CN1997756A - 单倍型标记和利用其确定对于治疗的反应的方法 - Google Patents

Abstract

本发明涉及一种通过测定在单倍型标记内的一种或多种多态性位点上核苷酸的存在来诊断或预测对于治疗的反应的方法，所述治疗如Alefacept。本发明鉴定了与对于Alefacept的反应相关联的多种单倍型。本发明鉴定的单倍型标记和本发明的方法能够对于诊断或预测对皮肤疾病，如牛皮癣的易感性特别有用。

Description

单倍型标记和利用其确定对于治疗的反应的方法

相关申请

本申请要求2004年5月4日递交的美国临时申请60/568,371的权益，特此将其全部内容并入本文作为参考。

发明背景

DNA的变异或突变几乎与所有人类表型特征和疾病直接相关。最常见的DNA变异类型是单核苷酸多态性(SNP)，其是在基因组中单一位置上的碱基对取代。据估计SNPs导致人之间大部分的DNA序列差异(Patil，N.等，Science，294：1719(2001))。在基因组中紧密物理接近的这些SNPs组块经常是遗传连锁的，导致群体内遗传变异性减少并定义有限数目的″SNP单倍型″，其每一种都反映了来自单一的，古老染色体的血统(Stephens，J.C.，Molec.Diag.4(4)：309-317；Fullerton，S.M.，等，Am.J.Hum.Genet.67：881(2000))。

由SNPs，单倍型或者其它类型的变异定义的人DNA序列变异模式，对于鉴定表型特征和基因位点之间的关联具有重要暗示。例如，可以进一步分析具体的目标基因组区以便将SNPs或者单倍型与表型特征-例如，疾病易感性或抗性，对于遗传病症的易感性，或药物反应相关联。这种信息可能在理解所述特征的生物学基础以及鉴定可用于发展治疗剂和诊断剂的候选基因中是无价的。

牛皮癣是一种最常见的皮肤病(dermatologic disease)(本文还称作皮肤病(skin desease))，其影响高达1到2％的世界人群。它是一种慢性炎症性皮肤病症，临床特征红斑性的，明显分界的丘疹和圆斑，覆以银色的云母状鳞屑。受损区域经常发展成牛皮癣损伤(Koebner或者同形现象)。此外，包括感染，胁迫，和药物的其它外部因素可以加剧牛皮癣。大约5到10％的牛皮癣患者有相关联的关节疾病，这些大多数常常发现于具有染及指甲的患者中。尽管一些人同时患有典型的风湿性关节炎，但许多人患有关节疾病。对于牛皮癣的病因仍然知之甚少。很明显牛皮癣有遗传性

<220>

<221>等位基因

<222>(12027)..(12027)

<223>PS15：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(16448)..(16448)

<223>PS21：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>不确定

<222>(17114)..(17214)

<223>N′s代表未知核苷酸

<220>

<221>等位基因

<222>(25065)..(25065)

<223>PS26：多态碱基腺嘌呤或者鸟嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(25139)..(25139)

<223>PS27：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(25215)..(25215)

<223>PS28：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<400>1

cactaatatt tagaggttaa tttatcacag acgcaagagt ttccataact aatgcatcca   60

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内一个或多个多态性位点上存在的核苷酸。在其它实施方案中，该方法包括分析来自所述受试者的样品以确定对于T细胞激活或抑制单倍型来说受试者的拷贝数。所述T细胞激活或抑制单倍型可以是，例如，在表1中给出的任何一种基因中的单倍型，例如，在CD8B1，SPR1，TCF19，或者HCR基因中的单倍型。

本发明进一步提供了一种方法，其通过测定基因型来确定受试者对治疗的反应，所述基因型例如，在来自受试者的样品中T细胞激活或抑制单倍型内，存在于一条或多条染色体上的一个或多个多态性位点上的核苷酸。所述T细胞激活或抑制单倍型可以是这样一种，对于它来说单倍型与受试者对于治疗的反应的关联p值显示高水平的显著性。在一个实施方案中，所述T细胞激活或抑制单倍型是在CD8B1基因中的单倍型，其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.005。在另一个实施方案中，所述T细胞激活或抑制单倍型是在SPR1基因中的单倍型，其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.005。在又一个实施方案中，所述T细胞激活或抑制单倍型是在TCF19基因中的单倍型，其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.010。在又一个实施方案中，所述T细胞激活或抑制单倍型是在HCR基因中的单倍型并且其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.007。在一些实施方案，该方法可以进一步包括利用在单倍型中一个或多个多态性位点上测定的受试者基因型来测定T细胞激活或抑制单倍型的拷贝数。

在一方面，本发明提供一种试剂盒，其包含选自由一种或多种寡核苷酸组成的组的寡核苷酸，所述寡核苷酸适于对在CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19基因中的T细胞激活或抑制单倍型中的SNP进行基因型分型(genotyping)，由此T细胞激活或抑制单倍型的拷贝数对于一组患有T细胞关联疾病，例如，牛皮癣，的受试者是否会对一种T细胞耗损剂，如Alefacept产生反应提供统计学上的显著关联。在一个实施方案中，通过粗p-值(raw p-value)来确定受试者反应和T细胞激活或抑制单倍型之间的关联，所述粗p-值例如，小于或等于大约0.005的CDBB 1基因的粗p-值；小于或等于大约0.007的HCR基因的粗p-值；小于或等于大约0.005的SPR1基因的粗p-值；和小于或等于大约0.010的TCF19基因的粗p-值。

还在另一方面，本发明提供一种试剂盒，用于检测与对于T细胞耗损剂，如Alefacept的反应或无反应有关的T细胞激活或抑制单倍型的存在，所述试剂盒包含一组设计来对T细胞激活或抑制单倍型内的多态性位点进行基因型分型的寡核苷酸，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在选自由CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19组成的组的基因中的单倍型。因而，所述单倍型可以是，例如，表1中的单倍型标记1-5或者表3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中的单倍型；与表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中任一种单倍型连锁的单倍型标记；或者表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中任一种单倍型的取代单倍型标记。

还在另一方面，本发明提供一种试剂盒，其包含选自由一种或多种寡核苷酸组成的组的寡核苷酸，所述寡核苷酸适于对在CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19基因中的SNP进行基因型分型，来诊断患有疾病的受试者对于治疗方案的反应。所述SNP可以，例如，选自以下位置上的多态性：CD8B1基因中的位置-685，-255，25，8632，15080，19501，28589，28663和28739，HCR基因中的位置2173，2175，2360，5782，5787，6174，6666，8277，8440，8476，11565，11941，12152，13553，13892，14287，SPR1基因中的位置-119，-845，-455，-384，-228，161，627，739，913和1171，和TCF19基因中的-303，-210，316，2059，2365，2456和3340。此外，所述试剂盒可以进一步包含使用说明书。在另一个实施方案中，所述寡核苷酸能够可检测地与SNP杂交。

在一个实施方案中，本发明包括一种寡核苷酸，其适于对在CD8B1，HCR，SPR1，或者TCF19基因中的T细胞激活或抑制单倍型中的SNP进行基因型分型。所述SNP可以，例如，选自以下位置上的多态性：CD8B1基因中的位置-685，-255，25，8632，15080，19501，28589，28663和28739，HCR基因中的位置2173，2175，2360，5782，5787，6174，6666，8277，8440，8476，11565，11941，12152，13553，13892，14287，SPR1基因中的位置-119，-845，-455，-384，-228，161，627，739，913和1171，和TCF19基因中的-303，-210，316，2059，2365，2456和3340。

在另一方面，本发明提供了一种确定受试者对于T细胞耗损剂的反应的方法。在一些实施方案中，该方法包括在来自受试者的样品中T细胞激活或抑制单倍型内一个或多个多态性位点上测定基因型。在其它实施方案中，该方法包括分析来自所述受试者的样品以确定在受试者中T细胞激活或抑制单倍型的存在或缺失，或者确定对于T细胞激活或抑制单倍型来说受试者的拷贝数。所述单倍型可以是，例如，表1中的单倍型标记1-5或者表3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中的单倍型；与表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中任一种单倍型连锁的单倍型标记；或者表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中任一种单倍型的取代单倍型标记。T细胞耗损剂可以是，例如，LFA-3相关分子，或CD2受体阻抑剂，例如，Alefacept。例如，根据本发明，在受试者中CDBB1单倍型的存在表明受试者对于Alefacept不反应，所述CDBB1单倍型包含位置-255上的胞嘧啶，位置25上的胸腺嘧啶和位置28589上的鸟嘌呤。同样地，在受试者中两个拷贝的HCR单倍型，所述HCR单倍型包含位置2175上的胞嘧啶，位置5787上的胸腺嘧啶和位置11565上的鸟嘌呤，或者HCR单倍型，所述HCR单倍型包含位置5782上的鸟嘌呤，位置11565上的鸟嘌呤，和位置14287上的胞嘧啶的存在表明受试者对于Alefacept不反应。在受试者中SPR1单倍型的存在表明受试者对于Alefacept反应，所述SPR1单倍型包含位置位置-845上的鸟嘌呤，位置-455上的鸟嘌呤和位置1171上的腺嘌呤。另外，在受试者中TCF19单倍型的存在表明受试者对于Alefacept不反应，所述TCF19单倍型包含位置2365上的鸟嘌呤和位置3340上的鸟嘌呤。

在一个实施方案中，可以通过等位基因特异性寡核苷酸杂交，测序，引物特异性延伸，或蛋白质检测来实现检测样品中核苷酸的存在。

在另一个实施方案中，在连锁的单倍型标记和单倍型标记之间的连锁不平衡具有选自由至少0.75，至少0.80，至少0.85，至少0.90，至少0.95，和1.0组成的组的Δ²。在优选的实施方案，Δ²为至少0.95。

还在另一方面，本发明提供了一种方法，用于选择合适的治疗方案，例如，对患有疾病的受试者施用药物，如Alefacept。该方法包括在来自受试者的样品中，测定单倍型内一个或多个多态性位点上受试者的基因型，包括表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中的单倍型标记，与表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中任一种单倍型连锁的单倍型标记，或者表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中任一种单倍型的取代单倍型标记；和基于单倍型内一个或多个多态性位点上受试者的基因型选择适合的治疗方案。在一些实施方案中，由单倍型内一个或多个多态性位点上受试者的基因型确定存在于受试者中的单倍型的拷贝数。事实上，可以将本文所述的方法用于选择疾病的治疗方案，如与T细胞激活或抑制相关联的疾病，或与有害的T细胞反应相关联的疾病，炎性疾病，皮肤疾病，例如，牛皮癣或者湿疹。

可以通过收集来自受试者的样品；在来自受试者的样品中，测定单倍型内一个或多个多态性位点上核苷酸的存在，例如，表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中的一种单倍型标记；与表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中一种单倍型连锁的单倍型标记，或者表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中任一种单倍型的取代单倍型标记；和基于单倍型内一个或多个多态性位点上受试者的基因型选择对于受试者适合的治疗方案来完成对于患有疾病的受试者选择适合的治疗方案。

本发明还涉及通过在来自受试者的样品中，测定单倍型内一个或多个多态性位点上的基因型来确定患有疾病的受试者对于治疗方案的反应性的方法，所述单倍型，例如，表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中的一种单倍型标记；与表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中一种单倍型连锁的单倍型标记，或者表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中一种单倍型的取代单倍型标记。在本发明的一个实施方案中，所述疾病是牛皮癣而治疗方案包括Alefacept的给药。

在又一方面，本发明涉及治疗患有疾病的受试者的方法。该方法包括在来自受试者的样品中，测定单倍型内一个或多个多态性位点上的基因型来确定患有疾病的受试者对于治疗方案的反应性的方法，所述单倍型，例如，表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中的一种单倍型标记；与表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中一种单倍型连锁的单倍型标记，或者表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中一种单倍型的取代单倍型标记；基于单倍型内一个或多个多态性位点上受试者的基因型选择对于受试者适合的治疗方案；和向受试者施用所述治疗方案。在本发明的一个实施方案中，所述疾病是牛皮癣而治疗方案包括Alefacept的给药。

本发明提供了一种方法，用于对个体测试与对于T细胞耗损剂有反应或无反应相关联的单倍型的存在，包括分析来自所述受试者的样品，以确定受试者的T细胞激活或抑制单倍型拷贝数。所述T细胞激活或抑制单倍型可以是任一种表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，表7A和7B中所示的HCR单倍型，表12中所示的SPR1单倍型和表16A和B中所示的TCF19单倍型，与任一种表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，表7A和7B中所示的HCR单倍型，表12中所示的SPR1单倍型和表16A和B中所示的TCF19单倍型连锁的单倍型，或者任一种表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，表7A和7B中所示的HCR单倍型，表12中所示的SPR1单倍型和表16A和B中所示的TCF19单倍型的取代单倍型。

在另一个方面，本发明涉及一种方法，用于通过在来自受试者的样品中测定T细胞激活或抑制单倍型的受试者拷贝数来鉴定有可能对于Alefacept的治疗不反应或反应的受试者。所述T细胞激活或抑制单倍型可以是任一种表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，表7A和7B中所示的HCR单倍型，表12中所示的SPR1单倍型和表16A和B中所示的TCF19单倍型，与任一种表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，表7A和7B中所示的HCR单倍型，表12中所示的SPR1单倍型和表16A和B中所示的TCF19单倍型连锁的单倍型，或者任一种表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，表7A和7B中所示的HCR单倍型，表12中所示的SPR1单倍型和表16A和B中所示的TCF19单倍型的取代单倍型。

由下列详细描述，以及由权利要求书，本发明的其它特征和优点将是显而易见的。

附图简述

图1-7描绘了优势率(OR)曲线，其表示在特定基因中本发明的单倍型标记与Alefacept反应之间的关联。每幅图的图例如下。上版：Alefacept处理组；下版：安慰剂处理。OR值显示于Y轴上。X轴表示标记的拷贝数，其中括号里的数字是每组中受试者的数目。标题中的数字指SNP在基因组序列中相对于起始子ATG的位置。在括号中的SNP数字指SNP在基

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发生的多态性。SNP的位点前后通常为高度保守的序列(例如，以小于{部分(1/100)}或{部分(1/1000)}群体成员变化的序列)。本文所用的″SNPs″是复数形式的SNP。SNPs最常为双等位基因型。最常见的SNP的等位基因叫作“主要等位基因”而这种SNP的备选等位基因叫作“次要等位基因”。SNP通常是由于一个核苷酸对另一个核苷酸在多态性位点上的取代而产物的。转换是一种嘌呤被另一种嘌呤或一种嘧啶被另一种嘧啶所代替。颠换是一种嘌呤被一种嘧啶所代替或反之亦然。SNPs还可以缘自相对于参照等位基因核苷酸的删除或核苷酸的插入。″SNP位置″或″SNP位点″是发生SNP的多态性位点。

″单倍型标记″，″HAP标记″，或″单倍型″指在目标核酸序列中一组多态性上等位基因的组合。特别地，本发明提供，至少部分地，表1，3A，3B，7A，7B，12，16A和16B中给出的单倍型标记。本发明的单倍型标记是基于基因中起作用的单核苷酸多态性(SNPs)的定位而进行标记的，使用本文对于所述基因所用的参照mRNA的起始密码子(ATG)作为+1位置的参照。所用的符号给出SNPs的ATG偏移(5′-3′)，后接每个位置上的等位基因。例如，在CD8B1基因的单倍型标记(-255，25，28589/CTG)，本文也称作单倍型标记1中，C是在-255上的启动子SNP上的等位基因，而T和G分别是在所述基因中位置25和28589上的外显子SNPs上的等位基因。对表1中的单倍型标记2-5进行类似定义。

″取代单倍型″包括类似于表1中所示单倍型标记1-5的任一种或表3A，3B，7A，7B，12，16A和16B中的单倍型的多态性序列，但其中在该单倍型中的一个或多个特异性鉴定的多态性位点上的等位基因已经在和所述特异性鉴定的多态性位点上的等位基因高度连锁不平衡的多态性位点上被等位基因所取代。下面进一步介绍取代单倍型。

“连锁单倍型”包括与表1中所示单倍型1-5的任一种或表3A，3B，7A，7B，12，16A和16B中的单倍型高度连锁不平衡的单倍型。连锁单倍型可以包含其它类型的变异，包括indel。下面进一步介绍连锁单倍型。

本文所用的术语“T细胞激活或抑制单倍型”意在包括任何与T细胞激活或T细胞抑制相关联的单倍型。T细胞激活或抑制单倍型可以是基因中的单倍型，其编码导致T细胞激活或T细胞抑制的细胞途径的部分的蛋白质。例如，T细胞激活或抑制单倍型是在T细胞受体基因、辅助受体基因、整合素基因或与天然杀伤(NK)细胞进行的T细胞识别相关联的基因中的单倍型。在优选的实施方案中，T细胞激活或抑制单倍型是在CD8B1，HCR，SPR1，或TCF19基因的单倍型(例如，在表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或16B中给出的单倍型的其中一种)。

本文所用的术语“T细胞损耗剂”意在包括任何能够减少T淋巴细胞，例如，CD4+，CD8+或CD2+T淋巴细胞水平的试剂。本发明所包括的T细胞损耗剂可以通过抑制LFA-3/CD2相互作用而减少T淋巴细胞水平。例如，T细胞损耗剂可以通过结合CD20并抑制抗原呈递细胞上的LFA-3和T淋巴细胞上的CD2之间的相互作用而减少T淋巴细胞水平。在优选的实施方案中，T细胞损耗剂是CD2结合分子，如包含LFA-3分子的CD2结合部分的分子。在甚至更优选的实施方案中，所述T细胞损耗剂是Alefacept。

″连锁″或″连锁的″描述或涉及基因、等位基因、位点或遗传标记一代代在一起遗传下去的趋势，这种一起遗传的趋势是作为它们在相同染色体上的定位的结果，例如，非随机性遗传的遗传位点。

″连锁不平衡″或者″等位基因关联″包括特定等位基因或遗传标记与附近染色体位置上的特异性等位基因或遗传标记的优先关联比在群体中通过偶然机会对于任何特定等位基因频率所预期的更加频繁。例如，如果位点X具有以等同频率出现的等位基因a和b，而连锁的位点Y具有以等同频率出现的等位基因c和d，预计组合ac发生的频率为0.25。如果ac发生地更加频繁，那么等位基因a和c处于连锁不平衡。连锁不平衡可能缘自某些等位基因的组合的自然选择或者因为一种等位基因在最近最导入群体中达到所连锁等位基因的平衡。处于连锁不平衡中的一种标记与对于疾病(或其它表型)的其它引发标记一起可以用于检测对所述疾病(或其它表型)的易感性，尽管所述标记并不引发所述疾病。例如，标记(X)本身并非疾病的引发元素，但其与一种基因的作为一种表型的引发元素的同功型(包括调控序列)(Y)处于连锁不平衡，可以用来预示在环境中对于疾病的易感性，其中所述基因Y可以未经鉴定或者可以是不容易检测到的。

″核酸″包括，但不限于，DNA，RNA，单链或双链的，基因组的，克隆的，天然发生的或合成的分子并且可以是多核苷酸，扩增子，RNA转录本，蛋白质核酸，核酸类似物，等等。

″寡核苷酸″是本领域公知的并且包括通常介于5和100个连续碱基之间长度的核酸，经常是介于5-10，5-20，10-20，10-50，15-50；15-100，20-50，或者20-100个连续碱基之间的长度。长于大约20个连续碱基的寡核苷酸可以称作多核苷酸。多态性位点(多态性)可以出现在寡核苷酸内的任何位置上。寡核苷酸可以包括多态性位点(多态性)的任一种等位基因形式。其它可用于实施本发明的寡核苷酸杂交到位于邻近多态性位点一到小于或等于大约10个核苷酸的靶区，优选≤大约5个核苷酸。这些在邻近多态性位点一到几个核苷酸处终止的寡核苷酸可以用于聚合酶-介导的引物延伸方法，来检测本文所述的多态性的其中一种并且因此这些寡核苷酸在本文被称作″引物-延伸寡核苷酸″。在优选的实施方案中，引物-延伸寡核苷酸的3′末端是与位于紧邻多态性位点的核苷酸互补的脱氧核苷酸。

″杂交探针″或者″探针″是能够以碱基特异性的方式结合到核酸的部分或完全互补链寡核苷酸上的寡核苷酸。这些探针包括肽核酸，如Nielsen等，Science 254：1497-1500(1991)中所述，以及所有其它种类的寡核苷酸。

″整体评估得分″指在医生评估时测量牛皮癣严重性的7点数值范围：严重：非常明显的斑隆凸，起鳞屑和/或红斑；中度到严重：明显的斑隆凸，起鳞屑和/或红斑；中度：中度斑隆凸，起鳞屑和/或红斑；轻度到中度：介于中度和轻度之间；轻度：轻度斑隆凸，起鳞屑和/或红斑；几乎没有(almost clear)：介于轻度和没有之间；没有：无牛皮癣征状(炎症后色素沉着不足或者色素沉着不足能够存在)。

杂交通常是在严格条件下进行的。严格条件是序列依赖型的并且根据环境而变化。一般，选择严格条件为低于特定的离子强度和pH的特定序列热熔点温度(Tm)大约5℃。Tm是(在确定的离子浓度，pH和核酸浓度的条件下)50％的与靶序列互补的探针与靶序列平衡杂交时的温度。由于靶序列一般是过量存在的，在Tm上，50％的探针是平衡占位的。一般，严格条件包括盐浓度为至少大约0.01到1.0M Na离子浓度(或其它盐)于pH 7.0到8.3并且温度是对于短探针(例如，10到50个核苷酸)为至少大约25℃。严格条件还可以通过添加去平衡剂如甲酰胺来实现。例如，5xSSPE(750mM NaCl，50mM磷酸钠，5mM EDTA，pH 7.4)和25-30℃温度的条件适于等位基因特异性探针杂交。

其他严格条件可以见于Molecular Cloning：A Laboratory Manual，Sambrook等，Cold Spring Harbor Press，Cold Spring Harbor，NY(1989)，第7，9和11章。严格杂交条件的一个优选的非限制性例子包括在大约65-70℃，4×氯化钠/柠檬酸钠(SSC)中杂交(或在大约42-50℃，4×SSC加50％甲酰胺中杂交)，然后在约65-70℃，于1×SSC中清洗一次或多次。高度严格杂交条件的一个优选的非限制性的例子包括在大约65-70℃，1×SSC中杂交(或在大约42-50℃，1×SSC加50％甲酰胺中杂交)，然后在65-70℃，于0.3×SSC中清洗一次或多次。低度严格杂交条件的一个优选的非限制性例子包括在大约50-60℃，4×SSC中杂交(或在大约40-45℃，6×SSC加50％甲酰胺中杂交)，然后在约50-60℃，于2×SSC中清洗一次或多次。介于上述数值之间的中间范围，例如，65-70℃或42-50℃，也属于本发明范畴。SSPE(1×SSPE是0.15M NaCl，10mM NaH₂PO₄和1.25mM EDTA，pH7.4)可以取代为SSC(1×SSC是0.15M NaCl和15mM柠檬酸钠)作为杂交和清洗缓冲液；杂交完成后，进行清洗每次15分钟。如果预期杂交长度短于50个碱基对，杂交温度应比杂交熔点温度(Tm)低5-10℃，其中Tm根据下述等式进行计算。短于18个碱基对长度的杂交，Tm(℃)＝2(A+T碱基数)+4(G+C碱基数)。对于在18-49个碱基对之间长度的杂交，Tm(℃)＝81.5+16.6(log₁₀[Na⁺])+0.41(％G+C)-(600/N)，其中N是杂交中的碱基数，[Na⁺]是杂交缓冲液中钠离子的浓度(1×SSC的[Na⁺]＝0.165M)。经验丰富的技术人员还应该认识到，为了减少核酸分子与膜，例如硝酸纤维素或尼龙膜的非特异性杂交，可以往杂交和/或清洗缓冲液中添加其他试剂，包括但不限于封闭试剂(如BSA或鲑鱼或鲱鱼精液载体DNA)，去污剂(如SDS)，螯合剂(如EDTA)，Ficoll，PVP等等。特别是在应用尼龙膜时，另一个严格杂交条件的优选非限制性例子为在大约65℃，0.25-0.5M NaH₂PO4，7％SDS中杂交，然后在大约65℃，应用0.02M NaH₂PO₄，1％SDS清洗一次或多次，见例如Church and Gilbert(1984)Proc.Natl.Acad.Sci.USA81：1991-1995，或者是0.2×SSC，1％SDS。

牛皮癣面积和严重性指数(PASI)分值指牛皮癣严重性的测量(见例如，Fleischer等(1999)，J.Dermatol.26：210-215和Tanew等(1999)，ArchDermatol.135：519-524)。PASI分值是躯体上牛皮癣损伤中皮肤起鳞屑的位置、大小和程度的测量。PASI是在牛皮癣治疗临床试验中常用的测量。一般，在治疗期之前，之中，和之后计算PASI以便确定牛皮癣对于治疗的反应程度如何(例如，较低的PASI意味着较少的牛皮癣)。对于PASI，一般将躯体分成四部分并且对每个区域由其自身进行打分，随后将四个分值合并成最后的PASI。对于每个皮肤部分，将涉及的皮肤量测量为在该躯体部分中皮肤的百分比。还对每一个皮肤部分测量严重性，例如，痒，红斑(红色)，起鳞屑，和厚度。

″强反应者″指患者的反应在任何时间都大于或等于由基线PASI的50％的减少。术语″部分反应者″指患者的反应在任何时间都大于或等于由基线的PASI的25％但＜50％的减少。术语″无反应者″指患者的反应在任何时间都小于由基线的PASI的25％的减少。

本文所用的术语″受试者″包括温血动物，优选哺乳动物，包括人。在优选的实施方案中，所述受试者是灵长类。在还要更加优选的实施方案中，所述灵长类是人。

本文所用的术语″治疗上的有效量″指足以导致病症的一种或多种症状改善的治疗剂的量。关于牛皮癣的治疗，治疗上的有效量优选指减少受试者的(例如，人的)PASI分值至少20％，至少35％，至少30％，至少40％，至少45％，至少50％，至少55％，至少60％，至少65％，至少70％，至少75％，至少80％，或者至少85％的治疗剂的量。

