CN1793863A - 使用单源激发的多波长检测系统、方法和产品 - Google Patents

使用单源激发的多波长检测系统、方法和产品 Download PDF

Info

Publication number
CN1793863A
CN1793863A CNA2005101193750A CN200510119375A CN1793863A CN 1793863 A CN1793863 A CN 1793863A CN A2005101193750 A CNA2005101193750 A CN A2005101193750A CN 200510119375 A CN200510119375 A CN 200510119375A CN 1793863 A CN1793863 A CN 1793863A
Authority
CN
China
Prior art keywords
wavelength
fluorophore
power level
excitation
probe array
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CNA2005101193750A
Other languages
English (en)
Inventor
阿基姆·F·伦霍夫
内森·K·韦纳
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Affymetrix Inc
Original Assignee
Affymetrix Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Affymetrix Inc filed Critical Affymetrix Inc
Publication of CN1793863A publication Critical patent/CN1793863A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
    • G01N21/6452—Individual samples arranged in a regular 2D-array, e.g. multiwell plates
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N21/645—Specially adapted constructive features of fluorimeters
    • G01N21/6456—Spatial resolved fluorescence measurements; Imaging
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
    • G01N33/582—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances with fluorescent label
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6816—Hybridisation assays characterised by the detection means
    • C12Q1/6825—Nucleic acid detection involving sensors
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
    • G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
    • G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
    • G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
    • G01N2021/6417—Spectrofluorimetric devices
    • G01N2021/6419—Excitation at two or more wavelengths

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Optics & Photonics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)

Abstract

本发明描述调整多个荧光团种类的生物探针阵列扫描器的系统增益的方法，其包括设定对应来自第一荧光种类产生最佳信噪比的包含第一功率电平的激发波长的激发光束；用激发光束扫描生物探针阵列；设定包含第二功率电平的激发波长的激发光束，其中该第二功率电平的激发波长对应来自第二荧光种类产生最佳信噪比；用激发光束扫描生物探针阵列。

