ES3060187T3 - Introgression of two yield qtls in cucumis sativus plants - Google Patents

Introgression of two yield qtls in cucumis sativus plants

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ES3060187T3 ES17717675T ES17717675T ES3060187T3 ES 3060187 T3 ES3060187 T3 ES 3060187T3 ES 17717675 T ES17717675 T ES 17717675T ES 17717675 T ES17717675 T ES 17717675T ES 3060187 T3 ES3060187 T3 ES 3060187T3
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Freddy Willem Karel Hermans
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Gerhard T M Reuling
Alexandra M Casa
Steven D Tanksley
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Abstract

La presente invención se refiere a plantas de pepino cultivadas que comprenden un QTL de rendimiento en el cromosoma 2 y/o un QTL de rendimiento en el cromosoma 6 de su genoma, y a métodos para generar dichas plantas y su uso. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

[0001] DESCRIPCIÓN
[0002] Introgresión de dos QTL de rendimiento en plantas de Cucumis Sativus
[0003] La presente invención se refiere al campo de las plantas y semillas de pepino que comprenden un fragmento de introgresión que confiere un mayor rendimiento de frutos. Se proporciona una introgresión de un locus de rasgo cuantitativo (QTL) localizado en el cromosoma 2 del genoma del pepino cultivado y en un aspecto adicionalmente una introgresión de un QTL en el cromosoma 6 del genoma del pepino cultivado, que puede usarse para aumentar el rendimiento en pepinos cultivados (Cucumis sativusvar.sativus), tales como los pepinos para encurtir (por ejemplo, encurtidos americanos, tipos de encurtidos europeos), pepinos para cortar en rodajas (por ejemplo, pepinos americanos para cortar en rodajas), pepinos largos, pepinos cortos, pepinos de invernadero europeos, pepinos de tipo Beit-Alpha, pepinos de tipo enrejado oriental (también comercializados como "burpless"), pepinos asiáticos (que pueden subdividirse a su vez en diferentes tipos, tales como el pepino moteado indio, el pepino largo chino, el pepino coreano y los tipos de pepino japonés, perteneciendo el primero al grupo de pepinos indios y los tres últimos al grupo de pepinos de Asia oriental). El QTL de aumento de rendimiento en el cromosoma 2 se denomina en la presente memoria QTL2.1 y el QTL de aumento de rendimiento en el cromosoma 6 se denomina QTL6.1. En un aspecto, ambas son introgresiones del mismo pariente silvestre del pepino, es decir, del mismo número de acceso, y en un aspecto incluso de la misma planta. Una planta de la accesión se usó para hacer una población haploide doble, que luego se usó para mapear e introgresar los QTL en el tipo de pepino largo europeo. A partir de este tipo, uno o ambos QTL pueden transferirse fácilmente a cualquier otro tipo de pepino, tal como los tipos de pepino corto, o a cualquier otra línea o variedad de mejoramiento de pepino largo. Las semillas que comprenden ambos fragmentos de introgresión en forma homocigótica se depositaron con el número de acceso NCIMB 42545.
[0004] El QTL de aumento de rendimiento en el cromosoma 2 no se encontró inicialmente, ya que en el proyecto de mapeo se encontró en la misma región un QTL de rendimiento negativo, que reduce el peso del fruto (véase la Figura 1, parte superior es el diagrama LOD del QTL de rendimiento positivo, QTL2.1, en el cromosoma 2 y parte inferior es el diagrama LOD del QTL de rendimiento negativo, QTL2.2, en el cromosoma 2).
[0005] Sólo tras posteriores retrocruzamientos y experimentos de rendimiento con híbridos de prueba se hizo evidente que el QTL de rendimiento positivo y el QTL de rendimiento negativo en el cromosoma 2 podían separarse, es decir, se encontraban en regiones diferentes.
[0006] El efecto del QTL de rendimiento negativo se hizo evidente al comparar una línea que comprendía un fragmento de introgresión con QTL2.1 y QTL2.2 con una línea que comprendía sólo QTL2.1 (y carecía de QTL2.2). La longitud promedio de los frutos disminuyó en la primera línea (que comprendía el QTL2.2) en más de 2 cm de longitud.
[0007] En un aspecto se proporciona una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión en los cromosomas 2, que comprende QTL2.1, por lo que el fragmento de introgresión aumenta significativamente el rendimiento de fruto del pepino cultivado que comprende la introgresión en comparación con el mismo pepino cultivado que carece de la introgresión. También se proporcionan en la presente memoria uno o más marcadores moleculares (especialmente polimorfismos de nucleótido único o SNP) que están presentes en el fragmento de introgresión y que son indicativos de la presencia del fragmento de introgresión. Del mismo modo, las semillas que comprenden QTL2.1 en el cromosoma 2 se proporcionan como se establece en las reivindicaciones anexas y las partes de plantas, células y/o tejidos se describen en la presente memoria. En un aspecto, las plantas o semillas comprenden el fragmento de introgresión a partir de un pariente silvestre de pepino, por lo que el fragmento de introgresión que comprende el QTL2.1, cuyo QTL está situado físicamente en la región que comienza en 5,0 Mb y termina en 11,0 Mb del cromosoma 2, y partes de plantas, células y/o tejidos se describen en la presente memoria. En un aspecto descrito en la presente memoria, las otras regiones del cromosoma 2, es decir, de 0 Mb a 5,0 Mb y/o desde 11,0 Mb hasta el final del cromosoma 2 comprenden o consisten en regiones cromosómicas de pepino cultivado.
[0008] En un aspecto, el fragmento de introgresión no comprende el QTL de rendimiento negativo en el cromosoma 2, que reduce el peso promedio del fruto por planta. Este QTL de rendimiento negativo se denominará en la presente memoria QTL2.2. De esta manera, el fragmento de introgresión del pariente silvestre del pepino comprende en un aspecto el QTL2.1, y uno o más SNP ligados al QTL2.1, pero carece del QTL2.2. En las semillas cultivadas deCucumis sativusdepositadas por el solicitante con el número de acceso NCIMB42545, QTL2.1 y QTL6.1 están presentes en forma homocigótica, mientras que QTL2.2 está ausente (y en cambio el genoma del pepino cultivado está presente en esa región).
[0009] En un aspecto, el QTL2.1 (es decir, el fragmento de introgresión que comprende el QTL) está presente en forma heterocigótica en una planta de pepino cultivada, especialmente en pepino largo, como se establece en las reivindicaciones anexas, y las células o tejidos se describen en la presente memoria. En otro aspecto, el QTL2.1 (es decir, el fragmento de introgresión que comprende el QTL) está presente en forma homocigótica en una planta cultivada de pepino, especialmente en pepino largo, como se establece en las reivindicaciones anexas, y las células o tejidos se describen en la presente memoria. En un aspecto específico, la planta de pepino cultivada es un híbrido F1, especialmente un híbrido F1 generado mediante el cruce de dos líneas parentales endogámicas, por lo que al menos una de las líneas parentales comprende el QTL2.1 (es decir, el fragmento de introgresión que comprende el QTL) en forma homocigótica. En un aspecto específico, la planta de pepino cultivada no comprende ningún otro fragmento de introgresión en el cromosoma 2 del genoma del pepino que afecte al rendimiento, preferentemente el cromosoma 2 carece al menos de QTL2.2.
[0010] El QTL que aumenta el rendimiento en el cromosoma 6 se encontró en temperaturas frías y parece ser un QTL de tolerancia al frío, que aumenta el rendimiento en periodos de otoño o invierno y en regiones de clima más frío. Así, por ejemplo, cuando los pepinos de invernadero se cultivan en climas más fríos o en periodos más fríos del año, tales como el otoño y el invierno en los países del sur de Europa o Eurasia, o en regiones más frías tales como el norte de Europa y Canadá (o Norteamérica), el QTL6.1 aumenta aún más el rendimiento de las líneas de mejoramiento y las variedades adaptadas a ese clima. Por lo tanto, este QTL es especialmente adecuado para aumentar el rendimiento de las variedades adaptadas a temperaturas más frías. Sin embargo, se entiende que deben evitarse las heladas.
[0011] En un aspecto, como se establece en las reivindicaciones anexas, se proporciona una planta de pepino cultivada que comprende QTL2.1 y además comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 que comprende QTL6.1, por lo que el fragmento de introgresión aumenta significativamente el rendimiento de fruto del pepino cultivado que comprende la introgresión en comparación con el mismo pepino cultivado que carece de la introgresión. También se proporcionan en la presente memoria uno o más marcadores moleculares (especialmente polimorfismos de nucleótido único o SNP) que están presentes en el fragmento de introgresión y que son indicativos de la presencia del fragmento de introgresión, y se describen en la presente memoria procedimientos de uso de dichos marcadores. Asimismo, se proporcionan semillas a partir de las cuales se puede cultivar una planta que, además de QTL2.1, también comprenda QTL6.1 en el cromosoma 6 y comprenda de otro modo un cromosoma 6 de pepino cultivado en su genoma, y en la presente memoria se describen partes de plantas, células y/o tejidos. En un aspecto, como se establece en las reivindicaciones anexas, las plantas y semillas, comprenden el fragmento de introgresión a partir de un pariente silvestre de pepino, por lo que el fragmento de introgresión que comprende QTL6.1, cuyo QTL está situado físicamente en la región que comienza en 25,0 Mb y termina en 29,0 Mb del cromosoma 6, y partes de plantas, células y/o tejidos se describen en la presente memoria. En un aspecto descrito en la presente memoria, las otras regiones del cromosoma 6, es decir, desde 0 Mb a 25,0 Mb y/o desde 29,0 Mb hasta el final del cromosoma 6 comprenden o consisten en regiones cromosómicas de pepino cultivado.
[0012] En un aspecto, el QTL6.1 (es decir, el fragmento de introgresión que comprende el QTL) está presente en forma heterocigótica en una planta de pepino cultivada preferentemente en pepino largo, como se establece en las reivindicaciones anexas y se describe en la presente memoria una célula o tejido. En otro aspecto, el QTL6.1 (es decir, el fragmento de introgresión que comprende el QTL) está presente en forma homocigótica en una planta de pepino cultivada, preferentemente en pepino largo, tal como se establece en las reivindicaciones anexas, y una célula o tejido se describe en la presente memoria. En un aspecto específico, la planta de pepino cultivada es un híbrido F1, especialmente un híbrido F1 generado mediante el cruce de dos líneas parentales endogámicas, por lo que al menos una de las líneas parentales comprende el QTL6.1 (es decir, el fragmento de introgresión que comprende el QTL) en forma homocigótica. En un aspecto específico, la planta de pepino cultivada no comprende ningún otro fragmento de introgresión en el cromosoma 6 del genoma del pepino que afecte al rendimiento.
[0013] En un aspecto de la invención, tal como se establece en las reivindicaciones anexas, se proporciona una planta de pepino cultivada que comprende tanto QTL2.1 como QTL6.1 de la invención, bien ambos en forma homocigótica, por ejemplo, en una línea parental endogámica, o ambos en forma heterocigótica, por ejemplo, en un híbrido F1 generado mediante el cruce de una línea parental endogámica que comprende tanto QTL2.1 como QTL6.1 en forma homocigótica con una línea parental endogámica que carece tanto de QTL2.1 como de QTL6.1. Como se ha mencionado, en las semillas deCucumis sativusdepositadas por el solicitante con el número de acceso NCIMB42545, los QTL2.1 y QTL6.1 están presentes en forma homocigótica. Sin embargo, como se establece en las reivindicaciones anexas, el QTL2.1 también puede usarse de forma independiente para generar plantas de pepino, líneas de mejoramiento y variedades con mayor rendimiento, como también se describe en la presente memoria para el QTL6.1.
[0014] En otro aspecto más de la invención se proporciona una planta de pepino cultivada que comprende tanto el QTL2.1 como el QTL6.1 de la invención, por lo que uno de los QTL está en forma homocigótica y el otro QTL está en forma heterocigótica.
[0015] En aún otro aspecto, la planta de pepino cultivada comprende QTL2.1 y QTL6.1 de un pariente silvestre de pepino, mientras que aparte del fragmento de introgresión, el genoma restante de los cromosomas 2 y 6 es un genoma de pepino cultivado, en un aspecto de pepino europeo de invernadero.
[0016] En una realización también los otros cromosomas son todos genoma de pepino cultivado, por ejemplo, genoma de pepino de invernadero europeo. Es decir, en un aspecto de la invención, el pepino cultivado comprende sólo un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino en su genoma (que comprende QTL2.1 en forma homocigota o heterocigota) o comprende sólo dos fragmentos de introgresión de un pariente silvestre del pepino en su genoma, uno que comprende QTL2.1 y otro que comprende QTL6.1, mientras que el genoma restante es un genoma de pepino cultivado. En un aspecto, los dos fragmentos de introgresión proceden del mismo pariente silvestre del pepino, por ejemplo, de la misma especie, preferentemente del mismo número de acceso, opcionalmente incluso de la misma planta de ese número de acceso.
[0017] En una realización diferente, la planta de pepino cultivada de la invención puede, además de QTL2.1 y QTL6.1, comprender uno o más otros fragmentos de introgresión de parientes silvestres de pepino en su genoma. En un aspecto, estos otros fragmentos de introgresión no están en el cromosoma 2 y/o en el cromosoma 6.Antecedentes
[0018] El pepino cultivado (Cucumis sativusvar.sativusL.) es un cultivo hortícola importante en todo el mundo. Pertenece a la familiaCucurbitaceae.Se cree que procede del sudeste asiático de ancestros silvestres con frutos pequeños y amargos, tales como elCucumis sativusvar.hardwickii.
[0019] El genoma del pepino cultivado tiene siete pares de cromosomas (n = 7) y un tamaño del genoma haploide de aproximadamente 367 Mb (Megabases) con un total estimado de aproximadamente 26.682 genes. El genoma del pepino fue el primer genoma vegetal secuenciado (Huang et al.). 2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283 and http://www.icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/).
[0020] El rendimiento del pepino cultivado no ha aumentado mucho en las últimas décadas. Shetty and Wehner 2002 (CropSci.42: 2174-2183) cribaron la colección de germoplasma de pepino del USDA para determinar la calidad del fruto y el rendimiento del fruto en condiciones de campo en Carolina del Norte (EE.UU.) y sugieren que los cultigenes de alto rendimiento identificados en su estudio pueden usarse para desarrollar cultivares de alto rendimiento.
[0021] El documento WO2009/082222 usó una de las accesiones identificadas por Shetty and Wehner en 2002 (supra), la variedad autóctona turca Beit-Alpha PI 169383 para identificar QTL para el peso del fruto de pepinos en fase de cosecha en el grupo de ligamiento 3 y/o 4 de PI 69383.
[0022] Yuanet al., 2008 (Euphytica 164: 473-491) mapearon genéticamente rasgos frutales específicos en un cruce entre un pepino del norte de China S94 y un pepino del noroeste de Europa S06. Su grupo de ligamiento 3 parece corresponder al cromosoma físico 2 y su grupo de ligamiento 2 parece corresponder al cromosoma físico 6. Mapearon un locus llamado fw2.1 (peso del fruto) en la parte superior del cromosoma 6 (LG2) y mapearon un locus llamado fw3.1 (peso del fruto) en la parte inferior del cromosoma 2 (LG3). Mapearon un locus llamado fl3.1 (longitud del fruto) en el mismo lugar que el locus fw3.1, mapeado en función de la diferencia de longitud del fruto entre S94 (frutos de 30 cm de longitud) y S06 (frutos de 15 cm de longitud). Sin embargo, no mapearon el rendimiento total (acumulado) de frutos.
[0023] Fazioet al., (2003; Theor Appl Genet 107: 864-874) mapearon genéticamente una serie de rasgos, incluidos los frutos acumulados por plantas en tres cosechas y rasgos morfológicos como la hoja pequeña ('ll'). Su grupo de ligamiento 1 parece corresponder al cromosoma físico 6. Un locus llamado fpl1.2 fue consistente en ambos ambientes y se asignó al locus de la hoja pequeña. La hoja pequeña se encuentra físicamente en la región que abarca 7 Mb y 8,5 Mb del cromosoma físico 6, es decir, está en la parte superior del cromosoma 6.
[0024] Weiet al., 2014 (BMC Genomics 15: 1158, p1-10) divulgan el mapeo de la longitud de frutos inmaduros y maduros y del peso de frutos inmaduros en una población derivada de un cruce entre una línea endogámica de pepino chino (CC3) y NC76. NC76 se desarrolló a partir de una variedad autóctona deCucumis sativusvar.sativusde Afganistán (PI246930). Encontraron un QTL para la longitud del fruto inmaduro en el grupo de ligamiento 6.
[0025] Los documentos WO2016/059090 y WO2016/059092 describen dos QTL que mejoran el rendimiento, uno en el cromosoma 2 en la región de 0,4 a 2,9 Mb del cromosoma y otro en el cromosoma 6 en la región de 26 Mb hasta el final del cromosoma, introgresados de un único pepino silvestre en pepino cultivado del tipo encurtido. Las semillas del pepino tipo encurtido cultivado que comprenden ambos QTL en forma heterocigótica se depositaron bajo NCIMB42262. El donante usado en los documentos WO2016/059090 y WO2016/059092 era un donante diferente al donante usado en la presente invención.
[0026] Aun así, sigue siendo necesario identificar QTL para potenciar el rendimiento total (acumulativo) de frutos en pepino para poder aumentar el rendimiento de frutos de las variedades modernas de pepino, especialmente en los tipos de pepino largo adecuados para el cultivo en invernadero, por ejemplo, el cultivo de alambre alto o el sistema tradicional de cultivo en paraguas. Especialmente, se necesitan fragmentos de introgresión que comprendan QTL que aumenten el rendimiento y que no comprendan regiones de introgresión que disminuyan la longitud promedio del fruto. También se desean fragmentos de introgresión que sean adecuados para aumentar el rendimiento promedio del fruto en condiciones de cultivo frías.
[0027] Figuras
[0028] La Figura 1 muestra diagramas LOD de los resultados del mapeo QTL, donde en el cromosoma 2 se encontraron un QTL de rendimiento positivo (QTL2.1, Figura superior) y un QTL de rendimiento negativo (QTL2.2, Figura inferior) muy próximos entre sí, con el pico (línea discontinua vertical) casi en la misma posición en el eje X (cromosoma 2). El QTL2.2 disminuyó significativamente la longitud promedio de los frutos.
[0029] Definiciones generales
[0030] El artículo indefinido "un" o "una" no excluye la posibilidad de que esté presente más de uno de los elementos, a menos que el contexto requiera claramente que haya uno y sólo uno de los elementos. El artículo indefinido “un” o “una” de esta manera generalmente significa “al menos uno”.
[0031] Como se usa en la presente memoria, el término "planta" incluye la planta completa o cualquiera de las partes o derivados de la misma, tales como órganos de la planta (por ejemplo, órganos de almacenamiento cosechados o no cosechados, tubérculos, frutos, hojas, semillas, etc.), células vegetales, protoplastos vegetales, cultivos de células o tejidos vegetales a partir de los cuales pueden regenerarse plantas completas, callos vegetales, grupos de células vegetales, y células vegetales intactas en plantas, o partes de plantas, tales como embriones, polen, óvulos, ovarios, frutos (por ejemplo, tejidos u órganos cosechados, tales como frutos de pepino cosechados o partes de los mismos), flores, hojas, semillas, tubérculos, bulbos, plantas propagadas clonalmente, raíces, portainjertos, tallos, puntas de raíces y similares. También se incluye cualquier etapa de desarrollo, tales como plántulas, inmaduras y maduras, etc. Cuando se hace referencia a las "semillas de una planta", estas se refieren ya sea a las semillas a partir de las cuales se puede cultivar la planta, o a las semillas producidas en la planta, después de autofecundación o fecundación cruzada.
[0032] "Variedad vegetal" es un grupo de plantas dentro del mismo taxón botánico del grado más bajo conocido, que (independientemente de si se cumplen o no las condiciones para el reconocimiento de los derechos de fitomejorador de plantas) puede definirse sobre la base de la expresión de características que resultan de un determinado genotipo o de una combinación de genotipos, puede distinguirse de cualquier otro grupo de plantas por la expresión de al menos una de esas características, y puede considerarse como una entidad, porque puede multiplicarse sin ningún cambio. Por lo tanto, el término "variedad vegetal" no puede usarse para designar un grupo de plantas, incluso si son del mismo tipo, si todas ellas se caracterizan por la presencia de uno o dos loci o genes (o características fenotípicas debidas a estos loci o genes específicos), pero que por lo demás pueden diferir enormemente entre sí en cuanto a los demás loci o genes.
[0033] "F1, F2, F3, etc." se refiere a las generaciones consecutivas relacionadas tras un cruzamiento entre dos plantas parentales o líneas parentales. Las plantas cultivadas a partir de las semillas producidas por el cruzamiento de dos plantas o líneas se denomina la generación F1. La autofecundación de las plantas F1 resulta en la generación F2, etc.
[0034] La planta "híbrida F1" (o semilla híbrida F1) es la generación obtenida a partir del cruzamiento de dos líneas parentales endogámicas. De esta manera, las semillas híbridas F1 son semillas a partir de las cuales crecen plantas híbridas F1. Los híbridos F1 son más vigorosos y de mayor rendimiento, debido a la heterosis. Las líneas endogámicas son fundamentalmente homocigóticas en la mayoría de los loci del genoma.
[0035] Una "línea vegetal" o "línea de mejoramiento" se refiere a una planta y su progenie. Tal como se usa en la presente memoria, la expresión "línea endogámica" se refiere a una línea de plantas que se ha autofecundado repetidamente y es casi homocigótica. De esta manera, una "línea endogámica" o "línea progenitora" se refiere a una planta que ha sido sometida a varias generaciones (por ejemplo, al menos 5, 6, 7 o más) de endogamia, dando lugar a una línea de plantas con una gran uniformidad.
[0036] El término "alelo(s)" significa cualquiera de una o más formas alternativas de un gen en un locus particular, todas las cuales se relacionan con un rasgo o característica en un locus específico. En una célula diploide de un organismo, los alelos de un gen dado se localizan en una ubicación específica, o locus (loci en plural) en un cromosoma. Un alelo está presente en cada cromosoma del par de cromosomas homólogos. Una especie vegetal diploide puede comprender un gran número de alelos diferentes en un locus particular. Estos pueden ser alelos idénticos del gen (homocigotos) o de dos alelos diferentes (heterocigotos). De esta manera, por ejemplo, en la presente memoria puede hacerse referencia a un "alelo de rendimiento" o "alelo de rendimiento positivo" del locus de rendimiento QTL2.1 y/o QTL6.1.
[0037] El término "gen" se refiere a una secuencia de ADN (genómico) que comprende una región (región transcrita), que se transcribe en una molécula de ARN mensajero (ARNm) en una célula, y una región reguladora vinculada operativamente (por ejemplo, un promotor). Los diferentes alelos de un gen son, de esta manera, diferentes alternativas de forma del gen, que pueden ser en forma de, por ejemplo, diferencias en uno o más nucleótidos de la secuencia de ADN genómico (por ejemplo, en la secuencia del promotor, las secuencias de los exones, las secuencias de los intrones, etc.), el ARNm y/o la secuencia de aminoácidos de la proteína codificada.
[0038] El término "locus" (loci plural) significa un lugar o lugares específicos o un sitio en un cromosoma donde, por ejemplo, se encuentra un QTL, un gen o un marcador genético. El locus de rendimiento (o locus de aumento del rendimiento) es, de esta manera, la ubicación en el genoma del pepino donde se encuentra elQTL2.1o elQTL6.1.En el pepino cultivado de la invención los QTL se encuentran en el cromosoma 2 y/o 6 (usando la asignación cromosómica de Huang et al.2009, Nature Genetics, Volume 41, Number 12, p1275-1283 y world wide web en icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/), es decir, se introgresan en el genoma del pepino cultivado (es decir, en el cromosoma 2 y/o 6) a partir de un pariente silvestre del pepino.
[0039] Un "locus de rasgo cuantitativo", o "QTL" es un locus cromosómico que codifica para uno o más alelos que afectan a la expresividad de un fenotipo de distribución continua (cuantitativa). Los loci de rasgos cuantitativos que confieren rendimiento (o "QTL de rendimiento") se denominan en la presente memoriaQTL2.1yQTL6.1. "Genoma del pepino" y "posición física en el genoma del pepino" y "cromosoma 2 y/o 6" se refiere al genoma físico del pepino cultivado, world wide web en icugi.org/cgi-bin/gb2/gbrowse/cucumber_v2/, y los cromosomas físicos y la posición física en los cromosomas. Así, por ejemplo, el SNP_01 está situado en el nucleótido (o "base") situado físicamente en el nucleótido 5.502.468 del cromosoma 2, que tiene un tamaño físico de 0 a 23,17 Mb (es decir, 23.174.625 bases).
[0040] Asimismo, el SNP_27 está situado en el nucleótido (o "base") situado físicamente en el nucleótido 25.519.964 del cromosoma 6, que tiene un tamaño físico de 0 a 29,07 Mb (es decir, 29.076.227 bases).
[0041] La "distancia física" entre loci (por ejemplo, entre marcadores moleculares y/o entre marcadores fenotípicos) en el mismo cromosoma es la distancia realmente expresada en bases o pares de bases (bp), kilobases o kilopares de bases ( kb) o megabases o mega pares de bases ( Mb).
[0042] La "distancia genética" entre loci (por ejemplo, entre marcadores moleculares y/o entre marcadores fenotípicos) en el mismo cromosoma se mide por la frecuencia de cruce, o frecuencia de recombinación (RF) y se indica en centimorgans (cM). Un cM corresponde a una frecuencia de recombinación del 1%. Si no pueden encontrarse recombinantes, el RF es cero y los loci están muy próximos físicamente o son idénticos. Cuanto más alejados estén dos loci, mayor será la RF.
[0043] "Fragmento de introgresión" o "segmento de introgresión" o "región de introgresión" se refiere a un fragmento cromosómico (o parte o región cromosómica) que se ha introducido en otra planta de la misma especie o de una especie relacionada mediante cruzamiento o técnicas de mejoramiento tradicionales, tales como el retrocruzamiento, es decir, el fragmento introgresado es el resultado de procedimientos de mejoramiento a los que se refiere el verbo "introgresar" (tal como el retrocruzamiento). En el pepino, las accesiones silvestres o primitivas de pepino (por ejemplo, las variedades locales) o los parientes silvestres del pepino cultivado pueden usarse para introgresar fragmentos del genoma silvestre en el genoma del pepino cultivado,Cucumis sativusvar.sativusL. De esta manera, dicha planta de pepino cultivada tiene un "genoma deCucumis sativusvar.sativus", pero comprende en el genoma un fragmento de un pepino silvestre o primitivo o de un pariente silvestre del pepino, por ejemplo, un fragmento de introgresión de un genoma silvestre relacionadoCucumis sativus, tal comoCucumis sativus var. hardwickii, C. sativus var. sikkimensis Cucumis sativus var. xishuangbannesis,u otro pepino silvestre o pariente silvestre del pepino. Así, por ejemplo, se proporciona en la presente memoria un pepino cultivado que comprende un genoma de pepino cultivado, y en ese genoma un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y en un aspecto además en el cromosoma 6 de pepino cultivado que confiere un rendimiento potenciado en comparación con el genoma de pepino cultivado que carece de los fragmentos de introgresión (y que tiene los cromosomas 2 y 6 de pepino cultivado, sin los fragmentos de introgresión). Se entiende que la expresión "fragmento de introgresión" nunca incluye un cromosoma entero, sino sólo una parte de un cromosoma. El fragmento de introgresión puede ser grande, por ejemplo incluso tres cuartos o la mitad de un cromosoma, pero preferentemente es más pequeño, tal como aproximadamente 15 Mb o menos, tal como aproximadamente 10 Mb o menos, aproximadamente 9 Mb o menos, aproximadamente 8 Mb o menos, aproximadamente 7 Mb o menos, aproximadamente 6 Mb o menos, aproximadamente 5 Mb o menos, aproximadamente 4 Mb o menos, aproximadamente 3 Mb o menos, aproximadamente 2,5 Mb o 2 Mb o menos, aproximadamente 1 Mb (equivale a 1.000.000 pares de bases) o menos, o aproximadamente 0,5 Mb (equivale a 500.000 pares de bases) o menos, tal como aproximadamente 200.000 bp (equivale a 200 kilopares de bases) o menos, aproximadamente 100.000 bp (100 kB) o menos, aproximadamente 50.000 bp (50 kB) o menos, aproximadamente 25.000 bp (25 kB) o menos.
[0044] "Pepino cultivado" o "pepino domesticado" se refiere a las plantas deCucumis sativus var. sativus, es decir, variedades, líneas de mejoramiento o cultivares cultivados por el ser humano y que tienen buenas características agronómicas, especialmente que producen frutos comestibles y comercializables de buen tamaño, calidad y uniformidad; tales plantas no son plantas de "pepino silvestre" o "pepino primitivo", es decir, plantas que generalmente tienen rendimientos mucho más pobres y características agronómicas más pobres que las plantas cultivadas y son menos uniformes genéticamente y en sus características fisiológicas y/o morfológicas. Las "plantas silvestres" del término "pepino silvestre" incluyen, por ejemplo, ecotipos, razas locales o accesiones silvestres o parientes silvestres de una especie. Las plantas cultivadas de pepino (líneas o variedades) también pueden distinguirse de las accesiones silvestres o primitivas de pepino por la cantidad significativamente menor de SNP (inferior a 2.000.000 SNP) e INDEL (inserciones/deleciones de inferior a 5bp; inferior a 150.000 INDEL) en el genoma y su diversidad nucleotídica significativamente menor (igual o inferior a 2,3 x 10<-3>π), como se describe en la tabla 1 de Qi et al, Nature Genetics December 2013, Vol 45, No.12, pages 1510 - 1518. Los números SNP, los números INDEL y la diversidad de nucleótidos pueden determinarse como se describe en la presente memoria, especialmente en la sección "Métodos en línea".
