JP2001503637A

JP2001503637A - Helicobacter polypeptides and corresponding polynucleotide molecules

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Publication number: JP2001503637A
Application number: JP52294998A
Authority: JP
Inventors: レイナーハース; ハロルドクリーンザス; ジーン―フランソワトンブ; チャールズミラー; アマルアル―ギャラウィ; ステファンオデンブレイト; トーマスメイヤー
Original assignee: メリウクスオラバクス; マックス―プランク―ゲゼルシャフトツァーフォルデラングダーウィッセンシャフテンイー．ブイ．ベルリン; ヒューマンゲノムサイエンシーズ，インク．
Priority date: 1996-11-14
Filing date: 1997-11-14
Publication date: 2001-03-21

Abstract

(57)【要約】本発明は、ヘリコバクター(Helicobacter)感染を予防または治療するワクチン接種法において用いることができるヘリコバクターポリペプチド、およびこれらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。 (57) [Summary] The present invention provides Helicobacter polypeptides that can be used in vaccination methods to prevent or treat Helicobacter infection, and polynucleotides that encode these polypeptides.

Description

【発明の詳細な説明】ヘリコバクターポリペプチドおよび対応するポリヌクレオチド分子本発明は、ヒトなどの哺乳類におけるヘリコバクター（Helicobacter）感染を予防または治療する方法において用いることができるヘリコバクター抗原および対応するポリヌクレオチド分子に関する。発明の背景ヘリコバクター（Helicobacter）は、哺乳類の胃腸管でコロニーを形成する、らせん状のグラム陰性菌属である。いくつかの種は胃にコロニーを形成し、最も有名なものはH.ピロリ（H．pylori）、H．へイルマニ（H．Heilmanii）、H．フェリス（H．felis）、およびH．ムステラ（H．mustelae）菌である。H．ピロリ菌はヒトへの感染に最も一般的に関連する種であるが、H．ヘイルマニ菌およびH ．フェリス菌も、H.ピロリ菌よりは頻度は低いが、ヒトから単離されている。先進国では成人集団の50％以上がヘリコバクターに感染しており、開発途上国およびいくつかの環太平洋諸国ではほぼ100％が感染しているため、世界中で最も流行している感染症の一つとなっている。ヘリコバクターは、胃炎および消化性潰瘍の組織学的徴候を有するヒトの胃生検から一般的に回収される。実際に、H．ピロリ菌は、それが引き起こす慢性胃炎が消化性潰瘍病および胃癌を発症させる危険因子であるという点において、現在ではヒトの重要な病原体として認識されている。したがって、ヘリコバクター感染を予防および治療するための安全かつ有効なワクチンを開発することが非常に望ましい。多くのヘリコバクター抗原が、特徴付けられているか、または単離されている。これらの中には、約30および67 kDaの２つの構造的サブユニットからなるウレアーゼ（Huら、Infect．Immun．58：992、1990；Dunnら、J．Biol．Chem．265： 9464、1990；Evansら、Microbial Pathogenesis 10：15、1991；Labigneら、J． Bact.，173：1920、1991）；87kDaの空胞形成細胞毒素（VacA）（Coverら、J．B iol．Chem．267：10570、1992；Phadnisら、Infect．Immun．62：1557、1994；国際公開公報第93/18150号）；細胞毒素に関連した128kDa免疫優性抗原（CagA、 TagAとも呼ばれる；国際公開公報第93/18150号；米国特許第5,403,924号）； 13および58kDaの熱ショック蛋白質HspAおよびHspB（Suerbaumら、Mol．Microbio l．14：959、1994；国際公開公報第93/18150号）；54kDaのカタラーゼ（Hazell ら、J．Gen．Micobiol．137：57、1991）；15kDaのヒスチジンリッチ蛋白質（Hp n）（Gilbertら、Infect．Immun．63：2682、1995）；20kDaの膜関連リポ蛋白質（コKostrcynskaら、J．bact．176：5938、1994）；30kDaの外膜蛋白質（Bolin ら、J．Clin．Microbiol.33：381、1995）；ラクトフェリン受容体（FR 2,724,9 36）および、HopA、HopB、HopC、HopD、ならびにHopEと名付けられた、分子量が 48〜67kDaである、いくつかのポーリン（エクスナーら（Exner）、Infect．Immu n．63：1567、1995；Doigら、J．Bact．177：5447、1995）が含まれる。これらの蛋白質のいくつかは、ワクチン抗原としての可能性があると提唱されている。特に、ウレアーゼはワクチン候補となると思われる（国際公開公報第94/9823号；国際公開公報第95/22987号；国際公開公報第95/3824号；ミチェッティら（Mic hetti）、Gastroenterology 107：1002、1994）。それにもかかわらず、ワクチンにはいくつかの抗原が最終的に必要となる可能性があると思われる。発明の概要本発明は、GHPO 13、GHPO 73、GHPO 90、GHPO 107、GHPO 136、GHPO 191、GHP O 213、GHPO 240、GHPO 408、GHPO 411、GHPO 419、GHPO 431、GHPO 474、GHPO5 91、GHPO 596、GHPO 699、GHPO 724、GHPO 730、GHPO 761、GHPO 804、GHPO 805 、GHPO 812、GHPO 879、GHPO 888、GHPO 986、GHPO 1056、GHPO 1081、GHPO 110 0、GHPO 1140、GHPO 1148、GHPO 1200、GHPO 1212、GHPO 1258、GHPO 1263、GHP O 1273、GHPO 1284、GHPO 1299、GHPO 1327、GHPO 1346、GHPO 1378、GHPO 1412 、GHPO 1443、GHPO 1466、GHPO 1476、GHPO 1536、GHPO 1559、GHPO 427、GHPO 1045、GHPO 1262、GHPO 1688、GHPO 1538、GHPO 346、GHPO 1012、GHPO 470、GH PO 1398、GHPO 1550、GHPO 276、GHPO 1501、GHPO 706、GHPO 1001、GHPO 732、 GHPO 329、GHPO 574、GHPO 1190、GHPO 1374、GHPO 1620、GHPO 956、HPO 98、G HPO 689、GHPO 208、GHPO 296、GHPO 726、GHPO 1026、GHPO 1301、GHPO 1536、 GHPO 166、GHPO 253、GHPO 279、GHPO 615、GHPO 1278、GHPO 1282、GHPO 1420 、GHPO 1484、GHPO 1719、およびGHPO 1252と名付けられたヘリコバクターポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子を提供しており、例えば、ヘリコバクター（Helicobacter）感染を子防、治療または診断する方法において用いることができる、。本発明のポリペプチドには、配列番号：２〜170（偶数番号）において示されているアミノ酸配列を有するポリペプチド、および、未加工型において配列番号：２〜170で示されている配列を有する蛋白質の成熟型、ならびにそれらの断片が含まれる。当業者は、本発明には、さらに下に記述するように、非必須アミノ酸の付加、欠失、または置換に由来する、これらのポリペプチドの変異体および誘導体をコードするポリヌクレオチド分子が含まれることを理解すると思われる。上記のポリヌクレオチド分子に加えて、本発明は、対応するポリペプチド（すなわち本発明のポリヌクレオチド分子によってコードされるポリペプチド、またはその断片）、およびこれらのポリペプチドに特異的に結合する単一特異性抗体を含む。本発明は、多くの応用性を有し、発現カセット、ベクター、および、本発明のポリヌクレオチドによって形質転換またはトランスフェクトされた細胞を含む。したがって、本発明は、(ｉ)組換え宿主系、および関連する発現カセット、ベクター、ならびに形質転換またはトランスフェクトした細胞において、本発明のポリペプチドを産生する方法；（ii）希釈剤または担体と共に、本発明のポリヌクレオチドを含む、ポックスウイルスベクター、ネズミチフス菌（Salmonella typ himurium）ベクター、およびビブリオコレラ菌（Vibrio Cholerae）ベクターなどの生ワクチンベクター（そのようなワクチンベクターは、例えば、ヘリコバクター感染の予防または治療法において有用である）、ならびに関係する薬学的組成物、および関連する治療法および／または予防法；（iii）裸出した形態か、もしくは輸送媒体で製剤化した形態のポリヌクレオチド分子、ポリペプチド、もしくはポリペプチドの混合物、または本発明の単一特異性抗体、および関連する薬学的組成物を投与することを含む、治療法および／または予防法；（iv）本発明のポリヌクレオチド分子、単一特異性抗体、またはポリペプチドの使用を含むことができる、生物試料中にヘリコバクターが存在することを検出する方法；および（v）抗体によるアフィニティクロマトグラフィーによって、本発明のポリペプチドを精製する方法を提供する。図面の簡単な説明図1Aは、TnMaxトランスポゾン系に由来するトランスポゾンTnMax9の図解である（ハースら（Haas）、Gene 130：23〜21、1993）。ミニ・トランスポゾンは、プロモーターおよびシグナル配列を欠損したβラクタマーゼ遺伝子であるblaM遺伝子を、逆方向反復配列（IR）、およびM13のフォワードプライマー（M13-FP）ならびにリバース（M13-RP1）プライマー結合部位に隣接した位置に有している。解離部位（res）および複製起点（orifd）は、BlaM遺伝子と構成的なcatGC-耐性遺伝子の間に位置する。トランスポゼースtnpAおよびリゾルベースtnpRの遺伝子は、ミニトランスポゾンの外側に位置し、誘導可能なPtrcプロモーターの制御下にある。lacIq遺伝子はLacリプレッサーをコードしている。図1Bは、プラスミドpMin2の図解である。pMin2は、多数のクローニング部位、テトラサイクリン耐性遺伝子（tet）、トランスファー起点（oriT）、複製起点（ori_CoiE1）、転写ターミネーター（t_fd）、および弱い構成的プロモーター（P_iga ）を含む。H．ピロリ菌の染色体断片は、pMin2のBgl/IIおよびClaI部位に導入した。詳細な説明 H．ピロリ菌のゲノムにおいて、GHPO 13、GHPO 73、GHPO 90、GHPO 107、GHPO 136、GHPO 191、GHPO 213、GHPO 240、GHPO 408、GHPO 411、GHPO 419、GHPO 4 31、GHPO 474、GHPO 591、GHPO 596、GHPO 699、GHPO 724、GHPO 730、GHPO 761 、GHPO 804、GHPO 805、GHPO 812、GHPO 879、GHPO 888、GHPO 986、GHPO 1056 、GHPO 1081、GHPO 1100、GHPO 1140、GHPO 1148、GHPO 1200、GHPO 1212、GHPO 1258、GHPO 1263、GHPO 1273、GHPO 1284、GHPO 1299、GHPO 1327、GHPO 1346 、GHPO 1378、GHPO 1412、GHPO 1443、GHPO 1466、GHPO 1476、GHPO 1536、GHPO 1559、GHPO 427、GHPO 1045、GHPO 1262、GHPO 1688、GHPO 1538、GHPO 346、G HPO 1012、GHPO 470、GHPO 1398、GHPO 1550、GHPO 276、GHPO 1501、GHPO 706 、GHPO 1001、GHPO 732、GHPO 329、GHPO 574、GHPO 1190、GHPO 1374、GHPO 16 20、GHPO 956、HPO 98、GHPO 689、GHPO 208、GHPO 296、GHPO 726、GHPO 1026 、GHPO 1301、GHPO 1536、GHPO 166、GHPO 253、GHPO 297、GHPO 615、GHPO 127 8、GHPO 1282、GHPO 1420、GHPO 1484、GHPO 1719、およびGHPO 1252と呼ばれる、新規全長ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレーム（ORF）が特定されている。これらのポリペプチドは、例えばヘリコバクター（Helicobacter）感染症を予防または治療するワクチン接種法において用いることができる。新しいポリペプチドのいくつかは、成熟型として産生することができる分泌性ポリペプチド（すなわちクラスIIまたはクラスIII分泌経路を通じて運ばれるポリペプチドのように）あるか、またはシグナルペプチドを含む前駆体として、分泌され、そして、これらの前駆体は成熟型のN末端での開裂によって排出／分泌の過程において除去することができる（開裂部位は、成熟型に隣接するシグナルペプチドの C末端に位置する）。本発明の第一の局面により、ヘリコバクターGHPO 13、GHPO 73、GHPO 90、GHP O 107、GHPO 136、GHPO 191、GHPO 213、GHPO 240、GHPO 408、GHPO 411、GHPO 419、GHPO 431、GHPO 474、GHPO 591、GHPO 596、GHPO 699、GHPO 724、GHPO 73 0、GHPO 761、GHPO 804、GHPO 805、GHPO 812、GHPO 879、GHPO 888、GHPO 986 、GHPO 1056、GHPO 1081、GHPO 1100、GHPO 1140、GHPO 1148、GHPO 1200、GHPO 1212、GHPO 1258、GHPO 1263、GHPO 1273、GHPO 1284、GHPO 1299、GHPO 1327 、GHPO 1346、GHPO 1378、GHPO 1412、GHPO 1443、GHPO 1466、GHPO 1476、GHPO 1536、GHPO 1559、GHPO 427、GHPO 1045、GHPO 1262、GHPO 1688、GHPO 1538、 GHPO 346、GHPO 1012、GHPO 470、GHPO 1398、GHPO 1550、GHPO 276、GHPO 1501 、GHPO 706、GHPO 1001、GHPO 732、GHPO 329、GHPO 574、GHPO 1190、GHPO 137 4、GHPO 1620、GHPO 956、HPO 98、GHPO 689、GHPO 208、GHPO 296、GHPO 726、 GHPO 1026、GHPO 1301、GHPO 1536、GHPO 166、GHPO 253、GHPO 297、GHPO 615 、GHPO 1278、GHPO 1282、GHPO 1420、GHPO 1484、GHPO 1719、およびGHPO 1252 の前駆体および成熟型をコードする単離されたポリペプチドが提供される。本発明の単離されたポリペプチドは：（i）ヘリコバクターアミノ酸配列が、配列番号：2(GHPO 13)、配列番号：4(GHP O 73)、配列番号：6(GHPO 90)、配列番号：8(GHPO 107)、配列番号：10(GHPO 13 6)、配列番号：12(GHPO 191)、配列番号：14(GHPO 213)、配列番号：16(GHPO 24 0)、配列番号：18(GHPO 408)、配列番号：20GHPO 411)、配列番号：22(GHPO 419 )、配列番号：24(GHPO 431)、配列番号：26(GHPO 474)、配列番号：28(GHPO 591 )、配列番号：30(GHPO 596)、配列番号：32(GHPO 699)、配列番号：34(GHPO 724)、配列番号：36(GHPO 730)、配列番号：38(GHPO 761)、配列番号：40(GHPO 804)、配列番号：42(GHPO 805)、配列番号：44(GHPO 812)、配列番号：46(GHPO 879)、配列番号：48(GHPO 888)、配列番号：50(GHPO 986)、配列番号：52(GHPO 1056)、配列番号：54(GHPO 1081)、配列番号：56(GHPO 1100)、配列番号：58(GHPO 1140)、配列番号：60(GHPO 1148)、配列番号：62(GHPO 1200) 、配列番号：64(GHPO 1212)、配列番号：66(GHPO 1258)、配列番号：68(GHPO 12 63)、配列番号：70(GHPO 1273)、配列番号：72(GHPO 1284)、配列番号：74(GHPO 1299)、配列番号：76(GHPO 1327)、配列番号：78(GHPO 1346)、配列番号：80(G HPO 1378)、配列番号：82(GHPO 1412)、配列番号：84(GHPO 1443)、配列番号：8 6(GHPO 1466)、配列番号：88(GHPO 1476)、配列番号：90(GHPO 1536)、配列番号：92(GHPO 1559)、配列番号：94(GHPO 427)、配列番号：96(GHPO 1045)、配列番号：98(GHPO 1262)、配列番号：100(GHPO 1688)、配列番号：102(GHPO 1538)、配列番号：104(GHPO 346)、配列番号：106(GHPO 1012)、配列番号：108(GHPO 47 0)、配列番号：110(GHPO 1398)、配列番号：112(GHPO 1550)、配列番号：114(GH PO 276)、配列番号：116(GHPO 1501)、配列番号：118(GHPO 706)、配列番号：12 0(GHPO 1001)、配列番号：122(GHPO 732)、配列番号：124(GHPO 329)、配列番号：126(GHPO 574)、配列番号：128(GHPO 1190)、配列番号：130(GHPO 1374)、配列番号：132(GHPO 1620)、配列番号：134(GHPO 956)、配列番号：136(GHPO 98) 、配列番号：138(GHPO 689)、配列番号：140(GHPO 208)、配列番号：142(GHPO 2 96)、配列番号：144(GHPO 726)、配列番号：146(GHPO 1026)、配列番号：148(GH PO 1301)、配列番号：150(GHPO 1536)、配列番号：152(GHPO 166)、配列番号：1 54(GHPO 253)、配列番号：156(GHPO 297)、配列番号：158(GHPO 615)、配列番号：160(GHPO 1278)、配列番号：162(GHPO 1282)、配列番号：164(GHPO 1420)、配列番号：166(GHPO 1484)、配列番号：168(GHPO 1719)、および配列番号：170(GH PO 1252)に示すアミノ酸配列からなる群より選択される、ポリペプチドのヘリコバクターアミノ酸配列と相同なアミノ酸配列を有するポリペプチド；または（ii）そのポリペプチドの誘導体をコードする。上記のように、本発明のポリヌクレオチドによってコードされる全長のポリペプチドの以外に、本発明に含まれるポリヌクレオチドは、シグナル配列を欠損するポリペプチドと共に、その他のポリペプチドあるいは全長のポリペプチドのペプチド断片もコードすることができる。「単離されたポリヌクレオチド」という用語は、それが天然に起こる環境から取り出されたポリヌクレオチドとして定義される。例えば、生きた細菌のゲノムに存在するまたは遺伝子バンクの一部としての天然に起こるDNA分子は単離されていないが、例えばクローニングイベント（増幅）の結果として細菌ゲノムの残りの部分から分離された同じ分子は、「単離されている」。典型的に、単離されたDNA分子は、天然に起こるゲノムにおいては5'または3'末端でそれと直接近接しているDNA領域（例えばコード領域）を含まない。そのような単離されたポリペプチドはベクターまたは組成物の一部となることができるが、そのようなベクターまたは組成物はその天然の環境の一部ではないため、なおも単離されている。本発明のポリヌクレオチドは、RNAまたはDNA（例えばcDNA、ゲノムDNA、または合成DNA）、またはRNAもしくはDNAの改変または組合せを含むことができる。ポリヌクレオチドは二本鎖であっても一本鎖であってもよく、一本鎖の場合、解読（センス）鎖または非解読（アンチセンス）鎖であってもよい。本発明のポリペプチドをコードする配列は、配列番号２〜170（偶数）のいずれかに示すように、（ａ）配列番号：１〜169（奇数）のいずれかに示すコード配列；（b）（a ）の転写によって誘導されるリボヌクレオチド配列；または（c）遺伝子コードの重複または縮重の結果として、配列番号１〜169（奇数）のいずれかに示す配列を有するポリヌクレオチド配列と同じポリペプチドをコードする異なるコード配列となり得る。ポリペプチドは、例えばH．フェリス、H．ムステラ、H．ヘイルマニ、またはH．ピロリ菌によって天然に分泌または排出されるポリペプチドとなり得る。「ポリペプチド」または「タンパク質」は、長さまたは翻訳後修飾（例えばグリコシル化または燐酸化）の有無にかかわらず、アミノ酸のいかなる鎖も意味する。いずれの用語も本出願において互換的に用いられる。「相同なアミノ酸配列」とは、ポリペプチドの特異的抗原性を破壊しない位置での１つ以上の非保存的アミノ酸置換、欠失または付加によって、配列番号２〜 170（偶数）のいずれかにおいて示されるアミノ酸配列または配列番号１〜169（奇数）のいずれかのヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列とは異なるアミノ酸配列を意味する。好ましくは、そのような配列は、配列番号２〜17 0（偶数）において示されるアミノ酸配列と、少なくとも75％、より好ましくは少なくとも80％、さらには少なくとも90％同一であることが最も好ましい。相同なアミノ酸配列には、配列番号２〜170（偶数）のいずれかにおいて示されるアミノ酸配列と同一である、または実質的に同一である配列が含まれる。「実質的に同一なアミノ酸配列」とは、基準アミノ酸配列と少なくとも90％、好ましくは少なくとも95％、より好ましくは少なくとも97％、および最も好ましくは少なくとも99％同一であって、基準配列との違いが、保存的アミノ酸の置換によるものである配列を意味する。保存的アミノ酸置換は典型的に、同じクラスのアミノ酸における置換を含む。これらのクラスには、例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、およびチロシンのような非荷電極性側鎖を有するアミノ酸；リジン、アルギニン、およびヒスチジンのような塩基性側鎖を有するアミノ酸；アスパラギン酸およびグルタミン酸のような酸性側鎖を有するアミノ酸；ならびにグリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトフアン、およびシステインのような非極性側鎖を有するアミノ酸が含まれる。相同性は、配列分析ソフトウェア（例えば、ウィスコンシン大学バイオテクノロジーセンターの遺伝子コンピューターグループの配列分析ソフトウェアパッケージ、1710 University Avenue，Madison，WI 53705）を用いて測定することができる。最大の相同性（すなわち同一性）が得られるように、類似のアミノ酸配列を配置させる。この目的のため、配列に人工的に空白部を導入することが必要となることがある。最適な配置が得られれば、位置の総数と比較して両配列のアミノ酸が同一である位置を全て記録することによって、相同性の程度（すなわち同一性）を定める。相同なポリヌクレオチド配列は、同様にして定義される。好ましくは、相同配列は、配列番号１〜169（奇数）のいずれかのコード配列と、少なくとも45％、より好ましくは少なくとも60％、および最も好ましくは少なくとも85％同一である配列である。配列番号：２〜170（偶数）に示される配列のいずれか一つと相同である配列を有するポリペプチドには、天然に起こる対立遺伝子変異体と共に、変異体または、配列番号：２〜170（偶数）のいずれか一つに示される配列を有するポリペプチドの抗原性に関する類似体であるその他の天然に起こらない変異体が含まれる。当技術分野で既知のように、対立遺伝子変異休は、ポリペプチドの生物機能を変化させない１つ以上のアミノ酸の置換、欠失、または付加を有することを特徴とするポリペプチドの代理型である。「生物学的機能」とは、たとえ、機能が細胞の増殖または生存にとって必要でなくとも、それが天然に起こる細胞におけるポリペプチドの機能を意味する。例えば、ポーリンの生物学的機能は、細胞外培地に存在する化合物の細胞への流入を可能にすることである。生物学的機能は抗原機能とは異なる。ポリペプチドは１つ以上の生物学的機能を有することができる。対立遺伝子変異体は元来ごく一般的に認められる。例えば、細菌種、例えばH ．ピロリ菌は通常、小さい対立遺伝子変化によって互いに異なる多様な株によって示される。実際に、異なる株において同じ生物学的機能を有するポリペプチドは、各々の株において同一でないアミノ酸配列を有することができる。そのような対立遺伝子変異体は、ポリヌクレオチドレベルで等しく反映されうる。ポリペプチド抗原の対立遺伝子変異体を用いることに関しては、例えばヘリコバクターウレアーゼ抗原に関する研究により支持される。ヘリコバクターウレアーゼのアミノ酸配列は、種間保護は起こるものの、種によって大きく異なり、このことはウレアーゼ分子を免疫原物質として用いる場合、アミノ酸変化に対して非常に寛容であることを示している。単一の種であるH．ピロリ菌の異なる種においても、アミノ酸配列変化がある。例えば、H．ピロリ菌およびH．フェリス菌のUreAおよびUreBサブユニットのアミノ酸配列はそれぞれ、互いに26.5％および11.8％異なるが（フェレーロら（Fe rrero）、Molecular Biology 9(2)：323〜333、1993）、H．ピロリ菌ウレアーゼはH．フェリス菌感染症からマウスを保護することが示されている（ミチェッティら（Michetti）、Gastroenterology 107：1002、1994）。さらに、ウレアーゼの個々の構造サブユニットであるUreAおよびUreBは異なるアミノ酸配列を含むが、いずれもヘリコバクター感染症に対して防御的な抗原である（ミチェッティら、前記）。同様に、クェンカら（Cuenca、Gastroenterology 110：1770、1996）によって、H．ムステラ菌に感染したフェレットをH．ピロリ菌ウレアーゼで治療的に免役すると、H．ムステラ菌感染症の根治に有効であることが示された。さらに、例えばpORV142から発現された組換え型UreA＋UreBアポ酵素（H．ピロリ株CP M630に由来するUreAおよびUreB配列；リーら（Lee）、J．Infect．Dis．172：16 1、1995）；pORV214から発現された組換え型UreA＋UreBアポ酵素（UreAおよびUr eB配列はH．ピロリ株CPM630とはそれぞれ、１および２個のアミノ酸変化によって異なる；リーら（Lee）、前記、1995）；Ure-Aグルタチオン-S-トランスフェラーゼ融合タンパク質（H．ピロリ株ATCC 43504からのUreA配列；トーマスら（T homas）、Acta Gastro-Enterologica Belgica 56：54，1993）；H．ピロリ株NCT C 11637から精製したUreA＋UreBホロ酵素（マルチェッティら（Marchetti）、Sci ence 267：1655、1995）；UreA-MBP融合タンパク質（H．ピロリ株85PからのUreA ；フェレーロら（Ferrero）、Infection and Immunity 62：4981、1994）；UreB -MBP融合タンパク質（H．ピロリ株85PからのUreB；フェレーロら（Ferrero）、前記）；UreA-MBP融合タンパク質（H．フェリス株ATCC 49179からのUreA；フェレーロら（Ferrero）、前記）；UreB-MBP融合タンパク質（H．フェリス株ATCC 4 9179からのUreB；フェレーロら（Ferrero）、前記）；およびアミノ酸220〜569 を含むUreBの37kDa断片（ドール・デービンら（Dore-Davin）、「UreBの37kDa断片は、マウスのヘリコバクター・フェリス感染症に対する防御を十分に与える」）を含む、いくつかのウレアーゼ変異体が有効なワクチン抗原となることが報告されている。最終的に、トーマスら（前記）は、H．ピロリ菌の粗超音波処理物の経口投与によってマウスを免役すると、その後のH．フェリス菌抗原チャレンジからマウスが防御されることを示した。対立遺伝子変異体をコードするポリヌクレオチド、例えばDNA分子は、従来の方法によって抽出されるゲノム細菌DNAのポリメラーゼ連鎖反応（PCR）増幅によって容易に得ることができる。これは、コード領域の5'および3'末端の上流および下流に存在する合成オリゴヌクレオチドプライマーマッチング配列の使用を含む。適したプライマーは、配列番号：１〜169（奇数）のいずれかにおいて提供されるヌクレオチド配列情報に基づいてデザインすることができる。典型的に、プライマーは10〜40、好ましくは15〜25ヌクレオチドをから成る。効率的なハイブリダイゼーションが確実に起こるよう十分な比率のCおよびGヌクレオチドを含む、例えばCおよびGヌクレオチドの量が総ヌクレオチド量の少なくとも40％、好ましくは50％であるプライマーを選択することも有利となりうる。当業者は異なるヘリコバクター株からの本発明のポリヌクレオチドの単離に用いることができるプライマーを容易にデサインすることができる。PCRを実施するための実験条件は、当業者によって容易に決定することができ、PCR実施に関する説明を下記の実施例に示す。当技術分野で周知のように、典型的に４〜６ヌクレオチド（例えば、配列5'-GGATCC-3'（BamHI）または5'-CTCGAG-3'（XhoI））を含む制限エンドヌクレアーゼの認識部位をプライマーの5'末端に含むことができる。制限部位は当業者によって、増幅したDNAをプラスミドのような適切に消化されたベクターの中に都合よくクローニングできるように選択することができる。天然に起こらない有用な相同体は、アミノ酸配列の変化および／または欠失に対して寛容である可能性がある抗原の領域を特定する既知の方法を用いてデザインすることができる。例えば、異なる種からの抗原の配列を比較して保存配列を特定することができる。本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド誘導体は、例えば、断片、全長のポリペプチドに由来する大きい内部欠失を有するポリペプチド、および融合タンパク質を含む。本発明のポリペプチド断片は、配列番号：２〜 170（偶数）の如何なる配列とも相同である配列を有するポリペプチドから、断片が親ポリペプチドの実質的な抗原性（特異的抗原性）を保持する程度に誘導することができる。ポリペプチド誘導体はまた、特異的抗原性を保持しつつ、親ポリペプチドの実質的な部分を除去する大きい内部欠失によって構築することができる。一般に、ポリペプチド誘導体は、抗原性を維持するためには長さが少なくとも12個のアミノ酸が必要である。それらは少なくともアミノ酸20個であれば都合よく、好ましくは少なくとも50個、より好ましくは少なくともアミノ酸75個、および最も好ましくは長さが少なくともアミノ酸100個の長さである。有用なポリペプチド誘導体、例えばポリペプチド断片は、蛋白抗原において、表面が露出した抗原領域としての可能性がある部位を特定するために、アミノ酸配列のコンピユーターを利用した分析を用いてデザインすることができる（ヒュフズら（Hughs）、Infect．Immum．60(9)：3497、1992）。例えば、DNAスター（ DNA Star）によるレーザー遺伝子プログラムを用いて、本発明のポリペプチドの親水性、抗原指標、および強度指数プロットを得ることができる。またこのプログラムを用いて、既知のタンパク質モチーフを有するポリペプチドの相同性に関する情報を得ることができる。当業者は、ワクチン抗原として用いるペプチド断片の選択の際に、そのようなプロットから得られる情報を容易に用いることができる。例えば、抗原指数が比較的高いプロットの断片スパン領域を選択することができる。同様に、抗原指数および強度プロットが共に比較的高い断片スパン領域を選択することもできる。保存配列、特に親水性保存配列を含む断片もまた、選択することができる。大きい内部欠失を有するポリペプチド断片およびポリペプチドは、そうでなければ親ポリペプチドの中で遮蔽され、防御的T-細胞依存的免疫応答を誘導するために重要である可能性があるエピトープを検出するために用いることができる。欠失はまた、株における免疫優性高可変領域を除去することができる。タンパク質に対する免疫反応の誘導に必要なものは全てタンパク質の小さい（例えば、アミノ酸８〜10個）免疫原性領域であるため、蛋白免疫原物質の断片および変異体をワクチンとして用いることは免疫学分野では許容された方法である。これはヘリコバクター以外の病原体に対する多くのワクチンについて行われてきた。例えば、マウス乳癌ウイルス（アミノ酸11個を含むペプチド；ディオンら（Dion）、Virology 179：474〜477、1990）、セムリキ森林熱ウイルス（アミノ酸16個を含むペプチド；スナイダースら（Snijders）、J．Gen．Virol．72：557 〜565、1991）およびイヌパルボウイルス（それぞれがアミノ酸15個を含む２つの重なり合うペプチド；ランケベルトら（Langeveld）、Vaccine 12（15）：147 3〜1480、1994）のような、病原体の表面露出抗原に対応する短い合成ペプチドが、それぞれの病原体に対する有効なワクチン抗原であることが示されている。ポリペプチド断片および大きい内部欠失を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、定法（例えば、アウスベルら（Ausubel）、「分子生物学の最新プロトコル（Current Protocols in Molecular Biology）」、John Wiley & Sons Inc.，1994を参照のこと）、例えば逆転写PCRを含むPCR）クローニングしたDNA分子の制限酵素処理、またはクンケルらの方法（Kunkel、Proc．Natl．Aca d．Sci．USA 82：448，1985；ストラタジーン社で入手可能な生物材料）によって構築することができる。ポリペプチド誘導体はまた、例えば、N末端またはC末端で他のポリペプチドと融合した本発明のポリペプチドまたはポリペプチド誘導体を含む融合ポリペプチド（以降、ペプチドテールと呼ぶ）として産生することができる。そのような産物は、遺伝子融合、すなわちハイブリッド遺伝子の翻訳によって容易に得ることができる。融合ポリペプチドを発現するベクターは市販されており、この中にはペプチドテール部がマルトース結合タンパク質であるニューイングランド・バイオラボズ社のpMal-c2またはpMal-p2システム、ファルマシア社のグルタチオン-S -トランスフェラーゼシステム、またはノバゲン社から販売されているHis-Tagシステムが含まれる。これらおよび他の発現系は、本発明のポリペプチドおよび誘導体のさらなる精製のための簡便な手段を提供する。本発明に含まれる融合ポリペプチドに関するもう一つの特定の実施例には、アジュバント活性を有するポリペプチド、例えばコレラ毒素または大腸菌易熱性毒素のいずれかのサブユニットBと融合した本発明のポリペプチドまたはポリペプチド誘導体が含まれる。そのような融合タンパク質の産生には、考えられるいくつかの方法を用いることができる。まず、本発明のポリペプチドは、アジュバント活性を有するポリペプチドのN末端または好ましくはC末端と融合することができる。第二に、本発明のポリペプチド断片は、アジュバント活性を有するポリペプチドのアミノ酸配列内で融合することができる。スペーサー配列もまた望ましければ含むことができる。上記のように、本発明のポリヌクレオチドは前駆体または成熟型でヘリコバクターポリペプチドをコードする。それらはまた、成熟して本発明のポリペプチドになることができる非相同シグナルペプチドを含むハイブリッド前駆体をコードすることができる。「非相同シグナルペプチド」とは、本発明のポリペプチドの天然に起こる前駆体には認められないシグナルペプチドを意味する。本発明のポリヌクレオチドは、好ましくはストリンジェントな条件下で、配列番号：１〜169（奇数）のいずれかに示す配列を有するポリヌクレオチドとハイブリダイズする。ハイブリダイゼーション技法は、例えばアウスベルら（Ausube l、前記）；シラビーら（Silhavy、「遺伝子融合実験（Experiments with Gene Fusions）」、Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor、ニューヨーク、1980）；およびデービスら（Davis、「遺伝子操作マニュアル：応用細菌遺伝子学(A Manual for Genetic Engineering：Advanced Baterial Genet ics）」、Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor、ニューヨーク、1980）に記述されている。ハイブリダイゼーション条件を最適にするために検討することができる重要なパラメータは以下の式に反映されており、これによって２つの相補的DNAがこの温度を超えると互いに分離する温度である溶融点（Tm）の計算が容易となる（ケーシーら（Casey）、Nucl．Acids．Res．４：1 539、1977）：Tm＝81.5＋0.5×（％G＋C）＋1.6 log（陽イオン濃度）−0.6×（％ホルムアミド）。適当なストリンジェンシー条件下では、ハイブリダイゼーション温度（Th）は、およそ20〜40℃、20〜25℃、または好ましくは計算したTmより低い30〜40℃である。当業者は、従来の技法を用いた予備実験において、最適な温度および塩濃度を経験的に容易に決定することができると理解するであろう。例えば、ハイブリダイゼイション前のインキュベートおよびハイブリダイゼイションの際のインキュベートのいずれについても、（i）50％ホルムアミドを含む６×CCS中で42℃で４〜16時間以内、または（ii）６×SSC水溶液（１M NaCl、 0.1 Mクエン酸ナトリウム（pH7.0））中で65℃で４〜16時間以内、というストリンジェントな条件を得ることができる。30〜600ヌクレオチドを含むポリヌクレオチドに関しては、上記式を用いて、次に（600／塩基対で示したポリヌクレオチドの大きさ）を差し引くことによって修正することができる。ストリンジェントな条件はTmの５〜10℃下であるThによって定義される。 20〜30塩基より短いオリゴヌクレオチドでのハイブリダイゼーション条件は、上記の規則に正確には従わない。そのような場合、Tmの計算式は以下のようになる：Tm＝４×（G＋C）＋２（A＋T）。例えば、50％G＋Cの18ヌクレオチド断片では約54℃が適切なTmがである。 RNA、DNA、またはその改変もしくは組合せを含む本発明のポリヌクレオチド分子は、様々に応用することができる。例えば、ポリヌクレオチド分子は（i）組換え型宿主系においてコードされたポリペプチドを産生するプロセスにおいて、（ii）ヘリコバクター感染症の予防および／または治療のための方法および組成物においてさらに用いられる、ポックスウイルスのようなワクチンベクターの構築において、（iii）そのままの状態で、または輸送媒体と共に製剤化したワクチン剤として、および（iv）本発明のポリヌクレオチドを過剰発現することができる、またはそれを非毒性の変異型において発現することができる弱毒ヘリコバクター株の構築において、用いることができる。本発明の第二の局面によれば、したがって、（i）発現に必要なエレメント（例えば、プロモーター）の調節下に置かれた本発明のポリヌクレオチド分子を含む発現カセツト；（ii）本発明の発現カセットを含む発現ベクター；（iii）本発明の発現カセットおよび／またはベクターで形質転換またはトランスフェクトした原核または真核細胞、（iv）本発明のポリヌクレオチド分子の発現を可能にし、コードされたポリペプチドまたはポリペプチド誘導体を細胞培養から回収することを可能にする条件下で、本発明の発現カセットおよび／またはベクターで形質転換またはトランスフェクトした原核または真核細胞を培養することを含む、本発明のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドまたはポリペプチド誘導体を産生するプロセスが提供される。組換え型発現系は、原核および真核宿主から選択することができる。真核宿主には例えば、酵母細胞（例えば、サッカロミセス・セレビジエ（Saccharomyces cerevisiae）またはピチア・パストリス（Pichia Pastoris））、哺乳類細胞（例えば、COSI、NIH 3T3、またはJEG3細胞）、節足動物細胞（スポドプテラ・フルキペルダ（Spodoptera frugiperda（SF9）細胞）、および植物細胞が含まれる。好ましくは大腸菌のような原核宿主を用いる。細菌および真核細胞は、当業者に既知の多くの異なる入手先、例えばアメリカンタイプカルチャーコレクション（ATCC；ロックビル、メリーランド州）から入手できる。発現カセットの選択は、発現されたポリペプチドに関して望ましい特徴と共に、選択する宿主系による。例えば、特定の脂質型またはその他の型で本発明のポリペプチドを産生することが有用となる可能性がある。典型的に、発現カセットには、選択した宿主系において機能的である構造的または誘導可能なプロモーター；リボソーム結合部位；開始コドン（ATG）；必要であればシグナルペプチド、例えばリピデーションシグナルペプチドをコードする領域；本発明のポリヌクレオチド分子；停止コドン；および選択的に3'末端領域（翻訳および／または転写ターミネーター）を含む。シグナルペプチドコード領域は、本発明のポリヌクレオチドに隣接し、適切なリーディングフレーム内にある。シグナルペプチドコード領域は成熟ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド分子と相同または非相同であってもよく、発現に用いられる宿主の分泌器官に対して特異的であってもよい。本発明のポリヌクレオチド分子単独で、またはシグナルペプチドと共に、構築されるオープンリーディングフレームは、宿主系において転写および翻訳が起こるようにプロモーターの調節下に置かれる。プロモーターおよびシグナルペプチドコード領域は、当業者に広く知られており、利用可能で、その中には例えば、アラビノースによって誘導可能（プロモータ-araB）で、しかも大腸菌のようなグラム陰性菌において機能的である、ネズミチフス菌（Salmonella typhi murium）（およびその誘導休）のプロモーター（米国特許第5,028,530号；カグノンら（Cagnon）、Protein Engineering 4（7）：843、1991）；T7ポリメラーゼを発現する多くの大腸菌株において機能的であるバクテリオファージT7 RNAポリメラーゼ遺伝子のプロモーター（米国特許第4,952,496号）；OspAリピデーションシグナルペプチド；およびRlpBリピデーションシグナルペプチド（タカセら（Takase）、J．Bact．169：5692、1987）が含まれる。発現カセットは典型的に発現ベクターの一部で、これは選択した発現系における複製能に関して選択する。発現ベクター（例えば、プラスミドまたはウイルスベクター）は、例えば、パウェルスら（Pouwels、「クローニング・ベクターズ：実験マニュアル（Cloning Vectors：A Laboratory Manual）」、1985、補則、 1987）に記述のベクターから選択し、様々な販売元から購入することができる。宿主細胞を発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトする方法は、当技術分野で周知で、アウスベルら（前記）が記述したように、選択した宿主系による。発現されると、本発明の組換え型ポリペプチド（またはポリペプチド誘導体）は産生されて、細胞内器官に留まり、細胞外培地またはペリプラスム間隙に分泌／排泄され、または細胞膜内に取り込まれる。次に細胞抽出物または細胞培養を遠心後の上清から、ポリペプチドを実質的に純粋な形で回収することができる。典型的に、組換え型ポリペプチドは抗体に基づくアフィニティ精製または、小さいアフィニティ結合ドメインとの遺伝子融合のような、当技術分野においてその他の既知の方法によって精製することができる。抗体に基づくアフィニティ精製法はまた、ヘリコバクター株から抽出した本発明のポリペプチドを精製するために利用できる。本発明のポリペプチドを免疫アフィニティ精製するために有効な抗体は、下記の方法を用いて得ることができる。本発明のポリヌクレオチドは、遺伝子輸送媒体としてのウイルスまたは細菌宿主のいずれかを用いて（生ワクチンベクター）、または遊離型、例えばプラスミドに挿入された形で遺伝子を投与するDNAワクチン接種法において用いることができる。本発明のポリヌクレオチドの治療または予防的効用は下記のように評価することができる。つまり、本発明の第３の局面において、（i）発現に必要なエレメントの調節下に置かれる本発明のポリヌクレオチド分子を含む、ポックスウイルスのようなワクチンベクター；（ii）本発明のワクチンベクターを、希釈剤または担体と共に含む重要な組成物；（iii）本発明のワクチンベクターの治療的または予防的有効量を含む薬学的組成物；（iv）免疫応答、例えば、ヘリコバクターに対する保護的または治療的免疫応答を誘発するために、本発明のワクチンベクターの免疫学的有効量を哺乳類に投与することを含む、哺乳類における、ヘリコバクターに対する免疫応答を誘導する方法（例えば、ヒト；または他の動物の場合例えばネコまたは鳥のヘリコバクター・ピロリ菌感染症を治療または予防するための家畜病治療の適用に用いることができる）；および（v）必要とする個体に本発明のワクチンベクターの予防または治療量を投与することを含む、ヘリコバクター（例えば、H．ピロリ、H．フェリス、H．ムステラ、またはH．へイルマニ菌）感染症の予防および／または治療法が提供される。さらに、本発明の第３の局面は、ヘリコバクター感染症の予防および／または治療のための薬剤の調製における本発明のワクチンベクターの使用を含む。本発明のワクチンベクターは、ウレアーゼアポ酵素またはそのサブユニット、断片、相同体、変異体、または誘導体のような少なくとも１つの別のヘリコバクター抗原と共に、本発明の１つまたはいくつかのポリペプチドまたは誘導体を発現することができる。さらに、これは、免疫応答を増強するインターロイキン-2 （IL-2）またはインターロイキン-12（IL-12）のようなサイトカインを発現することができる。このように、ワクチンベクターは、例えば、哺乳類細胞において発現に必要なエレメントの調節下に置かれた、ウレアーゼサブユニットA、B、もしくはその双方をコードする別のポリヌクレオチド分子、またはサイトカインを含むことができる。あるいは、本発明の組成物は、そのそれそれが本発明のポリペプチドまたは誘導体を発現することができる、いくつかのワクチンベクターを含むことができる。組成物はまた、ウレアーゼアポ酵素、そのサブユニット、断片、相同体、変異体もしくは誘導体のようなさらなるヘリコバクター抗原、またはIL-2もしくはIL -12のようなサイトカインを発現することができるワクチンベクターを含むことができる。哺乳類の感染症を治療または予防するワクチン接種法において、本発明のワクチンベクターは、ワクチンの分野で用いられる従来の経路、例えば粘膜（例えば眼、鼻腔、口腔、胃、肺、腸、直腸、膣または尿管粘膜）表面に、もしくは非経口（例えば皮下、皮内、筋肉内、静脈内、または腹腔内）経路、またはその併用によって投与することができる。好ましい経路はワクチンベクターの選択による。投与は単回投与または間隔を開けて反復投与で行うことができる。適当な用量は、ワクチンベクターそのものの性質、投与経路、およびワクチン接種すべき哺乳類の状態（例えば、哺乳類の体重、年齢、および全身健康状態）のような、当業者によって理解される様々なパラメータによる。本発明において用いることができる生ワクチンベクターには、細菌ベクター、例えば赤痢菌（Shigella）、サルモネラ菌（Salmonella）、ビブリオコレラ（Vi brio Cholerae）、乳酸杆菌（Lactobacillus）、カルメット・ゲラン杆菌（BCG ）、および連鎖球菌（Streptococcus）のような細菌ベクターや、アデノウイルスおよびポックスウイルスのようなウイルスベクターが含まれる。アデノウイルスベクターの例と、本発明のポリヌクレオチド分子を発現することができるアデノウイルスベクターを構築する方法は、米国特許第4,920,209号に記述されている。本発明において用いることができるポックスウイルスベクターには例えば、それそれ米国特許第4,722,848号および米国特許第5,364,773号に記述されているワクシニアおよびカナリア痘ウイルス（例えば、ワクシニアウイルスベクターに関する記述についてはタルタグリアら（Tartaglia）、Virology 188：217、1992、および、カナリア痘ウイルスベクターに関する記述についてはタイラーら（Tayl er）、Vaccine 13：539、1995を参照のこと）が含まれる。本発明のポリヌクレオチドを発現することができるポックスウイルスベクターは、キーニイら（（Ki eny）、Nature 312：163、1984）が記述したように、本発明のポリヌクレオチドが、哺乳類細胞での発現に適した条件下でウイルスゲノムの中に挿入されるように、相同組換えによって得ることができる。一般に、ウイルスベクターワクチンの用量は、治療または予防的使用に関して約１×10⁴〜約１×１０¹¹個であってもよく、約１×10⁷個〜約１×10¹⁰個であれば都合よく、または約１×10⁷個〜約１×10⁹プラーク形成単位/kgであることが好ましい。好ましくはウイルスベクターは、例えば４週間間隔で３用量を非経口投与する。当業者は、本発明のウイルスベクターを含む組成物に化学アジュバントを加えることを避け、それによってウイルスベクターそのものに対する免疫応答を最小限にすることが好ましいことを認識するであろう。生経口ワクチンにおいて用いることができる毒性非誘発性のビブリオコレラ変異株は、メカラノスら（Mekalanos、Nature 306：551、1983）および米国特許第 4,882,278号（機能的コレラ毒素が産生されないように、２つのctxA対立遺伝子のそれぞれのコード配列の実質的な量が欠失している株）；国際公開広報第92/1 1354号（irgA座が変異のため不活化されている株；この変異は単一の株において ctxA変異と組み合わせることができる）；および国際公開広報第94/1533号（機能的ctxAおよびattRS1 DNA配列を欠損する欠失変異体）に記述されている。これらの株は、国際公開広報第94/19482号に記述のように、異種抗原を発現するように遺伝子操作することができる。本発明のポリヌクレオチド分子によってコードされるポリペプチドまたはポリペプチド誘導体を発現することができるビブリオコレラ株の有効なワクチン量は、例えば約１×10⁵〜約１×10⁹個、好ましくは約１× 10⁶個〜約１×10⁸個の生きた細菌を、選択した投与経路にとって適当な用量で含むことができる。好ましい投与経路には全ての粘膜経路が含まれるが、最も好ましくはこれらのベクターは鼻腔内または経口に投与される。異種抗原の組換え発現のために遺伝子操作された弱毒化ネズミチフス（Salmon ella typhimurium）株およびその経口ワクチンとしての使用は、ナカヤマら（Na kayama、Bio/Technology 6：693、1988）および国際公開広報第92/11361号に記述されている。これらのベクターの好ましい投与経路には全ての粘膜経路が含まれる。最も好ましくは、ベクターは鼻腔内または経口投与する。ワクチンベクターとして有効なその他の細菌ベクターは、ハイら（High、EMBO 11：1991、1992）およびシゼモアら（Sizemore、Science 270：299、1995；フレクスナー赤痢菌（Shigella flexneri））；メダグリニら（Medaglini、Proc．Na tl．Acad．Sci．USA 92：6868、1995；ストレプトコッカス・ゴルドニ（Strepto coccus gordonii））；フリン（Flynn、Cell．Mol．Biol．40（補則I）：31、11 94）、および国際公開広報第：88/6626号、90/0594号、91/13157号、92/1796号、92/21376号（カルメット・ゲラン杆菌（Bacille Calmette Guerin））によって記述されている。細菌ベクターでは、本発明のポリヌクレオチドは細菌ゲノムの中に挿入することができ、または例えばプラスミド内に組み込まれるなどの遊離の状態で留まることができる。細菌ベクターワクチンを含む組成物にもアジュバントを加えることができる。用いることができる多くのアジュバントは当業者に既知である。例えば、好ましいアジュバントは、下記に示すリストから選択することができる。本発明の第４の局面において、（i）希釈剤または担体と共に本発明のポリヌクレオチドを含む重要な組成物；（ii）本発明のポリヌクレオチドの治療的または予防的有効量を含む薬学的組成物；（iii）免疫応答、例えば、ヘリコバクターに対する防御的免疫応答を誘発するために、本発明のポリヌクレオチドの免疫学的有効量を哺乳類に投与することによって、哺乳類においてヘリコバクターに対する免疫応答を誘導する方法；および（iv）そのような治療を必要とする個体に本発明のポリヌクレオチドの予防的または治療的有効量を投与することによって、ヘリコバクター（例えば、H．ピロリ、H．フェリス、H．ムステラ、またはH．ヘイルマニ菌）感染症を予防および／または治療する方法、もまた提供される。さらに、本発明の第４の局面は、ヘリコバクター感染症の予防および／または治療のための薬剤の調製に本発明のポリヌクレオチドを用いることを含む。本発明の第４の局面は好ましくは、哺乳類細胞、例えば、哺乳類の細胞において複製することができず、哺乳類のゲノムに実質的に組み入れられないプラスミドにおいて、発現条件下に置かれたポリヌクレオチド分子を用いることを含む。本発明のポリヌクレオチド（例えば、DNAまたはRNA分子）は、ワクチンとして哺乳類に投与するように投与することができる。本発明のDNA分子を用いる場合、それは、哺乳類細胞において複製することができず、哺乳類のゲノムに組み入れられないプラスミドの形となり得る。典型的に、DNA分子は哺乳類細胞での発現に適したプロモーターの調節下に置かれる。プロモーターは、至る所で、または組織特異的に機能することができる。非組織特異的プロモーターの例には、初期サイトメガロウイルス（CMV）プロモーター（米国特許第4,168,062号）およびラウス肉腫ウイルスプロモーター（ノートンら（Norton）、Molec．Cell．Biol ．5：281、1985）が含まれる。デスミンプロモーター（リら（Li）、Gene 78：2 43、1989；リら（Li）、J．Biol．Chem．266：6562、1991；リら（Li）、J．Bio l．Chem．268：10403、1993）は組織特異的で筋細胞において発現を誘発する。より一般的に、有用なプロモーターおよびベクターは、例えば国際公開広報第94 /21797号、およびハーティッカら（Hartikka、Human Gene Therapy 7：1205、19 96）によって記述されている。 DNA/RNAワクチン接種に関しては、本発明のポリヌクレオチドは本発明のポリぺプチドの前駆体または成熟型をコードすることができる。これが前駆体型をコードする場合、前駆体配列は同種または異種となりうる。後者の場合、組織型プラスミノーゲン活性化因子（tpA）のリーダー配列のような真核細胞リーダー配列を用いることができる。本発明の組成物は、１つまたはいくつかの本発明のポリヌクレオチドを含むことができる。これはまた、ウレアーゼサブユニットA、Bまたは両者のような、もう一つのヘリコバクター抗原をコードする少なくとも１つのさらなるポリヌクレオチド、またはその断片、誘導体、変異体、もしくは類似体を含むことができる。インターロイキン-2（IL-2）またはインターロイキン-12（IL-12）のような、サイトカインをコードするポリヌクレオチドもまた、免疫応答を増強するように組成物に加えることができる。これらの付加のポリヌクレオチドは、発現の適切な調節下に置かれる。本発明のDNA分子および／または付加のDNA分子を同じ組成物に含めれば、同じプラスミドにおいて都合よく輸送される。