ES2286276T3 - Sistema analitico de tira de ensayo y metodo para la deteccion de secuencias de acido nucleico especificas. - Google Patents

Sistema analitico de tira de ensayo y metodo para la deteccion de secuencias de acido nucleico especificas. Download PDF

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Abstract

Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión para la determinación cualitativa y/o cuantitativa en una etapa de una secuencia de ácido nucleico específico (16, 19) en una muestra líquida, que comprende: A) una tira de ensayo (1), teniendo dicha tira de ensayo (1) cuatro áreas distintas: a) una primera área (2), que pone en contacto dicha muestra o solución de revelado de ensayo; b) una segunda área (3) sobre la que se seca la sustancia que produce la señal visible; c) una tercera área (6) para el desarrollo de la señal y seguimiento de la terminación del ensayo, que comprende una primera zona (8) que contiene estreptavidina inmovilizada y una segunda zona (9) que contiene un oligonucleótido inmovilizado; y d) una cuarta área (7) para retener el exceso de dicha muestra líquida; caracterizado porque dicha sustancia que produce la señal visible consiste en partículas de oro coloidal (14) conjugadas con un oligonucleótido (15) de una determinada longitud y que tieneuna secuencia nucleotídica definida y puede ser solubilizado por la muestra líquida o la disolución de desarrollo del ensayo; dicho oligonucleótido (12) inmovilizado en la segunda zona (9) de dicho tercer área (6) de la tira de ensayo (1) tiene una secuencia nucleotídica complementaria con la secuencia nucleotídica de dicho oligonucleótido (15) conjugado con dichas partículas de oro coloidal (14); y en el que dicho sistema analítico de tira de ensayo por inmersión comprende además: B) un reactivo distinto (17; 20, 21) consistente en uno o más oligonucleótidos que se hibridan de manera específica con dicho ácido nucleico y que proporciona a dicho ácido nucleico hibridado la capacidad para hibidarse simultáneamente con dicho oligonucleótido (15) que se conjuga con dichas partículas de oro coloidal (14) y para unirse a dicha estreptavidina inmovilizada de la primera zona (8) de dicha tercer área (6).

Description

Sistema analítico de tira de ensayo y método para la detección de secuencias de ácido nucleico específicas.
La presente invención se refiere a un dispositivo analítico, específicamente a un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión con reactivos secados, así como un método analítico para la detección y/o determinación de secuencias de ácidos nucleicos específicas de interés clínico mediante la utilización de dicha tira de ensayo.
Más específicamente, la presente invención se refiere a un sistema analítico de una etapa que es particularmente útil para dispositivos de diagnóstico de análisis sensible y rápido: un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión con reactivos secados, así como al desarrollo de análisis de hibridación en dicha tira de ensayo por inmersión, con la que es posible detectar la presencia o ausencia de una secuencia de ácidos nucleicos específica en una muestra biológica, con gran facilidad y rapidez.
Las tiras de ensayo por inmersión son sistemas que consisten en diferentes tipos de materiales y reactivos, secados o inmovilizados en estos materiales, soportados por una película flexible de poliestireno, que se utiliza realmente como base para la construcción del sistema. El sistema consiste en al menos cuatro áreas distintas/perceptibles: a) el área o parte de la tira de ensayo que se pone en contacto con la muestra o con la solución de revelado de ensayo en la tira, b) el área o parte de la tira de ensayo sobre la que se seca el reactivo que lleva la señal visible o es responsable de la misma, c) el área o parte de la tira de ensayo sobre la que se desarrolla la señal (área de la membrana), d) el área o parte de la tira de ensayo con la misión de retener el exceso de la muestra líquida o del líquido que contiene el analito. En determinados casos, las áreas a) y b) o b) y c) pueden no ser perceptibles. El sistema analítico de tira de ensayo por inmersión de la presente invención consiste en las cuatro áreas diferenciadas mencionadas anteriormente y lleva en el área b): microesferas coloreadas y en el área c): reactivos inmovilizados en dos zonas perceptibles (bandas o puntos) que indican la presencia o ausencia del ácido nucleico detectado y que confirman la terminación [así como la utilización correcta y buen estado de la tira de ensayo por goteo] del análisis respectivamente.
La presencia o ausencia, y la determinación de la cantidad de una secuencia específica de ácido nucleico da respuestas de mayor importancia a las cuestiones investigadas por microbiología, virología, genética e investigación biomédica en general. La gran evolución de las técnicas de Biología Molecular y las principales aplicaciones específicas de la Reacción en Cadena de Polimerasa (PCR) impulsaron el desarrollo de muchas técnicas para la detección y la determinación de los productos específicos de la reacción PCR.
Las técnicas que comprenden la electroforesis en gel de agarosa o poliacrilamida por ejemplo: SSCP, DGGE, RFLP son muy sensibles pero adolecen de determinados inconvenientes tales como la demanda de personal entrenado, duración total prolongada del análisis y la utilización de reactivos dañinos o irritantes.
Se utilizan ampliamente técnicas que presentan ventajas de hibridación de ADN/ADN, ARN/ARN o ARN/ADN para la detección de secuencias específicas de ácidos nucleicos. La sustitución de las sondas radiomarcadas utilizadas en un principio por sondas no isotópicas para la detección de híbridos ha conducido a la superación de los inconvenientes anteriores tales como la utilización de reactivos radiomarcados dañinos con duración limitada, sin obligación con respecto a la sensibilidad o especificidad del análisis. Las técnicas del tipo anterior que comprenden la inmovilización de oligonucleótidos en soportes sólidos, tales como membranas de nilón o nitrocelulosa (conocidas como transferencia de manchas y transferencia inversa de manchas) son sensibles y robustas, pero no son satisfactorias con respecto a la velocidad y facilidad del análisis. Las técnicas de hibridación que comprenden la inmovilización directa o indirecta de oligonucleótidos para placas de microvaloración de ELISA de poliestireno presentan todas las ventajas mencionadas anteriormente de sensibilidad, especificidad y robustez, con adición de la susceptibilidad a la automatización y capacidad de análisis simultáneo de muchas muestras, pero adolecen del inconveniente de ser heterogéneas lo que significa realmente que el análisis requiere múltiples etapas.
