FR3021054A1

FR3021054A1 - METHOD AND SYSTEM FOR OBSERVING BIOLOGICAL SPECIES ON A CULTURE MEDIUM

Info

Publication number: FR3021054A1
Application number: FR1454285A
Authority: FR
Inventors: Dominique Decaux
Original assignee: Biomerieux SA
Current assignee: Biomerieux SA
Priority date: 2014-05-14
Filing date: 2014-05-14
Publication date: 2015-11-20
Anticipated expiration: 2034-05-14
Also published as: WO2015173490A1; FR3021054B1

Abstract

Procédé d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture (M) contenu dans un récipient (R) présentant une embase (E) et un couvercle (C) réalisé dans un matériau transparent, ledit procédé étant mis en œuvre sans ouverture du couvercle (C) et comprenant les étapes suivantes : a) prendre une image du milieu de culture (M) à travers le couvercle (C) ; b) réaliser plusieurs déplacements du couvercle (C) par rapport à l'embase (E) tout en maintenant le couvercle (C) au contact de l'embase (E) ; c) prendre une image du milieu de culture (M) à travers le couvercle (C) après chaque déplacement du couvercle (C) ; d) analyser et comparer les niveaux d'intensité lumineuse des différentes images, mettre en œuvre une méthode de rejet de niveaux aberrants d'intensité lumineuse issus de défauts (D) présents sur le couvercle (C) pour construire une image finale du milieu de culture (M).A method of observing biological species on a culture medium (M) contained in a container (R) having a base (E) and a lid (C) made of a transparent material, said method being implemented without opening the cover (C) and comprising the following steps: a) taking an image of the culture medium (M) through the cover (C); b) making several movements of the cover (C) relative to the base (E) while maintaining the cover (C) in contact with the base (E); c) taking an image of the culture medium (M) through the lid (C) after each movement of the lid (C); d) analyze and compare the light intensity levels of the different images, implement a method of rejecting aberrant levels of light intensity from defects (D) present on the cover (C) to build a final image of the medium of culture (M).

Description

La présente invention se rapporte à un procédé et un système d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture. Elle se rapporte plus particulièrement à l'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture contenu dans un récipient présentant une 5 embase et un couvercle réalisé dans un matériau transparent, tel qu'une boîte de Pétri. Il est connu de cultiver des micro-organismes, comme par exemple des bactéries, sur un milieu de culture - ou gélose - contenu dans un récipient. Ces récipients, notamment du type boîte de Pétri, sont classiquement réalisés 10 avec une embase et un couvercle en matériau transparent, en particulier en matière plastique (polystyrène). L'observation des micro-organismes présents sur des milieux de culture en boite de Pétri se fait le plus souvent en enlevant le couvercle afin d'optimiser cette observation. Lorsqu'elle est réalisée manuellement par un 15 technicien, cette étape est faite soit sous hotte à flux laminaire, soit au voisinage d'un bec bunsen, de manière à limiter les risques de contamination de l'environnement extérieur, voire de contaminer le contenu de la boite de Petri elle-même. Lorsque l'observation est réalisée de manière automatique, au 20 moyen d'un instrument de prise d'image, elle l'est également en retirant le couvercle. Le risque de contamination de l'instrument de prise d'image est alors très important, du fait notamment de l'environnement confiné. L'alternative consiste à réaliser la prise d'image à travers le couvercle transparent. Cependant, le couvercle transparent peut présenter des 25 défauts de surface tels que des rayures, des traces, des cassures ou encore des poussières, qui nuisent à l'observation des espèces biologiques et modifient donc les conclusions tirées à la suite du traitement d'image. La présente invention a pour but de résoudre l'inconvénient précité, en offrant une solution simple permettant d'observer des espèces biologiques à 30 travers un couvercle transparent, sans retirer le couvercle du récipient, et en s'affranchissant des défauts du couvercle qui pourraient nuire à l'observation. A cet effet, elle propose un procédé d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture contenu dans un récipient présentant une embase et un couvercle réalisé dans un matériau transparent, ledit procédé 35 étant mis en oeuvre sans ouverture dudit couvercle et comprenant les étapes suivantes : a) prendre une image du milieu de culture à travers le couvercle ; b) réaliser plusieurs déplacements du couvercle par rapport à l'embase tout en maintenant le couvercle au contact de l'embase ; c) prendre une image du milieu de culture à travers le couvercle après 5 chaque déplacement du couvercle ; d) analyser et comparer les niveaux d'intensité lumineuse des différentes images, mettre en oeuvre une méthode de rejet de niveaux aberrants d'intensité lumineuse issus de défauts présents sur le couvercle pour construire une image finale du milieu de culture. 10 Ainsi, l'invention propose de prendre plusieurs images du milieu à travers le couvercle où, entre chaque prise d'image, le couvercle qui présente des défauts est déplacé sur l'embase (en translation, en rotation, en combinant translation et rotation) sans pour autant être ôté de l'embase (le contact est maintenu entre le couvercle et l'embase, autrement dit le couvercle est déplacé 15 dans le plan de contact entre l'embase et le couvercle). En déplaçant ainsi le couvercle, les défauts du couvercle se déplacent également alors que l'embase et donc les espèces biologiques restent statiques ou fixes puis, en comparant les images entre elles en termes de niveaux d'intensité lumineuse, le procédé permet de ne retenir que les observations non aberrantes (les observations 20 aberrantes correspondants aux défauts du couvercle visualisés sur les images) et donc de combiner les images pour générer une image finale exempte, au moins partiellement, des défauts du couvercle. Pour une bonne compréhension des étapes a) à c), le couvercle occupe au moins trois positions distinctes, où pour chaque position le 25 couvercle est en appui sur l'embase et, pour chacune des ses positions, une image est prise à travers le couvercle transparent. Le couvercle passe d'une position à une autre par déplacement du couvercle relativement à l'embase. Pour une bonne compréhension de l'étape d), cette dernière consiste à analyser et comparer les niveaux d'intensité lumineuse des 30 différentes images, autrement dit à comparer les images entre elles pour détecter si telle ou telle image présente des niveaux aberrants d'intensité lumineuse dans telles ou telles zones en comparaison avec les mêmes zones des autres images (un niveau aberrant d'intensité lumineuse dans une zone donnée pour une image correspond à un niveau d'intensité éloigné des niveaux 35 d'intensité dans la même zone - ou avec les mêmes coordonnées - pour les au moins deux autres images, au regard d'un seuil d'éloignement ou tolérance donné), puis à reconstruire une image finale en combinant les zones des images qui ne présentent pas de niveaux aberrants d'intensité lumineuse (et donc en rejettant les zones des images qui présentent des niveaux aberrants d'intensité lumineuse).The present invention relates to a method and a system for observing biological species on a culture medium. It relates more particularly to the observation of biological species on a culture medium contained in a container having a base and a cover made of a transparent material, such as a petri dish. It is known to cultivate microorganisms, for example bacteria, on a culture medium - or agar - contained in a container. These containers, in particular of the Petri dish type, are conventionally made with a base and a cover made of transparent material, in particular plastic (polystyrene). The observation of microorganisms present on culture media in petri dishes is most often done by removing the cover to optimize this observation. When done manually by a technician, this step is done either in a laminar flow hood, or in the vicinity of a bunsen burner, so as to limit the risks of contamination of the external environment, or even to contaminate the contents. from the Petri dish itself. When the observation is performed automatically, by means of an image pickup instrument, it is also done by removing the cover. The risk of contamination of the imaging instrument is therefore very important, particularly because of the confined environment. The alternative is to take the image through the transparent cover. However, the transparent cover may have surface defects such as scratches, traces, breaks or dusts, which interfere with the observation of the biological species and thus modify the conclusions drawn as a result of the image processing. . The object of the present invention is to overcome the aforesaid drawback by providing a simple solution for observing biological species through a transparent lid, without removing the lid of the container, and avoiding any defects in the lid which could impair observation. For this purpose, it proposes a method of observing biological species on a culture medium contained in a container having a base and a lid made of a transparent material, said method being implemented without opening said lid and comprising the following steps: a) take an image of the culture medium through the lid; b) perform several movements of the cover relative to the base while maintaining the cover in contact with the base; c) taking an image of the culture medium through the lid after each movement of the lid; d) analyze and compare the light intensity levels of the different images, implement a method of rejecting aberrant levels of light intensity from defects on the cover to build a final image of the culture medium. Thus, the invention proposes to take several images of the medium through the cover where, between each image taking, the cover which has defects is moved on the base (in translation, in rotation, by combining translation and rotation ) without being removed from the base (the contact is maintained between the cover and the base, ie the cover is moved in the contact plane between the base and the cover). By thus moving the cover, the defects of the cover also move while the base and therefore the biological species remain static or fixed and, by comparing the images with each other in terms of light intensity levels, the method allows to retain that the non-aberrant observations (the outlier observations corresponding to the defects of the lid visualized on the images) and thus to combine the images to generate a final image free, at least partially, of the defects of the lid. For a good understanding of steps a) to c), the cover occupies at least three distinct positions, where for each position the cover is resting on the base and, for each of its positions, an image is taken through the transparent cover. The lid moves from one position to another by moving the lid relative to the base. For a good understanding of step d), the latter consists in analyzing and comparing the light intensity levels of the different images, in other words to compare the images with each other in order to detect if this or that image has aberrant levels of luminous intensity in such or such areas in comparison with the same areas of the other images (an aberrant level of luminous intensity in a given area for an image corresponds to an intensity level remote from the intensity levels in the same area - or with the same coordinates - for the at least two other images, with respect to a given distance or tolerance threshold), then to reconstruct a final image by combining the zones of the images which do not have aberrant levels of intensity bright (and thus rejecting areas of images that have aberrant levels of light intensity).

