FR2748568A1 - Methodes et systemes pour le positionnement de reactifs biologiques - Google Patents
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Abstract
Un appareil pour le positionnement d'au moins un réactif biologique (100) à une pluralité d'emplacements (102) sur un substrat (104) comprend un membre formant tampon (106) sur lequel est appliqué ledit au moins un réactif biologique (100). Le membre formant tampon (106) définit une pluralité d'éléments de transfert (108) disposés pour correspondre à la pluralité d'emplacements (102). Le membre formant tampon (106) entre en contact avec le substrat (104) pour transférer ledit au moins un réactif biologique (100) depuis la pluralité d'éléments de transfert (108) sur la pluralité d'emplacements (102). Les éléments de transfert (108) peuvent être définis par des réservoirs ou des parties projetées du membre formant tampon (106).
Description
Titre
METHODES ET SYSTEMES POUR LE POSITIONNEMENT DE REACTIFS
BIOLOGIQUES
Domaine de l'invention
La présente invention concerne des méthodes et des systèmes pour le positionnement de réactifs biologiques sur un substrat.
METHODES ET SYSTEMES POUR LE POSITIONNEMENT DE REACTIFS
BIOLOGIQUES
Domaine de l'invention
La présente invention concerne des méthodes et des systèmes pour le positionnement de réactifs biologiques sur un substrat.
Arrière-plan technologique
Récemment, un effort accru a été consenti pour le développement de pastilles pour la détection de molécules. En général, une pastille de détection moléculaire comprend un substrat sur lequel est disposé un arrangement de sites de liaison. Chaque site de liaison (ou site d'hybridation) comporte un récepteur moléculaire propre qui se lie ou s'hybride avec une molécule ayant une structure prédéterminée. Une solution échantillon est appliquée sur la pastille de détection moléculaire, et les molécules de l'échantillon se lient ou s'hybrident avec un ou plusieurs des sites de liaison. Les sites de liaison particuliers auxquels l'hybridation s'effectue sont détectés, et une ou plusieurs structures moléculaires présentes dans l'échantillon sont subséquemment identifiées.
Récemment, un effort accru a été consenti pour le développement de pastilles pour la détection de molécules. En général, une pastille de détection moléculaire comprend un substrat sur lequel est disposé un arrangement de sites de liaison. Chaque site de liaison (ou site d'hybridation) comporte un récepteur moléculaire propre qui se lie ou s'hybride avec une molécule ayant une structure prédéterminée. Une solution échantillon est appliquée sur la pastille de détection moléculaire, et les molécules de l'échantillon se lient ou s'hybrident avec un ou plusieurs des sites de liaison. Les sites de liaison particuliers auxquels l'hybridation s'effectue sont détectés, et une ou plusieurs structures moléculaires présentes dans l'échantillon sont subséquemment identifiées.
Les pastilles de détection moléculaire présentent un grand intérêt pour le séquençage des gènes. Ces pastilles, souvent appelées pastilles à ADN, utilisent un arrangement de sites de liaison sélectifs ayant chacun leur propre sonde d'ADN simple brin. Un échantillon de fragments d'ADN simple brin, appelé ADN cible, est déposé sur la pastille à ADN. Les fragments d'ADN s'attachent à une ou plusieurs des sondes d'ADN selon un processus d'hybridation. En détectant les sondes auxquelles un fragment d'ADN s'est hybridé, il est possible de déterminer une séquence de bases nucléotidiques dans le fragment d'ADN.
Différentes approches ont été développées pour positionner un arrangement de récepteurs moléculaires sur un substrat. Af fymax a proposé une technique lithographique consistant à synthétiser des peptides ou des acides nucléiques sur une surface de verre. Pour synthétiser un arrangement de sondes oligonucléotidiques n-mères, 4n étapes d'écriture lithographique sont nécessaires. La raison en est que quatre nucléotides constitutifs différents (adénine, cytosine, guanine et thymine) peuvent être situés à chacun des n sites d'une sonde n-mère. Un inconvénient de la technique lithographique est qu'il faut produire un nouvel ensemble de masques lithographiques si l'on désire créer une nouvelle configuration de sondes dans l'arrangement. Par ailleurs, l'utilisation de 4n niveaux de masquage diminue le rendement de façon indésirable.
Actuellement, un échantillon moléculaire est appliqué sur des sondes présentes sur une pastille de détection moléculaire en immergeant la pastille dans une solution échantillon. Cette approche nécessite une quantité relativement importante d'échantillons, échantillons dont la quantité est souvent limitée. De plus, les molécules se lieront souvent erronément à des sites de la pastille de détection moléculaire et produiront ainsi des résultats faussement positifs.
