ES2299059T3 - Gen de predisposicion al autismo humano que codifica para un factor de transcripcion y utilizaciones del mismo. - Google Patents
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Abstract
Procedimiento in vitro de detección de la presencia de autismo o predisposición al mismo, o a un trastorno de espectro autista en un sujeto, comprendiendo el procedimiento detectar la presencia de una alteración en el locus del gen de PITX1 en una muestra del sujeto.
Description
Gen de predisposición al autismo humano que
codifica para un factor de transcripción y utilizaciones del
mismo.
La presente invención se refiere en general a
los campos de la genética y la medicina.
El autismo es un trastorno del desarrollo
neuropsiquiátrico caracterizado por deterioros en la interacción
social recíproca y la comunicación verbal y no verbal, pautas
restringidas y estereotipadas de intereses y actividades, y la
presencia de anomalías del desarrollo antes de los 3 años de edad
(Bailey et al., 1996). En su descripción pionera del autismo
infantil, Kanner (1943) incluía los siguientes síntomas: lenguaje
alterado, falta de contacto visual, falta de interacción social,
comportamiento repetitivo y una estricta necesidad de rutina.
Observó que en la mayoría de los casos el comportamiento del niño
era anómalo desde la primera infancia. Basándose en esto, sugirió la
presencia de un defecto congénito, presumiblemente genético. Un año
más tarde, Hans Asperger describió en Alemania a pacientes
similares y denominó el estado "psicopatía autista".
El autismo se define usando criterios de
comportamiento porque, hasta el momento, no se conocen marcadores
biológicos específicos para diagnosticar la enfermedad. La gravedad
del cuadro clínico del autismo varía y se modifica mediante muchos
factores, incluyendo la educación, la aptitud y el temperamento.
Además, el cuadro clínico cambia durante el transcurso del
desarrollo de un individuo. Además, el autismo está frecuentemente
asociado a otros trastornos tales como trastorno por déficit de
atención, descoordinación motora y síntomas psiquiátricos tales como
ansiedad y depresión. Existen algunas pruebas de que el autismo
puede englobar también trastorno epiléptico, metabólico e
inmunitario. Al igual que el reconocimiento clínico de la
variabilidad, ahora existe un acuerdo general de que hay un espectro
de trastornos autistas, que incluye individuos a todos los niveles
de inteligencia y capacidad de lenguaje y que abarca todos los
grados de gravedad.
Parte del espectro del autismo, pero considerado
un subgrupo especial, es el síndrome de Asperger (AS). El AS se
distingue del trastorno autista por la falta de un retraso
clínicamente significativo en el desarrollo del lenguaje en
presencia de la interacción social deteriorada y actividades,
intereses y comportamientos repetitivos restringidos que
caracterizan los trastornos de espectro autista (ASD).
Los ASD son tipos de trastornos generalizados
del desarrollo (PPD). El PPD, "no especificado"
(PPD-NOS) se usa para clasificar a los niños que no
cumplen los criterios estrictos para el autismo pero que se
acercan, o bien manifestando autismo atípico o bien cumpliendo casi
los criterios de diagnóstico en dos o tres de las áreas clave.
Para normalizar el diagnóstico del autismo, se
han definido los criterios de diagnóstico por la Organización
Mundial de la Salud (International Classification of Diseases, 10ª
Revisión (ICD-10), 1992) y la Asociación Americana
de Psiquiatría (Diagnostic and Statistical Manual of Mental
Disorders, 4ª Edición (DSM-IV), 1994). Se ha
desarrollado una entrevista para el diagnóstico del autismo (ADI)
(Le Couteur et al., 1989; Lord et al., 1994). La ADI
es la única herramienta de diagnóstico disponible para diagnosticar
el ASD que se ha normalizado, sometido a pruebas rigurosas y que
está mundialmente reconocida. La ADI es una entrevista puntuada,
semiestructurada de los padres que se basa en los criterios de
ICD-10 y DSM-IV. para el diagnóstico
del autismo. Se centra en el comportamiento en tres áreas
principales: cualidades de interacción social recíproca;
comunicación y lenguaje; y comportamientos e intereses restringidos
y repetitivos, estereotipados. Usando estos criterios, el autismo
deja de considerarse un trastorno poco común. Se ha informado de
tasas más altas de 10-12 casos por cada 10.000
individuos en estudios más recientes (Gillberg y Wing, 1999) en
comparación con la tasa de prevalencia notificada anteriormente de
4-5 pacientes por cada 10.000 individuos basándose
en los criterios de Kanner (Folstein y
Rosen-Sheidley, 2001). Las estimaciones para la
tasa de prevalencia del espectro completo de trastornos autistas son
de 1,5 a 2,5 veces más altas. Los informes de una aparición cuatro
veces más alta en hombres en comparación con mujeres son
consecuentes. El retraso mental está presente en entre el 25% y el
40% de los casos con ASD (Baird et al. 2000; Chakrabarti y
Fombonne, 2001). Estados patológicos adicionales que implican el
cerebro se observan en aproximadamente el 10% de la población
(Gillberg y Coleman, 2000).
Se desconocen los mecanismos subyacentes al
aumento de casos notificados de autismo. Se está debatiendo mucho
sobre si esta diferencia refleja un aumento en la prevalencia del
autismo, un cambio gradual en los criterios de diagnóstico, un
reconocimiento de una variabilidad mayor de la expresión de
enfermedad o una mayor conciencia del trastorno. Además, existe una
percepción pública extendida de que el aumento evidente se debe
principalmente a factores medioambientales (Nelson, 1991; Rodier y
Hyman, 1998). Sin embargo, parece probable que la mayor parte del
aumento de la prevalencia pueda explicarse mediante una ampliación
de los criterios de diagnóstico, en combinación con una aplicación
más amplia de estos criterios.
Aunque existen tratamientos eficaces para
mejorar la enfermedad, no hay curas disponibles y los beneficios
del tratamiento tienden a ser moderados. Se han obtenido resultados
prometedores para varios programas que utilizan diversas estrategias
de desarrollo y comportamiento. Entre los más prometedores están
los programas basados en el análisis del comportamiento aplicado
(ABA). Varios medicamentos parecieron mejorar diversos síntomas
asociados con el autismo, aumentando así la capacidad del individuo
para beneficiarse de intervenciones conductuales y educacionales.
Los agentes estudiados más exhaustivamente son los antagonistas de
la dopamina. Varios estudios sugieren utilidad de diversos
inhibidores selectivos de la recaptación de serotonina.
Se han llevado a cabo tres estudios en gemelos
para calcular la heredabilidad del autismo (Folstein y Rutter,
1977; Bailey et al., 1995; Steffenburg et al., 1989).
Se buscaron todos los gemelos que vivían en una población
geográficamente definida. En los datos combinados se estudiaron 36
gemelos monocigóticos (MZ) y 30 dicigóticos (DZ). La tasa promedio
de concordancia de MZ es del 70% en comparación con una tasa de DZ
del 0%. Se calculó una heredabilidad superior al 90% a partir de la
razón de concordancia de MZ con respecto a DZ y del riesgo de
recaída entre hermanos que se ha calculado que es aproximadamente
del 2% al 4% (Jorde et al., 1991 Szatmari et al.,
1998). Estudios de familiares no autistas han demostrado claramente
que se encuentran varias características de los ASD con mayor
frecuencia en los padres de niños autistas que en los padres de
controles que incluyen reticencia social, dificultades de
comunicación, preferencia por rutinas y dificultades con el cambio
(Folstein y Rutter, 1977). La aparición retardada del habla y la
dificultad con la lectura también son más comunes en los miembros
de la familia de individuos con autismo, tal como son depresión
recurrente, trastornos de ansiedad, serotonina plaquetaria elevada
y perímetro craneal aumentado (Folstein y
Rosen-Sheidley, 2001).
La incidencia del autismo disminuye
significativamente con el grado decreciente de parentesco con un
individuo afectado lo que indica que es improbable que un modelo de
un único gen explique la mayoría de los casos de autismo (Jorde
et al., 1990). Un análisis de segregación notificado era más
consecuente con un modo poligénico de herencia (Jorde et
al., 1991). El modelo genético más ahorrativo es uno en el que
varios genes interaccionan entre sí para producir el fenotipo del
autismo (Folstein y Rosen-Sheidley, 2001).
Pruebas indirectas considerables indican un
posible papel de la autoinmunidad en el autismo. Un estudio
encontró más miembros de la familia con enfermedades
autoinmunitarias en familias con un probando autista en comparación
con probandos control (Comi et al., 1999). Algunos estudios
notificaron que puede que los haplotipos en el locus del complejo
mayor de histocompatibilidad (MHC) presentes en algunos niños con
autismo, o sus madres, predisponga a sus niños autistas a la
autoinmunidad (Burger y Warren, 1998). En dos estudios, se
encontraron autoanticuerpos frente a ciertas proteínas y tejidos
cerebrales, incluyendo proteína básica de mielina, proteínas de
neurofilamentos y epitelio vascular con mayor frecuencia en niños
autistas en comparación con los controles (Singh et al.,
1993; Connolly et al., 1999; Weizman et al.,
1982).
Aunque la mayoría de los casos de autismo son
consecuentes con el mecanismo propuesto de oligogenicidad y
epistasia, se ha observado una minoría asociada a anomalías
cromosómicas y trastornos que presentan etiologías específicas.
Smalley (1997) planteó que aproximadamente del 15 al 37% de los
casos de autismo presentan un estado patológico comórbido,
incluyendo del 5 al 14% con un trastorno genético conocido o
anomalía cromosómica. Se han notificado anomalías cromosómicas que
implican casi todos los cromosomas humanos. Estas incluyen
aneuploidías, anomalías en cromosomas sexuales, deleciones,
duplicaciones, translocaciones, cromosomas anulares, inversiones y
cromosomas marcadores (Gillberg, 1998). Las más comunes son las
anomalías de la región del síndrome de Prader Willi/Angehnan en el
cromosoma 15. La asociación del autismo y un estado mendeliano o
síndrome genético incluía fenilcetonuria no tratada, síndrome de X
frágil, esclerosis tuberosa y neurofibromatosis. Recientemente,
Carney et al. (2003) identificaron mutaciones en el gen de
MECP2 (proteína 2 de unión a metil-CpG) en dos
mujeres con autismo que no pre-
sentan manifestaciones de síndrome de Rett producidas en el 80% de los casos por las mutaciones en el gen de MECP2.
sentan manifestaciones de síndrome de Rett producidas en el 80% de los casos por las mutaciones en el gen de MECP2.
Hay diferentes grupos realizando exploraciones
del genoma relacionadas con el autismo o fenotipos más amplios de
ASD. Este enfoque parece muy prometedor, dado que es tanto
sistemático como libre de modelo. Además, ya se ha demostrado que es
satisfactorio. Así, se han obtenido resultados de ligamiento
positivos incluso analizando grupos de estudio comparativamente
pequeños. Lo que es más importante, algunos hallazgos ya se han
obtenido por duplicado. El resultado más constante se obtuvo para el
cromosoma 7q, pero también hay un solapamiento considerable en los
cromosomas 2q y 16p (Folstein y Rosen-Sheidley,
2001). También se ha realizado un progreso considerable en la
identificación de regiones cromosómicas en el cromosoma 15 y X. Se
han identificado mutaciones en dos genes ligados a X que codifican
para neuroliginas NLGN3 y NLGN4 en hermanos con trastornos de
espectro autista (Jamain et al., 2003). Varias líneas de
evidencias apoyan el hecho de que las mutaciones en neuroliginas
están implicadas en el trastorno autista. En primer lugar, las
mutaciones notificadas provocan alteraciones graves de la
estructura proteica prevista. En segundo lugar, se han notificado
deleciones en Xp22.3 que incluye NLGN4 en diversos niños autistas.
En tercer lugar, una mutación en NLGN4 apareció de novo en
una madre de individuo afectado.
La presente invención da a conocer a
continuación la identificación de un gen de propensión al autismo
humano, que puede utilizarse para el diagnóstico, prevención y
tratamiento del autismo, trastornos de espectro autista y trastornos
asociados con el autismo, así como para la selección de fármacos
terapéuticamente activos.
La presente invención da a conocer más
particularmente la identificación de un gen de propensión al
autismo humano, que puede utilizarse para el diagnóstico, prevención
y tratamiento del autismo y trastornos relacionados, así como para
la selección de fármacos terapéuticamente activos. La invención da
a conocer más específicamente ciertos alelos del gen de factor 1 de
transcripción de la secuencia homeótica de la hipófisis (PITX1)
relacionado con la propensión al autismo y que representa nuevas
dianas para la intervención terapéutica. La presente invención se
refiere a mutaciones particulares en el gen de PITX1 y productos de
expresión, así como a herramientas de diagnóstico y kits basados en
estas mutaciones. La invención puede utilizarse en el diagnóstico de
la predisposición al, detección, prevención y/o tratamiento del
síndrome de Asperger, trastorno generalizado del desarrollo,
trastorno desintegrativo infantil, retraso mental, ansiedad,
depresión, trastornos por déficit de atención con hiperactividad,
retraso en el habla o deterioro del lenguaje, epilepsia, trastorno
metabólico, trastorno inmunitario, enfermedad bipolar y otras
enfermedades psiquiátricas y neurológicas incluyendo la
esquizofrenia.
La invención puede utilizarse en el diagnóstico
de la predisposición al o protección frente al, detección,
prevención y/o tratamiento del autismo, un trastorno de espectro
autista o un trastorno asociado con el autismo, comprendiendo el
procedimiento detectar en una muestra del sujeto la presencia de
una alteración en el polipéptido o gen de PITX1, siendo la
presencia de dicha alteración indicativa de la presencia o
predisposición al autismo, un trastorno de espectro autista o un
trastorno asociado con el autismo. La presencia de dicha alteración
también puede ser indicativa para la protección frente al
autismo.
Un objetivo particular de la presente invención
reside en un procedimiento de detección de la presencia del autismo
o predisposición al mismo, un trastorno de espectro autista o un
trastorno asociado con el autismo en un sujeto, comprendiendo el
procedimiento detectar la presencia de una alteración en el locus
del gen de PITX1 en una muestra del sujeto, siendo la presencia de
dicha alteración indicativa de la presencia del, o la predisposición
al, autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno
asociado con el autismo. Una alteración que es indicativa de la
presencia del autismo o predisposición al mismo, un trastorno de
espectro autista o un trastorno asociado con el autismo es una
alteración con una transmisión preferente a individuos autistas.
Alternativamente, una alteración que es indicativa de la presencia
del, o la predisposición al, autismo, un trastorno de espectro
autista o un trastorno asociado con el autismo es una alteración con
una frecuencia mayor en individuos autistas en comparación con
individuos no afectados.
Un objetivo particular adicional de la presente
invención reside en un procedimiento de detección de la protección
frente al autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno
asociado con el autismo en un sujeto, comprendiendo el procedimiento
detectar la presencia de una alteración en el locus del gen de
PITX1 en una muestra del sujeto, siendo la presencia de dicha
alteración indicativa de la protección frente al autismo, un
trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo. Una alteración que es indicativa de la protección frente
al autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno
asociado con el autismo es una alteración con una no transmisión
preferente a individuos autistas. Alternativamente, una alteración
que es indicativa de la protección frente al autismo, un trastorno
de espectro autista o un trastorno asociado con el autismo es una
alteración con una frecuencia menor en individuos autistas en
comparación con individuos no afectados.
