JP2000232887A - コリネ型細菌のグルタミン酸ラセマーゼ遺伝子 - Google Patents
コリネ型細菌のグルタミン酸ラセマーゼ遺伝子Info
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- JP2000232887A JP2000232887A JP11038523A JP3852399A JP2000232887A JP 2000232887 A JP2000232887 A JP 2000232887A JP 11038523 A JP11038523 A JP 11038523A JP 3852399 A JP3852399 A JP 3852399A JP 2000232887 A JP2000232887 A JP 2000232887A
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 コリネ型細菌のグルタミン酸ラセマーゼをコ
ードする遺伝子、及び同遺伝子が破壊されたコリネ型細
菌を提供する 【解決手段】 下記(A)又は(B)に示すタンパク質
をコードするDNA。 (A)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列を有す
るタンパク質。 (B)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、かつ、グル
タミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質。
ードする遺伝子、及び同遺伝子が破壊されたコリネ型細
菌を提供する 【解決手段】 下記(A)又は(B)に示すタンパク質
をコードするDNA。 (A)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列を有す
るタンパク質。 (B)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、かつ、グル
タミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質。
Description
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は、コリネ型細菌由来
のグルタミン酸ラセマーゼ及びそれをコードする遺伝子
に関する。同遺伝子は、医薬品、食品分野で有用なコリ
ネ型細菌の育種に利用することができる。
のグルタミン酸ラセマーゼ及びそれをコードする遺伝子
に関する。同遺伝子は、医薬品、食品分野で有用なコリ
ネ型細菌の育種に利用することができる。
【0002】
【従来の技術】グルタミン酸ラセマーゼは、グルタミン
酸のラセミ化反応を触媒する酵素であるが、グルタミン
酸はL体として生合成されるため、L−グルタミン酸を
D−グルタミン酸に変換する酵素として機能としてい
る。グルタミン酸ラセマーゼによって生成するD−グル
タミン酸は、細菌では、D−アラニン、L−アラニン及
びグリシン等とともに、細胞壁のペプチドグリカンを構
成するN−アセチル−D−グルコサミン及びN−アセチ
ルムラミン酸からなる多糖を架橋する成分として利用さ
れている。また、D−グルタミン酸は、医薬品中間体と
して産業上利用されている。
酸のラセミ化反応を触媒する酵素であるが、グルタミン
酸はL体として生合成されるため、L−グルタミン酸を
D−グルタミン酸に変換する酵素として機能としてい
る。グルタミン酸ラセマーゼによって生成するD−グル
タミン酸は、細菌では、D−アラニン、L−アラニン及
びグリシン等とともに、細胞壁のペプチドグリカンを構
成するN−アセチル−D−グルコサミン及びN−アセチ
ルムラミン酸からなる多糖を架橋する成分として利用さ
れている。また、D−グルタミン酸は、医薬品中間体と
して産業上利用されている。
【0003】グルタミン酸ラセマーゼをコードする遺伝
子は、ラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brev
is)(特開平6−7183号公報)、ラクトバチルス・
フェルメンティ( fermenti)(Gallo,K.A. and Knowle
s,J.R., Biochemistry 32, 3981-3990 (1993)、ペディ
オコッカス・ペントサセウス(Pediococcus pentosaceu
s)(Pucci,M.J. et al., J. Bacteriol. 176 (2), 528
-530 (1994))、バチルス・スファエリカス(Bacillus
sphaericus)(Fotheringham,I.G. et al., DDBJ/EMBL/
GenBank ACCESSION U26733)等で単離されている。
子は、ラクトバチルス・ブレビス(Lactobacillus brev
is)(特開平6−7183号公報)、ラクトバチルス・
フェルメンティ( fermenti)(Gallo,K.A. and Knowle
s,J.R., Biochemistry 32, 3981-3990 (1993)、ペディ
オコッカス・ペントサセウス(Pediococcus pentosaceu
s)(Pucci,M.J. et al., J. Bacteriol. 176 (2), 528
-530 (1994))、バチルス・スファエリカス(Bacillus
sphaericus)(Fotheringham,I.G. et al., DDBJ/EMBL/
GenBank ACCESSION U26733)等で単離されている。
【0004】また、グルタミン酸ラセマーゼを利用する
技術として、同酵素を用いた酵素電極(特開平8−33
4489号)、D−グルタミン酸の製造法(特開平6−
7183号公報)等が知られている。
技術として、同酵素を用いた酵素電極(特開平8−33
4489号)、D−グルタミン酸の製造法(特開平6−
7183号公報)等が知られている。
【0005】さらに、グルタミン酸ラセマーゼを欠損し
た微生物として、バチラス・ズブチリス(Bacillus sub
tilis )に属し、グルタミン酸ラセマ−ゼが欠損してい
ることを特徴とする新規な納豆菌(特開平10−262
655)が、L−グルタミン酸の割合が多いポリ−γ−
グルタミン酸を産生することが知られている。
た微生物として、バチラス・ズブチリス(Bacillus sub
tilis )に属し、グルタミン酸ラセマ−ゼが欠損してい
ることを特徴とする新規な納豆菌(特開平10−262
655)が、L−グルタミン酸の割合が多いポリ−γ−
グルタミン酸を産生することが知られている。
【0006】しかし、コリネ型細菌由来のグルタミン酸
ラセマーゼについての知見は少なく、その遺伝子も単離
されていない。また、グルタミン酸ラセマーゼ遺伝子を
操作することによって細菌の溶解を調節するという思想
も知られていない。
ラセマーゼについての知見は少なく、その遺伝子も単離
されていない。また、グルタミン酸ラセマーゼ遺伝子を
操作することによって細菌の溶解を調節するという思想
も知られていない。
【0007】
【発明が解決しようとする課題】本発明は、コリネ型細
菌のグルタミン酸ラセマーゼをコードする遺伝子、及び
同遺伝子が破壊されたコリネ型細菌を提供することを課
題とする。
菌のグルタミン酸ラセマーゼをコードする遺伝子、及び
同遺伝子が破壊されたコリネ型細菌を提供することを課
題とする。
【0008】
【課題を解決するための手段】本発明者は、上記課題を
解決するために鋭意検討を行った結果、エシェリヒア・
コリ(Escherichia coli)のグルタミン酸ラセマーゼ遺
伝子(murI)変異株を用いてブレビバクテリウム・
ラクトファーメンタムのグルタミン酸ラセマーゼ遺伝子
(以下、「murI」ともいう)を単離することに成功
し、本発明を完成するに至った。
解決するために鋭意検討を行った結果、エシェリヒア・
コリ(Escherichia coli)のグルタミン酸ラセマーゼ遺
伝子(murI)変異株を用いてブレビバクテリウム・
ラクトファーメンタムのグルタミン酸ラセマーゼ遺伝子
(以下、「murI」ともいう)を単離することに成功
し、本発明を完成するに至った。
【0009】すなわち本発明は、下記(A)又は(B)
に示すタンパク質である。 (A)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列を有す
るタンパク質。 (B)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、かつ、グル
タミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質。
に示すタンパク質である。 (A)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列を有す
るタンパク質。 (B)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、かつ、グル
タミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質。
【0010】また本発明は、下記(A)又は(B)に示
すタンパク質をコードするDNAを提供する。 (A)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列を有す
るタンパク質。 (B)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、かつ、グル
タミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質。前記DN
Aとしては、下記(a)又は(b)に示すDNAが挙げ
られる。 (a)配列表の配列番号1に記載の塩基配列を含むDN
A。 (b)配列表の配列番号1に記載の塩基配列とストリン
ジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ、グルタミ
ン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質をコードするD
NA。 本発明はさらに、前記グルタミン酸ラセマーゼの一部を
コードするDNA断片が、コリネ型細菌の染色体上のグ
ルタミン酸ラセマーゼ遺伝子との相同組換えにより染色
体DNAに組み込まれることによって、グルタミン酸ラ
セマーゼ遺伝子が破壊されたことを特徴とするコリネ型
細菌を提供する。
すタンパク質をコードするDNAを提供する。 (A)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列を有す
るタンパク質。 (B)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、かつ、グル
タミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質。前記DN
Aとしては、下記(a)又は(b)に示すDNAが挙げ
られる。 (a)配列表の配列番号1に記載の塩基配列を含むDN
A。 (b)配列表の配列番号1に記載の塩基配列とストリン
ジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ、グルタミ
ン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質をコードするD
NA。 本発明はさらに、前記グルタミン酸ラセマーゼの一部を
コードするDNA断片が、コリネ型細菌の染色体上のグ
ルタミン酸ラセマーゼ遺伝子との相同組換えにより染色
体DNAに組み込まれることによって、グルタミン酸ラ
セマーゼ遺伝子が破壊されたことを特徴とするコリネ型
細菌を提供する。
【0011】グルタミン酸ラセマーゼ活性とは、グルタ
ミン酸のラセミ化反応を触媒する活性をいうが、本発明
においては、少なくともL−グルタミン酸をD−グルタ
ミン酸に変換する活性を有していればよい。
ミン酸のラセミ化反応を触媒する活性をいうが、本発明
においては、少なくともL−グルタミン酸をD−グルタ
ミン酸に変換する活性を有していればよい。
【0012】
【発明の実施の形態】以下、本発明を詳細に説明する。
【0013】<1>本発明のDNA 本発明のDNAは、ブレビバクテリウム・ラクトファー
メンタムの染色体DNAから次のようにして取得するこ
とができる。
メンタムの染色体DNAから次のようにして取得するこ
とができる。
【0014】まず、ブレビバクテリウム ラクトファー
メンタム、例えばブレビバクテリウム・ラクトファーメ
ンタムATCC13869の染色体DNAライブラリー
を調製する。染色体DNAは、例えばSaitoらの方法(B
iochim. Biophys. Acta, 72,619-629 (1963)に記載)あ
るいはK. S. Kirbyの方法(Biochem.J.,64,405,(195
6))等の方法により取得することができる。
メンタム、例えばブレビバクテリウム・ラクトファーメ
ンタムATCC13869の染色体DNAライブラリー
を調製する。染色体DNAは、例えばSaitoらの方法(B
iochim. Biophys. Acta, 72,619-629 (1963)に記載)あ
るいはK. S. Kirbyの方法(Biochem.J.,64,405,(195
6))等の方法により取得することができる。
【0015】次に、得られた染色体DNAからmurI
遺伝子を単離するために、染色体DNAライブラリーを
作製する。まず、染色体DNAを適当な制限酵素で部分
分解して種々の断片混合物を得る。切断反応時間等を調
節して切断の程度を調節すれば、幅広い種類の制限酵素
が使用できる。例えば、Sau3AIを、温度30℃以上、好
ましくは37℃、酵素濃度1〜10ユニット/mlで様々
な時間(1分〜2時間)染色体DNAに作用させてこれ
を消化する。尚、後記実施例では、BamHIを用いた。
遺伝子を単離するために、染色体DNAライブラリーを
作製する。まず、染色体DNAを適当な制限酵素で部分
分解して種々の断片混合物を得る。切断反応時間等を調
節して切断の程度を調節すれば、幅広い種類の制限酵素
が使用できる。例えば、Sau3AIを、温度30℃以上、好
ましくは37℃、酵素濃度1〜10ユニット/mlで様々
な時間(1分〜2時間)染色体DNAに作用させてこれ
を消化する。尚、後記実施例では、BamHIを用いた。
【0016】ついで、切断された染色体DNA断片を、
エシェリヒア属細菌細胞内で自律複製可能なベクターDN
Aに連結し、組換えDNAを作製する。具体的には、染
色体DNAの切断に用いた制限酵素BamHIと相補的な末
端塩基配列を生じさせる制限酵素、例えばBamHIを、温
度30℃以上、酵素濃度1〜100ユニット/mlの条件下
で1時間以上、好ましくは1〜3時間、ベクターDNA
に作用させてこれを完全消化し、切断開裂する。次い
で、上記のようにして得た染色体DNA断片混合物と切
断開裂されたベクターDNAを混合し、これにDNAリ
ガーゼ、好ましくはT4DNAリガーゼを、温度4〜1
6℃、酵素濃度1〜100ユニット/mlの条件下で1時
間以上、好ましくは6〜24時間作用させて組換えDN
Aを得る。
エシェリヒア属細菌細胞内で自律複製可能なベクターDN
Aに連結し、組換えDNAを作製する。具体的には、染
色体DNAの切断に用いた制限酵素BamHIと相補的な末
端塩基配列を生じさせる制限酵素、例えばBamHIを、温
度30℃以上、酵素濃度1〜100ユニット/mlの条件下
で1時間以上、好ましくは1〜3時間、ベクターDNA
に作用させてこれを完全消化し、切断開裂する。次い
で、上記のようにして得た染色体DNA断片混合物と切
断開裂されたベクターDNAを混合し、これにDNAリ
ガーゼ、好ましくはT4DNAリガーゼを、温度4〜1
6℃、酵素濃度1〜100ユニット/mlの条件下で1時
間以上、好ましくは6〜24時間作用させて組換えDN
Aを得る。
【0017】得られた組換えDNAを用いて、エシェリ
ヒア・コリのD−グルタミン酸要求性変異株、例えばエ
シェリヒア・コリWM335(J.Bacteriol., 1973, 11
4:499-506)を形質転換し、D−グルタミン酸を含まな
い寒天培地に塗布し、培養する。生じたコロニーを液体
培地に接種して培養し、得られる菌体からプラスミドを
回収すれば、murI遺伝子を含むDNA断片を得るこ
とができる。
ヒア・コリのD−グルタミン酸要求性変異株、例えばエ
シェリヒア・コリWM335(J.Bacteriol., 1973, 11
4:499-506)を形質転換し、D−グルタミン酸を含まな
い寒天培地に塗布し、培養する。生じたコロニーを液体
培地に接種して培養し、得られる菌体からプラスミドを
回収すれば、murI遺伝子を含むDNA断片を得るこ
とができる。
【0018】上記のようにして得られるDNA断片がm
urI遺伝子を含むことの確認は、同DNA断片の塩基
配列を決定し、配列番号1に示す塩基配列を有するこ
と、又は制限酵素地図を作成し、図1に示す制限酵素地
図と比較することによって行うことができる。
urI遺伝子を含むことの確認は、同DNA断片の塩基
配列を決定し、配列番号1に示す塩基配列を有するこ
と、又は制限酵素地図を作成し、図1に示す制限酵素地
図と比較することによって行うことができる。
【0019】ブレビバクテリウム・ラクトファーメンタ
ムATCC13869の染色体DNAの切断にBamH
Iを用いた場合には、murI遺伝子は約6kbのBa
mHI断片中にクローン化される。このBamHI断片
をSacI及びXhoIで切断すると、murI遺伝子
を含む約1.6kbのDNA断片が得られる。
ムATCC13869の染色体DNAの切断にBamH
Iを用いた場合には、murI遺伝子は約6kbのBa
mHI断片中にクローン化される。このBamHI断片
をSacI及びXhoIで切断すると、murI遺伝子
を含む約1.6kbのDNA断片が得られる。
【0020】上記と同様にして、他のコリネ型細菌から
murI遺伝子を単離することができる。また、本発明
のDNAは、その塩基配列が明らかとなったので、同塩
基配列に基づいて合成したオリゴヌクレオチドをプライ
マーに用いるPCR(ポリメラーゼ・チェイン・リアク
ション)によりコリネ型細菌染色体から、又は同塩基配
列に基づいて合成したオリゴヌクレオチドをプローブを
用いるハイブリダイゼーションにより、染色体DNAラ
イブラリーから単離することができる。
murI遺伝子を単離することができる。また、本発明
のDNAは、その塩基配列が明らかとなったので、同塩
基配列に基づいて合成したオリゴヌクレオチドをプライ
マーに用いるPCR(ポリメラーゼ・チェイン・リアク
ション)によりコリネ型細菌染色体から、又は同塩基配
列に基づいて合成したオリゴヌクレオチドをプローブを
用いるハイブリダイゼーションにより、染色体DNAラ
イブラリーから単離することができる。
【0021】本発明においてコリネ型細菌は、従来ブレ
ビバクテリウム属に分類されていたが現在コリネバクテ
リウム属に統合された細菌を含み(Int. J. Syst. Bact
eriol., 41, 255 (1981))、またコリネバクテリウム属
と非常に近縁なブレビバクテリウム属細菌を含む。この
ようなコリネ型細菌の例として以下のものが挙げられ
る。
ビバクテリウム属に分類されていたが現在コリネバクテ
リウム属に統合された細菌を含み(Int. J. Syst. Bact
eriol., 41, 255 (1981))、またコリネバクテリウム属
と非常に近縁なブレビバクテリウム属細菌を含む。この
ようなコリネ型細菌の例として以下のものが挙げられ
る。
【0022】コリネバクテリウム・アセトアシドフィラ
ム コリネバクテリウム・アセトグルタミカム コリネバクテリウム・アルカノリティカム コリネバクテリウム・カルナエ コリネバクテリウム・グルタミカム コリネバクテリウム・リリウム(コリネバクテリウム・
