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Die
vorliegende Erfindung betrifft Mikroorganismen, die zur Herstellung
von Fettsäureestern
geeignet sind, sowie Verfahren zur mikrobiellen Herstellung von
mit kurzkettigen Alkoholen veresterten Fettsäuren unter Verwendung dieser
Mikroorganismen, die unter anderem als Brennstoffe für Verbrennungsmotoren
verwendet werden können.
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Beschreibung
des Standes der Technik
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Da
die Verwendung von Brennstoffen für Kraftfahrzeuge, die aus Erdöl raffiniert
werden, mit hohen Umweltbelastungen verbunden ist und das zur Herstellung
dieser Brennstoffe verwendete Erdöl ein immer knapperes Gut ist,
wird bereits seid langem an der Entwicklung alternativer Brennstoffe
gearbeitet, welche die traditionellen Brennstoffe für Kraftfahrzeuge
ersetzen sollen.
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Eine
Alternative dazu ist die Verwendung von Brennstoffen, die aus pflanzlichen Ölen, tierischem
Fett oder Fett aus Algen gewonnen werden. Diese Brennstoffe werden
häufig
als Biodiesel bezeichnet. Biodiesel haben den Vorteil, dass sie
biologisch abbaubar und nicht-toxisch sind und bei der Verbrennung
weniger Schadstoffe als herkömmliche
Kraftstoffe produzieren.
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Dieser
Biodiesel entsteht auf Basis der in den Ölen und Fetten (Lipide) hauptsächlich vorhandenen Triglyceride
(Bestandteil von mehr als 96%). Diese Triglyceride werden durch
eine Basen katalysierte Umesterung mit Methanol oder auch Ethanol
bei erhöhten
Temperaturen (ca. 70°C)
in Fettsäuremethylester
bzw. Fettsäureethylester
(engl. Abkürzung
FAME bzw. FAEE: fatty acid methylene ester bzw. fatty acid ethylene
ester) umgewandelt. Dabei entsteht als Nebenprodukt noch Glycerin,
das nachträglich
durch Phasentrennung und Destillation abgetrennt wird. In anderen
Verfahren erfolgt die Umesterung mittels direkter saurer Katalyse oder
die Fette und Öle
werden erst in die freien Fettsäuren
aufgespalten und dann mittels saurer Katalyse zu Estern umgewandelt.
Durch diese Umesterung hat das Produkt eine deutlich geringere Viskosität als das
Ausgangsprodukt und kann daher ohne Umrüstung der Motoren für die Verbrennungsmotoren
der Kraftfahrzeuge verwendet werden.
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Als
Brennstoffe werden derzeit überwiegend
Fettsäuremethyl- und -ethylester
verwendet. Es gibt jedoch einige Nachteile bei der oben beschriebenen
Herstellung dieser Brennstoffe. Zum einen wird bei der Herstellung
der am häufigsten
verwendeten Fettsäuremethylester
Methanol verwendet. Methanol ist eine hoch toxische, leicht brennbare
und sehr flüchtige
Flüssigkeit,
die leicht von der Haut absorbiert wird. Bei der Verwendung dieser
Substanz bei der Herstellung von Fettsäuremethylestern sind daher
besondere Sicherheitsvorkehrungen erforderlich. Außerdem wird
Methanol selber ausschließlich
aus den Rohstoffen CO2/H2 oder
CO/H2 hergestellt, die aus der Kohlevergasung
stammen oder aus Erdgas und schweren Rückstandsölen gewonnen werden. Das Endprodukt
Biodiesel ist also nur zum Teil ein reines Naturprodukt.
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Des
Weiteren erfordert die Herstellung der Ausgangsstoffe, wie z.B.
Pflanzenöl,
große
Anbauflächen und
die Anzucht und Ernte dieser Ausgangsstoffe stellen kostenintensive
Schritte dar. Außerdem
können
bei der Umesterung mittels der oben beschriebenen Verfahren Verunreinigungen
und Nebenprodukte im Biodiesel zurückbleiben, welche die Haltbarkeit
und Arbeitsleistung der Motoren beeinflussen können (Peterson C.L., et al.,
1995, „Performance
and durability testing of diesel engines using ethyl and methyl
ester fuels", Department of
Biological and Agricultural Engineering, Universität Idaho,
US, Studie für
das National Biodiesel Board).
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In
DE 198 38 011 C2 wird
in Ansätzen
ein mikrobielles Verfahren zur Herstellung von Biodiesel beschrieben.
Dabei werden mittels Mikroorganismen verschiedener Gattungen auf
Basis von Molke als einziger assimilierbarer Kohlenstoff- und Stickstoffquelle
Triglyceride hergestellt, die anschließend zur Herstellung von Fettsäuremethylestern
eingesetzt werden können.
Allerdings stellt dieses Verfahren nur eine alternative Quelle für die Ausgangsstoffe
der Umesterung zur Verfügung,
ohne die oben genannten Problem der Verwendung von Methanol und
der bei der Umesterung entstehenden Nebenprodukte zu berücksichtigen.
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Demnach
besteht im Stand der Technik ein großer Bedarf für ein günstiges
und schnelles Herstellungsverfahren mit dem man alternative Brennstoffe
für Verbrennungsmotoren
von Kraftfahrzeugen herstellen kann.
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Die
Aufgabe der Erfindung wird gelöst
durch Bereitstellung eines Mikroorganismus mit den Merkmalen gemäß Hauptanspruch.
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Detaillierte Beschreibung
der vorliegenden Erfindung
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Zur
Lösung
dieser Aufgabe stellt die vorliegende Erfindung einen Mikroorganismus,
der zur Herstellung von langkettigen Fettsäuren, die mit kurzkettigen
Alkoholen verestert sind, in der Lage ist, bereit. Dieser Mikroorganismus
umfasst oder enthält
unter anderem ein Nukleinsäuremolekül, das für eine prokaryotische Acyltransferase
kodiert. Ein Mikroorganismus, dessen Stoffwechsel Coenzym-A-aktivierte
Fettsäuren
und kurzkettige Alkohole, wie z.B. Ethanol, zur Verfügung stellt,
kann mit Hilfe der prokaryotischen Acyltransferase langkettige Fettsäuren, die
mit kurzkettigen Alkoholen verestert sind, produzieren. Die Acyltransferase
verestert dabei die Coenzym-A-aktivierten Fettsäurereste mit kurzkettigen Alkoholen. „Nukleinsäuremoleküle" im Sinne dieser
Erfindung umfassen Nukleinsäuresequenzen
(DNA und RNA), welche für
die in dieser Erfindung beschriebenen Proteine kodieren.
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Organismen,
wie z.B. das gram(–)
Bakterium E. coli oder Hefen, wie z.B. die Bäckerhefe Saccharomyces cerevisiae
stellen unter anaeroben Bedingungen Ethanol her. Dieses Ethanol
kann zum Beispiel als Substrat für
die prokaryotische Acyltransferase bei der Veresterung mit den Fettsäureresten
dienen. Dabei entstehen Fettsäureethylester
(FAEEs), die als Biodiesel für
den Antrieb von Verbrennungsmotoren dienen können. Durch die Bereitstellung
eines solchen Mikroorganismus ist erstmalig die mikrobielle Herstellung
von Estern langkettiger Fettsäuren,
die mit kurzkettigen Alkoholen verestert sind, möglich. Die Vorteile gegenüber dem
Stand der Technik liegen dabei auf der Hand. Die Mikroorganismen
der vorliegenden Erfindung können auf
Basis einfacher biologisch abbaubarer Rohstoffe, wie zum Beispiel
Kohlenhydraten, Stärke,
Molke, Fructosan, Xylan, Saccharose, Glycerin, Melasse, Fettsäuren, Hemicellulose
und Cellulose, wachsen.
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Ein
weiterer Vorteil ist, dass die Fettsäuresynthese als auch die anschließende Veresterung
im Mikroorganismus stattfindet. Die für die Herstellung des veresterten
Produktes benötigen
Ausgangsstoffe werden vom Mikroorganismus bereitgestellt. Die Bereitstellung
von kurzkettigen Alkoholen ist nicht notwendig, da der Stoffwechsel
der Mikroorganismen kurzkettige Alkohole selber produzieren kann.
Hefen produzieren zum Beispiel Ethanol sowie zusätzlich auch sogenannte Fuselalkohole,
wie Propanol, Isopropanol, Butanol, Isobutanol, Amylalkohol und
Isoamylalkohol. Neben der oben bereits beispielhaft genannten Bäckerhefe
Saccharomyces cerevisiae können
auch viele weitere Hefen, wie z.B. Schizosaccharomyces pombe, Candida
shehatae, Pichia stipitis und Pachysolen tannophilus aber auch filamentöse Pilze
wie Mucor circinelloides Ethanol produzieren. Ethanol tritt als
Gärungsprodukt
auch häufig
im fermentativen Stoffwechsel von vielen strikt oder fakultativ
anaeroben Bakterien in unterschiedlichem Maße auf. Besonders hohe Ethanolmengen
werden von dem obligat gärenden,
gram(–)
Bakterium Zymomonas mobilis produziert. Dahingegen können solventogene Bakterien
wie das gram(+), strikt anaerobe Bakterium Clostridium acetobutylicum
Butanol sowie im geringen Umfang Isopropanol produzieren. Die von
den beispielhaft genannten Mikroorganismen hergestellten kurzkettigen
Alkohole können
alle zur Herstellung der langkettigen Fettsäuren, die mit kurzkettigen
Alkoholen verestert sind, verwendet werden.
