JP2000162098A - コロニ―採取方法および装置 - Google Patents

コロニ―採取方法および装置

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JP2000162098A
JP2000162098A JP34935198A JP34935198A JP2000162098A JP 2000162098 A JP2000162098 A JP 2000162098A JP 34935198 A JP34935198 A JP 34935198A JP 34935198 A JP34935198 A JP 34935198A JP 2000162098 A JP2000162098 A JP 2000162098A
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Junichi Kirie
純一 桐栄
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    • C12M47/00Means for after-treatment of the produced biomass or of the fermentation or metabolic products, e.g. storage of biomass
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    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
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    • C12MAPPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; APPARATUS FOR CULTURING MICROORGANISMS FOR PRODUCING BIOMASS, FOR GROWING CELLS OR FOR OBTAINING FERMENTATION OR METABOLIC PRODUCTS, i.e. BIOREACTORS OR FERMENTERS
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 画像取得手段によって取得された画像上の特
定のコロニーのみを選択して取得する。 【解決手段】 コロニー位置設定手段を用いて画像上の
コロニーを特定して、コロニーの座標上の位置を実際の
空間上の位置に変換してコロニーを選択的に採取する。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は大腸菌のコピー作業
など生物学的試料の複製を作製したり、コロニーなど生
物学的な試料成分を別途解析する目的で採取する装置に
おいて、特に画像情報によるコロニーなどの画像取得を
用いてそれら生物学的試料を効率的に採取するコロニー
採取方法及び装置に関する。
【0002】
【従来の技術】現在分子生物学を中心とする生化学の分
野においては、頻繁にコロニーなどと呼ばれる生物学的
群体が実験に利用されている。これらコロニーを効率的
に保存するためにコロニーのコピー作業と呼ばれる菌の
移植・保存作業が頻繁に行われている。この手法におい
ては効率よくその先端を大腸菌をはじめとするコロニー
の一部に接触させて採取して、その菌体の一部を他の無
菌的な培地などの上に再度接触させ菌をコピーする手法
が日常的に採用されている。
【0003】また分子生物学の他の手法としては多数の
コロニー群の中から目的の試料とのみ親和性を示すコロ
ニーを選択する手法が頻繁に行われている。この手法は
ブロッティングとよばれ具体的な作業手順としては、多
数のコロニー群を特定の膜の上の極めて微小な領域の中
にピンポイント的に整然と順序よく並べその後に解析す
るものである。
【0004】これらコロニーの採取においての特徴はコ
ロニーの大きさが通常2mm以下と非常に小さく、また
極めて小さな領域に多数のコロニーが増殖していること
にある。すなわち、非常に小さく密集した微小な領域に
コロニーの中において目的のコロニーのみを採取しなけ
ればならないのである。
【0005】これらの目的で使用される生物学的試料を
採取する器具として微細な太さのピンを用いて人間の目
でコロニーを認識してその後に手作業で採取する手法が
頻繁に使用されている。この人間の手作業だと微小領域
中でのコロニーの正確な位置を判断できるためコロニー
採取の採取位置精度がきわめて高い反面、作業が煩雑で
大量の試料を処理する際には作業する人間に大きな労力
や精神的苦痛を伴い不向きな欠点も抱えていた。
【0006】また、これらのコロニー採取において最近
多数の試料を処理する目的で自動制御のコロニー採取装
置が多々開発されている。その基本構成とはコロニーの
位置を自動的に認識するため光学的な解析手段とくにC
CDカメラを中心とする画像によるコロニー画像取得方
法がコロニーの位置認識に採用され、その位置認識に基
づいてXYZモーターの動作に制御されたピン形態の採
取ユニットがコロニー採取を行う自動化された装置が広
く使われるようになっている。
