CN117940565A - 用Wnt家族成员5B(WNT5B)抑制剂治疗骨矿物质密度降低 - Google Patents
用Wnt家族成员5B(WNT5B)抑制剂治疗骨矿物质密度降低 Download PDFInfo
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Abstract
本公开提供了治疗患有骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中的受试者的方法,鉴定发展为骨矿物质密度降低的风险增加的受试者的方法,检测Wnt家族成员5B(WNT5B)变体核酸分子和变体多肽的方法,以及WNT5B变体核酸分子和变体多肽。
Description
序列表的引用
本申请包括作为文本文件以电子方式递交的序列表,该文本文件命名为18923807302SEQ,创建于2022年6月30日,大小为781千字节。所述序列表以引用的方式并入本文。
技术领域
本公开总体上涉及用Wnt家族成员5B(WNT5B)抑制剂治疗患有骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中的受试者,鉴定发展为骨矿物质密度降低的风险增加的受试者的方法,检测WNT5B变体核酸分子和变体多肽的方法,以及WNT5B变体核酸分子和WNT5B变体多肽。
背景技术
骨的退行性疾患可使个体易患骨折、骨痛和其他并发症。骨的两种显著退行性疾患为骨质减少和骨质疏松症。骨矿物质密度降低(骨质减少)是骨的一种疾患,其是骨质疏松症的前兆并且特征在于由于骨损失的速率大于新骨生长的速率而导致的骨量减少。骨质减少表现在骨中矿物质密度低于正常峰值骨矿物质密度,但不如骨质疏松症中发现的低。骨质减少可由肌肉活动减少引起,这可能因骨折、卧床休息、骨折固定、关节重建、关节炎等而发生。骨质疏松症是一种进行性疾病,其特征在于由于骨脱矿质导致的渐进的骨弱化。骨质疏松症表现在骨薄且脆,使得它们更容易断裂。与妇女更年期相关的激素缺乏和由于两性老化导致的激素缺乏导致骨的退行性病症。此外,对骨生长和维持所必需的矿物质的饮食摄取不足是骨损失的重要原因。
通过再现肌肉使用对骨骼的一些作用,可以减缓、停止、甚至逆转骨质减少的影响。这通常涉及机械应力对骨的影响的一些应用或模拟。用于治疗骨质减少或骨质疏松症的化合物包括诱导骨生长或延缓骨脱矿质的药物制品,或补充饮食以增补损失的骨矿物质的矿物质复合物。女性的低雌激素水平和男性的低雄激素水平是导致各性别骨质疏松症的主要激素缺乏症。其他激素诸如甲状腺激素、孕酮和睾酮有助于骨健康。因此,上述激素化合物已被合成开发,或从非哺乳动物来源中提取,并复合到用于治疗骨质疏松症的疗法中。含有碘、锌、锰、硼、锶、维生素D3、钙、镁、维生素K、磷和铜的矿物质补充制品也用于补充此类矿物质的饮食摄取不足。然而,长期激素疗法具有不期望的副作用,诸如增加的癌症风险。此外,使用许多合成或非哺乳动物激素的疗法具有另外的不期望的副作用,诸如心血管病症的风险增加、神经病症或先前存在的疾患的恶化。
WNT5是分泌型信号传导蛋白家族的成员,其涉及肿瘤发生和几种发育过程,包括胚胎发生期间细胞命运和模式的调控。WNT5充当七种跨膜受体的卷曲家族成员的配体。WNT5可起到发育蛋白的功能,并且可能是影响组织离散区域发育的信号传导分子。
发明内容
本公开提供了治疗患有骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了治疗患有骨质减少或处于发展为骨质减少的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了治疗患有I型骨质疏松症或处于发展为I型骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了治疗患有II型骨质疏松症或处于发展为II型骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了治疗患有继发性骨质疏松症或处于发展为继发性骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂治疗受试者的方法,其中所述受试者的骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中,所述方法包括以下步骤:通过以下方式确定所述受试者是否具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子:从所述受试者获得或已经获得生物样品;以及对所述生物样品进行或已经进行序列分析以确定所述受试者是否具有包含编码所述WNT5B预测功能丧失多肽的所述WNT5B变体核酸分子的基因型;以及i)以标准剂量向作为WNT5B参考型的受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的所述治疗剂,和/或向所述受试者施用WNT5B抑制剂;或ii)以等于或低于标准剂量的量向对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的所述WNT5B变体核酸分子是杂合的受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的所述治疗剂,和/或向所述受试者施用WNT5B抑制剂;其中存在具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的所述WNT5B变体核酸分子的基因型指示所述受试者发展为骨矿物质密度降低的风险降低。
本公开还提供了鉴定发展为骨矿物质密度降低的风险增加的受试者的方法,所述方法包括:确定或已经确定在获自所述受试者的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子;其中当所述受试者是WNT5B参考型时,所述受试者发展为骨矿物质密度降低的风险增加,并且当所述受试者对于编码所述WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合或纯合时,所述受试者发展为骨矿物质密度降低的风险降低。
本公开还提供了检测受试者中编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子或其互补物的方法,所述方法包括测定从所述受试者获得的生物样品以确定所述生物样品中的核酸分子是否是:i)具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;ii)具有包含以下的核苷酸序列的mRNA分子:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或iii)由所述生物样品中mRNA分子产生的cDNA分子,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含至少约15个核苷酸的分离的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B核酸分子或其互补物的一部分的核苷酸序列互补,其中所述部分包含对应于以下的位置:i)根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ IDNO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;或ii)根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物;根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。
本公开还提供了分子复合物,其包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B基因组核酸分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针在对应于以下的位置与所述WNT5B基因组核酸分子杂交:根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物。
本公开还提供了分子复合物,其包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5BmRNA分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针在对应于以下的位置与所述WNT5B mRNA分子杂交:根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物。
本公开还提供了分子复合物,其包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5BcDNA分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针在对应于以下的位置与所述WNT5B cDNA分子杂交:根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的分离的核酸分子或其互补物,其中所述多肽包含:在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短;在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短;在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短;在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。
本公开还提供了分离的基因组核酸分子,其包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了分离的mRNA分子,其包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了cDNA分子,其包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了分离的WNT5B预测功能丧失多肽,所述多肽具有与以下具有至少约90%同一性的氨基酸序列:SEQ ID NO:96,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短;SEQ ID NO:97,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短;SEQ ID NO:98,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短;SEQ ID NO:103,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ IDNO:103的位置266的位置处的移码突变。
本发明还提供了治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,其用于治疗或预防受试者的骨矿物质密度降低(或用于制备治疗或预防骨矿物质密度降低的药物),所述受试者被鉴定为具有:i)编码WNT5B预测功能丧失多肽的基因组核酸分子或其互补物,其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或iii)具有编码人WNT5B多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了WNT5B抑制剂,其用于治疗或预防受试者的骨矿物质密度降低(或用于制备治疗或预防骨矿物质密度降低的药物),所述受试者:a)是WNT5B基因组核酸分子、WNT5B mRNA分子或WNT5B cDNA分子的参考型;或者b)对于以下是杂合的:i)编码WNT5B预测功能丧失多肽的基因组核酸分子或其互补物,其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;ii)编码WNT5B预测功能丧失多肽的mRNA分子或其互补物,其中所述mRNA具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或iii)编码WNT5B预测功能丧失多肽的cDNA分子或其互补物,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
附图说明
并入本说明书且构成其一部分的附图示出了本公开的若干特征。
图1示出了WNT5B中罕见的预测功能丧失(pLoF)和预测有害变体与较高的估计骨矿物质密度(eBMD)的关联。关联估计值是针对替代等位基因频率(AAF)<1%的WNT5B pLoF或预测有害变体的负荷,并且是在英国生物库(UKB)中得出。五种算法中有五种算法预测变体是有害的(参见下面基因型数据中用于表征变体有害性的计算机算法的描述)。基因型计数指示三种基因型类别中每一种基因型类别的个体数量:RR指示在WNT5B中不携带罕见pLoF或预测有害变体的个体;RA指示在单个WNT5B等位基因中携带罕见pLoF或预测有害变体的个体;AA指示在两个WNT5B等位基因中携带罕见pLoF或预测有害变体的个体。AAF指示在该分析中包括的变体的替代等位基因频率。g/cm2,克/平方厘米;SD,标准差;CI,置信区间。
图2示出了WNT5B中的罕见pLoF变体与较高eBMD的关联。关联估计值关于AAF<1%的WNT5B pLoF变体的负荷并且是在UKB中得出的。基因型计数指示三种基因型类别中每一种基因型类别的个体数量:RR指示在WNT5B中不携带罕见pLoF变体的个体;RA指示在单个WNT5B等位基因中携带至少一个罕见pLoF的个体;AA指示在两个WNT5B等位基因中携带任何罕见pLoF变体的个体。AAF,在该分析中包括的变体的替代等位基因频率。g/cm2,克/平方厘米;SD,标准偏差;CI,置信区间。
图3示出WNT5B中的罕见pLoF或预测有害变体与防止骨折相关。该分析检查AAF低于1%的pLoF或预测的有害错义WNT5B变体的负荷,以及AAF低于1%的WNT5B中的pLoF变体的负荷与骨折的关联。这些结果是使用UKB、盖辛格卫生系统(GHS)、宾夕法尼亚大学医学生物库(PMBB)、西奈山生物群落队列(Sinai)和马尔默饮食与癌症研究(MDCS)队列中得出的骨折风险估计值的逆方差加权荟萃分析得出的。基因型计数指示三种基因型类别中每一种基因型类别的个体数量:RR指示在WNT5B中不携带罕见pLoF变体的个体;RA指示在单个WNT5B等位基因中携带至少一个罕见pLoF的个体;AA指示在两个WNT5B等位基因中携带任何罕见pLoF变体的个体。AAF,在该分析中包括的变体的替代等位基因频率。CI,置信区间。
图4示出了通过全外显子组测序(WES)鉴定并包括在基因负荷关联分析中的WNT5BpLoF或预测有害变体。根据人类基因组参考联盟建立的人类基因组序列第38版,基因组坐标栏指示每种变体的染色体、碱基对中的物理基因组位置、参考等位基因和替代等位基因。编码DNA和蛋白质的变化是根据人类基因组变异学会命名法提供的,并涉及三种(ENST00000310594、ENST00000397196、ENST00000537031)或四种(ENST00000310594、ENST00000397196、ENST00000537031、ENST00000542408)WNT5B转录物,这些转录物在Ensembl数据库(Howe等人,Nuc.Acids Res.,2020,49(D1),D884-D891)中有注释。AAF,在该分析中包括的变体的替代等位基因频率;pLoF,预测功能丧失。
图5示出了UKB、GHS、PMBB、Sinai和MDCS队列中骨折结果的定义。如果参与者具有指示在肿瘤性疾病的存在下可能发生骨折的代码,则将他们排除在病例组和对照组之外(ICD10:M907;ICD10-CM:M845)。ICD10指示《疾病和有关健康问题国际统计分类》第10次修订版;ICD10CM指示《疾病和有关健康问题国际统计分类-临床修改》第10次修订版;ICD9CM指示《疾病和有关健康问题国际统计分类-临床修改》第9次修订版。OPCS4指示如英国生物库(UKB)中使用的人口普查和调查办公室(OPCS)干预措施和程序分类第4版;f.20002指示如UKB中使用的自报非癌疾病代码。f.20004指示如UKB中使用的自报医疗程序。NOMESCO和NOMESCO(Op6)指示在MDCS中使用的北欧医学统计委员会程序代码。
图6示出了UKB、GHS、PMBB、Sinai和MDCS队列中骨折结果的病例和对照计数。英国,UKB生物库;GHS,来自盖辛格卫生系统的MyCode社区卫生倡议队列;Sinai,西奈山生物群落队列;PMBB,宾夕法尼亚大学医学生物库;MDCS,马尔默饮食与癌症研究。
具体实施方式
在整个说明书和权利要求书中使用与本公开的多个方面相关的各种术语。除非另外指示,否则此类术语将被赋予其在本领域中的普通含义。其他具体定义的术语应以与本文提供的定义一致的方式解释。
除非另外明确说明,否则决不意图将本文陈述的任何方法或方面解释为要求以特定顺序执行其步骤。因此,在权利要求书或说明书中,当方法权利要求没有确切地说明步骤是限于特定顺序时,在任何方面决非意图推断顺序。这适用于任何可能的非表达解释基础,包括相对于步骤排列或操作流程的逻辑事项、从语法组织或标点中得到的普通含义或者在说明书中描述的方面的编号或类型。
如本文所用,除非上下文另外明确指出,否则单数形式“一个(种)(a/an)”和“所述(the)”包括复数指代物。
如本文所用,术语“约”意指所列举的数值是近似值并且小的变化不会显著影响所公开的实施方案的实践。在使用数值的情况下,除非上下文另外指明,否则术语“约”意指数值可变化±10%且仍在所公开的实施方案的范围内。
如本文所用,根据需要,在特定实施方案中,术语“包含”可替换为“由……组成”或“基本上由……组成”。
如本文所用,关于核酸分子或多肽的术语“分离的”意指核酸分子或多肽处于不同于其天然环境的条件下,诸如远离血液和/或动物组织。在一些实施方案中,分离的核酸分子或多肽基本上不含其他核酸分子或其他多肽,特别是动物来源的其他核酸分子或多肽。在一些实施方案中,核酸分子或多肽可呈高度纯化的形式,即大于95%纯或大于99%纯。当在此上下文中使用时,术语“分离的”不排除存在呈替代物理形式,例如二聚体或可替代地磷酸化或衍生化形式的相同核酸分子或多肽。
如本文所用,术语“核酸”、“核酸分子”、“核酸序列”、“多核苷酸”或“寡核苷酸”可包括任何长度的核苷酸的聚合物形式,可包括DNA和/或RNA,且可以是单链的、双链的或多链的。核酸的一条链还指其互补物。
如本文所用,术语“受试者”包括任何动物,包括哺乳动物。哺乳动物包括但不限于农场动物(诸如例如,马、牛、猪)、伴侣动物(诸如例如,狗、猫)、实验室动物(诸如例如,小鼠、大鼠、兔)和非人灵长类动物(诸如例如,猿和猴)。在一些实施方案中,受试者是人。在一些实施方案中,受试者是在医生护理下的患者。
根据本公开内容,已经鉴定了与人中发展为骨矿物质密度降低的风险降低相关的WNT5B中罕见的、预测功能丧失和/或预测的错义变体的负荷。例如,已经观察到将WNT5B参考基因组核酸分子(参见,SEQ ID NO:1)中位置56,698处的胞嘧啶变为胸腺嘧啶,或将WNT5B参考基因组核酸分子(参见,SEQ ID NO:1)中位置58,170处的胸腺嘧啶变为腺嘌呤,或将WNT5B参考基因组核酸分子(参见,SEQ ID NO:1)中位置65,099处的胞嘧啶变为胸腺嘧啶,或者将WNT5B参考基因组核酸分子(参见,SEQ ID NO:1)中位置65,099处的胞嘧啶变为腺嘌呤,或者使WNT5B参考基因组核酸分子(参见,SEQ ID NO:1)中位置71,313-71,314处的TC二核苷酸缺失的遗传改变,指示具有此类改变的受试者发展为骨密度降低的风险降低。据信,没有WNT5B基因或蛋白的非同义变体与骨矿物质密度降低具有任何已知的关联。总之,本文所述的遗传分析指示,WNT5B基因与发展为骨矿物质密度降低的风险降低相关。因此,可以治疗发展为骨矿物质密度降低(诸如骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症和继发性骨质疏松症)的风险增加的作为WNT5B参考型的受试者,从而预防骨矿物质密度降低、减轻其症状和/或抑制症状的发展。因此,本公开提供了利用受试者中此类变体的鉴定来鉴定此类发展为骨矿物质密度降低(诸如骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症和继发性骨质疏松症)的受试者或进行风险分层,或者将受试者诊断为发展为骨矿物质密度降低(诸如骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症和继发性骨质疏松症)的风险增加,从而可以相应地治疗处于风险中的受试者或患有活动性疾病的受试者的方法。另外,本公开提供了分离的WNT5B变体基因组核酸分子、变体mRNA分子和变体cDNA分子。
出于本公开的目的,任何特定的受试者都可归类为具有以下三种WNT5B基因型之一:i)WNT5B参考型;ii)对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的;或者iii)对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是纯合的。当受试者不具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的拷贝时,该受试者是WNT5B参考型。当受试者具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的单拷贝时,该受试者对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的。如本文所用,WNT5B变体核酸分子是编码部分功能丧失、完全功能丧失、预测部分功能丧失或预测完全功能丧失的WNT5B多肽的任何WNT5B核酸分子(诸如基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)。具有编码具有部分功能丧失(或预测部分功能丧失)的WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的受试者对于WNT5B是亚效等位基因的(hypomorphic)。编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子可以是编码WNT5B Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs的任何核酸分子。当受试者具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的两个拷贝时,该受试者对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是纯合的。
对于基因分型或确定为WNT5B参考型的受试者,此类受试者发展为骨矿物质密度降低,诸如骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症和继发性骨质疏松症的风险增加。对于基因分型或确定为WNT5B参考型或对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的受试者,此类受试者可以用WNT5B抑制剂治疗。
在贯穿本公开描述的任何实施方案中,编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子可以是编码具有部分功能丧失、完全功能丧失、预测部分功能丧失或预测完全功能丧失的WNT5B多肽的任何WNT5B核酸分子(诸如基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)。例如,WNT5B变体核酸分子可以是编码WNT5BCys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs的任何核酸分子。在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子编码WNT5BCys83Stop-LG。在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子编码WNT5B Cys83Stop-Sht。在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子编码WNT5B Cys114Stop。在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子编码WNT5B Arg134Cys-LG。在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子编码WNT5B Arg134Cys-Sht。在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子编码WNT5B Arg134Ser-LG。在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子编码WNT5B Arg134Ser-Sht。在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子编码WNT5B Val266fs。
在本公开通篇描述的任何实施方案中,WNT5B预测功能丧失多肽可以是部分功能丧失、完全功能丧失、预测部分功能丧失或预测完全功能丧失的任何WNT5B多肽。在贯穿本公开描述的任何实施方案中,WNT5B预测功能丧失多肽可以是本文描述的任何WNT5B多肽,包括例如WNT5B Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs。在一些实施方案中,WNTB5预测功能丧失多肽是Cys83Stop-LG。在一些实施方案中,WNTB5预测功能丧失多肽是Cys83Stop-Sht。在一些实施方案中,WNTB5预测功能丧失多肽是Cys114Stop。在一些实施方案中,WNTB5预测功能丧失多肽是Arg134Cys-LG。在一些实施方案中,WNTB5预测功能丧失多肽是Arg134Cys-Sht。在一些实施方案中,WNTB5预测功能丧失多肽是Arg134Ser-LG。在一些实施方案中,WNTB5预测功能丧失多肽是Arg134Ser-Sht。在一些实施方案中,WNTB5预测功能丧失多肽是Val266fs。
在贯穿本公开描述的任何实施方案中,骨矿物质密度降低是骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症和继发性骨质疏松症。在贯穿本公开描述的任何实施方案中,骨矿物质密度降低是骨质减少。在贯穿本公开描述的任何实施方案中,骨矿物质密度降低是I型骨质疏松症。在贯穿本公开描述的任何实施方案中,骨矿物质密度降低是II型骨质疏松症。在贯穿本公开描述的任何实施方案中,骨矿物质密度降低是继发性骨质疏松症。
骨矿物质密度降低的症状包括但不限于骨脆性增加(表现为轻度至中度创伤导致的骨折)、骨密度减小、骨折区域的局部骨痛和虚弱、身高下降或姿势改变(诸如弯腰)、血检中高水平的血清钙或碱性磷酸酶、维生素D缺乏及关节或肌肉疼痛,或其任何组合。
本公开提供了治疗患有骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了治疗患有骨质减少或处于发展为骨质减少的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了治疗患有I型骨质疏松症或处于发展为I型骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了治疗患有II型骨质疏松症或处于发展为II型骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
本公开还提供了治疗患有继发性骨质疏松症或处于发展为继发性骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用WNT5B抑制剂。
在一些实施方案中,WNT5B抑制剂包括抑制性核酸分子。在一些实施方案中,抑制性核酸分子包括反义分子、小干扰RNA(siRNA)分子或短发夹RNA(shRNA)分子。在一些实施方案中,抑制性核酸分子包括反义分子。在一些实施方案中,抑制性核酸分子包括siRNA分子。在一些实施方案中,抑制性核酸分子包括shRNA分子。此类抑制性核酸分子可以设计成靶向WNT5B核酸分子的任何区域,诸如mRNA分子。在一些实施方案中,抑制性核酸分子与WNT5B基因组核酸分子或mRNA分子内的序列杂交并降低受试者细胞中WNT5B多肽的表达。在一些实施方案中,WNT5B抑制剂包括与WNT5B基因组核酸分子或mRNA分子杂交并且降低受试者细胞中的WNT5B多肽的表达的反义分子。在一些实施方案中,WNT5B抑制剂包括与WNT5B基因组核酸分子或mRNA分子杂交并且降低受试者细胞中的WNT5B多肽的表达的siRNA。在一些实施方案中,WNT5B抑制剂包括与WNT5B基因组核酸分子或mRNA分子杂交并且降低受试者细胞中的WNT5B多肽的表达的shRNA。
抑制性核酸分子可包括RNA、DNA、或RNA和DNA两者。抑制性核酸分子还可与异源核酸序列(诸如载体中的异源核酸序列)或异源标记连接或融合。例如,抑制性核酸分子可在包含抑制性核酸分子和异源核酸序列的载体内或作为包含抑制性核酸分子和异源核酸序列的外源供体序列。抑制性核酸分子还可与异源标记连接或融合。标记可以是直接可检测的(例如像荧光团)或间接可检测的(例如像半抗原、酶或荧光团淬灭剂)。此类标记可通过光谱学、光化学、生物化学、免疫化学或化学手段检测。此类标记包括例如放射性标记、颜料、染料、色原、自旋标记和荧光标记。标记也可以是例如化学发光物质;含金属物质;或酶,其中发生依赖于酶的二次信号生成。术语“标记”也可指“标签”或半抗原,其可选择性地与缀合分子结合,使得缀合分子在随后与底物一起添加时用于生成可检测信号。例如,生物素可与辣根过氧化物(HRP)的亲和素或链霉亲和素缀合物一起用作标签以与标签结合,并使用量热底物(例如像四甲基联苯胺(TMB))或荧光底物进行检查以检测HRP的存在。可用作标签来促进纯化的示例性标记包括但不限于myc、HA、FLAG或3XFLAG、6XHis或聚组氨酸、谷胱甘肽-S-转移酶(GST)、麦芽糖结合蛋白、表位标签或免疫球蛋白的Fc部分。许多标记包括例如颗粒、荧光团、半抗原、酶及其量热、荧光和化学发光底物和其他标记。
抑制性核酸分子可包括例如核苷酸或非天然或修饰的核苷酸,诸如核苷酸类似物或核苷酸替代物。此类核苷酸包括含有修饰的碱基、糖或磷酸基团的核苷酸,或者在其结构中掺入有非天然部分的核苷酸。非天然核苷酸的实例包括但不限于双脱氧核苷酸、生物素化的、胺化的、脱氨基的、烷基化的、苄基化的和荧光团标记的核苷酸。
抑制性核酸分子还可包含一种或多种核苷酸类似物或取代。核苷酸类似物是含有对碱基、糖或磷酸部分的修饰的核苷酸。对碱基部分的修饰包括但不限于A、C、G和T/U以及不同的嘌呤或嘧啶碱基(例如像假尿苷、尿嘧啶-5-基、次黄嘌呤-9-基(I)和2-氨基腺嘌呤-9-基)的天然和合成修饰。修饰的碱基包括但不限于5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其他烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其他烷基衍生物、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫代尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-硫代、8-硫代烷基、8-羟基和其它8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤、5-卤代(例如5-溴)、5-三氟甲基和其它5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤、8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。
核苷酸类似物还可包括对糖部分的修饰。对糖部分的修饰包括但不限于核糖和脱氧核糖的天然修饰以及合成修饰。糖修饰包括但不限于在2’位置处的以下修饰:OH;F;O-、S-或N-烷基;O-、S-或N-烯基;O-、S-或N-炔基;或O-烷基-O-烷基,其中烷基、烯基和炔基可以是取代或未取代的C1-10烷基或C2-10烯基和C2-10炔基。示例性的2’糖修饰还包括但不限于-O[(CH2)nO]mCH3、-O(CH2)nOCH3、-O(CH2)nNH2、-O(CH2)nCH3、-O(CH2)n-ONH2和-O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2,其中n和m独立地为1至约10。2’位置处的其他修饰包括但不限于C1-10烷基、取代的低级烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、CN、CF3、OCF3、SOCH3、SO2CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、聚烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA切割基团、报告基团、嵌入剂、用于改善寡核苷酸的药代动力学特性的基团或用于改善寡核苷酸的药效动力学特性的基团,以及具有类似特性的其他取代基。还可在糖上的其他位置上做出类似的修饰,具体地在3'末端核苷酸上或在2'-5'连接的寡核苷酸中的糖的3'位置和5'末端核苷酸的5'位置。修饰的糖还可包括在桥环氧处含有修饰(诸如CH2和S)的那些糖。核苷酸糖类似物还可具有替代呋喃戊糖的糖模拟物诸如环丁基部分。
核苷酸类似物还可在磷酸酯部分处进行修饰。修饰的磷酸酯部分包括但不限于可被修饰以使得两个核苷酸之间的键联含有以下的修饰的磷酸酯部分:硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基磷酸三酯、甲基和其他烷基膦酸酯(包括3'-亚烷基膦酸酯和手性膦酸酯)、次膦酸酯、氨基磷酸酯(包括3'-氨基氨基磷酸酯和氨基烷基氨基磷酸酯)、硫羰氨基磷酸酯、硫羰烷基膦酸酯、硫羰烷基磷酸三酯和硼烷磷酸酯。两个核苷酸之间的这些磷酸酯或修饰的磷酸酯键联可通过3'-5'键联或2'-5'键联,并且所述键联可包含反转的极性,诸如3'-5'至5'-3'或2'-5'至5'-2'。还包括各种盐、混合盐以及游离酸形式。核苷酸替代物还包括肽核酸(PNA)。
在一些实施方案中,反义核酸分子是间隔体(gapmer),由此在5'和3'端的前一至七个核苷酸各自具有2'-甲氧基乙基(2'-MOE)修饰。在一些实施方案中,5'和3'端的前五个核苷酸各自具有2'-MOE修饰。在一些实施方案中,5'和3'端的前一至七个核苷酸是RNA核苷酸。在一些实施方案中,5'和3'端的前五个核苷酸是RNA核苷酸。在一些实施方案中,核苷酸之间的每个骨架键联是硫代磷酸酯键联。
在一些实施方案中,siRNA分子具有末端修饰。在一些实施方案中,反义链的5’端被磷酸化。在一些实施方案中,使用不能水解的5’-磷酸酯类似物,诸如5’-(E)-乙烯基膦酸酯。
在一些实施方案中,siRNA分子具有骨架修饰。在一些实施方案中,已证明连接连续核糖核苷的修饰的磷酸二酯基团会增强siRNA的稳定性和体内生物利用率。磷酸二酯键联的非酯类基团(-OH、=O)可被硫、硼或乙酸酯替换,得到硫代磷酸酯、硼酸磷酸酯和膦酰基乙酸酯键联。另外,用磷酸三酯取代磷酸二酯基团可促进siRNA的细胞摄取并通过消除它们的负电荷而保留在血清组分上。在一些实施方案中,siRNA分子具有糖修饰。在一些实施方案中,糖被去质子化(由外切和内切核酸酶催化的反应),由此2’-羟基可充当亲核试剂并攻击磷酸二酯键中相邻的磷。此类替代方案包括2’-O-甲基、2’-O-甲氧基乙基和2’-氟修饰。
在一些实施方案中,siRNA分子具有碱基修饰。在一些实施方案中,碱基可被修饰的碱基,诸如假尿苷、5’-甲基胞苷、N6-甲基腺苷、肌苷和N7-甲基鸟苷取代。
在一些实施方案中,siRNA分子与脂质缀合。脂质可缀合到siRNA的5'或3'末端,以通过允许它们与血清脂蛋白缔合来提高它们的体内生物利用率。代表性的脂质包括但不限于胆固醇和维生素E,以及脂肪酸,诸如棕榈酸酯和生育酚。
在一些实施方案中,代表性siRNA具有下式:
有义:mN*mN*/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/*mN*/32FN/
反义:/52FN/*/i2FN/*mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN/i2FN/mN*N*N
其中:“N”是碱基;“2F”是2’-F修饰;“m”是2’-O-甲基修饰,“i”是内部碱基;“*”是硫代磷酸酯骨架键联。
本公开还提供了包含抑制性核酸分子中的任一种或多种的载体。在一些实施方案中,载体包含抑制性核酸分子中的任一种或多种和异源核酸。载体可以是能够转运核酸分子的病毒或非病毒载体。在一些实施方案中,载体是质粒或粘粒(例如像可将额外的DNA区段连接到其中的环状双链DNA)。在一些实施方案中,载体是病毒载体,其中额外的DNA区段可连接到病毒基因组中。表达载体包括但不限于质粒、粘粒、逆转录病毒、腺病毒、腺相关病毒(AAV)、植物病毒(诸如花椰菜花叶病毒和烟草花叶病毒)、酵母人工染色体(YAC)、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)来源的附加体以及本领域已知的其他表达载体。
本公开还提供了包含抑制性核酸分子中的任一种或多种的组合物。在一些实施方案中,组合物是药物组合物。在一些实施方案中,组合物包含载剂和/或赋形剂。载剂的实例包括但不限于聚(乳酸)(PLA)微球、聚(D,L-乳酸-共乙醇酸)(PLGA)微球、脂质体、胶束、反胶束、脂质螺旋物和脂质微管。载剂可包括缓冲盐溶液,诸如PBS、HBSS等。
在一些实施方案中,WNT5B抑制剂包括在一个或多个识别序列处诱导一个或多个切口或双链断裂的核酸酶试剂或者结合至WNT5B基因组核酸分子内的识别序列的DNA结合蛋白。识别序列可以位于WNT5B基因的编码区内,或影响基因表达的调控区内。DNA结合蛋白或核酸酶剂的识别序列可位于内含子、外显子、启动子、增强子、调控区或任何非蛋白质编码区中。识别序列可以包含或接近WNT5B基因的起始密码子。例如,识别序列可位于距起始密码子约10、约20、约30、约40、约50、约100、约200、约300、约400、约500或约1,000个核苷酸处。作为另一实例,可使用两种或更多种核酸酶剂,每种核酸酶剂均靶向包括或接近起始密码子的核酸酶识别序列。作为另一实例,可使用两种核酸酶剂,一种靶向包括或接近起始密码子的核酸酶识别序列,且一种靶向包括或接近终止密码子的核酸酶识别序列,其中核酸酶剂的切割可导致两个核酸酶识别序列之间的编码区的缺失。将切口或双链断裂诱导到所需识别序列中的任何核酸酶剂均可用于本文公开的方法和组合物中。结合所需识别序列的任何DNA结合蛋白均可用于本文公开的方法和组合物中。
用于本文的合适的核酸酶剂和DNA结合蛋白包括但不限于锌指蛋白或锌指核酸酶(ZFN)对、转录激活因子样效应物(TALE)蛋白或转录激活因子样效应物核酸酶(TALEN),或成簇规则散布的短回文重复序列(CRISPR)/CRISPR相关(Cas)系统。识别序列的长度可变化,且包括例如对于锌指蛋白或ZFN对为约30-36bp、对于每个ZFN为约15-18bp、对于TALE蛋白或TALEN为约36bp且对于CRISPR/Cas引导RNA为约20bp的识别序列。
在一些实施方案中,CRISPR/Cas系统可用于修饰细胞内的WNT5B基因组核酸分子。本文公开的方法和组合物可以通过利用CRISPR复合物(包含与Cas蛋白复合的引导RNA(gRNA))对WNT5B核酸分子进行定点切割来使用CRISPR-Cas系统分子。
Cas蛋白通常包含至少一个可与gRNA相互作用的RNA识别或结合结构域。Cas蛋白还可包含核酸酶结构域(例如像DNA酶或RNA酶结构域)、DNA结合结构域、解旋酶结构域、蛋白质-蛋白质相互作用结构域、二聚化结构域和其他结构域。合适的Cas蛋白包括例如野生型Cas9蛋白和野生型Cpf1蛋白(例如像FnCpf1)。Cas蛋白可以具有完全切割活性以在WNT5B基因组核酸分子中产生双链断裂,或者它可以是在WNT5B基因组核酸分子中产生单链断裂的切口酶。Cas蛋白的另外的实例包括但不限于Cas1、Cas1B、Cas2、Cas3、Cas4、Cas5、Cas5e(CasD)、Cas6、Cas6e、Cas6f、Cas7、Cas8a1、Cas8a2、Cas8b、Cas8c、Cas9(Csn1或Csx12)、Cas10、Cas10d、CasF、CasG、CasH、Csy1、Csy2、Csy3、Cse1(CasA)、Cse2(CasB)、Cse3(CasE)、Cse4(CasC)、Csc1、Csc2、Csa5、Csn2、Csm2、Csm3、Csm4、Csm5、Csm6、Cmr1、Cmr3、Cmr4、Cmr5、Cmr6、Csb1、Csb2、Csb3、Csx17、Csx14、Csx10、Csx16、CsaX、Csx3、Csx1、Csx15、Csf1、Csf2、Csf3、Csf4和Cu1966,以及它们的同源物或修饰型式。Cas蛋白也可作为融合蛋白可操作地连接至异源多肽。例如,Cas蛋白可与切割结构域、表观遗传修饰结构域、转录激活结构域或转录抑制结构域融合。Cas蛋白可以任何形式提供。例如,Cas蛋白可以蛋白,诸如与gRNA复合的Cas蛋白的形式提供。替代地,Cas蛋白可以编码Cas蛋白的核酸分子,诸如RNA或DNA的形式提供。
在一些实施方案中,WNT5B基因组核酸分子的靶向遗传修饰可以通过使细胞与Cas蛋白和一种或多种gRNA接触来产生,所述一种或多种gRNA与WNT5B基因组核酸分子中的靶基因组基因座内的一种或多种gRNA识别序列杂交。例如,gRNA识别序列可以位于SEQ IDNO:1的区域内。gRNA识别序列还可以包括或接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、位置58,170、位置65,099、位置65,099或位置71,313-71,314。例如,gRNA识别序列可以位于距对应于以下位置的位置的约1000、约500、约400、约300、约200、约100、约50、约45、约40、约35、约30、约25、约20、约15、约10或约5个核苷酸处:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、位置58,170、位置65,099、位置65,099或位置71,313-71,314。gRNA识别序列可以包括或接近WNT5B基因组核酸分子的起始密码子或WNT5B基因组核酸分子的终止密码子。例如,gRNA识别序列可位于距起始密码子或终止密码子约10、约20、约30、约40、约50、约100、约200、约300、约400、约500或约1,000个核苷酸处。
WNT5B基因组核酸分子中的靶基因组基因座内的gRNA识别序列位于原间隔序列邻近基序(PAM)序列附近,所述序列是紧接着Cas9核酸酶靶向的DNA序列之后的2-6个碱基对的DNA序列。典型的PAM是序列5'-NGG-3',其中“N”是后接两个鸟嘌呤(“G”)核碱基的任何核碱基。gRNA可将Cas9转运至基因组中的任何位置用于基因编辑,但在除了Cas9识别PAM的位点之外的任何位点都不会发生编辑。另外,5'-NGA-3'可作为人体细胞的高效非典型PAM。一般地,PAM在gRNA靶向的DNA序列下游约2至约6个核苷酸处。PAM可侧接gRNA识别序列。在一些实施方案中,gRNA识别序列可在3’端被PAM侧接。在一些实施方案中,gRNA识别序列可在5’端被PAM侧接。例如,Cas蛋白的切割位点可在PAM序列上游或下游约1个至约10个碱基对、约2个至约5个碱基对,或3个碱基对处。在一些实施方案中(例如当使用来自酿脓链球菌(S.pyogenes)的Cas9或密切相关的Cas9时),非互补链的PAM序列可为5'-NGG-3',其中N是任何DNA核苷酸并且紧邻靶DNA的非互补链的gRNA识别序列的3'。因而,互补链的PAM序列将是5'-CCN-3',其中N是任何DNA核苷酸并紧邻靶DNA的互补链的gRNA识别序列的5'。
gRNA是与Cas蛋白结合并将Cas蛋白靶向WNT5B基因组核酸分子内的特定位置的RNA分子。示例性gRNA是有效指导Cas酶结合或裂解WNT5B基因组核酸分子的gRNA,其中gRNA包含与WNT5B基因组核酸分子内的gRNA识别序列杂交的DNA靶向区段,所述gRNA识别序列包括或接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、位置58,170、位置65,099、位置65,099或位置71,313-71,314。例如,可以选择gRNA以使其与位于距对应于以下位置的位置约5、约10、约15、约20、约25、约30、约35、约40、约45、约50、约100、约200、约300、约400、约500或约1,000个核苷酸处的gRNA识别序列杂交:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、位置58,170、位置65,099、位置65,099或位置71,313-71,314。其他示例性gRNA包含与WNT5B基因组核酸分子内存在的gRNA识别序列杂交的DNA靶向区段,所述gRNA识别序列包括或接近起始密码子或终止密码子。例如,可以选择gRNA以使其与位于起始密码子的约5、约10、约15、约20、约25、约30、约35、约40、约45、约50、约100、约200、约300、约400、约500或约1,000个核苷酸处或位于终止密码子的约5、约10、约15、约20、约25、约30、约35、约40、约45、约50、约100、约200、约300、约400、约500或约1,000个核苷酸处的gRNA识别序列杂交。合适的gRNA可包含约17至约25个核苷酸、约17至约23个核苷酸、约18至约22个核苷酸或约19至约21个核苷酸。在一些实施方案中,gRNA可包含20个核苷酸。
位于WNT5B参考基因内的合适的gRNA识别序列的实例在表1中作为SEQ ID NO:104-123列出。
表1:WNT5B变异附近的引导RNA识别序列
链 | gRNA识别序列 | SEQ ID NO: |
+ | AAGAAGTGCACGGAGATCGTG | 104 |
+ | AAGCTTGAGCTGCTGCTGTCA | 105 |
+ | AAGGAATGCCAGCACCAGTTC | 106 |
+ | AAGTTCCACTGGTGCTGCTTC | 107 |
+ | AAGTGCACGGAGATCGTGGAC | 108 |
+ | AAGCTGTGCCAATTGTACCAG | 109 |
+ | AAGACTGGCATCAAGGAATGC | 110 |
+ | AAGAGACGCTGGAGATCTCTG | 111 |
+ | AAGGAGAAGTACGACAGCGCG | 112 |
+ | AAGTCTAGAGTCTTTGTTGGT | 113 |
+ | GTGCAGAGACCCGAGATGTTT | 114 |
+ | GAAGCTGTGCCAATTGTACCA | 115 |
+ | GTGCTGCTTCGTCAGGTGTAA | 116 |
+ | GCTGCGTGGACGTTATACTGT | 117 |
+ | ACCCTACTCTGGAAACTGT | 118 |
+ | AGAGGAAGCTGTGCCAATT | 119 |
+ | GGAGGAGATGATCTTGTCT | 120 |
+ | GCTTCAACCTCGATGTCTT | 121 |
+ | GCGAGAATTCTTCATCCTC | 122 |
+ | GAGAGAAGAACTTTGCCAA | 123 |
Cas蛋白和gRNA形成复合物,并且Cas蛋白切割靶WNT5B基因组核酸分子。Cas蛋白可以在靶WNT5B基因组核酸分子中存在的将与gRNA的DNA靶向区段结合的核酸序列之内或之外的位点切割核酸分子。例如,CRISPR复合物(包含与gRNA识别序列杂交并与Cas蛋白复合的gRNA)的形成可以引起一条或两条链在WNT5B基因组核酸分子中存在的将与gRNA的DNA靶向区段结合的核酸序列中或附近(诸如,例如相距1个、2个、3个、4个、5个、6个、7个、8个、9个、10个、20个、50个或更多个碱基对以内)被切割。
此类方法可产生例如其中SEQ ID NO:1的区域被破坏、起始密码子被破坏、终止密码子被破坏或编码序列被破坏或缺失的WNT5B基因组核酸分子。任选地,细胞还可以与一种或多种与WNT5B基因组核酸分子中的靶基因组基因座内的另外gRNA识别序列杂交的另外gRNA接触。通过使所述细胞与一种或多种另外的gRNA(例如像与第二gRNA识别序列杂交的第二gRNA)接触,由Cas蛋白切割可产生两个或更多个双链断裂或者两个或更多个单链断裂。
在一些实施方案中,WNT5B抑制剂包括小分子。在一些实施方案中,WNT5B抑制剂是KY02111。
在一些实施方案中,这些治疗方法还包括检测获自受试者的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子。如本公开通篇所用,“WNT5B变体核酸分子”是编码部分功能丧失、完全功能丧失、预测部分功能丧失或预测完全功能丧失的WNT5B多肽的任何WNT5B核酸分子(诸如基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)。
