されたが、その根本的欠陥は不
明のままである。嚢胞性線維症の主な症状として、慢性
肺疾患、膵外分泌不全、および汗電解質レベル上昇が挙
げられる。本症状は、外分泌障害である嚢胞性線維症と
一致している。最近CF患者細胞の上皮の先端膜を横断
するイオン運搬の解析が進んではいるが、塩素イオン
(chloride)チャンネルの異常制御が本疾患の
一次欠陥を示すかどうかは明らかでない。本疾患の分子
メカニズムの理解が欠如していることを考慮し、したが
って、関与遺伝子の直接クローニングによりその染色体
位置に基づいて分子欠損の性質を理解する試みが、異な
る別の方法として行われた。しかし、本疾患の遺伝的基
礎の正確な性質を導くようなまたは嚢胞性線維症遺伝子
の同定を可能とするような明確な表現型は皆無である。
集団遺伝学データに関連するCF欠陥の性質は、容易に
は明らかとはならない。本疾患の有病率および臨床的異
質性は、2−3の異なるメカニズム;高変異率、ヘテロ
接合体の長所、遺伝的変動、複数座、および繁殖代償作
用によって説明されてきた。仮説の多くは、根本的欠陥
の知識が欠けているために試験することができない。し
たがって、CF遺伝子の決定および特性解析のための別
の方法では、遺伝子解析によってこの遺伝子の局在を同
定する試みを中心とした。CF遺伝子の抗原性かつタン
パク質マーカー類への連結解析が1950年代に試みら
れたが、確たる結果は全く得られなかった[Stein
bergら,アメリカンジャーナル・オブ・ヒューマン
ジェネティックス(Am.J.Hum.Genet.
8:162−176,(1956);Steinber
gおよびMorton、 アメリカンジャーナル・オブ
・ヒューマンジェネティックス(Am.J.Hum.G
enet.)8:177−189,(1956);Go
odchildら、ジャーナル・オブ・メディカルジェ
ネティックス(J.Med.Genet.)7:417
−419,1976]。さらに最近になって、連結解析
を促進するためにRFLP類を使用することが可能とな
った。CF遺伝子へのRFLPの最初の連結は、198
5年に記載され[Tsuiら、サイエンス Scien
ce)230:1054−1057,1985]、その
中で連結がCF遺伝子と特性解析されていないマーカー
DOCRI−917との間に見られた。本関連は、CF
に罹患した子供を有する390家族の解析で判明した。
このことは、染色体局在は立証されなかったが、本疾患
遺伝子の局在がヒトゲノムのおよそ1%に、すなわち、
3000万ヌクレオチド塩基対に狭められたことを示唆
している。DOCRI−917プローブの染色体局在
は、異なるヒト染色体補体を含むげっし類−ヒトハイブ
リッド細胞株類を用いて立証された。DOCRI−91
7(およびしたがってCF遺伝子)がヒト染色体7にマ
ップされることが示された。CF遺伝子の位置を特定す
る試みとして、さらに物理的および遺伝的な遺伝子連結
研究を行った。Zengerlingら[アメリカンジ
ャーナル・オブ・ヒューマンジェネティックス(Am.
J.Hum.Genet.)40:228−236(1
987)]は、ヒト−マウス体細胞ハイブリッドを用い
てCF遺伝子とそれに連結していることが公知のマーカ
ー類とのさらに詳細な物理的関係を得たことを記載して
いる。この刊行物は、CF遺伝子が、染色体7上のバン
ドq22の遠位部またはq31の近位部のいずれかに帰
せられることを示している。Rommensら[アメリ
カンジャーナル・オブ・ヒューマンジェネティックス
(Am.J.Hum.Genet.)43:645−6
63,(1988)]は、多数の新規7q31プローブ
類の単離について詳細に検討している。概説された本方
法により、互いに近接している2個の新規プローブ類、
D7S122およびD7S340が単離された。パルス
フィールドゲル電気泳動マッピングは、これらの2個の
RFLPマーカー類がCF遺伝子に隣接する2個のマー
カー類、MET[White,R.,Woodward
S.,Leppert M.ら,ネーチャー(Nat
ure)318:382−384,(1985)]およ
びD7S8[Wainwright、B.,J.,Sc
ambler,P.J.,およびJ.Schmidtk
e,ネーチャー(Nature)318:384−38
5,(1985)]の間にあり、したがって、CF遺伝
子領域の中にあることを示唆している。これらのマーカ
ー類の発見は、染色体歩行およびジャンピング(jum
ping)の出発点を提供する。Estiville
ら、[ネーチャー(Nature)326:840−8
45 (1987)]は、候補cDNA遺伝子の位置を
調べ部分的に特性解析した。しかし、このことは、CF
遺伝子の正確な位置を教示するものではない。この参考
文献はCpG島の下流にある候補cDNA遺伝子を記載
しており、これは、多数の脊椎動物遺伝子類の上流の低
メチル化GCヌクレオチド含量の多い領域である。この
候補座の染色体位置は、XV2C領域として同定されて
いる。この領域は、欧州特許出願88303645.1
に記載されている。しかし、この実際の領域は、CF遺
伝子を擁していない。CF遺伝子同定で大きな問題は、
マップ位置の知識によるヒト疾患遺伝子のクローニング
におけるこれまでの全ての成功を非常に促進し細胞学的
に検出可能な染色体再配列類または欠失類がないことで
あった。このような再配列類および欠失類は細胞学的に
観察でき、その結果、特定染色体上における物理的位置
が特定疾患と相関させられる。さらに、この細胞学的位
置は、一般に入手可能なDNAプローブ類および細胞学
的に可視可能な染色体中の改変の間の公知の関係に基づ
き、分子的位置と相関させられる。特定疾患遺伝子の分
子的位置の知識によって、特に遺伝子産物が公知でかつ
このクローニングされた遺伝子類の発現産物のイムノア
ッセイによって確認できる時、通常の操作によってこの
遺伝子をクローニングしかつ配列決定することができる
であろう。対照的に、先行技術では、嚢胞性線維症の遺
伝子の細胞学的位置または遺伝子産物のいずれも公知で
なかった。CF遺伝子に隣接するがその分子的位置を特
定することはないマーカー類であるMETおよびD7S
8が最近同定され、本発明者らは、本発明によってCF
遺伝子に迫るためにさまざまな新しい手段を開発した。
これらの手段に用いられた方法として、隣接マーカー類
からの染色体ジャンピング、パルスフィールドゲル電気
泳動の使用による定められた物理的領域からのDNA断
片類のクローニング、CF近傍の低メチル化CpG島か
らのDNA断片類の単離のために設計された体細胞ハイ
ブリッドおよび分子クローニング技術の併用、染色体微
細切断およびクローニング、および7q31領域からの
多数のDNAマーカー類の飽和クローニングが挙げられ
る。これらの新規手段によって、本発明者らは、先行技
術では明確でなくまたは1例では誤りがあった嚢胞性線
維症に関与する遺伝子を同定することができた。これら
の遺伝的および分子クローニング手段を応用して、その
染色体位置に基づき嚢胞性線維症遺伝子の単離およびc
DNAクローニングが、その方法を示唆するゲノム再配
列の恩恵を受けることなく可能となった。CF遺伝子お
よび遺伝子産物の正常および変異形態の同定によって、
核酸プローブ類およびこの遺伝子産物に対する抗体類を
用いるCFスクリーニングおよび臨床試験の開発が可能
となった。欠陥遺伝子産物およびこの遺伝子産物が関与
する経路の相互作用によって、正常遺伝子産物補充およ
び遺伝子操作および運搬(デリバリ)による治療がこれ
で可能となる。発明の要約 嚢胞性線維症疾患過程に関与する遺伝子は以下で”CF
遺伝子”およびその機能的等価物と称するが、これが同
定され、単離され、そして、cDNAがクローニングさ
れ、その転写物および遺伝子産物が同定かつ配列決定さ
れた。前記遺伝子産物中におけるフェニルアラニン残基
の欠失をもたらす3個の塩基対欠損が決定され、CF罹
患患者の約70%におけるCF遺伝子の変異に対応して
おり、残りの症例の全部とはいわないまでもほとんどに
おいて異なる変異が関与していた。前記遺伝子および遺
伝子産物の同定および配列決定により、核酸プローブ類
および前記遺伝子産物に対した作成した抗体類を種々の
ハイブリダイゼーションおよび免疫アッセイに用いて、
正常または欠損CF遺伝子または遺伝子産物のいずれの
存在をもスクリーニングしかつ検出できる。このような
スクリーニングおよび診断のためのアッセイキット類
も、また、提供できる。さて、遺伝子組換え法を用いて
産生を増幅できる前記の正常遺伝子産物またはその機能
的等価物を補充することによる患者の治療が、同様に可
能となった。さらに、嚢胞性線維症は、前記の遺伝子欠
損をインサイチュー(in situ)で矯正するかま
たは正常遺伝子産物発現が可能なDNA配列を前記患者
の細胞に導入する組換えまたは他のビーイクル類を用い
て治癒できまたは管理することができる。本発明の1面
によれば、DNA分子は、 (a)下記の図1に示したアミノ酸残基1位から148
0位までのDNA配列に対応するDNA配列類; (b)下記の図1によるアミノ酸残基1位から1480
位までの配列を有する正常CFTRポリペプチド類をコ
ードするDNA配列類; (c)アミノ酸残基1位から1480位までの間の少な
くとも16個の連続ヌクレオチド類を含む下記の図1の
配列断片に対応するDNA配列類; (d)少なくとも16個のヌクレオチド類からなりかつ
下記図1のアミノ酸配列の断片をコードするDNA配列
類;および (e)下記図1の配列中においてアミノ酸残基1位から
1480位までの間の少なくとも18個の連続ヌクレオ
チド類によってコードされるエピトープをコードするD
NA配列類、からなる群から選択されたDNA配列から
なる。本発明のもうひとつの面によれば、精製された変
異CF遺伝子はある1個のタンパク質のアミノ酸配列を
コードするDNA配列からなり、この中で、前記タンパ
ク質は、ヒト体細胞中で発現された時に遺伝的疾患嚢胞
性線維症に相関する改変された細胞機能に関連してい
る。本発明のもうひとつの側面によれば、精製されたD
NA分子は、上記のDNA配列に対応するRNA配列か
らなる。本発明のもうひとつの側面によれば、1個のD
NA分子は、上記のDNA配列に対応するcDNA分子
からなる。本発明のもうひとつの側面によれば、精製さ
れた核酸プローブは、群(a)から(e)までの上記に
記載の選択されたDNA配列類に対応するDNAまたは
RNAヌクレオチド配列からなる。本発明のもうひとつ
の側面によれば、DNA分子は、下記の図1に示したア
ミノ酸残基1位から1480位までの配列を有する変異
CFTRポリペプチドをコードするDNA配列からな
る。本配列は、さらに、アミノ酸残基508位からのフ
ェニルアラニンの欠失をもたらす3個の塩基対変異によ
って特徴づけられる。本発明のもうひとつの面によれ
ば、1個のDNA分子は、(a)変異DNA配列に対応
し、かつ、発現されると変異CFTRポリペプチドをコ
ードするDNA配列類(b)少なくとも20個のヌクレ
オチド類を含む変異DNA配列類の1個の断片に対応す
るDNA配列類;(c)少なくとも20個のヌクレオチ
ド類からなりかつ変異CFTRタンパク質アミノ酸配列
の1個の断片をコードするDNA配列類;および(d)
この変異DNA配列中の少なくとも18個の連続ヌクレ
オチド類によってコードされるエピトープをコードする
DNA配列類、からなる群から選択された1個のDNA
配列からなる。本発明のもうひとつの面によれば、RN
A配列からなる精製されたRNA分子は、変異DNA配
列に対応する。本発明のもうひとつの面によれば、正常
または変異DNAおよびその断片類のDNA配列類から
なる組換えクローニングベクターが提供される。本発明
の面によれば、前記ベクターが、組換えDNA分子中に
おいて発現制御配列に操作上連結され、その結果、正常
CFTRタンパク質が発現されるか、または、これとは
別に他の選択された変異DNA配列によって、変異CF
TRポリペプチドが発現できる。発現制御配列は、原核
または真核細胞類およびそれらのウイルス類およびその
組み合わせ類の遺伝子類の発現を制御する配列からなる
群から選択される。本発明のもうひとつの面によれば、
正常CFTRポリペプチドを産生する方法は、(a)培
地中でかつ正常CFTRポリペプチドの発現に好適な条
件下で正常DNA配列のための組換えベクターを移入さ
れた宿主細胞を培養すること、および(b)前記発現さ
れた正常CFTRポリペプチドを単離すること、の段階
からなる。本発明のもうひとつの面によれば、変異CF
TRポリペプチド産生の方法は、(a)培地中でかつ変
異CFTRポリペプチドの発現に好適な条件下で変異D
NA配列のための組換えベクターを移入された宿主細胞
を培養すること、および(b)前記発現された変異CF
TRポリペプチドを単離すること、の段階からなる。本
発明のもうひとつの面によれば、ヒト細胞膜起源の精製
されたタンパク質は、前記タンパク質がヒト細胞膜中に
存在する時遺伝的疾患である嚢胞性線維症を起こす細胞
機能と関連している変異DNA配列によってコードされ
るアミノ(酸)配列からなる。本発明のもうひとつの面
によれば、前記CFTRポリペプチドは、約170,0
00ダルトンの分子量および上皮細胞膜通過(トランス
メンブレン)イオン伝導率に影響を及ぼす活性を特徴と
する。本発明のもうひとつの面によれば、実質的に純粋
なCFTRタンパク質がヒト上皮細胞において発現さ
れ、かつ、上皮細胞膜に結合することによって上皮細胞
膜中に形成されたチャンネルを介してイオンの動きを修
飾することによって、上皮細胞を介してイオン輸送の制
御およびコントロールに関与することができることを特
徴とする。本発明のもうひとつの面によれば、CFTR
タンパク質を単離する工程は、(a)末梢タンパク質を
上皮細胞膜から抽出し、前記のCFTRタンパク質を含
む必須タンパク質を有する膜物質を提供すること;
(b)前記膜物質の前記必須タンパク質類を溶解し、前
記必須タンパク質類の溶液を形成すること;(c)前記
CFTRタンパク質を分離し、哺乳類起源の残りの全て
の他のタンパク質類を除去すること、からなる。本発明
のもうひとつの面によれば、対象がCFキャリアーまた
はCF患者であるかどうかを決定するために患者をスク
リーニングする方法が提供され、本方法は、前記スクリ
ーニングすべき対象の生物試料を提供すること、前記生
物試料中において正常CF遺伝子、正常CF遺伝子産物
類、変異CF遺伝子、変異CF遺伝子産物類およびその
混合物類からなる群由来の少なくとも1つの構成員の存
在を検出するためのアッセイを提供することの段階から
なる。本発明のもうひとつの面によれば、CFTRポリ
ペプチドに特異的な免疫活性抗CFTRポリクローナル
またはモノクローナル抗体が提供される。本発明のもう
ひとつの面によれば、イムノアッセイ法によってCF遺
伝子の存在をアッセイするキットは、(a)CF遺伝子
の遺伝子産物に特異的に結合する抗体;(b)前記遺伝
子産物への抗体の結合を検出するための試薬手段;およ
び(c)それぞれ、前記イムノアッセイを実施するため
に有効な量で存在する抗体および試薬手段からなる。本
発明のもうひとつの面によれば、ハイブリダイゼーショ
ン法によってCF遺伝子の存在をアッセイするためのキ
ットは、(a)特異的に前記CF遺伝子に結合するオリ
ゴヌクレオチドプローブ;(b)前記オリゴヌクレオチ
ドプローブの前記CF遺伝子へのハイブリダイゼーショ
ンを検出するための試薬手段;および(c)それぞれ、
前記ハイブリダイゼーションアッセイを実施するために
有効な量で存在する抗体および試薬手段からなる。本発
明のもうひとつの面によれば、患者の嚢胞性線維症を治
療するための方法が提供される。本治療は、患者に対し
て治療有効量の正常CFTRタンパク質を投与する段階
からなる。本発明のもうひとつの面によれば、嚢胞性線
維症の遺伝子治療方法は、正常CFTRタンパク質をコ
ードする正常DNA配列に対応する配列を含むDNA分
子の運搬(デリバリ)段階からなる。本発明のもうひと
つの面によれば、動物は、非相同細胞系からなる。前記
細胞系は、この動物における嚢胞性線維症症状を含む変
異DNA配列に対応する組換えDNA配列を含む組換え
DNA配列を含む組換えクローニングベクターを含む。
本発明のもうひとつの面によれば、トランスジェニック
マウスは、嚢胞性線維症症状を呈する。図面の簡単な説明 図1は、CF遺伝子のヌクレオチド配列およびCFTR
タンパク質の前記アミノ酸配列である。図2は、CF遺
伝子の制限地図および前記遺伝子への染色体歩行および
ジャンピングに使用された略手段である。図3は、前記
CF遺伝子を含みかつ取り囲む領域のパルスフィールド
ゲル電気泳動地図である。図4A、4Bおよび4Cは、
種間ハイブリダイゼーションによる保存されたヌクレオ
チド配列類の検出を示している。図4Dは、プローブ類
E4.3およびH1.6の重複するセグメント類の制限
地図である。図5は、ゲノムおよびcDNAプローブ類
を用いたRNAブロットハイブリダイゼーション解析で
ある。繊維芽細胞、気管(正常およびCF)、膵、肝、
HL60、T84、および脳RNAへのハイブリダイゼ
ーションを示している。図6は、前記CF遺伝子の5’
末端におけるE4.3クローニング領域のメチル化状況
である。図7は、cDNAのゲノムDNA断片類への配
列を示したCFTR cDNAの制限地図である。図8
は、CFTR cDNA(クローン10−1)の部分に
よる6.5kbのmRNA転写体への種々のヒト組織中
におけるハイブリダイゼーションを示したRNAゲルブ
ロット解析である。図9は、EcoRIおよびHind
IIIで消化したゲノムRNAへのCFTR cDNA
クローン類によるハイブリダイゼーションを示したDN
Aブロットハイブリダイゼーション解析である。図10
は、CFTR cDNAの5’および3’末端を特性解
析したプライマー延長実験である。図11は、ヒドロパ
シープロフィールであり、かつ、CFTRの予測2次構
造を示している。図12は、予測されたCFTRポリペ
プチド中における内部相同性のドットマトリックス解析
である。図13は、予測されたCFTRタンパク質の略
モデルである。図14は、CF遺伝子に緊密に連結した
制限断片長多形性(RFLP類)の略図であり、その中
で、倒立三角形は、F508 3塩基対欠失の位置を示
している。図15は、正常配列を検出するプローブNお
よびCF変異配列を検出するプローブFによるオリゴヌ
クレオチドハイブリダイゼーションによるF508変異
の検出を示したものである。図16は、CFTRの延長
NBF類の最もよく保存されたセグメント類と他のタン
パク質類の匹敵する領域類との配列を示したものであ
る。図17は、F508欠失周辺のDNA配列である。
図18は、F508欠失におけるDNA配列を示したヌ
クレオチド配列決定ゲルを示したものである。図19a
および19bは、pGEXプラスミド類によって形質転
換された細菌溶解物(JM101)からのタンパク質の
電気泳動後クーマシーブルー(Coomasie Bl
ue)染色ポリアクリルアミドゲル類である。図20
は、2匹の異なるウサギから得た免疫前および免疫血清
による融合タンパク質#1含有細菌溶解物のイムノブロ
ットである。図21は、図20のウサギ#1からの免疫
血清を用いたT−84膜類のイムノブロットである。図
22は、表8のペプチド#2とKLHとの結合物で免疫
したウサギ由来免疫前血清および免疫血清で探索したイ
ムノブロットである。好適な態様の詳細な説明 1.定義 本発明のさまざまな態様のレビューおよび本発明をなす
ためにかつそれを用いる際に利用したさまざまな要素類
および構成の理解を円滑にするために、本発明に使用し
た以下の用語の定義は、下記のようである: CF−嚢胞性線維症 CFキャリアー−外見上健康であるがその染色体がその
人の子孫に遺伝することができる変異CF遺伝子を含有
する者。
CF患者−各染色体上に変異CF遺伝子を有する者で、
それらが嚢胞性線維症の症状を示す者。
CF遺伝子−その変異形態が本疾患嚢胞性線維症に関連
している遺伝子。この定義は、存在する種々の配列多形
性を含むものと理解されるが、前記遺伝子配列中でヌク
レオチド置換が前記遺伝子産物の必須機能に影響を及ぼ
さないことを特徴とする。この用語は、元来、単離され
たコード配列に関するが、また、隣接制御要素類および
/またはイントロン類の一部または全てを含むことがで
きる。
CF−PI−嚢胞性線維症膵不全は嚢胞性線維症患者の
主要臨床サブグループであり、膵外分泌機能不全を特徴
とする。
CF−PS−嚢胞性線維症膵良好群(sufficie
nt)は、正常食物消化のための十分な膵外分泌機能を
有する嚢胞性線維症患者の臨床サブグループである。
CFTR−嚢胞性線維症膜通過(トランスメンンブレ
ン)伝導率制御タンパク質で、CF遺伝子によってコー
ドされる。この定義には、ヒトまたは動物起源から単離
されたか、組換え有機体によって産生されたか、および
化学的または酵素的に合成されたようなタンパク質を含
む。この定義は、前記配列中の種々の領域内のアミノ酸
置換が前記タンパク質の本来の機能、またはそのヒドロ
パシープロフィールまたは2次または3次構造に影響を
及ぼさないさまざまな多形性形態を含むものと理解され
る。
DNA−標準的命名法を用いて塩基類を同定した。イン
トロンを有さないDNA−内部非コードセグメント類、
例えばcDNAを欠失しているDNA片。
IRP座配列−(プロトオンコジーンint−1関連)
CF遺伝子近傍に局在する遺伝子。
変異CFTR−1次、2次およ3次構造の関連からCF
TRに高度に類似しているタンパク質であるが、少数の
アミノ酸置換および/または欠失および/または挿入の
結果、その本来の機能が傷害され、上皮細胞がCFTR
よりもむしろ変異CFTRを発現する有機体が嚢胞性線
維症の症状を示すようなタンパク質。
mCF−ヒトCF遺伝子に同じ(orthologou
s)マウス遺伝子。
NBF類−ヌクレオチド(ATP)結合折り畳み。
ORF−読みとり枠。
PCR−ポリメラーゼチェーン反応。
タンパク質−標準的一文字表記命名法を用いてアミノ酸
類を記載する。
R−領域−CFTRタンパク質の高度に価電された細胞
質領域。
RSV−ラウス肉腫ウイルス。
SAP−表面活性タンパク質 RFLP−制限酵素断片長多形性2.前記CF遺伝子の単離 染色体歩行、ジャンピングおよびcDNAハイブリダイ
ゼーションを用いて、500キロベース対(kb)以上
を擁するDNA配列類を、嚢胞性線維症(CF)遺伝子
を含有するヒト染色体7の長腕上の領域から単離した。
数個の転写配列および保存セグメント類を、本領域で同
定した。これらのひとつはCF遺伝子に対応しており、
かつ、ゲノムDNAのおよそ250kbにまたがる。重
複する相補性DNA(cDNA)クローン類を、嚢胞性
線維症遺伝子部分を含有するゲノムDNAセグメントに
よって上皮細胞ライブラリから単離した。この単離され
たcDNAのヌクレオチド配列は、図1に示してある。
それぞれの配列類の各列で、下列はヌクレオチド配列の
標準命名法によるリストである。それぞれの配列の各列
の上列は、それぞれのコドンに対応するアミノ酸の標準
一文字表記命名法である。したがって、本発明は、 (a)下記の図1に示したアミノ酸残基1位から148
0位までのDNA配列に対応するDNA配列類; (b)下記の図1によるアミノ酸残基1位から1480
位までの配列を有する正常CFTRポリペプチド類をコ
ードするDNA配列類; (c)アミノ酸残基1位から1480位までの間の少な
くとも16個の連続ヌクレオチド類を含む下記の図1の
配列断片に対応するDNA配列類; (d)少なくとも16個のヌクレオチド類からなりかつ
下記図1のアミノ酸配列の断片をコードするDNA配列
類;および (e)下記1図の配列中においてアミノ酸残基1位から
1480位までの間の少なくとも18個の連続ヌクレオ
チド類によってコードされるエピトープをコードするD
NA配列類、 からなる群から選択されたDNA配列からなるDNA分
子を提供する。本発明は、また、 (a)ヒト上皮細胞中における嚢胞性線維症関連活性を
特徴づける変異CFTRポリペプチドをコードするDN
A配列、または、さらに3個の塩基対変異によりアミノ
酸残基508位からフェニルアラニン欠失が結果として
生じることを特徴とするアミノ酸残基1位から1480
位までの図1のDNA配列に対応するDNA配列類; (b)パラグラフa)の配列類の断片に対応しかつ少な
くとも16個のヌクレオチド類を含むDNA配列類; (c)少なくとも16個のヌクレオチド類からなりかつ
パラグラフ(a)のDNA配列によってコードされるア
ミノ酸配列の断片をコードするDNA配列類;および (d)パラグラフa)の配列中の少なくとも18個の連
続ヌクレオチド類によってコードされるエピトープをコ
ードするDNA配列類、 からなる群から選択されたDNA配列からなるDNA分
子を提供する。長さがおよそ6,500個のヌクレオチ
ド類の転写体は、CF患者中の罹患組織中で検出可能で
ある。単離されたヌクレオチド配列に基づいて、予測さ
れたタンパク質は、それぞれが膜会合に一致する特性を
有する第1領域およびATP結合に関与すると確信され
ている第2領域を有する2つの類似領域からなる。3b
pの欠失は、第1予測ヌクレオチド結合領域(CF遺伝
子産物のアミノ酸508位)の中央のフェニルアラニン
残基の欠落となり、これは、CF患者中で検出された。
図1の正常DNA配列中のこの変異は、嚢胞性線維症患
者における変異のおよそ70%に対応する。推定された
疾患遺伝子に緊密に結合したDNAマーカー類に基づい
て延長されたハプロタイプデータから、CF変異遺伝子
プールの残りが複数の異なる変異から構成されているこ
とが示唆される。これらの後者の変異対立遺伝子のサブ
グループ(約8%)が、膵が良好である患者サブグルー
プにおいて残りの膵外分泌機能を付与できる。2.1 染色体歩行およびジャンピング Rommensら、同上のD7S122およびD753
40連結領域を包囲する大量のDNAが、候補遺伝子配
列類として検索された。従来の染色体歩行方法に加え
て、染色体ジャンピング法をこの検索過程を加速するた
めに採用した。各ジャンピング終端から、新しい両方向
性歩行を開始させることができた。しばしば哺乳類ゲノ
ム中で遭遇する”クローニング不可”の領域による連続
歩行の停止は、染色体ジャンピングによって回避するこ
とができた。使用した染色体ジャンピングライブラリ
は、過去に記載されている[Collinsら、サイエ
ンス(Science)235,1046(198
7);Ianuzziら、アメリカンジャーナル・オブ
・ヒューマンジェネティックス(Am.J.Hum.G
enet.)44、695(1989)]。当初のライ
ブラリは分取用パルスフィールドゲルによって調製し、
70−130kbの部分的EcoRI断片類を含有させ
ることを意図した;このライブラリによるその後の実験
から、小断片類が同様に示されることが示唆され、ジャ
ンピングの長さが25−110kbであることが判明し
た。このライブラリをsup宿主MC1061に接種
し、標準的手法によってスクリーニングした[Mani
atisら]。陽性クローンをpBRAva23Ava
2中にサブクローニングし、Collinsら、ゲノム
アナリシス(Genome Analysis)ア・
プラクティカルアプローチ(A Practical
Approach)(IRL,ロンドン,1988)、
73−94頁)に記載のようにして、ジャンピング開始
および末端をEcoRIおよびAvaI消化によって同
定した。各クローンについて、ジャンピング末端からの
断片を調べ、染色体7上におけるその位置を確認した。
染色体歩行およびジャンピングによって包含される隣接
染色体領域は約250kbであった。ジャンピングの方
向は、プローブを注意深く選択することによって、Co
llinsらおよびIanuzziら、同上によって記
載のようにして偏らせた。CF遺伝子 cDNAの使用
によって単離された配列類を含む全領域をクローニング
し、これは約500kbである。染色体歩行およびジャ
ンピング手段の概略を図2に示した。CF遺伝子エクソ
ン類は、本図においてローマ数字によって示されてい
る。地図上の水平線は、歩行段階を示しており、一方、
地図上の弓形はジャンプ段階を示している。本図では6
段のそれぞれで左から右へ進行しており、末端の方向
は、示してあるように、7canおよび7qterに向
かっている。酵素EcoRI、HindIII、および
BamHI酵素類の制限地図は、実線上に示してあり、
全クローン領域を網羅している。垂直線よりもむしろ矢
印で示した制限部位は、明確には位置が定められていな
い部位を示している。他の酵素類のための付加的制限部
位を線の下に示してある。クローニングされた領域内の
ギャップは、‖によって示されている。これらは、CF
転写体のcDNAクローン類によって検出される部分に
のみ出現する。これらのギャップは、本領域のパルスフ
ィールドマッピングに基づくと、大きいことはありえな
い。地図上の水平線によって示された歩行クローン類
は、各クローンで得られた歩行の進行を示す矢印の方向
を有している。コスミドクローン類は、文字cによって
開始する。他の全てのクローン類は、ファージである。
コスミドCF26はキメラであることが証明された;点
線を付けた部分は、もうひとつの染色体上の異なるゲノ
ム断片から由来する。ローマ数字IからXXIVまで
は、CF遺伝子エクソン類の位置を示している。線の上
に示した水平の四角は、本実験の間に使用したプローブ
類である。前記プローブ類のうちの3個が、本領域の多
形性検出のために先に同定された断片類の独立したサブ
クローニングを示している:H2.3AはプローブXV
2C(X.Estivilleら、ネーチャー(Nat
ure)、326:840(1987))に対応し、お
よびプローブE4.1はMp6d.9(X.Estiv
illeら、アメリカンジャーナル・オブ・ヒューマン
ジェネティックス(Am.J.Hum.Genet.)
