DE10315031B4 - A method for the detection of sepsis and / or sepsis-like conditions - Google Patents

A method for the detection of sepsis and / or sepsis-like conditions

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DE10315031B4 DE2003115031 DE10315031A DE10315031B4 DE 10315031 B4 DE10315031 B4 DE 10315031B4 DE 2003115031 DE2003115031 DE 2003115031 DE 10315031 A DE10315031 A DE 10315031A DE 10315031 B4 DE10315031 B4 DE 10315031B4
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Abstract

Verfahren zur in vitro Erkennung von Sepsis, A method for in vitro detection of sepsis,
dadurch gekennzeichnet, dass characterized, in that
es folgende Schritte umfasst: it comprises the following steps:
a) Isolieren einer Mehrzahl von Proben-RNAs aus einer aus einem Menschen stammenden Blutprobe; a) isolating a plurality of samples from a RNAs derived from a human blood sample;
a1) Zugeben von cDNA, die ein für Sepsis spezifisches Gen oder Genfragment ist a1) adding cDNA, which is a specific gene or gene fragment for sepsis
b) Markieren der Proben-RNA und/oder der cDNA mit einem detektierbaren Marker; b) marking the sample RNA and / or cDNA with a detectable marker;
c) In-Kontakt-Bringen der Proben-RNA mit der cDNA unter Hybridisierungsbedingungen; c) contacting the sample RNA the cDNA under hybridization conditions;
d) In-Kontakt-Bringen von Kontroll-RNA, welche eine Kontrolle ohne SIRS/Sepsis darstellt, mit wenigstens einer cDNA unter Hybridisierungsbedingungen; d) contacting of control RNA, which is a control without SIRS / sepsis, with at least one cDNA under hybridization conditions;
e) quantitatives Erfassen der Markierungssignale der hybridisierten Proben-RNA und der Kontroll-RNA; e) quantitatively detecting the marking signals of the hybridized sample RNA and control RNA;
f) Vergleichen der quantitativen Daten der Markierungssignale, um eine Aussage zu treffen, ob für Sepsis spezifische Gene oder Genfragmente in der Probe stärker oder schwächer exprimiert sind als in der Kontrolle; f) comparing the quantitative data of the marking signals in order to make a statement whether there are more or less expressed for sepsis specific genes or gene fragments in the sample than in the control;
g) wobei Sepsis vorliegt, wenn die Gesamtheit der folgenden Gruppe von Genen oder Genfragmenten mit den SEQ ID NO: 325, 268, 294, 235, 262, 240, 248, 331, 486, 251, 903, 196, 324, 672, 134, 363, 259, 168, 326, 671, 114, 253, 116, 489,485, 273, 154, 187, 358, 495, 330, 327, 1511, 314, 339, 219, 328, 348, 272, 232, 349, 310, 65, 265, 361, 269, 652, 1755, 151, 275, 66, 317, 329 überexprimiert ist; g) said sepsis is present when all of the following group of genes or gene fragments of SEQ ID NO: 325, 268, 294, 235, 262, 240, 248, 331, 486, 251, 903, 196, 324, 672, 134, 363, 259, 168, 326, 671, 114, 253, 116, 489.485, 273, 154, 187, 358, 495, 330, 327, 1511, 314, 339, 219, 328, 348, 272, 232, is 349, 310, 65, 265, 361, 269, 652, 1755, 151, 275, 66, 317, 329 overexpressed;
und/oder and or
die Gesamtheit der folgenden Gruppe von Genen oder Genfragmenten mit den SEQ ID NO: 2050, 375, 211, 250, 1477, 130, 23, 46, 26, 764, 383, 298, 28, 146, 1352, 42, 257, 1502, 203, 19, 12, 95, 188, 47, 45, 237, 706, 129, 1353, 137, 51, 43, 169, 1462, 59, 378, 246, 201, 67, 1597, 216, 490, 5, 93, 142, 189, 1442, 152, 53, 238, 180, 491, 190, 148, 386, 245 unterexprimiert ist. the totality of the following group of genes or gene fragments of SEQ ID NO: 2050, 375, 211, 250, 1477, 130, 23, 46, 26, 764, 383, 298, 28, 146, 1352, 42, 257, 1502 , 203, 19, 12, 95, 188, 47, 45, 237, 706, 129, 1353, 137, 51, 43, 169, 1462, 59, 378, 246, 201, 67, 1597, 216, 490, 5 is underexpressed 93, 142, 189, 1442, 152, 53, 238, 180, 491, 190, 148, 386, 245th

Description

  • Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zur in vitro Erkennung von Sepsis gemäß Anspruch 1 oder Anspruch 15. The present invention relates to a method for in vitro detection of sepsis according to claim 1 or claim 15 °.
  • Insbesondere betrifft die vorliegende Erfindung Genaktivitätsmarker für die Diagnose und Therapieoptimierung von Sepsis. In particular, the present invention relates to gene activity markers for the diagnosis and treatment optimization of sepsis.
  • Weiterhin betrifft die vorliegende Erfindung neue Diagnosemöglichkeiten, die sich aus experimentell abgesicherten Erkenntnissen im Zusammenhang mit dem Auftreten von Änderungen der Genaktivitäten (Transkription und nachfolgende Proteinexpression) bei gefährdeten Patienten mit Sepsis, sepsis-ähnlichen systemischen Infektionen und klinischen Zuständen mit deutlich erhöhtem Sepsisrisiko (z. B. nach schweren Traumata, Organtransplantationen, offenenen operativen Eingriffen, Hyperthermibehandlungen etc.) ableiten lassen. Furthermore, the present invention relates to new diagnostic possibilities arising from experimentally established findings in connection with the occurrence of changes in gene activities (transcription and subsequent protein expression) in patients at risk with sepsis, sepsis-like systemic infections and clinical conditions, with significantly elevated risk of sepsis (eg. can be derived by severe trauma, organ transplants, surgery offenenen, Hyperthermibehandlungen etc.) B..
  • Trotz großer Fortschritte im pathophysiologischen Verständnis und der supportiven Behandlung von Infektionserkrankungen bilden Sepsis und konsekutives Multiorganversagen heute die Haupttodesursache auf nichtkardiologischen Intensivstationen [1–3]. Despite great advances in pathophysiological understanding and supportive treatment of infectious diseases and sepsis consecutive multi-organ failure are the leading cause of death in non-cardiological intensive care units [1-3] today. Man nimmt an, daß in den USA jährlich ca. 400.000 Patienten an einer Sepsis erkranken [4]. It is believed that in the US approximately 400,000 patients annually suffer from sepsis [4]. Die Letalität beträgt ca. 40% und steigt bei Entwicklung eines Schocks auf 70–80% an [5, 6]. The mortality is about 40% and increases in development of a shock to 70-80% of [5, 6]. Die von der Grunderkrankung der Patienten und der zugrundeliegenden Infektion unabhängige Exzessletalität beträgt bis zu 35% [8]. The independent of the underlying disease of the patient and the underlying infection Exzessletalität is up to 35% [8].
  • Der Morbiditäts- und Letalitätsbeitrag der Sepsis ist von fachübergreifender Bedeutung. The morbidity and lethality of sepsis is of interdisciplinary importance. In den letzten Jahrzehnten veränderte sich die Letalität der Sepsis nur unwesentlich. In recent decades, the lethality of sepsis changed only slightly. Im Vergleich dazu stieg die Inzidenz kontinuierlich an (z. B. zwischen 1979 und 1987 um 139% von 73,6 auf 176 pro 100.000 Krankenhauspatienten) [7]. In comparison, the incidence continually increased (z. B. 1979-1987 139% of 73.6 to 176 per 100,000 hospital patients) [7]. Dadurch werden in zunehmenden Maße die Behandlungserfolge der fortgeschrittensten oder experimentellen Therapieverfahren zahlreicher Fachgebiete (Viszeralchirurgie, Transplantationsmedizin, Hämatologie/Onkologie) gefährdet, da diesen ohne Ausnahme eine Erhöhung des Sepsisrisikos immanent ist. Thus, the treatment results of the most advanced or experimental therapies numerous disciplines (visceral surgery, transplantation medicine, hematology / oncology) are increasingly at risk because these increase the risk of sepsis is immanent without exception. Die Senkung der Morbidität und Letalität einer Vielzahl von schwer erkrankten Patienten ist daher an einen gleichzeitigen Fortschritt in der Prophylaxe, Behandlung und insbesondere der Diagnose der Sepsis gebunden. The reduction in morbidity and mortality of a variety of critically ill patients is therefore tied to a simultaneous progress in the prevention, treatment, and in particular the diagnosis of sepsis.
  • Sepsis ist ein Ergebnis von stark heterogenen molekularen Vorgängen, die gekennzeichnet sind durch eine Einbeziehung von vielen Komponenten und deren Wechselwirkungen auf jeder organisatorischen Ebene des menschlichen Körpers: Gene, Zellen, Gewebe, Organe. Sepsis is a result of highly heterogeneous molecular processes, which are characterized by the inclusion of many components and their interactions on every organizational level of the human body: genes, cells, tissues, organs. Die Komplexität der zugrundeliegenden biologischen und immunologischen Prozesse haben viele Arten von Forschungsstudien hervorgerufen, die einen weiten Bereich klinischer Aspekte umfassen. The complexity of the underlying biological and immunological processes have many types of research studies caused that comprise a wide range of clinical aspects. Eines der hieraus zu erkennenden Ergebnisse war, daß die Bewertung neuer Sepsis-Therapien durch relativ unspezifische, klinisch-basierte Einschlusskriterien, welche die molekularen Mechanismen in nicht ausreichender Weise wiedergeben, erschwert wird [9]. One of the most recognizable from this results that the evaluation of new sepsis therapies is complicated by relatively non-specific, clinically-based inclusion criteria, which reflect the molecular mechanisms in not sufficiently [9].
  • Daher ist ein dringender Bedarf für innovative diagnostische Mittel entstanden, welche die Fähigkeit des Fachmanns verbessern sollten, Patienten mit Sepsis frühzeitig zu diagnostizieren, die Schwere einer Sepsis auf molekularer Ebene messbar zu machen und im klinischem Verlauf vergleichbar zu gestalten, und bezüglich der individuellen Prognose und dem Ansprechen auf spezifische Behandlungen Aussagen abzuleiten. Therefore an urgent need for innovative diagnostic agent is created, which should improve the ability of the skilled artisan to diagnose patients with sepsis early to make the severity of sepsis at the molecular level to measure and make it comparable in clinical course, and relating to the individual prognosis and draw conclusions about the response to specific treatments.
  • Technologische Fortschritte, insbesondere die Entwicklung der Mikroarray-Technologie, versetzen den Fachmann nun in die Lage, 10000 oder mehr Gene und deren Genprodukte gleichzeitig zu vergleichen. Technological advances, particularly the development of microarray technology, now enable one of ordinary skill in the art, 10,000 or compare more genes and their gene products simultaneously. Die Anwendung solcher Mikroarray-Technologien kann nun Hinweise auf den Status von Gesundheit, Regulationsmechanismen, biochemischer Wechselwirkungen und Signalisierungsnetzwerken geben. The use of such microarray technologies can now provide information regarding the status of health, regulatory mechanisms, biochemical interactions and signaling networks. Das Verbessern des Verständnisses darüber, wie ein Organismus auf Infektionen reagiert, sollte die Entwicklung von verstärkten Erkennungs-, Diagnose- und Behandlungsmodalitäten für Sepsis-Erkrankungen erleichtern. Improving the understanding of how an organism reacts to infections should facilitate the development of enhanced recognition, diagnosis and treatment modalities for sepsis disease.
  • Mikroarrays stammen vom „Southern blotting” [10] ab, was die erste Herangehensweise darstellt, DNA-Moleküle in einer räumlich ansprechbaren Art und Weise auf einer festen Matrix zu immobilisieren. Micro-arrays are derived from from the "Southern blotting" [10], which is the first approach to immobilize the DNA molecules in a spatially addressable manner on a solid matrix. Die ersten Mikroarrays bestanden aus DNA-Fragmenten, oft mit unbekannter Sequenz, und wurden auf eine poröse Membran (normalerweise Nylon) punktweise aufgebracht. The first microarray consisted of DNA fragments, often of unknown sequence, and were applied to a porous membrane (typically nylon) pointwise applied. Routinegemäß wurden cDNA, genomische DNA oder Plasmid-Bilbliotheken verwendet, und das hybridisierte Material wurde mit einer radioaktiven Gruppe markiert [11–13]. According routine cDNA, genomic DNA or plasmid Bilbliotheken were used, and the hybridized material with a radioactive group labeled [11-13].