Ainsi, grâce à ce procédé, si un défaut cache une zone du milieu de culture sur une première image, le déplacement du couvercle permettra de déplacer ce défaut (sans pour autant déplacer cette zone qui reste statique) et ainsi de rendre visible cette zone lors de la prise d'une deuxième image, voire d'une troisième image. Lors du traitement final d'image, la première image ne sera pas retenue pour retranscrire dans l'image finale cette zone du milieu de culture (car cachée sur la première image et donc considérée comme une zone présentant un niveau aberrant d'intensité lumineuse), mais par contre la deuxième image et/ou la troisième image seront retenues pour retranscrire dans l'image finale cette zone. Bien entendu, la première image sera retenue pour retranscrire dans l'image finale d'autres zones du milieu de culture ; le traitement d'image pouvant se faire zone par zone, soit échantillon d'image par échantillon d'image, chaque échantillon d'image comprenant au moins un pixel d'image et étant associé à des coordonnées dans l'espace (de préférence coordonnées bidimensionnelles).Thus, thanks to this method, if a defect conceals an area of the culture medium on a first image, the movement of the cover will move this defect (without moving the area that remains static) and thus make visible this area when taking a second image, or even a third image. During the final image processing, the first image will not be retained to retranscribe in the final image this area of the culture medium (because hidden on the first image and therefore considered as an area having an aberrant level of light intensity) , but against the second image and / or the third image will be retained to transcribe in the final image this area. Of course, the first image will be retained to transcribe in the final image other areas of the culture medium; the image processing being zone-by-zone, ie image sample per image sample, each image sample comprising at least one image pixel and being associated with coordinates in space (preferably coordinated two-dimensional).

En outre, grâce à ce procédé, sont repérés les défauts du couvercle qui auraient pu être confondus avec une colonie. En effet, ces défauts sont déplacés avec le couvercle, ce qui certifie que de tels défauts sont bien des défauts et non pas des colonies, permettant ainsi d'éliminer ces défauts lors du traitement d'image.In addition, thanks to this method, are identified defects of the lid that could have been confused with a colony. Indeed, these defects are moved with the cover, which certifies that such defects are defects and not colonies, thus eliminating these defects during image processing.

Il est entendu que le procédé prévoit plusieurs déplacements du couvercle, autrement dit au moins deux déplacements du couvercle, pour au final prendre au moins trois images du milieu de culture à travers le couvercle (une prise d'image avant les déplacements, et au moins deux prises d'image après les déplacements). En effet, pour écarter des niveaux aberrants d'intensité lumineuse, il est nécessaire de comparer entre elles au moins trois images. Il est également envisageable que lors de l'étape b), le couvercle soit légèrement décollé de l'embase, puis tourné ou translaté ou tourné et translaté en même temps, et ensuite reposé sur l'embase pour la prise d'image qui suit le déplacement. Le procédé de l'invention autorise ainsi un tel éventuel léger soulèvement, sans pour autant ouvrir ou retirer complètement le couvercle pour ne pas engendrer de risques de contamination, mais les prises d'image sont toujours réalisées à travers le couvercle posé sur l'embase. Avec ce procédé, la gestion des déplacements ne doit pas nécessairement être précise, il suffit de déplacer le couvercle en translation 5 d'une distance plus ou moins précise et/ou de tourner le couvercle d'un angle plus ou moins précis ; l'idée étant de déplacer les défauts pour rendre accessible à la prise d'image des zones qui étaient justement cachées par ces défauts. Ainsi, il est suffisant d'assurer des déplacements au moins équivalents au diamètre minimum des colonies recherchées (par exemple de l'ordre de 350 10 micromètres) mais sans limite supérieure (une limite supérieure pouvant être arbitrairement fixée pour réduire la complexité du dispositif qui assurera le déplacement du couvercle). Au final, la maîtrise parfaite des déplacements n'est pas essentielle, ce qui est un avantage d'un point de vue économique pour fabriquer le système d'observation associé. 15 Selon une caractéristique, l'étape d) d'analyse et de comparaison des images comprend les sous-étapes suivantes : dl ) pour chaque image, sélectionner des échantillons comprenant au moins un pixel et associer des coordonnées à chaque échantillon ; d2) pour chaque échantillon sélectionné de chaque image, déterminer au 20 moins un niveau d'intensité lumineuse ; d3) comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse de chaque échantillon de mêmes coordonnées entre les différentes images ; d4) rejeter les échantillons des images présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse en comparaison des échantillons de mêmes coordonnées 25 des autres images, et d5) construire l'image finale sur la base des échantillons non rejetés. Ainsi, le traitement d'image est basé sur le niveau d'intensité observé échantillon par échantillon, en comparant les images entre elles tout en corrélant les coordonnées des échantillons entre les images. Il est bien 30 entendu que les échantillons des images présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse correspondent à des échantillons d'une image qui présentent des niveaux d'intensité éloignés (en considérant un seuil de tolérance prédéterminé) des niveaux d'intensité des échantillons de mêmes coordonnées d'au moins deux autres images.It is understood that the method provides for several displacements of the lid, in other words at least two displacements of the lid, to finally take at least three images of the culture medium through the lid (an image before moving, and at least two shots after moving). Indeed, to rule out aberrant levels of light intensity, it is necessary to compare at least three images. It is also conceivable that during step b), the cover is slightly detached from the base, then rotated or translated or rotated and translated at the same time, and then rested on the base for the following image taking the business trip. The method of the invention thus allows such a possible slight lifting, without opening or removing the lid completely to avoid the risk of contamination, but the image is always taken through the lid placed on the base . With this method, the management of the movements does not necessarily have to be precise, it suffices to move the lid in translation 5 by a more or less precise distance and / or to turn the lid by a more or less precise angle; the idea being to move the defects to make accessible to the image taking areas that were precisely hidden by these defects. Thus, it is sufficient to ensure displacements at least equivalent to the minimum diameter of the desired colonies (for example of the order of 350 micrometers) but without an upper limit (an upper limit that can be arbitrarily set to reduce the complexity of the device which will move the cover). In the end, the perfect control of the movements is not essential, which is an advantage from an economic point of view to manufacture the associated observation system. According to one characteristic, the step d) of analyzing and comparing the images comprises the following sub-steps: d1) for each image, selecting samples comprising at least one pixel and associating coordinates with each sample; d2) for each selected sample of each image, determining at least one level of light intensity; d3) comparing the or each level of light intensity of each sample of the same coordinates between the different images; d4) rejecting the samples of the images having aberrant levels of luminous intensity in comparison with samples of the same coordinates of the other images, and d5) constructing the final image on the basis of the non-rejected samples. Thus, the image processing is based on the intensity level observed sample by sample, comparing the images with each other while correlating the coordinates of the samples between the images. It is understood that the samples of the images having aberrant levels of light intensity correspond to samples of an image which have far-off intensity levels (considering a predetermined tolerance threshold) of the intensity levels of the samples. the same coordinates of at least two other images.

Autrement dit, si l'échantillon d'une image présente sensiblement le même niveau d'intensité que l'échantillon de mêmes coordonnées d'une autre image, il est probable que ces échantillons soient non rejetés. La multiplication des prises d'image et donc des déplacements du 5 couvercle diminuent les incertitudes quant aux rejets des échantillons. Cependant, avec trois prises d'image, voire quatre ou cinq prises d'image, le résultat final est suffisant. Selon une autre caractéristique, lors de la sous-étape dl ), les échantillons sélectionnés comprennent tous un unique pixel. 10 Ainsi, le traitement d'image se fait pixel par pixel, augmentant ainsi la résolution du traitement d'image. Dans une réalisation particulière, les images sont prises en couleur et : - lors de la sous-étape d2), pour chaque échantillon sélectionné de chaque 15 image, déterminer les trois niveaux d'intensité lumineuse respectivement dans les couleurs rouge, bleu et vert ; - lors de la sous-étape d3), comparer les trois niveaux d'intensité lumineuse de chaque échantillon de mêmes coordonnées entre les différentes images. Ainsi, le traitement d'image se fait sur les trois niveaux d'intensité 20 lumineuse (rouge ou « R », vert ou « G » et bleu ou « B »), pour optimiser la comparaison entre les images et le rejet des niveaux aberrants d'intensité lumineuse. Avantageusement, les sous-étapes d3) à d5) sont réalisées avec les phases successives suivantes mises en oeuvre pour chaque coordonnée 25 d'échantillon sélectionné, dite coordonnée de travail : - dans une première phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse des échantillons de coordonnées de travail entre une première image et une deuxième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la 30 première image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la deuxième image est inférieure à une tolérance donnée, alors l'échantillon de l'image finale aux coordonnées de travail correspond audit échantillon de la première image ; - sinon, dans une deuxième phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité 35 lumineuse des échantillons de coordonnées de travail entre la première image et une troisième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la première image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la troisième image est inférieure à une tolérance donnée, alors l'échantillon de l'image finale aux coordonnées de travail correspond audit échantillon de la première image ; - sinon, dans une troisième phase, comparer le ou chaque niveau d'intensité lumineuse des échantillons de coordonnées de travail entre la deuxième image et une troisième image ; - si la différence entre le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la deuxième image et le ou chaque niveau d'intensité dudit échantillon de la troisième image est inférieure à une tolérance donnée, alors l'échantillon de l'image finale aux coordonnées de travail correspond audit échantillon de la deuxième image ; - sinon, retour à la première phase après avoir augmenté la tolérance.In other words, if the sample of one image has substantially the same level of intensity as the sample of the same coordinates of another image, it is likely that these samples are not rejected. The multiplication of image pickups and thus of the displacements of the lid reduces the uncertainties as to the rejections of the samples. However, with three or even four or five image captures, the end result is sufficient. According to another characteristic, during the sub-step d1), the selected samples all comprise a single pixel. Thus, the image processing is done pixel by pixel, thus increasing the resolution of the image processing. In a particular embodiment, the images are taken in color and: in the sub-step d2), for each selected sample of each image, determine the three levels of light intensity respectively in the colors red, blue and green; - In sub-step d3), compare the three levels of light intensity of each sample of the same coordinates between the different images. Thus, the image processing is done on the three levels of luminous intensity (red or "R", green or "G" and blue or "B"), to optimize the comparison between the images and the rejection of the levels. aberrant luminous intensity. Advantageously, the sub-steps d3) to d5) are performed with the following successive phases implemented for each selected sample coordinate, working coordinate: in a first phase, comparing the or each level of luminous intensity work coordinate samples between a first image and a second image; if the difference between the or each intensity level of said sample of the first image and the or each intensity level of said sample of the second image is less than a given tolerance, then the sample of the final image at work coordinates corresponds to said sample of the first image; otherwise, in a second phase, comparing the or each level of luminous intensity of the working coordinate samples between the first image and a third image; if the difference between the or each intensity level of said sample of the first image and the or each intensity level of said sample of the third image is less than a given tolerance, then the sample of the final image at the coordinates of work corresponds to said sample of the first image; if not, in a third phase, comparing the or each level of light intensity of the working coordinate samples between the second image and a third image; if the difference between the or each intensity level of said sample of the second image and the or each intensity level of said sample of the third image is less than a given tolerance, then the sample of the final image at the coordinates of work corresponds to said sample of the second image; - otherwise, return to the first phase after increasing the tolerance.

