CN117757790A - 抑制SCAP基因表达的siRNA、其缀合物和药物组合物及用途 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及抑制固醇调节元件结合蛋白裂解激活蛋白(SCAP)基因表达的siRNA、siRNA缀合物、包含其的药物组合物、及其用途。所述siRNA中的每个核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸,该siRNA含有正义链和反义链。所述siRNA及其缀合物和药物组合物可以有效治疗和/或预防与SCAP基因过表达相关的疾病。
Description
技术领域
本申请涉及抑制SCAP基因表达的siRNA、siRNA缀合物、包含其的药物组合物、其制备方法和用途。
背景技术
固醇调节元件结合蛋白裂解激活蛋白(SCAP,即SREBP(sterol regulatoryelement binding protein)cleavage-activating protein)是一种膜结合糖蛋白,包含23个外显子。其中,外显子2、3、7、8、9、10、11和13分别编码8个跨膜区域,其中第2-6个跨膜螺旋构成一个结构域,即固醇传感结构域(SSD),它是细胞内固醇水平的感受器。外显子15-23编码亲水的COOH末端,该亲水的COOH末端有550个氨基酸残基伸入到胞液中,其中包括7个Trp-Asp(WD)重复,每个WD重复约含有40个氨基酸残基,WD重复作用于固醇调节元件结合蛋白(SREBP)。新合成的SREBP位于内质网膜上,它能与护送蛋白SCAP结合形成SCAP-SREBP复合物。SCAP的N端在SCAP-SREBP复合物调节脂质合成的过程中发挥关键的作用。SCAP通过刺激转录因子SREBP的裂解,调控着SREBP蛋白的水解反应。由SCAP激活的水解反应使SREBP的活性片段从粗面内质网上释放出来,进入细胞核后发挥转录作用,进而激活一系列于脂质合成相关酶的基因表达,造成细胞和机体损伤,甚至引发心脑血管疾病,例如高脂血症、脂肪肝等。
有研究发现,在由Paigen饮食诱导的瘦型非酒精性脂肪性肝病(lean NAFLD)的小鼠模型中,巨噬细胞SCAP异常增加,并通过激活STING-NF-κB信号转导通路而导致严重的代谢性炎症。代谢性炎症增加了脂肪组织中的脂解作用,提高了肝脏脂肪摄入和合成,因此导致肝脏中的异位脂质沉积和肝损伤。
动物实验结果表明,SCAP可作为高甘油三酯血症和高脂血症的治疗靶点。一些小分子抑制剂,如fatostatin、betulin和xanthohumol被发现能够抑制SCAP/SREBP复合物的转运。其中,fatostatin通过与SCAP结合,限制SREBP转运到ER,随后减少肥胖小鼠中的脂肪生成和积累。类似地,betulin结合SCAP并增强其与胰岛素诱导基因(INSIGs)的相互作用,以抑制SCAP/SREBP转运。在饮食诱导的肥胖小鼠中,betulin提高了胰岛素灵敏度并降低了胆固醇和甘油三酯的水平。xanthohumol被发现抑制Huh7细胞中SREBP活性。在饮食诱导的肥胖小鼠中,膳食xanthohumol降低了肝脏中SCAP/SREBP靶基因的表达,从而减少了肝脏SREBP-1的成熟形式,抑制了肥胖和肝性脂肪变性的发生。Xanthohumol有助于缓解饮食诱导的肥胖和脂肪肝。
目前尚无靶向SCAP的药物上市或进入临床研究阶段,有多个研究处于临床前或生物活性测试阶段,针对的适应症包括食管癌、高血脂症、肥胖、脂肪性肝病如非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、肝纤维化疾病等。因此开发靶向SCAP靶点药物具有重要的价值。
本发明旨在提供siRNA、siRNA缀合物及其药物组合物,其可以选择性及有效地抑制SCAP基因的表达,实现疾病治疗的目的。
发明内容
本发明提供了一种抑制固醇调节元件结合蛋白裂解激活蛋白(SCAP)基因表达的siRNA,所述siRNA包含正义链与反义链,其中所述siRNA中的每个核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸,其中所述正义链含有核苷酸序列I,反义链含有核苷酸序列II,所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II至少部分地反向互补形成双链区,其中所述核苷酸序列I和核苷酸序列II选自以下序列:
(1)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:263所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:264所示的核苷酸序列:
5’-GGACCUGUGGAAU-3’(SEQ ID NO:263)
5’-AUUCCACAGGUCC-3’(SEQ ID NO:264);
(2)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:265所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:266所示的核苷酸序列:
5’-GUCCAGCAGAUAUU-3’(SEQ ID NO:265)
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(4)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:269所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:270所示的核苷酸序列:
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5’-UGAUGUAGGUG-3’(SEQ ID NO:272);
(6)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:273所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:274所示的核苷酸序列:
5’-GAUCGACAUGGU-3’(SEQ ID NO:273)
5’-ACCAUGUCGAUC-3’(SEQ ID NO:274);
(7)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:275所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:276所示的核苷酸序列:
5’-GCUGCUCAUGUCUGU-3’(SEQ ID NO:275)
5’-ACAGACAUGAGCAGC-3’(SEQ ID NO:276);
(8)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:277所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:278所示的核苷酸序列:
5’-UGUGGUGGUUAUU-3’(SEQ ID NO:277)
5’-AAUAACCACCACA-3’(SEQ ID NO:278),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:83,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:84;
(9)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:279所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:280所示的核苷酸序列:
5’-UUGGGUUAGAGAAU-3’(SEQ ID NO:279)
5’-AUUCUCUAACCCAA-3’(SEQ ID NO:280),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:87,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:88;
(10)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:281所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:282所示的核苷酸序列:
5’-GAGAAUGUGUUGGU-3’(SEQ ID NO:281)
