HRP20160321T1 - Analiza doziranja gena - Google Patents
Analiza doziranja gena Download PDFInfo
- Publication number
- HRP20160321T1 HRP20160321T1 HRP20160321TT HRP20160321T HRP20160321T1 HR P20160321 T1 HRP20160321 T1 HR P20160321T1 HR P20160321T T HRP20160321T T HR P20160321TT HR P20160321 T HRP20160321 T HR P20160321T HR P20160321 T1 HRP20160321 T1 HR P20160321T1
- Authority
- HR
- Croatia
- Prior art keywords
- pair
- primers
- closely related
- homologous genes
- sequence
- Prior art date
Links
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims 31
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 18
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 18
- 238000000034 method Methods 0.000 claims 12
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims 10
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims 10
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 claims 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims 6
- 230000007017 scission Effects 0.000 claims 6
- 102100027685 Hemoglobin subunit alpha Human genes 0.000 claims 5
- 108091005902 Hemoglobin subunit alpha Proteins 0.000 claims 5
- 108091008053 gene clusters Proteins 0.000 claims 5
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims 4
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims 4
- 238000011002 quantification Methods 0.000 claims 3
- 208000002903 Thalassemia Diseases 0.000 claims 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 claims 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 claims 2
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 1
- 201000006288 alpha thalassemia Diseases 0.000 claims 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6851—Quantitative amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/6858—Allele-specific amplification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/10—Detection mode being characterised by the assay principle
- C12Q2565/101—Interaction between at least two labels
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/10—Detection mode being characterised by the assay principle
- C12Q2565/113—Detection mode being characterised by the assay principle based on agglutination/precipitation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2565/00—Nucleic acid analysis characterised by mode or means of detection
- C12Q2565/50—Detection characterised by immobilisation to a surface
- C12Q2565/537—Detection characterised by immobilisation to a surface characterised by the capture oligonucleotide acting as a primer
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Claims (14)
1. Postupak za diferencijalnu kvantitativnu detekciju dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena u uzorku koji sadrži korake:
(i) podvrgavanje uzorka odvojenim reakcijama amplifikacije korištenjem (a) prvog para početnica sa prednjim i stražnjim početnicama specifičnim za regiju glave svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena i (b) drugog para početnica sa prednjim i stražnjim početnicama specifičnih za repnu regiju svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena; te
(ii) detekciju i kvantificiranje produkata amplifikacije u odnosu na kontrolni produkt,
naznačen time da svaki prvi par početnica anelira uzvodno od i svaki drugi par početnica anelira nizvodno od procijenjene točke cijepanja zbog križanja na svakom od odgovarajućih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena,
te pri čemu regija glave svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena predstavlja nukelotidnu sekvencu na završetku 5' navedenog gena i repna regija svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena predstavlja nukelotidnu sekvencu na završetku 3' navedenog gena,
uz uvjet da je par prednjih i stražnjih početnica odabran tako da se par početnica smještenih na repnoj regiji ne preklapa s parom početnica smještenim na regiju glave dvaju susjednih gena od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena.
2. Postupak prema zahtjevu 1, naznačen time da uzorak je genomska DNA.
3. Postupak prema zahtjevima 1 ili 2, naznačen time da se amplifikacija provodi pomoću RT-PCR.
4. Postupak prema bilo kojem prethodnom zahtjevu, naznačen time da su prednje i stražnje početnice specifične za regiju glave svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena svaka sekvenca nukleinske kiseline duljine između 10 i 100 nukleotida koje su sposobne hibridizirati pod vrlo striktnim uvjetima na regiju glave navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena, te su par prednjih i stražnjih početnica specifičnih za repnu regiju svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena svaka sekvenca nukleinske kiseline duljine između 10 i 100 nukleotida koje su sposobne hibridizirati pod vrlo striktnim uvjetima na repnu regiju navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena.
5. Postupak prema bilo kojem prethodnom zahtjevu, naznačen time da dva ili više, blisko povezana, homologna gena predstavljaju talasemija gen α1 i α2.