本公开还提供了用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂治疗受试者的方法。在一些实施方案中,受试者患有骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中。在一些实施方案中,受试者患有骨矿物质密度降低。在一些实施方案中,受试者处于发展为骨矿物质密度降低的风险中。在一些实施方案中,所述方法包括通过以下方式确定受试者是否具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子:从受试者获得或已经从受试者获得生物样品,以及对生物样品进行或已经对生物样品进行序列分析,以确定受试者是否具有包含WNT5B变体核酸分子的基因型。当受试者是WNT5B参考型时,以标准剂量向受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,和/或向受试者施用WNT5B抑制剂。当受试者对于WNT5B变体核酸分子是杂合时,以等于或小于标准剂量的量向受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,和/或向受试者施用WNT5B抑制剂。存在具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的基因型指示所述受试者发展为骨矿物质密度降低的风险降低。在一些实施方案中,受试者是WNT5B参考型。在一些实施方案中,受试者对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的。
如本文所述,对于基因分型或确定为WNT5B参考型或对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的受试者,此类受试者可以用WNT5B抑制剂治疗。
检测来自受试者的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子以及/或者确定受试者是否具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子可以通过本文所述的任何方法来进行。在一些实施方案中,这些方法可在体外进行。在一些实施方案中,这些方法可原位进行。在一些实施方案中,这些方法可在体内进行。在任何这些实施方案中,编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子可以存在于从受试者获得的细胞中。
在一些实施方案中,当受试者是WNT5B参考型时,以标准剂量向受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂。在一些实施方案中,当受试者对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的时,以等于或小于标准剂量的剂量向受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂。
在一些实施方案中,治疗方法还包括检测来自受试者的生物样品中WNT5B预测功能丧失多肽的存在或不存在。在一些实施方案中,当受试者不具有WNT5B预测功能丧失多肽时,以标准剂量向受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂。在一些实施方案中,当受试者具有WNT5B预测功能丧失多肽时,以等于或小于标准剂量的剂量向受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂。
本公开还提供了用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂治疗受试者的方法。在一些实施方案中,受试者患有骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中。在一些实施方案中,受试者患有骨矿物质密度降低。在一些实施方案中,受试者处于发展为骨矿物质密度降低的风险中。在一些实施方案中,上述方法包括通过以下方式确定受试者是否具有WNT5B预测功能丧失多肽:从受试者获得或已经从受试者获得生物样品,以及对生物样品进行或已经对生物样品进行测定,以确定受试者是否具有WNT5B预测功能丧失多肽。当受试者没有WNT5B预测功能丧失多肽时,以标准剂量向受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,和/或向受试者施用WNT5B抑制剂。当受试者具有WNT5B预测功能丧失多肽时,以等于或小于标准剂量的量向受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,和/或向受试者施用WNT5B抑制剂。存在WNT5B预测功能丧失多肽指示该受试者发展为骨矿物质密度降低的风险降低。在一些实施方案中,受试者具有WNT5B预测功能丧失多肽。在一些实施方案中,受试者不具有WNT5B预测功能丧失多肽。
检测来自受试者的生物样品中是否存在WNT5B预测功能丧失多肽以及/或者确定受试者是否具有WNT5B预测功能丧失多肽可以通过本文所述的任何方法来进行。在一些实施方案中,这些方法可在体外进行。在一些实施方案中,这些方法可原位进行。在一些实施方案中,这些方法可在体内进行。在任何这些实施方案中,WNT5B预测功能丧失多肽可以存在于从受试者获得的细胞中。
治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂的实例包括但不限于:钙和维生素D补充剂(维生素D2、维生素D3和胆钙化醇)、双膦酸盐药物,诸如(阿仑膦酸盐)、(伊班膦酸盐)、(唑来膦酸盐)、(利塞膦酸盐)、和(降钙素)、(特立帕肽)、(地舒单抗)、使用雌激素和孕酮的激素替代疗法以及(雷洛昔芬)。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是维生素D2、维生素D3、胆钙化醇、阿仑膦酸盐、伊班膦酸盐、唑来膦酸盐、利塞膦酸盐、降钙素、特立帕肽、地舒单抗或雷洛昔芬。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是维生素D2。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是维生素D3。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是胆钙化醇。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是阿仑膦酸盐。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是伊班膦酸盐。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是唑来膦酸盐。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是利塞膦酸盐。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是降钙素。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是特立帕肽。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是地舒单抗。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂是雷洛昔芬。
在一些实施方案中,对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的受试者,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂的剂量与作为WNT5B参考型的受试者(接受标准剂量)相比可减少约10%、约20%、约30%、约40%、约50%、约60%、约70%、约80%或约90%(即,小于标准剂量)。在一些实施方案中,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂的剂量可减少约10%、约20%、约30%、约40%或约50%。此外,与作为WNT5B参考型的受试者相比,在对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的受试者中治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂的剂量可以更低频率施用。
治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂和/或WNT5B抑制剂的施用可以重复,例如,一天、两天、三天、五天、一周、两周、三周、一个月、五周、六周、七周、八周、两个月或三个月之后。重复施用可按相同的剂量或按不同的剂量。施用可重复一次、两次、三次、四次、五次、六次、七次、八次、九次、十次或更多次。例如,根据某些剂量方案,受试者可接受较长时间段的治疗,例如像6个月、1年或更长时间。此外,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂和/或WNT5B抑制剂可以依次或同时施用。此外,治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂和/或WNT5B抑制剂可以在单独的组合物中施用,或者可以在同一组合物中一起施用。
治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂和/或WNT5B抑制剂的施用可以通过任何合适的途径进行,包括但不限于肠胃外、静脉内、口服、皮下、动脉内、颅内、鞘内、腹膜内、局部、鼻内或肌内。用于施用的药物组合物理想地是无菌且基本上等渗的,并且在GMP条件下制造。药物组合物可以单位剂型(即单次施用的剂量)提供。药物组合物可使用一种或多种生理上和药学上可接受的载剂、稀释剂、赋形剂或助剂来配制。制剂取决于所选的施用途径。术语“药学上可接受的”意指载剂、稀释剂、赋形剂或助剂与制剂的其他成分相容,且对其接受者基本上无害。
如本文所用,术语“治疗(treat)”、“治疗(treating)”和“治疗(treatment)”以及“预防(prevent)”、“预防(preventing)”和“预防(prevention)”分别是指引发期望的生物反应,诸如治疗效果和预防效果。在一些实施方案中,治疗作用包括以下中的一种或多种:在施用剂或包含该剂的组合物之后,骨矿物质密度降低的减少/降低,骨矿物质密度降低严重程度的减少/降低(诸如,例如发展为骨矿物质密度降低的降低或抑制),症状和骨矿物质密度降低相关影响的减少/降低,延迟症状和骨矿物质密度降低相关影响的发作,降低骨矿物质密度降低相关影响的症状的严重程度,降低急性发作的严重程度,降低症状和骨矿物质密度降低相关影响的数量,降低症状和骨矿物质密度降低相关影响的潜伏期,改善症状和骨矿物质密度降低相关影响,降低继发症状,降低继发感染,预防骨矿物质密度降低复发,减少复发发作的次数或频率,增加症状性发作之间的潜伏期,增加达到持续进展的时间,加速缓解、诱导缓解、增强缓解、加速恢复,或增加替代治疗的功效或减少对替代治疗的抗性,和/或增加受影响宿主动物的存活时间。预防效果可以包括在施用治疗方案之后,完全或部分避免/抑制或延迟了骨矿物质密度降低的发展/进展(诸如,完全或部分避免/抑制或延迟),以及受影响宿主动物的存活时间延长。骨矿物质密度降低的治疗涵盖已经在任何临床阶段或表现被诊断为患有任何形式的骨矿物质密度降低的患者的治疗、骨矿物质密度降低的症状或征象的发作或进化或加重或恶化的延迟、以及/或者骨矿物质密度降低的严重度的预防和/或减轻。
本公开还提供了鉴定发展为骨矿物质密度降低的风险增加的受试者的方法。在一些实施方案中,所述方法包括确定或已经确定在从受试者获得的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子(诸如基因组核酸分子、mRNA分子和/或cDNA分子)。当受试者缺乏编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子(即,受试者在基因型上被归类为WNT5B参考型)时,则该受试者发展为骨矿物质密度降低的风险增加。当受试者具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子(即,受试者对于WNT5B变体核酸分子是杂合的或纯合的)时,则该受试者与作为WNT5B参考型的受试者相比,发展为骨矿物质密度降低的风险降低。
与没有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的拷贝相比,具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的单个拷贝更多地保护受试者免于发展为骨矿物质密度降低。不打算受任何特定理论或作用机制的限制,据信编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的单个拷贝(即,对于WNT5B变体核酸分子是杂合的)保护受试者免于发展为骨矿物质密度降低,并且还据信具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的两个拷贝(即,对于WNT5B变体核酸分子是纯合的)相对于具有单个拷贝的受试者而言,可以更多地保护受试者免于发展为骨矿物质密度降低。因此,在一些实施方案中,编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的单个拷贝可能不是完全保护性的,而是可能部分或不完全保护受试者免于发展为骨矿物质密度降低。虽然不希望受任何特定理论的束缚,但是可以存在涉及骨矿物质密度降低发展的其他因素或分子,这些因素或分子仍然存在于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子的单个拷贝的受试者中,从而导致不能完全保护免于发展为骨矿物质密度降低。
检测来自受试者的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子以及/或者确定受试者是否具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子可以通过本文所述的任何方法来进行。在一些实施方案中,这些方法可在体外进行。在一些实施方案中,这些方法可原位进行。在一些实施方案中,这些方法可在体内进行。在任何这些实施方案中,编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子可以存在于从受试者获得的细胞中。
在一些实施方案中,当鉴定出受试者发展为骨矿物质密度降低的风险增加时,用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂和/或WNT5B抑制剂进一步治疗该受试者,如本文所述。例如,当受试者是WNT5B参考型,并因此发展为骨矿物质密度降低的风险增加时,向受试者施用WNT5B抑制剂。在一些实施方案中,还向此类受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂。在一些实施方案中,当受试者对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的时,以等于或小于标准剂量的剂量向受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,并且还施用WNT5B抑制剂。在一些实施方案中,受试者是WNT5B参考型。在一些实施方案中,受试者对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的。
本公开还提供了检测从受试者获得的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体基因组核酸分子,以及/或者从受试者获得的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体mRNA分子,以及/或者从受试者获得的生物样品中是否存在从mRNA分子产生的编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体cDNA分子的方法。应理解,群体内的基因序列和由此类基因编码的mRNA分子可因多态性诸如单核苷酸多态性而变化。本文提供的WNT5B变体基因组核酸分子、WNT5B变体mRNA分子和WNT5B变体cDNA分子的序列仅为示例性序列。WNT5B变体基因组核酸分子、变体mRNA分子和变体cDNA分子的其他序列也是可能的。
生物样品可来源于来自受试者的任何细胞、组织或生物流体。生物样品可包括任何临床相关组织,诸如骨髓样品、肿瘤活检、细针抽吸物或体液样品,诸如血液、龈沟液、血浆、血清、淋巴、腹水、囊液或尿液。在一些实施方案中,生物样品包括口腔拭子。本文所公开的方法中使用的生物样品可基于测定形式、检测方法的性质以及用作样品的组织、细胞或提取物而变化。生物样品可根据所采用的测定进行不同处理。例如,当检测任何WNT5B变体核酸分子时,可以采用被设计来分离或使生物样品富集WNT5B变体核酸分子的初步处理。多种技术可用于此目的。当检测任何WNT5B变体mRNA分子的水平时,可以采用不同的技术来使生物样品富集mRNA分子。可使用各种方法来检测mRNA分子的存在或水平或特定变体基因组DNA位点的存在。
本公开还提供了检测受试者中编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子或其互补物的方法。该方法包括测定从受试者获得的生物样品,以确定生物样品中的核酸分子是否是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子。
在一些实施方案中,编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子或其互补物是具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子或其互补物是具有包含以下的核苷酸序列的mRNA分子:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子或其互补物是从生物样品中的mRNA分子产生的具有包含以下的核苷酸序列的cDNA分子:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:i)在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶(对于基因组核酸分子而言);ii)在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶;或在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶(对于mRNA分子而言);或iii)在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶;或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶(对于从mRNA分子获得的cDNA分子而言)。
在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:i)在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤(对于基因组核酸分子而言);ii)在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤;或在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤;或iii)在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤(对于从mRNA分子获得的cDNA分子而言)。
在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:i)在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶(对于基因组核酸分子而言);ii)在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶;或在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶;或iii)在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶;或在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶;或在对应于根据SEQ IDNO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶(对于从mRNA分子获得的cDNA分子而言)。
在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:i)在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤(对于基因组核酸分子而言);ii)在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤;或在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤;或iii)在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤;或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤(对于从mRNA分子获得的cDNA分子)。
在一些实施方案中,WNT5B变体核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:i)在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失(对于基因组核酸分子而言);ii)在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失;或iii)在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失(对于从mRNA分子获得的cDNA分子)。
在一些实施方案中,生物样品包含细胞或细胞裂解物。此类方法可以还包括,例如,从受试者获得包含WNT5B基因组核酸分子或mRNA分子的生物样品,如果是mRNA,任选地将mRNA逆转录为cDNA。此类测定可以包括,例如确定特定WNT5B核酸分子的这些位置的身份。在一些实施方案中,所述方法是体外方法。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对生物样品中WNT5B基因组核酸分子、WNT5B mRNA分子或由mRNA分子产生的WNT5B cDNA分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含一个或多个导致功能丧失(部分或完全)或预计会导致功能丧失(部分或完全)的变异。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下核苷酸序列的至少一部分进行测序:i)生物样品中WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物的位置;ii)生物样品中WNT5B mRNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;或根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;和/或iii)由生物样品中的mRNA产生的WNT5B cDNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;或根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物。当生物样品中WNT5B核酸分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶时,则生物样品中的WNT5B核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下核苷酸序列的至少一部分进行测序:i)生物样品中WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物的位置;ii)生物样品中WNT5B mRNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;和/或iii)由生物样品中的mRNA产生的WNT5BcDNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ IDNO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物。当生物样品中WNT5B核酸分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤时,则生物样品中的WNT5B核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下核苷酸序列的至少一部分进行测序:i)生物样品中WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物的位置;ii)生物样品中WNT5B mRNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:36的位置405或其互补物;和/或iii)由生物样品中的mRNA产生的WNT5B cDNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;或根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:79的位置405或其互补物。当生物样品中WNT5B核酸分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶时,则生物样品中的WNT5B核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下核苷酸序列的至少一部分进行测序:i)生物样品中WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物的位置;ii)生物样品中WNT5B mRNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;和/或iii)由生物样品中的mRNA产生的WNT5B cDNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物。当生物样品中WNT5B核酸分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤时,则生物样品中的WNT5B核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对以下核苷酸序列的至少一部分进行测序:i)生物样品中WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物的位置;ii)生物样品中WNT5BmRNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;和/或iii)由生物样品中的mRNA产生的WNT5B cDNA分子的核苷酸序列,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。当生物样品中WNT5B核酸分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ IDNO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失时,则生物样品中的WNT5B核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对生物样品中WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物。当生物样品中WNT5B核酸分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失时,则生物样品中的WNT5B核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体基因组核酸分子。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对生物样品中WNT5BmRNA分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;根据SEQ IDNO:21的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;根据SEQID NO:36的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ IDNO:38的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ IDNO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物。当生物样品中WNT5B mRNA分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ IDNO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失时,则生物样品中的WNT5B核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体mRNA分子。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括对由生物样品中的mRNA产生的WNT5B cDNA分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ IDNO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:79的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQID NO:85的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物;根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。当生物样品中WNT5B cDNA分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失时,则生物样品中的WNT5B核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体cDNA分子。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)使生物样品与引物接触,该引物与:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;或根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;和/或iii)WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物;b)使引物至少延伸通过下述位置:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列中对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;或根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;和/或iii)WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;或根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物;以及c)确定引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)使生物样品与引物接触,该引物与:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;和/或iii)WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;b)使引物至少延伸通过下述位置:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列中对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ IDNO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;和/或iii)WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;以及c)确定引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)使生物样品与引物接触,该引物与:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:36的位置405或其互补物;和/或iii)WNT5BcDNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:79的位置405,其互补物;b)使引物至少延伸通过下述位置:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列中对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;或根据SEQ IDNO:36的位置405,其互补物;和/或iii)WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:79的位置405,其互补物;以及c)确定引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)使生物样品与引物接触,该引物与:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;和/或iii)WNT5BcDNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物;b)使引物至少延伸通过下述位置:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列中对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ IDNO:41的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;和/或iii)WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物;以及c)确定引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤,其互补物。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)使生物样品与引物接触,该引物与:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;和/或iii)WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ IDNO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物;b)使引物至少延伸通过下述位置:i)WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列中对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物的位置;ii)WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;和/或iii)WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物;以及c)确定引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)使生物样品与引物接触,该引物与WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物;b)使引物至少延伸通过WNT5B基因组核酸分子或其互补物的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物;以及c)确定引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)使生物样品与引物接触,该引物与WNT5B mRNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ IDNO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:36的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQ IDNO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQID NO:42的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;b)使引物至少延伸通过WNT5BmRNA分子的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;根据SEQ IDNO:36的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;和c)确定引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)使生物样品与引物接触,该引物与WNT5B cDNA分子或其互补物的核苷酸序列的一部分杂交,该部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ IDNO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;根据SEQ IDNO:79的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQID NO:85的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物;根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物;b)使引物至少延伸通过WNT5BcDNA分子的核苷酸序列中对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;根据SEQ IDNO:79的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803、其互补物;和c)确定引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,对整个核酸分子进行测序。在一些实施方案中,仅分析WNT5B基因组核酸分子。在一些实施方案中,仅分析WNT5B mRNA。在一些实施方案中,仅分析从WNT5B mRNA获得的WNT5B cDNA。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)扩增生物样品中WNT5B核酸分子或其互补物的至少一部分,其中所扩增部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;以及d)检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)扩增生物样品中WNT5B核酸分子或其互补物的至少一部分,其中所扩增部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;以及d)检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)扩增生物样品中WNT5B核酸分子或其互补物的至少一部分,其中所扩增部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;以及d)检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)扩增生物样品中WNT5B核酸分子或其互补物的至少一部分,其中所扩增部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ IDNO:86的位置405的位置处的腺嘌呤,其互补物;b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤,其互补物;以及d)检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)扩增生物样品中WNT5B核酸分子或其互补物的至少一部分,其中所扩增部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;c)使标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;以及d)检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)扩增生物样品中WNT5B基因组核酸分子或其互补物的至少一部分,其中该部分包含:在对应于根据SEQ IDNO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;c)使标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;以及d)检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)扩增生物样品中WNT5B mRNA分子或其互补物的至少一部分,其中该部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;c)使标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;以及d)检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:a)扩增生物样品中WNT5B cDNA分子或其互补物的至少一部分,其中该部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;c)使标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;以及d)检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,核酸分子是mRNA,并且确定步骤还包括在扩增步骤之前将mRNA逆转录成cDNA。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使生物样品中的WNT5B核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列杂交的核苷酸序列,所述WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;以及检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使生物样品中的WNT5B核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列杂交的核苷酸序列,所述WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;以及检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使生物样品中的WNT5B核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列杂交的核苷酸序列,所述WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ IDNO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;以及检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使生物样品中的WNT5B核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列杂交的核苷酸序列,所述WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤,其互补物;以及检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使生物样品中的WNT5B核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列杂交的核苷酸序列,所述WNT5B核酸分子或其互补物的核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;以及检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;以及检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;以及检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使所述生物样品中的mRNA分子产生的WNT5B cDNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;以及检测所述可检测标记。
在一些实施方案中,WNT5B核酸分子存在于从受试者获得的细胞内。
改变特异性聚合酶链反应技术可用于检测核酸序列中的突变,诸如SNP。可使用改变特异性引物是因为当与模板存在错配时,DNA聚合酶将不延伸。
在一些实施方案中,确定步骤、检测步骤或序列分析包括:使生物样品与引物或探针接触,所述引物或探针诸如改变特异性引物或改变特异性探针,其在严格条件下与WNT5B变体基因组序列、变体mRNA序列或变体cDNA序列而不是对应的WNT5B参考序列特异性杂交,以及确定是否发生了杂交。
在一些实施方案中,测定包括RNA测序(RNA-Seq)。在一些实施方案中,测定还包括诸如通过逆转录酶聚合酶链反应(RT-PCR)将mRNA逆转录成cDNA。
在一些实施方案中,所述方法利用足够核苷酸长度的探针和引物以结合到靶核酸序列,并且特异性地检测和/或鉴定包含WNT5B变体基因组核酸分子、变体mRNA分子或变体cDNA分子的多核苷酸。杂交条件或反应条件可由操作人员确定以实现此结果。核苷酸长度可为足以用于所选择的检测方法(包括本文描述或例示的任何测定)的任何长度。此类探针和引物可在高严格杂交条件下与靶核苷酸序列特异性杂交。探针和引物可具有与靶核苷酸序列内连续核苷酸的完全核苷酸序列同一性,但可通过常规方法设计不同于靶核苷酸序列并保留特异性检测和/或鉴定靶核苷酸序列的能力的探针。探针和引物可与靶核酸分子的核苷酸序列具有约80%、约85%、约90%、约91%、约92%、约93%、约94%、约95%、约96%、约97%、约98%、约99%或100%序列同一性或互补性。
在一些实施方案中,为确定生物样品中的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)或其互补物是否包含含有以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶,生物样品可以经受使用引物对的扩增方法,所述引物对包括来源于邻近以下的5’侧翼序列的第一引物:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶;和来源于邻近以下的3’侧翼序列的第二引物:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ IDNO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶,以产生指示在编码以下的位置存在SNP的扩增子:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ IDNO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶。在一些实施方案中,扩增子的长度范围可从引物对加一个核苷酸碱基对的组合长度至可通过DNA扩增方案产生的扩增子的任何长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限,或约两万个核苷酸碱基对。任选地,引物对位于包括如下位置的区域的侧翼,所述位置包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶;以及包含以下的位置的每一侧的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶。