本発明の治療的ポリヌクレオチドの調製には、定法を用いることができる。例えば、ポリヌクレオチドは、陰イオンリポソーム、陽イオンリポソーム、微粒子、例えば金微粒子、沈降剤、例えばリン酸カルシウム、またはその他のトランスフェクション促進剤のような輸送媒体を含まないそのままの形で用いることができる。この場合、ポリペプチドは、担体の有無によらず、滅菌生理食塩液、または滅菌緩衝生理食塩液のような生理学的に許容される溶液中で、簡易に希釈することができる。担体が存在する場合は、担体は好ましくは等張、低張、または弱い低張であり、例えば20％蔗糖を含有する蔗糖溶液によって得られるように、イオン強度が比較的低い。または、ポリヌクレオチドは細胞取り込みを補助する薬剤に関連させることができる。それはすなわち、（i）ブピバカインのような細胞透過性を変化させる化学物質を加えたもの（例えば、国際公開広報第94/16737号参照）、（ii）リポソームへの封入体、または（iii）陽イオン脂質またはシリカ、金もしくはタングステン微粒子に関連させたものとなり得る。陰イオンおよび中性リポソームは、当技術分野で周知で（例えば、リポソームの作成法に関する詳しい記述については「リポソーム：実用的アプローチ（Lipo somes：A Practical Approach）、RPC New Ed，IRL Press、1990を参照のこと）、ポリヌクレオチドを含む広い範囲の産物を輸送するために有用である。陽イオン脂質はまた、遺伝子輸送に用いることができる。そのような脂質は例えば、DOTMA（N-[1-(2,3-ジオレイルオキシ)プロピル］-N,N,N-塩化トリメチルアンモニウム）としても知られるリポフェクション登録商標、DOTAP（1,2-ビス( オレイルオキシ)-3-(トリメチルアンモニオ)プロパン）、DDAB（臭化ジメチルジオクタデシルアンモニウム）、DOGS（ジオクタデシルアミドログリシルスペルミン）、およびコレステロール誘導体が含まれる。これらの陽イオン脂質に関する説明は、欧州特許第187,702号、国際公開広報第90/11092号、米国特許第5,283,185 号、国際公開広報第91/15501号、国際公開広報第95/26356号、および米国特許第 5,527,928号に見ることができる。遺伝子輸送のための陽イオン脂質は、DOPE（ジオレイル・フォスファチジルエタノールアミン；国際公開広報第90/11092号）のような中性脂質に結合させて用いることが好ましい。陽イオンリポソームを含む製剤には、その他のトランスフェクション促進化合物を加えることができる。それらの多くは例えば、国際公開広報第93/18759号、国際公開広報第93/19768号、国際公開広報第94/25608号、および国際公開広報第95/2397号に記述されている。それらの中には、例えば核膜を通じてのDNA輸送を促進するために有効なスペルミン誘導体（例えば、国際公開広報第93/18759号参照）およびGALA、グラミシジンS、および陽イオン胆汁酸塩のような膜透過性化合物が含まれる（例えば国際公開広報第93/19768号を参照のこと）。金またはタングステン微粒子もまた、国際公開広報第91/359号、第93/17706号およびタンら（Tang、Nature 356：152、1992）の記述のように、遺伝子輸送に用いることができる。この場合、米国特許第4,945,050号、米国特許第5,015,580 号、および国際公開広報94/24263号に記述のように、微粒子コーティングポリヌクレオチドを針なし注射器（「遺伝子銃」）を用いて皮内または上皮内経路で注射することができる（「遺伝子銃」）。ワクチンにおいて用いられるDNA量は、例えばDNA構築物において用いられるプロモーターの強度、発現した遺伝子産物の免疫原性、投与すべき哺乳類の状態（例えば、哺乳類の体重、年齢、および全身健康状態）、投与様式、ならびに製剤のタイプに依存する。一般に、約１μｇ〜約１mｇの治療的または予防的有効量、好ましくは約10μｇ〜約800μｇ、およびより好ましくは約25μｇ〜約250μｇをヒト成人に投与することができる。投与は１回投与または間隔を開けて反復投与によって行うことができる。投与経路はワクチン分野において用いられる従来の如何なる経路であってもよい。一般的ガイダンスとして、本発明のポリヌクレオチドは粘膜表面、例えば、眼、鼻腔、肺、口腔、腸、直腸、膣または尿管表面粘膜を通じて、または非経口経路、例えば静脈内、皮下、腹腔内、皮内、表皮内、または筋肉内経路によって投与することができる。投与経路の選択は、例えば、選択する製剤による。ブピバカインに関連して製剤化されたポリヌクレオチドは、筋肉に投与すると有効である。中性または陰イオンリポソームまたはDOTMAのような陽イオン脂質を用いる場合、製剤は静脈内、鼻腔内（例えば、エアロゾル化）、筋肉内、皮内、および皮下経路によって都合よく投与することができる。そのままの形でのポリヌクレオチドは、筋肉内、皮内または皮下経路によって有効に投与することができる。絶対的に必要ではないが、そのような組成物はまた、アジュバントを含むことができる。アジュバント作用を示すために同時投与を必要としない全身アジュバントが好ましい。本出願において提供される配列情報により、診断法において用いることができる特殊なヌクレオチドプローブおよびプライマーのデザインが可能となる。従って、本発明の第５の局面において、配列番号：１〜169（奇数）のいずれかにおいて示される配列において認められる、または遺伝子コードの縮重性によってそれらの配列に由来するヌクレオチドプローブまたはプライマーが提供される。本出願において用いられる「プローブ」という用語は、先に定義したように、ストリンジェントな条件下で配列番号：１〜169（奇数）に示す配列のいずれかと相同である配列を有するポリヌクレオチド分子、または配列番号：１〜169（奇数）において示されるいずれの配列の相補的もしくはアンチセンス配列とハイブリダイズする、DNA（好ましくは１本鎖）またはRNA分子（またはその改変もしくは併用）を指す。一般に、プローブは、配列番号：１〜169（奇数）において示される全長の配列より有意に短い。例えば、それらは約５〜約100ヌクレオチドを含むことができ、好ましくは約10〜約80ヌクレオチドを含むことができる。特に、プローブは配列番号：１〜169（奇数）のいずれかに示す配列の一部、またはそのような配列のいずれかと相補的な配列と少なくとも75％、好ましくは少なくとも85％、より好ましくは95％相同である配列を有する。プローブは、イノシン、メチル-5-デオキシシチジン、デオキシウリジン、ジメチルアミノ-5-デオキシウリジン、またはジアミノ-2,6-プリンのような修飾塩基を含むことができる。糖または燐酸残基も同様に、修飾または置換することができる。例えば、デオキシリボース残基はポリアミド（ニールセンら（Nielsen）、Science 254：1497、1991）によって置換することができ、燐酸残基は二燐酸、アルキル、ホスホン酸アリール、およびホスホロチオ酸エステルのようなエステル基によって置換することができる。さらに、リボヌクレオチド上の2'-水酸基は、例えばアルキル基を付加することによって修飾することができる。本発明のプローブは診断検査または捕獲もしくは検出プローブとして用いることができる。そのような捕獲プローブは固相支持体上に、直接または間接的に共有結合または受動的吸収によって固定することができる。検出プローブは、検出可能な標識、例えば放射活性同位体；ペルオキシダーゼおよびアルカリフォスファターゼのようなのような酵素；発色性、蛍光性またはルミネッセント性の基質を加水分解することができる酵素；発色、蛍光またはルミネッセント化合物；ヌクレオチド塩基類似体；およびビオチン、から選択される標識によって標識することができる。本発明のプローブは、ドットブロット法（マニアティスら（Maniatis）、「分子クローニング：実験マニュアル（Molecular Cloning：A Laboratory Manual）」、Cold Spring Harbor Laboratory Press，Cold Spring Harbor、ニューヨーク、1982）、サザンブロット法（サザン（Southern）、J．Mol．Biol．98：503 、1975）、ノーザンブロット法（RNAを標的として用いることを除いてはサザンブロットと同じ）またはサンドイッチ法（ダンら（Dunn）、Cell 12：23、1977 ）のような従来のハイブリダイゼーション法において用いることができる。当技術分野で既知のように、後者の技法は、少なくとも部分的に互いに異なるヌクレオチド配列を有する特異的捕獲プローブおよび特異的検出プローブを用いることを含む。本発明において用いられるプライマーは約10〜40ヌクレオチドを含み、増幅プロセス（例えば、PCR）、伸長プロセス、または逆転写法においてDNAの酵素的重合化を開始するために用いられる。PCRを含む診断法において、プライマーは標識することができる。このため、本発明はまた、(i)生物材料中に存在するヘリコバクターを検出および／または同定するための、本発明のプローブを含む試薬；(ii)(a)検体を生物材料から回収するかまたはこれに由来する、(b)DNAまたはRNAを材料から抽出し変性させる、ならびに(C)ストリンジェントな条件のもとで、検体を、本発明のプローブ、例えば捕獲プローブ、検出用プローブ、または両方に暴露し、ハイブリダイゼーションを検出することを含む、生物材料中に存在するヘリコバクターを検出および／または同定するための方法；(iii)(a)検体を生物材料から回収するかまたはこれに由来する、(b)DNAをそれらから抽出する、(c)抽出したDNAを、少なくとも一種、または好ましくは二種の本発明のプライマーと接触させ、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅する、ならびに(d)増幅されたDNA分子を産生することを含む、生物材料中に存在するヘリコバクターを検出および／または同定するための方法をも含んでいる。上述したように、本発明のポリヌクレオチドを発現させて産生されるポリペプチドは、ワクチン抗原として用いることができる。従って、本発明の第六番目の局面は、本発明のポリヌクレオチドがコードするアミノ酸配列を有する実質的な精製ポリペプチドまたはポリペプチド誘導体に関するものである。「実質的に精製されたポリペプチド」とは、天然に生じる環境から分離されたポリペプチドおよび／または合成時の環境中に存在する他の多くのポリペプチドの混入のないポリペプチドとして定義される。本発明のポリペプチドは、ヘリコバクター菌株のような天然の供給源から精製することができるか、または組換え法を用いて産生することができる。本発明のポリヌクレオチドがコードするものと相同なポリペプチドまたはポリペプチド誘導体は、特異的な抗原性を持つため、配列番号：2-170（偶数番号）のいずれかに示したアミノ酸配列を有するポリペプチドに対して作成した抗血清を用いた交差反応性試験により、スクリーニングする事ができる。簡単にいえば、例えば、MBP、GSTもしくはヒスチジン・タグのシステムによる発現産物、または抗原性を有すると予想される合成ペプチドのような精製した対照用ポリペプチドもしくは融合ポリペプチドに対して、単一抗原特異的な高力価の抗血清を作成することができる。特異的な抗原性を有するかどうかをスクリーニングするための相同なポリペプチドまたは誘導体は、それ自体または融合ポリペプチドとして、作成することができる。後者の場合、しかも融合ポリペプチドに対する抗血清も作成する場合には、二つの異なる融合システムを用いる。特異的な抗原性は、以下に述べるようにウエスタンブロット（Towbinら、Proc．Natl．Acad．Sci．USA 76：4350、1979）、ドットブロットおよびELISA法を含む数多くの方法を用いて、検出することができる。ウエスタンブロットによるアッセイでは、スクリーニングする産物は精製材料または大腸菌の全抽出物であるが、これを例えばLaemmli（Nature 227：680、19 70）の記述にあるように、SDS-PAGEでフラクションに分画する。検体をニトロセルロース膜のようなフィルターにトランスファーした後、約50倍から約5000倍、好ましくは約100倍から約500倍の範囲で希釈した単一抗原特異的な高力価の抗血清と反応させる。産生物に対応するバンドがその範囲のいずれかの希釈で反応性を示せば、特異的な抗原性が検出されたことになる。 ELISAによるアッセイでは、スクリーニングする産生物は、コート用の抗原の形で用いることができる。精製材料が好ましいが、細胞の全抽出物でも用いることができる。簡単にいえば、約10μｇタンパク質/mlの材料の約100μｌを、96穴のELISAプレートのウェルに分注する。プレートを37℃で約2時間処理した後、4 ℃で一晩処理する。プレートを、0.05％のTween 20を含むリン酸緩衝食塩水（PB S）（PBS/Tween緩衝液）で洗浄し、非特異的な抗体の結合を防ぐために、ウェルを1％のウシ血清アルブミン（BSA）を含む250μｌのPBSで満たす。37℃で1時間処理した後、プレートをPBS/Tween緩衝液で洗浄する。抗血清を、0.5％のBSAを含むPBS/Tween緩衝液で階段希釈し、各ウェルに100μｌずつ加える。プレートを３７℃で90分処理して洗浄し、標準的な方法を用いて評価する。例えば、ウサギで作成した特異的抗体を用いる場合には、過酸化酵素を結合したヤギの抗ウサギ血清を加えることができる。37℃で90分処理した後、プレートを洗浄する。適切な基質を加えて反応を進行させ、反応結果を吸光度（吸光度計により計測される吸光度）により測定する。これらの実験条件の下では、少なくとも約50倍、好ましくは少なくとも約500倍の希釈度でO.D.値1.0が計測されれば、反応が陽性であることが示される。ドットブロットによるアッセイでは、細胞の全抽出物でも使用することはできるが、精製産物が好ましい。簡単にいえば、約100μｇ/mlの濃度の産生物の溶液を、50mM Tris-HCl（pH7.5）で２倍ずつ階段希釈する。各希釈を100μｌずつ、0 .45μｍのニトロセルロース膜のようなフィルターに滴下し、96穴のドットブロット用装置（Biorad）にセットする。システムに吸引をかけて緩衝液を除去する。50mMのTris-HCl（pH7.5）を加えてウェルを洗浄し、膜を風乾する。ブロッキング緩衝液（50mM Tris-HCl（pH7.5）、0.15M NaCl、10g/lスキムミルク）で膜を飽和し、約50倍から約5,000倍、好ましくは約500倍に希釈した抗血清と反応させる。標準的な方法を用いて、反応を検出する。例えば、ウサギで作成した特異的抗体を用いる場合には、過酸化酵素を結合したヤギの抗ウサギ血清を加えることができる。37℃で約90分処理した後、ブロットを洗浄する。適切な基質を加えて反応を進行させ、停止する。その後、着色スポットの出現を、比色計を用いて、視覚的に反応を測定する。これらの実験条件下では、少なくとも約50倍、好ましくは少なくとも約500倍の希釈で行った反応の着色スポットが検出されれば、反応は陽性である。本発明のポリペプチドまたはポリペプチド誘導体の治療的または予防的な効用は、以下に述べるようにして評価することができる。本発明の第７番目の局面に従って、(i)希釈液または担体とともに本発明のポリペプチドを含む材料の組成物、(ii)本発明のポリペプチドを、治療的または予防的に有効量含む薬学的組成物、(iii)たとえばヘリコバクターに対する防御的免疫反応のような免疫反応を惹起するために、本発明のポリペプチドの免疫学的な有効量を哺乳動物に投与することにより、哺乳動物内にヘリコバクターに対する免疫反応を誘導する方法、及び、(iv)処置の必要な個体に対して、本発明のポリペプチドを、予防的または治療的に有効な量投与することにより、ヘリコバクター（たとえば、H.Pylori、H.felis、H.mustelaeまたはH.heilmanii）感染を予防および／または治療する方法を提供する。さらに、本発明のこの局面には、ヘリコバクター感染を予防および／または治療するための薬剤を製造する際に本発明のポリペプチドを使用することも含まれる。本発明の免疫原性組成物は、例えば粘膜（たとえば眼、鼻腔、肺、口腔、胃、腸管、直腸、膣、または尿管）表面経由、もしくは非経口（たとえば皮下、皮内、筋肉内、血管内、または腹腔内）経路のような、ワクチンの分野で用いられる通常の経路のいずれによっても投与することができる。投与経路は、使用するアジュバントのような数多くのパラメーターによって選択される。例えば、粘膜用のアジュバントを用いた場合には、経鼻腔または経口の経路が好ましく、脂質製剤またはアルミニウム化合物を用いれば、非経口経路が好ましい。後者の場合には、皮下または筋肉内への経路が最も好ましい。また、ワクチン物質の性質によっても、投与経路は制限される。例えば、本発明のポリペプチドをCTBまたはLTB に融合させたものは、粘膜表面に投与することが最良である。本発明の組成物は、一種または数種の本発明のポリペプチドまたは誘導体を含む可能性がある。また、さらに少なくとももう一種の、ウレアーゼアポ酵素のようなヘリコバクター抗原、もしくは、それらに由来するサブユニット、断片、相同体、変異体、または誘導体をも含む可能性がある。本発明に係る組成物として使用するために、輸送の促進および／または免疫反応の増強を目的として、ポリペプチドまたはポリペプチド誘導体を、中性または陰イオン性のリポソーム、微小球体、ISKOMS、またはウイルス様粒子（VLP）のようなリポソーム中に、またはリポソームとともに、製剤することができる。これらの組成物は、当業者が容易に使用できる；例えば、リポソーム：実用的アプローチ（Liposomes:A Practical Approach）（前記）参照。リポソーム以外のアジュバントもまた、当技術分野では既知のものであり本発明に用いることが可能である（例えば、以下にあげたリスト参照）。投与は、一回または、必要に応じて当業者が定める適切な問隔で繰り返し、行うことが可能である。例えば、最初の投与後、毎週または毎月という間隔で三回ブーストをかけることもできる。投与の適正量は、投与を受ける側の性質（例えば、被投与者が成人か幼児か）、特定のワクチン抗原、投与の経路および頻度、アジュバントの有無またはタイプ、ならびに好ましい効果（たとえば、予防および／または治療）を含む様々なパラメーターに左右され、当業者が容易に決定することができるものである。一般に、本発明のワクチン抗原は、約10μｇから約 500mg、好ましくは約1mgから約200mgの範囲の量で、粘膜に投与する事が可能である。非経口的な経路で投与するには、通常は投与量が約1mg、好ましくは、約1 00 μｇを超えてはならない。ワクチン成分として用いる場合、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、マルチステップの免疫過程の一部として、連続的に使用することが可能である。例えば、哺乳動物を最初はポックスウイルスのような本発明のワクチン用ベクターで、たとえば非経口的に刺激し、次にワクチン用ベクターがコードするポリペプチドで、たとえば粘膜経由の経路で２回ブーストをかける。別の例としては、本発明のポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体と結合したリポソームで最初の刺激を行い、粘膜型のアジュバント（たとえばLT）と組み合わせた本発明の水溶性のポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体を用いて、経粘膜的にブーストをかける。本発明のポリペプチドおよびポリペプチドの誘導体はまた、例えば血液検体中に存在する抗ヘリコバクター抗体を検出するための診断薬として用いることも可能である。そのようなポリペプチドは、約5から約80、好ましくは約10から約50 アミノ酸の鎖長を有し、診断法に応じて標識せずに用いることも可能である。そのような薬剤を含む診断方法を、以下に記述する。本発明のポリヌクレオチド分子を発現させてポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体を産生し、これを既知の方法を用いて精製することが可能である。例えば、ポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体を、精製を容易にするための融合尾部を含む融合タンパク質として産生することが可能である。この融合産物を、たとえばマウスまたはウサギのような小型の哺乳類を免疫して、このポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体に対する単一抗原特異的な抗体を作成するために用いることができる。故に、本発明の第八番目の局面は、本発明のポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体に結合する単一抗原特異的抗体を提供することである。「単一抗原特異的抗体」という用語は、天然に産生される単一のヘリコバクターポリペプチドと反応できる抗体を意味する。本発明の抗体は、ポリクローナルまたはモノクローナルでありうる。単一抗原特異的抗体は、例えばキメラ（たとえばマウス由来の可変領域およびヒト由来の定常領域からなる）、ヒト化（たとえばヒトの免疫グロブリン定常領域および例えばマウスのような動物由来の可変領域）、および／または単一鎖のような、組換え体であり得る。ポリクローナル抗体および単一抗原特異的抗体はまた、両方とも、たとえばF(ab)'2またはFab断片のような免疫グロブリン断片の形でもあり得る。本発明の抗体は、たとえばIg GまたはIgAのようないかなるアイソタイプである可能性もあり、ポリクローナル抗体は、単一のアイソタイプから成るかまたはアイソタイプの混合体を含むこともあり得る。本発明のポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体に対して作成されうる本発明の抗体を作成し、たとえばウエスタンブロットによるアッセイ、ドットブロットによるアッセイ、またはELISAのような標準的な免疫学的アッセイを用いて、（たとえばColiganら、免疫学の現行プロトコール集（Current Protocols in Im munology）、John Wiley & Sons，Inc.、New York、NY、1994参照）同定することが可能である。これらの抗体は、生物検体のような検体中に存在するヘリコバクター抗原を検出するための診断法に用いることも可能である。これらの抗体はまた、本発明のポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体を精製するための親和性クロマトグラフィー法に用いることもできる。以下で更に検討するように、これらの抗体はまた、予防的および治療的な受動免疫法に用いることも可能である。従って、本発明の第九番目の局面は、(i)本発明の抗体、ポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体を含む生物検体中からヘリコバクターの存在を検出するための試薬；および(ii)本発明の抗体、ポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体を生物検体と接触させて免疫複合体を形成させ、検体または検体が由来する生物中にヘリコバクターが存在する証明としてその複合体を検出することにより、生物検体中に存在するヘリコバクターを検出する診断法を提供する。検体成分および抗体、ポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体との間で免疫複合体を形成し、すべての未結合物質を除去してから、この複合体を検出する。たとえば血液検体のような検体中に存在する抗ヘリコバクター抗体を検出するためにポリペプチド試薬を用いることができるが、本発明の抗体を、胃抽出物または生検検体のような検体中にヘリコバクターポリペプチドが存在するかどうかをスクリーニングするために用いることができる。診断法に用いるために、試薬（たとえば本発明の抗体、ポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体）は遊離状態、もしくは、例えばチューブ内壁もしくはビーズの表面または孔内部のような固体支持相に固定した状態にする事も可能である。固定は、直接または間接的な方法で行うことができる。直接的手段としては、支持相と試薬とを受動的吸着（すなわち非共有結合）または共有結合で固定することが含まれる。「間接的方法」という用語は、試薬と反応する抗試薬成分をまず固体支持相に接着させることを意味する。例えば、ポリペプチド試薬を用いる場合、この試薬に結合する抗体は、生物検体中の抗体を認識するには不要なエピトープに結合するのであれば、抗試薬成分として作用する。間接的方法としてはまた、例えばビタミンのような分子をポリペプチド試薬にさらに結合させ、これに対応する受容体を固体支持相に固定するような、リガンド−受容体システムも用いることができる。この概念は、有名なビオチン−ストレプトアビジンシステムで説明される。または、例えば、化学的にまたは遺伝子工学の手法を用いて試薬にペプチド尾部を付加し、このペプチド尾部で受動的吸着または共有結合を行うことにより、付加産物または融合産物を固定するという、間接的手段を用いることができる。本発明の第十番目の局面によれば、本発明の単一抗原特異的抗体を用いて、抗体を用いた生物検体の親和性クロマトグラフィーを行うことを含む、生物検体から本発明のポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体を精製する過程が提示される。本発明を精製過程に用いる場合、抗体は、ポリクローナルまたは単一抗原特異的、好ましくは、IgGタイプでありうる。精製IgGは、抗血清から、標準的な方法（たとえばColiganら、前記）を用いて精製することができる。従来のクロマトグラフィー用担体は、抗体を付加する標準的な方法同様に、例えばHarlowらにより記述されている（抗体：実験室マニュアル（Antibodies:A Laboratory Manual ）、Cold Spring Harbor Laboratory Press、Cold Spring Harbor、New York、1 988）。端的に言えば、好ましくは緩衝液中に抽出されたH.ピロリ抽出物のような生物検体は、好ましくは生物検体を希釈するために用いる緩衝液で平衡化したクロマトグラフィー担体に滴下し、本発明のポリペプチドまたはポリペプチドの誘導体（すなわち抗原）を担体に吸着させる。本発明の抗体にカップルさせたゲルまたはレジンのようなクロマトグラフィー担体は、バッチまたはカラムの形にする事ができる。末結合の成分を洗浄除去し、グリシン緩衝液、たとえばグアニジン塩酸のようなカオトロピズム試薬を含む緩衝液、または高塩濃度（たとえば3M MgC l₂）の緩衝液のような適切な溶出緩衝液で、抗原を溶出する。溶出したフラクションを回収し、たとえば280nmでの吸光度を測定することにより、抗原が存在するかどうかを検出する。本発明の抗体は、以下のようにして、治療効果をスクリーニングすることができる。本発明の第十一番目の局面によれば、(i)希釈液または担体とともに本発明の単一抗原特異的抗体を含む材料の組成物；(ii)本発明の単一抗原特異的抗体の治療的または予防的な有効量を含む薬学的組成物、および(iii)処置の必要な個体に、治療または予防に必要な量の本発明の単一抗原特異的抗体を投与することにより、ヘリコバクター（たとえば、H.pylori、H.felis、H.mustelaeまたはH .heilmanii）感染を治療または予防する方法を提示する。さらに、本発明の第十一番目の局面には、ヘリコバクター感染を治療または予防する薬剤を作成する際に本発明の単一抗原特異的抗体を使用することも含まれる。単一抗原特異的抗体はポリクローナルまたはモノクローナルの可能性があり、好ましくは、主にIgAアイソタイプである。受動免疫法においては、この抗体を、例えば胃粘膜のような哺乳類の粘膜表面に、たとえば経口または胃内に、必要に応じて炭酸水素緩衝液存在下で投与する。あるいは、炭酸水素塩緩衝液を必要としない全身投与を行うことも可能である。本発明の単一抗原特異的抗体は、異なるヘリコバクターポリペプチドに特異的な単一抗原特異的抗体との混合物として、投与することができる。使用する抗体の量および特定の処方は、当業者が容易に決定できる。例えば、一週間にわたって約100から1,000mgの抗体を毎日投与する、または、２〜３日にわたって、約100から1,000mgの抗体を毎日３当量投与する、という処方は、多くの目的に有用である可能性がある。治療または予防における有効性は、当技術分野における標準的な方法、例えば粘膜免疫反応の誘導もしくは、例えばH.felisマウスモデルを用いた予防的および／または治療的免疫の誘導の測定、およびLeeら（Eur.J.Gastroenterology & He patology 7:303,1995）またはLeeら（J.Infect.Dis．172:161,1995）が報告した手順によって評価することができる。当業者は、このモデルにおけるH.felis種の菌株は、他のHelicovobacter種の菌株によって置き換えられることが認識できると期待される。例えば、H.ピロリ由来のポリヌクレオチド分子およびポリペプチドの有効性は、好ましくは、H.ピロリ種の菌株を用いたマウスモデルで評価される。感染防御は、胃組織中のヘリコバクターの感染の程度を、例えばウレアーゼ活性、細菌数、または胃炎によって評価し、対照群のものと比較することによって決定することができる。対照群と比較して感染が減少しているとき、感染防御が示される。こうした評価の方法は、本発明の抗体に対してと同様に、ポリヌクレオチド、ワクチンベクター、ポリペプチド、およびポリペプチド誘導体に対しても行うことができる。例えば、本発明の抗体を様々な濃度で、例えばLeeら（上記）が記載しているようにH.ピロリを予め感染させたマウスの胃粘膜に投与することができる。その後、適当な時間経過の後に、粘膜における細菌の負荷を、ウレアーゼ活性を対照群と比較して評価することによって判断できる。ウレアーゼ活性が減少すれば、抗体が治療上有効であることを示している。これまで記載したいずれかのワクチン組成物中で用いられたアジュバントは、以下の通りである。非経口投与のためのアジュバントには、例えば水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、ヒドロキシリン酸アルミニウムといったアルミニウム化合物が含まれる。抗原は、標準的な方法によってアルミニウム化合物で沈、または吸着できる。RIBI（ImmunoChem,Hamilton,MT）のようなこのほかのアジュバントもまた、非経口投与に用いることができる。粘膜投与の場合に用いることのできるアジュバントには、例えば、コレラ毒素（CT）、E.coli（大腸菌）非耐熱性毒素（LT）、クロストリジウム・ジフィシル（Clostridium difficile）毒素A、pertussis（百日咳）毒素（PT）、およびこれらの組み合わせのような細菌毒素、およびこれらの、サブユニット、トキソイド、あるいは変異体が含まれる。例えば、天然のコレラ毒素サブユニットCTBの精製物を用いることができる。これらの毒素のいずれの断片、同族体、誘導体、および融合体も、それらがアジュバント活性を維持しているかぎり、用いることができる。好ましくは毒性の減少した変異体を用いる。適切な変異体は、例えばWO 9 5/17211(Arg-7-Lys CT変異体)、WO96/6627(Arg-192-Gly LT変異体)、およびWO95 /34323(Arg-9-LysおよびGlu-129-Gly PT変異体)中に記載されている。本発明の方法および成分に用いられたその他のLT変異体には、例えばSer-63-Lys、Ala-69 -Gly、Glu-110-AspおよびGlu-112-Asp変異体が含まれる。例えば大腸菌、サルモネラ・ミネソタ（Salmonella minnesota）、サルモネラ・ティフィミュリアム（ Salmonella typhimurium）、またはシゲラ・フレクシネリ（Shigella flexneri ）等の細菌性単リン酸脂質A（MPLA）、サポニン、およびグリコール酸化ポリ乳糖（PLGA）微細球の様なこのほかのアジュバントもまた粘膜投与に用いることができる。ポリフォスファゼン（poliphosphazene）（WO 95/2415）の様な粘膜および非経口投与の両方に役立つアジュバントも用いることができる。本発明のポリヌクレオチド、ポリペプチド、ポリペプチドの誘導体、または抗体を含む、本発明の薬学的化合物はいかなるものも、標準的な手法を用いて生産することができる。これは、例えば、必要に応じて、水、または、必要に応じて、例えば0.1から0.5Mも炭酸水素ナトリウムの様な炭酸水素塩を含むリン酸緩衝生理食塩水を含む生理食塩水のような、薬学的に許容される希釈剤または担体によって、処方することができる。炭酸水素塩は、経口または胃内への投与を目的とする製剤に、効果的に添加することができる。一般に、希釈剤または坦体は、投与の様式および経路、ならびに標準的な製薬上の実際に基づいて選択できる。適切な薬学的坦体および希釈剤は、薬学的処方においてこれらを用いるための製薬上の必要物と同様に、この分野およびUSP/NFにおける標準的な参考文献であるレミントン製薬科学（Remington's Pharmaceutical Sciences）に記載されている。本発明はまた、ヘリコバクター感染のような胃十二指腸感染症を、抗生物質、抗分泌剤、ビスマス塩、制酸剤、スクラルファート、またはこれらの組み合わせと共に、本発明のヘリコバクターポリペプチドおよび粘膜アジュバントを経口投与することで治療する方法を含んでいる。こうしたワクチン抗原およびアジュバントとともに投与できる化合物の例として、以下のものが含まれる；例えばマクロライド類、テトラサイクリン類、βラクタム類、アミノグリコシド類、キノロン類、ペニシリン類、およびこれらの誘導体（本発明に用いることのできる特別な抗生物質の例として、例えばアモキシリン、クラリスロマイシン、テトラサイクリン、メトロニダゾル、エリスロマイシン、セフロキシム、およびエリスロマイシン）；例えばH2受容体アンタゴニスト類（例えば、シメチジン、ランチジン、ファモチジン、ニザチジン、およびロクソチジン）、プロトンポンプインヒビター類（例えば、オメプラゾール、ランソプラゾール、およびパントプラゾール）、プロスタグランジン類似体類（例えばミソプロスチルおよびエンプロスチル）、および抗コリン剤類（例えば、ピレンゼピン、テレンゼピン、カルベノキソレンおよびプログルミド）を含む抗分泌剤類；ならびにコロイド状ビスマス次クエン酸塩、三ナトリウムニクエン酸ビスマス塩、次サリチル酸ビスマス、二クエン酸ペプチド、およびペプト−ビスモルを含むビスマス塩類（例えばGoodwinら、ヘリコバクター・ピロリ、生物学および臨床実習（Helicobacter pylori，Bio logy and Clinical Practice）、CRC Press、Boca Raton、FL、pp 366-395、199 3;臨床家デスクリファレンス（Physicians'Desk Reference）、49版、Medical E conomics Data Production Company、Montvale、New Jersey、1995参照)。さらに、例えば次クエン酸ビスマスにラニチジンを結合させた物のような、上記にあげた成分のうち一つ以上が結合し合った化合物も用いることができる。本発明はまた、これらの方法を実行するための化合物、即ち、本発明のヘリコバクター抗原（または複数の抗原）、アジュバント、および上記の化合物の一つまたはそれ以上を薬学的に許容される坦体または希釈剤中に含む化合物をも含んでいる。本発明の方法および組成物における上記化合物の使用量は、当業者が容易に決定できる。さらに、当業者であれば、容易に治療／免疫の計画をたてることができる。例えば、第１〜14日目までワクチンでない化合物を投与し、ワクチン抗原＋アジュバントを第7、14、21および28日目に投与する。本発明の方法および薬学的組成物は、ヘリコバクター感染症、従って急性、慢性および萎縮性胃炎ならびに、例えば胃および十二指腸潰瘍の様な消化性潰瘍疾患を含む、これらの感染症に関連した胃十二指腸疾患の治療または予防に用いることができる。本発明のクローンは、元来、トランスポゾンシャトル変異導入法によって単離されたものである。端的に言えば、この方法では、TnMax9 mini-blaMトランスボゾンは、大腸菌中で作製したH.ピロリ（pylori）の遺伝子ライブラリーに挿入変異を起こさせるために用いられた。192個の活性なβ-ラクタマーゼ融合タンパク質を発現している大腸菌クローンが得られ、このことは、各々の標的プラスミドが細胞質外タンパク質をコードするH.ピロリ遺伝子を含んでいることを示す。個々の変異体は、天然の形質転換によってH.ピロリのP1またはP12染色体上に転移され、その結果135種類の異なるH.ピロリの変異体を得た。この方法を、以下により詳しく記述する。大腸菌におけるH.ピロリライブラリーで変異を起こすために、トランスポゾン TnMax9(Kahrsら、Gene 167:53、1995）を用いた。図1Aに示すように、TnMax9は、逆方向反復塩基配列（IR）に近接したcat_GC-抵抗性遺伝子に加えて、プロモーターまたはシグナル配列を持たないβ-ラクタマーゼをコードする、発現されないオープンリーディングフレームを含んでいる（成熟したβ-ラクタマーゼ、bla M;Kahrsら、上記）。細胞外のBlaM融合タンパク質を産生してアンピシリン耐性（Amp^R）クローンとなるためには、大腸菌中で、クローン化されたH.ピロリ遺伝子を発現することが必要である。最小限のベクターであるpMin2（Kahrsら、上記；図1B参照）は、マルチクローニングサイトの上流に弱い構成的なプロモーター（P_iga）を含んでおり、大腸菌内でH.ピロリ遺伝子を確実に発現させるためのH. ピロリライブラリーを作製するために用いられた。ライブラリーを作製する際に、H.ピロリDNAをSau3AおよびHpaIIで部分消化し、精製用のアガロースゲル電気泳動により大きさで選別し、3-6キロベースの断片を、pMin2のBglIIおよびClaI部位に結合した。ライブラリーを、TnMax9トランスポゾンを含むHB101の誘導株であるE181(pTnMax9)株の大腸菌に、電気穿孔法によって導入した。この結果、約2,400個の独立した形質転換菌が得られた。プラスミドの95%以上は３から６キロベースの間の挿入配列を含んでいたことから、1 .7メガベースのH.ピロリ染色体は、このライブラリーでカバーされることが統計的に示された。必ずしも全てのプラスミドが細胞外移行配列を持った標的遺伝子を含んでいるとは期待できないので、ライブラリーを合計198個のプール（20クローンからなる24のプールおよび11クローンからなる174のプール）に区分した。綿棒を用いて、11または20の独立したコロニーをエッペンドルフチューブ中の 0.5mlのL Bに接種して撹拌し、100mlの懸濁液を、両方のプラスミドの維持されていることを選別するためにテトラサイクリンおよびクロラムフェニコールを加えた選択用 LB寒天プレートの上にひろげた。TnMax9を、100mMのイソプロピル-b-D-チオガラクトシド（IPTG）を用いた誘発により、各プールごとに個々に導入した（Haasら、Gene 130:23-21、1993）。25mlのドナー株（E181）、25mlのモビリゼーター（ HB101(pRK2013)）、および50mlのレシピエント株（E145）を、各々の細菌懸濁液（O.D.₅₅₀=10）を混合するトリペアレンタル接合によって、プラスミドをE145ヘ転移させた。接合は、LBプレートの上に置いたニトロセルロースフィルター上で、37℃で2〜3時問行った。細菌を1mlのLBに懸濁し、一部分をクロラムフェニコール、テトラサイクリン、およびリファンピシンを含むLBプレートにひろげた。各プールは、E145中でクロラムフェニコール耐性のトランスコンジュゲートを産生し、転移およびコンジュゲーションの両方が成功したことが示された。一般には、クロラムフェニコール耐性のトランスコンジュゲートが数千個得られても、 amp^Rコロニーの数は、プールごとに、１から数百コロニーの範囲でばらついていた。各陽性プールから二つのAmp^Rコロニーを単離し、プラスミドDNAを精製し、制限酵素による解析でさらにDNAを分析した。明らかに異なるプラスミドクローン、または同じクローンの明らかに異なる領域にTnMax9の挿入がマップされた単一のプールのみを、以後の段階に用いた。 198プールのうち158から、アンピシリン耐性のE145トランスコンジュゲートが得られ（80％）、いくつかのプールではTnMax9が発現している遺伝子の中に挿入され、細胞外のBlaM融合タンパク質を産生していることが示された。このようにして、198プールから、合計192個のAmp^RのE145クローンが、プラスミドをコンジュガルトランスファーすることによって単離された。変異体ライブラリーを解析するために、TnMax9によって不活性化される特定の遺伝子配列が、ライブラリー全体で一度または数度発現しているかを決定した。 E145にAmp^Rの表現型を与える5個のトランスポゾンを含むプラスミド（pMu7、pMu 13、pMu75、pMu94およびpMu110）を無作為に選択し、、TnMax9挿入配列近傍のDN A断片を単離して、120のAmp^Rクローンのサザンハイブリダイゼーションにおけるプローブとして用いた。pMu7,pMu75,およびpMu94より単離されたハイブリダイゼーションプローブは0.9から1.1キロベースのサイズであり、相同なプラスミドの挿入配列にのみハイブリダイズした。対照的に、pMu13およびpMu110のクローンのTnMax9近傍の領域は、それぞれ4.0および5.5キロベースであった。これらはそれぞれ、相同なプラスミド、およびライブラリーのもう一つのクローンにハイブリダイズした。ハイブリダイゼーションプローブが長いほど、プローブがライブラリー中の相同な配列を見つけだす確率が高いため、こうした結果は予想されていたものである。細胞外に産出されると思われるタンパク質をコードするそれぞれのORFにトランスポゾンが挿入されたことを確かめるために、５つの代表的なAmpRの変異クローン（pMu7、pMu12、pMu18、pMu20およびpMu24）のTnMax9近傍のDNAの塩基配列を、TnMax9にM13順方向および逆方向のプライマーが使えることを利用して決定した（図1A）。この解析によって、ミニ-トランスポゾンが各プラスミドの異なる配列に挿入されており、それによって、予想されるタンパク質をコードするOR Fを中断していることが明らかとなった。二つのクローンでは、blaM遺伝子の上流に位置する配列が、推定上のリボソーム結合部位および潜在的な翻訳開始コドン（ATG）であることが明らかとなった。その他のクローンは、ORFが配列全体（ TnMax9挿入配列の上流および下流の約400塩基対）にわたっているか、またはTnM ax9挿入配列の部位のすぐ後で終止しているORFのどちらかであることが明らかとなった。異なるORFのタンパク質の部分配列を用いて、データベースの検索を行ったが、既知のタンパク質と有意の相同性は得られなかった。さらに、vacAのような、細胞外に空胞を形成するH.ピロリの細胞毒素をコードする既知の遺伝子を、この方法によって同定可能か、および変異体ライブラリーの中でこうした変異がどの程度頻繁に見られるかを検討した。135の変異体の全細胞溶解物を、H.ピロリ細胞毒素特異的なウサギ抗血清AK197（Schmittら、Mol. Microbiol．12:307-319、1994）を用いたイムノブロットにより検討した。二つの変異体（変異体P1-26およびP1-47）は細胞毒素抗原をもはや産生しないことが同定され、挿入部位の部分的なDNA配列を決定したところ、TnMax9が、ATG開始コドンから56および53コドン下流の、vacA遺伝子の特定の位置に挿入されていることがわかった。このため、収集した変異体の性質を解析することにより、細胞外に搬出される H.ピロリタンパク質をコードする標的遺伝子が、TnMax9で効率よく標識された代表的な遺伝子ライブラリーを、大腸菌で構築できたことが確認された。特定の細胞外搬出タンパク質を欠損した突然変異体のコレクションを作成するためには、突然変異体をH.ピロリの染色体へと戻す必要がある。自然的な形質転換により、86個のプラスミドが元の株P1へ形質転換された。DNAによる自然の形質転換が可能なH.ピロリの株P1またはP12を、環状プラスミドDNA（0.2〜0.5mg/ 形質転換）で形質転換した。ストレプトマイシン耐性への形質転換は、ストレプトマイシン耐性のNCTC11637のH.ピロリ変異体から単離した染色体DNA（1mg/形質転換）を用いて、Haasらにより記載された方法（Mol．Microbiol．8:753-760）に従って行った。4mg/mlのクロラムフェニコールまたは500mg/mlのストレプトマイシンを含む血清プレート上で選択を行った。特定の変異体に関する形質転換頻度は、cfu当たりのクロラムフェニコール、ストレプトマイシンまたはエリスロマイシン耐性コロニーの数（三回の実験の平均値）として算出した。P1株を直接形質転換しないプラスミドについては、BlaM遺伝子をNotlで消化して欠失させ、プラスミドを再度ライケーションした。この方法は、blaMを含む同じプラスミドと比較して、20から30倍高い形質転換頻度を示し、更に36個のP1変異株を作り出した。依然としてP1株を形質転換しないblaM欠損プラスミドを用いて、ヘテロの H.ピロリP12株を形質転換し、P1と比較して約10倍高い形質転換頻度を得た。この結果、更に13個の変異体が作成された。以上より、192個のAmp^Rプラスミドから、クロラムフェニコール耐性による選択で、最終的に全部で135個のH.ピロリ変異体（P1で122変異体およびP12で13変異体）（70％）が得られた。形質転換効率は、プラスミドにより、1x10^-5‐1x10^-7 の範囲で異なっていた。残ったプラスミドは、一つも形質転換株を産生しなかった。コレクションを、変異体ごとに培養ストックとして、-70℃に凍結した。ミニトランスポゾンがH.ピロリの染色体に正しく挿人されたことを確かめるため、代表的な10個の変異体について、cat_GCDNAおよびベクターのpMin2をプローブとして、染色体DNAのサザンハイブリダイゼーションを行って検討した。TnMax9 をベースにしたH.ピロリのシャトル突然変異誘発に関して我々が以前に行った実験と矛盾することなく、全てのケースにおいて、ミニトランスポゾンは、ベクターDNAを挿入することなく染色体に挿入されており、これはおそらく、単一のクロスオーバー現象によるというよりはむしろ二重のクロスオーバーを示唆するものと考えられる。cat遺伝子をプローブとして用いたハイブリダイゼーションの結果からみて、TnMax9は染色体上の異なった領域に位置しており、このことは、個々の変異体においては、異なる標的遺伝子が中断されていることを示す。運動性、形質転換許容性、およびKato III細胞への接着性について、変異体を解析した。H.ピロリ変異体のコレクションをスクリーニングした結果、運動性、天然の形質転換許容性、および胃上皮細胞株への接着性が損なわれた変異体を同定することができた。運動性の変異体は、いくつかのクラスに分類できた。すなわち、：(i)鞭毛のメジャーサブユニットFlaAおよび完全な鞭毛を欠損した変異体；(ii)鞭毛は明らかに正常だが、運動性が低下している変異体；および(iii) 鞭毛は明らかに正常だが、運動性が完全に失われている変異体である。遺伝的形質転換の天然の許容性に欠陥を示した2個の別々の変異は、異なる遺伝子座にマップされた。さらに、ヒト胃癌細胞株Kato IIIに結合できない変異体が、2種、独立に単離された。どちらの変異体も、同じ遺伝子内の約0.8キロベース離れた位置にトランスポゾンを保有しており、野生型の株と比較して、自己凝集性が低下していた。上記のトランスポゾンシャトル突然変異誘発法を用いて得られたクローンの塩基配列を用いて、下記の実施例５で説明されているようにして、H.ピロリのゲノムの中で、トランスポゾンが挿入されていない完全な遺伝子を同定した。本発明は、以下の実施例により、さらに詳しく例示される。実施例１は、シグナル配列の同定およびシグナル配列を持たない遺伝子を増幅するためのプライマー・デザインとともに、ヘリコバクターゲノム中で、本発明のポリペプチドをコードする遺伝子のような遺伝子を同定することを記載している。実施例２は、GH PO 732、GHPO 419、GHPO 1398、GHPO 706、GHPO 1190、GHPO 986、GHPO 1420、G HPO 1299、およびGHPO 13をコードするDNAを、ヒスチジン・タグを具備したベクターにクローニングし、ヒスチジン・タグのついた融合タンパク質を産生し、精製することについて記述している。実施例３は、ヒスチジン・タグを持たないポリペプチドを産生できるように、本発明のポリペプチドをコードするDNAをクローニングする方法を記載しており、実施例４は、組換えにより産生された本発明のポリペプチドを精製する方法を記載している。実施例５は、寄託されたクローンから本発明の核酸を回収する方法を記載している。実施例６は、H．ピロリ菌（H.pylori）の組換え抗原GHPO 1190の精製について記載している。実施例１：H．ピロリ菌（H．pylori）ゲノム上の遺伝子の同定、シグナル配列の同定、およびシグナル配列を持たない遺伝子を増幅するためのプライマーの設計 1.A．H．ピロリ菌（H．pylori）のゲノムデータベースの構築 H．ピロリ菌（H．pylori）のゲノムは、長さ1.76メガベースと決定された、単一の連続したヌクレオチド鎖を含んだテキストファイルとして提供された。全ゲノムを、プログラムSPLIT（クリエイティビティー・イン・アクション社（Creat ivity in Action））を用いて、17個の別々のファイルに分けた結果、それぞれが10万ヌクレオチドを含む16個の連続断片と、残りの7万6千ヌクレオチドを含む 17番目の連続断片を得た。17個のファイルのそれぞれに、以下のフォーマットを用いてヘッダを付加した：hpg0.txt（最初の連続断片を表す）、.hpg1.txt（2番目の連続断片を表す）、以下同様。こうしてできた17個のファイルをhpg0からhp g16と名付け、コピーしてまとめ、H．ピロリ菌（H．pylori）全ゲノムのプラス鎖を表示するファイルを作成した。構築したデータベースを、「H」と名付けた。H．ピロリ菌（H．pylori）ゲノムのマイナス鎖のデータベースは、最初にSeqP upプログラム（D.G.Gilbert、インディアナ大学生物学科（Indiana University Biology Department））を用いてプラス鎖（positive strand）の逆相補鎖を作成してから、プラス鎖について上記したのと同じ作業を行うことにより、同様に作成した。このデータベースを、「N」と名付けた。 H．ピロリ菌（H．pylori）の全ゲノムにおいて、オープンリーディングフレーム（open reading frames（ORFs））をコードしていると予想される領域を、登録商標GENEMARKプログラム（Borodovskyら、Comp．Chem．17:123、1993）を用いて定めた。プラス鎖およびマイナス鎖の両鎖について、H．ピロリ菌（H．pylori ）ゲノムがコードしていると予想されオープンリーディングフレームのすべての注釈つきバージョンを含んだテキストファイルからデータベースを作成し、これを「O」と名付けた。各オープンリーディングフレームには、ゲノム上の位置、および他の遺伝子との相対位置を表す数字を与えた。テキストファイルの操作は必要でなかった。 1.B．H．ピロリ菌（H．pylori）データベースの検索上記の方法で構築したデータベースを、FASTAプログラム（Pearsonら、Proc． Natl．Acad．Sci．USA、85:2444〜2448、1988）を用いて検索した。FASTAは、遺伝子データベースのいずれか（「H」および/または「N」）に対してはDNA配列を検索するために、または、オープンリーディングフレームのライブラリー（「O 」）に対してはペプチド配列を検索するために使用した。TFASTXは、DNAデータベース（「H」および/または「N」ライブラリー）のすべての可能な読み枠（rea ding frame）に対して、任意のペプチド配列を検索するために使用した。読み枠のずれ（フレームシフト（frameshift））が起きた可能性を解決するためにも、 FASTXを用いて、DNAデータベースに対してDNA配列の翻訳される読み枠を検索するか、または、タンパク質データベースに対してペプチド配列を検索した。 1.C．H．ピロリ菌ゲノムからのＤＮＡ配列の単離 FASTAは、一つ以上の分離された連続断片上に正確な塩基位置を同定し、それゆえに標的DNAの位置を同定する、構築されたDNAデータベースに対する検索を行なう。標的配列の正確な位置が分かった場合、その遺伝子を持つと同定された連続断片を、MapDrawソフトウェアパッケージ（DNAスター社（DNAStar，Inc.））に出力し、その遺伝子を単離した。そして、前後のDNA配列とともに遺伝子配列を切り出して、さらに解析するためにEditSeq.ソフトウェアパッケージ（DNAスター社（DNAStar，Inc.））にコピーした。 1.D．シグナル配列の同定標的遺伝子配列をコードしている推定タンパク質を、PROTEANソフトウェアパッケージ（DNAスター社（DNAStar，Inc.））を用いて解析した。この解析は、カイト-ドリトル計算則（Kyte-Doolittle algorithm）を用いて、タンパク質の疎水性領域を予測し、また、疎水性の中心領域（core region）に先行する可能性のある極性残基を同定するものである。このような極性残基は、多くのシグナル配列に典型的である。その後、確認のために、標的タンパク質を、多くのモチーフと特徴的な構造とから成るPROSITEデータベース（DNAスター社（DNAStar，Inc.））に対して検索した。多くのシグナル配列と疎水性領域に一般的に特徴的なのは、原核生物の脂質付着部位と椎定される部位が同定されることである。上記二つの方法の間で確認されたことが、任意のタンパク質のN末端において明らかになった場合には、推定切断部位を求めた。特に、疎水性領域中心の直後に、アラニン（A）、セリン（S）、またはグリシン（G）のいずれかのアミノ酸残基が存在することを含む。リポタンパク質の場合には、システイン（C）残基が切断後の第一番目の残基（+1 residue）として同定されることが多い。 1.E．シグナル配列の同定にもとづいた合理的なPCRプライマーの設計 N末端にヒスチジンタグを持つ組換えタンパク質を生成するために、翻訳によってN末端に融合する配列を遺伝子配列としてクローニングする目的で、シグナル配列の特徴を持つ遺伝子配列を省いた。N末端プライマーの遺伝子特異的な部分の5'末端は、切断部位をこえて最初のコドンから始まるように設計されている。リポタンパク質の場合、N末端プライマーの5'末端は、切断後の+1の位置にある修飾され得る残基の直後にある２番目のコドンから始まる。組換えタンパク質からシグナル配列を除去すると、１段階での精製が可能になり、ハイブリッド構築物（hybrid construct）を持つ宿主菌株の膜の中にシグナル配列を挿入することに関して生じる可能性のある問題が避けられる。実施例２：GHPO 732、GHPO 419、ＧHPO 1398、GHPO 706、GHPO 1190、GHPO 986、GHP O 1420、GHPO 1299、およびGHPO 13をコードする単離DNAの調製、およびヒスチジンタグを持つ融合タンパク質としてのこれらのポリペプチドの生産 2.A．ヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）菌のゲノムDNAの調製 50%，グリセロールを含むLB培地に縣濁してマイナス70°で保存されたヘリコバクター・ピロリ（Helicobacter pylori）菌株ORV2001を、７％羊血を含むコロンビア・アガー培地上で、微好気性条件下（8〜10%，CO₂、5〜7% O₂、85〜87% N₂ ）48時間増殖させる。細胞を回収して、リン酸緩衝食塩水（PBS）（pH7.2）で洗浄した後、Rapid Prep Genomic DNA Isolation Kit（Pharmacia Biotech社製）を用いて細胞からDNAを抽出する。 2.B．PCRによる増幅 GHPO 732、GHPO 419、GHPO 1398、GHPO 706、GHPO 1190、GHPO 986、GHPO 1420、GHP O 1299、および、GHPO 13をコードするDNA分子を、上記の方法などで調製可能なゲノミックDNAから、以下のプライマーを用いたポリメラーゼ連鎖反応（PCR）により増幅する。GHPO 732(HPO 64) ： N末端プライマー：および、 C末端プライマー： GHPO 419(HPO54) ： N末端端プライマー：および、 C末端プライマー： GHPO 1398(HP0 15): N末端プライマー：および、 C末端プライマー： GHPO 706(HPO 50): N末端プライマー：および、 C末端プライマー： GHPO 1190(HPO 76): N末端プライマー：および、 C末端プライマー： GHPO 986: N末端プライマー：および、 C末端プライマー： GHPO 1420: N末端プライマー：および、 C末端プライマー： GHPO 1299: N末端プライマー：および、 C末端プライマー： GHPO 13: N末端プライマー：および、 C末端プライマー：それぞれのクローンのN末端およびC末端プライマーはともに、5'クランプ（cl amp）とクローニングのための制限酵素認識配列（BamHI（GGATCC）、およびXhoI (CTCGAG)もしくはNotI(CGGCCG)の認識配列）を含む。