DE112009003718T5 - Rasteruntersuchungsverfahren zur Identifizierung von Genen, die am Zellzyklus beteiligt sind - Google Patents

Abstract

Die vorliegende Erfindung betrifft ein neuartiges Verfahren zur Rasteruntersuchung von Proteinen, die den pflanzlichen Zellzyklus betreffen und/oder an ihm beteiligt sind. Die Erfindung betrifft außerdem mit dem Verfahren isolierte Proteine und die Verwendung dieser Proteine und/oder der Gene, die diese Proteine codieren, zur Modulation der Pflanzenertrags und -wachstums.

Description

• Die vorliegende Erfindung betrifft ein neuartiges Verfahren zur Rasteruntersuchung von Proteinen, die den pflanzlichen Zellzyklus betreffen und/oder an ihm beteiligt sind. Die Erfindung betrifft außerdem mit dem Verfahren isolierte Proteine und die Verwendung dieser Proteine und/oder der Gene, die diese Proteine codieren, zur Modulation der Pflanzenertrags und -wachstums.
• Die Kenntnis der grundlegenden Zellzyklusmaschinerie ist eine Voraussetzung für das Verständnis, wie sich Signalwege hierauf auswirken und die Zellproliferation während des Pflanzenwachstums und -entwicklung in einer sich ändernden Umgebung regulieren. Die fundamentalen zugrundeliegenden Mechanismen der Zellteilung sind unter allen Eukaryoten konserviert, aber aufgrund ihrer sessilen Lebensweise haben Pflanzen einzigartige Merkmale entwickelt. Die Sequenzanalyse des Pflanzengenoms ergab, dass verglichen mit anderen Organismen eine unerwartet große Anzahl an Genen vorliegt, die an der Zellproliferation beteiligt sind (Capron et al., 2003; Vandepoele et al., 2002; Menges et al., 2005; Schultz et al., 2007). Die Microarray-Analyse zeigte, dass viele dieser Gene einem Zellzyklus-abhängigen Expressionsprofil folgen (Menges et al., 2005), was ihre Rolle in der Zellzyklusregulation bestätigt. Um zu klären, welche molekularen Mechanismen an der pflanzlichen Zellteilung beteiligt sind, isolierten wir Komplexe mittels TAP von Arabidopsis thaliana Zellsuspensionskulturen (Van Leene et al., 2007; Van Leene et al., 2008) unter Verwendung von „Kern”-Zellzyklusproteinen als Köder. Der Datensatz wurde hinsichtlich nichtspezifischer Interaktionen korrigiert und in einen „Kern”-Datensatz von Interaktionen, die in wenigstens zwei unabhängigen Wiederholungen biologisch bestätigt wurden, und einen „Nichtkern”-Datensatz eingeteilt. Überraschenderweise stellten wir fest, dass die Datensätze, abgesehen von bekannten Zellzyklusproteinen, ebenfalls Proteine umfassten, von denen niemals eine Rolle im Zellzyklus gezeigt worden ist.
• Die Robustheit sowohl der Kern- als auch der Nichtkern-Datensätze wird mithilfe verschiedener Computer-gestützter Analysen und mithilfe der biologischen Interpretation des Netzwerks gezeigt. Das Interaktom dient als ein hervorragendes Werkzeug für die Bildung von Hypothesen und zeigt seine Mächtigkeit insbesondere dann, wenn es mit anderen Daten integriert wird. Die Kombination unserer Interaktom-Daten mit Zellzyklus-assoziierten Expressionsprofilen gibt zum Beispiel Aufschluss darüber, welche CDK/Cyclin-Komplexe während der Zellteilung aktiv sind und wann sie aktiv sind. Die Daten zeigen, dass die zahllosen Zellzyklusregulatoren in Pflanzen nicht eine ausschließliche Folge der Redundanz sind, sondern dass verschiedene Zellzyklusregulatoren zu Komplexen vereint sind, die eine funktionale Diversität bereitstellen und die zu einer erhöhten Komplexität und Flexibilität des Pflanzenzellzyklus führen.
• Ein erster Aspekt der Erfindung ist ein Verfahren zur Isolierung neuer Zellzyklusassoziierter Proteine, umfassend (1) Durchführung einer Tap-Analyse unter Verwendung eines bekannten Zellzyklusproteins als Köder (2) Korrektur der Ergebnisse bezüglich nichtspezifischer Interaktionen und (3) erneute Bestätigung der korrigierten Ergebnisse. Eine erneute Bestätigung der Ergebnisse kann entweder durch Wiederholung des Tap-Tag-Experiments oder durch Ausführung eines reversen Tap-Tag erfolgen, worin die ursprüngliche Beute nun als Köder verwendet wird. Ein weiterer Aspekt der Erfindung ist die Verwendung eines Zellzyklus-assoziierten Proteins, das mit dem Verfahren der Erfindung isoliert wird, zur Modulation des pflanzlichen Wachstums und/oder Ertrags. In einer bevorzugten Anwendungsform ist besagte Pflanze eine Nutzpflanze, bevorzugt eine Monocotyledone oder ein Getreide, noch bevorzugter ist sie ein Getreide, das aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus Reis, Mais, Weizen, Gerste, Hirse, Roggen, Sorghum und Hafer. Die Verwendung, wie hier angegeben, besteht in der Verwendung des Proteins und/oder die Verwendung einer Nukleinsäure, die dieses Protein codiert, oder des Komplements davon. Eingeschlossen ist, aber hierauf nicht beschränkt, genomische DNA, cDNA, Messenger-RNA (einschließlich die 5'- und 3'-nichttranslatierte Region) und RNAi; besagte Verwendung kann, als nicht einschränkendes Beispiel, zur Überexpression oder Repression der Expression des Gens führen. Überexpression oder Repression der Expression eines Zielgens kann durch einen Transfer eines genetischen Konstrukts erhalten werden, das für besagte Überexpression oder besagte Repression der Expression in einer Pflanze sorgen soll. Der Transfer von Fremdgenen in das Genom einer Pflanze wird als Transformation bezeichnet. Die Transformation einer pflanzlichen Spezies ist für den Fachmann eine übliche Routinetechnik. Vorteilhaft kann eine beliebige von zahlreichen Transformationstechniken angewandt werden, um das Gen von Interesse in eine geeignete Vorläufer-Zelle einzuführen. Es können die Verfahren, die für die Transformation und Regeneration von Pflanzen aus Pflanzengeweben oder Pflanzenzellen beschrieben sind, für eine transiente oder stabile Transformation angewandt werden. Transformationsverfahren umfassen, sind aber hierauf nicht beschränkt, Agrobacterium-vermittelte. Transformation, die Verwendung von Liposomen, Elektroporation, Chemikalien, die eine Aufnahme freier DNA steigern, Injektion der DNA direkt in die Pflanze, Bombardierung mit Partikelkanone, Transformation mithilfe von Viren oder Pollen und Mikroprojektion.
• Bevorzugt sind besagte Zellzyklus-assoziierte Proteine aus der Liste ausgewählt, bestehend aus At1g56110, At3g17020, At3g21140, At5g25460, At5g60790, At4g38900, At3g49240, At5g24690, At1g06070, At4g34150, At1g20480, At5g20920, At3g15970, At5g13030, At1g01880, At5g07310, At2g46610, At1g10690, At3g04710, At3g24690, At4g16130, At2g05830, At1g29220, At1g55890, At1g60650, At1g70830, At2g43140, At1g77180, At5g18620, At5g02530, At5g14170, At1g52730, At2g33340, At1g03060, At3g62240, At4g38740, At5g61220, At3g53880, At3g56860, At1g01970, At1g19520, At1g14620, At2g03820, At3g01280, At3g56690, At5g41190, At5g03740, At1g42440, At2g28450, At1g09760, At1g10840, At3g11830, At5g54900, At1g31760, At1g61870, At3g11760, At1805805, At1g29200, At4g13850, At4g38780, At1g71380, At3g13640, At5g25060, At1g43700 At2g46020, At3g55760 und At5g21160 oder einer Variante davon. Varianten, wie hier verwendet, umfassen, sind aber hierauf nicht beschränkt, Homologa, Orthologa und Paraloga besagter Zellzyklus-assoziierter Proteine. „Homologa” eines Proteins umfassen Peptide, Oligopeptide, Polypeptide, Proteine und Enzyme mit Aminosäuresubstitutionen, -deletionen und/oder insertionen bezüglich des fraglichen nichtmodifizierten Proteins und besitzen eine ähnliche biologische und funktionale Aktivität wie das nichtmodifizierte Protein, von dem sie abgeleitet sind. Orthologa und Paraloga umfassen evolutionäre Konzepte, die für eine Beschreibung der anzestralen Beziehungen von Genen eingesetzt werden. Paraloga sind Gene derselben Spezies, die aus einer Duplikation eines anzestralen Gens stammen; Orthologa sind Gene verschiedener Organismen, die aus einer Speziation stammen und sich ebenfalls von einem herkömmlichen anzestralen Gen ableiten. Bevorzugt besitzt besagtes Homologon, Orthologon oder Paralogon eine Sequenzidentität auf Proteinebene von wenigstens 50%, 51%, 52%, 53%, 54% oder 55%, 56%, 57%, 58%, 59%, bevorzugt 60%, 61%, 62%, 63%, 64%, 65%, 66%, 67%, 68%, 69%, bevorzugter 70%, 71%, 72%, 73%, 74%, 75%, 76%, 77%, 78%, 79%, noch bevorzugter 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89% am bevorzugtesten 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% oder mehr, wie in einem BLASTp gemessen (Altschul et al., 1997; Altschul et al., 2005).
• Besagte Verwendung ist bevorzugt eine Überexpression des Gens, das das Zellzyklus-assoziierte Protein codiert, noch bevorzugter ist sie eine Überexpression eines erfindungsgemäßen Zellzyklusproteins, das aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus At1g56110, At3g17020, At3g21140, At5g25460, At5g60790 (SEQ ID NR: 1-5) oder einer Variante davon. Bevorzugt führt besagte Überexpression zu einer Steigerung des pflanzlichen Wachstums und/oder Ertrags. Eine Steigerung des pflanzlichen Wachstums und/oder Ertrags wird gemessen durch Vergleich der Testpflanze, umfassend ein erfindungsgemäß verwendetes Gen, mit der elterlichen nichttransformierten Pflanze, die unter denselben Bedingungen als Kontrolle gewachsen ist. Bevorzugt wird eine Steigerung des Wachstums als eine Steigerung der Biomasseproduktion gemessen. „Ertrag” bezeichnet einen Zustand, bei dem nur ein Teil der Pflanze, bevorzugt ein wirtschaftlich bedeutender Teil der Pflanze, wie Blätter, Wurzeln oder Samen, eine gesteigerte Biomasse zeigt. Der Ausdruck „Steigerung”, wie hier verwendet, bedeutet wenigstens 5%, 6%, 7%, 8%, 9% oder 10%, bevorzugt wenigstens 15% oder 20%, bevorzugter 25%, 30%, 35% oder 40% mehr Ertrag und/oder Wachstum verglichen mit Kontrollpflanzen, wie sie hier definiert sind. Eine Steigerung des pflanzlichen Wachstums, wie hier verwendet, wird bevorzugt als Steigerung der gesamten pflanzlichen Biomasse, Blattbiomasse, Wurzelbiomasse und/oder Samenbiomasse gemessen. In einer bevorzugten Anwendungsform ist besagte Steigerung eine Steigerung der gesamten pflanzlichen Biomasse. In einer bevorzugten Anwendungsform ist besagte Pflanze eine Getreidepflanze, bevorzugt eine Monocotyledone oder eine Zerealie, noch bevorzugter ist sie eine Zerealie, die aus der Gruppe ausgewählt ist, bestehend aus Reis, Mais, Weizen, Gerste, Hirse, Roggen, Sorghum oder Hafer.
• Ein noch weiterer Aspekt der vorliegenden. Erfindung ist ein neuartiges Zellzyklusassoziiertes Protein, das mit dem Verfahren gemäß der Erfindung isoliert wird.
• Kurze Beschreibung der Figuren
• 1: (A) Anreicherungsanalyse bei den Kern- und Nichtkern-Datensätzen. Statistisch signifikante Anreicherungen sind mit *(p-Wert < 0,05) oder mit **(p-Wert 0,01) gekennzeichnet. Eine Anreicherungsanalyse wurde durchgeführt für Gene, die eine Zellzyklus-regulierte Expression zeigen (periodisch), für Gene, die ein E2F- oder MSA-Konsensusmotiv in ihrem Promotor enthalten, und für Proteine, die eine CDK-Konsensus-Phosphorylierungsstelle enthalten. (B) Prozentsatz des gesamten Genpools (genomweit), einer Zellzykluskollektion von 518 Genen, Köderproteinen (ohne reverse Köder), und Kern- und Nichtkern-Beute (ohne Zellzykluskollektion) mit wenigstens zwei Merkmalen. P-Werte sind in rot gezeigt. (C) Verteilung des Transkript-PCC des Kern-(rote Kurve) und des Nichtkern-Datensatzes (grüne Kurve), verglichen mit der durchschnittlichen Verteilung (schwarze und graue Kurve) von 100 Zufallsnetzwerken, die eine gleiche Anzahl an Interaktionen und Genen enthalten.
• 2: Verteilung der Anzahl an Zellzyklus-assoziierten Merkmalen des gesamten Genpools (genomweit), einer Kollektion von 518 Zellzyklusgenen und Köder-Proteinen (ohne reverse Köder).
• 3: Überblick über Subnetzwerke.
• 4: Frischgewicht von Kontrolllinien, die mit leerem Vektor transformiert wurden. Etwa 100 Pflanzen wurde für jede unabhängige Linie (C1 und C2) analysiert.
• 5: Verteilung der Pflanzen als Funktion ihres Frischgewichtes. Die Schaubilder zeigen die Häufigkeit der Pflanzen, mit der sie zu einer bestimmten Gewichtskategorie gehören.
• 6: Verteilung der Pflanzen als Funktion ihres Frischgewichtes. Die Schaubilder zeigen die Häufigkeit der Pflanzen, mit der sie zu einer bestimmten Gewichtskategorie gehören (% Pflanzen versus Frischgewichtkategorie, wie in 5). Die analysierten Linien sind unabhängige Linien der in 5 angeführten Linien.
• Beispiele
• Material und Methoden der Beispiele
• Klonierung und TAP-Reinigung
• Klonierung von Transgenen, die Tag-Fusionen unter der Kontrolle des konstitutiven Blumenkohl Tabakmosaikvirus 35S Promotors codieren, Transformation von Arabidopsis Zellsuspensionskulturen, Proteinextraktpräparation, TAP-Reinigung, Proteinpräzipitation und -trennung wurden, wie bereits beschrieben, durchgeführt (Van Leene et al., 2007). Das angepasste Protokoll, das für die Reinigung von GS-tagged Köder einbauenden Proteinkomplexen verwendet wird, ist anderwärts beschrieben (Van Leene et al., 2008). Für eine massenspektrometrische Identifizierung wurden kleinere Anpassungen verglichen mit bereits beschriebenen Protokollen eingefügt (Van Leene et al., 2007), wie es unten beschrieben ist.
• Proteolyse und Peptidisolierung
• Nach Färbung wurden die Gele 1 Stunde in H₂O gewaschen, Polypeptid-Disulfidbrücken wurden 40 min in 25 ml 6,66 mM DTT und 50 mM NH₄HCO₃ reduziert und anschließend wurden die Thiolgruppen 30 min in 25 ml 55 mM IAM in 50 mM NH₄HCO₃ alkyliert. Nach dreimaligem Waschen der Gele mit Wasser wurden komplette Spuren der Proteingele in Stücke geschnitten, in Mikrotiterplatten gesammelt und im Wesentlichen wie zuvor beschrieben mit geringfügigen Abweichungen behandelt (Van Leene et al., 2007). Pro Mikrotiterplattenvertiefung wurden dehydrierte Gelpartikel in 20 μl Verdauungspuffer, der 250 ng Trypsin (MS Gold; Promega, Madison, WI), 50 mM NH₄HCO₃ und 10% CH₃CN (v/v) enthielt, 30 min bei 4°C rehydriert. Nach Zugabe von 10 μl 50 mM NH₄HCO₃ und 10% CH₃CN (v/v) haltigem Puffer wurden die Proteine bei 37°C 3 Stunden verdaut. Die resultierenden Peptide wurden mit Mikrosäulen-Festphasentips (PerfectPureTM C18 tip, 200 nl Bettvolumen; Eppendorf, Hamburg, Deutschland) aufkonzentriert und entsalzen und direkt auf eine MALDI Zielplatte (Opti-TOFTM384 Well Insert; Applied Biosystems, Foster City, CA) unter Verwendung von 1,2 μl 50% CH₃CN: 0,1% CF₃COOH Lösung eluiert, die mit ☐-Cyano-4-hydroxyzimtsäure gesättigt und mit 20 fmol/μl Glu1 Fibrinopepitd B (Sigma Aldrich), 20 fmol/μl Des-Pro2-Bradykinin (Sigma Aldrich) und 20 fmol/μl adrenocorticotropes Hormon Fragment 18–39 human (Sigma Aldrich) versetzt war.
• Erfassung der Massenspektren
• Ein MALDI Tandem MS-Instrument (4700 und 4800 Proteomics Analyzer, Applied Biosystems) wurde zur Erfassung der Peptidmassen-Fingerprints und anschließende 1 kV CID-Fragmentierungsspektren ausgewählter Peptide verwendet. Peptidmassen-Spektren und Peptidsequenz-Spektren wurden mithilfe der im Wesentlichen bereits angeführten Einstellungen (Van Leene et al., 2007) erhalten. Jede MALDI-Platte wurde entsprechend den Herstellervorschriften kalibriert. Sämtliche Peptidmassen-Fingerprint-(PMF)-Spektren wurden mit drei internen Standards mit m/z 963,516 (Des-Pro2-Bradykinin), m/z 1570,677 (Glu1-Fibrinopeptid B) und m/z 2465,198 (adrenocorticotropes Hormon Fragment 18–39) intern kalibriert, was zu einer durchschnittlichen Massengenauigkeit von 5 ppm ± 10 ppm für jeden analysierten Peptidspot auf den analysierten MALDI-Zielen führte. Unter Verwendung von individuellen PMF-Spektren wurden bis zu 16 Peptide, die ein Signal-Rausch-Verhältnis von 20 überstiegen und einen Massenausschluss-Filter passierten, einer Fragmentierungsanalyse unterzogen.
• MS-basierte Proteinhomologie-Identifizierung
• PMF-Spektren und die Peptidsequenz-Spektren einer jeden Probe wurde mithilfe der mitgelieferten Software Suite (GPS Explorer 3.6, Applied Biosystems) mit bereits im Wesentlichen beschriebenen Parametereinstellungen (Van Leene et al., 2007) bearbeitet. Datensuchfiles wurden generiert und für eine Proteinhomologie-Identifizierung eingesetzt unter Verwendung einer lokalen Datenbank-Suchmaschine (Mascot 2.1, Matrix Science). Eine eigene nichtredundante Arabidopsis Proteindatenbank als SNAPS Arabidopsis thaliana Version 0.4 bezeichnet (SNAPS = Simple Non-redundant Assembly of Protein Sequences, 77488 Sequenzeinträge, 30468560 Reste; verfügbar unter http://www.ptools.ua.ac.be/snaps) wurde aus neun öffentlichen Datenbanken kompiliert. Proteinhomologie-Identifizierungen der besten Treffer (erster Rang) mit einem relativen Score über 95% Wahrscheinlichkeit wurden festgehalten. Weitere positive Identifizierungen (zweiter Rang und mehr) wurden festgehalten, wenn der Score die 98% Wahrscheinlichkeitsschwelle übertraf. Weil Identifizierungen mit verschiedenen Versionen der SNAPS-Datenbank (Van Leene et al., 2007) und mit dem Ziel erfolgten, eine höhere Uniformität der Identifizierungen zu erhalten, wurden alle Identifizierungen des Kern- und des Nichtkern-Datensatzes erneut Mascot unterzogen und mit dem Proteinsequenz-Repertoire von der neuesten TAIR-Datenbank (TAIR 8.0) identifiziert. Außerdem wurde eine weitere Beschränkung eingefügt, um die Anzahl an falsch positiven Identifizierungen zu vermindern und somit wurden Identifizierungen, für die mehr als 50% der korrespondierenden Peptide eine Trypsin-Fehlspaltung aufwiesen, verworfen.
• GO-Anreicherungsanalyse
• Analyse von Über- und Unterrepräsentation von GO-Termen erfolgte mit dem BiNGO Tool (Maere et al., 2005) in Cytoscape (Shannon et al., 2003). Der hypergeometrische Test wurde mit einem Signifikanzwert von 0,05 mit der Benjamini and Hochberg False Discovery Rate Correction für ein mehrfaches Testen gewählt. Die für die Analyse verwendete Arabidopsis Gen-Annotation-Datei wurde von der Gene Ontology Website am 4. Oktober 2008 heruntergeladen.
• Zellzyklus-Anreicherungsanalyse
• Für die periodische Genanreicherungsanalyse wurde eine Liste mit 1258 Genen, die eine Zellzyklus-regulierte und Zellzyklus-assoziierte Expression zeigen, aus zwei Datensätzen kompiliert (Menges et al., 2003; Jensen et al., 2006). Die Genomgröße entspricht allen 23834 Genen, die auf dem Affymetrix ATH1-Microarray vorliegen. Gene, die E2F- oder M-spezifische Aktivator-(MSA)-Motive in ihrer Promotorsequenz enthalten, wurden in silico mittels Kombinieren von Transkriptions-Expressions-Daten und vergleichender Genomik (Vandepoele et al., 2006) bestimmt. Hier entspricht die Genomgröße 19173 Genen, für die ein eindeutiger Sondensatz auf dem ATH1-Microarray verfügbar ist. Proteine, die die CDK-Konsensus-Phosphorylierungsstelle [ST]PX[KR] enthalten, ein bekanntes Kennzeichen von CDK-Substraten (De Veylder et al., 1997), wurden als potenzielle CDK-Substrate betrachtet. Das Vorhandensein des Konsensusmotivs wurde mit dem Patmatch Tool, verfügbar mit TAIR, durchmustert und folglich entspricht die Genomgröße hier allen 27235 Proteinen, die in dem TAIR 8.0 Release vorhanden sind. Für alle Anreicherungsanalysen wurden p-Werte mit der hypergeometrischen kumulativen Verteilungsfunktion der Matlab 7.5 Software berechnet. Proteine, die nicht einem spezifischen Genlocus zugeschrieben werden konnten, wurden aus allen Anreicherungsanalysen entfernt.
• Überlappung mit Protein-Protein-Datenbanken
• Um die Neuartigkeit des Zellzyklus-Interaktoms einzuschätzen, durchmusterten wir auf die Überlappung unserer Datensätze mit den folgenden Datenbanken, die Protein-Protein-Interaktionen enthielten: TAIR (Huala et al., 2001), InTract (Kerrien et al., 2007), Arabidopsis Reactome (Tsesmetzis et al., 2008), AtPID (Cui et al., 2008) Reactome (Vastrik et al., 2007) und The Bio-Array Resource (BAR) for Arabidopsis Functional Genomics (Geister-Lee et al., 2007).