グルタミカム) コリネバクテリウム・メラセコーラ コリネバクテリウム・サーモアミノゲネス コリネバクテリウム・ハーキュリス ブレビバクテリウム・ディバリカタム(コリネバクテリ
ウム・グルタミカム) ブレビバクテリウム・フラバム(コリネバクテリウム・
グルタミカム) ブレビバクテリウム・インマリオフィラム ブレビバクテリウム・ラクトファーメンタム(コリネバ
クテリウム・グルタミカム) ブレビバクテリウム・ロゼウム ブレビバクテリウム・サッカロリティカム ブレビバクテリウム・チオゲニタリス ブレビバクテリウム・アンモニアゲネス(コリネバクテ
リウム・アンモニアゲネス) ブレビバクテリウム・アルバム ブレビバクテリウム・セリヌム ミクロバクテリウム・アンモニアフィラム 具体的には、下記のような菌株を例示することができ
る。
ム コリネバクテリウム・アセトグルタミカム コリネバクテリウム・アルカノリティカム コリネバクテリウム・カルナエ コリネバクテリウム・グルタミカム コリネバクテリウム・リリウム(コリネバクテリウム・
グルタミカム) コリネバクテリウム・メラセコーラ コリネバクテリウム・サーモアミノゲネス コリネバクテリウム・ハーキュリス ブレビバクテリウム・ディバリカタム(コリネバクテリ
ウム・グルタミカム) ブレビバクテリウム・フラバム(コリネバクテリウム・
グルタミカム) ブレビバクテリウム・インマリオフィラム ブレビバクテリウム・ラクトファーメンタム(コリネバ
クテリウム・グルタミカム) ブレビバクテリウム・ロゼウム ブレビバクテリウム・サッカロリティカム ブレビバクテリウム・チオゲニタリス ブレビバクテリウム・アンモニアゲネス(コリネバクテ
リウム・アンモニアゲネス) ブレビバクテリウム・アルバム ブレビバクテリウム・セリヌム ミクロバクテリウム・アンモニアフィラム 具体的には、下記のような菌株を例示することができ
る。
【0023】コリネバクテリウム・アセトアシドフィラ
ム ATCC13870 コリネバクテリウム・アセトグルタミカム ATCC1
5806 コリネバクテリウム・アルカノリティカム ATCC2
1511 コリネバクテリウム・カルナエ ATCC15991 コリネバクテリウム・グルタミカム ATCC1302
0、13032、13060 コリネバクテリウム・リリウム(コリネバクテリウム・
グルタミカム) ATCC15990 コリネバクテリウム・メラセコーラ ATCC1796
5 コリネバクテリウム・サーモアミノゲネス AJ123
40(FERM BP−1539) コリネバクテリウム・ハーキュリス ATCC1386
8 ブレビバクテリウム・ディバリカタム(コリネバクテリ
ウム・グルタミカム)ATCC14020 ブレビバクテリウム・フラバム(コリネバクテリウム・
グルタミカム) ATCC13826、ATCC140
67 ブレビバクテリウム・インマリオフィラム ATCC1
4068 ブレビバクテリウム・ラクトフェルメンタム(コリネバ
クテリウム・グルタミカム) ATCC13665、A
TCC13869、 ブレビバクテリウム・ロゼウム ATCC13825 ブレビバクテリウム・サッカロリティカム ATCC1
4066 ブレビバクテリウム・チオゲニタリス ATCC192
40 ブレビバクテリウム・アンモニアゲネス(コリネバクテ
リウム・アンモニアゲネス) ATCC6871 ブレビバクテリウム・アルバム ATCC15111 ブレビバクテリウム・セリヌム ATCC15112 ミクロバクテリウム・アンモニアフィラム ATCC1
5354
ム ATCC13870 コリネバクテリウム・アセトグルタミカム ATCC1
5806 コリネバクテリウム・アルカノリティカム ATCC2
1511 コリネバクテリウム・カルナエ ATCC15991 コリネバクテリウム・グルタミカム ATCC1302
0、13032、13060 コリネバクテリウム・リリウム(コリネバクテリウム・
グルタミカム) ATCC15990 コリネバクテリウム・メラセコーラ ATCC1796
5 コリネバクテリウム・サーモアミノゲネス AJ123
40(FERM BP−1539) コリネバクテリウム・ハーキュリス ATCC1386
8 ブレビバクテリウム・ディバリカタム(コリネバクテリ
ウム・グルタミカム)ATCC14020 ブレビバクテリウム・フラバム(コリネバクテリウム・
グルタミカム) ATCC13826、ATCC140
67 ブレビバクテリウム・インマリオフィラム ATCC1
4068 ブレビバクテリウム・ラクトフェルメンタム(コリネバ
クテリウム・グルタミカム) ATCC13665、A
TCC13869、 ブレビバクテリウム・ロゼウム ATCC13825 ブレビバクテリウム・サッカロリティカム ATCC1
4066 ブレビバクテリウム・チオゲニタリス ATCC192
40 ブレビバクテリウム・アンモニアゲネス(コリネバクテ
リウム・アンモニアゲネス) ATCC6871 ブレビバクテリウム・アルバム ATCC15111 ブレビバクテリウム・セリヌム ATCC15112 ミクロバクテリウム・アンモニアフィラム ATCC1
5354
【0024】染色体DNAの調製、染色体DNAライブ
ラリーの作製、ハイブリダイゼーション、PCR、プラ
スミドDNAの調製、DNAの切断及び連結、形質転
換、プライマーとして用いるオリゴヌクレオチドの設定
等の方法は、上記の方法の他、当業者によく知られてい
る通常の方法を採用することができる。これらの方法
は、Sambrook, J., Fritsch, E. F., and Maniatis,
T., "Molecular Cloning A Laboratory Manual, Second
Edition", Cold Spring Harbor Laboratory Press,(19
89)等に記載されている。
ラリーの作製、ハイブリダイゼーション、PCR、プラ
スミドDNAの調製、DNAの切断及び連結、形質転
換、プライマーとして用いるオリゴヌクレオチドの設定
等の方法は、上記の方法の他、当業者によく知られてい
る通常の方法を採用することができる。これらの方法
は、Sambrook, J., Fritsch, E. F., and Maniatis,
T., "Molecular Cloning A Laboratory Manual, Second
Edition", Cold Spring Harbor Laboratory Press,(19
89)等に記載されている。
【0025】上記のようにして得られるmurI遺伝子
の塩基配列を配列表配列番号1に示す。また、この塩基
配列によってコードされ得るタンパク質(分子量30,
354)のアミノ酸配列を配列番号2に示す。
の塩基配列を配列表配列番号1に示す。また、この塩基
配列によってコードされ得るタンパク質(分子量30,
354)のアミノ酸配列を配列番号2に示す。
【0026】本発明のDNAは、コードされるグルタミ
ン酸ラセマーゼの活性が損なわれない限り、1若しくは
複数の位置での1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠
失、挿入、付加、又は逆位を含むグルタミン酸ラセマー
ゼをコードするものであってもよい。ここで、「数個」
とは、アミノ酸残基のタンパク質の立体構造における位
置や種類によっても異なる。それは、イソロイシンとバ
リンのように、アミノ酸によっては、類縁性の高いアミ
ノ酸が存在し、そのようなアミノ酸の違いが、蛋白質の
立体構造に大きな影響を与えないことに由来する。従っ
て、グルタミン酸ラセマーゼを構成するアミノ酸配列全
体に対し、30から50%以上、好ましくは50〜70
%以上の相同性を有し、グルタミン酸ラセマーゼ活性を
有するものであってもよい。具体的には、前記「数個」
は、2〜30個、好ましくは、2〜20個、より好まし
くは2〜10個である。
ン酸ラセマーゼの活性が損なわれない限り、1若しくは
複数の位置での1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠
失、挿入、付加、又は逆位を含むグルタミン酸ラセマー
ゼをコードするものであってもよい。ここで、「数個」
とは、アミノ酸残基のタンパク質の立体構造における位
置や種類によっても異なる。それは、イソロイシンとバ
リンのように、アミノ酸によっては、類縁性の高いアミ
ノ酸が存在し、そのようなアミノ酸の違いが、蛋白質の
立体構造に大きな影響を与えないことに由来する。従っ
て、グルタミン酸ラセマーゼを構成するアミノ酸配列全
体に対し、30から50%以上、好ましくは50〜70
%以上の相同性を有し、グルタミン酸ラセマーゼ活性を
有するものであってもよい。具体的には、前記「数個」
は、2〜30個、好ましくは、2〜20個、より好まし
くは2〜10個である。
【0027】上記のようなグルタミン酸ラセマーゼと実
質的に同一のタンパク質をコードするDNAは、例えば
部位特異的変異法によって、特定の部位のアミノ酸残基
が置換、欠失、挿入、付加、又は逆位を含むように塩基
配列を改変することによって得られる。また、上記のよ
うな改変されたDNAは、従来知られている変異処理に
よっても取得され得る。変異処理としては、グルタミン
酸ラセマーゼをコードするDNAをヒドロキシルアミン
等でインビトロ処理する方法、及びグルタミン酸ラセマ
ーゼをコードするDNAを保持する微生物、例えばエシ
ェリヒア属細菌を、紫外線照射またはN−メチル−N'−
ニトロ−N−ニトロソグアニジン(NTG)もしくは亜硝酸
等の通常変異処理に用いられている変異剤によって処理
する方法が挙げられる。
質的に同一のタンパク質をコードするDNAは、例えば
部位特異的変異法によって、特定の部位のアミノ酸残基
が置換、欠失、挿入、付加、又は逆位を含むように塩基
配列を改変することによって得られる。また、上記のよ
うな改変されたDNAは、従来知られている変異処理に
よっても取得され得る。変異処理としては、グルタミン
酸ラセマーゼをコードするDNAをヒドロキシルアミン