La duración total del análisis se compara con la de la técnica de transferencia de manchas y de transferencia de manchas inversa.
La utilización de los sistemas analíticos rápidos de una etapa (ensayos con varilla indicadora o de flujo lateral) durante la década de los 80 fue revolucionario en el campo del inmunoanálisis clínico ofreciendo ventajas atractivas tales como robustez, especificidad, simplicidad y facilidad de análisis, velocidad y bajo coste. Las aplicaciones de los sistemas anteriores respecto a los ensayos para el embarazo, enfermedades de transmisión sexual, ensayos en alimentos, toxinas, infecciones bacteriológicas; control medioambiental, agentes biológicos, detección de alergenos, etc. Sin embargo, en algunos casos las señales de la varilla indicadora existente o de los ensayos rápidos de flujo lateral no son lo bastante sensibles para proporcionar un resultado cualitativo o cuantitativo, especialmente cuando la concentración de la sustancia que ha de detectarse es ya sumamente baja en la muestra, como por ejemplo en la detección de anticuerpos VIH en la saliva o la sangre, u otras infecciones víricas o bacterianas en la orina o la sangre que indican el comienzo de una determinada enfermedad. En el último caso, la detección de virus o bacterias a nivel del ADN o ARN presenta muchas ventajas sobre la determinación de la respuesta inmunológica del sistema inmunitario del paciente, tal como el diagnóstico en una etapa precoz de una enfermedad virológica/bacteriana (incluso antes de la respuesta del sistema inmunitario), la detección del ADN vírico/bacteriano a bajas concentraciones (límite de detección bajo) con la sensibilidad y especificidad que caracterizan a las técnicas de Biología Molecular, la capacidad para controlar la eficacia de una terapia o tratamiento de los pacientes. Las técnicas de Biología Molecular, sin embargo, que se utilizan también actualmente en los laboratorios clínicos en todo el mundo para la detección de mutaciones, para el diagnóstico molecular de enfermedades genéticas, así como el diagnóstico molecular del cáncer (cáncer de mama, cáncer de próstata, etc.), son inferiores a los ensayos con varilla indicadora y de flujo lateral en cuanto a la velocidad y facilidad de utilización se refiere.
La presente invención proporciona un sistema analítico de una etapa (una tira de análisis por inmersión), que emplea procedimientos y técnicas de Biología Molecular, específicamente la hibridación de secuencias complementarias de ácido nucleico, y combina la ventaja del análisis molecular con la sencillez, velocidad de análisis y bajo coste de los análisis rápidos.
Según la presente invención, esto se consigue por medio de un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión con reactivos secados consistentes en las cuatro áreas diferenciadas: a), b), c) y d) mencionadas anteriormente, caracterizado porque el área b) lleva partículas de oro coloidal secas conjugadas con un oligonucleótido, y porque este área c) lleva la proteína estreptavidina y un oligonucleótido de secuencia complementaria con el oligo conjugado en las partículas de oro del área b), que están inmovilizadas en dos zonas diferenciadas (banda o puntos). La presente invención proporciona un método para la construcción de dicho sistema de tira de análisis por inmersión, así como un método analítico para la detección y/o determinación de secuencias específicas de ácido nucleico mediante el desarrollo de análisis de hibridación específicos en dicho sistema de tira de análisis, caracterizado porque se utiliza una sonda de oligonucleótido, una parte de la cual es complementaria con la secuencia del ácido nucleico que debe detectarse y otra parte es de la secuencia complementaria con el oligo conjugado en las partículas de oro, así como porque se produce una señal visible, basada en la hibridación de secuencias de ácido complementarias, indicativas de la presencia o ausencia de dicha secuencia de ácido nucleico específica y un punto de detección sobre un soporte (área c) en el que está inmovilizada la proteína estreptavidina, y una señal visible (basada en la hibridación) indicativa de que la terminación del análisis (la muestra junto con las partículas de oro coloidales han alcanzado el punto de detección) se produce en el punto de control en un soporte (área c) caracterizado porque en dicho punto se inmoviliza un oligonucleótido.
El sistema analítico de tira de ensayo por inmersión con reactivos secos de la presente invención presenta muchas ventajas. El hecho de que la proteína estreptavidina esté inmovilizada en el punto de detección en el área c), realmente significa que bien un oligonucleótido biotinilado se utiliza como sonda para la secuencia específica del ácido nucleico que ha de detectarse, o bien el ácido nucleico específico que debe detectarse está biotinilado; depende del protocolo de hibridación determinado que se desarrolle sobre la tira. De esta manera los autores se aprovechan del puente de estreptavidina, que es muy estable (K=10^{15} l/mol), con el resultado de aumento de sensibilidad en el análisis donde está siendo empleado, comparable con la sensibilidad de las sondas radiomarcadas. Utilizando esta tecnología, se caracteriza asimismo el análisis por la especificidad ya que la detección se basa en la hibridación de secuencias específicas de ácido nucleico. Además, la duración del análisis se reduce drásticamente desde dos o tres horas requeridas en las técnicas de biológica molecular más rápidas actualmente utilizadas hasta diez o doce minutos, el análisis es muy sencillo, y se evita la utilización anterior de muchos materiales peligrosos y reactivos.
El coste de producción de dicho sistema analítico de tira de ensayo por inmersión es notablemente bajo.
Por último, la ventaja igualmente importante del sistema analítico de tira de ensayo por inmersión es su capacidad para la utilización universal para la detección de muchas secuencias de ácido nucleico diferentes, con la flexibilidad también del desarrollo de protocolos de hibridación alternativos sobre él, mediante una sola modificación con respecto a la utilización de la sonda específica apropiada para cada ácido nucleico que ha de detectarse, que se describe a continuación.