  • Kürzlich hat es die Verwendung von Glas als Substrat und Fluoreszenz zur Detektion zusammen mit der Entwicklung neuer Technologien für die Synthese und für das Aufbringen der Nukleinsäuren in sehr hohen Dichten erlaubt, die Nukleinsäurearrays zu miniaturisieren bei gleichzeitiger Erhöhung des experimentellen Durchsatzes und des Informationsgehaltes [14–16]. Recently it has the use of glass allows the substrate and fluorescence for detection along with the development of new technology for synthesis and for the application of the nucleic acids in very high densities to miniaturize the nucleic acid arrays with a simultaneous increase of the experimental throughput and information content [14- 16].
  • Weiterhin ist aus Furthermore, from WO 03/002763 A1 WO 03/002763 A1 bekannt, dass Microarrays grundsätzlich für die Diagnose von Sepsis und sepsisähnlichen Zuständen verwendet werden können. known that microarrays can be used basically for the diagnosis of sepsis and sepsis-like conditions.
  • Eine Begründung für die Anwendbarkeit der Mikroarray-Technologie wurde zunächst durch klinische Untersuchungen auf dem Gebiet der Krebsforschung geliefert. A justification for the applicability of microarray technology was first delivered by clinical studies in the field of cancer research. Hier haben Expressionsprofile ihre Nützlichkeit bei der Identifizierung von Aktivitäten einzelner Gene oder Gengruppen gezeigt, die mit bestimmten klinischen Phänotypen korrelieren [17]. Here expression profiles have demonstrated their usefulness in the identification of the activities of individual genes or groups of genes that correlate with specific clinical phenotypes [17]. Durch die Analyse vieler Proben, die von Individuen mit oder ohne akute Leukämie oder diffuse Lymphome großer B-Zellen stammten, wurden Genexpressionsmarker (RNA) gefunden und auf die Klassifizierung dieser Krebsarten angewandt [17, 18]. By analyzing many samples derived from individuals with or without acute leukemia or lymphoma, diffuse large B-cell marker gene expression were found (RNA) and applied to the classification of these types of cancer [17, 18]. Golub et al. Golub et al. haben herausgefunden, daß verläßliche Vorhersagen nicht aufgrund von irgendeinem einzelnen Gen gemacht werden können, aber daß Vorhersagen, die auf den Expressionsspiegeln von 53 Genen (ausgewählt aus über 6000 Genen, die auf den Arrays vertreten waren) basieren, sehr genau sind [17]. have found that reliable predictions can not be made due to any single gene, but that predictions that the expression levels of 53 genes (selected from more than 6,000 genes that were represented on the arrays), very accurate [17].
  • Alisadeh et al. Alisadeh et al. [18] untersuchten große B-Zell Lymphome (DLBCL). [18] investigated large B-cell lymphoma (DLBCL). Die Autoren erarbeiteten Expressionsprofile mit einem „Lymphochip”, einem Mikroarray, der 18000 Klone komplementärer DNA trug und entwickelt worden war, um Gene zu überwachen, die in normale und abnormale Lymphozytenentwicklung involviert sind. The authors developed expression profiles with a "lymphochip", a microarray that carried 18,000 clones complementary DNA and had been developed to monitor genes that are involved in normal and abnormal lymphocyte development. Unter Verwendung von Cluster-Analyse waren sie in der Lage, DILBCL in zwei Kategorien einzuteilen, welche starke Unterschiede bezüglich der Überlebenschancen der Patienten aufzeigten. Using cluster analysis, they were able to divide into two categories DILBCL which aufzeigten strong differences in the chances of survival of patients. Die Genexpressionsprofile dieser Untergruppen entsprachen zwei bedeutsamer Stadien der B-Zelldifferenzierung. The gene expression profiles of these subgroups met two important stages of B-cell differentiation.
  • Besonders wertvoll hat sich die Bestimmung von Genexpressionsprofilen zur differentialdiagnostischen Unterscheidung von Krankheitserscheinungen, die auf systemische mikrobielle Infektionen zurückzuführen sind, von anderen Krankheitserscheinungen nichtinfektiöser Ätiologie erwiesen, die aufgrund ihres klinischen Erscheinungsbildes auf eine Sepsis hindeuten könnten, jedoch in Wirklichkeit nicht auf eine systemische mikrobielle Infektion zurückzuführen sind, z. Of particular value has the determination of gene expression profiles for diagnosis to distinguish symptoms attributable to systemic microbial infections, proven by other symptoms of noninfectious etiology which might suggest a sepsis due to their clinical picture, but not in fact due to a systemic microbial infection are such. B. von Krankheitserscheinungen, die auf nicht-infektiöse Entzündungen einzelner Organe zurückzuführen sind (20, 21, 22). B. from symptoms which are due to non-infectious inflammation of individual organs (20, 21, 22). Die Messung von Genexpressionprofilen zur Diagnose einer Sepsis oder sepsisähnlicher Zustände aus Körperflüssigkeiten wurde noch nicht beschrieben. The measurement of gene expression profiles for the diagnosis of sepsis or sepsis-like conditions from body fluids has not been described.
  • Cobb et al. Cobb et al. [23] beschreibt eine prospektive Tierstudie anhand eines Mäusemodells, wobei sepsisbedingte Genexpressionsprofile aus der Mäusemilz verglichen werden mit Leberantworten, die unter Verwendung von cDNA-Microarrarrays untersucht wurden. [23] describes a prospective study using a mouse animal model, said sepsis-induced gene expression profiles are compared from the mouse spleen with liver responses were examined using cDNA Microarrarrays.
  • Pathan et al. Pathan et al. [24] beschreiben die Komplexität der inflammatorischen Antwort auf eine Meningokokken-Sepsis. [24] describe the complexity of the inflammatory response to a meningococcal sepsis.
  • Wiegand et al. Wiegand et al. [25] offenbart eine spezielle Untersuchung der Genexpressionsmuster in humanen Monozyten als surrogater Marker für Sepsis. [25] discloses a special study of the gene expression patterns in human monocytes as surrogater marker for sepsis.
  • Heller et al. Heller et al. [26] untersucht mittels Genexpression und microarrays eine Reihe von nicht Sepsis-bezogenen Erkrankungen, z. [26] examined by gene expression microarrays, and a number of non-sepsis-related diseases such. B. rheumatoide Arthritis im Vergleich zu entzündlichen Darmerkrankungen. As rheumatoid arthritis compared with inflammatory bowel disease.
  • Rowe et al. Rowe et al. [27] betrifft den technologischen Hintergrund von Arrays in Form von Immunsensoren zur Erfassung klinischer Analyte, wobei das D-Dimer als Marker für Sepsis und thrombotische Störungen unersucht wird. [27] relates to the technological background of arrays in the form of sensors for detecting immune clinical analytes, wherein the D-dimer is unersucht as a marker for sepsis and thrombotic disorders. Es werden jedoch keine Genexpressionen untersucht. However, no gene expression are investigated.
  • WO 99/40434 A1 WO 99/40434 A1 beschreibt den technischen Hintergrund von Microarrays im Allgemeinen. describes the technical background of microarrays in general.
  • EP 1 270 740 A1 EP 1270740 A1 – eine Anmeldung der vorliegenden Anmelderin – beschreibt einen Biochip und dessen Verwendung zur Erkennung von Entzündungen im Allgemeinen. - an application of the present applicant - describes a biochip and its use for the detection of inflammation in general. Es werden keine Daten offenbart. There is no disclosure of data.
  • US 2002/0164 656 A1 US 2002/0164 656 A1 schlägt vor zur Erkennung von Sepsis ein Antikörper-Array einzusetzen. proposes to use an antibody array prior to the detection of sepsis. Konkrete Daten oder Peptide werden nicht offenbart. Specific data or peptides are not disclosed.
  • Ausgangspunkt für die in der vorliegenden Patentanmeldung offenbarten Erfindung ist die Erkenntnis, daß vor der Diagnose von Sepsis, bei Sepsis und sepsisähnlichen systemischen Infektionen in biologischen Proben eines Individuums sich von normalen Werten unterscheidende RNA-Spiegel, bzw. sich davon ableitbare Peptid- und Teilpeptid-Spiegel in einem Serum oder Plasma eines Patienten, bei dem ein Sepsisrisiko besteht bzw. bei dem sepsistypische Krankheitserscheinungen festgestellt werden, feststellbar sind. The starting point for the method disclosed in the present application invention is the recognition that prior to the diagnosis of sepsis, sepsis and sepsis-like systemic infections in biological samples of an individual that is different from normal values ​​RNA levels, or retreats derivable peptide and Teilpeptid- mirrors, can be detected in serum or plasma of a patient in which a risk of sepsis or sepsis are found in the typical symptoms.
  • Der vorliegenden Erfindung liegt somit die Aufgabe zugrunde, ein Verfahren zur Verfügung zu stellen, das die Erkennung von Sepsis schon in einem frühen Stadium ermöglicht. The present invention is thus based on the object to provide a method is available that enables the detection of sepsis at an early stage.
  • Diese Aufgabe wird durch ein Verfahren mit den kennzeichnenden Merkmalen des Anspruchs 1 oder 15 gelöst. This object is achieved by a method having the characterizing features of claim 1 or 15 °.
  • Eine erste Ausführungsform der Erfindung ist ein Verfahren gemäß Anspruch 1. A first embodiment of the invention is a method according to Claim. 1
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß man die Kontroll-RNA vor dem Messen der Proben-RNA mit der cDNA hybridisiert und die Markierungssignale des Kontroll-RNA/DNA-Komplexes erfaßt und gegebenenfalls in Form einer Kalibrierkurve oder -tabelle ablegt. Another embodiment of the invention is characterized in that hybridizes control RNA prior to measuring the sample RNA with the cDNA and detects the marker signals of the control RNA / DNA complex and optionally stores in the form of a calibration curve or table.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß als Proben-RNA mRNA verwendet wird. Another embodiment of the invention is characterized in that is used as sample RNA mRNA.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die DNA an vorbestimmten Bereichen auf einem Träger in Form eines Microarrays angeordnet, insbesondere immobilisiert, wird. Another embodiment of the invention is characterized in that the DNA located at predetermined areas on a support in form of a microarray, in particular immobilized, is.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, dass für Sepsis spezifische Genfragmente 20–200, mehr bevorzugt 20–80 Nukleotide aufweisen. Another embodiment of the invention is characterized in that for sepsis specific gene fragments 20-200, more preferably having 20-80 nucleotides.
  • Die Sequenzen mit der Sequenz ID: 1 bis zur Sequenz ID: 6242 sind dem angefügten 759-seitigen, 6242 Sequenzen umfassenden, Sequenzprotokoll, das somit Teil der Beschreibung ist, im Einzelnen offenbart. The sequences with the sequence ID: 1 to SEQ ID: 6242 are shown in the attached side-759, comprising 6242 sequences sequence listing is thus part of the specification, disclosed in detail. Dieses Sequenzprotokoll beinhaltet zudem eine Zuordnung der einzelnen Sequenzen mit der Sequenz ID: 1 bis zur Sequenz ID: 6242 zu deren GeneBank Accession Nr. (Internet-Zugang über http://www.ncbi.nlm.nih.gov/). This sequence listing also includes an allocation of the individual sequences with the sequence ID: 1 to SEQ ID: 6242 to the Gene Bank Accession No. (Internet access via http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)..
