CN1820277A - 基于dna的数字系统及算术运算 - Google Patents

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CN1820277A CNA2004800183670A CN200480018367A CN1820277A CN 1820277 A CN1820277 A CN 1820277A CN A2004800183670 A CNA2004800183670 A CN A2004800183670A CN 200480018367 A CN200480018367 A CN 200480018367A CN 1820277 A CN1820277 A CN 1820277A
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奥德赫什·库穆尔·舒克拉
阿莫尔·P·邦德卡尔
拉凯什·库马尔
拉姆·普拉卡什·巴杰帕依
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Abstract

提出了一种基于DNA的数字系统,在DNA或其他分子计算器件和处理器领域具有广泛应用,并提出了针对此系统的基本算术运算,即加法和减法,其中所述方法包括:将任意整数值分配给所有DNA碱基(A=0、T=1、C=2、G=3);任意分配DNA碱基的互补碱基(A的互补碱基=G,T的互补碱基=C,反之亦然);以DNA碱基表示整数和实数;以及在基于DNA的数字系统上执行基本算术分配。

Description

基于DNA的数字系统及算术运算
技术领域
本发明涉及一种基于DNA的数字系统及算术运算。更具体地,本发明涉及一种基于DNA的数字系统及算术运算,包括:将任意数值分配给所有DNA碱基;任意分配DNA碱基的互补碱基;以DNA碱基表示整数和实数;以及在基于DNA的数字系统上执行基本算术分配。
背景技术
在上百万年的时间内,自然界形成了创造具有不同形状、大小和特征的丰富有生物种的完美技术。脱氧核糖核酸(DNA),基因信息的载体,可以看作强大而复杂的分子电子器件。问题是如何利用这种奇妙的分子器件DNA来制造电子器件。DNA具有存储和保持基因信息的能力,可以根据需要获得,来进行生物过程,并维持所有有生生物体,从最小的微生物到巨大的鲸鱼。所有有生生物体均通过在繁殖过程期间形成的、被称为受精卵的单细胞分化形成。此细胞并不包含任何身体部件,即受精卵并不包含骨头或牙齿,但受精卵的DNA具有形成生命系统的所有组织的全部规定。只有当DNA能够通过电荷传送传达其整个长度上的信息时,这一切将成为可能。
今天的计算机可以由任何双稳态器件构建,这意味着计算机的元件必须具有两个稳定的位置或状态。这两个稳定的状态是通和断,分别表示1和0。今天,大多数计算机的基本构建模块是由半导体制成的晶体管。从电学上完成向通或断的转变,所以速度非常快。粗略地讲,晶体管能够每秒钟改变状态30亿次,而且可以将大约1000万个晶体管安装在基于硅或砷化镓的集成电路上1cm2的空间内。
由于在速度和小型化方面,半导体器件已经接近极限,正在进行大量的研究,以期设计出基于DNA的计算方法和分子电子替代品。DNA被认为是一种用于设计和制造高密度存储器件和超高速电子器件的有前途的材料。在最近几年里,越来越重视研究DNA中的电荷传送,因为DNA可以用作纳米器件;根据碱基序列、长度和朝向,可以用作绝缘体、半导体和导体/邻近感生超导体[1,2,3,4]。可以按照分子级的精度,将DNA有选择地涂覆在金属上[1,5],从而提供设计如二极管、三极管、晶体管等分子电子器件的能力。DNA还能够进行海量并行处理[6,7,8],非常的能量有效,大小和特征是可控的,具有存储信息的巨大能力,易于获得;合成任何可想象的序列;并且是环境友好的。此外,DNA拥有四个碱基(AGTC),而不是0和1。
