DE19850593A1 - Verfahren zum Nachweis von Hybridisierungsereignissen bei DNA - Google Patents
Verfahren zum Nachweis von Hybridisierungsereignissen bei DNAInfo
- Publication number
- DE19850593A1 DE19850593A1 DE19850593A DE19850593A DE19850593A1 DE 19850593 A1 DE19850593 A1 DE 19850593A1 DE 19850593 A DE19850593 A DE 19850593A DE 19850593 A DE19850593 A DE 19850593A DE 19850593 A1 DE19850593 A1 DE 19850593A1
- Authority
- DE
- Germany
- Prior art keywords
- fluorochromes
- dna
- fluorochrome
- strands
- energy transfer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Withdrawn
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6813—Hybridisation assays
- C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
- C12Q1/6818—Hybridisation assays characterised by the detection means involving interaction of two or more labels, e.g. resonant energy transfer
Abstract
Es wird ein Verfahren zum Nachweis von Hybridisierungsereignissen bei DNA vorgeschlagen, bei dem in die Stränge der DNA mindestens zwei Fluorchrome eingebaut werden, und bei dem auf einen der beiden Fluorchrome eine Energie E = h*eta übertragen wird. Anschließend wird die von dem anderen Fluorchrom ausgesandte Energie nachgewiesen.
Description
Die Erfindung geht aus von einem Verfahren zum Nachweis von
Hybridisierungsereignissen bei DNA nach dem Oberbegriff des
Anspruchs 1.
Der Nachweis von Hybridisierungsereignissen bei DNA
beispielsweise auf DNA-Arrays ist durch eine Vielzahl von
Detektionssystemen möglich. Die zugrundeliegenden
signalgebenden physikalischen Parameter basieren meist auf
Einstrahlung und Nachweis einer bestimmten Energie. Hierzu
gehören beispielsweise:
Radioaktivität,
Chemolumineszenz,
Fluoreszenz,
Evaneszenz, Nachweis der Brechungsindexänderung aufgrund von Massenanlagerung,
Ellipsometrie (linear polarisiertes Licht wird elliptisch polarisiert).
Radioaktivität,
Chemolumineszenz,
Fluoreszenz,
Evaneszenz, Nachweis der Brechungsindexänderung aufgrund von Massenanlagerung,
Ellipsometrie (linear polarisiertes Licht wird elliptisch polarisiert).
Daneben sind auch elektrische Nachweisverfahren bekannt.
Hierzu gehört zum Beispiel der Nachweis einer Änderung des
lokalen Widerstandes einer Oberfläche durch Masseanlagerung.
Die genannten Verfahren haben den Nachteil, daß lediglich die
Anlagerung einer Masse detektiert wird. Dies führt dazu, daß
Schmutzpartikel von den nachzuweisenden Molekülen nicht
unterschieden werden werden können.
Außer den bereits aufgeführten markierungsfreien Verfahren
sind Verfahren bekannt, bei denen eine Markierung, wie
beispielsweise ein Fluorochrom, in das Molekül, auf dem eine
Eigenschaft nachgewiesen werden soll, eingebaut wird. Bei
diesen Verfahren können nur noch markierte Moleküle ein
Signal ergeben. Damit ist die Signaldetektion auf solche Moleküle
beschränkt, die eine Markierung tragen. Nachteiligerweise führt
dies zu einer Reduzierung der Möglichkeiten für unspezifische
Signale.
Demgegenüber hat das erfindungsgemäße Verfahren mit den
kennzeichnenden Merkmalen des Anspruchs 1 den Vorteil, daß
in die Stränge der DNA mindestens zwei Fluorochrome eingebaut
werden, daß auf einen der beiden Fluorochrome eine Energie
E = h.η übertragen wird, und daß die von dem anderen
Fluorochrom ausgesandte Energie nachgewiesen wird. Dabei
überträgt das erste Fluorochrom eine Resonanzenergie auf das
zweite Fluorochrom. Dieser Energietransfer findet nur bei einer
spezifischen Hybridisierung der DNA-Stränge statt. Somit wird
nur bei einem spezifischen Hybridisierungsereignis ein Signal
erzeugt. Störende, unspezifische, artifizielle Signale können
hierbei ausgeschlossen werden.
