FI121379B - Förfarande för framställning av ett enkelsträngat DNA med tvåstegs symmetrisk PCR samt för förfarandet avsedd reagensförpackning - Google Patents

Förfarande för framställning av ett enkelsträngat DNA med tvåstegs symmetrisk PCR samt för förfarandet avsedd reagensförpackning Download PDF

Info

Publication number
FI121379B
FI121379B FI20085040A FI20085040A FI121379B FI 121379 B FI121379 B FI 121379B FI 20085040 A FI20085040 A FI 20085040A FI 20085040 A FI20085040 A FI 20085040A FI 121379 B FI121379 B FI 121379B
Authority
FI
Finland
Prior art keywords
primer
primers
pcr
temperature
adhesion
Prior art date
Application number
FI20085040A
Other languages
English (en)
Finnish (fi)
Other versions
FI20085040A (sv
FI20085040A0 (sv
Inventor
Minna-Mari Maeki
Pasi Mika Juhani Piiparinen
Anne Anita Aittakorpi
Merja Elina Lindfors
Juha Petteri Kirveskari
Original Assignee
Mobidiag Oy
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Mobidiag Oy filed Critical Mobidiag Oy
Priority to FI20085040A priority Critical patent/FI121379B/sv
Publication of FI20085040A0 publication Critical patent/FI20085040A0/sv
Priority to ES09702857.5T priority patent/ES2635514T3/es
Priority to PCT/FI2009/050038 priority patent/WO2009090312A2/en
Priority to EP09702857.5A priority patent/EP2240608B1/en
Priority to DK09702857.5T priority patent/DK2240608T3/en
Publication of FI20085040A publication Critical patent/FI20085040A/sv
Application granted granted Critical
Publication of FI121379B publication Critical patent/FI121379B/sv

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Claims (16)

1. Förfarande för att producera enkelsträngat DNA genom symmet-risk duplicering av önskat DNA genom användning av ätminstone en första 5 primer med en smälttemperatur TmA, och minst en andra primer med en smält-temperatur TmB, vilken duplicering omfattar steg, i vilka: a) utförs ett första PCR-steg, som omfattar upprepade denature-rings-, vidhäftnings- och extensionssteg, varvid nämnda vidhäftningssteg utförs vid temperaturen TmA ± 8 °C; och 10 b) utförs ett andra PCR-steg, som omfattar upprepade denature- rings-, vidhäftnings- och extensionssteg, varvid vidhäftnings- och extensions-stegen kombineras och utförs i samma temperatur, varvid TmA är 8-20 °C lägre än TmB.
2. Förfarande enligt patentkrav 1, väri nämnda vidhäftningssteg i 15 steg b) utförs i temperaturen TmB ± 14 °C.
3. Förfarande enligt patentkrav 1, väri steg b) dessutom omfattar ett extra extensionssteg efter varje kombinerat vidhäftnings- och extensionssteg i olika temperaturer än det kombinerade vidhäftnings- och extensionssteget.
4. Förfarande enligt nagot av de föregaende patentkraven, väri 20 bade den första och den andra primern bestar av en blandning degenererade primers.
5. Förfarande enligt nagot av de föregaende patentkraven, väri nämnda första och andra primer hybridiseras för konserverade omraden av gener som kodar för topoisomeraser gyrB/parE. 25
6. Förfarande enligt patentkrav 5, väri nämnda första primer omfat tar minst en sekvens visad i sekvensnummer 1.
7. Förfarande enligt patentkrav 5 eller 6, väri nämnda andra primer omfattar minst en sekvens visad i sekvensnummer 2.
8. Förfarande enligt nagot av de föregaende patentkraven, väri 30 nämnda primers är stämplade.
9. Reagensförpackning för att producera enkelsträngat DNA med förfarandet enligt patentkrav 1, vilken förpackning omfattar minst en första primer med en smälttemperatur TmA, och minst en andra primer med en smälttemperatur TmB, och varvid TmA är 8-20 °C lägre än TmB och varvid bade den 35 första och den andra primern vidhäftar pä ett objekt och förlänger det i det första PCR-stegets vidhäftningstemperatur, medan endast nämnda andra primer vidhäftar pä objektet och förlänger det i det andra PCR-stegets vidhäftnings-temperatur.
10. Förpackning enligt patentkrav 9, väri TmA är 8-10 °C lägre än TmB· 5
11. Förpackning enligt patentkrav 9 eller 10, väri bade den första och den andra primern bestar av primerblandningar.
12. Förpackning enligt nägot av patentkraven 9-11, väri nämnda första och andra primer hybridiseras för konserverade omräden av gener som kodar för toposiomeraser gyrB/parE. 10
13. Förpackning enligt patentkrav 12, väri nämnda första primer om- fattar minst en sekvens visad i sekvensnummer 1.
14. Förpackning enligt patentkrav 12 eller 13, väri nämnda andra primer omfattar minst en sekvens visad i sekvensnummer 2.
15. Förpackning enligt nägot av patentkraven 9-14, väri nämnda 15 primers ingar i en separat del av ett biochip.
16. Förpackning enligt patentkrav 15, väri nämnda biochip dessut-om omfattar en separat del för fästade oligonukleotidsonder.
FI20085040A 2008-01-17 2008-01-17 Förfarande för framställning av ett enkelsträngat DNA med tvåstegs symmetrisk PCR samt för förfarandet avsedd reagensförpackning FI121379B (sv)

