ES2342162T3 - Peptidos que se unen a la proteina fosfatasa 2a y polinucleotidos que codifican para los mismos. - Google Patents

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Abstract

Péptido caracterizado porque se une in vitro, de manera específica, a una holoenzima proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades y porque se elige de una de las siguientes secuencias: a)la secuencia RELGSMLESPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 1), procedente de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro; b)la secuencia LGSMLESPMEFLFDTIDDVTAS (SEQ ID NO: 2), procedente de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro; c)la secuencia GSMLESPMEFLFDTI DDVTAS, procedente de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro; d)la secuencia SMLESPMEFLFDTIDDVTAS (SEQ ID NO: 3), procedente de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro; y e)la secuencia VKKKKIKREIKISMLESPMEFLFDTIDDVTAS (SEQ ID NO: 6), procedente de la proteína Ckα2 de Theileria parva y de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro.

Description

Péptidos que se unen a la proteína fosfatasa 2A y polinucleótidos que codifican para los mismos.
Campo de la invención
La presente invención se refiere a péptidos que se unen a la proteína fosfatasa 2A, una diana importante para el control de la apoptosis, concretamente en las células cancerosas, así como para el control de infecciones virales y parasitarias.
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Descripción de la técnica anterior
Dado el papel de los péptidos de la invención en la modulación de la actividad de la proteína fosfatasa 2A celular, es importante recordar el estado de conocimiento actual sobre las proteína fosfatasas 2A, su papel fisiológico y sus interacciones con ciertas proteínas celulares, virales o parasitarias.
La fisiología de la célula está controlada en parte por la modulación del estado de fosforilación de las proteínas. El estado de fosforilación de las proteínas celulares depende de la acción antagonista de las proteína cinasas que las fosforilan y de las proteína fosfatasas que las desfosforilan.
Las proteína fosfatasas se dividen en dos grupos principales: las tirosina fosfatasas y las serina/treonina fosfatasas. Las serina/treonina fosfatasas se clasifican en dos categorías según la especificidad de su sustrato y su sensibilidad a ciertos inhibidores, las fosfatasas de tipo 1 (PP1) y las fosfatasas de tipo 2 (PP2). Las fosfatasas de tipo 2 se dividen todavía en diferentes clases, incluyendo la fosfatasa 2A (PP2A), la fosfatasa 2B (PP2B) o la calcineurina cuya actividad está regulada por calcio, y la fosfatasa 2C (PP2C) cuya actividad depende de magnesio.
In vivo, las serina/treonina proteína fosfatasas PP1 y PP2A forman dos familias de varias holoenzimas de expresión ubicua que se producen mediante la interacción específica entre sus subunidades catalíticas (PP1 c y PP2Ac) y una gran variedad de subunidades reguladoras, y que están implicadas en la selección como diana y/o la regulación de la actividad fosfatasa (para una revisión reciente, véase Garcia A. et al., PP1 et PP2A des ser/thr phosphatases au coeur de l'apoptose (2001) Med/Sci 17, 1214-1216).
Ahora se sabe que las fosfatasas de tipo 2A están muy conservadas en el transcurso de la evolución y se activan potencialmente en la regulación de numerosos procesos biológicos. Las enzimas PP2A están implicadas claramente en la regulación de la transcripción, el control del ciclo celular y la transformación viral. Además, las PP2A son la diana de diferentes proteínas virales o parasitarias, lo que sugiere un papel de las PP2A en las interacciones huéspedes-patógenos.
Las PP2A son complejos oligoméricos (holoenzimas) que comprenden cada uno una subunidad catalítica C y una o dos subunidades reguladoras, (A) y (B). La estructura de la subunidad (A) consiste en 15 repeticiones imperfectas de una secuencia de aminoácidos conservada de 38 a 40 aminoácidos, interaccionando algunos de los cuales con las subunidades (B) y (C). Las subunidades (A) y (C), conservadas en el transcurso de la evolución, forman la estructura de base de la enzima y se expresan de manera constitutiva. Por el contrario, las subunidades (B) constituyen una familia de proteínas reguladoras sin estructura común y expresadas de manera diferencial (Cohen P. The structure and regulation of protein phosphatases. Annu. Rev. Biochem. 1989; 58: 453-508). Así, las proteína fosfatasas 2A existen in vivo en dos formas diferentes: una forma dimérica (AC) y una forma trimérica (ABC). Las subunidades (B) regulan la actividad fosfatasa y la especificidad con respecto al sustrato. La existencia de formas múltiples de PP2A está correlacionada con distintas y variadas funciones de las PP2A in vivo.
Recientemente, diferentes proteínas no celulares, y en particular proteínas virales y parasitarias, se han implicado en la modulación de ciertas actividades específicas de las proteína fosfatasas 2A.
Los virus han adoptado diferentes estrategias que implican a PP2A con el fin de facilitar su replicación y su supervivencia en la célula del huésped. Por ejemplo, el virus parainfluenza incorpora en su partícula viral la proteína PKC \zeta, proteína de origen celular bajo el control de la PP2A. Esto le permite perturbar la fosforilación de las proteínas de su huésped y facilitar su propia replicación (B.P. Gupta et al. Cellular protein kinase C \zeta regulates human parainfluenza virus type 3 replication. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995; 92: 5204-8).