【0007】すなわち、CCDカメラなどのコロニー画
像取得手段(2)から得られた画像情報により付設のコ
ンピュータが所定のプロトコルにしたがってコロニーの
有無を判断して自動的に機械制御されたコロニー採取の
ための部分が稼働して、効率的に同じ動作を繰り返しコ
ロニー採取作業をする専用の装置が最近開発され有用な
結果を得ている。
【0008】しかしこれらコロニー画像取得手段(2)
を用いたコロニー採取方法及び装置においては、対象と
する画像をコロニー採取装置を制御しているコンピュー
タが自動的に企画化された画像処理プロトコルを用いて
採取すべきコロニーを判別して全てのコロニーを採取す
るため、特定のコロニーのみを採取できなかったり、明
らかに汚染が懸念されるコロニーの採取を正確には排除
できなかったりコロニーの採取に関して柔軟性や正確性
を大きく欠いていた。
【0009】また。培地の色の変化やコロニーそのもの
の色の変化に対してコンピュータをはじめとする機械的
な判断が不的確になるなど複雑な系に対応できないなど
未だ多くの欠点を抱えていた。
【0010】
【発明が解決しようとしている問題点】本発明は以上の
観点から、コロニー画像取得手段(2)を用いてコロニ
ーを採取するコロニー採取方法および装置において、コ
ロニー位置設定手段(1)を新たに設けることにより、
該コロニー画像取得手段(2)によって得られた画像上
において採取すべきコロニーのみを採取者が選択的に設
定して必要なコロニーのみを選択的に採取する事が出来
る極めて精度の高いコロニー採取方法及び装置を提供す
るためになされたものである。
【0011】
【問題を解決するための手段】而してかかる目的の実現
のためになされた本発明よりなるコロニー採取方法及び
装置の特徴は、画像情報を表示する手段(4)を設ける
とともに該コロニー画像取得手段(2)と連動して採取
を必要とするコロニーのみを選択的にしかも正確に設定
できるコロニー位置設定手段(1)を新たに設けたこと
にある。
【0012】即ちコロニーを保持している容器(3)中
のコロニーの位置を正確に認識するに当たり、コロニー
画像取得手段(2)により認識した画像情報に基づいて
コロニー採取が必要かどうかを採取を必要とする採取者
自身が独自に判断できるような機構を提供するととも
に、コロニー位置設定手段(1)によってコロニーの画
像上の座標を設定しさらには該座標を空間的な座標に変
換して初めて採取者が必要と判断するコロニーのみを選
択的に採取することができるようにしたものである。
【0013】すなわち、コロニー採取においてもっとも
必要な情報はそのコロニーから所定量の生物体が採取で
きるほどの大きさがあるかどうか、隣接するコロニーか
ら適当な距離が離れていて採取する際には隣接するコロ
ニーとの汚染の可能性がないかどうか等の情報が極めて
重要な情報となる。よって例えば採取を目的とするコロ
ニー形状や大きさなどを採取者が十分に把握した後に採
取するコロニーを設定し採取することは、コロニー採取
方法および装置においても均一化された画像処理プロト
コルを基礎としたコンピュータによる機械的な判断によ
るものではなく培養系の組成、コロニーの培養状態やコ
ロニー採取の目的を完全に把握する必要がありコロニー
採取の最も基本的な必要要素に他ならない。
【0014】本発明で言うコロニーとは生物学的に群と
して増殖しているものであれば何らその種類、大きさ群
体の形態に限定されるものではないが、特に大腸菌によ
って形成されるコロニーやファージなどによって形成さ
れる小型のプラークと呼ばれる生物体が好ましい。
【0015】本発明で言うコロニー位置設定手段(1)
とはコロニー採取装置に設置されているコロニー画像取
得手段(2)によって認識されコロニーの画像情報を表
示する手段(4)によって表示された画像上の特定の座
標位置を指示する機能があるものであれば何らその指定
する方法や指定するコロニーの位置およびその大きさに
限定されるものではないが、特にコロニー画像取得手段
(2)によって認識されコンピュータ画面上の画像の上
の座標位置をコンピュータに伝達する機構のコンピュー
タ用のマウス、あるいは指や器具の特定部分でコロニー
の画像情報を表示する手段(4)に触れてコンピュータ
に目的の位置情報を伝達する機構のタッチパネルあるい
はタッチペンなどであることが好ましい。
【0016】本発明で言うコロニーを保持している容器
(3)とは、コロニーを増殖させる培地と呼ばれる栄養
を供給する部材が保持できる構造の容器であれば何らそ
の材質あるいは大きさに限定されるものではないが、特
にシャーレと呼ばれるコロニーを保持している樹脂製の
容器(3)が好ましい。
【0017】本発明で言うコロニー画像取得手段(2)
とは、少なくとも光学的手段によって生物学的群体を認
識できる機能のあるものであれば何らその種類、認識方
法および大きさなどに限定されるものではないが、CC
Dカメラなどの画像認識装置により構成されているコロ
ニー画像取得手段(2)が好ましい。
【0018】本発明で言う画像上の座標を空間座標に変
換するとは、得られたコロニーの画像において例えばビ
ットマップファイル形式の画像であれば画像起点からの
ビットマップドットによる所定位置の座標値を例えばX
軸、Y軸などの2軸の座標としてX軸およびY軸上の値