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Auch
Mikroorganismen, deren Stoffwechsel keine kurzkettigen Alkohole
oder diese nur in geringen Mengen produzieren, können zur Herstellung von langkettigen
Fettsäuren,
die mit kurzkettigen Alkoholen verestert sind, verwendet werden.
Daher stellt die vorliegende Erfindung unter anderem einen Mikroorganismus zur
Verfügung,
der
- – ein
Nukleinsäuremolekül, das für eine prokaryotische
Acyltransferase kodiert,
- – ein
Nukleinsäuremolekül, das für eine Pyruvatdecarboxylase
kodiert, und
- – ein
Nukleinsäuremolekül, das für eine Alkoholdehydrogenase
kodiert, umfasst.
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Fakultativ
anaerobe Bakterien wie die Mikroorganismen aus der Familie der Enterobacteriaceae
stellen zwar bei der anaeroben Gärung
Ethanol und 2,3-Butandiol her, produzieren diesen jedoch nicht unbedingt in
Mengen, die für
eine wirtschaftliche, biotechnologische Produktion von mit Ethanol
oder 2,3-Butandiol veresterten Fettsäuren erforderlich wären. Durch
das Einbringen der weiteren Nukleinsäuren ist es bei diesen Mikroorganismen
außerdem
möglich,
durch die zusätzliche
Expression einer Pyruvatdecarboxylase und einer Alkoholdehydrogenase
die Produktion des Alkohols sowohl unter aeroben als auch unter
anaeroben Bedingungen durchzuführen.
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Die
Mikroorganismen der vorliegenden Erfindung produzieren mit kurzkettigen
Alkoholen veresterte langkettige Fettsäuren, wobei die langkettigen
Fettsäuren
gesättigte
und einfach sowie mehrfach ungesättigte Fettsäuren mit
Kettenlängen
von C10 bis C22 oder
bevorzugt mit Kettenlängen
von C14 bis C20 umfassen
oder aufweisen. In der Natur werden von den Mikroorganismen bei
der de-novo-Fettsäurebiosynthese
für gewöhnlich Fettsäuren mit
Kettenlängen
von C14 bis C18 hergestellt.
Welche Fettsäuren
die Mikroorganismen für
die Herstellung des veresterten Produktes verwenden, hängt davon
ab, welche Fettsäuren
der Stoffwechsel des jeweiligen Mikroorganismus produziert. Marine,
psychrophile Bakterien wie Arten der Gattungen Shewanella und Colwellia
sowie einige Cyanobakterien produzieren mehrfach ungesättigte Fettsäuren wie
Eicosapentaensäure
(C20:5n3), Docosahexaensäure (C22:6n3)
oder Arachidonsäure
(C20:4n6). Oleogene Pilze wie beispielsweise
Mortierella-Arten weisen einen besonders hohen Gehalt an solchen
mehrfach ungesättigten
Fettsäuren
auf. Einige Bakterien aus der Gruppe der Actinomyceten wie z.B.
Rhodococcus opacus oder Mycobacterium phlei zeichnen sich durch
einen ungewöhnlich
hohen Gehalt an Fettsäuren
mit einer ungeraden Anzahl an Kohlenstoffatomen aus (C13,
C15, C17, C19), deren Vorkommen für Bakterien untypisch ist.
Für Mycobakterien
ist das Auftreten von sehr langkettigen Fettsäuren (C20 bis
C24) beschrieben worden. Ein Charakteristikum
von Streptomyceten wie Streptomyces coelicolor oder Streptomyces
avermitilis ist der hohe Gehalt an iso- und anteiso-methylverzweigten
Fettsäuren.
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Zum
anderen kann die Produktion langkettiger Fettsäuren auch dadurch gesteuert
werden, dass dem Kulturmedium des Mikroorganismus bereits verschiedene
langkettige Fettsäuren,
wie zum Beispiel Laurinsäure,
Myristinsäure,
Palmitinsäure,
Stearinsäure,
Arachinsäure,
Oleinsäure,
Palmitoleinsäure,
Linolsäure
oder Linolensäure
zugefügt
werden. Die dem Kulturmedium zugefügten Fettsäuren werden bei der Aufnahme
in die Zelle als CoA-Thioester aktiviert und können dann zum einen größtenteils
direkt für
die Herstellung von mit kurzkettigen Alkoholen veresterten Fettsäuren verwendet
werden. Zum anderen werden die CoA aktivierten Fettsäuren auch
zu einem geringen Teil zunächst
durch β-Oxidation
um eine oder mehrere C2-Einheiten verkürzt und dann erst mit einem
kurzkettigen Alkohol verestert. In Escherichia coli können beim
Hinzufügen
von Fettsäuren
zum Beispiel sowohl kurzkettige, mittellange als auch langkettige
Fettsäuren
verwendet werden.
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Neben
der langkettigen Fettsäure
ist für
die Verwendung als Brennstoff für
Verbrennungsmotoren von Kraftfahrzeugen auch der kurzkettige Alkohol
von Bedeutung. Die kurzkettigen Alkohole, die von den Mikroorganismen
für die
Veresterung verwendet werden, umfassen Alkohole und Isomere dieser
Alkohole mit 1 bis 12 Kohlenstoffatomen. Dazu zählen vor allem Alkohole, die
aus der Gruppe ausgewählt
werden, die aus Methanol, Ethanol, 2,3-Butandiol, Butanol, Isoamylalkohol,
Hexanol, Octanol und Decanol besteht. Besonders bevorzugt sind Alkohole
und Isomere dieser Alkohole mit 1 bis 8 Kohlenstoffatomen. Wichtige
Grundvoraussetzung für
die erfindungsgemäß erzeugten
langkettigen Fettsäuren,
die mit kurzkettigen Alkoholen verestert sind, bei der Verwendung
als alternativer Brennstoff für
Verbrennungsmotoren von Kraftfahrzeugen ist ein niedriger Flammpunkt
(100 bis 135°C),
eine Dichte (bei 15°C)
von 0,875 bis 0,890 kg/l, eine kinematische Viskosität von 4
bis 8 mm2/s (bei 20°C), eine Cetan-Zahl von 54–58 (gibt
die Zündwilligkeit
des Brennstoffes an. Die Cetan-Zahl von Diesel liegt bei 53. Je
größer die
Cetan-Zahl, desto besser zündet
der Brennstoff) und eine Energiedichte von etwa 8,9 kWh/l. Das Hauptaugenmerk
liegt auf der Verringerung der Viskosität des Brennstoffes, um ihn
für Verbrennungsmotoren
nutzbar zu machen und Verstopfungen oder Ablagerungen in den Motoren
zu vermeiden. Weniger gute Werte bei einem Parameter können durch
bessere Werte bei anderen Parametern kompensiert werden.
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Die
vorliegende Erfindung bevorzugt besonders Ethanol als kurzkettigen
Alkohol, da der daraus gebildete Fettsäureethylester von der Industrie
bereits als Ersatzstoff für
Verbrennungsmotoren anerkannt ist (FAEEs) (Peterson, C.L., et al.,
1995, siehe oben). Nichtsdestotrotz, können auch die anderen mit Hilfe
der erfindungsgemäß bereitgestellten
Fettsäureester
als Brennstoffe Verwendung finden, solange Sie die dafür genannten
Bedingungen erfüllen.
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Ansonsten
lassen sich die erfindungsgemäß gebildeten
Fettsäureester
auch als Emollientien in Kosmetika oder pharmazeutischen Produkten
wie Cremes, Salben, Haarpflegeprodukte, Lippenstifte, Lotionen oder
Sonnenschutzmittel verwenden. So sind beispielsweise Isopropylmyristat,
Isoamylmyristat oder ähnliche Fettsäureester
häufig
Bestandteil der vorgenannten Produkte.
