CN1769492A - 通用型分子标记开发方法及所设计的禾本科通用型标记 - Google Patents
通用型分子标记开发方法及所设计的禾本科通用型标记 Download PDFInfo
- Publication number
- CN1769492A CN1769492A CN 200510060852 CN200510060852A CN1769492A CN 1769492 A CN1769492 A CN 1769492A CN 200510060852 CN200510060852 CN 200510060852 CN 200510060852 A CN200510060852 A CN 200510060852A CN 1769492 A CN1769492 A CN 1769492A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- oppositely
- species
- pcr
- mark
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000011161 development Methods 0.000 title claims description 11
- 241000209504 Poaceae Species 0.000 title claims description 10
- 238000000034 method Methods 0.000 title abstract description 10
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims abstract description 30
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 claims abstract description 17
- 241000894007 species Species 0.000 claims description 34
- 238000013461 design Methods 0.000 claims description 13
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 claims description 12
- 240000007594 Oryza sativa Species 0.000 claims description 11
- 235000007164 Oryza sativa Nutrition 0.000 claims description 11
- 235000009566 rice Nutrition 0.000 claims description 11
- 238000013459 approach Methods 0.000 claims description 8
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims description 4
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 4
- 101100396606 Haemophilus influenzae (strain ATCC 51907 / DSM 11121 / KW20 / Rd) iga gene Proteins 0.000 claims description 3
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 3
- 238000003766 bioinformatics method Methods 0.000 claims description 3
- 108091036078 conserved sequence Proteins 0.000 claims description 3
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 16
- 231100000241 scar Toxicity 0.000 abstract 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 11
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 7
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 7
- 240000008467 Oryza sativa Japonica Group Species 0.000 description 6
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 6
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 4
- 239000000463 material Substances 0.000 description 4
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 3
- 244000025254 Cannabis sativa Species 0.000 description 2
- 108091035707 Consensus sequence Proteins 0.000 description 2