或者，关于牛皮癣的治疗，治疗上的有效量优选指提高受试者的(例如，人的)整体评估分值至少25％，至少35％，至少30％，至少40％，至少45％，至少50％，至少55％，至少60％，至少65％，至少70％，至少75％，至少80％，至少85％，至少90％，或者至少95％的治疗剂的量。治疗上的有效量包括在剂量上以及对于必需时期来说有效的量，以达到所需的结果，例如，足以治疗患有疾病或病症的受试者，所述疾病或病症炎性疾病，例如，皮肤病。治疗上有效量的化合物，如本文定义的T细胞耗损剂，例如，Alefacept，可以根据诸如疾病状态、年龄，和受试者体重，以及所述化合物在受试者中引起所需反应的能力的因素而变化。可能调节剂量方案以提供优化的治疗反应。治疗上的有效量还是这样一种量，其中T细胞耗损剂，例如，Alefacept的任何毒性或有害作用(例如，副作用)都被治疗上有益的作用所超过。

″预防上的有效量″指在剂量上以及对于必需时期来说有效的量，以达到所需的预防结果，如预防或抑制受试者中的炎性，如皮肤疾病，例如，牛皮癣，该受试者对于这种疾病易感。预防上的有效量可以如上对于治疗上的有效量所述的那样进行确定。一般，由于预防剂量是在炎性疾病之间或早期使用的，所以预防上的有效量将小于治疗上的有效量。

II.总述

本发明是基于多种与对治疗的反应相关联的单倍型的鉴定，并提供了确定受试者对于治疗方案，例如，用T细胞耗损剂，如Alefacept进行治疗的反应的新方法。

本发明包括任一种本发明的单倍型标记的用途，包括在表1，3A，3B，7A，7B，12，16A或者16B中所示的那些，以及多态性，等位基因，或者具有这些标记的连锁不平衡中的标记，作为诊断受试者对于治疗方案的反应的手段，或者作为设计对受试者特异性制作的有效治疗方案的手段。本发明对于皮肤疾病，如牛皮癣和湿疹的治疗特别有用。本发明的多态性和单倍型在表1，3A，3B，7A，7B，12，16A和16B中给出并如本文所述进行鉴定。

表1

单倍型标记号	基因符号	单倍型标记*	序列识别号
				1	CD8B1	(-255，25，28589/CTG)	1
2	HCR	(2175，5787，11565/CTG)	2
				3	SPR1	(-845，-455，1171/GGA)	3
4	TCF19	(2365，3340/GG)	4
				5	HCR	(5782，11565，14287/GGC)	2

^*单倍型标记是基于基因中起作用的单核苷酸多态性(SNPs)的定位而进行标记的，使用本文对于所述基因所用的参照mRNA的起始密码子(ATG)作为+1位置的参照。所用的符号给出SNPs的ATG偏移(5′-3′)，后接每个位置上的等位基因。例如，在CD8B1基因的单倍型标记(-255，25，28589/CTG)，本文也称作单倍型标记1中，C是在-255上的启动子SNP上的等位基因，而T和G分别是在所述基因中位置25和28589上的外显子SNPs上的等位基因。

CD8B1基因

CD8抗原，β多肽1(CD8B1)基因编码CD8蛋白的β亚基；CD8β链是34kDa的蛋白质，其由四个分离的功能性结构域组成，Ig样外部结构域，近膜茎状(铰链)区，跨膜结构域，和胞质结构域。

人CD8是细胞表面糖蛋白，其表达于细胞毒性T细胞上并与T细胞抗原受体(TCR)一起充当辅助受体。在成熟的外周I类MHC限制性T细胞上，CD8分子作为二硫键连接的α和β链的异二聚体存在。不过，CD8β分子可以在无CD8α链的细胞表面上表达。细胞外结构域可以有效地与TCR/CD3复合物相互作用并且也能够在CD8α不存在时独立地与I类MHC/β2微球蛋白二聚体相互作用。所述胞质结构域增强并调节细胞内信号分子的关联，所述细胞内信号分子对于有效信号转导是必需的，如淋巴细胞特异性蛋白酪氨酸激酶(LCK)和T细胞激活的衔接物(LAT)。

CD8B 1的基因组序列在本文中给出为SEQ ID NO：1并衍生于草图基因组序列编号AC111200.3(GI：18873971)和AC112696.1(GI：18860769)的组合，利用参照mRNA X13445.1确定重叠群(contigs)的排序。

HCR基因

α螺旋卷曲的卷曲杆状同族(HCR)基因是作为染色体6上PSORS1位点的部分的基因。HCR的基因组组成由编号AB029343.1(GI No.：5360900)的注解所提供并在本文给出为SEQ ID NO：2。

尽管HCR的功能作用仍然有待说明，但该基因显示在正常和牛皮癣皮肤中差异表达。在HCR基因的的两种SNP，C2175和T5787，导致氨基酸改变，其引起蛋白质二级结构的显著变化。

SPR1基因

小的富含脯氨酸的蛋白质1(SPR1)是在HLA-C基因周围的称作PSORS1的300kb区域的部分的基因，鉴定为与对牛皮癣的易感性相关联。SPRI基因位于HCR基因末端大约3kb。数据表明在两种基因之间的连锁不平衡。SPR1的基因组序列在本文给出为SEQ ID NO：3，并利用参照mRNA，NM-014069.1(GI No.：7662664)和Genbank编号AP000510.2(GI No.：7380878)作为基因组DNA得出。

TCF19基因

转录因子19基因(TCF19)位于染色体6上，在HLA-C和S基因之间，一个涉及牛皮癣vulgaris的病理生理学的区域。

TCF19基因在不同组织中大量表达。有至少10不同的转录本，其通过选择性的剪切产生，生成八种蛋白质的同功型。

TCF19蛋白具有叉头样(Forkhead-associated)(FHA)基序，其发现于许多调控蛋白中，如激酶，磷酸酶，转录因子，和酶，其参与许多不同的细胞过程如DNA修复，信号转导，和蛋白质降解。

TCF19的基因组序列是利用参照mRNA Genbank编号NM007109.1(GI No.：6005891)和DNA编号AC004195.1得到的并在本文中给出为SEQ ID NO：4。

在连锁不平衡中的其它多态性

对于表1中或表3A，3B，7A，7B，12，16A和16B中的每种单倍型标记1到5，本发明在该基因中或该基因所在的染色体其它地方还包括其它的多态性，所述多态性与一种或多种包含所述单倍型标记的多态性处于高度连锁不平衡(LD)。据说在不同多态性位点上的两种特定核苷酸等位基因是连锁不平衡的，如果其中一个位点上的其中一个等位基因的存在趋于预测在相同染色体其它位点上其它等位基因的存在(Stevens，JC，Mol.Diag.4：309-17，1999)。一种最常用的连锁不平衡的测量是Δ²，其利用在Devlin，B.和Risch，N.(1995，Genomics，29(2)：311-22)中所述的公式进行计算。基本上，Δ²测量在第一个多态性位点上的等位基因X在何种程度上能够预测相同染色体的第二个多态性位点上出现等位基因。当预测完美时测量仅达到1.0(例如，如果是X的话只有Y)。

因而，技术人员将会预计本文所述的本发明的所有实施方案经常可以通过用另一个多态性位点上的等位基因取代本文公开的单倍型标记中的任一个(或全部)特异性鉴定的多态性位点上的等位基因而得以实施，所述另一个多态性位点上的等位基因与所述特异性鉴定的多态性位点上的等位基因处于高度连锁不平衡。这种″取代性的多态性位点″可以是当前已知的或随后发现的并且可以存在于与被替代多态性位点相同的基因中的多态性位点上或存在于与被替代多态性位点相同的染色体上的其它地方。优选地，所述取代性多态性位点存在于距离所述多态性位点大约100千碱基之内的基因组区。

另外，对于在表1或者在表3A，3B，7A，7B，12，16A和16B中给出的任何特定单倍型来说，本发明预期在该基因中或与该基因相同的染色体上的其它地方将会有其它的单倍型，其与包含所述单倍型标记的一种或多种多态性处于高度连锁不平衡，其因此也将可预测临床表型(即，对于治疗的反应，例如，用进行治疗或者炎性或者皮肤疾病的发病年龄)。优选地，连锁的单倍型存在于所述基因中或存在于跨越所述基因大约100千碱基的基因组区域中。还可以利用Δ²来测量在公开的单倍型标记和连锁的单倍型之间的连锁不平衡。

在优选的实施方案中，在任一种公开的单倍型标记中的多态性位点上的等位基因和在可以替代它的取代性多态性位点上的等位基因之间，或在任一种公开的单倍型标记和连锁的单倍型之间的连锁不平衡，具有至少至少0.75，更加优选至少0.80，甚至更加优选至少0.85或者至少0.90，还要更加优选至少0.95，最优选1.0的Δ²值，如在合适的参照群体中所测量的。对于这种Δ²测量的合适参照群体优选选自这样一种群体，其成员的种族背景的分布反映了要用治疗方案，例如，Alefacept治疗的患者群体的分布。所述参照群体可以是普通群体，使用T细胞耗损剂，例如，Alefacept的群体；患有炎性疾病或皮肤疾病，如牛皮癣的群体；或对于发展成炎性或皮肤疾病有危险因素的群体。

基因组区域中的LD模式易于利用本领域已知的各种技术在适当选择的样品进行测定，所述技术用来测定任何两种等位基因(在两个不同的多态性位点或两个单倍型上)是否处于连锁不平衡(Weir B.S.1996 GeneticData分析II，Sinauer Associates，Inc.Publishers，Sunderland，MA)。熟练技术人员可以轻易选择哪种测定LD的方法将最适于特定样品大小和基因组区域。类似地，熟练技术人员也可以轻易地测试在一个或多个取代性多态性位点上包含等位基因的取代单倍型，或与表1，3A，3B，7A，7B，12，16A和16B中的一种或多种单倍型标记处于高度连锁不平衡的连锁单倍型的能力，以预测对于T细胞耗损剂，例如，Alefacept的临床反应。

因而，本文提及T细胞激活或抑制单倍型被认为包括与任何公开的单倍型连锁的连锁单倍型和任何公开的单倍型的取代单倍型，其在预测受试者对于T细胞耗损剂，例如，Alefacept的临床反应上的表现类似于所述公开的单倍型标记。

III.包含本发明的多态性的核酸分子

本发明是基于，部分地，在CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19基因(SEQID NOS：1-4)中的多态性和单倍型标记的发现。因而，在一个实施方案中，本发明提供了这些基因(SEQ ID NOS：1-4)的片段，其包含表1中所列出的至少一种单核苷酸多态性。

可以将包含本发明的多态性变异型核苷酸序列(SNP)的分离的多核苷酸可操作性地连接于重组表达载体中的一种或多种表达调控元件上，所述表达载体能够在原核或真核宿主细胞中增殖并表达编码的变异型蛋白。在重组表达载体内，“可操作性地连接”意指目标核苷酸序列以这样一种方式连接到调控序列上，其允许所述载体序列的表达(例如，当载体导入宿主细胞时，在体外转录/翻译系统中或在宿主细胞中)。术语″调控序列″意在包括启动子，增强子和其它表达控制元件(例如，多腺苷化信号)。这些调控序列在，例如，Goeddel；Gene Expression Technology：Methods inEnzymology 185，Academic Press，San Diego，CA(1990)中得以描述。调控序列包括那些在许多类型的宿主细胞中指导核苷酸序列的构成性表达的序列和那些仅在某些宿主细胞中指导核苷酸序列的表达的序列(例如，组织特异性调控序列)。本领域技术人员将要理解的是表达载体的设计可以依赖于这些因素，如待转化的宿主细胞的选择，所需蛋白质的表达水平等等。可以将本发明的表达载体导入宿主细胞中，由此产生如本文所述的核酸编码的变异型蛋白质或肽。

本发明的重组表达载体可以设计来在原核或真核细胞中表达蛋白质。例如，可以在细菌细胞如大肠杆菌(E.coli)，昆虫细胞(利用杆状病毒表达载体)，酵母细胞或哺乳动物细胞中表达蛋白质。合适的宿主细胞在Goeddel，Gene Expression Technology：Methods in Enzymology 185，AcademicPress，San Diego，CA(1990)中进一步讨论。或者，重组表达载体可以在体外进行转录和翻译，例如使用T7启动子调控序列和T7聚合酶。

IV.使用方法

本发明的方法可以用于鉴定生物学样品中的多态性和单倍型。这种信息随后可以任何数目的途径来使用，包括，但不限于，对患有疾病，例如，牛皮癣的受试者选择治疗方案；治疗效力和/或安全性试验；表型特征(例如，疾病抗性或易感性，和药物反应，包括例如，效力和副作用)的遗传图谱绘制；诊断学；候选药物靶标的鉴定；研制蛋白质，小分子，反义，抗体，或者其它治疗；以提示表型特征的生物学基础；关联研究；法医学；和亲子测试。

A.检测靶核酸分子中的本发明的单倍型标记

可以在来自待筛选的受试者，例如，对于疾病进行治疗的受试者或需要对疾病(例如，牛皮癣)进行治疗的受试者的样品中对本发明的多态性和单倍型标记进行检测。核酸样品事实上可以获自任何生物学样品。例如，便利的样品包括全血，血清，精液，口水，泪水，排泄物，尿液，汗，口颊物，皮肤和头发。对于cDNA或者mRNA的测定，应当从表达所述靶核酸的器官中获得组织。

还可以对获自活组织检查或切除术的患者组织的组织切片(固定的和/或冷冻的)在原位直接进行诊断学操作。对于这些原位操作，可以将核酸试剂用作探针和/或引物(见，例如，Nuovo，G.J.，1992，PCR insituhybridization：protocols and applications，Raven Press，N.Y.)。

可以利用本领域技术人员已知的技术制备核酸样品用于分析。优选地，这些技术导致生产足够纯的核酸分子用于测定在核酸分子中一个或多个位置上一个或多个等位基因的存在或缺失。这些技术可以发现于，例如，Sambrook，等，MolecularCloning：A Laboratory Manual(Cold Spring HarborLaboratory，New York)(2001)，在此并入作为参考。

在测定核酸中一个或多个等位基因的存在或缺失之前，扩增和/或标记一种或多种目标核酸可能是有利的。任何本领域技术人员已知的扩增技术都可以结合本发明进行使用，包括，但不限于，聚合酶链式(PCR)技术。可以利用本领域技术人员已知的材料和方法进行PCR(一般参见PCRTechnology：Principals and Applications for DNA Amplification(ed.H.A.Erlich，Freeman Press，NY，N.Y.，1992)；PCR Protocols：A Guide to Methodsand Applications(eds.Innis，等，Academic Press，San Diego，Calif.，1990)；Matilla等，Nucleic Acids Res.19：4967(1991)；Eckert等，PCR Methodsand Applications 1：17(1991)；PCR(eds.McPherson等，IRL Press，Oxford)；和美国专利号4,683,202，将其每一篇的全部内容都并入本文作为参考)。其它合适的扩增方法包括连接式反应(LCR)(见Wu and Wallace，Genomics4：560(1989)and Landegren等，Science 241：1077(1988))，转录扩增(Kwoh等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86：1173(1989))，自持序列复制(Guatelli等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA，87：1874(1990))和基于核酸的序列扩增(NASBA)。

利用本领域技术人员已知的任何技术都可以实现核酸中一种或多种等位基因的存在或者缺失的测定。可以使用任何允许精确测定变异的技术。优选的技术允许以最小量的样品操作来快速，精确测定多个变异。适合技术的例子包括，但不限于，直接DNA测序，毛细管电泳，杂交，利用，例如，等位基因特异性探针或者引物，单链构象多态性分析，核酸阵列，引物特异性延伸，蛋白质检测，和本领域公知的其它技术。几种用于DNA测序的方法是本领域公知的并且通常可以利用的，并且可以用于测定给定个体中存在的等位基因。见，例如，Sambrook，等，Molecular Cloning：ALaboratory Manual(Cold Spring Harbor Laboratory，New York)(2001)，和Ausubel，等，Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley and Sons，New York)(1997)，在此并入作为参考。对于用来检测例如，SNPs的核酸阵列(DNA芯片)的使用细节见颁给Lipshultz等的美国专利号6,300,063，和颁给Chee等的美国专利号5,837,832，HuSNP Mapping Assays，试剂盒和用户手册，Affymetrix Part No.90094(Affymetrix，Santa Clara，Calif.)，在此全部并入本文作为参考。

本发明的检测方法可以用于在体外或体内检测生物学样品中核酸或多肽中的一种或多种等位基因的存在或者缺失。例如，用于检测目标核酸分子的体外技术包括RNA印迹杂交，DNA印迹杂交和原位杂交。用于检测目标多肽的体外技术包酶联免疫吸附测定(ELISAs)，蛋白质印迹，免疫沉淀反应和免疫荧光检验法。

或者，可以通过向受试者体内导入标记的抗体来在受试者中体内检测多肽。例如，所述抗体可以用放射性标记进行标记，其在受试者体内的存在和定位可以通过标准成像技术进行检测。

可以利用DNA印迹或者RNA印迹分析，斑点印迹，或者其它基于膜的技术，量尺实验(dipstick assay)，和利用提取自患者的体液或组织的微阵列来检测本文所述的多态性。本发明的多核苷酸序列，以及由其衍生的较长或较短序列也可以用作微阵列，或其它基因型分型系统中的靶标。这些系统可以用于同时检测大量特定等位基因的存在或缺失或者监测大量基因产物的表达。

在优选的实施方案中，有可能使用等位基因特异性探针测定多态性的基因型以确定核酸样品中的单倍型结构。用于分析多态性的等位基因特异性探针的设计和使用由，例如，颁给Dong等的美国专利号6,361,947所描述。可以设计杂交到来自一个个体的靶核酸样品，例如，DNA或RNA的片段上，但不杂交到来自另一个个体的相应片段上的等位基因特异性探针，不杂交是由于在来自两个个体的各自片段中存在不同的多态性形式(等位基因)。杂交条件应当足够严格从而使得等位基因之间的杂交强度有显著差异，并优选基本上二进位的反应，由此探针仅杂交到其中一个等位基因上。设计一些探针来杂交到靶核酸分子的片段上，从而使得多态性位点能与探针的中心位置(例如，在15-mer中第7位置上；在25-mer中第13位置上)对齐。探针的这种设计能够良好地区别不同的等位基因形式之间的杂交。在优选的实施方案中，本发明的核酸特异性地结合到靶核酸上，作为检测靶核酸中多态性的手段。还可以将这些等位基因特异性探针固定在核酸阵列上。与核酸阵列杂交的例子包括使用DNA芯片(寡核苷酸阵列)，例如，可获自Affymetrix，Inc.Santa Clara，Calif的那些。在优选的实施方案中，使用核酸阵列在靶DNA样品中检测本发明的单倍型标记。

在其它实施方案中，可以用羟胺或四氧化锇和用哌啶对DNA/DNA或者RNA/DNA双螺旋进行处理以便消化错配的区域。在消化错配区域后，随后将得到的物质根据大小在变性聚丙烯酰胺凝胶上进行分离以确定多态性位点。见，例如，Cotton等(1988)Proc.Natl Acad SciUSA 85：4397；和Saleeba等(1992)Methods Enzymol.217：286-295.在优选的实施方案中，可以标记对照DNA或者RNA进行检测。

还在其它实施方案中，错配剪切反应采用一种或多种识别双链DNA中错配碱基对的蛋白质(所谓″DNA错配修复″酶)。例如，大肠杆菌的mutY酶剪切G/A错配上的A而来自HeLa细胞的胸苷DNA糖基化酶剪切G/T错配上的T(Hsu等(1994)Carcinogenesis 15：1657-1662)。根据例示性的实施方案，将基于本发明的单倍型标记的等位基因的探针杂交到来自测试细胞的cDNA或者其它DNA产物上。用DNA错配修复酶双螺旋，并且可以由电泳方法等等检测出剪切产物，如果有的话(见，例如，美国专利号5,459,039)。

在又一个实施方案中，利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)测定等位基因在包含梯度变性剂的聚丙烯酰胺凝胶中的运动(Myers等(1985)Nature313：495)。当DGGE用作分析方法时，将对DNA进行修饰以确保它不完全变性，例如通过加入大约40bp的GC夹钳，其是PCR生成的高熔点富含GC的DNA。在又一个实施方案中，使用温度梯度代替变性剂梯度以鉴定对照和样品DNA的迁移性的差异(Rosenbaum和Reissner(1987)Biophys Chem 265：12753)。

对于产生蛋白质翻译成熟前终止的多态性，蛋白质截短测试(PTT)提供了有效的诊断方法(Roest，等，(1993)Hum.Mol Genet.2：1719-21；vander Luijt，等，(1994)Genomics 20：1-4)。对于PTT，开始将RNA从获得的组织中分离并进行逆转录，通过PCR扩增目标片段。随后将逆转录PCR的产物用作模板以包含RNA聚合酶启动子和序列起始真核翻译的序列的引物进行巢式PCR扩增。在目标区的扩增后，导入引物的独特基序允许PCR产物的连续体外转录和翻译。

还可以通过杂交到核酸阵列上来评估本发明的多态性和单倍型标记，其实例在WO 95/11995中得以描述。WO 95/11995还描述了进行优选来检测预先表征过的多态性的变异形式的亚阵列。这种亚阵列包含设计来与第二种参照序列互补的探针，所述第二种参照序列是第一种参照序列的等位基因变体。通过相同的原理设计第二组探针，除了所述探针展示与第二种参照序列的互补性。包括第二组(或其它组)可以对于分析起始参照序列中的短的亚序列特别有用，其中预期在与探针相同长度的短距离内发生多个突变(例如，在9到21个碱基内的两个或多个突变)。

通过使用变性梯度凝胶电泳可以分析利用聚合式反应生成的扩增产物。基于不同的序列依赖型熔解特性和DNA在溶液中的电泳迁移可以鉴定不同的等位基因(Erlich，ed.，PCR Technology，Principles and Applicationsfor DNA Amplification，W.H.Freeman and Co，New York，1992，第7章)。

利用单链构象多态性分析可以区分出靶序列的等位基因，所述单链构象多态性分析通过单链PCR产物的电泳迁移变化鉴定碱基差异，如在Orita等，Proc.Nat.Acad.Sci.86，2766-2770(1989)中所述。可以如上所述生成扩增PCR产物，并加热或变性，以形成单链扩增产物。单链核酸可以进行再折叠或形成二级结构，这部分取决于碱基序列。单链扩增产物的不同电泳迁移性可以与靶序列的等位基因之间的碱基序列差异相关。

对于鉴定和分析多态性的一种备选方法是基于偶联了荧光共振能量传递物(FRET)的荧光标记引物的单碱基延伸(SBE)，所述荧光共振能量传递物是在添加碱基的标记和引物标记之间。一般，诸如由Chen等，(Proc.Nat.Acad.Sci.94：10756-61(1997))所述的方法使用位点特异性寡核苷酸引物，其在5’端用羧基荧光素(FAM)进行标记。设计这种标记引物从而使得3′末端紧邻目标多态性位点。将标记引物杂交到所述位点，并以染料终端测序的方式用荧光标记的二脱氧核糖核苷酸(ddNTPs)进行标记引物的单碱基延伸，除了没有脱氧核糖核苷酸存在。添加的ddNTP响应在标记引物波长上激发的荧光增强被用来推断添加核苷酸的同一性。

通过本领域公知的多种间接或直接方法可以确定个体中单倍型标记X的存在，所述方法用来对于一个或两个拷贝的个体基因组中一组多态性位点测定单倍型或单倍型对，其包括下列讨论的那些。个体中多态性位点的基因型可以通过本领域已知的或如下所述的方法进行测定。

一种用于确定零或至少一个拷贝的单倍型是否存在于个体中的间接方法是通过基于在包含所述单倍型的一个或多个多态性位点(PS)上测定的个体基因型的预测，并利用每个位点上测定的基因型确定存在于个体中的单倍型来进行的。零，一或两个拷贝的目标单倍型的存在可以通过肉眼观察在包含所述单倍型的PS上的等位基因进行测定。通过将个体基因型与相同组PS上的基因型相比较，并确定哪一种单倍型对最可能存在于所述个体中来指定单倍型对，其对应于已知存在于一般群体或特定群体组中的单倍型对或对应于基于在每个PS上可能的选择性等位基因而在理论上可能的单倍型对。

在相关的间接单倍型分型方法中，在个体中零拷贝或至少一个拷贝的单倍型的存在是利用已经存在于参照组中的单倍型对的信息，由一组包含选定单倍型的PS的个体基因型进行预测的。在一个实施方案中，这种单倍型对预测方法包括在包含选定单倍型的那组多态性位点上鉴定个体的基因型，存取包含在参照群体中对于一组包含选定单倍型的那组多态性位点的多态性位点鉴定的单倍型对的数据，并对个体指定与个体基因型相一致的单倍型对。随后可以基于指定的单倍型对确定个体是否具有单倍型标记X。单倍型对可以通过将个体基因型与对应于已知存在于一般群体或特定群体组中的单倍型相比较，并测定哪种单倍型对与个体基因型相一致来指定单倍型对。在一些实施方案中，所述比较步骤可以通过肉眼观察进行。当个体的基因型与一种以上的单倍型对相一致时，可以使用频率数据来测定这些单倍型对中的哪一种最有可能存在于个体中。如果一种与个体单倍型相一致的特定单倍型对在参照群体中比和所述基因型一致的其它单倍型对更加频繁，那么具有最高频率的单倍型对就最有可能存在于个体中。

这种测定在一些实施方案中也可以通过肉眼观察进行。在其它实施方案中，所述比较可以通过计算机执行的算法用个体基因型和以计算机可读储存的参照单倍型数据进行。例如，如在WO01/80156中所述，进行这种比较的计算机执行算法承担了列举所有可能的与基因型一致的单倍型对，存取包含在参照群体中测定的单倍型对频率的数据以测定所述人体具有可能的单倍型对的可能性，和分析测定的可能性以对所述个体指定单倍型对。

