FR3033703A1 - - Google Patents

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FR3033703A1
FR3033703A1 FR1652328A FR1652328A FR3033703A1 FR 3033703 A1 FR3033703 A1 FR 3033703A1 FR 1652328 A FR1652328 A FR 1652328A FR 1652328 A FR1652328 A FR 1652328A FR 3033703 A1 FR3033703 A1 FR 3033703A1
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Abstract

L'invention concerne des cibles humaines d'intérêt (TOI), des ligands anti-TOI, des kits, des compositions et un procédé.

Description

1 CIBLES HUMAINES II Domaine technique La technologie décrite dans ce document concerne des 5 ligands, par exemple, des anticorps pour le traitement de maladies. Contexte Il est reconnu que les êtres humains individuels 10 diffèrent dans leurs séquences et récemment plusieurs individus ont eu leur génome séquencé, par exemple James Watson et Craig Venter. Une comparaison de la séquence génomique d'individus a révélé des différences dans leurs séquences dans les parties à la fois codantes et non codantes 15 du génome. Certaines de ces variations chez les êtres humains sont significatives et contribuent aux différences phénotypiques entre les individus. Dans des cas extrêmes, celle-ci se traduiront par des maladies génétiques. Le Projet 1000 Génomes a pour objectif de cataloguer les séquences dans 20 le génome humain, en impliquant le séquençage du génome d'un très grand échantillonnage d'individus de diverses populations ethniques humaines reconnues dans l'art. La proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) est une sérine protéase impliquée dans la régulation 25 des taux des protéines récepteurs des lipoprotéines de basse densité (LDLR) (Horton et al., 2007 ; Seidah and Prat, 2007). Des expériences in vitro ont démontré que l'addition de PCSK9 à des cellules HepG2 abaisse les taux de LDLR à la surface cellulaire (Benjannet et al., 2004 ; Lagace et al., 2006 ; 30 Maxwell et al., 2005 ; Park et al., 2004). Des expériences avec des souris ont montré que l'augmentation des taux de la protéine PCSK9 diminue les taux des protéines LDLR dans le foie (Benjannet et al., 2004 ; Lagace et al., 2006 ; Maxwell 3033703 2 et al., 2005 ; Park et al., 2004), alors que des souris knock-out pour la PCSK9 présentent des taux accrus de LDLR dans le foie (Rashid et al., 2005). En outre, il a été identifié diverses mutations de la PCSK9 humaine qui se traduisent par 5 des taux soit augmentés soit diminués des LDL plasmatiques (Kotowski et al., 2006 ; Zhao et al., 2006). Il a été démontré que la PCSK9 interagit fortement avec les protéines LDLR, est endocytosée avec les LDLR, et présente une coimmunofluorescence avec les LDLR tout le long de la voie 10 endosomiale (Lagace et al., 2006). La PCSK9 est une prohormone-proprotéine convertase de la famille des subtilisines (S8) des sérine protéases (Seidah et al., 2003). Les êtres humains possèdent neuf prohormoneproprotéine convertases qui peuvent se diviser entre les sous- 15 familles S8A et S8B (Rawlings et al., 2006). La furine, PC1/PC3, PC2, PACE4, PC4, PC5/PC6 et PC7/PC8/LPC/SPC7 sont classés dans la sous-famille S8B. Les structures cristallines et de RMN des différents domaines de la furine et de PC1 de souris révèlent des pro-domaines et des domaines catalytiques 20 de type subtilisine, et un domaine P directement en position C-terminale par rapport au domaine catalytique (Henrich et al., 2003 ; Tangrea et al., 2002). En se basant sur la similarité de la séquence d'acides aminés au sein de cette sous-famille, les sept membres ont tous été prédits comme 25 ayant des structures similaires (Henrich et al., 2005). SKI1/S1P et PCSK9 sont classés dans la sous-famille S8A. Des comparaisons de séquence avec ces protéines suggèrent également la présence de pro-domaines et de domaines catalytiques de type subtilisine (Sakai et al., 1998 ; Seidah 30 et al., 2003 ; Seidah et al., 1999). Dans ces protéines, la séquence des acides aminés C-terminaux par rapport au domaine catalytique est plus variable et ne suggère pas la présence d'un domaine P. 3033703 3 Les prohormone-proprotéine convertases sont exprimées sous la forme de zymogènes et elles parviennent à maturité à selon un processus à étapes multiples. La fonction du pro-domaine dans ce processus est double. Le pro-domaine agit d'abord comme un chaperon et est nécessaire pour un repliement correct du domaine catalytique (Ikemura et al., 1987). Une fois que le domaine catalytique est replié, une autocatalyse se produit entre le pro-domaine et le domaine catalytique. A la suite de cette réaction initiale de clivage, le pro-domaine demeure lié au domaine catalytique où il agit ensuite en tant qu'inhibiteur de l'activité catalytique (Fu et al., 2000). Lorsque les conditions sont correctes, la maturation se déroule avec un second événement autocatalytique au niveau d'un site au sein du pro-domaine (Anderson et al., 1997). Une fois que ce second événement de clivage s'est produit, le pro-domaine et le domaine catalytique se dissocient, donnant naissance à une protéase active. L'autocatalyse du zymogène PCSK9 se produit entre G1n152 et Ser153 (VFAQ1S1P) (Naureckiene et al., 2003), et il a été démontré qu'elle était nécessaire pour sa sécrétion à partir des cellules (Seidah et al., 2003). Il n'a pas été observé de second événement autocatalytique au niveau d'un site au sein du pro-domaine de la PCSK9. La PCSK9 purifiée est constituée de deux espèces qui peuvent être séparées par une SDS-PAGE non réductrice : le pro-domaine à 17 Kd, et les domaines catalytiques plus C-terminaux à 65 Kd. La PCSK9 n'a pas été isolée sans son pro-domaine inhibiteur, et les mesures de l'activité catalytique de la PCSK9 ont été variables (Naureckiene et al., 2003 ; Seidah et al., 2003).
Dans certains modes de réalisation, un polypeptide de PCSK9 comprend des résidus terminaux, tels que, mais sans limitation, des résidus de la séquence de tête, des résidus de ciblage, des résidus amino-terminaux de méthionine, des 3033703 4 résidus de lysine, des résidus marqueurs et/ou des résidus de protéines de fusion. La "PCSK9" a été également nommée FH3, NARC1, HCHOLA3, proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9, et convertase 1 régulée par l'apoptose neuronale. Le 5 gène PCSK9 code pour une protéine proprotéine convertase qui appartient à la sous-famille des protéinases K de la famille des subtilases sécrétoires. Le terme "PCSK9" indique à la fois la proprotéine et le produit généré à la suite de l'autocatalyse de la proprotéine. Lorsqu'il est fait référence 10 uniquement au produit autocatalysé (comme pour une protéine de liaison d'un antigène ou un ligand qui se lie à la PCSK9 clivée), la protéine peut être qualifiée de PCSK9 "mature", "clivée", "traitée" ou "active". Lorsqu'il est fait référence uniquement à la forme inactive, la protéine peut être 15 qualifiée de forme "inactive", "pro-forme", ou "non traitée" de la PCSK9. Le terme PCSK9 englobe également des molécules de PCSK9 incorporant des modifications posttraductionnelles de la séquence d'acides aminés de la PCSK9, comme des séquences de la PCSK9 qui ont été glycosylées, des séquences de la PCSK9 à 20 partir desquelles sa séquence signal a été clivée, une séquence de la PCSK9 à partir de laquelle son pro-domaine a été clivé du domaine catalytique mais pas séparé du domaine catalytique (voir, par exemple, les figures lA et 1B du document US20120093818A1).
25 Résumé Par l'intermédiaire de l'analyse des variations génétiques humaines et de la sélection de séquences conçues de manière rationnelle, la présente invention propose une 30 amélioration du diagnostic et du traitement des patients humains en se basant sur les variations de la PCSK9 humaine. De manière importante, l'invention favorise des médicaments 3033703 5 personnalisés qui ciblent des génotypes ou des phénotypes de patients humains individuels. L'analyse par l'inventeur de grands nombres de séquences génomiques existant à l'état naturel de la PCSK9 humaine 5 révèle qu'il existe une variation significative au travers de diverses populations humaines et propose la possibilité d'une corrélation entre des patients humains individuels et des approches médicales et diagnostiques personnalisées s'attaquant à la cible. Les applications techniques de ces 10 découvertes, selon la présente invention, contribuent ainsi à un meilleur traitement, une meilleure prophylaxie et un meilleur diagnostic chez les êtres humains et offrent aux patients l'avantage de favoriser des médicaments et des traitements personnalisés. Ceci offre les avantages d'une 15 meilleure prescription, d'un gaspillage moindre des médicaments et d'une amélioration des chances d'efficacité du médicament et d'un meilleur diagnostic chez les patients. En outre, l'inventeur a réalisé de manière surprenante que certaines formes naturelles plus rares, bien que présentes 20 chez les êtres humains à des fréquences de beaucoup inférieures à la forme courante, sont néanmoins représentées dans des populations humaines multiples et diverses du point de vue ethnique et habituellement avec de nombreux exemples humains par population ethnique représentée. Ainsi, 25 l'inventeur a réalisé que le ciblage de ces formes plus rares offrira un traitement, une prophylaxie ou un diagnostic efficace au travers de nombreuses populations ethniques humaines, étendant de cette manière l'utilité de la présente invention et servant mieux aux patients dans ces populations.
30 Avec ceci, l'inventeur a réalisé qu'il existe une application industrielle et médicale significative pour l'invention en termes de guide du choix d'un ligand anti-PCSK9 pour une administration à des êtres humains pour le traitement 3033703 6 et/ou la prophylaxie de maladies et d'affections médiées par ou associées à la PCSK9. De cette manière, le patient reçoit des médicaments et des ligands qui sont adaptés à ses besoins - déterminés par la constitution génétique ou 5 phénotypique du patient. De pair avec ceci, l'invention propose le génotypage et/ou le phénotypage de patients en connexion avec un tel traitement, permettant de cette manière de faire correspondre de manière correcte le médicament au patient. Ceci augmente les chances d'une efficacité médicale, 10 réduit la probabilité d'un traitement inférieur utilisant des médicaments ou des ligands qui ne correspondent pas au patient (par exemple, une efficacité médiocre et/ou des effets secondaires) et évite les mauvaises prescriptions pharmaceutiques et le gaspillage.
15 A cette fin, l'invention propose :- Dans une première configuration Un ligand anti-PCSK9 humaine pour une utilisation dans un procédé de traitement et/ou de prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain dont 20 le génome comprend une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37, où le procédé comprend l'administration du ligand à l'être humain. Dans une deuxième configuration Un ligand qui lie une PCSK9 humaine comprenant une 25 séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 27 pour une utilisation dans un procédé comprenant l'étape d'utilisation du ligand pour cibler ladite PCSK9 chez un être humain pour traiter et/ou prévenir une maladie ou une affection médiée par la PCSK9, le procédé 30 comprenant l'administration du ligand à l'être humain. Dans une troisième configuration 3033703 7 Une composition pharmaceutique ou un kit pour le traitement et/ou la prévention d'une affection ou d'une maladie médiée par la PCSK9. Dans une quatrième configuration 5 Un procédé de production d'un site de liaison d'un anticorps anti-PCSK9 humaine, le procédé comprenant l'obtention d'une pluralité de sites de liaison d'anticorps anti-PCSK9, le criblage des sites de liaison des anticorps pour une liaison à une PCSK9 humaine choisie dans le groupe 10 constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou à un domaine catalytique ou C-terminal ou à un peptide de celle-ci qui comprend une variation d'acide aminé par rapport à la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3 et l'isolement d'un site de liaison d'un anticorps qui se lie 15 dans l'étape de criblage, et éventuellement la production d'un fragment ou d'un dérivé liant la PCSK9 de la forme f, c, r, p, m, e, h, aj ou q de l'anticorps isolé. Dans une cinquième configuration Un procédé de production d'un anticorps anti-PCSK9 20 humaine, le procédé comprenant l'immunisation d'un vertébré non humain (par exemple, une souris ou un rat) avec une PCSK9 humaine comprenant une séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des séquences d'acides aminés des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou un domaine catalytique ou C- 25 terminal ou un peptide de celle-ci qui comprend une variation d'acide aminé par rapport à la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3 et l'isolement d'un anticorps qui lie une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou un domaine catalytique ou C- 30 terminal ou un peptide de celle-ci qui comprend une variation d'acide aminé par rapport à la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3, et éventuellement la production d'un 3033703 8 fragment ou d'un dérivé liant la PCSK9 de la forme f, c, r, p, m, e, h, aj ou q de l'anticorps isolé. Dans une sixième configuration Un kit pour le génotypage de la PCSK9 d'un être humain, 5 où le kit comprend un acide nucléique (i) comprenant une séquence de nucléotides consécutifs qui s'hybride spécifiquement à une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins à la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C- 10 terminal de celle-ci, ou qui s'hybride spécifiquement à une séquence antisens ou à un transcrit ARN de ladite séquence, où ladite séquence de nucléotides consécutifs s'hybride au moins à un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 ou qui s'hybride à une 15 séquence antisens ou à un transcrit ARN de celle-ci ; et/ou (ii) comprenant une séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs d'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou comprenant une séquence antisens ou une version d'ARN desdits nucléotides 20 consécutifs, où ladite séquence de nucléotides consécutifs comprend au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28. Dans une septième configuration Utilisation d'un ligand anti-PCSK9 qui se lie à une PCSK9 25 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q dans la fabrication d'un médicament destiné au traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain dont le génome comprend une séquence nucléotidique choisie dans le 30 groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37. Dans une huitième configuration Utilisation d'un ligand anti-PCSK9 qui lie une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, 3033703 9 p, m, e, h, aj et q dans la fabrication d'un médicament destiné au ciblage de ladite PCSK9 chez un être humain pour traiter et/ou prévenir une maladie ou une affection médiée par la PCSK9.
5 Dans une neuvième configuration Un procédé de ciblage d'une PCSK9 pour le traitement et/ou la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain, le procédé comprenant l'administration d'un ligand anti-PCSK9 ligand à un être 10 humain comprenant une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37, dans le cadre duquel une PCSK9 codée par ladite séquence nucléotidique est ciblée. Dans une dixième configuration Un procédé de traitement et/ou de prévention d'une 15 maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain, le procédé comprenant le ciblage d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q par l'administration à l'être humain d'un ligand qui lie ladite PCSK9, traitant et/ou prévenant de cette 20 manière ladite maladie ou affection chez l'être humain. Dans une onzième configuration Un procédé de génotypage de PCSK9 d'un échantillon d'acide nucléique d'un être humain, le procédé comprenant l'identification dans l'échantillon de la présence d'une 25 séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou de la séquence de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal. Dans une douzième configuration Un procédé de typage de PCSK9 d'un échantillon de 30 protéines d'un être humain, le procédé comprenant l'identification dans l'échantillon de la présence d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q.
3033703 10 Dans une treizième configuration Un procédé de traitement et/ou de prévention chez un patient humain d'une maladie ou d'une affection cardio-vasculaire, ou d'une maladie ou d'une affection qui est 5 associée à du LDL-cholestérol élevé (par exemple, une hypercholestérolémie), où le patient reçoit ou a reçu auparavant un traitement à base de statines pour ladite maladie ou affection, le procédé comprenant le typage du patient en utilisant un procédé de l'invention et en 10 administrant un ligand selon l'invention, grâce auquel l'être humain est traité ou ladite maladie ou affection est prévenue ; éventuellement, en réduisant ou en stoppant également le traitement à base de statines.
15 Brève description des dessins Ce dossier de brevet ou de demande contient au moins un dessin exécuté en couleur. Des copies de cette publication de brevet ou de demande de brevet avec un ou plusieurs dessins en couleur seront fournies par l'Office après demande et paiement 20 des redevances. La figure 1 représente une modélisation in silico des résidus variants de la surface de la PCSK9. La figure 2 illustre la distribution des fréquences cumulatives des allèles au travers de la base de données du 25 Projet 1000 Génomes des allèles VH3-23 humains comprenant le SNP rs56069819 (de tels allèles étant indiqués par "C" et l'allèle le plus fréquent (qui ne comprend pas ce SNP) étant indiqué par "A"). La figure 3 illustre les charpentes et les CDR codées par 30 VH3-23*04, comme il est obtenu d'après la base de données IMGT (disponible sur le World Wide Web à l'adresse www.IMGT.org). La figure 4 illustre les séquences de VH3-23*04. La partie de VH3-23*04 comprenant le changement de résidu FW1 de 3033703 11 rs56069819 (SEQ ID NO : 38). La partie de la séquence d'acides nucléiques codant pour rs56069819 est illustrée (SEQ ID NO : 39). Le FW1 codé par VH3-23*04 est illustré (SEQ ID NO : 40).
5 Description détaillée L'homme du métier saura que les SNP ou d'autres changements qui se traduisent par une variation d'acides aminés peuvent provoquer une variabilité dans la conformation 10 ou l'activité de cibles humaines à cibler. Ceci a engendré un grand intérêt dans la médecine personnalisée où le génotypage et la connaissance de la viabilité des protéines et des nucléotides sont utilisés pour personnaliser des médicaments et des diagnostics de patients plus efficaces. La présente 15 invention propose des agents pharmaceutiques et des analyses personnalisés qui ciblent spécifiquement des formes variantes plus rares d'une cible humaine d'intérêt (TOI), cette cible étant la PCSK9 humaine. La présente invention met à profit le pouvoir de 20 l'analyse des variations génétiques humaines et de la sélection de séquences conçues de manière rationnelle. Les applications techniques de ces approches, selon la présente invention, contribuent à un meilleur traitement, une meilleure prophylaxie et un meilleur diagnostic chez les êtres humains 25 et offrent au patient un avantage en proposant un choix et en favorisant des médicaments et des traitements personnalisés. Ceci offre l'avantage d'une meilleure prescription, d'un gaspillage moindre des médicaments et d'une augmentation des chances d'efficacité du médicament et de meilleur diagnostic 30 chez les patients. Comme sources de données de variations de séquences génomiques, l'homme du métier sera informé des bases de 3033703 12 données et des ressources disponibles (y compris leurs mises à jour) fournies par les sources suivantes : HapMap (The International HapMap Consortium. 2003 ; http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/index.html.en). Le HapMap 5 Project est un projet international qui vise à comparer les séquences génétiques de différents individus pour identifier des régions chromosomiques contenant des variants génétiques partagés. Le site www de HapMap propose des outils pour identifier des régions chromosomiques et les variants en leur 10 sein, avec des options pour accéder à des données de fréquences au niveau des populations. Le Projet 1000 Génomes (The 1000 Genomes Project Consortium 2010 ; disponible sur le World Wide Web à l'adresse http://www.1000genomes.org/). Cette ressource propose une 15 séquence génomique complète pour au moins 2500 individus non identifiés provenant de l'un de 25 groupes de populations distincts. Base de données SNP du Japon (H. Haga et al. 2002 ; disponible sur le World Wide Web à l'adresse http://snp.ims.u20 tokyo.ac.jp/index.html). Basée sur une étude identifiant 190 562 variants génétiques humains. La présente invention implique l'identification et le catalogage de variants de séquences cibles génomiques humaines existant à l'état naturel, y compris ceux trouvés comme étant 25 des variants de fréquence relativement basse ou rares qui distinguent des populations ethniques humaines spécifiques et chez de nombreux êtres humains individuels. Un aspect de l'invention est basé sur la conception rationnelle d'une sélection de séquences abordant le caractère 30 souhaitable de personnaliser des médicaments et des diagnostics pour des groupes plus rares, mais toutefois significatifs, d'individus humains qui souffrent, ou qui sont susceptibles de souffrir (c'est-à-dire, qui sont à risque), 3033703 13 d'une maladie ou d'une affection médiée ou associée à la cible d'intérêt. Dans la recherche de cette conception rationnelle du présent aspect de l'invention, l'inventeur a inclus des considérations portant sur la répartition de la prévalence de 5 séquences variantes cibles existant à l'état naturel au travers de diverses populations ethniques humaines multiples, ainsi que sur l'importance de cibler ces populations dans lesquelles de nombreux individus sont susceptibles d'afficher un génotype et/ou un phénotype d'un ou de plusieurs des 10 variants analysés. Dans le contexte de cette conception, l'inventeur a compris l'importance d'adopter les classifications reconnues dans l'art des populations ethniques humaines, et à cet égard, l'inventeur a basé l'analyse et la conception sur les populations ethniques humaines reconnues 15 adoptées par le Projet 1000 Génomes, puisqu'il s'agit de la ressource qui est, et qui continuera à être, largement adoptée par la communauté scientifique et médicale. La figure 2 représente la distribution des fréquences cumulatives des allèles dans la base de données du Projet 20 1000 Génomes des allèles VH3-23 humains comprenant le SNP rs56069819 (de tels allèles étant indiqués par "C" et l'allèle le plus fréquent (qui ne comprend pas ce SNP) étant indiqué par "A"). La figure montre que les allèles VH3-23 comprenant le SNP rs56069819 sont présents à une fréquence cumulative de 25 11 % dans toutes les populations ethniques humaines prises comme un tout, tandis que dans certaines sous-populations ethniques humaines spécifiques (ASW, LWK, YRI, CEU et GBR), de tels allèles sont présents à une fréquence cumulative au-dessus de la moyenne. Sont indiquées sur la figure, ces formes 30 variantes de la PCSK9 humaine (marquées "Variants") qui sont trouvées dans les diverses sous-populations avec une occurrence supérieure à la moyenne des allèles VH3-23 humains comprenant le SNP rs56069819.
3033703 14 Ainsi, dans cet aspect de l'invention, l'inventeur a conçu les critères suivants de sélection des séquences variantes, ceux-ci étant des critères, qui selon l'inventeur, proposeront des médicaments et des diagnostics utiles pour un 5 besoin personnalisé dans la population humaine. Critères de sélection Trois ou quatre des suivants :- - des séquences variantes de la PCSK9 humaine existant à l'état naturel présentant une fréquence cumulative d'allèles 10 humains de 35 % ou inférieure ; - des séquences variantes de la PCSK9 humaine existant à l'état naturel présentant une fréquence totale d'un génotype humain de 40 % ou inférieure ; - des séquences variantes de la PCSK9 humaine existant à 15 l'état naturel trouvées dans de nombreuses populations ethniques humaines différentes (en utilisant la catégorisation classique du Projet 1000 Génomes ; voir le tableau 3 ci-dessous) ; et - des séquences variantes de la PCSK9 humaine existant à 20 l'état naturel trouvées chez de nombreux individus distribués au travers de ces nombreuses populations ethniques différentes. La sélection de l'inventeur a compris, en tant que considération, la sélection d'une variation de nucléotide qui 25 a produit une variation d'acide aminé dans les formes correspondantes de la PCSK9 (c'est-à-dire, des variations non synonymes), par opposition aux variations silencieuses qui ne modifient pas les résidus d'acides aminés dans la protéine cible.
30 Eventuellement, une autre analyse des séquences et une modélisation 3D in silico (par exemple, voir la figure 1) peuvent être utilisées en tant que critère de sélection supplémentaire : des variants dont les résidus d'acides aminés 3033703 15 variants (contre la forme la plus courante de la PCSK9 humaine) exposés à la surface sur la cible sont souhaitables pour la sélection, puisque l'inventeur a considéré ceux-ci comme contribuant à la détermination de la topographie de la 5 cible et comme contribuant potentiellement à comment et où la liaison du ligand sur la cible se produit. Dans un mode de réalisation, la fréquence cumulative des allèles humains est de 30, 25, 20, 15, 10 ou 5 % ou inférieure, par exemple, dans la plage de 1 à 20 % ou 1 à 15 % 10 ou 1 à 10 %. Dans un mode de réalisation, la fréquence totale d'un génotype humain est de 35, 30, 25, 20, 15, 10 ou 5 % ou inférieure, par exemple, dans la plage de 1 à 25 %, 1 à 20 %, 1 à 15 %, 1 à environ 15 %, 1 à 10 %, 1 à environ 10 % ou 1 à 15 5 % ou 1 à environ 5 %. Dans un mode de réalisation, les séquences variantes cibles humaines existant à l'état naturel sont trouvées dans au moins 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19 ou 20 populations ethniques humaines différentes (en utilisant la 20 catégorisation classique du Projet 1000 Génomes). Dans un mode de réalisation, les séquences variantes cibles humaines existant à l'état naturel sont trouvées chez au moins 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 105, 110, 115, 120, 130, 140 ou 150 individus 25 distribués au travers de ces nombreuses populations ethniques différentes. Dans un exemple, les critères suivants sont appliqués :- - des séquences variantes de la PCSK9 humaine existant à l'état naturel présentant une fréquence cumulative des allèles 30 humains de 15 % ou inférieure ; - des séquences variantes de la PCSK9 humaine existant à l'état naturel présentant une fréquence totale d'un génotype humain de 20 % ou inférieure ; 3033703 16 - des séquences variantes de la PCSK9 humaine existant à l'état naturel trouvées dans au moins 5 populations ethniques humaines différentes (en utilisant la catégorisation classique du Projet 1000 Génomes) ; et 5 - des séquences variantes de la PCSK9 humaine existant à l'état naturel trouvées chez de nombreux individus distribués au travers de ces nombreuses populations ethniques différentes. Dans tous les aspects, configurations, exemples, modes de 10 réalisation, clauses ou concepts dans ce document, les fréquences peuvent être déterminées en utilisant la bioinformatique. Dans tous les aspects, configurations, exemples, modes de réalisation, clauses ou concepts dans ce document, les 15 fréquences peuvent être déterminées par référence à une base de données comprenant au moins 1000 ou 2000 séquences humaines. Dans tous les aspects, configurations, exemples, modes de réalisation, clauses ou concepts dans ce document, "fréquence 20 d'un génotype humain hétérozygote" signifie la fréquence cumulative de tous les génotypes dans l'échantillon ou la base de données ou chez des êtres humains présentant une occurrence de l'allèle variant rare et une occurrence d'un autre allèle (état hétérozygote), par exemple, un génotype dans la base de 25 données des 1000 Génomes. Dans tous les aspects, configurations, exemples, modes de réalisation, clauses ou concepts dans ce document, "fréquence d'un génotype humain homozygote" signifie la fréquence cumulative de deux occurrences de l'allèle variant (état 30 homozygote), par exemple, un génotype dans la base de données des 1000 Génomes. Dans tous les aspects, configurations, exemples, modes de réalisation, clauses ou concepts dans ce document, "fréquence 3033703 17 totale d'un génotype humain" signifie le total des fréquences d'un génotype humain hétérozygote plus homozygote. Dans tous les aspects, configurations, exemples, modes de réalisation, clauses ou concepts dans ce document, "fréquence 5 cumulative d'un allèle humain" se rapporte au total de toutes les occurrences de l'allèle variant dans l'échantillon ou la base de données ou chez des êtres humains, par exemple, dans la base de données du Projet 1000 Génomes. Dans un exemple, les critères sont appliqués en référence 10 à une ou plusieurs bases de données de séquences génomiques humaines telles que décrites dans ce document. Par exemple, les critères sont ceux tels qu'appliqués dans la base de données des 1000 Génomes. Par exemple, dans tous les aspects, exemples, modes de 15 réalisation ou configurations de l'invention, la base de données des 1000 Génomes version 13. Par exemple, la base de données des 1000 Génomes dans sa version la plus récente telle que celle du ler octobre 2013. Le protocole de bio-informatique suivant est envisagé 20 pour identifier des séquences humaines pour une utilisation dans la présente invention : (a) Identifier une région génomique contenant une séquence d'intérêt cible de la PCSK9 ('région génomique cible') et calculer les coordonnées génomiques, en utilisant 25 les coordonnées qui correspondent à l'assemblage construit de séquences utilisé par soit le Projet 1000 Génomes soit le Projet International HapMap (ou une autre base de données de choix de gènes humains sélectionnés). (b) Identifier des variants génomiques localisés dans la 30 région génomique identifiée précédemment en (a). Récupérer les fréquences des allèles pour les variants pour chaque super-population et de préférence sous-population où de telles 3033703 18 données sont disponibles. Les outils VWC pour le Projet 1000 Génomes peuvent être utilisés pour cette étape. (c) Filtrer la liste des variants génomiques issus de la région génomique cible pour contenir seulement des variants 5 classés comme soit des polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP) 'non synonymes' soit des 'insertions ou des délétions' (indels) génomiques. Filtrer en outre pour inclure ceux qui sont présents uniquement dans des séquences exoniques. "Non synonyme" se rapporte à une variation de nucléotide qui 10 produit une variation d'acide aminé (c'est-à-dire, excluant les mutations silencieuses). (d) Corréler les données des fréquences dans les populations pour chacun des variants identifiés pour chacune des super-populations (par exemple, 'Ascendance européenne', 15 'Ascendance d'Asie de l'Est', 'Ascendance d'Afrique de l'Ouest', 'Ascendance des Amériques', et 'Ascendance de l'Asie du Sud') pour identifier ces variants qui font la distinction avec moins de deux super-populations. Corréler en outre tous les variants identifiés avec chacune des sous-populations (par 20 exemple, la super-population 'Ascendance européenne' pourra être divisée en groupes tels que 'CEU - résidents de l'Utah avec une ascendance de l'Europe du Nord ou de l'Ouest', 'TSI - Toscane en Italie' et 'Britannique d'Angleterre et d'Ecosse') et produire un second score pour la rareté des variants au 25 sein d'une super-population. (e) Recueillir une ou plusieurs séquences qui montrent une distinction de sous-populations spécifiques pour une utilisation dans la présente invention, par exemple, selon les critères de sélection tels que décrits dans ce document.
30 Populations humaines Eventuellement, les populations ethniques sont sélectionnées d'après celles identifiées dans la base de données du Projet 1000 Génomes. A cet égard, voir le tableau 3 3033703 19 qui fournit des détails des populations ethniques sur lesquelles la base de données du Projet 1000 Génomes est basée. N A Rosenberg et al (Science 20 December 2002: vol. 298 5 no. 5602 2342-2343) ont étudié la structure génétique des populations humaines d'une ascendance géographique différant. Au total, 52 populations ont été échantillonnées, celles-ci étant des populations avec : Une ascendance africaine 10 (pygmées Mbuti, pygmées Biaka, peuple San, et les locuteurs des langages nigéro-kordofaniens (populations Bantu, Yoruba ou Mandenka), Une ascendance eurasienne (ascendance européenne (Orcadiens, Adygel, Basques, 15 Français, Russes, Italiens, Sardes, Toscans), ascendance du Moyen-Orient (Mozabites, Bédouins, Druzes, Palestiniens), ascendance de l'Asie du Centre/Sud (Balochl, Brahul, Makrani, Sindhi, Pathan, Burusho, Hazara, Uygur, Kalash)), 20 Une ascendance de l'Asie de l'Est (Han, Dal, Daur, Hezhen, Lahu, Miao, Orogen, She, Tujia, Tu, Xibo, Yi, Mongoles, Naxi, Cambodgiens, Japonais, Yakut), ascendance océanique (Mélanésiens, Papous) ; ou Une ascendance des Amériques 25 (Karitiana, Surui, Colombien, Mayas, Pima). Le Projet International HapMap, Nature, 2003 Dec 18; 426(6968): 789-96, décrit cet objectif du projet HapMap : déterminer les profils communs des variations des séquences d'ADN dans le génome humain en déterminant les génotypes 30 d'un million de variants de séquences ou plus, leurs fréquences et le degré d'association entre eux dans les échantillons d'ADN provenant de populations avec une ascendance issue de parties de l'Afrique, de l'Asie et de 3033703 20 l'Europe. Les populations humaines pertinentes d'ascendance géographique différant comprennent les populations des Yorubas, Japonais, Chinois, Européens du Nord et Européens de l'Ouest. Plus spécifiquement : 5 La population de l'Utah avec une ascendance de l'Europe du Nord ou de l'Ouest (échantillons recueillis en 1980 par le Centre d'Etude du Polymorphisme Humain (CEPH)) ; population avec une ascendance des peuples Yorubas d'Ibadan, Nigéria ; 10 population avec une ascendance japonaise ; et population avec une ascendance chinoise Han de Chine. Les auteurs, citant des publications antérieures, suggèrent que la géographie ancestrale est une base raisonnable pour l'échantillonnage des populations humaines.
15 Un échantillon approprié de populations humaines utilisé dans la présente invention est le suivant : (a) Ascendance européenne (b) Ascendance de l'Europe du Nord ; ascendance de l'Europe de l'Ouest ; ascendance toscane ; ascendance 20 britannique, ascendance finnoise ou ascendance ibérique. (c) Plus spécifiquement, la population des résidents de l'Utah avec une ascendance de l'Europe du Nord et/ou de l'Ouest ; la population toscane en Italie ; la population britannique en Angleterre et/ou en Ecosse ; la population 25 finnoise en Finlande ; ou la population ibérique en Espagne. (a) Ascendance de l'Asie de l'Est (b) Ascendance japonaise ; ascendance chinoise ou ascendance vietnamienne. (c) Plus spécifiquement, la population japonaise à Tokyo, 30 Japon ; la population chinoise Han à Beijing, Chine ; la population chinoise Dai au Xishuangbanna ; la population Kinh à Ho Chi Minh City, Vietnam ; ou la population chinoise à Denver, Colorado, Etats-Unis. 3033703 21 (a) Ascendance de l'Afrique de l'Ouest (b) Ascendance Yoruba ; ascendance Luhya ; ascendance gambienne ; ou ascendance malawienne. (c) Plus spécifiquement, la population Yoruba à Ibadan, 5 Nigéria ; la population Luhya à Webuye, Kénya ; la population gambienne dans la division de l'Ouest, Gambie ; ou la population malawienne à Blantyre, Malawi. (a) Population des Amériques (b) Ascendance américaine native ; ascendance afro- 10 antillaise ; ascendance mexicaine ; ascendance portoricaine ; ascendance colombienne ; ou ascendance péruvienne. (c) Plus spécifiquement, la population d'ascendance africaine du sud-ouest des Etats-Unis ; la population des afro-américains à Jackson, MS ; la population des afro- 15 antillais à la Barbade ; la population d'ascendance mexicaine à Los Angeles, CA ; la population d'ascendance portoricaine à Porto Rico ; la population d'ascendance colombienne à Medellin, Colombie ; ou la population d'ascendance péruvienne à Lima, Pérou. 20 (a) Ascendance de l'Asie du Sud (b) Ascendance Ahom ; ascendance Kayadtha ; ascendance Reddy ; Maratha ; ou ascendance Punjabi. (c) Plus spécifiquement, la population Ahom dans l'État d'Assam, Inde ; la population Kayadtha à Calcutta, Inde ; la 25 population Reddy à Hyderabad, Inde ; la population Maratha à Bombay, Inde ; ou la population Punjabi à Lahore, Pakistan. Dans toutes les configurations de l'invention, dans un mode de réalisation, chaque population humaine est sélectionnée à partir d'une population marquée "(a)" au-30 dessus. Dans toutes les configurations de l'invention, dans un mode de réalisation, chaque population humaine est 3033703 22 sélectionnée à partir d'une population marquée "(b)" au-dessus. Dans toutes les configurations de l'invention, dans un mode de réalisation, chaque population humaine est 5 sélectionnée à partir d'une population marquée "(c)" au-dessus. Dans un mode de réalisation, les populations ethniques sont sélectionnées à partir du groupe constitué d'une population ethnique avec une ascendance européenne, une 10 population ethnique avec une ascendance de l'Asie de l'Est, une population ethnique avec une ascendance de l'Afrique de l'Ouest, une population ethnique avec une ascendance des Amériques et une population ethnique avec une ascendance de l'Asie du Sud.
15 Dans un mode de réalisation, les populations ethniques sont sélectionnées à partir du groupe constitué d'une population ethnique avec une ascendance de l'Europe du Nord ; ou une population ethnique avec une ascendance de l'Europe de l'Ouest ; ou une population ethnique avec une ascendance 20 toscane ; ou une population ethnique avec une ascendance britannique ; ou une population ethnique avec une ascendance islandaise ; ou une population ethnique avec une ascendance finnoise ; ou une population ethnique avec une ascendance ibérique ; ou une population ethnique avec une ascendance 25 japonaise ; ou une population ethnique avec une ascendance chinoise ; ou une population ethnique avec une ascendance vietnamienne ; ou une population ethnique avec une ascendance Yoruba ; ou une population ethnique avec une ascendance Luhya ; ou une population ethnique avec une ascendance 30 gambienne ; ou une population ethnique avec une ascendance malawienne ; ou une population ethnique avec une ascendance américaine native ; ou une population ethnique avec une ascendance afro-antillaise ; ou une population ethnique avec 3033703 23 une ascendance mexicaine ; ou une population ethnique avec une ascendance portoricaine ; ou une population ethnique avec une ascendance colombienne ; ou une population ethnique avec une ascendance péruvienne ; ou une population ethnique avec une 5 ascendance Ahom ; ou une population ethnique avec une ascendance Kayadtha ; ou une population ethnique avec une ascendance Reddy ; ou une population ethnique avec une ascendance Maratha ; ou une population ethnique avec une ascendance Punjabi.
10 Ligands anti-cible L'invention propose des ligands anti-cible utiles pour s'adresser à des êtres humains souffrant ou susceptibles de souffrir d'une maladie ou d'une affection médiée ou associée à la PCSK9. Par exemple, le ligand se lie spécifiquement à un 15 variant de la PCSK9 selon l'invention. Le ligand peut inhiber ou antagoniser l'activité de la PCSK9 cible, par exemple, le ligand neutralise la cible. L'homme du métier sera familier avec les ligands neutralisants en général, tels que des anticorps ou des fragments d'anticorps, et il pourra 20 facilement tester des ligands appropriés pour une liaison et/ou une neutralisation spécifique d'une cible in vitro ou dans un test in vivo. Dans un exemple, le ligand est (ou a été déterminé comme étant) un neutraliseur de la PCSK9. Dans un exemple, la 25 détermination est réalisée chez un être humain (par exemple, dans un essai clinique). Dans un exemple, la détermination est réalisée chez un être non humain, par exemple, chez une souris, un rat, un lapin, un porc, un chien, un mouton ou un primate non humain (par exemple, un singe Cynomolgus, un singe 30 rhésus ou un babouin). Un "fragment" d'anticorps comprend une partie d'un anticorps intact, de préférence la région de liaison de l'antigène et/ou variable de l'anticorps intact. Les exemples 3033703 24 de fragments d'anticorps comprennent les fragments dAb, Fab, Fab', F(ab')2 et Fv ; les diabodies ; les anticorps linéaires ; les molécules d'anticorps à chaîne unique et les anticorps multispécifiques formés à partir de fragments 5 d'anticorps. Dans un mode de réalisation, le ligand de l'invention est ou comprend un anticorps ou un fragment d'anticorps, par exemple, un anticorps ou un fragment comprenant des régions variables humaines (et éventuellement aussi des régions 10 constantes humaines). Des anticorps et des fragments antiPCSK9 ou liant ou ciblant la PCSK9 peuvent être préparés selon un procédé connu quelconque, par exemple, en utilisant des souris transgéniques (par exemple, la KymouseTM ou la VelocimouseTM, ou la OmnimouseTM, la XenomouseTM, la HuMab 15 MouseTM ou la MeMo MouseTm), des rats (par exemple, le OmniratTm), des camélidés, des requins, des lapins, des poulets ou d'autres animaux non humains immunisés avec la PCSK9, ceci suivi éventuellement d'une humanisation des régions constantes et/ou des régions variables pour produire des anticorps 20 humains ou humanisés. Dans un exemple, des technologies de présentation peuvent être utilisées, comme la présentation par des levures, des phages ou des ribosomes, comme il sera évident pour l'homme du métier. Une maturation d'affinité classique, par exemple, en utilisant une technologie de 25 présentation, peut être réalisée dans une autre étape après isolement d'un anticorps de tête à partir d'un animal transgénique, d'une banque de présentation par des phages ou d'une autre banque. Des exemples représentatifs de technologies appropriées sont décrits dans le document 30 US20120093818 (Amgen, Inc)' par exemple, les procédés présentés dans les paragraphes [0309] à [0346]. De manière générale, une VELOCIMMUNErm ou une autre souris ou un rat peut être testé avec l'antigène d'intérêt, et des 3033703 25 cellules lymphatiques (comme les lymphocytes B) sont récupérées à partir des souris qui expriment des anticorps. Les cellules lymphatiques peuvent être fusionnées avec une lignée cellulaire de myélome pour préparer des lignées 5 cellulaires d'hybridomes immortelles, et de telles lignées cellulaires d'hybridomes sont criblées et sélectionnées pour identifier des lignées cellulaires d'hybridomes qui produisent des anticorps spécifiques de l'antigène d'intérêt. L'ADN codant pour les régions variables de la chaîne lourde et de la 10 chaîne légère peut être isolé et lié à des régions constantes isotypiques souhaitables de la chaîne lourde et de la chaîne légère. Une telle protéine d'anticorps peut être produite dans une cellule, comme une cellule CHO. En variante, l'ADN codant pour les anticorps chimériques spécifiques d'un antigène ou 15 les domaines variables des chaînes légères et lourdes peut être isolé directement des lymphocytes spécifiques d'un antigène. Initialement, il est isolé des anticorps chimériques de haute affinité qui comportent une région variable humaine et 20 une région constante de souris. Comme il est décrit ci-dessous, les anticorps sont caractérisés et sélectionnés pour des caractéristiques souhaitables, y compris leur affinité, leur sélectivité, leur épitope, etc. Les régions constantes de souris sont remplacées par une région constante humaine 25 souhaitée pour générer l'anticorps totalement humain de l'invention, par exemple des IgG1 ou des IgG4 de type sauvage ou modifiées (par exemple, SEQ ID NO : 751, 752, 753 dans le document US2011/0065902. Alors que la région constante sélectionnée peut varier selon un usage spécifique, les 30 caractéristiques de liaison d'un antigène avec une affinité élevée et de spécificité pour la cible résident dans la région variable.