Description

使用单源激发的多波长检测系统、方法和产品
相关申请
本发明要求美国临时专利申请序列号60/623,390的优先权，该临时申请名称为“System，Method and Product for Multiple WavelengthDetection Using Single Source Excitation”，在2004年10月29日提交，其在此以其全文引为多功能的参考。
技术领域
本发明涉及检查生物材料的系统和方法。具体地说，本发明涉及用于使用单个激发光源检测多个波长发射的改进的光学读取器和扫描器，其中，每个发射波长与生物探针阵列上耦合有杂交的探针靶对的标记物相关。
背景技术
合成的核酸探针阵列，例如Affymetrix GeneChip探针阵列，和点样的阵列，已经被用于产生空前大量的生物系统信息。例如，可以从Affymetrix，Inc.of Santa Clara，California购买的GeneChip人基因组U133 Plus 2.0阵列，包括一个含1,300,000个寡核苷酸特征的微阵列，其覆盖了包含38,500个特征明确的人基因的超过47,000转录子和变体。对来自例如微阵列的表达数据的分析可以使得开发新药物和新诊断工具。
发明内容
满足这些和其他的需要的系统，方法和产品利用示例性的，非限制的实施在此进行描述。不同的替换，修改和等效物是可能的。例如，此处使用示例性的实施描述分析来自由Affymetrix417TM或427TM阵列仪生产的来自生物材料的阵列的数据的某系统，方法和计算机软件产品。其他示例性的实施涉及来自AffymetrixGeneChip探针阵列的数据。然而，这些系统，方法和产品可以应用于很多其他类型的探针阵列和，更通常的，用于根据其他现有技术和/或将来可能发展的技术生产的许多类似的生物分析。例如此处描述的该系统，方法和产品可以用于核酸，从cDNA克隆产生的PCR产物，蛋白，抗体或许多其他生物材料的类似的阵列。这些材料可以分布在载玻片(通常用于点样阵列)上，用于GeneChip阵列的基片上，或珠子上，光纤上，或其他基片或介质上，其可以包括载玻片或其他基片顶层的聚合物涂覆或其他层。此外，探针不需要固定在基片之内或其上，如果固定，术语“探针阵列”将在下文中通常广泛用于涉及所有这些类型的阵列和类似的生物分析。
调整多个荧光种类的生物探针阵列扫描器的系统增益的方法的实施例被描述为包括：设定包含第一功率电平的激发波长的激发光束，该光束引发响应于第一荧光种类的最佳信噪比；用激发光束扫描生物探针阵列；设定包含不同于第一功率电平的第二功率电平的激发波长的激发光束，该光束引发响应于第二荧光种类的最佳信噪比；和用激发光束扫描生物探针阵列。
描述的实施例的一些实施还可以包括设定不同于第一和第二功率电平的第三功率电平的激发波长的激发光束，该光束引发响应于第三荧光种类的最佳信噪比；和用激发光束扫描生物探针阵列；设定包括不同于第一，第二和第三功率电平的第四功率电平的激发波长的激发光束，该光束引发响应于第四荧光种类的最佳信噪比；和用激发光束扫描生物探针阵列。
还描述用于扫描多荧光种类的系统，其包括存储的用于在计算机内存中执行的仪器控制应用，其中该应用执行的方法包括：设定包含在第一功率电平的激发波长的激发光束，该光束引发响应于第一荧光种类的最佳信噪比；用激发光束扫描生物探针阵列；设定包含不同于第一功率电平的第二功率电平的激发波长的激发光束，该光束引发响应于第二荧光种类的最佳信噪比；和用激发光束扫描生物探针阵列。
此外，描述了生物探针阵列扫描器，其包括产生包含第一波长的激发光束的激发源；将与生物探针阵列相关的多荧光种类激发光束定向的光学器件，其中各荧光种类响应于激发光束发射特征波长的光；和将各特征波长聚焦到焦点的透镜，其中透镜补偿与各特征波长的波长效应和空间效应相关的焦距差值。
此外描述补偿焦距的方法，其包括产生包含第一波长的激发光束；将激发光束指向与生物探针阵列相关的多个荧光团，其中各荧光团响应于激发光束发射特征波长的光；和将各特征波长聚焦到焦点，其中聚集补偿与各特征波长的波长效应和空间效应相关的焦距差值。
上述实施例和执行不必须是彼此包含或排斥的，并可以以任何不冲突的和其他可能的方式组合，不管它们是否与相同的，或不同的实施例或执行一起出现。对一个实施例或执行的描述不用于限制其他的实施例和/或执行。此外，任何一种或多种本说明书其他地方描述的功能，步骤，操作或技术可以在替换性的执行中与摘要中描述的一种或多种功能，步骤，操作或技术组合。因此，上述实施例是示例性的而不是限制性的。
附图说明
当结合附图时，以下详述的说明书中的上述特征和进一步的特征将更加清楚。在附图中，相似的参考编号表示相似的结构或方法步骤，参考编号最左边的数字表示参考的元件首次出现的图的号码(例如，元件160首次出现在图1中)。在功能模块图中，矩形通常表示功能元件而平行四边形通常表示数据。在方法流程图中，矩形通常表示方法步骤，菱形通常表示决定元素。然而所有这些规定都是用作通常或示例性的目的，而不是限制性的。
图1是能够扫描探针阵列的扫描器和用于图像获取和处理的计算机系统的一个实施例的功能模块图；
图2是图1的扫描器-计算机系统的一个实施例的功能模块图，其包括盒传输框，扫描器光学器件和扫描器计算机；
图3是代表图2的适合用于提供激发光和检测发射信号的扫描器光学器件和检测器的简化图；
图4是包括传感器板的图3的扫描器计算机的一个实施例的功能模块图；
图5A是与图3的光学器件和检测器相关的标准透镜的一个实施例的简化的示意图，该透镜用于将光线聚集在针孔；
图5B是与图3的光学器件和检测器相关的颜色校正透镜的一个实施例的简化的示意图，该透镜校正焦距的基于波长和空间的差值并将多个波长聚集到针孔；
图5C是与图3的光学器件和检测器相关的颜色校正透镜的另一个实施例的简化的示意图，该透镜校正焦距的基于波长的差值；和
图6是调整系统增益的方法的功能模块图，该方法包括设定由图3的光学器件和检测器提供的最大化与荧光团类型相关的信噪比的激发光束的最佳功率。
具体实施方式
a)总述
本发明有许多优选实施例并依赖于许多专利，专利申请和其他的参考文献以获得本领域人员公知的细节。因此，当专利，专利申请和其他的参考文献在下文被引用或重复时，应当理解其以全文引为多功能参考以及用于所引述的主题。
如在本申请中应用的，单数形式“一个”“一种”包括复数形式，除非上下文明确指明相反的意思。例如，术语“一种试剂”包括试剂的复数形式，包括其混合物。
个体不限于人，而是还包括其他生物包括但不限于哺乳动物，植物，细菌，或来自上述生物的细胞。
整个发明公开中，本发明的不同方面可以表示为范围的形式。应当理解以范围形式的描述只是为了方便和简洁，不应当认为是对发明范围的僵化的限制。因此，范围的说明应当考虑为明确公开所有可能的子范围以及该范围内单独的数值。例如，对从1到6的范围的描述应当考虑为明确公开子范围例如1到3，1到4，1到5，2到4，2到6，3到6等，以及该范围内单独的数值，例如1，2，3，4，5，和6。无论范围有多宽，这同样适用。
本发明的实践可以采用，除非有另外的说明，有机化学、聚合物技术、分子生物学(包括重组技术)、细胞生物学、生物化学和免疫学的现有的技术和说明，这些是本领域的公知技术。这样的现有技术包括聚合物阵列合成、杂交、连接和使用标记物检测杂交。合适的技术的具体的示例可以参考下文的实施例。然而，其他等效的现有方法当然也可以使用。这样的现有技术和描述可以在标准实验室手册，例如Genome Analysis：A Laboratory Manual Series(基因组分析：实验室手册系列)(Vols.I-IV)，Using Antibodies：A Laboratory Manual(使用抗体：实验室手册)，Cells：A Laboratory Manual(细胞：实验室手册)，PCR Primer：A Laboratory Manual(PCR引物：实验室手册)，和Molecular Cloning：A Laboratory Manual(分子克隆：实验室手册)(全部来自Cold Spring Harbor Laboratory Press)，Stryer，L.(1995)Biochemistry(4th Ed.)Freeman，New York，Gait，″OligonucleotideSynthesis：A Practical Approach(寡核苷酸合成：实用方法)″1984，IRLPress，London，Nelson and Cox(2000)，Lehninger，Principles ofBiochemistry(生物化学原理)3rd Ed.，W.H.Freeman Pub.，New York，NYand Berg等(2002)Biochemistry，5th Ed.，W.H.Freeman Pub.，NewYork，NY，中找到，所有这些在此以其全文引为多用途的参考。
本发明可以采用固体基片，包括一些优选的实施例中的阵列。适用于聚合物(包括蛋白质)阵列合成的方法和技术已经描述于美国专利序列号09/536,841；WO 00/58516；U.S.专利号5,143,854；5,242,974；5,252,743；5,324,633；5,384,261；5,405,783；5,424,186；5,451,683；5,482,867；5,491,074；5,527,681；5,550,215；5,571,639；5,578,832；5,593,839；5,599,695；5,624,711；5,631,734；5,795,716；5,831,070；5,837,832；5,856,101；5,858,659；5,936,324；5,968,740；5,974,164；5,981,185；5,981,956；6,025,601；6,033,860；6,040,193；6,090,555；6,136,269；6,269,846；and 6,428,752；PCT申请号PCT/US99/00730(国际公布号WO 99/36760)；和PCT/US01/04285(国际公布号WO01/58593)；其在此以其全文引作多用途的参考。
以具体的实施例描述合成技术的专利包括U.S.专利5,412,087；6,147,205；6,262,216；6,310,189；5,889,165；和5,959,098.核酸阵列描述于许多上述专利，但相同的技术也适用于多肽阵列。
本发明有用的核酸阵列包括那些从Affymetrix(Santa Clara，CA)以商标名GeneChip.购得的阵列。阵列的例子显示于网站affymetrix.com。
本发明还构思连接到固体基片的聚合物的许多应用。这些应用包括表达监测，图谱，文库筛选，基因分型和诊断。基因表达监测和制作图谱方法可以显示于美国专利5,800,992；6,013,449；6,020,135；6,033,860；6,040,138；6,177,248；和6,309,822。基因分型及其应用显示于美国序列号10/442,021；10/013,598(U.S.专利申请公开号20030036069)；和U.S.专利5,856,092；6,300,063；5,858,659；6,284,460；6,361,947；6,368,799；和6,333,179。其他的应用在美国专利5,871,928；5,902,723；6,045,996；5,541,061；和6,197,506中有具体表现。
本发明还构思某些优选实施例中的样品制备。在基因分型之前或同时，基因组样品可以通过多种机制扩增，其中一些采用PCR。参见例如PCR Technology：Principles and Applications for DNAAmplification(PCR技术：DNA扩增原理和应用)(Ed.H.A.Erlich，Freeman Press，NY，NY，1992)；PCR Protocols：A Guide to Methods andApplications(PCR操作：方法和应用指南)(Eds.Innis，等，Academic Press，San Diego，CA，1990)；Mattila等，Nucleic Acids Res.19，4967(1991)；Eckert等，PCR Methods and Applications(PCR方法和应用)1，17(1991)；PCR(Eds.McPherson等，IRL Press，Oxford)；和U.S.专利4,683,202；4,683,195；4,800,159；4,965,188；和5,333,675，以其全文引作多用途参考。这些样品可以在阵列上扩增。参见，例如，U.S.专利6,300,070和U.S.序列号09/513,300，其在此引为参考。
其他合适的扩增方法包括连接酶链式反应(LCR)(例如，Wu和Wallace，Genomics 4，560(1989)，Landegren等，Science 241，1077(1988)和Barringer等Gene 89：117(1990))，转录扩增(Kwoh等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86，1173(1989)和WO88/10315)，自主序列复制(Guatelli等，Proc.Nat.Acad.Sci.USA，87，1874(1990)和WO90/06995)，选择性扩增靶多核苷酸序列(U.S.专利6,410,276)，共有序列引发的聚合酶链式反应(CP-PCR)(U.S.专利4,437,975)，任意最初的聚合酶链式反应(AP-PCR)(U.S.专利5,413,909；5,861,245)和基于核酸的序列扩增(NABSA)。(参见U.S.专利5,409,818；5,554,517；和6,063,603，在此各自引为参考)。其他可用的扩增方法描述于U.S.专利5,242,794；5,494,810；4,988,617；和U.S.序列号09/854,317，在此各自引为参考。
在Dong等，Genome Research 11，1418(2001)，在U.S.专利6,361,947，6,391,592和U.S.序列号09/916,135；09/920,491(U.S.专利申请公开20030096235)；09/910,292(U.S.专利申请公开20030082543)；和10/013,598中描述另外的样品制备的方法和降低核酸样品复杂性的技术。
进行核酸杂交分析的方法是本领域发展完善的技术。杂交分析方法和条件根据应用的情况而不同，并根据通常的结合方法包括那些参考如下的方法选择：Maniatis等Molecular Cloning：A LaboratoryManual(分子克隆：实验室手册)(2nd Ed.Cold Spring Harbor，N.Y，1989)；Berger and Kimmel Methods in Enzymology(酶学方法)，Vol.152，Guideto Molecular Cloning Techniques(克隆技术指南)(Academic Press，Inc.，San Diego，CA，1987)；Young and Davism，P.N.A.S，80：1194(1983)。进行重复的和可控制的杂交反应的方法和设备描述于U.S.专利5,871,928；5,874,219；6,045,996；6,386,749；和6,391,623，在此各自引为参考。
本发明的某些优选实施例中还构思配体之间杂交信号的检测。例如，用于信号检测及处理强度信号的方法和设备描述于U.S.专利5,143,854；5,547,839；5,578,832；5,631,734；5,800,992；5,834,758；5,856,092；5,902,723；5,936,324；5,981,956；6,025,601；6,090,555；6,141,096；6,171,793；6,185,030；6,201,639；6,207,960；6,218,803；6,225,625；6,252,236；6,335,824；6,403,320；6,407,858；6,472,671；6,490,533；6,650,411；和6,643,015，U.S.专利申请序列号10/389,194；60/493,495；和PCT申请PCT/US99/06097(公开为WO99/47964)，各自在此以其全文引为多功能参考。
本发明的实践还采用现有生物学方法，软件和系统。本发明的计算机软件产品一般包括计算机可读的介质，其具有计算机可执行的指令以执行本发明方法的逻辑步骤。合适的计算机可读的介质包括软盘，CD-ROM/DVD/DVD-ROM，硬盘驱动器，闪存，ROM/RAM，磁带等。计算机可执行的指令可以用合适的计算机语言或数种语言的组合写成。基本的计算机生物学方法描述于，例如Setubal和Meidanis等，Introduction to Computational Biology Methods(计算生物学方法介绍)(PWS Publishing Company，Boston，1997)；Salzberg，Searles，Kasif，(Ed.)，Computational Methods in Molecular Biology(分子生物学计算机方法)，(Elsevier，Amsterdam，1998)；Rashidi和Buehler，BioinformaticsBasics：Application in Biological Science and Medicine(生物信息学基础：在生物科学和医学中的应用)(CRC Press，London，2000)和Ouelette和Bzevanis Bioinformatics：A Practical Guide for Analysis ofGene and Proteins(生物信息学：基因和蛋白质分析实用指南)(Wiley &Sons，Inc.，2nd ed.，2001)。参见U.S.专利6,420,108。
本发明还利用不同计算机程序产品和软件用于多种目的，例如，探针设计、数据管理、分析和设备操作。参见U.S.专利5,733,729；5,593,839；5,795,716；5,733,729；5,974,164；6,066,454；6,090,555；6,185,561；6,188,783；6,223,127；6,228,593；6,229,911；6,242,180；6,308,170；6,361,937；6,420,108；6,484,183；6,505,125；6,510,391；6,532,462；6,546,340；和6,687,692。
另外，本发明具有优选实施例，其包括在网络例如因特网上提供基因信息的方法，如U.S.序列号10/197,621；10/063,559(美国公开号20020183936)；10/065,856；10/065,868；10/328,818；10/328,872；10/423,403；和60/482,389所示。
b)定义
术语“混合”指由于迁徙导致的种群之间的基因流现象。混合可以产生连锁不平衡(LD)。
这里使用的术语“等位基因”是在染色体上给定的位点(位置)的若干可替换形式中任何一个。等位基因可以表示多态性的一个形式，例如双等位基因的SNP可以具有可能的等位基因A和B。等位基因还可以用于表示在给定的基因和或染色体片段上的两个或多个SNP的等位基因的组合。等位基因在种群中的频率是该特定的等位基因出现的数量除以该位点等位基因的总数量。
此处使用的术语“阵列”指有意产生的分子的集合，其可以通过合成或生物合成而制备。阵列中的分子可以是一样的或彼此不同的。阵列可以具有不同的形式，例如，可溶性分子的库；树脂珠结合的化合物的库；二氧化硅芯片，或其他固体支持物。
此处使用的术语“生物单体”指生物聚合物的单个单元，其可以与相同的或其他的生物单体链接以形成生物聚合物(例如，带有两个连接基团的单个氨基酸或核苷酸，该基团的一个或两个可以具有可除去的保护基团)或链接不是生物聚合物的一部分的单个单元。因此，例如，核苷酸是寡核苷酸生物聚合物的生物单体，氨基酸是蛋白或多肽生物聚合物的生物单体；例如亲和素，生物素，抗体片段等也是生物单体。
此处使用的术语“生物聚合物”，有时称为“生物的聚合物”用来表示生物的或化学的基团的重复单元。代表性的生物聚合物包括，但不限于，核酸，寡核苷酸，氨基酸，蛋白质，肽，激素，寡糖，脂，糖脂，脂多糖，磷脂，上述物质的合成类似物，包括但不限于反向的核苷酸，肽核酸，Meta-DNA，和上述的组合。
此处使用的术语“生物聚合物合成”用以包括无机和有机的生物聚合物的合成生产。与生物聚合物相关的是“生物单体”。