La invención se describe específicamente a continuación a modo de ejemplo con relación a los dibujos de los diagramas adjuntos en los que:
La Fig. 1 es un dibujo esquemático de un dispositivo de ensayo analítico que ilustra la disposición de las cuatro áreas diferenciadas/perceptibles que constituyen el sistema de tira de ensayo por inmersión según la presente invención.
La Fig. 2 presenta un dibujo esquemático que ilustra las configuraciones del análisis de hibridación desarrolladas en dicho sistema con tira de ensayo que son responsables de proporcionar una indicación de señal visible de la presencia o ausencia de una secuencia de ácido nucleico específico en una muestra, según la presente invención.
Para la conveniencia del lector se utilizan los mismos números de referencia en los siguientes ejemplos como en los dibujos.
La Fig. 1 presenta un dibujo esquemático que ilustra el sistema de tira de ensayo por inmersión con reactivos secos (10), que está soportado por una película (1) de poliestireno flexible que se utiliza realmente como base para la construcción del sistema. El sistema (10) consiste en al menos cuatro áreas distintas de materiales diferentes y con una función específica: a) el área o parte de la tira de ensayo que se pone en contacto con la muestra o con la solución de desarrollo del ensayo sobre la tira (2), b) el área o parte de la tira de ensayo sobre la que se seca el reactivo de detección que lleva o es responsable de la señal óptica (3), c) el área o parte de la tira de ensayo sobre la que se desarrolla la señal (área de la membrana) (6), d) el área o parte de la tira de ensayo con la función de retener el exceso de la muestra líquida o del líquido que contiene el analito (7). El área o parte a) de la tira de ensayo que se pone en contacto con la muestra o con la solución de desarrollo del ensayo sobre la tira (2) constituidas por un elemento poroso, habitualmente fibra de algodón, y que tiene la propiedad de absorber rápidamente una gran cantidad de solución de desarrollo del ensayo que permite sin embargo su transferencia cuantitativa al área b) (3) de la tira. El área (3) está constituida por fibra de vidrio elaborada de manera que sea capaz de retener el reactivo de detección secado sobre ella, pero que permite también su liberación hacia el área de la membrana cuando se está rehidratando moviendo la solución de desarrollo del ensayo. El área de la membrana (6) comprende una membrana de nitrocelulosa o una membrana modificada de manera adecuada que posee funcionalidad de nitrocelulosa (grupos nitro en superficie). Las membranas típicas que pueden utilizarse en el sistema de la presente invención son membranas de nitrocelulosa con tamaños de poro que varían de 5 \mum a
8 \mum o 12 \mum, dependiendo de la aplicación concreta, (p. ej. Schleicher y Shuell AE 98, AE 99, AE 100), así como la membrana modificada por polietersulfona que tiene funcionalidad de nitrocelulosa: Predator (Pall & Gelman) con tamaño de poro de 0,45 \mum. El área (7) (parte superior del sistema) está constituida por un material muy absorbente que comprende principalmente fibra de algodón.
Según la presente invención, inicialmente la proteína estreptavidina (8) está inmovilizada sobre la membrana en una cantidad de al menos 0,5 \mug (8.333 fmoles) diluida en un tampón fosfato 15 mM pH 7,2 (solución de aplicación de estreptavidina), así como un oligonucleótido (9) que tiene una longitud de al menos 60 (sesenta) bases y preferentemente entre 60 y 100 bases como máximo, está también inmovilizada en la membrana de manera que forma un punto o una banda y en una cantidad de al menos 500 fmoles. La longitud del oligonucleótido que se inmoviliza es de considerable importancia para el éxito de la inmovilización. La inmovilización de la proteína estreptavidina sobre la membrana tiene lugar a una distancia de 1 cm (8) del extremo de la membrana que se pone en contacto con la parte (3) de la tira, mientras que el oligonucleótido se inmoviliza a una distancia de 1,5 cm del mismo extremo de la membrana. La inmovilización se realiza mediante la aplicación del reactivo al área seleccionada de la membrana seguido de secado en una estufa de temperatura y humedad controladas, a 70-80ºC durante un periodo de tiempo que oscila entre 30 y 120 minutos dependiendo del tipo de la membrana que se esté utilizando. El conjunto del sistema de la tira sobre la película de poliestireno flexible sigue a dicha inmovilización.
Según la presente invención, se aplican partículas de oro coloidal y se secan en el área (3) del sistema analítico de la tira y más concretamente en la mitad inferior (5) del área (3) [hacia la parte de la tira que se pone en contacto con la solución de desarrollo del ensayo], en donde dichas partículas de oro coloidal se conjugan con un oligonucleótido de determinada longitud y concretamente que tiene la longitud de 60 (sesenta) a 100 (cien) bases y de secuencia complementaria con el oligo previamente inmovilizado (9) sobre la membrana. El oligonucleótido que debe conjugarse con las partículas de oro coloidal se modifica para que posea un grupo SH en su extremo 5', y se lleva a cabo la conjugación por el procedimiento descrito por Mirkin C. A., Letsinger R. L., Music R. C. y Storhoff J. J., en Nature 382, 607-609 (1996). Según dicho método de conjugación el oligonucleótido se añade a una cantidad de partículas de oro coloidal y se incuba a 4ºC durante 56 horas. La relación (moles de partículas de oro coloidal)/(moles de oligonucleótido) mantenida en el procedimiento de conjugación es por lo menos 1/500 y preferentemente entre 1/500 y 1/1.000. Dichas partículas de oro coloidal conjugadas se secan sobre el área (3) secando a 40ºC durante dos horas o preferentemente permitiendo que la solución de aplicación de las partículas a aire seco en un área de humedad confinada. El tampón de aplicación de dichas partículas conjugadas más o menos que va a ser secado en el área (3) de la tira de ensayo, contiene albúmina de suero bovino (BSA) al 5% p/v, sacarosa al 5% p/v y Tween 20 en una cantidad entre 0,01% y 0,1% p/v y preferentemente 0,05% p/v. Las partículas de oro utilizadas en la presente invención para la conjugación con oligonucleótidos pueden tener un diámetro de 20 nm, 30 nm o 40 nm.