- 206010071602 Genetic polymorphism Diseases 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 2
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 2
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 2
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 2
- 241000206602 Eukaryota Species 0.000 description 1
- 241000234642 Festuca Species 0.000 description 1
- 208000028782 Hereditary disease Diseases 0.000 description 1
- 240000005979 Hordeum vulgare Species 0.000 description 1
- 235000007340 Hordeum vulgare Nutrition 0.000 description 1
- 208000024556 Mendelian disease Diseases 0.000 description 1
- 108091092724 Noncoding DNA Proteins 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 1
- 241000209140 Triticum Species 0.000 description 1
- 235000021307 Triticum Nutrition 0.000 description 1
- 240000008042 Zea mays Species 0.000 description 1
- 235000005824 Zea mays ssp. parviglumis Nutrition 0.000 description 1
- 235000002017 Zea mays subsp mays Nutrition 0.000 description 1
- 239000003150 biochemical marker Substances 0.000 description 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 1
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 235000005822 corn Nutrition 0.000 description 1
- 230000002380 cytological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 230000006870 function Effects 0.000 description 1
- 238000012268 genome sequencing Methods 0.000 description 1
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 1
- 230000005868 ontogenesis Effects 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000012882 sequential analysis Methods 0.000 description 1
- 229910052709 silver Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000004332 silver Substances 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种通用型分子标记的开发方法，包括利用已知物种的基因组序列数据，还包括以下步骤：1)在已知一个物种A的内含子长度多态性、即ILP的基础上，借助生物信息学方法，将ILP所在的物种A与物种B的cDNA测序数据进行比对，在物种B的全基因组范围内搜索与该物种A的ILP所在cDNA同源的cDNA物种B为物种A同科但不同属的物种；2)PCR引物设计：在多态内含子两侧外显子的保守序列上设计PCR引物，并通过电子PCR和实际PCR进行检验；从而开发出能够在与物种A同科不同种或同科不同属的物种内，通过PCR进行检测的通用型分子标记，即IACGM。利用本发明的开发方法，能设计出通用性好、特异性高、称为基于内含子长度多态性的扩增共有序列遗传标记。
Description
技术领域
本发明涉及基因组学、生物信息学和分子生物学这三大领域，确切地说，涉及一种通用型分子标记的开发方法，以及依此方法开发的禾本科通用型标记。
背景技术
遗传标记是指可以明确反映遗传多态性的生物特征。根据生物特征所表现的层次，遗传标记可分成形态标记、细胞学标记、生化标记、分子标记四种类型。其中分子标记是DNA水平上遗传变异的直接反映，具有数量丰富，信息量大，与基因表达无关，检测不受季节、环境和个体发育阶段的影响等优点，因而是最理想的遗传标记。分子标记广泛应用于遗传作图、基因定位、基因克隆、动植物育种、遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、遗传病鉴定、法医学鉴定等许多领域，因而具有重要的理论和应用价值。