此处使用的术语“组合合成策略”指的组合的合成策略是通过顺序添加试剂而平行合成差异的聚合物序列的有序的策略，其可以通过反应物矩阵和转换矩阵来显示，其产品是产物矩阵。反应物矩阵是1列m行的待添加的构建模块的矩阵。开关矩阵是二元数字的全体或子集，优选有序的，在l和m之间以列形式排列。“二元策略”是其中至少两个相邻的步骤说明基片上所需区域的一部分，通常是一半的策略。在二元合成策略中，形成所有可以从有序的反应物的组形成的可能的化合物。在最优选的实施例中，二元合成指还影响在先的添加步骤的合成策略。例如其中用于掩模策略的开关矩阵将以前照射过的区域分成两半，照射大约一半以前照射的区域并保护剩余的一半(同时也保护大约一半以前保护的区域和照射大约一半以前保护的区域)。应该认识到二元循环可以被非二元循环间隔开，以及只有一部分基片接受二元方案。组合的“掩模”策略是使用光或其他空间选择性去保护或激活因子除去材料的保护基团以添加其他物质如氨基酸等。
此处使用的术语“互补”指核苷酸或核酸之间的杂交或碱基配对，例如在双链DNA分子的两条链或在寡核苷酸引物和待测序或扩增的单链核酸的引物结合位置之间。互补的核苷酸通常是A和T(或A和U)，或C和G。当一条链的核苷酸，具有合适的核苷酸插入或缺失以最优化排列并比较时，与另一条链至少约80％核苷酸配对，通常至少约90％配对，且更优选至少约98到100％配对时，两个单链RNA或DNA分子称为是互补的。或者，当RNA或DNA链在选择性杂交条件下与其互补物杂交时，被称为存在互补性。通常选择性杂交发生在至少14到25个核苷酸的范围内至少约65％互补性，优选至少约75％，更优选至少约90％互补性。参见M.Kanehisa Nucleic Acids Res.12：203(1984)，此处引为参考。
此处使用的术语“有效量”指足够引起想要的结果的量。
此处使用的术语“基因组”是有机体染色体中的全部遗传物质。来源于具体的有机体染色体的遗传物质的DNA是基因组DNA。基因组库是克隆的集合，这些克隆以一组随机产生的代表有机体总体基因组的重叠的DNA片段制成。
此处使用的术语“基因型”指个体在基因组一个或多个位置携带的遗传信息。基因型可以指出单一多态性的信息，例如单一SNP。例如，如果SNP是双等位基因的并且可能或者是A或C，则如果个体是对于A纯合的，在SNP的基因型的那个位置是纯合的A或AA。基因型还可以指出现在许多多态性位置的信息。
此处使用的术语“Hardy-Weinberg等式”(HWE)指导致使个体不能复制的病症的纯合的等位基因不从种群消失而是以不可检测的杂合状态方式以恒定的等位基因频率留存在种群中的原理。
此处使用的术语“杂交”指其中两个单链的多核苷酸非共价地结合形成稳定的双链多核苷酸的过程；三链杂交理论上也是可能的。得到的(通常)双链多核苷酸是“杂交物”。形成稳定的杂交物的多核苷酸群体的比例此处称为“杂交程度”。杂交通常在严紧条件下完成，例如，盐浓度仅仅大约1M并且温度至少25℃。例如，5×SSPE(750mM NaCl，50mM磷酸钠，5mM EDTA，pH 7.4)和温度25-30℃的条件，或100mM MES，1M[Na+]，20mM EDTA，0.01％Tween-20和温度30-50℃，优选地约45-50℃是适合等位基因特异性探针杂交的优选条件。杂交可以在因子例如在大约0.1mg/ml鲱鱼精子DNA，大约0.5mg/ml乙酰化BSA存在的情况下完成。其他的因素可以影响杂交的严紧性，包括互补链的碱基组成和长度，存在有机溶剂和碱基错配程度，参数的组合比任何一个的单独绝对度量更重要。适合于微阵列的杂交条件描述于Gene Expression Technical Manual，2004和GeneChip Mapping Assay Manual，2004。
此处使用的术语“杂交探针”是能够以碱基特异性方式结合核酸互补链的寡核苷酸。这样的探针包括肽核酸，如Nielsen等，Science254，1497-1500(1991)的描述，LNAs，如Koshkin等Tetrahedron 54：3607-3630，1998，和US专利6,268,490的描述，适配子，和其他核酸类似物和核酸模拟物。
此处使用的术语“特异性杂交到”指分子只在严格的条件下当那个序列存在于复杂混合物(例如总体细胞的)DNA或RNA中时，结合，双链化或杂交到特定的核苷酸序列或序列。
此处使用的术语“起始生物单体”或“起始物生物单体”表示通过电抗性的亲核试剂共价地附着到聚合物表面的第一个生物单体，或与附着到聚合物的接头或间隔臂附着的第一个生物单体，该接头或间隔臂通过反应性的亲核试剂附着到聚合物。
此处使用的术语“分离的核酸”指是优势类的目标类发明(即，在摩尔基础上，它在组合物中是比任何其他的个体类型更大量的)。优选，分离的核酸包括在所有出现的大分子种类中的至少大约50，80或90％(以摩尔计)。最优选的，该目标种类被纯化到基本均一(污染物不能通过现有的检测方法在组合物中检测到)。
此处使用的术语“配体”指被特定的受体识别的分子。被受体结合或与受体反应的因子被称作“配体”，该术语定义只针对其相应的受体才有意义。该术语“配体”不暗示任何特定的分子大小或其他的结构或组成的特性，只表示该物质能够结合受体或与受体相互作用。同时，配体可以或者作为受体结合的天然的配体，或作为可以作为激动剂或者拮抗剂的功能类似物。本发明可以研究的配体的例子包括而不局限于，细胞膜受体激动剂和拮抗剂，毒素和毒液，病毒表位，激素(例如阿片剂，类固醇等)，激素受体，肽，酶，酶底物，底物类似物，过渡状态类似物，辅助因子，药物，蛋白，和抗体。
此处使用的术语“连锁分析”指基因分析的方法，其中数据从受侵害的家族收集，许多独立的家族或延伸家系许多世代后与疾病共同隔离的基因组的区域被识别。因为位于家系全部受影响的成员共有的基因组的区域，从而可以识别疾病位点。
此处使用的术语“连锁不平衡”或有时被称作“等位基因相关”指特定的等位基因或遗传标志与在附近的染色体的位置具体的等位基因，或遗传标比群体中任何特定的等位基因预期偶然的频率更经常地优先相关。例如，如果位点X具有等位基因A和B，其以相同频率出现，且连锁的位点Y具有等位基因C和D，其以相同频率出现，人们预期AC组合发生的频率为0.25。如果AC更经常地发生，则等位基因A和C处于连锁不平衡。连锁不平衡可以由某些等位基因组合的自然选择引起，或因为等位基因已经被引入到群体中时间太短还没有与连锁等位基因达到平衡。通过检测附近的标记和疾病位点之间的不平衡，疾病位点周围的遗传间隔可能是狭窄的。连锁不平衡的另外信息参见Ardlie等，Nat.Rev.Gen.3：299-309，2002。
此处使用的术语“孟德尔遗传”指
术语“LOD值”或“LOD”是在相对于零假设的具体的假设发生的数据的概率优势率的对数。LOD＝log[假定连锁的概率/假定不连锁的概率]。
此处使用的术语“混合类群”或有时称作“复杂类群”指任何包含所需的和非所需的核酸的样品。作为非限制性的例子，核酸的复杂群体可以是总基因组DNA，总基因组RNA或其组合。此外，核酸的复杂群体可以富集给定的群体但包括不合需要的群体。例如，核酸的复杂的群体可以是已经富集所需的信息RNA(mRNA)序列但还包括一些非所需的核糖体RNA序列(rRNA)的样品。
此处使用的术语“单体”指可以连接到一起形成寡聚物或聚合物的一组分子的任何成员。对于(多)肽合成的例子来说对本发明有用的该类单体包括，而不局限于L-氨基酸，D-氨基酸，或合成的氨基酸。此处使用的″单体″指合成寡聚物的基本组的任何成员。例如，L-氨基酸的二聚物形成合成多肽的400个“单体”的基本组。不同的基本组的单体可以在合成聚合物的随后步骤中使用。术语“单体”也指能够结合不同的化学亚单位形成比单独的任何亚单位更大的化合物的化学的亚单位。
此处使用的术语“mRNA”或有时以“mRNA转录本”表示，指的是，包括，但是不限于一个或多个前mRNA转录本，转录过程中间体，准备翻译的成熟的mRNA和基因的转录本或基因，或来源于一个或多个mRNA转录本的核酸。转录过程可以包括剪接、编辑和降解。此处使用的来源于mRNA转录本的核酸指mRNA转录本或其子序列最终作为模板用以合成的核酸。因此，从mRNA反向转录的cDNA，从cDNA转录的RNA，从cDNA扩增的DNA，从扩增的DNA转录的RNA等等。全部来源于mRNA转录，检测这样的衍生的产品表现出样品中原始的转录本存在和/或在样品中的丰度。因此，mRNA衍生的样品包括，但不局限于一个或多个基因的mRNA转录本，从mRNA反向转录的cDNA，从cDNA转录的cRNA，从基因扩增的DNA，从扩增的DNA转录的RNA等等。
此处使用的术语“核酸库”或有时称为“阵列”指有意产生的核酸集合，其能够或者合成或生物合成制备并以各种不同的形式筛选生物活性(例如，能溶解的分子的库；和连接到树脂珠的寡聚物的库，硅片，或者其他的固体支持物)。另外，术语“阵列”包括能够通过将基本上任何长度的核酸(例如，从1到大约1000核苷酸单体长度)点样在基片上的那些核酸库。此处使用的术语“核酸”指任何长度的核苷酸，或者核糖核苷酸，脱氧核糖核苷酸或肽核酸(PNA)的多聚体形式，其包含嘌呤和嘧啶碱基，或其他的天然的，化学或生物化学修饰的，非天然的或衍生的核苷酸碱基。多核苷酸的骨架能够包含糖和磷酸基，通常可以发现在RNA或DNA中，或修改的或取代的糖或磷酸基。多核苷酸可以包含修改的核苷酸，例如甲基化核苷酸和核苷酸类似物。核苷酸的序列可以被非核苷酸成分中断。因此该术语核苷，核苷酸、脱氧核苷和脱氧核苷酸通常包括例如这些此处描述的类似物。这些类似物是具有一些和天然存在的核苷或核苷酸一样的结构特点的分子，使得当掺入到核酸或寡核苷酸内后，它们允许与溶液中天然存在的核酸序列杂交。一般这些类似物通过替换和/或修改碱基，核糖或磷酸二酯部分而从天然存在的核苷和核苷酸衍生得到。变化可以定做以使杂交物形成稳定或不稳定或增强与所需的互补的核酸序列杂交的特异性。
此处使用的术语“核酸”可分别地包括任何嘧啶和嘌呤碱基，优选胞嘧啶，胸腺嘧啶，和尿嘧啶，和腺嘌呤和鸟嘌呤的聚合物或寡聚物。参见Albert L.Lehninger，Principles of Biochemistry，793-800页(Worth Pub.1982)。实际上，本发明构思任何脱氧核糖核苷酸，核糖核苷酸或肽核酸组分，和其任何化学的变体，例如这些碱基甲基化的，羟甲基化的或糖基化的形式等。组合物中的聚合物或寡聚物可以是异质的或同质，并且可以分离自天然存在的来源或可以人工或合成生产。另外，核酸可以是DNA或RNA，或其混合物，并可以以单链的或双链的形式方式永久地或暂时存在，包括同源双链体，异源双链体，和杂交物状态。
此处使用的术语“寡核苷酸”或有时称为“多核苷酸”指从至少2，优选至少8，更优选至少20核苷酸长度的核酸或特异性杂交到多核苷酸的化合物。本发明的多核苷酸包括脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)序列，其可以从天然源，重组生产或人工合成的来源和其模拟物分离到。本发明的多核苷酸的另一个例子可以是肽核酸(PNA)。本发明还包括其中具有非传统的碱基配对，例如Hoogsteen碱基配对的情况，其已经在tRNA分子中鉴定到并假定存在于三链螺旋中。本申请中“多核苷酸”和“寡核苷酸”是可互换地使用的。
此处使用的术语“多态性”指在群体内发生两个或更多生殖决定的选择性的序列或等位基因。多态性标记或位点是发生差异的位点。优选的标记具有至少两个等位基因，选择的群体中每个的发生频率大于1％，更优选大于10％或20％。多态性可以包含一个或多个碱基变化，插入，重复，或删除。多态性位点可以小至一个碱基对。多态性标记包括限制片段长度多态性，可变数量串联重复(VNTR’s)，高变区，微卫星，二核苷酸重复，三核苷酸重复，四核苷酸重复，单一顺序重复，和插入元件比如Alu。第一个鉴定的等位基因形式被任意指定作为参考形式而其他等位的形式是指定为备择的或变体等位基因。选定的群体中最经常发生的等位基因形式有时被认为是野生型。对等位基因形式而言，二倍体生物可以是纯合的或杂合的。双等位基因多态性具有两个形式。三等位基因的多态性具有三个形式。单发性核苷酸多态性(SNP)被包含在多态性中。
此处使用的术语“引物”指在适当的情况下能够作为模板指导的DNA合成起始点的单链寡核苷酸，所述情况例如缓冲液和温度，存在四种不同的核苷三磷酸和聚合因子，例如DNA或RNA聚合酶或反转录酶。引物的长度，在任何给定的例子中，取决于例如引物打算的用途，并且范围通常从15到30核苷酸。短的引物分子通常要求冷的温度以与模板形成充分稳定的杂交复合物。引物不必反映模板的确切序列但必须充分地互补以与这样的模板杂交。引物位点是引物杂交到模板上的区域。引物对是一组引物，其包括与待扩增的序列5′末端杂交的5′上游引物和与待扩增的序列3′端的互补物杂交的3′下游引物。
此处使用的术语“探针”指被特定的靶子识别的表面固定的分子。参见U.S.专利号6,582,908作为与具有全部可能的10个，12个和更多碱基的探针组合的例子。本发明可以研究的探针的例子包括而不局限于，细胞膜受体激动剂和拮抗剂，毒素和毒液，病毒表位，激素(例如阿片剂，类固醇等)，激素受体，肽，酶，酶底物，底物类似物，外源凝集素，糖，寡核苷酸，核酸，低聚糖，蛋白，和单克隆抗体。
此处使用的术语“配体”指与给定的配体有亲合力的分子。受体可以是天然存在的或人造的分子。此外，它们可以未改变的状态或作为与其他的种类聚集体而使用。受体可以共价地或非共价地附着到，结合成分，或者直接地或通过特异性的结合物质。可以用于本发明的受体的例子包括，但不局限于，抗体，细胞膜受体，单克隆抗体和与具体的抗原决定簇反应的抗血清(比如在病毒，细胞或其他的上)，药物，多核苷酸，核酸，肽，辅助因子，外源凝集素，糖，多糖，细胞，细胞膜，和细胞器。本领域内受体有时指抗配体。作为此处使用的术语受体，意思没有差别。当两个大分子通过分子的识别形成复合物时形成“配体受体对”。本发明可以研究的受体的其他的例子包括但不局限于U.S.专利号5,143,854显示的那些分子，其在此以全文引为参考。
此处使用的术语“固相支持物”，“支持物”，和“基片”是可互换使用的，指具有刚性或半刚性的表面的材料或一组材料。在许多实施例中，该固相支持体的至少一个表面将是基本上平坦的，尽管在一些实施例中可物理分离不同的化合物的合成区域是合乎需要的，例如，孔，突起的区域，插脚，蚀刻沟等等。根据其他的实施例，该一个或多个固相支持体将采取珠，树脂，凝胶剂，微球体，或其他几何构型的形式。参见美国专利号5,744,305作为示例性的基片。
此处使用的术语“靶”指与给定的探针有亲合力的分子。靶可以是天然存在的或人工的分子。此外，它们可以未改变的状态或作为与其他的种类聚集体而使用。靶可以共价地或非共价地附着到结合成分，或者直接地或通过特异性的结合物质。可以用于本发明的靶的例子包括，但不局限于，抗体，细胞膜靶子，单克隆抗体和与具体的抗原决定簇反应的抗血清(比如在病毒，细胞或其他的材料上)，药物，寡核苷酸物，核酸，肽，辅助因子，外源凝集素，糖，多糖，细胞，细胞膜，和细胞器。本领域内靶有时指抗-探针。作为此处使用的术语靶，意思没有差别。当两个大分子通过分子的识别形成复合物时形成“探针靶配对”。
c)本发明的实施例
此处描述能够检测与杂交的探针/靶对有关的发出多波长光的扫描系统的实施例，其中发射光对单一光源波长或波长范围起反应。具体地，描述能够精确地成像探针阵列特征的实施例，其包括在尺度(例如正方形的边，矩形的边，或斑点直径)为24μm到5μm或更小的特征大小。在某些实施例中，使用包括多种不同的独特地辨别与各标记物有关的具体方面的标记物的分析是有利的。例如，本领域一般技术人员能理解什么被认为是通过利用多标记物而受益的“基因分型”分析。基因分型分析可以包括被称为测序，或测定基因型(即测定等位基因组合，多态性等等)类型的分析，其中该分析主要依赖正确识别序列的特定的核酸。在目前例子中，该分析可以包括与DNA序列中各种核酸有关的独特的标记物，例如A，C，G，或T，其中各标记物对应激发光束发射独特波长。多标记物分析允许序列的核酸组合物明确的测定。
探针阵列240：探针阵列240作例证的例子提供于图1，2和3。上面根据“核酸探针分析”及其他有关公开提供探针阵列的描述。在探针阵列240的不同执行中可以配置在盒或壳体内例如可以从Affymetrix，Inc of Santa Clara California获得的GeneChip探针阵列。阵列探针的例子和相关的盒或壳体可以是在美国专利序列号5,945,334，6,287,850，6,399,365，6,551,817中找到，各自在此以全文引作多用途参考。此外探针阵列240的一些实施例可以与以下文献中的栓或柱有关，U.S.专利序列号10/826,577，命名为“Immersion ArrayPlates for Interchangeable Microtiter Well Plates(用于可互换的微量多孔板的浸没阵列板)”，在2004年4月16日提交，其在此以其全文引为多用途参考。
扫描器100：标记的靶杂交到探针阵列可以使用不同的装置检测，有时称为扫描器，根据信号检测的方法和仪器如上所述。示例性的装置在图1显示为扫描器100，和在图2以更多细节例如包括扫描器光学器件和检测器200显示。例如，扫描器通过检测来自与靶分子相关的标记物发射的荧光或其他的发射，或通过检测传输的，反射的或散射发射而成像。一般的方案使用光学器件的及其他元件提供激发光和有选择地收集发射。
例如，扫描器100提供信号代表检测的发射强度(和可能其他的特征，例如那些可能与检测的波长有关的颜色)或反射的光波长，以及基片上检测发射或反射的波长的位置。一般地，信号包括对应于扫描的基片上基本的子区域的强度信息。在这里术语“基本的”表示由此区域发射或反射的波长强度和/或其他的特征各自通过单个值来代表。当作为图像显示用于察看或操作时，基本的图像元素，或像素，经常代表这些信息。因此，在目前例子中，像素可以具有代表扫描发射或反射的波长的基片的基本子区域的强度的单一值。像素还可能具有代表另一个特征，比如颜色，正或负像，或其他的图像表示类型的另一个值。像素的大小可以在不同的实施例中不同，并且可以包括2.5μm，1.5μm，1.0μm，或亚微米像素大小。信号可以完全包括到数据中的两个例子是以*.dat或*.GIF形式分别由Affymetrix微阵列套件(描述于U.S.专利申请10/219,882，其在此以全文引作多用途参考)或AffymetrixGeneChip操作软件(描述于U.S.专利申请序列号10/764,663，其在此以全文引作多用途参考)基于从GeneChip阵列和AffymetrixJaguarTM软件(描述于U.S.专利申请序列号09/682,071，其在此以全文引作多用途参考)扫描点样的阵列所产生的。可以用于本发明实施例的扫描系统的例子包括U.S.专利申请序列号10/389,194；和10/913,102，两者引作参考；和U.S.专利申请序列号10/846,261，名称为“System，Method，and Product for Providing AWavelength-Tunable Excitation Beam(提供波长可调的激发光束的系统，方法和产品)”，于2004年5月13日提交，其在此以全文引作多用途参考。
计算机150：计算机150的示例性的例子提供于图1，以及更详细地在图2中。计算机150可以是任何类型的计算机平台例如工作站，个人电脑，服务器，或任何其他现在或将来的计算机。计算机150一般包括已知部件，比如处理器255，操作系统260，系统内存270，内存储装置281，和输入输出控制器275，输入装置240，和显示/输出装置245。显示/输出装置245可以包括提供视觉信息的显示设备，这些信息一般地可以是逻辑上和/或物理上由像素的阵列组织成。还可以包含图形用户界面(GUI)控制器，其可以包括任何不同的已知或将来的软件程序用于提供图形输入输出界面，比如GUI’s 246。例如GUI’s 246可以向用户，例如用户101提供一个或多个图示，并还能够通过GUI’s 246使用本领域技术人员公知的选择或输入方法处理用户输入。
那些本领域技术人员将理解计算机150有许多可能的组件结构而且一些可以一般地被归入计算机150的组件不显示，例如高速缓冲内存储器，数据备份单元，和许多其他的装置。处理器255可以是能购得的Intel Corporation生产的Itanium或Pentium处理器，SunMicrosystems生产的SPARC处理器，AMD corporation生产的AthalonTM或OpteronTM处理器，或可以是变得可以获得或将来可以获得的其他的处理器中的一种。处理器255执行操作系统260，其可以是，例如来自Microsoft Corporation的Windows型操作系统(例如带有SP6a的Windows NT4.0，或Windows XP)；从许多供应商处获得的Unix或Linux型操作系统或被认为是开放源的操作系统；另外的或将来的操作系统；或其一些组合。操作系统260与固件和硬件以众所周知的方式界面连接，并促进处理器255的协调和执行用不同编程语言写出的不同的计算机程序的功能。操作系统260，一般地和处理器255合作，协调并执行计算机150.另外的组件的功能。操作系统260还提供进程，输入输出管理，文件和数据管理，内存管理，和通信控制以及有关的服务，所有的都是根据已知的方法。