N末端プライマーは、増幅される産物がシグナル配列および切断可能部位をコードしないように設計されている。遺伝子特異的なDNAの増幅は、校正能力（proof-reading）を有するポリメラーゼであるPwo DNA Polymerase（ベーリンガー・マンハイム社製（Boehringer Mann heim））を用い、製造業者により提供された一般的な手引きに従って行われる。このポリメラーゼはエキソヌクレアーゼ活性を持つので、二つの反応液（混合液１および２）は最初別々に調製して、増幅反応の直前に混合する。これらの混合液は以下の通りである：組成（終濃度）混合液１（ml）混合液２（ml）蒸留水 160 79 dNTP(各200mM） 40 --- 10倍濃縮PCR緩衝液 --- 20 プライマー（各100nM） 1 --- 5.A.で得られるような鋳型DNA（200ng） 2 --- （10倍濃縮PCR緩衝液は、100mMトリス塩酸（pH8.85）、250mM塩化カリウム（KCl ）、50mM硫酸アンモニウム（(NH₄)₂SO₄）、20mM硫酸マグネシウム（MgSO₄）を含む）増幅反応は以下の通りに行なう：サイクル条件温度（℃）時間（分）サイクル数最初の変性段階 96 ４１変性段階 94 0.5 20 アニーリング段階 50 １ 20 伸長段階 72 １ 20 最後の伸長段階 72 ５１ 2.C. 形質転換と形質転換体の選抜単一のPCR産物をこのようにして増幅し、20μｌの反応液容量にして、37℃で２時間、BamHI、およびXhoIもしくはNotIで同時に切断した。制限酵素消化した産物を、同様に切断され、ウシ小腸由来アルカリホスファターゼ(CIP)処理によって、ライゲーション前にあらかじめ脱リン酸化しておいたpET28a（Novagen社製）に連結させる。このようにして構築された遺伝子融合物は、べクターがコードしている複数のヒスチジン残基が融合タンパク質のN末端に存在するため、産生された融合タンパク質を一段階でアフィニティー精製することが可能である。ライゲーション反応（20μl）を14℃で一晩行ない、その後、これを用いて、1 00μlのフレッシュな大腸菌XL1-blueコンピテント細胞（ノバジェン社（Novagen ）製）を形質転換する。細胞を氷上で２時間インキュベートした後、42℃で30秒間ヒートショックを加え、90秒間氷上にもどして置く。次に、このサンプルを、選択剤を含まないLB培地1mlに加え、37℃で2時間増殖させる。この細胞を、カナマイシン（50mg/ml）を含むLBアガープレート上に10倍および適切な希釈倍率で展開し、37℃で一晩培養する。翌日、コロニーを５０個つつき取り、２次プレート上に移して、37℃で一晩培養する。５個のコロニーをつつき取り、カナマイシン（100mg/ml）入りのLB培地3mlに入れて、37℃で一晩培養した。プラスミドDNAをキアゲンのミニプレップを用いて抽出し、アガロースゲル電気泳動により定量する。遺伝子特異的なプライマーを用いて、上記に示されている条件の下でPCRを行ない、形質転換体DNAが求めるインサートを持つことを確認する。PCRの結果が陽性の時は、大腸菌XL-1blue細胞から抽出したプラスミドDNAサンプル５つのうちのひとつ（500ng）を使用して、大腸菌BL21(λDE3)コンピテント細胞（ノバジェン社（Novagen）製；以前述べた通り）を形質転換する。形質転換体（10個）を、カナマイシン（50μg/ml）を含む選択用のLBアガープレート上に展開し、50% グリセロールを含むLBに縣濁して研究用ストックとして保存する。 2.D. 組換えタンパク質の精製 2.C.に述べた方法で調製した凍結グリセロールストック1mlを用いて、250mlのエーレンマイヤーフラスコ（Erlenmeyer flask）に入った、カナマイシン（25mg /ml）入りのLB培地50mlに植菌する。フラスコを37℃で２時間培養するか、または600nmでの吸光度（OD₆₀₀）が0.4〜1.0に到達するまで培養する。培養液は、フラスコを4℃に一晩置いて、増殖を停止させる。翌日、10mlの一晩培養液を用いて、最初のOD₆₀₀値が約0.02〜0.04になるようにカナマイシン（25μg/ml）入りのLB培地240mlに植菌する。各ORFについて、フラスコ４本に植菌する。細胞は OD₆₀₀値が1.0になるまで増殖させ（37℃でおよそ2時間）、遠心して1mlのサンプルを回収し、漏出発現（leaky expression）を検出するために、SDS-PAGEにて解析する。残りの培養液は1mMのIPTGで誘導をかけ、37℃でさらに２時間増殖させる。最終的なOD₆₀₀値を測定し、4℃で15分間、5,000×gで遠心分離して、細胞を回収する。上清を捨て、ペレットを50mMトリス塩酸（Tris-HCl(pH8.0)）、2mM EDT Aに縣濁する。１リットルの培養液に対し、250mlの緩衝液を用い、細胞を12,000 xgで２０分間遠心して回収する。上清を捨て、ペレットをマイナス45℃に保存する。 2.E. タンパク質の精製 2.D.で得られたペレットを解凍し、95mlの50mMトリス塩酸（Tris-HCl(pH8.0) ）ハに再縣濁する。ペファブロック（Pefabloc）とリゾチームを、終濃度がそれぞれ100μM、100μg/mlになるように加える。この混合液を5℃で３０分間マグネティックスターラーで撹拌してホモジナイズする。DNAの完全消化を確実に行なうために、10mM塩化マグネシウム（MgCl₂）の存在下でベンゾナーゼ（Benzonase ）（メルク社（Merck）製）を終濃度1 U/mlで加える。この縣濁液を、１サイクルあたり2分間の条件で3サイクル、それぞれ最大出力にて超音波破砕する（ブランソンソニファイアー（Branson Sonifier）450を使用）。ホモジナイズしたものは、19,000xgで15分間遠心し、上清とペレットの両方をSDS-PAGEで解析し、下記でさらに記載されているように、可溶性画分あるいは不溶性画分における標的タンパク質の細胞内局在を調べる。 2.E.1. 可溶性画分標的タンパク質が、可溶性の形で（つまり2.E.で得られた上清に）生産される場合、終濃度が50mMトリス塩酸（pH8.0）、0.5M塩化ナトリウム（NaCl）、10mM イミダゾール（緩衝液Ａ）になるように、上消に塩化ナトリウムとイミダゾールを加える。この混合液を0.45μmの膜に通して濾過し、あらかじめ製造者が推奨するところに従って、ニッケルイオンを荷電したIMACカラム（ファルマシアHi Trapキレートセファロース（Pharmacia HiTrap chelating Sepharose）；１ml）にかける。その後、50カラム分の容量の緩衝液Ａでカラムを洗浄してから、標的の組換えタンパク質を5mlの緩衝液B（50mMトリス塩酸（pH8.0）、0.5Ｍ塩化ナトリウム（NaCl）、500mMイミダゾール）で溶出する。各分画の280nmにおける吸光度を測定して、溶出のプロフィールをモニターする。タンパク質のピークに相当する分画を一つにまとめて、0.5Mアルギニンを含むPBSに対して透析し、0.22μmの膜に通して濾過し、マイナス45℃に保存する。 2.E.2. 不溶性画分標的タンパク質が、不溶性の画分（つまり2.E.で得られたペレット）で発現している場合、精製は変性条件下で行なう。塩化ナトリウム（NaCl）、イミダゾール、および尿素を、終濃度が50mMトリス塩酸（pH8.0）、0.5M塩化ナトリウム（N aCl）、10mMイミダゾール、6M尿素（緩衝液C）になるように、縣濁したペレットに加える。完全に可溶化した後、混合液を0.45μmの膜に通して濾過し、IMACカラムにかける。 IMACカラムでの精製過程は、すべての緩衝液に6M尿素が加えられる点と、タンパク質をのせた後カラムを洗浄するのに、50カラム分の代わりに、10カラム分の緩衝液Cを使用する点を除けば、2.E.1.に記載したところと同じである。緩衝液D（500mMイミダゾールを含む緩衝液C）でIMACカラムから溶出したタンパク質画分を一つにまとめる。この溶液にアルギニンを終濃度が0.5Mになるように加え、その混合液を0.5Mアルギニン、および様々な濃度の尿素（4M、3M、2M、 1M、および0.5M）を含むPBSに対して、段階的に尿素の濃度を下げながら透析する。最終的な透析液を0.22μmの膜に通して濾過し、マイナス45℃に保存する。または、上記の精製過程がそれほどには効果的でない場合、以下のようにして、他の二つの方法を用いることが可能である。最初の代替法は、弱い変性剤であるN-オクチルグルコシド（N-octyl glucoside(NOG)）を使用することを含む。簡潔に述べると、2.E.で得られたペレットを、5mMイミダゾール、500mM塩化ナトリウム、20mMトリス塩酸（Tris-HCl(pH7.9)）の中で、15,000psiの圧力で微小流動化（microfluidize）することによりホモジナイズし、4,000〜5,000xg で遠心して清澄にする。このペレットを回収し、体積あたりの重量で1〜2%のNOG を含む50mMリン酸ナトリウム（NaPO₄(pH7.5)）に縣濁してホモジナイズする。NO G可溶性の不純物を遠心により除く。前述の抽出段階を繰り返し、ペレットをもう一度抽出する。このペレットを8M尿素、50mMトリス塩酸（pH8.0）に溶解する。尿素で可溶化されたタンパク質を等量の2Mアルギニン、50mMトリス塩酸（pH8. 0）で希釈し、1Mアルギニンに対して24〜48時間透析して、尿素を除く。最終的な透析液を0.22μmの膜に通して濾過し、マイナス45℃に保存する。２つ目の代替法は、グアニジン塩酸のような強力な変性剤を使用することを含む。簡潔に述べると、2.E.で得られたペレットを5mMイミダゾール、500mM塩化ナトリウム、20mMトリス塩酸（pH7.9）溶液中で、15,000psiの圧力で微小流動化（ microfluidize）することによりホモジナイズし、 4,000〜5,000xgで遠心して清澄にする。このペレットを回収し、6Mグアニジン塩酸に縣濁し、ニッケルイオン（Ni++）で荷電したIMACカラムに通す。結合した抗原を8M尿素（pH8.5）で溶出する。ベータ-メルカプトエタノールを終濃度が1mM になるように、溶出したタンパク質に加え、その後、溶出タンパク質を、0.1M酢酸で平衡化したセファデックス（Sephadex）G-25カラムに通す。カラムから溶出したタンパク質を、4倍容の50mMリン酸緩衝液（pH7.0）にゆっくりと加える。タンパク質は溶液中に残る。 2.F. 精製タンパク質の予防活性の評価 10匹のスイスウェブスターマウス（Swiss Webster mice）（タコニックラブズ社（Taconic labs））から成るグループを、生理的緩衝液に溶かした1μgのコレラ毒素（ベルナ社（Berna））と混ぜた25μgの精製組換えタンパク質で直腸から免疫する。マウスは、0、7、14、および21日目に免疫する。最終免疫の14日後に、液体培地で増殖させたH.ピロリ菌株ORV20O1（2.A.記載したようにして、細胞をアガープレート上で増やして、回収後、ブルセラ用培地（Brucella broth）に再縣濁してから、37℃で一晩フラスコ培養する）をマウスに抗原投与する。投与の14日後に、マウスを殺して、その胃を取り出す。胃内におけるウレアーゼ活性の測定、および培養によって、H.ピロリ菌の量を判定する。 2.G. 単一の抗原に特異的なポリクローナル抗体の生産 2.G.1.過免疫性のウサギ抗血清 2.E.1.または2.E.2.で得られるような精製した融合ポリペプチド100μgを、全量およそ2mlで、フロインドの完全アジュバントの存在下で、ニュージーランドウサギの皮下および筋肉内に注射する。最初の注射から7および14日後に、フロインドの不完全アジュバントを使用する以外は初期投与量に等しい量で、追加免疫投与を行なう。最終注射の15日後に、動物の血清を回収し、補体を除き、0.45 μmの膜に通して濾過する。 2.G.2. マウスの高免疫性腹水液 2.E.1.または2.E.2.で得られるような精製した融合ポリペプチド10〜50μgを、約200μlの量で、フロインドの完全アジュバントの存在下、10匹のマウスに皮下注射した。最初の注射から7および14日後に、フロインドの不完全アジュバントを使用する以外は初期投与量に等しい量で、追加免疫投与を行なう。最初の注射から21および28日後に、50μgの抗原のみをマウスの腹腔内に投与する。21日目には、肉腫180/TG細胞CM26684もマウスの腹腔内に投与する（Lennetteら、ウィルス、リケッチア、およびクラミジア感染の診断法（Diagnostic Procedures for Viral，Rickettsial，and Chlamydial Infections）、第５版、ワシントンD C、アメリカ公衆衛生協会(American Public Health Association)、1979）。腹水液を最終注射の10〜13日後に回収する。実施例３：ヒスチジンタグを持たない転写融合物の生産方法本発明のポリペプチドをヒスチジンタグを欠いた転写融合物としてコードする DNAを増幅し、クローニングする方法を以下に記載する。それぞれのクローンに対し、それらをコードするポリヌクレオチドの配列をもとに、２つのPCRプライマーを設計する（配列番号：1〜169（奇数番号））。これらのプライマーを用いると、例えば、ORV2001およびATCC寄託番号43579として寄託されている菌株を含む、任意のヘリコバクター・ピロリ菌株から、また、他のヘリコバクター菌種からも、本発明のポリペプチドをコードするDNAを増幅することが可能である。 N末端プライマーは、標的遺伝子のリボゾーム結合部位、ATG開始部位、およびシグナル配列ならびに切断部位を含むように設計されている。N末端プライマーは、5'クランプ（clamp）と、その後引き続き行われるクローニングが容易になるように、BamHI（GGATCC）部位などの制限酵素認識部位を含むことが可能である。同様に、C末端プライマーは、その後のクローニングに使用可能な、XhoI（CTC GAG）部位などの制限酵素認識部位、およびTAA終止コドンを含むことが可能である。本発明のポリペプチドをコードする遺伝子の増幅は、実施例２に記載の条件下でサーマラーゼDNAポリメラーゼ（Thermalase DNA Polymerase）を用いて行なう。または、製造者によって提供される指示にしたがい、ベントDNAポリメラーゼ（Vent DNA Polymerase）（ニューイングランド・バイオラボ(New England Biol abs)社製）、PwoDNAポリメラーゼ（Pwo DNA Polymerase）（ベーリンガー・マンハイム（Boehringer Mannheim）社製）、あるいはTaqDNAポリメラーゼ（TaqDNA Polymerase）（アプリジーン(Appligene)社製）を用いておこなうことも可能である。それぞれのクローンについて単一のPCR産物を増幅して、適当に切断されたpET 24（例えば、BamHI-Xholで切断したpET 24）にクローニングし、ヒスチジンタグ無しでタンパク質の発現を可能にする転写融合物を構築した。発現された産物は、1Mアルギニンで透析することにより再生させることが可能な変性タンパク質として精製することが可能である。 pET 24にクローニングすることにより、遺伝子はベクター由来のT7プロモーターから転写されるが、その転写は、遺伝子に元来あるリボゾーム結合部位へのRN A特異的DNAポリメラーゼ（RNA-specific DNA polymerase）の結合に依存し、それによってな読み枠（ORF）全長の発現が可能になる。増幅反応、制限酵素処理、およびクローニングのプロトコールは、翻訳融合物の構築について前記したようにおこなう。GHPO 1190 クローンのDNAの増幅クローニングのためのPCRプライマーの設計全長遺伝子配列（表１参照）にもとづいて、二つのPCRプライマーを設計する。N末端プライマー（FC1）は、標的遺伝子のリボゾーム結合部位、ATG開始部位、およびシグナル配列（切断部位をもつ）を含むように設計されている。このプライマーは、5'側の一番端にクランプ（GCC）を持ち、またクローニングのためのSac Iの認識配列（GAGCTC）を持つ。 C末端プライマー（RN2）は、クローニングのためのXhoIの認識配列（GAGCTC）、および天然のTAA終止コドンを持つ。 N末端プライマー（FC1）： C末端プライマー（RN2）：それぞれ明記された遺伝子の増幅は、記載された遺伝子（表１参照）のいずれについても、FC1/RN2プライマーを適用することにより達成できる。 PCRの条件遺伝子特異的なDNAの増幅は、Pwo DNA Polymerase（ベーリンガー・マンハイム（Boehringer Mannheim）社製）を用いて以下の条件下で行なう。このポリメラーゼはエキソヌクレアーゼ活性を持つので、二つの反応液（混合液１および２）を別々に調製し、増幅反応の直前に混合する。反応組成：組成（終濃度）混合液１（ml）混合液２（ml）蒸留水 160 79 dNTP（それぞれ200μM） 40 - 10倍濃縮緩衝液 - 20 プライマー１（100nM）１ - プライマー２（100nM）１ - テンプレート（200ng）２ 0サイクル条件温度（℃）時間（分）サイクル数最初の変性段階 96 ４１変性段階 94 0.5 20 アニーリング段階 50 １ 20 伸長段階 72 １ 20 最後の伸長段階 72 １１ 624塩基対の長さの単一のPCR産物を増幅し、これをSacI-XhoIで切断したpET 2 4にクローニングする。これにより、転写融合産物を構築し、ヒスチジンタグ無しでGHP0 1190抗原を発現することができる。この例の場合、発現産物は、1Mアルギニン溶液で透析することにより再生することが可能な変性タンパク質として精製することができる。 pET 24にクローニングすることにより、ベクター由来のT7プロモーターから転写されるが、その転写はGHP0 1190に元来あるリボゾーム結合部位へのRNA特異的 DNAポリメラーゼの結合に依存するので、それゆえに完全な読み枠（ORF）の発現が可能になる。増幅反応、制限酵素処理、およびクローニングのプロトコールは、翻訳融合物の構築について前記したのと同様である。実施例４：免疫アフィニティーによる本発明のポリペプチドの精製 4.A. 特異的イムノグロブリンG（IgGs）の精製セクション2.G.で調製したような免疫血清を、100mMトリス塩酸（pH8.0）で平衡化したプロテインＡセファロースファーストフロー（protein A Sepharose Fa st Flow）カラム（ファルマシア(Pharmacia)社製）にかける。カラムに、10カラム分の容積の100mMトリス塩酸および10カラム分の10mMトリス塩酸（pH8.0）を通して、レジンを洗浄する。イムノグロブリンG（IgG）抗体を0.1Mグリシン緩衝液（pH3.0）で溶出し、0.25mlの1Mトリス塩酸（pH8.0）を加えて、5mlの分画として回収する。溶出液の吸光度を、280nmで測定し、イムノグロブリンG（IgG）抗体を含む分画をひとまとめにし、50mMトリス塩酸（pH8.0）に対して透析し、必要に応じて、マイナス70℃で凍結保存する。 4.B. カラムの調製ファルマシア礼製（17-0430-01）の臭化シアン活性化（CNBr-activated）セファロース（Sepharose）4Bゲルを適当量（１グラムの乾燥ゲルはおよそ3.5mlの水和ゲルを提供する；ゲルの許容量は、ゲル1mlあたり5〜10mgのイムノグロブリン Gを結合する）、１mM塩酸緩衝液に縣濁し、漏斗を用いて少量の1mM塩酸緩衝液を加えて洗浄する。緩衝液の全体積は、ゲル1グラムあたり200mlである。精製したイムノグロブリンG抗体を、50容量分の500mMリン酸ナトリウム緩衝液（pH7.5）に対して、20±5℃で4時間透析する。その後、この抗体を終濃度3mg/m lになるように500mMのリン酸緩衝液（pH7.5）で希釈する。イムノグロブリンG抗体を、5±3℃でゲルと一晩混合する。このゲルを、クロマトグラフィーカラムにつめて、2カラム分の容量の500mMリン酸緩衝液（pH7.5 ）、および１カラム分の容量の500mM塩化ナトリウム（pH7.5）を含む50mMリン酸ナトリウム緩衝液で洗浄する。次に、ゲルをチューブに移し、室温で100mMのエタノールアミン(pH7.5)と4時間混合し、2カラム分の容量のPBSで２回洗浄する。そして、ゲルは、１万分の１量のメルチオレートを含むPBS（1/10,000PBS/merth iolate）で保存する。ゲルに結合したイムノグロブリンG抗体の量は、イムノグロブリンG溶液と直接の溶出液、および洗浄液の、280nmにおける吸光度を測定することにより測定する。 4.C. 抗原の吸着と溶出例えば、3.E.で得られた上清、あるいは、3.E.で得られた可溶化ペレットなど、50mMトリス塩酸（pH8.0）、2mM EDTAに溶けた抗原溶液を、遠心して0.45μmの膜で濾過した後、１時間あたりおよそ10mlの流速で、50mMトリス塩酸（pH8.0）、2mM EDTAで平衡化したカラムにのせる。そして、このカラムを20倍量の50mMトリス塩酸（pH8.0）、2mM EDTAで洗浄する。または、5±3℃で一晩混合することにより吸着させることが可能である。吸着させたゲルを、2〜6倍量の10mMリン酸ナトリウム緩衝液（pH6.8）で洗浄し、抗原を100mMのグリシン緩衝液（pH2.5）で溶出する。溶出液を3mlの画分として回収し、それぞれに150μlの1Mリン酸ナトリウム緩衝液（pH8.0）を加える。各画分について280nmの吸光度を測定する；抗体を含む画分をひとつにまとめ、マイナス20℃で保存する。実施例５：寄託されたクローンからの、本発明のポリペプチドをコードする単離 DNAの調製上述したように、GHPO 1190（以前はHPO76、ATCC#98197）、GHPO 1212（以前はHPO18、ATCC#98210）、GHP0 1012（以前はHPO121、ATCC#98201）、GHPO 1501 （以前はHPO45、ATCC#98208）、GHPO 1688（以前はHPO101、ATCC#98198）、GHPO 346（以前はHPO116、ATCC#98200）、GHPO 1200（以前はHPO7、ATCC#98211）、G HPO1538（以前はHPO104、ATCC#98199）、GHPO1398（以前はHP015、ATCC#98214）、GHPO 1001（以前はHPO58、ATCC#98206）、GHPO 470（以前はHPO132、ATCC#982 02 ）、GHPO 689（以前はHPO9、ATCC#98203）、GHPO 1550（以前はHPO38、ATCC#982 04）、GHPO 1620（以前はHPO87、ATCC#98205）、GHPO 574（以前はHPO71、ATCC# 98217）、GHPO 329（以前はHPO70、ATCC#98219）、GHPO1374（以前はHPO80、ATC C#98215）、GHPO 956（以前はHP095、ATCC#98216）、HPO 98（ATCC#98218）、GH PO 1346（以前はHPO57、ATCC#98220）、GHPO 706（以前はHPO50、ATCC#98207）、GHPO 732（以前はHPO64、ATCC#98213）、GHPO 419（以前はHPO54、ATCC#98212 ）、および、GHPO276（以前はHPO42、ATCC#98209）をコードする核酸を含むプラスミドを持つ大腸菌株を、ブダペスト条約に基づいて、1996年10月9日にアメリカン・タイプカルチャー・コレクション（American Type Culture Collection）（ ATCC；メリーランド州ロックビル（Rockville,Maryland）））の大腸菌株DH5aに寄託し、上記括弧内に示す寄託番号で呼ぶことにした。これらプラスミドはそれぞれ、H.ピロリ菌株P1またはP12（文献：Haasら、Mol．Microbiol．（1993）8:7 53において、69-Aおよび888-0として引用されている）のゲノムDNAのBglII-ClaI インサートを持つ。それぞれのインサートは、トランスポゾンTnMax9（Kahrsら、Gene（1995）167:53）の存在により分断されている。トランスポゾンを欠いた DNA分子は、インバースPCR（inverse PCR）や組換えPCR（recombinant PCR）（例えば、前記Innisら、を参照）などの標準的なPCR技術により、プラスミドから増幅可能であり、それにより完全長のH．ピロリ菌のインサートが再構築される。例えば、トランスポゾンの前後にあるH．ピロリ菌の配列はそれぞれPCRにより増幅可能であり、その後、一緒にライゲーションしてつなげることにより、トランスポゾンを欠いた全長のH．ピロリ菌遺伝子を形成できる。寄託した本発明のクローン24個それぞれについて、これらの方法に使用できるプライマーを表１に示す。寄託した各クローンにおけるトランスポゾンの挿入位置は、以下のように、それぞれのクローン名の後の括弧内に示すヌクレオチドの間にある：HPO 101 （497〜498）、GHPO 1538（428〜429）、GHPO 346（433〜444）、GHPO 1012（46 3〜464）、GHPO 132（408〜409）、GHPO 1212（226〜227）、GHPO 1550（347〜3 48）、GHPO 276（372〜373）、GHPO 1501（299〜300）、GHPO 706（29〜293）、 GHPO419（351〜352）、GHPO 1346（266〜267）、GHPO 1001（434〜435）、GHPO 732（224〜225）、GHPO 329（114〜115）、GHPO 574（274〜275）、GHPO 1190（ 412〜413）、 GHPO 1200（349〜350）、GHPO 1374（105〜106）、GHPO 1620（26〜27）、GHPO9 56（64〜65）、HPO 98（43〜44）、およびGHPO 689（346〜347）。実施例６：GHPO 1190からのH．ピロリ菌の組換え抗原の精製 GHPO 1190を発現している大腸菌のペレットを、5mMイミダゾール、500mM塩化ナトリウム、20mMトリス塩酸（Tris-HCl(pH7.9)）溶液中で、圧力15,000psiで微小流動化（microfluidize）することによりホモジナイズし、4000〜5000gで遠心して清澄化する。方法１クローニングされたタンパク質を含むペレットを、2% N-オクチルグルコシド（NOG）を含む緩衝液に縣濁しホモジナイズする。NOG可溶性のタンパク質を遠心により取り除く。ペレットを2% NOGでもう一度抽出する。遠心後、ペレットを8M 尿素に溶解する。尿素に溶かしたタンパク質を、等容量の2Mアルギニンで希釈し、1Mアルギニンに対して24〜48時間透析して尿素を除く。クローニングされたタンパク質は、溶液中に残る。SDS-PAGEを行なってクマシー染色した後、デンシトメトリースキャンニング（densitometric scanning）を行ない、このタンパク質が、純度80〜85%のクローニングされた抗原であることを示す。方法２クローニングされたタンパク質を含むペレットを、6Mグアニジン塩酸に可溶化し、Ni++で荷電されたIMACカラムに通す。結合した抗原を8M尿素（pH8.5）で溶出する。溶出したタンパク質にベータ-メルカプトエタノールを終濃度1mMになるように加え、0.1M酢酸で平衡化したセファデックス（Sephadex）G-25カラムに通す。セファデックス（Sephadex）G-25カラムから溶出したタンパク質を、4倍量の50mMリン酸（pH7.0）にゆっくり加える。タンパク質は、溶液中に残る。組換えタンパク質の精製ヒスチジンタグをもつ融合タンパク質として発現された組換えタンパク質は、可溶化して、金属アフィニティーカラム（ニッケルカラム）を用いることにより精製することが可能である。結合したタンパク質は、尿素有りまたは無しのイミダゾール緩衝液で、または、尿素有りまたは無しの低いpHの緩衝液を用いることにより溶出可能である。そして、尿素またはグアニジン塩酸で変性したタンパク質は、適当な再生緩衝液を用いて再生することができる。数多くのH.ピロリ菌組換え抗原（HpaAとクローンGHPO 1190）を用いて、アルギニン塩酸（0.25〜1M）を用いた再生の条件が決定されている。ヒスチジンタグをもたない組換えタンパク質は、可溶化して、免疫アフィニティークロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラフィーおよび/または疎水性クロマトグラフィーを用いて精製することが可能である。封入体内で不溶性の凝集物として発現されたタンパク質は、8M尿素や6M グアニジン塩酸などの変性剤により可溶化することができる。適切な折り畳み（ folding）と再生は、当業者なら容易に判定できる。クローニングされたタンパク質を含む上記のペレットを、1%重量/容量のN-オクチルグルコシド（NOG）を含む50mMリン酸ナトリウム（NaPO₄（pH7.5））溶液に縣濁して、激しく混合する。NOG可溶性の不純物を、遠心により取り除く。残りのペレットを、1%のNOG溶液でもう一度抽出して、不純物をさらに取り除く。遠心後、ペレットを8M尿素、50mMトリス（pH8.0）に可溶化する。尿素で可溶化されたタンパク質を等量の2Mアルギニン、50mMトリス（pH8.0）で希釈し、1Mアルギニン、50mMトリス、50mM塩化ナトリウム（pH8.0）に対して24〜48時間透析して、尿素を除く。クローニングされたタンパク質は、透析後、溶液中に残る。 SDS-PAGEとクマシー染色後、デンシトメトリースキャンニングにより、タンパク質が、純度80〜85%のクローニングされた抗原であることを示す。上記以外の態様は、後述の請求の範囲内に含まれるものとする。 DETAILED DESCRIPTION OF THE INVENTION Helicobacter polypeptides and corresponding polynucleotide molecules The present invention relates to Helicobacter infection in mammals such as humans. Helicobacter antigens that can be used in a method of preventing or treating and For the corresponding polynucleotide molecule. Background of the Invention Helicobacter colonize the gastrointestinal tract of mammals, It is a spiral gram-negative bacterium. Some species colonize the stomach, most Famous ones are H. pylori, H. pylori. H. Heilmanii, H .; H H. felis, and H. felis. It is a H. mustelae bacterium. H. Pylori Bacteria are the most commonly associated species for human infections, but H. e. Hailmanni and H . Felis bacteria have also been isolated from humans, albeit less frequently than H. pylori. Destination In developed countries, more than 50% of the adult population is infected with Helicobacter, and developing countries and And some Pacific Rim countries are almost 100% infected, making them the most It is one of the infectious diseases that are going on. Helicobacter is used in human stomachs with histological signs of gastritis and peptic ulcers. It is generally recovered from an examination. In fact, H. Helicobacter pylori causes the chronic stomach In that inflammation is a risk factor for developing peptic ulcer disease and gastric cancer. It is now recognized as an important human pathogen. Therefore, Helicobacter Developing safe and effective vaccines to prevent and treat infections is critical Desirable. Many Helicobacter antigens have been characterized or isolated . Among these are urea, consisting of two structural subunits of about 30 and 67 kDa. Aase (Hu et al., Infect. Immun. 58: 992, 1990; Dunn et al., J. Biol. Chem. 265: 9464, 1990; Evans et al., Microbial Pathogenesis 10:15, 1991; Labigne et al. Bact., 173: 1920, 1991); 87 kDa vacuolating cytotoxin (VacA) (Cover et al., J.B. iol. Chem. 267: 10570, 1992; Phadnis et al., Infect. Immun. 62: 1557, 1994; WO 93/18150); 128 kDa immunodominant antigen associated with cytotoxin (CagA, Also referred to as TagA; WO 93/18150; US Pat. No. 5,403,924); The 13 and 58 kDa heat shock proteins HspA and HspB (Suerbaum et al., Mol. Microbio l. 14: 959, 1994; WO 93/18150); a 54 kDa catalase (Hazell). J. et al. Gen. Micobiol. 137: 57, 1991); a 15 kDa histidine-rich protein (Hp n) (Gilbert et al., Infect. Immun. 63: 2682, 1995); 20 kDa membrane-associated lipoprotein. (Ko Kostrcynska et al., J. bact. 176: 5938, 1994); 30 kDa outer membrane protein (Bolin J. et al. Clin. Microbiol. 33: 381, 1995); lactoferrin receptor (FR 2,724,9) 36) and the molecular weights named HopA, HopB, HopC, HopD, and HopE Some porins that are 48-67 kDa (Exner, Infect. Immu. n. 63: 1567, 1995; Doig et al. Bact. 177: 5447, 1995). these Have been proposed as potential vaccine antigens. In particular, urease appears to be a vaccine candidate (WO 94/9823). WO 95/22987; WO 95/3824; Mitchetti et al. (Mic hetti), Gastroenterology 107: 1002, 1994). Nevertheless, Wakuchi It is likely that some antigens will eventually be required for the antigen. Summary of the Invention The present invention relates to GHPO 13, GHPO 73, GHPO 90, GHPO 107, GHPO 136, GHPO 191, GHP O 213, GHPO 240, GHPO 408, GHPO 411, GHPO 419, GHPO 431, GHPO 474, GHPO5 91, GHPO 596, GHPO 699, GHPO 724, GHPO 730, GHPO 761, GHPO 804, GHPO 805 , GHPO 812, GHPO 879, GHPO 888, GHPO 986, GHPO 1056, GHPO 1081, GHPO 110 0, GHPO 1140, GHPO 1148, GHPO 1200, GHPO 1212, GHPO 1258, GHPO 1263, GHP O 1273, GHPO 1284, GHPO 1299, GHPO 1327, GHPO 1346, GHPO 1378, GHPO 1412 , GHPO 1443, GHPO 1466, GHPO 1476, GHPO 1536, GHPO 1559, GHPO 427, GHPO 1045, GHPO 1262, GHPO 1688, GHPO 1538, GHPO 346, GHPO 1012, GHPO 470, GH PO 1398, GHPO 1550, GHPO 276, GHPO 1501, GHPO 706, GHPO 1001, GHPO 732, GHPO 329, GHPO 574, GHPO 1190, GHPO 1374, GHPO 1620, GHPO 956, HPO 98, G HPO 689, GHPO 208, GHPO 296, GHPO 726, GHPO 1026, GHPO 1301, GHPO 1536, GHPO 166, GHPO 253, GHPO 279, GHPO 615, GHPO 1278, GHPO 1282, GHPO 1420 Helicobacter poly, named GHPO 1484, GHPO 1719, and GHPO 1252 Provided are polynucleotide molecules encoding the peptide, for example, Helicobacter K In the prevention, treatment or diagnosis of Helicobacter infection Can be. The polypeptides of the present invention include SEQ ID NOs: 2 to 170 (even numbers). A polypeptide having the amino acid sequence shown in FIG. And the mature form of the protein having the sequence shown in SEQ ID NOs: 2-170, and These fragments are included. One skilled in the art will appreciate that the present invention, as described further below, Changes in these polypeptides resulting from the addition, deletion, or substitution of essential amino acids Understand that polynucleotide molecules encoding variants and derivatives are included I think that the. In addition to the polynucleotide molecules described above, the present invention provides a corresponding polypeptide (such as That is, a polypeptide encoded by the polynucleotide molecule of the present invention, Is a fragment thereof), and monospecific antibodies that specifically bind to these polypeptides including. The present invention has many applications, including expression cassettes, vectors, and the present invention. Includes cells transformed or transfected by the polynucleotide. Accordingly, the present invention provides (i) a recombinant host system, and related expression cassettes, vectors. And the transformed or transfected cells. (Ii) a polynucleic acid of the present invention together with a diluent or carrier. A poxvirus vector containing leotide, Salmonella typhus himurium) and Vibrio Cholerae vectors Any live vaccine vector (such vaccine vectors include, for example, Helicobacter Useful in the prevention or treatment of bacterial infections), and related pharmaceutical groups Adult and related treatments and / or prophylaxis; (iii) in naked form, Alternatively, a polynucleotide molecule, polypeptide, or Or a mixture of polypeptides, or monospecific antibodies of the invention, and related A therapeutic and / or prophylactic method comprising administering a pharmaceutical composition; Includes use of defined polynucleotide molecules, monospecific antibodies, or polypeptides A method for detecting the presence of Helicobacter in a biological sample; And (v) affinity chromatography with antibodies A method for purifying a peptide is provided.BRIEF DESCRIPTION OF THE FIGURES FIG.1A is an illustration of transposon TnMax9 derived from the TnMax transposon system. (Haas et al., Gene 130: 23-21, 1993). Mini Transposon BlaM, a β-lactamase gene lacking promoter and signal sequences Gene, inverted repeat (IR), and M13 forward primer (M13-FP) And located adjacent to the reverse (M13-RP1) primer binding site . The dissociation site (res) and origin of replication (orifd) are constructed with the BlaM gene and a constitutive catGC-resistant Located between sex genes. Inheritance of transposase tnpA and resol-based tnpR Offspring are located outside the minitransposon and control the inducible Ptrc promoter Below. The lacIq gene encodes the Lac repressor. FIG. 1B is an illustration of plasmid pMin2. pMin2 has numerous cloning sites, Tetracycline resistance gene (tet), transfer origin (oriT), replication origin (Ori_CoiE1), Transcription terminator (t_fd), And a weak constitutive promoter (P_iga )including. H. The H. pylori chromosome fragment was introduced into the Bgl / II and ClaI sites of pMin2. Entered. Detailed description H. In the genome of H. pylori, GHPO 13, GHPO 73, GHPO 90, GHPO 107, GHPO 136, GHPO 191, GHPO 213, GHPO 240, GHPO 408, GHPO 411, GHPO 419, GHPO 4 31, GHPO 474, GHPO 591, GHPO 596, GHPO 699, GHPO 724, GHPO 730, GHPO 761 , GHPO 804, GHPO 805, GHPO 812, GHPO 879, GHPO 888, GHPO 986, GHPO 1056 , GHPO 1081, GHPO 1100, GHPO 1140, GHPO 1148, GHPO 1200, GHPO 1212, GHPO 1258, GHPO 1263, GHPO 1273, GHPO 1284, GHPO 1299, GHPO 1327, GHPO 1346 , GHPO 1378, GHPO 1412, GHPO 1443, GHPO 1466, GHPO 1476, GHPO 1536, GHPO 1559, GHPO 427, GHPO 1045, GHPO 1262, GHPO 1688, GHPO 1538, GHPO 346, G HPO 1012, GHPO 470, GHPO 1398, GHPO 1550, GHPO 276, GHPO 1501, GHPO 706 , GHPO 1001, GHPO 732, GHPO 329, GHPO 574, GHPO 1190, GHPO 1374, GHPO 16 20, GHPO 956, HPO 98, GHPO 689, GHPO 208, GHPO 296, GHPO 726, GHPO 1026 , GHPO 1301, GHPO 1536, GHPO 166, GHPO 253, GHPO 297, GHPO 615, GHPO 127 8, called GHPO 1282, GHPO 1420, GHPO 1484, GHPO 1719, and GHPO 1252 , An open reading frame (ORF) encoding a novel full-length polypeptide Identified ing. These polypeptides can be used, for example, for Helicobacter infection. It can be used in vaccination methods to prevent or treat the disease. New port Some of the polypeptides are secreted polypeptides that can be produced as mature forms. (Ie, polypeptides carried through the class II or class III secretory pathway) Secreted, or as a precursor containing a signal peptide In turn, these precursors are involved in the excretion / secretion process by cleavage at the mature N-terminus. (The cleavage site is located in the signal peptide adjacent to the mature form). Located at the C-terminus). According to a first aspect of the invention, Helicobacter GHPO 13, GHPO 73, GHPO 90, GHP O 107, GHPO 136, GHPO 191, GHPO 213, GHPO 240, GHPO 408, GHPO 411, GHPO 419, GHPO 431, GHPO 474, GHPO 591, GHPO 596, GHPO 699, GHPO 724, GHPO 73 0, GHPO 761, GHPO 804, GHPO 805, GHPO 812, GHPO 879, GHPO 888, GHPO 986 , GHPO 1056, GHPO 1081, GHPO 1100, GHPO 1140, GHPO 1148, GHPO 1200, GHPO 1212, GHPO 1258, GHPO 1263, GHPO 1273, GHPO 1284, GHPO 1299, GHPO 1327 , GHPO 1346, GHPO 1378, GHPO 1412, GHPO 1443, GHPO 1466, GHPO 1476, GHPO 1536, GHPO 1559, GHPO 427, GHPO 1045, GHPO 1262, GHPO 1688, GHPO 1538, GHPO 346, GHPO 1012, GHPO 470, GHPO 1398, GHPO 1550, GHPO 276, GHPO 1501 , GHPO 706, GHPO 1001, GHPO 732, GHPO 329, GHPO 574, GHPO 1190, GHPO 137 4, GHPO 1620, GHPO 956, HPO 98, GHPO 689, GHPO 208, GHPO 296, GHPO 726, GHPO 1026, GHPO 1301, GHPO 1536, GHPO 166, GHPO 253, GHPO 297, GHPO 615 , GHPO 1278, GHPO 1282, GHPO 1420, GHPO 1484, GHPO 1719, and GHPO 1252 Provided are isolated polypeptides encoding the precursor and mature forms of An isolated polypeptide of the invention is: (I) the amino acid sequence of Helicobacter is SEQ ID NO: 2 (GHPO 13), SEQ ID NO: 4 (GHP O 73), SEQ ID NO: 6 (GHPO 90), SEQ ID NO: 8 (GHPO 107), SEQ ID NO: 10 (GHPO 13 6), SEQ ID NO: 12 (GHPO 191), SEQ ID NO: 14 (GHPO 213), SEQ ID NO: 16 (GHPO 24) 0), SEQ ID NO: 18 (GHPO 408), SEQ ID NO: 20 GHPO 411), SEQ ID NO: 22 (GHPO 419) ), SEQ ID NO: 24 (GHPO 431), SEQ ID NO: 26 (GHPO 474), SEQ ID NO: 28 (GHPO 591) ), SEQ ID NO: 30 (GHPO 596), SEQ ID NO: 32 (GHPO 699), SEQ ID NO: No .: 34 (GHPO 724), SEQ ID NO: 36 (GHPO 730), SEQ ID NO: 38 (GHPO 761), SEQ ID NO No .: 40 (GHPO 804), SEQ ID NO: 42 (GHPO 805), SEQ ID NO: 44 (GHPO 812), SEQ ID NO No .: 46 (GHPO 879), SEQ ID NO: 48 (GHPO 888), SEQ ID NO: 50 (GHPO 986), SEQ ID NO No .: 52 (GHPO 1056), SEQ ID NO: 54 (GHPO 1081), SEQ ID NO: 56 (GHPO 1100), arrangement Sequence number: 58 (GHPO 1140), sequence number: 60 (GHPO 1148), sequence number: 62 (GHPO 1200) , SEQ ID NO: 64 (GHPO 1212), SEQ ID NO: 66 (GHPO 1258), SEQ ID NO: 68 (GHPO 1212) 63), SEQ ID NO: 70 (GHPO 1273), SEQ ID NO: 72 (GHPO 1284), SEQ ID NO: 74 (GHPO 1284) 1299), SEQ ID NO: 76 (GHPO 1327), SEQ ID NO: 78 (GHPO 1346), SEQ ID NO: 80 (G HPO 1378), SEQ ID NO: 82 (GHPO 1412), SEQ ID NO: 84 (GHPO 1443), SEQ ID NO: 8 6 (GHPO 1466), SEQ ID NO: 88 (GHPO 1476), SEQ ID NO: 90 (GHPO 1536), SEQ ID NO : 92 (GHPO 1559), SEQ ID NO: 94 (GHPO 427), SEQ ID NO: 96 (GHPO 1045), SEQ ID NO: No .: 98 (GHPO 1262), SEQ ID NO: 100 (GHPO 1688), SEQ ID NO: 102 (GHPO 1538), SEQ ID NO: 104 (GHPO 346), SEQ ID NO: 106 (GHPO 1012), SEQ ID NO: 108 (GHPO 47) 0), SEQ ID NO: 110 (GHPO 1398), SEQ ID NO: 112 (GHPO 1550), SEQ ID NO: 114 (GH PO 276), SEQ ID NO: 116 (GHPO 1501), SEQ ID NO: 118 (GHPO 706), SEQ ID NO: 12 0 (GHPO 1001), SEQ ID NO: 122 (GHPO 732), SEQ ID NO: 124 (GHPO 329), SEQ ID NO : 126 (GHPO 574), SEQ ID NO: 128 (GHPO 1190), SEQ ID NO: 130 (GHPO 1374), arrangement Sequence number: 132 (GHPO 1620), sequence number: 134 (GHPO 956), sequence number: 136 (GHPO 98) , SEQ ID NO: 138 (GHPO 689), SEQ ID NO: 140 (GHPO 208), SEQ ID NO: 142 (GHPO 2 96), SEQ ID NO: 144 (GHPO 