重要的是设计出基于由DNA构成的四态器件的计算机。这四个状态将以0、1、2和3表示。可以通过测量电流电平或通过测量光学差别来区分这些状态。在将四个DNA碱基(ATGC)放在一起,并看作用于基于DNA的计算的单一单元时,可以将大约3×1013个这种单元放在1cm2的面积内。但是,为了逐步建立基于DNA的器件,重要的是提供合适的基于DNA的数字系统来进行基于DNA的算术运算。因此,开发并公开了基于DNA的数字系统和用于翻译此系统的软件,也使得创建基于DNA的四态器件成为可能。
发明内容
本发明的主要目的是开发基于DNA的数字系统,并执行基于DNA的算术运算,以及用于编码基于DNA的数字的软件,并以DNA编码数字进行算术运算。
本发明的另一目的是以DNA碱基定义正整数和负整数的编码。
本发明的另一目的是以DNA碱基定义正实数和负实数的编码。
本发明的另一目的是定义DNA编码整数和实数的基本算术运算。
本发明涉及一种基于DNA的数字系统和算术运算。更具体地,本发明涉及一种基于DNA的数字系统和算术运算,包括:将任意数值分配给所有DNA碱基;任意分配DNA碱基的互补碱基;以DNA碱基表示整数和实数;以及在基于DNA的数字系统上执行基本算术分配。
在本发明的一个实施例中,在基于DNA的数字系统中有4个元件。这些元件是“A”、“T”、“C”、“G”。
在本发明的另一实施例中,分配给基于DNA的数字系统的每个元件的任意数字是:A=0,T=1,C=2,G=3。
在本发明的一个实施例中,将整数表示为8碱基/单元(8base/cell)。互补碱基表示用于表示整数。正整数不具有互补碱基。
在本发明的另一实施例中,基于DNA的数字系统的元件的分配互补碱基是:A的互补碱基=G,T的互补碱基=C,反之亦然。
在本发明的另一实施例中,基于DNA的数字系统中的碱基的数值是正的。
在本发明的另一实施例中,如下进行正整数到基于DNA的数字的转换:将数字除以4,并提取出余数,继续此过程,直到商为零。提取第一个余数数字,作为最低有效碱基(LSB),将最后提取出的数字标记为最高有效碱基(MSB),通过将提取出的碱基从左到右、从MSB到LSB写出,得到基于DNA的数字,通过将额外的填充A添加到左边,并将最左侧的碱基作为符号碱基,即“A”表示正整数,完成单元(8碱基/单元或其倍数)。最左侧的碱基表示数字的符号。
在本发明的另一实施例中,如下进行负数到基于DNA的数字的转换:将该数字作为正整数;将其转换到基于DNA的数字系统;通过将A变为G,将T变为C,反之亦然,产生其互补碱基;将碱基T(=1)添加到互补碱基上;通过将额外的填充G添加到左边,并将最左侧的碱基作为符号碱基,即“G”表示负整数,完成单元(8碱基/单元或其倍数)。最左侧的碱基表示数字的符号。
在本发明的另一实施例中,将实数表示为32碱基的浮点表示。
在本发明的另一实施例中,针对正实数到基于DNA的数字的转换,首先,通过右移小数点,将实数转换为整数,然后,与正整数到基于DNA的数字的转换的情况一样,将此整数转换为基于DNA的数字。记录移动小数点的位数,并表示为指数(利用上述整数到基于DNA的转换方案),最左侧的碱基表示数字的符号碱基,接下来的23个碱基表示量值,以及其余的8个碱基表示指数。
在本发明的另一实施例中,正实数情况下的符号碱基是“T”,而负实数情况下的符号碱基是“C”。
在本发明的另一实施例中,针对负实数到基于DNA的数字的转换,将实数看作正实数,然后,通过右移小数点,将实数转换为整数,然后,与正整数到基于DNA的数字的转换的情况一样,将此整数转换为基于DNA的数字,然后,通过将A变为G,将T变为C,反之亦然,产生所得到的基于DNA的数字的互补碱基,将碱基T(=1)添加到互补碱基上。记录移动小数点的位数,并表示为指数(利用上述整数到基于DNA的转换方案),最左侧的碱基表示数字的符号碱基,接下来的23个碱基表示量值,以及其余的8个碱基表示指数。
附图说明
图1是以DNA碱基进行整数表示和算术运算的过程图;
图2是以DNA碱基进行实数表示和算术运算的过程图。
具体实施方式
本发明涉及基于DNA的数字系统和算术运算。更具体地,本发明涉及基于DNA的数字系统和算术运算,包括:将任意数值分配给所有DNA碱基;任意分配DNA碱基的互补碱基;以DNA碱基表示整数和实数;以及在基于DNA的数字系统上进行基本算术分配。在本发明的系统中,在基于DNA的数字系统中有4个元件。这些元件是“A”、“T”、“C”、“G”。分配给基于DNA的数字系统的每个元件的任意数字是:A=0,T=1,C=2,G=3。可以将整数表示为8碱基/单元。基于DNA的数字系统中的碱基的数值是正的。