44、704(1989)に対応している。G−2は、
転写された配列を検出するE6の小断片である。R16
1,R159、およびR160は、IRP座配列の部分
から構築された合成オリゴヌクレオチドであり[B.
J.Wainwrightら,EMBO J、7:17
43(1988)]、この転写体のゲノム地図上におけ
る位置を示している。前記の2個の別々に単離されたD
NAマーカー類としてのD7S122(pH131)お
よびD7S340(TM58)はおよそ10kbしか離
れていないので(図2)、前記歩行およびジャンピング
は、本質的に単一点から開始されていた。METおよび
D7S8に関する歩行およびジャンピングの方向は、次
に、数個の稀にしか切断されない(XhoI、NruI
およびNotIに対するそれらのような、図2参照)制
限エンドヌクレアーゼ認識部位の交差によっておよび
J.M.Rommensら、アメリカンジャーナル・オ
ブ・ヒューマンジェネティックス Am.J.Hum.
Genet.)、印刷中;A.M.Poustkaら,
ゲノミックス(Genomics)2、337(198
8);M.L.Drummら、ゲノミックス(Geno
mics)2、346(1988)の長い範囲の物理的
地図を参考にして確認された。パルスフィールドマッピ
ングデータは、同様に、本発明の発明者らによって同定
されたこのNotI部位(図2参照、113kb位)
が、IRP座に関連した先に見いだされたもの(Est
ivilleら1987、同上)に対応していることを
明らかとしていた。その後の遺伝的研究からCFがIR
PおよびD7S8の間に位置している可能性[M.Fa
rrallら、アメリカンジャーナル・オブ・ヒューマ
ンジェネティックス(Am.J.Hum.Gene
t.)43、471(1988)、B.S.Keren
ら、アメリカンジャーナル・オブ・ヒューマンジェネテ
ィックス(Am.J.Hum.Genet.)44,8
27(1989)]が極めて高かったので、歩行および
ジャンピング作業をこの区間のクローニングにのみ向け
て継続した。しかし、図2に示した他のコード領域は、
例えば、G−2、CF14およびCF16が局在され、
さらに、広範囲に研究された。これらのその他の領域の
このような広範囲の研究から、それらが遺伝的データお
よび配列解析に基づきCF遺伝子ではないことが明らか
となった。CF遺伝子の位置およびその特徴についての
知識がないので、この推定上の周辺コード領域を広い範
囲で時間をかけて検討しても、CF遺伝子の検索の方向
が進展することはなかった。しかし、これらの研究は、
CF遺伝子がそれらの領域内にある可能性を除外するた
めに必要であった。280kbセグメント内の3個の領
域が、最初に使用した増幅ゲノムライブラリ中に回収可
能でないことが判明した。これらのクローニング可能性
が少ない領域はH2.3AおよびX.6DNAセグメン
トの近傍に位置しており、それぞれ、図2の75−10
0kb,205−225kbおよび275−285kb
位のコスミドcW44をちょうど越えたところにあっ
た。H2.3Aの近傍の組換えクローン類は極めて不安
定であり、細菌培養を数代しか継代しなくてもその後に
急激な再配列を起こすことが判明した。結果として生成
したギャップを充填するため、不安定配列類の繁殖を可
能とすると報告されている[A.R.Wyman、L.
B.Wolfe,D.Botstein、プロシーディ
ングズ・オブ・ナショナルアカデミー・オブ・サイエン
シズ米国(Proc.Nat.Acad.Sci.US
A)82,2880(1985);K.F.Wertm
an,A.R.Wyman,K.F.Botstei
n、D.Barker、C.Helms,W.H.Pe
tri,ジーン(Gene)、49,263(198
6)]特定の宿主−ベクター系を使用して1次歩行ライ
ブラリを構築した。コスミドcW44近傍の領域は回収
されることに変わりはなかったが、X.6近傍の領域は
これらのライブラリによって救援され成功した。2.2 ゲノムライブラリの構築 ゲノムライブラリは、Manatis(Maniati
s?)ら、モレキュラークローニング(Molecul
ar Cloning):ア・ラボラトリマニュアル
(A Laborator Manual(Cold
Spring Harbor Laboratory,
Cold Spring Harbor,New Yo
rk)に記載の操作の後に構築され、表1に列挙した。
これには、8個のファージ類が含まれており、そのひと
つは、T.Maniatis[Fritschら、セル
(Cell)、19:959(1980)]によって提
供された;残りは、本研究の部分としてManiati
sら、同上に記載の操作に従って構築した。下記製造業
者によって供与されたベクター腕によって、4個のファ
ージライブラリがλDASH(Stratageneか
ら商業的に入手可能)中にクローニングされ、3個がλ
FIX(Stratageneから商業的に入手可能)
中にクローニングされた。1個のλDASHライブラリ
は、ヒト染色体7含有ヒト−ハムスターハイブリッド
(4AF/102/K015)由来Sau3A−部分消
化DNAから構築され、他のライブラリは、ヒト末梢血
またはリンパ芽球性DNAの部分Sau3A,総Bam
HI、または総EcoRI消化から構築された。不安定
配列類の損失を避けるため、このファージライブラリの
内の5つを組換え−欠失宿主DB1316(recD
−)、CES200(recBC−)[Wymanら、
同上、Wertman等、同上、Wyman等、
];またはTAP90[Pattersonらヌクレ
イックアシッズリサーチ(Nucleic Acids
Res.)15:6298(1987)]上で繁殖さ
せた。3つのコスミドライブラリを次に構築した。1つ
では、ベクターpCV108[Lauら、プロシーディ
ングズ・オブ・ナショナルアカデミー・オブ・サイエン
シズ米国(Proc.Nat.Acad.Sci.US
A)80:5225(1983)を用いて、部分消化
(Sau3A)DNAを4AF/102/K015[R
ommensら、[アメリカンジャーナル・オブ・ヒュ
ーマンジェネティックス(Am.J.Hum.Gene
t.)43:4(1988)]をクローニングした。第
2のコスミドライブラリは、部分消化(MboI)ヒト
リンパ芽球性DNAを、インターロイキン−2レセプタ
ーα鎖のための前記RSV(ラウス肉腫ウイルス)プロ
モータ駆動cDNA(M.FordisおよびB.Ho
wardによって供与された)をpWE15の新耐性遺
伝子の代わりに挿入することによって調製したベクター
pWE−IL2R中にクローニングすることによって、
調製した[プロシーディングズ・オブ・ナショナルアカ
デミー・オブ・サイエンシズ米国(Proc.Nat.
Acad.Sci.USA)84:2160(198
7)]。追加の部分MboIコスミドライブラリは、S
alIリンカーをpWE−EL2RのBamHIクロー
ニング部位に挿入することによって作製された[M.D
rumm,未公表データ]ベクターpWE−IL2−S
al中で調製された;これによって、SalIおよびM
boI末端の連結のために部分充填法を使用でき、タン
デム挿入を回避する[Zabarovskyら、ジーン
(Gene)42:19(1986)]。コスミドライ
ブラリは、大腸菌(E.coli)宿主株DH1または
490A中で繁殖させた[M.Steinmetz,
A.Winoto,K.Minard,L.Hood,
セル(Cell)28,489(1982)]。
このファージライブラリの3種を増殖させ、そして、
腸菌(E.coli)株LE392中で増幅させた。4
種のその後のライブラリは、組換え欠損宿主類DB13
16(recD−)またはCES200(recBC
−)[Wyman1985,同上;Wertman19
86,同上;およびWyman1986,同上]にまた
は1例ではTAP90[T.A.Pattersonお
よびM.Dean,ヌクレイックアシッズリサーチ
ucleic Acids Research)15、
6298(1987)]に接種された。各ファージまた
はコスミド挿入物末端近傍の(繰り返し要素類を全く有
していない)単一コピーDNAセグメント類を精製し、
標準的手法による重複DNA断片類を単離するためのラ
イブラリスクリーニングのプローブ類として使用した
(Maniatisら、同上)。1−2×10ファー
ジクローン類は、適当なインディケータ細菌宿主ととも
に150mmシャーレ 25−30個に接種後、37°
Cで10−16時間インキュベートした。各プレートに
ついて二重”リフト”をニトロセルロースまたはナイロ
ン膜で調製し、記載の条件で予備ハイブリダイズおよび
ハイブリダイズさせた[Rommensら、1988,
同上]。プローブは、ランダムプライミング操作[A.
P.FeinbergおよびB.Vogelstei
n、アナリティカルバイオケミストリ(Anal.Bi
ochem.132,6(1983)]を用いて比放射
能5×10cpm/μgを越えるまで32Pで標識し
た。このコスミドライブラリをアンピシリン含有プレー
ト上に塗布し同様にしてスクリーニングした。高いバッ
クグラウンドシグナルを示すDNAプローブ類は、前記
プローブをハイブリダイゼーションバッグに入れる前に
沸騰したプローブを250μg/mlのせん断された変
性胎盤DNAとともに60分間前アニーリングすること
によって、より良好に頻繁に使用できた。各歩行段階に
ついて、クローニングされたDNA断片の中身は、その
染色体位置を確認するための体細胞ハイブリッドパネル
によるハイブリダイゼーションによって、そのゲノムと
の同一直線性を確認するための制限マッピングおよびサ
ザンブロット解析によって決定した。単離されたゲノム
DNA配列類および重複するcDNAクローン類を全て
組み合わせたクローニングされた領域は、500kbを
越えて伸長していた。染色体歩行およびジャンピング操
作によって単離されたDNAセグメント類は、ゲノム配
列と同一直線にあることを立証するため、各セグメント
を: (a)染色体7の局在を確認するためのヒト−げっ歯類
ハイブリッド体細胞によるハイブリダイゼーション解
析、(b)パルスフィールドゲル電気泳動、および
(c)クローニングされたDNAの制限地図とゲノムD
NAのそれとの比較、によって調べた。したがって、単
一コピーヒトDNA配列類は、各組換えファージおよび
コスミドクローンから単離され、Maniatisら、
同上の操作によって行うこれらのハイブリダイゼーショ
ン解析のそれぞれにおいてプローブとして使用した。フ
ァージおよびコスミド単離物の大半は正確な歩行および
ジャンプクローンを示す一方で、わずかが、クローニン
グアーティファクトまたはヒトゲノム中の他の領域から
の交差ハイブリダイゼーション配列類から、または、前
記ライブラリがヒト−ハムスターハイブリッド細胞株か
ら由来する場合ハムスターゲノムから、結果として生成
した。正確な位置の確認は、染色体ジャンピングによっ
て単離されたクローン類について特に重要であった。多
くのジャンプクローン類を検討し、前記遺伝子から研究
の方向をそらすような結論とはならない情報が得られ
た。2.3 制限地図の確認 さらに、重複するクローン類の重複物理地図の確認を、
パルスフィールドゲル電気泳動を用いて長い範囲の制限
マッピング解析によって得た(J.M.Rommen
s,アメリカンジャーナル・オブ・ヒューマンジェネテ
ィックス(Am.J.Hum.Genet.印刷中、
A.M.Poustkaら、1988、同上、M.L.
Drummら、1988、同上)。図3Aから3Eまで
は、長い範囲の制限マッピング研究の知見を例示してお
り、その中で、本領域の概略をパネルEに示した。ヒト
−ハムスター細胞株4AF/102/K015由来DN
Aは、酵素(A)SalI、(B)XhoI、(C)S
fiIおよび(D)NaeIによって消化され、パルス
フィールドゲル電気泳動によって分離され、そして、ゼ
ータプローブ(Zetaprobe)(バイオラッド
(BioRad))に移した。各酵素について、単一ブ
ロットを連続して図AからDまでのパネル類のそれぞれ
の下に示したプローブ類とハイブリダイズさせ、前記ブ
ロットをハイブリダイゼーションの間で切断した。図3
Eの各酵素の記号は:A,NaeI;B,BssHI
I;F,SfiI;L,SalI;M,MluI;N、
NotI;R,NruI;およびX,XhoIである。
Cは、ゲルの圧縮ゾーン領域に対応する。DNA調製
物、制限消化、および交差フィールドゲル電気泳動方法
が記載されている(Rommensら、印刷中、
)。図3のゲル類は、0.5XTBE中を20時間、
7ボルト/cmで走行させ、(A),(B)および
(C)について10−40秒間直線的に傾斜させて切り
替え、8ボルト/cmで20時間、(D)について50
−150秒間直線的に傾斜させて切り替えた。ハイブリ
ダイゼーションパターンの解釈図を各パネルの下に示し
た。断片長さはキロベースとして、そして、オリゴマー
としたバクテリオファージλDNAおよびサッカロミセ
ス・セレビジアエ(Saccharomyces ce
revisiae)染色体との比較によって大きさを分
類した。H4.0,J44,EG1.4は、歩行および
ジャンピング実験から生じたゲノムプローブ類である
(図2参照)。J30は、D7S8からの4つの連続ジ
ャンプによって単離された(Collinsら、198
7、同上;Ianuzziら、1989,同上;M.D
eanら、公表のために提出)。10−1,B.75,
およびCE1.5/1.0は、CF転写体の異なる領域
を包含するcDNAプローブ類である:10−1は、エ
クソン類I−VIを含有し、B.75はエクソン類V−
XIIを含有し、およびCE1.5/1.0は、エクソ
ン類XII−XXIVを含有する。図3Eには、全ME
T−D7S8区間の組成地図を示した。四角の領域は、
歩行およびジャンピングによってクローニングされたセ
グメントを示唆しており、そして、斜線を入れた部分
は、CF転写体によって網羅された領域を示唆してい
る。D7S23座に関連したCpG含量の多い領域(E
stivilleら、1987,同上)は、カッコに示
したNotI部位にある。カッコまたはカギカッコに示
したこの部位および他の部位は、4AF/102/K0
15内で切断せず、しかし、ヒトリンパ芽球性細胞株類
で観察された。2.4 CF遺伝子の同定 上記で詳細に述べた長い範囲の制限マッピングの知見に
基づき、全CF遺伝子が、380kbのSalI断片上
に含有されることが決定された。パルスフィールドゲル
解析から由来する制限部位類の部分重複ゲノムDNAク
ローン類で同定されたそれらとの配列から、このCF遺
伝子の大きさが約250kbであることが明らかとなっ
た。クローニングされたDNA断片類の地図および長い
範囲の制限地図の配列に役だった最も情報に富んだ制限
酵素は、XhoIであった;組換えDNAクローン類に
よって同定された9個のXhoI部位の全てが、ゲノム
DNA中の少なくとも部分切断に感受性であるらしかっ
た(図1および2の地図と比較)。さらに、CF遺伝子
の3’末端由来プローブ類とのハイブリダイゼーション
解析では、2個のSfiI部位が同定され、予測Nae
I部位の位置が確認された。これらの知見は、さらに、
染色体歩行およびジャンピング操作によって単離された
DNAセグメント類が、真の配列と同一直線にあること
を裏付けた。2.5 同定の基準 1個以上の下記の基準に基づいた陽性の結果は、クロー
ニングされたDNAセグメントが候補遺伝子配列類を含
有できることを示唆していた: (a)他種における交差ハイブリダイズ配列類の検出
(多くの遺伝子類が進化論的保存を示すので) (b)脊椎動物遺伝子類の5’末端を頻繁にマークする
CpG島の同定[A.P.Bird,ネーチャー(Na
ture),321,209(1986);M.Gar
diner−GardenおよびM.Frommer,
ジャーナル・オブ・モレキュラーバイオロジー(J.M
ol.Biol.)196,261(1987)]、 (c)CF患者中の罹患組織中での可能なmRNA転写
体の検索、 (d)対応するcDNA配列類の単離、 (e)クローニングされたDNAセグメント類の直接配
列決定による読みとり枠の同定。
種間ハイブリダイゼーションは、CF14,E4.3お
よびH1.6をプローブとして用いたときにヒトおよび
ウシDNAの間に強い配列保存があることを示してお
り、その結果は、図4A,4Bおよび4Cに示してあ
る。ヒト、ウシ、マウス、ハムスター、およびニワトリ
ゲノムDNA類は、EcoRI(R),HindIII
(H)、およびPstI(P)によって消化され、電気
泳動させ、そして、ゼータバインド(Zetabind
)(バイオラド(BioRad))にブロットされ
た。Rommensら、1988,同上のハイブリダイ
ゼーション操作を、55°C、0.2X SSC,およ
び0.1%SDSによる最大緊縮洗浄とともに用いた。
図4のハイブリダイゼーションに使用したプローブ類
は:(A)全コスミドCF14,(B)E4.3、
(C)H1.6を含んでいた。図(D)の略図におい
て、影を付けた領域は、種間保存領域を示している。異
なるサブセットのバンドがこれらの2つの重複するDN
Aセグメント類(H1.6およびE4.3)で検出され
たという事実は、この保存配列が重複した領域の境界に
位置している(図4(D))ことを示唆していた。これ
らのDNAセグメント類を用いてさまざまな組織からR
NA転写体を検出するとき、ハイブリダイゼーションシ
グナルが検出された。交差ハイブリダイズ領域を理解し
かつ可能な読みとり枠を同定する試みとして、全H1.
6のDNA配列類および前記E4.3断片の部分を決定
した。結果は、2種の制限酵素(BssHIIおよびS
acII)のためのCG含量の多い配列の長い伸長部は
しばしば低メチル化CpG島に関連して見られるが、こ
れらを除くと、強い種間ハイブリダイーゼーションシグ
ナル類を容易には説明できない短い読みとり枠しかなか
ったことを示していた。このCpG高含量の領域の配列
決定によって明らかとなったメチル化状況を調べるため
に、繊維芽細胞およびリンパ芽球性細胞から調製したゲ
ノムDNA試料を制限酵素HpaIIおよびMspIに
よって消化し、ゲルブロットハイブリダイゼーションに
よって解析した。酵素HpaIIは、第2のシトシンが
低メチル化である時にのみDNA配列5’−CCGG−
3’を切断し、一方、MspIは、メチル化の状態に関
わらずこの配列を切断する。小さいDNA断片類は両酵
素によって産生され、このCpG含量の多い領域が実際
にはゲノムDNA中において低メチル化であることを示
唆していた。E4.3セグメント(図6)によるゲルブ
ロットハイブリダイゼーションによって、両酵素によっ
て極めて小さなハイブリダイズ断片類が明らかとなり、
低メチル化CpG島の存在を示唆していた。上記の結果
は、この座におけるコード領域の存在を示唆している。
本領域から種間ハイブリダイゼーションシグナル類を検
出するDNAセグメント類(E4.3およびH1.6)
をプローブ類として用いて、数組織および細胞タイプか
ら作成したcDNAライブラリをスクリーニングした。
培養上皮細胞からのcDNAライブラリは、下記のよう
にして調製した。CF患者以外の者およびCF患者から
由来する汗腺細胞を、記載のようにして初代継代した
[G.Collieら、インビトロセルラー・エンド・
デベロップメントバイオロジー(In Vitro C
ell.Dev.Biol.)21,592,198
5]。外側における整流チャンネルの存在は、これらの
細胞中で確認された(J.A.Tabcharani,
T.J.Jensen,J.R.Riordan,J.