726), SEQ ID NO: 146 (GHPO 1026), SEQ ID NO: 148 (GH PO 1301), SEQ ID NO: 150 (GHPO 1536), SEQ ID NO: 152 (GHPO 166), SEQ ID NO: 1 54 (GHPO 253), SEQ ID NO: 156 (GHPO 297), SEQ ID NO: 158 (GHPO 615), SEQ ID NO : 160 (GHPO 1278), SEQ ID NO: 162 (GHPO 1282), SEQ ID NO: 164 (GHPO 1420), arrangement SEQ ID NO: 166 (GHPO 1484), SEQ ID NO: 168 (GHPO 1719), and SEQ ID NO: 170 (GH PO 1252), selected from the group consisting of amino acid sequences A polypeptide having an amino acid sequence homologous to the Bacter amino acid sequence; or (Ii) derivatives of the polypeptide Code. As described above, the full-length polypeptide encoded by the polynucleotide of the present invention In addition to peptides, the polynucleotides included in the present invention lack a signal sequence. Together with other polypeptides or full-length polypeptides. Peptide fragments can also be encoded. The term "isolated polynucleotide" refers to the environment in which it occurs in nature. Defined as the removed polynucleotide. For example, the genome of a living bacterium Naturally occurring DNA molecules present in or as part of a gene bank are isolated However, for example, the bacterial genome remains as a result of a cloning event (amplification). The same molecule that has been separated from that portion is "isolated." Typically, isolated DNA molecule is directly adjacent to it at the 5 'or 3' end in the naturally occurring genome It does not include the DNA region (eg, coding region). Such an isolated poly Peptides can be part of a vector or composition, but such vectors Is not part of its natural environment and therefore is still isolated . The polynucleotide of the present invention may be RNA or DNA (eg, cDNA, genomic DNA, Is a synthetic DNA), or RNA or DNA modifications or combinations. A polynucleotide may be double-stranded or single-stranded, and if single-stranded, may be unbound. It may be a reading (sense) strand or a non-decoding (antisense) strand. The poly of the present invention The sequence encoding the peptide may be as set forth in any of SEQ ID NOs: 2-170 (even). (A) a coding sequence represented by any one of SEQ ID NOs: 1 to 169 (odd); ) A ribonucleotide sequence induced by transcription; or (c) the genetic code As a result of duplication or degeneracy of SEQ ID NOs: 1 to 169 (odd) A different code encoding the same polypeptide as the polynucleotide sequence having the sequence Can be an array. Polypeptides are described, for example, in H .; Ferris, H. Mustera, H. Hey Lumani, or H. Polypeptides naturally secreted or excreted by H. pylori Can be A “polypeptide” or “protein” can be length or post-translational modification (eg, Any chain of amino acids, with or without lysosylation or phosphorylation) You. Both terms are used interchangeably in this application. "Homologous amino acid sequence" refers to a position that does not disrupt the specific antigenicity of the polypeptide. SEQ ID NOs: 2 to 5 by one or more non-conservative amino acid substitutions, deletions or additions at Amino acid sequence shown in any of SEQ ID NOs: 170 (even) or SEQ ID NOs: 1-169 ( (Odd) is different from the amino acid sequence encoded by any of the nucleotide sequences The amino acid sequence Preferably, such a sequence is SEQ ID NO: 2-17 0 (even number) and at least 75%, more preferably Most preferably, they are at least 80% and even at least 90% identical. Homologous amino acid sequences include any of SEQ ID NOs: 2-170 (even). Sequences that are the same or substantially the same as the amino acid sequence to be included. " A "substantially identical amino acid sequence" is preferably at least 90%, preferably at least 90%, identical to the reference amino acid sequence. Or at least 95%, more preferably at least 97%, and most preferably At least 99% identical and differing from the reference sequence by conservative amino acid substitutions. Means an array that is Conservative amino acid substitutions typically involve substitutions in the same class of amino acids. These classes include, for example, asparagine, glutamine, serine, threonine And amino acids having uncharged polar side chains such as tyrosine; lysine, arginine And amino acids having a basic side chain such as histidine; aspartic acid and Amino acids having an acidic side chain such as glycine and glutamic acid; and glycine, ara Nin, Valine, Leucine, Isoleucine, Proline, Phenylalanine, Methio Amino acids with non-polar side chains such as nin, tryptophan, and cysteine Is included. Homology can be determined using sequence analysis software (eg, University of Wisconsin Biotechno). Sequence Analysis Software Package of Gene Computer Group Page 1710 University Avenue, Madison, WI 53705). it can. Similar amino acid sequences should be used to achieve maximum homology (ie, identity). Arrange columns. For this purpose, it is necessary to artificially introduce blanks into the array It may be. If the optimal arrangement is obtained, the positions of both sequences can be compared with the total number of positions. By recording all positions where the amino acids are identical, the degree of homology (ie, Identity). Homologous polynucleotide sequences are similarly defined. Preferably, homologous The sequence comprises at least 45% of the coding sequence of any of SEQ ID NOs: 1-169 (odd), Yo More preferably at least 60%, and most preferably at least 85% identical Is an array. Sequences homologous to any one of the sequences shown in SEQ ID NOs: 2 to 170 (even number) Polypeptides having the same type include naturally occurring allelic variants, as well as variants or Is a polypeptide having the sequence shown in any one of SEQ ID NOs: 2 to 170 (even numbers) Includes other non-naturally occurring variants that are analogs of the peptide's antigenicity You. As is known in the art, allelic mutations can alter the biological function of a polypeptide. Characterized by having one or more amino acid substitutions, deletions or additions which are not changed Is a surrogate type of the polypeptide. “Biological function” means that even if the function is If it is not required for vesicle growth or survival, Refers to the function of the polypeptide. For example, the biological function of porin The purpose is to allow the entry of compounds present in the earth into cells. Biological function is anti Different from original function. A polypeptide can have more than one biological function You. Allelic variants are very common in nature. For example, bacterial species such as H . Helicobacter pylori is usually caused by diverse strains that differ from each other by small allelic changes. Shown. In fact, polypeptides having the same biological function in different strains Can have non-identical amino acid sequences in each strain. Like that Allelic variants can be equally reflected at the polynucleotide level. With respect to using allelic variants of a polypeptide antigen, for example, helicopter Supported by studies on Bacter urease antigen. Helicobacter urea The amino acid sequence of the enzyme varies greatly depending on the species, although interspecies protection occurs. This means that when urease molecules are used as immunogens, Shows that they are very forgiving. A single species, H. Different species of H. pylori Also, there are amino acid sequence changes. For example, H. H. pylori and H. pylori. The UreA and UreB subunits of The amino acid sequences are 26. 5% and 11. 8% different (ferrero et al. (Fe rrero), Molecular Biology 9 (2): 323-333, 1993); H. pylori urease Is H. Has been shown to protect mice from infection with M. ferris (Michette I (Michetti), Gastroenterology 107: 1002, 1994). In addition, urease Although the individual structural subunits UreA and UreB contain different amino acid sequences, Both are protective antigens against Helicobacter infections (Mitchetti et al., Above). Similarly, Cuenca et al. (Cuenca, Gastroenterology 110: 1770, 1996). Therefore, H. Ferrets infected with M. stella were infected with Curative with H. pylori urease When I was dismissed by H., It was shown to be effective for the cure of Mustera infections. Further In addition, for example, a recombinant UreA + UreB apoenzyme expressed from pORV142 (H. H. pylori strain CP UreA and UreB sequences from M630; Lee et al. Infect. Dis. 172: 16 1, 1995); recombinant UreA + UreB apoenzymes expressed from pORV214 (UreA and Ur The eB sequence is H. H. pylori strain CPM630 by 1 and 2 amino acid changes, respectively Lee et al., Supra, 1995); Ure-A glutathione-S-transfer. Rase fusion protein (H. UreA sequence from H. pylori ATCC 43504; Thomas et al. homas), Acta Gastro-Enterologica Belgica 56:54, 1993); H. pylori strain NCT UreA + UreB holoenzyme purified from C 11637 (Marchetti et al., Sci. UreA-MBP fusion protein (H. 267: 1655, 1995); UreA from H. pylori strain 85P Ferrero et al., Infection and Immunity 62: 4981, 1994); UreB -MBP fusion protein (H. UreB from H. pylori strain 85P; Ferrero et al. UreA-MBP fusion protein (H. UreA from Ferris strain ATCC 49179; UreB-MBP fusion protein (Herrero et al., Supra); Ferris strain ATCC 4 UreB from 9179; Ferrero et al., Supra); and amino acids 220-569. 37 kDa fragment containing UreB (Dore-Davin et al., “37 kDa fragment of UreB The fragment provides sufficient protection against Helicobacter felis infection in mice. " ), Including some urease variants, are effective vaccine antigens Have been. Finally, Thomas et al. Crude sonicated product of H. pylori Immunization of mice by oral administration of Ferris bacteria antigen Showed that the mice were protected from di. Polynucleotides encoding allelic variants, e.g., DNA molecules, are Polymerase chain reaction (PCR) amplification of genomic bacterial DNA extracted by the method Can be easily obtained. This is upstream and downstream of the 5 'and 3' ends of the coding region. And Including the use of downstream synthetic oligonucleotide primer matching sequences . Suitable primers are provided in any of SEQ ID NOs: 1-169 (odd). Can be designed based on the nucleotide sequence information. Typically, The limer consists of 10 to 40, preferably 15 to 25 nucleotides. Efficient hive Includes a sufficient ratio of C and G nucleotides to ensure re-dialysis For example, the amount of C and G nucleotides is preferably at least 40% of the total nucleotide amount, Alternatively, it may be advantageous to select a primer that is 50%. The skilled person is different Can be used to isolate the polynucleotide of the present invention from a Helicobacter strain Primers can be easily designed. Experimental conditions for performing PCR Can be readily determined by those skilled in the art, and instructions for performing PCR are provided below. Examples will be shown. As is well known in the art, typically 4-6 nucleotides (eg, For example, a restriction enzyme containing the sequence 5'-GGATCC-3 '(BamHI) or 5'-CTCGAG-3' (XhoI) A recognition site for a nuclease can be included at the 5 'end of the primer. Restriction site Are those skilled in the art who are able to transfer the amplified DNA to an appropriately digested vector such as a plasmid. Can be selected for convenient cloning. Useful homologs that do not occur in nature include amino acid sequence changes and / or deletions. Design using known methods to identify regions of the antigen that may be tolerant to the Can be For example, comparing conserved sequences by comparing the sequences of antigens from different species Can be identified. The polypeptide derivative encoded by the polynucleotide of the present invention may be, for example, For example, fragments, polypeptides having large internal deletions derived from the full-length polypeptide , And fusion proteins. The polypeptide fragment of the present invention has SEQ ID NO: 2 A polypeptide having a sequence homologous to any of the 170 (even) sequences Induces fragments to retain substantial antigenicity (specific antigenicity) of the parent polypeptide Can be Polypeptide derivatives can also retain specific antigenicity while retaining the parental Can be constructed by large internal deletions that remove a substantial portion of the Wear. In general, polypeptide derivatives are small in length to maintain antigenicity. Both require 12 amino acids. If they are at least 20 amino acids Suitably, preferably at least 50, more preferably at least 75 amino acids, You And most preferably at least 100 amino acids in length. Useful polypeptide derivatives, such as polypeptide fragments, are Amino acids were used to identify potential antigen-exposed sites. It can be designed using computer-based analysis of sequences (Hyu Hughs, Infect. Immum. 60 (9): 3497, 1992). For example, DNA Star ( DNA Star) using a laser gene program to Hydrophilicity, antigen index, and intensity index plots can be obtained. Also this professional Gram to determine the homology of polypeptides with known protein motifs. Information can be obtained. Those skilled in the art will recognize peptide fragments used as vaccine antigens. The information from such plots can easily be used when selecting pieces. Wear. For example, select a fragment span region of a plot with a relatively high antigen index Can be. Similarly, both the antigen index and the intensity plot have relatively high fragment span regions. You can also select a region. Fragments containing conserved sequences, especially hydrophilic conserved sequences, are also You can choose. Polypeptide fragments and polypeptides with large internal deletions are otherwise Could be shielded from the parent polypeptide and induce a protective T-cell dependent immune response Can be used to detect epitopes that may be important for Deletions can also remove immunodominant hypervariable regions in the strain. Everything needed to induce an immune response to a protein is small ( (For example, 8 to 10 amino acids) Since it is an immunogenic region, fragments of protein immunogenic substances and And variants as vaccines are accepted in immunology . This has been done for many vaccines against pathogens other than Helicobacter. Came. For example, mouse mammary tumor virus (a peptide containing 11 amino acids; Dion et al. (Dion), Virology 179: 474-477, 1990), Semliki Forest Fever Virus (Amino A peptide containing 16 acids; Snijders et al. Gen. Virol. 72: 557 565, 1991) and canine parvovirus (two each containing 15 amino acids) Overlapping peptides; Langeveld et al., Vaccine 12 (15): 147. Short synthetic peptides corresponding to surface-exposed antigens of pathogens, such as 3-1480, 1994) Has been shown to be an effective vaccine antigen against each pathogen. Polypeptide fragments and polypeptides encoding large internal deletion polypeptides Renucleotides can be synthesized by standard methods (eg, Ausubel et al., “Molecular Biology”). Current Protocols in Molecular Biology, ”John Wiley & Sons Inc. PCR, including reverse transcription PCR) Treated DNA molecules with a restriction enzyme or the method of Kunkel et al. (Kunkel, Proc. Natl. Aca d. Sci. USA 82: 448, 1985; biological material available from Stratagene). Can be built. Polypeptide derivatives can also be linked to other polypeptides, for example, at the N-terminus or C-terminus. Fusion polypeptides comprising a fused polypeptide or polypeptide derivative of the invention (Hereinafter referred to as peptide tail). Such a product Can be easily obtained by gene fusion, that is, translation of a hybrid gene. Can be. Vectors expressing the fusion polypeptide are commercially available, and include New England by peptide tail is maltose binding protein Olaboz pMal-c2 or pMal-p2 systems, Pharmacia glutathione-S -Transferase system or His-Tag system sold by Novagen Stem included. These and other expression systems provide for the polypeptides and derivatives of the present invention. It provides a convenient means for further purification of the conductor. Another specific example of a fusion polypeptide included in the present invention includes Polypeptides having adjuvant activity, such as cholera toxin or E. coli heat-labile poison Polypeptide or polypeptide of the present invention fused to any of the subunits B Tide derivatives are included. The production of such fusion proteins is Several methods can be used. First, the polypeptide of the present invention is adjuvanted. Can be fused to the N-terminus or, preferably, the C-terminus of a polypeptide having Wear. Second, the polypeptide fragment of the present invention is a polypeptide having adjuvant activity. It can be fused within the amino acid sequence of the peptide. Spacer sequences are also desirable If it can be included. As described above, the polynucleotides of the invention may be in the precursor or mature form, Encodes a polypeptide. They may also be matured polypeptides of the invention. Encodes a hybrid precursor containing a heterologous signal peptide capable of becoming can do. “Heterologous signal peptide” refers to the polypeptide of the present invention. Means a signal peptide not found in naturally occurring precursors. Polynucleotides of the invention preferably have a sequence under stringent conditions. No .: No. 1 to 169 (odd number) Bridging. Hybridization techniques are described, for example, in Ausube et al. l, supra); Silaviy et al. (Silhavy, “Experiments with Gene Fusions) ", Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1980); and Davis et al. A Manual for Genetic Engineering: Advanced Baterial Genet ics) ", Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1980). To optimize hybridization conditions The important parameters that can be considered for this are reflected in the formula below, Is the temperature at which two complementary DNAs separate from each other above this temperature Calculation of the point (Tm) is facilitated (Casey et al., Nucl. Acids. Res. 4: 1 539, 1977): Tm = 81. 5 + 0. 5 x (% G + C) + 1. 6 log (cation concentration) -0. 6x ( % Formamide). Under appropriate stringency conditions, the hybridization The solution temperature (Th) should be approximately 20-40 ° C, 20-25 ° C, or preferably calculated Tm. 30-40 ° C. Those skilled in the art will recognize that in preliminary experiments using conventional techniques, Will understand that the temperature and salt concentration can easily be determined empirically . For example, pre-hybridization incubation and hybridization For all incubations, (i) contain 50% formamide. Within 4-16 hours at 42 ° C. in 6 × CCS, or (ii) 6 × SSC aqueous solution (1M NaCl, 0. 1 M sodium citrate (pH 7. 0)) within 4 to 16 hours at 65 ° C In short term conditions. Polynucleotide containing 30 to 600 nucleotides For otide, using the above formula, then (600 / base pair polynucleotides) Can be corrected by subtracting the size of the tide). Stringent Optimal conditions are defined by Th, which is 5-10 ° C below Tm. Hybridization conditions with oligonucleotides shorter than 20-30 bases are: Do not follow the above rules exactly. In such a case, the formula for calculating Tm is as follows: : Tm = 4 × (G + C) +2 (A + T). For example, with a 50% G + C 18 nucleotide fragment About 54 ° C is a suitable Tm. The polynucleotide of the present invention containing RNA, DNA, or a modification or combination thereof The child can be applied in various ways. For example, the polynucleotide molecule is group (i) In a process for producing the encoded polypeptide in a recombinant host system, (Ii) Methods and compositions for prevention and / or treatment of Helicobacter infections The construction of vaccine vectors, such as poxviruses, further used in products In construction, (iii) a vaccine formulated as such or with a vehicle And (iv) overexpressing the polynucleotide of the present invention. Or an attenuated helicoba capable of expressing it in a non-toxic variant In the construction of strains of bacterium. According to the second aspect of the invention, therefore, (i) the elements required for expression ( (Eg, a promoter). (Ii) an expression vector containing the expression cassette of the present invention; Transformation or transfection with the expression cassette and / or vector of the invention Prokaryotic or eukaryotic cells, (iv) allowing expression of the polynucleotide molecules of the invention And recover the encoded polypeptide or polypeptide derivative from the cell culture. Under the conditions which allow the expression cassette and / or the vector of the invention Includes culturing transformed or transfected prokaryotic or eukaryotic cells , A polypeptide or polypeptide encoded by a polynucleotide of the invention A process for producing a tide derivative is provided. Recombinant expression systems can be selected from prokaryotic and eukaryotic hosts. Eukaryotic host For example, yeast cells (eg, Saccharomyces cerevisiae) cerevisiae) or Pichia Pastoris), mammalian cells ( For example, COSI, NIH 3T3, or JEG3 cells), arthropod cells (Spodoptera f Includes Rupiperda (Spodoptera frugiperda (SF9) cells), and plant cells . Preferably, a prokaryotic host such as E. coli is used. Bacteria and eukaryotic cells are those skilled in the art. Many different sources known to the American Type Culture Collection, for example (ATCC; Rockville, MD). The choice of the expression cassette will depend on the desired characteristics with respect to the expressed polypeptide. , Depending on the host system chosen. For example, a specific lipid type or other It may be useful to produce a repeptide. Typically, an expression cassette Include a constitutive or inducible promoter that is functional in the host system of choice -; Ribosome binding site; initiation codon (ATG); signal peptide if necessary For example, a region encoding a lipidation signal peptide; A stop codon; and optionally a 3 'terminal region (translation and / or Photo-terminator). The signal peptide coding region is a polynucleic acid of the present invention. Adjacent to Leotide and in a suitable reading frame. Signal peptide The coding region is homologous or non-homogeneous to the polynucleotide molecule encoding the mature polypeptide. May be homologous, specific for the secretory organ of the host used for expression, and Is also good. The polynucleotide molecule of the present invention alone or together with a signal peptide The open reading frame constructed is transcribed and translated in the host system Is under the control of a promoter so that Promoters and signals Peptide coding regions are widely known and available to those of skill in the art and include For example, it can be induced by arabinose (promoter-araB) and Salmonella typhi, which is functional in such Gram-negative bacteria, murium) (and its induction) (US Pat. No. 5,028,530; Kag) (Cagnon), Protein Engineering 4 (7): 843, 1991); T7 Polymerer A bacteriophage T7 RNA vector that is functional in many E. coli strains that express Promoter of remerase gene (US Pat. No. 4,952,496); OspA lipidase Signal peptide; and RlpB lipidation signal peptide (Takase et al.) (Takase), J.M. Bact. 169: 5692, 1987). An expression cassette is typically part of an expression vector, which is The ability to replicate. Expression vector (eg, plasmid or virus) Vectors) are described, for example, in Pouwels et al., "Cloning Vectors. : Experimental Manual (Cloning Vectors: A Laboratory Manual), 1985, supplementary, 1987) and can be purchased from various sources. Methods for transforming or transfecting host cells with expression vectors are described in the art. Minute Depending on the host system chosen, as is well known in the field and described by Ausubel et al. (Supra). When expressed, a recombinant polypeptide (or polypeptide derivative) of the invention Is produced and remains in intracellular organs and is secreted into the extracellular medium or periplasmic space / Excreted or taken up in cell membranes. Next, the cell extract or cell culture From the supernatant after centrifugation, the polypeptide can be recovered in a substantially pure form. Typically, recombinant polypeptides are antibody-based affinity purified or miniaturized. In the art, such as gene fusions with affinity binding domains It can be purified by other known methods. Antibody-based affinity purification The method also comprises purifying a polypeptide of the invention extracted from a Helicobacter strain. Available to Effective for immunoaffinity purification of the polypeptide of the present invention Antibodies can be obtained using the following method. The polynucleotides of the present invention may be used as viral or bacterial hosts as gene delivery vehicles. Either with the main (live vaccine vector) or in free form, e.g. Can be used in DNA vaccination methods in which genes are inserted into it can. The therapeutic or prophylactic utility of the polynucleotide of the present invention is evaluated as follows. can do. That is, in the third aspect of the present invention, (i) regulation of an element required for expression Such as a poxvirus, comprising an underlying polynucleotide molecule of the invention. (Ii) the vaccine vector of the present invention together with a diluent or carrier. (Iii) therapeutic or prophylactic use of the vaccine vector of the present invention. A pharmaceutical composition comprising an effective amount; (iv) an immune response, eg, against Helicobacter. To elicit a protective or therapeutic immune response, the vaccine vector of the invention may be immunized. Helicobacter in a