DE102021126650A1

DE102021126650A1 - Verfahren zur bestimmung der ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen erkrankung auf eine behandlung mit einem pharmazeutischen hemmwirkstoff

Info

Publication number: DE102021126650A1
Application number: DE102021126650.5A
Authority: DE
Inventors: Dimo Dietrich
Original assignee: Rheinische Friedrich Wilhelms Univ Bonn Koerperschaft Des Oeffentlichen Rechts; Rheinische Friedrich Wilhelms Universitaet Bonn Koerperschaft Des Oeffentlichen Rechts
Current assignee: Rheinische Friedrich Wilhelms Univ Bonn Koerperschaft Des Oeffentlichen Rechts; Rheinische Friedrich Wilhelms Universitaet Bonn Koerperschaft Des Oeffentlichen Rechts
Priority date: 2021-10-14
Filing date: 2021-10-14
Publication date: 2023-04-20
Also published as: WO2023062115A1

Abstract

Die Erfindung betrifft molekulardiagnostische Verfahren auf dem Gebiet der Onkologie, die anhand einer DNA-Methylierungsanalyse spezifischer Gene eine Vorhersage des Ansprechens von Personen mit einer malignen Erkrankung auf eine Therapie mit spezifischen pharmazeutischen Hemmwirkstoffen ermöglichen. Ebenso betrifft die Erfindung Anwendungen von pharmazeutischen Hemmwirkstoffen in medizinischen Verfahren zur Behandlung maligner Erkrankung von Personen, von denen anhand der DNA-Methylierung spezifischer Gene bekannt ist, dass sie wahrscheinlich auf eine Therapie mit diesen pharmazeutischen Hemmwirkstoffen ansprechen. Schließlich betrifft die Erfindung Kits zur Durchführung der angegebenen Verfahren und für die angegebenen Anwendungen.

Description

Sequenzprotokoll
Diese Anmeldung beinhaltet ein elektronisches Sequenzprotokoll im txt-Format nach WIPO ST.25 Standard mit 539 Sequenzen als Teil der Beschreibung.
Gebiet der Erfindung
Die Erfindung betrifft molekulardiagnostische in vitro Verfahren auf dem Gebiet der Onkologie, die eine Vorhersage des Ansprechens von Personen mit einer malignen Erkrankung auf eine Therapie mit pharmazeutischen Hemmwirkstoffen ermöglichen.
Die Erfindung betrifft weiterhin medizinische Anwendungen von pharmazeutischen Hemmwirkstoffen in medizinischen Verfahren zur Behandlung maligner Erkrankung von Personen, deren Ansprechen auf eine Therapie mit diesen pharmazeutischen Hemmwirkstoffen bekannt ist.
Schließlich betrifft die Erfindung Kits zur Durchführung der angegebenen Verfahren und für die angegebenen Anwendungen.
Hintergrund der Erfindung
Die richtige Wahl der Behandlung einer erkrankten Person ist ein zentrales Anliegen in der modernen Medizin. Insbesondere sind verlässliche Vorhersagen hinsichtlich des Ansprechens einer Patientin oder eines Patienten auf eine medikamentöse Therapie mit einem bestimmten pharmazeutischen Wirkstoff von hohem klinischem und wirtschaftlichem Nutzen, um durch individualisierte Therapieplanung einen schnellen Behandlungserfolg zu erzielen und kostenintensive Fehltherapien zu vermeiden.
Einen therapeutischen Durchbruch in medikamentösen Tumortherapie stellen seit einigen Jahren zielgerichtete pharmazeutische Hemmwirkstoffe dar, welche auch bei fortgeschrittenen Tumorerkrankungen herausragende Ergebnisse zeigen. Allerdings spricht in der Regel nur ein relativ kleiner Anteil der Patienten auf diese Therapien an. Ein prädiktiver Biomarker, welcher das Ansprechen auf diese Therapien vorhersagen könnte, wäre demnach von besonderem klinischem Wert.
Gegenwärtig sind einige molekulardiagnostische Verfahren in der klinischen Anwendung, welche anhand einer DNA-Probe aus Tumorgewebe oder auch gesundem Gewebe das Vorliegen bestimmter genomischer Veränderungen wie beispielsweise Mutationen, Amplifikationen, Translokationen oder Genfusionen erfassen, um auf diese Weise auf ein mögliches Therapieansprechen zu schließen. Allerdings sind diese Tests nur in Einzelfällen spezifisch.
Beispielsweise ist aus US 2016/0265067 A1 ein Verfahren zur Identifizierung von Personen, die nicht auf einen HER2-Inhibitor ansprechen, anhand einer oder mehrerer Mutationen im Exon 9 der Phosphoinositol-3-Kinase (PIK3CA) bekannt.
US 2011/0275084 A1 offenbart ein Verfahren zur Identifizierung von Tumorzellen, die resistent gegenüber einem Inhibitor des Fibroblasten-Wachstumsfaktor-Rezeptors 2 (FGFR2) sind, indem spezifische Mutationen im FGFR2 Gen nachgewiesen werden.
US 10,980,804 B2 und US 2020/0138809 A1 offenbaren Verfahren zur Behandlung von Patienten mit Cholangiokarzinom mit einem Kinase- bzw. FGFR-Inhibitor, wobei von den Patienten bekannt ist, dass sie bestimmte Mutationen des FGFR Gens aufweisen.
US 10,787,713 B2 offenbart ein Verfahren zur Behandlung von Krebspatienten mit einem p110α-Inhibitor, wobei von den Patienten bekannt ist, dass sie bestimmte Mutationen im PIK3CA Gen aufweisen.
US 2005/0272083 A1 offenbart eine Assoziation zwischen Mutationen des EGFR Gens und dem Ansprechen von Tumoren auf eine Behandlung mit Kinaseinhibitoren.
US 2013/0296326 A1 offenbart Mutationen des FGFR2 Gens, die mit einer Resistenz gegen FGFR2-Inhibitoren azzoziiert sind.
Aus US 2009/0258361 A1 ist ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit eines Krebspatienten auf eine Behandlung mit EGFR-Inhibitoren anhand des Mutationsstatus des PIK3CA Gens und des Expressionsstatus des PTEN Gens bekannt.
US 2008/0234264 A1 offenbart ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit eines Krebspatienten auf eine Behandlung mit EGFR-Inhibitoren anhand des Mutationsstatus des ERBB1 Gens.
Nach wie vor wird die Therapie mit zielgerichteten pharmazeutischen Hemmwirkstoffen von Patientinnen und Patienten mit malignen Erkrankungen in vielen Fällen nicht optimal gewählt, da sich das Ansprechen der Erkrankung auf die Therapie im Einzelfall oft nur ungenau abschätzen lässt und dem ärztlichen Personal daher keine ausreichenden Anhaltspunkte für eine individuelle Auswahl oder Anpassung einer Therapie zur Verfügung stehen.
Es ist daher eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung, ein robustes und wirtschaftliches Verfahren auf der Grundlage von objektiv messbaren Prädiktoren bereitzustellen, das eine zuverlässige Vorhersage des Ansprechens von Personen mit unterschiedlichen malignen Erkrankungen auf eine Therapie mit zielgerichteten pharmazeutischen Hemmwirkstoffen ermöglicht.
Es ist eine weitere Aufgabe der vorliegenden Erfindung, eine verbesserte medizinische Anwendung von zielgerichteten pharmazeutischen Hemmwirkstoffen in Verfahren zur Behandlung von Personen mit unterschiedlichen malignen Erkrankungen bereitzustellen.
Diese Aufgaben werden durch die Gegenstände der unabhängigen Ansprüche gelöst. Bevorzugte und vorteilhafte Ausführungsformen der Erfindung ergeben sich aus den Gegenständen der abhängigen Ansprüche und der nachfolgenden Beschreibung.
Definitionen und allgemeine Erläuterungen
In dieser Beschreibung werden verschiedene Dokumente zitiert, um einen allgemeinen technischen Hintergrund in Bezug auf die vorliegende Erfindung zu vermitteln. Auf die Offenbarung und Lehre dieser Dokumente wird in Ergänzung nachfolgender Beschreibung vollinhaltlich Bezug genommen, um Wiederholungen zu vermeiden.
Die nachfolgenden Definitionen und allgemeinen Erläuterungen sollen den fachkundigen Leser beim Verständnis, in der Auslegung und bei der Ausübung der vorliegenden Erfindung anleiten und unterstützen. Vorbehaltlich anderer Angaben sollen alle technischen und wissenschaftlichen Begriffe diejenige Bedeutung haben, welche dem üblichen Begriffsverständnis eines Durchschnittsfachmanns auf dem Gebiet der vorliegenden Erfindung entspricht.
Die verschiedenen Aspekte und Varianten der Erfindung involvieren Techniken und Methoden aus der molekularbiologischen Routinepraxis. Insbesondere gehört die DNA-Methylierungsanalyse zur Bestimmung der Methylierung eines CpG-Dinukleotids zu den Fachkenntnissen eines Molekularbiologen oder -genetikers. Zweckdienliche Laborhandbücher für diese Techniken und Methoden stehen dem Fachmann ohne Weiteres zur Verfügung, beispielsweise „Molekular Cloning, A Laboratory Manual“ von M. R. Green und J. Sambrook, 4th Edition, 2012, Cold Spring Harbor Laboratory Press.
So, wie sie hier verwendet werden, schließen unbestimmte Artikel wie „ein“ oder „eine“ die Möglichkeit mit ein, dass auch zwei oder mehrere dieser Merkmale vorhanden sein können.
Eine „Person“ kann sowohl eine Patientin als auch ein Patient sein.
So, wie der Begriff hier verwendet wird, bezeichnet ein „Gen“ einen Abschnitt der DNA, der regulatorische, transkribierte und/oder funktionelle Sequenzbereiche umfasst und somit die Grundinformation für die Produktion biologisch aktiver RNA enthält. Im Sinne der vorliegenden Erfindung umfasst ein Gen insbesondere auch solche Elemente, die eine regulatorische Funktion bei der Transkription des Gens erfüllen, wie z. B. Promotor, Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen, CpG-Inseln, offenes Chromatin, Enhancer und Silencer sowie CTCF-Bindungsstellen. Im weiteren Sinne der Erfindung wird der Begriff „Gen“ auch für einen begrenzten Abschnitt der DNA verwendet, für den bisher noch keine Funktion bekannt ist. Beispielsweise beschreibt „Locus Chr.3p23“ einen Sequenzabschnitt, der sich auf Chromosom 3 im Bereich der zytogenetischen Bande p23 befindet und für den der flankierende Bereich eines Promotors anhand bioinformatischer Ansätze vorhergesagt ist.
Der „Genkörper“ bezeichnet hier denjenigen Abschnitt der DNA, welcher die transkribierten Sequenzbereiche des jeweiligen Gens umfasst.
Ein „Promotor“ ist ein Abschnitt der DNA, der bestimmten DNAbindenden Proteinen bindet, welche den Start der Transkription des Gens durch die RNA-Polymerase vermitteln und als Transkriptionsfaktoren bezeichnet werden. Ein Promotor kann eine zentrale und eine flankierende Region umfassen. Ein Promotor kann auch regulierend auf mehr als ein Gen wirken. Ein Gen kann auch mehrere Promotoren besitzen, welche beispielsweise die Transkription verschiedener Isoformen des jeweiligen Gens regulieren und auch als „alternative Promotoren“ bezeichnet werden.
Isoformen eines Gens sind biologisch aktive RNAs, die vom gleichen Genlocus abstammen, sich aber in ihren Transkriptionsstartpunkten unterscheiden oder durch alternatives Spleißen generiert werden.
Eine geeignete Nomenklatur zur Bezeichnung von Genen und ihren Nukleotiden basiert auf der Empfehlung des Human Genome Organization Gene Nomenclature Committee (HGNC) vom 10. April 2021. Ein Genstamm wird beispielsweise mit kursiven lateinischen Großbuchstaben bezeichnet (z.B. PPP1R18).
Eine weitere Möglichkeit für die eindeutige Bezeichnung von Genen ist die Anwendung von stabilen Identifikatoren, mit denen die Datenbank Ensembl die Gene in ihrer Datenbank kennzeichnet. Ein Gen in der Ensembl Datenbank mit einem eindeutigen Identifikator („ENSG ID“) umfasst alle Transkriptvarianten eines Gens und kann anhand der Ensembl Datenbank (https://www.ensembl.org) eindeutig identifiziert werden. Ensembl Identifikatoren werden hier beispielsweise für Gene verwendet, die nicht für eine Protein-codierende RNA codieren, beispielsweise eine lange nicht-codierende RNA oder eine lange intergenische nicht-Protein-codierende RNA. Beispielsweise codiert das Gen ENSG00000242759 für die lange intergenische nicht-Protein-codierende RNA 882.
Als „Prädiktion“ wird hier eine Vorhersage des Ansprechverhaltens einer malignen Erkrankung auf eine Therapie mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff verstanden. Das Ansprechen auf eine Therapie mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff kann dadurch gekennzeichnet sein, dass das Ausmaß der malignen Erkrankung bei Anwendung des pharmazeutischen Hemmwirkstoffs abnehmend, gleichbleibend, oder verlangsamt zunehmend ist. Das Ausbleiben des Ansprechens kann dadurch gekennzeichnet sein, dass das Ausmaß der malignen Erkrankung zunehmend oder beschleunigt zunehmend ist. Als Vergleich kann jeweils das Ausmaß der malignen Erkrankung vor Anwendung der Therapie dienen oder eine Vergleichsperson, welche die Therapie mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff nicht erhält. Das Ausmaß der Erkrankung kann durch die Anzahl der malignen Zellen beziehungsweise die Größe des malignen Tumors charakterisiert sein. Insbesondere kann ein Ansprechen auf eine Therapie mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff durch eine Verzögerung des Eintritts des Tods, des Auftretens eines Rezidivs, des Auftretens von Lymphknotenmetastasen, des Auftretens von Fernmetastasen, der Progression der malignen Erkrankung, und/oder des Anstiegs eines sonstigen Parameters, welcher spezifisch für die maligne Erkrankung ist, gekennzeichnet sein. Insbesondere bezeichnet „Prädiktion“ deduktive Schritte in Zusammenhang mit einem vorausgehenden in vitro Verfahren, sodass kein erfindungswesentlicher technischer Schritt am menschlichen oder tierischen Körper stattfindet.
Wenn in der folgenden Beschreibung auf bestimmte DNA-Sequenzen (SEQ ID NOs) Bezug genommen wird, umfasst dies immer Sequenzvarianten mit mindestens 90%, mindestens 95%, mindestens 96%, mindestens 97%, mindestens 98% oder mindestens 99% Sequenzübereinstimmung, auch als Sequenzidentität bezeichnet, mit der genannten DNA-Sequenz. Geeignete Algorithmen zur Bestimmung der Sequenzidentität von DNA-Sequenzen sind dem Fachmann bekannt.
Ein „CpG-Dinukleotid“ ist ein DNA-Motiv, das in allgemeiner Leserichtung von 5' nach 3' die Nukleosidsequenz Cytidin-Phosphat-Guanosin aufweist. Guanosin besteht aus der Nukleobase Guanin und dem Zucker β-D-Ribose. Cytidin besteht aus der Nukleobase Cytosin und dem Zucker β-D-Ribose.
„DNA-Methylierung“ bezeichnet die biochemische oder chemische Kopplung von Methylgruppen an bestimmte Nukleotide der DNA. Im Kontext dieser Erfindung bezieht sich DNA-Methylierung auf die Anwesenheit einer Methylgruppe am fünften Kohlenstoffatom eines Cytosins (5-Methylcytosin), welches sich innerhalb eines CpG-Dinukleotidkontextes befindet, nachfolgend auch kurz als „Methylierung“ bezeichnet.
So, wie der Begriff hier verwendet wird, beinhaltet eine „DNA-Methylierungsanalyse“ die Bestimmung des Methylierungszustands mindestens eines CpG-Dinukleotids oder mehrerer CpG-Dinukleotide aus einem bestimmten Sequenzkontext, also z. B. in einem bestimmten Teil eines Gens. In verschiedenen Varianten der Erfindung bedeutet „DNA-Methylierungsanalyse“ die Bestimmung, ob das Cytosin in dem CpG-Dinukleotid bzw. in den CpG-Dinukleotiden eine Methylierung aufweist, d. h. „methyliert“ ist, oder keine Methylierung aufweist, d. h. „unmethyliert“ oder „nicht methyliert“ ist. Die DNA-Methylierungsanalyse kann eine einzelne Kopie des CpG-Dinukleotids bzw. mehrerer verschiedener CpG-Dinukleotide umfassen. Die DNA-Methylierungsanalyse kann auch mehrere Kopien des CpG-Dinukleotids bzw. mehrerer CpG-Dinukleotide umfassen, beispielsweise wenn die DNA einer Mehrzahl von Zellen einer malignen Erkrankung vorhanden ist. In diesem Fall kann die DNA-Methylierungsanalyse einen Methylierungslevel des CpG-Dinukleotids oder der CpG-Dinukleotide liefern, d. h. einen Durchschnittswert, der den prozentualen Anteil von methylierten Kopien des CpG-Dinukleotids bzw. der CpG-Dinukleotide bezogen auf die Gesamtkopienzahl des CpG-Dinukleotids bzw. der CpG-Dinukleotide ausdrückt.
Eine geeignete Primärsequenz des menschlichen Genoms, die verwendet werden kann, um geeignete und bevorzugte Bereiche und Sequenzen von Genen für die DNA-Methylierungsanalyse der vorliegenden Erfindung zu bestimmen, ist beispielsweise die menschliche Genomversion des Genome Reference Consortium Human Build 38 (GRCh38) Patch Release 13 (GRCh38.p13) vom 10. April 2021. Im Folgenden wird auf Regionen des Genoms gemäß der Schreibweise „Chromosomennummer:Position der ersten Base der Region-Position der letzten Base der Region“, z. B. „6:30675116-30688275“ für die Region von Base 30675116 bis Base 30688275 von Chromosom 6.
Als „niedermolekulare Verbindung“ (englisch „small molecule“) wird hier eine Klasse von Wirkstoffen mit niedriger Molekülmasse bezeichnet. In bestimmten Ausführungsformen wird der Begriff „niedermolekulare Verbindung“ zur Abgrenzung von Biologika verwendet. Insbesondere kann es sich bei einer niedermolekularen Verbindung um einen Wirkstoff handeln, dessen Molekülmasse etwa 1200 g/mol, insbesondere 900 g/mol nicht übersteigt.
Als „monoklonaler Antikörper“ wird hier eine Klasse von immunologische aktiven Proteinen bezeichnet, die auf einen B-Lymphozyten zurückgehen und sich gegen ein einzelnes Epitop richten. So, wie der Begriff hier verwendet wird, beinhaltet ein monoklonaler Antikörper auch Hybrid-Antikörper. Ein Hybrid-Antikörper ist ein Immunkonjungat, welches aus den Bestandteilen von zwei unterschiedlichen monoklonalen Antikörpern aufgebaut ist und sich spezifisch gegen zwei verschiedene Epitope richtet. So, wie der Begriff hier verwendet wird, beinhaltet ein monoklonaler Antikörper auch Einzeldomänenantikörper, auch Nanobodies oder Nanoantikörper genannt. Einzeldomänenantikörper sind Antikörperfragmente, die aus einer einzelnen, monomeren variablen Domäne eines Antikörpers aufgebaut sind. Beispielsweise können Einzeldomänenantikörper aus den monomeren variablen Domänen von Schwere-Ketten-Antikörpern bestehen. Schwere-Ketten-Antikörpern sind Antikörper, die ausschließlich aus schweren Ketten bestehen und beispielsweise innerhalb der Klasse der Knorpelfische und der Familie der Kamele natürlich vorkommen.
So, wie der Begriff hier verwendet wird, bezeichnet „maligne Erkrankung“ oder auch „Malignom“ solche Erkrankungen, die durch einen Krankheitsverlauf gekennzeichnet sind, der fortschreitend destruktiv ist und auch zum Tod des Patienten führen kann. Maligne Erkrankungen umfassen die bösartige Bildung von neuem Gewebe, wie Neoplasmen oder Tumoren, wobei die Bösartigkeit durch unkontrolliertes, raumforderndes, verdrängendes, infiltratives und/oder invasives Wachstum gekennzeichnet sein kann. Bösartige Tumoren sind in der Regel in der Lage, Sekundärtumore (Metastasen) zu bilden. Nicht beschränkende Beispiele für bösartige Tumoren sind Karzinome, Sarkome, Melanome, Gliome, Blastome, Seminome und Teratome. Karzinome umfassen z. B. Adenokarzinome und Plattenepithelkarzinome. Maligne Erkrankungen umfassen auch hämatologische maligne Erkrankungen, d. h. maligne Erkrankungen des Blutsystems oder des hämatopoetischen Systems, wie Leukämien, Lymphome, myeloproliferative Erkrankungen und myelodysplastische Syndrome. Leukämien umfassen eine Gruppe bösartiger Erkrankungen, bei denen sich unreife hämatopoetische Zellen bösartig verändert haben, sich übermäßig vermehren und zu einer Anhäufung von Zellen im peripheren Blut führen. Lymphome umfassen Erkrankungen, bei denen Zellen des Lymphsystems bösartig entartet sind. Myeloproliferative Erkrankungen umfassen eine Gruppe von Erkrankungen, bei denen sich eine oder mehrere hämatopoetische Zelllinien übermäßig vermehren. Myelodysplastische Syndrome umfassen eine klonale Expansion von Vorläuferzellen aller hämatopoetischen Zelllinien, die auf einer chronischen Differenzierungsstörung der hämatopoetischen Stammzellen beruht.
Die Bezeichnung „pharmazeutischer Hemmwirkstoff“ wird hier als Sammelbegriff für Wirkstoffe verwendet, welche in der Lage sind, die Aktivität eines Proteins oder eines Proteinkomplexes zu reduzieren oder zu hemmen, auch als „inhibieren“ bezeichnet, und dadurch die Proliferation maligner Zellen zu stoppen, zu reduzieren und/oder das Absterben maligner Zellen zu fördern. Der pharmazeutische Hemmwirkstoff kann insbesondere in Form einer niedermolekularen Verbindung oder eines Biologikums wie z. B. eines, vorzugsweise monoklonalen, Antikörpers vorliegen. Geeignete und bevorzugte pharmazeutische Hemmwirkstoffe werden gemäß internationalem Bezeichnungsstandard für chemische Stoffe im Folgenden auch anhand ihrer CAS-Nummer (auch CAS-Registrierungsnummer bzw. CAS-Registernummer, engl. CAS Registry Number, CAS = Chemical Abstracts Service) eindeutig bezeichnet.
Bei dem inhibierten Protein bzw. Proteinkomplex handelt es sich vorzugsweise um eine Kinase, beispielsweise eine Rezeptorkinase, eine Nicht-Rezeptorkinase, eine Tyrosinkinase und eine Serin/Threonin-Kinase. Bei dem inhibierten Protein bzw. Proteinkomplex kann es sich auch um eine GTPase, einen Transkriptionsfaktor oder eine Polymerase handeln. In bestimmten Ausführungsformen kann der pharmazeutische Hemmwirkstoff eine oder mehrere Isoformen eines Proteins oder Familienmitglieder einer Proteinfamilie inhibieren. In einigen Ausführungsformen kann der pharmazeutische Hemmwirkstoff die wildtypische und/oder mutierte Variante eines Proteins inhibieren, wobei die Mutation z. B. eine Punktmutation, eine Rastermutationen, eine Insertion, eine Amplifikation, eine Deletion oder eine Fusion sein kann.
„Biomarker“ sind charakteristische Indikatoren oder/und biologische Merkmale, die objektiv gemessen werden können und Rückschluss über den Status eines normalen biologischen oder eines krankhaften Prozesses in einem Organismus, beziehungsweise die Antwort eines normalen oder krankhaften Prozesses auf eine Intervention, beispielsweise eine Operation, eine Bestrahlung oder eine medikamentöse Behandlung, zulassen. Biomarker sind häufig (bio-)chemische Substanzen, wie zum Beispiel Proteine, Hormone, Metaboliten, Zucker und Nukleinsäuren, sowie Modifikationen davon.
Beschreibung der Erfindung
Der vorliegenden Erfindung ging die Erkenntnis voraus, dass maligne Erkrankungen komplexe genetische und epigenetische Veränderungen aufweisen und folglich sehr individuell ausgeprägt sein können. Selbst maligne Erkrankungen des gleichen Organs und mit den gleichen genetischen Veränderungen können daher sehr unterschiedlich auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff ansprechen.
Der Erfinder hat weiterhin erkannt, dass viele pharmazeutische Hemmwirkstoffe nur dann angewendet werden können, wenn die maligne Erkrankung eine bestimmte genetische Veränderung aufweist. Beispielsweise kann der MEK-Inhibitor Trametinib nur bei Erkrankten mit Melanomen oder nichtkleinzelligen Karzinomen angewendet werden, bei denen außerdem eine Mutation BRAFV600 im BRAF Gen nachgewiesen wurde. Dabei hat sich gezeigt, dass dieser Nachweis oft nicht ausreichend ist, da es sowohl Erkrankte mit BRAFV600 Mutation im Melanom gibt, die trotzdem nicht auf den pharmazeutischen Hemmwirkstoff ansprechen und zum anderen Erkrankte existieren, die trotz Abwesenheit einer solchen Mutation auf die Therapie ansprechen. Außerdem hat der Erfinder erkannt, dass es weitere maligne Erkrankungen gibt, die auch auf eine Therapie mit einem BRAF-Inhibitor ansprechen. Daher besteht ein Bedarf an neuen prädiktiven Biomarkern, die im Wesentlichen unabhängig von der genetischen Veränderung der malignen Erkrankung und unabhängig von der Art der malignen Erkrankung das Ansprechen auf eine Therapie mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff vorhersagen können.
Hinzu kommt, dass eine Vielzahl pharmazeutischer Hemmwirkstoffe für die Behandlung maligner Erkrankungen zu Verfügung stehen, für die es gar keine prädiktiven Biomarker gibt. Prädiktive Biomarker, die unabhängig von und/oder zusätzlich zu genetischen Veränderungen der malignen Erkrankung das Ansprechen bzw. Nichtansprechen auf eine Therapie mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff vorhersagen können, sind daher von hohem wirtschaftlichem und klinischem Interesse.
Die Erfindung beruht weiterhin auf der Erkenntnis, dass einheitliche prädiktive Tests für Gruppen von pharmazeutischen Hemmwirkstoffen, die auf dem gleichen oder einem ähnlichen bzw. analogen Wirkprinzip beruhen, von besonderer Bedeutung sind.
Solche Tests können Patientinnen und Patienten identifizieren, die von einer Therapie mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff aus einer bestimmten Gruppe profitieren. Gleichzeitig können Patientinnen und Patienten, deren maligne Erkrankung entsprechend der Prädiktion nicht auf eine Therapie mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff aus einer bestimmten Gruppe ansprechen wird, eine medikamentöse Therapie erhalten, die beispielsweise auf einer anderen Gruppe von pharmazeutischen Hemmwirkstoffen mit einem anderen Wirkprinzip beruht. Auf diese Weise kann mithilfe weniger Test ein schnellerer und/oder verbesserter Behandlungserfolg erzielt und eine kostenintensive Fehltherapierung vermieden werden.
Vor diesem Hintergrund stellt die vorliegende Erfindung in einem ersten Aspekt ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff bereit.
In einer Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, CDK4-und-CDK6-Inhibitor, PARP-Inhibitor, PI3K-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, VEGFR-Inhibitor, PDGFR-Inhibitor, SRC-Inhibitor, FGFR-Inhibitor, NTRK-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dafür wird eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen. Hierbei hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlicher bzw. wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist. Umgekehrt ist ein Ansprechen auf die Behandlung unwahrscheinlicher bzw. unwahrscheinlich, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist.
Die DNA-Methylierungsanalyse von PPP1R18 und/oder RUNX1 hat sich hierbei als besonders geeignet zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit auf eine Behandlung mit einem RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor erwiesen, bei dem es sich insbesondere um einen MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, ERK-Inhibitor, RAS-Inhibitor, SHP2-Inhibitor und/oder c-Met-Inhibitor handeln kann. Der RAF-Inhibitor kann hierbei insbesondere ein BRAF-Inhibitor, RAF1-Inhibitor und/oder ARAF1-Inhibitor sein. Der RAS-Inhibitor kann insbesondere ein KRAS-Inhibitor und/oder NRAS-Inhibitor sein.
Darüber hinaus hat der Erfinder erkannt, dass sich die DNA-Methylierungsanalyse von PPP1R18 und RUNX1 besonders zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit auf eine Behandlung mit einem PI3K-Inhibitor und/oder mTOR-Inhibitor eignet, insbesondere einen Hemmwirkstoff, der sowohl PI3K als auch mTOR inhibiert (PI3K-und-mTOR-Inhibitor), sowie auf eine Behandlung mit einem VEGFR-Inhibitor und/oder PDGFR-Inhibitor, insbesondere einen Hemmwirkstoff, der sowohl VEGFR als auch PDGFR inhibiert (VEGFR-und-PDGFR-Inhibitor).
In einer weiteren Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ERBB-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dafür wird eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen.
Hierbei hat sich ebenfalls gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlicher bzw. wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist. Umgekehrt ist ein Ansprechen auf die Behandlung unwahrscheinlicher bzw. unwahrscheinlich, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist.
Die DNA-Methylierungsanalyse von PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1 und/oder CHD2 hat sich hierbei als besonders geeignet zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit auf eine Behandlung mit einem RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor erwiesen, wobei es sich insbesondere um einen MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, ERK-Inhibitor, RAS-Inhibitor, SHP2-Inhibitor und/oder c-Met-Inhibitoren handeln kann. Der RAF-Inhibitor kann hierbei insbesondere ein BRAF-Inhibitor, RAF1-Inhibitor und/oder ARAF1-Inhibitor sein. Der RAS-Inhibitor kann insbesondere ein KRAS-Inhibitor und/oder NRAS-Inhibitor sein.
Darüber hinaus hat der Erfinder erkannt, dass sich die DNA-Methylierungsanalyse von PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1 und/oder CHD2 besonders zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit auf eine Behandlung mit einem ERBB-Inhibitor eignet, insbesondere einem EGFR-Inhibitor und/oder HER2-Inhibitor.
In einer weiteren Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ERBB-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, CDK4-und-CDK6-Inhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon.
Dafür wird eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583, ITGB5 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen. Auch hier hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlicher bzw. wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid in den Zellen der malignen Erkrankung überwiegend unmethyliert ist. Umgekehrt ist ein Ansprechen auf die Behandlung unwahrscheinlicher bzw. unwahrscheinlich, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist.
Die DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und/oder ITGB5 hat sich hierbei als besonders geeignet zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit auf eine Behandlung mit einem ERBB-Inhibitor erwiesen, wobei es sich insbesondere um einen EGFR-Inhibitor und/oder HER2-Inhibitor handeln kann.
Darüber hinaus hat der Erfinder erkannt, dass sich die DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und/oder ITGB5 besonders zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor eignet, wobei es sich hierbei insbesondere um einen MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, ERK-Inhibitor, RAS-Inhibitor, SHP2-Inhibitor und/oder c-Met-Inhibitor handelt. Der RAF-Inhibitor kann hierbei insbesondere ein BRAF-Inhibitor, RAF1-Inhibitor und/oder ARAF1-Inhibitor sein. Der RAS-Inhibitor kann insbesondere ein KRAS-Inhibitor und/oder NRAS-Inhibitor sein.
In einer Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus CDK4-und-CDK6-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dafür wird eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2, ENSG00000258082 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen. Hierbei hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlicher oder wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist. Umgekehrt ist ein Ansprechen auf die Behandlung unwahrscheinlicher bzw. unwahrscheinlich, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist.
Die DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2 und/oder ENSG00000258082 hat sich hierbei als besonders geeignet zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit auf eine Behandlung mit einem RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor erwiesen, wobei es sich insbesondere um einen MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, ERK-Inhibitor, RAS-Inhibitor, SHP2-Inhibitor und/oder c-Met-Inhibitor handeln kann. Der RAF-Inhibitor kann insbesondere ein BRAF-Inhibitor, RAF1-Inhibitor und/oder ARAF1-Inhibitor sein. Der RAS-Inhibitor kann insbesondere ein KRAS-Inhibitor und/oder NRAS-Inhibitor sein.
In einer Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus CDK4-und-CDK6-Inhibitor, PARP-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dafür wird eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SYNJ2 und WWTR1 von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen. Es hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlicher bzw. wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist. Umgekehrt ist ein Ansprechen auf die Behandlung unwahrscheinlicher bzw. unwahrscheinlich, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist.
Die DNA-Methylierungsanalyse von SYNJ2 und WWTR1 hat sich als besonders geeignet zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit auf eine Behandlung mit einem RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor erwiesen, bei dem es sich insbesondere um einen MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, ERK-Inhibitor, RAS-Inhibitor, SHP2-Inhibitor und/oder c-Met-Inhibitor handeln kann. Ein RAF-Inhibitor kann hierbei insbesondere ein BRAF-Inhibitor, RAF1-Inhibitor und/oder ARAF1-Inhibitor sein. Ein RAS-Inhibitoren kann hierbei insbesondere ein KRAS-Inhibitor und/oder NRAS-Inhibitoren sind.
