CN118546227A - GmMBRL1蛋白及其编码基因与应用 - Google Patents

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CN118546227A CN202410793584.6A CN202410793584A CN118546227A CN 118546227 A CN118546227 A CN 118546227A CN 202410793584 A CN202410793584 A CN 202410793584A CN 118546227 A CN118546227 A CN 118546227A
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陈莉
蔡宇鹏
侯文胜
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Abstract

本发明公开了GmMBRL1蛋白及其编码基因与应用。本发明属于生物技术领域,涉及GmMBRL1蛋白及其编码基因与应用。本发明的蛋白质是如下任一种的蛋白质:A1)氨基酸序列如SEQ ID No.1所示的蛋白质;A2)将A1)的蛋白质经过氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的与A1)所示的蛋白质具有80%以上的同一性且具有相同功能的蛋白质;A3)在A1)或A2)的N末端或/和C末端连接蛋白质标签得到的融合蛋白质。实验证明,蛋白质GmMBRL1可以调控植物株型和产量,对大豆育种具有重要的理论意义。

Description

GmMBRL1蛋白及其编码基因与应用
技术领域
本发明属于植物育种领域,具体涉及GmMBRL1蛋白及其编码基因与应用。
背景技术
大豆作为重要的粮油饲兼用作物,在保障我国粮食安全和农产品贸易领域扮演着举足轻重的角色。随着人民生活水平的不断提高,对植物油及饲料蛋白的需求急剧增加,我国大豆生产能力不足的问题也越来越突出。与世界大豆主产国美国、巴西、阿根廷等国家相比,我国大豆产量偏低,无法满足日常生产生活需要,大豆进口量逐年增加。在我国大豆种植面积有限的现实条件下,如何通过现代生物育种技术手段快速有效改良大豆品种,提高大豆单产水平,是亟需解决的重要生产问题和亟待突破的育种技术瓶颈。
作株型对于作物单株和群体的形态建成发挥决定性作用,是影响植株产量、作物生产水平和经济效益的重要因子。作物株型包括株高、分枝(分蘖)、叶形和穗型(结荚习性)等。作物株型驯化或改良在实现作物产量重大突破中发挥着至关重要的作用。但目前对于大豆株型调控机理以及大豆株型调控关键基因的研究仍处于探索阶段,相关研究报道较少;对于影响大豆株型调控的分子机理、关键基因和作用网络尚不清晰明确。特别是由于受研究材料的限制,在大田生产条件下,何种株型更有利于提高大豆单产水平,更是缺少相关研究。因此,进一步挖掘更多株型调控基因,不但对于发现优良大豆株型调控基因和培育高产理想株型具有重要的理论价值;而且通过特异材料的创制,可以在生产条件下对大豆理想株型进行系统评价和优选,对于最终实现育种应用、提升大豆产量具有重要实际应用价值。
发明内容
本发明所要解决的技术问题是如何调控植物的株型和提高产量。
为了解决现有技术存在的问题,本发明提供了一种蛋白质。
本发明提供的蛋白质可为如下任一种的蛋白质:
A1)氨基酸序列如SEQ ID No.1所示的蛋白质;
A2)将A1)的蛋白质经过氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的与A1)所示的蛋白质具有75%以上的同一性且具有调控植物株型和提高产量的蛋白质;例如本领域技术人员可根据如SEQ ID No.1所示的氨基酸序列以及氨基酸的保守性替换等本领域常规技术手段,在不影响其活性的前提下,通过取代、缺失和/或增加一个或几个氨基酸,得到与如SEQ ID No.1所示的氨基酸序列具有相同功能的蛋白突变体;
A3)在A1)或A2)的N末端或/和C末端连接蛋白质标签得到的融合蛋白质。
上述A1)所述蛋白质的名称为MBRL1。
为了使A1)中的蛋白质便于纯化或检测,可在由序列表中SEQ ID No.1所示的氨基酸序列组成的蛋白质的氨基末端或羧基末端连接标签蛋白。
上述蛋白质可人工合成,也可先合成其编码基因,再进行生物表达得到。
所述标签蛋白包括但不限于:GST(谷胱甘肽巯基转移酶)标签蛋白、His6标签蛋白(His-tag)、MBP(麦芽糖结合蛋白)标签蛋白、Flag标签蛋白、SUMO标签蛋白、HA标签蛋白、Myc标签蛋白、eGFP(增强型绿色荧光蛋白)、eCFP(增强型青色荧光蛋白)、eYFP(增强型黄绿色荧光蛋白)、mCherry(单体红色荧光蛋白)或AviTag标签蛋白。