Otro objetivo particular de la presente
invención reside en un procedimiento de evaluación de la respuesta
de un sujeto a un tratamiento del autismo, un trastorno de espectro
autista o un trastorno asociado con el autismo, comprendiendo el
procedimiento detectar la presencia de una alteración en el locus
del gen de PITX1 en una muestra del sujeto, siendo la presencia de
dicha alteración indicativa de una respuesta particular a dicho
tratamiento.
Un objetivo particular adicional de la presente
invención reside en un procedimiento de evaluación del efecto
adverso en un sujeto frente a un tratamiento del autismo, un
trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo, comprendiendo el procedimiento detectar la presencia de
una alteración en el locus del gen de PTTX1 en una muestra del
sujeto, siendo la presencia de dicha alteración indicativa de un
efecto adverso frente a dicho tratamiento.
La presente invención también se refiere a un
procedimiento para prevenir el autismo, un trastorno de espectro
autista o un trastorno asociado con el autismo en un sujeto, que
comprende detectar la presencia de una alteración en el locus del
gen de PITX1 en una muestra del sujeto, siendo la presencia de
dicha alteración indicativa de la predisposición al autismo, un
trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo; y, administrar un tratamiento profiláctico frente el
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo.
En una forma de realización preferida, dicha
alteración es uno o varios SNP o un haplotipo de SNP asociado con
el autismo. Preferentemente, dicho(s) SNP se
selecciona(n) de los dados a conocer en las tablas 1a y 1b,
más preferentemente de los dados a conocer en las tablas 3 a 8. Más
preferentemente, dicho SNP asociado con el autismo puede
seleccionarse de entre el grupo constituido por SNP6 y SNP33. Más
preferentemente, dicho haplotipo asociado con el autismo comprende o
consiste en varios SNP seleccionados de SNP dados a conocer en las
tablas 1a y 1b. Preferentemente, dichos SNP se seleccionan de entre
el grupo constituido por los dados a conocer en las tablas 3 a 8.
En una realización preferida, dicho haplotipo asociado con el
autismo comprende o consiste en varios SNP seleccionados de entre
el grupo constituido por SNP6, SNP33, SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y
SNP33. En una realización particular, dicho haplotipo asociado con
el autismo comprende o consiste en varios SNP seleccionados de
entre el grupo constituido por SNP1, SNP3, SNP4, SNP6, SNP7, SNP21
y SNP22. Todavía más preferentemente, dicho haplotipo se selecciona
de entre los haplotipos dados a conocer en las tablas 4, 6, 7 y 8.
Opcionalmente, los haplotipos dados a conocer en la presente
invención pueden comprender uno o varios SNP adicional(es).
Más preferentemente, dicho SNP asociado con el autismo puede ser
SNP6 o SNP33. En una realización muy preferida, dicho haplotipo
consiste en o comprende SNP24, SNP25 y SNP40, preferentemente con
los alelos 1-2-1, respectivamente.
En otra realización muy preferida, dicho haplotipo consiste en o
comprende SNP23, SNP25 y SNP33, preferentemente con los alelos
1-2-1, respectivamente. En una
realización muy preferida adicional, dicho haplotipo consiste en o
comprende SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y SNP33 preferentemente con
los alelos
2-1-1-1-1,
respectivamente.
Preferentemente, la alteración en el locus del
gen de PITX1 se determina realizando un ensayo de hibridación, un
ensayo de secuenciación, un ensayo de microsecuenciación, un ensayo
de ligamiento a oligonucleótidos, un ensayo basado en la
confirmación, un análisis de curva de fusión, un ensayo de
cromatografía de líquidos de alta resolución desnaturalizante
(DHPLC) o un ensayo de amplificación específico de alelos.
Un aspecto particular de esta invención reside
en composiciones de materiales que comprenden cebadores, sondas y/u
oligonucleótidos, que se diseñan para detectar específicamente al
menos un SNP o haplotipo asociado con el autismo en la región
genómica que incluye el gen de PITX1, o una combinación de los
mismos. Preferentemente, dicho(s) SNP se
selecciona(n) de los dados a conocer en las tablas 1a y 1b,
más preferentemente los dados a conocer en las tablas 3 a 8. Más
preferentemente, dicho SNP asociado con el autismo puede
seleccionarse de entre el grupo constituido por SNP6 y SNP33. Más
preferentemente, dicho haplotipo asociado con el autismo comprende
o consiste en varios SNP seleccionados de los SNP dados a conocer en
las tablas 1a y 1b. Preferentemente, dichos SNP se seleccionan de
entre el grupo constituido por los dados a conocer en las tablas 3
a 8. En una realización preferida, dicho haplotipo asociado con el
autismo comprende o consiste en varios SNP seleccionados de entre el
grupo constituido por SNP6, SNP33, SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y
SNP33. En una realización particular, dicho haplotipo asociado con
el autismo comprende o consiste en varios SNP seleccionados de
entre el grupo constituido por SNP1, SNP3, SNP4, SNP6, SNP7, SNP21 y
SNP22. Todavía más preferentemente, dicho haplotipo se selecciona de
los haplotipos dados a conocer en las tablas 4, 6, 7 y 8.
Opcionalmente, los haplotipos dados a conocer en la presente
invención pueden comprender uno o varios SNP adicionales. Más
preferentemente, dicho SNP asociado con el autismo puede ser SNP6 o
SNP33. En una realización muy preferida, dicho haplotipo consiste en
o comprende SNP24, SNP25 y SNP40, preferentemente con los alelos
1-2-1, respectivamente. En otra
realización muy preferida, dicho haplotipo consiste en o comprende
SNP23, SNP25 y SNP33, preferentemente con los alelos
1-2-1, respectivamente. En una
realización muy preferida adicional, dicho haplotipo consiste en o
comprende SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y SNP33, preferentemente con
los alelos
2-1-1-1-1,
respectivamente.
La invención se refiere asimismo a
procedimientos de tratamiento del autismo y/o trastornos asociados
en un sujeto mediante una modulación de la actividad o expresión de
PITX1. Tales tratamientos utilizan, por ejemplo, polipéptidos de
PITX1, secuencias de ADN de PITX1 (incluyendo secuencias
antisentido y ARNi dirigido al locus del gen de PITX1), anticuerpos
anti-PITX1 o fármacos que modulan la actividad o
expresión de PITX1.
La invención se refiere asimismo a
procedimientos de tratamiento de individuos que llevan alelos
deletéreos del gen de PITX1, incluyendo tratamiento
pre-sintomático o terapia de combinación, tal como
mediante terapia génica, terapia de sustitución de proteínas o
mediante la administración de agentes miméticos y/o inhibidores de
proteína de PITX1.
Un aspecto adicional de esta invención reside en
la selección de fármacos para el tratamiento del autismo o
trastorno asociado, basándose en la modulación de, o unión a, un
alelo de gen de PITX1 asociado con el autismo o trastorno asociado o
producto génico del mismo.
Un aspecto adicional de esta invención incluye
anticuerpos específicos frente a fragmentos de polipéptido de PITX1
y derivados de tales anticuerpos, hibridomas que secretan tales
anticuerpos y kits de diagnóstico que comprenden esos anticuerpos.
Más preferentemente, dichos anticuerpos son específicos frente a un
polipéptido de PITX1 o un fragmento del mismo que comprende una
alteración, modificando dicha alteración la actividad de PITX1.
La invención se refiere asimismo a un gen de
PITX1 o un fragmento del mismo que comprende una alteración. La
invención se refiere adicionalmente a un polipéptido de PITX1 o un
fragmento del mismo que comprende una alteración. Preferentemente,
dicha alteración modifica la actividad de PITX1. En una realización
particular, dicha alteración se selecciona de la mutación dada a
conocer en la tabla 11.
Figura 1: mapeo de alta densidad utilizando
Genomic Hybrid Identity Profiling (GenomeHIP). Se sometió a prueba
un total de 2263 clones de BAC con una separación promedio de 1,2
Mega pares de bases entre los clones representando el genoma humano
entero, para determinar su ligamiento utilizarse GenomeHIP. Cada
punto corresponde a un clon. Se calculó la evidencia significativa
del ligamiento para el clon BACA4ZA08 (valor de p 6,4 x 10^{-7}).
La región de ligamiento entera abarca una región desde 134095595
pares de bases hasta 135593528 pares de bases en el cromosoma
humano 5. El valor de p de 2 x 10^{-5} que corresponde al nivel
de significación para el ligamiento significativo se utilizó como
nivel de significación para exámenes del genoma entero tal como
propone Lander y Kruglyak (1995).
La presente invención da a conocer la
identificación de PITX1 como gen de propensión al autismo humano.
Se sometieron diversas muestras de ácido nucleico de 114 familias
con autismo a un procedimiento de GenomeHIP particular. Este
procedimiento condujo a la identificación de fragmentos idénticos
por descendencia particulares en dichas poblaciones que están
alterados en sujetos autistas. Examinando los fragmentos IBD, se
identificó el gen del factor 1 de transcripción de la secuencia
homeótica de la hipófisis en el cromosoma 5q31.1 (PITX1) como
candidato para el autismo y fenotipos relacionados. De hecho, este
gen está presente en el intervalo crítico y expresa un fenotipo
funcional consecuente con una regulación genética del autismo.
También se identificaron SNP del gen de PITX1, como correlacionados
con el autismo en sujetos humanos. Se encontró que SNP6 y SNP33,
ubicados en el locus del gen de PITX1, están asociados con el
autismo. También se han identificado haplotipos dados a conocer en
las tablas 4 y 6-8 que comprenden varios SNP
seleccionados de entre el grupo constituido por SNP1, SNP3, SNP4,
SNP6, SNP7, SNP21, SNP22,
SNP23, SNP24, SNP25, SNP27, SNP29, SNP31, SNP33, SNP36, SNP39 y SNP40 como asociados con el autismo.
SNP23, SNP24, SNP25, SNP27, SNP29, SNP31, SNP33, SNP36, SNP39 y SNP40 como asociados con el autismo.
Por tanto, la presente invención propone
utilizar el gen de PITX1 y productos de expresión correspondientes
para el diagnóstico, prevención y tratamiento del autismo,
trastornos de espectro autista y trastornos asociados con el
autismo, así como para la selección de fármacos terapéuticamente
activos.
Autismo y trastornos de espectro autista (ASD):
el autismo se caracteriza normalmente como parte de un espectro de
trastornos (ASD) incluyendo síndrome de Asperger (AS) y otros
trastornos generalizados del desarrollo (PPD). El autismo debe
interpretarse como cualquier estado de deterioro de la interacción
social y comunicación con actividades, intereses y pautas de
comportamiento restrictivo, repetitivo y estereotipado presentes
antes de los 3 años de edad, hasta el grado de que puede
deteriorarse la salud. El AS se distingue del trastorno autista por
la falta de un retraso clínicamente significativo en el desarrollo
del lenguaje en presencia de deterioro de la interacción social y
actividades, intereses y comportamientos restringidos, repetitivos
que caracterizan a los trastornos de espectro autista (ASD). El
PPD-NOS (PPD no especificado) se usa para
clasificar a los niños que no cumplen los criterios estrictos para
el autismo pero que se acercan, o bien manifestando autismo atípico
o bien cumpliendo casi los criterios de diagnóstico en dos o tres
de las áreas clave.
Patologías, enfermedades o trastornos asociados
con el autismo incluyen, más específicamente, cualquier trastorno
metabólico e inmunitario, epilepsia, ansiedad, depresión, trastorno
por déficit de atención con hiperactividad, retraso en el habla o
deterioro del lenguaje, descoordinación motora, retraso mental,
esquizofrenia y trastorno bipolar.
La invención puede utilizarse en diversos
sujetos, particularmente seres humanos, incluyendo adultos, niños y
en la fase prenatal.
Dentro del contexto de esta invención, el locus
del gen de PITX1 designa todos los productos o secuencias de PITX1
en una célula u organismo, incluyendo secuencias que codifican para
PITX1, secuencias no codificantes de PITX1 (por ejemplo, intrones),
secuencias reguladoras de PITX1 que controlan la transcripción,
traducción y/o estabilidad (por ejemplo, promotor, potenciador,
terminador, etc.), así como todos los productos de expresión
correspondientes, tales como ARN de PITX1 (por ejemplo, ARNm) y
polipéptidos de PITX1 (por ejemplo, una pre-proteína
y una proteína madura). El locus del gen de PITX1 también comprende
secuencias circundantes del gen de PITX1 que incluyen SNP que están
en desequilibrio de ligamiento con SNP ubicados en el gen de PITX1.
Por ejemplo, el locus de PITX1 comprende secuencias circundantes que
comprenden SNP dados a conocer en las tablas 1a y/o 1b.
Tal como se utiliza en la presente solicitud, el
término "gen de PITX1" designa al gen del factor 1 de
transcripción de la secuencia homeótica de la hipófisis en el
cromosoma humano 5q31.1, así como variantes, análogos y fragmentos
del mismo, incluyendo alelos del mismo (por ejemplo, mutaciones de
línea germinal) que están relacionados con la propensión al autismo
y trastornos asociados con el autismo. El gen de PITX1 también
puede denominarse secuencia homeótica de la hipófisis del factor 1
de transcripción de homeodominio de tipo apareado, PTX1, homólogo
de ratón de backfoot, BFT, factor relacionado con OTX de la
hipófisis, POTX.
El término "gen" se refiere a cualquier
tipo de ácido nucleico codificante, incluyendo ADN genómico (ADNg),
ADN complementario (ADNc), ADN sintético o semisintético, así como
cualquier forma de ARN correspondiente. El término gen incluye
particularmente ácidos nucleicos recombinantes que codifican para
PITX1, es decir, cualquier molécula de ácido nucleico que no se
produce de manera natural creada artificialmente, por ejemplo,
ensamblando, cortando, ligando o amplificando secuencias. Un gen de
PITX1 presenta normalmente cadenas dobles, aunque pueden
contemplarse otras formas, tales como cadenas sencillas. Pueden
obtenerse genes de PITX1 de diversas fuentes y según diversas
técnicas conocidas en la materia, tales como examinando bibliotecas
de ADN o mediante amplificación a partir de diversas fuentes
naturales. Pueden prepararse ácidos nucleicos recombinantes
mediante técnicas convencionales, incluyendo síntesis química,
ingeniería genética, técnicas enzimáticas o una combinación de las
mismas. Pueden encontrarse secuencias adecuadas de gen de PITX1 en
bancos de genes, tales como Unigene Cluster para PITX1 (Hs.84136) y
Unigene Representative Sequence NM_002653. Un ejemplo particular de
un gen de PITX1 comprende SEC ID n°: 1 ó 37.
La expresión "gen de PITX1" incluye
cualquier variante, fragmento o análogo de SEC ID n° 1 o 37 o de
cualquier secuencia codificante según se identificó anteriormente.
Tales variantes incluyen, por ejemplo, variantes que se producen de
manera natural debido a variaciones alélicas entre individuos (por
ejemplo, polimorfismos), alelos mutados relacionados con el
autismo, formas de corte y empalme alternativas, etc. El término
variante también incluye secuencias del gen de PITX1 de otras
fuentes u organismos. Preferentemente, las variantes son
sustancialmente homólogas a SEC ID n° 1 ó 37, es decir, muestran
una identidad de secuencias de nucleótidos de al menos
aproximadamente el 65%, normalmente de al menos aproximadamente el
75%, preferentemente de al menos aproximadamente el 85%, más
preferentemente de al menos aproximadamente el 95% con SEC ID n° 1
ó 37. Las variantes y análogos de un gen de PITX1 también incluyen
secuencias de ácido nucleico, que se hibridan con una secuencia tal
como se definió anteriormente (o una cadena complementaria de la
misma) en condiciones de hibridación rigurosas.
