DE112009001722B4 - Verfahren zur Diagnose von Legasthenie - Google Patents

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Abstract

Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, umfassend: a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst; b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus den SNPs rs2057482 und rs2301113; c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482 und homozygot minor (d. h. C) für rs2301113 mit Legasthenie assoziiert sind; d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.

Description

  • Anwendungsgebiet
  • Die vorliegende Erfindung bezieht sich auf ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, bei dem die DNS des besagten Menschen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen mindestens eines Gens analysiert wird, das aus einer Gruppe von spezifischen Genen ausgewählt ist, die an der neuronalen Wanderung beteiligt sind.
  • Die vorliegende Erfindung beschäftigt sich ferner mit einem Verfahren zur Diagnose von Legasthenie, bei dem die Genotypen spezifischer SNPs (englisch für ”single nucleotide polymorphism”, auf Deutsch ”Polymorphismus eines einzelnen Nukleotids”) in den Genen RTN4, OTX1, HIF1A, FOXP2, DCDC1, TUBB6 und DYX1C1 in besagter DNS bestimmt werden.
  • Die vorliegende Erfindung beschäftigt sich ferner mit der Anwendung eines solchen Verfahrens zur Diagnose von Legasthenie in einer frühen Phase in der Entwicklung eines Menschen. Außerdem kann ein Verfahren gemäß der Erfindung benutzt werden, um den Verdacht auf Legasthenie bei einem Menschen zu erhärten.
  • Hintergrund der Erfindung
  • Legasthenie kann allgemein als Krankheit beschrieben werden, die die Lese- und Schreibfähigkeiten eines Menschen beeinflusst. Ansonsten scheint ein Individuum, das an Legasthenie leidet, eine normale Entwicklung zu zeigen, einschließlich einer normalen intellektuellen Entwicklung, wie z. B. Gedächtnis- oder Lernfertigkeiten.
  • Aufgrund des spezifischen Phänotyps der Erkrankung beginnen sich die Symptome der Legasthenie üblicherweise erst in einer späten Phase der Entwicklung zu manifestieren, nämlich wenn Lese- und Schreibfähigkeiten benötigt und/oder gelehrt werden. Symptome der Legasthenie können während der ersten Jahre bemerkt werden, die ein Kind im Alter von ungefähr 5 bis 8 Jahren in der Schule verbringt.
  • Klar ersichtlich leiden die betroffenen Kinder schon während dieser ersten Schuljahre unter Nachteilen, da sie nicht in der Lage sind, die Lese- und/oder Schreibaufgaben zu meistern, mit denen sie konfrontiert sind. Ferner kann dies von sozialem Ausschluss aufgrund besagten Scheiterns begleitet sein.
  • Auch in späteren Phasen ihres Lebens ist es sehr wahrscheinlich, dass legasthene Personen an den mit Legasthenie verknüpften Symptomen leiden und bei vielen Anforderungen ihres Alltagslebens beeinträchtigt sein können.
  • Die spezifischen molekularen Geschehnisse, die der Legasthenie zu Grunde liegen, sind noch nicht verstanden. Jedoch scheint es, dass eine genetische Prädisposition eine wichtige Rolle bei der Entstehung von Legasthenie spielt. Verschiedene Linkage-Studien führten zur Identifikation von Genen, die mit Legasthenie assoziiert zu sein scheinen. Besagte Gene liegen in chromosomalen Regionen, die in experimentellen Studien kartiert wurden. Für einen Überblick zu genetischen Komponenten der Legasthenie siehe Paracchini, Scerri und Monaco; Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2007 (8); Seiten 57 bis 79: „The Genetic Lexicon of Dyslexia”.
  • Es ist weithin als ein Grundprinzip anerkannt, dass spezifische medizinische und/oder pädagogische Behandlung mit dem Ziel der Linderung der Legastheniesymptome und der Krankheit selbst so früh wie möglich in der Entwicklung einer Person beginnen sollte.
  • Ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie kann vorzugsweise so gestaltet sein, dass es so früh wie möglich durchgeführt werden kann.
  • Herkömmliche Testungen scheinen jedoch vor allem ausgeführt zu werden, nachdem sich die ersten Symptome manifestieren und somit erst nach dem ersten oder zweiten Schuljahr. Schon zu diesem Zeitpunkt kann, wie oben ausgeführt, ein Kind an den Nachteilen von Legasthenie leiden.
  • Ferner können einige Symptome der Legasthenie auch mit anderen Krankheiten wie dem Aufmerksamkeitsdefizitsyndrom (ADS) oder Hyperaktivität assoziiert sein.
  • Heutzutage werden im Fall eines unklaren Krankheitsbildes aufwändige herkömmliche Tests durchgeführt, um die entsprechende und zu Grunde liegende Krankheit eindeutig zuzuweisen. Jedoch scheinen besagte Tests einige falsch-positive Ergebnisse zu erbringen. Es wäre daher wünschenswert, ein Verfahren zu nutzen, das Legasthenie spezifisch und unabhängig von anderen verwandten Krankheiten erkennt.
  • In dieser Hinsicht ist es interessant festzuhalten, dass Schätzungen darauf hindeuten, dass circa 20% aller Schüler, die vorgeblich an Legasthenie leiden und dahingehend spezielle pädagogische Behandlung erhalten, tatsächlich an oben erwähntem ADS, Hyperaktivität oder anderen verwandten Krankheiten leiden. Daher ist die für Legasthenie entwickelte spezielle pädagogische Behandlung nicht effektiv für besagte Schüler. Folglich würden diese eine andere Art von pädagogischer Hilfe benötigen. In Deutschland werden besagte 20% auf circa 30.000 Schüler geschätzt, und die Summe, die für die falsche Art von Unterstützung ausgegeben wird, beträgt bei Kosten von circa 11.000 Euro/Jahr pro Kind für die besagte spezielle pädagogische Hilfe insgesamt mehr als 300 Millionen Euro/Jahr.
  • Allgemein umfassen herkömmliche Tests unter anderem Lese- und Rechtschreibtests und können sich über mehrere Tage erstrecken. Folglich können sie teuer und zeitaufwändig sein.
  • Es besteht also Bedarf für ein Verfahren, um Legasthenie so früh möglich im Leben eines Individuums zu diagnostizieren, welches leicht durchzuführen sowie zeit- und kosteneffizient ist.
  • Ziele und Zusammenfassung der Erfindung
  • Ein Ziel der vorliegenden Erfindung ist es, ein Verfahren bereitzustellen, das es erlaubt, Legasthenie unabhängig vom Alter des in Verdacht stehenden Individuums diagnostizieren zu können.
  • Ferner ist es ein Ziel der vorliegenden Erfindung, Anwendungsgebiete für solch ein diagnostisches Verfahren zu beschreiben.
  • Diese und andere Ziele der vorliegenden Erfindung, wie sie durch die folgende Beschreibung ersichtlich werden, werden durch den Gegenstand der unabhängigen Ansprüche gelöst. Die abhängigen Ansprüche beziehen sich auf einige der bevorzugten Ausführungsformen der Erfindung.
  • Entsprechend einem Aspekt der Erfindung wird ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem an der neuronalen Wanderung beteiligten Gen, ausgewählt aus der die Gene RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, TUBB6, DCDC1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2, DCAMKL1, HIF1A1, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1, SRF, RTN4, OTX1, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF, NRCAM, NDUFV2, GNAL, RHBDL2, NELL1, IMPA2, ELAVL4, PHC2, VAX2, TRAK1, NTRK3, FGR, CNTN6 und FOXP2 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem an der neuronalen Wanderung beteiligten Gen, ausgewählt aus der die Gene HIF1A, OTX1, RTN4, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen in der Gruppe von Genen bestehend aus HIF1A, OTX1, RTN4, FOXP2, DCDC1 und TUBB6;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer ferner bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird die DNS in Schritt b) der zwei oben erwähnten Ausführungsformen in mindestens einer weiteren Region analysiert, d. h. besagte DNS wird in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem weiteren Gen aus der die Gene RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2, DCAMKL1, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1, SRF, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF, NRCAM, NDUFV2, GNAL, RHBDL2, NELL1, IMPA2, ELAVL4, PHC2, VAX2, TRAK1, NTRK3, FGR und CNTN6 umfassenden Gruppe analysiert.
  • In besagtem Aspekt der Erfindung und in weiteren Aspekten wie nachfolgend erwähnt (wenn nicht explizit angegeben), kann die Bereitstellung der Probe des Menschen außerhalb des menschlichen Körpers stattfinden.
  • In einem anderen Aspekt bezieht sich die vorliegende Erfindung auch auf ein Verfahren zur Datenerhebung, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem an der neuronalen Wanderung beteiligten Gen, ausgewählt aus der die Gene RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, TUBB6, DCDC1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2, DCAMKL1, HIF1A, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1, SRF, RTN4, OTX1, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF, NRCAM, NDUFV2, GNAL, RHBDL2, NELL1, IMPA2, ELAVL4, PHC2, VAX2, TRAK1, NTRK3, FGR, CNTN6 und FOXP2 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
  • In einer bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird ein Verfahren zur Datenerhebung bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem Gen, ausgewählt aus der die Gene HIF1A, OTX1, RTN4, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird ein Verfahren zur Datenerhebung bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen in der Gruppe von Genen bestehend aus HIF1A, OTX1, RTN4, FOXP2, DCDC1 und TUBB6;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
  • In einer ebenso bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird die DNS in Schritt b) der zwei oben erwähnten Ausführungsformen in mindestens einer weiteren Region analysiert, d. h. besagte DNS wird in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem weiteren Gen aus der die Gene RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2, DCAMKL1, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1, SRF, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF, NRCAM, NDUFV2, GNAL, RHBDL2, NELL1, IMPA2, ELAVL4, PHC2, VAX2, TRAK1, NTRK3, FGR und CNTN6 umfassenden Gruppe analysiert.
  • In besagten Aspekten der vorliegenden Erfindung werden die besagten regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von dem besagten mindestens einen Gen, ausgewählt aus der oben aufgelisteten Gruppe von Genen, hinsichtlich der Präsenz von Punktmutationen, Deletionen, Insertionen und/oder Translokationen analysiert, die z. B. zu veränderten Genexpressionsleveln, Leserasterverschiebungen, Aminosäuresubstitutionen oder vorzeitigen Stopkodons und/oder beliebigen anderen Mutationen führen, die das Genprodukt inaktiv machen.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform, die sich auf das oben beschriebene Verfahren bezieht, beschreibt die vorliegende Erfindung ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS hinsichtlich der Präsenz von etablierten SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem an der neuronalen Wanderung beteiligten Gen, ausgewählt aus der die Gene RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, TUBB6, DCDC1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2, DCAMKL1, HIF1A, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1, SRF, RTN4, OTX1, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF, NRCAM, NDUFV2, GNAL, RHBDL2, NELL1, IMPA2, ELAVL4, PHC2, VAX2, TRAK1, NTRK3, FGR, CNTN6 und FOXP2 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform wird ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS hinsichtlich der Präsenz von etablierten SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem Gen, ausgewählt aus der die Gene HIF1A, OTX1, RTN4, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform wird ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS hinsichtlich der Präsenz von etablierten SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen in der Gruppe von Genen bestehend aus HIF1A, OTX1, RTN4, FOXP2, DCDC1 und TUBB6;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In bevorzugten Ausführungsformen, die sich auf die zwei oben erwähnten Ausführungsformen beziehen, wird die DNS in Schritt b) in mindestens einer weiteren Region hinsichtlich der Präsenz von etablierten SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem weiteren Gen aus der die Gene RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2, DCAMKL1, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1, SRF, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF, NRCAM, NDUFV2, GNAL, RHBDL2, NELL1, IMPA2, ELAVL4, PHC2, VAX2, TRAK1, NTRK3, FGR und CNTN6 umfassenden Gruppe analysiert.
  • In diesen bevorzugten Ausführungsformen der Erfindung können besagte etablierte SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem Gen, ausgewählt aus der Gruppe der oben erwähnten Gene, aus Datenbanken ermittelt werden. Somit sind besagte SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen etablierte Polymorphismen in der menschlichen DNS.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform des wie oben beschriebenen Verfahrens beschreibt die vorliegende Erfindung ferner ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse von mindestens einem der Gene RTN4, OTX1, HIF1A, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 von besagter DNS hinsichtlich der Präsenz von etablierten SNPs;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In allen wie oben aufgeführten Ausführungsformen der Verfahren ist es bevorzugt, die Analyse so auszuführen, dass besagte Analyse auch die Genotypen der analysierten Region umfasst, d. h. entweder homozygot für das seltene (im Folgenden als ”minor” bezeichnet)/häufige (im Folgenden als ”major” bezeichnet) Allel oder heterozygot.
  • In einer ferner bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung stellt die oben in Schritt c) erwähnte Referenzanalyse das Resultat einer großen Kontrollgruppe von nicht legasthenen Menschen dar.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung wird Legasthenie einem Menschen mit einer Wahrscheinlichkeit zugewiesen, die von der Anzahl der Unterschiede in den analysierten Regionen abhängig ist, d. h. je höher die Anzahl der Unterschiede, desto höher die Wahrscheinlichkeit von Legasthenie bei besagtem Menschen.
  • Weiterhin wird in einem weiteren Aspekt der Erfindung ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen beschrieben, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der Gruppe von SNPs, die rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2255112, rs2580765, rs2580772, r52588517, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs7597198 in RTN4; rs2075375 in OTX1; rs2057482, rs2301113 in HIF1A; rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs12533005, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs4727799, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1 und rs12960267 in TUBB6 umfasst;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs12469804, homozygot minor (d. h. G) für rs12713284, homozygot minor (d. h. C) für rs13387751, homozygot minor (d. h. G) für rs2255112, homozygot minor (d. h. C) für rs2580765, homozygot minor (d. h. T) für rs2580772, homozygot major (d. h. C) für rs2588517, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs2588521, homozygot minor (d. h. G) für rs2860453, homozygot minor (d. h. A) für rs2919129, homozygot minor (d. h. C) für rs2972097, homozygot minor (d. h. C) für rs6545466, homozygot minor (d. h. C) für rs6760429, homozygot minor (d. h. G) für rs7340476, homozygot minor (d. h. C) für rs7562292, homozygot minor (d. h. G) für rs7597198, homozygot major (d. h. A) für rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482, homozygot minor (d. h. C) für rs2301113, homozygot major (d. h. G) für rs1015511, homozygot major (d. h. G) für rs10228494, homozygot major (d. h. A) für rs10249234, homozygot major (d. h. A) für rs10262103, homozygot major (d. h. G) für rs10262462, homozygot major (d. h. T) für rs10266297, homozygot major (d. h. G) für rs10280045, homozygot major (d. h. G) für rs12533005, homozygot major (d. h. G) für rs1989903, homozygot major (d. h. C) für rs2040658, homozygot major (d. h. A) für rs2189010, homozygot major (d. h. G) für rs2189015, homozygot major (d. h. A) für rs2396753, homozygot major (d. h. C) für rs2894699, homozygot major (d. h. A) für rs4727799, homozygot major (d. h. A) für rs6466488, homozygot major (d. h. A) für rs6969376, homozygot major (d. h. G) für rs6974757, homozygot major (d. h. A) für rs6980093, homozygot major (d. h. G) für rs727644, homozygot major (d. h. G) für rs7785701, heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949 und homozygot minor (d. h. C) für rs12960267 mit Legasthenie assoziiert sind;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen beschrieben, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der die SNPs rs2057482; rs2075375; rs2255112; rs2301113; rs2588517; rs4255730; rs4727799; rs7121949; rs7597198; rs12324434; rs12533005 und rs12960267 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482; homozygot major (d. h. A) für rs2075375; homozygot minor (d. h. G) für rs2255112; homozygot minor (d. h. C) für rs2301113; homozygot major (d. h. C) für rs2588517; homozygot minor (d. h. A) für rs4255730; homozygot major (d. h. A) für rs4727799; heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949; homozygot minor (d. h. G) für rs7597198; homozygot major (d. h. A) für rs12324434; homozygot major (d. h. G) für rs12533005 und homozygot minor (d. h. C) für rs12960267 mit Legasthenie assoziiert sind;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung der Genotypen von in besagter DNS vorhandenen SNPs ausgewählt aus der die SNPs rs2057482; rs2075375; rs2255112; rs2301113; rs2588517; rs4255730; rs4727799; rs7121949; rs7597198; rs12324434; rs12533005 und rs12960267 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482; homozygot major (d. h. A) für rs2075375; homozygot minor (d. h. G) für rs2255112; homozygot minor (d. h. C) für rs2301113; homozygot major (d. h. C) für rs2588517; homozygot minor (d. h. A) für rs4255730; homozygot major (d. h. A) für rs4727799; heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949; homozygot minor (d. h. G) für rs7597198; homozygot major (d. h. A) für rs12324434; homozygot major (d. h. G) für rs12533005 und homozygot minor (d. h. C) für rs12960267 mit Legasthenie assoziiert sind;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer ebenso bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird der Genotyp von mindestens einem weiteren SNP in besagter DNS in Schritt b) bestimmt, worin besagter mindestens ein weiterer SNP aus einer Gruppe ausgewählt wird, die die SNPs rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2580765, rs2580772, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701, rs1075938, rs16976343, rs3743204, rs4144134, rs600753, rs685935 umfasst und worin besagter Genotyp in Schritt c) mit Genotypen verglichen wird, die mit Legasthenie assoziiert sind, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs12469804, homozygot minor (d. h. G) für rs12713284, homozygot minor (d. h. C) für rs13387751, homozygot minor (d. h. C) für rs2580765, homozygot minor (d. h. T) für rs2580772, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs2588521, homozygot minor (d. h. G) für rs2860453, homozygot minor (d. h. A) für rs2919129, homozygot minor (d. h. C) für rs2972097, homozygot minor (d. h. C) für rs6545466, homozygot minor (d. h. C) für rs6760429, homozygot minor (d. h. G) für rs7340476, homozygot minor (d. h. C) für rs7562292, homozygot major (d. h. G) für rs1015511, homozygot major (d. h. G) für rs10228494, homozygot major (d. h. A) für rs10249234, homozygot major (d. h. A) für rs10262103, homozygot major (d. h. G) für rs10262462, homozygot major (d. h. T) für rs10266297, homozygot major (d. h. G) für rs10280045, homozygot major (d. h. G) für rs1989903, homozygot major (d. h. C) für rs2040658, homozygot major (d. h. A) für rs2189010, homozygot major (d. h. G) für rs2189015, homozygot major (d. h. A) für rs2396753, homozygot major (d. h. C) für rs2894699, homozygot major (d. h. A) für rs6466488, homozygot major (d. h. A) für rs6969376, homozygot major (d. h. G) für rs6974757, homozygot major (d. h. A) für rs6980093, homozygot major (d. h. G) für rs727644, homozygot major (d. h. G) für rs7785701, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. G/A) für rs1075938, homozygot minor (d. h. C) für rs16976343, homozygot minor (d. h. T) für rs3743204, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs4144134, heterozygot (d. h. C/T) für rs600753, homozygot major (d. h. T) und heterozygot (d. h. C/T) für rs685935 mit Legasthenie assoziiert sind.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform von besagtem Aspekt der Erfindung bezieht sich das Verfahren auf die Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers.