6. Postupak prema zahtjevu 5 naznačen time da sadrži korake:
(i) amplifikaciju prvog dijela uzorka s parom prednjih i stražnjih početnica specifičnih za regiju glave od α1;
(ii) amplifikaciju drugog dijela uzorka s parom prednjih i stražnjih početnica specifičnih za regiju glave od α2;
(iii) amplifikaciju trećeg dijela uzorka s parom prednjih i stražnjih početnica specifičnih za repnu regiju od α1;
(iv) amplifikaciju četvrtog dijela uzorka s parom prednjih i stražnjih početnica specifičnih za repnu regiju od α2; i
(v) detekciju i kvantificiranje produkata amplifikacije u odnosu na kontrolni produkt.
7. Postupak prema zahtjevima 5 ili 6, naznačen time da se regija glave od α1 sastoji od nukleotida 163708 do 167099 i/ili se regija glave od α2 sastoji od nukleotida 158640 do 162791 i/ili se repna regija od α1 sastoji od nukleotida 167099 do 170335 i/ili se repna regija od α2 sastoji od nukleotida 162791 do 166679 iz α-globin genskog klastera kako je navedeno u GenBank pristupnom broju AE006462.
8. Postupak prema bilo kojem prethodnom zahtjevu, naznačen time da se kontrolni produkt dobiva sa amplifikacijom endogene kontrolne sekvence (i) u svakoj od odvojenih reakcija amplifikacije ili (ii) u odvojenoj reakciji amplifikacije, korištenjem para prednjih i stražnjih početnica specifičnih za navedenu endogenu kontrolnu sekvencu.
9. Postupak za određivanje genotipa za dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena u uzorku naznačen time da se koristi postupak prema bilo kojem prethodnom zahtjevu.
10. Postupak skrininga za nositelja α-talasemije naznačen time da sadrži korake:
(i) pribavljanje genomskog uzorka,
(ii) podvrgavanje navedenog uzorka četirima odvojenim reakcijama amplifikacije RT-PCR korištenjem
(a) para početnica (glava α1), poželjno u skladu sa SEQ ID NO: 1 i 2, koje specifično hibridiziraju uzvodno od procijenjene točke cijepanja zbog križanja, pod uvjetima koji su prikladni za PCR sa sekvencom između nukleotida 163708 do nukleotida 167099 iz α-globin genskog klastera kako je navedeno u GenBank pristupnom broju AE006462,
(b) para početnica (glava α2), poželjno u skladu sa SEQ ID NO: 5 i 6, koje imaju sekvencu koja specifično hibridizira uzvodno od procijenjene točke cijepanja zbog križanja, pod uvjetima koji su prikladni za PCR sa sekvencom između nukleotida 158640 do nukleotida 162791 iz α-globin genskog klastera kako je navedeno u GenBank pristupnom broju AE006462,
(c) para početnica (rep α1), poželjno u skladu sa SEQ ID NO: 3 i 4, koje specifično hibridiziraju nizvodno od procijenjene točke cijepanja zbog križanja, pod uvjetima koji su prikladni za PCR sa sekvencom između nukleotida 167099 do nukleotida 170335 iz α-globin genskog klastera kako je navedeno u GenBank pristupnom broju AE006462,
(d) para početnica (rep α2), poželjno u skladu sa SEQ ID NO: 7 i 8, koje imaju sekvencu koja specifično hibridizira nizvodno od procijenjene točke cijepanja zbog križanja, pod uvjetima koji su prikladni za PCR sa sekvencom između nukleotida 162791 do nukleotida 166679 iz α-globin genskog klastera kako je navedeno u GenBank pristupnom broju AE006462, i
(iii) detekciju i kvantificiranje produkata amplifikacije u odnosu na kontrolni produkt,
(iv) pri čemu su lokacije početnica odabrane tako da se repni par početnica α2 ne preklapa s glavnim parom početnica α1.