[0045] "Grupo de pepinos de la India" se refiere a parientes silvestres o silvestres de pepinos de la India, que tienen una alta cantidad de SNP (más de 3.000.000 SNP) e INDEL (inserciones/deleciones de inferior a 5bp; más de 200.000 INDEL) en el genoma y una alta diversidad de nucleótidos (más de 3,0 x 10<-3>π o incluso más de 4,0 x 10<-3>π).
[0046] "Grupo de pepinos euroasiáticos" se refiere a pepinos cultivados de Asia central u occidental, Europa y Estados Unidos, que tienen una cantidad baja de SNP (inferior a 2.000.000 SNP, o inferior a 1.500.000 SNP) e INDEL (inserciones/deleciones de menos de 5 bp; inferior a 150.000 INDEL) en el genoma y una diversidad de nucleótidos baja (igual o inferior a 2,3 x 10<-3>π, preferentemente inferior a 2,0 x 10<-3>π ).
[0047] "Grupo de pepinos de Asia Oriental" se refiere a pepinos cultivados de Asia Oriental, tales como China, Corea y Japón, que tienen una baja cantidad de SNP (inferior a 2.000.000 SNP, o inferior a 1.500.000 SNP) e INDEL (inserciones/deleciones de menos de 5 bp; inferior a 150.000 INDEL, preferentemente inferior a 100.000) en el genoma y una baja diversidad de nucleótidos (igual o inferior a 2,3 x 10<-3>π, preferentemente inferior a 2,0 x 10<-3>π o incluso inferior a 1,5 x 10<-3>π).
[0048] "Grupo de pepinos de Xishuangbanna" se refiere a pepinos de la región de Xishuangbanna de China, que tienen una baja cantidad de SNP (inferior a 2.000.000 SNP, o inferior a 1.500.000 SNP o incluso inferior a 100.000 SNP) e INDEL (inserciones/deleciones de inferior a 5bp; inferior a 150.000 INDEL, preferentemente inferior a 100.000) en el genoma y una baja diversidad de nucleótidos (igual o inferior a 2,3 x 10<-3>π, preferentemente inferior a 2,0 x 10<-3>π o incluso inferior a 1,5 x 10<-3>π).
[0049] "Pepino silvestre" o "pepino primitivo" se refiere aC.sativusvar.sativusque generalmente tienen rendimientos mucho más pobres y características agronómicas más pobres que las plantas cultivadas y son menos uniformes genéticamente y en sus características fisiológicas y/o morfológicas. Las plantas silvestres incluyen, por ejemplo, ecotipos, razas locales, accesiones silvestres o parientes silvestres de una especie.
[0050] "Parientes silvestres del pepino" se refiere aCucumis sativusvar.hardwickii, C. sativusvar.sikkimensis,Cucumis sativusvar.xishuangbannesis.
[0051] "Razas(s) local(es)" se refiere a cultivares primitivos deCucumis sativusvar.sativusdesarrollados en regiones geográficas locales, que a menudo muestran un alto grado de variación genética en su genoma y presentan un alto grado de variación morfológica y/o fisiológica dentro de la raza local (por ejemplo, gran variación en el tamaño del fruto, etc.), es decir, son significativamente menos uniformes que el pepino cultivado. Por lo tanto, en la presente memoria las variedades locales se incluyen en el grupo de "pepino silvestre", que es distinto del "pepino cultivado".
[0052] "Uniformidad" o "uniforme" se refiere a las características genéticas y fenotípicas de una línea o variedad vegetal. Las líneas endogámicas son genéticamente muy uniformes, dado que se producen por varias generaciones de endogamia. Asimismo, los híbridos F1 producidos a partir de estas líneas endogámicas son muy uniformes en sus características genotípicas y fenotípicas y en su rendimiento.
[0053] El término "alelo de rendimiento" o "alelo de rendimiento positivo" se refiere a un alelo encontrado en el locus de rendimientoQTL2.1y/oQTL6.1introgresado en pepino cultivado (enC.sativusvar.sativuscultivado cromosoma 2 o 6 respectivamente) a partir de un pariente silvestre del pepino. De esta manera, el término "alelo de rendimiento" también abarca los alelos de rendimiento que se pueden obtener de otras accesiones de Cucumis. Cuando uno o dos alelos de rendimiento están presentes en el locus en el genoma (es decir, en forma heterocigótica u homocigótica), la línea o variedad de la planta produce un rendimiento de frutos significativamente mayor que el control que carece del QTL, preferentemente el control genético. En las plantas de pepino cultivadas que carecen del fragmento de introgresión, el alelo deC.sativus var. sativusque se encuentra en el mismo locus en el cromosoma 2 o el cromosoma 6 se denomina en la presente memoria alelo de "tipo silvestre" (wt). Como los QTL de rendimiento son dominantes, las plantaswt/wtmuestran un rendimiento normal, mientras que las plantasQTL2.1/wtoQTL6.1/wtyQTL2.1/QTL2.1oQTL6.1/QTL6.1son plantas que poseen el fenotipo de rendimiento potenciado conferido por el alelo o alelos de rendimiento en comparación conwt/wten el locus del cromosoma 2 o 6. El genotipo de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria también es indicativo del tipo silvestre o del QTL en forma homocigótica o heterocigótica. Por ejemplo, el genotipo del SNP_01 indicativo deQTL2.1es "CT" (QTL2.1/wt) o "CC" (QTL2.1/QTL2.1), mientras que el genotipo indicativo del tipo silvestre es "TT" (wt/wt). De manera similar, el genotipo de SNP_27 indicativo deQTL6.1es 'GA' (QTL6.1/wt) o 'GG' (QTL6.1/QTL6.1), mientras que el genotipo indicativo del tipo silvestre es 'AA'.
[0054] Un elemento genético, un fragmento de introgresión o un gen o alelo que confiere un rasgo (tal como el rendimiento) se dice que es "obtenible de" o puede ser "obtenido de" o "derivable de" o puede ser "derivado de" o "como está presente en" o "como se encuentra en" una planta o semilla o tejido o célula si puede ser transferido de la planta o semilla en la que está presente a otra planta o semilla en la que no está presente (tal como una línea o variedad) usando técnicas de mejoramiento tradicionales sin que se produzca un cambio fenotípico de la planta receptora aparte de la adición del rasgo conferido por el elemento genético, locus, fragmento de introgresión, gen o alelo. Los términos se usan de manera intercambiable y el elemento genético, locus, fragmento de introgresión, gen o alelo puede de esta manera transferirse a cualquier otro antecedente genético que carezca del rasgo. No sólo pueden usarse semillas depositadas y que comprendan el elemento genético, el locus, el fragmento de introgresión, el gen o el alelo, sino también la progenie/descendientes de tales semillas que hayan sido seleccionadas para conservar el elemento genético, el locus, el fragmento de introgresión, el gen o el alelo, puede usarse y está abarcado en la presente memoria, tales como variedades comerciales desarrolladas a partir de las semillas depositadas o descendientes de las mismas. El experto puede determinar si una planta (o ADN genómico, célula o tejido de una planta) comprende el mismo elemento genético, locus, fragmento de introgresión, gen o alelo que se puede obtener a partir de las semillas depositadas usando una o más técnicas conocidas en la técnica, tales como ensayos fenotípicos, secuenciación del genoma completo, análisis de marcadores moleculares, mapeo de rasgos, pintura cromosómica, pruebas de alelismo y similares, o combinaciones de técnicas.
[0056] Una secuencia "variante" u "ortóloga", o una "variante QTL2.1" o una "variante de QTL6.1" se refiere a un QTL de rendimiento (QTL2.1 o QTL6.1), o un fragmento de introgresión que comprende el QTL, que se deriva de un pariente silvestre de la planta de pepino diferente al QTL2.1 y QTL6.1 presente en NCIMB42545, pero cuya variante comprende uno o más de los SNP vinculados a QTL2.1 o QTL6.1 y en la que la secuencia genómica variante comprende una identidad de secuencia sustancial con la SEQ ID NO: que comprende el SNP (una cualquiera de las SEQ ID NO: 1-26 vinculado a QTL2.1 y SEQ ID NO: 27-40 vinculados a QTL6.1), es decir, al menos 85 %, 90 %, 95 %, 98 %, 99 % de identidad de secuencia o más. De esta manera , cuando en la presente memoria se hace referencia a un determinado genotipo de resistencia a SNP en una secuencia genómica específica (seleccionada de SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 26 para QTL2.1 y SEQ ID NO: 27 a SEQ ID NO: 27, esta divulga también el genotipo SNP en variantes de la secuencia genómica, es decir, el genotipo SNP en una secuencia genómica que comprende al menos 85 %, 90 %, 95 %, 98 %, 99 % de identidad de secuencia o más con la secuencia mencionada (seleccionada de SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 26 para QTL2.1 y SEQ ID NO: 27 a 40 para QTL6.1). De esta manera, cualquier referencia en la presente memoria a una cualquiera de las SEQ ID NO: 1 a 40 en un aspecto también divulga una variante de una cualquiera de las SEQ ID NO: 1 a 40, comprendiendo dicha variante al menos 85 %, 90 %, 95 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia o más con dicha secuencia. Cuando se hace referencia en la presente memoria a un genotipo SNP en una posición específica, por ejemplo, en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 1, "o de una secuencia que comprende al menos 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % o 99 % de identidad de secuencia con la SEQ ID NO", esto significa que el genotipo SNP está presente en una secuencia variante en un nucleótido correspondiente al mismo nucleótido (por ejemplo, correspondiente al nucleótido 75 de SEQ ID NO: 1) en la secuencia variante, es decir, en una secuencia que comprende al menos un 90 %, un 91 %, un 92 %, un 93 %, un 94 %, un 95 %, un 96 %, un 97 %, un 98 % o un 99 % de identidad de secuencia con la mencionada SEQ ID NO. Puede ser, por ejemplo, que la secuencia variante sea uno o unos pocos nucleótidos más corta, pero cuando uno alinea por pares la secuencia variante con la SEQ ID NO mencionada, se puede ver qué nucleótido de la secuencia variante corresponde al mismo nucleótido. En la secuencia variante, este puede ser, por ejemplo, el nucleótido número 76 o 74 de esa secuencia variante que corresponde al nucleótido 75 de la secuencia mencionada.
[0057] "Rendimiento" o "rendimiento de frutos" o "rendimiento promedio" se refiere al número promedio de frutos por planta (FrPP) y/o al peso promedio de los frutos (gramos) por planta (GrPP). Esto se determina para cada línea, híbrido o variedad de planta cultivada en las mismas condiciones (por ejemplo, la línea, híbrido o variedad con el QTL y el control, por ejemplo, el control genético, sin QTL) y se calcula el FrPP y/o GrPP promedio de cada línea, híbrido o variedad. Dependiendo del tipo de pepino, el rendimiento de los frutos se mide de distintas formas. Así, por ejemplo, en los tipos que producen frutos de forma continua durante un cierto periodo de tiempo, tales como los tipos de mercado fresco (por ejemplo, los tipos de pepino largo como el pepino de invernadero europeo, los tipos mini o midi), los frutos se recolectan cuando alcanzan el tamaño comercializable y la recolección se realiza durante un periodo específico denominado "periodo de recolección" (por ejemplo, el periodo de recolección comienza cuando los primeros frutos alcanzan el tamaño comercializable y puede durar al menos 10, 11, 12 o más semanas). Así, por ejemplo, el FrPP y/o GrPP promedio por línea se mide por día y se acumula para todos los días al final del período de cosecha para calcular el FrPP y/o GrPP acumulado para cada línea o variedad (véanse también los ejemplos). "Tamaño comercializable" se refiere a los frutos que son lo suficientemente largos y lo suficientemente pesados para ser comercializados. De esta manera, los frutos de tamaño comercializable se recolectan en un momento óptimo o casi óptimo para su comercialización y venta. Para los tipos de pepinos largos, tal como el pepino de invernadero europeo, el tamaño comercializable se alcanza cuando un fruto mide al menos aproximadamente 26 o 27 cm de largo y tiene un peso mínimo de 250 gramos. Para los tipos de pepinos que se cosechan en un único momento, como los pepinos para encurtir, "rendimiento" o "rendimiento de frutos" o "rendimiento promedio" se refiere al número promedio de frutos de diámetro igual o superior a 1,5 cm por planta (FrPP) y/o al peso promedio de los frutos (gramos) de frutos de diámetro igual o superior a 1,5 cm por planta (GrPP) en un único momento de la cosecha. El momento de la cosecha se ajusta a la práctica de los agricultores y se elige para maximizar el número de frutos con un diámetro de entre 1,5 cm y 5,0 cm. Dependiendo del tamaño deseado del fruto, el momento de la cosecha se alcanza generalmente cuando aproximadamente 5 %, aproximadamente 10 %, aproximadamente 15 % o aproximadamente 20 % de los frutos tienen un tamaño excesivo (es decir, un diámetro igual o superior a 5,0 cm). La cosecha se realiza ya sea a mano o a máquina. De esta manera, en un aspecto se recolectan todos los frutos por planta y sólo se cuentan y/o pesan los que tienen un diámetro de al menos 1,5 cm (es decir, se cuentan y/o pesan todos los frutos con un diámetro de al menos 1,5 cm, incluidos los frutos de gran tamaño).
[0058] Un "aumento del rendimiento de frutos" o un "aumento significativo del rendimiento de frutos" se refiere a una línea, híbrido o variedad de planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6, que comprende QTL2.1 y/o QTL6.1, que tiene (debido al QTL) un número promedio de frutos por planta (FrPP) significativamente mayor desde el punto de vista estadístico y/o un peso promedio de los frutos por planta (GrPP) significativamente mayor en comparación con la planta de control (por ejemplo, el control genético) que carece del fragmento de introgresión en los cromosomas 2 y 6, cuando se cultiva en experimentos de rendimiento en las mismas condiciones ambientales. Preferiblemente, los ensayos se llevan a cabo en varias repeticiones (2, 3, o preferentemente 3, 4, 5, 6, 7, 8, o más) con suficientes plantas (por ejemplo, al menos 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, o más plantas por línea) que comprenden el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6 y plantas de control que carecen del fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y 6 (preferentemente controles genéticos).
[0060] "Control" es una línea de mejoramiento, híbrido o variedad de pepino cultivado que carece de los fragmentos de introgresión. "Control genético" es una línea de mejoramiento, variedad o híbrido de pepino cultivado que tiene el mismo genoma cultivado, o muy similar, que la planta de pepino que comprende la introgresión en el cromosoma 2 y/o 6, excepto que carece de las introgresiones en los cromosomas 2 y 6, es decir, los cromosomas 2 y 6 son de "tipo silvestre", es decir, genoma de pepino cultivado. Por ejemplo, las semillas depositadas bajo el número de acceso NCIMB42545 son semillas BC1S3 que comprenden QTL2.1 y QTL6.1 en forma homocigota (pero carecen de QTL2.2) en una línea de mejoramiento élite de pepino largo. Un control genético adecuado son las semillas depositadas en NCIMB42345, que carecen de QTL2.1 y QTL6.1.
[0062] El término "ensayo de marcadores" se refiere a un ensayo de marcadores moleculares que puede usarse para probar si en el cromosoma 2 y/o 6 deC. sativuscultivado var.sativus2 está presente una introgresión desde un pariente silvestre de pepino cuyo fragmento de introgresión comprende el QTL2.1 o QTL6.1 de rendimiento (o si un pariente silvestre del pepino comprende el QTL2.1 o el QTL6.1, o una variante de los mismos, en su genoma), determinando el genotipo de uno o más marcadores ligados al QTL2.1 o al QTL6.1, por ejemplo, el genotipo de uno o más marcadores SNP seleccionados de SNP_01 a SNP_26 para el QTL2.1 o el genotipo de uno o más marcadores SNP seleccionados de SNP_27 a SNP_40 para QTL6.1, y/o cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre los marcadores SNP SNP_01 y SNP_26 en el cromosoma 2 (es decir, en la región física que comienza en 5,0 Mb a 11,0 Mb del cromosoma 2) o entre SNP_27 y SNP_40 en el cromosoma 6 (es decir, en la región física que comienza en 25,0 Mb del cromosoma 6).e. en la región física que comienza en 25,0 Mb a 29,0 Mb del cromosoma 2), y/o dentro de 7cM o dentro de 5cM, 3cM, 2cM, 1cM de cualquiera de estos marcadores, y/o dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb, 0,1 Mb, 50 kB, 20 kB, 10 kB, 5 kB, 2 kB, 1 kB o menos de uno cualquiera de estos marcadores. Un marcador "entre" dos marcadores se encuentra físicamente entre los marcadores del cromosoma.
[0064] Los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria, es decir, SNP_01 a SNP_26 para el cromosoma 2 y SNP_27 a SNP_40 para el cromosoma 6, se localizan en el orden dado en el fragmento de introgresión. "Marcadores consecutivos" se refiere a marcadores en el mismo orden consecutivo, así, por ejemplo, dos marcadores consecutivos pueden ser SNP_01 y SNP_02; SNP_02 y SNP_03; SNP_03 y SNP_04, etc. y tres marcadores consecutivos pueden ser SNP_01 y SNP_02 y SNP_03; SNP_02 y SNP_03 y SNP_04; etc.
[0065] "Promedio" o "media" se refiere en la presente memoria a la media aritmética y ambos términos se usan indistintamente. El término "promedio" o "media" se refiere, de esta manera, a la media aritmética de varias mediciones. El experto entiende que el fenotipo de una línea o variedad de planta depende en cierta medida de las condiciones de cultivo y que, por lo tanto, se miden las medias aritméticas de al menos 8, 9, 10, 15, 20, 30, 40, 50 o más plantas (o partes de plantas), preferentemente en diseños experimentales aleatorizados con varias réplicas y plantas de control adecuadas cultivadas bajo las mismas condiciones en el mismo experimento. "Estadísticamente significativo" o "estadísticamente significativo" diferente o "significativamente" diferente se refiere a una característica de una línea o variedad de planta que, cuando se compara con un control adecuado, muestra una diferencia estadísticamente significativa en esa característica (por ejemplo, el valor p es menor que 0,05, p < 0,05, usando ANOVA) del (media del) control.
[0067] Un "cromosoma recombinante" se refiere a un cromosoma que tiene una nueva composición genética que surge a través del entrecruzamiento entre cromosomas homólogos, por ejemplo, un "cromosoma 2 recombinante" o un "cromosoma 6 recombinante", es decir, un cromosoma 2 o 6 que no está presente en ninguna de las plantas de progenie y surgió a través de un raro evento de doble entrecruzamiento entre cromosomas homólogos de un par de cromosomas 2 o 6. En la presente memoria, por ejemplo, se proporciona el cromosoma 2 de pepino recombinante que comprende una introgresión de un pariente silvestre de pepino, que comprende un QTL que potencia el rendimiento de los frutos y se proporciona el cromosoma 6 de pepino recombinante que comprende una introgresión de un pariente silvestre de pepino, que comprende un QTL que potencia el rendimiento de los frutos, especialmente cuando se cultiva bajo temperaturas frías. Por lo tanto, el QTL6.1 también puede denominarse QTL de tolerancia al frío, o QTL de tolerancia al enfriamiento, ya que potencia el rendimiento bajo estrés por frío.
[0068] El término "técnicas de mejoramiento tradicionales" abarca en la presente memoria cruce, retrocruzamiento, autofecundación, selección, producción de doble haploide, rescate de embriones, fusión de protoplastos, selección asistida por marcadores, mejoramiento por mutación, etc., tal como los conoce el fitomejorador (es decir, procedimientos distintos de la modificación/transformación/procedimientos transgénicos genéticos), por medio de los cuales, por ejemplo, se puede obtener, identificar y/o transferir un cromosoma 6 recombinante. "Retrocruzamiento" se refiere a un procedimiento de mejoramiento mediante el cual un rasgo (único), tal como un QTL de rendimiento, puede transferirse desde un fondo genético inferior (por ejemplo, un pepino silvestre o un pariente silvestre del pepino; también denominado "donante") a un fondo genético superior (también denominado "progenitor recurrente"), por ejemplo, un pepino cultivado." Una descendencia de un cruce (por ejemplo, una planta F1 obtenida al cruzar un pepino silvestre o un pariente silvestre del pepino con un pepino cultivado; o una planta F2 o F3, etc., obtenida mediante la autofecundación de la F1) se "retrocruza" con el progenitor con el trasfondo genético superior, por ejemplo, con el progenitor cultivado. Tras repetidos retrocruzamientos, el rasgo del fondo genético inferior se habrá incorporado al fondo genético superior.
[0069] La "selección asistida por marcadores" o "MAS" es un procedimiento en el que se usa la presencia de marcadores moleculares, que están genéticamente ligados a un locus particular o a una región cromosómica concreta (por ejemplo, un fragmento de introgresión), para seleccionar plantas por la presencia del locus o región específicos (fragmento de introgresión). Por ejemplo, un marcador molecular genética y físicamente ligado a un locus de resistencia QTL de rendimiento, puede usarse para detectar y/o seleccionar plantas de pepino que comprendan el QTL de rendimiento en el cromosoma 2 y/o 6. Cuanto más estrecho sea el enlace genético del marcador molecular con el locus (por ejemplo, aproximadamente 7 cM, 6 cM, 5 cM, 4 cM, 3 cM, 2 cM, 1 cM, 0,5 cM o menos), menos probable es que el marcador se disocia del locus mediante recombinación meiótica. Del mismo modo, cuanto más cerca estén dos marcadores entre sí (por ejemplo, dentro de 7 cM o 5 cM, 4 cM, 3 cM, 2 cM, 1 cM o menos), menos probable será que los dos marcadores se separen entre sí (y más probable será que cosegreguen como una unidad).
[0070] Un marcador "dentro de 7 cM o dentro de 5 cM, 3 cM, 2 cM, o 1 cM" de otro marcador se refiere a un marcador que mapea genéticamente dentro de la región de 7cM o 5cM, 3 cM, 2 cM, o 1 cM que flanquea al marcador (es decir, a cualquier lado del marcador). De manera similar, un marcador dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2,5 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb, 0,4 Mb, 0,3 Mb, 0,2 Mb, 0,1 Mb, 50 kB, 20 kB, 10 kB, 5 kB, 2 kB, 1 kB o menos de otro marcador se refiere a un marcador que está situado físicamente dentro de los 5 Mb, 3 Mb, 2,5 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb, 0,4 Mb, 0,3 Mb, 0,2 Mb, 0,1 Mb, 50 kB, 20 kB, 10 kB, 5 kB, 2 kB, 1 kB o menos de la región de ADN genómico que flanquea el marcador (es decir, a cada lado del marcador).
[0071] "puntuación LOD" (logaritmo (base 10) de probabilidades) se refiere a una prueba estadística usada a menudo para el análisis de ligamiento en poblaciones animales y vegetales. La puntuación LOD compara la probabilidad de obtener los datos de la prueba si los dos loci (loci de marcadores moleculares y/o un locus de rasgo fenotípico) están realmente vinculados, con la probabilidad de observar los mismos datos por puro azar. Las puntuaciones LOD positivas favorecen la presencia de enlace y una puntuación LOD superior a 3,0 se considera una prueba de enlace. Una puntuación LOD de 3 indica una probabilidad de 1000 a 1 de que el enlace observado no se haya producido por casualidad.
[0072] "Propagación vegetativa", "reproducción vegetativa" o "propagación clonal" se usan indistintamente en la presente memoria y significan el procedimiento de tomar parte de una planta y permitir que esa parte de la planta forme al menos raíces donde la parte de la planta es, por ejemplo, definida como o derivada de (por ejemplo, por corte de) hoja, polen, embrión, cotiledón, hipocótilo, células, protoplastos, célula meristemática, raíz, punta de raíz, pistilo, antera, flor, punta de brote, brote, tallo, fruto, pecíolo, etc. Cuando una planta entera se regenera por propagación vegetativa, también se denomina propagación vegetativa. En un aspecto, se incluye en la presente memoria la propagación por injerto, por ejemplo, una púa sobre un patrón.
[0073] El "cultivo celular" o "cultivo de tejidos" se refiere al cultivoin vitrode células o tejidos de una planta.
[0074] "Regeneración" se refiere al desarrollo de una planta a partir de un cultivo celular o de tejidos o de la propagación vegetativa.
[0075] Por "célula no propagadora" se entiende una célula que no puede regenerarse en una planta completa. "Transgén" o "gen quimérico" se refiere a un locus genético que comprende una secuencia de ADN, tal como un gen recombinante, que se ha introducido en el genoma de una planta mediante transformación, tal como transformación mediada porAgrobacterium. Una planta que comprende un transgén integrado de forma estable en su genoma se denomina "planta transgénica".
[0077] Una "secuencia de ácido nucleico aislada" o "ADN aislado" se refiere a una secuencia de ácido nucleico que ya no se encuentra en el entorno natural del que se aisló, por ejemplo, la secuencia de ácido nucleico en una célula hospedadora bacteriana o en el genoma nuclear o plastidial de una planta. Cuando en la presente memoria se hace referencia a una "secuencia", se entiende que se hace referencia a la molécula que tiene dicha secuencia, por ejemplo, la molécula de ácido nucleico.
[0079] Una "célula hospedadora" o una "célula hospedadora recombinante" o "célula transformada" son términos que se refieren a una nueva célula individual (u organismo) que surge como resultado de la introducción de al menos una molécula de ácido nucleico en dicha célula. La célula hospedadora es preferentemente una célula vegetal o una célula bacteriana. La célula hospedadora puede contener el ácido nucleico como una molécula de replicación extracromosómica (episomal), o comprende el ácido nucleico integrado en el genoma nuclear o plastidial de la célula hospedadora, o como cromosoma introducido, por ejemplo, minicromosoma.
[0081] La "identidad de secuencia" y la "similitud de secuencia" pueden determinarse por medio de la alineación de dos secuencias peptídicas o nucleotídicas mediante el uso de algoritmos de alineación global o local. Las secuencias pueden entonces denominarse como "sustancialmente idénticas" o "esencialmente similares" cuando se alinean de forma óptima mediante por ejemplo los programas GAP o BESTFIT o el programa Emboss "Needle" (usando parámetros por defecto, véase más adelante) comparten al menos un determinado porcentaje mínimo de identidad de secuencia (como se define más adelante). Estos programas usan el algoritmo de alineación global de Needleman y Wunsch para alinear dos secuencias a lo largo de toda su longitud, maximizando el número de coincidencias y minimizando el número de brechas. En general, se usan parámetros por defecto, con una penalización de creación de brecha = 10 y una penalización de extensión de brecha = 0,5 (tanto para los alineamientos de nucleótidos como de proteínas). Para los nucleótidos la matriz de puntuación por defecto usada es DNAFULL y para las proteínas la matriz de puntuación por defecto es Blosum62 (Henikoff & Henikoff, 1992, PNAS 89, 10915-10919). Los alineamientos de secuencias y las puntuaciones de los porcentajes de identidad de secuencias pueden determinarse, por ejemplo, mediante programas informáticos, tales como EMBOSS, disponible en la red mundial en ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_needle/). Alternativamente, la similitud o identidad de la secuencia puede determinarse mediante la búsqueda en bases de datos tales como FASTA, BLAST, etc., pero los resultados deben recuperarse y alinearse por pares para comparar la identidad de la secuencia. Dos proteínas o dos dominios proteicos, o dos secuencias de ácido nucleico tienen "identidad de secuencia sustancial" si el porcentaje de identidad de secuencia es al menos del 85 %, 90 %, 95 %, 98 %, 99 % o más (por ejemplo, al menos 99,1, 99,299,399,4, 99,5, 99,6, 99,7, 99,8, 99,9 o más (según lo determinado por Emboss "needle" usando parámetros por defecto, es decir, penalización por creación de brecha = 10, penalización por extensión de brecha = 0,5, usando la matriz de puntuación DNAFULL para ácidos nucleicos y Blosum62 para proteínas).
[0082] Cuando se indica que una secuencia de ácido nucleico (por ejemplo, ADN o ADN genómico) tiene una "identidad de secuencia sustancial con" una secuencia de referencia o tiene una identidad de secuencia de al menos un 80 %, por ejemplo, al menos un 85 %, un 90 %, un 95 %, un 98 %, un 99 %, un 99 % de identidad de secuencia de ácido nucleico con una secuencia de referencia, en una realización, dicha secuencia de nucleótidos se considera sustancialmente idéntica a la secuencia de nucleótidos dada y puede identificarse mediante el uso de condiciones de hibridación rigurosas. En otra realización, la secuencia de ácido nucleico comprende una o más mutaciones en comparación con la secuencia de nucleótidos dada, pero puede seguir siendo identificada usando condiciones de hibridación rigurosas.
[0084] Las "condiciones estrictas de hibridación" pueden usarse para identificar secuencias de nucleótidos que son sustancialmente idénticas a una secuencia de nucleótidos determinada. Las condiciones estrictas dependen de la secuencia y serán diferentes en distintas circunstancias. Por lo general, las condiciones rigurosas se seleccionan para que sean aproximadamente 5 °C inferiores al punto de fusión térmica (Tm) para las secuencias específicas a una fuerza iónica y un pH definidos. La Tm es la temperatura (con una fuerza iónica y un pH definidos) a la que el 50 % de la secuencia diana se hibrida con una sonda perfectamente adaptada. Por lo general, se elegirán condiciones rigurosas en las que la concentración de sal sea de aproximadamente 0,02 molar a pH 7 y la temperatura sea de al menos 60 °C. La reducción de la concentración de sal y/o el aumento de la temperatura aumentan la rigurosidad. Las condiciones rigurosas para las hibridaciones de ARN-ADN (transferencias Northern usando una sonda, por ejemplo, de 100 nt) son, por ejemplo, las que incluyen al menos un lavado en 0,2X SSC a 63 °C durante 20 minutos o condiciones equivalentes. Las condiciones rigurosas para la hibridación de ADN-ADN (transferencias Southern usando una sonda, por ejemplo, de 100 nt) son, por ejemplo, las que incluyen al menos un lavado (normalmente 2) en 0,2X SSC a una temperatura de al menos 50 °C, de modo habitual aproximadamente 55 °C, durante 20 min o condiciones equivalentes. Véase también Sambrooket al.(1989) y Sambrook and Russell (2001).
