CZ27193U1 - Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti česneku analýzou mikrosatelitů (SSR) - Google Patents

Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti česneku analýzou mikrosatelitů (SSR) Download PDF

Info

Publication number
CZ27193U1
CZ27193U1 CZ2014-29050U CZ201429050U CZ27193U1 CZ 27193 U1 CZ27193 U1 CZ 27193U1 CZ 201429050 U CZ201429050 U CZ 201429050U CZ 27193 U1 CZ27193 U1 CZ 27193U1
Authority
CZ
Czechia
Prior art keywords
microliters
dna
garlic
pcr
analysis
Prior art date
Application number
CZ2014-29050U
Other languages
English (en)
Original Assignee
Výzkumný ústav rostlinné výroby, v. v. i.
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Výzkumný ústav rostlinné výroby, v. v. i. filed Critical Výzkumný ústav rostlinné výroby, v. v. i.
Priority to CZ2014-29050U priority Critical patent/CZ27193U1/cs
Publication of CZ27193U1 publication Critical patent/CZ27193U1/cs

Links

Landscapes

  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Description

Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti česneku analýzou mikrosatelitů (SSR)
Oblast techniky
Vynález se zabývá analýzou délkové variability mikrosatelitů pro charakterizaci odrůd česneku Allium sativum L. a dalších rostlinných materiálů. Podstatou je amplifikace úseků genomu obsahující daný mikrosatelitní lokus pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) se specifickými primery a následná analýza produktů a ztotožnění profilu DNA s deklarovanou odrůdou. Dosavadní stav techniky
Charakterizace odrůd česneku pro kontrolu trhu je obecným problémem. S objevem polymerázové řetězové reakce (PCR) a jejím zavedením jako rutinní metody v laboratořích molekulární biologie se však značně zrychlil vývoj metod pro studium genetické variability, a tudíž se i problém charakterizace odrůd stal řešitelným. V současné době již existuje mnoho metod, které jsou vhodné pro detekci genetické variability. Jednou z metod, která se rutinně používá, je analýza mikrosatelitů. Mikrosatelity jsou úseky DNA s opakujícím se motivem nejčastěji dvou nukleotidů. Počet opakování daného motivu je dán mnoha faktory a je nutno ho chápat z fylogenetického hlediska. Vlastní příčinou je chromosomální dynamika: chromosomální aberace, nerovnoměrný crossing-over, amplifikace a neúplná replikace určitých segmentů chromosomální DNA (Ondřej, 1992). Mikrosatelity se tudíž vyznačují vysokou mírou variability v počtu opakování jejich motivů, která se ve vlastní analýze projeví jako vysoká míra délkového polymorfismu amplifikovaných fragmentů DNA daného mikrosatelitního lokusu. Výhodou analýzy mikrosatelitů je hypervariabilita, kodominance alel, hojný výskyt v genomech eukaryot, potřeba pouze malého množství DNA, vysoká reproducibilita, možnost provádět analýzy jako multiplex, tj. v jedné reakci analyzovat více SSR lokusů, což výrazně zlevňuje cenu analýz (de Vienne et al., 1998).