在一些实施方案中,为确定生物样品中的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)或其互补物是否包含含有以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ IDNO:72的位置254的位置处的腺嘌呤,生物样品可以经受使用引物对的扩增方法,所述引物对包括来源于邻近以下的5’侧翼序列的第一引物:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤;和来源于邻近以下的3’侧翼序列的第二引物:在对应于根据SEQ IDNO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤,以产生指示在编码以下的位置存在SNP的扩增子:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤。在一些实施方案中,扩增子的长度范围可从引物对加一个核苷酸碱基对的组合长度至可通过DNA扩增方案产生的扩增子的任何长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限,或约两万个核苷酸碱基对。任选地,引物对位于包括如下位置的区域的侧翼,所述位置包含:在对应于根据SEQID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤;以及包含以下的位置的每一侧的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤。
在一些实施方案中,为确定生物样品中的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)或其互补物是否包含含有以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶,生物样品可以经受使用引物对的扩增方法,所述引物对包括来源于邻近以下的5’侧翼序列的第一引物:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶,和来源于邻近以下的3’侧翼序列的第二引物:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶,以产生指示在编码以下的位置存在SNP的扩增子:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶。在一些实施方案中,扩增子的长度范围可从引物对加一个核苷酸碱基对的组合长度至可通过DNA扩增方案产生的扩增子的任何长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限,或约两万个核苷酸碱基对。任选地,引物对位于包括如下位置的区域的侧翼,所述位置包含:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ IDNO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ IDNO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶;以及包含以下的位置的每一侧的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸:在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、或在对应于根据SEQ IDNO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶。
在一些实施方案中,为确定生物样品中的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)或其互补物是否包含含有以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤,生物样品可以经受使用引物对的扩增方法,所述引物对包括来源于邻近以下的5’侧翼序列的第一引物:在对应于根据SEQ IDNO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤;和来源于邻近以下的3’侧翼序列的第二引物:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤,以产生指示在编码以下的位置存在SNP的扩增子:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ IDNO:86的位置405的位置处的腺嘌呤。在一些实施方案中,扩增子的长度范围可从引物对加一个核苷酸碱基对的组合长度至可通过DNA扩增方案产生的扩增子的任何长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限,或约两万个核苷酸碱基对。任选地,引物对位于包括如下位置的区域的侧翼,所述位置包含:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ IDNO:86的位置405的位置处的腺嘌呤;以及包含以下的位置的每一侧的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸:在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤。
在一些实施方案中,为确定生物样品中的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)或其互补物是否包含含有以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失,生物样品可以经受使用引物对的扩增方法,所述引物对包括来源于邻近以下的5’侧翼序列的第一引物:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ IDNO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失;和来源于邻近以下的3’侧翼序列的第二引物:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失,以产生指示在编码以下的位置存在SNP的扩增子:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ IDNO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ IDNO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。在一些实施方案中,扩增子的长度范围可从引物对加一个核苷酸碱基对的组合长度至可通过DNA扩增方案产生的扩增子的任何长度。此距离的范围可从一个核苷酸碱基对至扩增反应的极限,或约两万个核苷酸碱基对。任选地,所述引物对位于包括如下位置的区域的侧翼,所述位置包含:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ IDNO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失;以及包含以下的位置的每一侧的至少1、2、3、4、5、6、7、8、9、10个或更多个核苷酸:在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ IDNO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于位置的位置处的TC二核苷酸的缺失。
可由mRNA和/或cDNA序列产生类似的扩增子。PCR引物对可例如通过使用意图用于此目的的计算机程序衍生自已知的序列,所述计算机程序诸如Vector NTI版本10的PCR引物分析工具(Informax Inc.,Bethesda Md.);PrimerSelect(DNASTAR Inc.,Madison,Wis.);以及Primer3(版本0.4.0.COPYRGT.,1991,Whitehead Institute for BiomedicalResearch,Cambridge,Mass.)。另外,可视觉扫描序列并使用已知指南手动鉴定引物。
核酸测序技术的说明性实例包括但不限于链终止子(Sanger)测序和染料终止子测序。其他方法涉及除了测序以外的核酸杂交方法,其包括使用针对纯化的DNA、扩增的DNA和固定细胞制品的标记的引物或探针(荧光原位杂交(FISH))。在一些方法中,可在检测之前或在检测的同时对靶核酸分子进行扩增。核酸扩增技术的例示性实例包括但不限于聚合酶链反应(PCR)、连接酶链反应(LCR)、链置换扩增反应(SDA)以及基于核酸序列的扩增反应(NASBA)。其他方法包括但不限于连接酶链反应、链置换扩增反应和嗜热SDA(tSDA)。
在杂交技术中,可采用严格条件,使得探针或引物特异性地与其靶标杂交。在一些实施方案中,在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶序列杂交,其程度可检测地比与其他非靶序列的杂交大诸如至少2倍、至少3倍、至少4倍或更多倍(相对于背景),包括大超过10倍(相对于背景)。在一些实施方案中,在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶核苷酸序列杂交,其程度可检测地比与其他核苷酸序列的杂交大至少2倍。在一些实施方案中,在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶核苷酸序列杂交,其程度可检测地比与其他核苷酸序列的杂交大至少3倍。在一些实施方案中,在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶核苷酸序列杂交,其程度可检测地比与其他核苷酸序列的杂交大至少4倍。在一些实施方案中,在严格条件下的多核苷酸引物或探针将与其靶核苷酸序列杂交,其程度可检测地比与其他核苷酸序列的杂交大超过10倍(相对于背景)。严格条件是序列依赖性的且在不同的环境中将是不同的。
促进DNA杂交的适当严格性条件(例如6X氯化钠/柠檬酸钠(SSC),在约45℃下,接着在50℃下进行2X SSC的洗涤)是已知的且可见于Current Protocols in MolecularBiology,John Wiley&Sons,N.Y.(1989),6.3.1-6.3.6。通常,用于杂交和检测的严格条件将是其中如下所述的那些:在pH 7.0至8.3时的盐浓度低于约1.5M Na+离子、通常约0.01至1.0M Na+离子浓度(或其他盐),并且温度对于短探针(例如像10至50个核苷酸)是至少约30℃,且对于较长探针(例如像大于50个核苷酸)是至少约60℃。还可通过添加去稳定剂诸如甲酰胺来实现严格条件。任选地,洗涤缓冲液可包含约0.1%至约1% SDS。杂交的持续时间通常少于约24小时,通常为约4至约12小时。洗涤时间的持续时间将是至少足以达到平衡的时间长度。
本公开还提供了检测WNT5B预测功能丧失多肽的存在的方法,所述方法包括对从受试者获得的生物样品进行测定,以确定生物样品中的WNT5B多肽是否含有一个或多个引起该多肽具有功能丧失(部分或完全)或预测功能丧失(部分或完全)的变异。WNT5B预测功能丧失多肽可以是本文所述的任何WNT5B预测功能丧失多肽。在一些实施方案中,所述方法检测WNT5B Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs的存在。
在一些实施方案中,所述方法包括对从受试者获得的生物样品进行测定,以确定生物样品中的WNT5B多肽是否包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短,在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短,或在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短。在一些实施方案中,所述方法包括对从受试者获得的生物样品进行测定,以确定生物样品中的WNT5B多肽是否包含在对应于根据SEQ ID NO:99的位置134的位置处的半胱氨酸,或在对应于根据SEQ ID NO:100的位置134的位置处的半胱氨酸。在一些实施方案中,所述方法包括对从受试者获得的生物样品进行测定,以确定生物样品中的WNT5B多肽是否包含在对应于根据SEQ ID NO:101的位置134的位置处的丝氨酸,或在对应于根据SEQ ID NO:102的位置134的位置处的丝氨酸。在一些实施方案中,所述方法包括对从受试者获得的生物样品进行测定,以确定生物样品中的WNT5B多肽是否包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。
在一些实施方案中,检测步骤包括对WNT5B多肽的至少一部分进行测序,该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:96的位置83,根据SEQ ID NO:97的位置83,或根据SEQ ID NO:98、或SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、或SEQ ID NO:95的位置113。在一些实施方案中,检测步骤包括对WNT5B多肽的至少一部分进行测序,该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:99的位置134,或根据SEQ ID NO:100的位置134,或SEQ ID NO:93或SEQ ID NO:95。在一些实施方案中,检测步骤包括对WNT5B多肽的至少一部分进行测序,该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:101的位置134,或根据SEQ ID NO:102、或SEQ ID NO:93、或SEQ ID NO:95的位置134。在一些实施方案中,检测步骤包括对包含对应于根据SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:93的位置266的位置的WNT5B多肽的至少一部分进行测序。
在一些实施方案中,检测步骤包括用于检测WNT5B多肽的存在的免疫测定,所述多肽包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:96的位置83,根据SEQ ID NO:97的位置83,或根据SEQ ID NO:98、或SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:94、或SEQ ID NO:95的位置113。在一些实施方案中,检测步骤包括用于检测WNT5B多肽的存在的免疫测定,所述多肽包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:99的位置134,或根据SEQ ID NO:100、或SEQ ID NO:93、或SEQ ID NO:95的位置134。在一些实施方案中,检测步骤包括用于检测WNT5B多肽的存在的免疫测定,所述多肽包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:101的位置134,或根据SEQ ID NO:102、或SEQ ID NO:93、或SEQ ID NO:95的位置134。在一些实施方案中,检测步骤包括用于检测包含对应于根据SEQ ID NO:103或SEQ ID NO:93的位置266的位置的WNT5B多肽的存在的免疫测定法。
在一些实施方案中,当受试者不具有WNT5B预测功能丧失多肽时,受试者发展为骨矿物质密度降低或骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症和继发性骨质疏松症中的任一种的风险增加。在一些实施方案中,当受试者具有WNT5B预测功能丧失多肽时,受试者发展为骨矿物质密度降低或骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症和继发性骨质疏松症中的任一种的风险降低。
本公开还提供了与WNT5B变体基因组核酸分子、WNT5B变体mRNA分子和/或WNT5B变体cDNA分子(诸如本文公开的任何基因组变体核酸分子、mRNA变体分子和cDNA变体分子)杂交的分离的核酸分子。在一些实施方案中,此类分离的核酸分子在严格条件下与WNT5B变体核酸分子杂交。此类核酸分子可以例如用作探针、引物、改变特异性探针或改变特异性引物,如本文所述或举例说明的。
在一些实施方案中,分离的核酸分子与WNT5B核酸分子的一部分杂交,该部分包括对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ ID NO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ ID NO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ ID NO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ ID NO:63的位置183、或根据SEQ ID NO:64的位置543。
在一些实施方案中,分离的核酸分子与WNT5B核酸分子的一部分杂交,该部分包括对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ ID NO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ ID NO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ ID NO:28的位置792、根据SEQ ID NO:29的位置254、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ ID NO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ ID NO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、或根据SEQ ID NO:72的位置254。
在一些实施方案中,分离的核酸分子与WNT5B核酸分子的一部分杂交,该部分包括对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQ ID NO:32的位置598、根据SEQ ID NO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ ID NO:75的位置598、根据SEQ ID NO:76的位置545、根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ ID NO:78的位置943、或根据SEQ ID NO:79的位置405。
在一些实施方案中,分离的核酸分子与WNT5B核酸分子的一部分杂交,该部分包括对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:5的位置65,099、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQ ID NO:38的位置545、根据SEQ ID NO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQ ID NO:41的位置583、根据SEQ ID NO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ ID NO:81的位置545、根据SEQ ID NO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ ID NO:84的位置583、根据SEQ ID NO:85的位置943、或根据SEQ ID NO:86的位置405。
在一些实施方案中,分离的核酸分子与WNT5B核酸分子的一部分杂交,该部分包括对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314、根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、根据SEQ ID NO:49的位置802-803、根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQ ID NO:92的位置802-803。
在一些实施方案中,此类分离的核酸分子包含至少约5个、至少约8个、至少约10个、至少约11个、至少约12个、至少约13个、至少约14个、至少约15个、至少约16个、至少约17个、至少约18个、至少约19个、至少约20个、至少约21个、至少约22个、至少约23个、至少约24个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约55个、至少约60个、至少约65个、至少约70个、至少约75个、至少约80个、至少约85个、至少约90个、至少约95个、至少约100个、至少约200个、至少约300个、至少约400个、至少约500个、至少约600个、至少约700个、至少约800个、至少约900个、至少约1000个、至少约2000个、至少约3000个、至少约4000个或至少约5000个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,此类分离的核酸分子包含至少约5个、至少约8个、至少约10个、至少约11个、至少约12个、至少约13个、至少约14个、至少约15个、至少约16个、至少约17个、至少约18个、至少约19个、至少约20个、至少约21个、至少约22个、至少约23个、至少约24个或至少约25个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的核酸分子包含至少约18个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的核酸分子包含至少约15个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的核酸分子包含约10个至约35个、约10个至约30个、约10个至约25个、约12个至约30个、约12个至约28个、约12个至约24个、约15个至约30个、约15个至约25个、约18个至约30个、约18个至约25个、约18个至约24个或约18个至约22个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的核酸分子包含约18个至约30个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的核酸分子包含至少约15个核苷酸至至少约35个核苷酸或由其组成。
在一些实施方案中,分离的核酸分子与以下核酸分子的至少约15个连续核苷酸杂交,所述核酸分子与WNT5B变体基因组核酸分子、WNT5B变体mRNA分子和/或WNT5B变体cDNA分子具有至少约70%、至少约75%、至少约80%、至少约85%、至少约90%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%、至少约99%或100%同一性。在一些实施方案中,分离的核酸分子包含约15个至约100个核苷酸或约15个至约35个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的核酸分子包含约15个至约100个核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的核酸分子包含约15个至约35个核苷酸或由其组成。
在一些实施方案中,分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸,其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B核酸分子或其互补物的一部分互补的核苷酸序列。在一些实施方案中,该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;或根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物。
在一些实施方案中,分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸,其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B核酸分子或其互补物的一部分互补的核苷酸序列,其中该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ IDNO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物。在一些实施方案中,该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置489-491或其互补物;根据SEQ IDNO:23的位置392-394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置445-447或其互补物;根据SEQID NO:25的位置287-289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置392-394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置430-432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置790-792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置252-254或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置489-491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置392-394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置445-447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置287-289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置392-394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置430-432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置790-792或其互补物;或根据SEQ ID NO:72的位置252-254或其互补物。
在一些实施方案中,分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸,其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B核酸分子或其互补物的一部分互补的核苷酸序列,其中该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQID NO:35的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:36的位置405或其互补物;根据SEQ IDNO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:79的位置405或其互补物。在一些实施方案中,该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:4的位置65,099-65,101或其互补物;根据SEQ ID NO:30的位置642-644或其互补物;根据SEQID NO:31的位置545-547或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598-600或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545-547或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583-585或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943-945或其互补物;根据SEQ ID NO:36的位置405-407或其互补物;根据SEQ ID NO:73的位置642-644或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545-547或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598-600或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545-547或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583-585或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943-945或其互补物;或根据SEQ ID NO:79的位置405-407或其互补物。
在一些实施方案中,分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸,其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B核酸分子或其互补物的一部分互补的核苷酸序列,其中该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQID NO:42的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;根据SEQ IDNO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943或其互补物;或根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物。在一些实施方案中,该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:5的位置65,099-65,101或其互补物;根据SEQ ID NO:37的位置642-644或其互补物;根据SEQID NO:38的位置545-547或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598-600或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545-547或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583-585或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943-945或其互补物;根据SEQ ID NO:43的位置405-407或其互补物;根据SEQ ID NO:80的位置642-644或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545-547或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598-600或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545-547或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583-585或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943-945或其互补物;或根据SEQ ID NO:86的位置405-407或其互补物。
在一些实施方案中,分离的改变特异性探针或改变特异性引物包含至少约15个核苷酸,其中改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B核酸分子或其互补物的一部分互补的核苷酸序列,其中该部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。
在一些实施方案中,改变特异性探针和改变特异性引物包含DNA。在一些实施方案中,改变特异性探针和改变特异性引物包含RNA。
在一些实施方案中,本文所述的探针和引物(包括改变特异性探针和改变特异性引物)具有与本文公开的任何核酸分子或其互补物特异性杂交的核苷酸序列。在一些实施方案中,所述探针和引物在严格条件下与本文公开的核酸分子中的任一种特异性地杂交。
在一些实施方案中,引物(包括改变特异性引物)可用于第二代测序或高通量测序中。在一些情况下,可修饰引物,包括改变特异性引物。特别地,引物可包含在例如大规模平行签名测序(MPSS)、聚合酶克隆测序(Polony sequencing)和454焦磷酸测序的不同步骤中使用的各种修饰。可在所述过程的几个步骤中使用修饰的引物,包括在克隆步骤中使用生物素化的引物,并且在珠粒装载步骤和检测步骤中使用荧光标记的引物。通常使用双端测序(paired-end)标签文库进行聚合酶克隆测序,其中每个DNA模板分子的长度为约135bp。在珠粒装载步骤和乳液PCR中使用生物素化的引物。在检测步骤中使用荧光标记的简并九聚物寡核苷酸。衔接子可包含用于将DNA文库固定到链霉亲和素包被的珠粒上的5'-生物素标签。
本文描述的探针和引物可用于检测本文公开的WNT5B变体基因组核酸分子、WNT5B变体mRNA分子和/或WNT5B变体cDNA分子中的任一种内的核苷酸变异。本文描述的引物可用于扩增WNT5B变体基因组核酸分子、WNT5B变体mRNA分子或WNT5B变体cDNA分子或其片段。
本公开还提供了包含上述引物中的任一种的引物对。例如,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:1的位置56,698的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考基因组核酸分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体基因组核酸分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:7的位置242的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:8的位置145的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:9的位置198的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:10的位置40的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:11的位置145的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:12的位置183的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:13的位置543的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:50的位置242的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:51的位置145的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQID NO:52的位置198的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:50的位置40的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:54的位置145的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BcDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:55的位置183的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:56的位置543的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:1的位置58,170的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考基因组核酸分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体基因组核酸分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ IDNO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:7的位置491的位置处的尿嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:8的位置394的位置处的尿嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:9的位置394的位置处的尿嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:10的位置289的位置处的尿嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:11的位置394的位置处的尿嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:12的位置432的位置处的尿嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:13的位置792的位置处的尿嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:14的位置254的位置处的尿嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:50的位置145的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:51的位置491的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQID NO:52的位置447的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:50的位置289的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:54的位置394的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BcDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:55的位置432的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:56的位置792的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQID NO:57的位置254的位置处的胸腺嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:1的位置65,099的位置处的胞嘧啶(而不是胸腺嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考基因组核酸分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体基因组核酸分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ IDNO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:7的位置642的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:8的位置545的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:9的位置598的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:11的位置545的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:12的位置583的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:13的位置943的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:14的位置405的位置处的胞嘧啶(而不是尿嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:1的位置65,099的位置处的胞嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考基因组核酸分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体基因组核酸分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:7的位置642的位置处的胞嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:8的位置545的位置处的胞嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ IDNO:38的位置545的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:9的位置598的位置处的胞嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:11的位置545的位置处的胞嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:12的位置583的位置处的胞嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:13的位置943的位置处的胞嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:14的位置405的位置处的胞嘧啶(而不是腺嘌呤)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤(而不是胞嘧啶)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:1的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考基因组核酸分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的AA二核苷酸(而不是TC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体基因组核酸分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:7的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的AA二核苷酸(而不是UC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:8的位置942-943的位置处的UC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的AA二核苷酸(而不是UC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:9的位置995-996的位置处的UC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的AA二核苷酸(而不是UC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:11的位置942-943的位置处的UC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B mRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的AA二核苷酸(而不是UC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:12的位置980-981的位置处的UC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的AA二核苷酸(而不是UC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:14的位置802-803的位置处的UC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考mRNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BmRNA分子中对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的AA二核苷酸(而不是UC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体mRNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQID NO:50的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5BcDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的AA二核苷酸(而不是TC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:51的位置942-943的位置处的TC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的AA二核苷酸(而不是TC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:52的位置995-996的位置处的TC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的AA二核苷酸(而不是TC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:54的位置942-943的位置处的TC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的AA二核苷酸(而不是TC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:55的位置980-981的位置处的TC二核苷酸(而不是AA二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的AA二核苷酸(而不是TC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。此外,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B核酸分子中对应于根据SEQ ID NO:57的位置802-803的位置处的TC二核苷酸(而不是TC二核苷酸的缺失)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B参考cDNA分子的存在。相反,如果引物的3'-端之一与特定WNT5B cDNA分子中对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失(而不是TC二核苷酸)杂交,则所扩增片段的存在将指示WNT5B变体cDNA分子的存在。在一些实施方案中,与在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的AA二核苷酸互补的引物的核苷酸可以在引物的3'端。
在本公开的语境中,“特异性杂交”意指探针或引物(诸如,改变特异性探针或改变特异性引物)不与编码WNT5B参考基因组核酸分子、WNT5B参考mRNA分子和/或WNT5B参考cDNA分子的核酸序列杂交。
在贯穿本公开描述的任何实施方案中,探针(例如,改变特异性探针)可以包含标记。在一些实施方案中,所述标记是荧光标记、放射性标记或生物素。