系统内存270可以是任何不同的或将来的内存储装置。例子包括任何通常可利用的随机存取存储器(RAM)，磁介质比如常驻硬盘或磁带，光学介质比如读和写光盘，或其他的内存储装置。内存储装置281可以是任何不同的已知的或将来的装置，包括光盘驱动器，磁带驱动器，可移动的硬盘驱动器，或软盘驱动器。这种类型的内存储设备281一般地从程序存储器介质(未显示)读和/或写，分别地例如光盘，磁带，可移动的硬盘或软盘。任何程序存储器介质，或其它现在使用中或可以以后发展的介质，可以被认为是计算机程序产品。应当理解，这些程序存储介质一般存储计算机软件程序和/或数据。计算机软件程序，也叫做计算机控制逻辑，一般地保存在系统内存270和/或结合内存储装置281使用的程序存储装置中。
在一些实施例中，描述包括具有存储在其中的控制逻辑(计算机软件程序，包括程序代码)的计算机可用的介质。该控制逻辑，当被处理器255执行时，使处理器255执行此处描述的功能。在其他的实施例中，一些功能主要在硬件内使用，例如硬件状态机实现。实现硬件状态机从而执行对本领域技术人员显而易见的此处描述的功能。
输入输出控制器275可以包括任何各种能接受以及处理来自用户的信息的装置，无论用户是人或机器，无论本地的或远程的。这样的装置包括，例如，调制解调器卡，网络接口卡，声卡，或其他类型用于任何各种已知的输入装置的控制器。输入输出控制器275的输出控制器可以包括能向用户显示信息的任何各种显示设备的控制器，无论用户是人或机器，无论本地的或远程的。在举例的实施例中，计算机150的功能元件通过系统总线290彼此通信。在另外的实施例中一些通信可以使用网络或其他类型远程通信而完成。
对于本领域技术人员明显的是，仪器控制以及图像处理应用272，如果安装在软件中，可以载入系统内存270和/或内存储装置281中并从其执行。应用272的全部或部分还可以驻留在只读存储器或类似内存储装置281中，这样的装置不要求应用272首先通过输入输出控制器275载入。本领域技术人员能认识到应用272，或其部分，可以通过处理器255以已知的方式载入系统内存270或高速缓冲存储器(未显示)，或上述两者，以利于执行。在图2还图解保存在系统内存270的库文件274，校准数据276，以及实验资料277。例如，校准数据276可以包括一个或多个值或与扫描器100或其他仪器的校准相关的其他类型的校准数据。另外，实验数据277可以包括与一个或多个实验或分析相关的数据，例如激发波长范围，发射波长范围，消光系数和/或相关的激发功率电平值，或其他的与一个或多个荧光的标记物有关的值。
网络125可以包括为本领域技术人员清楚地了解的许多各种类型网络中的一种或多种。例如，网络125可以包括通常被认为是TCP/IP网络的那些，或其他类型的网络，其可以包括因特网，或内部网结构。
仪器控制以及图像处理应用272：仪器控制以及图像处理应用272可以是任何各种已知的或将来的图像处理应用。应用272的实例包括Affymetrix微阵列套件，Affymetrix基因芯片操作软件(此后称为GCOS)，以及上述的AffymetrixJaguar软件。应用272可以通过一个输入装置240载入系统内存270和/或内存储装置281。
应用272的实施例包括保存在计算机150的设备的系统内存270的可执行码。应用272可以提供用于客户工作站以及一个或多个服务器例如GeneChip操作软件服务器(GCOS服务器)的单一界面。应用272可以另外提供一个或多个其他的工作站和/或一个或多个仪器的单一用户界面。在描述的设备中，单一界面可以和一个或多个服务器，一个或多个工作站以及一个或多个仪器的一个或多个元件通信或对其加以控制。在描述的设备中，客户工作站可以位于本地或对于一个或多个服务器和/或一个或多个其他的工作站，和/或一个或多个仪器是远程的。在目前的设备中单一界面可以包括允许用户基于存在于GUI的信息选择的交互性的图形用户界面。例如，应用272可以提供交互性的图形用户界面，其允许用户从许多的选项中选择，包括数据选取，实验参数，校准值，探针阵列信息。应用272还可以提供未加工的或已处理的图像数据的图示，其中已处理的图像数据还可以包括添加到图像的注解信息，例如碱基访问，探针阵列的特征，或其他有用的注解信息。提供图像数据注解信息的进一步的例子提供于美国临时专利申请序号60/493,950，标题“显示与微阵列图像数据有关的系统，方法，和产品”，2003年8月8日提交，其在此以全文引作多用途参考。
在作为选择的设备中应用272可以在服务器，或一个或多个直接地或间接地(例如，通过另外的网络，包括因特网或局域网)连接到网络125的其他的计算机平台上执行。
应用272的实施例还包括仪器控制特征。该仪器控制特征可以包括一个或多个仪器的一个或多个元件的控制，所述仪器可以例如，包括流控技术站元件，可以称为自动上样器的元件，和扫描器100。仪器控制特征还可以能够接收来自包括实验或仪器状态，工序，或其他的相关信息的一种或多种仪器信息。仪器控制特征可以，例如，处于单一界面元件的控制。在目前例子中，用户可以通过GUI’s 246之一输入所需的控制命令和/或接收仪器控制信息。通过GUI或其他的界面的仪器控制的附加实例提供于美国临时专利申请序号60/483,812，标题“用于仪器控制，数据获取以及分析的系统，方法和计算机软件”，2003年6月30日提交，其在此以全文引作多用途参考。
在一些实施例中，图像数据通过应用272产生中间结果而操作。中间结果的例子包括通过Affymetrix基因芯片操作软件或Affymetrix微阵列产生的据称的单元强度文件(*.cel)和chip文件(*.chp)(描述于，例如U.S.专利申请序号10/219,882，和10/764,663，其中两者都以其全文引作多用途参考)和通过AffymetrixJaguar软件产生的点文件(*.spt)(描述于例如PCT申请PCT/US 01/26390和U.S.专利申请序号09/681,819，09/682,071，09/682,074，和09/682,076，所有的在此以其全文引作多用途参考)。为了方便起见，此处使用的术语“文件”经常指由应用272和可执行的其他的应用的相应物产生或使用的数据，但可以本领域技术人员公知的用于存储，传送，和/或操作数据的任何各种作为选择的技术使用。
例如，应用272接收来源于GeneChip探针阵列的图像数据并产生单元强度文件。文件包含，对于被扫描器100扫描的各探针，表示被用于该探针的扫描器100调节的像素强度的单一值。因此，该值是存在于杂交到对应的探针的靶的标记的mRNA的丰度的量度。许多这样的mRNA可以是存在于各探针，作为GeneChip探针阵列的探针可以包括，例如，数百万的设计成能检测mRNA的寡核苷酸。如同所述的，示例性地被假定为通过应用272产生的另外的文件是碎片文件。在目前例子中，其中应用272包括Affymetrix基因芯片操作软件，碎片文件源自于在一些情况下与来源于实验室数据和/或说明探针序列和位置的细节的库文件274组合的分析以及控制。存储在碎片文件的得到的数据包括杂交程度，绝对的和/或差别的(经过两个或更多实验)表达，基因型比较，多态性和突变检测，及其他分析结果。
在另一例子中，其中应用272包括操作来自点探针阵列的图像数据的AffymetrixJaguar软件，得到的点文件包括杂交到阵列中探针的标记的靶的强度。单元文件，碎片文件，和点文件的更多细节提供于U.S.专利申请09/682,074上文中引入作为参考，以及10/126,468和09/682,098，所有的在此以其全文引作多用途参考)。本领域技术人员将能够理解，通过应用272产生的文件的以前的和以后的描述只是作例证的，描述的数据，及其他数据可以是以许多其他的方式处理，组合，管理和/或存在的。
用户101和/或自动化数据输入设备或程序(未显示)可以提供与实验设计或实施相关的数据。作为与Affymetrix基因芯片探针阵列的处理相关的进一步的一个非限制的例子，用户可以指定Affymetrix目录或定制芯片类型(例如，人基因组U133 plus 2.0碎片)，或者通过从GCOS显示的预定的目录中选出或通过扫描条形码，射频识别(RFID)，或者其他的与读取芯片类型相关的电子识别方法。GCOS可以将芯片类型与保存在数据表的不同的扫描参数关联起来，所述参数包括待扫描的芯片区域，被用来自动聚集的芯片上镀铬边界的位置，用于读芯片的激发光的波长或强度/功率等等。如所述的，应用285可以使用一些数据产生中间结果。例如，有关染料的信息可以被完全包括在相关的表达的测定中。
本领域技术人员将理解应用272的一个或多个操作可以通过与不同的仪器有关的软件或固件执行。例如，扫描器100可以包括包含执行或控制一个或多个与扫描器100有关的操作的固件元件的计算机，例如扫描器计算机210和扫描器固件472。
扫描器计算机210：如同图4所示，扫描器计算机210可以包含元件比如传感器板453，处理器455，操作系统460，输入输出控制器475，系统内存470，内存储装置481，和系统总线490，在一些设备中其可以具有计算机150中对应的元件相同的特征。扫描器计算机210的其他的元件可以包含扫描器固件472，扫描器参数数据477，和服务应用478，其各自将在以下详细描述。
在许多设备中扫描器固件472能够控制扫描器100的全部功能，至少部分地基于本地存储在扫描器参数数据477的数据，或来自一个或多个远程源的一个或多个数据文件的远程存储在扫描器参数数据477的数据。例如，该远程数据来源可以包含计算机150，该计算机包含保存在系统内存270的库文件274，校准数据276，和实验数据277。在本例子中，可以通过响应于来自固件472的数据请求的仪器控制和图像分析应用272而管理到扫描器计算机210的数据流。
将扫描器计算机210包含在特定的设备内的可能的优点是扫描器100可以是基于网络的和/或另外安排以便不要求用户计算机，例如计算机150。输入输出控制器475可以包含通常被本领域技术人员称作TCP/IP网络连接的控制器。该术语“TCP/IP”泛指一组使许多不同的网络变成多个网络的网络(即该因特网)的协议。扫描器计算机210可以利用网络连接以连接到一个或多个计算机，比如计算机150，代替包含扫描器仪器和单个计算机之间的“硬线”连接的传统的结构。例如，输入输出控制器475的网络连接可以允许扫描器100和另一个计算机彼此处于远程的位置。另外，许多各自具有他们自己的计算机的用户，可以独立地利用扫描器100。在一些情况中，每次只有单个计算机被允许连接到扫描器100是合乎需要的。可以选择的情况中，单个计算机可以与许多扫描器相互作用。在本例子中，全部校准和仪器的具体信息可以保存在扫描器计算机210的一个或多个位置，这些信息可以在一个或多个电脑与扫描器计算机210接口时为这些电脑所获得。
如上所述基于网络的扫描器100设备可以包含使扫描器100在不利的情况下不受损伤操作的方法，所述不利情况例如可以包含网络断开，沉重的网络负荷，网络连接的电干扰，或其他类型的不利事件。在一些设备中，扫描器100可以要求来自计算机150的周期信号以表明连接完好。如果扫描器100在预期时段内不接收信号，扫描器100根据假定网络连接已经丢失而操作并开始储存已经被传输的数据。当扫描器100重新获得网络连接，如果网络连接保持完好，搜集的全部资料和有关信息可以转入其通常被转入的计算机150。例如，在不利的情况发生期间扫描器100可以丢失对于计算机150的网络连接。该方法使得扫描器100不被中断工作，该工作通常包含获得图像数据及其他操作。扫描器100可以在内存储装置中存储获得的至少一个完整的扫描的图像的图像数据以确保数据不丢失。
在一些实施例中，扫描器计算机210还可以使得扫描器100被配置为不依赖控制性的工作站的独立的仪器。扫描器计算机210可以获得并存储图像数据，以及作为高效的数据传送的多客户数据服务器。例如，内存储装置481可以包含硬盘或其他类型大容量存储介质，其可以保存大量图像数据，校准数据，和扫描器参数数据。扫描器100可以另外包含条型码读出器，RFID检测器，磁条检测器，或其他类型的读取来自一个或多个与探针阵列140有关的标记物或标签的标志的装置。扫描器计算机210可以执行该扫描操作，至少部分基于一个或多个与标志有关的数据文件，并在硬盘上存储获得的图像数据。另外，扫描器100可以提供网络文件系统或FTP服务，使得一个或多个远程计算机可以查询并上载扫描的图像以及提供使计算机可以查询扫描器数据和统计量的界面。
本领域技术人员将能够理解可以通过各种其他的服务器或计算机执行扫描器计算机210的操作，例如计算机150，例如GCOS服务器的服务器，或可以不必须驻留在扫描器100中的计算机210。
盒传输框(frame)205：扫描器100的另一元件包含盒传输帧205，其提供操纵探针阵列140用于自聚焦，扫描和校准操作目的所要求的全部自由度。本领域技术人员将理解术语“自由度”泛指确定目标定位与定向要求的独立参数的数目。例如，在一个实施例中，探针阵列140可以被壳体包围或包住，所述壳体例如包含带有用于光线通向探针阵列140的透明窗的盒。在本例子中，盒可以包含一个或多个特征，例如与传输框接口并限定框205和盒的位置关系的调整片或密钥元件。然后框205可以操纵盒相对于一个或多个扫描器100元件例如物镜345的位置。
在一个实施例中，传输框205能够以六个可能的自由度的四个操纵盒，所述自由度例如被称作滚动，间距，z和y。在本例子中，它通常不是在偏航或横轴操纵盒所必须的，但在一些作为选择的实施例中是可能的。
通过调整探针阵列140与物镜345的距离，探针阵列140可以被带进最佳焦点。在一些设备中，距离调整可以通过移动传输框205的一个或多个元件而采用，例如Z轴聚焦阶段。例如，Z轴聚焦阶段的运动可以被第一方向的一个或多个马达驱使，所述运动可以减少探针阵列140和物镜345之间的距离，而且相反的方向可以增加距离。
在一个实施例中探针阵列140沿Y轴的平移可以伴随有精确的线性的阶段，与被认为是微步进的马达/驱动器，开路驱动机制或其他类型机械化机构连接在一起。线性阶段可以包含支持物的导向元件并引导壳体或盒和另外的元件以在扫描器操作期间稳固壳体或盒。在一些实施例中，该线性的阶段可以包含独立的位置调整机构，该机构能够在多个轴调整探针阵列140的位置，使得在一个轴的调整很少会影响其他轴的调整。
在一些设备中，套箱或盒通常保持关于参考扫描器100从其被导入扫描器100的点到其被喷射的点在相同平面方向。这些可以应用于包含自动聚焦又扫描操作的扫描器的全部的操作。例如，盒可以在导入位置以垂直方向被扫描器接收到，其中探针阵列140将位于盒的一个侧面。在保持在相同的垂直方向时，盒被放入传输框205。安装在盒内的探针阵列140，通过在间距，滚动，和Z机构操纵盒而被放置到最佳焦平面。探针阵列然后通过透镜345的平移在X轴方向扫描，以及通过传输框205的平移在Y轴扫描。在完成扫描操作之后，盒通过传输框205以与其被接收同样的垂直方向被放回导入位置。
用于扫描目的的盒传输框的另外的例子和操纵探针阵列的位置的方法描述于美国专利申请序号10/389,194，上面引作参考。
扫描器光学器件和检测器200：图3提供举例作为扫描器光学器件和检测器200的与扫描器100有关的光学元件简化的图解例子。例如，本发明的元件包含可以包括激光的源320，例如固态，二极管泵入的，倍频器Nd：YAG(掺钕钇铝石榴石)或产生波长532纳米的绿色激光的YVO4激光，或其他的激光设备。在本例子中，源320提供与排列在探针阵列140上的靶分子杂交的或与校准标准有关的一个或多个荧光标记物激发范围内的光。同时在本例子，通过源320提供的激发波长可以是可调的，使得可以利用多颜色分析(即，使用有清楚的激发和发射波长范围的多荧光标记物)与探针阵列103的实施例有关(可调源进一步的例子描述于美国专利申请序号10/846,261，标题“用于提供波长可调的激发光束的系统，方法和产品”，2004年5月13日提交，其在此以全文引作多用途参考)。本领域技术人员将理解其他的类型源320可以用于本发明，例如白炽光源，一个或多个发光二极管(有时称为LED’s)卤素或氙源，金属卤化物源，汞蒸汽源，或其他本领域已知的源。例如，LED’s的一些实施例提供足够的激发光水平以引起从荧光团的荧光发射，其中单个LED可以用作源320。某些实施例中这种类型LED由于它们的低成本，高输出效率，长寿命，短的开/关-关/开转换时间，波长选择范围大，和低发热量而提供比较其他类型源的优点。
在一些实施例中，产生单个激发光束的源320的单个设备被使用，图3中举例作为激发光束335。作为选择的实施例可以包括源320的多个设备，其各自提供可以组合成单个光束或直接沿着分离光路的激发光达到靶，尽管本领域技术人员将理解使用单个源比较起多个源存在几个优点，例如复杂性，距离，功率，和费用。
此处对于源320的进一步的参考通常为示例性的目的假定它们是激光，但如上所述，其他的类型的源例如X射线源，发光二极管，白炽光源，金属卤化物源，或其他的电磁源可以被用于不同的设备。生物学共聚焦显微镜学手册(James B.Pawley，ed.)(2.ed.；1995；PlenumPress，NY)，包含为本领域技术人员所知的关于利用激光和相关的光学器件的信息，在此以其全文引为参考。
图3进一步提供包含激发光束335和发射光束352的路径和包括扫描器光学器件的许多光学元件的示例性的例子。在本例子中，激发光束335发射自源320，而沿着一个或多个转角反射镜的光路指向三透镜光束调节器/扩增器330。转角反射镜通常与对光路提供必要的调整的光学系统有关，例如，允许激发光束335在物镜345的对准和允许发射光束354在检测器315的对准。例如，转角反射镜324还用作“折叠”光路变成更紧凑的大小和形状以方便总体扫描器包装。转角反射镜324的数量可以在不同的实施例中不同，并且可以取决于光路的需要。在一些实施例中，激发光束335具有已知的直径是所希望的。光束调节器/扩增器330可以提供调整光束直径的一个或多个光学元件，所述直径的值可以，例如包含1.076mm±10％的直径。例如，一个或更多光学元件可以包含可以增加激发光束335直径到所需值的三透镜光束扩展器。替代地，一个或多个光学元件可以减少激发光束335的直径到所需值。另外，光束调节器/扩增器330的一个或多个光学元件可以进一步调节激发光束335的一个或多个性质以提供其他合乎需要的特征，例如提供本领域技术人员称作平面波阵面的给物镜345。有合乎需要特征的激发光束335然后可以退出光束调节器/扩增器330并继续沿着可以再次被一个或多个转角反射镜324重定向的光路指向激发滤色片325。
滤色片325可能用来除去或阻断通常不必定包含的波长在激发波长之外的光，例如，源320不产生这些无关的波长的光。然而，在一些应用中利用便宜的源是合乎需要的，并且光过滤方式是比设计源以避免产生这样的无关发射便宜的。在一些实施例中，滤色片325允许一个或多个激发波长的光全部或主要的部分穿过而不影响激发光束335其他的特征，例如通过光束调节器/扩增器330修改的合乎需要的特征。此外，许多滤色片325也可以与滤光轮或其他的有选择地变换光路中所需的滤色片的装置相关。
在退出滤色片325之后激发光束335可以被引导沿着光路到达激光衰减器333。激光衰减器333可以提供调整激发光束335的功率电平的装置。在一些实施例中，衰减器333可以例如包括可变中性密度滤光器。本领域技术人员将理解中性密度滤光片，例如吸收性的，金属的，或其他类型的中性密度滤光片，可以被用来减少允许通过的光量。光减少的量可以取决于滤色片强度，例如，随着密度增加，允许通过的光减少。中性密度滤光片可以另外包含密度梯度。例如，描述的本实施例可以包含包括有密度梯度的中性密度滤光片的激光衰减器333。在应用272和/或固件472控制下工作的衰减器333可以利用根据光路改变中性密度滤光片的位置的步进马达。中性密度滤光片因此根据相对于光路的滤色片梯度位置减少允许通过的光量，至少部分地。在本例子中，激发光束的功率电平被激光功率监视器310调节，其在下文中描述，并可以动态地调节到所需的水平。
一些实施例可以包含一个或多个遮光器设备334。一些设备可以在扫描器100内一个或多个位置沿着光路包含位置遮光器334，使得遮光器334提供阻止所有激发光到达探针阵列的方式，并且一些设备另外阻止全部激发光到达激光功率监视器310。遮光器334可以利用各种方法完全地阻止激发光束335。例如遮光器334利用应用272和/或固件472控制的马达以延伸/收缩可以能够基本上阻断全部来自源320的光例如激发光束335的由金属，塑料或其他的适当的材料建造的固体障碍。遮光器334可以被用于各种目的，例如，阻断全部来自一个或多个光电探测器或监视器，包括检测器315和功率监视器310的光。在本例子中，光阻断可以被用于对从许多可能的源，例如一个或多个光电探测器，电干扰，或其他本领域技术人员所知的噪声源产生的“无光电流”或本地噪声进行测量并调节的校准方法。
