CN1519359A - Pcnt基因第十四号外显子多态性 - Google Patents

Abstract

本发明涉及PCNT基因第十四号外显子的单核苷酸多态性(SNP)。本发明提供了分析PCNT基因第十四号外显子的SNP或其活性的方法。本发明的SNP是SEQ ID NO：1所示序列的人PCNT基因第十四号外显子的第215位的T－＞G多态性。该SNP导致编码蛋白第37位发生Met(M)－＞Arg(R)改变，从而改变了蛋白活性。

Description

PCNT基因第十四号外显子多态性

技术领域

本发明涉及PCNT基因第十四号外显子的单核苷酸多态性。本发明还涉及分析PCNT基因第十四号外显子的等位基因突变的方法。

背景技术

中周蛋白(pericentrin，PCNT)是一种高度保守的生物细胞中心体相关蛋白。研究者认为，它和真核细胞内的中心体微管组织的形成过程密切相关。(Cell 1994Feb 25；76(4)：639-50)。

在本申请之前，还没有PCNT基因第十四号外显子多态性的相关报道。

发明内容

本发明的目的就是提供PCNT基因第十四号外显子的多态性及其检测方法。

在本发明的第一方面，提供了一种检测人PCNT基因第十四号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤：

(a)确定在人PCNT基因第十四号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第215位的核苷酸；

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。

在一优选例中，所述的单核苷酸多态性是在第215位存在G。

在本发明的第二方面，提供了一种分离核酸，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第215位为G。

在本发明的第三方面，提供了一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PCNT基因第十四号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第215位单核苷酸多态性的扩增产物。

在本发明的第四方面，提供了一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PCNT基因第十四号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第215位单核苷酸多态性。

一种试剂盒包括：

(1)特异性扩增人PCNT基因第十四号外显子的引物对，

(2)检测扩增产物与正常的PCNT基因第十四号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第215位单核苷酸多态性。

另一种诊断试剂盒包括：本发明上述的引物和/或本发明上述的寡核苷酸探针。

具体实施方式

本发明人通过广泛而深入的研究，已经发现了PCNT基因第十四号外显子所编码的蛋白序列中第37位Met(M)->Arg(R)多态(即mRNA上215位T->G多态性)，在此基础上完成了本发明。

根据对正常人PCNT基因测序结果，发现了该SNP。经分析发现，该SNP导致第37位氨基酸由Met(M)->Arg(R)。由于这是不同性质氨基酸的置换，因此，会导致PCNT基因第十四号外显子所编码的蛋白活性发生改变。

PCNT基因第十四号外显子的cDNA序列列于SEQ ID NO：1，其中开放阅读框为第106-447位，其所编码的氨基酸序列列于SEQ ID NO：2。PCNT基因第十四号外显子的基因组序列可以从GenBank中获得。

本领域的技术人员知道，有大量的分析技术可用于检测PCNT基因第十四号外显子中所述位点是否存在单核苷酸多态性。这些技术包括(但并不限于)：DNA测序、杂交测序；酶促错配切割、异源双链分析、点杂交、寡核苷酸阵列(DNA芯片)、Mini-sequencing、Taqman技术、分子信标等，变性高效液相色谱法(DHPLC)。

另一方面，本发明的检测方法被用于评估个体患PCNT基因第十四号外显子相关疾病的易感性。

用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于检测PCNT基因第十四号外显子活性而言，可以任何含有PCNT基因第十四号外显子的样品，如血液等。

用于本发明方法或检测试剂盒的引物和探针，根据PCNT基因第十四号外显子的cDNA序列(SEQ ID NO：1的序列)或基因组序列进行设计，并可用常规的合成技术进行合成即可。

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York：ColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1

基因的抽提和测序

用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正至20ng/ul后，用于常规PCR扩增。引物是：

有义引物：5’-tgtgtggtga aaattccctg t-3’(SEQ ID NO：3)

反义引物：5’-gtcgtctgaa gtgaggtcct g-3’(SEQ ID NO：4)

扩增出的447bp的产物，纯化后进行DNA测序。

实施例2

SNP的获得

对PCNT基因进行直接测序。将测定的各样本序列进行比较，从而得出序列的差异，获得SNP。

实施例3

检测试剂盒

制备一检测PCNT基因相关疾病易感性的检测试剂盒，其中，含有下列可扩增出215位SNP的引物对：

有义引物：5’-tgtgtggtga aaattccctg t-3’(SEQ ID NO：3)

反义引物：5’-gtcgtctgaa gtgaggtcct g-3’(SEQ ID NO：4)