本领域普通技术人员可以很容易地采用已知的方法,例如定向进化或点突变的方法,对本发明的编码蛋白质MBRL1的核苷酸序列进行突变。那些经过人工修饰的,具有与本发明分离得到的蛋白质MBRL1的核苷酸序列75%或75%以上同一性的核苷酸,只要编码蛋白质MBRL1且具有蛋白质MBRL1功能,均是衍生于本发明的核苷酸序列并且等同于本发明的序列。
上述75%或75%以上同一性,可为80%、85%、90%或95%以上的同一性。
本文中,同一性是指氨基酸序列或核苷酸序列的同一性。可使用国际互联网上的同源性检索站点测定氨基酸序列或核苷酸序列的同一性,如NCBI主页网站的BLAST网页。例如,可在高级BLAST2.1中,通过使用blastp作为程序,将Expect值设置为10,将所有Filter设置为OFF,使用BLOSUM62作为Matrix,将Gap existence cost,Per residue gap cost和Lambda ratio分别设置为11,1和0.85(缺省值)并进行检索一对氨基酸序列或或核苷酸序列的同一性进行计算,然后即可获得同一性的值(%)。
本文中,所述80%以上的同一性可为至少80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的同一性。
本文中,所述90%以上的同一性可为至少90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%或99%的同一性。
上文中,所述蛋白质来源于大豆(Glycine max(L.)Merr.)。
本发明还提供了与上述蛋白质相关的生物材料,所述生物材料可为下述中的任一种:
B1)编码前文所述蛋白质的核酸分子;
B2)含有B1)所述核酸分子的表达盒;
B3)含有B1)所述核酸分子的重组载体、或含有B2)所述表达盒的重组载体;
B4)含有B1)所述核酸分子的重组微生物、或含有B2)所述表达盒的重组微生物、或含有B3)所述重组载体的重组微生物;
B5)含有B1)所述核酸分子的转基因植物细胞系、或含有B2)所述表达盒的转基因植物细胞系;
B6)含有B1)所述核酸分子的转基因植物组织、或含有B2)所述表达盒的转基因植物组织;
B7)含有B1)所述核酸分子的转基因植物器官、或含有B2)所述表达盒的转基因植物器官;
C1)抑制或降低或沉默前文所述蛋白质的编码基因表达的核酸分子;
C2)表达C1)所述核酸分子的编码基因;
C3)含有C2)所述编码基因的表达盒;
C4)含有C2)所述编码基因的重组载体、或含有C3)所述表达盒的重组载体;
C5)含有C2)所述编码基因的重组微生物、或含有C3)所述表达盒的重组微生物、或含有C4)所述重组载体的重组微生物;
C6)含有C2)所述编码基因的转基因植物细胞系、或含有C3)所述表达盒的转基因植物细胞系、或含有C4)所述重组载体的转基因植物细胞系;
C7)含有C2)所述编码基因的转基因植物组织、或含有C3)所述表达盒的转基因植物组织、或含有C4)所述重组载体的转基因植物组织;
C8)含有C2)所述编码基因的转基因植物器官、或含有C3)所述表达盒的转基因植物器官、或含有C4)所述重组载体的转基因植物器官。
上述生物材料中,B1)所述核酸分子可为如下E1)或E2)所示的基因:
E1)编码序列是SEQ ID No.2的cDNA分子或DNA分子;
E2)编码链的核苷酸是SEQ ID No.3的cDNA分子或DNA分子。
SEQ ID No.2所示的DNA分子(调控植物株型和产量性状的MBRL1基因)编码氨基酸序列是SEQ ID No.1的蛋白质MBRL1。
SEQ ID No.2所示的核苷酸序列为蛋白质MBRL1编码基因(CDS)的核苷酸序列。
本发明所述的MBRL1基因可以为任意能够编码蛋白质MBRL1的核苷酸序列。考虑到密码子的简并性以及不同物种密码子的偏爱性,本领域技术人员可以根据需要使用适合特定物种表达的密码子。
B1)所述核酸分子还可包括在SEQ ID No.2所示核苷酸序列基础上经密码子偏好性改造得到的核酸分子。
B1)所述核酸分子还可包括与SEQ ID No.2所示的核苷酸序列一致性为95%以上且来源相同种属的核酸分子。
本文所述核酸分子可以是DNA,如cDNA、基因组DNA或重组DNA;所述核酸分子也可以是RNA,如gRNA、mRNA、siRNA、shRNA、sgRNA、miRNA或反义RNA。
本文所述载体是本领域技术人员公知的,包括但不限于:质粒、噬菌体(如λ噬菌体或M13丝状噬菌体等)、黏粒(即柯斯质粒)、Ti质粒或病毒载体。具体可为载体cas9/gRNA。
可用现有的植物表达载体构建含有MBRL1基因的重组表达载体。所述植物表达载体包括但不限于如双元农杆菌载体和可用于植物微弹轰击的载体等。所述植物表达载体还可包含外源基因的3'端非翻译区域,即包含聚腺苷酸信号和任何其它参与mRNA加工或基因表达的DNA片段。所述聚腺苷酸信号可引导聚腺苷酸加入到mRNA前体的3'端,如包括但不限于农杆菌冠瘿瘤诱导(Ti)质粒基因(如胭脂合成酶Nos基因)、植物基因(如大豆贮藏蛋白基因)3'端转录的非翻译区均具有类似功能。