Condiciones de hibridación rigurosas típicas
incluyen temperaturas superiores a 30°C, preferentemente superiores
a 35°C, más preferentemente superiores a 42°C y/o una salinidad
inferior a aproximadamente 500 mM, preferentemente inferior a 200
mM. El experto en la materia puede ajustar las condiciones de
hibridación modificando la temperatura, salinidad y/o la
concentración de otros reactivos tales como SDS, SSC, etc.
Un fragmento de un gen de PITX1 designa
cualquier parte de al menos aproximadamente 8 nucleótidos
consecutivos de una secuencia tal como se dio a conocer
anteriormente, preferentemente de al menos aproximadamente 15, más
preferentemente de al menos aproximadamente 20 nucleótidos, de
manera adicionalmente preferible de al menos 30 nucleótidos. Los
fragmentos incluyen todas las longitudes de nucleótidos posibles de
entre 8 y 100 nucleótidos, preferentemente entre 15 y 100, más
preferentemente entre 20 y 100.
Un polipéptido de PITX1 designa cualquier
proteína o polipéptido codificado por un gen de PITX1 tal como se
dio a conocer anteriormente. El término "polipéptido" se
refiere a cualquier molécula que comprende una extensión de
aminoácidos. Este término incluye moléculas de diversas longitudes,
tales como péptidos y proteínas. El polipéptido puede estar
modificado, tal como mediante glicosilaciones y/o acetilaciones y/o
reacción química o acoplamiento, y puede contener uno o varios
aminoácidos no naturales o sintéticos. Un ejemplo específico de un
polipéptido de PITX1 comprende todo o parte de SEC ID n°: 2
(NP_002644).
La expresión "respuesta a un tratamiento"
se refieren a la eficacia del tratamiento, incluyendo, pero sin
limitarse a, la capacidad para metabolizar un compuesto terapéutico,
a la capacidad para convertir un profármaco en un fármaco activo y
a la farmacocinética (absorción, distribución, eliminación) y la
farmacodinamia (relacionada con el receptor) de un fármaco en un
individuo.
La expresión "efectos adversos a un
tratamiento" se refieren a efectos adversos de la terapia que
resultan de ampliaciones de la acción farmacológica principal del
fármaco o a reacciones adversas idiosincrásicas que resultan de una
interacción del fármaco con factores únicos del huésped. Los
"efectos secundarios a un tratamiento" incluyen, pero no se
limitan a, reacciones adversas tales como toxicidades dermatológica,
hematológica o hepatológica e incluye además úlceras gástricas y
duodenales, alteración de la función plaquetaria, lesión renal,
urticaria generalizada, broncoconstricción, hipotensión y
choque.
La invención proporciona a continuación
procedimientos de diagnóstico basados en una monitorización del
locus del gen de PITX1 en un sujeto. Dentro del contexto de la
presente invención, el término "diagnóstico" incluye la
detección, monitorización, dosificación, comparación, etc., a
diversas fases, incluyendo fases temprana, presintomática y fases
tardías, en adultos, niños y antes del nacimiento. El diagnóstico
incluye normalmente el pronóstico, la evaluación de una
predisposición o riesgo de desarrollo, la caracterización de un
sujeto para definir el tratamiento más apropiado (farmacogenética),
etc.
La presente invención proporciona procedimientos
de diagnóstico para determinar si un individuo presenta riesgo de
desarrollar autismo, un trastorno de espectro autista o un
trastorno asociado con el autismo o padece autismo, un trastorno de
espectro autista o un trastorno asociado con el autismo que resulta
de una mutación o un polimorfismo en el locus del gen de PITX1. La
presente invención también proporciona procedimientos para
determinar si es probable que un individuo responda positivamente a
un agente terapéutico o si un individuo está en riesgo de
desarrollar un efecto secundario adverso a un agente
terapéutico.
Un objetivo particular de esta invención reside
en un procedimiento de detección de la presencia del autismo o
predisposición al mismo, un trastorno de espectro autista o un
trastorno asociado con el autismo en un sujeto, comprendiendo el
procedimiento detectar en una muestra del sujeto la presencia de
una alteración en el locus del gen de PITX1 en dicha muestra. La
presencia de dicha alteración es indicativa de la presencia del, o
predisposición al, autismo, un trastorno de espectro autista o un
trastorno asociado con el autismo. Opcionalmente, dicho
procedimiento comprende una etapa previa de proporcionar una
muestra de un sujeto. Preferentemente, la presencia de una
alteración en el locus del gen de PITX1 en dicha muestra se detecta
mediante el genotipado de una muestra.
Otro objetivo particular de la presente
invención reside en un procedimiento de detección de la protección
frente al autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno
asociado con el autismo en un sujeto, comprendiendo el procedimiento
detectar la presencia de una alteración en el locus del gen de
PITX1 en una muestra del sujeto, siendo la presencia de dicha
alteración indicativa de la protección frente al autismo, un
trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo.
En una forma de realización preferida, dicha
alteración es uno o varios SNP o un haplotipo de SNP asociado con
el autismo. Preferentemente, dicho(s) SNP se seleccionan de
los dados a conocer en las tablas 1a y 1b, más preferentemente los
dados a conocer en las tablas 3 a 8. Más preferentemente, dicho SNP
asociado con el autismo puede seleccionarse de entre el grupo
constituido por SNP6 y SNP33. Más preferentemente, dicho haplotipo
asociado con el autismo comprende o consiste en varios SNP
seleccionados de SNP dados a conocer en las tablas 1a y 1b.
Preferentemente, dichos SNP se seleccionan de entre el grupo
constituido por los dados a conocer en las tablas 3 a 8. En una
realización preferida, dicho haplotipo asociado con el autismo
comprende o consiste en varios SNP seleccionados de entre el grupo
constituido por SNP6, SNP33, SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y SNP33. En
una forma de realización particular, dicho haplotipo asociado con
el autismo comprende o consiste en varios SNP seleccionados de
entre el grupo constituido por SNP1, SNP3, SNP4, SNP6, SNP7, SNP21 y
SNP22. Todavía más preferentemente, dicho haplotipo se selecciona
de los haplotipos dados a conocer en las tablas 4, 6, 7 y 8.
Opcionalmente, los haplotipos dados a conocer en la presente
invención pueden comprender uno o varios SNP adicional(es).
Más preferentemente, dicho SNP asociado con el autismo puede ser
SNP6 o SNP33. En una realización muy preferida, dicho haplotipo
consiste en o comprende SNP24, SNP25 y SNP40, preferentemente con
los alelos 1-2-1, respectivamente.
En otra realización muy preferida, dicho haplotipo consiste en o
comprende SNP23, SNP25 y SNP33, preferentemente con los alelos
1-2-1, respectivamente. En una
realización muy preferida adicional, dicho haplotipo consiste en o
comprende SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y SNP33 preferentemente con
los alelos
2-1-1-1-1,
respectivamente.
Otro objetivo particular de la presente
invención reside en un procedimiento de evaluación de la respuesta
de un sujeto a un tratamiento del autismo, un trastorno de espectro
autista o un trastorno asociado con el autismo, comprendiendo el
procedimiento (i) proporcionar una muestra del sujeto y (ii)
detectar la presencia de una alteración en el locus del gen de
PITX1 en dicha muestra.
Otro objetivo particular de la presente
invención reside en un procedimiento de evaluación de la respuesta
de un sujeto a un tratamiento del autismo, un trastorno de espectro
autista o un trastorno asociado con el autismo, comprendiendo el
procedimiento detectar en una muestra del sujeto la presencia de
una alteración en el locus del gen de PITX1 en dicha muestra. La
presencia de dicha alteración es indicativa de una respuesta
particular a dicho tratamiento. Preferentemente, la presencia de una
alteración en el locus del gen de PITX1 en dicha muestra se detecta
mediante el genotipado de una muestra.
Un objetivo particular adicional de la presente
invención reside en un procedimiento de evaluación de los efectos
adversos de un sujeto a un tratamiento del autismo, un trastorno de
espectro autista o un trastorno asociado con el autismo,
comprendiendo el procedimiento detectar en una muestra del sujeto
la presencia de una alteración en el locus del gen de PITX1 en
dicha muestra. La presencia de dicha alteración es indicativa de
efectos adversos a dicho tratamiento. Preferentemente, la presencia
de una alteración en el locus del gen de PITX1 en dicha muestra se
detecta mediante el genotipado de una muestra.
En una forma de realización preferida, dicha
alteración es uno o varios SNP o un haplotipo de SNP asociado con
el autismo. Preferentemente, dicho(s) SNP se seleccionan de
los dados a conocer en las tablas 1a y 1b, más preferentemente los
dados a conocer en las tablas 3 a 8. Más preferentemente, dicho SNP
asociado con el autismo puede seleccionarse de entre el grupo
constituido por SNP6 y SNP33. Más preferentemente, dicho haplotipo
asociado con el autismo comprende o consiste en varios SNP
seleccionados de SNP dados a conocer en las tablas 1a y 1b.
Preferentemente, dichos SNP se seleccionan de entre el grupo
constituido por los dados a conocer en las tablas 3 a 8. En una
realización preferida, dicho haplotipo asociado con el autismo
comprende o consiste en varios SNP seleccionados de entre el grupo
constituido por SNP6, SNP33, SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y SNP33. En
una forma de realización particular, dicho haplotipo asociado con
el autismo comprende o consiste en varios SNP seleccionados de
entre el grupo constituido por SNP1, SNP3, SNP4, SNP6, SNP7, SNP21 y
SNP22. Todavía más preferentemente, dicho haplotipo se selecciona
de los haplotipos dados a conocer en las tablas 4, 6, 7 y 8.
Opcionalmente, los haplotipos dados a conocer en la presente
invención pueden comprender uno o varios SNP adicionales. Más
preferentemente, dicho SNP asociado con el autismo puede ser SNP6 o
SNP33. En una realización muy preferida, dicho haplotipo consiste
en o comprende SNP24, SNP25 y SNP40, preferentemente con los alelos
1-2-1, respectivamente. En otra
forma de realización muy preferida, dicho haplotipo consiste en o
comprende SNP23, SNP25 y SNP33, preferentemente con los alelos
1-2-1, respectivamente. En una forma
de realización muy preferida adicional, dicho haplotipo consiste en
o comprende SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y SNP33, preferentemente con
los alelos
2-1-1-1-1,
respectivamente.
En una forma de realización adicional, la
invención se refiere a un procedimiento para prevenir el autismo,
un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo en un sujeto, que comprende detectar la presencia de una
alteración en el locus del gen de PITX1 en una muestra del sujeto,
siendo la presencia de dicha alteración indicativa de la
predisposición al autismo, un trastorno de espectro autista o un
trastorno asociado con el autismo; y, administrar un tratamiento
profiláctico frente al autismo, un trastorno de espectro autista o
un trastorno asociado con el autismo. Dicho tratamiento
profiláctico puede ser una administración de fármaco. Dicho
tratamiento profiláctico también puede ser una terapia
conductista.
Pueden utilizarse diagnósticos, que analizan y
predicen la respuesta a un tratamiento o fármaco, o efectos
secundarios a un tratamiento o fármaco, para determinar si debe
tratarse a un individuo con un fármaco de tratamiento particular.
Por ejemplo, si el diagnóstico indica una posibilidad de que un
individuo responderá positivamente al tratamiento con un fármaco
particular o terapia conductista, puede administrarse el fármaco al
individuo. Por el contrario, si el diagnóstico indica que es
probable que un individuo responda negativamente al tratamiento con
un fármaco particular, puede recetarse un curso de tratamiento
alternativo. Una respuesta negativa puede definirse o bien como
ausencia de respuesta eficaz o bien como la presencia de efectos
secundarios tóxicos.
Los ensayos con fármacos clínicos representan
otra aplicación para los SNP de PITX1. Pueden identificarse uno o
más SNP de PITX1 indicativos de respuesta a un fármaco o a efectos
secundarios a un fármaco utilizando los procedimientos descritos
anteriormente. Posteriormente, pueden examinarse los posibles
participantes en ensayos clínicos de un agente de este tipo para
identificar a aquellos individuos que presentan más posibilidades
de responder favorablemente al fármaco y excluir a aquellos que
posiblemente experimenten efectos secundarios. De esta manera, puede
medirse la eficacia del tratamiento con fármaco en individuos que
responden positivamente al fármaco, sin reducir la medición como
resultado de la inclusión de individuos que es probable que no
respondan positivamente en el estudio y sin arriesgarse a problemas
de seguridad no deseados.
Ensayos clínicos para evaluar la utilidad de una
terapia conductista también son una aplicación para los SNP de
PITX1. Pueden identificarse uno o más SNP de PITX1 indicativos de
respuesta a una terapia conductista o a efectos secundarios a una
terapia conductista utilizando los procedimientos descritos
anteriormente. Posteriormente, pueden examinarse los posibles
participantes en ensayos clínicos de una terapia de este tipo para
identificar a aquellos individuos que presentan más posibilidades de
responder favorablemente a la terapia y excluir a aquellos que es
probable que experimenten efectos secundarios. De esta manera,
puede medirse la eficacia del tratamiento conductista en individuos
que responden positivamente a la terapia, sin reducir la medición
como resultado de la inclusión de individuos que no es probable que
respondan positivamente en el estudio y sin arriesgarse a problemas
de seguridad no deseados.
La alteración puede determinarse a nivel del
polipéptido, ARN o ADNg de PITX1. Opcionalmente, la detección se
determina realizando un ensayo de hibridación, un ensayo de
secuenciación, un ensayo de microsecuenciación, un ensayo de
ligamiento a oligonucleótidos, un ensayo basado en la confirmación,
un análisis de curva de fusión, un ensayo de cromatografía de
líquidos de alta resolución desnaturalizante (DHPLC) (Jones et
al, 2000) o un ensayo de amplificación específico de alelos. En
una realización particular, la detección se realiza mediante
secuenciación de todo o parte del gen de PITX1 o mediante
amplificación o hibridación selectiva de todo o parte del gen de
PITX1. Más preferente-
mente se lleva a cabo una amplificación específica del gen de PITX1 antes de la etapa de identificación de la alteración.
mente se lleva a cabo una amplificación específica del gen de PITX1 antes de la etapa de identificación de la alteración.