Varios virus de ADN que tienen un poder transformante, tales como los Papovaviridae o los adenovirus, igual que ciertos retrovirus, tales como el virus de la inmunodeficiencia humana de tipo 1 (VIH-1), codifican para proteínas que interaccionan directamente con ciertas PP2A del huésped. Todos estos virus comprenden proteínas que aunque son estructuralmente diferentes, interaccionan con ciertas holoenzimas y modifican así la actividad fosfatasa.
Se ha demostrado en particular que la proteína E4orf4 de los adenovirus se une a una PP2A heterotrimérica, y con más precisión, a una subunidad reguladora (B), lo que conlleva una disminución de la transcripción de JunB en la célula infectada. Este efecto podría desempeñar un papel importante durante la infección viral regulando la respuesta apoptótica de las células infectadas. De manera interesante, también se ha demostrado que la interacción de E4orf4 con la PP2A induce la apoptosis de células transformadas de manera independiente de p53 (Shtrichman R. et al. Adenovirus type 5 E4 open reading frame 4 protein induces apoptosis in transformed cells. J. Virol. 1998; 72: 2975-82).
Los virus oncógenos de ADN de la familia de los Papovaridae, incluyendo SV40 y el virus del polioma, inducen la transformación celular. Se ha demostrado que la PP2A interacciona con los antígenos "T pequeño" de SV40 y "T pequeño" y "T medio" del virus del polioma. Estas interacciones de proteínas virales con la PP2A se han implicado claramente en la transformación viral. Finalmente, la regulación transcripcional, un proceso realizado normalmente en la célula por los diferentes factores que se fijan específicamente a secuencias reguladoras promotoras, representa probablemente el mecanismo más importante implicado en el control de la expresión viral por la PP2A. Así, se ha demostrado que la PP2A es un regulador negativo de numerosos factores de transcripción implicados concretamente en los procesos de crecimiento y de proliferación celular, incluyendo AP1/SRE, NF-kB, Sp1 y CREB (Waszinski, B.E. et al. Nuclear protein phosphatase 2A dephosphorylates protein kinase A-phosphorylated CREB and regulates CREB Transcriptional stimulation. Mol. Cell Biol. 1993: 13,2822-34). La regulación viral de estos factores de transcripción permitiría modular la transcripción viral.
La proteína viral de VIH-1, Vpr, interacciona in vitro con la PP2A y estimula así la actividad catalítica (Tung L, et al., Direct activation of protein phosphatase 2A0 by HIV-1 encoded protein complex Ncp7:vpr. FEBS Lett 1997; 401: 1997-201). Vpr puede inducir la detención en G2 de células infectadas inhibiendo la activación del complejo p34cdc2-ciclina B. Por otra parte, Vpr interacciona con el factor de transcripción Sp1 y es un trans-activador débil de la transcripción de VIH-1 dependiente de Sp1. Así, la proteína Vpr de VIH-1, que está incorporada en el virión, estaría implicada in vivo en la iniciación de la transcripción viral, una etapa evidentemente esencial para regular la expresión del factor de transcripción Tat (un regulador principal de la transcripción codificado por el virus VIH-1).
A diferencia del papel bien establecido de las proteína cinasas en las infecciones parasitarias, ha sido únicamente en el transcurso de los últimos años cuando ha empezado a reconocerse que las serina/treonina fosfatasas son reguladores potenciales importantes en el campo de la parasitología.
La ausencia de motivos comunes para el conjunto de las proteínas que interaccionan con PP2A impide la identificación bioinformática sencilla de los motivos peptídicos directamente implicados en la unión de estas proteínas con PP2A.
Ahora bien, dado el papel principal de las proteína fosfatasas 2A en las interacciones virus-huéspedes o parásitos-huéspedes tal como se resumió anteriormente, se comprende el interés de identificar los sitios de unión de las proteínas virales o parasitarias con las holoenzimas PP2A o una de sus subunidades, con el fin de identificar dianas terapéuticas novedosas para estos patógenos, virales o parasitarios.
Las serina/treonina proteína fosfatasas de tipo 1 (PP1) y de tipo 2A (PP2A) representan dianas novedosas potencialmente importantes para el control de la apoptosis, concretamente en las células cancerosas, así como para el control de infecciones virales o parasitarias (para una revisión, véanse A. Garcia et al. (2000). Protein Phosphatase 2A: a definite player in Viral and parasitic regulation. Microbes Inf. 2,401-407; Y X. Cayla et al. (2000). La Protéine Phosphatase 2A: une nouvelle piste pour l'etude des virus et des parasites. Med/Sci 16, 122-127). Más particularmente, un papel crucial de PP1/PP2A sería al nivel de la regulación de las proteínas anti-apoptóticas Bcl-2 y de la supervivencia celular (Garcia A. et al., PP1 et PP2A des ser/thr phosphatases au coeur de l'apoptose (2001). Med/Sci 17, 1214-1216; Ayllón, V. et al. (2000). Protein phophatase 1- is a Ras-activated Bad phosphatase that regulates IL-2 deprivation-induced apoptosis. EMBO J. 19, 2237-2246, Ayllón, V, et al. (2001) Bcl-2 targets protein phosphatase 1 alpha to Bad. J. Imunol. 15; 166: 7345-7352).
De manera general, la identificación de los péptidos que interaccionan con PP2A permitiría producir medicamentos novedosos susceptibles de bloquear mediante inhibición competitiva los mecanismos celulares inducidos por las proteínas virales o parasitarias a través de su interacción con PP2A y en particular los mecanismos de infección, de proliferación de patógenos y de transformación neoplásica de células.