互补碱基表示用于表示整数。但是,正整数不具有互补碱基。基于DNA的数字系统的元件的分配互补碱基是:A的互补碱基=G,T的互补碱基=C,反之亦然。
如下进行正整数到基于DNA的数字的转换:将数字除以4,并提取出余数,继续此过程,直到商为零。提取第一个余数数字,作为最低有效碱基(LSB),将最后提取出的数字标记为最高有效碱基(MSB),通过将提取出的碱基从左到右、从MSB到LSB写出,得到基于DNA的数字。然后,通过将额外的填充A添加到左边,并将最左侧的碱基作为符号碱基,即“A”表示正整数,完成单元(8碱基/单元或其倍数)。最左侧的碱基表示数字的符号。
如下进行负数到基于DNA的数字的转换:首先将该数字作为正整数;如上所述,将其转换到基于DNA的数字系统;通过将A变为G,将T变为C,反之亦然,产生其互补碱基;将碱基T(=1)添加到互补碱基上;通过将额外的填充G添加到左边,并将最左侧的碱基作为符号碱基,即“G”表示负整数,完成单元(8碱基/单元或其倍数)。最左侧的碱基表示数字的符号。
将实数表示为32碱基的浮点表示。
如下进行正实数到基于DNA的数字的转换:首先,通过右移小数点,将实数转换为整数。然后,与针对正整数的上述讨论一样,将此整数转换为基于DNA的数字。记录移动小数点的位数,并表示为指数(利用上述整数到基于DNA的转换方案)。最左侧的碱基表示数字的符号碱基,接下来的23个碱基表示量值,以及其余的8个碱基表示指数。
在本发明的方法中,正实数情况下的符号碱基是“T”,而负实数情况下的符号碱基是“C”。
针对负实数到基于DNA的数字的转换,首先,将实数看作正实数,然后,通过右移小数点,将该实数转换为整数。然后,与上述正整数到基于DNA的数字转换的情况一样,将此整数转换为基于DNA的数字,通过将A变为G,将T变为C,反之亦然,产生所得到的基于DNA的数字的互补碱基,然后,将碱基T(=1)添加到互补碱基上。记录移动小数点的位数,并表示为指数(利用上述整数到基于DNA的转换方案)。最左侧的碱基表示数字的符号碱基,接下来的23个碱基表示量值,以及其余的8个碱基表示指数。
本发明的数字系统对于创建四态计算器件是有用的,因为本系统具有四个元件,并不局限于二进制系统的两个元件。因此,与传统的二进制系统相比,这使得表示较大的数字成为可能,并因而使得强大的基于DNA的计算器件的设计和制造成为可能。
现在,将参照以下示例,对本发明进行描述,所述示例是示意性的,不应当将其理解为以任何方式对本发明范围的限制。
                        示例
  S.No. 描述 基于DNA的数字
  1.   十进制数字到基于DNA的数字的转换   将整数表示为8碱基/单元最左侧的碱基表示整数的符号十进制数字到基于DNA的数字的转换4100余数4250=A LSD461=T412=C01=T MSD
  6.   实数加法   1.1和1.1相加解:取量值进行处理:进位TTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACG AAAAAAAT (1.1)10 +AAA AAAAA AAAAAAAAAAAAACG AAAAAAAT (1.1) 10 =AAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTC AAAAAAAT (2.2) 10
  7.   实数减法   10.1减12.3解:10.1和-12.3相加将得到其结果T AAAAAAAAAAAAAAAAAAA TCTT AAAAAAAT    (10.1)10 +C GGGGGGGGGGGGGGGGGGG CATT AAAAAAAT  (-12.3) 10 =G GGGGGGGGGGGGGGGGGGG GCCC AAAAAAAT    (-2.2) 10
参考文献
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Claims (12)