  • In Bezug auf den besagten Aspekt bezieht sich die vorliegende Erfindung auch auf ein Verfahren zur Datenerhebung, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der Gruppe von SNPs, die rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2255112, rs2580765, rs2580772, rs2588517, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs7597198 in RTN4; rs2075375 in OTX1; rs2057482, rs2301113 in HIF1A; rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs12533005, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs4727799, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1 und rs12960267 in TUBB6 umfasst;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs12469804, homozygot minor (d. h. G) für rs12713284, homozygot minor (d. h. C) für rs13387751, homozygot minor (d. h. G) für rs2255112, homozygot minor (d. h. C) für rs2580765, homozygot minor (d. h. T) für rs2580772, homozygot major (d. h. C) für rs2588517, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs2588521, homozygot minor (d. h. G) für rs2860453, homozygot minor (d. h. A) für rs2919129, homozygot minor (d. h. C) für rs2972097, homozygot minor (d. h. C) für rs6545466, homozygot minor (d. h. C) für rs6760429, homozygot minor (d. h. G) für rs7340476, homozygot minor (d. h. C) für rs7562292, homozygot minor (d. h. G) für rs7597198, homozygot major (d. h. A) für rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482, homozygot minor (d. h. C) für rs2301113, homozygot major (d. h. G) für rs1015511, homozygot major (d. h. G) für rs10228494, homozygot major (d. h. A) für rs10249234, homozygot major (d. h. A) für rs10262103, homozygot major (d. h. G) für rs10262462, homozygot major (d. h. T) für rs10266297, homozygot major (d. h. G) für rs10280045, homozygot major (d. h. G) für rs12533005, homozygot major (d. h. G) für rs1989903, homozygot major (d. h. C) für rs2040658, homozygot major (d. h. A) für rs2189010, homozygot major (d. h. G) für rs2189015, homozygot major (d. h. A) für rs2396753, homozygot major (d. h. C) für rs2894699, homozygot major (d. h. A) für rs4727799, homozygot major (d. h. A) für rs6466488, homozygot major (d. h. A) für rs6969376, homozygot major (d. h. G) für rs6974757, homozygot major (d. h. A) für rs6980093, homozygot major (d. h. G) für rs727644, homozygot major (d. h. G) für rs7785701, heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949 und homozygot minor (d. h. C) für rs12960267 mit Legasthenie assoziiert sind;
  • In einer bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird ein Verfahren zur Datenerhebung bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der die SNPs rs2057482; rs2075375; rs2255112; rs2301113; rs2588517; rs4255730; rs4727799; rs7121949; rs7597198; rs12324434; rs12533005 und rs12960267 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482; homozygot major (d. h. A) für rs2075375; homozygot minor (d. h. G) für rs2255112; homozygot minor (d. h. C) für rs2301113; homozygot major (d. h. C) für rs2588517; homozygot minor (d. h. A) für rs4255730; homozygot major (d. h. A) für rs4727799; heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949; homozygot minor (d. h. G) für rs7597198; homozygot major (d. h. A) für rs12324434; homozygot major (d. h. G) für rs12533005 und homozygot minor (d. h. C) für rs12960267 mit Legasthenie assoziiert sind;
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird ein Verfahren zur Datenerhebung bereitgestellt, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung der Genotypen von in besagter DNS vorhandenen SNPs ausgewählt aus der die SNPs rs2057482; rs2075375; rs2255112; rs2301113; rs2588517; rs4255730; rs4727799; rs7121949; rs7597198; rs12324434; rs12533005 und rs12960267 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482; homozygot major (d. h. A) für rs2075375; homozygot minor (d. h. G) für rs2255112; homozygot minor (d. h. C) für rs2301113; homozygot major (d. h. C) für rs2588517; homozygot minor (d. h. A) für rs4255730; homozygot major (d. h. A) für rs4727799; heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949; homozygot minor (d. h. G) für rs7597198; homozygot major (d. h. A) für rs12324434; homozygot major (d. h. G) für rs12533005 und homozygot minor (d. h. C) für rs12960267 mit Legasthenie assoziiert sind;
  • In einer weiterhin bevorzugten Ausführungsform dieses Aspekts der Erfindung wird der Genotyp von mindestens einem weiteren SNP in besagter DNS in Schritt b) bestimmt, worin besagter mindestens ein weiterer SNP aus einer Gruppe ausgewählt wird, die die SNPs rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2580765, rs2580772, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701, rs1075938, rs16976343, rs3743204, rs4144134, rs600753, rs685935 umfasst und worin besagter Genotyp in Schritt c) mit Genotypen verglichen wird, die mit Legasthenie assoziiert sind, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs12469804, homozygot minor (d. h. G) für rs12713284, homozygot minor (d. h. C) für rs13387751, homozygot minor (d. h. C) für rs2580765, homozygot minor (d. h. T) für rs2580772, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs2588521, homozygot minor (d. h. G) für rs2860453, homozygot minor (d. h. A) für rs2919129, homozygot minor (d. h. C) für rs2972097, homozygot minor (d. h. C) für rs6545466, homozygot minor (d. h. C) für rs6760429, homozygot minor (d. h. G) für rs7340476, homozygot minor (d. h. C) für rs7562292, homozygot major (d. h. G) für rs1015511, homozygot major (d. h. G) für rs10228494, homozygot major (d. h. A) für rs10249234, homozygot major (d. h. A) für rs10262103, homozygot major (d. h. G) für rs10262462, homozygot major (d. h. T) für rs10266297, homozygot major (d. h. G) für rs10280045, homozygot major (d. h. G) für rs1989903, homozygot major (d. h. C) für rs2040658, homozygot major (d. h. A) für rs2189010, homozygot major (d. h. G) für rs2189015, homozygot major (d. h. A) für rs2396753, homozygot major (d. h. C) für rs2894699, homozygot major (d. h. A) für rs6466488, homozygot major (d. h. A) für rs6969376, homozygot major (d. h. G) für rs6974757, homozygot major (d. h. A) für rs6980093, homozygot major (d. h. G) für rs727644, homozygot major (d. h. G) für rs7785701, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. G/A) für rs1075938, homozygot minor (d. h. C) für rs16976343, homozygot minor (d. h. T) für rs3743204, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs4144134, heterozygot (d. h. C/T) für rs600753, homozygot major (d. h. T) und heterozygot (d. h. C/T) für rs685935 mit Legasthenie assoziiert sind.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform des Aspekts der Erfindung, der mit den SNPs in Verbindung steht, umfasst das Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen mindestens die Schritte:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der die SNPs rs2255112, rs2588518 und rs7597198 in RTN4; rs2075375 in OTX1; rs2057482 und rs2301113 in HIF1A; rs12533005 und rs4727799 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1 und rs12960267 in TUBB6 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs2255112, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs7597198, homozygot major (d. h. A) für rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482, homozygot minor (d. h. C) für rs2301113, homozygot major (d. h. G) für rs12533005, homozygot major (d. h. A) für rs4727799, heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949 und homozygot minor (d. h. C) für rs12960267 mit Legasthenie assoziiert sind;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • Weiterhin wird in einem anderen Aspekt dieser Erfindung ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen beschrieben, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der die SNPs rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2255112, rs2580765, rs2580772, rs2588517, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs7597198 in RTN4; rs2075375 in OTX1; rs2057482, rs2301113 in HIF1A; rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs12533005, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs4727799, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1; rs12960267 in TUBB6; rs1075938, rs12324434, rs16976343, rs3743204, rs4144134, rs4255730, rs600753, rs685935 in DYX1C1 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs12469804, homozygot minor (d. h. G) für rs12713284, homozygot minor (d. h. C) für rs13387751, homozygot minor (d. h. G) für rs2255112, homozygot minor (d. h. C) für rs2580765, homozygot minor (d. h. T) für rs2580772, homozygot major (d. h. C) für rs2588517, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs2588521, homozygot minor (d. h. G) für rs2860453, homozygote minor (d. h. A) für rs2919129, homozygot minor (d. h. C) für rs2972097, homozygot minor (d. h. C) für rs6545466, homozygot minor (d. h. C) für rs6760429, homozygot minor (d. h. G) für rs7340476, homozygote minor (d. h. C) für rs7562292, homozygot minor (d. h. G) für rs7597198, homozygot major (d. h. A) für rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482, homozygot minor (d. h. C) für rs2301113, homozygot major (d. h. G) für rs1015511, homozygote major (d. h. G) für rs10228494, homozygot major (d. h. A) für rs10249234, homozygot major (d. h. A) für rs10262103, homozygot major (d. h. G) für rs10262462, homozygot major (d. h. T) für rs10266297, homozygot major (d. h. G) für rs10280045, homozygote major (d. h. G) für rs12533005, homozygot major (d. h. G) für rs1989903, homozygot major (d. h. C) für rs2040658, homozygote major (d. h. A) für rs2189010, homozygot major (d. h. G) für rs2189015, homozygot major (d. h. A) für rs2396753, homozygot major (d. h. C) für rs2894699, homozygot major (d. h. A) für rs4727799, homozygote major (d. h. A) für rs6466488, homozygot major (d. h. A) für rs6969376, homozygot major (d. h. G) für rs6974757, homozygot major (d. h. A) für rs6980093, homozygot major (d. h. G) für rs727644, homozygote major (d. h. G) für rs7785701, heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949, homozygot minor (d. h. C) für rs12960267, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. G/A) für rs1075938, homozygot major (d. h. A) für rs12324434, homozygot minor (d. h. C) für rs16976343, homozygot minor (d. h. T) für rs3743204, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs4144134, homozygot minor (d. h. A) für rs4255730, heterozygot (d. h. C/T) für rs600753, homozygot major (d. h. T) und heterozygot (d. h. C/T) für rs685935 mit Legasthenie assoziiert sind;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform von besagtem Aspekt der Erfindung bezieht sich das Verfahren auf die Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers.
  • Bezogen auf den besagten Aspekt bezieht sich die vorliegende Erfindung auch auf ein Verfahren zur Datenerhebung, das mindestens die Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der die SNPs rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2255112, rs2580765, rs2580772, rs2588517, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs7597198 in RTN4; rs2075375 in OTX1; rs2057482, rs2301113 in HIF1A; rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs12533005, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs4727799, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1; rs12960267 in TUBB6; rs1075938, rs12324434, rs16976343, rs3743204, rs4144134, rs4255730, rs600753, rs685935 in DYX1C1 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs12469804, homozygot minor (d. h. G) für rs12713284, homozygot minor (d. h. C) für rs13387751, homozygot minor (d. h. G) für rs2255112, homozygot minor (d. h. C) für rs2580765, homozygot minor (d. h. T) für rs2580772, homozygot major (d. h. C) für rs2588517, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs2588521, homozygot minor (d. h. G) für rs2860453, homozygote minor (d. h. A) für rs2919129, homozygot minor (d. h. C) für rs2972097, homozygot minor (d. h. C) für rs6545466, homozygot minor (d. h. C) für rs6760429, homozygot minor (d. h. G) für rs7340476, homozygote minor (d. h. C) für rs7562292, homozygot minor (d. h. G) für rs7597198, homozygot major (d. h. A) für rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482, homozygot minor (d. h. C) für rs2301113, homozygot major (d. h. G) für rs1015511, homozygote major (d. h. G) für rs10228494, homozygot major (d. h. A) für rs10249234, homozygot major (d. h. A) für rs10262103, homozygot major (d. h. G) für rs10262462, homozygot major (d. h. T) für rs10266297, homozygot major (d. h. G) für rs10280045, homozygote major (d. h. G) für rs12533005, homozygot major (d. h. G) für rs1989903, homozygot major (d. h. C) für rs2040658, homozygote major (d. h. A) für rs2189010, homozygot major (d. h. G) für rs2189015, homozygot major (d. h. A) für rs2396753, homozygot major (d. h. C) für rs2894699, homozygot major (d. h. A) für rs4727799, homozygote major (d. h. A) für rs6466488, homozygot major (d. h. A) für rs6969376, homozygot major (d. h. G) für rs6974757, homozygot major (d. h. A) für rs6980093, homozygot major (d. h. G) für rs727644, homozygote major (d. h. G) für rs7785701, heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949, homozygot minor (d. h. C) für rs12960267, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. G/A) für rs1075938, homozygot major (d. h. A) für rs12324434, homozygot minor (d. h. C) für rs16976343, homozygot minor (d. h. T) für rs3743204, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs4144134, homozygot minor (d. h. A) für rs4255730, heterozygot (d. h. C/T) für rs600753, homozygot major (d. h. T) und heterozygot (d. h. C/T) für rs685935 mit Legasthenie assoziiert sind;
  • In einer bevorzugten Ausführungsform von besagtem Aspekt der Erfindung umfasst das Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen mindestens die Schritte:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der die SNPs rs2255112, rs2588518 und rs7597198 in RTN4; rs2075375 in OTX1; rs2057482 und rs2301113 in HIF1A; rs12533005 und rs4727799 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1; rs12960267 in TUBB6; rs12324434, rs4255730 in DYX1C1 umfassenden Gruppe;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs2255112, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs7597198, homozygot major (d. h. A) für rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482, homozygot minor (d. h. C) für rs2301113, homozygot major (d. h. G) für rs12533005, homozygot major (d. h. A) für rs4727799, heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949, homozygot minor (d. h. C) für rs12960267, homozygot major (d. h. A) für rs12324434 und homozygot minor (d. h. A) für rs4255730 mit Legasthenie assoziiert sind;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung hinsichtlich des Aspekts der Erfindung hinsichtlich der Bestimmung von SNPs wird Legasthenie einem Menschen mit einer Wahrscheinlichkeit zugewiesen, die von der Anzahl der Übereinstimmungen zwischen den Genotypen der analysierten SNPs und den mit Legasthenie assoziierten SNPs abhängig ist, d. h. je höher die Anzahl der Übereinstimmungen zwischen besagten SNPs, desto höher die Wahrscheinlichkeit von Legasthenie bei besagtem Menschen.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung ist der Mensch, von dem eine Probe bereitgestellt wird, die DNS enthält, ein kaukasischer Mensch. Besagter Kaukasier kann weiterhin in einer Ausführungsform vorzugsweise zu einer Indo-Germanisch sprechenden Population gehören; jedoch kann dieser Kaukasier auch zu einer West-Germanisch sprechenden, Hochdeutsch oder Deutsch sprechenden Population gehören.
  • Weiterhin wird in einer ebenso bevorzugten Ausführungsform eines Verfahrens zur Diagnose von Legasthenie die DNS enthaltende Probe aus einer Gewebeprobe wie Blut, Haut oder Speichel des Menschen gewonnen oder aus einer Probe, die Zellen des zu testenden Individuums enthält.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform des Verfahrens der vorliegenden Erfindung wird die in der Probe des Menschen enthaltene DNS zuerst gereinigt und dann vorzugsweise amplifiziert, und zwar außerhalb des menschlichen Körpers.
  • Für ein Verfahren der vorliegenden Erfindung ist es weiterhin bevorzugt, die Analyse so auszuführen, dass sie unter Nutzung von mindestens einer Technik ausgewählt aus der die Techniken DNS-Sequenzierung, DNS-Mikroarray, Real-time PCR und Massenspektrometrie umfassenden Gruppe durchgeführt wird. Jedoch kann jedes andere Verfahren, das für die Analyse von DNS und/oder die Bestimmung eines Genotyps geeignet ist, genutzt werden.
  • Noch ein anderer Aspekt der Erfindung bezieht sich auf die Nutzung von wie oben beschriebenen Verfahren.
  • In einer Ausführungsform kann ein wie oben beschriebenes Verfahren in einer Vorsorgeuntersuchung eines Menschen in einem Entwicklungsstadium genutzt werden, das zu früh für das Auftreten von manifesten Symptomen von Legasthenie ist.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform kann die Vorsorgeuntersuchung eine routinemäßige Vorsorgeuntersuchung für Kinder im Alter von zwölf Monaten sein.
  • In einer weiteren Ausführungsform zur Nutzung eines Verfahrens gemäß der Erfindung kann das wie oben beschriebene Verfahren genutzt werden, um eine frühe Diagnose zu erreichen und Kindern mit einer Legastheniediagnose spezielle medizinische und/oder pädagogische Behandlung zukommen zu lassen.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform kann ein wie oben beschriebenes Verfahren genutzt werden, um die Legastheniediagnose eines schon mit herkömmlichen Verfahren wie Lese- und Rechtschreibtests getesteten Menschen zu erhärten.
  • Weiterhin wird in einem anderen Aspekt dieser Erfindung eine DNS-Mikroarray Vorrichtung beschrieben. Besagte Mikroarray-Vorrichtung umfasst mindestens:
    • a) eine Kammer, die geeignet ist, eine Flüssigkeitsprobe zu enthalten, worin besagte Flüssigkeitsprobe DNS des auf Legasthenie zu testenden Individuums enthält;
    • b) ein oder mehrere verschiedene Sondennukleotide, die an unterschiedlichen Orten auf einer Oberfläche der Kammer positioniert sind, worin die Sondennukleotide Sondennukleotide umfassen, die spezifisch mindestens einen der SNPs rs2255112, rs2588517, rs7597198, rs2075375, rs2057482, rs2301113, rs12533005, rs4727799, rs7121949, rs12960267, rs12324434 und rs4255730 detektieren.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform umfasst besagtes Mikroarray
    • a) eine Kammer, die geeignet ist, eine Flüssigkeitsprobe zu enthalten, worin besagte Flüssigkeitsprobe DNS des auf Legasthenie zu testenden Individuums enthält;
    • b) ein oder mehrere verschiedene Sondennukleotide, die an unterschiedlichen Orten auf einer Oberfläche der Kammer positioniert sind, worin die Sondennukleotide Sondennukleotide umfassen, die spezifisch mindestens die Gruppe der SNPs bestehend aus rs2057482; rs2075375; rs2255112; rs2301113; rs2588517; rs4255730; rs4727799; rs7121949; rs7597198; rs12324434; rs12533005 und rs12960267 detektieren.
  • Detaillierte Beschreibung der Erfindung
  • Die Erfinder haben herausgefunden, dass es möglich ist, bei einem Menschen Legasthenie zu diagnostizieren, basierend auf der Analyse von DNS des besagten Menschen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem Gen, das an neuronaler Wanderung beteiligt ist, ausgewählt aus der in Tabelle 1 aufgelisteten Gruppe von Genen. Nach dem Vergleich besagter Resultate mit den Resultaten einer Referenzanalyse ist es möglich, einem Menschen Legasthenie zuzuweisen.
  • Weiterhin haben die Erfinder herausgefunden, dass besagte Diagnose auf der Bestimmung von mindestens einem Genotyp eines wie in Tabelle 2 aufgeführten SNPs und dem Vergleich von besagtem Genotyp mit dem mit Legasthenie korrespondierenden Genotyps basieren kann.
  • Besagtes Verfahren kann zur Legastheniediagnose genutzt werden, zum Beispiel wenn es während einer Routinevorsorgeuntersuchung für Kinder verwendet wird.
  • Im Falle, dass eine genetische Komponente für die Anfälligkeit eines Individuums für eine Krankheit gezeigt wurde, kann es mehrere Vorteile geben, eine Diagnose auf besagter genetischer Komponente basieren zu lassen.