Priority Applications (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FI20085040A FI121379B (sv) 2008-01-17 2008-01-17 Förfarande för framställning av ett enkelsträngat DNA med tvåstegs symmetrisk PCR samt för förfarandet avsedd reagensförpackning
ES09702857.5T ES2635514T3 (es) 2008-01-17 2009-01-16 Método para producir ADN de cadena sencilla
PCT/FI2009/050038 WO2009090312A2 (en) 2008-01-17 2009-01-16 Method of producing single-stranded dna
EP09702857.5A EP2240608B1 (en) 2008-01-17 2009-01-16 Method of producing single-stranded dna
DK09702857.5T DK2240608T3 (en) 2008-01-17 2009-01-16 PROCEDURE FOR MANUFACTURING SINGLE-STRENGTH DNA

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FI20085040 2008-01-17
FI20085040A FI121379B (sv) 2008-01-17 2008-01-17 Förfarande för framställning av ett enkelsträngat DNA med tvåstegs symmetrisk PCR samt för förfarandet avsedd reagensförpackning

Publications (3)

Publication Number Publication Date
FI20085040A0 FI20085040A0 (sv) 2008-01-17
FI20085040A FI20085040A (sv) 2009-07-18
FI121379B true FI121379B (sv) 2010-10-29

Family

ID=39004340

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FI20085040A FI121379B (sv) 2008-01-17 2008-01-17 Förfarande för framställning av ett enkelsträngat DNA med tvåstegs symmetrisk PCR samt för förfarandet avsedd reagensförpackning

Country Status (5)

Country Link
EP (1) EP2240608B1 (sv)
DK (1) DK2240608T3 (sv)
ES (1) ES2635514T3 (sv)
FI (1) FI121379B (sv)
WO (1) WO2009090312A2 (sv)

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6887664B2 (en) * 2000-06-06 2005-05-03 Applera Corporation Asynchronous primed PCR
FI113549B (sv) * 2002-11-19 2004-05-14 Mobidiag Oy Diagnostiskt förfarande för indikering och identifiering av bakterier som orsakar luftvägsinfektioner samt vid förfarandet användbar primerkomposition
US20040235032A1 (en) * 2003-05-19 2004-11-25 Canon Kabushiki Kaisha PCR amplification method, PCR primer set, PCR amplification product, and method for detection of nucleic acid using the amplification method

Also Published As

Publication number Publication date
EP2240608B1 (en) 2017-06-07
DK2240608T3 (en) 2017-08-28
FI20085040A (sv) 2009-07-18
WO2009090312A2 (en) 2009-07-23
WO2009090312A3 (en) 2009-09-11
ES2635514T3 (es) 2017-10-04
EP2240608A2 (en) 2010-10-20
FI20085040A0 (sv) 2008-01-17

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP5945271B2 (ja) ニッキング酵素を用いたヘリカーゼ依存性等温増幅
JP4833981B2 (ja) 非対称ｐｃｒ増幅法、その特別なプライマーおよび用途
JP2009505651A (ja) 微生物および抗生物質耐性マーカーの検出の方法およびそのための核酸オリゴヌクレオチド
CN106884037B (zh) 一种检测细菌耐药基因的基因芯片试剂盒
FI121428B (sv) Bredspektrumprimers, testförpackning och förfarande för att upptäcka och identifiera bakteriearter
WO2016165591A1 (zh) 基于焦磷酸测序技术的mgmt基因启动子甲基化检测
Cao et al. Visual DNA microarrays for simultaneous detection of Ureaplasma urealyticum and Chlamydia trachomatis coupled with multiplex asymmetrical PCR
US20140005061A1 (en) Compositions and methods for detection of multiple microorganisms
US11459620B2 (en) Compositions and methods for detection of Mycobacterium avium paratuberculosis
FI121379B (sv) Förfarande för framställning av ett enkelsträngat DNA med tvåstegs symmetrisk PCR samt för förfarandet avsedd reagensförpackning
EP4130275A1 (en) Primer set and probe for detecting staphylococcus argenteus
ES2253279T3 (es) Metodos y composiciones para la deteccion de especies del complejo de mycobacterium avium.
US9334542B2 (en) Compositions and methods for detection of microorganisms of the Mycobacterium avium complex excluding Mycobacterium avium paratuberculosis
KR101795773B1 (ko) 내부 스페이서를 포함하는 올리고뉴크레오타이드 및 이의 용도
CN116042928B (zh) 用于扩增和检测消化道病毒核酸序列的引物组
ES2632206T3 (es) Cebadores universales y su utilización para la detección y la identificación de especies de batracios/peces
CN112391456A (zh) 通用型检测试剂盒

Legal Events

Date Code Title Description
FG Patent granted

Ref document number: 121379

Country of ref document: FI