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Sonden markiert werden. Another embodiment of the invention is characterized in that the immobilized probes are labeled. Für diese Ausführungsform finden selbstkomplementäre Oligonukleotide, so genannte Molecular beacons, als Sonden Verwendung. For this embodiment, self-complementary oligonucleotides, so called molecular beacons as probes use. Sie tragen an ihren Enden ein Fluorophor/Quencher-Paar, so daß sie in Abwesenheit einer komplementären Sequenz in einer gefalteten Haarnadelstruktur vorliegen und erst mit einer entsprechenden Probensequenz ein Fluoreszenzsignal liefern. They carry on their ends a fluorophore / quencher pair, so that they are in absence of a complementary sequence in a folded hairpin structure and deliver only with a corresponding sample sequence a fluorescent signal. Die Haarnadelstruktur der Molecular Beacons ist so lange stabil, bis die Probe an der spezifischen Fängersequenzsequenz hybridisiert, was zu einer Konformationsänderung und damit auch Freisetzung der Reporterfluoreszenz führt. The hairpin structure of molecular beacons is stable as long until the sample hybridizes to the sequence specific capture sequence, resulting in a conformational change and thus also release of the reporter fluorescence.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß als detektierbarer Marker ein radioaktiver Marker, insbesondere 32 P, 14 C, 125 I, 155 Eu, 33 P oder 3 H verwendet wird. Another embodiment of the invention is characterized in that the detectable marker is a radioactive marker, in particular 32 P, 14 C, 125 I, 155 Eu, 33 P or 3 H is used.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß als detektierbarer Marker ein nicht radioaktiver Marker, insbesondere ein Farb- oder Fluoreszenzmarker, ein Enzymmarker oder Immunmarker, oder ein elektrischer Marker, insbesondere Potential- und/oder Kapazitätsänderung, verwendet wird. Another embodiment of the invention is characterized in that is used as the detectable markers a non-radioactive marker, in particular a color or fluorescence marker, an enzyme label or immune label, or an electrical marker, in particular potential and / or capacity.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die Proben-RNA und Kontroll-RNA dieselbe Markierung tragen. Another embodiment of the invention is characterized in that the sample RNA and control RNA carry the same label.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die Proben-RNA und Kontroll-RNA unterschiedliche Markierungen tragen. Another embodiment of the invention is characterized in that the sample RNA and control RNA carry different markers.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die cDNA-Sonden auf Glas oder Kuststoff, immobilisiert werden. Another embodiment of the invention is characterized in that the cDNA probes are immobilized on glass or Kuststoff.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die einzelnen cDNA Moleküle über eine kovalente Bindung an das Trägermaterial immobilisiert werden. Another embodiment of the invention is characterized in that the individual cDNA molecules by a covalent bond to the support material can be immobilized.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die einzelnen cDNA Moleküle mittels Adsorption an das Trägermaterial immobilisiert werden. Another embodiment of the invention is characterized in that the individual cDNA molecules are immobilized on the carrier material by means of adsorption.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist ein Verfahren gemäß Anspruch 15. Another embodiment of the invention is a method according to claim 15 °.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß der Antikörper auf einem Träger in Form eines Microarrays immobilisiert ist. Another embodiment of the invention is characterized in that the antibody is immobilized on a carrier in form of a microarray.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß es als Immunassay ausgebildet ist. Another embodiment of the invention is characterized in that it is designed as immunoassay.
  • Das erfindungsgemäße Verfahren kann zur differentialdiagnostischen Früherkennung, zur Kontrolle des therapeutischen Verlaufs, zur Risikoabschätzung für Patienten sowie zur post mortem Diagnose von Sepsis und/oder septischen Zuständen und/oder systemischen Entzündungen und/oder Infektionen eingesetzt werden. The inventive method can be used for differential diagnosis, to monitor the therapeutic progress, risk assessment for patients as well as for post mortem diagnosis of sepsis and / or septic conditions and / or systemic inflammation and / or infection.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß als detektierbarer Marker ein radioaktiver Marker, insbesondere 32 P, 14 C, 125 I, 155 Eu, 33 P oder 3 H verwendet wird. Another embodiment of the invention is characterized in that the detectable marker is a radioactive marker, in particular 32 P, 14 C, 125 I, 155 Eu, 33 P or 3 H is used.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß als detektierbarer Marker ein nicht radioaktiver Marker, insbesondere ein Farb- oder Fluoreszenzmarker, ein Enzymmarker oder Immunmarker verwendet wird. Another embodiment of the invention is characterized in that is used as the detectable markers a non-radioactive marker, in particular a color or fluorescence marker, an enzyme marker or immune markers.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die Proben-Peptide und Kontroll-Peptide dieselbe Markierung tragen. Another embodiment of the invention is characterized in that the sample peptides and control peptides carry the same label.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die Proben-Peptide und Kontroll-Peptide unterschiedliche Markierungen tragen. Another embodiment of the invention is characterized in that the sample peptides and control peptides bear different markers.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die Peptid-Sonden auf Glas oder Kunststoff, immobilisiert werden. Another embodiment of the invention is characterized in that the peptide probes on glass or plastic, are immobilized.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die einzelnen Peptidmoleküle über eine kovalente Bindung an das Trägermaterial immobilisiert werden. Another embodiment of the invention is characterized in that the individual peptide molecules are immobilized by a covalent bond to the support material.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die einzelnen Peptidmoleküle mittels Adsorption an das Trägermaterial immobilisiert werden. Another embodiment of the invention is characterized in that the individual peptide molecules are immobilized on the carrier material by means of adsorption.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß die einzelnen Peptidmoleküle mittels monoklonaler Antikörper oder deren bindenden Fragmenten erkannt werden. Another embodiment of the invention is characterized in that the individual peptide molecules are recognized by means of monoclonal antibodies or their binding fragments.
  • Eine weitere Ausführungsform der Erfindung ist dadurch gekennzeichnet, daß das Bestimmen einzelner Peptide mittels Immunassay, oder Präzipitationsassay unter Verwendung monoklonaler Antikörper durchgeführt wird. Another embodiment of the invention is characterized in that the determining of individual peptides by immunoassay or precipitation assay is carried out using monoclonal antibodies.
  • Es ist dem Fachmann klar, daß die in den Ansprüchen dargelegten einzelnen Merkmale der Erfindung ohne Einschränkung beliebig miteinander kombinierbar sind. It is clear to the skilled man that the details set forth in the claims various features of the invention without limitation are combined with one another.
  • Als Markergene im Sinne der Erfindung werden alle abgeleiteten DNA-Sequenzen, Partialsequenzen und synthetischen Analoga (beispielsweise Peptido-Nukleinsäuren, PNA) verstanden. As marker genes in the context of the invention derived DNA sequences, partial sequences and synthetic analogs (e.g., peptido-nucleic acids, PNA) are meant. Weiterhin werden im Sinne der Erfindung alle von den Markergenen kodierten Proteine, Peptide bzw. Partialsequenzen oder synthetische Peptidomimetica verstanden. Furthermore, in accordance with the invention, all proteins encoded by the marker genes, proteins, peptides or partial sequences or synthetic peptidomimetics be understood. Die auf Bestimmung der Genexpression auf RNA-Ebene bezogene Beschreibung der Erfindung stellt keine Einschränkung sondern nur eine beispielhafte Anwendung dar. The object relating to the determination of gene expression at the RNA level description of the invention is not a limitation but merely an exemplary application.
  • Eine Anwendung des erfindungsgemäßen Verfahrens liegt in der Messung der differentiellen Genexpression eines Patienten zur Diagnose einer Sepsis. An application of the inventive method is the measurement of differential gene expression of a patient for the diagnosis of sepsis. Hierzu wird die RNA aus dem Vollblut eines Patienten und eine Kontrollprobe eines gesunden Probanden isoliert. To this end, the RNA is isolated from whole blood of a patient and a control sample of a healthy subject. Die RNA wird anschließend markiert, beispielsweise radioaktiv mit 32 P oder mit Farbstoffmolekülen (Fluoreszenz). The RNA is then labeled, for example radioactively labeled with 32 P or with dye molecules (fluorescent). Als Markierungsmoleküle können alle im Stand der Technik zu diesem Zwecke bekannten Moleküle eingesetzt werden. As a marker molecules include all known in the art for this purpose, molecules are used. Entsprechende Markierungsverfahren sind dem Fachmann ebenfalls bekannt. Appropriate labeling methods are also known in the art.
  • Die so markierte RNA wird anschließend mit auf einem Microarray immobilisierten cDNA-Molekülen hybridisiert. The thus labeled RNA is then hybridized to immobilized on a microarray cDNA molecules. Die auf dem Microarray immobilisierten cDNA-Moleküle stellen eine spezifische Auswahl der Gene gemäß Anspruch 1 dieser Erfindung für die Diagnose einer Sepsis. The immobilized on the microarray cDNA molecules make a specific selection of the genes according to claim 1 of this invention for the diagnosis of sepsis.
  • Die Intensitätssignale der hybridisierten Moleküle werden im Anschluss durch geeignete Messgeräte (Phosporimager, Microarray-Scanner) gemessen und durch weitere softwaregestützte Auswertungen analysiert. The intensity signals of the hybridized molecules are then measured by suitable measuring equipment (phosphorimager, microarray scanner) and analyzed by other software-based analysis. Aus den gemessenen Signalintensitäten werden die Expressionsverhältnisse zwischen der Patientenprobe und der Kontrolle bestimmt. The expression ratios between the patient sample and the control are determined from the measured signal intensities. Aus den Expressionsverhältnissen der unter- und/oder überregulierten Gene lassen sich wie in den nachstehend dargestellten Experimenten Rückschlüsse auf eine Sepsis. From the expression ratios of the under- and / or over-regulated genes can be as set forth below experiments conclusions about sepsis.
  • Eine weitere Anwendung des erfindungsgemäßen Verfahrens besteht in der Messung der differentiellen Genexpression für die therapiebegleitenden Verlaufsbeurteilung einer Sepsis. Another application of the inventive method consists in measuring the differential gene expression for the therapy-accompanying assessment of the course of sepsis. Hierzu wird aus den in zeitlichen Abständen gesammelten Blutproben des Patienten die RNA (Proben-RNA) isoliert. To this end, the RNA (sample RNA) is isolated from the collected blood samples at intervals of the patient. Die verschiedenen RNA-Proben werden zusammen mit der Kontrollprobe markiert und mit ausgewählten Genen gemäß dem Anspruch 1, welche auf einem Microarray immobilisiert sind, hybridisiert. The various RNA samples are labeled with the control sample and hybridized with selected genes according to claim 1, which are immobilized on a microarray. Aus den jeweiligen Expressionsverhältnissen läßt sich somit der Therapieverlauf beurteilen. From the respective expression ratios of the therapeutic process can thus be assessed.
  • Eine weitere Anwendung des erfindungsgemäßen Verfahrens besteht in der Messung des Bindungsgrades von Proteinen, beispielsweise monoklonaler Antikörper, mittels der Verwendung von Immunassays, Protein- oder Peptidarrays oder Präpitationsassays. Another application of the inventive method consists in measuring the level of binding of proteins, such as monoclonal antibodies, by the use of immunoassays, protein or peptide arrays or Präpitationsassays. Durch die Bestimmung der Konzentration der von den Sequenzen der in Anwendungsbeispiel 1 aufgeführten Nukleinsäuren entsprechenden Proteine oder Peptide kann auf ein erhöhtes Risiko zur Entwicklung einer Sepsis oder sepsisähnlicher Zustände geschlossen werden. By determining the concentration of the corresponding one of the sequences of the nucleic acids given in Application Example 1, proteins or peptides can be concluded that an increased risk for the development of sepsis or sepsis-like conditions. Weiterhin ermöglicht diese Verfahrenweise die differentialdiagnostische Erkennung bei Sepsispatienten. Furthermore, this procedure allows the differential diagnostic detection in sepsis patients.
  • Weitere Vorteile und Merkmale der vorliegenden Erfindung ergeben sich aufgrund der Beschreibung der Ausführungsbeispiele sowie anhand der Zeichnung. Further advantages and features of the present invention will become apparent from the description of exemplary embodiments and with reference to the drawing.
  • Es zeigt: It shows:
  • 1 1 ein 2-dimensionales Gel, das darauf aufgetragenes präzipitiertes Serum-Protein eines Patienten mit Sepsis enthält, und a 2-dimensional gel containing coated thereon precipitated serum protein of a patient with sepsis, and
  • 2 2 ein 2-dimensionales Gel, das darauf aufgetragenes präzipitiertes Serum-Protein eines Kontroll-Patienten enthält. a 2-dimensional gel containing coated thereon precipitated serum protein of a control patients.