本公开还提供了包含本文所公开的探针中的任一种或多种所附接的基底的支持物。固体支持物是分子(诸如本文公开的探针中的任一种)可与其结合的固态基底或支持物。固体支持物的一种形式是阵列。固体支持物的另一种形式是阵列检测物。阵列检测物是多种不同的探针以阵列、网格或其他组织化模式与其偶联的固体支持物。固态基底的一种形式是微量滴定皿,诸如标准96孔类型。在一些实施方案中,可采用通常每孔含有一个阵列的多孔玻璃载片。在一些实施方案中,所述支持物是微阵列。
本公开还提供了包含本文所述的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)中的任一种或其互补物以及本文所述的改变特异性引物或改变特异性探针中的任一种,或由其组成的分子复合物。在一些实施方案中,分子复合物中的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)或其互补物是单链的。在一些实施方案中,WNT5B核酸分子是本文所述的基因组核酸分子中的任一种。在一些实施方案中,WNT5B核酸分子是本文所述的mRNA分子中的任一种。在一些实施方案中,WNT5B核酸分子是本文所述的cDNA分子中的任一种。在一些实施方案中,分子复合物包含本文所述的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)中的任一种或其互补物以及本文所述的改变特异性引物中的任一种,或由其组成。在一些实施方案中,分子复合物包含本文所述的WNT5B核酸分子(基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子)中的任一种或其互补物以及本文所述的改变特异性探针中的任一种,或由其组成。
在一些实施方案中,分子复合物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B基因组核酸分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,或由其组成,其中改变特异性引物或改变特异性探针在对应于以下位置的位置与WNT5B基因组核酸分子杂交:根据SEQ IDNO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ IDNO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;或根据SEQ IDNO:6的位置71,313-71,314或其互补物。
在一些实施方案中,分子复合物包含与以下项杂交的改变特异性引物或改变特异性探针或由其组成:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099-65,101的位置处的TGC密码子或在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099-65,101的位置处的AGC密码子。
在一些实施方案中,分子复合物包含含有SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5或SEQ ID NO:6的基因组核酸分子,或由该基因组核酸分子组成。
在一些实施方案中,分子复合物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5BmRNA分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,或由其组成,其中改变特异性引物或改变特异性探针在对应于以下位置的位置与WNT5B mRNA分子杂交:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ IDNO:28的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:36的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943或其互补物;根据SEQID NO:43的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物。
在一些实施方案中,分子复合物包含改变特异性引物或改变特异性探针或由改变特异性引物或改变特异性探针组成,所述改变特异性引物或改变特异性探针与以下杂交:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ IDNO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642-644的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545-547的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598-600的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545-547的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ IDNO:34的位置583-585的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943-945的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405-407的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642-644的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545-547的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598-600的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545-547的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583-585的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943-945的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405-407的位置处的AGC密码子。
在一些实施方案中,分子复合物包含mRNA分子或由mRNA分子组成,所述mRNA分子包含SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:16、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18、SEQ ID NO:19、SEQ IDNO:20、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ IDNO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:30、SEQ ID NO:31、SEQ IDNO:32、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:34、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:36、SEQ ID NO:37、SEQ IDNO:38、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:40、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:43、SEQ IDNO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48、SEQ ID NO:49。
在一些实施方案中,分子复合物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5BcDNA分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,或由其组成,其中改变特异性引物或改变特异性探针在对应于以下的位置与WNT5B cDNA分子杂交:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ IDNO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:79的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943或其互补物;根据SEQ IDNO:86的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。
在一些实施方案中,分子复合物包含改变特异性引物或改变特异性探针或由其组成,所述改变特异性引物或改变特异性探针与以下杂交:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642-644的位置处的TGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545-547的位置处的TGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598-600的位置处的TGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545-547的位置处的TGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583-585的位置处的TGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943-945的位置处的TGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405-407的位置处的TGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642-644的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545-547的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598-600的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545-547的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583-585的位置处的AGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943-945的位置处的UGC密码子、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405-407的位置处的AGC密码子。
在一些实施方案中,分子复合物包含cDNA分子或其组成,所述cDNA分子包含SEQID NO:58、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:60、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:62、SEQ ID NO:63、SEQID NO:64、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:75、SEQID NO:76、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:80、SEQ ID NO:81、SEQID NO:82、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:84、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:86、SEQ ID NO:87、SEQID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92。
在一些实施方案中,分子复合物包含含有标记的改变特异性探针或改变特异性引物。在一些实施方案中,所述标记是荧光标记、放射性标记或生物素。在一些实施方案中,分子复合物还包含非人聚合酶。
本公开还提供了编码WNT5B预测功能丧失多肽的分离的WNT5B变体核酸分子,其或其互补物。在一些实施方案中,WNT5B预测功能丧失多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短或其互补物。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约92%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约94%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:96的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约96%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约98%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,核酸分子编码包含SEQ ID NO:96的WNT5B变体多肽。在一些实施方案中,核酸分子编码由SEQ ID NO:96组成的WNT5B预测功能丧失多肽。
在一些实施方案中,WNT5B预测功能丧失多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短或其互补物。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:97具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:97具有至少约90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:97具有至少约92%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:97具有至少约94%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:97的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:97具有至少约96%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:97具有至少约98%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短。在一些实施方案中,核酸分子编码包含SEQ ID NO:97的WNT5B预测功能丧失多肽。在一些实施方案中,核酸分子编码由SEQ ID NO:97组成的WNT5B预测功能丧失多肽。
在一些实施方案中,WNT5B预测功能丧失多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短或其互补物。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:98具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:98具有至少约90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:98具有至少约92%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:98具有至少约94%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQID NO:98的位置113的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:98具有至少约96%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:98具有至少约98%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短。在一些实施方案中,核酸分子编码包含SEQ ID NO:98的WNT5B预测功能丧失多肽。在一些实施方案中,核酸分子编码由SEQ ID NO:98组成的WNT5B预测功能丧失多肽。
在一些实施方案中,WNT5B预测功能丧失多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变或其互补物。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约92%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约94%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约96%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。在一些实施方案中,分离的核酸分子编码具有以下氨基酸序列的WNT5B预测功能丧失多肽,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约98%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。在一些实施方案中,核酸分子编码包含SEQ ID NO:103的WNT5B预测功能丧失多肽。在一些实施方案中,核酸分子编码由SEQ ID NO:103组成的WNT5B预测功能丧失多肽。
WNT5B参考型基因组核酸分子的核苷酸序列在SEQ ID NO:1中列出(GRCh38/hg38chr12:1574657-1647867ENSG00000111186.1371,711bp;可替代地,chr12:1529891-1647212,长度为117,322bp)。参见SEQ ID NO:1,位置56,698是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:1,位置58,170是胸腺嘧啶。参见SEQ ID NO:1,位置65,099是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:1,位置65,099是胞嘧啶。参考SEQ ID NO:1,位置71,313-71,314是TC二核苷酸。
存在WNT5B变体基因组核酸分子,其中位置56,698处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体基因组核酸分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:2列出。
存在另一种WNT5B变体基因组核酸分子,其中位置58,170处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体基因组核酸分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:3列出。
存在另一种WNT5B变体基因组核酸分子,其中位置65,099处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体基因组核酸分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:4列出。
存在另一种WNT5B变体基因组核酸分子,其中位置65,099处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体基因组核酸分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:5列出。
存在另一种WNT5B变体基因组核酸分子,其中位置71,313-71,314处的TC二核苷酸缺失。该WNT5B变体基因组核酸分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:6列出。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的基因组核酸分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,基因组核酸分子的核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子。
在一些实施方案中,所述核苷酸序列:与SEQ ID NO:3具有至少90%序列同一性并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤,与SEQ ID NO:6具有至少90%序列同一性并且包含在对应于SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失。
在一些实施方案中,基因组核酸分子的核苷酸序列与SEQ ID NO:3具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子。
在一些实施方案中,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:6,或由其组成。
本公开还提供了分离的基因组核酸分子,其包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成。在一些实施方案中,基因组核酸分子的核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了分离的基因组核酸分子,其包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成。在一些实施方案中,基因组核酸分子的核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:3具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:3具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:3具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ IDNO:3具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:3具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:3具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:6具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:6具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:6具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:6具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:6具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:6具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在本文中,如果对序列同一性百分比进行参考,则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:3具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:3具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ IDNO:3具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:3具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:3具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含与SEQ ID NO:3具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子或其互补物。
在本文中,如果对序列同一性百分比进行参考,则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含SEQ ID NO:3。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子由SEQ ID NO:3组成。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含SEQ ID NO:6。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子由SEQ ID NO:6组成。
在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含少于完整的基因组DNA序列。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含本文公开的任何WNT5B基因组核酸分子的至少约15个、至少约20个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约60个、至少约70个、至少约80个、至少约90个、至少约100个、至少约200个、至少约300个、至少约400个、至少约500个、至少约600个、至少约700个、至少约800个、至少约900个、至少约1000个、至少约2000个、至少约3000个、至少约4000个、至少约5000个、至少约6000个、至少约7000个、至少约8000个、至少约9000个或至少约10000个连续核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的基因组核酸分子包含本文公开的任何WNT5B基因组核酸分子的至少约1000至至少约2000个连续核苷酸,或由其组成。在一些实施方案中,这些分离的基因组核酸分子包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤。在一些实施方案中,这些分离的基因组核酸分子包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失。
WNT5B参考型mRNA分子的核苷酸序列在SEQ ID NO:7中列出。参见SEQ ID NO:7,位置242是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:7,位置491是尿嘧啶。参见SEQ ID NO:7,位置642是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:7,位置1,039-1,040是UC二核苷酸。
另一种WNT5B参考型mRNA分子的核苷酸序列在SEQ ID NO:8中列出。参见SEQ IDNO:8,位置145是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:8,位置394是尿嘧啶。参见SEQ ID NO:8,位置545是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:8,位置545是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:8,位置942-943是UC二核苷酸。
另一种WNT5B参考型mRNA分子的核苷酸序列在SEQ ID NO:9中列出。参见SEQ IDNO:9,位置198是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:9,位置394是尿嘧啶。参见SEQ ID NO:9,位置598是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:9,位置598是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:9,位置995-996是UC二核苷酸。
另一种WNT5B参考mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:10列出。参见SEQ ID NO:10,位置40是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:10,位置289是尿嘧啶。
另一种WNT5B参考mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:11列出。参见SEQ ID NO:11,位置145是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:11,位置394是尿嘧啶。参见SEQ ID NO:11,位置545是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:11,位置545是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:11,位置942-943是UC二核苷酸。
另一种WNT5B参考mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:12列出。参见SEQ ID NO:12,位置183是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:12,位置432是尿嘧啶。参见SEQ ID NO:12,位置583是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:12,位置583是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:12,位置980-981是UC二核苷酸。
另一种WNT5B参考mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:13列出。参见SEQ ID NO:13,位置543是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:13,位置792是尿嘧啶。参见SEQ ID NO:13,位置943是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:13,位置943是胞嘧啶。
另一种WNT5B参考mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:14列出。参见SEQ ID NO:14,位置254是尿嘧啶。参见SEQ ID NO:14,位置405是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:14,位置405是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:14,位置802-803是UC二核苷酸。
存在WNT5B变体mRNA分子,其中位置242处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:15列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置145处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:16列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置198处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:17列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置40处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:18列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置145处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:19列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置183处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:20列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置543处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:21列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置491处的尿嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:22列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置394处的尿嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:23列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置394处的尿嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:24列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置289处的尿嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:25列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置394处的尿嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:26列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置432处的尿嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:27列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置792处的尿嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:28列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置254处的尿嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:29列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置642处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:30列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置545处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:31列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置598处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:32列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置545处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:33列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置583处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:34列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置943处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:35列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置405处的胞嘧啶被尿嘧啶取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:36列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置642处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:37列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置545处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ IDNO:38列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置598处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:39列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置545处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:40列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置583处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:41列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置943处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:42列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置405处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:43列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置1,039-1,040处的UC二核苷酸缺失。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:44列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置942-943处的UC二核苷酸缺失。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:45列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置995-996处的UC二核苷酸缺失。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:46列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置942-943处的UC二核苷酸缺失。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:47列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置980-981处的UC二核苷酸缺失。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:48列出。
存在另一种WNT5B变体mRNA分子,其中位置802-803处的UC二核苷酸缺失。该WNT5B变体mRNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:49列出。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子。
在一些实施方案中,mRNA分子的核苷酸序列:与SEQ ID NO:22具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:23具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:24具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:25具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:26具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:27具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:28具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:29具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:44具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:45具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:46具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ IDNO:47具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:48具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:49具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失。
在一些实施方案中,mRNA分子的核苷酸序列:与SEQ ID NO:22具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子;与SEQID NO:23具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:24具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:25具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子;与SEQID NO:26具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:27具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:28具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子;与SEQID NO:29具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子。
在一些实施方案中,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ IDNO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:48或SEQ ID NO:49,或由其组成。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:22具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:23具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:24具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:25具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:26具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:27具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:28具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:29具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:44具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:44具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ IDNO:44具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:44具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:44具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:44具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:45具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:45具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:45具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:45具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:45具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:45具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:46具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:46具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:46具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:46具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:46具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:46具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:47具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:47具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:47具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:47具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:47具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:47具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:48具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:48具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:48具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:48具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:48具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:48具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:49具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:49具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:49具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:49具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:49具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:49具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在本文中,如果对序列同一性百分比进行参考,则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:22具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:22具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:23具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:23具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:24具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:24具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:25具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:25具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:26具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:26具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:27具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:27具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:28具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:28具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:29具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含与SEQ ID NO:29具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子或其互补物。