自1980年首次提出分子标记的概念以来，已经发展出十多种分子标记。但除了第一代分子标记RFLP(限制性片段长度多态性)是基于DNA Southern杂交技术的之外，后来发展的分子标记皆是基于DNA扩增(PCR)技术的。PCR技术由于操作方便，因而更受欢迎。基于PCR的分子标记主要有两种类型，一种类型标记的扩增产物是随机的，如RAPD(随机扩增多态DNA)、AFLP(扩增片段长度多态性)、ISSR(简单序列重复间区)等。这些标记虽然适用于各种生物，但是由于扩增产物没有特异性，使得其在不同物种(特别是远缘物种)间缺乏可比性，因而并不能作为不同物种间的通用型分子标记。另一种类型为特异引物的分子标记，其扩增产物是特异的，它们在染色体上的位置是已知的，而且通常表现为共显性。目前应用最多的特异引物分子标记是微卫星(或称SSR)标记，它具有多态性高、数量丰富、在基因组中分布均匀等优点。但由于除了位于编码区的EST-SSR之外，SSR标记大多数分布在保守性低的无用序列区域，因而其引物通常只在本物种中才具有特异性，用到其它物种中时往往丧失特异性，退化为随机引物，所以通用性差。高等真核生物基因组中具有功能的基因和调控序列仅占很小的比例(编码序列一般只占整个基因组的十分之一)，大部分都是无用的序列。不同物种间的序列同源性主要存在于基因和调控序列中，而那些无用序列则往往同源性很低。因此，基于基因序列开发的标记的通用性和可靠性较随机引物要高许多。目前，对于已完成全基因组测序的拟南芥和水稻来说，借助生物信息学手段，开发特异性标记已不太困难，但是对于那些目前尚没有测序或已知序列较少的物种而言，很难开发特异性的分子标记。Saha等根据牛毛草的EST-SSR开发了157对SSR标记引物，试验表明，这些引物在禾本科不同种属间中具有一定的通用性。
Brunel等提出了一种基于PCR技术且通用性很好的分子标记，称为扩增共有序列遗传标记(ACGM)。该技术是根据一种植物中已知功能的基因的保守编码序列设计引物对另一种植物进行PCR扩增。但是，在不同物种间开发具有一定通用性的ACGM引物是比较困难的，目前仅见拟南芥和芸苔属之间的研究报道，在引物的开发上也是利用它们之间的同源基因相互探测。也有关于直接利用数据库中的信息对不同物种直接进行tBLASTX研究的报道。
内含子是基因中的非编码区段，具有很高的遗传多态性。已有的研究发现ACGM标记在芸苔属和拟南芥之间多态位点多存在于内含子区域。吴为人等在水稻籼稻和粳稻亚种之间检测到大量的内含子多态位点并开发了一种大规模检测内含子多态性位点的方法，这为直接应用内含子多态位点开发ACGM标记提供了便利。目前如何直接应用内含子多态位点开发ACGM标记，尚未见相关研究报道。
发明内容
针对现有技术中存在的不足之处，本发明利用已知物种的基因序列、基于内含子长度多态，提供一种能设计通用性好、特异性高、称为基于内含子长度多态性的扩增共有序列遗传标记(intron length polymorphism-based amplified consensus genetic marker，IACGM)的通用型分子标记开发方法。
本发明为达到以上目的，是通过这样的技术方案来实现的：提供一种通用型分子标记的开发方法，包括利用已知物种的基因组序列数据，还包括以下步骤：
1)在已知一个物种A的内含子长度多态性、即ILP的基础上，借助生物信息学方法，将ILP所在的物种A与物种B的cDNA测序数据进行比对，在物种B的全基因组范围内搜索与该物种A的ILP所在cDNA同源的cDNA；物种B为物种A同科但不同属的物种；；
2)PCR引物设计：在多态内含子两侧外显子的保守序列上设计PCR引物，并通过电子PCR和实际PCR进行检验；从而开发出能够在与物种A同科不同种或同科不同属的物种内，通过PCR进行检测的通用型分子标记，即IACGM。。
作为本发明的通用型分子标记的开发方法的一种改进：物种为已具备基因组和cDNA测序数据的动物或植物。
以禾本科为例，本发明的IACGM标记的开发方法的内容如下：
1、在内含子长度多态两侧不同属的物种全基因组之间搜索同源基因：在已知水稻籼、粳稻品种内含子长度多态性(ILP)的基础上，借助生物信息学方法，该将ILP所在水稻的cDNA序列与另外一种或几种与禾本科其它属的物种cDNA测序数据进行比对，在不同属的全基因组范围内搜索与该ILP所在cDNA同源的cDNA。
2、PCR引物设计：在多态内含子两侧外显子的保守序列上设计PCR引物，并通过电子PCR和实际PCR进行检验，从而开发成能够在同一科不同种或属物种内通过PCR进行检测的通用型内含子多态分子标记(IACGM)。对所设计引物的正确性和特异性通过电子PCR进行检验。
3、实验检验：以用于搜索内含子长度多态性的那对籼、粳稻品种为材料，用设计的引物进行实际的PCR分析，检验所开发的ILP引物的正确性和可行性。同时，另外选取若干个不同属的禾本科植物为材料，进行PCR分析，以检验所开发的IACGM引物的通用性和多态性水平。
IACGM的标记引物选自由下列核苷酸序列(5′→3′)组成的组：
IGA1 正向：CCGTCAACAAAGTTTGCTCC
反向：ATTGGACATGCTCTCCATCC
IGA2 正向：AGCTCATCGACTCTGTGCTC
反向：GGGTACTCCTCTCTGATCTTGG
IGA3 正向：CCTCGACGGCTTCTCCTT
反向：GCGCATTCCTTGTACAGCTC
IGA4 正向：GACCTCAACAAGCTTGAGCC
反向：TGTCCTTGTGGCTGAAGAAG
IGA5 正向：AGGAGTCCAGGGACATCATC
反向：GCACTTTGAACGGCACCT
IGA6 正向：CGGCAGCTGCAAGTACATC
反向：GACTGCTCGTCGTACTCGTC
IGA7 正向：GAGGTCGGCATCAAGAAGTT