Bien entendu, il est envisageable de poursuivre ces phases en travaillant avec une quatrième image, voire plus, pour réduire les risques de rejet non souhaité. Ces phases successives sont répétées échantillon par échantillon, en balayant les coordonnées des images, notamment par incrémentation selon un axe longitudinal X et incrémentation selon un axe transversal Y. Dans un mode de réalisation particulier, l'étape b) met en en oeuvre au moins un premier déplacement correspondant à une translation du couvercle du récipient, et au moins un deuxième déplacement correspondant à une rotation dudit couvercle.Of course, it is possible to continue these phases by working with a fourth image, or more, to reduce the risk of unwanted rejection. These successive phases are repeated sample by sample, by scanning the coordinates of the images, in particular by incrementation along a longitudinal axis X and incrementation along a transverse axis Y. In a particular embodiment, step b) implements at least a first displacement corresponding to a translation of the lid of the container, and at least a second displacement corresponding to a rotation of said lid.

Ces déplacements, faits dans le plan de contact entre l'embase et le couvercle, sont avantageux, car si un défaut est présent au centre du couvercle, la translation (autorisée par un jeu entre couvercle et embase) va permettre de déplacer ce défaut hors du centre, et la rotation va permettre de tourner le(s) défaut(s). Il est bien entendu envisageable de prévoir un déplacement combinant rotation et translation. Il est également envisageable de mettre en oeuvre uniquement au moins deux rotations (avec une seule rotation par prise d'image), en particulier dans le cas où le jeu entre le couvercle et l'embase est jugé trop faible. Selon une possibilité de l'invention, l'étape a) est précédée d'une 35 étape préalable de blocage en position de l'embase du récipient.These displacements, made in the plane of contact between the base and the cover, are advantageous, because if a fault is present in the center of the cover, the translation (authorized by a clearance between cover and base) will allow to move this defect out from the center, and the rotation will allow to turn the defect (s). It is of course conceivable to provide a displacement combining rotation and translation. It is also conceivable to implement only at least two rotations (with a single rotation by image acquisition), in particular in the case where the clearance between the cover and the base is considered too low. According to a possibility of the invention, step a) is preceded by a prior step of locking in position of the base of the container.

De cette manière, le risque de voir l'embase bouger sous l'effet du déplacement du couvercle est anéanti, en bloquant l'embase qui sera maintenue statique de manière fiable. Selon une autre possibilité de l'invention, les prises d'image lors 5 des étapes a) et c) sont toutes réalisées dans la même position fixe par rapport à l'embase du récipient. L'invention se rapporte également à un système d'observation d'espèces biologiques sur un milieu de culture contenu dans un récipient présentant une embase et un couvercle réalisé dans un matériau transparent, 10 ledit système comprenant : - un support du récipient ; - un dispositif de prise d'image du milieu de culture à travers le couvercle, ledit dispositif de prise d'image étant positionné au-dessus dudit support ; - un dispositif de déplacement du couvercle par rapport à l'embase tout en 15 maintenant le couvercle au contact de l'embase ; et - un système de contrôle relié au dispositif de prise d'image et au dispositif de déplacement pour la mise en oeuvre du procédé conforme à l'invention, ce système de contrôle comportant une module de pilotage du dispositif de prise d'image et du dispositif de déplacement et intégrant une unité de traitement 20 pour l'analyse et la comparaison des différentes images. Le dispositif de déplacement est conformé pour assurer des déplacements du couvercle dans un plan donné, en l'occurrence le plan de contact entre l'embase et le couvercle, mais n'est pas conformé pour retirer le couvercle de l'embase. 25 Conformément à une autre caractéristique avantageuse de l'invention, le dispositif de déplacement est conformé pour assurer au moins une rotation du couvercle du récipient et au moins une translation dudit couvercle, dans un plan de travail qui correspondra au plan de contact entre l'embase et le couvercle. 30 Selon une possibilité, le dispositif de déplacement comporte : - un socle monté coulissant sur le support ; - un premier actionneur pilotant en translation le socle sur le support ; - un arbre rotatif équipé d'un galet, ledit arbre étant monté sur le socle ; - un second actionneur monté sur le socle et pilotant en rotation l'arbre.In this way, the risk of the base move under the effect of the displacement of the cover is destroyed, blocking the base which will be maintained statically reliably. According to another possibility of the invention, the image pickups in steps a) and c) are all made in the same fixed position relative to the base of the container. The invention also relates to a system for observing biological species on a culture medium contained in a container having a base and a cover made of a transparent material, said system comprising: a support of the container; an image pickup device for the culture medium through the cover, said image pickup device being positioned above said support; a device for moving the cover relative to the base while keeping the cover in contact with the base; and a control system connected to the image pickup device and to the displacement device for implementing the method according to the invention, this control system comprising a control module for the image pickup device and the displacement device and integrating a processing unit 20 for the analysis and comparison of the different images. The displacement device is shaped to ensure displacement of the cover in a given plane, in this case the plane of contact between the base and the cover, but is not shaped to remove the cover of the base. According to another advantageous characteristic of the invention, the displacement device is shaped to ensure at least one rotation of the lid of the container and at least one translation of said lid, in a work plane which will correspond to the plane of contact between the base and cover. According to one possibility, the displacement device comprises: a base slidably mounted on the support; a first actuator driving the base in translation on the support; - A rotary shaft equipped with a roller, said shaft being mounted on the base; - A second actuator mounted on the base and driving the shaft in rotation.

Selon une autre possibilité, le dispositif de déplacement comprend au moins un élément de rappel élastique dans une position neutre sans contact avec le couvercle. Dans cette position neutre, le dispositif de déplacement n'est pas 5 au contact avec le couvercle, pour permettre la mise en place du récipient sur le support, avant l'éventuel blocage de l'embase. Avantageusement, le système comprend en outre un dispositif de blocage en position de l'embase du récipient sur le support. D'autres caractéristiques et avantages de la présente invention 10 apparaîtront à la lecture de la description détaillée ci-après, d'un exemple de mise en oeuvre non limitatif, faite en référence aux figures annexées dans lesquelles : - la figure 1 est une vue schématique du système conforme à l'invention, dans une position neutre du dispositif de déplacement et avant blocage de 15 l'embase du récipient ; - la figure 2 est une vue schématique du système de la figure 1, dans une position neutre du dispositif de déplacement et après blocage de l'embase du récipient ; - la figure 3 est une vue schématique du système de la figure 1, dans une 20 première position du dispositif de déplacement suite à la position neutre ; - la figure 4 est une vue schématique du système de la figure 1, dans une deuxième position du dispositif de déplacement suite à la première position ; - les figures 5a à 5d sont des représentations schématiques des images 25 prises par le dispositif de prise d'image dans les différentes positions du dispositif de déplacement, respectivement dans la position neutre de la figure 2 (figure 5a), dans la première position de la figure 3 (figure 6b), dans la deuxième position de la figure 4 (figure 5c), dans une troisième position non illustrée (figure 5d) ; 30 - la figure 6 est une illustration d'un exemple de synoptique de traitement d'image mis en oeuvre dans le procédé conforme à l'invention. Les figures 1 à 4 représentent un système 1 d'observation d'espèces biologiques (notamment des bactéries ou autres types de microorganismes) sur un milieu de culture M (du type gélose) contenu dans un 35 récipient R présentant une embase E réalisée dans un matériau transparent ou non, et un couvercle C réalisé dans un matériau transparent.According to another possibility, the displacement device comprises at least one elastic return element in a neutral position without contact with the cover. In this neutral position, the displacement device is not in contact with the lid, to allow the establishment of the container on the support, before the possible blocking of the base. Advantageously, the system further comprises a locking device in position of the base of the container on the support. Other characteristics and advantages of the present invention will appear on reading the following detailed description of an example of non-limiting implementation, with reference to the appended figures in which: FIG. 1 is a view schematic of the system according to the invention, in a neutral position of the displacement device and before blocking of the base of the container; - Figure 2 is a schematic view of the system of Figure 1, in a neutral position of the displacement device and after blocking the base of the container; FIG. 3 is a schematic view of the system of FIG. 1, in a first position of the displacement device following the neutral position; FIG. 4 is a schematic view of the system of FIG. 1, in a second position of the displacement device following the first position; FIGS. 5a to 5d are diagrammatic representations of the images taken by the image pickup device in the different positions of the displacement device, respectively in the neutral position of FIG. 2 (FIG. 5a), in the first position of FIG. Figure 3 (Figure 6b), in the second position of Figure 4 (Figure 5c), in a third position not shown (Figure 5d); FIG. 6 is an illustration of an exemplary image processing block implemented in the method according to the invention. FIGS. 1 to 4 show a system 1 for observing biological species (in particular bacteria or other types of microorganisms) on a culture medium M (of the agar type) contained in a container R having a base E made in a transparent material or not, and a cover C made of a transparent material.

