CN118317975A

CN118317975A - 靶向baff-r的抗体及其用途

Info

Publication number: CN118317975A
Application number: CN202280064772.4A
Authority: CN
Inventors: B·费舍尔; P·P·海因; A·伊万诺夫; X·李; M·施奈德
Original assignee: Dragonfly Therapy
Current assignee: Dragonfly Therapy
Priority date: 2021-09-29
Filing date: 2022-09-27
Publication date: 2024-07-09

Abstract

披露了具有抗体重链和轻链可变结构域的蛋白质、包含这样的蛋白质的药物组合物、以及使用这样的蛋白质和药物组合物包括用于治疗癌症或自身免疫疾病的治疗方法，该抗体重链和轻链可变结构域可以配对形成靶向细胞上的BAFF‑R的抗原结合位点。

Description

靶向BAFF-R的抗体及其用途

交叉引用

本申请要求2021年9月29日提交的美国临时申请号63/250,092的权益，将该申请的全部披露内容通过引用以其全文特此并入本文。

序列表

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技术领域

本发明提供了具有抗体重链和轻链可变结构域的蛋白质、包含这样的蛋白质的药物组合物、以及使用这样的蛋白质和药物组合物包括用于治疗癌症或自身免疫疾病的治疗方法，该抗体重链和轻链可变结构域可以配对形成靶向细胞上的BAFF-R的抗原结合位点。

背景技术

尽管在治疗癌症的文献中报道了大量的研究努力和科学进步，但癌症仍然是一个重大的健康问题。成人中最常诊断的一些癌症包括前列腺癌、乳腺癌和肺癌。血液恶性肿瘤发生频率虽然低于实体癌，但存活率低。目前对这些癌症的治疗选择并不是对所有患者都有效，并且/或者可能具有相当大的不良副作用。使用现有的治疗选择来治疗其他类型的癌症也仍然具有挑战性。

BAFF-R(也称为BAFF受体、TNF受体超家族成员13C(TNFRSF13C)、CD268或BR3)是TNF受体超家族的III型跨膜蛋白。BAFF-R在晚期过渡性(T2)B细胞阶段和所有成熟B细胞上表达，在生发中心B细胞上下调，在记忆细胞上重新表达，并且在浆细胞上不存在(Davidson(2012)Curr.Rheumatol.Rep.[当代风湿病学报告],14(4):295-302)。BAFF-R是B细胞活化因子(BAFF)(B细胞存活因子)的受体。BAFF可以接合三种受体：BAFF-R、跨膜激活物和CAML相互作用物(TACI)、以及B细胞成熟抗原(BCMA)。在这三种受体中，BAFF-R是参与滤泡和脾边缘区B细胞发育的主要受体(Schiemann等人(2001)Science[科学],293:2111-14)。

BAFF/BAFF-R信号传导轴可以在B细胞增生中起作用。在非霍奇金淋巴瘤(NHL)患者中已经观察到BAFF-R的表达增加以及BAFF的血清水平升高(Shen等人(2016)Adv.Clin.Exp.Med.[临床与实验医学进展],25(5):837-44)。BAFF-R中的某些单核苷酸多态性(SNP)与慢性淋巴细胞白血病(CLL)的风险增加相关(Jesek等人(2016)Tumour Biol.[肿瘤生物学],37(10):13617-26)。BAFF/BAFF-R轴还涉及自身免疫炎性疾病(Mackay等人(1999)J.Exp.Med.[实验医学杂志],190:1697-1710)。一些系统性红斑狼疮(SLE)患者血清中BAFF的水平升高(Cheema等人(2001)Arthritis Rheum.[关节炎与风湿病],44:1313-19)，并且BAFF-R始终占据SLE中的血液B细胞(Carter等人(2005)Arthritis Rheum.[关节炎与风湿病],52:3943-54)。鉴于与保护性B细胞相比，自身反应性B细胞对BAFF的存活依赖性更大(Lesley等人(2004)Immunity[免疫学],20:441-53)这一观察结果，已经提出异常高水平的BAFF可能通过增强自身反应性B细胞的存活而导致自身免疫疾病的发病机制。

因此，本领域仍需要新的且有用的结合BAFF-R的抗体，特别是与BAFF-R结合并且抑制其与BAFF的相互作用的抗体。

发明内容

本发明提供了结合BAFF-R的抗原结合位点。含有这样的抗原结合位点的蛋白质和蛋白质缀合物，例如抗体、抗体-药物缀合物、双特异性T细胞接合物(BiTE)和免疫细胞因子，以及表达含有这样的抗原结合位点的蛋白质(例如嵌合抗原受体(CAR))的免疫效应细胞(例如，T细胞)可以用于治疗BAFF-R相关疾病，如癌症和自身免疫疾病。

因此，在一方面，本发明提供了结合或能够结合BAFF-R的抗原结合位点，该抗原结合位点包含：

重链可变结构域(VH)，该重链可变结构域包含含有SEQ ID NO:50的氨基酸序列的互补决定区1(CDR1)序列、含有SEQ ID NO:51的氨基酸序列的互补决定区2(CDR2)序列和含有SEQ ID NO:52的氨基酸序列的互补决定区3(CDR3)序列；和

轻链可变结构域(VL)，该轻链可变结构域包含含有SEQ ID NO:4的氨基酸序列的CDR1序列、含有SEQ ID NO:5的氨基酸序列的CDR2序列和含有SEQ ID NO:49的氨基酸序列的CDR3序列。

在另一方面，本文提供了结合或能够结合BAFF-R的抗原结合位点，其中：

(a)VH包含分别与SEQ ID NO:46、47和48的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和49的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；

(b)VH包含分别与SEQ ID NO:1、2和16的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列相同的序列；

(c)VH包含分别与SEQ ID NO:21、2和22的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；

(d)VH包含分别与SEQ ID NO:20、23和26的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；或者

(e)VH包含分别与SEQ ID NO:35、36和37的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和49的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列。

在一些实施例中，抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含分别与SEQ ID NO:46、47和48的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和49的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列。

在一些实施例中，抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含分别与SEQ ID NO:1、23和38的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列。

在一些实施例中，抗原结合位点包含VH，该VH包含与SEQ ID NO:40至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％相同的氨基酸序列。在一些实施例中，抗原结合位点包含VH，该VH相对于SEQ ID NO:40包含G44C取代。在一些实施例中，抗原结合位点包含VH，该VH包含SEQ ID NO:40的氨基酸序列。在一些实施例中，抗原结合位点包含VH，该VH包含SEQ ID NO:42的氨基酸序列。

在一些实施例中，抗原结合位点包含VL，该VL包含与SEQ ID NO:41至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％相同的氨基酸序列。在一些实施例中，VL相对于SEQ ID NO:41包含G100C取代。在一些实施例中，VL包含SEQ ID NO:41的氨基酸序列。在一些实施例中，抗原结合位点包含VL，该VL包含SEQ ID NO:43的氨基酸序列。

在另一方面，本文提供了抗原结合位点，其包含含有SEQ ID NO:40的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:41的氨基酸序列的VL，或含有SEQ ID NO:42的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:43的氨基酸序列的VL。在一些实施例中，抗原结合位点包含含有SEQ ID NO:40的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:41的氨基酸序列的VL。在一些实施例中，抗原结合位点包含含有SEQ ID NO:42的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:43的氨基酸序列的VL。

在一些实施例中，抗原结合位点以单链可变片段(scFv)、Fab片段或单克隆抗体形式存在。

在一些实施例中，抗原结合位点以单链可变片段(scFv)形式存在。

在一些实施例中，抗原结合位点以scFv形式存在，该scFv包含与SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:45的序列至少90％相同的氨基酸序列。在一些实施例中，scFv包含SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:45的氨基酸序列。在一些实施例中，scFv包含SEQ ID NO:44的氨基酸序列。在一些实施例中，scFv由SEQ ID NO:44的氨基酸序列组成。

在另一方面，本文提供了抗原结合位点，其与上述实施例中任一项所述的抗原结合位点竞争结合BAFF-R。

在一些实施例中，如通过表面等离子体共振(SPR)测量的，抗原结合位点以小于或等于5nM的解离常数(K_D)结合人BAFF-R。

在一些实施例中，抗原结合位点抑制(例如，阻断)BAFF-R与BAFF的结合(例如，如在竞争结合测定中所测量的，抑制至少50％、至少75％、至少90％、至少95％或至少99％)。

在另一方面，本文提供了蛋白质，其包含上述实施例中任一项所述的抗原结合位点。

在一些实施例中，蛋白质进一步包含抗体重链恒定区。在一些实施例中，抗体重链恒定区是人IgG重链恒定区。在一些实施例中，抗体重链恒定区是人IgG1重链恒定区。在一些实施例中，抗体重链恒定区的每条多肽链包含与野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列至少90％相同的氨基酸序列。

在一些实施例中，抗体重链恒定区的至少一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列在选自以下的一个或多个位置处包含一个或多个突变：Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411和K439，该一个或多个突变根据EU编号系统进行编号。

在一些实施例中，抗体重链恒定区的至少一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含选自以下的一个或多个突变：Q347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D和K439E，该一个或多个突变根据EU编号系统进行编号。

在一些实施例中，抗体重链恒定区的一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列在选自以下的一个或多个位置处包含一个或多个突变：Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411和K439；并且该抗体重链恒定区的另一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列在选自以下的一个或多个位置处包含一个或多个突变：Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、D401、F405、Y407、K409、T411和K439，该一个或多个突变根据EU编号系统进行编号。

在一些实施例中，抗体重链恒定区的一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含K360E和K409W取代；并且该抗体重链恒定区的另一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含Q347R、D399V和F405T取代，这些取代根据EU编号系统进行编号。

在一些实施例中，抗体重链恒定区的一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含Y349C取代；并且该抗体重链恒定区的另一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含S354C取代，这些取代根据EU编号系统进行编号。

在另一方面，本文提供了抗体-药物缀合物，其包含上述实施例中任一项所述的蛋白质和药物部分。在一些实施例中，药物部分选自由以下组成的组：澳瑞他汀(auristatin)、N-乙酰基-γ刺孢霉素、美登素类(maytansinoid)、吡咯苯并二氮杂和SN-38。

在另一方面，本文提供了免疫细胞因子，其包含上述实施例中任一项所述的抗原结合位点和细胞因子。在一些实施例中，细胞因子选自由以下组成的组：IL-2、IL-4、IL-10、IL-12、IL-15、TNF、和IFNα。

在另一方面，本文提供了双特异性T细胞接合物，其包含上述实施例中任一项所述的抗原结合位点和结合CD3的抗原结合位点。

在另一方面，本文提供了嵌合抗原受体(CAR)，其包含：

(a)本发明的抗原结合位点；

(b)跨膜结构域；和

(c)细胞内信号传导结构域。

在一些实施例中，跨膜结构域选自以下的跨膜区：T细胞受体的α、β或ζ链，CD28，CD3ε，CD45，CD4，CD5，CD8，CD9，CD16，CD22，BAFF-R，CD37，CD64，CD80，CD86，CD134，CD137，CD152，和CD154。

在一些实施例中，细胞内信号传导结构域包含初级信号传导结构域，该初级信号传导结构域包含CD3ζ、共同FcRγ(FCER1G)、FcγRIIa、FcRβ(FcεR1b)、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD79a、CD79b、DAP10、和DAP12的功能性信号传导结构域。在一些实施例中，细胞内信号传导结构域进一步包含共刺激信号传导结构域，该共刺激信号传导结构域包含共刺激受体的功能性信号传导结构域。在一些实施例中，共刺激受体选自由以下组成的组：OX40、CD27、CD28、CD30、CD40、PD-1、CD2、CD7、CD258、NKG2C、B7-H3、与CD83结合的配体、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、ICOS和4-1BB(CD137)、或其任何组合。

在另一方面，本文提供了分离的核酸，其编码上述实施例中任一项所述的CAR。

在另一方面，本文提供了表达载体，其包含上述方面所述的分离的核酸。

在另一方面，本文提供了免疫效应细胞，其包含上述方面所述的核酸或表达载体。

在另一方面，本文提供了免疫效应细胞，其表达上述方面中任一项所述的CAR。在一些实施例中，免疫效应细胞是T细胞。

在一些实施例中，T细胞是CD8+T细胞、CD4+T细胞、γδT细胞或NKT细胞。在一些实施例中，免疫效应细胞是NK细胞。

在另一方面，本文提供了药物组合物，其包含上述方面或实施例中任一项所述的蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子、双特异性T细胞接合物、或免疫效应细胞；以及药学上可接受的载剂。

在另一方面，本文提供了治疗癌症的方法，该方法包括向有需要的受试者施用有效量的上述方面或实施例中任一项所述的蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子、双特异性T细胞接合物、免疫效应细胞、或药物组合物。在一些实施例中，癌症是B细胞非霍奇金淋巴瘤(B-NHL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、套细胞淋巴瘤(MCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、边缘区淋巴瘤、粘膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤、原发纵隔B细胞淋巴瘤和急性淋巴细胞白血病(ALL)。在一些实施例中，癌症表达BAFF-R。

在另一方面，本文提供了治疗自身免疫炎性疾病的方法，该方法包括向有需要的受试者施用有效量的上述方面或实施例中任一项所述的蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子、双特异性T细胞接合物、免疫效应细胞、或药物组合物。

在一些实施例中，上述方面或实施例中任一项所述的蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子或双特异性T细胞接合物是纯化的抗原结合位点、蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子或双特异性T细胞接合物。

在一些实施例中，通过选自由以下组成的组的方法纯化上述方面或实施例中任一项所述的蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子或双特异性T细胞接合物：离心、深度过滤、细胞裂解、均化、冻融、亲和纯化、凝胶过滤、离子交换色谱、疏水相互作用交换色谱和混合模式色谱。

本发明的这些和其他方面以及优点通过以下图、具体实施方式和权利要求加以说明。

附图说明

参考以下附图可以更完全地理解本发明。

图1是显示结合测定的荧光输出的图，该结合测定显示所示抗体阻断了BAFF-生物素与CHO细胞上表达的人BAFF-R的结合。

图2是显示阻断测定的荧光输出的图，该阻断测定是关于通过所示抗体的BAFF-生物素与CHO细胞上表达的BAFF-R的结合。

图3A-图3D是来自CHO细胞上结合测定的荧光输出的图，其显示所示抗体与BAFF-R的结合(图3A、图3B)或所示抗体阻断BAFF-生物素与BAFF-R结合的阻断测定的荧光输出的图(图3C、图3D)。

图4A-图4E是显示酵母上表达的AB0369scFv与无抗原对照(图4A)、h-BAFF-R-hFc(图4B)、无关hFc(图4C)、hBAFF-R-GST(图4D)或无关GST(图4E)的结合的流式细胞术图。纵轴表示如通过检测Flag表位标签测量的scFv表达；横轴表示如通过检测链霉亲和素-PE测量的BAFF-R构建体的生物素化对照与scFv的结合。

图5A和图5B是显示AB0369或所述对照与人(图5A)或食蟹猴(图5B)BAFF-R的结合的图。

图6A和图6B详述了具有衍生自AB0369的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白的多特异性测定。图6A是该测定的示意图。图6B显示了AB0369(左侧小图)、曲妥珠单抗阴性对照(中间小图)或艾克司单抗(ixekizumab)阳性对照(右侧小图)在不存在(上方小图)或存在(下方小图)多特异性试剂(PSR)的情况下的图。

图7是显示Ramos细胞在被具有衍生自AB0369的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白诱导时的KHYG-1-CD16aV细胞毒性测定的图。

图8是显示结合测定的荧光输出的图，该结合测定显示AB0369或所示抗体阻断了BAFF-生物素与CHO细胞上表达的人BAFF-R的结合。

图9A-图9D是显示hBAFF-R-hFc-His与亲本AB0369scFv或选自文库的克隆的结合的流式细胞术图，该文库在连续多轮选择之后通过亲和力成熟产生并且在酵母上表达。图9A显示了与亲本AB0369scFv的结合；图9B显示了与来自第一轮克隆选择的样品的结合；图9C显示了与来自第二轮克隆选择的样品的结合；图9D显示了与来自第二轮克隆选择的输出的结合。