反向：GTACGACTGCATCGTCGG
IGA8 正向：AAGAAGAAGGAGAGGGCGAC
反向：AATCAAGCGAGAGTGCCAGT
IGA9 正向：GCCCCCGTATGGAACAAC
反向：CTCCCTGTCGAAGTTGGC
IGA 10 正向：GGGAGCTTGGAAAATCATCTG
反向：TGAAGGTAAGCTAGTCCTTTTGC
IGA 11 正向：GCACCACAGGAACCTCGTC
反向：GATTTTCCATCTTTGCTGCC
IGA 12 正向：TCCTCCACCACCAGCCAT
反向：GCGTCAGCATCTCGTTCAG
IGA13 正向：GGAGCTGGAGGCGGTTAAG
反向：ACAATGTCGCGCTCGGTAG
IGA 14 正向：TCATATGGCTACATCGCCC
反向：GTGAGCACCTCCAGCACC
IGA15 正向：AGAGCTATTGGTGCTGACAGA
反向：CAACAGTGGCTTACCACCAT
IGA16 正向：GCATGGACATACTCTATGAGTGC
反向：CCCATAGGGAAAGCAGGAAG
IGA 17 正向：GCTAAGGTGAACCTCCCCA
反向：TGTTGTCGCAGACGATCTTG
IGA 18 正向：ACCAGGAACGAGTACAACGG
反向：CTACTCCGGCGATCACGA
IGA 19 正向：AACACGCTCAACGTCAACCT
反向：CTCTGTCCACCACGCTGAA
IGA20 正向：GACATGATGAAGACGGCAAA
反向：GAAGCAGCACACGTAGATGG
IGA21 正向：GAGGTGCAGAGCGAGGTC
反向：TCTCCTTCTGCCCGTACTTG
IGA22 正向：AGTTATCCAGGCTGGGCTGT
反向：AGCAATGCTCGCCTATCCT
IGA23 正向：GACATGATGAAGACGGCAAA
反向：GAAGCAGCACACGTAGATGG
IGA24 正向：CCATGCCGTACTGGTCATTC
反向：GTAGTCGATGTCCGTCCACA
IGA25 正向：ATGTGCTTCCACCCTGACC
反向：GCCAATCTGCCTGTGCTT
IGA26 正向：GGCCAAAATAATGGAAGATCG
反向：AGTGATGAAAGAGCAAGGCA
IGA27 正向：ACCGCCCTAGTCCCAAAC
反向：ACAGAGTCAGCAAAGATGCG
IGA28 正向：ACCCCTACGTGGTCTCCG
反向：CCACGTCGAGCTTCTCCC
IGA29 正向：CGTCATCACCAAGGCTTACA
反向：TCCTGATCGGTCACATTGAA
IGA30 正向：AACTTCATGGAGATCGGGC
反向：CCCTCCACGTAGCTGAACC
IGA31 正向：CGTCGAGGACATGGACATC
反向：GACTCCGGCAGCTCACAG
IGA32 正向：TGGGTATCATCAGGAGGCT
反向：CTTGATCGGAGGCGATAGAA
IGA33 正向：AGCTCGTCTTCCCCGTCTAC
反向：GAAGGTCGGGGAGGTGTT
IGA34 正向：AGGCAGTTGCTCTCCGAGTA
反向：CCTTCGATGTAACAGTCCCTT
IGA35 正向：GCTTGACATAGCTCAGCAGC
反向：CTCCGAACCTTGTTGGACTG
IGA36 正向：CAAGAAGAAGCGCTACCACC
反向：CTTCAGCCGCTGCTTGTC
IGA37 正向：CAAGAACTGGTTCTCGAGCTATG
反向：CCTCAAAGCAGAATCACCATC
IGA38 正向：TTCGTCCTCGTCAGGATCTC
反向：TTGCCATTAGGGTCCTTGA。
通用型引物与随机引物不同，通用型引物在不同物种中锚定的扩增区域在进化上是同源基因。
本发明的通用型分子标记的开发方法，是针对已完成基因组测序及大量cDNA测序的动植物(如人类、水稻、拟南芥)的。由于IACGM标记是在基因序列中开发的，因此具有通用性好、特异性高等优点，可应用于遗传图谱构建、基因同源克隆、遗传多样性分析、基因组研究等许多方面。
附图说明
图1是本发明的IACGM标记的开发路线示意图；
图2是IACGM标记所用引物的设计方法示意图。
具体实施方式
参照上述附图，对本发明的具体实施方式进行详细说明。
实施例1、
1、序列下载：
本发明利用国际水稻测序中心发布的粳稻品种Nipponbair的基因组序列数据和禾本科其它物种基因组序列数据，分别从TIGR网站(http：//www.tigr.org)和NCBI网站(http：//www.ncbi.nlm.nih.org)下载。此外，还利用已公布的水稻全长cDNA序列数据，从日本的KOME网站(http：//cdna01.dna.affrc.go.jp/cDNA/)下载。
2、序列分析：
用所有水稻候选ILP标记引物对小麦、大麦和玉米的cDNA/EST库进行BLASTN搜索，选取错配碱基数＜4的保守引物。
3、引物设计：
对初选的水稻ILP标记，进一步在其内含子两侧的外显子上用ePrimer3软件重新设计引物，以提高引物的保守性。引物长度一般在18-25碱基之间，退火温度一般在50-62℃之间。
所设计的引物具体由下列核苷酸序列组成：
| 标记 | 正向引物序列(5′→3′) | 反向引物序列(5′→3′) |
| IGA1 | CCGTCAACAAAGTTTGCTCC | ATTGGACATGCTCTCCATCC |