等でインビトロ処理する方法、及びグルタミン酸ラセマ
ーゼをコードするDNAを保持する微生物、例えばエシ
ェリヒア属細菌を、紫外線照射またはN−メチル−N'−
ニトロ−N−ニトロソグアニジン(NTG)もしくは亜硝酸
等の通常変異処理に用いられている変異剤によって処理
する方法が挙げられる。
【0028】また、上記のような塩基の置換、欠失、挿
入、付加、又は逆位等には、グルタミン酸ラセマーゼを
保持する微生物の個体差、種や属の違いに基づく場合な
どの天然に生じる変異(mutant又はvariant)も含まれ
る。
入、付加、又は逆位等には、グルタミン酸ラセマーゼを
保持する微生物の個体差、種や属の違いに基づく場合な
どの天然に生じる変異(mutant又はvariant)も含まれ
る。
【0029】上記のような変異を有するDNAを、適当
な細胞で発現させ、発現産物のグルタミン酸ラセマーゼ
活性を調べることにより、グルタミン酸ラセマーゼと実
質的に同一のタンパク質をコードするDNAが得られ
る。また、変異を有するグルタミン酸ラセマーゼをコー
ドするDNAまたはこれを保持する細胞から、例えば配
列表の配列番号1に記載の塩基配列を有するDNAとス
トリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ、グ
ルタミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質をコード
するDNAを単離することによっても、グルタミン酸ラ
セマーゼと実質的に同一のタンパク質をコードするDN
Aが得られる。ここでいう「ストリンジェントな条件」
とは、いわゆる特異的なハイブリッドが形成され、非特
異的なハイブリッドが形成されない条件をいう。この条
件を明確に数値化することは困難であるが、一例を示せ
ば、相同性が高いDNA同士、例えば50%以上の相同
性を有するDNA同士がハイブリダイズし、それより相
同性が低いDNA同士がハイブリダイズしない条件、あ
るいは通常のサザンハイブリダイゼーションの洗いの条
件である60℃、1×SSC,0.1%SDS、好まし
くは、0.1×SSC、0.1%SDSに相当する塩濃
度でハイブリダイズする条件が挙げられる。
な細胞で発現させ、発現産物のグルタミン酸ラセマーゼ
活性を調べることにより、グルタミン酸ラセマーゼと実
質的に同一のタンパク質をコードするDNAが得られ
る。また、変異を有するグルタミン酸ラセマーゼをコー
ドするDNAまたはこれを保持する細胞から、例えば配
列表の配列番号1に記載の塩基配列を有するDNAとス
トリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ、グ
ルタミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質をコード
するDNAを単離することによっても、グルタミン酸ラ
セマーゼと実質的に同一のタンパク質をコードするDN
Aが得られる。ここでいう「ストリンジェントな条件」
とは、いわゆる特異的なハイブリッドが形成され、非特
異的なハイブリッドが形成されない条件をいう。この条
件を明確に数値化することは困難であるが、一例を示せ
ば、相同性が高いDNA同士、例えば50%以上の相同
性を有するDNA同士がハイブリダイズし、それより相
同性が低いDNA同士がハイブリダイズしない条件、あ
るいは通常のサザンハイブリダイゼーションの洗いの条
件である60℃、1×SSC,0.1%SDS、好まし
くは、0.1×SSC、0.1%SDSに相当する塩濃
度でハイブリダイズする条件が挙げられる。
【0030】このような条件でハイブリダイズする遺伝
子の中には途中にストップコドンが発生したものや、活
性中心の変異により活性を失ったものも含まれるが、そ
れらについては、市販の活性発現ベクターにつなぎグル
タミン酸ラセマーゼ活性を測定することによって容易に
取り除くことができる。
子の中には途中にストップコドンが発生したものや、活
性中心の変異により活性を失ったものも含まれるが、そ
れらについては、市販の活性発現ベクターにつなぎグル
タミン酸ラセマーゼ活性を測定することによって容易に
取り除くことができる。
【0031】<2>本発明のDNAの利用 上記の本発明のDNAを、適当な宿主−ベクター系を用
いて発現させることにより、グルタミン酸ラセマーゼを
製造することができる。
いて発現させることにより、グルタミン酸ラセマーゼを
製造することができる。
【0032】murI遺伝子を発現させるための宿主と
しては、エシェリヒア・コリ、ブレビバクテリウム・ラ
クトファーメンタム等のコリネ型細菌、その他の種々の
原核細胞、サッカロマイセスセレビシエ(Saccharomyce
s cerevisiae)をはじめとする種々の真核細胞、動物細
胞、植物細胞が挙げられるが、これらの中では原核細
胞、特にエシェリヒア・コリ及びコリネ型細菌が好まし
い。
しては、エシェリヒア・コリ、ブレビバクテリウム・ラ
クトファーメンタム等のコリネ型細菌、その他の種々の
原核細胞、サッカロマイセスセレビシエ(Saccharomyce
s cerevisiae)をはじめとする種々の真核細胞、動物細
胞、植物細胞が挙げられるが、これらの中では原核細
胞、特にエシェリヒア・コリ及びコリネ型細菌が好まし
い。
【0033】エシェリヒア・コリにmurI遺伝子を導
入するためのベクターとしては、例えばpUC19、pUC18、
pBR322、pHSG299、pHSG298、pHSG399、pHSG398、RSF101
0、pMW119、pMW118、pMW219、pMW218等が挙げられる。
他にもファージDNAのベクターも利用できる。また、
コリネ型細菌にmurI遺伝子を導入するためのベクタ
ーとしては、pAM330(特開昭58−67699号公報参
照)、pHM1519(特開昭58−77895号公報参
照)、pAJ655、pAJ611、pAJ1844(以上、特開昭58−
192900号公報参照)、pCG1(特開昭57−134
500号公報参照)、pCG2(特開昭58−35197号
公報参照)、pCG4、pCG11(以上、特開昭57−183
799号公報参照)、pHK4(特開平5−7491号公報
参照)等が挙げられる。上記のベクターにmurI遺伝
子を連結して得られる組換えベクターで上記宿主を形質
転換することによって、murI遺伝子を導入すること
ができる。また、murI遺伝子を、トランスダクショ
ン、トランスポゾン(Berg,D.E. and Berg,C.M.,Bio/Te
chnol.,1,417(1983))、Muファージ(特開平2−10
9985号)または相同性組換え(Experiments in Mol
ecular Genetics, Cold Spring Harbor Lab.(1972))を
用いた方法で宿主のゲノムに組み込んでもよい。
入するためのベクターとしては、例えばpUC19、pUC18、
pBR322、pHSG299、pHSG298、pHSG399、pHSG398、RSF101
0、pMW119、pMW118、pMW219、pMW218等が挙げられる。
他にもファージDNAのベクターも利用できる。また、
コリネ型細菌にmurI遺伝子を導入するためのベクタ
ーとしては、pAM330(特開昭58−67699号公報参
照)、pHM1519(特開昭58−77895号公報参
照)、pAJ655、pAJ611、pAJ1844(以上、特開昭58−
192900号公報参照)、pCG1(特開昭57−134
500号公報参照)、pCG2(特開昭58−35197号
公報参照)、pCG4、pCG11(以上、特開昭57−183
799号公報参照)、pHK4(特開平5−7491号公報
参照)等が挙げられる。上記のベクターにmurI遺伝
子を連結して得られる組換えベクターで上記宿主を形質
転換することによって、murI遺伝子を導入すること
ができる。また、murI遺伝子を、トランスダクショ
ン、トランスポゾン(Berg,D.E. and Berg,C.M.,Bio/Te
chnol.,1,417(1983))、Muファージ(特開平2−10
9985号)または相同性組換え(Experiments in Mol
ecular Genetics, Cold Spring Harbor Lab.(1972))を
用いた方法で宿主のゲノムに組み込んでもよい。
【0034】上記のようにしてmurI遺伝子を導入さ
れた細胞を培地で培養し、グルタミン酸ラセマーゼを培
養物中に生成蓄積させ、該培養物よりグルタミン酸ラセ
マーゼを採取することにより、グルタミン酸ラセマーゼ
を製造することができる。培養に用いる培地は、用いる
宿主に応じて適宜選択すればよい。
れた細胞を培地で培養し、グルタミン酸ラセマーゼを培
養物中に生成蓄積させ、該培養物よりグルタミン酸ラセ
マーゼを採取することにより、グルタミン酸ラセマーゼ
を製造することができる。培養に用いる培地は、用いる
宿主に応じて適宜選択すればよい。
【0035】上記のようにして製造されるグルタミン酸
ラセマーゼは、必要に応じて、菌体抽出液又は培地から
イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラ
フィー、吸着クロマトグラフィー、溶媒沈殿等、通常の
酵素の精製法を用いて精製することができる。
ラセマーゼは、必要に応じて、菌体抽出液又は培地から
イオン交換クロマトグラフィー、ゲル濾過クロマトグラ
フィー、吸着クロマトグラフィー、溶媒沈殿等、通常の
酵素の精製法を用いて精製することができる。
【0036】また、本発明のDNAを利用して、細胞中
のグルタミン酸ラセマーゼ活性が野生株よりも高い微生
物、細胞中のグルタミン酸ラセマーゼ活性が野生株より
も低い微生物、又はグルタミン酸ラセマーゼを欠損した
微生物を作製することができる。細胞中のグルタミン酸
ラセマーゼ活性が野生株よりも高い微生物は、murI
遺伝子を発現可能な形態で含むベクターで微生物を形質
転換することによって得ることができる。また、細胞中