使用MBRL1基因构建重组植物表达载体时,在其转录起始核苷酸前可加上任何一种增强型启动子或组成型启动子,包括但不限于如花椰菜花叶病毒(CAMV)35S启动子、玉米的泛素启动子(ubiquitin),它们可单独使用或与其它植物启动子结合使用;此外,使用本发明的基因构建植物表达载体时,还可使用增强子,包括翻译增强子或转录增强子,这些增强子区域可以是ATG起始密码子或邻接区域起始密码子等,但必需与编码序列的阅读框相同,以保证整个序列的正确翻译。所述翻译控制信号和起始密码子的来源是广泛的,可以是天然的,也可以是合成的。翻译起始区域可以来自转录起始区域或结构基因。
为了便于对转基因植物细胞或植物进行鉴定及筛选,可对所用植物表达载体进行加工,如加入包括但不限于可在植物中表达的编码可产生颜色变化的酶或发光化合物的基因(GUS基因、荧光素酶基因等)、具有抗性的抗生素标记物(庆大霉素标记物、卡那霉素标记物等)或是抗化学试剂标记基因(如抗除草剂基因)等。从转基因植物的安全性考虑,可不加任何选择性标记基因,直接以逆境筛选转化植株。
在一个具体的实施例中,所述重组载体为GmMBRL1-sgRNA,所述重组载体GmMBRL1-sgRNA的结构描述如下:将靶序列为5’-TCTATCCTGGCCGTCACAAG-3’的DNA分子通过同源重组插入到线性cas9/gRNA载体上,且保持cas9/gRNA载体的其他序列不变得到的重组表达载体。
本文所述微生物可为酵母、细菌、藻或真菌。其中,细菌可来自埃希氏菌属(Escherichia),欧文氏菌(Erwinia),根癌农杆菌属(Agrobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium),产碱菌属(Alcaligenes),假单胞菌属(Pseudomonas),芽孢杆菌属(Bacillus)等。具体可为根癌农杆菌EHA105。
在一个具体的实施例中,所述重组微生物具体可为重组农杆菌EHA105/GmMBRL1-sgRNA。
所述重组农杆菌EHA105/GmMBRL1-sgRNA是将所述重组载体GmMBRL1-sgRNA导入根癌农杆菌EHA105得到的重组菌。
本发明还提供了一种培育植物株型改变和产量提高的植物的方法,包括:1)抑制、降低或沉默目的植物中前文所述蛋白质的编码基因的表达量,或/和抑制、降低或沉默前文所述蛋白质的编码基因的活性和/或含量,得到株型改变和产量提高的植物;
2)提高、增强或上调目的植物中前文所述蛋白质的编码基因的表达量,或/和提高、增强或上调前文所述蛋白质的编码基因的活性和/或含量,得到株型改变和产量降低的植物。
在一个具体的实施例中,培育株型和提高产量的植物的方法,包括如下步骤:抑制目的植物中的编码MBRL1蛋白的核酸分子表达,得到株型和提高产量的转基因植物。所述抑制目的植物中的编码MBRL1蛋白的核酸分子表达具体可通过向目的植物中导入以编码MBRL1蛋白的核酸分子为靶标的干扰载体实现。
所述干扰载体可为基因编辑载体。
作为本发明的一种实施方案,所述培育株型改变和提高产量的植物的方法包括如下步骤:
(1)构建含有如SEQ ID No.4所示的抑制MBRL1基因表达的基因编辑载体;
(2)将步骤(1)构建的基因编辑载体导入植物中;
(3)经筛选和鉴定获得株型改变和产量提高的植物。
具体的,所述基因编辑载体为基于Cas9基因编辑技术的载体。具体的,所述基因编辑载体表达sgRNA和Cas9蛋白。所述sgRNA以编码MBRL1蛋白的核酸分子为靶标。具体的,所述sgRNA的靶标为:5’-TCTATCCTGGCCGTCACAAG-3’。
上述方法中,所述CRISPR/Cas9系统基因编辑的靶点为SEQ ID No.3第243-262位,对应于SEQ ID No.2(编码序列)的第29-48位。
上述方法中,所述CRISPR/Cas9系统基因编辑可为将大豆基因组中的SEQ ID No.3所示的所述蛋白质的编码基因进行下述突变:将“5’-TCTATCCTGGCCGTCACAAG-3’(SEQ IDNo.3第243-262位,对应于SEQ ID No.2(编码序列CDS)的第29-48位)”替换为5’-TCTATCCTGGCCGTCACCAAG-3’,即在SEQ ID No.3的第259和260位中间增加一个碱基“C”,从而将编码GmMBRL1蛋白的基因敲除。
本发明中,所述植物育种的目的包括培育株型改变或/和产量提高/降低的植物。
本发明还提供了前文所述蛋白质MBRL1或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在下述任一中的应用:
U1)所述的蛋白质或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在调控植物株型和产量中的应用;