5’-ACCAACACAUUCUC-3’(SEQ ID NO:282);
(11)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:283所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:284所示的核苷酸序列:
5’-GGCUGGUGUCUGACUUCU-3’(SEQ ID NO:283)
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(12)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:285所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:286所示的核苷酸序列:
5’-CUAGCAGACCUGAACA-3’(SEQ ID NO:285)
5’-UGUUCAGGUCUGCUAG-3’(SEQ ID NO:286);
(13)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:287所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:288所示的核苷酸序列:
5’-GCUAUUACAACAU-3’(SEQ ID NO:287)
5’-AUGUUGUAAUAGC-3’(SEQ ID NO:288),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:161,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:162;
(14)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:289所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:290所示的核苷酸序列:
5’-GGAACGACUUUCA-3’(SEQ ID NO:289)
5’-UGAAAGUCGUUCC-3’(SEQ ID NO:290),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:179,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:180,
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:185,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:186,
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:201,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:202;
(15)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:291所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:292所示的核苷酸序列:
5’-CUUGGACAAAA-3’(SEQ ID NO:291)
5’-UUUUGUCCAAG-3’(SEQ ID NO:292);
(16)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:293所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:294所示的核苷酸序列:
5’-CCUUUUGGGACCUAA-3’(SEQ ID NO:293)
5’-UUAGGUCCCAAAAGG-3’(SEQ ID NO:294),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:255,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:256;
(17)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列;
(18)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:21所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:22所示的核苷酸序列;
(19)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:41所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:42所示的核苷酸序列;
(20)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:43所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:44所示的核苷酸序列;
(21)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:45所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:46所示的核苷酸序列;
(22)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:47所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:48所示的核苷酸序列;
(23)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:79所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:80所示的核苷酸序列;
(24)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:107所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:108所示的核苷酸序列;
(25)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:119所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:120所示的核苷酸序列;
(26)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:151所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:152所示的核苷酸序列;
(27)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:153所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:154所示的核苷酸序列;
(28)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:157所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:158所示的核苷酸序列;
(29)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:205所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:206所示的核苷酸序列;
(30)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:239所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:240所示的核苷酸序列;
(31)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:241所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:242所示的核苷酸序列;