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Die
erfindungsgemäßen Fettsäureester
werden bevorzugt von prokaryotischen oder eukaryotischen Mikroorganismen,
besonders bevorzugt von einzelligen prokaryotischen oder eukaryotischen
Mikroorganismen hergestellt. Diese Mikroorganismen zeichnen sich
durch ihre einfache gentechnische Modifizierbarkeit und ihr schnelles
Wachstum aus. Es lassen sich alle Mikroorganismen verwenden, die
in der Lage sind auf natürliche
Weise oder nach biotechnologischer Modifikation Ethanol zu produzieren
und die eine Acyltransferase für
die Veresterung der langkettigen Fettsäure mit dem kurzkettigen Alkohol
tragen. Unter anderem werden dabei bevorzugt Mikroorganismen verwendet,
die Glucose vergären
können
und dabei auch kurzkettige Alkohole wie Ethanol und 2,3-Butandiol
bilden. Dazu gehören
die fakultativ anaeroben gram(–)
Organismen der Gattung Escherichia, Klebsiella, Enterobacter, Serratia,
Proteus, Citrobacter, Salmonella, Shigella und Erwinia. Besonders
bevorzugt werden Mirkoorganismen oder Mutanten dieser Mikroorganismen,
die aus der Gattung Escherichia, Acinetobacter, Zymomonas, Klebsiella,
Erwinia, Xanthomonas, Clostridium, Shewanella, Colwellia, Paramecium
und der Gruppe der Cyanobakterien, Enterobacteriaceae, Actinomycetes,
Ascomycetes, Deuteromycetes und der oleogenen Pilze (Hefen + Hyphenpilze)
stammen. Beispiele für
Organismen-Gattungen aus den zuvor genannten Gruppen der Ascomycetes
und Deuteromycetes sind Saccharomyces, Schizosaccharomyces, Candida,
Pichia, Mucor und Pachysolen. Beispielhaft sind dazu die Spezies
Saccharomyces cerevisiae, Schizosaccharomyces pombe, Candida shehatae,
Pichia stipitis, Mucor circinelloides und Pachysolen tannophilus
genannt.. Die oleogenen Pilze zeichnen sich durch die Produktion
großer
Mengen an Triacylglyceriden aus, die sie intrazellulär akkumulieren.
Zu den oleogenen Pilzen zählen
z.B. Hefen der Gattungen Lipomyces, Cryptococcus, Candida und Rhodotorula
sowie Hyphenpilze der Gattungen Cunninghamella, Mortierella, Mucor,
Rhizopus, Aspergillus und Penicillium. Viele Mikroorganismen der
Gruppe Actinomycetes zeichnen sich zum Beispiel besonders durch
ihre Fähigkeit
aus, Cellulose, Chitin und andere schwer zersetzliche Naturstoffe
abzubauen und sie für
die Herstellung der Fettsäuren
und TAG's zur Verfügung zu
stellen. Die zu den Actinomyceten gehörenden Streptomyceten stellen
zum Beispiel das Öl
1,10-Dimethyl-9-decalol her. Weitere Beispiele für Actinomycetes sind die Mikroorganismen
der Gattungen Mycobacterium, Rhodococcus und Nocardia, die ebenfalls
für die
vorliegende Erfindung geeignet sind. Zur systematischen Einordnung
der in dieser Erfindung genannten Organismen siehe Hans G. Schlegel,
Allgemeine Mikrobiologie, 7. Auflage, 1992, Thieme Verlag.
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In
der vorliegenden Erfindung wird bevorzugt ein Nukleinsäuremolekül bereitgestellt,
das für
eine prokaryotische Acyltransferase aus einem prokaryotischen Mikroorganismus
der Gattung Acinetobacter kodiert. Die Mikroorganismen dieser Gattung
sind in der Lage, Wachsester (Ester von langkettigen Fettsäuren mit
langkettigen Fettalkoholen) sowie in geringem Umfang Triglyceride
(TAG's) zu synthetisieren
und diese Speicherlipide intrazellulär in Form von unlöslichen
cytoplasmatischen Einschlüssen
zu akkumulieren (Kalscheuer, R., Steinbüchel, A., The Journal of Biological
Chemistry, 2003, Vol.278, Nr.10, S.8075–8082). Zum Beispiel wird das
dafür erforderliche
Schlüsselenzym
WS/DGAT (SEQ ID Nr. 4), das für
die Speicherlipidakkumulation in dem Mikroorganismus A. calcoaceticus
ADP1 kodiert, durch das Nukleinsäuremolekül wax/dgat
kodiert (SEQ ID Nr. 3; GenBank Data Base AF529086). Dieses Enzym
verfügt
sowohl über
Wachsestersynthase- (WS) als auch über Acyl-CoA:Diacylglycerin-Acyltransferase-
(DGAT) Aktivität
und katalysiert somit die finalen Reaktionsschritte sowohl der Wachsester-
als auch der TAG-Biosynthese. Weitere Acyltransferasen, die für die vorliegende
Erfindung verwendet werden können,
werden unter Angabe des Homologiegrades und des Organismenstammes
aus dem sie isoliert worden sind in Tabelle 1 aufgeführt.
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Tabelle
1: WS/DGAT-homologe Proteine in Prokaryoten
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Die
Erfinder haben überraschend
herausgefunden, dass die Acyltransferasefunktion des Enzyms WS/DGAT
aus A. calcoaceticus ADP1 (SEQ ID Nr. 4), das durch die Nukleinsäure wax/dgat
(SEQ ID Nr. 3) kodiert wird, eine sehr geringe Substratspezifität aufweist.
Langkettige Fettalkohole sind das natürliche Substrat dieses Enzyms,
was in A. calcoaceticus ADP1 zur Biosynthese von Wachsestern führt. Daneben
konnte aber bei in vitro Experimenten gezeigt werden, dass die WS/DGAT
auch kurzkettige Alkohole wie zum Beispiel Butanol, Ethanol oder
Isoamylalkohol als alternative Substrate verwerten kann (s. 1).
Diese Experimente belegen die überraschende
Tatsache, dass WS/DGAT nicht nur in der Lage ist, Fettsäureester
von langkettigen Alkoholen, d.h. Wachsester, zu synthetisieren,
sondern auch Fettsäureester
von kurzkettigen Alkoholen. Da das strikt aerobe Bakterium A. calcoaceticus
ADP1 jedoch ohne genetische Modifikation nicht in der Lage ist kurzkettige
Alkohole, wie z.B. Ethanol, zu synthetisieren, können in diesem Stamm auch keine
FAEEs oder ähnliche
erfindungsgemäße Fettsäureester
produziert werden.
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Die
Fähigkeit
der Acyltransferase des bifunktionalen Enzyms WS/DGAT auch in vivo
kurzkettige Alkohole für
die Fettsäureestersynthese
zu verwenden, wurde mittels der Hefe Saccharomyces cerevisiae überprüft. Dieser
Mikroorganismus wurde beispielhaft ausgewählt, da er Fuselalkohole, wie
zum Beispiel Ethanol, als Produkt des anaeroben Kohlenhydrat-Stoffwechsels produziert
und außerdem
genauso wie Escherichia coli bereits als Produktionsstamm für Ethanol
im großtechnischen
Maßstab
genutzt wird (Dien, B.S., Cotta, M.A., Jeffries T.W., Appl. Microbiol.
Biotechnol., 2003, Vol.63, S.258–266). Jedoch können für diese
Ausführungsform
auch alle anderen Mikroorganismen verwendet werden, deren Stoffwechsel
kurzkettige Alkohole wie zum Beispiel Ethanol herstellen. Für die Experimente
wurde die speicherlipidfreie Mutante S. cerevisiae H1246 verwendet
(Sandager, L., et al., J. Biol. Chem., 2002, Vol.277, S.6478–6482).
Die heterologe Expression von WS/DGAT in S. cerevisiae H1246, welche
das Plasmid pESC-URA::wax/dgat (siehe 6) trägt, führte einerseits
dazu, dass in der rekombinanten Mutante die Fähigkeit zur TAG-Synthese aufgrund
der DGAT-Aktivität
der bifunktionalen WS/DGAT wieder hergestellt wurde. Zusätzlich wurde
die Akkumulation von FAEEs und Fettsäureisoamylestern (FAIEs) nachgewiesen
(siehe 2 und 3).
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Somit
konnten die Erfinder zum ersten mal demonstrieren, dass unter Ausnutzung
der geringen Substratspezifität
von WS/DGAT aus A. calcoaceticus ADP1 die Biosynthese von mit kurzkettigen
Alkoholen veresterten langkettigen Fettsäuren in eukaryotischen Mikroorganismen
möglich
ist. Die Vorstufensubstrate für die
FAEE-Produktion (Coenzym-A- aktivierte
Fettsäuren
und kurzkettige Alkohole wie Ethanol und Isoamylalkohol) wurden
dabei beim Wachstum auf einem einfachen Substrat, wie zum Beispiel
Galaktose, durch den Metabolismus der Wirtszelle bereitgestellt.
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Wie
bereits erwähnt
ermöglicht
die vorliegende Erfindung auch die Herstellung von mit kurzkettigen Alkoholen
veresterten Fettsäuren
mit Mikroorganismen, deren Stoffwechsel keine kurzkettigen Alkohole
als Zwischenprodukt oder Endprodukt synthetisiert oder dessen Stoffwechsel
die kurzkettigen Alkohole nur in geringen Mengen synthetisiert.