En la mitad superior (4) del área (3) de la tira de ensayo por inmersión de la presente invención, se aplica la muestra que se sospecha que contiene el analito (ADN), dicho ADN se desnaturaliza previamente calentando a 95ºC durante 5 min. y se hibrida previamente durante al menos 15 a 20 min. con una o dos sondas de oligonucleótidos a una temperatura que depende de la Tm de las sondas y en condiciones adecuadas de fuerza iónica, pH y el tampón apropiado (J. Mol. Biol. 98, 503 (1975), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76, 3683 (1979)). Dicha prehibridación está muy recomendada porque aumenta la sensibilidad del ensayo de hibridación en la tira y por consiguiente la sensibilidad de la detección con la utilización de la presente invención. Para cada ensayo de hibridación para la detección de un ácido nucleico específico con la tira de ensayo por inmersión de la presente invención, es necesario utilizar al menos 5 \mul del producto de PCR.
La Fig. 2 presenta un dibujo esquemático que ilustra las configuraciones del ensayo de hibridación relacionadas con los protocolos de hibridación apropiados desarrollados en dicho sistema de tira de ensayo que son responsables de proporcionar una señal visible indicadora de la presencia o ausencia de una secuencia de ácido nucleico específica en una muestra, según la presente invención.
Según el protocolo de hibridación (11) de la presente invención, 500 fmoles de un oligonucleótido (12) que tiene una longitud de 60 a 100 bases de timina (T), se inmovilizan en el área (9) de la membrana, así como 0,5 \mug a menos de la proteína estreptavidina (SA) (13) en un tampón fosfato 15 mM pH 7,2 se inmovilizan también en el área (8) de la membrana. El oligonucleótido, que se inmoviliza sobre la membrana, puede consistir alternativamente en una secuencia aleatoria de al menos 20 bases nucleotídicas, seguido de una secuencia de 40 a 80 bases de timinas (T) que está a la cola del extremo 3' del oligo de secuencia aleatoria con utilización de la enzima: terminal transferasa. Un oligo de 80 a 100 adeninas (A) (15) está conjugado sobre la superficie de las partículas de oro coloidal (14). El ADN diana (16) es el producto de una reacción de PCR en la que uno de los cebadores está biotinilado, de modo que una cadena del producto PCR está biotinilado en su extremo 5'. Se necesita también una sonda de oligo (17) consistente en 20 a 24 bases de secuencia complementaria con una zona específica del producto de PCR biotinilado, en la que dicha sonda lleva además 80 a 100 bases de timina (T) en su extremo 5' o 3'. La sonda (17) puede llevar dicho número (80-100) de timinas (T) habiéndolas sintetizado de esta manera, o el polímero de 20 a 24 elementos puede situarse en cola en su extremo 3' mediante la utilización de la enzima: terminal transferasa. Calentando a 95ºC durante 5 minutos se desnaturaliza la muestra que contiene el producto de PCR que ha de detectarse, que se hibrida previamente a continuación con la sonda de ácido nucleico específica (17) durante al menos 15 a 20 min. a una temperatura que depende de la Tm (punto de fusión) de la sonda y en condiciones adecuadas de fuerza iónica, pH y tampón (J. Mol. Biol. 98, 503 (1975), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76, 3683 (1979)). Al menos 1.500 a 2.000 fmoles y preferentemente 1.500 a 5.000 fmoles de la sonda (17), se utilizan para la hibridación con 5 \mul (100-200 fmoles/\mul) de producto biotinilado de PCR.
Según el protocolo II de hibridación de la presente invención, 500 fmoles de un oligonucleótido (12) que tiene una longitud de 60 a 100 bases de timina (T), se inmovilizan en el área (9) de la membrana, así como 0,5 \mug al menos de la proteína estreptavidina (SA) (13) en un tampón fosfato 15 mM pH 7,2 se inmovilizan también en el área (8) de la membrana. El oligonucleótido, que se inmoviliza en la membrana puede consistir alternativamente en una secuencia aleatoria de al menos 20 bases nucleotídicas, seguido de una secuencia de 40 a 80 bases de timinas (T) que se coloca en la cola del extremo 3' del oligo de la secuencia aleatoria con la utilización de la enzima: terminal transferasa. Un oligo de 80 a 100 adeninas (A) (15) se conjuga sobre la superficie de las partículas de oro coloidal (14). El ADN diana (19) es el producto de una reacción de PCR en la que los cebadores específicos utilizados no están marcados, de modo que la reacción rinde un producto de PCR que no está marcado.
Se necesitan también dos sondas de oligonucleótidos consistentes en 20 a 24 bases de secuencia complementaria a dos áreas perceptibles de la misma cadena del producto de PCR. Una de dichas oligo-sondas se marca con biotina (20) en su extremo 3' o 5', mientras que la otra oligo-sonda (21) lleva además 80 a 100 bases de timina (T) en su extremo 5' o 3'. El marcado de la sonda (20) con biotina puede ser en su extremo 5' o en su extremo 3', dicha sonda marcada puede sintetizarse de esta manera particular o el marcado puede tener lugar en su extremo 3' del polímero de 20 a 24 elementos mediante la utilización de la enzima: terminal transferasa y un nucleótido marcado con biotina tal como biotin-14-dATP. El ADN diana (19) bicatenario se desnaturaliza calentando a 95ºC durante 5 min. y a continuación se hibrida previamente con las sondas de ácido nucleico específicas (20, 21) durante al menos 15 a 20 min. a una temperatura que depende del punto de fusión (Tm) de las dos sondas y en condiciones adecuadas de fuerza iónica, pH y tampón (J. Mol. Biol. 98, 503 (1975), Proc. Natl. Acad. Sci. USA 76, 3638 (1979)). Para la hibridación de 5 \mul de producto de PCR (100 a 200 fmoles/\mul), se utilizan al menos 1.500 a 2.000 fmoles de cada una de las dos sondas (20, 21) y preferentemente de 1.500 a 5.000 fmoles de la mayor parte de cada una de las sondas.