(32)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:243所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:244所示的核苷酸序列;
(33)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:245所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:246所示的核苷酸序列;
(34)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:733所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:734所示的核苷酸序列:
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5’-GUUCCCAGCUC-3’(SEQ ID NO:734);
(35)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:735所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:736所示的核苷酸序列:
5’-GGGCUGGUGUCU-3’(SEQ ID NO:735)
5’-AGACACCAGCCC-3’(SEQ ID NO:736);
(36)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:737所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:738所示的核苷酸序列:
5’-UCUGACUUCUU-3’(SEQ ID NO:737)
5’-AAGAAGUCAGA-3’(SEQ ID NO:738);
(37)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:739所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:740所示的核苷酸序列:
5’-CUUCCUUCAGAU-3’(SEQ ID NO:739)
5’-AUCUGAAGGAAG-3’(SEQ ID NO:740);
(38)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:741所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:742所示的核苷酸序列:
5’-UGGAGCUAGCAGA-3’(SEQ ID NO:741)
5’-UCUGCUAGCUCCA-3’(SEQ ID NO:742);
(39)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:743所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:744所示的核苷酸序列:
5’-ACCUGAACAAGC-3’(SEQ ID NO:743)
5’-GCUUGUUCAGGU-3’(SEQ ID NO:744);
(40)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:745所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:746所示的核苷酸序列:
5’-CUUUCAGAUGGUGG-3’(SEQ ID NO:745)
5’-CCACCAUCUGAAAG-3’(SEQ ID NO:746);
(41)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:747所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:748所示的核苷酸序列:
5’-UCUGGUGUUCUUGGACAA-3’(SEQ ID NO:747)
5’-UUGUCCAAGAACACCAGA-3’(SEQ ID NO:748);
(42)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:749所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:750所示的核苷酸序列:
5’-GACAAAAGGAUUGUG-3’(SEQ ID NO:749)
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(43)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:751所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:752所示的核苷酸序列:
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5’-UCAUCCCGGAAAGUGACCA-3’(SEQ ID NO:634);
(45)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:753所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:754所示的核苷酸序列:
5’-CGCCGGAUGGAGCUAG-3’(SEQ ID NO:753)
5’-CUAGCUCCAUCCGGCG-3’(SEQ ID NO:754);
(46)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:755所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:756所示的核苷酸序列:
5’-GGGCCUGAGGAUGAGGAA-3’(SEQ ID NO:755)
5’-UUCCUCAUCCUCAGGCCC-3’(SEQ ID NO:756);
(47)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:757所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:758所示的核苷酸序列:
5’-GUGUGGGACGCCAUU-3’(SEQ ID NO:757)
5’-AAUGGCGUCCCACAC-3’(SEQ ID NO:758);
(48)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:759所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:760所示的核苷酸序列:
5’-UGGUGCAAGCUU-3’(SEQ ID NO:759)
5’-AAGCUUGCACCA-3’(SEQ ID NO:760);
(49)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:761所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:762所示的核苷酸序列:
5’-CUUGGGUGUCAUCUCAGA-3’(SEQ ID NO:761)
5’-UCUGAGAUGACACCCAAG-3’(SEQ ID NO:762);
(50)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:635所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:636所示的核苷酸序列;
(51)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:637所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:638所示的核苷酸序列;
(52)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:639所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:640所示的核苷酸序列;
