JP2001321184A - ホタテガイ系統解析方法 - Google Patents

ホタテガイ系統解析方法

Info

Publication number
JP2001321184A
JP2001321184A JP2000148570A JP2000148570A JP2001321184A JP 2001321184 A JP2001321184 A JP 2001321184A JP 2000148570 A JP2000148570 A JP 2000148570A JP 2000148570 A JP2000148570 A JP 2000148570A JP 2001321184 A JP2001321184 A JP 2001321184A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
scallop
analyzing
population
strain
pyso
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2000148570A
Other languages
English (en)
Inventor
Kimi Sato
希実 佐藤
Koji Nagashima
浩二 長島
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
HOKKAIDO FEDERATION OF FISHERI
Hokkaido Prefecture
Hokkaido Federation of Fisheries Cooperative Association
Original Assignee
HOKKAIDO FEDERATION OF FISHERI
Hokkaido Prefecture
Hokkaido Federation of Fisheries Cooperative Association
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by HOKKAIDO FEDERATION OF FISHERI, Hokkaido Prefecture, Hokkaido Federation of Fisheries Cooperative Association filed Critical HOKKAIDO FEDERATION OF FISHERI
Priority to JP2000148570A priority Critical patent/JP2001321184A/ja
Priority to GB0102294A priority patent/GB2362465B/en
Priority to NO20010661A priority patent/NO20010661L/no
Priority to CA002335387A priority patent/CA2335387C/en
Priority to FR0102632A priority patent/FR2809118B1/fr
Priority to CN01110897A priority patent/CN1322845A/zh
Priority to US09/802,936 priority patent/US6514705B2/en
Publication of JP2001321184A publication Critical patent/JP2001321184A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/172—Haplotypes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Farming Of Fish And Shellfish (AREA)