  • Zunächst ist es einfach, eine DNS-umfassende Probe zu erhalten, um DNS-Regionen zu analysieren, die an der Krankheit beteiligt sind. Weiterhin scheint es aufgrund der Fortschritte, die in den letzten Jahren bei den Techniken für solch eine Analyse gemacht wurden, möglich, sehr verlässliche Resultate zu erhalten. Besagte Analyseverfahren sind heutzutage Routineverfahren und dem Fachmann bekannt. Die Analyse einer Probe kann in einer Chargenauswertung zusammen mit anderen Proben durchgeführt werden. Der Markt für besagte Detektionsverfahren ist hochkompetitiv, und daher sind die Kosten niedrig und es scheint, dass innerhalb der nächsten Jahre die Preise sogar noch weiter fallen werden. Weiterhin scheint das erfindungsgemäße Detektionsverfahren nur auf genetisches Material angewiesen zu sein; daher scheint kein weiterer Beitrag des zu testenden Individuums notwendig zu sein.
  • Bei der detaillierten Beschreibung exemplarischer Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung werden Definitionen gegeben, die für das Verständnis der vorliegenden Erfindung wichtig sind.
  • Wie in der Beschreibung und den beigefügten Ansprüchen verwendet, umfasst die Singularform von „ein/eine” auch den jeweiligen Plural, wenn aus dem Kontext nichts anderes hervorgeht.
  • Im Kontext der vorliegenden Erfindung bezeichnet der Begriff „ungefähr” und „circa” ein Zuverlässigkeitsintervall, das ein Fachmann so versteht, dass der technische Effekt des in Frage stehenden Merkmals noch erreicht wird. Der Begriff bezeichnet „typischerweise” eine Abweichung des bezeichneten numerischen Werts von ±10% und bevorzugt ±5%.
  • Der Begriff „umfassend” darf nicht als limitierend verstanden werden. Für den Zweck der vorliegenden Erfindung wird der Begriff „bestehend aus” als bevorzugte Ausführungsform von „umfassend” angesehen. Falls nachstehend eine Gruppe dahingehend definiert ist, dass sie mindestens eine bestimmte Anzahl an Ausführungsformen umfasst, bezeichnet dies auch eine Gruppe, die vorzugsweise nur aus diesen Ausführungsformen besteht.
  • Wie oben dargelegt bezieht sich die vorliegende Erfindung auf ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen. Besagtes Verfahren umfasst mindestens die Schritte:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem an der neuronalen Wanderung beteiligten Gen, ausgewählt aus der in Tabelle 1 beschriebenen Gruppe;
    • c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • Die vorliegende Erfindung bezieht sich auch auf ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, das mindestens die folgenden Schritte umfasst:
    • a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst;
    • b) Bestimmung der Genotypen von in besagter DNS vorhandenen SNPs ausgewählt aus der in Tabelle 2 beschriebenen Gruppe von SNPs;
    • c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die assoziierten Genotypen in Tabelle 2 beschrieben sind;
    • d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  • Im Kontext der vorliegenden Erfindung wird der Begriff „Legasthenie” so verwendet, wie er auf dem Gebiet der Medizin bekannt und definiert ist. „Legasthenie” soll eine komplexe, durch unerwartete Schwierigkeiten beim Erlernen von Lesen und/oder Schreiben und/oder Verstehen von Wörtern/Texten und/oder Buchstabieren charakterisierte Störung bei ansonsten normaler Intelligenz beschreiben. Die Krankheit kann sich in verschiedenen Schweregraden manifestieren, von denen alle durch den hier benutzten Begriff „Legasthenie” umfasst werden sollen. Es kann bevorzugt sein, den Begriff „Legasthenie” wie hier verwendet mit Leseschwäche zu assoziieren. Der Begriff „Legasthenie” wie hier verwendet kann jedoch auch mit allen Störungen und/oder Problemen beim Schreiben assoziiert werden.
  • Da das Verfahren der vorliegenden Erfindung die Analyse von genetischem Material betrifft, ist es in einem ersten Schritt notwendig, genetisches Material des zu testenden Individuums bereitzustellen. In den meisten Fällen kann besagtes Individuum ein Kind im Alter von 12 Monaten oder sogar jünger sein. In den meisten Fällen ist es bevorzugt, eine Gewebeprobe des betreffenden Individuums als eine DNS enthaltende Probe zu verwenden, wie z. B. Blut, Haut oder Speichel des besagten Individuums. Jede andere Probe kann auch verwendet werden, jedoch muss besagte Probe genetisches Material, d. h. DNS des Individuums, enthalten. Jedes dem Fachmann bekannte Verfahren zur Sammlung und Bereitstellung besagter Probe kann verwendet werden. Eine Blutprobe kann zum Beispiel mittels einer mit einem sterilen Röhrchen verbundenen sterilen Nadel aus einer Vene eines Arms eines Individuums genommen werden. Eine Speichelprobe kann zum Beispiel genommen werden, indem ein steriles Wattestäbchen verwendet und Speichel aus dem Mund- und Rachenraum eines Individuums gesammelt wird, oder indem besagter Raum gespült und besagte Spüllösung gesammelt wird. Eine Speichelprobe kann jedoch auch Speichel enthalten, welcher von dem Individuum gespuckt und gesammelt wurde. Besagter erster Schritt des der Erfindung gemäßen Verfahrens kann direkten Kontakt mit dem Körper des zu untersuchenden Individuums umfassen. Jedoch, wie z. B. im Falle der Sammlung des gespuckten Speichels, involviert besagter erster Schritt nicht notwendigerweise Kontakt mit dem Körper des Individuums. In jedem Fall können alle weiteren Schritte außerhalb des menschlichen Körpers ausgeführt werden.
  • Sobald eine DNS enthaltende Probe eines Individuums gewonnen wurde, kann es hilfreich sein, die DNS vor jeder Art der Analyse aufzureinigen. Für diesen Aufreinigungsschritt kann jedes dem Fachmann bekannte Verfahren verwendet werden. Dies kann Zentrifugationsschritte, Ausfällungsschritte, Dialyseschritte, Erhitzungs- und Kühlschritte, Denaturierungsschritte und so weiter umfassen. Üblicherweise liegt am Ende solcher Aufreinigungsprotokolle die DNS des Individuums in einem geeigneten Puffer in einer geeigneten Konzentration und einem Reinheitsgrad vor, der für jede weitere Analyse ausreicht. In speziellen Fällen kann man die Menge und Reinheit der DNS nach den Aufreinigungsschritten bestimmen, z. B. mittels UV-Spektrometrie wie dem Fachmann bekannt. Auf diese Weise kann jede Verunreinigung aufgrund von noch in der Lösung vorhandenen Proteinen durch Messung bei einer Wellenlänge von 280 Nanometern definiert werden, wobei die Reinheit und Konzentration der DNS durch Verwendung von 260 Nanometern gefolgt von der Analyse der entsprechenden Höchstwerte analysiert werden kann. Jedoch kann jedes Standardprotokoll zur Aufreinigung von DNS mit dem Endziel der Bereitstellung einer für die verwendete Analysemethode geeigneten DNS-Probe verwendet werden. Da verschiedene wie unten diskutierte Verfahren verwendet werden können, kann die Aufreinigung auch gemäß der in späteren Schritten genutzten Methode variieren.
  • Es kann auch bevorzugt sein, die DNS des Individuums nicht nur aufzureinigen, sondern auch zu amplifizieren. Heutzutage sind viele verschiedene Methoden der Amplifikation möglich; jedoch basieren die meisten, wenn nicht alle von ihnen, auf der PCR-Technik. Daher kann man Primer entwerfen, die stromaufwärts und stromabwärts der interessierenden DNS-Region gelegen sind (einer hybridisiert mit dem Watson-Strang, einer hybridisiert mit dem Crick-Strang), um besagte Region zu umfassen. Durch Hinzufügung geeigneter Enzyme, wie Polymerasen, und Verwendung mehrerer Temperaturzyklen, die Denaturierung, Anlagerung und Reaktionstemperaturen umfassen, kann die interessierende Region amplifiziert werden. In Fällen, wo auf Hybridisierung basierende Detektionsmethoden in späteren Schritten benutzt werden, kann es bevorzugt sein, markierte Primer und/oder markierte Nukleotide in die Amplifikationsreaktion einzuschließen, um die interessierenden DNS-Regionen schon in diesem initialen Schritt für eine einfachere zweckmäßigere Detektion besagter Regionen in den entsprechenden folgenden Assays, wie DNS-Mikroarrays, zu markieren.
  • Somit umfassen die ersten Schritte des Verfahrens zur Detektion von Legasthenie in einem Menschen die Bereitstellung einer Probe, die die DNS des Individuums enthält, vorzugsweise die Aufreinigung besagter DNS aus der Probe sowie vorzugsweise die Amplifizierung der interessierenden Regionen besagter DNS vor den folgenden Analyseschritten. Alle diese bisher erwähnten Schritte und Verfahren sind dem Fachmann bekannte Routineverfahren, und jedes bekannte für den entsprechenden Zweck geeignete Verfahren kann verwendet werden.
  • Im folgenden Schritt kann die optional aufgereinigte und amplifizierte DNS nun in bestimmten DNS-Regionen mittels eines Verfahrens analysiert werden, das weiter unten nach der Diskussion der interessierenden genomischen Regionen ausgeführt ist.
  • Ohne an eine wissenschaftliche Theorie gebunden sein zu wollen, wurde angenommen, dass jede Unterbrechung des Prozesses der neuronalen Wanderung eine Rolle in der Entstehung von Legasthenie spielen kann. Die Erfinder strebten an, Gene zu identifizieren, von denen bekannt ist oder angenommen wird, dass sie eine Rolle in der neuronalen Wanderung spielen, und solche Gene mit chromosomalen Regionen in Verbindung zu bringen, die potentiell bei Legasthenie involviert sind. Gene, die an neuronaler Wanderung beteiligt sind, wurden mittels des PANTHER classification system (www.pantherdb.org) ausgewählt. Auf diese Weise haben die Erfinder herausgefunden, dass die in Tabelle 1 aufgelisteten 40 Gene an der Anfälligkeit für Legasthenie beteiligt zu sein scheinen. Diese Gene sind zusammen mit den EntrezGene GeneID-Nummern, wie in der NCBI Datenbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/index.html) verwendet, und den entsprechenden Alias-Namen der Gene in Tabelle 1 aufgelistet. Tabelle 1: Gene, die an der Anfälligkeit für Legasthenie beteiligt sind
    # Gene EntrezGene Zugangskode (GenID-Nummer) Alias
    1 RELN 5649 EC 3.4... 21.-, RL, reelin
    2 CDK5 1020 EC 2.7.11.22, PSSALRE
    3 DCX 1641 DBCN, DC, Doublin, LISX, Lis-X, Lissencephalin-X, TTHUMP00000062892, SCLH, XLIS, doublecortex, doublecortin, doublin, lissencephalin-X
    4 MDCR 4186 LIS-1, LIS1, LIS2, PAFAH1B1, MDS, PAFAH, PAFAHA, PAFAH1B1
    5 SMPD1 6609 ASM, EC 3.1.4.12, NPD, aSMase
    6 TUBB6 84617 HsT1601, MGC132410, MGC4083, TUBB-5
    7 DCDC1 341019 RP4-535H23.2
    8 VAPA 9218 MGC3745, VAMP-A, VAP-33, VAP-A, VAP33, hVAP-33
    9 SMPDL3B 27293 ASML3B, EC 3.1.4.-
    10 DCDC2B 149069
    11 DCDC2C 767840
    12 LOC728597 728597
    13 DCAMKL2 166614 DCAMKL2, DCDC3B, DCK2, DKFZp7611032, EC 2.7.11.1, MGC45428, DCLK2
    14 DCAMKL1 9201 DCAMKL1, DCDC3A, DCLK, EC 2.7.11.1, KIAA0369, DCLK1
    15 HIF1A 3091 HIF-1ALPHA, HIF-1alpha, HIF1, HIF1-ALPHA, MOP1, PASD8
    16 TBP 6908 GTF2D, GTF2D1, MGC117320, MGC126054, MGC126055, SCA17, TF2D, TFIID
    17 SEMA3A 10371 Hsema-I, Hsema-III. MGC133243, SEMA1, SEMA1-PEN, SEMAD, SEMAIII, SEMAL, SemD, coH-1, semaphorin-like
    18 TSNAX 7257 TRAX
    19 DISC1 27185 KIAA0457, SCZD9
    20 SRF 6722 ELK3, ERP, MCM1, OTTHUMP00000039820
    21 RTN4 57142 ASY, Foocen, KIAA0886, NI220/250, NOGO, NOGO-A, NOGOA, NOGOB, NOGOC, NSP, NSP-CL, Nb1a00271, Nb1a10545, RTN-X, RTN-x, RTN4-A, RTN4-B1, RTN4-B2, RTN4-C, Reticulon-4, Reticulon-5, SP1507, foocen, reticulon-4A
    22 OTX1 5013 FLJ38361, MGC15736
    23 CNTN4 152330 AXCAM, BIG-2, CNTN4A, MGC33615
    24 NRG1 3084 ARIA, GGF, GGF2, HGL, HRG, HRG1, HRGA, NDF, Pro-NRG1, SMDF
    25 DNER 92737 BET, H_NH0150002.1, UNQ26, WUGSC:H_NH0150002.1, bet
    26 PTPRF 5792 EC3.1.3.48, FLJ43335, FLJ45062, FLJ45567, LAR, LAC-homolog
    27 NRCAM 4897 Bravo, KIAA0343, MGC138845, MGC138846, Ng-CAM-related, Nr-CAM, NrCAM-, bravo, hbravo
    28 NDUFV2 4729 EC 1.6.5.3, EC 1.6.99.3
    29 GNAL 2774
    30 RHBDL2 54933 EC 3.4.21.105, FLJ20435, MGC16997, RRP2
    31 NELL1 4745 IDH3GL, NRP1
    32 IMPA2 3613 EC 3.1.3.25, IMP.18P
    33 ELAVL4 1996 HUD, PNEM
    34 PHC2 1912 EDR2, HPH2, MGC163502, PH2, hPH2
    35 VAX2 25806 DRES93
    36 TRAK1 22906 KIAA1042, OIP106
    37 NTRK3 4916 EC 2.7.10.1, GP145-TrkC, TRKC, Trk-C, gp145(trkC)
    38 FGR 2268 EC 2.7.10.2, FLJ43153, MGC75096, P55-FGR, SRC2, e-fgr, e-sre2, p55e-fgr, p58efgr
    39 CNTN6 27255 MGC133256, NB-3, NB3, hNB-3
    40 FOXP2 93986 CAGH44, DKFZp686H1726, SPCH1, TNRC10
  • Im Folgenden wird das Ziel der Analyse von mindestens einem aus der wie oben ausgeführten Gruppe von Genen ausgewählten Gen diskutiert.
  • In einer sehr vereinfachten Sichtweise eines „gesunden” und eines „kranken” Zustands in Bezug auf eine genetische Komponente kann man die Assoziation eines Gens mit einer Krankheit wie folgt erklären.
  • Für besagtes Gen kann ein ”Wildtyp” Zustand definiert werden. Besagter Zustand kann die Expressionsregulation besagten Gens und das Genprodukt selbst umfassen, wie unten im Detail definiert. Getrennt vom Wildtyp-Zustand kann auch ein „Mutanten”-Zustand definiert werden. Besagter Zustand bezieht sich auf eine vom Wildtyp abweichende Situation.
  • Weiterhin ist besagtes Gen in jedem Individuum in zwei Allelen vorhanden. Bei der Bezugnahme auf die zwei Allele besagten Gens bezieht man sich üblicherweise auf den Genotyp des besagten Allels. Die Begriffe „Allel” und „Genotyp des besagten Allels” oder einfach „Genotyp” werden in vorliegender Erfindung wie dem Fachmann bekannt verwendet. Folglich sind in jedem Individuum zwei Allele eines Gens vorhanden, und besagte zwei Allele können identisch sein, beispielsweise im Wildtyp-Zustand; in diesem Fall wird der Genotyp als „homozygoter Wildtyp” für besagtes Allel bezeichnet. Im Falle, dass sich besagte zwei Allele in entweder einer einzelnen Base oder einer bestimmten Region unterscheiden, wird der Genotyp als „heterozygot” für besagte Region des besagten Allels bezeichnet.
  • Wie oben dargelegt kann ein „Wildtyp-Zustand” eines Gens die Regulation und Expression eines Gens umfassen. Im Folgenden werden die Begriffe „Regulation” und „Expression” angesprochen.
  • Die Regulation eines Gens scheint, zumindest teilweise, von Proteinbindungspartnern (wie Transkriptionsfaktoren) abzuhängen, die an regulatorische DNS-Regionen besagten Gens binden. Besagte regulatorische Regionen unterscheiden sich üblicherweise von den kodierenden Regionen eines Gens, d. h. sie können zum Beispiel in einer Region weit weg von der kodierenden Region selbst lokalisiert sein. Die Bindung von Proteinen an DNS hängt üblicherweise von einer bestimmten Sequenz von Nukleotiden in besagter Region ab; folglich kann eine definierte Sequenz Andockstellen für Transkriptionsfaktoren schaffen. An diesen Andock- oder Bindestellen können Proteinkomplexe assemblieren, die die „Expression des Gens” regulieren. Folglich können bestimmte regulatorische Sequenzen, wie Promotoren, eine wichtige Rolle für den Expressionsgrad eines Gens spielen. Im Kontext der vorliegenden Erfindung kann jede Sequenz, die nicht das Genprodukt kodiert, aber Teil besagten Gens ist, als „regulatorische Region” bezeichnet werden; auch sowohl stromaufwärts als auch -abwärts gelegene regulatorische Regionen und Introns werden als „regulatorische Region” bezeichnet.
  • Der wie hier verwendete Begriff „Expression eines Gens” umfasst mindestens zwei Schritte. Die Transkription des interessierenden Gens in entsprechende RNS ist ein Schritt der Genexpression. Im Falle, dass ein Protein durch das Gen kodiert wird, wird besagte RNS als mRNS bezeichnet. Die mRNS kann weiter verarbeitet (z. B. gespleißt) werden, und in einem zweiten Schritt wird die mRNS in ein Protein translatiert. Proteine können die Endprodukte der Genexpression sein. Die Menge eines Proteins als Endprodukt kann mit dem Grad der Genexpression korrelieren. Jedoch können auch RNS-Moleküle, wie mikroRNSs, die Endprodukte der Genexpression sein. Besagte RNSs können in einem zweiten Schritt auch Gegenstand von Verarbeitung und Modifikation sein. Im Kontext der vorliegenden Erfindung können Proteine als Genendprodukte bevorzugt sein und sind nachfolgend diskutiert. Jedoch werden andere Genendprodukte einschließlich Spleiß-Varianten und dergleichen auch von der vorliegenden Erfindung umfasst.
  • Die kodierende Region eines Gens bestimmt eine definierte Sequenz von Aminosäuren entsprechend dem genetischen Kode. Besagte Aminosäuresequenz scheint selbst die Gesamtstruktur des letztendlichen Proteins zu definieren und zu bestimmen.