放置在光路中例如衰减器333和/或遮光器334后的扫描器光学器件和检测器200的元件可以包括二色分光镜336。本领域技术人员将理解二色分光镜，同时通常称为分色镜，可以包含对某一波长范围的光有非常强的反射的光学器件，并允许光在一个或多个其他波长范围透射通过光束分离器或反射镜。在一些实施例中，光束分离器336还可以包含几何学的光束分离器，其中光束分离器336的一部分表面对全部光或特定波长范围的光是反射性的，剩余部分是对光可透过的。同时，二色分光镜336的一些实施例可以反射特定的波长光的百分比并允许剩余的百分比透射。例如，二色分光镜336可以引导大部分激发光束，如激发光束335’所示的，沿着指向物镜345的光路，而允许小部分不反射的激发光束335穿过光束分离器336，如图3部分的激发光束337所示。在本例子中，部分激发光束337为测量激发光束335功率电平，并提供对于应用272和固件472的反馈的目的穿过二色分光镜336到激光功率监视器310。应用272和/或固件472必要时可以对如上所述的激光衰减器333的功率电平进行调节。
监视器310可以是任何各种现有的检测部分激发光束337的装置，比如提供检测的光代表性的电信号的硅检波器，光电二极管，电荷耦合器件，光电倍增管，或任何其他的提供现有的或将来可以发展的指示检测光的信号的检测装置。如图3所示，检测器310产生代表来自部分激发光束337的已检测的信号的激发信号294。按照已知的方法，激发信号294的幅度，相位或其他的特征被设计成能根据激发光束335的功率以已知的或能测定的方式改变。术语“功率”在这里指光束335引起发射的能力。例如，光束335的功率泛指每单位时间的光子数量或能量，并一般可以是按毫瓦激光能量根据其中激光能量激起荧光信号的图解的例子计量的。因此，激发信号294包含代表在特定时间或时间周期内光束335的功率的值。应用272和/或固件472可以接收信号294用于评价，并如上所述必要时进行调节。
在从光束分离器336反射之后，在一些实施例中激发光束335’可以继续沿着光路被引导通过潜望镜反射镜338，转角反射镜340，和臂末端转角反射镜342到物镜345。在图解的设备反射镜338，340和342可以具有与转角反射镜324相同的反射性质，并在一些设备中可以与转角反射镜324互换使用。
图解的设备中透镜345可以包含位于臂末尾的小的，轻型透镜，其由围绕垂直于平面的轴的电流计驱动，由galvo转动349表示。在一个实施例中，透镜345将激发光束335’向下聚集到最佳焦平面的指定点大小，其可以例如包含3.5μm斑点大小。galvo转动349在基片产生物镜345的的圆弧移动，提供被称为弧形路径的，在此处还可以称为“扫描线”，其上一般地已经合成或已经沉积生物材料。该弧形路径可以，例如，在基片上以36度圆弧移动。根据众所周知的原理，与生物材料相关的一个或多个荧光团在特征波长发射光束352。该术语“荧光团”通常指吸收特定波长的能量和重发射不同的波长的能量的分子。例如，激发光束335’可以通过物镜345聚集到点，并在特定的轴根据探针阵列140转化，从而提供沿着该轴的探针特征的激发能。转化另外的装置还可以包含声圈，回转反射镜，或其他本领域技术人员所知的装置。
图解的例子中的发射光束352沿着激发光束335’的反向光路直到到达二色分光镜336。根据公知的技术和原理，选择光束分离器336的特征以便光束352(或它的一部分)穿过反射镜而不被反射。然后发射光束352被引导沿着所需的光路到达滤光轮360。
在一个实施例中，可以提供滤光轮360以滤出发射光束352的在一个或多个特定的荧光团发射光谱外的光谱成分。该术语“发射光谱”泛指荧光团的一个或多个特征性的发射波长或波长范围，其响应于激发光束335。在一些设备中滤光轮360能够容纳许多各自可以调到对应于不同的荧光团的发射光谱的不同波长的滤色片。滤光轮360可以包含用于将轮转到所需的滤色片在发射光束352内的位置的机构。该机构可以包含马达或其它的用于转动或转化的装置，其可以响应于来自应用272和/或固件472的指令。例如，来自源320的激发光束335可以包含一个或多个可以包含大的波长范围的波长，所述波长可以激发一个或多个荧光种类，而各荧光种类在其发射光谱吸收的和重发射的能量的值是它的消光系数和光束335的功率电平的函数。在本例子中，滤光轮360可以关于发射光束352的光路转化以放置滤色片，其与特定的荧光种类的发射光谱互补以从发射光束除去发射光谱之外的光组分。不合需要的光组分的源可以包含由其他的荧光种类产生的，从玻璃，胶，或其他的与探针阵列140的壳体有关的元件，或其他本领域技术人员所知的源发射的不合需要的荧光。
作为另外的例子，生物学探针阵列试验可以在探针阵列140的相同的设备上进行，其中使用可以被单个源激发的各个具有不同发射光谱的荧光种类。在本例子中，可以使用具有相同的激发波长但是具有不同的发射谱特性的多个荧光种类，可以通过本领域人员公知的那些方法如荧光共振能量转移(FRET)，或半导体纳米晶体(有时地称为量子点)生产，其在下面结合系统增益调节进行了详细的论述。本领域技术人员将认识到当在相同分子中存在两个荧光种类时可以实现FRET。一个荧光团的发射波长与第二个荧光团的激发波长重叠，导致来自第二个荧光团的发射波长(该发射波长是使用激发波长的荧光团类别非典型性的)。同时，量子点是可调节的使得可以使用多个各自在特定波长激发但具有不太的特征性发射光谱的量子点种类。因此，通过使用单波长激发光束有可能获得截然不同的发射，使得可以在单个实验中标记中标记探针阵列的不同特征。在本例子中，滤光轮可以包括与探针阵列140有关的各荧光种类互补的滤色片。结果可以包括过滤的发射光束354，其是被所需的滤色片或滤色轮过滤的发射光束352的表示。
在其它设备中，在光路中与举例的那个相似的多激发源320(或一个或多个可调波长激发源)和对应的多光学器件可以用于以多波长同时扫描。利用多发射波长的扫描系统的另外的例子描述于U.S.专利6,490,533，标题为“System，Method，and Product For Dynamic NoiseReduction in Scanning of Biological Materials(用于生物材料扫描动态降噪的系统，方法和产品)”，于2001年12月3日提交；U.S.专利6,650,411，标题为“System，Method，and Product for Pixel Clocking in Scanning ofBiological Materials(用于生物材料扫描的像素计时的系统，方法和产品)”，于2001年12月3日提交；和U.S.专利6,643,015，标题“System，Method，and Product for Symmetrical Filtering in Scanning of BiologicalMaterials(用于生物材料扫描中对称过滤的系统，方法和产品)，于2001年12月3日提交；各自在此以全文引作多功能参考。
根据本领域技术人员公知的技术，包括共聚焦显微镜，光束354可以通过各种光学元件例如透镜365聚焦并通过示例性的针孔367，缝隙，或其他的元件。根据已知的技术，针孔367被定义为在基片368上的开口或缝隙并包括其，并将其安置使得其拒绝来自物镜透镜345的焦平面之外的焦平面的光线(即失焦的光线)，并从而提高得到图像的分辨率。
在一些设备中，针孔367可以是沿着光路可双向移动的。本领域技术人员将能够理解，合适安置针孔367以拒绝失焦光线依赖于光束354的发射光谱和针孔367的直径。本领域技术人员将认识到在许多的实施例中，降低针孔367的直径以使所需的焦平面的大小最小化以降低检测的信号中“背景”噪声的水平是合乎需要的。针孔367可以通过马达或其他的装置在应用272和固件472的控制下移动到对应于被扫描的荧光种类的发射光谱的位置。在相同或另外的实施例中，如果这些波长彼此相对来说是相似的，针孔367可以包括足够大的直径以适应数个荧光种类的发射光谱的波长，尽管如上所述增加针孔的直径可能具有负面的结果。此外，针孔367的一些实施例可以包括“虹膜”类型的孔隙，其扩张和收缩使得孔或缝隙的直径足够使得在焦平面所需波长的光线通过而拒绝本失焦的光线。
作为选择的是，一些实施例可以包括一系列针孔367。例如，例如，可以具有与探针阵列140相关的各荧光种类有关的针孔367的设备。各针孔367的设备可以放置在合适的位置以拒绝对应与其相关的荧光团的失焦的光线。各针孔367的设备可以安装在可转移的台，可旋转的轴，或其他移动针孔的装置上以将针孔367移进或移出光路。在本例子中，对应于待扫描的荧光种类的针孔367的设备被放置在光路中，处于应用272或固件472的控制下，而其他的针孔367的设备被安置在光路外，从而允许光路中的针孔367的设备拒绝失焦的光线。
在通过针孔367之后，对应于焦平面的过滤的发射光束的一部分，(由过滤的发射光束354’所表示)，继续沿着所需的光路前进并撞击到检测器315上。
与激发检测器310相似，发射检测器315可以是提供表示检测的光的电信号的硅片检测器，或可以是光电二极管，电耦装置，光电倍增管，或其他目前可获得或将来可获得的用于提供检测的光特征性的信号的装置。检测器315以上述与检测器产生激发信号294有关的方式产生信号292，在一些实施例中其包括与代表滤过的光束354’的光子数量或强度相关的值。信号292和激发信号294可以被提供给应用272和/或固件472用于如上所述的处理。
颜色校正透镜365’：如上所示，扫描器100的一些实施例可以响应于提供单个源320的设备产生的单波长激发光，来检测多波长发射光。例如，一些设计用于探针阵列140的设备的分析可以包括用于区分不同的元件的标记物的多荧光种类，例如基因类型分析，其中各荧光种类可以与具体的核酸相关。在本例子中，可以有四种不同的发射光谱，各自对应于与四种核酸种类之一相关的标记物，使得明确鉴定序列中核酸组合物的存在。
本领域技术人员将认可各发射光谱可以包括包含具有对光谱的最高传输效率的峰值波长，从而提供对激发光的输入功率最大百分比的发射强度。此外，光学组件通常显示波长依赖的性质，例如与各波长通过透镜时折射指数相关的色差。术语“色差”通常指在透镜的焦距上波长依赖性的差异，其中例如当穿过相同的透镜时，蓝光(包括短波长范围)将聚焦在与红光(包括长波长范围)不同的点上。色差的一个例子显示于图5A，其示例3个不同波长510，520和530，各自具有基于焦距的不同焦点和与将光线聚焦在针孔有关的透镜365相关的色差。在本例子中，焦点535与波长530相关，并基本集中在针孔367之前，焦点550与波长520相关，并集中在针孔367的平面，与波长510(未显示)相关的焦点基本集中在针孔367之后。
此外，图5A的例子显示包含各波长510，520和530的光束，当它们撞击到透镜365时各自具有不同的直径，这可以包括例如与物镜透镜345相关的色差效应的效果。在本例子中，波长510，520和530的焦距差异的效果还可以包括被称为球面像差效应的效应，其中靠近球面透镜边缘的折射指数与透镜中央的折射指数不同，透镜中央的折射指数的效应与波长无关。
图5B显示颜色校正透镜365’其中波长510，520和530的色差和球差都被校正到具有相同的焦点650，而焦点650基本位于与定义针孔的基片368的轴平行的相同平面。本领域技术人员将理解颜色校正透镜365’与通常称作真消色差透镜的能补偿色差的透镜是不一样的，因为透镜365’同时校正色差和球面像差效应。例如，消色差透镜通常可以靠近光路起点使用，并可以，例如是整个系统“消色差”的物镜透镜345的设备。这种设备的缺点在于消色差透镜通常是大的多元件透镜，与小体积的并用于以恒定的速度穿过用于获得像素数据的线的所谓的“快”轴的快速转换的优选的物镜透镜345的设备相比，其包括相对大的体积。
透镜365’的实施例可以基本位于光路的末端，该透镜将多波长的发射光束354聚焦到针孔367，其中透镜365’基本保持扫描器100的“共聚焦性”以及利用一组或多组透镜元件校正折射指数波长依赖的差异以及空间依赖的差异。各透镜元件可以具有对各波长作用的不同的折射指数，并将波长依赖的直径与当其离开最后一个透镜组件时具有相同焦距的各波长的结果关联起来。因此，透镜365’补偿与各波长有关的空间和波长依赖的性质的组合，使得各波长的焦距相同。在本例子中，当各波长是已知的和有区别的并可以被透镜365’校正时，可以采用4个波长。
图5C提供用于颜色校正的多个透镜实施例作为透镜365”。透镜365”可以包括例如防护外源物体和阻断不需要的光线的壳体590，和各自包括一个或多个透镜元件例如元件563和565的多透镜组件560的元件。在示例的例子中，透镜365”的透镜元件可以是相同的，各自包括相同的元件并协同工作以提供与上述透镜365’相同的功能。
各透镜组件560可以包括多个透镜元件例如元件563和563，其各自提供可以被一个或多个参数定义的特定光学性质。参数可以包括玻璃组成，其中特定玻璃类型可以具有所需的特定折光指数，特别是在探针阵列分析中采用的多波长相关的所需的特定折光指数。例如，在一些实施例中元件563可以包括N-SK5光学玻璃且元件565可以包括N-SF57光学玻璃。
此外，其他的因素，例如各元件的半径和厚度能影响光学性质。例如，元件563可以包括半径573，其能够在一些设备中包括前缘(即，光线进入透镜的那一侧)，其半径为14.841mm±0.05mm而具有14.3mm的颜色的孔隙；和后缘(即光线离开透镜的那一侧)，其半径575在一些实施例中可以包括半径23.629mm±0.05mm而具有的颜色孔隙为13.5mm。同样在本例子中，元件565可以包括与半径575互补的半径，使得元件563和565在元件间连接而没有空隙或缺口。元件565还可以包括半径577，其在一些设备中可以包括30.500mm±0.05mm的后缘半径和12.5mm的颜色孔隙。在描述的本例子中，各半径可与从中央线595测量。
接着上面的例子，各元件563和565可以包括也影响它们的光学性质的尺度例如厚度特征(在上述半径的圆点测量)，例如元件563可以包括5.4725mm±0.1mm的厚度且元件565可以包括厚度2.0mm±0.1mm。此外，透镜365”可以包括16.0mm+0.25mm的直径。另外，组件560(示出为间隔580)的设备之间的间距也是重要的，例如间距580可以包括1mm的距离。
系统增益调节：在一些实施例中，调节扫描器100的一个或多个增益元件可以是具有优点的，其可以在一些实施例中包括设定传输到探针阵列140的激发光束335的功率到优选提供对应于来自特定荧光种类的最佳信噪比的功率电平(即，最大发射信号对最低背景噪声)。例如，一些分析可以采用荧光标记物，例如半导体纳米晶体(有时称为量子点)。本领域技术人员将理解半导体纳米晶体包括对应某范围激发波长的荧光的生产元件。半导体纳米晶体具有一些有用的性质，包括对光漂白的高度抗性，和生产者能够基于某些性质，例如元件的大小调整各半导体纳米晶体的激发和发射光谱。在本例子中，对纳米晶体的实施例而言各半导体纳米晶体种类具有特征性的吸收光谱，其中光线的光子能以依赖于称作给定的激发波长的消光系数的比例被吸收。在本例子中，提供给定激发波长的激发光束335的优选功率电平是合乎需要的，其在本例子中包括波长532nm，其基本饱和荧光团/半导体纳米晶体种类以使荧光发射的水平最大化而基本不超过优选的功率电平。当超过优选的功率电平时，来自焦平面的荧光种类的信号被饱和并不再提供另外的发射信号，但由于来自过量功率的激发可能遇到来自焦平面以外的不需要的发射，其可以促进背景噪声的增加，并从而快速恶化最佳信噪比。在一些情况下，不需要的发射可以以基本线性的增加率增加以超过输入功率。本领域技术人员将理解由于各荧光团/半导体晶体种类在给定的激发波长可以包含特征性的消光系数，各个这样的实施例还可以包括激发光束335的优选功率电平以达到饱和。此外，本领域技术人员将理解上述的例子不应当限制为半导体纳米晶体而其他的荧光种类也可以如前所述被使用。
本发明的一些实施例包括调整分析中各个荧光种类的激发光束335的功率，使得检测的发射最大化并可以彼此相互比较。图6显示增益调节的示例的方法，其包括设定待扫描的相关的荧光团类型的激发光束335的激发功率到最佳功率电平。如前所述，例如激发功率电平的数据，其他与各荧光团类型相关的数据可以以机器可读取的形式编码，该编码形式例如条形码，RFID标签，磁条等附于探针阵列140的基片，或附于探针阵列140的相关盒或壳体的方式；和/或用于与一种或多种标志物相关并保存在实验数据277，库文件274，和/或扫描器参数数据477中。功率电平或其他数据可以通过仪器控制和图像分析应用272和/或扫描器固件472或其任意的组合所获得和使用。光束335的功率电平可以通过调整源320的输入功率而调节，通过激光衰减器335或被其他本领域已知的方法而衰减。
步骤620显示扫描和收集来自所需的荧光种类检测的发射其包括信号292的步骤。不同的实施例有不同的扫描方法，其中在一个实施例中，可以使用设定的功率电平扫描探针阵列140的整个区域，或者有利的是其可以在以下实施例中以逐行形式扫描，或进一步一些实施例中可以包括调整功率和以像素方式扫描或以两个或多个像素的方式，或探针阵列140的其他子区域的方式扫描。步骤630包括确定元件，分析是否在待扫描的单位区域(即，行，像素等)包括待扫描的附加的荧光团。如果有，则该方法返回到步骤610，并设定下一个荧光团的光束335的功率。
例如，四种半导体纳米晶体可以用于探针阵列140的分析中，各自被532nm波长激发。应用272或固件47可以转化合适的滤色片到光路中并设定第一荧光种类的激发功率到预定的电平，例如发射705nm波长的第一荧光种类的电平0.3mW并引发如前所述对探针阵列140的扫描，收集得到的发射强度数据。相似的，应用272或固件472对剩下的荧光种类重复以上过程，例如可以包括对在655nm波长发射的第二种类的功率电平2mW；在605nm波长发射的第二种类的功率电平6mW；和在565nm波长发射的第二种类的功率电平6mW。结果可以包括四组数据，每一种类之一表示包括各组数据的荧光种类，该数据可以随后组合到表示所有从探针阵列140获得的数据的单个图像中。
本领域技术人员将理解使用相同的激发光波长可以在相关的分析中激发各荧光团种类，并随后产生非选择的波长的发射，其可以引入噪声并阻碍来自选择的荧光团的发射数据的分析。本发明的实施例包括滤色轮360中的特定的滤色片，其允许选择的波长或波长范围透过，而不允许其他的透过。另外，对一些对给定的激发波长具有不同消光系数的荧光种类，只有在优选的功率电平被激发的荧光团产生最佳发射强度，而所有其他种类将产生低的强度水平。例如，滤色轮360可以在光路中放置第一滤色片，其对应于第一发射波长，其中只有对应于与分析有关的荧光种类的发射的第一波长穿过检测器315，对应于其他荧光团的发射被拒绝。在本例子中，当在步骤610中设定激发功率电平时，合适的滤色片可以被应用272或固件472放置在光路中。同时，滤色轮360中的滤色片数据，滤色片位置和其他的滤色片相关信息可以被储存和被从实验数据277，库文件274和/或扫描器参数数据477中检索。
在描述不同的实施例和实现方法之后，本领域技术人员明显可知前述仅由数个例子代表的内容只是示例性的而非限制性的。在示例的实施例中赋予不同的功能元件功能的许多其他的方案是可能的。任何元件的功能可以在另外的实施例中以不同的方式完成。
此外，一些元件的功能可以，在另外的实施例中，通过更少的，或单个元件来完成。相似地，在一些实施例中，任何功能元件可以与示例的实施例中描述的那些相比执行更少的，或不同的操作。此外，为示例的目的清楚显示的功能元件可以在具体的实现方法中结合到其他的功能元件中。此外，功能或功能的部分的顺序通常可以改变。某些功能元件，文件，数据结构等可以在示例的实施例中描述与位于特定计算机的系统内存中。在另外的实施例中，然而，它们可以位于或分布于共同定位和/或彼此远程的计算机系统或其他平台中。例如，任何描述于共同定位和对服务器或其他的计算机是“本地”的一个或多个数据文件或数据结构可以位于与对服务器是远程的一个或多个计算机系统。另外，本领域技术人员将理解在功能元件和不同的数据结构之间的控制和数据流可以以很多方式变化而不同于上述的或此处引作参考的文献中的控制和数据流。更具体地，中间功能元件可以引导控制或数据流，和不同元件的功能可以组合，划分或另外重新安排以允许为其他目的的平行处理。此外，可以使用中间数据结构或文件且各种描述过的数据结果或文件可以组合或另外组织。许多其他的实施例，及其修改形式，被认为落入权利要求书及其等效物限定的本发明的范围中。