U2)所述的蛋白质或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在制备调控植物株型和产量的产品中的应用;
U3)所述的蛋白或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在培育植物株型改变和产量提高的植物中的应用;
U4)所述的蛋白质或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在制备培育株型改变和提高产量的植物的产品中的应用;
U5)所述的蛋白质或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在植物育种中的应用。
本文中,调控所述蛋白质活性和/或含量的物质可为调控基因表达的物质,所述基因编码所述蛋白质MBRL1。
上述应用中,所述调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质可为与所述蛋白质相关的生物材料,所述生物材料可为前文所述的生物材料。
上文中,所述调控基因表达的物质可为进行如下6种调控中至少一种调控的物质:
1)在所述基因转录水平上进行的调控;
2)在所述基因转录后进行的调控(也就是对所述基因的初级转录物的剪接或加工进行的调控);
3)对所述基因的RNA转运进行的调控(也就是对所述基因的mRNA由细胞核向细胞质转运进行的调控);
4)对所述基因的翻译进行的调控;
5)对所述基因的mRNA降解进行的调控;
6)对所述基因的翻译后的调控(也就是对所述基因翻译的蛋白质的活性进行调控)。
本发明还提供了一种调控植物株型和提高产量的方法,包括调控目的植物中前文所述蛋白质的活性和/或含量,或/和所述蛋白质的编码基因的表达量,来调控植物株型和提高产量。
上述方法中,所述调控目的植物中所述蛋白质MBRL1的活性和/或含量,或/和所述蛋白质的编码基因的表达量包括向受体植物中导入抑制、降低或沉默所述蛋白质的编码基因MBRL1,得到植物株型改变和产量提高改变的目的植物;所述MBRL1编码基因编码所述蛋白质MBRL1。
所述导入指通过重组手段,包括但不限于农杆菌(Agrobacterium)介导的转化,生物射弹(biolistic)方法,电穿孔,in planta技术,等等导入。
上述应用及方法中,所述调控可为提高、增强或上调。
上述应用及方法中,所述调控可为抑制、降低或沉默。
本文中,所述调控所述蛋白质的编码基因的表达可为抑制或降低或下调所述编码基因表达。抑制或降低或下调所述编码基因表达可通过基因敲除或基因沉默实现。
所述基因敲除(gene knockout)是指通过基因编辑技术使特定靶基因失活的现象。基因敲除是通过DNA序列的改变使特定靶基因失活。
所述基因沉默是指在不损伤原有DNA的情况下使基因不表达或低表达的现象。基因沉默以不改变DNA序列为前提,使基因不表达或低表达。基因沉默可发生在两种水平上,一种是由于DNA甲基化、异染色质化以及位置效应等引起的转录水平的基因沉默,另一种是转录后基因沉默,即在基因转录后的水平上通过对靶标RNA进行特异性抑制而使基因失活,包括反义RNA、共抑制(co-suppression)、基因压抑(quelling)、RNA干扰(RNAi)和微小RNA(miRNA)介导的翻译抑制等。
为了便于对转基因细胞或植物进行鉴定及筛选,可对所用重组表达载体进行加工,如加入可在植物中表达的编码可产生颜色反应的酶或发光化合物的基因、具有抗性的抗生素标记物或是抗化学试剂标记基因等。也可不加任何选择性标记基因,直接以逆境筛选转化植株。
上述方法得到的植物可为转基因植物,也可为通过杂交等常规育种技术获得的植物。上述方法中,所述转基因植物理解为不仅包含第一代到第二代转基因植物,也包括其子代。对于转基因植物,可以在该物种中繁殖该基因,也可用常规育种技术将该基因转移进入相同物种的其它品种,特别包括商业品种中。所述转基因植物包括种子、愈伤组织、完整植株和细胞。
本文中,所述株型性状可包括株高、节数、分枝数、单株荚数、单株粒数。
上述应用或方法中,所述植物是如下中的任一种:
N1)双子叶植物:
N2)豆目植物;
N3)豆科植物;
N4)大豆属植物;
N5)大豆。
附图说明
图1为GmMBRL1突变体的突变类型。
图2为GmMBRL1纯合突变体(突变体)与大豆品种Jack(对照)植株的株型。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述,给出的实施例仅为了阐明本发明,而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南,并不以任何方式构成对本发明的限制。
下述实施例中的实验方法,如无特殊说明,均为常规方法,按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可从商业途径得到。