Z mnoha komparativních studií (Russel et al. 1997; Nagaoka and Ogihara, 1997) se analýza mikrosatelitů ukazuje jako nej vhodnější metoda pro analýzy genetické variability v rámci druhu tato metoda nejlépe detekuje rozdíly mezi odrůdami téhož rostlinného druhu.
Podstata technického řešení
Uvedený nedostatek - nedostupnost - řeší sady primerů, kde vždy jeden příměr z páru a to forvard je fluorescenčně značen (6-fam, víc, ned, pet), specificky rozlišující odrůdy česneku a cibule. Jedná se o primery, s jejichž pomocí lze amplifikovat variabilní oblasti, tzv. mikrosatelity (dále jen SSR). Pro každou kombinaci mikrosatelitů a odrůdy byl charakterizován specifický signál. Tak je možné jednoznačně odrůdu identifikovat. V tomto případě je možné provádět tzv. multiplexové analýzy a analyzovat tak více (obvykle 3-4) mikrosatelity v jedné analýze. Součástí analýzy je velikostní standard a standardy alel. Protože je nutno rozlišit délku produktu PCR reakce pro daný mikrosatelit s přesností na 2 bp, je nutné použít přesnější metodu než je klasická elektroforéza v agarózovém gelu. Tato metodika byla optimalizována pro použití kapilární elektroforézy v přístrojích ABIPRISM 310* a 3130*(Applied Biosystems).
Dále je, podle technického řešení, důležité, využívat dále popsané reakční podmínky dané následující reakční směsí pro každý vzorek, kdy v objemu 15 mikrolitrů reakční směsi je přítomných 6,8 mikrolitrů sterilní deionizované vody (bez DNáz a RNáz), 1,5 mikrolitrů 10X pufru (Biotools Dynex*), 2,0 mikrolitrů MgCl2 o koncentraci 15 milimolámí (Biotools, Dynex*), 1,5 mikrolitrů dNTP o koncentraci 2,5 milimolámí, 1,0 mikrolitrů specifického primerů F o koncentraci 5,0 mikromolámí a 1,0 mikrolitrů specifického primerů R o koncentraci 5,0 mikromolámí. K reakční směsi se poté přidá 1 mikrolitr testované DNA.
PCR (polymerázová řetězová reakce) v reálném čase probíhá v termocykleru při následujícím teplotním profilu: 3 minuty při 95 °C, následuje 35 cyklů skládajících se ze tří kroků (30 sekund při 95 °C 30 sekund při 60 °C a 30 sekund při 72 °C), a nakonec 5 minut při 72 °C.
-1 CZ 27193 Ul
Pro kontrolu lze přítomnost PCR produktu ověřit detekcí na 2 % agarosovém gelu s délkovým standardem.
Produkty amplifikace jsou separovány elektroforeticky metodou kapilární elektroforézy na přístroji ABI PRISM 3130* a nebo ABI PRISM 310* (Applied Biosystems), kde příprava vzorku pro analýzu kapilární elektroforézou je následující:
- 10 μΐ Formamid (Applied Biosystems*), 0,5 μΐ LIZ500 (Applied Biosystems), Vzorky 6- FAM, VIC, NED, PIET a to z každé amplifikační reakce pro daný vzorek 0,4 μΐ pro příměrový pár v sadě A-Sada Multiplex A