Brève description des dessins
D'autres caractéristiques de l'invention deviendront plus évidentes et l'invention sera mieux comprise en se référant à la description détaillée qui suit, prise en conjonction avec les dessins joints, parmi lesquels
La figure 1 est un schéma fonctionnel d'un mode de réalisation d'un appareil destiné à positionner au moins un réactif biologique dans une pluralité d'emplacements sur un substrat
La figure 2 illustre d'un mode de réalisation d'un membre formant tampon selon la présente invention
La figure 3 illustre le transfert d'au moins un réactif biologique du membre formant tampon de la figure 2 sur un substrat
La figure 4 illustre un réservoir de forme rectangulaire destiné à être utilisé comme élément de transfert
La figure 5 illustre un réservoir de forme sphérique destiné à être utilisé comme élément de transfert
La figure 6 illustre un moyen pour maintenir une température dans un réservoir
La figure 7 illustre une autre technique pour introduire ledit au moins un réactif dans les réservoirs
La figure 8 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon qui fournit une autre technique pour introduire ledit au moins un réactif dans les réservoirs
La figure 9 illustre un membre formant tampon ayant une pluralité de parties projetées qui définissent une pluralité d'éléments de transfert
La figure 10 illustre un mode de réalisation du membre formant tampon ayant un membre de support qui supporte une couche absorbante
La figure 11 illustre une autre approche possible de l'augmentation de l'absorbance du membre formant tampon en augmentant une superficie d'une surface d'estampillage
La figure 12 illustre un mode de réalisation du membre formant tampon qui utilise à la fois des parties projetées et des réservoirs
La figure 13 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon ayant des éléments de transfert pouvant être sélectivement projetés
La figure 14 illustre le membre formant tampon ayant un piston non projeté et un piston projeté
La figure 15 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon pouvant être sélectivement projeté comportant un moyen pour réguler la température
La figure 16 illustre un exemple d'un membre formant tampon de forme cylindrique
La figure 17 illustre un rouleau utilisé pour appliquer un réactif sur un membre formant tampon
La figure 18 illustre au moins une tête de distribution utilisée pour appliquer un réactif sur un membre formant tampon ; et
La figure 19 est un organigramme résumant les étapes réalisées dans un mode de réalisation d'une méthode de positionnement d'au moins un réactif biologique dans une pluralité d'emplacements sur un substrat.
D'autres caractéristiques de l'invention deviendront plus évidentes et l'invention sera mieux comprise en se référant à la description détaillée qui suit, prise en conjonction avec les dessins joints, parmi lesquels
La figure 1 est un schéma fonctionnel d'un mode de réalisation d'un appareil destiné à positionner au moins un réactif biologique dans une pluralité d'emplacements sur un substrat
La figure 2 illustre d'un mode de réalisation d'un membre formant tampon selon la présente invention
La figure 3 illustre le transfert d'au moins un réactif biologique du membre formant tampon de la figure 2 sur un substrat
La figure 4 illustre un réservoir de forme rectangulaire destiné à être utilisé comme élément de transfert
La figure 5 illustre un réservoir de forme sphérique destiné à être utilisé comme élément de transfert
La figure 6 illustre un moyen pour maintenir une température dans un réservoir
La figure 7 illustre une autre technique pour introduire ledit au moins un réactif dans les réservoirs
La figure 8 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon qui fournit une autre technique pour introduire ledit au moins un réactif dans les réservoirs
La figure 9 illustre un membre formant tampon ayant une pluralité de parties projetées qui définissent une pluralité d'éléments de transfert
La figure 10 illustre un mode de réalisation du membre formant tampon ayant un membre de support qui supporte une couche absorbante
La figure 11 illustre une autre approche possible de l'augmentation de l'absorbance du membre formant tampon en augmentant une superficie d'une surface d'estampillage
La figure 12 illustre un mode de réalisation du membre formant tampon qui utilise à la fois des parties projetées et des réservoirs
La figure 13 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon ayant des éléments de transfert pouvant être sélectivement projetés
La figure 14 illustre le membre formant tampon ayant un piston non projeté et un piston projeté
La figure 15 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon pouvant être sélectivement projeté comportant un moyen pour réguler la température
La figure 16 illustre un exemple d'un membre formant tampon de forme cylindrique
La figure 17 illustre un rouleau utilisé pour appliquer un réactif sur un membre formant tampon
La figure 18 illustre au moins une tête de distribution utilisée pour appliquer un réactif sur un membre formant tampon ; et
La figure 19 est un organigramme résumant les étapes réalisées dans un mode de réalisation d'une méthode de positionnement d'au moins un réactif biologique dans une pluralité d'emplacements sur un substrat.