Wie bereits zuvor erwähnt
umfasst die vorliegende Erfindung daher auch einen Mikroorganismus
zur Herstellung von langkettigen Fettsäuren, die mit kurzkettigen
Alkoholen verestert sind, wobei der Mikroorganismus ein Nukleinsäuremolekül, das für eine prokaryotische
Acyltransferase kodiert, ein Nukleinsäuremolekül, das für eine Pyruvatdecarboxylase
kodiert, und ein Nukleinsäuremolekül, das für eine Alkoholdehydrogenase
kodiert, umfasst. Um dies zu demonstrieren, wurde ein Nukleinsäuremolekül verwendet
(SEQ ID Nr. 7), das für
eine Pyruvatdecarboxylase aus einem Mikroorganismus der Gattung
Zymomonas (SEQ ID Nr. 8) kodiert und eine Nukleinsäuremolekül (SEQ ID
Nr. 5), das für
eine Alkoholdehydrogenase aus einem Mikroorganismen der Gattung
Zymomonas (SEQ ID Nr. 6) kodiert. Die Mikroorganismen dieser Gattung sind
dafür bekannt,
dass sie kurzkettige Alkohole wie zum Beispiel Ethanol synthetisieren
können
(Okamoto, T. et al., Arch Microbiol., 1993, Vol.160, Nr.5, S.333–337).
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Eine Übersicht über weitere
Alkoholdehydrogenasen, die für
die vorliegende Erfindung verwendet werden können, finden sich in dem Übersichtsartikel
von Reid, M. F. und Fewson, C. A. (Critical Reviews in Microbiology,
1994, Vol. 20, S.13– 56).
Beispiele für
Mikroorganismen, die als Quelle für geeignete Alkoholdehydrogenasen
dienen können,
sind Bakterien der Gattungen Ralstonia, Pseudomonas und Clostridium
sowie zahlreiche Hefen, wie beispielweise Saccharomyces cerevisiae.
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Weitere
Pyruvatdecarboxylasen, die neben der Pyruvatdecarboxylase aus Zymomonas
mobilis für
die vorliegende Erfindung geeignet sind, können aus den folgenden Organismen
gewonnen werden: : Sarcina ventriculi (Talarico, L. A., et al.,
Microbiology, 2001, Vol.147, S.2425–2435), Acetobacter pasteurianus
(Raj, K. C., et al., Archive of Microbiology, 2001, Vol.176, S.443–451) und
Zymobacter palmae (Raj, K. C., et al., Applied and Environmental
Microbiology, 2002, Vol.68, S.2869–2876).
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In
einer Ausführungsform
werden die Nukleinsäuremoleküle pdc und
adhB (SEQ ID Nr. 7 und SEQ ID Nr. 5; Alterthum, F. und Ingram, L.O.,
Appl. And Environ. Microbiol., August 1989, Vol.55, Nr.8, S.1943–1948), die
für eine
Pyruvatdecarboxylase (SEQ ID Nr. 8) und eine Alkoholdehydrogenase
(SEQ ID Nr. 6) aus Zymomonas mobilis kodieren, verwendet. Dazu wurden
diese Nukleinsäuremoleküle mittels
des Plasmides pLOI297 (Alterthum, F. und Ingram, L.O., 1989, siehe
oben) in Escherichia coli eingebracht. Die Erfindung umfasst daher
insbesondere auch die Verwendung von Escherichia coli oder eine
Mutante davon für
die Herstellung der langkettigen Fettsäuren, die mit kurzkettigen
Alkoholen verestert sind. E. coli ist besonders gut als Produktionsstamm
für die
erfindungsgemäßen Fettsäureester
geeignet, da er einfach zu vermehren ist und ebenso wie Saccharomyces
cerevisia durch seine Einstufung als GRAS-Organismus (generally
regarded as safe) bei den zuständigen
Behörden
für die
Zulassung von mittels gentechnischer Organismen hergestellter Produkte,
anerkannt ist.
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Neben
dem Plasmid pLOI297 wurde ebenfalls eine prokaryotische Acyltransferase
in E. coli transformiert. In einer Ausführungsform wurde dafür die für das Enzym
WS/DGAT aus A. calcoaceticus ADP1 (SEQ ID Nr. 4) kodierende Nukleinsäure wax/dgat
(SEQ ID Nr. 3) mittels des Plasmids pBBR1MCS-2::wax/dgat (Kalscheuer, R., Steinbüchel, A.,
2003, siehe oben) in E. coli eingebracht. Ein Stamm von E. coli,
der sowohl das Plasmid pLOI297 als auch das Plasmid pBBR1MCS-2::wax/dgat umfasst
oder beinhaltet und somit die drei relevanten Gene pdc, adhB und
wax/dgat gleichzeitig exprimiert, synthetisiert signifikante Mengen
an FAEEs während
der Kultivierung im Kulturmedium (siehe 4 und 5).
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Da
es aufgrund der Degeneriertheit des genetischen Codes möglich ist,
bestimmte Codons durch andere Codons zu ersetzen, welche die gleiche
Aminosäure
kodieren, ist die Erfindung nicht auf eines der genannten Nukleinsäuremoleküle beschränkt, das
für eine
Acyltransferase, eine Alkoholdehydrogenase oder eine Pyruvatdecarboxylase
kodiert, sondern schließt
alle Nukleinsäuremoleküle ein,
die für
ein derartiges funktionelles Protein kodieren.
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Die
Erfinder konnten mittels der vorliegenden Erfindung zum ersten Mal
belegen, dass unter Ausnutzung der geringen Substratspezifität der WS/DGAT
aus A. calcoaceticus eine Biosynthese von FAEEs auch bei prokaryotischen
Mikroorganismen ausgehend von einfachen, nachwachsenden Substraten
möglich
ist.
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Um
die Synthese der langkettigen Fettsäuren, die mit kurzkettigen
Alkoholen verestert sind, noch zu steigern, kann dem Kulturmedium
der gerade beschriebenen modifizierten E. coli-Zellen eine oder
mehrere der bereits zuvor genannten langkettigen Fettsäuren zugesetzt
werden. Bei der Zugabe von kurzkettigen Fettsäuren mit einer Kettenlänge von
C4 bis C10 wird
das Fettsäureaufnahmesystem
von E. coli bevorzugt durch die Zugabe geringer Mengen an langkettigen
Fettsäuren
induziert. Auch bei Mikroorganismen anderer Gattungen kann durch
die Zugabe von zusätzlichen
Fettsäuren
in das Kulturmedium der Stoffwechsel dahingehend beeinflusst werden,
dass mehr Fettsäureester
gebildet werden. Beispielhaft sei dafür die verstärkte Biosynthese von Thiowachsestern
in einer Mutante von Acinetobacter calcoaceticus ADP1 während der
Kultivierung mit Hexadecanthiol bei Zugabe von Ölsäure genannt (Uthoff, S., et
al., Applied and Environmental Microbiology, 2004, im Druck (Manuskript
AEM01050-04)). Weitere Beispiele lassen sich für die Synthese von Polyhydroxyfettsäuren (Polyester
von 3-Hydroxyfettsäuren)
nennen. So lassen sich beispielsweise Polyhydroxyfettsäuren mittlerer
Kettenlänge
mit Pseudomonas oleovorans (Lageveen, R. G., et al., Applied and
Environmental Microbiology, 1988, Vol.54, S.2924–2932) sowie rekombinanten
Stämmen
von E. coli (Langenbach, S., et al., FEMS Microbiology Letters,
1997, Vol.150, S.103–309)
produzieren, wenn bei der Kultivierung Fettsäuren (z.B. Decansäure) zugegeben
werden. Hierbei werden Intermediate der Fettsäure-β-Oxidation als Substrate für die Polyhydroxyfettsäure-Bildung
abgeführt.
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Zusätzlich können die
Mikroorganismen auch noch ein Nukleinsäuremolekül umfassen oder enthalten, dass
für eine
Thioesterase kodiert. Ein Thioesterase katalysiert die hydrolytische
Spaltung von Thioesterbindungen in Carboxyl- und Sulfhydrylgruppen bei der Biosynthese
der Fettsäuren.
Durch das Einbringen eines für
eine Thioesterase kodierenden Nukleinsäuremoleküls kommt es zur Deregulation
der Fettsäuresynthese, wodurch
der so modifizierte Mikroorganismus mehr Fettsäuren bildet als vor der Modifikation.
Die heterologe Expression von Thioesterasen in E. coli kann sogar
dazu führen,
dass ein solch großer Überschuss
an Fettsäuren
produziert wird, dass diese ins Medium ausgeschieden werden. Durch
das vermehrte Bereitstellen von Fettsäuren im Mikroorganismus, kann
die Produktion der mit kurzkettigen Alkoholen veresterten Fettsäuren zusätzlich deutlich
gesteigert werden.
-
Am
Ende der Biosynthesekette der Fettsäuren stehend, beeinflusst das
Einbringen von Thioesterasen in den erfindungsgemäßen Mikroorganismus
außerdem
die Länge
der langkettigen Fettsäuren,
in dem es die Acyl-Verlängerung
bei der Fettsäuresynthese
beeinflusst.