W.Hanrahan,ジャーナル・オブ・メンブレン
バイオロジー(J.Memb.Biol.)、印刷中)
が、しかし、このCF細胞類は、サイクリックAMPに
よる活性化に無感受性であった(T.J.Jense
n,J.W.Hanrahan,J.A.Tabcha
rani,M.BuchwaldおよびJ.R.Rio
rdan,ペディアトリックパルモノロジー(Pedi
atric Pulmonology)、補遺2、10
0,1988)。RNAは、それらから、J.M.Ch
irgwinら(バイオケミストリ(Biochemi
stry)18,5294,1979)の方法によって
単離した。ポリA+RNAが選択され(H.Avivお
よびP.Leder,プロシーディングズ・オブ・ナシ
ョナルアカデミー・オブ・サイエンシズ米国(Pro
c.Nat.Acad.Sci.USA)69、140
8,1972)、オリゴ(dT)12−18をプライマ
ーとするcDNA合成のための鋳型(テンプレート)と
して使用した。第2の鎖は、GublerおよびHof
fmanによって合成した(ジーン(Gene)25,
263,1983)。これは、EcoRIメチラーゼに
よってメチル化され、末端は、T4DNAポリメラーゼ
によって平滑にした。リン酸化されたEcoRIリンカ
ー類をこのcDNAに連結し、EcoRIによって制限
した。過剰のリンカーの除去および部分的サイズ分画
は、バイオゲル(Biogel)A−50クロマトグラ
フィによって達成した。このcDNA類は、次に市販の
λZAPのEcoRI部位に連結した。組換え体は、
腸菌(E.coli)BB4中に封入され増殖させた。
この封入された混合物の部分を増幅し、残りは、増幅前
にスクリーニングのために保存した。同一操作を用い
て、T−84結腸腫瘍細胞株(Dharmsathap
horon、Kら、アメリカンジャーナル・オブ・フィ
ジオロジー(Am.J.Physiol.)246,G
204,1984)の飽和前培養物から単離されたRN
Aからライブラリを構築した。3つのライブラリの独立
した組換え体の数は、非CF汗腺細胞について2×10
個、CF汗腺細胞について4.5×10個およびT
−84細胞について3.2×10個であった。これら
のファージ類は、15cmプレート当たり50,000
個接種し、プラークリフトは、ナイロン膜(バイオダイ
ン(Biodyne))を用いて作成し、そして、DN
AポリメラーゼIおよびプライマーとしてのオリゴヌク
レオチド類の無作為混合物を用いて32Pで標識したD
NA断片でプロービングした。ハイブリダイゼーション
条件は、G.M.WahlおよびS.L.Berger
(メソッズ・イン・エンザイモロジー(Meth.En
zymol.)152,415,1987)によった。
ブルースクリプト(Bluescript)プラスミ
ド類は、M13ヘルパーファージによる切断によってプ
ラーク生成クローン類から救援した。肺および膵ライブ
ラリは、クロンテックラボラトリ社(Clontech
Lab.Inc.)から購入し、その報告された大き
さは1.4×10および1.7×10個である独立
したクローン類であった。それぞれが1×10−5×
10個の独立したクローン類を有する7種の異なるラ
イブラリをスクリーニングした後、1個の単一クローン
(10−1として同定)を、非罹患(非CF)者の培養
汗腺上皮細胞類から作成したcDNAライブラリからH
1.6によって単離した。DNA配列決定解析は、10
−1が大きさが920bpの挿入物および1個の長い潜
在的読みとり枠(ORF)を含有することを示してい
た。本配列の1端はH1.6と完全な配列同一性を有し
ていたので、cDNAクローンがおそらくこの領域から
由来していると結論された。しかし、この共通のDNA
配列は113bpの長さしかなかった(図1および7を
参照)。下記に詳細に記したように、この配列は現実に
推定CF遺伝子の最も5’側のエクソンに対応してい
た。短い配列の重複はしたがってライブラリスクリーニ
ングにおける弱いハイブリダイゼーションシグナル類お
よびRNAゲルブロット解析における転写体の検出不能
を説明した。さらに、転写単位の方向は、10−1の推
定ORFによるゲノムDNA配列の整列を基準として暫
定的に立証された。この対応する転写体は、RNAゲル
ブロットハイブリダイゼーション実験によって長さがお
よそ6500個のヌクレオチドであると推定されたの
で、さらに、cDNAライブラリスクリーニングがコー
ド領域の残りをクローニングするために必要となった。
結腸腫瘍細胞株T84から作製されたcDNAライブラ
リによるいくつかの連続スクリーニングの結果、正常お
よびCF汗腺細胞、膵および成人肺、18個のその他の
クローン類が単離された(さらに詳細には下記で検討し
た、図7)。DNA配列解析は、これらのcDNAクロ
ーン類のいずれも観察された転写体の長さに対応してい
ないことを明らかとしているが、しかし、重複領域類に
基づいて共通配列を誘導することが可能であった。前記
転写体の5’および3’末端に対応する付加的cDNA
クローン類は、5’および3’プライマー伸長実験から
誘導した。これとともに、これらのクローン類は総計で
6.1kbにわたりかつ1480アミノ酸残基のポリペ
プチドをコード可能なORFを含有する。ここで単離さ
れたcDNAクローン類のほとんどは図7の制限地図の
さまざまな位置における配列挿入物を含有していたこと
を観察したことは異常であった。本地図は、CF遺伝子
のゲノム構造を詳細に示している。エクソン/イントロ
ン境界が示されており、その中では、単離された全ての
cDNAクローン類が図の上半分に概略示されている。
これらの余分な配列類の多くは、ゲノムDNA配列類と
の配列で明らかなように、cDNA構築の間に逆転写さ
れたイントロン領域に明確に対応していた。ライブラリ
スクリーニングで検出されたCF遺伝子の組換えcDN
Aクローン類の数はRNAハイブリダイゼーション実験
で推定された豊富な転写体から予測されるよりもはるか
に少なかったので、異常構造を含有するクローン類が優
先して保存され一方適切なクローン類が増殖時に喪失す
るらしかった。本研究で単離された組換えクローン類の
大半が、この解釈と一致するように、使用したベクター
に無関係に増殖不良であることが観察された。cDNA
の5’および3’末端類を得るために使用した操作は、
記載されたものと類似していた(M.Frohman
ら、プロシーディングズ・オブ・ナショナルアカデミー
・オブ・サイエンシズ米国(Proc.Nat.Aca
d.Sci.USA)、85、8998−9002,1
988))。5’末端クローン類について、総膵および
T84ポリA+RNA試料を、放射性トレーサーを本反
応に含めた以外はプライマー伸長反応について記載され
たのと同様に、エクソン2に特異的な1個のプライマー
(10b)を使用して逆転写した。1次鎖合成のアガロ
ースビーズカラムから採取した分画を、溶出分画のポリ
メラーゼチェーン反応(PCR)によってアッセイし
た。使用したオリゴヌクレオチドは、伸長プライマーの
ちょうど5’の10−1配列内部に(ヌクレオチド14
5個離れて)あった。PCR産物を生成する最初の分画
をプールし、蒸発によって濃縮し、供給者(BRLラボ
ラトリ(BRL Labs.))が推奨するように末端
デオキシヌクオレチジルトランスフェラーゼ(BRLラ
ボラトリ)およびdATPでその後末端につないだ。次
に、2次鎖合成を、Taqポリメラーゼ(シータス(C
etus)社、AmpliTaq)によって、末端に
連結したリンカー配列5’CGGAATTCTCGAG
ATC(T)123’を含有するオリゴヌクレオチドを
用いて実行した。次に、前記のリンカー配列、およびE
coRI制限部位をその5’末端に有する伸長プライマ
ーのちょうど内側のプライマーを用いる固定(PCR)
実験による増幅を、行った。酵素類EcoRIおよびB
glIIによる制限およびアガロースゲル精製後、サイ
ズ別に選択した産物を標準的操作によって(Mania
tisら、同上)Stratageneから購入可能な
プラスミドブルースクリプト(Bluescript)
KSへクローニングした。回収されたクローン類の基本
的に全てが350個未満ののヌクレオチド類挿入物を含
有していた。3’末端クローン類を得るため、プライマ
ー伸長のそれに類似の条件で、先に記載の末端連結リン
カーオリゴヌクレオチドを用いて、1次鎖cDNAを2
μgのT84ポリA+RNAの逆転写によって調製し
た。PCRによる増幅を前記のリンカーオリゴヌクレオ
チドおよびクローンT16−4.5の公知の配列類に対
応する3つの異なるオリゴヌクレオチド類によって実行
した。分取用スケールの反応(2×100μl)を、配
列5’ATGAAGTCCAAGGATTTAG3’を
有するこれらのオリゴヌクレオチド類のひとつで行っ
た。このオリゴヌクレオチドは、T16−4.5の公知
の配列内部のHindIII部位の上流の約70個のヌ
クレオチドである。PCR産物のHindIIIおよび
XhoIによる制限を行い、次に、アガロースゲル精製
で1.0−1.4kbのバンドをサイズ選択した。この
産物をその後Stratageneから購入可能なプラ
スミドブルースクリプトKS中にクローニングした。得
られたクローンの約20%をT16−4.5の3’末端
部分にハイブリダイズさせた。これらのクローン類から
単離されたプラスミド類の10/10が同一制限地図を
有しており、その挿入物の大きさは、約1.2kbであ
った。PCR反応の全てを酵素供給業者が示唆した緩衝
液中で30サイクル行った。10−1クローンの5’末
端から157ntに位置する伸長プライマーを用いて、
推定CF転写体の開始点を同定した。このプライマーの
末端を5000キューリー/ミリモルでγ[32P]A
TPおよびT4ポリヌクレオチドキナーゼで標識し、ス
パンカラムゲルろ過によって精製した。次に、放射性標
識プライマーをT−84結腸腫瘍細胞から調製した4−
5μgのポリA+RNAと2x逆転写酵素緩衝液中で2
時間、60°Cでアニーリングした。希釈およびAMV
逆転写酵素(ライフサイエンシズ社(Life Sci
ences、Inc.))の添加後、41°Cにおける
インキュベーションを1時間行った。試料を次に0.4
MNaOHおよび20mM EDTAに調節し、最終的
にNHOAc、pH4.6で中性とし、フェノール抽
出、エタノール沈澱、ホルムアミドによる緩衝液への再
溶解、さらに、ポリアクリルアミドシークエンシングゲ
ル上での解析を行った。これらの方法の詳細は、記載さ
れている(メソッズ・イン・エンザイモロジー(Met
h.Enzymol.))152,1987,S.L.
Berger,A.R.Kimmel編著,アカデミッ
クプレス(Academic Press)、N.
Y.)。10−1の5’末端からの157ヌクレオチド
で開始する伸長オリゴヌクレオチドプライマーを用いる
プライマー伸長実験の結果を、図10のパネルAに示し
た。HaeIII(BRLラボラトリ)で消化した末端
標識φX174バクテリオファージをサイズマーカーと
して使用する。2個の主要産物が、216および100
ヌクレオチドで観察される。10−1中の100ヌクレ
オチドに対応する配列は、極めてGC含量の多い配列
(11/12)に対応し、これが逆転写酵素停止部位で
ありうることを示唆していた。5’固定PCR結果は、
図10のパネルBに示してある。左に示した1.4%ア
ガロースゲルをブロットし、ゼータベース(Zetab
ase)膜(バイオラドラボラトリ(Bio−Rad
Lab))に移した。放射性標識10−1とのDNA
ゲルブロットハイブリダイゼーションは、右に示した。
5’伸長産物は、170−280ntまで大きさが変化
し、主要産物は約200ヌクレオチドにあることがわか
る。PCR対照レーンは、145ヌクレオチドの断片を
示している。それは、10−1配列内部の試験オリゴマ
ー類を用いて得られた。示したサイズマーカー類は、サ
イズ154,220/210,298,344,394
ヌクレオチド類(1kbラダー(ladder)は、B
RLラボラトリから購入した)に対応している。図10
のパネルBの下方に示した略図は、図7に示したクロー
ン類PA3−5およびTB2−7を産生するための増幅
およびクローニングのために使用した2重鎖cDNAを
得るための操作を概略したものである。3’末端を特性
解析するための固定PCR実験は、パネルCに示した。
図10Cの下方の略図に示したように、互いの相対位置
が公知である3個のプライマー類を、逆転写されたT8
4RNAによる増幅のために記載のように使用した。こ
れらの産物類は1%アガロースゲル上で分離し、上記に
記載のようにナイロン膜上にブロットした。T16−
4.5クローンの3’部分とのDNA−ブロットハイブ
リダイゼーションは、使用した特定オリゴマーおよび転
写体の3’末端の間の距離に対応する大きさのバンド類
を産生した。レーン1、2aおよび3内のこれらのバン
ド類は、図10のパネルCの下に概略示してある。レー
ン3のバンドは、このセグメントのヌクレオチド60個
しか使用しなかったプローブと重複しないので、弱い。
同様に略図に示しかつレーン2bに示したように、固定
PCR産物の制限によって産生された産物はクローニン
グを促進し、図7に示したTHZ−4クローンを産生す
る。全転写体を網羅するcDNA類の部分をプローブと
したEcoRIおよびHindIII酵素類によって消
化したゲノムDNAのDNA−ブロットハイブリダイゼ
ーション解析から、本遺伝子がローマ数字IからXXI
Vまでとして番号を付けた少なくとも24個のエクソン
類を含有することを示唆している(図9参照)。これら
は、図7に示した数値1から24までに対応する。各バ
ンドの大きさは、kbで示してある。図7において、白
色の四角は、cDNAライブラリのスクリーニングから
および前記の5’および3’末端をクローニングするた
めに設計された固定PCR実験から22個を越えるクロ
ーン類を単離することによって同定された24個のエク
ソン類のおよその位置を示している。各エクソンによっ
て検出されたEcoRIゲノム断片のkb単位の長さ
も、また、示した。図7の斜線入り四角は、イントロン
配列類の存在を示唆しており、かつ、点線入り四角は、
他の配列類を示している。左下に閉鎖四角で示したの
は、正常汗腺ライブラリの10個のファージ中から最
初のcDNAクローンを検出するために使用したクロー
ンH1.6の相対位置である。図4(D)および7に示
したように、このゲノムクローンH1.6は、部分的に
4.3kbのEcoRI断片と重複する。示したcDN
Aクローン類の全てがゲノムDNAにハイブリダイズ
し、および/または制限地図上に良好にマッピングされ
た。このcDNA類内部または対応するゲノム断片類中
に出現する制限部位類の例を示した。図9を参照とし
て、ハイブリダイゼーション解析は、プローブ類;すな
わち、パネルAについてcDNAクローン類、パネルB
についてT16−1(3’部分)、パネルCについてT
16−4.5(中央部分)およびパネルDについてT1
6−4.5(3’末端部分)を含む。図9のパネルAに
おいて、cDNAプローブ10−1は、エクソンIから
VIまでのゲノムバンド類を検出している。NruI制
限によって作製されたT16−1の3’部分は、パネル
Bに示したようにエクソンIVからXIIIまでを検出
する。このプローブは、10−1と部分的に重複する。
パネルCおよびDは、それぞれ、クローンT16−4.
5の中央および3’末端EcoRI断片類によって検出
されるゲノムバンド類を示している。2個のEcoRI
部位がcDNA配列内部に出現し、エクソンXIIIお
よびXIXを分割する。カッコ内のエクソン類によって
示したように、2個のゲノムEcoRIバンド類がこれ
らのエクソン類のそれぞれに対応する。他のゲノム断片
類への交差ハイブリダイゼーションが観察された。これ
らのバンド類はNによって示され、それらはヒト染色体
7を含有するヒト−ハムスターハイブリッド中に出現し
ないので、染色体7起源のものではない。カギカッコ中
のXIによって示したパネルD中のかすかなバンドは、
前記cDNAとの内部相同性による配列類の交差ハイブ
リダイゼーションが原因であると確信されている。T−
84結腸腫瘍細胞株由来RNAのゲルブロットハイブリ
ダイゼーション上で10−1が強いバンドを検出したの
で、このcDNAを用いてその起源から構築されたライ
ブラリをスクリーニングした。15個の陽性物が得ら
れ、それから、クローン類T6,T6/20,T11,
T16−1およびT13−1が精製されかつ配列決定さ
れた。同ライブラリをT16−1の3’末端からのBa
mHI−EcoRI断片0.75kbで再度スクリーニ
ングして、T16−4.5を生成した。T16−4.5
の3末端からの1.8kbのEcoRI断片は、T8−
B3およびT12aを生成し、この後者は、ポリアデニ
ル化シグナルおよび末端を有していた。同時に、ヒト肺
cDNAライブラリをスクリーニングした;ここで接頭
辞”CDL”によって示したものを含めて多くのクロー
ン類が単離された。膵ライブラリを同様にスクリーニン
グして、クローンCDPJ5を生成した。この転写体コ
ピーをCF患者から得るため、患者1例からの汗腺上皮
細胞のcDNAライブラリを、T16−1の3’末端か
らの0.75kbのBamHI−EcoRI断片によっ
てスクリーニングして、エクソン1を除く全てを包含す
るクローン類C16−1およびC1−1/5を単離し
た。これら2種のクローン類は両方ともエクソン10中
の3bpの欠損を示し、これは、そのエクソンを有する
他の全てのクローンに存在していない。肺ライブラリ由
来のCDLS26−1およびT84から単離されたT6
/20およびT13−1は、部分処理転写体類から誘導
した。このことは、ゲノムハイブリダイゼーションによ
っておよび各クローンのためのエクソン−イントロン境
界を横切る配列決定によって確認した。T11は、同様
に、各末端で付加的配列を有していた。T16−4.5
は、イントロン配列に対応しないエクソン類10および
11の間の境界近傍で小さい挿入物を有していた。肺ラ
イブラリからのクローン類CDLS16A,11Aおよ
び13Aは,同様に、未知の起源の外来性配列類を有し
ていた。このクローンC16−1は、また、大腸菌
(E.coli)のγ−トランスポゾンの1部分に対応
する短い挿入物を含有していた;この要素は、他のクロ
ーン中で検出されなかった。膵RNAから作製された
5’クローン類PA3−5および固定PCR法を用いて
T84RNAから作製されたTB2−7は、図1に示し
たように5’末端における1個のヌクレオチドの長さに
おける差異を除いて同一の配列を有している。T84R
NAから得られた3’クローンのTHZ−4は、この領
域のゲノム配列に一致する転写体の3’配列を有してい
る。CF遺伝子の推定コード領域を示す組み合わせ配列
は、重複するcDNAクローン類から作製された。cD
NAクローン類のほとんどが明らかに未処理転写体から
誘導されたので、この組み合わせ配列の正確さを確認す
るためにさらに研究を行った。各cDNAクローンにつ
いて、1個のヒト染色体7を含有するヒト−ハムスター
体細胞ハイブリッドによるハイブリダイゼーション解析
によっておよびパルスフィールドゲル電気泳動によって
染色体7に対する局在を最初に試験した。微細な制限酵
素マッピングを各クローンについて同様に行った。重複
する領域が明らかにクローン類のほとんどについて同定
可能であるので、多くが、独自の制限パターンの領域を
含有していた。さらにこれらのcDNAクローン類を解
析するために、これらをプローブ類としてEcoRI−
またはHindIIIで消化したヒトゲノムDNAによ
るゲルハイブリダイゼーション実験で用いた。図9に示
したように、5個乃至6個の異なる制限断片類が、10
−1cDNAによって検出でき、かつ、類似数の断片類
が他のcDNAクローン類で検出でき、推定CF遺伝子
のために複数のエクソン類が存在することを示唆してい
る。このハイブリダイゼーション研究は、また、未処理
イントロン配列類を有するcDNAクローン類がゲノム
DNA断片類のサブセットに対して優先的なハイブリダ
イゼーションを示したので、これらを同定した。確認さ
れたcDNAクローン類について、それらの対応するゲ
ノムDNAセグメント類が単離されかつエクソン類およ
び/またはエクソン/イントロン境界が配列決定され
た。図7に示したように、総計24個のエクソン類が識
別された。この情報および物理的マッピング実験の結果
に基づいて、遺伝子座が染色体7上で250kbに及ぶ
と推定された。2.6 配列 図1は、演繹されたアミノ酸配列とともに、CFTRを
コードするクローニングされたcDNAのヌクレオチド
配列を示している。最初の塩基位置は、Tb2−7より
もヌクレオチド1個だけ長い5’伸長クローンPA3−
5中の最初のヌクレオチドに対応する。矢印は、プライ
マー伸長解析による転写開始部位の位置を示している。
ヌクレオチド6129の後にポリ(dA)鎖(trac
t)が続く。エクソン結合部の位置は、垂直腺によって
示唆される。膜を貫通する潜在的セグメント類は、Ei
senbergら、ジャーナル・オブ・モレキュラーバ
イオロジー(J.Mol.Biol.)179:125
(1984)のアルゴリズムを用いて確認した。解析し
かつ図11に示した膜をおおう潜在的セグメント類は、
図1の四角に囲んだ。図11において、残基9個のペプ
チド類の平均ヒドロパシー係数[KyteおよびDoo
little,ジャーナル・オブ・モレキュラーバイオ
ロジー(J.Mol.Biol.)157:105、
(1982)]をアミノ酸の数に対してプロットする。
Garnierら、(ジャーナル・オブ・モレキュラー
バイオロジー(J.Mol.Biol.)157、16
5(1982))によって予測した2次構造特徴の対応
する位置は、下のパネルに示した。推定上のATP結合
折り畳みからなるアミノ酸類は、図1でアンダーライン
を付けた。プロテインキナーゼA(PKA)またはC
(PKC)によってリン酸化が可能な部位は、白丸およ
び黒丸によってそれぞれ示してある。白三角は、CFに
おいて欠失している3bp(CTT)上にある。図1の
このcDNAクローン類は、ジュポンジェネシス(Du
Pont Genesis)2000自動DNAシー
クエンサーにより35S標識ヌクレオチド類を用いたジ
デオキシチェーン法によって配列決定した。組み合わせ
たcDNA配列は、未翻訳領域の3’末端のポリ(A)
テイルを除く6129塩基対を跨いでおり、そして、1
480個のアミノ酸のポリペプチドをコード可能なOR
Fを有している(図1)。ATGトリプレット(AU
G)が、このORFの最初に存在している(塩基位置1
33−135)。このコドン(5’−AGACCAUG
CA−3’)を取り囲むこのヌクレオチド配列は、真核
生物翻訳開始部位の共通配列(CC)A/GCCAUG
G(G)の提起された特徴を−3位の高度に保存された
Aとともに有しているので、このAUGが推定ポリペプ
チドの最初のメチオニンコドンに対応すること可能性が
極めて高い。転写体の5’末端に対応する配列を得るた
め、プライマー−伸長実験を先にも述べたように実施し
た。図10Aに示したように、約216個のヌクレオチ
ド類のプライマー伸長産物が観察され、前記転写体の
5’末端がcDNAクローン10−の末端の上流の約6
0個のヌクレオチドで開始することを示唆していた。次
に修飾されたポリメラーゼチェーン反応(固定PCR)
を用いて、この5’末端配列類のクローニングを促進し
た(図10b)。2個の独立した5’伸長クローン類は
ひとつは膵由来で他方はT84RNA由来であり、DN
A配列決定によって特性解析し、長さで1塩基しか違わ
ないことが見いだされ、図1に示したように最も可能性
の高い転写開始部位を示唆していた。開始cDNAクロ
ーン類のほとんどはmRNA末端を示唆するポリAテイ
ルを有していないので、固定PCRを同様に転写体の
3’末端に適用した(Frohmanら、1988,
)。3個の3’伸長オリゴヌクレオチド類をcDNA
クローンT16−4.5の末端部分に対して作製した。
図10cに示したように、異なる大きさの3個のPCR
産物が得られた。全てが転写体の末端がヌクレオチド5
027位IIおけるHindIII部位の下流のおよそ
1.2kbであるという解釈と矛盾していなかった(図
1参照)。代表的クローン類から誘導したDNA配列
は、T84cDNAクローンT12aのそれ(図1およ