11. Postupak prema bilo kojem prethodnom zahtjevu, naznačen time da su par prednjih i stražnjih početnica specifičnih za regiju glave svakog od navedenih gena i par prednjih i stražnjih početnica specifičnih za repnu regiju svakog od navedenih gena imobilizirani u nizu.
12. Komplet za diferencijalnu količinsku detekciju dva ili više blisko povezanih, homolognih gena u uzorku, koji sadrži u odvojenim odjeljcima (a) prvi par početnica sa prednjim i stražnjim početnicama specifičnim za regiju glave svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena i (b) drugi par početnica sa prednjim i stražnjim početnicama specifičnim za repnu regiju svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena, naznačen time da je svaki prvi par početnica sposoban anelirati uzvodno od i svaki drugi par početnica je sposoban anelirati nizvodno od procijenjene točke cijepanja zbog križanja na svakom od odgovarajućih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena, i pri čemu glavna regija svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena predstavlja nukelotidnu sekvencu na završetku 5' navedenog gena i repna regija svakog od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena predstavlja nukelotidnu sekvencu na završetku 3' navedenog gena uz uvjet da je par prednjih i stražnjih početnica odabran tako da se par početnica smještenih na repnoj regiji nije sposoban preklapati s parom početnica smještenih na regiji glave dvaju susjednih gena od navedenih dva ili više, blisko povezanih, homolognih gena.
13. Komplet za diferencijalnu količinsku detekciju talasemija gena α1 i α2 u uzorku, naznačen time da u odvojenim odjeljcima sadrži (a) par prednjih i stražnjih početnica koje sadrže:
(i) par početnica koje imaju sekvencu kako je navedeno u SEQ ID NO: 1 i 2,
(ii) par početnica koje imaju sekvencu kako je navedeno u SEQ ID NO: 3 i 4,
(iii) par početnica koje imaju sekvencu kako je navedeno u SEQ ID NO: 5 i 6, i
(iv) par početnica koje imaju sekvencu kako je navedeno u SEQ ID NO: 7 i 8.
14. Komplet prema zahtjevu 13, naznačen time da dodatno sadrži par prednjih i stražnjih početnica specifičnih za endogenu kontrolnu sekvencu.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| EP09151698 | 2009-01-30 | ||
| EP10702857.3A EP2384368B1 (en) | 2009-01-30 | 2010-01-29 | Gene dosage analysis |
| PCT/EP2010/051090 WO2010086410A1 (en) | 2009-01-30 | 2010-01-29 | Gene dosage analysis |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| HRP20160321T1 true HRP20160321T1 (hr) | 2016-04-22 |
Family
ID=40823382
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| HRP20160321TT HRP20160321T1 (hr) | 2009-01-30 | 2016-03-30 | Analiza doziranja gena |
Country Status (9)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US8759002B2 (hr) |
| EP (1) | EP2384368B1 (hr) |
| CY (1) | CY1117362T1 (hr) |
| ES (1) | ES2565331T3 (hr) |
| HK (1) | HK1159185A1 (hr) |
| HR (1) | HRP20160321T1 (hr) |
| SG (2) | SG173081A1 (hr) |
| SI (1) | SI2384368T1 (hr) |
| WO (1) | WO2010086410A1 (hr) |
Family Cites Families (11)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US4996143A (en) | 1985-12-23 | 1991-02-26 | Syngene, Inc. | Fluorescent stokes shift probes for polynucleotide hybridization |
| CA1323293C (en) | 1987-12-11 | 1993-10-19 | Keith C. Backman | Assay using template-dependent nucleic acid probe reorganization |
| US5427930A (en) | 1990-01-26 | 1995-06-27 | Abbott Laboratories | Amplification of target nucleic acids using gap filling ligase chain reaction |
