CN1519334A - Prkcbp2基因第一号外显子多态性 - Google Patents

Abstract

本发明涉及PRKCBP2基因第一号外显子的单核苷酸多态性(SNP)。本发明提供了分析PRKCBP2基因第一号外显子的SNP或其活性的方法。本发明的SNP是SEQ ID NO：1所示序列的人PRKCBP2基因第一号外显子的第244位的A－＞G多态性。该SNP导致编码蛋白第56位发生Tyr(Y)－＞Cys(C)改变，从而改变了蛋白活性。

Description

PRKCBP2基因第一号外显子多态性

技术领域

本发明涉及PRKCBP2基因第一号外显子的单核苷酸多态性。本发明还涉及分析PRKCBP2基因第一号外显子的等位基因突变的方法。

背景技术

PRKCBP2，即蛋白激酶C结合蛋白2(Protein Kinase C Binding Protein 2)，又名少突细胞系转录因子2(Oligodendrocyte lineage transcription factor 2，Olig2 or Oligo2)，是一种基本的“螺旋-环形-螺旋”(Helix-Loop-Helix，HLH)转录因子。已经有研究者指出，该转录因子在神经上皮中少突细胞前体形成的区域特异性表达，以及在少突细胞前体内也有特异性表达。从而，解决了先前神经胶质细胞肿瘤无法用细胞形态学或者其它传统标记方法标记的问题，这种转录因子可能被用作少突细胞肿瘤的理想标记，用于检测或者诊断脑部肿瘤。(Proc.Nat.Acad.Sci.98：10851-10856，2001)。

在本申请之前，还没有PRKCBP2基因第一号外显子多态性的相关报道。

发明内容

本发明的目的就是提供PRKCBP2基因第一号外显子的多态性及其检测方法。

在本发明的第一方面，提供了一种检测人PRKCBP2基因第一号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤：

(a)确定在人PRKCBP2基因第一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第244位的核苷酸；

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。

在一优选例中，所述的单核苷酸多态性是在第244位存在G。

在本发明的第二方面，提供了一种分离核酸，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第244位为G。

在本发明的第三方面，提供了一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PRKCBP2基因第一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第244位单核苷酸多态性的扩增产物。

在本发明的第四方面，提供了一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PRKCBP2基因第一号外显子的SEQ IDNO：1所示序列中第244位单核苷酸多态性。

一种试剂盒包括：

(1)特异性扩增人PRKCBP2基因第一号外显子的引物对，

(2)检测扩增产物与正常的PRKCBP2基因第一号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第244位单核苷酸多态性。

另一种诊断试剂盒包括：本发明上述的引物和/或本发明上述的寡核苷酸探针。

具体实施方式

本发明人通过广泛而深入的研究，已经发现了PRKCBP2基因第一号外显子所编码的蛋白序列中第56位Tyr(Y)->Cys(C)多态(即mRNA上244位A->G多态性)，在此基础上完成了本发明。

根据对正常人PRKCBP2基因测序结果，发现了该SNP。经分析发现，该SNP导致第56位氨基酸由Tyr(Y)->Cys(C)。由于这是不同性质氨基酸的置换，因此，会导致PRKCBP2基因第一号外显子所编码的蛋白活性发生改变。

PRKCBP2基因第一号外显子的cDNA序列列于SEQ ID NO：1，其中开放阅读框为第78-464位，其所编码的氨基酸序列列于SEQ ID NO：2。PRKCBP2基因第一号外显子的基因组序列可以从GenBank中获得。

本领域的技术人员知道，有大量的分析技术可用于检测PRKCBP2基因第一号外显子中所述位点是否存在单核苷酸多态性。这些技术包括(但并不限于)：DNA测序、杂交测序；酶促错配切割、异源双链分析、点杂交、寡核苷酸阵列(DNA芯片)、Mini-sequencing、Taqman技术、分子信标等，变性高效液相色谱法(DHPLC)。

另一方面，本发明的检测方法被用于评估个体患PRKCBP2基因第一号外显子相关疾病的易感性。

用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于检测PRKCBP2基因第一号外显子活性而言，可以任何含有PRKCBP2基因第一号外显子的样品，如血液等。

用于本发明方法或检测试剂盒的引物和探针，根据PRKCBP2基因第一号外显子的cDNA序列(SEQ ID NO：1的序列)或基因组序列进行设计，并可用常规的合成技术进行合成即可。

下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆：实验室手册(New York：ColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。

实施例1

基因的抽提和测序

用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正至20ng/ul后，用于常规PCR扩增。引物是：

有义引物：5’-ctcctctcct ggaagttttc g-3’(SEQ ID NO：3)

反义引物：5’-catccatggc gatgttga-3’(SEQ ID NO：4)

扩增出的465bp的产物，纯化后进行DNA测序。

实施例2

SNP的获得

对PRKCBP2基因进行直接测序。将测定的各样本序列进行比较，从而得出序列的差异，获得SNP。

实施例3

检测试剂盒

制备一检测PRKCBP2基因相关疾病易感性的检测试剂盒，其中，含有下列可扩增出244位SNP的引物对：

有义引物：5’-ctcctctcct ggaagttttc g-3’(SEQ ID NO：3)