のグルタミン酸ラセマーゼ活性が野生株よりも低い微生
物又はグルタミン酸ラセマーゼを欠損した微生物は、例
えば、グルタミン酸ラセマーゼの一部をコードするDN
A断片を、微生物の染色体上のmurI遺伝子との相同
組換えにより染色体DNAに組み込むことによって、得
ることができる。
のグルタミン酸ラセマーゼ活性が野生株よりも高い微生
物、細胞中のグルタミン酸ラセマーゼ活性が野生株より
も低い微生物、又はグルタミン酸ラセマーゼを欠損した
微生物を作製することができる。細胞中のグルタミン酸
ラセマーゼ活性が野生株よりも高い微生物は、murI
遺伝子を発現可能な形態で含むベクターで微生物を形質
転換することによって得ることができる。また、細胞中
のグルタミン酸ラセマーゼ活性が野生株よりも低い微生
物又はグルタミン酸ラセマーゼを欠損した微生物は、例
えば、グルタミン酸ラセマーゼの一部をコードするDN
A断片を、微生物の染色体上のmurI遺伝子との相同
組換えにより染色体DNAに組み込むことによって、得
ることができる。
【0037】具体的には、例えば、murI遺伝子の
5’末端部及び3’末端部を欠失し、正常に機能するグ
ルタミン酸ラセマーゼを産生しないように改変したmu
rI遺伝子(欠失型murI遺伝子)を含むDNAでコ
リネ型細菌等の微生物を形質転換し、欠失型murI遺
伝子と染色体上のmurI遺伝子との間で組換えを起こ
させることにより、染色体上のmurI遺伝子を破壊す
ることができる。このような相同組換えによる遺伝子破
壊は既に確立しており、直鎖DNAを用いる方法や温度
感受性複製起点を含むプラスミドを用いる方法などによ
っても遺伝子破壊を行うことができる。以下にコリネ型
細菌の温度感受性複製起点を含むプラスミドを用いる方
法を説明する。
5’末端部及び3’末端部を欠失し、正常に機能するグ
ルタミン酸ラセマーゼを産生しないように改変したmu
rI遺伝子(欠失型murI遺伝子)を含むDNAでコ
リネ型細菌等の微生物を形質転換し、欠失型murI遺
伝子と染色体上のmurI遺伝子との間で組換えを起こ
させることにより、染色体上のmurI遺伝子を破壊す
ることができる。このような相同組換えによる遺伝子破
壊は既に確立しており、直鎖DNAを用いる方法や温度
感受性複製起点を含むプラスミドを用いる方法などによ
っても遺伝子破壊を行うことができる。以下にコリネ型
細菌の温度感受性複製起点を含むプラスミドを用いる方
法を説明する。
【0038】murI遺伝子の内部を欠失し、正常に機
能するグルタミン酸ラセマーゼを産生しないように改変
したmurI遺伝子(欠失型murI遺伝子)を含むD
NAを作製する。この欠失型murI遺伝子を、宿主染
色体上のmurI遺伝子と置換するには以下のようにす
ればよい。すなわち、温度感受性複製起点と変異型mu
rI遺伝子とクロラムフェニコール等の薬剤に耐性を示
すマーカー遺伝子とを挿入して組換えDNAを調製し、
この組換えDNAでコリネ型細菌を形質転換し、温度感
受性複製起点が機能しない温度で形質転換株を培養し、
続いてこれを薬剤を含む培地で培養することにより、組
換えDNAが染色体DNAに組み込まれた形質転換株が
得られる。
能するグルタミン酸ラセマーゼを産生しないように改変
したmurI遺伝子(欠失型murI遺伝子)を含むD
NAを作製する。この欠失型murI遺伝子を、宿主染
色体上のmurI遺伝子と置換するには以下のようにす
ればよい。すなわち、温度感受性複製起点と変異型mu
rI遺伝子とクロラムフェニコール等の薬剤に耐性を示
すマーカー遺伝子とを挿入して組換えDNAを調製し、
この組換えDNAでコリネ型細菌を形質転換し、温度感
受性複製起点が機能しない温度で形質転換株を培養し、
続いてこれを薬剤を含む培地で培養することにより、組
換えDNAが染色体DNAに組み込まれた形質転換株が
得られる。
【0039】こうして染色体に組換えDNAが組み込ま
れた株は、染色体上にもともと存在するmurI遺伝子
配列との組換えを起こし、染色体murI遺伝子と欠失
型murI遺伝子との融合遺伝子2個が組換えDNAの
他の部分(ベクター部分、温度感受性複製起点及び薬剤
耐性マーカー)を挟んだ状態で染色体に挿入されてい
る。したがって、この状態では正常なmurI遺伝子が
優性であるので、形質転換株はmurIを発現し、D−
グルタミン酸を生成することができる。
れた株は、染色体上にもともと存在するmurI遺伝子
配列との組換えを起こし、染色体murI遺伝子と欠失
型murI遺伝子との融合遺伝子2個が組換えDNAの
他の部分(ベクター部分、温度感受性複製起点及び薬剤
耐性マーカー)を挟んだ状態で染色体に挿入されてい
る。したがって、この状態では正常なmurI遺伝子が
優性であるので、形質転換株はmurIを発現し、D−
グルタミン酸を生成することができる。
【0040】次に、染色体DNA上に欠失型murI遺
伝子のみを残すために、2個のmurI遺伝子の組換え
により1コピーのmurI遺伝子を、ベクター部分(温
度感受性複製起点及び薬剤耐性マーカーを含む)ととも
に染色体DNAから脱落させる。その際、正常なmur
I遺伝子が染色体DNA上に残され、欠失型murI遺
伝子が切り出される場合と、反対に欠失型murI遺伝
子が染色体DNA上に残され、正常なmurI遺伝子が
切り出される場合がある。いずれの場合も、温度感受性
複製起点が機能する温度で培養すれば、切り出されたD
NAはプラスミド状で細胞内に保持される。次に、温度
感受性複製起点が機能しない温度で培養すると、欠失型
murI遺伝子が染色体DNA上に残された場合は、正
常なmurI遺伝子を含むプラスミドが細胞から脱落す
るためD−グルタミン酸を生成できないが、正常なmu
rI遺伝子が染色体DNA上に残された場合はD−グル
タミン酸を生成することができる。したがって、温度感
受性複製起点が機能する温度でD−グルタミン酸を生成
することができ、温度感受性複製起点が機能しない温度
でD−グルタミン酸を生成できない株を選択することに
よって、染色体DNA上のmurI遺伝子が破壊され、
正常なmurI遺伝子をプラスミド上に保持する株を得
ることができる。
伝子のみを残すために、2個のmurI遺伝子の組換え
により1コピーのmurI遺伝子を、ベクター部分(温
度感受性複製起点及び薬剤耐性マーカーを含む)ととも
に染色体DNAから脱落させる。その際、正常なmur
I遺伝子が染色体DNA上に残され、欠失型murI遺
伝子が切り出される場合と、反対に欠失型murI遺伝
子が染色体DNA上に残され、正常なmurI遺伝子が
切り出される場合がある。いずれの場合も、温度感受性
複製起点が機能する温度で培養すれば、切り出されたD
NAはプラスミド状で細胞内に保持される。次に、温度
感受性複製起点が機能しない温度で培養すると、欠失型
murI遺伝子が染色体DNA上に残された場合は、正
常なmurI遺伝子を含むプラスミドが細胞から脱落す
るためD−グルタミン酸を生成できないが、正常なmu
rI遺伝子が染色体DNA上に残された場合はD−グル
タミン酸を生成することができる。したがって、温度感
受性複製起点が機能する温度でD−グルタミン酸を生成
することができ、温度感受性複製起点が機能しない温度
でD−グルタミン酸を生成できない株を選択することに
よって、染色体DNA上のmurI遺伝子が破壊され、
正常なmurI遺伝子をプラスミド上に保持する株を得
ることができる。
【0041】上記のようにして得られるmurI遺伝子
破壊株は、温度感受性複製起点が機能する温度(例えば
低温)で培養すればmurI遺伝子を細胞内に保持し、
温度感受性複製起点が機能しない温度(例えば高温)で
培養すればmurI遺伝子を欠損する。
破壊株は、温度感受性複製起点が機能する温度(例えば
低温)で培養すればmurI遺伝子を細胞内に保持し、
温度感受性複製起点が機能しない温度(例えば高温)で
培養すればmurI遺伝子を欠損する。
【0042】尚、上記のようにしてmurI遺伝子を破
壊した後は、遺伝子破壊株にrecA-を導入しておく
と、低温で培養中にプラスミド上のmurI遺伝子が染
色体へ再び組み込まれるのを防ぐことができる点で好ま
しい。
壊した後は、遺伝子破壊株にrecA-を導入しておく
と、低温で培養中にプラスミド上のmurI遺伝子が染
色体へ再び組み込まれるのを防ぐことができる点で好ま
しい。
【0043】コリネ型細菌細胞内で機能する温度感受性
複製起点を有するプラスミドとしては、pHS4、pH
S22、pHS23が挙げられる。また、pHS4から
切り出したコリネ型細菌由来の複製起点を含むDNA断
片を、エシェリヒア・コリ用のベクターであるpHSG
398に接続して得られたプラスミドpHSC4も、同
様に温度感受性プラスミドとして本発明に使用すること
ができる。pHSC4は、コリネ型細菌、及びエシェリ
ヒア・コリ中で自律増殖して、宿主にクロラムフェニコ
ール耐性を付与する。pHSC4を保持するエシェリヒ
ア・コリAJ12571は、1990年10月11日に
通商産業省工業技術院生命工学工業技術研究所に受託番
号FERM P−11763として寄託され、1991
年8月26日にブダペスト条約に基づく国際寄託に移管
され、FERM BP−3524の受託番号で寄託され
ている。
複製起点を有するプラスミドとしては、pHS4、pH
S22、pHS23が挙げられる。また、pHS4から
切り出したコリネ型細菌由来の複製起点を含むDNA断
片を、エシェリヒア・コリ用のベクターであるpHSG
398に接続して得られたプラスミドpHSC4も、同
様に温度感受性プラスミドとして本発明に使用すること
ができる。pHSC4は、コリネ型細菌、及びエシェリ
ヒア・コリ中で自律増殖して、宿主にクロラムフェニコ
ール耐性を付与する。pHSC4を保持するエシェリヒ
ア・コリAJ12571は、1990年10月11日に
通商産業省工業技術院生命工学工業技術研究所に受託番
号FERM P−11763として寄託され、1991
年8月26日にブダペスト条約に基づく国際寄託に移管
され、FERM BP−3524の受託番号で寄託され