び7参照)、その対応する2.5kbのEcoRIゲノ
ム断片の配列と一致していた。3.0 CFの分子遺伝学 3.1 発現部位 推定CF遺伝子のための転写体を可視化するため、RN
Aゲルブロットハイブリダイゼーション実験をプローブ
としての10−1 cDNAで行った。RNAハイブリ
ダイゼーション結果は、図8に示した。RNA試料は、
外科病理からまたは剖検で得られた組織試料から先に記
載の方法にしたがって調製した(A.M.Kimme
l,S.L.Berger,編著、メソッズ・イン・エ
ンザイモロジー(Meth.Enzymol.)15
2,1987)。ホルムアルデヒドゲルをナイロン膜に
移した(ゼータプローブ(Zetaprobe);バ
イオラドラボラトリ(BioRad Lab.))。先
に公表された操作(J.Rommensら、アメリカン
ジャーナル・オブ・ヒューマンジェネティックス(A
m.J.Hum.Genet.)43,645−66
3,1988)にしたがって、ランダムプライミング法
によってこの膜を次に標識されたDNAプローブ類と高
比放射能となるまでハイブリダイズさせた(A.P.F
einbergおよびB.Vogelstein、アナ
リティカルバイオケミストリ(Anal.Bioche
m.)132,6,1983)。図8は、cDNAクロ
ーン10−1による示した組織中における6.5kbの
転写体へのハイブリダイゼーションを示している。各組
織の総RNA(10μg)およびT84結腸腫瘍細胞株
のポリ(A)+RNA(1μg)は、1%ホルムアルデ
ヒドゲル上で分離した。28Sおよび18S rRNA
バンド類の位置を示している。矢印は、転写体の位置を
示している。RNAマーカー標準物質(BRLラボラト
リ)との比較によって、大きさを決めた。HL60はヒ
ト前骨髄細胞性白血病細胞株であり、T84はヒト結腸
癌細胞株である。解析から、T84細胞中において大き
さが約6.5kbの顕著なバンドが明らかとなった。同
様に、強いハイブリダイゼーションシグナルが膵および
鼻ポリープ由来細胞の初代培養中で検出され、推定CF
遺伝子の成熟mRNAが約6.5kbであることを示唆
している。おそらく分解産物を示しているのであろう小
さなハイブリダイゼーションシグナルが、低サイズ範囲
で検出されたが、それらは、異なる実験間で変化してい
た。同一の結果が、他のcDNAをプローブとしても得
られた。ハイブリダイゼーションバンド強度および他の
転写体について同一実験条件下で検出されたそれらとの
比較に基づき、推定CF転写体がT84細胞中の総mR
NAのおよそ0.01%を構成すると推定した。いくつ
かの他の組織も、10−1遺伝子の発現パターンとCF
の病理を相関させるためにRNAゲルブロットハイブリ
ダイゼーション解析によって調べた。図8に示したよう
に、全て同一サイズの転写体が、肺、結腸、汗腺(培養
上皮細胞)、胎盤、肝、および耳下腺で見られたが、こ
れらの組織におけるシグナル強度は調製物が異なると変
化し、かつ、膵および鼻ポリープ中で検出されるそれよ
りも一般に弱かった。強度は調製物が異なると変化して
おり、たとえば、腎におけるハイブリダイゼーション
は、図8に示した調製物中で検出されなかったが、以後
アッセイを繰り返して識別できる。脳または副腎ではい
かなるハイブリダイゼーションシグナルも識別できず
(図8)、または、皮膚繊維芽細胞およびリンパ芽球性
細胞株でも識別できなかった。要約すれば、CF遺伝子
の発現は調べた組織の多くで起こるらしかったが、CF
に重篤に罹患している組織中で高レベルであった。この
上皮組織特異的発現パターンは本疾患の病理と極めてよ
く一致している一方で、CFおよび対照組織由来転写体
の量および大きさには有意な差が検出されず、CF変異
がヌクレオチドレベルにおけるわずかな変化であるとい
う仮定と一致している。3.2 主なCF変異 図17は、F508欠失におけるDNA配列を示してい
る。左は、(cDNAクローンT16から誘導した)正
常配列の塩基位置1649−1664からの配列の逆転
写である。このヌクレオチド配列は、ジュポンジェネシ
ス(DuPont Genesis)2000NA解
析システムの2個の光電子増倍管(PMT#1および#
2)のそれぞれについて時間(x軸)に対してプロット
した(勝手に付けた蛍光強度単位による、y軸)出力と
して表示されている。対応するヌクレオチド配列は、下
方に示されている。右は、(cDNAクローンC16か
ら誘導した)変異配列からの同一領域である。2重鎖プ
ラスミドDNAテンプレートは、アルカリ溶解操作によ
って調製した。アニーリングを45°Cで30分間行っ
たことおよび伸長/終止段階を42°Cで10分間行っ
たことを除いて、DuPontによって推奨されたプロ
トコールにしたがって、プラスミドDNA5μgおよび
オリゴヌクレオチドプライマー75ngを各配列決定反
応に使用した。非取り込み蛍光ヌクレオチド類は、pH
7.0の2.5M酢酸アンモニウムの存在下におけるD
NA配列決定反応産物のエタノール沈澱によって除去
し、70%エタノールで1回洗浄した。T16−1配列
決定のために使用したプライマーは、塩基位置1708
−1731にまたがる特異的オリゴヌクレオチド5’G
TTGGCATGCTTTGATGACGCTTC3’
であり、C16−1に対するそれは、ブルースクリプト
ベクター(Stratagene)に対する普遍的プラ
イマーSKであった。図18は、また、手動配列決定に
よって決定したF508欠失の周りのDNA配列を示し
ている。(cDNA T16−1からの)塩基位置17
26−1651からの正常配列を(cDNAC16−1
からの)CF配列の側に示した。左のパネルは、Bプラ
イマー(5’GTTTTCCTGGAT−TATGCC
TGGGCAC3’)によって得られたコード鎖からの
配列を示しており、かつ、右のパネルは、Dプライマー
(5’GTTGGCATGCTTTGATGACGCT
TC3’)による反対鎖のそれらを示している。カギカ
ッコは、CFにはない正常者の3個のヌクレオチド類を
示している(矢印先端)。配列決定は、F.Sange
r、S.Nicklen,A.R.Coulsen、
ロシーディングズ・オブ・ナショナルアカデミー・オブ
・サイエンシズ米国(Proc.Nat.Acad.S
ci.USA)74;5463(1977)に記載のよ
うにして行った。この欠失を有するCF患者の割合を調
べるため、患者およびその親からのゲノムDNA試料を
それぞれこの変異に隣接するオリゴヌクレオチドプライ
マー類でポリメラーゼチェーン反応で増幅し、正常およ
び推定変異配列類(図2参照)に特異的な32P標識オ
リゴヌクレオチド類にハイブリダイズさせた。本解析の
結果は、表2に示してある。
CF−PI(膵不全)およびCF−PS(膵良好)染色
体のデータは、我々の連結解析で使用したCF家族から
誘導した。これらの家族は、当初PIまたはPSの知識
もなく選択された;その後同定されたCF−PSの15
家族は、この計算の一部には入れなかった。未分類のC
F染色体は、トロント小児病院のDNA診断室(DNA
Diagnosis Laboratory at
theHospital forSick Child
ren)から得られ、それらについての膵機能データは
入手できなかった。一般患者群のCF染色体の68%
(145/214)は、F508欠失を有していた(表
2)。対照的に、N染色体では、この欠失を有するもの
は皆無であり(0/198)(表2;χ=207,p
<10−57.5)、この配列変化がCFに特異的であ
ることおよびそれが本疾患を起こす主な変異であること
を示唆していた。F508欠失とCFとの間に全く組換
えは検出されなかった。配列の他の差異は、正常(T1
6−4.5)およびCF(C1−1/5)cDNAクロ
ーン類との間で見られた。T16−4.5は、塩基位置
2629で1個のCを示し、C1−1/5は1個のTを
示し、その結果、アミノ酸レベルでロイシン(Leu)
からフェニルアラニン(Phe)への変化を起こしてい
る。一4545で、塩基はT16−4.5でGである
が、C1−1/5ではAであった(ValからMe
t)。これらの知見は、配列多形性を表すと確信され
る。患者/家族DNAの特異的オリゴヌクレオチドハイ
ブリダイゼーション解析によって、これらが他の変異可
能性として同定されるであろう。さらに、ヌクレオチド
における差異が、異なるcDNAクローン類とゲノムD
NA配列との間の3’未翻訳領域で観察された。配列の
このような差異および認識された他の配列修飾が可能で
ある;たとえば、この差異が正常配列多形性およびクロ
ーニングアーティファクトによるものであり、このよう
な差異の全てがその機能およびその商業的適用の観点か
らして図1に記載のような配列に基本的に等価である。
さらに遺伝的および物理的マッピングデータは、染色体
上の小セグメントのDNAを中心とする分子クローニン
グ研究に向けられた。CFにおける染色体欠失および再
配列(の知識が)が欠けているためにおよびCF遺伝子
産物のための十分に開発された機能的アッセイがないた
めに、CF遺伝子の同定では、座そのものの詳細な特性
解析およびCFおよび正常(N)対立遺伝子の間の比較
を必要とした。ランダム(遺伝的に浮動性)で表現型で
は正常な者は、この群において無症状のキャリアーが高
頻度であることから前記の比較の対照には入れなかっ
た。その結果、それぞれが1個のNおよび1個のCF染
色体を有すると定義されているCF患者の両親のみが、
本解析に適していた。さらに、CFおよび近接連結DN
Aマーカーの一部の間で観察された強い対立遺伝子関連
の故に、NおよびCFの間に検出された配列差異が本疾
患座に関連する多形性である可能性を除外することが必
要になった。3.3 RFLP類および家族研究の同定 染色体歩行およびジャンピング実験から単離されたDN
Aセグメント類のそれぞれのCFとの関係を決定するた
め、制限断片長多形性(RFLP類)を同定しかつCF
と他の隣接DNAマーカーとの間に交雑事象が過去に観
察されている家族を研究するために用いた。図14に示
したように、総計18種のRFLP類が500kb領域
に検出された;それらの内の17(E6からCE1.0
まで)を表3に列挙した;それらの一部は、先に報告さ
れたマーカー類に対応していた。RFLP類の5つが、
すなわち、10−1X.6,T6/20,H1.3およ
びCE1.0が、推定CF遺伝子から誘導したcDNA
およびゲノムDNAプローブ類で同定された。このRF
LPデータは表3に示してあり、METおよびD7S8
領域中のマーカー類も比較のために示してある。これら
のマーカー間の物理的距離ならびにD7S8に対する関
連を図14に示した。
表3の注 (a)NおよびCF−PI(膵不全CF)染色体の数
は、関連解析に含めた家族の両親から誘導した[Tsu
iら、コールドスプリングハーバーシンポジウム(Co
ld Spring Harbor Symp.)クオ
ンティテイティブバイオロジー(Quant.Bio
l.)51:325(1986)]。
(b)N染色体中におけるDNAマーカー対立遺伝子分
布の変動で余り影響を受けない標準化された関係(A)
をここで用いて、ユール(Yule)の連関係数A=
(ad−bc)/(ad+bc)(式中、a,b,cお
よびdはN染色体の数であり、それぞれ、DNAマーカ
ー対立遺伝子は1、CFは1、Nは2、CFは2であ
る)を比較した。相対リスクは、関係RR=(1+A)
/(1−A)またはその逆数を用いて計算できる。
(c)A.Chakravartiら、アメリカンジャ
ーナル・オブ・ヒューマンジェネティックス(Am.
J.Hum.Genet.)36,1239、(198
4)によって本群におけるCF染色体の頻度を0.02
と想定し計算した対立遺伝子連関(*)は、比較のため
に含めてある。
本解析で利用できた組換え家族の数が研究したマーカー
類とCFとの距離が近接していることから予測されたよ
うに少ないために、また、診断過失の可能性のために、
さらにCF遺伝子の微細マッピングにおいて別の手法が
必要であった。3.4 対立遺伝子連関 対立遺伝子連関(連関非平衡)は、多くの近接連関DN
Aマーカー類について検出された。対立遺伝子連関の遺
伝子距離測定における用途は不確かである一方で、CF
と隣接DNAマーカー類との間で全体としての相関が観
察された。CFによる強い関連が、より近接したDNA
マーカー類、D7S8およびD7S122について注目
され、一方、距離がより離れたマーカー類、MET、D
7S8またはD7S24についてはほとんどまたは全く
関連が検出されなかった(図1参照)。3にも示したよ
うに、DNAマーカー類とCFとの間の連関の程度は、
(ユールの連関係数によって測定したように)metH
について0.35からおよびJ32について0.17か
ら10−1X.6について0.91まで(CF−PI患
者家族のみを本解析で使用。彼らが、CF−PSよりも
遺伝的により均質であるように見えたので。)連関係数
は、EG1.4からH1.3で300kbにわたってや
や一定しているように見えた;数個の位置で検出された
変動は、特にH2.3A、E4.1およびT6/20で
最も顕著であったのは、おそらく、N染色体中における
対立遺伝子分布の変動が原因であったのだろう(表2参
照)。これらのデータは、したがって、組換え家族の研
究からの結果と矛盾していなかった(図14参照)。同
様に、CF染色体類に関連する伸長されたDNAマーカ
ーハプロタイプ類を調べることによって、類似の結論に
至った(下記参照)。しかし、EG1.4とH1.3の
長い物理的距離にわたって検出された強い対立遺伝子連
関も、CF遺伝子のより詳細なマッピングをさらに可能
とすることはなかった。J44は染色体歩行およびジャ
ンピングによってcDNAクローンが同定される前に単
離された最後のゲノムDNAクローンであるので、前記
のJG2E1−J44区間について検出された強い対立
遺伝子連関によって、我々は、この全長にわたり候補遺
伝子配列類を検索することになった。最大の対立遺伝子
連関が、実際には、CFおよび10−1X.6によって
検出された2個のRFLP類の間で主要CF変異近傍領
域で検出された。表4は、CFに近接して連関するDN
Aマーカー類間の対になった対立遺伝子連関を示してい
る。これらの計算で用いた平均染色体数は、75−80
であり、CF−PI家族由来染色体のみをCF染色体を
数える際に使用した。類似の結果が、ユールの標準化さ
れた連関(a)を使用したときに得られた)。
強い対立遺伝子連関は、また、CFおよびN染色体の両
方で小群のRFLP類中でも検出された。表4に示した
ように、互いに物理的に近接しているDNAマーカー類
は一般に互いに強い連関を有しているようであった。た
とえば、強い(一部の場合では、ほとんど完全な)対立
遺伝子連関は、隣接マーカー類E6およびE7の間、p
H131およびW3D1.4の間、10−1X.6によ
って検出されかつEG1.4,JG2E1,E2.6
(E.9),E2.8およびE4.1中で検出されたA
cc−およびHaeIII多形性部位類の間で検出され
た。METおよびD7S8領域中の遠位マーカー類の前
記2群は、また、それ自体の間である程度の連関非平衡
を示したが、それらは、E6からCE1.0までのマー
カー類との連関をほとんど示さず、METとD7S8の
遠い位置と矛盾していなかった。一方、物理的に近接し
ているDNAマーカー間に関連がないことは、組換えホ
ットスポットの存在を示唆するかも知れない。これらの
潜在的ホットスポットの例として、E7およびpH13
1との間、H2.3Aの近傍、J44とプローブ類10
−1X.6およびT6/20によって網羅される領域と
の間の領域が挙げられる(図14参照)。頻度の高い組
換え切断点を含有するこれらの領域は、CF領域のため
の伸長ハプロタイプデータの以下の解析で有用であっ
た。3.5 ハプロタイプ解析 23個のDNAマーカー類に基づいた伸長ハプロタイプ
類は、先に関連解析で使用した収集された家族中のCF
およびN染色体類について作製された。異なるハプロタ
イプの染色体間の組換えを想定して、観察されたCF染
色体類のいくつかの系統を構築すること、および本疾患
座の位置を予測することが可能であった。異なるCF変
異の性質を理解するために有用な情報をさらに得るた
め、F508欠失データを伸長DNAマーカーハプロタ
イプ類と相関させた。表5に示したように、NおよびC
Fハプロタイプの5種の主な群が、推定CF遺伝子内部
またはそれに直接隣接する(領域6−8)RFLP類に
よって定義された。
表5(続き) (a) 伸長されたハプロタイプデータは、先の連関研
究で使用したCF家族(表3の脚注(a)参照)ならび
にその後収集したCF−PS家族(Keremら、アメ
リカンジャーナル・オブ・ヒューマンジェネテックス
(Am.J.Hum.Genet.)44:827(1
989))から誘導した。このデータは、紙面削減のた
め群(領域)別に示してある。領域は、表4に示した対
にした関連データにしたがって、おもに示されており、
領域6−8は、推定CF座(F508)にまたがる領域
であり、欠失は領域6と7の間にある。棒線−は、不完
全データまたは相確立が不可であったためにハプロタイ
プが決定されなかった領域に示されている。異なるハプ
ロタイプ認定もデータが不完全である場合に示してあ
る。未分類には、3個以上の分類不明の染色体を含めて
ある。9つの各領域のハプロタイプ定義は、下記のよう
である: (b)各群で数えた染色体の数: CF−PI(F)=F508欠失を有するCF−PI患
者からのCF染色体類; CF−PS(F)=F508欠失を有するCF−PS患
者からのCF染色体類; CF−PI=CF−PI患者からの他のCF染色体類; CF−PS=CF−PS患者からの他のCF染色体類; N=キャリアー両親から誘導した正常染色体類。
ほとんどの組換えは領域1と2および領域8と9の間に
起こることが明らかで、再度、これらの領域間の相対的
に長い物理的距離と良好な一致を示していた。より頻度
は低いが他の切断点も短距離区間に観察され、それら
は、一般に、上記に示した対になった対立遺伝子関連研
究によって同定されたホットスポットに対応していた。
驚くべき結果として、このF508欠失が、最も頻度が
高いCFハプロタイプであるI群とほとんど独占的に関
連していたことが挙げられ、この欠失がCFにおける主
な変異を構成しているという見解を裏付けている。さら
に重要であることとして、このCF染色体の89%(6
2/70)で検出され、AAハプロタイプ(前記2個の
領域6と7に対応している)が前記欠失に隣接している
が、同一群内部で14N染色体類中で全く見られなかっ
た(χ=47.3,p<10−4)ことである。この
F508欠失は、したがって、I群のハプロタイプのコ
アに関連した共通の配列多形性ではなかった(表5参
照)。F508欠失のための特異的オリゴヌクレオチド
プローブによって検出されたCF染色体類のひとつは、
異なるハプロタイプ群(III群)に属していることが
判明した。同一群の他の9個のCF染色体または17N
染色体類のいずれもこのプローブにハイブリダイズしな
かった。この特異的ハイブリダイゼーション結果は、こ
の染色体に含まれる変異がF508に類似していること
を示唆している。組換えまたは遺伝子変換はI群以外の
ハプロタイプ上における欠失の存在を説明できるメカニ
ズムではあるが、これらの2種のIII群染色体類が再
発変異事象、すなわち、βグロビン座におけるβおよ
びβ変異に類似の状況を表わす可能性が高い。これと
ともに、前記のオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーシ
ョン研究の結果およびハプロタイプ解析は、本文に述べ
た遺伝子座がCF遺伝子であること、および前記の3b
p(F508)欠失がCFにおける最も一般的な変異で
あるという事実を裏付ける。3.6 他のCF変異 F508欠失の1個の共通及び1個の稀なCFハプロタ
イプとの連関によって、本患者群に関与している可能性
のある変異事象の数についての洞察がさらに得られた。
広範囲のハプロタイプデータに基づき、F508欠失が
起こっている2個の元来の染色体類が、表5にも示した
ように、ハプロタイプ−AAAAAAA−(Ia群)、
および−CBAACBA−(IIIa群)を有している
らしい。この欠失を有している他のI群CF染色体は、
おそらく、当初の染色体から誘導した組換え産物類であ
ろう。もし各ハプロタイプ群中のこのCF染色体類が同
一起源から誘導されると見なされるならば、3−4個の
付加的変異事象しか予測されないであろう(表5参
照)。しかし、同一群内のCF染色体類の多くは互いに
顕著に異なっているので、各群をさらに細かく群別する
ことが可能である。その結果、より多くの独立した変異
事象が考えられ、そして、本データは、少なくとも7個
の付加的推定変異もまたCF−PI表現型に関与してい
ることを示唆する(表4参照)。CF−PSサブグルー
プを生む変異類は、おそらくさらに不均質であろう。7
個の付加的CF−PI変異は、ハプロタイプ類:−CA
AAAAA−(Ib群)、−CABCAAD−(Ic
群)、−−−BBBAC−(IIa群)、−CABBB
AB−(Va群)によって表される。これらの各変異に
おける分子欠損はまだ決定されていないが、これらの変
異のいずれも、PCR/ハイブリダイゼーション実験で
使用したオリゴヌクレオチド結合部位類に対応する領域
に影響を及ぼさないことが明らかである。3.7 膵良好 CF−PSは、食物消化のための膵外分泌機能が良好で
あるとして臨床的には定義される;しかし、残りの膵酵
素活性の消化系におけるレベルは、患者毎に変化する。
先のハプロタイプデータは、CF−PIおよびCF−P
S患者が異なる変異対立遺伝子の故に存在することを示
唆していた。CFにおける根本的生化学的欠損はまだ明
らかとなっていないが、CF−PS患者におけるこの残
りの膵酵素活性が変異CF遺伝子産物の活性を直接反映
している可能性がある。したがって、穏和な(CF−P
S)対立遺伝子によって付与された残りの外分泌機能は
正常遺伝子産物のそれよりもはるかに低いが、ほとんど
か全く機能を持たないより重篤な(CF−PI)変異の
それをしのぐ優性表現型を構成するのであろう。したが
って、重篤対立遺伝子を2コピーしか有していない患者
のみがCF−PIであり、かつ、1個または2個の穏和
な対立遺伝子を有する患者はCF−PSであるのであろ
う。上記仮説を試験するため、F508欠失を有するC
F患者の割合についての情報を利用することができた。
重篤な変異は穏和な変異に対して劣性でかつCF対立遺
伝子の患者群での分布がハーディー・ワインバーグ則
(Hardy−Weinberg law)に従うと想
定して、重篤対立遺伝子の頻度が0.62であり、穏和
対立遺伝子(M)のそれは0.08であると推定できた
(表6参照)。
(a)対立遺伝子定義:F=前記の3bp欠失(アミノ
酸508位におけるフェニルアラニン欠失);S=未解
析の重篤変異対立遺伝子;M=未解析穏和対立遺伝子。
(b)CF−PI変異表現型は、CF−PS変異表現型
に対して劣性であると想定して、3bp欠失を含むCF
−PI変異対立遺伝子の頻度をCF臨床で観察されたC
F−PI患者の割合から推定できた[Coreyら、
ャーナル・オブ・ペディアトリックス(J.Pedia
tr.)115:274(1989)]、すなわち、
(0.85)=0.92。観察された総CF群における
Fの対立遺伝子頻度は0.68(表3)である;Sの頻
度は0.92−−0.68−0.24である;Mの頻度
は1−0.92−0.08である。各遺伝型の頻度を次
に、ハーディー・ワインバーグ則(Hardy−Wei
nberg law)を用いて計算した。
(c)各分類のCF−PIおよびCF−PS患者の数
は、図15に示したオリゴヌクレオチドハイブリダイゼ
ーションによって得られた。患者は、我々の連関解析で
使用したCF家族由来であり、さらに、その他に以後の
研究からの14CF−PS患者/家族があった。SMお
よびMMは遺伝型または表現型では識別できないが、そ
れらは、本解析でまとめた。
(d)期待数は、各群内で標準化した後CF−PIおよ
びCF−PSについて計算した。適合のχは、0.8
6であり、d.f.=3,0.74<p<0.90であ
る。
(e)この数値は、もしF508欠失が全CF染色体中
でハーディー・ワインバーグ(Hardy−Weinb
erg)平衡にあるならば、期待されるよりも高い(観
察値15対期待値9.6)(χ=6.48、d.f.