(53)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:646所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:647所示的核苷酸序列;
(54)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:648所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:649所示的核苷酸序列;
(55)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:650所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:651所示的核苷酸序列;
(56)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:661所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:662所示的核苷酸序列;
(57)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:663所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:664所示的核苷酸序列;
(58)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:670所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:671所示的核苷酸序列;
(59)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:680所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:681所示的核苷酸序列;
(60)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:686所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:687所示的核苷酸序列;
(61)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:698所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:699所示的核苷酸序列;
(62)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:700所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:701所示的核苷酸序列;
(63)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:702所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:703所示的核苷酸序列;
(64)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:704所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:705所示的核苷酸序列;
(65)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:706所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:707所示的核苷酸序列;
(66)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:708所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:709所示的核苷酸序列;
(67)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:725所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:726所示的核苷酸序列;
(68)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:729所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:730所示的核苷酸序列;
(69)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:181所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:314所示的核苷酸序列;
(70)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:181所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:315所示的核苷酸序列;
(71)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:203所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:326所示的核苷酸序列;
(72)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:203所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:327所示的核苷酸序列;
(73)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:259所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:260所示的核苷酸序列;
(74)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:765所示的核苷酸序列;
(75)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:85所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:86所示的核苷酸序列;
(76)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:89所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:90所示的核苷酸序列;
(77)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:163所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:164所示的核苷酸序列;
(78)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:181所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:182所示的核苷酸序列;
(79)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:187所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:188所示的核苷酸序列;
(80)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:203所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:204所示的核苷酸序列;
(81)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:258所示的核苷酸序列;
(82)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:259所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:258所示的核苷酸序列;