ている。
【0044】これらの温度感受性プラスミドはコリネ型
細菌細胞中において、約10〜32℃では自律増殖でき
るが、約34℃以上では自律増殖できない。温度感受性
複製起点を有するDNA断片は、例えば上記pHSC4
をBamHIとKpnIで切り出すことによって得られ
る。
細菌細胞中において、約10〜32℃では自律増殖でき
るが、約34℃以上では自律増殖できない。温度感受性
複製起点を有するDNA断片は、例えば上記pHSC4
をBamHIとKpnIで切り出すことによって得られ
る。
【0045】尚、上記の各々のプラスミドの構築及びそ
の温度感受性複製起点を含む領域の塩基配列は、特公平
7−108228号公報に記載されている。上記のよう
にして得られるmurI遺伝子が破壊された微生物は、
D−グルタミン酸を生成できないので、正常なペプチド
グリカンが合成されず、溶菌しやすい。また、温度感受
性プラスミドを用いてmurI遺伝子が破壊された株
は、培養温度によってD−グルタミン酸の生成を調節す
ることができる。
の温度感受性複製起点を含む領域の塩基配列は、特公平
7−108228号公報に記載されている。上記のよう
にして得られるmurI遺伝子が破壊された微生物は、
D−グルタミン酸を生成できないので、正常なペプチド
グリカンが合成されず、溶菌しやすい。また、温度感受
性プラスミドを用いてmurI遺伝子が破壊された株
は、培養温度によってD−グルタミン酸の生成を調節す
ることができる。
【0046】
【実施例】以下、本発明を実施例によりさらに具体的に
説明する。
説明する。
【0047】<1>ブレビバクテリウム ラクトファー
メンタム ATCC13869のmurI遺伝子のクロ
ーニング (1)ブレビバクテリウム ラクトファーメンタム A
TCC13869の染色体DNAの調製 ブレビバクテリウム ラクトファーメンタム ATCC
13869株を、10mlのL培地(1%ポリペプト
ン、0.5%酵母エキス、0.5%NaCl、0.1%
グルコース、[pH7.2])にて一晩培養後、集菌し
た。菌体を50mMトリス塩酸、50mM EDTA
(pH8.0)緩衝液により洗浄した後、菌体を800
μlの同緩衝液に懸濁した。
メンタム ATCC13869のmurI遺伝子のクロ
ーニング (1)ブレビバクテリウム ラクトファーメンタム A
TCC13869の染色体DNAの調製 ブレビバクテリウム ラクトファーメンタム ATCC
13869株を、10mlのL培地(1%ポリペプト
ン、0.5%酵母エキス、0.5%NaCl、0.1%
グルコース、[pH7.2])にて一晩培養後、集菌し
た。菌体を50mMトリス塩酸、50mM EDTA
(pH8.0)緩衝液により洗浄した後、菌体を800
μlの同緩衝液に懸濁した。
【0048】上記の菌体懸濁液に、50ml/mlリゾ
チーム溶液を40μl、および10mg/mlリボヌク
レアーゼ溶液を20μl添加し、37℃で1時間インキ
ュベートした。これに、20%SDS溶液を20μl添
加し、70℃で1時間インキュベートした。続いて、2
0mg/mlプロテナーゼK溶液を24μl添加し、5
0℃で1時間インキュベートした後、さらにプロテナー
ゼK溶液を24μl添加して1時間インキュベートし
た。
チーム溶液を40μl、および10mg/mlリボヌク
レアーゼ溶液を20μl添加し、37℃で1時間インキ
ュベートした。これに、20%SDS溶液を20μl添
加し、70℃で1時間インキュベートした。続いて、2
0mg/mlプロテナーゼK溶液を24μl添加し、5
0℃で1時間インキュベートした後、さらにプロテナー
ゼK溶液を24μl添加して1時間インキュベートし
た。
【0049】上記のようにして得られた溶菌液に、等量
のフェノールを加えて撹拌した後、4℃で一晩、放置
し、遠心分離して水層を回収した。この水層を、さらに
フェノール/クロロホルムにて2時間、クロロホルム/
イソアミルアルコールにて30分間抽出した。抽出は、
撹拌後指定時間放置した後、遠心分離して水層を回収す
ることにより行った。得られた抽出液からエタノール沈
殿によりDNAを回収した。DNAの沈殿は、300μ
lのTE緩衝液(10mMトリス塩酸、1mMEDTA
[pH8.0])に溶解した。
のフェノールを加えて撹拌した後、4℃で一晩、放置
し、遠心分離して水層を回収した。この水層を、さらに
フェノール/クロロホルムにて2時間、クロロホルム/
イソアミルアルコールにて30分間抽出した。抽出は、
撹拌後指定時間放置した後、遠心分離して水層を回収す
ることにより行った。得られた抽出液からエタノール沈
殿によりDNAを回収した。DNAの沈殿は、300μ
lのTE緩衝液(10mMトリス塩酸、1mMEDTA
[pH8.0])に溶解した。
【0050】(2)ブレビバクテリウム ラクトファー
メンタム ATCC13869の染色体DNAライブラ
リーの作製 上記のようにして得られたブレビバクテリウム ラクト
ファーメンタム ATCC13869の染色体DNA及
びエシェリヒア・コリの低コピーベクターpMW118
(ニッポンジーン)を、制限酵素BamHI(宝酒造
(株))で切断した。これらのDNAを適量ずつ混合
し、Takara DNA Ligation Kit ver.2(宝酒造(株))
を用いて連結し、ブレビバクテリウム ラクトファーメ
ンタム ATCC13869の染色体DNAライブラリ
ーを構築した。
メンタム ATCC13869の染色体DNAライブラ
リーの作製 上記のようにして得られたブレビバクテリウム ラクト
ファーメンタム ATCC13869の染色体DNA及
びエシェリヒア・コリの低コピーベクターpMW118
(ニッポンジーン)を、制限酵素BamHI(宝酒造
(株))で切断した。これらのDNAを適量ずつ混合
し、Takara DNA Ligation Kit ver.2(宝酒造(株))
を用いて連結し、ブレビバクテリウム ラクトファーメ
ンタム ATCC13869の染色体DNAライブラリ
ーを構築した。
【0051】(3)murI遺伝子クローンの選択 上記のようにして得られたブレビバクテリウム ラクト
ファーメンタム ATCC13869の染色体DNAラ
イブラリーで、エシェリヒア・コリのmurI変異株W
M335(D−グルタミン酸要求性、J.Bacteriol., 19
73, 114:499-506)を形質転換し、25μg/mlのアン
ピシリンを含むL寒天培地(1.5%アガーを含むL培
地)にて、30℃で一晩培養した。
ファーメンタム ATCC13869の染色体DNAラ
イブラリーで、エシェリヒア・コリのmurI変異株W
M335(D−グルタミン酸要求性、J.Bacteriol., 19
73, 114:499-506)を形質転換し、25μg/mlのアン
ピシリンを含むL寒天培地(1.5%アガーを含むL培
地)にて、30℃で一晩培養した。
【0052】生じたコロニーをL液体培地に接種して培
養し、得られた菌体からプラスミドを回収したところ、
約6kbのBamHI断片がクローン化されており、プ
ラスミドをpI1と命名した。クローン化されたDNA
断片の制限酵素地図を作製した(図1)。また、クロー
ン化されたDNA断片を、図1の制限酵素地図に示す種
々の制限酵素で切断し、5’末端側もしくは3’末端側
又はその両方を欠失させた断片をサブクローニングし、
得られたプラスミドを用いてエシェリヒア・コリWM3
35株のmurI変異(D−グルタミン酸要求性)の相
補性試験を行った(図1)。
養し、得られた菌体からプラスミドを回収したところ、
約6kbのBamHI断片がクローン化されており、プ
ラスミドをpI1と命名した。クローン化されたDNA
断片の制限酵素地図を作製した(図1)。また、クロー
ン化されたDNA断片を、図1の制限酵素地図に示す種
々の制限酵素で切断し、5’末端側もしくは3’末端側
又はその両方を欠失させた断片をサブクローニングし、
得られたプラスミドを用いてエシェリヒア・コリWM3
35株のmurI変異(D−グルタミン酸要求性)の相
補性試験を行った(図1)。
【0053】その結果、murI変異を相補する最も短
い断片は、SacI−XhoI断片(約1.6kb)で
あった(図1下から2つ目)。
い断片は、SacI−XhoI断片(約1.6kb)で
あった(図1下から2つ目)。
【0054】(4)クローン化されたDNA断片の塩基
配列の決定。 pI1中のSacI−XhoI断片について、Thermo S
equenase fluorescentlabelled primer cycle sequenci
ng kit with 7-deaza-dGTP(アマシャムファルマシアバ
イオテック社)を用いたダイデオキシ反応を行い、DN
AシークエンサーDSQ-1000L(島津製作所)を
用いた塩基配列を決定した。決定された塩基配列には2
84アミノ酸をコードするオープンリーディングフレー
ム(852bp)が見い出された。その塩基配列を配列
表配列番号1に示す。また、この塩基配列によってコー
ドされ得るタンパク質(分子量30,354)のアミノ
酸配列を配列番号2に示す。このアミノ酸配列は、様々
な微生物のグルタミン酸ラセマーゼ(murI遺伝子産
物)と相同性を有し、murI遺伝子であると同定され
た。
配列の決定。 pI1中のSacI−XhoI断片について、Thermo S
equenase fluorescentlabelled primer cycle sequenci
ng kit with 7-deaza-dGTP(アマシャムファルマシアバ
イオテック社)を用いたダイデオキシ反応を行い、DN
AシークエンサーDSQ-1000L(島津製作所)を
用いた塩基配列を決定した。決定された塩基配列には2
84アミノ酸をコードするオープンリーディングフレー
ム(852bp)が見い出された。その塩基配列を配列
表配列番号1に示す。また、この塩基配列によってコー
ドされ得るタンパク質(分子量30,354)のアミノ
酸配列を配列番号2に示す。このアミノ酸配列は、様々
な微生物のグルタミン酸ラセマーゼ(murI遺伝子産
物)と相同性を有し、murI遺伝子であると同定され