Claims (54)

1.一种调整用于多个荧光团种类的生物探针阵列扫描器的系统增益的方法，其包括：
(a)设定包含第一功率电平的激发波长的激发光束，该第一功率电平的激发波长响应于第一荧光团种类引起最佳信噪比；
(b)用激发光束扫描生物探针阵列；
(c)设定包含不同于第一功率电平的第二功率电平的激发波长的激发光束，该第二功率电平的激发波长响应于第二荧光团种类引起最佳信噪比；和
(d)用激发光束扫描生物探针阵列。
2.如权利要求1所述的方法，进一步包括：
(e)设定包含不同于第一和第二功率电平的第三功率电平的激发波长的激发光束，该第三功率电平的激发波长响应于第三荧光团种类引起最佳信噪比；
(f)用激发光束扫描生物探针阵列；
(g)设定包含不同于第一、第二和第三功率电平的第四功率电平的激发波长的激发光束，该第四功率电平的激发波长响应于第四荧光团种类引起最佳信噪比；和
(h)用激发光束扫描生物探针阵列。
3.如权利要求2所述的方法，其中：该第一、第二、第三和第四功率电平分别包括0.3mW、2mW、3mW和6mW。
4.如权利要求1所述的方法，其中：
该扫描步骤(b)和(d)包括响应于激发光束收集信号。
5.如权利要求1所述的方法，其中：
该激发波长包括532nm。
6.如权利要求1所述的方法，其中：
该最佳信噪比包括来自荧光团种类的最高量信号与最低水平的背景噪声的比例。
7.如权利要求1所述的方法，其中：
该第一和第二荧光团种类包括半导体纳米晶体。
8.如权利要求2所述的方法，其中：
该第三和第四荧光团种类包括半导体纳米晶体。
9.如权利要求8所述的方法，其中：
该第一、第二、第三和第四荧光团种类包括分别在705nm、655nm、605nm和565nm的特征波长发射光的四种荧光团种类。
10.如权利要求1所述的方法，其中：
该第一功率电平基本上激发第一荧光团种类而基本上不激发来自焦平面之外的另外的荧光团种类，且该第二功率电平基本上使第二荧光团种类饱和而基本上不激发来自焦平面之外的另外的荧光团种类。
11.如权利要求1所述的方法，其中：
该第一功率电平与第一荧光团种类的特征性消光系数相关，而该第二功率电平与第二荧光团种类的特征性消光系数相关。
12.如权利要求1所述的方法，其中：
该第一和第二荧光团种类包括半导体纳米晶体种类。
13.如权利要求1所述的方法，其中：
设定第一和第二功率电平的步骤包括控制输入到激光源的功率。
14.如权利要求1所述的方法，其中：
设定第一和第二功率电平的步骤包括减弱激发光束。
15.一种用于扫描多个荧光团种类的系统，其包括：
进行储存以在计算机的系统内存中执行的设备控制应用，其中该应用执行的方法包括：
(a)设定包含第一功率电平的激发波长的激发光束，该第一功率电平的激发波长响应于来自第一荧光团种类产生最佳信噪比；
(b)用激发光束扫描生物探针阵列；
(c)设定包含不同于第一功率电平的第二功率电平的激发波长的激发光束，该第二功率电平的激发波长响应于来自第二荧光团种类产生最佳信噪比；和
(d)用激发光束扫描生物探针阵列。
16.如权利要求15所述的系统，其中该方法进一步包括：
(e)设定包含不同于第一和第二功率电平的第三功率电平的激发波长的激发光束，该第三功率电平的激发波长响应于来自第三荧光团种类产生最佳信噪比；
(f)用激发光束扫描生物探针阵列；
(g)设定包含不同于第一、第二和第三功率电平的第四功率电平的激发波长的激发光束，该第四功率电平的激发波长响应于来自第四荧光团种类产生最佳信噪比；和
(h)用激发光束扫描生物探针阵列。
17.如权利要求16所述的系统，其中：
该第一、第二、第三和第四功率电平分别包括0.3mW、2mW、3mW、和6mW。
18.如权利要求15所述的系统，其中：
该扫描步骤(b)和(d)包括响应于激发光束收集信号。
19.如权利要求15所述的系统，其中：该激发波长包括532nm。
20.如权利要求15所述的系统，其中：
该最佳信噪比包括来自荧光团种类的最高量信号与最低水平的背景噪声的比例。
21.如权利要求15所述的系统，其中：
该第一和第二荧光团种类包括半导体纳米晶体。
22.如权利要求16所述的系统，其中：
该第三和第四荧光团种类包括半导体纳米晶体。
23.如权利要求22所述的系统，其中：
该第一、第二、第三和第四荧光团种类包括分别在705nm、655nm、605nm和565nm的特征波长发射光的四种荧光团种类。
24.如权利要求15所述的系统，其中：
该第一功率电平基本上激发第一荧光团种类而基本上不激发来自焦平面之外的另外的荧光团种类，且该第二功率电平基本上使第二荧光团种类饱和而基本上不激发来自焦平面之外的另外的荧光团种类。
25.如权利要求15所述的系统，其中：
该第一功率电平与第一荧光团种类的特征性消光系数相关，而该第二功率电平与第二荧光团种类的特征性消光系数相关。
26.如权利要求15所述的系统，其中：
该第一和第二荧光团种类包括半导体纳米晶体种类。
27.如权利要求15所述的系统，其中：
设定第一和第二功率电平的步骤包括控制输入到激光源的功率。
28.如权利要求15所述的系统，其中：设定第一和第二功率电平的步骤包括减弱激发光束。
29.一种生物探针阵列扫描器，其包括：
激发源，其产生包含第一波长的激发光束；
光学器件，其在与生物探针阵列相关的多个荧光团种类上引导激发光束，其中每个荧光团种类响应于激发光束以特征波长发射光；和
透镜，其将每个特征波长聚焦到焦点，其中该透镜补偿与每个特征波长的波长效应和空间效应相关的焦距差值。
30.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该激发源包括激光。
31.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该激发源选自由白炽源、发光二极管、卤光源、氙光源、水银蒸气光源和X射线源，和金属卤化物光源组成的组。
32.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该第一波长和每个特征波长是不同的波长。
33.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该第一波长包括532nm。
34.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该荧光团种类包括半导体纳米晶体。
35.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
多种荧光团种类包括分别在705nm、655nm、605nm和565nm的特征波长发射光的四种荧光团种类。
36.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该焦点包括基本上在针孔平面的点。
37.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该针孔由拒绝没有聚焦到针孔的光的基片定义。
38.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该波长效应包括色差效应。
39.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该空间效应包括球面像差效应，其中每个特征波长包括透镜上的不同直径。
40.如权利要求29所述的生物探针阵列扫描器，进一步包括：
检测器，其产生用于每个特征波长的信号数据。
41.如权利要求40所述的生物探针阵列扫描器，其中：
该信号数据包括用于每个特征波长的一个或多个强度值。
42.一种用于补偿焦距差值的方法，包括：
产生包含第一波长的激发光束；
在与生物探针阵列相关的多个荧光团种类上引导激发光束，其中每个荧光团种类响应于激发光束以特征波长发光；和
将每个特征波长聚焦到焦点，其中该聚焦补偿与每个特征波长的波长效应和空间效应相关的焦距差值。
43.如权利要求42所述的方法，其中：
该激发光束由激光产生。
44.如权利要求42所述的方法，其中：
该激发光束由选自由下列光源组成的组的光源产生：白炽源、发光二极管、卤光源、氙光源、水银蒸气光源、X射线源和金属卤化物光源。
45.如权利要求42所述的方法，其中：
该第一波长和每个特征波长是不同的。
46.如权利要求42所述的方法，其中：
该第一波长包括532nm。
47.如权利要求42所述的方法，其中：
该荧光团种类包括半导体纳米晶体。
48.如权利要求42所述的方法，其中：
该多种荧光团种类包括分别在705nm、655nm、605nm和565nm的特征波长发射光的四种荧光团种类。
49.如权利要求42所述的方法，其中：
该焦点包括基本在针孔平面的点。
50.权利要求49的方法，其中：
该针孔由拒绝没有聚焦到针孔的光的基片来定义。
51.如权利要求42所述的方法，其中：
该波长效应包括色差效应。
52.如权利要求42所述的方法，其中：
该空间效应包括球面像差效应，其中每个特征波长包括在透镜的不同直径。
53.如权利要求42所述的方法，进一步包括：
产生用于每个特征波长的信号数据。
54.如权利要求53所述的方法，其中：
该信号数据包括用于每个特征波长的一个或多个强度值。
CNA2005101193750A 2004-10-29 2005-10-31 使用单源激发的多波长检测系统、方法和产品 Pending CN1793863A (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US62339004P 2004-10-29 2004-10-29
US60/623,390 2004-10-29