[0086] "Mapeo fino" se refiere a procedimientos por medio de los cuales la posición de un QTL puede determinarse con mayor precisión (estrechamiento) y por medio de los cuales se reduce el tamaño del fragmento de introgresión que comprende el QTL. Por ejemplo, se pueden hacer líneas isogénicas cercanas para el QTL (QTL-NILs), que contienen diferentes fragmentos superpuestos del fragmento de introgresión dentro de un fondo genético por lo demás uniforme del progenitor recurrente. Tales líneas se pueden usar luego para mapear en qué fragmento se encuentra el QTL e identificar una línea que tenga un fragmento de introgresión más corto que comprenda el QTL.
[0087] Descripción detallada
[0088] La presente invención se refiere a una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativus, como se establece en las reivindicaciones adjuntas, que comprende uno o dos QTL de rendimiento, en el cromosoma 2 y en un aspecto además en el cromosoma 6, introgresados de un pariente silvestre de pepino. De esta manera, el aumento de rendimiento se confiere mediante un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 del pepino cultivado (que comprende QTL2.1 o una variante del mismo) y, en un aspecto, además en el cromosoma 6 (que comprende QTL6.1 o una variante del mismo), en el que dicho fragmento de introgresión procede de un pariente silvestre del pepino. Se observa que los QTL2.1 y QTL6.1 potencian la producción de frutos por sí solos, pero también pueden combinarse en una misma planta. El apilamiento de ambos QTL es una ventaja, ya que juntos garantizan que el aumento del rendimiento se consiga en diferentes condiciones de cultivo. Cuando se hace referencia en la presente memoria a un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 que comprende un QTL de rendimiento positivo, esto abarca diversos tamaños de fragmentos de introgresión, por ejemplo, el fragmento encontrado en NCIMB42545 que comprende el genotipo SNP del pariente silvestre del pepino para todos los marcadores SNP (SNP_01 a SNP_26 para el fragmento en el cromosoma 2), pero también fragmentos de introgresión más pequeños (que comprenden el genotipo SNP del pariente silvestre del pepino para menos de los 26 marcadores SNP, como solo, por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24 o 25 de los marcadores SNP), donde sin embargo el fragmento conserva el QTL2.1 o una variante del mismo, es decir sigue potenciando un rendimiento significativamente mayor (en comparación con el control, por ejemplo, el control genético) cuando el fragmento de introgresión se encuentra en forma heterocigótica u homocigótica en el genoma del pepino cultivado.
[0089] De esta manera, en un aspecto se proporciona una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre de pepino, en el que el fragmento de introgresión comprende QTL2.1, o una variante del mismo, y en el que el fragmento de introgresión comprende la totalidad o parte de la región que comienza en el nucleótido (o base) 5.502.468 del cromosoma 2 y termina en el nucleótido (o base) 10.882.440 del cromosoma 2. En otras palabras, toda o parte de la región que comienza en el nucleótido 5.502.468 del cromosoma 2 y termina en el nucleótido 10.882.440 del cromosoma 2 es, en un aspecto, de un pariente silvestre del pepino y comprende el QTL2.1 o una variante del mismo. La subregión que contiene el QTL2.1 puede identificarse, por ejemplo, mediante un mapeo fino. Así, por ejemplo, si se encuentra que el QTL2.1 está entre el SNP_01 y el SNP_10, entonces la planta de la invención sólo necesita comprender la región de introgresión que comienza en el nucleótido 5.502.468 del cromosoma 2 (SNP_01) y termina en el nucleótido 7.509.399 (SNP_10) del cromosoma 2.
[0090] En un aspecto, como se establece en las reivindicaciones anexas, el QTL2.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_01 en SEQ ID NO: 1 (o una secuencia variante de la SEQ ID NO: 1) y marcador SNP SNP_26 en SEQ ID NO: 26 (o una secuencia variante de la SEQ ID NO: 26). En otro aspecto, el QTL2.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_01 en SEQ ID NO: 1 (o una secuencia variante de la SEQ ID NO: 1) y marcador SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o una secuencia variante de la SEQ ID NO: 10). En un aspecto adicional, el QTL2.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_10 de SEQ ID NO: 10 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 10) y marcador SNP SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 20). En un aspecto adicional, el QTL2.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_20 de SEQ ID NO: 20 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 20) y marcador SNP SNP_26 en SEQ ID NO: 26 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 26). En otro aspecto adicional, el QTL2.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_06 de SEQ ID NO: 06 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 06) y marcador SNP SNP_23 en SEQ ID NO: 23 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 23).
[0091] En otro aspecto, el fragmento de introgresión de la invención (que comprende QTL2.1.1 o una variante del mismo) es un fragmento que comprende un fragmento más pequeño (parte) de la región que comienza en 5.502.468 bp y termina en 10.882.440 bp del cromosoma 2, por ejemplo, que tiene un tamaño de, por ejemplo, 5,0 Mb, 4,0 Mb, 3,0 Mb, 2,5 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb, 100 kB, 50 kB, 35 kB, 30 kB, 20 kB o menos y que comprende el QTL o una variante del mismo. En un aspecto, la parte tiene un tamaño de al menos 5 kB, 10 kB, 20 kB o más. El fragmento más pequeño conserva el QTL2.1, es decir, el fragmento más pequeño confiere un aumento del rendimiento de los frutos de pepino, por ejemplo, como se describe para el fragmento de introgresión completo.
[0092] En un aspecto descrito en la presente memoria, la planta de pepino cultivada comprende un fragmento de introgresión a partir de un pepino silvestre o un pariente silvestre de pepino, cuyo fragmento de introgresión comprende QTL2.1 o una variante del mismo, en el que el fragmento de introgresión comprende toda o parte de la región que comienza en 5,5 Mb y termina en 10,9 Mb del cromosoma físico 2; en otro aspecto descrito en la presente memoria que comienza en 5,0 Mb y termina en 10,89 Mb.
[0093] En un aspecto, el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 que comprende QTL2.1 se puede obtener cruzando una planta cultivada a partir de NCIMB42545 con otra planta de pepino, especialmente una planta de pepino cultivada, en un aspecto un tipo de pepino largo.
[0094] Durante el programa de mapeo de QTL, el QTL2.1 no se reconoció inicialmente, ya que otro QTL cercano al QTL2.1 en el cromosoma 2 tenía un efecto negativo sobre el peso promedio de los frutos por planta, y el pico de ambos QTL estaba tan cerca el uno del otro que la separación de uno del otro no parecía posible (véase la Figura 1). Sin embargo, esta región negativa del fragmento de introgresión en el cromosoma podría sorprendentemente eliminarse por recombinación, es decir, eliminando partes de la región del pariente silvestre del pepino más corriente abajo del SNP_26. De esta manera, en un aspecto, la región cromosómica entre SNP_26 (posición física base 10.882.440) y el final del cromosoma 2 (es decir, hasta la base 23.174.625) no comprende un QTL de rendimiento negativo (QTL2.2) que redujo la longitud del fruto del pariente silvestre del pepino y es preferentemente genoma de pepino cultivado. De esta manera, la presente invención proporciona plantas que comprenden QTL2.1, que han potenciado el rendimiento acumulativo de frutos en comparación con el control genético (que carece de QTL2.1) sin reducir la longitud promedio de los frutos, es decir, la longitud promedio de los frutos no es diferente de la longitud promedio de los frutos del control genético.
[0095] Cuando se hace referencia en la presente memoria a un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 que tiene un QTL de rendimiento, esto abarca diversos tamaños de fragmentos de introgresión, por ejemplo el fragmento encontrado en NCIMB42545 que comprende el genotipo SNP del pariente de pepino silvestre para todos los marcadores SNP (SNP_27 a SNP_40, o cualquier marcador entre estos, para el fragmento en el cromosoma 6), pero también fragmentos de introgresión más pequeños (que comprenden el genotipo SNP del pariente de pepino silvestre para menos de estos 14 marcadores SNP, como solo por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12 o 13 de los marcadores SNP), donde, sin embargo, el fragmento conserva el QTL6.1 o una variante del mismo, es decir, sigue confiriendo un rendimiento potenciado significativamente (en comparación con el control, por ejemplo, el control genético) cuando el fragmento de introgresión está en forma heterocigota u homocigota en el genoma del pepino cultivado.
[0096] De esta manera, en un aspecto, como se establece en las reivindicaciones adjuntas, se proporciona una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre de pepino, en la que el fragmento de introgresión comprende QTL2.1 y además QTL6.1, o una variante de los mismos, y en la que el fragmento de introgresión comprende la totalidad o parte de la región que comienza en el nucleótido (o base) 25.519.964 del cromosoma 6 y termina en el nucleótido (o base) 28.300.913 del cromosoma 6. En otras palabras, toda o parte de la región que comienza en el nucleótido 25.519.964 del cromosoma 6 y termina en el nucleótido 28.300.913 del cromosoma 6 es, en un aspecto, de un pariente silvestre del pepino y comprende el QTL6.1 o una variante del mismo. La subregión que contiene el QTL6.1 puede identificarse, por ejemplo, mediante un mapeo fino. Así, por ejemplo, si se encuentra que el QTL6.1 está entre el SNP_27 y el SNP_33, entonces la planta de la invención sólo necesita comprender la región de introgresión que comienza en el nucleótido 25.519.964 del cromosoma 6 (SNP_27) y termina en el nucleótido 26.501.889 (SNP_33) del cromosoma 6.
[0097] En un aspecto el QTL6.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_27 en SEQ ID NO: 27 (o una variante de la SEQ ID NO: 27) y marcador SNP SNP_40 en SEQ ID NO: 40 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 40). En otro aspecto, el QTL6.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_27 en SEQ ID NO: 27 (o en una variante de la SEQ ID NO: 27) y marcador SNP SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 33). En otro aspecto más, el QTL6.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_33 de SEQ ID NO: 33 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 33) y marcador SNP SNP_40 en SEQ ID NO: 40 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 40). En otro aspecto, el QTL6.1 (o una variante del mismo) está situado entre el marcador SNP_29 de SEQ ID NO: 29 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 29) y marcador SNP SNP_38 en SEQ ID NO: 38 (o en una secuencia variante de la SEQ ID NO: 38).
[0098] En otro aspecto, el fragmento de introgresión de la invención (que comprende QTL6.1 o una variante del mismo) es un fragmento que comprende un fragmento más pequeño (parte) de la región que comienza en 25.519.964 bp y termina en 28.300.913 bp del cromosoma 6, por ejemplo, que tiene un tamaño de, por ejemplo, 2,8 Mb, 1,9 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb, 100 kB, 50 kB, 35 kB, 30 kB, 20 kB o menos y que comprende el QTL o una variante del mismo. En un aspecto, la parte tiene un tamaño de al menos 5 kB, 10 kB, 20 kB o más. El fragmento más pequeño conserva el QTL6.1, es decir, el fragmento más pequeño confiere un aumento del rendimiento de los frutos de pepino, por ejemplo, como se describe para el fragmento de introgresión completo.
[0099] En un aspecto descrito en la presente memoria, la planta de pepino cultivada comprende un fragmento de introgresión de un pepino silvestre o un pariente silvestre de pepino, cuyo fragmento de introgresión comprende QTL6.1 o una variante del mismo, en el que el fragmento de introgresión comprende toda o parte de la región que comienza en 26 Mb y termina en 28,5 Mb o al final del cromosoma físico 6, es decir, en 29,07 Mb; en otro aspecto descrito en la presente memoria que comienza en 25,6 Mb y termina en 28,5 Mb o al final del cromosoma 6.
[0100] En un aspecto, el fragmento de introgresión en el cromosoma 6 que comprende QTL6.1 se puede obtener cruzando una planta cultivada a partir de NCIMB42545 con otra planta de pepino, especialmente una planta de pepino cultivada, en un aspecto un tipo de pepino largo.
[0101] Cuando se hace referencia a los marcadores SNP de la presente memoria, que son indicativos de la presencia del fragmento de introgresión en el cromosoma 2 o 6 (y cualquiera de los QTL de aumento del rendimiento presentes en el fragmento de introgresión), se entiende que se hace referencia al genotipo SNP que es indicativo del fragmento de introgresión, es decir, el genotipo SNP como se proporciona en la tabla 7 de la presente memoria a continuación para el cromosoma 2 y en la tabla 8 para el cromosoma 6. Se observa que el genotipo del marcador SNP puede distinguir entre el fragmento de introgresión que se encuentra en forma homocigótica o heterocigótica, como se muestra en la tabla. En la forma homocigótica el nucleótido es idéntico, mientras que en la forma heterocigótica el nucleótido no es idéntico. El genotipo SNP del cromosoma ‘tipo silvestre’ que carece del fragmento de introgresión es el otro genotipo, que también figura en las tablas 7 y 8 (bajo genotipo del progenitor recurrente). Así, por ejemplo, el genotipo del SNP_01 indicativo del fragmento de introgresión que comprende el QTL2.1 es "CC" (QTL2.1/QTL2.1) o "CT" (QTL2.1/wt)mientras que el genotipo SNP indicativo del tipo silvestre / control genético / control (carente del fragmento de introgresión) es 'TT' (wt/wt). De esta manera, cuando se hace referencia a una planta o parte de planta (por ejemplo, célula) que comprende el fragmento de introgresión en forma homocigótica o heterocigótica, se entiende que los marcadores SNP vinculados al fragmento de introgresión tienen el genotipo SNP correspondiente.
[0102] Así, en un aspecto, se proporciona una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y, en un aspecto, además un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 en forma homocigótica o heterocigótica, en el que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino en comparación con la planta de pepino que carece del fragmento de introgresión en los cromosomas 2 y 6, por ejemplo, el control genético o la variedad de control, cuando se cultiva en las mismas condiciones.
[0103] El aumento en el rendimiento de frutos de pepino se expresa fenotípicamente como un número promedio (estadísticamente) significativamente mayor de frutos por planta (FrPP) de la línea o variedad de planta de pepino cultivada que comprende el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6 en forma homocigótica o heterocigótica en comparación con la línea o variedad de control que carece del fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y 6 (por ejemplo, el control genético) cuando se cultiva en el mismo entorno y/o un peso promedio de los frutos por planta (GrPP) significativamente mayor de la línea o variedad vegetal que comprende el fragmento de introgresión en comparación con la línea o variedad de control genético que carece del fragmento de introgresión cuando se cultiva en el mismo entorno.
[0104] El rendimiento de frutos (FrPP y/o GrPP promedio total) es preferentemente en la planta de pepino que comprende QTL2.1 (o una variante) y/o QTL6.1 (o una variante) al menos un 3 %, 4 %, 5 %, 6 %, 7 %, 8 %, 9 %, 10 %, 11 %, 12 %, 13 %, 14 %, 15 % mayor que en el control, preferentemente que en el control genético, cuando se cultiva en el mismo entorno.
[0105] Las plantas de la invención, por lo tanto, comprenden un genoma de pepino cultivado, con al menos uno o dos cromosomas recombinantes 2 (es decir, heterocigotos u homocigotos) y en un aspecto además, como se establece en las reivindicaciones anexas, con al menos uno o dos cromosomas 6 recombinantes (es decir, heterocigotos u homocigotos). Los cromosomas recombinantes comprenden un fragmento de un pariente silvestre del pepino, que es fácilmente distinguible del genoma del pepino cultivado mediante análisis de marcadores moleculares, secuenciación del genoma completo, pintura cromosómica y técnicas similares. En un aspecto, el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 procede de un pariente silvestre de pepino, comprende el QTL2.1 de rendimiento positivo, o una variante del mismo, y comprende toda o parte de la región que comienza en el nucleótido 5.502.468 y termina en el nucleótido 10.882.440 del cromosoma. De esta manera, el fragmento de introgresión comprende el QTL2.1 de rendimiento o una variante del mismo y uno o más o todos (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26) los marcadores SNP del pariente silvestre del pepino seleccionados de SNP_01 a SNP_26 como se muestra en la tabla 7.
[0106] En un aspecto, el fragmento de introgresión en el cromosoma 6 procede de un pariente silvestre de pepino, comprende el QTL6.1 de rendimiento positivo, o una variante del mismo, y comprende toda o parte de la región que comienza en el nucleótido 25.519.964 y termina en el nucleótido 28.300.913 del cromosoma. De esta manera, el fragmento de introgresión comprende el QTL6.1 de rendimiento o una variante del mismo y uno o más o todos los marcadores SNP (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14) del pariente silvestre del pepino seleccionados de SNP_27 a SNP_40.
[0107] En un aspecto, la presencia del fragmento de introgresión en los cromosomas 2 o 6 en el genoma de la planta o célula vegetal o tejido vegetal (o en el ADN extraído del mismo) es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecta uno o más marcadores moleculares del fragmento de introgresión. Sin embargo, como se ha mencionado, pueden usarse otras técnicas, por ejemplo, el genotipo SNP de los marcadores también puede determinarse mediante secuenciación o usando marcadores alternativos situados entre los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria o dentro de 7 cM, o dentro de 5 cM, de un marcador proporcionado en la presente memoria; o dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2,5 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb, 0,4 Mb, 0,3 Mb, 0,2 Mb, 0,1 Mb, 50 kB, 20 kB, 10 kB, 5 kB, 2 kB, 1 kB o menos de un marcador proporcionado en la presente memoria.
[0108] Cuando en la presente memoria se hace referencia a que uno o más marcadores moleculares pueden "detectarse" mediante un ensayo de marcadores moleculares, esto significa, por supuesto, que la planta o parte de la planta comprende el uno o más marcadores en su genoma, ya que, de otro modo, el marcador no podría detectarse.
[0109] Plantas de pepino con un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 (QTL 2.1 de rendimiento) QTL2.1 está situado en la región comprendida entre SNP_01 en SEQ ID NO: 1 (o una variante del mismo) y SNP_26 en SEQ ID NO: 26 (o una variante del mismo).
[0110] Por lo tanto, en un aspecto, como se establece en las reivindicaciones adjuntas, se proporciona una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 en forma homocigótica o heterocigótica, en el que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento del fruto del pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares (es decir, la planta comprende uno o más marcadores moleculares) que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 o 26 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0111] a) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_01 en SEQ ID NO: 1;
[0112] b) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_02 en SEQ ID NO: 2;
[0113] c) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_03 en SEQ ID NO: 3;
[0114] d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_04 en SEQ ID NO: 4;
[0115] e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_05 en SEQ ID NO: 5;
[0116] f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_06 en SEQ ID NO: 6;
[0117] g) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_07 en SEQ ID NO: 7;
[0118] h) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_08 en SEQ ID NO: 8;
[0119] i) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_09 en SEQ ID NO: 9;
[0120] j) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10;
[0121] k) el genotipo GG o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_11 en SEQ ID NO: 11;
[0122] l) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_12 en SEQ ID NO: 12;
[0123] m) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_13 en SEQ ID NO: 13;
[0124] n) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_14 en SEQ ID NO: 14;
[0125] o) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_15 en SEQ ID NO: 15;
[0126] p) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_16 en SEQ ID NO: 16;
[0127] q) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_17 en SEQ ID NO: 17;
[0128] r) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_18 en SEQ ID NO: 18;
[0129] s) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_19 en SEQ ID NO: 19;
[0130] t) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20;
[0131] u) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_21 en SEQ ID NO: 21;
[0132] v) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_22 en SEQ ID NO: 22;
[0133] w) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_23 en SEQ ID NO: 23;
[0134] x) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_24 en SEQ ID NO: 24;
[0135] y) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_25 en SEQ ID NO: 25;
[0136] z) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_26 en SEQ ID NO: 26.
[0137] Como se ha mencionado anteriormente, cuando se hace referencia a un SNP en una secuencia variante, dicha secuencia variante comprende al menos un 85 % de identidad de secuencia con la secuencia mencionada. En un aspecto, dicho al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 o 26 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores a) a z). En un aspecto, dicho al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 o 26 marcadores son marcadores consecutivos. Como se ha mencionado, el experto también puede desarrollar otros marcadores moleculares, por ejemplo, un marcador específico del genoma silvestre del pepino entre el marcador SNP_01 y SNP_26 y/o dentro de 7 cM o dentro de 5 cM de cualquiera de SNP _01 a SNP_26, y/o dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2,5 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb, 0,4 Mb, 0,3 Mb, 0,2 Mb, 0,1 Mb, 50 kB, 20 kB, 10 kB, 5 kB o menos de uno cualquiera de los SNP _01 a SNP_26. Tales marcadores también pueden ser un tramo de nucleótidos, marcadores CAPS, INDEL, etc. El experto puede, por ejemplo, secuenciar el fragmento de introgresión encontrado en las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545 y usar la información de la secuencia para desarrollar nuevos marcadores y ensayos de marcadores.
[0138] En otro aspecto descrito en la presente memoria, QTL2.1 está situado en la región entre SNP_01 en SEQ ID NO: 1 (o una variante del mismo) y SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o una variante del mismo).
[0139] De esta manera, en otro aspecto descrito en la presente memoria se describe una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 en forma homocigótica o heterocigótica, en la que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0140] a) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_01 en SEQ ID NO: 1 (o en una variante del mismo).
[0141] b) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_02 en SEQ ID NO: 2 (o en una variante del mismo).
[0142] c) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_03 en SEQ ID NO: 3 (o en una variante del mismo).
[0143] d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_04 en SEQ ID NO: 4 (o en una variante del mismo).
[0144] e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_05 en SEQ ID NO: 5 (o en una variante del mismo).
[0145] f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_06 en SEQ ID NO: 6 (o en una variante del mismo).
[0146] g) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_07 en SEQ ID NO: 7 (o en una variante del mismo).
[0147] h) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_08 en SEQ ID NO: 8 (o en una variante del mismo).
[0148] i) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_09 en SEQ ID NO: 9 (o en una variante del mismo).
[0149] j) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o en una variante del mismo).
[0150] k) cualquier pariente silvestre del pepino con marcador específico del genoma entre el marcador SNP_01 y SNP_10.
[0151] En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores a) a j). En un aspecto, dicho al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9 o 10 marcadores son marcadores consecutivos.
[0152] En otro aspecto más descrito en la presente memoria, QTL2.1 está situado en la región entre SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o una variante del mismo) y SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o una variante del mismo).
[0153] Por lo tanto, en un aspecto diferente descrito en la presente memoria se describe una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 en forma homocigótica o heterocigótica, en el que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 u 11 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0154] 1) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o en una variante del mismo).
[0155] 2) el genotipo GG o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_11 en SEQ ID NO: 11 (o en una variante del mismo).
[0156] 3) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_12 en SEQ ID NO: 12 (o en una variante del mismo).
[0157] 4) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_13 en SEQ ID NO: 13 (o en una variante del mismo).
[0158] 5) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_14 en SEQ ID NO: 14 (o en una variante del mismo).
[0159] 6) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_15 en SEQ ID NO: 15 (o en una variante del mismo).
[0160] 7) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_16 en SEQ ID NO: 16 (o en una variante del mismo).
[0161] 8) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_17 en SEQ ID NO: 17 (o en una variante del mismo).
[0162] 9) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_18 en SEQ ID NO: 18 (o en una variante del mismo).
[0163] 10) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_19 en SEQ ID NO: 19 (o en una variante del mismo).
[0164] 11) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o en una variante del mismo).
[0165] 12 ) cualquier pariente silvestre del pepino con un marcador específico del genoma entre el marcador SNP_10 y el SNP_20
[0166] En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 u 11 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores 1) a 11). En un aspecto, dicho al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 u 11 marcadores son marcadores consecutivos.
[0167] En otro aspecto descrito en la presente memoria, QTL2.1 está situado en la región entre SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o en una variante del mismo) y SNP_26 en SEQ ID NO: 26 (o una variante del mismo).
[0168] Por lo tanto, en un aspecto adicional descrito en la presente memoria, se describe una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 en forma homocigótica o heterocigótica, en la que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento del fruto de pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7 u 8 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0169] 1) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o en una variante del mismo).
[0170] 2) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_21 en SEQ ID NO: 21 (o en una variante del mismo).
[0171] 3) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_22 en SEQ ID NO: 22 (o en una variante del mismo).
[0172] 4) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_23 en SEQ ID NO: 23 (o en una variante del mismo).
[0173] 5) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_24 en SEQ ID NO: 24 (o en una variante del mismo).
[0174] 6) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_25 en SEQ ID NO: 25 (o en una variante del mismo).
[0175] 7) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_26 en SEQ ID NO: 26 (o en una variante del mismo).
[0176] 8 ) cualquier pariente silvestre del pepino con un marcador específico del genoma entre el marcador SNP_20 y el SNP_26
[0177] En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7 u 8 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores 1) a 7). En un aspecto, dicho al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7 u 8 marcadores son marcadores consecutivos.
[0178] En incluso otro aspecto descrito en la presente memoria, QTL2.1 está situado en la región entre SNP_06 en SEQ ID NO: 06 (o en una variante del mismo) y SNP_23 en SEQ ID NO: 23 (o una variante del mismo). De esta manera, en otra realización descrita en la presente memoria se describe una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 en forma homocigótica o heterocigótica, en la que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento del fruto de pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 o 18 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0179] 1) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_06 en SEQ ID NO: 6 (o en una variante del mismo).
[0180] 2) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_07 en SEQ ID NO: 7 (o en una variante del mismo).
[0181] 3) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_08 en SEQ ID NO: 8 (o en una variante del mismo).
[0182] 4) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_09 en SEQ ID NO: 9 (o en una variante del mismo).
[0183] 5) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o en una variante del mismo).
[0184] 6) el genotipo GG o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_11 en SEQ ID NO: 11 (o en una variante del mismo).
[0185] 7) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_12 en SEQ ID NO: 12 (o en una variante del mismo).
[0186] 8) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_13 en SEQ ID NO: 13 (o en una variante del mismo).
[0187] 9) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_14 en SEQ ID NO: 14 (o en una variante del mismo).
[0188] 10) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_15 en SEQ ID NO: 15 (o en una variante del mismo).
[0189] 11) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_16 en SEQ ID NO: 16 (o en una variante del mismo).
[0190] 12) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_17 en SEQ ID NO: 17 (o en una variante del mismo).
[0191] 13) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_18 en SEQ ID NO: 18 (o en una variante del mismo).
[0192] 14) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_19 en SEQ ID NO: 19 (o en una variante del mismo).
[0193] 15) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o en una variante del mismo).
[0194] 16) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_21 en SEQ ID NO: 21 (o en una variante del mismo).
[0195] 17) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_22 en SEQ ID NO: 22 (o en una variante del mismo).
[0196] 18) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_23 en SEQ ID NO: 23 (o en una variante del mismo).
[0197] 19 ) cualquier pariente silvestre del pepino con un marcador específico del genoma entre el marcador SNP_06 y el SNP_23
[0198] En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 o 18 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores 1) a 18). En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17 o 18 marcadores son marcadores consecutivos.
[0199] El fragmento de introgresión que comprende el QTL puede, de esta manera, ser grande (comprendiendo SNP_01 a SNP_26), o puede ser más pequeño y carecer de marcadores, pero aún puede conferir rendimiento potenciado en la planta de pepino cultivada, es decir, aún puede comprender el alelo de rendimiento (QTL2.1 o una variante). Estos fragmentos de introgresión más pequeños son una realización de la invención. Las plantas con fragmentos de introgresión más pequeños que aún confieren el rendimiento potenciado (es decir, que contienen el alelo de rendimiento) pueden generarse mediante técnicas conocidas, tales como el mapeo fino o técnicas similares. Por ejemplo, comenzando con una planta que comprenda el fragmento de introgresión tal como se encuentra en las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB 42545 y cruzando dicha planta con otra planta de pepino cultivada y autofecundando la progenie de dicho cruce, y/o retrocruzando la progenie, para generar una población de plantas que contendrá recombinantes que tengan un fragmento de introgresión más pequeño en el cromosoma 2, cuyos fragmentos sigan confiriendo un rendimiento potenciado en relación con una planta que carezca del fragmento de introgresión (tal como el control genético, por ejemplo plantas cultivadas a partir de semillas depositadas en el NCIMB42345), por ejemplo, un fragmento que comprenda el genotipo relativo silvestre de los marcadores SNP_01 a SNP_10 (o más pequeño, por ejemplo, que comprenda sólo 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 de los marcadores SNP), SNP_10 a SNP_20 (o más pequeño, por ejemplo, que comprenda sólo 10, 9, 8, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 de los marcadores SNP).SNP_20 a SNP_26 (o más pequeño, por ejemplo, que comprenda sólo 7, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 de los marcadores SNP) o SNP_06 a SNP_23 (o más pequeño, por ejemplo, que comprenda sólo 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 de los marcadores SNP). Los ensayos de marcadores pueden usarse para seleccionar recombinantes y determinar el tamaño del fragmento de introgresión más pequeño. Pueden faltar uno o más marcadores SNP o el genotipo silvestre-relativo. A continuación, se detecta el genotipo de pepino cultivado para el marcador SNP. El rendimiento de las plantas que comprenden dicho fragmento de introgresión más pequeño puede entonces compararse en experimentos de rendimiento como los descritos en la presente memoria, es decir, cultivando una pluralidad de plantas que comprenden el fragmento de introgresión más pequeño en experimentos de campo junto con plantas de control adecuadas, carentes del fragmento de introgresión. Las plantas de control son preferentemente un control genético, tal como NCIMB42345. Si el rendimiento promedio sigue siendo significativamente mayor que en el control, entonces el fragmento de introgresión más pequeño ha retenido el QTL2.1.