Le couvercle C est plus grand que l'embase E, de sorte qu'il existe un jeu J entre les parois périphériques respectives du couvercle C et de l'embase E. De préférence, le couvercle C et l'embase E sont de forme cylindrique, et le couvercle C présente un diamètre supérieur à l'embase E. Il est également envisageable que le couvercle soit monté sans jeu, c'est-à-dire de manière ajustée, sur l'embase. Ce système 1 comprend : - un support 2 du récipient R, réalisé sous la forme d'un plateau fixe et présentant une face supérieure plane et horizontale sur laquelle repose le 10 récipient R; - un dispositif de prise d'image 3, appelé par la suite caméra, positionné au-dessus du support 2, et donc au-dessus du récipient R, pour prendre des images du milieu de culture M à travers le couvercle C ; - un dispositif d'éclairage 4 pour éclairer le milieu de culture, ce dispositif 15 d'éclairage pouvant comporter au emoins une source d'éclairage 40; - un dispositif de déplacement 5 du couvercle C par rapport à l'embase E dans le plan de contact entre le couvercle C et l'embase E pour maintenir le couvercle C au contact de l'embase E pendant tous les déplacements mis en oeuvre par ce dispositif de déplacement 5. 20 Dans le mode de réalisation illustré sur les figures, le dispositif d'éclairage 4 comporte deux sources d'éclairage 40 placées de part et d'autre du dispositif de prise d'image 3. Bien entendu, il est possible de n'avoir qu'une seule source d'éclairage ou plus de deux sources d'éclairage. En outre, la ou chaque source d'éclairage peut être : 25 - de différentes natures, comme par exemple du type diode électroluminescente, lampe incandescente, lampe halogène, ... - de différentes longueurs d'onde de rayonnement : dans le visible (blanc), éventuellement dans une bande plus large ou multiple (rouge, vert, bleu) ou encore dans les domaines ultra-violet ou infra-rouge, ... 30 - de formes différentes : source annulaire, segment, spot,... Ce dispositif de déplacement 5 comprend : - un socle 50 monté coulissant sur le support 2, et plus spécifiquement monté coulissant sur la face inférieure du support 2 opposée à la face supérieure, le support 2 comportant des organes de guidage (non illustrés) en translation du 35 socle 50 dans un plan parallèle au support 2; - un premier actionneur 51, du type vérin électrique ou électro-aimant, pilotant en translation le socle 50 sur le support 2, ce premier actionneur 51 étant monté sur le support 2 (et en particulier sur sa face inférieure) et accouplé au socle 50 pour piloter son déplacement en translation ; - un arbre 52 rotatif équipé à son extrémité supérieure d'un galet 53, cet arbre 52 étant monté pivotant sur le socle 50 selon un axe de rotation perpendiculaire au support 2, cet arbre 52 traversant le support 2 via un orifice oblong 20 ménagé dans le support 2, et l'arbre 52 étant monté dans un palier (non détaillé) prévu sur le socle 50 et soutenant l'arbre 52 ; - un second actionneur 54 monté sur le socle 50 et pilotant en rotation l'arbre 52, ce second actionneur 54 est notamment du type moteur rotatif électrique et est accouplé, par exemple au moyen d'une courroie ou de tout autre mécanisme de transmission 540, à l'arbre 52 pour faire tourner l'arbre 52 et le galet 53; - un élément de rappel élastique 55, notamment du type ressort, intercalé entre le support 2 et le socle 50, conformé pour rappeler le dispositif de déplacement 5 dans une position neutre (visible sur les figures 1 et 2), c'est-à-dire pour rappeler le socle 50 dans une position dans laquelle le galet 53 est éloigné du couvercle C.The cover C is larger than the base E, so that there is a clearance J between the respective peripheral walls of the cover C and the base E. Preferably, the cover C and the base E are shaped cylindrical, and the cover C has a diameter greater than the base E. It is also conceivable that the cover is mounted without play, that is to say, in an adjusted manner, on the base. This system 1 comprises: a support 2 of the container R, made in the form of a fixed plate and having a flat and horizontal upper face on which the container R rests; an image pickup device 3, hereinafter referred to as a camera, positioned above the support 2, and therefore above the container R, to take images of the culture medium M through the cover C; a lighting device 4 for illuminating the culture medium, this lighting device possibly comprising at least one lighting source 40; a device 5 for moving the cover C relative to the base E in the plane of contact between the cover C and the base E to hold the cover C in contact with the base E during all the movements implemented by this displacement device 5. In the embodiment illustrated in the figures, the lighting device 4 comprises two light sources 40 placed on either side of the image-taking device 3. Of course, it It is possible to have only one light source or more than two light sources. In addition, the or each light source can be: 25 - of different types, such as for example light emitting diode type, incandescent lamp, halogen lamp, ... - of different wavelengths of radiation: in the visible ( white), possibly in a wider or multiple band (red, green, blue) or in the ultraviolet or infra-red domains, etc. 30 - of different shapes: annular source, segment, spot, ... This displacement device 5 comprises: - a base 50 slidably mounted on the support 2, and more specifically slidably mounted on the lower face of the support 2 opposite to the upper face, the support 2 comprising guide members (not shown) in translation of the base 50 in a plane parallel to the support 2; a first actuator 51, of the electric cylinder or electromagnet type, driving in translation the base 50 on the support 2, this first actuator 51 being mounted on the support 2 (and in particular on its lower face) and coupled to the base 50 to control its displacement in translation; a rotary shaft 52 equipped at its upper end with a roller 53, this shaft 52 being pivotally mounted on the base 50 along an axis of rotation perpendicular to the support 2, this shaft 52 passing through the support 2 via an oblong orifice 20 formed in the support 2, and the shaft 52 being mounted in a bearing (not detailed) provided on the base 50 and supporting the shaft 52; a second actuator 54 mounted on the base 50 and rotating the shaft 52, this second actuator 54 is in particular of the electric rotary motor type and is coupled, for example by means of a belt or any other transmission mechanism 540 at shaft 52 to rotate shaft 52 and roller 53; an elastic return element 55, in particular of the spring type, interposed between the support 2 and the base 50, shaped to return the displacement device 5 to a neutral position (visible in FIGS. 1 and 2), that is to say to say to recall the base 50 in a position in which the roller 53 is away from the cover C.

Le système 1 comprend également un dispositif de blocage 6 en position de l'embase E du récipient R sur le support 2, qui comprend notamment un mécanisme de serrage 60, tel qu'un étau, une pince, des mors de serrage ou une mâchoire, monté sur le support 2 et mobile entre une configuration ouverte ou desserrée (visible sur la figure 1) dans laquelle l'embase E est libre et une configuration fermée ou serrée (visible sur les figures 2 à 4) dans laquelle l'embase E est serrée ou bloquée et ne peut ni tourner ni translater. Le mécanisme de serrage 60 est piloté entre ces deux configurations par un actionneur 61, notamment du type vérin électrique, électro-aimant ou moteur électrique.The system 1 also comprises a locking device 6 in position of the base E of the container R on the support 2, which comprises in particular a clamping mechanism 60, such as a vice, a clamp, jaws or a jaw mounted on the support 2 and movable between an open or loosened configuration (visible in FIG. 1) in which the base E is free and a closed or tight configuration (visible in FIGS. 2 to 4) in which the base E is tight or blocked and can not rotate or translate. The clamping mechanism 60 is controlled between these two configurations by an actuator 61, in particular of the electric jack, electromagnet or electric motor type.

Dans une variante non illustrée, le dispositif de blocage peut mettre en oeuvre un dispositif par aimantation qui coopère magnétiquement avec un élément magnétique (par exemple métallique) porté par l'embase. Dans une autre variante non illustrée, le dispositif de blocage est conformé pour un blocage mécanique au moyen de pions d'indexation qui s'engagent dans des cavités prévus à cet effet dans l'embase, ou inversement.In a variant not shown, the locking device can implement a magnetization device which magnetically cooperates with a magnetic element (for example metallic) carried by the base. In another variant not shown, the locking device is shaped for mechanical locking by means of indexing pins which engage in cavities provided for this purpose in the base, or vice versa.