以下实施例中的定量实验,如无特别说明,均设置三次重复实验。
下述实施例中的栽培大豆Jack,记载于:Chen L,Cai Y,Liu X,Yao W,Guo C,SunS,Wu C,Jiang B,Han T,Hou W(2018),Improvement of soybean Agrobacterium-mediated transformation efficiency by adding glutamine and asparagine intothe culture media.International Journal of Molecular Sciences 19,3039,公众可从申请人处获得该生物材料,该生物材料只为重复本发明的实验所用,不可作为其它用途使用。
下述实施例中的cas9/gRNA载体购于北京唯尚立德生物科技有限公司,货号:VK005-15,该载体含有Cas9蛋白表达单元。
下述实施例中的根癌农杆菌EHA105,记载于:Cai Y,Chen L,Liu X,Guo C,Sun S,Wu C,Jiang B,Han T and Hou W(2018a),CRISPR/Cas9-mediated targeted mutagenesisof GmFT2a delays flowering time in soya bean.Plant Biotechnol J 16,176-185,公众可从申请人处获得该生物材料,该生物材料只为重复本发明的实验所用,不可作为其它用途使用。
MS盐:PhytoTech,目录号:M524。
MS有机:PhytoTech,目录号:M533。
B5有机:Phytotech公司,目录号:G219。
B5盐:Phytotech公司,目录号:G768。
YEP固体培养基由溶剂和溶剂组成;各溶质及其在YEP固体培养基中的浓度为:NaCl 5g/L,酵母提取物5g/L,胰蛋白胨10g/L,15g/L琼脂;溶剂为水。YEP固体培养基的pH为7.0。
发芽培养基(pH5.8):3.12g/L B5盐、1ml/L B5有机、20g/L蔗糖、7.5g/L琼脂,余量为水。
液体培养基(pH5.4):0.43g/L MS盐、1ml/L B5有机、40mg/L乙酰丁香酮、150mg/L二硫苏糖醇、100mg/L L-半胱氨酸、30g/L蔗糖、3.9mg/L 2-吗啉乙磺酸,余量为水。
共培养培养基(pH5.4):0.43g/L MS盐、1ml/L B5有机、40mg/L乙酰丁香酮、150mg/L二硫苏糖醇、100mg/L L-半胱氨酸、30g/L蔗糖、7.5g/L琼脂、3.9mg/L 2-吗啉乙磺酸,余量为水。
恢复培养基(pH5.4):3.1g/L B5盐、1ml/L B5有机、30g/L蔗糖、150mg/L头孢霉素、150mg/L特美汀、1mg/L 6-BA、0.98g/L 2-吗啉乙磺酸、7.5g/L琼脂、4ml/L Fe盐(200×)、50mg/L L-天冬酰胺、50mg/L L-谷氨酰胺,余量为水。
筛选培养基(pH5.4):3.1g/L B5盐、1ml/L B5有机、0.98g/L 2-吗啉乙磺酸、30g/L蔗糖、150mg/L头孢霉素、150mg/L特美汀、1mg/L 6-BA、6mg/L草丁膦、7.5g/L琼脂、4ml/L Fe盐(200×)、50mg/L L-天冬酰胺、50mg/L L-谷氨酰胺,余量为水。
伸长培养基(pH5.6):4.0g/L MS盐、1ml/L B5有机、0.6g/L 2-吗啉乙磺酸、30g/L蔗糖、150mg/L头孢霉素、150mg/L特美汀、0.1mg/L IAA、0.5mg/L GA、1mg/L 6-BA、6mg/L草丁膦、7.5g/L琼脂、4ml/L Fe盐(200×)、50mg/L L-天冬酰胺、50mg/L L-谷氨酰胺,余量为水。
生根培养基(pH5.7):2.165g/L MS盐、1ml/L B5有机、0.6g/L 2-吗啉乙磺酸、20g/L蔗糖、7.5g/L琼脂、50mg/L L-天冬酰胺、50mg/L L-谷氨酰胺,余量为水。
下述实施例采用SPSS11.5统计软件对数据进行处理,实验结果以平均值±标准偏差表示,采用One-way ANOVA检验,P<0.05(*)表示具有显著性差异,P<0.01(**)表示具有极显著性差异。
实施例1、GmMBRL1蛋白及其编码基因的获得
从大豆品种Jack中分离克隆编码GmMBRL1的基因,GmMBRL1位于大豆10号染色体,将其命名为GmMBRL1基因(其编码的蛋白质名称为GmMBRL1)。大豆品种Jack基因组DNA中的GmMBRL1基因如序列表的SEQ ID No.3所示,GmMBRL1基因的编码序列如序列表的SEQ IDNo.2所示,编码氨基酸序列如序列表的SEQ ID No.1所示的蛋白质GmMBRL1。