  • Die kodierende Sequenz eines Gens muss nicht notwendigerweise ununterbrochen sein; es kann dazwischen nicht-kodierende Abschnitte geben, die regulatorische Funktion haben können. Typischerweise bezeichnet man die Exons eines Gens als die kodierenden Regionen, wohingegen Introns als nicht-kodierende Regionen bezeichnet werden. Wie oben erwähnt, können besagte Regionen regulatorische Funktionen haben. Jedoch sind beide Regionsarten Teil eines Gens. Im Kontext von Proteinen als Genendprodukt soll der Begriff „kodierende Region” oder „kodierende Sequenz” eine DNS-Sequenz umfassen, welche am 5'-Ende mit dem Startkodon, d. h. ATG, beginnt. Dieses Triplett kodiert die erste Aminosäure, ein Methionin, des entsprechenden Proteins, wenn die Translation der mRNS initiiert wird. Entsprechend endet die kodierende Region am 3'-Ende mit einem Stopkodon, z. B. TAG, um die Proteintranslation zu beenden. Die Translation der mRNS resultiert in einem Protein, welches sich aus verschiedenen Domänen/Polypeptiden/Teilen zusammensetzen kann.
  • Es kann folglich eine definierte DNS-Sequenz eines Gens geben, die aus regulatorischen und kodierenden Regionen zusammengesetzt ist. Dies kann zu einer definierten und regulierten Expression besagten Gens führen, wobei das Genprodukt z. B. ein Protein mit einer definierten Aminosäuresequenz und Funktion ist. Dies kann als der Wildtyp-Zustand besagten Gens bezeichnet werden.
  • Besagtes Gen kann jedoch nicht im Wildtyp-Zustand vorliegen, sondern vielmehr in einem mutierten Zustand, z. B. hinsichtlich der Expression oder der Struktur des Genprodukts.
  • Mutationen in den regulatorischen Regionen eines Gens können zur Fehlregulation der Genexpression führen; Mutationen in Promotorsequenzen können die Bindestellen für in der Genregulation wichtige Transkriptionsfaktoren stören oder Bindungsaffinitäten beeinflussen, was entweder zu einem höheren oder erniedrigten Expressionsgrad führen kann. Obwohl die Endprodukte der Genexpression, z. B. ein Protein, so funktional wie das Wildtyp-Protein sein können, kann die Fehlregulation zu einem Erkrankungszustand führen.
  • Beispiele sind Onkogene in verschiedenen Krebsarten, die permanent angeschaltet sind, anstatt zum Beispiel während des Zellzyklus reguliert zu werden.
  • Abgesehen von der Fehlregulation können „Fehler” im Genendprodukt auch die Ursache für eine Krankheit sein. Wenn ein Protein das Endprodukt ist, kann es sich folglich vom Wildtyp-Protein in einer oder mehreren Aminosäuren unterscheiden. Im Falle, dass eine für die Gesamtstruktur des Proteins wichtige Aminosäure betroffen ist und diese von einer Aminosäure ersetzt wird, die die strukturellen Erfordernisse nicht erfüllt, kann die Gesamtstruktur gestört und das Protein nicht funktional sein. Ferner können Bindungsaffinitäten eines Proteins aufgrund von unterschiedlichen, in dem mutierten Protein vorhandenen Oberflächen gestört sein. Weiterhin gibt es definierte Positionen für bestimmte für die enzymatische Funktion wichtige Aminosäuren, deren Austausch das gesamte Enzym inaktiviert. Ein Protein kann auch inaktiviert werden, indem es in unterschiedlichem Grade verkürzt wird oder indem eine neue Domäne und/oder ein Teil eines anderen Proteins eingefügt wird.
  • Die Basis für ein nicht funktionales Protein können Mutationen in der für besagte Region kodierenden DNS sein. Im Falle, dass beispielsweise ein Nukleotid in der kodierenden Sequenz fehlt oder ein Nukleotid zusätzlich eingefügt wurde, wird der aus Nukleotidtripletts zusammengesetzte genetische Kode verschoben und kodiert folglich in den meisten Fällen eine Nonsense-Aminosäuresequenz. Dies wird üblicherweise als Leserasterverschiebung bezeichnet. Jedoch können andere Mutationen, wie Punktmutationen, zu Aminosäureaustauschen oder zur Erzeugung von Stopkodons führen, was wiederum zu verkürzten Proteinen führt. Zusätzliche Mutationen auf DNS-Ebene umfassen Deletionen, Insertionen und Translokationen, die alle zu einer neuen Sequenz verglichen mit der Wildtyp-Situation führen. Solche Effekte können verständlicherweise für schwere Funktionsverluste im Produkt der Genexpression verantwortlich sein.
  • Folglich können in der kodierenden Region eines Gens vorhandene Punktmutationen, Insertionen, Deletionen und/oder Translokationen (und dergleichen, im Folgenden zusammengefasst als „Mutationen”) zu einem nicht funktionellen Genexpressionsprodukt führen; das Vorhandensein besagter Mutationen in regulatorischen Regionen kann zu einer Fehlregulation führen.
  • Falls ein Gen eine wichtige Funktion in der Zelle erfüllt, kann ein mutierter Zustand von besagtem Gen direkt mit einer Krankheit verbunden sein, die aus der Fehlregulation und/oder Fehlfunktion besagten Gens resultiert.
  • Jedoch führt nicht jede Mutation in besagtem Gen notwendigerweise zu einer Krankheit. Erstens kann die Mutation den Zustand des Gens nicht drastisch verändern. Zweitens kann die Mutation durch eine zweite Mutation in besagtem Gen kompensiert werden. Weiterhin können andere Gene die Funktion besagten Gens übernehmen und so weiter. Wie oben erklärt sind in einem Individuum zwei Allele eines Gens vorhanden; so kann in einigen Fällen ein Allel im Wildtyp-Zustand in der Lage sein, das mutierte Allel zu kompensieren.
  • Die Assoziation eines Gens mit einer Krankheit scheint folglich stark von seiner Funktion abhängig zu sein; falls ein Gen in einen bestimmten zellularen Prozess verwickelt ist und dort essentiell zu sein scheint, kann die Inaktivierung von entweder einem oder beiden Allelen besagten Gens aufgrund der Unterbrechung besagten zellularen Prozesses direkt zu einer Krankheit führen. Weiterhin scheint die Assoziation eines Gens im mutierten Zustand abhängig zu sein von in anderen Genen vorhandenen Mutationen, z. B. in demselben Signalweg. Besagte Gene können parallele Faktoren in einem Signalweg sein oder essentielle stromaufwärts- und stromabwärts gelegene Faktoren eine zellulären Signalwegs; Es muss also, wenn eines der zwei parallelen Genen nicht funktional ist, nicht zu einem Erkrankungszustand kommen; jedoch können Mutationen in beiden Genen bei einem Individuum zu besagter Krankheit führen. Weiterhin wird die Situation vom allelischen Zustand der besagten Gene beeinflusst, d. h. ob der Genotyp homozygot für die Mutation ist oder heterozygot.
  • Zusammenfassend gesagt kann ein spezifischer Genotyp eines Gens mit einer Krankheit assoziiert sein.
  • Wenn ein bestimmter Satz von Genen in einen zellulären Prozess verwickelt ist, dessen Störung eine spezifische Krankheit zu erklären scheint, kann man folglich spezifische Genotypen von besagten mit besagter Krankheit assoziierten Genen finden, indem man die im zu testenden Individuum gefundenen Genotypen mit der Situation eines nicht an der Krankheit leidenden Individuums vergleicht. Selbstverständlich kann man sich nicht nur auf ein einzelnes Referenzindividuum beziehen, das nicht mit der Krankheit behaftet ist, sondern vielmehr auf eine große Population von gesunden Referenzindividuen. Dabei können Informationen über besagten Satz von Genen und deren entsprechende Genotypen in besagter Referenzpopulation gemittelt und dann mit der spezifischen Situation bei einem zu testenden Individuum verglichen werden. Wenn mindestens ein essentielles Gen aus dem Satz von Genen mehr mutierte Genotypen verglichen mit besagter gemittelter Referenzpopulation zeigt, kann das Individuum als vermutlich unter der Krankheit leidend kategorisiert werden. Jedoch ist es wichtig zu beachten, dass im Allgemeinen auch Wildtyp-Genotypen mit einer Krankheit assoziiert sein können.
  • Zusammenfassend gesagt kann man die regulatorischen und/oder kodierenden Regionen eines Gens auf das Vorhandensein von Punktmutationen, Deletionen, Insertionen und/oder Translokationen analysieren, um Unterschiede zur Wildtyp-Situation zu finden. Weiterhin kann man die Genotypen besagter Allele analysieren, d. h. entweder homozygot oder heterozygot für besagte Mutation. Jedoch führt, wie oben dargelegt, nicht jede Mutation, die in einem Gen gefunden wurde, das allgemein in einen mit der Krankheit assoziierten Prozess verwickelt ist, notwendigerweise zu der Krankheit. Daher ist der Vergleich mit einer Referenzanalyse (d. h. mit einer Probe von mindestens einem nicht von besagter spezieller Krankheit betroffenen Individuum) essentiell, um zu bestimmen, ob der Genotyp mit der Krankheit assoziiert zu sein scheint.
  • Wie oben erwähnt haben die Erfinder herausgefunden, dass alle in Tabelle 1 aufgelisteten Gene bei der neuronalen Wanderung eine Rolle spielen und in chromosomalen Regionen gelegen sind, die bei der Anfälligkeit für Legasthenie eine Rolle spielen.
  • Es scheint, dass die Integrität des Prozesses der neuronalen Wanderung in einem Individuum mit einer niedrigen Anfälligkeit besagten Individuums für Legasthenie korreliert. Mit den oben gegebenen Definitionen und Erklärungen für „Wildtyp” und „mutierten” Zustand, sollte die DNS des zu testenden Individuums in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem an der neuronalen Wanderung beteiligten, aus der Gruppe der in Tabelle 1 enthaltenen Gene ausgewählten Gen analysiert werden. Besagte Analyse sollte auf alle wie oben dargelegten Mutationen fokussiert sein, die entweder einen Effekt auf die Regulation oder das Endprodukt der Genexpression, beispielsweise ein Protein, zu haben scheinen. Dasselbe gilt für die unten aufgelisteten bevorzugten Ausführungsformen von Genen. Jedoch ist es wichtig zu beachten, dass nicht jede in den wie in Tabelle 1 aufgelisteten 40 Genen gefundene Mutation notwendigerweise mit Legasthenie assoziiert ist. Wie oben dargelegt scheint der Vergleich mit einem nicht legasthenen Referenzindividuum und vorzugsweise einer großen Gruppe von nicht legasthenen Individuen entscheidend.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann mindestens eines von besagten 40 Genen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen analysiert werden.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der Erfindung, können alle 40 Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen analysiert werden.
  • Es kann weiterhin bevorzugt werden, mindestens 39, mindestens 38, mindestens 37, mindestens 36, mindestens 35, mindestens 34, mindestens 33, mindestens 32, mindestens 31, mindestens 30, mindestens 29, mindestens 28, mindestens 27, mindestens 26, mindestens 25, mindestens 24, mindestens 23, mindestens 22, mindestens 21, mindestens 20, mindestens 19, mindestens 18, mindestens 17, mindestens 16, mindestens 15, mindestens 14, mindestens 13, mindestens 12, mindestens 11, mindestens 10, mindestens 9, mindestens 8, mindestens 7, mindestens 6, mindestens 5, mindestens 4, mindestens 3 oder mindestens 2 Gene aus der Liste von Genen in Tabelle 1 zu analysieren. Es kann weiterhin möglich sein, nur ein Gen zu analysieren, falls eine sehr starke Assoziation besagten Gens mit Legasthenie vorliegt.
  • Die Nutzung von bis zu 14 und vorzugsweise 5 bis 10 Genen von den in Tabelle 1 aufgelisteten 40 Genen für die Analyse besagter Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen kann bevorzugt sein.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung werden RTN4, OTX1, HIF1A1, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 für die Analyse ausgewählt.
  • Es ist weiterhin bevorzugt, mindestens 1, mindestens 2, mindestens 3, mindestens 4, mindestens 5, mindestens 6, mindestens 7, mindestens 8, mindestens 9, mindestens 10, mindestens 11, mindestens 12, mindestens 13, mindestens 14, mindestens 15, mindestens 16, mindestens 17, mindestens 18, mindestens 19, mindestens 20, mindestens 21, mindestens 22, mindestens 23, mindestens 24, mindestens 25, mindestens 26, mindestens 27, mindestens 28, mindestens 29, mindestens 30, mindestens 31, mindestens 32 oder mindestens 33 andere Gene aus der Liste von Genen in Tabelle 1 zu den Genen RTN4, OTX1, HIF1A1, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 für die Analyse hinzuzufügen.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann man für die Analyse Gene benutzen, die nicht nur an der neuronalen Wanderung beteiligt sind, sondern Zytoskelett für die eine Interaktion mit dem Zytoskelett bekannt ist. Die Integrität besagter Gene kann essentiell für einen spezifischen Prozess sein, der bei normalen Lese- und/oder Schreibfertigkeiten beteiligt ist. Folglich kann eine Störung besagten Prozesses an der Anfälligkeit für Legasthenie beteiligt sein.
  • Die folgenden Gene können als nicht nur am allgemeinen Prozess der neuronalen Wanderung beteiligt, sondern auch als bekannt für die Interaktion mit dem Zytoskelett klassifiziert werden:
    RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, TUBB6, DCDC1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2 und DCAMKL1.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung können alle besagten 14 Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen analysiert werden.
  • Es kann weiterhin bevorzugt sein, mindestens 13, mindestens 12, mindestens 11, mindestens 10, mindestens 9, mindestens 8, mindestens 7, mindestens 6, mindestens 5, mindestens 4, mindestens 3 oder mindestens 2 Gene aus der Liste der Gene 1 bis 14 in Tabelle 1 zu analysieren. Es kann weiterhin möglich sein, nur ein Gen zu analysieren, falls eine sehr starke Assoziation besagten Gens mit Legasthenie vorliegt. Bevorzugt ist jedoch Nutzung von 1 bis 10 und vorzugsweise 5 bis 8 Genen von besagten 14 Genen für die Analyse besagter Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen.
  • Weiterhin ist es bevorzugt, die Gene TUBB6 und DCDC1 in die Analyse einzuschließen, wenn Gene für die Analyse ausgewählt werden, die nicht nur an der neuronalen Wanderung, sondern auch an der Interaktion mit dem Zytoskelett beteiligt sind.
  • Es ist auch bevorzugt, mindestens 1, mindestens 2, mindestens 3, mindestens 4, mindestens 5, mindestens 6, mindestens 7, mindestens 8, mindestens 9, mindestens 10 oder mindestens 11 andere, aus der Liste der Gene in Tabelle 1 ausgewählte Gene zu den Genen TUBB6 und DCDC1 für die Analyse hinzuzufügen.
  • In einer ferner bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann man Gene verwenden, die nicht nur an der neuronalen Wanderung beteiligt sind, sondern auch als sogenannte Semaphorine klassifiziert werden. Besagte Gene und/oder die Produkte besagter Gene scheinen verschiedene Rollen bei axonaler Wegfindung und und epithelialen morphogenetischen Zellbewegungen zu spielen. Die Integrität besagter Gene kann essentiell für eine spezifischen Prozess sein, der bei normalen Lese- und/oder Schreibfertigkeiten beteiligt ist. Folglich kann eine Störung besagten Prozesses an der Anfälligkeit für Legasthenie beteiligt sein.
  • Die folgenden Gene können als nicht nur am allgemeinen Prozess der neuronalen Wanderung beteiligt, sondern auch als Semaphorine klassifiziert werden: HIF1A, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1 und SRF.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung können alle besagten 6 Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen analysiert werden.
  • Es kann weiterhin bevorzugt sein, mindestens 5, mindestens 4, mindestens 3 oder mindestens 2 Gene aus der Liste der Gene 15 bis 20 in Tabelle 1 zu analysieren. Es kann weiterhin möglich sein, nur ein Gen zu analysieren, falls eine sehr starke Assoziation besagten Gens mit Legasthenie vorliegt. Bevorzugt ist jedoch die Nutzung von 1 bis 5 und vorzugsweise 4 Genen von besagten 6 Genen für die Analyse besagter Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen.
  • Weiterhin ist es bevorzugt, das Gen HIF1A in die Analyse einzuschließen, wenn Gene für die Analyse ausgewählt werden, die nicht nur an der neuronalen Wanderung beteiligt sind, sondern auch als Semaphorine klassifiziert werden.
  • Es ist auch bevorzugt, mindestens 1, mindestens 2, mindestens 3 oder mindestens 4 andere Gene, ausgewählt aus der Liste der Gene 15 bis 20 in Tabelle 1, zum Gen HIF1A für die Analyse hinzuzufügen.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann man Gene verwenden, die nicht nur an der neuronalen Wanderung beteiligt sind, sondern auch am Wachstum von Nervenfasern. Die Integrität besagter Gene kann essentiell für einen spezifischen Prozess sein, der an normalen Lese- und/oder Schreibfertigkeiten beteiligt ist. Folglich kann eine Störung besagten Prozesses an der Anfälligkeit für Legasthenie beteiligt sein.
  • Die folgenden Gene können als nicht nur am allgemeinen Prozess der neuronalen Wanderung, sondern auch als am Wachstum von Nervenfasern beteiligt klassifiziert werden: RTN4, OTX1, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF und NRCAM.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung können alle besagten 7 Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen analysiert werden.
  • Es kann weiterhin bevorzugt sein, mindestens 6, mindestens 5, mindestens 4, mindestens 3 oder mindestens 2 Gene aus der Liste der Gene 21 bis 27 in Tabelle 1 zu analysieren. Es kann weiterhin möglich sein, nur ein Gen zu analysieren, falls eine sehr starke Assoziation besagten Gens mit Legasthenie vorliegt. Bevorzugt ist jedoch Nutzung von 1 bis 6 und vorzugsweise 5 Genen von besagten 7 Genen für die Analyse besagter Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen.
  • Weiterhin ist es bevorzugt, die Gene RTN4 und OTX1 in die Analyse einzuschließen, wenn Gene für die Analyse ausgewählt werden, die nicht nur an der neuronalen Wanderung beteiligt sind, sondern auch am Wachstum von Nervenfasern.
  • Es ist auch bevorzugt, mindestens 1, mindestens 2, mindestens 3 oder mindestens 4 andere Gene, ausgewählt aus der Liste der Gene 21 bis 27 in Tabelle 1, zu den Genen RTN4 und OTX1 für die Analyse hinzuzufügen.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann man Gene verwenden, die nicht nur an der neuronalen Wanderung beteiligt sind, sondern auch Membranaktivität besitzen. Die Integrität besagter Gene kann essentiell für eine spezifischen Prozess sein, der bei normalen Lese- und/oder Schreibfertigkeiten beteiligt ist. Folglich kann eine Störung besagten Prozesses an der Anfälligkeit für Legasthenie beteiligt sein.
  • Die folgenden Gene können als nicht nur am allgemeinen Prozess der neuronalen Wanderung beteiligt, sondern auch als Membranaktivität besitzend klassifiziert werden: NDUFV2, GNAL, RHBDL2 und NELL1.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung können alle besagten 4 Gene in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen analysiert werden.
  • Es kann weiterhin bevorzugt sein, 2 oder 3 Gene aus der Liste der Gene 28 bis 31 in Tabelle 1 zu analysieren. Es kann weiterhin möglich sein, nur ein Gen zu analysieren, falls eine sehr starke Assoziation besagten Gens mit Legasthenie vorliegt.