Abstract

(57)【要約】 【目的】 簡単且つ迅速に、多試料を効率よく処理で
き、精度の高い解析ができるホタテガイ系統解析方法を
提供することを目的とする。 【構成】 本発明のかかるホタテガイ系統解析方法は、
ホタテガイのミトコンドリア遺伝子の塩基配列によりホ
タテガイの系統を解析することを特徴とする。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】
【産業上の利用分野】本発明はホタテガイ系統解析方
法、詳しくは、地域集団内多型を示すホタテガイのミト
コンドリア遺伝子からホタテガイの系統を解析する解析
方法である。
【０００２】
【従来の技術】ホタテガイ漁業は、天然資源に依存して
いたが、需要の変動により養殖による生産が進められ、
種苗に人為的操作が加えられてきた。このような人為的
操作は生物集団の遺伝構造に負の影響を及ぼす可能性が
ある。すなわち、遺伝子プールを小さくし、系統数の減
少へと導く。このことは、環境変化への集団の適応力を
失わせ、様々な弊害をもたらしていた。その為、生物集
団の遺伝子構造の解析は資源管理に必須のものになって
いる。
【０００３】集団の遺伝構造の解析技術としてはアイソ
ザイムを使った方法があるが、かかる方法では、感度が
悪く、ホタテガイの地域集団内の系統を細かく分類でき
ず、又、分析には多量の試料を必要とするという問題点
があった。その上、解析に時間を要し、多試料を効率よ
く処理できなかった。
【０００４】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、簡単且つ迅
速に、多試料を効率よく処理でき、精度の高い解析がで
きるホタテガイ系統解析方法を提供することを目的とす
る。
【０００５】
【課題を解決するための手段】かかる目的を達成すべ
く、本発明のかかるホタテガイ系統解析方法は、ホタテ
ガイのミトコンドリア遺伝子の塩基配列によりホタテガ
イの系統を解析することを特徴とする。
【０００６】
【発明の実施例】本発明にかかる一実施例を説明する。
最初に鋳型DNAの調製につき説明する。ホタテガイ（サ
ロマ、青森、北米産）の貝柱にProteinase K (20mg/ml)
を含むTNES-Urea 緩衝液を加えて37℃で2時間インキュ
ベーションした。その後、フェノール−クロロホルム処
理、エタノール沈殿により全DNAを回収した。
【０００７】多検体を処理する場合は、同様の緩衝液中
で貝柱をインキュベーションした後、MultiScreen 96we
ll Filtration Plate （ミリポア社）を用いて回収し、
96well DNA Precipitation HL Kit（Edge Bio System
s）で精製した。
【０００８】次にPCRおよびシーケンシングにつき説明
する。ホタテ貝柱由来全DNAを鋳型として、94℃・7分の
前加熱の後、98℃・20秒、55℃・1分、72℃・10分の35
サイクルでLA-PCRを行った。
【０００９】使用したプライマー（Pyso 16SBFとPyso 1
2SBR、Pyso 12SBFとPyso 16SBR、図1参照）は、既知貝
類ミトコンドリア16S rRNAおよび12S rRNA遺伝子のそれ
ぞれの間で保存されている塩基配列から設計された。
【００１０】PCR産物は、pGEM-Tベクター（プロメガ
社）を使って大腸菌XL1-1 Blueにクローニングされた
後、あるいはクローニングすることなく直接に、塩基配
列が決定された。塩基配列の決定は、T7、SP6プライマ
ーあるいは表1に示した7種のプライマーを用いてダイタ
ーミネーター法で行った。
【００１１】ホタテガイ・ミトコンドリア部分DNAを取
得するため、サロマ、青森および北米産ホタテガイにつ
いて、Pyso 16SBFとPyso 12SBR、Pyso 12SBFとPyso 16S
BRの2つのプライマーセットを用いてLA-PCRを行った結
果につき説明する。
【００１２】日本産からは前者のプライマーセットで約
1.3kb、北米産からは後者のプライマーセットで約1.5kb
のDNA断片が増幅された（図３）。このことは、少なく
とも日本産と北米産はミトコンドリアDNAの構造が異な
っており、両者は本PCRによって容易に区別できること
を意味している。
【００１３】サロマ産および青森産の各1個体から増幅
された約1.3kbDNAの塩基配列は、二塩基を除いて同一で
あった。決定された塩基配列について、NCBI BLAST Ser
verを用いたホモロジー検索あるいはtRNAscan-SE Sear
ch Server（http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRN
Ascan-SE）による構造解析を行い、本配列中に図４に示
されているように16S rRNA, tRNAおよび12S rRNA遺伝子
が存在すること、また、16S rRNAとtRNA遺伝子およびtR
NAと12S rRNA遺伝子の間にそれぞれ４０bpおよび309bp
の非遺伝子領域が存在することが明らかになった。
【００１４】サロマ産および青森産各数個体についての
1.3kbDNAの塩基配列解析結果は、塩基番号64番から449
番に変異が集中していることを示したので、Pyso 16SBF
とPyso NcRのプライマーを用いてさらに各十数個体の塩
基配列を決定した。
【００１５】その結果、最終的にサロマ集団は10母系
統、青森集団は5母系統に分類された（図2）。
【００１６】Gs-1とGa-1系統、Gs-8とGa-4系統は両集団
で共通であり、また、これらの系統は、それぞれの母集
団における頻度が42.11および80%と高いことから、Gs-1
とGa-1、Gs-8とGa-4が両集団における母方の祖先である
可能性が高い。あるいは、一方から他方への人為的なホ
タテガイの移入の可能性も考えられるが、Gs-1とGa-1系
統およびGs-8とGa-4系統から派生したと考えられる集団
固有の系統が存在することから、この可能性は低い。
【００１７】塩基番号229番から449番までの配列につい
ての塩基多様度はサロマ集団で0.80、青森集団で0.38%
であった。サロマ集団の塩基多様度は青森集団よりも約
2倍高く、サロマ集団がより大きい遺伝子プールを持っ
ていることが示唆される。
【００１８】今回我々が開発した技術は日本産ホタテガ
イ集団の遺伝構造解析にとって極めて有用な方法であ
る。また、ホタテガイのミトコンドリア遺伝子の塩基配
列の違いによりホタテガイの系統が解るので、多試料を
効率よく処理することができ、精度の高 い解析を可能
にする。今後は、地域集団間での遺伝構造の比較ととも
に地域内での 天然と養殖集団の比較を進めることが重
要と考える。
【００１９】
【発明の効果】本発明によれば、ホタテガイのミトコン
ドリア遺伝子の塩基配列により、ホタテガイの系統を簡
単且つ迅速に解析でき、多試料を効率よく処理できると
共に、精度の高い解析ができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】各領域の増幅およびシーケンシングに用いたプ
ライマーの説明図。
【図2】ホタテガイミトコンドリアＤＮＡと非遺伝子領
域の多型の説明図。
【図３】ＰＣＲによるミトコンドリアＤＮＡの増幅した
説明図。
【図４】増幅されたミトコンドリアＤＮＡの塩基配列及
びその構造の説明図。
フロントページの続き (72)発明者 長島 浩二 北海道江別市文京台緑町589番地４ 北海 道立食品加工研究センター内 Ｆターム(参考） 2B104 AA25 GA01 4B024 AA10 AA11 CA02 CA20 HA14 HA19 4B063 QA01 QA12 QA18 QQ43 QR08 QR32 QR40 QR62 QS25