-
Geeignete
Thioesterasen sind zum Beispiel die Thioesterase TesA aus Escherichia
coli, die durch die Nukleinsäure
tesA kodiert wird (Hyeseon, Cho und Cronan, J.E., The Journal of
Biological Chemistry, 1995, Vol.270, Nr.9, S.4216–4219) und
die Thioesterase (BTE) aus der Pflanze Umbellularia californica
(Voelker, T.A., Davies, H.M., Journal of Bacteriology, 1994, Vol.l76,
Nr.23, S.7320–7327).
Durch das Einbringen einer Thioesterase in die Wirtszelle fließen folglich
mehr C2-Einheiten in die Biosynthese neuer Fettsäuren und die C2-Einheiten werden
bei der de-novo-Fettsäuresynthese
auf mehrere Fettsäuren
mittlerer Länge
verteilt, anstatt auf weniger dafür aber längere Fettsäuren. Dadurch stehen am Ende
der Synthese mehr Fettsäuren
für die
Synthese der erfindungsgemäßen Fettsäureester
zur Verfügung.
-
Mit
Fettsäuren
mittlerer Länge
sind Fettsäuren
gemeint die gemäß der oben
gegebenen Definition für langkettige
Fettsäuren
im unteren Längenbereich
für die
langkettigen Fettsäuren
liegen. Sie weisen bevorzugt eine Kettenlänge von C10 bis
C14.
-
Neben
den Mikroorganismen der vorliegenden Erfindung umfasst die Erfindung
auch ein Verfahren zur Herstellung eines dieser Mikroorganismen
für die
Herstellung von langkettigen Fettsäuren, die mit kurzkettigen Alkoholen
verestert sind. Dabei umfasst das Verfahren zur Herstellung dieser
Mikroorganismen und der mit kurzkettigen Alkoholen veresterten Fettsäuren
- – das
Einbringen eines Nukleinsäuremoleküls, das
für eine
prokaryotische Acyltransferase, bevorzugt aus Acinetobacter, kodiert,
in einen Mikroorganismus,
- – das
Kultivieren der Mikroorganismen unter dafür geeigneten Bedingungen in
einem Kulturmedium, und
- – das
Isolieren der mit kurzkettigen Alkoholen veresterten Fettsäuren aus
den kultivierten Mikroorganismen..
-
Neben
einem Nukleinsäuremolekül, das für eine prokaryotische
Acyltransferase kodiert, können
in die Zelle des Weiteren die oben bereits beschriebenen Nukleinsäuremoleküle eingebracht
werden, die für
eine Pyruvatdecarboxylase, eine Alkoholdehydrogenase und gegebenenfalls
für eine
Thioesterase kodieren.
-
Das
Einbringen der Nukleinsäure
in die Zellen kann dabei mit herkömmlichen, im Stand der Technik bereits
bekannten Transformationstechniken durchgeführt werden (Sambrook, J. et
al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 1989, 2. Ausgabe, Cold
Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY und Ito, H.,
et al., 1983, J. Bacteriol., Vol.153, S.163–168).
-
Das
genannte Kulturmedium enthält
dabei die bereits oben beschriebenen Kohlenstoff-Quellen, sowie gegebenenfalls
Vitamine und andere Supplemente, die zum Wachstum der Mikroorganismen
notwendig sind. Die für
das Wachstum der oben beschriebenen Mikroorganismen erforderlichen
Kulturmedien sind dem Durchschnittsfachmann gut bekannt und werden
zum Beispiel von Schlegel (Hans G. Schlegel, Allgemeine Mikrobiologie,
1992, siehe oben; Sambrook, J. et al., 1989, siehe oben) beschrieben.
-
Wie
zuvor bereits beschrieben werden die für die Synthese der mit kurzkettigen
Alkoholen veresterten langkettigen Fettsäuren mittels eines oder mehrerer
Vektoren in den/die Mikroorganismus/Wirtszelle eingebracht. Die
in die Zelle eingebrachten Vektoren liegen dabei bevorzugt im Cytoplasma
der Wirtszelle vor und werden nicht in das Genom der Wirtszelle
eingebaut. Die Nukleinsäuremoleküle können dabei
auf einem oder mehreren Vektoren liegend in die Zelle eingebracht
werden.
-
Die
Vektoren, welche die Nukleinsäuremoleküle tragen,
die für
eine prokaryotische Acyltransferase, eine Alkoholdehydrogenase eine
Pyruvatdecarboxylase oder eine Thioesterase kodieren, umfassen dabei auch
Sequenzelemente, die Informationen hinsichtlich der Regulation von
Transkription und/oder Translation enthalten, und diese Elemente "operativ" mit der das Polypeptid
kodierenden Nukleinsäuresequenz
verknüpfen.
Eine operative Verknüpfung
ist eine Verknüpfung,
bei der die regulatorischen Sequenzelemente und die proteinkodierende
Sequenz derart verbunden sind, dass Genexpression möglich ist.
Die genaue Beschaffenheit der zur Genexpression erforderlichen regulatorischen
Bereiche kann zwischen verschiedenen Spezies variieren. In der Regel
umfassen diese Bereiche jedoch einen Promotor, der in der Regel
aus dem Promotor per se besteht, i.e. DNA-Elemente, welche die Transkriptionsinitiation
steuern, sowie aus DNA-Elementen, die nach ihrer Transkription in
mRNA den Beginn der Translation regulieren. Solche Promotoren können 5' nicht-kodierende
Sequenzen einschließen,
die an der Initiation von Transkription und Translation beteiligt
sind, wie zum Beispiel die –35/–10-Elemente und das
Shine-Dalgarno Element in Prokaryonten. Diese Regionen können ferner
auch Enhancer- oder Repressorelemente enthalten.
-
Zusätzlich können auch
die 3' nicht-kodierenden
Regionen regulatorische Elemente enthalten, die an der Termination
der Transkription beteiligt sind. Falls diese Terminationssequenzen
in einer speziellen Wirtszelle nicht oder nur unzureichend funktionell
sind, können
sie durch Signale ersetzt werden, die in der betreffenden Zelle
ausreichend funktionell sind.
-
Ein
Nukleinsäuremolekül gemäß der Erfindung
kann demnach eine regulatorische Sequenz, insbesondere eine Promotorsequenz
umfassen. Des Weiteren können
die genannten Nukleinsäuremoleküle eine Promotorsequenz
sowie eine Transkriptionsterminationssequenz umfassen. Hinsichtlich
der Promotorsequenz kann es sich um einen konstitutiven oder einen
induzierbaren Promotor handeln. Geeignete prokaryotische Promotoren
sind zum Beispiel der lacUV5-Promotor,
der GAL1-Promotor oder der T7-Promotor.
-
Soweit
die von den Mikroorganismen gebildeten langkettigen Fettsäuren, die
mit kurzkettigen Alkoholen verestert sind, nicht bereits von der
Zelle in das umgebende Medium abgegeben werden, werden die Zellen mittels
im Stand der Technik bekannter Verfahren aufgeschlossen. Dazu gehören chemische,
enzymatische als auch physikalisch-mechanische Methoden. Als Beispiel
sind der Aufschluss mittels einer Glasperlenmühle, French-Press, Ultraschallbehandlung
oder mittels eines Hochdruckhomogenisators genannt.
-
Die
Erfindung umfasst ebenfalls einen Vektor, der
- – ein Nukleinsäuremolekül, das für eine prokaryotische
Acyltransferase kodiert;
- – ein
Nukleinsäuremolekül, das für eine Pyruvatdecarboxylase
kodiert; und
- – ein
Nukleinsäuremolekül, das für eine Alkoholdehydrogenase
kodiert, umfasst oder trägt.
-
Darüber hinaus
umfasst die vorliegende Erfindung auch ein Vektorgemisch aus mindestens
zwei oder drei Vektoren, die drei Nukleinsäuren, die jeweils für eine prokaryotische
Acyltransferase, eine Pyruvatdecarboxylase oder eine Alkoholdehydrogenase
kodieren, tragen, wobei jeder der Vektoren zumindest eine dieser Nukleinsäuren trägt. Die
erfindungsgemäßen Vektoren
können
zusätzlich
auch noch ein Nukleinsäuremolekül tragen,
das für
eine der oben beschriebenen Thioesterasen kodiert.
-
Neben
den Plasmiden können
als „Vektor" zum Beispiel auch
Phagen, Phagemiden und Cosmide dienen. In einer bevorzugten Ausführungsform
ist das Nukleinsäuremolekül in einem
Vektor enthalten, insbesondere in einem Expressionsvektor. Ein derartiger
Expressionsvektor kann neben den oben bereits beschriebenen regulatorischen
Sequenzen und den Nukleinsäuresequenzen,
die für
eine prokaryotische Acyltransferase, eine Alkoholdehydrogenase,
eine Pyruvatdecarboxylase und eine Thioesterase kodieren, Replikations-
und Kontrollsequenzen umfassen, die von einem Organismus stammen,
der mit dem zur Expression verwendeten Wirt kompatibel ist, sowie
weiterhin mindestens einen Selektionsmarker, der einen selektierbaren
Phänotyp auf
eine transformierte Zelle überträgt. Beispiele
für solche
Marker sind Resistenzen gegen ein zytotoxisches Agens, wie z.B.
ein Antibiotikum, eine Schwermetall oder ein Toxin, eine virale
Immunität
oder ähnliches.