在本文中,如果对序列同一性百分比进行参考,则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:22。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:22组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:23。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:23组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:24。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:24组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:25。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:25组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:26。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:26组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQID NO:27。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:27组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:28。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:28组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:29。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:29组成。
在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:44。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:44组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:45。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:45组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:46。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:46组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:47。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:47组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQ ID NO:48。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:48组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子包含SEQID NO:49。在一些实施方案中,分离的mRNA分子由SEQ ID NO:49组成。
WNT5B参考cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:50列出。参见SEQ ID NO:50,位置242是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:50,位置491是胸腺嘧啶。参见SEQ ID NO:50,位置642是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:50,位置1,039-1,040是TC二核苷酸。
另一种WNT5B参考cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:51列出。参见SEQ ID NO:51,位置145是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:51,位置394是胸腺嘧啶。参见SEQ ID NO:51,位置545是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:51,位置942-943是TC二核苷酸。
另一种WNT5B参考cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:52列出。参见SEQ ID NO:52,位置198是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:52,位置447是胸腺嘧啶。参见SEQ ID NO:52,位置598是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:52,位置995-996是TC二核苷酸。
另一种WNT5B参考cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:53列出。参见SEQ ID NO:53,位置40是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:53,位置289是胸腺嘧啶。
另一种WNT5B参考cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:54列出。参见SEQ ID NO:54,位置145是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:54,位置394是胸腺嘧啶。参见SEQ ID NO:54,位置545是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:54,位置942-943是TC二核苷酸。
另一种WNT5B参考cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:55列出。参见SEQ ID NO:55,位置183是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:55,位置432是胸腺嘧啶。参见SEQ ID NO:55,位置583是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:55,位置980-981是TC二核苷酸
另一种WNT5B参考cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:56列出。参见SEQ ID NO:56,位置543是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:56,位置792是胸腺嘧啶。参见SEQ ID NO:56,位置943是胞嘧啶。
另一种WNT5B参考cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:57列出。参见SEQ ID NO:57,位置254是胸腺嘧啶。参见SEQ ID NO:57,位置405是胞嘧啶。参见SEQ ID NO:57,位置802-803是TC二核苷酸。
存在WNT5B变体cDNA分子,其中位置242处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:58列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置145处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:59列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置198处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:60列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置40处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:61列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置145处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:62列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置183处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:63列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置543处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:64列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置145处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:65列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置491处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:66列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置447处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:67列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置289处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:68列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置394处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:69列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置432处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:70列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置792处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:71列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置254处的胸腺嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:72列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置642处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:73列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置545处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ IDNO:74列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置598处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:75列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置545处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:76列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置583处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:77列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置943处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:78列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置405处的胞嘧啶被胸腺嘧啶取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:79列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置40处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:80列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置545处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:81列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置598处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:82列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置545处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:83列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置583处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:84列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置943处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:85列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置405处的胞嘧啶被腺嘌呤取代。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:86列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置1,039-1,040处的TC二核苷酸缺失。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:87列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置942-943处的TC二核苷酸缺失。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:88列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置995-996处的TC二核苷酸缺失。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:89列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置942-943处的TC二核苷酸缺失。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:90列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置980-981处的TC二核苷酸缺失。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:91列出。
存在另一种WNT5B变体cDNA分子,其中位置802-803处的TC二核苷酸缺失。该WNT5B变体cDNA分子的核苷酸序列以SEQ ID NO:92列出。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子;在对应于根据SEQ IDNO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子。
在一些实施方案中,cDNA分子的核苷酸序列:与SEQ ID NO:65具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;与SEQ ID NO:66具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;与SEQ ID NO:67具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;与SEQ ID NO:68具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;与SEQ ID NO:69具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;与SEQ ID NO:70具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;与SEQ IDNO:71具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;与SEQ ID NO:72具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;与SEQ ID NO:87具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;与SEQ ID NO:88具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;与SEQ ID NO:89具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;与SEQ ID NO:90具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;与SEQID NO:91具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;与SEQ ID NO:92具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,cDNA分子的核苷酸序列:与SEQ ID NO:65具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子;与SEQID NO:66具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:67具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:68具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子;与SEQID NO:69具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:70具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:71具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子;与SEQID NO:72具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子。
在一些实施方案中,所述核苷酸序列包含SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ IDNO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ IDNO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:92,或由其组成。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含编码WNT5B多肽的核苷酸序列或由其组成,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
本公开还提供了包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列或由所述核苷酸序列组成的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:65具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:66具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:67具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:68具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:69具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:70具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:71具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:72具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:87具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:87具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ IDNO:87具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:87具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:87具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:87具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:88具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:88具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:88具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:88具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:88具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:88具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:89具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:89具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:89具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:89具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:89具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:89具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:90具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:90具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:90具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:90具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:90具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:90具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:91具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:91具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:91具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:91具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:91具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:91具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:92具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:92具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:92具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:92具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:92具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:92具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在本文中,如果对序列同一性百分比进行参考,则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:65具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:65具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:66具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ IDNO:66具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:66具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:67具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:67具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:68具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:68具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:69具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:69具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:70具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ IDNO:70具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:70具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:71具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:71具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子或其互补物。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含以下核苷酸序列或由其组成,所述核苷酸序列与SEQ ID NO:72具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约90%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约92%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约94%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约96%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子或其互补物。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含与SEQ ID NO:72具有至少约98%序列同一性的核苷酸序列或由其组成,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子或其互补物。
在本文中,如果对序列同一性百分比进行参考,则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:65。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:65组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:66。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:66组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:67。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:67组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:68。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:68组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:69。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:69组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQID NO:70。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:70组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:71。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:71组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:72。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:72组成。
在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:87。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:87组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:88。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:88组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:89。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:89组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:90。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:90组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQ ID NO:91。在一些实施方案中,分离的cDNA分子由SEQ ID NO:91组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含SEQID NO:92。
在一些实施方案中,所述分离的mRNA分子或cDNA分子包含少于完整的mRNA或cDNA序列。在一些实施方案中,分离的mRNA分子或cDNA分子包含本文公开的任何WNT5B mRNA分子或cDNA分子的至少约5个、至少约8个、至少约10个、至少约12个、至少约15个、至少约20个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约60个、至少约70个、至少约80个、至少约90个、至少约100个、至少约200个、至少约300个、至少约400个、至少约500个、至少约600个、至少约700个、至少约800个、至少约900个、至少约1000个、至少约1100个、至少约1200个、至少约1300个、至少约1400个、至少约1500个、至少约1600个、至少约1700个、至少约1800个、至少约1900个或至少约2000个连续核苷酸或由其组成。在一些实施方案中,分离的mRNA分子或cDNA分子包含本文公开的任何WNT5BmRNA分子或cDNA分子的至少约400至至少约500个连续核苷酸,或由其组成。在一些实施方案中,分离的cDNA分子包含本文公开的任何WNT5B mRNA分子或cDNA分子的至少约1000至至少约2000个连续核苷酸,或由其组成。在一些实施方案中,这些分离的mRNA分子包含:在一些实施方案中,这些分离的mRNA分子包含:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤;或在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤。在一些实施方案中,这些分离的mRNA分子包含:在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失。在一些实施方案中,这些分离的cDNA分子包含:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ IDNO:66的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ IDNO:71的位置792的位置处的腺嘌呤;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤。在一些实施方案中,这些分离的cDNA分子包含:在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
基因组核酸分子、mRNA分子和cDNA分子可来自任何生物体。例如,基因组核酸分子、mRNA分子和cDNA分子可以是人的或来自另一生物体(诸如非人哺乳动物、啮齿动物、小鼠或大鼠)的直系同源物。应理解,群体内的基因序列可由于多态性(诸如单核苷酸多态性)而变化。本文提供的实例仅为示例性序列。其他序列也是可能的。
本公开还提供了本文公开的分离的基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子中的任一种的片段。在一些实施方案中,所述片段包含本文公开的任何核酸分子或其任何互补物的至少约5个、至少约8个、至少约10个、至少约11个、至少约12个、至少约13个、至少约14个、至少约15个、至少约16个、至少约17个、至少约18个、至少约19个、至少约20个、至少约21个、至少约22个、至少约23个、至少约24个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约55个、至少约60个、至少约65个、至少约70个、至少约75个、至少约80个、至少约85个、至少约90个、至少约95个或至少约100个连续残基或由其组成。在一些实施方案中,所述片段包含本文公开的任何核酸分子或其任何互补物的至少约20个、至少约25个、至少约30个或至少约35个连续残基或由其组成。就这一点而言,较长的片段相对于较短的片段是优选的。此类片段可以用作,例如如本文所述或例示的探针、引物、改变特异性探针或改变特异性引物,并且包括但不限于引物、探针、反义RNA、shRNA和siRNA,其中每一个都在其他各处被更详细地描述。
本文还提供了可与所公开的核酸分子相互作用的功能性多核苷酸。功能性多核苷酸的实例包括但不限于反义分子、适体、核酶、三链体形成分子以及外部指导序列。功能性多核苷酸可充当靶分子所具有的特定活性的影响剂、抑制剂、调节剂和刺激剂,或者功能性多核苷酸可具有独立于任何其他分子的全新活性。
本文公开的分离的核酸分子可包括RNA、DNA或RNA和DNA两者。所述分离的核酸分子还可连接或融合至异源核酸序列(诸如在载体中)或异源标记。例如,本文所公开的分离的核酸分子可在载体中或作为包含分离的核酸分子和异源核酸序列的外源供体序列。分离的核酸分子还可与异源标记连接或融合。标记可以是直接可检测的(例如像荧光团)或间接可检测的(例如像半抗原、酶或荧光团淬灭剂)。此类标记可通过光谱学、光化学、生物化学、免疫化学或化学手段检测。此类标记包括例如放射性标记、颜料、染料、色原、自旋标记和荧光标记。标记也可以是例如化学发光物质;含金属物质;或酶,其中发生依赖于酶的二次信号生成。术语“标记”也可指“标签”或半抗原,其可选择性地与缀合分子结合,使得缀合分子在随后与底物一起添加时用于生成可检测信号。例如,生物素可与辣根过氧化物(HRP)的亲和素或链霉亲和素缀合物一起用作标签以与标签结合,并使用量热底物(例如像四甲基联苯胺(TMB))或荧光底物进行检查以检测HRP的存在。可用作标签来促进纯化的示例性标记包括但不限于myc、HA、FLAG或3XFLAG、6XHis或聚组氨酸、谷胱甘肽-S-转移酶(GST)、麦芽糖结合蛋白、表位标签或免疫球蛋白的Fc部分。许多标记包括例如颗粒、荧光团、半抗原、酶及其量热、荧光和化学发光底物和其他标记。
分离的核酸分子或其互补物也可以存在于宿主细胞中。在一些实施方案中,宿主细胞可以包含载体,所述载体包含本文所述的任何核酸分子或其互补物。在一些实施方案中,核酸分子与在宿主细胞中有活性的启动子可操作地连接。在一些实施方案中,启动子是外源启动子。在一些实施方案中,启动子是诱导型启动子。在一些实施方案中,宿主细胞是细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或哺乳动物细胞。在一些实施方案中,宿主细胞是细菌细胞。在一些实施方案中,宿主细胞是酵母细胞。在一些实施方案中,宿主细胞是昆虫细胞。在一些实施方案中,宿主细胞是哺乳动物细胞。
所公开的核酸分子可包含例如核苷酸或非天然或修饰的核苷酸,例如核苷酸类似物或核苷酸替代物。此类核苷酸包括含有修饰的碱基、糖或磷酸基团的核苷酸,或者在其结构中掺入有非天然部分的核苷酸。非天然核苷酸的实例包括但不限于双脱氧核苷酸、生物素化的、胺化的、脱氨基的、烷基化的、苄基化的和荧光团标记的核苷酸。
本文公开的核酸分子还可包含一种或多种核苷酸类似物或取代。核苷酸类似物是含有对碱基、糖或磷酸部分的修饰的核苷酸。对碱基部分的修饰包括但不限于A、C、G和T/U以及不同的嘌呤或嘧啶碱基(例如像假尿苷、尿嘧啶-5-基、次黄嘌呤-9-基(I)和2-氨基腺嘌呤-9-基)的天然和合成修饰。修饰的碱基包括但不限于5-甲基胞嘧啶(5-me-C)、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、腺嘌呤和鸟嘌呤的6-甲基和其他烷基衍生物、腺嘌呤和鸟嘌呤的2-丙基和其他烷基衍生物、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶、5-卤代尿嘧啶和胞嘧啶、5-丙炔基尿嘧啶和胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、胞嘧啶和胸腺嘧啶、5-尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫代尿嘧啶、8-卤代、8-氨基、8-硫醇、8-硫代烷基、8-羟基和其他8-取代的腺嘌呤和鸟嘌呤、5-卤代(诸如例如,5-溴)、5-三氟甲基和其他5-取代的尿嘧啶和胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、8-氮杂鸟嘌呤、8-氮杂腺嘌呤、7-脱氮鸟嘌呤、7-脱氮腺嘌呤、3-脱氮鸟嘌呤和3-脱氮腺嘌呤。
核苷酸类似物还可包括对糖部分的修饰。对糖部分的修饰包括但不限于核糖和脱氧核糖的天然修饰以及合成修饰。糖修饰包括但不限于在2’位置处的以下修饰:OH;F;O-、S-或N-烷基;O-、S-或N-烯基;O-、S-或N-炔基;或O-烷基-O-烷基,其中烷基、烯基和炔基可为取代或未取代的C1-10烷基或C2-10烯基和C2-10炔基。示例性的2'糖修饰还包括但不限于-O[(CH2)nO]mCH3、-O(CH2)nOCH3、-O(CH2)nNH2、-O(CH2)nCH3、-O(CH2)n-ONH2和-O(CH2)nON[(CH2)nCH3)]2,其中n和m独立地为1至约10。2'位置的其他修饰包括但不限于C1-10烷基、取代的低级烷基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基或O-芳烷基、SH、SCH3、OCN、Cl、Br、CN、CF3、OCF3、SOCH3、SO2CH3、ONO2、NO2、N3、NH2、杂环烷基、杂环烷芳基、氨基烷基氨基、聚烷基氨基、取代的甲硅烷基、RNA切割基团、报告基团、嵌入剂、用于改善寡核苷酸的药代动力学特性的基团或用于改善寡核苷酸的药效动力学特性的基团,以及具有类似特性的其他取代基。还可在糖上的其他位置上做出类似的修饰,具体地在3'末端核苷酸上或在2'-5'连接的寡核苷酸中的糖的3'位置和5'末端核苷酸的5'位置。修饰的糖还可包括在桥环氧处含有修饰(诸如CH2和S)的那些糖。核苷酸糖类似物还可具有替代呋喃戊糖的糖模拟物诸如环丁基部分。
核苷酸类似物还可在磷酸酯部分处进行修饰。修饰的磷酸部分包括但不限于可以经修饰以使得两个核苷酸之间的键含有以下的修饰的磷酸部分:硫代磷酸酯、手性硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯、磷酸三酯、氨基烷基磷酸三酯、甲基和其它烷基膦酸酯(包括3'-亚烷基膦酸酯和手性膦酸酯)、次膦酸酯、氨基磷酸酯(包括3'-氨基氨基磷酸酯和氨基烷基氨基磷酸酯)、硫羰氨基磷酸酯、硫羰烷基膦酸酯、硫羰烷基磷酸三酯和硼烷磷酸酯。两个核苷酸之间的这些磷酸酯或修饰的磷酸酯键联可通过3'-5'键联或2'-5'键联,并且所述键联可包含反转的极性,诸如3'-5'至5'-3'或2'-5'至5'-2'。还包括各种盐、混合盐以及游离酸形式。核苷酸替代物还包括肽核酸(PNA)。
本公开还提供包含本文公开的核酸分子中的任一者或多者的载体。在一些实施方案中,载体包含本文公开的任何一种或多种核酸分子和异源核酸。载体可以是能够转运核酸分子的病毒或非病毒载体。在一些实施方案中,载体是质粒或粘粒(例如像可将额外的DNA区段连接到其中的环状双链DNA)。在一些实施方案中,载体是病毒载体,其中额外的DNA区段可连接到病毒基因组中。表达载体包括但不限于质粒、粘粒、逆转录病毒、腺病毒、腺相关病毒(AAV)、植物病毒(诸如花椰菜花叶病毒和烟草花叶病毒)、酵母人工染色体(YAC)、爱泼斯坦-巴尔病毒(EBV)来源的附加体以及本领域已知的其他表达载体。
用于哺乳动物宿主细胞表达的所需调控序列可包括例如指导哺乳动物细胞中的高水平多肽表达的病毒元件,例如衍生自逆转录病毒LTR、巨细胞病毒(CMV)(例如CMV启动子/增强子)、猿猴病毒40(SV40)(例如SV40启动子/增强子)、腺病毒(例如腺病毒主要晚期启动子(AdMLP))的启动子和/或增强子、多瘤病毒和哺乳动物强启动子(例如天然免疫球蛋白和肌动蛋白启动子)。在细菌细胞或真菌细胞(例如酵母细胞)中表达多肽的方法也是众所周知的。启动子可为例如组成型活性启动子、条件启动子、诱导型启动子、时间受限型启动子(例如发育调控型启动子)或空间受限型启动子(例如细胞特异性或组织特异性启动子)。
核酸分子内的核苷酸序列或多肽内的氨基酸序列的特定伸长段之间的同一性百分比(或互补性百分比)可使用BLAST程序(基本局部比对搜索工具)和PowerBLAST程序(Altschul等人,J.Mol.Biol.,1990,215,403-410;Zhang和Madden,Genome Res.,1997,7,649-656)或通过使用Gap程序(Wisconsin序列分析包,用于Unix的版本8,GeneticsComputer Group,University Research Park,Madison Wis.)使用默认设置(其使用Smith和Waterman的算法(Adv.Appl.Math.,1981,2,482-489))来常规确定。在本文中,如果对序列同一性百分比进行参考,则较高的序列同一性百分比相对于较低的序列同一性百分比是优选的。