た。
【0055】(5)murI遺伝子産物の同定 エシェリヒア・コリのS30抽出液(Promega)と、L-
[3H]ロイシン(アマシャム社)を用い、前記Sac
I−XhoI断片を保持するプラスミドを鋳型として転
写、翻訳を行った。標識されたタンパク質を、SDS−
ポリアクリルアミドゲル電気泳動(12.5%)にて分
離後、フルオログラフィーにて検出した。その結果、約
30kDaのタンパク質が検出された。
[3H]ロイシン(アマシャム社)を用い、前記Sac
I−XhoI断片を保持するプラスミドを鋳型として転
写、翻訳を行った。標識されたタンパク質を、SDS−
ポリアクリルアミドゲル電気泳動(12.5%)にて分
離後、フルオログラフィーにて検出した。その結果、約
30kDaのタンパク質が検出された。
【0056】<2>ブレビバクテリウム ラクトファー
メンタム ATCC13869のmurI遺伝子破壊株
の構築 SacI−XhoI断片を保持するプラスミドをCla
I及びEcoT221で切断し、murI遺伝子の5’
末端領域および3’末端領域をともに欠失した遺伝子断
片(約0.6kb)を得た。この断片を、AccI及び
PstIで切断したプラスミドベクターpHSG298
(宝酒造(株))に挿入した(図2)。
メンタム ATCC13869のmurI遺伝子破壊株
の構築 SacI−XhoI断片を保持するプラスミドをCla
I及びEcoT221で切断し、murI遺伝子の5’
末端領域および3’末端領域をともに欠失した遺伝子断
片(約0.6kb)を得た。この断片を、AccI及び
PstIで切断したプラスミドベクターpHSG298
(宝酒造(株))に挿入した(図2)。
【0057】得られたプラスミドで、野生株であるブレ
ビバクテリウム ラクトファーメンタムATCC138
69を形質転換し、5μg/mlカナマイシン、50μg
/mlのD−グルタミン酸を含むL寒天培地上で2日間
培養する。生じたコロニーより染色体DNAを回収しP
CRを行い、相同的組み換えによりmurI遺伝子が破
壊されていることを確認する。
ビバクテリウム ラクトファーメンタムATCC138
69を形質転換し、5μg/mlカナマイシン、50μg
/mlのD−グルタミン酸を含むL寒天培地上で2日間
培養する。生じたコロニーより染色体DNAを回収しP
CRを行い、相同的組み換えによりmurI遺伝子が破
壊されていることを確認する。
【0058】
【発明の効果】本発明により、ブレビバクテリウム・ラ
クトファーメンタム由来のグルタミン酸ラセマーゼをコ
ードするmurI遺伝子が提供される。同遺伝子を用い
てグルタミン酸ラセマーゼの発現量を調節することによ
って、コリネ型細菌の溶菌を調節することができる。
クトファーメンタム由来のグルタミン酸ラセマーゼをコ
ードするmurI遺伝子が提供される。同遺伝子を用い
てグルタミン酸ラセマーゼの発現量を調節することによ
って、コリネ型細菌の溶菌を調節することができる。
【0059】
【配列表】 SEQUENCE LISTING <110> 味の素株式会社(Ajinomoto Co., Ltd) <120> コリネ型細菌のグルタミン酸ラセマーゼ遺伝子(Glutamate racemase gen e of coryneform bacterium) <130> P-6042 <141> 1999-02-17 <160> 2 <170> PatentIn Ver. 2.0
【0060】 <210> 1 <211> 1605 <212> DNA <213> Brevibacterium lactofermentum <220> <221> CDS <222> (262)..(1113) <400> 1 ctcgaggaat tatttggtgc aagaggctgt tgaacaacaa gacaaacgca atcacgatga 60 tggccaccaa gatcaagatc aacccaatga gactgccttt gggtgaacgt ttcgcgggcg 120 ccacagctgt aggagagcca atagtctccg aagttgctcg caccgcagcg aatcgtctgg 180 tttcttgatc aggtgaatca gccattgcca tattgtgaca catcttggac ggataaaaag 240 ggaagcaacg cgaggtagct t atg atg gca acc gtg act gat ttc agt gga 291 Met Met Ala Thr Val Thr Asp Phe Ser Gly 1 5 10 tct atg att gaa cgc ccc gtg cca ggt gct gat gcg ccg att gga att 339 Ser Met Ile Glu Arg Pro Val Pro Gly Ala Asp Ala Pro Ile Gly Ile 15 20 25 ttt gat tct gga gtt ggc gga tta acc gta gct cgc aca atc atc gat 387 Phe Asp Ser Gly Val Gly Gly Leu Thr Val Ala Arg Thr Ile Ile Asp 30 35 40 caa ttg cca cat gaa tca gtt att tat atc ggt gat act gcc aat ggc 435 Gln Leu Pro His Glu Ser Val Ile Tyr Ile Gly Asp Thr Ala Asn Gly 45 50 55 cct tat ggt ccg ttg cct atc gct aag gtc cgt gag cac gcc atc cgc 483 Pro Tyr Gly Pro Leu Pro Ile Ala Lys Val Arg Glu His Ala Ile Arg 60 65 70 att gcc gat gag ttg gtg gaa cgc gga tgc aag atg att gtc att gcc 531 Ile Ala Asp Glu Leu Val Glu Arg Gly Cys Lys Met Ile Val Ile Ala 75 80 85 90 tgt aac act gcg tcc gct gcg ttt ctc cga gat gcc cgt gaa cga tac 579 Cys Asn Thr Ala Ser Ala Ala Phe Leu Arg Asp Ala Arg Glu Arg Tyr 95 100 105 agt gtg cca gtc gtg gaa gtt att ctt ccc gca gta agg cgt gcg gtg 627 Ser Val Pro Val Val Glu Val Ile Leu Pro Ala Val Arg Arg Ala Val 110 115 120 gca tcc acc cgc aat ggc aaa gtg ggc gtg atc ggc aca gtg gga acc 675 Ala Ser Thr Arg Asn Gly Lys Val Gly Val Ile Gly Thr Val Gly Thr 125 130 135 att aac tcc ggt gcg tac cag gat ctt ttc tct gca agc ccc tcc att 723 Ile Asn Ser Gly Ala Tyr Gln Asp Leu Phe Ser Ala Ser Pro Ser Ile 140 145 150 gag gtc aac gca gtg gca tgc cca cgg ttt gtg gat ttc gtg gaa cgc 771 Glu Val Asn Ala Val Ala Cys Pro Arg Phe Val Asp Phe Val Glu Arg 155 160 165 170 gga att acc agc ggc agg cag atc ctc aac att gcg cag gat tat tta 819 Gly Ile Thr Ser Gly Arg Gln Ile Leu Asn Ile Ala Gln Asp Tyr Leu 175 180 185 gag cct ctg caa gca gaa ggg gtg gac act ctt gtg ctt gga tgc acc 867 Glu Pro Leu Gln Ala Glu Gly Val Asp Thr Leu Val Leu Gly Cys Thr 190 195 200 cac tat cca ctg ctc tcc ggt gtc att cag ttg gca atg ggg gac cac 915 His Tyr Pro Leu Leu Ser Gly Val Ile Gln Leu Ala Met Gly Asp His 205 210 215 gta agt ttg gtc tct agc gcg gaa gaa act gcg aaa gac gtg ctg aga 963 Val Ser Leu Val Ser Ser Ala Glu Glu Thr Ala Lys Asp Val Leu Arg 220 225 230 atc ttg agc cag caa gat ctt tta gcc gat ccg gac atg cat cct gag 1011 Ile Leu Ser Gln Gln Asp Leu Leu Ala Asp Pro Asp Met His Pro Glu 235 240 245 250 cca agt tat agc ttt gaa tca aca ggc gat ccg gaa atc ttt gca caa 1059 Pro Ser Tyr Ser Phe Glu Ser Thr Gly Asp Pro Glu Ile Phe Ala Gln 255 260 265 tta agc cgc cga ttc ctt gga cca att gtt tcc cta gtg aga caa aac 1107 Leu Ser Arg Arg Phe Leu Gly Pro Ile Val Ser Leu Val Arg Gln Asn 270 275 280 gag gga taaccccagg tgtgtgttct acctctgaaa ggggaggggt agttagaaat 1163 Glu Gly tcacattttg gcctaaaagt tcacgcgatc ttcaattgca tggcacagta tccttatgag 1223 actgaccatc cttggaagct ctggtagcgt gcccgctcca ggtaaccccg catccggata 1283 tctgttaact tctccggacg cccctgccgt gattatggac atgggcccag gtgtccttgc 1343 agcagttcaa gaaattcaag atcctgctga tgcgcatgtt attttctccc atttgcacac 1403 cgatcactgc gctgattttg cgtccttgat ggtgtggcgc aggttccacc caacgctggc 1463 cgccaagagc cgcaatcttt tgtttggacc tgaagatacc cccaacaggc ttggtcgttt 1523 gggctccgat gagcctgatg gtgttgatga tatgtcagat acttttgctt tcgacgcctg 1583 ggaagagcgc aagccagagc tc 1605