En particular, se ha notificado que la activación de PP2A tras la interacción con la proteína adenoviral E4orf4, induce la apoptosis en las células transformadas (Shtrichman R, et al. (2000) Oncogene. 19, 3757-3765). Este efecto que es específico requiere una interacción con la subunidad B alfa (B\alpha) de PP2A (Marcellus et al. J Virol. (2000) 74: 7869-7877)/Goedert et al. J. Neurochem (2000) 75,2155-2162)). De forma global, el conjunto de estas observaciones sugiere la hipótesis de que la interacción de péptidos que imitan el sitio ABC1 y/o A3 con PP2A podría inducir la apoptosis de células transformadas.
Los documentos WO901563 y WO0104629 A1 describen la proteína E4orf4 humana y su papel en la inducción de la apoptosis de células tumorales, particularmente cuando se expresa con la ayuda de un vector adenoviral. El documento WO0104629 A1 se refiere además a polipéptidos moduladores y miméticos E4orf4 y PP2A que permiten inducir una muerte celular selectiva. Este documento da a conocer una invención que se refiere a la capacidad de la proteína adenoviral E4orf4 para provocar la muerte de células neoplásicas, pero no la de células no neoplásicas. Por otra parte, el documento WO9801563 A2 se refiere a las proteínas E4orf4 y E4orf6 de adenovirus destinadas a inducir la muerte celular. Finalmente, la solicitud de patente FR 0110139 describe compuestos peptídicos que presentan la propiedad de unión con la PP2A.
Además, las proteínas de la familia Bcl-2 que, en los mamíferos, comprende una veintena de miembros, pueden dividirse en tres subfamilias que comprenden:
-
los miembros anti-apoptóticos (del tipo como el propio Bcl-2) que tienen todos al menos cuatro motivos conservados, denominados "BH1 a BH4" para " Bcl-2 Homology domain" (dominio de homología con Bcl-2), son necesarios para la función de supervivencia celular. El motivo BH4 contiene el dominio de interacción con las proteínas Raf y Apaf-1, y con la calcineurina;
-
los miembros pro-apoptóticos de tipo Bax no contienen el dominio BH4; y
-
los miembros pro-apoptóticos de tipo Bad sólo tienen un dominio BH3.
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Experimentos de mutagénesis muestran que la actividad anti-apoptótica de Bel-2 requiere su fosforilación al nivel de un residuo particular, la serina 70, cuya sustitución por alanina inhibe la supervivencia. Por otro lado, los trabajos del equipo del Dr. May (EE.UU.) (2001, Vol. 15, n.º 4, págs. 515-522) sugieren que en presencia de IL-3, PP2A podría asociarse de forma transitoria con Bcl-2. El uso de un mutante puntual (en el que un residuo de alanina sustituye la serina 70) indica que la unión de PP2A a Bcl-2 requiere la serina 70 que, por consiguiente, podría pertenecer al sitio de unión. Los autores sugieren así un mecanismo de regulación dinámica en el que PP2A sería una fosfatasa Bcl-2 antagonista de cinasas Bcl-2, por ejemplo las PKC (para su discusión, véase Garcia A. et al. PP1 et PP2A des ser/thr phosphatases au coeur de l'apoptose (2001), Med/Sci 17, 1214-1216.
La presencia de estos péptidos Bcl-2 en el interior de la célula podría desregular por tanto la fosforilación y, por tanto, la actividad de Bcl-2, lo que por consiguiente podría oponerse al desarrollo de tumores dependientes de
Bcl-2.
En resumen, existe por tanto una necesidad al nivel de los tratamientos antitumorales, antivirales y antiparasitarios para péptidos derivados de secuencias de E4orf4 y Bcl-2 que se unen a la PP2A o una de sus subunidades.
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Sumario de la invención
La invención se refiere a péptidos E4orf4 de tamaño reducido, que se unen a una holoenzima PP2A o una de sus subunidades. A diferencia de las proteínas E4orf4 nativas o de dominios polipeptídicos de tamaño importante, los péptidos de tamaño reducido tienen la ventaja de sintetizarse de manera sencilla, por vía química o en sistemas celulares, con un rendimiento importante y un coste reducido. Los péptidos de la invención presentan, además, la ventaja de ser más accesibles y de transferirse más fácilmente al citoplasma o al núcleo de las células con la ayuda de vectores apropiados, con vistas a un uso terapéutico.
La solicitud también describe péptidos Bcl-2 de tamaño reducido, que se unen a una holoenzima PP2A o una de sus subunidades. A diferencia de las proteínas Bcl-2 nativas o de dominios polipeptídicos de tamaño importante, los péptidos de tamaño reducido tienen la ventaja de sintetizarse de manera sencilla, por vía química o en sistemas celulares, con un rendimiento importante y un coste reducido. Los péptidos Bcl-2 descritos en la solicitud presentan, además, la ventaja de ser más accesibles y de transferirse más fácilmente al citoplasma o al núcleo de las células con la ayuda de vectores apropiados, con vistas a un uso terapéutico.
La invención resulta de la identificación de péptidos E4orf4 de un tamaño inferior a 30 aminoácidos, y concretamente péptidos de un tamaño inferior a 20 aminoácidos, que interaccionan in vitro con una holoenzima PP2A purificada o una de sus subunidades.
La solicitud también describe la identificación de péptidos Bcl-2, de un tamaño inferior a 30 aminoácidos, y concretamente péptidos de un tamaño inferior a 20 aminoácidos, que interaccionan in vitro con una holoenzima PP2A purificada o una de sus subunidades.