一般，参照群体由随机选择的个体组成，所述个体代表世界上主要的人种组。在本发明的方法中优选使用的参照群体由高加索人个体组成，其数目是基于一个人被确保看到的单倍型的稀有程度进行选择的。例如，如果想有q％的机率不丢失以p％发生频率存在于参照群体中的单倍型，那么必须取样的个体数目通过2n＝log(1-q)/log(1-p)给出，其中p和q表示为分数。特别优选的参照群体包括3代高加索家族以充当对照对于检查单倍型分型方法的质量。

如果所述参照群体包含一个以上的人种组，对每组的频率数据进行检查以确定它是否符合Hardy-Weinberg平衡。Hardy-Weinberg平衡(D.LHartl等，Principles of Population Genomics，Sinauer Associates(Sunderland，MA)，3rd Ed.，1997)假定发现单倍型对H₁/H₂的频率等于p_H-W(H₁/H₂)＝2p(H₁)p(H₂)，如果H₁≠H₂，和P_H-W(H₁/H₂)＝p(H₁)p(H₂)，如果H₁＝H₂。在观察和预期单倍型频率之间的统计学上显著的差异可以归因于一种或多种因素，包括群体组内显著的近亲繁殖，对于基因的强选择压力，取样偏倚，和/或基因型分型方法的误差。如果在人种组中观察到与Hardy-Weinberg平衡的大的偏差，可以提高该组中个体的数目来看该偏差是否是由于取样偏倚造成的。如果更大的样品规模并不减少观察和预期单倍型频率之间的差异，那么可以希望考虑利用直接的单倍型分型方法如，例如，CLASPER系统^TM技术(美国专利号5,866,404)，单分子稀释，或者等位基因特异性长程PCR (Michalotos-Beloin等，核酸Res.24：4841-4843，1996)对个体进行单倍型分型。在这种对个体预测单倍型对的方法的一种实施方案中，所述指定步骤包括进行下列分析。首先，将每种可能的单倍型对与参照群体中的单倍型对比较。一般，只有其中一种参照群体中的单倍型对匹配可能的单倍型对并且向个体指定该对。偶而地，只有一种参照单倍型对中给出的单倍型与个体的可能单倍型对相一致，在这些情况下对个体指定包含这种已知单倍型的单倍型对和通过将已知单倍型从可能的单倍型对中减去而得到的新单倍型。或者，个体中的单倍型对可以利用报道的方法(例如，Clark等1990，Mol Bio Evol 7：111-22或者WO 01/80156)或通过商业单倍型分型装置如Genaissance Pharmaceuticals，Inc.(New Haven，CT)所提供的，由个体对于该基因的基因型进行预测。在很少的情况下，在参照群体中没有单倍型与可能的单倍型对相一致，或者，多个参照单倍型对与可能的单倍型对相一致。在这些情况下，优选利用直接分子单倍型分型方法如，例如，CLASPER系统^TM技术(美国专利号5,866,404)，SMD，或者等位基因特异性长程PCR(Michalotos-Beloin等，同上)来对个体进行单倍型分型。

在此对于包含两个多态性位点，PSA和PSB的单倍型说明由基因型测定存在于个体中的单倍型的数目。下表显示可以在PSA和PSB上检测到的9(3ⁿ，其中每个n＝2的双等位基因多态性位点都可以具有存在的3种不同基因型的其中一种)种基因型，使用来自个体的两个染色体拷贝。所述两个位点的九种可能的基因型的其中八个允许明确测定存在于个体中的单倍型的拷贝数并且因此允许明确测定所述个体是否具有单倍型标记X。不过，具有C/G A/C基因型的个体能够具有任一种下列单倍型对：CA/GC或者CC/GA，因而相应于单倍型标记X能够具有1个拷贝的单倍型(CC/GA单倍型对)，或者相应于单倍型标记X具有0拷贝(CA/GC单倍型对)的单倍型。对于在确定的基因型C/G A/C之下的单倍型对中有不明确的情况，可以使用频率信息来确定最可能的单倍型对并因此确定在个体中的单倍型的最可能的拷贝数。如果与个体的基因型一致的特定单倍型对在参照群体中比与所述基因型一致的其它单倍型对频率更高，那么具有最高频率的那个单倍型对就最有可能存在于个体中。随后可以在所述PS上通过肉眼观察测定在此单倍型对中的目标单倍型的拷贝数，所述PS包含所述对中每种单倍型的反应标记。

或者，对于不明确的双杂合子，可以进行基因或染色体位点中一个或多个其它位点的基因型分型以消除在PSA和PSB上所述基因型之下去卷曲单倍型对的不明确性。熟练技术人员将会认识到这些一个或多个其它位点将需要与所述对中的至少一种可能的单倍型中的等位基因具有足够的连锁性以便允许明确指定单倍型对。尽管本说明已经指向测定存在于个体中的这种单倍型的数目的特定例子，但该方法对于任何包含单倍型标记X的连锁或取代单倍型都将是类似的。

基于PSA和PSB上基因型的假定单倍型(GA)的可能拷贝数

PS4	PS6	单倍型GA的可能拷贝数
			G/G	C/C	0
G/G	A/C	1
			C/G	C/C	0
C/G	A/C	1或0
			G/C	A/A	1
G/G	A/A	2
			C/C	A/A	0
C/C	A/C	0
			C/C	C/C	0

所需组的PS的个体基因型可以利用多种本领域公知的方法进行测定。这些方法一般包括从个体中分离包含两个拷贝的目标基因或位点的基因组DNA样品，由所述样品中扩增一种或多种包含待进行基因型分型的多态性位点的靶区，和检测存在于扩增的靶区中每个目标PS上的核苷酸对。不必对于每种目标PS使用相同的方法来测定基因型。

此外，通过对另一种多态性位点的单倍型分型或基因型分型可以间接测定本文所述的任何多态性位点上存在的等位基因的同一性，所述另一种多态性位点与目标多态性位点位于连锁不平衡。与目前公开的多态性位点处于连锁不平衡的多态性位点可以位于所述基因的区域中或位于本文未检查的其它基因组区域中。存在于和新多态性位点连锁不平衡的多态性位点上的等位基因的检测可以通过，但不限于，任一种上述用于检测多态性位点上等位基因同一性的方法进行。

或者，通过利用本领域已知的方法，直接对个体基因组目标区域或其合适片段的至少一个拷贝进行单倍型分型，可以对一组包含单倍型标记X的PS的单倍型或单倍型对在个体中的存在进行测定。这些直接的单倍型分析方法一般包括以产生半合子DNA的方式处理分离自个体的基因组核酸样品，所述半合子DNA样品只具有两个“拷贝”的个体基因组区域的其中之一，其如熟练技术人员容易理解的，可以是相同的等位基因或不同的等位基因，由样品中扩增一种或多种包含待进行基因型分型的多态性位点的靶区，和检测扩增靶区中每个目标PS上存在的核苷酸。所述核酸样品可以利用多种本领域已知的用于制备半合子DNA样品的方法获得，所述方法包括：如WO 98/01573，美国专利号5,866,404，和美国专利号5,972,614中所述的酵母中的靶向性体内克隆(TIVC)；如美国专利号5,972,614中所述利用等位基因特异性寡核苷酸结合引物延伸和核酸外切酶生成半合子DNA靶；如在Ruano等，Proc.Natl.Acad.Sci.87：6296-6300，1990中所述的单分子稀释(SMD)；和等位基因特异性PCR(Ruafio等，1989，supra；Ruano等，1991，同上；Michalatos-Beloin等，同上)。

本领域技术人员将会容易地理解的是，任何个体克隆一般将只提供存在于个体中的两种基因组拷贝的其中之一的单倍型信息。如果需要对于所述个体其它拷贝的单倍型信息，通常需要对其它克隆进行检测。一般，应当检测至少五个克隆以便具有大于90％的可能性，来对所述个体中的两个拷贝的基因组位点都进行单倍型分型。不过，在一些情况下，一旦一种基因组等位基因的单倍型被直接测定，就可以推断另一种等位基因的单倍型，如果所述个体对于目标多态性位点具有已知的基因型，或者如果已知所述个体群体组的单倍型频率或单倍型对频率的话。

尽管在基因的两种拷贝的直接单倍型分型中，优选用置于分离的容器中的每种基因拷贝进行分析，但也考虑如果两种拷贝被标记以不同的标签，或者是可以单独区分开来的或可鉴定的，就有可能在一些情况下在同一容器中进行单倍型分型。例如，如果基因的第一种或第二种拷贝分别被标记以不同的第一种和第二种荧光染料，并且标记以又一第三种不同荧光染料的等位基因特异性寡核苷酸被用来测定多态性位点，那么检测第一和第三种染料的组合将鉴定第一种基因拷贝中的多态性，而检测第二和第三种染料的组合将鉴定第二种基因拷贝中的多态性。

用于以上间接和直接单倍型分型方法中的核酸样品一般从取自个体的生物学样品中分离，如血液样品或组织样品。适合的组织样品包括全血，唾液，泪液，尿液，皮肤和头发。

B.药物基因组学

与对于特定治疗方案的反应相关联的特定等位基因的知识，其本身或结合其它与特定疾病或病症有关的遗传缺陷的信息，允许根据受试者的遗传模式定制预防或治疗方案。本发明特别涉及药物基因组学领域，即，涉及患者基因如何决定他或她对于药物的反应(例如，患者的“药物反应表型”，或“药物反应基因型”)的研究。因而，本发明的另一个方面提供了一种按照受试者的药物反应基因型量身定做受试者的预防或治疗方案(如施用A1efacept)的方法。本发明的药学基因组学方法允许临床医生或医师对于患者靶向预防或治疗性处理，所述患者将最大限度地从所述处理中受益并避免处理将会对处理无反应和/或可能发生毒性药物相关副作用的患者。

基于在来自受试者的样品中的本文所述的一种或多种多态性的检测，可以预测受试者对于治疗方案的反应。例如，如上所示，在来自受试者的样品中以下各项的存在：(a)至少一个拷贝的单倍型标记1；(b)两个拷贝的单倍型标记2的存在；(c)至少一个拷贝的单倍型标记4的存在；或者(d)单倍型标记3的缺失将表示该受试者有可能对于Alefacept的治疗无反应。因而，这个受试者应当用另一种治疗方案进行治疗。相反地，在来自(a)缺失单倍型标记1；(b)缺失单倍型标记2或者存在一个拷贝的单倍型标记2；(c)存在至少一个拷贝的单倍型标记3；或者(d)缺失单倍型标记4的受试者的样品中的检测，将表明该受试者有可能对于Alefacept的治疗有反应。因而，治疗这位受试者的医师将选择继续治疗。本发明还包括预测方法，其采用本文所鉴定的任一种多态性的组合的检测。例如，本发明提供了一种方法，用于鉴定有可能对于Alefacept的治疗无反应的受试者，通过在来自受试者的样品中测定：(a)单倍型标记1和单倍型标记2的存在或者(b)单倍型标记1和单倍型标记3的存在。本发明还提供了一种方法，用于鉴定有可能对于Alefacept的治疗有反应的受试者，通过在来自受试者的样品中测定：(a)单倍型标记1和单倍型标记2的缺失或者(b)单倍型标记1和单倍型标记3的缺失。此外，通过让患者群体层次化(stratification)，本发明的单倍型标记关联可以用于发展对于皮肤疾病，例如，牛皮癣，和其它疾病或者疾病的新治疗的临床试验。

C.试剂盒

本发明还包括试剂盒，用于检测生物学样品中本发明的单倍型标记的存在，例如，适于诊断受试者对于治疗方案的反应的试剂盒。所述试剂盒包括用于检测获自患者的生物学样品中本发明的单倍型标记的存在或者缺失的装置。任选地，所述试剂盒可以进一步包括单倍型标记与疾病，疾病易感性，或者治疗反应的关联数据组。在优选的实施方案中，所述关联数据组在计算机可读的介质上。

本发明进一步提供包含可以用来检测本发明的多态性或单倍型标记的至少一种本发明的核酸，优选寡核苷酸，更加优选寡核苷酸引物或者探针的试剂盒。在一个实施方案中，所述试剂盒可以包含一种或多种寡核苷酸，包括将5′和3′杂交到至少一种等位基因上的5′和3′寡核苷酸。PCR扩增寡核苷酸应当在25和2500个碱基对之间的间隔，优选在大约100和大约500个碱基对之间的间隔杂交，以便产生便利大小的PCR产物进行随后的分析。

通常，所述试剂盒包含一对或多对寡核苷酸引物，其杂交到靶核酸上以允许一种或多种靶区的扩增，所述靶区包含或是本发明的一种或多种单倍型标记的一部分。在优选的实施方案中，可以对扩增产物进行分析以测定包含在靶核酸中的多态性和/或单倍型标记的基因型。在一些试剂盒中，提供固定在基质上的寡核苷酸探针。在优选的实施方案中，固定到基质上的寡核苷酸探针杂交到本发明的给定多态性的特异性等位基因上。

为了试剂盒中的使用，寡核苷酸可以是许多天然和/或合成组合物的任一种，如合成性寡核苷酸，限制性片段，cDNAs，合成性核酸(PNAs)，等等。测定试剂盒和方法还可以采用标记的寡核苷酸以便使得测定中的鉴定容易。可采用的标记的例子包括放射性标记，酶，荧光性化合物，链霉抗生物素，抗生物素蛋白，生物素，磁性部分，金属结合部分，抗原或抗体部分，等等。

任选地，所述试剂盒还可以包括DNA取样装置。DNA取样装置是本领域技术人员公知的并且可以包括，但不限于，基质如滤纸，(例如，theAmpliCard^TM(University of Sheffield，Sheffield，England S10 2JF；Tarlow，JW，等，J.of Invest.Dennatol.103：387-389(1994))等等；DNA纯化试剂如theNucleon^TM试剂盒，裂解缓冲液，蛋白酶溶液等等；PCR试剂，如10x反应缓冲液，热稳定聚合酶，dNTPs，等等；和等位基因检测工具如HinfI限制酶，等位基因特异性寡核苷酸，用于从干燥血液进行巢式PCR的简并性寡核苷酸引物。

通常，所述试剂盒还包含实施本发明的方法的说明书。这些试剂盒有助于鉴定有可能对治疗方案阳性反应或阴性反应的受试者；有发展成炎性疾病，如牛皮癣的危险的受试者，对加剧牛皮癣疾病的药物敏感的受试者，和具有与本发明的多态性和单倍型标记连锁不平衡的其它特征的受试者，并且还可以用于遗传咨询。

将整个本申请中所引用的所有参考文献，专利和公开专利申请的内容并入本文作为参考。

通过下列实施例对本发明作进一步说明，所述实施例不应被视为限制性的。

实施例

将下列方法用于本文所述的实施例中。

A.研究受试者

在第一种研究中，具有足够DNA的患者(N＝205)选自4种研究，其中3种是安慰剂对照研究而其中1种是开放标记研究。所有患者中，145位患者用Alefacept进行治疗而60位患者用安慰剂进行治疗。在145位活性患者中，有119位强反应者和26位无反应者。在60位安慰剂患者中，有30位强反应者和30位无反应者。

在第二种研究中，临床组由68位强反应者，其随机选自一组在对Alefacept的反应中达到PASI75的活性患者，和26位来自第一种研究的无反应者组成。

B.样品获得和处理

基于这里所述的临床表型的定义，只有强反应者和无反应者被包括在分析群体中。具有低DNA量的受试者被排除在分析组之外。为了最小化临床表型定义中的不利嗓音，将由于有限效力调查(efficacy visits)和/或抑制型伴随药物的使用而在治疗期间任何时候都未达到PASI25的无反应者排除在最后的分析组之外。

C.分析的表型

牛皮癣面积和严重性指数(PASI)由基线的百分比减少是在第一和第二种研究中评估的表型。反应级别如下进行定义：(a)强反应者指反应在任何时间都大于或等于由基线PASI的50％的减少的患者；(b)部分反应者指在任何时间反应都大于或等于由基线的PASI的25％但＜50％的减少的患者；或者(c)无反应者指在任何时间反应都小于由基线的PASI的25％的减少的患者。

D.候选基因

在第一种研究中，选择一组候选基因用于基因型分型，集中在涉及T细胞激活和抑制(T-细胞受体，辅助受体，整合素)，药物靶向的受体(Fcγ受体)，和已知与牛皮癣有关的基因。在第二种研究中，选择一组另外的39种候选基因用于基因型分型。

用于基因型分型的候选基因集中在与希望进行治疗的疾病，牛皮癣相关的基因上，并且集中在编码与Amevive直接相互作用的蛋白质的基因以及那些结合到其靶受体上被Amevive二级活化的基因。与牛皮癣相关的基因包括染色体6上的PSORS1位点基因，即，HCR，SPR1，STG，SEEK1，TCF 19和HLA-C。基于Amevive的作用模式选择的基因包括CD2，Amevive的同类受体和CD58，编码Amevive的膜结合形式的LFA3基因。此外，研究了编码涉及T淋巴细胞激活和共刺激的细胞表面受体的基因，如CD3E，CD3G，CD3Z，CD4，CD8A，CD8B1，CTLA4，CCR6，ICAM和ICOS，和那些编码下游信号蛋白的基因，如NFKB1，NFKB2，LCK，TNF，IL-20，CD2BP，IKBKAP，ZAP70，ITGAL，ITGAM。基于Amevive分子的C末端使Fcγ受体参与介导效应剂功能(一种提议的临床作用模式)的能力，研究了编码Fcγ受体I(A，B)，II(A，B)和III(A，B)的基因以及编码介导下游信号和Fc受体介导的效应剂功能的蛋白质的基因，如MAPK1，NFATC1，NFATC2，GNLY(granulolysin)，GZMB(粒酶B)。

E.SNP发现和单倍型标记生成

通过对来自组中受试者的基因组DNA进行测序来实施SNP发现和临床组的基因型分型。从基因组DNA中扩增用于测序的区域(ATP上游500bp；每个外显子加外显子每端100bp的侧翼序列；和终止密码子下游100bp)。利用每种候选基因的序列设计加尾的PCR引物。利用AppliedBiosystems Big Dye Terminator chemistry对PCR产物进行测序并在ABIPrism 3700 DNA分析仪上进行分析。利用PolyPhred程序对获得的序列检查多态性的存在。随后，对序列数据手工扫描样品制备和测序异常并弃去在PolyPhred输出文件中错误鉴定的SNPs。一旦SNP被接受，就对临床组中每个个体的基因型进行手工确证并保存。

利用在WO01/80156中所述的方法从临床组的SNP单倍型中得到单倍型。对于向受试者每次指定单倍型对，置信分值量化指定精确性的可能性。在构建单倍型中不使用低频率的SNPs。

F.统计分析

对于每个基因，选择减少组的多态性位点，其产生上面利用全部多态性位点对于该基因座得到的单倍型的至少95％的遗传多样性(Judson，R.等Pharmacogenomics，3(3)：379-91(2002))，用于以临床终端进行统计分析。列举来自减弱少组的每种基因的所有可能单倍型，其包含最大高达四种多态性。使用这种对于多态性位点数目的上限，因为对于给定的基因来说，包括4或5个以上多态性位点的单倍型很少是最强的单倍型，并且因为较不重要的多态性通常加入到已经很强的单倍型中，稀释它们的作用。将分析组中的每个个体分类为具有0，1，或者2个拷贝的单倍型。随后对具有＞5％频率的每种单倍型关联测试与临床终端的关联。

一种主要的结果变量是PASI分值的二元化版本(见C部分，分析的表型)，包括无反应者和强反应者。其反应落入这两种范围之间的患者不包括在分析中。使用逻辑回归来评估单倍型与强烈反应或非反应的二元结果之间的关联。用在逻辑分析中分析单倍型和临床表型之间的关联的模式是一般性关联模型(0拷贝对1拷贝对2拷贝)，显性关联模型(0拷贝对1或2拷贝)，和隐性关联模型(0或1拷贝对2拷贝).。对于所有模型来说，包括了对于单倍型拷贝数的遗传标记术语。性别和基线PASI被用作共变量。由于进行了许多统计试验，进行了置换试验(Good，P，2000.Permutation Tests：A Practical Guide to Resampling Methods for TestingHypotheses，2nd edition.Springer′Series in Statistics，New York)以便对多种比较进行调节，同时适当地说明在该基因中单倍型的非独立性。在这种方法中，将结果和共变量保持恒定，并将生成的单倍型组随机改变序列1,000次。对于每个1,000次置换记录来自许多单倍型中的最小p值。随后将在这种分布中观察到的p值分位数用作调节p值。例如，如果来自置换的4.5％的最小p值小于单倍型的粗p值，那么该单倍型的置换调节p值将为0.045。

在此基于分布性SNPs在每种基因中的定位对发现与临床表型具有关联的单倍型进行标记，利用该基因的参照mRNA的起始密码子(ATG)作为+1位置的参照。所用的符号给出SNPs的ATG偏移(5′-3′)，后接每个位置上的等位基因。例如，在CD8B1基因的单倍型标记1(-255，25，28589/CTG)，本文也称作单倍型标记1中，C是在-255上的启动子SNP上的等位基因，而T和G分别是在所述基因中位置25和28589上的外显子SNPs上的等位基因。

下列实施例提供包含在CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19基因中鉴定的多态性位点的总结的表。特别地，对于每个基因来说，提供了一个表，有多态性位点号(″多态性位点号″)，SNP第一个位置的ATG偏移(″ATG偏移″)，序列内SNP的第一个位置的核苷酸位置(″核苷酸位置″)，存在于ATG偏移和核苷酸位置上的等位基因(″参照等位基因″)，和取代替换参照等位基因的等位基因(″变异型等位基因″)。

在本分析中，发现CDSB1，HCR和SPR1和TCF19基因展现与PASI分值的统计学上显著的关联。

实施例I：在CD8B1基因中单倍型标记1的鉴定和分析

本实施例描述了关于CD8B1基因中单倍型与对Alefacept的反应的关联的分析，以及鉴定这些单倍型的拷贝数能够区分对Alefacept的强反应者与无反应者。最详细地分析了表1的单倍型标记1，一种三SNP单倍型。

A.在CD8B1基因中鉴定的多态性位点

表2描述了在CD8B1基因中鉴定的多态性位点。如上所示，表2提供了一种多态性位点号(″多态性位点号″)，SNP第一个位置的ATG偏移(″ATG偏移″)，SEQ ID NO：1内SNP的第一个位置的核苷酸位置(″核苷酸位置″)，存在于ATG偏移和核苷酸位置上的等位基因(″参照等位基因″)，和取代替换参照等位基因的等位基因(″变异型等位基因″)。

表2.在CD8B1基因中鉴定的多态性位点

多态位点号	ATG偏移	核苷酸位置	参照等位基因	变异型等位基因
					PS2	-685	1272	A	G
PS6	-255	1702	C	T
					PS11	25	1981	C	T
PS13	8632	9682	G	A
					PS15	15080	12027	G	A
PS21	19501	16448	G	A
					PS26	28589	25065	A	G
PS27	28663	25139	C	T
					PS28	28739	25215	C	T

表3A和3B分别提供了CD8B1单倍型，利用显性和隐性拷贝数模型，其显示与PASI最显著的关联。特别是，表3A和3B的列中所给出的″CD8B1基因的多态性位点″对应于表2中鉴定的CD8B1基因的多态性位点。表3A和3B的每一行代表单倍型标记。此外，对于CD8B1基因内的每个单倍型标记来说，″未调节的P值″和″O.R.″分别对应于粗p值和优势率。表3A和3B中的星号表示在这些位点上的等位基因are not determining并且可以是等位基因，即，如表2中所鉴定的参照等位基因或变异型等位基因。″较低CI的O.R.″和″较高CI的O.R.″代表95％的优势率置信限度。

表3A：

利用显性遗传拷贝数模型显示与PASI关联的CD8B1单倍型的表格

PS2	PS6	PS11	PS13	PS15	PS21	PS26	PS27	PS28
													-685	-255	25	8632	15080	19501	28589	28663	28739	未调节的P-Value	O.R.(1or2vs0)	LowerCIofO.R.	Upper CIofO.R.
*	C	T	G	*	*	G	*	*	0.0004	0.17	0.06	0.45
													*	C	T	*	*	A	G	*	*	0.0006	0.18	0.07	0.47
*	*	T	G	*	A	G	*	*	0.0006	0.18	0.07	0.48
													*	C	T	*	*	*	G	*	*	0.0009	0.19	0.07	0.51
*	*	T	G	*	*	G	*	*	0.0010	0.20	0.08	0.52
													*	*	T	*	*	A	G	*	*	0.0014	0.21	0.08	0.55
*	C	*	G	*	A	G	*	*	0.0020	0.21	0.08	0.57
													A	*	*	G	A	*	G	*	*	0.0020	0.22	0.08	0.57
*	*	T	*	*	*	G	*	*	0.0022	0.23	0.09	0.59
													*	*	T	G	A	*	G	*	*	0.0023	0.22	0.09	0.58
*	C	*	G	*	*	G	C	*	0.0026	0.22	0.09	0.59
													A	C	*	G	*	*	G	*	*	0.0028	0.23	0.09	0.61
*	*	*	G	A	*	G	C	*	0.0028	0.23	0.09	0.60
													*	C	*	G	A	*	G	*	*	0.0028	0.23	0.09	0.60
A	*	*	G	A	*	*	C	*	0.0029	0.23	0.09	0.61
													*	C	*	G	*	*	G	*	*	0.0030	0.23	0.09	0.61
*	*	T	G	A	*	*	C	*	0.0032	0.23	0.09	0.61
													*	*	*	G	A	*	G	*	*	0.0033	0.24	0.09	0.62
*	C	*	*	*	A	G	C	*	0.0036	0.24	0.09	0.63
													*	*	*	G	*	A	G	C	*	0.0039	0.25	0.10	0.64
A	C	*	*	A	*	G	*	*	0.0040	0.25	0.10	0.64
													*	C	*	*	*	A	G	*	*	0.0042	0.24	0.09	0.64
A	*	*	G	*	A	G	*	*	0.0043	0.26	0.10	0.65
													*	C	T	*	A	*	G	*	*	0.0045	0.25	0.10	0.65
*	*	*	G	*	A	G	*	*	0.0045	0.25	0.10	0.65
													A	*	*	*	A	*	G	*	*	0.0047	0.26	0.10	0.66
*	C	*	G	A	*	*	C	*	0.0050	0.25	0.10	0.66