In einer weiteren Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus VEGFR-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, PDGFR-Inhibitor, PARP-Inhibitor, PI3K-Inhibitor, FGFR-Inhibitor, NTRK-Inhibitor, BRAF-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dafür wird eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid des Gens CLDN4 von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen. Im Gegensatz zu den obigen Ausführungsbeispielen hat sich hierbei gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlicher bzw. wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung eine Methylierung aufweist, d. h. methyliert ist. Umgekehrt ist ein Ansprechen auf die Behandlung unwahrscheinlicher bzw. unwahrscheinlich, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
Die DNA-Methylierungsanalyse von CLDN4 hat sich zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit auf eine Behandlung mit einem PI3K-Inhibitor und/oder mTOR-Inhibitor als besonders geeignet erwiesen, insbesondere einen Hemmwirkstoff, der sowohl PI3K als auch mTOR inhibiert, sowie auf eine Behandlung mit einem VEGFR-Inhibitor und/oder PDGFR-Inhibitor, insbesondere einen Hemmwirkstoff, der sowohl VEGFR als auch PDGFR inhibiert.
Am RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweg sind GTPasen, Kinasen und Transkriptionsfaktoren beteiligt. GTPasen des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalwegs sind beispielsweise die „RAS“ (Rat sarcoma) GTPasen „KRAS“ (Kirsten rat sarcoma virus), „NRAS“ (Neuroblastoma RAS viral oncogene homolog) und „HRAS“ (Harvey Rat sarcoma virus), die durch die Gene KRAS (auch als KRAS Protoonkogen bezeichnet, GTPase), NRAS (NRAS Protoonkogen, GTPase) beziehungsweise HRAS (HRas Protoonkogen, GTPase) codiert sind. Kinasen des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalwegs sind beispielsweise die „RAF“ (Rapidly Accelerated Fibrosarcoma) Kinasen „BRAF“, „RAF1“ und „ARAF“, die durch die Gene BRAF (auch bezeichnet als B-Raf Protoonkogen, Serin/Threonin-Kinase), RAF1 (auch bezeichnet als Raf-1 Protoonkogen, Serin/Threonin-Kinase) bzw. ARAF (auch bezeichnet als A-Raf Protoonkogen, Serin/Threonin-Kinase) codiert sind. Kinasen des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalwegs sind auch die beiden „MEK“ (Mitogen-activated protein kinase) Kinasen MEK1 (auch bezeichnet als Serin/Threonin-Proteinkinase MEK1) und MEK2 (auch bezeichnet als MAP2K2, Mitogen-aktiviertes Protein-(MAP)-Kinase-Kinase 2), welche durch die Gene MEK1 beziehungsweise MAP2K2 codiert sind. Kinasen des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalwegs sind außerdem die beiden „ERK“ (extracellular signal-regulated kinases) Kinasen ERK1 (auch bezeichnet als Mitogen-aktivierte Proteinkinase 3, MAP-Kinase 3, MAPK3) und ERK2 (auch bezeichnet als Mitogen-aktivierte Proteinkinase 1, MAPK1), welche durch die Gene MAPK3 beziehungsweise MAPK1 codiert sind. Ein Transkriptionsfaktor des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalwegs ist beispielsweise SHP2 (K-box region and MADS-box transcription factor family protein), welcher durch das Gen SHP2 codiert ist. Kinasen des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalwegs sind außerdem die Ephrinrezeptoren der Subklassen EphA und EphB. Ein Ephrinrezeptor des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalwegs ist beispielsweise EPHA2 (Ephrinrezeptor A2), welcher durch das Gen EPHA2 (EPH receptor A2) codiert ist. Zu den Kinasen des RAS/RAF/MEK/ERK-Signalwegs gehört außerdem c-Met, auch bezeichnet als Hepatozytenwachstumsfaktorrezeptor (HGFR), welcher durch das Gen MET (MET proto-oncogene, receptor tyrosine kinase) codiert ist.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor. Als „RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren“ werden hier pharmazeutische Hemmwirkstoffe bezeichnet, welche die Aktivität eines oder mehrerer Signalwegproteine aus der Gruppe bestehend aus RAS, RAF, MEK, ERK, SHP2, Ephrinrezeptoren und c-Met inhibieren.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, RAS-Inhibitor, ERK-Inhibitor, SHP2-Inhibitor, c-Met-Inhibitor und/oder EPHA2-Inhibitor. Vorzugsweise ist der RAF-Inhibitor ein BRAF-Inhibitor, RAF1-Inhibitor und/oder ARAF-Inhibitor, besonders bevorzugt ein BRAF-Inhibitor. Vorzugsweise ist der RAS-Inhibitor ein KRAS-Inhibitor und/oder NRAS-Inhibitor.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein MEK-Inhibitor. „MEK-Inhibitoren“ sind RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, die MEK1 und/oder MEK2 inhibieren. Geeignete MEK-Inhibitoren sind beispielsweise Trametinib, Refametinib, Selumetinib, Mirdametinib, Binimetinib, Cobimetinib, FCN-159 (Fochon Pharmaceuticals), Pimasertib, CI-1040 (CAS No. 212631-79-3), TAK-733 (CAS No. 1035555-63-5), AZD8330 (CAS No. 869357-68-6), GDC-0623 (CAS No. 1168091-68-6), BI-847325 (CAS No. 1207293-36-4), APS-2-79 (CAS No. 2002381-31-7), PD318088 (CAS No. 391210-00-7), VS-6766 (Verastem Oncology), RO5126766 (CAS No. 946128-88-7), RO4987655 (CAS No.: 874101-00-5), Honokiol (CAS No. 35354-74-6), ATR-002 (Atriva Therapeutics GmbH), CS3006 (CStone), WX-554 (Wilex), SHR 7390 (Jiangsu Hengrui Medicine Co.), HL-085 (Kechow Pharma, Inc.), SHR7390 (Jiangsu Hengrui Medicine Co.) und/oder BI 3011441 (LNP3794). Vorzugsweise ist der MEK-Inhibitor ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus Refametinib, Trametinib, Selumetinib, Mirdametinib und beliebigen Kombinationen davon.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein RAS-Inhibitor. „RAS-Inhibitoren“ sind RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, die KRAS, NRAS und/oder HRAS inhibieren. Geeignete RAS-Inhibitoren sind beispielsweise BI 1701963 (Boehringer Ingelheim), Adagrasib, Sotorasib, Lonafarnib, JDQ443 (Novartis), JNJ-74699157 (ARS-3248, Johnson and Johnson), Salirasib und/oder MCP110 (CAS No. 521310-51-0).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein KRAS-Inhibitor. „KRAS-Inhibitoren“ sind RAS-Inhibitoren und daher auch RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, die KRAS inhibieren. Geeignete KRAS-Inhibitoren sind beispielsweise BI 1701963 (Boehringer Ingelheim), Adagrasib, Sotorasib, Lonafarnib, JDQ443 (Novartis), JNJ-74699157 (ARS-3248, Johnson and Johnson), RG6330 (Roche/Genentech), BI-2852 (CAS No. 2375482-51-0), BI-3406 (CAS No. 2230836-55-0), MRTX-1257 (CAS No. 2206736-04-9), LY3537982 (Eli Lilly) und/oder 6H05 (CAS No. 2061344-88-3).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein NRAS-Inhibitor. Ein „NRAS-Inhibitor“ ist ein RAS-Inhibitor bzw. ein RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, der NRAS inhibiert. Geeignete NRAS-Inhibitoren sind beispielsweise Lonafarnib und/oder MCP110 (CAS No. 521310-51-0).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein HRAS-Inhibitor. Ein „HRAS-Inhibitor“ ist ein RAS-Inhibitor bzw. ein RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, der HRAS inhibiert. Geeignete HRAS-Inhibitoren sind beispielsweise Lonafarnib, MCP110 (CAS No. 521310-51-0) und/oder Kobe0065 (CAS No. 436133-68-5).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein RAF-Inhibitor. „RAF-Inhibitoren“ sind RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, welche die RAF Kinasen BRAF, RAF1 und/oder ARAF inhibieren. Geeignete RAF-Inhibitoren sind beispielsweise Belvarafenib, Naporafenib, Encorafenib, RAF265 (CAS No. 927880-90-8), VS-6766 (Verastem Oncology), RO5126766 (CAS No. 946128-88-7), TAK-580 (MLN 2480, BIIB-024, CAS No. 1096708-71-2) und/oder ARQ 736 (CAS No. 1228237-57-7).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein BRAF-Inhibitor. Ein „BRAF-Inhibitor“ ist ein RAF-Inhibitor und somit ebenfalls ein RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, der die Aktivität von BRAF inhibiert. Geeignete BRAF-Inhibitoren sind beispielsweise Dabrafenib, Encorafenib, Vemurafenib, Sorafenib, Belvarafenib, Naporafenib, Regorafenib, PLX-4720 (CAS No. 918505-84-7), AZ 628 (CAS No. 878739-06-1), SB590885 (CAS No. 405554-55-4), GDC-0879 (CAS No. 905281-76-7), RAF265 (CAS No. 927880-90-8), HG-6-64-1 (CAS No. 1315329-43-1), Lifirafenib, RO5126766 (CAS No. 946128-88-7), TAK-580 (MLN 2480, BIIB-024, CAS No.: 1096708-71-2), TAK-632 (CAS No. 1228591-30-7), VS-6766 (Verastem Oncology), ABM-1310 (ABM Therapeutics), HLX 208 (RX208, Shanghai Henlius Biotech), ARQ 736 (CAS No. 1228237-57-7) und/oder BGB-3245 (MapKure, LLC).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein RAF1-Inhibitor. Ein „RAF1-Inhibitor“ ist ein RAF-Inhibitor bzw. ein RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, der RAF1 inhibiert. Geeignete RAF1-Inhibitoren sind beispielsweise Naporafenib, Encorafenib, Vemurafenib, Sorafenib, RO5126766 (CAS No. 946128-88-7), TAK-580 (MLN 2480, BIIB-024, CAS No.: 1096708-71-2), RAF265 (CAS No. 927880-90-8), Belvarafenib und/oder ARQ 736 (CAS No. 1228237-57-7).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein ARAF-Inhibitor. Ein „ARAF-Inhibitor“ ist ein RAF-Inhibitor bzw. ein RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, der ARAF inhibiert. Geeignete ARAF-Inhibitoren sind beispielsweise Naporafenib, TAK-580 (MLN 2480, BIIB-024, CAS No.: 1096708-71-2), RAF265 (CAS No. 927880-90-8) und/oder ARQ 736 (CAS No. 1228237-57-7).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein ERK-Inhibitor. „ERK-Inhibitoren“ sind RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, die ERK1 und/oder ERK2 inhibieren. Geeignete ERK-Inhibitoren sind beispielsweise Ulixertinib, Ravoxertinib, AZD0364 (CAS No. 2097416-76-5), SCH772984 (CAS No. 942183-80-4), MK-8353 (CAS No. 1184173-73-6), LY3214996 (CAS No. 1951483-29-6), Magnolin (CAS No. 31008-18-1), VX-11e (CAS No. 896720-20-0), FR 180204 (CAS No. 865362-74-9), ASTX029 (Astex Pharmaceuticals), ASN007 (Asana BioSciences), KO-947 (CAS No. 1695533-89-1) und/oder JSI-1187 (JS InnoPharm, LLC) .
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein SHP2-Inhibitor. Geeignete SHP2-Inhibitoren sind beispielsweise RMC-4630 (Revolution Medicine), TNO155 (CAS No. 1801765-04-7), ERAS-601, RG6433 (Roche/Genentech), BBP-398 (IACS-15509, Navire Pharma Inc., CAS No. 2160546-07-4), JAB-3068 (CAS No. 2169223-48-5), JAB-3312 (Abbvie), RMC-4550 (CAS No. 2172651-73-7), SHP099 (CAS No. 1801747-42-1), RLY-1971 (Relay Therapeutics) und/oder SH3809 (Nanjing Sanhome Pharmaceutical, Co., Ltd.).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein EPHA2-Inhibitor. Geeignete EPHA2-Inhibitoren sind beispielsweise BT5528 (Bicycle Tx Limited), DS-8895a (Daiichi Sankyo Co., Ltd.), Sitravatinib, SL-701 (Menarini Group) und/oder MEDI-547 (MedImmune LLC).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ein c-Met-Inhibitor. „c-Met-Inhibitoren“ sind RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, die c-Met inhibieren. Geeignete c-Met-Inhibitoren sind beispielsweise Capmatinib, Tepotinib, Amivantamab, Glumetinib, Tivantinib, Foretinib, Volitinib, Crizotinib, Vebreltinib, Bozitinib, Savolitinib, Telisotuzumab vedotin (ABBV-399), Telisotuzumab, AMG 337 (CAS No. 1173699-31-4), Kanitinib, TQ-B3139 (Chia Tai Tianqing), Cabozantinib, Sitravatinib, PHA-665752 (CAS No. 477575-56-7), SU11274 (CAS No. 658084-23-2), SGX-523 (CAS No. 1022150-57-7), BMS-777607 (CAS No. 1025720-94-8), MK-8033 (CAS No. 1001917-37-8) ABN401 (Abion Inc), SAR125844 (CAS No. 1116743-46-4), YYB101 (CellabMED), Merestinib, SHR-A1403 (ADC HTI-1066, HTI 1066, HTI-1066) JNJ-38877605 (CAS No. 943540-75-8), PF-04217903 (CAS No. 956905-27-4), GST-HG161 (WuXi AppTec / Fujian Cosunter Pharmaceutical), CKD-702 (Chong Kun Dang Pharmaceutical), EMB-01 (EpimAb), MGCD-265 (CAS No. 875337-44-3), AMG-208 (CAS No. 1002304-34-8), HLX55 (Henlix, Inc), MK-2461 (CAS No. 917879-39-1), JNJ-38877618 (CAS No. 943540-74-7), BPI-9016M (CAS No. 1528546-94-2), AL2846 (Chia Tai Tianqing Pharmaceutical Group Co., Ltd.), NVP-BVU972 (CAS No. 1185763-69-2), S49076 (CAS No. 1265965-22-7), Ficlatuzumab, AMG-458 (CAS No. 913376-83-7), BAY-474 (CAS No. 1033767-86-0), RC108-ADC (RemeGen Co., Ltd.), AMG-1 (CAS No. 913376-84-8), EMD 1214063 (Merck Serono), EMD 1204831 (Merck Serono), NPS-1034 (CAS No. 1221713-92-3), SAR125844 (CAS No. 1116743-46-4), Rilotumumab, TR1801-ADC (Tanabe Research Laboratories USA Inc), BMS-794833 (CAS No. 1174046-72-0), HS-10241 (Jiangsu Hansoh Pharmaceutical Co., Ltd.), SAIT301 (anti-C-met monoklonaler Antikörper), Amivantamab, MCLA-129 (Merus), ARGX-111 (Argenx), Golvatinib, Ningetinib und/oder Altiratinib.
Die ERBB-Proteinfamilie umfasst vier Rezeptortyrosinkinasen, welche strukturell mit dem Epidermalen Wachstumsfaktorrezeptor (epidermal growth factor receptor, „EGFR“) verwandt sind. Die vier Mitglieder der „ERBB-Proteinfamilie“ umfassen die ERBB-Rezeptoren „EGFR“ (ERBB1, HER1), „HER2“ (HER-2/neu, ERBB2), HER3 (ERBB3) und HER4 (ERBB4), welche durch die Gene EGFR, ERBB2, ERBB3 beziehungsweise ERBB4 codiert sind.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein ERBB-Inhibitor. „ERBB-Inhibitoren“ sind Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von mindestens einem Mitglied der ERBB-Proteinfamilie inhibieren. In einer Ausführungsform ist der ERBB-Inhibitor ein EGFR-Inhibitor. „EGFR-Inhibitoren“ sind Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von EGFR inhibieren. In einer Ausführungsform ist der ERBB-Inhibitor ein HER2-Inhibitor. „HER2-Inhibitoren“ sind Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von HER2 inhibieren. In bestimmten Ausführungsformen ist der ERBB-Inhibitor sowohl ein EGFR-Inhibitor als auch ein HER2-Inhibitor.
Geeignete ERBB-Inhibitoren sind beispielsweise Afatinib, Pyrotinib, Dacomitinib, Neratinib, Lapatinib, Varlitinib, Tesevatinib, Mobocertinib, BMS-599626 (CAS No. 714971-09-2), FCN-411 (Fochon Pharmaceuticals), DZD9008 (Dizal Pharma), Tarloxotinib, PF-06804103 (Pfizer), BMS-690514 (CAS No. 859853-30-8), CDX-3379 (Celldex Therapeutics), BMS-599626 (CAS No. 714971-09-2), BDTX-189 (CAS No. 2414572-47-5), Epertinib (CAS No. 2071195-74-7), Canertinib, Sapitinib, CP-724714 (CAS No. 537705-08-1), AC480 (CAS No. 714971-09-2), AEE788 (CAS No. 497839-62-0) und/oder Poziotinib.
Geeignete HER2-Inhibitoren sind beispielsweise Trastuzumab, Pertuzumab, Afatinib, Lapatinib, Canertinib, Mubritinib, PF-06804103 (Pfizer), Pyrotinib, Dacomitinib, Tucatinib, Neratinib, Tarloxotinib, ARX788 (Ambrx Inc.), KN026 (Alphamab Oncology), DZD9008 (Dizal Pharma), TAS0728 (CAS No. 2088323-16-2), BMS-599626 (CAS No. 714971-09-2), Tesevatinib, Varlitinib, BMS-690514 (CAS No. 859853-30-8), FCN-411 (Fochon Pharmaceuticals), Inetetamab, Zanidatamab, BDTX-189 (CAS No. 2414572-47-5), Epertinib (CAS No. 2071195-74-7), Sapitinib, CP-724714 (CAS No. 537705-08-1), AC480 (CAS No. 714971-09-2), AEE788 (CAS No. 497839-62-0), BDC-1001 (Bolt Biotherapeutics), Poziotinib, HLX22 (Henlius), B002 (Shanghai Pharmaceuticals Holding Co., Ltd), NJH395 (Novartis), Cinrebafusp Alfa (PRS-343, Pieris Pharmaceuticals), GQ1001 (GeneQuantum Healthcare), BAY2701439, BAY2701438, Trastuzumab Deruxtecan, SBT6050 (Silverback Therapeutics), ZW49 (Zymeworks), MT-5111 (Molecular Templates), M802 (Wuhan YZY Biopharma Co.) und/oder AIP-303.
Geeignete EGFR-Inhibitoren sind beispielsweise Cetuximab, Afatinib, Erlotinib, Pelitinib, Gefitinib, Lapatinib, Neratinib, Lazertinib, Osimertinib, Nazartinib, Pyrotinib, Zorifertinib, Rociletinib, Icotinib, Almonertinib, Naquotinib, Alflutinib, Tesevatinib, Necitumumab, Dacomitinib, Mavelertinib, Tarloxotinib, Brigatinib, Vandetanib, Poziotinib, Mobocertinib, Varlitinib, Amivantamab, Matuzumab, Panitumumab, CLN-081 (CAS No. 1661854-97-2), PF-06804103 (Pfizer), GC1118 (Green Cross Corporation), Abivertinib, Larotinib, D-0316 (InventisBio, Betta Pharmaceuticals), SCT200 (Sinocelltech), CPGJ602 (Sunshine Guojian), DBPR112 (CAS No. 1226549-49-0), BMS-599626 (CAS No. 714971-09-2), Depatuxizumab-Mafodotin, TY-9591 (TYK Medicine), BPI-7711 (Beta Pharma), HLX07 (Henlius), PF-06459988 (CAS No. 1428774-45-1), BPI-15086 (Betta Pharmaceuticals), BMS-690514 (CAS No. 859853-30-8), RO5083945 (Roche), DZD9008 (Dizal Pharma) und Lifirafenib, ZN-e4 (KP-673), FCN-411 (Fochon Pharmaceuticals), Epertinib (CAS No. 2071195-74-7), Canertinib, Sapitinib, CP-724714 (CAS No. 537705-08-1), AC480 (CAS No. 714971-09-2) und/oder AEE788 (CAS No. 497839-62-0).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein CDK4-und-CDK6-Inhibitor. Die „Cyclin-abhängige Kinase 4“ (CDK4) und „Cyclin-abhängige Kinase 6“ (CDK6) sind durch die Gene CDK4 beziehungsweise CDK6 codiert. CDK4 und CDK6 sind Mitglieder der Serin/Threonin-Proteinkinase Familie. Im Sinne der Erfindung sind „CDK4-und-CDK6-Inhibitoren“ Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität der Cyclin-abhängigen Kinase 4 und/oder der Cyclin-abhängigen Kinase 6 inhibieren. Geeignete CDK4-und-CDK6-Inhibitoren sind beispielsweise Palbociclib, Ribociclib, Abemaciclib, Trilaciclib, CGP-082996 (CAS No. 359886-84-3), CGP-60474 (CAS No. 164658-13-3), Lerociclib, Dalpiciclib, Voruciclib, FCN-437 (Fochon Pharmaceuticals), CS3002 (CStone), Alvocidib, Auceliciclib, PF-06873600 (2185857-97-8), Roniciclib, HS-10342 (Jiangsu Hansoh Pharmaceutical), Riviciclib, AMG 925 (CAS No. 1401033-86-0), Birociclib, BPI-1178 (Betapharma), BPI-16350 (Bettapharma), BEBT-209 (Bibet), PF-06842874 (Pfizer) und MM-D37K (MetaMax) und/oder AT-7519 (CAS No. 844442-38-2).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein PARP-Inhibitor. „PARP“ bezeichnet die Familie der Poly(ADP-Ribose)-Polymerasen, welche beispielsweise durch die Gene PARP1 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase 1, PARP1), PARP2 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase 2, PARP2), PARP3 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 3), PARP4 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 4), TNKS (auch bekannt als Tankyrase oder PARP5A), TNKS2 (auch bekannt als Tankyrase 2 oder PARP5B), PARP6 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 6), TIPARP (TCDD-induzierbare Poly(ADP-Ribose)-Polymerase oder PARP7), PARP8 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 8), PARP9 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 9), PARP10 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 10), PARP11 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 11), PARP12 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 12), PARP14 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 14), PARP15 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied member 15) und PARP16 (auch bekannt als Poly(ADP-Ribose)-Polymerase Familienmitglied 16) codiert sind. „PARP-Inhibitoren“ sind erfindungsgemäß pharmazeutische Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von PARP-Polymerasen inhibieren. Bevorzugte PARP-Inhibitoren können PARP1 und/oder PARP2 inhibieren. Geeignete PARP-Inhibitoren sind beispielsweise Olaparib, Veliparib, Talazoparib, Rucaparib, Niraparib, Pamiparib, Fluzoparib, Iniparib, Amelparib, Venadaparib, Stenoparib, Senaparib, Simmiparib, AG-14361 (CAS No. 328543-09-5), AZD2461 (CAS No. 1174043-16-3), E7449 (CAS No. 1140964-99-3), E7016 (Eisai), RBN-2397 (CAS No. 2381037-82-5), CEP-9722 (CAS No. 916574-83-9), 3-Aminobenzamid, INO-1001 (CAS No. 3544-24-9), AZD5305 (CAS No. 2589531-76-8), JPI-547 (Jeil Pharmaceutical Co.), NMS-03305293 (NMS Group), SC10914 (Jiangxi Qingfeng Pharmaceutical Co. Ltd.) und/oder A-966492 (CAS No. 934162-61-5).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein SRC-Inhibitor. „SRC“ bezeichnet eine Familie von Nicht-Rezeptor-Kinasen mit neun Mitgliedern. Diese neun Mitglieder sind „SRC“ (SRC Protoonkogen, codiert durch das Gen SRC), YES1 (YES Protoonkogen 1, codiert durch das Gen YES1), FYN (FYN Protoonkogen, codiert durch das Gen FYN), FGR (FGR Protoonkogen, codiert durch das Gen FGR), LCK (LCK Protoonkogen, codiert durch das Gen LCK), HCK (HCK Protoonkogen, codiert durch das Gen HCK), BLK (BLK Protoonkogen, codiert durch das Gen BLK), LYN (LYN Protoonkogen, codiert durch das Gen LYN) und FRK („fynverwandte Src Familientyrosinkinase“, fyn related Src family tyrosine kinase, codiert durch das Gen FRK). Im Sinne der Erfindung sind „SRC-Inhibitoren“ pharmazeutische Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität mindestens einer Nicht-Rezeptor-Kinasen der SRC-Familie, beispielsweise SRC, inhibieren. Geeignete SRC-Inhibitoren sind z. B. Bosutinib, Dasatinib, Saracatinib, Ponatinib, Rivoceranib, WH-4-023 (CAS No. 837422-57-8), A-770041 (CAS No. 869748-10-7), eCF506 (CAS No. 1914078-41-3), DGY-06-116 (CAS No. 2556836-50-9), UM-164 (CAS No. 903564-48-7), 1-NM-PP1 (CAS No. 221244-14-0), Repotrectinib, XL228 (CAS No. 898280-07-4), Tirbanibulin (CAS No. 897016-82-9), PP121 (CAS No. 1092788-83-4), TPX-0046 (Turning Point Therapeutics, Inc.) und/oder Ibrutinib.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein NTRK-Inhibitor. „NTRK“ bezeichnet die Familie der „Neurotrophe Rezeptortyrosinkinasen“ („neurotrophic receptor tyrosine kinases“), auch bekannt als Tropomyosin-Rezeptorkinasen („tropomyosin receptor kinases“, TRKs), die durch die Mitglieder TRKA, TRKB und TRKC gebildet wird. TRKA, TRKB und TRKC werden durch die Gene NTRK1 (TRKA), NTRK2 (TRKB) bzw. NTRK3 (TRKC) codiert. Im Sinne der Erfindung sind „NTRK-Inhibitoren“ pharmazeutische Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität mindestens eines Mitglieds der NTRK-Familie inhibieren. Geeignete NTRK-Inhibitoren sind beispielsweise Larotrectinib, Entrectinib, Repotrectinib, Altiratinib, Taletrectinib, Selitrectinib, Belizatinib, PF-06273340 (CAS No. 1402438-74-7), CH7057288 (CAS No. 2095616-82-1), GNF-5837 (CAS No. 1033769-28-6), SP600125 (CAS No. 129-56-6), Danusertib, BMS-754807 (CAS No. 1001350-96-4), PBI-200 und PBI-100 (Pyramid Biosciences), GW441756 (CAS No. 504433-23-2), UNC2025 (CAS No. 1429881-91-3), BMS-935177 (CAS No. 1231889-53-4) und/oder Sitravatinib.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein VEGFR-Inhibitor. „VEGFR“ bezeichnet die Familie der Vaskulären Endothelialen Wachstumsfaktorrezeptoren (vascular endothelial growth factor receptors), welche durch die Mitglieder VEGFR1, VEGFR2 und VEGFR3 gebildet ist. VEGFR1 ist auch bekannt als FLT1 („fms related receptor tyrosine kinase 1“) und ist durch das Gen FLT1 codiert. VEGFR2 ist auch bekannt als KDR („kinase insert domain receptor“) und ist durch das Gen KDR codiert. VEGFR3 ist auch bekannt als FLT4 („fms related receptor tyrosine kinase 4“) und ist durch das Gen FLT4 codiert. „VEGFR-Inhibitoren“ sind pharmazeutische Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von einem oder mehreren VEGFR, beispielsweise KDR, inhibieren. Geeignete VEGFR-Inhibitoren sind beispielsweise, Axitinib, Sorafenib, Sitravatinib, Cediranib, Tivozanib, RAF265 (CAS No. 927880-90-8), BI 836880 (Boehringer Ingelheim), IBI305 (Innovent), Famitinib, Glesatinib, Sunitinib, Rivoceranib, Lenvatinib, Tesevatinib, Vandetanib, BMS-690514 (CAS No. 859853-30-8), Anlotinib, Brivanib, Vatalanib, Foretinib, Brivanib Alaninat, Apatinib, Ponatinib, Motesanib, Dovitinib, Nintedanib, Lucitanib, Telatinib, Surufatinib, Linifanib, Pazopanib, XL999 (CAS No. 705946-27-6), Cabozantinib, MGCD-265 (CAS No. 875337-44-3), Ki8751 (CAS No. 228559-41-9), Regorafenib, Golvatinib, Semaxanib, OSI-930 (CAS No. 728033-96-3), Ningetinib, Sulfatinib, Fruquintinib, BMS-794833 (CAS No. 1174046-72-0), Toceranib, ZM 323881 HCl (CAS No. 193000-39-4), Donafenib, Ki20227 (CAS No. 623142-96-1), SU14813 (CAS No. 627908-92-3), ODM-203 (CAS No. 1430723-35-5), Ramucirumab, Altiratinib, BFH772 (CAS No. 890128-81-1), BAW2881 (CAS No. 861875-60-7), SU5402 (CAS No. 215543-92-3), LY2874455 (CAS No. 1254473-64-7), AZD2932 (CAS No. 883986-34-3), SKLB1002 (CAS No. 1225451-84-2), Vorolanib, SKLB 610 (CAS No. 1125780-41-7), Erdafitinib, Bevacizumab, Sevacizumab, PDGFR inhibitor 1 (CAS No. 1225278-16-9), KSI-501 (Kodiak Sciences), HLX06 (Henlix), AK109 (Akeso), JY025 (Beijing Dongfang Biotech Co., Ltd.), Ranibizumab, Olinvacimab, LY09004, HB0025 (Huabo Biopharm Co., Ltd.), CEP-11981 (ESK981, CAS No. 856691-93-5), Chiauranib, Kanitinib, HB002.1T (Huabo Biopharm Co., Ltd.) und/oder Tanibirumab.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein PDGFR-Inhibitor „PDGFR“ sind Blutplättchen-abgeleitete Wachstumsfaktorrezeptoren (platelet-derived growth factor receptors). PDGFR sind Rezeptortyrosinkinasen, welche Blutplättchen-abgeleitete Wachstumsfaktoren (platelet-derived growth factor, PDGF) binden. Die PDGF binden an die PDGFR-Isoformen PDGFR-α und PDGFR-β. Nach Bindung des PDGF dimerisieren die beiden PDGFR-Isoformen und bilden so die möglichen Dimere PDGFR-αα, PDGFR-ββ und PDGFR-αβ. PDGFR-α ist durch das Gen PDGFRA codiert. PDGFR-β ist durch das Gen PDGFRB codiert. „PDGFR-Inhibitoren“ sind demzufolge pharmazeutische Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von PDGFR-α und/oder PDGFR-β inhibieren. Geeignete PDGFR-Inhibitoren sind beispielsweise Linifanib, Tivozanib, Imatinib, Axitinib, Masitinib, Amuvatinib, Crenolanib, Famitinib, Lucitanib, Nintedanib, Orantinib, Ponatinib, Cediranib, Sorafenib, Lenvatinib, Vatalanib, Sunitinib, Regorafenib, Telatinib, Pazopanib, Motesanib, OSI-930 (CAS No. 728033-96-3), Ki8751 (CAS No. 228559-41-9), XL999 (CAS No. 705946-27-6), Ki20227 (CAS No. 623142-96-1), SU14813 (CAS No. 627908-92-3), Toceranib, BAW2881 (CAS No. 861875-60-7), SU5402 (CAS No. 215543-92-3), AZD2932 (CAS No. 883986-34-3), Vorolanib, Erdafitinib, PDGFR inhibitor 1 (CAS No. 1225278-16-9), Foretinib, Avapritinib, CP-673451 (CAS No. 343787-29-1), Chiauranib und/oder Sitravatinib.