  • In In 1 1 und in and in 2 2 ist mit K4 das Akutphase Protein Transthyretin (TTR; P02766, Seq.-Id. 6241, Seq.-Id. 6242) und mit K5 und K6 das Vitamin D-bindende Protein (DBP; P02774, Seq.-Id. 1554, Seq.-Id. 1555) bezeichnet. is K4, the acute phase protein transthyretin (TTR; P02766, 6241 Seq, Seq 6242) and K5 and K6, the vitamin D binding protein (DBP; P02774, Seq 1554, Seq . Id. 1555), respectively.
  • Die Gele (Cibacron FT, W1–W3, 400 mM NaCl, IEF pH 3–10, Coomassie) können wie folgt erstellt werden: The gels (Cibacron FT, W1-W3, 400 mM NaCl, pH 3-10 IEF Coomassie) can be created as follows:
    250 Mikrogramm präzipitiertes Serum-Protein werden in einer Lösung bestehend aus 8 M Harnstoff; 250 micrograms of precipitated serum protein in a solution consisting of 8 M urea; 2,0 M Thioharnstoff; 2.0 M thiourea; 4% CHAPS; 4% CHAPS; 65 mM DTT und 0,4% (w/v) Bio-Lytes 3/10 (Bio-Rad) aufgenommen und einer isoelektrischen Fokussierung, sowie einer nachfolgenden SDS-PAGE unterzogen. 65 mM DTT and 0.4% (w / v) Bio-Lytes 3/10 (Bio-Rad) was added and subjected to isoelectric focusing, as well as a subsequent SDS-PAGE.
  • Die fertigen 2-dimensionalen Gele werden mit Coomassie Brilliant Blau G-250 angefärbt. The final 2-dimensional gels are stained with Coomassie Brilliant Blue G-250.
  • Ausführungsbeispiel 1: Embodiment 1:
  • Untersuchung zur Genexpression zwischen einem Patienten mit einer frühen Sepsis und einer Kontrollprobe Study of gene expression between patients with early sepsis and a control sample
  • Es wurde die Genexpression bei Auftreten einer frühen Sepsis und einer Kontrollprobe gemessen. It was measured at occurrence of an early sepsis and a control sample gene expression. Die Patientendaten sind in Tabelle 1 zusammengefasst. The patient data are summarized in Table 1 below.
  • Figure DE000010315031B4_0002
  • Figure DE000010315031B4_0003
  • Nach Abnahme des Vollblutes wurde die totale RNA unter Anwendungen von RNAeasy gemäß den Vorgaben des Herstellers (Quiagen) isoliert. After removal of the full blood, the total RNA (Qiagen) was isolated using RNAeasy applications according to the specifications of the manufacturer. Im Anschluss wurde aus der totalen RNA die cDNA mittels reverser Transkrition mittels Superscript II RT (Invitrogen) nach dem Protokoll des Herstellers synthetisiert, mit 33 P radioaktiv markiert und hydrolisiert. Subsequently, the cDNA by means of reverse Transkrition by means of Superscript II RT (Invitrogen) was synthesized according to the manufacturer's protocol from the total RNA, radiolabelled with 33 P and hydrolyzed.
  • Für die Hybridisierung wurden Filtermembranen der Deutschen Ressourcenzentrum für Genomforschung gGmbH (RZPD) verwendet. For hybridization filter membranes of the German Resource Center for Genome Research gGmbH (RZPD) were used. Diese Filtermembran war mit ca. 70.000 humanen cDNA-Molekülen bestückt. This filter membrane was loaded with about 70,000 human cDNA molecules.
  • Die vorbereiteten und markierten Proben wurden mit der Filtermembran entsprechend den Anweisungen des RZPD hybridisiert und im Anschluss gewaschen. The prepared and labeled probes were hybridized with the filter membrane in accordance with the instructions of the RZPD and then washed. Nach einer 24-stündigen Exposition im Phosphorimager wurde die radioaktiven Signale ausgewertet. After a 24-hour exposure in phosphorimager the radioactive signals was evaluated.
  • Aus den Signalintensitäten wurden mittels der Software AIDA Array Evaluation die Expressionsverhältnisse zwischen Patienten- und Kontrollprobe berechnet. From the signal intensities AIDA array evaluation were calculated expression ratios between patient and control sample by means of the software.
  • Tabelle 2 zeigt diejenigen Gene, die in der Patientenprobe gefunden wurden, die gegenüber der Kontrollprobe signifikant überexprimiert waren (Expressionsverhältnisse zwischen 13,67 und 98,33). Table 2 shows the genes that were found in the patient sample, which were compared with the control sample significantly overexpressed (expression ratios of 13.67 to 98.33). Weiterhin sind in Tabelle 3 diejenigen Gene gezeigt, die in der Patientenprobe signifikant unterexprimiert gegenüber der Kontrollprobe waren (Expressionsverhältnisse zwischen 0,01 und 0,09). Furthermore, those genes are shown in Table 3, in the patient sample significantly underexpressed relative to the control sample which were (expression ratios from 0.01 to 0.09). Aus den Ergebnissen wird deutlich, dass die in Tabelle 2 und Tabelle 3 aufgeführten Gene mit dem Auftreten einer frühen Sepsis korrelieren. From the results it is clear that the genes listed in Table 2 and Table 3 with the appearance of an early sepsis correlate. Somit stellen die aufgeführten Gene Markergene für die Diagnose einer frühen Sepsis dar. Tabelle 2: Expressionverhältnis überexprimierter Gene zwischen Patienten- und Kontrollprobe Thus, the genes listed represent marker genes for the diagnosis of early sepsis. Table 2: expression ratio overexpressed genes between patient and control sample
    GeneBank Accession-Nr. GenBank accession no. HUGO-Name HUGO name Expressionsverhältnis überexprimierter Gene gegenüber der Kontrolle Expression ratio overexpressed genes versus control Sequenz-ID Sequence ID
    AI086982 AI086982 FLJ20623 FLJ20623 90,13 90.13 325 325
    AI272878 AI272878 FGF20 FGF20 73,48 73.48 268 268
    AI218453 AI218453 FLJ22419 FLJ22419 48,8 48.8 294 294
    AI473374 AI473374 SPAM1 SPAM1 42,63 42,63 235 235
    AI301232 AI301232 PRG4 PRG4 36,79 36.79 262 262
    AI452559 AI452559 FLJ13710 FLJ13710 32 32 240 240
    AI339669 AI339669 FLJ21458 FLJ21458 31 31 248 248
    AI142427 AI142427 CGRP-RCP CGRP-RCP 30 30 331 331
    AA505969 AA505969 LOC56994 LOC56994 26,67 26.67 486 486
    AI333774 AI333774 AGM1 AGM1 26,19 26.19 251 251
    W86875 W86875 PSEN1 PSEN1 25,66 25.66 903 903
    AI591043 AI591043 NR2E3 NR2E3 25 25 196 196
    AI128812 AI128812 RBM9 RBM9 23,56 23.56 324 324
    AA453019 AA453019 FLJ21924 FLJ21924 23,07 23,07 672 672
    AI690321 AI690321 KCNK15 KCNK15 22,71 22.71 134 134
    AA918208 AA918208 ADAM5 ADAM5 21,83 21.83 363 363
    AI344681 AI344681 ABCA1 ABCA1 21,42 21.42 259 259
    AI654100 AI654100 KIAA0610 KIAA0610 21,04 21,04 168 168
    AI086719 AI086719 FLJ12604 FLJ12604 20,95 20.95 326 326
    AA453038 AA453038 LOC63928 LOC63928 20,74 20.74 671 671
    AI740697 AI740697 SP3 SP3 20,5 20.5 114 114
    AI332438 AI332438 KIAA1033 KIAA1033 20,17 20,17 253 253
    AI734941 AI734941 MSR1 MSR1 19,93 19.93 116 116
    AA541644 AA541644 PRV1 PRV1 19,51 19.51 489 489
    AA513806 AA513806 C5ORF3 C5ORF3 19,3 19.3 485 485
    AI381513 AI381513 B4GALT7 B4GALT7 18,81 18.81 273 273
    GeneBank Accession-Nr. GenBank accession no. HUGO-Name HUGO name Expressionsverhältnis überexprimierter Gene gegenüber der Kontrolle Expression ratio overexpressed genes versus control Sequenz-ID Sequence ID
    AI671360 AI671360 SIM1 SIM1 18,55 18.55 154 154
    AI624830 AI624830 SAGE LEGEND 17,54 17.54 187 187
    AI001846 AI001846 KIAA0480 KIAA0480 17,54 17.54 358 358
    AA504336 AA504336 TRAP95 TRAP95 17,25 17.25 495 495
    AI142901 AI142901 IMPACT IMPACT 17,15 17.15 330 330
    AI077481 AI077481 SEMA5B SEMA5B 17,13 17.13 327 327
    H41851 H41851 TNFRSF12 TNFRSF12 17,05 17.05 1511 1511
    AI160574 AI160574 FLJ23231 FLJ23231 17 17 314 314
    AI033829 AI033829 KIF13B KIF13B 16,59 16.59 339 339
    AI554655 AI554655 HLALS HLALS 16,59 16.59 219 219
    AI074113 AI074113 LOC51095 LOC51095 16,4 16.4 328 328
    AA992716 AA992716 KIAA1377 KIAA1377 16,14 16.14 348 348
    AI382219 AI382219 SETBP1 SETBP1 16,08 16.08 272 272
    AI469528 AI469528 KIAA1517 KIAA1517 15,89 15.89 232 232
    AI090008 AI090008 NFYB NFYB 15,76 15.76 349 349
    AI203498 AI203498 WRN WRN 15,72 15.72 310 310
    AI832179 AI832179 HPGD HPGD 15,66 15.66 65 65
    AI278521 AI278521 SPRR3 SPRR3 15,61 15.61 265 265
    AA909201 AA909201 FLJ23129 FLJ23129 15,12 15,12 361 361
    AI383932 AI383932 ZNF214 ZNF214 14,98 14.98 269 269
    AA455096 AA455096 MDM1 MDM1 14,9 14.9 652 652
    AA953859 AA953859 NOL4 NOL4 14,68 14.68 363 363
    R56800 R56800 GDF1 GDF1 14,67 14.67 1755 1755
    AI676097 AI676097 FCER1A FCER1A 14,54 14.54 151 151
    AI380703 AI380703 KIAA1268 KIAA1268 14,51 14.51 275 275
    AI832086 AI832086 RTKN RTKs 14,51 14.51 66 66
    AI125328 AI125328 FLJ22490 FLJ22490 14,33 14.33 317 317
    AI056693 AI056693 LOC57115 LOC57115 14,3 14.3 329 329
    Tabelle 3: Expressionverhältnis unterexprimierter Gene zwischen Patienten- und Kontrollprobe Table 3: Expression ratio unterexprimierter genes between patient and control sample
    GeneBank Accesssion-Nr. Gene Bank Access Sion no. HUGO-Name HUGO name Expressionsverhältnis unterexprimierter Gene gegenüber der Kontrolle Expression ratio unterexprimierter genes versus control Sequenz-ID Sequence ID
    R15296 R15296 C9ORF9 C9ORF9 0,01 0.01 2050 2050
    AA609149 AA609149 FLJ10058 FLJ10058 0,01 0.01 375 375
    AI566451 AI566451 KAI1 KAI1 0,01 0.01 211 211
    AI334246 AI334246 PDCD7 PDCD7 0,01 0.01 250 250
    H38679 H38679 NXPH3 NXPH3 0,01 0.01 1477 1477
    AI696866 AI696866 KIAA1430 KIAA1430 0,01 0.01 130 130
    AI922915 AI922915 FLJ00012 FLJ00012 0,01 0.01 23 23
    AI889612 AI889612 KPNA6 KPNA6 0,01 0.01 46 46
    AI921695 AI921695 FLJ23556 FLJ23556 0,02 0.02 26 26
    AA410933 AA410933 HRH1 HRH1 0,02 0.02 764 764
    AA705423 AA705423 LOC57799 LOC57799 0,02 0.02 383 383
    AI206507 AI206507 RAD54B RAD54B 0,02 0.02 298 298