对扩增产物与正常对照用变性高效液相色谱仪(DHPLC)进行色谱分析，可轻易地检测出215位的T->G型SNP。

在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

                                       SEQUENCE LISTING

<110>上海人类基因组研究中心

<120>PCNT基因第十四号外显子多态性

<130>030115

<160>4

<170>PatentIn version 3.1

<210>1

<211>447

<212>DNA

<213>Homo sapiens

<220>

<221>CDS

<222>(106)..(447)

<223>

<400>1

tgtgtggtga aaattccctg tcttcagagg tgggtttggg ttgtctcttc taataatctc      60

ttccattagc gtctttcctc ctaaatgaaa ttatgttgtc tgtag gta aaa cac aat     117

                                                  Val Lys His Asn

                                                  1

cta att gaa gac cac cag aag gaa cta aat aat gct aag caa aag act       165

Leu Ile Glu Asp His Gln Lvs Glu Leu Asn Asn Ala Lys Gln Lys Thr

5                   10                  15                  20

gag ctg atg aaa cag gaa ttc caa aga aaa gaa acg gac tgg aaa gtt       213

Glu Leu Met Lys Gln Glu Phe Gln Arg Lys Glu Thr Asp Trp Lys Val

                25                  30                  35

atg aag gag gag cta cag cgg gaa gct gag gag aag tta aca ttg atg       261

Met Lys Glu Glu Leu Gln Arg Glu Ala Glu Glu Lys Leu Thr Leu Met

            40                  45                  50

cta ctt gaa ctg aga gaa aag gct gaa tcc gag aaa cag acc atc ata       309

Leu Leu Glu Leu Arg Glu Lys Aln Glu Ser Glu Lys Gln Thr Ile Ile

        55                  60                  65

aac aag ttt gag ctt cga gaa gct gaa atg agg cag ctt cag gac caa       357

Asn Lys Phe Glu Leu Arg Glu Ala Glu Met Arg Gln Leu Gln Asp Gln

    70                  75                  80

cag gca gcc cag atc ctg gat ctg gag agg tcc ttg acg gag cag cag       405

Gln Ala Ala Gln Ile Leu Asp Leu Glu Arg Ser Leu Thr Glu Gln Gln

85                  90                  95                  100

ggc cgc ctg cag cag ctg gaa cag gac ctc act tca gac gac              447

Gly Arg Leu Gln Gln Leu Glu Gln Asp Leu Thr Ser Asp Asp

                105                 110

<210>2

<211>114

<212>PRT

<213>Homo sapiens

<400>2

Val Lys His Asn Leu Ile Glu Asp His Gln Lys Glu Leu Asn Asn Ala

1               5                   10                  15

Lys Gln Lys Thr Glu Leu Met Lys Gln Glu Phe Gln Arg Lys Glu Thr

            20                  25                  30

Asp Trp Lys Val Met Lys Glu Glu Leu Gln Arg Glu Ala Glu Glu Lys

        35                  40                  45

Leu Thr Leu Met Leu Leu Glu Leu Arg Glu Lys Ala Glu Ser Glu Lys

    50                  55                  60

Gln Thr Ile Ile Asn Lys Phe Glu Leu Arg Glu Ala Glu Met Arg Gln

65                  70                  75                  80

Leu Gln Asp Gln Gln Ala Ala Gln Ile Leu Asp Leu Glu Arg Ser Leu

                85                  90                  95

Thr Glu Gln Gln Gly Arg Leu Gln Gln Leu Glu Gln Asp Leu Thr Ser

            100                 105                 110

Asp Asp

<210>3

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<221>misc_feature

<223>引物

<400>3

tgtgtggtga aaattccctg t                                               21

<210>4

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<221>misc_feature

<223>引物

<400>4

gtcgtctgaa gtgaggtcct g                                               21

Claims (7)

1.一种检测人PCNT基因第十四号外显子的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，它包括步骤：

(a)确定在人PCNT基因第十四号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第215位的核苷酸；

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的单核苷酸多态性是在第215位存在G。

3.一种分离核酸，其特征在于，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第215位为G。

4.一种等位基因特异性的核酸引物，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PCNT基因第十四号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第215位单核苷酸多态性的扩增产物。

5.一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PCNT基因第十四号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第215位单核苷酸多态性。

6.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括：

(1)特异性扩增人PCNT基因第十四号外显子的引物对，

(2)检测扩增产物与正常的PCNT基因第十四号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第215位单核苷酸多态性。

7.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括：权利要求4所述的引物和/或权利要求5所述的寡核苷酸探针。