【0061】 <210> 2 <211> 284 <212> PRT <213> Brevibacillus laterosporus <400> 2 Met Met Ala Thr Val Thr Asp Phe Ser Gly Ser Met Ile Glu Arg Pro 1 5 10 15 Val Pro Gly Ala Asp Ala Pro Ile Gly Ile Phe Asp Ser Gly Val Gly 20 25 30 Gly Leu Thr Val Ala Arg Thr Ile Ile Asp Gln Leu Pro His Glu Ser 35 40 45 Val Ile Tyr Ile Gly Asp Thr Ala Asn Gly Pro Tyr Gly Pro Leu Pro 50 55 60 Ile Ala Lys Val Arg Glu His Ala Ile Arg Ile Ala Asp Glu Leu Val 65 70 75 80 Glu Arg Gly Cys Lys Met Ile Val Ile Ala Cys Asn Thr Ala Ser Ala 85 90 95 Ala Phe Leu Arg Asp Ala Arg Glu Arg Tyr Ser Val Pro Val Val Glu 100 105 110 Val Ile Leu Pro Ala Val Arg Arg Ala Val Ala Ser Thr Arg Asn Gly 115 120 125 Lys Val Gly Val Ile Gly Thr Val Gly Thr Ile Asn Ser Gly Ala Tyr 130 135 140 Gln Asp Leu Phe Ser Ala Ser Pro Ser Ile Glu Val Asn Ala Val Ala 145 150 155 160 Cys Pro Arg Phe Val Asp Phe Val Glu Arg Gly Ile Thr Ser Gly Arg 165 170 175 Gln Ile Leu Asn Ile Ala Gln Asp Tyr Leu Glu Pro Leu Gln Ala Glu 180 185 190 Gly Val Asp Thr Leu Val Leu Gly Cys Thr His Tyr Pro Leu Leu Ser 195 200 205 Gly Val Ile Gln Leu Ala Met Gly Asp His Val Ser Leu Val Ser Ser 210 215 220 Ala Glu Glu Thr Ala Lys Asp Val Leu Arg Ile Leu Ser Gln Gln Asp 225 230 235 240 Leu Leu Ala Asp Pro Asp Met His Pro Glu Pro Ser Tyr Ser Phe Glu 245 250 255 Ser Thr Gly Asp Pro Glu Ile Phe Ala Gln Leu Ser Arg Arg Phe Leu 260 265 270 Gly Pro Ile Val Ser Leu Val Arg Gln Asn Glu Gly 275 280
【図1】 murI遺伝子を含む約6kbのBamHI
断片の制限酵素地図及びサブクローニング断片によるm
urI変異株の相補性試験の結果を示す図。図中の制限
酵素名の略称は以下のとおりである。B:BamHI、A:A
ccI、Sc:SacI、Sp:SphI、Xh:XhoI、E:EcoRI
断片の制限酵素地図及びサブクローニング断片によるm
urI変異株の相補性試験の結果を示す図。図中の制限
酵素名の略称は以下のとおりである。B:BamHI、A:A
ccI、Sc:SacI、Sp:SphI、Xh:XhoI、E:EcoRI
【図2】 murI遺伝子破壊用プラスミドの構造及び
遺伝子破壊を模式的に示す図。
遺伝子破壊を模式的に示す図。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12R 1:13) (C12N 1/21 C12R 1:13) (C12N 9/90 C12R 1:13) Fターム(参考) 4B024 AA05 BA07 CA04 DA05 DA06 GA11 HA01 4B050 CC03 DD02 LL02 4B063 QA01 QQ06 QQ43 QR19 QR33 QR62 QS32 4B065 AA22Y AA26X AB01 BA02 CA27
Claims (4)
- 【請求項1】 下記(A)又は(B)に示すタンパク
質。 (A)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列を有す
るタンパク質。 (B)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、かつ、グル
タミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質。 - 【請求項2】 下記(A)又は(B)に示すタンパク質
をコードするDNA。 (A)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列を有す
るタンパク質。 (B)配列表の配列番号2に記載のアミノ酸配列におい
て、1若しくは数個のアミノ酸の置換、欠失、挿入、付
加、又は逆位を含むアミノ酸配列からなり、かつ、グル
タミン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質。 - 【請求項3】 下記(a)又は(b)に示すDNAであ
る請求項2記載のDNA。 (a)配列表の配列番号1に記載の塩基配列を含むDN
A。 (b)配列表の配列番号1に記載の塩基配列とストリン
ジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ、グルタミ
ン酸ラセマーゼ活性を有するタンパク質をコードするD
NA。 - 【請求項4】 請求項1記載のタンパク質の一部をコー
ドするDNA断片が、コリネ型細菌の染色体上のグルタ
ミン酸ラセマーゼ遺伝子との相同組換えにより染色体D
NAに組み込まれることによって、グルタミン酸ラセマ
ーゼ遺伝子が破壊されたことを特徴とするコリネ型細
菌。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP11038523A JP2000232887A (ja) | 1999-02-17 | 1999-02-17 | コリネ型細菌のグルタミン酸ラセマーゼ遺伝子 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP11038523A JP2000232887A (ja) | 1999-02-17 | 1999-02-17 | コリネ型細菌のグルタミン酸ラセマーゼ遺伝子 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2000232887A true JP2000232887A (ja) | 2000-08-29 |
Family
ID=12527645
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP11038523A Pending JP2000232887A (ja) | 1999-02-17 | 1999-02-17 | コリネ型細菌のグルタミン酸ラセマーゼ遺伝子 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP2000232887A (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014207891A (ja) * | 2013-03-26 | 2014-11-06 | 福山黒酢株式会社 | 食酢、及び、食酢の製造方法 |
-
1999
- 1999-02-17 JP JP11038523A patent/JP2000232887A/ja active Pending
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014207891A (ja) * | 2013-03-26 | 2014-11-06 | 福山黒酢株式会社 | 食酢、及び、食酢の製造方法 |
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