[0201] Alternativamente, el mismo QTL o QTL variante (QTL2.1 o QTL2.1 variante) puede introgresarse de un pariente silvestre diferente de pepino, por lo que opcionalmente no todos los marcadores SNP divulgados en la presente memoria están presentes. Tales fuentes alternativas de parientes silvestres del pepino pueden identificarse usando los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria, mediante el cribado de germoplasma (es decir accesiones de) parientes silvestres de pepino usando un ensayo de marcadores para detectar el genotipo de los marcadores SNP_01 a SNP_26, o de los marcadores SNP_01 a SNP_10, SNP_10 a SNP_20, SNP_20 a SNP_26, o SNP_06 a SNP_23, o incluso sólo un subgrupo más pequeño de estos marcadores (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, o más). Las plantas que comprenden el mismo QTL2.1 o una variante procedente de otras fuentes son también una realización de la invención. Siempre que al menos uno o más (o todos) de los SNP del SNP_01 al SNP_26, o de los SNP del SNP_01 al SNP_10, o de los SNP del SNP_10 al SNP_20, o de los SNP del SNP_20 al SNP_26, o de los SNP del SNP_06 al SNP_23 estén presentes, y la planta tenga el genotipo de aumento del rendimiento, es decir, la planta comprenda el QTL2.1 (o una variante del mismo). El experto puede entonces introgresar el QTL2.1 (o una variante del mismo) en pepino cultivado con el fin de potenciar el rendimiento de los frutos como se describe en la presente memoria y con el fin de confirmar que el QTL potencia el rendimiento cuando está presente en el pepino cultivado. Por ejemplo, el QTL2.1 puede introgresarse en una línea o variedad de mejoramiento específica y la línea o variedad sin la introgresión puede usarse como control genético en los ensayos de rendimiento.
[0203] Como se ha descrito anteriormente, en una realización la planta de pepino cultivada de la invención comprende un fragmento de introgresión que comprende al menos un subconjunto de marcadores SNP con el genotipo del pariente silvestre de pepino, es decir, al menos 1, 2, 3, 4, o 5 marcadores de SNP_01 a SNP_26, o de SNP_01 a SNP_10, o de SNP_10 a SNP_20, o de SNP_20 a SNP_26, o de SNP_06 a SNP_23. En un aspecto, la planta de pepino cultivada comprende todos, o todos excepto 1 o 2 marcadores de SNP _01 a SNP_26, o de SNP _01 a SNP_10, o de SNP_10 a SNP_20, o de SNP_20 a SNP_26, o de SNP_06 a SNP_23.
[0205] De esta manera, el fragmento de introgresión (y una planta de pepino cultivada o parte de planta, por ejemplo, una célula, que comprende el fragmento de introgresión) puede detectarse en un ensayo de marcadores detectando el genotipo SNP del fragmento de introgresión (es decir, del pariente silvestre de germoplasma de pepino) de uno o más o todos los marcadores anteriores.
[0207] De esta manera, en un aspecto, se encontró un locus de rasgo cuantitativo (QTL2.1) presente en el cromosoma 2 de un pariente silvestre de pepino que, cuando se transfiere (introgresa) a una variedad o línea de mejoramiento de pepino cultivado, y cuando está presente en forma heterocigótica u homocigótica, confiere un rendimiento de frutos significativamente potenciado a la planta de pepino cultivada. El QTL, o el fragmento de introgresión que comprende el QTL (que comprende el alelo de rendimiento), es de esta manera dominante, es decir, basta con tener el fragmento de introgresión en uno de los cromosomas 2 (un cromosoma 2 recombinante), mientras que el cromosoma 2 homólogo del par puede ser un cromosoma 2 (no recombinante) deC.sativus varcultivado que carece del fragmento de introgresión.
[0209] Aunque la presente fuente del QTL de rendimiento es una única fuente silvestre específica, es probable que existan otras accesiones de parientes silvestres deCucumisque comprendanQTL2.1en el mismo locus del cromosoma 2. Tales loci pueden comprender alelos de rendimiento que tengan secuencias de nucleótidos ligeramente diferentes, es decir, variantes del alelo (QTL) encontrado en la presente memoria. Tales QTL variantes también pueden identificarse e introgresarse en pepinos cultivados como se describe en la presente memoria, para generar una planta de pepino cultivada que comprende un genoma deC. sativus var. sativuscultivada y un cromosoma 2 recombinante, por lo que el cromosoma 2 recombinante comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre de la especieCucumis sativus, que confiere un fenotipo de rendimiento potenciado a la planta de pepino cultivada cuando está presente en forma homocigótica o heterocigótica. Para identificar tales parientes silvestres del pepino que comprenden el QTL2.1, las accesiones silvestres pueden cribarse, por ejemplo, en un ensayo de marcadores o por comparación de secuencias u otros procedimientos, para detectar la presencia de uno o más de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria. Los QTL de rendimiento putativos (o QTL variantes) pueden entonces introgresarse en el pepino cultivado, por ejemplo usando MAS, es decir, usando uno o más (o todos) de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria para detectar y/o seleccionar plantas progenie (por ejemplo plantas retrocruzadas) que comprendan un cromosoma 2 recombinante. Las plantas seleccionadas, es decir las plantas de pepino cultivadas que comprenden un fragmento de introgresión en el cromosoma 2, en el que el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 es detectable por uno o más de los marcadores SNP SNP_01 a SNP_26, uno o más de los marcadores SNP SNP_01 a SNP_10, uno o más de los marcadores SNP SNP_10 a SNP_20, uno o más de los marcadores SNP SNP_20 a SNP_26, o uno o más de los marcadores SNP SNP_06 a SNP_23 (como se describe en otra parte de la presente memoria) pueden entonces fenotiparse en experimentos de rendimiento junto con las plantas de control adecuadas, preferentemente al menos el control genético, para determinar si el fragmento de introgresión causa realmente un aumento significativo del rendimiento.
[0211] Las accesiones de parientes silvestres de pepino, pueden obtenerse de la colección del Sistema Nacional de Germoplasma Vegetal del USDA u otras colecciones de semillas, y por lo tanto pueden seleccionarse para la presencia de QTL2.1 usando, por ejemplo, un ensayo de marcadores como se describe en la presente memoria, y las accesiones que comprenden uno o más de los marcadores SNP (por ejemplo, al menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 o los 26 marcadores SNP indicativos de QTL2.1 pueden cruzarse con una planta de pepino cultivada que tenga cromosomas normales de tipo silvestre, cromosomas 2 no recombinantes. La generación F1 o F2 (o una generación adicional, tal como la F3 o una generación de retrocruzamiento) puede entonces cribarse para encontrar plantas recombinantes que tengan el fragmento de introgresión, o una parte del mismo que aumente el rendimiento, usando los ensayos de marcadores moleculares descritos en la presente memoria.
[0213] En un aspecto, el fragmento de introgresión es de un pariente silvestre de pepino, que pertenece al grupo de pepino indio, y que se transfiere al cromosoma 2 del grupo de pepino euroasiático, creando así una planta cultivada de pepino que comprende QTL2.1 de rendimiento o una variante del mismo. De esta manera, en una realización, el fragmento de introgresión que comprende el QTL2.1 de rendimiento es derivable de (o derivado de) u obtenible de (u obtenido de; o tal como está presente en) un pariente silvestre de pepino que pertenece al Grupo del Pepino Indio.
[0215] En una realización específica, el fragmento de introgresión que comprende el QTL2.1 es derivable de (o derivado de) u obtenible de (u obtenido de; o tal como está presente en) semillas, una muestra representativa de las cuales ha sido depositada bajo el número de acceso NCIMB 42545, o de la progenie de las mismas. La progenie puede ser cualquier progenie que conserve uno o más (o todos) los marcadores SNP indicativos de (y vinculados a) el QTL, tal como se ha descrito. De esta manera, la progenie no se limita a la progenie F1 o F2 del depósito, sino que puede ser cualquier progenie, ya sea obtenida por autofecundación y/o cruzamiento con otra planta de pepino.
[0217] En una realización, el fragmento de introgresión es identificable por uno o más de los marcadores descritos en otra parte de la presente memoria, especialmente los marcadores SNP_01 a SNP_26 para el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 o un subconjunto de marcadores, tales como uno o más de los marcadores seleccionados de los marcadores SNP SNP_01 a SNP_10, o de los marcadores SNP SNP_10 a SNP_20, o de los marcadores SNP SNP_20 a SNP_26, o de los marcadores SNP SNP_06 a SNP_23. En un aspecto, la invención proporciona una planta de pepino cultivada, que tiene un genoma de pepino cultivado (domesticado) que comprende rendimiento de frutos potenciado, en el que el rendimiento de frutos potenciado se confiere por un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 de pepino cultivado, en el que dicho fragmento de introgresión se obtiene por (u obtenible por) cruzamiento de una planta cultivada a partir de semillas depositadas bajo NCIMB 42545 o progenie de esta planta (que comprende uno o más de los marcadores divulgados en la presente memoria vinculados al QTL) con una planta de pepino cultivada. De esta manera, en un aspecto, la planta de pepino cultivada de la invención comprende el mismo fragmento de introgresión y el mismo cromosoma 2 recombinante presentes en NCIMB 42545 (que comprende el genotipo relativo silvestre para SNP_01 a SNP_26), o comprende un fragmento más corto de ese fragmento de introgresión, por lo que el fragmento más corto retiene el elemento genético que confiere un rendimiento potenciado de frutos (QTL2.1).
[0218] De esta manera, en un aspecto, la invención se refiere a una planta de la invención, es decir, una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre de pepino en el cromosoma 2 en forma homocigótica o heterocigótica y en el que dicho fragmento de introgresión es el fragmento de introgresión "tal como" / es "idéntico a" / es "igual que en" las semillas depositadas con el número NCIMB 42545, o es un fragmento más corto del mismo, pero aún confiere un rendimiento de frutos potenciado debido a la presencia del QTL2.1.
[0219] En otra realización más, la invención se refiere a una planta de la invención, es decir, una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino en el cromosoma 2, en forma homocigótica o heterocigótica, y en la que dicho fragmento de introgresión es una variante del fragmento de introgresión encontrado en semillas depositadas con el número NCIMB 42545, es decir, comprende el QTL 2.1 de rendimiento, pero la secuencia genómica puede ser diferente. Como las accesiones silvestres serán genéticamente divergentes, la secuencia genómica de un fragmento de introgresión que comprende QTL2.1 de otros parientes silvestres del pepino probablemente no será idéntica a la secuencia genómica tal como se introgresó en NCIMB42545, e incluso el gen que confiere rendimiento (que comprende un promotor, intrones y exones) puede ser divergente en la secuencia de nucleótidos, pero la función será la misma, es decir, conferir un rendimiento potenciado de frutos. La divergencia puede observarse en que determinados marcadores SNP ligados al QTL2.1 pueden encontrarse comúnmente en diversas accesiones, mientras que otros marcadores SNP sólo pueden encontrarse en accesiones específicas. Así, por ejemplo, no todos los SNP_01 a SNP_26 pueden encontrarse en otros parientes silvestres del pepino. Sin embargo, el QTL2.1 que potencia el rendimiento (que comprende, por ejemplo, una variante u ortólogo del alelo de rendimiento) puede seguir presente en tales accesiones silvestres. El experto es capaz de identificar e introgresar la región que comprende QTL 2.1 encontrada en otros parientes silvestres del pepino en pepino cultivado, por ejemplo, detectando parientes silvestres que comprenden los marcadores SNP o un subconjunto de los mismos y transfiriendo estos marcadores SNP (o subconjunto) a una línea o variedad de pepino cultivado y evaluando el rendimiento de frutos de la línea o variedad cultivada en comparación con la línea o variedad que carece de los marcadores SNP (o subconjunto), es decir, que carece del fragmento de introgresión. En una realización, la presencia del fragmento de introgresión, o la región del cromosoma 2 (o región variante u ortóloga del cromosoma 2), que comprende QTL2.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos 1, preferiblemente al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 o más (o los 26) marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) seleccionados del grupo que consiste en:
[0220] a) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_01 en SEQ ID NO: 1;
[0221] b) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_02 en SEQ ID NO: 2;
[0222] c) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_03 en SEQ ID NO: 3;
[0223] d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_04 en SEQ ID NO: 4;
[0224] e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_05 en SEQ ID NO: 5;
[0225] f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_06 en SEQ ID NO: 6;
[0226] g) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_07 en SEQ ID NO: 7;
[0227] h) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_08 en SEQ ID NO: 8;
[0228] i) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_09 en SEQ ID NO: 9;
[0229] j) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10;
[0230] k) el genotipo GG o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_11 en SEQ ID NO: 11;
[0231] l) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_12 en SEQ ID NO: 12;
[0232] m) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_13 en SEQ ID NO: 13;
[0233] n) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_14 en SEQ ID NO: 14;
[0234] o) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_15 en SEQ ID NO: 15;
[0235] p) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_16 en SEQ ID NO: 16;
[0236] q) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_17 en SEQ ID NO: 17;
[0237] r) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_18 en SEQ ID NO: 18;
[0238] s) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_19 en SEQ ID NO: 19;
[0239] t) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20;
[0240] u) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_21 en SEQ ID NO: 21;
[0241] v) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_22 en SEQ ID NO: 22;
[0242] w) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_23 en SEQ ID NO: 23;
[0243] x) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_24 en SEQ ID NO: 24;
[0244] y) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_25 en SEQ ID NO: 25;
[0245] z) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_26 en SEQ ID NO: 26.
[0246] En un aspecto, dicho al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25 o 26 marcadores que se detectan son marcadores consecutivos. De esta manera, en una realización como se establece en las reivindicaciones adjuntas, las plantas según la invención comprenden al menos una citosina (C) (es decir, el genotipo CC o CT) en lugar de dos timinas (TT) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 1 (denominado SNP_01) (en otras palabras, hay una citosina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0247] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 2 (denominado SNP_02) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0248] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 3 (denominado SNP_03) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0249] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 4 (denominado SNP_04) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0250] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 5 (denominado SNP_05) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0251] y/o al menos una citosina (C) (es decir, el genotipo CC o CT) en lugar de dos timinas (TT) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 6 (denominado SNP_06) (en otras palabras, hay una citosina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0252] y/o al menos una citosina (C) (es decir, el genotipo CC o CT) en lugar de dos timinas (TT) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:7 (denominado SNP_07) (en otras palabras, hay una citosina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0253] y/o al menos una adenina (A) (es decir, el genotipo AA o AG) en lugar de dos guaninas (GG) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:8 (denominado SNP_08) (en otras palabras, hay una adenina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0254] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TG) en lugar de dos guaninas (GG) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:9 (denominado SNP_09) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0255] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TG) en lugar de dos guaninas (GG) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 10 (denominado SNP_10) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0256] y/o al menos una guanina (TG (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:11 (denominado SNP_11) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0257] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GT) en lugar de dos timinas (TT) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 12 (denominado SNP_12) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0258] y/o al menos una citosina (C) (es decir, el genotipo CC o CA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 13 (denominado SNP_13) (en otras palabras, hay una citosina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0259] y/o al menos una adenina (A) (es decir, el genotipo AA o AG) en lugar de dos guaninas (GG) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 14 (denominado SNP_14) (en otras palabras, hay una adenina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0260] y/o al menos una citosina (C) (es decir, el genotipo CC o CT) en lugar de dos timinas (TT) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 15 (denominado SNP_15) (en otras palabras, hay una citosina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0261] y/o al menos una adenina (A) (es decir, el genotipo AA o AC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 16 (denominado SNP_16) (en otras palabras, hay una adenina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0262] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 17 (denominado SNP_17) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0263] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 18 (denominado SNP_18) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0264] y/o al menos una adenina (A) (es decir, el genotipo AA o AG) en lugar de dos guaninas (GG) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:19 (denominado SNP_19) (en otras palabras, hay una adenina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0265] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:20 (denominado SNP_20) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0266] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:21 (denominado SNP_21) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0267] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GT) en lugar de dos timinas (TT) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:22 (denominado SNP _22) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0268] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TG) en lugar de dos guaninas (GG) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:23 (denominado SNP_23) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0269] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GT) en lugar de dos timinas (TT) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:24 (denominado SNP _24) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0270] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:25 (denominado SNP _25) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7);
[0272] y/o al menos una citosina (C) (es decir, el genotipo CC o CA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 251 de SEQ ID NO:26 (denominado SNP_26) (en otras palabras, hay una citosina en la posición física del cromosoma 2 que se muestra en la tabla 7).
[0274] En una realización adicional, la presencia del fragmento de introgresión, o la región del cromosoma 2 (o región variante u ortóloga del cromosoma 2), que comprende QTL2.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 o más marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) de los subgrupos que consisten en: SNP_01 a SNP_10; SNP_10 a SNP_20; SNP_20 a SNP_26; o SNP_06 a SNP_23.
[0276] El genotipo SNP se refiere a dos nucleótidos, y las secuencias genómicas que comprenden uno de estos dos nucleótidos, uno en cada cromosoma 2. Así, una planta que tiene un genotipo CC para SNP_01 tiene un nucleótido idéntico (C) en ambos cromosomas (es decir, es homocigota para el fragmento de introgresión), mientras que una planta que tiene un genotipo CT para SNP_01 tiene un cromosoma con una C en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 1 (o en el nucleótido equivalente de una secuencia genómica que comprende una identidad de secuencia sustancial con SEQ ID NO: 1) y un cromosoma con una T en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 1 (o en el nucleótido equivalente de una secuencia genómica que comprende una identidad de secuencia sustancial con SEQ ID NO: 1) y es heterocigoto para el fragmento de introgresión. Dado que las secuencias genómicas alrededor de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria pueden variar ligeramente en fragmentos de introgresión de otros parientes silvestres del pepino (es decir, variantes o regiones cromosómicas 2 ortólogas), es evidente que las secuencias de nucleótidos antes y después del SNP pueden no ser idénticas al 100 % a las secuencias proporcionadas en la presente memoria. Por lo tanto, en la presente memoria se describen secuencias que tienen una identidad de secuencia sustancial con las secuencias proporcionadas en la presente memoria (cuando se alinean en toda la longitud definida), pero que comprenden el mismo genotipo SNP.
[0278] En un aspecto, el fragmento de introgresión, o la región cromosómica 2 (o variante o región cromosómica 2 ortóloga) que comprende el QTL (QTL2.1 o variante), que es detectable por el uno o más marcadores anteriores es de un pariente silvestre de pepino, y en un aspecto el pariente silvestre es un miembro del Grupo de Pepino Indio. En un aspecto, es el mismo fragmento de introgresión que se encuentra en el cromosoma 2 en las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545, o un fragmento más pequeño que retiene el QTL. Los marcadores SNP SNP_01 a SNP_26 abarcan una región de aproximadamente 5,4 Mb. En un aspecto, el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 tiene un tamaño igual o inferior a 10 Mb, preferentemente igual o inferior a 8 Mb, más preferentemente igual o inferior a 6 Mb, 5,5 Mb, 5,4 MB, 5 Mb, 4 Mb, 3 Mb o 2,5 Mb, por ejemplo igual o inferior a 2 Mb. En un aspecto, el fragmento de introgresión tiene un tamaño de al menos 0,2 Mb, 0,5 Mb, 1,0 Mb, 1,5 Mb, 1,9 Mb, 2,0 Mb, 2,5 Mb, 2,7 Mb o 3 Mb. De esta manera, en la presente memoria se abarcan diversos intervalos de tamaños de fragmentos de introgresión, tales como fragmentos inferiores a 10 Mb pero más de 0,2 Mb, inferior a 6 Mb o 5,5 Mb pero más de 0,2 Mb, 0,5MB o 1 Mb, etc., que conservan el QTL2.1 y uno o más de los marcadores SNP del SNP _01 al SNP_26, o de los subgrupos del SNP_01 al SNP_10; del SNP_10 al SNP_20; del SNP_20 al SNP_26 o del SNP_06 al SNP_23. Como ya se ha mencionado, la localización del QTL2.1 en la región que abarca del SNP_01 al SNP_26 puede determinarse mediante mapeo fino y pueden generarse recombinantes que comprendan el QTL2.1 en un fragmento de introgresión más pequeño. El tamaño de un fragmento de introgresión puede determinarse fácilmente mediante, por ejemplo, la secuenciación del genoma completo o la secuenciación de próxima generación, por ejemplo, como se describe en Qiet al.2013 (supra) o en Huanget al.2009 (supra). Especialmente las regiones de introgresión pueden distinguirse fácilmente de las regiones genómicas cultivadas debido a la mayor cantidad de variación genética (SNP, INDEL, etc.) en la región de introgresión.
[0280] Para obtener el fragmento de introgresión presente en el cromosoma 2 a partir de las semillas depositadas (NCIMB42545), es decir, para transferir el fragmento de introgresión que comprende el QTL a otra planta de pepino cultivada, se cultiva una planta a partir de la semilla y la planta se cruza con una planta de pepino cultivada para obtener semillas F1. Dado que el NCIMB42545 contiene dos cromosomas 2 recombinantes (que comprenden el fragmento de introgresión que comprende el QTL2.1 en forma homocigota), todas las semillas F1 y las plantas cultivadas a partir de ellas contendrán un cromosoma 2 recombinante del progenitor NCIMB42545 y un cromosoma 2 no recombinante del otro progenitor cultivado. Mediante autofecundación y/o cruzamiento y/o retrocruzamiento, el QTL2.1 puede transferirse a cualquier línea o variedad de mejoramiento de pepino. De esta manera, mediante el mejoramiento tradicional se puede transferir el cromosoma 2 recombinante del NCIMB42545 a otras líneas o variedades de pepino cultivadas. Las plantas de la progenie que comprenden el QTL2.1 pueden cribarse y seleccionarse por la presencia de uno o más de los marcadores SNP anteriores.
[0282] Para generar fragmentos de introgresión más cortos, por ejemplo, subfragmentos del fragmento presente en NCIMB42545, es necesario que tenga lugar la meiosis y que se identifiquen las plantas que comprenden los cromosomas 2 recombinantes, y especialmente nuevos eventos de recombinación meiótica dentro del fragmento de introgresión. Por ejemplo, las semillas de NCIMB42545 pueden autofecundarse una o más veces para producir plantas F1, F2 o F3 (o generaciones de autofecundación adicionales), y/o las plantas F1, F2 o F3 (etc.) que comprenden el cromosoma 2 recombinante pueden retrocruzarse con un progenitor cultivado. Las plantas que comprenden el cromosoma 2 recombinante pueden cribarse y seleccionarse mediante la presencia de uno o más de los marcadores SNP anteriores para identificar plantas que comprenden un fragmento de introgresión más pequeño. Estos nuevos recombinantes pueden entonces someterse a prueba para detectar la presencia del QTL2.1 en el fragmento de introgresión más pequeño, determinando el rendimiento promedio de frutos en comparación con el control (genético) que carece del fragmento de introgresión.
[0283] De forma similar, las plantas de pepino cultivadas que comprenden QTL2.1 (o una variante del mismo) pueden generarse y/o identificarse usando diferentes procedimientos. Por ejemplo, para obtener una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino, primero se identifica un pariente silvestre del pepino que comprende uno o más de los marcadores SNP vinculados a QTL2.1 divulgados en la presente memoria, por ejemplo, uno cualquiera, o más, o todos los marcadores descritos en la presente memoria anteriormente. La planta identificada se cruza con una planta de pepino cultivada para obtener semillas F1. La F1 se puede autopolinizar para producir plantas F2, F3, etc., y/o las plantas F2 o las plantas F3, etc., se pueden retrocruzar con el pepino parental cultivado. Las plantas que comprenden el QTL2.1 (o una variante del mismo) pueden cribarse y/o seleccionarse por la presencia de uno o más de los marcadores SNP anteriores y/o cribarse y/o seleccionarse por un fenotipo de mayor rendimiento en comparación con el progenitor cultivado inicial (carente de las introgresiones). Alternativamente o además, se puede realizar un mapeo o secuenciación de QTL para identificar marcadores moleculares adicionales vinculados al QTL2.1 (o una variante del mismo) y/o para generar plantas de pepino cultivadas que comprendan un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 que confiera un rendimiento significativamente potenciado.
[0284] En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 2 (o región ortóloga del cromosoma 2), que comprende QTL2.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0285] a) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_01 en SEQ ID NO: 1 (o en una variante del mismo).
[0286] b) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_26 en SEQ ID NO: 26 (o en una variante del mismo).
[0287] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_01 y SNP_26;
[0288] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_01 o SNP_26; y
[0289] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_01 o SNP_26.
[0290] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP_02 a SNP_25. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto descrito en la presente memoria, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos. En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 2 (o región ortóloga del cromosoma 2), que comprende QTL2.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0291] a) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_01 en SEQ ID NO: 1 (o en una variante del mismo).
[0292] b) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o en una variante del mismo).
[0293] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_01 y SNP_10;
[0294] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_01 o SNP_10; y
[0295] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_01 o SNP_10.
[0296] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP_02 a SNP_09. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto descrito en la presente memoria, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos. En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 2 (o región ortóloga del cromosoma 2), que comprende QTL2.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0297] a) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o en una variante del mismo).
[0298] b) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o en una variante del mismo).
[0299] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_10 y SNP_20;
[0300] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_10 o SNP_20; y
[0301] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_10 o SNP_20.
[0302] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP _11 a SNP_19. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto descrito en la presente memoria, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos. En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 2 (o región ortóloga del cromosoma 2), que comprende QTL2.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0303] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o en una variante del mismo).
[0304] b) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_26 en SEQ ID NO: 26 (o en una variante del mismo).
[0305] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_20 y SNP_26;
[0306] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_20 o SNP_26; y
[0307] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_20 o SNP_26.
[0308] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP_21 a SNP_25. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto descrito en la presente memoria, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos. En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 2 (o región ortóloga del cromosoma 2), que comprende QTL2.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0309] a) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_06 en SEQ ID NO: 06 (o en una variante del mismo).
[0310] b) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_23 en SEQ ID NO: 23 (o en una variante del mismo).
[0311] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_06 y SNP_23;
[0312] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_06 o SNP_23; y
[0313] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_06 o SNP_23.
[0314] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP_07 a SNP_22. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto descrito en la presente memoria, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos. Cualquier marcador específico del genoma del pepino, pariente silvestre, entre dos marcadores se refiere a cualquier marcador molecular que se asigna genéticamente a la región del cromosoma 2 entre los dos marcadores y/o que se encuentra físicamente entre los dos marcadores, y que es indicativo de la región del cromosoma 2, pariente silvestre, del pepino. Esto significa que el marcador es polimórfico entre el genoma del pepino cultivado y el pariente silvestre del genoma del pepino. En un aspecto, el marcador es un polimorfismo de un único nucleótido (SNP), pero también pueden usarse otros marcadores moleculares, tales como RFLP, AFLP, RAPD, INDEL, secuenciación de ADN, etc.
[0315] El fragmento de introgresión en las plantas de la invención es en un aspecto un fragmento del cromosoma 2 que está presente en las semillas depositadas bajo el número de acceso NCIMB 42545 o una versión más pequeña de dicho fragmento que retiene el QTL (generado por ejemplo por recombinación dentro del fragmento de introgresión).
[0316] El fragmento de introgresión tiene en un aspecto un tamaño igual o inferior a 10 Mb, preferentemente igual o inferior a 8 Mb, 5,4 Mb, 5 Mb, 3 Mb, 2,5 Mb, 2 Mb, 1,5 Mb, 1 Mb. En un aspecto adicional, el fragmento de introgresión tiene un tamaño de al menos 0,5 Mb o al menos 1 Mb.
[0317] También se proporcionan semillas a partir de las cuales puede cultivarse una planta de la invención, como se establece en las reivindicaciones adjuntas, y se describen frutos de pepino cosechados de una planta de la invención y que comprenden el cromosoma 2 recombinante en su genoma. Asimismo, se divulga en la presente memoria una célula vegetal, un tejido o una parte de una planta o de una semilla que comprende al menos un cromosoma 2 recombinante, en la que dicho cromosoma 2 recombinante comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino y en la que dicho fragmento de introgresión comprende un alelo que confiere un rendimiento de fruto significativamente mejorado.
[0318] Plantas de pepino que comprenden un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 (QTL 6.1 de rendimiento). QTL6.1 está situado en la región comprendida entre SNP_27 en SEQ ID NO: 27 (o en una variante del mismo) y SNP_40 en SEQ ID NO: 40 (o una variante del mismo).
[0319] De esta manera, en un aspecto según se establece en las reivindicaciones anexas, se proporciona una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende, además de un fragmento de introgresión en el cromosoma 2, un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 en forma homocigótica o heterocigótica, en el que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares (es decir, la planta comprende uno o más marcadores moleculares) que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 o 14 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0320] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_27 en SEQ ID NO: 27;
[0321] b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_28 en SEQ ID NO: 28;
[0322] c) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_29 en SEQ ID NO: 29;
[0323] d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_30 en SEQ ID NO: 30;
[0324] e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_31 en SEQ ID NO: 31;
[0325] f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_32 en SEQ ID NO: 32;
[0326] g) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33;
[0327] h) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_34 en SEQ ID NO: 34;
[0328] i) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_35 en SEQ ID NO: 35;
[0329] j) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_36 en SEQ ID NO: 36;
[0330] k) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_37 en SEQ ID NO: 37;
[0331] l) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_38 en SEQ ID NO: 38;
[0332] m) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_39 en SEQ ID NO: 39;
[0333] n) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_40 en SEQ ID NO: 40.
[0334] En un aspecto, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 o 14 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores a) a n). En un aspecto, dicho al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 o 14 marcadores son marcadores consecutivos.
[0335] En otro aspecto descrito en la presente memoria, QTL6.1 está situado en la región entre SNP_27 en SEQ ID NO: 27 (o en una variante del mismo) y SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o una variante del mismo).
[0336] De esta manera, en un aspecto descrito en la presente memoria, se divulga una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 en forma homocigótica o heterocigótica, en la que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares (es decir, la planta comprende uno o más marcadores moleculares) que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6 o 7 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0337] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_27 en SEQ ID NO: 27 (o en una variante del mismo).
[0338] b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_28 en SEQ ID NO: 28 (o en una variante del mismo).
[0339] c) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_29 en SEQ ID NO: 29 (o en una variante del mismo).
[0340] d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_30 en SEQ ID NO: 30 (o en una variante del mismo).
[0341] e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_31 en SEQ ID NO: 31 (o en una variante del mismo).
[0342] f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_32 en SEQ ID NO: 32 (o en una variante del mismo).