本公开还提供包含本文公开的分离的核酸分子、基因组核酸分子、mRNA分子和/或cDNA分子中的任一者或多者的组合物。在一些实施方案中,组合物是药物组合物。在一些实施方案中,组合物包含载剂和/或赋形剂。载剂的实例包括但不限于聚(乳酸)(PLA)微球、聚(D,L-乳酸-共乙醇酸)(PLGA)微球、脂质体、胶束、反胶束、脂质螺旋物和脂质微管。载剂可包括缓冲盐溶液,诸如PBS、HBSS等。
如本文所用,当在特定核苷酸或核苷酸序列或位置的编号的上下文中使用时,短语“对应于”或其语法变形是指当将特定核苷酸或核苷酸序列与参考序列(例如,SEQ IDNO:1、SEQ ID NO:7或SEQ ID NO:50)进行比较时指定参考序列的编号。换句话说,特定聚合物的残基(例如像核苷酸或氨基酸)编号或残基(例如像核苷酸或氨基酸)位置相对于参考序列来指定,而不是通过残基在特定核苷酸或核苷酸序列内的实际数值位置来指定。例如,特定核苷酸序列可通过引入缺口以优化两个序列之间的残基匹配来与参考序列比对。在这些情况下,虽然存在缺口,但是对特定核苷酸或核苷酸序列中的残基的编号是相对于其所比对的参考序列来进行的。
例如,包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的WNT5B核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶,这意味着如果WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列与SEQ ID NO:2的序列比对,则WNT5B序列在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处具有胸腺嘧啶残基。这同样适用于包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的WNT5B mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶,以及包含编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的WNT5B cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶。换句话讲,这些短语是指编码WNT5B多肽的核酸分子,其中所述基因组核酸分子具有包含与SEQ ID NO:2的位置56,698处的胸腺嘧啶残基同源的胸腺嘧啶残基的核苷酸序列(或其中所述mRNA分子具有包含与SEQ ID NO:15的位置242处的尿嘧啶残基同源的尿嘧啶残基的核苷酸序列,或其中所述cDNA分子具有包含与SEQ ID NO:58的位置242处的胸腺嘧啶残基同源的胸腺嘧啶残基的核苷酸序列)。
如本文所述,WNT5B基因组核酸分子内对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置,例如,可通过在特定WNT5B核酸分子的核苷酸序列与SEQ ID NO:2的核苷酸序列之间进行序列比对来鉴定。存在多种计算算法可用于进行序列比对以鉴定对应于例如SEQ ID NO:2中的位置56,698的核苷酸位置。例如,通过使用NCBI BLAST算法(Altschul等人,NucleicAcids Res.,1997,25,3389-3402)或CLUSTALW软件(Sievers和Higgins,MethodsMol.Biol.,2014,1079,105-116)可进行序列比对。然而,序列也可手动地进行比对。
WNT5B参考型多肽的氨基酸序列在SEQ ID NO:93(同种型1)、SEQ ID NO:94(同种型2)、SEQ ID NO:95(同种型3)中列出。
参见SEQ ID NO:93(同种型1),WNT5B参考多肽的长度为359个氨基酸。参见SEQ IDNO:93,位置83是半胱氨酸。参见SEQ ID NO:93,位置134是精氨酸。参见SEQ ID NO:93,位置134是精氨酸。参见SEQ ID NO:93,位置226是缬氨酸。
参见SEQ ID NO:94(同种型2),WNT5B参考多肽的长度为112个氨基酸。参见SEQ IDNO:94,位置83是半胱氨酸。
参见SEQ ID NO:95(同种型3),WNT5B参考多肽的长度为284个氨基酸。参见SEQ IDNO:95,位置114是半胱氨酸。参见SEQ ID NO:95,位置134是精氨酸。参见SEQ ID NO:95,位置134是精氨酸。
WNT5B预测功能丧失多肽的氨基酸序列在SEQ ID NO:96(同种型1)、SEQ ID NO:97(同种型2)、SEQ ID NO:98(同种型3)中列出。参见SEQ ID NO:96,(Cys83Stop-LG;同种型1),位置83是终止密码子。参见SEQ ID NO:97,(Cys83Stop-Sht;同种型2),位置83是终止密码子。参见SEQ ID NO:98,(Cys114Stop;同种型3),位置114是终止密码子。
WNT5B预测功能丧失多肽的氨基酸序列也在SEQ ID NO:99(同种型1)、SEQ ID NO:100(同种型3)中列出。参见SEQ ID NO:99,(Arg134Cys-LG;同种型1),位置134是半胱氨酸。
WNT5B预测功能丧失多肽的氨基酸序列也在SEQ ID NO:101(同种型1)、SEQ IDNO:102(同种型3)中列出。参见SEQ ID NO:101,(Arg134Ser-LG;同种型3),位置134是半胱氨酸。参见SEQ ID NO:102,(Arg134Ser-Sht;同种型2),位置134是胞嘧啶。
WNT5B预测功能丧失多肽的氨基酸序列也在SEQ ID NO:103(同种型1)中列出。参见SEQ ID NO:103,(或Val266fs;同种型1),位置266是谷氨酸。
本公开还提供了分离的WNT5B预测功能丧失多肽,其具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列:与SEQ ID NO:96具有至少约90%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;与SEQ ID NO:97具有至少约90%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;与SEQ ID NO:98具有至少约90%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置114的位置处的终止密码子;或与SEQ ID NO:103具有至少约90%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的谷氨酸。
在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽包含SEQ ID NO:96、SEQ IDNO:97或SEQ ID NO:98。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽包含SEQ IDNO:96。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽包含SEQ ID NO:97。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽包含SEQ ID NO:98。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽由SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97或SEQ ID NO:98组成。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽由SEQ ID NO:96组成。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽由SEQ ID NO:97组成。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽由SEQ ID NO:98组成。
在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽包含SEQ ID NO:103。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽包含SEQ ID NO:103。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽由SEQ ID NO:103组成。在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽由SEQ ID NO:103组成。
本公开还提供了分离的WNT5B预测功能丧失多肽,其具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与下述序列具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%同一性:SEQ ID NO:96,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;SEQ ID NO:97,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;或SEQ ID NO:98,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置114的位置处的终止密码子。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约90%同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;与SEQ IDNO:97具有至少约90%同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;或与SEQ ID NO:98具有至少约90%同一性,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:98的位置114的位置处的止密码子。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约92%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;与SEQ ID NO:97具有至少约92%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;或与SEQ IDNO:98具有至少约92%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置114的位置处的终止密码子。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约94%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;与SEQ ID NO:97具有至少约94%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;或与SEQ ID NO:98具有至少约94%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置114的位置处的终止密码子。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约96%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;与SEQ ID NO:97具有至少约96%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;或与SEQ ID NO:98具有至少约96%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置114的位置处的终止密码子。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:96具有至少约98%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;与SEQ ID NO:97具有至少约98%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;或与SEQ ID NO:98具有至少约98%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:98的位置114的位置处的终止密码子。
本公开还提供了分离的WNT5B预测功能丧失多肽,所述分离的WNT5B预测功能丧失多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%或至少约99%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的谷氨酸。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQID NO:103具有至少约90%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的谷氨酸。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约92%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的谷氨酸。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约94%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ IDNO:103的位置266的位置处的谷氨酸。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约96%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的谷氨酸。在一些实施方案中,分离的WNT5B多肽具有以下氨基酸序列,所述氨基酸序列与SEQ ID NO:103具有至少约98%的同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的谷氨酸。
在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽包含本文公开的任何WNT5B预测功能丧失多肽的至少约15个、至少约20个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约60个、至少约70个、至少约80个、至少约90个、至少约100个、至少约150个、至少约200个、至少约250个、至少约300个、至少约350个、至少约400个、至少约450个、至少约500个、至少约550个或至少约600个连续氨基酸,或由其组成。在一些实施方案中,分离的多肽包含:在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;或在对应于根据SEQID NO:98的位置114的位置处的终止密码子。在一些实施方案中,分离的多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的谷氨酸。
在一些实施方案中,分离的WNT5B预测功能丧失多肽包含与本文公开的任何WNT5B预测功能丧失多肽的至少约8个、至少约10个、至少约15个、至少约20个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约60个、至少约70个、至少约80个、至少约90个、至少约100个、至少约150个、至少约200个、至少约250个、至少约300个、至少约350个、至少约400个、至少约450个、至少约500个、至少约550个或至少约600个连续氨基酸具有至少约70%、至少约75%、至少约80%、至少约85%、至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%、至少约99%或100%的同一性的氨基酸序列或者由其组成。在一些实施方案中,分离的多肽包含与本文公开的任何WNT5B预测功能丧失多肽的至少约8个、至少约10个、至少约15个、至少约20个、至少约25个、至少约30个、至少约35个、至少约40个、至少约45个、至少约50个、至少约60个、至少约70个、至少约80个、至少约90个、至少约100个、至少约150个、至少约200个、至少约250个、至少约300个、至少约350个、至少约400个、至少约450个、至少约500个、至少约550个或至少约600个连续氨基酸具有至少约90%、至少约91%、至少约92%、至少约93%、至少约94%、至少约95%、至少约96%、至少约97%、至少约98%、至少约99%或100%的同一性的氨基酸序列或者由其组成。在一些实施方案中,分离的多肽包含:在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子;在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子;或在对应于根据SEQ ID NO:98的位置114的位置处的终止密码子。在一些实施方案中,分离的多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的谷氨酸。
本文公开的分离的多肽可以包含天然存在的WNT5B多肽的氨基酸序列,或可以包含非天然存在的序列。在一些实施方案中,由于保守氨基酸取代,天然存在的序列可以不同于非天然存在的序列。例如,除了保守氨基酸取代外,该序列可以是相同的。
在一些实施方案中,所述分离的多肽包含非天然或修饰的氨基酸或肽类似物。例如,存在许多D-氨基酸或具有与天然存在的氨基酸不同的官能取代基的氨基酸。
本公开还提供了编码本文公开的多肽中的任一种的核酸分子。这包括与特定多肽序列相关的所有简并序列(即,具有编码一种特定多肽序列的序列的所有核酸以及编码所公开的蛋白质序列的变体和衍生物的所有核酸,包括简并核酸)。因此,虽然每个特定核酸序列可能未在本文中写出,但是实际上每一个序列均通过公开的多肽序列在本文中公开并描述。
本公开还提供了包含本文公开的核酸分子中的任一种或多种和/或多肽中的任一种或多种的组合物。在一些实施方案中,所述组合物包含载剂。载剂的实例包括但不限于聚(乳酸)(PLA)微球、聚(D,L-乳酸-共乙醇酸)(PLGA)微球、脂质体、胶束、反胶束、脂质螺旋物和脂质微管。
本公开还提供了产生本文公开的任何WNT5B预测功能丧失多肽或其片段的方法。此类WNT5B预测功能丧失多肽或其片段可以通过任何合适的方法产生。
本公开还提供了包含本文公开的核酸分子中的任一种或多种和/或多肽中的任一种或多种的细胞。所述细胞可以是体外的、离体的或体内的。核酸分子可以连接到启动子和其他调控序列,所以它们被表达从而产生编码的蛋白质。
在一些实施方案中,所述细胞是全能细胞或多能细胞,诸如例如胚胎干(ES)细胞,诸如啮齿动物ES细胞、小鼠ES细胞或大鼠ES细胞。在一些实施方案中,所述细胞是原代体细胞或不是原代体细胞的细胞。所述细胞可以来自任何来源。例如,所述细胞可以是真核细胞、动物细胞、植物细胞或真菌(诸如例如,酵母)细胞。此类细胞可以是鱼类细胞或禽类细胞,或者此类细胞可以是哺乳动物细胞,诸如人细胞、非人哺乳动物细胞、啮齿动物细胞、小鼠细胞或大鼠细胞。哺乳动物包括但不限于人、非人灵长类、猴、猿、猫、狗、马、公牛、鹿、野牛、绵羊、啮齿动物(诸如例如,小鼠、大鼠、仓鼠、豚鼠)、家畜(诸如例如,牛类,诸如母牛、小牛等;羊类,诸如绵羊、山羊等;和猪类,诸如猪和公猪)。术语“非人动物”排除人。
所附序列表中列出的核苷酸序列和氨基酸序列是使用核苷酸碱基的标准字母缩写和氨基酸的三字母代码示出的。所述核苷酸序列遵循从序列的5’端开始且前进(即在每一行中从左到右)至3’端的标准惯例。仅示出了每一个核苷酸序列的一条链,但应理解的是,互补链是通过对所展示链的任何参考而被包括在内的。氨基酸序列遵循从序列的氨基末端开始且前进(即在每一行中从左到右)至羧基末端的标准惯例。
本公开还提供了治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂用于治疗或预防受试者的骨矿物质密度降低,其中受试者具有编码本文所述的WNT5B预测功能丧失多肽的任何WNT5B变体基因组核酸分子、变体mRNA分子和/或变体cDNA分子。治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂可以是本文所述的治疗或预防骨矿物质密度降低的任何治疗剂。骨矿物质密度降低可以是骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症或继发性骨质疏松症。
本公开还提供了治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,其用于制备治疗或预防受试者的骨矿物质密度降低的药物,其中受试者具有编码本文所述的WNT5B预测功能丧失多肽的任何WNT5B变体基因组核酸分子、变体mRNA分子和/或变体cDNA分子。治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂可以是本文所述的治疗或预防骨矿物质密度降低的任何治疗剂。骨矿物质密度降低可以是骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症或继发性骨质疏松症。
在一些实施方案中,受试者被鉴定为具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的基因组核酸分子,其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ IDNO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,受试者被鉴定为具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的mRNA分子,其中所述mRNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的cDNA分子,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有基因组核酸分子,所述基因组核酸分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有mRNA分子,所述mRNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有cDNA分子,所述cDNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,受试者被鉴定为具有基因组核酸分子,所述基因组核酸分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有mRNA分子,所述mRNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有cDNA分子,所述cDNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有基因组核酸分子,所述基因组核酸分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有mRNA分子,所述mRNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有cDNA分子,所述cDNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶,其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤,其互补物;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,受试者被鉴定为具有基因组核酸分子,所述基因组核酸分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有mRNA分子,所述mRNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有cDNA分子,所述cDNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤,其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有基因组核酸分子,所述基因组核酸分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有mRNA分子,所述mRNA分子具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有cDNA分子,所述cDNA具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:WNT5B预测功能丧失多肽,其包含:在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子、在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的终止密码子、或在对应于根据SEQ ID NO:98的位置114的位置处的终止密码子。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:WNT5B预测功能丧失多肽,其包含在对应于根据SEQ ID NO:99的位置134的位置处的半胱氨酸、或在对应于根据SEQ ID NO:100的位置134的位置处的半胱氨酸。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:WNT5B预测功能丧失多肽,其包含:在对应于根据SEQ ID NO:101的位置134的位置处的半胱氨酸、或在对应于根据SEQ ID NO:102的位置134的位置处的半胱氨酸。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为具有:WNT5B预测功能丧失多肽,其包含在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。
本公开还提供了用于治疗或预防受试者的骨矿物质密度降低的WNT5B抑制剂,其中所述受试者对于编码本文所述的WNT5B预测功能丧失多肽的任何WNT5B变体基因组核酸分子、变体mRNA分子和/或变体cDNA分子是杂合的,或者其中所述受试者是WNT5B基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子的参考型。WNT5B抑制剂可以是本文所述的任何WNT5B抑制剂。骨矿物质密度降低可以是骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症或继发性骨质疏松症。
本公开还提供了用于制备治疗或预防受试者的骨矿物质密度降低的药物的WNT5B抑制剂,其中所述受试者对于编码本文所述的WNT5B预测功能丧失多肽的任何WNT5B变体基因组核酸分子、变体mRNA分子和/或变体cDNA分子是杂合的,或者其中所述受试者是WNT5B基因组核酸分子、mRNA分子或cDNA分子的参考型。WNT5B抑制剂可以是本文所述的任何WNT5B抑制剂。骨矿物质密度降低可以是骨质减少、I型骨质疏松症、II型骨质疏松症或继发性骨质疏松症。
在一些实施方案中,受试者是WNT5B基因组核酸分子、WNT5BmRNA分子或WNT5BcDNA分子的参考型。在一些实施方案中,受试者是WNT5B基因组核酸分子的参考型。在一些实施方案中,受试者是WNT5B mRNA分子的参考型。在一些实施方案中,受试者是WNT5B cDNA分子的参考型。
在一些实施方案中,受试者被鉴定为对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的基因组核酸分子是杂合的,其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,受试者被鉴定为对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的mRNA分子是杂合的,其中所述mRNA分子具有包含以下的多核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于编码WNT5B预测功能丧失多肽的cDNA分子是杂合的,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ IDNO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于以下是杂合的:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于以下是杂合的:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于以下是杂合的:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于以下是杂合的:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤,其互补物。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于以下是杂合的:i)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;ii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或iii)具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的基因组核酸分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ IDNO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的mRNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
在一些实施方案中,所述受试者被鉴定为对于具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的核苷酸序列的cDNA分子是杂合的,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
以上或以下所引用的所有专利文献、网站、其他出版物、登录号等均出于所有目的以引用的方式整体并入,其程度犹如每个单独项目均具体地且单独地被指示为以引用的方式如此并入一样。如果序列的不同版本与不同时间的登录号相关,则意指与本申请的有效提交日期的登录号相关的版本。有效提交日期意指实际提交日期或参考登录号的优先权申请的提交日期(如果适用)中较早的日期。同样,如果出版物、网站等的不同版本在不同时间公布,则除非另有说明,否则意指在本申请的有效提交日期最近公布的版本。除非另有特别说明,否则本公开的任何特征、步骤、要素、实施方案或方面可与任何其他特征、步骤、要素、实施方案或方面组合使用。尽管出于清楚和理解的目的已通过说明和实例详细描述本公开,但将显而易见的是,可在所附权利要求的范围内实施某些变化和修改。
提供以下实施例来更详细地描述实施方案。它们意图说明但不限制所要求保护的实施方案。以下实施例为本领域普通技术人员提供本文所述的化合物、组合物、制品、装置和/或方法如何制备和评价的公开和描述,并且意图仅仅是示例性的且不意图限制任何权利要求的范围。已经努力确保关于数字(例如像量、温度等)的准确性,但可考虑一些误差和偏差。除非另有说明,否则份数是重量份,温度是以℃计或处于环境温度,且压力处于或接近大气压。
实施例
实施例1:一般方法
队列描述
英国(UK)生物库(UKB)是以群体为基础的个体队列,基线时年龄在40至69岁之间,并且是在2006年至2010年期间经由英国的22个测试中心招募(Bycroft等人,Nature,2018,562,203-209)。使用来自UKB近431,000名欧洲血统参与者的遗传和表型数据。在欧洲血统的个体中,使用来自UKB,以及多达四个其他队列(GHS、Sinai、PMBB和MDCS)的数据进行骨折分析。来自盖辛格卫生系统(GHS)的MyCode社区卫生倡议队列(Carey等人,Genet.Med.,2016,18,906-913)是2007-2019年招募的来自宾夕法尼亚州中部和东部(USA)的基于卫生系统的患者队列。西奈山生物群落队列(Sinai)是来自纽约市的基于卫生系统的队列(Abul-Husn等人,Genome Med.,2021,13,17)。宾夕法尼亚大学医学生物库(PMBB)是来自宾夕法尼亚州的基于卫生系统的队列。马尔默饮食与癌症研究(MDCS)是来自瑞典马尔默的队列研究(Berglund等人,J.Intern.Med.,1993,233,45-51)。所有研究均受相关伦理委员会批准并且参与者提供了参与这些研究的知情同意书。骨折结果分析中包括的病例和对照的数量示于图6。
表型定义
从UKB提取有关足跟定量超声的数据。使用声速(SOS)和骨超声衰减的组合推导出eBMD性状值(按g/cm2计)(BUA;Ebmd=0.002592×(BUA+SOS)-3.687)。对SOS(如果男性SOS≤1,450或≥1,700m/s,女性SOS≤1,455或≥1,700m/s,则排除受试者)、BUA(如果男性BUA≤27或≥138dB/MHz,女性BUA≤22或≥138dB/MHz,则排除)和eBMD(如果男性≤0.18或≥1.06g/cm2,女性≤0.12或≥1.025g/cm2,则排除)实施性别特定的质量控制措施。eBMD的表型值首先使用基于等级的逆正态变换进行变换,应用于每一个血统组并单独应用于男性和女性,并针对与eBMD相关的精细定位的常见(MAF>=0.01)遗传变体进行调整。骨折结果的定义示于图5。
基因型数据
高覆盖度全外显子组测序如前所述(Dewey等人,Science,2016,354,6319:aaf6814;以及Van Hout等人,Nature,2020,586,749-756)并如下面总结的那样进行。使用可从Integrated DNA Technologies(IDT)获得的xGen设计的改良版本来进行外显子组的靶序列捕获。在文库制备过程中,将独特的10bp条形码(IDT)添加到每个DNA片段,以促进多重外显子组捕获和测序。在进行外显子组捕获之前合并等量样品。使用Illumina NovaSeq仪器上的75bp成对末端读段来进行测序。测序的覆盖深度(即,覆盖基因组靶区域中每个核苷酸的序列读段数)足以在99%的IDT样品中超过90%靶向的碱基上提供大于20x的覆盖度。数据处理步骤包括使用Illumina软件进行样品分用(de-multiplexing),与GRCh38人类基因组参考序列进行比对,包括生成二进制比对和作图文件(BAM),处理BAM文件(例如标记重复读段和其它读段作图评价)。使用GLNexus系统进行变体调用(Lin等人,bioRxiv,2018,343970)。变体作图和注释是基于GRCh38人类基因组参考序列和使用snpEff软件的Ensemblv85基因定义。然后通过选择对于每个基因最有害的功能效应类别,将涉及具有注释的起始和终止的蛋白编码转录本的snpEff预测组合成单个功能影响预测。这些注释的等级(从最有害到最不有害)是移码、停止增加、停止丧失、剪接受体、剪接供体、停止丧失、框内插入缺失、错义、其它注释。预测的LoF遗传变体包括:a)导致移码的插入或缺失,b)导致引入提前终止密码子或者缺失转录起始位点或终止位点的插入、缺失或单核苷酸变体,以及c)供体或受体剪接位点中的变体。根据使用SIFT(Vaser等人,Nature Protocols,2016,11,1-9)、Polyphen2_HDIV和Polyphen2_HVAR(Adzhubei等人,Nat.Methods,2010,7,248-249)、LRT(Chun等人,Genome Res.,2009,19,1553-1561)和MutationTaster(Schwarz等人,Nat.Methods,2010,7,575-576)预测有害性的计算机预测算法的数量,对变体针对可能的功能影响进行分类。对于每个基因,每个变体的替代等位基因频率(AAF)和功能注释决定了纳入以下7个基因负荷暴露:1)pLoF变体,其中AAF<1%;2)被5种算法中的全部5种预测为有害的pLoF或变体,其中AAF<1%;3)被5种算法中的全部5种预测为有害的pLoF或变体,其中AAF<0.1%;4)被5种算法中的至少1种预测为有害的pLoF或变体,其中AAF<1%;5)被5种算法中的至少1种预测为有害的pLoF或变体,其中AAF<0.1%;6)pLoF或任何错义,其中AAF<1%;以及7)pLoF或任何变体,其中AAF<0.1%。本文件中其他地方描述为关于“pLoF或预测有害变体”的结果是指使用pLoF变体或被5种算法中的全部5种预测为有害的变体的总负荷进行的分析。
WNT5B中的罕见pLoF与错义变异的基因负荷的关联分析
使用REGENIE v1.0(Mbatchou等人,Nature Genetics,2021),通过拟合线性(对于eBMD)或firth偏倚校正逻辑(对于骨折结果)回归模型来检查给定基因中的罕见pLoF或变体的负荷与表型之间的关联,该回归模型针对多基因评分的多基因调整进行了调整,该评分粗略估计基因组亲缘关系矩阵。针对年龄、年龄2、性别、按性别划分的年龄和按性别划分的年龄2相互作用项、实验批次相关协变量、10个常见变体来源的主成分和20个罕见变体来源的主成分对分析进行调整。使用单一变体,并使用基因负荷测试进行关联分析。在基因负荷测试中,如果所有个体都携带一个或多个合格的罕见变体(如上基于频率和功能注释所述),则将所有个体标记为杂合子,而如果所有个体携带纯合状态的任何合格变体,则将所有个体标记为纯合子。接着使用这种“复合基因型”来测试关联性。
eBMD致病基因的效应指数
使用效应指数,一种新型的机器学习算法(Forgetta等人,bioRxiv:2021,2020.2006.2028.171561)。通过对11种疾病和性状(2型糖尿病、低密度脂蛋白胆固醇水平、成人身高、钙水平、甲状腺功能减退、甘油三酯水平、葡萄糖水平、红细胞计数、收缩压、舒张压和直接胆红素水平)进行GWAS分析来生成训练数据。对每个GWAS数据集进行精细作图,并将基因组注释用作使用梯度提升树算法(XGBoost)预测精细作图的GWAS基因座处的阳性对照基因的特征。然后对WNT5B基因座处的精细作图和注释的eBMD关联数据测试该训练算法。
实施例2:WNT5B的功能丧失与较高的估计骨矿物质密度相关
对英国生物库(UKB)的419,737名欧洲血统个体进行全外显子组测序,以鉴定基因组中每个基因中的蛋白质编码变体。在UKB用估计骨矿物质密度(eBMD,使用足跟超声波测量的)检查每个测序基因和遗传变体的关联。eBMD是骨密度和强度的常用生物标志物,并且与使用双能X射线吸收测定法(DXA)技术测量的骨矿物质密度高度相关。更低水平的骨密度与骨质疏松性骨折的更高风险紧密相关。
UKB中的全外显子组分析发现,WNT5B基因中的罕见(替代等位基因频率[AAF]<1%)pLoF或预测有害变体(基于五种不同算法间的一致性预测的有害性)的负荷与高0.2个标准偏差单位的eBMD相关(P值=9.4x10-10,满足Bonferroni校正的全外显子组统计学显著性阈值P<3.6×10-7(针对20,000个基因和七个变体聚集模型进行校正,α为0.05))(参见,图1)。
在仅WNT5B pLoF变体的总负荷与更高的eBMD之间也观察到名义上显著的关联(参见图2)。pLoF变体负荷的效应估计值(每个WNT5B等位基因拷贝0.24SD或0.029g/cm2更高的eBMD,如图2所示)非常类似于pLoF或预测有害变体负荷的效应(每个WNT5B等位基因拷贝0.2SD或0.024g/cm2更高的eBMD,如图1所示)。这表明分析中包括的大多数变体可能导致WNT5B功能丧失,并且与更高的eBMD的关联可归因于WNT5B功能丧失。
接下来,估计WNT5B中的罕见pLoF或预测有害变体与骨折的关联,骨折是由骨矿物质密度低引起的最重要的临床并发症。这项分析是在欧洲血统的个体中,使用来自几个大规模队列的表型数据进行的,所述队列包括UKB、来自盖辛格卫生系统(GHS)的MyCode社区卫生倡议队列、宾夕法尼亚大学医学生物库(PMBB)、西奈山生物群落生物库项目(Sinai)和马尔默饮食与癌症研究(MDCS)。罕见pLoF或预测有害变体的负荷与任何骨折的更低风险(广泛的结果包括涉及任何解剖部位的任何骨折)和重大骨折的更低风险相关(一组更具体的骨折类型,不包括涉及颅骨、手或脚的骨折;图3)。对WNT5B pLoF变体总负荷的进一步分析揭示了类似的效应估计值(图3)。这些结果指示WNT5B的功能丧失与更高的BMD和防止人类骨折相关。
图4示出了eBMD和骨折结果的WNT5B基因负荷分析中包括的所有pLoF和预测有害变体。
实施例3:适用于WNT5B的常见遗传变异的机器学习算法鉴定了暗示WNT5B是介导与eBMD关联的致病基因的进一步证据
将机器学习算法(效应指数)应用于eBMD全基因组关联数据,并观察到强有力的证据表明WNT5B是介导该基因组区域中的eBMD GWAS关联的致病基因(效应指数=0.93)。
实施例4:来自外显子组测序和常见变体的汇聚证据暗示WNT5B与骨质疏松症有关
UKB队列
在UKB,共有291,932名具有可用全外显子组测序和eBMD数据的参与者(278,807名欧洲血统,13,125名非洲、东亚或南亚血统)纳入分析。
UKB的全外显子组测序
如前所述进行UKB样品的样品制备和测序并简要总结如下。使用可从IntegratedDNA Technologies获得的xGen外显子组设计的改良版本来进行靶DNA捕获。使用IlluminaNovaSeq仪器上的75bp成对末端读段来进行测序。测序的覆盖深度足以在99%的样品中超过90%靶向的碱基上提供大于20x的覆盖度。变体调用和注释基于GRCh38人类基因组参考序列和使用snpEff软件的Ensembl v85基因定义。根据最有害的功能效应对变体进行了注释,该顺序为(有害性递减):移码、终止-获得、终止-丢失、剪接受体、剪接供体、框内插入缺失、错义、其他注释。预测LOF变体包括:a)导致移码的插入或缺失;b)导致引入提前终止密码子或者缺失转录起始位点或终止位点的插入、缺失或单核苷酸变体;以及c)供体或受体剪接位点中的变体。使用预测有害性的多个计算机预测算法(SIFT、PolyPhen2(HDIV)、PolyPhen2(HVAR)、LRT和MutationTaster),针对预测的功能影响对错义变体进行分类。对于每个基因,每个变体的替代等位基因频率(AAF)和功能注释决定了纳入如前所述的7个基因负荷暴露(Akbari等人,2021,Science 373,eabf8683):1)pLOF变体,其中AAF<1%;2)被5种算法中的全部5种预测为有害的pLOF或错义变体,其中AAF<1%;3)被5种算法中的全部5种预测为有害的pLOF或错义变体,其中AAF<0.1%;4)被5种算法中的至少1种预测为有害的pLOF或错义变体,其中AAF<1%;5)被5种算法中的至少1种预测为有害的pLOF或错义变体,其中AAF<0.1%;6)pLOF或任何错义变体,其中AAF<1%;7)pLOF或任何错义变体,其中AAF<0.1%。如前所述在UKB中进行SNP阵列基因分型和插补。
UKB中的表型定义
足跟的eBMD是使用先前描述的模型从定量超声SOS和宽带超声衰减推导的(Morris等人,Nat.Genet.,2018,51,258-66)。深度数据监管管道得到高质量eBMD数据,同时如先前研究中报告的,与使用在UKB中报告的足跟直接骨密度测定法相比,最大化参与者的数量。eBMD用作骨矿物质密度(BMD)的替代,这是因为eBMD与双能X射线吸收测定法(DXA)得到的BMD高度相关性(皮尔逊相关性r=0.69),以及eBMD与骨质疏松性骨折风险的强关联。在分析之前,按照性别在每个血统中进行eBMD表型的逆序正态变换。
UKB中的全外显子组关联分析
通过使用REGENIE v1.0.6.8拟合混合效应回归模型,对遗传变体或其基因负荷与eBMD的关联进行估计。REGENIE通过使用基于整个基因组的基因型的个体性状值的预测来约计基因组亲缘关系矩阵,从而说明关联性、多基因性和群体结构。然后,以多基因预测值连同其他协变量为条件来估计遗传变体或其负荷的关联。关联模型中的协变量包括年龄、年龄2、性别、按性别划分的年龄相互作用项、按性别划分的年龄2相互作用项、实验批次相关协变量、10个常见变体来源的主成分和20个罕见变体来源的主成分。为了确保罕见的编码变体或基因负荷关联在统计学上独立于eBMD相关的常见遗传变体,如前所述进一步调整通过对常见等位基因与eBMD的全基因组关联进行精细作图而鉴定的前哨常见变体(MAF≥1%)的外显子组关联分析(Akbari等人,2021,Science 373,eabf8683)。使用固定效应逆方差加权模型进行亚组结果间的荟萃分析。基因负荷分析的全外显子组统计学显著性水平定义为p<3.6x10-7,即I型错误率为0.05的Bonferroni校正,其假设有20,000个基因并说明了每个基因使用的7个变体选择模型(Akbari等人,2021,Science 373,eabf8683)。在二次分析中,估计通过外显子组测序鉴定的个体非同义变体和/或pLOF变体(次要等位基因频率<1%且次要等位基因计数≥25)与eBMD的关联。阈值p<5x10-8,即基于100万次有效的独立测试,I型错误率为0.05的Bonferroni校正,用于鉴定全外显子组的显著单一变体,如所述(Akbari等人,2021,Science 373,eabf8683)。
对于涉及错误发现率(FDR)校正结果的所有二次分析,FDR调整的p值通过以下方式获得:首先预选具有最强关联(最低p值)的每个基因和每个基因负荷暴露,然后在该子集中的所有基因中使用Benjamini-Hochberg方法校正多重测试。因此,在选择每个基因的最佳基因负荷暴露后,将报告的1%的FDR阈值(对应于1.49x10-5的未调整p值阈值)适用于18,866个基因。如果FDR校正已适用于整体分析,而不是预选子集,则这意味着FDR阈值为2.05%。
GWAS常见变体的精细作图
eBMD相关的常见变体是通过基于插补的遗传变体进行全基因组关联研究鉴定的。插补基于补充有UK10K的HRC参考小组。通过使用REGENIE v1.0.6.8拟合混合效应线性回归模型,在UKB中进行全基因组关联分析。在每个血统中,使用FINEMAP软件对带有与eBMD相关的遗传变体的基因组区域进行精细作图,全基因组显著性阈值p<5×10-8。使用来自每个血统特定的全基因组关联分析中包括的精确个体集合的遗传数据来估计连锁不平衡。
骨折和骨质疏松症的关联测试
在英国生物库中,对eBMD基因负荷分析中满足全外显子组统计显著性水平的基因进行与骨折和骨质疏松症的关联测试。骨折病例被定义为有电子健康记录编码或自报骨折史的个体(在可能的情况下,不包括颅骨、面骨、手或脚趾骨折),将具有任何类型骨折史的个体排除在对照组之外。骨质疏松症病例被定义为具有电子健康记录编码或自报骨质疏松症史的个体。进一步将具有自报骨质减少史的个体排除在对照组之外。
骨质疏松症阳性对照基因的富集测试
为了评价WES检测骨质疏松症效应基因的能力,鉴定该疾病的一组阳性对照基因。56个蛋白质编码基因作为阳性对照基因被包括在内,这些基因是骨质疏松症的已知药物靶标,或者其扰乱会引起孟德尔形式的骨质疏松症或骨量疾病,从而导致骨密度、骨矿化或骨量的变化(Morris等人,Nat.Genet.,2018,51,258-66)。在基因负荷分析中,使用Fisher检验来估计全外显子组重要基因中阳性对照基因的富集。
eBMD效应基因的效应指数
最近描述了效应指数(Ei)的开发(Forgetta等人,Hum.Genet.,2022,(万维网网址“doi.org/10.1007/s00439-022-02434-z”)。Ei的目标是针对每个蛋白质编码基因的全基因组关联研究(GWAS)基因座生成因果关系的概率,指定从0到1的评分。GWAS基因座在连锁不平衡(LD)聚集后由领先的GWAS SNP周围的500kb限定(Forgetta等人,Hum.Genet.,2022,万维网网址“doi.org/10.1007/s00439-022-02434-z”)。包括蛋白质编码基因,其至少50%的基因主体位于GWAS基因座中,并合并重叠的GWAS基因座。简言之,为了生成eBMD的Ei评分,选择12种疾病和性状(2型糖尿病、低密度脂蛋白胆固醇水平、成人身高、钙水平、甲状腺功能减退、甘油三酯水平、eBMD、葡萄糖水平、红细胞计数、收缩压、舒张压和直接胆红素水平)的阳性对照基因。对每种疾病进行GWAS,然后进行精细作图,GWAS基因座处的基因组注释用作预测阳性对照基因的特征。这是通过以下方式实现的:首先训练梯度增强树算法(XGBoost)来生成针对11种疾病和性状(不包括eBMD)对于GWAS基因座中的基因的因果关系概率,然后将这种训练算法适用于从eBMD GWAS数据推导出Ei评分。在R中执行的广义线性模型用于评估Ei评分与作为全外显子组显著基因的优势比之间的关联。另一种称为多基因优先评分(PoPS)的互补基因优先排序方法用于从GWAS数据中鉴定eBMD的效应基因(Weeks等人,medRxiv,2020,万维网网址“doi:10.1101/2020.09.08.20190561.”