实施例2、GmMBRL1基因编辑植株的获得
1、sgRNA的获得
利用CRISPR-P(http://cbi.hzau.edu.cn/cgi-bin/CRISPR)在线网页工具进行GmMBRL1sgRNA靶位点序列的选择。靶点位于GmMBRL1的第一外显子区,靶序列为5’-TCTATCCTGGCCGTCACAAG-3’(SEQ ID No.3第243-262位,对应于SEQ ID No.2(编码序列)的第29-48位)。
靶点设计好后,需要整合到载体上。首先,合成sgRNA的靶点引物,引物序列为:
GmMBRL1-F:5’-TTGTCTATCCTGGCCGTCACAAG-3’;
GmMBRL1-R:5’-AACCTTGTGACGGCCAGGATAGA-3’;
(下划线所示序列为20bp的sgRNA)
在25μL体系中各加入GmMBRL1-F及GmMBRL1-R引物5μL,水15μL,95℃3min,0.1℃/s退火至16℃,16℃保持10min,完成退火,得到带有粘性末端的gRNA退火产物。
2、GmMBRL1基因编辑表达载体GmMBRL1-sgRNA的制备
取1μL上述步骤1得到的带有粘性末端的gRNA退火产物与cas9/gRNA载体进行同源重组,得到重组载体Cas9-sgRNA,该载体表达sgRNA,sgRNA中的靶序列结合区的编码序列为序列3第243-262位。
3、重组菌的制备
将步骤2制备的重组载体Cas9-sgRNA转入大肠杆菌DH5α,涂于LB+Kan的固体培养基上。挑取单克隆提取质粒,送测序。
测序引物SQ:5’-GATGAAGTGGACGGAAGGAAGGAG-3’,确定插入正确的片段的质粒命名为重组载体GmMBRL1-sgRNA。
重组载体GmMBRL1-sgRNA的结构描述如下:将线性cas9/gRNA载体通过同源重组插入靶序列为5’-AATAGGGAAACTTCACAGTT-3’的DNA分子,且保持cas9/gRNA载体的其他序列不变得到的重组表达载体。重组载体GmMBRL1-sgRNA的核苷酸序列为序列表中序列4。
重组载体GmMBRL1-sgRNA含有核苷酸序列是SEQ ID No.4的第35-582位的sgRNA基因表达盒,sgRNA基因如序列表的SEQ ID No.4的第480-499位的核苷酸所示,第35-479位核苷酸为启动sgRNA基因转录的启动子,第576-582位核苷酸为终止sgRNA基因转录的终止子。Cas9-sgRNA还含有核苷酸序列是SEQ ID No.4的第584-5568位的Cas9蛋白基因表达盒,可以表达Cas9蛋白。
4、GmMBRL1突变体的获得及表型鉴定
用电转法将重组载体GmMBRL1-sgRNA转化农杆菌EHA105,提取质粒进行测序验证,将测序验证正确的重组菌株命名EHA/GmMBRL1-sgRNA。
5、农杆菌介导转化
利用农杆菌介导法将步骤4构建好的EHA/GmMBRL1-sgRNA转化大豆品种Jack(以下称为野生型大豆),具体方法为:
A、种子灭菌
1)取无病虫害和斑点、饱满、均一、干燥的大豆品种Jack种子,完全平铺在培养皿中,然后将培养皿放入干燥器中。
2)完成步骤1)后,在所述干燥器中放入100ml容量的烧杯,在烧杯中倒入80ml 12M次氯酸钠水溶液,再慢慢加入4ml浓盐酸,然后迅速盖上干燥器,用凡士林密封,放置16h,进行氯气灭菌。
B、制备侵染菌液
1)28℃,培养上述步骤4得到的EHA-GmMBRL1-sgRNA菌液,用液体培养基重悬,得到OD600nm=0.6的侵染菌液。
2)将步骤A处理后的种子放入超净台中,在显微镜下,剥去种皮,沿长轴将两个子叶分开,保留带完整胚轴的那片子叶,在其胚轴和子叶连接处进行划伤,一般一个子叶划伤3-5刀,然后在28℃培养箱中,浸染2h。
3)将子叶内面(平滑面)向上,平铺于已铺有无菌滤纸的共培养培养基上,温度22℃,暗培养5d。
4)共培养5d后,外植体胚轴伸长到2cm,切掉部分胚轴,使其保留0.5cm。将处理后的外植体放到恢复培养基中,28℃,16h光照/8h黑暗条件下,培养7d。
5)从恢复培养基中取出外植体,去除新芽,切除部分胚轴,保留0.5cm的胚轴,再将修整后外植体转入到筛选培养基中,28℃,16h光照/8h黑暗条件下培养21d。
6)经过21d的筛选诱导,外植体产生大量不定芽,剥除子叶和棕色的叶子,将剩余的部分转入伸长培养基中培养,28℃,16h光照/8h黑暗条件下培养。
7)在伸长培养基中,当丛生芽抽出5-8cm幼茎时,从不定芽基部剪下来;茎基部在1mg/LIBA溶液中沾1min,然后转入生根培养基中培养,28℃,16h光照/8h黑暗条件下培养一周,在茎基部产生大量根后,移栽到盆中,长成的植株为T0代转化大豆。
6、GmMBRL1基因编辑植株的分子检测
提取步骤5获得的T0代转化大豆叶片的DNA作为模板进行PCR分子检测,以野生型大豆为对照。