Description détaillée d'un mode de réalisation préféré
La figure 1 est un schéma fonctionnel d'un mode de réalisation d'un appareil destiné à positionner au moins un réactif biologique 100 dans une pluralité d'emplacements 102 sur un substrat 104. L'appareil comprend un membre formant tampon 106 sur lequel est appliqué ledit au moins un réactif biologique 100. Le membre formant tampon 106 définit une pluralité d'éléments de transfert 108 disposés pour correspondre à la pluralité d'emplacements 102. Ledit au moins un réactif biologique 100 est transféré depuis la pluralité d'éléments de transfert 108 sur la pluralité d'emplacements 102 par mise en contact du membre formant tampon 106 avec le substrat 104.
La figure 1 est un schéma fonctionnel d'un mode de réalisation d'un appareil destiné à positionner au moins un réactif biologique 100 dans une pluralité d'emplacements 102 sur un substrat 104. L'appareil comprend un membre formant tampon 106 sur lequel est appliqué ledit au moins un réactif biologique 100. Le membre formant tampon 106 définit une pluralité d'éléments de transfert 108 disposés pour correspondre à la pluralité d'emplacements 102. Ledit au moins un réactif biologique 100 est transféré depuis la pluralité d'éléments de transfert 108 sur la pluralité d'emplacements 102 par mise en contact du membre formant tampon 106 avec le substrat 104.
Ledit au moins un réactif biologique 100 peut contenir un réactif biologique commun qui est appliqué à tous les éléments de la pluralité des éléments de transfert 108. Dans ce cas, le réactif biologique commun est transféré sur tous les emplacements de la pluralité d'emplacements 102 sur le substrat 104, et par conséquent, est commun à l'ensemble de la pluralité d'emplacements 102. Selon une autre possibilité, chacun des éléments de transfert de la pluralité d'éléments de transfert 108 peut recevoir un réactif respectif dudit au moins un réactif biologique 100. Ici, des réactifs biologiques différents peuvent être transférés sur différents emplacements du substrat 104.
Il faut noter que ledit au moins un réactif biologique 100, dans ce mode de réalisation ainsi que dans d'autres modes de réalisation décrits ici, peut généralement comprendre tout réactif ou produit chimique. Toutefois, les réactifs biologiques comprenant, sans y être limités, des mononucléotides, des chaînes de nucléotides telles que des fragments d'ADN et des fragments d'ARN, et d'autres acides nucléiques, présentent un intérêt particulier.
Des modes de réalisation de la présente invention peuvent être avantageusement utilisés pour le transfert de réactifs biologiques sur un substrat qui forme un appareil de détection moléculaire, tel qu'une pastille pour le séquençage de gènes ou une pastille pour le diagnostic médical. Les réactifs biologiques peuvent être transférés pour former des sondes de détection moléculaire dans des sites de liaison de l'appareil de détection moléculaire. Selon une autre possibilité, les réactifs biologiques peuvent comprendre des molécules cibles qui s'hybrident avec des sites sélectionnés des sites de liaison comportant déjà des sondes de détection moléculaire.
I1 faut également noter que le substrat 104 peut être constitué d'une variété de matériaux qui comprennent, sans y être limités, les métaux, les semi-conducteurs, le papier, le verre et le plastique, selon les différents modes de réalisation de la présente invention décrits ici. Le substrat 104 peut être flexible ou rigide, et peut prendre n'importe quelle forme, notamment, mais sans y être limité, une forme plane, une forme de rouleau, et une forme cylindrique.
La figure 2 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon 120 selon la présente invention. Le membre formant tampon 120 définit une pluralité d'éléments de transfert 122. La pluralité d'éléments de transfert 122 peut être disposée en un arrangement, tel que l'arrangement bidimensionnel illustré sur la figure 2, pour correspondre à un arrangement d'emplacements sur un substrat. I1 faut noter, cependant, que d'autres configurations possibles de la pluralité d'éléments de transfert 122 peuvent etre utilisées.
Le membre formant tampon 120 comporte une face 124 sur laquelle la pluralité d'éléments de transfert 122 est définie. Dans ce mode de réalisation, la face 124 est sensiblement plane.
La figure 3 illustre le transfert d'au moins un réactif biologique depuis le membre formant tampon 120 de la figure 2 sur un substrat 130. La face 124 du membre formant tampon 120 est dirigée vers une surface 132 du substrat 130 jusqu'à ce que le contact soit établi. Lors de la mise en contact, la face 124 est en contact avec le substrat 130, ou au moins avec l'un des éléments de la pluralité d'éléments de transfert 122 est en contact avec le substrat 130. Ensuite, comme indiqué par le numéro de référence 134, le membre formant tampon 120 est éloigné du substrat 130. Ici, ledit au moins un réactif biologique ou l'un de ses produits de réaction reste dans une pluralité d'emplacements 138 du substrat 130.