表3B：

利用隐性遗传拷贝数模型显示与PASI关联的CD8B1单倍型的表格

PS2	PS6	PS11	PS13	PS15	PS21	PS26	PS27	PS28
													-685	-255	25	8632	15080	19501	28589	28663	28739	未调节的P-Value	O.R.(2vs1or 0)	Lower CIofO.R.	Upper CIofO.R.
*	C	T	*	*	*	*	C	C	0.0043	0.25	0.10	0.65
													*	*	T	*	*	*	*	C	C	0.0053	0.26	0.10	0.67

B.CD8B1基因中的单倍型标记1

CD8B1基因中的三SNP单倍型(-255，25，28589/CTG)，本文称作″单倍型标记1，″将对于Alefacept的强反应者与具有5.2的OR的无反应者区别开来。

在单倍型标记1和Alefacept反应之间的关联具有显性遗传模式，因为具有1或2个拷贝的受试者更有可能成为无反应者而具有0拷贝的受试者更有可能成为强反应者。在表4中提供了单倍型标记1关联的总结。

表4.单倍型标记1的关联结果的总结

	单倍型标记1(-255，25，28589/CTG)
		受试者计数(#拷贝)	96(0)49(1，2)
OR(0vs.1，2)	5.2
		95％的置信区间	1.97，13.8
未调节的p值	0.0009
		置换调节的p值	0.021
与无反应相关联的单倍型标记的拷贝数	1或2个拷贝
		在Alefacept处理组中0拷贝单倍型	66.2％

标记的频率
		具有1或2个拷贝的无反应者的百分比	61.5％
具有1或2个拷贝的强反应者的百分比	27.7％

C.单倍型标记1与药物反应的关联分析

图1将单倍型标记1与药物反应的关联分析结果描绘为一般性模型的OR曲线(比较0，1，和2个拷贝的标记)。

图2显示了利用遗传显性模型的单倍型标记1的关联的OR曲线。当在Alefacept处理的患者组中关于反应对0，1，和2个拷贝的单倍型(一般性模型)进行测试时，这种关联具有0.0021的粗p值。单倍型标记的拷贝数对于安慰剂反应没有影响并且对于安慰剂反应的p值是非显著性的(p＝0.523)(下版，图1)。

在对于多种比较校正粗p值后，所述关联保持统计学上的显著性(置换调节的p＝0.021)。当以显性模型分析时，具有零拷贝标记的人相对于具有1或2个拷贝标记的人，有5.2倍更有可能对Alefacept反应。性别不平衡显现在患者组中，因此对较大的性别群男性进行了亚组分析，并且标记主要效应保持显著性(p＝0.0044)，对于具有零拷贝对1或2个拷贝的单倍型标记的受试者有6.1的OR。

对Alefacept强反应者和无反应者之间的标记分布总结于表5中。CD8B1标记(1或2个拷贝的CTG)鉴定了62％的无反应者和28％的强反应者具有5.2的OR。通过将这些测试特征应用到反应试验的分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测CD8B1单倍型标记1具有81.6％的阳性预测值(PPV)(即，反应强烈的可能性，假定一个人具有强烈反应拷贝数)和48.3％的阴性预测值(NPV)(即，不反应的可能性，假定一个人具有非反应拷贝数)，对于Alefacept无反应。

表5.单倍型标记1的分布

拷贝数	无反应者	强反应者
			0	10	86
1或2	16	33
			受试者总数	26	119

实施例II：在HCR基因中单倍型标记2和单倍型标记5的鉴定和分析

本实施例描述了在HCR中单倍型的鉴定和分析，其与对Alefacept治疗的反应相关联。对单倍型标记2和5，三SNP单倍型，进行最详细地分析。

A.在HCR基因中鉴定的多态性位点

表6描绘了HCR基因中鉴定的多态性位点。如以上所示，表6提供了多态性位点号，SNP的第一个位置的ATG偏移，在SEQ ID NO：2内SNP的第一个位置的核苷酸位置，存在于ATG偏移和核苷酸位置上的等位基因，和取代替换参照等位基因的等位基因。

表6.在HCR基因中鉴定的多态性位点

多态位点号	ATG偏移	核苷酸位置	参照等位基因	变异型等位基因
					PS5	2173	2195	G	A
PS6	2175	2197	C	T
					PS10	2360	2382	G	C
PS13	5782	5804	G	A
					PS14	5787	5809	T	A
PS16	6174	6196	C	A
					PS17	6666	6688	A	G
PS18	8277	8299	C	T
					PS19	8440	8462	C	T
PS22	8476	8498	C	T
					PS32	11565	11587	T	G
PS38	11941	11963	G	T
					PS40	12152	12174	G	A
PS43	13553	13575	C	T
					PS47	13892	13914	A	T
PS50	14287	14309	C	G

表7A和7B分别利用显性和隐性遗传拷贝数模型提供显示对于PASI最显著关联的HCR单倍型。如上所述，在表7A和7B的列中给出的“HCR基因的多态性位点”对应于表6中鉴定的HCR基因的多态性位点。表7A和7B的每一行代表单倍型标记。此外，对于HCR基因内的每个单倍型标记来说，″未调节的P值″和″O.R.″分别对应于粗p值和优势率。表7A和7B中的星号表示在这些位点上的等位基因不是确定的并且可以是等位基因，即，如表6中所鉴定的参照等位基因或变异型等位基因。″较低CI的O.R.″和″较高CI的O.R.″代表95％的优势率置信限度。

表7A：

利用显性遗传拷贝数模型显示与PASI关联的HCR单倍型的表格

PS5	PS6	PS10	PS13	PS14	PS16	PS17	PS18	PS19	PS22	PS32	PS38	PS40	PS43	PS47	PS50
																				2173	2175	2360	5782	5787	6174	6666	8277	8440	8476	11565	11941	12152	13553	13892	14287	未调节的P-Value	O.R.(1or2vs0)	LowerCI ofO.R.	UpperCI ofO.R.
*	*	*	*	*	A	*	*	T	*	*	*	*	*	A	*	0.0031	4.3	1.6	11.2
																				*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	G	0.0037	4.0	1.6	10.3
*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	G	*	*	G	0.0069	3.6	1.4	9.0

表7B：

利用隐性遗传拷贝数模型显示与PASI关联的HCR单倍型的表格

PS5	PS6	PS10	PS13	PS14	PS16	PS17	PS18	PS19	PS22	PS32	PS38	PS40	PS43	PS47	PS50
																				2173	2175	2360	5782	5787	6174	6666	8277	8440	8476	11565	11941	12152	13553	13892	14267	UnadjnstedP-Value	O.R.(2vs1or0)	LowerCI ofO.R.	UpperCIofO.R.
*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	G	*	*	C	*	C	0.0003	0.17	0.06	0.44
																				*	C	*	*	T	*	*	*	*	*	G	*	*	*	*	*	0.0003	0.17	0.07	0.45
*	*	*	G	*	*	*	*	*	*	G	*	*	*	*	C	0.0004	0.17	0.07	0.46
																				*	C	*	G	*	*	*	*	*	*	G	*	*	*	*	*	0.0004	0.18	0.07	0.46
*	C	*	*	*	*	*	*	*	*	G	*	*	C	*	*	0.0005	0.18	0.07	0.47
																				*	*	*	*	*	*	*	*	*	*	G	*	*	*	*	C	0.0006	0.19	0.07	0.49
G	*	*	*	*	*	*	*	*	*	G	*	*	*	*	C	0.0006	0.18	0.07	0.49
																				G	C	*	*	*	*	*	*	*	*	G	*	*	*	*	*	0.0008	0.19	0.07	0.50
*	C	*	*	*	*	*	*	*	*	G	*	*	*	*	*	0.0009	0.20	0.08	0.51
																				*	*	*	G	*	*	*	*	*	*	*	*	*	C	*	C	0.0014	0.21	0.08	0.55
*	*	*	*	*	*	A	*	*	*	G	*	*	C	*	*	0.0017	0.22	0.08	0.56

B.HCR基因中的单倍型标记2

在表8中提供了标记的总结(255，25，28589/CTG)，本文称作“单倍型标记2”。单倍型标记2具有隐性模式，因为具有2个拷贝的受试者更有可能成为无反应者。在表9中也总结了第二种(5782，11565，14287/GGC)，本文也称作″单倍型标记5，″与标记(2175，5787，11565/CTG)具有类似的分布和对反应的作用。

表8.单倍型标记2的关联结果的总结

	单倍型标记2(2175，5787，11565/CTG)
		受试者计数(#拷贝)	105(0，1)40(2)
OR(0，1vs2)	5.7
		95％的置信区间	2.2，15
未调节的p值	0.0003
		置换调节的p值	0.031
与无反应相关联的单倍型标记的拷贝数	2个拷贝
		在Alefacept处理组中0或1个拷贝单倍型标记的频率	72.4％
具有2个拷贝的无反应者的百分比	57.7％
		具有2个拷贝的强反应者的百分比	21.0％

表9.单倍型标记5的关联结果的总结

	单倍型标记5(5782，11565，14287/GGC)
		受试者计数(#拷贝)	109(0，1)36(2)
OR(0，1vs2)	5.7
		95％的置信区间	2.2，15.1
未调节的p值	0.0004

置换调节的p值	0.033
		与无反应相关联的单倍型标记的拷贝数	2个拷贝
在Alefacept处理组中0或1个拷贝单倍型标记的频率	75.2％
		具有2个拷贝的无反应者的百分比	53.8％
具有2个拷贝的强反应者的百分比	18.5％

C.单倍型标记2与药物反应的关联分析

图3将单倍型标记2与药物反应的关联分析结果描绘为OR曲线。与具有0或1拷贝的患者相比，具有2拷贝标记的患者群体对于Alefacept反应的OR为5.5。当在Alefacept处理的患者组中针对反应对0，1，或2个拷贝的单倍型标记进行测试时，选定的单倍型具有0.0016的粗p值。单倍型标记的拷贝数对于安慰剂反应没有影响并且对于安慰剂反应的p值是非显著性的(p＝0.371)(下版，图3)。在对于多种比较校正粗p值后，所述关联保持统计学上的显著性(置换调节的p＝0.031)。

由于相似的反应可能性，具有0或1个拷贝的单倍型标记的受试者可以分入1组，如图3中所见。这暗示一种隐性遗传模型，其中具有0或1拷贝单倍型标记的受试者与具有2个拷贝单倍型标记的受试者相比，有5.7倍更有可能对Alefacept反应(图4)。对Alefacept强反应者和无反应者之间的标记分布总结于表10中。这种HCR标记(2个拷贝的CTG)鉴定了58％的无反应者和21％的强反应者具有5.7的OR。如果将这些测试特征应用到Alefacept试验的反应分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测HCR单倍型标记2将具有81.1％的PPV和52％的NPV，对于Alefacept无反应。

表10.单倍型标记2的分布

拷贝数	无反应者	强反应者
			0或1	11	94
2	15	25

受试者总数

26

119

实施例III：在SPR1基因中单倍型标记3的鉴定和分析

本实施例描述了在SPR1中单倍型的鉴定和分析，其与对Alefacept治疗的反应强烈相关联。对单倍型标记3，三SNP单倍型，进行最详细地分析。

A.在SPR1基因中鉴定的多态性位点

表11描绘了SPR1基因中鉴定的多态性位点。如以上所示，表11提供了多态性位点号，SNP的第一个位置的ATG偏移，在SEQ ID NO：3内SNP的第一个位置的核苷酸位置，存在于ATG偏移和核苷酸位置上的等位基因，和取代替换参照等位基因的等位基因。

表11.在SPR1基因中鉴定的多态性位点

多态位点号	ATG偏移	核苷酸位置	参照等位基因	变异型等位基因
					PS2	-1119	1128	G	A
PS6	-845	1402	G	A
					PS7	-455	1792	G	A
PS12	-384	1863	T	C
					PS16	-228	2019	A	G
PS20	161	2407	C	T
					PS21	627	2873	G	A
PS22	739	2985	G	A
					PS24	913	3159	C	T
PS27	1171	3417	A	G

表12利用显性遗传拷贝数模型提供显示对于PASI最显著关联的SPR1单倍型。特别地，在表1 2的列中给出的“SPR1基因的多态性位点”对应于表11中鉴定的SPR1基因的多态性位点。表12的每一行代表单倍型标记。此外，对于SPR1基因内的每个单倍型标记来说，″未调节的P值″和″O.R.″分别对应于粗p值和优势率。表12中的星号表示在这些位点上的等位基因不是确定的并且可以是等位基因，即，如表11中所鉴定的参照等位基因或变异型等位基因。″较低CI的O.R.″和″较高CI的O.R.″代表95％的优势率置信限度。

表12：

利用显性遗传拷贝数模型显示与PASI关联的SPR1单倍型的表格

PS2	PS6	PS7	PS12	PS16	PS20	PS21	PS22	PS24	PS27
														-1119	-845	-455	-384	-228	161	627	739	913	1171	Unadjusted p	O.R.(1or2vs0)	Lower CI ofO.R.	Upper CIof O.R.
*	G	G	*	*	*	*	*	*	A	0.0002	7.1	2.5	20.0
														*	G	G	*	A	*	*	*	*	A	0.0003	6.1	2.3	16.4
G	G	G	*	*	*	*	*	*	A	0.0005	6.1	2.2	16.9
														*	G	*	*	A	*	*	G	*	A	0.0006	13.6	3.1	60.4
*	G	*	*	A	*	*	*	*	A	0.0010	13.0	2.8	59.4
														*	G	G	*	*	*	*	*	C	*	0.0014	5.6	1.9	16.0
*	G	*	*	*	*	*	G	*	A	0.0015	13.4	2.7	67.0
														G	G	*	*	A	*	*	*	*	A	0.0016	9.7	2.4	39.6
*	G	G	*	A	*	*	*	C	*	0.0020	4.8	1.8	13.1
														*	G	G	*	*	T	*	*	*	A	0.0020	4.6	1.7	12.0
*	*	G	C	*	T	A	*	*	*	0.0024	4.5	1.7	11.7
														*	G	*	*	*	*	*	*	*	A	0.0025	12.6	2.4	65.1
G	G	*	*	*	*	*	G	*	A	0.0025	9.5	2.2	40.8
														*	G	G	*	*	*	A	*	*	A	0.0030	4.4	1.6	11.6
*	G	*	*	A	*	*	G	C	*	0.0031	12.1	2.3	63.3
														*	*	G	*	*	T	A	*	C	*	0.0034	4.3	1.6	11.2
*	G	G	C	*	T	*	*	*	*	0.0034	4.2	1.6	11.0
														G	G	G	*	*	*	*	*	C	*	0.0035	4.7	1.7	13.4
*	*	*	*	A	*	*	G	*	A	0.0037	19.2	2.6	140.3
														G	G	*	*	*	*	*	*	*	A	0.0042	8.9	2.0	39.9
*	*	G	*	*	*	A	*	*	A	0.0046	4.7	1.6	13.8
														*	G	*	*	A	*	*	*	C	*	0.0048	11.5	2.1	62.5
*	G	G	*	*	T	*	*	C	*	0.0050	4.0	1.5	10.5

B.SPR1基因中的单倍型标记3

选择三SNP单倍型标记(-845，-455，1171/GGA)，本文称为“单倍型标记3”，用于进行详细分析。  单倍型标记3具有显性模式，因为具有0拷贝的受试者更有可能成为无反应者。在表13中提供了单倍型标记3的总结。

表13.单倍型标记3的关联结果的总结

	单倍型标记3(-845，-455，1171/GGA)
		受试者计数(#拷贝)	28(0)117(1，2)
OR(1，2vs0)	7.1
		95％的置信区间	2.5，20
未调节的p值	0.0002
		调节的p值	0.028
与无反应相关联的单倍型标记的拷贝数	0拷贝
		在Alefacept处理组中1或2个拷贝单倍型标记的频率	80.7％
具有0拷贝的无反应者的百分比	46.2％
		具有0拷贝的强反应者的百分比	13.4％

C.单倍型标记3与药物反应的关联分析

图5将单倍型标记3与药物反应的关联分析结果描绘为OR曲线。当在Alefacept处理的患者组中针对反应对0，1，或2个拷贝的标记进行测试时，选定的单倍型具有0.0009的粗p值。标记的拷贝数对于安慰剂反应没有影响并且对于安慰剂反应的p值是非显著性的(p＝0.2839)(图5，下版)。在利用置换试验对于多种比较校正粗p值后，所述关联保持统计学上的显著性(置换调节的p＝0.028)。

由于相似的反应可能性，将具有1或2个拷贝的单倍型标记的受试者分入一组，如图5中所见。这代表一种显性遗传模型，其中具有1或2拷贝的受试者与具有0拷贝单倍型标记的受试者相比，有7倍更有可能对Alefacept反应(图6)。

对Alefacept强反应者和无反应者之间的标记分布总结于表14中。这种SPR1标记(0拷贝的CTG)鉴定了46％的无反应者和13％的强反应者具有7.1的OR。如果将这些测试特征应用到Alefacept试验中所见的反应分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测SPR1单倍型标记3将具有80％的PPV和61％的NPV，对于Alefacept无反应。

表14.单倍型标记3的分布

拷贝数	无反应者	强反应者
			0	14	103
1或2	12	16
			受试者总数	26	119

实施例IV：在TCF19基因中单倍型标记4的鉴定和分析

本实施例描述了在TCF19中单倍型的鉴定和分析，其与对Alefacept治疗的反应强烈相关联。对单倍型标记4进行最详细地分析。

A.在TCF19基因中鉴定的多态性位点

表15描绘了TCF19基因中鉴定的多态性位点。特别地，表15提供了多态性位点号，SNP的第一个位置的ATG偏移，在SEQ ID NO：4内SNP的第一个位置的核苷酸位置，存在于ATG偏移和核苷酸位置上的等位基因，和取代替换参照等位基因的等位基因。

表15.在TCF19基因中鉴定的多态性位点

多态位点号	ATG偏移	核苷酸参位置	照等位基因	变异型等位基因
					PS3	-303	1568	T	C
PS5	-210	1661	C	T
					PS6	316	2186	T	C
PS7	2059	3929	C	T
					PS9	2365	4235	G	A
PS11	2456	4326	C	T
					PS13	3340	5210	A	G

表16A和16B分别利用显性和隐性遗传拷贝数模型提供显示对于PASI最显著关联的TCF19单倍型。特别地，在表16A和16B的列中给出的“TCF19基因的多态性位点”对应于表15中鉴定的TCF19基因的多态性位点。表16A和16B的每一行代表单倍型标记。此外，对于TCF19基因内的每个单倍型标记来说，″未调节的P值″和″O.R.″分别对应于粗p值和优势率。表16中的星号表示在这些位点上的等位基因没有确定并且可以是等位基因，即，如表15中所鉴定的参照等位基因或变异型等位基因。″较低CI的O.R.″和″较高CI的O.R.″代表95％的优势率置信限度。

表16A：

利用显性遗传拷贝数模型显示与PASI关联的TCF19单倍型的表格

PS3	PS5	PS6	PS7	PS9	PS11	PS13
											-303	-210	316	2059	2365	2456	3340	未调节的P-Value	O.R.(1or2vs0)	LowerCI ofO.R.	UpperCI ofO.R.
*	*	*	*	G	*	G	0.0015	0.16	0.05	0.49
											*	C	*	*	*	*	G	0.0018	0.10	0.02	0.42
*	*	*	*	*	*	G	0.0038	0.12	0.03	0.50
											*	*	*	*	G	C	G	0.0052	0.22	0.08	0.64
C	C	*	*	*	*	*	0.0080	0.21	0.06	0.66
											*	*	*	C	*	*	A	0.0097	4.35	1.43	13.24

表16B：

利用隐性遗传拷贝数模型显示与PASI关联的TCF19单倍型的表格

PS3	PS5	PS6	PS7	PS9	PS11	PS13
											-303	-210	316	2059	2365	2456	3340	未调节的P-Value	O.R.(2vs0or1)	LowerCI ofO.R.	UpperCI ofO.R.
*	C	*	*	*	C	G	0.0037	0.13	0.03	0.52
											*	*	*	*	*	*	A	0.0038	8.53	2.00	36.40
*	C	C	*	*	C	*	0.0051	0.21	0.07	0.62
											*	*	*	*	*	C	G	0.0067	0.17	0.05	0.61

B.TCF19基因中的单倍型标记4

TCF19基因标记和PASI分值的关联分析鉴定了TCF19的单倍型标记(2365，3340/GG)，本文称为“单倍型标记4”，与对于A1efacept的反应具有统计学上显著的关联。在表17中提供了单倍型标记4的总结。

表17.单倍型标记4的关联结果的总结

	单倍型标记4 2365，3340/GG
		拷贝分类	0对1，2
受试者计数(#拷贝)	51(0)43(1，2)
		OR(0vs1，2)	6.3
95％的置信区间	2.0，20
		未调节的p值	0.0015
置换调节的p值	0.01
		与无反应相关联的单倍型标记的拷贝数	1，2个拷贝
在Alefacept处理组中1或2个拷贝单倍型标记的频率	38％
		具有1或2个拷贝的无反应者的百分比	73.1％

具有1或2个拷贝的强反应者的百分比

35.3％

C.单倍型标记4与药物反应的关联分析

在图7中也将单倍型标记4对Alefacept反应的关联分析结果以OR曲线描绘。它表明具有0拷贝这种标记的人与具有1或2拷贝所述标记的人相比，有6.3倍更高的对Alefacept反应的几率。单倍型标记4具有0.0015的粗p值和0.01的置换调节的p值。在表18中提供了单倍型标记4分布的总结。

表18.单倍型标记4的分布

拷贝数	无反应者	强反应者
			0	7	44
1或2	19	24
			受试者总数	26	68

71％的时间，单倍型标记4正确地鉴定了无反应者。如果将测试特征应用到Alefacept试验中所见的反应分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测这种单倍型标记将具有86％的PPV和53％的NPV，对于Alefacept无反应。

实施例V：多基因分析

本实施例描述了具有与对Alefacept反应显著关联的HCR，SPR1，CD8B1和TCF19基因的单倍型标记的多基因分析。在HCR，SPR1，CD8B1和TCF19基因中与对Alefacept反应显著关联的单倍型标记总结于表19中，并考虑包括在二基因模型中。

表19.包括在多基因分析中的单基因单倍型标记

单倍型标记

遗传模型

无反应者模型组的拷贝

未调节的p值

置换p值

		数
					单倍型标记2	隐性	2	0.0003	0.031
单倍型标记5	隐性	2	0.0004	0.033
					单倍型标记3	显性	0	0.0002	0.028
单倍型标记1	显性	1或2	0.0009	0.021
					单倍型标记4	显性	1或2	0.0015	0.01

由于HCR和SPR1在PSORS1座位上高度连锁，来自每个基因的标记趋于在相同患者中发现。因此，这对基因未在2基因模型中进行分析。

在二基因模型中，评估每个基因的拷贝数和单倍型标记的组合(已经分解来反映隐性或显性模型，其提供最佳单基因统计结果)。进行逻辑回归，一开始考虑单倍型标记对的拷贝数的所有四个可能组合。随后将所述四种拷贝数组分成两个(最差组对其它三组或最佳组对其它三组)。在实施的模型中，没有一种具有显著性的相互作用p值。不过，在所有模型中，对于第二种标记的主要效应的添加的自由试验的2-级(2-degree of freedomtest)和与第一种标记的相互作用效应为显著性的，而不论标记加入的顺序如何。表20给出了主要效应的p值，相互作用，以及自由试验的2-级。

表20.来自多基因分析的相互作用模型的总结

M1	M2	M1主要效应p值	M2主要效应p值	相互作用p值	2dfp值(先M1后M2)	2dfp值(先M2后M1)
							HCR-CTG	CD8B1-CTG	0.0009	0.0022	0.8409	0.0062	0.003
HCR-GGC	CD8B1-CTG	0.0016	0.0028	0.5677	0.0097	0.0047
							SPR1-GGA	CD8B1-CTG	0.0007	0.0102	0.6137	0.0101	0.0032
TCF19-GG	CD8B1-CTG	0.0027	0.0214	0.2958	0.0146	0.0035
							TCF19-GG	HCR-CTG	0.0124	0.0043	0.3184	0.0128	0.0099
TCF19-GG	SPR1-GGA	0.1308	0.0032	0.1923	0.0074	0.0128

在强反应者和无反应者之间的标记分布总结于下面的表中。

如在表21中所示，由1或2个拷贝的单倍型标记1和2个拷贝的单倍型标记2组成的CDSB1/HCR-CTG多基因标记，正确地鉴定了38％的无反应者并且只错误地指定5％的强反应者为无反应者，OR为12。因而，对于这种多基因标记测试为阴性的受试者比测试为阳性的受试者12倍更有可能对于Alefacept治疗产生反应。如果将这些测试特征应用到Alefacept试验中所见的反应分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测这种标记将具有78.8％的阳性预测值(PPV)和75％的阴性预测值(NPV)，对于Alefacept无反应。

表21.CD8B1/HCR-CTG多基因标记的分布

拷贝数(CD8B1/HCR)	无反应者	强反应者
			所有其它组合	16	113
1或2/2	10	6
			受试者总数	26	119

如表22中所示，由1或2个拷贝的单倍型标记1和0拷贝的单倍型标记3组成的CD8B1/SPR1多基因标记，正确地鉴定了31％的无反应者并且只错误地指定3％的强反应者为无反应者，OR为11。因而，对于这种多基因标记测试为阴性的受试者比测试为阳性的受试者11倍更有可能对于Alefacept治疗产生反应。如果将这些测试特征应用到Alefacept试验中所见的反应分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测这种标记将具有76.8％的PPV和77.8％的NPV，对于Alefacept无反应。