| IGA2 | AGCTCATCGACTCTGTGCTC | GGGTACTCCTCTCTGATCTTGG |
| IGA3 | CCTCGACGGCTTCTCCTT | GCGCATTCCTTGTACAGCTC |
| IGA4 | GACCTCAACAAGCTTGAGCC | TGTCCTTGTGGCTGAAGAAG |
| IGA5 | AGGAGTCCAGGGACATCATC | GCACTTTGAACGGCACCT |
| IGA6 | CGGCAGCTGCAAGTACATC | GACTGCTCGTCGTACTCGTC |
| IGA7 | GAGGTCGGCATCAAGAAGTT | GTACGACTGCATCGTCGG |
| IGA8 | AAGAAGAAGGAGAGGGCGAC | AATCAAGCGAGAGTGCCAGT |
| IGA9 | GCCCCCGTATGGAACAAC | CTCCCTGTCGAAGTTGGC |
| IGA10 | GGGAGCTTGGAAAATCATCTG | TGAAGGTAAGCTAGTCCTTTTGC |
| IGA11 | GCACCACAGGAACCTCGTC | GATTTTCCATCTTTGCTGCC |
| IGA12 | TCCTCCACCACCAGCCAT | GCGTCAGCATCTCGTTCAG |
| IGA13 | GGAGCTGGAGGCGGTTAAG | ACAATGTCGCGCTCGGTAG |
| IGA14 | TCATATGGCTACATCGCCC | GTGAGCACCTCCAGCACC |
| IGA15 | AGAGCTATTGGTGCTGACAGA | CAACAGTGGCTTACCACCAT |
| IGA16 | GCATGGACAIACTCTATGAGTGC | CCCATAGGGAAAGCAGGAAG |
| IGA17 | GCTAAGGTGAACCTCCCCA | TGTTGTCGCAGACGATCTTG |
| IGA18 | ACCAGGAACGAGTACAACGG | CTACTCCGGCGATCACGA |
| IGA19 | AACACGCTCAACGTCAACCT | CTCTGTCCACCACGCTGAA |
| IGA20 | GACATGATGAAGACGGCAAA | GAAGCAGCACACGTAGATGG |
| IGA21 | GAGGTGCAGAGCGAGGTC | TCTCCTTCTGCCCGTACTTG |
| IGA22 | AGTTATCCAGGCTGGGCTGT | AGCAATGCTCGCCTATCCT |
| IGA23 | GACATGATGAAGACGGCAAA | GAAGCAGCACACGTAGATGG |
| IGA24 | CCATGCCGTACTGGTCATTC | GTAGTCGATGTCCGTCCACA |
| IGA25 | ATGTGCTTCCACCCTGACC | GCCAATCTGCCTGTGCTT |
| IGA26 | GGCCAAAATAATGGAAGATCG | AGTGATGAAAGAGCAAGGCA |
| IGA27 | ACCGCCCTAGTCCCAAAC | ACAGAGTCAGCAAAGATGCG |
| IGA28 | ACCCCTACGTGGTCTCCG | CCACGTCGAGCTTCTCCC |
| IGA29 | CGTCATCACCAAGGCTTACA | TCCTGATCGGTCACATTGAA |
| IGA30 | AACTTCATGGAGATCGGGC | CCCTCCACGTAGCTGAACC |
| IGA31 | CGTCGAGGACATGGACATC | GACTCCGGCAGCTCACAG |
| IGA32 | TGGGTATCATCAGGAGGCT | CTTGATCGGAGGCGATAGAA |
| IGA33 | AGCTCGTCTTCCCCGTCTAC | GAAGGTCGGGGAGGTGTT |
| IGA34 | AGGCAGTTGCTCTCCGAGTA | CCTTCGATGTAACAGTCCCTT |
| IGA35 | GCTTGACATAGCTCAGCAGC | CTCCGAACCTTGTTGGACTG |
| IGA36 | CAAGAAGAAGCGCTACCACC | CTTCAGCCGCTGCTTGTC |
| IGA37 | CAAGAACTGGTTCTCGAGCTATG | CCTCAAAGCAGAATCACCATC |
| IGA38 | TTCGTCCTCGTCAGGATCTC | TTGCCATTAGGGTCCTTGA |
4、电子PCR：
对设计的引物在籼、粳稻基因组序列中进行了e-PCR检验，要求只产生单一扩增产物。由此即获得候选的禾本科IACGM标记。
5、分类与命名：
根据电子PCR的结果，我们将禾本科IACGM标记用IGAn表示，其中n为编号，如IGA16。每一个标记的名称都是唯一的。
6、引物正确性和可行性的实验验证：
合成候选标记的引物，以粳稻品种Nipponbare和籼稻品种93-11为材料，剪取幼嫩叶片提取基因组DNA作为模板，按常规PCR程序进行扩增。退火温度设定在50-62℃之间，循环35次。根据预测的扩增产物大小的不同，在琼脂糖凝胶或非变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳分离，用紫外线照射或银染显带。扩增结果与预期吻合的，说明引物设计是正确的和可行的。
7、引物通用性和多态性水平的检验：
选择若干个不同属或种的禾本科植物材料，用第6步获得的引物，按第6步相同的方法进行实验，观察各个品种的扩增情况和差异条带数目。在所有品种中皆有扩增产物，说明通用性好；差异条带数多，说明多态性水平高。