Dans les divers modes de réalisation de la présente invention, la pluralité d'éléments de transfert peut prendre n'importe laquelle d'une pluralité de formes. Dans l'une des formes, la pluralité d'éléments de transfert comprend une pluralité de réservoirs définis sur une surface du membre formant tampon. La pluralité de réservoirs est disposée de manière à correspondre à la pluralité d'emplacements sur le substrat. Chaque réservoir a la forme d'une petite inclusion dans le membre formant tampon afin de contenir de petites quantités des réactifs destinés aux réactions chimiques. Par exemple, les réservoirs peuvent être utilisés pour contenir de l'ordre d'un picolitre d'un réactif.
En utilisant des techniques d'alignement classiques pour positionner le masque et la pastille, au moins un réactif peut être placé avec précision dans des emplacements prédéterminés d'un substrat chimiquement sensible par mise en contact du substrat avec un membre formant tampon comportant un arrangement correspondant de réservoirs. Lorsque le membre formant tampon est en contact avec le substrat, toute réaction chimique entre ledit au moins un réactif et le substrat chimiquement sensible est confinée dans les réservoirs. De préférence, les réservoirs ont une forme prédéterminée et un volume prédéterminé de manière à ne pas perturber la réaction chimique d'intérêt de façon notable.
Le membre formant tampon est maintenu en contact avec le substrat jusqu'à ce que les réactions chimiques soient terminées. Ensuite, le membre formant tampon est éloigné du substrat, laissant des régions de produits de réaction sur le substrat.
La figure 4 illustre un réservoir 140 de forme rectangulaire destiné à être utilisé comme élément de transfert. Le réservoir 140 de forme rectangulaire est défini dans une partie d'un membre formant tampon 142.
Dans l'un des modes de réalisation, le réservoir 140 de forme rectangulaire a une dimension 144 supérieure à 10 pm de manière à ne pas perturber une réaction chimique prédéterminée qui s'y déroule.
La figure 5 illustre un réservoir 150 de forme sphérique destiné à être utilisé comme élément de transfert. Le réservoir 150 de forme sphérique est défini dans une partie d'un membre formant tampon 152. De même que pour le réservoir 140 de forme rectangulaire, le réservoir de forme sphérique 150 peut avoir un diamètre 154 supérieur à 10 pm de manière à ne pas perturber une réaction chimique prédéterminée qui s'y déroule.
La figure 6 illustre un moyen pour réguler une température dans un réservoir 160. Un élément chauffant 162 est inclus dans un membre formant tampon 164 à proximité du réservoir 160. L'élément chauffant 162 peut être un élément chauffant résistif, par exemple, qui chauffe le réservoir 160 proportionnellement à un courant qui lui est appliqué.
Une sonde de température 166 est incluse dans le membre formant tampon 164 à proximité du réservoir 160. La sonde de température 166 mesure la température du réservoir 160 ou d'un réactif contenu dans le réservoir 160. Un signal représentatif de la température est communiqué à un régulateur 168 par la sonde de température 166. Le régulateur 168 traite le signal pour produire un signal régulateur qui est appliqué à l'élément chauffant 162. Le signal régulateur est produit afin de maintenir la température à un niveau désiré.
En incluant un élément chauffant et une sonde de température dans chaque réservoir d'une pluralité de réservoirs, il devient possible de réguler localement la température dans chaque réservoir. Ceci est utile pour contrôler l'hybridation d'un matériel génétique en des emplacements spécifiques du substrat à des fins diagnostiques.
La régulation de la température dans un réservoir est également utile pour fournir un moyen d'amplifier un échantillon biologique qui y est contenu. Dans ce cas, la température peut être régulée pour fournir les étapes de chauffage dans une technique d'amplification par PCR (réaction en chaîne de la polymérase).
Dans les différents modes de réalisation de la présente invention qui sont décrits ici, ledit au moins un réactif biologique peut être introduit dans les réservoirs selon de nombreuses techniques différentes. Une technique consiste à obtenir un mouillage sensiblement uniforme du membre formant tampon. Dans ce cas, le membre formant tampon peut être immergé dans un fluide contenant ledit au moins un réactif afin de remplir chacun des réservoirs. Selon une autre possibilité, la face du membre formant tampon peut être roulée sur ou mise en contact avec un matériau absorbant saturé contenant ledit au moins un réactif. Dans les deux cas, le même dit au moins un réactif est typiquement introduit dans tous les réservoirs.