(83)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:260所示的核苷酸序列;
(84)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:261所示的核苷酸序列;
(85)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:262所示的核苷酸序列。
在一个实施方案中,所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II基本上反向互补、实质上反向互补或完全反向互补;所述基本上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于3个的碱基错配;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
在一个实施方案中,所述正义链还含有核苷酸序列III,所述反义链还含有核苷酸序列IV,核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-10个核苷酸,其中所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的5'末端,核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的3'末端,所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配;和/或,所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的3'末端,核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的5'末端,所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
在一个实施方案中,所述正义链还含有核苷酸序列V和/或所述反义链还含有核苷酸序列VI,核苷酸序列V和VI的长度为0至3个核苷酸,核苷酸序列V连接在所述正义链的3'末端构成正义链的3'突出端,和/或核苷酸序列VI连接在所述反义链的3'末端构成反义链的3'突出端。在一个优选的实施方式中,所述核苷酸序列V或VI的长度为2个核苷酸。在一个优选的实施方案中,所述核苷酸序列V或VI为连续的两个胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸或连续的两个尿嘧啶核糖核苷酸。在一个优选的实施方案中,所述核苷酸序列V或VI与靶mRNA相应位置的核苷酸错配或互补。
在一个实施方案中,该双链区的长度是15-30个核苷酸对。在一个优选的实施方案中,双链区的长度是17-23个核苷酸对。在一个更优选的实施方案中,双链区的长度是19-21个核苷酸对。
在一个实施方案中,正义链或反义链具有15-30个核苷酸。在一个优选的实施方案中,正义链或反义链具有19-25个核苷酸。在一个更优选的实施方案中,正义链或反义链具有19-23个核苷酸。
在一个实施方案中,所述正义链或所述反义链中的至少一个核苷酸为修饰的核苷酸,和/或至少一个磷酸酯基为具有修饰基团的磷酸酯基;优选地,所述具有修饰基团的磷酸酯基为磷酸酯基中的磷酸二酯键中的至少一个氧原子被硫原子取代而形成的硫代磷酸酯基。
在一个实施方案中,所述siRNA包括不包含3’突出端核苷酸的正义链。
在一个实施方案中,所述正义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团,和/或所述反义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。
在一个实施方案中,所述修饰的核苷酸选自2’-氟代修饰的核苷酸,2’-烷氧基修饰的核苷酸,2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸,2’-烷基修饰的核苷酸,2’-取代的烷基修饰的核苷酸,2’-脱氧核苷酸,2’-氨基修饰的核苷酸,2’-取代的氨基修饰的核苷酸,核苷酸类似物或其中任意两种以上的组合。
在一个实施方案中,所述修饰的核苷酸选自2’-氟代修饰的核苷酸,2’-甲氧基修饰的核苷酸,2’-O-CH2-CH2-O-CH3修饰的核苷酸,2’-O-CH2-CH=CH2修饰的核苷酸,2’-CH2-CH2-CH=CH2修饰的核苷酸,2’-脱氧核苷酸,核苷酸类似物或其中任意两种以上的组合。
在一个实施方案中,所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸或非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一个实施方案中,每一个非氟代修饰的核苷酸均为2’-甲氧基修饰的核苷酸,所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2'-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
在一个实施方案中,每一个非氟代修饰的核苷酸独立地选自核苷酸的核糖基2'位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物中的一种,核苷酸类似物选自假尿嘧啶、异核苷酸、LNA、ENA、cET BNA、UNA和GNA中的一种。
在一个实施方案中,所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸,2’-甲氧基修饰的核苷酸,GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。
在一些实施方案中,所述siRNA中以下核苷酸之间的连接中至少一个为硫代磷酸酯基连接:
所述正义链的5’末端起始的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接;
所述正义链的5’末端起始的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接;
所述正义链的3’末端起始的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接;
所述正义链的3’末端起始的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接;
所述反义链的5’末端起始的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接;
所述反义链的5’末端起始的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接;
所述反义链的3’末端起始的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接;
所述反义链的3’末端起始的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接。
在一些实施方案中,所述siRNA沿5’末端向3’末端方向,所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
所述正义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
或者,
所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
在一些实施方案中,所述siRNA沿5’末端向3’末端方向,反义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述反义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述反义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
所述反义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述反义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