En particular, los inventores han identificado mediante la técnica de "SPOT synthesis" (síntesis en manchas) descrita por Frank y Overwing (Methods in Molecular Biology, 1996, vol. 66: 149-169, Epitope Mapping Protocols, G.E. Morris Humana Press Inc., Totowa Nueva Jersey) los sitios de unión de las proteínas E4orf4 (de adenovirus de tipo 2 de perro) y Bcl-2 que interaccionan con una holoenzima PP2A o una de sus subunidades.
Por una parte la solicitud describe péptidos de un tamaño inferior a 30 aminoácidos, que interaccionan in vitro con una holoenzima PP2A purificada o una de sus subunidades, derivándose dichos péptidos de la proteína E4orf4 (de adenovirus de tipo 2 de perro) y Bcl-2. Los antagonistas derivados de estos péptidos y seleccionados porque inhiben la interacción de las proteínas virales o parasitarias con una holoenzima particular de PP2A podrían constituir así agentes antitumorales, antivirales o antiparasitarios novedosos.
Por otra parte, la solicitud también describe un péptido que comprende, por una parte, una secuencia de 12 aminoácidos derivada de Ck2\alpha de Theileria parva (FD6) que puede interaccionar con la subunidad A de la PP2A y penetrar en la célula de la línea Hela (Garcia, A. et al. (2000) y, por otra parte, la secuencia correspondiente al sitio de interacción de la PP2A con la subunidad B\alpha del sitio 1-B de la PP2A (véase la tabla 1). Este péptido podría penetrar en las células y, a la manera de la proteína E4orf4 del adenovirus humano, podría interaccionar con la PP2A y provocar la apoptosis en las células cancerosas sin afectar a las células normales.
El método de identificación, descrito en la solicitud FR n.º 0110139 presentada el 27 de julio de 2001 a nombre del mismo solicitante, comprende las siguientes etapas que consisten en:
a)
depositar en forma de manchas, sobre un soporte, péptidos E4orf4 o Bcl-2 cuya secuencia procede respectivamente de la proteína viral E4orf4 o celular Bcl-2, correspondiendo cada mancha a la deposición de un péptido de secuencia definida,
b)
poner en contacto el soporte sólido con una disolución que contiene una holoenzima proteína fosfatasa 2A o una de sus subunidades en condiciones que permiten a los péptidos presentes sobre el soporte unirse a la holoenzima o una de sus subunidades, e
c)
identificar sobre el soporte sólido el péptido E4orf4 o Bcl-2 sobre el que se fija la proteína fosfatasa 2A o una de sus subunidades.
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Según la etapa a), se depositan diferentes péptidos sobre un soporte sólido en posiciones definidas ("mancha"), correspondiendo cada posición a una secuencia peptídica específica y formando así el conjunto una red de péptidos ("array") bidimensional.
Se han descrito recientemente diferentes métodos de preparación de tales redes (para su revisión, véanse Figeys y Pinto, 2001 Electrophoresis 22: 208-216; y Walter et al., 2000 Curr Opin Microbiol 3: 298-302). El conjunto de estos métodos comprende en general la fijación covalente de péptidos sobre un soporte, en particular con la ayuda de grupos de unión ("linkers") químicos. A modo de ejemplo, el experto en la técnica podrá remitirse concretamente a la técnica de "SPOT synthesis" que consiste en sintetizar directamente sobre una membrana de celulosa péptidos que comprenden hasta 20 residuos (Frank y Overwing, Methods in Molecular Biology, 1996, vol. 66: 149-169, Epitope Mapping Protocols, G.E. Morris Humana Pres Inc., Totowa Nueva Jersey).
De manera general, puede utilizarse cualquier método siempre que permita la obtención de una red de péptidos, E4orf4 o Bcl-2, depositados sobre un soporte sólido, que puede utilizarse para detectar interacciones específicas entre los péptidos depositados y la holoenzima PP2A o una de sus subunidades.
El conjunto de secuencias de péptidos E4orf4 y Bcl-2 depositados cubre la secuencia completa de la proteína viral o celular de la que proceden estas secuencias. Así, el procedimiento permite someter a prueba en una sola etapa la secuencia completa, estando ésta "seccionada" en un número definido de péptidos, de secuencias generalmente solapantes.
Los péptidos depositados en forma de mancha tienen un tamaño inferior a 20 aminoácidos, y aún mejor, un tamaño inferior a 15 aminoácidos.
Los péptidos también pueden depositarse sobre una membrana de celulosa.
La red así obtenida se pone en contacto en la etapa b), con una holoenzima proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades.
Por "holoenzima proteína fosfatasa de tipo 2A", ha de entenderse cualquier complejo dimérico (AC) o heterotrimérico (ABC), purificado a partir de un extracto celular o reconstituido tras purificación de dos subunidades (A) y (C) de una proteína fosfatasa de tipo (2A) y, dado el caso, de una subunidad (B). Las proteína fosfatasas de tipo (2A) proceden preferiblemente de mamíferos.
Se incuban los soportes, por ejemplo, en una disolución tampón que comprende las proteína fosfatasas purificadas o una de sus subunidades purificadas. Una disolución tampón que puede utilizarse es TBS (TRIS BUFFER SALINE, solución salina tamponada con Tris) que contiene un 5% de leche desnatada en polvo y un 3% de BSA.