Das erfindungsgemäße Verfahren wird auch als Zwischenstrang-
Fluorochromresonanztransfer bezeichnet. Es eignet sich zur
Anwendung einer Festphasenhybridisierung auf einem DNA-
Array.
Die beiden Fluorochrome können entweder in zwei Plus-Stränge,
die zu demselben Minus-Strang hybridisieren, eingebaut werden
oder in einen Plus-Strang und einen Minus-Strang eines
Doppelstranges.
Weitere Vorteile und vorteilhafte Ausgestaltungen der
Erfindung sind den Ansprüchen entnehmbar.
In der Zeichnung sind zwei Möglichkeiten eines
Fluorochromresonanztransfers dargestellt und im folgenden
näher beschrieben. Es zeigen:
Fig. 1 Zwischenstrang-FRET zwischen Fluorochromen, die auf
zwei unterschiedlichen Plus-Strängen gebunden sind, die
beide auf denselben Minus-Strang hybridisieren,
Fig. 2 Zwischenstrang-FRET zwischen Fluorochromen, die jeweils
an einen Plus- und einen Minus-Strang gekoppelt sind.
In Fig. 1 und 2 sind zwei Möglichkeiten eines Zwischenstrang-
Resonanztransfers bei zwei DNA-Strängen 1 und 2 dargestellt. In
Fig. 1 sind die Fluorochrome 3 und 4 auf zwei unterschiedlichen
Plus-Strängen 1 gebunden, die beide auf denselben Minus-
Strang 2 hybridisieren. In Fig. 2 sind die beiden Fluorochrome 3
und 4 jeweils an einen Plus- und einen Minus-Strang 1, 2
gekoppelt. In beiden Fällen wird eine Energie E = h.η auf das erste
Fluorochrom 3 übertragen. Dieses nimmt die Energie auf und
strahlt eine Energie ab, die einem Resonanzübergang in dem
Fluorochrom 3 entspricht. Diese abgestrahlte Energie wird von
dem zweiten Fluorochrom 4 aufgenommen. Das zweite
Fluorochrom strahlt seinerseits wiederum eine Energie ab, die
durch ein geeignetes Nachweissystem detektiert wird. Eine
Abstrahlung des zweiten Fluorochroms findet nur dann statt,
wenn eine spezifische Hybridisierung der DNA-Stränge vorliegt.
Das Nachweisverfahren eignet sich damit dazu, spezifische
Hybridisierungsereignisse anzuzeigen.
Alle in der Beschreibung, den nachfolgenden Ansprüchen und
der Zeichnung dargestellten Merkmale können sowohl einzeln
als auch in beliebiger Kombination miteinander
erfindungswesentlich sein.
1
DNA-Strang
2
DNA-Strang
3
Fluorochrom
4
Fluorochrom
Claims (4)
1. Verfahren zum Nachweis von Hybridisierungsereignissen
bei DNA,
dadurch gekennzeichnet,
daß in die Stränge der DNA mindestens zwei Fluorochrome eingebaut werden,
daß auf einen der beiden Fluorochrome eine Energie E = h.η übertragen wird, und
daß die von dem anderen Fluorochrom ausgesandte Energie nachgewiesen wird.
daß in die Stränge der DNA mindestens zwei Fluorochrome eingebaut werden,
daß auf einen der beiden Fluorochrome eine Energie E = h.η übertragen wird, und
daß die von dem anderen Fluorochrom ausgesandte Energie nachgewiesen wird.
2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß
die beiden Fluorochrome in zwei unterschiedliche Plus-
Stränge eingebaut werden, die beide auf denselben Minus-
Strang hybridisieren.
3. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß
ein Fluorochrom in einen Plus-Strang und das andere
Fluorochrom in einem Minus-Strang eines DNA-
Doppelstranges eingebaut werden.
4. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche,
dadurch gekennzeichnet, daß es auf einem DNA-Array
durchgeführt wird.