Le dispositif de déplacement 5 est mobile entre plusieurs positions, après blocage de l'embase E sur le support 2 au moyen du dispositif de blocage 6 : - une position neutre visible sur les figures 1 et 2, dans laquelle le socle 50 est 5 dans une position dans laquelle le galet 53 est écarté du couvercle C d'un écart E donné ; - une première position visible sur la figure 3, dans laquelle, partant de la position neutre, le socle 50 a été déplacé en translation (comme schématisé par la flèche DS), sous l'action du premier actionneur 51 schématisée par la 10 flèche A, d'une distance correspondant sensiblement à la somme de l'écart E et du jeu J, de sorte que le galet 53 est venu au contact du couvercle C et a poussé le couvercle C (comme schématisé par la flèche PO) jusqu'à ce que le jeu J soit consommé, autrement dit jusqu'à ce que la paroi périphérique du couvercle C vienne contre la paroi périphérique de l'embase E (qui est pour 15 rappel bloquée ou serrée) au point de contact du galet 53 sur le couvercle C; - une deuxième position visible sur la figure 4, dans laquelle, partant de la première position, l'arbre 52 et le galet 53 sont entraînés en rotation (comme schématisé par la flèche RO) selon un angle de rotation donné, par exemple entre 5 et 45°, sous l'action du second actionneur 54 schématisée par la flèche 20 A2, de sorte que le galet 53, en contact avec le couvercle C, fait pivoter ou tourner le couvercle C relativement à l'embase E (qui est pour rappel bloquée ou serrée) sensiblement de l'ordre de l'angle de rotation précité. Le système 1 comprend aussi un système de contrôle 7 relié à la caméra 3, aux actionneurs 51, 54 du dispositif de déplacement 5, et également 25 à l'actionneur 61 du dispositif de blocage 6. Ce système de contrôle 7 comporte un module de pilotage qui assure de manière centralisée le pilotage de la caméra 3, des actionneurs 51, 54 du dispositif de déplacement 5, et également de l'actionneur 61 du dispositif de blocage 6, et ce système de contrôle 7 intègre également une unité de 30 traitement pour l'analyse et la comparaison des différentes images prises par la caméra 3. La suite de la description porte sur le procédé d'observation des espèces biologiques sur le milieu de culture M, mis en oeuvre par le système 1 sous la commande du système de contrôle 7. Cette description est faite 35 notamment en référence aux figures 5a à 5d qui illustrent des images prises par la caméra 3 dans différentes phases, ces images montrant un récipient R avec une embase E sur laquelle repose un couvercle C qui présente un défaut D, en l'occurrence une rayure. En préalable et comme visible sur la figure 1, le récipient R est placé sur le support 2 avec le couvercle C qui présente un jeu J avec l'embase 5 E, et le dispositif de blocage 6 est dans la configuration ouverte. Ensuite et comme visible sur la figure 2, le système de contrôle 7 commande à l'actionneur 61 d'assurer le passage du dispositif de blocage 6 dans la configuration fermée, pour assurer le blocage de l'embase E afin que celle-ci reste fixe ou statique durant les phases suivantes. Une fois l'embase E 10 serrée, le système de contrôle 7 commande à la caméra de prendre une première image, qui est illustrée sur la figure 5a où le défaut D est présent sur le couvercle C. Puis et comme visible sur la figure 3, le système de contrôle 7 commande au premier actionneur 51 de faire passer le dispositif de 15 déplacement 5 dans la première position décrite ci-dessus. Une fois le couvercle déplacé en translation par le dispositif de déplacement 5, le système de contrôle 7 commande à la caméra de prendre une deuxième image, qui est illustrée sur la figure 5b. Puis et comme visible sur la figure 4, le système de contrôle 7 20 commande au second actionneur 54 de faire passer le dispositif de déplacement 5 dans la deuxième position décrite ci-dessus. Une fois le couvercle C déplacé en rotation d'un angle donné par le dispositif de déplacement 5, le système de contrôle 7 commande à la caméra de prendre une troisième image, qui est illustrée sur la figure 5c. 25 Optionnellement, le système de contrôle 7 commande au second actionneur 54 de faire encore tourner le couvercle C. Une fois le couvercle C déplacé à nouveau en rotation d'un angle donné par le dispositif de déplacement 5, le système de contrôle 7 commande à la caméra de prendre une quatrième image, qui est illustrée sur la figure 5d. Il est envisageable de 30 faire à nouveau tourner le couvercle C pour prendre une cinquième image, et ainsi de suite. Une fois les images prises, l'unité de traitement du système de contrôle 7 met en oeuvre une analyse et une comparaison des différentes images, pour générer une image finale. 35 La suite de la description porte sur cette phase d'analyse et de comparaison, en référence notamment à la figure 6. Pour la suite de la description, on considère que le traitement est réalisé sur trois images distinctes. Sur la figure 6, la première étape « Images » (bloc 100) correspond à l'étape d'acquisition des images. Cette première étape est suivie d'une étape « Test Images » (bloc 101) qui vérifie si toutes les images ont été prises. Si le nombre d'images n'est pas égal à N (N correspondant au nombre d'images à prendre - soit N=3 dans l'exemple décrit), alors on reboucle sur la première étape, et si le nombre d'images est égal à N alors on poursuit. Chaque image est une image bidimensionnelle, établie dans un plan défini par un repère (X, Y) où X est l'axe longitudinal ou axe des abscisses et Y est l'axe transversal ou axe des ordonnées. Le plan (X, Y) est parallèle au plan de contact entre couvercle C et embase E, et également parallèle à la face supérieure horizontale du support 2. Chaque image est composée d'une pluralité de pixels, chaque pixel présentant des coordonnées (x, y) qui lui sont propres, où x correspond à l'abscisse et y correspond à l'ordonnée. Chaque image présente une résolution (h x w), de sorte que les abscisses x sont inférieures à h (soit x h) et les ordonnées sont inférieures à w (soit y w). Pour chaque image, l'unité de traitement sélectionne des échantillons comprenant au moins un pixel et associe des coordonnées à chaque échantillon. Pour la suite de la description, les échantillons sélectionnés comprennent tous un unique pixel, et sont tous notés Pix_i(x, y) qui correspond au pixel de l'image i (i entier compris entre 1 et N, N correspondant pour rappel au nombre d'images prises - soit N=3 dans l'exemple décrit) aux coordonnées (x, y). Ensuite, pour chaque échantillon (ou pixel) Pix_i(x, y) sélectionné de chaque image, l'unité de traitement détermine au moins un niveau d'intensité lumineuse Int(Pix_i(x, y)). Le ou chaque niveau d'intensité lumineuse Int(Pix_i(x, y)) du pixel Pix_i(x, y) de coordonnées (x, y) dans l'image i est déterminé dans un plan couleur, ou un plan monochrome, ou un plan noir et blanc, etc. suivant le type d'image prise par la caméra 3. Pour la suite de la description, on considère que les images sont prises en couleur, et que l'unité de traitement détermine trois niveaux d'intensité lumineuse respectivement dans les couleurs rouge, bleu et vert : - Int.R(Pix_i(x, y)) = niveau d'intensité lumineuse du pixel Pix_i(x, y) de coordonnées (x, y) dans le plan couleur rouge de l'image i ; - Int.G(Pix_i(x, y)) = niveau d'intensité lumineuse du pixel Pix_i(x, y) de coordonnées (x, y) dans le plan couleur vert de l'image i ; et - Int.B(Pix_i(x, y)) = niveau d'intensité lumineuse du pixel Pix_i(x, y) de coordonnées (x, y) dans le plan couleur bleu de l'image i.The displacement device 5 is movable between several positions, after blocking the base E on the support 2 by means of the locking device 6: - a neutral position visible in Figures 1 and 2, wherein the base 50 is 5 in a position in which the roller 53 is spaced from the cover C by a given gap E; a first position visible in FIG. 3, in which, starting from the neutral position, the base 50 has been moved in translation (as shown by the arrow DS), under the action of the first actuator 51 shown schematically by arrow A , a distance substantially corresponding to the sum of the gap E and the clearance J, so that the roller 53 has come into contact with the cover C and has pushed the cover C (as shown by the arrow PO) to that the clearance J is consumed, that is to say until the peripheral wall of the cover C comes against the peripheral wall of the base E (which is for locked or tight return) to the point of contact of the roller 53 on the lid C; a second position visible in FIG. 4, in which, starting from the first position, the shaft 52 and the roller 53 are rotated (as shown by the arrow RO) according to a given angle of rotation, for example between 5 and 45 ° under the action of the second actuator 54 schematized by the arrow 20 A2, so that the roller 53, in contact with the cover C, rotates or turns the cover C relative to the base E (which is for return locked or tightened) substantially of the order of the aforementioned angle of rotation. The system 1 also comprises a control system 7 connected to the camera 3, to the actuators 51, 54 of the displacement device 5, and also to the actuator 61 of the blocking device 6. This control system 7 comprises a module of FIG. control which centralizes the control of the camera 3, the actuators 51, 54 of the displacement device 5, and also of the actuator 61 of the locking device 6, and this control system 7 also integrates a processing unit for the analysis and comparison of the different images taken by the camera 3. The following description relates to the method of observation of the biological species on the culture medium M, implemented by the system 1 under the control of the system 7. This description is made particularly with reference to FIGS. 5a to 5d which illustrate images taken by the camera 3 in different phases, these images showing a container R with a base E on which rests a cover C which has a defect D, in this case a scratch. In advance and as visible in Figure 1, the container R is placed on the support 2 with the cover C which has a clearance J with the base 5 E, and the locking device 6 is in the open configuration. Then, and as shown in FIG. 2, the control system 7 commands the actuator 61 to ensure the passage of the locking device 6 in the closed configuration, in order to lock the base E so that it remains fixed or static during the following phases. Once the base E 10 tight, the control system 7 commands the camera to take a first image, which is shown in Figure 5a where the defect D is present on the cover C. Then and as shown in Figure 3 , the control system 7 controls the first actuator 51 to move the displacement device 5 into the first position described above. Once the cover is moved in translation by the displacement device 5, the control system 7 commands the camera to take a second image, which is illustrated in FIG. 5b. Then and as shown in FIG. 4, the control system 7 controls the second actuator 54 to move the displacement device 5 into the second position described above. Once the cover C rotates at a given angle by the displacement device 5, the control system 7 controls the camera to take a third image, which is illustrated in Figure 5c. Optionally, the control system 7 controls the second actuator 54 to further rotate the cover C. Once the cover C is rotated again by a given angle by the displacement device 5, the control system 7 controls the camera to take a fourth image, which is illustrated in Figure 5d. It is conceivable to rotate the lid C again to take a fifth image, and so on. Once the images have been taken, the processing unit of the control system 7 implements an analysis and a comparison of the different images, to generate a final image. The remainder of the description relates to this analysis and comparison phase, with particular reference to FIG. 6. For the rest of the description, it is considered that the processing is performed on three distinct images. In FIG. 6, the first step "Images" (block 100) corresponds to the image acquisition step. This first step is followed by a step "Test Images" (block 101) which checks if all the images have been taken. If the number of images is not equal to N (N corresponding to the number of images to be taken - ie N = 3 in the example described), then we loop back to the first step, and if the number of images is equal to N then we continue. Each image is a two-dimensional image, established in a plane defined by a reference (X, Y) where X is the longitudinal axis or abscissa axis and Y is the transverse axis or ordinate axis. The plane (X, Y) is parallel to the plane of contact between the cover C and the base E, and also parallel to the upper horizontal face of the support 2. Each image is composed of a plurality of pixels, each pixel having coordinates (x , y) which belong to it, where x corresponds to the abscissa and corresponds to the ordinate. Each image has a resolution (h x w), so that the abscissas x are less than h (ie x h) and the ordinates are less than w (ie y w). For each image, the processing unit selects samples comprising at least one pixel and associates coordinates to each sample. For the rest of the description, the selected samples all comprise a single pixel, and are all denoted Pix_i (x, y) which corresponds to the pixel of the image i (i integer between 1 and N, N corresponding for recall to the number of images taken - ie N = 3 in the example described) to the coordinates (x, y). Then, for each pixel selected Pix_i (x, y) of each image, the processing unit determines at least one Int intensity level (Pix_i (x, y)). The or each intensity level Int (Pix_i (x, y)) of pixel Pix_i (x, y) of coordinates (x, y) in image i is determined in a color plane, or a monochrome plane, or a black and white plane, etc. depending on the type of image taken by the camera 3. For the rest of the description, it is considered that the images are taken in color, and that the processing unit determines three levels of light intensity respectively in the colors red, blue and green: - Int.R (Pix_i (x, y)) = luminous intensity level of pixel Pix_i (x, y) of coordinates (x, y) in the red color plane of image i; - Int.G (Pix_i (x, y)) = luminous intensity level of pixel Pix_i (x, y) of coordinates (x, y) in the green color plane of image i; and - Int.B (Pix_i (x, y)) = luminous intensity level of pixel Pix_i (x, y) of coordinates (x, y) in the blue color plane of image i.