在一个实施方案中,所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸,2’-甲氧基修饰的核苷酸,GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接,3’末端除去突出端;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接,3’末端除去突出端;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;且所述正义链的5’末端核苷酸不连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团,和/或所述反义链的5’末端核苷酸不连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。在一个优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;且所述正义链的5’末端核苷酸不连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团,和/或所述反义链的5’末端核苷酸不连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。
在一个具体实施方案中,本发明提供了选自表1的siRNA;优选地,所述siRNA选自N-ER-FY022064、N-ER-FY022064M1、N-ER-FY022064MD2、N-ER-FY022064M2、N-ER-FY022064M3、N-ER-FY022064M4、N-ER-FY022064M5、N-ER-FY022064M2D2、N-ER-FY022069、N-ER-FY022069M1、N-ER-FY022069MD2、N-ER-FY022069M2、N-ER-FY022069M3、N-ER-FY022069M4、N-ER-FY022069M5、N-ER-FY022069M2D2、N-ER-FY022036、N-ER-FY022036M1、N-ER-FY022036MD2、N-ER-FY022036M2、N-ER-FY022036M3、N-ER-FY022036M4、N-ER-FY022036M5、N-ER-FY022036M2D2、N-ER-FY022081M1、N-ER-FY022081MD2、N-ER-FY022081M2、N-ER-FY022081M3、N-ER-FY022081M4、N-ER-FY022081M5、N-ER-FY022081M2D2、N-ER-FY022041、N-ER-FY022041M1、N-ER-FY022041M2、N-ER-FY022041M3、N-ER-FY022041M4、N-ER-FY022041M5、N-ER-FY022041M6、N-ER-FY022041M7、N-ER-FY022148、N-ER-FY022148M2、N-ER-FY022148M3、N-ER-FY022148M4、N-ER-FY022148M5、N-ER-FY022148M6、N-ER-FY022148M7、N-ER-FY022095、N-ER-FY022095M2、N-ER-FY022095M3、N-ER-FY022095M4、N-ER-FY022095M5、N-ER-FY022095M6、N-ER-FY022095M7。
本发明还提供了一种siRNA缀合物,所述siRNA缀合物含有本发明的siRNA以及缀合至该siRNA的缀合基团(如下式所示,双螺旋结构表示所述siRNA,并且所述缀合基团连接至所述siRNA的正义链3'末端):
上述缀合物结构中X可选择为O或S,在一个实施方案中,X为O。
在一个实施方案中,所述缀合基团包含药学上可接受的靶向基团和接头,并且所述siRNA、所述接头和所述靶向基团依次共价或非共价连接;
优选地,在所述siRNA缀合物中,siRNA的正义链与反义链互补形成所述siRNA缀合物的双链区,且所述正义链的3’末端形成平末端,所述反义链的3’末端具有1-3个延伸出所述双链区的突出的核苷酸;
或者,
在所述siRNA缀合物中,siRNA的正义链与反义链互补形成所述siRNA缀合物的双链区,且所述正义链的3’末端形成平末端,所述反义链的3’末端形成平末端。
在一个实施方案中,所述缀合基团为下式的L96:
在一个具体实施方案中,所述siRNA缀合物为选自表2的siRNA缀合物。
本发明还提供了一种药物组合物,其包含本发明的siRNA,或本发明的siRNA缀合物,以及药学上可接受的载体。
本发明还提供了试剂盒,其包含本发明的siRNA,或本发明的siRNA缀合物,或本发明的药物组合物。
本发明还提供了本发明的siRNA,或本发明的siRNA缀合物,或本发明的药物组合物用于制备抑制SCAP基因表达的药剂的用途。
本发明还提供了本发明的siRNA,或本发明的siRNA缀合物,或本发明的药物组合物用于制备预防和/或治疗SCAP基因过表达相关的疾病的药剂的用途。
在具体实施方案中,所述疾病为食管癌、高血脂症、肥胖、脂肪性肝病如非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、肝纤维化疾病;优选地,所述疾病为脂肪性肝病、肝纤维化疾病。
本发明还提供了抑制SCAP基因表达的方法,包括将治疗有效量的本发明的siRNA,或本发明的siRNA缀合物,或本发明的药物组合物与表达SCAP的细胞接触或给予有需要的受试者。
本发明还提供了治疗和/或预防SCAP基因过表达相关的疾病的方法,包括将治疗有效量的本发明的siRNA,或本发明的siRNA缀合物,或本发明的药物组合物给予有需要的受试者。
在具体实施方案中,所述疾病为食管癌、高血脂症、肥胖、脂肪性肝病如非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、肝纤维化疾病;优选地,所述疾病为脂肪性肝病、肝纤维化疾病。
有益效果
本申请提供的siRNA、药物组合物和siRNA缀合物在体外细胞实验中显示出优异的SCAP基因表达抑制活性,具有良好的治疗SCAP基因过表达相关的疾病的潜力。例如,本申请公开的siRNA及其缀合物能够降低肝脏中SCAP mRNA的表达,毒副作用低,血浆稳定性好,具有良好的临床应用前景。
本申请提供的siRNA在Huh7细胞中显示出对SCAP基因良好的抑制效果。在一些具体实施方式中,本发明的siRNA在1nM和0.1nM下均可显著抑制SCAP基因的表达,其中在1nM下48h抑制率最高达92.60%,在0.1nM下48h抑制率最高达88.92%。
在一些具体实施方式中,本申请提供的siRNA在Huh7细胞中有较高的SCAP基因抑制活性,例如,IC50约0.0116-0.3950nM,最低至0.0116nM。
在一些具体实施方式中,本申请提供的siRNA缀合物在PHH细胞中具有较高的SCAP基因抑制活性,例如,在siRNA缀合物通过自由摄取进入PHH的情况下,IC50可低至0.312nM;在siRNA缀合物通过转染进入PHH的情况下,IC50可低至0.016nM。
在一些具体实施方式中,本申请提供的siRNA缀合物显示出对SCAP基因的优异的抑制效果。在自由摄取条件下,在100nM浓度的抑制率高达88.38%,在5nM浓度的抑制率高达86.01%;在转染条件下,在1nM浓度的抑制率高达95.12%,在0.05nM浓度的抑制率高达90.33%。
在一些具体实施方式中,本申请的siRNA缀合物在体内对SCAP基因具有较高的抑制活性,能够长时间降低SCAP蛋白水平,例如siRNA1-siRNA161。
在一些具体实施方式中,本申请的siRNA缀合物在血浆中半衰期较短,清除较快,例如siRNA1-siRNA161。
在一些具体实施方式中,本申请的siRNA缀合物主要富集于肝脏,在组织中保留时间较长,具有很好的稳定性,例如siRNA1-siRNA161。
在一些具体实施方式中,本申请的siRNA缀合物毒性较低,具有优异的用药安全窗口,siRNA1-siRNA161。
具体实施方式
定义
在说明书通篇中,如无特别说明,在本技术领域中,“G”、“C”、“A”、“T”和“U”通常分别代表鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶、尿嘧啶的碱基,但本领域中也通常知晓,“G”、“C”、“A”、“T”和“U”每个通常也代表分别含有鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶和尿嘧啶作为碱基的核苷酸,这在表示脱氧核糖核酸序列和/或核糖核酸序列中是常见的方式,因此在本公开的上下文中,“G”、“C”、“A”、“T”、“U”表示的含义包括上述各种可能的情形。小写字母a、u、c、g:表示2’-甲氧基修饰的核苷酸;Af、Gf、Cf、Uf:表示2’-氟代修饰的核苷酸;小写字母s表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;P1:表示该P1右侧相邻的一个核苷酸为5’-磷酸核苷酸;(下划线+粗体+斜体):表示GNA修饰的核苷酸。