3033703 26 Dans un exemple, le ligand de l'invention est ou comprend un acide nucléique, par exemple, de l'ARN, par exemple, un ARNsi qui s'hybride dans des conditions stringentes à la séquence variante de la PCSK9, par exemple, s'hybride à une 5 séquence nucléotidique comprenant un ou plusieurs nucléotides qui sont des variants (par opposition à la séquence de la PCSK9 la plus courante, par exemple, en référence à la base de données du Projet 1000 Génomes). Par exemple, l'acide nucléique s'hybride à une région 10 flanquant immédiatement un nucléotide qui est un variant comparativement au nucléotide correspondant de la séquence nucléotidique de la PCSK9 présentant la fréquence cumulative la plus élevée des allèles humains et/ou la fréquence totale la plus élevée d'un génotype humain. Dans un exemple, l'acide 15 nucléique s'hybride à deux ou plus de ces nucléotides variants. Une hybridation spécifique est réalisée dans des conditions stringentes, comme il sera évident pour l'homme du métier, par exemple, des conditions de SSC 5X, de réactif de 20 Denhardt 5X, et de 0,5 % de SDS à 65 °C. La capacité, la spécificité et l'affinité de liaison de la cible (Kd, Kdis et/ou Kass) peuvent être déterminées par tout procédé de routine dans l'art, par exemple, par résonance des plasmons de surface (RPS). Le terme "Kd", tel qu'utilisé dans 25 ce document, est censé se rapporter à la constante de dissociation à l'équilibre d'une interaction anticorps-antigène particulière. Dans un mode de réalisation, la résonance des plasmons de surface (RPS) est réalisée à 25 °C. Dans un autre mode de 30 réalisation, la RPS est réalisée à 37 °C. Dans un mode de réalisation, la RPS est réalisée à pH physiologique, comme environ pH 7 ou à pH 7,6 (par exemple, en 3033703 27 utilisant de la solution saline tamponnée par du Hepes à pH 7,6 (également nommée HBS-EP)). Dans un mode concentration de 5 NaCl. Dans un mode concentration de détergent qui n'est pas supérieure à 0,05 % en volume, par exemple, en présence de P20 (polysorbate 20 ; par exemple, Tween-20Tm) à 0,05 % et d'EDTA à 3 mM.
10 Dans un exemple, la RPS est réalisée à 25 °C ou 37 °C dans un tampon à pH 7,6, 150 mM de NaCl, 0,05 % de détergent (par exemple, P20) et 3 mM d'EDTA. Le tampon peut contenir 10 mM de Hepes. Dans un exemple, la RPS est réalisée à 25 °C ou à 37 °C dans du HBS-EP. Le HBS-EP est disponible chez 15 Teknova Inc (Californie ; numéro de catalogue H8022). Dans un exemple, l'affinité du ligand (par exemple, un anticorps) est déterminée en utilisant la RPS en 1. Couplant une IgG anti-souris (ou une région constante d'un anticorps d'un autre être humain pertinent, d'un rat ou 20 d'un vertébré non humain d'une espèce correspondante) (par exemple, BiacoreTM BR-1008-38) à une puce de biocapteur (par exemple, une puce GLM) comme par couplage d'amine primaire ; 2. Exposant l'IgG anti-souris (ou un anticorps d'une espèce correspondante) à un anticorps IgG du test pour 25 capturer l'anticorps du test sur la puce ; 3. Passant l'antigène du test sur la surface de capture de la puce à 1024 nM, 256 nM, 64 nM, 16 nM, 4 nM avec 0 nM (c'est-à-dire, le tampon seul) ; et 4. Déterminant l'affinité de liaison de l'anticorps du 30 test à l'antigène du test en utilisant la résonance des plasmons de surface, par exemple, dans des conditions de RPS discutées ci-dessus (par exemple, à 25 °C dans du tampon physiologique). La RPS peut être réalisée en utilisant tout de réalisation, la RPS est réalisée à une sel physiologique, par exemple, 150 mM de de réalisation, la RPS est réalisée à une 3033703 28 appareil classique de RPS, comme par BiacoreTM ou en utilisant le ProteOn XPR36TM (Bio-RadED). La régénération de la surface de capture peut être réalisée avec 10 mM de glycine à pH 1,7. Ceci élimine 5 l'anticorps capturé et permet d'utiliser la surface pour une autre interaction. Les données de liaison peuvent être ajustées à un modèle intrinsèque 1/1 en utilisant des techniques classiques, par exemple, en utilisant un modèle intrinsèque au logiciel d'analyse du ProteOn XPR36TM.
10 Dans un exemple, le ligand de l'invention est contenu dans un récipient médical, par exemple, un flacon, une seringue, un récipient pour IV ou un dispositif d'injection (par exemple, un dispositif d'injection intraoculaire ou intravitréale). Dans un exemple, le ligand est in vitro, par 15 exemple, dans un récipient stérile. Dans un exemple, l'invention propose un kit comprenant le ligand de l'invention, un conditionnement et des instructions pour une utilisation dans le traitement ou la prévention ou le diagnostic chez un être humain d'une maladie ou d'une 20 affection médiée par la PCSK9. Dans un exemple, les instructions indiquent que l'être humain devra être génotypé pour une séquence variante de la PCSK9 de l'invention avant l'administration du ligand à l'être humain. Dans un exemple, les instructions indiquent que l'être humain devra être 25 phénotypé pour un variant de la PCSK9 de l'invention avant l'administration du ligand à l'être humain. Dans un exemple, l'être humain est d'ethnicité chinoise (par exemple, Han ou CHS) et les instructions sont en chinois (par exemple, en mandarin). Dans un exemple, les instructions comprennent des 30 directives pour administrer de l'alirocumab ou de l'évolocumab au dit être humain. L'invention aborde le besoin de traiter des êtres humains possédant des allèles, des génotypes et des phénotypes 3033703 29 naturels plus rares de la PCSK9 existant à l'état naturel (formes de protéines plus rares). A cet égard, l'invention propose les aspects suivants. Dans un premier aspect : un ligand anti-PCSK9 humaine 5 pour une utilisation dans un procédé de traitement et/ou de prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain dont le génome comprend une séquence nucléotidique choisie dont le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37, où le procédé comprend l'administration 10 du ligand à l'être humain. choisie Dans un exemple, la séquence nucléotidique est dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou choisie dans le groupe des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32, 34, 15 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est 20 SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006). Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 670G qui est un marqueur de la gravité d'une 25 athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; ou est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences 30 d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus.
3033703 30 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 29. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 30.
5 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 31. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 32. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est 10 SEQ ID NO : 33. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 35.
15 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 36. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 37. Le variant de la PCSK9 n'est pas le plus fréquent.
20 Dans un mode de réalisation d'une configuration, d'un exemple, d'un mode de réalisation ou d'un aspect quelconque dans ce document, le ligand, l'anticorps, le fragment ou le site de liaison de l'invention est recombinant. Dans un deuxième aspect : le ligand selon l'aspect 1, où 25 le ligand a été ou est déterminé comme étant capable de lier une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q. Dans un exemple d'un aspect quelconque, le ligand lie (ou a été déterminé comme liant) deux, trois, quatre PCSK9 30 humaines ou plus choisies dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q. Dans un exemple d'un aspect quelconque, le ligand comprend un domaine de protéine qui se lie spécifiquement à la 3033703 31 PCSK9, par exemple, une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q. Le terme "lie spécifiquement", ou analogues, signifie qu'un ligand, par exemple, un anticorps ou un fragment de 5 liaison de l'antigène de celui-ci, forme un complexe avec un antigène qui est relativement stable dans des conditions physiologiques. Une liaison spécifique peut être caractérisée par une constante de dissociation à l'équilibre d'au moins environ 1 x 10-6 M ou inférieure (par exemple, un KD plus petit 10 indique une liaison plus serrée). Les procédés permettant de déterminer si deux molécules se lient spécifiquement sont bien connus dans l'art et ils comprennent, par exemple, la dialyse à l'équilibre, la résonance des plasmons de surface, et analogues. Toutefois, un anticorps isolé qui lie 15 spécifiquement une PCSK9 humaine peut présenter une réactivité croisée avec d'autres antigènes comme une molécule de PCSK9 d'une autre espèce. En outre, des anticorps multispécifiques (par exemple, bispécifiques) qui se lient à la PCSK9 et à un ou plusieurs antigènes supplémentaires sont néanmoins 20 considérés comme des anticorps qui "lient spécifiquement" la PCSK9, comme il est utilisé dans ce document. Dans un exemple d'un aspect quelconque, le ligand comprend ou est constitué d'une protéine qui mime le domaine EGFA du récepteur des LDL et qui se lie spécifiquement à la 25 PCSK9, par exemple, une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q. Dans un exemple d'un aspect quelconque, le ligand antagonise la PCSK9, par exemple, une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et 30 q. Dans un exemple d'un aspect quelconque, le procédé comprend (avant l'administration du ligand) l'étape de détermination que le ligand est capable de lier une PCSK9 3033703 32 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q. Dans un exemple d'un aspect quelconque, la liaison est déterminée par RPS. Dans un exemple d'un aspect quelconque, 5 la liaison est déterminée par la technique ELISA. Dans un exemple d'un aspect quelconque, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple d'un aspect quelconque, lesdites formes sont les pro-formes.
10 Les termes "est déterminé", "est génotypé" ou "est phénotypé" et analogues dans ce document signifient que le procédé comprend une étape d'une telle détermination, d'un tel génotypage ou d'un tel phénotypage. Dans un troisième aspect : un ligand qui lie une PCSK9 15 humaine comprenant une séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 27 pour une utilisation dans un procédé comprenant l'étape d'utilisation du ligand pour cibler ladite PCSK9 chez un être humain pour traiter et/ou prévenir une maladie ou une condition médiée par 20 la PCSK9, le procédé comprenant l'administration du ligand à l'être humain. Dans un exemple, la maladie ou l'affection est médiée par une PCSK9 humaine comprenant une séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 27.
25 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 23, 26 et 27 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 14 et 18 à 27 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 14, 18 à 23, 26 et 27. Ce sont des séquences existant à l'état 30 naturel qui ne comprennent pas 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé.
3033703 33 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 18, 19 ou 20, qui comprend un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006). Dans un exemple, la séquence d'acides aminés choisie dans 5 le groupe constitué des SEQ ID NO : 10, 11, 12, 26 et 27, qui comprennent 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 10 à 14 et 18 à 27 ; ou 10 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 10 à 14, 18 à 23, 26 et 27. Ce sont des séquences qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 1 à 3 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus.
15 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 4. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 5. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 20 SEQ ID NO : 6. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 7. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 8.
25 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 9. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 10. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 30 SEQ ID NO : 11. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 12.
3033703 34 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 13. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 14.
5 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 15. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 16. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 10 SEQ ID NO : 17. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 18. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 19.
15 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 20. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 21. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 20 SEQ ID NO : 22. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 23. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 24.
25 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 25. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 26. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 30 SEQ ID NO : 27. Dans un quatrième aspect : le ligand selon l'aspect 3, où le génome de l'être humain comprend une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37.
3033703 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 5 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé.
10 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 15 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 20 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est 25 SEQ ID NO : 29. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 30. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 31.
30 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 32. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 33.
3033703 36 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 35.
5 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 36. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 37. Dans un cinquième aspect : le ligand de l'un quelconque 10 des aspects précédents, où l'être humain a été ou est génotypé comme étant positif pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci.
15 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles 20 (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est 25 SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C (Pisciotta et al., 2006). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose 30 coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 3033703 37 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. exemple, la séquence nucléotidique est nucléotidique est 5 Dans un SEQ ID NO : 29. Dans un exemple, SEQ ID NO : 30 Dans un exemple, 10 SEQ ID NO : 31. Dans un exemple, SEQ ID NO : 32. Dans un exemple, SEQ ID NO : 33.
15 Dans un exemple, SEQ ID NO : 34 Dans un exemple, SEQ ID NO : 35. Dans un exemple, 20 SEQ ID NO : 36. Dans un exemple, SEQ ID NO : 37. la séquence la séquence la séquence la séquence la séquence la séquence la séquence la séquence nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est Dans un sixième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où l'être humain a été ou est phénotypé 25 comme étant positif pour une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou au moins le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes.
30 Dans un septième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où le procédé comprend le génotypage de l'être humain comme étant positif pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 3033703 38 SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou 5 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces 10 groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006).
15 Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans 20 le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui 25 satisfont aux critères présentés ci-dessus. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 29. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 30.
30 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 31. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 32.
3033703 39 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 33. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34.
5 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 35. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 36. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est 10 SEQ ID NO : 37. Dans un huitième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où le procédé comprend le phénotypage de l'être humain comme étant positif pour une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, 15 h, aj et q ou au moins le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un neuvième aspect : le ligand de l'un quelconque 20 des aspects précédents, où l'être humain a été ou est génotypé comme étant hétérozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci ; éventuellement où l'être 25 humain a été ou est génotypé comme comprenant la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 28 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci et une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence 30 codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci. "Hétérozygote" signifie ici que dans le génotype de l'être humain, un allèle comprend une séquence nucléotidique 3033703 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci et l'autre allèle peut être toute PCSK9 (par exemple, la forme a, a' ou un allèle 5 comprenant une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci). Dans un exemple, le procédé comprend (avant 10 l'administration du ligand) le génotypage de l'être humain comme étant hétérozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci ; éventuellement également le 15 génotypage de l'être humain comme comprenant la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 28 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci et une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence 20 codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 25 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C 30 élevé. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006).
3033703 41 Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005).
5 Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de 10 différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 29. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est 15 SEQ ID NO : 30. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 31. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 32.
20 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 33. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est 25 SEQ ID NO : 35. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 36. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 37.
30 Dans un dixième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects 1 à 9, où le génome de l'être humain a été ou est génotypé comme étant homozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 3033703 42 SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci. "Homozygote" signifie ici que dans le génotype de l'être humain, chaque allèle comprend la même séquence nucléotidique 5 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci. Dans un exemple, le procédé comprend le génotypage de l'être humain comme étant homozygote pour une séquence 10 nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou 15 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces 20 groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006).
25 Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans 30 le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de 3033703 43 différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. exemple, la séquence SEQ ID NO : 36. Dans un 20 SEQ ID NO : 37. nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est nucléotidique est Dans un exemple, la séquence SEQ ID NO : 29.
5 Dans un exemple, la séquence SEQ ID NO : 30. Dans un exemple, la séquence SEQ ID NO : 31. Dans un exemple, la séquence 10 SEQ ID NO : 32. Dans un exemple, la séquence SEQ ID NO : 33. Dans un exemple, la séquence SEQ ID NO : 34.
15 Dans un exemple, la séquence SEQ ID NO : 35. Dans un exemple, la séquence Dans un onzième aspect : Le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où le ligand comprend un site de liaison d'anticorps qui lie une PCSK9 humaine comprenant une séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des 25 SEQ ID NO : 4 à 27 et éventuellement a été ou est déterminé comme étant capable une telle liaison. Dans un exemple, le procédé comprend (avant l'administration du ligand) l'étape de détermination que le ligand est capable de se lier à ladite PCSK9 humaine.
30 Dans un exemple, la liaison est une liaison spécifique. Dans un exemple, le ligand se lie (ou a été déterminé comme se liant) à la PCSK9 avec une affinité (Kd) de 1 mM, 100 nM, 3033703 44 10 nM ou 1 nM ou inférieure. Dans un mode de réalisation, l'affinité n'est pas inférieure à 10, 100 ou 1000 fM. Dans un exemple, la liaison ou l'affinité est déterminée par RPS ou ELISA.
5 Dans un exemple, la maladie ou l'affection est médiée par une PCSK9 humaine comprenant une séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 27. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 23, 26 et 27 ; ou 10 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 14 et 18 à 27 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 14, 18 à 23, 26 et 27. Ce sont des séquences existant à l'état naturel qui ne comprennent pas 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des 15 variants qui sont associés à un LDL-C élevé. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 18, 19 ou 20, qui comprend un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006). Dans un exemple, la séquence d'acides aminés choisie dans 20 le groupe constitué des SEQ ID NO : 10, 11, 12, 26 et 27, qui comprennent 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 10 à 14 et 18 à 27 ; ou 25 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 10 à 14, 18 à 23, 26 et 27. Ce sont des séquences qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 1 à 3 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus.
30 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 4. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 5.
3033703 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 6. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 7.
5 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 8. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 9. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 10 SEQ ID NO : 10. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 11. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 12.
15 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 13. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 14. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 20 SEQ ID NO : 15. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 16. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 17.
25 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 18. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 19. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 30 SEQ ID NO : 20. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 21.
3033703 46 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 22. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 23.
5 Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 24. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 25. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est 10 SEQ ID NO : 26. Dans un exemple, la séquence d'acides aminés est SEQ ID NO : 27. Dans un douzième aspect : le ligand selon l'aspect 11, où le ligand est un anticorps ou un fragment d'anticorps. Par 15 exemple, l'anticorps ou le fragment d'anticorps est un antagoniste de la PCSK9, par exemple, neutralise la PCSK9. Des exemples de tels anticorps sont décrits, par exemple, dans les documents WO 2008/057457, WO 2008/057458, WO 2008/057459, WO 2008/063382, WO 2008/133647, WO 2009/100297, 20 WO 2009/100318, WO 2011/037791, WO 2011/053759, WO 2011/053783, WO 2008/125623, WO 2011/072263, WO 2009/055783, WO 2010/029513, WO 2011/111007, WO 2010/077854. Un exemple spécifique est AMG 145 (Amgen), LY3015014 (Eh i Lilly) ou l'alirocumab, ou un dérivé liant la 25 PCSK9 de celui-ci. De manière avantageuse, le ligand est ou comprend de l'alirocumab. En variante, le ligand est ou comprend de l'évolocumab. Dans un exemple, le ligand est SAR236553/REGN727 (Sanofi Aventis/Regeneron) ou un dérivé liant la PCSK9 de celui-ci.
30 Dans un exemple, le ligand comprend ou est constitué d'un anticorps neutralisant qui se lie à la PCSK9, où l'anticorps se lie à la PCSK9 et réduit la probabilité que la PCSK9 se lie au LDLR.
3033703 47 Le ligand selon l'aspect 11, où le ligand est un antagoniste de la PCSK9, par exemple, neutralise la PCSK9. Dans un exemple d'un aspect quelconque de l'invention, le ligand comprend ou est constitué d'un ligand choisi parmi 5 l'évolocumab, 1D05-IgG2 (Merck & Co.), ALN-PCS02 (Alnylam), RN316 (Pfizer-Rinat), LY3015014 (Eh i Lilly) et l'alirocumab, ou un dérivé liant la PCSK9 de ceux-ci. Dans un exemple, le ligand est SAR236553/REGN727 (Sanofi Aventis/Regeneron) ou un dérivé liant la PCSK9 de celui-ci.
10 Dans un treizième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects 1 à 10, dans lequel (i) le ligand comprend une séquence de nucléotides consécutifs qui s'hybride spécifiquement à une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la 15 séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci, ou qui s'hybride spécifiquement à une séquence antisens ou à un transcrit ARN de ladite séquence, où ladite séquence de nucléotides consécutifs s'hybride à au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui 20 n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 ou s'hybride à une séquence antisens ou à un transcrit ARN de celle-ci, respectivement ; et/ou (ii) le ligand comprend une séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs d'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 25 SEQ ID NO : 29 à 37 ou est une séquence antisens ou une version ARN desdits nucléotides consécutifs, où ladite séquence de nucléotides consécutifs comprend au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28.
30 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 3033703 48 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C 5 élevé. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans 10 le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; 15 ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus.
20 Dans un exemple, SEQ ID NO : 29. Dans un exemple, SEQ ID NO : 30. Dans un exemple, 25 SEQ ID NO : 31. Dans un exemple, SEQ ID NO : 32. Dans un exemple, SEQ ID NO : 33.
30 Dans un exemple, SEQ ID NO : 34. Dans un exemple, SEQ ID NO : 35. la séquence la séquence la séquence la séquence la séquence la séquence la séquence nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique est est est est est est est 3033703 49 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 36. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 37.
5 Dans un mode de réalisation, le ligand comprend au moins 10, 11, 12, 13, 14, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ou 100 nucléotides consécutifs de ladite séquence nucléotidique. Dans un quatorzième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où ladite maladie ou affection est une 10 hyperlipidémie, une hypercholestérolémie (par exemple, une hypercholestérolémie familiale), une crise cardiaque, un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose ou u ne maladie ou une affection cardiovasculaire.
15 Le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où la maladie ou l'affection est une hypercholestérolémie, une hyperlipidémie, une hypercholestérolémie, une dyslipidémie, une maladie hépatique cholestatique, un syndrome néphrotique, une hypothyroïdie, l'obésité, une athérosclérose ou une 20 maladie cardiovasculaire. Dans un exemple, ladite maladie ou affection est une hypercholestérolémie. Le terme "hypercholestérolémie", tel qu'utilisé dans ce document, se rapporte à une affection dans laquelle les taux de cholestérol sont élevés au-dessus d'un 25 taux souhaité. Dans certains modes de réalisation, ceci indique que les taux de cholestérol dans le sérum sont élevés. Dans certains modes de réalisation, le taux souhaité prend en compte divers "facteurs de risque" qui sont connus de l'homme du métier (et sont décrits ou référencés dans le document 30 US20120093818). Le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où l'être humain est identifié comme étant hétérozygote pour une hypercholestérolémie familiale, intolérant aux statines, non 3033703 contrôlé par les statines, ou à risque de développer une hypercholestérolémie, une dyslipidémie, une maladie hépatique cholestatique, un syndrome néphrotique, une hypothyroïdie, l'obésité, une athérosclérose ou une maladie cardio- 5 vasculaire. Dans un quinzième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où ladite maladie ou affection est associée à un LDL-cholestérol élevé. Les taux de cholestérol sont mesurés en milligrammes (mg) 10 de cholestérol par décilitre (dl) de sang aux Etats-Unis et dans certains autres pays. Le Canada et la plupart des pays européens mesurent le cholestérol en millimoles (mmol) par litre (1) de sang. Ci-dessous se trouvent, des plages idéales et des plages élevées en règle générale.
15 Cholestérol total (Etats-Unis et certains autres pays) Inférieur à 200 mg/dl 200 à 239 mg/dl 240 mg/dl et supérieur Cholestérol total* (Canada et la plupart des pays européens) Inférieur à 5,2 mmo1/1 5,6 à 6,2 mmo1/1 Supérieur à 6,2 mmo1/1 Idéal Limite supérieure Elevé LDL-cholestérol LDL-cholestérol* (Etats-Unis et certains autres pays) (Canada et la plupart des pays européens) 100 à 129 mg/dl 2,6 à 3,3 mmo1/1 Idéal 130 à 159 mg/dl 3,4 à 4,1 mmo1/1 Limite supérieure 160 à 189 mg/dl 4,1 à 4,9 mmo1/1 Elevé 190 mg/dl et supérieur Supérieur à 4,9 mmo1/1 Très élevé *Les directives canadiennes et européennes diffèrent légèrement des directives américaines. Ces conversions sont basées sur les directives américaines.
3033703 51 Par conséquent, un LDL-cholestérol élevé est de 160 mg/dl ou supérieur (4,1 mmo1/1 ou supérieur). Dans un seizième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où le ligand inhibe la liaison de la 5 PCSK9 humaine au récepteur des LDL humaines et éventuellement a été ou est déterminé comme étant capable d'une telle inhibition. Dans un exemple, le procédé comprend (avant l'administration du ligand) la détermination que le ligand est 10 capable d'une telle inhibition. La détermination de l'inhibition est, par exemple, l'inhibition dans un échantillon de sang ou de sérum, à t.a., à pH 7, à 37 degrés centigrades et/ou dans les conditions physiologiques d'un corps humain.
15 Dans un dix-septième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où l'être humain est résistant ou substantiellement résistant à un traitement par des statines (par exemple, l'avorstatine et/ou la fluvastatine) de ladite maladie ou affection.
20 Dans un dix-huitième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où le ligand est destiné au traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une condition médiée par la PCSK9 chez un être humain (i) dont le génome comprend SEQ ID NO : 29 et où l'être 25 humain est d'ascendance ASW, YRI, GBR, TSI, CLM, LWK, MXL, JPT, PUR, IBS, FIN ou CEU ; ou (ii) dont le génome comprend SEQ ID NO : 30 et où l'être humain est d'ascendance ASW, YRI, GBR, TSI, CLM, CHB, LWK, CHS, JPT, PUR, FIN ou CEU ; ou 30 (iii) dont le génome comprend SEQ ID NO : 32 et où l'être humain est d'ascendance ASW, GBR, TSI, CLM, JPT, PUR, IBS, FIN ou CEU ; ou 3033703 52 (iv) dont le génome comprend SEQ ID NO : 33 et où l'être humain est d'ascendance LWK, ASW, YRI ou CLM ; ou (v) dont le génome comprend SEQ ID NO : 34 et où l'être humain est d'ascendance LWK, ASW ou YRI ; ou 5 (vi) dont le génome comprend SEQ ID NO : 35 et où l'être humain est d'ascendance PUR, TSI, FIN ou CEU ; ou (vii) dont le génome comprend SEQ ID NO : 36 et où l'être humain est d'ascendance LWK, ASW ou YRI ; ou (viii) dont le génome comprend SEQ ID NO : 37 et où 10 l'être humain est d'ascendance CHS, ASW, JPT, PUR ou CHB. Dans un dix-neuvième aspect : le ligand de l'un quelconque des aspects précédents, où le ligand est destiné au traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain 15 (i) qui exprime la forme f de la PCSK9 et où l'être humain est d'ascendance ASW, YRI, GBR, TSI, CLM, LWK, MXL, JPT, PUR, IBS, FIN ou CEU ; ou (ii) qui exprime la forme c de la PCSK9 et où l'être humain est d'ascendance ASW, YRI, GBR, TSI, CLM, CHB, LWK, 20 CHS, JPT, PUR, FIN ou CEU ; ou (iii) qui exprime la forme p de la PCSK9 et où l'être humain est d'ascendance ASW, GBR, TSI, CLM, JPT, PUR, IBS, FIN ou CEU ; ou (iv) qui exprime la forme m de la PCSK9 et où l'être 25 humain est d'ascendance LWK, ASW, YRI ou CLM ; ou (v) qui exprime la forme e de la PCSK9 et où l'être humain est d'ascendance LWK, ASW ou YRI ; ou (vi) qui exprime la forme h de la PCSK9 et où l'être humain est d'ascendance PUR, TSI, FIN ou CEU ; ou 30 (vii) qui exprime la forme aj de la PCSK9 et où l'être humain est d'ascendance LWK, ASW ou YRI ; ou (viii) qui exprime la forme q de la PCSK9 et où l'être humain est d'ascendance CHS, ASW, JPT, PUR ou CHB.
3033703 53 Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un vingtième aspect : une composition pharmaceutique ou un kit pour le traitement et/ou la prévention d'une 5 affection ou d'une maladie médiée par la PCSK9 (par exemple, telle que citée dans l'aspect 14 ou 15), la composition ou le kit comprenant un ligand de l'un quelconque des aspects précédents et éventuellement une statine (par exemple, la cérivastatine, l'atorvastatine, la simvastatine, la 10 pitavastatine, la rosuvastatine, la fluvastatine, la lovastatine ou la pravastatine) ; et éventuellement en combinaison avec une étiquette ou des instructions pour une utilisation pour le traitement et/ou la prévention de ladite maladie ou affection chez un être humain (par exemple, 15 couvrant le traitement d'un être humain tel que cité dans l'aspect 18 ou 19) ; éventuellement où l'étiquette ou les instructions comprennent un numéro d'autorisation de commercialisation (par exemple, un numéro d'autorisation de la FDA ou de l'EMA) ; éventuellement où l'étiquette ou les 20 instructions comprennent des directions pour administrer l'alirocumab ou l'évolocumab au dit être humain ; éventuellement où le kit comprend un dispositif IV ou d'injection qui comprend le ligand (et, par exemple, également une statine).
25 Dans un vingt et unième aspect : un procédé de production d'un site de liaison d'anticorps anti-PCSK9 humaine, le procédé comprenant l'obtention d'une pluralité de sites de liaison d'anticorps anti-PCSK9, le criblage des sites de liaison d'anticorps pour la liaison à une PCSK9 humaine 30 choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou à un domaine catalytique ou C-terminal ou un peptide de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3033703 54 3 et l'isolement d'un site de liaison d'anticorps qui se lie dans l'étape de criblage, et éventuellement la production d'un fragment ou d'un dérivé liant la PCSK9 de forme f, c, r, p, m, e, h, aj ou q de l'anticorps isolé.
5 Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un exemple selon cet aspect et l'aspect suivant, la pluralité de sites de liaison comprend ou est constituée d'une pluralité d'anticorps à 4 chaînes ou de fragments de ceux-ci, 10 par exemple, des fragments dAb, Fab ou scFv. Les procédés appropriés de production de pluralités de sites de liaison pour le criblage comprennent la présentation par des phages (production d'une banque de présentation par des phages de sites de liaison d'anticorps), la présentation par des 15 ribosomes (production d'une banque de présentation par des ribosomes de sites de liaison d'anticorps), la présentation par des levures (production d'une banque de présentation par des levures de sites de liaison d'anticorps), ou l'immunisation d'un vertébré non humain (par exemple, un 20 rongeur, par exemple, une souris ou un rat, par exemple, une VelocimouseTM, KymouseTM, XenomouseTM, Aliva MouseTM, HuMab MouseTM, OmnimouseTM, OmniratTM ou MeMo MouseTM) avec un épitope de la PCSK9 et l'isolement d'un répertoire de cellules productrices d'anticorps (par exemple, un répertoire de 25 lymphocytes B, de cellules plasmatiques ou de plasmablastes) et/ou un répertoire d'anticorps isolés. Dans un exemple, le procédé comprend la sélection d'un ou de plusieurs sites de liaison d'anticorps qui se lient chacun spécifiquement à un épitope de la PCSK9 humaine comprenant une 30 variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3. Par exemple, le ligand se lie spécifiquement à un épitope comprenant un acide aminé qui est un variant comparativement à 3033703 l'acide aminé correspondant de la PCSK9 codée par SEQ ID NO : 1, 2 ou 3. Dans un exemple, le ligand se lie spécifiquement à un épitope comprenant deux de ces acides aminés variants ou plus. Dans un exemple, liaison spécifique 5 signifie une liaison avec une affinité (Kd) de 1 mM, 100 nM, 10 nM ou 1 nM ou inférieure, par exemple, telle que déterminée par RPS. Le terme "épitope" est une région d'un antigène qui est liée par un anticorps. Les épitopes peuvent être définis comme 10 structuraux ou fonctionnels. Les épitopes fonctionnels sont généralement un sous-ensemble des épitopes structuraux et ils comportent ces résidus qui contribuent directement à l'affinité de l'interaction. Les épitopes peuvent être également conformationnels, c'est-à-dire, composés d'acides 15 aminés non linéaires. Dans certains modes de réalisation, les épitopes peuvent comprendre des déterminants qui sont des groupements chimiquement actifs à la surface de molécules comme des acides aminés, des chaînes latérales de sucre, des groupes phosphoryle, ou des groupes sulfonyle, et, dans 20 certains modes de réalisation, ils peuvent présenter des caractéristiques structurales tridimensionnelles spécifiques, et/ou des caractéristiques de charge spécifiques. Dans un vingt-deuxième aspect : un procédé de production d'un anticorps anti-PCSK9 humaine, le procédé comprenant 25 l'immunisation d'un vertébré non humain (par exemple, une souris ou un rat) avec une PCSK9 humaine comprenant une séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des séquences d'acides aminés des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou d'un domaine catalytique ou C-terminal ou d'un peptide 30 de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3 et l'isolement d'un anticorps qui lie une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et 3033703 56 q ou d'un domaine catalytique ou C-terminal ou d'un peptide de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3, et éventuellement la production d'un fragment ou d'un dérivé 5 liant la PCSK9 de forme f, c, r, p, m, e, h, aj ou q de l'anticorps isolé. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un vingt-troisième aspect : le procédé selon 10 l'aspect 21 ou 22, comprenant l'étape d'obtention d'un acide nucléique codant pour l'anticorps, le fragment, le dérivé ou le site de liaison et éventuellement l'insertion de l'acide nucléique dans un vecteur d'expression. Par exemple, le procédé comprend l'isolement d'une 15 cellule (par exemple, un lymphocyte B, un plasmablaste, une cellule plasmatique ou une cellule mémoire) comprenant l'acide nucléique, où la cellule est obtenue à partir d'un vertébré non humain qui a été immunisé avec l'épitope de la PCSK9. Dans un vingt-quatrième aspect : un kit pour le 20 génotypage de la PCSK9 d'un être humain, où le kit comprend un acide nucléique (i) comprenant une séquence de 10 ou plus (par exemple, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100 ou plus) nucléotides consécutifs qui s'hybride spécifiquement à une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 25 SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins à la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci, ou s'hybride spécifiquement à une séquence antisens ou à un transcrit ARN de ladite séquence, où ladite séquence de nucléotides consécutifs s'hybride à au moins un nucléotide 30 présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 ou s'hybride à une séquence antisens ou à un transcrit ARN de celle-ci ; et/ou (ii) comprenant une séquence d'au moins 10 ou plus (par exemple, 10, 15, 20, 30, 3033703 57 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100 ou plus) nucléotides d'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou comprenant une séquence antisens ou une version ARN desdits nucléotides consécutifs, où ladite 5 séquence de nucléotides consécutifs comprend au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou 10 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces 15 groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34, qui code pour 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006).
20 Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans 25 le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui 30 satisfont aux critères présentés ci-dessus. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 29.
3033703 58 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 30. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 31.
5 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 32. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 33 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est 10 SEQ ID NO : 34. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 35. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 36.
15 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 37. Dans un vingt-cinquième aspect : un kit pour le génotypage ou le phénotypage de la PCSK9 d'un être humain, où le kit comprend un ligand selon l'un quelconque des aspects 1 20 à 19 ou un anticorps, un fragment ou un dérivé produit par le procédé selon l'un quelconque des aspects 21 à 23. Dans un vingt-sixième aspect : utilisation d'un ligand anti-PCSK9 qui lie une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q dans la 25 fabrication d'un médicament destiné au traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain dont le génome comprend une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37, éventuellement pour le traitement et/ou 30 la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain tel que cité dans l'aspect 18 ou 19. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes.
3033703 59 Dans un vingt-septième aspect : utilisation d'un ligand anti-PCSK9 qui lie une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q dans la fabrication d'un médicament destiné au ciblage de ladite PCSK9 5 chez un être humain pour traiter et/ou prévenir une maladie ou une affection médiée par la PCSK9, éventuellement pour le ciblage de la PCSK9 chez un être humain tel que cité dans l'aspect 18 ou 19. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures.
10 Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 15 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé.
20 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 25 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 30 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. 3033703 séquence séquence séquence séquence séquence séquence séquence séquence séquence nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique Dans un exemple, la SEQ ID NO : 29. Dans un exemple, la SEQ ID NO : 30.
5 Dans un exemple, la SEQ ID NO : 31. Dans un exemple, la SEQ ID NO : 32. Dans un exemple, la 10 SEQ ID NO : 33. Dans un exemple, la SEQ ID NO : 34. Dans un exemple, la SEQ ID NO : 35.
15 Dans un exemple, la SEQ ID NO : 36. Dans un exemple, la est est est est est est est est est SEQ ID NO : 37. Le ligand peut être tout ligand anti-PCSK9 décrit dans ce 20 document. Dans un vingt-huitième aspect : l'utilisation selon l'aspect 26 ou 27, où le ligand, l'être humain, la maladie ou l'affection est selon l'un quelconque des aspects 1 à 19. Dans un vingt-neuvième aspect : un procédé de ciblage 25 d'une PCSK9 pour le traitement et/ou la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain, le procédé comprenant l'administration d'un ligand anti-PCSK9 à un être humain comprenant une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 30 SEQ ID NO : 29 à 37, grâce à quoi la PCSK9 codée par ladite séquence nucléotidique est ciblée. Le ligand peut être tout ligand anti-PCSK9 décrit dans ce document.
3033703 61 Dans un trentième aspect : le procédé selon l'aspect 29, où le procédé comprend le ciblage d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q avec ledit ligand pour traiter et/ou prévenir ladite maladie 5 ou affection chez ledit être humain. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un trente et unième aspect : un procédé de traitement et/ou de prévention d'une maladie ou d'une 10 affection médiée par la PCSK9 chez un être humain, le procédé comprenant le ciblage d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q par l'administration à l'être humain d'un ligand qui lie ladite PCSK9, traitant et/ou prévenant de cette manière ladite 15 maladie ou affection chez l'être humain. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Le ligand peut être tout ligand anti-PCSK9 décrit dans ce document.
20 Dans un trente-deuxième aspect : le procédé selon l'aspect 31, où le génome de l'être humain comprend une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37. Dans un exemple, la séquence nucléotidique est choisie 25 dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 35 et 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32 et 34 à 37 ; ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) existant à l'état naturel qui ne codent pas pour 30 46L et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. Ces groupes comprennent des variants qui sont associés à un LDL-C élevé.
3033703 62 Dans un exemple, la séquence nucléotidique est SEQ ID NO : 34, qui code pour un 425S, qui est associé à un LDL-C élevé (Pisciotta et al., 2006). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans 5 le groupe constitué des SEQ ID NO : 31 et 37, qui codent pour 670G qui est un marqueur de la gravité d'une athérosclérose coronarienne (Chen et al., 2005). Dans un exemple, la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35, 36 et 37 ; 10 ou choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 31, 32, 34, 35 et 37. Ce sont des séquences d'allèles (haplotype) qui comportent une combinaison existant à l'état naturel de différences à partir de SEQ ID NO : 28 (forme a) et qui satisfont aux critères présentés ci-dessus. séquence séquence séquence séquence séquence séquence séquence séquence séquence nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique nucléotidique la la la la la la la la la est est est est est est est est est 15 Dans un exemple, SEQ ID NO : 29. Dans un exemple, SEQ ID NO : 30. Dans un exemple, 20 SEQ ID NO : 31. Dans un exemple, SEQ ID NO : 32. Dans un exemple, SEQ ID NO : 33.
25 Dans un exemple, SEQ ID NO : 34. Dans un exemple, SEQ ID NO : 35. Dans un exemple, 30 SEQ ID NO : 36. Dans un exemple, SEQ ID NO : 37.
3033703 63 Dans un trente-troisième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 29 à 32, où l'être humain a été ou est génotypé comme étant positif pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la 5 séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci. Dans un trente-quatrième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 29 à 33, où l'être humain a été ou est phénotypé comme étant positif pour une PCSK9 humaine choisie 10 dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et g. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un trente-cinquième aspect : le procédé selon l'un 15 quelconque des aspects 29 à 34, où le procédé comprend le génotypage de l'être humain comme étant positif pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci.
20 Dans un trente-sixième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 29 à 35, où le procédé comprend le phénotypage de l'être humain comme étant positif pour une séquence de la PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q.
25 Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un trente-septième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 29 à 36, où l'être humain a été ou est génotypé comme étant hétérozygote pour une séquence 30 nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci ; éventuellement où l'être humain a été ou est génotypé comme comprenant la 3033703 64 séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 28 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celle-ci et une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine 5 catalytique ou C-terminal de celles-ci. Dans un trente-huitième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 29 à 37, où le génome de l'être humain a été ou est génotypé comme étant homozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 10 SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci. Dans un trente-neuvième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 29 à 38, où le procédé comprend le génotypage de l'être humain pour une séquence nucléotidique 15 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci avant l'administration du ligand à l'être humain, où le ligand est déterminé comme étant capable de se lier à une PCSK9 codée par ladite séquence choisie.
20 Dans un quarantième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 29 à 39, où le ligand, l'être humain, la maladie ou l'affection est selon l'un quelconque des aspects 1 à 19. Dans un quarante et unième aspect : un procédé selon l'un 25 quelconque des aspects 29 à 40 pour le traitement et/ou la prévention d'une affection ou d'une maladie telle que citée dans l'aspect 14 ou 15, le procédé comprenant l'administration dudit ligand et d'une statine (par exemple, la cérivastatine, l'atorvastatine, la simvastatine, la pitavastatine, la 30 rosuvastatine, la fluvastatine, la lovastatine ou la pravastatine) à l'être humain.
3033703 Dans un quarante-deuxième aspect : le procédé selon l'aspect 41, où le ligand et la statine sont administrés séparément. Dans un quarante-troisième aspect : le procédé selon 5 l'aspect 41, où le ligand et la statine sont administrés simultanément. Dans un quarante-quatrième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 29 à 43, où le ligand est administré par injection sous-cutanée.