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19850593A DE19850593A1 (de) | 1998-11-03 | 1998-11-03 | Verfahren zum Nachweis von Hybridisierungsereignissen bei DNA |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
DE19850593A DE19850593A1 (de) | 1998-11-03 | 1998-11-03 | Verfahren zum Nachweis von Hybridisierungsereignissen bei DNA |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
DE19850593A1 true DE19850593A1 (de) | 2000-05-04 |
Family
ID=7886507
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
DE19850593A Withdrawn DE19850593A1 (de) | 1998-11-03 | 1998-11-03 | Verfahren zum Nachweis von Hybridisierungsereignissen bei DNA |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
DE (1) | DE19850593A1 (de) |
Citations (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0229943A2 (de) * | 1985-12-23 | 1987-07-29 | Molecular Biosystems, Inc. | Fluoreszierende stokessche Shift-Sonden für Polynucleotidhybridisationsproben |
US4868103A (en) * | 1986-02-19 | 1989-09-19 | Enzo Biochem, Inc. | Analyte detection by means of energy transfer |
DE4208645A1 (de) * | 1992-03-18 | 1993-09-23 | Bayer Ag | Optischer festphasenbiosensor auf basis fluoreszenzfarbstoffmarkierter polyionischer schichten |
GB2301833A (en) * | 1995-06-07 | 1996-12-18 | Univ Carnegie Mellon | Complexes for fluorescent labelling with large stokes' shifts formed by coupling together at least two fluorochromes capable of resonance energy transfer |
WO1997029210A2 (en) * | 1996-02-05 | 1997-08-14 | The Perkin-Elmer Corporation | Fluorescence detection assay for homogeneous pcr hybridization systems |
EP0805190A2 (de) * | 1996-05-03 | 1997-11-05 | Perkin-Elmer Corporation | Energieübertragungsfarbstoffe mit verbesserter Fluoreszenz |
WO1997046708A1 (en) * | 1996-06-04 | 1997-12-11 | The Perkin-Elmer Corporation | Passive internal references for the detection of nucleic acid amplification products |
WO1997046714A1 (en) * | 1996-06-04 | 1997-12-11 | University Of Utah Research Foundation | Monitoring hybridization during pcr |
WO1997046707A2 (en) * | 1996-06-04 | 1997-12-11 | University Of Utah Research Foundation | System and method for monitoring for dna amplification by fluorescence |
WO1998014612A1 (en) * | 1996-10-04 | 1998-04-09 | The Regents Of The University Of California | Cyanine dyes with high-absorbance cross section as donor chromophores in energy transfer labels |
WO1998031834A1 (en) * | 1997-01-15 | 1998-07-23 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Sets of labeled energy transfer fluorescent primers and their use in multi component analysis |
WO1998048048A2 (en) * | 1997-04-21 | 1998-10-29 | Cambridge University Technical Services Ltd. | Dna mutation mapping by multiple energy transfer interactions |
-
1998
- 1998-11-03 DE DE19850593A patent/DE19850593A1/de not_active Withdrawn
Patent Citations (12)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP0229943A2 (de) * | 1985-12-23 | 1987-07-29 | Molecular Biosystems, Inc. | Fluoreszierende stokessche Shift-Sonden für Polynucleotidhybridisationsproben |
US4868103A (en) * | 1986-02-19 | 1989-09-19 | Enzo Biochem, Inc. | Analyte detection by means of energy transfer |
DE4208645A1 (de) * | 1992-03-18 | 1993-09-23 | Bayer Ag | Optischer festphasenbiosensor auf basis fluoreszenzfarbstoffmarkierter polyionischer schichten |
GB2301833A (en) * | 1995-06-07 | 1996-12-18 | Univ Carnegie Mellon | Complexes for fluorescent labelling with large stokes' shifts formed by coupling together at least two fluorochromes capable of resonance energy transfer |
WO1997029210A2 (en) * | 1996-02-05 | 1997-08-14 | The Perkin-Elmer Corporation | Fluorescence detection assay for homogeneous pcr hybridization systems |