• Co-Expressionsanalyse
• Transcript Pearson Correlation Coefficients (PCC), die das Ausmaß einer Co-Expression von Genpaaren repräsentieren, wurden basierend auf einer Zusammenfassung von Arabidopsis ATH1-Microarrays von 518 Experimenten, die sich auf den Zellzyklus oder pflanzliches Wachstum und Entwicklung konzentrierten, errechnet (Tabelle 7). Wir verglichen die PCC-Verteilung von beiden Datensätzen mit der PCC-Verteilung von 100 randomisierten Datensätzen mit einer gleichen Anzahl an zufällig ausgewählten Proteinen und Interaktionen.
• Konstrukte und Pflanzentransformation
• Die überexprimierenden Konstrukte wurden mithilfe der Gateway-Klonierungstechnik hergestellt. Die cDNA der Gene von Interesse (Tabelle, Blatt OE hergestellt, LOF erbeten) wurden mittels PCR aus revers transkribierter RNA amplifiziert, die aus Geweben von Arabidopsis thaliana Ökotyp Columbia extrahiert war. Die PCR-Reaktionen wurden unter Verwendung der Phusion High Fidelity DNA Polymerase (Finnzymes) gemäß Herstelleranleitung durchgeführt. Die PCR-Fragmente, die der kompletten cDNA der Gene von Interesse entsprachen, wurden in pDONr201 unter Verwendung des Gateway Systems (Invitrogen) mit attBXattP-Rekombinationsstellen eingeführt und anschließend in den pK7WG2-Expressionsvektor mittels attL XattR-Stellenrekombination rekombiniert. Die Sequenz wurde mittels Sequenzierung bestätigt. Die Konstrukte, die die Gene von Interesse unter der Kontrolle des CaMV 35S Promotors enthielten, wurden zur Transformierung von Arabidopsis thaliana mithilfe des Flowerdip-Verfahrens (Clough and Bent, 1998) verwendet.
• Pflanzenmaterial und Wachstumsbedingung
• Transgene Linien wurden mittels Selektion auf MS-Medium (halbfestes Murashige und Skoog Medium (Duchefa, Haarlem, Niederlande), Sucrose 1%), das mit 50 mg/l Kanamycin supplementiert war, identifiziert und später auf Erde zwecks Samenproduktion transferiert. Eine zweite Selektion auf MS plus Kanamycin erlaubte die Selektion von Linien, die eine Insertionsstelle des Transgens enthielten. Pflanzen wurden in einem 16 h Tag- und 8 h Nachtrhythmus bei 21°C angezogen.
• Biomassetest
• Zur Messung der Biomasse wurde der vegetative Teil einer 20 Tage alten auf MS-Medium gewachsenen Pflanze geerntet und das Frischgewicht mittels Abwiegen von etwa 60 Pflanzen jeder Linie bestimmt.
• Beispiel 1: Isolierung der TAP-Komplexe
• Als Köder verwendeten wir 73 „Kern”-Zellzyklus regulatorische Proteine (Vandepoele et al., 2002; Menges et al., 2006, Perez et al., 2007), 4 mitotische Checkpoint-Proteine (Menges et al., 2005), 8 Anaphase fördernde Komplex-(APC)-Untereinheiten und 6 APC-Aktivatoren (Capron et al., 2003), eine 26S Proteasom-Untereinheit (Brukhin et al., 2005), 10 Proteine, die an DNA-Replikation oder Reparatur beteiligt sind (Schultz et al., 2007) und als Funktionsnachweis 6 Proteine für reverse TAP-Experimente (Tabelle 1). Von den 108 TAP-Fusionen wurden 102 erfolgreich exprimiert. Insgesamt wurden 303 Aufreinigungen mit wenigstens zwei unabhängigen Aufreinigungen pro Köder durchgeführt.
• Beispiel 2: Identifizierung der Beute-Proteine
• Gereinigte Proteine wurden mittels MALDI-TOFTOF identifiziert. Nichtspezifische Proteine, die mit Kontrollaufreinigungen bestimmt wurden, wurden von der Trefferliste gestrichen (Tabelle 2), die einen nichtredundanten Datensatz von 857 Interaktion unter 393 Proteinen generierten. Dieser Datensatz wurde in einen „Kern”-Datensatz von 371 Interaktionen unter 196 Proteinen aufgeteilt, die Interaktionen enthielten, die in wenigstens zwei unabhängigen Wiederholungen oder in dem reziproken Experiment biologisch bestätigt wurden und einen „Nichtkern”-Datensatz mit den restlichen 486 Interaktionen unter 320 Proteinen.
• Beispiel 3: Anreicherungsanalyse
• Um die Qualität des Interaktoms abzuschätzen, führten wir verschiedene Anreicherungsanalysen mit den Kern- und Nichtkern-Beuteproteinen durch. In beiden Datensätzen war der GO-Term „Zellzyklus” hoch angereichert (Tabelle 3). Weitere GO-Anreicherungen zeigen, dass der Zellzyklus mit zahllosen biologischen Prozessen, einschließlich Wachstum und Entwicklung, Antwort auf Stress und Hormonstimuli, Energieproduktion, Chromat-Remodeling und weiteren, verknüpft ist. Als nächstes beobachteten wir eine Anreicherung in dem Kern-Datensatz für Gene, die während des Zellzyklus periodisch exprimiert werden (1A). Außerdem waren beide Datensätze für Gene mit E2F- oder M-spezifischen Aktivator-(MSA)-Motiven in ihrem Promotor angereichert. Die weniger ausgeprägten Anreicherungen für den Nichtkern-Datensatz zeigen, dass er eher in Richtung Interaktionen verschoben ist, die die Kern-Zellzyklus-Maschinerie mit anderen Wegen verknüpft. Dies wird durch die Tatsache gestützt, dass der Nichtkern-Datensatz für potenzielle CDK-Substrate höher angereichert ist, wie es aufgrund des Vorhandenseins von CDK-Phosphorylierungsstellen abgeschätzt wird. Die Tatsache, dass diese Interaktionen oftmals nicht bestätigt wurden, ist wahrscheinlich der transienten Natur von z. B. CDK-Interaktionen zuzuschreiben.
• Beispiel 4: Isolierung neuartiger Zellzyklusgene
• Bei der Suche nach neuen Zellzyklus-assoziierten Proteinen integrierten wir verschiedene Zellzyklus-assoziierte Merkmale (Tabelle 4). Die Verteilung der Anzahl an Merkmalen pro Gen zeigt, dass eine Kollektion bekannter Zellzyklusgene (Tabelle 5) für diese Merkmale im Vergleich zum gesamten Genpool angereichert ist (2). Eine eindeutige Verschiebung zwischen dem gesamten Genpool und der Zellzykluskollektion war bei 2 Merkmalen offensichtlich, wie es für die ursprüngliche Beuteliste der Fall war, was die Wahl unserer Köder bestätigt. Bei der Suche nach neuen Zellzyklusproteinen gingen wir von der Kern- und Nichtkern-Beuteliste aus und subtrahierten die Kollektion bekannter Zellzyklusgene. Der Prozentsatz, der das Kriterium erfüllt, nämlich wenigstens zwei Merkmalen aufzuweisen, wird gezeigt (1B) und alle Klassen sind verglichen mit dem gesamten Genpool signifikant angereichert. Durch die Filterung auf Gene, die wenigstens 2 Merkmale enthalten, generierten wir eine Liste mit 123 potenziellen neuen Zellzyklusgenen aus dem Kern- und Nichtkern-Datensatz (Tabelle 6).
• Die Robustheit der Daten wird außerdem durch die Beobachtung veranschaulicht, dass 46% der Kern- und 8% der Nichtkern-Datensatz-Interaktionen zwischen Ködern erfolgen, da unsere Köder vermutlich in üblichen Wegen wirken. Die Rasteruntersuchung unserer Daten auf eine Überlappung mit bestehenden Protein-Protein-Interaktionsdatenbanken zeigte, dass 66% der Kern und 95% der Nichtkern-Datensatz-Interaktionen neu sind. Andererseits lässt sich daraus folgern, dass ein Drittel des Kern-Datensatzes mit anderen Mitteln bestätigt wird. Schließlich neigen Interaktionen von beiden Datensätzen eher co-exprimiert zu werden verglichen mit Interaktionen von randomisierten Datensätzen, wie es durch die Berechnung des Transkript Pearson Correlation Coefficient (PCC) (1C) abgeschätzt wird. Das integrierte Zellzyklus-Interaktom kann durch einen Cytoscape Webstart abgeschätzt werden und wird als eine Matrix/Pivot-Tabelle bereitgestellt, die ein einfaches Abfragen des Interaktoms erlaubt. Um die biologische Bedeutung des Interaktoms zu aufzuzeigen, wird eine Auswahl von Subnetzwerken unten diskutiert, die Interaktionen sowohl des Kern-Datensatzes als auch des Nichtkern-Datensatzes abdecken (3).
• Beispiel 5: Isolierte Gene der CDK-Komplexe
• Entscheidende Akteure der Zellzyklusprogression sind Cyclin-abhängige Kinase-(CDK)-Komplexe. CDKA;1, das Arabidopsis Orthologon von Hefe cdc2/cdc28, co-reinigte mit allen getesteten D-Typ Cyclinen und mit A3-Typ Cyclinen, aber nicht mit den mitotischen A1-, A2- oder B-Typ Cyclinen. Durch Kombinieren unserer Interaktomdaten mit Expressionsdaten (Menges et al., 2005) vermuten wir, dass bei Zellzyklusneustart und früh in der G1-Phase CDKA;1 CYCD3;3 und CYCD5;1 bindet. Weiter in der G1-Phase und an dem G1/S Checkpoint bindet CDKA;1 eine Reihe von D-Typ Cyclinen wie CYCD4;1, CYCD4;2, CYCD3;1, CYCD6;1 und CYCD7;1. Zusätzlich interagiert CDKA;1 mit S-Phase-spezifischen A3-Typ Cyclinen. Die anderen A- und B-Typ Cycline, die meist ein Expressionsmaximum an der G2/M-Grenze besitzen, binden die Pflanzen-spezifischen mitotischen B-Typ CDKs. B1-Typ Cycline assoziieren ausschließlich mit B2-Typ CDKs, während die restlichen A- und B-Typ Cycline vorzugsweise B1-Typ CDKs binden. Obwohl transiente Interaktionen schwieriger mit TAP zu durchmustern sind, enthält unser Interaktom verschiedene potenzielle CDK-Substrate. Wie vorhergesagt (Geisler-Lee et al., 2007), liegt CDKA;1 als ein hoch vernetztes Zentrum in dem Kern-Netzwerk vor. Es wird mit dem unbekannten Protein AT4G14310 co-gereinigt, das außerdem in Komplexen mit CKS1, CKS2, CYCA3;1, CYCA3;4 und KRP2 vorlag, und die reverse Reinigung bestätigte eine Interaktion mit CDKA;1 und CKS2 und zeigte eine Interaktion mit dem Pflanzen-spezifischen Kinesin-Motorprotein KCA2, das an der Festlegung der Teilungsebene beteiligt ist. Als nächstes wurde CDKA;1 mit dem 26S Proteasom-Komplex mitgerissen, gereinigt über RPN1a, was möglicherweise die Zellzyklusregulation des 26S Proteasoms widerspiegelt. CDKA;1 interagierte außerdem mit 3 Proteinen aus dem UDP-Xylose-Biosyntheseweg, wodurch die Zellzyklusregulation mit der Zellwandsynthese gekoppelt wird (Siefert et al., 2004). Mit 3 A-Typ Cyclinen fanden wir ein DNA-Reperaturprotein und mit CYCB1;3 fanden wir ☐-Tubulin und eine Komponente des Spindelkörpers, 2 Proteine, die an der Mikrotubulus-Kernbildung während z. B. des Zusammenbaus des Präprophasen-Bandes beteiligt waren, eine Pflanzen-spezifische Struktur, die für die Festlegung der Polarität während des Zellzyklus erforderlich ist (Erhardt et al., 2002). Außerdem wurden einige interessante Chromatin-Remodeling-Proteine mit verschiedenen Cyclinen identifiziert: CHR17, ein E2F-aufreguliertes ISWI-Protein (Huanca-Mamani et al., 2005) interagierte mit CYCD3;2 und CYCD5;1. CHC1 assoziierte mit CYCA1;1, CYCD7;1, CYCB2;3 und CKS2 und BRAHMA, einer SWI/SNF-Chromatin-Remodeling-ATPase, die mit der Bildung und/oder Aufrechterhaltung von Cotyledonen-Grenzzellen während der Embryogenese Verbindung gebracht wird (Kwon et al., 2006), wurde mit CYCB1;3 und CYCB2;3 identifiziert.
• Beispiel 6: Isolierung positiver Regulatoren des Zellzyklus
• Zur vollen Aktivität benötigen CDKs, neben der Cyclin-Bindung, eine Phosphorylierung eines Threoninrests innerhalb der T-Schleife durch CDK-aktivierende Kinasen (CAK). Das Arabidopsis Genom codiert 4 CAKs, nämlich 3 D-Typ CDKs, die zur humanen CDK7 homolog sind, und 1 Cyclin-abhängige CAK-aktivierende Kinase (CAKAK) CDKF;1. Wir zeigen hier, dass sowohl CDKD;2 als auch CDKD;3 einen trimeren Komplex mit CYCH;1 und dem CAK Assemblierungsfaktor MAT1 bilden. Wie in Reis (Rohila et al., 2006) ist CDKD;2 ebenfalls Teil des basalen TFIIH-Komplexes, der an der Transkription und DNA-Reparatur beteiligt ist, da 3 Mitglieder (UVH6/XPD, AT1G55750 und AT4G17020) co-gereinigt wurden. In diesem Komplex aktiviert CDKD;2 die Transkription durch die Phosphorylierung der C-terminalen Domäne (CTD) von RNA-Polymerase II. Mit UVH6 und MAT1 als Köder bestätigten wir eine Interaktion mit CDKD;2 und reinigten zwei weitere Proteine des TFIIH-Komplexes. CDKD;2 co-reinigte außerdem Proteine, die an der Nukleotid-Biosynthese beteiligt sind, nämlich 3 Ribose-Phosphat-Pyrophosphokinasen. Weiter stromaufwärts aktiviert die monomere CAKAK CDKF;1 CDKD;2 auf Cyclin-abhängige Weise. Andererseits bindet CDKF;1 ebenfalls CDKG;2. Die G-Typ CDK-Klasse besitzt 2 Mitglieder in Arabidopsis und ist homolog zu dem humanen Cytokinesis-assoziierten p58 Galactosyltransferase-Protein. Hier entdeckten wir CYCL1, ein Cyclin mit einer SRähnlichen Spleilidomäne (Forment et al., 2002), als den regulatorischen Cyclinpartner beider G-Typ CDKs, was die Clusterbildung von CYCL1 mit CDKG;2 in einer Gewebespezifischen Genexpressionsanalyse erklärt (Menges et al., 2005). Sowohl Kern als auch Nichtkern interagierende Proteine deuten eine Funktion von CDKG/CYCL-Komplexen bei der Regulation von Transkription und Spleißen an, so könnte eine Aktivierung von CDKF;1 zu veränderten Spleißereignissen während der Zellproliferation führen.
• Beispiel 7: Isolierung negativer Regulatoren des Zellzyklus
• Eine negative Regulation der Zellzyklusprogression wird durch Andocken kleiner Proteine an die CDK/Cyclin-Komplexe erreicht. Arabidopsis codiert 7 Proteine, die mit den Kip/Cip-Inhibitoren der Mammalia verwandt sind und als Kip-verwandte Proteine (KRPs) bekannt sind. Wir zeigen hier, dass alle KRPs außer KRP1 sowohl mit CDKA;1 als auch D-Typ Cyclinen interagieren. Mit 3 KRPs, CDKB1;2 und 2 APC-Aktivatoren fanden wir einen auf Ethylen ansprechenden AP2-Transkriptionsfaktor (TF) und mit KRP2 fanden wir einen bZIP TF, der ebenfalls mit B-Typ Cyclinen und CDKB1;2 gefunden wurde. In Pflanzen gibt es eine zweite Familie Zellzyklus-Inhibitorproteine, die durch abiotischen und biotischen Stress aufreguliert werden, umfassend SIAMESE (SIM) und SIAMESE-verwandte (SMR) Proteine (Peres et al., 2007; Churchman et al., 2006). SIM ist ein nukleäres Protein, das die Endoreduplikation in Trichomen durch Suppression der Mitose fördert. Es wurde vorgeschlagen, dass es die Mitose durch Hemmung von CDKA;1/CYCD-Komplexen hemmt (Churchman et al., 2006). Allerdings in unserem Datensatz co-reinigt SIM CDKB1;1 und nicht CDKA;1, so kann die Endoreduplikation direkt durch Hemmung mitotischer CDKG/Cyclin-Komplexe ausgelöst werden. Neben SIM assoziieren ebenfalls SMR1 und SMR2 mit CDKB1;1 und der CDKB1;1 Interaktor CYCB2;4 bindet AT2G28330, ein weiteres Mitglied der SMR-Familie. Dagegen binden SMR3-5 CDKA;1 und D-Typ Cycline. Daneben fanden wir mit CDKA;1 und verschiedenen D-Typ Cyclinen als Köder 2 neue Mitglieder des SMR-Clans, AT5G40460 und AT1G10690 und reverse Reinigungen bestätigten diese Interaktionen. Da AT5G40460 fast 20-fach in Pflanzen mit einer Überexpression von E2Fa und DPa induziert war (Vandepoele et al., 2005), kann es CDKA;1/CYCD-Komplexe während der S-Phase hemmen, was eine Reinitiierung der DNA-Replikation verhindert. SMR1 co-reinigte außerdem bZIP69, ein TF wurde ebenfalls mit KRP3 und KRP5 gefunden. Importine co-reinigten häufig sowohl mit KRPs als auch SMRs, was die Bedeutung der Regulation ihrer subzellulären Lokalisierung für ihre Aktivität unterstreicht.
• Beispiel 8: Isolierung von Genen, die an Nukleotidsynthese, DNA-Replikation und DNA-Reparatur beteiligt sind
• An der G1/S-Grenze aktivleren CDKs den E2F/DP-Weg durch Phosphorylierung des Repressors RBR, was die Transkription von Genen induziert, die hauptsächlich an der Nukleotidsynthese, DNA-Replikation und DNA-Reparatur beteiligt sind. Wir zeigen, dass E2Fa und E2Fb sowohl mit DPa als DPb assoziieren können und alle E2F- und DP-Proteine mit RBR co-reinigen. Da CDKB1;1 mit DEL3 interagierte, einem atypischen E2F-Protein, dem die trans-aktivierende Domäne fehlt, schlagen wir vor, dass DEL3 durch die CDKB1;1-Aktivität reguliert wird, was mit einem zweiten Expressionsmaximum von DEL3 bei G2/M übereinstimmt (Menges et al., 2005). Interessanterweise co-reinigte das mitotische CDKB1;1 und nicht CDKA1;1 mit RBR, was außerdem den Beweis lieferte, dass das E2F/DP/RBR-Netzwerk nicht nur bei G1/S aktiv ist, sondern auch bei G2/M-Übergängen, wie es bereits bei Pflanzen (Magyar et al., 2005) und Säugerzellen (Ishida et al., 2001) vermutet wurde, oder dass mitotische CDK/Cyclin-Komplexe während der S-Phase in Hefe aktiv sind (Wuarin et al., 2002). Wir identifizierten außerdem einige Komplexe, die an der DNA-Replikation beteiligt sind, wie den MCM-Komplex, der eine Helicase-Aktivität zum Entwinden doppelsträngiger DNA während der DNA-Replikation besitzt. Dieser Komplex wurde mit MCM6 als Köder zusammen mit dem vor kurzem publizierten (Takahashi et al., 2008) und hoch co-exprimierten E2F-Zielgen 1 (ETG1) isoliert. Die co-gereinigte Fraktion des nukleären Antigens 1 proliferierender Zellen (PCNA1), eine gleitende Klammer für die DNA-Polymerase und folglich ein wichtiger Akteur bei der DNA-Replikation, enthielt PCNA2, zwei DNA-Polymerase-delta-Untereinheiten (POLD1-2), von denen eine ebenfalls mit CYCA2;3 interagierte, eine Armadillo/beta-Catenin-Wiederholungsfamilie unbekannter Funktion und ein DNA-Bindeprotein. Außerdem zeigten wir das Vorhandensein des alternativen Ctf18-Replikationsfaktor C-Komplex in Pflanzen, der für Schwester-Chromatid-Kohäsion in Hefe erforderlich ist (Mayer et al., 2001), und eines Proteinkomplexes, der an der Stabilisierung einzelsträngiger DNA während der Replikation, Reparatur und Transkription, beteiligt ist, einschließlich RPA2, 2 RPA3-Proteine und eines mutmaßlichen Replikationsproteins (Schultz et al., 2007).
• Beispiel 9: Analysen von Überexpressionslinien
• 32 Gene wurden in Expressionsvektoren mithilfe der Gateway-Klonierung geklont, um Pflanzen herzustellen, die Gene von Interesse unter der Kontrolle des CaMV35S Promotors (Tabelle, Blatt OE hergestellt, LOF erbeten) überexprimieren. Diese Konstrukte wurden für eine Arabidopsis thaliana Transformation mithilfe des Flowerdip-Verfahrens verwendet. Primo-Transformanten wurden für alle Konstrukte selektiert und für eine Samenproduktion angezogen. Die Samen von 11 Konstrukten (At5g25460, At3g01280, At1g31760, At3g21140, At3g17020, At1g05805, At1g10690, At1g56110, At5g24690, At5g60790, At1g09760) wurden geerntet und zur Selektion von Linien mit einer Insertionsstelle des Transgens verwendet. Ein Biomassetest wurde mit diesen segregierenden Populationen durchgeführt, die eine insertionsstelle enthielten. In dieser Population wird erwartet, ¼ wt, 2/4 hemizygote und ¼ homozygote Pflanzen zu finden. Wenn die Überexpression eines Transgens zur Produktion größerer Pflanzen führt, wird ein Teil (¼ oder ¾) der untersuchten Pflanzen eine gesteigerte Biomasse zeigen. Dieses Verfahren erlaubt eine schnelle Rasteruntersuchung von Genen, deren Überexpression einen positiven Effekt auf das Pflanzenwachstum ausübt. Die Pflanzen wurden dann unter in vitro Bedingungen angezogen und das Frischgewicht der Rosette von ungefähr 60 Pflanzen wurde 20 Tage nach Stratifikation gemessen (Tabelle, Blatt OE Daten + Mittelwert). Die im Experiment verwendeten Kontrollpflanzen entsprechen segregierenden Pflanzen, die mit einem leeren Vektor transformiert wurden (C1 und C2). Wie in 4 für diese beiden unabhängigen Kontrolllinien gezeigt, variiert das Frischgewicht der Pflanzen von 8 mg bis 28 mg mit einem Mittelwert von 20 mg. Unter den 11 untersuchten überexprimierenden Linien stellten wir fest, dass bei 5 (At1g56110, At3g17020, At3g21140, At5g25460, At5g60790) diese Verteilung in Richtung größere Pflanzen verglichen mit den Kontrollen verschoben ist (5). Diese Verschiebung bei der Biomasse wurde bei 3 dieser Linien in zwei unabhängigen Tansformanten festgestellt (6). Das Vorkommen größerer Pflanzen in dieser segregierenden Population beweist, dass diese 5 Gene an der Kontrolle des Wachstums beteiligt sind,
• Tabelle 1: Übersicht über Köder-Proteine, die verwendet werden um das zentrale Zellzyklus Interaktom von Arabidopsis thaliana aufzuklären.
• Topologie = C- oder N-terminale Tag-Fusionen. Tag bezieht sich auf den verwendeten Tag, der entweder der traditionelle TAP-Tag, der für Saccharomyces cerevisiae (15) entwickelt wurde, oder ein zweifacher Affinitäts-Tag (GS) (2) ist. Die Expression wurde angezeigt als (+) falls das TAP-Fusionsprotein mittels Western Blot-Analyse nachgewiesen werden kann. Die Gesamtzahl der Aufreinigungen ist dargestellt, die mittels Beute durchgeführt wurde, mit wenigstens 2 Experimenten.

  Beute	Lokus	Kategorie	Topologie	Tag	exprimiert	Aufreinigungen
  CDKA;1	AT3G48750	Zentraler Zellzyklus	C + N	TAP	+	11
  CDKB1;1	AT3G54180	Zentraler Zellzyklus	C + N	TAP	+	4
  CDKB1;2	AT2G38620	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CDKB2;1	AT1G76540	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  CDKB2;2	AT1G20930	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  CDKC;1	AT5G10270	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CDKC;2	AT5G64960	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  CDKD;1	AT1G73690	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CDKD;2	AT1G66750	Zentraler Zellzyklus	C + N	TAP + GS	+	10
  CDKD;3	AT1G18040	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CDKE;1	AT5G63610	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  CDKF;1	AT4G28980	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	3
  CDKG;1	AT5G63370	Zentraler Zellzyklus	C	GS	+	2
  CDKG;2	AT1G67580	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CKS1	AT2G27960	Zentraler Zellzyklus	C	TAP + GS	+	10
  CKS2	AT2G27970	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCA1;1	AT1G44110	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCA1;2	AT1G77390	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	–
  CYCA2;1	AT5G25380	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  CYCA2;2	AT5G11300	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  CYCA2;3	AT1G15570	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	4
  CYCA2;4	AT1G80370	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	–
  CYCA3;1	AT5G43080	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  CYCA3;2	AT1G47210	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	–
  CYCA3;3	AT1G47220	Zentraler Zellzyklus	N	GS	+	2
  CYCA3;4	AT1G47230	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  CYCB1;1	AT4G37490	Zentraler Zellzyklus	C	TAP + GS	+	4
  CYC131;2	AT5G06150	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  CYCB1;3	AT3G11520	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCB1;4	AT2G26760	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCB2;1	AT2G17620	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  CYCB2;2	AT4G35620	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	5
  CYCB2;3	AT1G20610	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  CYCB2;4	AT1G76310	Zentraler Zellzyklus	C	GS	+	2
  CYCB2;5	AT1G20590	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCB3;1	AT1G16330	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	4
  CYCD1;1	AT1G70210	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	–
  CYCD2;1	AT2G22490	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	6
  CYCD3;1	AT4G34160	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  CYCD3;2	AT5G67260	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	3
  CYCD3;3	AT3G50070	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  CYCD4;1	AT5G65420	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCD4;2	AT5G10440	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCD5;1	AT4G37630	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCD6;1	AT4G03270	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  CYCD7;1	AT5G02110	Zentraler Zellzyklus	C	GS	+	2
  CYCH;1	AT5G27620	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	4
  CYCT1;3	AT1G27630	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  DEL1	AT3G48160	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  DEL2	AT5G14960	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  DEL3	AT3G01330	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  DPa	AT5G02470	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  DPb	AT5G03415	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  E2Fa	AT2G36010	Zentraler Zellzyklus	C	TAP + GS	+	5
  62Fb	AT5G22220	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  E2Fc	AT1G47870	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	5
  KRP1	AT2G23430	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  KRP2	AT3G50630	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	6
  KRP3	AT5G48820	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	4
  KRP4	AT2G32710	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	6
  KRP5	AT3G24810	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  KRP6	AT3G19150	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	4
  KRP7	AT1G49620	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  RBR	AT3G12280	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  WEE1	AT1G02970	Zentraler Zellzykius	N	TAP	+	4
  Cdc25-like	AT5G03455	Zentraler Zellzykius	C	TAP	+	2
  MAT1	AT4G30820	Zentraler Zellzyklus	N	TAP	+	2
  SIM	AT5G04470	Zentraler Zellzykius	C	TAP	+	4
  SMR1	AT3G10525	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	4
  SMR2	AT1G08180	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  SMR3	AT5G02420	Zentraler Zellzyklus	C	TAP	+	2
  SMR4	AT5G02220	Zentraler Zellzyklus	C + N	TAP	+	4
  SMR5	AT1G07500	Zentraler Zellzyklus	N	GS	+	2
  APC2	AT2G04660	APC Kern	N	TAP	+	2
  APC4	AT4G21530	APC Kern	C	TAP	–
  APC7	AT2G39090	APC Kern	N	TAP	+	2
  APC8	AT3G48150	APC Kern	N	TAP	+	2
  APC10	AT2G18290	APC Kern	N	TAP	+	4
  APC11	AT3G05870	APC Kern	C	TAP	+	2
  CDC16	AT1G78770	APC Kern	C	TAP	+	2
  CDC27B	AT2G20000	APC Kern	C	TAP	+	2
  CCS52A1	AT4G22910	APC Aktivator	N	TAP	+	4
  CCS52A2	AT4G11920	APC Aktivator	N	TAP	+	6
  CCS52B	AT5G13840	APC Aktivator	N	TAP	+	4
  CDC20.1	AT4G33270	APC Aktivator	N	TAP	+	2
  CDC20.3	AT5G27080	APC Aktivator	N	TAP	+	2
  CDC20.6	AT5G27945	APC Aktivator	C	TAP	–
  RPN1a	AT2G20580	26S Proteasom	N	TAP	+	2
  CDC6	AT2G29680	DNA Replikation	N	TAP	+	2
  CDC6b	AT1G07270	DNA Replikation	C	TAP	+	2
  CTFB	AT5G52220	DNA Replikation	N	GS	+	2
  ETG1	AT2G40550	DNA Replikation	C + N	TAP	+	4
  MCM6	AT5G44635	DNA Replikation	C	TAP	+	2
  MCM7	AT4G02060	DNA Replikation	C	TAP	+	2
  ORC1a	AT4G14700	DNA Replikation	N	TAP	+	2
  PCNA1	AT1G07370	DNA Replikation	N	TAP	+	2
  RPA2	AT2G24490	DNA Replikation	N	TAP	+	2
  UVH6	AT1G03190	DNA Reparatur	C	TAP	+	2
  BUB3	AT1G69400	Mitotischer Kontrollpunkt	N	TAP	+	2
  BUB3-like	AT3G19590	Mitotischer Kontrollpunkt	N	TAP	+	2
  BUBR1-like	AT2G33560	Mitotischer Kontrollpunkt	N	TAP	+	2
  MAD2-like	AT3G25980	Mitotischer Kontrollpunkt	N	TAP	+	3
  DL3195C	AT4G14310	revers	N	TAP	+	2
  F27G20.14	AT1G32310	revers	C	GS	+	2
  expressed	AT5G40460	revers	C	TAP	+	2
  expressed	AT1G10690	revers	N	TAP	+	2
  UVI4	AT2G42260	revers	N	TAP	+	2
  UVI4-like	AT3G57860	revers	N	TAP	+	2

• Tabelle 2: Liste der Kontrollidentifikationen.
• Kontrollidentifikationen wurden mittels Mock TAP (7) oder GS (3) Aufreinigungen, und mittels Aufreinigungen mit Extrakten von Kulturen nachgewiesen, die TAP-Fusionen von heterologem GFP (7), RFP (2) oder β-Glucuronidase (5), oder GS-Fusionen von heterologem GFP (8), oder β-Glucuronidase (4) exprimieren. Ribosomale Proteine, Actine und Tubuline, die in diesen Kontrollexperimenten identifiziert wurden, wurden nicht miteingeschlossen. Die Anzahl der Kontrollexperimente ist in Klammern angegeben.

  Accession number	Protein Name
  AT1G01460	Protein der Phosphatidylinositol-4-Phosphat 5-Kinase Familie
  AT1G02400	putative Gibberellin 2-Oxidase, putativ/GA2-Oxidase,
  AT1G02500	S-Adenosylmethionin-Synthetase 1 (SAM1)
  AT1G02930	putative Glutathion-S-Transferase
  AT1G04190	Tetratricopeptid-Repeat(TPR)-enthaltendes Protein
  AT1G04600	Myosin, putativ
  AT1G04690	Kaliumkanal-Protein, putativ
  AT1G05320	Myosin-verwandt
  AT1G05450	Protease Inhibitor/Samenspeicher/Lipid-Transfer-Protein(LTP)-verwandt
  AT1G05970	exprimiertes Protein
  AT1G06220	Protein der Elongationsfaktor Tu Familie
  AT1G06780	Protein der Glykosyl-Transferase Familie 8
  AT1G07920	Elongationsfaktor 1-alpha
  AT1G07930	Elongationsfaktor 1-alpha
  AT1G08520	Magnesium-Chelatase Untereinheit chID, Chloroplast, putativ
  AT1G09080	luminales bindendes Protein 3 (BiP-3) (3P3)
  AT1G09450	Haspin-verwandt
  AT1G09780	2,3-Biphosphoglycerat-abhängige Phosphoglycerat Mutase, putativ
  AT1G09980	exprimiertes Protein
  AT1G10270	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT1G10390	Protein der Nukleoporin Familie
  AT1G10590	DNA-bindendes Protein-verwandt
  AT1G11480	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor-verwandt
  AT1G12410	ATP-abhängige CIp Protease proteolytische Untereinheit (CIpP2)
  AT1G13020	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor, putativ
  AT1G13440	Glycerinaldehyd-3-phosphat-Dehydrogenase, cytosalisch, putativ
  AT1G13610	exprimiertes Protein
  AT1G13910	F16A14.12 (Protein der Leucin-reichen Repeat Familie)
  AT1G14315	putatives F-Box-Protein
  AT1G14850	Protein der nicht-repetitiven/WGA-negativen Nukleoporin Familie
  AT1G14980	10 kDa Chaperonin (CPN10)
  AT1G15730	PRLI-interagierender Faktor L, putativ (Fragment)
  AT1G16030	Hitzeschockprotein 70, putativ
  AT1G16410	Cytochrom P450, putativ
  AT1G16750	exprimiertes Protein
  AT1G18370	Protein der Kinesin-Motor-Familie (NACK1)
  AT1G19290	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT1G19920	Sulfat-Adenylyltransferase 2/ATP-Sulfurylase 2
  AT1G21480	Protein der Exostosin-Familie
  AT1G23410	Ubiquitin Extensionprotein, putativ/40S ribosomales Protein S27A
  AT1G24300	GYF Domäne-enthaltendes Protein
  AT1G24510	T-Komplex Protein 1 Epsilon Untereinheit, putativ
  AT1G24938	hypothetisches Protein
  AT1G26750	exprimiertes Protein
  AT1G27430	GYF Domäne-enthaltendes Protein
  AT1G27970	nuklearer Transport Faktor 2 (NTF2), putativ
  AT1G29350	Kinase-verwandt
  AT1G29370	Kinase-verwandt
  AT1G31230	bifunktionelle Aspartat-Kinase/Homoserin-Dehydrogenase
  AT1G31280	PAZ Domäne-enthaltendes Protein/piwi Domäne-enthaltendes Protein (Fragment)
  AT1G31770	Protein der ABC Transporter Familie
  AT1G34610	Protein der Ulp1 Protease Familie
  AT1G35380	hypothetisches Protein
  AT1G36120	putative Reverse Transkriptase
  AT1G36280	Adenylosuccinat-Lyase, putativ/Adenylosuccinase, putativ
  ATIG36580	2,4-Dienoyl-CoA Reduktase-verwandt
  AT1G37200	Protein der Gypsy-ähnlichen Retrotransposon Familie
  AT1G44900	DNA-Replikation-lizensierender-Faktor, putativ, ähnlich zu DNA-Replikationlizensierender Faktor MCM2
  AT1G48400	Protein der F-Box Familie
  AT1G48630	Protein der Guanin-Nukleotid-bindende Familie/aktivierte Proteinkinase
  AT1G49040	stomatal cytokinesis defective/SCD1 Protein (SCD1)
  AT1G51380	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 4A, putativ
  AT1G51710	Ubiquitin-spezifische Protease 6, putativ (UBP6)
  AT1G52450	Ubiquitin Carboxyl-terminale Hydrolase-verwandt
  AT1G52740	Histon H2A, putativ
  AT1G53240	Malat Dehydrogenase [NAD], mitochondrial, putativ
  AT1G53550	Protein der F-Box Familie
  AT1G54270	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 4A-2
  AT1G55490	Beta-subunit des RuBisCO Untereinheit bindenden-Protein, Chloroplast
  AT1G56070	Elongationsfaktor 2, putativ
  AT1G56070	Elongationsfaktor 2, putativ
  AT1G56410	Hitzeschock-verwandtes 70 kDa Protein, putativ
  AT1G58265	Cytochrom P450-verwandt
  AT1G59610	Dynamin-ähnliches Protein, putativ (ADL3)
  AT1G61210	Protein der WD-40 Repeat Familie/Katanin p80 Untereinheit, putativ
  AT1G61300	disease resistance Protein (NBS-LRR Klasse), putativ
  AT1G61570	mitochondrialer Import-innere Membran Translokase (TIM13)
  AT1G62020	Koatomer Protein Komplex, Untereinheit Alpha, putativ
  AT1G62610	Protein der kurzkettigen Dehydrogenase/Reduktase (SDR) Familie
  AT1G62630	disease resistance Protein (CC-NBS-LRR Klasse), putativ
  AT1G64520	26S Proteasom regulatorische Untereinheit, putativ (RPN12)
  AT1G64550	Protein der ABC-Transporter-Familie
  AT1G65130	Ubiqutin Carboxyl-terminale Hydrolase-verwandt
  AT1G65290	Protein der Acyl-Carrier-Familie/Protein der ACP-Familie
  AT1G65540	Protein der Kalcium-bindenden EF-Hand-Familie
  AT1G65870	Protein der disease resistance-responsive Familie
  AT1G66410	Calmodulin
  AT1G66510	AAR2 Protein-Familie
  AT1G67090	Ribulose-bisphosphat-Carboxylase kuze Kette 1A
  AT1G68750	Protein der Phosphoenolpyruvat-Carboxylase Familie
  AT1G68910	exprimiertes Protein ähnlich zur schweren Kette des Myosin, Nicht-Muskel Typ B
  AT1G70100	exprimiertes Protein
  AT1G71220	UDP-Glucose:Glycoprotein Glucosyltransferase, putativ
  AT1G71270	Protein der Vps521Sac2-Familie
  AT1G72000	Beta-Fruktofuranosidase, putativ/Invertase, putativ/Saccharase, putativ
  AT1G72730	Eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 4A, putativ
  AT1G73720	Protein der Transducin-Familie/Protein der WD-40 Repeat-Familie
  AT1G75010	MORN (Membrane Occupation and Recognition Nexus) Repeat-enthaltendes Protein
  AT1G76520	Protein der Auxin-Efflux-Carrier-Familie
  AT1G76530	Protein der Auxin-Efflux-Carrier-Familie
  AT1G77120	Alkohol-Dehydrogenase (ADH)
  AT1G78130	Transporter-verwandt geringe Ähnlichkeit zu spinster Typ III
  AT1G78390	9-cis-Epoxycaratenoid-Dioxygenase, putativ
  AT1G78900	vakuoläre ATP-Synthase katalytische Untereinheit A
  ATIG79280	exprimiertes Protein
  AT1G79550	Phosphoglycerat-Kinase, putativ
  AT1G79920	Hitzeschockprotein 70, putativ
  AT1G79930	Hitzeschockprotein, putativ
  AT1G80070	Spleißfaktor, putativ
  AT1G80270	DNA-bindendes Protein, putativ
  AT1G80670	Protein der Transducin-Familie/Protein der WD-40 Repeat-Familie
  AT2G01210	Leucin-reiche Repeat-Transmembran-Proteinkinase, putativ
  AT2G01350	Protein der Quinolinat-Phosphoribosyl-Transferase Familie
  AT2G02160	Protein der Zink-Finger (CCCH-type) Familie
  AT2G03430	Protein der Ankyrin-Repeat-Familie
  AT2G04030	Hitzeschockprotein, putativ
  AT2G05990	Enoyl-[Acyl-Carrier Protein] Reduktase [NADH], Chloroplast, putativ
  AT2G06850	Xyloglucan:Xyloglucosyl-Transferase
  AT2G07620	putative Helikase
  AT2G07714	Transkriptionsfaktor-verwandt ähnlich zu male sterility 1 Proteinen
  AT2G13680	Kallose Synthase 5 (1,3-beta-Glukan-Synthase)
  AT2G14120	Dynamin-ähnliches Protein 2b
  AT2G14880	SWIB Komplex BAF60b Domäne-enthaltendes Protein
  AT2G16600	Peptidyl-Prolyl-cis-trans-Isomerase, cytosolisch/Cyclophilin
  AT2G17130	Isocitrat-Dehydrogenase Untereinheit 2/NAD+ Isocitrat-Dehydrogenase Untereinheit 2
  AT2G18700	Protein der Glykosyl-Transferase-Familie 20
  AT2G19070	Protein der Transferase-Familie
  AT2G19210	Leucin-reiche Repeat-Protein-Kinase, putativ
  AT2G20330	Protein der Transducin-Familie/Protein der WD-40 Repeat-Familie
  AT2G20420	Succinyl-CoA Ligase [GDP-bildende] beta-Kette, mitochondrial, putativ
  AT2G20580	26S Proteasom regulatorische Untereinheit S2 (RPN1)
  AT2G20805	hypothetisches Protein
  AT2G21170	Triosephosphat-Isomerase, Chloroplast, putative
  AT2G21390	Koatomer Protein Komplex, Untereinheit alpha, putativ
  AT2G21410	vakuoläre Protonen-ATPase, putative
  AT2G21920	hypothetisches Protein (Fragment)
  AT2G22230	Beta-Hydroxyacyl-ACP Dehydratase, putative
  AT2G23930	kleines nukleäres Ribonucleoprotein G, putativ
  AT2G24420	DNA-Reparatur-ATPase-verwandt enthält 2 Transmembran-Domänen
  AT2G26570	exprimiertes Protein
  AT2G26890	DNAJ Hitzeschock N-terminale Domäne-enthaltendes Protein
  AT2G27030	Calmodulin
  AT2G27610	Peniatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT2G27870	Hypothetisches Protein
  AT2G28000	RuBisCO Untereinheit bindendes-Protein alpha Untereinheit, Chloroplast
  AT2G28620	Kinesin-Motor-Protein-verwandt
  AT2G29540	DNA-abhängige RNA-Polymerase I(A) and III(C) 14 kDa Untereinheit (RPAC14)
  AT2G31680	Ras-verwandtes GTP-bindendes Protein, putativ
  AT2G32240	putatives Myosin schwere Kette
  AT2G33210	Chaperonin, putativ
  AT2G33730	DEAD Box-RNA-Helikase, putativ
  AT2G34170	exprimiertes Protein
  AT2G35605	SWIB Komplex BAF60b Domäne-enthaltendes Protein
  AT2G36060	Protein der Ubiquitin-konjugierenden Enzym-Familie
  AT2G36260	Protein des Eisen-Schwefel-Cluster Assemblierungskomplex, putativ
  AT2G36460	Fructose-bisphosphat Aldolase, putativ
  AT2G36810	exprimiertes Protein
  AT2G37230	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT2G37420	Kinesin-Motor-Protein-verwandt
  AT2G38560	Transkriptionsfaktor S-II (TFIIS) Domäne-enthaltendes Protein
  AT2G38810	Histon H2A, putativ
  AT2G39730	Ribulose-bisphosphat Carboxylase/Oxygenase Aktivase
  AT2G39990	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 3 Untereinheit 5
  AT2G40070	exprimiertes Protein
  AT2G40270	Protein der Proteinkinase-Familie
  AT2G41450	Protein der GCN5-verwandten N-Acetyltransferase (GNAT) Familie
  AT2G41800	exprimiertes Protein
  AT2G42230	Tubulin-spezifisches Chaperon C-verwandt
  AT2G42450	Protein der Lipase Klasse 3 Familie
  AT2G42520	DEAD-Box RNA-Helikase, putativ
  AT2G43160	Epsin N-terminale Homologie (ENTH) Domäne-enthaltendes Protein
  AT2G43750	Cystein Synthase, Chloroplast/O-Acetylserin(thiol)-Lyase
  AT2G44060	Protein der late embryogenesis abundant Familie/Protein der LEA-Familie
  AT2G45030	mitochondrialer Elongationsfaktor, putativ
  AT2G45620	Protein der Nukleotidyltransferase Familie
  AT2G46520	zelluläres Apoptose Anfälligkeitsprotein, putativ/Importin-alpha
  AT2G47110	Ubiquitin Extensionsprotein 6 (UBQ6)/40S ribosomales Protein S27A
  AT3G01040	Protein der Glycosyl-Transferase-Familie 8
  AT3G01720	exprimiertes Protein
  AT3G01740	exprimiertes Protein
  AT3G02200	Protein der Proteasom-Familie
  AT3G02230	reversibel glykosyliertes Palypeptid-1
  AT3G02500	unbekanntes Protein
  AT3G02530	Chaperonin, putativ
  AT3G02650	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT3G03300	DEAD/DEAH-Box Helikase carpel factory-verwandt
  AT3G03780	AtMS2|AtMS2 (Arabidopsis thaliana Metthionin Synthase 2)
  AT3G03960	Chaperonin, putativ
  AT3G04120	Glycerinaldehyd-3-Phosphat Dehydrogenase, cytosolisch
  AT3G05810	exprimiertes Protein
  AT3G07160	Protein der Glykosyl-Transferase Familie 48
  AT3G07630	Protein der Prephenat-Dehydratase Familie
  AT3G07810	heterogenes nukleäres Ribonucleoprotein, putativ
  AT3G08030	exprimiertes Protein
  AT3G08530	Clathrin schwere Kette, putativ
  AT3G08590	2,3-Biphosphoglycerat-unabhängige Phosphoglyceratmutase, putativ
  AT3G09170	Protein der UIp1 Protease Familie
  AT3G09350	Protein der Armadillo/beta-Catenin-Repeat-Familie
  AT3G09440	heat shock cognate 70 kDa Protein 3
  AT3G10310	Kinesin-Motor-Protein-verwandt
  AT3G10860	Ubiquinol-Cytochrom C Reduktase Komplex Ubiquinon-bindendes Protein
  AT3G11130	Clathrin schwere Kette, putativ
  AT3G11400	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 3G
  AT3G11770	exprimiertes Protein
  AT3G11950	ATHST; Prenyltransferase
  AT3G12580	Hitzeschockprotein 70, putativ
  AT3G12800	Protein der kurzkettigen Dehydrogenase/Reduktase (SDR) Familie
  AT3G13160	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT3G13460	exprimiertes Protein
  AT3G13470	Chaperonin, putativ
  AT3G13920	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 4A-1
  AT3G14990	4-Methyl-5(b-Hydroxyethyl)-Thiazol-Monophosphat Biosynthese Protein
  AT3G15020	Malat Dehydrogenase [NAD], mitochondrial, putativ
  AT3G16230	exprimiertes Protein ähnlich zu ASC-1 Komplex Untereinheit P50
  AT3G16270	exprimiertes Protein
  AT3G16540	DegP Protease, putativ
  AT3G16640	Protein der translational kontrollierten Tumor-Familie
  AT3G17300	exprimiertes Protein
  AT3G17360	Kinesin-Motor-Protein-verwandt ähnlich zu KLP2 Protein
  AT3G17390	S-Adenosylmethionin-Synthetase, putativ
  AT3G18000	Phosphoethanolamin-N-methyltransferase 1
  AT3G18190	Chaperonin, putativ
  AT3G18530	exprimiertes Protein
  AT3G19050	Kinesin-Motor-Protein-verwandt
  AT3G20670	Histon H2A, putativ
  AT3G20780	Topoisomerase 6 Untereinheit B (TOP6B)
  AT3G21070	Protein der ATP-NAD Kinase-Familie
  AT3G22330	DEAD-Box RNA-Helikase, putativ
  AT3G22890	Sulfat-Adenylyltransferase 1/ATP-Sulfurylase 1
  AT3G23990	Chaperonin (CPN60) (HSP60)
  AT3G24890	Synaptobrevin-verwandt
  AT3G26020	Serin/Threonin Protein-Phosphatase 2A (PP2A) regulatorische Untereinheit B', putativ
  AT3G26380	Protein der Glykosyl-Hydrolase Familie 27
  AT3G27400	Protein der Pectat-Lyase Familie
  AT3G28925	hypothetisches Protein
  AT3G42100	AT Haken-Motiv-enthaltendes Protein-verwandt
  AT3G42270	putatives Protein
  AT3G43300	Protein der Guanine-Nukleotid Austausch-Familie
  AT3G43810	Calmodulin
  AT3G45770	Oxidoreduktase, Protein der Zink-bindenden Dehydrogenase Familie
  AT3G46560	mitochondrialer Import-innere Membran Translokase (TIM9)
  AT3G46990	hypothetisches Protein
  AT3G47850	exprimiertes Protein
  AT3G48250	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT3G48670	XHIXS Domäne-enthaltendes Protein/XS Zink-Finger Damäne-enthaltendes Protein
  AT3G48870	ATP-abhängige CIp Protease ATP-bindende Untereinheit (CIpC)
  AT3G49640	Protein der Stickstoff-Regulations-Familie
  AT3G50280	Protein der Transferase-Familie
  AT3G50370	exprimiertes Protein
  AT3G51150	Kinesin-Motor-Protein
  AT3G51570	disease resistance Protein (TIR-NBS-LRR Klasse), putativ
  AT3G51950	Protein der Zink-Finger (CCCH-type) Familie/RNA-Erkennungsmotiv (RRM)
  AT3G52140	Tetratricopeptid (TPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT3G52930	Fructose-Eisphosphat Aldolase, putativ
  AT3G54360	exprimiertes Protein DNA-bindendes Mel-18 Protein
  AT3G54610	Histon-Acetyltransferase (GCN5)
  AT3G54940	Cystein-Proteinase, putativ
  AT3G55000	Tonneau 1a
  AT3G55005	Tonneau 1b
  AT3G55290	Protein der kurzkettigen Dehydrogenase/Reduktase (SDR) Familie
  AT3G55310	Protein der kurzkettigen Dehydrogenase/Reduktase (SDR) Familie
  AT3G55460	SC35-ähnlicher Spielßfaktor, 30 kD (SCL30)
  AT3G55770	LIM Domäne-enthaltendes Protein
  AT3G57290	Eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 3E
  AT3G58510	DEAD-Box RNA-Helikase, putativ (RH11)
  AT3G58610	Ketol-Säure Reduktoisomerase
  AT3G59760	Cystein Synthase, mitochondrial, putativ
  AT3G62010	exprimiertes Protein
  AT3G62250	Ubiquitin Extensionsprotein 5 (UBQ5)/40S ribosomales Protein S27A
  AT4G00020	BRCA2 Repeat-enthaltendes Protein
  AT4G01290	exprimiertes Protein
  AT4G01800	Preprotein-Translokase secA Untereinheit, putativ
  AT4G02930	Elongationsfaktor Tu, putativ
  AT4G03550	Protein der Glykosyl-Transferase Familie 48
  AT4G11150	vakuoläre ATP Synthase Untereinheit E
  AT4G11420	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 3 Untereinheit 10
  AT4G12130	Protein der Glycin-spaltenden T-Familie
  AT4G12770	Auxilin-verwandt
  AT4G12780	Auxilin-ähnliches Protein
  AT4G14060	großes Latex-Protein-verwandt
  AT4G14130	Xyloglukan:Xyloglukosyl-Transferase, putativ
  AT4G14140	DNA(Cytosin-5-)-Methyltransferase (METII)
  AT4G14260	hypothetisches Protein
  AT4G15640	exprimiertes Protein
  AT4G15760	Monooxygenase, putativ (MO1)
  AT4G17150	unbekanntes Protein
  AT4G17440	exprimiertes Protein
  AT4G17720	RNA-Erkennungsmotiv(RRM)-enthaltendes Protein
  AT4G18040	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 4E 1
  AT4G18080	hypothetisches Protein
  AT4G19530	disease resistance Protein (TIR-NBS-LRR Klasse), putativ
  AT4G20160	exprimiertes Protein
  AT4G20360	Elongationsfaktor Tu
  AT4G20980	eukaryotischer Translationsmitiatiosfaktor 3 Untereinheit 7, putativ
  AT4G23670	großes Latex-Protein-verwandt
  AT4G23850	langkettige Fettsäure-CoA Ligase/langkettige Acyl-CoA Synthetase
  AT4G24100	Protein der Protein-Kinase-Familie
  AT4G24280	Hitzeschockprotein 70, putativ
  AT4G24760	exprimiertes Protein
  AT4G25580	Stress-abhängiges Protein-verwandt
  AT4G26900	Imidazol-Glyzerin-Phosphat-Synthase hisHF, Chloroplast
  AT4G27440	Protochlorophyllid Reduktase B, Chloroplast
  AT4G28400	Protein-Phosphatase 2C, putativ
  AT4G29800	Patatin-verwandt geringe Ähnlichkeit zu Patatin Vorläufer
  AT4G31805	WRKY Transkriptionsfaktor Familie
  AT4G31820	Protein der phototropisch-empfänglichen NPH3 Familie
  AT4G31990	Aspartat-Aminotransferase, Chloroplast/Transaminase A (ASP5) (AAT1)
  AT4G32500	Kaliumkanal-Protein, putativ
  AT4G32551	Protein der WD-40 Repeat Familie (LEUNIG)
  AT4G33200	Myosin, putativ
  AT4G34290	SWIB Komplex BAF60b Domäne-enthaltendes Protein
  AT4G34350	Protein der LytB Familie
  AT4G35260	Isocitrat-Dehydrogenase Untereinheit 1/NAD+ Isocitrat-Dehydrogenase Untereinheit 1
  AT4G35650	Isocitrat-Dehydrogenase, putativ/NAD+ Isocitrat-Dehydrogenase, putativ
  AT4G35890	La Domäne-enthaltendes Protein
  AT4G35970	L-Ascorbat Peroxidase, putativ
  AT4G36960	RNA Erkennungsmotiv(RRM)-enthaltendes Protein
  AT4G37420	hypothetisches Protein
  AT4G37580	N-Acetyltransferase, putativ/hookless1 (HLS1)
  AT4G37910	Hitzeschockprotein 70, mitochondrial, putativ
  AT4G38030	hypothetisches Protein
  AT4G38070	Protein der bHLH Familie
  AT4G39580	Protein der kelch repeat-containing F-Box Familie
  AT5G01010	exprimiertes Protein
  AT5G02490	Hitzeschock-verwandtes 70 kDa Protein 2
  AT5G02500	Hitzeschock-verwandtes 70 kDa Protein 1
  AT5G02590	Protein der Chloroplast Lumen common Familie
  AT5G03340	Zellteilungszyklus-Protein 48, putativ
  AT5G03650	1,4-alpha-Glucan-verzweigendes Enzym
  AT5G03690	Fructose-bisphosphat Aldolase, putativ
  AT5G04590	Sulfit Reduktase/Ferredoxin
  AT5G05370	Ubiquinol-Cytochrom C Reduktase Komplex Ubiquinon-bindendes Protein
  AT5G05640	Nucleoprotein-verwandt
  AT5G05780	26S Proteasom nicht-ATPase regulatorische Untereinheit 7, putativ
  AT5G06140	Phox (PX) Domäne-enthaltendes Protein
  AT5G06400	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT5G06450	exprimiertes Protein
  AT5G06850	Anthranilat-Phosphoribosyltransferase-ähnliches Protein
  AT5G08415	Protein der Liponsäure-Synthase Familie
  AT5G08670	ATP-Synthase beta Kette, mitochondrial
  AT5G08680	ATP-Synthase beta Kette, mitochondrial
  AT5G08690	ATP-Synthase beta Kette, mitochondrial
  AT5G09590	Hitzeschockprotein 70
  AT5G09900	26S Proteasom regulatorische Untereinheit, putativ (RPN5)
  AT5G10160	Beta-Hydroxyacyl-ACP Dehydratase, putativ
  AT5G11110	Sucrose-Phosphat Synthase-ähnliches Protein
  AT5G11340	Protein der GCN5-verwandte N-Acetyltransferase (GNAT) Familie
  AT5G12010	exprimiertes Protein
  AT5G12240	exprimiertes Protein
  AT5G12310	Protein der Zink-Finger (C3HC4-Typ RING Finger) Familie
  AT5G13130	hypothetisches Protein geringe Ähnlichkeit zu Microrchidia
  AT5G14040	mitochondrialer Phosphat-Transporter
  AT5G15580	exprimiertes Protein
  AT5G15610	Protein der Proteasom-Familie
  AT5G15850	reversibel glykosyliertes Polypeptid-2
  AT5G15920	Protein der structural maintenance of chromosomes (SMC) Familie
  AT5G16070	Chaperonin, putative
  AT5G17680	disease resistance Protein (TIR-NBS-LRR Klasse), putativ
  AT5G17890	LIM Domäne-enthaltendes Protein/disease resistanee Protein-verwandt
  AT5G17920	5-Methyltetrahydropteroyltriglutamat – Homocystein-Methyltransferase
  AT5G18110	novel cap-binding protein (nCBP)
  AT5G18730	hypothetisches Protein
  AT5G19310	homöotischer Genregulator, putativ
  AT5G19550	Aspartat-Aminotransferase, cytoplasmatisches Isozym 1/Transaminase A
  AT5G20010	Ras-verwandtes GTP-bindendes nukleäres Protein
  AT5G20020	Ras-verwandtes GTP-bindendes nukleäres Protein
  AT5G20360	Octicosapeptid/Phox/Bem1p (PB1) Domäne-enthaltendes Protein (Fragment)
  AT5G20720	20 kDa Chaperonin, Chloroplast
  AT5G20890	Chaperonin, putative
  AT5G21274	Calmodulin
  AT5G22650	exprimiertes Protein
  AT5G23540	26S Proteasom regulatorische Untereinheit, putativ
  AT5G23890	exprimiertes Protein
  AT5G23930	mitochondrialer Transkriptionsterminationsfaktor-verwandt
  AT5G24710	Protein der WD-40 Repeat Familie
  AT5G25230	Protein der Elongationsfaktor Tu Familie
  AT5G25940	frühes Nodulin-verwandt
  AT5G26200	Protein der mitochondrialen Substrat-Carrier-Familie
  AT5G26710	Glutamat-tRNA-Ligase, putativ
  AT5G26742	DEAD Box RNA-Helikase (RH3)
  AT5G26800	exprimiertes Protein
  AT5G27390	exprimiertes Protein
  AT5G27920	Protein der F-Box Familie
  AT5G28430	hypothetisches Protein
  AT5G28540	luminales bindendes Protein 1
  AT5G28850	Protein der Calcium-bindenden EF-Hand-Familie
  AT5G35360	Acetyl-CoA Carboxylase, Biotin-Carboxylase Untereinheit (CAC2)
  AT5G35620	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 4E 2
  AT5G36670	putatives Protein
  AT5G37150	tRNA-Spleiß-Endonuclease positiver Effektor-verwandt
  AT5G37470	Hypothetisches Protein
  AT5G37510	NADH-Ubiquinon-Dehydrogenase, mitochondrial, putativ
  AT5G39320	UDP-Glucose 6-Dehydrogenase, putativ
  AT5G40060	disease resistance Protein (TIR-NBS-LRR Klasse), putativ
  AT5G40760	Glucose-6-Phosphat 1-Dehydrogenase/G6PD
  AT5G42020	luminales bindendes Protein 2
  AT5G42080	GTP-bindendes Protein/Phragmoplastin, putativ
  AT5G42950	GYF Domäne-enthaltendes Protein
  AT5G42980	Thioredoxin H-Typ 3
  AT5G43780	Sulfat-Adenylyltransferase 4/ATP-Sulfurylase 4
  AT5G44320	eukaryotischer Translationsinitiationsfaktor 3 Untereinheit 7, putativ
  AT5G44510	disease resistance Protein (TTR-NBS-LRR Klasse), putativ (TAQ1)
  AT5G45060	disease resistance Protein (TIR-NBS-LRR Klasse), putativ
  AT5G45140	DNA-abängige RNA-Polymerase, putativ
  AT5G47460	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein
  AT5G47890	NADH-Ubiquinon-Oxidoreduktase 138 Untereinheit, putativ
  AT5G48620	disease resistance Protein (CC-NBS-LRR Klasse), putativ (Fragment)
  AT5G49030	Protein der tRNA-Synthetase Klasse I (I, L, M and V) Familie
  AT5G49910	Hitzeschockprotein 70
  AT5G50370	Adenylat-Kinase, putativ
  AT5G50810	mitochondrial import inner membrane translocase (TIM8)
  AT5G50920	ATP-abhängige CIp Protease ATP-bindende Untereinheit (CIpC)
  AT5G51000	Protein der F-Box Familie
  AT5G51670	exprimiertes Protein
  AT5G51795	Kin17 DNA-bindendes Protein-verwandt (Fragment)
  AT5G52040	Arginin/Serin-reicher Spleißfaktor RSP41 (RSP41)
  AT5G52400	Protein der Cytochrom P450 familie
  AT5G53460	Glutamate-Synthase [NADH], Chloroplast, putativ
  AT5G54640	Histon H2A
  AT5G54670	Kinesin-ähnliches Protein C (KATC)
  AT5G55190	Ras-verwandtes GTP-bindendes nukleares Protein
  AT5G56000	Hitzschockprotein 81
  AT5G56030	Hitzschockprotein 81
  AT5G56500	Chaperonin, putativ
  AT5G57350	ATPase 3, Plasmamembran-Typ/Protonenpumpe 3
  AT5G58070	Lipocalin, putativ ähnlich zu Temperatur-Stress-induziertem Lipocalin
  AT5G59220	Protein-Phosphatase 2C, putativ
  AT5G59620	putatives Protein
  AT5G59880	Actin-depolymerisierender Faktor 3 (ADF3)
  AT5G60390	Elongatiansfaktor 1-alpha
  AT5G60720	exprimiertes Protein
  AT5G60980	Protein der nuklearen Transportfaktor 2 (NTF2) Familie
  AT5G61780	Tudor Damäne-enthaltendes Protein/Protein der Nuklease Familie
  AT5G63020	disease resistance Protein (CC-NBS-LRR Klasse), putativ
  AT5G63400	Adenylat-Kinase
  AT5G63800	Protein der Glykosyl-Hydrolase Familie 35
  AT5G64760	26S Proteasom regulatorische Untereinheit, putativ (RPN5)
  AT5G66470	exprimiertes Protein

• Tabelle 3: Überrepräsentation biologischer Prozesse unter der Beute des Kern-(A) und Nicht-Kern-(B)Datensatzes wie mit dem Cytoscape Zusatzmodul BiNGO bestimmt.
• A. Überrepräsentation biologischer Prozesse unter der Beute des Kern-Datensatz.
• Suchparameter:

  Datei kreiert mit BiNGO (c) am 22-okt-2008 um 16:17:17

  Ontologie: Prozess

  Curator: GO

  Ausgewählte Ontologie Datei: BiNGO.jarl/GO_Biological_Process

  Ausgewählte Annotations-Datei: gene_association_2008okt04.tair

  Überrepräsentation

  Ausgewählter statistischer Test: Hypergeometrischer Test

  Ausgewählte Korrektur: Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR) Korrektur

  Ausgewähltes Signifikanzniveau: 0.05

  Testoption: Test Cluster gegen gesamte Annotation

  Anzahl annotierter Gene in der Auswahl: 137

  Anzahl annotierter Gene im Netzwerk/gesamte Annotation: 25557

  Ergebnisse:

  GO-ID	p-Wert	kWert	ausgewählt	gesamt	Beschreibung
  7049	2,30E-34	7,17E-32	28	164	Zellzyklus
  51726	1,11E-28	1,74E-26	21	93	Regulation des Zellzyklus
  6260	2,09E-18	2,17E-16	16	116	DNA-Replikation
  6263	4,33E-18	3,38E-16	13	58	DNA-abhängige DNA Replikation
  74	8,10E-15	5,05E-13	9	26	Regulation der Entwicklung während des Zellzyklus
  6259	7,00E-14	3,60E-12	21	463	DNA-Metabolismus
  43285	8,43E-14	3,60E-12	18	312	Biopolymer-Katabolismus
  30163	9,23E-14	3,60E-12	17	268	Protein-Katabolismus
  9057	3,38E-13	1,10E-11	19	390	Macromolelül-Katabolismus
  6511	4,22E-13	1,10E-11	16	249	Ubiquitin-abhängiger Proteinkatabolismus
  43632	4,22E-13	1,10E-11	16	249	Modikations-abhängiger Makromolekül-Katabolismus
  19941	4,22E-13	1,10E-11	16	249	Modifikations-abhängiger Makromolekül-Katabolismus
  51603	4,77E-13	1,15E-11	16	251	Proteolyse während zellulärem Protein-Katabolismus
  44257	6,86E-13	1,53E-11	16	257	zellulärer Protein-Katabolismus
  44265	1,05E-12	2,19E-11	18	362	zellulärer Makromolekül-Katabolismus
  79	4,38E-12	8,55E-11	6	10	Regulation Cyclin-abhängiger Protein-Kinase Aktivität
  6270	1,91E-11	3,51E-10	6	12	DNA-Replikationsinitiation
  278	3,69E-11	6,40E-10	8	40	mitotischer Zellzyklus
  6469	2,27E-10	3,38E-09	5	8	negative Regulation der Protein-Kinase Aktivität
  45736	2,27E-10	3,38E-09	5	8	negative Regulation Cyclin-abhängiger Protein-Kinase Aktivität
  51348	2,27E-10	3,38E-09	5	8	negative Regulation der Transferase Aktvität
  8151	2,45E-10	3,47E-09	97	11293	zellulärer physiologischer Prozess
  9056	3,36E-10	4,55E-09	19	582	Katabolismus
  45786	5,09E-10	6,62E-09	5	9	negative Regulation der Entwicklung während des Zellzyklus
  42023	5,44E-10	6,79E-09	6	19	DNA Endoreduplikation
  43086	1,01E-09	1,22E-08	5	10	negative Regulation der Enzym Aktivität
  44248	1,30E-09	1,50E-08	18	560	cellulärer Katabolismus
  43283	1,38E-09	1,54E-08	48	3695	Biopolymer Metabolismus
  45859	1,99E-09	2,04E-08	6	23	Regulation der Protein-Kinase Aktivität
  43549	1,99E-09	2,04E-08	6	23	Regulation der Kinase Aktivität
  9987	2,03E-09	2,04E-08	98	11858	cellulärer Prozess
  51338	2,64E-09	2,58E-08	6	24	Regulation der Transferase Aktivität
  50794	6,88E-09	6,51E-08	33	2040	Regulation des zellulären Prozess
  51325	7,92E-09	7,06E-08	5	14	Interphase
  51329	7,92E-09	7,06E-08	5	14	Interphase des mitotischen Zellzyklus
  51244	1,26E-08	1,09E-07	32	1980	Regulation des zellulären physiologischen Prozess
  50791	3,60E-08	3,04E-07	32	2070	Regulation des physiologischen Prozess
  7582	1,33E-07	1,09E-06	100	13066	Physiologischer Prozess
  50789	2,21E-07	1,77E-06	33	2359	Regulation des biologischen Prozess
  50790	2,72E-07	2,12E-06	7	81	Regulation der katalytischen Aktivität
  6139	6,29E-07	4,79E-06	37	2974	Nukleobase, Nukleoside, Nukleotide und Nukleinsäure Metabolismus
  43170	1,23E-06	9,17E-06	60	6396	Makromolekül-Metabolismus
  6508	1,61E-06	1,17E-05	16	718	Proteolyse
  51302	1,24E-05	8,77E-05	3	9	Regulation der Zellteilung
  44238	1,87E-05	1,30E-04	69	8433	Primärer Metabolismus
  51510	2,85E-05	1,93E-04	2	2	Regulation unidimensionalen Zellwachstums
  44237	1,45E-04	9,61E-04	67	8584	zellulärer Metabolismus
  80	1,70E-04	1,06E-03	2	4	G1 Phase des mitotischen Zellzyklus
  82	1,70E-04	1,06E-03	2	4	G1/8 Transition des mitotischen Zellzyklus
  51318	1,70E-04	1,06E-03	2	4	G1 Phase
  7346	2,82E-04	1,73E-03	2	5	Regulation der Entwicklung durch den mitotischen Zellzyklus
  48856	3,80E-04	2,28E-03	17	1248	Anatomische Struktur-Entwicklung
  48519	4,57E-04	2,69E-03	6	182	negative Regulation des biologischen Prozess
  9653	5,58E-04	3,22E-03	10	526	Morphogenese
  51243	6,65E-04	3,72E-03	5	129	negative Regulation des zellulären physiologischen Prozess
  51301	6,67E-04	3,72E-03	3	32	Zellteilung
  48523	5,89E-04	3,77E-03	5	130	negative Regulation des zellulären Prozess
  1558	7,82E-04	4,21E-03	2	8	Regulation des Zellzyklus
  43118	1,02E-03	5,42E-03	5	142	negative Regulation des physiologischen Prozess
  6281	1,09E-03	5,67E-03	5	144	DNA-Reparatur
  9793	1,28E-03	6,56E-03	9	487	embryonale Entwicklung (sensu Magnoliophyta)
  6974	1,47E-03	7,39E-03	5	154	Antwort auf DNA Schädigungsreiz
  9790	2,01E-03	9,94E-03	9	520	embryonale Entwicklung
  48316	2,28E-03	1,11E-02	9	530	Samen-Entwicklung
  48272	2,32E-03	1,11E-02	3	49	Trichom Morphogenese (sensu Magnoliophyta)
  48608	2,37E-03	1,12E-02	9	533	reproduktive Struktur Entwicklung
  7148	2,43E-03	1,13E-02	6	252	Zellmorphogenese
  6457	2,58E-03	1,18E-02	6	255	Proteinfaltung
  904	2,60E-03	1,18E-02	3	51	zelluläre Morphogenese während der Differenzierung
  7017	2,66E-03	1,19E-02	4	107	Microtubuli-basierender Prozess
  7275	2,81E-03	1,23E-02	19	1765	Entwicklung
  9965	2,94E-03	1,27E-02	4	110	Blattmorphogenese
  7018	3,23E-03	1,37E-02	3	55	Microtubuli-basierende Bewegung
  9934	3,26E-03	1,37E-02	2	16	Regulation der Meristemorganisation
  8152	3,29E-03	1,37E-02	70	10044	Metabolismus
  19952	3,72E-03	1,53E-02	11	794	Reproduktion
  48827	3,90E-03	1,58E-02	5	193	Phyllom Entwicklung
  16043	3,95E-03	1,58E-02	16	1420	Zellorganisation und Biogenese
  9117	4,64E-03	1,83E-02	4	125	Nukleotid-Metabolismus
  35315	4,95E-03	1,91E-02	3	64	Haarzell-Differenzierung
  10026	4,95E-03	1,91E-02	3	64	Trichom Differentierung (sensu Magnoliophyta)
  51446	5,36E-03	2,02E-02	1	1	positive Regulation der Entwicklung während des meiotischen Zellzyklus
  51445	5,361E-03	2,02E-02	1	1	Regulation Entwicklung durch den meiotischen Zellzyklus
  30154	5,56E-03	2,07E-02	5	210	Zelldifferenzierung
  9887	5,67E-03	2,08E-02	5	211	Organ Morphogenese
  30705	6,86E-03	2,49E-02	3	72	Zytoskelett-abhängiger intracellulärer Transport
  48468	8,86E-03	3,18E-02	3	79	Zellentwicklung
  10016	8,97E-03	3,18E-02	4	151	Sproß-Morphogenese
  7276	9,80E-03	3,44E-02	4	155	Gametogenese
  7050	1,07E-02	3,51E-02	1	2	Zellzyklus-Arrest
  42276	1,07E-02	3,51E-02	1	2	Fehleranfällige Postreplikation DNA-Reparatur
  86	1,07E-02	3,59E-02	1	2	G2/M Transition des mitotischen Zellzyklus
  45020	1,07E-02	3,51E-02	1	2	fehleranfällige DNA-Reparatur
  184	1,07E-02	3,51E-02	1	2	mRNA Katabolismus, nonsense-mediated decay
  6358	1,07E-02	3,51E-02	1	2	Regulation der globalen Transkription vom RNA-Polymerase II Promotor
  46907	1,10E-02	3,58E-02	7	451	intrazellulärer Transport
  9165	1,15E-02	3,70E-02	3	87	Nukleotid-Biosynthese
  51649	1,18E-02	3,75E-02	7	457	Etablierung derzellulären Lokalisation
  51641	1,27E-02	3,93E-02	7	464	zelluläre Lokalisation
  9744	1,27E-02	3,93E-02	2	32	Antwort auf Sucrose Reiz
  40008	1,27E-02	3,93E-02	2	32	Regulation des Wachstums
  48366	1,59E-02	4,76E-02	4	179	Blattentwicklung
  16288	1,60E-02	4,76E-02	2	36	Zytokinese
  10071	1,60E-02	4,76E-02	1	3	Wurzelmeristem-Spezifizierung
  48367	1,60E-02	4,76E-02	5	273	Sproß-Entwicklung

• B. Überrepräsentation biologischer Prozesse unter der Beute des Nicht-Kern-Datensatzes.
• Suchparameter:

  Datei kreiert mit BiNGO (c) an 22-okt-2008 at 16:28:37

  Ontologie: Prozess

  Curator: GO

  Ausgewählte Ontologie Datei: BiNGO.jar!/GO_Biological_Process

  Ausgewählte Annotationsdatei: gene_association_2008okt04.tair

  Überrepräsentation

  Ausgewählter statistischer Test: Hypergeoinetrischer Test

  Ausgewählter Korrektur: Benjamini & Hochberg False Discovery Rate (FDR) Korrektur

  Ausgewähltes Signifikanzniveau: 0.05

  Testoption: Test Cluster gegen gesamte Annotation

  Anzahl annotierter Gene in der Auswahl: 197

  Anzahl annotierter Gene im Netzwerk/gesamte Annotation: 25538

  Results:

  GO-ID	p-Wert	korr p-Wert	# ausgewählt	# gesamt	Beschreibung
  46686	5,78E-13	3,14E-10	22	396	Antwort auf Cadmiumion
  10038	4,07E-12	1,11E-09	22	437	Antwort auf Metallion
  10035	9,76E-12	1,77E-09	22	457	Antwort auf anorganische Substanzen
  7049	4,69E-11	6,38E-09	14	166	Zellzyklus
  51726	2,75E-09	2,99E-07	10	93	Regulation des Zellzyklus
  42221	1,01E-08	9,16E-07	38	1789	Antwort auf chemischen Reiz
  6259	2,22E-08	1,73E-06	18	462	DNA-Metabolismus
  8151	8,57E-08	5,83E-06	124	11291	zellulärer physiologischer Prozess
  50896	1,42E-07	8,56E-06	56	3617	Antwort auf Reiz
  9987	2,38E-07	1,29E-05	127	11856	zellulärer Prozess
  42023	2,76E-07	1,36E-05	5	19	DNA-Endoreduplikation
  6263	3,15E-07	1,36E-05	7	58	DNA-abhängige DNA-Replikation
  6260	3,24E-07	1,36E-05	9	117	DNA-Replikation
  6950	8,79E-07	3,42E-05	28	1300	Antwort auf Stress
  74	1,50E-06	5,43E-05	5	26	Regulation der Entwicklung während des Zellzyklus
  7582	2,21E-06	7,53E-05	133	13063	physiologischer Prozess
  6970	2,77E-06	8,87E-05	14	397	Antwort auf osmotischen Stress
  6139	6,40E-06	1,94E-04	45	2973	Nukleobase, Nukleoside, Nukleotide und Nukleinsäure Metabolismus
  9056	1,27E-05	3,64E-04	16	582	Katabolismus
  9628	2,56E-05	6,96E-04	23	1140	Antwort auf abiotischen Reiz
  9651	3,21E-05	7,96E-04	12	369	Antwort auf Salz Stress
  44248	3,22E-05	7,96E-04	15	560	zellulärer Katabolismus
  6454	3,40E-05	8,04E-04	6	79	Translationsinitiation
  79	5,21E-05	1,18E-03	3	10	Regulation der Cyclin-abhängigen Protein Kinase Aktivität
  9057	5,47E-05	1,19E-03	12	390	Makromolekül-Katabolismus
  51510	5,92E-05	1,24E-03	2	2	Regulation des unidimensionalen Zellwachstums
  44237	8,90E-05	1,79E-03	92	8580	zellulärer Metabolismus
  15980	1,10E-04	2,15E-03	7	140	Energie-Derivation durch Oxidation organischer Verbindungen
  44265	1,25E-04	2,35E-03	11	362	zellularer Makromolekül-Katabolismus
  45333	1,33E-04	2,41E-03	4	34	zellulärer respiration
  43283	1,51E-04	2,66E-03	48	3692	Biopolymer-Metabolismus
  9826	1,63E-04	2,77E-03	7	149	unidimensionales Zellwachstum
  43044	1,77E-04	2,91E-03	2	3	ATP-abhängige Chromatin remodeling
  7275	2,23E-04	3,56E-03	28	1765	Entwicklung
  278	2,53E-04	3,93E-03	4	40	Mitotischer Zellzyklus
  9266	3,13E-04	4,74E-03	10	338	Antwort auf Temperatur-Reiz
  9719	4,96E-04	7,30E-03	20	1131	Antwort auf endogenen Reiz
  6084	5,43E-04	7,77E-03	3	21	Acetyl-CoA Metabolismus
  6561	5,83E-04	8,05E-03	2	5	Prolin-Biosynthese
  9737	5,92E-04	8,05E-03	8	241	Antwort auf Abscisinsäure Reiz
  40007	6,59E-04	8,74E-03	8	245	Wachstum
  45859	7,14E-04	9,04E-03	3	23	Regulation der Protein-Kinase Aktivität
  43549	7,14E-04	9,04E-03	3	23	Regulation der Kinase Aktivität
  43285	7,46E-04	9,23E-03	9	312	Biopolymer-Katabolismus
  7148	7,91E-04	9,46E-03	8	252	Zellmorphogenese
  51338	8,12E-04	9,46E-03	3	24	Regulation der Transferaseaktivität
  6092	8,18E-04	9,46E-03	5	94	Hauptweg des Kohlenstoff-Metabolismus
  16049	9,82E-04	1,11E-02	7	201	Zellwachstum
  43170	1,08E-03	1,20E-02	69	6392	Makromolekül-Metabolismus
  8361	1,13E-03	1,23E-02	7	206	Regulation der Zellgröße
  30163	1,17E-03	1,24E-02	8	268	Protein-Katabolismus
  50789	1,18E-03	1,24E-02	32	2359	Regulation des biologischen Prozess
  50791	1,26E-03	1,30E-02	29	2070	Regulation des physiologischen Prozess
  6091	1,29E-03	1,30E-02	8	272	Bildung von Vorläufermetaboliten und Energie
  51244	1,34E-03	1,33E-02	28	1980	Regulation des zellulären physiologischen Prozess
  16043	1,47E-03	1,42E-02	22	1419	Zellorganisation und Biogenese
  6560	1,61E-03	1,42E-02	2	8	Prolin-Metabolismus
  6469	1,61E-03	1,42E-02	2	8	negative Regulation der Protein-Kinase Aktivität
  45736	1,61E-03	1,42E-02	2	8	negative Regulation der Cyclin-abhängigen Protein Kinase Aktivität
  51348	1,61E-03	1,42E-02	2	8	negative Regulation der Transferase Aktivität
  1558	1,61E-03	1,42E-02	2	8	Regulation des Zellwachstums
  48856	1,64E-03	1,42E-02	20	1248	anatomische Struktur-Entwicklung
  9725	1,65E-03	1,42E-02	14	729	Antwort auf Hormon-Reiz
  44238	1,81E-03	1,53E-02	85	8429	Primärer Metabolismus
  8152	1,82E-03	1,53E-02	98	10040	Metabolismus
  9409	1,92E-03	1,59E-02	7	226	Antwort auf Kälte
  45786	2,06E-03	1,64E-02	2	9	negative Regulation der Entwicklung während des Zellzyklus
  51302	2,06E-03	1,64E-02	2	9	Regulation der Zellteilung
  50794	2,08E-03	1,64E-02	28	2040	Regulation des zellulären Prozess
  51170	2,27E-03	1,76E-02	3	34	nukleärer Import
  9790	2,47E-03	1,89E-02	11	520	embryonale Entwicklung
  43086	2,56E-03	1,93E-02	2	10	negative Regulation der Enzymaktivität
  6395	2,59E-03	1,93E-02	4	74	RNA-Spleißen
  6099	3,11E-03	2,26E-02	2	11	Tricarbonsäurezyklus
  46356	3,11E-03	2,26E-02	2	11	Acetyl-CoA Katabolismus
  6511	3,30E-03	2,30E-02	7	249	Ubiquitin-abhängiger Protein Katabolismus
  43632	3,30E-03	2,30E-02	7	249	Modifikatians-abhängige Makromolekül Katabolismus
  19941	3,30E-03	2,30E-02	7	249	Modifikations-abhängige Protein Katabolismus
  51603	3,45E-03	2,37E-02	7	251	Proteolyse während des zellulären Protein Katabolismus
  6270	3,71E-03	2,53E-02	2	12	DNA Replikationsinitiation
  9064	3,88E-03	2,55E-02	3	41	Glutamin-Familie Aminosäure Metabolismus
  9615	3,88E-03	2,55E-02	3	41	Antwort auf Virus
  44257	3,92E-03	2,55E-02	7	257	zellulärer Protein Katabolismus
  48827	3,94E-03	2,55E-02	6	193	Phyllom-Entwicklung
  51169	4,16E-03	2,66E-02	3	42	nukleärer Transport
  16071	4,40E-03	2,78E-02	5	138	mRNA-Metabolismus
  9793	4,72E-03	2,95E-02	10	487	embryonale Entwicklung (sensu Magnoliophyta)
  9109	5,07E-03	3,13E-02	2	14	Coenzym-Katabolismus
  6800	5,22E-03	3,19E-02	7	271	Sauerstoff und reaktive Sauerstoffspezies Metabolismus
  398	5,38E-03	3,25E-02	3	46	nukleäre mRNA-Spleißen, via Spleißosom
  48367	5,43E-03	3,25E-02	7	273	Sproß-Entwicklung
  6096	5,71E-03	3,38E-02	3	47	Glykolyse
  9060	5,82E-03	3,40E-02	2	15	aerobe Respiration
  375	6,06E-03	3,47E-02	3	48	RNA Spleißen, via Umesterungsreaktionen
  377	6,06E-03	3,47E-02	3	48	RNA Spleißen, via Umesterungsreaktionen mit gewölbtem Adenosin als Nukleophil
  9084	7,46E-03	4,23E-02	2	17	Glutamin-Familie Aminosäure Biosynthese
  42891	7,71 E-03	4,24E-02	1	1	antibiotischer Transport
  7091	7,71 E-03	4,24E-02	1	1	mitotische Metaphasel Anaphase Transition
  30071	7,71E-03	4,24E-02	1	1	Regulation der mitotischen Metaphasel Anaphase Transition
  48316	8,36E-03	4,55E-02	10	530	Samen-Entwicklung
  48608	8,68E-03	4,68E-02	10	533	reproduktive Struktur -Entwicklung
  19952	8,92E-03	4,76E-02	13	794	Reproduktion
  6732	9,45E-03	4,99E-02	5	166	Coenzym-Metabolismus

  Tabelle 4: Übersicht der Zellzyklus-assoziierten Merkmale verwendet in der Computer-Analyse um neue Zellzyklusproteine zu suchen.

  Zellzyklus-Merkmal	Kategorie	# der Gene	Referenzen
  Periodizität	Genexpression	1258	(5, 6)
  MSA-ähnlich	Promotormotiv	2295	(7)
  E2Fa-ähnlich	Promotormotiv	1809	(7)
  E2F10SPCNA	Promotormotiv	2221	(7)
  OS_motifsiandlla	Promotormotiv	2310	(7)
  UP1ATMSD	Promotormotiv	3738	(7)
  wrrmGCGn	Promotormotiv	2179	(7)
  CDK Konsensus-Stelle	Phosphorylierungsmotiv	6321	(8)
  [IM]R-Schwanz	Proteinsequenzmotiv	116	(16, 17)
  PEST-Sequenz	Zerstörungsmotiv	2719	(18)
  D-Box	Zerstörungsmotiv	2369	(19)
  KEN-Box	Zerstörungsmotiv	410	(19)
  GxEN-Box	Zerstörungsmotiv	300	(20)
  A-Box	Zerstörungsmotiv	1779	(21)

• Tabelle 5: Kollektion der Zellzyklus-Gene.
• Kollektion von 518 Genen annotiert als Zellzyklus durch Gen-Ontologie, einschließlich alle Gene, die als Kernzellzyklus Gene oder mit dem Zellzyklus zusammenhängen (19, 22–24) beschrieben sind. Die folgenden GO Bezeichnungen wurden verwendet um die Kollektion zu erstellen: Zellzyklus (GO:0007049), Zellteilung (GO:0051301), Zellproliferation (GO:0008283), Chromosomensegregation (GO:0007059), DNA-Replikation (GO:0006260), DNA-Replikation und Chromosomenzyklus (GO:0000067). Für jedes Gen ist die Anzahl der Zellzyklus-assoziierten Merkmale, die vorhanden sind, dargestellt. Diese Kollektion wurde von den Beute-Listen subtrahiert um neue Zellzyklus-Proteine zu finden.

  Accession number	Name	# Merkmale
  AT2G31270	CDT1a	8
  AT5G13840	CCS52B	7
  AT3G16320	cdc27a	7
  AT1G07270	cdc6b	7
  AT3G59550	Protein der Kohäsion Familie SYN3 (SYN3)	7
  AT5G25380	CYCA2;1	7
  AT3G11450	DNAJ HITZESCHOCK N-TERMINALE DOMÄNE-ENTHALTENDES	7
  ATIG65470	Chromatin Assemblierungsfaktor-1 (FASCIATA1) (FAS1), identisch zu FAS1	6
  AT1G77390	CYCA1;2	6
  AT5G43080	CYCA3;1	6
  AT3G11520	CYCB1;3	6
  AT3G10690	Protein der DNA Gyrase Untereinheit A Familie	6
  AT4G25540	DNA Mismatch Reparatur Protein MSH3; AtMsh3	6
  AT1G47870	E2Fc	6
  AT4G38600	KAK (KAKTUS)	6
  AT5G46280	MCM3	6
  AT5G07280	Rezeptor-ähnliche Protein Kinase-ähnliches Protein; Rezeptor-ähnliche Protein Kinase	6
  AT5G61000	Replikationsprotein A1; putative RNA-Helikase	6
  AT5G42190	ASK2 (ARABIDOPSIS SKP1-LIKE 2); UBIQUITIN-PROTEIN LIGASE	5
  AT2G29680	cdc6	5
  AT1G18670	CKL3	5
  AT1G70210	CYCD1;1	5
  AT4G37630	CYCD5;1	5
  AT5G49160	DNA(Cytosin-5-)-Methyltransferase (AtHIM), identisch zu SP:P34881	5
  AT1G08130	DNA-Ligase/Polydeoxyribonukleotid Synthase [AtP] identisch zu	5
  AT5G41880	DNA Polymerase alpha Untereinheit IV(Primase)-ähnliches Protein	5
  AT3G13170	DNA TOPOISOMERASE VIA (SPO11-1), IDENTISCH ZU ATSPO11-	5
  AT5G67100	DNA-abhängige DNA Polymerase alpha katalytische Untereinheit, putativ,	5
  AT5G02470	DPa	5
  AT5G22220	E2Fb	5
  AT3G43210	Protein der Kinesin-Motor-Familie (NACK2)	5
  AT1G18800	NRP2 (NAP1-RELATED PROTEIN 2); DNA BINDUNG/. CHROMATIN	5
  AT2G37560	ORC2	5
  AT1G26840	ORC6	5
  AT5G16270	Protein der Rad21/Rec8-ähnliche Familie geringe Ähnlichkeit zu Kohäsion-Familie	5
  AT3G12280	RBR	5
  AT5G61210	SNAP33 (SYNAPTOSOMAL-ASSOCIATED PROTEIN 33); T-SNARE	5
  AT5G48600	Protein der structural maintenance of chromosomes (SMC) Familie, ähnlich	5
  AT5G55220	Trigger-Faktor Typ Chaperon Familie Protein, enthält Pfam Profile	5
  AT3G60740	Tubulin-Faltung-Cofaktor D	5
  AT3G19770	vakuoläres Sortierungsprotein 9 Domäne-enthaltendes Protein	5
  AT5G05560	APC1	4
  AT1G06590	APC5	4
  AT3G28730	ATHMG (HIGH MOBILITY GROUP, STRUKTUR-SPEZIFISCHES	4
  AT3G53230	CDC48, putativ	4
  AT3G01610	CDC48C|AAA-TYP ATPASE FAMILIE PROTEIN, ENTHÄLT|	4
  AT1G18040	CDKD;3	4
  AT5G03340	ZELLTEILUNGS-KONTROLL PROTEIN 48 HOMOLOG E; ATPASE	4
  AT5G11300	CYCA2;2	4
  AT1G15570	CYCA2;3	4
  AT1G80370	CYCA2;4	4
  AT2G26760	CYCB1;4	4
  AT2G17620	CYCB2;1	4
  AT4G35620	CYCB2;2	4
  AT3G50070	CYCD3;3	4
  AT3G05330	Cyclin Familie geringe Ähnlichkeit zu Mikrotubuli-bindendem Protein TANGLED1	4
  AT5G05490	DIF1/SYN1	4
  AT1G69770	DNA(Cytosin-5)-Methyltransferase CMt3; Chromomethylase 3;	4
  AT4G02460	DNA Mismatch-Reparatur Protein	4
  AT1G67320	DNA Primase, große Untereinheit Familie, enthält Pfam Profil PF04104:	4
  AT4G31210	DNA Topoisomerase Familie Protein, ähnlich zu DNA Topoisomerase I	4
  AT5G63920	DNA Topoisdmerase III	4
  AT5G06110	DNAJ Hitzeschock N-terminale Domäne-enthaltendes Protein/Zellteilung	4
  AT1G78650	exprimiertes Protein, geringe Ähnlichkeit zu DNA Polymerase delta Untereinheit 3	4
  AT2G13330	F14O4.9	4
  AT2G23430	KRP1	4
  AT2G20980	MCM10	4
  AT2G29570	PCNA2	4
  AT4G14150	Phragmoplast-assoziiertes Kinesin-verwandtes Protein (PAKRP1)	4
  AT3G23670	Phragmoplast-assoziiertes Kinesin-verwandtes Protein, putativ, ähnlich zu	4
  AT5G58720	PRL1-INTERAGIERENDER FAKTOR, PUTATIV	4
  AT1G53710	PROTEIN SERIN/THREONIN PHOSPHATASE	4
  AT3G02920	Replikationsprotein-ähnlich, ähnlich zu Replikationsprotein A 30 kDa	4
  AT4G22970	ähnlich zu hypothetischem Protein [Arabidopsis thaliana]	4
  AT5G61460	SMC-ähnliches Protein	4
  AT1G65660	SMP1 (SWELLMAP 1); NUKLEINSÄURE BINDUNG	4
  AT5G62000	Protein der Transkriptionsfaktor B3 Familie/Auxin-abhängiger Faktor	4
  AT5G16750	Protein der Transducin Familie/Protein der WD-40 Repeat Familie enthält 8	4
  AT2G14400	transposables Element-Gen	4
  AT2G42260	UVI4	4
  AT1G57820	VARIANT IN METHYLATION 1	4
  AT3G02820	Protein der Zink Knöchel (CCHC-Typ) Familie, enthält Pfam Domäne,	4
  AT5G22010	PROTEIN DER AAA-TYP ATPASE FAMILIE/BRCT DOMÄNE	3
  AT2G14120	ADL2b	3
  AT5G57160	ATLIG4 (ARABIDOPSIS THALIANA DNA LIGASE IV)	3
  AT5G45720	ATP BINDUNG/DNA-ABHÄNGIGE DNA POLYMERASE/	3
  AT1G66730	PROTEIN DER ATP ABHÄNGIGE DNA LIGASE FAMILIE	3
  AT2G32590	Protein der barren Familie, geringe Ähnlichkeit zu SP:Q9Y7R3 Conderisin	3
  AT3G19590	BUB3-like2	3
  AT4G22910	CCS52A1	3
  AT4G11920	CCS52A2	3
  AT4G33270	cdc20-1	3
  AT3G25100	CDC45(Zellteilungszyklus 45)-ähnliches Protein; putativer Zellteilungszyklus	3
  AT3G09840	CDC48	3
  AT1G20930	CDKB2;2	3
  AT1G73690	CDKD;1	3
  AT4G28980	CDKF;1	3
  AT2G32900	Zentromer/Kinetochor Protein, putativ (ZW10)	3
  AT5G62410	Chromosomenassemblierungsprotein Homolog	3
  AT1G44110	CYCA1;1	3
  AT1G47210	CYCA3;2	3
  AT4G37490	CYCB1;1	3
  AT1G76310	CYCB2;4	3
  AT4G34160	CYCD3;1	3
  AT4G34090	CYL1	3
  AT3G20550	DDL (DAWDLE)	3
  AT5G14960	DEL2	3
  AT4G09140	DNA Mismatch Reparatur Protein MLH1	3
  AT3G18524	DNA Mismatch Reparatur Protein MSH2 (MSH2) identisch zu SP|O24617	3
  AT4G02070	DNA Mismatch Reparatur Protein MSH6-1 (MSH6-1) (AGAA.3)	3
  AT5G55300	DNA Topoisomerase I	3
  AT3G17830	PROTEIN DER DNAJ HITZESCHOCK FAMILIE	3
  ATIG80030	DNAJ HITZESCHOCK PROTEIN, PUTATIV	3
  AT1G08840	EMB2411|DNA REPLIKATION HELIKASE, PUTATIV, ÄHNLICH	3
  AT4G37120	exprimiertes Protein	3
  AT5G58870	FTSH9 (FTSH PROTEASE 9); ATP-ABHÄNGIGE PEPTIDASEI	3
  AT1G13980	GN (GNOM)	3
  AT5G24330	Histon-Lysin N-Methyltransferase AtXR6; Protein SEt DOMÄNE	3
  AT5G06830	IDENTISCH ZU CDK5RAP3-ÄHNLICHEM PROTEIN [ARABIDOPSIS	3
  AT1G49620	KRP7	3
  AT1G71830	Protein der Leucin-reiches Repeat Familie/Protein-Cinase Familie	3
  AT1G80080	Protein der Leucin-reiches Repeat Familie, enthält Leucin reiche-Repeat	3
  AT3G25980	MAD2-ähnlich	3
  AT5G51600	MAP65-3	3
  AT1G44900	MCM2	3
  AT2G16440	MCM4	3
  AT2G07690	MCM5	3
  AT5G54260	MRE11|DNA REPAIR AND MEIOSIS PROTEIN (MRE11),	3
  AT5G58230	MSI1 (MULTICOPY SUPRESSOR OF IRA1)	3
  AT1G61000	Protein der Nuf2 Familie enthält Pfam PF03800: Nuf2 family	3
  AT5G16690	ORC3	3
  AT1G72150	PATL1 (PATELLIN 1); TRANSPORTER	3
  AT1G50840	poll-ähnliche DNA Polymerase, putativ, ähnlich zu poll-ähnliche DNA	3
  AT1G80190	PSF1 (GINS Komplex DNA Replikation)	3
  AT2G45280	putatives RAD51 C-ähnliches DNA Reparaturprotein; gestützt durch cDNA	3
  AT2G31970	RAD50|DNA REPARATUR-REKOMBINATIONSPROTEIN (RAD50),	3
  AT5G08020	Replikationsfaktor A-ähnliches Protein	3
  AT2G21790	Ribonukleosid-Diphosphat Reduktase große Untereinheit subunit; AtRNR1;	3
  AT3G27060	Ribonukleosid-Diphosphat Reduktase kurze Kette, putativ/	3
  AT2G24490	RPA2	3
  AT4G18590	RPA3	3
  AT1G30690	Protein der SEC14 cytosolischer Faktor Familie/ Phosphoglycerid Transfer;	3
  AT1G74560	ähnlich zu Protein der Nukieosomenassemblierungsprotein (NAP) Familie	3
  AT5G04320	ähnlich zu unbekanntem Protein [Arabidopsis thaliana]	3
  AT5G49010	SLD5 (DNA Replikation)	3
  AT5G51330	SWI1 (SWITCH1); PHOSPHOLIPASE C	3
  AT4G02110	TOPBP1	3
  AT2G01550	transposables Element-Gen	3
  AT2G15410	transposables Element Gen	3
  AT4G33790	ACYL COA REDUKTASE, PUTATIV	2
  AT5G22420	ACYL COA REDUKTASE, PUTATIV	2
  AT4G16420	ADA26 (PROPORZ1); DNA BINDUNG/TRANSKRIPTIONSFAKTOR	2
  AT1G78580	alpha, alpha-Trehalose-Phosphat Synthase, UDP-bildend, putativ	2
  AT1G54960	ANP2 (ARABIDOPSIS NPK1-ÄHNLICHE PROTEIN KINASE 2);	2
  AT4G37750	ANT	2
  AT1G78770	APC6	2
  AT2G39090	APC7	2
  AT3G48150	APC8	2
  AT4G30080	ARF16 (AUXIN RESPONSE FACTOR 16); MIRNA BINDUNG/	2
  AT1G50240	Protein der Armadillo/Beta-Catenin-Repeat Familie, enthält Pfam Profil	2
  AT1G67370	ASY1 (ASYNAPTIC 1); DNA BINDUNG	2
  AT3G12400	ATELC/ELC; Ubiquitin Bindung	2
  AT3G52115	ATGR1 (GAMMA RESPONSE 1)	2
  AT5G55230	ATMAP65-1 (MICROTUBULE-ASSOCIATED PROTEINS 65-1);	2
  AT3G27730	ATP-abhängige DNA Helikase, putativ	2
  AT5G40820	ATR	2
  AT5G16850	ATTERT (TELOMERASE REVERSE TRANSKRIPTASE);	2
  AT4G00020	BRCA2A (BREAST CANCER 2 LIKE 2A, EMBRYOSACK	2
  AT5G01630	BRCA2B_ATBRCA2(V)_BRCA2(V)_BRCA2B (breast cancer 2 like	2
  AT2G13680	CALS5 (CALLOSE SYNTHASE 5); 1,3-BETA-GLUCAN SYNTHASE	2
  AT2G20000	cdc27b	2
  AT2G03670	CDC48B; ATPASE	2
  AT1G76540	CDKB2;1	2
  AT5G64960	CDKC;2	2
  AT5G63370	CDKG;1	2
  AT3G02450	ZELLTEILUNGSPROTEIN FTSH, PUTATIV	2
  AT5G55280	Zellteilungsprotein FtsZ, Chloroplast, putativ	2
  AT5G37630	Protein der Chromosomen-Kondensation-Familie, enthält Pfam Profil	2
  AT1G09600	CKL11	2
  AT4G22940	CKL4	2
  AT5G44290	CKL5	2
  AT1G03740	CKL6	2
  AT1G54610	CKL9	2
  AT2G27970	CKS2	2
  AT5G40840	Protein der Kohäsion Familie SYN2 (SYN2)	2
  AT4G02570	Protein der Cullin Familie NCBI Chain C, Kristallstruktur des Ddb1-	2
  AT1G26830	cullin3a	2
  AT5G06150	CYCB1;2	2
  AT1G34460	CYCB1;5	2
  AT5G48640	CYCC1;1	2
  AT2G26430	CYCL1	2
  AT4G19560	CYCT1;2	2
  AT5G45190	CYCT1;5	2
  AT3G01330	DEL3	2
  AT4G35520	Protein der DNA Mismatch Reparatur Familie	2
  AT1G65070	PROTEIN DER DNA MISMATCH REPARATUR MUTS FAMILIE	2
  AT1G67630	DNA Polymerase alpha Untereinheit B Familie, enthält Pfam Profil:	2
  AT1G09815	DNA Polymerase delta Untereinheit 4 Familie, weist Ähnlichkeit auf zu Swiss	2
  AT5G64420	DNA Polymerase V Familie, enthält Pfam Domäne PF04931: DNA	2
  AT1G14460	DNA Polymerase-verwandt, geringe Ähnlichkeit zu DNA Polymerase III	2
  AT5G55310	DNA Topoisomerase I, putativ	2
  AT5G44610	DREPP PLASMAMEMBRAN POLYPEPTID-VERWANDT	2
  AT2G36010	E2Fa	2
  AT3G11220	ELP4	2
  AT4G32700	Kodiert ein Homolog von Drosophila MUS308 und Säuger-DNA	2
  AT5G64630	Kodiert die zweit größte Untereinheit des Chromatinassemblierungsfaktor-1	2
  AT4G24790	exprimiertes Protein,; Expression unterstützt durch MPSS	2
  AT3G24495	exprimiertes Protein; GO Donor Spleißstelle bei Exon 11; unterstützt durch	2
  AT4G23940	FTSH PROTEASE, PUTATIV	2
  AT5G01230	Protein der FtsJ-ähnliche Methyltrarisferase Familie, enthält Pfam	2
  AT1G48270	GCR1 (G-PROTEIN-COUPLED RECEPTOR 1)	2
  AT1G10270	GRP23 (GLUTAMINE-RICH PROTEIN23); BINDUNG	2
  AT2G26890	GRV2 (KATAMARI2); Bindung/Hitzeschockproteinbindung	2
  AT4G32880	Homöobox-Leucin Zipper Transkriptionsfaktor (HB-8), identisch zu HD	2
  AT5G46920	Protein der Intron Maturase, Typ II Familie	2
  AT5G54670	Kinesin-ähnliches Protein C (KATC)	2
  AT3G19150	KRP6	2
  AT5G44635	MCM6	2
  AT4G02060	MCM7	2
  AT3G09660	MCM8	2
  AT2G14050	MCM9	2
  AT1G77320	MEI1 (MEIOSIS DEFECTIVE 1); TRANSKRIPTIONSCOAKTIVATOR	2
  AT3G22880	meiotisches Rekombinationsprotein, putativ	2
  AT5G50110	METHYLTRANSFERASE-VERWANDT	2
  AT5G24020	MIND (AKKUMULATION UND REPLIKATION VON CHLOROPLAST	2
  AT3G24320	Mismatch-bindendes Protein, putativ; ähnlich zu Mismatch bindendem Protein	2
  AT5G49880	PROTEIN DER MITOTISCHEN KONTROLLPUNKT FAMILIE	2
  AT2G35630	MOR1|MIKROTUBULI ORGANISATION 1 PROTEIN (MOR1),	2
  AT4G17380	MSH4, ähnlich zu DNA Mismatch Repartur Protein MSH2	2
  AT1G63680	Protein der Mur Ligase Familie, enthält Pfam Profil: PF01225 Mur Ligase	2
  AT5G11510	MYB 3R4	2
  AT3G02680	NBS1 (NIJMEGEN BREAKAGE SYNDROME 1)	2
  AT3G57060	non-SMC Condensin Untereinheit, Protein der XCAP-D2/Cnd1	2
  AT4G14700	ORC1A	2
  AT4G29910	ORC5	2
  AT4G30825	Pentatricopeptid (PPR) Repeat-enthaltendes Protein, enthält Pfam	2
  AT5G14520	Pescadillo-verwandt	2
  AT2G13840	PHP DOMÄNE-ENTHALTENDES PROTEIN	2
  AT3G63120	PLP1;1	2
  AT1G50230	Protein der Protein Kinase Familie, enthält Protein Kinase Domäne,	2
  AT3G63130	RAN GTPase aktivierendes Protein 1 (RanGAP1), enthält Pfam	2
  AT1G16590	REV7 (REVERSIONLESS 7); DNA BINDUNG	2
  AT5G27740	RFC3	2
  AT1G21690	RFC4	2
  AT1G77470	RFC5	2
  AT1G48380	RHL1 (ROOT HAIRLESS 1)	2
  AT4G33495	RPD1 (ROOT PRIMORDIUM DEFECTIVE 1)	2
  AT5G35770	SAP (STERILE APETALA); TRANSKRIPTIONSFAKTOR	2
  AT1G72160	PROTEIN DER SEC14 CYTOSOLISCHEN FAKTOR FAMILIE/	2
  AT4G09160	PROTEIN DER SEC14 CYTOSOLISCHEN FAKTOR FAMILIE/	2
  AT3G51670	Protein der SEC14 cytosolischen Faktor Familie/Phosphoglycerid Transfer	2
  AT5G03730	SERIN/THREONIN-PROTEIN KINASE CTR1	2
  AT4G14180	ÄHNLICH ZU OSO4G0347800 [ORYZA SATIVA (JAPONICA	2
  AT1G08260	ÄHNLICH ZU POL2A. DNA POLYMERASE EPSILON KATALYTISCH	2
  AT2G27170	ähnlich zu SMC2-ähnliches Condensin, putativ (SMC2) (TITAN3)	2
  AT5G24630	ÄHNLICH ZU UNBEKANNTEM PROTEIN [ARABIDOPSIS THALIANA]	2
  AT3G10440	ÄHNLICH ZU UNBEKANNTEM PROTEIN [ARABIDOPSIS THALIANA]	2
  AT3G17590	SNF5 Homolog BSH (bsh) mRNA, komplette CDS	2
  AT1G49040	stomatal cytokinesis defective/SCD1 Protein (SCD1)	2
  AT5G15920	Protein der structural maintenance of chromosomes (SMC) Familie (MSS2)	2
  AT1G04110	Protein der Subtilase Familie, weist Ahnlichkeit auf zu Subtilisin-ähnlicher Protease	2
  AT3G04740	SWP (STRUWWELPETER)	2
  AT1G08560	Syntaxin-verwandtes Protein KNOLLE	2
  AT3G62980	TIR1 (TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1); Ubiquitin-Protein	2
  AT1G30660	Toprim Domäne-enthaltendes Protein	2
  AT1G30680	TOPRIM DOMÄNE-ENTHALTENDES PROTEIN	2
  AT4G10710	Transcriptionaler Regulator-verwandt	2
  AT3G44540	PROTEIN DER TRANSDUCIN FAMILIE/WD-40 REPEAT FAMILIE	2
  AT2G15380	transposables Element-Gen	2
  AT2G15540	transposables Element	2
  AT2G18820	transposables Element	2
  AT2G28980	transposables Element	2
  AT4G04000	transposables Element	2
  AT3G54670	TTN8|ÄHNLICH ZU STRUCTURAL MAINTENANCE OF	2
  AT3G20060	UBC19 (UBIQUITIN-KONJUGIERTES ENZYM 19); UBIQUITIN-	2
  AT1G50490	UBC20	2
  AT1G02970	WEE1	2
  AT5G08290	YLS8 (yellow-leaf-specific gene 8); katalytisch	2
  AT4G02980	ABP1 (ENDOPLASMISCHES RETICULUM AUXIN BINDENDES	1
  AT5G22500	ACYL-COA REDUKTASE, PUTATIV/MALE-STERILITY PROTEIN,	1
  AT1G14830	ADL1C/ADL5 (DYNAMIN-LIKE PROTEIN 5); GTP Bindung/GTPase	1
  AT4G33650	ADL2a	1
  AT5G61960	AML1 (ARABIDOPSIS ME12-LIKE PROTEIN 1); RNA Bindung	1
  AT4G01540	ANAC068/NTM1 (NAC WITH TRANSMEMBRANE MOTIF1);	1
  AT2G18290	APC10	1
  AT2G04660	APC2	1
  AT4G21530	APC4	1
  AT3G54710	ATCDT1B/CDTI1/CDT1B (ARABIDOPSIS HOMOLOG DER HEFE	1
  AT2G20190	ATCLASP/CLASP; Bindung	1
  AT4G18820	ATP BINDUNG/DNA-ABHÄNGIGE DNA POLYMERASE/	1
  AT4G21800	Protein der ATP-bindende Familie	1
  AT3G49780	ATFSK3|PHYTOSULFOKINES 3 (PSK3), IDENTISCH ZU	1
  AT1G58470	ATRBP1 (ARABIDOPSIS THALIANA RNA-BINDENDES PROTEIN 1);	1
  AT4G00100	ATRPSI3A (RIBOSOMAL PROTEIN S13A); Strukturbestandteil von	1
  AT3G20780	ATTOP6B (BRASSINOSTEROID INSENSITIVE 3, ROOT HAIRLESS	1
  AT2G28350	auxin-responsive factor (ARF10)	1
  AT1G69400	BUB3-like1	1
  AT5G27080	cdc20-3	1
  AT5G03455	cdc25	1
  AT2G38620	CDKB1;2	1
  AT5G10270	CDKC;1	1
  AT1G66750	CDKD;2	1
  AT5G63610	CDKE;1	1
  AT1G67580	CDKG;2	1
  AT2G46520	ZELLULÄRES APOPTOSE ANFÄLLIGES PROTEIN, PUTATIV	1
  AT2G25170	Chromatin Remodeling Faktor CHD3 (PICKLE)	1
  AT2G26280	CID7; ATP BINDUNG/GESCHÄDIGTE DNA BINDUNG	1
  AT5G39420	CKL1	1
  AT1G57700	CKL10	1
  AT1G71530	CKL12	1
  AT4G10010	CKL13	1
  AT1G33770	CKL14	1
  AT1G74330	CKL2	1
  AT5G50860	CKL7	1
  AT2G27960	CKS1	1
  AT1G02980	Protein der Cullin Familie, ähnlich zu cullin 1 (Homo sapiens)	1
  AT1G69670	cullin3b	1
  AT5G46210	cullin4	1
  AT1G47220	CYCA3;3	1
  AT1G47230	CYCA3;4	1
  AT1G20590	CYCB2;5	1
  AT1G16330	CYCB3;1	1
  AT2G22490	CYCD2;1	1
  AT5G67260	CYCD3;2	1
  AT5G65420	CYCD4;1	1
  AT4G03270	CYCD6;1	1
  AT5G27620	CYCH;1	1
  AT3G21870	PROTEIN DER CYCLIN FAMILIE, ÄHNLICH ZU CYCLIN 2	1
  AT5G50375	Cyclopropyl-Isomerase (CPI1)	1
  AT2G45080	CYCP3;1 (CYCLIN P3;1); CYCLIN-ABHÄNGIGE PROTEIN KINASE	1
  AT3G60550	CYCP3;2	1
  AT5G61650	CYCP4;2|CYCLIN FAMILIE PROTEIN, ÄHNLICH ZU CYCLIN 2	1
  AT1G35440	CYCT1;1	1
  AT1G27630	CYCT1;3	1
  AT4G19600	CYCT1;4	1
  AT1G01040	DEAD/DEAH-Box Helikase carpel factory/CAF	1
  AT3G48160	DEL1	1
  AT5G54090	Protein der DNA Mismatch Reparatur MutS Familie	1
  AT2G42120	DNA Polymerase delta kleine Untereinheit	1
  AT1G10520	DNA Polymerase lambda (DOLL)	1
  AT2G32000	PROTEIN DER DNA TOPOISOMERASE FAMILIE	1
  AT5G63960	DNA-abhängige DNA Polymerase Delta katalytische Untereinheit, putativ,	1
  AT2G27120	DNA-abhängige DNA Polymerase Epsilon katalytische Untereinheit, putativ	1
  AT2G22360	Protein der DNAJ Hitzeschock-Familie	1
  AT3G60190	Dynamin-ähnliches Protein E	1
  AT5G13680	ELO2	1
  AT1G12360	KODIERT EIN SEC1 PROTEIN UND WIRD ÜBERALL EXPRIMIERT	1
  AT3G23580	KODIERT EINE VON DEN 3 RIBONUKLEOTID REDUKTASE (RNR)	1
  AT1G50250	FTSH1 (FTSH PROTEASE 1); ATP-ABHÄNGIGE PEPTIDASE/	1
  AT5G53170	FTSH11 (FTSH PROTEASE 11); ATP-ABHÄNGIGE PEPTIDASE/	1
  AT2G36250	FTSZ2-1 (FTSZ HOMOLOG 2-1); STRUCTURELLES MOLEKÜL	1
  AT3G52750	FTSZ2-2 (FtsZ2-2); strukturelles Molekül	1
  AT2G22475	GRAM DOMÄNE-ENTHALTENDES PROTEIN/ABA-RESPONSIVE	1
  ATMG01250	HYPOTHETISCHES PROTEIN	1
  AT5G08550	ILP1 (INCREASED LEVEL OF POLYPLOIDY1-1D); TRANSLATION	1
  AT1G30010	INTRON MATURASE, TYP II FAMILIE PROTEIN	1
  AT4G21270	Kinesin-ähnliches Protein A (KATH)	1
  AT5G35520	Kinetochor Protein-verwandt	1
  AT3G50630	KRP2	1
  AT5G48820	KRP3	1
  AT2G32710	KRP4	1
  AT3G24810	KRP5	1
  AT2G26330	Leucin-reiche Repeat Protein Kinase, putativ (ERECtA), identisch zu	1
  AT3G56700	MALE STERILITY PROTEIN, PUTATIV	1
  AT4G30820	MAT1	1
  AT1G66170	MMD1 (MALE MEIOCYTE DEATH 1); DNA BINDUNG	1
  AT4G20900	MS5 (MALE-STERILE 5)	1
  AT1G79150	NOC3_DNA Replikationsinitiation	1
  AT2G01840	Nicht-LTR Retrotransposon Familie (LINE), hat ein 9.6e-34 P-Wert Blast	1
  AT2G35190	NPSN11 (NOVEL PLANT SNARE 11); Protein Transporter	1
  AT1G77620	NUKLEOSID-TRIPHOSPHATASE/NUKLEOTID BINDUNG	1
  AT4G12620	ORC1	1
  AT3G44550	OXIDOREDUKTASE, WIRKEND AUF DIE CH-CH GRUPPE VON	1
  AT3G44560	OXIDOREDUKTASE, WIRKEND AUF DIE CH-CH GRUPPE VON	1
  AT5G10480	PAS2 (PASTICCINO 2)	1
  AT1G07370	PCNA1	1
  AT1G71440	PFI_TFC E_PFI (PFIFFERLING)	1
  AT2G18040	PIN1	1
  AT5G22130	PNT1 (PEANUT 1); MANNOSYLTRANSFERASE/TRANSFERASE,	1
  AT3G20540	POLGAMMAI (POLYMERASE GAMMA 1); DNA BINDUNG/DNA-	1
  AT4G14713	PPD1 (PEAPOD 1)	1
  AT1G49180	Protein der Protein-Kinase Familie	1
  AT3G12530	PSF2 (GINS Komplex DNA-Replikation)	1
  AT2G17910	putative Nicht-LTR Retroelement Reverse Transkriptase	1
  AT4G36390	Radikal SAM Domäne-enthaltendes Protein/TRAM Domäne-enthaltendes	1
  AT1G63160	Replikationsfaktor, putativ; ähnlich zu GI:4972952 aus (Mus musculus)	1
  AT5G45400	Replikationsprotein, putativ, ähnlich zu Replikationsprotein A 70 kDa	1
  AT4G19130	Replikationsprotein-verwandt, ähnlich zu Replikationsprotein A 70 kDa	1
  AT4G20520	RNA Bindung/RNA-abhängige DNA Polymerase	1
  AT2G20580	RPN1	1
  AT3G54220	SCR (SCARECROW); TRANSKRIPTIONSFAKTOR	1
  AT1G14750	SDS	1
  AT1G22530	Protein der SEC14 cytosolische Faktor Familie	1
  AT1G34210	SERK2 (SOMATIC EMBRYOGENESIS RECEPTOR-LIKE KINASE	1
  AT5G52800	ÄHNLICH ZU VORHERGESAGTEM: HYPOTHETISCHEN PROTEIN [RATTUS	1
  AT5G58650	ÄHNLICH ZU UNBEKANNTEM PROTEIN [ARABIDOPSIS THALIANA]	1
  AT1G75950	SKP1 (ARABIDOPSIS SKP1 HOMOLOG); Ubiquitin-Protein Ligase	1
  AT3G47460	SMC2-ähnliches Condensin, putativ/Chromosomenassemblierungsprotein	1
  AT2G02480	STI (STICHEL); ATP BINDUNG/DNA-ABHÄNGIGE DNA	1
  AT5G07660	Protein der structural maintenance of chromosomes (SMC) Familie	1
  AT3G51770	Tetratricopeptid Repeat(TPR)-enthaltendes Protein	1
  AT5G23070	Thymidin-Kinase, putativ, ähnlich zu Thymidin-Kinase (Oryza sativa)	1
  AT3G01780	TPLATE	1
  AT4G07600	transposables Element-Gen	1
  AT4G09710	transposables Element	1
  AT4G14470	transposables Element	1
  AT4G04230	transpasables Element-Gen
  AT3G18730	TSK (TONSOKU)	1
  AT1G22275	unbekanntes Protein	1
  AT5G42270	VAR1 (VARIEGATED 1); ATP-ABHÄNGIGE PEPTIDASEI ATPASE/	1
  AT2G33880	WOX9 (STIMPY); Transkriptionsfaktor	1
  AT1G24490	ALB4 (ALBINA 4)	0
  AT5G28640	AN3	0
  AT3G05870	APC11	0
  AT2G37630	AS1/ATMYB91/ATPHAN/MYB91 (ASYMMETRIC LEAVES 1, MYB	0
  AT3G21850	ASK9 (ARABIDOPSIS SKP1-LIKE 9); Ubiquitin-Protein Ligase	0
  AT4G32200	ASY2; DNA-Bindung	0
  AT3G33520	ATARP6; Strukturbestandteil des Zytoskeletts	0
  AT3G48190	Ataxia-telangiectasia mutiertes Protein AtATM	0
  AT5G05620	ATGCP2/TUSG2 (GAMMA-TUBULIN); structurelles Moleküle	0
  AT3G20475	ATP-Bindung 1 beschädigte DNA-Bindung	0
  AT1G49250	Protein der ATP abhängigen DNA Ligase Familie	0
  AT1G13590	ATPSK1 (PHYTOSULFOKINE 1 PRECURSOR); Wachstumsfaktor	0
  AT2G22860	ATPSK2_ATPSK2 (PHYTOSULFOKINE 2 PRECURSOR); Wachstum	0
  AT5G65870	ATPSK5 (PHYTOSULFOKINE 5 PRECURSOR); Wachstumsfaktor	0
  AT4G37720	ATPSK6 (PHYTOSULFOKINE 6 PRECURSOR); Wachstumsfaktor	0
  AT1G14410	ATWHY1/PTAC1 (A. THALIANA WHIRLY 1); DNA-Bindung/ telomerisch	0
  AT5G09790	ATXR5 (SETDOMAIN GROUP 15); DNA-Bindung	0
  AT3G24730	katalytisch	0
  AT3G48750	CDKA;1	0
  AT3G54180	CDKB1;1	0
  AT5G66130	Zellzyklus-Kontrollpunkt Protein-verwandt, geringe Ähnlichkeit zu Zellzyklus	0
  Q94G54	Zellteilungs-Kontrollprotein 6	0
  Q9C8M6	Zellteilungs-Kontrollprotein, putativ; 15914–18846	0
  Q9LF63	Zellteilungs-ähnliches Protein	0
  AT1G53050	CKL15	0
  AT3G05050	CKL8	0
  AT3G15170	CUC1 (CUP-SHAPED COTYLEDON1); Transkriptionsfaktor	0
  ATIG20610	CYCB2;3	0
  AT5G48630	CYCC1;2	0
  AT5G10440	CYCD4;2	0
  AT5G02110	CYCD7;1	0
  AT2G01905	CYCJ18	0
  Q38818	Cyclin 2	0
  AT2G44740	PROTEIN DER CYCLIN FAMILIE, ÄHNLICH ZU CYCLIN 2	0
  AT5G07450	PROTEIN DER CYCLIN FAMILIE, ÄHNLICH ZU CYCLIN 2	0
  AT1G22840	Cytochrom C, putativ	0
  AT4G26701	DNA-Bindung/DNA Topoisomerase Typ I	0
  AT3G15960	Protein der DNA-Mismatch-Reparatur MutS Familie	0
  AT5G22110	DNA POLYMERASE EPSILON UNTEREINHEIT B FAMILIE, ENTHÄLT	0
  AT5G64520	DNA-Reparatur-Protein-verwandt	0
  AT1G63990	DNA-Topoisomerase VIA, putativ (SPO11-2)	0
  AT4G39960	Protein der DNAJ Hitzeschock Familie	0
  AT5G62450	DOMINO1	0
  AT5G03415	DPb	0
  AT5G50320	ELO3	0
  Q9FMR4	Emb|CAB92117.1	0
  AT1G24590	KODIERT EIN MITGLIED ERF (ETHYLENS RESPONSE	0
  AT5G26680	ENDONUKLEASE, PUTATIV, ÄHNLICH ZU SWISS-PROT;P39748	0
  AT1G22260	exprimiertes Protein	0
  Q9M874	F16B3.31 Protein	0
  Q9FX75	F19K19.10 Protein	0
  Q9FYF5	F1N21.20	0
  O81303	F6N15.14 Protein (putatives BRCA2 Homolog)	0
  AT2G14650	F9D12.11 Protein (weist Ähnlichkeit auf zu Reversen Transkriptasen)	0
  AT3G24140	FMA (FAMA); DNA-Bindung/Transkriptionsaktivator/ Transkriptionsfaktor	0
  AT2G22942	Wachstumsfaktor	0
  AT5G42080	GTP-bindendes Protein/Phragmoplastin, putativ	0
  AT1G47840	Hexokinase, putativ	0
  AT5G03410	Histidyl-tRNA Synthetase-ähnliches Protein	0
  AT2G44950	HUB1	0
  AT2G44960	HUB1	0
  AT3G52630	Hypothetisches Protein	0
  AT1G74350	Intron Maturase, Typ II Familie Protein	0
  AT5G03150	JKD (JACKDAW); Nukleinsäure-Bindung/Protein-Bindung/Protein	0
  Q2V0Z5	Kinetochor Protein	0
  AT2G30410	KIS (KIESEL); ungefaltete Protein-Bindung	0
  ATMG00520	MATR	0
  AT5G22260	MS1 (MALE STERILITY 1); DNA-Bindung	0
  AT3G11980	MS2 (MALE STERILITY 2)	0
  AT2G01120	ORC4	0
  AT4G27650	PEL1 (PELOTA); Translation-Freisetzungsfaktor	0
  AT2G01500	PFS2 (PRETTY FEW SEEDS 2); Transkriptionsfaktor	0
  AT3G44735	PSK1 (PHYTOSULFOKINE 3 PRECURSOR); Wachstumsfaktor	0
  Q9M8S3	putatives CCHC-Typ Zink-Finger Protein	0
  AT4G39920	putatives Protein	0
  AT5G22370	putatives Protein; ähnlich zu unbekanntem Protein (emb|CAB92117.1)	0
  AT2G07660	putatives Retroelement pol Polyprotein	0
  O80896	putatives uncharakterisiertes Protein At2g32590	0
  Q9M013	putatives uncharakterisiertes Protein F7A7_150	0
  O82745	putatives uncharakterisiertes Protein F7H19.150 (Putativ	0
  Q9C953	putatives uncharakterisiertes Protein T7P1.14	0
  AT4G20050	QRT3 (QUARTET 3)	0
  AT2G06510	Replikationsprotein, putativ ähnlich zu Replikationsprotein A 70 kDa	0
  AT4G29090	Reverse Transkriptase, putativ/RNA-abhängige DNA Polymerase,	0
  AT2G25100	Protein der Ribonuklease HII Fämilie	0
  AT5G40942	RNR2B	0
  AT2G36985	ROT4 (ROTUNDIFOLIA4)	0
  AT4G18730	RPL16B (ribosomales Protein 1166); struktureller Bestandteil des Ribosoms	0
  AT1G17235	RTFL11 (ROTUNDIFOLIA LIKE 11)	0
  AT4G37650	SHR (SHORT ROOT); Transkriptionsfaktor	0
  AT5G04470	SIM	0
  AT3G55490	ähnlich zu TTN10 (TITAN 10)	0
  AT5G62440	ähnlich zu namenlosen Proteinprodukt [Vitis vinifera] (GB:CAO64547.1)	0
  Q9FGA0	Ähnlichkeit zu Glucose-inhibiertem Teilungsprotein B	0
  AT1G20330	SMT2 (STEROL METHYLTRANSFERASE 2)	0
  AT4G27330	SPL (SPOROCYTELESS)	0
  AT1G02065	SPL8 (SQUAMOSA PROMOTER EINDING PROTEIN-LIKE 8); DNA	0
  AT3G07800	Thymidin Kinase, putativ, ähnlich zu Thymidin Kinase (Oryza sativa)	0
  AT2G05610	transposables Element-Gen	0
  AT4G08830	transposables Element	0
  AT4G10580	transposables Element	0
  Q9FLP1	Trigger-Faktor-ähnliches Protein	0
  AT1G19080	TTN10 (TITAN 10)	0
  AT3G61650	TUBG1 (GAMMA-TUBULIN); STRUKTURELLES MOLEKÜL	0
  AT1G05560	UGT1 (UDP-Glucosyl-Transferase 75B1); UDP-Glycosyltransferase/	0
  AT1G47200	WPP2 (WPP Domäne Protein 2)	0
  AT5G57450	XRCC3|PROTEIN DER DNA REPARATUR FAMILIE, WEIST ÄHNLICHKEIT AUF	0