10 Dans un quarante-cinquième aspect : un procédé de génotypage de la PCSK9 d'un échantillon d'acide nucléique d'un être humain, le procédé comprenant l'identification dans l'échantillon de la présence d'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la 15 séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci. Dans un quarante-sixième aspect : un procédé de typage de la PCSK9 d'un échantillon de protéines d'un être humain, le procédé comprenant l'identification dans l'échantillon de la 20 présence d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, a] et q. Dans un exemple, lesdites formes sont les formes matures. Dans un exemple, lesdites formes sont les pro-formes. Dans un exemple, le procédé comprend l'obtention d'un 25 échantillon de protéine PCSK9 à partir de l'être humain et ensuite la réalisation de l'étape d'identification. Dans un quarante-septième aspect : le procédé selon l'aspect 45 ou 46, comprenant l'obtention d'un échantillon de sérum, de sang, de selles, de cheveux, de tissu, de cellules, 30 d'urine ou de salive à partir d'un être humain, grâce à quoi l'échantillon d'acide nucléique ou de protéine est obtenu et utilisé dans l'étape d'identification de ladite séquence.
3033703 66 Dans un quarante-huitième aspect : le procédé selon l'un quelconque des aspects 45 à 47, comprenant l'utilisation d'un ligand selon l'un quelconque des aspects 1 à 19 pour réaliser ladite étape d'identification.
5 Dans un quarante-neuvième aspect : un procédé de traitement et/ou de prévention chez un patient humain d'une maladie ou d'une affection cardiovasculaire, ou d'une maladie ou d'une affection qui est associée à un LDL-cholestérol élevé (par exemple, une hypercholestérolémie), où le patient reçoit 10 ou a reçu auparavant un traitement par des statines pour ladite maladie ou affection, le procédé comprenant le typage du patient en utilisant un procédé selon l'un quelconque des aspects 45 à 48 et l'administration d'un ligand selon l'un des aspects 1 à 19, grâce à quoi l'être humain est traité ou 15 ladite maladie ou affection est prévenue ; éventuellement la réduction ou l'arrêt également du traitement par une statine. Dans un exemple, ladite réduction ou ledit arrêt comprend la réduction de la dose et/ou de la fréquence d'administration des doses de la statine.
20 Dans un cinquantième aspect : un kit diagnostique, thérapeutique ou prophylactique comprenant un ligand qui est capable de se lier ou a été ou est déterminé comme étant capable de se lier à une séquence d'acides aminés choisie parmi SEQ ID NO : 4 à 27 et des instructions pour la 25 réalisation du procédé selon l'un quelconque des aspects 46 à 49 et/ou une étiquette ou des instructions indiquant ou couvrant l'administration du ligand à un être humain tel que défini dans l'un quelconque des aspects 1 à 19. Dans un cinquante et unième aspect : un kit diagnostique, 30 thérapeutique ou prophylactique comprenant une sonde d'acide nucléique comprenant une séquence nucléotidique qui s'hybride spécifiquement à une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou à une séquence 3033703 67 antisens ou à un transcrit ARN de celle-ci et des instructions pour la réalisation du procédé selon l'aspect 45, 47 ou 48. Dans des modes de réalisation de l'un quelconque des aspects décrits dans ce document, éventuellement, la PCSK9 est 5 une PCSK9 humaine, par exemple, une PCSK9 mature, clivée, autocatalysée ou active. Dans un exemple, la maladie est une maladie cardiovasculaire telle qu'une hyperlipidémie. Dans des exemples de la présente invention, le ligand se lie spécifiquement à la PCSK9 humaine, par exemple, à un ou 10 plusieurs des variants rares de la PCSK9 décrits dans ce document (par exemple, une, deux, trois, plus ou la totalité des formes matures f, c, r, p, m, e, h, aj et q) et éventuellement également la forme a et/ou a'. Par exemple, le ligand se lie spécifiquement à la forme mature f et/ou c ainsi 15 qu'à la forme a. La détermination d'une telle liaison peut être réalisée par un test de liaison d'anticorps quelconque tel que connu dans l'art, par exemple, par résonance des plasmons de surface. La liaison à chacune de ces formes se déroule, par 20 exemple, respectivement avec un Kd d'au moins 1 mM, 100 nM, 1 nM, 100 pM, 10 pM ou 1 pM. Dans un exemple, le ligand lie la forme a et une PCSK9 choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q, où la liaison du ligand à ladite forme choisie se 25 déroule avec un Kd (déterminé par RPS) qui est au moins de 60, 70, 80, 90 ou 95 % du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes.
30 Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme f, où la liaison du ligand à la forme f se déroule avec un Kd (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de 3033703 68 réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes. Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme c, où la liaison du ligand à la forme c se déroule avec un Kd 5 (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes. Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme r, 10 où la liaison du ligand à la forme r se déroule avec un Kd (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes.
15 Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme p, où la liaison du ligand à la forme p se déroule avec un Kd (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un 20 mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes. Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme m, où la liaison du ligand à la forme m se déroule avec un Kd (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de 25 réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes. Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme e, où la liaison du ligand à la forme e se déroule avec un Kd (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % 30 du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes.
3033703 69 Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme h, où la liaison du ligand à la forme h se déroule avec un Kd (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de 5 réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes. Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme aj, où la liaison du ligand à la forme aj se déroule avec un Kd (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % 10 du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes. Dans un exemple, le ligand lie la forme a et la forme q, où la liaison du ligand à la forme q se déroule avec un Kd 15 (déterminé par RPS) qui est d'au moins 60, 70, 80, 90 ou 95 % du Kd pour la liaison à la forme a. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des formes matures. Dans un mode de réalisation, les deux formes sont des pro-formes. Dans des exemples de la présente invention, le ligand 20 neutralise la PCSK9 humaine, par exemple, un ou plusieurs des variants rares de la PCSK9 décrits dans ce document (par exemple, une, deux, trois, plus ou la totalité des formes matures f, c, r, p, m, e, h, aj et q) et éventuellement aussi la forme a et/ou a'. Par exemple, le ligand neutralise la 25 forme mature f et/ou c ainsi que la forme a. La détermination de la neutralisation peut être réalisée, par exemple, par un procédé de test de neutralisation quelconque décrit dans le document US20120093818A1 (Amgen, Inc) ou US20110065902A1 (Regeneron Pharmaceuticals, Inc). Les ligands de l'invention 30 qui lient ou ciblent la PCSK9 sont utiles, par exemple, pour des applications thérapeutiques et prophylactiques décrites dans les documents US20120093818A1 et US20110065902A1.
3033703 Dans les modes de réalisation où le ligand est utilisé pour des applications thérapeutiques, une protéine liant un antigène peut inhiber, interférer avec ou moduler une ou plusieurs activités biologiques d'une PCSK9 (par exemple, un 5 ou plusieurs des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi la forme a et/ou a'). Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à la PCSK9 humaine (par exemple, un ou plusieurs des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi la forme a 10 et/ou a') et/ou inhibe substantiellement la liaison de la PCSK9 humaine (par exemple, lesdits un ou plusieurs des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi la forme a et/ou a') au LDLR d'au moins 20 %, par exemple, 20 % à 40 %, 40 à 60 %, 60 à 80 %, 80 à 85 %, ou plus 15 (par exemple, en mesurant la liaison dans un test de liaison compétitive in vitro). Dans un exemple, le ligand est un anticorps. Dans un mode de réalisation, le ligand a un Kd inférieur (liaison de manière plus serrée) à 10%7, 10%8, 10%9, 10-10, 10-11, 20 10-12, 10%13 M pour la liaison à un, deux ou plus des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi à la forme a et/ou a'. Dans un exemple, le Kd est déterminé en utilisant la RPS. Dans un mode de réalisation, le ligand a une CI50 pour le 25 blocage de la liaison du LDLR à un ou plusieurs des variants rares de la PCSK9 décrits dans ce document (et éventuellement aussi à la forme a et/ou a') inférieure à 1 microM, 1000 nM à 100 nM, 100 nM à 10 nM, 10 nM à 1 nM, 1000 pM à 500 pM, 500 pM à 200 pM, inférieure à 200 pM, 200 pM à 150 pM, 200 pM à 30 100 pM, 100 pM à 10 pM, 10 pM à 1 pM. Dans un mode de réalisation, le ligand a une CI50 pour le blocage de la liaison du LDLR à la forme a et/ou a' de la PCSK9 qui n'est pas supérieure à 1000, 100, 90, 80, 70, 60, 3033703 71 50, 40, 30, 20 ou 10 fois supérieure (c'est-à-dire, plus inhibiteur) à la CI50 pour le blocage de la liaison du LDLR à un ou plusieurs des variants rares de la PCSK9 décrits dans ce document (par exemple, une ou plusieurs protéines PCSK9 5 comprenant une séquence choisie parmi les SEQ ID NO : 4 à 27). En outre ou en variante, par exemple, le ligand a une CI50 pour le blocage de la liaison du LDLR à (i) la forme a et/ou a' inférieure à 1 microM, 1000 nM à 100 nM, 100 nM à 10 nM, 10 nM à 1 nM, 1000 pM à 500 pM, 500 pM à 200 pM, inférieure à 10 200 pM, 200 pM à 150 pM, 200 pM à 100 pM, 100 pM à 10 pM, 10 pM à 1 pM, par exemple, dans la plage de 1 mM à 1 pM (par exemple, 1 mM à 100 pM ; 10 nM à 100 pM ; 1 nM à 10 pM ; ou 100 pM à 1 pM) et (ii) une ou plusieurs protéines PCSK9 comprenant une séquence choisie parmi les SEQ ID NO : 4 à 27 15 inférieure à 1 microM, 1000 nM à 100 nM, 100 nM à 10 nM, 10 nM à 1 nM, 1000 pM à 500 pM, 500 pM à 200 pM, inférieure à 200 pM, 200 pM à 150 pM, 200 pM à 100 pM, 100 pM à 10 pM, 10 pM à 1 pM, par exemple, dans la plage de 1 mM à 1 pM (par exemple, 1 mM à 100 pM ; 10 nM à 100 pM ; 1 nM à 10 pM ; ou 20 100 pM à 1 pM) Dans un mode de réalisation, le ligand se lie à la forme a et/ou a' de la PCSK9 avec une affinité de liaison (Kd) qui est supérieure jusqu'à 10 %, supérieure jusqu'à 20 %, supérieure jusqu'à 40 %, supérieure jusqu'à 50 %, supérieure 25 jusqu'à 55 %, supérieure jusqu'à 60 %, supérieure jusqu'à 65 %, supérieure jusqu'à 70 %, supérieure jusqu'à 75 %, supérieure jusqu'à 80 %, supérieure jusqu'à 85 %, supérieure jusqu'à 90 %, supérieure jusqu'à 95 % ou supérieure jusqu'à 100 % (c'est-à-dire, le double) par rapport à une liaison à 30 une PCSK9 comprenant une séquence choisie parmi les SEQ ID NO : 4 à 27. De telles mesures de liaison peuvent être réalisées en utilisant divers tests de liaison connus dans l'art, par exemple, en utilisant la résonance des plasmons de 3033703 72 surface (RPS), comme par BiacoreTM ou en utilisant le ProteOn XPR36TM (Bio-RadED), ou en utilisant le KinExAED (Sapidyne Instruments, Inc). Dans un mode de réalisation, la résonance des plasmons de 5 surface (RPS) est réalisée à 25 °C. Dans un autre mode de réalisation, la RPS est réalisée à 37 °C. Dans un mode de réalisation, la RPS est réalisée à pH physiologique, comme environ pH 7 ou à pH 7,6 (par exemple, en utilisant de la solution saline tamponnée par du Hepes à 10 pH 7,6 (également nommée HBS-EP)). Dans un mode de réalisation, la RPS est réalisée à une concentration de sel physiologique, par exemple, 150 mM de NaCl. Dans un mode de réalisation, la RPS est réalisée à une 15 concentration de détergent qui n'est pas supérieure à 0,05 % en volume, par exemple, en présence de P20 (polysorbate 20 ; par exemple, Tween-20Tm) à 0,05 % et d'EDTA à 3 mM. Dans un exemple, la RPS est réalisée à 25 °C ou 37 °C dans un tampon à pH 7,6, 150 mM de NaCl, 0,05 % de détergent 20 (par exemple, P20) et 3 mM d'EDTA. Le tampon peut contenir 10 mM de Hepes. Dans un exemple, la RPS est réalisée à 25 °C ou 37 °C dans du HBS-EP. Le HBS-EP est disponible chez Teknova Inc (Californie ; numéro de catalogue H8022). Dans un exemple, l'affinité du ligand qui est un 25 anticorps est déterminée en utilisant la RPS en 1. Couplant une IgG anti-souris (ou un autre vertébré pertinent) (par exemple, Biacore BR-1008-38) à une puce de biocapteur (par exemple, une puce GLM) comme par couplage d'amine primaire ; 30 2. Exposant l'IgG anti-souris (un anticorps de vertébré) à un anticorps IgG du test pour capturer l'anticorps du test sur la puce ; 3033703 73 3. Passant l'antigène du test sur la surface de capture de la puce à 1024 nM, 256 nM, 64 nM, 16 nM, 4 nM avec 0 nM (c'est-à-dire, le tampon seul) ; et 4. Déterminant l'affinité de liaison de l'anticorps du 5 test à l'antigène du test en utilisant la résonance des plasmons de surface, par exemple, dans des conditions de RPS discutées ci-dessus (par exemple, à 25 °C dans du tampon physiologique). La RPS peut être réalisée en utilisant tout appareil classique de RPS, comme par BiacoreTM ou en utilisant 10 le ProteOn XPR36TM (Bio-RadED). La régénération de la surface de capture peut être réalisée avec 10 mM de glycine à pH 1,7. Ceci élimine l'anticorps capturé et permet d'utiliser la surface pour une autre interaction. Les données de liaison peuvent être 15 ajustées à un modèle intrinsèque 1/1 en utilisant des techniques classiques, par exemple, en utilisant un modèle intrinsèque au logiciel d'analyse du ProteOn XPR36TM. Dans un mode de réalisation, le dosage de l'analyse d'un ligand de l'invention est réalisé à ou pratiquement à pH 7 20 (par exemple, pour des tests et des dosages in vitro) et à ou pratiquement à t.a. Un exemple d'un domaine constant de chaîne lourde d'IgG2 d'un anticorps anti-PCSK9 de la présente invention a la séquence d'acides aminés telle que représentée par 25 SEQ ID NO : 154, figure 3KK du document US20120093818A1,. Un exemple d'un domaine constant de chaîne lourde d'IgG4 d'un anticorps anti-PCSK9 de la présente invention a la séquence d'acides aminés telle que représentée par SEQ ID NO : 155, figure 3KK du document US20120093818A1.
30 Un exemple d'un domaine constant de chaîne légère kappa d'un anticorps anti-PCSK9 a la séquence d'acides aminés telle que représentée par SEQ ID NO : 157, figure 3KK du document US20120093818A1.
3033703 74 Un exemple d'un domaine constant de chaîne légère lambda d'un anticorps anti-PCSK9 a la séquence d'acides aminés telle que représentée par SEQ ID NO : 156, figure 3KK du document US20120093818A1.
5 Dans des exemples de la présente invention, le ligand lie la PCSK9 mature, par exemple, une forme mature d'un ou de plusieurs des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi la forme a et/ou a'. Dans des exemples de la présente invention, le ligand lie 10 le domaine catalytique de la PCSK9, par exemple, d'une forme mature d'un ou de plusieurs des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi de la forme a et/ou a'. Dans des exemples de la présente invention, le ligand lie le prodomaine de PCSK9, par exemple, d'une forme mature d'un 15 ou de plusieurs des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi de la forme a et/ou a'. Dans certains modes de réalisation, le ligand se lie au domaine V de la PCSK9, par exemple, d'une forme mature d'un ou de plusieurs des variants rares décrits dans ce document et 20 éventuellement aussi de la forme a et/ou a'. Dans certains modes de réalisation, le ligand se lie au domaine V de la PCSK9 (par exemple, d'une forme mature d'un ou de plusieurs des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi de la forme a et/ou a') et prévient (or réduit, par 25 exemple, d'au moins 10 %) la liaison de la PCSK9 au LDLR. Dans certains modes de réalisation, le ligand se lie au domaine V de la PCSK9 (par exemple, d'une forme mature d'un ou de plusieurs des variants rares décrits dans ce document et éventuellement aussi de la forme a et/ou a'), et alors qu'il 30 ne prévient pas (ni ne réduit) la liaison de la PCSK9 au LDLR, le ligand prévient ou réduit (par exemple, d'au moins 10 %) les activités indésirables médiées par l'intermédiaire de la PCSK9 sur le LDLR.
3033703 Dans des exemples de la présente invention, le ligand est ou comprend un anticorps totalement humain. Dans un exemple, le ligand comprend des régions variables humaines ou des régions variables humanisées.
5 Dans un exemple, le ligand de l'invention se lie spécifiquement à un épitope d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Par exemple, l'acide aminé est choisi 10 dans le groupe constitué de 46L, 53V, 425S, 4431, 474V, 619P et 670G (numérotation telle qu'utilisée dans SEQ ID NO : 1). Par exemple, l'acide aminé est choisi dans le groupe constitué de 425S, 4431, 474V, 619P et 670G (numérotation telle qu'utilisée dans SEQ ID NO : 1). Par exemple, l'acide aminé 15 est choisi dans le groupe constitué de 425S et 4431 (numérotation telle qu'utilisée dans SEQ ID NO : 1). Par exemple, l'acide aminé est choisi dans le groupe constitué de 474V, 619P et 670G (numérotation telle qu'utilisée dans SEQ ID NO : 1). Dans un exemple, la forme de la PCSK9 est la 20 forme mature. Dans un exemple, la forme de la PCSK9 est la pro-forme. Dans un exemple, le ligand se lie spécifiquement aussi à la forme a et/ou a'. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme f, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas 25 trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme c, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme r, où 30 l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme p, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas 3033703 76 trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme m, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand 5 se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme e, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme h, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas 10 trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme aj, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement à un épitope de la PCSK9 de forme q, où 15 l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au pro-domaine d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q.
20 Dans un exemple, le ligand se lie spécifiquement aussi au pro-domaine de la forme a et/ou a'. Dans un mode de réalisation, le ligand forme f, n'est pas 25 le ligand forme c, n'est pas le ligand forme r, 30 n'est pas le ligand forme p, n'est pas se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, 3033703 77 le ligand se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de forme m, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de 5 forme e, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de forme h, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, 10 le ligand se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de forme aj, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au pro-domaine de la PCSK9 de forme q, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui 15 n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine catalytique d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q. Dans un exemple, le ligand se lie spécifiquement 20 aussi au domaine catalytique de la forme a et/ou a'. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine catalytique de la PCSK9 de forme f, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie 25 spécifiquement au domaine catalytique de la PCSK9 de forme c, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine catalytique de la PCSK9 de forme r, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui 30 n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine catalytique de la PCSK9 de forme p, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de 3033703 78 réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine catalytique de la PCSK9 de forme m, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement 5 au domaine catalytique de la PCSK9 de forme e, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine catalytique de la PCSK9 de forme h, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas 10 trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine catalytique de la PCSK9 de forme aj, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine catalytique de la 15 PCSK9 de forme q, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, 20 h, aj et q. Dans un exemple, le ligand se lie spécifiquement aussi au domaine C-terminal de la forme a et/ou a'. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de forme f, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la 25 forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de forme c, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de 30 forme r, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de forme p, où l'épitope comprend au moins un acide 3033703 79 aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de forme m, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a.
5 Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de forme e, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de forme h, 10 où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de forme aj, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, 15 le ligand se lie spécifiquement au domaine C-terminal de la PCSK9 de forme q, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat d'une PCSK9 20 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q (voir Cunningham et al., Nat Struct Mol Biol.
2007 May; 14(5): 413-9. Epub 2007 Apr 15, "Structural et biophysical studies of PCSK9 and its mutants linked to familial hypercholesterolemia", incorporé dans ce document 25 dans son intégralité en référence). Dans un exemple, le ligand se lie spécifiquement aussi au sillon de liaison de substrat de la forme a et/ou a'. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de forme f, où l'épitope comprend au moins un acide 30 aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de forme c, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la 3033703 forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de forme r, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, 5 le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de forme p, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de forme m, où 10 l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de forme e, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de 15 réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de forme h, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de 20 forme aj, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a. Dans un mode de réalisation, le ligand se lie spécifiquement au sillon de liaison de substrat de la PCSK9 de forme q, où l'épitope comprend au moins un acide aminé qui n'est pas trouvé dans la forme a.
25 Une référence est faite au document US20120093818A1 (Amgen, Inc. Cette demande de brevet décrit des ligands pertinents pour une utilisation dans la présente invention, ainsi que des exemples et des procédés de production et d'analyse de ligands qui peuvent être utilisés en référence à 30 la présente invention. Dans un exemple, le ligand est ou comprend un anticorps décrit dans le tableau 2 du document US20120093818A1 (Amgen, Inc) ou est un dérivé liant la PCSK9 de celui-ci.
3033703 81 Dans un mode de réalisation, le ligand liant la PCSK9 de l'invention est choisi parmi les protéines liant un antigène décrites dans le document US20120093818A1 (Amgen, Inc), par exemple, dans les paragraphes [0009] à [0014] et [0058] à 5 [0063] du document US20120093818A1 . Dans ce paragraphe, les SEQ ID NO sont celles qui apparaissent dans le document US20120093818A1 (Amgen, Inc). Dans certains aspects, le ligand de l'invention comprend une protéine liant un antigène isolée qui lie la PCSK9 10 comprenant : A) une ou plusieurs régions déterminant la complémentarité de chaîne lourde (CDRH) choisies dans le groupe constitué de : (i) une CDRH1 provenant d'une CDRH1 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 74, 85, 71, 72, 67, 87, 58, 52, 51, 53, 48, 54, 15 55, 56, 49, 57, 50, 91, 64, 62, 89, 65, 79, 80, 76, 77, 78, 83, 69, 81, et 60 ; (ii) une CDRH2 provenant d'une CDRH2 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 74, 85, 71, 72, 67, 87, 58, 52, 51, 53, 48, 54, 55, 56, 49, 57, 50, 91, 64, 62, 89, 65, 79, 80, 76, 77, 78, 20 83, 69, 81, et 60 ; (iii) une CDRH3 provenant d'une CDRH3 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 74, 85, 71, 72, 67, 87, 58, 52, 51, 53, 48, 54, 55, 56, 49, 57, 50, 91, 64, 62, 89, 65, 79, 80, 76, 77, 78, 83, 69, 81, et 60 ; et (iv) une CDRH de (i), (ii), et (iii) 25 qui contient une ou plusieurs substitutions, délétions ou insertions d'acides aminés de pas plus de 4 acides aminés ; B) une ou plusieurs régions déterminant la complémentarité de chaîne légère (CDRL) choisies dans le groupe constitué de : (i) une CDRL1 provenant d'une CDRL1 dans une séquence choisie 30 dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, et 46 ; (ii) une CDRL2 provenant d'une CDRL2 dans une séquence choisie dans le groupe 3033703 82 constitué des SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, et 46 ; (iii) une CDRL3 provenant d'une CDRL3 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des 5 SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, et 46 ; et (iv) une CDRL de (i), (ii) et (iii) qui contient une ou plusieurs substitutions, délétions ou insertions d'acides aminés de pas plus de 4 acides aminés ; ou 10 C) une ou plusieurs CDRH de chaîne lourde de A) et une ou plusieurs CDRL de chaîne légère de B). Dans certains modes de réalisation, la protéine liant un antigène isolée comprend au moins une CDRH de A) et au moins une CDRL de B). Dans certains modes de réalisation, la protéine liant un antigène isolée 15 comprend au moins deux CDRH de A) et au moins deux CDRL de B). Dans certains modes de réalisation, la protéine liant un antigène isolée comprend lesdites CDRH1, CDRH2, CDRH3, CDRL1, CDRL2 et CDRL3. Dans certains modes de réalisation, la CDRH de A) est choisie parmi au moins l'une du groupe constitué de : 20 (i) une séquence d'acides aminés de CDRH1 choisie à partir de la CDRH1 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 67, 79, 89, et 49 ; (ii) une séquence d'acides aminés de CDRH2 choisie à partir de la CDRH2 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 67, 79, 89, 25 et 49 ; (iii) une séquence d'acides aminés de CDRH3 choisie à partir de la CDRH3 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 67, 79, 89, et 49 ; et (iv) une CDRH de (i), (ii) et (iii) qui contient une ou plusieurs substitutions, délétions ou insertions d'acides aminés de pas 30 plus de 2 acides aminés. En outre, la CDRL de B) est choisie à partir d'au moins l'une du groupe constitué de : (i) une séquence d'acides aminés de CDRL1 choisie à partir de la CDRL1 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des 3033703 83 SEQ ID NO : 12, 35, 32, et 23 ; (ii) une séquence d'acides aminés de CDRL2 choisie à partir de la CDRL2 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 12, 35, 32, et 23 ; (iii) une séquence d'acides aminés de CDRL3 choisie à 5 partir de la CDRL3 dans une séquence choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 12, 35, 32, et 23 ; et (iv) une CDRL de (i), (ii) et (iii) qui contient une ou plusieurs substitutions, délétions ou insertions d'acides aminés de pas plus de 2 acides aminés ; ou C) une ou plusieurs CDRH de 10 chaîne lourde de A) et une ou plusieurs CDRL de chaîne légère de B. Dans certains modes de réalisation, la CDRH de A) est choisie à partir d'au moins l'une du groupe constitué de : (i) une séquence d'acides aminés de CDRH1 de la séquence d'acides aminés de CDRH1 dans SEQ ID NO : 67 ; (ii) une 15 séquence d'acides aminés de CDRH2 de la séquence d'acides aminés de CDRH2 dans SEQ ID NO : 67 ; (iii) une séquence d'acides aminés de CDRH3 de la séquence d'acides aminés de CDRH3 dans SEQ ID NO : 67 ; et (iv) une CDRH de (i), (ii) et (iii) qui contient une ou plusieurs substitutions, délétions 20 ou insertions d'acides aminés de pas plus de 2 acides aminés ; ladite CDRL de B) est choisie à partir d'au moins l'une du groupe constitué de : (i) une séquence d'acides aminés de CDRL1 de la séquence d'acides aminés de CDRL1 dans SEQ ID NO : 12 ; (ii) une séquence d'acides aminés de CDRL2 de 25 la séquence d'acides aminés de CDRL2 dans SEQ ID NO : 12 ; (iii) une séquence d'acides aminés de CDRL3 de la séquence d'acides aminés de CDRL3 dans SEQ ID NO : 12 ; et (iv) une CDRL de (i), (ii) et (iii) qui contient une ou plusieurs substitutions, délétions ou insertions d'acides aminés de pas 30 plus de 2 acides aminés ; ou C) une ou plusieurs CDRH de chaîne lourde de A) et une ou plusieurs CDRL de chaîne légère de B). Dans certains modes de réalisation, la protéine liant un antigène comprend A) une CDRH1 de la séquence de CDRH1 dans 3033703 84 SEQ ID NO : 67, une CDRH2 de la séquence de CDRH2 dans SEQ ID NO : 67, et une CDRH3 de la séquence de CDRH3 dans SEQ ID NO : 67, et B) une CDRL1 de la séquence de CDRL1 dans SEQ ID NO : 12, une CDRL2 de la séquence de CDRL2 dans 5 SEQ ID NO : 12, et une CDRL3 de la séquence de CDRL3 dans SEQ ID NO : 12. Dans certains modes de réalisation, la protéine liant un antigène comprend une région variable de chaîne lourde (VH) présentant au moins 80 % d'identité de séquence avec une séquence d'acides aminés choisie dans le 10 groupe constitué des SEQ ID NO : 74, 85, 71, 72, 67, 87, 58, 52, 51, 53, 48, 54, 55, 56, 49, 57, 50, 91, 64, 62, 89, 65, 79, 80, 76, 77, 78, 83, 69, 81, et 60, et/ou une région variable de chaîne légère (VL) présentant au moins 80 % d'identité de séquence avec une séquence d'acides aminés 15 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, et 46. Dans certains modes de réalisation, la VH présente au moins 90 % d'identité de séquence avec une séquence d'acides aminés 20 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 74, 85, 71, 72, 67, 87, 58, 52, 51, 53, 48, 54, 55, 56, 49, 57, 50, 91, 64, 62, 89, 65, 79, 80, 76, 77, 78, 83, 69, 81, et 60, et/ou la VL présente au moins 90 % d'identité de séquence avec une séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des 25 SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, et 46. Dans certains modes de réalisation, la VH est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 74, 85, 71, 72, 67, 87, 58, 52, 51, 53, 48, 54, 55, 56, 49, 57, 50, 91, 30 64, 62, 89, 65, 79, 80, 76, 77, 78, 83, 69, 81, et 60, et/ou la VL est choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, et 46.
3033703 Dans un exemple d'un aspect quelconque de l'invention, le ligand ciblant ou liant la PCSK9 comprend ou est constitué de AMG145 ou 31H4, 16F12, 11F1, 8A3 ou 21B12 décrits dans le document US20120093818A1 (Amgen, Inc) ou d'un anticorps 5 comprenant les domaines variables de A1vIG145, 31H4, 16F12, 11F1, 8A3 ou 21B12. De préférence, le ligand ciblant ou liant la PCSK9 comprend ou est constitué de AMG145. Dans un exemple, A1VIG145 ou un autre ligand de l'invention est glycosylé, par exemple, présente une glycosylation humaine 10 (par exemple, produit par une cellule CHO, Cos ou Hek293). Dans un exemple, le ligand de l'invention est produit dans des cellules CHO. Une référence est faite au document US20110065902A1 (Regeneron Pharmaceuticals, Inc). Cette demande de brevet 15 décrit des ligands pertinents pour une utilisation dans la présente invention, ainsi que des exemples et des procédés de production et d'analyse de ligands et de détermination de l'efficacité médicale qui peuvent être utilisés en référence à la présente invention.
20 Une référence est faite aux demandes PCT suivantes. Celles-ci décrivent des ligands pertinents, ainsi que des exemples et des procédés de production et d'analyse de ligands et de détermination de l'efficacité médicale. WO 2008057457 25 WO 2008057458 WO 2008057459 WO 2008063382 WO 2008133647 WO 2009100297 30 WO 2009100318 WO 2011037791 WO 2011053759 WO 2011053783 3033703 86 WO 2008125623 WO 2011072263 WO 2009055783 WO 2010029513 5 WO 2011111007 WO 2010077854 Des ligands anticorps dirigés contre la PCSK9 sont décrits, par exemple, dans les documents WO 2008/057457, WO 2008/057458, WO 2008/057459, WO 2008/063382, 10 WO 2008/125623, et US 2008/0008697. Dans un exemple, le ligand est ou comprend un anticorps décrit dans les exemples du document US20110065902A1 (par exemple, 316P ou 300N) ou est un dérivé liant la PCSK9 de celui-ci. Dans un mode de réalisation, le ligand est ou 15 comprend les domaines variables de l'anticorps 316P ou 300N décrits dans le document US20110065902A1 ou est (ou comprend) un tel anticorps ou un dérivé de celui-ci liant la PCSK9. Dans un mode de réalisation, le ligand est ou comprend les domaines variables de l'anticorps alirocumab ou 20 5AR236553/REGN727 (Sanofi Aventis/Regeneron) ou est (ou comprend) un tel anticorps ou un dérivé de celui-ci liant la PCSK9. Dans un exemple, l'anticorps est glycosylé, par exemple, présente une glycosylation humaine (par exemple, produit par une cellule CHO, Cos ou Hek293). De préférence, le 25 ligand est l'alirocumab ou 5AR236553/REGN727. Dans un mode de réalisation, le ligand est ou comprend les domaines variables de l'anticorps évolocumab ou est (ou comprend) un tel anticorps ou un dérivé de celui-ci liant la PCSK9. Dans un exemple, l'anticorps est glycosylé, par 30 exemple, présente une glycosylation humaine (par exemple, produit par une cellule CHO, Cos ou Hek293). De préférence, le ligand est l'évolocumab.
3033703 87 Dans un mode de réalisation, le ligand est choisi parmi l'évolocumab, 1D05-IgG2 (Merck & Co.), ALN-PCS02 (Alnylam), RN316 (Pfizer-Rinat) et l'alirocumab. Dans un mode de réalisation, le ligand est choisi parmi 5 les suivants (séquences et définitions selon le document US2011/0065902) : 1. Un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène de celui-ci qui lie spécifiquement la hPCSK9, où l'anticorps ou le fragment de liaison d'un antigène comprend les CDR des 10 chaînes lourdes et légères d'une paire de séquences d'acides aminés de HCVR/LCVR ayant les SEQ ID NO : 218/226. 2. L'anticorps ou le fragment de liaison d'un antigène selon le concept 1 comprenant des séquences d'acides aminés de CDR de chaînes lourdes et légères ayant les SEQ ID NO : 220, 15 222, 224, 228, 230 et 232. 3. L'anticorps ou le fragment de liaison d'un antigène selon le concept 2 comprenant une HCVR ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 218 et une LCVR ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 226. 20 4. Un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène de celui-ci qui se lie au même épitope sur la hPCSK9 qu'un anticorps comprenant les séquences d'acides aminés des CDR de chaînes lourdes et légères ayant les SEQ ID NO : 220, 222, 224, 228, 230 et 232. 25 5. Un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène de celui-ci qui entre en compétition pour la liaison à la hPCSK9 avec un anticorps comprenant les séquences d'acides aminés des CDR de chaînes lourdes et légères ayant les SEQ ID NO : 220, 222, 224, 228, 230 et 232.
30 Dans un mode de réalisation, le ligand est choisi parmi les suivants (séquences et définitions selon le document US2012/0093818): 3033703 88 1. Une protéine de liaison d'un antigène neutralisante isolée qui se lie à une protéine PCSK9 comprenant la séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 1, où la protéine de liaison d'un antigène neutralisante diminue l'effet d'abaissement du 5 LDLR de la PCSK9 sur le LDLR, où la protéine de liaison d'un antigène comprend une chaîne légère comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 46, et où la protéine de liaison d'un antigène comprend une chaîne lourde comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 60. 10 2. La protéine de liaison d'un antigène neutralisante isolée selon le concept 2, où la protéine de liaison d'un antigène est une protéine de liaison d'un antigène neutralisante non compétitive du LDLR. 3. La protéine de liaison d'un antigène neutralisante 15 isolée selon le concept 2, où la protéine de liaison d'un antigène est une protéine de liaison d'un antigène neutralisante non compétitive du LDLR. 4. Une protéine de liaison d'un antigène qui se lie sélectivement à la PCSK9, où ladite protéine de liaison d'un 20 antigène se lie à la PCSK9 avec un Kd qui est inférieur à 100 pM. 5. Une protéine de liaison d'un antigène qui se lie à une protéine PCSK9 de SEQ ID NO : 303 d'une première manière, où la protéine de liaison d'un antigène se lie à un variant de la 25 PCSK9 d'une seconde manière, où ledit variant de la PCSK9 comporte au moins une mutation ponctuelle au niveau d'une position choisie dans le groupe constitué de : 207, 208, 185, 181, 439, 513, 538, 539, 132, 351, 390, 413, 582, 162, 164, 167, 123, 129, 311, 313, 337, 519, 521, et 554 de 30 SEQ ID NO : 303, où la première manière comprend une première CE50, une première Bmax, ou une première CE50 et une première Bmax, où la seconde manière comprend une seconde CE50, une seconde Bmax, ou une seconde CE50 et une seconde Bmax, et où 3033703 89 une valeur pour la première manière est différente d'une valeur pour la seconde manière, et où la protéine de liaison d'un antigène comprend une chaîne légère comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 46, et où la protéine 5 de liaison d'un antigène comprend une chaîne lourde comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 60. 6. La protéine de liaison d'un antigène selon le concept 6, où la première manière comprend une première Bmax, où la seconde manière comprend une seconde Bmax qui est 10 différente de la première Bmax, et où ledit variant de la PCSK9 comporte au moins une mutation ponctuelle choisie dans le groupe constitué de : D162R, R164E, E167R, S123R, E129R, A311R, D313R, D337R, R519E, H521R, et Q554R. 7. La protéine de liaison d'un antigène selon le 15 concept 6, où la protéine de liaison d'un antigène se lie à la PCSK9 au niveau d'un emplacement qui se chevauche avec un emplacement que le LDLR lie à la PCSK9. 8. Un procédé de fabrication d'une protéine de liaison d'un antigène qui se lie à une protéine PCSK9 comprenant la 20 séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 1, où la protéine de liaison d'un antigène diminue l'effet d'abaissement du LDLR de la PCSK9 sur le LDLR, ledit procédé comprenant/fournissant une cellule hôte comprenant une séquence d'acide nucléique qui code pour la protéine de liaison d'un antigène ; et maintenant 25 la cellule hôte dans des conditions dans lesquelles la protéine de liaison d'un antigène est exprimée, où la protéine de liaison d'un antigène comprend une chaîne légère comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 46, et où la protéine de liaison d'un antigène comprend une chaîne lourde 30 comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 60. 9. Un procédé de traitement ou de prévention d'une affection associée à des taux élevés de cholestérol dans le sérum d'un sujet, ledit procédé comprenant l'administration à 3033703 un sujet en ayant besoin d'une quantité efficace d'une protéine de liaison d'un antigène neutralisante isolée simultanément ou séquentiellement avec un agent qui augmente la disponibilité de la protéine LDLR, où la protéine de 5 liaison d'un antigène isolée se lie à une protéine PCSK9 comprenant la séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 1, où la protéine de liaison d'un antigène neutralisante diminue l'effet d'abaissement du LDLR de la PCSK9 sur le LDLR, où la protéine de liaison d'un antigène comprend une chaîne légère 10 comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO: 46, et où la protéine de liaison d'un antigène comprend une chaîne lourde comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 60. 10. Le procédé selon le concept 9, où l'agent qui 15 augmente la disponibilité de la protéine LDLR comprend une statine. 11. Une protéine de liaison d'un antigène qui se lie à la PCSK9, où lorsque la protéine de liaison d'un antigène est liée à la PCSK9, l'anticorps est positionné à 8 angstroms ou 20 moins d'au moins l'un des résidus suivants de la PCSK9 : S153, S188, 1189, Q190, S191, D192, R194, E197, G198, R199, V200, D224, R237, D238, K243, S373, D374, S376, 1377, F379, 1154, 1187, H193, E195, 1196, M201, V202, C223, 1228, S235, G236, A239, G244, M247, 1369, S372, C375, ou C378, où la protéine de 25 liaison d'un antigène comprend une chaîne légère comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 46, et où la protéine de liaison d'un antigène comprend une chaîne lourde comprenant une séquence d'acides aminés de SEQ ID NO : 60. Le ligand peut être utilisé pour le traitement, la 30 thérapie, la prophylaxie et/ou le diagnostic d'une ou de plusieurs maladies ou affections ou de la sensibilité à celles-ci, où de telles maladies ou affections comprennent celles décrites dans les documents US20120093818A1 (Amgen, 3033703 91 Inc) et US20110065902A1 (Regeneron Pharmaceuticals, Inc), par exemple, une maladie ou une affection décrite dans les paragraphes [0375] à [0383] du document US20120093818A1. Le ligand peut être administré à un être humain 5 caractérisé comme il est décrit dans le document US20120093818A1 (Amgen, Inc) ou US20110065902A1 . Le ligand peut être administré sous une forme ou une combinaison décrite dans le document US20120093818A1 (Amgen, Inc) ou US20110065902A1. Par exemple, le ligand avec un 10 médicament, un excipient, un diluant ou un support tel que décrit dans le document US20120093818A1 (Amgen, Inc) ou US20110065902A1 (par exemple, comme il est décrit dans les paragraphes [0384] à [0412] du document US20120093818A1), et la présente invention concerne également les compositions 15 pharmaceutiques correspondantes comprenant la combinaison d'un ligand de l'invention et d'un tel autre agent. Le ligand peut être utilisé dans un procédé de diagnostic tel que présenté dans le document US20120093818A1 (Amgen, Inc) ou US20110065902A1, par exemple, dans les paragraphes [0413] à 20 [0415] du document US20120093818A1. Chacune des références précédentes est incorporée en référence dans ce document dans son intégralité. Applications diagnostiques Dans certains modes de réalisation, le ligand de 25 l'invention est un outil de diagnostic. Le ligand peut être utilisé pour doser la quantité de PCSK9 présente dans un échantillon et/ou chez un sujet. Comme il sera compris de l'homme du métier, de tels ligands n'ont pas besoin d'être des ligands neutralisants. Dans certains modes de réalisation, le 30 ligand de diagnostic n'est pas un ligand neutralisant. Dans certains modes de réalisation, le ligand de diagnostic se lie à un épitope différent de celui auquel un ligand neutralisant 3033703 92 se lie. Dans certains modes de réalisation, les deux ligands n'entrent pas en compétition l'un avec l'autre. Dans certains modes de réalisation, les ligands de l'invention sont utilisés ou fournis dans un kit et/ou un 5 procédé de dosage pour la détection de la PCSK9 dans des tissus ou des cellules de mammifères afin de cribler/ diagnostiquer une maladie ou un trouble associé à des variations des taux de PCSK9. Le kit comprend un ligand qui lie la PCSK9 et un moyen pour indiquer la liaison du ligand 10 avec la PCSK9, si elle est présente, et éventuellement des concentrations de la protéine PCSK9. Divers moyens pour indiquer la présence d'un ligand peuvent être utilisés. Par exemple, des fluorophores, d'autres sondes moléculaires, ou des enzymes peuvent être liés au ligand et la présence du 15 ligand peut s'observer de diverses manières. Le procédé de criblage à la recherche de tels troubles peut impliquer l'utilisation du kit, ou simplement l'utilisation de l'un des ligands décrits et la détermination si le ligand se lie à la PCSK9 dans un échantillon. Comme il sera compris de l'homme du 20 métier, des taux forts ou élevés de PCSK9 se traduiront par des plus grandes quantités de liaison du ligand à la PCSK9 dans l'échantillon. Ainsi, le degré de liaison du ligand peut être utilisé pour déterminer combien de PCSK9 se trouve dans un échantillon. Des sujets ou des échantillons avec une 25 quantité de PCSK9 qui est supérieure à une quantité prédéterminée (par exemple, une quantité ou une plage qu'une personne sans trouble associé à la PCSK9 présentera) peuvent être caractérisés comme souffrant d'un trouble associé à la PCSK9. Dans certains modes de réalisation, l'invention propose 30 un procédé dans lequel le ligand est administré à un sujet prenant une statine, afin de déterminer si la statine a augmenté la quantité de PCSK9 chez le sujet.