La figure 7 illustre une autre technique pour introduire ledit au moins un réactif dans les réservoirs.
Dans ce cas, ledit au moins un réactif est placé directement dans une pluralité de réservoirs d'un membre formant tampon 170 en utilisant une pluralité de capillaires 172 correspondants (ou une pluralité de micropipettes correspondantes). Comme illustré, ledit au moins un réactif peut être appliqué aux réservoirs depuis le bas du membre formant tampon 170.
La figure 8 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon 180 qui fournit une autre technique pour introduire ledit au moins un réactif dans les réservoirs. Une pluralité de capillaires 182 ou d'autres membres tubulaires similaires est incluse dans le membre formant tampon 180. Un capillaire 184 de la pluralité de capillaires 182 est illustré de manière plus détaillée. Le capillaire 184 est inclus dans le membre formant tampon 180 à proximité d'un réservoir 186. Le capillaire 184 est en communication fluidique avec le réservoir 186. En utilisant ce mode de réalisation, un réactif biologique différent peut être introduit dans chaque réservoir de la pluralité de réservoirs par un capillaire respectif parmi la pluralité de capillaires 182.
Les méthodes de positionnement direct illustrées sur les figures 7 et 8 sont avantageuses par rapport aux méthodes de mouillage uniforme autant du point de vue de la quantité et que du positionnement des réactifs. Spécifiquement, une quantité réduite de réactif suffit pour remplir les réservoirs lorsque l'on utilise le positionnement direct. De plus, différents réactifs peuvent être introduits dans différents réservoirs pour être positionnés en différents emplacements sur le substrat.
Comme décrit plus haut, la pluralité d'éléments de transfert selon la présente invention peut revêtir n'importe laquelle d'une variété de formes. une seconde forme d'éléments de transfert est illustrée sur la figure 9.
La figure 9 illustre un membre formant tampon 190 comportant une pluralité de parties projetées 192 qui définissent une pluralité d'éléments de transfert. La pluralité de parties projetées 192 est disposée pour correspondre à une pluralité d'emplacements sur un substrat sur lequel on désire positionner un ou plusieurs réactifs.
La pluralité de parties projetées 192 absorbent au moins un réactif biologique 194 qui est appliqué sur une face 196 du membre formant tampon 190. Comme illustré, ledit au moins un réactif biologique 194 peut également être absorbé par les parties non projetées 198 du membre formant tampon 190. Ceci peut se produire si ledit au moins un réactif biologique 194 est appliqué en utilisant une technique de mouillage uniforme telle que celle qui a été décrite plus haut.
Le membre formant tampon 190 est mis en contact avec un substrat 200 afin de transférer ledit au moins un réactif biologique 194 sur une pluralité d'emplacements 202. Lors du contact, une surface d'estampillage 204 de chaque partie de la pluralité de parties projetées 192 entre en contact avec le substrat 200 à l'un des emplacements respectifs de la pluralité d'emplacements 202. Cependant, les parties non projetées 198 n'entrent pas en contact avec le substrat 200.
Lorsque le membre formant tampon 190 est éloigné du substrat 200, ledit au moins un réactif biologique 194 reste dans la pluralité d'emplacements 202 sur le substrat 200.
Le membre formant tampon 190 peut prendre la forme d'une plaque rigide ou semi-rigide formée, fabriquée à partir de matériaux qui comprennent, sans y être limités, le verre, l'élastomère, les métaux, les sol-gels, le plastique, et les polymères. Un ou plusieurs de ces matériaux peuvent être combinés dans le membre formant tampon 190 dans le but d'obtenir une flexibilité, une rigidité, une opacité, une conductivité thermique et/ou une absorbance chimique souhaitée.
La figure 10 illustre un mode de réalisation du membre formant tampon 190 comportant un membre de support 210 qui supporte une couche absorbante 212. Le membre de support 210 est formé d'un matériau rigide ou semi-rigide, tel que ceux mentionnés plus haut. La couche absorbante 212 est constituée d'un matériau absorbant tel qu'un sol-gel. La couche absorbante 212 définit une pluralité de parties projetées 214 disposées pour correspondre à une pluralité d'emplacements sur un substrat.
La figure 11 illustre une autre méthode possible pour augmenter l'absorbance du membre formant tampon 190 en augmentant une superficie d'une surface d'estampillage. Le membre formant tampon 190 définit une pluralité de parties projetées 220. Chaque partie de la pluralité de parties projetées 220 possède une surface d'estampillage 222 qui définit au moins une cavité 224. Ladite au moins une cavité 224 augmente l'absorbance de chaque partie de la pluralité de parties projetées 220 en augmentant une superficie de la surface d'estampillage 222. Ladite au moins une cavité 224 peut être définie par une série de crêtes sur chaque partie de la pluralité de parties projetées 220.