Claims (1)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 ホタテガイのミトコンドリア遺伝子の塩
    基配列によりホタテガイの系統を解析することを特徴と
    するホタテガイ系統解析方法。
JP2000148570A 2000-05-16 2000-05-16 ホタテガイ系統解析方法 Pending JP2001321184A (ja)

Priority Applications (7)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2000148570A JP2001321184A (ja) 2000-05-16 2000-05-16 ホタテガイ系統解析方法
GB0102294A GB2362465B (en) 2000-05-16 2001-01-30 Method for analyzing phyletic lineage of scallop
NO20010661A NO20010661L (no) 2000-05-16 2001-02-07 Fremgangsmåte for å analysere fyletisk herkomst av kamskjell
CA002335387A CA2335387C (en) 2000-05-16 2001-02-26 Method for analyzing phyletic lineage of scallop
FR0102632A FR2809118B1 (fr) 2000-05-16 2001-02-27 Procede pour analyser la lignee phyletique des coquilles saint-jacques
CN01110897A CN1322845A (zh) 2000-05-16 2001-03-09 分析扇贝的系统发育谱系的方法
US09/802,936 US6514705B2 (en) 2000-05-16 2001-03-12 Method for analyzing phyletic lineage of scallop

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2000148570A JP2001321184A (ja) 2000-05-16 2000-05-16 ホタテガイ系統解析方法

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2001321184A true JP2001321184A (ja) 2001-11-20

Family

ID=18654574

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000148570A Pending JP2001321184A (ja) 2000-05-16 2000-05-16 ホタテガイ系統解析方法

Country Status (7)

Country Link
US (1) US6514705B2 (ja)
JP (1) JP2001321184A (ja)
CN (1) CN1322845A (ja)
CA (1) CA2335387C (ja)
FR (1) FR2809118B1 (ja)
GB (1) GB2362465B (ja)
NO (1) NO20010661L (ja)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2013240355A (ja) * 2013-08-12 2013-12-05 Nissin Foods Holdings Co Ltd プライマー及び特定動物の検出方法

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2003189869A (ja) * 2001-12-27 2003-07-08 Nisshinbo Ind Inc 被検体中に含まれる生物種を判定する方法およびそれに用いるキット
CN105018462A (zh) * 2015-05-26 2015-11-04 南昌大学 一种扩增剑状矛蚌f型线粒体基因组序列的方法
WO2017209990A1 (en) * 2016-05-31 2017-12-07 Exxonmobil Upstream Research Company METHODS FOR lSOLATING NUCLEIC ACIDS FROM SAMPLES
CN106701948B (zh) * 2016-12-30 2020-05-19 青岛农业大学 紫扇贝、海湾扇贝与杂交后代母本来源的鉴定方法
CN110846271B (zh) * 2019-11-27 2021-06-25 中国水产科学研究院黄海水产研究所 一种制备虾夷扇贝肌肉单细胞悬液的方法
KR102550866B1 (ko) 2021-11-16 2023-07-05 순천향대학교 산학협력단 이매패강 6종의 종 판별을 위한 종 특이적 멀티플렉스 pcr 프라이머 세트 및 이의 용도
CN115807109B (zh) * 2022-12-20 2024-07-19 中国海洋大学三亚海洋研究院 一种基于pcr技术的扇贝品种鉴定方法及其特异性引物