3033703 93 Dans certains modes de réalisation, le ligand est un ligand non neutralisant et il est utilisé pour déterminer la quantité de PCSK9 chez un sujet recevant un traitement à base d'ABP et/ou de statine.
5 Dans certains modes de réalisation, le ligand de l'invention peut lier spécifiquement la PCSK9 humaine (par exemple, une, deux formes de variants rares ou plus décrites dans ce document) et il est caractérisé par au moins l'un des caractères suivants : (i) capable de réduire le cholestérol 10 total dans le sérum d'au moins environ 25 à 35 % et de prolonger la réduction sur au moins une période de 24 jours par rapport à un taux pré-dose ; (ii) capable de réduire le LDL-cholestérol dans le sérum d'au moins environ 65 à 80 % et de prolonger la réduction sur au moins une période de 24 jours 15 par rapport à un taux pré-dose ; (iii) capable de réduire le LDL-cholestérol dans le sérum d'au moins environ 40 à 70 % et de prolonger la réduction sur au moins une période de 60 OU 90 jours par rapport à un taux pré-dose ; (iv) capable de réduire les triglycérides dans le sérum d'au moins environ 25 20 à 40 % par rapport à un taux pré-dose ; (v) ne réduit pas le HDL-cholestérol dans le sérum ou réduit le HDL-cholestérol dans le sérum de pas plus de 5 % par rapport à un taux pré-dose. Dans certains modes de réalisation, une molécule d'acide nucléique isolée est fournie et elle code pour le ligand. Dans 25 certains modes de réalisation, un vecteur d'expression est fourni et il comprend la molécule d'acide nucléique. Dans certains modes de réalisation, une composition pharmaceutique est fournie et elle peut comprendre le ligand et un support pharmaceutiquement acceptable. Dans certains modes de 30 réalisation, un procédé est fourni pour le traitement d'une maladie ou d'une affection qui est améliorée, inhibée ou prévenue avec un ligand antagoniste de la PCSK9 de l'invention Le procédé peut comprendre l'administration d'une 3033703 94 quantité thérapeutique de la composition pharmaceutique ou du ligand à un sujet en ayant besoin. Dans certains modes de réalisation, le sujet est un sujet humain souffrant d'hypercholestérolémie, d'hyperlipidémie, indiqué pour une 5 aphérèse des LDL, identifié comme étant hétérozygote pour une hypercholestérolémie familiale, intolérant aux statines, non contrôlé par les statines, à risque de développer une hypercholestérolémie, une dyslipidémie, une maladie hépatique cholestatique, un syndrome néphrotique, une hypothyroïdie, une 10 obésité, une athérosclérose et des maladies cardiovasculaires. Dans certains modes de réalisation, un procédé proposant un traitement ou une thérapie est fourni à un sujet. Dans certains modes de réalisation, le procédé comprend la réduction du cholestérol dans le sérum d'au moins environ 40 à 15 70 % sur au moins 60 à 90 jours. Dans certains modes de réalisation, il est proposé un procédé pour la réception d'un traitement ou d'une thérapie, le procédé pouvant comprendre la réception d'un ligand de celui-ci à une fréquence d'une fois tous les 60 à 90 jours.
20 Dans un aspect, l'invention propose un ligand de l'invention qui est ou comprend un anticorps humain ou un fragment de liaison d'un antigène d'un anticorps humain qui lie spécifiquement et inhibe la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 humaine (hPCSK9, par exemple, 25 une, deux formes de variants rares ou plus décrites dans ce document et éventuellement la forme a et/ou la forme a'), caractérisé par la capacité à réduire le LDL-cholestérol dans le sérum d'un être humain de 40 à 80 % sur une période de 24, 60 ou 90 jours par rapport à des taux pré-dose, avec peu ou 30 pas de réduction du HDL-cholestérol dans le sérum et/ou peu ou pas d'effet mesurable sur la fonction hépatique, telle que déterminée par les dosages des ALT et AST.
3033703 Dans un mode de réalisation, le ligand de l'invention comprend un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène d'un anticorps qui lie spécifiquement la hPCSK9 et est caractérisé par au moins l'un des caractères suivants : 5 (i) capable de réduire le cholestérol total dans le sérum d'au moins environ 25 à 35 % et de prolonger la réduction sur au moins une période de 24 jours par rapport à un taux pré-dose, de préférence la réduction du cholestérol total dans le sérum est d'au moins environ 30 à 40 % ; 10 (ii) capable de réduire le LDL-cholestérol dans le sérum d'au moins environ 65 à 80 % et de prolonger la réduction sur au moins une période de 24 jours par rapport à un taux pré-dose ; (iii) capable de réduire les triglycérides dans le sérum 15 d'au moins environ 25 à 40 % par rapport à un taux pré-dose ; (iv) ne réduit pas le HDL-cholestérol dans le sérum ou réduit le HDL-cholestérol dans le sérum de pas plus de 5 % par rapport à un taux pré-dose. Voir le document US2011/0065902 pour les définitions de 20 ces termes et des caractères éventuels. Dans un mode de réalisation, l'invention comprend un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène d'un anticorps qui lie spécifiquement la hPCSK9 et est caractérisé par au moins l'un des caractères suivants : 25 (i) capable de réduire le LDL-cholestérol dans le sérum d'au moins environ 40 à 70 % et de prolonger la réduction sur au moins une période de 60 ou 90 jours par rapport à un taux pré-dose ; (ii) capable de réduire les triglycérides dans le sérum 30 d'au moins environ 25 à 40 % par rapport à un taux pré-dose ; (iii) ne réduit pas le HDL-cholestérol dans le sérum ou réduit le HDL-cholestérol dans le sérum de pas plus de 5 % par rapport à un taux pré-dose.
3033703 96 Dans un mode de réalisation, l'anticorps ou le fragment de liaison d'un antigène est caractérisé comme présentant une amplification de l'affinité de liaison (KD) pour la hPCSK9 à pH 5,5 par rapport au KD à pH 7,4, comme il est mesuré par la 5 résonance des plasmons de surface. Dans un mode de réalisation spécifique, l'anticorps ou le fragment de celui-ci présente une amplification d'au moins 20 fois, d'au moins 40 fois ou d'au moins 50 fois de l'affinité pour la PCSK9 à un pH acide par rapport à un pH neutre, comme il est mesuré par la 10 résonance des plasmons de surface. Dans un mode de réalisation, l'anticorps ou le fragment de liaison d'un antigène est caractérisé comme ne présentant pas d'amplification de l'affinité de liaison pour la PCSK9 à un pH acide par rapport à un pH neutre, comme il est mesuré 15 par la résonance des plasmons de surface. Dans un mode de réalisation spécifique, l'anticorps ou le fragment de celui-ci présente une diminution de l'affinité de liaison à un pH acide. Dans un autre mode de réalisation, l'anticorps ou le 20 fragment de liaison d'un antigène lie la PCSK9 humaine, humaine avec la mutation GOF D374Y, du singe cynomolgus, du singe rhésus, de la souris, du rat et du hamster. Dans un mode de réalisation, l'anticorps ou le fragment de liaison d'un antigène lie la PCSK9 humaine et de singe, 25 mais ne lie pas la PCSK9 de souris, de rat ou de hamster. Dans un mode de réalisation, l'invention comprend un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène d'un anticorps comprenant une ou plusieurs d'une région variable de chaîne lourde (HCVR), d'une région variable de chaîne légère 30 (LCVR), d'une HCDR1, d'une HCDR2, d'une HCDR3 décrites dans l'un quelconque des paragraphes [023] à [037] du document US2011/0065902.
3033703 97 Dans un mode de réalisation apparenté, l'invention comprend un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène 5 d'un anticorps qui lie spécifiquement la hPCSK9, où l'anticorps ou le fragment comprend des domaines des CDR des chaînes lourdes et légères contenues au sein des paires de séquences de chaînes lourdes et légères choisies dans le groupe constitué des SEQ ID NO (en utilisant la numérotation des séquences du document US2011/0065902) : 2/10, 18/20, 22/24, 26/34, 42/44, 46/48, 50/58, 66/68, 70/72, 74/82, 90/92, 10 94/96, 98/106, 114/116, 118/120, 122/130, 138/140, 142/144, 146/154, 162/164, 166/168, 170/178, 186/188, 190/192, 194/202, 210/212, 214/216, 218/226, 234/236, 238/240, 242/250, 258/260, 262/264, 266/274, 282/284, 286/288, 290/298, 306/308, 310/312, 314/322, 330/332, 334/336, 338/346, 354/356, 358/360, 362/370, 15 378/380, 382/384, 386/394, 402/404, 406/408, 410/418, 426/428, 430/432, 434/442, 450/452, 454/456, 458/466, 474/476, 478/480, 482/490, 498/500, 502/504, 506/514, 522/524, 526/528, 530/538, 546/548, 550/552, 554/562, 570/572, 574/576, 578/586, 594/596, 598/600, 602/610, 618/620, 622/624, 626/634, 642/644, 646/648, 20 650/658, 666/668, 670/672, 674/682, 690/692, 694/696, 698/706, 714/716, 718/720, 722/730, 738/740 et 742/744. Dans un mode de réalisation, les séquences des CDR sont contenues au sein des HCVR et aminés LCVR choisies parmi les paires de séquences d'acides de SEQ ID NO : 50/58, 66/68, 70/72, 74/82, 90/92, 25 94/96, 122/130, 138/140, 142/144, 218/226, 234/236, 238/240, 242/250, 258/260, 262/264, 314/322, 330/332 et 334/336. Dans des modes de réalisation plus spécifiques, les séquences de CDR sont comprises au sein des séquences de HCVR/LCVR choisies parmi les SEQ ID NO : 90/92 ou 218/226.
30 Dans un exemple, l'invention concerne une composition pharmaceutique comprenant un ligand de l'invention, où le ligand comprend ou est constitué d'un anticorps humain recombinant ou d'un fragment de celui-ci qui lie 3033703 98 spécifiquement la hPCSK9 et un support pharmaceutiquement acceptable. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une composition qui est une combinaison d'un ligand de l'invention (par exemple, un anticorps ou un fragment de 5 liaison d'un antigène d'un anticorps), et d'un second agent thérapeutique. Le second agent thérapeutique peut être tout agent qui est combiné de manière avantageuse avec le ligand de l'invention, par exemple, un agent capable d'induire un appauvrissement cellulaire en synthèse de cholestérol par 10 inhibition de la 3-hydroxy-3-méthylglutaryl (HMG)-coenzyme A (CoA) réductase, comme, par exemple, la cérivastatine, l'atorvastatine, la simvastatine, la pitavastatine, la rosuvastatine, la fluvastatine, la lovastatine, la pravastatine, etc. ; capable d'inhiber l'absorption du 15 cholestérol ou la réabsorption des acides biliaires ; capable d'augmenter le catabolisme des lipoprotéines (comme la niacine) ; et/ou des activateurs du facteur de transcription LXR qui joue un rôle dans l'élimination du cholestérol comme le 22-hydroxycholestérol.
20 Dans un exemple, l'invention propose un procédé d'inhibition de l'activité de la hPCSK9 en utilisant le ligand anti-PCSK9 de l'invention (par exemple, un anticorps ou une partie liant un antigène de l'anticorps de l'invention), où les procédés thérapeutiques comprennent l'administration d'une 25 quantité thérapeutiquement efficace d'une composition pharmaceutique comprenant un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène d'un anticorps de l'invention. Le trouble traité est toute maladie ou affection qui est améliorée, inhibée ou prévenue par l'élimination, l'inhibition 30 ou la réduction de l'activité de la PCSK9. Les populations pouvant être traitées par les procédés thérapeutiques de l'invention comprennent des sujets indiqués pour une aphérèse des LDL, des sujets présentant des mutations activatrices de 3033703 99 la PCSK9 (mutations gain de fonction, "GOF"), des sujets souffrant d'une hypercholestérolémie familiale hétérozygote (heFH) ; des sujets souffrant d'une hypercholestérolémie primaire qui sont intolérants aux statines ou non contrôlés 5 par les statines ; et des sujets à risque de développer une hypercholestérolémie qui peut être traitée de manière préventive. Les autres indications comprennent une dyslipidémie associée à des causes secondaires comme le diabète sucré de type 2, des maladies hépatiques 10 cholestatiques (une cirrhose biliaire primaire), un syndrome néphrotique, une hypothyroïdie, une obésité ; et la prévention et le traitement de l'athérosclérose et de maladies cardio-vasculaires. Dans des modes de réalisation spécifiques du procédé de 15 l'invention, le ligand de l'invention (par exemple, un anticorps ou un fragment d'anticorps anti-hPCSK9 de l'invention) est utile pour réduire des taux élevés de cholestérol total, de cholestérol non-HDL, de LDL-cholestérol, et/ou d'apolipoprotéine B (apolipoprotéine B100).
20 Le ligand (par exemple, un anticorps ou un fragment de liaison d'un antigène) de l'invention peut être utilisé seul ou en combinaison avec un second agent, par exemple, un inhibiteur de la HMG-CoA réductase et/ou un autre médicament hypolipidémiant.
25 Le terme "isolé" en référence à un ligand, un anticorps ou une protéine, par exemple dans un aspect, une configuration, un exemple ou un mode de réalisation quelconque, signifie qu'un ligand, un anticorps, une protéine, etc. sujet (1) est dépourvu d'au moins certaines autres 30 protéines avec lesquelles il se trouverait normalement, (2) est pratiquement dépourvu d'autres protéines issues de la même source, par exemple, de la même espèce, (3) est exprimé par une cellule issue d'une espèce différente, (4) a été 3033703 séparé d'au moins environ 50 pour cent des polynucléotides, lipides, glucides, ou autres matériaux avec lesquels il est associé dans la nature, (5) est associé de manière fonctionnelle (par une interaction covalente ou non covalente) 5 avec un polypeptide avec lequel il n'est pas associé dans la nature, ou (6) n'existe pas dans la nature. De manière générale, un ligand, anticorps, protéine, etc. "isolé" constitue au moins environ 5 %, au moins environ 10 %, au moins environ 25 %, ou au moins environ 50 % d'un échantillon 10 donné. De l'ADN génomique, de l'ADNc, de l'ARNm ou un autre ARN, d'origine synthétique, ou toute combinaison de ceux-ci, qui peuvent coder pour un tel ligand, anticorps, protéine, etc. isolé. De préférence, le ligand, l'anticorps, la protéine, etc. isolé est pratiquement dépourvu de protéines ou 15 de polypeptides ou d'autres contaminants qui se trouvent dans son environnement naturel qui interféreront avec son utilisation thérapeutique, diagnostique, prophylactique, dans la recherche ou autre. Par exemple, un anticorps "isolé" est un anticorps qui a 20 été identifié, séparé et/ou récupéré à partir d'un composant de son environnement de production (par exemple, de manière naturelle ou recombinante). De préférence, le polypeptide isolé est dépourvu d'association avec tous les autres composants provenant de son environnement de production, par 25 exemple, de telle manière que l'anticorps a été isolé par rapport à un standard pouvant être approuvé ou approuvé par la FDA. Les composants contaminants de son environnement de production, comme ceux résultant de cellules transfectées recombinantes, sont des matériaux qui généralement 30 interféreront avec des utilisations dans la recherche, diagnostiques ou thérapeutiques pour l'anticorps, et ils peuvent comprendre des enzymes, des hormones, et d'autres solutés protéiniques ou non protéiniques. Dans des modes de 3033703 101 réalisation préférés, le polypeptide sera purifié : (1) à plus de 95 % en poids d'anticorps comme il est déterminé, par exemple, par le procédé de Lowry, et dans certains modes de réalisation, à plus de 99 % en poids ; (2) à un degré 5 suffisant pour obtenir au moins 15 résidus de la séquence d'acides aminés N-terminale ou interne par l'utilisation d'un séquenceur à coupelle rotative, ou (3) jusqu'à l'homogénéité par SDS-PAGE dans des conditions non réductrices ou réductrices en utilisant du bleu de Coomassie ou, de 10 préférence, une coloration à l'argent. L'anticorps isolé comprend l'anticorps in situ au sein des cellules recombinantes puisqu'au moins un composant de l'environnement naturel de l'anticorps ne sera pas présent. Toutefois, habituellement, un polypeptide ou un anticorps isolé sera 15 préparé par au moins une étape de purification. Immunoconjugués L'invention englobe le ligand (par exemple, un anticorps) conjugué à un fragment thérapeutique ("immunoconjugué"), comme une cytotoxine, un médicament chimiothérapeutique, un 20 immunosuppresseur ou un radioisotope. Les agents de cytotoxines comprennent tout agent qui est nocif pour les cellules. Les exemples d'agents de cytotoxines et d'agents chimiothérapeutiques appropriés pour la formation d'immunoconjugués sont connus dans l'art, voir par exemple, le 25 document WO 05/103081. Bi spécifiques Les anticorps de la présente invention peuvent être monospécifiques, bispécifiques, ou multispécifiques. Les Acm multispécifiques peuvent être spécifiques pour différents 30 épitopes d'un polypeptide cible ou ils peuvent contenir des domaines de liaison d'un antigène spécifiques de plus d'un polypeptide cible. Voir, par exemple, Tutt et al. (1991) J. Immunol. 147: 60-69. Les Acm anti-PCSK9 humains (par exemple, 3033703 102 anti-PCSK9) peuvent être liés à ou coexprimés avec une autre molécule fonctionnelle, par exemple, un autre peptide ou une autre protéine. Par exemple, un anticorps ou un fragment de celui-ci peut être lié de manière fonctionnelle (par exemple, 5 par couplage chimique, fusion génétique, association non covalente ou autrement) à une ou plusieurs autres entités moléculaires, comme un autre anticorps ou fragment d'anticorps, pour produire un anticorps bispécifique ou un anticorps multispécifique avec une seconde spécificité de 10 liaison. Un exemple de format d'anticorps bispécifique qui peut être utilisé dans le contexte de la présente invention implique l'utilisation d'un premier domaine CH3 d'immunoglobuline (Ig) et d'un second domaine CH3 d'Ig, où les 15 premier et second domaines CH3 d'Ig diffèrent l'un de l'autre par au moins un acide aminé, et où au moins une différence d'acide aminé réduit la liaison de l'anticorps bispécifique à la protéine A comparativement à un anticorps bispécifique manquant de la différence d'acide aminé. Dans un mode de 20 réalisation, le premier domaine CH3 d'Ig lie la protéine A et le second domaine CH3 d'Ig contient une mutation qui réduit ou abolit la liaison à la protéine A comme une modification H95R (par numérotation IMGT des exons ; H435R par numérotation UE). Le second CH3 peut comprendre en outre une modification Y96F 25 (par IMGT ; Y436F par UE). D'autres modifications qui peuvent se trouver au sein du second CH3 comprennent : D16E, L18M, N44S, K52N, V57M, et V821 (par IMGT ; D356E, L358M, N384S, K392N, V397M, et V422I par UE) dans le cas des anticorps IgG1 ; N44S, K52N, et V82I (IMGT ; N384S, K392N, et V422I par 30 UE) dans le cas des anticorps IgG2 ; et Q15R, N44S, K52N, V57M, R69K, E79Q, et V82I (par IMGT ; Q355R, N3845, K392N, V397M, R409K, E419Q, et V422I par UE) dans le cas des anticorps IgG4. Des variations sur le format anticorps 3033703 103 bispécifique décrit ci-dessus sont envisagées au sein de l'étendue de la présente invention. Population visée par le traitement L'invention propose des procédés thérapeutiques pour le 5 traitement d'un patient humain ayant besoin d'une composition ou d'un ligand de l'invention. Alors que des modifications dans le style de vie et un traitement médicamenteux traditionnel parviennent souvent à réduire les taux de cholestérol, tous les patients ne peuvent pas atteindre les 10 taux de cholestérol cibles recommandés avec de telles approches. Diverses affections, comme l'hypercholestérolémie familiale (FH), semblent être résistantes à l'abaissement des taux de LDL-C en dépit d'une utilisation agressive d'un traitement traditionnel. Une hypercholestérolémie familiale 15 homozygote et hétérozygote (hoFH, heFH) est une affection associée à une maladie vasculaire athéroscléreuse prématurée. Toutefois, les patients diagnostiqués avec une hoFH sont grandement non réactifs à un traitement médicamenteux traditionnel et disposent d'options thérapeutiques limitées.
20 De manière spécifique, un traitement avec des statines, qui réduisent le LDL-C par inhibition de la synthèse de cholestérol et régulation à la hausse du récepteur hépatique des LDL, peut avoir peu d'effet chez les patients dont les récepteurs des LDL sont non existants ou défectueux. Une 25 réduction moyenne du LDL-C de seulement moins d'environ 20 % a été récemment rapportée chez des patients souffrant d'une hoFH confirmée par le génotype traités avec la dose maximale de statines. L'addition d'ézétimibe à 10 mg/jour à ce régime s'est traduite par une réduction totale des taux de LDL-C de 30 27 %, ce qui est encore loin d'être optimal. De la même manière, de nombreux patients sont non réactifs aux statines, médiocrement contrôlés par un traitement à base de statines, ou ne peuvent pas supporter un traitement par des statines ; 3033703 104 en général, ces patients sont incapables d'atteindre un contrôle du cholestérol avec des traitements alternatifs. Il existe un grand besoin médical non satisfait pour de nouveaux traitements qui peuvent s'attaquer aux lacunes des options 5 thérapeutiques actuelles. Les populations spécifiques pouvant être traitées par les procédés thérapeutiques de l'invention comprennent des patients indiqués pour une aphérèse des LDL, des sujets comportant des mutations (GOF) activatrices de la PCSK9, 10 souffrant d'hypercholestérolémie familiale hétérozygote (heFH) ; des sujets souffrant d'hypercholestérolémie primaire qui sont intolérants aux statines ou non contrôlés par les statines ; et des sujets à risque de développer une hypercholestérolémie qui peut être traitée de manière 15 préventive. Administration thérapeutique et formulations L'invention propose des compositions thérapeutiques comprenant les ligands, les anticorps ou les fragments de liaison d'un antigène de ceux-ci anti-PCSK9 de la présente 20 invention. Les compositions thérapeutiques conformément à l'invention seront administrées avec des supports, des excipients et d'autres agents appropriés qui sont incorporés dans les formulations pour fournir une amélioration du transfert, de la délivrance, de la tolérance, et analogues.
25 Une multitude de formulations appropriées peuvent se trouver dans le formulaire connu de tous les chimistes pharmaceutiques : Remington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, Pa. Ces formulations comprennent, par exemple, des poudres, des pâtes, des pommades, des gelées, 30 des cires, des huiles, des lipides, des vésicules contenant des lipides (cationiques ou anioniques) (comme LIPOFECTIN7m), des conjugués d'ADN, des pâtes d'absorption anhydres, des émulsions huile dans l'eau et eau dans l'huile, des émulsions 3033703 carbowax (polyéthylène glycols de diverses masses moléculaires), des gels semi-solides, et des mélanges semi- solides contenant du carbowax. Voir également Powell et al. "Compendium of excipients for parenteral formulations" PDA 5 (1998) J Pharm Sci Technol 52: 238-311. La dose peut varier selon l'âge et la taille du sujet concerné par l'administration, la maladie cible, les conditions, la voie d'administration, et analogues. Lorsque le ligand, par exemple, un anticorps, de la présente invention 10 est utilisé pour traiter diverses affections et maladies associées à la PCSK9, y compris une hypercholestérolémie, des troubles associés aux LDL et à l'apolipoprotéine B, et des troubles du métabolisme des lipides, et analogues, chez un patient adulte, il est avantageux d'administrer par voie 15 intraveineuse le ligand ou l'anticorps de la présente invention normalement à une dose unique d'environ 0,01 à environ 20 mg/kg de poids corporel, de manière davantage préférée environ 0,02 à environ 7, environ 0,03 à environ 5, ou environ 0,05 à environ 3 mg/kg de poids corporel. Selon la 20 gravité de l'affection, la fréquence et la durée du traitement peuvent être ajustées. Diverses systèmes de délivrance sont connus et peuvent être utilisés pour administrer la composition pharmaceutique de l'invention, ainsi la composition de l'invention fournit le 25 ligand, par exemple, par encapsulation dans des liposomes, des microparticules, des microcapsules, des cellules recombinantes capables d'exprimer les virus mutants, une endocytose médiée par les récepteurs (voir, par exemple, Wu et al. (1987) J. Biol. Chem. 262: 4429-4432). Les procédés d'introduction 30 comprennent, mais sans limitation, les voies intradermique, intramusculaire, intrapéritonéale, intraveineuse, sous- cutanée, intranasale, épidurale, et orale. La composition peut être administrée par toute voie pratique, par exemple, par 3033703 106 perfusion ou injection de bolus, par absorption à travers les membranes épithéliale et mucocutanée (par exemple, la muqueuse orale, la muqueuse rectale et intestinale, etc.) et peut être administrée conjointement avec d'autres agents biologiquement 5 actifs. L'administration peut être systémique ou locale. La composition pharmaceutique peut être également délivrée dans une vésicule, en particulier un liposome (voir Langer (1990) Science 249: 1527-1533 ; Treat et al. (1989) dans Liposomes in the Therapy of Infectious Disease and 10 Cancer, Lopez Berestein and Fidler (eds.), Liss, New York, pp. 353-365 ; Lopez-Berestein, ibid., pp. 317-327 ; voir de manière générale ibid.). Dans certaines situations, la composition pharmaceutique peut être délivrée dans un système à libération contrôlée.
15 Dans un mode de réalisation, une pompe peut être utilisée (voir Langer, ci-dessus ; Sefton (1987) CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14: 201). Dans un autre mode de réalisation, des matériaux polymères peuvent être utilisés ; voir, Medical Applications of Controlled Release, Langer and Wise (eds.), 20 CRC Pres., Boca Raton, Fla. (1974). Dans encore un autre mode de réalisation, un système à libération contrôlée peut être placé à proximité de la cible de la composition, ne nécessitant ainsi qu'une fraction de la dose systémique (voir, par exemple, Goodson, dans Medical Applications of Controlled 25 Release, ci-dessus, vol. 2, pp. 115-138, 1984). Les préparations injectables peuvent comprendre des formes galéniques pour des injections intraveineuses, sous-cutanées, intracutanées et intramusculaires, des perfusions par goutte à goutte, etc. Ces préparations injectables peuvent 30 être préparées par des procédés connus du public. Par exemple, les préparations injectables peuvent être préparées, par exemple, par dissolution, mise en suspension ou émulsification de l'anticorps ou de son sel décrit ci-dessus dans un milieu 3033703 107 aqueux ou un milieu huileux stérile utilisé de manière traditionnelle pour les injections. Comme milieu aqueux pour les injections, il y a, par exemple, le sérum physiologique, une solution isotonique contenant du glucose et d'autres 5 agents auxiliaires, etc., qui peuvent être utilisés en combinaison avec un agent de solubilisation approprié comme un alcool (par exemple, l'éthanol), a polyalcool (par exemple, le propylène glycol, le polyéthylène glycol), un surfactant non ionique [par exemple, polysorbate 80, HCO-50 (un produit 10 d'addition polyoxyéthyléné (50 mol) d'une huile de ricin hydrogénée)], etc. Comme milieu huileux, il est employé, par exemple, de l'huile de sésame, de l'huile de soja, etc., qui peuvent être utilisées en combinaison avec un agent de solubilisation tel que le benzoate de benzyle, l'alcool 15 benzylique, etc. L'injection ainsi préparée est de préférence versée dans une ampoule appropriée. Une composition pharmaceutique de la présente invention peut être délivrée par voie sous-cutanée ou intraveineuse avec une aiguille et une seringue standard. En outre, en ce qui concerne la délivrance 20 sous-cutanée, un dispositif de délivrance sous forme de stylo a facilement des applications dans la délivrance d'une composition pharmaceutique de la présente invention. Un tel dispositif de délivrance sous forme de stylo peut être réutilisable ou jetable. Un dispositif de délivrance sous 25 forme de stylo réutilisable utilise généralement une cartouche remplaçable qui contient une composition pharmaceutique. Une fois que la totalité de la composition pharmaceutique au sein de la cartouche a été administrée et que la cartouche est vide, la cartouche vide peut être facilement jetée et 30 remplacée par une nouvelle cartouche qui contient la composition pharmaceutique. Le dispositif de délivrance sous forme de stylo peut être ensuite réutilisé. Dans un dispositif de délivrance sous forme de stylo jetable, il n'y a pas de 3033703 108 cartouche remplaçable. A la place, le dispositif de délivrance sous forme de stylo jetable arrive prérempli avec la composition pharmaceutique contenue dans un réservoir au sein du dispositif. Une fois que le réservoir est vidé de la 5 composition pharmaceutique, le dispositif entier est jeté. De nombreux dispositifs de délivrance sous forme de stylos et d'auto-injecteurs réutilisables ont des applications dans la délivrance sous-cutanée d'une composition pharmaceutique de la présente invention. Les exemples 10 comprennent, mais ne sont certainement pas limités à AUTOPENTm (Owen Mumford, Inc., Woodstock, Royaume-Uni), stylo DISETRONICTm (Disetronic Medical Systems, Burghdorf, Suisse), stylo HUMALOG MIX 75/25TM, stylo HUMALOGTm, stylo HUMALIN 7Q/3QTM (Eh i Lilly et Co., Indianapolis, Ind.), NOVOPENTmI, II et III 15 (Novo Nordisk, Copenhague, Danemark), NOVOPEN JUNIORTM (Novo Nordisk, Copenhague, Danemark), stylo BDTM (Becton Dickinson, Franklin Lakes, N.J.), OPTIPENTTm, OPTIPEN PROTM, OPTIPEN STARLETTm, et OPTICLIKTTm (Sanofi-Aventis, Francfort, Allemagne), pour n'en nommer que quelques-uns. Les exemples de 20 dispositifs de délivrance sous forme de stylos jetables ayant des applications dans la délivrance sous-cutanée d'une composition pharmaceutique de la présente invention comprennent, mais ne sont certainement pas limités au stylo SOLOSTARTm (Sanofi-Aventis), le FLEXPENTM (Novo Nordisk), et le 25 KWIKPENTM (Eh i Lilly). De manière avantageuse, les compositions pharmaceutiques pour une utilisation orale ou parentérale décrites ci-dessus sont préparées sous des formes galéniques en dose unitaire ajustée pour s'adapter à une dose des principes actifs. De 30 telles formes galéniques en dose unitaire comprennent, par exemple, des comprimés, des pilules, des capsules, des injections (ampoules), des suppositoires, etc. La quantité de l'anticorps susmentionné contenue est généralement d'environ 5 3033703 109 à environ 500 mg par forme galénique en dose unitaire ; spécialement sous la forme d'une injection, il est préféré que l'anticorps susmentionné soit contenu dans environ 5 à environ 100 mg et dans environ 10 à environ 250 mg pour les autres 5 formes galéniques. L'invention propose des procédés thérapeutiques dans lesquels le ligand, par exemple, un anticorps ou un fragment d'anticorps, de l'invention, est utile pour traiter une hypercholestérolémie associée à diverses affections impliquant 10 la hPCSK9. Les ligands anti-PCSK9, par exemple, des anticorps ou des fragments d'anticorps, de l'invention sont particulièrement utiles pour le traitement d'une hypercholestérolémie et analogues. Des polythérapies peuvent comprendre le ligand anti-PCSK9 de l'invention avec, par 15 exemple, un ou plusieurs de tout agent qui (1) induit un appauvrissement cellulaire de la synthèse de cholestérol par inhibition de la 3-hydroxy-3-méthylglutaryl (HMG)-coenzyme A (CoA) réductase, comme la cérivastatine, l'atorvastatine, la simvastatine, la pitavastatine, la rosuvastatine, la 20 fluvastatine, la lovastatine, la pravastatine ; (2) inhibe l'absorption du cholestérol et/ou la réabsorption des acides biliaires ; (3) augmente le catabolisme des lipoprotéines (comme la niacine) ; et des activateurs du facteur de transcription LXR qui joue un rôle dans l'élimination du 25 cholestérol comme le 22-hydroxycholestérol ou des combinaisons fixes d'ézétimibe plus simvastatine ; une statine avec une résine biliaire (par exemple, cholestyramine, colestipol, colésévélam), une combinaison fixe de niacine plus une statine (par exemple, niacine avec lovastatine) ; ou avec d'autres 30 agents hypolipidémiants comme des esters éthyliques d'acides gras oméga 3 (par exemple, omacor). Les ligands de l'invention sont utiles, par exemple, dans des tests de liaison spécifique, pour le génotypage ou le 3033703 phénotypage d'êtres humains, la purification par affinité de la PCSK9 et dans des tests de criblage pour identifier d'autres antagonistes de l'activité de la PCSK9. Certains ligands de l'invention sont utiles pour l'inhibition de la 5 liaison de la PCSK9 à un récepteur ou une protéine cognate humain, ou l'inhibition des activités médiées par la PCSK9. L'invention englobe des ligands anticorps anti-PCSK9 (par exemple, PCSK9) présentant un profil de glycosylation modifié. Dans certaines applications, une modification pour éliminer 10 des sites de glycosylation indésirables peut être utile, ou par exemple, l'élimination d'un radical de fucose pour augmenter la fonction de cytotoxicité cellulaire dépendante d'un anticorps (ADCC) (voir Shield et al. (2002) JBC 277: 26733). Dans d'autres applications, une modification de la 15 galactosylation peut être réalisée afin de modifier la cytotoxicité dépendante du complément (CDC). Dans un exemple, l'invention concerne une composition pharmaceutique comprenant un ligand de l'invention, dans laquelle le ligand est ou comprend un anticorps humain 20 recombinant ou un fragment de celui-ci qui lie spécifiquement la PCSK9 (par exemple, un variant rare tel que décrit dans ce document) et un support pharmaceutiquement acceptable. Dans un mode de réalisation, l'invention concerne une composition qui est une combinaison d'un ligand anticorps ou d'un fragment de 25 liaison d'un antigène d'un anticorps de l'invention, et d'un second agent thérapeutique. Le second agent thérapeutique peut être l'un quelconque d'un agent anti-inflammatoire, d'un agent anti-angiogenèse, d'un antalgique, d'un diurétique, d'un agent chimiothérapeutique, d'un agent antinéoplasique, d'un 30 vasodilatateur, d'un vasoconstricteur, d'une statine, d'un bêtabloquant, d'un nutriment, d'un adjuvant, d'un agent antiobésité et d'un agent antidiabétique. 3033703 111 "Pharmaceutiquement acceptable" signifie approuvé ou pouvant être approuvé par un organisme de réglementation du gouvernement fédéral des Etats-Unis ou d'un gouvernement d'état ou listé dans la Pharmacopée Américaine ou une autre 5 pharmacopée reconnue de manière générale pour une utilisation chez des animaux, y compris des êtres humains. Un "support, excipient, ou adjuvant pharmaceutiquement acceptable" se rapporte à un support, un excipient, ou un adjuvant qui peut être administré à un sujet, conjointement avec un agent, par 10 exemple, tout anticorps ou chaîne d'anticorps décrit dans ce document, et qui ne détruit pas l'activité pharmacologique de celui-ci et n'est pas toxique lorsqu'il est administré dans des doses suffisantes pour délivrer une quantité thérapeutique de l'agent.
15 Dans un exemple, l'invention concerne un procédé d'inhibition de l'activité de la PCSK9 en utilisant le ligand anti-PCSK9 de l'invention (par exemple, un anticorps ou une partie liant un antigène de l'anticorps de l'invention), où le procédé thérapeutique comprend l'administration d'une quantité 20 thérapeutiquement efficace d'une composition pharmaceutique comprenant le ligand. Le trouble traité est toute maladie ou affection qui est améliorée, inhibée ou prévenue par l'élimination, l'inhibition ou la réduction de l'activité de la PCSK9.
25 Par la phrase "quantité thérapeutiquement efficace", il est signifié une quantité qui produit l'effet souhaité pour laquelle elle est administrée. La quantité exacte dépendra de l'objectif du traitement et elle pourra être déterminée par l'homme du métier en utilisant des techniques connues (voir, 30 par exemple, Lloyd (1999) The Art, Science and Technology of Pharmaceutical Compounding). Génotypage et phénotypage 3033703 112 L'homme du métier sera familier avec les techniques qui peuvent être utilisées pour un génotypage précis et une application à l'invention. Celles-ci comprennent les suivantes. 5 1. Procédés basés sur une hybridation 1.1 Hybridation dynamique allèle-spécifique 1.2 Balises moléculaires 1.3 Micropuces avec SNP 2. Procédés basés sur des enzymes 10 2.1 Polymorphisme de longueur de fragments de restriction 2.2 Procédé basé sur la PCR 2.3 Flap endonucléase 2.4 Extension d'amorce 2.5 5'-Nucléase 15 2.6 Test basé sur la ligature d'oligonucléotides 3. Autres procédés post-amplification basés sur les propriétés physiques de l'ADN 3.1 Polymorphisme de conformation simple brin 3.2 Electrophorèse sur gel à gradient de température 20 3.3 Chromatographie liquide haute performance dénaturante 3.4 Fusion haute résolution de l'amplicon entier 3.5 Utilisation de protéines de liaison d'ADN avec mésappariements 3.6 SNPlex (SNP1exTM est une plate-forme propriétaire de 25 génotypage vendue par Applied Biosystems). Des technologies de séquençage de nouvelle génération comme le pyroséquençage sont également utiles. Une référence est également faite au document GB2444410A et au procédé de génotypage décrit à l'intérieur, qui est 30 incorporé dans ce document en référence dans son intégralité. Des tests miniaturisés, comme les micropuces avec des réactifs oligonucléotidiques immobilisés sur de petites surfaces, sont fréquemment proposés pour une analyse des 3033703 113 mutations à grande échelle et un génotypage à débit élevé (identification, cartographie, et génotypage à grande échelle de polymorphismes d'un seul nucléotide dans le génome humain (Wang DG, Fan JB, Siao CJ, Berno A, Young P, Sapolsky R, 5 Ghandour G, Perkins N, Winchester E, Spencer J, Kruglyak L, Stein L, Hsie L, Topaloglou T, Hubbell E, Robinson E, Mittmann M, Morris MS, Shen N, Kilburn D, Rioux J, Nusbaum C, Rozen S, Hudson TJ, Lipshutz R, Chee M, Lander ES, Science.
1998 May 15; 280(5366): 1077-82). D'autres procédés à débit élevé font 10 la discrimination des allèles par hybridation différentielle, extension d'amorce, ligature et clivage d'une sonde allèle-spécifique (Review Accessing genetic variation: genotyping single nucleotide polymorphisms, Syvâmen AC, Nat Rev Genet.
2001 Dec; 2(12): 930-42 ; Review Techniques patents for SNP 15 genotyping, Twyman RN, Primrose SB, Pharmacogenomics.
2003 Jan; 4(1): 67-79). Une approche pour une analyse des SNP à grande échelle, totalement automatisée est le test 'homogène', c'est-à-dire, un test à phase unique sans étapes de séparation, permettant 20 un contrôle continu durant l'amplification. Le test TaqManTm (Applied Biosystems), conçu à l'origine pour une PCR quantitative en temps réel, est un test homogène, également utilisé dans la détermination de l'état des mutations de l'ADN (voir, par exemple, A.A. Komar (ed.), Single Nucleotide 25 Polymorphisms, Methods in Molecular Biology 578, DOI 10.1007/978-1-60327-411-1 19, Humana Press, une partie de Springer Science+Business Media, LLC ; et Single Nucleotide Polymorphisms, Methods in Molecular BiologyTM Volume 578, 2009, pp 293-306, The TaqMan Method for SNP Genotyping, Gong-Qing 30 Shen et al). Le test de génotypage des SNP TaqMan exploite l'activité 5'-exonucléase de l'ADN polymérase AmpliTaq G01dTM pour cliver une sonde doublement marquée hybridée à la séquence contenant le SNP de l'ADNdb. Le clivage sépare un 3033703 114 fluorophore en 5' d'un extincteur en 3' menant à un signal fluorescent détectable. L'utilisation de deux sondes allèle-spécifiques portant différents fluorophores permet la détermination des SNP dans le même tube sans aucun traitement 5 post-PCR. Le génotype est déterminé à partir du rapport des intensités des deux sondes fluorescentes à la fin de l'amplification. Ainsi, plutôt que de tirer avantage de l'ensemble complet des données de PCR en temps réel comme dans les études quantitatives, seules les données au point final 10 sont utilisées. Le génotypage des SNP TaqMan dans un système automatisé à débit élevé est facilitée par l'utilisation des tests de génotypage TaqMan® préfabriqués, mais des tests TaqMan® personnalisés peuvent être également utilisés (High-throughput 15 genotyping with single nucleotide polymorphisms, Ranade K, Chang MS, Ting CT, Pei D, Hsiao CF, Olivier M, Pesich R, Hebert J, Chen YD, Dzau VJ, Curb D, Olshen R, Risch N, Cox DR, Botstein D, Genome Res.