表22.CD8B1/SPR1多基因标记的分布

拷贝数(CD8B1/SPR1)	无反应者	强反应者
			所有其它组合	18	115
1或2/0	8	4
			受试者总数	26	119

如表23中所示，由1或2个拷贝的单倍型标记4和2个拷贝的单倍型标记1组成的TCF19/CD8B1多基因标记，正确地鉴定了91％的反应者并且错误地指定50％的无反应者为强反应者，OR为13.1。因而，对于这种多基因标记测试为阳性的受试者比测试为阴性的受试者13倍更有可能对于Alefacept治疗产生反应。如果将这些测试特征应用到Alefacept试验中所见的反应分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测这种标记将具有80.6％的PPV和70.6％的NPV，对于Alefacept无反应。

表23.TCF19/CD8B1多基因标记的分布

拷贝数(TCF19/CD8B1)	无反应者	强反应者
			所有其它组合	13	6
1或2/1或2	13	62
			受试者总数	26	68

如表24中所示，由1或2个拷贝的单倍型标记4和2个拷贝的单倍型标记2组成的TCF19/HCR多基因标记，正确地鉴定了90％的反应者并且错误地指定58％的无反应者为强反应者，OR为6.9。因而，对于这种多基因标记测试为阳性的受试者比测试为阴性的受试者7倍更有可能对于Alefacept治疗产生反应。如果将这些测试特征应用到Alefacept试验中所见的反应分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测这种标记将具有79.4％的PPV和62.5％的NPV，对于Alefacept无反应。

表23.TCF19/HCR多基因标记的分布

拷贝数(TCF19/HCR)	无反应者	强反应者
			所有其它组合	11	7
1或2/2	15	61
			受试者总数	26	68

如表25中所示，由1或2个拷贝的单倍型标记4和0拷贝的单倍型标记3组成的TCF19/SPR1多基因标记，正确地鉴定了91％的反应者并且错误地指定65％的无反应者为强反应者，OR为7.5。因而，对于这种多基因标记测试为阳性的受试者比测试为阴性的受试者八倍更有可能对于Alefacept治疗产生反应。如果将这些测试特征应用到Alefacept试验中所见的反应分布上(23％的无反应者和55％的强反应者)，预测这种标记将具有76.9％的PPV和61.5％的NPV，对于Alefacept无反应。

表25.TCF19/SPR1多基因标记的分布

拷贝数(TCF19/SPR1)	无反应者	强反应者
			所有其它组合	9	6
1或2/0	17	62
			受试者总数	26	68

表26展示了利用这些遗传标记作为Alefacept疗法筛选试验的效果的模拟。在100个患者的样品中(反映Alefacept试验中所见的反应率)，将有23位无反应者，22位部分反应者，和55位强反应者。对于每个单或多基因标记来说，“In”组由将基于试验结果进行治疗的患者组成。“Out”组由将不进行治疗的那些患者组成。尽管部分反应者未被包括在统计分析中，但它们的单倍型是已知的，因此可以包括在此表中。例如，利用CD8B1/SPR1标记，将对91患者进行治疗，对于他们来说反应的分布将分别为17.6％，24.2％和58.2％无反应者，部分反应者和强反应者；9位患者将被拒绝治疗，其77.8％，0％和22.2％将为无反应者，部分反应者和强反应者。

表26.单倍型标记对于Alefacept治疗筛选的模拟使用

	患者数(N＝100)		治疗和未治疗患者反应者分布
									Non		部分		强
				IN	OUT	IN(％)	OUT(％)	IN(％)							OUT(％)	IN(％)	OUT(％)
没有测试	100	0							23％		22％		55％
			CD8B1	64	36	14.1％	38.9％	23.4％							19.4％	62.5％	41.7％
HCR	68	32							14.7％	40.6％	22.1％	21.9％	63.2％	37.5％
			SPR1	77	23	15.6％	47.8％	22.1％							21.7％	62.3％	30.4％
CD8B1/HCR	87	13							16.1％	69.2％	24.1％	7.7％	59.8％	23.1％
			CD8B1/SPR1	91	9	17.6％	77.8％	24.2％							0.0％	58.2％	22.2％
TCF19*	42	36							14.3％	47.2％			85.7％	52.8％
			TCF19/CD8B1*	62	17	19.4％	70.6％									80.6％	29.4％
TCF19/HCR*	63	16							20.6％	62.5％			79.4％	37.5％
			TCF19/SPR1*	65	13	23.1％	61.5％									76.9％	38.5％

^*在分析中排除了部分反应者。

序列表

<110>B.科希

     B.J达因

     M.K.阿南特

     詹萍

<120>单倍型标记和利用其确定对于治疗的反应的方法

<130>A212 WO 001

<141>04-05-2004

<160>4

<170>PatentIn version 3.1

<210>1

<211>26419

<212>DNA

<213>智人

<220>

<221>等位基因

<222>(1272)..(1272)

<223>PS2：多态碱基腺嘌呤或者鸟嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(1702)..(1702)

<223>PS6：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(1981)..(1981)

<223>PS11：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>不确定

<222>(3055)..(3155)

<223>N′s代表未知核苷酸

<220>

<221>等位基因

<222>(9682)..(9682)

<223>PS13：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>不确定

<222>(10786)..(10886)

<223>N′s代表未知核苷酸

<221>等位基因

<222>(12027)..(12027)

<223>PS15：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(16448)..(16448)

<223>PS21：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>不确定

<222>(17114)..(17214)

<223>N′s代表未知核苷酸

<220>

<221>等位基因

<222>(25065)..(25065)

<223>PS26：多态碱基腺嘌呤或者鸟嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(25139)..(25139)

<223>PS27：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(25215)..(25215)

<223>PS28：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<400>1

cactaatatt tagaggttaa tttatcacag acgcaagagt ttccataact aatgcatcca    60

ggggttccct gtctatgatt ttagacaata cctgacaaag cagtgagtaa cttttaatca   120

tttactgaga aagttgttcc ttttgcaatg ctgtggcgcc catgagagag tggatagaaa   180

gaggtagctt gtgttttcta aacaacaaat actttgaata cacatacaaa gaagaaatac   240

aaatggccaa caagcacatg aattgatgct taacatcatt tctcattcag gaagtacaaa   300

tccaaaccac aatgagatat cacttcacac ccactaggat ggaacaaaac aaaaacagaa   360

aataacaagt gttggcgatg atgtggggaa attggaaccc tttcattgtt ggcagaaatg   420

taaatggtca cagctgctat ggaaatcagt tggttagtcc ctcaaaaagt taaacataga   480

attattgtat gacccagcaa ttgcactgcc tgagtacata cctgaaagaa ttgaaaacag   540

gcacccaaac atatatttgt acaagaatgt tcacagtagc attactcaca aaagtcaaaa   600

agtagatata gtagcccact caaatgtcca tcattagatg aacagataaa gaaaatgtgg   660

tatatacagg tacatacaca aaatattact caacaataag aagaaatggt gctataatgg   720

ggatgaacct gaaaaacatt gcgctgagtc aaagaagcca ttcgctaaag accacacatt   780

gtatgggagc caaggcagta tccagcgaga ctctggcctc tggctgggct gagtgacttc   840

ttttccccca gtgcctttga actctctgca cccaactcag ccatgagcaa tgctgtcacc   900

agcaatgggc agaggggctg gggcaagagt gggatggaaa gaatactgga tgtggagacc   960

aaatgtgaca gtgtccttgc ccggctgcct gctttagatc tcaggggaca cgccatttcc   1020

tctccgataa actctaagct cttagggtaa cccatggacc tgcctggctg ggtctttgtt   1080

gacatttaca aggagcctct cccgcagccc tccaaggggt ccctctcccc tgcaggctgc  1140

atgcccagtt ctccctggac ctccccaacc ccctctctac taacccccgt ttgaacagga  1200

agacacagcc tgagccaggt ctcccctcac aaatctcccc accagggctg gatcgcgcaa  1260

caaatagagc crgccccagg gcactcgccg gcagggcgca gccggtgatc gtcacagtcc  1320

ttcgaaattc ttaagatcta ggtcttgctg cacccccaca acctacaaac agcgtcgggg  1380

ccttctctgc acctccagtt cccagctcac ctccctcagt gtcacagccg gttacctttc  1440

cttcctccct ggcaagggag ggcaagactt ggggcttgct gactccaggc ccagcccagc  1500

ccggggcacc caggagcccc tcaattgcta ctcaaacaag acaagaagcg gcccgagtta  1560

gtggccagct ccaccatgca ctacacatcc tgacctctct gagcctctac tgtcactcgg  1620

ggtcacaacc ctttcctgag cacctcccgg ggcagggggc gatgacacac atgcagctgc  1680

ctgggggagg ccggcggtgt cycctccttt ctggaaagcg gagggtcctg gtgggctctg  1740

gaaacgcagc ccagaccttt gcaatgctag gaggatgagg gcggagacct cgcggtcccc  1800

aacaccagac tcccgccgcc accgcgcccg gtcccgccct ccccactgcc cccccagctc  1860

cccgacccag gcgccccgcc cggccagctc ctcacccacc ccagccgcga ctgtctccgc  1920

cgagcccccg gggccaggtg tcccgggcgc gccacgatgc ggccgcggct gtggctcctc  1980

ytggccgcgc agctgacagg taaggcggcg gcgcgcgggc tacccaaggg tctgcgctcc  2040

cggggcctga gcggggaggt gataagtggc tgtcctggcc ctggtcctgg cagggtgcag  2100

cgtcgagccc gcggtggcgg ggcgcccggg aggcagcttg gcaggcacgg tccctaaggg  2160

tggaaataaa atacccccat atcgcattac cccgggggac cggagagccc ctggactgag  2220

gccacctccc ctcaaaagcc tggacgcagg agaaggggag gcagtgaaaa ggggagcgag  2280

tgagggaagg aaagagaggg tcgctggagg tcaccagggg aaggaaacag gtccctgccc  2340

agggtccccg caggatgtgc tcggaggaag gttggccagg ccatgggtcc tgtggacaca  2400

tttttattac ttccggggaa gtgtttgtag tacaatcaga caaacatcgg gcgttctcag  2460

ttctcggagg gctagggcag ggtgatccct ctggctcccg ttctccctga tgtcgctggt  2520

gttgggtgtc atgggtagcg tggctcccta ggaagcagcc tggaggttgg gttgttggag  2580

ttggatgggg catctggatt gtccttctga ataagcccag ccagactgcc ttttggaaga  2640

agcctccaca cacccggaaa actacccaaa ctggtcgatt tgctctcgtg cccaaaaagc  2700

ccaaagctgg tcatcttgcc agggggtgac aaggcctgcc cgccgggggt tctggcccag  2760

tgagtgcaac atcataaata gaaacagccc aggccgttca gagcactaaa gtcattactg  2820

atggatctag aaacatcagg tccctctgag aatggaattc ctgggttacc gaggggaaca  2880

tgcagtgagg cctggctcca tgtccagcac acagcagggc cttggccaca gcccggagta  2940

ttcagttcct aggggacaaa aagcaagtgg gccccgggaa gagccggggt gtgtctcagc  3000

caggagagga aatgcacact cacagcccag gccttgctct tacaggagtc gcttgnnnnn  3060

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  3120

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnngttct gatccttctc cttgagattt  3180

aatttacctc cagtaacaac cctgtgatat gagacacagg gacagtattt acctgtgtac  3240

atggccatac agtttacagt gtgctttttt ggacagcatt tcatttattt ccaaccctca  3300

gaggcaggca ggacaacagc cccaagctgt cctccgttca taagaagaca gaggctcggt  3360

gactggcctg aggtctcaca gctggcacgg ccagaggctg ggttcagggc caggtctgtg  3420

agtcctgctc tagctcctca tgaataagcc cctgcttgcc gggtgcttct cgtcagagtc  3480

taagatgaac tcccagccct gcttctgtgg tgtctgtcct tccactgggg aatagggatc  3540

cagtgaccca tcagttgctg ggctcggggg tcatgggctg taattgtacc taccagggtc  3600

tgtccagcaa cggacagacc agccacatgc tctgctgtga ttctgggctc ctctcccagc  3660

ctgtcctggg tctccttcgg cagtttggag cctaccgaag ggctgtacat ccagtggcag  3720

ccaggggagg tgaaaggcaa ccagctttgg cttcagactt caaatccttg agtttgactc  3780

ctaggccact tacatactgt aagtgggact ttgaacaagt aacttcatgc ctcagtttcc  3840

tcatctgtgt aatgaggatt aaaaatcctg gatctatcct tttgtggtgg tacatgccta  3900

tactctcagc tacttgggag gctgaggtgg gaagatagat tgagcccagg aggtcaaggc  3960

tgaagtgtac tatgatagtg cctgtgagta gccactccac tccaacctgg gcaacataac  4020

aagaccccat gtcttttaaa aaattccaaa gccagtttga ggcttgattg agttccttta  4080

tgcaagggcc aggcatataa gtacacaata aacaaatggc agctctctcc cctgtacctt  4140

tgtaaagctg aacttagcaa acacctccct tccagatgat ctcctgggag gtggggtatg  4200

tgaactctga gtccaggagc caacagctgc gctcaacaca ctccctggac ccagtaactg  4260

ggcaggtcct tccatggctt ttcctttgac acttgactca gtgtgactgc aaggtcccac  4320

agctgtggct aggaaaatgt gtgatgtctc tgttcttggc ttttcctagt tctccatggc  4380

aactcagtcc tccagcagac ccctgcatac ataaaggtgc aaaccaacaa gatggtgatg  4440

ctgtcctgcg aggctaaaat ctccctcagt aacatgcgca tctactggct gagacagcgc  4500

caggcaccga gcagtgacag tcaccacgag ttcctggccc tctgggattc cgcaaaaggg  4560

actatccacg gtgaagaggt ggaacaggag aagatagctg tgtttcggga tgcaagccgg  4620

ttcattctca atctcacaag cgtgaagccg gaagacagtg gcatctactt ctgcatgatc  4680

gtcgggagcc ccgagctgac cttcgggaag ggaactcagc tgagtgtggg taagaagcag  4740

gctcaatgct atcagtgagc accgattgtg tgccaggcac gtgccaggca ctgggaccac  4800

caggcttcag tgtgccccac tctgcagccg tgactaatgg cactgctgct aatagtaaca  4860

gaaagaacat gtggagactt acccaggcca agcccctcca agtgtttaca tagttagctt  4920

gcttaatgct gccaaccacc ctgaaggtag gtctattacc taaccacttt aggtgggaat  4980

aagatgaaac tagaagagac gggccagagt cagagatgag cattgtgctt ctctttttta  5040

tttatttatt attattattt tttttgagac agagcctcac tgtgttgccc aggctggggt  5100

gcagtggtgc gatcttggct cactgcagcc tctgcttccc gggttcaagt gattctcctg  5160

cctcagcttc ccgagtagct gggattacag gcatgagcca ccacacctgg ctaatttttt  5220

gtatttttag tggagacgag atttcaccat gttggccagg tgggtcttga actcctgacc  5280

tcaagtgatc cacccacctt agcctcccaa agcgctagga ttacaggcgt gagccaccat  5340

gcctggccag gcattattct tcttatgggg acagggcagt gctgtccttc aggccacatc  5400

agggacattc aaagctacgg ctggattggg ctgagcccct tggccttata gtggtgttag  5460

aaatccccag agtgtgcaca cagggaaagg aggccctcac tgccctgata tacccagtga  5520

gggcatttct aggggcaggt gcccttatgt tctctgtgag ggcctacagc tcgaattcat  5580

acctgagtcg aagttagtaa ggagactgag ccaggcccag ctctgcttgc aaacttgcca  5640

tgctttctcc cctgggcctc agtgttctct tctgtgtcac acgggggtgc tgatggcctc  5700

catgacccac ttaatcccag agaagctgca gacctctgac ttaagtcagc aagtccagca  5760

gacgcacatt tcaagccaca gatgaaattc taaattttta aagtcttgtt taaaaaagca  5820

aaaagaagca agtaaaatta atttaaataa tgttatattt aactcaattt attaactata  5880

ttttcatctc aacatgtaat caatataaaa agtattgctg aaatatttta cattcatttt  5940

tcatactaag tgttcgatga gcattttaca taaaacatat ggctcatctc gattcagact  6000

ggccacattt catgtgctca gcagcacctg tggcatattg gacagaaggc atttagttat  6060

gggtggtaac tctcacagcc tggctctggc tctagcccca cctccagctt ggcccaaggc  6120

tggagccaac cccctccagg gctcccactg ccctgcttcc tgctcacttg agggcactaa  6180

aagccacaag gggacccaga aattagacca ctcagcgtga ggaagtgcag gggcagctgg  6240

ggacagcagc acaattagga agacacaaac caaagtgatg ccccgccacc tcttgctagc  6300

ctgggagggt gtattgcagg caagaagctg aggcatccct tcacgtgggg gtccactgat  6360

tttcgtattg aaaaatggac tttgggagtt tggggtttgg ggtttggggt ttggntttag  6420

cttattgttt ttgtctctgt aagccccaca cctttccact catgagattt cagagtctga  6480

gaaggtggag ggtacaataa acacagctag tttccagagc ttcccaccgc ctccatccca  6540

accgcactca ctcctgactt ccgtgtttcc aaaccccaaa cccctcccag cactatagga  6600

atgtcaatgc ctctctccag ctctggcttg cagccaaacc tgcttctccc cagggcttgc  6660

aaccagacct tcttcggagc cgaaccccac cttctcaccc aagaaaggcc ttttagagga  6720

caaagctggg atggttgaga aagtgtttgg ggaaagacag ggcctttttc aggcccttaa  6780

gtatatcatg ggctcgaagt tttattcctt ttaagaacag agagggagag attaaactgg  6840

gtgctcagga ggaatccagg gggacctggc tctaggcaag aagaatttaa aacagaacag  6900

tcccccaacc tgagtctccc actagaccca ggcggcggtg cccagccaag gcactgaggg  6960

cccaaagagt tggctcccct ctgggctcac cactgaccat ctgaaagacg tccctgcttc  7020

ctcgggtaga aaataagtca aacagaacta cttctagggc catgaggatt gaaggaggca  7080

acactcccag gagagggcca ggctcgttgc acgctctccg accctgctga tgacagtttc  7140

ctcttacaat agttgccctc agcactatga tgacccaggg ccttgggtgg acctaaagtg  7200

ttcaactttt gtcagaaaat ctttgcacgt gaggtagtgt ggcagaacga gaagcacagg  7260

ttctagaatc aaggtctttt ggtgcagata ctggctctgc agccagtggc tgtctaactt  7320

tggacacatt atttcagctc tctgagccta ggcttcctcc tggataaaat ggggacaaca  7380

gtgcctgccc caaaagttgt tgtgtccagt aaacttatgc tgaaaggctc agcactgctc  7440

cccacacatg gttggagctt agtgcacttt catcctagtt gcttcttccc atcaatgtct  7500

tgaagcagac aaacagatcg tgttctctcc gctttccaga ggaggctcag agaggtgagg  7560

ggttaaaatg tctactttta tatagaagat gccagcccaa aaatgactga tctgtgggct  7620

tcccctgcct gttccccctt acaacccccc aaaacctttt ttttttttga gacggagtca  7680

ctgtcaccca ggctggagtt tagtggcagg atcttggctg actgcaacct ctgcctcaca  7740

ggttcaaacg actctgctgc ctcagcctcc tgagtagctg ggattacagg cacgtgccac  7800

cacgcccaac taatttttgt atttttagta ggcacagggt tttgccatgt tggccaggct  7860

ggtcttggac tcctgacctc aggtgatctg cctgcctcgg cctcccaaag tgctgggatt  7920

acaggcgtga gtcaccgcgc ccagccttaa tatttctttt cttttctttt ttttttttct  7980

gtccccctga ctctagagtt taggttcatg gtgtctcctt actccctctc ctaccatttt  8040

ggagaaaatc agtgcagaga gatctgtttc cttaacccac aaaggcaagg gttggactct  8100

gtggccagca gtgccccctt catccccagt aggcatcaga gccacagctg tcttcctttg  8160

ctctgggtgc tggcccactg cccctcccaa cacttcagca ggggtcactg ggtaaaaatg  8220

aaggagaggg gtgacccatc caggagtcag gacaggggtt tggggtccca acacagcact  8280

caccacttgg ggctgcaggg gccagctccc ctcatctctg gcgttcacct ttgaaattaa  8340

agtttgagac tgaacttccc ttagctctgg tattatatat atattttagg gccatctgag  8400

aaggaaaacc aatccccaaa tatgacacct gtgtggtact ctacatgcag aaaagggcac  8460

cccctccttc catgagcttc ctccatgtgc ttagggaatg ccgagttggg cggaggggct  8520

cgttgtgcca aaggctgggc gatccagccc tggggctcaa ggtcttcagc caggtggagc  8580

cacatctact gaaacttttt ttggacacac tgtccctttc attctcagat aatcccaaga  8640

aggaggtggc agttatcatt atttcagcag ataaggaaat caaggcacag aaaaatgcta  8700

tgacttgtcc caagtcacac agcggttaat caggggtgta ggtcggccgg gtgcggtggc  8760

tcgtacctgt aatactagca cttttggagg ccgaggtgag tggattacct gagatcagga  8820

gttcaagacc agcctggcca acatggtgaa accccgtctc tactaaaaat acaaaaaatt  8880

agacgaatgc agtggcacga cgaatgcagt ggcacgacga atgcagtggt acgtgcctgt  8940

aatcccagct actctggagg ctgaggcagg ataattgctt gaacctggga ggcaaaggtt  9000

gcagtgagcc gagatcgtgc cactgccctc cagcctgggc tacagagcga gactttgtct  9060

caaaaaataa ataaataaat aaataaataa aaataaataa atcagaggtg taggctctgc  9120

tcagttctgt gtggctccag agccttcctc tctccaggac accaagctga accccatctc  9180

taggccctca cccctttccc aacatctgag aattcagaaa gcagatcaaa cattctattg  9240

ctctgtgacc ttcaagccct gtagcagcct ggggaacagt cataaggact tcagtacttg  9300

gatgtaagac aaattttgtt catttgttca tttatttgct cttgagacag ggtcttgctc  9360

tgccgtccag gccagagtgc agttgcatga tcatggctca cttcagcctt gacttcccaa  9420

gctcaggtga tcctctcacc tcaccctcct gggtagctgg gacggtaggc atatgccacc  9480

acgcctggct aactttttat ttttgtagag agggggtttc accatgttgc ccaggctggt  9540

ctcaacctcc tgagctcaaa tgatctcctg ccttggcctc cggaagtgtt gggattccag  9600

gcatgagcca ccgcacccgc cataagacaa agttttgtct ttgagtccac gtggtgttca  9660

cttggctaag atatgtgtct trctttcttt ctgtagttga tttccttccc accactgccc  9720

agcccaccaa gaagtccacc ctcaagaaga gagtgtgccg gttacccagg ccagagaccc  9780

agaagggtga gttccctatc cctctgcacc ctcagaaaca aggcagacat ccccttgccc  9840

tccctccctc ccctccttcc ttccccaggc actttccaag tgtcaactct agagcctatc  9900

tccccggcct aagctagggt cagaaaggat gctgagtgtg ccagcaactc acagtctcgt  9960

gggagacaga ctcataaatt gttactggac aaagcttaat ggaggagatc tccacccaca  10020

cccctgcaca caaatgtcca tagcttcatt attcatacta gccaaaagca gaaactaccc  10080

aaacatccac cagctaatga gctgattaac aaaatgtggc ttatttatta tcgtggaata  10140

ttgtttggcc ataataaaga ataaaatgaa aggagccagt cacaaaaatc catatactat  10200

atgattccat gattatggaa tatccagcat atgatcctct gtagagacag aatgtagatt  10260

ggttgctgcc taaggctggg ggcttgggaa agaaatgggg agtgattcct aatgggtata  10320

aggtttcttt ttaggggaat ttaaatgttc tgaaattaca ttatgataat ggttgcacaa  10380

ctccatgaat acactaaaaa ccatgacatt gtacacttta aacaagggga ctttatacgt  10440

aaattataac tcaataaagc tgttaacaaa caaaaaatcc actcaaagga ccagcacttt  10500

aaacttttcc agttttggcc agatgtggtg gctcacacct gtaatcccag cactttggga  10560

ggcccagatg ggtggatcgc cttgagctca ggagttagag accagcctgg gcaacacggt  10620

gaaactctgt ctctacgaaa atgtaaaaaa attagctggg cgtggtggca catgcctgta  10680

gtcccagcta ctcaggaggc tgaggtggat gccttgagcc tgggaggtgg agattgaagt  10740

gagctgagat cctgccactg cactccagcc tgggtgatag agccagnnnn nnnnnnnnnn  10800

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn  10860

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnttaa ggccagttgc ggtagctcac acctgtaatc  10920

