CN1519366A - Pcnt基因第三十一号外显子多态性 - Google Patents

Abstract

本发明涉及PCNT基因第三十一号外显子的单核苷酸多态性(SNP)。本发明提供了分析PCNT基因第三十一号外显子的SNP或其活性的方法。本发明的SNP是SEQ ID NO：1所示序列的人PCNT基因第三十一号外显子的第322位的A－＞C多态性。该SNP导致编码蛋白第75位发生His(H)－＞Pro(P)改变，从而改变了蛋白活性。

Description

PCNT基因第三十一号外显子多态性

技术领域

本发明涉及PCNT基因第三十一号外显子的单核苷酸多态性。本发明还涉及分析PCNT基因第三十一号外显子的等位基因突变的方法。

背景技术

中周蛋白(pericentrin，PCNT)是一种高度保守的生物细胞中心体相关蛋白。研究者认为，它和真核细胞内的中心体微管组织的形成过程密切相关。(Cell 1994Feb 25；76(4)：639-50)。

在本申请之前，还没有PCNT基因第三十一号外显子多态性的相关报道。

发明内容

本发明的目的就是提供PCNT基因第三十一号外显子的多态性及其检测方法。

在本发明的第一方面，提供了一种检测人PCNT基因第三十一号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤：

(a)确定在人PCNT基因第三十一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第322位的核苷酸；

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。

在一优选例中，所述的单核苷酸多态性是在第322位存在C。

在本发明的第二方面，提供了一种分离核酸，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第322位为C。

在本发明的第三方面，提供了一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PCNT基因第三十一号外显子的SEQ IDNO：1所示序列中第322位单核苷酸多态性的扩增产物。

在本发明的第四方面，提供了一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PCNT基因第三十一号外显子的SEQ IDNO：1所示序列中第322位单核苷酸多态性。

一种试剂盒包括：

(1)特异性扩增人PCNT基因第三十一号外显子的引物对，

(2)检测扩增产物与正常的PCNT基因第三十一号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第322位单核苷酸多态性。

另一种诊断试剂盒包括：本发明上述的引物和/或本发明上述的寡核苷酸探针。

具体实施方式

本发明人通过广泛而深入的研究，已经发现了PCNT基因第三十一号外显子所编码的蛋白序列中第75位His(H)->Pro(P)多态(即mRNA上322位A->C多态性)，在此基础上完成了本发明。

根据对正常人PCNT基因测序结果，发现了该SNP。经分析发现，该SNP导致第75位氨基酸由His(H)->Pro(P)。由于这是不同性质氨基酸的置换，因此，会导致PCNT基因第三十一号外显子所编码的蛋白活性发生改变。

PCNT基因第三十一号外显子的cDNA序列列于SEQ ID NO：1，其中开放阅读框为第99-461位，其所编码的氨基酸序列列于SEQ ID NO：2。PCNT基因第三十一号外显子的基因组序列可以从GenBank中获得。

本领域的技术人员知道，有大量的分析技术可用于检测PCNT基因第三十一号外显子中所述位点是否存在单核昔酸多态性。这些技术包括(但并不限于)：DNA测序、杂交测序；酶促错配切割、异源双链分析、点杂交、寡核苷酸阵列(DNA芯片)、Mini-sequencing、Taqman技术、分子信标等，变性高效液相色谱法(DHPLC)。

另一方面，本发明的检测方法被用于评估个体患PCNT基因第三十一号外显子相关疾病的易感性。

用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于检测PCNT基因第三十一号外显子活性而言，可以任何含有PCNT基因第三十一号外显子的样品，如血液等。

用于本发明方法或检测试剂盒的引物和探针，根据PCNT基因第三十一号外显子的cDNA序列(SEQ ID NO：1的序列)或基因组序列进行设计，并可用常规的合成技术进行合成即可。

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York：ColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1

基因的抽提和测序

用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正至20ng/ul后，用于常规PCR扩增。引物是：

有义引物：5’-gctccgaaac tccctgaaat-3’(SEQ ID NO：3)

反义引物：5’-tctggtatca aggaatccca at-3’(SEQ ID NO：4)

扩增出的463bp的产物，纯化后进行DNA测序。

实施例2

SNP的获得

对PCNT基因进行直接测序。将测定的各样本序列进行比较，从而得出序列的差异，获得SNP。

实施例3

检测试剂盒

制备一检测PCNT基因相关疾病易感性的检测试剂盒，其中，含有下列可扩增出322位SNP的引物对：

有义引物：5’-gctccgaaac tccctgaaat-3’(SEQ ID NO：3)

反义引物：5’-tctggtatca aggaatccca at-3’(SEQ ID NO：4)