=1,p<0.011)。
CF−PI患者の大半はF508変異に対してホモ接合
(F)であることが見いだされたので、この変異が重篤
対立遺伝子のひとつに対応すると想定することが論理的
であった。調べたCF群におけるFの観察頻度(0.6
8)を考慮し、残りの重篤対立遺伝子(S)の頻度を誘
導できた。FF,SS,MM,FS,FMおよびSM患
者の割合を次に計算した。SMおよびMMの各患者は表
現型または遺伝型で識別できなかったので、それらを解
析でまとめた。表6に示したように、全5群の患者の観
察頻度は、この仮説から予測された通りであった。した
がって、上記解析から、CF−PIが2個の重篤対立遺
伝子の存在によることおよびCF−PS患者が単一の重
篤対立遺伝子かまたは2個の穏和な対立遺伝子のいずれ
かを有しているという我々の見解の強い裏付けが得られ
る。このモデルは、同様に、CF−PI群よりもCF−
PIにおけるF508欠失の低い頻度および1コピーの
欠失を有するCF−PS患者の過剰数を説明する。M対
立遺伝子によって付与される予測優性表現型を考慮すれ
ば、M対立遺伝子類を有する者を同定するために、CF
−PS患者中におけるCF染色体を検討することが必要
であった。表7に示したように、70の代表的CF−P
S患者の内の5例が1コピーのF508欠失を有してい
る;少なくとも5種の異なるハプロタイプのCF染色体
と関連づけることができた。
(a)ハプロタイプ定義は表5の場合と同様である。
(b)対立遺伝子の定義は表6の場合と同様である:F
=F508欠失;S=未解析重篤変異対立遺伝子;M=
未解析穏和変異対立遺伝子。
これらの後者の観察から、CF−PS患者の大半が複合
ヘテロ接合体であることの裏付けがさらに得られる。4.0 CFTRタンパク質 図1のDNA配列に関して検討したように、重複してい
るcDNAクローン類の配列の解析から、分子量16
8,138ダルトンを有するアミノ酸1480個の未処
理ポリペプチドが予測された。以下で説明するように、
前記タンパク質における多形性の故に、このタンパク質
の分子量は、あるアミノ酸の置換または欠失の可能性の
ために変化することができる。この分子量は、また、炭
水化物単位の付加で変化し、糖タンパク質を形成するで
あろう。なた、前記細胞中の機能的タンパク質が、未処
理ポリペプチドに類似であろうと考えられるが、細胞代
謝の故に改変されるかもしれない。したがって、本発明
は、分子量約170,000ダルトンおよび上皮細胞膜
通過(トランスメンブレン)イオン伝導率活性を有する
ことを特徴とする精製された正常CFTRポリペプチド
を提供する。この正常CFTRポリペプチドは実質的に
他のヒトタンパク質類を全く含んでおらず、上述のDN
A配列によって図1の1態様によって、コードされる。
このようなポリペプチドは、正常CFTRポリペプチド
の免疫または生物活性を示す。以下でも説明するが、こ
のCFTRポリペプチドまたはその断片類は、化学また
は酵素ペプチド合成によって作製できるかまたは適当な
培養細胞系で発現できる。本発明は、また、ヒト上皮細
胞における嚢胞性線維症関連活性を特徴とする精製され
た変異CFTRポリペプチドを提供する。このような変
異CFTRポリペプチドは、他のヒトタンパク質を実質
的に含まないので、この変異DNA配列によってコード
できる。4.1 CFTRの構造 前記の予測タンパク質の最も特徴的な特性として、それ
ぞれが膜を数回貫通することが可能な1組のアミノ酸残
基類とその後に続く共通配列(ATP)結合折りたたみ
(NBFs)に類似の配列で構成されている2種の繰り
返し単位が存在していることが挙げられる(図11、1
2および16)。これらの特徴は、哺乳類多剤耐性P−
糖タンパク質およびいくつかの他の膜関連タンパク質類
のそれに極めて類似しており、したがって、前記予測さ
れたCF遺伝子産物が膜を横切る物質類(イオン類)の
運搬に関与しているらしいことおよびこの膜が膜タンパ
ク質スーパーファミリの一員であるらしいことを示唆し
ている。図13は、予測CFTRタンパク質の概略モデ
ルである。図13において、円柱は膜を貫通するらせん
を示しており、斜線を入れた(hatched)球はN
BF類を示している。この点を入れた球は、極性のR領
域である。前記分子の各半分における6本の膜を貫通す
るらせんは、円柱として描かれている。内部の細胞質に
対してNBF類は斜線入り球として示されており、スロ
ットは、ヌクレオチドによる流入手段を示している。こ
の2個の半分を結合する大きい極性R領域は、点入り球
によって表される。膜通過(トランスメンブレン)セグ
メント類内部およびR領域表面上の価電された各アミノ
酸類は、電荷の符号を有する小円として描かれている。
膜円柱に結合する内部および外部ループ類上およびNB
F類の領域上における真の電荷は、白色正方形中に含ま
れている。プロテインキナーゼAまたはCによるリン酸
化の部位類は、それぞれ、黒の三角形および白の三角形
で示されている。K,R,H,DおよびEは、それぞ
れ、アミノ酸類であるリシン、アルギニン、ヒスチジ
ン、アスパラギン酸およびグルタミン酸の標準的命名法
である。CFTRタンパク質の予測された膜関連領域の
それぞれは、高度に疎水性でKyteおよびDooli
ttleのアルゴリズムおよびGarnierら(ジャ
ーナル・オブ・モレキュラーバイオロジー(J.Mo
l.Biol.)120,97(1978))のアルゴ
リズムに従って脂質2重層にまたがることが可能な6個
のセグメント類から構成されている(図13)。この膜
関連領域には、それぞれ、NBF類を含有する大きな親
水性領域が続いている。他の公知のヌクレオチド結合タ
ンパク質類との配列整列に基づくと、CFTRにおける
推定NBF類のそれぞれは、少なくとも残基150個か
らなる。CF患者の大半で検出された前記の3bp欠失
は、CFTRの第1番目のNBFの最も高度に保存され
たセグメント類2個の間に局在している。フェニルアラ
ニン欠失を取り囲む領域といくつかの他のタンパク質類
の対応する領域類間のアミノ酸配列同一性から、この領
域が機能的に重要であることが示唆される(図16)。
通常芳香族側鎖を有するものである疎水性アミノ酸1個
が、CFTRタンパク質のF508に対応する位置のこ
れらのタンパク質類のほとんどに存在している。アミノ
酸多形性がDNA多形性の結果として存在できることが
わかる。図16は、CFTRの伸長されたNBF類の最
も保存されたセグメント類3個の整列と他のタンパク質
類の対応する領域類を示している。これらの3個のセグ
メント類は、CFTRのN末端半分の残基433−47
3,488−513,および5432−584およびC
末端半分の1219−1259,1277−1302,
および1340−1382から構成されている。厚く線
を重ねたところは、類似性最大の領域類を示唆してい
る。ギャップを導入しないでも付加的な一般的相同性が
見られる。NBF類のタンパク質の構造および配列保存
における全体としての対称性にもかかわらず、予測され
たCFTRタンパク質の2個の半分の間の配列相同性が
中等度である。このことは図12に示されており、アミ
ノ酸1−1480が各軸上に示されている。同一性斜線
の片側の線は、内部類似性の位置を示している。したが
って、4組の内部配列同一性が、Lawrenceら
[C.B.Lawrence,D.A.Goldma
n,およびR.T.Hood,ブリテン・オブ・マシマ
ティカルバイオロジー(Bull MathBio
l.)48,569(1986)]によって適用された
Dayhoff点数表を用いて図12に示したように検
出でき、これらの内の3つのみが、標準偏差の小さい方
のしきい値設定値で明らかである。最も強い同一性は、
NBF類のカルボキシル末端における配列類の間にあ
る。配列した66個の残基中、27%が同一で、さらに
11%が機能的に類似である。全体的に弱い相同性が、
遺伝子複製仮説が提示されている(Grosら、セル
(Cell)47,371,1986,C.Chen
ら、セル(Cell)47,381,1986,Ger
lachら、ネーチャー(Nature)、324,4
85,1986,Grosら、モレキュラーセルバイオ
ロジー(Mol.Cell.Biol.)8,277
0,1988))P−糖タンパク質中においてはるかに
高度(>70%)であるのと対照的である。エクソン−
イントロン境界の相対的位置における保存の欠如は、C
FTRのこのようなモデルに反するとして議論できる
(図2)。CFTRのアミノ末端にシグナルペプチドは
明らかに存在していないので、最初のトラスメンブラン
配列に先行する高度に電荷を帯びた親水性セグメント
は、おそらく細胞質の方向を向いているであろう。2組
の疎水性ヘリクスは膜を介して3つのトランスバースル
ープを形成していると考えられ、トラスメンブランセグ
メント7と8との間の領域を除いて、タンパク質全体の
配列のうち、外表面に出ている部分はほとんどないこと
が考えられる。Nグリコシル結合をする可能性のある2
つの部位は後の領域に含まれることに着目することが大
切である。膜会合領域のそれぞれに上記のNBFが後続
する。さらに、高度に電荷を帯びた細胞質ドメインは、
予想されるCFTRポリペプチドの中央部に見い出すこ
とができ、このタンパク質の両半分を連結している。こ
のドメインは、R−ドメインと呼ばれ、単一の大きなエ
クソンによって機能的に限定される。なお、このエクソ
ン中では、241個のアミノ酸のうち69個が、正およ
び負の荷電を交互に繰り返すクラスター中に存在する極
性残基である。さらに、プロテインキナーゼA(PK
A)によるリン酸化に必要な10個のコンセンサス配列
のうちの9個、およびCFTRに見られるプロテインキ
ナーゼC(PKC)に対して可能性のある基質領域の7
つは、このエクソン中に位置している。
4.2 CFTRの機能 CFTRの性質は、他の膜会合タンパク質との比較から
理解される(図16)。哺乳類のp−糖タンパクとの全
体的構造類似性に加えて、CFTR中の2つの予想され
るドメインのそれぞれは、大腸菌のヘモリシンの単一ド
メイン構造およびショウジョウバエの白色遺伝子産物に
著しく類似している。これらのタンパク質は、ヘモリシ
ン系の溶解ペプチドおよび眼の色素分子の輸送にそれぞ
れ関与している。大腸菌のビタミンB12輸送系、Bt
uD、および機能が未知の苔類のクロロプラスト遺伝子
も、類似構造のモチーフを有している。さらに、CFT
Rタンパク質は、グラム陰性菌のペリプラズム溶解輸送
系のいくつかと構造的類似性を共有している。なお、そ
のグラム陰性菌では、トランスメンブラン領域およびA
TP結合層が、第3の基質結合ポリペプチドと関連して
機能する別々のタンパク質に含まれている。CFTR中
のトランスメンブラン領域の全構造配列は、最近記載さ
れたウシの脳のアデニレートシクラーゼ、ならびに数種
のカチオンチャンネルタンパク質および数種のカチオン
トランスローケイションATPアーゼに類似している。
この位相的分類は、6つのトランスメンブラン領域から
なるが、その分類の機能的意義は推測の域を出ない。ま
た、配列を同定する短い領域が、CFTRの想定トラン
スメンブラン領域と他の膜貫通タンパクとの間で検出さ
れている。興味あることに、CFTRのカルボキシ末端
から約50残基に位置する長さ18残基のアミノ酸配
列、およびこれらの12位が同一のアフリカ・ツメガエ
ルのrafセリン/スレオニンキナーゼ前癌遺伝子の配
列も存在する。最後に、アミノ酸配列の同定(10/1
3保存残基)は、CFTRの高度に電荷を帯びたRドメ
イン内の親水性セグメント(701〜713位)と、ラ
ットの脳およびウナギの両者にみられるナトリウムチャ
ンネルの最初のトランスメンブランループ直前の領域と
の間で着目されてきた。CFTRの電荷を帯びたRドメ
インは、位相的に極めて関連したP糖タンパクとの共有
点はなく、2つのタンパク質間で241個のアミノ酸連
結ペプチドに大きな相違は明らかにない。つまり、CF
TRタンパク質の1次構造の特徴は、それが、CFで影
響を受けた組織の上皮細胞におけるイオン輸送の調節と
制御への関与に適した性質をもっていることである。2
つの領域中で膜へ確実に結合することは、細胞膜の細胞
質表面近くの3つの主要な細胞内ドメイン(ヌクレオチ
ド結合層1および2ならびにRドメイン)を配置させる
に役立つ。そこで、これらのドメインは、CFTRトラ
ンスメンブランセグメントまたは他の膜タンパク質によ
って形成されたチャンネルを通るイオンの移動を調節す
る。遺伝子データ、組織特異性、およびCFTRタンパ
ク質の想定された性質の観点から、CFTRがCFに直
接起因するとの結論が理に適ったものである。しかし、
CFTRが上皮細胞の頂端膜のイオン伝導度の制御に関
与するか否かは不明である。CFTRがイオンチャンネ
ル自体として機能することが考えられる。図13に示す
ように、12個のトランスメンブラン領域のうちの10
個は、電荷を帯びた側鎖を有する1つ以上のアミノ酸、
脳のナトリウムチャンネルに類似の特性、およびGAB
A受容体塩化物チャンネルのサブユニットを含む。そこ
で、電荷を帯びた残基は、サブユニットすなわち繰り返
し単位ごとに6個の各膜会合ドメインうちの4個、およ
び4個のうちの3個に存在する。これらトランスメンブ
ランセグメントの両親媒性によって、これら分子のチャ
ンネル形成能が付与されると考えられる。また、CFT
Rは、イオンチャンネルではないこともあるが、イオン
チャンネル活性の調節に役立つ。後者の仮定を支持する
上で、脂質膜中の塩化物チャンネルを再構成し得る、気
管および腎臓から得られた精製ポリペプチド[Land
ry et al,Science 224:1469
(1989)]のどれもが、分子量から判断した場合、
CFTRとは考えられない。どちらの場合も、CFTR
中にATP結合ドメインが存在することは、ATP加水
分解が輸送機能に直接関与しかつ必要であることを示唆
する。PKAおよびPKCに対する高密度リン酸化部
位、ならびにRドメインにおける荷電残基のクラスター
は、両者とも上記の活性の調節機能をはたす。NBF中
におけるフェニルアラニン残基の欠失によって、ATP
の適切な結合または立体配座の変化が起きなくなること
がある。なお、これは一般的にはないことであるが、C
F頂端塩化物の伝導回路のPKAまたはPKC媒介リン
酸化による活性化に対する悲感受性となって認められ
る。この想定タンパク質は、いくつかのドメインを含
み、他成分分子系の一部として機能することが多い一群
のタンパク質に属するので、CFTRは、活性の上皮組
織機能またはイオン輸送に無関係の調節にも関与するこ
とがある。用手法で単離したCF遺伝子(cDNA)を
用いれば、CFにおける基本的な生化学的欠陥を限定す
ることができ、そして更に、一般的な上皮細胞のイオン
輸送回路の調節を容易にことができる。したがって、C
FTRの想定構造とは無関係に得られた知識とともにこ
のタンパク質自体の研究からの知見によって、この疾病
の改良された治療法の開発の基礎が得られる。こういっ
た研究では後述のように、CFTRタンパク質に対する
抗体がつくられてきた。
4.3 タンパク質の精製 CFTRタンパク質は、その配列から明らかにされたよ
うに、性質に基づいて選択された方法によって選択する
ことができる。例えば、それが膜内在性タンパク質の際
立った性質を有するために、それが高度に発現される上
皮細胞の膜分画は、確立された方法[J.E.Lang
ride,et al,Biochim.Biophy
s.Acts.751:318(1938)]を用いて
最初に分離される。これらの膜の周縁タンパク質は、高
濃度の塩、高pHまたはジヨードサリチル酸リチウムな
どのカオトロピック試薬を用いた抽出によって除去され
たものである。次いで、CFTRタンパク質を含む内在
性タンパク質のすべては、オクチルグルコシドなどの界
面活性剤(Landryら、上掲)、CHAPS[D.
J.Beros,et al,J.Biol.Che
m.262:10613(1987)]、または類似作
用の他の化合物を用いて可溶化される。CFTRのヌク
レオチド結合ドメインを利用するとともに、シバクロン
ブルー[S.T.Thompson et al.Pr
oc.Natl.Acad.Sci.USA,72:6
69(1975)]を使って、CFTRタンパク質を結
合させ、これを界面活性剤安定化混合物に存在する他の
内在性タンパク質から除去する。CFTRが糖タンパク
であるため、分別レクチンクロマトグラフィーによって
更なる精製が可能である[Riordan et a
l.J.Biol.Chem.254:1270(19
79)]。続いて、均質化のための最終的精製が、他の
標準的な精製手法、例えば、イオン交換クロマトグラフ
ィー、ゲル浸透クロマトグラフィー、吸着クロマトグラ
フィーまたは必要に応じて等電点電気泳動を用いて行わ
れる。また、CFTRタンパク質(もしくはその断片)
に対する固定化抗体を用いた免疫アフィニティークロマ
トグラフィーまたはApplied Biosyste
ms社の「230 HPEC System」のような
新型装置を用いた調製用ポリアクリルアミドゲル電気泳
動など単一の精製法も利用される。p−糖タンパク[R
iordan et al,上掲]の精製、すなわちヌ
クレオチド結合輸送・会合膜タンパク質による一般的方
法に基づけば、CFTRタンパク質の精製が容易にな
る。CFTRタンパク質が高度に発現する組織および細
胞からの精製法に加えて、上記のようにCF遺伝子(c
DNA)を含むベクターで感染させた細胞からCFTR
を精製するために類似の手法が用いられる。cDNA配
列の修飾型の発現から得られるタンパク質産物を類似の
方法で精製する。このように提供されたタンパク質の相
同性の範囲には、2次元ゲル電気泳動およびN末端アミ
ノ酸分析などタンパク化学の領域で標準的なものが含ま
れる。この精製タンパク質は、その2次および3次構造
の性質を決定するために用いられ、CFの突然変異型の
適切な機能を促進する薬剤の設計に役立つ。タンパク療
法で使用するための調製では、有毒と思われる夾雑物質
が入らないことが重要である。このタンパク質の疎水性
には、操作の全段階で界面活性剤やその他の物質[V.
J.Ambud Karand P.C.Malone
y J.Biol.Chem.261:10079(1
986)]などの両親媒性の化合物が含まれていること
を必要とする。
5.0 CFのスクリーニング 5.1 DNA診断 ここに記載されたように、主要な突然変異型の知識があ
れば、キャリアーのスクリーニングおよび出産前の診断
を以下のように実施することができる。嚢胞性線維症に
対する高リスク集団は、白人である。生殖年令に達した
各白人の女性および/または男性は、彼らがキャリアー
であるか否かを判定するためにスクリーニングされるこ
とになる(各個人に対して約5%の確率)。両人がキャ
リアーであれば、彼らは嚢胞性線維症の子供が生まれる
リスクが高い夫婦である。リスクの高い夫婦の各子供が
嚢胞性線維症にかかる率は25%である。プローブを用
いてキャリアーの状態を判定する手法は以下に開示され
る。正常および突然変異型CF遺伝子のDNA配列に関
する1つの大きな応用例は、遺伝子試験、キャリアー検
出および出生前診断の領域にある。CF遺伝子の突然変
異を有するキャリアー(疾病のキャリアーまたは患者)
は、さまざまな手法を使用してDNAレベルで検出する
ことができる。診断に使用されるベノムDNAは、抹消
血、尿、唾液、組織生検試料、外科的試料および剖検物
質中に存在する細胞など、体内の細胞から得ることもで
きる。そのDNAは、特異的配列の検出のために直接使
用されることもあり、解析に先立ってPCR法[Sai
kiet al.Science 230:1350−
1353(1985)、Saiki et al.Na
ture 324:163−166(1986)]を用
いてインビトロで酵素的に増幅されることも可能であ
る。RNAまたはそのcDNA型は、同一の目的のため
に使用されることもある。このテーマに関する最近の総
説は、カスキーの文献[Science 236:12
23−8:(1989)]およびランデグレンらの文献
[Science 242:229−237(198
9)]に提示されてきた。特異的DNAの検出は、特異
的オリゴヌクレオチドを用いたハイブリダイゼーション
[Wallace et al.Cold Sprin
g Harbour Symp.Quant.Bio
l.51:257−261(1986)]、DNAの直
接配列決定法[Church and Gilber
t,Proc.Natl.Acacd.Sci.USA
81:1991−1995(1988)]、制限酵素
の使用[Flavell et al.Cell 1
5:25(1978);Geever et al.P
roc.Natl.Acad.Sci. USA 7
8:5081(1981)]、変成剤を用いたゲル中で
の電気泳動的移動度に基づく識別[Myers and
Maniatis,ColdSpring Harb
our Sym.Quant.Biol.51:275
−284(1986)]、RNアーゼの保護[Myer
s,R.M.,Larin,J.,and T.Man
iatis Science 230:1242(19
85)]化学的開裂[Cotton et al.Pr
oc.Natl.Acad.Sci.USA 85:4
397−4401,(1985)]およびリガーゼ媒介
型検出法[Landegren et al.Scie
nce241:1077(1988)]などの方法によ
って行うこともできる。正常または突然変異型配列に特
異的なオリゴヌクレオチドは、市販の機器を用いて化学
的に合成され、同位体(32Pなど)で放射線標識また
は非放射線(ビオチンなどのTaqつき)標識され[W
ard and Langer etal.Proc.
Natl.Acad.Sci.USA 78:6633
−6657(1981)]、およびドットブロットまた
は電気泳動後のゲルからのトランスファーによる膜また
は固体支持体上で固定化された各DNA試料にハイブリ
ダイズさせられる。これら特異的配列の有無は、オート
ラジオグラフィーまたは蛍光反応[Landegren
et al.(1989)、上掲]もしくは呈色反応
[Gebeyehu et al.Nucleic A
cids Reseach 15:4513−4534
(1987)]などの方法によって肉眼で観察される。
このオリゴヌクレオチドスクリーニング法の具体例は、
ここに記載されるようなF508欠失の検出に応用され
てきた。正常と突然変異型との間の配列の差異は、チャ
ーチとギルバートのDNA直接配列決定法(上掲)によ
って明らかにされることもある。クローン化DNAセグ
メントは、特異的DNAセグメントを検出するためにプ
ローブとして使用することもできる。この方法の感受性
は、PCR法と組み合わせた場合に大幅に高められる
[Wrichnik el al.Nucleic A
cids Res.15:529542(1987);
Wong et al.Nature 330:384
−386(1987);Stoflet et al.
Science 239:491−494(198
8)]。後者の方法では、増幅配列中にある配列プライ
マーが、2本鎖PCR産物または修飾PCRによって生
じる1本鎖鋳型とともに使用される。配列の決定は、放
射能標識ヌクレオチドを用いた従来の方法または蛍光T
aqを用いた自動配列決定法によって行われる。配列の
変更は、適当な酵素での消化の後に行われる従来のゲル
ブロットハイブリダイゼーション[Southern,
J.Mol.Biol 98:503(1975)]の
使用によって明らかにされる偶然の制限酵素認識部位を
稀に生じ得る。この部位(正常または突然変異)を有す
るDNA断片は、サイズの減少または対応する制限酵素
断片数の増加によって検出される。ゲノムDNA試料
は、適当な制限酵素を用いた処理に先立つPCRによっ
て増幅されることもあり、異なったサイズの断片は、ゲ
ル電気泳動後の臭化エチジウムの存在下UV光のもとで
肉眼で観察される。DNA配列の差異に基づく遺伝的試
験は、変成剤の有無にかかわらずゲル中でのDNA断片
の電気泳動的移動度の変化を検出することによって行う
ことも可能である。小さい配列の欠失および挿入は、高
解像度のゲル電気泳動によって肉眼で観察することがで
きる。例えば、3bpの欠失を有するPCR産物は、変
成剤を含有しない8%のポリアクリルアミドゲル上で正
常な配列から明らかに区別される。異なった配列組成物
のDNA断片は、異なったDNA断片の移動度が比「部
分的溶融」温度に従ったさまざまな位置でゲル中での遅
れが生じる変成ホルムアミド勾配ゲル上での区別が可能
である(Myers、上掲)。さらに、配列の変更、特
に小さな欠失は、3bp(F580)突然変異および他
の実験系で検出されるように、非変成ゲル電気泳動にお
けるDNAヘテロ2本鎖の移動パターンの変化として検
出されることもある[Nagamine et al.
Am.J.Hum.Genet,45:337−339
(1989)]。また、単一塩基の置換または他の小変
化は、PCRにおける識別プライマーの長さに基づくこ
ともあり得る。例えば、1つの不変プライマーは、突然
変異に特異的なプライマーに添加して使用可能である。
次いで、正常および突然変異型遺伝子のPCR産物が、
アクリルアミドゲル中で別個に検出され得る。特定部位
での配列の変化は、RNアーゼの保護[Myers、上
掲]、Sl保護[Berk,A.J.,and P.