[0343] g) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o en una variante del mismo).
[0344] h) cualquier pariente silvestre del pepino con marcador específico del genoma entre el marcador SNP_27 y SNP_33.
[0345] En un aspecto descrito en la presente memoria dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, o 7 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores a) a g). En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6 o 7 marcadores son marcadores consecutivos.
[0346] En un aspecto diferente descrito en la presente memoria, QTL6.1 está situado en la región entre SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o en una variante del mismo) y SNP_40 en SEQ ID NO: 40 (o una variante del mismo). De esta manera, en un aspecto descrito en la presente memoria, se divulga una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 en forma homocigótica o heterocigótica, en la que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares (es decir, la planta comprende uno o más marcadores moleculares) que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7 u 8 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0347] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o en una variante del mismo).
[0348] b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_34 en SEQ ID NO: 34 (o en una variante del mismo).
[0349] c) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_35 en SEQ ID NO: 35 (o en una variante del mismo).
[0350] d) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_36 en SEQ ID NO: 36 (o en una variante del mismo).
[0351] e) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_37 en SEQ ID NO: 37 (o en una variante del mismo).
[0352] f) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_38 en SEQ ID NO: 38 (o en una variante del mismo).
[0353] g) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_39 en SEQ ID NO: 39 (o en una variante del mismo).
[0354] h) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_40 en SEQ ID NO: 40 (o una variante del mismo).
[0355] i) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_27 y SNP_40.
[0356] En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7 u 8 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores a) a h). En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7 u 8 marcadores son marcadores consecutivos.
[0357] En otro aspecto descrito en la presente memoria, QTL6.1 está situado en la región entre SNP_29 en SEQ ID NO: 29 (o en una variante del mismo) y SNP_38 en SEQ ID NO: 38 (o una variante del mismo).
[0358] De esta manera, en un aspecto descrito en la presente memoria, se divulga una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 en forma homocigótica o heterocigótica, en la que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino (en comparación con la planta que carece del fragmento de introgresión, por ejemplo, el control genético) y en el que dicho fragmento de introgresión es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares (es decir, la planta comprende uno o más marcadores moleculares) que detecta al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8 o 9 de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0359] a) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_29 en SEQ ID NO: 29 (o en una variante del mismo).
[0360] b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_30 en SEQ ID NO: 30 (o en una variante del mismo).
[0361] c) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_31 en SEQ ID NO: 31 (o en una variante del mismo).
[0362] d) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_32 en SEQ ID NO: 32 (o en una variante del mismo).
[0363] e) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o en una variante del mismo).
[0364] f) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_34 en SEQ ID NO: 34 (o en una variante del mismo).
[0365] g) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_35 en SEQ ID NO: 35 (o en una variante del mismo).
[0366] h) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_36 en SEQ ID NO: 36 (o en una variante del mismo).
[0367] i) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_37 en SEQ ID NO: 37 (o en una variante del mismo).
[0368] j) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_38 en SEQ ID NO: 38 (o en una variante del mismo).
[0369] k) cualquier pariente silvestre del pepino con marcador específico del genoma entre el marcador SNP_27 y SNP_40.
[0370] En un aspecto descrito en la presente memoria dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8 o 9 marcadores se seleccionan del grupo que consiste en los marcadores a) a j). En un aspecto descrito en la presente memoria, dichos al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8 o 9 marcadores son marcadores consecutivos.
[0371] Como el QTL6.1 potencia especialmente el rendimiento de los frutos en condiciones de cultivo en frío, es especialmente ventajoso para líneas y variedades de plantas de pepino que pueden cultivarse en condiciones ambientales en las que las temperaturas mínimas son bajas, por ejemplo 10 grados centígrados o menos (tales como iguales o inferiores a 9, 8, 7, 6, 5 o 4 grados centígrados), durante un cierto periodo de tiempo (pero debe evitarse la congelación, ya que causa daños por congelación). De esta manera, en un aspecto, el rendimiento de frutos de la planta de pepino cultivada de la invención, que comprende el QTL6.1, se incrementa en comparación con el control cuando la planta se cultiva en condiciones ambientales en las que la temperatura mínima (por ejemplo, por la noche) es igual o inferior a 10 grados centígrados, tales como los períodos de otoño / invierno en los países del sur de Europa o los períodos de primavera en los países del norte de Europa. Como se ha mencionado, el experto también puede desarrollar otros marcadores moleculares, por ejemplo, un marcador específico del genoma de un pariente silvestre del pepino entre el marcador SNP_27 y SNP_40 y/o dentro de 7 cM o dentro de 5 cM de cualquiera de SNP_27 a SNP_40, y/o dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2,5 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb, 0,4 Mb, 0,3 Mb, 0,2 Mb, 0,1 Mb, 50 kB, 20 kB, 10 kB, 5 kB o menos de uno cualquiera de los SNP _27 a SNP_40. Tales marcadores también pueden ser un tramo de nucleótidos, marcadores CAPS, INDEL, etc. El experto puede, por ejemplo, secuenciar el fragmento de introgresión encontrado en las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545 y usar la información de la secuencia para desarrollar nuevos marcadores y ensayos de marcadores.
[0372] El fragmento de introgresión que comprende el QTL6.1 (o una variante) puede comprender todos los marcadores SNP divulgados en la presente memoria, o puede ser más pequeño y carecer de marcadores SNP indicativos del fragmento de introgresión (teniendo en su lugar el genotipo SNP del pepino cultivado), mientras que todavía confiere rendimiento potenciado en la planta de pepino cultivada, es decir, todavía puede comprender el alelo de rendimiento (QTL6.1 o variante). Estos fragmentos de introgresión más pequeños son una realización de la invención. Las plantas con fragmentos de introgresión más pequeños que aún confieren el rendimiento potenciado (es decir, que contienen el alelo de rendimiento) pueden generarse mediante técnicas conocidas, tales como el mapeo fino o técnicas similares. Por ejemplo, comenzando con una planta que comprenda el fragmento de introgresión tal como se encuentra en las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB 42545 y cruzando dicha planta con otra planta de pepino cultivada y autofecundando la progenie de dicho cruce, y/o retrocruzando la progenie, para generar una población de plantas que pueda contener recombinantes que tengan un fragmento de introgresión más pequeño en el cromosoma 6, cuyos fragmentos sigan confiriendo un rendimiento potenciado en relación con una planta que carezca del fragmento de introgresión (tal como el control genético, por ejemplo, plantas cultivadas a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42345), por ejemplo, un fragmento que comprenda el genotipo relativo silvestre de los marcadores SNP_27 a SNP_33 (o más pequeño, por ejemplo, que comprenda sólo 6, 5, 4, 3, 2 o 1 de los marcadores SNP), SNP_33 a SNP_40 (o más pequeño, por ejemplo, que comprenda sólo 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 o 1 de los marcadores SNP). Los ensayos de marcadores pueden usarse para seleccionar recombinantes y determinar el tamaño del fragmento de introgresión más pequeño. Pueden faltar uno o más marcadores SNP. El rendimiento de las plantas que comprenden dicho fragmento de introgresión más pequeño puede entonces compararse en experimentos de rendimiento como los descritos en la presente memoria, es decir, cultivando una pluralidad de plantas que comprenden el fragmento de introgresión más pequeño en experimentos de campo junto con plantas de control adecuadas, carentes del fragmento de introgresión. Las plantas de control son preferentemente un control genético, como NCIMB42345. Si el rendimiento promedio sigue siendo significativamente mayor que en el control, entonces el fragmento de introgresión más pequeño ha retenido el QTL6.1.
[0374] Alternativamente, el mismo QTL o QTL variante (QTL6.1 o QTL6.1 variante) puede introgresarse de un pariente silvestre diferente de pepino, por lo que opcionalmente no todos los marcadores SNP divulgados en la presente memoria están presentes. Tales fuentes alternativas de parientes silvestres del pepino pueden identificarse usando los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria, seleccionando germoplasma (es decir, accesiones de) parientes silvestres del pepino usando un ensayo de marcadores para detectar el genotipo de los marcadores SNP_27 a SNP_40, o de los marcadores SNP_27 a SNP_33, SNP_33 a SNP_40, SNP_29 a SNP_38, o incluso sólo un subgrupo más pequeño de estos marcadores (por ejemplo, 2, 3, 4, 5, 6 o más). Las plantas que comprenden el mismo QTL6.1 o una variante procedente de otras fuentes son también una realización de la invención. Siempre que al menos uno o más (o todos) de los SNP del SNP_27 al SNP_40, o de los SNP del SNP_27 al SNP_33, o de los SNP del SNP_33 al SNP_40, o de los SNP del SNP_29 al SNP_38 estén presentes, y la planta tenga el genotipo de aumento del rendimiento, es decir, la planta comprenda el QTL6.1 (o una variante del mismo). El experto puede entonces introgresar el QTL6.1 (o una variante del mismo) en pepino cultivado con el fin de mejorar el rendimiento de los frutos como se describe en la presente memoria y con el fin de confirmar que el QTL mejora el rendimiento cuando está presente en el pepino cultivado. Por ejemplo, el QTL6.1 puede introgresarse en una línea o variedad de mejoramiento específica y la línea o variedad sin la introgresión puede usarse como control genético en los ensayos de rendimiento.
[0376] Como se ha descrito anteriormente, en una realización la planta de pepino cultivada de la invención comprende un fragmento de introgresión que comprende al menos un subconjunto de marcadores SNP con el genotipo del pariente silvestre de pepino, es decir.es decir, al menos 1, 2, 3, 4, o 5 marcadores de SNP_27 a SNP_40, o de SNP_27 a SNP_33, o de SNP_33 a SNP_40, o de SNP_29 a SNP_38. En un aspecto, la planta de pepino cultivada comprende todos, o todos excepto 1 o 2 marcadores de SNP_27 a SNP_40, o de SNP_27 a SNP_33, o de SNP_33 a SNP_40, o de SNP_29 a SNP_38.
[0378] De esta manera, el fragmento de introgresión (y una planta de pepino cultivada o parte de planta, por ejemplo, una célula, que comprende el fragmento de introgresión) puede detectarse en un ensayo de marcadores detectando el genotipo SNP del fragmento de introgresión (es decir, del pariente silvestre de germoplasma de pepino) de uno o más o todos los marcadores anteriores.
[0380] De esta manera, en un aspecto, se encontró un locus de rasgo cuantitativo (QTL6.1) presente en el cromosoma 6 de un pariente silvestre de pepino que, cuando se transfiere (introgresa) a una variedad o línea de mejoramiento de pepino cultivado, y cuando está presente en forma heterocigótica u homocigótica, confiere un rendimiento de frutos significativamente potenciado a la planta de pepino cultivada. El QTL, o el fragmento de introgresión que comprende el QTL (que comprende el alelo de rendimiento), es de esta manera dominante, es decir, basta con tener el fragmento de introgresión en uno de los cromosomas 6 (un cromosoma 6 recombinante), mientras que el cromosoma 6 homólogo del par puede ser un cromosoma 6 (no recombinante) deC.sativus var sativuscultivado que carece del fragmento de introgresión.
[0382] Aunque la presente fuente del QTL de rendimiento es una única fuente silvestre específica, es probable que existan otras accesiones de parientes silvestres deCucumisque comprendanQTL6.1en el mismo locus del cromosoma 6. Tales loci pueden comprender alelos de rendimiento que tengan secuencias de nucleótidos ligeramente diferentes, es decir, variantes del alelo (QTL) encontrado en la presente memoria. Tales QTL variantes también pueden identificarse e introgresarse en pepinos cultivados como se describe en la presente memoria, para generar una planta de pepino cultivada que comprende un genoma deC. sativus var. sativuscultivada y un cromosoma 6 recombinante, por lo que el cromosoma 6 recombinante comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre de la especieCucumis sativus, que confiere un fenotipo de rendimiento potenciado a la planta de pepino cultivada cuando está presente en forma homocigótica o heterocigótica. Para identificar tales parientes silvestres del pepino que comprenden el QTL6.1, las accesiones silvestres pueden cribarse, por ejemplo, en un ensayo de marcadores o por comparación de secuencias u otros procedimientos, para detectar la presencia de uno o más de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria. Los QTL de rendimiento putativos (o QTL variantes) pueden entonces introgresarse en el pepino cultivado, por ejemplo usando MAS, es decir, usando uno o más (o todos) de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria para detectar y/o seleccionar plantas progenie (por ejemplo plantas retrocruzadas) que comprendan un cromosoma 6 recombinante. Las plantas seleccionadas, es decir las plantas de pepino cultivadas que comprenden un fragmento de introgresión en el cromosoma 6, en el que el fragmento de introgresión en el cromosoma 6 es detectable por uno o más de los marcadores SNP SNP_27 a SNP_40, o de SNP_27 a SNP_33, o de SNP_33 a SNP_40, o de SNP_29 a SNP_38 (como se describe en otra parte de la presente memoria) puede entonces fenotiparse en experimentos de rendimiento junto con las plantas de control adecuadas, preferentemente al menos el control genético, para determinar si el fragmento de introgresión causa realmente un aumento significativo del rendimiento.
[0384] Las accesiones de parientes silvestres de pepino, pueden obtenerse de la colección del Sistema Nacional de Germoplasma Vegetal del USDA u otras colecciones de semillas, y de esta manera pueden cribarse para la presencia de QTL6.1 usando, por ejemplo, un ensayo de marcadores como se describe en la presente memoria, y las accesiones que comprenden uno o más de los marcadores SNP (por ejemplo, al menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 o los 14 marcadores SNP indicativos de QTL6.1 pueden cruzarse con una planta de pepino cultivada que tenga cromosomas 6 normales de tipo silvestre, no recombinantes. La generación F1 o F2 (o una generación adicional, tal como la F3 o una generación de retrocruzamiento) puede entonces cribarse para encontrar plantas recombinantes que tengan el fragmento de introgresión, o una parte del mismo que aumente el rendimiento, usando los ensayos de marcadores moleculares descritos en la presente memoria.
[0385] En un aspecto, el fragmento de introgresión es de un pariente silvestre de pepino, que pertenece al grupo de pepino indio, y que se transfiere al cromosoma 6 del grupo de pepino euroasiático, creando así una planta cultivada de pepino que comprende QTL6.1 de rendimiento o una variante del mismo. De esta manera, en una realización, el fragmento de introgresión que comprende el QTL6.1 de rendimiento es derivable de (o derivado de) u obtenible de (u obtenido de; o tal como está presente en) un pariente silvestre de pepino que pertenece al Grupo del Pepino Indio.
[0387] En una realización específica, el fragmento de introgresión que comprende el QTL6.1 de rendimiento es derivable de (o derivado de) u obtenible de (u obtenido de; o tal como está presente en) semillas, una muestra representativa de las cuales ha sido depositada bajo el número de acceso NCIMB 42545, o de la progenie de las mismas. La progenie puede ser cualquier progenie que conserve uno o más (o todos) los marcadores SNP indicativos de (y vinculados a) el QTL, tal como se ha descrito. De esta manera, la progenie no se limita a la progenie F1 o F2 del depósito, sino que puede ser cualquier progenie, ya sea obtenida por autofecundación y/o cruzamiento con otra planta de pepino.
[0389] En una realización, el fragmento de introgresión es identificable por uno o más de los marcadores descritos en otra parte de la presente memoria, especialmente los marcadores SNP_27 a SNP_40 para el fragmento de introgresión en el cromosoma 6, o un subconjunto de marcadores, tal como uno o más de los marcadores seleccionados entre los marcadores SNP SNP_27 a SNP_33, o de SNP_33 a SNP_40, o de SNP_29 a SNP_38. En un aspecto tal como se establece en las reivindicaciones anexas, la invención proporciona una planta de pepino cultivada, que tiene un genoma de pepino cultivado (domesticado) que comprende un rendimiento de frutos potenciado, en el que el rendimiento de frutos potenciado se confiere mediante un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 del pepino cultivado, en el que dicho fragmento de introgresión se obtiene (o puede obtenerse) cruzando una planta cultivada obtenida a partir de semillas depositadas bajo el NCIMB 42545 o la progenie de esta planta (que comprende uno o más de los marcadores divulgados en la presente memoria ligados al QTL) con una planta de pepino cultivada. De esta manera, en un aspecto, la planta de pepino cultivada de la invención comprende el mismo fragmento de introgresión y el mismo cromosoma 6 recombinante presentes en NCIMB 42545 (que comprende el pariente silvestre del genotipo de pepino para SNP_27 a SNP_40), o comprende un fragmento más corto de ese fragmento de introgresión, por lo que el fragmento más corto retiene el elemento genético que confiere un rendimiento potenciado de frutos (QTL6.1).
[0390] De esta manera, en un aspecto según se establece en las reivindicaciones adjuntas, la invención se refiere a una planta de la invención, es decir, una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino en el cromosoma 6 en forma homocigótica o heterocigótica y en el que dicho fragmento de introgresión es el fragmento de introgresión "como en" / es "idéntico a" / es "el mismo que en" las semillas depositadas con el número NCIMB 42545, o es un fragmento más corto del mismo, pero que aún confiere un rendimiento potenciado de frutos debido a la presencia del QTL6.1.
[0391] En otra realización más, como se establece en las reivindicaciones adjuntas, la invención se refiere a una planta de la invención, es decir, una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino en el cromosoma 6, en forma homocigótica o heterocigótica, y en el que dicho fragmento de introgresión es una variante del fragmento de introgresión encontrado en semillas depositadas con el número NCIMB 42545, es decir, comprende el QTL de rendimiento 6.1, pero la secuencia genómica puede ser diferente. Como las accesiones silvestres serán genéticamente divergentes, la secuencia genómica de un fragmento de introgresión que comprende QTL6.1 de otros parientes silvestres del pepino probablemente no será idéntica a la secuencia genómica tal como se introgresó en NCIMB42545, e incluso el gen que confiere rendimiento (que comprende un promotor, intrones y exones) puede ser divergente en la secuencia de nucleótidos, pero la función será la misma, es decir, conferir un rendimiento potenciado de frutos. La divergencia puede observarse en que determinados marcadores SNP ligados al QTL6.1 pueden encontrarse comúnmente en diversas accesiones, mientras que otros marcadores SNP sólo pueden encontrarse en accesiones específicas. Así, por ejemplo, no todos los SNP_27 a SNP_40 pueden encontrarse en otros parientes silvestres del pepino. Sin embargo, el QTL6.1 que potencia el rendimiento (que comprende, por ejemplo, una variante u ortólogo del alelo de rendimiento) puede seguir presente en tales accesiones silvestres. El experto es capaz de identificar e introgresar la región que comprende QTL 6.1 encontrada en otros parientes silvestres del pepino en pepino cultivado, por ejemplo, detectando parientes silvestres que comprenden los marcadores SNP o un subconjunto de los mismos y transfiriendo estos marcadores SNP (o subconjunto) a una línea o variedad de pepino cultivado y evaluando el rendimiento de frutos de la línea o variedad cultivada en comparación con la línea o variedad que carece de los marcadores SNP (o subconjunto), es decir, que carece del fragmento de introgresión.
[0392] En una realización, como se establece en las reivindicaciones adjuntas, la presencia del fragmento de introgresión, o la región del cromosoma 6 (o región variante u ortóloga del cromosoma 6), que comprende QTL6.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos 1, preferiblemente al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 o más (o los 14) marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) seleccionados del grupo que consiste en: en la presente memoria
[0393] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_27 en SEQ ID NO: 27;
[0394] b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_28 en SEQ ID NO: 28;
[0395] c) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_29 en SEQ ID NO: 29;
[0396] d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_30 en SEQ ID NO: 30;
[0397] e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_31 en SEQ ID NO: 31;
[0398] f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_32 en SEQ ID NO: 32;
[0399] g) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33;
[0400] h) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_34 en SEQ ID NO: 34;
[0401] i) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_35 en SEQ ID NO: 35;
[0402] j) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_36 en SEQ ID NO: 36;
[0403] k) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_37 en SEQ ID NO: 37;
[0404] l) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_38 en SEQ ID NO: 38;
[0405] m) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_39 en SEQ ID NO: 39;
[0406] n) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_40 en SEQ ID NO: 40.
[0407] En un aspecto dicho al menos 1, preferentemente al menos 2 o 3, o al menos 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13 o 14 marcadores que se detectan son marcadores consecutivos.
[0408] De esta manera, en una realización, las plantas según la invención comprenden al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 27 (denominado SNP_27) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0409] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 28 (denominado SNP_28) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0410] y/o al menos una citosina (C) (es decir, el genotipo CC o CA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 29 (denominado SNP_29) (en otras palabras, hay una citosina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0411] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 30 (denominado SNP_30) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0412] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 31 (denominado SNP_31) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0413] y/o al menos una citosina (C) (es decir, el genotipo CC o CT) en lugar de dos timinas (TT) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 32 (denominado SNP_32) (en otras palabras, hay una citosina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0414] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:33 (denominado SNP_33) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0415] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:34 (denominado SNP_34) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0416] y/o al menos una guanina (G) (es decir, el genotipo GG o GA) en lugar de dos adeninas (AA) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:35 (denominado SNP_35) (en otras palabras, hay una guanina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0417] y/o al menos una adenina (A) (es decir, el genotipo AA o AC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:36 (denominado SNP_36) (en otras palabras, hay una adenina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0418] y/o al menos una adenina (A) (es decir, el genotipo AA o AG) en lugar de dos guaninas (GG) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:37 (denominado SNP_37) (en otras palabras, hay una adenina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0419] y/o al menos una adenina (A) (es decir, el genotipo AA o AG) en lugar de dos guaninas (GG) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:38 (denominado SNP_38) (en otras palabras, hay una adenina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0420] y/o al menos una adenina (A) (es decir, el genotipo AA o AC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:39 (denominado SNP_39) (en otras palabras, hay una adenina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8);
[0421] y/o al menos una timina (T) (es decir, el genotipo TT o TC) en lugar de dos citosinas (CC) en el nucleótido 75 de SEQ ID NO:40 (denominado SNP_40) (en otras palabras, hay una timina en la posición física del cromosoma 6 que se muestra en la tabla 8).
[0422] En una realización adicional, la presencia del fragmento de introgresión, o la región del cromosoma 6 (o región variante u ortóloga del cromosoma 6), que comprende QTL6.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos 1, preferiblemente al menos 2, 3, 4, 5, 6 o más marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) de los subgrupos que consisten en: SNP_27 a SNP_33; SNP_33 a SNP_40; SNP_29 a SNP_38.
[0423] El genotipo SNP se refiere a dos nucleótidos, y las secuencias genómicas que comprenden uno de estos dos nucleótidos, uno en cada cromosoma 6. Así, una planta con genotipo GG para SNP_27 tiene un nucleótido idéntico (G) en ambos cromosomas (es decir, es homocigótica para el fragmento de introgresión), mientras que una planta con un genotipo GA para SNP_27 tiene un cromosoma con una G en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 27 (o en el nucleótido equivalente de una secuencia genómica que comprende una identidad de secuencia sustancial con SEQ ID NO: 27) y un cromosoma con una A en el nucleótido 75 de SEQ ID NO: 27 (o en el nucleótido equivalente de una secuencia genómica que comprende una identidad de secuencia sustancial con SEQ ID NO:27) y es heterocigoto para el fragmento de introgresión. Dado que las secuencias genómicas alrededor de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria pueden variar ligeramente en fragmentos de introgresión de otros parientes silvestres del pepino (es decir, variantes o regiones cromosómicas 6 ortólogas), es evidente que las secuencias de nucleótidos antes y después del SNP pueden no ser idénticas al 100 % a las secuencias proporcionadas en la presente memoria. Por lo tanto, las secuencias que tienen una identidad de secuencia sustancial con las secuencias proporcionadas en la presente memoria (cuando se alinean en toda la longitud definida), pero que comprenden el mismo genotipo SNP, se divulgan en la presente memoria.
[0425] En un aspecto, el fragmento de introgresión, o la región cromosómica 6 (o variante o región cromosómica 6 ortóloga) que comprende el QTL (QTL6.1 o variante), que es detectable por el uno o más marcadores anteriores es de un pariente silvestre de pepino, y en un aspecto el pariente silvestre es un miembro del grupo de pepino indio. En un aspecto, es el mismo fragmento de introgresión que se encuentra en el cromosoma 6 en las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545, o un fragmento más pequeño que retiene el QTL. Los marcadores SNP SNP_27 a SNP_40 abarcan una región de aproximadamente 2,8 Mb. En un aspecto, el fragmento de introgresión en el cromosoma 6 tiene un tamaño igual o inferior a 10 Mb, preferentemente igual o inferior a 8 Mb, más preferentemente igual o inferior a 6 Mb, 5,5 Mb, 5,4 MB, 5 Mb, 4 Mb, 3 Mb o 2,8 Mb, por ejemplo igual o inferior a 2 Mb. En un aspecto, el fragmento de introgresión tiene un tamaño de al menos 0,2 Mb, 0,5 Mb, 1,0 Mb, 1,5 Mb, 1,9 Mb, 2,0 Mb, 2,5 Mb, 2,7 Mb, 2,8 Mb o 3 Mb. De esta manera, se abarcan en la presente memoria varios intervalos de tamaños de fragmentos de introgresión, tales como fragmentos inferiores a 10 Mb pero más de 0,2 Mb, inferiores a 6 Mb o 5,5 Mb o 3 Mb, pero más de 0,2 Mb, 0,5 MB o 1 Mb, etc., que conservan el QTL6.1 y uno o más de los marcadores SNP de SNP_27 a SNP_40, o de los subgrupos de SNP_27 a SNP_33; SNP_33 a SNP_40; o SNP_28 a SNP_38. Como ya se ha mencionado, la localización del QTL6.1 en la región que abarca del SNP_27 al SNP_40 puede determinarse mediante mapeo fino y pueden generarse recombinantes que comprendan el QTL6.1 en un fragmento de introgresión más pequeño. El tamaño de un fragmento de introgresión puede determinarse fácilmente mediante, por ejemplo, la secuenciación del genoma completo o la secuenciación de próxima generación, por ejemplo, como se describe en Qiet al.2013 (supra) o en Huanget al.2009 (supra). Especialmente las regiones de introgresión pueden distinguirse fácilmente de las regiones genómicas cultivadas debido a la mayor cantidad de variación genética (SNP, INDEL, etc.) en la región de introgresión.
[0427] Para obtener el fragmento de introgresión presente en el cromosoma 6 a partir de las semillas depositadas (NCIMB42545), es decir, para transferir el fragmento de introgresión que comprende el QTL a otra planta de pepino cultivada, se cultiva una planta a partir de la semilla y la planta se cruza con una planta de pepino cultivada para obtener semillas F1. Dado que el NCIMB42545 contiene dos cromosomas 6 recombinantes (que comprenden el fragmento de introgresión que comprende el QTL6.1 en forma homocigota), todas las semillas F1 y las plantas cultivadas a partir de ellas contendrán un cromosoma 6 recombinante del progenitor NCIMB42545 y un cromosoma 6 no recombinante del otro progenitor cultivado. Mediante autofecundación y/o cruzamiento y/o retrocruzamiento, el QTL6.1 puede transferirse a cualquier línea o variedad de mejoramiento de pepino. De esta manera, mediante la mejora tradicional se puede transferir el cromosoma 6 recombinante del NCIMB42545 a otras líneas o variedades de pepino cultivadas. Las plantas de la progenie que comprenden el QTL6.1 pueden cribarse y seleccionarse por la presencia de uno o más de los marcadores SNP anteriores.
[0428] Para generar fragmentos de introgresión más cortos, por ejemplo, subfragmentos del fragmento presente en NCIMB42545, es necesario que tenga lugar la meiosis y que se identifiquen las plantas que comprenden los cromosomas 6 recombinantes, y especialmente nuevos eventos de recombinación meiótica dentro del fragmento de introgresión. Por ejemplo, las semillas de NCIMB42545 pueden autofecundarse una o más veces para producir plantas F1, F2 o F3 (o generaciones de autofecundación adicionales), y/o las plantas F1, F2 o F3 (etc.) que comprenden el cromosoma 6 recombinante pueden retrocruzarse con un progenitor cultivado. Las plantas que comprenden el cromosoma 6 recombinante pueden cribarse y seleccionarse mediante la presencia de uno o más de los marcadores SNP anteriores para identificar plantas que comprenden un fragmento de introgresión más pequeño. Estos nuevos recombinantes pueden entonces someterse a prueba para detectar la presencia del QTL6.1 en el fragmento de introgresión más pequeño, determinando el rendimiento promedio de frutos en comparación con el control (genético) que carece del fragmento de introgresión.
[0430] De forma similar, las plantas de pepino cultivadas que comprenden QTL6.1 (o una variante del mismo) pueden generarse y/o identificarse usando diferentes procedimientos. Por ejemplo, para obtener una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino, primero se identifica un pariente silvestre del pepino que comprende uno o más de los marcadores SNP vinculados a QTL6.1 divulgados en la presente memoria, por ejemplo, una cualquiera, o más, o todos los marcadores descritos en la presente memoria anteriormente. La planta identificada se cruza con una planta de pepino cultivada para obtener semillas F1. La F1 se puede autopolinizar para producir plantas F2, F3, etc., y/o las plantas F2 o las plantas F3, etc., se pueden retrocruzar con el pepino parental cultivado. Las plantas que comprenden el QTL6.1 (o una variante del mismo) pueden cribarse y/o seleccionarse por la presencia de uno o más de los marcadores SNP anteriores y/o cribarse y/o seleccionarse por un fenotipo de mayor rendimiento en comparación con el progenitor cultivado inicial (carente de las introgresiones). Alternativamente o además, se puede realizar un mapeo o secuenciación de QTL para identificar marcadores moleculares adicionales vinculados al QTL6.1 (o una variante del mismo) y/o para generar plantas de pepino cultivadas que comprendan un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 que confiera un rendimiento significativamente potenciado.
[0431] En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 6 (o región ortóloga del cromosoma 6), que comprende QTL6.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0432] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_27 en SEQ ID NO: 27 (o en una variante del mismo).