ccagcacttt gggaggctga ggcgggtgga tcacttgagg ccaggagatt gagaccatcc  10980

tggccaacgt ggtgaaaccc cgtctctact aaaaatacaa aaattagcca ggcatgacgg  11040

cggacgcctg taatcccagc tacttgagag gctgaggcag gagaatcgct tgaacccaga  11100

aggcggaggt tgcagtgagc caagattgcg ccactgcact ccagcctggg cgacagagcg  11160

agactgtgtg tgacagagcg agactctgtg tcaaaacaaa caaacaaacg aacaaaccct  11220

atatgtatat ataaaaatta cataggcatg gaaagagaaa gttactaaat tatcagtggt  11280

gattaattct gtgaaggagc aaagatgtca gggagcactc taatcctata tttaaatgtc 11340

ttacaatgaa aatatattca gctatttctt gtgaaattaa aagttttaaa aataaatagt 11400

aaaagactca ttaccaggca tgaaaattgt ctacttctta aaaatttgaa tgtgggacat 11460

gaaattttat aataaaatga tttcaataat gtttaaagtg cttacaaaga ctagacgatg 11520

gccggacatg gtggctcagg cctgtaatcc cagcactttg ggaggccaag gtgggcggat 11580

tgcttgaggc caggagtttg agaccagcct ggccaacatg ataaaaccct ctctctacta 11640

aagatacaaa aattagccag gcatggtggc acatgcctgt agtcccagct actcgggagg 11700

ctaagaacga gaatcccttg aacccaggag gcggaagttg cagtaagctg agaatgcacc 11760

actgcactcc ggcctgggtg acagagcaag actctgtctc aaaaaaaaaa aaaaaaaaaa 11820

aaaaaaaata cttgaggaaa aatacattac atcgaaatac aaatggtggt attctctggg 11880

aggtggggct tccagttgaa tttttcgctc cttgtatttt tctgcgtgtc tcatgcagaa 11940

aaatgttccg tgttgaacac atgtcacatg tgtgttttcc aggcccactt tgtagcccca 12000

tcacccttgg cctgctggtg gctggcrtcc tggttctgct ggtttccctg ggagtggcca 12060

tccacctgtg ctgtgagttg tctcctcttg ggttgttggg tgtccctgtt tgctgtttga 12120

agtgtccctg ggatattttc ttctctaggg gagcagagca gatggcagcc tggtgggaat 12180

ttgcctcaga gaacctacgg tatttccaga ggtagttctt ggcctggggc tacgcagcca 12240

aaaccaaaga ctaccctgtc cctggagtca ggcaaacctg ggtttgagtg caacgtggct 12300

gtttcctgat ccagtgcccc ggtctctctg agcctcggct gcctcagatg ggggtaggac 12360

attagctacc tcccagagtt gctgtttgta aattcctacc ccaaatgcct ggcacccggc 12420

acgtgtcagt gagtgggaac tcacgtgagc agttgagacc aaagcccagt gtccagaaaa 12480

gtttgcctat ggggtttgtg ttgtgttcct agaagctaga aatcctctcc acgacaccga 12540

tattgatgag gctgtgggaa acagaaatga ctgctgctcc cagccacccc agagacggga 12600

ctgtctcctt ctatggcccc caccccaagc tctgcacagc actgggttca caagaaagac 12660

ggggagccag aggggaggcc tgcatggctg ccctagagcc cagagcccag actctacccc 12720

ggttcttctg ctcacctgtg ccacctcgag caagcccctt cccctctctg cgcatctatg 12780

aaatgggcag gtgggacagc aagggcatga actagatcag tggctcttaa cttttgtagg 12840

tcacagaccc ctttgaacat acgatgaaaa taacggacct ctccccacag aaatgcaccc 12900

aggagcatac ttttgcctac aattgttccc cacagagggg cccatgtacc ccattctaag 12960

aaacccataa atttcagtgg tttgcaaact ctctcgatca aggaaggaac tcattggtaa 13020

aatattttga aacacattta ataacatgca taaaatatta aataagcgaa tacagctaat 13080

tgaatattat aaagtaaatg cagcagttgg ctgtatttac ttatttaata ttttatgtat 13140

gttattaaat gtgcttcaaa atgaaaagta agttgggtgt agtggcaagt gcccgtactc 13200

gagaggctga ggagggagga tcacttgagc ccaggagttc aagtctagcc tagacaacat 13260

aataagaccc cattcctaaa aaaataaatg aaaatcaaaa gtaataaagg ctgaaataca 13320

aatgtcaata gacatgcttt tattttcttc ctaactccca gtgggaaatc tcgctcaccc 13380

tctgaatgca attgccctag cctgagactg cctgtctctg ggacctttca tgtctgacct 13440

gctgtgaagg gcaagcaggt gtgtttaagg acacagactc tgcagctgac taattgagtt 13500

tgaattctgg ctttcccact tactagctgc atgactttgg gcatgttatc cagtaattca 13560

ctcactctgt gtctcagttt cccacatata aaatggagat cttaaaagta gtatccaact 13620

caggttttca gtgagcatta aggggattaa aatgtgtaaa gtgtttgggc cagggtctgg 13680

gaccagggag gtgggctgag gtgtcagctg cccctgtgac aatcctcctt ggcctctggg 13740

gctcagcgca gtgacccaca gcccacactg actggcgccc ttgctttcct cttccaggcc 13800

ggcggaggag agcccggctt cgtttcatga aacagtaagt gtataacctg ggtgtggcct 13860

tgggttcctc agcccctgct gcagcttgca gcctctaact gcagcgagga gccaaagtca 13920

gacctcatct tccaaagatc atagactcgg ccgggcatag tagtgcacac ctgtagtcac 13980

agctactcgg gaggctgaag caggaggatc acttgagccc aggagttcaa ggctgcagtg 14040

agctatgatg gtaccactgc actccagcct gggcaacaga gtgagactcc atctaaaaaa 14100

aaaaattaca gactgtataa atagatgggg tgatagagtt caggaaccta agagataacc 14160

taaacaaaca aaaacctgac cagtaagtta aatgtatttc aagaacattc ttagctctcc 14220

tgaggagagc aatcaggctt tgcatgcaca gaataccgca gagtatccca aactcatccc 14280

atccgttatt tcatcccacc tattatttca tccccttggt actgtgtgag ataaggggtt 14340

atcaccctca tttgacagat cagtggagag actactggaa tcggatttga agaccagcct 14400

cttctaccag ccattgcttt ccttccctag gagctgcctt tgtcccacct gctgccctcg 14460

accccatctg ggtcccagga gttgacagag tcacatagca ctcttggggc ccactaagct 14520

gagaaagagc ctgtacttac cctgggctgg gctgggacct ttagtggtgg ccatttagtc 14580

accacctttg caagttgctt tgccctggta gggcagtgac attaggtcct gggtctttca 14640

tgaggctgtt ggaagccatc ctgggccagg gcagcattcc tgcatttgat ttttgttcct 14700

cacaacagag actgtttcac atctgcctat ccagttaatt acatttgatc cttagaacaa 14760

ccccctctat acagaaatgt ttgggggagc aaaagtacac aactctaaat tgaagagggc 14820

aacaggttct cctgctcaaa agctccagct ttaggtggag acagggctgg gtttgaatcc 14880

cgtctgccaa tcaccatgtg acagccagca agtcacttca cgtctccaag tctcggattt 14940

ctcgtctgtt aaatgagcta acagtgccaa tctcacagtc agtgtgagga ctcactgggg 15000

tattatcctt aaagcatgtg gccccaggac cccggagtca gagcacaagc tcaagtcact 15060

tcagtaaatt ccactctgca agtgcagcaa tggacaaaca aaatgtattt ttgaatactc 15120

taaaattgta aatagccata taaattcata ttactatatg ctctgcattg ttgtacacat 15180

tatatttata tcgagagtgg cttaaacatg cctgctggat tttatgggca attttcaatg 15240

atattttaat tgtgtacaat tttcaccttg tgtgttggat ttagaagctg ccccctaccc 15300

aagagataat aacttgagtg tagctgtctc aggccagacc tctagaaagt tccattcaag 15360

gccgggtgca gtggctcaag cctgtaatcc cagcactttg ggaggcccaa ggcaggtaga 15420

tcgcctgagg tcaggagttt gagaccagcc tggccaacat ggtgaaaccc catctctact 15480

aaaaatacaa aaaattaact ggacgtggtg gcaggcgcct atgtaatccc agctactcga 15540

gaggctgagg taagagaatc acttgaaccc cggaggcaga ggttgcaatg agcagagatc 15600

acaccattcc gctgcagcct gggcaacaag agtgaaactc tgtctcaaaa aaaaaaagaa 15660

agttcctttc aaaatgtctc ccatgatgac ctttcatgga aagtaagtcc ctctctggta 15720

ctaactgtgg tctgggtctg tccccacccc ttcattttaa cttgctcccc agtgatctga 15780

tgccagtttt ggggaggctg gatgcaggac ctcatgcttt tgcaagccca ggatcagctt 15840

gaggcaggga aggggctctg ggtggtcgtg gggggaccct gagacctcct cactctcttc 15900

attttgaaca gacgtactct cttctattgt ctgggtttac acttacctgt aacatgtcat 15960

ttgaacaaaa gggtttgtgg cttcaaaaaa gcttgaaaac cacctctggt tttgctctca 16020

tgatccaggc atggaggaaa tagcctgtgg tgctcacaga tctgagttgc gatttgaggt 16080

agttgttccc cagcctctaa ctgtccttag aaaatcatcc catctgcagg ctaatttctt 16140

ctggcccctt gatataaatt tgtgattctc ttagattatc ttagaggtac tacaggaagt 16200

aacccaattc aaagctaccg ttctttgagc tgcagttttg ttttgttttg ttttttagcc 16260

ttaacaatct ttttaatgac taagatgggc cctagaaaca tactaacaaa aaactctcgg 16320

ccccaggcta cttggagtag aactctgcat tctcatttgc catttgtctc tgttacagga 16380

aattcaatat cgtttgcctg aaaataagtg gtttcacaac ttgctgttgt tttcagattt 16440

tacaaatrag cagagaatac ggttttggtg tcctgctaca aaaagacatc ggtcagtaac 16500

gagcacgatg tggaaaaatg agagaaggga cacattcaac cctggagagt tcaatggctg 16560

ctgaagctgc ctgcttttca ctgctgcaag gcctttctgt gtgtgatgtg catgggagca 16620

acttgttcgt gggtcatcgg gaatactagg gagaaggttt cattgccccc agggcacttc 16680

acagagtgtg ctggaggact gagtaagaaa tgctgcccat gccaccgctt ccggctcctg 16740

tgctttccct gaactgggac ctttagtggt ggccatttag ccaccatctt tgcaggttgc 16800

tttgccctgg tagggcagta acattgggtc ctgggtcttt catggggtga tgctgggctg 16860

gctccctctt ggtcttccca ggctggggct gaccttcctc gcagagaggc caggtgcagg 16920

ttgggaatga ggcttgctga gaggggctgt ccagttccca gaaggcatat cagtctctga 16980

gggcttcctt tggggccggg aacttgcggg tttgaggata ggagttcact tcatcttctc 17040

agctcccatt tctactctta agtttctcag ctcccatttc tactctccca tggcttaatg 17100

cttctttcat tttcnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn 17160

nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnnnnnnn nnnnctcagc 17220

actttgaaag gctgaagtag gaggatccct tgggcctagg agtttgagac cagcctgggc 17280

aacatagtaa gacctcatct ccacaaaaaa ttaaaaaatt agccgggcac cgtggtgggt 17340

gcctgtagtc ccaaatactc gggagtctga gatgtgaaga tcacttgagc ccacgaggtg 17400

aaggctacag tgagccatga tcgtgccact gcaaacacca accagcctgg gtgacagagt 17460

gagactgtct caaaaaaatt aattaaaaat tttttttaag ttttaaaaaa tgattgtgca 17520

aaaaggtaaa tacagtatga ttctacttgc aggaggtacc aagagtggtg tctctgaatt 17580

cgtcagagaa actgaaaata tcatagcggt tacctggaac tgggggaggg ggaatgggga 17640

gttggtgctt agtgggtaca gagttttagt ttaggaagat gaaaaagttc tgtggatgca 17700

tggtggtaat gattgcacaa aaatataaat atacttaatg ccagtggagt gtatacttag 17760

aaatgactaa aatggtaaat ttatgttatg catacatttt gccacaattt taaaaatagc 17820

ttttaaaaaa tggttgtaga gaaagatata aacacattaa acaactgcag aatgatgaga 17880

caacatatga gtaagtggca ccaacaacat gagataagaa gtgacacata ctgcttgatt 17940

ctggctccca aaaagtccag tgctgaaggc catccctgga gtggagtgtg gctttgcact 18000

gaacattgct ctctgggaag ggaagtgagt tatttttaag ctttccattt gtaaaggtga 18060

tataactgca gtaatacaca ttgcaaaaat tagccactag aaacaacagc aagggaaacg 18120

catcttggtg tattttcttc taatgtttta aaaacatttt ttacatttta catagttata 18180

atcatgctga atgtatgttt atatcaagca tgctgtctgc gttttccttg tcaacctttc 18240

cataggtttc ataattctaa aacatcatca tgttaatggc ctaaaattat attgaatgca 18300

ttatcattgt ttacttaaat attgctttat ttctgaacat ttccattgct tttaacattt 18360

aacatctctg ttcatactct attgtgccaa gactaagatt acatccactg gagaaatgtt 18420

ccagaatgga ctactgaata tacaggtata aacattttga tagcttctga tattgctttc 18480

tgaggtcatc atgactctta cctgaaacag atatcatctt tttttttttt cctgctgggg 18540

tataagtgga aaacacattt tcagcactga tataattttg tgttagaaga ttgcagcact 18600

ttaaaaccct ttttcccaag agctaaagga gagttgatgc tataaatatg gcaggaactc 18660

aaaaccctgg gtacagtccc tggttcatct ctgccctgtg actggggcaa gtcagggcag 18720

gactgttggg agctgcaatc caagcacaga gttgctcgga gttgcaaaag gagaagccac 18780

agggcagaca tacaatacag aacctgaaag aagtgcccaa gcctgcgcca gcccttcaaa 18840

atcagagaag agcgggcctc gaaaaggcaa agaaagaaag aaggcagaac gagctggagc 18900

gaaggaatta accaggggga agagaagggt ggaggaagca gggggctcgg aacattccct 18960

ttggagagga cggggtttgt gggggctttc ccctgctgca gcggggctct ttgctaaaag 19020

tgaaactgcg attttcggag ggttccgaag gcgttcacct agggaaggaa aatgttccat 19080

ttgggggtcc acactgggtt aaaaacaatg cctctgcctg ctctcagtta tggaggcccc 19140

cgagtgtctt cagtcaactc tgggtggttc tgaggctaca gcaacaaccg aactcggcct 19200

gtgccccaac ttggcccagg gcctgaagga gccccagtgt gatcttaact caagtgtgtc 19260

cgcaggacaa ggccccatgt tgccttcccg gccacaatac aacgaagaac aaagctcccg 19320

ccggctgagt gcctcacagg cgccagcact gtgctgggag ttgtgcgttc tttttcctgt 19380

tggtttctta accgcagaac gaggtggata ttagcaactc ctttagcagg gctcaatggc 19440

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cactccaacg ccttgagaat tgaaggagca gcaggcttca tgagtttgat gaaaaacttg 19560

ggagaatgcc agtgtaacct aataaaaagt caaagttatt ggattatttg aaaaaaaaaa 19620

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cagctacacc gcctgtggtt cagaagtggg gagttgggtc agaaaaggtg ggacagacag 19740

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aagtgaatta acctctctga accttgaata taaaacaaga ataatgataa tatctacctc 19860

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cccagatcta tcagaggaat catcatctgt ggcagctcta gccttacgaa atgtatttct 21000

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tgctattcca tttacagagt ataagtagag tagacttagc ataattctta agggacttag 21300

ggtttttaga atggtaaatg agcattggct tcaacttaaa gtcaccagct gcattagccc 21360

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tctgcagctt cctcaccact tcagctttca taaaatttaa gagagttggg actttgctct 21720

ggattaggct tttgcttaag ggaattttgt ggctgttccg atttacccag accactaaaa 21780

ctctctccat atcagcaata aggctatttc gttttcttat cattcatgtg ctcactggat 21840

tagtactttt aatttccttc aagaactttt tctctacctt ctcaacttgg ctcattattt 21900

gacacaagag acctagcttt cagcctgtct ccactttcag catcccttcc tcactaaact 21960

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catagggggg cctaaggaga aggagataca gaatggctgg tcatggagca gtcagaacac 22140

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acaattaaaa tagtaacatc aaaaataact gattacagtc accagaacag acacaataat 22260

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tcaatttgct aaaaatacaa catccgtgca gcacaataaa aaaataaagt gcaataaaat 22440

gaggtatgcc tgtactttaa acagtgcctg gaacacagca ggtactcatt acatacagtt 22500

actctgttaa ttatgaatat atactttatt tatttatttt tatttattta tttattttga 22560

gatggagtct cgctctgtca cccagactga agtgcagtgg tacagtctcg gctcacagca 22620

acctccatct cccagttcaa gcaattctcc tgcctcagcc tcctgagtag ctgggaccac 22680

tggtgcccgc caccacgccc ggctaatttt tatattttta gtagaaacag ggtttcatca 22740

tgttggccag gctggtctcg aactcctgaa ctcaggtgat ctacccatct tggcctccca 22800

aagtgctggg attacaggca taagccactg cacccagcca gtgaatatat atttttaata 22860

tgtaattacc tcctcccatg aattatgaat tatgccaaat ataaagaaaa ctactgaagg 22920

taacatacta gcttcaagtt tatttagcaa attagcagat ttgctaaata aatctgtcag 22980

atttagcaaa tttaactttt gccaaatttg cttcagtctt ttatttcaag caataaaatg 23040

tttgtgttga gaccccttct tcacccctat tccatcctcc atactgcata ccctatcttg 23100

aaatttgtgg gttctgcctc caggcttttt ttatacttgt gattctctta ttatgtaagt 23160

atctataaac aatgacataa taatgaataa tatatggcat gtgcttttat tttttataaa 23220

taatgtcaga gtgtacatgc acttttaaaa tttgcttatt tcattcaaca tatttttgag 23280

atttacctgt gttgatgcct gtggatctag ttcatttatt gtgtcatatt ttattaatgt 23340

attacaattt tattcattcc cctattagat attagtttat aattattatt acaattttcc 23400

aatttctgtt gtttgtgctt ctgtgaacac tcttatacat caaaacttct ctgagcaatg 23460

aatctggaag tggaagttct ggggccagag catcttcatt tttaatagat atttttacta 23520

gatatcccaa attatctcca ctgcagttgt aacaatttac atccccatca acactgcatc 23580

acagttattt ggtcatatcc tccctcatgc ttgatgttat tggtcttgtt cattttgcta 23640

atttgaatat aaaatgatat tggttgtttt catttgcatc tcactgattc aagtaatgtt 23700

tggcatcttt ttatttggat attggcttgg tcacgtactt tgcccatttt taattctgct 23760

gtctttaact tattactttg tgagagtctg atatgttatg gataaagatc ttctgttgct 23820

tttatgcact gcaaatatct tctactaatt tgagacttgt cctttaactt tgtattggtt 23880

tttgccctgc atactttaaa caaatgttcg aatggtaaca tcacactttt atggcttgtc 23940

cttttatatt ttgaccaaga aattctgtgc cttatcatgt ctctgtctta aaaacacatt 24000

ttttaaaaaa gttttgaaac tttgcttttc atatttattc tatctggagt atacatttgt 24060

gaatggtttg agatagagtt caagttttac gtttttccca catgggaagc caatgtcaca 24120

gcactaatga tcgaatcctt tacccacagg agtgcccagc catctccaac atgttcacat 24180

ctgtattttc taggccccct actctctttc attgttctat ttgtgtttaa attactagag 24240

tttataaatc atgatatgtg gaataatggg tccccccctt acccttcagc aaaattattc 24300

agctattttt ggccctttat acttccatat gaatttgata atcagcttgt gagcaaaatc 24360

tggttggcat tttgaatgca ctggatctgt agattaactg gggaaaactt acatcttcct 24420

gaagttgagt cttcatgtcc attataaagt accccggagg agaagtttcc atcagaataa 24480

attctctaac atttgtgacc atcttgtctt ccaacctgtg atgacaatag ccaccctacc 24540

ttactactct cctgagagaa attttttaag catggggacc tctctgaagt ctcctgcagc 24600

tgttgacccg tacatccttg attccaaatg gcagaaaact aatttgcagg tcagacacta 24660

ttgaaattca ccttgattaa ccatggcaat aaaattgaca gtgatgccca agagggaagg 24720

ataaaaccct cacccgcttt cccaaatgat attaactttg gggaataact gagcaggtaa 24780

ttctctgtgt gtggtttcct ctttctgaga agaaatcaca agaaacagaa acagaggttt 24840

ctggctttga gatcctgaat caaatgtggt tggatcctgt ggtaacccta ggcctatcaa 24900

gtgctatatg cctggctctt tctgtgttga atttgacaca atatctgact cgactgagtc 24960

acagaaaaaa atcagtcatt acttaataag taaccaacac cttgacttgg tgcatgtatt 25020

gagactctct tgtttttctt tttgcaaggc ctcaagggga aggtrtatca ggaacctttg 25080

tcccccaatg cctgcatgga tactacagca atactacaac ctcacagaag ctgcttaayc 25140

catggatcct gaaaacatag gcaagaagca caggtcctga tgagtggatc tttactactt 25200

ttaccagatt cctcyctcgc tcagaggatc ctcccacaca cccagcagag acttctctgc 25260

caccatcaac cccccaagtc atagggggct caagttctgc cctggtgagc tgtggccccc 25320

atccttgtga accccaaagt gtcccccttg tggaaccaaa tgtatccatc ttgaataaat 25380

ttgcccaaaa tcctaaagac cgggaaaagg gaaccattga gcttggcaag tactggggaa 25440

catctttgct tcctgcatct ctagcaccag atcactatga gtatggacca cccatttcag 25500

aacagccgcc aaatgctgag gttagagagg gttacttatg tcaggcagat gttctttcct 25560

tgtgaaggaa agcgttttta agcttctttg ctttttaaaa atttattttt tttatttatt 25620

tatatatttt tgagacggag tctcgctgtc acccaggctg gagtgcaggg actcgatctt 25680

ggctcactac aatctctgcc tcctgggttc aagtgattct cctgcctctg cctgctggga 25740

ctacaggcac atgccaccac acatggttaa tttttgtatt tttagtagag acggggtttc 25800

accatgtttg gccaggttgg tctcgaaccc ttgacctcag gtgattcaac cacctcggcc 25860

tcccaaagtg ctggaattac aggcatgaac cacccaggcc cggcctactt ttaatttatt 25920

ttttattttt gagacaaggt ctcactctgt cacccaggct ggagtgcagt ggtgcaatca 25980

cggctcactc tagcgttgac ctcccaggct caggcaattc ttccacctca gcctcctggg 26040

tagctgagac tacaggtgca caccaccaca cctggcaaat ttttgtattt attgtagaca 26100

cggggtctcc ttatgttgcc caggctggcc ttgagctcct gggctcaagc aacctgcctg 26160

cctcagcctc ccaaaatgtt gggattatag gcatgagcac catgcccagc cctttttttt 26220

tttttttttt tttgaaatgg agtctcactg tgttgcccag gctggagtgc agtggcgtga 26280

tctcagctca ttgcaacctc cgcctcccag gttcaagtga ttctcctgcc tcagcctcca 26340

gagtagctgg gattacaggt gcccaccacc acgcttggct aatttttata tttttagtag 26400

aggcagggtt tcaccatgt                                              26419

<210>2

<211>14483

<212>DNA

<213>智人

<220>

<221>等位基因

<222>(2195)..(2195)

<223>PS5：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(2197)..(2197)

<223>PS6：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(2382)..(2382)

<223>PS10：多态碱基鸟嘌呤或者胞嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(5804)..(5g04)

<223>PS13：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(5809)..(5809)

<223>PS14：多态碱基胸腺嘧啶或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(6196)..(6196)

<223>PS16：多态碱基胞嘧啶或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(6688)..(6688)

<223>PS17：多态碱基腺嘌呤或者鸟嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(8299)..(8299)

<223>PS18：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(8462)..(8462)

<223>PS19：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(8498)..(8498)

<223>PS22：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(11587)..(11587)

<223>PS32：多态碱基胸腺嘧啶或者鸟嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(11963)..(11963)

<223>PS38：多态碱基鸟嘌呤或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(12174)..(12174)

<223>PS40：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(13575)..(13575)

<223>PS43：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(13914)..(13914)

<223>PS47：多态碱基腺嘌呤或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(14309)..(14309)