- 10 μΐ Formamid (Applied Biosystems*), 0,5 μΐ LIZ500 (Applied Biosystems*), Vzorky 6FAM, VIC, NED, PET a to z každé amplifikační reakce pro daný vzorek 0,4 μΐ pro příměrový pár v sadě B-Sada Multiplex B
- 10 μΐ Formamid (Applied Biosystems*), 0,5 μΐ LIZ500 (Applied Biosystems*), Vzorky 6 FAM, VIC NED, PIET a to z každé amplifikační reakce pro daný vzorek 0,4 μΐ pro příměrový pár v sadě C-Sada Multiplex C
- 10 μΐ Formamid (Applied Biosystems*), 0,5 μΐ LIZ500 (Applied Biosystems*), Vzorky 6FAM, VIC, NED, PET a to z každé amplifikační reakce pro daný vzorek 0,4 μΐ pro příměrový pár v sadě D-Sada Multiplex D
Vyvinuté sady primerů podle technického řešení pro stanovení odrůdové pravosti analýzou mikrosatelitů (SSR) budou využitelné pro molekulámě-biologické hodnocení odrůdové pravosti odrůd česneku Allium sativum L. a dalších rostlinných materiálů ze stejného rodu, např. cibule kuchyňské Allium cepa L.
Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti byly navrženy původci a jejich kombinace příměrových párů pro genovou expresi byla optimalizována pro dané podmínky ve Výzkumném ústavu rostlinné výroby, v.v.i., Praha, CZ, kde probíhalo i statistické hodnocení vhodnosti použití různých příměrových kombinací. Následující příklady provedení vynález pouze dokládají, aniž by ho jakkoliv omezovaly.
Název markéru (příměrový pár-F a R) Forward primer Reverse primer
ASM035-6FAM 6FAM-TTG GAC TGA ATT CTG AAT ACCT GGG TGT GTG GTT CAA GGA
ASM040-VIC VIC-CAC AGC AAC ATG CAC CAT TGC CGG AAC TCG ΑΤΑ TT
ASM053-NED NED-ACA AGG TCG ACA TCG TTT G GGG CTT CAC CTG AAC ACA
ASM059-PET PET-CTT GCC GGA ACT CGA TAT T CAC AGC AAC ATG CAC CAT
Sada - Multiplex A
ASM072-6FAM 6FAM-CAC GCG AAT CTT TCT TGG TGC AAA GCA ATA TGG CAG
ASM078-V1C VIC-TGT TCC AAC CAG ATT TAA TGC AAG TGG CGG TTG TGT CTG
ASM080-NED NED-AAT CTC CCT CCA AAG TCC C CCT GTA TTT TGT GTA AAG CAT CA
ASM109-PET PET-GGT CTC CTC ATC CAC CGT GTG TGG GGC ATG ATT GAC
Sada - Multiplex B
INTRON 1 6FAM-AAGATCCAAGGTTGCTCTGC CAGCAGCATTTCCCACTACC
INTRON 3 HEX-ACTCGTCATCTCTCTTTCACC TGTAATGAGGCCAGTAGTAAACC
ASA07-NED NED-CTC GGA ACC AAC CAG CAT A CCC AAA CAA GGT AGG TCA GC
ASA08-PET PET-TGA TTG AAA CGA ATC CCA CA GGG GGT TAC CTG AAC CTG TTA
Sada - Multiplex C
ASA10-6FAM 6FAM-TTG TTG TTC TGC CAT TTT GAT CTA AGC CGA GAG AAA
ASA14-VIC VIC-TCT ATC TCG CTT CTC AGG GG GCT GAC AGA AGT AGT CTT TCC
ASA16-NED NED-CAC GAC TTT TCC TCC CAT TT GCT AAT GTT CAT GTC CCC AGT
ASA17-PET PET-TCC ACG ACA CAC ACA CAC AC ATG CAG AGA ATT TGG CAT CC
Sada - Multiplex D
*) název přístroje nebo dodavatele činidla je dán jen pro orientaci, lze využít jakýkoliv odpovídající přístroj nebo činidlo, které poskytne shodné výsledky.
-2CZ 27193 Ul
Příklady provedení
Příklad 1