として参照して、その値をコロニー採取装置そのものの
空間座標に計算し直すことをいう。この際の画像のファ
イル形式や大きさや座標系や座標変換を行う数式などに
何ら限定されるものではないが、特に画像情報を表示す
る手段(4)においての縦及び横のX、Y座標を基に変
換することが好ましい。
【0019】本発明で言うコロニーの画像情報を表示す
る手段(4)とは、少なくともコロニーの画像情報の一
部あるいは全部を表示できるものであれば何らその機
構、表示方法および大きさに限定されるものではない
が、特にコンピュータ用の表示ディスプレイなどのよう
な大型の表示装置が好ましい。
【0020】本発明で言うコンピュータ付設とは特定の
コンピュータに電気的に連絡してコンピュータ以外の連
絡されたユニットのイベントをコンピュータに伝達する
ことのできる形態であるものであれば、何らその一方の
ユニットの構成、電気的な連絡方法やイベントの形態な
どに限定されるものではない。
【0021】本発明で言うマウスとは、コンピュータに
接続してコンピュータの画面上の特定の点を動かすこと
が出来る機能を持ち、特定の位置情報をボタンのクリッ
ク動作などでコンピュータに伝達できる機能のあるもの
であれば何らその種類、通信方法および大きさなどに限
定されるものではない。
【0022】本発明で言うタッチペンとは、コンピュー
タに接続してコンピュータの画面上の特定の点を指示す
ることが出来る機能を持ち、特定の位置情報をコンピュ
ータに伝達できる機能のあるものであれば何らその種
類、通信方法および大きさなどに限定されるものではな
い。
【0023】本発明で言う特定のコロニーを設定すると
は、特定のコロニーを画像上にてマウスのクリック動作
などにて指定して、その指定したコロニー情報をいろい
ろな入力方法を介してコロニー採取装置を制御している
コンピュータに伝達する事であれば、何らその設定方法
および入力方法などに限定されるものではない。
【0024】
【発明実施の形態】以下本発明実施の形態を実施例に基
づいて図面を参照して具体的に説明する。なお、本発明
はこの実施例にのみ限定されるものではない。
【0025】図1は本実施例の一形態を示す概略概念図
である。その構成について簡単に説明すると、コロニー
画像取得手段(2)より得られたコロニーを保持してい
る容器(3)の画像をコンピュータ(5)に取り込み、
画像情報を表示する手段(4)に表示する装置構成であ
る。更にコンピュータに連動したコロニー位置設定手段
(1)によって画像情報を表示する手段(4)に表示さ
れたコロニーのうち必要なもののみを画像上で選択、指
示して、コンピュータ(5)の機能によりコロニー採取
ユニット(6)を稼働させて該コロニー位置設定手段
(1)によって指示されたコロニーを採取するという装
置構成である。
【0026】図2は本実施例の一形態を示す図1に示さ
れた構成のコロニー画像取得手段(2)を持つコロニー
採取装置の構成概観図である。コロニー画像取得手段
(2)としては市販のCCDカメラと呼ばれる画像取得
手段を用い、CCDカメラから得られた画像情報をコン
ピュータ(5)に取り込みその画像を画像情報を表示す
る手段(4)であるディスプレイに表示してその画像情
報に基づいて目的とする図2には図示しないコンピュー
タ(5)付設のマウスによって画像情報を表示する手段
(4)の画面上でコロニーの位置を指示して、該指示し
たコロニーのみをコロニー採取ユニット(6)にて採取
する構成である。
【0027】よって図2のコロニー採取装置の機能概要
を説明すると、コロニーを採取すべき者は画像情報を表
示する手段(4)であるディスプレイ画面において採取
すべきコロニーをコロニー位置設定手段(1)であるマ
ウスによってマウスの移動にて画像上を動く矢印の先に
よって設定してその結果目的とするコロニーの画像上の
座標をコンピュータに伝達するものである。
【0028】所定の計算式によってコンピュータの機能
により画像上のコロニー座標は空間的な座標に変換さ
れ、採取されるべきコロニー(9)はコロニー採取ユニ
ット(6)の制御によって採取される機構である。
【0029】図3はコロニーを保持している容器(3)
にシャーレを採用して図2の装置によるコロニー画像取
得手段(2)によって認識されたシャーレ全体の画像を
認識した際のシャーレの認識概観画像図である。シャー
レに1cmの厚さでLB培地(30マイクログラム/m
l、20%グリセロール)をまきその上に大腸菌ライブ
ラリー(マウスブレイン、cDNAライブラリー #9
37319:ストラタジーン社(アメリカ))をまいて
作製した大腸菌ライブラリーの1つである。画像上に図
示されている矢印は付設のコロニー位置設定手段(1)
であるマウスの動作によって画像上を任意に移動してそ
の座標をコンピュータに伝達する矢印を簡易に図示して
いる。
【0030】該マウスの簡易な動作によって画像上の採
取すべきコロニーの座標は迅速にしかも正確に複雑な画
像処理プロトコルによることなく設定できるものであ
る。
【0031】図2のコロニー採取装置において上記ライ
ブラリーをコロニー画像取得手段(2)から得られた画
像情報に従って図3に図示したようにコロニー位置設定
手段(1)であるマウスの動作によって画像上を指示し
その情報に基づいて大腸菌ライブラリーのコロニー96