[0433] b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_40 en SEQ ID NO: 40 (o en una variante del mismo).
[0434] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_27 y SNP_40;
[0435] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_27 o SNP_40; y
[0436] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_27 o SNP_40.
[0437] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP_28 a SNP_39. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos.
[0438] En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 6 (o región ortóloga del cromosoma 6), que comprende QTL6.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0439] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_27 en SEQ ID NO: 27 (o en una variante del mismo).
[0440] b) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o en una variante del mismo).
[0441] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_27 y SNP_33;
[0442] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_27 o SNP_33; y
[0443] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_27 o SNP_33.
[0444] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP_28 a SNP_32. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto descrito en la presente memoria, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos. En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 6 (o región ortóloga del cromosoma 6), que comprende QTL6.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0445] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o en una variante del mismo).
[0446] b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_40 en SEQ ID NO: 40 (o en una variante del mismo).
[0447] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_33 y SNP_40;
[0448] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_33 o SNP_40; y
[0449] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_33 o SNP_40.
[0450] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP_34 a SNP_39. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto descrito en la presente memoria, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos. En un aspecto descrito en la presente memoria, la presencia del fragmento de introgresión en una planta de pepino cultivada, o la región del cromosoma 6 (o región ortóloga del cromosoma 6), que comprende QTL6.1, es detectable mediante un ensayo de marcador molecular que detecta al menos uno, dos, tres, cuatro, cinco o más de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
[0451] a) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_29 en SEQ ID NO: 29 (o en una variante del mismo).
[0452] b) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_38 en SEQ ID NO: 38 (o en una variante del mismo).
[0453] c) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_29 y SNP_38;
[0454] d) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté genéticamente vinculado dentro de 7 cM, 5 cM, 3 cM o menos del marcador SNP_29 o SNP_38; y
[0455] e) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino que esté físicamente vinculado dentro de 5 Mb, 3 Mb, 2 Mb, 1 Mb, 0,5 Mb o 0,2 Mb o menos del marcador SNP_29 o SNP_38.
[0456] En un aspecto descrito en la presente memoria los marcadores de c) son uno o más de SNP_30 a SNP_37. En un aspecto descrito en la presente memoria, al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores se detectan a partir de los marcadores de a), b) o c) anteriores. En otro aspecto, se detectan al menos uno, dos, al menos tres, al menos cuatro o más marcadores de los marcadores de a), b), c), d) o e) anteriores. En un aspecto descrito en la presente memoria se detecta al menos el marcador de a) y/o b) y opcionalmente se detecta al menos uno, dos, tres o más marcadores de c), d) y/o e). En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores detectados son marcadores consecutivos.
[0457] Cualquier marcador específico del genoma del pepino, pariente silvestre, entre dos marcadores se refiere a cualquier marcador molecular que se asigna genéticamente a la región del cromosoma 6 entre los dos marcadores y/o que se encuentra físicamente entre los dos marcadores, y que es indicativo de la región del cromosoma 6, pariente silvestre, del pepino. Esto significa que el marcador es polimórfico entre el genoma del pepino cultivado y el pariente silvestre del genoma del pepino. En un aspecto, el marcador es un polimorfismo de un único nucleótido (SNP), pero también pueden usarse otros marcadores moleculares, tales como RFLP, AFLP, RAPD, INDEL, secuenciación de ADN, etc.
[0458] El fragmento de introgresión en las plantas de la invención es en un aspecto un fragmento del cromosoma 6 que está presente en las semillas depositadas bajo el número de acceso NCIMB 42545 o una versión más pequeña de dicho fragmento que retiene el QTL (generado por ejemplo por recombinación dentro del fragmento de introgresión).
[0459] El fragmento de introgresión tiene en un aspecto un tamaño igual o inferior a 10 Mb, preferentemente igual o inferior a 8 Mb, 5,4 Mb, 5 Mb, 3 Mb, 2,8 Mb, 2,5 Mb, 2 Mb, 1,5 Mb, 1 Mb. En un aspecto adicional, el fragmento de introgresión tiene un tamaño de al menos 0,5 Mb o al menos 1 Mb.
[0460] También se proporcionan semillas a partir de las cuales puede cultivarse una planta de la invención como se establece en las reivindicaciones adjuntas, y se describen frutos de pepino cosechados de una planta de la invención y que comprenden el cromosoma 6 recombinante en su genoma. Asimismo, se divulga una célula vegetal, un tejido o una parte de planta o de una semilla que comprende al menos un cromosoma 6 recombinante, en la que dicho cromosoma 6 recombinante comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino y en la que dicho fragmento de introgresión comprende un alelo que confiere un rendimiento de fruto significativamente potenciado.
[0461] Como se ha mencionado anteriormente, también es un aspecto para combinar tanto QTL2.1 como QTL6.1 en una única planta de pepino cultivada. Por lo tanto, todas las realizaciones relativas a los QTL individuales presentes en la presente memoria también se combinan en un aspecto de la invención. Dado que el QTL6.1 potencia especialmente el rendimiento en condiciones de cultivo frías, la combinación es especialmente ventajosa para las variedades que pueden cultivarse en condiciones ambientales en las que las temperaturas mínimas son bajas, por ejemplo, 10 grados centígrados o menos (tales como iguales o inferiores a 9, 8, 7, 6, 5 o 4 grados centígrados), durante un determinado período de tiempo (pero debe evitarse la congelación, ya que causa daños por congelación).
[0462] Los marcadores moleculares descritos en la presente memoria pueden detectarse según un procedimiento estándar. Por ejemplo, los marcadores de SNP se pueden detectar fácilmente usando un ensayo KASP (véase. www.kpbioscience.co.uk) u otros ensayos de genotipado de SNP. Para desarrollar un ensayo KASP, se pueden seleccionar, por ejemplo, 70 pares de bases corriente arriba y 70 pares de bases corriente abajo del SNP y se pueden diseñar dos cebadores directos específicos de alelo y un cebador inverso específico de alelo. Véase, por ejemplo Allen et al. 2011, Plant Biotechnology J. 9, 1086-1099 especialmente p097-1098 para el procedimiento de ensayo KASP.
[0463] De esta manera, en un aspecto, los marcadores de SNP y la presencia/ausencia del marcador asociado con los QTL de rendimiento se determinan usando un ensayo KASP, pero igualmente se pueden usar otros ensayos de genotipado de SNP. Por ejemplo, puede usarse igualmente un ensayo de genotipado de SNP TaqMan, un ensayo de fusión de alta resolución (HRM), matrices de genotipado de SNP (por ejemplo, Fluidigm, Illumina, etc.) o secuenciación de ADN.
[0464] El tamaño de un fragmento de introgresión puede determinarse mediante diversos métodos, tales como el mapeo físico, la secuenciación o mediante la visualización de la introgresión usando imágenes de hibridación fluorescentein situ(FISH) (Verlaan et al.2011, Plant Journal, 68: 1093-1103).
[0465] Las plantas de pepino cultivadas con fragmentos de introgresión más pequeños en el cromosoma 2 y en un aspecto además en el cromosoma 6 pueden generarse mediante la generación de nuevas plantas recombinantes a partir de una población de plantas derivadas de un cruce entre una planta de pepino cultivada (que carece de las introgresiones) y una planta de la invención y seleccionando la progenie recombinante que tiene tamaños de introgresión más pequeños. Tales plantas son, de esta manera, en un aspecto, derivadas de (progenie o descendientes de) los cromosomas 2 y 6 recombinantes presentes en plantas cuyas semillas han sido depositadas bajo NCIMB42545. Tal progenie o descendencia que conserva el QTL2.1 y/o el QTL6.1, y de esta manera el mayor rendimiento en comparación con las plantas que carecen de la introgresión o introgresiones descritas en la presente memoria, están incluidas en la presente memoria.
[0466] En tomate, por ejemplo el gran fragmento de introgresiónS.chilenseen el cromosoma 6 (aproximadamente 27cM) que comprende el alelo Ty-3 se ha reducido seleccionando una línea de progenie recombinante (LA1931-AL-F2), que comprende un fragmento de introgresiónS. chilensemucho más pequeño. (aproximadamente 6 cM) que comprende Ty-3 (véase Ji et al.).2007, Mol. Breeding 20: 271-284).
[0467] La planta de pepino cultivada según la invención puede ser una línea endogámica, una OP (variedad de polinización abierta) o un híbrido F1. En un aspecto, el híbrido F1 comprende sólo un cromosoma 2 recombinante y en un aspecto comprende además un cromosoma 6 recombinante (que comprende el fragmento de introgresión con el QTL), es decir, el híbrido F1 es heterocigótico para el fragmento o fragmentos de introgresión y los marcadores SNP descritos en la presente memoria. Dicho híbrido F1 se produce cruzando dos líneas parentales endogámicas, una de las cuales posee el fragmento o fragmentos de introgresión (preferiblemente en forma homocigótica, aunque no necesariamente) y recolectando las semillas híbridas F1 de dicho cruce. En otro aspecto el híbrido F1 también puede comprender el(los) fragmento(s) de introgresión en forma homocigótica, es decir, producido mediante el cruzamiento de dos líneas parentales endogámicas, cada una comprendiendo el(los) fragmento(s) de introgresión en forma homocigótica o heterocigótica.
[0468] La planta de pepino cultivada puede ser de cualquier tipo. Preferiblemente tiene buenas características agronómicas y de calidad de los frutos. La planta de pepino cultivada es uniforme en un aspecto, tanto genética como fenotípicamente. En particular, las características de los frutos son uniformes, por ejemplo, en lo que respecta a la forma, el color de la piel, el espesor de la piel, las nervaduras de la piel, la dureza de la piel, las espinas (color de las espinas, densidad de las espinas, etc.), la presencia o ausencia de verrugas, la longitud y el diámetro en la madurez comestible y comercial, el sabor, etc. Del mismo modo, las características de las semillas (es decir, las características de las semillas a partir de las cuales se cultiva la planta) son uniformes, por ejemplo, tamaño de las semillas, color de las semillas, etc. De esta manera, las plantas de la línea o variedad que comprenden el QTL2.1 (o una variante) y, en un aspecto, que comprenden además el QTL6.1 (o una variante) en forma homocigótica o heterocigótica producen frutos uniformes, lo que significa que hay poca variación entre los frutos de las plantas cultivadas en las mismas condiciones ambientales y cuando los frutos se encuentran en la misma fase de desarrollo (por ejemplo, para las características cualitativas, al menos el 90 %, 95 %, 98 % de todas las plantas o partes de plantas, frutos o semillas son idénticos para las características).
[0469] La planta de pepino cultivada que comprende QTL2.1 (o una variante del mismo) y en un aspecto comprende además QTL6.1 (o una variante del mismo) según la invención puede ser de cualquier tipo, por ejemplo, puede ser de uno de los siguientes tipos de pepino: pepinos de encurtido (por ejemplo. tipo encurtido americano, tipo encurtido europeo), pepinos para cortar en rodajas (por ejemplo, americano para cortar en rodajas), pepinos largos, pepinos cortos, pepinos de invernadero europeos, pepinos tipo Beit-Alpha, pepinos tipo enrejado oriental, pepinos asiáticos (por ejemplo, seleccionados entre pepino moteado indio, pepino largo chino, pepino coreano y pepino tipo japonés). En un aspecto, el pepino cultivado según la invención es una línea endogámica o un híbrido F1 de un tipo de pepino para encurtir, de un tipo de pepino para cortar en rodajas, de un tipo de pepino largo, de un tipo de pepino corto, de pepinos de invernadero europeos, de pepinos de tipo Beit-Alpha, de pepinos de tipo enrejado oriental, tipo de pepinos largos chinos, tipo de pepinos coreanos o tipo de pepinos japoneses. En una realización específica, el pepino es una línea endogámica o un híbrido F1 de un pepino largo, especialmente un pepino europeo de invernadero, o un pepino corto.
[0470] Como se establece en las reivindicaciones anexas, la planta puede ser un híbrido F1 de cruce único o una línea endogámica, que comprende QTL2.1 (o una variante) y en un aspecto comprende además QTL6.1 (o una variante) en forma homocigótica o heterocigótica. En un aspecto, se trata de un híbrido F1 producido mediante el cruce de una planta parental (endogámica) que comprende QTL2.1 (o una variante) y, en un aspecto, que comprende además QTL6.1 (o una variante) en forma homocigótica con una planta parental (endogámica) que carece de QTL2.1 y QTL6.1 (es decir, que carece de fragmentos de introgresión que comprendan los QTL). De esta manera, en un aspecto, el híbrido F1 es heterocigoto para QTL2.1 y, en otro aspecto además, para QTL6.1. En otro aspecto, como se establece en las reivindicaciones anexas, es un híbrido F1 producido cruzando una planta parental (endogámica) que comprende QTL2.1 (o una variante del mismo) y en un aspecto además QTL6.1 (o una variante) en forma homocigótica con una planta parental (endogámica) que también comprende QTL2.1 (o una variante del mismo) y en un aspecto además QTL6.1 (o una variante) en forma homocigótica. De esta manera, en un aspecto, el híbrido F1 es homocigótico para QTL2.1 y, en un aspecto además, para QTL6.1.
[0471] En un aspecto, el híbrido F1 es un tipo de pepino largo, por ejemplo un tipo de pepino de invernadero europeo, adecuado para el cultivo tradicional en invernadero o para el cultivo en alambre alto. En el procedimiento tradicional de cultivo en invernadero, el tallo principal de la planta se conduce hasta un alambre de hierro horizontal que se suspende a una altura de aproximadamente dos metros sobre el suelo. Cuando la planta alcanza esta altura y se adhiere al alambre, se "remata" eliminando su punto de crecimiento para detener una mayor proliferación, con lo que comienzan a desarrollarse los brotes laterales. Estos brotes laterales se dejan crecer hacia abajo hasta una altura de aproximadamente 1 metro por encima del suelo, y luego se les quitan los puntos de crecimiento. A continuación se produce la floración y el desarrollo de los frutos tanto en el tallo como en los brotes laterales o zarcillos, pero los frutos de los zarcillos se desarrollan más tarde que los del tallo. Los frutos se recolectan aproximadamente 6 semanas después de la siembra.
[0472] En el cultivo en alambre alto no se permite que crezcan zarcillos laterales y toda la cosecha proviene del tallo. Variedades específicas han sido desarrolladas por Nunhems que son muy aptas para el cultivo en altura, ya que aportan un gen denominado "compacto", véase el documento WO2009/059777, por ejemplo las variedades High-Jack, Hi-Power, Hi-Lisa. De esta manera, en un aspecto de la invención, la planta de pepino cultivada comprende además el gen compacto descrito en el documento WO2009/059777.
[0473] En otro aspecto, el fragmento de introgresión de la invención está presente en un tipo de pepino largo, tal como la variedad Kasja (Nunhems), que es una variedad de pepino largo que produce frutos de 27-38 cm. Un "tipo de pepino largo" o "plantas de pepino largo" son pepinos de invernadero caracterizados por frutos de al menos aproximadamente 26 cm o 27 cm a 37 o 38 cm de longitud o más (por ejemplo 40 cm, 42 cm o más), preferentemente con formación de frutos partenocárpicos. Ejemplos de tipos de pepinos largos son las variedades Sabrina y Korinda, o las plantas de pepino que reciben una puntuación de 7-9 por la longitud del fruto según el protocolo de la CPVO (véase el punto 19 del anexo 1 de este protocolo). Otras variedades de pepino largo son, por ejemplo, Bodega, Bolonia, Kamaro, Flamingo, Discover, Kalunga, Kasja, Logica, Millagon. Nicola, Milika, Manuela, Frida, Activa, Alaya, Savanna, Sienna, Bella, Sheila, Bornand.
[0474] En un aspecto, el pepino europeo de invernadero es la planta cuyas semillas se depositaron con el número de acceso NCIMB 42545, o la progenie de la misma, por lo que la progenie conserva el fragmento de introgresión que comprende QTL2.1 y, en otro aspecto, además el fragmento de introgresión que comprende QTL6.1 (como detectable por la presencia de uno o más marcadores como se describe en otra parte).
[0475] En otro aspecto, la planta según la invención no es una planta de pepino silvestre o un pariente silvestre de pepino o una variedad autóctona.
[0476] En otro aspecto más, la planta según la invención es un pepino cultivado del grupo del pepino euroasiático, del grupo del pepino de Asia oriental o del grupo del pepino de Xishuangbanna. En otro aspecto, la planta según la invención no es un pepino del grupo de los pepinos de la India.
[0477] En una realización de la invención, como se establece en las reivindicaciones anexas, la planta de pepino cultivada que comprende QTL2.1 (o una variante) y en un aspecto que comprende además QTL6.1 (o una variante) produce frutos sin semillas sin polinización, es decir, es partenocárpica. Tales frutas sin semillas también se divulgan en la presente memoria.
[0478] En una realización adicional de la invención, la planta de pepino cultivada que comprende QTL2.1 (o una variante) y en un aspecto que comprende además QTL6.1 (o una variante) es principalmente ginóica o totalmente ginóica.
[0479] En una realización adicional de la invención, la planta de pepino cultivada que comprende QTL2.1 (o una variante) y en un aspecto que comprende además QTL6.1 (o una variante) es uniforme y genéticamente estable con respecto a las características morfológicas de los frutos producidos por dicha planta, por ejemplo con respecto a la forma del fruto, el color del fruto, el grosor de la piel, las verrugas, etc.
[0480] Las características del fruto, tales como la longitud promedio del fruto, el diámetro promedio del fruto, el espesor de la piel, la presencia/ausencia de verrugas, la espinosidad, la dureza de la piel, el color de la piel, la forma del cuello del fruto, el ahusamiento del fruto, la forma de la sección transversal media, la presencia o ausencia de semillas (partenocarpia), etc. dependen del tipo de pepino, es decir, del fondo genético cultivado (reserva genética) en el que se introgresa(n) el(los) QTL(s). De esta manera, en función del tipo de pepino, se incluyen en la presente memoria diversas formas, tamaños y tipos de frutos. En un aspecto divulgado en la presente memoria, los frutos no tienen semillas.
[0481] Los dos tipos principales de frutos de pepino que se cultivan comercialmente hoy en día en los Estados Unidos son el tipo de mercado fresco (para cortar en rodajas) y el tipo de procesamiento (encurtido). Las variedades y los procedimientos de producción suelen adaptarse al uso final. Los pepinos para cortar en rodajas suelen ser más largos, más grandes y tienen una piel más oscura y gruesa, mientras que los pepinos para encurtir o procesar tienen un fruto más corto, una piel más fina con una pulpa interior que los hace más aptos para el encurtido. Las variedades sin semillas suelen ser preferibles tanto para el mercado fresco como para el encurtido, ya que las semillas grandes y en desarrollo no son apetecibles.
[0482] En un aspecto, la planta de la invención es de tipo encurtido (tipo de procesado) y produce frutos que en la madurez comestible y/o tamaño comercializable tienen una longitud promedio del fruto de al menos 10 cm, o al menos 11 cm, o al menos 12 cm, o al menos 13 cm y/o una proporción longitud/diámetro del fruto de al menos 2, al menos 2,5, al menos 3, o más.
[0483] En un aspecto diferente, la planta de la invención es de tipo mercado fresco, por ejemplo, de tipo pepino largo o de tipo para cortar en rodajas, y produce frutos que tienen una longitud promedio del fruto en la madurez comestible y/o tamaño comercializable que es mayor que la del tipo encurtido, por ejemplo, al menos 15 cm, 16 cm, 17 cm, 18 cm, 19 cm, 20 cm, 25 cm, 26 cm, 27 cm, 28 cm, 29 cm, 30 cm, 32 cm, 40 cm, o más. En un aspecto, la proporción longitud/diámetro del fruto es de al menos 3,5, preferentemente de al menos 4, 5, 6 o más.
[0484] En un aspecto, la planta de pepino es de tipo pepino largo y comprende QTL2.1 (y carece de QTL2.2) y tiene una longitud promedio del fruto en madurez comestible y/o tamaño comercializable de al menos 30 cm, preferentemente al menos 31 cm o al menos 32, 33, 34, 35, 36, 37 o 38 cm. Opcionalmente, puede comprender además el QTL6.1. QTL2.1 y/o QTL6.1 se pueden obtener de NCIMB42545.
[0485] En un aspecto preferido la planta de la invención es de tipo pepino largo que produce frutos de tamaño comercializable, especialmente frutos sin semillas. También se abarcan en la presente memoria los frutos de tamaño comercializable y partes de los mismos, así como los productos alimenticios o piensos que los contengan. En un aspecto descrito en la presente memoria, los marcadores SNP son detectables en frutas, partes de frutas o productos alimenticios o piensos que los contengan.
[0486] En un aspecto la planta es un pepino indeterminado. En otro aspecto, el pepino es determinado.
[0487] También se proporcionan en la presente memoria semillas a partir de las cuales puede cultivarse una planta según la invención, y se describen frutos de pepino cosechados a partir de una planta según la invención. Éstos comprenden el(los) QTL de su genoma y, por lo tanto, pueden distinguirse de otros frutos por la presencia de uno o más de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria.
[0488] En un aspecto los frutos están exentos de amargor (seleccionados de entre los grupos amargo y exento de amargor) en la madurez comestible y/o en el tamaño comercializable de los frutos.
[0489] En un aspecto adicional, el fruto tiene una piel fina (seleccionada entre los grupos grueso y fino) en la madurez comestible y/o en el tamaño comercializable de los frutos.
[0490] En una realización diferente, el(los) QTL se introgresa(n) en un tipo de pepino denominado "compacto", como se describe en el documento US8710303B2. De esta manera, las plantas de pepino según la invención comprenden el gen compacto según se describe en el documento US8710303B2 en forma homocigótica o heterocigótica, por ejemplo, tal como está presente en las variedades Hi-Jack, Hi-Power, Hi-Lisa y otras (variedades Nunhems).
[0491] Otro aspecto descrito en la presente memoria es una célula vegetal, tejido o parte de una planta o de una semilla según la invención que comprende al menos un cromosoma 2 recombinante y, en otro aspecto, además, al menos un cromosoma 6 recombinante, en el que dicho cromosoma 2 o 6 recombinante comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino y en el que dicho fragmento de introgresión comprende un QTL que confiere un rendimiento de frutos potenciado.
[0492] También se divulga en la presente memoria el uso de un cromosoma 2 y/o 6 recombinante que comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre de pepino (dicho fragmento de introgresión que comprende un alelo que confiere un rendimiento de frutos potenciado) para la obtención de variedades de pepino que tienen un rendimiento de frutos potenciado. En un aspecto divulgado en la presente memoria, dichos cromosomas 2 y/o 6 recombinantes son el cromosoma 2 recombinante y/o el cromosoma 6 recombinante como se encuentran en las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB 42545, o se derivan de dicho cromosoma recombinante (por ejemplo, es un fragmento más pequeño del fragmento de introgresión que se encuentra en dichas semillas).
[0493] Asimismo, se divulga en la presente memoria el uso de un cromosoma 2 y/o 6 tal como se encuentra en semillas depositadas con el número de acceso NCIMB 42545, o en progenie de las mismas, para generar una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión en dicho cromosoma 2 y/o 6, en el que dicho fragmento de introgresión confiere un rendimiento de frutos potenciado en comparación con la planta de pepino de control que carece de dicho fragmento de introgresión, tal como el control genético o una línea o variedad de mejoramiento de control. En un aspecto divulgado en la presente memoria, las plantas cultivadas a partir de semillas depositadas bajo NCIMB42345 pueden usarse como control.
[0494] De forma similar, se divulga en la presente memoria el uso de plantas cultivadas a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB 42545 o progenie de las mismas, para generar una planta de pepino cultivada que comprende un rendimiento de frutos potenciado, en el que dicho rendimiento de frutos potenciado es conferido por un fragmento de introgresión obtenido a partir del cromosoma 2 y/o 6 de dichas plantas o progenie de las mismas.
[0495] También se divulga en la presente memoria un procedimiento para identificar (o detectar) una planta o parte de planta cultivada deC. sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2, opcionalmente en el que dicho fragmento de introgresión es tal como se encuentra en NCIMB 42545 o un fragmento más pequeño derivado del mismo, que comprende:
[0496] a) proporcionar una planta o partes de la plantaC. sativusvar.sativuscultivada o ADN de tal planta o parte de la planta,
[0497] b) cribar dicha planta, parte de planta o ADN utilizando un ensayo de marcador molecular que detecta al menos un marcador SNP seleccionado del grupo que consiste en: SNP_01 a SNP_26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2; y
[0498] c) identificar y/o seleccionar una planta que comprenda
[0499] i) al menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 , 9, 10 o más de los marcadores SNP de SNP_01 a SNP_26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2; o
[0500] ii) al menos 2, 3, 45, 6, 7, 8 , 9, 10 o más marcadores consecutivos seleccionados entre SNP_01 y SNP_ 26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2; o iii) al menos 1, 2, 3, 45, 6, 7, 8 o más marcadores de un grupo, dicho grupo que consiste en SNP_01 a SNP_10; SNP_10 a SNP_20; SNP_20 a SNP_26; SNP_06 a SNP_23; o iv) al menos 2, 3, 45, 6, 7, 8 o más marcadores consecutivos de un grupo, dicho grupo que consiste en SNP_01 a SNP_10; SNP_10 a SNP_20; SNP_20 a SNP_26; SNP_06 a SNP_23.
[0501] Además, se divulga en la presente memoria un procedimiento de producción de plantas híbridas F1 de C.sativusque comprenden un fragmento de introgresión que confiere un rendimiento de frutos potenciado que comprende:
[0502] a) proporcionar una primera planta endogámica de pepino que comprenda un cromosoma 2 recombinante en forma homocigótica que tenga un fragmento de introgresión que comprenda un alelo que confiera un rendimiento potenciado, opcionalmente en el que dicho fragmento de introgresión sea como en NCIMB 42545 o un fragmento más pequeño,
[0503] b) proporcionar una segunda planta endogámica de pepino,
[0504] c) cruzar dicha planta de pepino de a) con dicha planta de pepino de b),
[0505] d) recolectar semillas híbridas F1 de dicho cruzamiento.
[0506] Las semillas híbridas F1 recolectadas también se describen en la presente memoria.
[0507] En otro aspecto se divulga en la presente memoria un procedimiento para generar progenie de NCIMB 42545, comprendiendo dicho procedimiento:
[0508] a) cultivo de una planta a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB 42545; b) autofecundación de dicha planta una o más veces o cruce de dicha planta una o más veces con otra planta de pepino para generar semillas de progenie;
[0509] c) cribado de dichas semillas o plantas de progenie cultivadas a partir de dichas semillas o partes de las semillas o plantas usando un ensayo de marcador molecular que detecta al menos un marcador SNP seleccionado del grupo que consiste en:
[0510] SNP_01 a SNP_26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2;
[0511] d) identificar y/o seleccionar una planta progenie que comprenda
[0512] i) al menos 1 de los marcadores SNP de SNP_01 a SNP_26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2; o
[0513] ii) al menos 2, 3 o 4 marcadores consecutivos seleccionados entre SNP_1 y SNP_26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2; o
[0514] iii) al menos 1, 2 o 3 marcadores de un grupo de marcadores que consiste en SNP_1 a SNP_10; SNP_10 a SNP_20; SNP_20 a SNP_26; SNP_06 a SNP_23 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2; o
[0515] iv) al menos 2, 3 o 4 marcadores consecutivos de un grupo de marcadores que consiste en SNP_1 a SNP_10; SNP_10 a SNP_20; SNP_20 a SNP_26; SNP_06 a SNP_23 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2.
[0516] La planta de pepino en la etapa b es preferentemente un pepino cultivado, tal como un pepino de invernadero europeo o tipo pepino largo.
[0517] El procedimiento comprende opcionalmente además la etapa de identificar una planta progenie que tiene un rendimiento de frutos potenciado en comparación con el control.
[0518] También se divulga en la presente memoria una planta progenie generada por el procedimiento anterior. La planta progenie puede comprender un fragmento de introgresión más corto que el encontrado en NCIMB 42545, que conserva el QTL2.1.
[0519] También un procedimiento para identificar (o detectar) una planta o parte de plantaC.sativusvar.sativuscultivada que comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 se divulga en la presente memoria, opcionalmente en la que dicho fragmento de introgresión es tal como se encuentra en NCIMB 42545 o un fragmento más pequeño derivado del mismo, que comprende:
[0520] a) proporcionar una plantaC. sativusvar.sativuscultivada o partes de la planta o ADN de dicha planta o parte de la planta,
[0521] b) cribar dicha planta, parte de planta o ADN usando un ensayo de marcador molecular que detecta al menos un marcador SNP seleccionado del grupo que consiste en:
[0522] SNP_27 a SNP_40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6; y
[0523] c) identificar y/o seleccionar una planta que comprenda
[0524] i) al menos 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8 , 9, 10 o más de los marcadores SNP de SNP_27 a SNP_40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6; o
[0525] ii) al menos 2, 3, 45, 67, 8 , 9, 10 o más marcadores consecutivos seleccionados entre SNP_27 y SNP_ 40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6; o iii) al menos 1, 2, 3, 45, 6 o más marcadores de un grupo, dicho grupo que consiste en SNP_27 a SNP_33; SNP_33 a SNP_40; SNP_29 a SNP_38; o
[0526] iv) al menos 2, 3, 45, 6, 7, 8 o más marcadores consecutivos de un grupo, dicho grupo que consiste en SNP_27 a SNP_33; SNP_33 a SNP_40; SNP_29 a SNP_38.
[0527] Además, se divulga un procedimiento de producción de plantas híbridas C.sativusF1 que comprenden un fragmento de introgresión que confiere un rendimiento de frutos potenciado que comprende:
[0528] a) proporcionar una primera planta endogámica de pepino que comprenda un cromosoma 2 recombinante en forma homocigótica que tenga un fragmento de introgresión que comprenda un alelo que confiera un rendimiento potenciado, opcionalmente en el que dicho fragmento de introgresión sea como en NCIMB 42545 o un fragmento más pequeño,
[0529] b) proporcionar una segunda planta endogámica de pepino,
[0530] c) cruzar dicha planta de pepino de a) con dicha planta de pepino de b),
[0531] d) recolectar semillas híbridas F1 de dicho cruzamiento.