La figure 12 illustre un mode de réalisation du membre formant tampon 190 qui utilise à la fois des parties projetées et des réservoirs. Ici, chaque partie d'une pluralité de parties projetées 230 comporte une surface d'estampillage 232 qui définit un réservoir 234. Chaque réservoir 234 est formé suivant l'un quelconque des modes de réalisation du réservoir décrits ici.
En conséquence, chaque réservoir 234 peut contenir une quantité précisément contrôlée du réactif destiné à être transféré sur un substrat. Par ailleurs, un capillaire peut être inclus dans le membre formant tampon 190 dans le but d'introduire un réactif biologique dans le réservoir 234 d'au moins une partie de la pluralité de parties projetées 230. En outre, un élément chauffant et une sonde de température peuvent être inclus dans le membre formant tampon 190 à proximité du réservoir 234 afin de fournir un moyen de régulation de la température pour au moins une des parties projetées 230. Le moyen de régulation de la température peut être utilisé pour fournir un moyen d'amplification d'un échantillon biologique dans le réservoir 234 d'au moins une partie de la pluralité de parties projetées 230.
Les parties projetées, dans les modes de réalisation des membres tampon décrits plus haut, peuvent être fixes ou sélectivement projetées. Différents moyens pour projeter sélectivement au moins une partie de la pluralité de parties projetées peuvent être utilisés pour permettre de reconfigurer un membre formant tampon unique pour une configuration différente d'emplacements sur un substrat.
La figure 13 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon 240 ayant des éléments de transfert pouvant être sélectivement projetés. Une pluralité de pistons 242 ou d'autres mécanismes de translation similaires sont inclus dans le membre formant tampon 240. Chaque piston de la pluralité de pistons 242 peut être projeté indépendamment de manière à former une partie projetée respective. De préférence, chaque piston de la pluralité de pistons 242 peut être projeté électromécaniquement. En conséquence, un arrangement d'éléments de transfert pour le membre formant tampon 240 est électroniquement programmable sur la base d'une pluralité de signaux électriques.
Les pistons sélectionnés de la pluralité de pistons 242 sont projetés pour former un arrangement particulier d'éléments de transfert. Une couche absorbante 244 est déformée par les pistons sélectionnés qui sont projetés.
La couche absorbante 244 est utilisée pour recevoir un réactif biologique destiné à être transféré sur un substrat. Cette méthode peut être utilisée pour définir des arrangements ayant des dimensions de l'ordre de quelques centaines de microns, y compris des dimensions allant jusqu'à 100 Am, voire moins. L'utilisation d'éléments de transfert pouvant être sélectivement projetés est avantageuse pour réduire le nombre de tampons nécessaires dans un procédé à plusieurs étapes.
La figure 14 illustre le membre formant tampon 240 ayant un piston non projeté 250 et un piston projeté 252. Le piston projeté 252 déforme une couche absorbante 254 pour former une partie projetée 256. La partie projetée 256 détermine le transfert d'un réactif biologique sur un emplacement correspondant sur un substrat 258 qui est mis en contact avec le membre formant tampon 240.
La figure 15 illustre un mode de réalisation d'un membre formant tampon pouvant être sélectivement projeté comportant un moyen pour réguler la température. Ici, un élément chauffant 262 est monté sur chaque piston d'une pluralité de pistons 260. Facultativement, une sonde de température (non spécifiquement illustrée) peut également être montée sur chaque piston de la pluralité de pistons 260.
L'élément chauffant 262 permet de réguler la température de chacune des parties projetées à des fins décrites plus haut.
Dans divers modes de réalisation de la présente invention, le membre formant tampon peut revêtir différentes formes comprenant, sans y être limitées, une forme plane, une forme cylindrique, une forme sphérique, ou d'autres formes courbes. La forme cylindrique est avantageuse en ce qu'il est possible de rouler le membre formant tampon sur le substrat pour transférer ledit au moins un réactif biologique sur la pluralité d'emplacements depuis une pluralité d'éléments de transfert.
La figure 16 illustre un exemple d'un membre formant tampon 270 ayant une forme cylindrique. Une surface circonférentielle externe 272 du membre formant tampon 270 définit une pluralité d'éléments de transfert disposés pour correspondre à une pluralité d'emplacements sur un substrat 274. Le roulage du membre formant tampon 270 sur le substrat 274 provoque le transfert d'un arrangement continu d'un réactif sur le substrat.