使用骨质疏松症的全外显子组基因负荷结果鉴定的基因座内Ei优先基因的富集试验
通过将按照Ei优先排序的基因与从每个基因座的全外显子组分析中鉴定的基因进行比较来生成2x2列联表。然后将这些基因座的数据汇总,并使用分层Fisher精确检验方法进行富集检验。然后分别基于离散分布的条件最大似然估计和使用尾部方法的精确置信界限估计来进行优势比及其置信区间的估计。
双样本孟德尔随机化
进行双样本孟德尔随机化(MR)分析,以鉴定影响eBMD的循环蛋白。双样本MR使用与循环蛋白水平(pQTL)紧密且特异性相关的遗传变体作为工具变量来估计给定蛋白和结果(在本例中为eBMD)之间的因果关系。这种方法与观察性流行病学生物标志物研究相比,受混杂和反向因果关系的影响较小。MR框架基于三个主要假设:第一,SNP与暴露密切相关。第二,SNP与混淆暴露和结果之间的关系的因素不相关。第三,SNP对与暴露无关的结果没有影响(即,缺乏水平基因多效性)。其中,最有挑战性的评估是第三个假设,因为SNP对eBMD等结果的生物机制影响通常是未知的。然而,在循环蛋白质的情况下,与蛋白质水平相关且接近编码所述蛋白质的基因的SNP更可能通过影响基因转录或翻译成蛋白质而经由蛋白质水平产生影响。此类SNP称为顺式-SNP并且可能有助于减少水平基因多效性的潜在偏差。
为了选择循环蛋白的遗传工具,使用来自两项蛋白质组学GWAS研究的汇总级数据,这两项研究都在SOMAlogic平台上测量血清蛋白水平。对于初步分析,将INTERVAL研究用作pQTL数据的来源,包括对3,301名个体中的1,478种血清蛋白的测量。在重复分析中,使用AGES研究,包括对3,200名个体中的4,137种血清蛋白的测量。如果蛋白质具有与顺式-作用相关的SNP(“顺式-SNP”),则选择所述蛋白质纳入分析,因为此类工具不太可能受到水平基因多效性的影响(Swerdlow等人,Int.J.Epidemiol.2016,45,1600-16)。来自INTERVAL的顺式-SNP是在编码所述蛋白质的基因的转录起始位点(TSS)的1Mb范围内的独立、全基因组显著性SNP(P<1.5×10-11,INTERVAL中先前采用的多重检验校正的全基因组显著性阈值)。为了选择这些顺式-SNP,使用PLINK和1000基因组计划欧洲人口参考小组(1KG EUR)聚集和选择每种蛋白质的独立SNP(R2<0.001,距离1000kb)。来自AGES的顺式-SNP是在相应的蛋白质编码基因的300kb内的前哨顺式-SNP(P<5×10-8的全基因组显著性SNP,并且每种蛋白质具有最低P值)(Milsson等人,Science,2018,1327,1-12)。每种顺式-SNP与eBMD的关联(即MR分析的结果)取自最近的eBMD GWAS,包括426,824名英国白人个体(Surakka等人,Nat.Commun.,2020,11,4093)。次要等位基因频率(MAF)>0.42的回文顺式-SNP(正如TwoSampleMR R包建议的)在MR之前移除,以防止等位基因错配。对于eBMD GWAS中不存在的顺式-SNP,选择LD R2>0.8且MAF<0.42的SNP作为替代。对于SNP替代的比对,MAF>0.3用作去除回文SNP的阈值。
在将蛋白质的顺式-SNP与eBMD GWAS进行匹配并去除回文SNP后,将来自INTERVAL的550种SOMAmer试剂(517种蛋白质)(包括515种匹配的顺式-SNP和59种LD-替代顺式-SNP)和来自AGES的749种循环蛋白质(对于两种蛋白质各包括706种独特匹配的顺式-SNP、41种LD-替代顺式-SNP和2种顺式-SNP)纳入MR分析中。
MR分析使用R中的TwoSampleMR包进行,使用Wald比率(βeBMD/β蛋白)来估计每种循环蛋白对eBMD的影响。对于任何具有多个独立顺式-SNP的蛋白质,使用逆方差加权(IVW)方法来荟萃分析它们的组合效应。使用Bonferroni校正独立地控制INTERVAL和AGES中检验的蛋白质数量。
结果
对来自英国生物库队列(UKB)的近300,000人进行全外显子组测序,并对基因组中的每个基因而言,估计罕见的非同义和/或pLOF变体负荷与eBMD的关联。在更大的UKB欧洲血统子集中(N=278,807),鉴定出WNT5B(p<3.6x10-7)。这种关联不是由常见遗传变体引起的,这是由于这些WES分析被设计为独立于eBMD相关的精细作图的常见等位基因。表2示出了WNT5B基因负荷测试中仅在一种血统中观察到的所有变体。
表2
缩写:pLOF,预测功能丧失;CPRA,染色体位置参考替代;RR,参考纯合子基因型;RA,参考-替代基因型;AA,替代纯合子基因型;SD,标准差;CI,置信区间;p,P值;AAF,替代等位基因频率;AAC,替代等位基因计数。
表3显示WNT5B仅在eBMD的多血统荟萃分析中发现(遗传暴露,变体类型;频率截止值%=pLOF加有害错义(5/5);AAF<1%)。缩写:欧洲人,EUR;非洲人,AFR;南亚人,SAS;东亚人,EAS;预测功能丧失,pLOF;替代等位基因频率,AAF;置信区间,CI;标准差,SD;估计骨矿物质密度,eBMD;P值,p;参考-参考基因型,RR;参考-替代基因型,RA;替代-替代基因型,AA;克/平方厘米,g/cm2;真实异质性与观察到的总变异的比率,I2。
表3
表3(续)
除了本文所述的修改之外,所描述主题的各种修改对于本领域技术人员来说将从前述描述中显而易见。此类修改也意图落在随附权利要求书的范围内。本申请中引用的每篇参考文献(包括但不限于期刊文章、美国和非美国专利、专利申请公布、国际专利申请公布、基因库登录号等)均通过引用以其整体且出于所有目的并入本文中。
Claims (216)
1.一种治疗患有骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用Wnt家族成员5B抑制剂。
2.一种治疗患有骨质减少或处于发展为骨质减少的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用Wnt家族成员5B抑制剂。
3.一种治疗患有I型骨质疏松症或处于发展为I型骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用Wnt家族成员5B抑制剂。
4.一种治疗患有II型骨质疏松症或处于发展为II型骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用Wnt家族成员5B抑制剂。
5.一种治疗患有继发性骨质疏松症或处于发展为继发性骨质疏松症的风险中的受试者的方法,所述方法包括向所述受试者施用Wnt家族成员5B抑制剂。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法,其中所述WNT5B抑制剂包含抑制性核酸分子。
7.根据权利要求6所述的方法,其中所述抑制性核酸分子包括与WNT5B核酸分子杂交的反义核酸分子、小干扰RNA(siRNA)或短发夹RNA(shRNA)。
8.根据权利要求1至5中任一项所述的方法,其中所述WNT5B抑制剂包含Cas蛋白和与WNT5B基因组核酸分子内的gRNA识别序列杂交的引导RNA(gRNA)。
9.根据权利要求8所述的方法,其中所述Cas蛋白是Cas9或Cpf1。
10.根据权利要求8或权利要求9所述的方法,其中所述gRNA识别序列包含或接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、根据SEQ ID NO:1的位置58,170、根据SEQ ID NO:1的位置65,099、根据SEQ ID NO:1的位置65,099或根据SEQ ID NO:1的位置71,313-71,314。
11.根据权利要求8或权利要求9所述的方法,其中所述gRNA识别序列位于对应于以下位置的位置的约1000、约500、约400、约300、约200、约100、约50、约45、约40、约35、约30、约25、约20、约15、约10或约5个核苷酸处:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、根据SEQ ID NO:1的位置58,170、根据SEQ ID NO:1的位置65,099、根据SEQ ID NO:1的位置65,099或根据SEQID NO:1的位置71,313-71,314。
12.根据权利要求8或权利要求9所述的方法,其中原间隔序列邻近基序(PAM)序列位于所述gRNA识别序列下游约2至约6个核苷酸处。
13.根据权利要求8至12中任一项所述的方法,其中所述gRNA包含约17个核苷酸至约23个核苷酸。
14.根据权利要求8至12中任一项所述的方法,其中所述gRNA识别序列包含根据SEQ IDNO:104-123中任一项的核苷酸序列。
15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法,其还包括检测从所述受试者获得的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子。
16.根据权利要求15所述的方法,其还包括以标准剂量向受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,其中所述WNT5B变体核酸分子不存在于所述生物样品中。
17.根据权利要求15所述的方法,其还包括以等于或低于标准剂量的剂量向对于所述WNT5B变体核酸分子是杂合的受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂。
18.根据权利要求15至17中任一项所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子编码Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs。
19.根据权利要求15至17中任一项所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子编码Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs。
20.根据权利要求18所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子是:
具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失;
具有包含以下的核苷酸序列的mRNA分子:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ IDNO:23的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失;或者
具有包含以下的核苷酸序列的cDNA分子:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
21.根据权利要求15至20中任一项所述的方法,其中所述检测步骤在体外进行。
22.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括对所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失时;则所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体基因组核酸分子。
23.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括对所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ ID NO:16的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ IDNO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:33的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:36的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;根据SEQID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ IDNO:18的位置40的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失时;则所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体mRNA分子。
24.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括对所述生物样品中由mRNA分子产生的所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQID NO:59的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ IDNO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQID NO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ IDNO:78的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:79的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ IDNO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置642的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQID NO:89的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失时;则所述生物样品中由mRNA分子产生的所述WNT5B cDNA分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体cDNA分子。
25.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ IDNO:5的位置65,099或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ ID NO:5的位置65,099或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314;并且
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失。
26.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5BmRNA分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ ID NO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ ID NO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ ID NO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ ID NO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ ID NO:28的位置792、根据SEQ ID NO:29的位置254、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQ ID NO:32的位置598、根据SEQ IDNO:33的位置545、根据SEQ ID NO:34的位置583、根据SEQ ID NO:35的位置943、根据SEQ IDNO:36的位置405、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQ ID NO:38的位置545、根据SEQ IDNO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQ ID NO:41的位置583、根据SEQ IDNO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、或根据SEQ ID NO:49的位置802-803;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ IDNO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ IDNO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ IDNO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ IDNO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ ID NO:28的位置792、根据SEQ IDNO:29的位置254、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQIDNO:32的位置598、根据SEQ ID NO:33的位置545、根据SEQ ID NO:34的位置583、根据SEQID NO:35的位置943、根据SEQ ID NO:36的位置405、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQID NO:38的位置545、根据SEQ ID NO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQID NO:41的位置583、根据SEQ ID NO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQID NO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、或根据SEQ ID NO:49的位置802-803;并且
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ IDNO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失。
27.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5BcDNA分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ ID NO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ ID NO:63的位置183、根据SEQ ID NO:64的位置543、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ ID NO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ ID NO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、根据SEQ ID NO:72的位置254、根据SEQ ID NO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ ID NO:75的位置598、根据SEQ IDNO:76的位置545、根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ ID NO:78的位置943、根据SEQ IDNO:79的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ ID NO:81的位置545、根据SEQ IDNO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ ID NO:84的位置583、根据SEQ IDNO:85的位置943、根据SEQ ID NO:86的位置405、根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQ ID NO:92的位置802-803;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ IDNO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ IDNO:63的位置183、根据SEQ ID NO:64的位置543、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ IDNO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ IDNO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、根据SEQ IDNO:72的位置254、根据SEQ ID NO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ IDNO:75的位置598、根据SEQ ID NO:76的位置545、根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ IDNO:78的位置943、根据SEQ ID NO:79的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ IDNO:81的位置545、根据SEQ ID NO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ IDNO:84的位置583、根据SEQ ID NO:85的位置943、根据SEQ ID NO:86的位置405、根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQID NO:92的位置802-803;以及
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ IDNO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ IDNO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
28.根据权利要求22至27中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括对整个核酸分子进行测序。
29.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物的一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
30.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物的至少一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
31.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物的至少一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
32.根据权利要求31所述的方法,其中所述样品中的所述核酸分子是mRNA,并且在所述扩增步骤之前将所述mRNA逆转录成cDNA。
33.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
34.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
35.根据权利要求15至21中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
36.一种用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂治疗受试者的方法,其中所述受试者的骨矿物质密度降低或处于发展为骨矿物质密度降低的风险中,所述方法包括:
通过以下方式确定所述受试者是否具有编码WNT5B预测功能丧失多肽的Wnt家族成员5B(WNT5B)变体核酸分子:
从所述受试者获得或已经获得生物样品;以及
对所述生物样品进行或已经进行序列分析以确定所述受试者是否具有包含编码所述WNT5B预测功能丧失多肽的所述WNT5B变体核酸分子的基因型;以及
以标准剂量向作为WNT5B参考型的受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的所述治疗剂,和/或向所述受试者施用WNT5B抑制剂;以及
以等于或低于标准剂量的量向对于所述WNT5B变体核酸分子是杂合的受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的所述治疗剂,和/或向所述受试者施用WNT5B抑制剂;
其中存在具有编码所述WNT5B预测功能丧失多肽的所述WNT5B变体核酸分子的基因型指示所述受试者发展为骨矿物质密度降低的风险降低。
37.根据权利要求36所述的方法,其中所述受试者是WNT5B参考型,并且以标准剂量向所述受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的所述治疗剂,并且施用WNT5B抑制剂。
38.根据权利要求36所述的方法,其中所述受试者对于WNT5B变体核酸分子是杂合的,并且以等于或小于标准剂量的量向所述受试者施用或继续施用治疗或预防骨矿物质密度降低的所述治疗剂,并且施用WNT5B抑制剂。
39.根据权利要求36至38中任一项所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子编码Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs。
40.根据权利要求36至38中任一项所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子编码Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs。
41.根据权利要求39所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子是:
具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失;
具有包含以下的核苷酸序列的mRNA分子:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失;或者
由mRNA分子产生的cDNA分子,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
42.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失时;则所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体基因组核酸分子。
43.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242或其互补物;根据SEQ IDNO:16的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:17的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:18的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:19的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:20的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:21的位置543或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:30的位置642或其互补物;根据SEQID NO:31的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:32的位置598或其互补物;根据SEQ IDNO:33的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:34的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:35的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:36的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:37的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:38的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:39的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:40的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:41的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:42的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:43的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981,其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ IDNO:18的位置40的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失时;则所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体mRNA分子。
44.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括对所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242或其互补物;根据SEQ IDNO:59的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:60的位置198或其互补物;根据SEQ ID NO:61的位置40或其互补物;根据SEQ ID NO:62的位置145或其互补物;根据SEQ ID NO:63的位置183或其互补物;根据SEQ ID NO:64的位置543或其互补物;根据SEQ IDNO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:73的位置642或其互补物;根据SEQID NO:74的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:75的位置598或其互补物;根据SEQ IDNO:76的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:77的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:78的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:79的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:80的位置642或其互补物;根据SEQ ID NO:81的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:82的位置598或其互补物;根据SEQ ID NO:83的位置545或其互补物;根据SEQ ID NO:84的位置583或其互补物;根据SEQ ID NO:85的位置943或其互补物;根据SEQ ID NO:86的位置405或其互补物;根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ IDNO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失时;则所述生物样品中的所述WNT5BcDNA分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体cDNA分子。
45.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ IDNO:5的位置65,099或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ ID NO:5的位置65,099或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314;并且
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失。
46.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5BmRNA分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ ID NO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ ID NO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ ID NO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ ID NO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ ID NO:28的位置792、根据SEQ ID NO:29的位置254、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQ ID NO:32的位置598、根据SEQ IDNO:33的位置545、根据SEQ ID NO:34的位置583、根据SEQ ID NO:35的位置943、根据SEQ IDNO:36的位置405、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQ ID NO:38的位置545、根据SEQ IDNO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQ ID NO:41的位置583、根据SEQ IDNO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、或根据SEQ ID NO:49的位置802-803;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ IDNO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ IDNO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ IDNO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ IDNO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ ID NO:28的位置792、根据SEQ IDNO:29的位置254、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQ IDNO:32的位置598、根据SEQ ID NO:33的位置545、根据SEQ ID NO:34的位置583、根据SEQ IDNO:35的位置943、根据SEQ ID NO:36的位置405、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQ IDNO:38的位置545、根据SEQ ID NO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQ IDNO:41的位置583、根据SEQ ID NO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、或根据SEQID NO:49的位置802-803;并且
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ IDNO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失。
47.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5BcDNA分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ ID NO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ ID NO:63的位置183、根据SEQ ID NO:64的位置543、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ ID NO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ ID NO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、根据SEQ ID NO:72的位置254、根据SEQ ID NO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ ID NO:75的位置598、根据SEQ IDNO:76的位置545;根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ ID NO:78的位置943、根据SEQ IDNO:79的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ ID NO:81的位置545、根据SEQ IDNO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ ID NO:84的位置583、根据SEQ IDNO:85的位置943、根据SEQ ID NO:86的位置405、根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQ ID NO:92的位置802-803;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ IDNO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ IDNO:63的位置183、根据SEQ ID NO:64的位置543、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ IDNO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ IDNO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、根据SEQ IDNO:72的位置254、根据SEQ ID NO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ IDNO:75的位置598、根据SEQ ID NO:76的位置545、根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ IDNO:78的位置943、根据SEQ ID NO:79的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ IDNO:81的位置545、根据SEQ ID NO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ IDNO:84的位置583、根据SEQ ID NO:85的位置943、根据SEQ ID NO:86的位置405、根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQID NO:92的位置802-803;以及
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
48.根据权利要求42至47中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括对整个核酸分子进行测序。
49.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物的一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
50.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物的至少一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
51.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物的至少一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
52.根据权利要求51所述的方法,其中所述样品中的所述核酸分子是mRNA,且在所述扩增步骤之前将所述mRNA逆转录成cDNA。
53.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
54.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
55.根据权利要求36至41中任一项所述的方法,其中所述序列分析包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
56.根据权利要求36至55中任一项所述的方法,其中所述核酸分子存在于从所述受试者获得的细胞内。
57.根据权利要求36至56中任一项所述的方法,其中所述WNT5B抑制剂包含抑制性核酸分子。
58.根据权利要求57所述的方法,其中所述抑制性核酸分子包括与WNT5B核酸分子杂交的反义核酸分子、小干扰RNA(siRNA)或短发夹RNA(shRNA)。
59.根据权利要求36至56中任一项所述的方法,其中所述WNT5B抑制剂包含Cas蛋白和与WNT5B基因组核酸分子内的gRNA识别序列杂交的引导RNA(gRNA)。
60.根据权利要求59所述的方法,其中所述Cas蛋白是Cas9或Cpf1。
61.根据权利要求59或权利要求60所述的方法,其中所述gRNA识别序列包含或接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、根据SEQ ID NO:1的位置58,170、根据SEQ ID NO:1的位置65,099、根据SEQ ID NO:1的位置65,099或根据SEQ ID NO:1的位置71,313-71,314。
62.根据权利要求59或权利要求60所述的方法,其中所述gRNA识别序列位于对应于以下位置的位置的约1000、约500、约400、约300、约200、约100、约50、约45、约40、约35、约30、约25、约20、约15、约10或约5个核苷酸处:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、根据SEQ ID NO:1的位置58,170、根据SEQ ID NO:1的位置65,099、根据SEQ ID NO:1的位置65,099或根据SEQ ID NO:1的位置71,313-71,314。
63.根据权利要求59或权利要求60所述的方法,其中原间隔序列邻近基序(PAM)序列位于所述gRNA识别序列下游约2至6个核苷酸处。
64.根据权利要求59至63中任一项所述的方法,其中所述gRNA包含约17至约23个核苷酸。
65.根据权利要求59至64中任一项所述的方法,其中所述gRNA识别序列包含根据SEQID NO:104-123中任一项的核苷酸序列。
66.一种鉴定发展为骨矿物质密度降低的风险增加的受试者的方法,所述方法包括:
确定或已经确定在获自所述受试者的生物样品中是否存在编码WNT5B预测功能丧失多肽的Wnt家族成员5B(WNT5B)变体核酸分子;
其中:
当所述受试者是WNT5B参考型时,则所述受试者发展为骨矿物质密度降低的风险增加;并且
当所述受试者对于编码所述WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体核酸分子是杂合的或纯合的时,则所述受试者发展为骨矿物质密度降低的风险降低。
67.根据权利要求66所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子编码Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs。
68.根据权利要求66所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子编码Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs。
69.根据权利要求67所述的方法,其中所述WNT5B变体核酸分子是:
具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失;
具有包含以下的核苷酸序列的mRNA分子:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQIDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失;或者
由mRNA分子产生的cDNA分子,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
70.根据权利要求66至69中任一项所述的方法,其中所述确定步骤在体外进行。
71.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括对所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失时,则所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体基因组核酸分子。
72.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括对所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物的至少一部分测序,其中所测序部分包含对应于以下的位置:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ IDNO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失时,则所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体mRNA分子。
73.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括对所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下的位置:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
其中当所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子的所测序部分包含:在对应于根据SEQID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失时,则所述生物样品中的所述WNT5BcDNA分子是编码WNT5B预测功能丧失多肽的WNT5B变体cDNA分子。
74.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ IDNO:5的位置65,099或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ ID NO:5的位置65,099或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314;并且
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失。
75.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5BmRNA分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ ID NO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ ID NO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ ID NO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ ID NO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ ID NO:28的位置792、根据SEQ ID NO:29的位置254、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQ ID NO:32的位置598、根据SEQ IDNO:33的位置545、根据SEQ ID NO:34的位置583、根据SEQ ID NO:35的位置943、根据SEQ IDNO:36的位置405、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQ ID NO:38的位置545、根据SEQ IDNO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQ ID NO:41的位置583、根据SEQ IDNO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、或根据SEQ ID NO:49的位置802-803;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ IDNO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ IDNO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ IDNO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ IDNO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ IDNO:28的位置792、根据SEQ IDNO:29的位置254、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQ IDNO:32的位置598、根据SEQ ID NO:33的位置545、根据SEQ ID NO:34的位置583、根据SEQ IDNO:35的位置943、根据SEQ ID NO:36的位置405、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQ IDNO:38的位置545、根据SEQ ID NO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQ IDNO:41的位置583、根据SEQ ID NO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、或根据SEQID NO:49的位置802-803;并且
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物、在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失。
76.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5BcDNA分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ ID NO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ ID NO:63的位置183、根据SEQ ID NO:64的位置543、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ ID NO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ ID NO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、根据SEQ ID NO:72的位置254、根据SEQ ID NO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ ID NO:75的位置598、根据SEQ IDNO:76的位置545、根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ ID NO:78的位置943、根据SEQ IDNO:79的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ ID NO:81的位置545、根据SEQ IDNO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ ID NO:84的位置583、根据SEQ IDNO:85的位置943、根据SEQ ID NO:86的位置405、根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQ ID NO:92的位置802-803;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ IDNO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ IDNO:63的位置183、根据SEQ ID NO:64的位置543、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ IDNO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ IDNO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、根据SEQ IDNO:72的位置254、根据SEQ ID NO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ IDNO:75的位置598、根据SEQ ID NO:76的位置545、根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ IDNO:78的位置943、根据SEQ ID NO:79的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ IDNO:81的位置545、根据SEQ ID NO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ IDNO:84的位置583、根据SEQ ID NO:85的位置943、根据SEQ ID NO:86的位置405、根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQID NO:92的位置802-803;以及
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
77.根据权利要求71至76中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括对整个核酸分子进行测序。
78.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物的一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
79.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物的至少一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
80.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述确定步骤包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物的至少一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
81.根据权利要求80所述的方法,其中所述样品中的所述核酸分子是mRNA,并且在所述扩增步骤之前将所述mRNA逆转录成cDNA。
82.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
83.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
84.根据权利要求66至70中任一项所述的方法,其中所述检测步骤包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
85.根据权利要求66至84中任一项所述的方法,其中所述受试者是WNT5B参考型,并且以标准剂量向所述受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,并且施用WNT5B抑制剂。
86.根据权利要求66至84中任一项所述的方法,其中所述受试者对于WNT5B预测功能丧失变体是杂合的,并且以等于或小于标准剂量的量向所述受试者施用治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,并且施用WNT5B抑制剂。
87.一种检测受试者中编码WNT5B预测功能丧失多肽的Wnt家族成员5B(WNT5B)变体核酸分子或其互补物的方法,所述方法包括测定从所述受试者获得的生物样品以确定所述生物样品中的核酸分子是否是:
具有包含以下的核苷酸序列的基因组核酸分子:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
具有包含以下的核苷酸序列的mRNA分子:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或者
由mRNA分子产生的cDNA分子,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
88.根据权利要求87所述的方法,其中所述方法是体外方法。
89.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括对所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698或其互补物;根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:4的位置65,099或其互补物;根据SEQ ID NO:5的位置65,099或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物。
90.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括对所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下的位置:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
91.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括对所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物的至少一部分进行测序,其中所测序部分包含对应于以下的位置:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
92.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ IDNO:5的位置65,099或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B基因组核酸分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:2的位置56,698、根据SEQ ID NO:3的位置58,170、根据SEQ ID NO:4的位置65,099、根据SEQ ID NO:5的位置65,099或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314;并且
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤、或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失。
