FI101159B - Förfarande och förpackning för diagnostisering av svartvinbärsreversio nssjukdom - Google Patents

Förfarande och förpackning för diagnostisering av svartvinbärsreversio nssjukdom Download PDF

Info

Publication number
FI101159B
FI101159B FI963474A FI963474A FI101159B FI 101159 B FI101159 B FI 101159B FI 963474 A FI963474 A FI 963474A FI 963474 A FI963474 A FI 963474A FI 101159 B FI101159 B FI 101159B
Authority
FI
Finland
Prior art keywords
brv
rna
fragment
blackcurrant
virus
Prior art date
Application number
FI963474A
Other languages
English (en)
Finnish (fi)
Other versions
FI963474A0 (fi
FI963474A (sv
Inventor
Kirsi Lehto
Anne Lemmetty
Satu Latvala
Petri Susi
Original Assignee
Aboatech Ab Oy
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Aboatech Ab Oy filed Critical Aboatech Ab Oy
Priority to FI963474A priority Critical patent/FI101159B/sv
Publication of FI963474A0 publication Critical patent/FI963474A0/fi
Priority to PCT/FI1997/000507 priority patent/WO1998010100A1/en
Publication of FI963474A publication Critical patent/FI963474A/sv
Application granted granted Critical
Publication of FI101159B publication Critical patent/FI101159B/sv

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701—Specific hybridization probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2770/00—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA ssRNA viruses positive-sense
    • C12N2770/00011—Details
    • C12N2770/18011—Comoviridae

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Virology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)

Claims (14)

1. Metod för diagnostisering av svartvinbärsreversions- sjukdom i en växt genom att detektera däri svartvinbärsre- versionsvirus (BRV, Blackcurrant Reversion Virus), vilken metod innefattar följande steg: 20. ett prov tas frän växten som skall undersökas, - en omvänd transkriptasreaktion utförs med provet för att framställa ett enkelsträngat cDNA ur virus- RNA genom att använda en frän virus-RNA-sekvensen härrörande oligonukleotidprimer, som är komplementär 25 tili nukleotidisekvensen av virus-RNA:t, ; . - cDNA mängfaldigas i en polymeraskedjereaktion genom att använda ett par oligonukleotidprimers, den ena av vilka är en frän virus-RNA-sekvensen härrörande oli- gonukleotidprimer, som är komplementär tili ett förs- :·. 30 ta nukleotidsekvensfragment av det nämnda virus- • ♦♦ RNA:t, och den andra är en frän virus-RNA-sekvensen • · · härrörande oligonukleotidprimer, som motsvarar ett • · * andra nukleotidsekvensfragment av virus-RNA, som är olik det nämnda första nukleotidsekvensfragmentet, 35 och de nämnda första och andra nukleotidsekvensfrag- iti>: menten omramar nukleotidsekvensen, som skall mängfaldigas, och ΙΟΊ 159 - den mängfaldigade produkten detekteras.
2. Metod enligt patentkravet 1, kännetecknad därav, att provet är ett ur växten erhället extrakt. 5
3. Metod enligt patentkravet 1, kännetecknad därav, att provet innehäller BRV-partiklar.
4. Metod enligt patentkravet 1 eller 2, kännetecknad där-10 av, att före den omvända transkriptasreaktionen utförs en iitununkapning, i vilken provet bringas i kontakt med en BRV-antikropp immobiliserad pä en bärare, varefter de fastnade viruspartiklarna söndras.
5. Metod enligt patentkravet 1, kännetecknad därav, att man använder elektrofores för detektering av den mängfal-digade produkten.
6. Metod enligt patentkravet 1, kännetecknad därav, att 20 polymeraskedjereaktionen utförs med en "hot-start"-metod.
7. Diagnostisk testförpackning för diagnostisering av svartvinbärsreversionssjukdom i en växt genom att använda omvänd transkriptas-polymeraskedjereaktion (RT-PCR) för 25 detektering av svartvinbärsreversionsvirus (BRV, Blackcur-i . rant Reversion Virus) i en växt, vilken förpackning inne- häller • · · ’/· : - en antikropp mot BRV eller ett substrat belagt med en antikropp mot BRV och • 3 0 - för RT-PCR ett par oligonukleotidprimer härrörande frän RNA av BRV, för att mängfaldiga ett sädant cDNA-fragment, som är kömpiementärt tili RNA av BRV. • · • M
8. Förpackning enligt patentkravet 7, kännetecknad därav, 35 att oligonukleotidprimerna designeras för att detektera ett sädant DNA-fragment, som är komplementärt tili det 3'-proximala 210 bp fragmentet av virus-RNA:t. 101159
9. Förpackning enligt patentkravet 8, kännetecknad därav, att det 3 1-proximala 210 bp fragmentet har en nukleotid-sekvens 1-210, soin anges i SEKV. ID. NO:2.
10. Oligonukleotidprimer för att mängfaldiga ett sädant cDNA-fragment, som är komplementärt tili ett RNA-fragment av BRV (Blackcurrant Reversion Virus).
11. Oligonukleotidprimer enligt patentkravet 10 för att 10 mängfaldiga ett sädant cDNA-fragment, som är komplementärt tili ett 3'-proximalt 210 bp fragment av virus-RNA:t.
12. Oligonukleotidprimer enligt patentkravet 11, som har DNA-sekvensen 5· GAAAGGACATTTCAG 3'. 15
13. Oligonukleotidprimer enligt patentkravet 11, som har DNA-sekvensen 5' CGCTGGTGTCTC 3'.
14. En antikropp producerad mot svartvinbärsreversions-20 virus BRV (Blackcurrant Reversion Virus). • · ♦ · · « # · • m « « 1 9 • 4 m • 4 · • • · • 1 • < < • · · • « « « · · · • · · • · ·
FI963474A 1996-09-05 1996-09-05 Förfarande och förpackning för diagnostisering av svartvinbärsreversio nssjukdom FI101159B (sv)