反义引物：5’-catccatggc gatgttga-3’(SEQ ID NO：4)

对扩增产物与正常对照用变性高效液相色谱仪(DHPLC)进行色谱分析，可轻易地检测出244位的A->G型SNP。

在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。

                       SEQUENCE LISTING

<110>上海人类基因组研究中心

<120>PRKCBP2基因第一号外显子多态性

<130>030115

<160>4

<170>PatentIn version 3.1

<210>1

<211>465

<212>DNA

<213>Homo sapiens

<220>

<221>CDS

<222>(78)..(464)

<223>

<400>1

ctcctctcct ggaagttttc gggtccgagg gaaggaggac cctgcgaaag ctgcgacgac    60

tatcttcccc tggggcc atg gac tcg gac gcc agc ctg gtg tcc agc cac      110

                   Met Asp Ser Asp Ala Ser Leu Val Ser Ser His

                   1               5                   10

ccg tcg tcg cca gag ccc gat gac ctt ttt ctg acg gcc cgg agt aag     158

Pro Ser Ser Pro Glu Pro Asp Asp Leu Phe Leu Thr Ala Arg Ser Lys

            15                  20                  25

ggc agc agc ggc agc gcc ttc act ggg ggc acc gtg tcc tcg tcc acc     206

Gly Ser Ser Gly Ser Ala Phe Thr Gly Gly Thr Val Ser Ser Ser Thr

        30                  35                  40

tcg agt gac tgc ccg ccg gag ctg agc gcc gag ctg tac ggc gct atg     254

Ser Ser Asp Cys Pro Pro Glu Leu Ser Ala Glu Leu Tyr Gly Ala Met

    45                  50                  55

ggc tct gcg ggc gcg tat cct ggg gac aag cta gga ggc agt ggc ttc     302

Gly Ser Ala Gly Ala Tyr Pro Gly Asp Lys Leu Gly Gly Ser Gly Phe

60                  65                  70                  75

aag tca tcc tcg tcc agc acc tcg tcg tct acg tcg tcg gcg gct gcg     350

Lys Ser Ser Ser Ser Ser Thr Ser Ser Ser Thr Ser Ser Ala Ala Ala

                80                  85                  90

tcg tcc acc aag aag gac aag aag caa atg aca gag ccg gag ctg cag     398

Ser Ser Thr Lys Lys Asp Lys Lys Gln Met Thr Glu Pro Glu Leu Gln

            95                  100                 105

cag ctg cgt ctc aag atc aac agc cgc gag cgc aag cgc atg cac gac    446

Gln Leu Arg Leu Lys Ile Asn Ser Arg Glu Arg Lys Arg Met His Asp

        110                 115                 120

ctc aac atc gcc atg gat g                                          465

Leu Asn Ile Ala Met Asp

    125

<210>2

<211>129

<212>PRT

<213>Homo sapiens

<400>2

Met Asp Ser Asp Ala Ser Leu Val Ser Ser His Pro Ser Ser Pro Glu

1               5                   10                  15

Pro Asp Asp Leu Phe Leu Thr Ala Arg Ser Lys Gly Ser Ser Gly Ser

            20                  25                  30

Ala Phe Thr Gly Gly Thr Val Ser Ser Ser Thr Ser Ser Asp Cys Pro

        35                  40                  45

Pro Glu Leu Ser Ala Glu Leu Tyr Gly Ala Met Gly Ser Ala Gly Ala

    50                  55                  60

Tyr Pro Gly Asp Lys Leu Gly Gly Ser Gly Phe Lys Ser Ser Ser Ser

65                  70                  75                  80

Ser Thr Ser Ser Ser Thr Ser Ser Ala Ala Ala Ser Ser Thr Lys Lys

                85                  90                  95

Asp Lys Lys Gln Met Thr Glu Pro Glu Leu Gln Gln Leu Arg Leu Lys

            100                 105                 110

Ile Asn Ser Arg Glu Arg Lys Arg Met His Asp Leu Asn Ile Ala Met

        115                 120                 125

Asp

<210>3

<211>21

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<221>misc_feature

<223>引物

<400>3

ctcctctcct ggaagttttc g                                              21

<210>4

<211>18

<212>DNA

<213>人工序列

<220>

<221>misc_feature

<223>引物

<400>4

catccatggc gatgttga                                                  18

Claims (7)

1.一种检测人PRKCBP2基因第一号外显子的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，它包括步骤：

(a)确定在人PRKCBP2基因第一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列的第244位的核苷酸；

(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的单核苷酸多态性是在第244位存在G。

3.一种分离核酸，其特征在于，它具有SEQ ID NO：1所示的序列，且第244位为G。

4.一种等位基因特异性的核酸引物，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PRKCBP2基因第一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第244位单核苷酸多态性的扩增产物。

5.一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PRKCBP2基因第一号外显子的SEQ ID NO：1所示序列中第244位单核苷酸多态性。

6.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括：

(1)特异性扩增人PRKCBP2基因第一号外显子的引物对，

(2)检测扩增产物与正常的PRKCBP2基因第一号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO：1所示序列中第244位单核苷酸多态性。

7.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括：权利要求4所述的引物和/或权利要求5所述的寡核苷酸探针。