A.Sharpe,Proc.Natl.Acad.S
ci.USA 75:1274(1978)]、化学的
開裂法[Cotton、上掲]およびリガーゼ媒介型検
出法[Landegren、上掲]などの方法によって
解明し得る。従来のゲル電気泳動およびブロットハイブ
リダイゼーション法に加えて、DNA断片は、個々のD
NA試料が膜に固定化されない方法によっても肉眼で観
察し得る。このプローブおよび標的配列は双方とも溶液
中に存在することがあり、またはそのプローブ配列が固
定化されていることもある[Saiki et al,
Proc.Natl.Acad.Sci.USA,8
6:6230−6234(1989)]。放射性同位体
が関与するオートラジオグラフィー、放射能崩壊の直接
検出(シンチラントの有無にかかわらず)、呈色反応が
関与する分光光度法、および蛍光反応が関与する蛍光分
析法など、さまざまな方法を使用して特定個人の遺伝子
型を同定することもできる。1カ所を超える突然変異が
CF遺伝子中に生じていることが予想されるので、マル
チプルズシステムは、CFキャリアーのスクリーニング
および特定の突然変異型検出のための理想的なプロトコ
ールである。例えば、複数の特異的オリゴヌクレオチド
プライマーおよびハイブリダイゼーションプローブを使
用して、起こり得るすべての突然変異を同時に同定する
こともできる[Chamberlain et al.
Nucleic Acids Reseach16:1
141−1155(1988)]。この方法には、固定
化された配列特異的オリゴヌクレオチドプローブ[Sa
iki et al.上掲]が含まれることもある。
5.2 主要な突然変異型の検出 これらの検出法は、羊水細胞および絨毛膜絨毛生検によ
るか、母体の循環血液から死細胞を分けることによっ
て、出生前の診断に応用することもできる。集団中のC
Fキャリアーの試験は、共通の疾病に関する大規模な遺
伝的試験計画に重要な一環として取り入れることもでき
る。次いで、この発明の一実施態様によれば、この実施
態様に基づく突然変異などの突然変異を検知するDNA
セグメント部分、すなわち、F508の欠失の近傍にあ
る部分は、標準的なPCR法[Science 24
2:229−237(1988)に記された、Land
egren,Ulf,Robert Kaiser,
C.Thomas Caskey, and Lero
y Hoodの総説「DNA診断−分子的手法および自
動化」]。使用されるDNAセグメント部分は、単一の
DNAセグメントまたは異なったDNAセグメントの混
合物であってもよいことが示唆される。この方法の詳細
な記載は以下の通りである。ヒトまたは胎児からのゲノ
ムDNAの特定領域がスクリーニングの対象となる。こ
ういった特定領域は、オリゴヌクレオチドプライマーC
16B(5’GTTTTCCTGGATTATGCCT
GGGCAC3’)およびC16D(5’GTTGGC
ATGCTTTGATTGACGCTTC3’)によっ
て限定される。この特定領域は、ポリメラーゼ連鎖反応
(PCR)によって増幅される。CF患者および彼らの
親の培養リンパ芽球または抹消血試料から得られた20
0〜400ngのゲノムDNAを、上記のオリゴヌクレ
オチドプライマーを用いた各PCRで使用した。このオ
リゴヌクレオチドは、販売元が進める方法に従って、O
ligonucleotide Purificati
on CartridesTM(Applied Bi
osystems社)またはNENSORBTMPRE
Pカラム(Dupont社)を用いて精製した。このプ
ライマーを62℃で45秒間アニーリングし、72℃で
120秒(TaqDNAポリメラーゼ2単位を用いて)
かけて伸長させて、Step−Cycleプログラム
(1.5分で変換セッティング)を用いたPerkin
−Elmer/Cetus自動サーモサイクラー中で2
8サイクルと7分間の最終サイクルに94℃で60秒間
かけて変成させた。PCR産物の部分を1.4%アガロ
ースゲルの電気泳動によって分離し、標準法に従ってZ
etabindTM(Biorad社)膜に転写した。
50mMTris−HCl(pH7.6)、10mM
MgCl、0.5mMジチオスレイトール、10mM
スペルミジン、1mM EDTAおよび30〜40μC
iのγ[32P]ATPを含む10μlの反応液に溶け
た10単位のT4ポリヌクレオチドキナーゼ(Phar
macia社)で、図15(各10ng)の2つのオリ
ゴヌクレオチドプローブを別々に37℃で20〜30分
間かけて標識した。取り込まれなかった放射能ヌクレオ
チドを、使用前にSephadex G−25のカラム
で除去した。ハイブリダイゼーション条件は、温度を3
7℃とした以外は前記[J.M.Rommets et
al.Am.J.Hum.Genet.43,645
(1988)]と同様であった。膜は、5×SSCを用
いて室温で2回洗浄し、2×SSCを用いて39℃で2
回洗浄した(1×SSC=150mMNaClおよび1
5mMクエン酸ナトリウム)。オートラジオグラフィー
を室温で一晩実施した。オートラジオグラフィーは、図
15に示したように、2つの特異的オリゴヌクレオチド
プローブを用いたゲノムDNAのハイブリダイゼーショ
ン結果を示す。プローブCは、正常なDNA配列を検出
し、プローブFは突然変異型配列を検出する。家族の一
人一人から得られたゲノムDNA試料をポリメラーゼ連
鎖反応によって増幅させ、産物を1.4%アガロースゲ
ルの電気泳動によって分離してから標準法に従ってZe
tabind(Biorad社)膜に転写した。水盲検
およびプラスミドDNA、T16およびC16[それぞ
れ正常配列(N)およびF508欠失(CF)に相当す
る]を対照として含めた。また、3bpの欠失はポリア
クリルアミドゲル電気泳動によって見い出された。上記
のC16BおよびC16Dプライマーによって生じたP
CRを、90mMホウ酸緩衝液(pH8.3)中にて2
0V/cmで2時間8%ポリアクリルアミドゲルにかけ
たとき、3bpの欠失をともなわない個人、欠失に対し
てヘテロ型またはホモ型の個人を明確に検出し得た。さ
らに、エキストラDNAバンドは、正常DNA鎖と突然
変異DNA鎖との間のヘテロ2本鎖であるが、ヘテロ接
合体に着目した。また、PCR中に形成されたヘテロ2
本鎖のゲル移動度における類似の変更が、小さな欠失が
関与する実験系で報告されている(Nagaminee
t al.上掲)。これら移動度のシフトは、非放射性
遺伝的スクリーニング試験の基礎として使用されること
もある。
5.3 CFのスクリーニング法 キャリアーの70%だけが、この発明におけるこの特別
な実施態様の特異的F508プローブを用いて検出可能
であることが認識される。したがって、F508プロー
ブを使って試験された個人がキャリアーでなければ、キ
ャリアーの状態を除くことはできず、彼らに前記のよう
な他の突然変異が生じている可能性がある。しかし、試
験された個人とその配偶者の双方がF508突然変異の
キャリアーであれば、彼らがリスクの高い夫妻となるこ
とは当然である。ここに開示したような遺伝子配列は、
その他の突然変異型を判定するための基本的な必要条件
である。出生前の診断は、キャリアースクリーニングの
論理的な延長線にある。2通りのうちのいずれかで、夫
妻が嚢胞性線維症の子供をもつリスクがあると見られ
る。彼らが嚢胞性線維症の子供1人をすでにもっている
ならば、この夫妻はどちらかが、定義によって嚢胞性線
維症のキャリアーとみられ、その後から生まれる子供が
この疾患にかかる率は25%である。この発明の主要な
利点は、家系分析を必要としない点であり、この発明に
よれば、上記のような遺伝子突然変異スクリーニング法
または他の類似の方法を用いて、機能の変化したタンパ
ク質の産生につながる遺伝的突然変異を同定することが
できる。これは、疾病の子供から前の家系を確証するこ
とにはつながらない。上記のように、胎児のDNA試
料、例えば羊水細胞および絨毛膜絨毛検体を得ることが
できる。次いで、標準的なPCR法による増幅を、この
鋳型DNA上で行うことができる。両親がF508欠失
をもつキャリアーであることが分かれば、結果の解釈は
以下のようなものとなる。正常(図15に示すような非
欠失)プローブに対して胎児のDNAがハイブリダイズ
すれば、この胎児は嚢胞性線維症にかからないであろう
が、CFキャリアーである可能性はある(リスクの高い
夫妻の1人の胎児に対する確率は50%)。この胎児の
DNAがF508欠失プローブとのみハイブリダイズ
し、正常プローブ(図15に示したように)とはハイブ
リダイズしなければ、この胎児は嚢胞性線維症に罹患す
るであろう。CF遺伝子におけるこれらの突然変異につ
いて、さまざまな一連の特異的方法を用いて、すべての
潜在的CFキャリアーまたは患者に対する完全な診断を
行うことができる。3種類の方法を後で十分に記載す
る。したがって、被験者がCFキャリアーまたはCF患
者であれば、この発明によって測定方法および測定用キ
ットが提供される。すなわち、このスクリーニング法
は、スクリーニング対象となる被験者の生体試料を提供
する工程、ならびにその生体試料中に、正常なCF遺伝
子、正常なCF遺伝子産物、突然変異CF遺伝子、突然
変異CF遺伝子産物およびそれらの混合物からなる群よ
り選ばれた少なくとも1つの要素の有無を検出する方法
を提供する工程を含む。この方法は、例えば図1のDN
Aにおける異なったDNA断片、またはヒトの第7染色
体の異なったDNA配列断片であり、図1のDNA配列
のどちらかの側に位置する少なくとも1つ以上のヌクレ
オチドプローブを含むことによってもさらに特徴づける
ことができる。この発明の一実施態様に従って、スクリ
ーニング法での使用に適し、免疫検定法によってCF遺
伝子の有無をスクリーニングするためのキットは、以下
からなる。
(a)CF遺伝子の遺伝子産物に特異的に結合する抗
体、(b)その遺伝子産物に対する抗体への結合を検出
する試薬、ならびに(c)その抗体および試薬が、その
免疫検定法を実施するに有効量存在する。CF遺伝子の
存在を検出するためのキットはまた、ハイブリダイゼー
ション法によっても提供され得る。このキットは、以下
からなる。
(a)CF遺伝子に特異的に結合するオリゴヌクレオチ
ドプローブ、(b)CF遺伝子に対するオリゴヌクレオ
チドのハイブリダイゼーションを検出する試薬、ならび
に(c)このプローブおよび試薬が、そのハイブリダイ
ゼーション法を実施するに有効量存在する。
5.4 CFTRを検定する抗体 上記のように、CFTRタンパク質内のエピトープに対
する抗体は、このタンパク質の性質に関する徹底的な知
見および他の有意義な知見を提供するために作成され
る。後者の知見は以下からなる。
1.タンパク質が免疫ブロット法(ウエスタン法)、そ
の後のポリアクリルアミドゲル電気泳動によって発現さ
れる、細胞および組織中のタンパク質の肉眼での観察を
可能とすること。これによって、例えば、オリゴサッカ
リド鎖およびフォスフェート基などの翻訳後の修飾部分
をもった細胞からの影響を含む成熟タンパク質の分子量
サイズの推定がなされる。免疫蛍光法および免疫電子顕
微鏡法を含む免疫細胞化学的手法を利用でき、細胞膜の
タンパク質の細胞質中の局在が確立される。この抗体を
利用して、サイズが変化したタンパクの合成を生じる他
のいかなるCF突然変異型を検出する上でもう一つの手
法を提供することができる。
2.このタンパク質の別のドメインに対する抗体を利用
して、細胞膜中でのタンパク質の位相的配列を解明する
ことができる。これによって、薬物療法のための外から
投与された調節剤に許容的であるタンパク質のセグメン
トに関する情報が得られる。
3.このタンパク質のさまざまな部分の構造と機能との
関係は、特異的抗体を用いて調べることができる。例え
ば、細胞中に、トランスメンブラン配列ならびにヌクレ
オチド結合層の部分およびRドメインを連結させる荷電
した各細胞質ループを認識する抗体を導入することがで
きる。タンパク質の機能的パラメータへのこれら抗体の
影響を考慮すると、細胞の調節機構の洞察が得られ、C
F患者における欠陥タンパク質の活性を調節する手段が
示唆される。
4.適当な結合能を有する抗体は、そのタンパク質の免
疫沈降および免疫親和的精製を可能とする。免疫沈降か
ら、合成ならびにATP結合およびリン酸化を含む翻訳
後修飾の特徴が容易に解明される。精製は、タンパク質
の構造の研究およびその機能の研究に必要であって、タ
ンパク質療法にも必要である。
抗体を調製するために、適切なクローニングビークル中
で相当するDNA配列を発現させることによって、CF
TRポリペプチドの限定部分を含む融合タンパク質を合
成し、一方小さなペプチドを表8に記載された通り化学
的に合成した。この融合タンパク質を、例えば、グルタ
チオン−アガロースのアフィニティークロマトグラフィ
ーによって精製して、このペプチドをキャリアータンパ
ク質(ヘモシアニン)に結合させ、フロインドアジュバ
ントと混合して、ウサギに注射した。2週間間隔でのブ
ースター注射に続いて、ウサギを放血させて血清を分離
した。染色された融合タンパク質を図19aに示す。レ
ーン1は非誘導の対照プラスミド、レーン2はグルタチ
オン−S−トランスフェラーゼ(GST)を発現するI
PTG誘導の対照プラスミド、レーン3はアフィニティ
ー精製した27キロダルトン(kD)のGSTバンド、
レーン4は非誘導プラスミド、レーン5は誘導プラスミ
ドであり、レーン6は表8の精製された融合タンパク質
#1である。図19では、表8(レーン1および2)の
融合タンパク質#5ならびに表8(レーン3および4)
の融合タンパク質#2を含むpGETプラスミドで形質
転換された細菌からの溶解物のゲル電気泳動を示す。図
19bのレーン1は非誘導プラスミドに関するものであ
るが、レーン2は融合タンパク質#5を発現させる誘導
プラスミドに関するものである。図19bのレーン3は
非誘導プラスミドに関するものであるが、レーン2は融
合タンパク質#2を発現させる誘導プラスミドに関する
ものである。2匹の異なったウサギの2回目の放血から
得られた抗血清でプローブした融合タンパク質#1のイ
ムノブロットを図20に示す。染色は、アルカリフォス
ファターゼ結合第2抗体を用いて行う[Blake e
t al.Anal.Biochem.136:175
(1984)]。これら免疫染色の両者は、32kDの
融合タンパク質を染色するが、プレ免疫血清は染色しな
い。図21は、CFTR転写物を高レベルで発現させる
T84コロニー癌細胞から分離された、膜中のサイズが
約200kDのバンドに対するこれら免疫血清のうちの
1つとの反応性を示す。このバンドは、翻訳後修飾前の
想定分子量169kDを有するCFTRタンパク質で期
待し得るサイズ領域にある。ペプチド#2のLKH複合
体で免疫したウサギからの血清を、図22で示されるよ
うに純粋なペプチドとKLHの両者に対してスクリーニ
ングした。この図では、Hはヘモシアニンを、P1はペ
プチド#1を、P2はペプチド#2を示す。ngでドッ
トされたタンパク質またはペプチドの量を示す。この抗
血清は、そのペプチドを1ng程度の少量まで検出し、
対照タンパク質#1とは全く反応しない。したがって、
CFTRタンパク質の部分および配列の短いセグメント
に相当するペプチドを含む両融合タンパク質に特異的な
ポリクローナル抗体を作成することが可能である。同様
に、マウスに表8のペプチド1、2および7のKLH複
合体を注射し、CFTRタンパク質のこれらのセグメン
トに対するモノクローナル抗体を産生させることができ
る。モノクローナル抗体は、同様にCFTRタンパク質
の他のドメインに対しても作成することができる。ポリ
クローナル抗体の産生に関して、CFTRタンパク質に
対するモノクローナル抗体(mAbs)作成用の免疫原
は、CFTRポリペプチドの部分または配列の短い(ア
ミノ酸12ないし25個の長さ)セグメントに相当する
合成ペプチドを含む細菌の融合タンパク質[Smith
et al.Gene 67:31(1988)]。
基本的な方法論は、コーラーとミルシュタインのもの
[Naure25:495(1975)]である。BA
LB/cマウスを、不完全フロインドアジュバントに溶
けた純粋な融合タンパク質または合成ペプチド500μ
gの腹腔内注射によって免疫する。2回目の注射は14
日後に行い、21日後に3回目、そして28日後に4回
目の注射を行う。こうして免疫した各動物を、最終の注
射から1、2および4週後に解剖する。脾臓を摘出し、
その細胞をばらしてから回収し、文献[Gefter
etal.Somatic Cell Genetic
s 3:231(1977)]に従ってSp2/O−A
g14黒色腫細胞と融合させた。この融合混合物を融合
細胞の増殖用培地に播種し、融合細胞を、それらが約2
5%コンフルエンスに達するまで増殖させる。同時に、
培養上清に対して、特定のCFTR抗原と反応する抗体
の存在を調べる試験を行う。次いで、アルカリホスファ
ターゼ標識抗マウス第2抗体を使って陽性のものを検出
する。さらに、陽性の培養穴からの細胞を培地中で増殖
させ、更なる試験のために上清を回収し、細胞は凍結保
護剤含有培地中で凍結させた。大量のmAbを得るため
に、産生細胞を動物あたり細胞濃度5×10で腹腔に
注射し、腹水を得る。精製は、文献[Ey et a
l.Immunochemistry 15:429
(1977)]に従ってプロテインGおよびプロテイン
Aアガロースのクロマトグラフィーによって行う。CF
TRタンパク質とこれらmAbの反応性は、CFTRタ
ンパク質が発現される上皮細胞から分離された膜のポリ
アクリルアミドゲル電気泳動、およびイムノブロット
[Towbin et al.Proc.Natl.A
cad.Sci.USA,76:4350(197
9)]によって確認される。CFTRタンパク質の異な
った各ドメインに特異的なモノクローナル抗体の使用し
てそれら個々の機能を調べることに加えて、その他のm
Abは、CFTRタンパク質の正常と突然変異型との間
の識別することが可能でるが、鼻粘膜の生検検体「ブル
ッシュリング(brushings)」[R.De−L
ough and J.Rutland,J.Cli
n.Pathol.42,613(1989)]または
汗腺を含む皮膚の生検検体など、患者から得られた上皮
細胞試料中の突然変異タンパク質を検出するために用い
られる。この識別可能な抗体は、アミノ酸位508(例
えば、GTIKENIIGVSY)にフェニルアラニ
ンを含むペプチドまたはF508を欠く以外同一のペプ
チド(GTIKENIIGVSY)で免疫化した何組か
の対のマウスからのハイブリドーマを識別的にスクリー
ニングすることによって得られる。F508欠失が加わ
ったかまたはそれを欠いた患者に存在するCFTRタン
パク質の他の突然変異型を認識し得るmAbは、類似の
モノクローナル抗体産生法を使って得られる。CFTR
タンパク質およびそのセグメントの正常およびCF型に
対する抗体は、免疫細胞化学および免疫蛍光光学顕微鏡
法ならびに免疫電子顕微鏡法による診断に使用され、C
F患者、CFキャリアーおよび非CFキャリアーの人の
器官内におけるCFTRの細胞および細胞下分布が示さ
れる。CF患者およびCF患者の細胞におけるCFTR
タンパク質の活性を促進させることによって、治療面で
調節を行うのに抗体が用いられる。こういった調節様式
には、多価抗体とCFTRタンパク質分子との架橋によ
る刺激、ならびにインシュリン受容体[O’Brien
et al.J.Biol.Chem.258:846
(1983)]、上皮成長因子受容体[Schreib
er et al.J.Biol.Chem.258:
846(1983)]などのある種の細胞表面の膜受容
体、およびCD4[Veillette et al.
Nature,338:257(1987)]などのT
細胞受容体関連分子の刺激が関与する。CFにおいて欠
陥CFTRタンパク質を発現する細胞への治療薬の運搬
を規定するために抗体が用いられる。この目的には、抗
体は、薬剤などの治療薬または正常遺伝子を運ぶリポゾ
ーム[Matthay et al.Cancer R
es.46:4904(1986)]などのビークルに
取り込まれる。
a文献[Smith et al.Gene 67:3
1(1988)]で確認されたように、pGEXプラス
ミド発現ベクター中で、日本住血吸虫(Schisto
soma japonicum)のグルタチオンS−ト
ランスフェラーゼの3’末端に連結したこれら断片をコ
ードする制限酵素切断断片。
b文献[Green et al.Cell 28:4
77(1982)]に従って、キャリアータンパク質の
キーホール・リンペットのヘモシアニン(KLH)にN
末端システインを介して結合したペプチド。TMはトラ
ンスメンブラン配列を示す。
5.5 RFLP分析 この発明は、ただちに実際的用途が見い出されるCF遺
伝子の発見および特徴決定から直接由来する多くの利点
を提供する。CFTRのアミノ酸配列から、CFTRが
関与し、嚢胞性線維症で欠陥を提示する分子的機構と同
様に、このタンパク質の構造および機能の洞察が可能で
ある。この知見によれば、この疾病に対する研究および
治療において、いっそうの手段および概念の形成され得
る。この発明の用途のうちには、キャリヤーの検出、D
NA診断、家系図調査などが挙げられる。従来のDNA
を基準とする遺伝的試験は、疾病のある子供をもった家
族およびその近親者に対して主に利用されてきた。DN
A配列レベルでCF突然変異が知られれば、いかなる個
人の試験も任意に行える。われわれの推定によれば、過
去の家系が分からないCF患者の46%は、DNA解析
によって正確に判断可能であって、母集団中のCFキャ
リヤーの68%がF508欠失によって確認できる。北
アメリカの母集団におけるキャリヤーの頻度を1/20
とすれば、例えば、キャリヤーの状態に関して生殖年令
の女性および/または男性のすべてをスクリーニングす
ることが妥当である。F508欠失に特異的なプローブ
を用いたキャリヤーの検出は、キャリヤーの70%まで
見い出されよう。残りのキャリヤーは、上記でさまざま
なハプロタイプ群に特異的な一群のプローブによって検
出されよう。F508欠失は全CF突然変異型の約70
%を構成するので、RFLP分析は、CF患者の家族ま
たは近親者に対する直接検出試験を補足するものとして
使用が可能である。F508突然変異が起きていないC
F患者の約55%がわれわれのCFリンケージ家族の事
後分析に基づいてDNAマーカーJG2E1(KM1
9)[Kerem et al.Am.J.Hum.G
enet 44:827−834(1989); Es
tivell et al.Genomics1:25
7(1987)]から知見が得られるものと予想され、
E6(TaqI)[Kerem et al.上掲]お
よびJ3.11(MspI)[Wainright e
t al.Nature(1985)]も試験された場
合、さらに39%の知見が得られるであろう。すなわ
ち、H2.3(XV2C−TaqI)[Kerem e
t al.上掲;Estivell et al. N
ature(1987)]、E2.6(E.9)(Ms
pI)[必要に応じて入手可能なプローブ]、E4.1
(Mp6d.9)(MspI)[必要に応じて入手可能
なプローブ、Estivell et al.Am.
J.Hum.Genet.(1989)]、J44(E
3.1)(XbaI)[必要に応じて入手可能なプロー
ブ]およびmetD(BanI)[Spence et
al.Am.J.Hum.Genet.(198
9);ATCC#40219]が含まれる場合、ほぼす
べての親から知見が得られることになる。これらプロー
ブの有用性は、これらが多形の制限酵素切断部位を認識
するという事実にある。したがって、これらのプローブ
は一般に、多形部位を介してこれらの配列によって限定
されず、隣接配列の知見に基づいて利用されるので、当
該分野の技術者には既に知られているように、問題の領
域におけるポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を可能とす
る。例えば、プローブE2.6(MspI)は、2つの
隣接オリゴマー(5’GTGATCCAGTTTGCT
CTCCA3’、および5’GGAATCACTCTC
TTCCTGATAT3’)によって完全に限定され
る。MspIの多形性を検出するE2.6PCR産生プ
ローブを使用することによって、MspI部位の有無に
応じて、2つの異なった対立遺伝子(850kbの断
片、または490bpおよび360bp断片)が検出さ
れよう。同様に、プローブJ44(E3.1)(Xba
I)は、2つの隣接オリゴマー(5’CAATGTGA
TTGGTGAAACTA3’、および5’CTTCT
CCTCCTAGACACCTGCAT3’)によって
完全に限定される。XbaIの多形性を検出するE2.