mammal, comprising administering an epidemiologically effective amount to the mammal. For inducing an immune response against (eg, humans; or in the case of other animals, eg, Home for treating or preventing Helicobacter pylori infection in cats or birds And (v) the present invention for an individual in need thereof. Helicobacter comprising administering a prophylactic or therapeutic amount of a vaccine vector of (For example, H. H. pylori, H .; Ferris, H. Mustera, or H. Hailmanni) Methods for preventing and / or treating infections are provided. Furthermore, a third aspect of the present invention , Helicopter The invention in the preparation of a medicament for the prevention and / or treatment of Cobacter infections Including the use of vaccine vectors. The vaccine vector of the present invention is a urease apoenzyme or a subunit thereof, At least one other helicobacter, such as a fragment, homolog, variant, or derivative One or several polypeptides or derivatives of the present invention together with the Can be manifested. In addition, this is the interleukin-2 that enhances the immune response. Express cytokines such as (IL-2) or interleukin-12 (IL-12) be able to. Thus, vaccine vectors can be used, for example, in mammalian cells. Urease subunits A, B, also under the control of elements required for expression Or another polynucleotide molecule or cytokine that encodes both. Can be included. Alternatively, the compositions of the present invention each comprise a polypeptide or derivative of the present invention. Can contain several vaccine vectors capable of expressing conductors . The composition also comprises urease apoenzyme, subunits, fragments, homologs, mutations thereof. A further helicobacter antigen, such as a body or derivative, or IL-2 or IL Include a vaccine vector that can express cytokines such as -12 Can be. In a vaccination method for treating or preventing a mammalian infectious disease, the vaccine of the present invention is used. Chin vectors can be obtained by conventional routes used in the field of vaccines, such as mucosa (eg, Ocular, nasal, oral, stomach, lung, intestinal, rectal, vaginal or ureteral mucosa) Oral (eg, subcutaneous, intradermal, intramuscular, intravenous, or intraperitoneal) route, or a combination thereof Can be administered. The preferred route depends on the choice of vaccine vector . Administration can be performed in a single dose or in repeated doses at intervals. Appropriate dose Depends on the nature of the vaccine vector itself, the route of administration, and the Such as the condition of the mammal (eg, the weight, age, and general health of the mammal). Depending on various parameters understood by the vendor. Live vaccine vectors that can be used in the present invention include bacterial vectors, For example, Shigella, Shimella, Salmonella, Vibrio cholera (Vi brio Cholerae), Lactobacillus, and Calmette-Guerin (BCG) ) And bacterial vectors such as Streptococcus, and adenoviruses And viral vectors such as poxvirus. Adenovirus Examples of vectors and adenos capable of expressing the polynucleotide molecules of the invention Methods for constructing viral vectors are described in U.S. Patent No. 4,920,209. . Poxvirus vectors that can be used in the present invention include, for example, The warp described in U.S. Pat.Nos. 4,722,848 and 5,364,773. Xinia and canarypox viruses (for example, See Tartaglia et al., Virology 188: 217, 1992; For a description of canarypox virus vectors, see Tyler et al. er), Vaccine 13: 539, 1995). Polynucle of the present invention Poxvirus vectors capable of expressing otide are described in Kiniy et al. ((Ki eny), Nature 312: 163, 1984). Is inserted into the viral genome under conditions suitable for expression in mammalian cells. Alternatively, it can be obtained by homologous recombination. Generally, viral vector vaccines Dose of about 1 × 10 for therapeutic or prophylactic use^Four~ About 1 × 10¹¹Individual Well, about 1 × 10⁷Individual to about 1 × 10^TenIf convenient, or about 1 × 10⁷Individual to about 1 × 10⁹It is preferably plaque forming units / kg. Preferably a viral vector For parenteral administration, for example, three doses are administered at 4-week intervals. Those skilled in the art will appreciate that Avoid adding chemical adjuvants to compositions containing vector It is desirable to minimize the immune response to the viral vector itself Will recognize. Non-toxic vibrio cholera alterations can be used in live oral vaccines Variants are described in Mekalanos et al. (Mekalanos, Nature 306: 551, 1983) and U.S. Pat. No. 4,882,278 (two ctxA alleles so that no functional cholera toxin is produced Strains in which substantial amounts of the respective coding sequences have been deleted); WO 92/1 No. 1354 (a strain in which the irgA locus has been inactivated due to a mutation; ctxA mutation); and WO 94/1533 (machine Deletion mutants lacking the functional ctxA and attRS1 DNA sequences). this These strains may express heterologous antigens as described in WO 94/19482. Remains The gene can be operated. Encoded by the polynucleotide molecule of the present invention. Capable of expressing a polypeptide or polypeptide derivative The effective vaccine dose of the strain is, for example, about 1 × 10^Five~ About 1 × 10⁹Pieces, preferably about 1 × Ten⁶Individual to about 1 × 10⁸Live bacteria at the appropriate dose for the chosen route of administration. Can be taken. Preferred routes of administration include all mucosal routes, but are most preferred. Alternatively, these vectors are administered intranasally or orally. Attenuated Salmonella typhimurium (Salmon) engineered for recombinant expression of heterologous antigens ella typhimurium) and its use as an oral vaccine are described by Nakayama et al. kayama, Bio / Technology 6: 693, 1988) and International Publication No. 92/11361. Has been described. Preferred routes of administration for these vectors include all mucosal routes It is. Most preferably, the vector is administered intranasally or orally. Other bacterial vectors useful as vaccine vectors include High, EMBO 11: 1991, 1992) and Sisemore et al. (Sizemore, Science 270: 299, 1995; Shigella flexneri); Medaglini, Proc. Na tl. Acad. Sci. USA 92: 6868, 1995; Streptococcus gordonii (Strepto) coccus gordonii)); Flynn, Cell. Mol. Biol. 40 (Supplementary I): 31, 11 94), and International Publication Nos .: 88/6626, 90/0594, 91/13157, 92/1796 No. 92/21376 (Bacille Calmette Guerin) It is described. For bacterial vectors, the polynucleotides of the present invention may comprise a bacterial genome. Or can be inserted into a plasmid or integrated into a plasmid, for example. It can stay in a detached state. Adjuvants can also be added to compositions containing the bacterial vector vaccine. Many adjuvants that can be used are known to those skilled in the art. For example, preferred New adjuvants can be selected from the list shown below. In a fourth aspect of the present invention, (i) a polynucleic acid of the present invention together with a diluent or carrier. Important compositions comprising nucleotides; (ii) therapeutic or therapeutic use of the polynucleotides of the invention. A pharmaceutical composition comprising a prophylactically effective amount; (iii) an immune response, eg, Helicobacter Immunization of a polynucleotide of the invention to elicit a protective immune response against Administering a biologically effective amount to a mammal to produce Helicobacter in the mammal. Against A method of inducing an immune response; and (iv) treating an individual in need of such treatment with By administering a prophylactically or therapeutically effective amount of a polynucleotide of the invention, Helicobacter (for example, H. H. pylori, H .; Ferris, H. Mustera, or H. F Also provided is a method for preventing and / or treating an illum bacillus infection. Sa Furthermore, the fourth aspect of the present invention relates to the prevention and / or treatment of Helicobacter infection. The use of the polynucleotide of the present invention in the preparation of a medicament for the treatment of Of the present invention The fourth aspect preferably replicates in a mammalian cell, eg, a mammalian cell. In a plasmid that cannot be integrated into the mammalian genome Using polynucleotide molecules placed under expression conditions. The polynucleotides (eg, DNA or RNA molecules) of the invention can be used as vaccines It can be administered like a mammal. When using the DNA molecule of the present invention , It cannot replicate in mammalian cells and integrates into the mammalian genome It can be in the form of an unrestricted plasmid. Typically, DNA molecules are expressed in mammalian cells. It is placed under the control of a currently suitable promoter. Promoters are everywhere and Can function tissue-specifically. Examples of non-tissue specific promoters include: Cytomegalovirus (CMV) promoter (US Pat. No. 4,168,062) and Rous sarcoma virus promoter (Norton et al., Molec. Cell. Biol . 5: 281, 1985). Desmin promoter (Li et al. (Li), Gene 78: 2 43, 1989; Li et al. Biol. Chem. 266: 6562, 1991; Li et al. Bio l. Chem. 268: 10403, 1993) is tissue specific and induces expression in muscle cells. More generally, useful promoters and vectors are described, for example, in WO 94/94. No./21797, and Harticka et al. (Hartikka, Human Gene Therapy 7: 1205, 19 96). For DNA / RNA vaccination, the polynucleotides of the present invention It can encode a precursor or mature form of the peptide. This is the precursor type When loaded, the precursor sequences can be homologous or heterologous. In the latter case, the organization type Eukaryotic leader sequence such as the rasminogen activator (tpA) leader sequence Columns can be used. A composition of the invention may comprise one or several polynucleotides of the invention. Can be. This can also be such as urease subunit A, B or both. At least one additional polynucleotide encoding another Helicobacter antigen Otides, or fragments, derivatives, variants, or analogs thereof can be included . Such as interleukin-2 (IL-2) or interleukin-12 (IL-12) Polynucleotides encoding cytokines may also enhance the immune response It can be added to the composition. These additional polynucleotides are suitable for expression. Is placed under proper control. The DNA molecules of the invention and / or additional DNA molecules have the same composition If they are included, they are conveniently transported on the same plasmid. For preparation of the therapeutic polynucleotide of the present invention, conventional methods can be used. An example For example, polynucleotides include anionic liposomes, cationic liposomes, microparticles E.g., fine gold particles, sedimentation agents such as calcium phosphate, or other trans It can be used as it is without a transport medium such as a transfection enhancer. Wear. In this case, the polypeptide, with or without a carrier, sterile physiological saline, or Is easily diluted in a physiologically acceptable solution such as sterile buffered saline be able to. If a carrier is present, the carrier is preferably isotonic, hypotonic, or weak. Hypotonic, for example, as obtained by a sucrose solution containing 20% sucrose. ON strength is relatively low. Alternatively, the polynucleotide may be associated with an agent that aids cellular uptake. it can. That is, (i) alter cell permeability like bupivacaine Chemical substances (see, for example, International Publication No. 94/16737), (ii) Liposome Inclusion bodies in the soma, or (iii) cationic lipids or silica, gold or tan It can be related to gustene microparticles. Anions and neutral liposomes are well known in the art (eg, liposomes). For a detailed description of how to make liposomes, see Liposome: A Practical Approach (Lipo somes: A Practical Approach), see RPC New Ed, IRL Press, 1990) Useful for transporting a wide range of products, including polynucleotides. Cationic lipids can also be used for gene delivery. Such lipids are examples For example, DOTMA (N- [1- (2,3-dioleyloxy) propyl] -N, N, N-trimethyl chloride Ammonium), a lipofection registered trademark, DOTAP (1,2-bis ( Oh Railoxy) -3- (trimethylammonio) propane), DDAB (dimethyldibromide) Kutadecyl ammonium), DOGS (dioctadecylamidoroglysyl spermine) ), And cholesterol derivatives. Theories about these cationic lipids Akira describes in European Patent No. 187,702, International Publication No. 90/11092, U.S. Patent No. 5,283,185 No., WO 91/15501, WO 95/26356, and U.S. Pat. It can be seen in 5,527,928. The cationic lipid for gene transfer is DOPE ( Dioleyl phosphatidylethanolamine; International Publication No. 90/11092) It is preferable to use by binding to a neutral lipid such as Contains cationic liposomes Other transfection promoting compounds can be added to the formulation. Many of them are, for example, WO 93/18759, WO 93/19768 As described in WO 94/25608 and WO 95/2397. You. Some of them are effective, for example, to facilitate DNA transport across the nuclear envelope. Permine derivatives (for example, see WO 93/18759) and GALA, Membrane-permeable compounds such as cydin S, and cationic bile salts (eg, See WO 93/19768). Fine particles of gold or tungsten are also disclosed in WO 91/359, 93/17706 And gene transfer as described by Tang et al. (Tang, Nature 356: 152, 1992). Can be used. In this case, U.S. Pat.No. 4,945,050, U.S. Pat. As described in International Publication No. Injection of nucleotide by intradermal or intraepithelial route using a needleless syringe ("gene gun") Can be fired ("gene gun"). The amount of DNA used in a vaccine can be, for example, the amount of DNA used in a DNA construct. Motor strength, the immunogenicity of the expressed gene product, the condition of the mammal to be administered ( (Eg, mammal weight, age, and general health), modes of administration, and formulations Depends on the type of Generally, a therapeutically or prophylactically effective amount of about 1 μg to about 1 mg. , Preferably about 10 μg to about 800 μg, and more preferably about 25 μg to about 250 μg Can be administered to adult humans. Dosing may be done once or repeated at intervals. It can be done by giving. The administration route may be any conventional route used in the vaccine field. No. As general guidance, the polynucleotides of the present invention can be used on mucosal surfaces, e.g., Ocular, nasal, lung, buccal, intestinal, rectal, vaginal or ureteral surface mucosa or parenterally By route, for example, intravenous, subcutaneous, intraperitoneal, intradermal, intraepidermal, or intramuscular Can be administered. The choice of the route of administration depends, for example, on the formulation selected. Bupi Polynucleotides formulated in connection with bacaine are effective when administered to muscle. is there. Using neutral or anionic liposomes or cationic lipids such as DOTMA Intravenous, intranasal (eg, aerosolized), intramuscular, intradermal, and intravenous It can be conveniently administered by the subcutaneous route. Polynuk in its original form Leotide can be effectively administered by intramuscular, intradermal or subcutaneous routes . Although not absolutely necessary, such compositions should also include an adjuvant Can be. Systemic adjuvant that does not require co-administration to show adjuvant effect Are preferred. The sequence information provided in the present application allows it to be used in diagnostics Special nucleotide probes and primers can be designed. Follow In the fifth aspect of the present invention, any one of SEQ ID NOs: 1 to 169 (odd) That are found in the sequences shown or that are due to the degeneracy of the genetic code. Nucleotide probes or primers derived from these sequences are provided. The term "probe" as used in the present application, as defined above, Any of the sequences set forth in SEQ ID NOs: 1-169 (odd) under stringent conditions A polynucleotide molecule having a sequence that is homologous to SEQ ID NOs: 1-169 ( Odd number) and the complementary or antisense sequence of any of the sequences shown DNA (preferably single-stranded) or RNA molecule (or any modification thereof) Or combination). In general, the probes are based on SEQ ID NOs: 1-169 (odd). Significantly shorter than the full length sequence shown. For example, they may contain from about 5 to about 100 nucleotids And preferably about 10 to about 80 nucleotides. In particular, the probe is a part of the sequence shown in any of SEQ ID NOs: 1 to 169 (odd), or Or at least 75%, preferably less than, a sequence complementary to any of such sequences. It has a sequence that is at least 85%, more preferably 95%, homologous. Probes include inosine, methyl-5-deoxycytidine, deoxyuridine, Me Modified bases such as tylamino-5-deoxyuridine or diamino-2,6-purine Can be included. Sugar or phosphate residues can likewise be modified or substituted. Wear. For example, a deoxyribose residue is a polyamide (Nielsen et al.) , Science 254: 1497, 1991) and the phosphate residue is diphosphate , Alkyl, aryl phosphonates, and phosphorothioates It can be substituted by a ter group. In addition, 2'-hydroxyl on ribonucleotides Groups can be modified, for example, by adding alkyl groups. The probes of the present invention can be used as diagnostic tests or as capture or detection probes. Can be. Such capture probes can be directly or indirectly shared on a solid support. It can be fixed by covalent or passive absorption. Detection probe Possible labels, such as radioactive isotopes; peroxidase and alkaline phosphatase Enzymes such as vatase; chromogenic, fluorescent or luminescent substrates An enzyme capable of hydrolyzing chromogenic, fluorescent or luminescent compounds; Labeled with a label selected from a nucleotide base analog; and biotin be able to. The probe of the present invention is obtained by the dot blot method (Maniatis et al., Child Cloning: Experimental Manual (Molecular Cloning: A Laboratory Manual) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 1982), Southern blot method (Southern, J. et al.). Mol. Biol. 98: 503 , 1975), Northern blotting (Southern except for using RNA as a target). Blot) or sandwich method (Dunn et al., Cell 12:23, 1977). ) Can be used in a conventional hybridization method. Skill As is known in the art, the latter technique is at least partially different from each other. Using specific capture probes and specific detection probes with otide sequences including. The primer used in the present invention contains about 10 to 40 nucleotides, and Enzymatic duplication of DNA in the process (eg, PCR), extension process, or reverse transcription. Used to initiate compounding. In diagnostic methods, including PCR, primers You can understand. For this reason, the present invention also provides (i) the detection and detection of Helicobacter present in biological material. And / or a reagent containing the probe of the present invention for identification; (ii) (a) producing a sample (B) DNA or RNA extracted from material, recovered or derived from material Sample under the stringent conditions of the present invention. Exposed to a probe, e.g., a capture probe, a detection probe, or both. Helicobacter present in biological material, including detecting hybridization (Iii) (a) recovering samples from biological material Or derived therefrom, (b) extracting DNA therefrom, (c) extracting the extracted DNA , At least one, or preferably two, primers of the invention Amplifies by remerase chain reaction, and (d) produces amplified DNA molecules Detecting and / or identifying Helicobacter present in the biological material, including: It also includes a method for As described above, the polypeptide produced by expressing the polynucleotide of the present invention Pide can be used as a vaccine antigen. Therefore, the sixth aspect of the present invention Aspects comprise a substantially amino acid sequence encoded by a polynucleotide of the present invention. It relates to a purified polypeptide or polypeptide derivative. A "substantially purified polypeptide" is one that has been separated from its naturally occurring environment. Polypeptides and / or many other polypeptides present in the environment during synthesis Is defined as a polypeptide without contamination. The polypeptide of the present invention may comprise a helicopter Can be purified from natural sources such as Bacter strains or recombinant It can be produced using methods. A polypeptide or polypeptide homologous to that encoded by the polynucleotide of the present invention. Since the peptide derivative has specific antigenicity, SEQ ID NO: 2-170 (even number) Antiserum raised against a polypeptide having the amino acid sequence shown in any of the above Can be screened by a cross-reactivity test using Simply put For example, expression products from the MBP, GST or histidine tag systems, Is a purified control polypeptide, such as a synthetic peptide expected to have antigenicity Of high titer antiserum specific to a single antigen against peptide or fusion polypeptide can do. To screen for specific antigenicity of Homologous polypeptides or derivatives may be themselves or as fusion polypeptides. Can be created. In the latter case, an antiserum against the fusion polypeptide When creating, two different fusion systems are used. Specific antigenicity is Western blots (Towbin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76: 4350, 1979), using a number of methods, including dot blots and ELISA. , Can be detected. For western blot assays, the product to be screened is purified material Alternatively, the whole extract of Escherichia coli is used, for example, in Laemmli (Nature 227: 680, 19 Fractionate fractions by SDS-PAGE as described in 70). Nitrose sample After transferring to a filter such as Lurose membrane, about 50 to about 5000 times, Single antigen-specific high titer anti-blood, preferably diluted in the range of about 100- to about 500-fold React with Qing. Band corresponding to product is reactive at any dilution in the range Indicates that specific antigenicity was detected. In an ELISA assay, the product to be screened is Can be used in the form. Purified material is preferred, but can also be used in whole cell extracts. Can be. Briefly, about 100 μl of about 10 μg protein / ml material was added to a 96 well Dispense into the wells of the ELISA plate. After treating the plate at 37 ° C for about 2 hours, Treat overnight at ° C. Place the plate in 0. Phosphate buffered saline containing 05% Tween 20 (PB S) Wash with (PBS / Tween buffer) and remove wells to prevent nonspecific antibody binding Is filled with 250 μl of PBS containing 1% bovine serum albumin (BSA). 1 hour at 37 ° C After processing, the plate is washed with PBS / Tween buffer. Antiserum, 0. 5% BSA Dilute serially with PBS / Tween buffer containing 100 μl / well. Plate Wash at 37 ° C. for 90 minutes and evaluate using standard methods. For example, rabbit In the case of using the specific antibody prepared in the above, goat anti-rabbit conjugated with peroxidase Serum can be added. After treatment at 37 ° C. for 90 minutes, the plate is washed. Appropriate The reaction is allowed to proceed by adding a new substrate, and the reaction result is measured for absorbance (measured with an absorptiometer). Absorbance). Under these experimental conditions, a factor of at least about 50 is preferred. Or at least about 500 times the dilution. D. Value 1. If 0 is counted, the reaction is positive. Is shown. Dot blot assays may not work with whole cell extracts However, purified products are preferred. Briefly, a solution of the product at a concentration of about 100 μg / ml With 50 mM Tris-HCl (pH 7. Dilute two times stepwise in step 5). Add 100 μl of each dilution to 0 . Drop onto a filter such as a 45 μm nitrocellulose membrane, and use a 96-well dot And set it on the cutting device (Biorad). Aspirate system to remove buffer . 50 mM Tris-HCl (pH 7. Wash wells by adding 5) and air dry the membrane. Blocky Buffer (50 mM Tris-HCl (pH 7. 5), 0. 