  • Folglich kann man die Gene NDUFV2, GNAL und RHBDL2 oder NDUFV2, RHBDL2 und NELL1 oder NDUFV2, GNAL und NELL1 oder GNAL, RHBDL2 und NELL1 verwenden.
  • Die in Tabelle 1 aufgelisteten, an der neuronalen Wanderung beteiligten Gene können analysiert werden, wobei die Gene RTN4, OTX1, HIF1A, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 bevorzugt sind. Jedoch kann man auch Gene verwenden, die an der neuronalen Wanderung und der Interaktion mit dem Zytoskelett beteiligt sind (Gene 1 bis 14 in Tabelle 1) oder Gene, die an der neuronalen Wanderung beteiligt sind und als Semaphorine klassifiziert werden (Gene 15 bis 20 in Tabelle 1). Weiterhin können in einer anderen Ausführungsform Gene verwendet werden, die an der neuronalen Wanderung und dem Wachstum von Nervenfasern beteiligt sind (Gene 21 bis 27 in Tabelle 1) oder Gene, die an der neuronalen Wanderung beteiligt sind und Membranaktivität zeigen (Gene 28 bis 21 in Tabelle 1).
  • Im folgenden Schritt des Verfahrens gemäß der vorliegenden Erfindung wird das Resultat besagter Analyse mit dem Resultat einer Analyse eines nicht legasthenen Referenzindividuums verglichen. Falls ein mutierter Genotyp im getesteten Individuum auch in einem nicht legasthenen Referenzindividuum gefunden wird, kann besagter mutierter Genotyp nicht direkt mit Legasthenie in Verbindung stehen. Falls jedoch das nicht legasthene Referenzindividuum eine homozygote Wildtyp-Situation zeigt, wohingegen das getestete Individuum eine mutierte Situation, die z. B. zu einem nicht funktionalen Genprodukt führt, zeigt, scheint dies eine Assoziation mit Legasthenie nahezulegen, insbesondere wenn besagte Mutation homozygot ist.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann besagtes nicht legasthene Referenzindividuum nicht ein einzelnes Individuum, sondern vielmehr eine große Gruppe von Individuen sein, die nicht an Legasthenie leiden. Besagte große Gruppe von nicht legasthenen Individuen kann mindestens ungefähr 100, mindestens ungefähr 125, mindestens ungefähr 150, mindestens ungefähr 200, mindestens ungefähr 500, mindestens ungefähr 1000, mindestens ungefähr 5000, mindestens ungefähr 7000, mindestens ungefähr 10.000 nicht legasthene Individuen umfassen.
  • In Schritt d) eines Verfahrens gemäß der vorliegenden Erfindung wird Legasthenie einem Menschen basierend auf dem oben erwähnten Vergleich zugewiesen. Allgemein basiert besagte Zuweisung auf der Anzahl der Unterschiede zwischen dem getesteten Individuum und dem Referenzindividuum beziehungsweise der nicht legasthenen Referenzgruppe. Je höher also die Anzahl der Unterschiede zwischen den Resultaten des getesteten Individuums und den Resultaten von nicht legasthenem Referenzindividuum beziehungsweise -gruppe, desto höher ist die Wahrscheinlichkeit einer Anfälligkeit für Legasthenie im getesteten Individuum.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform des Verfahrens der vorliegenden Erfindung können nicht die gesamten regulatorischen und/oder kodierenden Regionen der oben aufgelisteten Gene analysiert werden, sondern man kann sich auf etablierte Polymorphismen in besagten Genen beziehen.
  • Wie hier verwendet bezeichnet der Begriff „Polymorphismus” Variationen innerhalb des Genoms von Individuen einer Population. Polymorphismen werden üblicherweise mit Sequenziertechniken detektiert. Jedoch können Polymorphismen auch mittels anderer Techniken, wie RFLP Analyse, bestimmt werden und wurden es bereits. Im Falle, dass nur ein Nukleotid innerhalb einer bestimmten Region abweicht, bezeichnet man dies als „Single Nucleotide Polymorphism” oder „SNP”. Ein SNP kann für die Mehrheit der Population bezogen auf ein definiertes Nukleotid/Base den Zustand A haben („major”), wohingegen in der Minderheit einer Population Zustand B („minor”) bezogen auf ein anderes Nukleotid/Base vorliegt. Jedoch kann sich die Region auch über zwei oder mehrere Nukleotide erstrecken, und sie kann eine Insertion oder Deletion sein.
  • Polymorphismen im menschlichen Genom sind nicht notwendigerweise mit einem bestimmten Genotyp, d. h. einer Krankheit, verbunden. Jedoch stellen sie interessante „Ziel”-Stellen dar, die mit einer Krankheit wie Legasthenie assoziiert sein können, da sie Regionen darstellen, die in einer Population variieren, die unter anderem legasthene und nicht legasthene Individuen umfasst.
  • Wie schon oben erwähnt können bestimmte Deletionen, Insertionen, Punktmutationen und/oder Translokationen in der DNS für bedeutende nachfolgende Effekte verantwortlich sein. Im Falle, dass ein Polymorphismus einen solchen nachfolgenden Effekt zu verursachen scheint (d. h. ein SNP führt zu einem Aminosäureaustausch an einer wesentlichen Stelle eines Proteins), kann er mit einer Krankheit assoziiert sein und kann vorzugsweise mit einem Verfahren gemäß der Erfindung analysiert werden. Es kann bevorzugt sein, Deletionen, Insertionen, Punktmutationen und/oder Translokationen in den kodierenden Regionen der in Tabelle 1 aufgelisteten Gene für die Analyse auszuwählen.
  • Man kann daher identifizierte und etablierte Polymorphismen in den Regionen von mindestens einem Gen der wie oben erwähnt an Legasthenie beteiligten Gene analysieren. Daten über solche Polymorphismen können aus öffentlichen Datenbanken wie NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) ermittelt werden. Es ist sehr wahrscheinlich, dass die Daten über Polymorphismen in chromosomalen Regionen während der nächsten Jahre zunehmen werden, wobei die Kosten für besagte Analysen sinken werden. Daher kann man sich bei der Analyse der 40 in Tabelle 1 aufgelisteten Gene nicht nur auf die gegenwärtig in jenen Genen bekannten Polymorphismen beziehen, sondern auch alle Polymorphismen einschließen, die der Öffentlichkeit in Zukunft zugänglich sein werden. Im nächsten Schritt, wie schon oben für die Analyse eines Gens erwähnt, kann man den Genotyp des zu testenden Individuums mit dem Genotyp eines Referenzindividuums beziehungsweise vorzugsweise einer großen Gruppe von Referenzindividuen vergleichen, die nicht an Legasthenie erkrankt sind.
  • In einer anderen bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann man die Gene RTN4, OTX1, HIF1A, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 auf das Vorhandensein von etablierten SNPs untersuchen. Es kann bevorzugt sein, SNPs aus den SNPs in den kodierenden Regionen besagter Gene auszuwählen.
  • Ein Weg, mit Legasthenie assoziierende Genotypen experimentell zu bestimmen, ist der Vergleich besagter Genotypen in legasthenen und nicht legasthenen Individuen. Zu diesem Zweck kann man in zwei aus entweder Legasthenikern oder Nicht-Legasthenikern zusammengesetzten Gruppen Informationen über die entsprechende Region sammeln (z. B. durch Bestimmung des Genotyps eines SNPs). Statistische Analyse wird dann für die Berechnung verwendet, ob ein Genotyp besagter analysierter Region mit Legasthenie assoziiert oder nicht.
  • Es versteht sich, dass es essentiell für die vorliegende Erfindung ist, zu bestimmen, ob ein SNP im wie oben definierten minor oder major Zustand vorliegt (natürlich plus den allelischen Zustand). Informationen über besagten Zustand, d. h. minor oder major, sind die für die Legastheniediagnose relevanten Informationen; folglich ist in der Spalte „Typ” der mit Legasthenie assoziierende Typ jedes SNPs aufgelistet; selbstverständlich ist dem Fachmann bewusst, dass besagter minor oder major Zustand mit zwei unterschiedlichen komplementären Allelen an der entsprechenden Position des SNPs angegeben werden kann, abhängig davon, wie die Analyse durchgeführt wird. Da DNS aus zwei komplementären Strängen besteht, hängt das den besagten Zustand an der SNP-Position angebende Nukleotid, d. h. ein A, ein T, ein G, oder ein C vom analysierten Strang ab: wenn der kodierende Strang analysiert wird, kann ein G das Nukleotid sein, das entweder mit einem minor oder major Zustand assoziiert ist. Wenn jedoch der komplementäre nicht-kodierende Strang analysiert wird, wird ein C das Nukleotid sein, das entweder mit einem minor oder major Zustand (und umgekehrt) assoziiert ist. Dasselbe trifft selbstverständlich für ein T oder ein A zu. Folglich kann ein T an der Position des SNPs auf dem kodierenden Strang mit Legasthenie assoziiert sein (z. B. als minor Typ). Wenn jedoch der nicht-kodierende Strang analysiert wird, wird ein A als mit Legasthenie assoziiert interpretiert, da es auch den minor Typ abbildet.
  • Daher ist es wichtig anzumerken, dass in der vorliegenden Erfindung durchgehend alle Nukleotide, die an spezifischen SNP-Positionen entweder den minor oder major Zustand (z. B. Spalte „korr. Base” in Tabelle 2) bezeichnen, auf dem kodierenden Strang der DNS lokalisiert sind. Folglich ist das angegebene Nukleotid nur mit entweder dem minor oder major Zustand assoziiert, wenn besagter kodierender Strang analysiert wird. Es ist dem Fachmann klar, dass das entsprechende komplementäre Nukleotid besagten minor oder major Zustand bezeichnen wird, wenn der nicht-kodierende DNS-Strang analysiert wird.
  • Zusammenfassend gesagt muss der Zustand eines SNPs, d. h. minor oder major, bestimmt werden. Das Nukleotid an besagter exakter Position kann variieren, abhängig davon, ob der kodierende oder nicht-kodierende Strang analysiert wird. Beide, die hier angegebenen Nukleotide auf dem kodierenden Strang oder deren komplementäre Nukleotide auf dem nicht-kodierenden Strang, können für besagte Analyse verwendet werden und sind von der vorliegenden Erfindung umfasst.
  • In Tabelle 2 sind einige SNPs in den Genen RTN4, OTX1, HIF1A, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 aus Tabelle 1 mit entsprechenden p-Werten oder r-Werten < 0.05 angegeben. Wie unten erklärt haben die Erfinder herausgefunden, dass besagte SNPs mit Legasthenie assoziiert sind.
  • Ein spezifischer Genotyp eines der besagten SNPs, der in einem zu testenden Individuum vorliegt, kann folglich direkt als mit Legasthenie assoziiert oder eben nicht zugewiesen werden. In diesem Fall wird der Vergleich nicht mit einer nicht legasthenen Referenzgruppe durchgeführt, sondern mit den Resultaten von Daten, welche für assoziierte SNPs gefunden wurden, und zwar unter Verwendung des Versuchsaufbaus des Vergleichs legasthener und nicht legasthener Individuen. Es ist wichtig anzumerken, dass man Legasthenie auch direkt basierend auf besagter Identifikation beziehungsweise den assoziierenden Regionen zuweisen kann, sobald weitere assoziierende Regionen in den 40 Genen in Tabelle 1 identifiziert wurden.
  • Die im Folgenden aufgelisteten SNPs sind gemäß der rs-Nomenklatur klassifiziert. Jede rs-Nummer korrespondiert mit exakt einer Position im Genom, wo ein SNP detektiert wurde. Besagtes Resultat wurde als Variation an die dbSNP-Datenbank übermittelt. Die dbSNP-Datenbank ist für die Öffentlichkeit zugänglich, und es kann via NCBI darauf zugegriffen werden (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
  • Besagte SNPs können folglich vorzugsweise aus der Gruppe der in Tabelle 2 aufgelisteten SNPs 1 bis 44 ausgewählt werden, die rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2255112, rs2580765, rs2580772, rs2588517, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs7597198 in RTN4, 10 rs2075375 in OTX1, rs2057482, rs2301113 in HIF1A, rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs12533005, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs4727799, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1 und rs12960267 in TUBB6 umfasst. Besagte Liste von SNPs basiert auf den in Beispiel 1 gezeigten Resultaten sowie auf der Vorhersage weiterer assoziierter SNPs (Beispiel 2).
  • Die Erfinder haben herausgefunden, dass der in Tabelle 2 aufgelistete Genotyp (minor oder major) mit Legasthenie assoziiert ist. Dies korrespondiert mit einem Nukleotid/Base an besagter exakter Position und kann wie aufgelistet homozygot oder heterozygot sein. Besagtes Resultat basiert auf dem Vergleich von Daten von legasthenen Individuen mit Daten einer nicht legasthenen Referenzgruppe. Es wurde beispielsweise herausgefunden, dass ein minor Genotyp, der einem G auf dem kodierenden Strang bei SNP rs22555112 an Position –76636 von beiden Allelen von RTN4 entspricht (und folglich dem Genotyp homozygot minor an dieser Position) mit Legasthenie assoziiert ist. Folglich weist ein G an besagter Position des kodierenden Strangs bei beiden Allelen von RTN4 in einem getesteten Individuum auf eine Anfälligkeit für Legasthenie hin.
  • In Schritt d) des besagten Verfahrens gemäß der vorliegenden Erfindung wird einem Menschen Legasthenie basierend auf dem Vergleich des gefundenen (im Sinne von „experimentell bestimmten) Genotyps eines SNPs (z. B. Genotyp homozygot minor (d. h. G) bei rs22555112) mit einem Resultat zugewiesen, das auf eine Assoziation mit Legasthenie hinweist (z. B. Genotyp homozygot minor (d. h. G) bei bei rs22555112). Auf besagte Resultate kann man auch dahingehend verweisen, dass sie auf ein Risiko für Legasthenieentwicklung hinweisen, und man kann folglich „Zuweisung von Legasthenie” diesbezüglich als „Zuweisung von Legasthenie basierend auf dem assoziierenden Risiko” interpretieren. Im Falle, dass die beiden Resultate übereinstimmen, wird dies als Hinweis auf Legasthenie in dem getesteten Individuum interpretiert. Besagte Zuweisung kann jedoch nicht nur auf einem Resultat basieren. Im Falle, dass z. B. 10 von 10 Genotypen übereinstimmen, scheint jedoch die Wahrscheinlichkeit, dass sich bei dem getesteten Individuum Legasthenie entwickelt, sehr hoch zu sein.
  • Die im Beispiel-Teil gezeigten experimentellen Daten und Resultate wurden unter Verwendung von ungefähr 91 ausgewählten Legasthenikern und ungefähr 184 nicht legasthenen Individuen zusammengetragen, wobei die Zahlen für jeden individuell analysierten SNP aufgrund der Realisierbarkeit der Resultate schwanken können. Aus früheren experimentellen Studien scheint es, dass unterschiedliche genetische Regionen mit Legasthenie assoziiert sein können, abhängig von der Rasse der analysierten Legastheniker/betroffenen Familien. Weiterhin kann es eine Assoziation mit einer Sprache geben. Es kann bevorzugt sein, die mit einem der vorliegenden Erfindung gemäßen Verfahren zusammengetragenen Resultate im Kontext von kaukasischen Menschen zu interpretieren. Weiterhin können besagte Resultate im Kontext von kaukasischen Menschen interpretiert werden, die zu einer Indogermanisch sprechenden Population gehören. Ein Kriterium für die Auswahl von Individuen mit Legasthenie für die Studien der Erfinder war unter anderem, dass die Individuen keine Konzentrationsschwierigkeiten hatten. Folglich können besagte Resultate im Kontext von nicht mit besagten Schwierigkeiten assoziierten Formen von Legasthenie interpretiert werden. Tabelle 2: Überblick über mit Legasthenie assoziierte SNPs
    # SNP Im Gen Typ Korr. Base p-Wert oder r < 0.05 (HapMap)
    1 rs10210840 RTN4 homozygot minor G HapMap
    2 rs12469804 RTN4 homozygot major C HapMap
    heterozygot C/T
    3 rs12713284 RTN4 homozygot minor G HapMap
    4 rs13387751 RTN4 homozygot minor C HapMap
    5 rs2255112 RTN4 homozygot minor G 0.021
    6 rs2580765 RTN4 homozygot minor C HapMap
    7 rs2580772 RTN4 homozygot minor T HapMap
    8 rs2588517 RTN4 homozygot major C 0.084
    9 rs2588518 RTN4 homozygot minor T HapMap
    10 rs2588521 RTN4 homozygot minor G HapMap
    11 rs2860453 RTN4 homozygot minor G HapMap
    12 rs2919129 RTN4 homozygot minor A HapMap
    13 rs2972097 RTN4 homozygot minor C HapMap
    14 rs6545466 RTN4 homozygot minor C HapMap
    15 rs6760429 RTN4 homozygot minor C HapMap
    16 rs7340476 RTN4 homozygot minor G HapMap
    17 rs7562292 RTN4 homozygot minor C HapMap
    18 rs7597198 RTN4 homozygot minor G 0.092
    19 rs2075375 OTX1 homozygot major A 0,020
    20 rs2057482 HIF1A homozygot major G 0,014
    heterozygot A/G 0,011
    21 rs2301113 HIF1A homozygot minor C 0,095
    22 rs1015511 FOXP2 homozygot major G HapMap
    23 rs10228494 FOXP2 homozygot major G HapMap
    24 rs10249234 FOXP2 homozygot major A HapMap
    25 rs10262103 FOXP2 homozygot major A HapMap
    26 rs10262462 FOXP2 homozygot major G HapMap
    27 rs10266297 FOXP2 homozygot major T HapMap
    28 rs10280045 FOXP2 homozygot major G HapMap
    29 rs12533005 FOXP2 homozygot major G 0.009
    30 rs1989903 FOXP2 homozygot major G HapMap
    31 rs2040658 FOXP2 homozygot major C HapMap
    32 rs2189010 FOXP2 homozygot major A HapMap
    33 rs2189015 FOXP2 homozygot major G HapMap
    34 rs2396753 FOXP2 homozygot major A HapMap
    35 rs2894699 FOXP2 homozygot major C HapMap
    36 rs4727799 FOXP2 homozygot major A 0.059
    37 rs6466488 FOXP2 homozygot major A HapMap
    38 rs6969376 FOXP2 homozygot major A HapMap
    39 rs6974757 FOXP2 homozygot major G HapMap
    40 rs6980093 FOXP2 homozygot major A HapMap
    41 rs727644 FOXP2 homozygot major G HapMap
    42 rs7785701 FOXP2 homozygot major G HapMap
    43 rs7121949 DCDC1 heterozygot T/G 0.037
    44 rs12960267 TUBB6 homozygot minor C 0.026
    45 rs1075938 DYX1C1 homozygot major G HapMap
    heterozygot G/A
    46 rs12324434 DYX1C1 homozygot major A 0.035
    47 rs16976343 DYX1C1 homozygot minor C HapMap
    48 rs3743204 DYX1C1 homozygot minor T HapMap
    49 rs4144134 DYX1C1 homozygot major C HapMap
    heterozygot C/T
    50 rs4255730 DYX1C1 homozygot minor A 0.045
    51 rs600753 DYX1C1 heterozygot C/T HapMap
    52 rs685935 DYX1C1 homozygot major T HapMap
    heterozygot T/C
  • Im Falle, dass in Tabelle 2 ein p-Wert angegeben ist, wurde der SNP gemäß der in Beispiel 1 angegebenen Daten analysiert und für mit Legasthenie assoziierend befunden. Im Falle, dass sich auf HapMap bezogen wird, wurde der SNP vorhergesagt indem die SNPs eines Gens aus Beispiel 1 als Basis für eine Suche nach weiteren assoziierenden SNPs verwendet wurden, die in besagtem Gen liegen, wobei HapMap mit einem Grenzwert von r < 0.05 für mit Legasthenie assoziierende SNPs verwendet wurde.