Eine kleine Auswahl geeigneter Marker umfasst Nukleinsäuresequenzen,
die dem Mikroorganismus der Erfindung eine Resistenz gegen Belomycin,
Gentamycin, Hygromycin, Kanamycin, Ampicillin, Phleomycin, Spectinomycin,
Streptomycin, Sulfonamid und Tetracyclin verleihen. Andere Marker
umfassen zum Beispiel Nukleinsäuresequenzen,
die für
eine Alkaline Phosphatase, myc, Hämagglutinin, β-Glucuronidase,
Luciferase und GFP kodieren. Eine große Zahl dazu geeigneter Vektoren,
z.B. pBluescript, pUC18, pBBR, pESC, pKS, pET oder pcDNA3, ist detailliert
beschrieben und kommerziell erhältlich.
-
Die
vorliegende Erfindung umfasst ebenfalls die Verwendung der nach
dem oben beschriebenen Verfahren erhaltenen Fettsäureester,
die mit kurzkettigen Alkoholen verestert sind, als Brennstoff für Verbrennungsmotoren.
-
Beschreibung der Figuren
-
1 zeigt
die Ergebnisse der Experimente, welche die Substratspezifität der Acyltransferasefunktion des
Enzyms WS/DGAT (SEQ ID Nr. 4) mit primären Alkoholen unterschiedlicher
Kettenlänge
untersucht. Die Enzymaktivitäten
wurden in radiometrischen Enzymtests mit Rohextrakten von E. coli
XL1-Blue (pKS::wax/dgat) bestimmt. Die Daten repräsentieren
Durchschnitte von drei unabhängigen
Experimenten ± Standardabweichungen.
-
2 bezieht
sich auf die Ergebnisse der Experimente zur Biosynthese von Fettsäureethylestern
(FAEEs) und Fettsäureisoamylestern
(FAIEs) in rekombinanter Bäckerhefe
(Saccharomyces cerevisiae). In der 2 wird die
Speicherlipidakkumulation in einem rekombinanten Stamm von S. cerevisiae
dargestellt. Die Zellen wurden für
24 h bei 28°C
in Uracil-freiem synthetischen Minimal-Dropout-Medium mit 2% (w/v)
Galaktose (Proben 1–3)
oder 2% (w/v) Galaktose plus 0,1% (w/v) Ölsäure (Proben 4–6) kultiviert
und dünnschichtchromatographisch
analysiert. A: Ergosterin; B: Triolein; C: Cholesterylpalmitat;
D: Palmitylpalmitat; 1 + 4, S. cerevisiae G175 (pESC-URA); 2 + 5,
S. cerevisiae H1246 (pESC-URA); 3 + 6, S. cerevisiae H1246 (pESC-URA::wax/dgat).
Die Gesamtlipidextrakte aus 1,5 mg lyophilisierten Zellen wurden
jeweils in den Spuren 1–6
appliziert.
-
3 bezieht
sich ebenfalls auf die Ergebnisse der Experimente zur Biosynthese
von Fettsäureethylestern
(FAEEs) und Fettsäureisoamylestern
(FAIEs) in rekombinanter Bäckerhefe
(Saccharomyces cerevisiae). In 3 werden
die Ergebnisse der GC/MS-Analyse von Gesamtlipidextrakten aus S.
cerevisiae H1246 (pESC-URA::wax/dgat) dargestellt. Die Zellen wurden
für 24
h bei 28°C
in Uracil-freiem synthetischem Minimal-Dropout-Medium mit 2% (w/v)
Galaktose kultiviert. Gesamtlipidextrakte aus 2,5 mg lyophilisierten
Zellen wurden appliziert. Identifizierte Substanzen: 1:
Ethylpalmitat (m/z = 284 [C18H36O2]+); 2:
Isoamylmyristat (m/z = 298 [C19H38O2]+); 3:
Ethylpalmitoleat (m/z = 282 [C18H34O2]+); 4:
Ethylstearat (m/z = 312 [C20H40O2]+); 5:
Isoamylpalmitat (m/z = 326 [C21H42O2]+); 6:
Isoamylpalmitoleat (m/z = 324 [C21H40O2]+); 7:
Isoamylstearat (m/z = 354 [C23H46O2]+); 8:
Isoamyloleat (m/z = 352 [C23H44O2]+).
-
4 bezieht
sich auf die Ergebnisse der Experimente zur Biosynthese von Fettsäureethylestern
(FAEEs) in einem rekombinanten Stamm von Escherichia coli. 4 zeigt
die Speicherlipidakkumulation in rekombinanten E. coli-Stämmen. Die
Zellen wurden für
24 h bei 37°C
in LB-Medium mit 2% (w/v) Glukose (Proben 1–3) oder 2% (w/v) Glukose plus
0,1% (w/v) Ölsäure (Proben
4–6) kultiviert
und dünnschicht-chromatographisch
analysiert. A: Ölsäure; B:
Ethyloleat; C: Oleyloleat; 1 + 4, E. coli TOP10 (pL0I297); 2 + 5,
E. coli TOP10 (pBBR1MCS-2::wax/dgat); 3 + 6, E. coli TOP10 (pBBR1MCS-2::wax/dgat + pLOI297).
Gesamtlipidextrakte aus 1,5 mg lyophilisierten Zellen wurden jeweils
in den Spuren 1–6
appliziert.
-
5 bezieht
sich ebenfalls auf die Ergebnisse der Experimente zur Biosynthese
von Fettsäureethylestern
(FAEEs) in einem rekombinanten Stamm von Escherichia coli. In 5 werden
die Ergebnisse der GC/MS-Analyse von isolierten FAEEs aus E. coli
TOP10 (pBBR1MCS-2::wax/dgat + pLOI297) dargestellt. Die Zellen wurden
für 24
h bei 37°C
in LB-Medium mit 2% (w/v) Glukose plus 0,1% (w/v) Ölsäure kultiviert.
FAEEs wurden über
präparative
Dünnschichtchromatographie
aufgereinigt. Identifizierte Substanzen: 1: C14:0-Ethylester
(m/z = 256 [C16H32O2]+); 2:
C14:1-Ethylester (m/z = 254 [C16H30O2]+); 3:
C16:0-Ethylester (m/z = 284 [C18H36O2]+); 4:
C16:1-Ethylester (m/z = 282 [C18H34O2]+); 5:
C18:1-Ethylester (m/z = 310 [C20H38O2]+); 6: C18:2-Ethylester
(m/z = 308 [C20H36O2]+).
-
6 zeigt
den in Beispiel 2 verwendeten Vektor pESC-URA::wax/dgat, der die Acyltransferase
aus Acinetobacter calcoaceticus ADP1 (wax/dgat) zusammen mit einer
künstlichen
Kozak-Initiationssequenz trägt. Des
Weiteren trägt
der Vektor einen Selektionsmarker für Ampicillin (AmpR) sowie einen
Gal10 und Gal1 Promotor. Weitere Einzelheiten zur Herstellung des
Vektors sind in Beispiel 2 zu finden.
-
Beispiele
-
Die
in diesen Beispielen verwendeten Organismen und Plasmide werden
in Tabelle 2 aufgelistet.
-
-
-
- C: Bullock, W. O., et al., 1987, BioTechniques, Vol.5, S.376–379
- D: Sandager, L., et al., 2002, siehe oben
- E: Kalscheuer, R. und Steinbüchel,
A., 2003, siehe oben
- F: Kalscheuer, R., Steinbüchel,
A., 2003, siehe oben
- G: Alterthum, F. und Ingram, L.O., 1989, siehe oben
- Abkürzungen:
TAG, TAG-Ansammlung; SE, Sterinesteransammlung; Apr,
Ampicillinresistenz.
- a, Scandinavian Biotechnology Research
(ScanBi) AB, Alnarp, Sweden.
- b, Stratagene, La Jolla, USA.
- c, Invitrogen, Carlsbad, USA
-
Die
Experimente wurden mittels molekularbiologischer Standardverfahren
gemäß Sambrook,
J. et al., siehe oben, durchgeführt.
Für die
PEG vermittelte Transformation von Hefe-Zellen ist das Lithium-Acetat-Verfahren
verwendet worden (Ito, H., et al., 1983, siehe oben).
-
Hefe-Zellen
werden bei 28°C
in Uracil-freiem synthetischem Minimal-Dropout-Medium, das 0,6% (wt/vol)
Hefe-Stickstoff-Basismedium
(Difco, Detroit, USA), 0,13 (wt/vol) synthetischen Hefe-Dropout-Zusatz ohne
Uracil (Sigma, Deisenhof, Deutschland), 0,0075 (wt/vol) Adeninhemisulfat
und 2% (w/v) Glucose oder Galaktose enthält. Rekombinante E. coli Stämme sind
in LB-Medium bei 37°C
in Gegenwart von Ampicillin (75 mg/l) und Tetracyclin (12,5 mg/l)
kultiviert worden. Die Zellen von S. cerevisiae und E. coli wurden
aerob in einem 300 ml Erlenmeyerkolben, der mit 50 ml Medium auf
einem Orbitalschüttler
bei 130 rpm geschüttelt
worden ist, kultiviert.