    AI921327 AI921327 MED6 MED6 0,02 0.02 28 28
    AI682701 AI682701 VNN1 VNN1 0,02 0.02 146 146
    H82822 H82822 METAP2 METAP2 0,02 0.02 1352 1352
    AI890612 AI890612 MAGE1 MAGE 1 0,02 0.02 42 42
    AI262169 AI262169 ALDOB ALDOB 0,02 0.02 257 257
    H44908 H44908 C21ORF51 C21ORF51 0,02 0.02 1502 1502
    AI572407 AI572407 FLJ22833 FLJ22833 0,02 0.02 203 203
    AI924869 AI924869 STX4A STX4A 0,02 0.02 19 19
    AI925556 AI925556 AF140225 AF140225 0,02 0.02 12 12
    AI798388 AI798388 KIAA0912 KIAA0912 0,03 0.03 95 95
    AI623978 AI623978 SCEL SCEL 0,03 0.03 188 188
    AI889598 AI889598 MLYCD mlycd 0,03 0.03 47 47
    AI889648 AI889648 PAWR PAWR 0,03 0.03 45 45
    AI431323 AI431323 AREG AREG 0,03 0.03 237 237
    AA446611 AA446611 CDH6 CDH6 0,03 0.03 706 706
    AI697365 AI697365 P53DINP1 P53DINP1 0,03 0.03 129 129
    H82767 H82767 VAMP3 VAMP3 0,03 0.03 1353 1353
    AI688916 AI688916 FLJ10933 FLJ10933 0,03 0.03 137 137
    AI888660 AI888660 FLJ11506 FLJ11506 0,03 0.03 51 51
    AI890314 AI890314 RAB6B RAB6B 0,03 0.03 43 43
    AI653893 AI653893 LAMA5 LAMA5 0,03 0.03 169 169
    R89811 R89811 HGFAC HGFAC 0,03 0.03 1462 1462
    AI863022 AI863022 MAGEA4 MAGEA4 0,04 0.04 59 59
    AA749151 AA749151 XPOT XPOT 0,04 0.04 378 378
    AI355007 AI355007 ITPKB ITPKB 0,04 0.04 246 246
    AI582909 AI582909 MESDC2 MESDC2 0,04 0.04 201 201
    AI832016 AI832016 APOL1 APOL1 0,04 0.04 67 67
    H11827 H11827 THOP1 THOP1 0,04 0.04 1597 1597
    AI560205 AI560205 KIAA1841 KIAA1841 0,04 0.04 216 216
    AA503092 AA503092 UMPH1 UMPH1 0,04 0.04 490 490
    AI932616 AI932616 FLJ22294 FLJ22294 0,04 0.04 5 5
    AI799137 AI799137 FLJ11274 FLJ11274 0,04 0.04 93 93
    AI686838 AI686838 SARDH SARDH 0,04 0.04 142 142
    AI623132 AI623132 SREC SREC 0,04 0.04 189 189
    GeneBank Accesssion-Nr. Gene Bank Access Sion no. HUGO-Name HUGO name Expressionsverhältnis unterexprimierter Gene gegenüber der Kontrolle Expression ratio unterexprimierter genes versus control Sequenz-ID Sequence ID
    R96713 R96713 DKFZP434A0131 DKFZP434A0131 0,04 0.04 1442 1442
    AI674926 AI674926 LBC LBC 0,04 0.04 152 152
    AI886302 AI886302 HRI HRI 0,04 0.04 53 53
    AI434650 AI434650 MGC2560 MGC2560 0,04 0.04 238 238
    AI631380 AI631380 GNG4 GNG4 0,04 0.04 180 180
    AA508868 AA508868 ORC6L ORC6L 0,04 0.04 491 491
    AI620374 AI620374 HP1-BP74 HP1-BP74 0,04 0.04 190 190
    AI679115 AI679115 KIAA1353 KIAA1353 0,04 0.04 148 148
    AA652703 AA652703 MRPL49 MRPL49 0,04 0.04 386 386
    AI355775 AI355775 CDK3 CDK3 0,04 0.04 245 245
  • Diese charakteristischen Veränderungen sind für das erfindungsgemäße Verfahren gemäß Anspruch 1 oder 15 ausnutzbar. These characteristic changes are exploitable for the inventive method according to claim 1 or 15 °.
  • Die in den Tabellen 2 und 3 aufgeführten GeneBank Accession Nummern (Internet-Zugang über http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) der einzelnen Sequenzen sind in dem dieser Anmeldung angefügten 759-seitigen Sequenzprotokoll, das somit Teil der Erfindung ist, im Einzelnen jeweils einer Sequenz ID (Sequenz ID: 1 bis zur Sequenz ID: 6242) zugeordnet. The Gene Bank listed in Tables 2 and 3 accession numbers (Internet access via http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) of the individual sequences are described in the appended this application 759-page sequence listing thus part of the invention is, specifically, each of a sequence ID associated with (sequence ID: 6242: 1 to the sequence ID). Dieses Sequenzprotokoll ist Teil der vorliegenden Erfindung. This sequence listing part of the present invention.
  • Durchführung: Execution:
  • RNA-Vorbereitung. RNA preparation. Die konditionierten Medien wurden aus den Kulturflaschen entfernt und die adherenten Zellen wurden gemäß den Herstelleranweisungen direkt in den Kulturflaschen unter Verwendung von TRIzol-Reagens (GIBCO/BRL) lysiert. The conditioned media were removed from the culture flasks and the adherent cells were lysed according to the manufacturer's instructions directly to the culture flasks using TRIzol reagent (GIBCO / BRL).
  • Nach einem Deproteinierungszyklus wurde die RNA durch Zusatz von Isopropanol präzipitiert, danach mit Äthanol gespült und erneut in 200 μl RNA-sicherer Resuspensions-Lösung (Ambion, Austin, TX) gelöst. After a Deproteinierungszyklus the RNA was precipitated by addition of isopropanol, rinsed with ethanol and resuspended in 200 ul RNA-secure resuspension solution (Ambion, Austin, TX) was dissolved. Die RNA-Präparate wurden mit 0,1 Mengeneinheiten/μl DNase I abgebaut, in DNase 1 Puffer von CLONTECH. The RNA preparations were digested with 0.1 units / ul DNase I in DNase buffer 1 from CLONTECH. Die RNA-Einheiten wurden zusätzlich in einer Alkoholmischung aus Phenol, Chloroform und Isoamylalkohol von Proteinen befreit, durch Zusatz von Äthanol präzipitiert und in 50–100 μl RNA-sicherer Resupensions-Lösung gelöst. The RNA-units were additionally freed in an alcohol mixture of phenol, chloroform and isoamyl alcohol of proteins precipitated by addition of ethanol and dissolved in 50-100 ul RNA safer Resupensions solution. Die RNA-Konzentration wurde spektrophotometrisch unter der Prämisse, daß 1A 260 einer Konzentration von 40 μg/ml entspricht, bestimmt. The RNA concentration was spectrophotometrically determined on the premise that 260 1A corresponds to a concentration of 40 ug / ml. Die Proben wurden auf eine Endkonzentration von 1 mg/ml angepasst und bei –80°C gelagert, ohne daß irgendwelche Anzeichen der Qualitätsverschlechterung festzustellen waren. The samples were adjusted to a final concentration of 1 mg / ml and stored at -80 ° C without any signs of degradation were observed. Alle RNA-Präparate wurden durch eine Agarosegelelektrophorese auf ihre Ganzheit (im Sinne von Nichtzerfall in seine Bestandteile) hin beurteilt, wobei RNA-Standards (GIBCO/BRL) zu Hilfe genommen wurden. All RNA preparations were assessed by agarose gel electrophoresis on their totality (in the sense of non-disintegration into its components), said RNA standards (GIBCO / BRL) were used as an aid. Alle hier beschriebenen Präparate enthielten intakte RNA mit eindeutig erkennbaren 28S-, 18S- and 5S-Banden (Daten sind nicht angegeben). All preparations described herein contain intact RNA with clearly identifiable 28S, 18S and 5S bands (data not shown). Es wurden keine erkennbaren Unterschiede hinsichtlich der elektrophoretisch bestimmten RNA-Muster zwischen gesunden und infektiösen Zellen festgestellt. There were no discernible differences in electrophoretic certain RNA patterns between healthy and infectious cells.
  • Vorbereitung von radioaktiv-markierten cDNA-Proben und Hybridisierung mittels DNA-Arrays. Preparation of radioactively-labeled cDNA probes and hybridization using DNA arrays. Gemäß dem Herstellerprotokoll wurde die cDNA-Synthese unter Verwendung von genspezifischen Primern (CLONTECH) und [ 32 P]-dATP mit der Moloney Murine Leukemea Virus Reverse Transkriptase (SuperScript II, GIBCO/BRL) durchgeführt. According to the manufacturer's protocol, the cDNA synthesis using gene-specific primers (CLONTECH) and [32 P] dATP with the Moloney Murine Leukemea virus reverse transcriptase (SuperScript II, GIBCO / BRL). Für die cDNA-Synthese wurden gleiche Mengen (5 μg) an RNA von jeder Probe verwendet. For the cDNA synthesis, equal amounts (5 ug) was used to RNA from each sample.
  • Alternative Möglichkeit alternative way
  • RNA wurde aus den Gewebeproben mit Hilfe von Guanidinium Thiocyanate extrahiert und danach wie beschrieben [19] in CsCl zentrifugiert. RNA was extracted from the tissue samples using guanidinium thiocyanate and then [19] centrifuged in CsCl as described. Gemäß den Herstellerempfehlungen wurde die RNA aus den Zell-Linien mit RNAzol (Biotex Laboratories, Houston) extrahiert. According to the manufacturer recommendations, the RNA from the cell lines using RNAzol (Biotex Laboratories, Houston) was extracted. Die Poly(A)-RNA wurde von 500 μg RNA mittels DynaBeads (Dynal, Oslo) isoliert, ganz entsprechend den Empfehlungen des Herstellers. The poly (A) RNA was from 500 ug RNA using DynaBeads (Dynal, Oslo) is isolated, all according to the manufacturer's recommendations. Die Unterschiede in der Genexpression wurden unter Verwendung von Atlas Array Membranen (CLONTECH) untersucht. The differences in gene expression were examined using the Atlas Array membranes (CLONTECH). In einem ersten kurzen Arbeitsschritt wurden jeweils 1 μg RNA von jeder Zell-Linie in [- 32 P]dATP-markierte cDNA umgeschrieben. In a first short operation in each case 1 ug RNA from each cell line were in [- 32 P] dATP-labeled cDNA rewritten.
  • Auswertung evaluation
  • Die Auswertung der Genexpressionsdaten aus den radioaktiv markierten Filtern beruht auf der Messung der Färbungsintensitäten im digitalisierten Bild. The analysis of gene expression data from the radiolabelled filtering based on the measurement of the staining intensities in the digitized image. Dazu werden über allen 57600 Spotpositionen kreisförmige Flächen definiert, innerhalb derer die Pixelintensitäten integriert werden. These circular areas are defined by all 57600 spot positions within which the pixel intensities are integrated. Die möglichst exakte Positionierung der Flächen über die Spots erfolgt automatisch durch die Analysesoftware (AIDA Array Evaluation, ragtest Isotopenmessgeräte GmbH). The exact positioning as possible of the surfaces over the spots is done automatically by the analysis software (AIDA array Evaluation, ragtest isotopes gauges GmbH).