In bestimmten Ausführungsformen kann ein PDGFR-Inhibitor bzw. ein VEGFR-Inhibitor sowohl ein PDGFR-Inhibitor als auch ein VEGFR-Inhibitor sein, d. h. derselbe Hemmwirkstoff ist in der Lage, die Aktivität von PDGFR und VEGFR zu inhibieren. Geeignete pharmazeutische Hemmwirkstoffe, die in diesem Sinne PDGFR- und VEGFR-Inhibitoren sind, sind beispielsweise Sorafenib, Sunitinib, Midostaurin, Linifanib, Tivozanib, Axitinib, Pazopanib, Orantinib, Axitinib, Nintedanib, Lenvatinib, Ponatinib, Lucitanib, Regorafenib, Cediranib, Telatinib, Vatalanib, Motesanib, XL999 (CAS No. 705946-27-6), OSI-930 (CAS No. 728033-96-3), Ki8751 (CAS No. 228559-41-9), Sitravatinib, Ki20227 (CAS No. 623142-96-1), SU14813 (CAS No. 627908-92-3), BAW2881 (CAS No. 861875-60-7), Toceranib, SU5402 (CAS No. 215543-92-3), AZD2932 (CAS No. 883986-34-3), Vorolanib, Erdafitinib, PDGFR inhibitor 1 (CAS No. 1225278-16-9), Chiauranib und/oder Foretinib.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein FGFR-Inhibitor. „FGFR“ bezeichnet die Rezeptortyrosinkinase-Familie der Fibroblasten-Wachstumsfaktorrezeptoren (fibroblast growth factor receptors) und umfasst die Mitglieder FGFR1, FGFR2, FGFR3 und FGFR4. Der Fibroblasten-Wachstumsfaktorrezeptor 1 (fibroblast growth factor receptor 1, FGFR1) ist durch das Gen FGFR1 codiert. Der Fibroblasten-Wachstumsfaktorrezeptor 2 (fibroblast growth factor receptor 2, FGFR2) ist durch das Gen FGFR2 codiert. Der Fibroblasten-Wachstumsfaktorrezeptor 3 (fibroblast growth factor receptor 3, FGFR3) ist durch das Gen FGFR3 codiert. Der Fibroblasten-Wachstumsfaktorrezeptor 4 (fibroblast growth factor receptor 4, FGFR4) ist durch das Gen FGFR4 codiert. „FGFR-Inhibitoren“ sind demzufolge pharmazeutische Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von mindestens einem Mitglied der FGFR inhibieren. Geeignete FGFR-Inhibitoren sind beispielsweise Erdafitinib, Rogaratinib, Infigratinib, Anlotinib, Alofanib, Pemigatinib, ASP5878 (CAS No. 1453208-66-6), AZD4547 (CAS No. 1035270-39-3), Debio 1347 (CAS No. 1265229-25-1), Derazantinib, Fisogatinib, Futibatinib, PRN1371 (CAS No. 1802929-43-6), E7090 (CAS No. 1622204-21-0), CPL304110 (CAS No. 1627826-19-0), HMPL-453 (HutchMed), MAX-40279 (CAS No. 2070931-57-4), LY3076226 (Eli Lilly), Bemarituzumab, Vofatamab, Brivanib, Brivanib Alaninat, PD173074 (CAS No. 219580-11-7), Nintedanib, FP-1039 (Five Prime), Aprutumab Ixadotin, Aprutumab, Dovitinib, Lucitanib, Ponatinib, Danusertib, Masitinib, Orantinib, Surufatinib, XL228 (CAS No. 898280-07-4), XL999 (CAS No. 705946-27-6), Roblitinib, H3B-6527 (CAS No. 1702259-66-2), INCB062079 (Incyte), LY2874455 (CAS No. 1254473-64-7), S49076 (CAS No. 1265965-22-7), BMS-794833 (CAS No. 1174046-72-0), Golvatinib, Cediranib, Sulfatinib, ODM-203 (CAS No. 1430723-35-5), Ningetinib, SU5402 (CAS No. 215543-92-3) und/oder Altiratinib.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein PI3K-Inhibitor. „PI3K“ sind Phosphoinositid-3-Kinasen, die auch als Phosphatidylinositol-3-Kinasen bezeichnet werden. Die PI3K-Familie ist in vier unterschiedliche Klassen (Klasse I-IV) aufgeteilt. Klasse I PI3K katalysieren die Umwandlung von Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphaten zu Phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphaten. Klasse I PI3K sind heterodimere Moleküle, die aus einer regulatorischen und einer katalytischen Untereinheit bestehen. Klasse I PI3K sind weiter in die Subgruppen IA und IB unterteilt. Klasse IA PI3K sind gebildet aus einer p110 katalytischen Untereinheit und einer p85 regulatorischen Untereinheit. Die p110 katalytische Untereinheit wird wiederum gebildet aus den Proteinen p110-α, p110-β, p110-γ und/oder p110-δ, welche durch die Gene PIK3CA, PIK3CB, PIK3CG beziehungsweise PIK3CD codiert sind. „PI3K-Inhibioren“ sind erfindungsgemäß Inhibitoren, welche die katalytische Aktivität mindestens eines der Proteine p110-α, p110-β, p110-γ und/oder p110-δ inhibieren. Geeignete Inhibitoren von p110-α, p110-β, p110-γ und/oder p110-δ sind beispielsweise Copanlisib, Idelalisib, Duvelisib, Gedatolisib, Dactolisib, Capivasertib, Paxalisib, Alpelisib, Buparlisib, Inavolisib, Sapanisertib, Eganelisib, Torkinib, Bimiralisib, Voxtalisib, Omipalisib, Tenalisib, Linperlisib, Serabelisib, Leniolisib, Parsaclisib, Pilaralisib, Pictilisib, MEN1611 (CAS No. 1007207-67-1), WX-037 (UCB-1370037, Wilex), SF1126 (CAS No. 936487-67-1), BGT226 (NVP-BGT226) maleate (CAS No. 1245537-68-1), Fimepinostat, RG6114 (CAS No. 2060571-02-8), PF-05212384 (CAS No. 1197160-78-3), CYH33 (CAS Nro. 1494684-28-4), HS-10352 (Jiangsu Hansoh Pharmaceutical Co., Ltd.), HMPL-689 (HutchMed), ETP-46464 (CAS No. 1345675-02-6), GDC-0349 (CAS No. 1207360-89-1), OSI-027 (CAS No. 936890-98-1), Samotolisib, GSK1059615 (CAS No. 958852-01-2), PF-04691502 (CAS No. 1013101-36-4), Apitolisib, GNE-477 (CAS No. 1032754-81-6), PI-103 (CAS No. 371935-74-9), SF2523 (CAS No. 1174428-47-7), NU7441 (CAS No. 503468-95-9), HEC68498 (HEC Pharm), BGB-10188 (BeiGene), AZD8186 (CAS No. 1627494-13-6), GSK2636771 (CAS No. 1372540-25-4), TQ-B3525 (Chia Tai Tianqing Pharmaceutical Group Co., Ltd.), Umbralisib, Taselisib, TL117 (Suzhou Junde Biotechnology Co., Ltd), SHC014748M (Nanjing Sanhome Pharmaceutical, Co., Ltd.), CYH33 (CAS No. 1494684-28-4) und/oder ZX-101A (Hangzhou Zenshine Pharmaceuticals Co., Ltd.).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein PKB-Inhibitor. „PKB“ (Proteinkinasen B), auch bekannt als „AKT“, bezeichnet eine Familie von Serin/Threonin-Proteinkinasen. AKT wird durch PI3K aktiviert. Ein AKT-Inhibitor ist daher ein pharmazeutischer Hemmwirkstoff, welcher in der Lage ist, die Aktivität von PI3K zu inhibieren. Ein AKT-Inhibitor ist daher im Sinn der Erfindung auch ein PI3K-Inhibitor. Zu der Familie gehören die AKT-Isoformen PKBα (auch bekannt als AKT1), PKBβ (auch bekannt als AKT2) und PKBγ (auch bekannt als AKT3), welche durch die Gene AKT1, AKT2 beziehungsweise AKT3 codiert werden. So, wie der Begriff hier verwendet wird, sind „AKT-Inhibitoren“ demnach pharmazeutische Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von PKBα, PKBβ und/oder PKBγ inhibieren. In bestimmten Ausführungsformen kann ein AKT-Inhibitor die Kinaseaktivität der wildtypischen und/oder mutierten Variante von PKBα, PKBβ und/oder PKBγ inhibieren. Geeignete AKT-Inhibitoren sind beispielsweise Ipatasertib, Miransertib, Afuresertib, Capivasertib, Uprosertib, Borussertib, BAY1125976 (CAS No. 1402608-02-9), MK-2206 (CAS No. 1032350-13-2), TAS-117 (CAS No. 1402602-94-1), GSK690693 (CAS No. 937174-76-0), PF-04691502 (CAS No. 1013101-36-4), AT7867 (CAS No. 857531-00-1), A-674563 (CAS No. 552325-73-2), AT13148 (CAS No. 1056901-62-2), Alobresib, Deguelin, Triciribine (CAS No. 35943-35-2), TAS0612 (Taiho Oncology, Inc.), LY2780301 (Eli Lilly) und/oder M2698 (MSC2363318A, CAS No. 1379545-95-5).
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein mTOR-Inhibitor. Das „mechanistische Ziel von Rapamycin“ („mechanistic target of rapamycin“, „mTOR“) ist eine Kinase, die durch das Gen MTOR codiert ist. mTOR bildet den Kern von den zwei Protein-Komplexen mTOR-Komplex 1 (mTORC1) und mTOR-Komplex 2 (mTORC2). mTORC1 wird gebildet durch mTOR, „regulatorisch-assoziiertes Protein von mTOR“ („regulatoryassociated protein of mTOR“, RAPTOR, codiert durch das Gen RAPTOR), „tödlich in Säugetieren mit SEC13 Protein 8“ („mammalian lethal with SEC13 protein 8“, MLST8, codiert durch das Gen MLST8) und die nicht-Kernkomponenten PRAS40 (codiert durch das Gen AKT1S1) und DEPTOR (codiert durch das Gen DEPTOR). mTORC2 ist zusammengesetzt aus mTOR, „Rampamycin-insensitiver Begleiter von mTOR“ („rapamycin-insensitive companion of mTOR“, codiert durch das Gen RICTOR), MLST8 und dem „Stress-aktivierten Proteinkinase-interagierenden Protein 1“ („stress-activated protein kinase interacting protein 1“, SIN1, codiert durch das Gen MAPKAP1). Im Sinne der Erfindung sind „mTOR-Inhibitoren“ pharmazeutische Hemmwirkstoffe, welche die Aktivität von mTOR, mTORC1 und/oder mTORC2 inhibieren. Geeignete mTOR-Inhibitoren sind beispielsweise Temsirolimus, Dactolisib, Pictilisib, Vistusertib, Gedatolisib, Sapanisertib, Torkinib, PF-04691502 (CAS No. 1013101-36-4), AZD8055 (CAS No. 1009298-09-2), Ridaforolimus, RMC-5552 (Revolution Medicines), BGT226 (NVP-BGT226) maleate (CAS No. 1245537-68-1), Paxalisib, Omipalisib, Everolimus, PF-05212384 (CAS No. 1197160-78-3), Rapamycin, WYE-125132 (CAS No. 1144068-46-1), ABI-009 (Nab-Sirolimus), Voxtalisib, Zotarolimus, Torin 2 (CAS No. 1223001-51-1), Torin 1 (CAS No. 1222998-36-8), ETP-46464 (CAS No. 1345675-02-6), GDC-0349 (CAS No. 1207360-89-1), OSI-027 (CAS No. 936890-98-1), WYE-354 (CAS No. 1062169-56-5), WYE-687 (CAS No. 1062161-90-3), CZ415 (CAS No. 1429639-50-8), WAY-600 (CAS No. 1062159-35-6), XL388 (CAS No. 1251156-08-7), Samotolisib, GSK1059615 (CAS No. 958852-01-2), Bimiralisib, PP121 (CAS No. 1092788-83-4), Onatasertib, Apitolisib, GNE-477 (CAS No. 1032754-81-6), CC-115 (CAS No. 1228013-15-7), PI-103 (CAS No. 371935-74-9), SF2523 (CAS No. 1174428-47-7), NU7441 (CAS No. 503468-95-9), KU-0063794 (CAS No. 938440-64-3), Palomid 529 (P529, CAS No. 914913-88-5), RTB101 (resTORbio), HEC68498 (HEC Pharm) und/oder RMC-5552 (CAS No. 382768-62-7).
In bestimmten Ausführungsformen kann ein PI3K-Inhibitor bzw. ein mTOR-Inhibitor sowohl ein PI3K-Inhibitor als auch ein mTOR-Inhibitor sein, d. h. derselbe Hemmwirkstoff ist in der Lage, die Aktivität von PI3K und mTOR zu inhibieren. PI3K-und-mTOR-Inhibitoren sind demzufolge Hemmwirkstoffe, welche die katalytische Aktivität mindestens eines der Proteine ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus p110-α, p110-β, p110-γ und p110-δ und die Aktivität mindestens eines der Proteine ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus mTOR, mTORC1 oder mTORC2 inhibieren. Geeignete PI3K-und-mTOR-Inhibitoren sind beispielsweise Dactolisib, Pictilisib, Omipalisib, Buparlisib, Apitolisib, Gedatolisib, Bimiralisib, Paxalisib, Voxtalisib, Samotolisib, Sapanisertib, Torkinib, PF-04691502 (CAS No. 1013101-36-4), BGT226 (NVP-BGT226) maleate (CAS No. 1245537-68-1), GSK1059615 (CAS No. 958852-01-2), Voxtalisib, NVP-BGT226 (CAS No. 1245537-68-1), PKI-402 (CAS No. 1173204-81-3), VS-5584 (SB2343, CAS No. 1246560-33-7), GNE-477 (CAS No. 1032754-81-6), PF-05212384 (CAS No. 1197160-78-3), ETP-46464 (CAS No. 1345675-02-6), GDC-0349 (CAS No. 1207360-89-1), OSI-027 (CAS No. 936890-98-1), Samotolisib, GSK1059615 (CAS No. 958852-01-2), Apitolisib, GNE-477 (CAS No. 1032754-81-6), PI-103 (CAS No. 371935-74-9), SF2523 (CAS No. 1174428-47-7), NU7441 (CAS No. 503468-95-9) und/oder HEC68498 (HEC Pharm).
Es versteht sich, dass das erfindungsgemäße Verfahren auch beliebige Kombinationen der vorgenannten Ausführungsformen hinsichtlich der pharmazeutischen Hemmwirkstoffe umfassen kann.
In bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein Kinase-Inhibitor, insbesondere ein Tyrosinkinase-Inhibitor. In einigen Ausführungsformen kann der pharmazeutische Hemmwirkstoff verschiedene Tyrosinkinasen aus verschiedenen Familien inhibieren.
In weiteren bevorzugten Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein GTPase-Inhibitor.
In weiteren Ausführungsformen ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ein Transkriptionsfaktor-Inhibitor.
Vorzugsweise ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff bzw. Inhibitor eine niedermolekulare Verbindung oder ein, insbesondere monoklonaler, Antikörper.
Überraschenderweise hat sich gezeigt, dass das erfindungsgemäße Verfahren im Hinblick auf die Art der malignen Erkrankung nicht sonderlich beschränkt ist, sondern vielmehr eine zuverlässige Vorhersage der Ansprechwahrscheinlichkeit bei einer Vielzahl verschiedener maligner Erkrankungen ermöglicht. Diesbezüglich wird auch auf die nachfolgenden Ausführungsbeispiele verwiesen.
Die maligne Erkrankung kann insbesondere ein Melanom, ein Karzinom, ein Sarkom, ein Glioblastom, ein Lymphom und/oder eine Leukämie umfassen. Das Karzinom kann zum Beispiel ein Adenokarzinom, ein Plattenepithelkarzinom, ein kleinzelliges Karzinom, ein neuroendokrines Karzinom, ein Nierenzellkarzinom, ein Urothelkarzinom, ein hepatozelluläres Karzinom, ein Analkarzinom, ein Bronchialkarzinom, ein Endometriumkarzinom, ein cholangiozelluläres Karzinom, ein hepatozelluläres Karzinom, ein Hodenkarzinom, ein kolorektales Karzinom, ein Karzinom des Kopf- und Halsbereichs, ein Karzinom des Ösophagus, ein Magenkarzinom, ein Mammakarzinom, ein Nierenkarzinom, ein Ovarialkarzinom, ein Pankreaskarzinom, ein Prostatakarzinom, ein Schilddrüsenkarzinom und/oder ein Zervixkarzinom umfassen. Ein Sarkom kann beispielsweise ein Angiosarkom, ein Chondrosarkom, ein Ewing-Sarkom, ein Fibrosarkom, ein Kaposi-Sarkom, ein Liposarkom, ein Leiomyosarkom, ein malignes fibröses Histiozytom, ein neurogenes Sarkom, ein Osteosarkom oder ein Rhabdomyosarkom sein. Eine Leukämie kann beispielsweise eine akute myeloische Leukämie (AML), eine akute lymphatische Leukämie (ALL), eine chronische lymphatische Leukämie (CLL), oder eine chronische myeloische Leukämie (CML) sein. Ein Lymphom kann ein Hodgkin-Lymphom oder Non-Hodgkin-Lymphom sein. Ein Non-Hodgkin-Lymphom kann ein B-Zell-Lymphom oder ein T-Zell-Lymphom sein. Insbesondere handelt es sich bei der malignen Erkrankung um ein, gegebenenfalls metastasiertes, malignes Melanom oder Karzinom.
Das Gen PPP1R18 oder „Proteinphosphatase 1 regulierende Untereinheit 18“ ist auch bekannt unter den Synonymen HKMT1098 und KIAA1949. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PPP1R18 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (6:30675116-30688275). Besonders bevorzugt ist das mindestens eine CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion von PPP1R18 enthalten (6:30683976-30687272, SEQ ID NO:1). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PPP1R18 sind in Beispiel 1 beschrieben.
Das Gen RUNX1 oder „RUNX family transcription factor 1“ ist auch bekannt unter den Synonymen AML1, CBFA2, EVI-1, AMLCR1, PEBP2aB, CBF2alpha, AML1-EVI-1 und PEBP2alpha. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RUNX1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen, enthalten (21:34780187-36019819). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RUNX1 mindestens ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (21:35045377-35053986, SEQ ID NO:37). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von RUNX1 sind in Beispiel 1 beschrieben.
Das Gen PLEC oder „plectin“ ist auch bekannt unter den Synonymen EBS1, EBSMD, EBSND, EBSO, EBSOG, EBSPA, HD1, LGMD2Q, LGMDR17, PCN1, PLEC1b und PLTN. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PLEC sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (8:143910841-143983887). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PLEC zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (8:143934771-143952510, SEQ ID NO:90). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die Methylierungsanalyse von PLEC sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen LAMB3 oder „Laminin Untereinheit Beta 3, laminin subunit beta 3“ ist auch bekannt unter den Synonymen AI1A, BM600-125KDA, LAM5 und LAMNB1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LAMB3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:209607146-209659806). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LAMB3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:209641284-209659200, SEQ ID NO:24). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von LAMB3 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen TINAGL1 oder „tubulointerstitial nephritis antigen like 1“ ist auch bekannt unter den Synonymen ARG1, LCN7, LIECG3 und TINAGRP. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TINAGL1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:31565939-31592973). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TINAGL1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:31572254-31579748, SEQ ID NO:75). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TINAGL1 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen C19orf33 oder „chromosome 19 open reading frame 33“ ist auch bekannt unter den Synonymen „hepatocyte growth factor activator inhibitor type 2-related small protein“ und IMUP, H2RSP, IMUP-1 und IMUP-2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von C19orf33 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper, sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (19:38280165-38319236). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von C19orf33 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (19:38302227-38305800, SEQ ID NO:43). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die Methylierungsanalyse von C19orf33 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen IL18 oder „Interleukin 18“ ist auch bekannt unter den Synonymen IGIF, IL-18, IL-1g und IL1F4. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von IL18 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (11:112137936-112168855). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von IL18 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (11:112155341-112165931, SEQ ID NO:355). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von IL18 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen S100A2 oder „S100 Kalzium-bindendes Protein A2“ (englisch: S100 calcium binding protein A2) ist auch bekannt unter den Synonymen CAN19 und S100L. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von S100A2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:153557345-153575491). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von S100A2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:153563538-153569327, SEQ ID NO:356). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von S100A2 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen TOB1 oder „Transducer von ERBB2, 1“ (englisch: transducer of ERBB2, 1) ist auch bekannt unter den Synonymen APRO5, APRO6, PIG49, TOB, TROB und TROB1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TOB1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und der langen nicht-codierenden TOB1 Antisense RNA 1, codiert durch ENSG00000229980 enthalten (17:50861408-50915767). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TOB1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers der langen nicht-codierenden TOB1 Antisense RNA 1 (17:50890636-50896863, SEQ ID NO:357). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TOB1 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen TOR4A oder „Torsin Familie 4 Mitglied A“ (englisch: torsin family 4 member A) ist auch bekannt unter dem Synonym C9orf167. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TOR4A sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (9:137274720-137283779). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TOR4A zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (9:137276024-137280343, SEQ ID NO:358). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TOR4A sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen FBRSL1 codiert für „Fibrosin-ähnlich 1“ (englisch: fibrosin like 1). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von FBRSL1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (12:132483422-132589876). Besonders bevorzugt umfasst erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von FBRSL1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Genkörperregion (12:132514348-132533034, SEQ ID NO:359). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von FBRSL1 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen S100A10 oder „S100 Kalzium-bindendes Protein A10“ (englisch: S100 calcium binding protein A10) ist auch bekannt unter den Synonymen 42C, ANX2L, ANX2LG, CAL1L, CLP11, Ca[1], GP11, P11 und p10. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von S100A10 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:151979735-151998987). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von S100A10 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:151990418-151997244, SEQ ID NO:360). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von S100A10 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen LRRFIP2 oder „LRR bindendes FLII interagierendes Protein 2“ (englisch: LRR binding FLII interacting protein 2) ist auch bekannt unter dem Synonym HUFI-2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LRRFIP2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und dem Gen ENSG00000271993 (3:37049702-37191264) enthalten, welches für eine LRRFIP2-Antisense RNA codiert. Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LRRFIP2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion von LRRFIP2 und des für die LRRFIP2-Antisense RNA codierenden Gens ENSG00000271993 (3:37175758-37189914, SEQ ID NO:361). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von LRRFIP2 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen SPIDR oder „Gerüstprotein involviert in DNA-Reparatur“ (englisch: scaffold protein involved in DNA repair) ist auch bekannt unter dem Synonym KIAA0146. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SPIDR sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (8:47256649-47738528). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SPIDR zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (8:47349863-47359489, SEQ ID NO:362). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SPIDR sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen ASB1 oder „Ankyrin-Wiederholung und SOCS-Box enthaltend 1“ (englisch: ankyrin repeat and SOCS box containing 1) ist auch bekannt unter dem Synonym ASB-1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ASB1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (2:238422129-238457801). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ASB1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:238435501-238446259, SEQ ID NO:363). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ASB1 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen LAMA3 oder „Laminin Untereinheit Alpha 3, laminin subunit alpha 3“ ist auch bekannt unter den Synonymen E170, LOCS, BM600, und LAMNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LAMA3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (18:23675244-23970826). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LAMA3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (18:23865846-23880913, SEQ ID NO:17). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von LAMA3 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen ENSG00000229672 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000229672 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (10:3739910-3772752). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000229672 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Promotors (10:3761335-3766181, SEQ ID NO:364). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000229672 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen MYH16 oder „Myosin schwere Kette 16 Pseudogen, myosin heavy chain 16 pseudogene“ ist auch bekannt unter den Synonymen MYH5, MHC20 und MYH16P. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MYH16 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (7:99234452-99331846). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MYH16 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (7:99272482-99275507, SEQ ID NO:27). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MYH16 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen GRID1 oder „inonotroper Glutamatrezeptor δ-Typ Untereinheit 1, glutamate ionotropic receptor delta type subunit 1“ ist auch bekannt unter dem Synonym GluD1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von GRID1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und den GRID1-Antisense RNAs (beispielsweise ENSG00000270002) enthalten (10:85578586-86379598). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von GRID1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers von GRID1 und der Promotorregion der GRID1-Antisense RNA ENSG00000270002 (10:85637128-85653498, SEQ ID NO:28). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von GRID1 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen CHD2 oder „chromodomain helicase DNA binding protein 2“ ist auch bekannt unter dem Synonymen EEOC und DEE94. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CHD2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (15:92893529-93032259). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CHD2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (15:92897248-92927312, SEQ ID NO:30). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CHD2 sind in Beispiel 2 beschrieben.
Das Gen TAFAZZIN oder „tafazzin, phospholipid-lysophospholipid transacylase“ ist auch bekannt unter den Synonymen BTHS, CMD3A, EFE, EFE2, G4.5, LVNCX, TAZ und Taz1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TAFAZZIN sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (X:154406693-154423207). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TAFAZZIN zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (X:154408091-154411364, SEQ ID NO:62). Die Promotorregion von TAFAZZIN ist ebenfalls die Promotorregion des Gens DNASE1L1. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TAFAZZIN sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen GNG7 codiert für das Protein „G-Protein Untereinheit Gamma 1, G protein subunit gamma 7“. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von GNG7 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (19:2505778-2710194). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von GNG7 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der alternativen Promotorregion (19:2535289-2548878, SEQ ID NO:34). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die Methylierungsanalyse von GNG7 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ANXA11 oder „Annexin A11“ ist auch bekannt unter den Synonymen ALS23, ANX11, CAP-50 und CAP50. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ANXA11 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (10:80145436-80216216). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ANXA11 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (10:80197502-80212413, SEQ ID NO:366). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ANXA11 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ANXA2 oder „Annexin A2“ ist auch bekannt unter den Synonymen ANX2, ANX2L4, CAL1H, HEL-S-270, LIP2, LPC2, LPC2D, P36 und PAP-IV. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ANXA2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (15:60340237-60407620). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ANXA2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (15:60387415-60403797, SEQ ID NO:367). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ANXA2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen MAFG oder „MAF bZIP Transkriptionsfaktor G“ (englisch: MAF bZIP transcription factor G) ist auch bekannt unter dem Synonym hMAF. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MAFG sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (17:81915678-81931532). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MAFG zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (17:81919353-81927992, SEQ ID NO:368). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MAFG sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen PKP3 codiert für „Plakophilin 3“ (englisch: plakophilin 3). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PKP3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (11:387251-409900). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PKP3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (11:391907-396042, SEQ ID NO:369). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die Methylierungsanalyse von PKP3 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ABTB2 oder „Ankyrin-Wiederholung und BTB-Domäne enthaltend 2“ (englisch: ankyrin repeat and BTB domain containing 2) ist auch bekannt unter den Synonymen ABTB2A und BTBD22. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ABTB2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (11:34147635-34368643). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ABTB2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (11:34195474-34280454). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ABTB2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000287625 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000287625 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (2:84922387-84970135). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000287625 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:84938759-84955130, SEQ ID NO:372). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000287625 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ARL14 oder „ADP-Ribosylierungsfaktor ähnliche GTPase 14“ (englisch: ADP ribosylation factor like GTPase 14) ist auch bekannt unter dem Synonym ARF7. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ARL14 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:160670428-160686282). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ARL14 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:160675790-160679619, SEQ ID NO:373). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ARL14 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen BCAR3 oder „BCAR Adapterprotein, NSP-Familienmitglied“ (englisch: BCAR3 adaptor protein, NSP family member) ist auch bekannt unter den Synonymen AND-34, MIG7, NSP2 und SH2D3B. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von BCAR3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:93557549-93855963). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von BCAR3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (1:93694082-93712201, SEQ ID NO:374). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von BCAR3 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen BIK oder „BCL2 interagierender Killer“ (englisch: „BCL2 interacting killer“) ist auch bekannt unter den Synonymen BIP1, BP4 und NBK. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von BIK sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (22:43105101-43136810). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von BIK zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (22:43121022-43133479, SEQ ID NO:375). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von BIK sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen CCND3 codiert für „Cyclin D3“ (englisch: „cyclin D3“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CCND3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (6:41930373-42057212). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CCND3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (6:41957336-41972623, SEQ ID NO:376). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CCND3 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen CMIP oder „c-MAF induzierendes Protein“ (englisch: „c-Maf inducing protein“) ist auch bekannt unter dem Synonym TCMIP. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CMIP sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (16:81439687-81717715). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CMIP zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (16:81480995-81512636, SEQ ID NO:377) und/oder einem Teil des Genkörpers (16:81618351-81648447, SEQ ID NO:378). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CMIP sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ELK3 oder „ETS Transkriptionsfaktor ELK3“ (englisch: „ETS transcription factor ELK3“) ist auch bekannt unter den Synonymen ERP, NET, SAP-2 und SAP2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ELK3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (12:96190623-96274427). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ELK3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion und/oder des Genkörpers (12:96191446-96224107, SEQ ID NO:379).
Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ELK3 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen HRH1 oder „Histaminrezeptor H1“ (englisch: „histamine receptor H1“) ist auch bekannt unter den Synonymen H1-R, H1R, HH1R und hisH1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von HRH1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:11127806-11268802). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von HRH1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:11132402-11144858, SEQ ID NO:380). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von HRH1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen SAP30BP oder „SAP30 bindendes Protein“ (englisch: „SAP30 binding protein“) ist auch bekannt unter den Synonymen HCNGP, HTRG und HTRP. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SAP30BP sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (17:75665360-75709925). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SAP30BP zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Region des alternativen Promotors (17:75680008-75709106, SEQ ID NO:381). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SAP30BP sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen NOS1AP oder „Stickoxid-Synthase 1 Adaptorprotein“ (englisch: „nitric oxide synthase 1 adaptor protein“) ist auch bekannt unter den Synonymen 6330408P19Rik, CAPON und NPHS22. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von NOS1AP sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:162060444-162374712). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von NOS1AP zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (1:162126194-162145446, SEQ ID NO:382). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von NOS1AP sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen RALB codiert für das „RAS-ähnliches Protoonkogen B“ (englisch: „RAS like proto-oncogene B“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RALB sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (2:120234285-120299970). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RALB zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (2:120235984-120258633, SEQ ID NO:383). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von RALB sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen TGFBI oder „Transformierender Wachstumsfaktor Betainduziert“ (englisch: „transforming growth factor beta induced“) ist auch bekannt unter dem Synonym BIGH3, CDB1, CDG2, CDGG1, CSD, CSD1, CSD2, CSD3, EBMD und LCD1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TGFBI sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (5:136024636-136067670). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TGFBI zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (5:136026401-136036592, SEQ ID NO:384). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TGFBI sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000235726 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000235726 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (2:234799342-234922807). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000235726 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:234878128-234886995, SEQ ID NO:385). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000235726 sind in Beispiel 3 beschrieben ist.
Das Gen CAB39 oder „Kalzium-bindendes Protein 39“ (englisch: „calcium binding protein 39“) ist auch bekannt unter dem Synonym CGI-66 und MO25. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAB39 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (2:230706432-230823645). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAB39 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:230778214-230808224, SEQ ID NO:386). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CAB39 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen CIRBP oder „kalt induzierbares RNA-Bindeprotein“ (englisch: „cold inducible RNA binding protein“) ist auch bekannt unter dem Synonym CIRP. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CIRBP sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (19:1255182-1278398). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CIRBP zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (19:1259044-1271843, SEQ ID NO:387). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CIRBP sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen DIAPH1 oder „Diaphanes verwandtes Formin 1“ (englisch: „diaphanous related formin 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen DIA1, DRF1, DFNA1, LFHL1, SCBMS und hDIA1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von DIAPH1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (5:141509770-141628116). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von DIAPH1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (5:141598738-141612327, SEQ ID NO:388). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von DIAPH1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen FGD6 oder „FYVE, RhoGEF und PH-Domäne-enthaltend 6“ (englisch: „FYVE, RhoGEF and PH domain containing 6“) ist auch bekannt unter dem Synonym ZFYVE24. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von FGD6 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (12:95069744-95225462). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von FGD6 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (12:95196683-95213579, SEQ ID NO:389). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von FGD6 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen LMO7 oder „LIM-Domäne 7“ (englisch: „LIM domain 7“) ist auch bekannt unter den Synonymen FBX20, FBXO20, LMO7b und LOMP.
Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LMO7 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (13:75615473-75864623). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LMO7 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (13:75708404-75724258, SEQ ID NO:390). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von LMO7 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen MICAL2 oder „Mikrotubulus-assoziierte Monooxygenase, Calponin- und LIM-Domäne enthaltend 2“ (englisch: „microtubule associated monooxygenase, calponin and LIM domain containing 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen Ebitein1, MICAL-2, MICAL2PV1, MICAL2PV2 und MICALCL. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MICAL2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (11:12083488-12364914). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MICAL2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (11:12161131-12174720, SEQ ID NO:391). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MICAL2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen STMN1 oder „Stathmin 1“ (englisch: „stathmin 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen C1orf215, LAP18, Lag, OP18, PP17, PP19, PR22 und SMN. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von STMN1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:25881610-25911621). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von STMN1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der alternativen Promotorregion (1:25888471-25896397, SEQ ID NO:392). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von STMN1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen MNT oder „MAX Netzwerk transkriptioneller Repressor“ (englisch: „MAX network transcriptional repressor“) ist auch bekannt unter den Synonymen MAD6, MXD6, ROX, bHLHd3 und lncRNA-HAL. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MNT sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (17:2381980-2411009). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MNT zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (17:2389492-2411009, SEQ ID NO:393). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MNT sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen PC oder „Pyruvat-Carboxylase“ (englisch: „pyruvate carboxylase“) ist auch bekannt unter dem Synonym PCB. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PC sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (11:66845983-66969991). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PC zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (11:66887951-66895877, SEQ ID NO:394). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PC sind in Beispiel 3 beschrieben ist.