在GmMBRL1基因靶位点附近设计PCR引物,进行PCR扩增并测序。其中,引物MBRL1-F:5’-GGTGACCGCAATGGAAGACA-3’和MBRL1-R:5’-TGTCGTGGTGAAGAAAAACGA-3’扩增GmMBRL1基因。PCR反应体系(总体积25μL):2×Phanta Max Buffer 12.5μL,dNTP Mix(10mM)0.5μL,DNA(200ng/μL)1μL,F(10pmol/μL)1μL,R(10pmol/μL)1μL,Super-Fidelity DNAPolymerase 0.5μL,ddH2O 8.5μL。扩增反应条件:95℃3min;95℃30sec,58℃30sec,72℃1min,35个循环;72℃5min。PCR产物送北京擎科生物科技股份有限公司测序验证。
在靶点位置附近出现套峰为杂合编辑植株,命名为T0代GmMBRL1基因编辑大豆。
将T0代转GmMBRL1大豆播种后收获T1代GmMBRL1基因编辑大豆的种子,培育,得到T1代GmMBRL1基因编辑大豆。
采用PCR检测方法检测T1代GmMBRL1基因编辑大豆,扩增产物测序结果显示:在T1代GmMBRL1基因编辑大豆中,与大豆品种Jack(野生型)的基因组DNA相比,突变体植株(gmmbrl1)的两条同源染色体中,编码GmMBRL1蛋白的基因均发生了如下突变:“5’-TCTATCCTGGCCGTCACAAG-3’(SEQ ID No.3第243-262位,对应于SEQ ID No.2(编码序列CDS)的第29-48位)”替换为5’-TCTATCCTGGCCGTCACCAAG-3’,即在序列3的第259和260位中间增加一个碱基“C”,发生移码突变,从而将编码GmMBRL1蛋白的基因敲除,该突变位点及其周边核苷酸的测序结果见图1。
将上述具有GmMBRL1基因突变类型的T1代GmMBRL1基因编辑大豆突变体植株继续培育,筛选得到不含转基因元件的T2代大豆纯合突变体,并进行表型鉴定。
实施例2、GmMBRL1基因编辑大豆突变体株型表型鉴定
在北京夏季网室自然光照条件下种植,种植条件为:株距10cm,行距50cm。分别统计野生型大豆品种Jack(简称对照植株)、GmMBRL1纯合突变体1gmmbrl1(简称突变体)的株型性状(株高、节数、分枝数、单株荚数、单株粒数)。每个材料至少统计6个单株数据。
研究结果显示(表1和图2),在株型方面,与对照植株株高148.3cm相比,突变体植株株高平均为119.4cm,突变体株高比对照显著降低;在分枝表型方面,对照植株分枝数1.5个,突变体植株分枝平均为2.9个,突变体植株分枝数比对照显著增加;在植株节数方面,对照植株节数25.0个,突变体植株节数平均为23.8个,突变体植株的植株节数比对照显著减少。在单株产量方面,对照植株平均单株荚数106.5个,单株粒数257.8粒,突变体植株单株荚数141.0个,单株粒数356.9粒,突变体单株荚数和粒数显著增加。突变体单株产量显著增加。
表1、大豆株型数据统计
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说,在不脱离本发明的宗旨和范围,以及无需进行不必要的实验情况下,可在等同参数、浓度和条件下,在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例,应该理解为,可以对本发明作进一步的改进。总之,按本发明的原理,本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进,包括脱离了本申请中已公开范围,而用本领域已知的常规技术进行的改变。

Claims (10)

1.蛋白质,所述蛋白质是如下任一种的蛋白质:
A1)氨基酸序列如SEQ ID No.1所示的蛋白质;
A2)将A1)的蛋白质经过氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的与A1)所示的蛋白质具有80%以上的同一性且具有相同功能的蛋白质;
A3)在A1)或A2)的N末端或/和C末端连接蛋白质标签得到的融合蛋白质。
2.根据权利要求1所述的蛋白质,其特征在于:所述蛋白质来源于大豆。
3.与权利要求1或2所述蛋白质相关的生物材料,所述生物材料为下述中的任一种:
B1)编码权利要求1或2中所述蛋白质的核酸分子;
B2)含有B1)所述核酸分子的表达盒;
B3)含有B1)所述核酸分子的重组载体、或含有B2)所述表达盒的重组载体;
B4)含有B1)所述核酸分子的重组微生物、或含有B2)所述表达盒的重组微生物、或含有B3)所述重组载体的重组微生物;
B5)含有B1)所述核酸分子的转基因植物细胞系、或含有B2)所述表达盒的转基因植物细胞系;
B6)含有B1)所述核酸分子的转基因植物组织、或含有B2)所述表达盒的转基因植物组织;
B7)含有B1)所述核酸分子的转基因植物器官、或含有B2)所述表达盒的转基因植物器官;