15M NaCl, 10g / l skim milk) And react with antiserum diluted about 50- to about 5,000-fold, preferably about 500-fold. Let The reaction is detected using standard methods. For example, singularities created in rabbits If a specific antibody is used, add goat anti-rabbit serum conjugated with peroxidase. Can be. After treatment at 37 ° C. for about 90 minutes, the blot is washed. Add the appropriate substrate To stop the reaction. After that, the appearance of colored spots was measured using a colorimeter. Measure the response visually. Under these experimental conditions, at least about 50-fold is preferred. Alternatively, if a colored spot of the reaction performed at least about 500 times dilution is detected, The reaction is positive. The therapeutic or therapeutic use of the polypeptide or polypeptide derivative of the present invention. Alternatively, prophylactic utility can be assessed as described below. According to a seventh aspect of the present invention, (i) a diluent or a carrier together with a diluent or a carrier of the present invention. A composition of a material comprising the polypeptide, (ii) a polypeptide of the invention, A pharmaceutical composition comprising a protectively effective amount; (iii) a protective composition against Helicobacter, for example. In order to elicit an immune response, such as an immune response, the immunological Administering to a mammal an effective amount of Helicobacter in the mammal. A method of inducing an immune response, and (iv) the method of By administering a propeptide in a prophylactically or therapeutically effective amount, a helicobacter (For example, H. Pylori, H. felis, H. mustelae or H. heilmanii) Predict infection Methods for preventing and / or treating are provided. Further, this aspect of the invention includes It is important when manufacturing drugs to prevent and / or treat Lycobacter infections. Also included is the use of the disclosed polypeptides. The immunogenic composition of the present invention can be used, for example, for mucosa (eg, eyes, nasal cavity, lung, oral cavity, stomach, Intestinal, rectal, vaginal, or ureteral) or parenterally (eg, subcutaneous, intradermal) Used in the field of vaccines, such as, intramuscular, intravascular, or intraperitoneal) routes Administration can be by any of the usual routes. The route of administration depends on the It is selected by a number of parameters such as adjuvant. For example, for mucous membranes If an adjuvant is used, the nasal or oral route is preferred, If an agent or an aluminum compound is used, the parenteral route is preferred. In the latter case Is most preferably by the subcutaneous or intramuscular route. Also, depending on the nature of the vaccine substance However, the route of administration is limited. For example, a polypeptide of the present invention may comprise CTB or LTB Is best administered to the mucosal surface. The composition of the invention comprises one or several polypeptides or derivatives of the invention. May be lost. It is also at least another kind of urease apoenzyme Helicobacter antigens or subunits, fragments, and phases derived therefrom It may also include homologues, variants, or derivatives. For use as a composition according to the present invention, it may facilitate transport and / or immunoreactivity. Polypeptide or polypeptide derivative for neutral or neutral Of anionic liposomes, microspheres, ISKOMS, or virus-like particles (VLPs) It can be formulated in or with such liposomes. This These compositions can be readily used by those skilled in the art; for example, liposomes: See Roach (Liposomes: A Practical Approach) (supra). Other than liposomes Adjuvants are also known in the art and can be used in the present invention. (For example, see the list given below). Dosing may be performed once or, if necessary, repeated at appropriate intervals as determined by one skilled in the art. It is possible to For example, three times after the first dose at weekly or monthly intervals You can also apply a boost. The appropriate dose depends on the nature of the recipient (eg, Whether the recipient is an adult or a child), specific vaccine antigens, route and frequency of administration, The presence or absence or type of adjuvant, and favorable effects (eg, prevention and And / or treatment) and can be readily determined by one skilled in the art. It can be. Generally, the vaccine antigens of the invention will comprise from about 10 μg to about 10 μg. It can be administered to the mucosa in an amount of 500 mg, preferably in the range of about 1 mg to about 200 mg. is there. For administration by the parenteral route, usually the dosage is about 1 mg, preferably about 1 mg. 00 Do not exceed μg. When used as a vaccine component, the polynucleotides and polypeptides of the invention Can be used continuously as part of a multi-step immunization process is there. For example, mammals may be initially used for vaccines of the invention, such as poxviruses. Vector, for example, parenterally stimulated, then the vaccine vector encodes The polypeptide is boosted twice, eg, via the transmucosal route. Another example Liposome bound to the polypeptide or polypeptide derivative of the present invention First stimulation with a mucosal adjuvant (eg LT) Transmucosally with a clear water-soluble polypeptide or polypeptide derivative. Apply a blast. The polypeptides and polypeptide derivatives of the present invention can also be used, for example, in blood samples. Can also be used as a diagnostic to detect anti-Helicobacter antibodies present in Noh. Such polypeptides have from about 5 to about 80, preferably from about 10 to about 50 It has an amino acid chain length and can be used without labeling according to the diagnostic method. So A diagnostic method involving such an agent is described below. Expressing a polynucleotide molecule of the invention to a polypeptide or polypeptide Can be produced and purified using known methods. example For example, fusion of a polypeptide or polypeptide derivative to facilitate purification It can be produced as a fusion protein containing a tail. This fusion product Immunizing small mammals, such as mice or rabbits, A single antigen-specific antibody to a derivative of a peptide or polypeptide Can be used. Therefore, the eighth aspect of the present invention relates to a polypeptide of the present invention. Or to provide a single antigen-specific antibody that binds to a derivative of the polypeptide. You. The term “single antigen-specific antibody” refers to a single, naturally occurring Helicobacter -Means an antibody capable of reacting with the polypeptide. The antibody of the present invention is polyclonal Or it can be monoclonal. Monoantigen-specific antibodies include, for example, chimeras (and For example, it consists of a variable region derived from mouse and a constant region derived from human, and humanized (for example, For example, human immunoglobulin constant regions and variables derived from animals such as mice Region), and / or a single chain. Polyclonal Antibodies and monoantigen-specific antibodies can also both be, for example, F (ab) '2 or It can also be in the form of an immunoglobulin fragment, such as a piece. Antibodies of the present invention include, for example, Ig Can be of any isotype, such as G or IgA, polyclonal Antibodies may consist of a single isotype or may contain a mixture of isotypes It is possible. The present invention that can be created for the polypeptide or polypeptide derivative of the present invention Antibodies, for example, by Western blot, dot block Using standard immunological assays such as ELISA or ELISA. (Eg, Coligan et al., Current Protocols in Im munology), John Wiley & Sons, Inc. , New York, NY, 1994) And it is possible. These antibodies are used to detect helicobacters present in specimens, such as biological specimens. It can also be used in diagnostic methods for detecting receptor antigens. These antibodies are Further, the affinity for purifying the polypeptide or the derivative of the polypeptide of the present invention can be improved. It can also be used for the chromatographic method. As discussed further below, These antibodies can also be used for prophylactic and therapeutic passive immunization . Accordingly, the ninth aspect of the present invention provides (i) the antibody, polypeptide or To detect the presence of Helicobacter in biological samples containing polypeptide derivatives And (ii) the antibody, polypeptide or polypeptide derivative of the present invention. Is contacted with a biological specimen to form an immune complex, and the specimen or the organism from which the specimen is derived By detecting the complex as evidence of the presence of Helicobacter in it, Provided is a diagnostic method for detecting Helicobacter present in an object specimen. Sample components and Form an immune complex with the antibody, polypeptide or polypeptide derivative. After removing all unbound material, the complex is detected. For example, a blood test Polypeptides to detect anti-Helicobacter antibodies present in specimens such as the body Reagents can be used, but the antibodies of the present invention can be used as a gastric extract or biopsy sample. For the presence of Helicobacter polypeptide in such samples Can be used to For use in diagnostics, reagents (eg, antibodies, polypeptides or polypeptides of the invention) may be used. Derivative) can be in the free state or, for example, Can also be fixed to a solid support phase, such as the surface of . Fixation can be performed in a direct or indirect manner. As a direct measure, Immobilize the support phase and reagents passively (ie, non-covalently) or covalently It is included. The term "indirect method" refers to an anti-reagent component that reacts with a reagent. Means to adhere to a solid support phase. For example, using a polypeptide reagent In some cases, antibodies that bind to this reagent may not be necessary to recognize antibodies in biological specimens. If it binds to tope, it acts as an anti-reagent component. As an indirect method Also, molecules such as vitamins can be further bound to the polypeptide reagent, Ligand-receptor systems, such as immobilizing the receptor corresponding to Can be used. This concept is based on the famous biotin-streptavidin system. System. Or, for example, using chemical or genetic engineering techniques Add a peptide tail to the drug and perform a passive adsorption or covalent bond at the peptide tail. Use indirect means to fix the addition or fusion product be able to. According to a tenth aspect of the present invention, the use of the single antigen-specific antibody of the present invention A biological sample, including performing affinity chromatography of the biological sample using Provide a process for purifying the polypeptide or derivative of the polypeptide of the present invention. You. When using the present invention in a purification process, the antibodies may be polyclonal or single antigen specific. The target may be of the IgG type. Purified IgG can be obtained from antisera by standard methods. (Eg, Coligan et al., Supra). Conventional chromatography Chromatographic carriers can be prepared, for example, according to Harlow et al. (Antibodies: A Laboratory Manual ), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York, 1 988). Briefly, H. preferably extracted in buffer. Organisms like H. pylori extract The sample is preferably chromatographically equilibrated with the buffer used to dilute the biological sample. A polypeptide of the present invention or a derivative of the polypeptide, (Ie, the antigen) is adsorbed to the carrier. Gels or antibodies coupled to the antibodies of the invention Chromatographic supports such as resins can be in batch or column form. Can be. Wash off the components of the terminal binding, and add a glycine buffer such as guanidine salt. Buffers containing chaotropic agents such as acids, or high salt concentrations (eg, 3M MgC l_TwoThe antigen is eluted with a suitable elution buffer, such as the buffer of (1). Eluted flux The antigen is recovered by collecting the solution and measuring the absorbance at 280 nm, for example. Detect whether or not. The antibodies of the present invention can be used to screen for therapeutic effects as follows. Wear. According to the tenth first aspect of the present invention, (i) the diluent or carrier is (Ii) a single antigen-specific antibody of the present invention; A pharmaceutical composition comprising a therapeutically or prophylactically effective amount of An individual can be administered a therapeutically or prophylactically necessary amount of a monoantigen-specific antibody of the invention. And, depending on the helicobacter (eg, H.pylori, H.felis, H.mustelae or H. .heilmanii) Present methods of treating or preventing infection. Further, the tenth aspect of the present invention The first aspect involves creating drugs to treat or prevent Helicobacter infections. And the use of the single antigen-specific antibody of the present invention. Monoantigen-specific antibodies can be polyclonal or monoclonal, Preferably, it is mainly of the IgA isotype. In passive immunization, this antibody is On the mucosal surface of a mammal, such as the gastric mucosa, for example orally or intragastrically. Is administered in the presence of a bicarbonate buffer according to. Alternatively, need bicarbonate buffer It is also possible to carry out systemic administration without the use. The single antigen-specific antibodies of the present invention As a mixture with a single antigen-specific antibody specific for the Helicobacter polypeptide And can be administered. Those of skill in the art will be able to determine the amount of antibody used and the particular formulation. Can be easily determined. For example, about 100 to 1,000 mg of antibody administered daily for one week Or 3 doses of about 100-1,000 mg of antibody daily for 2-3 days Doing so can be useful for many purposes. Efficacy in treatment or prevention may be determined by standard methods in the art, e.g., Induction of mucosal immune response or prophylactic and And / or measurement of induction of therapeutic immunity, and Lee et al. (Eur. J. Gastroenterology & He patology 7: 303, 1995) or Lee et al. (J. Infect. Dis. 172: 161, 1995). It can be evaluated by procedures. One skilled in the art will recognize that the H. felis species in this model Can be recognized as being replaced by strains of other Helicovobacter species. Is expected. For example, polynucleotide molecules and polypep from H. pylori Pide efficacy is preferably assessed in a mouse model using strains of H. pylori species. It is. Infection protection measures the extent of Helicobacter infection in stomach tissue, such as Urea. By assessing their activity, bacterial counts, or gastritis, and comparing Can be determined. When infection is reduced compared to the control group, He is shown. Such an evaluation method is similar to that for the antibody of the present invention. For nucleotides, vaccine vectors, polypeptides, and polypeptide derivatives Can also be done. For example, antibodies of the invention are described in various concentrations, such as those described by Lee et al. (Supra). As described above, H. pylori can be administered to the gastric mucosa of mice previously infected. That After a suitable time, the bacterial load on the mucous membrane is checked for urease activity. It can be judged by evaluating in comparison with the group. If urease activity decreases, This shows that the antibody is therapeutically effective. The adjuvant used in any of the previously described vaccine compositions is It is as follows. Adjuvants for parenteral administration include, for example, aluminum hydroxide Aluminum, aluminum phosphate, aluminum hydroxyphosphate Compound. Antigen is precipitated with aluminum compounds by standard methods. Or can be adsorbed. Other horses such as RIBI (ImmunoChem, Hamilton, MT) Subant can also be used for parenteral administration. Adjuvants that can be used in the case of mucosal administration include, for example, cholera toxin (CT), E. coli non-thermostable toxin (LT), Clostridium difficile (Clostridium difficile) toxin A, pertussis (pertussis) toxin (PT), and Bacterial toxins, such as combinations thereof, and their subunits, toxois Or mutants. For example, the natural cholera toxin subunit CTB A purified product can be used. Fragments, homologues, derivatives, And fusions, as long as they maintain adjuvant activity In Wear. Preferably, a mutant with reduced toxicity is used. Suitable variants are, for example, WO 9 5/17211 (Arg-7-Lys CT mutant), WO96 / 6627 (Arg-192-Gly LT mutant), and WO95 / 34323 (Arg-9-Lys and Glu-129-Gly PT variants). Of the present invention Other LT variants used in methods and components include, for example, Ser-63-Lys, Ala-69 -Gly, Glu-110-Asp and Glu-112-Asp variants are included. E. coli, Salmo Nera Minnesota (Salmonella minnesota), Salmonella typhimurium ( Salmonella typhimurium or Shigella flexneri ) Etc., bacterial monophosphate lipid A (MPLA), saponin, and glycolated poly milk Other adjuvants, such as sugar (PLGA) microspheres, may also be used for mucosal administration it can. Mucous membranes such as polyphosphazene (WO 95/2415) Adjuvants that serve both parenteral and parenteral administration can also be used. The polynucleotide, polypeptide, derivative of the polypeptide, or anti- Any of the pharmaceutical compounds of the present invention, including the body, can be produced using standard techniques. can do. This can be, for example, water, if desired, or Phosphate buffer containing bicarbonates such as 0.1 to 0.5M as well as sodium bicarbonate In a pharmaceutically acceptable diluent or carrier, such as saline, including saline. Therefore, it can be prescribed. Bicarbonate is intended for oral or intragastric administration Can be effectively added to the preparation. Generally, the diluent or carrier is The choice can be made based on the mode and route of administration, as well as standard pharmaceutical practice. Suitable pharmaceutical carriers and diluents are prepared for use in pharmaceutical formulations. Standard reference in this field and USP / NF, as well as pharmaceutical requirements Listed in Remington's Pharmaceutical Sciences You. The present invention also provides a gastroduodenal infection, such as a Helicobacter infection, with an antibiotic, Antisecretory agents, bismuth salts, antacids, sucralfate, or combinations thereof Together with the Helicobacter polypeptide of the present invention and a mucosal adjuvant by oral administration. It includes a method of treating by giving. Such vaccine antigens and adjuvants Examples of compounds that can be administered with a drug include the following; Lolides, tetracyclines, β-lactams, aminoglycosides, quinolos , Penicillins, and their derivatives (special compounds that can be used in the present invention). Examples of new antibiotics include, for example, amoxicillin, clarithromycin, Clin, metronidazole, erythromycin, cefuroxime, and erythroma Isin); for example, H2 receptor antagonists (eg, cimetidine, lantidine , Famotidine, nizatidine, and loxotidine), proton pump inhibitors (Eg, omeprazole, lansoprazole, and pantoprazole ), Prostaglandin analogs (eg, misoprostil and enprostil) ), And anticholinergics (eg, pirenzepine, telenzepine, carbenoxo) ) And antisecretory agents, including colloidal bismuth Enoic acid salt, trisodium bismuth dicitrate, bismuth hyposalicylate, diquat Acid peptides, and bismuth salts containing pepto-bismol (eg Goodwin et al.) Helicobacter pylori, biology and clinical training (Helicobacter pylori, Bio logy and Clinical Practice), CRC Press, Boca Raton, FL, pp 366-395, 199 3; Clinician's Desk Reference, 49th edition, Medical E conomics Data Production Company, Montvale, New Jersey, 1995). Further For example, such as bismuth subcitrate with ranitidine bound thereto Compounds in which one or more of the above components are bonded to each other can also be used. The present invention Also, the compounds for carrying out these methods, namely the Helicobacter antimicrobial agents of the present invention, An antigen (or antigens), an adjuvant, and one or more of the above compounds Compounds containing the above in a pharmaceutically acceptable carrier or diluent are also included. The amount of the above compound used in the method and composition of the present invention can be easily determined by those skilled in the art. Can be determined. Furthermore, those skilled in the art can easily plan treatment / immunization. Wear. For example, administering a non-vaccine compound until days 1-14, and administering the vaccine antigen + Adjuvant is administered on days 7, 14, 21 and 28. The methods and pharmaceutical compositions of the invention are useful for treating Helicobacter infections, and And atrophic gastritis and peptic ulcer diseases such as gastric and duodenal ulcers Used to treat or prevent gastroduodenal disease associated with these infections, including be able to. The clone of the present invention was originally isolated by the transposon shuttle mutagenesis method. It was done. In short, this method uses a TnMax9 mini-blaM transformer Dzong is inserted into the H. pylori gene library prepared in E. coli Used to make a difference. 192 active β-lactamase fusion proteins E. coli clones expressing the quality are obtained, indicating that each target plasmid Contains the H. pylori gene encoding extracytoplasmic protein. Pieces Each mutant is transferred to H. pylori P1 or P12 chromosome by natural transformation As a result, 135 different H. pylori variants were obtained. This method is described below. Describe in more detail. To mutate the H. pylori library in E. coli, a transposon TnMax9 (Kahrs et al., Gene 167: 53, 1995) was used. As shown in FIG. 1A, TnMax9 is Cat close to the inverted repeat (IR)_GC-Promote in addition to resistance gene Non-expressed, encoding β-lactamase without a promoter or signal sequence Contains an open reading frame (mature β-lactamase, bla M; Kahrs et al., Supra). Ampicillin resistance by producing extracellular BlaM fusion protein (Amp^R) To be cloned, the H. pylori gene cloned in E. coli It is necessary to express the offspring. The minimal vector pMin2 (Kahrs et al., Supra) ; See Figure 1B) is a weak constitutive promoter upstream of the multiple cloning site. (P_iga) To ensure the expression of the H. pylori gene in E. coli. It was used to generate a H. pylori library. When making a library, H. pylori DNA was partially digested with Sau3A and HpaII. , Size-selection by agarose gel electrophoresis for purification, The piece was ligated into the BglII and ClaI sites of pMin2. Transfer the library to TnMax9 Electroporation of Escherichia coli E181 (pTnMax9) strain, which is a derivative of HB101 containing sponges, Therefore introduced. As a result, about 2,400 independent transformants were obtained. Plastic More than 95% of the sumids contained inserts between 3 and 6 kilobases, indicating that 1 .7 megabase H. pylori chromosomes are statistically covered by this library Was shown. Not all plasmids have target genes with extracellular translocation sequences The library was not expected to contain a total of 198 pools (20 pools). 24 pools of loans and 174 pools of 11 clones) . Using a swab, place 11 or 20 independent colonies in an Eppendorf tube. 0.5ml L Inoculate B and stir, 100 ml of suspension, maintaining both plasmids For addition of tetracycline and chloramphenicol to select Spread on LB agar plate. TnMax9, 100 mM isopropyl-b-D-thiogala Each pool was individually transduced by induction with cuctoside (IPTG) (Haas et al. , Gene 130: 23-21, 1993). 25 ml of donor strain (E181), 25 ml of mobilizer ( HB101 (pRK2013)) and 50 ml of the recipient strain (E145) were added to each bacterial suspension. (O.D.₅₅₀= 10) to transfer the plasmid to E145 by triparental conjugation. Transferred. Bonding is performed on a nitrocellulose filter placed on an LB plate. At 37 ° C. for 2-3 hours. Suspend the bacteria in 1 ml of LB and aliquot chloramphenico On LB plates containing urea, tetracycline, and rifampicin. Each pool produces a chloramphenicol resistant transconjugate in E145. And showed that both metastasis and conjugation were successful. In general Indicates that even if thousands of chloramphenicol-resistant transconjugates are obtained, amp^RThe number of colonies varies from one to several hundred colonies per pool. Was. Two Amps from each positive pool^RIsolate colonies, purify plasmid DNA, The DNA was further analyzed by restriction enzyme analysis. Distinctly different plasmid claw Or the TnMax9 insertion mapped to distinctly different regions of the same clone. Only one pool was used for subsequent steps. From 158 out of 198 pools, ampicillin resistant E145 transconjugates (80%), inserted into the TnMax9-expressing gene in some pools And was shown to produce extracellular BlaM fusion proteins. in this way Then, from 198 pools, a total of 192 Amps^ROf the E145 clone Isolated by transfer. In order to analyze the mutant library, the specific TnMax9 inactivated It was determined whether the gene sequence was expressed once or several times throughout the library. Amp to E145^RPlasmids containing 5 transposons (pMu7, pMu 13, pMu75, pMu94 and pMu110) were randomly selected and the DN near the TnMax9 insertion sequence was selected. Isolate the A fragment and allow 120 Amps^RIn Southern hybridization of clones Used as a probe. Hybridization isolated from pMu7, pMu75, and pMu94 Solution probes range in size from 0.9 to 1.1 kilobases and contain homologous plasmids. Hybridized only to the inserted sequence. In contrast, clones of pMu13 and pMu110 The areas near TnMax9 were 4.0 and 5.5 kilobases, respectively. These are Hybridization to the homologous plasmid and another clone of the library, respectively. Redidized. The longer the hybridization probe, the liver the probe Because of the high probability of finding homologous sequences in the rally, these results are expected. It was what was. Each ORF encoding a protein that is thought to be produced extracellularly In order to confirm that the sponge was inserted, five representative AmpR mutant clones Base sequence of DNA near TnMax9 of the sequence (pMu7, pMu12, pMu18, pMu20 and pMu24) TnMax9 using M13 forward and reverse primers (Fig. 1A). This analysis shows that mini-transposons OR that encodes the predicted protein It became clear that F was suspended. In the two clones, above the blaM gene Sequences located in the flow are putative ribosome binding sites and potential translation initiation (ATG). For other clones, the ORF has the entire sequence ( About 400 base pairs upstream and downstream of the TnMax9 insert) or TnM It is clear that it is either ORF terminating immediately after the site of the ax9 insertion sequence became. A database search was performed using partial sequences of different ORF proteins. However, no significant homology with the known protein was obtained. In addition, it encodes a H. pylori cytotoxin that forms extracellular vacuoles, such as vacA. Known genes to be identified by this method, and mutant libraries We examined how frequently these mutations were found in the. Total of 135 variants Cell lysates were purified from H. pylori cytotoxin-specific rabbit antiserum AK197 (Schmitt et al., Mol. Microbiol. 