在上文及下文中,所述“2’-氟代修饰的核苷酸”指核苷酸的核糖基2’位的羟基被氟取代形成的核苷酸。“非氟代修饰的核苷酸”指核苷酸的核糖基2’位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物。在一些实施方式中,每一个非氟代修饰的核苷酸独立地选自核苷酸的核糖基2’位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物中的一种。这些核糖基2’位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸是本领域技术人员所公知的,这些核苷酸可以选自2’-烷氧基修饰的核苷酸、2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸、2’-烷基修饰的核苷酸、2’-取代的烷基修饰的核苷酸、2’-氨基修饰的核苷酸、2’-取代的氨基修饰的核苷酸、2’-脱氧核苷酸中的一种。
“烷基”包括直链、支链或环状的饱和烷基。例如,烷基包括但不限于甲基、乙基、丙基、环丙基、正丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、环丁基、正戊基、环已基等类似基团。示例性的,“C1-6烷基”中的“C1-6”是指包含有1、2、3、4、5或6个碳原子的直链、支链或环状形式排列的基团。
“烷氧基”在本文中是指烷基基团通过氧原子与分子其余部分相连(-O-烷基),其中所述烷基如本文中所定义。烷氧基的非限制性实例包括甲氧基、乙氧基、三氟甲氧基、二氟甲氧基、正丙氧基、异丙氧基、正丁氧基、叔丁氧基、正戊氧基等。
“核苷酸类似物”指能够在核酸中代替核苷酸,但结构不同于腺嘌呤核糖核苷酸、鸟嘌呤核糖核苷酸、胞嘧啶核糖核苷酸、尿嘧啶核糖核苷酸或胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸的基团。如假尿嘧啶(Ψ)、异核苷酸、桥联的核苷酸(bridged nucleic acid,简称BNA)或无环核苷酸。
假尿嘧啶(Ψ)是指:一种尿嘧啶核苷的天然结构类似物,核糖不是与尿嘧啶N1相连,而是与嘧啶环的C5连接
BNA是指受约束的或不能接近的核苷酸。BNA可以含有五元环、六元环、或七元环的具有“固定的”C3'-内切糖缩拢的桥联结构。通常将该桥掺入到该核糖的2'-、4'-位处以提供一个2',4'-BNA核苷酸,如LNA、ENA、cET BNA等,其中,LNA如式(1)所示,ENA如式(2)所示,cET BNA如式(3)所示:
无环核苷酸是核苷酸的糖环被打开形成的一类核苷酸,如解锁核酸(UNA)或甘油核酸(GNA),其中,UNA如式(4)所示,GNA如式(5)所示:
上述式(4)和式(5)中,R选自H、OH或烷氧基(O-烷基)。
异核苷酸是指核苷酸中碱基在核糖环上的位置发生改变而形成的化合物,例如,碱基从核糖环的1'-位移动至2'-位或3'-位而形成的化合物,如式(6)或(7)所示:
上述式(6)-式(7)化合物中,Base表示碱基,例如A、U、G、C或T;R选自H、OH、F或者如上所述的非氟基团。
在一些实施方式中,核苷酸类似物选自假尿嘧啶、异核苷酸、LNA、ENA、cET BNA、UNA和GNA中的一种。在一些实施方式中,每一个非氟代修饰的核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸、GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合。在一些优选实施方式中,每一个非氟代修饰的核苷酸均为2’-甲氧基修饰的核苷酸,在上文和下文中,所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2’-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
所述“2’-甲氧基修饰的核苷酸”指核糖基的2’-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。所述“硫代磷酸酯基”指磷酸酯基中的磷酸二酯键中的一个氧原子被硫原子取代而成的硫代磷酸酯基。所述“5’-磷酸核苷酸”指下式的结构:
在本说明书的上下文中,表述“互补”和“反向互补”可互相替代使用,并具有本领域技术人员周知的含义,即,在双链核酸分子中,一条链的碱基各自与另一条链上的碱基以互补的方式相配对。在DNA中,嘌呤碱基腺嘌呤(A)始终与嘧啶碱基胸腺嘧啶(T)(或者在RNA中为尿嘧啶(U))相配对;嘌呤碱基鸟嘌呤(C)始终与嘧啶碱基胞嘧啶(G)相配对。每个碱基对都包括一个嘌呤和一个嘧啶。当一条链上的腺嘌呤始终与另一条链上的胸腺嘧啶(或尿嘧啶)配对,以及鸟嘌呤始终与胞嘧啶配对时,两条链被认为是彼此相互补的,以及从其互补链的序列中可以推断出该链的序列。与此相应地,“错配”在本领域中意指在双链核酸中,对应位置上的碱基并未以互补的形式配对存在。
在上文及下文中,如无特别说明,“基本上反向互补”是指所涉及的两段核苷酸序列之间存在不多于3个的碱基错配;“实质上反向互补”是指两段核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;“完全反向互补”是指两段核苷酸序列之间不存在碱基错配。
在上文及下文中,一个核苷酸序列与另外一个核苷酸序列存在“核苷酸差异”,是指前者与后者相比,相同位置的核苷酸的碱基种类发生了改变,例如,在后者中一个核苷酸碱基为A时,在前者的相同位置处的对应核苷酸碱基为U、C、G或者T的情况下,认定为两个核苷酸序列之间在该位置处存在核苷酸差异。在一些实施方式中,以无碱基核苷酸或其等同物代替原位置的核苷酸时,也可认为在该位置处产生了核苷酸差异。
在上下文中,“突出端”是指当siRNA的一条链的一个3’末端延伸超出另一条链的5’末端时从该siRNA的双链体结构突出的一个或多个不成对的核苷酸,或反之亦然。“平端”或“平末端”意指在该siRNA的那端处不存在不成对的核苷酸,即无核苷酸突出端。一种“平末端的”siRNA是一种在其整个长度上都是双链、即在该分子的任一端处都无核苷酸突出端的siRNA。
在本申请说明书上文及下文中,特别是在描述本申请的siRNA、药物组合物或siRNA缀合物的制备方法时,除非特别说明,所述核苷单体指,根据欲制备的siRNA或siRNA缀合物中核苷酸的种类和顺序,固相亚磷酰胺合成中使用的修饰或未修饰的核苷亚磷酰胺单体。固相亚磷酰胺合成为本领域技术人员所公知的RNA合成中所用的方法。本申请所用的核苷单体均可商购得到。
在本申请的上下文中,除非另有说明,“缀合”是指两个或多个各自具有特定功能的化学部分之间以共价连接的方式彼此连接;相应地,“缀合物”是指该各个化学部分之间通过共价连接而形成的化合物。进一步地,“siRNA缀合物”表示一个或多个具有特定功能的化学部分共价连接至siRNA上而形成的化合物。siRNA缀合物应根据上下文,理解为多个siRNA缀合物的总称或者某个化学式所示的siRNA缀合物。在本申请说明书的上下文中,“缀合分子”应当理解为可通过反应缀合至siRNA,最终形成本申请的siRNA缀合物的特定化合物。
在本申请中可以使用各种羟基保护基团。一般来说,保护基团使化学官能团对特定的反应条件不敏感,并且可以在分子中的该官能团上附加以及去除,而不实质上损害分子的其余部分。在一些实施方式中,保护基团在碱性条件下稳定,但可以在酸性条件下脱除。在一些实施方式中,本申请可使用的羟基保护基的非排他性实例包括二甲氧基三苯甲基(DMT)、单甲氧基三苯甲基、9-苯基黄嘌呤-9-基(Pixyl)和9-(对甲氧基苯基)黄嘌呤-9-基(Mox)。在一些实施方式中,本申请可使用的羟基保护基的非排他性实例包括Tr(三苯甲基)、MMTr(4-甲氧基三苯甲基)、DMTr(4,4’-二甲氧基三苯甲基)和TMTr(4,4’,4”-三甲氧基三苯甲基)。
如本说明书所使用的,“任选的”或“任选地”是指其后描述的事件或状况可以发生或不发生,并且所述描述包括事件或状况发生的情况和其中不发生的情况。
“受试者”一词,如本说明书所使用的,指任何动物,例如哺乳动物或有袋动物。本申请的受试者包括但不限于人类、非人灵长类(例如,恒河猴或其他类型的猕猴)、小鼠、猪、马、驴、牛、绵羊、大鼠、兔或任何种类的家禽。