Priority Applications (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FI963474A FI101159B (sv) 1996-09-05 1996-09-05 Förfarande och förpackning för diagnostisering av svartvinbärsreversio nssjukdom
PCT/FI1997/000507 WO1998010100A1 (en) 1996-09-05 1997-09-01 Method and kit for the diagnosis of blackcurrant reversion disease

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FI963474 1996-09-05
FI963474A FI101159B (sv) 1996-09-05 1996-09-05 Förfarande och förpackning för diagnostisering av svartvinbärsreversio nssjukdom

Publications (3)

Publication Number Publication Date
FI963474A0 FI963474A0 (fi) 1996-09-05
FI963474A FI963474A (sv) 1998-03-06
FI101159B true FI101159B (sv) 1998-04-30

Family

ID=8546606

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FI963474A FI101159B (sv) 1996-09-05 1996-09-05 Förfarande och förpackning för diagnostisering av svartvinbärsreversio nssjukdom

Country Status (2)

Country Link
FI (1) FI101159B (sv)
WO (1) WO1998010100A1 (sv)

Family Cites Families (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
ES2044784B1 (es) * 1992-06-12 1994-09-01 Inia Procedimiento para la deteccion e identificacion de patogenos virales y subvirales.

Also Published As

Publication number Publication date
FI963474A0 (fi) 1996-09-05
WO1998010100A1 (en) 1998-03-12
FI963474A (sv) 1998-03-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Lemmetty et al. Purification and properties of a new virus from black currant, its affinities with nepoviruses, and its close association with black currant reversion disease
JPH03228679A (ja) 有機化合物に関する改良
Grimova et al. Apple mosaic virus
Reddy Distinct Begomoviruses Closely Related to Cassava Mosaic Viruses Cause Indian Jatropha Mosaic Disease" DS Aswatha Narayana, KT Rangaswamy," KS Shankarappa,“MN Maruthi,'CN. Lakshminarayana Reddy,'AR Rekha and" KV Keshava Murthy" Department of Plant Pathology, University of Agricultural Sciences
Latvala et al. Ribes host range and erratic distribution within plants of blackcurrant reversion associated virus provide further evidence for its role as the causal agent of reversion disease
Pappu et al. Dahlia mosaic virus: molecular detection and distribution in dahlia in the United States
Fránová et al. Molecular and biological properties of two putative new cytorhabdoviruses infecting Trifolium pratense
Idriss et al. Biotypes of the castor bean whitefly Trialeurodes ricini (Misra)(Hom., Aleyrodidae) in Egypt: biochemical characterization and efficiency of geminivirus transmission
Akram et al. Comparison of Groundnut bud necrosis virus isolates based on movement protein (NSm) gene sequences
Diener et al. Viroids
FI101159B (sv) Förfarande och förpackning för diagnostisering av svartvinbärsreversio nssjukdom
Coffin et al. DsRNA cloning and diagnosis of beet pseudo-yellows virus by PCR and nucleic acid hybridization
BOARI et al. Detection and partial characterization of an isolate of Groundnut ringspot virus in Solanum sessiliflorum
Vaira et al. Ophioviruses infecting ornamentals and a probable new species associated with a severe disease in freesia
Diener Potato spindle tuber
Beczner et al. Characterization of an isolate of pepper mild mottle tobamovirus occurring in Canada
Soliman Serological and molecular detection of viruses infecting fig to identify the virus-free plants
Herrera et al. Molecular techniques for the detection of tomato yellow leaf curl geminivirus in infected plants and viruliferous whiteflies
Wasswa Sweet potato viruses in Uganda: identification of a new virus, a mild strain of an old virus and reversion
Reddy et al. Peanuts
Abad et al. Characterization of potato Y potyvirus isolates from tomato crops in Islas Canarias (Spain)
KR102256363B1 (ko) 토마토잎말림뉴델리바이러스 dna-a 및 dna-b를 접종할 수 있는 감염성 클론 및 이의 용도
CN109762833B (zh) 一种易变山羊草苯丙氨酸解氨酶基因及其应用
FR2631973A1 (fr) Sequence nucleotidique complete de l&#39;adn complementaire de l&#39;arn genomique de potyvirus, genes codant pour la proteine de capside de potyvirus et applications de ces genes a la creation de plantes transgeniques resistantes aux potyvirus
Kinard Development and application of nucleic acid based detection systems for chlorotic leafspot and stem grooving viruses of apple