個を採取した後に培養してコロニー採取の正確性を調べ
た結果、96個中96個の全てのコロニー採取において
目的のコロニーが採取できた。
【0032】
【発明の効果】上記実施例の説明からも明らかなよう
に、本発明によれば特別な画像の解析処理プロトコルに
基づいた画像処理を何ら行う必要なくいろいろのコロニ
ーの形状あるいは厚み、さらには隣接コロニーとの複雑
な関係にあるコロニーに対しても簡易にしかも迅速に採
取すべきコロニーの位置を設定でき正確に採取ができる
という利点がある。
【0033】また、従来では複雑な画像認識プロトコル
によって開発に膨大の時間を必要とし、しかも微細で複
雑なコロニーの形状に際してはコロニーを認識する精度
に大きな欠陥を抱えていた従来のコロニー採取方法およ
び装置に比べて、極めて正確であるばかりでなく安価で
コロニー採取が迅速なコロニー採取方法及び装置を供給
することができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】本発明の一実施例のコロニー採取装置の構成概
念図である。
【図2】本発明の一実施例のコロニー採取装置の構成概
観図である。
【図3】本発明の一実施例のコロニー採取装置の画像情
報を表示する手段(4)よって表示された画像におい
て、コロニー位置設定手段(1)としてマウスを用いて
画像上の採取すべきコロニーを設定している表示画面の
概略図である。
【符号の説明】
1 コロニー位置設定手段 2 コロニー画像取得手段 3 コロニーを保持している容器 4 画像情報を表示する手段 5 コンピュータ 6 コロニー採取ユニット 7 コンピュータ上に表示された矢印 8 コロニー

Claims (7)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 コロニー画像取得手段(2)によって得
    られた画像情報に基づいてコロニーを採取するコロニー
    採取方法において、画像情報を表示する手段(4)によ
    って表示される画像上のコロニーの座標を空間的上のコ
    ロニーの座標に変換し該空間上の座標に基づいてコロニ
    ーを採取することを特徴とするコロニー採取方法。
  2. 【請求項2】 コロニー画像取得手段(2)によって得
    られた画像情報に基づいてコロニーを採取するコロニー
    採取方法において、画像情報を表示する手段(4)によ
    って表示された画像上の特定のコロニーの座標をコロニ
    ー位置設定手段(1)にて設定して該画像上のコロニー
    の座標を空間上のコロニーの座標に変換することによっ
    て設定したコロニーのみを選択的に採取することを特徴
    とする請求項1記載のコロニー採取方法。
  3. 【請求項3】 コロニー位置設定手段(1)がコンピュ
    ータ付設のマウスであることを特徴とする請求項2記載
    のコロニー採取方法。
  4. 【請求項4】 コロニー位置設定手段(1)がコンピュ
    ータ付設のタッチペンであることを特徴とする請求項2
    記載のコロニー採取方法。
  5. 【請求項5】 コロニー画像取得手段(2)およびコロ
    ニーの画像情報を表示する手段(4)を持つコロニー採
    取装置において、画像情報を表示する手段(4)の画像
    上の採取するコロニーの座標を設定するためのコロニー
    位置設定手段(1)を持ち該コロニー位置設定手段
    (1)によって画像情報を表示する手段(4)の画像上
    の特定のコロニーの座標を設定して該設定した画像上の
    座標を空間的な座標に変換して該設定したコロニーを採
    取することを特徴とするコロニー採取装置。
  6. 【請求項6】 コロニー位置設定手段(1)がコンピュ
    ータ付設のマウスであることを特徴とする請求項5記載
    のコロニー採取装置。
  7. 【請求項7】 コロニー位置設定手段(1)がコンピュ
    ータ付設のタッチペンであることを特徴とする請求項5
    記載のコロニー採取装置。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2011254806A (ja) * 2010-05-11 2011-12-22 Hitachi High-Technologies Corp 釣菌装置および釣菌方法
JP2016518851A (ja) * 2013-05-17 2016-06-30 コパン インフォメーション テクノロジーズ エス.アール.エル.Copan Information Technologies S.R.L. 生物学的または微生物学的材料の試料を取り扱うための装置およびプロセス

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JP2016518851A (ja) * 2013-05-17 2016-06-30 コパン インフォメーション テクノロジーズ エス.アール.エル.Copan Information Technologies S.R.L. 生物学的または微生物学的材料の試料を取り扱うための装置およびプロセス

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