• Tabelle 6: Neue Kandidaten-Zellzyklus-Proteine.
• Übersicht über 40 vermeintlich neue Zellzyklus-Proteine identifiziert in dem Kern-Datensatz, der mindestens 2 der Zellzyklus-assoziierten Merkmale, die in der Tabelle S4 gelistet sind, enthält. Die Anzahl der identifizierten Merkmale pro Protein ist dargestellt.

  Lokus	Beschreibung	# der Motive
  AT2G44580	DCC1	6
  AT3G57860	UVI4-ähnlich	5
  AT4G38900	bZIP Protein	5
  AT1G32310	F27G20.14	5
  AT4G17020	Transkriptionsfaktor-verwandt	4
  AT5G09900	EMB2107, RPN5A, MSA	4
  AT5G40460	Exprimiert	4
  AT3G49240	EMB1796	4
  AT2G17350	ähnlich zu hypothetischem Protein [Vitis vinifera] (GB:CAN62847.1)	4
  AT5G24690	ähnlich zu RER1 (RETICULATA-RELATED 1) [Arabidopsis thaliana]	4
  AT4G25550	M7J2 80	4
  AT3G15180	Proteasom-verwandt	3
  AT2G36130	Peptidyl-Prolyl cis-trans Isomerase, putativ/Cyclophilin, putativ/Rotamase	3
  AT3G16060	Protein der Kinesin-Motor-Familie	3
  AT3G10180	Kinesin-Motor-Protein-verwandt	3
  AT5G65460	KCA2	3
  AT5G05780	RPNBA, AE3, ATHMOV34	3
  AT1G06070	bZIP Transkriptionsfaktor, putativ (bZIP69)	3
  AT1G71380	ATGH963, ATCEL3	3
  AT3G05530	ATS6A.2, RPT5A	2
  AT1G01880	DNA-Reparaturprotein, putativ	2
  AT4G34150	C2 Domäne-enthaltendes Protein	2
  AT5G13030	ähnlich zu hypothetischem Protein Osl_021963 [Oryza sativa] (GB:EAZ00731.1)	2
  AT4G14310	DL3195C	2
  AT5G26360	Chaperonin, putativ	2
  AT5G49510	VHL-bindendes Protein, putativ/Refoldin, putativ	2
  AT3G20050	ATTCP-1	2
  AT1G29150	RPN6, ATS9	2
  AT3G15970	Ran-bindendes Protein 1 Domäne-enthaltendes Protein/RanBP1 Domäne-enthaltendes	2
  AT4G28230	ähnlich zu namenlosem Protein Produkt [Vitis vinifera] (GB:CAO41238.1)	2
  AT5G23540	26S Proteasome regulatorische Untereinheit, putativ	2
  AT5G41190	ähnlich zu hypothetischem Protein [Vitis vinifera] (GB:CAN66411.1)	2
  AT2G03820	Protein der nonsense-mediated mRNA decay NMD3 Familie	2
  AT1G20480	Protein der 4-Coumarat--CoA Ligase Familie/4-Coumaroyl-CoA Synthase	2
  AT1G09270	Importin alpha-1 Untereinheit, putativ (IMPA4)	2
  AT1G23190	Phosphoglucomutase, cytoplasmatisch, putativ/Glucose-Phosphomutase,	2
  AT2G06990	HEN2	2
  AT5G58290	RPT3	2
  AT5G20920	EMB1401, EIF2 BETA	2
  AT1G20200	EMB2719	2

• Übersicht über 82 vermeintlich neue Zellzyklus-Proteine identifiziert in dem Nicht-Kern-Datensatz, der mindestens 2 der Zellzyklus-assoziierten Merkmale, die in der Tabelle S4 gelistet sind, enthält. Die Anzahl der identifizierten Merkmale pro Protein ist dargestellt.

  Lokus	Beschreibung	# der Motive
  AT5G18620	CHR17	6
  AT4G38780	Spleißfaktar, putativ	5
  AT1G01970	Pentatricopeptid(PPR)Repeat-enthaltendes Protein	5
  AT4G38900	bZIP Protein	5
  AT4G17020	Transcriptionsfaktor-verwandt	4
  AT2G46020	ATBRM, CHR2, BRM	4
  AT5G10800	RNA-Erkennundsmotiv(RRM)-enthaltendes Protein	4
  AT5G40460	exprimiert	4
  AT1G36160	AT-ACC1, EMB22, GK, PAS3, ACC1	4
  AT1G77180	Chromatin Protein Familie	4
  AT1G16520	ähnlich zu unbekanntem Protein [Arabidopsis thaliana] (TAIR:AT1G56080.1)	4
  AT3G49240	EMB1796	4
  AT4G24680	ähnlich zu namenlosem Proteinprodukt [Vitis vinifera] (GB:CAO64289.1)	4
  AT2G25730	Bindung/Hämin-Bindung	4
  AT5G38480	RC11, GRF3	4
  AT4G25550	M7J2 80	4
  AT3G05190	Protein der Aminotransferase Klasse IV Familie	4
  AT4G35740	RecQI3	4
  AT3G62240	Protein der Zink-Finger (C2H2 type) Familie	3
  AT3G45970	EXPL1, ATEXPL1, ATHEXP BETA 2.1, ATEXLA1	3
  AT3G56690	CIP111	3
  AT3G56860	UBA2A	3
  AT3G01280	Porin, putativ	3
  AT3G20390	Protein der Endoribonuklease L-PSP Familie	3
  AT5G03740	HDT3, HD2C	3
  AT5G25210	Ähnlich zu unbekanntem Protein [Arabidopsis thaliana] (TAIR:AT4G32030.1)	3
  AT1G48920	ATNUC-L1, PARL1	3
  AT5G58150	Leucin-reiche Repeat-Transmembran-Protein Kinase, putativ	3
  AT1G17340	Protein der Phosphoinositid Phosphatase Familie	3
  AT1G23860	RSZP21, SRZ21, SRZ-21	3
  AT2G16950	Protein-Transporter	3
  AT1G06070	bZIP Transkriptionsfaktor, putativ (bZIP69)	3
  AT1G71380	ATGH9B3, ATCEL3	3
  AT2G44350	CSY4, ATCS	3
  AT1G30860	Protein-Bindung/Zink-Ion-Bindung	3
  AT3G47930	ATGLDH	3
  AT1G03060	Protein der WD-40 Repeat-Familie/Beige-verwandt	3
  AT4G21860	MSRB2	3
  AT2G30470	HSI2	2
  AT1G80720	Protein der mitochondrialen Glykoprotein-Familie/Protein der MAM33 Familie	2
  AT1G09760	U2A'	2
  AT1G52360	Coatomer Protein Komplex, Untereinheit beta 2 (beta prime), putativ	2
  AT1G22300	GF14 EPSILON, GRF10	2
  AT3G13640	ATRLI1	2
  AT5G12140	ATCYS1	2
  AT1G66340	EIN1, ETR, ETR1	2
  AT1G42440	ähnlich zu unbekanntem Protein [Arabidopsis thaliana] (TAIR:AT1G06720.1)	2
  AT4G09320	NDPK1	2
  AT5G54900	ATRBP45A	2
  AT1G09100	RPT56	2
  AT1G52730	Protein der Transducin-Familie/Protein der WD-40 Repeat-Familie	2
  AT3G49430	SRP34A	2
  AT3G53880	Protein der Aldo/Keto Reduktase Familie	2
  AT4G16630	DEAD/DEAH-Box Helikase, putativ (RH28)	2
  AT2G03820	Protein der nonsense-mediated mRNA decay NMD3 Familie	2
  AT1G23190	Phosphoglucomutase, cytoplasmatisch, putativ/Glucose Phosphomutase	2
  AT3G01540	ATDRH1, DRH1	2
  AT5G20920	EMB1401, EIF2 BETA	2
  AT4G14310	DL3195C	2
  AT1G09430	ACLA-3	2
  AT2G33340	Protein der Transducin-Familie/Protein der WD-40 Repeat-Familie	2
  AT1G01880	DNA-Reparatur-Protein, putativ	2
  AT5G62350	Protein der Invertase/Pektin Methylesterase Inhibitor Familie/DC 1.2 Homolog	2
  AT4G34150	C2 Domäne-enthaltendes Protein	2
  AT5G46780	VQ Motiv-enthaltendes Protein	2
  AT5G26360	Chaperonin, putativ	2
  AT4G38440	ähnlich zu hypothetischem Protein [Vitis vinifera] (GB:CAN83259.1)	2
  AT3G29800	AAA-Typ ATPase Familie	2
  AT5G58290	RPT3	2
  AT3G20050	ATTCP-1	2
  AT1G19520	NFD5	2
  AT4G26870	Aspartyl-tRNA Synthetase, putativ/Aspartat--tRNA Ligase, putativ	2
  AT1G56080	ähnlich zu unbekanntem Protein [Arabidopsis thaliana] (TAIR:AT1G16520.1)	2
  AT5G12380	Annexin, putativ
  AT4G28230	ähnlich zu namenlosem Proteinprodukt [Vitis vinifera] (GB:CA041238.1)	2
  AT2G06210	VIP6, ELF8	2
  ATCG00480	ATPB	2
  AT5G02530	RNA und Exportfaktor-bindendes Protein, putativ	2
  AT1G31760	SWIB Komplex BAF60b Domäne-enthaltendes Protein	2
  AT5G06680	ATSPC98, SPC98	2
  AT2G16570	ATASE1, ATASE	2
  AT1G62390	Octicosapeptid/Phox/Bem1p(PB1)Domäne-enthaltendes Protein/	2
  AT1G43800	Acyl-(Acyl-Carrier-Protein) Desaturase, putativ/Stearoyl-ACP	2

• Tabelle 7: Übersicht über die Mikroarray-Experimente, die verwendet wurden um die Transkript PCCs zu berechnen.
• Liste der Experimente, die verwendet wurden um einen Arabidopsis ATH1 Mikro-Array Compendium von 518 Experimenten zu erstellen, die sich auf den Zellzyklus oder das Pflanzenwachstum und -entwicklung fokusieren, die verwendet wurden um die Transkript Pearson Korrelations Koeffizienten zu berechnen.
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• ZITATE ENTHALTEN IN DER BESCHREIBUNG
• Diese Liste der vom Anmelder aufgeführten Dokumente wurde automatisiert erzeugt und ist ausschließlich zur besseren Information des Lesers aufgenommen. Die Liste ist nicht Bestandteil der deutschen Patent- bzw. Gebrauchsmusteranmeldung. Das DPMA übernimmt keinerlei Haftung für etwaige Fehler oder Auslassungen.
• Zitierte Nicht-Patentliteratur
• Capron et al., 2003 [0002]
• Vandepoele et al., 2002 [0002]
• Menges et al., 2005 [0002]
• Schultz et al., 2007 [0002]
• Menges et al., 2005 [0002]
• Van Leene et al., 2007 [0002]
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• Altschul et al., 1997 [0005]
• Altschul et al., 2005 [0005]
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• Van Leene et al., 2008 [0014]
• Van Leene et al., 2007 [0014]
• Van Leene et al., 2007 [0015]
• Van Leene et al., 2007 [0016]
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• SNAPS = Simple Non-redundant Assembly of Protein Sequences, 77488 Sequenzeinträge, 30468560 Reste; verfügbar unter http://www.ptools.ua.ac.be/snaps [0017]
• Van Leene et al., 2007 [0017]
• Maere et al., 2005 [0018]
• Shannon et al., 2003 [0018]
• Menges et al., 2003 [0019]
• Jensen et al., 2006 [0019]
• Vandepoele et al., 2006 [0019]
• De Veylder et al., 1997 [0019]
• Huala et al., 2001 [0020]
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• Tsesmetzis et al., 2008 [0020]
• Cui et al., 2008 [0020]
• Vastrik et al., 2007 [0020]
• Geister-Lee et al., 2007 [0020]
• Clough and Bent, 1998 [0022]
• Vandepoele et al., 2002 [0025]
• Menges et al., 2006 [0025]
• Perez et al., 2007 [0025]
• Menges et al., 2005 [0025]
• Capron et al., 2003 [0025]
• Brukhin et al., 2005 [0025]
• Schultz et al., 2007 [0025]
• Menges et al., 2005 [0030]
• Geisler-Lee et al., 2007 [0030]
• Siefert et al., 2004 [0030]
• Erhardt et al., 2002 [0030]
• Huanca-Mamani et al., 2005 [0030]
• Kwon et al., 2006 [0030]
• Rohila et al., 2006 [0031]
• Forment et al., 2002 [0031]
• Menges et al., 2005 [0031]
• Peres et al., 2007 [0032]
• Churchman et al., 2006 [0032]
• Churchman et al., 2006 [0032]
• Vandepoele et al., 2005 [0032]
• Menges et al., 2005 [0033]
• Magyar et al., 2005 [0033]
• Ishida et al., 2001 [0033]
• Wuarin et al., 2002 [0033]
• Takahashi et al., 2008 [0033]
• Mayer et al., 2001 [0033]
• Schultz et al., 2007 [0033]

Claims (10)

1. Ein Verfahren zum Isolieren neuer Zellzyklus-assoziierter Proteine umfassend (1) Durchführung einer Tap-Analyse unter Verwendung eines bekannten Zellzyklusproteins als Köder (2) Korrektur der Ergebnisse bezüglich nichtspezifischer Interaktionen und (3) erneute Bestätigung der korrigierten Ergebnisse.
2. Die Verwendung eines Zellzyklus-assoziierten Proteins isoliert mit dem Verfahren nach Anspruch 1, zur Modulation des Pflanzenwachstums.
3. Die Verwendung eines Zellzyklus-assoziierten Proteins nach Anspruch 2, wobei das Protein ausgewählt ist aus der Liste bestehend aus At1g56110, At3g17020, At3g21140, At5g25460, At5g60790, At4g38900, At3g49240, At5g24690, At1g06070, At4g34150, At1g20480, At5g20920, At3g15970, At5g13030, At1g01880, At5g07310, At2g46610, At1g10690, At3g04710, At3g24690, At4g16130, At2g05830, At1829220, At1g55890, At1g60650, At1g70830, At2g43140, At1g77180, At5g18620, At5g02530, At5g14170, At1g52730, At2g33340, At1g03060, At3g62240, At4g38740, At5g61220, At3g53880, At3g56860, At1g01970, At1g19520, At1g14620, At2g03820, At3g01280, At3g56690, At5g41190, At5g03740, At1g42440, At2g28450, At1g09760, At1g10840, At3g11830, At5g54900, At1g31760, At1g61870, At3g11760, At1g05805, At1g29200, At4g13850, At4g38780, At1g71380, At3g13640, At5g25060, At1g43700, At2g46020, At3g55760 und At5g21160 oder eine Variante davon.
4. Die Verwendung eines Zellzyklus-assoziierten Proteins, wobei das Protein ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus At1g56110, At3g17020, At3g21140, At5g25460, At5g60790, oder eine Variante davon, zur Förderung des Pflanzenwachstums.
5. Die Verwendung eines Zellzyklus-assoziierten Proteins nach Anspruch 4, wobei die Verwendung eine Überexpression ist.
6. Die Verwendung nach Anspruch 4 oder 5, wobei die Pflanzenförderung des Pflanzenwachstums gemessen wird als Zunahme der Pflanzenbiomasse.
7. Die Verwendung nach einem der Ansprüche 2–6, wobei die Pflanze eine Nutzpflanze ist.
8. Die Verwendung nach Anspruch 7, wobei die Nutzpflanze ein Getreide ist.
9. Die Verwendung nach Anspruch 8, wobei das Getreide ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Reis, Mais, Weizen, Gerste, Hirse, Roggen, Sorghum und Hafer.
10. Ein neues Zellzyklus-assoziiertes Protein isoliert mit dem Verfahren nach Anspruch 1.

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