La figure 17 illustre un rouleau 280 utilisé pour appliquer un réactif sur un membre formant tampon 282. Le rouleau 280 convient bien pour l'application d'un type unique de réactif sur l'ensemble de la pluralité d'éléments de transfert du membre formant tampon 282. L'utilisation du rouleau 280 est également avantageuse pour appliquer le réactif sur une partie du membre formant tampon 282 en même temps qu'une autre partie du membre formant tampon 282 transfère le réactif sur un substrat 284. Bien que le membre formant tampon 282 soit illustré comme ayant une forme cylindrique, il faut noter qu'un rouleau peut être utilisé pour appliquer un réactif à des membres tampon ayant une forme plane ou une autre forme.
La figure 18 illustre au moins une tête de distribution 290 utilisée pour appliquer un réactif sur un membre formant tampon 292. Ladite au moins une tête de distribution 290 applique une quantité spécifique du réactif directement sur la pluralité d'éléments de transfert sur le membre formant tampon 292. Ladite au moins une tête de distribution 290 convient bien pour l'application de différents réactifs sur différents éléments de transfert du membre formant tampon 292. Comme avec le rouleau 280, l'utilisation de ladite au moins une tête de distribution 290 est avantageuse pour appliquer le réactif sur une partie du membre formant tampon 292 en même temps qu'une autre partie du membre formant tampon 292 transfère le réactif sur un substrat 294.
Dans un mode de réalisation préféré, ladite au moins une tête de distribution 290 est incluse dans une pluralité de barres de distribution telles que celles qui sont décrites dans la demande co-dépendante intitulée "Méthode et système de synthèse d'oligonucléotides utilisant des barres de distribution de nucléotides spécifiques", qui est incorporée par référence dans la description de la présente invention.
Chaque barre de la pluralité de barres de distribution est réservée à la distribution d'un type de réactif respectif.
Par exemple, chaque barre d'un ensemble de quatre barres de distribution peut être réservée à l'application de l'un des quatre types respectifs de nucléotides. Chaque barre de la pluralité de barres de distribution comporte une pluralité de têtes de distribution contrôlées individuellement pour dispenser un réactif dans l'un quelconque des éléments de transfert d'une rangée d'éléments de transfert sur le membre formant tampon 292.
La figure 19 est un organigramme résumant les étapes réalisées dans un mode de réalisation d'une méthode consistant à positionner au moins un réactif biologique dans une pluralité d'emplacements sur un substrat. Comme indiqué à la case 300, la méthode comprend une étape consistant à fournir un membre formant tampon qui définit une pluralité d'éléments de transfert disposés pour correspondre à la pluralité d'emplacements. De préférence, le membre formant tampon fourni correspond à ceux qui sont décrits ici, bien que d'autres modes de réalisation possibles de la méthode ne soient pas exclus.
Si la pluralité d'éléments de transfert revêt la forme d'une pluralité de parties projetées sur le membre formant tampon, une étape facultative de projection sélective peut être réalisée, comme indiqué à la case 302. Ladite au moins une partie de la pluralité de parties projetées peut être électromécaniquement projetée par un piston respectif dans le membre formant tampon, comme décrit plus haut. Toutefois, d'autres moyens pour projeter sélectivement ladite au moins une partie de la pluralité de parties projetées peuvent également être utilisés.
Comme il est indiqué à la case 304, une étape d'application dudit au moins un réactif biologique sur le membre tapon est réalisée. Pour un élément de transfert qui comprend un réservoir, cette étape peut comprendre l'introduction d'un réactif biologique dans le réservoir au moyen d'un capillaire inclus dans le membre formant tampon.
Pour une pluralité de réservoirs, cette étape peut comprendre l'introduction d'un réactif biologique différent dans chaque réservoir de la pluralité de réservoirs par un capillaire respectif d'une pluralité de capillaires inclus dans le membre formant tampon.
Comme il est indiqué à la case 306, un étape de mise en contact du membre formant tampon avec le substrat est réalisée pour transférer ledit au moins un réactif biologique depuis la pluralité d'éléments de transfert sur la pluralité d'emplacements. Comme décrit plus haut, l'étape de mise en contact du membre formant tampon avec le substrat peut comprendre l'estampillage ou le roulage du membre formant tampon sur le substrat.
Comme il est indiqué à la case 308, une étape facultativ
Du fait que les divers modes de réalisation de la présente invention utilisent un membre formant tampon qui transfère un réactif par mise en contact avec un substrat, ils offrent une amélioration significative dans la mesure où le dessin lithographique n'est plus nécessaire pour définir des surfaces chimiquement actives sur le substrat. Ceci permet d'augmenter le rendement d'un procédé de fabrication à plusieurs niveaux en réduisant le nombre d'étapes impliquées.