最后，还需要注意的是，以上列举的仅是本发明的一个具体实施例。显然，本发明不限于以上实施例，还可以有许多变形。本领域的普通技术人员能从本发明公开的内容直接导出或联想到的所有变形，均应认为是本发明的保护范围。
Claims (3)
1、一种通用型分子标记的开发方法，包括利用已知物种的基因组序列数据，其特征是还包括以下步骤：
1)在已知一个物种A的内含子长度多态性、即ILP的基础上，借助生物信息学方法，将所述ILP所在的物种A与物种B的cDNA测序数据进行比对，在物种B的全基因组范围内搜索与该物种A的ILP所在cDNA同源的cDNA；所述物种B为物种A同科但不同属的物种；
2)PCR引物设计：在多态内含子两侧外显子的保守序列上设计PCR引物，并通过电子PCR和实际PCR进行检验；从而开发出能够在与物种A同科不同种或同科不同属的物种内，通过PCR进行检测的通用型分子标记，即IACGM。
2、根据权利要求1所述的通用型分子标记的开发方法，其特征是：所述物种为已具备基因组和cDNA测序数据的动物或植物。
3、采用权利要求1～2所述的开发方法所设计的禾本科通用型标记IACGM，以水稻作为物种A，其特征是：所述IACGM的标记引物选自由下列核苷酸序列(5′→3′)组成的组：
IGA1 正向：CCGTCAACAAAGTTTGCTCC
反向：ATTGGACATGCTCTCCATCC
IGA2 正向：AGCTCATCGACTCTGTGCTC
反向：GGGTACTCCTCTCTGATCTTGG
IGA3 正向：CCTCGACGGCTTCTCCTT
反向：GCGCATTCCTTGTACAGCTC
IGA4 正向：GACCTCAACAAGCTTGAGCC
反向：TGTCCTTGTGGCTGAAGAAG
IGA5 正向：AGGAGTCCAGGGACATCATC
反向：GCACTTTGAACGGCACCT
IGA6 正向：CGGCAGCTGCAAGTACATC
反向：GACTGCTCGTCGTACTCGTC
IGA7 正向：GAGGTCGGCATCAAGAAGTT
反向：GTACGACTGCATCGTCGG
IGA8 正向：AAGAAGAAGGAGAGGGCGAC
反向：AATCAAGCGAGAGTGCCAGT
IGA9 正向：GCCCCCGTATGGAACAAC
反向：CTCCCTGTCGAAGTTGGC
IGA10正向：GGGAGCTTGGAAAATCATCTG
反向：TGAAGGTAAGCTAGTCCTTTTGC
IGA11正向：GCACCACAGGAACCTCGTC
反向：GATTTTCCATCTTTGCTGCC
IGA12正向：TCCTCCACCACCAGCCAT
反向：GCGTCAGCATCTCGTTCAG
IGA13正向：GGAGCTGGAGGCGGTTAAG
反向：ACAATGTCGCGCTCGGTAG
IGA14正向：TCATATGGCTACATCGCCC
反向：GTGAGCACCTCCAGCACC
IGA15正向：AGAGCTATTGGTGCTGACAGA
反向：CAACAGTGGCTTACCACCAT
IGA16正向：GCATGGACATACTCTATGAGTGC
反向：CCCATAGGGAAAGCAGGAAG
IGA17正向：GCTAAGGTGAACCTCCCCA
反向：TGTTGTCGCAGACGATCTTG
IGA18正向：ACCAGGAACGAGTACAACGG
反向：CTACTCCGGCGATCACGA
IGA19正向：AACACGCTCAACGTCAACCT
反向：CTCTGTCCACCACGCTGAA
IGA20正向：GACATGATGAAGACGGCAAA
反向：GAAGCAGCACACGTAGATGG
IGA21正向：GAGGTGCAGAGCGAGGTC
反向：TCTCCTTCTGCCCGTACTTG
IGA22正向：AGTTATCCAGGCTGGGCTGT
反向：AGCAATGCTCGCCTATCCT
IGA23正向：GACATGATGAAGACGGCAAA
反向：GAAGCAGCACACGTAGATGG
IGA24正向：CCATGCCGTACTGGTCATTC
反向：GTAGTCGATGTCCGTCCACA
IGA25正向：ATGTGCTTCCACCCTGACC
反向：GCCAATCTGCCTGTGCTT
IGA26正向：GGCCAAAATAATGGAAGATCG
反向：AGTGATGAAAGAGCAAGGCA
IGA27正向：ACCGCCCTAGTCCCAAAC
反向：ACAGAGTCAGCAAAGATGCG
IGA28正向：ACCCCTACGTGGTCTCCG
反向：CCACGTCGAGCTTCTCCC
IGA29正向：CGTCATCACCAAGGCTTACA
反向：TCCTGATCGGTCACATTGAA
IGA30正向：AACTTCATGGAGATCGGGC
反向：CCCTCCACGTAGCTGAACC
IGA31正向：CGTCGAGGACATGGACATC
反向：GACTCCGGCAGCTCACAG
IGA32正向：TGGGTATCATCAGGAGGCT
反向：CTTGATCGGAGGCGATAGAA
IGA33正向：AGCTCGTCTTCCCCGTCTAC
反向：GAAGGTCGGGGAGGTGTT
IGA34正向：AGGCAGTTGCTCTCCGAGTA
反向：CCTTCGATGTAACAGTCCCTT
IGA35正向：GCTTGACATAGCTCAGCAGC
反向：CTCCGAACCTTGTTGGACTG
IGA36正向：CAAGAAGAAGCGCTACCACC
反向：CTTCAGCCGCTGCTTGTC