6PCR産生プローブを使用することによって、Xba
I部位の有無に応じて、2つの異なった対立遺伝子(8
60kbの断片、または610bpおよび250bp断
片)が検出されよう。連結されたRFLPは、F508
欠失をもたない個人に対するリスクの計算に使用するこ
ともできる。一般的なリスクの推定法は、文献[Bea
udet et al.Am.J.Hum.Genet
44:319−326]で考察されている。出生前診
断には、微小絨毛性小腸酵素の分析を行って、DNA診
断が不完全な場合に診断の信頼性を高めることもでき
る。DNA診断は現在、胎児が嚢胞性線維症にかかてい
るか否かを判定するために使用されているが、歴史的に
は、特定の両親に確実なキャリアーと同定された1人の
嚢胞性線維症児が生まれた後にだけ実施されてきた。し
かし、上記のようなキャリアー検出と組み合わせて、キ
ャリアーの夫妻でのすべての妊娠に対してDNA診断を
行うことは可能であろう。両親がすでに1人の嚢胞性線
維症児をもっていれば、広範なハプロタイプ分析を行う
ことができ、疑陽性または疑陰性の比率が大幅に減少さ
れよう。嚢胞性線維症には臨床的異質なものがあると多
年考えられてきたが、現在では、いわゆる健全な膵臓
(CF−PS)および膵臓不全(CF−PI)という2
分類が登場している。これらの疾病の概念に関連した突
然変異の特徴がよく解明されれば、この疾病の臨床的表
現形をもった特定の突然変異に結び付けることができ
る。これによって、各患者の治療が変えられる。したが
って、突然変異の特徴から、ある程度まで、患者の診断
が予測され、特定の治療方針が定まるであろう。
6.0 嚢胞性線維症の分子生物学 CFTRが、イオンチャンネル、特にCFにおける機能
的欠陥として意味付けられる塩素チャンネルの外向きへ
の機能を調節し得るという仮説は、アフリカルメガエル
の卵細胞においてインビトロで転写された完全な長さの
CFTRmRNAの注入および翻訳によっで調べること
ができる。卵細胞の膜を通過するイオン流の確かな変化
は、電位が固定弁で調節されるので、測定することがで
きる。CFTRは内在性卵細胞のチャンネルを調節する
ことができ、またはチャンネルタンパク質の翻訳を規定
するために上皮細胞RNAを導入させるためにも必要で
あり得る。この発明によって提供されるように、正常な
CFTRおよび突然変異型CFTRをコードするmRN
Aの使用によって、これらの実験が可能となる。異質細
胞系における他の発現様式によっても、構造−機能の関
係の解明が容易になる。プラスミド発現ベクターに連結
された完全なCFTRのDNA配列は、細胞を感染させ
るために使用される結果、イオン輸送に対する影響を判
定することができる。特定部位で修飾された配列部分と
ともに正常CFTR配列の一部を有するプラスミド発現
ベクターは、調節機能に決定的なCFTRタンパク質の
部分を同定するために行われるインビトロでの突然変異
実験に使用することができる。
6.1 DNA配列の発現 このDNA配列は、その遺伝子および産物の発現を理解
する研究、ならびに機能的解析、抗体産生および患者の
治療のために大量のタンパク質を産生させる研究におい
て操作可能である。この配列の変化は、相対量、組織特
異性および機能的特性の面で発現パターンを変えること
も変えないこともある。部分的または完全な長さのcD
NA配列は、目的とするタンパク質をコードし、修飾ま
たは未修飾のものがあり、以下のような細菌の発現ベク
ターに連結することも可能である。例えば、従来考察さ
れたタンパク質の精製法に従って分離し得る対応のタン
パク質の産生のために大腸菌細胞に導入可能なpRIT
[Nilsson etal.EMBO J.4:10
75−1080(1985)]、pGEX[Smith
and Johnson,Gene 67:31−4
0(1988)]またはpATH[Spindler
et al.J.Virol.49:132−141
(1984)]の各プラスミドである。このDNA配列
を本来の配列から他のクローニングビークル、例えば、
他のプラスミド、バクテリオファージ、コスミド、動物
ウイルス、酵母の合成染色体(YAC)[Burke
etal.Science 236:806−812,
(1987)]、体細胞、ならびに細菌、苔[Timb
erlake and Marshall,Scien
ce 244:1313−1317(1989)]、無
脊椎動物、植物[Gasser and Frale
y,Science 244:1293(1989)]
および豚[Pursel et al.Scjence
244:1281−1288(1989)]などの他
の下等および高等生物に移入させることもできる。哺乳
類細胞における発現では、このcDNA配列を、サルウ
イルス(SV)40、pSV2ベクター中のプロモータ
ー[Mulligan and Berg,Proc.
Natl.Acad.Sci.UAS,78:2072
−2076(1981)]などの異質プロモーターに連
結することもでき、サルのCOS−1細胞[Gluzm
an,Cell,23:175−182(1981)]
などの細胞に導入して、一過性または長期にわたって発
現させることもできる。キメラ遺伝子構成体の安定な組
込みは、ネオマイシン[Southern andBe
rg,J.Mol.Appln.Genet.1:32
7−341(1981)]およびマイコフェノール酸
[Mulligan and berg,上掲]を使っ
た生化学的選択によって哺乳類細胞中で維持することも
できる。DNA配列の操作は、制限酵素での消化、DN
Aポリメラーゼを用いた挿入、エキソヌクレアーゼによ
る欠失、末端デオキシヌクレオチドトランスフェラーゼ
による伸長、合成またはクローン化DNA配列の連結、
1本鎖バクテリオファージ中間体またはPCRと組み合
わせた特異的オリゴヌクレオチドの使用による部位特異
的配列の変更などの標準的な方法で行うことができる。
cDNA配列(もしくはそれに由来する部分)またはミ
ニ遺伝子(イントロンおよびそれ独自のプロモーターを
有するcDNA)を、従来の手法によって真核細胞の発
現ベクターに導入される。cDNAの転写を開始および
昂進させ、その適切なスプライシングおよびポリアデニ
ル化を保証する調節配列を提供することによって真核細
胞中でcDNAを転写させるように、これらのベクター
が設計される。サルウイルス(SV)40のプロモータ
ーおよびエンハンサー領域、またはラウス肉腫ウイルス
のLTR、ならびにポリアデニル化およびSV40から
のスプライシングシグナルを含むベクターは容易に入手
できる[Mulliganet al.Proc.Na
tl.Acad.Sci.USA,78:1078−2
076(1981);Gorman et al.Pr
oc.Natl.Acad.Sci.USA,79:6
777−6781(1982)]。また、CFTRの内
在性プロモーターも使用できる。cDNAの発現レベル
は、この型のベクターを用いて以下のいずれかの方法に
よって操作することができる。すなわち、さまざまな活
性(例えば、バキュロウイルスpAC373は、S.フ
ルギペルダ(Frugiperda)細胞中で高レベル
のcDNAを発現し得る[M.D.Summers a
nd G.E.Smith“GeneticallyA
ltered Viruses and the En
vironment”(B.Fields,et a
l.編)vol.22 no319−328,Cold
Spring Harbour Labprator
y Press,Cold Harbour,New
York,1985])を有するプロモーターを使用す
るか、調節を受け易いプロモーター(例えば、マウスの
乳癌ウイルス[Lee et al.Nature 2
94:228(1982)]から得られるグルココルチ
コイド反応性プロモーターを含むベクターを使用する。
cDNAの発現は、レシピエント細胞中で導入後24〜
72時間モニター可能である(一過性発現)。さらに、
ベクターの中には、選択可能なマーカー(gpt[Mu
lliganet Berg、上掲])または化学的選
択によって細胞を分離させるneo[Southern
and Berg J.Mol.Appln.Gen
et1:327−341(1982)]細菌遺伝子も含
まれ、これらは、レシピエント細胞中で安定で長期間ベ
クターを発現させる。これらベクターは、パピローマ
[Sarver et al.Mol.Cell Bi
ol.1:186(1981)]またはエプシュタイン
ーバール[Sugden etal.Mol.Cell
Biol.5:410(1985)]などのウイルス
の調節エレメントを用いて、自由に複製するエピトープ
などの細胞中で維持することができる。また、このベク
ターをゲノムDNAに組み込んだ細胞系を産生すること
もできる。これら両型の細胞系は、遺伝子産物を連続的
に産生する。ベクターのコピー数(したがって、cDN
Aのコピー数も)を増幅させ、高レベルの遺伝子産物を
産生し得る細胞系を創製することもできる[Alt e
t al.J.Biol.Chem.253:1357
(1978)]。真核細胞、特にヒトまたは他の哺乳類
細胞へのDNAの転移は、現在では一般的方法である。
ベクターは、例えば、リン酸カルシウムを用いた沈澱
[Graham and vander Eb,Vir
ology 52:466(1973)]、リン酸スト
ロンチウム[Brash et al.Mol.Cel
lBiol.7:2013(1987)]、電気穿孔法
[Neumann etal.EMBO J 1:84
1(1982)]、リポフェクション(lipofec
tion)[Felgner et al.Proc.
Natl.Acad.Sci.USA,84:7413
(1987)]、DEAEデキストラン法[McCut
han et al.J,Natl Cancer I
nst.41:351(1968)]、マイクロインジ
ェクション法[Muller etal.Cell 1
5:579(1987)]、プロトプラスト融合法[S
shfner,Proc.Natl.Acad.Sc
i.USA,72:2163]またはペレットガン法
[Klein et al.Nature 327:7
0(1978)]によっで、純粋なDNAとしてレシピ
エント細胞中に導入(移入)される。また、cDNA
は、ウイルスベクターを用いた感染によって導入するこ
とができる。例えば、レトロウイルス[Bernste
in et al.Genetic Engineer
ing 7:235(1985)]、アデノウイルス
[Ahmad et al.J.Virol 57:2
67(1986)]またはヘルペスウイルスを使ったシ
ステムが開発されている。これら真核細胞の発現系は、
CF遺伝子およびCFTR産物に関する多くの研究に使
用することができる。これらには、以下のような研究が
挙げられる。例えば、(1)遺伝子が適切に発現されて
いるか否か、および完全な生物学的活性が適切に現れる
か否かの測定。(2)CF遺伝子の5’末端に位置する
調節エレメント、ならびにCF遺伝子発現の組織制御お
よび一時的制御における調節エレメントの役割の確認。
(3)分離および精製のため大量の正常タンパク質の産
生。(4)CFTRタンパク質に対する抗体を調べる測
定系または薬剤の有効性を試験する測定系としてCFT
Rタンパク質を発現する細胞の使用。(5)正常で完全
なタンパク質、タンパク質の特定部分、または天然に存
在する突然変異型タンパク質もしくは人工的に産生され
た突然変異型タンパク質の機能の研究。天然に存在する
突然変異型タンパク質はCF患者に存在する一方、人工
的に産生された突然変異型タンパク質は、部位特異的配
列を変更することによって設計可能である。これら後者
の研究では、アミノ酸をコードするヌクレオチドを突然
変異させることによってタンパク質中の目的とするいか
なるアミノ酸残基の機能も調べることができる。上記の
方法を用いて、CF遺伝子配列またはその断片を含む発
現ベクターを、必要に応じてヒトの細胞、ヒト以外の哺
乳類細胞または非哺乳類細胞に導入することができる。
細胞の選択は、処理の目的によって決められる。例え
ば、高レベルのSV40T抗原を産生し、複製のSV4
0源を含むベクターを複製させるサルのCOS細胞[G
luzman,Cell,23:175(1981)]
を使用することができ、この細胞を使用して、機能は要
求されないので、ベクターがタンパク質産物を発現し得
ることを示すことができる。類似の処理は、チャイニー
ズハムスターの卵巣(CHO)またはマウスのNIH3
T3線維芽細胞、またはヒトの線維芽細胞もしくはリン
パ芽球を用いて行うことができよう。この発明の組換え
クローニングベクターは、適切な宿主中での発現に対し
てこの発明のDNA配列の中から選定されたDNAを含
む。DNAをベクターに連結させ、発現の対照配列は、
原核または真核細胞の遺伝子ならびにそれらのウイルス
およびそれらの組合わせの発現を調節するさまざまな配
列からなる群より選ばれてもよい。発現対照の配列は、
lac系、trp系、tac系、trc系、λファージ
の主要オペレーターおよびプロモーター領域、fdコー
トタンパク質の対照領域、SV40の初期および後期プ
ロモーター、ポリオーマ、アデノウイルス、レトロウイ
ルス、バキュロウイルスおよびサルウイルスから由来す
るプロモーター、3−フォスホグリセレートキナーゼの
プロモーター、酵母の酸性ホスファターゼのプロモータ
ー、酵母のα−対合因子のプロモーター、ならびにそれ
らの組合わせからなる群より特に選ばれてもよい。この
発明のベクターで感染させることもできる宿主細胞は、
大腸菌、シュードモナス、枯草菌、バチルス・ステアロ
サーモフィリスまたは他の桿菌、他の細菌、酵母、苔、
昆虫、マウスもしくは他の動物、植物宿主、またはヒト
の組織細胞からなる群より選ばれてもよい。突然変異D
NA配列では、類似の系を使用して突然変異産物を発現
および産生させることは当然である。
6.2 タンパク質機能の考察 CFTRタンパク質の機能を研究するには、レシピエン
トとしての上皮細胞を使用することが好ましい。適切な
機能の発現には、他の経路またはこの種の細胞中でのみ
発現される遺伝子産物が必要だからである。使用可能な
細胞の例としては、健常者もしくはCF被験者由来のT
84(ATCC#CRL248)もしくはPANC−1
(ATCC#CLL1469)などのヒト上皮細胞系、
またはT43不動化CF鼻上皮細胞系[Jettan
et al.Science(1989)]、および初
代[Yanhoskes et al.Ann.Re
v.Resp.Dis.132:1281(198
5)]もしくは形質転換[Scholte et a
l.Exp.Cell Res.182:559(19
89)]ヒト鼻ポリープもしくは気道細胞、膵臓細胞
[Harris and Coleman J.Cel
l Sci.87:695(1987)]、または汗腺
細胞[Collie et al.In Vitro
21:597(1985)]が挙げられる。CF細胞
は、突然変異CF遺伝子の機能的活性を調べるために使
用することができる。現在利用可能な機能測定法には、
細胞中AMPレベルを上昇させ、塩素チャンネルを活性
化する試薬によって、細胞の刺激機能として細胞膜を通
過するアニオン(ClまたはI)の移動試薬が含まれ
る。その他の測定法には、細胞全体もしくは分離さらた
膜のパッチクランピングによる細胞電位の変化の測定
[Frizzell et al Science 2
33:558(1986);Welsch and L
iedtke Nature 332:467(198
6)]、またはコンフルエント細胞の上皮層におけるイ
オン流の試験[Widdicombe et al.P
roc.Natl.Acad.Sci.USA 82:
6167(1985)]が含まれる。また、CF遺伝子
から作成されたRNAは、アフリカツメガエルの卵細胞
に注入し得る。この卵細胞はRNAをタンパク質に翻訳
するので、この試験が可能となる。その他のより特異的
な測定法も開発されているので、感染されたCFTRタ
ンパク質の試験にも使用できる。CFTRとヒトの多剤
耐性p−糖タンパクとの間の「ドメイン交換」実験は、
CFTRタンパク質の更なる研究で行うことができる。
これらの実験では、プラスミド発現ベクターは、これら
2つのタンパク質の各部分を含むタンパク質がプラスミ
ドで感染された宿主細胞によって合成されるように、C
FTR配列の断片およびDNAリガーゼで連結されたp
−糖タンパクの配列断片から通常の方法によって構成さ
れる。この手法には、多剤耐性に関連した多くの実験的
パラメータが測定可能であるという利点がある。したが
って、CFTRのセグメントがこれらパラメータに及ぼ
す影響力を評価することができる。イオン輸送に関する
CFTRの影響を調べるこれらの実験は、上皮輸送の分
野を分子論的に解明するに役立つであろう。これは、完
全な1次構造を示す上皮細胞から第1輸送に関連した分
子である。CFTRの知識は、この分野における上皮細
胞膜の特徴を分子レベルでより理解するために利用でき
る。例えば、CFTRに最も類似した分子は、架橋実験
によって判明することができる。CFTRの役割がイオ
ンチャンネルを調節することであるという仮説は、必ず
しもこのカテゴリーにあてはまらないであろう。CFT
RcDNAのクローニングのために構成さえた大きな高
品質のcDNAライブラリーも、共輸送、逆輸送および
能動輸送系と同様に他のチャンネルを含む他の輸送系を
構成するポリペプチドのcDNAのクローニングに有用
であろう。
6.3 治療法 この発明の組成物を用いたさまざまな生化学的試験の主
要な目的は、CF疾患を克服する治療法の開発であっ
て、薬理学的手段といわゆる遺伝子療法の両者が試みら
れる。薬理学的手段では、CF疾患を克服する薬剤が探
求される。最初は、基本的には化合物がランダムにスク
リーニングされるので、多くの候補化合物から識別する
ためのスクリーニングシステムが必要である。この発明
は、さまざまな突然変異CF遺伝子を発現する宿主細胞
系を提供し、第1段階のスクリーニングシステムとして
使用するに最適である。好ましくは、CF発生突然変異
型を含むCFTRタンパク質のコードDNA配列からな
る発現ベクターを感染させた哺乳類細胞(ヒトの細胞が
最も好ましい)を使った細胞培養系スクリーニング法に
用いられる。候補にあがった薬剤は、その薬剤の存在下
で細胞をインキュベーションし、CFTRに依存するこ
れらの細胞性機能を測定すること、特にはトランスメン
ブラン電位が固定弁でクランプされるイオン流を測定す
ることによって試験される。しかし、多数の測定試料を
扱うには、例えば、イオン感受性蛍光色素の使用に基づ
いたより簡便な測定法がある。塩素イオン濃度SPQま
たはその類似体の変化を検出することが有用である。ま
た、無細胞系も使用可能である。精製されたCFTR
は、人工膜中で再構成され、薬剤が無細胞系でスクリー
ニング可能となる[Al−Aqwatt,Scienc
e,(1989)]。第2段階では、動物試験が必要で
ある。マウスなどの動物でCF遺伝子に相対する遺伝子
の正常な発現を阻害することによってCFのモデル実験
の開発が可能である。動物の胚に遺伝子の突然変異型を
導入することによる遺伝子の「ノックアウト」によっ
て、CF様症候群の動物系統が得られる。これによっ
て、第1段階の細胞レベルでのスクリーニングで有望と
みられる薬剤の試験が可能である。タンパク質の性質と
その機能について更に詳しい知識が得られるので、CF
TRタンパク質と相互作用するタンパク質または他の化
合物の構造を予測することができよう。これに続いて、
このタンパク質と相互作用し、患者の治療になんらかの
効果がみられるような薬剤に関するある種の予想が可能
となろう。すなわち、この種の薬剤は設計が可能であ
り、CFTRのドメインとの相互作用が要求される仮想
の構造に基づいて化学的に合成され得る。この試みは、
総説[Capsey and Delvatte,Ge
netically Engineered Huma
n Therapeutic Drugs,Stock
tonPress,New York,1988]にま
とめられている。これら可能性のある薬剤は、このスク
リーニング系で試験されねばならない。
6.3.1 タンパク質置換療法 CFの治療は、欠陥タンパク質を正常なタンパク質で置
換すること、欠陥タンパク質の機能を調節すること、ま
たは生理学的異常を矯正するためにCFTRが関与する
経路のもう一つの段階を修飾することによって行うこと
ができる。この欠陥タンパク質を正常なもので置換可能
とするには、大量の純粋なCFTRタンパク質を当然得
ねばならない。初めに記載したように、純粋なタンパク
質は培養細胞系から得られる。疾病に侵された気道にこ
のタンパク質を運搬するには、細胞膜中にこのタンパク
質を容易に取り込ませる脂質含有ビークル中にこれをパ
ッケイジングする必要がある。少なくとも肺胞細胞で
は、当然この機能を発揮する、SAP(Val)または
SAP(Phe)などの界面活性タンパク質のようなタ
ンパク質を取り込むビークルを使用することが妥当とい
えよう。[PCT特許出願 WO/8803170,W
hitsett et al.1988年5月7日;P
CT特許出願 WO89/04327,Benson
et al.1989年5月18日]。このCFTR含
有ビークルは、CFの治療に現在使用されている方法で
ある吸入または刺激によって気道に導入される[Boa
tet al.上掲]。
6.3.2 薬物療法 CFTR機能の調節は、治療薬(薬物)を使用して行う
ことができる。これらは、欠陥CFTRタンパク質を調
節する際の有効性がインビトロでモニターされるスクリ
ーニング法を用いてランダムな手段で確認することがで
きる。このスクリーニング法では、そこで欠陥CFTR
タンパク質が発現される培養細胞系が用いられる。ま
た、CFTRタンパク質の構造と機能との相関に関する
知見、ならびにさまざまなCFTR突然変異タンパク質
の特定の欠陥に関する知見[Capsey and D
elvatte,上掲]から、CFTR活性を調節する
ために薬物を設計することができる。各突然変異CFT
Rタンパク質は、特定の調節のために異なった薬物を必
要とすることが考えられる。したがって、薬物療法を開
始する前に各CF患者で特異的な突然変異を同定する必
要がある。薬物を設計して、CFTRタンパク質の構造
または機能に関して異なった観点で相互作用を起こさせ
ることができる。例えば、薬物(または抗体)は、タン
パク質の折り畳み構造に結合して欠陥構造を修正するこ
とができる。また、特定の機能をもつ残基に結合して、
基質またはコファクターに対する親和性を増す薬剤もあ
る。CFTRが構造的に相同性をもつタンパク質群の要
員は、さまざまな薬物と相互作用し、これに結合し、こ
れを輸送するので、薬物関連療法がCFの治療に有効で
あることが当然予想される。有効な薬物の活性を高める
第3の機構があるとすれば、細胞中でCFTRの産生ま
たは安定性を調節することであろう。CFTR量の増加
によって、その欠陥機能の代償となり得る。薬物療法
は、CFTR機能の発現にとって必要な生理学的または
生化学的経路の他の成分との相互作用によってCFTR
の欠陥機能を補うためにも利用され得る。これら相互作
用は、付随タンパク質の活性の減少または増加に結び付
き得る。これら薬物の同定法は、CFTR関連薬物に関
して上記で記載したものと類似しているであろう。他の
遺伝的疾患では、食餌を改良することによって正常な機
能の変化または欠損による状況を改善することができ
る。これは、フェニルケトン尿症の場合のように代謝産
物の除去という形をとる。その疾病では、知能的発育の
遅れを防ぐため、生後5年間食餌からフェニルアラニン
が除かれる。または、アデノシンデアミナーゼ欠損症の
場合のように、大量の代謝産物を食餌に添加することも
ある。この疾病では、食餌に酵素を添加することによっ
て、酵素活性の機能的修復をはかることができる。した
がって、CFTR機能の詳細が解明され、CFの基礎的
欠陥が定義されれば、食餌の調節によって治療を行うこ
ともできる。第2の重要な治療法は、いわゆる「遺伝子
療法」であって、これでは、罹患した組織の重要な上皮
細胞において正常なタンパク質を好適にコードするよう
に、患者にCF遺伝子の正常なコピーが導入される。気
管の気道上皮細胞にこれを到達させる試みが最も重要で
ある。CF遺伝子は、それが取り込まれ、調節機能を与
えるに十分なタンパクをコードし得る形態で、これらの
細胞に運ばれる。結果として、患者の生命の質と長さが
大幅に伸びる。勿論、この遺伝子をすべての罹患した組
織に運ぶことが究極の目的である。
6.3.3 遺伝子療法 CFの療法の一つは、罹患した患者の気道上皮に正常な
形のCF遺伝子を挿入することである。呼吸器系がCF
における罹患率と死亡率の主要な原因であり、膵臓疾患
は主要な性質であるが、今日この疾患は酵素の補充によ
って比較的よく治療されることに着目するのは重要であ
る。したがって、気道を標的とする体細胞の遺伝子療法
[総説として、T.Friedmann,Scienc
e 244:1275(1989)]は、CFに関連し
た最も重篤な疾患を軽減するであろう。
A.レトロウイルスのベクター。レトロウイルスは、感
染効率が高く、安定な組込みおよび発現を有し、体細胞
遺伝子療法における実験で好ましいベクターと見られて
きた[Orkin et al.Prog.Med.G
enet 7:130(1988)]。欠点があるとす
れば、レトロウイルスの組込みにとって細胞の分裂を要
し、その結果、細胞周期にある気道の標的細胞をレトロ
ウイルスの感染に先立って化学的手段によって引き出す
必要があることである。完全な長さのCF遺伝子のcD
NAは、レトロウイルス中にクローニングすることがで
き、その内在性プロモーターまたはレトロウイルスのL
RTから抜く出すことができる。ウイルスの投与は気管
へのエーロゾル噴霧または滴下によって行うことができ
よう。
B.その他のウイルスベクター。利用可能な他の運搬系
としては、アデノウイルス[AAV,McLaughl
in et al.J.Virol 62:1963
(1988)]、ウシパピローマウイルス[Rasmu
ssen etal.Methods Enzymol
139:642(1987)]またはエプシュタイン
−バールウイルスなどのヘルペスウイルス群の一員[M
argolskee et al.Mol.Cell
Biol 8:2937(1988)]が挙げられる。
これらの基礎的な生物学を知る必要性は大きいが、気管
支に対する天然の向性を有するウイルスベクター(例え
ば、呼吸器シンシチアルウイルス、エコウイルス、コク
サックウイルスなど)を使用するという考え方も可能で
ある。
C.非ウイルス遺伝子の運搬 呼吸器上皮細胞へのCF遺伝子の他の挿入方法は生産的
であり、これらの多くは効率が低く、インビトロでの感
染、トラスフェクタントの選択、および再移植を潜在的
に必要とする。これには、リン酸カルシウム、DEAE
デキストラン、電気穿孔、およびプロトプラスト融合が
含まれる。特に興味深い概念は、リポゾームの使用であ
って、これはインビボでの実施が可能である[Ostr
o,Liposomes,Marcel−Dekke
r,1987]。
DOTMA [Felger et al.Proc.Natl.A
cad.Sci.USA84:7413(1987)]
などの合成カチオン性脂質は、効率を高め、この方法の
実施を容易にすることもある。
6.4 CFの動物実験モデル CFに対するマウスまたは他の動物実験モデルの作成
は、この疾病および可能性のある治療法を理解するに重
要であろう[動物実験モデル作成の一般的総説:Eri
ckson,Am.J.Hum.Genet.43:5
82(1988)]。現在では、CFの動物実験モデル
は全くない。図4に示すように、進化におけるCF遺伝
子の保存性(E4.3およびH1.6に対して交差種の
ハイブリダイゼーションブロットで示される)は、マウ
スにおけるオートロガス(orthologous)遺
伝子の存在を示し(以降、mCFと標記され、それに相
当するタンパク質はmCFTRと標記される)、これ
は、ヒトのCF遺伝子を用いてマウスのゲノムおよびc
DNAライブラリーにクローニングすることが可能であ
る。F508突然変異に類似したマウスの遺伝子中の特
定突然変異の形成は表現型を再生産するために最適であ
るが、mCFTRの完全な不活化は、有効な突然変異と
いえることが期待される。
A.突然変異誘起。受精後のマウスのmCF遺伝子の不
活化は化学薬品[例えば、Johnson et a
l.Proc.Natl.Acad.Sci.USA
78:3138(1981)]またはX線突然変異誘起
[Popp et.al.J.Mol.Biol.12
7:141(1979)]によって行われる。次いで、
mCFTRの不活化に対する異質の子孫はサザン法によ
って同定され、用量によって1つの対立遺伝子の欠損が
示され、RFLPマーカーが評価されるならば、1匹の
親の対立遺伝子を受け継げない。この方法は従来、マウ
スにおいてα−グロブリン[Whiney et a
l.Proc.Natl.Acad.Sci.USA,
77:1087(1980)]、フェニルアラニンヒド
ロキシラーゼ[McDonald et al.Ped
iatr.Res.23:63(1988)]、および
カルボニックアンヒドラーゼII[Lewiset a
l.Proc.Natl.Acad.Sci.USA.