图10A-图10E是显示hBAFF-R-hFc-His与AB0369和在酵母上表达的亲和力成熟的scFv克隆的结合的流式细胞术图。图10A显示了与亲本AB0369的结合；图10B显示了与AB0605的结合；图10C显示了与AB0622的结合；图10D显示了与AB0622的结合；并且图10E显示了与基于伊利尤单抗(ianalumab)的scFv的结合。

图11A-图11C是表现出由AB0369的亲和力成熟发展的多特异性结合蛋白的BAFF-R结合和细胞毒性的图。图11A是显示具有衍生自所示克隆的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白与CHO细胞上表达的人BAFF-R的结合的图。图11B是显示Ramos细胞在被具有衍生自所示克隆的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白诱导时的KHYG-1-CD16aV细胞毒性测定的图。图11C是显示Ramos细胞在被具有衍生自AB0622的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白诱导时的KHYG-1-CD16aV细胞毒性测定的图。

图12A和图12B详述了具有衍生自AB00605和AB0606的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白的多特异性测定。图12A是该测定的示意图。图12B显示了AB0605(左侧小图)或AB0606(右侧小图)在不存在(上方小图)或存在(下方小图)多特异性试剂(PSR)的情况下的图。

图13A-图13C是显示hBAFF-R-hFc-His与亲本AB0369scFv或选自文库的克隆结合的流式细胞术图，该文库通过亲和力成熟产生并且在连续轮选择之后在酵母上表达。图13A显示了与亲本AB0369scFv的结合；图13B显示了与来自第一轮克隆选择的样品的结合；图13C显示了与来自第二轮克隆选择的样品的结合。

图14A-图14E是显示hBAFF-R-hFc-His与AB0369和在酵母上表达的亲和力成熟的scFv克隆的结合的流式细胞术图。图14A显示了与亲本AB0369的结合；图14B显示了与AB0679的结合；图14C显示了与AB0681的结合；图14D显示了与AB0682的结合；并且图14E显示了与基于伊利尤单抗的scFv的结合。

图15A-图15C是表现出BAFF-R与由AB0369的亲和力成熟发展的多特异性结合蛋白结合的图。图15A是显示具有衍生自所示克隆的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白与CHO细胞上表达的人BAFF-R的结合的图。图15B是显示具有衍生自所示克隆的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白与CHO细胞上表达的食蟹猴BAFF-R的结合的图。图15C是显示结合测定的荧光输出的图，该结合测定显示所示抗体阻断了BAFF-生物素与CHO细胞上表达的BAFF-R的结合。

图16是显示BJAB细胞在被具有衍生自AB0679、AB0568或工具-F3’阳性对照的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白诱导时的KHYG-1-CD16aV细胞毒性测定的图。

图17A-图17D是显示hBAFF-R-hFc-His与选自文库的亲本AB0369scFv克隆结合的流式细胞术图，该文库通过亲和力成熟产生并且在连续轮选择之后在酵母上表达。图17A显示了与亲本AB0369scFv的结合；图17B显示了与来自第一轮克隆选择的样品的结合；图17C显示了与来自第二轮克隆选择的样品的结合；并且图17D显示了与来自第三轮克隆选择的样品的结合。

图18A-图18F是显示hBAFF-R-hFc-His与AB0369和在酵母上表达的亲和力成熟的scFv克隆的结合的流式细胞术图。图18A显示了与亲本AB0369的结合；图18B显示了与AB0682的结合；图18C显示了与AB0898的结合；图18D显示了与AB0899的结合；图18E显示了与AB0900的结合；并且图18F显示了与基于伊利尤单抗的scFv的结合。

图19是显示BJAB细胞在被具有衍生自AB0898、AB0899或AB0900的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白诱导时的KHYG-1-CD16aV细胞毒性测定的图。

图20显示了AB0898(上方小图)、AB0899(中间小图)和AB0900(下方小图)的差示扫描量热法(DSC)曲线的图。

图21显示了在通过与1mM非生物素化hBAFFR-Fc一起孵育进行激发之前(左)和之后(右)，在酵母上表达的scFv克隆与生物素化hBAFFR-Fc的结合的流式细胞术图。

图22显示了在通过与1mM非生物素化hBAFFR-Fc一起孵育进行激发之前(上方)和之后(下方)，在酵母上表达的scFv克隆与生物素化hBAFFR-Fc的结合的流式细胞术图。测试的克隆(从左到右)为AB1080、AB1081、AB1084、AB1085和基于伊利尤单抗的scFv。

图23A和图23B是显示所示抗体克隆与人(图23A)或食蟹猴(图23B)BAFF-R的结合的图。

图24A和图24B详述了具有衍生自AB1080或AB1081的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白的多特异性测定。图24A是该测定的示意图。图24B显示了AB1080(左侧小图)、AB1081(中间偏左小图)、曲妥珠单抗阴性对照(中间偏右小图)或艾克司单抗阳性对照(右侧小图)在不存在(上方小图)或存在(下方小图)多特异性试剂(PSR)的情况下的图。

图25A和图25B是显示与工具阳性对照相比，BJAB细胞在被具有衍生自AB1080(图25A)或AB1085(图25B)的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白诱导时的KHYG-1-CD16aV细胞毒性测定的图。

图26是显示结合测定的荧光输出的图，该结合测定显示所示抗体克隆阻断了BAFF-生物素与CHO细胞上表达的人BAFF-R的结合。

图27显示了具有衍生自AB1080(左侧小图)、AB1081(中间偏左小图)、AB1084(中间偏右小图)和AB1085(右侧小图)的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白的纳米双扫描荧光法(nanoDSF)分析的图。

图28显示了具有衍生自所示抗体的BAFF-R结合位点的多特异性结合蛋白的疏水相互作用色谱(HIC)分析的图。

图29显示了与所示基准生物制剂相比AB1612的HIC分析的图。

图30A和图30B是显示所示抗体克隆与人(图30A)或食蟹猴(图30B)BAFF-R的结合的图。

具体实施方式

本发明提供了结合人BAFF-R的抗原结合位点。含有这样的抗原结合位点的蛋白质和蛋白质缀合物，例如抗体、抗体-药物缀合物、双特异性T细胞接合物(BiTE)和免疫细胞因子，以及表达含有这样的抗原结合位点的蛋白质(例如嵌合抗原受体(CAR))的免疫效应细胞(例如，T细胞)可以用于治疗BAFF-R相关疾病，如癌症和自身免疫疾病。本发明的各个方面在下面的部分中阐述；然而，在一个特定部分中描述的本发明的各方面不限于任何特定部分。

为了促进对本发明的理解，下面定义了许多术语和短语。

如本文所用，术语“一个/种(a和an)”意指“一个/种或多个/种”，并且包括复数，除非上下文是不适当的。

如本文所用，术语“抗原结合位点”是指免疫球蛋白分子中参与或能够与抗原结合的部分。在人抗体中，抗原结合位点由重(“H”)和轻(“L”)链的N-末端可变(“V”)区的氨基酸残基形成。重链和轻链的V区内的三个高度相异区段被称为“高变区”，它们被插入到被称为“框架区”或“FR”的更保守的侧翼区段之间。因此，术语“FR”是指天然存在于免疫球蛋白高变区之间和与其相邻的氨基酸序列。在人抗体分子中，轻链的三个高变区和重链的三个高变区在三维空间中相对于彼此布置，以形成抗原结合表面。抗原结合表面与结合抗原的三维表面互补，且每个重链和轻链的三个高变区被称为“互补决定区”或“CDR”。在某些动物中，如骆驼和软骨鱼，抗原结合位点由提供“单结构域抗体”的单个抗体链形成。抗原结合位点可以存在于完整抗体中，存在于保留抗原结合表面的抗体的抗原结合片段中，或者存在于重组多肽如scFv中，使用肽接头将单个多肽中的重链可变结构域连接到轻链可变结构域。本文披露的重链或轻链可变区中的所有氨基酸位置根据卡巴特(Kabat)编号进行编号。

抗原结合位点的CDR可以通过以下中描述的方法来确定：Kabat等人,J.Biol.Chem.[生物化学杂志]252,6609-6616(1977)和Kabat等人,Sequences of proteinof immunological interest.[免疫学上关注的蛋白质的序列](1991),Chothia等人,J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]196:901-917(1987)、和MacCallum等人,J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]262:732-745(1996)。当相互比较时，根据这些定义确定的CDR典型地包括氨基酸残基的重叠或子集。在某些实施例中，术语“CDR”是如以下定义的CDR：MacCallum等人,J.Mol.Biol.[分子生物学杂志]262:732-745(1996)和Martin A.,Protein Sequence andStructure Analysis of Antibody Variable Domains,in Antibody Engineering[抗体工程化中的抗体可变结构域的蛋白质序列和结构分析],Kontermann和Dubel编辑,第31章,第422-439页,Springer-Verlag[施普林格出版社],Berlin[柏林](2001)。在某些实施例中，术语“CDR”是如以下定义的CDR：Kabat等人,J.Biol.Chem.[生物化学杂志]252,6609-6616(1977)和Kabat等人,Sequences of protein of immunological interest.[免疫学上关注的蛋白质的序列](1991)。在某些实施例中，抗体的重链CDR和轻链CDR使用不同的惯例来定义。例如，在某些实施例中，重链CDR根据MacCallum(同上)定义，且轻链CDR根据卡巴特(同上)定义。CDRH1、CDRH2和CDRH3表示重链CDR，且CDRL1、CDRL2和CDRL3表示轻链CDR。

如本文所用，术语“受试者”和“患者”是指将通过本文所述的方法和组合物治疗的生物体。此类生物体优选包括但不限于哺乳动物(例如鼠、猴、马、牛、猪、犬、猫等)，并且更优选包括人。

如本文所用，术语“有效量”是指足以实现有益或期望结果的化合物(例如，本发明的化合物)的量。有效量能以一次或多次施用、应用或剂量的形式进行施用，并且并不旨在限于特定的配制品或施用途径。如本文所用，术语“治疗”包括导致病症、疾病、障碍等的改善或其症状缓解的任何作用，例如减轻、减少、调节、缓解或消除。

如本文所用，术语“药物组合物”是指活性剂与载剂(惰性载剂或活性载剂)的组合，使得该组合物尤其适合体内或离体的诊断或治疗用途。

如本文所用，术语“药学上可接受的载剂”是指任何标准药用载剂，例如磷酸盐缓冲盐溶液、水、乳液(例如像油/水或水/油乳液)和各种类型的润湿剂。组合物还可以包括稳定剂和防腐剂。对于载剂、稳定剂、和辅助剂的实例，参见例如Martin,Remington'sPharmaceutical Sciences[雷明顿药物科学]，第15版，麦克出版公司(Mack Publ.Co.)，伊斯顿(Easton),宾夕法尼亚州(PA)[1975]。

如本文所用，术语“药学上可接受的盐”是指本发明的化合物的任何药学上可接受的盐(例如酸或碱)，当施用于受试者时，其能够提供本发明的化合物或其活性代谢物或残余物。如本领域的技术人员已知的，本发明的化合物的“盐”可以衍生自无机的或有机的酸和碱。示例性酸包括但不限于盐酸、氢溴酸、硫酸、硝酸、高氯酸、富马酸、马来酸、磷酸、乙醇酸、乳酸、水杨酸、丁二酸、对甲苯磺酸、酒石酸、乙酸、柠檬酸、甲磺酸、乙磺酸、甲酸、苯甲酸、丙二酸、萘-2-磺酸、苯磺酸等。其他酸，例如草酸，当其自身不是药学上可接受的时，可以用于制备盐，这些盐用作获得本发明的化合物及其药学上可接受的酸加成盐的中间体。

示例性碱包括但不限于碱金属(例如钠)氢氧化物、碱土金属(例如镁)氢氧化物、氨、以及具有式NW₄ ⁺的化合物，其中W是C_1-4烷基等。

示例性的盐包括但不限于：乙酸盐、己二酸盐、海藻酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、硫酸氢盐、丁酸盐、柠檬酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、富马酸盐、氟庚酸盐、甘油磷酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、盐酸盐、氢溴酸盐、氢碘化物、2-羟基-乙磺酸盐、乳酸盐、马来酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、草酸盐、双羟萘酸盐(palmoate)、果胶酸盐(pectinate)、过硫酸盐、苯基丙酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、琥珀酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、甲苯磺酸盐、十一烷酸盐等。盐的其他实例包括与适合的阳离子(例如Na⁺、NH₄ ⁺和NW₄ ⁺(其中W是C_1-4烷基基团))等复合的本发明的化合物的阴离子。

对于治疗用途，将本发明的化合物的盐考虑为是药学上可接受的。然而，非药学上可接受的酸和碱的盐也可以用于例如药学上可接受的化合物的制备或纯化。

如本文所用，BAFF-R(也称为BAFF受体、B细胞活化因子受体、BR3、TNFRSF13C、肿瘤坏死因子受体超家族成员13C、TNF受体超家族成员13C、CD268和BLyS受体3)是指Uniprot保藏号Q96RJ3的蛋白质及相关同种型和直系同源物。

在整个说明书中，在组合物被描述为具有、包括或包含特定组分的情况下，或在工艺和方法被描述为具有、包括或包含特定步骤的情况下，考虑到另外地，存在本发明的组合物，其基本上由或由叙述的组分组成，并且存在根据本发明的工艺和方法，其基本上由或由叙述的加工步骤组成。

一般而言，除非另外说明，组合物详细说明了按重量计的百分比。另外，如果一个变量未附带一个定义，则对照该变量之前的定义。

下文更详细地讨论了本发明的各种特征和方面。

I.抗原结合位点

在一方面，本发明提供了结合人BAFF-R的抗原结合位点。示例性抗原结合位点的VH、VL、CDR、和scFv序列列于表1。根据乔西亚(Chothia)编号方案鉴定CDR序列。

表1：结合BAFF-R的示例性抗原结合位点的序列

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含抗体重链可变结构域(VH)和抗体轻链可变结构域(VL)，该VH包含与表1中披露的抗体的VH至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与表1中披露的相同抗体的VH至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含表1中披露的抗体的VH和VL序列的重链CDR1、CDR2和CDR3以及轻链CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR根据卡巴特(参见Kabat等人,(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest[免疫学上关注的蛋白质的序列],NIH公开号91-3242,Bethesda[贝塞斯达])、乔西亚(参见，例如，Chothia C和Lesk AM,(1987),J Mol Biol[分子生物学杂志]196:901-917)、MacCallum(参见MacCallum R M等人,(1996)J Mol Biol[分子生物学杂志]262:732-745)、或本领域中已知的任何其他CDR确定方法来确定。在某些实施例中，抗原结合位点包含表1中披露的抗体的重链CDR1、CDR2和CDR3以及轻链CDR1、CDR2和CDR3。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH，该VH包含分别为SEQ ID NO:50、SEQ ID NO:51和SEQ ID NO:52的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VL，该VL包含分别为SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:49的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:50、51和52的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和49的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0369。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:77的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和3的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和3的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自1203_A01。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和7的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:8、9和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和7的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:8、9和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自1203_A02。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:10、2和11的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和12的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ IDNO:10、2和11的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ IDNO:4、5和12的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH，该VH包含SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2和SEQ ID NO:16的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VL，该VL包含分别为SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和16的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0605scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:64的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和13的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和13的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0606scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:65的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和14的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和14的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0622scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:66的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和15的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、2和15的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH，该VH包含SEQ ID NO:21、SEQ IDNO:2和SEQ ID NO:22的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VL，该VL包含分别为SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:21、2和22的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0679scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:67的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:17、2和14的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:17、2和14的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0681scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:68的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:18、2和19的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:18、2和19的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0682scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:69的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、2和14的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、2和14的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH，该VH包含SEQ ID NO:20、SEQ IDNO:23和SEQ ID NO:26的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VL，该VL包含分别为SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、23和26的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0898。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:70的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、23和32的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、23和32的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0899。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:71的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、23和24的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、23和24的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、23和24的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB0900。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:72的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、23和25的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:20、23和25的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH，该VH包含SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:36和SEQ ID NO:37的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VL，该VL包含分别为SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:49的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:35、36和37的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB1080scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:73的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:43至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、23和27的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、23和27的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB1081scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:74的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:43至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:28、29和30的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:28、29和30的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB1084scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:75的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:43至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:31、23和32的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:31、23和32的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB1085scFv。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:76的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:63至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:33、2和34的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:33、2和34的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH，该VH包含SEQ ID NO:46、SEQ IDNO:47和SEQ ID NO:48的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VL，该VL包含分别为SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:49的CDR1、CDR2和CDR3氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:46、47和48的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和49的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自AB1424或AB1612。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:40的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:41至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:42的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:43至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、23和38的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:1、23和38的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点以scFv形式存在，其中该scFv包含与SEQ ID NO:44或45至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自3A1。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:54的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:55至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:80、81和82的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:83、84和85的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:80、81和82的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:83、84和85的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自7G4。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:56的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:57至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:80、86和87的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:83、84和85的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:80、86和87的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:83、84和85的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自1B3-A7。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:58的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:59至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:88、89和90的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:91、92和93的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:88、89和90的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:91、92和93的氨基酸序列。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点衍生自10H7-C5。例如，在某些实施例中，本发明的抗原结合位点包含VH和VL，该VH包含与SEQ ID NO:60的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列，该VL包含与SEQ ID NO:79至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，VH包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:94、95和96的氨基酸序列。在某些实施例中，VL包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:97、92和53的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含：(a)VH，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:94、95和96的氨基酸序列；和(b)VL，其包含CDR1、CDR2和CDR3，这些CDR分别包含SEQ ID NO:97、92和53的氨基酸序列。