Das Gen PLEKHG5 oder „Pleckstrin-Homologie und RhoGEF-Domäne enthaltend G5“ (englisch: „pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G5“) ist auch bekannt unter den Synonymen CMTRIC, DSMA4, GEF720, Syx und Tech. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PLEKHG5 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:6465001-6526155). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PLEKHG5 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:6488283-6495077, SEQ ID NO:395). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PLEKHG5 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen PRORP oder „Protein-alleinige RNase P katalytische Untereinheit“ (englisch: „protein only RNase P catalytic subunit“) ist auch bekannt unter den Synonymen KIAA0391 und MRPP3. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PRORP sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (14:35116632-35281977). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PRORP zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (14:35153221-35165111, SEQ ID NO:396). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PRORP sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen RDX oder „Radixin“ (englisch: „radixin“) ist auch bekannt unter dem Synonym DFNB24. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RDX sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (11:109857101-110302174). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RDX zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (11:110191822-110205411, SEQ ID NO:397). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von RDX sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen SERP1 oder „Stress-assoziiertes Endoplasmatisches Retikulum Protein 1“ (englisch: „stress associated endoplasmic reticulum protein 1“) ist auch bekannt unter dem Synonym RAMP4. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SERP1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:150539978-150609060). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SERP1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:150596474-150607869, SEQ ID NO:398), welcher ebenfalls Teil der Promotorregion des Gens SELENOT darstellt. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SERP1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen SLCO3A1 oder „Löslicher organischer Anionen-Transporter Familienmitglied 3A1“ (englisch: „solute carrier organic anion transporter family member 3A1“) ist auch bekannt unter den Synonymen OATP-D, OATP-RP3, OATP3A1, OATPD, OATPRP3 und SLC21A11. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SLCO3A1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (15:91849057-92179181). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SLCO3A1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (15:92065431-92073357, SEQ ID NO:399). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SLCO3A1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen SUFU oder „SUFU negativer Regulator des Hedgehog-Signals“ (englisch: „SUFU negative regulator of hedgehog signaling“) ist auch bekannt unter den Synonymen JBTS32, PRO1280, SUFUH und SUFUXL. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SUFU sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (10:102498765-102636930). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SUFU zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (10:102592829-102609815, SEQ ID NO:400). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SUFU sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen TANGO6 oder „Transport und Golgi Organisation 6 Homolog“ (englisch: „transport and golgi organization 6 homolog“) ist auch bekannt unter dem Synonym TMCO7. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TANGO6 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (16:68839936-69088520). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TANGO6 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (16:69069900-69076694, SEQ ID NO:401). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TANGO6 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen EGFR oder „Epidermaler Wachstumsfaktorrezeptor“ (englisch: „epidermal growth factor receptor“) ist auch bekannt unter den Synonymen ERBB, ERBB1, ERRP, HER1, NISBD2, PIG61 und mENA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von EGFR sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (7:55011530-55218211). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von EGFR zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (7:55061106-55086109, SEQ ID NO:402). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von EGFR sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen PINX1 oder „PIN2 (TERF1) interagierender Telomeraseinhibitor 1“ (englisch: „PIN2 (TERF1) interacting telomerase inhibitor 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen Gno1, LPTL, LPTS und Pxr1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PINX1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (8:10758795-10845431). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PINX1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (8:10795951-10805576, SEQ ID NO:403). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PINX1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen SSBP2 oder „Einzelstrang DNA Bindeprotein 2“ (englisch: „single stranded DNA binding protein 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen HSPC116 und SOSS-B2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SSBP2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (5:81410404-81759780). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SSBP2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (5:81739698-81763435, SEQ ID NO:404) und/oder zumindest einen Teil oder mehrere Teile des Genkörpers (5:81412171-81427995, SEQ ID NO:405 und/oder 5:81615123-81643212, SEQ ID NO:406). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SSBP2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen TRERF1 oder „Transkriptioneller Regulierungsfaktor 1“ (englisch: „transcriptional regulating factor 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen BCAR2, HSA277276, RAPA, TREP132, TReP-132 und dJ139D8.5. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TRERF1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (6:42221228-42461884). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TRERF1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil oder mehreren Teilen des Genkörpers (6:42312265-42342490, SEQ ID NO:407, 6:42223347-42232133, SEQ ID NO:408 und/oder 6:42395546-42408432, SEQ ID NO:409). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TRERF1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen GPT2 oder „Glutamin-Pyruvat Transaminase 2“ (englisch: „glutamic-pyruvic transaminase 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen ALT2, GPT 2, MRT49 und NEDSPM. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von GPT2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen, enthalten (16:46845716-46939147). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von GPT2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (16:46853286-46881544, SEQ ID NO:410). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von GPT2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen HEG1 oder „Herzentwicklungsprotein mit EGF-ähnlicher Domäne 1“ (englisch: „heart development protein with EGF like domains 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen HEG, MST112 und MSTP112. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von HEG1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:124959217-125061707). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von HEG1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:125048750-125060074, SEQ ID NO:411). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von HEG1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000231740 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000231740 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (1:58837145-58858662). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000231740 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:58846707-58852314, SEQ ID NO:412). Die Promotorregion von ENSG00000231740 liegt im Genkörper von ENSG00000234807. ENSG00000234807 (1:58782061-58905503) ist ebenfalls ein bevorzugter Teil für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000231740. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000231740 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen PPMIH oder „Proteinphosphatase, Mg2+/Mn2+ abhängig 1H“ (englisch: „protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1H“) ist auch bekannt unter den Synonymen ARHCL1, NERPP-2C und URCC2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PPM1H sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (12:62639994-62942938).
Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PPM1H zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (12:62783039-62797194, SEQ ID NO:413). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PPM1H sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen PRDM10 oder „PR/SET-Domäne 10“ (englisch: „PR/SET domain 10“) ist auch bekannt unter den Synonymen PFM7 und TRIS. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PRDM10 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (11:129897664-130008082). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PRDM10 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (11:129955771-129968794, SEQ ID NO:414). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PRDM10 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen RAD18 oder „RAD18 E3 Ubiquitin-Proteinligase“ (englisch: „RAD18 E3 ubiquitin protein ligase“) ist auch bekannt unter dem Synonym RNF73. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RAD18 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:8773370-8969292). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RAD18 zumindest ein CpG-Dinukleotid einem Teil des Genkörpers (3:8866868-8875927, SEQ ID NO:415). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von RAD18 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000231185 codiert für die lange nicht-codierende SPRY4 antisense RNA 1 (SPRY4-AS1). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000231185 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (5:142321168-142681303). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000231185 zumindest ein CpG-Dinukleotid einem Teil des Genkörpers (5:142470158-142478084, SEQ ID NO:416). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000231185 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen SYNPO codiert für „Synaptopodin“ (englisch: „synaptopodin“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SYNPO sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (5:150596520-150661638). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SYNPO zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (5:150636723-150646915, SEQ ID NO:417). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SYNPO sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen TNFRSF10B oder „TNF-Rezeptorsuperfamilie Mitglied 10b“ (englisch: „TNF receptor superfamily member 10b“) ist auch bekannt unter den Synonymen CD262, DR5, KILLER, KILLER/DR5, TRAIL-R2, TRAILR2, TRICK2, TRICK2A, TRICK2B, TRICKB und ZTNFR9. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TNFRSF10B sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (8:23018023-23076910). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TNFRSF10B zumindest einen Teil der Promotorregion (8:23062823-23075280, SEQ ID NO:418). Weiterhin bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TNFRSF10B zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Region, welche die benachbarten und co-regulierten Gene der TNF-Rezeptorsuperfamilie TNFRSF10A, TNFRSF10C, TNFRSF10D enthält (8:23011161-23238227). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TNFRSF10B sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen TOM1L2 codiert für „Ziel von myb1-ähnlich 2 Membrantransportprotein“ (englisch: „target of myb1 like 2 membrane trafficking protein“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TOM1L2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (17:17842032-17976233). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TOM1L2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (17:17951951-17962142, SEQ ID NO:419). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TOM1L2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen TPRG1 oder „Tumorprotein p63-reguliert 1“ (englisch: „tumor protein p63 regulated 1“) ist auch bekannt unter dem Synonym FAM79B. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TPRG1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:188938804-189336311). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TPRG1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:188941701-188956988, SEQ ID NO:420). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TPRG1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen VRK2 codiert für die „VRK Serin/Threonin-Kinase 2“ (englisch: „VRK serine/threonine kinase 2“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von VRK2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (2:57903066-58164107). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von VRK2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:58103868-58114626, SEQ ID NO:421). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von VRK2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000249149 codiert für ein Mitglied der „Hoch-Mobilität Nukleosomen-bindende Domäne-enthaltend Proteinfamilie“ (englisch: „high mobility group nucleosome-binding domaincontaining protein family“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000249149 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (5:73359733-73420441). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000249149 zumindest ein CpG-Dinukleotid einem Teil der Promotorregion (5:73366895-73375762, SEQ ID NO:422). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000249149 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen NCOR2 oder „Nuklear-Rezeptor Co-Repressor 2“ (englisch: „nuclear receptor corepressor 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen CTG26, N-CoR2, SMAP270, SMRT, SMRTE, SMRTE-tau, TNRC14, TRAG, TRAC-1 und TRAC1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von NCOR2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (12:124319987-124607641). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von NCOR2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (12:124589305-124596665, SEQ ID NO:423). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von NCOR2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000258077 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258077 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (12:75558548-75990334). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258077 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (12:75946679-75957592, SEQ ID NO:424). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258077 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen NINJ2 codiert für „Ninjurin 2“ (englisch: „ninjurin 2“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von NINJ2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (12:562510-669531). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von NINJ2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (12:564035-574700, SEQ ID NO:425). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von NINJ2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000257746 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000257746 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (12:92994918-93221418). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000257746 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (12:93081904-93099457, SEQ ID NO:426). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000257746 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen B3GNTL1 oder „UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-Acetylglucosaminyltransferase-ähnlich 1“ (englisch: „UDP-GlcNAc:betaGal beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase like 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen 3-Gn-T8, B3GNT8, BGnT-8, beta-1, beta3Gn-T8 und beta3GnTL1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von B3GNTL1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (17:82936878-83062018). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von B3GNTL1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (17:83044334-83052973, SEQ ID NO:427). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von B3GNTL1 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen DCP2 oder „mRNA Entkappung 2“ (englisch: „decapping mRNA 2“) ist auch bekannt unter dem Synonym NUDT20. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von DCP2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (5:112968673-113029827). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von DCP2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (5:113014888-113027911, SEQ ID NO:428). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von DCP2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000242759 codiert für die lange intergenische nicht-Protein-codierende RNA 882 (englisch: „long intergenic non-protein coding RNA 882“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000242759 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:106444967-107254139). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000242759 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (3:106722279-106735868, SEQ ID NO:429). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000242759 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Locus Chromosom 3 zytogenetische Bande p23 (Locus Chr.3p23) ist im Sinne der Erfindung ein Bereich auf Chromosom 3 innerhalb der zytogenetischen Bande p23, in dem bisher keine Gene identifiziert wurden. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse sind in dem Bereich 3:31073969-31083028 (SEQ ID NO:430) enthalten. Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von Locus Chr.3p23 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Region 3:31075281-31078856. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von Locus Chr.3p23 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen OGDH oder „Oxoglutarat-Dehydrogenase“ (englisch: „oxoglutarate dehydrogenase“) ist auch bekannt unter den Synonymen AKGDH, E1k, KGD1, OGDC und OGDH2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von OGDH sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (7:44603525-44717340). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von OGDH zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (7:44632469-44643793, SEQ ID NO:431). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von OGDH sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen PDZRN3 oder „PDZ Domäne-enthaltend Ringfinger 3“ (englisch: „PDZ domain containing ring finger 3“) ist auch bekannt unter den Synonymen LNX3, SEMACAP3 und SEMCAP3. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PDZRN3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:73379855-73630137). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PDZRN3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (3:73541303-73554892, SEQ ID NO:432). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PDZRN3 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen PLXNB2 oder „Plexin B2“ (englisch: „plex-in B2“) ist auch bekannt unter den Synonymen MM1, Nbla00445, PLEXB2 und dJ402G11.3. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PLXNB2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (22:50273726-50311664). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PLXNB2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (22:50280218-50284352, SEQ ID NO:433). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PLXNB2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000228793 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000228793 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (6:3577234-3725591). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000228793 zumindest ein CpG-Dinukleotid einem Teil des Genkörpers (6:3582962-3604478, SEQ ID NO:434). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000228793 in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen C6orf132 oder „Chromosom 6 offener Leserahmen 132“ (englisch: „chromosome 6 open reading frame 132“) ist auch bekannt unter dem Synonym bA7K24.2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von C6orf132 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (6:42086629-42109278). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von C6orf132 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und der nachgelagerten Sequenz (6:42095755-42105946, SEQ ID NO:435). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von C6orf132 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000254561 codiert für eine lange nicht-codierende RNA, welche eine Antisense RNA zu PVRL1 ist. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000254561 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (11:119606540-119662598). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000254561 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (11:119611136-119621327, SEQ ID NO:436). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000254561 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ENSG00000233321 codiert für die lange intergenische nicht-Protein-codierende RNA 2669, welche auch bekannt ist unter dem Synonym LNC02669. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000233321 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (10:3429520-3509927). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000233321 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (10:3462995-3475451, SEQ ID NO:437). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000233321 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen SPATA12 oder „Spermatogenese-assoziiert 12“ (englisch: „spermatogenesis associated 12“) ist auch bekannt unter dem Synonym SRG5. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SPATA12 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:57055791-57079006). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SPATA12 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:57057839-57062934, SEQ ID NO:438). Die Promotorregion von SPATA12 überlappt mit dem Gen ARHGEF3. Weiterhin bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SPATA12 daher auch zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des ARHGEF3 Gens, dessen vor- und/oder nachgelagerten Sequenzen (3:56716823-57086585). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SPATA12 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ERBB2 oder „erb-b2 receptor tyrosine kinase 2“ ist auch bekannt unter den Synonymen NEU, NGL, HER2, TKR1, CD340, HER-2, MLN 19 und HER-2/neu. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ERBB2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (17:39681935-39734595). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ERBB2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (17:39698513-39701727, SEQ ID NO:51). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ERBB2 sind in Beispiel 3 beschrieben.
Das Gen ZBTB38 oder „Zinkfinger und BTB-Domäne enthaltend 38“ (englisch: „zinc finger and BTB domain containing 38“) ist auch bekannt unter den Synonymen CIBZ, PPP1R171 und ZNF921. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:141316185-141457181). Bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:141364416-141371142, SEQ ID NO:441). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der zentralen Promotorregion (3:141367808-141368887). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen MAFK oder „MAF bZIP Transkriptionsfaktor K“ (englisch: „MAF bZIP transcription factor K“) ist auch bekannt unter den Synonymen NFE2U und P18. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MAFK sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (7:1528821-1546374). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MAFK zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (7:1529262-1540502, SEQ ID NO:439). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MAFK sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen NEDD4L oder „NEDD4-ähnliche E3 Ubiquitin-Proteinligase“ (englisch: „NFDD4 like E3 ubiquitin protein ligase“) ist auch bekannt unter den Synonymen NEDD4-2, NEDD4.2, PVNH7, RSP5 und hNEDD4-2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von NEDD4L sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (18:58035172-58410596). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von NEDD4L zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Region des alternativen Promotors (18:58215872-58228329, SEQ ID NO:440). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von NEDD4L sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen DIP2C oder „Disco-interagierendes Protein 2 Homolog C“ (englisch: „disco interacting protein 2 homolog C“) ist auch bekannt unter dem Synonym KIAA0934. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von DIP2C sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (10:267772-695857). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von DIP2C zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion und/oder des Genkörpers (10:682143-695166, SEQ ID NO:442 und/oder 10:319301-330625, SEQ ID NO:443). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die Methylierungsanalyse von DIP2C sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen CAPN2 oder „Calpain 2“ (englisch: „calpain 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen CANP2, CANPL2, CANPml und mCANP. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAPN2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:223690715-223778847). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAPN2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Region von zwei Promotoren (1:223695643-223717861, SEQ ID NO:445) und/oder zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (1:223768582-223775521, SEQ ID NO:444). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CAPN2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen IER3 oder „sofortige frühe Antwort 3“ (englisch: „immediate early response 3“) ist auch bekannt unter den Synonymen DIF-2, DIF2, GLY96, IEX-1, IEX-1L, IEX1 und PRG1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von IER3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (6:30738181-30760830). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von IER3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (6:30740330-30758622, SEQ ID NO:446). Die Promotorregion von IER3 überlappt mit der codierenden Sequenz der langen nicht-codierenden RNA ENSG00000228022 (HLA-Komplex Gruppe 20; englisch „HLA complex group 20“). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von IER3 daher auch zumindest ein CpG-Dinukleotid in einer Region des Gens ENSG00000228022, dessen vor- und/oder nachgelagerte Sequenzbereichen (6:30739218-30796409). Die Promotorregion von IER3 überlappt ebenfalls mit dem Gen FLOT1. Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von IER3 daher auch zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Gens FLOT1, dessen vor- und/oder nachgelagerten Sequenzbereichen (6:30724525-30753969). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von IER3 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen TM4SF19 oder „Transmembran 4 L Sechs Familienmitglied 19“ (englisch: „transmembrane 4 L six family member 19“) ist auch bekannt unter dem Synonym OCTM4. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TM4SF19 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:196313253-196343829). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TM4SF19 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:196334860-196346137, SEQ ID NO:447). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TM4SF19 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen RPTOR oder „regulierend assoziiertes Protein des MTOR Komplex 1“ (englisch: „regulatory associated protein of MTOR complex 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen KOG1 und Mip1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RPTOR sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (17:80530563-80971671). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RPTOR zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (17:80779489-80810457, SEQ ID NO:448, 17:80844268-80875012, SEQ ID NO:449 und/oder 17:80875012-80904251, SEQ ID NO:450). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von RPTOR sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen S100A16 oder „S100 Kalzium-bindendes Protein A16“ (englisch: „S100 calcium binding protein A16“) ist auch bekannt unter den Synonymen AAG13, DT1P1A7 und S100F. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von S100A16 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:153602503-153621188). Bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von S100A16 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:153606408-153613450, SEQ ID NO:451). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von S100A16 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der zentralen Promotorregion (1:153608184-153610335). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von S100A16 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen BCL9L oder „BCL9-ähnlich“ (englisch: „BCL9 like“) ist auch bekannt unter den Synonymen B9L, BCL9-2 und DLNB11. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von BCL9L sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (11:118890163-118935462). Bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von BCL9L zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (11:118907364-118932161, SEQ ID NO:452). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von BCL9L zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der zentralen Promotorregion (11:118909735-118912492). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von BCL9L sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen KCNMA1 oder „Kalium Kalzium-aktivierter Kanal Unterfamilie M Alpha 1“ (englisch: „potassium calcium-activated channel subfamily M alpha 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen BKTM, CADEDS, IEG16, KCa1.1, LIWAS, MaxiK, PNKD3, SAKCA, SLO, SLO-ALPHA, SLO1, bA205K10.1, hS1o und mSLO1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von KCNMA1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen, enthalten (10:76859079-77651263). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von KCNMA1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (10:76863515-77655134). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von KCNMA1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen GALE oder „UDP-Galaktose-4-Epimerase“ (englisch: „UDPgalactose-4-epimerase“) ist auch bekannt unter dem Synonym SDR1E1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von GALE sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:23794724-23802450). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von GALE zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:23797154-23802299), insbesondere zumindest einen Teil der zentralen Promotorregion (1:23798440-23801012, SEQ ID NO:455). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von GALE sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen PCID2 oder „PCI-Domäne-enthaltend 2“ (englisch: „PCI domain containing 2“) ist auch bekannt unter dem Synonym F10. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PCID2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (13:113174967-113212905). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PCID2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der alternativen Promotorregion und/oder des angrenzenden Genkörpers (13:113183171-113191810, SEQ ID NO:456). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PCID2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SH3TC1 codiert für „SH3-Domäne und Tetratricopeptid Wiederholungen 1“ (englisch: „SH3 domain and tetratricopeptide repeats 1“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SH3TC1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (4:8178307-8244558). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SH3TC1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (4:8186081-8195074, SEQ ID NO:457). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SH3TC1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SSH1 oder „Katapult-Proteinphosphatase 1“ (englisch: „slingshot protein phosphatase 1“) ist auch bekannt unter dem Synonym SSH1L. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SSH1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:108772030-108865460).
Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SSH1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der alternativen Promotorregion und/oder des angrenzenden Genkörpers (12:108818418-108837010, SEQ ID NO:458). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SSH1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen AVPI1 oder „Arginin-Vasopressin-induziert 1“ (englisch: „arginine vasopressin induced 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen PP5395, VIP32 und VIT32. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von AVPI1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (10:97670645-97697257). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von AVPI1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (10:97680054-97694209, SEQ ID NO:459). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von AVPI1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen MAP3K14 oder „Mitogen-aktivierte Proteinkinase Kinase Kinase 14“ (englisch: „mltogen-activated protein kinase kinase kinase 14“) ist auch bekannt unter den Synonymen FTDCR1B, HS, HSNIK und NIK. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MAP3K14 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (17:45260858-45323711). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MAP3K14 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (17:45280967-45306566, SEQ ID NO:460), insbesondere zumindest einem Teil der zentralen Promotorregion (17:45289527-45298809). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MAP3K14 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen MIR23AHG ist auch genannt „miR-23a/27a/24-2 Cluster Host-Gen“ (englisch: „miR-23a/27a/24-2 cluster host gene“). Das Gen umfasst auch die Gene, die für die miRNAs microRNA 24-2 (ENSG00000284387), microRNA 27a (ENSG00000207808) und microRNA 23a (ENSG00000207980) codieren, welche sich im Sequenzbereich 19:13835240-13837738 befinden. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MIR23AHG sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (19:13821147-13857386). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MIR23AHG zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (19:13833062-13847218, SEQ ID NO:461) von MIR23AHG. Weiterhin bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MIR23AHG zumindest ein CpG-Dinukleotid einem Teil der Transkript-codierenden Bereiche, der vor- und nachgelagerten Sequenzen und/oder der Promotoren der miRNAs microRNA 24-2, microRNA 27a und/oder microRNA 23a (19:13835240-13837738). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MIR23AHG sind Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen EPHA2 oder „EPH-Rezeptor A2“ (englisch: „EPH receptor A2“) ist auch bekannt unter den Synonymen ARCC2, CTPA, CTPP1, CTRCT6 und ECK. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von EPHA2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:16118861-16159630). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von EPHA2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:16140758-16159964, SEQ ID NO:462). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von EPHA2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENSG00000233785 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000233785 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (X:23772172-23787075). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000233785 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (X:23779234-23784341, SEQ ID NO:463). Der Promotor von ENSG00000233785 überlappt mit dem Promotor des Gens SAT1. Bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000233785 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion von SAT1 (X:23777825-23789716). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000233785 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ACVR1 oder „Aktivin A Rezeptor Typ 1“ (englisch: „activin A receptor type 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen ACTRIA, ACVRLK2, ALK2, FOP, SKR1, TSRI und ACVR1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ACVR1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (2:157729592-157882479). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ACVR1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:157826504-157840100, SEQ ID NO:464) und/oder einen alternativen Promotor (2:157834936-157844561). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ACVR1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENSG00000282849 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000282849 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:200470700-200499012). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000282849 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:200479260-200488319, SEQ ID NO:465). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000282849 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen COX7A2L oder „Zytochrom C Oxidase Untereinheit 7A2-ähnlich“ (englisch: „cytochrome c oxidase subunit 7A2 like“) ist auch bekannt unter den Synonymen COX7AR, COX7RP, EB1, SCAF1, SCAFI und SIG81. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von COX7A2L sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (2:42325400-42431854). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von COX7A2L zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:42414934-42428523, SEQ ID NO:466). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von COX7A2L sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENSG00000234476 codiert für die lange intergenische nicht-Protein-codierende RNA 2765 (englisch: „long intergenic non-protein coding RNA 2765“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000234476 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:225437436-225469711). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000234476 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder der dem Gen nachgelagerten Sequenz (1:225440616-225452506, SEQ ID NO:467). Die dem Gen ENSG00000234476 nachgelagerte Sequenz umfasst beispielsweise auch den Promotor des Gens LBR. Weiterhin bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000234476 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Promotors des Gens LBR (1:225421581-225447061). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000234476 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen LRRC2 codiert für „Leucin-reiche Wiederholung-enthaltend 2“ (englisch: „leucine rich repeat containing 2“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LRRC2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:46511046-46584091). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LRRC2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder der dem Gen nachgelagerten Sequenz (3:46514226-46522718, SEQ ID NO:468). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von LRRC2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen PLXNB1 oder „Plexin B1“ (englisch: „plexin B1“) ist auch bekannt unter den Synonymen PLEXIN-B1, PLXN5 und SEP. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PLXNB1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:48398058-48434297). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PLXNB1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder der dem Gen nachgelagerten Sequenz (3:48398407-48408032, SEQ ID NO:469). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PLXNB1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen PPTC7 oder „Proteinphosphatase zielend auf COQ7“ (englisch: „protein phosphatase targeting COQ7“) ist auch bekannt unter den Synonymen TA-PP2C und TAPP2C. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse von PPTC7 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:110530192-110590779). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PPTC7 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (12:110572968-110586617, SEQ ID NO:470). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PPTC7 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen RB1CC1 oder „RB1 inducible coiled-coil 1“ (englisch) ist auch bekannt unter den Synonymen ATG17, CC1, FIP200 und PPP1R131. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RB1CC1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (8:52617519-52751719). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RB1CC1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (8:52691480-52698840, SEQ ID NO:471). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von RB1CC1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SLC2A1 oder „Löslicher Transporter Familie 2 Mitglied 1“ (englisch: „solute carrier family 2 member 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen CSE, DYT17, DYT18, DYT9, EIG12, GLUT, GLUT-1, GLUT1, GLUT1DS, HTLVR, PED und SDCHCN. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SLC2A1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:42921303-42963771). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SLC2A1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (1:42938229-42947715, SEQ ID NO:472). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SLC2A1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SLC39A11 oder „Löslicher Transporter Familie 39 Mitglied 11“ (englisch: „solute carrier family 39 member 11“) ist auch bekannt unter den Synonymen C17orf26, ZIP-11 und ZIP11. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SLC39A11 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (17:72643200-73100730). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SLC39A11 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (17:72714613-72720275, SEQ ID NO:473). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SLC39A11 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen TBC1D14 codiert für „TBC1-Domäne Familienmitglied 14“ (englisch: „TBC1 domain family member 14“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TBC1D14 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (4:6904581-7037649). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TBC1D14 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (4:6940038-6945133, SEQ ID NO:474).
Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TBC1D14 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen TIMP2 oder „TIMP Metalloprotease-Inhibitor 2“ (englisch: „TIMP metallopeptidase inhibitor 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen CSC-21K und DDC8. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TIMP2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (17:78850969-78930243). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TIMP2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (17:78860378-78864341, SEQ ID NO:475). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TIMP2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENSG00000276527 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000276527 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (13:44673141-44730897). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000276527 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einen Teil der Promotorregion (13:44706332-44721620, SEQ ID NO:476). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000276527 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen CFAP20DC oder „CFAP20-Domäne-enthaltend“ (englisch: „CFAP20 domain containing“) ist auch bekannt unter dem Synonym C3orf67. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CFAP20DC sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:58701609-59060611). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CFAP20DC zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (3:58994710-59004335, SEQ ID NO:477). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CFAP20DC sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen PHLDA1 oder „Pleckstrin Homologie-ähnlich Domäne Familie A Mitglied 1“ (englisch: „pleckstrin homology like domain family A member 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen DT1P1B11, PHRIP und TDAG51. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PHLDA1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:76018034-76036153). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PHLDA1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder der dem Gen nachgelagerten Sequenz (12:76020299-76028225, SEQ ID NO:478). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PHLDA1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen TESC oder „Tescalcin“ (englisch: „tescalcin“) ist auch bekannt unter den Synonymen CHP3+ TSC. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TESC sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:117036475-117104990). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TESC zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (12:117040788-117045883, SEQ ID NO:479). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TESC sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen LIMA1 oder „LIM-Domäne und Aktin-bindend 1“ (englisch: „LIM domain and actin binding 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen EPLIN, LDLCQ8 und SREBP3. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LIMA1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:50173475-50288989). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von LIMA1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der alternativen Promotorregion und/oder des Genkörpers (12:50240641-50255929, SEQ ID NO:480). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von LIMA1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ASPSCR1 oder „ASPSCR1 tether for SLC2A4, UBX domain containing“ (englisch) ist auch bekannt unter den Synonymen ASPCR1, ASPL, ASPS, RCC17, TUG, UBXD9 und UBXN9. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ASPSCR1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (17:81972463-82021726). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ASPSCR1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der alternativen Promotorregion und/oder des Genkörpers (17:81996878-82011599, SEQ ID NO:481). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ASPSCR1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen CAMK1D oder „Kalzium/Kalmodulin-anhängige Proteinkinase ID“ (englisch: „calcium/calmodulin dependent protein kinase ID“) ist auch bekannt unter den Synonymen CKLiK, CaM-K1 und CaMKID. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAMKID sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (10:12342542-12846504). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAMK1D zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (10:12441419-12456706, SEQ ID NO:482). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CAMK1D sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen CAMK2D oder „Kalzium/Kalmodulin-anhängige Proteinkinase II delta“ (englisch: „calcium/calmodulin dependent protein kinase II delta“) ist auch bekannt unter dem Synonym CAMKD. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAMK2D sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (4:113443497-113771922). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAMK2D zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (4:113463882-113476338, SEQ ID NO:483). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CAMK2D sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen CFAP57 oder „Wimpern und Geißel-assoziiertes Protein 57“ (englisch: „cilia and flagella associated protein 57“) ist auch bekannt unter den Synonymen VWS2 und WDR65. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CFAP57 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:43168905-43262902). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CFAP57 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (1:43199549-43214270, SEQ ID NO:484). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CFAP57 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen CHCHD6 oder „coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 6“ (englisch) ist auch bekannt unter den Synonymen CHCM1, MICOS25, Mic25 und PPP1R23. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CHCHD6 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:126691799-126968129). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CHCHD6 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (3:126904209-126920063, SEQ ID NO:485). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CHCHD6 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen DRAP1 oder „DR1-assziiertes Protein 1“ (englisch: „DR1 associated protein 1“) ist auch bekannt unter dem Synonym NC2-alpha. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von DRAP1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (11:65905972-65931452). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von DRAP1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (11:65909705-65922504, SEQ ID NO:486). Die Promotorregion von DRAP1 überlappt mit dem Genkörper und den vor- und nachgelagerten Sequenzen des Gens C11orf68 (auch bekannt unter den Synonymen BLES03 und P5326). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von DRAP1 sind daher beispielsweise auch in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen von C11orf68 (11:65915129-65921081) enthalten. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von DRAP1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENC1 oder „Ektodermal-neural Kortex 1“ (englisch: „ectodermal-neural cortex 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen CCL28, ENC-1, KLHL35, KLHL37, NRPB, PIG10 und TP53I10. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENC1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (5:74624641-74648422). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENC1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (5:74636598-74645657, SEQ ID NO:487). Die Promotorregion von ENC1 überlappt mit dem Genkörper und dem Promotor des Gens HEXB (auch bekannt unter den Synonymen ENC-1AS, HEL-248 und HEL-S-111). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENC1 sind daher beispielsweise auch in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den Promotoren von HEXB (5:74636532-74728830) enthalten. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENC1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ARHGAP32 oder „Rho GTPase-aktivierendes Protein 32“ (englisch: „Rho GTPase activating protein 32“) ist auch bekannt unter den Synonymen GC-GAP, GRIT, PX-RICS, RICS, p200RhoGAP und p250GAP. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ARHGAP32 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (11:128954478-129289132). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ARHGAP32 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (11:129131715-129160026, SEQ ID NO:488). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ARHGAP32 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ABL2 oder „ABL Protoonkogen 2, Nichtrezeptor-Tyrosinkinase“ (englisch: „ABL proto-oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase“) ist auch bekannt unter den Synonymen ABLL und ARG. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ABL2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:179096875-179238075). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ABL2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der alternativen Promotorregion und/oder des Genkörpers (1:179132347-179152810, SEQ ID NO:489). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ABL2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENSG00000250754 codiert die lange intergenische nicht-Protein-codierende RNA 2436 (englisch: „long intergenic non-protein coding RNA 243“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000250754 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (4:185047564-185119477). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000250754 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (4:185105388-185115579, SEQ ID NO:490). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000250754 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Locus Chromosom 1 zytogenetische Bande q42.3 (Locus Chr.1q42.3) ist im Sinne der Erfindung ein Bereich auf Chromosom 1, innerhalb der zytogenetischen Bande q42.3, in dem bisher keine Gene identifiziert wurden. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse des Locus Chr.1q42.3 sind in dem Bereich 1:235005582-235018381 (SEQ ID NO:491) enthalten. Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von Locus Chr.1q42.3 zumindest ein CpG-Dinukleotid Teil der Region 1:234990630-235048809. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von Locus Chr.1q42.3 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen MYO16 oder „Myosin XVI“ (englisch: „myosin XVI“) ist auch bekannt unter den Synonymen MYAP3, MYR8, Myo16b, NYAP3 und PPP1R107. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MYO16 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (13:108587425-109218794). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MYO16 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (13:108955554-108964613, SEQ ID NO:492). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MYO16 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen MYOF oder „Myoferlin“ (englisch: „myoferlin“) ist auch bekannt unter den Synonymen FER1L3 und HAE7. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MYOF sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (10:93297681-93487941). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MYOF zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (10:93430533-93443556, SEQ ID NO:493). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MYOF sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen PTPRK oder „Protein-Tyrosin-Phosphatase-Rezeptor Typ K“ (englisch: „protein tyrosine phosphatase receptor type K“) ist auch bekannt unter dem Synonym R-PTP-kappa. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PTPRK sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (6:127963171-128535084). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PTPRK zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (6:128505772-128525024, SEQ ID NO:494). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PTPRK sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen RBKS oder „Ribokinase“ (englisch: „ribokinase“) ist auch bekannt unter den Synonymen RBSK und RK. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RBKS sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (2:27777732-27896077). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RBKS zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:27795917-27806109, SEQ ID NO:495). Der Genlocus von RBSK überlappt mit dem Genlocus von MRPL33. Vorzugsweise umfasst die DNA-Methylierungsanalyse von RBKS zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Gens MRPL33, dessen vor- bzw. nachgelagerten regulatorischen Elementen und/oder Sequenzen (2:27766058-27895728). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von RBKS sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SH3RF2 oder „SH3-Domäne-enthaltender Ringfinger 2“ (englisch: „SH3 domain containing ring finger 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen HEPP1, POSHER, PPP1R39 und RNF158. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SH3RF2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (5:145932920-146086373). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SH3RF2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (5:145943178-145954502, SEQ ID NO:496). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SH3RF2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SILC1 oder „sciatic injury induced lincRNA upregulator of SOX11“ (englisch) ist auch bekannt unter dem Synonym LINC01105. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SILC1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (2:5928211-6010316). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SILC1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:5965649-5976973, SEQ ID NO:497). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SILC1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SP1 ocodiert für „Sp1 Transkriptionsfaktor von SOX11“ (englisch: „Sp1 transcription factor“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SP1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:53375735-53421600). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SP1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (12:53376933-53389389, SEQ ID NO:498). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SP1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SPAG6 oder „Sperma-assoziiertes Antigen 6“ (englisch: „sperm associated antigen 6“) ist auch bekannt unter den Synonymen CFAP194, CT141, FAP194, Repro-SA-1 und pf16. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SPAG6 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (10:22334820-22456564). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SPAG6 zumindest ein CpG-Dinukleotid einem Teil des Genkörpers (10:22423788-22437377, SEQ ID NO:499). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SPAG6 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SRGAP1 oder „SLIT-ROBO Rho GTPase-aktivierendes Protein 1“ (englisch: „SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 1“) ist auch bekannt unter den Synonymen ARHGAP13 und NMTC2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SRGAP1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:63840361-64168219). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SRGAP1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (12:64081933-64096088, SEQ ID NO:500). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SRGAP1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen SYTL3 oder „Synaptotagmin-ähnlich 3“ (englisch: „synaptotagmin like 3“) ist auch bekannt unter dem Synonym SLP3. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SYTL3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (6:158648904-158767816). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SYTL3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (6:158715789-158725980, SEQ ID NO:501). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SYTL3 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen TMEM248 oder „Transmembranprotein 248“ (englisch: „transmembrane protein 248“) ist auch bekannt unter dem Synonym C7orf42. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TMEM248 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (7:66917852-66964283). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TMEM248 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (7:66948778-66956138, SEQ ID NO:503). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TMEM248 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen UTP25 oder „UTP25 kleine Untereinheit Prozessorkomponente“ (englisch: „UTP25 small subunit processor component“) ist auch bekannt unter den Synonymen C1orf107, DEF, DIEXF und DJ434014.5. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von UTP25 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:209825659-209861332). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von UTP25 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (1:209833653-209842712, SEQ ID NO:504). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von UTP25 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen WDFY3 oder „WD-Wiederholung und FYVE-Domäne-enthaltend 3“ (englisch: „WD repeat and FYVE domain containing 3“) ist auch bekannt unter den Synonymen ALFY, BCHS, MCPH18 und ZFYVE25. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von WDFY3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (4:84663857-84972463). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von WDFY3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (4:84688272-84697331, SEQ ID NO:505). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von WDFY3 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen WIPF2 oder „WAS/WASL-interagierendes Protein Familienmitglied 2“ (englisch: „WAS/WASL interacting protein family member 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen WICH und WIRE. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von WIPF2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (17:40215423-40289035). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von WIPF2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder der nachgelagerten Sequenz (17:40280324-40285420, SEQ ID NO:506). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von WIPF2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen WSB2 oder „WD-Wiederholung- und SOCS-Box-enthaltend 2“ (englisch: „WD repeat and SOCS box containing 2“) ist auch bekannt unter dem Synonym SBA2. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von WSB2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:118031129-118069633). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNAMethylierungsanalyse von WSB2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder der Region des alternativen Promotors (12:118050165-118055260, SEQ ID NO:507). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von WSB2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ZCCHC14 oder „Zinkfinger CCHC-Typ-enthaltend 14“ (englisch: „zinc finger CCHC-type containing 14“) ist auch bekannt unter den Synonymen BDG-29 und BDG29. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ZCCHC14 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (16:87404598-87498029). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ZCCHC14 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (16:87454494-87461288, SEQ ID NO:508). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ZCCHC14 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ZSWIM1 oder „Zinkfinger SWIM-Typ-enthaltend 1“ (englisch: „zinc finger SWIM-type containing 1“) ist auch bekannt unter dem Synonym C20orf162. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ZSWIM1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (20:45879834-45885948). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ZSWIM1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder der nachgelagerten Sequenz (20:45882837-45886936, SEQ ID NO:509). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ZSWIM1 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENSG00000226380 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000226380 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (7:130847110-130935786). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000226380 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder eines alternativen Promotors (7:130897587-130915321, SEQ ID NO:510). ENSG00000226380 überlappt mit den Genen ENSG00000285106 und ENSG00000233559, welche für lange nicht-codierende RNAs codieren. Bevorzugte weitere CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000226380 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen von ENSG00000285106 und/oder ENSG00000233559 enthalten (7:130785211-131117033). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000226380 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENTPD6 oder „Ektonukleosidtriphosphat-Diphosphohydrolase 6“ (englisch: „ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 6“) ist auch bekannt unter den Synonymen CD39L2, IL-6SAG, IL6ST2, NTPDase-6 und dJ738P15.3. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENTPD6 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (20:25189304-25235735). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENTPD6 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers und/oder der nachgelagerten Sequenz (20:25218815-25232404, SEQ ID NO:511). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENTPD6 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENSG00000285517 codiert für die lange intergenische nicht-Protein-codierende RNA 941. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000285517 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:30786572-30885665). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000285517 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (12:30789185-30803341, SEQ ID NO:512). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000285517 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen CAPRIN2 oder „Caprin Familienmitglied 2“ (englisch: „caprin family member 2“) ist auch bekannt unter den Synonymen C1QDC1, EEG-1, EEG1 und RNG140. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAPRIN2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (12:30706091-30760450). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CAPRIN2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (12:30721446-30731637, SEQ ID NO:513). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CAPRIN2 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen MTPN oder „Myotrophin“ (englisch: „myotrophin“) ist auch bekannt unter den Synonymen GCDP und V-1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MTPN sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (7:135921876-135988693). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MTPN zumindest ein CpG-Dinukleotid Teil des Genkörpers und/oder der nachgelagerten Sequenz (7:135916072-135931079, SEQ ID NO:514). MTPN überlappt mit dem Gen ENSG00000224746, das für eine lange nicht-codierende Antisense-RNA von MTPN codiert. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MTPN sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- bzw. nachgelagerten regulatorischen Elementen und/oder Sequenzen von ENSG00000224746 enthalten (7:135766091-135940495). Weitere Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von MTPN sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ADAM17 oder „ADAM Metallopeptidase-Domäne 17“ (englisch: „ADAM metallopeptidase domain 17“) ist auch bekannt unter den Synonymen ADAM18, CD156B, CSVP, NISBD, NISBD1 und TACE. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ADAM17 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (2:9483620-9576484). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ADAM17 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (2:9549370-9573152, SEQ ID NO:515). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ADAM17 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ATG14 oder „Autophagie-verwandt 14“ (englisch: „autophagy related 14“) ist auch bekannt unter den Synonymen ATG14L, BARKOR und KIAA0831. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ATG14 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (14:55360269-55419158). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ATG14 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (14:55394876-55407333, SEQ ID NO:516). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ATG14 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ENSG00000258583 codiert für die lange intergenische nicht-Protein-codierende RNA 1500 (LINC01500). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258583 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (14:58696512-58787111). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258583 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (14:58725174-58743859, SEQ ID NO:517). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258583 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen ITGB5 codiert für „Integrin-Untereinheit Beta 5“ (englisch: „integrin subunit beta 5“). Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ITGB5 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:124755559-124906181). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ITGB5 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:124873906-124896555, SEQ ID NO:518). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ITGB5 sind in Beispiel 4 beschrieben.
Das Gen VGLL4 oder „vestigial like family member 4“ ist auch bekannt unter dem Synonym VGL-4. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:11551262-11777762). Bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Region des alternativen Promotors und/oder Genkörpers (3:11565768-11571995, SEQ ID NO:519). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der zentralen Region des alternativen Promotors (3:11568540-11569011). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen CDCP1 oder „CUB domain containing protein 1“ ist auch bekannt unter den Synonymen CD318, SIMA135 und TRASK. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CDCP1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (3:45074059-45158995). Bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CDCP1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:45124238-45151983, SEQ ID NO:520). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CDCP1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorflankenregion (3:45131323-45141462). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CDCP1 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen RASA3 oder „RAS p21 protein activator 3“ ist auch bekannt unter den Synonymen GAP1IP4BP und GAPIII. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RASA3 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (13:113975248-114140593). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von RASA3 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (13:114105649-114128377, SEQ ID NO:521) und/oder zumindest einem Teil des Genkörpers (13:114062455-114066811, SEQ ID NO:522). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von RASA3 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen PTTG1IP oder „PTTG1 interacting protein“ ist auch bekannt unter den Synonymen C21orf1, C21orf3 und PBF. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PTTG1IP sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (21:44846942-44879217). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von PTTG1IP zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (21:44865977-44876735, SEQ ID NO:523). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von PTTG1IP sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen ASAP2 oder „ArfGAP with SH3 domain, ankyrin repeat and PH domain 2“ ist auch bekannt unter den Synonymen AMAP2, CENTB3, DDEF2, PAG3, PAP, Pap-alpha und SHAG1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ASAP2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (2:9189545-9412647). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ASAP2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (2:9230183-9241659, SEQ ID NO:524 und 2:9275684-9297427, SEQ ID NO:525). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ASAP2 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen ENSG00000242282 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000242282 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (2:3530801-3538728). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000242282 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (2:3534728-3537892, SEQ ID NO:526). Das Gen ENSG00000242282 überlappt mit dem bisher nicht näher beschriebenen Proteincodierenden Gen ENSG00000286905. Bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000242282 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil von ENSG00000286905 und/oder dessen vor- bzw. nachgelagerten Sequenzen (2:3528688-3564361). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000242282 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Locus Chromosom 3 zytogenetische Bande q29 (Locus Chr.3q29) ist im Sinne der Erfindung ein Bereich auf Chromosom 3, innerhalb der zytogenetischen Bande q29, in dem bisher keine Gene identifiziert wurden. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse sind in dem Bereich 3:193846105-193957656 enthalten. Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von Locus Chr.3p23 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Region 3:193868829-193871078 (SEQ ID NO:527). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von Locus Chr.3q29 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen TMCO4 codiert für „transmembrane and coiled-coil domains 4“. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TMCO4 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:19682086-19805528). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TMCO4 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (1:19760862-19771053, SEQ ID NO:528). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von TMCO4 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen UBXN11 oder „UBX domain protein 11“ ist auch bekannt unter den Synonymen COA-1, PP2243, SOC, SOCI und UBXD5. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von UBXN11 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:26279900-26322368). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von UBXN11 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (1:26283080-26291573, SEQ ID NO:529). Vorzugsweise umfasst die DNA-Methylierungsanalyse von UBXN11 auch zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des SH3BGRL3 Gens (1:26279900-26282767), da dessen nachgelagerte Sequenzen mit UBXN11 überlappen. Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von UBXN11 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen MAP3K5 oder „mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5“ ist auch bekannt unter den Synonymen ASK1, MAPKKK5 und MEKK5. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MAP3K5 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (6:136554489-136801939). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von MAP3K5 zumindest ein CpG-Dinukleotid einem Teil des Genkörpers (6:136586548-136600703, SEQ ID NO:530). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die Methylierungsanalyse von MAP3K5 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen ASTN2 oder „astrotactin 2“ ist auch bekannt unter dem Synonym bA67K19.1. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ASTN2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (9:117345773-117430710). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ASTN2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (9:117366574-117385825, SEQ ID NO:531). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ASTN2 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen ENSG00000258082 codiert für eine lange nicht-codierende RNA. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258082 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen und Sequenzen enthalten (1:234975256-234989412). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258082 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (1:234979046-234982307, SEQ ID NO:532). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von ENSG00000258082 sind in Beispiel 5 beschrieben.
Das Gen SYNJ2 oder „Synaptojanin 2“ ist auch bekannt unter dem Synonym INPP5H. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SYNJ2 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (6:157977609-158103316). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von SYNJ2 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil des Genkörpers (6:158054401-158064027, SEQ ID NO:351). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von SYNJ2 sind in Beispiel 6 beschrieben.
Das Gen WWTR1 oder „WW-Domäne enthaltender Transkriptionsregulator 1“ (englisch: WW domain containing transcription regulator 1) ist auch bekannt unter dem Synonym TAZ. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von WWTR1 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, im Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (3:149513215-149741413). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von WWTR1 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotorregion (3:149654894-149660454, SEQ ID NO:365). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von WWTR1 sind in Beispiel 6 beschrieben.
Das Gen CLDN4 oder „Claudin 4“ ist auch bekannt unter den Synonymen CPE-R, CPER, CPETR, CPETR1, WBSCR8 und hCPE-R. Bevorzugte CpG-Dinukleotide für die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CLDN4 sind beispielsweise in den Transkript-codierenden Bereichen, dem Genkörper sowie den vor- und nachgelagerten regulatorischen Elementen enthalten (7:73791741-73838739). Besonders bevorzugt umfasst die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von CLDN4 zumindest ein CpG-Dinukleotid in einem Teil der Promotor- und Genkörperregion (7:73826348-73836540, SEQ ID NO:354). Weitere bevorzugte CpG-Dinukleotide für die DNA-Methylierungsanalyse von CLDN4 sind in Beispiel 7 beschrieben.
Die DNA-Methylierungsanalyse kann im Grunde genommen mit allen gängigen Methoden durchgeführt werden, die dem Durchschnittsfachmann zu diesem Zweck aus der einschlägigen Literatur bekannt sind.
Ein geeignetes Verfahren umfasst beispielsweise die folgenden Schritte: A) Bereitstellen von DNA der Zellen der malignen Erkrankung; B) Umwandeln zumindest eines Teils der in der DNA aus A) enthaltenen Cytosine in Uracil oder eine andere Base mit einem von Cytosin unterscheidbaren Basenpaarungsverhalten und/oder Molekulargewicht; C) Untersuchung der aus Schritt B) erhaltenen DNA, nachfolgend auch als „umgewandelte DNA“ bezeichnet, auf eine DNA-Methylierung des entsprechenden Gens bzw. des Teils davon, insbesondere mindestens eines in dem Teil enthaltenen CpG-Dinukleotids.
Die Umwandlung der DNA in Schritt B) kann im Prinzip mit allen im Stand der Technik für diesen Zweck bekannten und geeigneten Methoden erfolgen. Typischerweise handelt es sich um eine chemische oder enzymatische Umwandlung, beispielsweise durch kontaktieren der DNA mit Bisulfit, z. B. Natriumbisulfit oder Ammoniumbisulfit.
Die Untersuchung der DNA auf eine DNA-Methylierung des entsprechenden Gens bzw. des Teils davon kann z. B. mithilfe der Real-Time PCR (qPCR), eines Methylierungs-Arrays oder mithilfe von DNA-Sequenzierung erfolgen.
In einer bevorzugten Variante wird zunächst eine Polymerasekettenreaktion (PCR) mit Oligonukleotiden, sogenannten Primern, durchgeführt, welche dazu ausgelegt sind, einen Abschnitt der umgewandelten DNA zu amplifizieren, welcher mindestens ein CpG-Dinukleotid enthält, von dem die DNA-Methylierungsanalyse durchgeführt werden soll. Es ist möglich, dass die für die DNA-Methylierungsanalyse bestimmten CpG-Dinukleotide zwischen den Primern liegen und daher die Primer den umgewandelten Genabschnitt unabhängig vom Methylierungszustand des mindestens einen CpG-Dinukleotids amplifizieren. Anschließend erfolgt vorzugsweise eine Sequenzierung zumindest eines Teils des Amplifikats, zum Beispiel eine Sanger-Sequenzierung, Pyrosequenzierung, massenspektrometrische Sequenzierung oder eine Sequenzierung der zweiten oder dritten Generation, welche auch als „Massive Parallel Sequencing“, „Next Generation Sequencing“ (NGS) oder als Nanoporensequenzierung bezeichnet werden. Es ist auch möglich, im Anschluss an die PCR eine Hybridisierung mit methylierungsspezifischen Oligonukleotiden (Sonden) durchzuführen, beispielsweise in Form eines DNA-Microarrays.
Vorzugsweise werden die Primer auch derart ausgelegt, dass sie mit einer Multiplex-PCR kompatibel sind, in der eine Vielzahl von Primerpaaren zur gleichzeitigen Amplifikation einer Vielzahl von verschiedenen zu untersuchenden Bereichen der umgewandelten DNA eingesetzt werden. Anschließend erfolgt die Untersuchung der Vielzahl von PCR-Amplifikaten beispielsweise mittels Next Generation Sequencing.
Die DNA-Methylierungsanalyse kann auch durch quantitative Echtzeit-PCR (quantitative real-time PCR, qPCR) durchgeführt werden. Beispielsweise kann die qPCR mit mindestens einer Sonde durchgeführt werden, welche spezifisch entweder den methylierten oder den unmethylierten Zustand des mindestens einen CpG-Dinukleotids bindet. Die DNA-Methylierung kann auch durch modifizierte PCR-basierte Verfahren, wie beispielsweise ARMES (Amplification Refractory Mutation System) oder MSP (methylierungsspezifische PCR) bestimmt werden. Bei der MSP befindet sich das mindestens eine zu untersuchende CpG-Dinukleotid innerhalb der Primerbindestelle und es werden Primer verwendet, die derart ausgelegt sind, dass sie entweder nur den methylierten oder den unmethylierten Zustand des CpG-Dinukleotids binden. Es ist möglich, ARMES und MSP als quantitative Echtzeit-PCR durchzuführen. Zweckdienliche Laborhandbücher für diese Techniken und Methoden stehen dem Fachmann ohne Weiteres zur Verfügung, beispielsweise „Molecular Cloning, A Laboratory Manual“ von M. R. Green und J. Sambrook, 4th Edition, 2012, Cold Spring Harbor Laboratory Press; „Next-Generation Sequencing: Current Technologies and Applications“ von Jianping Xu, 2014, Caister Academic Press; „Next-Generation DNA Sequencing Informatics“ von Stuart M. Brown, 2nd Edition, 2015, Cold Spring Harbor Laboratory Press.
In einer weiteren bevorzugten Ausgestaltung erfolgt die DNA-Methylierungsanalyse über eine multiplexierte, ligationsabhängige Sondenamplifikation (MLPA). Die für die MLPA verwendeten Sonden werden dazu in einer Weise ausgelegt, dass sie an den zu bestimmenden CpG-Dinukleotiden binden und beispielsweise bei Vorliegen einer Methylierung eines CpG-Dinukleotids ligiert werden. Im Anschluss können die ligierten Sonden zum Beispiel mithilfe einer PCR amplifiziert und gegebenenfalls sequenziert werden.
In wiederum anderen bevorzugten Varianten kann eine PCR entfallen, beispielsweise bei einer Analyse mittels der BeadChip-Technologie, wie sie beispielsweise bei der Infinium Plattform (Illumina, Inc., CA, USA) Anwendung findet. Es ist auch möglich, die DNA-Methylierungsanalyse der umgewandelten DNA mittels „Whole Genome Shotgun Bisulfite Sequencing“ (WGSBS) oder einer direkten Nanoporensequenzierung durchzuführen. Bei der WGSBS wird die DNA fragmentiert, anschließend werden Adapter an die DNA Fragmente ligiert. Über die Adapter ist im Anschluss eine Amplifikation und Sequenzierung möglich. Es ist auch möglich bei der WGSBS den Schritt der Fragmentierung wegzulassen, da die DNA zum Beispiel durch die Umwandlung durch Bisulfit-Behandlung bereits fragmentiert vorliegen kann. Protokolle für die Durchführung einer WGSBS sind dem Fachmann einschlägig bekannt. Bei der Nanoporensequenzierung wird ein DNA Molekül durch eine Pore geschleust. Die Nukleotide lösen bei der Passage ein messbares elektrisches Signal aus, welches charakteristisch für die in der Nanopore befindlichen Nukleotide ist und diesen so zugeordnet werden kann. In einer anderen bevorzugten Variante kann vor der PCR Amplifikation eine Hybridisierung mit spezifischen Oligonukleotiden (Sonden) erfolgen, die im Falle des Bindens ligiert werden und anschließend mittels PCR amplifiziert werden. Geeignete Methoden und Protokolle, wie zum Beispiel eine „multiplex ligation dependent probe amplification“ (MLPA) sind dem Fachmann bekannt. In einer anderen bevorzugten Variante wird die Mutationsanalyse mittels quantitativer Echtzeit-PCR durchgeführt.
Es ist auch möglich, die DNA-Methylierungsanalyse ohne eine Umwandlung der DNA durchzuführen. Ein geeignetes Verfahren umfasst beispielsweise die folgenden Schritte: A) Bereitstellen von DNA der Zellen der malignen Erkrankung; B) Durchführen einer Spaltungs- oder Präzipitationsreaktion mit der DNA aus A) in Abhängigkeit von der Methylierung des zu untersuchenden CpG-Dinukleotids; C) Untersuchung der aus Schritt B) erhaltenen DNA auf gespaltene DNA oder präzipitierte DNA bezeichnet. Die Spaltung der DNA in Abhängigkeit von der Methylierung des CpG-Dinukleotids kann beispielsweise mittels methylierungsspezifischer Restriktionsenzyme durchgeführt werden. Die Präzipitation der DNA in Abhängigkeit von der Methylierung des CpG-Dinukleotids kann beispielsweise mittels methylierungsspezifisch DNA-bindenden Proteinen durchgeführt werden.
Die DNA der Zellen der malignen Erkrankung kann aus verschiedenen Quellen stammen, beispielsweise aus operativ oder bioptisch entnommenem Gewebe, Spülflüssigkeit, Feinnadelaspirat oder Sputum. Die DNA kann auch aus Blut, Blutserum oder Blutplasma stammen, beispielsweise in Form von frei zirkulierender DNA, exosomaler DNA oder in Form von frei zirkulierenden Zellen der malignen Erkrankung. Die DNA kann auch aus weiteren Körperflüssigkeiten wie z. B. Lymphflüssigkeit, Urin, Pleuraergüssen oder Aszites stammen sowie aus nichtkonservierten Zellen oder Geweben. Mit besonderem Vorteil lässt sich das erfindungsgemäße Verfahren auch auf fixierte Zellen, Gewebe und Körperflüssigkeiten anwenden, wobei die Fixierung beispielsweise durch präzipitierende Fixative wie z. B. Ethanol und andere Alkohole oder durch quervernetzende Fixative wie z. B. Formaldehyd erfolgt sein kann. Insbesondere kann es sich auch um Formalin-fixiertes und Paraffin-gebettetes Gewebe (FFPET) handeln. Die DNA kann auch aus beliebigen Kombinationen dieser Quellen stammen. In bevorzugten Ausführungsformen umfasst die DNA frei zirkulierender DNA, DNA aus Exosomen und/oder DNA aus frei zirkulierenden Zellen der malignen Erkrankung aus einer Körperflüssigkeit.
Es versteht sich, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse auch mehrere CpG-Dinukleotide des jeweiligen Gens umfassen kann. Ein Ansprechen auf die Behandlung ist dementsprechend wahrscheinlich, wenn diese CpG-Dinukleotide jeweils bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung keine Methylierung aufweisen, also unmethyliert sind. Eine Ausnahme hiervon bildet das Gen CLDN4, das ein wahrscheinliches Ansprechen anzeigt, wenn diese CpG-Dinukleotide jeweils bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert sind. Dem Fachmann ist jedoch bekannt, dass die CpG-Dinukleotide eines bestimmten Gens in einer Zelle in der Regel komethyliert vorliegen, d. h. entweder im Wesentlichen alle methyliert oder alle unmethyliert sind. Daher ist der Methylierungszustand eines CpG-Dinukleotids eines erfindungsgemäßen Gens grundsätzlich repräsentativ für den Methylierungszustand weiterer in dem Gen enthaltender CpG-Dinukleotide, sodass die DNA-Methylierungsanalyse eines CpG-Dinukleotid eines erfindungsgemäßen Gens für eine zuverlässige Vorhersage der Ansprüche Wahrscheinlichkeit ausreichend und zweckmäßig ist.
Im Sinne der vorliegenden Erfindung bedeutet „ein überwiegender Teil“ grundsätzlich mehr als 50%. Selbstverständlich kann ein „überwiegender Teil“ auch mehr als 60%, mehr als 70%, mehr als 75%, mehr als 80%, mehr als 85%, mehr als 90%, mehr als 95% oder 100% bedeuten, wobei mehr als 75% oder mehr als 85% besonders bevorzugt sind. Je stärker der Teil der Zellen der malignen Erkrankung überwiegt, bei dem das mindestens eine CpG-Dinukleotid unmethyliert bzw. im Fall von CLDN4 methyliert vorliegt, desto wahrscheinlicher ist nach Erkenntnis des Erfinders das Ansprechen der malignen Erkrankung auf die Behandlung. Umgekehrt ist die Ansprechwahrscheinlichkeit umso geringer, je größer der Anteil der Zellen der malignen Erkrankung ist, bei denen das mindestens eine CpG-Dinukleotid methyliert bzw. im Fall von CLDN4 unmethyliert vorliegt. Anders ausgedrückt ist ein Ansprechen wahrscheinlich, wenn weniger als 50%, weniger als 40%, weniger als 30%, weniger als 25%, weniger als 20%, weniger als 15%, weniger als 10%, weniger als 5% oder 0% der Zellen der malignen Erkrankung eine DNA-Methylierung des mindestens einen CpG-Dinukleotids bzw. im Fall von CLDN4 keine DNA-Methylierung des mindestens einen CpG-Dinukleotids aufweisen, wobei weniger als 25% oder weniger als 15% besonders bevorzugt sind.
Ein besonderer Vorteil des erfindungsgemäßen Verfahrens liegt demnach in der überraschend hohen Trennschärfe zwischen erkrankten Personen, die auf Behandlung ansprechen und erkrankten Personen, die nicht oder nur unzureichend auf die Behandlung ansprechen. Diesbezüglich wird auch auf die nachfolgenden Ausführungsbeispiele verwiesen. In bevorzugten Ausführungsformen ist ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlich, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei mehr als 75% oder mehr als 85% der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist, d. h. weniger als 25% oder weniger als 15% der Zellen weisen eine DNA-Methylierung des CpG-Dinukleotids auf, und unwahrscheinlich, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei mehr als 70% oder mehr als 80% der Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist, d. h. mehr als 70% oder mehr als 80% der Zellen weisen eine DNA-Methylierung des CpG-Dinukleotids auf. Selbstverständlich sind diese Verhältnisse im Fall von CLDN4 wiederum umgekehrt. Aufgrund dieser hohen Trennschärfe ist die Fehlerwahrscheinlichkeit des Verfahrens besonders gering, wodurch sich zeit- und kostenintensive Fehltherapien mit hoher Zuverlässigkeit vermeiden lassen.
Dem Fachmann sind verschiedene Verfahren zur Bestimmung der Anzahl bzw. des Anteils von Zellen einer malignen Erkrankung in einer Probe bekannt. Der Anteil der Zellen der malignen Erkrankung kann beispielsweise histopathologisch bestimmt werden. Besonders geeignet ist die Bestimmung des Anteils von Zellkernen von Zellen der malignen Erkrankung in Relation zu der Anzahl der gesamten Zellkerne in einer Probe. Es ist auch möglich, den Anteil der Zellen der malignen Erkrankung anhand einer Eigenschaft zu bestimmen, die spezifisch für die Zellen der malignen Erkrankung ist. Eine besonders geeignete Eigenschaft ist eine Veränderung der DNA, die nur in Zellen der malignen Erkrankung vorkommt. Diese Veränderung kann beispielsweise eine Mutation sein. Besonders geeignete Mutationen sind Mutationen der Gene TP53, NRAS, EGFR und BRAF, insbesondere BRAFV600E. Mithilfe der Anzahl bzw. des Anteils der Zellen der malignen Erkrankung in der Probe kann die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse normalisiert werden, beispielsweise durch Multiplikation mit dem prozentualen Anteil der Zellen der malignen Erkrankung.
Es ist möglich, die DNA-Methylierungsanalyse mit einer Mutationsanalyse zu kombinieren, die vorzugsweise ebenfalls mit der umgewandelten DNA durchgeführt wird. Ein geeignetes Verfahren zur Mutationsanalyse in umgewandelter DNA ist z. B. aus DE 10 2015 009 187 B3 bekannt. Auf diese Weise kann das Ansprechen auf die Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff noch genauer vorhergesagt bzw. eine noch differenziertere Entscheidungshilfe für die medikamentöse Behandlung der erkrankten Person bereitgestellt werden. In bevorzugten Ausführungsformen umfasst die Mutationsanalyse mindestens ein Gen aus der Gruppe bestehend aus BRAF, NRAS, KRAS, PTEN und MEK1 EGFR, BRCA2, BRCA1, ATM, CHEK2, PALB2, BRIP1, BARD1, RAD51C, RAD51D, NBN, PIK3CA, FGFR3, FGFR2, FGFR1, CCND1, NTRK1, NTRK2, NTRK3 und beliebigen Kombinationen davon. Unter „Mutationsanalyse“ wird hier insbesondere die Bestimmung verstanden, ob ein Gen eine Veränderung gegenüber einem Wildtyp, insbesondere eine Mutation, Fusion oder Amplifikation, aufweist.
In einer Ausführungsform kann z. B. die Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, RAS-Inhibitor, ERK-Inhibitor, SHP2-Inhibitor, c-Met-Inhibitor, EPHA2-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1, PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2, ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583, ITGB5, VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2, ENSG00000258082, SYNJ2 und WWTR1 und beliebigen Kombinationen davon und eine Mutationsanalyse von mindestens einem Gen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus BRAF, NRAS, KRAS, PTEN und MEK1 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung umfassen.
Hierbei hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung mit einem RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus MEK-Inhibitor und RAF-Inhibitor besonders wahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid unmethyliert ist und gleichzeitig eine BRAF Mutation, beispielsweise ein BRAFV600E-Mutation, und/oder keine NRAS Mutation vorliegt. Es versteht sich, dass umgekehrt das Ansprechen auf die Behandlung besonders unwahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid methyliert ist und gleichzeitig NRAS eine Mutation aufweist und/oder BRAF keine Mutation aufweist. Es hat sich auch gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung mit einem RAS-Inhibitor besonders wahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid unmethyliert ist und gleichzeitig KRAS eine Mutation, beispielsweise eine KRASG12C-Mutation, aufweist.
In einer Ausführungsform kann z. B. die Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem ERBB-Inhibitor ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus EGFR-Inhibitor und HER2-Inhibitor und Kombinationen davon eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2, ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5 und beliebigen Kombinationen davon und eine Mutationsanalyse von mindestens einem Gen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus EGFR, KRAS und NRAS und beliebigen Kombinationen davon oder eine Amplifikation von ERBB2 von Zellen der malignen Erkrankung umfassen.
Hierbei hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung mit einem EGFR-Inhibitor besonders wahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid unmethyliert ist und gleichzeitig eine Mutation des Gens EGFR vorliegt, welche bekannt dafür ist, das Ansprechen auf einen EGFR-Inhibitor vorherzusagen, beispielsweise EGFRL858R, und/oder keine Muation der Gene EGFR, KRAS oder NRAS vorliegt, beispielsweise EGFRT790M, welche bekannt dafür sind, das Nichtansprechen auf eine Behandlung mit einem EGFR-Inhibitor vorherzusagen oder eine Amplifikation des ERBB2 Gens vorliegt.
In einer Ausführungsform kann z. B. die Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem PARP-Inhibitor eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1, SYNJ2, WWTR1 und CLDN4 und beliebigen Kombinationen davon und eine Mutationsanalyse von mindestens einem DNA-Reparaturgen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus BRCA2, BRCA1, ATM, CHEK2, PALB2, BRIP1, BARD1, RAD51C, RAD51D, NBN und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung umfassen.