[0532] Las semillas híbridas F1 recolectadas también se divulgan en la presente memoria.
[0533] En otro aspecto se divulga un procedimiento para generar progenie de NCIMB 42545, comprendiendo dicho procedimiento:
[0534] a) cultivo de una planta a partir de semillas depositadas con el número de acceso 42545;
[0535] b) autofecundación de dicha planta una o más veces o cruce de dicha planta una o más veces con otra planta de pepino para generar semillas de progenie;
[0536] c) cribado de dichas semillas o plantas de progenie cultivadas a partir de dichas semillas o partes de las semillas o plantas usando un ensayo de marcadores moleculares que detecte al menos un marcador SNP seleccionado del grupo que consiste en: SNP_27 a SNP_40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6;
[0537] c) identificar y/o seleccionar una planta progenie que comprenda
[0538] i) al menos 1 de los marcadores SNP de SNP_27 a SNP_40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6; o
[0539] ii) al menos 2, 3 o 4 marcadores consecutivos seleccionados entre SNP_27 y SNP_ 40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6; o
[0540] iii) al menos 1, 2 o 3 marcadores de un grupo de marcadores que consiste en SNP_27 a SNP_33; SNP_33 a SNP_40; SNP_29 a SNP_38; para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6; o
[0541] iv) al menos 2, 3 o 4 marcadores consecutivos de un grupo de marcadores que consiste en SNP_27 a SNP_33; SNP_33 a SNP_40; SNP_29 a SNP_38 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6.
[0542] La planta de pepino en la etapa b es preferentemente un pepino cultivado, tal como un pepino de invernadero europeo o tipo pepino largo.
[0543] El procedimiento comprende opcionalmente además la etapa de identificar una planta progenie que tiene un rendimiento de frutos potenciado en comparación con el control.
[0544] También se describe en la presente memoria una planta progenie generada por cualquiera de los procedimientos anteriores. La planta progenie puede comprender un fragmento de introgresión más corto que el encontrado en NCIMB 42545, que conserva el QTL2.1 y/o el QTL6.1.
[0545] También se divulgan en la presente memoria recipientes y envases que contienen o comprenden semillas a partir de las cuales pueden cultivarse plantas de la invención. Estas pueden etiquetarse como que contienen semillas de pepino cultivadas que producen un rendimiento de frutos potenciado o elevado.
[0546] También se proporcionan semillas de progenie y plantas de progenie de plantas de la invención, que retienen la introgresión en el cromosoma 2 y en un aspecto además un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 que comprende el(los) QTL(s) de rendimiento, o que comprende una introgresión más pequeña (por ejemplo derivable del fragmento de introgresión como está presente en NCIMB 42545) que todavía confiere rendimiento potenciado. La progenie puede ser cualquier generación obtenida por autofecundación de una planta de pepino según la invención y/o por cruzamiento de una planta de pepino según la invención con otra planta de pepino una o más veces. La progenie es, por lo tanto, la generación (semillas) producida a partir del primer cruce (F1) o de la autofecundación (S1), o cualquier otra generación producida mediante el cruce y/o la autofecundación (F2, F3, etc.) y/o el retrocruzamiento (BC1, BC2, etc.) de una o más plantas seleccionadas de la generación F1 y/o S1 y/o BC1 (o de plantas de cualquier otra generación, por ejemplo la F2) con otra planta de pepino (y/o con un pariente silvestre del pepino). La progenie se selecciona preferentemente para conservar el cromosoma 2 recombinante y, en un aspecto, además un fragmento de introgresión en el cromosoma 6 que comprende el fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino (que comprende el (los) QTL de rendimiento). De esta manera, la progenie también presenta el fenotipo de mayor rendimiento, preferiblemente al menos el mismo rendimiento que la planta usada en el cruce inicial o la autofecundación. La presencia (o la retención) del fragmento de introgresión que comprende el QTL puede determinarse fenotípicamente, y/o usando el(los) ensayo(s) de marcadores moleculares descritos en la presente memoria. En cuanto a la evaluación fenotípica, por supuesto hay que tener en cuenta la naturaleza dominante del QTL.
[0547] En un aspecto adicional se proporcionan partes de las plantas de pepino según la invención. Las partes incluyen por ejemplo células y cultivos celulares, cultivos de tejidos, tejidos vegetativos de plantas (hojas, raíces, etc.), flores, polen, embriones, frutos, partes de frutos, etc. Las partes de la planta comprenden el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6, como se describe, y como puede detectarse usando uno o más de los ensayos de marcadores descritos. Asimismo, cuando se regeneran plantas completas a partir de tales partes de pepino, tales como células, cultivos celulares o de tejidos, las plantas regeneradas comprenden el cromosoma 2 y/o 6 recombinante, y el fenotipo de rendimiento.
[0548] De esta manera, también se proporciona una célula vegetal, tejido o parte de una planta o de una semilla según la invención que comprende al menos un cromosoma 2 y/o 6 recombinante, en el que dicho cromosoma 2 y/o 6 recombinante comprende un fragmento de introgresión procedente de un pariente silvestre de la planta de pepino y en la que dicho fragmento de introgresión comprende un alelo que confiere un rendimiento de fruto potenciado.
[0549] También se divulgan en la presente memoria cultivos celularesin vitroy cultivos de tejidosin vitro, de células o tejidos que comprenden un cromosoma 2 y/o 6 recombinante descrito. Preferentemente las células o los tejidos pueden regenerarse en una planta de pepino completa, es decir, las células son células regenerables y los tejidos comprenden células regenerables. De esta manera, también las propagaciones vegetativas de las plantas según la invención se divulgan en la presente memoria. De esta manera, se divulga una planta de pepino cultivada de propagación vegetativa que comprende un cromosoma 2 y/o 6 recombinante como se describe en la presente memoria. En un aspecto diferente, en la presente memoria se describen células no propagadoras que comprenden QTL2.1 y/o QTL6.1, así como tejidos que comprenden tales células.
[0550] En un aspecto específico se divulga un fruto de pepino cosechado de una planta según la invención. Los frutos de pepino comercializables, especialmente para el mercado fresco (para cortar en rodajas), se clasifican generalmente según el tamaño del fruto y sus características de calidad tras la cosecha. Véase, por ejemplo, United States Standards for Grades of Cucumbers, US Department of Agriculture, Effective March 1, 1985 and reprinted January 1997. En la presente memoria se distinguen diferentes calidades de pepinos. De esta manera, en un aspecto se proporcionan frutos recolectados de calidad U.S. Fancy, calidad U.S. Extra No.1, calidad U.S. No. 1, calidad U.S. No. 1 Pequeño, calidad U.S. No. 1 Grande, calidad U.S. No. 2. También se divulgan recipientes o envases que comprenden o consisten en frutos de pepino cosechados. De nuevo, las células de los frutos se distinguen de otros frutos de pepino por la presencia del cromosoma 2 y/o 6 recombinante (según se determine en uno o más de los ensayos de marcadores moleculares).
[0551] En otro aspecto, el pepino es del tipo pepino largo y los frutos recolectados y opcionalmente procesados (por ejemplo, en rodajas o en dados) se describen en la presente memoria .
[0552] En otro aspecto, el pepino es de tipo encurtido y los frutos recolectados y opcionalmente encurtidos se describen en la presente memoria.
[0553] La invención también proporciona un producto alimenticio o pienso que comprende o consiste en una parte vegetal descrita en la presente memoria preferentemente un fruto de pepino o parte del mismo y/o un extracto de una parte de la planta descrita en la presente memoria. El producto alimenticio o pienso puede ser fresco o procesado, por ejemplo, encurtido, enlatado, cocido al vapor, hervido, frito, escaldado y/o congelado, etc. Por ejemplo, también se divulgan en la presente memoria recipientes tales como latas, cajas, cajones, bolsas, cartones, envases de atmósfera modificada, películas (por ejemplo, películas biodegradables), etc. que comprenden partes de plantas tales como frutas o partes de frutas (frescas y/o procesadas) descritas en la presente memoria.
[0554] Procedimientos y usos descritos en la presente memoria
[0555] Un aspecto adicional descrito en la presente memoria es un procedimiento de producción de una nueva planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6 (que confiere rendimiento potenciado) en forma homocigótica o heterocigótica, tal como se describe. El procedimiento comprende el cruzamiento de una planta de la invención, o una planta progenie de la misma, ya sea como parental masculino o femenino, con una segunda planta de pepino (o un pariente silvestre del pepino) una o más veces, y/o autofecundar una planta de pepino según la invención, o una planta progenie de la misma, una o más veces, y seleccionar la progenie de dicho cruzamiento y/o autofecundación.
[0556] De esta manera, se divulga en la presente memoria un procedimiento para transferir el cromosoma 2 y/o 6 recombinante, que comprende el QTL2.1 de rendimiento y/o el QTL6.1 respectivamente, de una planta de pepino (cultivada) a otra planta de pepino (cultivada), especialmente a variedades de pepino o líneas de mejoramiento para las que debe aumentarse el rendimiento de frutos.
[0557] El procedimiento comprende las etapas de:
[0558] a) proporcionar una primera planta de pepino que comprenda al menos un cromosoma 2 y/o 6 recombinante que tenga un fragmento de introgresión que comprende un alelo que confiere un rendimiento de fruto potenciado en forma homocigótica,
[0559] b) proporcionar una segunda planta cultivada de pepino, especialmente una planta que tenga un cromosoma 2 y/o 6 recombinante de tipo silvestre (no recombinante),
[0560] c) cruzar dicha planta de pepino de a) con dicha planta de pepino de b),
[0561] d) recolectar semillas híbridas F1 de dicho cruce, y
[0562] e) opcionalmente autofecundar la planta cultivada a partir de dichas semillas híbridas F1 para producir semillas F2 o generaciones de autofecundación adicionales, y seleccionar opcionalmente las semillas F2 o las semillas de generaciones de autofecundación adicionales que tengan el cromosoma 2 y/o 6 recombinante, y,
[0563] f) opcionalmente, cruzar además con plantas cultivadas a partir de dichas semillas autofecundadas F1 o F2 o de generaciones posteriores para producir una planta de pepino que tenga buenas características agronómicas y que comprenda el fragmento de introgresión en forma homocigótica o heterocigótica.
[0564] La presencia o ausencia del cromosoma 2 y/o 6 recombinante, y del fragmento de introgresión, puede determinarse mediante uno o más de los ensayos de marcadores moleculares descritos en la presente memoria y/o determinando si el rendimiento aumenta significativamente en comparación con la planta de la etapa b). El mejoramiento adicional en la etapa f) puede comprender autofecundación, cruzamiento, producción de doble haploide, retrocruzamiento, y combinaciones de los mismos (por ejemplo, retrocruzamiento y autofecundación), etc. Las plantas, partes de plantas y semillas obtenibles por el procedimiento anterior se divulgan en la presente memoria. En un aspecto, la planta de la etapa a) puede ser una planta cultivada a partir de semillas depositadas bajo NCIMB42545, o progenie de las mismas, o una planta que comprenda el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6 tal como está presente en las semillas depositadas bajo NCIMB42545, o un fragmento más corto de dicho fragmento.
[0565] También se divulga un procedimiento para producir plantas híbridas F1 de pepino cultivado que comprenden un QTL de rendimiento en el cromosoma 2 y/o 6 que comprende:
[0566] a) proporcionar una primera planta endogámica de pepino que comprenda al menos un cromosoma 2 y/o 6 recombinante que comprenda un fragmento de introgresión que comprenda un QTL de rendimiento seleccionado entre QTL2.1 o una variante del mismo y/o QTL6.1 o una variante del mismo,
[0567] b) proporcionar una segunda planta endogámica de pepino que carezca de QTL2.1 y QTL6.1; o que comprenda al menos un cromosoma 2 y/o 6 recombinante que comprenda un fragmento de introgresión que comprenda un QTL de rendimiento seleccionado entre QTL2.1 o una variante del mismo y/o QTL6.1 o una variante del mismo,
[0568] c) cruzar dicha planta de pepino de a) con dicha planta de pepino de b),
[0569] d) recolectar semillas híbridas F1 de dicho cruzamiento.
[0570] La planta de pepino endogámica de a) y b) puede ser homocigótica y/o heterocigótica para el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6, y puede contener fragmentos de introgresión de diferentes tamaños y/o de diferente origen, es decir, de diferentes parientes silvestres del pepino. Así, por ejemplo, el fragmento de introgresión en a) puede ser el mismo o un fragmento de introgresión diferente al de b). En un aspecto divulgado en la presente memoria, la planta endogámica de pepino de a) comprende QTL2.1 o una variante del mismo y/o QTL6.1 o una variante del mismo en forma homocigótica y/o la planta endogámica de pepino de b) comprende QTL2.1 o una variante y/o QTL6.1 o una variante del mismo en forma homocigótica. En un aspecto divulgado en la presente memoria, el fragmento de introgresión que comprende QTL2.1 y/o QTL6.1 es el fragmento que se encuentra en NCIMB42545 o un fragmento más pequeño del mismo.
[0571] En un aspecto divulgado en la presente memoria, las plantas cultivadas a partir de la línea NCIMB42545, o progenie de la misma, por ejemplo obtenidas por autofecundación y/o cruzamiento y que retienen QTL2.1 y/o QTL6.1 preferentemente en forma homocigótica, se usan como línea parental para la producción de semillas híbridas F1.
[0572] Las semillas híbridas F1 comprenden preferentemente al menos un cromosoma 2 y/o 6 recombinante y las plantas F1 cultivadas a partir de las semillas producen por lo tanto un rendimiento de frutos potenciado en comparación con el control, por ejemplo el control genético.
[0573] Las plantas y semillas obtenibles por el procedimiento anterior se divulgan en la presente memoria.
[0574] En un aspecto diferente, se divulga un procedimiento para producir una planta cultivada de pepino que comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6, en el que dicho fragmento de introgresión comprende un QTL de rendimiento, comprendiendo dicho procedimiento las etapas:
[0575] a) proporcionar una primera planta de pepino cultivada,
[0576] b) proporcionar un segundo pariente silvestre de pepino, en el que dicha planta comprende el QTL2.1 (o una variante del mismo) y/o el QTL6.1 (o una variante del mismo) determinable por la presencia de uno o más marcadores SNP según se describe en la presente memoria,
[0577] c) cruzar dicha planta de pepino de a) con dicha planta de pepino de b),
[0578] d) recolectar semillas F1 de dicho cruzamiento y retrocruzar una planta F1 con la planta de pepino de a) para producir una población de retrocruzamiento (BC1), o autofecundar dichas plantas F1 una o más veces para producir una población de autofecundación F2 o F3 o de generación superior. e) opcionalmente retrocruzar una planta de d) una o más veces con la planta de pepino de a) para producir una población de retrocruzamiento de generación superior, y
[0579] f) identificar una planta de autofecundación F2, F3 o de generación superior, o de retrocruzamiento BC1 o de generación superior que comprende una introgresión en el cromosoma 2 y/o 6, en el que dicho fragmento de introgresión comprende QTL2.1 (o una variante del mismo) y/o QTL6.1 (o una variante del mismo).
[0580] Cuando se hace referencia a poblaciones de retrocruzamiento en el procedimiento, las poblaciones de retrocruzamiento también pueden ser autofecundadas, es decir, BC1S1, BC1S2, BC2S1, BC2S2, u otras. En una o más de las etapas b) a f), la presencia del QTL (o del fragmento de introgresión que comprende el QTL) puede comprobarse (y las plantas pueden seleccionarse) realizando un ensayo de marcadores moleculares como se describe en otra parte de la presente memoria.
[0581] Usando este procedimiento, se pueden generar y/o seleccionar nuevas plantas cultivadas de pepino que comprenden una introgresión con QTL 2.1 (o una variante) y/o QTL6.1(o una variante de los mismos) de una fuente silvestre, tal como un pariente silvestre de pepino. En un aspecto, ambos QTL proceden de la misma accesión de pariente silvestre de pepino.
[0582] En un aspecto se divulga en la presente memoria, el procedimiento para producir una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o cromosoma 6, en el que dicho(s) fragmento(s) de introgresión comprende(n) un QTL de rendimiento, comprende las etapas:
[0583] a) proporcionar una primera planta de pepino cultivada,
[0584] b) proporcionar un segundo pariente silvestre de pepino que comprenda uno o más de los marcadores SNP proporcionados en la presente memoria,
[0585] c) cruzar dicha planta de a) con dicha planta de b),
[0586] d) recolectar las semillas F1 de dicho cruzamiento y retrocruzar una planta F1 con la planta de pepino de a) para producir una población de retrocruzamiento (BC1), o autofecundar dichas plantas F1 una o más veces para producir una población F2 o F3,
[0587] e) opcionalmente autofecundar la población de retrocruzamiento para producir, por ejemplo, una población BC1S1 o BC1S2,
[0588] f) identificar una planta F2, F3, BC1, BC1S1, o BC1S2 que comprenda los (uno o más) marcadores SNP y/o cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre los marcadores SNP.
[0589] También se divulga un procedimiento para identificar un pariente silvestre del pepino que comprende un QTL de rendimiento en el cromosoma 2, comprendiendo dicho procedimiento:
[0590] A) proporcionar un pariente silvestre de una accesión de pepino o varias accesiones;
[0591] B) cribar dichas accesión(es) usando un ensayo de marcador molecular que detecta al menos un (o al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más) marcador SNP seleccionado del grupo que consiste en: SNP_01 a SNP_26 (o de subgrupos de marcadores SNP, tales como SNP_01 a SNP_10; SNP_10 a SNP_20; SNP_20 a SNP_26; SNP_06 a SNP_23);
[0592] C) identificar y/o seleccionar una accesión de b) que comprende al menos uno o más de los siguientes marcadores:
[0593] a) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_01 en SEQ ID NO: 1 (o en una variante del mismo).
[0594] b) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_02 en SEQ ID NO: 2 (o en una variante del mismo).
[0595] c) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_03 en SEQ ID NO: 3 (o en una variante del mismo).
[0596] d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_04 en SEQ ID NO: 4 (o en una variante del mismo).
[0597] e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_05 en SEQ ID NO: 5 (o en una variante del mismo).
[0598] f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_06 en SEQ ID NO: 6 (o en una variante del mismo).
[0599] g) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_07 en SEQ ID NO: 7 (o en una variante del mismo).
[0600] h) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_08 en SEQ ID NO: 8 (o en una variante del mismo).
[0601] i) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_09 en SEQ ID NO: 9 (o en una variante del mismo).
[0602] j) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10 (o en una variante del mismo).
[0603] k) el genotipo GG o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_11 en SEQ ID NO: 11 (o en una variante del mismo).
[0604] l) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_12 en SEQ ID NO: 12 (o en una variante del mismo).
[0605] m) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_13 en SEQ ID NO: 13 (o en una variante del mismo).
[0606] n) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_14 en SEQ ID NO: 14 (o en una variante del mismo).
[0607] o) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_15 en SEQ ID NO: 15 (o en una variante del mismo).
[0608] p) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_16 en SEQ ID NO: 16 (o en una variante del mismo).
[0609] q) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_17 en SEQ ID NO: 17 (o en una variante del mismo).
[0610] r) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_18 en SEQ ID NO: 18 (o en una variante del mismo).
[0611] s) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_19 en SEQ ID NO: 19;
[0612] t) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20 (o en una variante del mismo).
[0613] u) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_21 en SEQ ID NO: 21 (o en una variante del mismo).
[0614] v) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_22 en SEQ ID NO: 22 (o en una variante del mismo).
[0615] w) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_23 en SEQ ID NO: 23 (o en una variante del mismo).
[0616] x) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_24 en SEQ ID NO: 24 (o en una variante del mismo).
[0617] y) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_25 en SEQ ID NO: 25 (o en una variante del mismo).
[0618] z) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_26 en SEQ ID NO: 26 (o en una variante del mismo).
[0619] aa) cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_01 y el SNP_26; y opcionalmente
[0620] D) introgresión de dicho QTL de dicha accesión silvestre en el pepino cultivado (por ejemplo, mediante retrocruzamiento).
[0621] En las etapas B), C) y D) también se pueden usar otras pruebas de marcadores moleculares descritas en la presente memoria. Con este procedimiento se puede, de esta manera, cribar parientes silvestres de pepino para detectar la presencia de uno o más de los marcadores y, de esta manera, la presencia del QTL2.1 (o una variante del mismo) e introgresar el QTL en plantas de pepino cultivadas. En la presente memoria también se divulgan las plantas y semillas obtenidas por este procedimiento.
[0622] También se divulga en la presente memoria un procedimiento para identificar una planta de pepino silvestre que comprende QTL de rendimiento en el cromosoma 6, comprendiendo dicho procedimiento:
[0623] A) proporcionar un pariente silvestre de una accesión de pepino o varias accesiones;
[0624] B) cribar dicha(s) accesión(es) usando un ensayo de marcador molecular que detecta al menos un (o al menos 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 o más) marcador SNP seleccionado del grupo que consiste en: SNP_27 a SNP_40 (o de subgrupos de marcadores SNP, tales como SNP_27 a SNP_33; SNP_33 a SNP_40; SNP_29 a SNP_38);
[0625] C) identificar y/o seleccionar una accesión de b) que comprende al menos uno o más de los siguientes marcadores:
[0626] a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_27 en SEQ ID NO: 27 (o en una variante del mismo).
[0627] b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_28 en SEQ ID NO: 28 (o en una variante del mismo).
[0628] c) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_29 en SEQ ID NO: 29 (o en una variante del mismo).
[0629] d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_30 en SEQ ID NO: 30 (o en una variante del mismo).
[0630] e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_31 en SEQ ID NO: 31 (o en una variante del mismo).
[0631] f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_32 en SEQ ID NO: 32 (o en una variante del mismo).
[0632] g) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33 (o en una variante del mismo).
[0633] h) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_34 en SEQ ID NO: 34 (o en una variante del mismo).
[0634] i) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_35 en SEQ ID NO: 35 (o en una variante del mismo).
[0635] j) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_36 en SEQ ID NO: 36 (o en una variante del mismo).
[0636] k) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_37 en SEQ ID NO: 37 (o en una variante del mismo).
[0637] l) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_38 en SEQ ID NO: 38 (o en una variante del mismo).
[0638] m) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_39 en SEQ ID NO: 39 (o en una variante del mismo).
[0639] n) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_40 en SEQ ID NO: 40 (o una variante del mismo).
[0640] o) cualquier pariente silvestre del pepino con un marcador específico del genoma entre el marcador SNP_27 y el SNP_40. y opcionalmente
[0641] D) introgresión de dicho QTL de dicha accesión silvestre en el pepino cultivado (por ejemplo, mediante retrocruzamiento).
[0642] En las etapas B), C) y D) también se pueden usar otras pruebas de marcadores moleculares descritas en otra parte de la presente memoria. Con este procedimiento se puede, de esta manera, cribar parientes silvestres de pepino para detectar la presencia de uno o más de los marcadores y, de esta manera, la presencia del QTL6.1 (o una variante del mismo) e introgresar el QTL en plantas de pepino cultivadas. También se divulgan plantas y semillas obtenidas por este procedimiento.
[0643] En aún otro aspecto divulgado se proporciona un procedimiento para identificar una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6, en el que dicho fragmento de introgresión comprende un QTL de rendimiento, comprendiendo dicho procedimiento: cribado de una planta de pepino cultivada o una población de plantas de pepino cultivadas o partes de tales plantas de pepino (por ejemplo, frutos, células, ADN) usando un ensayo de marcadores moleculares que detecta al menos un marcador SNP (preferentemente 2, 3, 4, 5 o más; preferentemente marcadores SNP consecutivos) indicativo de (ligado a) QTL2.1 y/o QTL6.1 como se describe en otra parte de la presente memoria.
[0644] En este procedimiento se pueden usar otras pruebas de marcadores moleculares descritas en otras partes de la presente memoria. De esta manera, mediante el uso de este procedimiento se puede detectar la presencia de un fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o 6 y que comprende QTL2.1 y/o QTL.1QTL QTL.1en plantas o partes de plantas de pepino cultivadas.
[0645] En otro aspecto más, se divulga un procedimiento para detectar si una planta de pepino cultivada comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2, en el que dicho fragmento de introgresión comprende QTL2.1, comprendiendo dicho procedimiento:
[0646] a) proporcionar una planta de pepino o una parte de ella cultivada,
[0647] b) cribar dicha planta o dicha parte de la planta (o ADN obtenido a partir de dicha planta o parte de la planta) mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecte al menos un marcador SNP (preferentemente al menos 2, 3, 4, 5 o más) seleccionado del grupo que consiste en: SNP_01 a SNP_26 y/o cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_01 y SNP_26.
[0648] En otro aspecto más, se divulga un procedimiento para detectar si una planta de pepino cultivada comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 6, en el que dicho fragmento de introgresión comprende QTL6.1, comprendiendo dicho procedimiento:
[0649] a) proporcionar una planta de pepino o una parte de ella cultivada,
[0650] b) cribar dicha planta o dicha parte de la planta (o ADN obtenido a partir de dicha planta o parte de la planta) mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecte al menos un marcador SNP (preferentemente al menos 2, 3, 4, 5 o más) seleccionado del grupo que consiste en: SNP_27 a SNP_40 y/o cualquier pariente silvestre del marcador específico del genoma del pepino entre el marcador SNP_27 y SNP_40.
[0651] El cribado de marcadores moleculares implica obviamente la obtención de material de plantas y el análisis del ADN genómico del material para el genotipo del marcador.
[0652] En este procedimiento también pueden usarse otras pruebas de marcadores moleculares descritas en otras partes de la presente memoria.
[0653] También se describe en la presente memoria un procedimiento para producir una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 2, en el que dicho fragmento de introgresión comprende el QTL2.1, que comprende:
[0654] a) proporcionar una primera planta de pepino cultivada que carezca de un fragmento de introgresión que comprenda el QTL2.1,
[0655] b) proporcionar una segunda planta cultivada de pepino seleccionada entre plantas cultivadas a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545 o progenie de las mismas;
[0656] c) cruzar dicha planta de a) con dicha planta de b),
[0657] d) recolectar las semillas F1 de dicho cruce y, opcionalmente, autofecundar dichas plantas F1 una o más veces para producir una población F2 o F3 u otra población autofecundada,
[0658] e) opcionalmente, retrocruzar la planta F1 o una planta F2 o F3 o una planta de autofecundación adicional con la planta de a) para producir una población retrocruzada,
[0659] f) opcionalmente, autofecundar la población retrocruzada una o más veces,
[0660] g) identificar una planta F1, F2, F3, de autofecundación adicional o retrocruzada que comprenda uno o más o todos los genotipos del marcador SNP indicativos del fragmento de introgresión en el cromosoma 2.
[0661] También se divulga en la presente memoria un procedimiento para producir una planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión en el cromosoma 6, en el que dicho fragmento de introgresión comprende QTL6.1, que comprende:
[0662] a) proporcionar una primera planta de pepino cultivada que carezca de un fragmento de introgresión que comprenda el QTL6.1,
[0663] b) proporcionar una segunda planta cultivada de pepino seleccionada entre plantas cultivadas a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545 o progenie de las mismas;
[0664] c) cruzar dicha planta de a) con dicha planta de b),
[0665] d) recolectar las semillas F1 de dicho cruce y, opcionalmente, autofecundar dichas plantas F1 una o más veces para producir una población F2 o F3 u otra población autofecundada,
[0666] e) opcionalmente, retrocruzar la planta F1 o una planta F2 o F3 o una planta de autofecundación adicional con la planta de a) para producir una población retrocruzada,
[0667] f) opcionalmente, autofecundar la población retrocruzada una o más veces,
[0668] g) identificar una planta F1, F2, F3, de autofecundación adicional o retrocruzada que comprenda uno o más o todos los genotipos del marcador SNP indicativos del fragmento de introgresión en el cromosoma 6.
[0669] En un aspecto adicional, se describe un procedimiento para producir plantas híbridas F1 que comprende: a) proporcionar una primera planta endogámica de pepino que comprenda al menos un cromosoma 2 recombinante que tenga un fragmento de introgresión que comprenda QTL2.1, en el que dicho fragmento de introgresión sea el fragmento que se encuentra en NCIMB42545, o un fragmento más corto de dicho fragmento de introgresión,
[0670] b) proporcionar una segunda planta endogámica de pepino con o sin un cromosoma 2 recombinante, c) cruzar dicha planta de a) con dicha planta de b),
[0671] d) recolectar semillas híbridas F1 de dicho cruzamiento.
[0672] En un aspecto adicional, se divulga un procedimiento para producir plantas híbridas F1 que comprende: a) proporcionar una primera planta endogámica de pepino que comprenda al menos un cromosoma 2 recombinante que tenga un fragmento de introgresión que comprenda QTL6.1, en el que dicho fragmento de introgresión sea el fragmento que se encuentra en NCIMB42545, o un fragmento más corto de dicho fragmento de introgresión,
[0673] b) proporcionar una segunda planta endogámica de pepino con o sin un cromosoma 2 recombinante, c) cruzar dicha planta de a) con dicha planta de b),
[0674] d) recolectar semillas híbridas F1 de dicho cruzamiento.
[0675] En otro aspecto se divulga un procedimiento para generar progenie de NCIMB42545 que conserva QTL2.1 y/o QTL6.1, comprendiendo dicho método:
[0676] a) cultivo de una planta a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545; b) autofecundación de dicha planta una o más veces o cruce de dicha planta una o más veces con otra planta de pepino para generar semillas de progenie;
[0677] c) cribado de dichas semillas o plantas de progenie cultivadas a partir de dichas semillas o partes de las semillas o plantas usando un ensayo de marcadores moleculares que detecte al menos un marcador SNP divulgado en la presente memoria:
[0678] d) identificar y/o seleccionar una planta progenie que comprenda al menos uno, dos, tres o más de los marcadores SNP indicativos del fragmento de introgresión que comprende el QTL2.1 y/o el QTL6.1 (como se describe en otra parte de la presente memoria); y
[0679] e) opcionalmente, confirmar el rendimiento potenciado de frutos de dichas plantas de progenie. En un aspecto, el rendimiento en e) es preferentemente al menos el mismo rendimiento que para plantas cultivadas a partir de NCIMB42545 cuando se cultivan en las mismas condiciones.