在前述实施例中的每一个中，本文考虑一起结合BAFF-R的VH和/或VL序列可在VH和/或VL的框架区中含有氨基酸改变(例如，至少1、2、3、4、5或10个氨基酸取代、缺失或添加)，而不显著影响它们结合BAFF-R的能力。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点以1nM或更低、5nM或更低、10nM或更低、15nM或更低、或20nM或更低的K_D(即解离常数)(如通过表面等离子体共振(SPR)(例如，使用下文实例1中描述的方法)或通过生物层干涉法(BLI)测量的)结合人BAFF-R，和/或结合来自受试者的体液、组织和/或细胞的BAFF-R。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点具有等于或低于1×10^-5、1×10^-4、1×10^-3、5×10^-3、0.01、0.02、或0.05 1/s的K_d(即，解离速率，又称为K_off)，如通过SPR(例如，使用下文实例1中描述的方法)或通过BLI测量的。

在某些实施例中，本发明的抗原结合位点以5nM或更低、10nM或更低、15nM或更低、20nM或更低、或30nM或更低的K_D(即解离常数)(如通过表面等离子体共振(SPR)(例如，使用下文实例1中描述的方法)或通过生物层干涉法(BLI)测量的)结合食蟹猴BAFF-R，和/或结合来自受试者的体液、组织和/或细胞的BAFF-R。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点具有等于或低于1×10^-3、5×10^-3、0.01、0.02、或0.03 1/s的K_d(即，解离速率，又称为K_off)，如通过SPR(例如，使用下文实例1中描述的方法)或通过BLI测量的。

在另一方面，本发明提供了抗原结合位点，其与上述抗原结合位点竞争结合BAFF-R(例如，人BAFF-R)。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点与上文披露的衍生自AB1424的抗原结合位点竞争结合BAFF-R。在一个实施例中，抗原结合位点与AB1424竞争结合BAFF-R。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点与上文披露的衍生自人源化AB1423的抗原结合位点竞争结合BAFF-R。在一个实施例中，抗原结合位点与人源化AB1424竞争结合BAFF-R。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点与上文披露的衍生自AB1612的抗原结合位点竞争结合BAFF-R。在一个实施例中，抗原结合位点与AB1612竞争结合BAFF-R。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点与上文披露的衍生自人源化AB1612的抗原结合位点竞争结合BAFF-R。在一个实施例中，抗原结合位点与人源化AB1612竞争结合BAFF-R。在某些实施例中，本发明的抗原结合位点与上文披露的衍生自AB0369、1203_A01、1203_A02、AB0605、AB0606、AB0622、AB0679、AB0681、AB0682、AB0898、AB0899、AB0900、AB1080、AB1081、AB1084、AB1085、3A1、7G4、1B3-A7或10H7-C5的抗原结合位点竞争结合BAFF-R。在一些实施例中，抗原结合位点与AB0369、1203_A01、1203_A02、AB0605、AB0606、AB0622、AB0679、AB0681、AB0682、AB0898、AB0899、AB0900、AB1080、AB1081、AB1084、AB1085、3A1、7G4、1B3-A7或10H7-C5竞争结合BAFF-R。

具有抗原结合位点的蛋白质

本文披露的抗原结合位点可以存在于抗体或其抗原结合片段中。抗体可以是单克隆抗体、嵌合抗体、双抗体、Fab片段、Fab’片段或F(ab’)₂片段、Fv、双特异性抗体、双特异性Fab2、双特异性(mab)2、人源化抗体、人工产生的人抗体、双特异性T细胞接合物、双特异性NK细胞接合物、单链抗体(例如，单链Fv片段或scFv)、三功能抗体(triomab)、具有共同轻链的杵臼结构(knobs-into-holes(kih))IgG、crossmab、正交Fab IgG、DVD-Ig、2合1-IgG、IgG-scFv、sdFv2-Fc、双纳米抗体、tandAb、双亲和力重靶向抗体(DART)、DART-Fc、scFv-HSA-scFv(其中HSA＝人血清白蛋白)或对接锁定(dock-and-lock(DNL))-Fab3。在某些实施例中，本披露的抗体是scFv。在某些实施例中，scFv呈VH-VL形式。

在一些实施例中，上述单链可变片段(scFv)包括重链可变结构域和轻链可变结构域。在一些实施例中，重链可变结构域与轻链可变结构域形成二硫桥以增强scFv的稳定性。例如，可以在重链可变结构域的C44残基与轻链可变结构域的C100残基之间形成二硫桥，这些氨基酸位置根据Kabat进行编号。在一些实施例中，重链可变结构域经由柔性接头与轻链可变结构域连接。可以使用任何合适的接头，例如，(G₄S)₄接头((GlyGlyGlyGlySer)₄(SEQID NO:98))。在scFv的一些实施例中，重链可变结构域位于轻链可变结构域的N末端。在scFv的一些实施例中，重链可变结构域位于轻链可变结构域的C末端。

预期在scFv中，VH和VL可以通过接头(例如，(GlyGlyGlyGlySer)₄，即(G₄S)₄接头(SEQ ID NO:98))连接。本领域技术人员将理解，可以将任一其他披露的接头(参见例如表2)用于本文披露的具有VH和VL序列的scFv中(例如，表1中)。

接头(例如，柔性接头)的长度可以是“短的”，例如，0、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12个氨基酸残基，或“长的”，例如，至少13个氨基酸残基。在某些实施例中，接头的长度为10-50、10-40、10-30、10-25、10-20、15-50、15-40、15-30、15-25、15-20、20-50、20-40、20-30或20-25个氨基酸残基。

在某些实施例中，接头包含(GS)_n(SEQ ID NO:109)、(GGS)_n(SEQ ID NO:110)、(GGGS)_n(SEQ ID NO:111)、(GGSG)_n(SEQ ID NO:112)、(GGSGG)_n(SEQ ID NO:113)和(GGGGS)_n(SEQ ID NO:114)序列或由其组成，其中n是1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20。在某些实施例中，接头包含选自如表2中列出的SEQ ID NO:98-108的氨基酸序列或由其组成。

在某些实施例中，本文披露的抗原结合位点与如下氨基酸序列连接，该氨基酸序列与抗体恒定区至少90％(例如90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％)相同，该抗体恒定区是例如IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgD、和IgE的重链恒定区；特别地，选自例如IgG1、IgG2、IgG3、和IgG4的(例如，人)重链恒定区。在另一个实施例中，本文披露的抗原结合位点可以与选自例如κ或λ的(例如，人)轻链恒定区的轻链恒定区连接。恒定区可以被改变，例如突变，以修饰抗体的特性(例如，增加或减少以下中的一种或多种：Fc受体结合、抗体糖基化、半胱氨酸残基的数量、效应细胞功能、和/或补体功能)。在一个实施例中，抗体具有效应子功能并且可以固定补体。在其他实施例中，抗体不募集效应细胞或固定补体。在另一个实施例中，抗体结合Fc受体的能力降低或没有这种能力。例如，其是不支持与Fc受体的结合的同种型或亚型、片段或其他突变体，例如，它具有诱变的或缺失的Fc受体结合区。

在某些实施例中，抗原结合位点与IgG恒定区连接，该恒定区包括铰链、CH2和CH3结构域，有或没有CH1结构域。在一些实施例中，恒定区的氨基酸序列与人抗体恒定区(如人IgG1恒定区、人IgG2恒定区、人IgG3恒定区、或人IgG4恒定区)至少90％(例如，90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同。在一个实施例中，足以结合CD16的抗体Fc结构域或其部分包含如下氨基酸序列，该氨基酸序列与野生型人IgG1 Fc序列DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPG(SEQ ID NO:61)至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同。在一些其他实施例中，恒定区的氨基酸序列与来自另一种哺乳动物(如兔、狗、猫、小鼠、或马)的抗体恒定区至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同。与人IgG1恒定区相比，一个或多个突变可以掺入恒定区中，例如在Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411和/或K439处。示例性取代包括，例如，Q347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、T350V、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、T394W、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D和K439E。

在某些实施例中，抗原结合位点与足以结合CD16的抗体Fc结构域的一部分连接。在Fc结构域内，CD16结合由铰链区和CH2结构域介导。例如，在人IgG1内，与CD16的相互作用主要集中在氨基酸残基Asp265-Glu 269、Asn 297-Thr 299、Ala 327-Ile 332、Leu 234-Ser 239、和CH2结构域中的碳水化合物残基N-乙酰基-D-葡糖胺(参见Sondermann等人,Nature[自然],406(6793):267-273)。基于已知的结构域，可以选择突变以增强或降低与CD16的结合亲和力，例如通过使用噬菌体展示文库或酵母表面展示的cDNA文库，或者可以基于已知的相互作用的三维结构来设计。

在某些实施例中，可掺入人IgG1恒定区CH1的突变可位于氨基酸V125、F126、P127、T135、T139、A140、F170、P171和/或V173处。在某些实施例中，可掺入人IgG1恒定区Cκ的突变可位于氨基酸E123、F116、S176、V163、S174、和/或T164处。

在一些实施例中，抗体恒定结构域包含IgG抗体(例如，人IgG1抗体)的CH2结构域和CH3结构域。在一些实施例中，在抗体恒定结构域中引入突变，以使得能够与另一个抗体恒定结构域异二聚化。例如，如果抗体恒定结构域衍生自人IgG1的恒定结构域，则抗体恒定结构域可以包含如下氨基酸序列并在选自由Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411和K439组成的组的一个或多个位置处有差异，该氨基酸序列与人IgG1抗体的氨基酸234-332至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％)相同。本文披露的Fc结构域或铰链区中的所有氨基酸位置均根据EU编号进行编号。

为了促进不对称蛋白质的形成，考虑了Fc结构域异二聚化。Fc结构域中促进异二聚化的突变(例如，氨基酸取代)在例如国际申请公开号WO 2019157366中有所描述，该国际申请未通过引用并入本文。

可以使用本领域技术人员熟知的重组DNA技术制备上述蛋白质。例如，可将编码第一免疫球蛋白重链的第一核酸序列克隆到第一表达载体中；可将编码第二免疫球蛋白重链的第二核酸序列克隆到第二表达载体中；可将编码第一免疫球蛋白轻链的第三核酸序列克隆到第三表达载体中；可将编码第二免疫球蛋白轻链的第四核酸序列克隆到第四表达载体中；可将第一、第二、第三和第四表达载体一起稳定转染到宿主细胞中产生多聚体蛋白。

为了获得最高的蛋白质产量，可以研究第一、第二、第三和第四表达载体的不同比率，以确定转染到宿主细胞中的最佳比率。转染后，可以使用本领域已知的方法，例如有限稀释、ELISA、FACS、显微镜检查或Clonepix，分离单克隆用于细胞库生成。

克隆可以在适于生物反应器放大的条件下培养，并且维持以表达包含本文披露的抗原结合位点的蛋白质。可以使用本领域已知的方法分离和纯化蛋白质，这些方法包括离心、深度过滤、细胞裂解、均化、冻融、亲和纯化、凝胶过滤、离子交换色谱、疏水相互作用交换色谱和混合模式色谱。

因此，在另一方面，本发明提供了一种或多种分离的核酸，其包含编码任何一种前述抗体的免疫球蛋白重链和/或免疫球蛋白轻链可变区的序列。本发明提供了一种或多种表达载体，其表达任何一种前述抗体的免疫球蛋白重链和/或免疫球蛋白轻链可变区。类似地，本发明提供了宿主细胞，其包含一种或多种前述表达载体和/或分离的核酸。

在某些实施例中，抗体以25nM、20nM、15nM、10nM、9nM、8nM、7nM、6nM、5nM、4nM、3nM、2nM、1nM、0.1nM或更低的K_D(如使用例如表面等离子体共振或生物层干涉法等标准结合测定来测量的)结合BAFF-R。在某些实施例中，如本文披露的抗体以小于5nM的K_D结合BAFF-R。在某些实施例中，抗体结合来自受试者体液、组织和/或者细胞的BAFF-R。在某些实施例中，如本文披露的抗体抑制(例如，阻断)BAFF-R与BAFF的结合(例如，如在竞争结合测定中测量的，抑制至少50％、75％、90％、95％或99％)。

用于确定抗体与披露的抗体结合相同的表位、还是与该披露的抗体竞争结合的竞争测定是本领域中已知的。示例性竞争测定包括免疫测定(例如，ELISA测定、RIA测定)、表面等离子体共振(例如，BIAcore分析)、生物层干涉法以及流式细胞术。

典型地，竞争测定涉及使用结合固体表面或在细胞表面上表达的抗原(例如，人BAFF-R蛋白或其片段)、测试BAFF-R结合抗体和参照抗体。参照抗体是标记的并且测试抗体是未标记的。在测试抗体存在下，通过确定与固体表面或细胞结合的标记的参照抗体的量来测量竞争性抑制。通常，存在过量的(例如，1x、5x、10x、20x或100x)测试抗体。通过竞争测定鉴定的抗体(例如，竞争抗体)包括结合与参照抗体相同的表位或类似(例如，重叠)的表位的抗体和结合与参照抗体所结合的表位足够接近发生位阻的邻近表位的抗体。

可以在这两个方向上进行竞争测定以确保标记的存在不干扰或以另外的方式抑制结合。例如，在第一方向上，参照抗体是标记的并且测试抗体是未标记的，并且在第二方向上，测试抗体是标记的并且参照抗体是未标记的。

如在竞争结合测定中所测量的，如果过量的(例如，1x、5x、10x、20x或100x)一种抗体使另一种抗体的结合抑制了例如至少50％、75％、90％、95％或99％，则测试抗体与参照抗体竞争特异性结合抗原。

如果在抗原中降低或消除一种抗体的结合的基本上所有的氨基酸突变降低或消除另一种抗体的结合，则可以确定两种抗体结合相同表位。如果仅有一个亚组的降低或消除一种抗体的结合的氨基酸突变降低或消除另一种抗体的结合，则可以确定两种抗体结合重叠表位。

可以将本文披露的抗体进一步优化(例如，亲和力成熟)，以改善包括亲和力和/或特异性在内的生物化学特征，改善包括聚集、稳定性、沉淀和/或非特异性相互作用在内的生物物理特性，和/或降低免疫原性。亲和力成熟程序在本领域普通技术范围内。例如，可以通过DNA改组、链改组、CDR改组、随机诱变和/或位点特异性诱变将多样性引入免疫球蛋白重链和/或免疫球蛋白轻链。