<223>PS50：多态碱基胞嘧啶或者鸟嘌呤

<400>2

cgccctttca actctgccaa gaatggctcc cacctggctc tcagacattc ccctggtcca     60

acccccaggc catcaagatg tctcagagag gcggctagac acccagagac ctcaagtgac    120

catgtgggaa cgggatgttt ccagtgacag gcaggagcca gggcggagag gcaggtaggg    180

atccatccac gccgttttct caggcttgct tgctagtgac ccttcctcac tggaataaac    240

tccttaccct atttcggccc tagtttccag aacgtactca tttttatgta agcaattagt    300

tcctacagtg cataaataat aaagcagtgt gctaagtgct agggatgagg ataacaatag    360

tgaataagac aaatcctgac ttaaatttgt aattaataag gaatctaaaa tcctaagagg    420

ggagatagat tgaccaccag ctgatggtaa agcatggtat gaggcaagat gaagaagtgc    480

aaactagagg tagagaccca gcactgtggc agtgtgggtt cattctgatg gaagaaagcc    540

tttacagagg acatgctgtg ggagctggcc atgctgtcgt attatctgta aacattctta    600

ttcttgtttc atgtgtcttt tcccagatgt actgggatat cattctgcca ttttgctcca    660

gaataggatt acattagaag aagcagcatg atgaagaagg aatactagac tgggtgtcag    720

gagacagaga ctctatttct agtttggcta ccagctagag gacatttggc aagtcactta    780

atttccctag cctacagatc gctgctacta aagaaaagaa agaaagagcg agccagatat    840

ggcggctcac acctataatc ctagcacttt gggagctgag gcaggaggat cacttgagcc    900

caggagttca tgaccagcgt gggcaacaaa gcgagactcc gtctccacag aaaataatta    960

gctggctgtg gtggcatgca tttgtagtcc tagctactca ggaggctaag gtggtaggac    1020

cccttgagct cagaagttga agactgcagt gacctatgat ccagccactg cattgaggcc    1080

tgggtgacac agtgataccc tgtctctaaa aacgacaaca acaacaatct cttatagtcc    1140

tgggtctcag agagctgcct caggagccat gttccaagct ggattaaact tcacgtgaca    1200

ttggtagacg atttctctaa aggctggcac tgtgttattt atgtactgtt ctctcagact    1260

 cctcataaag tatacctaac actcaataaa tgcctttttt tttttttttt ttttttgaga   1320

tggagtctca ctctgtcgcc caggctggag tgcactgggg agatcttggc tcactgcaag    1380

ctccgcctcc caggttgacg ccattctcct gcctcagcct cccaagcagc tgggactaca    1440

ggcacctgcc accacgccca gctagttttt tatattttta gtagagatgg ggtttcaccg    1500

tgttaaccag gatgatctcg atctcctgac ctcgtgatcc gcccgcctcg gcctcccaaa    1560

gtgctgggat tacaggcatg agccaccgcg cccagccaat aaatgccttt taactagcac    1620

ctggcctcac catattgata ctggaagctt acgacctctc tatgcccatt cctccctcaa    1680

acttcttgcc cttaaattag aattgagaag tccctgtgtg ttcttccaac ctttccactt    1740

aaaatgtgtg gcctaaaaat aaaaaaataa ataagacaaa aaaaccacca aaaaacaaaa    1800

agaatgtgtg gcctaatgat atacacattt gatgttgaat cctcctgtat gtagctctct    1860

ctagggagat catgttccac gatctcagcc agactttagg tcctgtgagt ccaggcactg    1920

gactcaacat gctcaatagg gctttgatga atgatgatga tgtcaatgca gacatcccca    1980

taccccagct tcagcacccc cttcacctcc ccacacggaa gcagaggggt cctcttttcc    2040

ttctcctggc tatgtttatg ccctcaacta tccttccagc actggagaca agtctcacct    2100

gcactaacct gtctttgaag gtcctggggg ctggaggggt cacaggccct gagccagcag    2160

gctgaggtga tcgttcggca gctgcaagag ctgcrgyggc tggaggagga ggtccggctc    2220

ctgcgggaga cctcgctgca gcagaagatg aggctagagg cccaggccat ggagctagag    2280

gctctggcac gggcggagaa ggccggccga gctgaggctg agggcctgcg tgctgctttg    2340

gctggggctg aggttgtccg gaagaacttg gaagagggga gscagcggga gctggaagag    2400

gttcagaggc tgcaccaaga gcaggtgaat gcaggggtag aaaggattca aattcataac    2460

ggagagctgg gcagtagctt ccaagcaaag aacaggtatt gcagaaaaga ccctccatga    2520

gtagtgagta gtagagtgat gagacctttg gtgaaaataa acacacatgg gctagaaaga    2580

tggagaattt gggtactttt atcttaattc aggttgcact tttcccccaa gactcaggtg  2640

gcctcccacc acttgaagcc ctgcttccct ttctagtagg aaatagtttg cctccctact  2700

ttactccagg taccaattca tcaggggtat tgtggagggc agtgaggaag gtgggtataa  2760

gggggctatg gtggactggg agagagagat tattcagtcc tcaaactcag tacttactct  2820

gccatctcta agactcagtg accaaattag cctgagtcct gccttcgtgg atggaactga  2880

cagcctcgtg ggggatatac acatccacat ttaatttaat cataattaat tgcaatcagg  2940

aggaatgcct tgaaggagaa ggactagaaa gcactaactt agtctggggt tcagggaagg  3000

ccactgtaac cagttgacat gtcaaggaaa gaaaccatag ccctgggcgc agtggctcac  3060

gcctgtaatc ccagcatttt gggaggccga agcaggcaga tcacaaggtc aggagttcaa  3120

gaccagcctg gccaacatgg cgaaaccctg tctctactaa aaataaaaaa attcaccagg  3180

catggtggtg cgcacctgta atcccagcta cttgggaggc cgaggcagga gaatcacttg  3240

aacctgggca gtggaggttg cagtgagccg agactgtgcc attgcactcc agcctgggcg  3300

acagagcaag actctgtctc aaaaaataaa ataaaaaagg aactgggaga aaacaaggga  3360

gaattccttt ataaccttgt agtgggcaag gcctttctac ctgtgagtca aaatccaaaa  3420

tctagaagcc ataaaggaaa aaattgatcc attgacttta taacatgaac attaggaata  3480

gccaaaaaga aaaaaaaaag ctatatttat agctcagatc acaagaaaag ggtaatatcc  3540

ctaatataaa atgtgtgcct agaaattggt aagggaaaga ccagcaatcc aatcagaaaa  3600

tggacaaagg agatttatga aagaaactta gaaacaagaa gctaggccag gcacagtggc  3660

tcatgcctgt aatcccagca ctttgggagg ccgaggtggg cggatcactt gaggccagga  3720

gttaaagacc aacctggcca acatgaagaa ctctacaaaa aaatacaaaa attagccggg  3780

tatagtcgtg ggcgcctgta atcccccagc ttcttgggag gctgaggcag gagaattgct  3840

tgaacctggg agacagaggt tacagtgagc tgacatcaca ctccagcctg ggcagcagag  3900

cgagactaaa aaaacaacaa gctaccgttt gtgctgaata ggagttggcc agtgaagagg  3960

cgtgtgaagt ccagtggtag ctggaagaca cttggtggga caacaggtga aggcggggac  4020

aggaggccag aaggctgggg cacagagatg aggggcactg agtgtgctgc agagcccagg  4080

acccagggca caaggctttg gccacttcag aacttgctac tttcccataa gagcaatgag  4140

caggctgggc acagtggctc atacctgtaa tcctagcact ttgggaggcc aaggtggaag  4200

gatcatttga gcccaggagt ttgagaccag cctgggcaac aaagcgagac ccccatctct  4260

attttatgga agaaattagg gctgggcatg gttgctcaca tgtgtaatcc tagcactttg  4320

ggaagctgag gcgggtggat cacttgaggt caggagttcg agaccagcct ggccaacatg  4380

gtaaaacctc atctctacta aaaatacaaa aattagctgg gcgtggtggc tcatgcctgt  4440

aatctcagct actcgggagg gtgaggcggg agggtgaggc aggagaatcg cttgaacctg  4500

ggaggcagcg tttgcagtga gctgagatcg tgccattgca ctccagtcta ggcaacaaag  4560

tgaaactcca tctccaaaaa aacaaacaaa aaaaaattgt tttttcaagt aataagcaac  4620

cgttgaaagg ttgttttttt ttttttttga gatggagtct cgctctgtcg cccaggctgg  4680

agtgcagtgg cgcgatcttg gctcactgca agctccgcct cccgggttca tgtcattctt  4740

ccgagtagct gggactacag gcgcccgcca ccacgcccag ctaatttttt gtattttaat  4800

agagacgggg tttcaccgtg ttagccagga tgatctcaat ctcctgacct tgtgatccac  4860

ccacctcggc ctcccaaagt gctggaatta caggaatgag ccactgcgcc cggcctgttg  4920

aaaggtttta agcagggaaa taacatgatt agatttgtat tttatgtcta aaaaattttg  4980

tcatttatgt cccccaaatt aattttattg ttgtatggag acagggctag aggaggcaga  5040

ccaggaagca gggtgggcac tttgccctcc tttccagtcc atcccatgac tcttggtggc  5100

tctgacaccc ctgcaacact ttgaggtgcc atgagcaaaa gacacaaaat tcctcctttc  5160

ctggagcttt ccttccagtg tggtccgaca gatagtaaca catacacata agcaagatat  5220

ggtcagtgct aagtgctcag gaggacgtga acagctgatg gggcagagta gggtggggag  5280

ggacagtatt agagggccca gtgaagccac cctgaggagg ggctatcgcc tggggtctgt  5340

ggagcaagga ggggccgctg tctggttctc agcagactcc ccgtggccgg agcggggagc  5400

agtgggagag cctccagggt gagctcagga ggtaggcaga ggccgggtcc cctggcctgc  5460

aggtgtggag agacacctgg gttttgttgt gaatgctgtg agaagccact gagggtttgt  5520

aaagactagt taggagatgg tcgctgttgc ccaggcaaaa gatgagggtt ggtggcagtg  5580

gagacggaga cagagaggtg aagatatgtt ttgggggaga tcggacaaga actcctgatg  5640

ggttgtgggg cagctgcgga gagtgagttg ccagctctcc atttgctgtg cacagttggc  5700

tgattggttg ggtcattctc taaggtcaca gaaagtggga gtgaagggaa caaggaaggc  5760

ctccatgtgg ggtcgagcct ctgctgagcc ccctcttctt tccrcagcwg tcctctttga  5820

cacaggctca cgaggaggct ctttccagtt tgaccagcaa ggctgagggc ttggagaagt  5880

ctctgagtag tctggaaacc agaagagcag gggaagccaa ggagctggcc gaggctcaga  5940

gggaggccga gctgcttcgg aagcagctga ggtaggtggg cggacgccga cgggagccca  6000

gcaattagtg atgtggtgga tctgcagggc gccccactga tggctgtccc attcccaccc  6060

caaccctagc aagacccagg aagacttgga ggctcaggtg accctggttg agaatctaag  6120

aaaatatgtt ggggaacaag tcccttctga ggtccacagc cagacatggg aactggagcg  6180

acagaagctt ctggamacca tgcaggtgag ggtgcaggaa tgtatctgtg tgcagactta  6240

gggatcaggt tgggaggcaa gcgtggccct tggaggagcg tgtagagcac agcctccggg  6300

agagaaggtg gtacctaagg cggcatggag gccctacaga ggggctgctt tcctctgccc  6360

gcagcacttg caggaggacc gggacagcct gcatgccacc gcggagctgc tgcaggtgcg  6420

ggtgcagagc ctcacacaca tcctcgccct gcaggaggag gagctgacca ggaaggtaca  6480

gcccaacccc cagacccctc accctcagcc gcatcctgca tctactgtcc cctgcctccc  6540

tccctgtggg caggaggggt caatgtgccc cagaacctgc ttagatctcc ttcctgtgaa  6600

ctcctcttgc tgtagctcat gttgcccagg caggacagag gagaaacaaa gatgccacct  6660

ccttcctctc ctcccccagg agcccacrct tttctcccac tccttctccc tcaggttcaa  6720

ccttcagatt ccctggagcc tgagtttacc aggaagtgcc agtccctgct gaaccgctgg  6780

cgggagaagg tgtttgccct catggtgcag ctaaaggccc aggagctgga acacagtgac  6840

tctgttaagc agctgaaggg acaggtcact gcactctctt ttctcccggt attccctccc  6900

agcaccttgc tccttccatg aaggtggcat ccattcaacc agtgtttatt gagtggttgc  6960

cacatgctgg gcacacagcc ctgaacaaaa ctaaaatgtg gagcttgcat tctagaacag  7020

agacacagaa cacgcaagta aacagataat gttgggtaat tatatgtgcg atagaaagat  7080

tgaagccggg tgcagtggct cacacctata atgcgatcac tttggtctcc aactcctgac  7140

ctcaggtgat tcacctgcct cagcctccca aagtgatggg attacaggtg tgagccaccg  7200

tgcccagtca agtaatgcca acagtttggg agaccgaggc aggtggatca ctggaggtca  7260

ggagttcgag accagcctgg gcaacatgtg aaatcccgtc tctactaaaa atacaaaaaa  7320

ttagccgggc atagtggctc attcctgtag tcccagctac tctggaggat gaggtgggag  7380

gatcacctga ggctgggagg tcgaggcgag gccacagtga actgtgatcc catcactgca  7440

ctctagcctg ggtgacaaag cgagatcttt tctcaaaaaa aaagaaagta gtaagaaaaa  7500

ttcaaaagat aatgtgacgg agagactgtg gggtgagtca gcctcaggta ggatgctcag  7560

agacagcctc tctgaggagg tgacagcatc tgaggagagt ggcatggtca gttggtgggt  7620

cttgtggggt gtgtcaaggg ctattcccat cttcgagtgg gcacatggaa tgtggaacat  7680

ggaacactgg gctcagattc catcctcaga acctaagctt ctgtctccct gcgtggcatt  7740

cattcttttt cttttctttt cttttttttt ttttttttga gaaggagtct tgttcttgtc  7800

acccaggctg gagtgcagtg gcctgatctc agctcactgc aacctccgcc tcccaggttc  7860

aagtgattct cctgcctcag cctcccgagt agctgggatt acaggcacat gccatcacgc  7920

tcagctaatt tttgtatttt tagtagagac aggctttcac catgttggcc aggctgatct  7980

tgaacccctg acctcaagtg atccatctgc ctcggcctcc caaagtgctg ggattacagg  8040

tgtgagccac cgtgctgcga cccacccccg tcgcccgccc tccctccccc cagcccctgc  8100

atggcattct tacagagatc tctgcacctg ccactttgct tccagtgccc ccctcatctt  8160

ttagctctag agggccctgc ccagctctct ctcctccccc aggtggcctc actccaggaa  8220

aaagtgacat cccagagcca ggagcaggcc atcctgcagc gatccctgca ggacaaagcc  8280

gcagaggtgg aggtggagyg tatgggtgcc aaggttggtg tcagcctact agagactcgg  8340

ggagggcaag ggagcccctg ttccggggct gcagccagga cttagggagg gaccctgtcc  8400

tttgctgcat cctccccagg gcctgcagtt ggagctgagc cgtgctcagg aggccaggcg  8460

tyggtggcag cagcagacag cctcagccga ggagcagytg aggcttgtgg tcaatgctgt  8520

cagcaggtat cagggatgga ggggtgggtg gagtagtgtt tctgccacct caggttcctg  8580

ggcaccttgt tgctgaggat cctcaggcaa gaggggctgg aaagtggcca ctggaggcta  8640

cagggctggg cagatttagc tctatcaatg ttcctgtgtt cgtttctttt cctggggaag  8700

ccccttctgc attcatacct gattgcttgt tatgaatttc ccgttgcatg tttggctgga  8760

ggtgaggcct tgcttcctcc tgcagttcag tctagtaatg gcttgagcta aatagagcac  8820

ccgggaggat cttcacttgc agtattgttc aaggatggag agtgtagaca cttcatcttc  8880

cttttttttt ctaaaatttt acgggcaatc cgtttcactg gagaaaaatt tagtctattt  8940

atttatttat tttgagacaa agtctcgctc tgtcacccag gctggagtgc aatggcacaa  9000

tcttggctca ctgcaacctc acctccctgg ttcaagtgat tctcctgcct cagcctcccg  9060

agtagctgga ttacaggcat cctccaccag tgtcctccac tacgcccggc taatttttgc  9120

atttttagta gggacggggt ttcaccatgt tggccaggct ggtcttgaac tcctgacctc  9180

aggtgatcca cccacctcag cctcccaaag tgctggaatt ataggtgtga gccactgcac  9240

ctggcctagt ctatttattt aaagctgtat acttacttgc ttattatata cttaacttgc  9300

ttactattcc atctaaaatg taagccagtt agtttccttc taaatcaatt gccagccttt  9360

gtctctccta ccaacttcct agttgtttca ttacctacaa ttgttgtatg accttcagaa  9420

aaacctctaa gaaaacagca aagcttcttt gtgctggtga tgacttcccc tcagccttag  9480

acactgaggt acccaaggca agtagttctt tttttttttt tttgagacag agtctcgcac  9540

tgtcacccag gctggagtgc aatggcacga tctcagctca ctgcaacctc tgcctcccgg  9600

gttcacacga ttttcctgcc tcagcctcct gagtagctgg gattacaggt gcacaccacc  9660

acacccggct acttttttgt atttttagta gagacagggt ttcactgtgt tggccaggct  9720

ggtctcaaac ttctgacctc gtgatccgcc cgcctcggcc tcccaaagtg ctgggattac  9780

aggcttgagc caccgtgccc ggccggcagg tagttcttag cacagtctct ggcttgtaaa  9840

tgtttattgt tatcgtgagg ctcttcttga tgggttaatt tagataaaga taatttttgg  9900

tttagcgaaa ttaagatgca ggatgagtcc ttgcccacca cttccttctc ttgggtttgt  9960

accttaggga ctaatttagc tttaaaaatt atgaaaaatt tcaaacttgc acggaattaa  10020

actagttata atgacctacc acccaggttc aatccatcgc gggtgccccc tacctccagg  10080

agaacagaaa gatgcactgt ggacagggtt tgactttggt accaggtgat cacagaaatg  10140

gtctgtgtaa tgatgcattt gccgaaagtc ctccaggctt aaagcagtcc aaactctgat  10200

tgttgctggg tttattagat tgtctctagg taattggaga ctttaataag agctgtggta  10260

ggtgttggaa gcatctactg gaacaatttc cagatcaaag tgaactttgc tgtgctgctg  10320

gggatgcagc tgcaagcctt catcatcatg tgtttttctg tgggtgcaga cctggactct  10380

cctgaggaaa ccccagcccg gccccagaca ctccttggcc tcctcctggg gcctgtttaa  10440

gctgctcagt tttcatgagc caggttggtc ctacttctgg cacagccagc tggtaaagca  10500

tgtggacctg cccgtcattg gtgctagatc gacactcctg ggcttggaga ggataacttt  10560

gttttctttt gtttttttga gatggagtct cgctctgtca cccagtcttg agggcagggg  10620

tgcgatcttg gctcactgga acctccacct cctaggttca agtgattctc gtgcctcagc  10680

ctctggagta gctgggatta caggcatgag ccaccatgcc cggctaattt ttgtgttttt  10740

aagtagagag agtttcacca tgttggccag gctagtctcc aattcctgac ttcaggtgat  10800

ccgcccgcct cggcctccca aagtgctggg attacaggca ggagccactg cccctgacca  10860

gagaggataa ctttactctt tgatacacga tagtgagcaa aacacagttg tgagaaataa  10920

gcttaacagg ttgcttaaaa agatagtcat ttaatgcatt cttggggcaa gggtccttta  10980

gataattgac ggaagctgtg cgttctgtac ttgtataatg ggacaggatt agagggagtt  11040

gtctatacaa ggcacagcaa gtcctttggg aatgagggga ggcatggagg atcagtgact  11100

tgtgccctct ccagctctca gatctggctc gagaccacca tggctaaggt ggaaggggct  11160

gccgcccagc ttcccagcct caacaaccga ctcagctatg ctgtccgcaa ggtccacacc  11220

attcggggtg cgtaggacaa ctgcgagcca cgtcctgccc ccaccccacc agctcggact  11280

ttcttcttcc tgacccagct ctctctgatc ccacatccat tcaccttcct cctttcacca  11340

gtccttgcat ctctttttcc cttactccct gtccccactt tctcccatgc aaacttcatc  11400

tctttttctc cctgcttttt cccctccagg cctgattgct cgaaagcttg cccttgctca  11460

gctgcgccag gagaggtgaa gtttgtgcac tttgaggtgg atggggcttt agggcattgg  11520

ctgctgggac ccccaaaacc atgaggactg aggtgggatg ggggctttgg gatcaggcag  11580

ctgggtkatt tctcctgact ctttctcttc cccgtcccag ctgtccccta ccaccaccgg  11640

tcacagatgt gagccttgag ttgcagcagc tgcgggaaga acggaaccgc ctggatgcag  11700

aactgcagct gagtgcccgc ctcatccagc aggaggtggg ccgggctcgg gagcaaggta  11760

cacctggttg ccagagggtg gagaggatga ggaaaaaccc agtgtctagg gtgctgggag  11820

aggcctgacc cagcaccccc tccttttagg ggaggcagag cggcagcagc tgagcaaggt  11880

ggcccagcag ctggagcagg agctgcagca gacccaggag tccctggcta gcttggggct  11940

gcagctggag gtagcacgcc agkgccagca ggagagcaca gaggaggctg ccagtctgcg  12000

gcaggagctg acccagcagc aggaactcta cgggcaaggt gtcgagaggg aaatgggtgc  12060

ttcccttgga gggtggggtg ggaactgcga atcaaagctc ctgctgatat gccccgtctg  12120

cactttcacc ccagccctgc aagaaaaggt ggctgaagtg gaaactcggc tgcrggagca  12180

actctcagac acagagagga ggctgaacga ggctcggagg gagcatgcca aggccggtga  12240

gccttgccag ggtggatagg gccttccagg aagaaggaag tgttaagaca taaggttatt  12300

attttcccct caaagtgtgt tcaaagcttc attacaggaa gtaatgaagg tatccaggag  12360

tagcacagat gaattatcac atcgtgaaca cacccatgta gccagcacca gattaagaaa  12420

cagcatatgg ccggtcgcgg tggcttatgc ctgtaatcca agcactttgg gaggccgagg  12480

tgggtgtatc acctgaggtc aggagtttga ggccagcctg gacaacatgg cgaaaccctg  12540

tctcgactaa aaatacaaaa attagctagg cctggtggtg ggcacctgta ccccaagctt  12600

acttgtgagg ctgatgtggg aagactacat gaacccggga ggtcgaggct gcagtgagcc  12660

aagattgtgc cactgcactc aagcctgggt gatagagaaa gaccatgtgt caaaaaaaga  12720

attgtgtaat gaatgtatct tctctaacta aatatagcag ttaacatttg ccacatttgg  12780

tctcttatct atatacacac atatttgtac atcttttgaa tcactttaag ttgtaatcat  12840

ttaatgtttt gttgttgttg ttgtttgaga cagagtcttc ctctgtcacc agctggagtg 12900

cagtggcatg atcttggctc actgtgacct ctgcctcccg ggttcaagcc attctcctgg 12960

ctcagcctcc caagtagctg ggattacagg cgcccaccac catgcccagc tagtttttgt 13020

atttgcagta gagacgggat tacaccatgt tggccaggat ggtctcgagc tcctgacctc 13080

gtgatccgcc cgctttggca tcccaaagtg ctgggattat aggcgtgagc caccacgcct 13140

aagtaagttg taaacataag ttgttcagcc gcatctccca aagccagtaa attctcctat 13200

atagctgcaa tcatcacact ttaagacagt gaacactaat tgcacaaaat ctaacccagt 13260

tcatgttcag atttcccctg aggaactcca ggatggttca gggatgagga agatacttag 13320

gttcagattc ccaggctcct agagcatcag cccacccctc caactgtaca gaagagacag 13380

atccacagag cagaacagcc tccccaagcc acagagttgg tgacccagcg tttgttcctg 13440

tcttcatggt gcctggctgc ctctggcctg actcacacct gcctcctctg tgccttggcc 13500

tctctgtagt ggtctccttg cgccagattc agcgcagagc cgcccaggaa aaggagcgga 13560

gccaggaact caggygtctg caggaggagg cccggaagga ggaggggcag cgactggccc 13620

ggcgcttgca ggagctagag agggataaga acctcatgct ggtaggagac aggagggcag 13680

acaggcagac actagggccc atcctgggct ggttcctggg ctagaggtgt ggaaagagga 13740

tggtgaggga ggctctatcc gggctaggtt taaccctctc cttcccaggc caccttgcag 13800

caggaaggtc tcctctcccg ttacaagcag cagcgactgt tgacagttct tccttcccta 13860

ctggataaga agaaatctgt ggtgtccagc cccaggcctc cagagtgttc agcwtctgca 13920

cctgtagcag cagcagtgcc caccagggag tccataaaag gtcttgggcc aagcacaaag 13980

ggacaaggga caaatgcgcg cacttcagga atctcctctt cagactctgg catgatgagt 14040

gttgttctct gcggtccttc gaggccctta gcctctttta gcgatgccca gcttggacca 14100

aagagcctcc tctctcccat tcctcatttc ctgtgccagc cctgtttcct ctgtaaccac 14160

gagcaccttc ccttgtctgg tgctcatctg ctgtcttcct tcccagggtc cctctctgtc 14220

ctgctcgatg acctgcagga cctgagtgaa gccatttcca aagaggaagc tgtttgtcaa 14280

ggagacaacc ttgacagatg ctccagctsc aatccccaga tgagcagcta agcagctgac 14340

agttggaggg aaagccagcc tgggggctgg gaggatcctg gagaagtggg tggggacaga 14400

ccagcccttc cccatcctgg ggttgccctg ggggatacca gctgagtctg aattctgctc 14460

taaataaaga cgactacaga agg                                         14483

<210>3

<211>4416

<212>DNA

<213>智人

<220>

<221>等位基因

<222>(1128)..(1128)

<223>PS2：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(1402)..(1402)

<223>PS6：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(1792)..(1792)

<223>PS7：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(1863)..(1863)

<223>PS12：多态碱基胸腺嘧啶或者胞嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(2019)..(2019)

<223>PS16：多态碱基腺嘌呤或者鸟嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(2407)..(2407)

<223>PS20：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(2873)..(2873)

<223>PS21：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(2985)..(2985)

<223>PS22：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(3159)..(3159)

<223>PS24：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(3417)..(3417)

