JP2000512493A - ピラジンアミド―耐性ミコバクテリアの同定およびミコバクテリア感染の治療方法 - Google Patents
ピラジンアミド―耐性ミコバクテリアの同定およびミコバクテリア感染の治療方法Info
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.試料中における変化したpncA遺伝子を検出することを含む、試料中の エム・ツベルクローシスとエム・ボビスとを区別する方法であって、変化したp ncA遺伝子は、変化したpncA遺伝子によりコードされるポリペプチドのア ミノ酸位置57におけるヒスチジン残基からアスパラギン酸残基への変化を含み 、変化したpncA遺伝子が、試料がエム・ボビスを含むことを示すものである 方法。 2.アミノ酸位置57におけるヒスチジンからアスパラギン酸への変化が、変 化したpncA遺伝子のヌクレオチド169におけるCからGへの変化により生 じるものである請求項1の方法。 3.検出が、 a)核酸の5’および3’ポリヌクレオチド配列に近接した標的にハイブリダ イゼーションするオリゴヌクレオチドプライマーを用いてミコバクテリアの核酸 の領域を増幅し(標的ポリヌクレオチド配列は実質的には下記のもの: それらに対して実質的に相捕的な配列 からなる群より選択される配列である); ついで、b)増幅された領域を検出する ことを含むものである請求項1の方法。 4.増幅がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)によるものである請求項3の方法 。 5.変化したpncA遺伝子がPCR−1本鎖コンホーメーション多型性(P CR−SSCP)により検出される請求項1の方法。 6.ミコバクテリウム中の変化したpncA遺伝子を検出することを含む、ピ ラジンアミド(PZA)耐性ミコバクテリウムの同定方法であって、変化したp ncA遺伝子がPZA耐性を付与するものである方法。 7.変化したpncA遺伝子が増幅される請求項6の方法。 8.変化したpncA遺伝子がポリメラーゼ連鎖反応(PCR)により増幅さ れる請求項7の方法。 9.変化したpncA遺伝子がPCR−1本鎖コンホーメーション多型性(P CR−SSCP)により検出される請求項8の方法。 10.ミコバクテリウムがエム・ツベルクローシスである請求項6の方法。 11.エム・ツベルクローシスが、M36470、M3S169、F3694 6、Vertullo、およびPZA−Rからなる群より選択されるエム・ツベルクロー シス株に対して相同的である請求項10の方法。 12.変化したpncA遺伝予における変化が、エム・ツベルクローシスの野 生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置57におけるアスパラギン酸残基を コードするものである請求項10の方法。 13.変化が、野生型pncA遺伝子のヌクレオチド169におけるCからG への変化を含むものである請求項12の方法。 14.変化したpncA遺伝子における変化が、エム・ツベルクローシスの野 生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置96における−1フレームシフトで ある請求項10の方法。 15.変化が、エム・ツベルクローシスの野生型pncA遺伝子のヌクレオチ ド288の欠失を含むものである請求項14の方法。 16.変化したpncA遺伝子における変化が、エム・ツベルクローシスの野 生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置54における−1フレームシフトで ある請求項10の方法。 17.変化が、エム・ツベルクローシスの野生型pncA遺伝子のヌクレオチ ド162の欠失を含むものである請求項16の方法。 18.変化したpncA遺伝子における変化が、エム・ツベルクローシスの野 生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置63におけるヒスチジン残基をコー ドするものである請求項10の方法。 19.変化が、エム・ツベルクローシスの野生型pncA遺伝子のヌクレオチ ド187におけるGからCへの変化を含むものである請求項18の方法。 20.変化したpncA遺伝子における変化が、エム・ツベルクローシスの野 生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置138におけるセリン残基をコード するものである請求項10の方法。 21.変化が、エム・ツベルクローシスの野生型pncA遺伝子のヌクレオチ ド412におけるTからAへの変化を含むものである請求項20の方法。 22.変化したpncA遺伝子における変化が、エム・ツベルクローシスの野 生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置141におけるプロリン残基をコー ドするものである請求項10の方法。 23.変化が、エム・ツベルクローシスの野生型pncA遺伝子のヌクレオチ ド422におけるAからCへの変化を含むものである請求項22の方法。 24.エム・ツベルクローシスのピラジンアミダーゼ(PZase)ポリペプ チドをコードしている単離核酸。 25.図1の配列(配列番号:1)またはその縮重変種の配列を有し、図1の アミノ酸配列(配列番号:2)をコードする請求項24の核酸。 26.変化したエム・ツベルクローシスのPZaseポリペプチドをコードし ている単離核酸。 27.変化したエム・ツベルクローシスのPZaseポリペプチドをコードし ている単離核酸であって、野生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置96に おける−1フレームシフトをコードする単離核酸。 