  • Die ermittelten Signale beinhalten neben der gewünschten Information, nämlich der Menge gebundener Nukleinsäuren aber auch Hintergrundsignale, welche durch unspezifische Bindungen an der Membranoberfläche verursacht werden. The detected signals include but of the desired information, namely, the amount of bound nucleic acids and background signals caused by unspecific binding to the membrane surface. Um diese Einflüsse zu eliminieren, werden die Hintergrundsignale in 4608 leeren Flächen des Filters bestimmt und als Grundrauschen von den Hybridisierungssignalen subtrahiert. To eliminate these influences, the background signals are determined in 4608 empty areas of the filter and subtracted as background noise of the hybridisation signals. Punktuelle Signale, die nicht durch Bindung von Nukleinsäuren sondern durch Staubpartikel oder sonstige Störungen auf dem Filter verursacht werden, können von realen Spots durch ihre Unregelmäßigkeit der Form unterschieden werden und werden von der weiteren Analyse ausgeschlossen. Selective signals which are not caused by binding of nucleic acids but by dust particles or other disturbances on the filter can be distinguished from real Spots by their irregularity of the shape and will be excluded from further analysis.
  • Um die Werte verschiedener Filter miteinander vergleichbar zu machen, ist anschließend eine Normalisierung der Daten notwendig. In order to make the values ​​of various filters comparable, is necessary then to normalize the data. Wegen der hohen Anzahl der Spots auf dem Filter wird als Normalisierungsreferenz der Mittelwert aller Expressionswerte festgelegt. Because of the high number of spots on the filter of the average of all levels of expression is defined as normalization reference. Weiterhin ist der Ausschluss niedriger Spotsignale (unterhalb 10% des durchschnittlichen Expressionssignals) notwendig, da diese einem prozentual großen Fehler unterliegen und bei den späteren Berechnungen zu starken Schwankungen der Ergebisse führen würden. Furthermore, the exclusion of lower spot signals is necessary (less than 10% of the average expression signal), as these are subject to a large percentage error and would result in the subsequent calculations to sharp fluctuations in Ergebisse.
  • Die Selektion der SIRS/Sepsis-relevanten Gene basiert auf dem Vergleich der Genexpressionswerte bei einer Kontrollperson ohne SIRS/Sepsis gegenüber jeweils einem Patienten mit der Diagnose Sepsis/SIRS. The selection of SIRS / Sepsis-related genes is based on the comparison of gene expression levels in a control person without SIRS / sepsis compared to one patient diagnosed with sepsis / SIRS. Die Höhe des Expressionsverhältnisses jedes Gens stellt das Kriterium für eine Sortierung der untersuchten Gene dar. Von Interesse sind die Gene, die in den Patienten gegenüber der Kontrolle am meisten überexprimiert bzw. unterexprimiert wurden. The height of the expression ratio of each gene is the criterion for sorting the tested genes. Of interest are the genes that were overexpressed in the patient versus the control most or underexpressed.
  • Ausführungsbeispiel 2: Embodiment 2:
  • Untersuchung zur Proteinexpression zwischen einem Patienten mit einer Sepsis und einer Kontrollprobe Study of protein expression between patients with sepsis and a control sample
  • Es wurde die Proteinexpression bei Auftreten einer Sepsis und einer Kontrollprobe gemessen. It has protein expression measured at occurrence of sepsis and a control sample. Die Patientendaten sind in Tabelle 4 zusammengefasst. The patient data are summarized in Table 4 below.
  • Figure DE000010315031B4_0004
  • Figure DE000010315031B4_0005
  • Nach Abnahme des Vollblutes in ein Serum-Röhrchen erfolgte eine Zentrifugation (5500 rcf; 10 min; 4°C). After removal of the whole blood into a serum tube, a centrifugation was carried out (5500 rcf; 10 min; 4 ° C). Der Serum-Überstand wurde unmittelbar nach der Zentrifugation in Kryoröhrchen überführt und dann bei –35°C gelagert. The serum supernatant was transferred immediately after centrifugation in cryotubes and stored at -35 ° C.
  • Das Serum wurde zur Abreicherung des Albumins mit Affi-Gel Blue Affinity Chromatographie Gel for Enzyme and Blood Protein Purifications (Bio-Rad) gemäß den Angaben des Herstellers behandelt. The serum was treated for depletion of albumin with Affi-Gel Blue Affinity chromatography Gel for enzymes and Blood protein purifications (Bio-Rad) according to the manufacturer. Zur Vermeidung unerwünschter Protein-Matrix-Wechselwirkungen wurden Equilibrierungs- und Bindungspuffer zusätzlich mit 400 mM NaCl versetzt. To avoid undesirable protein-matrix interactions equilibration and binding buffer were also mixed with 400 mM NaCl.
  • Nicht bindende Proteine wurden gesammelt und mit Methanol und Chloroform entsprechend dem Protokoll von Wessel und Flügge (Anal Biochem. 1984 Apr; 138(1): 141–3.) präzipitiert. precipitated: Non-binding proteins were collected and washed with methanol and chloroform according to the protocol of Wessel and Flugge (141-3 138 (1) Anal Biochem 1984 April.).
  • 250 Mikrogramm des präzipitierten Serum-Proteins wurden in einer Lösung bestehend aus 8 mol/l Harnstoff; 250 micrograms of the precipitated serum protein dissolved in a solution consisting of 8 mol / l urea; 2,0 mol/l Thioharnstoff; 2.0 mol / l thiourea; 4% CHAPS; 4% CHAPS; 65 mmol/l DTT und 0,4% (w/v) Bio-Lytes 3/10 (Bio-Rad) aufgenommen und einer isoelektrischen Fokussierung, sowie einer nachfolgenden SDS-PAGE unterzogen. 65 mmol / l DTT and 0.4% (w / v) Bio-Lytes 3/10 (Bio-Rad) was added and subjected to isoelectric focusing, as well as a subsequent SDS-PAGE.
  • Die fertigen 2-dimensionalen Gele wurden mit Coomassie Brilliant Blau G-250 angefärbt und differentiell exprimierte Proteine wurden massenspektrometrisch identifiziert. The finished two-dimensional gels were stained with Coomassie Brilliant Blue G-250 and differentially expressed proteins were identified by mass spectrometry.
  • Die vergleichende Analyse ( The comparative analysis ( 1 1 , . 2 2 ) zeigt, dass das Akutphase Protein Transthyretin (TTR; P02766, Seq.-Id. 6241, Seq.-Id. 6242), sowie das Vitamin D-bindende Protein (DBP; P02774, Seq.-Id. 1554, Seq.-Id. 1555) beim Sepsis-Patienten gegenüber dem Kontroll-Patienten schwächer exprimiert wird. ) Shows that the acute phase protein transthyretin (TTR; P02766, 6241 Seq, Seq 6242), as well as the vitamin D binding protein (DBP; P02774, Seq 1554 Seq id. 1555) is expressed weakly in sepsis patients compared to the control patients.
  • Aus diesen Ergebnissen lässt sich eindeutig ableiten, dass die Proteinexpression bzw. die Proteinzusammensetzung von Serum und Plasma krankheitsbegleitend verändert werden. From these results can be deduced clearly that the protein expression and the protein composition of serum and plasma are altered disease concomitantly.
  • Referenzen references
    • 1. Natanson C, Hoffmann WD, Suffredini A, Eichacker PQ, and Danner RL: Selected treatment strategies for septic shock based on proposed mechanisms of pathogenesis. 1. Natanson C, Hoffmann WD, Suffredini A, Eichacker PQ, and Danner RL: Selected treatment strategies for septic shock based on Proposed mechanisms of pathogenesis. Ann Intern Med 1994; Ann Intern Med 1994; 120: 771–783 120: 771-783
    • 2. Danner RL, Elin RJ, Hosseini JM, Wesley RA, Reilly JM, Parillo JE: Endotoxemia in human septic shock. 2. Danner RL, Elin RJ, Hosseini JM, Wesley RA, Reilly JM, Parillo JE: endotoxemia in human septic shock. Chest 1991; Chest 1991; 99: 169–175 99: 169-175
    • 3. Niederman MS, Fein AM: Sepsis syndrome, the adult respiratory distress syndrome, and nosocomial pneumonia. 3. Niederman MS, fine AM: syndrome sepsis, the adult respiratory distress syndrome, and nosocomial pneumonia. A common clinical sequence. A common clinical sequence. Clin Chest Med 1990; Clin Chest Med 1990; 11: 633–656 11: 633-656
    • 4. American College of Chest Physicians/Society of Critical Care Medicine Consensus Conference: definitions for sepsis and organ failure and guidelines for the use of innovative therapies in sepsis. 4. American College of Chest Physicians / Society of Critical Care Medicine Consensus Conference: definitions for sepsis and organ failure and guidelines for the use of innovative therapies in sepsis. Crit Care Med 1992; Crit Care Med 1992; 20: 864–874 20: 864-874
    • 5. Brun-Buisson C, Doyon F, Carlet J, Dellamonica P, Gouin F, Lepoutre A, Mercier JC, Offenstadt G, Regnier B: Incidence, risk factors, and outcome of severe sepsis and septic shock in adults. 5. Brun-Buisson C, Doyon F, J Carlet, Della Monica P, Gouin F, Lepoutre A, Mercier JC, Offenstadt G Regnier B: Incidence, risk factors, and outcome of severe sepsis and septic shock in adults. A multicenter prospective study in intensive care units. A multicenter prospective study in intensive care units. French ICU Group for Severe Sepsis. French ICU Group for Severe sepsis. JAMA 1995; JAMA 1995; 274: 968–974 274: 968-974
    • 6. Le-Gall JR, Lemeshow S, Leleu G, Klar J, Huillard J, Rue M, Teres D, Artigas A: Customized probability models for early severe sepsis in adult intensive care patients. 6. Le Gall JR, Lemeshow S, G Leleu, clear J, J Huillard, Rue M, Teres D, Artigas A: Customized probability models for early severe sepsis in adult intensive care patients. Intensive Care Unit Scoring Group. Intensive Care Unit Scoring Group. JAMA 1995; JAMA 1995; 273: 644–650 273: 644-650
    • 7. Increase in National Hospital Discharge Survey rates for septicemia-United States, 1979–1987. 7. Increase in National Hospital Discharge Survey rates for septicemia-United States, 1979-1987. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 1990; MMWR Morb Mortal Wkly Rep 1990; 39: 31–34 39: 31-34
    • 8. Pittet D, Tarara D, Wenzel RP: Nosocomial bloodstream infection in critically ill patients. 8. Pittet D, Tarara D, Wenzel RP: Nosocomial bloodstream infection in critically ill patients. Excess length of stay, extra costs, and attributable mortality. Excess length of stay, extra costs, and attribute-able mortality. JAMA 1994; JAMA 1994; 271: 1598–1601 271: 1598-1601
    • 9. Vincent JL, Angus D, Annane D, et al. 9. Vincent JL, Angus D, Annane D, et al. (2001) Clinical expert round table discussion (session 5) at the Margaux Conference on Critical Illness: outcomes of clinical trials in sepsis: lessons learned. (2001) Clinical expert roundtable discussion (session 5) at the Margaux Conference on Critical Illness: outcomes of clinical trials in sepsis: lessons learned. Crit Care Med 29: S136–137. Crit Care Med 29: S136-137.