<223>PS27：多态碱基腺嘌呤或者鸟嘌呤

<400>3

gtttgagacc agccaacata gggagactcc atctatataa aaaataaaaa taaaaaacat    60

tggagggcat ggtggcgtgc acccatggtc ctagttactc cagaggctga gttgggagga   120

ttgtttgagc ccaagaggtt gaggctgcaa tgagctgtga tcgcaccact gcaccccagc   180

ctaagagagc gagaacctgt cctcactccc caaacaaagg gaagacgcaa catgatttgg   240

tgtacatttt ttttcctgag ggacttactg gatggtccct tccagagtga ggtacacata   300

tccacgcact gtggtcagcg attgctcccg gcacccagcg cagcagatgg gtgggtctaa   360

ccaggtcact tccccaggag ggcataattg agcagtttcc gcatcaggtc cacgtgggcc   420

agcagcatgc ggcaggcagc ggctgtggtg cttcaggccc agggcgtccc catcagcgta   480

cttggactgc agcagcccca ggtaggcctc ccacgtgttg cccacagtct tgctgcaggt   540

gaagcagcgc acacaactcc tgagctcaag tggtcctcct gtgtcagctt cccaaagtgc   600

tggcatgagc cactacgcct ggcctgatat atatatatat gttttttttt tttttgagac   660

ggaatttcac tcgttgccca ggctggagtg caatggtgtg atctcagctc accacaacct   720

ctgcctcctg ggttcaagcg attctcctgc ctcagcctct tgagtagctg ggattacagg   780

catgtgccac catgtccggc taatattttt gtatttttag tagagacggg gtttctccat   840

gttggtcagg ctggtcttga actcccgacc tcaggtgatc tgcccgcttc ggcctcccaa   900

agtgctggga ttacaggcgc gagccaccac accaggcccg cgtgatgtat attttaagac  960

ctcttttgct ggtggaggac aggctttgtg tgagggggag ggataaacag tgggagcaag  1020

ggggccaatt agaagggtgt tggggaggct caggggagat ggtggctcag gatgatgggc  1080

tgggtttgga cagggtgtgg aggggcttgc aggtggatgg tggaggartg taacgaaggt  1140

ttctgcgtga gccctggagg gaacagatga gatcacgcca ttgcataata aggtgttcct  1200

tactgtgggg tagcggacca ggcagggaac aacctgggag gaatcaaatt ttattttgga  1260

catgttactt ctgaaaggct aacagacttc caggcagaaa ggtccttgag ggaaacattc  1320

taggggtctc tctgggaggc ttagatcaag gagctgagac caaaaggaga atgggaggga  1380

ggagacgagt acaatagagt trgagccaag gtcctagagg cggataggtg gattcctgag  1440

ggaggaggaa ggggctgagg ttgctggagc ctggcagctt cttccggagc cattggcagg  1500

actgatgcaa acagctctgg gtgggaagag ggaaccagga tatcctcctg tgtccttcct  1560

tttctgcagt catcctgggt ggctgccaga tggaattcct tggatatcat tgcttggagg  1620

tcccctgcat gcctgaagaa ggacatggtg gagagcagga tgcctggatc ccatggggga  1680

agggaagtgc ccaggaaagc acgaagcccc agggggagct ttcagtgcgg gggtgagtgg  1740

ggaggctggg gtagtagctg acactgtccc agctgcatcc caggtttgaa argcacctcc  1800

tcccccagcg caggcatcct gcctcccaac cctgtaatta cggtgcttcc caacgcccat  1860

cgygtggttt gctcccattc tttggcttcc aatagttgca agggatgaag gtggacatct  1920

ctgtgattac ggagatgcca agtgggtatt gactgctcca ggatgtggat ggagggtgtg  1980

aaaaccaggg tggggtgacg caggctctgg gtcatgatrg ggagagcagg cagctgggtc  2040

ctgggctgga ggactaaaat aagggacgcc accttcaggg gtgacacatc agcccaggcc  2100

ctccctacgg gtttgaccag tcctgttctg acggtattcc tgcgccactg ggctggtccc  2160

tcctccactc ctcccctata aagcctcctg gggtccccag gcacccagac tcagcccacc  2220

ccagctttgg gggccagtac gcagccatga tcctcaactg gaagctcctg gggatcctgg  2280

tcctttgcct gcacaccaga ggtgaggtgg gaacagaggc agggactgca gtttggggtg  2340

atgagggata ctcaagatgg cggaggtgaa ctggacgcat ggggttgggg acaggaattc  2400

aggggaygca gaaggtgcat ctggctcacc agaaatggct ttctggacac attgggtggg  2460

ggacatggtg cagaaggtgc atttggctct caccagaaat ggtttgctgg ctccatgtgg  2520

caaagtcggt caggattaac gtggggggga cgagtttcct tggagctggg atctgtgtta  2580

aggagctggg gtccttgtaa agctggggtc tgtgtgcctg ggggccaagg tgtaacccac  2640

cttgggttgc aggttggcct gaggacaaag ctagtggggt accccaacca ggggtggatg  2700

gagcttattt ggagaagtct ggtcagttta aagtgggtca agtgaacggt tcagatccat  2760

cgggggtagg ggttcatgac attttaccat cagttaagta tttacaaacc taccgagagc  2820

tctttgagag tgactttttt ggtctgtttg tgggtcagtt caggctgcgt ccrtccagac  2880

aggctcctcc tcctggggct ggggctgggt ggggctgggg agagaagccc tcaccacctc  2940

ttacctttct ccttcctcct ttacaggcat ctcaggcagc gaggrccacc cctctcaccc  3000

acccgcagag gaccgagagg aggcaggctc cccaacattg cctcagggcc ccccagtccc  3060

cggtgaccct tggccagggg caccccctct ctttgaagat cctccgccta cccgccccag  3120

tcgtccctgg agagacctgc ctgaaactgg agtctggcyc cctgaaccgc ctagaacgga  3180

tcctcctcaa cctccccggc ctgacgaccc ttggccggca ggaccccagc ccccagaaaa  3240

cccctggcct cctgcccctg aggtggacaa ccgacctcag gaggagccag acctagaccc  3300

accccgggaa gagtacagat aatggagtcc cctcagccgt tctgttccca ggcatctcca  3360

ggcacccacg ccctctccac cctctgattc cccgtgaatt cttcccaatt tagcctrtct  3420

ccttaaacct cttcctcatt ccctcggttt tattctgaac ccgtaaggtg gtgttctcaa  3480

tatttcctgt cccctcctga gatccatact tagtcctcac atcgcccgtt ttttcctctg  3540

acagcctaag cctactctcc tacctcgcct ccaggcctcg gccccaccta cctcccaccc  3600

ggtcttcctg cccgcgcgat cgctggggca gggctacggt actgtgttcc cttctgccac  3660

ctggtggccg gcggcaggaa ctatcagtag acagctgctg cttccatgaa acggaaaaat  3720

aaaaatcatg ttttcttaac tctgaatcta ggctgctgct ttaactaaca cttagggtct  3780

ttttcattta tttttattta tttgtttttt tctttttttg agacgaagtc tcgctctgtc  3840

gcccaggctg gagtacagtg gcacgatctc ggctcactgc aagctccgcc tcccgggttc  3900

acgctattct gcctcagcct cccgagtagc tgggactaca ggcgcccgcc accacgccag  3960

gctaattttt tgtatttttt agtagaggcg gggtttcacc gtgttagcca gagtggtctc  4020

gatctcctga cctcgtgatc tgcccgcctg ggcctcccaa agtgctggga ttacacgcgt  4080

gagccacagc gcccggcttc tttcttcttt ttctttcttt tttttttaga tggagtctca  4140

ctctatgccc aggctggagt gcaatggcac gatctcggct cactgcaacc tccggctccc  4200

gggttcaagc cattctcctg cctcagcctt ctgagtagct gggattacag gtgcgcacca  4260

ccatgcccgg ctaatttttg tattttagta gagatggggt ttcaccatgt tggccaggct  4320

ggtctcgaac tcctgacatc gtgatctccc cgcctcggcc tcccaaaggg ctgggattac  4380

aggcgtgagc caccgtgccc ggccaacact tatgtt                            4416

<210>4

<211>6209

<212>DNA

<213>智人

<220>

<221>等位基因

<222>(1568)..(1568)

<223>PS3：多态碱基胸腺嘧啶或者胞嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(1661)..(1661)

<223>PS5：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(2186)..(2186)

<223>PS6：多态碱基胸腺嘧啶或者胞嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(3929)..(3929)

<223>PS7：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(4235)..(4235)

<223>PS9：多态碱基鸟嘌呤或者腺嘌呤

<220>

<221>等位基因

<222>(4326)..(4326)

<223>PS11：多态碱基胞嘧啶或者胸腺嘧啶

<220>

<221>等位基因

<222>(5210)..(5210)

<223>PS13：多态碱基腺嘌呤或者鸟嘌呤

<400>4

tgcagggcta gaccctcccc aagaccttgg gaatccaggc cgcctagatc cccaggcaga     60

aaagccagcg tcctgacatc ttattcaaat ctttcctgcg gctgttctct cagcttctct    120

ctactatccc cttagcttcc atgcctgctg cccgcctcct ctttctcgag tcctaacaca   180

tagtgggcac ttgaagatct tcctcccacc ctcccaccct cattaatcta ttttttaccc   240

gaatctggga tccctactcc cgtccctttt tacaacctaa tctacctttt tctgaaggaa   300

ttattctggt cctgaccctc acccccatgt ctcaatagcc tgccctcgcc ccctgtacgc   360

tagccggctc tactctccca ccactgctcc cctagatacc agaggcttca cccagttagc   420

ccgtgagctc taaggctgtt ctgatctctt catctgtccc ttcacctggc ccctgtaccc   480

ccttcccctt tggacccctt gaaccctccc aggacccccg ctcagcccct tcccgccccc   540

aaccgactct tcccgaacgt cccttaccaa ccgcgagagc cccctactgc gctttggcca   600

caccccctac gcctcgctcc cggccccgcc tctgcccctg accgcgcctg cgcaaggcgg   660

gcgccctaaa gtcctatttc actctgttgg gaggaggggg aaaggtgtac gcaggcgcag   720

tggcgtctaa atttgggccc actaaatgcg tcggagcatc tccgcgccca ggcggctcct   780

cctcactgcg gcaacccggg aaaacttgtg aactaatcag aaaaagtgga aggcgggaga   840

tcttggggcg ctgtccaatg gcgcggaaga gaacaaatga gctggccaat cgggaacggc   900

acgggggcgg gctcgctcgg cgcgaagttc gggcccggga attccgaagg aggggtaggc   960

gctgcccgcg cgcagaggcc gcgcccctcc tggccccggc ttcttggctg tcaaacagat   1020

gcagcaacgt cggctcctgc cgaggagccc aaggggtccc gggatccgcc gcacaggctg   1080

gcactgcttg aagaggaggc tactcggaga ctgcgccgcg cgggtagatc cgaaacgggg   1140

ctggggcgga gtgggaaaag gccgggtatg ccttgcatga tcgcggggag ctccttcctg   1200

tttttatccc acctagagaa gccgggaagt aggggtttag gtccaatttg ttggagtact   1260

taaggactcg tttgcacttt cttttggggg atgacagtgg attcattgcc ctcggaggtt   1320

caaccagtta tgagtgaggg attggccaga agatcggggc gcaggcaagc aggagtgctc   1380

tattaggata agcaagtttg acaggaagaa gctgctcttc tccgaattac acagaggtga   1440

tgtgttcgta ttgcacgtag acgtgtgtat aacaggacct ccttccccgc gccccgccac   1500

cccgacacac acaggagctg cctaaagtat ccttgccttg cagattggag gctccccaaa   1560

tattttgyga tctgaggatc cagctcaagt gaggtgccat aggacgtgtt cctgagtttg   1620

cattgcacgg agaccttcct ggaatttttc atttgcaagt yggcttaacc aattttgcat   1680

tgagtcctag gctgcttgca ctctgaattt gggctattca ggtagtgtgc tcaaagttga   1740

aaccgcatac agcacaactc aagtttgcat cagactggga agcgaactta agccagcggt   1800

gcgtggccca ggagtgggaa aggaaatgga tgcctgaagt ggaagaggtg gtgcagaggg   1860

ggcaccgccc atgctgccct gcttccaact gctgcgcata gggggcggca ggggcggtga   1920

tctctacacc ttccaccccc ccgccggggt tggctgcacc tatcgcttgg gccacagggc   1980

cgacctgtgt gatgtggccc tgcggcccca gcaggagcct ggcctcatct ctgggatcca   2040

cgccgaactg catgccgagc cccggggtga tgactggagg gtcagcctgg aagaccacag   2100

cagccaaggt gagcattaag cagggcagct ttgcccctgg gtggttgaag cgccaggctg   2160

gaatgagtaa ggtctccaca agaccytgct gcctgcctcc catactccca tcagattgga   2220

tggatagtcg tggtccagac cttcatcttc ccaccagaag tgtgcacagt cagaagctct   2280

ctgccagact gacccttttt ggtcccgttt agctcataca ggacctggga tatcatcaga   2340

aagatatcac agtggggatg ttctgaggcc actagaggcc aagtttagac ttgattcagt   2400

ttccagcttt gctgaggcac tctgttcctg ggttagggca gttctatgtt gaataatgtt   2460

tttaataatc tgggcatgtc tttctccgtg acttgaggca gttagcctca gaaagcctag   2520

attcacattt gagttttgcc actgcctctt ggtaaagtca gctgtaggag tgttatggtt   2580

attagactat agtagccaac attcatctag tgcttactgt tatgagccag gccctatttt   2640

aagtgtattg aatgtaggtg gtactaatat tatcctcatt tacagtaaag gaaaatgagg   2700

cacaaagagg ttaaggaact tgtccagggc tgggcatggt ggtttacacc tataatccag   2760

cactttggga ggctaaggca gggtggatca cttgagctca ggagttcgag accagcctgg   2820

gcaacatggt gaaaacctgt ctctaccaaa aaattaatta attttttaaa aaaagcctgg   2880

gcgcggtggc tcacgcctgt aatcccagca ctttgggagg ccgagatggg cagatcacga   2940

ggtcaggagt tcgagaccat cctgaccaac atgttgaaac cccatctgtg ctgaaaaaaa   3000

aatacaaaaa ttagccaggt gtggtggcgt gcacctgtaa ccccagctac tcaggaggct   3060

gaagcagcag aatcacttga acccgggagg cggaggttgc agtgagctga gatcgcacca   3120

ctgcactcca gcttgggcga cagagcgaga ctccatctca aacaaacaaa caaaccaaaa   3180

gcttgcccag ggtcacataa ctggtaagtg gtagagctag gatctgaacg agctggagct   3240

gggggagagt gagcatgttt gaaaactgga ccttagggcg gggcacggtg gctcacgcct   3300

gtaatcccag cactttggga ggctgaggcg ggcagatcag gaggtcagga gtatgagacc   3360

agcctggcca acatggtaaa accctgtctc tgctaaaaat aaaaaaatta gccagacgtg   3420

gtggcacatg cctgtaatcc cagctactca ggaggctgag gcaggagaat tgcttgaacc   3480

tgggaggcgg agtgcagtga gctgagattg cactactgca ctccagcttg ggcaatagag   3540

caaaactcca tctcaaaaaa aaaaaaaaga aagaaaaaaa aagaagaaag aaagaaaatt  3600

ggaccttagg acagtgaggg cagggatcct ttgtaggaaa gcacaagaaa cacagacttg  3660

ttcctagctg acaaggagtg tactgcctgg tacctgtcac ctgctgaggg gcttaggatg  3720

tgagggagaa tctgactaca gtttcatatt cttccccaga aatcatacag atttctccac  3780

tcctgactct ggtcatttct gtttttgtcc tccatatttg cctggtgccc caccatcaac  3840

aggtactttg gtcaataatg tccgactccc aagaggtcac aggctggaat tgagtgatgg  3900

agacctcctg acctttggcc ctgaagggyc cccaggaacc agcccctcgg agttctactt  3960

catgttccaa caagtacgag tcaagcctca ggactttgct gccattacca tcccacggtc  4020

taggggagaa gcccgggttg gggctggttt ccggcctatg ctgccctccc agggggctcc  4080

acagcggcct ctcagcacct tctcccctgc ccccaaggcc acactgatcc taaactccat  4140

aggcagcctc agcaagctcc ggccccagcc cctcaccttc tcccctagtt ggggtggacc  4200

aaagagcctg cctgttcccg ccccacctgg ggaartgggg accacgcctt ctgctccacc  4260

ccaacgcaat cggaggaaat ctgttcaccg agtgttggcg gaactggatg atgagagtga  4320

gcctcytgag aacccgccac cggtccttat ggagcccagg aagaaactcc gtgtagacaa  4380

agccccactg actcccactg ggtaagtgga gtcctcactt ggccctctca gtgttttact  4440

gcttttcgat tccttgtatc cctaggctgt gaggaggtcc ccctgcctgg ggggatgggc  4500

acgggaggtg gaatagatgg aatggcaaga cctgggttag ctctgatagg aaaagaaaaa  4560

tatgtgcagg agaacatgag aggtggggtg gggcagtgct tataaaacaa ccggagtgag  4620

catgtcctgc tttttacatt catatggctt taaccccatt cttctagtgc ctaaggatgg  4680

ggaactttca ggctcacact agaggttttt aggcccaccc tatgtgtttt taaggacaga  4740

gtccaggctc accttagttc tcagaccact gtgcctctgt ggcctcaccc tatgaccagc  4800

catagggtgg caaggtctag gccttctcct acaggtttcc ggtgaccctt gtgtctgtgt  4860

cacttccttc agaaatcgac gtggccgtcc tcggaagtac ccagtgagcg ctcccatggc  4920

tccccctgca gttggggcgg ggagccctgt gcagctcctt gttgctgcct gccccaggaa  4980

gagacagtgg cctgggttca gtgtgatggc tgtgacgtct ggttccatgt ggcctgtgtt  5040

ggctgcagca tccaggctgc cagggaggcc gacttccgat gcccagggtg ccgggctggc  5100

attcagccta aggtccaccg ccaaggcacc atcggacaca cctgcccatg agtagacaca  5160

gcagcgagca aataggtctg ataaataccc cccttccctt ccctccccar gagggaatga  5220

ctacagggaa gaaggatgga ttgatgtgga ctcattcagg gcctggagca gaccctggtg  5280

gccaagacag aagagatggt ttcctgccaa agatattgcc acctccagga aattgccagt  5340

gagctggaag ttcccactat tacaagccat aaggccatgt tgccatggac accagaatat  5400

ctgtagtcag agcacctatc agttgcaaaa gccatgcctg caaccgatgg aaaatgtaag  5460

agggagttct taaggttctt ggtggcatca cccaaggcat tctgggaaaa cctagggcct  5520

ggccccaaaa cttccctact ctgtggctag tcctgctgcc aacaaaatcg tagcgacctg  5580

gcttttcaca gctttgcttt tatttccaag tcaaggacaa gccgcttcat tcactcctgg  5640

gcatttactc ttcttgtggg tctgtgatat tccttgcttt ccagggagaa tgtgcttggc  5700

aaggtctgga gaactaattc agaatcttag gggaagggga gagatggaaa tacaaacctg  5760

cttactggaa aggtgcaaat atatgggttg agctggaggt aggaatacag gtaattaagg  5820

tttctagttt aagggaaaac agatctattg ccatttaaat aaggtaactg ggatttggtt  5880

aagttcacaa agatagcaga agatttattt acaggcttca cctgtactgt cagggcaaga  5940

gaaagcctgg taaaccagct acagcagttt accagtgtga tggctgtgac acagctccac  6000

tccacgggtg gacacagcag agggcaactg ggctggcctg gttcagtgtg aatcaaaccg  6060

cttaacccac acatggtaca tgtgattttc ttttgtgagc cttacaccaa gccaaactat  6120

tgtcaaagca tcatttctat agaaataaag ccttatcttg acctgttcta ttaaaacctg  6180

ccacatccgc cctttcctac ctagattta                                    6209

Claims (32)

1.一种确定受试者对于用T细胞损耗剂进行治疗的反应的方法，包括在来自所述受试者的样品中确定T细胞激活或抑制单倍型内一个或多个多态性位点上存在的核苷酸，由此基于在所述T细胞激活或抑制单倍型中一个或多个多态性位点上存在于所述受试者内的核苷酸来确定受试者对于用T细胞损耗剂进行治疗的反应。

2.权利要求1的方法，其中所述T细胞损耗剂是Alefacept。

3.权利要求1的方法，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在选自由CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19组成的组的基因中的单倍型。

4.权利要求1的方法，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在CD8B1基因中的单倍型并且其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.005。

5.权利要求1的方法，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在SPR1基因中的单倍型，其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.005。

6.权利要求1的方法，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在TCF19基因中的单倍型，其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.010。

7.权利要求1的方法，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在HCR基因中的单倍型并且其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.007。

8.权利要求1的方法，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是单倍型标记1，并且该方法进一步包括在来自所述受试者的样品中，确定在T细胞激活或抑制单倍型内一个或多个多态性位点上存在的核苷酸，所述T细胞激活或抑制单倍型选自单倍型标记2，单倍型标记3，单倍型标记4，或单倍型标记5。

9.权利要求1的方法，进一步包括利用在T细胞激活或抑制单倍型中一个或多个多态性位点上存在于所述受试者内核苷酸确定T细胞激活或抑制单倍型的拷贝数。

10.一种试剂盒，其包含选自由一种或多种寡核苷酸组成的组的寡核苷酸，所述寡核苷酸适于对在CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19基因中的T细胞激活或抑制单倍型中的SNP进行基因型分型，由此T细胞激活或抑制单倍型的拷贝数对于一组患有T细胞关联疾病的受试者是否会对一种T细胞耗损剂产生反应提供统计学上显著的关联。

11.权利要求10的试剂盒，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在CD8B1基因中的单倍型并且其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.005。

12.权利要求10的试剂盒，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在HCR基因中的单倍型并且其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.007。

13.权利要求10的试剂盒，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在SPR1基因中的单倍型，其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.005。

14.权利要求10的试剂盒，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在TCF19基因中的单倍型，其中在单倍型和对治疗的反应之间的关联p值小于或等于大约0.010。

15.权利要求10的试剂盒，其中所述T细胞耗损剂是Alefacept。

16.权利要求10的试剂盒，其中所述T细胞关联疾病是牛皮癣。

17.一种试剂盒，用于检测与对于T细胞耗损剂的反应或无反应有关的T细胞激活或抑制单倍型的存在，所述试剂盒包含一组设计来对T细胞激活或抑制单倍型内的多态性位点进行基因型分型的寡核苷酸，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在选自由CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19组成的组的基因中的单倍型。

18.权利要求17的试剂盒，其中所述单倍型选自由下列各项组成的组：

(a)表3A和3B中所示的CD8B1单倍型；

(b)表7A和7B中所示的HCR单倍型；

(c)表12中所示的SPR1单倍型；

(d)表16A和B中所示的TCF19单倍型；

(e)与下列任一种连锁的单倍型：

(i)表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，

(ii)表7A和7B中所示的HCR单倍型，

(iii)表12中所示的SPR1单倍型，或者

(iv)表16A和B中所示的TCF19单倍型；和

(f)取代下列任一种的单倍型：

(i)表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，

(ii)表7A和7B中所示的HCR单倍型，

(iii)表12中所示的SPR1单倍型，或者

(iv)表16A和B中所示的TCF19单倍型。

19.权利要求17的试剂盒，其中所述单倍型是：

(a)选自由单倍型标记1，单倍型标记2，单倍型标记3，和单倍型标记4，和单倍型标记5组成的组的单倍型标记；

(b)与单倍型标记1，单倍型标记2，单倍型标记3，单倍型标记4，和单倍型标记5连锁的单倍型；

(c)对于单倍型标记1，单倍型标记2，单倍型标记3，单倍型标记4，和单倍型标记5的取代单倍型。

20.权利要求19中所给出的试剂盒，其中在连锁的单倍型标记和单倍型标记之间的连锁不平衡具有选自由至少0.75，至少0.80，至少0.85，至少0.90，至少0.95，和1.0组成的组的Δ²。

21.权利要求的试剂盒，其中Δ²为至少0.95。

22.权利要求17中所给出的试剂盒，其中所述T细胞损耗剂为Alefacept。

23.一种试剂盒，其包含选自由一种或多种适于对在CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19基因中的SNP进行基因型分型的寡核苷酸组成的组的寡核苷酸，用于诊断患病受试者对治疗方案的反应。

24.权利要求23的试剂盒，其中所述SNP选自以下位置上的多态性：CD8B1基因中的位置-685，-255，25，8632，15080，19501，28589，28663和28739，HCR基因中的位置2173，2175，2360，5782，5787，6174，6666，8277，8440，8476，11565，11941，12152，13553，13892，14287，SPR1基因中的位置-119，-845，-455，-384，-228，161，627，739，913和1171，和TCF19基因中的-303，-210，316，2059，2365，2456和3340。

25.权利要求23的试剂盒，进一步包含使用说明书。

26.权利要求23的试剂盒，其中所述寡核苷酸能够可检测地与SNP杂交。

27.一种适于对在CD8B1，HCR，SPR1，或者TCF19基因中的T细胞激活或抑制单倍型中的SNP进行基因型分型的单链寡核苷酸。

28.权利要求27的单链寡核苷酸，其中所述SNP选自以下位置上的多态性：CD8B1基因中的位置-685，-255，25，8632，15080，19501，28589，28663和28739，HCR基因中的位置2173，2175，2360，5782，5787，6174，6666，8277，8440，8476，11565，11941，12152，13553，13892，14287，SPR1基因中的位置-119，-845，-455，-384，-228，161，627，739，913和1171，和TCF19基因中的-303，-210，316，2059，2365，2456和3340。

29.一种确定受试者对于T细胞耗损剂治疗的反应的方法，包括分析来自所述受试者的样品以确定受试者的T细胞激活或抑制单倍型的拷贝数。

30.权利要求29的方法，其中所述T细胞耗损剂是Alefacept。

31.权利要求29的方法，其中所述T细胞激活或抑制单倍型是在选自由CD8B1，HCR，SPR1，和TCF19组成的组的基因中的单倍型。

32.权利要求31的方法，其中所述单倍型选自由下列各项组成的组：

(a)表3A和3B中所示的CD8B1单倍型；

(b)表7A和7B中所示的HCR单倍型；

(c)表12中所示的SPR1单倍型；

(d)表16A和B中所示的TCF19单倍型；

(e)与下列任一种连锁的单倍型：

(i)表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，

(ii)表7A和7B中所示的HCR单倍型，

(iii)表12中所示的SPR1单倍型，或者

(iv)表16A和B中所示的TCF19单倍型；和

(f)取代下列任一种的单倍型；

(i)表3A和3B中所示的CD8B1单倍型，

(ii)表7A和7B中所示的HCR单倍型，

(iii)表12中所示的SPR1单倍型，或者

(iv)表16A和B中所示的TCF19单倍型。

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