2001 Jul; 11(7): 1262-8 ; Assessment of two flexible et compatible SNP genotyping platforms: TaqMan 20 SNP Genotyping Assays et the SNPlex Genotyping System, De la Vega FM, Lazaruk KD, Rhodes MD, Wenz MH, Mutat Res.
2005 Jun 3; 573(1-2): 111-35). Les résultats du test peuvent être déterminés automatiquement par un logiciel de génotypage fourni avec des thermocycleurs en temps réel (par exemple, le 25 logiciel IQ de Bio-Rad, le logiciel Sequence Detection de Applied Biosystems). Les polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP) peuvent être déterminés en utilisant des tests de PCR en temps réel TaqManTm (Applied Biosystems) et un logiciel commercial qui 30 attribue les génotypes en se basant sur les signaux des sondes rapporteurs à la fin de l'amplification. Un algorithme pour la dénomination automatique des génotypes des SNP en utilisant l'ensemble complet des données TaqMan en temps réel est 3033703 disponible pour une utilisation (A. Callegaro et al., Nucleic Acids Res. 2006; 34(7): e56, publié en ligne le 14 avril 2006. doi: 10.1093/nar/gk1185, PMCID: PMC1440877). L'algorithme est unique en ce qu'il classe les échantillons selon le 5 comportement des blancs (aucun échantillon d'ADN), qui se regroupent avec les échantillons hétérozygotes. Ce procédé de classement élimine le besoin de contrôles positifs et permet un génotypage précis même en l'absence d'une classe de génotype, par exemple, lorsqu'un allèle est rare.
10 L'homme du métier sera familier avec des techniques qui peuvent être utilisées pour un phénotypage précis et une application à l'invention. Celles-ci comprennent l'utilisation du séquençage des acides aminés d'une protéine cible isolée et la comparaison des séquences provenant de différents variants 15 (par exemple, avec le variant le plus courant). Un anticorps qui se lie spécifiquement et sélectivement dans la zone d'un SNP dans des conditions stringentes peut être également utilisé pour identifier un variant particulier. Dans un autre procédé, le génotype est déterminé et une séquence d'acides 20 aminés correspondante (phénotype) est déterminée, par exemple, par traduction in silico. Pour des raisons pratiques, la signification de certains termes et de certaines phrases utilisés dans la description, les exemples, et les revendications annexées, est fournie ci- 25 dessous. Sauf indication contraire, ou implicite d'après le contexte, les termes et les phrases suivants comprennent les significations fournies ci-dessous. Les définitions sont fournies pour aider à décrire des modes de réalisation particuliers, et ne sont pas censées limiter l'invention 30 revendiquée, parce que l'étendue de l'invention n'est limitée que par les revendications. Sauf définition contraire, tous les termes techniques et scientifiques utilisés dans ce document ont la même signification que celle couramment 3033703 116 comprise par une personne de compétence moyenne dans le domaine auquel cette invention appartient. S'il existe une discordance évidente entre l'usage d'un terme dans l'art et sa définition fournie dans ce document, la définition fournie au 5 sein du mémoire prévaudra. Pour des raisons pratiques, certains termes employés dans ce document, dans le mémoire, les exemples et les revendications annexées, sont regroupés ici. Les termes "diminuer", "réduit", ou "réduction" sont tous 10 utilisés dans ce document pour signifier une diminution d'une quantité statistiquement significative. Dans certains modes de réalisation, "réduire", "réduction" ou "diminution" signifie généralement une diminution d'au moins 10 % comparativement à un taux de référence (par exemple, l'absence d'un traitement 15 donné) et peut comprendre, par exemple, une diminution d'au moins environ 10 %, au moins environ 20 %, au moins environ 25 %, au moins environ 30 %, au moins environ 35 %, au moins environ 40 %, au moins environ 45 %, au moins environ 50 %, au moins environ 55 %, au moins environ 60 %, au moins environ 20 65 %, au moins environ 70 %, au moins environ 75 %, au moins environ 80 %, au moins environ 85 %, au moins environ 90 %, au moins environ 95 %, au moins environ 98 %, au moins environ 99 %, ou plus. Tel qu'utilisé dans ce document, "réduction" n'englobe pas une réduction complète comparativement à un taux 25 de référence. Une diminution peut être de préférence jusqu'à un taux accepté se situant au sein de la plage de la normale pour un individu sans trouble donné. Toutefois, par exemple, pour les objectifs d'abaissement ou de réduction du taux de cholestérol, par exemple, une réduction d'environ 5 à 30 10 points peut être considérée comme une "diminution" ou une "réduction." Dans certains aspects de tous les modes de réalisation de l'invention, le terme "inhibition" est utilisé. Une inhibition 3033703 117 se rapporte à une diminution d'au moins 10 % comparativement à un taux de référence (par exemple, l'absence d'un traitement donné) et peut comprendre, par exemple, une diminution d'au moins environ 10 %, au moins environ 20 %, au moins environ 5 25 %, au moins environ 30 %, au moins environ 35 %, au moins environ 40 %, au moins environ 45 %, au moins environ 50 %, au moins environ 55 %, au moins environ 60 %, au moins environ 65 %, au moins environ 70 %, au moins environ 75 %, au moins environ 80 %, au moins environ 85 %, au moins environ 90 %, au 10 moins environ 95 %, au moins environ 98 %, au moins environ 99 %, ou plus y compris une inhibition de 100 % comparativement à un taux de référence. Une "inhibition complète" se rapporte à une inhibition de 100 % comparativement à un taux de référence.
15 Les termes "augmenté", "augmenter", "amplifier", ou "activer" sont tous utilisés dans ce document pour signifier une augmentation d'une quantité statistiquement significative. Dans certains modes de réalisation, les termes "augmenté", "augmenter", "amplifier", ou "activer" peuvent signifier une 20 augmentation d'au moins 10 % comparativement à un taux de référence, par exemple une augmentation d'au moins environ 20 %, ou au moins environ 30 %, ou au moins environ 40 %, ou au moins environ 50 %, ou au moins environ 60 %, ou au moins environ 70 %, ou au moins environ 80 %, ou au moins environ 25 90 % ou jusqu'à et y compris une augmentation de 100 % ou toute augmentation entre 10 et 100 % comparativement à un taux de référence, ou une augmentation d'au moins environ 2 fois, ou au moins environ 3 fois, ou au moins environ 4 fois, ou au moins environ 5 fois ou au moins environ 10 fois, ou toute 30 augmentation entre 2 fois et 10 fois ou supérieure comparativement à un taux de référence. Dans le contexte d'un marqueur ou d'un symptôme, une "augmentation" est une augmentation statistiquement significative d'un tel taux.
3033703 118 Tel qu'utilisé dans ce "substantiellement" se rapporte à la présentation d'une étendue ou d'un total d'une caractéristique ou d'une document, le terme condition qualitative de degré total ou presque propriété d'intérêt. Une 5 personne de compétence moyenne dans le domaine comprendra que les phénomènes biologiques et chimiques rarement, si jamais, parviennent à la complétion et/ou se déroulent jusqu'à la complétion ou atteignent ou évitent un résultat absolu. Par conséquent, le terme "substantiellement" est utilisé dans ce 10 document pour capturer le manque potentiel de complétion inhérent à nombreux phénomènes biologiques et chimiques. Pour éliminer tout doute, "substantiellement" peut se rapporter à une étendue ou à un degré d'au moins 90 % d'une caractéristique ou d'une propriété d'intérêt, par exemple au 15 moins 90 %, au moins 92 %, au moins 95 %, au moins 98 %, au moins 99 % ou supérieur. Tel qu'utilisé dans ce document, un "sujet" signifie un être humain ou un animal. Habituellement, l'animal est un vertébré comme un primate, un rongeur, un animal domestique ou 20 un gibier. Les primates comprennent des chimpanzés, des singes cynomolgus, des singes-araignées, et des macaques, par exemple, Rhésus. Les rongeurs comprennent des souris, des rats, des marmottes, des furets, des lapins et des hamsters. Dans certains modes de réalisation, le sujet est un mammifère, 25 par exemple, un primate, par exemple, un être humain. Les termes, "individu," "patient" et "sujet" sont utilisés de manière interchangeable dans ce document. Dans certains modes de réalisation, le sujet peut être un vertébré non humain, par exemple, un primate, un rongeur, une souris, un rat, un porc, 30 un mouton, un poisson-zèbre, une grenouille, etc. De préférence, le sujet est un mammifère. Le mammifère peut être un être humain, un primate non humain, une souris, un rat, un chien, un chat, un cheval, ou une vache, mais n'est 3033703 119 pas limité à ces exemples. Des mammifères autres que des êtres humains peuvent être utilisés de manière avantageuse en tant que sujets qui représentent des modèles animaux d'une maladie ou d'une affection, par exemple, une affection 5 cardiovasculaire. Un sujet peut être mâle ou femelle. Un sujet peut être un sujet qui a été diagnostiqué auparavant comme atteint ou identifié comme souffrant ou atteint d'une affection ayant besoin d'un traitement ou d'une ou de plusieurs complications associées à une telle affection, 10 et éventuellement, qui a déjà subi un traitement pour l'affection ou les une ou plusieurs complications associées à l'affection. En variante, un sujet peut être également un sujet qui n'a pas été diagnostiqué auparavant comme atteint de l'affection ou d'une ou de plusieurs complications associées à 15 l'affection. Par exemple, un sujet peut être un sujet qui présente un ou plusieurs facteurs de risque pour l'affection ou une ou plusieurs complications associées à l'affection ou un sujet qui ne présente pas de facteurs de risque. Un "sujet ayant besoin" ou un "être humain ayant besoin" 20 d'un traitement pour une affection particulière peut être un sujet souffrant de cette affection, comme une augmentation des taux de cholestérol, diagnostiqué comme souffrant de cette affection, ou à risque de développer cette affection. Tels qu'utilisés dans ce document, les termes "protéine" 25 et "polypeptide" sont utilisés de manière interchangeable dans ce document pour désigner une série de résidus d'acides aminés, reliés les uns aux autres par des liaisons peptidiques entre les groupes alpha-amino et carboxy des résidus adjacents. Les termes "protéine", et "polypeptide" se 30 rapportent à un polymère d'acides aminés avec des acides aminés naturels. Lorsqu'il est fait référence à des "polypeptides modifiés", on se rapporte à des polypeptides qui comprennent des acides aminés modifiés (par exemple, 3033703 phosphorylés, glyqués, glycosylés, etc.) et des analogues d'acides aminés, sans tenir compte de la taille ou de la fonction. "Protéine" et "polypeptide" sont souvent utilisés en référence à des polypeptides relativement grands, tandis que 5 le terme "peptide" est souvent utilisé en référence à des petits polypeptides, mais l'usage de ces termes dans l'art se chevauche. Les termes "protéine" et "polypeptide" sont utilisés de manière interchangeable dans ce document lorsqu'il est fait référence à un produit génique et à des fragments de 10 celui-ci. Ainsi, les exemples de polypeptides ou de protéines comprennent des produits géniques, des protéines existant à l'état naturel avec la séquence spécifiée. On peut également utiliser des homologues de peptides, des orthologues de peptides, des paralogues de peptides, des fragments de 15 peptides et d'autres équivalents, variants, fragments, et analogues des peptides comme ces termes sont compris d'une personne de compétence moyenne dans le domaine. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "acide nucléique" ou "séquence d'acide nucléique" se rapporte à toute 20 molécule, de préférence une molécule polymère, incorporant des unités d'acide ribonucléique, d'acide désoxyribonucléique. L'acide nucléique peut être soit simple brin soit double brin. Un acide nucléique simple brin peut être un brin d'acide nucléique d'un ADN double brin dénaturé. En variante, il peut 25 s'agir d'un acide nucléique simple brin non dérivé d'un ADN double brin quelconque. Dans un aspect, l'acide nucléique peut être de l'ADN. Dans un autre aspect, l'acide nucléique peut être de l'ARN. Les molécules d'acide nucléique appropriées sont de l'ADN, y compris de l'ADN génomique ou de l'ADNc.
30 D'autres molécules d'acide nucléique appropriées sont de l'ARN, y compris de l'ARNm. Dans certains aspects, on peut également utiliser des analogues d'acides nucléiques.
3033703 121 Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "sonde d'acide nucléique" se rapporte à une molécule d'oligonucléotide isolée ayant une séquence d'acide nucléique qui peut s'hybrider à une séquence d'acide nucléique cible, par exemple, qui s'hybride 5 spécifiquement à la séquence cible. Dans certains modes de réalisation, une sonde d'acide nucléique peut comprendre en outre un marqueur détectable. Dans certains modes de réalisation, une sonde d'acide nucléique peut être fixée à une surface solide. Dans certains modes de réalisation, un acide 10 nucléique a une longueur d'environ 5 nt à environ 100 nt. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "ARNsi" se rapporte à un acide nucléique qui forme une molécule d'ARN comprenant deux brins individuels d'ARN qui sont substantiellement complémentaires l'un de l'autre. De manière 15 générale, l'ARNsi a une longueur d'au moins environ 15 à 40 nucléotides (par exemple, chaque séquence complémentaire de l'ARNsi double brin a une longueur d'environ 15 à 40 nucléotides, et l'ARNsi double brin a une longueur d'environ 15 à 40 paires de bases, de préférence une longueur 20 d'environ 19 à 25 nucléotides de bases, par exemple, 19, 20, 21, 22, 23, 24, ou 25 nucléotides). Dans certains modes de réalisation, un ARNsi peut avoir ses extrémités émoussées. Dans certains modes de réalisation, un ARNsi peut comprendre une extrémité sortante en 3' et/ou 5' sur chaque brin ayant 25 une longueur d'environ 0, 1, 2, 3, 4, ou 5 nucléotides. La longueur de l'extrémité sortante est indépendante entre les deux brins, c'est-à-dire que la longueur de l'extrémité sortante sur un brin n'est pas dépendante de la longueur de l'extrémité sortante sur le second brin. Les molécules d'ARNsi 30 peuvent également comprendre un groupe hydroxyle en 3'. Dans certains modes de réalisation, l'ARNsi peut comprendre un groupe phosphate en 5'. Un ARNsi a la capacité de réduire ou d'inhiber l'expression d'un gène ou d'un ARN cible lorsque 3033703 122 l'ARNsi est présent ou exprimé dans la même cellule que le gène cible, par exemple l'ARN cible. Le silençage posttranscriptionnel dépendant d'un ARNsi de l'expression génique implique la coupure de la molécule d'ARN cible au niveau d'un 5 site guidé par l'ARNsi. Tel qu'utilisé dans ce document, "PCSK9" ou "proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9" se rapporte à une sérine protéase impliquée dans la régulation des taux de la protéine récepteur des lipoprotéines de basse densité (LDLR) 10 (Horton et al., 2007 ; Seidah et Prat, 2007). Il a été montré que la PCSK9 interagit directement avec la protéine LDLR, peut être endocytosée avec le LDLR, et présente une coimmunofluorescence avec le LDLR tout le long de la voie endosomiale (Lagace et al., 2006). La PCSK9 est une 15 prohormone-proprotéine convertase de la famille des subtilisines (S8) des sérine protéases (Seidah et al., 2003). La séquence de la PCSK9 est connue pour diverses espèces, par exemple, la PCSK9 humaine (NCBI Gene ID No: 255738). Les séquences nucléotidiques et polypeptidiques pour un certain 20 nombre d'isoformes de la PCSK9 sont fournies dans ce document, par exemple, SEQ ID NO : 1 à 37. La PCSK9 existe à la fois sous la forme de pro-forme et de forme mature. Une autocatalyse de la pro-forme de la PCSK9 se produit entre G1n152 et Ser153 (VFAQ1S1P) (Naureckiene et 25 al., 2003), et il a été montré qu'elle est nécessaire pour sa sécrétion à partir des cellules (Seidah et al., 2003). La forme inactive avant ce clivage peut être nommée forme "inactive", "pro-forme", ou "non traitée" de la PCSK9. Le fragment C-terminal généré par l'événement d'autocatalyse peut 30 être nommé dans ce document PCSK9 "mature," "clivée", "traitée" ou "active". Des exemples d'isoformes de la pro-forme et de la forme mature de la PCSK9 sont fournis dans ce document, voir, SEQ ID NO : 1 à 27.
3033703 123 Tel qu'utilisé dans ce document, le "domaine catalytique" de la PCSK9 se rapporte à la partie d'un polypeptide de la PCSK9 correspondant aux positions 153 à 449 de la PCSK9, par exemple, de SEQ ID NO : 1. Tel qu'utilisé dans ce document, le 5 "domaine C-terminal" de la PCSK9 se rapporte à la partie d'un polypeptide de la PCSK9 correspondant aux positions 450 à 692 de la PCSK9, par exemple, de SEQ ID NO : 1. Tel qu'utilisé dans ce document, une maladie ou une affection "médiée par la PCSK9" se rapporte à une maladie ou 10 une affection qui est provoquée ou caractérisée par un changement dans la PCSK9, par exemple un changement dans le taux d'expression, un changement dans l'activité, et/ou la présence d'un variant ou d'une mutation de la PCSK9. Des exemples non limitatifs de ces maladies ou affections peuvent 15 comprendre, par exemple, un trouble lipidique, une hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, une crise cardiaque, un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose, une maladie vasculaire périphérique, une claudication, un 20 diabète de type II, une pression sanguine élevée, et une maladie ou une affection cardiovasculaire. Dans un exemple, la maladie ou l'affection est une maladie ou une affection inflammatoire ou auto-immune. Les procédés d'identification et/ou de diagnostic de ces maladies et affections sont bien 25 connus des praticiens médicaux de compétence moyenne dans le domaine. Un sujet à risque de souffrir ou de développer une maladie ou une affection médiée par la PCSK9 peut être un sujet présentant un ou plusieurs signes ou symptômes d'une 30 telle maladie ou affection ou comportant un ou plusieurs facteurs de risque pour une telle maladie ou affection, par exemple, présentant un surpoids, une élévation du taux de cholestérol, comprenant un ou plusieurs polymorphismes 3033703 124 génétiques connus pour prédisposer à la maladie ou à l'affection, par exemple, un taux de cholestérol élevé, comme comportant une mutation dans le gène du LDLR (codant pour le récepteur des lipoprotéines de basse densité) ou de l'APOB 5 (codant pour l'apolipoprotéine B) ou de la PCSK9 et/ou ayant des antécédents familiaux d'une telle maladie ou affection. Tel qu'utilisé dans ce document, "ligand" se rapporte à une molécule qui peut se lier, par exemple, se lier spécifiquement, à une seconde molécule ou à un récepteur. Dans 10 certains modes de réalisation, un ligand peut être, par exemple, un anticorps, un fragment d'anticorps, une partie d'anticorps et/ou un affibody. Le terme "variant", tel qu'utilisé dans ce document, se rapporte à un peptide ou à un acide nucléique qui diffère du 15 polypeptide ou de l'acide nucléique (par exemple, le plus courant chez les êtres humains, par exemple, le plus fréquent dans une base de données comme telle que décrite dans ce document, comme la base de données du Projet 1000 Génomes) d'une ou de plusieurs délétions, additions d'acides aminés ou 20 d'acide nucléique, mais qui conserve une ou plusieurs fonctions ou activités biologiques spécifiques de la molécule existant à l'état naturel. Les substitutions d'acides aminés comprennent des modifications dans lesquelles un acide aminé est remplacé par un résidu d'acide aminé différent existant à 25 l'état naturel. De telles substitutions peuvent être classées en "conservatives", en quel cas un résidu d'acide aminé contenu dans un polypeptide est remplacé par un autre acide aminé existant à l'état naturel de caractère similaire en relation avec soit la polarité, soit la fonctionnalité ou la 30 taille de la chaîne latérale. De telles substitutions conservatives sont bien connues dans l'art. Les substitutions englobées par la présente invention peuvent être également "non conservatives", c'est-à-dire dans lesquelles un résidu 3033703 d'acide aminé qui est présent dans un peptide est substitué par un acide aminé possédant des propriétés différentes, comme un acide aminé existant à l'état naturel d'un groupe différent (par exemple, en substituant un acide aminé chargé ou 5 hydrophobe par de l'alanine), ou en variante, dans lesquelles un acide aminé existant à l'état naturel est substitué par un acide aminé non traditionnel. Dans certains modes de réalisation, les substitutions d'acides aminés sont conservatives. Est également englobé au sein du terme variant, 10 lorsqu'il est utilisé en référence à un polynucléotide ou à un polypeptide, un polynucléotide ou un polypeptide qui veut varier dans sa structure primaire, secondaire ou tertiaire, comparativement à un polynucléotide ou à un polypeptide de référence, respectivement (par exemple, comparativement à un 15 polynucléotide ou à un polypeptide de type sauvage). Des variants de la PCSK9 sont proposés ailleurs dans ce document. Les variants de la PCSK9 peuvent comprendre les formes décrites dans ce document telles que a, f, c, r, p, m, e, h, aj, et q. Les séquences de ces variants sont fournies 20 dans ce document, voir, par exemple, SEQ ID NO : 1 à 27 et dans le tableau 1. Dans certains aspects, on peut utiliser des "variants synthétiques", des "variants recombinants", ou des variants de polynucléotides ou des variants de polypeptides "modifiés 25 chimiquement" isolés ou générés en utilisant des procédés bien connus dans l'art. Les "variants modifiés" peuvent comprendre des changements conservatifs ou non conservatifs d'acides aminés, comme il est décrit ci-dessous. Des changements de polynucléotides peuvent entraîner des substitutions, des 30 additions, des délétions, des fusions et des troncatures d'acides aminés dans le polypeptide codé par la séquence de référence. Certains aspects comprennent des variants par insertion, des variants par délétion ou des variants 3033703 126 substitués avec des substitutions d'acides aminés, y compris des insertions et des substitutions d'acides aminés et d'autres molécules) qui n'apparaissent pas normalement dans la séquence peptidique qui est la base du variant, par exemple, 5 mais pas limitées, à une insertion d'ornithine qui n'existe pas normalement dans les protéines humaines. Le terme "substitution conservative", lors de la description d'un polypeptide, se rapporte à un changement dans la composition en acides aminés du polypeptide qui ne modifie 10 substantiellement pas l'activité du polypeptide. Par exemple, une substitution conservative se rapporte à la substitution d'un résidu d'acide aminé à un résidu d'acide aminé différent qui possède des propriétés chimiques similaires. Les substitutions conservatives d'acides aminés comprennent le 15 remplacement d'une leucine par une isoleucine ou une valine, d'un aspartate par un glutamate, ou d'une thréonine par une sérine. "Les substitutions conservatives d'acides aminés" résultent du remplacement d'un acide aminé par un autre 20 possédant des propriétés structurales et/ou chimiques similaires, comme le remplacement d'une leucine par une isoleucine ou une valine, d'un aspartate par un glutamate, ou d'une thréonine par une sérine. Ainsi, une "substitution conservative" d'une séquence d'acides aminés particulière se 25 rapporte à une substitution de ces acides aminés qui ne sont pas critiques pour l'activité du polypeptide ou à une substitution d'acides aminés par d'autres acides aminés possédant des propriétés similaires (par exemple, acide, basique, chargé positivement ou négativement, polaire ou non 30 polaire, etc.) de telle manière que la substitution d'acides aminés mêmes critiques ne réduit pas l'activité du peptide, (c'est-à-dire, la capacité du peptide à pénétrer la barrière hématoencéphalique (BHE)). Les tableaux des substitutions 3033703 127 conservatives fournissant des acides aminés fonctionnellement similaires sont bien connus dans l'art. Par exemple, les six groupes suivants contiennent chacun des acides aminés qui sont des substitutions conservatives les uns pour les autres : 5 1) Alanine (A), Sérine (S), Thréonine (T) ; 2) Acide aspartique (D), Acide glutamique (E) ; 3) Asparagine (N), Glutamine (Q) ; 4) Arginine (R), Lysine (K) ; 5) Isoleucine (I), Leucine (L), Méthionine (M), Valine (V) ; et 6) Phénylalanine (F), Tyrosine (Y), Tryptophane (W). (Voir 10 également Creighton, Proteins, W. H. Freeman et Company (1984).) Dans certains modes de réalisation, des substitutions, des délétions ou des additions individuelles qui modifient, ajoutent ou délètent un seul acide aminé ou un petit pourcentage d'acides aminés peuvent être également 15 considérées comme des "substitutions conservatives" si le changement ne réduit pas l'activité du peptide. Les insertions ou les délétions sont généralement situées dans la plage d'environ 1 à 5 acides aminés. Les acides aminés conservatifs peuvent être choisis en se basant sur l'emplacement de l'acide 20 aminé à substituer dans le peptide, par exemple, si l'acide aminé est sur l'extérieur du peptide et exposé aux solvants, ou sur l'intérieur et non exposé aux solvants. Dans des variantes de modes de réalisation, on peut choisir l'acide aminé qui substituera un acide aminé existant 25 en se basant sur l'emplacement de l'acide aminé existant, c'est-à-dire, son exposition aux solvants (c'est-à-dire, si l'acide aminé est exposé aux solvants ou est présent sur la surface externe du peptide ou du polypeptide comparativement à des acides aminés localisés en interne non exposés aux 30 solvants). Le choix de telles substitutions conservatives d'acides aminés est bien connu dans l'art, par exemple comme il est décrit dans Dordo et al, J. Mol Biol, 1999, 217, 721739 et Taylor et al., J. Theor. Biol. 119(1986); 205-218 et S.
3033703 128 French and B. Robson, J. Mol. Evol. 19(1983)171. Par conséquent, on peut choisir des substitutions conservatives d'acides aminés appropriées pour des acides aminés sur l'extérieur d'une protéine ou d'un peptide (c'est-à-dire, des 5 acides aminés exposés à un solvant), par exemple, mais sans limitation, les substitutions suivantes peuvent être utilisées : la substitution de Y par F, T par S ou K, P par A, E par D ou Q, N par D ou G, R par K, G par N ou A, T par S ou K, D par N ou E, I par L ou V, F par Y, S par T ou A, R par K, 10 G par N ou A, K par R, A par S, K ou P. Dans des variantes de modes de réalisation, on peut également choisir des substitutions conservatives d'acides aminés englobées appropriées pour des acides aminés sur l'intérieur d'une protéine ou d'un peptide, par exemple, on 15 peut utiliser des substitutions conservatives appropriées pour des acides aminés sur l'intérieur d'une protéine ou d'un peptide (c'est-à-dire que les acides aminés ne sont pas exposés à un solvant), par exemple, mais sans limitation, on peut utiliser les substitutions conservatives suivantes : où Y 20 est substitué par F, T par A ou S, I par L ou V, W par Y, M par L, N par D, G par A, T par A ou S, D par N, I par L ou V, F par Y ou L, S par A ou T et A par S, G, T ou V. Dans certains modes de réalisation, des substitutions non conservatives d'acides aminés sont également englobées au sein 25 du terme de variants. Tel qu'utilisé dans ce document, un "anticorps" se rapporte à des molécules d'IgG, d'IgM, d'IgA, d'IgD ou d'IgE ou à des fragments d'anticorps spécifiques d'un antigène de celles-ci (y compris, mais sans limitation, un Fab, F(ab')2, 30 Fv, Fv à liaison disulfure, scFv, anticorps à domaine unique, anticorps multispécifique à conformation close, scfv à liaison disulfure, diabody), qu'il soit dérivé de toute espèce qui produit naturellement un anticorps ou créé par la technologie 3033703 129 de l'ADN recombinant ; qu'il soit isolé de sérum, de lymphocytes B, d'hybridomes, de transfectomes, de levures ou de bactéries. Les anticorps peuvent être humanisés en utilisant une technologie de routine.
5 Tel que décrit dans ce document, un "antigène" est une molécule qui est liée par un site de liaison sur un agent anticorps. De manière générale, les antigènes sont liés par des ligands anticorps et sont capables de soulever une réponse en anticorps in vivo. Un antigène peut être un polypeptide, 10 une protéine, un acide nucléique ou une autre molécule ou une partie de ceux-ci. Le terme "déterminant antigénique" se rapporte à un épitope sur l'antigène reconnu par une molécule de liaison d'un antigène, et plus particulièrement, par le site de liaison d'un antigène de ladite molécule.
15 Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "fragment d'anticorps" se rapporte à un polypeptide qui comprend au moins un domaine variable d'immunoglobuline ou une séquence de domaine variable d'immunoglobuline et qui lie spécifiquement un antigène donné. Un fragment d'anticorps peut comprendre un 20 anticorps ou un polypeptide comprenant un domaine de liaison d'un antigène d'un anticorps. Dans certains modes de réalisation, un fragment d'anticorps peut comprendre un anticorps monoclonal ou un polypeptide comprenant un domaine de liaison d'un antigène d'un anticorps monoclonal. Par 25 exemple, un anticorps peut comprendre une région variable de chaîne lourde (H) (abrégée dans ce document en VH), et une région variable de chaîne légère (L) (abrégée dans ce document en VL). Dans un autre exemple, un anticorps comprend deux régions variables de chaîne lourde (H) et deux régions 30 variables de chaîne légère (L). Le terme "fragment d'anticorps" englobe des fragments de liaison d'un antigène d'anticorps (par exemple, des anticorps à chaîne unique, des fragments Fab et sFab, F(ab')2, des fragments Fd, des 3033703 fragments Fv, scFv, et des fragments d'anticorps à domaine unique (dAb) (voir, par exemple de Wildt et al., Eur J. Immunol. 1996; 26(3): 629-39 ) ainsi que des anticorps complets. Un anticorps peut présenter des caractères 5 structuraux des IgA, IgG, IgE, IgD, IgM (ainsi que des sous-types et des combinaisons de celles-ci). Les anticorps peuvent provenir de n'importe quelle source, y compris une souris, un lapin, un porc, un rat, et un primate (être humain et primate non humain) et des anticorps primatisés. Les anticorps 10 comprennent également les midibodies, les anticorps humanisés, les anticorps chimériques, et analogues. Tel qu'utilisé dans ce document, "domaine variable d'anticorps" se rapporte aux parties des chaînes légères et lourdes des molécules d'anticorps qui comprennent les 15 séquences d'acides aminés des régions déterminant la complémentarité (CDR ; c'est-à-dire, CDR1, CDR2, et CDR3), et des régions charpentes (FR). VH se rapporte au domaine variable de la chaîne lourde. VL se rapporte au domaine variable de la chaîne légère. Selon les procédés utilisés dans 20 cette invention, les positions d'acides aminés attribuées aux CDR et aux FR peuvent être définies selon Kabat (Sequences of Proteins of Immunological Interest (National Institutes of Health, Bethesda, Md., 1987 et 1991)) ou selon la nomenclature IMGT.
25 Le domaine ou la région D se rapporte au domaine ou à la région de diversité d'une chaîne d'anticorps. Le domaine ou la région J se rapporte au domaine ou à la région de jonction d'une chaîne d'anticorps. Un "segment de gène" d'anticorps, par exemple un segment 30 de gène VH, un segment de gène D, ou un segment de gène JH se rapporte à un oligonucléotide ayant une séquence d'acide nucléique qui code pour cette partie d'un anticorps, par exemple un segment de gène VH est un oligonucléotide 3033703 131 comprenant une séquence d'acide nucléique qui code pour un domaine VH de polypeptide. Les régions VH et VL peuvent être en outre sous-divisées en régions d'hypervariabilité, nommées "régions déterminant la 5 complémentarité" ("CDR"), intercalées avec des régions qui sont plus conservées, nommées "régions charpentes" ("FR"). L'étendue de la région charpente et des CDR a été définie de manière précise (voir, IMGT ou Kabat, E. A., et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth 10 Edition, U.S. Department of Health et Human Services, NIH Publication No. 91-3242, et Chothia, C. et al. (1987) J. Mol. Biol. 196: 901-917 ). Chaque VH et VL est généralement composée de trois CDR et de quatre FR, arrangées de l'extrémité amino-terminale à l'extrémité carboxy-terminale 15 dans l'ordre suivant : FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4. Les termes "fragment de liaison d'un antigène" ou "domaine de liaison d'un antigène", qui sont utilisés de manière interchangeable dans ce document sont utilisés pour se rapporter à un ou plusieurs fragments d'un anticorps pleine 20 longueur qui conservent la capacité de se lier spécifiquement à une cible d'intérêt. Les exemples de fragments de liaison englobés au sein du terme "fragment de liaison d'un antigène" d'un anticorps pleine longueur comprennent (i) un fragment Fab, un fragment monovalent constitué des domaines VL, VH, CL 25 et CH1 ; (ii) un fragment F(ab')2, un fragment bivalent comprenant deux fragments Fab liés par un pont disulfure au niveau de la région charnière ; (iii) un fragment Fd constitué des domaines VH et CH1 ; (iv) un fragment Fv constitué des domaines VL et VH d'un seul bras d'un anticorps, (v) un 30 fragment dAb (Ward et al., (1989) Nature 341: 544-546 ), qui est constitué d'un domaine VH ou VL ; et (vi) une région déterminant la complémentarité (CDR) isolée qui conserve la fonctionnalité de liaison d'un antigène spécifique.
3033703 132 Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "site de liaison d'un anticorps" se rapporte à un polypeptide ou à un domaine qui comprend une ou plusieurs CDR d'un anticorps et qui est capable de lier un antigène. Par exemple, le 5 polypeptide comprend une CDR3 (par exemple, HCDR3). Par exemple, le polypeptide comprend les CDR 1 et 2 (par exemple, HCDR1 et 2) ou les CDR 1 à 3 d'un domaine variable d'un anticorps (par exemple, HCDR 1 à 3). Dans un exemple, le site de liaison d'un anticorps est fourni par un seul domaine 10 variable (par exemple, un domaine VH ou VL). Dans un autre exemple, le site de liaison comprend une paire VH/VL ou deux ou plus de ces paires. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "liaison spécifique" se rapporte à une interaction chimique entre 15 deux molécules, composés, cellules et/ou particules dans laquelle la première entité se lie à la deuxième, l'entité cible avec une spécificité et une affinité supérieure par rapport à lorsqu'elle se lie à une troisième entité qui n'est pas une cible. Par exemple, dans un test de diagnostic, la 20 liaison spécifique d'un ligand peut faire la distinction entre deux protéines PCSK9 variantes telles que décrites dans ce document. Dans certains modes de réalisation, une liaison spécifique peut se rapporter à une affinité de la première entité pour la deuxième entité cible qui est au moins de 25 10 fois, au moins de 50 fois, au moins de 100 fois, au moins de 500 fois, au moins de 1000 fois ou plus l'affinité pour la troisième entité qui n'est pas une cible. Dans le contexte de brins oligonucléotidiques qui interagissent par l'intermédiaire d'une hybridation, une liaison spécifique peut 30 être une "hybridation spécifique". En outre, et comme il est décrit dans ce document, un anticorps humain/humanisé recombinant peut être en outre optimisé pour diminuer son immunogénicité potentielle, tout en 3033703 133 maintenant son activité fonctionnelle, pour une thérapie chez des êtres humains. A cet égard, activité fonctionnelle signifie un polypeptide capable de présenter une ou plusieurs activités fonctionnelles connues associées à un anticorps 5 recombinant ou à un réactif anticorps de celui-ci tel que décrit dans ce document. De telles activités fonctionnelles comprennent, par exemple, la capacité de se lier à une molécule cible. Le terme "immunisation" se rapporte à l'étape ou aux 10 étapes d'administration d'un ou de plusieurs antigènes à un animal de telle manière que des anticorps puissent être soulevés chez l'animal. De manière générale, une immunisation comprend une injection de l'antigène ou d'antigènes à l'animal. Une immunisation peut impliquer une ou plusieurs 15 administrations de l'antigène ou des antigènes. Les procédés appropriés sont des procédures de primovaccination-rappel et RIMMS telles que connues de l'homme du métier. Tel qu'utilisé dans ce document, un "affibody" se rapporte à une molécule de protéine synthétique relativement 20 petite qui présente une affinité de liaison élevée pour une protéine cible (par exemple, pour la PCSK9 ou un variant de celle-ci). Les affibodies sont composés d'un domaine en faisceau à triple hélice dérivé du domaine de liaison des IgG de la protéine A staphylococcique. Le domaine de la protéine 25 est constitué d'une séquence de 58 acides aminés avec 13 acides aminés randomisés produisant une plage de variants d'affibodies. En dépit d'être significativement plus petit qu'un anticorps (un affibody pèse environ 6 kDa alors qu'un anticorps pèse de manière commune environ 150 kDa), une 30 molécule d'affibody fonctionne comme un anticorps puisque son site de liaison est approximativement équivalent en surface spécifique au site de liaison d'un anticorps.
3033703 134 Tel qu'utilisé dans ce document, "VH3-23*04" se rapporte à un variant de domaine VH humain comprenant la séquence polypeptidique de SEQ ID NO : 38. Par opposition à la séquence de référence, VH3-23*04 comporte un résidu de valine à la 5 place d'un résidu de leucine (voir les figures 3 et 4 ; L24V, la numérotation comprenant la séquence signal ; valine en position 5 représentée sur la figure 4) comme conséquence de la présence du SNP rs56069819 dans la séquence d'acide nucléique codant pour le domaine VH. Tel qu'utilisé dans ce 10 document, "rs56069819" se rapporte à une mutation ou à un variant dans un segment de gène VH d'adénosine en cytosine (ou de thymine en guanine, selon le brin d'ADN qui est lu), produisant le domaine VH codant pour VH3-23*04. Rs56069819 est représenté sur la figure 4 et SEQ ID NO : 39, qui 15 démontrent la mutation T->G (il est noté que l'entrée dbSNP pour RS5606819 représente l'autre brin, qui comprend la mutation A->C). Une autre description de VH3-23*04 peut être trouvée, par exemple, dans la publication de brevet US 2013/0071405 .
20 Tel qu'utilisé dans ce document, "déterminé" ou "détermination" se rapporte à la vérification, par exemple, par une analyse quantitative ou qualitative. Tel qu'utilisé dans ce document, "a été déterminé" peut se rapporter à une vérification sur la base d'informations obtenues auparavant ou 25 d'informations obtenues simultanément. Dans certains aspects de tous les modes de réalisation de l'invention, la sélection peut comprendre une automatisation comme un programme de logiciel mis en oeuvre par un ordinateur qui lors de l'entrée de données pertinentes telles que 30 l'ethnicité ou un panel de données de SNP peut réaliser la détermination en se basant sur les instructions présentées dans ce document.
3033703 Tel qu'utilisé dans ce document, "dosage" se rapporte à l'estimation, l'évaluation, la quantification, la mesure ou la caractérisation d'un analyte, par exemple, la mesure du taux d'un analyte dans un échantillon, l'identification d'un 5 analyte, ou la détection de la présence ou de l'absence d'un analyte dans un échantillon. Dans certains modes de réalisation, dosage se rapporte à la détection de la présence ou de l'absence de l'analyte d'intérêt. Dans certains modes de réalisation, dosage se rapporte à la quantification d'une 10 quantité d'un analyte, par exemple, la fourniture d'une mesure de la concentration ou du degré d'abondance de l'analyte. Dans certains modes de réalisation, dosage se rapporte à l'énumération du nombre de molécules d'analyte présentes dans un échantillon et/ou un prélèvement, par exemple, pour 15 déterminer le nombre de copies d'un analyte. Tel qu'utilisé dans ce document, "multiplex" se rapporte à la réalisation d'une méthode ou d'un procédé simultanément et dans le même récipient réactionnel sur deux ou plus, généralement trois ou plus, séquences cibles différentes, par 20 exemple sur deux isoformes ou plus de la PCSK9, ou sur la PCSK9 et une cible supplémentaire. Une analyse multiplex comprend généralement l'analyse de 10 à 50 ; 10 à 100 ; 10 à 1000, 10 à 5000, 10 à 10000 réactions dans un format multiplex, comme une réaction multi-puits, sur une puce, ou 25 multicanaux. Souvent l'analyse ou l'analyse multiplex est également automatisée en utilisant la robotique et elle est généralement exécutée grâce à un logiciel par un ordinateur et elle peut comprendre une manipulation robotique des échantillons, une 30 sélection automatique ou robotique des résultats positifs ou négatifs, la recherche de la présence ou de l'absence d'une cible, comme un polymorphisme d'acide nucléique ou un variant de protéine.