Los protocolos I y II pueden desarrollarse también en el sistema analítico de la tira de la presente invención por intercambio mutuo de los oligonucleótidos que se inmovilizan sobre la membrana y la superficie de las partículas de oro coloidal respectivamente. Específicamente un oligonucleótido de 60 a 100 adeninas (A) puede inmovilizarse en la membrana, mientras que un oligonucleótido con secuencia complementaria de 800 a 100 timinas (T) se conjuga con la superficie de las partículas de oro coloidal. En este caso las sondas de oligonucleótidos de 20 a 24 elementos utilizadas en los ensayos de hibridación de ambos protocolos I y II deben llevar además 80 a 100 bases de adenina (A) en lugar de timina (T) en su extremo 5' o 3'.
Tras la aplicación de la muestra que se sospecha que contiene la secuencia de ácido nucleico específico en la mitad superior (4) del área (3) de la tira de ensayo por inmersión de la presente invención, se sumerge la tira en un tubo o recipiente que contiene la solución de hibridación que se desplaza a lo largo del trazado de la tira por fuerzas capilares y encuentra las partículas de oro coloidal secas que rehidrata e induce al área de la membrana en primer lugar, y a continuación a la parte superior de la tira de ensayo que tiene la función de retener el exceso de la muestra líquida. La constitución de la solución de hibridación es tal que permite la hibridación de las secuencias de ácido nucleico complementarias así como la formación del enlace biotina-estreptavidina. Específicamente, la solución de hibridación contiene un tampón de pH 7,5-7,6, albúmina de suero bovino (BSA) al menos 5% p/v y preferentemente 5% a 7% p/v, NaCl 150 mM, glicerol al menos 15% v/v y preferiblemente 15% a 30% v/v y un tensioactivo o detergente no iónico en una cantidad al menos de 0,1% v/v y preferiblemente 0,1% a 5% v/v. Un tampón adecuado es PBS pH 7,5 o tampón de ácido maleico pH 7,6 y un tensioactivo no iónico es Tween 20 o Triton X-100 o cualquier otro detergente no iónico de la misma categoría. El glicerol en la solución de hibridación tiene una doble función: aumenta la viscosidad de la solución que se mueve a continuación a lo largo de la tira de ensayo conducida por fuerzas capilares más lentamente permitiendo que la hibridación tenga lugar de manera más eficaz, afectando de este modo al éxito del ensayo, y en segundo lugar tiene capacidad de activar la eficacia de la hibridación. Otras sustancias que favorecen la eficacia de la hibridación y pueden utilizarse en lugar de glicerol o además del glicerol en la solución de hibridación son los polímeros tales como PVP (polivinilpirrolidona), Ficoll, sulfato de dextrano, etc. (Wahl et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 76, 3683-3687, EUA, 1979). El sistema analítico de tira de ensayo se deposita en un recipiente que contiene la solución de hibridación o la solución de revelado del ensayo a temperatura ambiente y después de 15 a 20 min. como máximo se genera una señal visible y se lee en el área de la membrana. El desarrollo de dos bandas o puntos rojos o rojo púrpura [posiciones (8) y (9) sobre la tira] indica un análisis de detección positiva del ADN diana en la muestra y la terminación del análisis con éxito en la tira, mientras que el desarrollo de únicamente una banda o punto [posición (9) en la tira]
indica un análisis de detección negativo del ADN diana y la terminación del análisis con éxito en la tira de ensayo.
El sistema analítico de tira de ensayo por inmersión de la presente invención puede convertirse en un sistema analítico de flujo lateral con una ligera modificación de la forma y el material absorbente del área (2) de la tira, que se pone en contacto con la muestra o con la solución de desarrollo del análisis en la tira.
Con el sistema analítico de la tira de ensayo por inmersión de la presente invención y los protocolos del ensayo de hibridación desarrollados sobre la tira de la presente invención, es posible detectar una secuencia de ácido nucleico específica de al menos 50 pares de bases.
La utilización del sistema analítico de tira de la presente invención puede tener lugar con un volumen de al menos 5 \mul de producto de PCR y preferentemente entre 5 \mul y 15 \mul.
Los Ejemplos siguientes se proporcionan solamente a modo de ilustración.
Ejemplo 1
El desarrollo del ensayo de hibridación en la tira de ensayo por inmersión según el protocolo I, para la detección de los productos específicos de la reacción ARMS PCR que se utiliza para el diagnóstico genético de la mutación puntual IVS-n110 en el gen de b-globina que produce la beta-talasemia, dicha PCR se realiza utilizando el ADN genómico como plantilla. El método ARMS (sistema de mutación resistente a la ampliación) es una variación de la reacción PCR que permite la ampliación específica de un segmento de un alelo procedente de un ADN genómico del individuo. El método ARMS se basa en el atributo del cebador de PCR según el cual cuando los cebadores del oligonucleótido tienen una incompatibilidad en su extremo 3', no pueden hibridarse con la plantilla de modo que el fragmento de ADN seleccionado puede ampliarse para proporcionar un producto de PCR. Los cebadores están diseñados para hibridarse con la secuencia de ADN normal y la mutada. Se preparan dos reacciones de ampliación para cada muestra. En cada reacción se utiliza un cebador común marcado con biotina en su extremo 5', y otro cebador complementario con la zona que se sospecha que lleva la mutación. El segundo cebador se diferencia en cuanto se refiere al extremo 3', en cada reacción respecto a la misma muestra: en la primera se hibrida a la secuencia normal, mientras que en la segunda a la mutada. Con objeto de que la hibridación de los dos últimos cebadores sea más específica que su secuencia complementaria en la plantilla de ADN, tanto el cebador normal como el mutado tienen una incompatibilidad de la base adicional 3 ó 4 nucleótidos de su extremo 3'. Cuando un individuo es homozigótico con respecto a la mutación, la reacción de PCR con los cebadores específicos para la ampliación de la secuencia normal no producirán un producto de PCR. Por el contrario, la reacción PCR con los cebadores específicos para la ampliación de la secuencia mutada proporcionará un producto de PCR. Para la detección de los productos de las dos reacciones de PCR realizadas para cada muestra, se necesitan dos tiras de ensayo por inmersión. Cuando el resultado del ensayo de hibridación en ambas tiras para la misma muestra es positivo, entonces el individuo es heterozigótico para la mutación. Cuando el resultado del ensayo de hibridación es positivo solamente en una de las dos tiras para la misma muestra, y particularmente cuando la detección es positiva solamente para el producto de la reacción de PCR que amplía la secuencia normal, entonces el individuo no lleva la mutación. Por último, cuando el ensayo de detección es positivo solamente en una tira de ensayo para la misma muestra y específicamente la tira utilizada para el producto de la reacción de PCR que amplía la secuencia mutada, entonces el individuo es heterozigótico para dicha mutación.