[0680] Se divulga un procedimiento para generar progenie de NCIMB 42545, comprendiendo dicho procedimiento:
[0681] a) cultivo de una planta a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB 42545; b) autofecundación de dicha planta una o más veces o cruce de dicha planta una o más veces con otra planta de pepino para generar semillas de progenie;
[0682] c) cribado de dichas semillas o plantas de progenie cultivadas a partir de dichas semillas o partes de las semillas o plantas usando un ensayo de marcadores moleculares que detecte al menos un marcador SNP seleccionado del grupo que consiste en:
[0683] SNP_01 a SNP_26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2; y/o SNP_27 a SNP_40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6;
[0684] d) identificar y/o seleccionar una planta progenie que comprenda:
[0685] i) al menos 1 de los marcadores SNP de SNP_01 a SNP_26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o al menos 1 de los marcadores SNP de SNP_27 a SNP_40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6; o
[0686] ii) al menos 2, 3 o 4 marcadores consecutivos seleccionados entre SNP_01 y SNP_26 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 y/o al menos 2, 3 o 4 marcadores consecutivos seleccionados entre SNP_27 y SNP_40 para detectar el fragmento de introgresión en el cromosoma 6, y
[0687] e) opcionalmente, confirmar el rendimiento potenciado de frutos de dichas plantas de progenie.
[0688] También se divulga una planta progenie generada por cualquiera de los procedimientos anteriores.
[0689] También se pueden usar los procedimientos y los marcadores descritos en la presente memoria para reducir el tamaño del fragmento de introgresión que comprende el QTL2.1 y/o QTL6.1, es decir, para generar y seleccionar recombinantes que tengan un fragmento de introgresión más pequeño en el cromosoma 2 y/o 6, pero que retengan la parte que potencia el rendimiento del fragmento de introgresión.
[0690] En un aspecto, la invención divulga el uso de un cromosoma 2 y/o 6 recombinante que comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre de pepino, dicho fragmento de introgresión que comprende un QTL de rendimiento, para la obtención de variedades de pepino que tienen un rendimiento potenciado de frutos. También se divulga el uso de un cromosoma 2 y/o 6 tal como se encuentra en semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545 o progenie de las mismas para generar planta de pepino cultivada que comprende un fragmento de introgresión de dicho cromosoma 2 y/o 6.
[0691] También se divulga el uso de plantas cultivadas a partir de semillas depositadas bajo el número de acceso NCIMB 42545 o la progenie de la misma, para generar una planta de pepino cultivada que comprende un rendimiento de fruto potenciado, en la que dicho rendimiento de fruto potenciado es conferido por un fragmento de introgresión obtenido del cromosoma 2 y/o 6 de dichas plantas o progenie.
[0692] ADN y cromosomas divulgados
[0693] En un aspecto se describe en la presente memoria un cromosoma 2 y/o 6 de pepino cultivado modificado (recombinante), que comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino, como se describe a lo largo de la memoria descriptiva. En un aspecto, el cromosoma recombinante se aísla de su entorno natural. En otro aspecto descrito en la presente memoria se encuentra en una célula vegetal, especialmente en una célula de pepino, especialmente en una célula de pepino cultivada. También se describe en la presente memoria una parte aislada del cromosoma 6 recombinante que comprende el QTL.
[0694] En un aspecto adicional se describe una molécula de ácido nucleico recombinante, especialmente una molécula de ADN recombinante, que comprende un alelo de rendimiento descrito en la presente memoria. En un aspecto, el alelo de rendimiento es detectable por medio de uno o más de los ensayos de marcadores moleculares descritos en la presente memoria. También se describe un vector de ADN que comprende el ADN recombinante. La molécula de ADN recombinante o el vector de ADN puede ser una molécula de ácido nucleico aislada. El ADN que comprende el alelo de rendimiento puede estar en un microorganismo, tal como una bacteria (por ejemplo,Agrobacterium).
[0695] En la presente memoria se describe el uso de dicha molécula de ácido nucleico (aislada o extraída) y/o de dicho cromosoma recombinante o parte del mismo para generar células de la planta y plantas que comprenden un alelo de rendimiento. En un aspecto como se describe en la presente memoria, puede usarse para generar células transgénicas de pepino, plantas y partes de pepino (por ejemplo, frutos) que comprenden el alelo de rendimiento y la planta comprende un fenotipo de rendimiento potenciado de frutos
[0696] De esta manera, también se divulgan en la presente memoria células de plantas transgénicas, por ejemplo, células transgénicas de pepino, que comprenden en su genoma un cromosoma 2 y/o 6 recombinante como se describe y/o una molécula de ácido nucleico recombinante que comprende un alelo de rendimiento. En un aspecto divulgado en la presente memoria, la molécula de ADN que comprende el alelo de rendimiento se integra de forma estable en el genoma del pepino.
[0697] El alelo de rendimiento también puede ser clonado y se puede hacer un gen quimérico, por ejemplo, vinculando operativamente un promotor expresable en la planta con el alelo de rendimiento . Dicho gen quimérico puede introducirse en una célula vegetal y la célula vegetal puede regenerarse en una planta completa para producir una planta transgénica. En un aspecto, la planta transgénica es una planta de pepino o una planta de melón. De esta manera, las plantas transgénicas, especialmente las plantas de pepino o melón cultivadas transgénicas, que comprenden un alelo de rendimiento y que tienen un rendimiento de frutos aumentado se divulgan en la presente memoria.
[0698] En la presente memoria se divulgan especialmente células o cultivos celulares que comprenden un cromosoma 2 y/o 6 recombinante, independientemente de si el cromosoma 2 y/o 6 recombinante se introduce por procedimientos transgénicos o por procedimientos de mejoramiento. Las células son, por ejemplo,in vitroy son regenerables en plantas de que comprenden el cromosoma 2 y/o 6 recombinante.
[0699] También se divulgan en la presente memoria las secuencias de marcadores moleculares (y las moléculas de ácido nucleico aisladas que comprenden la secuencia) y los marcadores moleculares entre cualquiera de los marcadores moleculares mencionados , ligados al rendimiento QTL2.1 y/o QTL6.1, y su uso en la detección y/o generación de plantas de pepino que comprenden dichos QTL se divulgan en la presente memoria.
[0700] En un aspecto divulgado en la presente memoria, el fragmento de introgresión que comprende QTL2.1 y/o QTL6.1 procede de un donante silvestre diferente al de los fragmentos de introgresión descritos en los documentos WO2016/059090 y WO2016/059092 y presente en las semillas depositadas en los mismos con el número de acceso NCIMB42262. De esta manera, en un aspecto divulgado en la presente memoria, QTL2.1 y/o QTL6.1 no pueden obtenerse a partir de las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42262. Las plantas según la invención, en una realización, no comprenden el alelo recesivo de hoja pequeña ('ll') como se encuentra en Arkansas Little Leaf y la línea H-19.
[0701] Depósitos de semillas
[0702] Una muestra representativa de semillas de una línea BC1S3Cucumis sativusvar.sativusdel tipo de pepino largo, designada CUCYLD2-6, que comprende un fragmento de introgresión que comprende QTL2.1 y un fragmento de introgresión que comprende QTL6.1 en forma homocigótica, y un control genético (GC) carente de cualquier fragmento de introgresión y carente de los QTL de rendimiento, designado CUYLD-GC, se depositaron por Nunhems B.V. el 18 de febrero de 2016 y el 17 de diciembre de 2014, respectivamente, en el NCIMB Ltd. (Ferguson Building, Craibstone Estate, Bucksburn Aberdeen, Scotland AB21 9YA, UK) de conformidad con Budapest Treaty, under the Expert Solution (EPC 2000, Rule 32(1)). Las semillas recibieron los siguientes números de depósito NCIMB42545 (CUCYLD2-6) y NCIMB 42345 (CUYLD-GC). Cabe señalar que las semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545 no contienen, en el cromosoma 2, el QTL de rendimiento negativo (QTL2.2) que originalmente se encontró estrechamente vinculado al QTL de rendimiento positivo de la invención.
[0703] El Solicitante solicita que las muestras del material biológico y cualquier material derivado del mismo sólo se entreguen a un experto designado de conformidad con la Regla 32(1) EPC o legislación relacionada de países o tratados que tengan normas y regulaciones similares, hasta la mención de la concesión de la patente, o durante 20 años a partir de la fecha de presentación si la solicitud es rechazada, retirada o se considera retirada. El acceso al depósito estará disponible durante la pendencia de esta solicitud para las personas que el Director de la Oficina de Patentes de los Estados Unidos determine que tienen derecho al mismo previa solicitud. Sujeto a 37 C.F.R. § 1.808(b), todas las restricciones impuestas por el depositante sobre la disponibilidad al público del material depositado se eliminarán irrevocablemente tras la concesión de la patente. El depósito se mantendrá durante un periodo de 30 años, o 5 años después de la solicitud más reciente, o durante la vida ejecutable de la patente, lo que sea más largo, y se reemplazará si alguna vez deja de ser viable durante ese periodo. El solicitante no renuncia a ningún derecho concedido en virtud de esta patente en esta solicitud o en virtud de the Plant Variety Protection Act (7 USC 2321 et seq.).
[0704] Los siguientes ejemplos no limitantes describen cómo se pueden obtener plantas según la invención, que comprenden QTL2.1 y/o QTL6.1. A menos que se indique lo contrario en los ejemplos, todas las técnicas de ADN recombinante se llevan a cabo según los protocolos estándar descritos en Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Pressy Sambrook y Russell (2001) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Third Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, NY; y en los volúmenes 1 y 2 de Ausubel et al. (1994) Current Protocols in Molecular Biology, Current Protocols, USA. Los materiales y procedimientos convencionales para el trabajo molecular con plantas se describen en Plant Molecular Biology Labfax (1993), de R.D.D. Croy, publicado por BIOS Scientific Publications Ltd (UK) y Blackwell Scientific Publications, UK. Los procedimientos convencionales de mejoramiento vegetal se describen en "Principles of Plant breeding, Second Edition, Robert W. Allard (ISBN 0-471-02309-4).
[0705] EJEMPLOS
[0706] Ejemplo 1 - Identificación de QTL de rendimiento
[0707] Desarrollo de la población
[0708] Una accesión de pariente silvestre de pepino (en lo sucesivo, el donante), obtenida de EE. UU., se cruzó con una línea de mejoramiento de pepino largo patentada, HMRKC, en el programa de mejora para el mercado de pepino de invernadero de Europa del Norte y Norteamérica. HMRKC es una línea de élite para el programa de pepinos largos de invernadero.
[0709] Se ha desarrollado una población de descubrimiento de QTL a partir del cruce entre HMRKC y la accesión silvestre. Durante el desarrollo de la población sólo se han mantenido plantas de floración femenina para facilitar las mediciones de rendimiento.
[0710] Los marcadores SNP se han usado durante varias generaciones para seleccionar frutos largos y optimizar la cobertura del genoma y la homocigosidad. Se usó una población BC2S2 para construir un mapa genético.
[0711] Se autopolinizaron 220 plantas BC2S2 para generar BC2S3. Las plantas BC2S2 también se cruzaron con una línea de élite del programa de mejora, la línea CUZL0176, para crear híbridos de prueba destinados al mercado del norte de Europa.
[0712] Los 220 híbridos de prueba se han usado en ensayos de rendimiento en los Países Bajos. También se generó un control genético cruzando HMRKC con CUZL0176. Los 220 híbridos de prueba y el control genético se usaron en ensayos de rendimiento en los Países Bajos.
[0713] Las mismas 220 plantas BC2S2 se cruzaron con otra línea de mejoramiento de élite CUZS1313 para crear híbridos de prueba para el mercado turco. Estos 220 híbridos de prueba se usaron en ensayos de rendimiento en Turquía.
[0714] Experimentos de rendimiento
[0715] Se han llevado a cabo dos experimentos de rendimiento diferentes para detectar QTL relacionados con el rendimiento, un experimento en los Países Bajos (NLD) y un experimento en Turquía (TUR).
[0716] Experimento de rendimiento - Países Bajos (NLD), detección del QTL2.1
[0717] El objetivo de los experimentos de rendimiento era medir el rendimiento del pepino largo durante el periodo verano-otoño. El experimento consta de 220 híbridos de prueba y 30 repeticiones del control genético. Las 250 parcelas se sembraron en junio de 2009 a mano en bandejas con tapones de lana de roca. Las bandejas se mantuvieron durante 4 días a una temperatura de al menos 24 °C.4 días después de la siembra, los tapones con semillas germinadas se trasplantaron a bloques de lana de roca. Durante aproximadamente 3 semanas, las macetas de lana de roca se mantuvieron en un compartimento específico del invernadero, el área de mejoramiento de plantas. En esta área crecerán las plantas hasta que estén listas para plantarlas en el invernadero. Las plantas de unos 30 cm de altura se transportaron al cultivador unas 4 semanas después de la siembra. En el cultivador se mantuvieron 8 plantas por parcela. En total, el experimento consta de 250 parcelas * 8 plantas. Se registró el número exacto de plantas por parcela. Las plantas se cultivaron a la manera tradicional holandesa. Esto significa que las plantas se cultivaron en vertical, sujetas por un alambre hasta una altura aproximada de 220 cm. A esta altura se elimina la parte superior de la planta y ésta seguirá creciendo por los laterales. Aproximadamente 3 semanas después de la plantación se pueden cosechar los primeros frutos. El periodo de recolección comenzaba en agosto y se prolongaba hasta finales de octubre. Las plantas se cosecharon entre 3 y 7 veces por semana. El rendimiento se midió de dos formas diferentes. Se contó el número total de frutos por parcela y se dividió por el número de plantas de esa parcela por día de cosecha. Se acumulaban las cosechas de todos los días. El resultado es el rendimiento acumulado expresado en número promedio de frutos por planta (FrPP). La segunda medición consistió en tomar el peso acumulado de los frutos por parcela y dividirlo por el número de plantas para obtener el rendimiento promedio de frutos en gramos por planta (GrPP).;[0718] Los datos de rendimiento se usaron para detectar QTL. En el cromosoma 2, se identificó un QTL que afectaba positivamente al rendimiento, localizado entre aproximadamente 5 Mb y 11 Mb del cromosoma 2.;[0719] La tabla 1 muestra el rendimiento de los híbridos de prueba con una introgresión del pariente silvestre del pepino en el cromosoma 2 (donante) frente al control genético que carece de la introgresión en el cromosoma 2. El aumento del rendimiento fue en promedio del 5 % cuando se expresó en GrPP y del 18 % cuando se expresó en FrPP.;[0720] Tabla 1: Rendimiento de los híbridos de prueba que contienen una introgresión en el cromosoma 2 del pariente silvestre del pepino (donante) frente a un control genético que carece de la introgresión en el cromosoma 2. Los datos de rendimiento se basan en un ensayo realizado en los Países Bajos (NLD). El rendimiento se expresa en gramo promedio por planta y en frutos promedio por planta (GrPP y FrPP, respectivamente).;[0722] ;[0723] Experimento de rendimiento en Turquía (TUR), en el que se detectó el QTL6.1;[0724] El objetivo de los experimentos de rendimiento fue medir el rendimiento del pepino largo durante el periodo otoño-invierno en Turquía. La temperatura mínima media en diciembre, enero y febrero fue de aproximadamente 6,5 °C. Estas temperaturas provocan un estrés por frío considerable en las plantas de pepino. Sólo los genotipos adaptados seguirán produciendo frutos de pepino bajo estrés por frío. Los invernaderos estaban equipados con calefactores para evitar las heladas en el invernadero. En el invernadero se buscó una temperatura mínima de 8 °C. La temperatura máxima en el invernadero depende de las temperaturas exteriores y de la luz solar, y puede llegar hasta los 30 °C en este periodo.;[0725] El experimento consiste en los 220 híbridos de prueba más 11 repeticiones de la variedad de control Kybele F1 (Vilmorin). Las 231 parcelas se sembraron en octubre de 2009 a mano en bandejas con tapones de turba. Las bandejas se mantuvieron en un compartimento con una temperatura mínima de 20 °C. Cuatro semanas después de la siembra, las plantas se trasplantaron al invernadero. En el invernadero se mantuvieron 8 plantas por parcela. En total, el experimento constaba de 231 parcelas * 8 plantas. Se registró el número exacto de plantas por parcela. Las plantas se cultivaron de la forma habitual para el pepino corto en Turquía. Esto significa que las plantas se cultivaron en vertical, sujetas por un alambre hasta una altura aproximada de 220 cm. A esta altura, las plantas se guían de nuevo por encima del alambre hasta el suelo. Cuando la parte superior de la planta alcanzaba aproximadamente 1 metro por encima del suelo, se eliminaba la parte superior de las plantas. Se eliminaron los laterales en el tallo principal hasta el alambre. La primera cosecha de frutos fue el 9 de diciembre. Los frutos se recolectaron una o dos veces por semana hasta el 30 de marzo de 2010. El rendimiento se midió de dos formas diferentes. Se contó el número total de frutos por parcela y se dividió por el número de plantas de esa parcela por día de cosecha. Se acumulan las cosechas de todos los días. El resultado es el rendimiento acumulado expresado en número promedio de frutos por planta (FrPP). La segunda medida consistió en tomar el peso acumulado por parcela y dividirlo por el número de plantas para obtener el rendimiento promedio en gramos por planta (GrPP).
[0726] Los datos de rendimiento se usaron para detectar QTL. Se detectó un QTL relacionado con el rendimiento en el cromosoma 6 entre aproximadamente 25 Mb y 29 Mb del cromosoma. Como el QTL se encontró bajo estrés por frío, también puede considerarse como un QTL de tolerancia al frío.
[0727] La tabla 2 muestra el rendimiento de los híbridos de prueba con una introgresión del pariente silvestre del pepino (donante) en el cromosoma 6 frente a los híbridos de prueba que carecen de la introgresión en el cromosoma 6. Los híbridos de prueba con el QTL relacionado con el rendimiento en el cromosoma 6 tenían un rendimiento un 33 % superior expresado en GrPP en comparación con el material que carecía de la introgresión, y un 34 % superior cuando se expresaba en FrPP. En comparación con la variedad de invierno Kybele usada como control, el aumento del rendimiento fue del 26 % (en GrPP) o del 25 % en FrPP.
[0728] Tabla 2: Rendimiento de los híbridos de prueba que contienen una introgresión en el cromosoma 6 (chr6) del donante frente a los híbridos de prueba que carecen de la introgresión en el cromosoma 6. Los datos de rendimiento se basan en un ensayo realizado en Turquía. El rendimiento se expresa en gramos por planta y en frutos por planta (GrPP y FrPP, respectivamente). Se menciona como referencia la producción de la variedad de invierno Kybele F1 (Vilmorin).
[0730]
[0733] Validación del aumento de rendimiento debido a la introgresión que comprende el QTL2.1
[0734] Basándose en los resultados de los ensayos de detección de QTL, se ha seleccionado una línea BC2S2 particular, que contiene la introgresión en el cromosoma 2 (QTL2.1). Esta línea se cruzó con la línea de mejoramiento HMRKC para generar una línea BC3 (retrocruzamiento 3). El BC3 se autopolinizó durante dos generaciones para crear una línea BC3S2 que sólo contenía la introgresión en el cromosoma 2 del donante. Esta línea se cruzó con la línea de mejoramiento CUZL0176 para crear un nuevo cruce de prueba (PRE.N1.CH2.1001). A modo de comparación, la línea de mejoramiento HMRKC se cruzó con CUZL0176 para crear un control genético, cuyas semillas fueron depositadas por Nunhems B.V. con el número de acceso NCIMB42345.
[0735] Los dos materiales (PRE.N1.CH2.1001 y NCIMB42345) se probaron en un ensayo de rendimiento en verano/otoño de 2013. De forma similar a la descrita anteriormente (experimento de rendimiento-NLD), los materiales se probaron en 4 repeticiones de 8 plantas.
[0736] La tabla 3 muestra que el aumento del rendimiento de la línea que contiene el QTL de rendimiento en el cromosoma 2 (QTL2.1) es del 4,3 % cuando se expresa en GrPP y del 5,0 % cuando se expresa en FrPP, lo que confirma los hallazgos en las generaciones anteriores de que el QTL relacionado con el rendimiento en el cromosoma 2 aumenta el rendimiento del pepino.
[0737] Tabla 3: Mediciones de rendimiento en 2013 para 1 ensayo de 4 repeticiones y 8 plantas por repetición del control genético NCIMB42345, un cruce entre HMRKC y CUZL0176, y de PRE.N1.CH2.1001, un cruce entre CUZL0176 y un material BC3S2 basado en el parental retrocruzado HMRKC que contiene una introgresión del donante en el cromosoma 2. El rendimiento se expresa en frutos acumulados cosechados por planta (FrPP) y gramos acumulados por planta (GrPP), tal como se ha descrito anteriormente.
[0739]
[0742] Se observa que la longitud promedio del fruto no se vio afectada, es decir, no fue diferente entre el control genético y PRE.N1.CH2.1001.
[0743] Validación del aumento del rendimiento debido a la introgresión del QTL6.1
[0744] Basándose en los resultados de los ensayos de detección de QTL, se seleccionó una línea BC2S2 concreta, que contenía la introgresión en el cromosoma 6 (QTL6.1). Esta línea se cruzó con la línea de mejoramiento HMRKC para generar una línea retrocruzada 3 (BC3). La línea BC3 se autopolinizó durante dos generaciones para crear una línea BC3S2 que sólo contenía la introgresión en el cromosoma 6 (QTL6.1) del donante. Esta línea depurada se cruzó con 2 parentales para el mercado de invierno español: línea de mejoramiento CUZL0224 y CUZL0876, y se cruzó con dos parentales para el mercado de invierno turco: línea de mejoramiento CUZS1329 y CUZS0683.
[0745] De esta manera, se han desarrollado los siguientes materiales:
[0746] Turquía: PRE.N1.CH6.9001, que comprende QTL6.1, basado en un cruce con CUZS1329, y PRE.N1.CH6.11001, que comprende QTL6.1, basado en un cruce con CUZS0683. Se usaron los dos controles genéticos siguientes, que carecían del QTL6.1: PRE.N1.9GC y PRE.N1.11GC, respectivamente.
[0747] España: PRE.N1.CH6.2001 que comprende QTL6.1, basado en un cruce con CUZL0224; y PRE.N1.CH6.7001 que comprende QTL6.1, basado en un cruce con CUZL0876. Como control genético se usaron los materiales PRE.N1.2GC y PRE.N1.7GC.
[0748] En Turquía se ha probado el material en el invierno de 2013/2014. Se probaron 8 réplicas de los dos híbridos de prueba y de los 2 controles genéticos. Los resultados se muestran en la tabla 4:
[0749] En España se ha probado el material en el invierno de 2014/2015. Se han probado 8 réplicas de los dos híbridos de prueba y de los 2 controles genéticos. Los resultados se muestran en la tabla 5:
[0750] Tabla 4: Mediciones del rendimiento en 2013/14 en Turquía
[0751]
[0754] Tabla 5: Mediciones de rendimiento en 2013/14 en España
[0756]
[0759] Combinación de QTL2.1 y QTL6.1 en pepino largo
[0760] Se realizó un híbrido de prueba que comprendía tanto el QTL2.1 como el QTL6.1 y se ensayó en un invernadero de Canadá en la primavera de 2015 en dos réplicas de 8 plantas cada una. Como comparación se usaron las variedades comerciales Verdon F1 (RZ 24-150, Rijk Zwaan) y Sepire F1 (NUN43003, Nunhems). Se determinó el número promedio de FrPP.
[0761] Tabla 6
[0763]
[0764] Un depósito de 2500 semillas de una línea BC1S3 de pepino largo, que comprende tanto QTL2.1 como QTL6.1 en forma homocigótica fue realizado por Nunhems B.V. con el número de acceso NCIMB42545 el 18 de febrero de 2016.
[0765] Ejemplo 2:
[0766] Se identificaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) que abarcan los fragmentos de introgresión en el cromosoma 2 (que comprende QTL2.1) y en el cromosoma 6 (que comprende QTL6.1) y se determinó su posición en el mapa físico de C.sativus.
[0767] Tabla 7 - Marcadores SNP para el fragmento de introgresión QTL2.1
[0769]
[0770] (continuación)
[0771]
[0772] (continuación)
[0773]
[0774] (continuación)
[0775]
[0776] (continuación)
[0777]
[0778] (continuación)
[0779]
[0780] (continuación)
[0781]
[0782] Tabla 8 - Marcadores SNP para el fragmento de introgresión QTL6.1
[0783]
[0784] (continuación)
[0785]
[0786] (continuación)
[0787]
[0788] (continuación)
[0789]

Claims (10)

1. REIVINDICACIONES
1. Una planta cultivada deCucumis sativusvar.sativusque comprende un fragmento de introgresión de un pariente silvestre del pepino en el cromosoma 2 en forma homocigótica o heterocigótica, en la que dicho fragmento de introgresión confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino y se puede obtener a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545 y en la que dicho fragmento de introgresión en el cromosoma 2 es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecta al menos uno, preferentemente al menos 2 o 3, de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en: a) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_01 en SEQ ID NO: 1;
b) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_02 en SEQ ID NO: 2;
c) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_03 en SEQ ID NO: 3;
d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_04 en SEQ ID NO: 4;
e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_05 en SEQ ID NO: 5;
f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_06 en SEQ ID NO: 6;
g) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_07 en SEQ ID NO: 7;
h) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_08 en SEQ ID NO: 8;
i) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_09 en SEQ ID NO: 9;
j) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_10 en SEQ ID NO: 10;
k) el genotipo GG o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_11 en SEQ ID NO: 11;
l) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_12 en SEQ ID NO: 12;
m) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_13 en SEQ ID NO: 13;
n) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_14 en SEQ ID NO: 14;
o) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_15 en SEQ ID NO: 15;
p) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_16 en SEQ ID NO: 16;
q) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_17 en SEQ ID NO: 17;
r) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_18 en SEQ ID NO: 18;
s) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_19 en SEQ ID NO: 19;
t) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_20 en SEQ ID NO: 20;
u) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_21 en SEQ ID NO: 21;
v) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_22 en SEQ ID NO: 22;
w) el genotipo TT o TG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_23 en SEQ ID NO: 23;
x) el genotipo GG o GT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_24 en SEQ ID NO: 24;
y) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_25 en SEQ ID NO: 25;
z) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_26 en SEQ ID NO: 26
en la que dicho aumento en el rendimiento de frutos de pepino se expresa fenotípicamente como un número promedio significativamente mayor de frutos por planta (FrPP) de la línea de plantas que comprende el fragmento de introgresión en comparación con la línea de control genético que carece del fragmento de introgresión cuando se cultiva en el mismo entorno y/o un peso promedio significativamente mayor de frutos por planta (GrPP) de la línea de plantas que comprende el fragmento de introgresión en comparación con la línea de control genético que carece del fragmento de introgresión cuando se cultiva en el mismo entorno.
2. La planta según la reivindicación 1, en la que el fragmento de introgresión comprende un locus de rasgo cuantitativo QTL2.1 que confiere un aumento en el rendimiento de frutos de pepino, y en la que dicho QTL2.1 está situado entre SNP_01 en SEQ ID NO: 1 y SNP_26 en SEQ ID NO: 26.
3. La planta según la reivindicación 1 o 2, que comprende además un fragmento de introgresión en el cromosoma 6, en el que el fragmento de introgresión en el cromosoma 6 confiere un aumento del rendimiento de los frutos de pepino y se puede obtener a partir de semillas depositadas con el número de acceso NCIMB42545 y es detectable mediante un ensayo de marcadores moleculares que detecta al menos uno, preferentemente al menos 2 o 3, de los marcadores seleccionados del grupo que consiste en:
a) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_27 en SEQ ID NO: 27;
b) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_28 en SEQ ID NO: 28;
c) el genotipo CC o CA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_29 en SEQ ID NO: 29;
d) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_30 en SEQ ID NO: 30;
e) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_31 en SEQ ID NO: 31;
f) el genotipo CC o CT para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_32 en SEQ ID NO: 32;
g) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_33 en SEQ ID NO: 33;
h) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_34 en SEQ ID NO: 34;
i) el genotipo GG o GA para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_35 en SEQ ID NO: 35;
j) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_36 en SEQ ID NO: 36;
k) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_37 en SEQ ID NO: 37;
l) el genotipo AA o AG para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_38 en SEQ ID NO: 38;
m) el genotipo AA o AC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_39 en SEQ ID NO: 39;
n) el genotipo TT o TC para el marcador de polimorfismo de nucleótido único SNP_40 en SEQ ID NO: 40.
4. La planta según la reivindicación 3, en la que ambos fragmentos de introgresión están en forma heterocigótica.
5. La planta según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 comprende un locus de rasgo cuantitativo (QTL2.1) que aumenta el rendimiento de los frutos de pepino, que está situado físicamente en la región que comienza en 5,0 Mb y termina en 11,0 Mb del cromosoma 2, y en la que el fragmento de introgresión en el cromosoma 6 comprende un locus de rasgo cuantitativo (QTL6.1) que aumenta el rendimiento de los frutos de pepino, situado físicamente en la región que comienza en 25,0 Mb y termina en 29,0 Mb del cromosoma 6.
6. La planta según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que el fragmento de introgresión en el cromosoma 2 está en forma heterocigótica.
7. La planta según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que la planta es de uno de los siguientes tipos de pepino: pepino para cortar en rodajas, pepino largo, pepino europeo de invernadero.
8. La planta según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que la planta es un híbrido F1 de un solo cruce.
9. La planta según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que la planta produce frutos sin semillas sin polinización.
10. Semillas a partir de las cuales puede cultivarse una planta según una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9.
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