    • 10. Southern EM (1974) An improved method for transferring nucleotides from electrophoresis strips to thin layers of ion-exchange cellulose. 10. Southern EM (1974) An improved method for transfer ring nucleotides from electrophoresis strips to thin layers of ion-exchange cellulose. Anal Biochem 62: 317–318 Anal Biochem 62: 317-318
    • 11. Gillespie D, Spiegelman S (1965) A quantitative assay for DNA-RNA hybrids with DNA immobilized on a membrane. 11. Gillespie D, S Spiegelman (1965), A quantitative assay for DNA-RNA hybrids with DNA Immobilized on a membrane. J Mol Biol 12: 829–842 J Mol Biol 12: 829-842
    • 12. Lennon GG, Lehrach H (1991) Hybridization analyses of arrayed cDNA libraries. 12. Lennon GG, Lehrach H (1991) Hybridization analyzes of arrayed cDNA libraries. Trends Genet 7: 314–317 Trends Genet 7: 314-317
    • 13. Kafatos FC, Jones CW, Efstratiadis A (1979) Determination of nucleic acid sequence homologies and relative concentrations by a dot hybridization procedure. 13. Kafatos FC, Jones CW, Efstratiadis A (1979) Determination of nucleic acid sequence homo logies and relative Concentrations by a dot hybridization procedure. Nucl Acid Res 7: 1541–1552 Nucl Acid Res 7: 1541-1552
    • 14. Fodor SP, Read JL, Pirrung MC, Stryer L, Lu AT, Solas D (1991) Light-directed, spatially addressable parallel chemical synthesis. 14. Fodor SP, Read JL, Pirrung MC, Stryer L, Lu AT, Solas D (1991) Light-directed, Spatially addressable parallel chemical synthesis. Science 251: 767–773 Science 251: 767-773
    • 15. Pease AC, Solas D, Sullivan EJ, Cronin MT, Holmes CP, Fodor SP (1994) Light-generated oligonucleotide arrays for rapid DNA sequence analysis. 15. Pease AC, Solas D, Sullivan EJ, Cronin MT, Holmes CP, Fodor SP (1994) Light-generated oligonucleotide arrays for rapid DNA sequence analysis. Proc Natl Acad Sci USA 91: 5022–5026 Proc Natl Acad Sci USA 91: 5022-5026
    • 16. Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO (1995) Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. 16. Schena M, Shalon D, Davis RW, Brown PO (1995) Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray. Science 270: 467–470 Science 270: 467-470
    • 17. Golub TR, Slonim DK, Tamayo P, et al. 17. Golub TR, Slonim DK, Tamayo P, et al. (1999) Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring. (1999) Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring. Science 286: 531–537 Science 286: 531-537
    • 18. Alizadeh AA, Eisen MB, Davis RE, et al. 18. Alizadeh AA, iron MB, Davis RE, et al. (2000) Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling. (2000) Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma IDENTIFIED BY gene expression profiling. Nature 403: 503–511 Nature 403: 503-511
    • 19. Varambally S, Dhanasekaran SM, Zhou M, et al. 19. Varambally S, Dhanasekaran SM, Zhou M, et al. (2002) The polycomb group protein EZH2 is involved in progression of prostate cancer. (2002) The polycomb group protein EZH2 is Involved in progression of prostate cancer. Nature 419: 624–629 Nature 419: 624-629
    • 20. Fillion I, Ouellet N, Simard M, et al. 20. Fillion I, Ouellet N, Simard M, et al. (2002) Role of chemokines and formyl peptides in pneumococcal pneumonia-induced monocyte/macrophage recruitment. (2002) Role of chemokines and formyl peptides in pneumococcal pneumonia-induced monocyte / macrophage recruitment. J Immunol.; J Immunol .; 166(12): 7353–61. 166 (12): 7353-61.
    • 21. Zhao B, Bowden RA, Stavchansky SA, Bowman PD (2001) Human endothelial cell response to gram-negative lipopolysaccharide assessed with cDNA microarrays. 21. Zhao B, Bowden RA, Stavchansky SA, Bowman PD (2001) human endothelial cell response to gram-negative lipopolysaccharide Assessed with cDNA microarrays. Am J Physiol Cell Physiol. Am J Physiol Cell Physiol. Nov; November; 281(5): C1587–95. 281 (5): C1587-95.
    • 22. Chinnaiyan AM, Huber-Lang M, Kumar-Sinha C et al. 22 Chinnaiyan AM, Huber-Lang M, Kumar-Sinha C et al. (2001) Molecular signatures of sepsis: multiorgan gene expression profiles of systemic inflammation. (2001) Molecular signatures of sepsis: multiorgan gene expression profiles of systemic inflammation. Am J Pathol. Am J Pathol. 159(4): 1199–209. 159 (4): 1199-209.
    • 23. Cobb, JP et al. 23. Cobb, JP et al. (2002) Sepsis gene expression profiling: Murine splenic compared with hepatic responses determined by using complementary DNA microarrays. (2002) Sepsis gene expression profiling: Murine splenic Compared with hepatic responses deterministic mined by using complementary DNA microarrays. Crit. Crit. Care Medicine 30(12) 2711–21. Care Medicine 30 (12) 2711-21.
    • 24. Pathan L et al. 24. Pathan L et al. (2003) The complexity of the inflammatory response to meningococcal sepsis revealed by gene expression profiling using cDNA microarrays. (2003) The complexity of the inflammatory response to meningococcal sepsis revealed by gene expression profiling using cDNA microarrays. Crit. Crit. Care Medicine 31 (12 Suppl) A47. Care Medicine 31 (12 Suppl) A47.
    • 25. Wiegand G et al. 25. Wiegand G et al. (1999) Gene expression pattern in human monocytes as a surrogate marker for systemic inflammatory response syndrome (SIRS). (1999) Gene expression pattern in human monocytes as a surrogate marker for systemic inflammatory response syndrome (SIRS). Mol. Med. 5(3) 192–202. Mol. Med. 5 (3) 192-202.
    • 26. Heller RA et al. 26 Heller RA et al. (1997) Discovery and analysis of inflammatory diseaserelated genes using cDNA microarrays. (1997) Discovery and analysis of inflammatory disease related genes using cDNA microarrays. Proc. Proc. Natl. Natl. Acad. Acad. Sci USA 94(6) 2150–5. Sci USA 94 (6) 2150-5.
    • 27. Rowe CA et al. 27 Rowe CA et al. (1999) An array immunosensor for simultaneous detection of clinical analytes. (1999) An array immunosensor for simultaneous detection of clinical analyte. 71(2) 433–9. 71 (2) 433-9.
  • Es folgt ein Sequenzprotokoll nach WIPO St. 25. Dieses kann von der amtlichen Veröffentlichungsplattform des DPMA heruntergeladen werden. It follows a sequence listing by WIPO St. 25 This can be downloaded from the official publication of the DPMA platform.

Claims (27)

  1. Verfahren zur in vitro Erkennung von Sepsis, dadurch gekennzeichnet, dass es folgende Schritte umfasst: a) Isolieren einer Mehrzahl von Proben-RNAs aus einer aus einem Menschen stammenden Blutprobe; A method for in vitro detection of sepsis, characterized in that it comprises the following steps: a) isolating a plurality of samples from a RNAs derived from a human blood sample; a1) Zugeben von cDNA, die ein für Sepsis spezifisches Gen oder Genfragment ist b) Markieren der Proben-RNA und/oder der cDNA mit einem detektierbaren Marker; a1) adding cDNA, which is a specific gene or gene fragment for sepsis b) marking the sample RNA and / or cDNA with a detectable marker; c) In-Kontakt-Bringen der Proben-RNA mit der cDNA unter Hybridisierungsbedingungen; c) contacting the sample RNA the cDNA under hybridization conditions; d) In-Kontakt-Bringen von Kontroll-RNA, welche eine Kontrolle ohne SIRS/Sepsis darstellt, mit wenigstens einer cDNA unter Hybridisierungsbedingungen; d) contacting of control RNA, which is a control without SIRS / sepsis, with at least one cDNA under hybridization conditions; e) quantitatives Erfassen der Markierungssignale der hybridisierten Proben-RNA und der Kontroll-RNA; e) quantitatively detecting the marking signals of the hybridized sample RNA and control RNA; f) Vergleichen der quantitativen Daten der Markierungssignale, um eine Aussage zu treffen, ob für Sepsis spezifische Gene oder Genfragmente in der Probe stärker oder schwächer exprimiert sind als in der Kontrolle; f) comparing the quantitative data of the marking signals in order to make a statement whether there are more or less expressed for sepsis specific genes or gene fragments in the sample than in the control; g) wobei Sepsis vorliegt, wenn die Gesamtheit der folgenden Gruppe von Genen oder Genfragmenten mit den SEQ ID NO: 325, 268, 294, 235, 262, 240, 248, 331, 486, 251, 903, 196, 324, 672, 134, 363, 259, 168, 326, 671, 114, 253, 116, 489,485, 273, 154, 187, 358, 495, 330, 327, 1511, 314, 339, 219, 328, 348, 272, 232, 349, 310, 65, 265, 361, 269, 652, 1755, 151, 275, 66, 317, 329 überexprimiert ist; g) said sepsis is present when all of the following group of genes or gene fragments of SEQ ID NO: 325, 268, 294, 235, 262, 240, 248, 331, 486, 251, 903, 196, 324, 672, 134, 363, 259, 168, 326, 671, 114, 253, 116, 489.485, 273, 154, 187, 358, 495, 330, 327, 1511, 314, 339, 219, 328, 348, 272, 232, is 349, 310, 65, 265, 361, 269, 652, 1755, 151, 275, 66, 317, 329 overexpressed; und/oder die Gesamtheit der folgenden Gruppe von Genen oder Genfragmenten mit den SEQ ID NO: 2050, 375, 211, 250, 1477, 130, 23, 46, 26, 764, 383, 298, 28, 146, 1352, 42, 257, 1502, 203, 19, 12, 95, 188, 47, 45, 237, 706, 129, 1353, 137, 51, 43, 169, 1462, 59, 378, 246, 201, 67, 1597, 216, 490, 5, 93, 142, 189, 1442, 152, 53, 238, 180, 491, 190, 148, 386, 245 unterexprimiert ist. and / or all of the following group of genes or gene fragments of SEQ ID NO: 2050, 375, 211, 250, 1477, 130, 23, 46, 26, 764, 383, 298, 28, 146, 1352, 42, 257, 1502, 203, 19, 12, 95, 188, 47, 45, 237, 706, 129, 1353, 137, 51, 43, 169, 1462, 59, 378, 246, 201, 67, 1597, 216, 490, 5, 93, 142, 189, 1442, 152, 53, 238, 180, 491, 190, 148, 386, 245 underexpressed.
  2. Verfahren nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, dass man die Kontroll-RNA vor dem Messen der Proben-RNA mit der cDNA hybridisiert; A method according to claim 1, characterized in that the control RNA hybridized prior to measuring the sample RNA the cDNA; die Markierungssignale des Kontroll-RNA/DNA-Komplexes erfaßt und in Form einer Kalibrierkurve oder -tabelle ablegt. detects the marker signals of the control RNA / DNA complex, and stores them in the form of a calibration curve or table.
  3. Verfahren nach Anspruch 2, dadurch gekennzeichnet, dass nicht veränderte Gene aus der Proben- und/oder Kontroll-RNA als Bezugsgene für die Quantifizierung genutzt werden. A method according to claim 2, characterized in that not altered genes from the sample and / or control RNA are used as reference genes for quantification.
  4. Verfahren nach Anspruch 1 bis 3, dadurch gekennzeichnet, dass als Proben-RNA mRNA verwendet wird. The method of claim 1 to 3, characterized in that is used as sample RNA mRNA.
  5. Verfahren nach Anspruch 1 bis 4, dadurch gekennzeichnet, dass die cDNA an vorbestimmten Bereichen auf einem Träger in Form eines Microarrays angeordnet, insbesondere immobilisiert, wird. The method of claim 1 to 4, characterized in that the cDNA arranged at predetermined regions on a carrier in the form of a microarray, in particular immobilized, is.
  6. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 5, dadurch gekennzeichnet, dass für Sepsis spezifische Genfragmente 20–200, bevorzugt 20–80 Nukleotide, aufweisen. A method according to any one of claims 1 to 5, characterized in that for sepsis specific gene fragments 20-200, preferably 20-80 nucleotides have.
  7. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass als detektierbarer Marker ein radioaktiver Marker, insbesondere 32 P, 14 C, 125 I, 155 Eu, 33 P oder 3 H verwendet wird. Method according to one of claims 1 to 6, characterized in that as detectable markers a radioactive marker, in particular 32 P, 14 C, 125 I, 155 Eu, 33 P or 3 H is used.
  8. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 6, dadurch gekennzeichnet, dass als detektierbarer Marker ein nicht radioaktiver Marker, insbesondere ein Farb- oder Fluoreszenzmarker, ein Enzymmarker oder immunologischer Marker, oder ein Marker, der eine Potential- und/oder Kapazitätsänderung anzeigt, verwendet wird. Method according to one of claims 1 to 6, characterized in that as detectable markers a non-radioactive marker, in particular a color or fluorescence marker, an enzyme marker or an immunological marker, or a marker indicating a potential and / or capacity used, ,
  9. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass die Proben-mRNA und Kontroll-mRNA dieselbe Markierung tragen. A method according to any one of claims 1 to 8, characterized in that the sample mRNA and control mRNA bear the same marking.