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN1793863A true CN1793863A (zh) 2006-06-28

Family

ID=35660592

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CNA2005101193750A Pending CN1793863A (zh) 2004-10-29 2005-10-31 使用单源激发的多波长检测系统、方法和产品

Country Status (4)

Country Link
US (2) US7682782B2 (zh)
EP (1) EP1655598A3 (zh)
CN (1) CN1793863A (zh)
CA (1) CA2524724A1 (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107478629A (zh) * 2017-09-04 2017-12-15 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 一种大面积数字pcr微滴荧光高通量检测装置和方法
CN115712201A (zh) * 2022-11-04 2023-02-24 无锡鑫巨宏智能科技有限公司 一种无源耦合系统及耦合方法

Families Citing this family (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8351026B2 (en) 2005-04-22 2013-01-08 Affymetrix, Inc. Methods and devices for reading microarrays
US20070035381A1 (en) * 2005-08-15 2007-02-15 Davis Michael L Photon authenticated rfid transponder
US8152069B2 (en) * 2007-12-28 2012-04-10 Metrologic Instruments, Inc. Dual focus imaging based symbology reading system
JP2011229625A (ja) * 2010-04-26 2011-11-17 Fujifilm Corp 内視鏡装置
JP2011229603A (ja) * 2010-04-26 2011-11-17 Fujifilm Corp 内視鏡装置
DE102011083847A1 (de) * 2011-09-30 2013-04-04 Carl Zeiss Microscopy Gmbh Mikroskop für die Weitfeldmikroskopie
KR101456683B1 (ko) * 2013-01-04 2014-11-06 서울대학교산학협력단 폐암 진단용 마커
EP2951313B1 (en) 2013-01-31 2018-03-07 Metabolon, Inc. Biomarkers related to insulin resistance progression and methods using the same
JP2014145773A (ja) * 2014-04-03 2014-08-14 Rsp Systems As 光信号を生体内測定するための光学プローブ
BE1025622B1 (fr) * 2017-10-04 2019-05-08 Unisensor Dispositif de lecture optique matricielle d’un support solide amovible pour la détection et/ou la quantification d’analytes présents dans un échantillon
WO2019068806A1 (fr) * 2017-10-04 2019-04-11 Unisensor Moyen de diagnostic pour la détection et/ou la quantification d'une pluralité d'analytes présents dans un échantillon
BE1025623B1 (fr) * 2017-10-04 2019-05-08 Unisensor Dispositif de lecture optique à la carte d’un support solide amovible pour la détection et/ou la quantification d’analytes présents dans un échantillon