Una alteración en el locus del gen de PITX1
puede ser cualquier forma de mutación/mutaciones,
deleción/delecio-
nes, reorganización/reorganizaciones y/o inserciones en la región codificante y/o no codificante del locus, sola o en diversas combinación/combinaciones. Las mutaciones incluyen más específicamente mutaciones puntuales. Las deleciones pueden abarcar cualquier región de uno, dos o más residuos en una parte codificante o no codificante del locus del gen, tal como desde dos residuos hasta todo el gen o locus. Las deleciones típicas afectan a regiones más pequeñas, tales como dominios (intrones) o secuencias o fragmentos repetidos de menos de aproximadamente 50 pares de bases consecutivos, aunque también pueden producirse deleciones mayores. Las inserciones pueden abarcar la adición de uno o varios residuos en una parte codificante o no codificante del locus del gen. Las inserciones pueden comprender normalmente una adición de entre 1 y 50 pares de bases en el locus del gen. La reorganización incluye la inversión de secuencias. La alteración del locus del gen de PITX1 puede dar como resultado la creación de codones de terminación, mutaciones de desplazamiento del marco, sustituciones de aminoácidos, tratamiento o corte y empalme de ARN particular, inestabilidad del producto, producción de polipéptidos truncados, etc. La alteración puede dar como resultado la producción de un polipéptido de PITX1 con estructura, direccionamiento, estabilidad o función alterados. La alteración también puede provocar una reducción en la expresión de la proteína o, alternativamente, un aumento en dicha producción.
nes, reorganización/reorganizaciones y/o inserciones en la región codificante y/o no codificante del locus, sola o en diversas combinación/combinaciones. Las mutaciones incluyen más específicamente mutaciones puntuales. Las deleciones pueden abarcar cualquier región de uno, dos o más residuos en una parte codificante o no codificante del locus del gen, tal como desde dos residuos hasta todo el gen o locus. Las deleciones típicas afectan a regiones más pequeñas, tales como dominios (intrones) o secuencias o fragmentos repetidos de menos de aproximadamente 50 pares de bases consecutivos, aunque también pueden producirse deleciones mayores. Las inserciones pueden abarcar la adición de uno o varios residuos en una parte codificante o no codificante del locus del gen. Las inserciones pueden comprender normalmente una adición de entre 1 y 50 pares de bases en el locus del gen. La reorganización incluye la inversión de secuencias. La alteración del locus del gen de PITX1 puede dar como resultado la creación de codones de terminación, mutaciones de desplazamiento del marco, sustituciones de aminoácidos, tratamiento o corte y empalme de ARN particular, inestabilidad del producto, producción de polipéptidos truncados, etc. La alteración puede dar como resultado la producción de un polipéptido de PITX1 con estructura, direccionamiento, estabilidad o función alterados. La alteración también puede provocar una reducción en la expresión de la proteína o, alternativamente, un aumento en dicha producción.
En una forma de realización particular del
procedimiento según la presente invención, la alteración en el
locus del gen de PITX1 se selecciona de una mutación puntual, una
deleción y una inserción en el gen de PITX1 o producto de expresión
correspondiente, más preferentemente una mutación puntual y una
deleción. La alteración puede determinarse al nivel del
polipéptido, ARN o ADNg de PITX1.
Con respecto a esto, la presente invención da a
conocer a continuación un SNP en el gen de PITX1 y ciertos
haplotipos, que incluye SNP seleccionados de entre el grupo
constituido por SNP1, SNP3, SNP4, SNP6, SNP7, SNP21 y SNP22, que
están asociados con el autismo. Los SNP se notifican en la
siguiente tabla 1a.
En cualquier procedimiento según la presente
invención, puede usarse uno o varios SNP en el gen de PITX1 y
ciertos haplotipos que comprenden SNP en el gen de PITX1 y regiones
circundantes, más particularmente los dados a conocer en la presente
invención, en combinación con otro SNP o haplotipo asociado con el
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo y ubicado en otro(s) gen(es).
En otra variante, el procedimiento comprende
detectar la presencia de una expresión de ARN de PITX1 alterado. La
expresión de ARN alterado incluye la presencia de una secuencia de
ARN alterado, la presencia de un tratamiento o corte y empalme de
ARN alterado, la presencia de una cantidad alterada de ARN, etc.
Esto puede detectarse mediante diversas técnicas conocidas en la
materia, incluyendo secuenciación de todo o parte del ARN de PITX1
o mediante hibridación selectiva o amplificación selectiva de todo
o parte de dicho ARN, por ejemplo.
En una variante adicional, el procedimiento
comprende detectar la presencia de una expresión de polipéptido de
PITX1 alterado. La expresión de polipéptido de PITX1 alterado
incluye la presencia de una secuencia de polipéptido alterado, la
presencia de una cantidad alterada de polipéptido de PITX1, la
presencia de una distribución tisular alterada, etc. Esto puede
detectarse mediante diversas técnicas conocidas en la materia,
incluyendo secuenciación y/o unión a ligandos específicos (tales
como anticuerpos), por ejemplo.
Tal como se indicó anteriormente, pueden usarse
diversas técnicas conocidas en la materia para detectar o
cuantificar la secuencia o expresión de ARN o gen de PITX1
alterado, incluyendo secuenciación, hibridación, amplificación y/o
unión a ligandos específicos (tales como anticuerpos). Otros
procedimientos adecuados incluyen oligonucleótido específico de
alelos (ASO), ligamiento de oligonucleótidos, amplificación
específica de alelos, transferencia de tipo Southern (para ADN),
transferencia de tipo Northern (para ARN), análisis de conformación
de cadena sencilla (SSCA), PFGE, hibridación in situ
fluorescente (FISH), migración en gel, electroforesis en gel
desnaturalizante de campo limitado, HPLC desnaturalizante, análisis
de curva de fusión, análisis de heterodúplex, protección frente a
ARNasa, escisión de apareamiento erróneo química o enzimática,
ELISA, radioinmunoensayos (RIA) y ensayos inmunoenzimáticos
(IEMA).
Algunos de estos enfoques (por ejemplo, SSCA y
CGGE) se basan en un cambio en la movilidad electroforética de los
ácidos nucleicos, como resultado de la presencia de una secuencia
alterada. Según estas técnicas, la secuencia alterada se visualiza
mediante un desplazamiento en la movilidad en geles. Entonces
pueden secuenciarse los fragmentos para confirmar la
alteración.
Algunos otros se basan en la hibridación
específica entre ácidos nucleicos del sujeto y una sonda específica
para ARN o gen de PITX1 alterado o de tipo natural. La sonda puede
estar en suspensión o inmovilizada sobre un sustrato. Normalmente la
sonda está marcada para facilitar la detección de híbridos.
Algunos de estos enfoques son particularmente
adecuados para evaluar un nivel de expresión o secuencia de
polipéptido, tales como transferencia de tipo Northern, ELISA y
RIA. Estos últimos requieren la utilización de un ligando específico
para el polipéptido, más preferentemente de un anticuerpo
específico.
En una forma de realización particular,
preferida, el procedimiento comprende detectar la presencia de un
perfil de expresión de gen de PITX1 alterado en una muestra del
sujeto. Tal como se indicó anteriormente, esto puede lograrse más
preferentemente mediante secuenciación, hibridación selectiva y/o
amplificación selectiva de ácidos nucleicos presentes en dicha
muestra.
Puede llevarse a cabo la secuenciación usando
técnicas bien conocidas en la materia, usando secuenciadores
automáticos. La secuenciación puede realizarse en el gen de PITX1
entero o, más preferentemente, en dominios específicos del mismo,
normalmente los que se sabe o se sospecha que llevan mutaciones
perjudiciales u otras alteraciones.
La amplificación se basa en la formación de
híbridos específicos entre secuencias de ácido nucleico
complementarias que sirven para iniciar la reproducción del ácido
nucleico.
La amplificación puede realizarse según diversas
técnicas conocidas en la materia, tales como reacción en cadena de
la polimerasa (PCR), reacción en cadena de la ligasa (LCR),
amplificación por desplazamiento de cadena (SDA) y amplificación
basada en secuencias de ácido nucleico (NASBA). Estas técnicas
pueden realizarse usando protocolos y reactivos comercialmente
disponibles. Técnicas preferidas usan PCR específica de alelos o
PCR-SSCP. La amplificación requiere habitualmente la
utilización de cebadores de ácido nucleico específicos para iniciar
la reacción.
Los cebadores de ácido nucleico útiles para
amplificar secuencias del locus o el gen de PITX1 pueden hibridarse
específicamente con una parte del locus del gen de PITX1 que
flanquea una región diana de dicho locus, estando dicha región diana
alterada en ciertos sujetos que presentan autismo, un trastorno de
espectro autista o un trastorno asociado con el autismo. Ejemplos
de tales regiones diana se proporcionan en las tablas 1a y 1b.
Cebadores que pueden usarse para amplificar una
región diana de PITX1 que comprende SNP tal como se identifican en
la tabla 1 pueden diseñarse basándose en la secuencia de SEC ID n°
1 o en la secuencia genómica de PITX1. En una realización
particular, pueden diseñarse cebadores basándose en la secuencia de
SEC ID n° 3-26.
Otro objetivo particular de esta invención
reside en un cebador de ácido nucleico útil para amplificar
secuencias del locus o el gen de PITX1 que incluyen regiones
circundantes. Dichos cebadores son preferentemente complementarios
a, y se hibridan específicamente con, secuencias de ácido nucleico
en el locus del gen de PITX1. Cebadores particulares pueden
hibridarse específicamente con una parte del locus del gen de PITX1
que flanquea una región diana de dicho locus, estando dicha región
diana alterada en ciertos sujetos que presentan autismo, un
trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo.
La invención se refiere asimismo a un cebador de
ácido nucleico, siendo dicho cebador complementario a, e
hibridándose específicamente con, una parte de una secuencia
codificante de PITX1 (por ejemplo, gen o ARN) alterada en ciertos
sujetos que presentan autismo, un trastorno de espectro autista o
un trastorno asociado con el autismo. Con respecto a esto,
cebadores particulares de esta invención son específicos para
secuencias alteradas en un ARN o gen de PITX1. Usando tales
cebadores, la detección de un producto de amplificación indica la
presencia de una alteración en el locus del gen de PITX1. En
cambio, la ausencia de producto de amplificación indica que la
alteración específica no está presente en la muestra.
Cebadores típicos de esta invención son
moléculas de ácido nucleico de cadena sencilla de aproximadamente 5
a 60 nucleótidos de longitud, más preferentemente de
aproximadamente 8 a aproximadamente 25 nucleótidos de longitud. La
secuencia puede derivarse directamente de la secuencia del locus
del gen de PITX1. Se prefiere la complementariedad perfecta, para
garantizar una alta especificidad. Sin embargo, puede tolerarse
cierto apareamiento erróneo.
La invención se refiere asimismo a la
utilización de un cebador de ácido nucleico o un par de cebadores
de ácido nucleico tal como se describió anteriormente en un
procedimiento de detección de la presencia del, o predisposición al,
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo en un sujeto o en un procedimiento de evaluación de
la respuesta de un sujeto a un tratamiento del autismo, un
trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo.
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Los procedimientos de detección por hibridación
se basan en la formación de híbridos específicos entre secuencias
de ácido nucleico complementarias que sirven para detectar
alteración/alteraciones de secuencias de ácido nucleico.
Una técnica de detección particular implica la
utilización de una sonda de ácido nucleico específica para ARN o
gen de PITX1 alterado o de tipo natural, seguido por la detección
de la presencia de un híbrido. La sonda puede estar en suspensión o
inmovilizada sobre un sustrato o soporte (tal como en tecnologías de
chips o alineamiento de ácido nucleico). La sonda está normalmente
marcada para facilitar la detección de híbridos.
Con respecto a esto, una forma de realización
particular de esta invención comprende poner en contacto la muestra
del sujeto con una sonda de ácido nucleico específica para un locus
del gen de PITX1 alterado, y evaluar la formación de un híbrido. En
una realización particular preferida, el procedimiento comprende
poner en contacto simultáneamente la muestra con un conjunto de
sondas que son específicas, respectivamente, para el locus del gen
de PITX1 de tipo natural y para diversas formas alteradas del
mismo. En esta realización, es posible detectar directamente la
presencia de diversas formas de alteraciones en el locus del gen de
PITX1 en la muestra. Además, pueden tratarse en paralelo diversas
muestras de diversos sujetos.
Dentro del contexto de esta invención, una sonda
se refiere a una secuencia de polinucleótido que es complementaria
a, y que puede hibridarse específicamente con, (una parte diana de
un) ARN o gen de PITX1, y que es adecuada para detectar
polimorfismos de polinucleótido asociados con alelos de PITX1 que
predisponen a, o están asociados con, el autismo, un trastorno de
espectro autista o un trastorno asociado con el autismo.
Preferentemente, las sondas son perfectamente complementarias al
ARN, gen de PITX1 o parte complementaria del mismo. Normalmente las
sondas comprenden ácidos nucleicos de cadena sencilla de entre 8 y
1000 nucleótidos de longitud, por ejemplo de entre 10 y 800, más
preferentemente de entre 15 y 700, normalmente de entre 20 y 500.
Debe entenderse que también pueden usarse sondas más largas. Una
sonda preferida de esta invención es una molécula de ácido nucleico
de cadena sencilla de entre 8 y 500 nucleótidos de longitud, que
puede hibridarse específicamente con una región de un ARN o gen de
PITX1 o ARN que lleva una alteración.
Una forma de realización específica de esta
invención es una sonda de ácido nucleico específica para un ARN o
gen de PITX1 alterado (por ejemplo, mutado), es decir, una sonda de
ácido nucleico que se hibrida específicamente con dicho ARN o gen de
PITX1 alterado y esencialmente no se hibrida con un ARN o gen de
PITX1 que carece de dicha alteración. La especificidad indica que
la hibridación con la secuencia diana genera una señal específica
que puede distinguirse de la señal generada mediante hibridación no
específica. Se prefieren secuencias perfectamente complementarias
para diseñar sondas según esta invención. Sin embargo, debe
entenderse que puede tolerarse cierto grado de apareamiento
erróneo, siempre que la señal específica pueda distinguirse de la
hibridación no específica.
Ejemplos particulares de tales sondas son
secuencias de ácido nucleico complementarias a una parte diana de
la región genómica que incluye el ARN o gen de PITX1 que lleva una
mutación puntual tal como se enumera en la tabla 1 anterior. Más
particularmente, las sondas pueden comprender una secuencia
seleccionada de entre el grupo constituido por SEC ID n°
3-26 o un fragmento de la misma que comprende el SNP
o una secuencia complementaria de la misma.
La secuencia de las sondas puede derivarse de
las secuencias del ARN y gen de PITX1 según se proporciona en la
presente solicitud. Pueden realizarse substituciones de
nucleótidos, así como modificaciones químicas de la sonda. Tales
modificaciones químicas pueden lograrse para aumentar la
estabilidad de los híbridos (por ejemplo, grupos intercalantes) o
para marcar la sonda. Ejemplos típicos de marcadores incluyen, sin
limitación, radioactividad, fluorescencia, luminiscencia, marcaje
enzimático, etc.
La invención también se refiere a la utilización
de una sonda de ácido nucleico tal como se describió anteriormente
en un procedimiento de detección de la presencia del, o
predisposición al, autismo, un trastorno de espectro autista o un
trastorno asociado con el autismo en un sujeto o en un
procedimiento de evaluación de la respuesta de un sujeto a un
tratamiento del autismo, un trastorno de espectro autista o un
trastorno asociado con el autismo.
El ensayo de ligamiento de oligonucleótidos es
un procedimiento que consiste en diseñar 3 cebadores específicos
por SNP llevando dos cebadores el extremo 3' específico basado en
SNP y un cebador común que comienza en el extremo 5' con la
siguiente base en la secuencia diana. Los dos cebadores específicos
de alelos llevan una etiqueta de secuencias únicas que determinan
cada alelo. Los cebadores se aparean con la secuencia diana y una
reacción de ligamiento unirá al cebador específico de alelos con el
cebador común si la base en 3' específica de alelos está presente.
Entonces se hibrida una sonda marcada con colorante fluorescente
homóloga a la etiqueta de secuencia única, con el producto
inmovilizado que permite la detección del alelo correspondiente. Un
kit de oligo-ligamiento está comercialmente
disponible (SNPIex, Applied Biosystems, Foster City).
Tal como se indicó anteriormente, también puede
detectarse una alteración en el locus del gen de PITX1 examinando
para detectar alteración/alteraciones en los niveles de expresión o
secuencia del polipéptido de PITX1. Con respecto a esto, una
realización específica de esta invención comprende poner en
contacto la muestra con un ligando específico para un polipéptido
de PITX1 y determinar la formación de un complejo.
Pueden usarse diferentes tipos de ligandos,
tales como anticuerpos específicos. En una forma de realización
específica, se pone en contacto la muestra con un anticuerpo
específico para un polipéptido de PITX1 y se determina la formación
de un complejo inmunitario. Pueden usarse diversos procedimientos
para detectar un complejo inmunitario, tales como ELISA,
radioinmunoensayos (RIA) y ensayos inmunoenzimáticos (IEMA).
Dentro del contexto de esta invención, un
anticuerpo designa un anticuerpo policlonal, un anticuerpo
monoclonal, así como fragmentos o derivados del mismo que presentan
sustancialmente la misma especificidad de antígeno. Los fragmentos
incluyen Fab, Fab'2, regiones CDR, etc. Los derivados incluyen
anticuerpos de cadena sencilla, anticuerpos humanizados,
anticuerpos polifuncionales, etc.
Un anticuerpo específico para un polipéptido de
PITX1 designa un anticuerpo que se une selectivamente a un
polipéptido de PITX1, concretamente un anticuerpo preparado frente
a un polipéptido de PITX1 o un fragmento que contiene epítopos del
mismo. Aunque puede producirse unión no específica con otros
antígenos, la unión al polipéptido de PITX1 diana se produce con
una afinidad superior y puede distinguirse de manera fiable de la
unión no específica.
En una forma de realización específica, el
procedimiento comprende poner en contacto una muestra del sujeto
con (un soporte recubierto con) un anticuerpo específico para una
forma alterada de un polipéptido de PITX1 y determinar la presencia
de un complejo inmunitario. En una realización particular, puede
ponerse en contacto la muestra de manera simultanea, o en paralelo,
o secuencialmente, con diversos (soportes recubiertos con)
anticuerpos específicos para diferentes formas de un polipéptido de
PITX1, tales como de tipo natural y diversas formas alteradas de los
mismos.
La invención también se refiere a la utilización
de un ligando, preferentemente un anticuerpo, un fragmento o un
derivado del mismo tal como se describió anteriormente, en un
procedimiento de detección de la presencia del, o predisposición al,
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo en un sujeto o en un procedimiento de evaluación de
la respuesta de un sujeto a un tratamiento del autismo, un
trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo.
La invención también se refiere a un kit de
diagnóstico que comprende productos y reactivos para detectar en
una muestra de un sujeto la presencia de una alteración en el
polipéptido o gen de PITX1, en la expresión del polipéptido o gen de
PITX1 y/o en la actividad de PITX1. Dicho kit de diagnóstico según
la presente invención comprende cualquier cebador, cualquier par de
cebadores, cualquier sonda de ácido nucleico y/o cualquier ligando,
preferentemente anticuerpo, descrito en la presente invención. Dicho
kit de diagnóstico según la presente invención puede comprender
adicionalmente reactivos y/o protocolos para realizar una
hibridación, amplificación o reacción inmunitaria
antígeno-anticuerpo.
Los procedimientos de diagnóstico pueden
realizarse in vitro, ex vivo o in vivo,
preferentemente in vitro o ex vivo. Utilizan una
muestra del sujeto, para evaluar el estado del locus del gen de
PITX1. La muestra puede ser cualquier muestra biológica derivada de
un sujeto, que contiene ácidos nucleicos o polipéptidos. Ejemplos de
tales muestras incluyen líquidos, tejidos, muestras celulares,
órganos, biopsias, etc. Las muestras más preferidas son sangre,
plasma, saliva, orina, semen, etc. También puede realizarse un
diagnóstico prenatal sometiendo a prueba células fetales o células
de la placenta, por ejemplo. La muestra puede recogerse según
técnicas convencionales y utilizarse directamente para el
diagnóstico o almacenarse. La muestra puede tratarse antes de
realizar el procedimiento, con el fin de conseguir o mejorar la
disponibilidad de ácidos nucleicos o polipéptidos para las pruebas.
Los tratamientos incluyen, por ejemplo, tisis (por ejemplo,
mecánica, física, química, etc.), centrifugación, etc. Además, los
ácidos nucleicos y/o polipéptidos pueden purificarse previamente o
enriquecerse mediante técnicas convencionales y/o reducirse su
complejidad. También pueden tratarse ácidos nucleicos y
polipéptidos con enzimas u otros tratamientos químicos o físicos
para producir fragmentos de los mismos. Teniendo en cuenta la alta
sensibilidad de los procedimientos reivindicados, cantidades muy
pequeñas de muestra son suficientes para realizar el ensayo.
Tal como se indica, la muestra se pone
preferentemente en contacto con reactivos tales como sondas,
cebadores o ligandos con el fin de evaluar la presencia de un locus
del gen de PITX1 alterado. La puesta en contacto puede realizarse
en cualquier dispositivo adecuado, tal como una placa, tubo,
pocillo, cubreobjetos, etc. En realizaciones específicas, la puesta
en contacto se realiza sobre un sustrato recubierto con el reactivo,
tal como un alineamiento de ácido nucleico o un alineamiento de
ligando específico. El sustrato puede ser un sustrato sólido o
semisólido tal como cualquier soporte que comprende vidrio,
plástico, nailon, papel, metal, polímeros y similares. El sustrato
puede ser de diversas formas y tamaños, tales como un portaobjetos,
una membrana, una perla, una columna, un gel, etc. La puesta en
contacto puede realizarse en cualquier condición adecuada para que
se forme un complejo entre el reactivo y los ácidos nucleicos o
polipéptidos de la muestra.
El hallazgo de un ADN, ARN o polipéptido de
PITX1 alterado en la muestra es indicativo de la presencia de un
locus del gen de PITX1 alterado en el sujeto, que puede
correlacionarse con la presencia, predisposición o fase de evolución
del autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno
asociado con el autismo. Por ejemplo, un individuo que presenta una
mutación de PITX1 de línea germinal presenta un riesgo aumentado de
desarrollar autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno
asociado con el autismo. La determinación de la presencia de un
locus del gen de PITX1 alterado en un sujeto también permite
diseñar la intervención terapéutica apropiada, lo que es más eficaz
y adaptado. Además, esta determinación a nivel presintomático
permite aplicar un régimen preventivo.
Una vez identificado el primer SNP en una región
genómica de interés, más particularmente en el locus del gen de
PITX1, el experto ordinario en la materia puede identificar
fácilmente SNP adicionales en desequilibrio de ligamiento con el
primer SNP. De hecho, cualquier SNP en desequilibrio de ligamiento
con un primer SNP asociado con el autismo o un trastorno asociado
se asociará con este rasgo. Por tanto, una vez demostrada la
asociación entre un SNP dado y el autismo o un trastorno asociado,
el descubrimiento de SNP adicionales asociados con este rasgo puede
ser de gran interés con el fin de aumentar la densidad de SNP en
esta región particular.
La identificación de SNP adicionales en
desequilibrio de ligamiento con un SNP dado implica: (a) amplificar
un fragmento de la región genómica que comprende o rodea a un
primer SNP de una pluralidad de individuos; (b) identificar los
segundos SNP en la región genómica que alberga o rodea dicho primer
SNP; (c) realizar un análisis de desequilibrio de ligamiento entre
dichos primer SNP y segundos SNP; y (d) seleccionar dichos segundos
SNP como que están en desequilibrio de ligamiento con dicho primer
marcador. También se contemplan subcombinaciones que comprenden las
etapas (b) y (c).
El experto en la materia puede llevar a cabo
procedimientos para identificar SNP y realizar análisis de
desequilibrio de ligamiento sin experimentación excesiva utilizando
procedimientos bien conocidos.
Estos SNP en desequilibrio de ligamiento también
pueden utilizarse en los procedimientos según la presente
invención, y más particularmente en los procedimientos de
diagnóstico según la presente invención.
Por ejemplo, se ha mapeado un locus de
ligamiento de la enfermedad de Crohn en una gran región que abarca
18cM en el cromosoma (Rioux et al., 2000 y 2001).
Utilizando mapas densos de marcadores de microsatélites y SNP a lo
largo de toda la región, se halló fuerte evidencia de desequilibrio
de ligamiento (LD). Habiendo encontrado evidencia de LD, los
autores desarrollaron un mapa de SNP de densidad
ultra-alta y estudiaron una colección más densa de
marcadores seleccionados a partir de este mapa. Análisis de
múltiples locus definieron un único haplotipo de riesgo común
caracterizado por múltiples SNP que se asociaron cada uno
independientemente utilizando la prueba TDT. Estos SNP eran únicos
para el haplotipo de riesgo y esencialmente idénticos en su
contenido de información basándose en que estaban en DL casi
completo entre sí. Las propiedades equivalentes de estos SNP hacen
imposible identificar la mutación causal dentro de esta región
basándose sólo en la evidencia genética.
Pueden identificarse mutaciones en el gen de
PITX1 que son responsables del autismo o un trastorno asociado,
comparando las secuencias del gen de PITX1 de pacientes que
presentan autismo o un trastorno asociado e individuos control.
Basándose en la asociación identificada de SNP de PITX1 y el
autismo o un trastorno asociado, el locus identificado puede
examinarse para detectar mutaciones. En una realización preferida,
se examinan regiones funcionales tales como exones y sitios de corte
y empalme, promotores y otras regiones reguladoras del gen de
PITX1, para detectar mutaciones. Preferentemente, los pacientes que
presentan autismo o un trastorno asociado portan la mutación que se
muestra que está asociada con el autismo o un trastorno asociado y
los individuos control no portan la mutación o alelo asociado con el
autismo o un trastorno asociado. También podría ser posible que
pacientes que presenten autismo o un trastorno asociado porten la
mutación que se muestra que está asociada con el autismo o un
trastorno asociado con una frecuencia superior a los individuos
control.
El procedimiento utilizado para detectar tales
mutaciones comprende generalmente las siguientes etapas:
amplificación de una región del gen de PITX1 que comprende un SNP o
un grupo de SNP asociados con el autismo o un trastorno asociado a
partir de muestras de ADN del gen de PITX1 de pacientes que
presentan autismo o un trastorno asociado e individuos control;
secuenciación de la región amplificada; comparación de secuencias
de ADN del gen de PITX1 de pacientes que presentan autismo o un
trastorno asociado e individuos control; determinación de
mutaciones específicas para pacientes que presentan autismo o un
trastorno asociado.
Por tanto, el experto en la materia puede llevar
a cabo la identificación de una mutación causal en el gen de PITX1
sin experimentación excesiva utilizando procedimientos bien
conocidos.
Por ejemplo, las mutaciones causales se han
identificado en los siguientes ejemplos utilizando procedimientos
rutinarios.
Hugot et al. (2001) aplicaron una
estrategia de clonación posicional para identificar variantes de
genes con propensión a la enfermedad de Crohn en una región del
cromosoma 16 que se encontró previamente que estaba unida a la
propensión a la enfermedad de Crohn. Para refinar la ubicación del
posible locus de propensión se genotiparon 26 marcadores
microsatélites y se sometieron a pruebas para determinar la
asociación con la enfermedad de Crohn utilizando la prueba de
desequilibrio de transmisión. Se encontró una asociación en el
límite de la significación entre un alelo del marcador
microsatélite D16S136. Se seleccionaron once SNP adicionales de
regiones circundantes y varios SNP mostraron asociación
significativa. Se encontró que SNP5-8 de esta
región estaban presentes en un único exón del gen NOD2/CARD15 y
mostraban ser variantes no sinónimas. Esto llevó a los autores a
secuenciar la secuencia codificante completa de este gen en 50
pacientes con CD. Se encontraron dos mutaciones no sinónimas
adicionales (SNP12 y SNP13). SNP13 estaba asociada de la manera más
significativa (p = 6 x 10^{-6}) utilizando la prueba de
desequilibrio de transmisión de genealogía. En otro estudio
independiente, también se encontró la misma variante mediante
secuenciación de la región codificante de este gen a partir de 12
individuos afectados en comparación con 4 controles (Ogura et
al., 2001). El alelo poco frecuente de SNP13 correspondió a una
inserción de 1 pb que se prevé que trunca la proteína NOD2/CARD15.
Este alelo también estaba presente en individuos sanos normales,
aunque con frecuencia significativamente inferior en comparación con
los controles.
De manera similar, Lesage et al. (2002)
realizaron un análisis mutacional de CARD15 en 453 pacientes con
CD, incluyendo 166 casos esporádicos y 287 familiares, 159
pacientes con colitis ulcerosa (UC) y 103 sujetos control sanos
mediante secuenciación sistemática de la región codificante. De 67
variaciones de secuencia identificadas, 9 presentaban una
frecuencia de alelos >5% en pacientes con CD. Seis de ellas se
consideraron polimorfismos, y se confirmó que tres
(SNP12-R702W, SNP8-G908R y
SNP13-1007fs) estaban independientemente asociadas
con la propensión a CD. También se consideraron como posibles
mutaciones causantes de enfermedad (DCM) 27 mutaciones adicionales
poco frecuentes. Las tres variantes principales (R702W, G908R y
1007fs) representaron el 32%, 18% y 31%, respectivamente, de las
mutaciones totales de CD, mientras que el total de las 27
mutaciones poco frecuentes representaron el 19% de DCM. En
conjunto, el 93% de las mutaciones estaban ubicadas en el tercio
distal del gen. No se encontraron mutaciones asociadas con UC. En
cambio, el 50% de los pacientes con CD portaba al menos una DCM,
incluyendo el 17% que presentaba una mutación doble.
La presente invención también proporciona nuevas
dianas y procedimientos para la selección de líderes o candidatos
de fármacos. Los procedimientos incluyen ensayos de unión y/o
ensayos funcionales, y pueden realizarse in vitro, en
sistemas celulares, en animales, etc.
Un objetivo particular de la presente invención
reside en un procedimiento de selección de principios activos en el
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo, comprendiendo dicho procedimiento poner en contacto
in vitro un compuesto de prueba con un polipéptido o gen de
PITX1 según la presente invención y determinar la capacidad de
dicho compuesto de prueba para unirse a dicho polipéptido o gen de
PITX1. La unión a dicho gen o polipéptido proporciona una indicación
sobre la capacidad del compuesto para modular la actividad de dicha
diana, y por tanto para afectar a la ruta que conduce al autismo,
un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado con el
autismo en un sujeto. En una realización preferida, el
procedimiento comprende poner en contacto in vitro un
compuesto de prueba con un polipéptido de PITX1 o un fragmento del
mismo según la presente invención y determinar la capacidad de
dicho compuesto de prueba para unirse a dicho polipéptido de PITX1 o
fragmento. El fragmento comprende preferentemente un sitio de unión
del polipéptido de PITX1. Preferentemente, dicho polipéptido o gen
de PITX1 o un fragmento del mismo es un polipéptido o gen de PITX1
alterado o mutado o un fragmento del mismo que comprende la
alteración o mutación.
Un objetivo particular de la presente invención
reside en un procedimiento de selección de principios activos en el
autismo, trastornos de espectro autista y trastornos asociados con
el autismo, comprendiendo dicho procedimiento poner en contacto
in vitro un compuesto de prueba con un polipéptido de PITX1
según la presente invención o fragmento que contiene sitio de unión
del mismo y determinar la capacidad de dicho compuesto de prueba
para unirse a dicho polipéptido de PITX1 o fragmento del mismo.
Preferentemente, dicho polipéptido de PITX1 o un fragmento del mismo
es un polipéptido de PITX1 alterado o mutado o un fragmento del
mismo que comprende la alteración o mutación.
En una forma de realización particular
adicional, el procedimiento comprende poner en contacto una célula
huésped recombinante que expresa un polipéptido de PITX1 según la
presente invención con un compuesto de prueba, y determinar la
capacidad de dicho compuesto de prueba para unirse a dicho PITX1 y
modular la actividad del polipéptido de PITX1. Preferentemente,
dicho polipéptido de PITX1 o un fragmento del mismo es un
polipéptido de PITX1 alterado o mutado o un fragmento del mismo que
comprende la alteración o mutación.
La determinación de la unión puede realizarse
mediante diversas técnicas, tales como mediante marcaje del
compuesto de prueba, mediante competición con un ligando de
referencia marcado, etc.
Un objetivo adicional de la presente invención
reside en un procedimiento de selección de principios activos en el
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo, comprendiendo dicho procedimiento poner en contacto
in vitro un compuesto de prueba con un polipéptido de PITX1
según la presente invención y determinar la capacidad de dicho
compuesto de prueba para modular la actividad de dicho polipéptido
de PITX1. Preferentemente, dicho polipéptido de PITX1 o un fragmento
del mismo es un polipéptido de PITX1 alterado o mutado o un
fragmento del mismo que comprende la alteración o mutación.
Un objetivo adicional de esta invención reside
en un procedimiento de selección de principios activos en el
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo, comprendiendo dicho procedimiento poner en contacto
in vitro un compuesto de prueba con un gen de PITX1 según la
presente invención y determinar la capacidad de dicho compuesto de
prueba para modular la expresión de dicho gen de PITX1.
Preferentemente, dicho gen de PITX1 o un fragmento del mismo es un
gen de PITX1 alterado o mutado o un fragmento del mismo que
comprende la alteración o mutación.
En otra forma de realización, esta invención se
refiere a un procedimiento de examen, selección o identificación de
principios activos, particularmente principios activos en el
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo, comprendiendo el procedimiento poner en contacto un
compuesto de prueba con una célula huésped recombinante que
comprende un constructo indicador, comprendiendo dicho constructo
indicador un gen indicador bajo el control de un promotor del gen de
PITX1, y seleccionar los compuestos de prueba que modulan (por
ejemplo estimulan o reducen) la expresión del gen indicador.
Preferentemente, dicho promotor del gen de PITX1 o un fragmento del
mismo es un promotor del gen de PITX1 alterado o mutado o un
fragmento del mismo que comprende la alteración o mutación.
En una forma de realización particular de los
procedimientos de examen, la modulación es una inhibición. En otra
forma de realización particular de los procedimientos de examen, la
modulación es una activación.
Los ensayos de examen anteriores pueden
realizarse en cualquier dispositivo adecuado, tal como placas,
tubos, matraces, etc. Normalmente, el ensayo se realiza en placas
de múltiples pocillos. Pueden someterse a ensayo varios compuestos
de prueba en paralelo. Además, el compuesto de prueba puede ser de
diversos orígenes, naturalezas y composiciones. Puede ser cualquier
sustancia orgánica o inorgánica, tal como un lípido, un péptido, un
polipéptido, un ácido nucleico, una molécula pequeña, etc., aislado
o en mezcla con otras sustancias. Los compuestos pueden ser todo o
parte de una biblioteca combinatoria de productos, por ejemplo.
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Un objetivo adicional de la presente invención
es una composición farmacéutica que comprende (i) un polipéptido de
PITX1 o un fragmento del mismo, un ácido nucleico que codifica para
un polipéptido de PITX1 o un fragmento del mismo, un vector o una
célula huésped recombinante tal como se describió anteriormente y
(ii) un vehículo o excipiente farmacéuticamente aceptable.
La invención también se refiere a un
procedimiento de tratamiento o prevención del autismo, un trastorno
de espectro autista, o un trastorno asociado con el autismo en un
sujeto, comprendiendo el procedimiento administrar a dicho sujeto un
polipéptido de PITX1 funcional (por ejemplo, de tipo natural) o un
ácido nucleico que codifica para el mismo.
Otra forma de realización de la presente
invención reside en un procedimiento de tratamiento o prevención
del autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno
asociado con el autismo en un sujeto, comprendiendo el procedimiento
administrar a dicho sujeto un compuesto que modula, preferentemente
que activa o imita, la expresión o actividad de una proteína o gen
de PITX1 según la presente invención. Dicho compuesto puede ser un
agonista o antagonista de PITX1, una secuencia antisentido o un ARNi
de PITX1, un anticuerpo o un fragmento o un derivado del mismo
específico frente a un polipéptido de PITX1 según la presente
invención. En una realización particular del procedimiento, la
modulación es una inhibición. En otra realización particular del
procedimiento, la modulación es una activación.
La invención también se refiere, generalmente, a
la utilización de un polipéptido de PITX1 funcional, un ácido
nucleico que codifica para el mismo o un compuesto que modula la
expresión o actividad de una proteína o gen de PITX1 según la
presente invención, en la fabricación de una composición
farmacéutica para tratar o prevenir el autismo, un trastorno de
espectro autista o un trastorno asociado con el autismo en un
sujeto. Dicho compuesto puede ser un agonista o un antagonista de
PITX1, una secuencia antisentido o un ARNi de PITX1, un anticuerpo
o un fragmento o un derivado del mismo específico frente a un
polipéptido de PITX1 según la presente invención. En una
realización particular del procedimiento, la modulación es una
inhibición. En otra realización particular del procedimiento, la
modulación es una activación.
La presente invención demuestra la correlación
entre el autismo, trastornos de espectro autista y trastornos
asociados con el autismo y el locus del gen de PITX1. La invención
proporciona por tanto una nueva diana de intervención terapéutica.
Pueden contemplarse diversos enfoques para restaurar o modular la
función o actividad de PITX1 en un sujeto, particularmente los que
portan un locus del gen de PITX1 alterado. Se espera que
proporcionar función de tipo natural a tales sujetos suprima la
expresión fenotípica del autismo, trastornos de espectro autista y
trastornos asociados con el autismo en un organismo o célula
patológica. Puede lograrse proporcionar tal función mediante
terapia génica o con proteínas, o administrando compuestos que
modulan o imitan la actividad de polipéptido de PITX1 (por ejemplo,
agonistas según se identifican en los ensayos de examen
anteriores).
Puede introducirse el gen de PITX1 de tipo
natural o una parte funcional del mismo en las células del sujeto
que necesita el mismo utilizando un vector tal como se describió
anteriormente. El vector puede ser un vector viral o un plásmido.
También puede introducirse el gen como ADN desnudo. Puede
proporcionarse el gen de manera que se integre en el genoma de las
células del huésped receptor, o para permanecer fuera del
cromosoma. La integración puede producirse al azar o en sitios
definidos con precisión, tal como mediante recombinación homóloga.
En particular, puede insertarse una copia funcional del gen de
PITX1 en sustitución de una versión alterada en una célula, mediante
recombinación homóloga. Técnicas adicionales incluyen pistola
génica, transfección mediada por liposomas, transfección mediada
por lípidos catiónicos, etc. La terapia génica puede lograrse
mediante inyección directa de genes o administrando células
modificadas genéticamente preparadas ex vivo que expresan un
polipéptido de PITX1 funcional.
Pueden usarse otras moléculas con actividad de
PITX1 (por ejemplo, péptidos, fármacos, agonistas de PITX1 o
compuestos orgánicos) para restaurar la actividad de PITX1 funcional
en un sujeto o para suprimir el fenotipo perjudicial en una
célula.
La restauración de la función de gen de PITX1
funcional en una célula puede usarse para evitar el desarrollo del
autismo, un trastorno de espectro autista o un trastorno asociado
con el autismo o para reducir la evolución de dichas enfermedades.
Un tratamiento de este tipo puede suprimir el fenotipo asociado con
el autismo de una célula, particularmente las células que llevan un
alelo perjudicial.
Se darán a conocer aspectos y ventajas
adicionales de la presente invención en la siguiente sección
experimental, que debe considerarse ilustrativa y no limitativa del
alcance de la presente solicitud.
Un aspecto adicional de la presente invención
reside en nuevos productos para su utilización en el diagnóstico,
terapia o examen. Estos productos comprenden moléculas de ácido
nucleico que codifican para un polipéptido de PITX1 o un fragmento
del mismo, vectores que comprenden los mismos, células huésped
recombinantes y polipéptidos expresados.
Más particularmente, la invención se refiere a
un gen de PITX1 alterado o mutado o un fragmento del mismo que
comprende dicha alteración o mutación. La invención también se
refiere a moléculas de ácido nucleico que codifican para un
polipéptido de PITX1 alterado o mutado o un fragmento del mismo que
comprende dicha alteración o mutación. Dicha alteración o mutación
modifica la actividad de PITX1. La actividad modificada puede estar
aumentada o reducida. La invención se refiere además a un vector
que comprende un gen de PITX1 alterado o mutado o un fragmento del
mismo que comprende dicha alteración o mutación o a una molécula de
ácido nucleico que codifica para un polipéptido de PITX1 alterado o
mutado o un fragmento del mismo que comprende dicha alteración o
mutación, a células huésped recombinantes y a polipéptidos
expresados.
Un objetivo adicional de la presente invención
es un vector que comprende un ácido nucleico que codifica para un
polipéptido de PITX1 según la presente invención. El vector puede
ser un vector de clonación o, más preferentemente, un vector de
expresión, es decir, un vector que comprende secuencias reguladoras
que provocan la expresión de un polipéptido de PITX1 a partir de
dicho vector en una célula huésped competente.
Estos vectores pueden usarse para expresar un
polipéptido de PITX1 in vitro, ex vivo o in
vivo, para crear animales no humanos transgénicos o deficientes,
para amplificar los ácidos nucleicos, para expresar ARN
antisentido, etc.
Los vectores de esta invención comprenden
normalmente una secuencia codificante de PITX1 según la presente
invención operativamente unida a secuencias reguladoras, por
ejemplo, un promotor, una poliA, etc. El término "operativamente
unido" indica que las secuencias codificantes y reguladoras
están funcionalmente asociadas de manera que las secuencias
reguladoras provocan la expresión (por ejemplo, transcripción) de
las secuencias codificantes. Los vectores pueden comprender además
uno o varios orígenes de replicación y/o marcadores seleccionables.
La región de promotor puede ser homóloga o heteróloga con respecto
a la secuencia codificante, y puede proporcionar expresión ubicua,
constitutiva, regulada y/o específica de tejidos, en cualquier
célula huésped apropiada, incluyendo para una utilización in
vivo. Ejemplos de promotores incluyen promotores bacterianos
(T7, pTAC, promotor Trp, etc.), promotores virales (LTR, TK,
CMV-IE, etc.), promotores de genes de mamíferos
(albúmina, PGK, etc.) y similares.
El vector puede ser un plásmido, un virus, un
cósmido, un fago, un BAC, un YAC, etc. Pueden prepararse vectores
de plásmidos a partir de vectores comercialmente disponibles tales
como pBluescript, pUC, pBR, etc. Pueden producirse vectores virales
a partir de baculovirus, retrovirus, adenovirus, AAV, etc., según
técnicas de ADN recombinante conocidas en la materia.
Con respecto a esto, un objetivo particular de
esta invención reside en un virus recombinante que codifica para un
polipéptido de PITX1 tal como se definió anteriormente. El virus
recombinante es preferentemente defectuoso en la replicación,
incluso más preferentemente se selecciona de adenovirus defectuosos
en E1 y/o E4, retrovirus defectuosos en Gag, pol y/o env y AAV
defectuosos en Rep y/o Cap. Tales virus recombinantes pueden
producirse mediante técnicas conocidas en la materia, tales como
mediante transfección de células de empaquetamiento o mediante
transfección transitoria con virus o plásmidos auxiliares. Ejemplos
típicos de células de empaquetamiento de virus incluyen células
PA317, células PsiCRIP, células GPenv+, células 293, etc. Pueden
encontrarse protocolos detallados para producir tales virus
recombinantes defectuosos en la replicación por ejemplo en los
documentos WO95/14785, WO96/22378, US n° 5.882.877, US n°
6.013.516, US n° 4.861.719, US n° 5.278.056 y WO94/19478.
Un objetivo adicional de la presente invención
reside en una célula huésped recombinante que comprende un gen de
PITX1 recombinante o un vector tal como se definió anteriormente.
Células huésped adecuadas incluyen, sin limitación, células
procariotas (tales como bacteria) y células eucariotas (tales como
células de levaduras, células de mamíferos, células de insectos,
células vegetales, etc.). Ejemplos específicos incluyen E.
coli, levaduras Kluyveromyces o Saccharomyces,
líneas celulares de mamíferos (por ejemplo, células Vero, células
CHO, células 3T3, células COS, etc.) así como cultivos de células
de mamíferos primarios o establecidos (por ejemplo, producidos a
partir de fibroblastos, células embrionarias, células epiteliales,
células nerviosas, adipocitos, etc.).
La presente invención también se refiere a un
procedimiento para producir una célula huésped recombinante que
expresa un polipéptido de PITX1 según la presente invención,
comprendiendo dicho procedimiento (i) introducir in vitro o
ex vivo en una célula huésped competente un ácido nucleico
recombinante o un vector tal como se describió anteriormente, (ii)
cultivar in vitro o ex vivo las células huésped
recombinantes obtenidas y (iii), opcionalmente, seleccionar las
células que expresan el polipéptido de PITX1.
Dichas células huésped recombinantes pueden
utilizarse para la producción de polipéptidos de PITX1, así como
para seleccionar moléculas activas, tal como se definió
anteriormente. Tales células también pueden utilizarse como sistema
de modelo para estudiar el autismo. Estas células pueden mantenerse
en medios de cultivo adecuados, tales como DMEM, RPMI, HAM, etc.,
en cualquier dispositivo de cultivo apropiado (placa, matraz, tubo,
bolsa, etc.).
Se aplicó la plataforma GenomeHIP para permitir
la rápida identificación de un gen de propensión al autismo.
Brevemente, la tecnología consiste en la formación de pares a
partir del ADN de individuos emparentados. Cada ADN se marca con un
marcador específico que permite su identificación. Entonces se
forman híbridos entre los dos ADN. Entonces se aplica un
procedimiento particular (documento WO00/53802) que selecciona
todos los fragmentos idénticos por descendencia (IBD) de los dos ADN
en un procedimiento de múltiples etapas. El ADN restante
enriquecido en IBD se puntúa entonces frente a un microalineamiento
de ADN derivado de un clon de BAC que permite la determinación de
la posición de la fracción IBD en un cromosoma.
La aplicación de este procedimiento sobre muchas
familias diferentes da como resultado una matriz de fracciones IBD
para cada par de cada familia. Los análisis estadísticos calculan
entonces las regiones IBD mínimas que se comparten entre todas las
familias sometidas a prueba. Se ponen de manifiesto resultados
significativos (valores de p) para el ligamiento de la región
positiva con el rasgo de interés (aquí, autismo). El intervalo
ligado puede delimitarse mediante los dos clones más distantes que
muestran valores de p significativos.
En el presente estudio se sometieron 114
familias de los Estados Unidos (114 pares de hermanos
independientes) concordantes para el autismo estricto (tal como se
define por ADI-R) al procedimiento de GenomeHIP. Las
fracciones de ADN enriquecidas en IBD resultantes se marcaron
entonces con colorantes fluorescentes Cy5 y se hibridaron frente a
un alineamiento de ADN que consistía en 2263 clones de BAC que
cubrían la totalidad del genoma humano con una separación promedio
de 1,2 megapares de bases. Se utilizó ADN no seleccionado marcado
con Cy3 para normalizar los valores señal y para calcular las
razones para cada clon. Entonces se llevó a cabo la agrupación de
los resultados de las razones para determinar el estado de IBD para
cada clon y par.
Mediante la aplicación de este procedimiento, se
identificaron varios clones de BAC (BACA19ZB03,
BACA16ZG06, BACA4ZA08 y BACA11ZP12) que abarcaban aproximadamente 1,5 megabases en la región en el cromosoma 5 (bases 134 095 595 a 135 593 528), lo que mostró evidencia significativa de ligamiento en el autismo
(p < 6,40E-07).
BACA16ZG06, BACA4ZA08 y BACA11ZP12) que abarcaban aproximadamente 1,5 megabases en la región en el cromosoma 5 (bases 134 095 595 a 135 593 528), lo que mostró evidencia significativa de ligamiento en el autismo
(p < 6,40E-07).
Mediante el examen de las 1,5 megabases
mencionadas anteriormente en la región cromosómica ligada, se
identificó el gen de factor 1 de transcripción de la secuencia
homeótica de la hipófisis (PITX1) como candidato para el autismo y
fenotipos relacionados. De hecho, este gen está presente en el
intervalo crítico, con evidencia de ligamiento delimitado por los
clones explicados anteriormente.
El gen de PITX1 codifica para un miembro de la
familia de la secuencia homeótica RIEG/PITX, una familia en
expansión de genes de secuencia homeótica de vertebrados
relacionados con bicoid. Los miembros de esta familia están
implicados en el desarrollo de órganos, en particular, el cerebro y
la cara, y asimetría izquierda-derecha. Lamonerie
et al. (1996) clonaron y caracterizaron un gen del factor de
transcripción de ratón (que denominaron Ptx1) partiendo de la base
de su capacidad para activar la transcripción en la hipófisis del
gen de proopiomelanocortina (POMC). Del gen de POMC se derivan seis
hormonas: ACTH, lipotropina, alfa-MSH,
beta-MSH, endorfina y otra. ACTH y
beta-lipotropina (beta-LPH) se
derivan de un gran péptido precursor. Se sabe que cada una de estas
hormonas incluye péptidos más pequeños que presentan distintas
actividades biológicas: la alfa-melanotropina
(alfa-MSH) y el péptido del lóbulo intermedio
similar a corticotropina (CLIP) se forman a partir de ACTH; la
gamma-LPH y la beta-endorfina son
componentes peptídicos de beta-LPH. La
beta-MSH está contenida dentro de la
gamma-LPH.
Los genes de PTX1, PTX2, y PTX3 definen una
nueva familia de factores de transcripción, la subfamilia PTX,
dentro de la clase de tipo emparejada de los factores de
homeodominio. En ratones, se ha detectado expresión génica de Ptx1 y
Ptx2 en la zona del primordio hipofisiario y se mantiene durante la
totalidad del desarrollo en la hipófisis adulta y la bolsa de
Rathke. Pellegrini-Bouiller et al. (1999)
demostraron la expresión de los genes de PTX1, PTX2, y PTX3 en la
hipófisis humana normal y en los diferentes tipos de adenomas de
hipófisis en seres humanos.
Tremblay et al. (1998) notificaron que la
mayor parte de los promotores del gen que codifica para la hormona
hipofisiaria se activan mediante Ptx1 y, por tanto, Ptx1 parece ser
un regulador general de la transcripción específica de hipófisis.
Además, la acción de Ptx1 es sinérgica con la de factores de
transcripción limitados por la célula para conferir una expresión
específica del promotor. Experimentos con ARN antisentido
realizados en células alfa-T3-1 que
expresan el gen de alfa-GSU demostraron que la
expresión de alfa-GSU endógena es altamente
dependiente de Ptx1, mientras que muchos otros genes no resultan
afectados. El único otro gen que se encontró que era altamente
dependiente de Ptx1 para la expresión fue el gen para el factor de
transcripción de Lim3/Lhx3. Por tanto, Ptx1 está antes que
Lim3/Lhx3 en una cascada de reguladores que parecen funcionar en un
código combinatorio para dirigir la transcripción específica de
promotor, linaje e hipófisis.
Shapiro et al. (2004) describieron unas
variantes que se producen en la naturaleza en regiones reguladoras
de PITX1 en el pez espinoso que dan como resultado diferentes
patrones de expresión del gen de PITX1 y diferencias funcionales en
la anatomía pélvica. Ponen de manifiesto que las regiones
reguladoras de los genes de la secuencia homeótica tales como PITX1
pueden encontrarse en numerosos sitios separados de manera distante
y hasta a varios cientos de kilobases del gen.
Szeto et al. (1999) encontraron que los
ratones sin Pitx1 mostraban anomalías sorprendentes en la
morfogénesis y el crecimiento de las patas traseras. Los ratones
homocigotos para la mutación digerida a Pitx1 morían inmediatamente
o poco después del nacimiento. Un pequeño número de ratones con
Pitx1 invalidado mostraron letalidad embrionaria tras E11,5. Las
patas traseras de los ratones con Pitx1 invalidado son
significativamente más cortas. El tamaño de la pelvis también es
marcadamente reducido. El examen de la expresión de la hormona beta
estimulante del tiroides, la hormona beta luteinizante y la
subunidad alfa de glucoproteína común, sugiere que está disminuido
tanto el número de células gonadotrópicas como tirotrópicas, así
como el nivel de proteína y transcritos de la hormona beta
luteinizante y la horma beta estimulante del tiroides dentro de las
células individuales. Resulta interesante que el nivel de
transcritos de TSH beta está lo más gravemente reducido en la
población de células tirotrópicas en la punta rostral, lo que no
requiere de Pit-1 para la activación del gen de TSH
beta. La expresión de la hormona de crecimiento en las células
somatotrópicas parece no experimentar cambios, mientras que el
número y los niveles de expresión del gen de POMC en las células
melanotrópicas del lóbulo intermedio parece ser normal entre El 5,5
y P0. Hay un aumento constante en los niveles tanto del número cómo
de los niveles de péptidos y transcritos de ACTH en las células
corticotrópicas de la hipófisis anterior.
Chamberlain y Herman (1990) propusieron un nuevo
modelo bioquímico en el que un subgrupo de individuos autistas
puede tener una hipersecreción de melatonina pineal que produce una
cascada de efectos bioquímicos, incluyendo una hiposecreción
correspondiente de péptidos de proopiomelanocortina (POMC)
hipofisiarios y una hipersecreción de serotonina
(5-HT) y péptidos opioides hipotalámicos. El autismo
puede reflejar una disfunción en el eje
pineal-hipotalámico-hipofisiario-suprarrenal
que modula los sistemas de POMC y 5-HT del cerebro.
Este modelo concuerda con numerosas investigaciones clínicas que
implican la hipersecreción de los péptidos opioides y la
5-HT del cerebro en el autismo.
Curin et al. (2003) encontraron que los
individuos con autismo presentan concentraciones séricas de
cortisol significativamente inferiores (p < 10(-6)), y
concentraciones de ACTH significativamente superiores (p = 0,002)
que los sujetos control que se correspondían en edad y sexo.
Además, las concentraciones de prolactina en los pacientes autistas
con epilepsia eran significativamente superiores cuando se
comparaban con los sujetos normales. Los cambios hormonales
observados concordaban con una disfunción del eje
hipotalámico-hipofisiario-suprarrenal
en los individuos con autismo.
Las mismas familias que se han utilizado para el
estudio de ligamiento también se utilizaron para someter a prueba
la asociación entre un fenotipo específico (aquí el autismo) en
cuestión y el alelo o haplotipos de marcador genético que contienen
un alelo de marcador específico que utiliza prueba de desequilibrio
de transmisión (TDT). La TDT es una prueba de asociación potente ya
que es insensible a los problemas de estratificación de la
población en la muestra sometida a prueba. Brevemente, se somete a
prueba la segregación de alelos de los padres heterocigotos hasta su
descendencia afectada. La parte de alelos transmitidos a la
descendencia afectada en comparación con los alelos no transmitidos
se compara con la razón esperada bajo la distribución aleatoria. Se
pone de manifiesto un exceso significativo de transmisión de alelo
con respecto al valor esperado para una asociación del alelo o
haplotipo respectivo con el fenotipo de autismo estudiado.
Una prueba alternativa es la prueba de
desequilibrio de genealogía (PDT) que sigue siendo más potente
aunque haya una clasificación errónea de individuos no afectados
(Martin et al. 2000). Las simulaciones sugieren que puede
haber ventajas en utilizar la PDT aunque los datos consistan en
familias independientes sin una información ampliada de la
familia.
Los resultados de este análisis muestran que
ciertos alelos del gen de PITX1 están asociados positivamente con
el autismo y, por tanto, aumentan la propensión a la enfermedad. En
la población sometida a prueba, el alelo G de SNP6 está
correlacionado con el autismo según se determina mediante TDT
(valor de p = 0,028) y PDT (valor de p = 0,0044). Por el contrario,
el alelo T de SNP6 se transmite de manera significativamente
inferior a lo normal a los individuos autistas, lo que demuestra que
este alelo ayuda a proteger de la enfermedad.
En la tabla 3 se facilitan ejemplos de la
transmisión de los alelos a individuos autistas.
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Además, se construyeron haplotipos para SNP1,
SNP3, SNP4, SNP6, SNP7, SNP21 y SNP22 para identificar la fase para
todo los SNP.
Los resultados de este análisis en la población
sometida a prueba demostraron que ciertos haplotipos, todos ellos
caracterizados por la presencia del alelo G en SNP6 están
fuertemente asociados con el autismo, mientras que ciertos
haplotipos que carecen del alelo G preferentemente no se transmiten
a individuos autistas. Un ejemplo es el haplotipo
A-G-A para
SNP3-SNP6-SNP22, p = 3,68 x
10^{-5}. Haplotipos que llevan el alelo T en lugar del alelo G en
SNP6 muestran evidencia significativa de estar manos representados
de lo normal en sujetos autistas. Un ejemplo es el haplotipo
A-T-A para
SNP3-SNP6-SNP22, p = 0,000218.
La transmisión preferida de ciertos haplotipos
también se demostró mediante el cálculo de un cociente de
probabilidades. Un cociente de probabilidades mayor que 1 significa
que el alelo genético sometido a prueba está asociado con la
enfermedad y, por tanto, que el alelo aumenta la propensión a la
enfermedad. Hay una asociación negativa si el cociente de
probabilidades es menor que 1, lo que demuestra que el alelo
genético sometido a prueba ayuda a proteger de la enfermedad. Por
ejemplo, el cociente de probabilidades para la transmisión del
haplotipo A-G-G para
SNP3-SNP6-SNP22 es de 4,32, con p =
3,62 x 10^{-5}.
En la tabla 4 se facilitan ejemplos de
haplotipos con transmisión y no transmisión preferente de SNP6 a
individuos autistas.
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Para aumentar el contenido de información y
limitar el intervalo de asociación, se aumentó la densidad de SNP
en el gen de PITX1 hasta aproximadamente un SNP cada 2,5 kb. Varios
marcadores adicionales demostraron resultados de punto único
positivos en el gen de PITX1. La asociación más fuerte se observó
para el marcador SNP33 transmitiéndose el alelo 1 a individuos
autistas más frecuentemente de lo esperado por casualidad, mientras
que el alelo 2 preferentemente no se transmitía a individuos
autistas (p = 0,001674). Resulta interesante que este marcador sea
idéntico a SNP6 que en los análisis anteriores ya se había
encontrado que estaba asociado. En la tabla 5 se muestran ejemplos
de alelos transmitidos y no transmitidos a individuos autistas.
También se construyeron haplotipos para
determinar la fase y se analizaron para encontrar la asociación en
el conjunto de muestra completo utilizado para el análisis de
ligamiento, tal como se describió anteriormente. Los resultados de
este análisis en la población sometida a prueba demostraron que
ciertos haplotipos están fuertemente asociados con el autismo, de
los que todos están caracterizados por la presencia del alelo 2 en
el marcador SNP25, el alelo 1 en el marcador SNP27, el alelo 1 en el
marcador SNP29, el alelo 1 en el marcador SNP31 o el alelo 1 en el
marcador SNP33, respectivamente. El resultado más significativo se
obtuvo para el haplotipo 1-2-1 para
los marcadores SNP24, SNP25 y SNP40 con un valor de p de 2,24 x
10^{-03}. Mientras que ciertos haplotipos caracterizados por el
alelo 1 en el marcador SNP25, el alelo 2 en el marcador SNP27 o el
alelo 2 en el marcador SNP40, respectivamente, preferentemente no
se transmiten a individuos autistas.
En la tabla 6 se facilitan ejemplos de
haplotipos con transmisión y no transmisión preferida a individuos
autistas a partir del conjunto de datos completos.
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(Tabla pasa a página
siguiente)
Este conjunto de familias incluye muestras de
diferentes grupos étnicos representados dentro de la población de
los EE.UU. Con el fin de ajustar cualquier efecto de estratificación
de la población, se repitió el análisis de los haplotipos para cada
grupo étnico. Se encontró una asociación significativa para varios
haplotipos en la población de raza blanca. Un ejemplo de un
haplotipo que se transmite más a menudo a individuos autistas es el
haplotipo 1-2-1 para los marcadores
SNP23, SNP25 y SNP33 (p = 4,44 x 10^{-3}), mientras que el
haplotipo 1-2-2 para los marcadores
SNP25, SNP29 y SNP31 preferentemente no se transmitió a individuos
autistas (p = 0,006).
\newpage
En la tabla 7 se facilitan ejemplos de
haplotipos con transmisión y no transmisión preferente a individuos
autistas a partir del conjunto de datos en la raza blanca.
Se estudió un segundo conjunto independiente de
167 familias trío (conjunto 2) para determinar la replicación de la
asociación que se había observado en las familias que
proporcionaron evidencias de ligamiento (conjunto 1) tal como se
describió anteriormente.
Ya que este segundo conjunto de familias
(conjunto 2) también incluye muestras de diferentes grupos étnicos
representados dentro de la población de los EE.UU., como el
conjunto 1, se realizó el análisis de haplotipo para cada grupo
étnico por separado con el fin de ajustar posibles efectos de
estratificación por población. Se encontró una asociación
significativa para diversos haplotipos en la población blanca
caracterizados por la presencia de alelos 2, 1, 1, 1 ó 1 para los
marcadores SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y SNP33. Un ejemplo de
haplotipo que se transmite más frecuentemente a individuos autistas
es el haplotipo 2-1-2 para los
marcadores SNP25, SNP27 y SNP32 (p = 5,93 x 10^{-3}) mientras que
con mayor frecuencia el haplotipo
2-2-1 para los marcadores SNP25,
SNP26 y SNP27 no se transmitió a individuos autistas (p = 0,04).
En la tabla 8 se muestran ejemplos de haplotipos
con transmisión y no transmisión preferente a individuos autistas
del conjunto de datos de raza blanca en el conjunto 2 de
familias.
\newpage
(Continuación)
En resumen, el análisis de haplotipos en la raza
blanca mostró replicación positiva del haplotipo
2-1-1-1-1
para los marcadores SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y SNP33 en el
conjunto 2 (p = 3,2 x 10^{-3} en el conjunto 1 y p = 6,85 x
10^{-3} en el conjunto 2) tal como se muestra en la tabla 9 a
continuación.
Se incluyeron 96 individuos afectados no
relacionados en el examen de mutación. Se diseñaron cebadores para
amplificar la región codificante del gen de PITX1. En la tabla 10 a
continuación se facilitan las secuencias de los cebadores:
Se secuenciaron directamente los productos de
amplificación resultantes en una dirección utilizando química de
secuenciación de colorante-terminador para
identificar cambios de nucleótidos poco frecuentes (mutaciones) y
polimorfismos (frecuencia de alelos >1%) en el gen.