  10. Verfahren nach einem der Ansprüche 1 bis 8, dadurch gekennzeichnet, dass die Proben-mRNA und Kontroll-mRNA unterschiedliche Markierungen tragen. A method according to any one of claims 1 to 8, characterized in that the sample mRNA and control mRNA bear different markers.
  11. Verfahren nach einem der Ansprüche 5 bis 10, dadurch gekennzeichnet, dass die immobilisierten Sonden eine Markierung tragen. A method according to any one of claims 5 to 10, characterized in that the immobilized probes carry a marker.
  12. Verfahren nach einem der Ansprüche 5 bis 11 dadurch gekennzeichnet, dass die cDNA-Sonden auf Glas oder Kunststoff, immobilisiert werden. A method according to any one of claims 5 to 11 characterized in that the cDNA probes are immobilized on glass or plastic.
  13. Verfahren nach einem der Ansprüche 5 bis 12, dadurch gekennzeichnet, dass die einzelnen cDNA Moleküle über eine kovalente Bindung an das Trägermaterial immobilisiert werden. Method according to one of claims 5 to 12, characterized in that the individual cDNA molecules by a covalent bond to the support material can be immobilized.
  14. Verfahren nach einem der Ansprüche 5 bis 12, dadurch gekennzeichnet, dass die einzelnen cDNA Moleküle mittels Adsorption an das Trägermaterial immobilisiert werden. Method according to one of claims 5 to 12, characterized in that the individual cDNA molecules are immobilized on the carrier material by means of adsorption.
  15. Verfahren zur in vitro Erkennung von Sepsis, dadurch gekennzeichnet, dass es folgende Schritte umfasst: a) Isolieren einer Mehrzahl von Proben-Peptiden aus einer aus einem Menschen stammenden Blutprobe; A method for in vitro detection of sepsis, characterized in that it comprises the following steps: a) isolating a plurality of sample peptides from a derived from a human blood sample; a1) Zugeben von Antikörpern oder deren bindende Fragmente, welche ein für Sepsis spezifisches Peptid oder Peptidfragment binden; a1) adding antibodies or their binding fragments, which bind a specific peptide or peptide fragment of sepsis; b) Markieren der Proben-Peptide mit einem detektierbaren Marker; b) labeling the sample peptides with a detectable marker; c) In-Kontakt-Bringen der markierten Proben-Peptide mit den Antikörpern oder deren Fragmenten; c) contacting the labeled sample peptides with the antibodies or fragments thereof; d) In-Kontakt-Bringen von markierten Kontroll-Peptiden, welche eine Kontrolle ohne SIRS/Sepsis darstellen, mit wenigstens einem, in Form eines Microarray auf einem Träger immobilisierten Antikörper oder dessen bindenden Fragment; d) contacting of labeled control peptides, which represent a control without SIRS / sepsis, with at least one, in the form of a microarray immobilized on a carrier antibody or its binding fragment; e) quantitatives Erfassen der Markierungssignale der hybridisierten Proben-Peptide und der Kontroll-Peptide; e) quantitatively detecting the marking signals of the hybridized sample peptides and control peptides; f) Vergleichen der quantitativen Daten der Markierungssignale, um eine Aussage zu treffen, ob für Sepsis spezifische Gene oder Genfragmente in der Probe stärker oder schwächer exprimiert sind als in der Kontrolle; f) comparing the quantitative data of the marking signals in order to make a statement whether there are more or less expressed for sepsis specific genes or gene fragments in the sample than in the control; g) wobei Sepsis vorliegt, wenn die Gesamtheit der folgenden Gruppe von Genen oder Genfragmenten mit den SEQ ID NO: 325, 268, 294, 235, 262, 240, 248, 331, 486, 251, 903, 196, 324, 672, 134, 363, 259, 168, 326, 671, 114, 253, 116, 489,485, 273, 154, 187, 358, 495, 330, 327, 1511, 314, 339, 219, 328, 348, 272, 232, 349, 310, 65, 265, 361, 269, 652, 1755, 151, 275, 66, 317, 329 überexprimiert ist; g) said sepsis is present when all of the following group of genes or gene fragments of SEQ ID NO: 325, 268, 294, 235, 262, 240, 248, 331, 486, 251, 903, 196, 324, 672, 134, 363, 259, 168, 326, 671, 114, 253, 116, 489.485, 273, 154, 187, 358, 495, 330, 327, 1511, 314, 339, 219, 328, 348, 272, 232, is 349, 310, 65, 265, 361, 269, 652, 1755, 151, 275, 66, 317, 329 overexpressed; und/oder die Gesamtheit der folgenden Gruppe von Genen oder Genfragmenten mit den SEQ ID NO: 2050, 375, 211, 250, 1477, 130, 23, 46, 26, 764, 383, 298, 28, 146, 1352, 42, 257, 1502, 203, 19, 12, 95, 188, 47, 45, 237, 706, 129, 1353, 137, 51, 43,169, 1462, 59, 378, 246, 201, 67, 1597, 216, 490, 5, 93, 142, 189, 1442, 152, 53, 238, 180, 491, 190, 148, 386, 245 unterexprimiert ist. and / or all of the following group of genes or gene fragments of SEQ ID NO: 2050, 375, 211, 250, 1477, 130, 23, 46, 26, 764, 383, 298, 28, 146, 1352, 42, 257, 1502, 203, 19, 12, 95, 188, 47, 45, 237, 706, 129, 1353, 137, 51, 43.169, 1462, 59, 378, 246, 201, 67, 1597, 216, 490, is 5, 93, 142, 189, 1442, 152, 53, 238, 180, 491, 190, 148, 386, 245 underexpressed.
  16. Verfahren nach Anspruch 15, dadurch gekennzeichnet, dass der Antikörper auf einem Träger in Form eines Microarrays immobilisiert ist. A method according to claim 15, characterized in that the antibody is immobilized on a carrier in form of a microarray.
  17. Verfahren nach Anspruch 15 oder 16, dadurch gekennzeichnet, dass es als Immunassay ausgebildet ist. The method of claim 15 or 16, characterized in that it is designed as immunoassay.
  18. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 17, dadurch gekennzeichnet, dass als detektierbarer Marker ein radioaktiver Marker, insbesondere 32 P, 14 C, 125 I, 155 Eu, 33 P oder 3 H verwendet wird. A method according to any one of claims 15 to 17, characterized in that is used as a detectable marker, a radioactive marker, in particular 32 P, 14 C, 125 I, 155 Eu, 33 P or 3 H.
  19. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 17, dadurch gekennzeichnet, dass als detektierbarer Marker ein nicht radioaktiver Marker, insbesondere ein Farb- oder Fluoreszenzmarker, ein Enzymmarker oder immunologischer Marker verwendet wird. A method according to any one of claims 15 to 17, characterized in that a non-radioactive marker, in particular a color or fluorescence marker, an enzyme marker or an immunological marker is used as a detectable marker.
  20. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 19, dadurch gekennzeichnet, dass die Proben-Peptide und Kontroll-Peptide dieselbe Markierung tragen. A method according to any one of claims 15 to 19, characterized in that the sample peptides and control peptides carry the same label.
  21. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 19, dadurch gekennzeichnet, dass die Proben-Peptide und Kontroll-Peptide unterschiedliche Markierungen tragen. A method according to any one of claims 15 to 19, characterized in that the sample peptides and control peptides bear different markers.
  22. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 21, dadurch gekennzeichnet, dass solche Peptide als Sonden verwendet werden, welche mit Antikörpern markiert sind und eine Signaländerung bei Bindung erfolgt. Method according to one of claims 15 to 21, characterized in that such peptides are used as probes, which are labeled with antibodies and is carried out a signal change upon binding.
  23. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 22 dadurch gekennzeichnet, dass die Peptid-Sonden auf Glas oder Kunststoff, immobilisiert werden. A method according to any one of claims 15 to 22 characterized in that the peptide probes are immobilized on glass or plastic.
  24. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 23, dadurch gekennzeichnet, dass die einzelnen Peptidmoleküle über eine kovalente Bindung an ein Trägermaterial immobilisiert werden. A method according to any one of claims 15 to 23, characterized in that the individual peptide molecules are immobilized via covalent bonding to a carrier material.
  25. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 23, dadurch gekennzeichnet, dass die einzelnen Peptidmoleküle mittels Adsorption an ein Trägermaterial immobilisiert werden. A method according to any one of claims 15 to 23, characterized in that the individual peptide molecules are immobilized to a carrier material by means of adsorption.
  26. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 25, dadurch gekennzeichnet, dass die einzelnen Peptidmoleküle mittels monoklonaler Antikörper oder deren bindenden Fragmenten erkannt werden. A method according to any one of claims 15 to 25, characterized in that the individual peptide molecules are recognized by means of monoclonal antibodies or their binding fragments.
  27. Verfahren nach einem der Ansprüche 15 bis 26, dadurch gekennzeichnet, dass das Bestimmen einzelner Peptide mittels Immunassay oder Präzipitationsassay unter Verwendung monoklonaler Antikörper durchgeführt wird. A method according to any one of claims 15 to 26, characterized in that the determination of individual peptides is performed by immunoassay or precipitation assay using monoclonal antibodies.
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Families Citing this family (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE102004049897B4 (en) 2004-10-13 2007-11-22 Sirs-Lab Gmbh A method for distinguishing between non-infectious and infectious causes of multiple organ failure
US20090264305A1 (en) * 2005-07-07 2009-10-22 Athlomics Pty Ltd. Polynucleotide Marker Genes and their Expression, for Diagnosis of Endotoxemia
DE102008000715B9 (en) * 2008-03-17 2013-01-17 Sirs-Lab Gmbh Method for the in vitro differentiation of pathophysiological states and Erfasssung
DE102011005235B4 (en) * 2011-03-08 2017-05-24 Sirs-Lab Gmbh A method for identifying a subset of polynucleotides from a human genome the corresponding output set of polynucleotides for the in vitro determination of a severity of the host response of a patient

Citations (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1999040434A1 (en) * 1998-02-04 1999-08-12 Invitrogen Corporation Microarrays and uses therefor
EP1270740A1 (en) * 2001-06-29 2003-01-02 SIRS-Lab GmbH Biochip and its use for determining inflammation

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1999040434A1 (en) * 1998-02-04 1999-08-12 Invitrogen Corporation Microarrays and uses therefor
US20020164656A1 (en) * 1998-02-04 2002-11-07 Hoeffler James P. Microarrays and uses therefor
EP1270740A1 (en) * 2001-06-29 2003-01-02 SIRS-Lab GmbH Biochip and its use for determining inflammation
WO2003002763A1 (en) * 2001-06-29 2003-01-09 Sirs-Lab Gmbh Use of a biochip for the diagnosis of sepsis or sepsis related syndrome

Non-Patent Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CHINNAIYAN A M u.a.: Molecular signatures of sepsis; Multiorgan gene expression profiles of systemic inflammation. In: American Journal of Pathology (2001) 159 (4) 1199 - 1209 *
CHINNAIYAN A M u.a.: Molecular signatures of sepsis; Multiorgan gene expression profiles of systemic inflammation. In: American Journal of Pathology (2001) 159 (4) 1199 – 1209
COBB J.P. u.a.:Sepsis gene expression profiling: Murine splenic compared with hepatic responses determined by using complementary DNA microarrays. In: Crit. Care Med. (2002) 30(12) 2711-21 *
HELLER R.A. u.a.: Discovery and analysis of inflammatory disease-related genes using cDNA microarrays. In: Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1997) 94 (6) 2150-5 *
PATHAN N. u.a.: The complexity of the inflammatory response to meningococcal sepsis revealed by gene expression profiling using cDNA microarrays. In: Critical Care Medicine (01.02.2003) 31 (12 SUPPL) A47 *
ROWE C.A u.a.: An array immunosensor for simultaneous detection of clinical analytes. In: Anal. Chem. (1999) 71 (2) 433-9
ROWE C.A u.a.: An array immunosensor for simultaneous detection of clinical analytes. In: Anal. Chem. (1999) 71 (2) 433-9 *
WIEGAND G. u.a.: Gene expression pattern in human monocytes as a surrogate marker for systemic inflammatory response syndrome (SIRS). Mol. Med. (1999) 5 (3) 192-202 *

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