Se utiliza una sonda de oligonucleótido (17) de 20 elementos de secuencia complementaria a una zona de la cadena biotinilada del producto de PCR específico. Dicha sonda lleva además 80 a 100 timinas (T) en su extremo 3' o 5'.
Para la construcción del sistema analítico de tira de ensayo por inmersión es necesario el procedimiento siguiente:
Se inmovilizan 0,5 \mug de la proteína estreptavidina (8) en un tampón fosfato 15 mM pH 7,2 sobre una membrana Predator Laminated (Pall & Gelman, EUA), así como 500 fmoles de un oligonucleótido (9) consistente en al menos 80 timinas (T), teniendo ambos la forma de un punto, a una distancia de 1 cm y 1,5 cm del borde superior de la membrana respectivamente. La inmovilización tiene lugar por aplicación de cada reactivo en una zona seleccionada de la membrana, seguido de secado a 70ºC durante 30 minutos en una estufa de temperatura estable con humedad limitada. Después de esto, se monta el sistema de la tira de inmersión en una película de poliestireno flexible. Un oligonucleótido consistente en 100 adeninas (A) modificado con un grupo SH- en su extremo 5', se conjuga sobre la superficie de las partículas de oro coloidal de 40 nm de diámetro añadiéndolo a una cantidad de las partículas en una proporción de: (moles de partículas de oro)/(moles de oligonucleótido) = 1/500, seguido de incubación a 4ºC durante 56 horas. En consecuencia, la solución de partículas de oro coloidal conjugada se concentra diez veces y las partículas se llevan a una solución que contiene albúmina de suero bovino (BSA) al 5% p/v, sacarosa al 5% p/v, 0,05% v/v de Tween 20 y se dejan secar al aire después de ser depositadas sobre el área (5) del sistema de tira de ensayo. Aproximadamente 9\times10^{9}-1,1\times10^{10} partículas de oro conjugadas se secan sobre cada sistema de tira de ensayo por inmersión.
El calentamiento a 95ºC durante 5 minutos desnaturaliza el producto de PCR biotinilado de la reacción ARMS específica (435 bp), que se prehibrida a continuación con la sonda de oligonucleótido (17) de la secuencia complementaria por incubación durante al menos 15 a 20 min. a una temperatura que depende del punto de fusión (Tm) de la sonda que estaba a 42ºC para este caso concreto y en un tampón de ácido maleico que contiene sal 100 mM, pH 7,5. Para la prehibridación de 5 \mul de producto de PCR (100-200 fmoles/\mul), se utilizan 2.000 fmoles de la sonda y el volumen de la solución de prehibridación es 15 \mul (preferentemente 15-20 \mul). Después de esto el producto prehibridado se deposita en el área (4) de la tira de ensayo por inmersión que está sumergida en 300 \mul de la solución de hibridación (o solución de desarrollo del ensayo) que contiene tampón PBS pH 7,5-7,6, albúmina de suero bovino (BSA) al 5%, NaCl 150 mM, glicerol al 20% y Tween 20 al 0,5%. El sistema analítico de tira de ensayo se deposita en un recipiente que contiene la solución de hibridación o la solución de revelado del ensayo a temperatura ambiente y después de 15 a 20 min. como máximo se genera una señal visible y se lee en el área de la membrana. El desarrollo de dos bandas o puntos rojos o rojo púrpura [posiciones (8) y (9) en la tira] indica un análisis de detección positiva del ADN diana en la muestra y la terminación del análisis con éxito en la tira, mientras que el desarrollo de únicamente una banda o punto [posición (9) en la tira] indica un análisis de detección negativo del ADN diana y la terminación del análisis con éxito en la tira de ensayo.