12: 307-319, 1994). two Mutants (mutants P1-26 and P1-47) no longer produce cytotoxin antigens Once identified and the partial DNA sequence of the insertion site was determined, TnMax9 Inserted at a specific position in the vacA gene 56 and 53 codons downstream of the I understood. Therefore, by analyzing the properties of collected mutants, they are exported out of cells The target gene encoding H. pylori protein was efficiently labeled with TnMax9. It was confirmed that a representative gene library could be constructed in E. coli. Create a collection of mutants that lack specific export proteins In order to do so, the mutant must be returned to the H. pylori chromosome. Natural transformation As a result, 86 plasmids were transformed into the original strain P1. The natural form of DNA Transformable H. pylori strains P1 or P12 were transformed with circular plasmid DNA (0.2-0.5 mg / Transformation). Transformation to streptomycin resistance is Chromosomal DNA isolated from the H. pylori mutant of NCTC 11637 resistant to tomycin (1 mg / trait Conversion) using the method described by Haas et al. (Mol. Microbiol. 8: 753-760). Was performed according to 4 mg / ml chloramphenicol or 500 mg / ml streptoma Selection was performed on serum plates containing isine. Transformation frequency for specific mutants Degree is chloramphenicol, streptomycin or erythro per cfu It was calculated as the number of mycin-resistant colonies (average of three experiments). P1 shares directly For untransformed plasmids, the BlaM gene was digested with Notl and deleted, The plasmid was relicated. This method uses the same plasmid containing blaM 20 to 30 times higher transformation frequency compared to, producing 36 additional P1 mutants did. Using a blaM-deficient plasmid that does not yet transform the P1 strain, The H. pylori strain P12 was transformed, and a transformation frequency about 10 times higher than that of P1 was obtained. This As a result, 13 additional mutants were created. From the above, 192 Amps^RSelection from plasmids by chloramphenicol resistance Alternatively, a total of 135 H. pylori mutants (122 at P1 and 13 at P12) Variant) (70%). The transformation efficiency depends on the plasmid,^-Five-1x10^-7 The range was different. Are the remaining plasmids not producing any transformants? Was. The collection was frozen at -70 ° C as culture stock for each mutant. To verify that the minitransposon was correctly inserted into the H. pylori chromosome Cat for 10 representative variants_GCProbe DNA and vector pMin2 Chromosomal DNA was subjected to Southern hybridization. TnMax9 Based on previous work on shuttle mutagenesis of H. pylori based on Test and contradiction Without translating, in all cases, mini-transposons Inserted into the chromosome without insertion, which is probably due to a single cross-over. Think of a double crossover rather than a bar phenomenon Can be From the results of hybridization using the cat gene as a probe Thus, TnMax9 is located in a different region on the chromosome, which indicates that In a variant, it indicates that different target genes have been disrupted. Mutants were tested for motility, transformation tolerance, and adhesion to Kato III cells. Analyzed. Screening a collection of H. pylori mutants revealed motility, Mutants with impaired natural transformation tolerance and adhesion to gastric epithelial cell lines Could be determined. Motile variants could be divided into several classes. sand In other words, (i) a mutation that lacks the flagella major subunit FlaA and complete flagella The body; (ii) a mutant with apparently normal flagella but reduced motility; and (iii) Flagella are apparently normal, but mutants that have completely lost motility. Genetic form Two separate mutations, defective in the natural permissiveness of transversion, are mapped to different loci. Was dropped. Furthermore, two mutants that cannot bind to human gastric cancer cell line Kato III, Isolated independently. Both variants are about 0.8 kilobases apart in the same gene Possessing a transposon at the position, and has a lower self-aggregation property than the wild-type strain. I was down. Salts of clones obtained using the transposon shuttle mutagenesis method described above Using the base sequence, as described in Example 5 below, We identified a complete gene in which no transposon was inserted. The present invention is further illustrated by the following examples. Example 1 is a sig Identification of null sequences and primers for amplifying genes without signal sequences Together with the polypeptide of the present invention in the Helicobacter genome It describes the identification of a gene, such as the gene to be loaded. Example 2 uses GH PO 732, GHPO 419, GHPO 1398, GHPO 706, GHPO 1190, GHPO 986, GHPO 1420, G DNA encoding HPO 1299 and GHPO 13 was converted to a vector having a histidine tag. To produce a histidine-tagged fusion protein. It describes the manufacturing. Example 3 describes a port without a histidine tag. The DNA encoding the polypeptide of the present invention is cloned so that a polypeptide can be produced. Example 4 describes the method of the invention produced recombinantly. A method for purifying the polypeptide of is described. Example 5 shows the deposited claw. A method for recovering a nucleic acid of the present invention from a protein is described. Example 6 is based on H. Helicobacter pylori (H.pylori). Recombinant antigen GHPO 1190 is described. Example 1 Identification of genes on the H. pylori genome and signal sequence Identification and design of primers to amplify genes without signal sequence 1.A. H. Construction of H. pylori genome database H. The genome of H. pylori was determined to be 1.76 megabases long, It was provided as a text file containing a single continuous nucleotide chain. All games Nom is transferred to the program SPLIT (Creativity in Action, Inc.) ivity in Action)) and split them into 17 separate files. Contains 16 contiguous fragments containing 100,000 nucleotides and the remaining 76,000 nucleotides A 17th serial fragment was obtained. The following format is used for each of the 17 files. Headers were added: hpg0.txt (representing the first contiguous fragment), .hpg1.txt (number 2 Represents a continuous segment of the eye), and so on. 17 files created in this way from hpg0 to hp Named g16, copied and summarized, H. pylori whole genome plus Created a file to display chains. The constructed database was named "H" . H. The database of the negative strand of the H. pylori genome was first developed by SeqP up program (D.G.Gilbert, Department of Biology, Indiana University) Biology Department)) to create a reverse complementary strand of a positive strand. And then perform the same operations as described above for the plus strand, Created. This database was named "N". H. Open reading frames in the entire genome of H. pylori Register areas that are expected to encode open reading frames (ORFs). Using the registered trademark GENEMARK program (Borodovsky et al., Comp. Chem. 17: 123, 1993). Determined. For both the plus and minus strands, H. pylori ) All of the open reading frames expected to be encoded by the genome Create a database from a text file containing the annotated version Was named "O". Each open reading frame has a location on the genome, And a number indicating the relative position with respect to other genes. Manipulating text files Not needed. 1.B. H. Searching the H. pylori database The database constructed by the above method was used for the FASTA program (Pearson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85: 2444-2448, 1988). FASTA remains DNA sequences for any of the gene databases ("H" and / or "N") For searching, or using a library of open reading frames ("O ") Was used to search for peptide sequences. TFASTX is DNA data All possible reading frames (rea) of the base ("H" and / or "N" libraries) ding frame) was used to search for any peptide sequence. Reading frame In order to resolve the possibility of a shift (frameshift), Using FASTX, search the DNA database for the open reading frame of the DNA sequence. Alternatively, peptide sequences were searched against protein databases. 1.C. H. Isolation of DNA sequence from H. pylori genome FASTA identifies the exact base positions on one or more separated contiguous fragments and Therefore, a search was performed against the constructed DNA database to identify the location of the target DNA. Now. If the exact location of the target sequence is known, the sequence identified as having that gene Connect the continuous fragments to the MapDraw software package (DNAStar, Inc.) And the gene was isolated. And the gene sequence along with the surrounding DNA sequence The EditSeq. Software package (DNA slides) for further analysis Co., Ltd. (DNAStar, Inc.). 1.D. Identification of signal sequence Put the putative protein encoding the target gene sequence into the PROTEAN software The analysis was carried out using a package (DNAStar, Inc.). This analysis Protein sparseness is calculated using the Kyte-Doolittle algorithm. Predicts aqueous regions and may precede the hydrophobic core region Is to identify a certain polar residue. Such polar residues can cause many signals Typical for arrays. Then, for confirmation, the target protein was Tofu PROSITE database consisting of symbolic structures (DNAStar, Inc.) Searched against. What is generally characteristic of many signal sequences and hydrophobic regions is that The site to be determined as the prokaryotic lipid attachment site is to be identified. The above two What was confirmed between the methods was revealed at the N-terminus of any protein. If so, the estimated cleavage site was determined. In particular, immediately after the center of the hydrophobic region, alanine Any amino acid residue (A), serine (S), or glycine (G) Including In the case of lipoproteins, the cysteine (C) residue is It is often identified as the first residue (+1 residue). 1.E. Rational PCR primer design based on signal sequence identification Translation to produce a recombinant protein with a histidine tag at the N-terminus In order to clone the sequence fused to the N-terminus as a gene sequence, The gene sequence having the characteristics of the DNA sequence was omitted. Gene-specific part of N-terminal primer 5 'end is designed to start at the first codon beyond the cleavage site . For lipoproteins, the 5 'end of the N-terminal primer is at the +1 position after cleavage. Starting from the second codon immediately after the residue that can be modified. Recombinant protein Removal of the signal sequence from the DNA allows for a one-step purification and hybrid Insertion of a signal sequence into the membrane of a host strain with a hybrid construct Problems that may arise with respect to are avoided. Example 2: GHPO 732, GHPO 419, GHPO 1398, GHPO 706, GHPO 1190, GHPO 986, GHP Preparation of isolated DNA encoding O1420, GHPO1299, and GHPO13, and Production of these polypeptides as fusion proteins with gin tags 2.A. Preparation of genomic DNA of Helicobacter pylori Helicopter suspended in LB medium containing 50% glycerol and stored at -70 ° Helicobacter pylori strain ORV2001 was transformed into a colo containing 7% sheep blood. On microbial agar medium (8-10%, CO_Two, 5-7% O_Two, 85-87% N_Two ) Grow for 48 hours. Harvest cells and add phosphate buffered saline (PBS) (pH 7.2) After washing, Rapid Prep Genomic DNA Isolation Kit (Pharmacia Biotech) ) To extract DNA from cells. 2.B. Amplification by PCR GHPO 732, GHPO 419, GHPO 1398, GHPO 706, GHPO 1190, GHPO 986, GHPO 1420, GHP O 1299, and a DNA molecule encoding GHPO 13 can be prepared by the above method or the like From genomic DNA to polymerase chain reaction (PCR) using the following primers Amplify more.GHPO 732 (HPO 64) : N-terminal primer: and, C-terminal primer: GHPO 419 (HPO54) : N-terminal primer: and, C-terminal primer: GHPO 1398 (HP0 15): N-terminal primer: and, C-terminal primer: GHPO 706 (HPO 50): N-terminal primer: and, C-terminal primer: GHPO 1190 (HPO 76): N-terminal primer: and, C-terminal primer: GHPO 986: N-terminal primer: and, C-terminal primer: GHPO 1420: N-terminal primer: and, C-terminal primer: GHPO 1299: N-terminal primer: and, C-terminal primer: GHPO 13: N-terminal primer: and, C-terminal primer: The N-terminal and C-terminal primers of each clone were both 5 'clamp (cl amp) and restriction enzyme recognition sequences for cloning (BamHI (GGATCC), and XhoI (CTCGAG) or NotI (CGGCCG) recognition sequence). N-terminal primer is amplified Products are designed so that they do not encode signal sequences and cleavable sites I have. Amplification of gene-specific DNA is achieved by using a polymerase with proof-reading capability. Pwo DNA Polymerase (Boehringer Mann heim)) according to the general guidance provided by the manufacturer. Since this polymerase has exonuclease activity, two reaction mixtures (mixtures) 1) and 2) are first prepared separately and mixed immediately before the amplification reaction. A mixture of these The liquids are as follows:Composition (final concentration) Mixture 1 (ml) Mixture 2 (ml) Distilled water 160 79 dNTP (200 mM each) 40 --- 10x concentrated PCR buffer --- 20 Primer (100 nM each) 1 --- As obtained in 5.A. Template DNA (200ng) 2 --- (10-fold concentrated PCR buffer is 100 mM Tris-HCl (pH8.85), 250 mM potassium chloride (KCl ), 50 mM ammonium sulfate ((NH_Four)_TwoSO_Four), 20 mM magnesium sulfate (MgSO_Four) Mu) The amplification reaction is performed as follows:Cycle conditions Temperature (℃) Time (minutes) Number of cycles First denaturation step 96 4 1 Denaturation step 94 0.5 20 Annealing stage 50 1 20 Extension stage 72 1 20 Last extension stage 72 5 1 2.C. Transformation and selection of transformants A single PCR product was amplified in this way to a reaction volume of 20 μl and incubated at 37 ° C. Cleavage simultaneously with BamHI and XhoI or NotI for 2 hours. Digested with restriction enzymes The product is similarly digested and treated with alkaline phosphatase (CIP) from bovine small intestine. PET28a previously dephosphorylated before ligation (Novagen Manufactured). The gene fusion constructed in this way is Histidine residues are present at the N-terminus of the fusion protein. The resulting fusion protein can be affinity purified in one step. The ligation reaction (20 μl) was performed overnight at 14 ° C., and then 00 μl of fresh E. coli XL1-blue competent cells (Novagen )). Incubate cells on ice for 2 hours, then at 42 ° C for 30 seconds Heat shock for 90 seconds and place on ice for 90 seconds. Next, this sample Add to 1 ml of LB medium without selection agent and grow for 2 hours at 37 ° C. This cell is 10x and appropriate dilution on LB agar plate containing mycin (50mg / ml) Expand and incubate at 37 ° C overnight. The next day, pick 50 colonies and play second And incubate at 37 ° C overnight. Pick 5 colonies and place in 3 ml of LB medium containing kanamycin (100 mg / ml) And cultured overnight at 37 ° C. Plasmid DNA using Qiagen miniprep And quantified by agarose gel electrophoresis. Perform PCR using gene-specific primers under the conditions indicated above. Make sure that the transformant DNA has the required insert. Positive PCR results In the case of gender, out of five plasmid DNA samples extracted from E. coli XL-1blue cells E. coli BL21 (λDE3) competent cells (Novaje (Novagen; as previously described). Transformants (10) , Spread on a selection LB agar plate containing kanamycin (50 μg / ml), 50% Suspend in LB containing glycerol and store as research stock. 2.D. Purification of recombinant protein 2.Use 1 ml of frozen glycerol stock prepared as described in C. Kanamycin (25 mg) in an Erlenmeyer flask / ml) in 50 ml of LB medium. Incubate the flask at 37 ° C for 2 hours or Or the absorbance at 600 nm (OD₆₀₀) Until 0.4-1.0 is reached. The culture solution is The growth is stopped by placing the flask at 4 ° C. overnight. The next day, use 10 ml of overnight culture And the first OD₆₀₀Enter kanamycin (25 μg / ml) so that the value is about 0.02-0.04. And inoculate 240 ml of LB medium. Inoculate 4 flasks for each ORF. Cells OD₆₀₀Grow to a value of 1.0 (approximately 2 hours at 37 ° C), spin and centrifuge 1 ml Collected and analyzed on SDS-PAGE to detect leaky expression. Analyze. The remaining culture was induced with 1 mM IPTG and grown at 37 ° C. for another 2 hours. You. Final OD₆₀₀Measure the value, centrifuge at 5,000 xg for 15 minutes at 4 ° C, and spin the cells. Take it. Discard the supernatant and pellet the pellet with 50 mM Tris-HCl (Tris-HCl (pH 8.0)), 2 mM EDT. Suspended in A. For 1 liter of culture, 250 ml of buffer is used and 12,000 cells Collect by centrifugation at xg for 20 minutes. Discard the supernatant and store the pellet at -45 ° C. You. 2.E. Purification of protein 2. Thaw the pellet obtained in D. and add 95 ml of 50 mM Tris-HCl (Tris-HCl (pH 8.0) ) Re-suspend in c. Pefabloc and lysozyme, the final concentration Add 100 μM and 100 μg / ml respectively. This mixture is magnetized at 5 ° C for 30 minutes. Stir with a tick stirrer and homogenize. Ensure complete digestion of DNA 10mM magnesium chloride (MgCl_Two) In the presence of Benzonase ) (Merck) at a final concentration of 1 U / ml. This suspension is used for one cycle Ultrasonic crushing at maximum output for 3 cycles at 2 minutes per unit Using Branson Sonifier 450). Homogenized Centrifuge at 19,000 xg for 15 minutes and analyze both supernatant and pellet by SDS-PAGE. Target in the soluble or insoluble fraction, as further described in Examine the subcellular localization of the protein. 2.E.1. Soluble fraction The target protein is produced in a soluble form (ie, in the supernatant obtained in 2.E.) When the final concentration is 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.5 M sodium chloride (NaCl), 10 mM Sodium chloride and imidazole are added to the top so that it becomes imidazole (buffer A). Add. This mixed solution is filtered through a 0.45 μm membrane, and the manufacturer estimates in advance. As recommended, nickel-charged IMAC columns (Pharmacia Hi Trap chelate Sepharose (Pharmacia HiTrap chelating Sepharose); 1 ml) To After that, the column was washed with 50 column volumes of buffer A, 5 ml of buffer B (50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.5 M NaCl) Eluting with lium (NaCl), 500 mM imidazole. Monitor the elution profile by measuring the absorbance at 280 nm of each fraction. You. The fractions corresponding to the protein peaks were combined and contained 0.5M arginine. Dialysed against PBS, filtered through a 0.22 μm membrane and stored at −45 ° C. 2.E.2. Insoluble fraction The target protein is expressed in the insoluble fraction (ie, the pellet obtained in 2.E.) If so, purification is performed under denaturing conditions. Sodium chloride (NaCl), imidazo And urea at a final concentration of 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 0.5 M sodium chloride (N aCl), 10 mM imidazole, 6 M urea (buffer C) Add to After complete solubilization, the mixture was filtered through a 0.45 μm membrane and Put on the ram. The purification process on the IMAC column is based on the addition of 6M urea to all buffers and the After loading the protein, wash the column instead of 50 columns instead of 10 columns. Same as described in 2.E.1. Except that buffer C is used. The tan eluted from the IMAC column with buffer D (buffer C containing 500 mM imidazole) Combine the parkaceous fractions. Arginine is added to this solution to a final concentration of 0.5M. In addition to 0.5M arginine, and various concentrations of urea (4M, 3M, 2M, Dialysis against PBS containing 1M and 0.5M) while gradually decreasing the urea concentration You. The final dialysate is filtered through a 0.22 μm membrane and stored at −45 ° C. Or, if the above purification process is not as effective, , Two other methods can be used. The first alternative is a weak denaturant. Using N-octyl glucoside (NOG). Simple Briefly, the pellet obtained in 2.E. was mixed with 5 mM imidazole, 500 mM sodium chloride. In 20 mM Tris-HCl (pH 7.9) at a pressure of 15,000 psi Homogenized by microfluidize, 4,000-5,000xg Centrifuge for clarification. Collect the pellets and 1-2% NOG by weight per volume Containing 50 mM sodium phosphate (NaPO_Four(pH7.5)) and homogenize. NO G-soluble impurities are removed by centrifugation. Repeat the extraction steps described above and remove the pellet Extract again. Dissolve the pellet in 8M urea, 50mM Tris-HCl (pH 8.0) . The protein solubilized with urea was added to an equal volume of 2 M arginine and 50 mM Tris-HCl (pH 8. 0) and dialyzed against 1M arginine for 24-48 hours to remove urea. Final The fresh dialysate is filtered through a 0.22 μm membrane and stored at −45 ° C. A second alternative involves using a strong denaturant such as guanidine hydrochloride. No. Briefly, the pellet obtained in 2.E. was mixed with 5 mM imidazole, 500 mM sodium chloride. Microfluidization in a solution of thorium and 20 mM Tris-HCl (pH 7.9) at a pressure of 15,000 psi ( microfluidize) to homogenize Centrifuge at 4,000-5,000xg to clarify. Collect the pellet and add 6M guanidine salt Suspend in acid and pass through an IMAC column charged with nickel ions (Ni ++). Combined anti The stock is eluted with 8M urea (pH 8.5). Beta-mercaptoethanol at a final concentration of 1 mM To the eluted protein so that the eluted protein is Pass through a Sephadex G-25 column equilibrated with acid. Elution from column Add the protein slowly to 4 volumes of 50 mM phosphate buffer, pH 7.0. Ta The protein remains in the solution. 2.F. Evaluation of preventive activity of purified protein 10 Swiss Webster mice (Taconic Loves) (Taconic labs) was collected from 1 μg of colletin dissolved in physiological buffer. 25 μg of purified recombinant protein mixed with La toxin (Berna) from the rectum Immunize. Mice are immunized on days 0, 7, 14, and 21. 14 days after the last immunization H. pylori strain ORV20O1 grown in liquid culture (cells as described in 2.A. On agar plate, and after recovery, add to Brucella broth medium After resuspending, incubate in a flask at 37 ° C overnight). Administration After 14 days, the mice are killed and their stomachs removed. Urease activity in the stomach The amount of H. pylori bacteria is determined by measuring and culturing. 2.G. Production of polyclonal antibodies specific for a single antigen 2.G.1. Hyperimmune rabbit antiserum 100 μg of purified fusion polypeptide as obtained in 2.E.1. Or 2.E.2. Approximately 2 ml, in the presence of Freund's complete adjuvant, New Zealand Rabbits are injected subcutaneously and intramuscularly. 7 and 14 days after the first injection, Except for the use of incomplete Indian adjuvants, the amount is equal to the initial dose. Administer epidemics. 15 days after the last injection, the sera of the animals were collected and, without complement, 0.45 Filter through a μm membrane. 2.G.2. Highly immune ascites fluid from mice 2.E.10 to 50 μg of the purified fusion polypeptide as obtained in E.1. Or 2.E.2. 10 mice in the presence of Freund's complete adjuvant in a volume of approximately 200 μl. Injected below. 