对扩增产物与正常对照用变性高效液相色谱仪(DHPLC)进行色谱分析，可轻易地检测出322位的A->C型SNP。

在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

                                           SEQUENCE LISTING

<110>上海人类基因组研究中心

<120>PCNT基因第三十一号外显子多态性

<130>030115

<160>4

<170>PatentIn version 3.1

<210>1

<211>463

<212>DNA

<213>Homo sapiens

<220>

<221>CDS

<222>(99)..(461)

<223>

<400>1

gctccgaaac tccctgaaat ccactcatta acaccagaca ggtgcgactc ctggtgagcc    60

aggtattcca ccgtgcacct gttctgtttc acctgcag ggt aaa gaa aaa gta ctg    116

                                          Gly Lys Glu Lys Val Leu

                                          1               5

gaa gat tgt cag ctg ccg aag gtc gat ctc gta gct cag gtg aaa cag      164

Glu Asp Cys Gln Leu Pro Lys Val Asp Leu Val Ala Gln Val Lys Gln

            10                  15                  20

ctt cag gaa aaa ctg aac cgt ttg ctg tat tcc atg acc ttc cag aat      212

Leu Gln Glu Lys Leu Asn Arg Leu Leu Tyr Ser Met Thr Phe Gln Asn

        25                  30                  35

gtg gat gct gcc gac acc aaa tct ctg tgg ccc atg gcc tca gca cac      260

Val Asp Ala Ala Asp Thr Lys Ser Leu Trp Pro Met Ala Ser Ala His

    40                  45                  50

ctg ttg gag agc agc tgg agt gat gat tcc tgt gac gga gaa gag cct      308

Leu Leu Glu Ser Ser Trp Ser Asp Asp Ser Cys Asp Gly Glu Glu Pro

55                  60                  65                  70

gac ata tca ccc cac ata gac aca tgt gat gcc aat aca gcc acg ggg      356

Asp Ile Ser Pro His Ile Asp Thr Cys Asp Ala Asn Thr Ala Thr Gly

                75                  80                  85

ggt gta act gat gtt atc aaa aat cag gcc ata gac gcg tgt gat gcc      404

Gly Val Thr Asp Val Ile Lys Asn Gln Ala Ile Asp Ala Cys Asp Ala

                90              95                  100

aat aca acc cca ggg ggt gta act gat gtt atc aaa aat tgg gat tcc      452

Asn Thr Thr Pro Gly Gly Val Thr Asp Val Ile Lys Asn Trp Asp Ser

            105             110                 115

ttg ata cca ga                                                       463

Leu Ile Pro

    120

<210>2

<211>121

<212>PRT

<213>Homo sapiens

<400>2

Gly Lys Glu Lys Val Leu Glu Asp Cys Gln Leu Pro Lys Val Asp Leu

1               5                   10                  15

Val Ala Gln Val Lys Gln Leu Gln Glu Lys Leu Asn Arg Leu Leu Tyr

            20                  25                  30

Ser Met Thr Phe Gln Asn Val Asp Ala Ala Asp Thr Lys Ser Leu Trp

        35                  40                  45

Pro Met Ala Ser Ala His Leu Leu Glu Ser Ser Trp Ser Asp Asp Ser

    50                  55                  60

Cys Asp Gly Glu Glu Pro Asp Ile Ser Pro His Ile Asp Thr Cys Asp

65                  70                  75                  80

Ala Asn Thr Ala Thr Gly Gly Val Thr Asp Val Ile Lys Asn Gln Ala

                85                  90                  95

Ile Asp Ala Cys Asp Ala Asn Thr Thr Pro Gly Gly Val Thr Asp Val

            100                 105                 110

Ile Lys Asn Trp Asp Ser Leu Ile Pro

        115                 120

<210>3

<211>20

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<221>misc_feature

<223>引物

<400>3

gctccgaaac tccctgaaat                                                 20

<210>4

<211>22

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<221>misc_feature

<223>引物

<400>4

tctggtatca aggaatccca at                                              22

Claims (7)

1.一种检测人PCNT基因第三十一号外显子的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，它包括步骤：

(a)确定在人PCNT基因第三十一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第322位的核苷酸；

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的单核苷酸多态性是在第322位存在C。

3.一种分离核酸，其特征在于，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第322位为C。

4.一种等位基因特异性的核酸引物，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PCNT基因第三十一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第322位单核苷酸多态性的扩增产物。

5.一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PCNT基因第三十一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第322位单核苷酸多态性。

6.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括：

(1)特异性扩增人PCNT基因第三十一号外显子的引物对，

(2)检测扩增产物与正常的PCNT基因第三十一号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第322位单核苷酸多态性。

7.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括：权利要求4所述的引物和/或权利要求5所述的寡核苷酸探针。