Ejemplo 2
El desarrollo del ensayo de hibridación en la tira de ensayo por inmersión según el protocolo II para la detección de los productos específicos de la reacción PCR anidada, que se utiliza para la ampliación de la secuencia de ADN específica del citomegalovirus (CMV) de un ADN genómico del individuo. La reacción de PCR anidada se utiliza a fin de aumentar significativamente la sensibilidad y especificidad de la PCR, particularmente cuando la ampliación de una secuencia rara se desea (plantilla de ácido nucleico de bajo número de copias) y si se utiliza un gran número de ciclos existe un riesgo aumentado de ampliación de productos no específicos. Dos reacciones de ampliación consecutivas tienen lugar con un par cebador diferente utilizado en cada reacción. La primera PCR contiene un par externo de cebadores utilizados para ampliar un fragmento de aproximadamente 300 bp. La segunda PCR contiene un par interno de cebadores, que hidroliza al fragmento ampliado de 300 bp por el primer conjunto de cebadores (cebadores externos), y se utiliza para ampliar un fragmento de 163 bp. Se seleccionan dos sondas de oligonucleótidos consistentes en 20 a 24 bases de la secuencia complementaria a dos áreas perceptibles de la misma cadena del producto de PCR de 163 bp. Una de dichas oligo-sondas se marca con biotina (20) en su extremo 3' utilizando la enzima: terminal transferasa, mientras que la otra oligo-sonda (21) se coloca en cola con 80 a 100 timinas (T) adicionales en su extremo 3' utilizando dicha enzima. El procedimiento de colocación en cola se describe a continuación: a) Marcado con biotina: En un eppendorf se prepara una mezcla que contiene 4 \mul de tampón 5\timesTdT (tampón de marcado que contiene: 200 mmoles/l de cacodilato potásico, 50 mmoles/l de Tris-HCl, 0,4 mg/ml de albúmina de suero bovino, pH 7,2), 1 \mul de CoCl_{2} 25 mmoles/l, 1 \mul de sonda (19) (100 pmoles/\mul), 1 \mul de mezcla de dNTP (sin dATP) 10 mM, 2,5 \mul de biotina-14-dATP 0,4 mM, 1,2 \mul de terminal transferasa (30 unidades) y agua destilada hasta un volumen final de 20 \mul. La mezcla se incuba a 37ºC durante una hora. La reacción se termina mediante la adición de 2,5 \mul de EDTA 0,4 M, y la oligo-sonda de cola se purifica en el exceso de reactivos utilizados con la utilización de una columna Sephadex G-25 (CPG, EUA). b) Acabado con numerosas timinas (T): En un eppendorf se prepara una mezcla que contiene 4 \mul de tampón 5\timesTdT (tampón de marcado que contiene: 200 mmoles/l de cacodilato potásico, 50 mmoles/l de Tris-HCl, 0,4 mg/ml de albúmina de suero bovino, pH 7,2), 1 \mul de CoCl_{2} 25 mmoles/l, 1 \mul de sonda (20) (100 pmoles/\mul), 1 \mul de dATP 10 mM, 1,2 \mul de terminal transferasa (30 unidades) y agua destilada hasta un volumen final de 20 \mul. La mezcla se incuba a 37ºC durante una hora. La reacción se termina mediante la adición de 2,5 \mul de EDTA 0,4 M.
El procedimiento para el montaje del sistema analítico de tira de ensayo por inmersión es el mismo que el descrito en el Ejemplo 1.
El calentamiento a 95ºC durante 5 minutos desnaturaliza el producto de PCR de 163 bp de la reacción PCR específica, que se hibrida previamente entonces con las dos sondas de oligonucleótido (20,21) de la secuencia complementaria por incubación durante al menos 15 a 20 min. a una temperatura que depende del punto de fusión (Tm) de la sonda que estaba a 37ºC para este caso concreto y en un tampón de PCR que contiene sal 50 mM, pH 7,5. Para la prehibridación de 5 \mul de producto de PCR (100-200 fmoles/\mul), se utilizan 2.000 fmoles de la sonda y el volumen de la solución de prehibridación es 15 \mul (preferentemente 15-20 \mul). Después de esto el producto prehibridado se deposita en el área (4) de la tira de ensayo por inmersión que está sumergida en 300 \mul de la solución de hibridación (o solución de desarrollo del ensayo) que contiene tampón PBS pH 7,5-7,6, albúmina de suero bovino (BSA) al 5%, NaCl 150 mM, glicerol al 20% y Tween 20 al 0,5%. El sistema analítico de tira de ensayo se deposita en un recipiente que contiene la solución de hibridación o la solución de revelado del ensayo a temperatura ambiente y después de 15 a 20 min. como máximo se genera una señal visible y se lee en el área de la membrana. El revelado de dos bandas o puntos rojos o rojo púrpura [posiciones (8) y (9) en la tira] indica un análisis de detección positiva del ADN diana en la muestra y la terminación del análisis con éxito en la tira, mientras que el desarrollo de únicamente una banda o punto [posición (9) en la tira] indica un análisis de detección negativo del ADN diana y la terminación del análisis con éxito en la tira de ensayo.

Claims (16)

  1. \global\parskip0.950000\baselineskip
    1. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión para la determinación cualitativa y/o cuantitativa en una etapa de una secuencia de ácido nucleico específico (16, 19) en una muestra líquida, que comprende:
    A)
    una tira de ensayo (1), teniendo dicha tira de ensayo (1) cuatro áreas distintas:
    a)
    una primera área (2), que pone en contacto dicha muestra o solución de revelado de ensayo;
    b)
    una segunda área (3) sobre la que se seca la sustancia que produce la señal visible;
    c)
    una tercera área (6) para el desarrollo de la señal y seguimiento de la terminación del ensayo, que comprende una primera zona (8) que contiene estreptavidina inmovilizada y una segunda zona (9) que contiene un oligonucleótido inmovilizado; y
    d)
    una cuarta área (7) para retener el exceso de dicha muestra líquida;
    \quad
    caracterizado porque
    dicha sustancia que produce la señal visible consiste en partículas de oro coloidal (14) conjugadas con un oligonucleótido (15) de una determinada longitud y que tiene una secuencia nucleotídica definida y puede ser solubilizado por la muestra líquida o la disolución de desarrollo del ensayo; dicho oligonucleótido (12) inmovilizado en la segunda zona (9) de dicho tercer área (6) de la tira de ensayo (1) tiene una secuencia nucleotídica complementaria con la secuencia nucleotídica de dicho oligonucleótido (15) conjugado con dichas partículas de oro coloidal (14);
    \quad
    y en el que
    \quad
    dicho sistema analítico de tira de ensayo por inmersión comprende además:
    B)
    un reactivo distinto (17; 20, 21) consistente en uno o más oligonucleótidos que se hibridan de manera específica con dicho ácido nucleico y que proporciona a dicho ácido nucleico hibridado la capacidad para hibidarse simultáneamente con dicho oligonucleótido (15) que se conjuga con dichas partículas de oro coloidal (14) y para unirse a dicha estreptavidina inmovilizada de la primera zona (8) de dicha tercer área (6).