在某些实施例中，分离的人抗体含有一个或多个体细胞突变。在这些情况下，可以将抗体修饰成人种系序列以优化抗体(例如，通过称为种系化(germlining)的过程)。

一般来说，优化的抗体与作为其来源的非优化(或亲本)抗体对抗原具有至少相同、或基本上相同的亲和力。优选地，当与亲本抗体相比时，优化的抗体对抗原具有更高的亲和力。

如果抗体用作治疗剂，则可以使用标准的体外缀合化学方法将其与效应剂如小分子毒素或放射性核素缀合。如果效应剂是多肽，则抗体可以与效应剂化学缀合或与效应剂结合为融合蛋白。融合蛋白的构建在本领域普通技术范围内。

可以使用标准的体外缀合化学方法将抗体与效应剂部分，例如小分子毒素或放射性核素缀合。如果效应剂部分是多肽，则抗体可以与效应剂化学缀合或与效应剂结合为融合蛋白。融合蛋白的构建在本领域普通技术范围内。

CAR T细胞、BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物、免疫细胞因子、抗体-药物缀合物和免疫毒素

本发明的另一方面提供了包含如本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点的分子或复合物。示例性分子或复合物包括但不限于嵌合抗原受体(CAR)、T细胞接合物(例如，BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物)、免疫细胞因子、抗体-药物缀合物和免疫毒素。

可以使用如本文披露的结合BAFF-R的任何抗原结合位点。在某些实施例中，表1中提供了结合BAFF-R的抗原结合位点的VH、VL和/或CDR序列。在某些实施例中，结合BAFF-R的抗原结合位点是scFv。在某些实施例中，scFv包含与选自SEQ ID NO:44和45的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、或至少99％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，scFv包含选自SEQ ID NO:44和45的氨基酸序列。

在某些实施例中，分子或复合物(例如，CAR、T细胞接合物、免疫细胞因子、抗体-药物缀合物或免疫毒素)中结合BAFF-R的抗原结合位点包含重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域包含分别由SEQ ID NO:1、23、和38的氨基酸序列代表的CDR1、CDR2和CDR3序列；该轻链可变结构域包含分别由SEQ ID NO:4、5、和39的氨基酸序列代表的CDR1、CDR2和CDR3序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:40或42的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列；该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:41或43的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含含有如下氨基酸序列的scFv，该氨基酸序列与SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:45至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同。在某些实施例中，抗原结合位点包含含有如下氨基酸序列的scFv，该氨基酸序列与SEQ ID NO:44至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同。

嵌合抗原受体(CAR)

在某些实施例中，本发明提供了包含如本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点的BAFF-R靶向CAR(参见例如，表1)。BAFF-R靶向CAR可以包含Fab片段或scFv。

术语“嵌合抗原受体”或可替代地“CAR”是指至少包含细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域和细胞内信号传导结构域的重组多肽构建体，该细胞内信号传导结构域包含衍生自刺激分子的功能性信号传导结构域(在本文中也称为“初级信号传导结构域”)。

因此，在某些实施例中，CAR包含如本文披露的结合BAFF-R的细胞外抗原结合位点、跨膜结构域和包含初级信号传导结构域的细胞内信号传导结构域。在某些实施例中，CAR进一步包含衍生自至少一种共刺激分子的一种或多种功能性信号传导结构域(也称为“共刺激信号传导结构域”)。

在某些实施例中，CAR包含嵌合融合蛋白，该嵌合融合蛋白包含本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点(例如，结合BAFF-R的scFv)作为细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域和包含初级信号传导结构域的细胞内信号传导结构域。在某些实施例中，CAR包含嵌合融合蛋白，该嵌合融合蛋白包含本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点(例如，结合BAFF-R的scFv)作为细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域和包含共刺激信号传导结构域和初级信号传导结构域的细胞内信号传导结构域。在某些实施例中，CAR包含嵌合融合蛋白，该嵌合融合蛋白包含本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点(例如，结合BAFF-R的scFv)作为细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域和包含两个共刺激信号传导结构域和一个初级信号传导结构域的细胞内信号传导结构域。在某些实施例中，CAR包含嵌合融合蛋白，该嵌合融合蛋白包含本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点(例如，结合BAFF-R的scFv)作为细胞外抗原结合结构域、跨膜结构域和包含至少两个共刺激信号传导结构域和一个初级信号传导结构域的细胞内信号传导结构域。

例如，在某些实施例中，细胞外抗原结合结构域包含抗原结合位点(例如，scFv)，该抗原结合位点包含重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域包含分别由SEQ ID NO:1、23、和38的氨基酸序列代表的CDR1、CDR2和CDR3序列；该轻链可变结构域包含分别由SEQ ID NO:4、5、和39的氨基酸序列代表的CDR1、CDR2和CDR3序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ IDNO:40或42的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列；该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:41或43的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，抗原结合位点包含含有如下氨基酸序列的scFv，该氨基酸序列与SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:45至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同。在某些实施例中，抗原结合位点包含含有如下氨基酸序列的scFv，该氨基酸序列与SEQ ID NO:44至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％、或100％)相同。

关于跨膜结构域，在各种实施例中，CAR被设计成包含与CAR的细胞外结构域融合的跨膜结构域。在一个实施例中，跨膜结构域是与CAR中的结构域之一天然相关的结构域。在一些情况下，可以通过氨基酸取代来选择或修饰跨膜结构域，以避免此类结构域与相同或不同表面膜蛋白的跨膜结构域的结合，以最小化与受体复合物的其他成员的相互作用。在另一个实施例中，跨膜结构域能够与CAR T细胞表面上的另一个CAR同二聚化。在另一个实施例中，跨膜结构域的氨基酸序列可以被修饰或取代，以便最小化与存在于相同的CAR T细胞中的天然结合配偶体的结合结构域的相互作用。

跨膜结构域可以衍生自任何天然存在的膜结合蛋白或跨膜蛋白。在一个实施例中，每当CAR结合靶标时，跨膜区能够向一个或多个细胞内结构域发出信号。在一些实施例中，跨膜结构域包含一种或多种蛋白质的一个或多个跨膜区，该一种或多种蛋白质选自由以下组成的组：TCRα链、TCRβ链、TCRζ链、CD28、CD3ε、CD45、CD4、CD5、CD8、CD9、CD16、CD22、BAFF-R、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137和CD154。在一些实施例中，跨膜结构域包含一种或多种蛋白质的一个或多个跨膜区，该一种或多种蛋白质选自由以下组成的组：KIRDS2、OX40、CD2、CD27、LFA-1(CD11a、CD18)、ICOS(CD278)、4-1BB(CD137)、GITR、CD40、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD160、CD19、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA1、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、TNFR2、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(触蛋白(Tactile))、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、PAG/Cbp、NKG2D、和NKG2C。

细胞外BAFF-R结合结构域(例如，结合BAFF-R的scFv结构域)结构域可以通过铰链区与跨膜结构域连接。可以使用多种铰链，包括但不限于人Ig(免疫球蛋白)铰链(例如，IgG4铰链、IgD铰链)、Gly-Ser接头、(G₄S)₄接头、KIR2DS2铰链和CD8α铰链。

本发明的CAR的细胞内信号传导结构域负责激活其中已放置CAR的免疫细胞的特化功能(例如，溶细胞活性或T细胞的辅助活性，包括细胞因子的分泌)中的至少一种。因此，如本文所用，术语“细胞内信号传导结构域”是指转导效应子功能信号并指导细胞执行特化功能的蛋白部分。尽管通常可以采用整个细胞内信号传导结构域，但是在很多情况下，没有必要使用整个链。在使用细胞内信号传导结构域的截短部分的程度上，可以使用这种截短部分代替完整的链，只要它转导效应子功能信号即可。因此，术语细胞内信号传导结构域意在包括足以转导效应子功能信号的细胞内信号传导结构域的任何截短部分。

CAR的细胞内信号传导结构域包含初级信号传导结构域(即，衍生自刺激分子的功能性信号传导结构域)和一个或多个共刺激信号传导结构域(即，衍生自至少一个共刺激分子的功能性信号传导结构域)。

如本文所用，术语“刺激分子”是指由免疫细胞(例如T细胞、NK细胞、B细胞)表达的分子，其提供以针对免疫细胞信号传导通路的至少一些方面的刺激方式调节免疫细胞激活的一个或多个细胞质信号传导序列。在一个实施例中，信号是初级信号，该初级信号通过例如TCR/CD3复合物与载有肽的MHC分子的结合而启动，并且导致了介导T细胞应答，包括但不限于增殖、激活、分化等。

以刺激方式起作用的初级信号传导结构域可含有信号传导基序，其被称为基于免疫受体酪氨酸的活化基序或ITAM。在本发明中特别使用的含有ITAM的细胞质信号传导序列的实例包括衍生自CD3ζ、共同FcRγ(FCER1G)、FcγRIIa、FcRβ(FcεR1b)、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD79a、CD79b、DAP10和DAP12的那些。在一个实施例中，本发明的任何一种或多种CAR中的初级信号传导结构域包含衍生自CD3-ζ的细胞质信号传导序列。

在一些实施例中，初级信号传导结构域是TCRζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD5、CD22、CD79a、CD79b、CD66d、4-1BB和/或CD3-ζ的功能性信号传导结构域。在实施例中，细胞内信号传导结构域包含CD3ζ、共同FcRγ(FCER1G)、FcγRIIa、FcRβ(FcεR1b)、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD79a、CD79b、DAP10和/或DAP12的功能性信号传导结构域。在特定的实施例中，初级信号传导结构域是与T细胞受体复合物相关的ζ链的功能性信号传导结构域。

如本文所用，术语“共刺激分子”是指与共刺激配体特异性结合，从而介导通过T细胞的共刺激反应(例如但不限于增殖)的T细胞上的同源结合配偶体。共刺激分子是除了抗原受体或其配体之外的细胞表面分子，其是淋巴细胞对抗原的有效应答所必需的。此类分子的实例包括CD27、CD28、4-1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴细胞功能相关抗原-1(LFA-1、CD11a/CD18)、CD2、CD7、CD258(LIGHT)、NKG2C、B7-H3和与CD83特异性结合的配体等。此类共刺激分子的其他实例包括CD5、ICAM-1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、NKp44、NKp30、NKp46、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA-6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA-1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA-1、ITGB7、NKG2D、NKG2C、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(触蛋白)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB-A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO-3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP-76、PAG/Cbp和与CD83特异性结合的配体。在一些实施例中，CAR的共刺激信号传导结构域是本文描述的共刺激分子的功能性信号传导结构域，该共刺激分子是例如OX40、CD27、CD28、CD30、CD40、PD-1、CD2、CD7、CD258、NKG2C、B7-H3、与CD83结合的配体、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、ICOS和4-1BB(CD137)或其任何组合。

如本文所用，术语“信号传导结构域”是指蛋白质的功能部分，该部分通过在细胞内传递信息以通过产生第二信使或通过响应此类信使而起到效应子的作用经由限定的信号传导途径调节细胞活性来起作用。

本发明的CAR的细胞质信号传导部分内的细胞质信号传导序列能以随机或特定的顺序相互连接。任选地，例如长度在2至10个氨基酸之间的短寡肽或多肽接头可以形成连接。

本发明的另一方面提供了编码本文披露的BAFF-R靶向CAR的核酸。通过将核酸引入细胞，该核酸可以用于在效应细胞(例如，T细胞)中表达CAR。

可以对序列进行修饰以产生本发明的等同的或改善的变体，例如，根据密码子简并表改变一个或多个密码子。表3提供了DNA密码子简并表。

在某些实施例中，核酸是DNA分子(例如，cDNA分子)。在某些实施例中，核酸进一步包含与CAR编码序列可操作地连接的表达控制序列(例如，启动子和/或增强子)。在某些实施例中，本发明提供了包含核酸的载体。载体可以是病毒载体(例如，AAV载体、慢病毒载体或腺病毒载体)或非病毒载体(例如，质粒)。

在某些实施例中，核酸是RNA分子(例如，mRNA分子)。用于产生用于在转染中使用的mRNA的方法可以包括用特别设计的引物对模板进行体外转录，随后添加polyA，以产生含有3'和5'非翻译序列、5'帽和/或内部核糖体进入位点(IRES)、有待表达的核酸和polyA尾的RNA构建体，典型地长度为50-2000个碱基。可以进一步修饰RNA分子以增加翻译效率和/或稳定性，例如，如美国专利号8,278,036、8,883,506和8,716,465中所披露的。如此产生的RNA分子可以有效地转染不同种类的细胞。

在一个实施例中，核酸编码在CAR氨基末端包含信号肽的氨基酸序列。当这样的信号肽在效应细胞中表达时，它可以促进CAR的细胞表面定位，并在细胞加工期间从CAR上切割下来。在一个实施例中，核酸编码在细胞外BAFF-R结合结构域(例如，结合BAFF-R的scFv结构域)的N末端包含信号肽的氨基酸序列。

可以使用多种不同方法中的任何一种将RNA或DNA引入靶细胞，这些方法是例如商业上可获得的方法，包括但不限于电穿孔、使用脂质转染的阳离子脂质体介导的转染、聚合物包封、肽介导的转染、或生物射弹颗粒递送系统如“基因枪”(参见例如，Nishikawa等人Hum Gene Ther.[人类基因疗法],12(8):861-70(2001))。

本发明的另一方面提供了表达BAFF-R靶向CAR的免疫效应细胞。还提供了包含编码BAFF-R靶向CAR的核酸的免疫效应细胞。免疫效应细胞包括但不限于T细胞和NK细胞。在某些实施例中，T细胞选自CD8⁺T细胞、CD4⁺T细胞、和NKT细胞。T细胞或NK细胞可以是原代细胞或细胞系。

通过本领域已知的方法，可以从多种来源获得免疫效应细胞，这些来源包括外周血单核细胞、骨髓、淋巴结组织、脐带血、胸腺组织、来自感染部位的组织、腹水、胸腔积液、脾组织、和肿瘤。免疫效应细胞也可以在体外从多能或多潜能细胞(例如，造血干细胞)分化而来。在一些实施例中，本发明提供了表达BAFF-R靶向CAR(例如，表达质膜上的CAR)或包含本文披露的核酸的多能或多潜能细胞(例如，造血干细胞)。

在某些实施例中，免疫效应细胞被分离和/或纯化。例如，可以使用CD25结合配体从T细胞群体中去除调节性T细胞。表达检查点蛋白(例如PD-1、LAG-3或TIM-3)的效应细胞可以通过类似的方法去除。在某些实施例中，通过阳性选择步骤分离效应细胞。例如，T细胞群体可以通过与抗CD3/抗CD28缀合珠孵育来分离。其他细胞表面标志物，如IFN-7、TNF-α、IL-17A、IL-2、IL-3、IL-4、GM-CSF、IL-10、IL-13、颗粒酶B和穿孔素，也可以用于阳性选择。

通常可以使用本领域已知的方法激活和扩增免疫效应细胞，例如，如以下中所述：美国专利号6,352,694、6,534,055、6,905,680、6,692,964、5,858,358、6,887,466、6,905,681、7,144,575、7,067,318、7,172,869、7,232,566、7,175,843、5,883,223、6,905,874、6,797,514、6,867,041；以及美国专利申请公开号2006/0121005和2016/0340406。例如，在某些实施例中，在适于刺激T细胞增殖的条件下，T细胞可以通过与抗CD3抗体和抗CD28抗体接触而扩增和/或活化。细胞可在培养中扩增数小时(例如，约2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、18、21小时)至约14天(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13或14天)的时间段。在一个实施例中，细胞扩增4至9天的时间段。对于延长的细胞培养(例如，60天或更长时间段的培养)，可能需要多个刺激周期。在某些实施例中，细胞培养物包含血清(例如，胎牛或人血清)、白介素-2(IL-2)、胰岛素、IFN-γ、IL-4、IL-7、GM-CSF、IL-10、IL-12、IL-15、TGFβ、TNF-α或其组合。技术人员已知的用于细胞生长的其他添加剂，例如表面活性剂、血浆蛋白粉和还原剂(如N-乙酰基-半胱氨酸和2-巯基乙醇)，也可以包含在细胞培养物中。在某些实施例中，本发明的免疫效应细胞是从体外扩增获得的细胞。

美国专利号7,446,190和9,181,527、美国专利申请公开号2016/0340406和2017/0049819以及国际专利申请公开号WO 2018/140725中提供了BAFF-R靶向CAR(例如，可调节的CAR)、编码CAR的核酸以及表达CAR或包含核酸的效应细胞的另外的实施例。

BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物

在某些实施例中，本发明提供了BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物，其包含本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点。在某些实施例中，BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物包含与选自SEQ ID NO:44和45的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，细胞因子直接或经由接头与Fc结构域连接。

在某些实施例中，BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物进一步包含结合CD3的抗原结合位点。结合CD3的示例性抗原结合位点在国际专利申请公开号WO 2014/051433和WO 2017/097723中披露。

本发明的另一方面提供了编码BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物的至少一种多肽的核酸，其中该多肽包含结合BAFF-R的抗原结合位点。在某些实施例中，核酸进一步包含编码信号肽的核苷酸序列，该信号肽在表达时位于BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物的一种或多种多肽的N末端处。还提供了包含核酸的载体(例如，病毒载体)、包含核酸或载体的生产细胞以及表达BAFF-R/CD3导向的双特异性T细胞接合物的生产细胞。

免疫细胞因子

在某些实施例中，本发明提供了免疫细胞因子，其包含本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点和细胞因子。可以使用本领域已知的任何细胞因子(例如，促炎细胞因子)，包括但不限于IL-2、IL-4、IL-10、IL-12、IL-15、TNF、IFNα、IFNγ和GM-CSF。美国专利号9,567,399中披露了更多示例性细胞因子。在某些实施例中，抗原结合位点通过化学缀合(例如，共价或非共价化学缀合)与细胞因子连接。在某些实施例中，抗原结合位点通过多肽融合与细胞因子连接。免疫细胞因子可以进一步包含与结合BAFF-R的抗原结合位点连接的Fc结构域。在某些实施例中，免疫细胞因子包含与选自SEQ ID NO:44和45的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，细胞因子直接或经由接头与Fc结构域连接。

本发明的另一方面提供了编码免疫细胞因子的至少一种多肽的核酸，其中该多肽包含结合BAFF-R的抗原结合位点。在某些实施例中，核酸进一步包含编码信号肽的核苷酸序列，该信号肽在表达时位于免疫细胞因子的一种或多种多肽的N末端处。还提供了包含核酸的载体(例如，病毒载体)、包含核酸或载体的生产细胞以及表达免疫细胞因子的生产细胞。

抗体-药物缀合物

在某些实施例中，本发明提供了抗体-药物缀合物，其包含本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点和细胞毒性药物部分。示例性细胞毒性药物部分在国际专利申请公开号WO2014/160160和WO 2015/143382中披露。在某些实施例中，细胞毒性药物部分选自澳瑞他汀、N-乙酰基-γ刺孢霉素、美登素类、吡咯苯并二氮杂和SN-38。抗原结合位点可以通过化学缀合(例如，共价或非共价化学缀合)与细胞毒性药物部分连接。在某些实施例中，抗体-药物缀合物进一步包含与结合BAFF-R的抗原结合位点连接的Fc结构域。在某些实施例中，抗体-药物缀合物包含与选自SEQ ID NO:44和45的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，细胞毒性药物部分直接或经由接头与Fc结构域连接。

免疫毒素

在某些实施例中，本发明提供了免疫毒素，其包含本文披露的结合BAFF-R的抗原结合位点和细胞毒性肽部分。可以使用本领域已知的任何细胞毒性肽部分，包括但不限于蓖麻毒素、白喉毒素和假单胞菌外毒素A。更多示例性细胞毒性肽在国际专利申请公开号WO2012/154530和WO 2014/164680中披露。在某些实施例中，细胞毒性肽部分通过化学缀合(例如，共价或非共价化学缀合)与蛋白质连接。在某些实施例中，细胞毒性肽部分通过多肽融合与蛋白质连接。免疫毒素可以进一步包含与结合BAFF-R的抗原结合位点连接的Fc结构域。在某些实施例中，免疫毒素包含与选自SEQ ID NO:44和45的氨基酸序列至少90％(例如，至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％、至少99％或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，细胞毒性肽部分直接或经由接头与Fc结构域连接。

本发明的另一方面提供了编码免疫毒素的至少一种多肽的核酸，其中该多肽包含结合BAFF-R的抗原结合位点。在某些实施例中，核酸进一步包含编码信号肽的核苷酸序列，该信号肽在表达时位于免疫毒素的一种或多种多肽的N末端处。还提供了包含核酸的载体(例如，病毒载体)、包含核酸或载体的生产细胞以及表达免疫毒素的生产细胞。

II.治疗性组合物及其使用

本发明提供了用于使用包含本文披露的抗原结合位点的蛋白质、缀合物或细胞和/或本文描述的药物组合物治疗癌症或自身免疫疾病的方法。这些方法可以用于通过向有需要的患者施用治疗有效量的包含本文披露的抗原结合位点的蛋白质、缀合物或细胞来治疗多种表达BAFF-R的癌症。

治疗方法可以根据待治疗的癌症来表征。待治疗的癌症可以根据癌细胞表面上表达的特定抗原(例如，BAFF-R)的存在来表征。

通过BAFF-R的表达来表征的癌症包括但不限于B细胞非霍奇金淋巴瘤(B-NHL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、套细胞淋巴瘤(MCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、边缘区淋巴瘤、粘膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤、原发纵隔B细胞淋巴瘤、急性淋巴细胞白血病(ALL)；以及自身免疫炎性疾病。

预期本披露所述的蛋白质、缀合物、细胞和/或药物组合物可以用于治疗各种癌症，不限于其中癌细胞或癌症微环境中的细胞表达BAFF-R的癌症。

在某些实施例中，癌症是实体瘤。在某些其他实施例中，癌症是脑癌、膀胱癌、乳腺癌、宫颈癌、结肠癌、结直肠癌、子宫内膜癌、食道癌、白血病、肺癌、肝癌、黑色素瘤、卵巢癌、胰腺癌、前列腺癌、直肠癌、肾癌、胃癌、睾丸癌或子宫癌。在再其他实施例中，癌症是血管化肿瘤、鳞状细胞癌、腺癌、小细胞癌、黑色素瘤、神经胶质瘤、神经母细胞瘤、肉瘤(例如，血管肉瘤或软骨肉瘤)、喉癌、腮腺癌、胆道癌、甲状腺癌、肢端雀斑样痣黑色素瘤、光化性角化病、急性淋巴细胞白血病、急性髓系白血病、腺样囊性癌、腺瘤、腺肉瘤、腺鳞癌、肛管癌、肛门癌、肛门直肠癌、星形细胞瘤、前庭大腺癌、基底细胞癌、胆管癌、骨癌、骨髓癌、支气管癌、支气管腺癌、类癌、胆管细胞癌、软骨肉瘤、脉络丛乳头状瘤/癌、慢性淋巴细胞白血病、慢性髓系白血病、透明细胞癌、结缔组织癌、囊腺瘤、消化系统癌、十二指肠癌、内分泌系统癌、内胚窦瘤、子宫内膜增生、子宫内膜间质肉瘤、子宫内膜样腺癌、内皮细胞癌、室管膜癌、上皮细胞癌、尤因肉瘤、眼和眼眶癌、女性生殖器癌、局灶性结节增生、胆癌、胃窦癌、胃底癌、胃泌素瘤、胶质母细胞瘤、胰高血糖素瘤、心脏癌、血管母细胞瘤、血管内皮瘤、血管瘤、肝腺瘤、肝腺瘤病、肝胆癌、肝细胞癌、霍奇金病、回肠癌、胰岛素瘤、上皮内瘤变、上皮间鳞状细胞瘤、肝内胆管癌、侵袭性鳞状细胞癌、空肠癌、关节癌、卡波西肉瘤、骨盆癌、大细胞癌、大肠癌、平滑肌肉瘤、恶性雀斑样痣黑色素瘤、淋巴瘤、男性生殖器癌、恶性黑色素瘤、恶性间皮瘤、髓母细胞瘤、髓上皮瘤、脑膜癌、间皮癌、转移癌、口癌、粘液表皮样癌、多发性骨髓瘤、肌肉癌、鼻道癌、神经系统癌、神经上皮腺癌结节性黑色素瘤、非上皮皮肤癌、非霍奇金淋巴瘤、燕麦细胞癌、少突胶质细胞癌、口腔癌、骨肉瘤、乳头状浆液性腺癌、阴茎癌、咽癌、垂体瘤、浆细胞瘤、假肉瘤、肺母细胞瘤、直肠癌、肾细胞癌、呼吸系统癌、视网膜母细胞瘤、横纹肌肉瘤、肉瘤、浆液性癌、窦癌、皮肤癌、小细胞癌、小肠癌、平滑肌癌、软组织癌、生长抑素分泌瘤、脊椎癌、鳞状细胞癌、横纹肌癌、皮下癌、浅表扩散性黑色素瘤、T细胞白血病、舌癌、未分化癌、输尿管癌、尿道癌、膀胱癌、泌尿系统癌、宫颈癌、子宫体癌、葡萄膜黑色素瘤、阴道癌、疣状癌、舒血管肠肽瘤、外阴癌、高分化癌或肾母细胞瘤。

在某些实施例中，癌症是血液恶性肿瘤。在某些实施例中，血液恶性肿瘤是白血病。在某些实施例中，选自由以下组成的组：急性髓系白血病(AML)、急性淋巴细胞白血病(ALL)、骨髓增生异常、骨髓增生异常综合征、急性T淋巴细胞白血病、或急性早幼粒细胞白血病、慢性粒-单核细胞白血病或慢性髓系白血病的髓母细胞危象。

在一些实施例中，本申请提供了用于使用本文描述的蛋白质和/或本文描述的药物组合物治疗自身免疫炎性疾病的方法。该方法可用于治疗多种与表达BAFF-R的B细胞相关的自身免疫炎性疾病，包括但不限于多发性硬化症、系统性红斑狼疮、格雷夫斯病、桥本甲状腺炎、类风湿性关节炎、炎症性肠病、I型糖尿病、格林-巴利综合征(Guillain-Barresyndrome)、慢性炎性脱髓鞘性多发性神经病、牛皮癣、重症肌无力和血管炎。

III.药物组合物

本发明的另一方面提供了组合疗法。本文描述的蛋白质可以与另外的治疗剂组合使用以治疗自身免疫疾病或治疗癌症。

可以用作治疗自身免疫炎性疾病的组合疗法的一部分的示例性治疗剂在Li等人(2017)Front.Pharmacol.[药理学前沿],8:460中进行了描述，并且包括例如非甾体抗炎药(NSAID)(例如，COX-2抑制剂)、糖皮质激素(例如，泼尼松/泼尼松龙、甲基泼尼松龙以及氟化糖皮质激素，如地塞米松和倍他米松)、疾病缓解性抗风湿药(DMARD)(例如，甲氨蝶呤、来氟米特、金化合物、柳氮磺胺吡啶、硫唑嘌呤、环磷酰胺、抗疟药、D-青霉胺和环孢霉素)、抗TNF生物制剂(例如，英利昔单抗、依那西普、阿达木单抗、戈利木单抗、赛妥珠单抗及其生物仿制药)以及其他靶向CTLA-4的生物制剂(例如，阿巴西普)、靶向IL-6受体的生物制剂(例如，托珠单抗)、靶向IL-1的生物制剂(例如，阿那白滞素)、靶向Th1免疫应答(IL-12/IL-23)的生物制剂(例如，优特克单抗(ustekinumab))、靶向Th17免疫应答(IL-17)的生物制剂(例如，苏金单抗)和靶向CD20的生物制剂(例如，利妥昔单抗)。

可用作治疗癌症的组合疗法的一部分的示例性治疗剂包括，例如，放射、丝裂霉素、维甲酸、核糖霉素、吉西他滨、长春新碱、依托泊苷、克拉屈滨、二溴甘露醇、甲氨蝶呤、阿霉素、卡波醌、喷司他丁、硝酸甘油、净司他丁、西曲瑞克、来曲唑、雷替曲塞、柔红霉素、法倔唑、福莫司汀、胸腺法新、索布佐生、奈达铂、阿糖胞苷、比卡鲁胺、长春瑞滨、维司力农、氨鲁米特、安吖啶、丙谷酰胺、依利醋铵、酮色林、脱氧氟尿苷、依曲替酯、异维甲酸、链脲菌素、尼莫司汀、长春地辛、氟他胺(flutamide)、氟他胺(drogenil)、甘氨硫嘌呤(butocin)、卡莫氟、雷佐生、西佐菲兰(sizofilan)、卡铂、二溴卫矛醇、喃氟啶、异环磷酰胺、泼尼莫司汀、毕西巴尼(picibanil)、左旋咪唑、替尼泊苷、英丙舒凡、依诺他滨、麦角乙脲、康复龙、他莫昔芬、孕酮、美雄烷、环硫雄醇、福美司坦、干扰素-α、干扰素-2α、干扰素-β、干扰素-γ(IFN-γ)、集落刺激因子-1、集落刺激因子-2、地尼白介素(denileukin diftitox)、白介素-2、促黄体生成素释放因子和前述药剂的变体，它们可表现出与其同源受体的不同结合或者增加或减少的血清半衰期。

可用作治疗癌症的组合疗法的一部分的另一类药剂是免疫检查点抑制剂。示例性免疫检查点抑制剂包括抑制以下中的一种或多种的药剂：(i)细胞毒性T淋巴细胞相关抗原4(CTLA4)，(ii)程序性细胞死亡蛋白1(PD1)，(iii)PDL1，(iv)LAG3，(v)B7-H3，(vi)B7-H4，和(vii)TIM3。CTLA4抑制剂伊匹单抗(ipilimumab)已被美国食品和药物管理局批准用于治疗黑色素瘤。

可用作治疗癌症的组合疗法的一部分的再其他药剂是靶向非检查点靶标的单克隆抗体药剂(例如，赫赛汀(herceptin))和非细胞毒性药剂(例如，酪氨酸激酶抑制剂)。

再其他类别的抗癌剂包括，例如：(i)选自以下的抑制剂：ALK抑制剂、ATR抑制剂、A2A拮抗剂、碱基切除修复抑制剂、Bcr-Abl酪氨酸激酶抑制剂、布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂、CDC7抑制剂、CHK1抑制剂、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂、DNA-PK抑制剂、DNA-PK和mTOR两者的抑制剂、DNMT1抑制剂、DNMT1抑制剂加2-氯-脱氧腺苷、HDAC抑制剂、Hedgehog信号传导通路抑制剂、IDO抑制剂、JAK抑制剂、mTOR抑制剂、MEK抑制剂、MELK抑制剂、MTH1抑制剂、PARP抑制剂、磷酸肌醇3-激酶抑制剂、PARP1和DHODH两者的抑制剂、蛋白酶体抑制剂、拓扑异构酶-II抑制剂、酪氨酸激酶抑制剂、VEGFR抑制剂和WEE1抑制剂；(ii)OX40、CD137、CD40、GITR、CD27、HVEM、TNFRSF25或ICOS的激动剂；和(iii)选自IL-12、IL-15、GM-CSF和G-CSF的细胞因子。

本披露的蛋白质也可以用作手术切除原发性病灶的辅助手段。

可以选择蛋白质和另外的治疗剂的量以及相对施用时间，以便获得期望的组合治疗效果。例如，当向需要这样的施用的患者施用组合疗法时，组合中的治疗剂或包含治疗剂的一种或多种药物组合物能以任何顺序施用，例如依序、并行、一起、同时等施用。此外，例如，蛋白质可以在另外的一种或多种治疗剂发挥其预防或治疗作用时的期间施用，或反之亦然。

IV.药物组合物

本披露的特征还在于含有治疗有效量的本文所述蛋白质的药物组合物。可以配制组合物用于多种药物递送系统。一种或多种生理学上可接受的赋形剂或载剂也可以包含在组合物中，用于适当的配制。用于在本披露中使用的适合的配制品发现于Remington'sPharmaceutical Sciences[雷明顿药物科学],Mack Publishing Company[马克出版公司],Philadelphia,Pa.[宾夕法尼亚州费城],第17版,1985中。关于药物递送方法的简要综述，参见例如Langer(Science[科学]249:1527-1533,1990)。