El péptido sobre el que se fija la holoenzima proteína fosfatasa de tipo 2A se identifica en general mediante el marcaje directo o indirecto de la proteína fosfatasa y la identificación de manchas al nivel de las cual se fija la proteína marcada. La fijación de la PP2A o una de sus subunidades al nivel de una de las manchas de péptidos puede revelarse así en particular con la ayuda de antisueros, según las técnicas utilizadas de manera clásica para la inmunotransferencia de tipo Western o el ensayo ELISA en fase sólida, tras la incubación del soporte que contiene la red de péptidos con un anticuerpo dirigido contra las subunidades (A) o (B) o (C) o una mezcla de anticuerpos dirigidos contra las subunidades (A), (B) o (C) de PP2A.
La aplicación del método de "SPOT synthesis" descrito en el documento FR n.º 0110139 conduce a la identificación de péptidos E4orf4 y Bcl-2, útiles concretamente en los tratamientos antitumorales, antivirales y antiparasitarios, de un tamaño inferior a 30 aminoácidos, incluso inferior a 20 aminoácidos, pudiendo unirse dichos péptidos in vitro a una holoenzima proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades.
Por consiguiente, la solicitud describe un péptido E4orf4 o Bcl-2, natural o sintético, de un tamaño inferior a 30 aminoácidos, preferiblemente inferior a 20 aminoácidos, caracterizado porque se une in vitro, de manera específica, a una holoenzima proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades, (A), (B) o (C). Mediante unión específica ha de entenderse que el péptido puede inhibir de manera competitiva la unión de una proteína de origen viral o parasitario con las PP2A. La solicitud describe además un péptido que comprende, por una parte, una secuencia de 12 aminoácidos derivada de Ck2\alpha de Theileria parva (FD6) que puede interaccionar con la subunidad A de la PP2A y penetrar en la célula de la línea HeLa (Garcia, A. et al. (2000) Inhibitions de processus tumoraux ou infectieux par transfert intracellulaire de peptides mimant des sites de interaction avec la serine/threonine phosphatase PP2A) y, por otra parte, la secuencia correspondiente al sitio de interacción de PP2A con la subunidad B\alpha del sitio 1-B de la PP2A (véase la tabla 1). Este péptido podría penetrar en las células y, a la manera de la proteína E4orf4 del adenovirus humano, podría interaccionar con PP2A y provocar la apoptosis en las células cancerosas sin afectar a las células normales.
Los péptidos E4orf4 y Bcl-2 identificados, y el péptido propuesto FD6-E4orf4, son particularmente útiles en el tratamiento de ciertos tumores, de ciertas infecciones virales o parasitarias. El experto en la técnica puede seleccionar, con la ayuda de ensayos de competición de unión, péptidos novedosos, derivados de las secuencias identificadas de la invención, inhibiendo dichos péptidos de manera competitiva la unión de la proteína nativa de la que se derivan con una holoenzima PP2A o una de sus subunidades.
Así, la solicitud también describe un péptido natural o sintético, tal como se definió anteriormente, caracterizado porque inhibe de manera competitiva, la interacción de la proteína nativa de la que se deriva con una holoenzima PP2A o una de sus subunidades.
Los péptidos según la invención, para ser eficaces in vivo en el tratamiento de ciertos tumores o ciertas infecciones virales o parasitarias, pueden acoplarse a un vector que puede transferir dicho péptido a una célula eucariota. El tamaño reducido de los péptidos de la invención les permite atravesar más fácilmente la membrana celular. El uso de vectores apropiados permite además seleccionar como diana los péptidos en ciertos tejidos, ciertas células, incluso ciertos compartimentos celulares particulares, y concretamente, el citoplasma o el núcleo de las células, en función del efecto terapéutico buscado.
La invención se refiere naturalmente a los medios que permiten la síntesis de los péptidos de la invención. En particular, la invención se refiere a un polinucleótido caracterizado porque su secuencia consiste en la secuencia codificante de un péptido según la invención. La presente solicitud también describe polinucleótidos cuya secuencia se elige de una de las siguientes secuencias:
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1
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2
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Puede resultar ventajoso sintetizar un polipéptido que comprende la repetición de los motivos peptídicos identificados de la invención. Por consiguiente, la invención se refiere a un polinucleótido caracterizado porque consiste en un multímero del polinucleótido que codifica para un péptido de la invención. La invención también se refiere a un polipéptido caracterizado porque está constituido por la repetición de un péptido según la invención.
La invención también se refiere a un vector de expresión celular, caracterizado porque comprende un polinucleótido tal como se definió anteriormente y secuencias reguladoras que permiten la expresión de un péptido según la invención en una célula huésped.
La solicitud también describe un método de preparación de un péptido tal como se define en la solicitud, que comprende la transformación de un huésped celular con la ayuda de un vector de expresión celular tal como se definió anteriormente, seguido de la puesta en cultivo del huésped celular así transformado, y la recuperación del péptido en el medio de cultivo.
La invención se refiere además a un anticuerpo purificado policlonal o monoclonal caracterizado porque puede unirse de forma específica a un péptido según la invención.
Se obtienen anticuerpos específicamente dirigidos contra los péptidos identificados de la invención, por ejemplo mediante la inmunización de un animal tras la inyección de un péptido según la invención, y la recuperación de los anticuerpos producidos. Puede obtenerse un anticuerpo monoclonal según las técnicas conocidas por el experto en la técnica tales como el método de los hibridomas descrito por Kohler y Milstein (1975).
Los anticuerpos obtenidos, específicamente dirigidos contra dianas de la proteína fosfatasa 2A, encuentran aplicación en particular en la inmunoterapia. Por ejemplo, pueden servir como antagonistas de proteínas virales o parasitarias dirigidos contra la proteína fosfatasa 2A con el fin de bloquear el desarrollo viral o parasitario.