3033703 136 Le terme "échantillon biologique" ou "échantillon à tester", tel qu'utilisé dans ce document, indique un échantillon prélevé ou isolé d'un organisme biologique, par exemple, un échantillon provenant d'un sujet. Les exemples 5 d'échantillons biologiques comprennent, mais sans limitation, un échantillon de liquide biologique ; du sérum ; du plasma ; de l'urine ; de la salive ; des cheveux, des cellules épithéliales, de la peau, une biopsie de tumeur et/ou un échantillon de tissu, etc. Le terme comprend également un 10 mélange des échantillons susmentionnés. Le terme "échantillon à tester" ou "échantillon biologique" comprend également des échantillons biologiques non traités ou prétraités. Pour l'analyse d'acides nucléiques, l'échantillon biologique devra généralement comprendre au moins une cellule comprenant des 15 acides nucléiques. L'échantillon à tester peut être obtenu en prélevant un échantillon de cellules à partir d'un sujet, mais ceci peut également s'accomplir en utilisant des cellules isolées auparavant (par exemple, isolées à un point de temps antérieur 20 et isolées par la même personne ou une autre personne). En outre, l'échantillon à tester peut être un échantillon fraîchement prélevé ou un échantillon prélevé auparavant, réfrigéré, congelé ou conservé autrement. Dans certains modes de réalisation, l'échantillon à 25 tester peut être un échantillon à tester non traité. Telle qu'utilisée dans ce document, la phrase "échantillon à tester non traité" se rapporte à un échantillon à tester qui n'a pas subi de prétraitement d'échantillon antérieur quelconque sauf une dilution et/ou une suspension dans une solution. Les 30 exemples de procédés de traitement d'un échantillon à tester comprennent, mais sans limitation, une centrifugation, une filtration, une sonication, une homogénéisation, un chauffage, une congélation et une décongélation, et des combinaisons de 3033703 137 ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, l'échantillon à tester peut être un échantillon à tester congelé, par exemple, un tissu congelé. L'échantillon congelé peut être décongelé avant d'employer des procédés, des méthodes d'analyse et des 5 systèmes décrits dans ce document. Après la décongélation, un échantillon congelé peut être centrifugé avant d'être soumis à des procédés, des méthodes d'analyse et des systèmes décrits dans ce document. Dans certains modes de réalisation, l'échantillon à tester est un échantillon à tester clarifié, 10 par exemple, par centrifugation et recueil d'un surnageant comprenant l'échantillon à tester clarifié. Dans certains modes de réalisation, un échantillon à tester peut être un échantillon à tester prétraité, par exemple, un surnageant ou un filtrat résultant d'un traitement choisi dans le groupe 15 constitué d'une centrifugation, d'une filtration, d'une décongélation, d'une purification, et de toutes les combinaisons de ceux-ci. Dans certains modes de réalisation, l'échantillon à tester peut être traité avec un réactif chimique et/ou biologique. Les réactifs chimiques et/ou 20 biologiques peuvent être employés pour protéger et/ou maintenir la stabilité de l'échantillon, y compris des biomolécules (par exemple, un acide nucléique et une protéine) à l'intérieur, durant le traitement. Un exemple de réactif est un inhibiteur des protéases, qui est généralement utilisé pour 25 protéger ou maintenir la stabilité des protéines durant le traitement. L'homme du métier sera bien au courant des méthodes et des procédés appropriés pour un prétraitement d'échantillons biologiques requis pour la détermination du taux d'un produit d'expression tel que décrit dans ce 30 document. Tel qu'utilisé dans ce document, "génotypage" se rapporte à un procédé de détermination de la composition allélique spécifique d'une cellule et/ou d'un sujet au niveau d'une ou 3033703 138 de plusieurs positions au sein du génome, par exemple par détermination de la séquence d'acide nucléique au niveau de cette position. Génotypage se rapporte à une analyse d'acide nucléique et/ou à une analyse au niveau acide nucléique. Tel 5 qu'utilisé dans ce document, "phénotypage" se rapporte à un procédé de détermination de l'identité et/ou de la composition d'un produit d'expression d'une cellule et/ou d'un sujet, par exemple par détermination de la séquence polypeptidique d'un produit d'expression. Phénotypage se rapporte à l'analyse 10 d'une protéine et/ou à l'analyse au niveau protéine. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "amplification d'acide nucléique" se rapporte à la production de copies supplémentaires d'une séquence d'acide nucléique et elle est généralement réalisée en utilisant des technologies de 15 réaction en chaîne de la polymérase (PCR) ou de réaction en chaîne de la ligase (LCR) bien connues dans l'art (Dieffenbach, C. W. and G. S. Dveksler (1995) PCR Primer, a Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, Plainview, N. Y.). D'autres procédés d'amplification sont également 20 envisagés dans des aspects de l'invention. Le terme "amplification allèle-spécifique" se rapporte à une réaction (par exemple, une réaction de PCR) dans laquelle au moins l'une des amorces (par exemple, une amorce allèle-spécifique) est choisie à partir d'une zone polymorphe de gène 25 (par exemple, polymorphisme d'un seul nucléotide), avec le polymorphisme localisé au niveau ou près de l'extrémité 3' de l'amorce. Une amorce mésappariée n'initiera pas l'amplification, tandis qu'une amorce appariée initiera l'amplification. L'apparition d'un produit d'amplification 30 indique la présence du polymorphisme. Tel qu'utilisé dans ce document, "séquençage" se rapporte à la détermination de l'ordre exact des bases nucléotidiques dans un brin d'ADN (acide désoxyribonucléique) ou d'ARN (acide 3033703 139 ribonucléique) ou de l'ordre exact des résidus d'acides aminés ou des peptides dans une protéine. Un séquençage d'acide nucléique peut être réalisé en utilisant le séquençage de Sanger ou un séquençage à débit élevé de nouvelle génération.
5 Tel qu'utilisé dans ce document, "séquençage de nouvelle génération" se rapporte à des technologies de séquençage d'oligonucléotides qui ont la capacité de séquencer des oligonucléotides à des vitesses supérieures à celles possibles avec des procédés traditionnels de séquençage (par exemple, le 10 séquençage de Sanger), grâce à la réalisation et à la lecture de plusieurs milliers à plusieurs millions de réactions de séquençage en parallèle. Des exemples non limitatifs de procédés/plateformes de séquençage de nouvelle génération comprennent Massively Parallel Signature Sequencing (Lynx 15 Therapeutics) ; 454 Pyro-sequencing (454 Life Sciences/Roche Diagnostics) ; séquençage par coloration réversible de la terminaison, sur phase solide (Solexa/Illumina) : technologie SOLiD (Applied Biosystems) ; séquençage par semi-conducteurs ioniques (ION Torrent) ; séquençage par nanoballes d'ADN 20 (Complete Genomics) ; et des technologies disponibles chez Pacific Biosciences, Intelligen Bio-systems, Oxford Nanopore Technologies, et Helicos Biosciences. Les technologies de séquençage de nouvelle génération et les contraintes et les paramètres de conception des amorces de séquençage associées 25 sont bien connus dans l'art (voir, par exemple Shendure, et al., "Next-generation DNA sequencing," Nature, 2008, vol. 26, No. 10, 1135-1145 ; Mardis, "The impact of next-generation sequencing technology on genetics," Trends in Genetics, 2007, vol. 24, No. 3, pp. 133-141 ; Su, et al., "Next-generation 30 sequencing and its applications in molecular diagnostics" Expert Rev Mol Diagn, 2011, 11(3): 333-43 ; Zhang et al., "The impact of next-generation sequencing on genomics", J Genet Genomics, 2011, 38(3): 95-109 ; (Nyren, P. et al. Anal Biochem 3033703 208: 17175 (1993) ; Bentley, D. R. Curr Opin Genet Dey 16: 545-52 (2006) ; Strausberg, R. L., et al. Drug Disc Today 13: 569-77 (2008) ; brevet US No. 7 282 337 ; brevet US No. 7 279 563 ; brevet US No. 7 226 720 ; brevet US 5 No. 7 220 549 ; brevet US No. 7 169 560 ; brevet US No. 6 818 395 ; brevet US No. 6 911 345 ; publications US No. 2006/0252077 ; 2007/0070349 ; et 20070070349 ). Tel qu'utilisé dans ce document, "hybridation d'acide nucléique" se rapporte à l'appariement de brins d'ARN et d'ADN 10 complémentaires ainsi qu'à l'appariement de simples brins d'ADN complémentaires. Dans certains modes de réalisation, hybridation d'acide nucléique peut se rapporter à un procédé de détermination d'une séquence et/ou d'une identité d'acide nucléique par hybridation d'un échantillon d'acide nucléique 15 avec une sonde, par exemple, une analyse Northern ou Southern blot ou une analyse sur micropuce. Tel qu'utilisé dans ce document, les termes "traiter", "traitement", "traitant" ou "amélioration" se rapporte à des traitements thérapeutiques, dans lesquels l'objet est 20 d'inverser, de soulager, d'améliorer, d'inhiber, de ralentir ou de stopper la progression ou la gravité d'une affection associée à une maladie ou à un trouble. Le terme "traitement" comprend la réduction ou le soulagement d'au moins un effet indésirable ou d'un symptôme d'une affection, d'une maladie ou 25 d'un trouble. Un traitement est généralement "efficace" si un ou plusieurs symptômes ou marqueurs cliniques sont réduits. En variante, un traitement est "efficace" si la progression d'une maladie est réduite ou stoppée. C'est-à-dire qu'un "traitement" ne comprend pas juste l'amélioration des 30 symptômes ou des marqueurs, mais également la cessation, ou au moins le ralentissement, de la progression ou de l'aggravation des symptômes comparativement à ce qui serait attendu en l'absence de traitement. Des résultats cliniques bénéfiques ou 3033703 141 souhaités comprennent, mais sans limitation, un soulagement d'un ou de plusieurs symptômes, une diminution de l'étendue de la maladie, une stabilisation (c'est-à-dire, pas une aggravation) de l'état de la maladie, un retard ou un 5 ralentissement de la progression de la maladie, une amélioration ou une palliation de l'état pathologique, une rémission (qu'elle soit partielle ou totale), et/ou une diminution de la mortalité, qu'elle soit détectable ou indétectable. Le terme "traitement" d'une maladie comprend 10 également la fourniture d'un soulagement en ce qui concerne les symptômes ou les effets secondaires de la maladie (y compris un traitement palliatif). Pour qu'un traitement soit efficace, une guérison complète n'est pas envisagée. Le procédé peut aussi bien, dans certains aspects, comprendre une 15 guérison. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "composition pharmaceutique" se rapporte à l'agent actif en combinaison avec un support pharmaceutiquement acceptable, par exemple, un support couramment utilisé dans l'industrie pharmaceutique.
20 La phrase "pharmaceutiquement acceptable" est employée dans ce document pour se rapporter à ces composés, matériaux, compositions et/ou formes galéniques qui sont, au sein de l'étendue d'un jugement médical solide, appropriés pour une utilisation en contact avec les tissus des êtres humains et 25 des animaux sans toxicité excessive, ni irritation, réponse allergique ou autre problème ou complication, proportionnel à un rapport bénéfice/risque raisonnable. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "administration" se rapporte au placement d'un composé tel que 30 décrit dans ce document chez un sujet par un procédé ou une voie qui entraîne une délivrance au moins partielle de l'agent au niveau d'un site souhaité. Les compositions pharmaceutiques comprenant les composés décrits dans ce document peuvent être 3033703 142 administrées par toute voie appropriée qui entraîne un traitement efficace chez le sujet. Des compositions multiples peuvent être administrées séparément ou simultanément. Une administration séparée se 5 rapporte aux deux compositions administrées à des moments différents, par exemple, espacées d'au moins 10, 20, 30, ou 10 à 60 minutes, ou espacées de 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 12 heures. On peut également administrer des compositions espacées de 24 heures, voire même espacées d'un temps plus 10 long. En variante, deux compositions ou plus peuvent être administrées simultanément, par exemple, espacées de moins de 10 ou de moins de 5 minutes. Les compositions administrées simultanément peuvent, dans certains aspects, être administrées sous la forme d'un mélange, avec ou sans 15 mécanisme de libération dans le temps similaire ou différent pour chacun des composants. Tel qu'utilisé dans ce document, "mise en contact" se rapporte à tout moyen approprié pour la délivrance, ou l'exposition, d'un agent à au moins un complexe, une enzyme, 20 ou une cellule. Des exemples de procédés de délivrance comprennent, mais sans limitation, une délivrance directe au milieu de culture cellulaire, une perfusion, une injection, ou un autre procédé de délivrance bien connu de l'homme du métier.
25 Tel qu'utilisé dans ce document, "obtention" se rapporte à tout procédé d'acquisition, de sécurisation, de procuration, ou d'entrée en possession, par exemple, d'un échantillon. L'obtention d'un échantillon biologique à partir d'un sujet peut comprendre le prélèvement physique d'un échantillon à 30 partir d'un sujet (par exemple, le prélèvement de sang, d'un échantillon de cheveu ou de salive) sans ou avec une participation active du sujet ; la réception d'un échantillon à partir d'un sujet (par exemple, le sujet recueille un 3033703 143 échantillon de salive ou de cheveu par lui-même et le produit, par exemple, dans un récipient fourni pour cet objectif) ; ou la procuration d'un échantillon à partir d'un établissement de stockage, d'un établissement médical, ou d'un fournisseur 5 médical. Obtention à partir de l'être humain ou du sujet se rapporte à une étape active, par exemple, de prélèvement de sang ou d'un échantillon tissulaire ou cellulaire. Tel qu'utilisé dans ce document, "taux de cholestérol" se rapporte à un taux d'un ou de plusieurs du cholestérol total, 10 du LDL-cholestérol, du HDL-cholestérol, et/ou des triglycérides. Les taux de cholestérol peuvent être le taux de cholestérol dans le sang d'un sujet. Tel qu'utilisé dans ce document en référence aux taux de cholestérol, "maintien" se rapporte à l'action d'empêcher le 15 taux d'empirer (par exemple, d'augmenter). Dans certains modes de réalisation, maintenir un taux particulier se rapporte à un procédé qui résulte en ce que le taux de cholestérol n'augmente pas de plus de 10 % dans le temps. Maintien peut également se rapporter au maintien d'un taux atteint 20 auparavant. Par exemple, si un être humain a reçu un traitement à base de statines, on peut maintenir le taux de cholestérol atteint en utilisant le traitement à base de statines. Dans certains modes de réalisation, le sujet traité selon 25 les procédés décrits dans ce document a eu auparavant son taux de cholestérol réduit. Tel qu'utilisé dans ce document, "réduit auparavant" indique qu'à un point de temps antérieur, le sujet a expérimenté une diminution des taux de cholestérol. La diminution peut être due à l'administration d'une 30 composition pharmaceutique (par exemple, l'administration d'une composition telle que décrite dans ce document ou d'une autre composition, par exemple une statine) ou due à une autre 3033703 144 cause, par exemple un changement dans le régime alimentaire et/ou les exercices physiques. Un traitement existant pour des taux de cholestérol élevés consiste en l'administration d'une statine. Comme il 5 est fait référence dans ce document, une "statine" (également connue sous le nom d'inhibiteur de la HMG-CoA réductase) est un inhibiteur de l'enzyme HMG-CoA réductase, qui médie la production de cholestérol dans le foie. Les statines, par liaison compétitive de la HMG-CoA réductase, empêchent la 10 liaison du HMG-CoA à l'enzyme et ainsi inhibent l'activité de la réductase (par exemple, la production de mévalonate). Des exemples non limitatifs de statines peuvent comprendre l'atorvastatine (LIPITORTm), la fluvastatine (LESCOLTm), la lovastatine (MEVACORm, ALTOCORm), la pitavastatine (LIVALGm), 15 la pravastatine (PRAVACHOLTm), la rosuvastatine (CRESTORTm), et la simvastatine (ZOCORTm). Les statines peuvent être administrées en combinaison avec d'autres agents, par exemple la combinaison d'ézétimibe et de simvastatine. Certains sujets sont, ou deviennent, résistants à un 20 traitement à base de statines. Tel qu'utilisé dans ce document, "résistant à un traitement à base de statines" ou "de réactivité réduite à un traitement à base de statines" se rapporte à un sujet présentant une réponse statistiquement significativement inférieure à l'administration d'une statine 25 comparativement à un taux de référence. Le taux de référence peut être, par exemple, la réponse moyenne pour une population de sujets ou le taux du sujet individuel à une date antérieure. Une réponse à un traitement à base de statines est facilement mesurée par l'homme du métier, par exemple, la 30 mesure des taux de cholestérol, les changements dans les taux de cholestérol, et/ou l'activité HMG-CoA réductase. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "marqueur détectable" se rapporte à une molécule ou à un radical qui 3033703 peut être détecté, par exemple mesuré et/ou déterminé comme étant présent ou absent. Les marqueurs détectables peuvent comprendre, par exemple, un colorant absorbeur de lumière, un colorant fluorescent, ou un marqueur radioactif. Les marqueurs 5 détectables, les procédés pour les détecter, et les procédés pour les incorporer dans des réactifs (par exemple, des anticorps et des sondes d'acide nucléique) sont bien connus dans l'art. Dans certains modes de réalisation, les marqueurs 10 détectables peuvent comprendre des marqueurs qui peuvent être détectés par un moyen spectroscopique, photochimique, biochimique, immunochimique, électromagnétique, radiochimique, ou chimique, comme la fluorescence, la chimiofluorescence, ou la chimioluminescence, ou tout autre moyen approprié. Les 15 marqueurs détectables utilisés dans les procédés décrits dans ce document peuvent être des marqueurs primaires (où le marqueur comprend un radical qui est directement détectable ou qui produit un radical directement détectable) ou des marqueurs secondaires (où le marqueur détectable se lie à un 20 autre radical pour produire un signal détectable, par exemple, comme il est courant dans le marquage immunologique utilisant des anticorps secondaires et tertiaires). Le marqueur détectable peut être lié par un moyen covalent ou non covalent au réactif. En variante, un marqueur détectable peut être lié 25 comme par marquage direct d'une molécule qui parvient à se lier au réactif par l'intermédiaire d'un arrangement en paire de liaison ligand-récepteur ou d'autres de ces molécules de reconnaissance spécifique. Les marqueurs détectables peuvent comprendre, mais sans limitation, des radioisotopes, des 30 composés bioluminescents, des chromophores, des anticorps, des composés chimioluminescents, des composés fluorescents, des chélateurs de métaux, et des enzymes.
3033703 146 Dans d'autres modes de réalisation, le marqueur détectable peut être un composé fluorescent. Lorsque le marqueur fluorescent est exposé à la lumière de la longueur d'onde correcte, sa présence peut être ensuite détectée grâce 5 à la fluorescence. Dans certains modes de réalisation, un marqueur détectable peut être une molécule de colorant fluorescent, ou un fluorophore y compris, mais sans limitation, la fluorescéine, la phycoérythrine, la phycocyanine, l'o-phtaldéhyde, la fluorescamine, Cy3TM, CySTM, 10 l'allophycocyanine, le rouge Texas, la péridinine, la chlorophylle, la cyanine, des conjugués en tandem tels que phycoérythrine-Cy5TM, la protéine fluorescente verte, la rhodamine, l'isothiocyanate de fluorescéine (FITC) et Oregon GreenTM, la rhodamine et ses dérivés (par exemple, rouge Texas 15 et isothiocyanate de tétra-méthyl-rhodamine (TRITC)), la biotine, la phycoérythrine, INCA, CyDyesTM, la 6-carboxyfluorescéine (couramment connue par les abréviations FAM et F), la 6-carboxy-2',4',7',4,7-hexachlorofluorescéine (HEX), la 6-carboxy-4',5'-dichloro-2',7'-diméthoxyfluorescéine (JOE ou 20 J), la N,N,N',N'-tétraméthy1-6-carboxy-rhodamine (TAMRA ou T), la 6-carboxy-X-rhodamine (ROX ou R), la 5-carboxy-rhodamine-6G (R6G5 ou G5), la 6-carboxy-rhodamine-6G (R6G6 ou G6), et la rhodamine 110 ; les colorants à base de cyanine, par exemple les colorants Cy3, Cy5 et Cy7 ; les coumarines, par exemple 25 l'ombelliférone ; les colorants à base de benzimide, par exemple Hoechst 33258 ; les colorants à base de phénanthridine, par exemple rouge Texas ; les colorants à base d'éthidium ; les colorants à base d'acridine ; les colorants à base de carbazole ; les colorants à base de phénoxazine ; les 30 colorants à base de porphyrine ; les colorants à base de polyméthine, par exemple les colorants à base de cyanine tels que Cy3, Cy5, etc. ; les colorants BODIPY et les colorants à base de quinoléine. Dans certains modes de réalisation, un 3033703 147 marqueur détectable peut être un radiomarqueur y compris, mais sans limitation, 3H, 1251, 35S, 14C, 32p, et 33P. Dans certains modes de réalisation, un marqueur détectable peut être une enzyme y compris, mais sans limitation, la peroxydase de 5 raifort et la phosphatase alcaline. Un marqueur enzymatique peut produire, par exemple, un signal chimioluminescent, un signal couleur, ou un signal fluorescent. Les enzymes envisagées pour une utilisation en tant que marqueurs détectables peuvent comprendre, mais sans limitation, la 10 malate déshydrogénase, la nucléase staphylococcique, la deltaV-stéroïde isomérase, l'alcool déshydrogénase de levure, l'alpha-glycérophosphate déshydrogénase, la triose phosphate isomérase, la peroxydase de raifort, la phosphatase alcaline, l'asparaginase, la glucose oxydase, la bêta-galactosidase, la 15 ribonucléase, l'uréase, la catalase, la glucose-VI-phosphate déshydrogénase, la glucoamylase et l'acétylcholinestérase. Dans certains modes de réalisation, un marqueur détectable est un marqueur chimioluminescent, y compris, mais sans limitation, la lucigénine, le luminol, la luciférine, 20 l'isoluminol, l'ester d'acridinium théromatique, un imidazole, un sel d'acridinium et un ester oxalate. Dans certains modes de réalisation, un marqueur détectable peut être un marqueur colorimétrique spectral y compris, mais sans limitation, l'or colloïdal ou des billes de verre ou de plastique coloré (par 25 exemple, de polystyrène, polypropylène, et latex). Dans certains modes de réalisation, les réactifs peuvent être également marqués avec un marqueur détectable, tel que cMyc, HA, VSV-G, HSV, FLAG, V5, HIS, ou la biotine. D'autres systèmes de détection peuvent être également utilisés, par 30 exemple, un système biotine-streptavidine. Dans ce système, les anticorps immunoréactifs (c'est-à-dire, spécifiques) avec le biomarqueur d'intérêt sont biotinylés. La quantité d'anticorps biotinylé lié au biomarqueur est déterminée en 3033703 148 utilisant un conjugué streptavidine-peroxidase et un substrat chromogène. De tels kits de détection par streptavidineperoxidase sont disponibles dans le commerce, par exemple chez DAKO ; Carpinteria, CA. Un réactif peut être également marqué 5 de manière détectable en utilisant des métaux émettant une fluorescence tels que 152Eu, ou d'autres de la série des lanthanides. Ces métaux peuvent être fixés aux réactifs en utilisant ces groupes chélateurs de métaux tels que l'acide diéthylène-triamine-penta-acétique (DTPA) ou l'acide éthylène-10 diamine-tétra-acétique (EDTA). Tel qu'utilisé dans ce document, "numéro d'autorisation" ou "numéro d'autorisation de commercialisation" se rapporte à un numéro issu par un organisme de réglementation par lequel l'organisme détermine qu'un produit et/ou une composition 15 médical en particulier peut être commercialisé et/ou proposé à la vente dans le domaine sous la juridiction de l'organisme. Tel qu'utilisé dans ce document, "organisme de réglementation" se rapporte à l'un de ces organismes responsables de l'évaluation, par exemple, de la sécurité et de l'efficacité 20 d'un produit et/ou d'une composition médical et du contrôle des ventes/de la commercialisation de ces produits et/ou compositions dans un domaine donné. La Food and Drug Administration (FDA) aux Etats-Unis et l'Agence Européenne des Médicaments (EMA) en Europe sont deux exemples de ces 25 organismes de réglementation. D'autres exemples non limitatifs peuvent comprendre les organismes SDA, MPA, MHPRA, IMA, ANMAT, Hong Kong Department of Health-Drug Office, CDSCO, Medsafe, et KFDA. Tel qu'utilisé dans ce document, "dispositif d'injection" 30 se rapporte à un dispositif qui est conçu pour réaliser des injections, une injection comprenant les étapes de couplage temporaire de manière fluidique du dispositif d'injection avec le tissu d'une personne, généralement le tissu sous-cutané.
3033703 149 Une injection comprend en outre l'administration d'une quantité de médicament liquide dans le tissu et le découplage ou le retrait du dispositif d'injection du tissu. Dans certains modes de réalisation, un dispositif d'injection peut 5 être un dispositif intraveineux ou dispositif IV, qui représente un type de dispositif d'injection utilisé lorsque le tissu cible est le sang au sein du système circulatoire, par exemple, le sang dans une veine. Un exemple courant, mais non limitatif, d'un dispositif d'injection est une aiguille et 10 une seringue. Tel qu'utilisé dans ce document, un "tampon" se rapporte à un agent chimique qui est capable d'absorber une certaine quantité d'acide ou de base sans subir de fortes de variations de pH.
15 Tel qu'utilisé dans ce document, "conditionnement" se rapporte à comment les composants sont organisés et/ou confinés dans une unité adaptée à la distribution et/ou à l'utilisation. Un conditionnement peut comprendre, par exemple, des boîtes, des poches, des seringues, des ampoules, 20 des flacons, des tubes, un conditionnement de type double coque, des barrières et/ou des récipients pour maintenir la stérilité, un étiquetage, etc. Tel qu'utilisé dans ce document, les "instructions" se rapportent à un affichage de matière écrite, imprimée ou 25 graphique sur le récipient immédiat d'un article, par exemple le matériau écrit affiché sur un flacon contenant un agent pharmaceutiquement actif, ou des détails sur la composition et l'utilisation d'un produit d'intérêt inclus dans un kit contenant une composition d'intérêt. Les instructions 30 présentent le procédé de traitement tel qu'envisagé administrer ou à réaliser. Tel qu'utilisé dans ce document, une "surface solide" se rapporte à un objet approprié pour la fixation de 3033703 biomolécules. Les exemples non limitatifs d'une surface solide peuvent comprendre une particule (y compris, mais sans limitation, une bille ou une particule d'agarose ou de latex ou une particule magnétique), une bille, une nanoparticule, un 5 polymère, un substrat, une lame, une lamelle, une plaque, une boîte, un puits, une membrane, et/ou une grille. La surface solide peut comprendre de nombreux matériaux différents y compris, mais sans limitation, des polymères, des plastiques, des résines, des polysaccharides, des matériaux à base de 10 silicium ou de silice, du charbon, des métaux, des verres inorganiques, et des membranes. Tel qu'utilisé dans ce document, le "classement" d'un sujet, par exemple, le classement de l'ascendance du sujet se rapporte à la détermination si le sujet a des ancêtres 15 biologiques qui sont issus d'une zone géographique particulière, et, par conséquent, sont susceptibles de présenter des variants génétiques particuliers trouvés dans les populations qui ont occupé historiquement cette zone. Le classement peut comprendre, par exemple, l'obtention 20 d'informations sur la famille du sujet, l'interrogatoire du sujet ou d'un membre de la famille sur les ancêtres de la famille biologique, et/ou une analyse génétique. Le classement peut être réalisé sur la base utilisée pour le Projet 1000 Génomes, comme il sera familier pour l'homme du métier. Dans 25 certains modes de réalisation, le sujet peut être classé comme étant d'une ascendance particulière si au moins le génome du sujet comprend un nombre substantiel d'allèles différents en commun avec d'autres êtres humains de cette ascendance (par exemple, déterminés en référence à la base de données du 30 Projet 1000 Génomes), par exemple, au moins 10, 20, 30, 40, 50 ou 100 allèles en commun ou plus. Les abréviations pour les groupes particuliers d'ascendance sont fournies dans le tableau 3.
3033703 151 Le terme "statistiquement significatif" ou "significativement" se rapporte à la signification statistique et signifie généralement une différence de deux écarts-types (2ET) ou supérieure.
5 Autres que dans les exemples pratiques, ou bien où il est autrement indiqué, tous les nombres exprimant des quantités de composants ou de conditions réactionnelles utilisées dans ce document devront être compris comme étant modifiés dans tous les cas par le terme "environ". Le terme "environ", lorsqu'il 10 est utilisé en connexion avec des pourcentages, peut signifier ± 1 %. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "comprenant" ou "comprend" est utilisé en référence à des compositions, à des procédés, et à un ou plusieurs composants respectifs de ceux- 15 ci, qui sont essentiels au procédé ou à la composition, mais encore ouverts à l'inclusion d'éléments non spécifiés, qu'ils soient essentiels ou pas. Le terme "constitué de" se rapporte à des compositions, à des procédés, et à des composants respectifs de ceux-ci tels 20 que décrits dans ce document, qui sont exclusifs de tout élément non cité dans cette description du mode de réalisation. Tel qu'utilisé dans ce document, le terme "constitué essentiellement de" se rapporte à ces éléments requis pour un 25 mode de réalisation donné. Le terme permet la présence d'éléments qui matériellement n'affectent pas les caractéristiques basiques et nouvelles ou fonctionnelles de ce mode de réalisation. Les termes au singulier "un", "une", "le" et "la" 30 comprennent les articles au pluriel sauf si le contexte indique clairement le contraire. De manière similaire, le mot "ou" est censé comprendre "et" sauf si le contexte indique clairement le contraire. Bien que des procédés et des 3033703 152 matériaux similaires ou équivalents à ceux décrits dans ce document puissent être utilisés dans la pratique ou la méthode d'analyse de cette description, des procédés et des matériaux appropriés sont décrits ci-dessous. L'abréviation "e.g." est 5 dérivée du Latin exempli gratia, et est utilisée dans ce document pour indiquer un exemple non limitatif. Ainsi, l'abréviation "e.g." est synonyme du terme "par exemple." Les définitions des termes courants en biologie cellulaire et biologie moléculaire peuvent se trouver dans 10 "The Merck Manual of Diagnosis et Therapy", 19th Edition, publié par Merck Research Laboratories, 2006 (ISBN 0-91191019-O) ; Robert S. Porter et al. (eds.), The Encyclopedia of Molecular Biology, publié par Blackwell Science Ltd., 1994 (ISBN 0-632-02182-9) ; Benjamin Lewin, Genes X, publié par 15 Jones & Bartlett Publishing, 2009 (ISBN-10: 0763766321) ; Kendrew et al. (eds.), Molecular Biology and Biotechnology: a Comprehensive Desk Reference, publié par VCH Publishers, Inc., 1995 (ISBN 1-56081-569-8) et Current Protocols in Protein Sciences 2009, Wiley Intersciences, Coligan et al., eds.
20 Sauf indication contraire, la présente invention a été réalisée en utilisant des procédures classiques, telles que décrites, par exemple dans Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (4 ed.), Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., USA (2012) ; Davis et al., 25 Basic Methods in Molecular Biology, Elsevier Science Publishing, Inc., New York, USA (1995) ; ou Methods in Enzymology: Guide to Molecular Cloning Techniques Vol.152, S. L. Berger and A. R. Kimmel Eds., Academic Press Inc., San Diego, USA (1987) ; Current Protocols in Protein Science 30 (CPPS) (John E. Coligan, et al., ed., John Wiley and Sons, Inc.), Current Protocols in Cell Biology (CPCB) (Juan S. Bonifacino et al. ed., John Wiley and Sons, Inc.), et Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique par R. Ian 3033703 153 Freshney, Publisher: Wiley-Liss ; 5th edition (2005), Animal Cell Culture Methods (Methods in Cell Biology, Vol. 57, Jennie P. Mather and David Barnes editors, Academic Press, lst edition, 1998).
5 D'autres termes sont définis dans ce document au sein de la description des divers aspects de l'invention. La description des modes de réalisation de la divulgation n'est pas censée être exhaustive ou limiter la divulgation de la forme précise divulguée. Alors que des modes de réalisation 10 spécifiques, et des exemples, de la divulgation sont décrits dans ce document pour des objectifs d'illustration, diverses modifications équivalentes sont possibles au sein de l'étendue de la divulgation, comme l'homme du métier pertinent le reconnaîtra. Par exemple, alors que les étapes ou les 15 fonctions des procédés sont présentées dans un ordre donné, des variantes de modes de réalisation peuvent réaliser des fonctions dans un ordre différent, ou des fonctions peuvent être réalisées de manière substantiellement simultanée. Les enseignements de la divulgation fournis dans ce document 20 peuvent s'appliquer le cas échéant à d'autres procédures ou procédés. Les divers modes de réalisation décrits dans ce document peuvent être combinés pour proposer d'autres modes de réalisation. Des aspects de la divulgation peuvent être modifiés, si nécessaire, pour employer les compositions, les 25 fonctions et les concepts des références et de la demande ci-dessus pour proposer encore d'autres modes de réalisation de la divulgation. En outre, à cause des considérations d'équivalence biologique fonctionnelle, certains changements peuvent être apportés à la structure des protéines sans 30 affecter l'action biologique ou chimique en type ou en quantité. Ces changements et d'autres peuvent être apportés à la divulgation à la lumière de la description détaillée.
3033703 154 Toutes ces modifications sont censées être incluses au sein de l'étendue des revendications annexées. Des éléments spécifiques de l'un quelconque des modes de réalisation précédents peuvent être combinés ou substitués à 5 des éléments dans d'autres modes de réalisation. En outre, alors que des avantages associés à certains modes de réalisation de la divulgation ont été décrits dans le contexte de ces modes de réalisation, d'autres modes de réalisation peuvent également présenter de tels avantages, et tous les 10 modes de réalisation n'ont pas besoin nécessairement de présenter de tels avantages pour se situer au sein de l'étendue de la divulgation. Il faudra comprendre que des configurations, des aspects, des exemples, des clauses et des moles de réalisation 15 particuliers décrits dans ce document sont présentés à titre d'illustration et non pas comme des limitations de l'invention. Les principaux caractères de cette invention peuvent être employés dans divers modes de réalisation sans s'écarter de l'étendue de l'invention. L'homme du métier 20 comprendra, ou sera capable de déterminer, en n'utilisant pas plus qu'une étude de routine, de nombreux équivalents des procédures spécifiques décrites dans ce document. De tels équivalents sont considérés comme se situant au sein de cette invention et sont couverts par les revendications.
25 L'utilisation du mot "un" ou "une" lorsqu'il est utilisé conjointement avec le terme "comprenant" dans les revendications et/ou le mémoire peut signifier "un(e)", mais elle est également cohérente avec la signification de "un(e) ou plus", "au moins un(e)", et "un(e) ou plus d'un(e)." Le 30 terme "ou" dans les revendications est utilisé pour signifier "et/ou" sauf indication explicite comme se rapportant uniquement à des variantes ou que les variantes sont mutuellement exclusives, bien que la divulgation supporte une 3033703 définition qui se rapporte uniquement à des variantes et à "et/ou". Dans toute cette demande, le terme "environ" est utilisé pour indiquer qu'une valeur comprend la variation d'erreur intrinsèque au dispositif, le procédé étant employé 5 pour déterminer la valeur, ou la variation qui existe parmi les sujets de l'étude. Tel qu'utilisé dans ce mémoire et dans une ou plusieurs revendications, les termes "comprenant" (et toute forme de comprenant, comme "comprennent" et "comprend"), "ayant" (et 10 toute forme d'ayant, comme "ont" et "a"), "incluant" (et toute forme d'incluant, comme "inclut" et "incluent") ou "contenant" (et toute forme de contenant, comme "contient" et "contiennent") sont inclusives ou flexibles et n'excluent pas des éléments et des étapes de procédés supplémentaires non 15 cités. Toute partie de cette divulgation peut être lue en combinaison avec toute autre partie de la divulgation, sauf s'il est autrement évident d'après le contexte. Toutes les compositions et/ou tous les procédés décrits 20 et revendiqués dans ce document peuvent être réalisés et exécutés sans expérimentation excessive à la lumière de la présente divulgation. Alors que les compositions et les procédés de cette invention ont été décrits en termes de modes de réalisation préférés, il sera évident pour l'homme du 25 métier que des variations peuvent être appliquées aux compositions et/ou aux procédés et dans les étapes ou dans la séquence des étapes du procédé décrit dans ce document sans s'écarter du concept, de l'esprit et de l'étendue de l'invention. Tous ces substituts et toutes ces modifications 30 similaires évidents pour l'homme du métier sont jugés comme se situant au sein de l'esprit, de l'étendue et du concept de l'invention telle que définie par les revendications annexées.
3033703 156 La présente invention est décrite plus en détail dans les exemples non limitatifs suivants. L'invention aborde le besoin de traiter des êtres humains porteurs d'allèles naturels de la PCSK9, de génotypes et de 5 phénotypes (formes plus rares de la protéine) plus rares existant à l'état naturel. A cet égard, l'invention propose les aspects suivants. Dans un premier aspect : un procédé de réduction du taux de cholestérol ou de maintien d'un taux de cholestérol réduit 10 auparavant chez un être humain en ayant besoin comprenant a. la sélection d'un être humain comprenant (i) une séquence nucléotidique de la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ; et/ou (ii) une séquence 15 nucléotidique de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9 ; et b. l'administration au dit être humain d'un anticorps ou d'un fragment d'anticorps qui lie spécifiquement une ou plusieurs séquences d'acides aminés de la PCSK9 codées par 20 ladite séquence nucléotidique compris par l'être humain. Dans un exemple, l'étape (a) comprend la sélection d'un être humain comprenant une protéine PCSK9 codée par la séquence nucléotidique de (i) ou (ii). Dans un exemple, l'anticorps ou le fragment d'anticorps 25 lie spécifiquement ladite séquence d'acides aminés de la PCSK9. Dans un exemple, l'anticorps ou le fragment d'anticorps lie une seconde protéine de PCSK9 comprenant une séquence d'acides aminés codée par (i) une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ; 30 et/ou (ii) une séquence nucléotidique de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9. Dans un exemple, l'anticorps comprend un domaine VH dérivé de la recombinaison d'un segment de gène VH humain, 3033703 157 d'un segment de gène D humain et d'un segment de gène JH humain, le segment de gène VH comprenant une séquence nucléotidique qui comprend un polymorphisme d'un seul nucléotide avec le nucléotide C tel qu'indiqué dans rs56069819 5 (CTGTACCAAGCCTCCCCCAGACTCCA[A/C]CAGCTGCACCTCACACTGGACACCT) H. Dans un exemple, le segment de gène VH est VH3-23*04 (SEQ ID NO : 38) codé par une séquence comprenant SEQ ID NO : 39. Dans un exemple, l'anticorps comprend un domaine VH, où le domaine VH comprend la séquence de la région 10 charpente 1 de SEQ ID NO : 40. Dans un exemple, l'être humain a été déterminé comme comprenant la séquence nucléotidique de (i) et/ou (ii). Dans un exemple, l'être humain a été déterminé comme comprenant une protéine variante de la proprotéine convertase subtilisine/ 15 kexine de type 9 (PCSK9) codée par la séquence nucléotidique de (i) et/ou (ii). Dans un exemple, le procédé comprend en outre l'étape de détermination que l'être humain comprend la séquence nucléotidique de (i) et/ou (ii). Dans un exemple, l'étape de détermination est réalisée 20 avant l'administration de l'anticorps à l'être humain. Dans un exemple, le procédé comprend en outre l'étape de détermination que l'être humain comprend une protéine variante de la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) codée par la séquence nucléotidique de (i) et/ou (ii). Dans un 25 exemple, l'étape de détermination est réalisée avant l'administration de l'anticorps à l'être humain. Dans un exemple, l'étape de détermination comprend l'analyse d'un échantillon biologique provenant de l'être humain pour (i) une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 30 SEQ ID NO : 29 à 37 ; et/ou (ii) une séquence nucléotidique codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de la protéine variante de la PCSK9. Dans un exemple, l'analyse comprend la mise en contact de l'échantillon biologique avec 3033703 158 c. au moins une sonde oligonucléotidique comprenant une séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs qui peuvent s'hybrider spécifiquement à et identifier dans l'échantillon biologique une séquence nucléotidique choisie dans le groupe 5 constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins à la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci, ou qui s'hybride spécifiquement à une séquence antisens de ladite séquence, où ledit acide nucléique s'hybride à au moins un nucléotide présent dans ladite 10 séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 ou s'hybride à une séquence antisens formant de cette manière un complexe lorsqu'au moins une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine 15 C-terminal de celles-ci est présente ; et/ou d. au moins une sonde oligonucléotidique comprenant une séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs d'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29-37 ou comprenant une séquence antisens desdits 20 nucléotides consécutifs, où ladite séquence de nucléotides consécutifs comprend au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 formant de cette manière un complexe lorsqu'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 25 SEQ ID NO : 29-37 est présente ; et la détection de la présence ou de l'absence du complexe, où la détection de la présence du complexe détermine que l'être humain comprend la protéine variante de la PCSK9. Dans un exemple, l'analyse comprend l'amplification de 30 l'acide nucléique et éventuellement un ou plusieurs procédés choisis parmi un séquençage, un séquençage de nouvelle génération, une hybridation d'acide nucléique, et une amplification allèle-spécifique. Dans un exemple, l'analyse 3033703 159 est réalisée sous un format multiplex. Dans un exemple, le procédé comprend en outre l'obtention de l'échantillon biologique à partir de l'être humain. Dans un exemple, ledit échantillon biologique comprend du sérum, du sang, des selles, 5 du tissu, une cellule, de l'urine et/ou de la salive dudit être humain. Dans un exemple, ledit être humain est ou a été en outre déterminé comme étant substantiellement résistant à un traitement à base de statines. Dans un exemple, l'être humain 10 reçoit ou a reçu un traitement à base de statines ou présente une réactivité réduite à un traitement à base de statines. Dans un exemple, il est en outre administré à l'être humain une statine. Dans un exemple, ledit anticorps ou fragment d'anticorps et ladite statine sont administrés 15 séparément ou simultanément. Dans un exemple, ledit être humain est indiqué comme étant hétérozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 et/ou la séquence nucléotidique de celles-ci codant pour le domaine 20 catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9. Dans un exemple, ledit être humain est en outre indiqué comme comprenant la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 28 et/ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celle-ci.