-
Ausführungsbeispiel 1
-
Die
Substratspezifität
der Acyltransferasefunktion der WS/DGAT in bezug auf primäre Alkohole
unterschiedlicher Kettenlänge
konnte in vitro anhand eines radiometrischen Enzymtests unter Verwendung
von Rohextrakten von E. coli XL1-Blue(pKS::wax/dgat)
getestet werden. Wie die Ergebnisse in 1 zeigen,
ist die Acyltransferaseaktivität
der WS/DGAT in der Lage neben langkettigen Fettalkoholen wie Hexadecanol
sowohl einfache kurzkettige Alkohole, wie zum Beispiel Ethanol und
Butanol, als auch verzweigte kurzkettige Alkohole, wie Isoamylalkohol,
als Substrate zu verwerten und mit langkettigen Fettsäuren zu
verestern.
-
Für dieses
Experiment wurde der E. coli Stamm XL1-Blue mit dem Plasmid pKS::wax/dgat
transformiert und anschließend
in LB-Medium für
6 h bei 37°C
in Gegenwart des Induktors 1 mM Isopropyl-β-Thiogalactopyranosid (IPTG)
kultiviert. Die Zellen wurden danach vom Medium abgetrennt, gewaschen,
in 125 mM Natriumphosphatpuffer (pH 7,4) resuspendiert und mittels
Ultraschallbehandlung aufgeschlossen, um das Zellrohextrakt für den radiometrischen
Enzymtest zu gewinnen.
-
Die
Acyltransferase-Enzymaktivität
der WS/DGRT wurde in einem Gesamtvolumen von 250 μl eines 125
mM Natriumphosphatpuffer (pH 7,4) durchgeführt. Dieser Puffer enthält 3.75
mM des zu testenden Alkohols, 4.63 mg/ml BSR und 4.72 μM [1-14C]Palmitoyl-CoA (Spezifische Aktivität 1.961
Bq/pmol). Alkohole und BSA werden als doppelt konzentrierte Stammlösung appliziert,
die mittels Ultraschall emulgiert worden ist. Die Reaktion wurde
mit dem oben gewonnenen Zellrohextrakt des rekombinanten E. coli-Stammes
durchgeführt. 100 μg an Protein
wurde in jedem Enzymassay verwendet. Das Enzymassay ist für 30 min
bei 35°C
inkubiert worden, und die Reaktion wurde durch Extraktion mit 500 μl Chloroform/Methanol
(1:1, vol/vol) gestoppt. Nach dem Zentrifugieren wurde die Chloroform-Phase
entfernt und die extrahierten Lipide wurden mittels Dünnschichtchromatographie
(DC) wie in Beispiel 2 beschreiben aufgetrennt. Die radioaktiv markierten
Reaktionsprodukte auf der DC-Platte sind mittels Autoradiographie
detektiert worden, und die Radioaktivität ist mittels einer Szintillationszählung gemessen
worden.
-
Ausführungsbeispiel 2
-
Als
Wirtszelle wurde in diesem Beispiel für die heterologe Expression
von WS/DGRT aus A. calcoaceticus ADP1 die eukaryotische Bäckerhefe
Saccharomyces cerevisiae ausgewählt,
welche als fakultativ anaerober Mikroorganismus Fuselalkohole, zu
denen auch Ethanol gehört,
als Gärungsprodukt
unter anaeroben Bedingungen bildet.
-
Für die Experimente
wurde die speicherlipidfreie Vierfachmutante Stamm H1246 (lro1Δ, dga1Δ, are1Δ, are2Δ) von S.
cerevisiae G175 eingesetzt (Sandager, L., et al., 2002, siehe oben).
Während
Wildtypen von S. cerevisiae TAG und Sterylester als intrazelluläre Speicherlipide
synthetisieren, ist die Vierfachmutante S. cerevisiae H1246 dazu
nicht mehr in der Lage und somit frei von lipophilen Speicherstoffen.
Die heterologe Expression von WS/DGAT in S. cerevisiae H1246, welche
das Plasmid pESC-URA::wax/dgat trägt, führte beim Wachstum auf Galaktose
als Kohlenstoffquelle einerseits dazu, dass in der rekombinanten
Mutante die Fähigkeit
zur TAG-Synthese aufgrund der DGAT-Aktivität der bifunktionalen WS/DGAT
wieder hergestellt wurde. Daneben konnte zusätzlich die Akkumulation von
FAEEs und Fettsäureisoamylestern
(FAIEs) nachgewiesen werden (2 und 3).
Die GC/MS Analysen des Gesamtlipidextraktes von rekombinanten Hefe-Stämmen zeigen,
das FAIEs und FAEEs nur im Stamm S. cerevisiae H1246, der das Plasmid
pESC-URA::wax/dgat enthält,
hergestellt worden sind. Im Wildtyp-Stamm S. cerevisiae G175 und
in der Mutante S. cerevisiae H1246, die nur die Vektorkontrolle
(pESC-URA) enthielt, konnten keine FAIEs und FAEEs nachgewiesen
werden.
-
Isoamylalkohol
ist ein für
die Bäckerhefe
typischer Fuselalkohol, der als Produkt des anaeroben Aminosäurestoffwechsels
gebildet wird, und neben Ethanol ebenfalls von der heterolog exprimierten
WS/DGAT als Substrat in vivo genutzt werden kann. Somit ist erstmals
demonstriert worden, dass unter Ausnutzung der geringen Substratspezifität von WS/DGAT
aus A. calcoaceticus ADP1 die Biosynthese von FAEEs in einem eukaryotischen
Mikroorganismus möglich
ist. Die Vorstufensubstrate für
die FAEE-Produktion (Coenzym-A-aktivierte
Fettsäuren
+ Ethanol) werden dabei beim Wachstum auf einem einfachen Substrat
(z.B. Galaktose) durch den Metabolismus der Wirtszelle bereitgestellt.
-
Das
in diesem Beispiel verwendete Plasmid pESC-URA::wax/dgat wird wie
folgt hergestellt. Für
die Expression in der Hefe wurde die für WS/DGAT (SEQ ID Nr. 4) kodierende
wax/dgat (SEQ ID Nr. 3) aus dem Plasmid pKS::wax/dgat (Kalscheuer
R., Steinbüchel
A., 2003, siehe oben) amplifiziert. Für die PCR wurde dabei das Oligonukleotid
5'-AAAGGATCCACTATGCGCCCATTACATCCGATT-3' (SEQ ID NO: 2, ATG
Startcodon ist fettgedruckt) als 5'-Primer verwendet, wodurch eine BamHI
Restriktionsschnittstelle (unterstrichen) und eine Kozak-Translationsinitionssequenz
(Kozak M., 1987, Nucleic Acid. Res., Vol.15, S.8125–8148 Kozak
M., 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.87, S.8301–8305) in
die Nukleinsäure
eingeführt
worden sind. Mittels des 3'-Primers
5'-TTTGTCGACTTAATTGGCTGTTTTAATATCTT-3' (SEQ ID NO: 1) wurde
eine SalI Restriktionsschnittstelle (unterstrichen) in die Nukleinsäuresequenz
eingefügt.
Das 1,5 kbp große
PCR-Produkt ist in den mit BamHI-SalI restringierten Vektor pESC-URA
(Stratagene, La Jolla, USA) colinear zum GAL1 Promotor (mit Galaktose
induzierbar) kloniert worden. Rekombinante Hefen sind in Uracil-freiem
synthetischem Minimal-Dropout-Medium mit 2% (w/v) Galactose für 24 h bei
28°C kultiviert
worden. Die Zellen sind anschließend gewaschen und in 125 mM
Natriumphosphatpuffer (pH 7,4) resuspendiert worden. Das Rohextrakt
wurde durch den Aufschluss der Zellen mit einer French-Press erhalten.
-
Die
Analyse der Fette wurde mittels Dünnschichtchromatographie wie
von Kalscheuer, R. und Steinbüchel,
A. (2003, siehe oben) beschrieben, durchgeführt. Als Lösungsmittelsystem wurde Hexan:Diethyleter:Essigsäure im Verhältnis 90:7,5:1
vol/vol/vol für
die TAG, Sterylester, Fettsäureisoamylester
bzw. -ethylester und die Fettsäureanalyse
verwendet. Triolein, Ergosterin, Palmitylpalmitat und Cholesterylpalmitat
wurden bei der Sigma-Aldrich Chemie GmbH (Taufkirchen, Deutschland)
bezogen und als Referenzsubstanzen für die Fettanalyse verwendet.