1、一种基于DNA的数字系统,其中所述系统具有四个碱基,包括A、T、C和G,并且为每个碱基分配任意数值,包括A=0,T=1,C=2,G=3,并且以DNA碱基的形式表示整数和实数,所述系统中的碱基的数值是正的。
2、根据权利要求1所述的系统,其特征在于将实数表示为32碱基的浮点表示。
3、一种以DNA碱基(A、T、C、G)的形式表示数字的方法,包括:
a)将任意数值分配给每个DNA碱基,其中A=0,T=1,C-2,G=3;
b)将任意互补碱基值分配给每个碱基,从而使A的互补碱基=G,T的互补碱基=C,反之亦然。
4、根据权利要求3所述的方法,其特征在于所述数字是从由正整数、负整数、正实数和负实数构成的组中选择的。
5、根据权利要求3所述的方法,其特征在于基于DNA的数字系统的元件的分配互补碱基是:A的互补碱基=G,T的互补碱基=C,反之亦然。
6、根据权利要求3所述的方法,其特征在于基于DNA的数字系统中的碱基的数值是正的。
7、根据权利要求4所述的方法,其特征在于如下将正整数转换为DNA碱基表示:
(a)将所得到的正整数除以4,并提取出余数;
(b)重复步骤(a),直到商为0;
(c)将第一个余数数字标记为最低有效数位(LSD);
(d)将最后提取出的数字标记为最高有效数位(MSD);
(e)将提取出的数字从左到右、从MSD到LSD写出;以及
(f)通过将可能需要的填充和符号碱基添加到左侧,完成单元。
8、根据权利要求4所述的方法,其特征在于如下将负整数转换为DNA碱基表示:
(a)首先,将负整数变为正整数;
(b)将所得到的正整数除以4,并提取出余数;
(c)重复步骤(b),直到商为0;
(d)将第一个余数数字标记为最低有效数位(LSD);
(e)将最后提取出的数字标记为最高有效数位(MSD);
(f)将提取出的数字从左到右、从MSD到LSD写出;以及
(g)通过将可能需要的填充和符号碱基添加到左侧,完成单元;
(h)通过将A变为G,将T变为C,反之亦然,产生互补碱基;
(i)将碱基T(=1)添加到互补碱基上;
其中完成的字节/单元的最左侧碱基表示整数的符号。
9、根据权利要求4所述的方法,其特征在于如下将正实数转换为DNA碱基表示:
(a)首先,通过右移小数点,将实数转换为整数;
(b)将所得到的正整数除以4,并提取出余数;
(c)重复步骤(b),直到商为0;
(d)将第一个余数数字标记为最低有效数位(LSD);
(e)将最后提取出的数字标记为最高有效数位(MSD);
(f)将提取出的数字从左到右、从MSD到LSD写出;以及
(g)通过将可能需要的填充和符号碱基添加到左侧,完成单元;
(h)记录移动小数点的位数,并将其表示为指数;
其中最左侧的碱基表示数字的符号碱基,接下来的23个碱基表示量值,以及其余的8个碱基表示指数。
10、根据权利要求4所述的方法,其特征在于正实数情况下的符号碱基是“T”,而负实数情况下的符号碱基是“C”。
11、根据权利要求4所述的方法,其特征在于如下将负实数转换为DNA碱基表示,所述方法包括:
(a)将实数看作正实数;
(b)通过右移小数点,将实数转换为整数;
(c)将所得到的正整数除以4,并提取出余数;
(d)重复步骤(b),直到商为0;
(e)将第一个余数数字标记为最低有效数位(LSD);
(f)将最后提取出的数字标记为最高有效数位(MSD);
(g)将提取出的数字从左到右、从MSD到LSD写出;以及
(h)通过将可能需要的填充和符号碱基添加到左侧,完成单元;
(i)记录移动小数点的位数,并将其表示为指数;
其中最左侧的碱基表示数字的符号碱基,接下来的23个碱基表示量值,以及其余的8个碱基表示指数。
12、一种根据权利要求1所述的基于DNA的数字系统的软件,其中:
a)将整数表示为8碱基/单元,并利用互补碱基表示来表示整数,其中正整数不具有互补碱基,并且最左侧碱基表示整数的符号;
b)利用浮点表示方案,将实数表示为32碱基/单元,其中最左侧的碱基表示数字的符号,接下来的23个碱基表示数字的量值,以及其余的8个碱基表示指数,即为了将实数转换为整数、将小数点向右移动的位数。
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