25 Dans un exemple, ledit être humain est indiqué comme étant homozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 et/ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci.
30 Dans un exemple, ledit être humain a été diagnostiqué avec au moins une affection choisie parmi un trouble lipidique, une hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, une crise cardiaque, 3033703 un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose, une maladie vasculaire périphérique, une claudication, un diabète de type II, une pression sanguine élevée, et une maladie ou une affection cardiovasculaire.
5 Dans un exemple, ledit procédé traite ou prévient chez ledit être humain au moins une affection choisie parmi un trouble lipidique, une hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, une crise cardiaque, un accident vasculaire cérébral, une 10 coronaropathie, une athérosclérose, une maladie vasculaire périphérique, une claudication, un diabète de type II, une pression sanguine élevée, et une maladie ou une affection cardiovasculaire. Certains modes de réalisation de la technologie décrite 15 dans ce document peuvent être définis selon l'un quelconque des paragraphes numérotés suivants : 1. Un procédé de traitement et/ou de prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) chez un être 20 humain qui a été déterminé comme comprenant et/ou sélectionné comme comprenant une protéine variante de la PCSK9, le procédé comprenant l'administration à l'être humain d'un ligand qui lie la protéine variante de la PCSK9 pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection. 25 2. Le procédé selon le paragraphe 1, dans lequel ladite protéine variante de la PCSK9 est choisie dans le groupe constitué des formes de protéines variantes de la PCSK9 f, c, r, p, m, e, h, aj et q. 3. Le procédé selon le paragraphe 2, dans lequel le 30 variant est la PCSK9 mature. 4. Le procédé selon le paragraphe 1, 2 ou 3 comprenant en outre l'analyse d'un échantillon biologique provenant de 3033703 161 l'être humain pour la forme de la protéine variante de la PCSK9. 5. Un procédé de traitement et/ou de prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par une protéine variante de 5 la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) codée par (i) une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ; et/ou (ii) une séquence nucléotidique codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci chez un être humain qui a 10 été déterminé comme comprenant et/ou sélectionné comme comprenant (i) la séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ; et/ou (ii) la séquence nucléotidique de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9, le 15 procédé comprenant l'administration au dit être humain d'un ligand qui lie ladite protéine variante de la PCSK9 pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection. 6. Le procédé selon le paragraphe 5 comprenant en outre l'analyse d'un échantillon biologique provenant de l'être 20 humain pour (i) une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ; et/ou (ii) une séquence nucléotidique de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9. 7. Le procédé selon le paragraphe 6, dans lequel 25 l'analyse comprend l'amplification de l'acide nucléique et/ou un ou plusieurs procédés choisis parmi un séquençage, un séquençage de nouvelle génération, une hybridation d'acide nucléique, et une amplification allèle-spécifique. 8. Le procédé selon le paragraphe 6, dans lequel 30 l'analyse est réalisée sous un format multiplex. 9. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 8, comprenant en outre l'obtention de l'échantillon biologique à partir de l'être humain. 3033703 162 10. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 9, dans lequel ledit être humain a été en outre déterminé comme étant et/ou sélectionné comme étant substantiellement résistant à un traitement à base de statines de ladite maladie 5 ou affection. 11. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 10, dans lequel le ligand est choisi parmi un anticorps, une partie d'anticorps, un fragment d'anticorps ou un affibody. 12. Le procédé selon le paragraphe 11, dans lequel le 10 ligand est un anticorps ou un fragment d'anticorps qui se lie spécifiquement à une PCSK9 humaine choisie parmi les formes f, c, m, e, h, p, q et aj, où l'anticorps ou le fragment comprend un domaine VH dérivé de la recombinaison d'un segment de gène VH humain, d'un segment de gène D humain et d'un segment de 15 gène JH humain, le segment de gène VH comprenant une séquence nucléotidique qui comprend le SNP rs56069819 (SEQ ID NO : 41). 13. Le ligand selon le paragraphe 12, où le segment de gène VH est VH3-23*04. 14. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 20 13, dans lequel ladite administration comprend en outre l'administration d'une statine à l'être humain. 15. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 14, dans lequel ledit ligand et ladite statine sont administrés séparément ou simultanément. 25 16. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 15, dans lequel ledit échantillon biologique comprend du sérum, du sang, des selles, des cheveux, du tissu, des cellules, de l'urine et/ou de la salive dudit être humain. 17. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 30 16, dans lequel ledit être humain est indiqué comme étant hétérozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 et/ou la séquence 3033703 163 nucléotidique de celles-ci codant pour un domaine catalytique ou un domaine C-terminal d'une protéine PCSK9 protéine. 18. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 17, dans lequel ledit être humain est indiqué comme comprenant 5 la séquence nucléotidique de SEQ ID NO : 28 et/ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celle-ci. 19. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 18, dans lequel ledit être humain est indiqué comme étant 10 homozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 et/ou la séquence nucléotidique de celles-ci codant pour un domaine catalytique ou un domaine C-terminal d'une protéine PCSK2. 20. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 15 19, dans lequel ledit être humain est déterminé comme comprenant et/ou sélectionné comme comprenant : a. SEQ ID NO : 29 et est classé comme d'ascendance ASW, YRI, GBR, TSI, CLM, LWK, MXL, JPT, PUR, IBS, FIN ou CEU, puis l'administration au dit être humain d'un ligand qui lie 20 spécifiquement ladite protéine variante de la PCSK9 comprenant un variant codé par SEQ ID NO : 29 ; ou b. SEQ ID NO : 30 et est classé comme d'ascendance ASW, YRI, GBR, TSI, CLM, CHB, LWK, CHS, JPT, PUR, FIN ou CEU, puis l'administration au dit être humain d'un ligand qui lie 25 spécifiquement ladite protéine variante de la PCSK9 comprenant un variant codé par SEQ ID NO : 30 ; ou c. SEQ ID NO : 32, et est classé comme d'ascendance ASW, GBR, TSI, CLM, JPT, PUR, IBS, FIN ou CEU, puis l'administration au dit être humain d'un ligand qui lie 30 spécifiquement ladite protéine variante de la PCSK9 comprenant un variant codé par SEQ ID NO : 32 ; ou d. SEQ ID NO : 33, et est classé comme d'ascendance LWK, ASW, YRI ou CLM, puis l'administration au dit être humain d'un 3033703 164 ligand qui lie spécifiquement ladite protéine variante de la PCSK9 comprenant un variant codé par SEQ ID NO : 33 ; ou e. SEQ ID NO : 34, et est classé comme d'ascendance LWK, ASW ou YRI, puis l'administration au dit être humain d'un 5 ligand qui lie spécifiquement ladite protéine variante de la PCSK9 comprenant un variant codé par SEQ ID NO : 34 ; ou f. SEQ ID NO : 35, et est classé comme d'ascendance PUR, TSI, FIN ou CEU, puis l'administration au dit être humain d'un ligand qui lie spécifiquement ladite protéine variante de la 10 PCSK9 comprenant un variant codé par SEQ ID NO : 35 ; ou g. SEQ ID NO : 36, et est classé comme d'ascendance LWK, ASW ou YRI, puis l'administration au dit être humain d'un ligand qui lie spécifiquement ladite protéine variante de la PCSK9 comprenant un variant codé par SEQ ID NO : 36 ; ou 15 h. SEQ ID NO : 37, et est classé comme d'ascendance CHS, ASW, JPT, PUR ou CHB, puis l'administration au dit être humain d'un ligand qui lie spécifiquement ladite protéine variante de la PCSK9 comprenant un variant codé par SEQ ID NO : 37. 21. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 20 19, dans lequel ledit être humain est déterminé comme comprenant et/ou sélectionné comme comprenant : a. la forme f de la protéine PCSK9, et est classé comme d'ascendance ASW, YRI, GBR, TSI, CLM, LWK, MXL, JPT, PUR, IBS, FIN ou CEU, puis l'administration d'un ligand qui lie 25 spécifiquement ladite forme f de la protéine PCSK9 pendant un temps et dans une quantité efficace pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection chez ledit être humain, pour traiter et/ou prévenir de cette manière ladite maladie ou affection chez ledit être humain ; ou 30 b. la forme c de la protéine PCSK9, et est classé comme d'ascendance ASW, YRI, GBR, TSI, CLM, CHB, LWK, CHS, JPT, PUR, FIN ou CEU, puis l'administration d'un ligand qui lie spécifiquement ladite forme c de la protéine PCSK9 pendant un 3033703 temps et dans une quantité efficace pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection chez ledit être humain, pour traiter et/ou prévenir de cette manière ladite maladie ou affection chez ledit être humain ; ou 5 c. la forme p de la protéine, et est classé comme d'ascendance ASW, GBR, TSI, CLM, JPT, PUR, IBS, FIN ou CEU, puis l'administration d'un ligand qui lie spécifiquement ladite forme p de la protéine PCSK9 pendant un temps et dans une quantité efficace pour traiter et/ou prévenir ladite 10 maladie ou affection chez ledit être humain, pour traiter et/ou prévenir de cette manière ladite maladie ou affection chez ledit être humain ; ou d. la forme m de la protéine, et est classé comme d'ascendance LWK, ASW, YRI ou CLM, puis l'administration d'un 15 ligand qui lie spécifiquement ladite forme m de la protéine PCSK9 pendant un temps et dans une quantité efficace pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection chez ledit être humain, pour traiter et/ou prévenir de cette manière ladite maladie ou affection chez ledit être humain ; ou 20 e. la forme e de la protéine, et est classé comme d'ascendance LWK, ASW ou YRI, puis l'administration d'un ligand qui lie spécifiquement ladite forme e de la protéine PCSK9 pendant un temps et dans une quantité efficace pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection chez ledit 25 être humain, pour traiter et/ou prévenir de cette manière ladite maladie ou affection chez ledit être humain ; ou f. la forme h de la protéine, et est classé comme d'ascendance PUR, TSI, FIN ou CEU, puis l'administration d'un ligand qui lie spécifiquement ladite forme h de la protéine 30 PCSK9 pendant un temps et dans une quantité efficace pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection chez ledit être humain, pour traiter et/ou prévenir de cette manière ladite maladie ou affection chez ledit être humain ; ou 3033703 166 g. la forme aj de la protéine, et est classé comme d'ascendance LWK, ASW ou YRI, puis l'administration d'un ligand qui lie spécifiquement ladite forme aj de la protéine PCSK9 pendant un temps et dans une quantité efficace pour 5 traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection chez ledit être humain, pour traiter et/ou prévenir de cette manière ladite maladie ou affection chez ledit être humain ; ou h. la forme q de la protéine, et est classé comme d'ascendance CHS, ASW, JPT, PUR ou CHB, puis l'administration 10 d'un ligand qui lie spécifiquement ladite forme q de la protéine PCSK9 pendant un temps et dans une quantité efficace pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection chez ledit être humain, pour traiter et/ou prévenir de cette manière ladite maladie ou affection chez ledit être humain. 15 22. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 21, dans lequel ledit ligand est capable de lier spécifiquement ladite protéine variante de la PCSK9 ou un acide nucléique codant pour ladite protéine variante de la PCSK9. 20 23. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 1 à 21, dans lequel ledit ligand lie spécifiquement deux protéines variantes de la PCSK9 humaine ou plus ou un fragment de celles-ci choisies dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 27. 25 24. Le procédé selon le paragraphe 23, dans lequel ledit ligand lie spécifiquement deux protéines variantes de la PCSK9 humaine ou plus ou un fragment de celles-ci, où au moins l'un des fragments de protéines comprend une séquence d'acides aminés choisie parmi SEQ ID NO : 4 à 14, 18 à 23, 26 et 27. 30 25. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 4 et 6 à 23, dans lequel ladite protéine PCSK9 humaine analysée dans ledit échantillon est sous la forme mature. 3033703 167 26. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 4 et 6 à 24, dans lequel ladite protéine PCSK9 humaine analysée dans ledit échantillon est sous la forme pro-forme. 27. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 5 paragraphe 1 à 26, dans lequel ladite maladie ou affection est choisie parmi un trouble lipidique, une hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, une crise cardiaque, un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose, 10 une maladie vasculaire périphérique, une claudication, un diabète de type II, une pression sanguine élevée, et une maladie ou une affection cardiovasculaire. 28. Un kit pour le génotypage d'un variant de gène de proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) 15 dans un échantillon d'acide nucléique d'un être humain souffrant ou à risque d'une maladie médiée par la PCSK9, le kit comprenant a. au moins une sonde d'acide nucléique comprenant une séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs qui peut 20 s'hybrider spécifiquement à et identifier dans un échantillon biologique la présence d'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 et de la séquence de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9, ou peut s'hybrider 25 spécifiquement à et identifier dans un échantillon biologique la présence d'une séquence antisens de ladite séquence nucléotidique, où ladite sonde d'acide nucléique s'hybride à au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 ou une séquence 30 antisens de celle-ci ; et/ou b. au moins deux sondes d'acide nucléique comprenant au moins deux séquences, chacune d'au moins 10 nucléotides consécutifs d'une séquence nucléotidique choisie dans le 3033703 168 groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou comprenant une séquence antisens desdits nucléotides consécutifs, où au moins l'une des sondes oligonucléotidiques comprend au moins un nucléotide présent dans ladite séquence nucléotidique choisie 5 qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 ou une séquence antisens de celle-ci, et c. éventuellement au moins l'un des composants suivants : un ou plusieurs tampons, un conditionnement, une étiquette, et/ou des instructions pour le génotypage de la PCSK9 dans un 10 échantillon biologique comprenant des acides nucléiques obtenus à partir d'un être humain. 29. Le kit selon le paragraphe 28, dans lequel la sonde d'acide nucléique est fixée à une surface solide. 30. Le kit selon l'un quelconque des paragraphes 28 et 15 29, comprenant en outre un marqueur détectable fixé à ladite sonde d'acide nucléique. 31. Un kit pour le phénotypage de la protéine proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) dans un échantillon biologique, le kit comprenant une pluralité 20 d'anticorps ou de parties ou de fragments d'anticorps, où chaque anticorps ou fragment ou partie d'anticorps est spécifique d'une protéine variante de la PCSK9 choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou d'un domaine catalytique ou C-terminal ou d'un peptide de 25 celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3 ; et éventuellement un ou plusieurs des composants suivants : un ou plusieurs tampons, un conditionnement et/ou une étiquette ou des instructions ou une étiquette pour le phénotypage de la 30 PCSK9 dans un échantillon biologique comprenant la PCSK9 obtenue à partir d'un être humain. 32. Le kit selon le paragraphe 31, comprenant en outre une statine. 3033703 169 33. Une composition pharmaceutique comprenant un ligand capable de lier spécifiquement des variants de la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) choisis dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou 5 un domaine catalytique ou C-terminal ou un peptide de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3. 34. La composition pharmaceutique selon le paragraphe 33, dans laquelle le ligand est un anticorps, une partie d'un 10 anticorps, un fragment d'anticorps ou un affibody spécifique du variant de la PCSK9 choisi dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou d'un domaine catalytique ou C-terminal ou d'un peptide de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence 15 correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3. 35. La composition pharmaceutique selon l'un quelconque des paragraphes 33 et 34, comprenant en outre une statine. 36. La composition pharmaceutique selon le paragraphe 35, dans laquelle la statine est l'atorvastatine. 20 37. Un système de délivrance de médicament comprenant la composition pharmaceutique selon le paragraphe 33 ou 34 et un dispositif d'injection ou IV. 38. Un kit comprenant la composition pharmaceutique selon le paragraphe 33, un conditionnement et des instructions ou 25 une étiquette pour l'administration du ligand à un être humain souffrant ou à risque d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9, où l'être humain exprime une forme de protéine variante de la PCSK9 choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou un domaine catalytique 30 ou C-terminal ou un peptide de celles-ci. 39. Le kit selon le paragraphe 38, dans lequel les instructions ou l'étiquette indiquent l'administration avec une statine et/ou à un être humain qui est indiqué pour un 3033703 traitement à base de statines ou a reçu l'administration d'une statine ou présente une réactivité réduite à un traitement à base de statines. 40. Le kit selon le paragraphe 38 ou 39, où l'être humain 5 a été déterminé comme étant et/ou sélectionné comme étant résistant à un traitement à base de statines. 41. Le kit selon le paragraphe 39 ou 40, où les instructions ou l'étiquette indiquent l'administration à un être humain qui a reçu une statine et instruisent en outre de 10 réduire l'administration de la statine à l'être humain. 42. Le kit selon le paragraphe 38, comprenant en outre au moins un tampon, un conditionnement et/ou des instructions ou une étiquette pour le génotypage de la PCSK9 dans un échantillon biologique obtenu à partir d'un être humain. 15 43. Le kit selon le paragraphe 38, où l'étiquette comprend un numéro d'autorisation de commercialisation émis par un organisme de réglementation. 44. Le kit selon le paragraphe 43, ou l'organisme de réglementation est choisi parmi la FDA ou l'EMA. 20 45. Le kit selon le paragraphe 38, où l'étiquette ou les instructions comprennent en outre des directives pour administrer de l'alirocumab ou de l'évolocumab au dit être humain. 46. The kit selon l'un quelconque des paragraphes 38 à 25 45, comprenant en outre un dispositif IV ou d'injection qui comprend éventuellement de l'alirocumab ou de l'évolocumab. 47. Un kit pour le traitement et/ou la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) chez un être 30 humain qui a été déterminé comme comprenant et/ou sélectionné comme comprenant une protéine variante de la PCSK9, le kit comprenant (a) de l'alirocumab ou de l'évolocumab dans un récipient scellé, et (b) une étiquette ou des instructions 3033703 171 indiquant l'administration de l'alirocumab ou de l'évolocumab à un être humain qui exprime une forme de protéine variante de la PCSK9 choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou un domaine catalytique ou C-terminal ou 5 un peptide de celles-ci. 48. Le kit selon le paragraphe 47, où l'étiquette indique en outre que si l'être humain a reçu ou reçoit l'administration d'une statine, le traitement à base de statines devra être poursuivi. 10 49. Le kit selon le paragraphe 47, où l'étiquette indique en outre que si l'être humain a reçu ou reçoit l'administration d'une statine, le traitement à base de statines devra être réduit ou abandonné. 50. Un procédé de traitement et/ou de prévention d'une 15 maladie ou d'une affection médiée par la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) chez un être humain, le procédé comprenant a. l'analyse d'un échantillon biologique provenant de l'être humain pour la présence d'un ou de plusieurs variants 20 de la protéine PCSK9 choisis dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q de la PCSK9 ; et b. l'administration d'une quantité thérapeutiquement efficace d'un ligand liant la PCSK9 humaine à l'être humain lorsqu'une ou plusieurs des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et 25 q de la PCSK9 sont détectées. 51. Le procédé selon le paragraphe 50, dans lequel le ligand lie une ou plusieurs des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q de la PCSK9. 52. Un procédé de traitement et/ou de prévention d'une 30 maladie ou d'une affection médiée par la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) chez un être humain, le procédé comprenant 3033703 172 a. l'analyse d'un échantillon biologique provenant de l'être humain pour la présence d'un ou de plusieurs variants d'acide nucléique de la PSCK9 choisis dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins de la séquence codant pour 5 le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci ; et b. l'administration d'une quantité thérapeutiquement efficace d'un ligand liant la PCSK9 humaine à l'être humain lorsqu'un ou plusieurs des variants d'acide nucléique de la 10 PCSK9 sont détectés. 53. Le procédé selon le paragraphe 52, dans lequel le ligand lie spécifiquement une ou plusieurs des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q de la PCSK9. 54. Un procédé de sélection d'un être humain pour le 15 traitement et/ou la prévention d'une maladie médiée par une protéine proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) avec un ligand liant la PCSK9 humaine comprenant : a. l'analyse d'un échantillon biologique prélevé à partir de l'être humain pour la présence d'un variant de la protéine 20 PCSK9 choisi dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q, et b. la sélection de l'être humain pour le traitement avec le ligand liant la PCSK9 humaine lorsqu'au moins l'un des variants de la protéine PCSK9 choisis dans le groupe constitué 25 des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q est détecté. 55. Le procédé selon le paragraphe 54, dans lequel l'être humain est indiqué pour un traitement à base de statines ou a reçu l'administration d'une statine. 56. Le procédé selon le paragraphe 54 ou 55, dans lequel 30 l'être humain a été identifié comme étant substantiellement résistant à un traitement à base de statines ou présente une réactivité réduite à un traitement à base de statines. 3033703 173 57. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 54 à 56, dans lequel la maladie ou l'affection est choisie parmi un trouble lipidique, une hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, 5 une crise cardiaque, un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose, une maladie vasculaire périphérique, une claudication, un diabète de type II, une pression sanguine élevée, et une maladie ou une affection cardiovasculaire. 10 58. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 54 à 57, dans lequel le ligand liant la PCSK9 humaine administré est spécifique de la forme détectée de la PCSK9. 59. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 54 à 58, dans lequel ladite forme de la protéine PCSK9 comprend une 15 séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 4 à 27. 60. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 54 à 59, dans lequel ladite forme de la protéine PCSK9 comprend la forme mature de la PCSK9. 20 61. Un test pour la sélection d'un être humain souffrant d'une maladie ou d'une affection médiée par la protéine proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) en tant qu'éligible pour un traitement avec un ligand liant la PCSK9 humaine, le procédé comprenant 25 a. la mise en contact d'un échantillon biologique provenant dudit être humain avec au moins une sonde oligonucléotidique comprenant une séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs qui peut s'hybrider à et identifier dans l'échantillon biologique une séquence nucléotidique 30 choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci, ou qui s'hybride spécifiquement à une séquence antisens de ladite séquence, où 3033703 174 ledit acide nucléique s'hybride à au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 ou s'hybride à une séquence antisens, formant de cette manière un complexe lorsqu'au moins une 5 séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci est présente ; et/ou b. la détection de la présence ou de l'absence du 10 complexe ; et c. la sélection de l'être humain en tant qu'éligible pour un traitement avec le ligand liant la PCSK9 humaine lorsque la présence d'au moins un complexe comprenant une forme de la PCSK9 codée par SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour 15 le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci est détectée. 62. Un test pour la sélection d'un être humain en tant qu'éligible pour un traitement avec un ligand liant la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) 20 humaine, le procédé comprenant a. la mise en contact d'un échantillon biologique provenant d'un être humain souffrant d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 humaine avec un ou plusieurs anticorps, parties d'anticorps ou fragments d'anticorps 25 capables de se lier à une forme variante de la PCSK9 choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q de la PCSK9, formant de cette manière un complexe lorsqu'une ou plusieurs des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q de la PCSK9 sont présentes ; 30 b. la détection de la présence ou de l'absence du complexe ; et c. la sélection de l'être humain en tant qu'éligible pour un traitement avec le ligand liant la PCSK9 humaine lorsque la 3033703 présence d'au moins un complexe comprenant la forme f, c, r, p, m, e, h, aj et q de la PCSK9 est détectée. 63. Le test selon les paragraphes 61 ou 62, où la maladie ou l'affection est choisie parmi un trouble lipidique, une 5 hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, une crise cardiaque, un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose, une maladie vasculaire périphérique, une claudication, un diabète de type II, une pression sanguine élevée, et une 10 maladie ou une affection cardiovasculaire. 64. Le test selon l'un quelconque des paragraphes 61 à 63, dans lequel le ligand liant la PSCK9 humaine est spécifique de la forme détectée de la PCSK9. 65. Le test selon l'un quelconque des paragraphes 61 à 15 64, comprenant en outre l'amplification des acides nucléiques provenant de l'échantillon biologique. 66. Le test selon l'un quelconque des paragraphes 61 à 65, comprenant en outre l'isolement des acides nucléiques à partir de l'échantillon biologique. 20 67. Le test selon l'un quelconque des paragraphes 61 à 66, comprenant en outre l'administration au dit être humain du ligand liant la PCSK9. 68. Un procédé de production d'un site de liaison d'anticorps anti-proprotéine convertase subtilisine/kexine de 25 type 9 (PCSK9) humaine, le procédé comprenant l'obtention d'une pluralité de sites de liaison d'anticorps anti-PCSK9, le criblage des sites de liaison d'anticorps pour la liaison à une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou à un domaine 30 catalytique ou C-terminal ou à un peptide de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3 et l'isolement d'un site de liaison d'anticorps qui se lie dans l'étape de 3033703 176 criblage, et éventuellement la production d'un fragment ou d'un dérivé liant la PCSK9 de la forme f, c, r, p, m, e, h, aj ou q de l'anticorps isolé. 69. Un procédé de production d'un anticorps anti5 proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) humaine, le procédé comprenant l'immunisation d'un vertébré non humain avec une PCSK9 humaine comprenant une séquence d'acides aminés choisie dans le groupe constitué des séquences d'aminés des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou d'un 10 domaine catalytique ou C-terminal ou d'un peptide de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3 et l'isolement d'un anticorps qui lie une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et 15 q ou un domaine catalytique ou C-terminal ou un peptide de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3, et éventuellement la production d'un fragment ou d'un dérivé liant la forme f, c, r, p, m, e, h, aj ou q de la PCSK9 de 20 l'anticorps isolé. 70. Le procédé selon les paragraphes 68 et 69, où le vertébré non humain est une souris ou un rat. 71. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 68 à 70, comprenant l'étape d'obtention d'un acide nucléique codant 25 pour l'anticorps, le fragment, le dérivé ou le site de liaison et éventuellement l'insertion de l'acide nucléique dans un vecteur d'expression. 72. Un kit pour le génotypage de la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) d'un être 30 humain, où le kit comprend un acide nucléique (i) comprenant une séquence de nucléotides consécutifs qui s'hybride spécifiquement à une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins à la 3033703 177 séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci, ou s'hybride spécifiquement à une séquence antisens ou à un transcrit ARN de ladite séquence, où ladite séquence de nucléotides consécutifs s'hybride à au 5 moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO: 28 ou s'hybride à une séquence antisens ou à un transcrit ARN de celle-ci ; et/ou (ii) comprenant une séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs d'une séquence nucléotidique choisie dans le 10 groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou comprenant une séquence antisens ou une version ARN desdits nucléotides consécutifs, où ladite séquence de nucléotides consécutifs comprend au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28. 15 73. Un kit pour le génotypage ou le phénotypage de la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) d'un être humain, où le kit comprend un anticorps ligand qui lie une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q ou un domaine catalytique 20 ou C-terminal ou un peptide de celles-ci qui comprend une variation d'acide aminé à partir de la séquence correspondante de SEQ ID NO : 1, 2 ou 3, ou un anticorps, un fragment ou un dérivé produit par le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 68 à 71. 25 74. Un procédé de ciblage d'une proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) pour le traitement et/ou la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain, le procédé comprenant l'administration d'un ligand anti-PCSK9 à un être humain 30 comprenant une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37, grâce à quoi une PCSK9 codée par ladite séquence nucléotidique est ciblée. 3033703 178 75. Le procédé selon le paragraphe 74, où le procédé comprend le ciblage d'une PCSK9 humaine choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q avec ledit ligand pour traiter et/ou prévenir ladite maladie ou affection 5 chez ledit être humain. 76. Un procédé de traitement et/ou de prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) chez un être humain, le procédé comprenant le ciblage d'une PCSK9 humaine 10 choisie dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q par l'administration à l'être humain d'un ligand qui lie ladite PCSK9, traitant et/ou prévenant de cette manière ladite maladie ou affection chez l'être humain. 77. Le procédé selon le paragraphe 76, dans lequel le 15 génome de l'être humain comprend une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37. 78. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 77, dans lequel l'être humain a été ou est génotypé comme étant positif pour une séquence nucléotidique choisie dans le 20 groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci. 79. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 78, dans lequel l'être humain a été ou est phénotypé comme étant positif pour une PCSK9 humaine choisie dans le groupe 25 constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et q. 80. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 79, où le procédé comprend le génotypage de l'être humain en tant que positif pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence 30 codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci. 81. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 80, où le procédé comprend le phénotypage de l'être humain en tant que positif pour une séquence de la PCSK9 humaine choisie 3033703 179 dans le groupe constitué des formes f, c, r, p, m, e, h, aj et cl. 82. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 81, dans lequel l'être humain a été ou est génotypé comme 5 étant hétérozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci ; éventuellement dans lequel l'être humain a été ou est génotypé comme comprenant la séquence nucléotidique de 10 SEQ ID NO : 28 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celle-ci et une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou C-terminal de celles-ci. 15 83. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 82, dans lequel le génome de l'être humain a été ou est génotypé comme étant homozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine 20 catalytique ou C-terminal de celles-ci. 84. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 83, où le procédé comprend le génotypage de l'être humain pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou la séquence codant pour le domaine 25 catalytique ou C-terminal de celles-ci avant l'administration du ligand à l'être humain, où le ligand est déterminé comme étant capable de se lier à une PCSK9 codée par ladite séquence choisie. 85. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 30 84, comprenant en outre l'administration dudit ligand et d'une statine (par exemple, l'atorvastatine) à l'être humain. 86. Le procédé selon le paragraphe 85, dans lequel le ligand et la statine sont administrés séparément. 3033703 87. Le procédé selon le paragraphe 85, dans lequel le ligand et la statine sont administrés simultanément. 88. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 74 à 87, dans lequel le ligand est administré par injection sous-5 cutanée. 89. Un procédé de réduction du taux de cholestérol ou de maintien du taux de cholestérol réduit auparavant chez un être humain en ayant besoin comprenant a. la sélection d'un être humain comprenant (i) une 10 séquence nucléotidique de proprotéine convertase subtilisine/ kexine de type 9 (PCSK9) choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ; et/ou (ii) une séquence nucléotidique de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9 ; et 15 b. l'administration au dit être humain d'un anticorps ou d'un fragment d'anticorps qui lie spécifiquement une ou plusieurs séquences d'acides aminés de la PCSK9 codée par ladite séquence nucléotidique comprise par l'être humain. 90. Le procédé selon le paragraphe 89, dans lequel 20 l'étape (a) comprend la sélection d'un être humain comprenant une protéine PCSK9 codée par la séquence nucléotidique de (i) ou (ii). 91. Le procédé selon le paragraphe 89 ou 90, dans lequel l'anticorps ou le fragment d'anticorps lie spécifiquement 25 ladite séquence d'acides aminés de la PCSK9. 92. Le procédé selon le paragraphe 89 ou 90, dans lequel l'anticorps ou le fragment d'anticorps lie une seconde protéine PCSK9 comprenant une séquence d'acides aminés codée par (i) une séquence nucléotidique choisie dans le groupe 30 constitué des SEQ ID NO : 29 à 37; et/ou (ii) une séquence nucléotidique de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9. 3033703 181 93. Le procédé selon le paragraphe 89 ou 90, dans lequel l'anticorps comprend un domaine VH dérivé de la recombinaison d'un segment de gène VH humain, de segments de gènes D humains et d'un segment de gène JH humain, le segment de gène VH 5 comprenant une séquence nucléotidique qui comprend un polymorphisme d'un seul nucléotide avec le nucléotide C tel qu'indiqué dans rs56069819 (SEQ ID NO : 41). 94. Le procédé selon le paragraphe 93, dans lequel le segment de gène VH est VH3-23*04. 10 95. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 93, dans lequel l'anticorps comprend un domaine VH, où le domaine VH comprend la séquence de la région charpente 1 de SEQ ID NO : 38. 96. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 15 95, dans lequel l'être humain a été déterminé comme comprenant la séquence nucléotidique de (i) et/ou (ii). 97. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 96, dans lequel l'être humain a été déterminé comme comprenant une protéine variante de la proprotéine convertase 20 subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) codée par la séquence nucléotidique de (i) et/ou (ii). 98. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 97, comprenant l'étape de détermination que l'être humain comprend la séquence nucléotidique de (i) et/ou (ii). 25 99. Le procédé selon le paragraphe 98, dans lequel l'étape de détermination est réalisée avant l'administration de l'anticorps à l'être humain. 100. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 99, comprenant l'étape de détermination que l'être humain 30 comprend une protéine variante de la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) codée par la séquence nucléotidique de (i) et/ou (ii). 3033703 182 101. Le procédé selon le paragraphe 100, dans lequel l'étape de détermination est réalisée avant l'administration de l'anticorps à l'être humain. 102. Le procédé selon le paragraphe 100 ou 101, dans 5 lequel l'étape de détermination comprend l'analyse d'un échantillon biologique provenant de l'être humain pour (i) une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ; et/ou (ii) une séquence nucléotidique codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de 10 la protéine variante de la PCSK9. 103. Le procédé selon le paragraphe 102, dans lequel l'analyse comprend la mise en contact de l'échantillon biologique avec a. au moins une sonde oligonucléotidique comprenant une 15 séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs qui peut s'hybrider spécifiquement à et identifier dans l'échantillon biologique une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de 20 celles-ci, ou qui s'hybride spécifiquement à une séquence antisens de ladite séquence, où ledit acide nucléique s'hybride à au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28 ou s'hybride à une séquence antisens, formant de cette manière un 25 complexe lorsqu'au moins une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou au moins la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci est présente ; et/ou b. au moins une sonde oligonucléotidique comprenant une 30 séquence d'au moins 10 nucléotides consécutifs d'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 ou comprenant une séquence antisens desdits nucléotides consécutifs, où ladite séquence de 3033703 183 nucléotides consécutifs comprend au moins un nucléotide présent dans ladite séquence choisie qui n'est pas présent dans SEQ ID NO : 28, formant ainsi un complexe lorsqu'une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des 5 SEQ ID NO : 29 à 37 est présente ; et la détection de la présence ou de l'absence du complexe, où la détection de la présence du complexe détermine que l'être humain comprend la protéine variante de la PCSK9. 104. Le procédé selon le paragraphe 102 ou 103, dans 10 lequel l'analyse comprend l'amplification de l'acide nucléique et éventuellement un ou plusieurs procédés choisis parmi un séquençage, un séquençage de nouvelle génération, une hybridation d'acide nucléique et une hybridation allèle-spécifique. 15 105. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 102 à 104, dans lequel l'analyse est réalisée sous un format multiplex. 106. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 102 à 105, comprenant en outre l'obtention de l'échantillon 20 biologique à partir de l'être humain. 107. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 106, où ledit être humain est ou a été en outre déterminé comme étant substantiellement résistant à un traitement à base de statines. 25 108. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 107, où l'être humain reçoit ou a reçu un traitement à base de statines ou présente une réactivité réduite à un traitement à base de statines. 109. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 30 à 108, où l'être humain reçoit en outre l'administration d'une statine. 3033703 184 110. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 108, dans lequel ledit anticorps ou fragment d'anticorps et ladite statine sont administrés séparément ou simultanément. 111. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 106 5 à 110, dans lequel ledit échantillon biologique comprend du sérum, du sang, des selles, du tissu, une cellule, de l'urine et/ou de la salive dudit être humain. 112. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 111, où ledit être humain est indiqué comme étant 10 hétérozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 et/ou de la séquence nucléotidique de celles-ci codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal d'une protéine PCSK9. 113. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 15 à 112, où ledit être humain est en outre indiqué comme comprenant la séquence nucléotidique of SEQ ID NO : 28 et/ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celle-ci. 114. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 20 à 113, où ledit être humain est indiqué comme étant homozygote pour une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué des SEQ ID NO : 29 à 37 et/ou la séquence codant pour le domaine catalytique ou le domaine C-terminal de celles-ci. 25 115. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 114, où ledit être humain a été diagnostiqué comme souffrant d'au moins une affection choisie parmi un trouble lipidique, une hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, une crise cardiaque, 30 un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose, une maladie vasculaire périphérique, une claudication, un diabète de type II, une pression sanguine élevée, et une maladie ou une affection cardiovasculaire. 3033703 116. Le procédé selon l'un quelconque des paragraphes 89 à 115, où ledit procédé traite ou prévient chez ledit être humain au moins une affection choisie parmi un trouble lipidique, une hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une 5 dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, une crise cardiaque, un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose, une maladie vasculaire périphérique, une claudication, un diabète de type II, une pression sanguine élevée, et une maladie ou une affection cardiovasculaire.