IGA37正向：CAAGAACTGGTTCTCGAGCTATG
反向：CCTCAAAGCAGAATCACCATC
IGA38正向：TTCGTCCTCGTCAGGATCTC
反向：TTGCCATTAGGGTCCTTGA。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CNB2005100608520A CN100393889C (zh) | 2005-09-22 | 2005-09-22 | 禾本科通用型标记iacgm |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CNB2005100608520A CN100393889C (zh) | 2005-09-22 | 2005-09-22 | 禾本科通用型标记iacgm |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN1769492A true CN1769492A (zh) | 2006-05-10 |
| CN100393889C CN100393889C (zh) | 2008-06-11 |
Family
ID=36751036
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CNB2005100608520A Expired - Fee Related CN100393889C (zh) | 2005-09-22 | 2005-09-22 | 禾本科通用型标记iacgm |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN100393889C (zh) |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101509043B (zh) * | 2009-04-03 | 2011-08-31 | 河北省农林科学院谷子研究所 | 禾本科通用型分子标记cns-aflp |
| CN106701960A (zh) * | 2017-01-15 | 2017-05-24 | 兰州大学 | 紫花苜蓿ilp分子标记引物及在苜蓿品种鉴定中的应用 |
| CN107190096A (zh) * | 2017-07-25 | 2017-09-22 | 山东农业大学 | 树木的通用分子标记引物及其联合开发方法和应用 |
-
2005
- 2005-09-22 CN CNB2005100608520A patent/CN100393889C/zh not_active Expired - Fee Related
Cited By (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN101509043B (zh) * | 2009-04-03 | 2011-08-31 | 河北省农林科学院谷子研究所 | 禾本科通用型分子标记cns-aflp |
| CN106701960A (zh) * | 2017-01-15 | 2017-05-24 | 兰州大学 | 紫花苜蓿ilp分子标记引物及在苜蓿品种鉴定中的应用 |
| CN106701960B (zh) * | 2017-01-15 | 2020-05-22 | 兰州大学 | 紫花苜蓿ilp分子标记引物及在苜蓿品种鉴定中的应用 |
| CN107190096A (zh) * | 2017-07-25 | 2017-09-22 | 山东农业大学 | 树木的通用分子标记引物及其联合开发方法和应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN100393889C (zh) | 2008-06-11 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Chen et al. | Transcriptome sequencing of mung bean (Vigna radiate L.) genes and the identification of EST-SSR markers | |
| Vitte et al. | Genomic paleontology provides evidence for two distinct origins of Asian rice (Oryza sativa L.) | |
| van Tienderen et al. | Biodiversity assessment using markers for ecologically important traits | |
| Falque et al. | Linkage mapping of 1454 new maize candidate gene loci | |
| Bosamia et al. | Novel and stress relevant EST derived SSR markers developed and validated in peanut | |
| Dong et al. | Analysis of tandem gene copies in maize chromosomal regions reconstructed from long sequence reads | |
| Shrestha et al. | Simultaneous detection of eight genetically modified maize lines using a combination of event-and construct-specific multiplex-PCR technique | |