Claims (6)

  1. Pro analýzu byl použit česnek (Allium sativum L.), u kterého bylo nutné zjistit pravost. Bylo analyzováno 10 ks cibulí. DNA byla izolována ze stroužků pomocí CTAB a po kontrole kvality izolované DNA a změření její koncentrace byly vzorky DNA naředěny sterilní vodou na pracovní koncentraci 100 ng/μΐ a přidány k reakční směsi. Reakční směs pro jeden vzorek se skládala z 6,8 mikrolitrů sterilní deionizované vody (bez DNáz a RNáz), 1,5 mikrolitrů 10X pufru (Biotools, Dynex*),
  2. 2,0 mikrolitrů MgCl2 o koncentraci 15 milimolámí (Biotools, Dynex*),
    1,5 mikrolitrů dNTP o koncentraci 2,5 milimolámí, 1,0 mikrolitrů specifického příměru F o koncentraci 5 mikromolámí a 1,0 mikrolitrů specifického primem R o koncentraci 5 mikromolámí. Nejprve byl připraven mastermix (reakční směs bez templátové DNA) pro každý pár primerů do zvláštní zkumavky, ten rozpipetován do PCR zkumavek nebo PCR destičky a k němu nakonec přidán po 1 μΐ roztoku vzorku DNA.
    Reakce probíhala v termocykleru (Eppendorf *) při následujícím teplotním profilu:
  3. 3 minuty při 95 °C, následuje 35 cyklů skládajících se ze tří kroků (30 sekund při 95 °C, 30 sekund při 60 °C a 30 sekund při 72 °C), a nakonec 5 minut při 72 °C.
    Na 2% agarosovém gelu byla rozlišena délka získaného produktu pomocí délkového standardu 100 bp DNA Ladder (Fermentas, Kanada*) a byl detekován PCR produkt.
    Produkty amplifikace byly naředěny dle tabulky ředění pro daný PCR produkt, rozpipetovány v objemu 0,
  4. 4 mikrolitrů do PCR destičky spolu s 10 mikrolitry Formamidu (Applied Biosystems*) a 0,
  5. 5 mikrolitrů velikostního standardu LIZ500 (Applied Biosystems*) a inkubovány 7 minut při teplotě 95 °C a následně rychle ochlazeny na teplotu 4 °C v cyklem a krátce centrifugovány. Vzorky jsou poté separovány elektroforeticky metodou kapilární elektroforézy na přístroji ABIPRISM 3130 (Applied Biosystems*).
    Uvedený příklad provedení technického řešení pouze dokládá možností použití, aniž by jakkoliv omezoval další aplikace.
    Průmyslová využitelnost
    Tyto sady primerů lze využít pro molekulámě-biologické hodnocení odrůdové pravosti odrůd česneku Allium sativum L. a dalších rostlinných materiálů ze stejného rodu Allium, např. cibule kuchyňské Allium cepa L.
    Vysvětlivky zkratek použitých v textu:
    PCR - The Polymerase Chain Reaction
    SSR - mikrosatelit (Simple Sequence Repeat)
    NED - typ fluorescenční značky
    VIC - typ fluorescenční značky
  6. 6-FAM - 6- karboxyfluorescein, typ fluorescenční značky
    Použitá literatura:
    ABI PRISM 3130 Reference Manual (http:// www3.apliedbiosystems.com/cms/groups/mcb suport/documents/generaldocuments/cms 041469.pdf.)
    ABI PRISM 3130 - Avant Manual http:// www. Lifetechnologies.com/l/l/4326-abi-prism-3100avant-genetic-analyzer-user-guide.html
    -3CZ 27193 U1
    Cunha CPI, Hoogerheide ES, Zucchi MI, Monteiro M, Pinheiro JB: New microsatellite markers for garlic, Allium sativum (Alliaceaé), American Jounnal Of Botany, Volume: 99 Issue: 1 Pages: E17- E19 DOI: 10.3732/ajb. 1100278 Published: JAN 2012
    ČSN EN ISO 21571 Potraviny - Metody pro detekci geneticky modifikovaných organismů a odvozených produktů - Extrakce nukleové kyseliny (2007)
    De Vienne D., Santoni s. (1998): Les principales sources de marqueur moléculaires. In: de Vienne et al.: Les marqueur moléculaire en génétique et biotechnologies végétales. INRA, Paris, 1998:15-47.
    Definition of Minimum Performance Requirements for Analytical Methods of GMO Testing european Network of GMO Laboratories (ENGL) (CRL 2008.
    Korir, N. K., Han, J., Shangguan, L. Wang, Ch., Kayesh E, E, Zhang, E., Fang, J.: Plant variety and cultivar identification: advances and prospects CRITICAL REVIEWS IN BIOTECHNOLOGY Volume: 33 Issue: 2 Pages: 111-125 DOI: 10.3109/07388551.2012. 675314 Published: JUN 2013
    Ma, Kyung-Ho; Kwag, Jae-Gyun; Zhao, Weiguo: Isolation and characteristics of eight novel polymorphic microsatellite loci from the genome of garlic (Allium sativum L.) SCIENTIA HORTICULTURAE Volume: 122 Issue: 3 Pages: 355-361 DOI: 10.1016/j. scienta.2009.06.010 Published: OCT 1 2009
    Nagaoka T., Ogihara Y. (1997): Applicability o inter-simple sequence repeat polymorpisms in
CZ2014-29050U 2014-01-09 2014-01-09 Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti česneku analýzou mikrosatelitů (SSR) CZ27193U1 (cs)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CZ2014-29050U CZ27193U1 (cs) 2014-01-09 2014-01-09 Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti česneku analýzou mikrosatelitů (SSR)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CZ2014-29050U CZ27193U1 (cs) 2014-01-09 2014-01-09 Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti česneku analýzou mikrosatelitů (SSR)