C1)抑制或降低或沉默权利要求1或2中所述蛋白质的编码基因表达的核酸分子;
C2)表达C1)所述核酸分子的编码基因;
C3)含有C2)所述编码基因的表达盒;
C4)含有C2)所述编码基因的重组载体、或含有C3)所述表达盒的重组载体;
C5)含有C2)所述编码基因的重组微生物、或含有C3)所述表达盒的重组微生物、或含有C4)所述重组载体的重组微生物;
C6)含有C2)所述编码基因的转基因植物细胞系、或含有C3)所述表达盒的转基因植物细胞系、或含有C4)所述重组载体的转基因植物细胞系;
C7)含有C2)所述编码基因的转基因植物组织、或含有C3)所述表达盒的转基因植物组织、或含有C4)所述重组载体的转基因植物组织;
C8)含有C2)所述编码基因的转基因植物器官、或含有C3)所述表达盒的转基因植物器官、或含有C4)所述重组载体的转基因植物器官。
4.根据权利要求3所述的生物材料,其特征在于,B1)所述核酸分子为如下E1)或E2)所示的基因:
E1)编码序列是SEQ ID No.2的cDNA分子或DNA分子;
E2)核苷酸是SEQ ID No.3的cDNA分子或DNA分子。
5.培育植物株型和产量改变的植物的方法,包括:
1)抑制或降低或沉默目的植物中权利要求1中所述蛋白质的编码基因的表达量,或/和抑制或降低或沉默权利要求1中所述蛋白质的编码基因的活性和/或含量,得到株型改变和产量提高的植物;
2)提高、增强和/或上调目的植物中权利要求1中所述蛋白质的编码基因的表达量,或/和提高、增强和/或上调权利要求1中所述蛋白质的编码基因的活性和/或含量,得到株型改变和产量降低的植物。
6.应用,其特征在于,所述应用为下述任一种:
U1)权利要求1或2所述的蛋白质或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在调控植物株型和产量中的应用;
U2)权利要求1或2所述的蛋白质或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在制备调控植物株型和产量的产品中的应用;
U3)权利要求1或2所述的蛋白或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在培育植物株型和产量改变的植物中的应用;
U4)权利要求1或2所述的蛋白质或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在制备培育植物株型改变和产量提高的植物的产品中的应用;
U5)权利要求1或2所述的蛋白质或调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质在植物育种中的应用。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述调控基因的表达物质或调控所述蛋白质活性或含量的物质为与所述蛋白质相关的生物材料,所述生物材料为下述C1)至C8)中的任一种:
C1)抑制或降低或沉默权利要求1或2中所述蛋白质的编码基因表达的核酸分子;
C2)表达C1)所述核酸分子的编码基因;
C3)含有C2)所述编码基因的表达盒;
C4)含有C2)所述编码基因的重组载体、或含有C3)所述表达盒的重组载体;
C5)含有C2)所述编码基因的重组微生物、或含有C3)所述表达盒的重组微生物、或含有C4)所述重组载体的重组微生物;
C6)含有C2)所述编码基因的转基因植物细胞系、或含有C3)所述表达盒的转基因植物细胞系、或含有C4)所述重组载体的转基因植物细胞系;
C7)含有C2)所述编码基因的转基因植物组织、或含有C3)所述表达盒的转基因植物组织、或含有C4)所述重组载体的转基因植物组织;
C8)含有C2)所述编码基因的转基因植物器官、或含有C3)所述表达盒的转基因植物器官、或含有C4)所述重组载体的转基因植物器官。
8.一种调控植物株型和产量的方法,其特征在于,包括调控目的植物中权利要求1或2中所述蛋白质的活性和/或含量,或/和,权利要求1或2中所述蛋白质的编码基因的表达量,来调控植物株型和产量。
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,所述调控目的植物中权利要求1或2中所述蛋白质的活性和/或含量,或/和,权利要求1或2中所述蛋白质的编码基因的表达量包括向受体植物中导入抑制、降低或沉默所述蛋白质的编码基因,得到植物株型改变和产量高于所述受体植物的目的植物;所述编码基因编码权利要求1或2中所述蛋白质。
10.根据权利要求5、8或9任一所述的方法,权利要求6或7所述的应用,其特征在于,所述植物是如下中的任一种:
N1)双子叶植物:
N2)豆目植物;
N3)豆科植物;
N4)大豆属植物;
N5)大豆。
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