28.野生型pncA遺伝子のヌクレオチド288の欠失を含む請求項27の 核酸。 29.変化したエム・ツベルクローシスのPZaseポリペプチドをコードし ている単離核酸であって、野生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置54に おける−1フレームシフトをコードする単離核酸。 30.野生型pncA遺伝子のヌクレオチド162の欠失を含む請求項29の 核酸。 31.変化したエム・ツベルクローシスのPZaseポリペプチドをコードし ている単離核酸であって、野生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置63に おけるヒスチジン残基をコードする単離核酸。 32.野生型pncA遺伝子のヌクレオチド187におけるGからCへの変化 を含む請求項31の核酸。 33.変化したエム・ツベルクローシスのPZaseポリペプチドをコードし ている単離核酸であって、野生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置138 におけるセリン残基をコードする単離核酸。 34.野生型pncA遺伝子のヌクレオチド412におけるTからAへの変化 を含む請求項33の核酸。 35.変化したエム・ツベルクローシスのPZaseポリペプチドをコードし ている単離核酸であって、野生型PZaseポリペプチドのアミノ酸位置141 におけるプロリン残基をコードする単離核酸。 36.野生型pncA遺伝子のヌクレオチド422におけるAからCへの変化 を含む請求項35の核酸。 37.PZA耐性ミコバクテリアに感染した哺乳動物の治療方法であって、 哺乳動物に感染しでいるPZA耐性ミコバクテリアの少なくとも一部の中に、 機能的PZaseをコードしている治療上有効量のpncA遺伝子を導入し;つ いで 治療上有効量のPZAを哺乳動物に投与し、そのことにより哺乳動物に感染し ているミコバクテリアの少なくとも一部を抑制する ことを含む方法。 38.ミコバクテリアがエム・ボビスである請求項37の方法。 39.ミコバクテリアがPZA耐性エム・ツベルクローシスである請求項37 の方法。 40.pncA遺伝子がエム・ツベルクローシスのpncA遺伝子である請求 項37の方法。 41.pncA遺伝子が図1(配列番号:1)の配列またはその縮重変種の配 列を有し、図1のアミノ酸配列(配列番号:2)をコードしているものである請 求項40の方法。 42.治療上有効量の少なくとも1種の他のミコバクテリア治療薬を哺乳動物 に投与することをさらに含む請求項37の方法。 43.他のミコバクテリア治療薬がイソニアジドおよびリファンピシリンから 選択されるものである請求項42の方法。 44.啼乳動物がヒトである請求項37の方法。 45.PZA耐性ミコバクテリウムの同定のための核酸プローブであって、P ZA耐性ミコバクテリウムの変化したpncA遺伝子の一部分に対して相捕的な 核酸を含み、該一部分がPZA耐性を付与するものである核酸プローブ。 46.プローブが8ないし20個のヌクレオチドからなるものである請求項4 5の核酸プローブ。 47.該一部分が8ないし20個のヌクレオチドからなるものである請求項4 5の核酸プローブ。 48.PZA耐性ミコバクテリアを同定するための単離オリゴヌクレオチドプ ライマーであって、 これらに対して実質的に相捕的な配列 からなる群より選択される配列を実質的に有する標的ポリヌクレオチド配列とハ イブリダイゼーションするプイライマー。 49.エム・ボビスの同定に有用なキットであって、エム・ボビスのpncA 遺伝子の変化した部分を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーを入れた 容器を含み、変化した部分が、pncA遺伝子のアミノ酸位置57においてアス パラギン酸残基を含むポリペプチドをコードしているものであるキット。 50.pncA遺伝子の変化した部分が、野生型pncA遺伝子のヌクレオチ ド169におけるCからGへの変化を含むものである請求項49のキット。 51.プライマーがpncA遺伝子の150〜200個のヌクレオチドの部分 を増幅するものである請求項49のキット。 52.PZA耐性ミコバクテリウムの同定に有用なキットであって、pncA 遺伝子の変化した部分を増幅するためのオリゴヌクレオチドプライマーの入った 容器を含むキット。 53.PZA耐性ミコバクテリウムの同定に有用なキットであって、請求項4 5の核酸プローブを含むキット。 54.PZA耐性を付与する変化したPZaseポリペプチドに優先的に結合 する単離抗体。 55.エム・ボビスのPZaseポリペプチドに優先的に結合する請求項54 の抗体。 56.M36470、M3S169、F36946、Vertullo、および PZA−Rからなる群より選択されるエム・ツベルクローシス株に対して相同的 なエム・ツベルクローシス株のPZaseポリペプチドに優先的に結合する請求 項55の抗体。 57.PZA耐性を付与する実質的に純粋な変化したPZaseポリペプチド またはそのフラグメント、あるいはそれらの保存的変種。 58.エム・ボビスのPZaseポリペプチドである請求項57の変化したP Zaseポリペプチド。 59.M36470、M3S169、F36946、Vertullo、および PZA−Rからなる群より選択されるエム・ツベルクローシス株に対して相同的 な株のPZaseポリペプチドである請求項57の変化したPZaseポリペプ チド。
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