Family Cites Families (146)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US483812A (en) 1892-10-04 Fritz g
US493495A (en) 1893-03-14 Lantern
US4437975A (en) 1977-07-20 1984-03-20 Mobil Oil Corporation Manufacture of lube base stock oil
US5171534A (en) 1984-01-16 1992-12-15 California Institute Of Technology Automated DNA sequencing technique
US5242794A (en) 1984-12-13 1993-09-07 Applied Biosystems, Inc. Detection of specific sequences in nucleic acids
US4965188A (en) 1986-08-22 1990-10-23 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences using a thermostable enzyme
US5333675C1 (en) 1986-02-25 2001-05-01 Perkin Elmer Corp Apparatus and method for performing automated amplification of nucleic acid sequences and assays using heating and cooling steps
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4800159A (en) 1986-02-07 1989-01-24 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or cloning nucleic acid sequences
IL86724A (en) 1987-06-19 1995-01-24 Siska Diagnostics Inc Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences
JP2774121B2 (ja) 1987-07-31 1998-07-09 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ リーランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティ 標的ポリヌクレオチド配列の選択的増幅
JP2650159B2 (ja) 1988-02-24 1997-09-03 アクゾ・ノベル・エヌ・ベー 核酸増幅方法
CA1340807C (en) 1988-02-24 1999-11-02 Lawrence T. Malek Nucleic acid amplification process
US4988617A (en) 1988-03-25 1991-01-29 California Institute Of Technology Method of detecting a nucleotide change in nucleic acids
KR0148265B1 (ko) 1988-12-16 1998-10-15 에프.지이.엠 헤르만스 자가-지속 서열 복제 시스템
US5856092A (en) 1989-02-13 1999-01-05 Geneco Pty Ltd Detection of a nucleic acid sequence or a change therein
US6309822B1 (en) 1989-06-07 2001-10-30 Affymetrix, Inc. Method for comparing copy number of nucleic acid sequences
US5242974A (en) 1991-11-22 1993-09-07 Affymax Technologies N.V. Polymer reversal on solid surfaces
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5527681A (en) 1989-06-07 1996-06-18 Affymax Technologies N.V. Immobilized molecular synthesis of systematically substituted compounds
US5547839A (en) 1989-06-07 1996-08-20 Affymax Technologies N.V. Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection
US6040138A (en) 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
US6379895B1 (en) 1989-06-07 2002-04-30 Affymetrix, Inc. Photolithographic and other means for manufacturing arrays
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US6346413B1 (en) 1989-06-07 2002-02-12 Affymetrix, Inc. Polymer arrays
US5424186A (en) 1989-06-07 1995-06-13 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis
US5871928A (en) 1989-06-07 1999-02-16 Fodor; Stephen P. A. Methods for nucleic acid analysis
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5252743A (en) 1989-11-13 1993-10-12 Affymax Technologies N.V. Spatially-addressable immobilization of anti-ligands on surfaces
US5494810A (en) 1990-05-03 1996-02-27 Cornell Research Foundation, Inc. Thermostable ligase-mediated DNA amplifications system for the detection of genetic disease
AU8840091A (en) 1990-08-24 1992-03-17 University Of Tennessee Research Corporation, The Dna amplification fingerprinting
WO1992007095A1 (en) 1990-10-15 1992-04-30 Stratagene Arbitrarily primed polymerase chain reaction method for fingerprinting genomes
US6582908B2 (en) 1990-12-06 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Oligonucleotides
US5412087A (en) 1992-04-24 1995-05-02 Affymax Technologies N.V. Spatially-addressable immobilization of oligonucleotides and other biological polymers on surfaces
ATE293011T1 (de) 1991-11-22 2005-04-15 Affymetrix Inc A Delaware Corp Kombinatorische strategien für die polymersynthese
US5384261A (en) 1991-11-22 1995-01-24 Affymax Technologies N.V. Very large scale immobilized polymer synthesis using mechanically directed flow paths
US5324633A (en) 1991-11-22 1994-06-28 Affymax Technologies N.V. Method and apparatus for measuring binding affinity
US5550215A (en) 1991-11-22 1996-08-27 Holmes; Christopher P. Polymer reversal on solid surfaces
US5541061A (en) 1992-04-29 1996-07-30 Affymax Technologies N.V. Methods for screening factorial chemical libraries
US5491074A (en) 1993-04-01 1996-02-13 Affymax Technologies Nv Association peptides
EP0705271B1 (en) 1993-06-25 2002-11-13 Affymetrix, Inc. (a Delaware Corporation) Hybridization and sequencing of nucleic acids
US5858659A (en) 1995-11-29 1999-01-12 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection
US5837832A (en) 1993-06-25 1998-11-17 Affymetrix, Inc. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US6045996A (en) 1993-10-26 2000-04-04 Affymetrix, Inc. Hybridization assays on oligonucleotide arrays
US5631734A (en) 1994-02-10 1997-05-20 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for detection of fluorescently labeled materials
US5578832A (en) 1994-09-02 1996-11-26 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for imaging a sample on a device
US6090555A (en) 1997-12-11 2000-07-18 Affymetrix, Inc. Scanned image alignment systems and methods
WO1995030774A1 (en) 1994-05-05 1995-11-16 Beckman Instruments, Inc. Oligonucleotide repeat arrays
US5571639A (en) 1994-05-24 1996-11-05 Affymax Technologies N.V. Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks
EP0695941B1 (en) 1994-06-08 2002-07-31 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for packaging a chip
US6287850B1 (en) 1995-06-07 2001-09-11 Affymetrix, Inc. Bioarray chip reaction apparatus and its manufacture
US5795716A (en) 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
DE69530072T2 (de) 1994-12-08 2004-03-04 Molecular Dynamics, Sunnyvale System zur fluoreszenzabbildung unter verwendung eines objektivs mit makroabtastung
US5599695A (en) 1995-02-27 1997-02-04 Affymetrix, Inc. Printing molecular library arrays using deprotection agents solely in the vapor phase
US5959098A (en) 1996-04-17 1999-09-28 Affymetrix, Inc. Substrate preparation process
US5624711A (en) 1995-04-27 1997-04-29 Affymax Technologies, N.V. Derivatization of solid supports and methods for oligomer synthesis
US5545531A (en) 1995-06-07 1996-08-13 Affymax Technologies N.V. Methods for making a device for concurrently processing multiple biological chip assays
US5968740A (en) 1995-07-24 1999-10-19 Affymetrix, Inc. Method of Identifying a Base in a Nucleic Acid
US5733729A (en) 1995-09-14 1998-03-31 Affymetrix, Inc. Computer-aided probability base calling for arrays of nucleic acid probes on chips
US6300063B1 (en) 1995-11-29 2001-10-09 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection
US6147205A (en) 1995-12-15 2000-11-14 Affymetrix, Inc. Photocleavable protecting groups and methods for their use
US6361937B1 (en) 1996-03-19 2002-03-26 Affymetrix, Incorporated Computer-aided nucleic acid sequencing
US6114122A (en) 1996-03-26 2000-09-05 Affymetrix, Inc. Fluidics station with a mounting system and method of using
JP2000512744A (ja) 1996-05-16 2000-09-26 アフィメトリックス，インコーポレイテッド 標識材料を検出するシステムおよび方法
JP3756313B2 (ja) 1997-03-07 2006-03-15 武 今西 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体
US6368799B1 (en) 1997-06-13 2002-04-09 Affymetrix, Inc. Method to detect gene polymorphisms and monitor allelic expression employing a probe array
US6333179B1 (en) 1997-06-20 2001-12-25 Affymetrix, Inc. Methods and compositions for multiplex amplification of nucleic acids
US6188783B1 (en) 1997-07-25 2001-02-13 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a probe array chip design database
US6420108B2 (en) 1998-02-09 2002-07-16 Affymetrix, Inc. Computer-aided display for comparative gene expression
CA2299625A1 (en) 1997-08-15 1999-02-25 Affymetrix, Inc. Polymorphism detection utilizing clustering analysis
AU1287799A (en) 1997-10-31 1999-05-24 Affymetrix, Inc. Expression profiles in adult and fetal organs
US6013449A (en) 1997-11-26 2000-01-11 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services Probe-based analysis of heterozygous mutations using two-color labelling
US6495309B1 (en) * 1998-12-15 2002-12-17 E.I. Du Pont De Nemours And Company Polymeric film having a coating layer of a phosphonic acid group containing polymer
US6201639B1 (en) 1998-03-20 2001-03-13 James W. Overbeck Wide field of view and high speed scanning microscopy
US6269846B1 (en) 1998-01-13 2001-08-07 Genetic Microsystems, Inc. Depositing fluid specimens on substrates, resulting ordered arrays, techniques for deposition of arrays
US6407858B1 (en) 1998-05-14 2002-06-18 Genetic Microsystems, Inc Focusing of microscopes and reading of microarrays
US6428752B1 (en) 1998-05-14 2002-08-06 Affymetrix, Inc. Cleaning deposit devices that form microarrays and the like
US6185030B1 (en) 1998-03-20 2001-02-06 James W. Overbeck Wide field of view and high speed scanning microscopy
US6020135A (en) 1998-03-27 2000-02-01 Affymetrix, Inc. P53-regulated genes
US5936324A (en) 1998-03-30 1999-08-10 Genetic Microsystems Inc. Moving magnet scanner
US6472671B1 (en) 2000-02-09 2002-10-29 Jean I. Montagu Quantified fluorescence microscopy
US6185561B1 (en) 1998-09-17 2001-02-06 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing and expression data mining database
US6617583B1 (en) 1998-09-18 2003-09-09 Massachusetts Institute Of Technology Inventory control
US6306610B1 (en) 1998-09-18 2001-10-23 Massachusetts Institute Of Technology Biological applications of quantum dots
US6326144B1 (en) 1998-09-18 2001-12-04 Massachusetts Institute Of Technology Biological applications of quantum dots
US7079241B2 (en) 2000-04-06 2006-07-18 Invitrogen Corp. Spatial positioning of spectrally labeled beads
US6262216B1 (en) 1998-10-13 2001-07-17 Affymetrix, Inc. Functionalized silicon compounds and methods for their synthesis and use
AU2144000A (en) 1998-10-27 2000-05-15 Affymetrix, Inc. Complexity management and analysis of genomic dna
US6328144B1 (en) * 1998-11-18 2001-12-11 Honda Giken Kogyo Kabushiki Kaisha Inverted type of vehicular damper with vehicle height adjusting function
BR9916733A (pt) * 1999-01-02 2001-09-25 Aventis Pharma Gmbh Derivados de arilalcanoìla, processos para sua preparação, seu uso e composições farmacêuticas que os contêm
US6177248B1 (en) 1999-02-24 2001-01-23 Affymetrix, Inc. Downstream genes of tumor suppressor WT1
JP2002539849A (ja) 1999-03-26 2002-11-26 ホワイトヘッド インスチチュート フォアー バイオメディカル リサーチ ユニバーサルアレイ
US6171793B1 (en) 1999-04-19 2001-01-09 Affymetrix, Inc. Method for scanning gene probe array to produce data having dynamic range that exceeds that of scanner
US20010055764A1 (en) 1999-05-07 2001-12-27 Empedocles Stephen A. Microarray methods utilizing semiconductor nanocrystals
JP2002544488A (ja) 1999-05-07 2002-12-24 クアンタム ドット コーポレイション 半導体ナノクリスタルを用いて分析物を検出する方法
US6544732B1 (en) 1999-05-20 2003-04-08 Illumina, Inc. Encoding and decoding of array sensors utilizing nanocrystals
US6300070B1 (en) 1999-06-04 2001-10-09 Mosaic Technologies, Inc. Solid phase methods for amplifying multiple nucleic acids
US6218803B1 (en) 1999-06-04 2001-04-17 Genetic Microsystems, Inc. Position sensing with variable capacitance transducers
AU5875900A (en) 1999-06-18 2001-01-09 Genomic Solutions, Inc. An automated, ccd-based microarray imaging system
EP1190232A1 (en) * 1999-06-26 2002-03-27 Packard Instrument Company, Inc. Microplate reader
US6505125B1 (en) 1999-09-28 2003-01-07 Affymetrix, Inc. Methods and computer software products for multiple probe gene expression analysis
US6958225B2 (en) 1999-10-27 2005-10-25 Affymetrix, Inc. Complexity management of genomic DNA
US6582938B1 (en) 2001-05-11 2003-06-24 Affymetrix, Inc. Amplification of nucleic acids
US20020009728A1 (en) 2000-01-18 2002-01-24 Quantum Dot Corporation Oligonucleotide-tagged semiconductor nanocrystals for microarray and fluorescence in situ hybridization
US20030097222A1 (en) 2000-01-25 2003-05-22 Craford David M. Method, system, and computer software for providing a genomic web portal
US7198939B2 (en) * 2000-01-28 2007-04-03 Agilent Technologies, Inc. Apparatus for interrogating an addressable array
US20030099940A1 (en) 2000-02-16 2003-05-29 Empedocles Stephen A. Single target counting assays using semiconductor nanocrystals
EP1276904B1 (en) * 2000-03-22 2013-08-28 Life Technologies Corporation Methods of using semiconductor nanocrystals in bead-based nucleic acid assays
JP4152054B2 (ja) 2000-03-23 2008-09-17 富士フイルム株式会社 画像読み取り装置
US6386749B1 (en) 2000-06-26 2002-05-14 Affymetrix, Inc. Systems and methods for heating and mixing fluids
DE10035190C5 (de) 2000-07-20 2009-07-16 MAX-PLANCK-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. Verfahren und Vorrichtung zur Fluoreszenzmessung
US20020059326A1 (en) 2000-07-25 2002-05-16 Derek Bernhart System, method, and computer program product for management of biological experiment information
US7062092B2 (en) 2000-08-22 2006-06-13 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for gain adjustment in biological microarray scanner
US6965704B2 (en) 2000-08-22 2005-11-15 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for grid alignment of multiple scanned images
US6510391B2 (en) 2000-11-22 2003-01-21 Affymetrix, Inc. Computer software products for nucleic acid hybridization analysis
US6391592B1 (en) 2000-12-14 2002-05-21 Affymetrix, Inc. Blocker-aided target amplification of nucleic acids
US20020183936A1 (en) 2001-01-24 2002-12-05 Affymetrix, Inc. Method, system, and computer software for providing a genomic web portal
US20030120432A1 (en) 2001-01-29 2003-06-26 Affymetrix, Inc. Method, system and computer software for online ordering of custom probe arrays
US6643015B2 (en) 2001-04-26 2003-11-04 Affymetrix, Inc. System, method, and product for symmetrical filtering in scanning of biological materials
US6650411B2 (en) 2001-04-26 2003-11-18 Affymetrix, Inc. System, method, and product for pixel clocking in scanning of biological materials
US6490533B2 (en) 2001-04-26 2002-12-03 Affymetrix, Inc. System, method, and product for dynamic noise reduction in scanning of biological materials
CA2452693A1 (en) 2001-06-06 2002-12-12 Digital Optical Imaging Corporation Light modulated microarray reader and methods relating thereto
US6918946B2 (en) 2001-07-02 2005-07-19 Board Of Regents, The University Of Texas System Applications of light-emitting nanoparticles
US20030100995A1 (en) 2001-07-16 2003-05-29 Affymetrix, Inc. Method, system and computer software for variant information via a web portal
US7031846B2 (en) 2001-08-16 2006-04-18 Affymetrix, Inc. Method, system, and computer software for the presentation and storage of analysis results
US20040220897A1 (en) 2001-07-19 2004-11-04 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for instrument control and data acquisition, analysis, management and storage
US6632611B2 (en) 2001-07-20 2003-10-14 Affymetrix, Inc. Method of target enrichment and amplification
US6872529B2 (en) 2001-07-25 2005-03-29 Affymetrix, Inc. Complexity management of genomic DNA
US7214428B2 (en) 2001-09-17 2007-05-08 Invitrogen Corporation Highly luminescent functionalized semiconductor nanocrystals for biological and physical applications
EP2159044B1 (en) 2001-09-17 2012-05-16 Life Technologies Corporation Nanocrystals
JP2003089864A (ja) * 2001-09-18 2003-03-28 Mitsui Mining & Smelting Co Ltd アルミニウム合金薄膜及びその薄膜を有する配線回路並びにその薄膜を形成するターゲット材
US7635588B2 (en) 2001-11-29 2009-12-22 Applied Biosystems, Llc Apparatus and method for differentiating multiple fluorescence signals by excitation wavelength
US20040002818A1 (en) 2001-12-21 2004-01-01 Affymetrix, Inc. Method, system and computer software for providing microarray probe data
JP2003322654A (ja) 2002-02-27 2003-11-14 Hitachi Software Eng Co Ltd 生体高分子の検出方法
EP1345026B1 (en) 2002-03-15 2010-05-05 Affymetrix, Inc. System and method for scanning of biological materials
US20040049354A1 (en) 2002-04-26 2004-03-11 Affymetrix, Inc. Method, system and computer software providing a genomic web portal for functional analysis of alternative splice variants
US20040126840A1 (en) 2002-12-23 2004-07-01 Affymetrix, Inc. Method, system and computer software for providing genomic ontological data
EP1362929A3 (en) 2002-05-17 2004-05-19 Affymetrix, Inc. Methods for genotyping
US6768122B2 (en) 2002-06-04 2004-07-27 National Taiwan University Multiphoton excitation microscope for biochip fluorescence assay
US6825929B2 (en) * 2002-09-30 2004-11-30 Agilent Technologies, Inc. Simultaneously reading different regions of a chemical array
WO2004101130A2 (en) 2003-05-13 2004-11-25 Affymetrix, Inc. System, method, and product for providing a wavelength-tunable excitation beam
US7317415B2 (en) 2003-08-08 2008-01-08 Affymetrix, Inc. System, method, and product for scanning of biological materials employing dual analog integrators
US7499166B2 (en) 2004-05-20 2009-03-03 The Regents Of The University Of California Wide field imager for quantitative analysis of microarrays
DE102007010127A1 (de) 2006-03-22 2007-10-04 Mediatek Inc. Verfahren zum Verbessern der Leistung der Dienste eines Multi-Task Systems und ein entsprechendes Multi-Task System
CA2740114C (en) * 2008-10-09 2017-08-15 Douglas Machine Inc. Scanner photometer & methods

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN107478629A (zh) * 2017-09-04 2017-12-15 中国科学院苏州生物医学工程技术研究所 一种大面积数字pcr微滴荧光高通量检测装置和方法
CN115712201A (zh) * 2022-11-04 2023-02-24 无锡鑫巨宏智能科技有限公司 一种无源耦合系统及耦合方法
CN115712201B (zh) * 2022-11-04 2024-02-09 无锡鑫巨宏智能科技有限公司 一种无源耦合系统及耦合方法

Also Published As

Publication number Publication date
US20060094048A1 (en) 2006-05-04
US20100137147A1 (en) 2010-06-03
US7682782B2 (en) 2010-03-23
EP1655598A3 (en) 2006-09-13
CA2524724A1 (en) 2006-04-29
EP1655598A2 (en) 2006-05-10
US8305565B2 (en) 2012-11-06

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN1793863A (zh) 使用单源激发的多波长检测系统、方法和产品
CN1788193A (zh) 用于提供波长可调的激发光束的系统、方法和产品
US10977478B2 (en) Methods and devices for reading microarrays
CN201063023Y (zh) 用于读取微阵列的设备
US6835938B2 (en) Biopolymer array substrate thickness dependent automated focus-distance determination method for biopolymer array scanners
US7317415B2 (en) System, method, and product for scanning of biological materials employing dual analog integrators
US20100142850A1 (en) System, method, and product for scanning of biological materials
US8520976B2 (en) System, method, and product for imaging probe arrays with small feature size
US9445025B2 (en) System, method, and product for imaging probe arrays with small feature sizes
US20060184038A1 (en) System, method, and product for analyzing images comprising small feature sizes
US7406391B2 (en) System, method, and computer product for detection instrument calibration
US20050030601A1 (en) System and method for scanner instrument calibration using a calibration standard
US20080253409A1 (en) Multi-Channel Bio-Chip Scanner
US20040121483A1 (en) Biopolymeric array scanners capable of automatic scale factor selection for a plurality of different dyes, and methods for making and using the same
US6927389B2 (en) Bi-directional scanner control system
US20230215515A1 (en) Facilitating secure execution of external workflows for genomic sequencing diagnostics
US20040201844A1 (en) System, method and product for providing a stable calibration standard for optical systems
WO2023129764A1 (en) Automatically switching variant analysis model versions for genomic analysis applications
EP4453947A1 (en) Dynamic graphical status summaries for nucelotide sequencing
WO2023122363A1 (en) Dynamic graphical status summaries for nucelotide sequencing

Legal Events

Date Code Title Description
C06 Publication
PB01 Publication
C10 Entry into substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
C02 Deemed withdrawal of patent application after publication (patent law 2001)
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication