ES2490440B1 - Método para la selección de suidos con mejor calidad de la carne basado en un SNP en el gen que codifica la PEPCK citosólica - Google Patents

Método para la selección de suidos con mejor calidad de la carne basado en un SNP en el gen que codifica la PEPCK citosólica Download PDF

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Abstract

Método para la selección de suidos con mejor calidad de la carne basado en un SNP en el gen que codifica la PEPCK citosólica.#La presente invención se relaciona con un método para seleccionar un suido que presenta un fenotipo con mayor contenido de grasa intramuscular y menor contenido de tocino dorsal que un valor de referencia, y/o con al menos un 30% más de mioglobina en músculo que un valor de referencia, y/o un fenotipo cuya carne es al menos un 19% menos exudativa que un valor de referencia, que comprende: (a) detectar en una muestra biológica procedente de dicho suido un polimorfismo A/C en el gen que codifica la proteína PEPCK citosólica, y (b) seleccionar aquel suido que presente el alelo A en homocigosis. Asimismo, la invención también se relaciona con cebadores, sondas y kit para llevar a cabo dicho método.

Description

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1.1 Animales y muestras
La extracción de DNA genómico se realizó a partir de distintas fuentes: músculo en el caso de los cerdos Ibéricos, semen en el caso de los cerdos Pietrain y una porción del extremo de la cola en el caso de los animales del cruce Duroc x Landrace-Large White.
5
1.2 Extracción y cuantificación del DNA genómico
El DNA de estas muestras se extrajo con el kit Real Pure para la extracción de DNA genómico (Durviz, Paterna, Valencia) siguiendo las instrucciones del fabricante. La concentración de DNA de estos extractos se determinó utilizando un espectrofotómetro
10 NanoDrop 1000 (Thermo Fischer Scientific, Wilmington, Estados Unidos).
1.3 Secuenciación de la región codificante de PEPCK
El análisis de la secuencia de bases de la región codificante se llevó a cabo por secuenciación de 5 fragmentos del gen de PEPCK amplificados por PCR: PEPCK1F/2R,
15 PEPCK2F/3R, PEPCK3F/4R, PEPCK4F/5R y PEPCK5F/8R. Las secuencias de estos cebadores aparecen en la Tabla 1.
Primer (SEQ ID NO )
Tamaño (bp) Secuencia
PEPCK1F (SEQ ID NO: 10)
1026 5´- GCGACCTTGGCATCCACACCCCTTA -3´
PEPCK2R (SEQ ID NO: 11)
5´- TTTAAAGCTCGCTGAGGCCACGGG -3´
PEPCK2F (SEQ ID NO: 4)
896 5´- GTGTTGTCCAAGGGGGATCAGGAGGA -3´
PEPCK3R (SEQ ID NO: 5)
5´- CCCCCTGCCTCGCACATTTAGGAT -3´
PEPCK3F (SEQ ID NO: 12)
961 5´- GCACCCTCCTAGGCCAAAGCATTG -3´
PEPCK4R (SEQ ID NO: 13)
5´- ACAGCCAGAGAGAAGACGCCCTGA -3´
PEPCK4F (SEQ ID NO: 14)
790 5´- GGGCATCAAGCTCACTTCCTGGAA -3´
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posterior así como la probabilidad posterior por encima de cero se presentan en la Tabla
2.
Tabla 2. Valores medios de parámetros de conformación de la canal y de composición y calidad de la carne y efectos de la sustitución A2465C sobre estos.
Parámetro
Valor medio (desviación estándar) Efecto de la sustitución (desviación estándar posterior) 1P
Espesor de tocino dorsal
19,90 (5,73) 1,078 (0,5475) 0,0244
Rendimiento de la canal
78,05 (3,22) 0,587 (0,3560) 0,0496
Rendimiento tras el oreo
76,35 (3,14) 0,813 (0,3590) 0,0117
Rendimiento partes nobles
43,35 (4,98) -0,2490 (0,2020) 0,8912
% Lomo
5,73 (0,67) -0,048 (0,077) 0,7334
% Solomillo
0,77 (0,10) 0.0124 (0,0108) 0,1254
% Jamón
25,86 (1,26) -0,1484 (0,1281) 0,8767
% Paleta
15,19 (0,80) -0,1228 (0,0844) 0,9271
% Panceta
6,62 (1,22) -0,0065 (0,1223) 0,5210
% Tocino
12,23 (1,85) 0,2591 (0,2029) 0,1008
% Tocino en el pernil
19,22 (3,58) 0,3959 (0,3806) 0,1491
% Músculo en el pernil
64,93 (3,48) -0,5000 (0,3616) 0,0833
% Hueso en el pernil
15,85 (1,97) 0,0638 (0,2176) 0,3846
pH45
6,35 (0,03) 0,0061 (0,0293) 0,4175
pH24
5,64 (0,02) -0,0242 (0,0186) 0,9034
% Exudación a los 2 días
4,30 (1,89) 0,5077 (0,2127) 0,0085
% Exudación a los 4 días
6,51 (2,37) 0,7809 (0,2832) 0,0029
% Exudación a los 7 días
8,12 (2,47) 0,7692 (0,3130) 0,0070
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