  • Es kann bevorzugt sein, sich nicht nur auf die in Tabelle 2 aufgelisteten SNPs zu verlassen, sondern auch auf weitere Polymorphismen wie weitere SNPs, Deletionen und/oder Insertionen, die eine starke Kopplung von ungefähr den identifizierten SNPs zeigen. Es kann besonders bevorzugt sein, Regionen zu bestimmen, die eine starke Kopplung von ungefähr 0,7 mit den identifizierten SNPs aus Beispiel 1 zeigen, d. h. mit den SNPs aus Tabelle 2 mit einem p-Wert (SNPs # 5, 8, 18, 19, 20, 21, 29, 36, 43, 44, 46 und 50).
  • In einer bevorzugten Ausführungsform kann man die Genotypen von mindestens einem der folgenden 10 in den Genen RTN4, OTX1, HIF1A, DCDC1 und TUBB6 lokalisierten SNPs zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen bestimmen: rs2255112, rs2588517, rs7597198 in RTN4, rs2075375 in OTX1, rs2057482, rs2301113 in HIF1A, rs12533005, rs4727799 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1 und rs12960267 in TUBB6. Man kann dann gemäß folgendem Schema die für die SNPs gewonnenen Resultate einer Anfälligkeit für Legasthenie zuweisen: Die Genotypen homozygot minor (d. h. G) bei rs2255112, homozygot major (d. h. C) bei rs2588517, homozygot minor (d. h. G) bei rs7597198, homozygot major (d. h. A) bei rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) bei rs2057482, homozygot minor (d. h. C) bei rs2301113, homozygot major (d. h. G) bei rs12533005, homozygot major (d. h. A) bei rs4727799, heterozygot (d. h. T/G) bei rs7121949 und homozygot minor (d. h. C) bei rs12960267 sind mit Legasthenie assoziiert.
  • Vorzugsweise kann man den Genotyp von mindestens einem der besagten 10 SNPs in der folgenden Reihenfolge bestimmen: rs12533005, rs2057482, rs2075375, rs2255112, rs12960267, rs7121949, rs4727799, rs2588517, rs759198 und rs2301113. Besagte Klassifikation basiert auf den sogenannten „p-Werten”, welche für Wahrscheinlichkeiten kennzeichnend sind, die mit besagtem Genotyp assoziiert sind. Wenn ein einzelner SNP von den für eine Analyse aufgelisteten SNPs verwendet wird, z. B. in Kombination mit anderen Markern, kann seine Wahrscheinlichkeit gemäß dem p-Wert klassifiziert werden, wobei der niedrigste p-Wert die höchste Wahrscheinlichkeit kennzeichnet.
  • Folglich kann die Auflistung am Beginn dieses Absatzes auch für eine Klassifikation genutzt werden, wie signifikant individuelle SNPs sind, beginnend mit dem signifikantesten SNP.
  • Im Falle, dass zwei der 10 SNPs verwendet werden, kann man vorzugsweise rs12533005 und rs2057482 auswählen. Im Falle, dass drei der 10 SNPs verwendet werden, kann man vorzugsweise rs12533005, rs2057482 und rs2075375 auswählen. Im Falle, dass vier der 10 SNPs verwendet werden, kann man vorzugsweise rs12533005, rs2057482, rs2075375 und rs2255112 auswählen und so weiter.
  • In einer anderen bevorzugten Ausführungsform der Erfindung können die entsprechenden Gene auf eben erwähnte besagte 10 SNPs zusammen mit mindestens 1, mindestens 2, mindestens 3, mindestens 4, mindestens 5, mindestens 6, mindestens 7, mindestens 8, mindestens 9, mindestens 10, mindestens 11, mindestens 12, mindestens 13, mindestens 14, mindestens 15, mindestens 16, mindestens 17, mindestens 18, mindestens 19, mindestens 20, mindestens 21, mindestens 22, mindestens 23, mindestens 24, mindestens 25, mindestens 15 26, mindestens 27, mindestens 28, mindestens 29, mindestens 30, mindestens 31, mindestens 32 oder mindestens 33 anderen SNPs aus der Liste der SNPs 1 bis 44 in Tabelle 2 analysiert werden.
  • In einer ebenso bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann man die Genotypen von allen SNPs 1 bis 44 in Tabelle 2 in den 6 angegebenen Genen bestimmen. Man kann dann die für die SNPs gewonnenen Resultate gemäß folgendem Schema einer Anfälligkeit für Legasthenie zuweisen: Die Genotypen homozygot minor (d. h. G) bei rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) bei rs12469804, homozygot minor (d. h. G) bei rs12713284, homozygot minor (d. h. C) bei rs13387751, homozygot minor (d. h. G) bei rs2255112, homozygot minor (d. h. C) bei rs2580765, homozygot minor (d. h. T) bei rs2580772, homozygot major (d. h. C) bei rs2588517, homozygot minor (d. h. T) bei rs2588518, homozygot minor (d. h. G) bei rs2588521, homozygot minor (d. h. G) bei rs2860453, homozygot minor (d. h. A) bei rs2919129, homozygot minor (d. h. C) bei rs2972097, homozygot minor (d. h.) bei rs6545466, homozygot minor (d. h. C) bei rs6760429, homozygot minor (d. h. G) bei rs7340476, homozygot minor (d. h. C) bei rs7562292, homozygot minor (d. h. G) bei rs7597198, homozygot major (d. h. A) bei rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) bei rs2057482, homozygot minor (d. h. C) bei rs2301113, homozygot major (d. h. G) bei rs1015511, homozygot major (d. h. G) bei rs10228494, homozygot major (d. h. A) bei rs10249234, homozygot major (d. h. A) bei rs10262103, homozygot major (d. h. G) bei rs10262462, homozygot major (d. h. T) bei rs10266297, homozygot major (d. h. G) bei rs10280045, homozygot major (d. h. G) bei rs12533005, homozygot major (d. h. G) bei rs1989903, homozygot major (d. h. C) bei rs2040658, homozygot major (d. h. A) bei rs2189010, homozygot major (d. h. G) bei rs2189015, homozygot major (d. h. A) bei rs2396753, homozygot major (d. h. C) bei rs2894699, homozygot major (d. h. A) bei rs4727799, homozygot major (d. h. A) bei rs6466488, homozygot major (d. h. A) bei rs696936, homozygot major (d. h. G) bei rs6974757, homozygot major (d. h. A) bei rs6980093, homozygot major (d. h. G) bei rs727644, homozygot major (d. h. G) bei rs7785701, heterozygot (d. h. T/G) bei rs7121949 und homozygot minor (d. h. C) bei rs12960267 sind mit Legasthenie assoziiert.
  • In einer anderen bevorzugten Ausführungsform kann man mindestens 43, mindestens 42, mindestens 41, mindestens 40, mindestens 39, mindestens 38, mindestens 37, mindestens 36, mindestens 35, mindestens 34, mindestens 33, mindestens 32, mindestens 31, mindestens 30, mindestens 29, mindestens 28, mindestens 27, mindestens 20 26, mindestens 25, mindestens 24, mindestens 23, mindestens 22, mindestens 21, mindestens 20, mindestens 19, mindestens 18, mindestens 17, mindestens 16, mindestens 15, mindestens 14, mindestens 13, mindestens 12, mindestens 11, mindestens 10, mindestens 9, mindestens 8, mindestens 7, mindestens 6, mindestens 5, mindestens 4, mindestens 3 oder mindestens 2 der besagten SNPs analysieren. Die Zuweisung der Resultate kann wie oben beschrieben erfolgen.
  • Weiterhin haben die Erfinder herausgefunden, dass spezifische SNPs in DYX1C1 mit Legasthenie assoziieren, wie bei SNPs 45 bis 52 in Tabelle 2 aufgelistet.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung kann man die Genotypen von allen 52 in Tabelle 2 aufgelisteten SNPs bestimmen. Man kann dann die für die SNPs gewonnenen Resultate gemäß folgendem Schema einer Anfälligkeit für Legasthenie zuweisen: Die Genotypen homozygot minor (d. h. G) bei rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) bei rs12469804, homozygot minor (d. h. G) bei rs12713284, homozygot minor (d. h. C) bei rs13387751, homozygot minor (d. h. G) bei rs2255112, homozygot minor (d. h. C) bei rs2580765, homozygot minor (d. h. T) bei rs2580772, homozygot major (d. h. C) bei rs2588517, homozygot minor (d. h. T) bei rs2588518, homozygot minor (d. h. G) bei rs2588521, homozygot minor (d. h. G) bei rs2860453, homozygot minor (d. h. A) bei rs2919129, homozygot minor (d. h. C) bei rs2972097, homozygot minor (d. h.) bei rs6545466, homozygot minor (d. h. C) bei rs6760429, homozygot minor (d. h. G) bei rs7340476, homozygot minor (d. h. C) bei rs7562292, homozygot minor (d. h. G) bei rs7597198, homozygot major (d. h. A) bei rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) bei rs2057482, homozygot minor (d. h. C) bei rs2301113, homozygot major (d. h. G) bei rs1015511, homozygot major (d. h. G) bei rs10228494, homozygot major (d. h. A) bei rs10249234, homozygot major (d. h. A) bei rs10262103, homozygot major (d. h. G) bei rs10262462, homozygot major (d. h. T) bei rs10266297, homozygot major (d. h. G) bei rs10280045, homozygot major (d. h. G) bei rs12533005, homozygot major (d. h. G) bei rs1989903, homozygot major (d. h. C) bei rs2040658, homozygot major (d. h. A) bei rs2189010, homozygot major (d. h. G) bei rs2189015, homozygot major (d. h. A) bei rs2396753, homozygot major (d. h. C) bei rs2894699, homozygot major (d. h. A) bei rs4727799, homozygot major (d. h. A) bei rs6466488, homozygot major (d. h. A) bei rs696936, homozygot major (d. h. G) bei rs6974757, homozygot major (d. h. A) bei rs6980093, homozygot major (d. h. G) bei rs727644, homozygot major (d. h. G) bei rs7785701, heterozygot (d. h. T/G) bei rs7121949, homozygot minor (d. h. C) bei rs12960267, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. G/A) bei rs1075938, homozygot major (d. h. A) bei rs12324434, homozygot minor (d. h. C) bei rs16976343, homozygot minor (d. h. T) bei rs3743204, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) bei rs4144134, homozygot minor (d. h. A) bei rs4255730, heterozygot (d. h. C/T) bei rs600753, homozygot major (d. h. T) und heterozygot (d. h. T/C) bei rs685935 sind mit Legasthenie assoziiert.
  • In einer anderen bevorzugten Ausführungsform kann man mindestens 51, mindestens 50, mindestens 49, mindestens 48, mindestens 47, mindestens 46, mindestens 45, mindestens 44, mindestens 43, mindestens 42, mindestens 41, mindestens 40, mindestens 39, mindestens 38, mindestens 37, mindestens 36, mindestens 35, mindestens 34, mindestens 33, mindestens 32, mindestens 31, mindestens 30, mindestens 29, mindestens 28, mindestens 27, mindestens 26, mindestens 25, mindestens 24, mindestens 23, mindestens 22, mindestens 21, mindestens 20, mindestens 19, mindestens 18, mindestens 17, mindestens 16, mindestens 15, mindestens 14, mindestens 13, mindestens 12, mindestens 11, mindestens 10, mindestens 9, mindestens 8, mindestens 7, mindestens 6, mindestens 5, mindestens 4, mindestens 3 oder mindestens 2 der besagten SNPs analysieren. Die Zuweisung der Resultate kann wie oben beschrieben erfolgen.
  • In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der vorliegenden Erfindung kann man die Genotypen der folgenden 12 in den Genen RTN4, OTX1, HIF1A, FOXP2, DCDC1, TUBB6 und DYX1C1 gelegenen SNPs für die Legastheniediagnose bei einem Menschen bestimmen: rs2255112, rs2588517, rs7597198 in RTN4, rs2075375 in OTX1, rs2057482, 20 rs2301113 in HIF1A, rs12533005, rs4727799 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1, rs12960267 in TUBB6, rs12324434 und rs4255703 in DYX1C1. Man kann dann gemäß folgendem Schema die für die SNPs gewonnenen Resultate einer Anfälligkeit für Legasthenie zuweisen: Die Genotypen homozygot minor (d. h. G) bei rs2255112, homozygot major (d. h. C) bei rs2588517, homozygot minor (d. h. G) bei rs7597198, homozygot major (d. h. A) bei rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) bei rs2057482, homozygot minor (d. h. C) bei rs2301113, homozygot major (d. h. G) bei rs12533005, homozygot major (d. h. A) bei rs4727799, heterozygot (d. h. T/G) bei rs7121949, homozygot minor (d. h. C) bei rs12960267, homozygot major (d. h. A) bei rs12324434 und homozygot minor (d. h. A) bei rs4255730 sind mit Legasthenie assoziiert.
  • Vorzugsweise kann man die Genotypen von besagten 12 SNPs in der folgenden Reihenfolge bestimmen: rs12533005, rs2057482, rs2075375, rs2255112, rs12960267, rs12324434, rs7121949, rs4255730, rs4727799, rs2588517, rs759198 und rs2301113. Besagte Klassifikation basiert auf sogenannten den „p-Werten”, welche für Wahrscheinlichkeiten kennzeichnend sind, die mit besagtem Genotyp assoziiert sind. Wenn ein einzelner SNP von den für eine Analyse aufgelisteten 12 SNPs verwendet wird, z. B. in Kombination mit anderen Markern, kann seine Wahrscheinlichkeit gemäß dem p-Wert klassifiziert werden, wobei der niedrigste p-Wert die höchste Wahrscheinlichkeit kennzeichnet. Folglich kann die besagte Auflistung am Beginn dieses Absatzes auch für eine Klassifikation genutzt werden, wie signifikant individuelle SNPs sind, beginnend mit dem signifikantesten SNP.
  • Im Falle, dass zwei der 12 SNPs verwendet werden, kann man vorzugsweise rs12533005 und rs2057482 auswählen. Im Falle, dass drei der 12 SNPs verwendet werden, kann man vorzugsweise rs12533005, rs2057482 und rs2075375 auswählen. Im Falle, dass vier der 12 SNPs verwendet werden, kann man vorzugweise rs12533005, rs2057482, rs2075375 und rs2255112 auswählen, und so weiter.
  • In einer anderen bevorzugten Ausführungsform der Erfindung können die entsprechenden Gene auf die eben erwähnten besagten 12 SNPs zusammen mit mindestens 1, mindestens 2, mindestens 3, mindestens 4, mindestens 5, mindestens 6, mindestens 7, mindestens 8, mindestens 9, mindestens 10, mindestens 11, mindestens 12, mindestens 13, mindestens 14, mindestens 15, mindestens 16, mindestens 17, mindestens 18, mindestens 19, mindestens 20, mindestens 21, mindestens 22, mindestens 23, mindestens 24, mindestens 25, mindestens 26, mindestens 27, mindestens 28, mindestens 29, mindestens 30, mindestens 31, mindestens 32, mindestens 33, mindestens 34, mindestens 35, mindestens 36, mindestens 37, mindestens 38 oder mindestens 39 anderen SNPs aus der Liste von SNPs in Tabelle 2 analysiert werden.
  • Weiterhin betrifft die Erfindung in einer anderen Ausführungsform isolierte Oligonukleotide zur Detektion von mindestens einem Gen ausgewählt aus der in Tabelle 1 aufgelisteten Gruppe von Genen, einschließlich Nukleinsäuremolekülen, die spezifisch Regionen in besagten mit Legasthenie assoziierten Regionen detektieren.
  • In einer bevorzugten Ausführungsform betrifft die vorliegende Erfindung Oligonukleotide zur Detektion von mindestens RTN4, OTX1, HIF1A, FOXP2, DCDC1 und TUBB6, einschließlich Nukleinsäuremolekülen, die spezifisch Regionen in besagten mit Legasthenie assoziierten Regionen detektieren.
  • Folglich betrifft die vorliegende Erfindung Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch Regionen in RTN4 (SEQ ID Nr. 1) detektieren, die mit Legasthenie assoziiert sind.
  • Weiterhin betrifft die vorliegende Erfindung Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch Regionen in OTX1 (SEQ ID Nr. 2) detektieren, die mit Legasthenie assoziiert sind.
  • Weiterhin betrifft die vorliegende Erfindung Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch Regionen in HIF1A (SEQ ID Nr. 3) detektieren, die mit Legasthenie assoziiert sind.
  • Weiterhin betrifft die vorliegende Erfindung Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch Regionen in FOXP2 (SEQ ID Nr. 4) detektieren, die mit Legasthenie assoziiert sind.
  • Weiterhin betrifft die vorliegende Erfindung Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch Regionen in DCDC1 (SEQ ID Nr. 5) detektieren, die mit Legasthenie assoziiert sind.
  • Weiterhin betrifft die vorliegende Erfindung Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch Regionen in TUBB6 (SEQ ID Nr. 6) detektieren, die mit Legasthenie assoziiert sind.
  • Besagte Nukleinsäuremoleküle können im Bereich von ungefähr 12 bis ungefähr 20 Nukleotiden liegen, wobei 15 Nukleotide bevorzugt sind, die die Regionen in besagten mit Legasthenie assoziierten Genen überspannen. Vorzugsweise können besagte Regionen die im Folgenden aufgelisteten SNPs sein.
  • Die Regionen, die die in Tabelle 2 aufgelisteten SNPs umfassen, können mittels der wie oben definierten dbSNP-Datenbank, worin jeder SNP eine definierte Position im Genom hat, identifiziert und beschafft werden. Wenn man sich auf ein Gen bezieht, worin ein SNP gelegen ist, kann man weiterhin die Position des besagten SNPs in Bezug auf das ATG des besagten Gens definieren. In den folgenden Absätzen werden die SNP-Positionen gemäß besagter Definition angegeben, wobei ein „+” eine Position stromaufwärts des ATG und ein „–” eine Position stromabwärts des ATG des entsprechenden Gens bezeichnet.
  • Folglich betrifft die vorliegende Erfindung Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs2255112 an Position –76636 in SEQ ID Nr. 1 (RTN4) detektieren, worin ein G an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein T das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs2588517 an Position –56476 in SEQ ID Nr. 1 (RTN4) detektieren, worin ein T an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein C das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs7597198 an Position –21566 in SEQ ID Nr. 1 (RTN4) detektieren, worin ein G an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein A das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs2075375 an Position +564 in SEQ ID Nr. 2 (OTX1) detektieren, worin ein G an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein A das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs2057482 an Position +51325 in SEQ ID Nr. 3 (HIF1A) detektieren, worin ein A an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein G das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs2301113 an Position +44025 in SEQ ID Nr. 3 (HIF1A) detektieren, worin ein C an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein A das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs12533005 an Position –10512 in SEQ ID Nr. 4 (FOXP2) detektieren, worin ein C an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein G das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs4727799 an Position +44001 in SEQ ID Nr. 4 (FOXP2) detektieren, worin ein G an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein A das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rsrs7121949 an Position –61667 in SEQ ID Nr. 5 (DCDC1) detektieren, worin ein T an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein G das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs12960267 an Position +4200 in SEQ ID Nr. 6 (TUBB6) detektieren, worin ein C an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein A das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs12324434 an Position –76092 in SEQ ID Nr. 7 (DYX1C1) detektieren, worin ein G an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein A das major Allel repräsentiert.