Hierbei hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung besonders wahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid unmethyliert beziehungsweise im Fall von CLDN4 methyliert ist und gleichzeitig mindestens eines der DNA-Reparaturgene der Zellen der malignen Erkranungeine Mutation aufweist. Es versteht sich, dass umgekehrt das Ansprechen auf die Behandlung besonders unwahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert beziehungsweise im Fall von CLDN4 unmethyliert ist und die Zellen der malignen Erkrankung keine Mutation des DNA-Reparaturgens aufweisen.
In einer Ausführungsform kann z. B. die Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem PI3K-Inhibitor eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und CLDN4 und beliebigen Kombinationen davon und eine Mutationsanalyse von PIK3CA von Zellen der malignen Erkrankung umfassen.
Hierbei hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung mit einem PI3K-Inhibitor besonders wahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid unmethyliert bzw. im Fall von CLDN4 methyliert ist und gleichzeitig PIK3CA eine Mutation aufweist. Es versteht sich, dass umgekehrt das Ansprechen auf die Behandlung besonders unwahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert bzw. im Fall von CLDN4 unmethyliert ist und PIK3CA keine Mutation aufweist.
In einer Ausführungsform kann z. B. die Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem FGFR-Inhibitor eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und CLDN4 und beliebigen Kombinationen davon und eine Bestimmung einer Mutation, Fusion oder Amplifikation eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus FGFR3, FGFR2, FGFR1, CCND1 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung umfassen.
Hierbei hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung besonders wahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid unmethyliert bzw. im Fall von CLDN4 methyliert ist und gleichzeitig mindestens eines der Gene FGFR3, FGFR2, FGFR1 und CCND1 eine Mutation, Fusion oder Amplifikation aufweist. Es versteht sich, dass umgekehrt das Ansprechen auf die Behandlung besonders unwahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid methyliert bzw. im Fall von CLDN4 unmethyliert ist und die Zellen der malignen Erkrankung keine Mutation, Fusion oder Amplifikation der Gene FGFR3, FGFR2, FGFR1 und CCND1 aufweisen.
In einer Ausführungsform kann z. B. die Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem NTRK-Inhibitor eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und CLDN4 und beliebigen Kombinationen davon und eine Bestimmung einer Fusion oder Mutation mindestens eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus NTRK1, NTRK2 und NTRK3 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung umfassen.
Hierbei hat sich gezeigt, dass ein Ansprechen auf die Behandlung besonders wahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid unmethyliert beziehungsweise im Fall von CLDN4 methyliert ist und gleichzeitig mindestens eines der Gene NTRK1, NTRK2 und NTRK3 eine Fusion oder Mutation aufweist. Es versteht sich, dass umgekehrt das Ansprechen auf die Behandlung besonders unwahrscheinlich ist, wenn bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung das mindestens eine CpG-Dinukleotid methyliert beziehungsweise im Fall von CLDN4 unmethyliert ist und die Zellen der malignen Erkrankung keine Fusion oder Mutation der Gene NTRK1, NTRK2 und NTRK3 aufweisen.
Es versteht sich, dass die Erkenntnisse des Erfinders in gleicher Weise die Möglichkeit einer verbesserten medizinischen Behandlung von Personen mit malignen Erkrankungen mit pharmazeutischen Hemmwirkstoffen eröffnen. Das Wissen um die Wahrscheinlichkeit des Ansprechens einer Person bzw. einer malignen Erkrankung auf die Behandlung mit einer bestimmten Gruppe von pharmazeutischen Hemmwirkstoffen im Vorfeld der Therapie ermöglicht eine zielführende Auswahl eines bestimmten Wirkstoffes einer Gruppe und kann somit zu einem schnelleren und besseren Behandlungserfolg führen.
Vor diesem Hintergrund stellt die vorliegende Erfindung in einem zweiten Aspekt einen pharmazeutischen Hemmwirkstoff zur Anwendung in einem Verfahren zur Behandlung einer malignen Erkrankung einer Person bzw. ein Verfahren zur medizinischen Behandlung einer Person mit einer malignen Erkrankung durch Verabreichen einer pharmazeutisch wirksamen Dosis eines pharmazeutischen Hemmwirkstoffs bereit.
In einer Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, CDK4-und-CDK6-Inhibitor, PARP-Inhibitor, PI3K-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, VEGFR-Inhibitor, PDGFR-Inhibitor, SRC-Inhibitor, FGFR-Inhibitor, NTRK-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dabei ist von der erkrankten Person bekannt, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
In einer weiteren Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ERBB-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dabei ist von der Person bekannt, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
In einer weiteren Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ERBB-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, CDK4-und-CDK6-Inhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dabei ist von der Person bekannt, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583, ITGB5 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
In einer Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus CDK4-und-CDK6-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dabei ist von der Person bekannt, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2, ENSG00000258082 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
In einer Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus CDK4-und-CDK6-Inhibitor, PARP-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dabei ist von der Person bekannt, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SYNJ2, WWTR1 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
In einer weiteren Ausführungsform ist der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus VEGFR-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, PDGFR-Inhibitor, PARP-Inhibitor, PI3K-Inhibitor, FGFR-Inhibitor, NTRK-Inhibitor, ERBB-Inhibitor, BRAF-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon. Dabei ist von der Person bekannt, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid des Gens CLDN4 bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist.
Mit besonderem Vorteil wird z. B. ein RAS/RAF/MEK/ERK-Sinalweginhibitor ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, RAS-Inhibitor, ERK-Inhibitor, SHP2-Inhibitor, c-Met-Inhibitor, EPHA2-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon in dem Behandlungsverfahren angewendet, wenn von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1, PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2, ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583, ITGB5, VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2, ENSG00000258082, SYNJ2 und WWTR1 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist und der überwiegende Teil der Zellen der malignen Erkrankung außerdem mindestens eine Mutation in mindestens einem DNA-Reparaturgen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus BRAF, NRAS, KRAS, PTEN, MEK1 und beliebigen Kombinationen aufweist.
Mit besonderem Vorteil wird z. B. ein ERBB2-Inhibitor, beispielsweise ein EGFR-Inhibitor oder ein HER2-Inhibitor, in dem Behandlungsverfahren angewendet, wenn von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2, ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist und der überwiegende Teil der Zellen der malignen Erkrankung außerdem mindestens eine Mutation in mindestens einem Gen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus EGFR, KRAS, NRAS und beliebigen Kombinationen davon oder eine Amplifikation des Gens ERBB2 aufweist.
Mit besonderem Vorteil wird z. B. ein PARP-Inhibitor in dem Behandlungsverfahren angewendet, wenn von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1, SYNJ2, WWTR1, CLDN4 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert beziehungsweise im Fall von CLDN4 methyliert ist und der überwiegende Teil der Zellen der malignen Erkrankung außerdem mindestens eine Mutation in mindestens einem DNA-Reparaturgen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus BRCA2, BRCA1, ATM, CHEK2, PALB2, BRIP1, BARD1, RAD51C, RAD51D, NBN und beliebigen Kombinationen davon aufweist.
Mit besonderem Vorteil wird z. B. ein PI3K-Inhibitor in dem Behandlungsverfahren angewendet, wenn von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und CLDN4 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert beziehungsweise im Fall von CLDN4 methyliert ist und der überwiegende Teil der Zellen der malignen Erkrankung außerdem eine Mutation des Gens PIK3CA aufweist.
Mit besonderem Vorteil wird z. B. ein FGFR-Inhibitor in dem Behandlungsverfahren angewendet, wenn von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und CLDN4 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert beziehungsweise im Fall von CLDN4 methyliert ist und der überwiegende Teil der Zellen der malignen Erkrankung außerdem mindestens eine Mutation, Fusion oder Amplifikation von mindestens einem Gen ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus FGFR3, FGFR2, FGFR1, CCND1 und beliebigen Kombinationen davon aufweist.
Mit besonderem Vorteil wird z. B. ein NTRK-Inhibitor in dem Behandlungsverfahren angewendet, wenn von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und CLDN4 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert beziehungsweise im Fall von CLDN4 methyliert ist und der überwiegende Teil der Zellen der malignen Erkrankung außerdem mindestens eine Fusion oder Mutation von mindestens einem der Gene ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus NTRK1, NTRK2, NTRK3 und beliebigen Kombinationen davon aufweist.
Selbstverständlich sind auch beliebige Kombinationen der vorgenannten Ausführungsformen möglich.
Wie bereits oben dargelegt hat sich überraschenderweise gezeigt, dass sich der DNA-Methylierungszustand der in den Ausführungsformen der Erfindung genannten Gene universell für die Vorhersage der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf die Therapie mit den entsprechenden pharmazeutischen Hemmwirkstoffen eignet. Unabhängig von der Art der malignen Erkrankung und dem erkrankten Organ bzw. dem erkrankten Gewebe konnte der Erfinder zeigen, dass der DNA-Methylierungszustand der erfindungsgemäßen Gene auch unabhängig von genomischen Veränderungen der Zellen der malignen Erkrankung eine zuverlässige Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf eine Therapie mit den betreffenden Hemmwirkstoffen entfaltet. In bestimmten Ausführungsformen ist daher vorgesehen, dass von der erkrankten Person zusätzlich bekannt ist, dass die Zellen der malignen Erkrankung eine genomische Veränderung mindestens eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus EGFR, FGFR, NTRK und beliebigen Kombinationen davon aufweist. Die genomische Veränderung kann insbesondere eine aktivierende oder deaktivierende Mutation, eine Amplifikation, eine Translokation oder/oder eine Genfusion sein.
Umgekehrt bietet die Erfindung die Möglichkeit, Personen mit malignen Erkrankungen, von denen analog zu den vorgenannten Ausführungsformen anhand der DNA-Methylierung der betreffenden Gene bekannt ist, dass das Ansprechen auf eine Behandlung mit dem entsprechenden pharmazeutische Hemmwirkstoff unwahrscheinlich ist, entweder mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff aus einer anderen Gruppe oder mit einer anderen Wirkstoffklasse wie z. B. einem Immuntherapeutikum (beispielsweise einem Immun-Checkpoint-Inhibitor), einem Histon-Deacetylase (HDAC)-Inhibitor oder einem DNA-Methyltransferase (DNMT)-Inhibitor zu behandeln, um einen schnellstmöglichen Therapieerfolg zu erzielen.
Ein geeigneter Immun-Checkpoint-Inhibitor ist beispielsweise ausgewählt aus der Gruppe Nivolumab, Pembrolizumab, Cemiplimab, Spartalizumab, Camrelizumab, Sintilimab, Tislelizumab, Toripalimab, Dostarlimab, INCMGA00012 (MGA012), AMP-224, AMP-514 (MEDI0680), JTX-4014, Atezolizumab, Avelumab, Durvalumab, KN035, CK-301, AUNP12, CA-170, BMS-986189, Relatlimab, Tremelimumab, Ipilimumab, Varlilumab, BMS-986218, BMS-986288, BMS-986249, KN044, CS-1002, ONC-392, ADG116, ADG126, Zalifrelimab, AGEN1181, Quavonlimab, ATOR-1015, BA3071, IBI310, BCD-145, XmAb841, XmAb20717, XmAb717, KN046, AK-104, MEDI5752, MGD019, Cetrelimab, Tislelizumab, MEDI0680, AMP-514, AMP-224, Pimivalimab, Balstilimab, Tebotelimab, CS1003, CS2006, XmAb104, BMS-936559, , DX-1105, LY3300054, CX-072, KN035, CA-327, CA-170, Sugemalimab, ADG104, ONC-895, Relatlimab, MK-4280, LAG525, MGD013, IMP321, XmAb841, AB154, Tiragolumab, Ociperlimab, Vibostolimab, BMS-, 86207, AZD2936, Etigilimab, Domvanalimab, IBI939, M6223, OMP-, 13M32, COM902, Utomilumab, Urelumab, BGB-A425, Sym023, TSR-022, RO7121661, RG-7769; RO-7121661 , LY3321367, MBG453, LY3415244, INCAGN02390, BMS-986258, CA-327, AZD4635, Oleclumab, BMS-986179, IPH53, CPI-006, CPI-444, NIR178, PBF-509, CS3005, REGN6569, BMS-86156, TRX518, OMP-336B11, ASP1951, INCAGN01876, MK-4166, MEDI6469, PF-04518600, BMS-986178, INBRX-106, XmAb104, MEDI-570 und Vopratelimab.
Ein geeigneter HDAC-Inhibitor ist beispielsweise ausgewählt aus der Gruppe Vorinostat, Tefinostat, Abexinostat, Mocetinostat, Quisinostat, Entinostat, Resminostat, Domatinostat, Chidamide, Belinostat, Alteminostat, Pracinostat, Givinostat, KA2507 (Karus Therapeutics Limited), Panobinostat, Ricolinostat, Nanatinostat, Martinostat, Fimepinostat, Romidepsin, Citarinostat (ACY-241), AR-42 (CAS No. 935881-37-1), CKD-504, Pivanex, CXD101 (CAS No. 934828-12-3) und FRM-0334. Ein geeigneter DNMT-Inhibitor ist beispielsweise ausgewählt aus der Gruppe Decitabin, Guadecitabin, Azacytidin, NTX-301 und Capecitabin.
In alternativen Ausführungsformen ist daher z. B. ein Immuntherapeutikum, insbesondere ein Immun-Checkpoint-Inhibitor, ein Histon-Deacetylase (HDAC)-Inhibitor oder ein DNA-Methyltransferase (DNMT)-Inhibitor zur Anwendung in einem Verfahren zur Behandlung einer malignen Erkrankung einer Person vorgesehen, wobei von der Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines der vorgenannten Gene oder Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist bzw. im Fall von CLDN4 unmethyliert ist.
Schließlich stellt die vorliegende Erfindung in einem dritten Aspekt ein Kit zur Durchführung des Verfahrens zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit gemäß dem ersten Aspekt sowie zur Durchführung des Verfahrens zur Behandlung einer malignen Erkrankung gemäß dem zweiten Aspekt bzw. zur Verwendung in einem dieser Verfahren bereit.
In einer Ausführungsform umfasst das Kit Reagenzien für die DNA-Methylierungsanalyse von zumindest einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und beliebigen Kombinationen von Zellen der malignen Erkrankung.
In einer Ausführungsform umfasst das Kit Reagenzien für die DNA-Methylierungsanalyse von zumindest einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung.
In einer Ausführungsform umfasst das Kit Reagenzien für die DNA-Methylierungsanalyse von zumindest einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583, ITGB5 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung.
In einer Ausführungsform umfasst das Kit Reagenzien für die DNA-Methylierungsanalyse von zumindest einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2, ENSG00000258082 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung.
In einer Ausführungsform umfasst das Kit Reagenzien für die DNA-Methylierungsanalyse von zumindest einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SYNJ2, WWTR1 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung.
In einer Ausführungsform umfasst das Kit Reagenzien für die DNA-Methylierungsanalyse von zumindest einem CpG-Dinukleotid des Gens CLDN4 von Zellen der malignen Erkrankung.
Das Kit weist vorzugsweise getrennte Kompartimente auf, in denen die Reagenzien für die DNA-Methylierungsanalyse enthalten sind.
Insbesondere können die Reagenzien mindestens ein Oligonukleotid oder mindestens ein Paar von Oligonukleotiden umfassen. Das Oligonukleotid bzw. Paar von Oligonukleotiden kann dazu eingerichtet sein, an einen Sequenzabschnitt der DNA von den Zellen der malignen Erkrankung zu hybridisieren, welcher das mindestens eine CpG-Dinukleotid des Gens enthält, dessen DNA-Methylierung zu bestimmen ist, nachdem in der DNA enthaltene Cytosine in Uracil oder eine andere Base mit einem von Cytosin unterscheidbaren Basenpaarungsverhalten und/oder Molekulargewicht umgewandelt wurden, um die Sequenz zu amplifizieren und/oder zu detektieren. Selbstverständlich können die Reagenzien auch mehrere Oligonukleotide oder mehrere Paare von Oligonukleotiden umfassen, um die DNA-Methylierung der von der Erfindung umfassten Kombinationen von Genen bzw. den CpG-Dinukleotiden davon zu bestimmen.
Mindestens eines der Oligonukleotide kann dazu eingerichtet sein, zwischen umgewandelter methylierter DNA und umgewandelter unmethylierter DNA zu unterscheiden, sodass der Sequenzabschnitt methylierungsabhängig amplifiziert bzw. detektiert wird. Beispielsweise kann das Oligonukleotid revers-komplementär zu einer Hybridisierungssequenz in dem Sequenzabschnitt sein, die das mindestens eine CpG-Dinukleotid enthält, dessen Methylierung zu bestimmen ist. Das Oligonukleotid kann z. B. revers-komplementär zu der Hybridisierungssequenz sein, wenn das Cytosin in dem CpG-Dinukleotid umgewandelt wurde, also ursprünglich unmethyliert vorlag. Alternativ kann das Oligonukleotid revers-komplementär zu der Hybridisierungssequenz sein, wenn das Cytosin in dem CpG-Dinukleotid nicht umgewandelt wurde, also ursprünglich methyliert vorlag. Auf diese Weise wird erreicht, dass eine Amplifikation bzw. Detektion nur stattfindet, wenn die Hybridisierungssequenz bzw. der Sequenzabschnitt methyliert bzw. unmethyliert vorliegt.
Das Paar von Oligonukleotiden kann auch dazu eingerichtet sein, den Sequenzabschnitt unabhängig von einer DNA-Methylierung zu amplifizieren. Vorzugsweise sind die Oligonukleotide dann revers-komplementär zu Hybridisierungssequenzen, welche kein zu analysierendes CpG-Dinukleotid enthalten. Vorzugsweise befindet sich das mindestens eine zu analysierenden CpG-Dinukleotid zwischen den Hybridisierungssequenzen der Oligonukleotide. Das Kit kann zusätzlich eine oder mehrere Hybridisierungssonden enthalten, welche zwischen umgewandeltem methyliertem Sequenzabschnitt und umgewandeltem unmethyliertem Sequenzabschnitt unterscheiden, sodass der amplifizierte Sequenzabschnitt methylierungsabhängig detektiert wird. Aus dem Signalverhältnis der Sonden lässt sich dann das Ausmaß der DNA-Methylierung ablesen.
Bevorzugte CpG-Dinukleotide und Sequenzen der in den Ausführungsformen des Kits genannten Gene entsprechen denen des ersten Aspektes der Erfindung.
Das Kit umfasst vorzugsweise eine Gebrauchsanweisung für die Durchführung des Verfahrens zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit gemäß dem ersten Aspekt, zur Durchführung des Verfahrens zur Behandlung einer malignen Erkrankung gemäß dem zweiten Aspekt und/oder zur Verwendung des Kits in einem dieser Verfahren. Insbesondere kann das Kit Instruktionen zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit anhand der DNA-Methylierung eines oder mehrerer der erfindungsgemäßen Gene bzw. der CpG-Dinukleotide davon enthalten.
Im Übrigen können sich die im Zusammenhang mit dem ersten Aspekt der Erfindung genannten Merkmale und Ausführungsformen, soweit anwendbar, selbstverständlich auch auf den zweiten und dritten Aspekt der Erfindung beziehen. Merkmale, die vorstehend und im Folgenden im Zusammenhang mit dem erfindungsgemäßen Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit offenbart sind, können sich daher auch auf das medizinische Behandlungsverfahren bzw. das Kit beziehen und umgekehrt.
Weitere Vorteile und Merkmale der Erfindung sind aus der nachstehenden detaillierten Beschreibung, den Zeichnungen und den Patentansprüchen ersichtlich. Auch wenn die Erfindung anhand ihrer bevorzugten Ausführungsformen erläutert wird, können viele weitere Variationen vorgenommen werden, ohne über den Umfang der vorliegenden Erfindung hinauszugehen. Daher ist es vorgesehen, dass die beiliegenden Patentansprüche Variationen und Kombinationen von Merkmalen abdecken, die im tatsächlichen Umfang der Erfindung enthalten sind, auch wenn diese nicht ausdrücklich in den Ansprüchen abgebildet sind.
Figurenliste

1 zeigt ein Streudiagramm zur erfindungsgemäßen Korrelation des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Trametinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen Methylierung der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:76 des Gens PLEC in den Zellen;
2 zeigt ein Streudiagramm zur erfindungsgemäßen Korrelation des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Afatinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen Methylierung der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:76 des Gens PLEC in den Zellen;
3 zeigt ein Streudiagramm zur erfindungsgemäßen Korrelation des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Trametinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen Methylierung der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:103 des Gens IL18 in den Zellen;
4 zeigt ein Streudiagramm zur erfindungsgemäßen Korrelation des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Afatinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen Methylierung der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:103 des Gens IL18 in den Zellen;
5 zeigt ein Streudiagramm zur erfindungsgemäßen Korrelation des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Trametinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen Methylierung der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:54 des Gens TAFAZZIN in den Zellen;
6 zeigt ein Streudiagramm zur erfindungsgemäßen Korrelation des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Afatinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen Methylierung der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:54 des Gens TAFAZZIN in den malignen Zellen;
7 zeigt eine Kaplan-Meier Analyse des Gesamtüberlebens von 51 Patienten mit Urothelkarzinomen während einer Immuntherapie, die dazu ausgelegt ist, den PD-1-Immun-Checkpoint-Signalweg zu inhibieren. Die Patienten wurden anhand der DNA-Methylierung des Gens PPP1R18 gruppiert. 17 Patienten wiesen Tumoren mit einer DNA-Methylierung des PPP1R18 Gens von unter 50% auf. Die Tumoren der übrigen 34 Patienten zeigten eine DNA-Methylierung des PPP1R18 Gens von über 50%.

Detaillierte Beschreibung von Ausführungsbeispielen
Im Folgenden wird die Erfindung anhand von Beispielen und Versuchsergebnissen näher beschrieben. Diese Beispiele sind als Erläuterungen gedacht und nicht als Beschränkung auf spezifische Details.
Beispiel 1: Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4-und-CDK6-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, PI3K-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, PI3K und mTOR-Inhibitoren, VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren, PDGFR und VEGFR-Inhibitoren, SRC-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und NTRK-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene PPP1R18 und RUNX1
Das erfindungsgemäße Verfahren wurde zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren angewendet. Beispielsweise wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf verschiedene MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren getestet, unter anderem die fünf MEK-Inhibitoren Trametinib, Refametinib, Selumetinib, CI-1040 und Mirdametinib sowie die fünf BRAF-Inhibitoren AZ 628, Dabrafenib, HG-6-64-1, PLX4720 und SB590885.
Des Weiteren wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf verschiedenen VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren sowie Inhibitoren, die gleichzeitig PDGFR und VEGFR inhibieren, angewendet. Unter anderem wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf die drei VEGFR-Inhibitoren Foretinib, Cabozantinib und OSI-930, die sieben PDGFR und VEGFR-Inhibitoren Sorafenib, Sunitinib, Midostaurin, Linifanib, Tivozanib, Axitinib und Pazopanib sowie die zwei PDGFR-Inhibitoren Imatinib und Masitinib getestet.
Das erfindungsgemäße Verfahren wurde außerdem zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf verschiedene PARP-Inhibitoren, SRC-Inhibitoren und CDK4-und-CDK6-Inhibitoren angewendet. Unter anderem wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf die vier PARP-Inhibitoren Veliparib, AG-014699, Talazoparib und Olaparib, die fünf SRC-Inhibitoren A-770041, Saracatinib, Bosutinib, Dasatinib und WH-4-023 sowie die vier CDK4-und-CDK6-Inhibitoren CGP-082996, CGP-60474, AT-7519 und Palbociclib getestet.
Schließlich wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen PI3K-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren sowie Inhibitoren, die sowohl PI3K als auch mTOR inhibieren, FGFR-Inhibitoren und einen NTRK-Inhibitor angewendet. Unter anderem wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf die drei PI3K-Inhibitoren AS605240, Idelalisib und PIK-93, die zwei PI3K und mTOR-Inhibitoren Dactolisib und Omipalisib, die zwei mTOR-Inhibitoren Temsirolimus und AZD8055, die zwei FGFR-Inhibitoren PD-173074 und Masitinib, sowie der NTRK-Inhibitor Lestaurtinib untersucht.
Das Ansprechen von malignen Zellen auf einen pharmazeutischen Hemmwirkstoff lässt sich beispielsweise anhand der mittleren inhibitorischen Konzentration (IC50) bestimmen. Die IC50 beschreibt diejenige Konzentration eines Hemmwirkstoffs, bei der eine halbmaximale Inhibierung des Zellwachstums beobachtet wird. Daher ist die IC50 ein geeignetes Maß für das Ansprechen maligner Zellen auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff.
Im Rahmen der vorliegenden Erfindung wurde die IC50 für jeden getesteten Hemmwirkstoff und jede Zelllinie anhand von Dosis-Wirkungs-Kurven bestimmt. Zur Abschätzung der Dosis-Wirkungs-Kurve wurden die Zellen der malignen Erkrankungen in 384-er Mikrotiterplatten ausgesät und in Zellkulturmedium mit 10% fetalem Kälberserum und Penicillin/Streptomycin inkubiert. Die IC50 Bestimmung adhärenter Zellen erfolgte bei einer Konfluenz von ca. 15-20%. Adhärente Zellen wurden entweder mit neun Verdünnungsstufen einer 1:2 Verdünnungsreihe oder fünf Verdünnungsstufen einer 1:4 Verdünnungsreihe des getesteten Hemmwirkstoffs inkubiert. Anschließend wurden die Zellen mit 10% Formalin für 30 Minuten fixiert und dann mit 1 µM des Nukleinsäure-spezifischen Fluoreszenz-Farbstoffs Syto60 (Invitrogen) für eine Stunde angefärbt. Suspensionskulturen wurden mit 55 µg/ml Resazurin (Sigma) in Glutathion-freiem Medium für vier Stunden gefärbt. Die Viabilität der malignen Zelllinien wurde anhand der Fluoreszenz bei 630/695 nm Anregungs-/Emmisionswellenlänge für Syto60 bzw. bei 535/595 nm Anregungs-/Emmisionswellenlänge für Resazurin bestimmt. Die IC50-Werte wurden anhand der Dosis-Wirkungs-Kurve mittels eines mehrstufigen Modells abgeschätzt, wie es beispielsweise in Vis et al. (Pharmacogenomics 2016, 17, 691-700) beschrieben ist. Die IC50s wurde als natürlicher Logarithmus der halbmaximalen inhibitorischen Konzentration (in µM) dargestellt und für die Berechnungen der Vorhersage des Ansprechens auf eine Behandlung mit dem jeweils getesteten Hemmwirkstoff herangezogen.
Die DNA-Methylierungsanalyse der Zellen der malignen Erkrankungen erfolgte mittels der Infinium Technologie (Illumina, Inc. San Diego, CA, USA). Zunächst wurde die DNA der malignen Zellen beispielsweise mittels des QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen, Hilden, Germany) nach Herstellerangaben extrahiert. Die DNA-Konzentration wurde dann mittels UV-Vis Spektrophotometrie bei 260 nm bestimmt. Die Bisulfit-Umwandlung von 500 ng genomischer DNA wurde im Anschluss mittels des EZ DNA Methylation Kits (Zymo Research, Irvine, CA, USA) nach Herstellerangaben durchgeführt. 200 ng der Bisulfitkonvertierten DNA wurden für die HumanMethylation450 BeadChip Analyse (Illumina) entsprechend der Vorgaben des Herstellers verwendet. Die Methylierungswerte wurden in Form von β-Werten als Verhältnis der Fluoreszenzintensitäten für jedes untersuchte CpG-Dinukleotid angegeben. Die β-Werte wurden näherungsweise als prozentuale Methylierung angenommen.
Unterschiede bezüglich des Ansprechens verschiedener maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide jeweils überwiegend methyliert oder überwiegend unmethyliert waren, wurden mittels der t-Statistik charakterisiert und t-Werte sowie p-Werte der t-Statistik wurden dargestellt. Mittels der t-Statistik wurden die Unterschiede in den Mittelwerten der IC50 der malignen Zelllinien mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden und den Mittelwerten der IC50 der malignen Zelllinien mit überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden beschrieben. Ein negatives t, welches signifikant unterhalb des angenommenen Signifikanzniveaus (p < 0,05) ist, drückt aus, dass der Mittelwert der IC50 der malignen Zellen mit überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden höher ist als derjenige der malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden deutlich schlechter auf eine Behandlung mit dem jeweiligen Hemmwirkstoff ansprachen bzw. weniger inhibiert wurden. Dadurch ist es grundsätzlich möglich, das Ansprechen bzw. Nichtansprechen maligner Zellen auf einen pharmazeutischen Hemmwirkstoff durch eine DNA-Methylierungsanalyse vorherzubestimmen.
In diesem Beispiel wurden Zelllinien maligner Zellen verwendet, die von verschiedenen malignen Erkrankungen abstammten. Insbesondere wurden maligne Zellen von Karzinomen untersucht, darunter verschiedene Adenokarzinome und Plattenepithelkarzinome. Unter diesen Karzinomen befanden sich Plattenepithelkarzinome des Kopf- und Halsbereichs, Adeno- und Plattenepithelkarzinome des Ösophagus, Adenokarzinome der Brust, maligne Tumoren der Gallengänge, Leberzellkarzinome, Nierenzellkarzinome, kolorektale Adenokarzinome, Adeno- und Plattenepithelkarzinome der Lunge, kleinzellige Lungenkarzinome, Adenokarzinome des Pankreas, Plattenepithelkarzinome des Zervix und der Eierstöcke, Adenokarzinome des Endometriums und der Prostata, Schilddrüsenkarzinome, Urothelkarzinome und Magenkarzinome.
Zusätzlich wurden in diesem Beispiel Zelllinien maligner Zellen von Melanomen, Gliomen, Glioblastomen, Medulloblastomen, Neuroblastomen, Keimzelltumoren, Chondrosarkomen, Ewing-Sarkomen, Osteosarkomen, Fibrosarkomen, Rhabdomyosarkomen und Mesotheliomen untersucht.
Des Weiteren wurden Zelllinien maligner Zellen, die aus Zellen des Blutsystems oder des blutbildenden (hämatopoetischen) Systems hervorgegangen sind, in dieses Beispiel eingeschlossen. Diese malignen Zellen umfassten beispielsweise maligne Zellen akuter myeloischer Leukämien (AML), chronischer myeloischer Leukämien (CML), akuter lymphatische Leukämien (ALL) sowie von B-Zell-Leukämien, Haarzellenleukämien, B-Zell-Lymphomen, Burkitt-Lymphomen, Hodgkin Lymphomen und Myelomen.
Insgesamt wurden bis zu 902 verschiedene Zelllinien untersucht.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des PPP1R18 Gens wurde an insgesamt zehn Positionen im Gen untersucht (SEQ ID NO:2 bis SEQ ID NO:11), welche insbesondere repräsentativ für die DNA-Methylierung im Promotor (6:30683976-30687272, SEQ ID NO:1) des PPP1R18 Gens sind. Die DNA-Methylierung der Positionen wurde über die HumanMethylation450 BeadChip Sonden gemessen, die in den nachfolgenden Tabellen 1-4 aufgeführt sind.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des RUNX1 Gens wurde an insgesamt zwei Positionen im Gen untersucht (SEQ ID NO:35 und SEQ ID NO:36), welche insbesondere repräsentativ die DNA-Methylierung im Promotor (21:35045377-35053986, SEQ ID NO:37) des RUNX1 Gens sind. Die DNA-Methylierung der Positionen wurde über die HumanMethylation450 BeadChip Sonden gemessen, die in den nachfolgenden Tabellen 1-4 aufgeführt sind.
Die Ergebnisse dieser Untersuchungen sind in den Tabellen 1-5 zusammengefasst.
Tabelle 1 zeigt, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der untersuchten Teile der Gene PPP1R18 und RUNX1 das Ansprechen der malignen Zellen auf die RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren wie beispielsweise MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Tabelle 2 und Tabelle 3 zeigen, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der untersuchten Teile der Gene PPP1R18 und RUNX1 das Ansprechen der malignen Zellen auf PARP-Inhibitoren, SRC-Inhibitoren sowie CDK4-und-CDK6-Inhibitoren vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Tabelle 4 zeigt, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der untersuchten Teile der Gene PPP1R18 und RUNX1 das Ansprechen der malignen Zellen auf VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren sowie Inhibitoren, die gleichzeitig PDGFR und VEGFR inhibieren, vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Tabelle 5 zeigt, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der untersuchten Teile der Gene PPP1R18 und RUNX1 das Ansprechen der malignen Zellen auf PI3K-Inhibitoren, PI3K und mTOR-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und den NTRK-Inhibitor vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der Gene PPP1R18 und RUNX1 die Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Zellen auf RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4-und-CDK6-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, PI3K-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, PI3K und mTOR-Inhibitoren, VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren, PDGFR und VEGFR-Inhibitoren, SRC-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und NTRK-Inhibitoren unabhängig von der Art und/oder Ursache der malignen Erkrankung zuverlässig vorhersagt.