| Pan et al. | Exploring the genetic characteristics of two recombinant inbred line populations via high-density SNP markers in maize | |
| Zarouri et al. | Whole-genome genotyping of grape using a panel of microsatellite multiplex PCRs | |
| Pesik et al. | Development of SNAP markers based on nucleotide variability of WRKY genes in coconut and their validation using multiplex PCR | |
| Yang et al. | An extended KASP-SNP resource for molecular breeding in Chinese cabbage (Brassica rapa L. ssp. pekinensis) | |
| Huang et al. | De novo sequencing and characterization of seed transcriptome of the tree legume Millettia pinnata for gene discovery and SSR marker development | |
| Jiang et al. | Prediction of retrotransposons and assessment of genetic variability based on developed retrotransposon-based insertion polymorphism (RBIP) markers in Pyrus L | |
| CN1769492A (zh) | 通用型分子标记开发方法及所设计的禾本科通用型标记 | |
| CN1782097A (zh) | 设计探针组的方法及其在微阵列中的用途 | |
| CN104672315A (zh) | 控制黄瓜无卷须性状的基因及与黄瓜卷须性状相关的snp标记 | |
| Jafari et al. | Determination of Genetic diversity of cultivated chickpea (Cicer arietinum L.) using Medicago truncatula EST-SSRs | |
| Tamura et al. | The development of highly transferable intron-spanning markers for temperate forage grasses | |
| da Costa et al. | Transposable element discovery and characterization of LTR-retrotransposon evolutionary lineages in the tropical fruit species Passiflora edulis | |
| Kwak et al. | Genetic diversity and population structure of the endangered fish Pseudobagrus brevicorpus (Bagridae) using a newly developed 12-microsatellite marker | |
| Fahmi et al. | Population genetic structure of the tropical eel Anguilla bicolor in Indonesian waters based on microsatellite markers | |
| CN1908172A (zh) | 糜子抗旱调控基因myb类转录因子基因及其用途 | |
| CN113981127A (zh) | 与燕麦产量相关的分子标记及其应用 | |
| Wang et al. | De novo transcriptome assembly and EST-SSR markers development for Zelkova schneideriana Hand.-Mazz.(Ulmaceae) | |
| You et al. | Reference genome sequence of flax |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| C06 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| C10 | Entry into substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| C14 | Grant of patent or utility model | ||
| GR01 | Patent grant | ||
| C19 | Lapse of patent right due to non-payment of the annual fee | ||
| CF01 | Termination of patent right due to non-payment of annual fee |