  • Die vorliegende Erfindung betrifft weiterhin Nukleinsäuremoleküle, die spezifisch den SNP rs4255730 an Position –2746 in SEQ ID Nr. 7 (DYX1C1) detektieren, worin ein A an besagter Position das minor Allel repräsentiert und ein G das major Allel repräsentiert.
  • Besagte Nukleinsäuremoleküle können als Sonden in einem DNS-Mikroarray wie unten beschrieben verwendet werden (und somit als „Sondennukleotide” bezeichnet werden).
  • Die Verfahren, welche verwendet werden können, um DNS zu analysieren, können aus der Gruppe von Verfahren ausgewählt sein, die DNS-Sequenzierung, DNS-Mikroarray, Real-time PCR und Massenspektrometrie umfasst. Selbstverständlich kann jedes andere dem Fachmann bekannte Verfahren verwendet werden, um den Genotyp eines Individuums zu bestimmen.
  • DNS-Sequenzierung ist ein Routineverfahren, das durchgeführt wird, um die Sequenz einer bestimmten DNS-Region zu bestimmen. Es verwendet Primer, die so gestaltet sind, dass sie die zu analysierende Region zusammen mit markierten Nukleotiden in einem PCR-ähnlichen Aufbau flankieren. Mittels Analyse der Markierungen an den entsprechenden Positionen ist es möglich, die Sequenz der DNS zu bestimmen, beginnend ab der Region, mit welcher der Primer hybridisiert.
  • DNS-Mikroarray Techniken sind dem Fachmann auch sehr gut bekannt. Besagte Techniken basieren auf Hybridisierungsereignissen zwischen der Test-DNS und sogenannten „Sonden”, die auf definierten Punkten eines Mikroarrays in einer Kammer immobilisiert sind. Heutzutage werden solche Mikroarrays routinemäßig verwendet, um DNS-Sequenzen zu bestimmen, sogar bis hinab zur Ebene von Einzelbasen und somit zur Detektion von SNPs. Dies ist durch entsprechende Auswahl der Sonden und die Verwendung spezifischer Hybridisierungsbedingungen möglich. Bei besagten Techniken kann die DNS für Detektionszwecke markiert werden. Routinemäßig können Sonden, die die verschiedenen Sequenzen an der Position eines SNPs abdecken, in Kombination mit entsprechenden Kontrollen verwendet werden; folglich kann auch der Genotyp des entsprechenden SNPs analysiert werden.
  • Der Begriff „Kammer” eines Arrays bezeichnet einen geschlossenen Raum, worin die Sonden so angeordnet sind, dass deren aufnehmende (im Sinne von hybridisierende) Oligonukleotidteile (getrennt von den verankernden Teilen) so in dem definierten Raum präsentiert werden, dass sie in der Lage sind, andere in besagtem Raum vorhandene Moleküle zu kontaktieren. Selbstverständlich kann besagter Raum oder Kammer für einen bestimmten Schritt während des Versuchsablaufs, wie das Laden mit einer Flüssigkeitsprobe in besagten Raum, geöffnet sein. Zur Analyse von Interaktionen zwischen den Sonden und anderen in besagtem Raum vorhandenen Molekülen, kann jedoch die Kammer geschlossen sein, um ein geschlossenes Reaktionssystem mit definierten Reaktionsparametern, wie der Konzentration von bestimmten Molekülen innerhalb besagter Kammer, zu ergeben.
  • Real-time PCR Verfahren können auch verwendet werden, um DNS-Regionen zu analysieren. Allgemein gesagt basiert Real-time PCR auf dem Einbau von Doppelstrang-spezifischen Farbstoffen in die DNS, während besagte DNS amplifiziert wird. Besagte Farbstoffe werden nur in dem Falle, dass sie eingebaut sind, detektiert. Folglich ist das Detektionssignal des entsprechenden Farbstoffes umso höher, je mehr DNS amplifiziert wird. Durch entsprechende Gestaltung der Primer und/oder durch Hinzufügung von geeigneten Sondennukleotiden, die nur mit einer spezifischen DNS-Sequenz hybridisieren (und folglich in der Lage sind, zwischen SNPs zu unterscheiden) und die Verwendung von spezifischen Hybridisierungsbedingungen können DNS-Regionen und bevorzugt Polymorphismen analysiert werden.
  • Auch Massenspektrometrie (MS) kann verwendet werden, um die DNS umfassenden Proben zu analysieren. In MALDI-MS wird eine Probe mit einer Matrixmaterial enthaltenden Lösung gemischt, und ein Tropfen der Flüssigkeit wird auf der Oberfläche einer Metallplatte platziert. Die Matrixlösung ko-kristallisiert dann z. B. mit der biologischen Probe, und die Metallplatte wird in das Massenspektrometer eingeführt, und dann wird Laserenergie auf die Metallplattenoberfläche gerichtet, wo sie durch die biologischen Moleküle absorbiert wird und die biologischen Moleküle ionisiert, ohne sie signifikant zu fragmentieren. In anderen Ausführungsformen der MALDI-MS kann die Matrix zuerst als dünner Film kristallisiert werden, wobei die biologische Probe später hinzugefügt wird, oder umgekehrt.
  • Im Kontext der vorliegenden Erfindung kann es bevorzugt sein, für die Detektion keine klassische MALDI-MS Analyse durchzuführen, sondern sich auf Weiterentwicklungen der MALDI-MS zu stützen. Diese Weiterentwicklungen, welche z. B. „surface enhanced Laser Desorptions/Ionisations Massenspektrometrie (SELDI-MS)” einschließen, kombinieren das oben erwähnte Prinzip der Probenvorbereitung und Prä-Fraktionierung mit den Prinzipien der MALDI-MS. In SELDI-MS kann die Probenoberfläche z. B. so modifiziert werden, dass sie aktiv am Probenvorbereitungsprozess beteiligt ist. In einer Variante kann diese Probenoberfläche daher mit Affinitätsmatrizes derivatisiert werden, die eine Ionenaustauschcharakteristik liefern, um die Präfraktionierung der biologischen Probe zu erlauben.
  • Weitere Weiterentwicklungen der MALDI/SELDI Technologie sind im Fachgebiet als surface-enhanced affinity capture (SEAC), surface-enhanced need disorption (SEND) oder surface-enhanced photo label attachment and release (SEPAR) bekannt. Ein Fachmann wird all diese Massenspektrometrieansätze für die Analyse der DNS bei einer von einem Individuum gewonnenen Probe gemäß vorliegender Erfindung in Erwägung ziehen.
  • Alle besagten Techniken können mit der oben dargelegten vorherigen Aufreinigung und/oder Amplifikation der DNS kombiniert werden, aber auch mit bestimmten Restriktionsverdauen, um DNS zu schneiden und es zu ermöglichen, kleinere DNS-Fragmente zu analysieren.
  • Alle Aspekte und Ausführungsformen eines Verfahrens gemäß der vorliegenden Erfindung können verwendet werden, um bei einem Menschen Legasthenie zu diagnostizieren und/oder eine Legastheniediagnose in einem Menschen zu erhärten, welcher schon mit herkömmlichen Verfahren wie Lese- und Rechtschreibtests getestet wurde.
  • Die einzige Voraussetzung für besagtes Verfahren ist die Bereitstellung einer Probe eines zu testenden Menschen, die DNS umfasst. Folglich kann das Verfahren gemäß der Erfindung unabhängig vom Alter des zu testenden Menschen verwendet werden. Dies kann während einer Routineuntersuchung für Kinder geschehen, um Legasthenie so früh wie möglich zu detektieren. Entsprechende Hilfe kann dann daraufhin zu einem frühen Entwicklungsstadium erfolgen.
  • Es versteht sich, dass die Beispiele und Abbildungen nicht als limitierend aufzufassen sind. Dem Fachmann ist es natürlich möglich, sich weitere Modifikationen zu den hier dargelegten Prinzipien vorzustellen.
  • Weitere bevorzugte Ausführungsformen der vorliegenden Erfindung beziehen sich auf:
    • 1. Ein Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, umfassend: a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen, wobei diese Probe DNS umfasst; b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem an der neuronalen Wanderung beteiligten Gen, ausgewählt aus der die Gene RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, TUBB6, DCDC1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2, DCAMKL1, HIF1A, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1, SRF, RTN4, OTX1, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF, NRCAM, NDUFV2, GNAL, RHBDL2, NELL1, IMPA2, ELAVL4, PHC2, VAX2, TRAK1, NTRK3, FGR, CNTN6 und FOXP2 umfassenden Gruppe; c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen; d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
    • 2. Verfahren gemäß 1, wobei besagte Regionen von dem besagten mindestens einen Gen in Schritt b) hinsichtlich der Präsenz von Punktmutationen, Deletionen, Insertionen und/oder Translokationen analysiert werden, die z. B. zu veränderten Genexpressionsleveln, Leserasterverschiebungen, Aminosäuresubstitutionen oder vorzeitigen Stopkodons und/oder beliebigen anderen Mutationen führen, die das Genprodukt inaktiv machen.
    • 3. Verfahren gemäß 1, worin besagte DNS in Schritt b) hinsichtlich der Präsenz von etablierten SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von besagtem mindestens einen Gen analysiert wird.
    • 4. Verfahren gemäß 3, worin die etablierten SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen aus Datenbanken ermittelt werden und etablierte Polymorphismen in der menschlichen DNS sind.
    • 5. Verfahren gemäß irgendeinem von 1 bis 4, worin die Analyse auch die Analyse des Genotyps, d. h. entweder homozygot für das minor/major Allel oder heterozygot, in der analysierten Region umfasst.
    • 6. Verfahren gemäß irgendeinem von 1 bis 5, worin besagte Referenzanalyse das Resultat einer großen Kontrollgruppe von nicht legasthenen Menschen darstellt.
    • 7. Verfahren gemäß irgendeinem von 1 bis 6, worin Legasthenie einem Menschen mit einer Wahrscheinlichkeit zugewiesen wird, die von der Anzahl der Unterschiede in den analysierten Regionen von besagtem mindestens einen analysierten Gen abhängig ist, d. h. je höher die Anzahl der Unterschiede, desto höher die Wahrscheinlichkeit von Legasthenie bei besagtem Menschen.
    • 8. Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, umfassend: a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst; b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus der die SNPs rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2255112, rs2580765, rs2580772, rs2588517, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs7597198 in RTN4; rs2075375 in OTX1; rs2057482, rs2301113 in HIF1A; rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs12533005, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs4727799, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701 in FOXP2, rs7121949 in DCDC1; rs12960267 in TUBB6; rs1075938, rs12324434, rs16976343, rs3743204, rs4144134, rs4255730, rs600753, rs685935 in DYX1C1 umfassenden Gruppe; c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs12469804, homozygot minor (d. h. G) für rs12713284, homozygot minor (d. h. C) für rs13387751, homozygot minor (d. h. G) für rs2255112, homozygot minor (d. h. C) für rs2580765, homozygot minor (d. h. T) für rs2580772, homozygot major (d. h. C) für rs2588517, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs2588521, homozygot minor (d. h. G) für rs2860453, homozygote minor (d. h. A) für rs2919129, homozygot minor (d. h. C) für rs2972097, homozygot minor (d. h. C) für rs6545466, homozygot minor (d. h. C) für rs6760429, homozygot minor (d. h. G) für rs7340476, homozygote minor (d. h. C) für rs7562292, homozygot minor (d. h. G) für rs7597198, homozygot major (d. h. A) für rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482, homozygot minor (d. h. C) für rs2301113, homozygot major (d. h. G) für rs1015511, homozygote major (d. h. G) für rs10228494, homozygot major (d. h. A) für rs10249234, homozygot major (d. h. A) für rs10262103, homozygot major (d. h. G) für rs10262462, homozygot major (d. h. T) für rs10266297, homozygot major (d. h. G) für rs10280045, homozygote major (d. h. G) für rs12533005, homozygot major (d. h. G) für rs1989903, homozygot major (d. h. C) für rs2040658, homozygote major (d. h. A) für rs2189010, homozygot major (d. h. G) für rs2189015, homozygot major (d. h. A) für rs2396753, homozygot major (d. h. C) für rs2894699, homozygot major (d. h. A) für rs4727799, homozygote major (d. h. A) für rs6466488, homozygot major (d. h. A) für rs6969376, homozygot major (d. h. G) für rs6974757, homozygot major (d. h. A) für rs6980093, homozygot major (d. h. G) für rs727644, homozygote major (d. h. G) für rs7785701, heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949, homozygot minor (d. h. C) für rs12960267, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. G/A) für rs1075938, homozygot major (d. h. A) für rs12324434, homozygot minor (d. h. C) für rs16976343, homozygot minor (d. h. T) für rs3743204, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs4144134, homozygot minor (d. h. A) für rs4255730, heterozygot (d. h. C/T) für rs600753, homozygot major (d. h. T) und heterozygot (d. h. C/T) für rs685935 mit Legasthenie assoziiert sind; d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
    • 9. Verfahren gemäß 8, worin in Schritt b) der Genotyp von mindestens einem SNP ausgewählt aus der die SNPs rs2255112, rs2588517, rs7597198, rs2075375, rs2057482, rs2301113, rs12533005, rs4727799, rs7121949, rs12960267, rs12324434 und rs4255730 umfassenden Gruppe bestimmt und in Schritt c) verglichen wird mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) bei rs2255112, homozygot major (d. h. C) bei rs2588517, homozygot minor (d. h. G) bei rs7597198, homozygot major (d. h. A) bei rs2075375, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) bei rs2057482, homozygot minor (d. h. C) bei rs2301113, homozygot major (d. h. G) bei rs12533005, homozygot major (d. h. A) bei rs4727799, heterozygot (d. h. T/G) bei rs7121949, homozygot minor (d. h. C) bei rs12960267, homozygot major (d. h. A) bei rs12324434 und homozygot minor (d. h. A) bei rs4355730 mit Legasthenie assoziiert sind.
    • 10. Verfahren gemäß 8 und 9, worin einem Menschen Legasthenie mit einer Wahrscheinlichkeit zugewiesen wird, die von der Anzahl der Übereinstimmungen zwischen den Genotypen der analysierten SNPs und den mit Legasthenie assoziierten SNPs abhängig ist, d. h. je höher die Anzahl der Übereinstimmungen zwischen besagten SNPs, desto höher die Wahrscheinlichkeit von Legasthenie bei besagtem Menschen.
    • 11. Verfahren gemäß irgendeinem von 1 bis 10, worin die DNS enthaltende Probe aus einer Gewebeprobe wie Blut, Haut oder Speichel des Menschen gewonnen wird.
    • 12. Verfahren gemäß irgendeinem von 1 bis 11, worin die in der Probe enthaltene DNS zuerst aufgereinigt und vorzugsweise amplifiziert wird, und zwar außerhalb des menschlichen Körpers.
    • 13. Verfahren gemäß irgendeinem von 1 bis 12, worin die Analyse unter Verwendung von mindestens einer Technik, ausgewählt aus der DNS-Sequenzierung, DNS-Mikroarray, Realtime PCR und Massenspektrometrie umfassenden Gruppe von Techniken durchgeführt wird.
    • 14. Verwendung eines Verfahrens gemäß 1 bis 13 in einer medizinischen Untersuchung eines Menschen in einem Entwicklungsstadium, das zu früh für das Auftreten von manifesten Symptomen von Legasthenie ist.
    • 15. Verwendung gemäß 14, worin besagte medizinische Untersuchung eine Routineuntersuchung für Kinder im Alter von 12 Monaten ist.
    • 16. Verwendung gemäß 14 und 15, um eine frühe Diagnose zu erhalten und Kinder mit einer Legastheniediagnose spezielle medizinische und/oder pädagogische Behandlung zukommen zu lassen.
    • 17. Verwendung eines Verfahrens gemäß 1 bis 13, um die Legastheniediagnose eines schon mit herkömmlichen Verfahren wie Lese- und Rechtschreibtests getesteten Menschen zu erhärten.
    • 18. Mikroarray-Vorrichtung, umfassend: a) eine Kammer, die geeignet ist, eine Flüssigkeitsprobe zu enthalten, worin besagte Flüssigkeitsprobe DNS des auf Legasthenie zu testenden Individuums enthält; b) ein oder mehrere verschiedene Sondennukleotide, die an unterschiedlichen Orten auf einer Oberfläche der Kammer positioniert sind, worin die Sondennukleotide Sondennukleotide umfassen, die spezifisch mindestens einen der SNPs rs2255112, rs2588517, rs7597198, rs2075375, rs2057482, rs2301113, rs12533005, rs4727799, rs7121949, rs12960267, rs12324434 und rs4255730 detektieren.
  • Beispiel 1:
  • Identifikation von mit Legasthenie identifizierten SNPs mittels der Bestimmung der Sequenz der entsprechenden Regionen in legasthenen Patienten sowie in gesunden Referenzindividuen und Analyse der für besagte zwei Gruppen zusammengetragenen Resultate mittels statistischer Bestimmung, ob es eine Assoziation der entsprechenden SNPs mit Legasthenie gibt.
  • Ethikvotum
  • Das Ethikvotum wurde bei der Ethikkommission der Universität Leipzig und dem Regionalschulamt Leipzig eingeholt. Eine schriftliche Einverständniserklärung wurde bei den Eltern der Probanden eingeholt.
  • Studiengruppe
  • Die Studiengruppe bestand aus 91 Legasthenikern von deutscher Abstammung. Kontrollen waren 184 gesunde Blutspender von deutscher Abstammung.
  • Wir erhoben Kinder mit Legasthenie durch Kontakte zu Schulen mit speziellen Legasthenieklassen, die auf die Unterrichtung von Kindern mit Leseschwierigkeiten spezialisiert sind. Einschlusskriterien für Probanden waren ein IQ ≥ 80, kein Aufmerksamkeits-Hyperaktivitätssyndrom (ADHS) und die verifizierte Legastheniediagnose. Der IQ wurde mittels des nicht sprachbasierten CFT-20 (Weiß 1998) getestet, ADHS mit dem Konzentrationstest d2 (Brickenkamp 1994). Für die spätere Analyse von Legasthenie führten wir den Lese- und Rechtschreibtest KNUSPEL-L (Marx 1998) durch. Alle Kinder gingen entweder in die dritte oder vierte Klasse.
  • Genotypisierung
  • DNS wurde aus einer Speichelprobe extrahiert. Die Gene wurden gemäß den oben aufgeführten Kriterien ausgewählt. SNPs wurden mittels eines kombinierten Tagging- (Haploview) und funktionalen Ansatzes (Pupasuite) ausgewählt. Der Haploview-Tagger (siehe: http:///www.broad.mit.edu/mpg/tagger/) ist ein Werkzeug zur Auswahl und Evaluation von tag-SNPs aus Genotypisierungsdaten, wie denen des Internationalen HapMap Projekts. PCR-Primer Entwurf wurde unter Verwendung von NCBI dbSNP und Ensembl-Datenbanken und den Computerprogrammen muPlex (Rachlin et al., 2005), ePCR (Schuler 1997), HumanBlat (Kent 2002) und Netprimer (PREMIER Biosoft International, Palo Alto, CA) implementiert. Alle PCR-Primer wurden von MWG-Biotech (Ebersberg, Deutschland) bezogen.