在一方面，本披露提供了蛋白质配制品，其含有本文描述的BAFF-R结合位点和药学上可接受的载剂。

在某些实施例中，药物组合物包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:40的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:41的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:42的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:43的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:54的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:55的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:56的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:57的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:59的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:59的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:60的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:79的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:77的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:64的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:65的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:66的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQID NO:63的氨基酸序列具有至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:67的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:68的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:69的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:70的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:71的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:72的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:73的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:74的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:75的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。在某些实施例中，配制品包含含有抗原结合位点的蛋白质，该抗原结合位点具有重链可变结构域和轻链可变结构域，该重链可变结构域具有与SEQ ID NO:76的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列，该轻链可变结构域具有与SEQ ID NO:63的氨基酸序列至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％)相同的氨基酸序列。

可以配制组合物用于多种药物递送系统。一种或多种生理学上可接受的赋形剂或载剂可以包含在组合物中，用于适当的配制。用于在本披露中使用的适合的配制品发现于Remington's Pharmaceutical Sciences[雷明顿药物科学],Mack Publishing Company[马克出版公司],Philadelphia,Pa.[宾夕法尼亚州费城],第17版,1985中。关于药物递送方法的简要综述，参见例如Langer(Science[科学]249:1527-1533,1990)。

例如，本披露可以存在于水性药物配制品中，该水性药物配制品包括在缓冲溶液中治疗有效量的蛋白质，从而形成配制品。水性载剂可以包括无菌注射用水(SWFI)、抑菌注射用水(BWFI)、pH缓冲溶液(例如磷酸盐缓冲盐水)、无菌盐水溶液、林格氏溶液或右旋糖溶液。在某些实施例中，制备了在pH缓冲溶液中包括本文披露的蛋白质的水性配制品。制剂的pH典型地将在3和11之间，更优选在5和9之间或在6和8之间，并且最优选在7和8之间，如7至7.5。上述pH的中间范围也旨在是本披露的一部分。例如，使用任何上述值的组合作为上限和/或下限的值的范围旨在被包括在内。将pH控制在该范围内的缓冲剂的实例包括乙酸盐(例如，乙酸钠)、琥珀酸盐(如琥珀酸钠)、葡糖酸盐、组氨酸、柠檬酸盐和其他有机酸缓冲剂。在某些实施例中，缓冲系统包括柠檬酸一水合物、柠檬酸钠、磷酸二钠二水合物和/或磷酸二氢钠二水合物。在某些实施例中，缓冲系统包括约1.3mg/mL的柠檬酸(例如，1.305mg/mL)、约0.3mg/mL的柠檬酸钠(例如，0.305mg/mL)、约1.5mg/mL的磷酸二钠二水合物(例如，1.53mg/mL)、约0.9mg/mL的磷酸二氢钠二水合物(例如，0.86)和约6.2mg/mL的氯化钠(例如，6.165mg/mL)。在某些实施例中，缓冲系统包含1-1.5mg/mL的柠檬酸、0.25至0.5mg/mL的柠檬酸钠、1.25至1.75mg/ml的磷酸二钠二水合物、0.7至1.1mg/mL的磷酸二氢钠二水合物和6.0至6.4mg/mL的氯化钠。液体配制品的pH可以通过添加药学上可接受的酸和/或碱来设定。在某些实施例中，药学上可接受的酸可以是盐酸。在某些实施例中，碱可以是氢氧化钠。

在一些实施例中，配制品包括药学上可接受的(对人类施用安全无毒)且可用于制备液体配制品的水性载剂。说明性载剂包括无菌注射用水(SWFI)、抑菌注射用水(BWFI)、pH缓冲溶液(例如磷酸盐缓冲盐水)、无菌盐水溶液、林格氏溶液或右旋糖溶液。

配制品中还可包含多元醇，该多元醇充当张力调节剂(tonicifier)并可稳定抗体。多元醇添加到配制品中的量可以根据配制品所需的等渗性而变化。在某些实施例中，水性配制品可以是等渗的。相对于多元醇的分子量，添加的多元醇的量也可以改变。例如，与二糖(如海藻糖)相比，可以添加较少量的单糖(如甘露醇)。在某些实施例中，可在配制品中用作张度剂的多元醇是甘露醇。在某些实施例中，甘露醇浓度可为约5至约20mg/mL。在某些实施例中，甘露醇浓度可为约7.5至约15mg/mL。在某些实施例中，甘露醇浓度可为约10至约14mg/mL。在某些实施例中，甘露醇浓度可为约12mg/mL。在某些实施例中，配制品中可包含多元醇山梨醇。

洗涤剂或表面活性剂也可以添加到配制品中。示例性洗涤剂包括非离子洗涤剂，如聚山梨酯(例如，聚山梨酯20、80等)或泊洛沙姆(poloxamer)(例如，泊洛沙姆188)。添加的洗涤剂的量使其能够减少配制抗体的聚集和/或使配制品中颗粒的形成最小化和/或减少吸附。在某些实施例中，配制品可以包括表面活性剂，其是聚山梨酯。在某些实施例中，配制品可以含有洗涤剂聚山梨酯80或Tween 80。Tween 80是用于描述聚氧乙烯(20)山梨糖醇酐单油酸酯的术语(参见Fiedler,Lexikon der Hifsstoffe[辅料词典],Editio CantorVerlag Aulendorf[伊迪迪奥·康托尔·奥伦多夫出版社],第4版,1996)。在某些实施例中，配制品可以含有约0.1mg/mL至约10mg/mL的聚山梨酯80，或为约0.5mg/mL至约5mg/mL。在某些实施例中，可以在配制品中添加约0.1％的聚山梨酯80。

在某些实施例中，本披露的液体配制品可以与稳定水平的糖组合制成10mg/mL浓度的溶液。在某些实施例中，液体配制品可以在水性载剂中制备。在某些实施例中，稳定剂能以不大于可能导致不期望的或不适合静脉内施用的粘度的量添加。在某些实施例中，糖可以是二糖，例如蔗糖。在某些实施例中，液体配制品还可以包含缓冲剂、表面活性剂和防腐剂中的一种或多种，其被添加到本文的配制品中以减少细菌作用。防腐剂的添加可以例如促进多用途(多剂量)配制品的生产。

在一些实施例中，本披露提供了具有延长的保存期的配制品，该配制包括含与甘露醇、柠檬酸一水合物、柠檬酸钠、磷酸二钠二水合物、磷酸二氢钠二水合物、氯化钠、聚山梨酯80、水和氢氧化钠组合的本披露的蛋白质。

脱酰胺是肽和蛋白质的常见产品变体，可能发生在发酵、收获/细胞澄清、纯化、原料药/药物产品储存期间和样品分析期间。脱酰胺是从蛋白质中去除NH3，形成琥珀酰亚胺中间体，该中间体可以进行水解。琥珀酰亚胺中间体导致亲本肽质量减少17道尔顿。随后的水解导致18道尔顿的质量增加。因为在水性条件下不稳定，琥珀酰亚胺中间体的分离是困难的。因此，脱酰胺典型地随着1道尔顿质量增加而可检测到。天冬酰胺的脱酰胺产生天冬氨酸或异天冬氨酸。影响脱酰胺速率的参数包括pH、温度、溶剂介电常数、离子强度、一级序列、局部多肽构象和三级结构。肽链中与Asn相邻的氨基酸残基影响脱酰胺速率。蛋白质序列中Asn后的Gly和Ser导致更易脱酰胺。在某些实施例中，本披露的液体配制品可以在pH和湿度条件下保存，以防止蛋白质产品脱氨基。

在一些实施例中，配制品是冻干配制品。在某些实施例中，将配制品冷冻干燥(冻干)并置于约12-60个小瓶中。在某些实施例中，将配制品冷冻干燥，并且一个小瓶中可以含有45mg的冷冻干燥配制品。在某些实施例中，一个小瓶中含有约40mg-约100mg的冷冻干燥配制品。在某些实施例中，将来自12、27或45个小瓶的冷冻干燥配制品合并，以获得静脉药物配制品中的治疗剂量的蛋白质。配制品可以是液体配制品。在一些实施例中，液体配制品以约250mg/小瓶至约1000mg/小瓶储存。在某些实施例中，液体配制品以约600mg/小瓶储存。在某些实施例中，液体配制品以约250mg/小瓶储存。

在一些实施例中，冻干配制品包括本文描述的蛋白质和冻干保护剂。冻干保护剂可以是糖，例如二糖。在某些实施例中，冻干保护剂可以是蔗糖或麦芽糖。冻干配制品还可以包括缓冲剂、表面活性剂、填充剂和/或防腐剂中的一种或多种。可以用于稳定冻干药物产品的蔗糖或麦芽糖的量可以是蛋白质与蔗糖或麦芽糖的重量比至少为1:2的量。在某些实施例中，蛋白质与蔗糖或麦芽糖的重量比可以是1:2至1:5。

在某些实施例中，在冻干之前，配制品的pH可以通过添加药学上可接受的酸和/或碱来设定。在某些实施例中，药学上可接受的酸可以是盐酸。在某些实施例中，药学上可接受的碱可以是氢氧化钠。在冻干之前，可以将含有本披露蛋白质的溶液pH调整为6至8之间。在某些实施例中，冻干药物产品的pH范围可以为7至8。

在某些实施例中，可以添加“填充剂”。“填充剂”是给冻干混合物增加质量并有助于冻干饼的物理结构(例如，促进保持开孔结构的基本均匀的冻干饼的生产)的化合物。说明性填充剂包括甘露醇、甘氨酸、聚乙二醇和山梨醇。本披露的冻干配制品可以含有这样的填充剂。

在某些实施例中，冻干蛋白质产品由水性载剂构成。本文关注的水性载剂是在冻干后药学上可接受(例如，对人类施用安全无毒)且可以用于制备液体配制品的载剂。说明性稀释剂包括无菌注射用水(SWFI)、抑菌注射用水(BWFI)、pH缓冲溶液(例如磷酸盐缓冲盐水)、无菌盐水溶液、林格氏溶液或右旋糖溶液。在某些实施例中，用无菌注射用水USP(SWFI)或0.9％氯化钠注射液(USP)重构本披露的冻干药物产品。在重构期间，冻干粉末溶解成溶液。在某些实施例中，本披露的冻干蛋白质产品由约4.5mL注射用水构成，并用0.9％盐水溶液(氯化钠溶液)稀释。

蛋白质组合物可以通过常规灭菌技术灭菌，或可以过滤灭菌。所得水溶液可以被包装以按原样使用，或者被冻干，在施用前将该冻干制剂与无菌水性载剂组合。所得固体形式的组合物可以包装在多个单剂量单位中，每个单位含有固定量的上述一种或多种药剂。也可以将固体形式的组合物包装在量灵活的容器中。

可以改变本披露的药物组合物中活性成分的实际剂量水平，以便获得一定量的活性成分，该活性成分的量有效地实现对于特定的患者、组合物和施用方式的所期望的治疗应答，而对患者没有毒性。

特定剂量可以是每个患者的统一剂量，例如50-5000mg的蛋白质。可替代地，可以根据患者的近似体重或体表面积来定制患者的剂量。确定合适剂量的其他因素可以包括待治疗或预防的疾病或病症，疾病的严重程度，施用途径以及患者的年龄、性别和医学病症。本领域技术人员通常对确定治疗的适当剂量所需的计算进行进一步改进，特别是根据本文披露的剂量信息和测定进行。剂量也可以通过使用已知的用于确定剂量的测定方法并结合适当的剂量反应数据来确定。随着疾病进展的监测，可以调整单个患者的剂量。可以测量患者体内可靶向构建体或复合物的血液水平，以确定是否需要调整剂量以达到或维持有效浓度。药物基因组学可用于确定哪些可靶向构建体和/或复合物及其剂量对给定个体最有可能有效(Schmitz等人,Clinica.Chimica.Acta.[临床化学学报]308:43-53,2001；Steimer等人,Clinica.Chimica.Acta.[临床化学学报]308:33-41,2001)。

通常，基于体重的剂量为约0.01μg至约100mg/kg体重，如约0.01μg至约100mg/kg体重、约0.01μg至约50mg/kg体重、约0.01μg至约10mg/kg体重、约0.01μg至约1mg/kg体重、约0.01μg至约100μg/kg体重、约0.01μg至约50μg/kg体重、约0.01μg至约10μg/kg体重、约0.01μg至约1μg/kg体重、约0.01μg至约0.1μg/kg体重、约0.1μg至约100mg/kg体重、约0.1μg至约50mg/kg体重、约0.1μg至约10mg/kg体重、约0.1μg至约1mg/kg体重、约0.1μg至约100μg/kg体重、约0.1μg至约10μg/kg体重、约0.1μg至约1μg/kg体重、约1μg至约100mg/kg体重、约1μg至约50mg/kg体重、约1μg至约10mg/kg体重、约1μg至约1mg/kg体重、约1μg至约100μg/kg体重、约1μg至约50μg/kg体重、约1μg至约10μg/kg体重、约10μg至约100mg/kg体重、约10μg至约50mg/kg体重、约10μg至约10mg/kg体重、约10μg至约1mg/kg体重、约10μg至约100μg/kg体重、约10μg至约50μg/kg体重、约50μg至约100mg/kg体重、约50μg至约50mg/kg体重、约50μg至约10mg/kg体重、约50μg至约1mg/kg体重、约50μg至约100μg/kg体重、约100μg至约100mg/kg体重、约100μg至约50mg/kg体重、约100μg至约10mg/kg体重、约100μg至约1mg/kg体重、约1mg至约100mg/kg体重、约1mg至约50mg/kg体重、约1mg至约10mg/kg体重、约10mg至约100mg/kg体重、约10mg至约50mg/kg体重、约50mg至约100mg/kg体重。剂量可以每天、每周、每月或每年给予一次或多次，甚至每2至20年给予一次。本领域普通技术人员可以基于测量的停留时间和可靶向构建体或复合物在体液或组织中的浓度容易地估计给药的重复率。本披露的施用可以是静脉内、动脉内、腹膜内、肌肉内、皮下、胸膜内、鞘内、腔内、通过经导管输注或通过直接病灶内注射。这可以是每天施用一次或多次、每周施用一次或多次、每月施用一次或多次、以及每年施用一次或多次。

以上说明描述了本披露的多个方面和实施例。本申请确切地考虑了这些方面和实施例的所有组合和排列。

在整个说明书中，在组合物被描述为具有、包括或包含特定组分的情况下，或在工艺和方法被描述为具有、包括或包含特定步骤的情况下，考虑到另外地，存在本披露的组合物，其基本上由或由叙述的组分组成，并且存在根据本披露的工艺和方法，其基本上由或由叙述的加工步骤组成。

在本申请中，当元素或组分被称为包括在和/或选自叙述的元素或组分的列表中时，应当理解，该元素或组分可以是叙述的元素或组分中的任何一个，或者该元素或组分可以选自由两个或更多个叙述的元素或组分组成的组。

此外，应当理解，在不脱离本披露的精神和范围的情况下，本文描述的组合物或方法的元素和/或特征能以多种方式组合，无论是在本文中明确的还是隐含的。例如，当提及特定化合物时，除非从上下文中另有理解，该化合物可以用于本披露组合物的各个实施例和/或用于本披露的方法中。换言之，在本申请中，已经以使得能够书写和绘制清楚简明的申请的方式描述和描绘了实施例，但是希望并且将理解的是，在不脱离本教导和一个或多个披露的情况下，实施例可以不同地组合或分离。例如，将会理解的是，本文描述和描绘的所有特征可适用于本文描述和描绘的一个或多个披露的所有方面。

应当理解，表述“至少一个”单独地包括该表述之后的每个叙述对象以及两个或更多个叙述对象的各种组合，除非从上下文和使用中另外理解。与三个或更多个叙述对象相关的表述“和/或”应该被理解为具有相同的含义，除非从上下文中另外理解。

术语“包括(include、includes、including)”、“具有(have、has、having)”、“含有(contain、contains或containing)”，包括其语法上的等同物的使用应该被理解为通常是开放式的和非限制性的，例如，不排除另外的未叙述的元素或步骤，除非上下文中另外特别说明或另外理解。