  2. 2. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según la reivindicación 1, caracterizado además porque dicha sustancia que produce la señal visible se seca en la mitad inferior (5) de dicha segunda área (3) de dicha tira de ensayo (1).
  3. 3. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según la reivindicación 1, caracterizado porque dicho ácido nucleico que ha de analizarse está biotinilado y dicho reactivo (17; 20, 21) consiste en un oligonucleótido (17) que comprende una primera parte que tiene una secuencia complementaria con una zona de la secuencia nucleotídica de dicho ácido nucleico biotinilado (16) una segunda parte que tiene una secuencia complementaria con la secuencia nucleotídica definida de dicho oligonucleótido (15) conjugado con dichas partículas de oro coloidal (14).
  4. 4. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según la reivindicación 1, caracterizado porque dicho ácido nucleico que ha de analizarse no está biotinilado y dicho reactivo (17; 20, 21) comprende:
    un primer oligonucleótido (20) que tiene una secuencia complementaria con una zona de la secuencia nucleotídica de dicho ácido nucleico (19) y está unido a uno de sus extremos por un molécula de biotina; y
    un segundo oligonucleótido (21) que que comprende una primera parte que tiene una secuencia complementaria con una zona de la secuencia nucleotídica de dicho ácido nucleico (19) y una segunda parte que tiene una complementaria con la secuencia nucleotídica definida de dicho oligonucleótido (15) conjugado con dichas partículas de oro coloidal (14).
  5. 5. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque dicha secuencia nucleotídica definida que está conjugada con dichas partículas de oro coloidal (14) tiene una longitud de entre 60 y 100 bases.
  6. 6. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque dicha secuencia nucleotídica definida que está conjugada con dichas partículas de oro coloidal (14) consiste en 20 nucleótidos al azar seguidos de 40 a 100 bases de timina.
  7. 7. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, caracterizado porque dicha secuencia nucleotídica definida que está conjugada con dichas partículas de oro coloidal (14) consiste en 20 nucleótidos al azar seguidos de 40 a 100 bases de adenina.
    \global\parskip1.000000\baselineskip
  8. 8. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque dicha sustancia (14, 15) que produce la señal visible se seca en dicha segunda área (3) de dicha tira de ensayo (1) (i) modificando el extremo (5') de dicho oligonucleótido (15) con una secuencia nucleotídica definida en un grupo SH, (ii) añadiendo dicho oligonucleótido en una disolución de conjugación que contiene dichas partículas de oro coloidal en una relación molar (partículas de oro coloidal)/(oligonucleótido) de por lo menos 1/500 e incubando durante un tiempo suficiente para que tenga lugar la conjugación entre dicho oligonucleótido y dichas partículas de oro, (iii) dispersando dichas partículas coloidales en una disolución y aplicando dicha disolución a dicha tira de ensayo en dicha segunda área (3), y (iv) secando dicha disolución aplicada de partículas conjugadas en dicha segunda área (3) de dicha tira de ensayo (1) mediante secado en estufa o secado con aire.
  9. 9. Un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según la reivindicación 8, caracterizado porque dicha disolución aplicada a dicha tira de ensayo en dicha segunda área (3) en la etapa (iii) contiene albúmina de suero bovino (BSA) al 5% p/v, sacarosa al 5% y 0,001% y 0,1% v/v de un tensioactivo o detergente no iónico tal como Tween 20.
  10. 10. Método para la determinación cualitativa y/o cuantitativa en una etapa de una secuencia (16, 19) de ácido nucleico específica en una muestra de líquido que utiliza un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que dicho método comprende:
    diluir dicha muestra líquida en una disolución de prehibridación que tiene disuelto en ésta dicho reactivo distinto (17; 20, 21);
    calentar dicha disolución de prehibridación y dejar que tenga lugar la prehibridación;
    aplicar dicha disolución de prehibridación en dicha tira de ensayo (1);
    sumergir dicha primera área (2) de dicha tira de ensayo (1) en una disolución de hibridación o en una disolución de desarrollo de ensayo, y
    dejar suficiente tiempo para que la segunda zona (9) de dicha tercer área (6) de la tira de ensayo se coloree, en cuyo tiempo la presencia y/o la intensidad o la ausencia de color en dicha primera zona (8) de dicha tercer área (6) de la tira de ensayo indica la presencia y/o la cantidad o la ausencia de dicha secuencia de ácido nucleico (16, 19) en la muestra líquida.
  11. 11. Método según la reivindicación 10 y que utiliza un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque dicha disolución de prehibridación se aplica en la mitad superior (4) de dicha segunda área (3) de dicha tira de ensayo (1).
  12. 12. Método según cualquiera de las reivindicaciones 10, 11 y que utiliza un sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según la reivindicación 3, caracterizado porque dicho ácido nucleico (16) que debe analizarse se ha biotinilado previamente.
  13. 13. Método según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 12 caracterizado además porque dicha hibridación o solución de desarrollo del ensayo contiene tampón PBS pH 7,5-7,6, albúmina de suero bovino (BSA) al 5%, NaCl al menos 150 mM, glicerol al menos al 15% y al menos 0,1% de un tensioactivo o detergente no iónico tal como Tween 20.
  14. 14. Utilización del sistema analítico de tira de ensayo por inmersión según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9 o del método de cualquiera de las reivindicaciones 10 a 13 para la detección y/o determinación de secuencias de ácido nucleico específicas en una muestra, que son indicativas de una enfermedad.
  15. 15. Utilización según la reivindicación 14, caracterizada porque dichas secuencias específicas de ácido nucleico son de ADN vírico o bacteriano y su detección es indicativa de una enfermedad infecciosa.
  16. 16. Utilización según la reivindicación 14, caracterizada porque dichas secuencias específicas de ácido nucleico son secuencias mutadas de ADN y su detección es indicativa de una enfermedad transmitida genéticamente.
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