Se detectó un total de 10 cambios de nucleótidos
en la región codificante del gen más las regiones de intrones
flanqueantes en estrecha proximidad con los sitios de corte y
empalme (para las posiciones véase la tabla 11). Dos de estos dieron
como resultados cambios de los aminoácidos en los codones
respectivos, tal como se ilustra en la tabla 11.
Se identificaron dos deleciones, MUT1 y MUT9, en
la región no traducida. Se detectó MUT1 en 5'UTR. También se
detectaron dos mutaciones puntuales, MUT2 y MUT3, en 5'UTR. Estas
mutaciones podían tener un efecto sobre el nivel transcripcional
del ARN de PITX1. Se descubrió MUT9 en 3'UTR y podía afectar a la
estabilidad del ARN.
También se encontraron dos mutaciones no
sinónimas, MUTE y MUT7, que podían tener un efecto sobre la función
de la proteína.
Asperger (1944) Die autistischen
Psychopathen im Kindesalter. Archiv für Psychiatrie and
Nervenkrankheiten, 2: 217-250.
Bailey A, Le Couteur A,
Gottesman I, et al. (1995) Autism as a strongly
genetic disorder: evidence from a British twin study. Psychol
Med, 25: 63-77.
Bailey A, Phillips W,
Rutter M (1996) Autism: towards an integration of
clinical, genetic, neuropsychological, and neurobiological
perspectives. J Child Psychol Psychiatry 37 (1):
89-126.
Baird G, Charman T,
Baron-Cohen S et al. (2000) A
screening instrument for autism at 18 months of age: a
6-year follow-up study. J Am Acad
Child Adolesc Psychiatry, 39 (6): 694-702.
Burger R y Warren R (1998)
Possible immunogenetic basis for autism. Ment Retard Dev Disabil
Res Rev, 4: 137-141.
Carney RM, Wolpert CM,
Ravan SA et al. (2003) Identification of MeCP2
mutations in a series of females with autistic disorder. Pediatr
Neurol, 28 (3): 205-211.
Chakrabarti S y Fombonne E
(2001) Pervasive developmental disorders in preschool
children. JAMA, 285 (24): 3093-9.
Chamberlain RS, Herman BH.
(1990) A novel biochemical model linking dysfunctions in
brain melatonin, proopiomelanocortin peptides, and serotonin in
autism. Biol Psychiatry. 28 (9): 773-93.
Comi AM, Zimmerman AW, Frye
VH et al. (1999) Familial clustering of autoimmune
disorders and evaluation of medical risk factors in autism. J
Child Neurol, 14 (6): 388-394.
Connolly AM, Chez MG,
Pestronk A et al. (1999) Serum autoantibodies
to brain in Landau-Kleffner variant, autism, and
other neurologic disorders. J Pediatr, 134 (5):
607-613.
Curin JM, Terzic J,
Petkovic ZB, Zekan L, Terzic IM,
Susnjara IM. (2003) Lower cortisol and higher ACTH
levels in individuals with autism. J Autism Dev Disord. 33
(4): 443-8.
Folstein S y Rutter M
(1977) Infantile autism: a genetic study of 21 twin pairs.
J Child Psychol Psychiatry Allied Disciplines, 18:
297-321.
Folstein SE y
Rosen-Sheidley BR (2001) Genetics of
autism: complex aetiology for a heterogeneous disorder. Nat Rev
Genet, 2: 943-955.
Gillberg C (1998) Chromosomal
disorders and autism. J Autism Dev Disord, 28 (5):
415-425.
Gillberg C y Coleman M
(2000) The biology of the autistic syndromes, 3rd edn
London: MacKeith Press.
Gillberg C y Wing L (1999)
Autism: not an extremely rare disorder. Acta Psychiatr Scand,
99: 339-406.
Hugot JP, Chamaillard M,
Zouali H et al. (2001) Association of NOD2
leucine-rich repeat variants with susceptibility to
Crohn's disease. Nature 411 (6837):
599-603.
Jamain S, Quach H, Betancur
C et al. (2003) Mutations of the
X-linked genes encoding neuroligins NLGN3 and NLGN4
are associated with autism. Nat Genet, 34 (1):
27-29.
Jones AC, Sampson JR,
Hoogendoorn B, Cohen D, Cheadle JP.
(2000) Application and evaluation of denaturing HPLC for
molecular genetic analysis in tuberous sclerosis. Hum
Genet., 106 (6): 663-8.
Jorde LB, Hasstedt SJ,
Ritvo ER et al. (1991) Complex segregation
analysis of autism. Am J Hum Genet, 49 (5):
932-938.
Jorde LB,
Mason-Brothers A, Waldmann R et
al. (1990) The UCLA-University of Utah
epidemiologic survey of autism: genealogical analysis of familial
aggregation. Am J Med Genet, 36 (1):
85-88.
Kanner L (1943) Autistic
disturbances of affective contact. Nervous Child, 2:
217-250.
Lamonerie, T.; Tremblay, J. J.;
Lanctot, C.; Thierrien, M.; Gauthier, Y.;
Drouin, J. (1996) Ptx1, a
bicoid-related homeo box transcription factor
involved in transcription of the
pro-opiomelanocortin gene. Genes Dev. 10:
1284-1295.
Lander E y Kruglyak L
(1995) Genetic dissection of complex traits: guidelines for
interpreting and reporting linkage results. Nat Genet, 11
(3): 241-247.
Le Couteur A, Rutter M,
Lord C et al. (1989) Autism diagnostic
interview: a standardized investigator-based
instrument. J Autism Dev Disord, 19 (3):
363-387.
Lesage S, Zouali H, Cezard
Jp et al. (2002) CARD15/NOD2 mutational analysis and
genotype-phenotype correlation in 612 patients with
inflammatory bowel disease. Am J Hum Genet. 70 (4):
845-857.
Lord C, Rutter M, Le
Couteur A (1994) Autism Diagnostic
Interview-Revised: a revised version of a
diagnostic interview for caregivers of individuals with possible
pervasive developmental disorders. J Autism Dev Disord, 24
(5): 659-685.
Martin, E.R., Monks, S.A.,
Warren, L.L., y Kaplan, N.L. (2000). A test for
linkage and association in general pedigrees: the pedigree
disequilibrium test. Am J Hum Genet 67,
146-154.
Nelson KB (1991) Prenatal and
perinatal factors in the etiology of autism. Pediatrics, 87
(5 Pt 2): 761-766.
Pellegrini-Bouiller, I.;
Manrique, C.; Gunz, G.; Grino, M.;
Zamora, A. J.; Figarella-Branger, D.;
Grisoli, F.; Jaquet, P.; Enjalbert, A.
(1999) Expression of the members of the Ptx family of
transcription factors in human pituitary adenomas. J. Clin.
Endocr. Metab. 84: 2212-2220.
Rioux JD, Daly MJ,
Silverberg MS et al. (2001) Genetic variation
in the 5q31 cytokine gene cluster confers susceptibility to Crohn
disease. Nat Genet 29 (2): 223-228.
Rioux JD, Silverberg MS,
Daly MJ (2000) Genomewide search in Canadian families
with inflammatory bowel disease reveals two novel susceptibility
loci. Am J Hum Genet 66 (6): 1863-1870.
Rodier P y Hyman S (1998)
Early environmental factors in autism. Mental Retard Dev Disord
Res Rev, 4: 121-128.
Shapiro, M. D.; Marks, M. E.;
Peichel, C. L.; Blackman, B. K.; Nereng, K. S.;
Jonsson, B.; Schluter, D.; Kingsley, D. M.
(2004) Genetic and developmental basis of evolutionary
pelvic reduction in threespine sticklebacks. Nature 428:
717-723.
Singh VK, Warren RP, Odell
JD et al. (1993) Antibodies to myelin basic protein in
children with autistic behavior. Brain Behav Immun, 7 (1):
97-103.
Smalley SL (1997) Genetic
influences in childhood-onset psychiatric disorders:
autism and attention-deficit/ hyperactivity
disorder. Am J Hum Genet, 60 (6):
1276-1282.
Steffenburg S, Gillberg C,
Hellgren L et al. (1989) A twin study of autism
in Denmark, Finland, Iceland, Norway and Sweden. J Child Psychol
Psychiatry, 30 (3): 405-416.
Szatmari P, Jones MB,
Zwaigenbaum L et al. (1998) Genetics of autism:
overview and new directions. J Autism Dev Disord, 28 (5):
351-368.
Szeto, D. P.;
Rodriguez-Esteban, C.; Ryan, A. K.;
O'Connell, S. M.; Liu, F.; Kioussi, C.;
Gleiberman, A. S.; Izpisua-Belmonte,
J. C.; Rosenfeld, M. G. (1999) Role of the
Bicoid-related homeodomain factor Pitx1 in
specifying hindlimb morphogenesis and pituitary development.
Genes Dev. 13: 484-494.
Tremblay JJ, Lanctot C,
Drouin J. (1998) The pan-pituitary
activator of transcription, Ptx1 (pituitary homeobox 1), acts in
synergy with SF-1 and Pitt and is an upstream
regulator of the Lim-homeodomain gene Lim3/Lhx3.
Mol Endocrinol. 12 (3): 428-41.
Weizman A, Weizman R,
Szekely GA et al. (1982) Abnormal immune
response to brain tissue antigen in the syndrome of autism. Am J
Psychiatry, 139 (11): 1462-1465.
<110> INTEGRAGEN
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip0.400000\baselineskip
<120> GEN DE PREDISPOSICIÓN AL AUTISMO
HUMANO QUE CODIFICA PARA UN FACTOR DE TRANSCRIPCIÓN Y UTILIZACIONES
DEL MISMO
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<130> Documento B0298US
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<150> Documento US 60/584,130
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<151>
01-07-2004
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<160> 37
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<170> PatentIn versión 3.1
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<210> 1
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<211> 2373
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<212> ADN
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<213> Homo sapiens
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<220>
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<221> CDS
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<223>
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<223> SNP33 = G/T
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<212> ADN
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<222> (229)..(229)
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<223> SNP35 = A/G
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<211> 649
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<212> ADN
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<211> 704
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<212> ADN
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<222> (504)..(504)
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<223> SNP37 = G/T
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<211> 401
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<212> ADN
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<213> Homo sapiens
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<222> (201)..(201)
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<223> SNP38 = A/G
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<400> 24
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<211> 627
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<222> (586)..(586)
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<223> SNP39 = A/G
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<400> 25
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<210> 26
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<211> 1095
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<212> ADN
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<213> Homo sapiens
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<220>
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<221> misc_feature
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<222> (691)..(691)
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<223> SNP40 = A/G
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<400> 26
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<212> ADN
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<213> secuencia artificial
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<220>
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<400> 27
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<213> Homo sapiens
\newpage
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<400> 37
\vskip1.000000\baselineskip
Claims (20)
1. Procedimiento in vitro de detección de
la presencia de autismo o predisposición al mismo, o a un trastorno
de espectro autista en un sujeto, comprendiendo el procedimiento
detectar la presencia de una alteración en el locus del gen de PITX1
en una muestra del sujeto.
2. Procedimiento in vitro de detección de
la protección frente al autismo, o frente a un trastorno de
espectro autista, comprendiendo el procedimiento detectar la
presencia de una alteración en el locus del gen de PITX1 en una
muestra del sujeto.
3. Procedimiento in vitro de evaluación
de la respuesta de un sujeto a un tratamiento del autismo o a un
trastorno de espectro autista, comprendiendo el procedimiento
detectar la presencia de una alteración en el locus del gen de PITX1
en una muestra del sujeto.
4. Procedimiento in vitro de evaluación
del efecto adverso en un sujeto a un tratamiento del autismo, o de
un trastorno de espectro autista, comprendiendo el procedimiento
detectar la presencia de una alteración en el locus del gen de PITX1
en una muestra del sujeto.
5. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 4, en el que se detecta la presencia de una
alteración en el locus del gen de PITX1 mediante secuenciación,
hibridación selectiva y/o amplificación selectiva.
6. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 1 a 4, en el que dicha alteración es uno o varios
SNP o un haplotipo de los SNP asociado con el autismo.
7. Procedimiento según la reivindicación 6, en
el que dichos SNP se seleccionan de entre el grupo constituido por
los que se han dado a conocer en las tablas 1a y 1b, más
preferentemente los que se han dado a conocer en las tablas 3 a
8.
8. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 6 a 7, en el que dicho(s) SNP asociados con
el autismo se seleccionan de entre el grupo constituido por SNP6 y
SNP33.
9. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 6 a 7, en el que dicho haplotipo asociado con el
autismo comprende o consiste en varios SNP seleccionados de entre
el grupo constituido por SNP6, SNP33, SNP25, SNP27, SNP29, SNP31 y
SNP33.
10. Procedimiento según la reivindicación 9, en
el que dicho haplotipo consiste o comprende SNP24, SNP25 y SNP40,
preferentemente con los alelos
C-T-A.
11. Procedimiento según la reivindicación 9, en
el que dicho haplotipo consiste en o comprende SNP23, SNP25 y
SNP33, preferentemente con los alelos
A-T-G.
12. Procedimiento según la reivindicación 9, en
el que dicho haplotipo consiste en o comprende SNP25, SNP27, SNP29
y SNP31, preferentemente con los alelos
T-A-C-A.
13. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 6 a 7, en el que dicho haplotipo asociado con el
autismo se selecciona de entre los haplotipos dados a conocer en
las tablas 4, 6, 7 y/u 8.
14. Procedimiento in vitro de selección
de compuestos biológicamente activos sobre el autismo, o sobre
trastornos de espectro autista, comprendiendo dicho procedimiento
poner en contacto un compuesto de prueba con un gen o polipéptido de
PITX1 o un fragmento del mismo y determinar la capacidad de dicho
compuesto de prueba para unirse al gen o polipéptido de PITX1 o un
fragmento del mismo.
15. Procedimiento in vitro de selección
de compuestos biológicamente activos sobre el autismo, o sobre
trastornos de espectro autista, comprendiendo dicho procedimiento
poner en contacto una célula huésped recombinante que expresa un
polipéptido de PITX1 con un compuesto de prueba, y determinar la
capacidad de dicho compuesto de prueba para unirse a dicho
polipéptido de PITX1 y modular la actividad del polipéptido de
PITX1.
16. Procedimiento in vitro de selección
de compuestos biológicamente activos sobre el autismo, o sobre
trastornos de espectro autista, comprendiendo dicho procedimiento
poner en contacto un compuesto de prueba con un gen de PITX1 y
determinar la capacidad de dicho compuesto de prueba para modular la
expresión de dicho gen de PITX1.
17. Procedimiento in vitro de selección
de compuestos biológicamente activos sobre el autismo, o sobre
trastornos de espectro autista, comprendiendo dicho procedimiento
poner en contacto un compuesto de prueba con una célula huésped
recombinante que comprende un constructo indicador, comprendiendo
dicho constructo indicador un gen indicador bajo el control de un
promotor del gen de PITX1, y seleccionar los compuestos de prueba
que modulan (por ejemplo estimulan o reducen) la expresión del gen
indicador.
18. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 14 a 17, en el que dicho polipéptido o gen de PITX1
o un fragmento del mismo es un polipéptido o gen de PITX1 alterado
o mutado o un fragmento del mismo que comprende la alteración o
mutación.
19. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 14 a 17, en el que dicha modulación es una
activación.
20. Procedimiento según cualquiera de las
reivindicaciones 14 a 17, en el que dicha modulación es una
inhibición.
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