当术语“约”在数量值之前使用时，本披露还包括特定的数量值本身，除非另外特别说明。如本文所用，术语“约”是指标称值的±10％变化，除非另外指示或推断。

应当理解，只要本披露保持可操作性，步骤的顺序或执行某些动作的顺序无实质性影响。此外，可以同时进行两个或更多个步骤或动作。

本文中任何和所有实例或示例性语言(例如：“如”或“包括”)的使用仅旨在更好地说明本披露，除非另有要求，否则不对本披露范围做出限制。说明书中的任何语言都不应当解释为指示任何未要求保护的元素为实践本披露所必需的。

实例

通过参考以下实例，将更容易理解现在总体上描述的披露，仅出于说明本披露的某些方面和实施例的目的包括这些实例，而并非旨在以任何方式限制本披露的范围。

实例1.结合BAFF-R的mAb的产生和表征

本实例描述了为鉴定BAFF-R的结合物而进行的两次抗体发现活动。使用酵母展示技术、多轮亲和力成熟(集中于CDRH3和集中于CDRH1/CDRH2)、序列易损性(liability)校正、解离速率压力优化和定点诱变来选择一种结合物用于进一步开发，以改善生物学特性。这些研究将结合物AB1612/AB1424鉴定为一种展示出适合生物制剂候选药物的特性，并且重要的是展示出抑制BAFF-R-BAFF相互作用的能力的结合物(如图1所示)。

重组蛋白免疫方法

通过用hBAFF-R-hFc-His融合蛋白免疫四种不同小鼠品系(H2L2、NZBW、BALB-C和SJL/J)来产生BAFF-R特异性抗体。基于抗血清滴度，从所有四种不同品系中选择了共七只小鼠进行杂交瘤融合。保留来自每个免疫组的小鼠亚组的脾细胞用于免疫文库的生成；然而，仅将来自H2L2小鼠的脾细胞用于酵母展示mAb发现。

自五个小鼠融合体(将来自两只小鼠的脾细胞合并用于H2L2融合，并且将来自两只小鼠的脾细胞合并用于SJL/J融合)，通过特异性ELISA分析了每个杂交瘤融合体的16个96孔板，其中比较了与人和食蟹猴BAFF-R-hFc-His的结合以及与无关hFc-His蛋白的结合。选择来自33个BAFF-R阳性且特异性杂交瘤的上清液用于进一步分析。测试上清液与BAFF-R+等基因CHO细胞的结合，并对16个阳性杂交瘤进行进一步的亚克隆。将来自亚克隆的上清液通过如上所述特异性ELISA进行分析，并且测试20个BAFF-R阳性且特异性的亚克隆与BAFF-R+细胞的结合。九个亚克隆mAb表现出与BAFF-R+细胞的强结合，并且对其进行测序。获得六种独特的序列，并且在基于细胞的测定中，进一步分析相应的mAb阻断BAFF-R-BAFF相互作用的能力。

在不存在或存在六种BAFF-R特异性mAb或同种型对照mAb的情况下，测试生物素化BAFF与BAFF-R+CHO细胞的结合。抗体存在时平均荧光强度(MFI)的降低表明mAb抑制了BAFF与BAFF-R结合的接合，因此被指定为阻断抗体。所有测试的克隆均不会抑制BAFF与BAFF-R+细胞的结合，因此所有六个克隆均称为非阻断的(图2)。

DNA免疫方法

各自对两组SWR/J小鼠进行DNA免疫。将一组用全长人BAFF-R cDNA构建体免疫，并且另一组用全长人BAFF-R和人BAFF-R细胞外结构域cDNA构建体的混合物免疫。基于抗血清滴度，将小鼠合并，随后选择用于单个B细胞分选，另一个池用于杂交瘤融合。

单个B细胞分选工作产生了44个人和食蟹猴交叉反应性的克隆。对这些克隆进行测序，在293细胞中瞬时表达，并且通过流式细胞术分析纯化的mAb的特异性，其中比较了与hBAFF-R⁺、食蟹猴BAFF-R⁺等基因CHO细胞以及对亲本细胞系的结合。将八种结合物进行纯化并进一步分析其结合BAFF-R和阻断BAFF-R-BAFF相互作用的能力。所有八个克隆均被确定为非阻断的，并且显示出对hBAFF-R⁺癌细胞的弱亲和力。

通过流式细胞术分析通过传统杂交瘤方法获得的克隆的特异性。进行以下评估：a)将其与表达全长人BAFF-R或人BAFF-R细胞外结构域的细胞的结合和与未转染的亲本细胞的结合进行比较；b)将其与hBAFF-R⁺和食蟹猴BAFF-R⁺等基因细胞的结合和与亲本细胞的结合进行比较；c)其与hBAFF-R⁺癌细胞的结合。鉴定了25个阳性杂交瘤融合体，并且基于结合强度对14个杂交瘤融合体进行测序。获得了五种独特的序列，并且分析其结合BAFF-R⁺细胞和阻断BAFF-R-BAFF相互作用的能力。尽管所有五个克隆均被确定为非阻断性克隆(图3A-3D)，但五个克隆中的四个(克隆3A1、1B3-A7、7G4和10H7-C5)显示出对hBAFF-R的良好亲和力。

从酵母文库中发现的BAFF-R特异性scFv

使用酵母展示从获得自人源化H2L2小鼠的脾细胞来构建scFv文库，该小鼠用如上所述重组人hBAFF-R-hFc-His蛋白免疫。用5nM的生物素化hBAFF-R-hFc-His进行三轮选择。挑取单个酵母菌落，测序，并且进行序列分析。进行阴性选择以去除非特异性结合物。序列收敛表明选择过程成功地富集了结合物，因此是完整的。选择独特的序列用于进一步表征。从一个文库中发现了三种BAFF-R特异性scFv(表4)。然而，这些序列彼此非常相似，因此仅选择序列1129_A01(也称为AB0369scFv)用于进一步研究。

表4.从酵母文库中发现的BAFF-R结合物的CDR序列

使用流式细胞术来评估AB0369scFv在酵母上展示时与hBAFF-R-hFc-His、hBAFF-R-GST-His以及带有hFc标签或GST标签的阴性对照蛋白结合的特异性。AB0369scFv显示出对hBAFF-R的中等至弱亲和力；然而，其未显示与阴性对照的结合，由此表明对BAFF-R的高特异性(图4A-4E)。

将1129_A01(AB0369 scFv)转化为包含scFv和两种非BAFF-R结合物的多特异性结合蛋白，以产生AB0369。进一步分析AB0369与人(hBAFF-R-CHO)BAFF-R⁺细胞(图5A)和食蟹猴(cBAFF-R-CHO)BAFF-R⁺细胞(图5B)结合的能力，通过多特异性试剂(PSR)测定其缺乏非特异性相互作用的能力(图6A，图6B)，裂解BAFF-R⁺Ramos癌细胞(图7和表5)和阻断BAFF-BAFF-R相互作用(图8)的能力。AB0369与等基因CHO细胞表面上的人和食蟹猴BAFF-R二者结合，并且BAFF-R结合具有约10nM的EC₅₀，使其成为进一步开发的良好选择。

表5.AB0369在KHYG-1-CD16aV细胞毒性测定中的效力。

分子	EC₅₀(nM)	最大裂解(％)
			AB0369-001	0.6	73

在基于细胞的阻断测定中测试了AB0369阻断BAFF-R-BAFF相互作用的能力。简言之，收获表达人BAFF-R的CHO细胞，在冷FACS缓冲剂中洗涤，并且以100,000个细胞/孔的密度接种。将供试品在FACS缓冲剂中稀释，并且将50μL稀释的多特异性结合蛋白或mAb添加到细胞中，在冰上孵育60分钟，然后用FACS缓冲剂洗涤。将12nM BAFF-生物素稀释到FACS缓冲剂中，并且每个孔中添加100μL，在冰上孵育60分钟，然后用FACS缓冲剂洗涤。将细胞与100μL在FACS缓冲剂中稀释的1:200链霉亲和素-PE一起孵育，并且在冰上孵育30分钟，然后用FACS缓冲剂洗涤。然后将细胞在100μL活/死染料在PBS中的1:1,000稀释液中孵育15分钟，然后用FACS缓冲剂洗涤，并固定。在孵育后，将细胞用FACS缓冲剂洗涤，并且重悬于FACS缓冲剂中用于流式细胞术分析。计算每个样品和仅二次对照的中值荧光强度(MFI)。最大MFI以BAFF-生物素单独计算，并且最小MFI以链霉亲和素-藻红蛋白单独计算。使用GraphPadPrism将数据拟合为四参数非线性回归曲线。

这些研究表明，AB0369能够部分阻断BAFF-R-BAFF相互作用。然而，阻断明显不如基于伊利尤单抗的基准对照有效，与亲本抗体不同，其不含抗体依赖性细胞毒性增强突变，这可能是由于AB0369的低亲和力(图8和表6)。由于AB0369 scFv是从上述所有发现工作中鉴定出的唯一的阻断抗体，其通过CDRH3和CDRH1/CDRH2的亲和力成熟以及进一步的氨基酸改变而经历进一步的发展，以促进蛋白质的产生和稳定性。

表6.AB0369和基准mAb阻断BAFF结合细胞BAFF-R的概述。

AB0369的亲和力成熟

集中于CDRH3的随机亲和力成熟

如上所述，AB0369显示了与表达BAFF-R的细胞的特异性结合。为寻找具有改善的结合亲和力的变体，通过对AB0369的CDRH3残基(RFTMLRGLIIEDYGMDV(SEQ ID NO:3))进行突变来创建酵母展示亲和力成熟文库。为富集对hBAFF-R具有更高亲和力的scFv，用1nM的生物素化hBAFF-R-hFc-His进行两轮选择(图9A-图9D)。比较亲本克隆AB0369与代表性单个文库克隆之间的亲和力。三轮FACS分选得到了九个克隆，这些克隆与亲本克隆(RFTMLRGWYIEDYGMDV(SEQ ID NO:14)；RFTMLRGQYIEDYGMDV(SEQ ID NO:13)；RFTMLRGWIIEDYGMDV(SEQ ID NO:15))相比含有一个或两个氨基酸差异，并且使用基于伊利尤单抗的scFv作为基准对照，显示出比亲本克隆和亲本衍生scFv更高的对hBAFF-R的结合亲和力(图10A-图10E)。

将具有最高hBAFF-R结合亲和力的scFv转化为包含scFv和两种非BAFF-R结合物的多特异性结合蛋白，在Expi293细胞中表达，并进一步分析其与表达BAFF-R的细胞结合的能力(图11A)和裂解表达BAFF-R的Ramos癌细胞的能力(图11B、图11C)。在多特异性测定中，所有多特异性结合蛋白均评分为阴性，表明改善的结合亲和力是BAFF-R特异性的(图12A-图12B)。进一步的研究表明BAFF-R结合提高了大于三倍，这转化为通过EC₅₀测量的效力提高了六至十倍(表7)。最大裂解保持不变，表明BAFF-R结合亲和力的改善是效力提高的关键驱动因素。

表7.与亲本AB0369相比，通过基于HCDR3亲和力成熟变体的多特异性结合蛋白证明的细胞结合和细胞裂解的概述。

集中于CDRH1和CDRH2的组合亲和力成熟

集中于CDRH3的亲和力成熟研究的结果表明亲和力的改善，并且非常期望进一步的改善。因此，使用成熟的CDRH3主链选择CDRH1和CDRH2序列用于亲和力成熟(CDRH1：GFTFSSY(SEQ ID NO:1)和CDRH2：WYDGSN(SEQ ID NO:2))。目标是工程化和选择相对于亲本克隆(AB0369 scFv)或上述CDRH3优化变体具有改善的亲和力的结合物。这创建了具有随机的CDRH1和CDRH2同时保留优化的CDRH3的文库。进行两轮FACS以富集高亲和力结合物(图13A-图13C)。

在FACS之后，鉴定出了24个克隆。观察到几个在优化的CDRH3主链上具有CDRH1改变(RFTMLRGWYIEDYGMDV(SEQ ID NO:14)；RFTMLRGQYIEDYGMDV(SEQ ID NO:13)；RFTMLRGWIIEDYGMDV(SEQ ID NO:15))的克隆与亲本AB0369scFv(1129_A01)(图14A-图14D)相比或与基于伊利尤单抗的scFv基准对照(图14E)相比显示显著的hBAFF-R亲和力改善。

将具有最高hBAFF-R结合亲和力的scFv转化为包含scFv和两种非BAFF-R结合物的多特异性结合蛋白，在Expi293细胞中表达，并进一步分析其与表达人BAFF-R的细胞结合(图15A)、与食蟹猴BAFF-R⁺细胞结合(图15B)和抑制BAFF-R-BAFF相互作用(图15C和表8)的能力。测试的多特异性结合蛋白显示了所有这三项标准的改善，并在KHYG-1-CD16a介导的细胞毒性测定中表现出对BAFF-R⁺BJAB细胞的有效杀伤(图16，表9)。

表8.通过基于CDRH1和CDRH2亲和力成熟的多特异性结合蛋白证明的BAFF-R细胞结合和BAFF-R-BAFF阻断的概述

表9.KHYG-1-CD16V细胞裂解测定中基于CDRH1和CDRH2亲和力成熟的代表性多特异性结合蛋白的效力。

分子	EC50(nM)	最大裂解(％)
			AB0679-001	0.11	83
AB0682-001	0.09	79
			工具-F3’	0.61	69

潜在序列易损性的补救

由于亲和力成熟的克隆在其CDR中含有可能对蛋白质表达、稳定性或免疫原性产生负面影响的氨基酸，因此构建了额外的文库来选择不含这些氨基酸的克隆。用1nM生物素化hBAFF-R-hFc-His蛋白进行三轮选择，导致高亲和力结合物的富集(图17A-图17D)。共鉴定了23种结合物，其中12种被预测为不含不期望的氨基酸(“经易损性校正的”)。

来自这些文库的缺乏潜在序列易损性的优选克隆包括AB0898(上述AB0682的易损性校正版本)、AB0899和AB0900，这些克隆在酵母上展示时被成功鉴定出并测试了它们与hBAFF-R的结合。显示出所有克隆对hBAFF-R的亲和力均高于亲本AB0369scFv(图18A-图18F)。

易损性校正的多特异性结合蛋白的表征

将易损性校正的克隆中的三个转化为包含scFv和两个非BAFF-R结合物的多特异性结合蛋白，在Expi293细胞中表达，通过两步纯化工艺纯化，并通过尺寸排阻色谱(SEC)、差示扫描量热法(DSC)、与表达BAFF-R的细胞的结合以及在KHYG-1-CD16aV介导的细胞毒性测定中裂解BJAB细胞的能力进行表征。表10中概述了这些克隆的表征，并证明易损性校正是成功的。没有观察到对细胞结合的负面影响，并且所有三个克隆都表现出对表达BAFF-R的肿瘤细胞的有效杀伤(图19)。然而，如图20中所示，分子的热稳定性为Tm₁>65℃。

表10.表达序列易损性校正的BAFF-R结合物的多特异性结合蛋白表征的概述。

如上所述，用CDR中的某些氨基酸替换潜在的序列易损性残基对结合亲和力的影响最小；然而，表达BAFF-R的细胞结合和热稳定性数据表明需要进一步改善。因此，将CDRH1和CDRH2序列(CDRH1:GFTFSSY(SEQ ID NO:1)和CDRH2:WYDGSN(SEQ ID NO:2))亲和力成熟为经易损性校正的CDRH3主链，并施加解离速率压力以选择高亲和力克隆。简言之，将克隆与100pM浓度的生物素化hBAFF-R-hFc-His一起预孵育，然后用1μM非生物素化hBAFF-R-hFc-His激发2小时。对展示保持与生物素化hBAFF-R-hFc-His结合的抗BAFF-R scFv的酵母进行分选，并且将该过程重复三次以便以较慢的解离速率富集高亲和力结合物。如图21中所示，即使在解离速率压力激发后，克隆仍保持与生物素化hBAFF-R-hFc-His结合，而基于伊利尤单抗的scFv基准对照在这些条件下失去了与生物素化hBAFF-R-hFc-His的结合，表明解离速率较慢。