Asimismo, los polinucleótidos que codifican para los péptidos de la invención pueden transferirse directamente al núcleo de células diana, dado el caso, con la ayuda de vectores apropiados, con el fin de permitir la expresión in vivo de los péptidos correspondientes, siendo dichos péptidos susceptibles de bloquear mediante inhibición competitiva una interacción específica entre la proteína fosfatasa 2A y la proteína viral o celular de la que se deri-
van.
Así, la invención se refiere a una composición farmacéutica que comprende un elemento elegido de un polinucleótido según la invención o un anticuerpo según la invención.
La invención también se refiere a una composición farmacéutica que comprende uno de los péptidos de la invención en combinación con un vehículo farmacéuticamente aceptable.
La invención prevé además un uso de un péptido de la invención tal como se definió anteriormente, en la preparación de un medicamento útil en el tratamiento de una infección viral o parasitaria.
Los péptidos de la invención pueden elegirse ventajosamente de manera que se estimule la inducción de la apoptosis relacionada con la activación de la proteína fosfatasa 2A celular. Así, la invención también se refiere al uso de un péptido según la invención, tal como se definió anteriormente, en la preparación de un medicamento adecuado para inducir la apoptosis de células diana, y en particular de células tumorales.
El cáncer se traduce mediante una expresión específica de proteínas cuya actividad es regulable mediante las secuencias de péptidos de la invención. Por tanto, las secuencias que codifican para los péptidos de la invención pueden utilizarse como sonda para detectar, de manera específica, a partir de ARN extraído de una muestra biológica de un paciente, el desarrollo tumoral.
Asimismo, puede utilizarse un anticuerpo según la invención para reconocer específicamente las secuencias peptídicas contenidas en las proteínas virales o celulares expresadas durante la tumorigénesis.
Así, la invención se refiere por tanto al uso de un polinucleótido según la invención o de un anticuerpo según la invención en el diagnóstico in vitro de cánceres.
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Descripción de las figuras
Figura 1: Identificación de sitios de unión de la proteína E4orf4 con PP2A.
Figura 2: Identificación de sitios de unión de la proteína Bcl-2 con PP2A.
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Descripción de modos de realización preferidos de la invención
La solicitud describe un péptido caracterizado porque se trata de un fragmento de la proteína adenoviral E4orf4, o de la proteína celular Bcl-2, o del péptido propuesto Ck\alpha2-E4orf4, uniéndose dicha proteína in vitro a una proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades, o de una secuencia que se distingue del fragmento de proteína anterior por la sustitución o deleción de aminoácidos, conservando no obstante dicha secuencia distinta las propiedades de unión a una proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades.
En particular, una secuencia distinta es una secuencia peptídica que aumenta la afinidad de unión a la proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades con respecto a la secuencia de la que se deriva. Otra secuencia distinta tal como se definió anteriormente es una secuencia peptídica homóloga a una secuencia peptídica identificada inicialmente, es decir, una secuencia derivada de una proteína de otra especie que la secuencia peptídica identificada inicialmente, y cuya secuencia primaria puede alinearse con la secuencia peptídica identificada inicialmente con la ayuda de un programa de alineación óptima utilizado de manera clásica, tal como el programa BESTFIT (Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, GCG). En particular, una secuencia A se considerará que es homóloga a una secuencia B si dichas secuencias A y B presentan al menos un 50% de homología, preferiblemente un 75% de homología, tras la alineación de las secuencias con la ayuda de un programa de alineación óptima tal como el programa BESTFIT. De manera aún más preferida, dos secuencias también se consideran homólogas si las secuencias son casi idénticas con la excepción de algunos residuos que pueden representar del 10 al 20% de variabilidad con respecto a la secuencia total. Por otro lado, los aminoácidos semejantes por su función química (tales como por ejemplo, Arg y Lys) se consideran equivalentes.
Un péptido particularmente preferido es un fragmento de la proteína E4orf4 de adenovirus, en particular un fragmento de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro, o una secuencia que se distingue del fragmento de la proteína anterior por la sustitución o deleción de aminoácidos, conservando no obstante dicha secuencia distinta las propiedades de unión a la proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades.
La invención tiene por objeto un péptido caracterizado porque se elige de una de las siguientes secuencias:
a)
RELGSMLE SPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 1)
b)
LGSMLE SPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 2)
c)
SMLE SPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 3)
d)
VKKKKIKREIKI SMLE SPMEFLFDTI DDTVTAS (SEQ ID NO: 6)
e)
GSMLESPMEFLFDTIDDVTAS.
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La solicitud también describe un péptido caracterizado porque está incluido en una de las siguientes secuencias:
a)
RELGSMLESPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 1)
b)
LGSMLE SPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 2)
c)
SMLE SPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 3)
d)
HFKGTLIKEISDVVNN (SEQ ID NO: 4)
e)
AFRGRE VTVSLLEVFSFC (SEQ ID NO: 5)
f)
V K K K K I K R E I K I SMLE SPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 6)
g)
ARTSPLQTPAAPGAAAGPAL (SEQ ID NO: 7)
h)
RFATVVEELFRDGVNW (SEQ ID NO: 8)
i)
RPLFDFSWLSLKTLLSLALVGA (SEQ ID NO: 9)
j)
PLQTPAAPGAAAGPAL (SEQ ID NO: 10)
k)
LFDFSWLSLKTLLSLALVGA (SEQ ID NO: 11).