-
Die
Fettsäureanalyse
der gesamten Zellen wurde mittels Gaschromatographie (GC) gemäß der Beschreibung
von Timm, A. und Steinbüchel,
A. (1990, Appl. Environ. Microbiol., Vol.56, S.3360–3367) durchgeführt. Dafür wurden
5 bis 7,5 mg an lyophilisierten Zellen für 4 h bei 100°C einer Methanolyse
in Gegenwart von 15% (vol/vol) in Methanol suspendierter Schwefelsäure ausgesetzt.
Die dabei gewonnenen Fettsäureester sind
in einer GC unter Verwendung eines Agilent 6850 Gaschromatographen
(Agilent Technologies, Waldbronn, Deutschland), der mit einer BP21
Kapillarsäule
(50 m × 0,22
mm, Filmdicke 250 nm, SGE, Darmstadt, Deutschland) bestückt ist,
und einem Flammenionisationsdetektor (Agilent Technologies, Waldbronn, Deutschland)
analysiert worden. Eine 2 μl
Probe der organischen Phase ist nach der Split-Injektion (1:20)
analysiert worden. Wasserstoff (konstanter Fluss, 0,6 ml/min) ist
in diesem Experiment als Trägergas
verwendet worden. Die Temperatur des Injektors und des Detektors
lagen bei 250°C
bzw. 275°C.
Das folgende Temperaturprogramm ist gefahren worden: 120°C für 5 min,
Erhöhung
der Temperatur um 3°C/min
bis auf 180°C, anschließende Erhöhung der
Temperatur um 10°C/min
bis auf 220°C
und dann halten der Temperatur von 220°C für 31 min. Die Substanzen wurden
aufgrund ihrer Retentionszeit mit dem Standard eines Fettsäuremethylesters
verglichen.
-
Die
vermeintlichen TAG's,
Fettsäureethylester
und Fettsäureisoamylester
sind mittels einer präparativen
Dünnschichtchromatographie
auf gereinigt worden. Für
die direkte Gewinnung der Proben aus dem Chromatogramm ist ein ChromeXtract
(ChromAn, Leipzig, Deutschland) verwendet worden. Die Strukturen
der Probesubstanzen sind mittels Elektronenspray-Ionisations-Massenspektrometrie
(ESI-MS) in einem Kationen-Modus auf einem QUATTRO LCZ (Waters-Micromass,
Manchester, UK) mit Nanosprayeinlass oder mittels gekoppelter Gaschromatographie/Massenspektrometrie
(GC/MS) bestimmt worden.
-
GC/MS
Analysen isolierter Lipide oder von Gesamtlipidextrakten ganzer
Zellen, die in Chloroform gelöst
worden sind, sind auf einem Serie 6890 GC-System, dass mit einem
Serie 5973 EI MSD (Hewlett Packard, Waldbronn, Deutschland) ausgerüstet ist,
durchgeführt
worden. Eine 3 μl
Probe der organischen Phase ist nach der splitlosen Injektion unter
Verwendung einer BP21 Kapillarsäule
(50 m × 0,22
mm, Filmdicke 250 nm, SGE, Darmstadt, Deutschland) analysiert worden.
Helium ist als Trägergas
verwendet worden (konstanter Fluss, 0,6 ml/min). Die Temperatur
des Injektors und des Detektors lagen bei 250°C bzw. 240°C. Das folgende Temperaturprogramm
ist gefahren worden: 120°C
für 5 min,
Erhöhung
der Temperatur um 3°C/min
bis auf 180°C,
anschließende
Erhöhung
der Temperatur um 10°C/min
bis auf 220°C
und dann Halten der Temperatur von 220°C für 31 min. Die Substanzen wurden
anhand ihres Massenspektrums identifiziert. Die Daten wurden mittels
des NIST-Mass Spectral Search Program (Stein, S., et al., 1998,
The NIST Mass Spectral Search Program, Windows-Software Version
1.6d) analysiert.
-
Ausführungsbeispiel 3
-
Als
Wirtszelle wurde in diesem Beispiel für die heterologe Expression
von WS/DGAT aus A. calcoaceticus ADP1 (SEQ ID Nr. 4) ein rekombinanter
Stamm von E. coli ausgewählt.
Das fakultativ anaerobe, gram(–) Enterobakterium
E. coli bildet unter anaeroben Bedingungen über gemischte Säuregärung nur
geringe Mengen an Ethanol. Rekombinante Stämme von E. coli, welche die
Gene für
die Pyruvatdecarboxylase (pdc) und Alkoholdehydrogenase II (adhB)
aus Zymomonas mobilis heterolog exprimieren, können jedoch sehr große Mengen
an Ethanol unter aeroben und anaeroben Bedingungen produzieren (Alterthum,
F., Ingram, L. O., 1989, siehe oben).
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Für die Biosynthese
von FAEEs in E. coli wurden die Gene pdc und adhB aus Z. mobilis
(SEQ ID Nr. 7 und 5), lokalisiert auf dem Plasmid pLOI297 (Alterthum,
F., Ingram, L. O., 1989, siehe oben) sowie das für die WS/DGAT aus A. calcoaceticus
ADP1 kodierenden Gen wax/dgat (SEQ ID Nr. 3), lokalisiert auf dem
Plasmid pBBR1MCS-2::wax/dgat (Kalscheuer, R., Steinbüchel, A.,
2003, siehe oben), eingesetzt. Für
die Experimente wurde der E. coli Stamm TOP10 zunächst mit
dem Plasmid pBBR1MCS-2::wax/dgat, dem Plasmid pLOI297 oder mit beiden
Plasmiden transformiert. Die rekombinanten E. coli TOP10 Stämme wurden
anschließend
in LB-Medium, welches 2% (wt/vol) Glukose und 0,1% (wt/vol) Ölsäure enthielt,
in Schikanekolben für
24 h bei 37 °C
auf einem Orbitalschüttler
bei 180 rpm unter aeroben Bedingungen kultiviert. Das Medium enthielt außerdem den
Induktor 1 mM Isopropyl-β-Thiogalactopyranosid
(IPTG) sowie geeignete Antibiotika (75 μg/ml Ampicillin und/oder 50 μg/ml Kanamycin).
Nach Zellernte wurden die Zellen lyophilisiert und anschließend auf die
gebildeten Fette hin analysiert.
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Wie
durch dünnschichtchromatographische
und GC/MS Analyse festgestellt werden konnte, waren die rekombinanten
Stämme,
die nur eines der Plasmide pBBR1MCS-2::wax/dgat und pLOI297 enthielten,
nicht in der Lage, unter diesen Kultivierungsbedingungen signifikante
Mengen an FAEEs zu synthetisieren. Nur der rekombinante Stamm, der
sowohl das Plasmid pLOI297 als auch das Plasmid pBBR1MCS-2::wax/dgat beinhaltete
und somit die drei relevanten Gene pdc, adhB und wax/dgat gleichzeitig
exprimierte, akkumulierte signifikante Mengen an FAEEs während der
Kultivierung auf LB-Medium, welches 2% (wt/vol) Glukose und 0,1% (wt/vol) Ölsäure enthielt
(4 und 5). Auf LB-Medium ohne Zugabe
von Glukose oder Ölsäure oder
auf LB-Medium, welches nur 2% (wt/vol) Glukose enthielt, konnten
keine signifikanten Mengen an FAEEs nachgewiesen werden, während auf
LB-Medium, welches nur 0,1% (wt/vol) Ölsäure enthielt, sehr geringe
Mengen an FAEEs detektierbar waren. Damit ist erstmals demonstriert
worden, dass unter Ausnutzung der geringen Substratspezifität von WS/DGAT
aus A. calcoaceticus ADP1 eine Biosynthese von FAEEs auch in Ethanol-produzierenden
prokaryotischen Mikroorganismen möglich ist. Die Vorstufensubstrate
für die
FAEE-Produktion (Coenzym-A-aktivierte Fettsäuren und Ethanol) wurden dabei
durch den Metabolismus des gentechnisch veränderten Stammes beim Wachstum
auf einfachen, nachwachsenden Substraten (Glukose und Fettsäuren) bereitgestellt.
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Die
Analyse der Fette mittels Dünnschichtchromatographie
wurde wie von Kalscheuer, R. und Steinbüchel, A. (2003, siehe oben)
beschrieben, durchgeführt.
Als Lösungsmittelsystem
wurde Hexan:Diethyleter:Essigsäure
im Verhältnis
90:7,5:1 vol/vol/vol für
die Fettsäureethylesteranalyse
verwendet. Ölsäure, Ethyloleat
und Oleyloleat wurden bei der Sigma-Aldrich Chemie GmbH (Taufkirchen, Deutschland)
bezogen und als Referenzsubstanzen für die Fettanalyse verwendet.
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Die
vermeintlichen Fettsäureethylester
sind mittels einer präparativen
Dünnschichtchromatographie aufgereinigt
worden. Die Strukturen der Probesubstanzen sind mittels gekoppelter Gaschromatographie/Massenspektrometrie
(GC/MS) bestimmt worden.
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Die
GC/MS Analyse der isolierten Lipide wurde wie in Beispiel 2 beschrieben
durchgeführt.
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