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5292639A (en) * 1989-08-28 1994-03-08 Iowa State University Research Foundation, Inc. Association of bovine mitochondrial DNA with traits of economic importance

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2013240355A (ja) * 2013-08-12 2013-12-05 Nissin Foods Holdings Co Ltd プライマー及び特定動物の検出方法

Also Published As

Publication number Publication date
FR2809118B1 (fr) 2004-04-30
NO20010661D0 (no) 2001-02-07
GB2362465B (en) 2004-12-15
FR2809118A1 (fr) 2001-11-23
US20020081593A1 (en) 2002-06-27
NO20010661L (no) 2001-11-19
US6514705B2 (en) 2003-02-04
GB0102294D0 (en) 2001-03-14
CA2335387A1 (en) 2001-11-16
CN1322845A (zh) 2001-11-21
CA2335387C (en) 2006-07-11
GB2362465A (en) 2001-11-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Key et al. Mining metagenomic data sets for ancient DNA: recommended protocols for authentication
Macas et al. Repetitive DNA in the pea (Pisum sativum L.) genome: comprehensive characterization using 454 sequencing and comparison to soybean and Medicago truncatula
JPH05211896A (ja) 微生物の感受性測定法
Mahmodi et al. Genetic diversity and differentiation of Colletotrichum spp. isolates associated with Leguminosae using multigene loci, RAPD and ISSR
CN105039330B (zh) 一种gii.4型诺如病毒基因组扩增引物和扩增方法
Wilson et al. Genetic diversity and gene family expansions in members of the genus Entamoeba
O'Driscoll et al. Molecular epidemiology of Mycobacterium abscessus complex isolates in Ireland
Fung et al. De novo assembly of honey bee RNA viral genomes by tapping into the innate insect antiviral response pathway
CN107475374A (zh) 一种精确定量检测食品中创伤弧菌的试剂盒及检测方法
JP2001321184A (ja) ホタテガイ系統解析方法
Siah et al. Selecting a set of housekeeping genes for quantitative real-time PCR in normal and tetraploid haemocytes of soft-shell clams, Mya arenaria
Przyboś et al. Delimiting species boundaries within a paraphyletic species complex: insights from morphological, genetic, and molecular data on Paramecium sonneborni (Paramecium aurelia species complex, Ciliophora, Protozoa)
CN112176080B (zh) 特异性检测剑麻紫色卷叶病植原体的巢式pcr引物组、试剂盒及检测方法
CN112322589A (zh) 一种提高球孢白僵菌菌丝生长速度的产黄青霉科双链rna真菌病毒
KR20160138857A (ko) 연산 오계 닭 품종 판단용 snp 마커 및 이의 용도
Oliaee et al. Considerable genetic diversity of Trichomonas vaginalis clinical isolates in a targeted population in South of Iran
Nakayama et al. The importance of the genetic diversity of the HcRNAV ssRNA virus in the viral-based bloom control of the dinoflagellate Heterocapsa circularisquama
JP7421800B2 (ja) 検体中に存在する非結核性抗酸菌の種又は亜種を同定するためのシステム及び方法
Chevignon et al. De novo transcriptome assembly and analysis of the flat oyster pathogenic protozoa Bonamia ostreae
CN112410441A (zh) 利用snp标记kz288479.1_95621鉴别蜂群抗囊状幼虫病性状的方法
Gong et al. Sequence variation among SARS-CoV-2 isolates in Taiwan
Rozo-Lopez et al. Untangling an insect’s virome from its endogenous viral elements
US20100055703A1 (en) Organism-Specific Hybridizable Nucleic Acid Molecule
Zakia et al. Detection of papillomavirus DNA in formalin-fixed paraffin-embedded equine aural plaque samples
US10081832B2 (en) Hyperprimers