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Entre los péptidos de secuencias que se distinguen de SEQ ID NO: 1, 2, 3,4, 5 ó 6 por la sustitución o deleción de aminoácidos, se citarán más particularmente los péptidos cuya secuencia está incluida en una de las secuencias de la proteína E4orf4 de diferentes variantes de adenovirus de tipo 2 de perro y de ser humano, y correspondientes a las secuencias homólogas entre estas variantes de SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5 ó 6.
Entre los péptidos de secuencias que se distinguen de SEQ ID NO: 7, 8, 9, 10 u 11 por la sustitución o deleción de aminoácidos, se citarán más particularmente los péptidos cuya secuencia está incluida en una de las secuencias de la proteína celular Bcl-2, y correspondientes a las secuencias homólogas entre estas variantes de SEQ ID NO: 7, 8, 9, 10 u 11.
Un péptido preferido es un péptido elegido de una de las secuencias SEQ ID NO: 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 u 11 y caracterizado porque su administración induce la apoptosis de las células y en particular de las células tumora-
les.
La invención prevé preferentemente el uso de un péptido cuya secuencia se deriva de un fragmento de la proteína E4orf4, tal como se definió anteriormente, en la preparación de un medicamento adecuado para inhibir la infección viral.
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Ejemplos Las proteínas PP2A purificadas
La proteína trimérica PP2A1 se purificó hasta homogeneidad a partir de cerebro de cerdo.
La proteína A (subunidad estructural de PP2A) recombinante expresada en bacteria.
La proteína B55 (subunidad reguladora de PP2A) recombinante expresada en bacteria.
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Identificación de sitios de unión de E4orf4 y de Bcl-2 con PP2A
Se mapeó el sitio de unión entre las proteínas E4orf4 (codificada por el adenovirus de tipo 2 de perro) y la proteína anti-apoptótica Bcl-2 con PP2A utilizando la técnica de "mancha de péptidos" que se ha descrito anteriormente (Frank y Overwing. (1996). Meth. Mol. Biol. 66,149-169).
Este enfoque se basa en el uso de membranas sobre las que se depositan dodecapéptidos que representan la totalidad de la proteína de interés (en este caso, E4orf4 y Bcl-2) con un desplazamiento de dos aminoácidos por pépti-
do.
En primer lugar, se satura cada membrana durante 1 hora a temperatura ambiente con TBS que contiene un 5% de leche desnatada en polvo y un 3% de BSA, después se incuba durante la noche en el mismo tampón en presencia de 4 \mug/ml de proteína purificada (subunidad A de PP2A y holoenzima PP2A1). Se sintetizaron cincuenta y seis dodecapéptidos que cubren toda la secuencia de la proteína E4orf4 y ciento quince dodecapéptidos que cubren toda la secuencia de la proteína Bcl-2 y se unieron de forma covalente a membranas de celulosa.
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3
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Se revela la interacción específica de cada proteína purificada (respectivamente, la subunidad estructural A, la subunidad reguladora B55(B) o la holoenzima trimérica ABC (denominada PP2A1)) con una secuencia peptídica, como una inmunotransferencia de tipo Western, tras la incubación de la membrana con un anticuerpo dirigido contra la proteína estructural A (A), la subunidad reguladora B (B) y con una mezcla de anticuerpos que reconocen las proteínas A, B y C de PP2A (ABC) (figuras 1, 2).
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Ejemplo 1
Identificación de secuencias peptídicas que contienen sitios de unión de la proteína E4orf4 codificada por el adenovirus de tipo 2 de perro con proteínas de la familia de las PP2A
La selección de una membrana que contiene los péptidos que cubren las secuencias de E4orf4 con las diferentes formas de PP2A purificadas (figura 1) permitió identificar cinco secuencias de aminoácidos que contienen sitios de interacción de E4orf4 con PP2A (véase la tabla 1).
Se pudo determinar, respectivamente:
-
una secuencia peptídica que contiene un sitio de unión de E4orf4 con la subunidad estructural B ("sitio B1" correspondiente a los péptidos 12 a 18).
-
Tres secuencias peptídicas correspondiente a tres sitios de unión de E4orf4 con la subunidad A ("sitio A1" correspondiente a los péptidos 13 a 18 y "sitio A2" correspondiente a los péptidos 41 a 43 y "sitio A3" correspondiente a los péptidos 52 a 55).
-
Dos secuencias peptídicas correspondientes a dos sitios de unión de E4orf4 con la proteína PP2A1 ("sitio B1" correspondiente a los péptidos 14 a 18 y "sitio A3" correspondiente a los péptidos 52 a 55).
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Es interesante constatar (tabla 1) que los sitios B1, A1 y ABC1 se cubren entre sí parcialmente, lo que sugiere:
-
que las subunidades A y B pueden interaccionar en un mismo sitio lo que no se había establecido nunca en el sistema PP2A. Por otro lado, la interacción de PP2A trimérica en este sitio requiere una secuencia un poco más corta, lo que sugiere una regulación conformacional.
TABLA 1 Sitios de unión de E4orf4 con diferentes PP2A
4
Ejemplo 2
(Ejemplo comparativo)
Identificación de secuencias peptídicas que contienen sitios de unión de la proteína Bcl-2 con proteínas de la familia de las PP2A
La selección de una membrana que contiene los péptidos que cubren las secuencias de Bcl-2 con las diferentes formas de PP2A purificadas (figura 2) permitió identificar cinco secuencias de aminoácidos que contienen sitios de interacción de Bel-2 con PP2A (véase la tabla 2).