7 and 14 days after the first injection, Freund's incomplete adjuvant A booster dose is given in an amount equal to the initial dose, except that the initial dose is used. First note At 21 and 28 days after the injection, only 50 μg of the antigen is administered intraperitoneally to the mice. 21st In the eyes, sarcoma 180 / TG cells CM26684 are also administered intraperitoneally to mice (Lennette et al. Diagnostic Procedures for Viral, Rickettsia, and Chlamydia Infections for Viral, Rickettsial, and Chlamydial Infections), 5th edition, Washington D. C, American Public Health Association, 1979). Belly The aqueous solution is collected 10-13 days after the last injection. Example 3 Method for Producing Transcriptional Fusion Without Histidine Tag Encodes a polypeptide of the invention as a transcriptional fusion lacking a histidine tag The method for amplifying and cloning DNA is described below. For each clone On the other hand, based on the sequence of the polynucleotide encoding them, two PCR primers are used. The mer is designed (SEQ ID NO: 1-169 (odd number)). Using these primers This includes, for example, ORV2001 and the strain deposited under ATCC Deposit No. 43579. From any Helicobacter pylori strain and from other Helicobacter species They can also amplify the DNA encoding the polypeptide of the present invention. The N-terminal primer contains the ribosome binding site of the target gene, the ATG start site, and It is designed to include a signal sequence as well as a cleavage site. N-terminal primer Is , Facilitates 5 'clamp and subsequent cloning It is possible to include a restriction enzyme recognition site such as a BamHI (GGATCC) site . Similarly, the C-terminal primer can be used for XhoI (CTC GAG) site, and a TAA stop codon. You. Amplification of the gene encoding the polypeptide of the present invention was performed under the conditions described in Example 2. Using Thermalase DNA Polymerase . Alternatively, according to the instructions provided by the manufacturer, vent DNA polymerase (Vent DNA Polymerase) (New England Biolab) abs), Pwo DNA Polymerase (Boehringer Mann) Heim (Boehringer Mannheim) or Taq DNA polymerase (Taq DNA) Polymerase) (Appligene). is there. Appropriately cut pET, amplifying a single PCR product for each clone 24 (eg, pET 24 cut with BamHI-Xhol) and a histidine tag Transcriptional fusions were constructed that allowed expression of the protein without. The expressed product is A denatured protein that can be regenerated by dialysis against 1M arginine And can be purified. By cloning into pET24, the gene is vector-derived T7 promoter Transcribed from the ribosome to the ribosome binding site inherent in the gene. A Depends on the binding of RNA-specific DNA polymerase This allows expression of the full length open reading frame (ORF). Amplification reaction, restriction enzyme treatment And the cloning protocol are described above for the construction of the translation fusion. I will do it.GHPO 1190 Amplification of clone DNA Design of PCR primers for cloning Design two PCR primers based on the full-length gene sequence (see Table 1) . The N-terminal primer (FC1) contains the ribosome binding site of the target gene and the ATG start site , And a signal sequence (with a cleavage site). This Limer has a clamp (GCC) at the 5 'end, and is used for cloning. Sac It has an I recognition sequence (GAGCTC). C-terminal primer (RN2) is an XhoI recognition sequence (GAGCTC) for cloning , And the natural TAA stop codon. N-terminal primer (FC1): C-terminal primer (RN2): Amplification of each specified gene was based on any of the listed genes (see Table 1). Can also be achieved by applying the FC1 / RN2 primer. PCR conditions Gene-specific DNA amplification is performed using Pwo DNA Polymerase (Boehringer Mannheim). (Boehringer Mannheim) under the following conditions. This polymer Since the enzyme has exonuclease activity, two reaction solutions (mixtures 1 and 2) Are prepared separately and mixed immediately before the amplification reaction. Reaction composition:Composition (final concentration) Mixture 1 (ml) Mixture 2 (ml) Distilled water 160 79 dNTP (200 μM each) 40- 10x concentrated buffer-20 Primer 1 (100nM) 1- Primer 2 (100nM) 1- Template (200ng) 20Cycle conditions Temperature (℃) Time (minutes) Number of cycles First denaturation step 96 4 1 Denaturation step 94 0.5 20 Annealing stage 50 1 20 Extension stage 72 1 20 The last extension stage 72 1 1 A single 624 bp long PCR product was amplified and cut with SacI-XhoI pET 2 Clone to 4. As a result, a transcriptional fusion product is constructed, and no histidine tag Thus, the GHP01190 antigen can be expressed. In this example, the expression product is 1 M As a denatured protein that can be regenerated by dialysis with a luginin solution It can be purified. By cloning into pET24, the vector is inverted from the T7 promoter. Is transcribed, but its transcription is RNA-specific to the ribosome binding site inherent in GHP01190. Expression of the complete reading frame (ORF) as it depends on the binding of DNA polymerase Becomes possible. Amplification, restriction enzyme, and cloning protocols As described above for the construction of the translation fusion. Example 4: Purification of a polypeptide of the invention by immunoaffinity 4.A. Purification of specific immunoglobulin G (IgGs) The immune serum as prepared in section 2.G. was washed with 100 mM Tris-HCl (pH 8.0). Equilibrated protein A Sepharose Fast Flow (protein A Sepharose Fa) st Flow) column (Pharmacia). 10 columns in column Of 100 mM Tris-HCl and 10 columns of 10 mM Tris-HCl (pH 8.0). Then, the resin is washed. Immunoglobulin G (IgG) antibody in 0.1M glycine buffer (PH 3.0), and 0.25 ml of 1 M Tris-HCl (pH 8.0) was added to make a 5 ml fraction. To collect. The absorbance of the eluate was measured at 280 nm, and the immunoglobulin G (IgG) The fractions containing the body are combined and dialyzed against 50 mM Tris-HCl (pH 8.0). If necessary, store frozen at -70 ° C. 4.B. Column Preparation CNBr-activated Cef from Pharmacia Yu (17-0430-01) Sepharose 4B gel in an appropriate amount (1 gram of dried gel is approximately 3.5 ml of water) Provide a sum gel; gel capacity is 5-10 mg immunoglobulin per ml gel Suspend in 1 mM hydrochloric acid buffer and add a small amount of 1 mM hydrochloric acid buffer using a funnel. In addition, wash. The total volume of the buffer is 200 ml per gram of gel. Purify the immunoglobulin G antibody with 50 volumes of 500 mM sodium phosphate buffer. (PH 7.5) Dialysis at 20 ± 5 ° C for 4 hours. Thereafter, the antibody was added to a final concentration of 3 mg / m Dilute to 1 with 500 mM phosphate buffer (pH 7.5). The immunoglobulin G antibody is mixed with the gel at 5 ± 3 ° C. overnight. This gel is Fill the column with two columns of 500 mM phosphate buffer (pH 7.5). ), And 50 mM phosphoric acid containing one column volume of 500 mM sodium chloride (pH 7.5) Wash with sodium buffer. Next, transfer the gel to a tube and add 100 mM Mix with tanolamine (pH 7.5) for 4 hours and wash twice with 2 column volumes of PBS. Then, gel containing PBS containing 1 / 10,000 of merthiolate (1 / 10,000 PBS / merth iolate). The amount of immunoglobulin G antibody bound to the gel Measure the absorbance at 280 nm of the Roblin G solution, the eluate directly, and the washing solution. Measurement. 4.C. Adsorption and elution of antigen For example, the supernatant obtained in 3.E. or the solubilized pellet obtained in 3.E. The antigen solution dissolved in 50 mM Tris-HCl (pH 8.0) and 2 mM EDTA was centrifuged to 0.45 μm After filtration through a membrane, 50 mM Tris-HCl (pH 8.0) at a flow rate of about 10 ml per hour And loaded on a column equilibrated with 2 mM EDTA. Then, apply this column to a 20-fold volume of 50 mM Wash with squirrel hydrochloric acid (pH 8.0), 2mM EDTA. Or mix overnight at 5 ± 3 ℃ Can be adsorbed. Wash the adsorbed gel with 2 to 6 volumes of 10 mM sodium phosphate buffer (pH 6.8) Then, the antigen is eluted with 100 mM glycine buffer (pH 2.5). Elute the eluate with 3 ml fractions And collect, add 150 μl of 1 M sodium phosphate buffer (pH 8.0) to each . Measure absorbance at 280 nm for each fraction; combine fractions containing antibody Store at -20 ° C. Example 5: Isolation from a deposited clone encoding a polypeptide of the present invention Preparation of DNA As mentioned above, GHPO 1190 (formerly HPO76, ATCC # 98197), GHPO 1212 (formerly Is HPO18, ATCC # 98210), GHP0 1012 (formerly HPO121, ATCC # 98201), GHPO1501 (Formerly HPO45, ATCC # 98208), GHPO 1688 (formerly HPO101, ATCC # 98198), GHPO 346 (formerly HPO116, ATCC # 98200), GHPO 1200 (formerly HPO7, ATCC # 98211), G HPO1538 (formerly HPO104, ATCC # 98199), GHPO1398 (formerly HP015, ATCC # 98214) , GHPO 1001 (formerly HPO58, ATCC # 98206), GHPO 470 (formerly HPO132, ATCC # 982) 02 ), GHPO 689 (formerly HPO9, ATCC # 98203), GHPO 1550 (formerly HPO38, ATCC # 982) 04), GHPO 1620 (formerly HPO87, ATCC # 98205), GHPO 574 (formerly HPO71, ATCC # 98217), GHPO 329 (formerly HPO70, ATCC # 98219), GHPO1374 (formerly HPO80, ATC C # 98215), GHPO 956 (formerly HP095, ATCC # 98216), HPO 98 (ATCC # 98218), GH PO 1346 (formerly HPO57, ATCC # 98220), GHPO 706 (formerly HPO50, ATCC # 98207) , GHPO 732 (formerly HPO64, ATCC # 98213), GHPO 419 (formerly HPO54, ATCC # 98212) ) And a plasmid containing nucleic acid encoding GHPO276 (formerly HPO42, ATCC # 98209). An Escherichia coli strain carrying the sumid was transformed on October 9, 1996 under the Budapest Treaty American Type Culture Collection (American Type Culture Collection) ATCC; Escherichia coli strain DH5a from Rockville, Maryland Deposited and will be referred to by the deposit number shown in parentheses above. These plasmids H. pylori strains P1 or P12, respectively (Literature: Haas et al., Mol. Microbiol. (1993) 8: 7). 53, cited as 69-A and 888-0) of the genomic DNA of BglII-ClaI With insert. Each insert is a transposon TnMax9 (Kahrs et al.) Gene (1995) 167: 53). Lacking transposons DNA molecules are obtained by inverse PCR (inverse PCR) or recombinant PCR (recombinant PCR) ( For example, see Innis et al., Supra.) It is capable of amplification and thereby full-length H. H. pylori inserts are reconstructed . For example, H. before and after the transposon. The sequence of H. pylori was determined by PCR It can be amplified and then ligated together to connect Full length H. H. pylori gene can be formed. Of the deposited invention Table 1 shows the primers that can be used in these methods for each of the 24 clones. Show. The insertion position of the transposon in each deposited clone was as follows: , Between the nucleotides shown in parentheses after each clone name: HPO 101 (497-498), GHPO 1538 (428-429), GHPO 346 (433-444), GHPO 1012 (46 3-464), GHPO 132 (408-409), GHPO 1212 (226-227), GHPO 1550 (347-3 48), GHPO 276 (372-373), GHPO 1501 (299-300), GHPO 706 (29-293), GHPO419 (351-352), GHPO 1346 (266-267), GHPO 1001 (434-435), GHPO 732 (224-225), GHPO 329 (114-115), GHPO 574 (274-275), GHPO 1190 ( 412-413), GHPO 1200 (349-350), GHPO 1374 (105-106), GHPO 1620 (26-27), GHPO9 56 (64-65), HPO 98 (43-44), and GHPO 689 (346-347). Example 6: H. from GHPO 1190 Purification of recombinant antigens of H. pylori A pellet of E. coli expressing GHPO 1190 was washed with 5 mM imidazole, 500 mM chloride. In a solution of sodium, 20 mM Tris-HCl (pH 7.9) at a pressure of 15,000 psi. Homogenize by microfluidize and centrifuge at 4000-5000g And clarify. Method 1 The pellet containing the cloned protein is washed with 2% N-octylglucoside. Suspend in a buffer containing (NOG) and homogenize. Centrifuge NOG soluble proteins Get rid of. Extract the pellet again with 2% NOG. After centrifugation, pellet Dissolve in urea. Dilute the protein in urea with an equal volume of 2M arginine. Dialysis against 1M arginine for 24-48 hours to remove urea. Cloned tags The protein remains in the solution. After performing SDS-PAGE and coomassie staining, This protein is subjected to densitometric scanning. Indicates that the cloned antigen has a purity of 80 to 85%. Method 2 Solubilize pellet containing cloned protein in 6M guanidine hydrochloride And passed through an IMAC column charged with Ni ++. Dissolve bound antigen with 8M urea (pH 8.5) Put out. Beta-mercaptoethanol to eluted protein to a final concentration of 1 mM Through a Sephadex G-25 column equilibrated with 0.1 M acetic acid. You. 4 times the amount of protein eluted from the Sephadex G-25 column Slowly to 50 mM phosphoric acid (pH 7.0). The protein remains in the solution. Purification of recombinant proteins Recombinant protein expressed as a fusion protein with a histidine tag, Solubilization and use of a metal affinity column (nickel column) It is possible to purify. The bound proteins were immi-nated with or without urea. Use a low pH buffer with or without dazole buffer or with or without urea Can be eluted. And protein denatured with urea or guanidine hydrochloride The quality can be regenerated using a suitable regeneration buffer. Many H. pylori bacteria groups Arginine hydrochloride (0.25-1M) using recombinant antigen (HpaA and clone GHPO 1190) Has been determined for playback. Recombinant proteins without a histidine tag are solubilized and immunoaffinity Chromatography, ion exchange chromatography, gel filtration chromatography Can be purified using luffy and / or hydrophobic chromatography It is. Proteins expressed as insoluble aggregates in the inclusion It can be solubilized by a denaturing agent such as guanidine hydrochloride. Proper folding ( Folding and regeneration can be easily determined by those skilled in the art. The above-mentioned pellet containing the cloned protein is added to a 1% w / v N-O 50 mM sodium phosphate containing octyl glucoside (NOG) (NaPO_Four(PH7.5)) solution And vigorously mix. NOG soluble impurities are removed by centrifugation. Remaining The remaining pellet is extracted once more with a 1% NOG solution to further remove impurities. After centrifugation, the pellet is solubilized in 8 M urea, 50 mM Tris (pH 8.0). Solubilized with urea The diluted protein was diluted with an equal volume of 2 M arginine and 50 mM Tris (pH 8.0), Dialysis against luginin, 50 mM Tris, 50 mM sodium chloride (pH 8.0) for 24-48 hours And remove urea. The cloned protein remains in solution after dialysis. After SDS-PAGE and Coomassie staining, protein densitometry The quality indicates that the cloned antigen is 80-85% pure. Other than the above The features are intended to be included in the claims described below.

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ //(Ｃ１２Ｎ 15/09 ＺＮＡＣ１２Ｒ 1:01） (31)優先権主張番号０８／８３３，４３７ (32)優先日平成９年４月１日(1997．4．1) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号０８／８３４，７０５ (32)優先日平成９年４月１日(1997．4．1) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号０８／８８１，２２７ (32)優先日平成９年６月24日(1997．6．24) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号０８／９０２，６１５ (32)優先日平成９年７月29日(1997．7．29) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，ＧＨ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＷ (72)発明者ハースレイナードイツ国チュービンゲンウルスレイナーリング 65 (72)発明者クリーンザスハロルドアメリカ合衆国マサチューセッツ州ニュートンビルマディソンアベニュー 89 (72)発明者トンブジーン―フランソワアメリカ合衆国メリーランド州バルティモアセントポールストリート 3501 (72)発明者ミラーチャールズアメリカ合衆国マサチューセッツ州メドフォードメイプルアベニュー 32 (72)発明者アル―ギャラウィアマルアメリカ合衆国マサチューセッツ州ボストンギャリソンストリート 32 ＃4501 (72)発明者オデンブレイトステファンドイツ国アンメルビュッヒマツァートストラッセ８ (72)発明者メイヤートーマスドイツ国チュービンゲンスペマンストラッセ 30──────────────────────────────────────────────────続き Continued on the front page (51) Int.Cl. ⁷ Identification symbol FI Theme coat ゛ (Reference) C12P 21/02 C12P 21/02 C // (C12N 15/09 ZNA C12R 1:01) (31) Priority Claim number 08 / 833,437 (32) Priority date April 1, 1997 (April 1997) (33) Priority claim country United States (US) (31) Priority claim number 08 / 834,705 ( 32) Priority date April 1, 1997 (April 1997) (33) Priority country United States (US) (31) Priority number 08 / 881,227 (32) Priority date June 1997 (24) (24 June 1997) (33) Priority Country United States (US) (31) Priority Number 08 / 902,615 (32) Priority Date July 29, 1997 (July 29, 1997) 29) (33) Priority Claimed States United States (US) (81) Designated States EP (AT, BE, H, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE), OA (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, ML, MR, NE, SN, TD, TG), AP (GH, KE, LS, MW, SD, SZ, UG, ZW), EA (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ) , TM), AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CU, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, GB, GE, GH , HU, ID, IL, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, UA, UG, UZ, VN, YU, ZW (72) Inventor Haas Reiner Tubingen Ursleiner Ring, Germany 65 (72) Inventor Cleanzas Harold Newtonville, Madison, Massachusetts USA 89 (72) Inventor Tombou Gene ―François, United States of America Baltimore, Maryland 3501 (72) Inventor Miller Charles, United States of America Medford, Massachusetts, United States 32 (72) Inventor Al-Garawi Amal, United States Boston Garrison Street, Massachusetts 32 # 4501 (72) Inventor Odenbreit Stefan Ammerbuch Mazart Strasse 8 (72) Inventor Mayer Thomas Germany Tuebingen Spämanst Tsu cell 30

Claims

[Claims] 1. (I) Homologous to amino acid sequence of Helicobacter polypeptide A polypeptide comprising a unique amino acid sequence, wherein the Helicobacter polypeptide The amino acid sequence is SEQ ID NO: 2 (GHPO 13), SEQ ID NO: 4 (GHPO 73), SEQ ID NO: 6 (GHPO 90), SEQ ID NO: 8 (GHPO 107), SEQ ID NO: 10 (GHPO 136), SEQ ID NO: 12 ( GHPO 191), SEQ ID NO: 14 (GHPO 213), SEQ ID NO: 16 (GHPO 240), SEQ ID NO: 18 ( GHPO 408), SEQ ID NO: 20 (GHPO 411), SEQ ID NO: 22 (GHPO 419), SEQ ID NO: 24 ( GHPO 431), SEQ ID NO: 26 (GHPO 474), SEQ ID NO: 28 (GHPO 591), SEQ ID NO: 30 ( GHPO 596), SEQ ID NO: 32 (GHPO 699), SEQ ID NO: 34 (GHPO 724), SEQ ID NO: 36 ( GHPO 730), SEQ ID NO: 38 (GHPO 761), SEQ ID NO: 40 (GHPO 804), SEQ ID NO: 42 ( GHPO 805), SEQ ID NO: 44 (GHPO 812), SEQ ID NO: 46 (GHPO 879), SEQ ID NO: 48 ( GHPO 888), SEQ ID NO: 50 (GHPO 986), SEQ ID NO: 52 (GHPO 1056), SEQ ID NO: 54 (GHPO 1081), SEQ ID NO: 56 (GHPO 1100), SEQ ID NO: 58 (GHPO 1140), SEQ ID NO : 60 (GHPO 1148), SEQ ID NO: 62 (GHPO 1200), SEQ ID NO: 64 (GHPO 1212), sequence No .: 66 (GHPO 1258), SEQ ID NO: 68 (GHPO 1263), SEQ ID NO: 70 (GHPO 1273), SEQ ID NO: 72 (GHPO 1284), SEQ ID NO: 74 (GHPO 1299), SEQ ID NO: 76 (GHPO 1327) ), SEQ ID NO: 78 (GHPO 1346), SEQ ID NO: 80 (GHPO 1378), SEQ ID NO: 82 (GHPO 1346) 412), SEQ ID NO: 84 (GHPO 1443), SEQ ID NO: 86 (GHPO 1466), SEQ ID NO: 88 (GHP O 1476), SEQ ID NO: 90 (GHPO 1536), SEQ ID NO: 92 (GHPO 1559), SEQ ID NO: 94 ( GHPO 427), SEQ ID NO: 96 (GHPO 1045), SEQ ID NO: 98 (GHPO 1262), SEQ ID NO: 1 00 (GHPO 1688), SEQ ID NO: 102 (GHPO 1538), SEQ ID NO: 104 (GHPO 346), SEQ ID NO No .: 106 (GHPO 1012), SEQ ID NO: 108 (GHPO 470), SEQ ID NO: 110 (GHPO 1398), SEQ ID NO: 112 (GHPO 1550), SEQ ID NO: 114 (GHPO 276), SEQ ID NO: 116 (GHPO 15 01), SEQ ID NO: 118 (GHPO 706), SEQ ID NO: 120 (GHPO 1001), SEQ ID NO: 122 (GHPO PO 732), SEQ ID NO: 124 (GHPO 329), SEQ ID NO: 126 (GHPO 574), SEQ ID NO: 128 (GHPO 1190), SEQ ID NO: 130 (GHPO 1374), SEQ ID NO: 132 (GHPO 1620), SEQ ID NO No .: 134 (GHPO 956), SEQ ID NO: 136 (HPO 98), SEQ ID NO: 138 (GHPO 689), Sequence No .: 140 (GHPO 208), SEQ ID NO: 142 (GHPO 296), SEQ ID NO: 144 (GHPO 726), SEQ ID NO: 146 (GHP O 1026), SEQ ID NO: 148 (GHPO 1301), SEQ ID NO: 150 (GHPO 1536), SEQ ID NO: 1 52 (GHPO 166), SEQ ID NO: 154 (GHPO 253), SEQ ID NO: 156 (GHPO 297), SEQ ID NO : 158 (GHPO 615), SEQ ID NO: 160 (GHPO 1278), SEQ ID NO: 62 (GHPO 1282), sequence No .: 164 (GHPO 1420), SEQ ID NO: 166 (GHPO 1484), SEQ ID NO: 168 (GHPO 1719) , And SEQ ID NO: 170 (GHPO 1252). Polypeptide, or (Ii) derivatives of the polypeptide An isolated polynucleotide that encodes 2. 2. The isolated polynucleotide of claim 1, which encodes a mature form of the polypeptide. . 3. 3. The isolated polynucleotide of claim 1 or 2, which is a DNA molecule. 4. SEQ ID NO: 2 (GHPO 13), SEQ ID NO: 4 (GHPO 73), SEQ ID NO: 6 (GHPO 90), arrangement Column number: 8 (GHPO 107), SEQ ID NO: 10 (GHPO 136), SEQ ID NO: 12 (GHPO 19 1), arrangement Column number: 14 (GHPO 213), SEQ ID NO: 4 (GHPO 240), SEQ ID NO: 18 (GHPO 408), arrangement Column number: 20 (GHPO 411), SEQ ID NO: 22 (GHPO 419), SEQ ID NO: 24 (GHPO 431), arrangement Column number: 26 (GHPO 474), SEQ ID NO: 28 (GHPO 591), SEQ ID NO: 30 (GHPO 596), arrangement Sequence number: 32 (GHPO 699), SEQ ID NO: 34 (GHPO 724), SEQ ID NO: 36 (GHPO 730), arrangement Column number: 38 (GHPO 761), SEQ ID NO: 40 (GHPO 804), SEQ ID NO: 42 (GHPO 805), arrangement Column number: 44 (GHPO 812), SEQ ID NO: 46 (GHPO 879), SEQ ID NO: 48 (GHPO 888), arrangement Column number: 50 (GHPO 986), SEQ ID NO: 52 (GHPO 1056), SEQ ID NO: 54 (GHPO 1081), SEQ ID NO: 56 (GHPO 1100), SEQ ID NO: 58 (GHPO 1140), SEQ ID NO: 60 (GHPO 1148) ), SEQ ID NO: 62 (GHPO 1200), SEQ ID NO: 64 (GHPO 1212), SEQ ID NO: 66 (GHPO 1) 258), SEQ ID NO: 68 (GHPO 1263), SEQ ID NO: 70 (GHPO 1273), SEQ ID NO: 72 (GHP O 1284), SEQ ID NO: 74 (GHPO 1299), SEQ ID NO: 76 (GHPO 1327), SEQ ID NO: 78 ( GHPO 1346), SEQ ID NO: 80 (GHPO 1378), SEQ ID NO: 82 (GHPO 1412), SEQ ID NO: 84 (GHPO 1443), SEQ ID NO: 86 (GHPO 1466), SEQ ID NO: 88 (GHPO 1476), SEQ ID NO No .: 90 (GHPO 1536), SEQ ID NO: 92 (GHPO 1559), SEQ ID NO: 94 (GHPO 427), sequence No .: 96 (GHPO 1045), SEQ ID NO: 98 (GHPO 1262), SEQ ID NO: 100 (GHPO 1688), SEQ ID NO: 102 (GHPO 1538), SEQ ID NO: 104 (GHPO 346), SEQ ID NO: 106 (GHPO 1012), SEQ ID NO: 108 (GHPO 47) 0), SEQ ID NO: 110 (GHPO 1398), SEQ ID NO: 112 (GHPO 1550), SEQ ID NO: 114 (GH PO 276), SEQ ID NO: 116 (GHPO 1501), SEQ ID NO: 118 (GHPO 706), SEQ ID NO: 12 0 (GHPO 1001), SEQ ID NO: 122 (GHPO 732, SEQ ID NO: 124 (GHPO 329), SEQ ID NO: : 126 (GHPO 574), SEQ ID NO: 128 (GHPO 1190), SEQ ID NO: 130 (GHPO 1374), arrangement SEQ ID NO: 132 (GHPO 1620), SEQ ID NO: 134 (GHPO 956), SEQ ID NO: 136 (HPO 98), SEQ ID NO: 138 (GHPO 689), SEQ ID NO: 140 (GHPO 208), SEQ ID NO: 142 (GHPO 296) ), SEQ ID NO: 144 (GHPO 726), SEQ ID NO: 146 (GHPO 1026), SEQ ID NO: 148 (GHPO 1301), SEQ ID NO: 150 (GHPO 1536), SEQ ID NO: 152 (GHPO 166), SEQ ID NO: 154 (GHPO 253), SEQ ID NO: 156 (GHPO 297), SEQ ID NO: 158 (GHPO 615), SEQ ID NO: 160 (GHPO 1278), SEQ ID NO: 162 (GHPO 1282), SEQ ID NO: 164 (GHPO 1420), sequence NO: 166 (GHPO 1484), SEQ ID NO: 168 (GHPO 1719), and SEQ ID NO: 170 (GHPO 1252) Helicobacter amino acids selected from the group consisting of the amino acid sequences shown in Matured form of a polypeptide comprising an amino acid sequence homologous to the amino acid sequence or a derivative thereof Wherein the compound is in substantially purified form. 5. A method for preventing or treating Helicobacter infection in a mammal, comprising the steps of: Administering to a mammal a prophylactically or therapeutically effective amount of the compound of claim 4. Way. 6. Administer antibiotics, antisecretory agents, bismuth salts, or combinations thereof to mammals. The method of claim 5, further comprising: 7. Antibiotics such as amoxicillin, clarithromycin, tetracycline, Selected from the group consisting of lonidizole and erythromycin, wherein the bismuth salt is Bismuth subcitrate and bismuth subsalicylate (bism) 7. The method of claim 6, wherein the method is selected from the group consisting of: uth subsalicylate). 8. If the antisecretory agent is a proton pump inhibitor, H2-receptor antagonist, or prostaglandin 7. The method of claim 6, which is a carrot analog. 9. Omeprazole, lansoprazole, and pan pump inhibitors H2-receptor antagonist selected from the group consisting of toprazole, ranitidine, cimeti Selected from the group consisting of gin, famotidine, nizatidine, and roxatidine , A group of prostaglandin analogs consisting of misoprostil and enprostil 9. The method of claim 8, wherein the method is selected. Ten. Prophylactic or therapeutic of the second Helicobacter polypeptide or derivative thereof 6. The method of claim 5, further comprising administering an effective amount to the mammal. 11． The second Helicobacter polypeptide is Helicobacter urease, a subtype thereof. 11. The method according to claim 10, which is a unit or a derivative. 12． A compound according to claim 4 together with a physiologically acceptable diluent or carrier. Composition. 13. 13. The composition of claim 12, further comprising an adjuvant. 14. Claims further comprising a second Helicobacter polypeptide or derivative thereof. 12. The composition according to 12. 15． The second Helicobacter polypeptide is Helicobacter urease, a subtype thereof. 15. The composition according to claim 14, which is a unit or a derivative. 16． A method of preventing or treating Helicobacter infection in a mammal, comprising: Administering a prophylactically or therapeutically effective amount of the polynucleotide of claim 1 to said mammal. A method that includes: 17． A virus vector having the DNA molecule according to claim 1 inserted into its genome. A composition comprising: the DNA molecule under expression conditions in a mammalian cell; A set wherein the viral vector is mixed with a physiologically acceptable diluent or carrier Adult. 18． A composition comprising a bacterial vector comprising the DNA molecule of claim 1, wherein the composition comprises a bacterial vector comprising the DNA molecule of claim 1. The molecule is placed under conditions for expression and the bacterial vector is A composition mixed with a diluent or carrier. 19. Vectors are Shigella, Shigella, Salmonella, Vibrio Cholera (Vibrio Cholerae), Lactobacillus, Calmette Guerlain A rodent selected from the group consisting of Bacillus subtilis (BCG) and Streptococcus. 19. The composition according to claim 18. 20. The polynucleotide according to claim 1, together with a physiologically acceptable diluent or carrier. A composition comprising otide. twenty one. The polynucleotide cannot replicate and is substantially integrated into the mammalian genome. A DNA molecule that is inserted into a plasmid that cannot be 21. The composition of claim 20, wherein the composition is placed under conditions that express and express. twenty two. 2. The DNA molecule is placed under expression conditions in a prokaryotic or eukaryotic cell. An expression cassette comprising the described DNA molecule. twenty three. A prokaryote transformed or transfected with the expression cassette of claim 22. Or culturing a eukaryotic cell, and recovering the compound from the cell culture The method for producing a compound according to claim 4, comprising: twenty four. A method for preventing or treating Helicobacter infection in a mammal, comprising the steps of: A mammal is administered a prophylactically or therapeutically effective amount of an antibody that binds to the compound of claim 4. A method comprising the step of providing.