Ensuite, l'unité de traitement met en oeuvre une phase de construction d'une image finale, lors de laquelle elle va comparer chaque niveau d'intensité lumineuse Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)) et Int.B(Pix_i(x, y)) de chaque pixel Pix_i(x, y) de mêmes coordonnées (x, y) entre les différentes images, rejeter les pixels des images présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse en comparaison des pixels de mêmes coordonnées des autres images, et construire l'image finale sur la base des pixels non rejetés. De manière plus détaillée, et en référence à la figure 6, l'unité de traitement commence, à la suite de l'étape « Test Images », par une étape « Initialisation coordonnées » (bloc 102) où les coordonnées de travail sont initialisées à des coordonnées de départ, comme par exemple x=x0 (par exemple x0=1) et y=y0 (par exemple y0=1). Ensuite, une valeur de tolérance T (ou seuil de tolérance) est fixée à une valeur initiale TO prédéfinie, lors d'une étape « T=TO » (bloc 103), où 20 cette valeur initiale TO est notamment fonction du nombre N d'images prises et de la résolution (h x w) des images. Ensuite, dans une première phase « comparaison images 1 et 2 » (bloc 104), l'unité de traitement compare chaque niveau d'intensité lumineuse Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)) et Int.B(Pix_i(x, y)) du pixel de coordonnées 25 de travail (x, y) (au départ, les coordonnées de travail correspondent aux coordonnées de départ) entre la première image et la deuxième image, en calculant : ABS [Int.R(Pix_1(x, y)) - Int.R(Pix_2(x, y))] ; 30 ABS [Int.G(Pix_1(x, y)) - Int.G(Pix_2(x, y))] ; et ABS [Int.B(Pix_1(x, y)) - Int.B(Pix_2(x, y))] ; où ABS est l'opérateur valeur absolue. Si la différence entre chaque niveau d'intensité du pixel Pix_1(x, y) 35 de la première image et chaque niveau d'intensité du pixel Pix_2(x, y) de la deuxième image est inférieure à la tolérance T (qui au départ est initialisée à la valeur initiale TO), alors le pixel Pix_F(x, y) de l'image finale aux coordonnées de travail (x, y) correspond au pixel Pix_1(x, y) de la première image. Autrement dit, si les trois conditions suivantes sont réunies : - ABS [Int.R(Pix_1(x, y)) - Int.R(Pix_2(x, y))] < T ; et - ABS [Int.G(Pix_1(x, y)) - Int.G(Pix_2(x, y))] < T ; et - ABS [Int.B(Pix_1(x, y)) - Int.B(Pix_2(x, y))] < T ; alors l'unité de traitement bascule dans l'étape « Pix_F(x, y) = Pix_1(x, y) » (bloc 204) où le pixel Pix_F(x, y) de l'image finale aux coordonnées de travail (x, y) est fixé comme correspondant au pixel Pix_1(x, 10 y) de la première image. Sinon (autrement dit si l'une au moins des trois conditions citées ci-dessus n'est pas remplie), alors l'unité de traitement bascule dans une deuxième phase « comparaison images 1 et 3 » (bloc 105) où l'unité de traitement compare chaque niveau d'intensité lumineuse Int.R(Pix_i(x, y)), 15 Int.G(Pix_i(x, y)) et Int.B(Pix_i(x, y)) du pixel de coordonnées de travail (x, y) (au départ, les coordonnées de travail correspondent aux coordonnées de départ) entre la première image et la troisième image, en calculant : ABS [Int.R(Pix_1(x, y)) - Int.R(Pix_3(x, y))] ; 20 ABS [Int.G(Pix_1(x, y)) - Int.G(Pix_3(x, y))] ; et ABS [Int.B(Pix_1(x, y)) - Int.B(Pix_3(x, y))]. Si la différence entre chaque niveau d'intensité du pixel Pix_1(x, y) de la première image et chaque niveau d'intensité du pixel Pix_3(x, y) de la 25 troisième image est inférieure à la tolérance T (qui au départ est initialisée à la valeur initiale TO), alors le pixel Pix_F(x, y) de l'image finale aux coordonnées de travail (x, y) correspond au pixel Pix_1(x, y) de la première image. Autrement dit, si les trois conditions suivantes sont réunies : - ABS [Int.R(Pix_1(x, y)) - Int.R(Pix_3(x, y))] < T ; et 30 - ABS [Int.G(Pix_1(x, y)) - Int.G(Pix_3(x, y))] < T ; et - ABS [Int.B(Pix_1(x, y)) - Int.B(Pix_3(x, y))] < T ; alors l'unité de traitement bascule dans l'étape « Pix_F(x, y) = Pix_1(x, y) » (bloc 205) où le pixel Pix_F(x, y) de l'image finale aux 35 coordonnées de travail (x, y) est fixé comme correspondant au pixel Pix_1(x, y) de la première image.Then, the processing unit implements a phase of construction of a final image, during which it will compare each level of luminous intensity Int.R (Pix_i (x, y)), Int.G (Pix_i ( x, y)) and Int.B (Pix_i (x, y)) of each pixel Pix_i (x, y) of the same coordinates (x, y) between the different images, reject the pixels of the images having aberrant levels of light intensity in comparison with the pixels of the same coordinates of the other images, and build the final image on the basis of non-rejected pixels. In more detail, and with reference to FIG. 6, the processing unit begins, following the step "Test Images", by a step "Coordinate initialization" (block 102) where the work coordinates are initialized to starting coordinates, for example x = x0 (for example x0 = 1) and y = y0 (for example y0 = 1). Then, a tolerance value T (or tolerance threshold) is set to a predefined initial value TO, during a step "T = TO" (block 103), where this initial value TO is in particular a function of the number N d taken images and resolution (hxw) images. Then, in a first phase "image comparison 1 and 2" (block 104), the processing unit compares each level of luminous intensity Int.R (Pix_i (x, y)), Int.G (Pix_i (x, y)) and Int.B (Pix_i (x, y)) of the working coordinate pixel (x, y) (initially, the work coordinates correspond to the starting coordinates) between the first image and the second image, calculating: ABS [Int.R (Pix_1 (x, y)) - Int.R (Pix_2 (x, y))]; ABS [Int.G (Pix_1 (x, y)) - Int.G (Pix_2 (x, y))]; and ABS [Int.B (Pix_1 (x, y)) - Int.B (Pix_2 (x, y))]; where ABS is the absolute value operator. If the difference between each intensity level of the pixel Pix_1 (x, y) of the first image and each intensity level of the pixel Pix_2 (x, y) of the second image is less than the tolerance T (which initially is initialized to the initial value TO), then the pixel Pix_F (x, y) of the final image at the working coordinates (x, y) corresponds to pixel Pix_1 (x, y) of the first image. In other words, if the following three conditions are met: - ABS [Int.R (Pix_1 (x, y)) - Int.R (Pix_2 (x, y))] <T; and - ABS [Int.G (Pix_1 (x, y)) - Int.G (Pix_2 (x, y))] <T; and - ABS [Int.B (Pix_1 (x, y)) - Int.B (Pix_2 (x, y))] <T; then the processing unit switches to the step "Pix_F (x, y) = Pix_1 (x, y)" (block 204) where the pixel Pix_F (x, y) from the final image to the working coordinates (x , y) is set as pixel Pix_1 (x, 10 y) of the first image. If not (in other words if at least one of the three conditions mentioned above is not fulfilled), then the processing unit switches to a second phase "image comparison 1 and 3" (block 105) where the unit This compares each light intensity level Int.R (Pix_i (x, y)), Int.G (Pix_i (x, y)) and Int.B (Pix_i (x, y)) of the coordinate pixel of work (x, y) (initially, the work coordinates correspond to the starting coordinates) between the first image and the third image, by calculating: ABS [Int.R (Pix_1 (x, y)) - Int.R ( Pix_3 (x, y))]; ABS [Int.G (Pix_1 (x, y)) - Int.G (Pix_3 (x, y))]; and ABS [Int.B (Pix_1 (x, y)) - Int.B (Pix_3 (x, y))]. If the difference between each intensity level of the pixel Pix_1 (x, y) of the first image and each intensity level of the pixel Pix_3 (x, y) of the third image is smaller than the tolerance T (which initially is initialized to the initial value TO), then the pixel Pix_F (x, y) of the final image at the working coordinates (x, y) corresponds to pixel Pix_1 (x, y) of the first image. In other words, if the following three conditions are met: - ABS [Int.R (Pix_1 (x, y)) - Int.R (Pix_3 (x, y))] <T; and ABS [Int.G (Pix_1 (x, y)) - Int.G (Pix_3 (x, y))] <T; and - ABS [Int.B (Pix_1 (x, y)) - Int.B (Pix_3 (x, y))] <T; then the processing unit switches to the step "Pix_F (x, y) = Pix_1 (x, y)" (block 205) where the pixel Pix_F (x, y) of the final image to the working coordinates ( x, y) is set as pixel Pix_1 (x, y) of the first image.