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CZ27193U1 true CZ27193U1 (cs) 2014-07-21

Family

ID=51264384

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CZ2014-29050U CZ27193U1 (cs) 2014-01-09 2014-01-09 Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti česneku analýzou mikrosatelitů (SSR)

Country Status (1)

Country Link
CZ (1) CZ27193U1 (cs)

Similar Documents

Publication Publication Date Title
Ng et al. Inter-simple sequence repeat (ISSR) markers: are we doing it right
Zhu et al. Fingerprinting and Identification of Closely Related Wheat ('Triticum aestivum'L.) Cultivars Using ISSR and Fluorescence-Labeled TP-M13-SSR Markers
Caramante et al. Simple sequence repeats are able to trace tomato cultivars in tomato food chains
WO2008056325B1 (en) Process for animal species identification in samples with genetic material based on mitochondrial dna size variation
Fulbright et al. Molecular diagnostics for monitoring contaminants in algal cultivation
CN102337345A (zh) 基于20个三等位基因snp遗传标记的法医学复合检测试剂盒
Rassin et al. Molecular Identification of Aspergillus fumigatus Using ISSR and RAPD Markers
US11414714B2 (en) Methods and kits for the detection of powdery mildew
Villalobos-Arámbula et al. Cross-species transferability of eastern white pine (Pinus strobus) nuclear microsatellite markers to five Mexican white pines
RU2573937C1 (ru) НАБОР СИНТЕТИЧЕСКИХ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ВИДОВОЙ ПРИНАДЛЕЖНОСТИ ВОЛОДУШКИ МНОГОЖИЛЬЧАТОЙ (Bupleurum multinerve DC.)
Balážová et al. Genetic diversity of triticale cultivars based on microsatellite and retrotransposon-based markers.
CZ27193U1 (cs) Sady primerů pro stanovení odrůdové pravosti česneku analýzou mikrosatelitů (SSR)
Hoque et al. Molecular diversity analysis of lentil (Lens culinaris Medik.) through RAPD Markers
Boutigny et al. Optimization of a real-time PCR assay for the detection of the quarantine pathogen Melampsora medusae f. sp. deltoidae
Mitra et al. Genetic diversity analysis in date palm (Phoenix dactylifera L.): a comparative assessment using ISSR and RAPD marker assays
Muraseva et al. ISSR primer screening for analysis of genetic diversity among Scutellaria tuvensis (Lamiaceae) populations
CZ28452U1 (cs) Sady primeru pro stanovení odrůdové pravosti cibule analýzou mikrosatelitů (SSR)
Yuskianti et al. Sequence characterized amplified region (SCAR) markers in Sengon (Paraseriathes falcataria (L.) Nielsen
Zhu et al. High resolution melting curve analysis: an efficient method for fingerprinting of hybrid rice cultivars and their parental lines
CN104946637B (zh) 一种向日葵黄萎病的两种轮枝病菌的多重dpo‑pcr检测试剂盒及其应用
CN105695575A (zh) 55个snp位点多色荧光复合检测的方法及试剂盒
CN103757110A (zh) 一种霍乱弧菌分析分型试剂盒
Zander et al. New application for haplotype-specific extraction: separation of mitochondrial DNA mixtures
Fajardo et al. Real-time RT-PCR high-resolution melting curve analysis to detect and differentiate Brazilian variants of grapevine viruses
CZ30692U1 (cs) Sady primerů pro skupinově specifickou diagnostiku rýže typu Basmati analýzou polymorfismu DNA

Legal Events

Date Code Title Description
FG1K Utility model registered

Effective date: 20140721

MK1K Utility model expired

Effective date: 20180109