10 Exemples Exemple 1 - Variants rares de la PCSK9 La présente invention propose des ligands anti-PCSK9 ; et 15 des ligands liant ou ciblant la PCSK9 tels que décrits dans ce document. Les ligands présentent toute une diversité d'utilité. Certains des ligands, par exemple, sont utiles dans des tests de liaison spécifique, pour le génotypage ou le phénotypage d'êtres humains, la purification par affinité de 20 la PCSK9, en particulier de la PCSK9 humaine ou de ses ligands et dans des tests de criblage pour identifier d'autres antagonistes de l'activité de la PCSK9. Certains des ligands de l'invention sont utiles pour l'inhibition de la liaison de la PCSK9 au LDLR, ou l'inhibition des activités médiées par la 25 PCSK9. Des ligands anti-PCSK9 (par exemple, des anticorps et de l'ARN antisens) ont été développés en se basant sur le ciblage et la neutralisation de la PCSK9 humaine dite de "type sauvage", qui est la forme existant de manière courante (voir, 30 par exemple, les documents US20120093818A1 et US20110065902A1). Alors que de telles thérapies sont utiles pour des patients humains porteurs de cette forme de PCSK9 humaine, l'inventeur a considéré comme utile d'étudier la 3033703 186 possibilité de cibler des formes beaucoup plus rares, mais existant tout de même à l'état naturel, de la PCSK9 parmi les populations humaines. De cette manière, l'inventeur s'est fait une idée des occurrences naturelles et des distributions des 5 formes plus rares de la PCSK9 humaine qui peuvent servir de cibles utiles (au niveau protéine ou acide nucléique) pour un traitement, une prophylaxie et un diagnostic de l'être humain pertinent avec des maladies et des affections médiées par ou associées à l'activité de la PCSK9. Ceci permet de fournir en 10 particulier une thérapie, une prophylaxie et un diagnostic personnalisés chez les êtres humains qui sont dépourvus du gène ou de la protéine de la PCSK9 courante (c'est-à-dire, la forme a ou a' telle qu'utilisée dans les documents US20120093818A1 et US20110065902A1 pour générer des 15 anticorps). L'homme du métier saura que des SNP ou d'autres changements qui se traduisent en variation d'acide aminé peuvent provoquer une variabilité dans l'activité et/ou la conformation de cibles humaines à aborder. Ceci a suscité un 20 grand intérêt dans la médecine personnalisée où le génotypage et la connaissance de la variabilité de la protéine et des nucléotides sont utilisés pour personnaliser plus efficacement les médicaments et le diagnostic des patients. Par conséquent, l'invention propose des agents pharmaceutiques et des analyses 25 personnalisés qui ciblent spécifiquement des formes variantes polymorphes plus rares de la PCSK9. De telles formes ou "allèles" (au niveau des nucléotides), dans un grand nombre des exemples déterminés par l'inventeur, comprennent des changements multiples au niveau des nucléotides et des acides 30 aminés à partir des séquences des nucléotides et des acides aminés des formes courantes correspondantes, c'est-à-dire qu'il y a de multiples changements non synonymes au niveau des 3033703 187 nucléotides qui se traduisent en de multiples changements correspondants dans la protéine cible chez les êtres humains. En outre, l'inventeur a réalisé de manière surprenante que les formes naturelles plus rares, bien que présentes chez 5 les êtres humains à des fréquences de beaucoup inférieures par rapport à la forme commune, sont néanmoins représentées dans des populations humaines multiples et diverses du point de vue ethnique et habituellement avec de nombreux exemples humains par population ethnique représentée. Ainsi, l'inventeur a 10 réalisé que le ciblage de ces formes plus rares fournirait un traitement, une prophylaxie ou un diagnostic efficace au travers de nombreuses populations ethniques humaines, étendant de cette manière l'utilité de la présente invention. Avec cette réalisation, l'inventeur a réalisé qu'il 15 existe une application industrielle et médicale significative pour l'invention en termes de guide du choix du ligand antiPCSK9 pour une administration à des patients humains pour un traitement et/ou une prophylaxie de maladies ou d'affections médiées par ou associées à la PCSK9. De cette manière, le 20 patient reçoit des médicaments et des ligands qui sont personnalisés en fonction de ses besoins, tels que déterminés par la constitution génétique ou phénotypique du patient. Dans ce contexte, l'invention propose le génotypage et/ou le phénotypage de patients en connexion avec un tel traitement, 25 permettant de cette manière une adéquation correcte du médicament au patient. Ceci augmente les chances de l'efficacité médicale, réduit la probabilité d'un traitement inférieur en utilisant des médicaments ou des ligands qui ne sont pas adéquats au patient (par exemple, une efficacité 30 médiocre et/ou des effets secondaires) et évite une mauvaise prescription pharmaceutique et un gaspillage. En développant cette pensée, dans cet exemple non limitatif, le présent inventeur a décidé de déterminer un 3033703 188 ensemble de variants de la PCSK9 humaine sur la base des critères suivants, ceux-ci étant des critères que l'inventeur a imaginés fourniraient des médicaments et des diagnostics médicaux utiles pour un besoin personnalisé dans la population 5 humaine. L'inventeur a sélectionné des variants présentant au moins 3 des 4 critères suivants :- - des variants de la PCSK9 présentant une fréquence cumulative d'un allèle humain dans la plage de 1 à 10 % ; - des variants de la PCSK9 présentant une fréquence 10 totale d'un génotype humain dans la plage de 1 à environ 15 % ; - des variants de la PCSK9 trouvés dans de nombreuses populations ethniques humaines (en utilisant la catégorisation classique du Projet 1000 Génomes, qui est un standard accepté 15 dans l'art ; voir le tableau 3 ci-dessous) ; et - des variants de la PCSK9 trouvés chez de nombreux individus distribués au travers de ces nombreuses populations ethniques différentes. Sur la base de ces critères, l'inventeur a identifié les 20 variants énumérés dans le tableau 1 ci-dessous (en excluant la forme a). La sélection de l'inventeur a inclus, comme considération, la sélection de la variation nucléotidique qui a produit une variation d'acide aminé dans les formes 25 correspondantes de la PCSK9 (c'est-à-dire, des variations non synonymes), par opposition aux variations silencieuses qui ne modifient pas les résidus d'acides aminés dans la protéine cible. Tableau 1 - Variants de la PCSK9 humaine distribués sur plusieurs populations ethniques humaines et présentant une fréquence totale d'un génotype humain dans la plage de 1 à environ 15 % (a) variabilité des acides aminés, distributions et fréquences dans les populations Forme a 46R 53A 425N 443A 4741 619Q 670E ASW, YRI, GBR, 939 14 0,3951 0,4506 0,64815 TSI, CLM, CHB, (0,8457) LWK, CHS, MXL, JPT, PUR, IBS, FIN, CEU Forme variante Position et variation d'acide aminé Populations humaines Nombre Nombre de populations unique s2 Fréquence Hom4 (fréquence Het Hom5) Fréquence cumulative6 d'individus4 Fréquence Het3 46L 53V 425S 443T 474V 619P 670G f x ASW, YRI, GBR, 180 12 0,153 0,009 0,0855 TSI, CLM, LWK, (0,162) MXL, JPT, PUR, IBS, FIN, CEU c x ASW, YRI, GBR, 153 12 0,1296 0,0081 0,0729 TSI, CLM, CHB, (0,1377) LWK, CHS, JPT, PUR, FIN, CEU r x x 0,0234 0,009 0,0292 (0,0324) P x x ASW, GBR, TSI, 49 9 0,0441 (0,0441) 0,0221 CLM, JPT, PUR, IBS, FIN, CEU m x LWK, ASW, YRI, 29 4 0,0225 (0,0225) 0,0149 CLM e x x LWK, ASW, YRI 15 3 0,0135 (0,0135) 0,0068 h x x LWK, ASW, YRI 10 3 0,009 (0,009) 0,0045 aj X x PUR, TSI, FIN, 9 4 0,0081 (0,0081) 0,0041 CEU cl x x CHS, ASW, JPT, 7 5 0,0063 (0,0063) 0,0032 PUR, CHB Notes du tableau : "x" dans une case indique que l'acide aminé pour la forme variante est différent de l'acide aminé au niveau de cette position dans la forme a, l'acide aminé variant étant présenté dans "Position et 5 variation de l'acide aminé" du tableau et l'acide aminé de la forme a étant présenté à la première rangée du tableau ; les acides aminés au niveau de toutes les autres positions de chaque forme variante sont identiques à ceux trouvés dans la forme a. La numérotation des acides aminés est selon la numérotation présentée pour la pro-forme dans le tableau 2 ci-dessous. 10 1. Nombre d'individus dans la base de données de 1000 Génomes trouvés comme porteurs de l'allèle ; 2. Nombre de populations ethniques humaines uniques dans la base de données de 1000 Génomes dans lesquels l'allèle est apparu ; 3. Fréquence d'un génotype humain hétérozygote, c'est-à-dire, la fréquence cumulative de tous les génotypes présentant une occurrence de l'allèle variant et une occurrence d'un autre allèle (état 15 hétérozygote), par exemple, le génotype ac dans la base de données de 1000 Génomes ; 4. Fréquence d'un génotype humain homozygote, c'est-à-dire, la fréquence cumulative de deux occurrences de l'allèle variant (état homozygote), par exemple, le génotype cc dans la base de données de 1000 Génomes ; et 5. Fréquence totale d'un génotype humain, c'est-à-dire, le total des fréquences d'un génotype humain 20 hétérozygote plus homozygote. 6. Fréquence cumulative d'un allèle humain de toutes les occurrences de l'allèle variant dans la base de données de 1000 Génomes. La forme a' est identique à la forme a à l'exception que la forme a' a une glycine (G) en 25 position 620 (voir le document US20120093818 (Amgen, Inc)) ; la forme a a un E au niveau de cette CA.) o position. CA.) CA.) o CA.) (b) Variations de la séquence nucléotidique d'allèles sélectionnés Allèle a Allèle variant Position du nucléotide 1:55505647 1:55505668 1:55523802 1:55523855 1:55524237 1:55527222 1:55529187 Variation non synonyme du nucléotide (.4 _L-, ( , C , (' ID du variant' rs11591147 rs11583680 rs28362261 rs28362263 rs562556 rs28362277 rs505151 Variation correspondante de lTacide aminé 46L 53V 425S 443T 474V 619P 670G f X C X r X X p X X m X e X X h X X aj X X cl X X dans une case indique qu'un allèle variant comprend la variation non synonyme du nucléotide indiqué à la 5ème rangée. Notes du tableau : 5 1. La notation est le numéro du chromosome (toutes les positions sont sur le chromosome 1 humain): numéro de coordonnée (Ensembl version 73 -septembre 2013, assemblage du génome GRCh37 (GCA 000001405,13) ; 2. Changement de nucléotide (comparativement au nucléotide de l'allèle a présenté à la première rangée) donnant naissance à un changement d'acide aminé dans la forme variante 10 (comparativement à l'acide aminé de l'allèle a) ; et 3. Numéro de référence NCBI dbSNP (NCBI dbSNP Build 138 publié le 25 avril 2013). Tableau 2 - Séquences (a) Séquence d'acides aminés de la forme a de la PCSK9 humaine (SEQ ID NO : 1) - "Pro-forme" avec la séquence signal 46 MGTVS5RRSV/VA5,' ; ; GPAGA.P.A;-- E 1:' EE :YLALF:. E F E 1-1F.:CAFDP F.:1 F. GT KE ET EL :E1,2 SE F.: TAP.B.: F:G YL TK I HV FFELL EG S DI, LE LAI, EU Pli VDYIEEIVfA y ra g gs 1.ei-eildtslcisdhrelegrumutdfenupeederfhrgask.cdshg S thiagyvsgrdag..... K.gasrnrs 2.hiccigkg firk.sqlvcipvgvi iaggy naacq Haragyv vtaagnfrddac- spasape,lbgatnacidqp.: ztigtnfgricvdi aç:g ,,gassdicstdvsgsgtsciaaahvaglaammisaepeitiae, 4 ,443 474 d.. nef pedci sfriGAG\NQLF RTONSAIHSGPIRMATAIAR APDEELLSCSSFSRSGKRRGERM EAQGGKI',..'CRAJ-NAFGGEGVYAIARCCLLPQAINCY../HTAPPAEASIMGTRVHCFQQGF.,. /LTGCSSI-VJEVEDLGT b19 HKPPURPRGQPNQCIiREASIHASCCHARGLECKVKEliGIPAPOECNTVACEEG*TLIGCSALPGISHVLGAY 670 5 AVDNTCVVRSRDVSTTGSTSEEAVTAVAICCRSRE-LOASQELO, Italique = séquence signal 1-30 Courier = pro-peptide 31-152 minuscules = domaine catalytique 153-449 MAJUSCULES = domaine C-terminal 450-692 soulignés = résidus changés à partir de l'allèle a dans d'autres séquences (numéros des résidus aa présentés) 5 La pro-forme est la séquence du numéro d'acide aminé 31 jusqu'au (et y compris) numéro d'acide aminé 692 de SEQ ID NO : 1. La forme mature est la séquence du numéro d'acide aminé 153 jusqu'au (et y compris) numéro d'acide aminé 692 de SEQ ID NO : 1. 10 (b) Séquence d'acides aminés de la forme a de la PCSK9 humaine (SEQ ID NO : 3) - "Forme mature" (La numérotation et la notation selon SEQ ID NO : 1 ci-dessus ont été conservées) 17.!,;,e Htc prga gslvevy:idts cisdh reieg rvmvtdf envpeedgtrf h mas kods hg ,dsmrslry riccigkg igle arag,...,:vtaagnf rdda spasapevitvgatnacidqp.,dlgt,gtnfgrov gasscicstdvsgsgtsciaaahva aamm saepeitiaeir 4:5 44E 474 dvineav pecJq.ItonI.aE st hGAGWO.LFC RTVWSAH SG PT R MATAI ARCAPD EELLSCSSFSRSG KR RG ER M EAQGGKDK PAH. NAFGGEGVYAIARCCLLPQANCSVPITAPPAEASMGTRVH.CHQQGHILFGOESHNEVEDL 519 6:3 HKPPVLRPRGQPN QCVGPREAS1PASCCHAPGLEC KV KEPG I PAR- EQVIVACEEGVITLIGCSALPGTSHVLGAY 673 AVE) TCVVRSR DVSTIGSTSE EAVTAVAI CCRSRHLA.Q.ASO,ELO, (c) Séquence nucléotidique de l'allèle a de la PCSK9 humaine (SEQ ID NO : 28) - Codant pour la "Pro-forme" plus la séquence signal ATGGGCACCGTCAGCTCCAGGCGGTCCTGGTGGCCGCTGCCACTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGGGTC CCGTGGAGGTTGCCTC-GCACCTACGTGGTGGTGCTGAAGGAGGAGACCCACCTCTCGCAGTCAGAGCG CCGCC C GCCG ICGACI:.CATCGACL 'TCCI 7:7GIcerrr i>cC- I:agcatc:tggaacctggagcattacccctcca ,3g ta cLgggcggatgaataccagccccccgdcggageagcctggtggaggtgtatctcctagacaccagcatacagag tgaccaccgggaa atcgagggcagggtcatggtcaccgacttcgagaatgtgcccgaggaggacgggacccgcttccacagacaggc cagcaagtgtgacagtcat ggcacccacctggcaggggtggtcagcggccgggatgccggcgtggccaagggtgccagcatgcgcagcctgcg cgtgctcaactgccaaggg aagggcacggt-tagcggcaccc.--cctr.--:_=gt-ttattcggaa -ccagctggtccagcctgtggggccctggtggtg sggtacag_i-. -cagcgcctggcurgctggggtcgtgctggtc tgccgg = g gg cc .HI-Aatgccca --7-",icci;:',-_cggtgaccctg gaccaactttggccgctgtgtggacctct-ttgccccagggggacatcattggtgcctccagcgactgcagcac ctgctegtgtcacaga gacatcacaggctgctgcccacgtggctggcattgcagccatgatgctgtctgccgagccggagctcaccctgg ccgagttgaggcagagac igaggacc,i, :I5aCCtggtgïT occcatGGGGCAGGTTGGCAGCTGTTTTGCAGGACTGTAT û TCAGCACACTCGGGGCCTACACGGATGGC._. ACAGCCATCGCCCGCTGCGCCCCAGATGAGGAGCTGCTGAGCTGCTCCAGTTTCTCCAGGAGTGGGAAGCGG CGGGGCGAGCGCATGGAGGCCCAAGGGGGCAAGCTGGTCTGCCGGGCCCACAACGCTTTTGGGGGTGAGG 7,TGTCTACGCCATTGCCAGGTGCTGCCTGCTACCCCAGGCCAACTGCAGCGTCCACACAGCTCCACCAGCTGA ;(3CATGGGGACCCGTGTCCACTGCCCAACAGGGCCACGTCCTCACAGGCTGCACC7CCCACTGGGA GGTGGAGGACCTTGGCACCCACAAGCII ACAGGGAGGCCAGCATCCACGCTTCCTGCTGCCATGCCCCAGGTCTGGAATGCAAAGTCAAGGAGCATGGAA _ 19P( E620G GAG à GGG TCCCGGCCCCTCAGGAGCAGGTGACCGTGGCCTGCGAGGAGGGCTGGACCCTGACTGGCTGCAGTGCCCTCC TAC- 2GACAACACH- .\GTCAGGAGCCGGGACC-SAG_ Italique = séquence nucléotidique codant pour la séquence signal (nucléotides 1-90) Courier = séquence nucléotidique codant pour le pro-peptide (nucléotides 91-456) minuscules = séquence nucléotidique codant pour le domaine catalytique (nucléotides 457-1346) 5 MAJUSCULES = séquence nucléotidique codant pour le domaine C-terminal (nucléotides 1347-2076) Soulignés = variations alléliques à partir de l'allèle a dans d'autres séquences (changements de numéros de résidus aa et changements de codons présentés) La pro-forme est codée par la séquence nucléotidique du nucléotide 91 jusqu'au (et y compris) 10 nucléotide 2076. La forme mature est codée par la séquence nucléotidique du nucléotide 457 jusqu'au (et y compris) nucléotide 2076.
198 3033703 Séquences nucléotidiques des allèles variants Ainsi, (i) La séquence nucléotidique de l'allèle f est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique de 5 l'allèle f comprend un codon GTC à la place d'un codon ATC au niveau de la position marquée "I474V" dans SEQ ID NO : 28 ; (ii) La séquence nucléotidique de l'allèle c est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique de l'allèle c comprend un codon GGG à la place d'un codon GAG 10 au niveau de la position marquée "E670G" dans SEQ ID NO : 28 ; (iii) La séquence nucléotidique de l'allèle r est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique de l'allèle r comprend un codon GTC à la place d'un codon ATC au niveau de la position marquée "I474V" dans SEQ ID NO : 28 ; 15 et un codon GGG à la place d'un codon GAG au niveau de la position marquée "E670V" dans SEQ ID NO : 28 ; (iv) La séquence nucléotidique de l'allèle p est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique de l'allèle p comprend un codon GTC à la place d'un codon GCC 20 au niveau de la position marquée "A53V" dans SEQ ID NO : 28 ; et un codon GTC à la place d'un codon ATC au niveau de la position marquée "I474V" dans SEQ ID NO : 28 ; (v) La séquence nucléotidique de l'allèle m est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique de 25 l'allèle m comprend un codon ACC à la place d'un codon GCC au niveau de la position marquée "A443T" dans SEQ ID NO : 28 ; (vi) La séquence nucléotidique de l'allèle e est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique de l'allèle e comprend un codon AGI à la place d'un codon AI 30 au niveau de la position marquée "N425S" dans SEQ ID NO : 28 ; et un codon GTC à la place d'un codon ATC au niveau de la position marquée "I474V" dans SEQ ID NO : 28 ; 199 3033703 (vii) La séquence nucléotidique de l'allèle h est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique de l'allèle h comprend un codon ACC à la place d'un codon GCC au niveau de la position marquée "A443T" dans SEQ ID NO : 28 ; 5 et un codon CCG à la place d'un codon CAG au niveau de la position marquée "Q619P" dans SEQ ID NO : 28 ; (viii) La séquence nucléotidique de l'allèle aj est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique de l'allèle aj comprend un codon CTT à la place d'un codon CGT 10 au niveau de la position marquée "R46L" dans SEQ ID NO : 28 ; et un codon GTC à la place d'un codon ATC au niveau de la position marquée "I474V" dans SEQ ID NO : 28 ; et (ix) La séquence nucléotidique de l'allèle q est identique à SEQ ID NO : 28 sauf que la séquence nucléotidique 15 de l'allèle q comprend un codon GTC à la place d'un codon GCC au niveau de la position marquée "A53V" dans SEQ ID NO : 28 ; et un codon GGG à la place d'un codon GAG au niveau de la position marquée "E670G" dans SEQ ID NO : 28. Séquences d'acides aminés des pro-formes variantes (la 20 numérotation est selon SEQ ID NO : 1 citée ci-dessus) (A) La séquence d'acides aminés de la forme f est identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la 25 forme f comprend une valine en position 474 ; (B) La séquence d'acides aminés de la forme c est identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la 30 forme c comprend une glycine en position 670 ; (C) La séquence d'acides aminés de la forme r est identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de 200 3033703 SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme r comprend une valine en position 474 et une glycine en position 670 ; (D) La séquence d'acides aminés de la forme p est 5 identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme p comprend une valine en position 53 et une valine en position 474 ; 10 (E) La séquence d'acides aminés de la forme m est identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme m comprend une thréonine en position 443 ; 15 (F) La séquence d'acides aminés de la forme e est identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme e comprend une sérine en position 425 et une valine en 20 position 474 ; (G) La séquence d'acides aminés de la forme h est identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la 25 forme h comprend une thréonine en position 443 et une proline en position 619 ; (H) La séquence d'acides aminés de la forme aj est identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de 30 SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme aj comprend une leucine en position 46 et une valine en position 474 ; et 201 3033703 (I) La séquence d'acides aminés de la forme q est identique à la séquence d'acides aminés de l'acide aminé numéro 31 jusqu'à (et y compris) l'acide aminé numéro 692 de SEQ ID NO : 1 sauf que la séquence d'acides aminés de la 5 forme q comprend une valine en position 53 et une glycine en position 670. Séquences d'acides aminés des formes matures variantes (la numérotation est selon SEQ ID NO : 1 citée ci-dessus) (A') La séquence d'acides aminés de la forme f est 10 identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme f comprend une valine en position 474 ; (B') La séquence d'acides aminés de la forme c est identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme c comprend une glycine en position 670 ; 15 (C') La séquence d'acides aminés de la forme r est identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme r comprend une valine en position 474 et une glycine en position 670 ; (D') La séquence d'acides aminés de la forme p est 20 identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme p comprend une valine en position 474 ; (E') La séquence d'acides aminés de la forme m est identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme m comprend une thréonine en position 443 ; 25 (F') La séquence d'acides aminés de la forme e est identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme e comprend une sérine en position 425 et une valine en position 474 ; (G') La séquence d'acides aminés de la forme h est 30 identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme h comprend une thréonine en position 443 et une proline en position 619 ; 202 3033703 (H') La séquence d'acides aminés de la forme aj est identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme aj comprend une valine en position 474 ; et (I') La séquence d'acides aminés de la forme q est 5 identique à SEQ ID NO : 2 sauf que la séquence d'acides aminés de la forme q comprend une glycine en position 670. La forme mature de p est identique à la forme mature de f et aj. La forme mature de c est identique à la forme mature de 10 q. Une autre analyse des séquences et une modélisation 3D in silico (voir la figure 1) ont révélé que les variants sélectionnés remplissaient également les critères de sélection supplémentaires suivants :- 15 - les variants de la PCSK9 dont les résidus d'acides aminés variants (contre la forme courante de la PCSK9 humaine) sont trouvés dans la forme mature de la cible (c'est-à-dire, en dehors du pro-domaine) ; et - les variants de la PCSK9 dont les résidus d'acides 20 aminés variants (contre la forme courante de la PCSK9 humaine) sont exposés à la surface sur la cible, ce que l'inventeur a vu comme déterminant la topographie de la cible et comme contribuant potentiellement à comment et où la liaison du ligand sur la cible se produit.
25 Comme il est représenté sur la figure 1, les positions 425, 443, 474, 619 et 670 identifiées (trouvées dans les variants sélectionnés de l'invention) sont toutes exposées à la surface et en dehors du pro-domaine. Les positions 425 et 443 des variants sont exposées à la surface sur le domaine 30 catalytique, alors que les positions 474, 619 et 670 des variants sont exposées à la surface sur le domaine C-terminal. Ainsi, l'inventeur a appliqué les nouveaux critères de sélection pour déterminer des formes variantes à rares de la 203 3033703 PCSK9 humaine, réalisant l'utilité de leurs séquences de nucléotides et d'acides aminés dans les diverses configurations, les divers aspects, les diverses clauses, les divers modes de réalisation et les divers exemples de 5 l'invention dans ce document, et proposant de cette manière de nouvelles applications médicales et diagnostiques personnalisées comme il a été décrit ci-dessus. Adaptation des anticorps au profil de variant rare de la PCSK9 10 L'invention comprend la possibilité de personnaliser le traitement des êtres humains en sélectionnant en outre des ligands à base d'anticorps avec des domaines variables basés sur des segments de gènes couramment trouvés chez les êtres humains des populations ethniques où les formes variantes de 15 la PCSK9 sont trouvées comme satisfaisant aux critères de sélection de l'invention. Un exemple est fourni ci-dessous pour des ligands comprenant des domaines d'anticorps VH dérivés de la recombinaison des VH3-23 humains. L'inventeur a analysé les fréquences et la distribution 20 des divers allèles VH3-23 humains et a réalisé le caractère souhaitable d'utiliser des ligands basés sur les allèles VH3- 23 humains comprenant le SNP rs56069819. Ce SNP correspond à un changement de leucine en position 24 dans la séquence de protéine codée en une valine au niveau de cette position 25 (changement L24V) et le SNP est localisé à la coordonnée 106268889 sur le chromosome 14 humain. La figure 2 montre la distribution des fréquences cumulatives des allèles au travers de la base de données du Projet 1000 Génomes des allèles VH3-23 humains comprenant le 30 SNP rs56069819 (de tels allèles étant indiqués par "C" et l'allèle le plus fréquent (qui ne comprend pas ce SNP) étant indiqué par "A"). La figure montre que les allèles VH3-23 comprenant le SNP rs56069819 sont présents à une fréquence 204 3033703 cumulative de 11 % au travers de toutes les populations ethniques humaines prises comme un tout, tandis que dans certaines sous-populations ethniques humaines spécifiques (ASW, LWK, YRI, CEU et GBR), de tels allèles sont présents à 5 une fréquence cumulative supérieure à la moyenne. Sont indiquées sur la figure, ces formes variantes de la PCSK9 humaine (marquées "Variants") qui sont trouvées dans les diverses sous-populations avec une occurrence supérieure à la moyenne des allèles VH3-23 humains comprenant le SNP 10 rs56069819. Le tableau 6 montre les variants VH3-23 et les SNP qu'ils comprennent, ainsi que leurs fréquences cumulatives d'allèles telles que trouvées dans la base de données du Projet 1000 Génomes. Notamment, les allèles VH3-23 humains comprenant le SNP 15 rs56069819 ont été trouvés dans la population CEU à une fréquence qui est presque le double de la fréquence de 11 % pour toutes les populations. Pour les populations ASW et YRI, la fréquence a été supérieure chez un quart de la population. Ainsi, l'invention permet de sélectionner de manière 20 avantageuse un ligand comprenant un anticorps ou un fragment d'anticorps, où l'anticorps ou le fragment comprend un domaine VH dérivé de la recombinaison d'un segment de gène VH humain, d'un segment de gène D humain et d'un segment de gène JH humain, le segment de gène VH humain comprenant une séquence 25 nucléotidique qui comprend le SNP rs56069819 (numérotation dbSNP, numéro de construction tel que cité ci-dessus). Dans un exemple, on peut en outre personnaliser le traitement en sélectionnant un ligand qui se lie spécifiquement à une PCSK9 humaine choisie parmi les formes : 30 f, c, m, e, h, p, q et aj, ces formes étant celles apparaissant dans les populations humaines ASW, LWK, YRI, CEU et GBR.
205 3033703 Dans un exemple, le segment de gène VH est VH3-23*04, qui est un variant couramment trouvé qui comprend le SNP rs56069819 dans les populations humaines ASW, LWK, YRI, CEU et GBR.
5 Dans un exemple, le ligand est destiné au traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain qui exprime une PCSK9 humaine choisie parmi les formes : f, c, m, e, h, p, q et aj. Dans un exemple, le ligand est destiné au traitement 10 et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain d'ascendance ASW, LWK, YRI, CEU ou GBR. Dans un mode de réalisation, le ligand est destiné au traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une 15 affection médiée par la PCSK9 chez un être humain d'ascendance ASW, où l'être humain exprime une PCSK9 choisie parmi f, c, m, e, h, p et q ou l'être humain comprend une séquence de nucléotides ou d'acides aminés correspondante présentée dans le tableau 5. Eventuellement, ce ligand comprend un domaine 20 VH dérivé de la recombinaison du VH3-23*04 humain. Dans un mode de réalisation, le ligand est destiné au traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain d'ascendance LWK, où l'être humain exprime une PCSK9 choisie parmi f, c, m, 25 e et h ou l'être humain comprend une séquence de nucléotides ou d'acides aminés correspondante présentée dans le tableau 5. Eventuellement, ce ligand comprend un domaine VH dérivé de la recombinaison du VH3-23*04 humain. Dans un mode de réalisation, le ligand est destiné au 30 traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain d'ascendance YRI, où l'être humain exprime une PCSK9 choisie parmi f, c, m, e et h ou l'être humain comprend une séquence de nucléotides 206 3033703 ou d'acides aminés correspondante présentée dans le tableau 5. Eventuellement, ce ligand comprend un domaine VH dérivé de la recombinaison du VH3-23*04 humain. Dans un mode de réalisation, le ligand est destiné au 5 traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain d'ascendance CEU, ou l'être humain exprime une PCSK9 choisie parmi f, c, p et aj ou l'être humain comprend une séquence de nucléotides ou d'acides aminés correspondante présentée dans le tableau 5.
10 Eventuellement, ce ligand comprend un domaine VH dérivé de la recombinaison du VH3-23*04 humain. Dans un mode de réalisation, le ligand est destiné au traitement et/ou à la prévention d'une maladie ou d'une affection médiée par la PCSK9 chez un être humain d'ascendance 15 GBR, où l'être humain exprime une PCSK9 choisie parmi f, c et p ou l'être humain exprime une PCSK9 choisie parmi f, c, p et aj ou l'être humain comprend une séquence de nucléotides ou d'acides aminés correspondante présentée dans le tableau 5. Eventuellement, ce ligand comprend un domaine VH dérivé de la 20 recombinaison du VH3-23*04 humain. Dans un exemple, le ligand est l'alirocumab. Références 1) Horton et al, Trends Biochem Sci.
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209 3033703 Tableau 3 - Populations humaines du Projet 1000 génomes Se trouve ci-dessous, un résumé des populations ethniques selon les séquences du Projet 1000 Génomes. Population Ascendance européenne Résidents de l'Utah (CEPH) avec ascendance de l'Europe du Nord et de l'ouest (CEU) Toscans en Italie (TSI) Britanniques d'Angleterre et d'Ecosse (GER) Finnois de Finlande (FIN) Populations ibériques en Espagne (IBS) Ascendance de l'Asie de l'Est Chinois Han à Beijing, Chine (CHB) Japonais à Tokyo, Japon (JPT) Chinois du Sud Han (CHS) Chinois Dai à Xishuangbanna (CDX) Kinh à Ho Chi Minh City, Vietnam (KHV) Chinois à Denver, Colorado (CHD) (pilote 3 seulement) Ascendance de l'Afrique de l'Ouest 210 3033703 Population Yoruba à Ibadan, Nigéria (YRI) Luhya à Webuye, Kenya (LWK) Gambiens dans la Division de l'Ouest, Gambie (GWD) Malawiens à Blantyre, Malawi (MAB) Population de l'Afrique de l'Ouest (TBD) Amériques Ascendance africaine du Sud-Ouest des Etats-Unis (ASW) Afro-américains à Jackson, MS (AJM) Afro-antillais à la Barbade (ACB) Ascendance mexicaine à Los Angeles, CA (MXL) Portoricains à Porto Rico (PUR) Colombiens à Medellin, Colombie (CLM) Péruviens à Lima, Pérou (PEL) Ascendance de l'Asie du sud Ahom dans l'État d'Assam, Inde Kayadtha à Calcutta, Inde Reddy à Hyderabad, Inde Maratha à Bombay, Inde Punjabi à Lahore, Pakistan Tableau 5 - Séquences de la PCSK9 FORME/ALLÈLE VITI-Ns u'. .J.1_ I_E SEQ ID NO: SÉQUENCES D'ACIDES AMINÉS Italique = séquence signal 1-30 Courrier = pro peptide 31-152 Minuscules = domaine catalytique 153-449 MAJUSCULES = domaine C-terminal 450-692 Soulignés = résidus changés à partir de l'alléle a dans d'autres séquences (numéros des résidus aa présentés) a Pro-forme avec 6 s séquence signal MGTVSSRRSWWPLPLLLULLGPAGARAQEDEDGDYEELVLASEELP U . EHGT :':R K - . .r-iPP''M.. . yaul, 5 thk:.7 -1-slrv nur - .-_-,vsgtliglefirkE:: .:;p1vvIlplaggy . cq laragvvivti-1,1,.-_- spé . 1 riqpvtlgtig-tnfgrcvdIfapgedIigi . , . fvsqsgtsqaaahva; ---: --Isae :,-_ -aelrqr1 hfsak ...:-> 443 474 dvineawfpc i:c -vtpriIvaaIppsthGAGWQLFCRTV'NSAF-!CPTRMATA!ARCkDE _. 'HtFIGERM EAQGGKLVCRAHNAFGGEGVYAIARCCIIPOANCSVHTAPPAEASNIGTRVHCHOOGHVLTG '_.!--1." WEDLGT 6:..9 62. HKPPVLRPRGQPNQCVGHREASIHASCCI-L. iLECKVKEHGIPAPQEQVTVACEEGVITLTGC-_.. ,;" i-SHVLGAY "T "V y pe,r:DvsT-Tu rc ^ 7tt Pro-forme WR7 7tLSQET - - ------ KILHVFHGLLPGFL7KMSG 7 .."LPH VE-..- 1 eritpp. T. --',..._ .. ,..*,:tsiqsdhre egrurnvtdferwpeec.; .shg thlagvvsgrdagv- _ slrvlr1cqgkg1vsg1IigIefirksqIvqpvgplvvIlplaggy .. qaacqriaragvvivtaagnfrddacly -:- -I i evitvgatnaqd pvtlgtlenfgrcvdtfapgediigassdcstcfvsqs qui -n - Isaepeltlaelrqrlihfsak -.., 474 dvineawfpedqu. -.. :sthc . 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FCKVKEFV: -_ fTVACEFGWTI.Tk: :'GTSHVI.GAY 573 AVDNTCVVF -, - IG:VTA'III SÉQUENCE NUCLEOTIDIQUE Italique = séquence nucléotidique codant pour la séquence signal (nucléotides 1-90) Courrier = séquence nucléotidique codant pour le pro-peptide (nucléotides 91-456) Minuscules = séquence nucléotidique codant pour le domaine catalytique (nucléotides 457-1346) MAJUSCULES = séquence nucléotidique codant pour le domaine C terminal (nucléotides 1347-2076) CGTCAG ,GCGGTC G . :77CCCGT(.., AGGAGGACGGC CCGTGGAGGTT CAUCC.:"ACUT _ = 'TGCGCC:AAGGAT GCAGTCAGAGCG . . -. '1212(..-7^_:^._-eAGagcatcccg aacctggagcuattacccctcca .._..3gcctcccgac a cagcctggtgeArigtglertcctagacaccagcatacagagtgaccaccgggaa cagggtcatggtcaccgacttcgagaatgtgcccgagga gggi gcttccacagaca ccagcaagtgtgacagtcat g Icctggcaggggtggtcag :cgggatgccggcgt :aag aagggcacggttagcggcaccctcataggcctggagtttattcggaaaagccagctggtccagcctgtggggcc actggtggtgctgctgcccct ggcgggtgggtacagccgc-'--*--acgccgcctgccagcgcct -tgctggtcaccgctgccggcaar----ac catgcctgcctctactcccc _ tctcccgaegicatcacag aaeaccaecceerteaccctgge_ te =,acatcacaggctgclgcccacgtggctggcattr J-gctgtctgccgagccggagctcaccctggccgagttgaggcaga-: à _J'-IGATGGCC 14 .3 iTC ACAGC :CGCTGC Cc , - -TTCTCCAGGAGTGGGAAGCGG CG G GGC : LGCATGGAGGCCCAAGGGGGC3CTe, CCCACAACGCTT GCCAGCATGGGGACTT ,,\CTGCCACCAACAGGGCCACIT --,-CTCCCACTGGGAG GTGGAGGACCTTGG, GCCGCCTGT -'Tf' J 1fT'CGT(5GGCCAÇ ggtaccgggcggatgaataccagccccccgacggaggca L :ggtggaggtgtatctcctgacaccagcatacagagtgaccaccgggaa atcgagggcaggecatggtcaccgacttcgagaategcccgaggaggacgggacccgcltccacagacaggcca gcaagtegacagtcat ggcacccacctucaggggigglcagcggccgggatgcc ceggccaaggegccagcatgcgcagcctgcgcgtgctcaart--Igg aagggcacggttagcgRcaccctcataggcct agIttattcggaaaagccagctutccaeccteggegccactutgegc _ cct cggeggeacag ecctcaacgccgcctgccagcgc ga ct!- ;cigccggcaa,- -agcgac1-,-1-7--iccigcrugtglu ggagctc:LII::cgagt1g.ig . ;44 - :.7,cccag - - 77-TCTG a i TC ACAGCCGTCGCCCGCTGCGCCCCAGATGAGGAGCTGCTGAGCTGCTCCAGTTTCTCCAGGAGTGGGAAGCGG c.GGGGCGAGCGCATGGAGGC,7CAAGGGGGCAAGCTGGTCTGCCGGGCCCACAACGC1 ii fGGGGGTGAGGG 'TCTACCCATTCrT- 1f«;. r3c TA CC C C AG Gr AA CT G C AG C Tr rArar AG CT CCAC CA GCTGAG AACAGC CACGTCCTC: J.L1LLCAGCTCCCACTGGGAG _ TGCTG,, _ TCA AGG(1:-. 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Régions déterminant la US20120020975 Al complémentarité de chaîne légère (CDRL) - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 270, 271, 272, 273, 275, 277, 286, 287, 288, 297, 299, 301, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417, 421, 425, 429, 433, 437, 441, 445, 449, 453, 457, 461, 465, 469, 473, 477, 481, 485 ; Régions déterminant la complémentarité de chaîne lourde (CDRH) - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 61, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 278, 289, 290, 291, 292, 298, 300, 302, 401, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416, 419, 423, 427, 431, 435, 439, 443, 447, 451, 455, 459, 463, 467, 471, 475, 479, 483 ; CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20120027765A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417, 465 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416, 463 ; 233 3033703 SEQ ID NO comprenant un anticorps monoclonal ou un fragment de celui-ci anti-PCSK9. Brevet ou demande de brevet. CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US8168762B2 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417, 465 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416, 463 ; CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20120020976A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 222, 229, 238, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 247, 256, 265, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416 ; CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20130085265A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417, 461, 465, 485 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416, 459, 463, 483 ; CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20130079501A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417, 461, 465, 485 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416, 459, 463, 483 ; 234 3033703 SEQ ID NO comprenant un anticorps monoclonal ou un fragment de celui-ci anti-PCSK9. Brevet ou demande de brevet. CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20120213797A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417, 158, 162, 395, 473, 477 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416, 180, 175, 308, 368, 471, 475 ; CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20120251544A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416 ; CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20130052201A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417, 461, 465, 485 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416, 459, 463, 483 ; CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20130058944A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417, 461, 465, 485 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416, 459, 463, 483 ; 235 3033703 SEQ ID NO comprenant un anticorps monoclonal ou un fragment de celui-ci anti-PCSK9. Brevet ou demande de brevet. CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20130079502A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416 ; CDRL - SEQ ID NO : 5, 7, 9, 10, 12, US20130245235A1 13, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 28, 30, 31, 32, 33, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 42, 44, 46, 405, 407, 409, 411, 413, 415, 417 ; CDRH - SEQ ID NO : 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 60, 62, 64, 65, 67, 69, 71, 72, 74, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 83, 85, 87, 89, 91, 404, 406, 408, 410, 412, 414, 416 ;

Claims (15)

  1. REVENDICATIONS1. Un anticorps ou un fragment d'anticorps pour son utilisation dans la réduction du taux de cholestérol ou de 5 maintien d'un taux de cholestérol réduit auparavant chez un être humain en ayant besoin, caractérisé en ce que : ledit anticorps ou fragment d'anticorps comprend un domaine VH comprenant la séquence de la région charpente 1 de SEQ ID NO : 40, le domaine VH étant dérivé de la recombinaison d'un 10 segment de gène VH humain, d'un segment de gène D humain et d'un segment de gène JH humain, le segment de gène VH codant pour la séquence de la région charpente 1 de SEQ ID NO:40 et comprenant le SNP rs 56069819, et l'anticorps ou fragment d'anticorps se lie spécifiquement à la 15 séquence d'acide aminé de la proprotéine convertase subtilisine/kexine de type 9 (PCSK9) choisie dans le groupe constitué des formes : f, c, r, p, e, aj et q, ledit être humain comprend une séquence nucléotidique codant pour ladite séquence d'acide aminé et un segment de gène VH 20 codant pour la séquence de la région charpente 1 de SEQ ID NO: 40.
  2. 2. L'anticorps ou le fragment pour son utilisation selon la revendication 1, caractérisé en ce que le domaine VH est 25 dérivé de la recombinaison du segment de gène VH humain VH323*04 codé par SEQ ID NO : 39, d'un segment de gène D humain et d'un segment de gène JH humain.
  3. 3. L'anticorps ou le fragment pour son utilisation selon la 30 revendication 1, caractérisé en ce que ledit être humain comprend la séquence nucléotidique SEQ ID NO: 39.
  4. 4. L'anticorps ou le fragment pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisée en ce que 3033703 ' 237 ledit anticorps ou fragment d'anticorps se lie spécifiquement à la séquence d'acide aminé de PCSK9 de forme c, de forme r, ou de forme q.
  5. 5. L'anticorps ou le fragment d'anticorps pour son utilisation selon la revendication 4, caractérisé en ce que ledit être humain a été déterminé comme comprenant la séquence nucléotidique SEQ ID NO : 30.
  6. 6. L'anticorps ou le fragment d'anticorps pour son utilisation selon la revendication 4, caractérisé en ce que ledit être humain a été déterminé comme comprenant la séquence nucléotidique codant pour la séquence d'acide aminé de PCSK9 de forme c, de forme r, ou de forme q et/ou un variant de la protéine PCSK9 forme c, de forme r, ou de forme q.
  7. 7. L'anticorps ou le fragment pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que ledit l'anticorps ou fragment d'anticorps se lie spécifiquement à la séquence d'acide aminé de PCSK9 de forme f, de forme r, de forme e, de forme p, ou de forme aj.
  8. 8. L'anticorps ou le fragment pour son utilisation selon la revendication 7, caractérisé en ce que ledit être humain a été 25 déterminé comme comprenant la séquence nucléotidique SEQ ID NO : 29.
  9. 9. L'anticorps ou le fragment d'anticorps selon la revendication 7, caractérisé en ce que ledit être humain a été 30 déterminé comme comprenant une séquence nucléotidique codant pour une PCSK9 de forme f, de frome r, de forme e, de forme p, de frome aj, et/ou une protéine variante de PCSK9 de forme f, de forme r, de forme e, de forme p, de forme aj. 3033703 238
  10. 10. L'anticorps ou le fragment d'anticorps pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 4 à 6, caractérisé en le génome dudit être humain comprend une 5 séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué de SEQ ID n° 30 à 37 et le segment de gène VH comprend une séquence nucléotidique comprenant SEQ ID NO : 39 ou son complémentaire, optionnellement le segment de gène VH est VH3-23*04 (SEQ ID NO 38). 10
  11. 11. L'anticorps ou le fragment d'anticorps pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 7 à 9, caractérisé en le génome dudit être humain comprend une séquence nucléotidique choisie dans le groupe constitué de SEQ 15 ID n° 29, 32, 34 et 36 et le segment de gène VH comprend une séquence nucléotidique comprenant SEQ ID NO : 39 ou son complémentaire, optionnellement le segment de gène VH est VH3- 23*04 (SEQ ID NO 38). 20
  12. 12. L'anticorps ou le fragment d'anticorps pour son utilisation selon la revendication 10 ou 11, caractérisée en ce que ledit être humain est d'ascendance ASW, LWK, YRI, CEU ou GBR.
  13. 13. L'anticorps ou le fragment d'anticorps pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 à 12, caractérisé en ce que ledit être humain est résistant ou substantiellement résistant à un traitement par des statines.
  14. 14. L'anticorps ou le fragment d'anticorps pour son utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 à 12, caractérisé en ce que ledit être humain reçoit ou a reçu 3033703 239 auparavant un traitement par des statines ou est intolérant aux statines.
  15. 15. L'anticorps ou le fragment d'anticorps pour son 5 utilisation selon l'une quelconque des revendications 1 à 14, caractérisé en ce que ledit être humain a été diagnostiqué avec au moins une affection choisie parmi un trouble lipidique, une hyperlipoprotéinémie, une hyperlipidémie ; une dyslipidémie ; une hypercholestérolémie, une crise cardiaque, 10 un accident vasculaire cérébral, une coronaropathie, une athérosclérose, une maladie vasculaire périphérique, une claudication, et une pression sanguine élevée.
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