EP0805190A2 (de) * | 1996-05-03 | 1997-11-05 | Perkin-Elmer Corporation | Energieübertragungsfarbstoffe mit verbesserter Fluoreszenz |
WO1997046708A1 (en) * | 1996-06-04 | 1997-12-11 | The Perkin-Elmer Corporation | Passive internal references for the detection of nucleic acid amplification products |
WO1997046714A1 (en) * | 1996-06-04 | 1997-12-11 | University Of Utah Research Foundation | Monitoring hybridization during pcr |
WO1997046707A2 (en) * | 1996-06-04 | 1997-12-11 | University Of Utah Research Foundation | System and method for monitoring for dna amplification by fluorescence |
WO1998014612A1 (en) * | 1996-10-04 | 1998-04-09 | The Regents Of The University Of California | Cyanine dyes with high-absorbance cross section as donor chromophores in energy transfer labels |
WO1998031834A1 (en) * | 1997-01-15 | 1998-07-23 | Incyte Pharmaceuticals, Inc. | Sets of labeled energy transfer fluorescent primers and their use in multi component analysis |
WO1998048048A2 (en) * | 1997-04-21 | 1998-10-29 | Cambridge University Technical Services Ltd. | Dna mutation mapping by multiple energy transfer interactions |
Non-Patent Citations (1)
Title |
---|
MATTHEWS,Jayne,A.: Analytical Strategies for the Use of DNA Probes. In: Analytical Boichemistry 169,1988j,S.1-25 * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
DE102017104736B9 (de) | Verfahren und Vorrichtung zum räumlichen Messen nanoskaliger Strukturen | |
DE69735532T2 (de) | Bestimmung von antigenen mittels oligonukleotid-antikörper-konjugaten | |
EP1787108B1 (de) | Vorrichtung zum auswerten biochemischer proben | |
EP2405283A1 (de) | Optoelektronische Messanordnung mit einer Kompensationslichtquelle | |
DE102020120669A1 (de) | Authentifizierungsmarker zur Authentifizierung eines Gegenstandes, Verfahren zur Herstellung des Authentifizierungsmarkers und dessen Anwendungen | |
CH598661A5 (en) | Optical card reader for encoded data | |
DE2520424A1 (de) | Auf strahlungsenergie ansprechender logischer digitalbaustein | |
DE10357584B4 (de) | Verfahren zum Trennen unterschiedlicher Emissionswellenlängen in einem Scanmikroskop | |
DE19850593A1 (de) | Verfahren zum Nachweis von Hybridisierungsereignissen bei DNA | |
EP0257188A1 (de) | Ortsauflösender Sensor zur Erfassung einzelner Lichtblitze | |
DE60117703T2 (de) | Lumineszenz-abbildungsvorrichtung | |
WO1996023200A1 (de) | Anzeigeeinrichtung, insbesondere für kraftfahrzeuge | |
DE2459431A1 (de) | Verfahren zum klassifizieren unbekannter chemischer spezies | |
WO1999045142A2 (de) | Mittel und verfahren zum nachweis chemischer substanzen | |
DE2211672A1 (de) | Differenzschaltung | |
DE19613025A1 (de) | Eingabegerät zum Anschluß an einen Computer | |
DE4405809C2 (de) | Verfahren und Einrichtung zum Identifizieren einer Wechselspannung in einem Stromversorgungsnetz mit mehreren Wechselspannungen | |
DE102018210955B4 (de) | Verfahren zum Ermitteln eines Komponentenverhaltens zumindest einer Fahrzeugkomponente eines Kraftfahrzeugs sowie Kraftfahrzeug | |
WO2002016911A1 (de) | Verfahren und vorrichtung zum messen chemischer und/oder biologischer proben | |
EP0575641B1 (de) | Messeinrichtung | |
EP1111864A3 (de) | Kodierung von Haupt- und Zusatziformationen in einem Bussystem | |
EP1459066B1 (de) | Verfahren zur messung von mikroviskositätsveränderungen als immuntest | |
WO2012059414A1 (de) | Magnetische zelldetektion | |
DE2201524C3 (de) | Verfahren zur automatischen Differentialzählung der Leukozyten in einer Blutprobe | |
DE102005034988A1 (de) | Verfahren und Anordnung zur Erfassung von ein Erdmagnetfeld örtlich beeinflussenden Fahrzeugen |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
OM8 | Search report available as to paragraph 43 lit. 1 sentence 1 patent law | ||
8139 | Disposal/non-payment of the annual fee |