| DE69233391D1 (de) | 1991-11-07 | 2004-09-02 | Nanotronics Inc | Hybridisierung von mit Chromophoren und Fluorophoren konjugierten Polynukleotiden zur Erzeugung eines Donor-Donor Energietransfersystems |
| US5648211A (en) | 1994-04-18 | 1997-07-15 | Becton, Dickinson And Company | Strand displacement amplification using thermophilic enzymes |
| US5750345A (en) | 1995-10-31 | 1998-05-12 | Evanston Hospital Corporation | Detection of human α-thalassemia mutations and their use as predictors of blood-related disorders |
| EP1736554B1 (en) | 1996-05-29 | 2013-10-09 | Cornell Research Foundation, Inc. | Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions |
| ATE295427T1 (de) | 1996-06-04 | 2005-05-15 | Univ Utah Res Found | Überwachung der hybridisierung während pcr |
| US6322981B1 (en) | 1996-11-27 | 2001-11-27 | The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services | Rapid method for diagnosing the various forms of alpha-thalassemia |
| DE102004036285A1 (de) * | 2004-07-27 | 2006-02-16 | Advalytix Ag | Verfahren zum Bestimmen der Häufigkeit von Sequenzen einer Probe |
| US20080124712A1 (en) * | 2006-10-26 | 2008-05-29 | Hantash Feras M | Alpha globin gene dosage assay |
-
2010
- 2010-01-29 US US13/146,373 patent/US8759002B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2010-01-29 SI SI201031151T patent/SI2384368T1/sl unknown
- 2010-01-29 ES ES10702857.3T patent/ES2565331T3/es active Active
- 2010-01-29 SG SG2011052651A patent/SG173081A1/en unknown
- 2010-01-29 SG SG2014007132A patent/SG2014007132A/en unknown
- 2010-01-29 WO PCT/EP2010/051090 patent/WO2010086410A1/en active Application Filing
- 2010-01-29 EP EP10702857.3A patent/EP2384368B1/en not_active Not-in-force
-
2011
- 2011-12-15 HK HK11113575.3A patent/HK1159185A1/zh not_active IP Right Cessation
-
2016
- 2016-03-30 HR HRP20160321TT patent/HRP20160321T1/hr unknown
- 2016-04-06 CY CY20161100282T patent/CY1117362T1/el unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| ES2565331T3 (es) | 2016-04-04 |
| SI2384368T1 (sl) | 2016-04-29 |
| SG2014007132A (en) | 2014-03-28 |
| EP2384368B1 (en) | 2016-01-27 |
| US8759002B2 (en) | 2014-06-24 |
| US20120094286A1 (en) | 2012-04-19 |
| EP2384368A1 (en) | 2011-11-09 |
| HK1159185A1 (zh) | 2012-07-27 |
| SG173081A1 (en) | 2011-08-29 |
| WO2010086410A1 (en) | 2010-08-05 |
| CY1117362T1 (el) | 2017-04-26 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US11293048B2 (en) | Attenuators | |
| JP2012531202A5 (hr) | ||
| CA3087362A1 (en) | Crispr effector system based diagnostics | |
| BR112020006757A2 (pt) | diagnóstico baseado no sistema de efetor crispr | |
| HRP20201744T1 (hr) | Novi postupci proizvodnje oligonukleotida | |
| US20100209932A1 (en) | MicroRNA and Messenger RNA Detection On Arrays | |
| ATE503024T1 (de) | Nachweis chromosomaler störungen | |
| RU2012125961A (ru) | Растения сои, устойчивой к гербицидам, и способы их идентификации | |
| JP2012245004A5 (hr) | ||
| JP2011502502A5 (hr) | ||
| JP2013509871A5 (hr) | ||
| JP2007535928A5 (hr) | ||
| JP2010508042A5 (hr) | ||
| JP2013055956A5 (hr) | ||
| JP2010535480A5 (hr) | ||
| JP2008535489A5 (hr) | ||
| JP2016537990A5 (hr) | ||
| WO2013003630A3 (en) | Methods and compositions for enrichment of nucleic acids in mixtures of highly homologous sequences | |
| JP2012514451A5 (hr) | ||
| JP2017501685A5 (hr) | ||
| JP2009513142A5 (hr) | ||
| HRP20200321T1 (hr) | Detekcija ciljne nukleinske kiseline i varijanti | |
| JP2009504192A5 (hr) | ||
| JP2014083053A5 (hr) | ||
| JP2010539920A5 (hr) |