93.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5BmRNA分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ ID NO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ ID NO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ ID NO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ ID NO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ ID NO:28的位置792、根据SEQ ID NO:29的位置254、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQ ID NO:32的位置598、根据SEQ IDNO:33的位置545、根据SEQ ID NO:34的位置583、根据SEQ ID NO:35的位置943、根据SEQ IDNO:36的位置405、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQ ID NO:38的位置545、根据SEQ IDNO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQ ID NO:41的位置583、根据SEQ IDNO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、或根据SEQ ID NO:49的位置802-803;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B mRNA分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:15的位置242、根据SEQ ID NO:16的位置145、根据SEQ IDNO:17的位置198、根据SEQ ID NO:18的位置40、根据SEQ ID NO:19的位置145、根据SEQ IDNO:20的位置183、根据SEQ ID NO:21的位置543、根据SEQ ID NO:22的位置491、根据SEQ IDNO:23的位置394、根据SEQ ID NO:24的位置447、根据SEQ ID NO:25的位置289、根据SEQ IDNO:26的位置394、根据SEQ ID NO:27的位置432、根据SEQ ID NO:28的位置792、根据SEQ IDNO:29的位置254、根据SEQ ID NO:30的位置642、根据SEQ ID NO:31的位置545、根据SEQ IDNO:32的位置598、根据SEQ ID NO:33的位置545、根据SEQ ID NO:34的位置583、根据SEQ IDNO:35的位置943、根据SEQ ID NO:36的位置405、根据SEQ ID NO:37的位置642、根据SEQ IDNO:38的位置545、根据SEQ ID NO:39的位置598、根据SEQ ID NO:40的位置545、根据SEQ IDNO:41的位置583、根据SEQ ID NO:42的位置943、根据SEQ ID NO:43的位置405、根据SEQ IDNO:44的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:45的位置942-943、根据SEQ ID NO:46的位置995-996、根据SEQ ID NO:47的位置942-943、根据SEQ ID NO:48的位置980-981、或根据SEQID NO:49的位置802-803;并且
c)确定所述引物的延伸产物是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ IDNO:20的位置183的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失。
94.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
a)使所述生物样品与如下引物接触,所述引物与所述WNT5BcDNA分子的核苷酸序列或其互补物的一部分杂交,所述部分接近对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ ID NO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ ID NO:63的位置183、根据SEQ ID NO:64的位置543、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ ID NO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ ID NO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、根据SEQ ID NO:72的位置254、根据SEQ ID NO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ ID NO:75的位置598、根据SEQ IDNO:76的位置545、根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ ID NO:78的位置943、根据SEQ IDNO:79的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ ID NO:81的位置545、根据SEQ IDNO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ ID NO:84的位置583、根据SEQ IDNO:85的位置943、根据SEQ ID NO:86的位置405、根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQ ID NO:92的位置802-803;
b)使所述引物延伸至少通过所述WNT5B cDNA分子的核苷酸序列或其互补物的对应于以下位置的位置:根据SEQ ID NO:58的位置242、根据SEQ ID NO:59的位置145、根据SEQ IDNO:60的位置198、根据SEQ ID NO:61的位置40、根据SEQ ID NO:62的位置145、根据SEQ IDNO:63的位置183、根据SEQ ID NO:64的位置543、根据SEQ ID NO:65的位置491、根据SEQ IDNO:66的位置394、根据SEQ ID NO:67的位置447、根据SEQ ID NO:68的位置289、根据SEQ IDNO:69的位置394、根据SEQ ID NO:70的位置432、根据SEQ ID NO:71的位置792、根据SEQ IDNO:72的位置254、根据SEQ IDNO:73的位置642、根据SEQ ID NO:74的位置545、根据SEQ IDNO:75的位置598、根据SEQ ID NO:76的位置545、根据SEQ ID NO:77的位置583、根据SEQ IDNO:78的位置943、根据SEQ ID NO:79的位置405、根据SEQ ID NO:80的位置642、根据SEQ IDNO:81的位置545、根据SEQ ID NO:82的位置598、根据SEQ ID NO:83的位置545、根据SEQ IDNO:84的位置583、根据SEQ ID NO:85的位置943、根据SEQ ID NO:86的位置405、根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040、根据SEQ ID NO:88的位置942-943、根据SEQ ID NO:89的位置995-996、根据SEQ ID NO:90的位置942-943、根据SEQ ID NO:91的位置980-981、或根据SEQID NO:92的位置802-803;以及
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶、在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤、在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失、在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失、或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
95.根据权利要求89至94中任一项所述的方法,其中所述测定包括对整个核酸分子进行测序。
96.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物的一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
97.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物的至少一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
98.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
a)扩增所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物的至少一部分,其中所述部分包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
b)用可检测标记来标记所扩增的核酸分子;
c)使所标记的核酸分子与包含改变特异性探针的支持物接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所扩增的核酸分子的核酸序列杂交的核苷酸序列,所扩增的核酸分子的核酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
d)检测所述可检测标记。
99.根据权利要求98所述的方法,其中所述样品中的所述核酸分子是mRNA,并且在所述扩增步骤之前将所述mRNA逆转录成cDNA。
100.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B基因组核酸分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B基因组核酸分子的核酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B基因组核酸分子的核酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
101.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B mRNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B mRNA分子的核酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B mRNA分子的核酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
102.根据权利要求87或权利要求88所述的方法,其中所述测定包括:
使所述生物样品中的所述WNT5B cDNA分子或其互补物与包含可检测标记的改变特异性探针接触,其中所述改变特异性探针包含在严格条件下与所述WNT5B cDNA分子的核酸序列或其互补物杂交的核苷酸序列,所述WNT5B cDNA分子的核酸序列或其互补物包含:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;并且
检测所述可检测标记。
103.根据权利要求87至102中任一项所述的方法,其中所述核酸分子存在于从所述受试者获得的细胞内。
104.一种检测Wnt家族成员5B(WNT5B)Cys83Stop-LG、Cys83Stop-Sht、Cys114Stop、Arg134Cys-LG、Arg134Cys-Sht、Arg134Ser-LG、Arg134Ser-Sht或Val266fs多肽的存在的方法,其包括对从受试者获得的生物样品进行测定,以确定所述生物样品中的WNT5B多肽是否包含:在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的终止密码子、在对应于根据SEQ IDNO:97的位置83的位置处的终止密码子、在对应于根据SEQ ID NO:98的位置114的位置处的终止密码子、在对应于根据SEQ ID NO:99的位置134的位置处的半胱氨酸、在对应于根据SEQ ID NO:100的位置134的位置处的半胱氨酸、在对应于根据SEQ ID NO:101的位置134的位置处的半胱氨酸、在对应于根据SEQ ID NO:102的位置134的位置处的半胱氨酸、或在对应于根据SEQ ID NO:103的位置226的位置处的缬氨酸。
105.根据权利要求104所述的方法,其中所述测定包括对所述多肽进行测序。
106.根据权利要求104所述的方法,其中所述测定是免疫测定。
107.一种包含至少约15个核苷酸的分离的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述改变特异性探针或改变特异性引物包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的Wnt家族成员5B(WNT5B)核酸分子或其互补物的一部分的核苷酸序列互补的核苷酸序列,其中所述部分包含对应于以下的位置:
根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ IDNO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;或根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;
根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物;根据SEQ IDNO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。
108.根据权利要求107所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述部分包含对应于以下的位置:根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物。
109.根据权利要求107所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述部分包含对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170或其互补物的位置。
110.根据权利要求107所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述部分包含对应于以下的位置:或其互补物;根据SEQ ID NO:22的位置491或其互补物;根据SEQ IDNO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ IDNO:49的位置802-803或其互补物。
111.根据权利要求107所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述部分包含对应于以下的位置:根据SEQ ID NO:22的位置489-491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置392-394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置445-447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置287-289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置392-394或其互补物;根据SEQ IDNO:27的位置430-432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置790-792或其互补物;根据SEQID NO:29的位置252-254或其互补物。
112.根据权利要求107所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述部分包含对应于以下的位置:根据SEQ ID NO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;
根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。
113.根据权利要求107所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述部分包含对应于以下的位置:根据SEQ ID NO:65的位置489-491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置392-394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置445-447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置287-289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置392-394或其互补物;根据SEQ IDNO:70的位置430-432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置790-792或其互补物;或根据SEQ ID NO:72的位置252-254或其互补物。
114.根据权利要求107至113中任一项所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述改变特异性探针或改变特异性引物包含DNA。
115.根据权利要求107至113中任一项所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述改变特异性探针或改变特异性引物包含RNA。
116.根据权利要求107至115中任一项所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述改变特异性探针或改变特异性引物包含标记。
117.根据权利要求116所述的改变特异性探针或改变特异性引物,其中所述标记是荧光标记、放射性标记或生物素。
118.一种支持物,其包含根据权利要求107至117中任一项所述的改变特异性探针或改变特异性引物所附接的基底。
119.根据权利要求118所述的支持物,其中所述支持物是微阵列。
120.一种分子复合物,其包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的Wnt家族成员5B(WNT5B)基因组核酸分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针在对应于以下的位置与所述WNT5B基因组核酸分子杂交:根据SEQ ID NO:3的位置58,170或其互补物;或根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314或其互补物。
121.根据权利要求120所述的分子复合物,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置与TGA密码子杂交。
122.根据权利要求120或权利要求121所述的分子复合物,其中所述基因组核酸分子包含SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:6。
123.一种分子复合物,其包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的Wnt家族成员5B mRNA(WNT5B)分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针在对应于以下的位置与所述WNT5B mRNA分子杂交:根据SEQ IDNO:22的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:23的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:24的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:25的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:26的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:27的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:28的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:29的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:45的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:46的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:47的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:48的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:49的位置802-803或其互补物。
124.根据权利要求123所述的分子复合物,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置与UGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置与UGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置与UGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置与UGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置与UGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置与UGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置与UGA密码子杂交;或在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置与UGA密码子杂交。
125.根据权利要求123或权利要求124所述的分子复合物,其中所述mRNA分子包含SEQID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQID NO:48或SEQ ID NO:49。
126.一种分子复合物,其包含与编码WNT5B预测功能丧失多肽的Wnt家族成员5B(WNT5B)cDNA分子杂交的改变特异性引物或改变特异性探针,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针在对应于以下位置的位置与所述WNT5B cDNA分子杂交:根据SEQ IDNO:65的位置491或其互补物;根据SEQ ID NO:66的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:67的位置447或其互补物;根据SEQ ID NO:68的位置289或其互补物;根据SEQ ID NO:69的位置394或其互补物;根据SEQ ID NO:70的位置432或其互补物;根据SEQ ID NO:71的位置792或其互补物;根据SEQ ID NO:72的位置254或其互补物;根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040或其互补物;根据SEQ ID NO:88的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:89的位置995-996或其互补物;根据SEQ ID NO:90的位置942-943或其互补物;根据SEQ ID NO:91的位置980-981或其互补物;或根据SEQ ID NO:92的位置802-803或其互补物。
127.根据权利要求126所述的分子复合物,其中所述改变特异性引物或所述改变特异性探针:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置与TGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置与TGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置与TGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置与TGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置与TGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置与TGA密码子杂交;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置与TGA密码子杂交;或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置与TGA密码子杂交。
128.根据权利要求126或权利要求127所述的分子复合物,其中所述cDNA分子包含SEQID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQID NO:91或SEQ ID NO:92。
129.根据权利要求120至128中任一项所述的分子复合物,其中所述改变特异性探针或改变特异性引物包含标记。
130.根据权利要求129所述的分子复合物,其中所述标记是荧光标记、放射性标记或生物素。
131.根据权利要求120至130中任一项所述的分子复合物,其还包含非人聚合酶。
132.一种包含编码Wnt家族成员5B(WNT5B)预测功能丧失多肽的核苷酸序列的分离的核酸分子或其互补物,其中所述多肽包含:在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短、在对应于根据SEQ ID NO:97的位置83的位置处的截短、在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短、或在对应于根据SEQ ID NO:103的位置266的位置处的移码突变。
133.根据权利要求132所述的分离的核酸分子或其互补物,其中所述核酸分子编码WNT5B预测功能丧失多肽,所述多肽:具有与SEQ ID NO:96具有至少约90%同一性的氨基酸序列,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:96的位置83的位置处的截短;具有与SEQID NO:97具有至少约90%同一性的氨基酸序列,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ IDNO:97的位置83的位置处的截短;具有与SEQ ID NO:98具有至少约90%同一性的氨基酸序列,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ ID NO:98的位置113的位置处的截短;或具有与SEQ ID NO:103具有至少约90%同一性的氨基酸序列,其中所述多肽包含在对应于根据SEQID NO:103的位置266的位置处的移码突变。
134.根据权利要求132所述的核酸分子或其互补物,其中所述多肽包含SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98或SEQ ID NO:103。
135.一种载体,其包含根据权利要求132至134中任一项所述的分离的核酸分子或其互补物。
136.根据权利要求135所述的载体,其中所述载体是质粒。
137.根据权利要求135所述的载体,其中所述载体是病毒。
138.一种宿主细胞,其包含根据权利要求132至134中任一项所述的分离的核酸分子或其互补物。
139.一种宿主细胞,其包含根据权利要求135至137中任一项所述的载体。
140.根据权利要求138或权利要求139所述的宿主细胞,其中所述核苷酸序列与在所述宿主细胞中有活性的启动子可操作地连接。
141.根据权利要求140所述的宿主细胞,其中所述启动子是外源启动子。
142.根据权利要求140或权利要求141所述的宿主细胞,其中所述启动子是诱导型启动子。
143.根据权利要求138至142中任一项所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞是细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或哺乳动物细胞。
144.一种组合物,其包含根据权利要求132至134中任一项所述的分离的核酸分子或其互补物以及载剂。
145.一种组合物,其包含根据权利要求135至137中任一项所述的载体以及载剂。
146.一种分离的基因组核酸分子,其包含编码Wnt家族成员5B(WNT5B)预测功能丧失多肽的核苷酸序列,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物,或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
147.根据权利要求146所述的分离的基因组核酸分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子。
148.根据权利要求146所述的分离的基因组核酸分子或其互补物,其中所述核苷酸序列:与SEQ ID NO:3具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤;或与SEQ ID NO:6具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失。
149.根据权利要求146所述的分离的基因组核酸分子或其互补物,其中所述核苷酸序列与SEQ ID NO:3具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,168-58,170的位置处的TGA密码子。
150.根据权利要求146所述的分离的基因组核酸分子或其互补物,其中所述核酸分子包含SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:6。
151.一种载体,其包含根据权利要求146至150中任一项所述的分离的基因组核酸分子或其互补物。
152.根据权利要求151所述的载体,其中所述载体是质粒。
153.根据权利要求151所述的载体,其中所述载体是病毒。
154.一种宿主细胞,其包含根据权利要求146至150中任一项所述的分离的基因组核酸分子或其互补物。
155.一种宿主细胞,其包含根据权利要求151至153中任一项所述的载体。
156.根据权利要求154或权利要求155所述的宿主细胞,其中所述核苷酸序列与在所述宿主细胞中有活性的启动子可操作地连接。
157.根据权利要求156所述的宿主细胞,其中所述启动子是外源启动子。
158.根据权利要求156或权利要求157所述的宿主细胞,其中所述启动子是诱导型启动子。
159.根据权利要求154至158中任一项所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞是细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或哺乳动物细胞。
160.一种组合物,其包含根据权利要求146至150中任一项所述的分离的基因组核酸分子或其互补物以及载剂。
161.一种组合物,其包含根据权利要求151至153中任一项所述的载体以及载剂。
162.一种包含编码Wnt家族成员5B(WNT5B)预测功能丧失多肽的核苷酸序列的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ IDNO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失。
163.根据权利要求162所述的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ IDNO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子、或在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子。
164.根据权利要求162所述的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列:与SEQ ID NO:22具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:23具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:24具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:25具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:26具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:27具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:28具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:29具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:44具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:45具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ IDNO:46具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:47具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:48具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸的缺失;或与SEQ ID NO:49具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸的缺失。
165.根据权利要求162所述的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列:与SEQ ID NO:22具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:22的位置489-491的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:23具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:23的位置392-394的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:24具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:24的位置445-447的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:25具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:25的位置287-289的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:26具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:26的位置392-394的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:27具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:27的位置430-432的位置处的UGA密码子;与SEQ ID NO:28具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:28的位置790-792的位置处的UGA密码子;或与SEQ ID NO:29具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:29的位置252-254的位置处的UGA密码子。
166.根据权利要求162所述的分离的mRNA分子或其互补物,其中所述核酸分子包含SEQID NO:22、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:24、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:26、SEQ ID NO:27、SEQID NO:28、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:44、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:46、SEQ ID NO:47、SEQID NO:48或SEQ ID NO:49。
167.一种载体,其包含根据权利要求162至166中任一项所述的分离的mRNA分子或其互补物。
168.根据权利要求167所述的载体,其中所述载体是质粒。
169.根据权利要求167所述的载体,其中所述载体是病毒。
170.一种宿主细胞,其包含根据权利要求162至166中任一项所述的分离的mRNA分子或其互补物。
171.一种宿主细胞,其包含根据权利要求167至169中任一项所述的载体。
172.根据权利要求170或权利要求171所述的宿主细胞,其中所述核苷酸序列与在所述宿主细胞中有活性的启动子可操作地连接。
173.根据权利要求172所述的宿主细胞,其中所述启动子是外源启动子。
174.根据权利要求172或权利要求173所述的宿主细胞,其中所述启动子是诱导型启动子。
175.根据权利要求170至174中任一项所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞是细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或哺乳动物细胞。
176.一种组合物,其包含根据权利要求162至166中任一项所述的分离的mRNA分子或其互补物,以及载剂。
177.一种组合物,其包含根据权利要求167至169中任一项所述的载体以及载剂。
178.一种包含编码Wnt家族成员5B(WNT5B)预测功能丧失多肽的核苷酸序列的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ IDNO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ IDNO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
179.根据权利要求178所述的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列包含:在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ IDNO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子、在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子、或在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子。
180.根据权利要求178所述的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列:与SEQ ID NO:65具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:66具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:67具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:68具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:69具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:70具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:71具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:72具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤;与SEQ ID NO:87具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:88具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;与SEQ IDNO:89具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:90具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸的缺失;与SEQ ID NO:91具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸的缺失;或与SEQ ID NO:92具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸的缺失。
181.根据权利要求178所述的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核苷酸序列:与SEQ ID NO:65具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:65的位置489-491的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:66具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:66的位置392-394的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:67具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:67的位置445-447的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:68具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:68的位置287-289的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:69具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:69的位置392-394的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:70具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:70的位置430-432的位置处的TGA密码子;与SEQ ID NO:71具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:71的位置790-792的位置处的TGA密码子;或与SEQ ID NO:72具有至少90%序列同一性,并且包含在对应于根据SEQ ID NO:72的位置252-254的位置处的TGA密码子。
182.根据权利要求178所述的分离的cDNA分子或其互补物,其中所述核酸分子包含SEQID NO:65、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:70、SEQID NO:71、SEQ ID NO:72、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:88、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:90、SEQID NO:91或SEQ ID NO:92。
183.一种载体,其包含根据权利要求178至182中任一项所述的分离的cDNA分子或其互补物。
184.根据权利要求183所述的载体,其中所述载体是质粒。
185.根据权利要求183所述的载体,其中所述载体是病毒。
186.一种宿主细胞,其包含根据权利要求178至182中任一项所述的分离的cDNA分子或其互补物。
187.一种宿主细胞,其包含根据权利要求183至185中任一项所述的载体。
188.根据权利要求186或权利要求187所述的宿主细胞,其中所述核苷酸序列与在所述宿主细胞中有活性的启动子可操作地连接。
189.根据权利要求188所述的宿主细胞,其中所述启动子是外源启动子。
190.根据权利要求188或权利要求189所述的宿主细胞,其中所述启动子是诱导型启动子。
191.根据权利要求186至190中任一项所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞是细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或哺乳动物细胞。
192.一种组合物,其包含根据权利要求178至182中任一项所述的分离的cDNA分子或其互补物以及载剂。
193.一种组合物,其包含根据权利要求183至185中任一项所述的载体以及载剂。
194.一种分离的Wnt家族成员5B(WNT5B)预测功能丧失多肽,其具有与以下序列具有至少约90%同一性的氨基酸序列:SEQ ID NO:96,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ IDNO:96的位置83的位置处的截短;SEQ ID NO:97,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ IDNO:97的位置83的位置处的截短;SEQ ID NO:98,其中所述多肽包含在对应于根据SEQ IDNO:98的位置113的位置处的截短;或SEQ ID NO:103,其中所述多肽包含在对应于根据SEQID NO:103的位置266的位置处的移码突变。
195.根据权利要求194所述的多肽,其中所述多肽包含SEQ ID NO:96、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:98或SEQ ID NO:103。
196.根据权利要求194或权利要求195所述的多肽,其中所述多肽与异源分子融合。
197.根据权利要求196所述的多肽,其中所述异源分子包括免疫球蛋白Fc结构域、肽纯化标签、荧光蛋白或转导结构域。
198.根据权利要求194至196中任一项所述的多肽,其中所述多肽与标记连接。
199.根据权利要求198所述的多肽,其中所述标记是荧光标记或放射性标记。
200.根据权利要求198所述的多肽,其中所述标记包括聚乙二醇、聚唾液酸或乙醇酸。
201.一种组合物,其包含根据权利要求194至200中任一项所述的多肽以及载剂或赋形剂。
202.一种宿主细胞,其表达根据权利要求194至200中任一项所述的多肽。
203.一种产生根据权利要求194至200中任一项所述的多肽的方法,其包括培养包含编码所述多肽的核酸分子的宿主细胞,所述宿主细胞由此表达所述多肽,并且回收所表达的多肽。
204.根据权利要求203所述的方法,其中所述核酸分子受异源启动子的控制。
205.根据权利要求203或权利要求204所述的方法,其中所述核酸分子受诱导型启动子的控制。
206.一种治疗或预防骨矿物质密度降低的治疗剂,其用于治疗或预防受试者的骨矿物质密度降低,所述受试者具有:
编码Wnt家族成员5B(WNT5B)预测功能丧失多肽的基因组核酸分子或其互补物,其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸的缺失;
编码WNT5B预测功能丧失多肽的mRNA分子或其互补物,其中所述mRNA分子具有包含以下的多核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或者
编码WNT5B预测功能丧失多肽的cDNA分子或其互补物,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
207.一种用于治疗或预防受试者的骨矿物质密度降低的Wnt家族成员5B(WNT5B)抑制剂,所述受试者:
a)是WNT5B基因组核酸分子、WNT5B mRNA分子或WNT5BcDNA分子的参考型;或者
b)对于以下是杂合的:
i)编码WNT5B预测功能丧失多肽的基因组核酸分子或其互补物,其中所述基因组核酸分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:2的位置56,698的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:3的位置58,170的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:4的位置65,099的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:5的位置65,099的位置处的腺嘌呤或其互补物;或在对应于根据SEQ ID NO:6的位置71,313-71,314的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;
ii)编码WNT5B预测功能丧失多肽的mRNA分子或其互补物,其中所述mRNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:15的位置242的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:16的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:17的位置198的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:18的位置40的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:19的位置145的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:20的位置183的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:21的位置543的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:22的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:23的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:24的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:25的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:26的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:27的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:28的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:29的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:30的位置642的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:31的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:32的位置598的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:33的位置545的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:34的位置583的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:35的位置943的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:36的位置405的位置处的尿嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:37的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:38的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:39的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:40的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:41的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:42的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:43的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:44的位置1,039-1,040的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:45的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:46的位置995-996的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:47的位置942-943的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:48的位置980-981的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:49的位置802-803的位置处的UC二核苷酸或其互补物的缺失;或
iii)编码WNT5B预测功能丧失多肽的cDNA分子或其互补物,其中所述cDNA分子具有包含以下的核苷酸序列:在对应于根据SEQ ID NO:58的位置242的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:59的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:60的位置198的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:61的位置40的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:62的位置145的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:63的位置183的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:64的位置543的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:65的位置491的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:66的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:67的位置447的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:68的位置289的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:69的位置394的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:70的位置432的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:71的位置792的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:72的位置254的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:73的位置642的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:74的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQID NO:75的位置598的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:76的位置545的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:77的位置583的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:78的位置943的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:79的位置405的位置处的胸腺嘧啶或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:80的位置642的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:81的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:82的位置598的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:83的位置545的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:84的位置583的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ IDNO:85的位置943的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:86的位置405的位置处的腺嘌呤或其互补物;在对应于根据SEQ ID NO:87的位置1,039-1,040的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:88的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:89的位置995-996的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:90的位置942-943的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;在对应于根据SEQ ID NO:91的位置980-981的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失;或在对应于根据SEQ ID NO:92的位置802-803的位置处的TC二核苷酸或其互补物的缺失。
208.根据权利要求207所述的WNT5B抑制剂,其为抑制性核酸分子。
209.根据权利要求208所述的WNT5B抑制剂,其中所述抑制性核酸分子是与WNT5B核酸分子杂交的反义核酸分子、小干扰RNA(siRNA)或短发夹RNA(shRNA)。
210.根据权利要求207所述的WNT5B抑制剂,其包含Cas蛋白和与WNT5B基因组核酸分子内的gRNA识别序列杂交的引导RNA(gRNA)。
211.根据权利要求210所述的WNT5B抑制剂,其中所述Cas蛋白是Cas9或Cpf1。
212.根据权利要求210或权利要求211所述的WNT5B抑制剂,其中所述gRNA识别序列包含或接近根据SEQ ID NO:1的位置56,698、根据SEQ ID NO:1的位置58,170、根据SEQ IDNO:1的位置65,099、根据SEQ ID NO:1的位置65,099或根据SEQ ID NO:1的位置71,313-71,314。
213.根据权利要求210或权利要求211所述的WNT5B抑制剂,其中所述gRNA识别序列位于对应于以下位置的位置的约1000、约500、约400、约300、约200、约100、约50、约45、约40、约35、约30、约25、约20、约15、约10或约5个核苷酸处:根据SEQ ID NO:1的位置56,698、根据SEQ ID NO:1的位置58,170、根据SEQ ID NO:1的位置65,099、根据SEQ ID NO:1的位置65,099或根据SEQ ID NO:1的位置71,313-71,314。
214.根据权利要求210或权利要求211所述的WNT5B抑制剂,其中原间隔序列邻近基序(PAM)序列位于所述gRNA识别序列下游约2至约6个核苷酸处。
215.根据权利要求210至214中任一项所述的WNT5B抑制剂,其中所述gRNA包含约17至约23个核苷酸。
216.根据权利要求210至214中任一项所述的WNT5B抑制剂,其中所述gRNA识别序列包含根据SEQ ID NO:104-123中任一项的核苷酸序列。
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