De plus, le procédé d'estampillage est transposable à de grandes superficies et compatible avec les normes de fabrication à haut débit.
L'utilisation de réservoirs en tant qu'éléments de transfert réduit la quantité de réactif nécessaire par rapport à l'immersion du substrat tout entier dans une solution. L'utilisation de pistons pouvant être sélectivement projetés pour définir les éléments de transfert est avantageuse en ce que le membre formant tampon peut être reconfiguré en temps réel.
En outre, les différents modes de réalisation de la présente invention, tels qu'ils sont décrits ici, permettent de contrôler avec précision des réactions chimiques, y compris l'hybridation, en incluant la fourniture d'une régulation de la température sur chacun des éléments de transfert. Ceci réduit la nécessité de maintenir une température uniforme sur la totalité du substrat.
De plus, les différents modes de réalisation de la présente invention permettent de positionner avec précision différents échantillons uniquement dans des régions prédéterminées sur un substrat, tel qu'une pastille de détection moléculaire. Le fait de limiter le dépôt d'échantillon peut réduire le risque d'une hybridation faussement positive (ou hybridation partielle) par rapport à l'application d'un échantillon à l'ensemble d'une pluralité de sites combinatoires sur une pastille de détection
Il sera évident pour le spécialiste de la technique que l'invention décrite peut être modifiée de nombreuses façons et peut adopter de nombreux modes de réalisation autres que le mode préféré spécifiquement présenté et décrit ci-dessus.
Il sera évident pour le spécialiste de la technique que l'invention décrite peut être modifiée de nombreuses façons et peut adopter de nombreux modes de réalisation autres que le mode préféré spécifiquement présenté et décrit ci-dessus.
Claims (10)
1. Méthode de positionnement d'au moins un réactif biologique dans une pluralité d'emplacements sur un substrat, la méthode comprenant les étapes de
fourniture d'un membre formant tampon (106) qui définit une pluralité d'éléments de transfert disposés pour correspondre à la pluralité d'emplacements (300);
application dudit au moins un réactif biologique sur un membre formant tampon (304) ; et
mise en contact du membre formant tampon (106) avec le substrat dans le but de transférer ledit au moins un réactif biologique depuis la pluralité d'éléments de transfert sur la pluralité d'emplacements (306).
2. Méthode selon la revendication 1, dans laquelle le membre formant tampon (106) comporte une pluralité de parties projetées qui définissent la pluralité d'éléments de transfert.
3. Méthode selon la revendication 2, dans laquelle la pluralité de parties projetées absorbent ledit au moins un réactif biologique lorsque ledit au moins un réactif biologique est appliqué sur le membre formant tampon.
4. Méthode selon la revendication 2, comprenant en outre l'étape de projection sélective d'au moins l'une des parties d'une pluralité de parties projetées (302).
5. Appareil pour le positionnement d'au moins un réactif biologique (100) dans une pluralité d'emplacements (102) sur un substrat (104), l'appareil comprenant
un membre formant tampon (106) sur lequel ledit au moins un réactif biologique (100) est appliqué, le membre formant tampon (106) définissant une pluralité d'éléments de transfert (108) disposés pour correspondre à la pluralité d'emplacements (102), le membre formant tampon (106) étant destiné à être mis en contact avec le substrat (104) afin de transférer ledit au moins un réactif biologique (100) depuis la pluralité d'éléments de transfert (108) sur la pluralité d'emplacements (102).
6. Appareil selon la revendication 5, dans lequel le membre formant tampon (106) comporte une pluralité de parties projetées qui définissent une pluralité d'éléments de transfert (108).
7. Appareil selon la revendication 6, dans lequel ledit au moins un réactif biologique (100) comprend au moins un nucléotide.
8. Appareil selon la revendication 6, dans lequel la pluralité de parties projetées absorbent ledit au moins un réactif biologique (100) lorsque ledit au moins un réactif biologique (100) est appliqué sur le membre formant tampon (106).
9. Appareil selon la revendication 6, comprenant en outre un moyen pour projeter sélectivement au moins l'une des parties de la pluralité de parties projetées.
10. Appareil selon la revendication 5, dans lequel la pluralité d'éléments de transfert (108) comprend une pluralité de réservoirs définis sur une surface du membre formant tampon (106), la pluralité de réservoirs étant configurée pour correspondre à la pluralité d'emplacements, et l'appareil comprenant en outre une pluralité de capillaires (172) inclus dans le membre formant tampon (106), dans lesquels ledit au moins un réactif biologique (100) est appliqué au membre formant tampon (106) en introduisant un réactif biologique respectif dans chaque réservoir de la pluralité de réservoirs au moyen d'un capillaire respectif de la pluralité de capillaires (172).
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