Sinon (autrement dit si l'une au moins des trois conditions citées ci-dessus n'est pas remplie), l'unité de traitement bascule dans une troisième phase « comparaison images 2 et 3 » (bloc 106) où l'unité de traitement compare chaque niveau d'intensité lumineuse Int.R(Pix_i(x, y)), Int.G(Pix_i(x, y)) et Int.B(Pix_i(x, y)) du pixel de coordonnées de travail (x, y) (au départ, les coordonnées de travail correspondent aux coordonnées de départ) entre la deuxième image et la troisième image, en calculant : ABS [Int.R(Pix_2(x, y)) - Int.R(Pix_3(x, y))] ; ABS [Int.G(Pix_2(x, y)) - Int.G(Pix_3(x, y))] ; et ABS [Int.B(Pix_2(x, y)) - Int.B(Pix_3(x, y))]. Si la différence entre chaque niveau d'intensité du pixel Pix_2(x, y) de la deuxième image et chaque niveau d'intensité du pixel Pix_3(x, y) de la troisième image est inférieure à la tolérance T (qui au départ est initialisée à la valeur initiale TO), alors le pixel Pix_F(x, y) de l'image finale aux coordonnées de travail (x, y) correspond au pixel Pix_2(x, y) de la deuxième image. Autrement dit, si les trois conditions suivantes sont réunies : - ABS [Int.R(Pix_2(x, y)) - Int.R(Pix_3(x, y))] < T ; et - ABS [Int.G(Pix_2(x, y)) - Int.G(Pix_3(x, y))] < T ; et - ABS [Int.B(Pix_2(x, y)) - Int.B(Pix_3(x, y))] < T ; alors l'unité de traitement bascule dans l'étape « Pix_F(x, y) = Pix_2(x, y) » (bloc 206) où le pixel Pix_F(x, y) de l'image finale aux 25 coordonnées de travail (x, y) est fixé comme correspondant au pixel Pix_2(x, y) de la deuxième image. Sinon, (autrement dit si l'une au moins des trois conditions citées ci-dessus n'est pas remplie), l'unité de traitement bascule dans une étape « T=TO+K » (bloc 107) dans laquelle la tolérance est augmentée d'une valeur K 30 donnée, puis reboucle au début de la première phase « comparaison images 1 et 2 » (bloc 104) en remettant en oeuvre les tests avec cette fois la nouvelle valeur de tolérance TO+K. A la suite des étapes « Pix_F(x, y) = Pix_1(x, y) » et « Pix_F(x, y) = Pix_2(x, y) » (blocs 204, 205 et 206), l'unité de traitement bascule dans une 35 étape « test (x < h) » (bloc 301) dans laquelle l'abscisse de travail x est comparée à son seuil maximal h. Si l'abscisse de travail x est inférieure à ce seuil h, alors l'unité de traitement incrémente l'abscisse de travail x d'un pas P donné (par exemple P=1) lors de l'étape « X = x+P » (bloc 402) avant de reboucler à l'étape « T=TO » (bloc 103) pour remettre en oeuvre les tests avec cette fois la nouvelle valeur de l'abscisse de travail x+P (autrement dit on a une première boucle avec x=x0, puis une deuxième boucle avec x=x0+P, puis une troisième boucle avec x=x0+2P, etc.). Si l'abscisse de travail est supérieure ou égale à ce seuil h, alors l'unité de traitement bascule dans une étape « test (y < w) » (bloc 302) dans laquelle l'ordonnée de travail y est comparée à son seuil maximal w. Si l'ordonnée de travail y est inférieure à ce seuil w, alors l'unité de traitement incrémente l'ordonnée de travail d'un pas Q donné (par exemple Q=1) et réinitialise l'abscisse de travail x à la valeur x0 lors de l'étape « Y = y+Q et x = x0 » (bloc 401) avant de reboucler à l'étape « T=TO » (bloc 103) pour remettre en oeuvre les tests avec cette fois la nouvelle valeur de l'ordonnée de travail y+Q (autrement dit on a une première boucle avec y=y0, puis une deuxième boucle avec y=y0+Q, puis une troisième boucle avec y=y0+2Q, etc.). De cette manière, l'unité de traitement balaie l'ensemble des coordonnées de chaque image ligne par ligne. Une fois l'ensemble des coordonnées balayé, donc une fois que l'étape « test (y < w) » (bloc 302) note que l'ordonnée de travail est supérieure ou égale au seuil w, alors l'unité de traitement bascule dans une étape « Construction image finale » (bloc 303) dans laquelle l'unité de traitement combine l'ensemble des pixels Pix_F(x, y) de l'image finale déterminé lors des étapes « Pix_F(x, y) = Pix_1(x, y) » et « Pix_F(x, y) = Pix_2(x, y) » successivement réalisées, boucle après boucle, pixel après pixel ; cette image finale étant exempte, au moins partiellement, des défauts D du couvercle C. En résumé, le principe de ce procédé consiste à acquérir trois images ou plus après un déplacement du couvercle C par rapport à l'embase E du récipient, à savoir une rotation par exemple de quelques degrés (cet angle n'étant pas forcément fixe et précis) et une translation pour assurer un mouvement partout (y compris au centre du couvercle). Les images sont ensuite comparées deux à deux, de préférence pixel par pixel, en niveau d'intensité et cela éventuellement sur les trois plans couleur s'il s'agit d'une image couleur. Le niveau d'intensité du pixel qui est choisi pour l'image finale est la valeur prise sur le pixel qui a le moins varié entre les images acquises, vis-à-vis d'une tolérance donnée.If not (in other words if at least one of the three conditions mentioned above is not fulfilled), the processing unit switches to a third phase "comparison images 2 and 3" (block 106) where the unit of processing compares each level of Int.R (Pix_i (x, y)), Int.G (Pix_i (x, y)) and Int.B (Pix_i (x, y)) of the working coordinate pixel ( x, y) (initially, the working coordinates correspond to the starting coordinates) between the second image and the third image, by calculating: ABS [Int.R (Pix_2 (x, y)) - Int.R (Pix_3 ( x, y))]; ABS [Int.G (Pix_2 (x, y)) - Int.G (Pix_3 (x, y))]; and ABS [Int.B (Pix_2 (x, y)) - Int.B (Pix_3 (x, y))]. If the difference between each intensity level of the pixel Pix_2 (x, y) of the second image and each intensity level of the pixel Pix_3 (x, y) of the third image is less than the tolerance T (which at the beginning is initialized to the initial value TO), then the pixel Pix_F (x, y) of the final image at the working coordinates (x, y) corresponds to the pixel Pix_2 (x, y) of the second image. In other words, if the following three conditions are met: - ABS [Int.R (Pix_2 (x, y)) - Int.R (Pix_3 (x, y))] <T; and - ABS [Int.G (Pix_2 (x, y)) - Int.G (Pix_3 (x, y))] <T; and - ABS [Int.B (Pix_2 (x, y)) - Int.B (Pix_3 (x, y))] <T; then the processing unit switches to the step "Pix_F (x, y) = Pix_2 (x, y)" (block 206) where the pixel Pix_F (x, y) of the final image to the working coordinates ( x, y) is set as pixel Pix_2 (x, y) of the second image. Otherwise, (in other words if at least one of the three conditions mentioned above is not fulfilled), the processing unit switches to a step "T = TO + K" (block 107) in which the tolerance is increased by a given value K 30, then loops back to the beginning of the first phase "image comparison 1 and 2" (block 104) by resuming the tests with this time the new tolerance value TO + K. Following the steps "Pix_F (x, y) = Pix_1 (x, y)" and "Pix_F (x, y) = Pix_2 (x, y)" (blocks 204, 205 and 206), the processing unit toggle in a "test (x <h)" step (block 301) in which the working abscissa x is compared to its maximum threshold h. If the working abscissa x is less than this threshold h, then the processing unit increments the working abscissa x by a given pitch P (for example P = 1) during the step "X = x + P "(block 402) before looping back to step" T = TO "(block 103) to restart the tests with this time the new value of the working abscissa x + P (that is, we have a first loop with x = x0, then a second loop with x = x0 + P, then a third loop with x = x0 + 2P, etc.). If the working abscissa is greater than or equal to this threshold h, then the processing unit switches to a step "test (y <w)" (block 302) in which the work ordinate is compared to its threshold maximum w. If the work ordinate is less than this threshold w, then the processing unit increments the work ordinate by a given step Q (for example Q = 1) and resets the work abscissa x to the value x0 during the step "Y = y + Q and x = x0" (block 401) before looping back to the step "T = TO" (block 103) in order to carry out the tests again with the new value of the ordinate of work y + Q (in other words we have a first loop with y = y0, then a second loop with y = y0 + Q, then a third loop with y = y0 + 2Q, etc.). In this way, the processing unit scans the set of coordinates of each image line by line. Once the set of coordinates is scanned, so once the step "test (y <w)" (block 302) notes that the work ordinate is greater than or equal to the threshold w, then the processing unit switches in a "final image construction" step (block 303) in which the processing unit combines all the pixels Pix_F (x, y) of the final image determined during the steps "Pix_F (x, y) = Pix_1 ( x, y) "and" Pix_F (x, y) = Pix_2 (x, y) "successively made, loop after loop, pixel after pixel; this final image being free, at least partially, of the defects D of the cover C. In summary, the principle of this method consists in acquiring three or more images after a displacement of the cover C relative to the base E of the container, namely a rotation for example of a few degrees (this angle is not necessarily fixed and accurate) and a translation to ensure movement everywhere (including the center of the lid). The images are then compared in pairs, preferably pixel by pixel, in intensity level and this possibly on all three color planes if it is a color image. The intensity level of the pixel that is chosen for the final image is the value taken on the pixel that has the least varied between the acquired images, vis-à-vis a given tolerance.