对单个克隆的分析显示了对hBAFF-R-hFc-His的高亲和力(图22),并且重要的是，这些克隆保持与生物素化hBAFF-R-hFc-His结合。值得注意的是，基于伊利尤单抗的基准scFv在激发后表现出丧失与生物素化hBAFF-R-hFc-His的结合(图22)。克隆中的几个被排除在进一步考虑之外，因为它们含有额外的不期望的氨基酸或特性。表11中显示了从上述研究中选择的克隆的序列。

表11.选择的克隆的CDR序列。

潜在的序列易损性用粗体下划线标出，并且显示克隆间多样性的残基用粗体标出。

从上述解离速率激发研究中选择的克隆作为多特异性结合蛋白产生，其包含各自结合物的scFv和两种非BAFF-R结合物，在Expi293细胞中表达，并且通过以下方面来表征：与表达hBAFF-R的细胞和表达食蟹猴BAFF-R的细胞结合，在KHYG-1-CD16aV介导的细胞毒性测定中裂解表达BAFF-R的癌细胞的能力，阻断BAFF-BAFF-R相互作用的能力，热稳定性(差示扫描荧光测定，DSF)和疏水性(HIC)(结果概述在表12中)。与亲本克隆相比，AB1080、AB1081和AB1085与BAFF-R⁺细胞的结合亲和力得到改善(图23A-图23B，相比于表12)。此外，与食蟹猴BAFF-R的结合亲和力类似于与hBAFF-R的结合亲和力(图23A-图23B)。通过PSR测定证实了缺乏多特异性(图24A-图24B)。AB1084被排除在进一步研究之外，这是由于其在HIC上的长保留时间以及随后的更高聚集倾向的可能性。与基于伊利尤单抗序列的多特异性结合蛋白相比，改善的多特异性结合蛋白显示了显著更高的效力(图25A-图25B)。此外，与原始AB0369多特异性结合蛋白相比，观察到效力提高了大于10倍。重要的是，与亲本AB0369多特异性结合蛋白相比，阻断BAFF-BAFF-R结合的能力显著提高(图26)。

表12.选择的多特异性结合蛋白表征的概述。

与对照阿达木单抗(修美乐(Humira))和派姆单抗(可瑞达(Keytruda))相比，这些多特异性结合蛋白满足可接受的热稳定性标准(图27)。HIC色谱图揭示了AB1080和AB1081的保留时间分别为11.4和11.5min。AB1085显示9.5分钟的保留时间，这在批准的晚期治疗抗体中处在较低水平，表明非常有利的疏水行为(图27)。

AB1080和AB1081显示与BAFF-R的结合改善，并且在CDR序列中不含任何序列易损性；然而，与一组基准治疗抗体相比，它们的疏水性更高。AB1085显示期望的疏水性和亲和力，但在CDRH2和CDRH3序列中含有潜在的序列易损性(图28)。比较AB1080、AB1081和AB1085的序列，并分析和进一步校正AB1080序列，产生W至Q的疏水性降低突变(CDRH3：RFTMLRGWYIEDYGMDV(SEQ ID NO:14)至RFTMLRGQYIEDYGMDV(SEQ ID NO:13))。得到的AB1424/AB1612多特异性结合蛋白表现出有利的低疏水性，这属于良好表现的生物制剂的范围(图29)，同时保持了同样高的对BAFF-R的亲和力(表13，图30A-图30B)、有效的BAFF-R-BAFF结合阻断(图1)，并且包含亲本AB1080表征的无易损性序列(表14)。

表13.通过多特异性结合蛋白AB1424/AB1612谱系对BAFF-R结合和BAFF-R-BAFF阻断的概述。

表14.AB1424/AB1612及其祖先中BAFF-R结合CDR的比较

总之，进行了两次利用重组蛋白和DNA免疫的抗体发现活动。第一次活动确定了四种中等亲和力BAFF-R-BAFF非阻断抗体。从第二次活动中发现的单个结合物AB0369scFv展示了阻断BAFF-R-BAFF相互作用的能力。通过多轮亲和力成熟、易损性校正和合理的序列设计进行的AB0396scFv的广泛开发得到了结合物AB1612/AB1424，该结合物表现出治疗候选物的期望的特性。

通过引用并入

除非有相反陈述，否则出于所有目的，将本文所提到的专利文件和科学文章的每一者的全部披露通过引用并入。

等效内容

在不脱离本披露的精神或基本特征的情况下，本披露可以以其他特定形式实施。因此，前述实施例在所有方面都被认为是说明性的而不是限制本文描述的披露内容。不同实施例的各种结构元件和各种披露的方法步骤可以在各种组合和排列中使用，并且所有此类变型都被认为是本披露的形式。因此，本披露的范围由所附权利要求而不是由前述说明书来指示，并且在权利要求的等效含义和范围内的所有变化旨在包含在其中。

Claims

1.一种结合BAFF-R的抗原结合位点，该抗原结合位点包含：

2.一种结合BAFF-R的抗原结合位点，其中：

(a)该VH包含分别与SEQ ID NO:46、47和48的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和49的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；

(b)该VH包含分别与SEQ ID NO:1、2和16的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列相同的序列；

(c)该VH包含分别与SEQ ID NO:21、2和22的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；

(d)该VH包含分别与SEQ ID NO:20、23和26的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和6的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；或者

(e)该VH包含分别与SEQ ID NO:35、36和37的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和49的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列。

3.如权利要求1或2所述的抗原结合位点，其中该VH包含分别与SEQ ID NO:46、47和48的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和49的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列。

4.如权利要求1或2所述的抗原结合位点，其中该VH包含分别与SEQ ID NO:1、23和38的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列；并且该VL包含分别与SEQ ID NO:4、5和39的氨基酸序列相同的CDR1、CDR2和CDR3序列。

5.如权利要求4所述的抗原结合位点，其中该VH包含与SEQ ID NO:40至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％相同的氨基酸序列。

6.如权利要求5所述的抗原结合位点，其中该VH相对于SEQ ID NO:40包含G44C取代。

7.如权利要求5所述的抗原结合位点，其中该VH包含SEQ ID NO:40的氨基酸序列。

8.如权利要求5或6所述的抗原结合位点，其中该VH包含SEQ ID NO:42的氨基酸序列。

9.如权利要求4-8中任一项所述的抗原结合位点，其中该VL包含与SEQ ID NO:41至少90％、至少91％、至少92％、至少93％、至少94％、至少95％、至少96％、至少97％、至少98％或至少99％相同的氨基酸序列。

10.如权利要求9所述的抗原结合位点，其中该VL相对于SEQ ID NO:41包含G100C取代。

11.如权利要求4-9中任一项所述的抗原结合位点，其中该VL包含SEQ ID NO:41的氨基酸序列。

12.如权利要求4-10中任一项所述的抗原结合位点，其中该VL包含SEQ ID NO:43的氨基酸序列。

13.一种抗原结合位点，其包含含有SEQ ID NO:40的氨基酸序列的VH和含有SEQ IDNO:41的氨基酸序列的VL，或含有SEQ ID NO:42的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:43的氨基酸序列的VL。

14.如权利要求1-13中任一项所述的抗原结合位点，其中该抗原结合位点以单链可变片段(scFv)、Fab片段或单克隆抗体形式存在。

15.如权利要求1-14中任一项所述的抗原结合位点，其中该抗原结合位点以单链可变片段(scFv)形式存在。

16.如权利要求1-5或9中任一项所述的抗原结合位点，其中该抗原结合位点以scFv形式存在，该scFv包含与SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:45的序列至少90％相同的氨基酸序列。

17.如权利要求14-16中任一项所述的抗原结合位点，其中该scFv包含与SEQ ID NO:44或SEQ ID NO:45的序列相同的氨基酸序列。

18.如权利要求14-17中任一项所述的抗原结合位点，其中该scFv包含与SEQ ID NO:44的序列相同的氨基酸序列。

19.一种抗原结合位点，其与如权利要求1-18中任一项所述的抗原结合位点竞争结合BAFF-R。

20.如权利要求1-19中任一项所述的抗原结合位点，其中如通过表面等离子体共振(SPR)测量的，该抗原结合位点以小于或等于5nM的解离常数(K_D)结合人BAFF-R。

21.如权利要求1-20中任一项所述的抗原结合位点，其中该抗原结合位点抑制BAFF-R与BAFF的结合。

22.一种蛋白质，其包含如权利要求1-21中任一项所述的抗原结合位点。

23.如权利要求22所述的蛋白质，其进一步包含抗体重链恒定区。

24.如权利要求23所述的蛋白质，其中该抗体重链恒定区是人IgG重链恒定区。

25.如权利要求24所述的蛋白质，其中该抗体重链恒定区是人IgG1重链恒定区。

26.如权利要求24或25所述的蛋白质，其中该抗体重链恒定区的每条多肽链包含与野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列至少90％相同的氨基酸序列。

27.如权利要求24-26中任一项所述的蛋白质，其中该抗体重链恒定区的至少一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列在选自以下的一个或多个位置处包含一个或多个突变：Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411和K439，该一个或多个突变根据EU编号系统进行编号。

28.如权利要求24-27中任一项所述的蛋白质，其中该抗体重链恒定区的至少一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含选自以下的一个或多个突变：Q347E、Q347R、Y349S、Y349K、Y349T、Y349D、Y349E、Y349C、L351K、L351D、L351Y、S354C、E356K、E357Q、E357L、E357W、K360E、K360W、Q362E、S364K、S364E、S364H、S364D、T366V、T366I、T366L、T366M、T366K、T366W、T366S、L368E、L368A、L368D、K370S、N390D、N390E、K392L、K392M、K392V、K392F、K392D、K392E、T394F、D399R、D399K、D399V、S400K、S400R、D401K、F405A、F405T、Y407A、Y407I、Y407V、K409F、K409W、K409D、T411D、T411E、K439D和K439E，该一个或多个突变根据EU编号系统进行编号。

29.如权利要求24-28中任一项所述的蛋白质，其中该抗体重链恒定区的一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列在选自以下的一个或多个位置处包含一个或多个突变：Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、K360、Q362、S364、T366、L368、K370、K392、T394、D399、S400、D401、F405、Y407、K409、T411和K439；并且该抗体重链恒定区的另一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列在选自以下的一个或多个位置处包含一个或多个突变：Q347、Y349、L351、S354、E356、E357、S364、T366、L368、K370、N390、K392、T394、D399、D401、F405、Y407、K409、T411和K439，该一个或多个突变根据EU编号系统进行编号。

30.如权利要求29所述的蛋白质，其中该抗体重链恒定区的一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含K360E和K409W取代；并且该抗体重链恒定区的另一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含Q347R、D399V和F405T取代，这些取代根据EU编号系统进行编号。

31.如权利要求29或30所述的蛋白质，其中该抗体重链恒定区的一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含Y349C取代；并且该抗体重链恒定区的另一条多肽链相对于野生型人IgG1 Fc区的氨基酸序列包含S354C取代，这些取代根据EU编号系统进行编号。

32.一种抗体-药物缀合物，其包含如权利要求22-31中任一项所述的蛋白质和药物部分。

33.如权利要求32所述的抗体-药物缀合物，其中该药物部分选自由以下组成的组：澳瑞他汀、N-乙酰基-γ刺孢霉素、美登素类、吡咯苯并二氮杂和SN-38。

34.一种免疫细胞因子，其包含如权利要求1-21中任一项所述的抗原结合位点和细胞因子。

35.如权利要求34所述的免疫细胞因子，其中该细胞因子选自由以下组成的组：IL-2、IL-4、IL-10、IL-12、IL-15、TNF、和IFNα。

36.一种双特异性T细胞接合物，其包含如权利要求1-21中任一项所述的抗原结合位点和结合CD3的抗原结合位点。

37.一种嵌合抗原受体(CAR)，其包含：

(a)如权利要求1-21中任一项所述的抗原结合位点；

(b)跨膜结构域；和

(c)细胞内信号传导结构域。

38.如权利要求37所述的CAR，其中该跨膜结构域选自以下的跨膜区：T细胞受体的α、β或ζ链，CD28，CD3ε，CD45，CD4，CD5，CD8，CD9，CD16，CD22，BAFF-R，CD37，CD64，CD80，CD86，CD134，CD137，CD152，和CD154。

39.如权利要求37或38所述的CAR，其中该细胞内信号传导结构域包含初级信号传导结构域，该初级信号传导结构域包含CD3ζ、共同FcRγ(FCER1G)、FcγRIIa、FcRβ(FcεR1b)、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD79a、CD79b、DAP10、和DAP12的功能性信号传导结构域。

40.如权利要求37-39中任一项所述的CAR，其中该细胞内信号传导结构域进一步包含共刺激信号传导结构域，该共刺激信号传导结构域包含共刺激受体的功能性信号传导结构域。

41.如权利要求40所述的CAR，其中该共刺激受体选自由以下组成的组：OX40、CD27、CD28、CD30、CD40、PD-1、CD2、CD7、CD258、NKG2C、B7-H3、与CD83结合的配体、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)、ICOS和4-1BB(CD137)、或其任何组合。

42.一种分离的核酸，其编码如权利要求37-41中任一项所述的CAR。

43.一种表达载体，其包含如权利要求42所述的分离的核酸。

44.一种免疫效应细胞，其包含如权利要求42所述的核酸或如权利要求43所述的表达载体。

45.一种免疫效应细胞，其表达如权利要求37-41中任一项所述的CAR。

46.如权利要求44或45所述的免疫效应细胞，其中该免疫效应细胞是T细胞。

47.如权利要求46所述的免疫效应细胞，其中该T细胞是CD8⁺T细胞、CD4⁺T细胞、γδT细胞或NKT细胞。

48.如权利要求44或45所述的免疫效应细胞，其中该免疫效应细胞是NK细胞。

49.一种药物组合物，其包含如权利要求22-31中任一项所述的蛋白质、如权利要求32或33所述的抗体-药物缀合物、如权利要求34或35所述的免疫细胞因子、如权利要求36所述的双特异性T细胞接合物、或如权利要求44-48中任一项所述的免疫效应细胞；以及药学上可接受的载剂。

50.一种治疗癌症的方法，该方法包括向有需要的受试者施用有效量的如权利要求22-31中任一项所述的蛋白质、如权利要求32或33所述的抗体-药物缀合物、如权利要求34或35所述的免疫细胞因子、如权利要求36所述的双特异性T细胞接合物、如权利要求44-48中任一项所述的免疫效应细胞、或如权利要求49所述的药物组合物。

51.如权利要求50所述的方法，其中该癌症是B细胞非霍奇金淋巴瘤(B-NHL)、慢性淋巴细胞白血病(CLL)、套细胞淋巴瘤(MCL)、滤泡性淋巴瘤(FL)、弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)、边缘区淋巴瘤、粘膜相关淋巴组织(MALT)淋巴瘤、原发纵隔B细胞淋巴瘤和急性淋巴细胞白血病(ALL)。

52.如权利要求50或51所述的方法，其中该癌症表达BAFF-R。

53.一种治疗自身免疫炎性疾病的方法，该方法包括向有需要的受试者施用有效量的如权利要求22-31中任一项所述的蛋白质、如权利要求32或33所述的抗体-药物缀合物、如权利要求34或35所述的免疫细胞因子、如权利要求36所述的双特异性T细胞接合物、如权利要求44-48中任一项所述的免疫效应细胞、或如权利要求49所述的药物组合物。

54.如权利要求1-21中任一项所述的抗原结合位点、如权利要求22-31中任一项所述的蛋白质、如权利要求32或33所述的抗体-药物缀合物、如权利要求34或35所述的免疫细胞因子、或如权利要求36所述的双特异性T细胞接合物，其中该抗原结合位点、蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子或双特异性T细胞接合物是纯化的抗原结合位点、蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子或双特异性T细胞接合物。

55.如权利要求54所述的抗原结合位点、蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子或双特异性T细胞接合物，其中通过选自由以下组成的组的方法纯化该抗原结合位点、蛋白质、抗体-药物缀合物、免疫细胞因子或双特异性T细胞接合物：离心、深度过滤、细胞裂解、均化、冻融、亲和纯化、凝胶过滤、离子交换色谱、疏水相互作用交换色谱和混合模式色谱。