Se pudo determinar, respectivamente:
-
una secuencia peptídica que contienen un sitio de unión de Bcl-2 con la subunidad reguladora B (sitio 1-B correspondiente a los péptidos 33-37).
-
dos secuencias peptídicas que contienen dos sitios de unión de Bcl-2 con la subunidad estructural A (sitio A1 correspondiente a los péptidos 64-67 y sitio A2 correspondiente a los péptidos 104-109).
-
dos secuencias peptídicas que contienen un sitio de unión de Bcl-2 con la holoenzima PP2A1 (sitio 1-ABC correspondiente a los péptidos 35 a 37 y sitio 2-ABC correspondiente a los péptidos 105-109). Es interesante constatar que los sitios 1-ABC y 2-ABC corresponden respectivamente a los sitios 1-B y A2 con desplazamientos, respectivamente, de dos y cuatro aminoácidos probablemente relacionados con una conformación diferente que resulta de la interacción de las proteínas A o B en la holoenzima.
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Por otro lado, es notable que el sitio 1-B/1-ABC esté situado al nivel de la ser-70 cuya fosforilación regula la actividad de PP2A mientras que el sitio 2-ABC/A2 está situado en el extremo C-terminal de la proteína. De forma global, y al contrario que los sitios de interacción con la PP1, estos dos sitios no interfieren con los dominios BH de la proteína PP2A (véase Garcia A. et al. PP1 et PP2A des ser/thr phosphatases au coeur de l'apoptose (2001). Med/Sci 17, 1214-1216 para una discusión general).
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TABLA 2 Sitios de unión de Bcl-2 con diferentes PP2A
5
<110> INSTITUTO PASTEUR
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<120> Péptidos que se unen a la proteína fosfatasa 2A y polinucleótidos que codifican para los mismos
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<130> B5776 -AD/CAL
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<140>
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<141>
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\vskip0.400000\baselineskip
<150> Documento CA 2.408.207
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<151> 16-10-2002
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<160> 11
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<170> PatentIn Ver. 2.1
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<210> 1
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<211> 24
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 1
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6
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<210> 2
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<211> 22
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 2
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7
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<210> 3
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<211> 20
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 3
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8
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<210> 4
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<211> 16
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 4
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\hskip0,8cm
9
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<210> 5
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<211> 18
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 5
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10
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<210> 6
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<211> 32
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 6
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11
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<210> 7
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<211> 20
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 7
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12
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<210> 8
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<211> 16
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 8
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13
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<210> 9
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<211> 22
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<212> PRT
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<213> Secuencia artificial
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<400> 9
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14
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<210> 10
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<211> 16
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<213> Secuencia artificial
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<400> 11
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16

Claims (13)

1. Péptido caracterizado porque se une in vitro, de manera específica, a una holoenzima proteína fosfatasa de tipo 2A o una de sus subunidades y porque se elige de una de las siguientes secuencias:
a)
la secuencia RELGSMLESPMEFLFDTI DDVTAS (SEQ ID NO: 1), procedente de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro;
b)
la secuencia LGSMLESPMEFLFDTIDDVTAS (SEQ ID NO: 2), procedente de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro;
c)
la secuencia GSMLESPMEFLFDTI DDVTAS, procedente de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro;
d)
la secuencia SMLESPMEFLFDTIDDVTAS (SEQ ID NO: 3), procedente de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro; y
e)
la secuencia VKKKKIKREIKISMLESPMEFLFDTIDDVTAS (SEQ ID NO: 6), procedente de la proteína Ck\alpha2 de Theileria parva y de la proteína E4orf4 de adenovirus de tipo 2 de perro.
2. Péptido según la reivindicación 1, caracterizado porque está acoplado a un vector que puede transferir dicho péptido a una célula eucariota.
3. Polipéptido caracterizado porque está constituido por la repetición de un péptido según la reivindicación 1 ó 2.
4. Polinucleótido caracterizado porque su secuencia consiste en la secuencia codificante de un péptido según la reivindicación 1 ó 2.
5. Polinucleótido caracterizado porque consiste en un multímero del polinucleótido según la reivindicación 4.
6. Vector de expresión celular, caracterizado porque comprende un polinucleótido según la reivindicación 4 ó 5 y secuencias reguladoras que permiten la expresión de un péptido según la reivindicación 1 ó 2 en una célula huésped.
7. Anticuerpo purificado policlonal o monoclonal caracterizado porque puede unirse de forma específica a uno cualquiera de los péptidos según la reivindicación 1 ó 2.
8. Composición farmacéutica que comprende uno de los péptidos según la reivindicación 1 ó 2, en combinación con un vehículo farmacéuticamente aceptable.
9. Composición farmacéutica que comprende un elemento elegido de un polinucleótido según la reivindicación 4 ó 5, un vector de expresión según la reivindicación 6 o un anticuerpo según la reivindicación 7.
10. Uso de los péptidos definidos según la reivindicación 1 ó 2, en la preparación de un medicamento útil en el tratamiento de tumores.
11. Uso de un péptido definido según la reivindicación 1 ó 2, en la preparación de un medicamento adecuado para inducir la apoptosis de células diana, y en particular de células tumorales.
12. Uso de un péptido definido según la reivindicación 1 ó 2, en la preparación de un medicamento útil en el tratamiento del cáncer.
13. Uso de un polinucleótido según la reivindicación 4 ó 5 o de un anticuerpo según la reivindicación 7, en el diagnóstico in vitro del cáncer.
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