  • SNP-Genotypisierung wurde unter Verwendung des GenoSNIP Verfahrens mit leichten Modifikationen (Wenzel et al., 2003; Kirsten et al., 2007) durchgeführt. PCR-Reaktionen wurden unter Standardbedingungen durchgeführt.
  • Das resultierende PCR-Produkt wurde bei 37°C für 1 h im selben Röhrchen verdaut, und zwar indem 2 μl eines Gemisches zugegeben wurden, das Exonuklease I (0.2U) und Shrimp alkalische Phosphatase (0.3U) enthielt. Enzyme wurden bei 80°C für 20 min inaktiviert.
  • Primer für Einzelbasenverlängerungsreaktionen (SBE) wurden mit Photo-spaltbaren Basen entworfen (Kirsten et al. 2006). Alle SBE-Primer wurden von Biotez (Berlin, Deutschland) bezogen. SBE-Reaktionen wurden unter folgenden Bedingungen durchgeführt: Initiale Denaturierung bei 95°C für 4 min, 44 Zyklen mit Denaturierung bei 94°C für 10 s, Primer Hybridisierung bei 60°C für 30 s und Elongation bei 72°C für 10 s. Die Reaktionen bestanden aus 1 μl Puffer C 10x, 1 μl MgCl2 100 mM, 0.2 TermiPol (alle von Solis Biodyne, Tartu, Estland), 0.9 μl ddNTP 4 × 10 mM (Carl Roth GmbH), 12 μl verdautes PCR-Produkt, komplettiert zu 18 μl mit Primer und aqua bidest. SBE-Produkte wurden mittels MALDI-TOF Massenspektrometrie (Bruker Daltonics, Leipzig, Deutschland) gemäß Standardprotokollen detektiert. Die Genotypbestimmung wurde mittels GenoTools (Pusch et al. 2001) und hauseigener Software durchgeführt.
  • Statistik
  • Alle Genotypen wurden mittels Standardstatistiken für Odds Ratio und Lathrop genetisches relatives Risiko Berechnung (Lathrop 1983) auf eine Assoziation mit Legasthenie hin analysiert. Eine Analyse des Hardy-Weinberg-Gleichgewichts wurde zur Evaluation der Genotypisierungsqualität durchgeführt. Zur Haplotypanalyse wurde die Software Haploview 3.32 verwendet. Um die Signifikanz von Unterschieden in Allel- oder Haplotypfrequenzen zu testen, wurden Chi-Quadrat Statistiken oder, wenn angemessen, Fishers Exakter Test verwendet. Bei der Haplotypanalyse wurden die p-Werte für multiples Testen mit der Anzahl der Haplotypen korrigiert.
  • Beispielhafte Ergebnisse für rs22255112 in RTN4
  • SNP rs22255112 ist an Position –76636 von RTN4 etabliert, wobei ein G an besagter Position das minor Allel darstellt und ein T an besagter Position das major Allel darstellt. 90 Legastheniker und 181 gesunde Referenzindividuen wurden getestet.
  • Die Sequenzanalyse offenbarte, dass 92 von insgesamt 180 Allelen in den Proben der legasthenen Patienten (Fälle) ein G an besagter Position hatten. Folglich war die Frequenz des minor Allels 51% (Fälle_Minor_Allel_Frequenz). 88 Allele hatten ein T an der entsprechenden Position (entsprechend 49%; Fälle_Major_Allel_Frequenz). 24 legasthene Patienten waren homozygot für das minor Allel (Fälle_Homo_Minor), 24 homozygot für das major Allel (Fälle_Homo_Major) und 40 waren heterozygot (Fälle_Hetero).
  • In den Referenzproben (Kontrollen), hatten 152 Allele ein G und 210 Allele ein T an der entsprechenden Position. Folglich war die Frequenz des minor Allels 42% (Fall_Minor_Allel_Frequenz). 31 Referenzindividuen waren homozygot für das minor Allel (Kontroll_Homo_Minor), 60 homozygot für das major Allel (Kontroll_Homo_Major) und 90 waren heterozygot (Kontroll_Hetero).
  • Unter Verwendung der oben dargelegten statistischen Methoden ist es möglich, zu bestimmen, ob ein bestimmter Genotyp mit Legasthenie assoziiert ist. Ein entsprechender p-Wert gibt an, wie signifikant die Assoziation ist, wobei kleinere p-Werte einen höheren Grad an Signifikanz angeben. Im vorliegenden Beispiel von rs2255112 in RTN4 führte besagte Analyse zu dem Resultat, dass der homozygote minor Allel Zustand mit einem p-Wert von 0.021 mit Legasthenie assoziiert ist. Dies entspricht einem G an Position –76636 auf beiden Allelen.
  • Unter Verwendung des oben beschriebenen Versuchsaufbaus wurden die 12 SNP in Tabelle 3 als mit Legasthenie assoziierend gefunden. Die entsprechenden p-Werte besagter SNPs sind in Tabelle 2 aufgelistet.
    rs-Nummer Fälle_Minor_Allel_Frequenz Fälle_Major_Allel_Frequenz Fälle_Homo_Minor Fälle_Homo_Major Fälle_Hetero
    rs2255112 51% 49% 26 24 40
    rs2588517 24% 76% 5 50 33
    rs7597198 28% 72% 8 47 33
    rs2075375 38% 62% 14 35 41
    rs12533005 34% 66% 11 37 35
    rs4727799 32% 68% 12 44 34
    rs12324434 36% 64% 12 38 41
    rs4255730 10% 90% 2 72 14
    rs12960267 14% 86% 4 69 17
    rs7121949 34% 66% 15 43 28
    rs2057482 16% 84% 1 62 26
    rs2301113 25% 75% 7 51 31
    rs-Nummer Kontroll_Minor_Allel_Frequenz Kontroll_Major_Allel_Frequenz Kontroll_Homo_Minor Kontroll_Homo_Major Kontroll_Hetero
    rs2255112 42% 58% 31 60 90
    rs2588517 32% 68% 22 85 71
    rs7597198 22% 78% 12 113 54
    rs2075375 49% 51% 49 52 81
    rs12533005 46% 54% 34 48 97
    rs4727799 39% 61% 29 70 85
    rs12324434 46% 54% 32 48 102
    rs4255730 7% 93% 0 142 25
    rs12960267 12% 88% 2 140 38
    rs7121949 33% 67% 17 78 86
    rs2057482 9% 91% 1 151 31
    rs2301113 20% 80% 8 118 57
  • Beispiel 2:
  • Identifizierung weiterer mit Legasthenie assoziierender SNPs in den Genen RTN4, FOXP2 und DXY1C1.
  • Unter Verwendung der Resultate der assoziierenden SNPs aus Beispiel 1 und der Software HapMap wurden weitere assoziierende SNPs in jedem Gen (worin die assoziierenden SNPs aus Beispiel 1 gefunden wurden) bestimmt. SNPs mit einem r-Wert < 0.05 wurden ausgewählt und als „HapMap”-SNPs in Tabelle 2 aufgelistet.

Claims (21)

  1. Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, umfassend: a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst; b) Bestimmung des Genotyps von mindestens einem in besagter DNS vorhandenen SNP ausgewählt aus den SNPs rs2057482 und rs2301113; c) Vergleich des Genotyps von besagtem mindestens einem SNP mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen, worin die Genotypen homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482 und homozygot minor (d. h. C) für rs2301113 mit Legasthenie assoziiert sind; d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  2. Verfahren gemäß Anspruch 1, worin in Schritt b) die Genotypen der Gruppe von in besagter DNS vorhandenen SNPs bestehend aus rs2057482; rs2075375; rs2255112; rs2301113; rs2588517; rs4255730; rs4727799; rs7121949; rs7597198; rs12324434; rs12533005 und rs12960267 bestimmt werden und in Schritt c) die Genotypen besagter SNPs mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen verglichen werden, worin die Genotypen homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. A/G) für rs2057482; homozygot major (d. h. A) für rs2075375; homozygot minor (d. h. G) für rs2255112; homozygot minor (d. h. C) für rs2301113; homozygot major (d. h. C) für rs2588517; homozygot minor (d. h. A) für rs4255730; homozygot major (d. h. A) für rs4727799; heterozygot (d. h. T/G) für rs7121949; homozygot minor (d. h. G) für rs7597198; homozygot major (d. h. A) für rs12324434; homozygot major (d. h. G) für rs12533005 und homozygot minor (d. h. C) für rs12960267 mit Legasthenie assoziiert sind.
  3. Verfahren gemäß Anspruch 1 oder 2, worin in Schritt b) der Genotyp von mindestens einem weiteren SNP, ausgewählt aus der Gruppe von SNPs umfassend rs10210840, rs12469804, rs12713284, rs13387751, rs2580765, rs2580772, rs2588518, rs2588521, rs2860453, rs2919129, rs2972097, rs6545466, rs6760429, rs7340476, rs7562292, rs1015511, rs10228494, rs10249234, rs10262103, rs10262462, rs10266297, rs10280045, rs1989903, rs2040658, rs2189010, rs2189015, rs2396753, rs2894699, rs6466488, rs6969376, rs6974757, rs6980093, rs727644, rs7785701, rs1075938, rs16976343, rs3743204, rs4144134, rs600753, rs685935 bestimmt wird und in Schritt c) mit mit Legasthenie assoziierten Genotypen verglichen wird, worin die Genotypen homozygot minor (d. h. G) für rs10210840, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs12469804, homozygot minor (d. h. G) für rs12713284, homozygot minor (d. h. C) für rs13387751, homozygot minor (d. h. C) für rs2580765, homozygot minor (d. h. T) für rs2580772, homozygot minor (d. h. T) für rs2588518, homozygot minor (d. h. G) für rs2588521, homozygot minor (d. h. G) für rs2860453, homozygot minor (d. h. A) für rs2919129, homozygot minor (d. h. C) für rs2972097, homozygot minor (d. h. C) für rs6545466, homozygot minor (d. h. C) für rs6760429, homozygot minor (d. h. G) für rs7340476, homozygot minor (d. h. C) für rs7562292, homozygot major (d. h. G) für rs1015511, homozygot major (d. h. G) für rs10228494, homozygot major (d. h. A) für rs10249234, homozygot major (d. h. A) für rs10262103, homozygot major (d. h. G) für rs10262462, homozygot major (d. h. T) für rs10266297, homozygot major (d. h. G) für rs10280045, homozygot major (d. h. G) für rs1989903, homozygot major (d. h. C) für rs2040658, homozygot major (d. h. A) für rs2189010, homozygot major (d. h. G) für rs2189015, homozygot major (d. h. A) für rs2396753, homozygot major (d. h. C) für rs2894699, homozygot major (d. h. A) für rs6466488, homozygot major (d. h. A) für rs6969376, homozygot major (d. h. G) für rs6974757, homozygot major (d. h. A) für rs6980093, homozygot major (d. h. G) für rs727644, homozygot major (d. h. G) für rs7785701, homozygot major (d. h. G) und heterozygot (d. h. G/A) für rs1075938, homozygot minor (d. h. C) für rs16976343, homozygot minor (d. h. T) für rs3743204, homozygot major (d. h. C) und heterozygot (d. h. C/T) für rs4144134, heterozygot (d. h. C/T) für rs600753, homozygot major (d. h. T) und heterozygot (d. h. C/T) für rs685935 mit Legasthenie assoziiert sind.
  4. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 1 bis 3, worin Legasthenie einem Menschen mit einer Wahrscheinlichkeit zugewiesen wird, die von der Anzahl der Übereinstimmungen zwischen den Genotypen der analysierten SNPs und den mit Legasthenie assoziierten SNPs abhängig ist, d. h. je höher die Anzahl der Übereinstimmungen zwischen besagten SNPs, desto höher die Wahrscheinlichkeit von Legasthenie bei besagtem Menschen.
  5. Verfahren zur Diagnose von Legasthenie bei einem Menschen, umfassend: a) Bereitstellung einer Probe von besagtem Menschen außerhalb des menschlichen Körpers, wobei diese Probe DNS umfasst; b) Analyse besagter DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen des Gens HIF1A; c) Vergleich der Resultate besagter Analyse mit den Resultaten einer Referenzanalyse eines nicht legasthenen Menschen; d) Zuweisung von Legasthenie zu besagtem Menschen basierend auf besagtem Vergleich.
  6. Verfahren gemäß Anspruch 5, worin in Schritt b) besagte DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen der Gruppe aus Genen bestehend aus HIF1A, OTX1, RTN4, FOXP2, DCDC1 und TUBB6 analysiert wird.
  7. Verfahren gemäß Anspruch 5 oder 6, worin besagte DNS in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von mindestens einem weiteren Gen, ausgewählt aus der Gruppe von Genen umfassend RELN, CDK5, DCX, MDCR, SMPD1, VAPA, SMPDL3B, DCDC2B, DCDC2C, LOC728597, DCAMKL2, DCAMKL1, TBP, SEMA3A, TSNAX, DISC1, SRF, CNTN4, NRG1, DNER, PTPRF, NRCAM, NDUFV2, GNAL, RHBDL2, NELL1, IMPA2, ELAVL4, PHC2, VAX2, TRAK1, NTRK3, FGR und CNTN6 analysiert wird.
  8. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 5 bis 7, worin besagte Regionen von besagtem mindestens einem Gen in Schritt b) hinsichtlich der Präsenz von Punktmutationen, Deletionen, Insertionen und/oder Translokationen analysiert werden, die z. B. zu veränderten Genexpressionsleveln, Leserasterverschiebungen, Aminosäuresubstitutionen oder vorzeitigen Stopkodons und/oder beliebigen anderen Mutationen führen, die das Genprodukt inaktiv machen.
  9. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 5 bis 7, worin besagte DNS in Schritt b) hinsichtlich der Präsenz von etablierten SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen in regulatorischen und/oder kodierenden Regionen von besagtem mindestens einem Gen analysiert wird.
  10. Verfahren gemäß Anspruch 9, worin die etablierten SNPs und/oder Deletionen und/oder Insertionen aus Datenbanken ermittelt werden können und etablierte Polymorphismen in der menschlichen DNS sind.
  11. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 5 bis 10, worin die Analyse auch die Analyse des Genotyps, d. h. entweder homozygot für das minor/major Allel oder heterozygot, in der analysierten Region umfasst.
  12. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 5 bis 11, worin besagte Referenzanalyse das Resultat einer großen Kontrollgruppe von nicht legasthenen Menschen darstellt.
  13. Verfahren gemäß einem der Ansprüche 5 bis 12, worin Legasthenie einem Menschen mit einer Wahrscheinlichkeit zugewiesen wird, die von der Anzahl der Unterschiede in den analysierten Regionen von besagtem mindestens einem analysierten Gen abhängig ist, d. h. je höher die Anzahl der Unterschiede, desto höher die Wahrscheinlichkeit von Legasthenie bei besagtem Menschen.
  14. Verfahren gemäß einem der vorhergehenden Ansprüche, worin die DNS enthaltende Probe aus einer Gewebeprobe wie Blut, Haut oder Speichel des Menschen gewonnen wird.
  15. Verfahren gemäß einem der vorhergehenden Ansprüche, worin die in der Probe enthaltene DNS zuerst aufgereinigt und vorzugsweise amplifiziert wird, und zwar außerhalb des menschlichen Körpers.
  16. Verfahren gemäß einem der vorhergehenden Ansprüche, worin die Analyse unter Verwendung von mindestens einer Technik, ausgewählt aus der Gruppe von Techniken umfassend DNS-Sequenzierung, DNS-Mikroarray, Real-time PCR und Massenspektrometrie durchgeführt wird.
  17. Verwendung eines Verfahrens gemäß einem der Ansprüche 1 bis 16 in einer medizinischen Untersuchung eines Menschen in einem Entwicklungsstadium, das zu früh für das Auftreten von manifesten Symptomen von Legasthenie ist.
  18. Verwendung gemäß Anspruch 17, worin besagte medizinische Untersuchung eine Routineuntersuchung für Kinder im Alter von 12 Monaten ist.
  19. Verwendung gemäß Anspruch 17 oder 18, um eine frühe Diagnose zu erreichen und Kinder mit einer Legastheniediagnose spezielle medizinische und/oder pädagogische Behandlung zukommen zu lassen.
  20. Verwendung eines Verfahrens gemäß einem der Ansprüche 1 bis 16, um die Legastheniediagnose eines schon mit herkömmlichen Verfahren wie Lese- und Rechtschreibtests getesteten Menschen zu erhärten.
  21. Mikroarray-Vorrichtung, umfassend: a) eine Kammer, die geeignet ist, eine Flüssigkeitsprobe zu enthalten, worin besagte Flüssigkeitsprobe DNS des auf Legasthenie zu testenden Individuums enthält; b) ein oder mehr verschiedene Sondennukleotide, die an unterschiedlichen Orten auf einer Oberfläche der Kammer positioniert sind, worin die Sondennukleotide Sondennukleotide umfassen, die spezifisch die aus rs2057482; rs2075375; rs2255112; rs2301113; rs2588517; rs4255730; rs4727799; rs7121949; rs7597198; rs12324434; rs12533005 und rs12960267 bestehende Gruppe von SNPs detektieren.
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* Cited by examiner, † Cited by third party
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Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
EP3103882B1 (de) * 2015-06-09 2019-01-16 Universität Leipzig Verfahren zur genbasierten diagnose eines legasthenierisikos
CN105603111A (zh) * 2016-03-29 2016-05-25 博奥颐和健康科学技术（北京）有限公司 Cntn4基因snp位点的应用及其检测引物与试剂盒

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003068814A1 (en) * 2002-02-12 2003-08-21 Licentia Ltd Novel genes functionally related to dyslexia
WO2005049796A2 (en) * 2003-11-14 2005-06-02 Bioventures, Inc. Chromosome 5 genetic variants related to dyslexia

Patent Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2003068814A1 (en) * 2002-02-12 2003-08-21 Licentia Ltd Novel genes functionally related to dyslexia
WO2005049796A2 (en) * 2003-11-14 2005-06-02 Bioventures, Inc. Chromosome 5 genetic variants related to dyslexia

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
LIM, C.K. u.a.: Association of the rs3743205 variant of DYX1C1 with dyslexia in Chinese children. Behav. Brain Funct. (2011) 7:16 (gutachtlich) *
TAPIA-PAEZ, I. u.a.: The complex of TFII-I, PARP1, and SFPQ proteins regulates the DYX1C1 gene implicated in neuronal migration and dyslexia. FASEB J. (2008) 22 (8) 3001-9 [Epub 29.04.2008] *
VENKATESH, S.K. u.a.: An examination of candidate gene SNPs for dyslexia in an Indian sample. Behav. Genet. (2011) 41 (1) 105-9 (gutachtlich) *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE102017218522B3 (de) 2017-10-17 2018-12-06 Fraunhofer-Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung e.V. Verfahren zur genbasierten Diagnose eines Legasthenierisikos

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