85:1962(1988)]の突然変異型を同定する
ために用いられてきた。
B.トランスジェニック 卵細胞インジェクションの標準法を用いて、CFTRま
たはmCFTRの正常型または突然変異型をマウスの生
殖系に挿入することができる[Camper,Tren
ds in Genetics(1988)]、mCF
遺伝子を不活化または置換することが望ましければ、胚
の幹(ES)細胞[Capecchi,Science
244:1288(1989)]を使って同族の組換
え系を利用することができる。
1.卵細胞インジェクチョン。 マウスの生殖系にラン
ダムに位置する正常または異常mCFの1つ以上のコピ
ーの置換は、受精したてのマウス卵細胞の前核へのマイ
クロインジェクチョンによって行なうことができ、続い
て、疑妊娠の養母に再移植する。新生マウスのインテグ
ラントを、ヒトCF遺伝子配列の存在に対して尾のDN
Aの解析によってスクリーニング可能である。同一のプ
ロトコールを使って、突然変異mCF遺伝子に挿入する
ことができる。マウスの実験モデルを作成するには、突
然変異誘起(上記参照)または同質的組換え(下記参
照)によって、内在性mCFが不活化されているマウス
にこのトランスジーンを挿入することを考えるであろ
う。このトランスジーンは次のいずれかであり得る。
a)完全なゲノム配列であるが、このサイズ(約250
kb)では、このトランスジーンを酵母の人工染色体ま
たは染色体断片に注入する必要がある。b)天然のプロ
モーターまたは異質プロモーターを有するcDNA。
c)コード領域のすべて、ならびにイントロン、プロモ
ーターおよび最適発現に必要とみられる3’末端隣接エ
レメントなどの他のさまざまなエレメントを含む「ミニ
遺伝子」。
2.初期胚のレトロウイルス感染 この代わりの方法は、レトロウイルスベクターにCFT
RまたはmCFを挿入し、発生の初期段階にあるマウス
の胚に直接感染させ、キメラを作成することである[S
oriano et al.Cell 46:19(1
986)]。このうちの少なくともいくつかは、生殖系
トランスミッションに結び付くであろう。
3.ES細胞および相同的組換え 胚の幹細胞方法[Capecchi,上掲;Capec
chi,TrendsGenet 5:70(198
9)]によって、遺伝子トランスファーを行える確率が
得られ、スクリーニングが可能となり、全形成能細胞が
生じて、希な相同的組換体を確認できる。一度確認され
れば、これらの組換体を使って、マウスの芽球の注入に
よってキメラが生じ、得られるマウスの比率は、組換体
系から生殖系への伝達を示す。これがCFに関するマウ
スの実験モデルの作成に有用であり得るいくつかの方法
がある。
a)mCFの不活化は、neoなどの選択可能なマーカ
ーに隣接するmCFTRエクソンからの配列を含むDN
A断片を設計することによって好適に行われる。相同性
組換えは、エクソンの中央部でのneo配列の挿入につ
ながり、mCFTRを不活化するであろう。この相同性
組換体(通常約1/1000)は、個々のクローンのD
NA解析[通常PCRを使う。Kim et al.M
ucleic Acids Res.16:8887
(1988);Joyner etal.Nature
338:153(1989);Zimmer et
al.上掲p.150]、または異質組換体に対する負
の選択[構成体の末端でHSVTK遺伝子の使用に続い
てガンシクロビル(Gancyclovir)選択な
ど、Mansour et al.Nature,33
6:348(1988)]によって異質のものから確認
される。次いで、この不活化mCFTRマウスは、突然
変異CF遺伝子またはF508異常もしくは他のいかな
る目的とする突然変異をも含むmCF遺伝子を導入する
ために使用され得る。
b)mCFTRの特定の突然変異を1段階で生起させる
ことができる。例えば、5’末端にmCFイントロン9
配列、中央部に選択可能なneo遺伝子、および3’末
端にイントロン9+エクソン10(F508突然変異の
マウス型を含む)を含む構成体を作成することができ
る。相同的組換体はイントロン9におけるneo遺伝子
の挿入および突然変異型でのエクソン10の置換につな
がる。
c)イントロン中の選択可能なneoマーカーの存在が
mCF遺伝子の発現を変更させる場合、第2の相同再組
換段階におけるそれの切り出しが可能である。
d)目的とする突然変異型を含むオリゴヌクレオチドの
注入および得られた細胞のPCRによるスクリーニング
によってマウスの生殖系に突然変異を誘起させることが
できる。
この発明のこの実施態様は、嚢胞性線維症に関するマウ
スの実験モデルと主に考えられてきた。図4は、マウス
のDNAだけでなく、ウシ、ハムスター、およびニワト
リのDNAに対する種間ハイブリダイゼーションを主に
示す。したがって、オルソロガス遺伝子は他の多くの種
類にも存在するものと考えられる。そこで、類似の手法
を用いて他の動物実験モデルを作り出すことができよ
う。この発明の好ましい実施態様がここで詳細に記載さ
れているが、当該分野の技術者には、この発明の精神ま
たは添付の請求の範囲の領域から逸脱することなく、そ
れに対してさまざまな変更を行えることが理解されよ
う。
【図面の簡単な説明】
図1は、CF遺伝子のヌクレオチド配列およびCFTR
タンパク質の前記アミノ酸配列である。図2は、CF遺
伝子の制限地図および前記遺伝子への染色体歩行および
ジャンピングに使用された略手段である。図3は、前記
CF遺伝子を含みかつ取り囲む領域のパルスフィールド
ゲル電気泳動地図である。図4A、4Bおよび4Cは、
種間ハイブリダイゼーションによる保存されたヌクレオ
チド配列類の検出を示している。図4Dは、プローブ類
E4.3およびH1.6の重複するセグメント類の制限
地図である。図5は、ゲノムおよびcDNAプローブ類
を用いたRNAブロットハイブリダイゼーション解析で
ある。繊維芽細胞、気管(正常およびCF)、膵、肝、
HL60、T84、および脳RNAへのハイブリダイゼ
ーションを示している。図6は、前記CF遺伝子の5’
末端におけるE4.3クローニング領域のメチル化状況
である。図7は、cDNAのゲノムDNA断片類への配
列を示したCFTR cDNAの制限地図である。図8
は、CFTR cDNA(クローン10−1)の部分に
よる6.5kbのmRNA転写体への種々のヒト組織中
におけるハイブリダイゼーションを示したRNAゲルブ
ロット解析である。図9は、EcoRIおよびHind
IIIで消化したゲノムRNAへのCFTR cDNA
クローン類によるハイブリダイゼーションを示したDN
Aブロットハイブリダイゼーション解析である。図10
は、CFTR cDNAの5’および3’末端を特性解
析したプライマー延長実験である。図11は、ヒドロパ
シープロフィールであり、かつ、CFTRの予測2次構
造を示している。図12は、予測されたCFTRポリペ
プチド中における内部相同性のドットマトリックス解析
である。図13は、予測されたCFTRタンパク質の略
モデルである。図14は、CF遺伝子に緊密に連結した
制限断片長多形性(RFLP類)の略図であり、その中
で、倒立三角形は、F508 3塩基対欠失の位置を示
している。図15は、正常配列を検出するプローブNお
よびCF変異配列を検出するプローブFによるオリゴヌ
クレオチドハイブリダイゼーションによるF508変異
の検出を示したものである。図16は、CFTRの延長
NBF類の最もよく保存されたセグメント類と他のタン
パク質類の匹敵する領域類との配列を示したものであ
る。図17は、F508欠失周辺のDNA配列である。
図18は、F508欠失におけるDNA配列を示したヌ
クレオチド配列決定ゲルを示したものである。図19a
および19bは、pGEXプラスミド類によって形質転
換された細菌溶解物(JM101)からのタンパク質の
電気泳動後クーマシーブルー(Coomasie Bl
ue)染色ポリアクリルアミドゲル類である。図20
は、2匹の異なるウサギから得た免疫前および免疫血清
による融合タンパク質#1含有細菌溶解物のイムノブロ
ットである。図21は、図20のウサギ#1からの免疫
血清を用いたT−84膜類のイムノブロットである。図
22は、表8のペプチド#2とKLHとの結合物で免疫
したウサギ由来免疫前血清および免疫血清で探索したイ
ムノブロットである。
【手続補正書】
【提出日】平成13年12月28日(2001.12.
28)
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】特許請求の範囲
【補正方法】変更
【補正内容】
【特許請求の範囲】
【化1】
【化2】
【化3】
【化4】 のアミノ酸残基位置1から1480までに対応するDN
A配列、(b)上記配列1のアミノ酸残基位置1から1
480までの配列を有する正常な嚢胞性線維症膜通過伝
導率制御タンパク質(CFTR)をコードするDNA配
列、(c)上記配列1のアミノ酸残基位置1と1480
の間にある少なくとも16個の連続するヌクレオチドか
らなる一部分のDNA配列、(d)少なくとも16個の
ヌクレオチドからなり、上記配列1のアミノ酸配列の部
分断片をコードするDNA配列および(e)上記配列1
のアミノ酸残基位置1と1480の間の少なくとも18
個の連続するヌクレオチドによってコードされるエピト
ープを含む以下の部分:アミノ酸残基204〜249の
配列、アミノ酸残基347〜698の配列、アミノ酸残
基710〜757の配列、アミノ酸残基758〜796
の配列、アミノ酸残基1188〜1480の配列、アミ
ノ酸残基28〜45の配列、アミノ酸残基58〜75の
配列、アミノ酸残基104〜117の配列、アミノ酸残
基139〜153の配列、アミノ酸残基279〜294
の配列、アミノ酸残基500〜512の配列、アミノ酸
残基725〜739の配列、アミノ酸残基933〜94
6の配列またはアミノ酸残基1066〜1084の配列
をコードするDNA配列;及び(f)前記(a)、
(b)または(c)の精製DNA分子であって、更にヒ
ト体細胞内で発現した際に嚢胞性線維症に関連する細胞
機能の変化に関係するDNA配列の変化、欠損または非
機能性変異部分を含み、該DNAの変化、欠損または非
機能性変異部分が、前記配列1におけるアミノ酸残基位
置508のフェニルアラニン残基をコードするヌクレオ
チドの欠失を含む精製DNA分子;から選択された精製
DNA分子を含むことを特徴とする正常または変異CF
TRタンパク質の製造方法。
【手続補正2】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図33
【補正方法】追加
【補正内容】
【図33】
【手続補正3】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図34
【補正方法】追加
【補正内容】
【図34】
【手続補正4】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図35
【補正方法】追加
【補正内容】
【図35】
【手続補正5】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図36
【補正方法】追加
【補正内容】
【図36】 ─────────────────────────────────────────────────────
【手続補正書】
【提出日】平成14年5月17日(2002.5.1
7)
【手続補正2】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図23
【補正方法】追加
【補正内容】
【図23】
【手続補正3】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図24
【補正方法】追加
【補正内容】
【図24】
【手続補正4】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図25
【補正方法】追加
【補正内容】
【図25】
【手続補正5】
【補正対象書類名】図面
【補正対象項目名】図26
【補正方法】追加
【補正内容】
【図26】
【手続補正6】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】図面の簡単な説明
【補正方法】変更
【補正内容】
【図面の簡単な説明】
【図1】図1は、CF遺伝子のヌクレオチド配列および
CFTRタンパク質の前記アミノ酸配列である。
【図2】図2は、CF遺伝子の制限地図および前記遺伝
子への染色体歩行およびジャンピングに使用された略手
段である。
【図3】図3は、前記CF遺伝子を含みかつ取り囲む領
域のパルスフィールドゲル電気泳動地図である。
【図4】図4A、4B及び4Cは、種間ハイブリダイゼ
ーションによる保存されたヌクレオチド配列類の検出を
示している。図4Dは、プローブ類E4.3およびH
1.6の重複するセグメント類の制限地図である。
【図5】図5は、ゲノムおよびcDNAプローブ類を用
いたRNAブロットハイブリダイゼーション解析であ
る。繊維芽細胞、気管(正常およびCF)、膵、肝、H
L60、T84、および脳RNAへのハイブリダイゼー
ションを示している。
【図6】図6は、前記CF遺伝子の5’末端におけるE
4.3クローニング領域のメチル化状況である。
【図7】図7は、cDNAのゲノムDNA断片類への配
列を示したCFTR cDNAの制限地図である。
【図8】図8は、CFTR cDNA(クローン10−
1)の部分による6.4kbのmRNA転写体への種々
のヒト組織中におけるハイブリダイゼーションを示した
RNAゲルブロット解析である。
【図9】図9は、EcoRIおよびHindIIIで消化
したゲノムRNAへのCFTRcDNAクローン類によ
るハイブリダイゼーションを示したDNAブロットハイ
ブリダイゼーション解析である。
【図10】図10は、CFTR cDNAの5’および
3’末端を特性解析したプライマー延長実験である。
【図11】図11は、ヒドロパシープロフィールであ
り、かつ、CFTRの予測2次構造を示している。
【図12】図12は、予測されたCFTRポリペプチド
中における内部相同性のドットマトリックス解析であ
る。
【図13】図13は、予測されたCFTRタンパク質の
略モデルである。
【図14】図14は、CF遺伝子に緊密に連結した制限
断片長多形(RFLP類)の略図であり、その中で、倒
立三角形は、F508 3塩基対欠失の位置を示してい
る。
【図15】図15は、正常配列を検出するプローブNお
よびCF変異配列を検出するプローブFによるオリゴヌ
クレオチドハイブリダイゼーションによるF508変異
の検出を示したものである。
【図16】図16は、CFTRの延長NBF類の最もよ
く保存されたセグメント類と他のタンパク質類の匹敵す
る領域類との配列を示したものである。
【図17】図17は、F508欠失周辺のDNA配列で
ある。
【図18】図18は、F508欠失におけるDNA配列
を示したヌクレオチド配列決定ゲルを示したものであ
る。
【図19】図19aおよび19bは、pGEXプラスミ
ド類によって形質転換された細菌培養物(JM101)
からのタンパク質の電気泳動後クーマシーブルー(Co
omasie Blue)染色ポリアクリルアミドゲル
類である。
【図20】図20は、2匹の異なるウサギから得た免疫
前および免疫血清による融合タンパク質#1含有細菌溶
解物のイムノブロットである。
【図21】図21は、図20のウサギ#1からの免疫血
清を用いたT−84膜類のイムノブロットである。
【図22】図22は、表8のペプチド#2とKLHとの
結合物で免疫したウサギ由来免疫前血清および免疫血清
で探索したイムノブロットである。
【図23】図23は、CF遺伝子のヌクレオチド配列及
びCFTRタンパク質の前記アミノ酸配列である。
【図24】図24は、CF遺伝子のヌクレオチド配列及
びCFTRタンパク質の前記アミノ酸配列である。
【図25】図25は、CF遺伝子のヌクレオチド配列及
びCFTRタンパク質の前記アミノ酸配列である。
【図26】図26は、CF遺伝子のヌクレオチド配列及
びCFTRタンパク質の前記アミノ酸配列である。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) A61P 5/00 A61P 11/00 11/00 C07K 1/22 C07K 1/22 14/47 14/47 C12N 5/00 B C12N 5/10 A61K 37/02 // C12N 15/09 C12N 15/00 ZNAA ZNA A (71)出願人 501422288 ザ ボード オブ リージェンツ アクテ ィング フォー アンド オン ビハーフ オブ ザ ユニヴァーシティー オブ ミシガン THE BOARD OF REGENT S acting for and on behalf of THE UNIV ERSITY OF MICHIGAN 米国 48109−1248 ミシガン州 アン アーボー ルーム 2354 イー. ジェフ ァーソン 475 (72)発明者 ラプ−チー ツイ カナダ国 エム9アール 3ゼット4 オ ンタリオ州 トロント ウィローリッジ ロード 94 (72)発明者 ジョン アール. リオルダン カナダ国 エム5アール 2ケイ7 オン タリオ州 トロント ベドフォード ロー ド 137 (72)発明者 フランシス エス. コリンズ 米国 48103 ミシガン州 アン アーボ ー スィーオ チャーチ ロード 4340 (72)発明者 ジョアンナ エム. ローメンズ カナダ国 エム2エヌ 1エル1 オンタ リオ州 ウィローデイル ボガート アベ ニュー 199 (72)発明者 マイケル シー. イアヌッツィ 米国 48103 ミシガン アン アーボー チャーサー ストリート 2073 (72)発明者 バト−シェヴァ カーレム カナダ国 エム6ビー 1ビー1 オンタ リオ州 トロント エーピーティー. 817 エルム リッジ ドライヴ 140 (72)発明者 ミッチェル エル. ドラム 米国 48103 ミシガン州 アン アーボ ーパインクレスト ストリート 2431 (72)発明者 マニュアル バックワルド カナダ国 エム4ケー 1エム6 オンタ リオ州 トロント ベアーボーン アベニ ュー 15 Fターム(参考) 4B024 AA01 AA11 AA12 BA41 BA44 CA04 DA02 DA06 EA02 EA03 EA04 GA05 GA11 GA18 HA12 HA17 4B064 AG01 BA16 CA10 CA19 DA01 DA13 4B065 AA26X AA91X AA93X AA93Y AA98X AB01 AB10 BA02 BA23 BA25 CA24 CA25 CA44 CA46 4C084 AA02 AA06 AA07 AA13 BA01 BA22 CA56 DC50 NA14 ZA592 ZA662 ZC012 4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA09 CA40 DA50 DA76 EA28 EA50 FA72 FA74

Claims (7)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 正常または変異嚢胞性線維症膜通過伝導
    率制御タンパク質(CFTR)の製造法であって、
    (a)請求項6のベクターでトランスフェクションされ
    た宿主細胞を培地中で正常または変異CFTRタンパク
    質の発現に好ましい条件下で培養し、(b)発現された
    正常または変異CFTRタンパク質を単離する過程を有
    する正常または変異CFTRタンパク質の製造方法。
    9.約170,000ダルトンのペプチド分子量、およ
    び細胞膜透過イオンコンダクタンス作用活性を有し、請
    求項1に記載の配列1におけるアミノ酸残基1〜148
    0のアミノ酸配列を有する精製された正常な嚢胞性線維
    症膜通過伝導率制御タンパク質。
  2. 【請求項2】 約170,000ダルトンのペプチド分
    子量、および細胞膜透過イオンコンダクタンス作用活性
    を有し、図1に配列におけるアミノ酸残基1〜1480
    のアミノ酸配列(配列1)を有する精製された正常な嚢
    胞性線維症膜通過伝導率制御タンパク質の変異体であっ
    て、アミノ酸残基位置508のフェニルアラニンの欠失
    を含み、ヒト細胞中での嚢胞性線維形成活性を有する、
    精製された変異嚢胞性線維症膜通過伝導率制御タンパク
    質。
  3. 【請求項3】 図1に配列におけるアミノ酸残基1〜1
    480のアミノ酸配列(配列1)をコードするDNA配
    列、配列1のアミノ酸残基位置1から1480までの配
    列を有する正常な嚢胞性線維症膜通過伝導率制御タンパ
    ク質(CFTR)をコードするDNA配列、または配列
    1のアミノ酸残基位置1と1480の間にある少なくと
    も16個の連続するヌクレオチドからなる一部分のDN
    A配列によってコードされ、正常または変異嚢胞性線維
    症膜通過伝導率制御タンパク質(CFTR)の免疫学的
    または生物学的活性を示すポリペプチド。
  4. 【請求項4】 請求項3の正常または変異CFTRタン
    パク質を該タンパク質を含む細胞から単離する方法であ
    って、(a)該正常または変異CFTRタンパク質が発
    現している細胞の選択された細胞膜にあるタンパク質を
    可溶化して、該CFTRタンパク質の溶液を提供し、
    (b)基体に固定された該正常または変異CFTRタン
    パク質に対する抗体に、該溶液を接触させて、該溶液か
    ら該CFTRタンパク質を分離し、(c)該基体を洗浄
    して該抗体に結合しなかったタンパク質を除去し、
    (d)該抗体から該CFTRタンパク質を離して、該C
    FTRタンパク質を単離し、(e)該CFTRタンパク
    質を精製して、他の残留している哺乳動物性タンパク質
    を除去する過程を有する正常または変異CFTRタンパ
    ク質の単離方法。
  5. 【請求項5】 請求項3または4に記載の正常または変
    異CFTRタンパク質に特異的なモノクローナル抗体を
    生産するハイブリドーマ。
  6. 【請求項6】 図1に配列におけるアミノ酸残基1〜1
    480のアミノ酸配列(配列1)をコードするDNA配
    列、配列1のアミノ酸残基位置1から1480までの配
    列を有する正常な嚢胞性線維症膜通過伝導率制御タンパ
    ク質(CFTR)をコードするDNA配列、または配列
    1のアミノ酸残基位置1と1480の間にある少なくと
    も16個の連続するヌクレオチドからなる一部分のDN
    A配列を有する組換えクローニングベクターを含む異種
    細胞系を有し、該ベクターが嚢胞性線維症の症候を誘導
    するものであるヒトを除く動物。
  7. 【請求項7】 嚢胞性線維症の徴候を示すトランスジェ
    ニックマウス。
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