Beispiel 2: Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit ERBB-Inhibitoren und RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren anhand einer Methylierungsanalyse der Gene PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1 und CHD2
Das erfindungsgemäße Verfahren wurde zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen ERBB-Inhibitoren angewendet, darunter verschiedene EGFR-Inhibitoren. Insbesondere wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf die vier EGFR-Inhibitoren Afatinib, Gefitinib, Cetuximab und Lapatinib untersucht.
Des Weiteren wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren angewendet. Insbesondere wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf verschiedene MEK-Inhibitoren geprüft, darunter die vier MEK-Inhibitoren Trametinib, Refametinib, Selumetinib und Mirdametinib.
Die Bestimmung der IC50 für die in diesem Beispiel untersuchten Hemmwirkstoffe und die Durchführung der DNA-Methylierungsanalyse der Gene PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1 und CHD2 erfolgten wie in Beispiel 1 beschrieben. Die untersuchten malignen Zellen entsprachen ebenfalls denen aus Beispiel 1.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PLEC wurde an insgesamt 14 Positionen untersucht (SEQ ID NO:76 bis SEQ ID NO:89), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (8:143934771-143952510, SEQ ID NO:90) des PLEC Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens LAMB3 wurde an insgesamt sechs Positionen untersucht (SEQ ID NO:18 bis SEQ ID NO:23), welche insbesondere repräsentativ die DNA-Methylierung im Promotor (1:209641284-209659200, SEQ ID NO:24) des LAMB3 Gens sind.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TINAGL1 wurde an insgesamt zwölf Positionen untersucht (SEQ ID NO:63 bis SEQ ID NO:74), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:31572254-31579748, SEQ ID NO:75) des TINAGL1 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens C19orf33 wurde an insgesamt fünf Positionen untersucht (SEQ ID NO:38 bis SEQ ID NO:42), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (19:38302227-38305800, SEQ ID NO:43) des C19orf33 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des IL18 Gens wurde an insgesamt drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:102 bis SEQ ID NO:104), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (11:112155341-112165931, SEQ ID NO:355) des IL18 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des S100A2 Gens wurde an insgesamt drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:237 bis SEQ ID NO:239), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:153563538-153569327, SEQ ID NO:356) des S100A2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des TOB1 Gens wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:246 und SEQ ID NO:247), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper der langen nicht-codierenden TOB1 Antisense RNA 1, codiert durch ENSG00000229980, widerspiegeln (17:50890636-50896863, SEQ ID NO:357).
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des TOR4A Gens wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:248 und SEQ ID NO:249), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (9:137276024-137280343, SEQ ID NO:358) des TOR4A Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des FBRSL1 Gens wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:331), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (12:132514348-132533034, SEQ ID NO:359) von FBRSL1 widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des S100A10 Gens wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:335), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:151990418-151997244, SEQ ID NO:360) des S100A10 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des LRRFIP2 Gens wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:340), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor des LRRFIP2 Gens und des für die LRRFIP2 Antisense RNA codierenden Gens ENSG00000271993 widerspiegelt (3:37175758-37189914, SEQ ID NO:361) .
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des SPIDR Gens wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:343), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (8:47349863-47359489, SEQ ID NO:362) des SPIDR Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des ASB1 Gens wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:344), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (2:238435501-238446259, SEQ ID NO:363) des ASB1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens LAMA3 wurde an insgesamt fünf Positionen im Gen untersucht (SEQ ID NO:12 bis SEQ ID NO:16), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (18:23865846-23880913, SEQ ID NO:17) des LAMA3 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des ENSG00000229672 Gens wurde an drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:121 bis SEQ ID NO:123), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (10:3761335-3766181, SEQ ID NO:364) des ENSG00000229672 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MYH16 wurde an insgesamt zwei Positionen im Gen untersucht (SEQ ID NO:25 bis SEQ ID NO:26), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (7:99272482-99275507, SEQ ID NO:27) des MYH16 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens GRID1 wurde an einer Position im Gen untersucht (SEQ ID NO:29), welche insbesondere die DNA-Methylierung der codierenden Region und Promotorregion (10:85637128-85653498, SEQ ID NO:28) der GRID1 Antisense RNA (ENSG00000270002) widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CHD2 wurde an einer Position im Gen untersucht (SEQ ID NO:31), welche insbesondere die DNA-Methylierung der Promotorregion (15:92897248-92927312, SEQ ID NO:30) des CHD2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung der Positionen wurde über die HumanMethylation450 BeadChip Sonden gemessen, die in Tabelle 6 aufgeführt sind.
Die Ergebnisse sind in 1-4 und Tabelle 6 gezeigt.
1 und 2 zeigen exemplarisch jeweils ein Streudiagramm zur Korrelation des Ansprechens der malignen Zellen auf die Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Trametinib bzw. Afatinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen DNA-Methylierung (%, x-Achse) der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:76 des Gens PLEC. Trametinib ist ein MEK-Inhibitor aus der Gruppe der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren. Afatinib ist ein EGFR-Inhibitor aus der Gruppe der ERBB-Signalweginhibitoren. Das Ansprechen der malignen Zellen auf die Behandlung wurde anhand der logarithmischen mittleren inhibitorischen Konzentration (logIC50) bestimmt, wobei eine niedrige logIC50 ein Ansprechen und eine hohe logIC50 ein Nichtansprechen auf die Behandlung anzeigte. Die DNA-Methylierung des Gens PLEC in der SEQ ID NO:76 spiegelt die DNA-Methylierung im Promotor (8:143934771-143952510, SEQ ID NO:90) des Gens wider. Es ist deutlich erkennbar, dass maligne Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren (PLEC DNA-Methylierung > 50%) nur zu einem geringen Teil auf die Behandlung ansprachen, während maligne Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend unmethyliert waren (PLEC DNA-Methylierung < 50%) größtenteils auf die Behandlung ansprachen.
3 und 4 zeigen weitere exemplarische Streudiagramme zur Korrelation des Ansprechens der malignen Zellen auf die Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Trametinib bzw. Afatinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen DNA-Methylierung (%, x-Achse) der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:103 des Gens IL18. Die DNA-Methylierung des Gens IL18 in der SEQ ID NO:103 spiegelt die DNA-Methylierung im Promotor (11:112155341-112165931, SEQ ID NO:355) des Gens wider. Es ist wiederum deutlich erkennbar, dass maligne Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren (IL18 DNA-Methylierung > 50%) nur zu einem geringen Teil auf die Behandlung ansprachen, während maligne Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend unmethyliert waren (IL18 DNA-Methylierung < 50%) größtenteils auf die Behandlung ansprachen.
Die Tabellenwerte in Tabelle 6 zeigen im Einzelnen, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der untersuchten CpG-Dinkleotide der Gene PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1 und CHD2 das Ansprechen der malignen Zellen auf RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren wie z. B. MEK-Inhibitoren und ERBB-Inhibitoren wie z. B. EGFR-Inhibitoren zuverlässig vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der Gene PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1 und CHD2 die Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Zellen auf ERBB-Inhibitoren und RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren unabhängig von der Art und/oder Ursache der malignen Erkrankung zuverlässig vorhersagt.
Beispiel 3: Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit ERBB-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, SRC-Inhibitoren sowie CDK4-und-CDK6-Inhibitoren anhand einer DNA-Methylierungsanalyse von TAFAZZIN, GNG7, ANXA11, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12 und ERBB2
Das erfindungsgemäße Verfahren wurde zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen ERBB-Inhibitoren angewendet. Beispielsweise wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf verschiedene EGFR-Inhibitoren getestet, darunter die fünf EGFR-Inhibitoren Afatinib, Gefitinib, Cetuximab, Lapatinib und Erlotinib.
Des Weiteren wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren angewendet. Beispielsweise wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf verschiedene MEK-Inhibitoren getestet, darunter die fünf MEK-Inhibitoren Trametinib, Refametinib, Selumetinib, CI-1040 und Mirdametinib.
Weiterhin wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen SRC-Inhibitoren angewendet, darunter die fünf SRC-Inhibitoren A-770041, Saracatinib, Bosutinib, Dasatinib und WH-4-023.
Schließlich wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen CDK4-und-CDK6-Inhibitoren angewendet, darunter die drei CDK4-und-CDK6-Inhibitoren CGP-082996, CGP-60474 und Palbociclib.
Die Bestimmung der IC50 für die in diesem Beispiel untersuchten pharmazeutischen Hemmwirkstoffe und die Durchführung der DNA-Methylierungsanalyse der Gene TAFAZZIN, GNG7, ANXA11, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12 und ERBB2 erfolgten wie in Beispiel 1 beschrieben.
Für die Untersuchungen wurden Zelllinien von verschiedenen malignen Erkrankungen verwendet. Insbesondere wurden maligne Zellen von Karzinomen untersucht, darunter Adenokarzinome und Plattenepithelkarzinome. Unter den Karzinomen befanden sich z. B. Plattenepithelkarzinome des Kopf- und Halsbereichs, Adeno- und Plattenepithelkarzinome des Ösophagus, Adenokarzinome der Brust, maligne Tumoren der Gallengänge, Leberzellkarzinome, Nierenzellkarzinome, kolorektale Adenokarzinome, Adeno- und Plattenepithelkarzinome der Lunge, kleinzellige Lungenkarzinome, Adenokarzinome des Pankreas, Plattenepithelkarzinome des Zervix und der Eierstöcke, Adenokarzinome des Endometriums und der Prostata, Schilddrüsenkarzinome, Urothelkarzinome und Magenkarzinome.
Zusätzlich wurden maligne Zellen von Melanomen, Gliomen, Glioblastomen, Medulloblastomen, Neuroblastomen, Keimzelltumoren, Chondrosarkomen, Ewing-Sarkomen, Osteosarkomen, Fibrosarkomen, Rhabdomyosarkomen und Mesotheliomen verwendet.
Insgesamt wurden bis zu 714 verschiedene maligne Zelltypen untersucht.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TAFAZZIN wurde an insgesamt zehn Positionen im Gen untersucht (SEQ ID NO:52 bis SEQ ID NO:61), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (X:154408091-154411364, SEQ ID NO:62) des TAFAZZIN Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens GNG7 wurde an insgesamt zwei Positionen im Gen untersucht (SEQ ID NO:32 bis SEQ ID NO:33), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor (19:2535289-2548878, SEQ ID NO:34) des GNG7 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ANXA11 wurde an insgesamt fünf Positionen untersucht (SEQ ID NO:91 bis SEQ ID NO:95), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (10:80197502-80212413, SEQ ID NO:366) des ANXA11 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ANXA2 wurde an insgesamt fünf Positionen untersucht (SEQ ID NO:97 bis SEQ ID NO:101), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (15:60387415-60403797, SEQ ID NO:367) des ANXA2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MAFG wurde an insgesamt vier Positionen untersucht (SEQ ID NO:105 bis SEQ ID NO:108), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (17:81919353-81927992, SEQ ID NO:368) des MAFG Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PKP3 wurde an insgesamt drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:115 bis SEQ ID NO:117), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (11:391907-396042, SEQ ID NO:369) des PKP3 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ABTB2 wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:118 und SEQ ID NO:119), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (11:34195474-34280454) des ABTB2 Gens widerspiegeln. Beispielsweise spiegelt der Teil mit der SEQ ID NO:118 die DNA-Methylierung des Genkörperteils 11:34233542-34264793 (SEQ ID NO:370) und der Teil mit der SEQ ID NO:119 die DNA-Methylierung des Genkörperteils 11:34197244-34227887 (SEQ ID NO:371) wider.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000287625 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:120), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (2:84938759-84955130, SEQ ID NO:372) des ENSG00000287625 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ARL14 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:125), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:160675790-160679619, SEQ ID NO:373) des ARL14 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens BCAR3 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:127), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (1:93694082-93712201, SEQ ID NO:374) des BCAR3 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens BIK wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:128), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (22:43121022-43133479, SEQ ID NO:375) des BIK Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CCND3 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:129), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (6:41957336-41972623, SEQ ID NO:376) des CCND3 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CMIP wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:130 und SEQ ID NO:131), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (16:81480995-81512636, SEQ ID NO:377) bzw. in einem Teil des Genkörpers (16:81618351-81648447, SEQ ID NO:378) des CMIP Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ELK3 wurde an insgesamt drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:132 bis SEQ ID NO:134), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor und im Genkörper (12:96191446-96224107, SEQ ID NO:379) des ELK3 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens HRH1 wurde an insgesamt drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:138 bis SEQ ID NO:140), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:11132402-11144858, SEQ ID NO:380) des HRH1 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SAP30BP wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:141 und SEQ ID NO:142), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor (17:75680008-75709106, SEQ ID NO:381) des SAP30BP Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens NOS1AP wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:146), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (1:162126194-162145446, SEQ ID NO:382) des NOS1AP Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens RALB wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:147), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (2:120235984-120258633, SEQ ID NO:383) des RALB Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TGFBI wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:148 und SEQ ID NO:149), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (5:136026401-136036592, SEQ ID NO:384) des TGFBI Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000235726 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:156), welche insbesondere die Methylierung eines Teils des Genkörpers (2:234878128-234886995, SEQ ID NO:385) des ENSG00000235726 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CAB39 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:160), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (2:230778214-230808224, SEQ ID NO:386) des CAB39 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CIRBP wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:161), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (19:1259044-1271843, SEQ ID NO:387) des CIRBP Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens DIAPH1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:163), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (5:141598738-141612327, SEQ ID NO:388) des DIAPH1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens FGD6 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:164), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (12:95196683-95213579, SEQ ID NO:389) des FGD6 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens LMO7 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:166), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (13:75708404-75724258, SEQ ID NO:390) des LMO7 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MICAL2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:168), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (11:12161131-12174720, SEQ ID NO:391) des MICAL2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens STMN1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:189), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor (1:25888471-25896397, SEQ ID NO:392) des STMN1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MNT wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:195), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (17:2389492-2411009, SEQ ID NO:393) des MNT Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PC wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:196), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (11:66887951-66895877, SEQ ID NO:394) des PC Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PLEKHG5 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:197), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:6488283-6495077, SEQ ID NO:395) des PLEKHG5 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PRORP wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:200), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (14:35153221-35165111, SEQ ID NO:396) des PRORP Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens RDX wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:202), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (11:110191822-110205411, SEQ ID NO:397) des RDX Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SERP1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:203), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:150596474-150607869, SEQ ID NO:398) des SERP1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SLCO3A1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:206), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (15:92065431-92073357, SEQ ID NO:399) des SLCO3A1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SUFU wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:207), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (10:102592829-102609815, SEQ ID NO:400) des SUFU Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TANGO6 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:208), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (16:69069900-69076694, SEQ ID NO:401) des TANGOS Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens EGFR wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:222), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (7:55061106-55086109, SEQ ID NO:402) des EGFR Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PINX1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:224), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (8:10795951-10805576, SEQ ID NO:403) des PINX1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SSBP2 wurde an insgesamt drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:240 bis SEQ ID NO:242), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (5:81739698-81763435, SEQ ID NO:404) und Teilen des Genkörpers (5:81412171-81427995, SEQ ID NO:405 und 5:81615123-81643212, SEQ ID NO:406) des SSBP2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TRERF1 wurde an insgesamt vier Positionen untersucht (SEQ ID NO:250 bis SEQ ID NO:253), welche insbesondere die DNA-Methylierung von Teilen des Genkörpers (6:42312265-42342490, SEQ ID NO:407 und 6:42223347-42232133, SEQ ID NO:408 und 6:42395546-42408432, SEQ ID NO:409) des TRERF1 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens GPT2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:269), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (16:46853286-46881544, SEQ ID NO:410) des GPT2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens HEG1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:270), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:125048750-125060074, SEQ ID NO:411) und der im Promotor gelegenen CpG-Insel (3:125055332-125056318) des HEG1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000231740 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:271), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:58846707-58852314, SEQ ID NO:412) des ENSG00000231740 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PPM1H wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:276), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (12:62783039-62797194, SEQ ID NO:413) des PPM1H Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PRDM10 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:277), welche insbesondere die DNA-Methylierung von Teilen des Genkörpers (11:129955771-129968794, SEQ ID NO:414) des PRDM10 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens RAD18 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:279), welche insbesondere die DNA-Methylierung von Teilen des Genkörpers (3:8866868-8875927, SEQ ID NO:415) des RAD18 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000231185 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:287), welche insbesondere die DNA-Methylierung von Teilen des Genkörpers (5:142470158-142478084, SEQ ID NO:416) des ENSG00000231185 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SYNPO wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:289), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Promotors (5:150636723-150646915, SEQ ID NO:417) des SYNPO Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TNFRSF10B wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:294), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (8:23062823-23075280, SEQ ID NO:418) des TNFRSF10B Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TOM1L2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:295), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (17:17951951-17962142, SEQ ID NO:419) des TOM1L2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TPRG1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:296), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:188941701-188956988, SEQ ID NO:420) des TPRG1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens VRK2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:299), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (2:58103868-58114626, SEQ ID NO:421) des VRK2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000249149 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:305), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (5:73366895-73375762, SEQ ID NO:422) des ENSG00000249149 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens NCOR2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:310), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (12:124589305-124596665, SEQ ID NO:423) des NCOR2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000258077 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:314), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (12:75946679-75957592, SEQ ID NO:424) des ENSG00000258077 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens NINJ2 wurde an zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:316 und SEQ ID NO:317), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (12:564035-574700, SEQ ID NO:425) des NINJ2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000257746 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:319), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (12:93081904-93099457, SEQ ID NO:426) des ENSG00000257746 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens B3GNTL1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:323), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (17:83044334-83052973, SEQ ID NO:427) des B3GNTL1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens DCP2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:325), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (5:113014888-113027911, SEQ ID NO:428) des DCP2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000242759 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:327), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (3:106722279-106735868, SEQ ID NO:429) des ENSG00000242759 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Locus Chr.3p23 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:328), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Locus Chr.3p23 im Bereich 3:31073969-31083028 (SEQ ID NO:430) und 3:31075281-31078856 widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens OGDH wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:329), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (7:44632469-44643793, SEQ ID NO:431) des OGDH Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PDZRN3 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:330), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (3:73541303-73554892, SEQ ID NO:432) des PDZRN3 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PLXNB2 wurde an insgesamt drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:332, SEQ ID NO:333 und SEQ ID NO:334), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (22:50280218-50284352, SEQ ID NO:433) des PLXNB2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000228793 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:336), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (6:3582962-3604478, SEQ ID NO:434) des ENSG00000228793 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens C6orf132 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:337), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers des Gens und der dem Gen C6orf132 nachgelagerten Sequenz (6:42095755-42105946, SEQ ID NO:435) widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000254561 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:338), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (11:119611136-119621327, SEQ ID NO:436) des ENSG00000254561 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000233321 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:339), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (10:3462995-3475451, SEQ ID NO:437) des ENSG00000233321 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SPATA12 wurde an zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:341 und SEQ ID NO:342), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:57057839-57062934, SEQ ID NO:438) des SPATA12 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ERBB2 wurde an insgesamt sieben Positionen untersucht (SEQ ID NO:44 bis SEQ ID NO:50) welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (17:39698513-39701727, SEQ ID NO:51) des ERBB2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden der genannten Positionen wurde über die HumanMethylation450 BeadChip Sonden gemessen, die in Tabelle 7 und Tabelle 8 aufgeführt sind.
Die Ergebnisse dieser Untersuchungen sind in 5 und 6 sowie Tabelle 7 und Tabelle 8 gezeigt.
5 und 6 zeigen exemplarisch jeweils ein Streudiagramm zur Korrelation des Ansprechens der malignen Zellen auf die Behandlung mit dem pharmazeutischen Hemmwirkstoff Trametinib bzw. Afatinib (logIC50, y-Achse) in Abhängigkeit von der relativen DNA-Methylierung (%, x-Achse) der CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:54 des Gens TAFAZZIN. Trametinib ist ein MEK-Inhibitor aus der Gruppe der RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren. Afatinib ist ein EGFR-Inhibitor aus der Gruppe der ERBB-Signalweginhibitoren. Das Ansprechen der malignen Zellen auf die Behandlung wurde anhand der logarithmischen mittleren inhibitorischen Konzentration (logIC50) bestimmt, wobei eine niedrige logIC50 ein Ansprechen und eine hohe logIC50 ein Nichtansprechen auf die Behandlung anzeigte. Die DNA-Methylierung des Gens TAFAZZIN in der SEQ ID NO:54 spiegelt die DNA-Methylierung im Promotor (X:154408091-154411364, SEQ ID NO:62) des Gens wider. Es ist deutlich erkennbar, dass maligne Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren (TAFAZZIN DNA-Methylierung > 50%) nur zu einem geringen Teil auf die Behandlung ansprachen, während maligne Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend unmethyliert waren (TAFAZZIN DNA-Methylierung < 50%) größtenteils auf die Behandlung ansprachen.
Die Tabellenwerte in Tabelle 7 und Tabelle 8 zeigen im Einzelnen, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der untersuchten Teile der Gene TAFAZZIN, GNG7, ANXA11, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12 und ERBB2 das Ansprechen der verschiedenen malignen Erkrankungen auf RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, wie beispielsweise MEK-Inhibitoren sowie auf ERBB-Inhibitoren, wie beispielsweise EGFR-Inhibitoren sowie CDK4-und-CDK6-Inhibitoren sowie SRC-Inhibitoren zuverlässig vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von TAFAZZIN, GNG7, ANXA11, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12 und ERBB2 jeweils die Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf ERBB-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, SRC-Inhibitoren sowie CDK4-und-CDK6-Inhibitoren zuverlässig vorhersagt. Insbesondere zeigen die Ergebnisse, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der Gene TAFAZZIN, GNG7, ANXA11, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12 und ERBB2 jeweils eine zuverlässige Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf MEK-Inhibitoren und EGFR-Inhibitoren ermöglicht, welches Beispiele für RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren beziehungsweise ERBB-Inhibitoren sind.
Beispiel 4: Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit ERBB-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4-und-CDK6-Inhibitoren und SRC-Inhibitoren anhand einer DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5
Das erfindungsgemäße Verfahren wurde zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren angewendet. Beispielsweise wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf eine Behandlung mit verschiedenen MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren untersucht, darunter die fünf MEK-Inhibitoren Trametinib, Refametinib, Selumetinib, CI-1040 und Mirdametinib sowie die vier BRAF-Inhibitoren AZ 628, Dabrafenib, HG-6-64-1 und PLX4720.
Des Weiteren wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen ERBB-Inhibitoren angewendet. Beispielsweise die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf eine Behandlung mit verschiedenen EGFR-Inhibitoren getestet, darunter die fünf EGFR-Inhibitoren Afatinib, Gefitinib, Cetuximab, Erlotinib und Lapatinib.
Schließlich wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen CDK4-und-CDK6-Inhibitoren sowie SRC-Inhibitoren angewendet. Beispielsweise wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf eine Behandlung mit den fünf SRC-Inhibitoren A-770041, Saracatinib, Bosutinib, Dasatinib und WH-4-023 sowie den drei CDK4-und-CDK6-Inhibitoren CGP-082996, CGP-60474 und Palbociclib untersucht.
Die Bestimmung der IC50 für die in diesem Beispiel untersuchten Hemmwirkstoffe und die Durchführung der DNA-Methylierungsanalyse der Gene ZBTB38, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5 erfolgten wie in Beispiel 1 beschrieben.
Die in diesem Beispiel untersuchten Zellen maligner Erkrankungen waren die gleichen wie in Beispiel 3.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ZBTB38 wurde an fünf Positionen untersucht (SEQ ID NO:175 bis SEQ ID NO:179), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:141364416-141371142, SEQ ID NO:441) des ZBTB38 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MARK wurde an drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:109, SEQ ID NO:110 und SEQ ID NO:111), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (7:1529262-1540502, SEQ ID NO:439) des MAFK Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens NEDD4L wurde an drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:112, SEQ ID NO:113 und SEQ ID NO:114), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor (18:58215872-58228329, SEQ ID NO:440) des NEDD4L Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens DIP2C wurde an drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:264, SEQ ID NO:265 und SEQ ID NO:266), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Promotors und des nachgelagerten Abschnitts des Genkörpers (10:682143-695166, SEQ ID NO:442) sowie eines weiteren Teils des Genkörpers (10:319301-330625, SEQ ID NO:443) des DIP2C Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CAPN2 wurde an sechs Positionen untersucht (SEQ ID NO:169 bis SEQ ID NO:174), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (1:223768582-223775521, SEQ ID NO:444) und zwei Promotoren (1:223695643-223717861, SEQ ID NO:445) des CAPN2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens IER3 wurde an sechs Positionen untersucht (SEQ ID NO:180 bis SEQ ID NO:185), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (6:30740330-30758622, SEQ ID NO:446) des IER3 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TM4SF19 wurde an fünf Positionen untersucht (SEQ ID NO:150 bis SEQ ID NO:154), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:196334860-196346137, SEQ ID NO:447) des TM4SF19 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens RPTOR wurde an drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:186, SEQ ID NO:187 und SEQ ID NO:188), welche insbesondere die DNA-Methylierung von Teilen des Genkörpers (17:80779489-80810457, SEQ ID NO:448, 17:80844268-80875012, SEQ ID NO:449 und 17:80875012-80904251, SEQ ID NO:450) des RPTOR Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens S100A16 wurde an fünf Positionen untersucht (SEQ ID NO:232 bis SEQ ID NO:236), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:153606408-153613450, SEQ ID NO:451) und dessen Zentrum (1:153608184-153610335) des S100A16 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens BCL9L wurde an vier Positionen untersucht (SEQ ID NO:155 bis SEQ ID NO:258), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (11:118907364-118932161, SEQ ID NO:452) des BCL9L Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens KCNMA1 wurde an zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:216 und SEQ ID NO:217), welche insbesondere die DNA-Methylierung von zwei Teilen des Genkörpers (10:77343586-77364673, SEQ ID NO:453 und 10:77580549-77606859, SEQ ID NO:454) des KCNMA1 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens GALE wurde an drei Positionen untersucht (SEQ ID NO:135, SEQ ID NO:136 und SEQ ID NO:137), welche insbesondere die DNA-Methylierung im zentralen Promotor (1:23798440-23801012, SEQ ID NO:455) des GALE Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PCID2 wurde an zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:220 und SEQ ID NO:221), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor und angrenzendem Genkörper (13:113183171-113191810, SEQ ID NO:456) des PCID2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SH3TC1 wurde an zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:282 und SEQ ID NO:283), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (4:8186081-8195074, SEQ ID NO:457) des SH3TC1 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SSH1 wurde an zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:243 und SEQ ID NO:244), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor und angrenzendem Genkörper (12:108818418-108837010, SEQ ID NO:458) des SSH1 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens AVPI1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:126), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (10:97680054-97694209, SEQ ID NO:459) des AVPI1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MAP3K14 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:143), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (17:45280967-45306566, SEQ ID NO:460) des MAP3K14 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MIR23AHG wurde an zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:144 und SEQ ID NO:145), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (19:13833062-13847218, SEQ ID NO:461) des MIR23AHG Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens EPHA2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:155), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:16140758-16159964, SEQ ID NO:462) des EPHA2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000233785 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:157), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (X:23779234-23784341, SEQ ID NO:463) des ENSG00000233785 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ACVR1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:158), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (2:157826504-157840100, SEQ ID NO:464) des ACVR1 Gens widerspiegelt. Dieser Teil des Genkörpers umfasst auch einen Teil eines alternativen Promotors.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000282849 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:159), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:200479260-200488319, SEQ ID NO:465) des ENSG00000282849 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens COX7A2L wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:162), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper (2:42414934-42428523, SEQ ID NO:466) des COX7A2L Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000234476 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:165), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper und der dem Gen nachgelagerten Sequenz (1:225440616-225452506, SEQ ID NO:467) des ENSG00000234476 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens LRRC2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:167), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper und der dem Gen nachgelagerten Sequenz (3:46514226-46522718, SEQ ID NO:468) des LRRC2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PLXNB1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:198), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper und der dem Gen nachgelagerten Sequenz (3:48398407-48408032, SEQ ID NO:469) des PLXNB1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PPTC7 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:199), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (12:110572968-110586617, SEQ ID NO:470) des PPTC7 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens RB1CC1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:201), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (8:52691480-52698840, SEQ ID NO:471) des RB1CC1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SLC2A1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:204), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (1:42938229-42947715, SEQ ID NO:472) des SLC2A1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SLC39A11 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:205), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (17:72714613-72720275, SEQ ID NO:473) des SLC39A11 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TBC1D14 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:209), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (4:6940038-6945133, SEQ ID NO:474) des TBC1D14 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TIMP2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:210), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (17:78860378-78864341, SEQ ID NO:475) des TIMP2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000276527 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:213), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (13:44706332-44721620, SEQ ID NO:476) des ENSG00000276527 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CFAP20DC wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:215), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (3:58994710-59004335, SEQ ID NO:477) des CFAP20DC Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PHLDA1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:223), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Genkörper und der dem Gen nachgelagerten Sequenz (12:76020299-76028225, SEQ ID NO:478) des PHLDA1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TESC wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:245), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (12:117040788-117045883, SEQ ID NO:479) des TESC Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens LIMA1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:254), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor und Genkörper (12:50240641-50255929, SEQ ID NO:480) des LIMA1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ASPSCR1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:259), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor und Genkörper (17:81996878-82011599, SEQ ID NO:481) des ASPSCR1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CAMK1D wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:260), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (10:12441419-12456706, SEQ ID NO:482) des CAMKID Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CAMK2D wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:261), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (4:113463882-113476338, SEQ ID NO:483) des CAMK2D Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CFAP57 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:262), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (1:43199549-43214270, SEQ ID NO:484) des CFAP57 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CHCHD6 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:263), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (3:126904209-126920063, SEQ ID NO:485) des CHCHD6 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens DRAP1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:267), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (11:65909705-65922504, SEQ ID NO:486) des DRAP1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENC1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:268), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (5:74636598-74645657, SEQ ID NO:487) des ENC1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ARHGAP32 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:124), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (11:129131715-129160026, SEQ ID NO:488) des ARHGAP32 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ABL2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:96), welche insbesondere die DNA-Methylierung in Teilen des alternativen Promotors und des Genkörpers (1:179132347-179152810, SEQ ID NO:489) des ABL2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000250754 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:272), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (4:185105388-185115579, SEQ ID NO:490) des ENSG00000250754 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung des Locus Chr.1q42.3 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:273), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Locus Chr.1q42.3 im Bereich 1:235005582-235018381 (SEQ ID NO:491) und 3:31075281-31078856 widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MYO16 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:274), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (13:108955554-108964613, SEQ ID NO:492) des MYO16 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MYOF wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:275), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (10:93430533-93443556, SEQ ID NO:493) des MYOF Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PTPRK wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:278), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (6:128505772-128525024, SEQ ID NO:494) des PTPRK Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens RBKS wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:280), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (2:27795917-27806109, SEQ ID NO:495) des RBKS Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SH3RF2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:281), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (5:145943178-145954502, SEQ ID NO:496) des SH3RF2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SILC1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:284), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils der Promotorregion (2:5965649-5976973, SEQ ID NO:497) des SILC1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SP1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:285), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (12:53376933-53389389, SEQ ID NO:498) des SP1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SPAG6 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:286), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (10:22423788-22437377, SEQ ID NO:499) des SPAG6 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SRGAP1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:288), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (12:64081933-64096088, SEQ ID NO:500) des SRGAP1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SYTL3 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:290), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (6:158715789-158725980, SEQ ID NO:501) des SYTL3 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TMEM248 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:293), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (7:66948778-66956138, SEQ ID NO:503) des TMEM248 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens UTP25 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:298), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (1:209833653-209842712, SEQ ID NO:504) des UTP25 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens WDFY3 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:300), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (4:84688272-84697331, SEQ ID NO:505) des WDFY3 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens WIPF2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:301), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers und der nachgelagerten Sequenz (17:40280324-40285420, SEQ ID NO:506) des WIPF2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens WSB2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:302), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers und des alternativen Promotors (12:118050165-118055260, SEQ ID NO:507) des WSB2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ZCCHC14 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:303), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Genkörpers (16:87454494-87461288, SEQ ID NO:508) des ZCCHC14 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ZSWIM1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:304), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Genkörpers und der nachgelagerten Sequenz (20:45882837-45886936, SEQ ID NO:509) des ZSWIM1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000226380 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:309), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Genkörpers und eines alternativen Promotors (7:130897587-130915321, SEQ ID NO:510) des ENSG00000226380 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENTPD6 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:312), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers und der nachgelagerten Sequenz (20:25218815-25232404, SEQ ID NO:511) des ENTPD6 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000285517 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:313), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (12:30789185-30803341, SEQ ID NO:512) des ENSG00000285517 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CAPRIN2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:315), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (12:30721446-30731637, SEQ ID NO:513) des CAPRIN2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MTPN wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:318), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers und der nachgelagerten Sequenz (7:135916072-135931079, SEQ ID NO:514) des MTPN Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ADAM17 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:320), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (2:9549370-9573152, SEQ ID NO:515) des ADAM17 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ATG14 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:322), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (14:55394876-55407333, SEQ ID NO:516) des ATG14 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000258583 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:324), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (14:58725174-58743859, SEQ ID NO:517) des ENSG00000258583 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ITGB5 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:326), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:124873906-124896555, SEQ ID NO:518) des ITGB5 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung der Positionen wurde jeweils über die HumanMethylation450 BeadChip Sonden gemessen, die in Tabellen 9-11 aufgeführt sind.