Sur trois images, l'unité de traitement du système de contrôle 7 retiendra pour chaque coordonnées de pixel, le niveau d'intensité pour lequel au moins sur deux images la différence notée est inférieure à la tolérance fixée à l'avance. Sur plus de trois images, le principe est le même, une moyenne du ou de chaque niveau d'intensité du pixel de l'image finale pourra éventuellement être calculée après avoir retiré les pixels présentant des niveaux aberrants d'intensité lumineuse, c'est-à-dire les pixels qui présentent des niveaux d'intensité les plus éloigné de cette valeur moyenne d'un écart correspondant à la tolérance donnée.In three images, the processing unit 7 of the control system will retain for each pixel coordinates, the intensity level for which at least two images the difference noted is less than the tolerance set in advance. On more than three images, the principle is the same, an average of the or each level of intensity of the pixel of the final image may possibly be calculated after removing the pixels having aberrant levels of luminous intensity, it is that is, pixels that have intensity levels farthest from this average value by a deviation corresponding to the given tolerance.

Comme déjà expliqué, si la différence deux à deux des niveaux d'intensité excède la tolérance T, l'unité de traitement réitère le calcul en augmentant T de la valeur K donnée. Un indice de qualité du résultat peut éventuellement être donné en fonction du nombre d'itérations nécessaire pour atteindre le résultat. En fonction du besoin, il est envisageable de limiter le nombre d'itérations ou d'augmenter la tolérance T pour converger plus vite, dans ce cas au détriment de l'efficacité du traitement d'image par retrait des niveaux aberrants d'intensité lumineuse ; l'objectif n'étant pas nécessairement de supprimer sur l'image finale tous les défauts du couvercle, mais de retirer les plus importants qui sont gênants pour l'analyse d'image qui est réalisée ensuite, en l'occurrence l'analyse des espèces biologiques sur le milieu de culture.As already explained, if the two-to-two difference in intensity levels exceeds the tolerance T, the processing unit reiterates the calculation by increasing T by the given value K. An index of quality of the result can possibly be given according to the number of iterations necessary to reach the result. Depending on the need, it is possible to limit the number of iterations or to increase the tolerance T to converge faster, in this case to the detriment of the efficiency of image processing by removing aberrant levels of light intensity. ; the objective is not necessarily to remove on the final image all the defects of the cover, but to remove the most important ones which are troublesome for the image analysis which is carried out afterwards, in this case the analysis of the biological species on the culture medium.

Claims

REVENDICATIONS1. Method for observing biological species on a culture medium (M) contained in a container (R) having a base (E) and a lid (C) made of a transparent material, said method being implemented without opening said cover (C) and comprising the following steps: a) taking an image of the culture medium (M) through the cover (C); b) perform one or more movements of the cover (C) relative to the base (E) while maintaining the cover (C) in contact with the base (E) c) take an image of the culture medium (M) through the cover (C) after each movement of the cover (C); d) analyze and compare the light intensity levels of the different images, implement a method of rejecting aberrant levels of light intensity from defects (D) present on the cover (C) to build a final image of the medium of culture (M).

2. The method according to claim 1, wherein step d) of analyzing and comparing the images comprises the following sub-steps: d1) for each image, selecting samples (Pix_i (x, y)) comprising at least a pixel and associate coordinates (x, y) to each sample; d2) for each selected sample (Pix_i (x, y)) of each image, determining at least one light intensity level (Int.R (Pix_i (x, y)), Int.G (Pix_i (x, y)) ), Int.B (Pix_i (x, y))); d3) comparing the or each level of light intensity (Int.R (Pix_i (x, y)), Int.G (Pix_i (x, y)), Int.B (Pix_i (x, y))) of each sample (Pix_i (x, y)) of the same coordinates (x, y) between the different images; d4) reject the samples of the images having aberrant levels of luminous intensity in comparison with the samples of the same coordinates of the other images, and d5) construct the final image on the basis of the non-rejected samples.

The method of claim 2, wherein, in substep d1), the selected samples all comprise a single pixel (Pix_i (x, Y)).

The method according to claim 2 or 3, wherein the images are taken in color and: in the sub-step d2), for each selected sample (Pix_i (x, y)) of each image, determine the three levels luminous intensity (Int.R (Pix_i (x, y)), Int.G (Pix_i (x, y)), Int.B (Pix_i (x, y))) respectively in the colors red, green and blue ; - In sub-step d3), compare the three levels of light intensity of each sample of the same coordinates between the different images.

5. Method according to any one of claims 2 to 4, wherein the substeps d3) to d5) are performed with the following successive phases implemented for each sample (x, y) coordinates (Pix_i (x , y)) selected, called working coordinates: - in a first phase, comparing the or each level of luminous intensity of the samples (Pix_1 (x, y), Pix_2 (x, y)) with coordinates (x, y) working between a first image and a second image; if the difference between the or each intensity level of said sample (Pix_1 (x, y)) of the first image and the or each intensity level of said sample (Pix_2 (x, y)) of the second image is smaller than at a given tolerance (T), then the sample (Pix_F (x, y)) of the final image at the working (x, y) coordinates corresponds to said sample (Pix_l (x, y)) of the first image; - otherwise, in a second phase, compare the or each level of luminous intensity of the samples (Pix_1 (x, y), Pix_3 (x, y)) of coordinates (x, y) of work between the first image and a third picture ; if the difference between the or each intensity level of said sample (Pix_1 (x, y)) of the first image and the or each intensity level of said sample (Pix_3 (x, y)) of the third image is smaller than at a given tolerance, then the sample (Pix_F (x, y)) of the final image at the working (x, y) coordinates corresponds to said sample (Pix_1 (x, y)) of the first image; - otherwise, in a third phase, compare the or each level of luminous intensity of the samples (Pix_2 (x, y), Pix_3 (x, y)) of coordinates (x, y) of work between the second image and a third picture ; if the difference between the or each intensity level of said sample (Pix_2 (x, y)) of the second image and the or each intensity level of said sample (Pix_3 (x, y)) of the third image is lower than at a given tolerance, then the sample (Pix_F (x, y)) of the final image at the working (x, y) coordinates corresponds to said sample (Pix_2 (x, y)) of the second image; - otherwise, return to the first phase after increasing the tolerance.

6. Method according to any one of the preceding claims, wherein step b) implements at least a first displacement corresponding to a translation of the lid (C) of the container (R), and at least a second corresponding displacement. a rotation of said cover (C).

7. Method according to any one of the preceding claims, wherein step a) is preceded by a prior step of locking in position of the base (E) of the container (R).

8. Method according to any one of the preceding claims, wherein the image taken in steps a) and c) are all made in the same fixed position relative to the base (E) of the container (R).

9. System (1) for observing biological species on a culture medium (M) contained in a container (R) having a base (E) and a lid (C) made of a transparent material, said system comprising: a support (2) of the container (R); an image pickup device (3) of the culture medium (M) through the cover (C), said image pickup device (3) being positioned above said support (2); moving (5) the cover (C) relative to the base (E) while maintaining the cover (C) in contact with the base (E); and a control system (7) connected to the image pickup device (3) and to the displacement device (5) for carrying out the method according to any one of the preceding claims, said control system ( 7) comprising a control module of the image pickup device (3) and the displacement device (5) and integrating a processing unit for the analysis and comparison of the different images.

10. System (1) according to claim 9, wherein the displacement device (5) is shaped to ensure at least one rotation of the lid (C) of the container (R) and at least one translation of said lid (C).

11. System (1) according to claim 10, wherein the displacement device (5) comprises: - a base (50) slidably mounted on the support (2); - a first actuator (51) driving in translation the base (50) on the support (2); a rotary shaft (52) equipped with a roller (53), said shaft (52) being mounted on the base (50); a second actuator (54) mounted on the base (50) and rotating the shaft (52).

12. System (1) according to any one of claims 9 to 11, wherein the displacement device (5) comprises at least one elastic return element (55) in a neutral position without contact with the cover (C).

13. System (1) according to any one of claims 9 to 12, further comprising a locking device (6) in position of the base (E) of the container (R) on the support.