Die Ergebnisse sind in den Tabellen 9-11 zusammengefasst. Die Tabellendaten zeigen, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der untersuchten Teile der Gene ZBTB38, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5 das Ansprechen der verschiedenen malignen Erkrankungen auf ERBB-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4-und-CDK6-Inhibitoren sowie SRC-Inhibitoren zuverlässig vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5 jeweils die Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf ERBB-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4-und-CDK6-Inhibitoren sowie SRC-Inhibitoren zuverlässig vorhersagt, insbesondere das Ansprechen auf MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren sowie EGFR-Inhibitoren, welches RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren beziehungsweise ERBB-Inhibitoren sind.
Beispiel 5: Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4-und-CDK6-Inhibitoren und SRC-Inhibitoren anhand einer DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2 und ENSG00000258082
Das erfindungsgemäße Verfahren wurde zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren angewendet. Beispielsweise wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf verschiedene MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren getestet, darunter die fünf MEK-Inhibitoren Trametinib, Refametinib, Selumetinib, CI-1040 und Mirdametinib sowie die vier BRAF-Inhibitoren AZ 628, Dabrafenib, HG-6-64-1 und PLX4720.
Des Weiteren wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf verschiedene CDK4-und-CDK6-Inhibitoren sowie SRC-Inhibitoren angewendet. Beispielsweise wurde die Vorhersagekraft Bezug auf das Ansprechen auf die fünf SRC-Inhibitoren A-770041, Saracatinib, Bosutinib, Dasatinib und WH-4-023 sowie die drei CDK4-und-CDK6-Inhibitoren CGP-082996, CGP-60474 und Palbociclib untersucht.
Die Bestimmung der IC50 für die in diesem Beispiel untersuchten Hemmwirkstoffe und die Durchführung der DNA-Methylierungsanalyse der Gene VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2 und ENSG00000258082 erfolgten wie in Beispiel 1 beschrieben.
Die in diesem Beispiel untersuchten Zellen maligner Erkrankungen entsprachen denen aus Beispiel 3.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens VGLL4 wurde an insgesamt vier Positionen untersucht (SEQ ID NO:190 bis SEQ ID NO:193), welche insbesondere die DNA-Methylierung im alternativen Promotor und Genkörper (3:11565768-11571995, SEQ ID NO:519) des VGLL4 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CDCP1 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:214), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (3:45124238-45151983, SEQ ID NO:520) des CDCP1 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens RASA3 wurde an insgesamt fünf Positionen untersucht (SEQ ID NO:227 bis SEQ ID NO:238), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (13:114105649-114128377, SEQ ID NO:521) und eines Teils des Genkörpers (13:114062455-114066811, SEQ ID NO:522) des RASA3 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PTTG1IP wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:225 und SEQ ID NO:226), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (21:44865977-44876735, SEQ ID NO:523) des PTTG1IP Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ASAP2 wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:306 und SEQ ID NO:307), welche insbesondere die DNA-Methylierung von Teilen des Genkörpers (2:9230183-9241659, SEQ ID NO:524 und 2:9275684-9297427, SEQ ID NO:525) des ASAP2 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000242282 wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:211 und SEQ ID NO:212), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (2:3534728-3537892, SEQ ID NO:526) des ENSG00000242282 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung des Locus Chr.3q29 wurde an insgesamt zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:218 und SEQ ID NO:219), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Bereich 3:193868829-193871078 (SEQ ID NO:527) des Locus Chr.3q29 widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens TMCO4 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:292), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (1:19760862-19771053, SEQ ID NO:528) des TMCO4 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens UBXN11 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:297), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (1:26283080-26291573, SEQ ID NO:529) des UBXN11 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens MAP3K5 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:308), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (6:136586548-136600703, SEQ ID NO:530) des MAP3K5 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ASTN2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:321), welche insbesondere die DNA-Methylierung eines Teils des Genkörpers (9:117366574-117385825, SEQ ID NO:531) des ASTN2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens ENSG00000258082 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:311), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor (1:234979046-234982307, SEQ ID NO:532) des ENSG00000258082 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung der jeweiligen Positionen wurde über die HumanMethylation450 BeadChip Sonden gemessen, die in den Tabellen 12 und 13 aufgeführt sind.
Die Ergebnisse sind in den Tabellen 11 und 12 zusammengefasst. Die Tabellenwerte zeigen, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der untersuchten CpG-Dinukleotide der Gene VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2 und ENSG00000258082 das Ansprechen der malignen Erkrankungen auf RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, wie beispielsweise MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren, sowie CDK4-und-CDK6-Inhibitoren und SRC-Inhibitoren, zuverlässig vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2 und ENSG00000258082 jeweils die Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4-und-CDK6-Inhibitoren sowie SRC-Inhibitoren zuverlässig vorhersagt, insbesondere auf eine Behandlung mit MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren sowie EGFR-Inhibitoren, welches RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren beziehungsweise ERBB-Inhibitoren sind.
Beispiel 6: Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit CDK4-und-CDK6-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren und SRC-Inhibitoren, anhand einer DNA-Methylierungsanalyse der Gene SYNJ2 und WWTR1
Das erfindungsgemäße Verfahren wurde zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen CDK4-und-CDK6-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren sowie SRC-Inhibitoren angewendet. Insbesondere wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf eine Behandlung mit verschiedenen MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren getestet, welches RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren sind, darunter die fünf MEK-Inhibitoren Trametinib, Refametinib, Selumetinib, CI-1040 und Mirdametinib sowie die vier BRAF-Inhibitoren AZ 628, Dabrafenib, HG-6-64-1 und PLX4720. Des Weiteren wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen auf eine Behandlung mit den drei PARP-Inhibitoren AG-014699, Talazoparib und Olaparib, den fünf SRC-Inhibitoren A-770041, Saracatinib, Bosutinib, Dasatinib und WH-4-023, den drei CDK4-und-CDK6-Inhibitoren CGP-082996, AT-7519 und Palbociclib sowie den zwei mTOR-Inhibitoren Temsirolimus und AZD8055 untersucht.
Die Bestimmung der IC50 für die in diesem Beispiel untersuchten Hemmwirkstoffe und die Durchführung der DNA-Methylierungsanalyse der Gene SYNJ2 und WWTR1 erfolgten wie in Beispiel 1 beschrieben.
Darüber hinaus entsprachen die in diesem Beispiel untersuchten Zellen maligner Erkrankungen denjenigen aus Beispiel 3.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens SYNJ2 wurde an einer Position untersucht (SEQ ID NO:194), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Genkörpers (6:158054401-158064027, SEQ ID NO:351) des SYNJ2 Gens widerspiegelt.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens WWTR1 wurde an zwei Positionen untersucht (SEQ ID NO:352 und SEQ ID NO:353), welche insbesondere die DNA-Methylierung des Genkörpers (3:149654894-149660454, SEQ ID NO:365) des WWTR1 Gens widerspiegeln.
Die DNA-Methylierung in den genannten Positionen wurde über die HumanMethylation450 BeadChip Sonden gemessen, die in den Tabellen 14-16 aufgeführt ist.
Die Ergebnisse dieser Untersuchungen sind in den Tabellen 14-16 zusammengefasst. Die Tabellenwerte zeigen, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der Gene SYNJ2 und WWTR1 jeweils das Ansprechen der malignen Zellen auf CDK4-und-CDK6-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren sowie SRC-Inhibitoren zuverlässig vorherzusagen. Aus den Tabellendaten ist ersichtlich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend methyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der Gene SYNJ2 und WWTR1 jeweils die Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit CDK4-und-CDK6-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren sowie SRC-Inhibitoren zuverlässig vorhersagt, insbesondere auf eine Behandlung mit MEK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren, welches RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren im Sinne der Erfindung sind.
Beispiel 7: Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit VEGFR-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, PI3K-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren, NTRK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren anhand einer Methylierungsanalyse des Gens CLDN4
Das erfindungsgemäße Verfahren wurde zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen PARP-Inhibitoren, PI3K-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, PI3K und mTOR-Inhibitoren, VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren, PDGFR und VEGFR-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren, NTRK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren angewendet.
Beispielsweise wurde die Vorhersagekraft in Bezug auf das Ansprechen maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen BRAF-Inhibitoren getestet, darunter AZ 628, Dabrafenib, HG-6-64-1, PLX4720 und SB590885, sowie in Bezug auf verschiedene PARP-Inhibitoren, darunter Veliparib, AG-014699, Talazoparib und Olaparib.
Außerdem wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren sowie PDGFR-und-VEGFR-Inhibitoren angewendet, darunter die drei VEGFR-Inhibitoren Foretinib, Cabozantinib und OSI-930, die sechs PDGFR-und-VEGFR-Inhibitoren Sorafenib, Sunitinib, Midostaurin, Linifanib, Tivozanib, Axitinib und Pazopanib sowie die zwei PDGFR-Inhibitoren Imatinib und Masitinib.
Schließlich wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit verschiedenen PI3K-Inhibitoren, PI3K und mTOR-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und einem NTRK-Inhibitor angewendet, darunter die drei PI3K-Inhibitoren AS605240, Idelalisib und PIK-93, die zwei PI3K-und-mTOR-Inhibitoren Dactolisib und Omipalisib, die zwei mTOR-Inhibitoren Temsirolimus und AZD8055, die zwei FGFR-Inhibitoren PD-173074 und Masitinib sowie der NTRK-Inhibitor Lestaurtinib.
Die Bestimmung der IC50 für die in diesem Beispiel untersuchten Hemmwirkstoffe und die Durchführung der DNA-Methylierungsanalyse des Gens CLDN4 erfolgten wie in Beispiel 1 beschrieben. Darüber hinaus wurden die in Beispiel 1 verwendeten Zelllinien maligner Erkrankungen für die Untersuchungen verwendet.
Die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens CLDN4 wurde an insgesamt sechs Positionen untersucht (SEQ ID NO:345 bis SEQ ID NO:350), welche insbesondere die DNA-Methylierung im Promotor und Genkörper (7:73826348-73836540, SEQ ID NO:354) des CLDN4 Gens widerspiegeln. Die DNA-Methylierung der Positionen wurde über die HumanMethylation450 BeadChip Sonden gemessen, die in den Tabellen 17-20 aufgeführt sind.
Die Ergebnisse dieser Untersuchungen sind in den Tabellen 17-19 zusammengefasst. Die Tabellenwerte zeigen, dass es möglich war, durch die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse der sechs untersuchten Teile des Gens CLDN4 jeweils das Ansprechen der malignen Zellen auf BRAF-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren, PDGFR-und-VEGFR-Inhibitoren, PI3K-Inhibitoren, PI3K-und-mTOR-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und einen NTRK-Inhibitor zuverlässig vorherzusagen. Überraschenderweise zeigte sich, dass Zelllinien maligner Zellen, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide überwiegend unmethyliert waren, eine signifikant (p < 0,05) höhere IC50 im Vergleich zu malignen Zellen mit überwiegend methylierten CpG-Dinukleotiden aufwiesen, was an dem negativen t der t-Statistik zu erkennen ist. Das bedeutet, dass die malignen Zellen mit den überwiegend unmethylierten CpG-Dinukleotiden signifikant weniger durch die untersuchten Hemmwirkstoffe inhibiert wurden, also schlecht auf die Behandlung ansprachen.
Zusammenfassend zeigen die Ergebnisse, dass die erfindungsgemäße DNA-Methylierungsanalyse des Gens CLDN4 jeweils die Ansprechwahrscheinlichkeit maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit PARP-Inhibitoren, PI3K-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, PI3K und mTOR-Inhibitoren, VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren, PDGFR-und-VEGFR-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren, NTRK-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren zuverlässig vorhersagt.
Beispiel 8: Klinische Studie zur Vorhersage des Ansprechens einer malignen Erkrankung auf eine Inhibierung des PD-1-Immun-Checkpoint-Signalwegs anhand der DNA-Methylierung des Gens PPP1R18
Die Erfindung bietet außerdem die vorteilhafte Möglichkeit, Personen mit malignen Erkrankungen, von denen anhand der erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse bekannt ist, dass das Ansprechen auf eine Behandlung mit dem entsprechenden pharmazeutischen Hemmwirkstoff unwahrscheinlich ist, mit einer anderen Wirkstoffklasse wie z. B. einem Immun-Checkpoint-Inhibitor zu behandeln, um einen schnellstmöglichen Therapieerfolg zu erzielen.
In diesem Beispiel wurde das erfindungsgemäße Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Immuntherapie mit einem Immun-Checkpoint-Inhibitor angewendet.
Die untersuchte Patientenkohorte umfasste insgesamt 51 Patienten, bei denen metastasierte oder nicht-resezierbare Urothelkarzinome diagnostiziert wurden. Vor Beginn der immuntherapeutischen Behandlung wurden Tumorgewebeproben der Patienten genommen, durch Formalin fixiert und in Paraffin eingebettet. Die Patienten wurden mit einer anti-PD-1-Immun-Checkpoint-Blockade bzw. einer anti-PD-L1-Immun-Checkpoint-Blockade durch Pembrolizumab, Nivolumab oder Atezolizumab behandelt.
Für die DNA-Methylierungsanalyse wurde zunächst von den Tumorgewebeproben Dünnschnitte mit einer Stärke von 10 µm angefertigt und auf Glasobjektträger aufgezogen. Anhand eines HE-Schnitts wurden die Tumorareale durch pathologische Begutachtung identifiziert und mit einem Skalpell von den Glasobjekträgern zur weiteren Behandlung heruntergekratzt. Bisulfit-konvertierte DNA wurde aus den Tumorarealen mit dem EpiTect Plus DNA Bisulfite Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Deutschland) nach Herstellerangaben bereitgestellt. Anschließend wurde die Gesamtmenge umgewandelter DNA mithilfe eines NanoDrop ND-1000 Spektrophotometers (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA) quantifiziert.
Im nächsten Schritt wurde eine DNA-Methylierungsanalyse durchgeführt, indem beispielsweise ein Teil des PPP1R18 Genlokus mithilfe einer quantitativen Echtzeit-PCR amplifiziert und gleichzeitig die DNA-Methylierung der darin enthaltenen CpG-Dinukleotide quantifiziert wurde. Dabei kam z. B. eine Echtzeit-PCR zum Einsatz, bei welcher innerhalb der gleichen Reaktion neben der Menge an methylierten Kopien des PPP1R18 Genlokus auch die Menge an unmethylierten Kopien quantifiziert wurde. Zu diesem Zweck wurden zwei Sonden verwendet, die jeweils die methylierte bzw. unmethylierte Variante des Bisulfitkonvertierten PPP1R18 Genlokus binden. Die Amplifikation des PPP1R18 Genlokus erfolgte mithilfe von Primern der Sequenzen SEQ ID NO:533 und SEQ ID NO:534. Diese Primer amplifizieren die Sequenz, die durch Bisulfit-Konversion der Sequenz SEQ ID NO:537 (6:30685813-30685924) entsteht. Diese Sequenz wird auch durch die Sonde der HumanMethylation450 BeadChip Sonde cg18335326 mit der SEQ ID NO:10 gebunden. Im Fall von vollständiger DNA-Methylierung hat dieser umgewandelte Teil im Genom die Sequenz SEQ ID NO:538. Im unmethylierten Zustand hat dieser umgewandelte Teil im Genom die Sequenz SEQ ID NO:539. Die Detektion der methylierten Sequenz erfolgte mit einer Sonde der Sequenz SEQ ID NO:536, welche an 5' den Fluoreszenzfarbstoff 6-FAM und an 3' den Quencher BHQ-1 trug. Die Detektion der unmethylierten Sequenz erfolgte mit einer Sonde der Sequenz SEQ ID NO:535, welche an 5' den Fluoreszenzfarbstoff HEX und an 3' den Quencher BHQ-1 trug.
Die Echtzeit-PCR wurde in 20 µl PCR Reaktionen in jeweils drei unabhängigen Messungen durchgeführt, wobei sich insbesondere die folgende Reaktionszusammensetzung eignete: 35 mM Tris-HCl, pH 8,4, 6 mM MgC12, 50 mM KCl, 4% Glycerin, 0,25 mM jedes dNTP (dTTP, dATP, dGTP, dCTP), 2 U FastStart Taq DNA-Polymerase (Roche Applied Science, Penzberg, Deutschland), 0,4 µM jedes Primers und 0,3 µM jeder Detektionssonde. Die qPCR wurde z. B. mittels eines AB 7500 Fast Real-Time PCR System (Life Technologies Corporation, Carlsbad, CA, USA) durchgeführt. Ein geeignetes Temperaturprofil umfasste beispielsweise folgende Schritte: 20 min bei 95 °C, gefolgt von 45 Zyklen je 60 s bei 56 °C und 15 s bei 95 °C.
Der Anteil von PPP1R18 DNA-Methylierung in der konvertierten DNA wurde mittels der Delta-CT Methode berechnet und als Quantitativer Methylation Score (QMS) prozentual ausgedrückt: QMS = 100/(1+2^(CTmethylated-CTunmethylated)).
Für die Überlebensanalyse wurde der Progress der malignen Erkrankung bzw. der Tod als Endpunkt betrachtet. Die Überlebensdauer wurde als der Zeitraum von der ersten Gabe des Immun-Checkpoint-Inhibitors bis zum Todeszeitpunkt, Progress bzw. bis zum letzten Kontakt definiert. Mit den Überlebensdaten wurde eine Kaplan-Meier-Analyse mit Log-Rank-Test durchgeführt. Zur statistischen Analyse wurde SPSS, Version 23.0 verwendet (SPSS Inc., Chicago, IL, USA).
7 zeigt die Kaplan-Meier-Analyse des progressionsfreien Überlebens der 51 Patienten mit metastasierten oder nichtresezierbaren Urothelkarzinomen während der Immuntherapie. Die Patienten wurden entsprechend des QMS kategorisiert. Die Analyse zeigte dabei ein hochsignifikant (p = 0,002) verkürztes Überleben der Patienten, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide des PPP1R18 Gens in den Tumorzellen überwiegend unmethyliert vorlagen (QMS < 50%). Diese 17 Patienten erlitten alle innerhalb von 500 Tagen einen Progress oder verstarben beziehungsweise waren zensiert. Von den 34 Patienten, bei denen die untersuchten CpG-Dinukleotide des PPP1R18 Gens in den Tumorzellen überwiegend methyliert waren (QMS > 50%), überlebten mehr als 20% länger als 1200 Tage progressionsfrei nach Beginn der Immuntherapie.
Somit konnte der Erfinder erstmals zeigen, dass eine DNA-Methylierungsanalyse des Gens PPP1R18 von Zellen einer malignen Erkrankung mit hoher Zuverlässigkeit eine Vorhersage des Ansprechens der malignen Erkrankung auf eine Immuntherapie ermöglicht, die den PD-1-Immun-Checkpoint-Signalweg inhibiert. Entsprechend konnte auch gezeigt werden, dass Anwesenheit, Abwesenheit oder Ausmaß einer DNA-Methylierung von PPP1R18 einen zuverlässigen Biomarker zur Vorhersage eines Ansprechens der malignen Erkrankung auf eine solche Immuntherapie darstellt.
Die Tabellen 1-5 aus Beispiel 1 zeigen, dass die DNA-Methylierung von CpG-Dinukleotiden des Gens PPP1R18 in dem im vorliegenden Beispiel untersuchten Teil mit der SEQ ID NO:10 das Ansprechen der malignen Erkrankung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4 und CDK6-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, PI3K-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, PI3K und mTOR-Inhibitoren, VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren, PDGFR und VEGFR-Inhibitoren, SRC-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und NTRK-Inhibitoren zuverlässig vorhersagt. Maligne Erkrankungen, deren Zellen überwiegend unmethylierte CpG-Dinukleotide in SEQ ID NO:10 aufwiesen und in dem vorliegenden Beispiel besonders schlecht auf eine Immuntherapie ansprechen, sprachen in Beispiel 1 besonders gut auf eine Behandlung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren, CDK4 und CDK6-Inhibitoren, PARP-Inhibitoren, PI3K-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, PI3K und mTOR-Inhibitoren, VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren, PDGFR und VEGFR-Inhibitoren, SRC-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und NTRK-Inhibitoren an.
Somit bietet sich eine vorteilhafte Möglichkeit, anhand der DNA-Methylierung der erfindungsgemäßen Gene eine informierte Auswahl aus einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff und einem Immuntherapeutikum zu treffen, um eine erkrankte Person möglichst schnell, effizient und wirksam zu behandeln.
Tabelle 1: Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene PPP1R18 und RUNX1. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 2: Vorhersage des Ansprechens maligner Erkrankungen auf eine Behandlung mit SRC-Inhibitoren und CDK4-und-CDK6-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene PPP1R18 und RUNX1. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 3: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit PARP-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene PPP1R18 und RUNX1. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05) .
Tabelle 4: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren und PDGFR-und-VEGFR-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene PPP1R18 und RUNX1. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 5: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit PI3K-Inhibitoren, PI3K-und-mTOR-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und NTRK-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene PPP1R18 und RUNX1. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 6: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit ERBB-Inhibitoren und RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1 und CHD2. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).

Tabelle 7: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit ERBB-Inhibitoren und RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse von TAFAZZIN, GNG7, ANXA11, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGO6, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12 und ERBB2. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 8: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit SRC-Inhibitoren und CDK4-und-CDK6-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse von TAFAZZIN, GNG7, ANXA11, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGO6, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12 und ERBB2. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 9: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 10: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit ERBB-Inhibitoren und CDK4-und-CDK6-Signalweginhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 11: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit SRC-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse von ZBTB38, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583 und ITGB5. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 12: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2 und ENSG00000258082. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 13: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit SRC-Inhibitoren und CDK4-und-CDK6-Signalweginhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse von VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2 und ENSG00000258082. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 14: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene SYNJ2 und WWTR1. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 15: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit PARP-Inhibitoren, CDK4-und-CDK6-Inhibitoren und mTOR-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene SYNJ2 und WWTR1. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 16: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit SRC-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse der Gene SYNJ2 und WWTR1. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).

Tabelle 17: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit PARP-Inhibitoren und BRAF-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse des Gens CLDN4. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 18: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit VEGFR-Inhibitoren, PDGFR-Inhibitoren und PDGFR-und-VEGFR-Inhibitoren anhand einer erfindungsgemäßen DNA-Methylierungsanalyse des Gens CLDN4. Die Sequenzbereiche (SEQ ID NO) wurden mithilfe der jeweils zugeordneten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip (Infinium Sonde) analysiert. Die Tabellenwerte sind die t-Werte der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der malignen Zellen mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
Tabelle 19: Vorhersage des Ansprechens maligner Zellen auf eine Behandlung mit PI3K-Inhibitoren, PI3K-und-mTOR-Inhibitoren, mTOR-Inhibitoren, FGFR-Inhibitoren und NTRK-Inhibitoren anhand einer Methylierungsanalyse des Gens CLDN4. Getestet wurden beispielsweise drei PI3K-Inhibitoren, zwei PI3K und mTOR-Inhibitoren, zwei mTOR-Inhibitoren, zwei FGFR-Inhibitoren und ein NTRK-Inhibitor. Untersucht wurden die gelisteten Sequenzbereiche, die mittels der gelisteten Sonden des Infinium HumanMethylation450 BeadChip analysiert wurden. Dargestellt sind die t der t-Statistik aus dem Vergleich der IC50 der Zelllinien mit einer DNA-Methylierung der untersuchten CpG-Dinukleotide von über 50% und unter 50%. Alle dargestellten Unterschiede sind statistisch signifikant (p < 0,05).
ZITATE ENTHALTEN IN DER BESCHREIBUNG
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Zitierte Patentliteratur

US 2016/0265067 A1 [0008]
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DE 102015009187 B3 [0305]

Claims

Ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, CDK4-und-CDK6-Inhibitor, PARP-Inhibitor, PI3K-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, VEGFR-Inhibitor, PDGFR-Inhibitor, SRC-Inhibitor, FGFR-Inhibitor, NTRK-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt wird, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen, wobei ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
Ein pharmazeutischer Hemmwirkstoff zur Anwendung in einem Verfahren zur Behandlung einer malignen Erkrankung einer Person, wobei der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, CDK4-und-CDK6-Inhibitor, PARP-Inhibitor, PI3K-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, VEGFR-Inhibitor, PDGFR-Inhibitor, SRC-Inhibitor, FGFR-Inhibitor, NTRK-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PPP1R18, RUNX1 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
Ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ERBB-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt wird, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen, wobei ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
Ein pharmazeutischer Hemmwirkstoff zur Anwendung in einem Verfahren zur Behandlung einer malignen Erkrankung einer Person, wobei der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus ERBB-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus PLEC, LAMB3, TINAGL1, C19orf33, IL18, S100A2, TOB1, TOR4A, FBRSL1, S100A10, LRRFIP2, SPIDR, ASB1, LAMA3, ENSG00000229672, MYH16, GRID1, CHD2 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung keine Methylierung aufweist.
Ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ERBB-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, CDK4-und-CDK6-Inhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583, ITGB5 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt wird, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen, wobei ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
Ein pharmazeutischer Hemmwirkstoff zur Anwendung in einem Verfahren zur Behandlung einer malignen Erkrankung einer Person, wobei der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus ERBB-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, CDK4-und-CDK6-Inhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus ZBTB38, TAFAZZIN, ANXA11, MAFK, NEDD4L, DIP2C, CAPN2, IER3, TM4SF19, RPTOR, S100A16, BCL9L, KCNMA1, GALE, PCID2, GNG7, ANXA2, MAFG, PKP3, ABTB2, ENSG00000287625, ARL14, BCAR3, BIK, CCND3, CMIP, ELK3, HRH1, SAP30BP, NOS1AP, RALB, TGFBI, ENSG00000235726, CAB39, CIRBP, DIAPH1, FGD6, LMO7, MICAL2, STMN1, MNT, PC, PLEKHG5, PRORP, RDX, SERP1, SLCO3A1, SUFU, TANGOS, EGFR, PINX1, SSBP2, TRERF1, GPT2, HEG1, ENSG00000231740, PPM1H, PRDM10, RAD18, ENSG00000231185, SYNPO, TNFRSF10B, TOM1L2, TPRG1, VRK2, ENSG00000249149, NCOR2, ENSG00000258077, NINJ2, ENSG00000257746, B3GNTL1, DCP2, ENSG00000242759, Locus Chr.3p23, OGDH, PDZRN3, PLXNB2, ENSG00000228793, C6orf132, ENSG00000254561, ENSG00000233321, SPATA12, ERBB2, SH3TC1, SSH1, AVPI1, MAP3K14, MIR23AHG, EPHA2, ENSG00000233785, ACVR1, ENSG00000282849, COX7A2L, ENSG00000234476, LRRC2, PLXNB1, PPTC7, RB1CC1, SLC2A1, SLC39A11, TBC1D14, TIMP2, ENSG00000276527, CFAP20DC, PHLDA1, TESC, LIMA1, ASPSCR1, CAMK1D, CAMK2D, CFAP57, CHCHD6, DRAP1, ENC1, ARHGAP32, ABL2, ENSG00000250754, Locus Chr.1q42.3, MYO16, MYOF, PTPRK, RBKS, SH3RF2, SILC1, SP1, SPAG6, SRGAP1, SYTL3, TMEM248, UTP25, WDFY3, WIPF2, WSB2, ZCCHC14, ZSWIM1, ENSG00000226380, ENTPD6, ENSG00000285517, CAPRIN2, MTPN, ADAM17, ATG14, ENSG00000258583, ITGB5 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung keine Methylierung aufweist.
Ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus CDK4-und-CDK6-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2, ENSG00000258082 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt wird, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen, wobei ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
Ein pharmazeutischer Hemmwirkstoff zur Anwendung in einem Verfahren zur Behandlung einer malignen Erkrankung einer Person, wobei der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus CDK4-und-CDK6-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus VGLL4, CDCP1, RASA3, PTTG1IP, ASAP2, ENSG00000242282, Locus Chr.3q29, TMCO4, UBXN11, MAP3K5, ASTN2, ENSG00000258082 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung keine Methylierung aufweist.
Ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus CDK4-und-CDK6-Inhibitor, PARP-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SYNJ2, WWTR1 und beliebigen Kombinationen davon von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt wird, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen, wobei ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung unmethyliert ist.
Ein pharmazeutischer Hemmwirkstoff zur Anwendung in einem Verfahren zur Behandlung einer malignen Erkrankung einer Person, wobei der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus CDK4-und-CDK6-Inhibitor, PARP-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, RAS/RAF/MEK/ERK-Signalweginhibitor, SRC-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass von der erkrankten Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid eines Gens ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus SYNJ2, WWTR1 und beliebigen Kombinationen davon bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung keine Methylierung aufweist.
Ein Verfahren zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit einer malignen Erkrankung auf eine Behandlung mit einem pharmazeutischen Hemmwirkstoff ausgewählt aus der Gruppe bestehend aus VEGFR-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, PDGFR-Inhibitor, PARP-Inhibitor, PI3K-Inhibitor, FGFR-Inhibitor, NTRK-Inhibitor, BRAF-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass eine DNA-Methylierungsanalyse von mindestens einem CpG-Dinukleotid des Gens CLDN4 von Zellen der malignen Erkrankung durchgeführt wird, um die Ansprechwahrscheinlichkeit zu bestimmen, wobei ein Ansprechen auf die Behandlung wahrscheinlich ist, wenn das mindestens eine CpG-Dinukleotid bei einem überwiegenden Teil der Zellen der malignen Erkrankung methyliert ist.
Ein pharmazeutischer Hemmwirkstoff zur Anwendung in einem Verfahren zur Behandlung einer malignen Erkrankung einer Person, wobei der pharmazeutische Hemmwirkstoff ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus VEGFR-Inhibitor, mTOR-Inhibitor, PDGFR-Inhibitor, PARP-Inhibitor, PI3K-Inhibitor, FGFR-Inhibitor, NTRK-Inhibitor, BRAF-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon, dadurch gekennzeichnet, dass von der Person bekannt ist, dass mindestens ein CpG-Dinukleotid des Gens CLDN4 von Zellen der malignen Erkrankung bei einem überwiegenden Teil von Zellen der malignen Erkrankung eine Methylierung aufweist.
Das Verfahren nach einem der Ansprüche 1, 3, 5, 7 oder 9 bzw. der pharmazeutische Hemmwirkstoff nach einem der Ansprüche 2, 4, 6, 8 oder 10, dadurch gekennzeichnet, dass der RAS/RAF/MEK/ERK-Sinalweginhibitor ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus MEK-Inhibitor, RAF-Inhibitor, RAS-Inhibitor, ERK-Inhibitor, SHP2-Inhibitor, c-Met-Inhibitor, EPHA2-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon.
Das Verfahren bzw. der pharmazeutische Hemmwirkstoff nach Anspruch 13, dadurch gekennzeichnet, dass der RAF-Inhibitor ein BRAF-Inhibitor ist.
Das Verfahren nach einem der Ansprüche 3 und 5 bzw. der pharmazeutische Hemmwirkstoff nach einem der Ansprüche 4 oder 6, dadurch gekennzeichnet, dass der ERBB-Inhibitor ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus EGFR-Inhibitor, HER2-Inhibitor und beliebigen Kombinationen davon.
Das Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 11 bzw. der pharmazeutische Hemmwirkstoff nach einem der Ansprüche 2 oder 12, dadurch gekennzeichnet, dass der VEGFR-Inhibitor und/oder der PDGFR-Inhibitor sowohl ein VEGFR-Inhibitor als auch ein PDGFR-Inhibitor ist.
Das Verfahren nach einem der Ansprüche 1 oder 11 bzw. der pharmazeutische Hemmwirkstoff nach einem der Ansprüche 2 oder 12, dadurch gekennzeichnet, dass der PI3K-Inhibitor und/oder der mTOR-Inhibitor sowohl ein PI3K-Inhibitor als auch ein mTOR-Inhibitor ist.
Das Verfahren bzw. der pharmazeutische Hemmwirkstoff nach Anspruch 13, dadurch gekennzeichnet, dass der MEK-Inhibitor ausgewählt ist aus der Gruppe bestehend aus Refametinib, Trametinib, Selumetinib, Mirdametinib und beliebigen Kombinationen davon.
Ein Kit zur Durchführung eines Verfahrens zur Bestimmung der Ansprechwahrscheinlichkeit nach einem der Ansprüche 1, 3, 5, 7, 9, 11, 13-18, dadurch gekennzeichnet, dass das Kit getrennte Kompartimente aufweist, in denen Reagenzien für die DNA-Methylierungsanalyse des zumindest einen CpG-Dinukleotid enthalten sind.