如本说明书所使用的,“治疗”是指获得有益的或期望的结果的方法,包括但不限于治疗益处。“治疗益处”意味着根除或改善被治疗的潜在障碍。此外,治疗益处通过根除或改善与潜在障碍相关的一个或多个生理症状,从而在受试者中观察到改善而获得,尽管受试者可能仍然受到潜在障碍的折磨。
如本说明书所使用的,“预防”是指获得有益或期望的结果的方法,包括但不限于预防性益处。为了获得“预防性益处”,可将siRNA、siRNA缀合物或药物组合物给予有罹患特定疾病风险的受试者,或给予报告疾病的一种或多种生理症状的受试者,即便可能该疾病的诊断尚未作出。
siRNA
本申请涉及一种能够抑制SCAP基因表达的siRNA。本申请的siRNA含有核苷酸基团作为基本结构单元,本领域技术人员公知,所述核苷酸基团含有磷酸基团、核糖基团和碱基。通常具有活性的,即功能性的siRNA的长度约为12-40个核苷酸,在一些实施方式中约为15-30个核苷酸。
本申请的siRNA含有正义链和反义链,所述siRNA中的每个核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸,其中所述正义链含有一段核苷酸序列I,所述反义链含有一段核苷酸序列II,所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II至少部分地反向互补形成双链区。在一些实施方式中,该双链区的长度是15-30个核苷酸对。在另一些实施方式中,双链区的长度是17-23个核苷酸对。在另一些实施方式中,双链区的长度是19-21个核苷酸对。在又另一些实施方式中,双链区的长度是19或21个核苷酸对。
在一些实施方式中,所述正义链还含有核苷酸序列III,所述反义链还含有核苷酸序列IV,核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-10个核苷酸,所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的5'末端,核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的3'末端,所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。在一些实施方式中,所述正义链还含有核苷酸序列III,所述反义链还含有核苷酸序列IV,核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-10个核苷酸,所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的3'末端,核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的5'末端,所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。在一些实施方式中,所述正义链还含有核苷酸序列III,所述反义链还含有核苷酸序列IV,核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-10个核苷酸,所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的5'末端,核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的3'末端,所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补;和所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的3'末端,核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的5'末端,所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
在一些实施方式中,所述正义链还含有核苷酸序列V和/或所述反义链还含有核苷酸序列VI,核苷酸序列V和VI的长度为0至3个核苷酸,核苷酸序列V连接在所述正义链的3'末端构成正义链的3'突出端,和/或核苷酸序列VI连接在所述反义链的3'末端构成反义链的3'突出端。在一些实施方式中,所述核苷酸序列V或VI的长度为2个核苷酸。在另一些实施方案中,所述核苷酸序列V或VI为连续的两个胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸或连续的两个尿嘧啶核糖核苷酸。在另一些实施方案中,所述核苷酸序列V或VI与靶mRNA相应位置的核苷酸错配或互补。
本申请提供的正义链和反义链的长度相同或不同,在一些实施方式中,正义链或反义链具有15-30个核苷酸。在另一些实施方式中,正义链或反义链具有19-25个核苷酸。在另一些实施方式中,正义链或反义链具有19-23个核苷酸。本申请提供的siRNA正义链和反义链的长度比可以是15/15、16/16、17/17、18/18、19/19、19/20、19/21、19/22、19/23、20/19、20/20、20/21、20/22、20/23、21/19、21/20、21/21、21/22、21/23、22/19、22/20、22/21、22/22、22/23、23/19、23/20、23/21、23/22、23/23、24/24、25/25、26/26、27/27、28/28、29/29、30/30、22/24、22/25、22/26、23/24、23/25或23/26等等。在一些实施方式中,所述siRNA正义链和反义链的长度比为19/19、21/21、19/21、21/23或23/23,此时,本公开的siRNA具有更好的细胞mRNA沉默活性。
研究发现,不同修饰策略会对siRNA的稳定性、生物活性及细胞毒性等指标产生截然不同的影响。例如,CN102140458B中对siRNA的多种化学修饰策略进行了研究,证实了7种有效的修饰方式,与未经修饰的siRNA相比,其中一种修饰方式所得的siRNA在提高血液稳定性的同时,还保持了与未经修饰的siRNA基本相当的抑制活性。
本发明的siRNA中的核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸。在一些实施方式中,本发明的siRNA中的每个核苷酸均为未经修饰的核苷酸;在一些实施方式中,本发明的siRNA中的部分或全部核苷酸为修饰的核苷酸,核苷酸基团上的这些修饰不会导致本发明的siRNA抑制SCAP基因表达的功能明显削弱或丧失。
在一些实施方式中,本申请的siRNA至少含有1个修饰的核苷酸。在本申请的上下文中,所使用的术语“修饰的核苷酸”是指核苷酸的核糖基2'位羟基被其他基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物,或者具有经修饰的碱基的核苷酸。所述修饰的核苷酸不会导致siRNA抑制基因表达的功能明显削弱或丧失。例如,可以选择J.K.Watts,G.F.Deleavey,andM.J.Damha,Chemically modified siRNA:tools and applications.Drug Discov Today,2008,13(19-20):842-55中公开的修饰的核苷酸。
在一些实施方式中,本发明提供的siRNA的所述正义链或所述反义链中的至少一个核苷酸为修饰的核苷酸,和/或至少一个磷酸酯基为具有修饰基团的磷酸酯基;换句话说,所述正义链和所述反义链中至少一条单链的磷酸-糖骨架中的磷酸酯基和/或核糖基的至少一部分为具有修饰基团的磷酸酯基和/或具有修饰基团的核糖基。在一些实施方式中,所述具有修饰基团的磷酸酯基为磷酸酯基中的磷酸二酯键中的至少一个氧原子被硫原子取代而形成的硫代磷酸酯基。
在一些实施方式中,所述siRNA包括不包含3’突出端核苷酸的正义链;即siRNA的正义链可以存在3’突出端核苷酸,将正义链的3’突出端核苷酸排除后形成平末端。
在一些实施方式中,当正义链与反义链的核苷酸序列互补形成双链区后,正义链的3’末端不存在突出的核苷酸时,在正义链的3’末端添加核苷酸序列V,作为突出的核苷酸。然后,当核苷酸序列V连接正义链的3'末端形成的核苷酸序列在完成化学修饰后,排除核苷酸序列V,相应地,siRNA的正义链形成平末端。
在一些实施方式中,当正义链与反义链的核苷酸序列互补形成双链区后,正义链的3’末端具有延伸出双链区的突出的核苷酸时,将正义链中位于3’末端的突出的核苷酸排除后作为正义链的核苷酸序列,相应地,siRNA的正义链形成平末端。
在一些实施方式中,正义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。在一些实施方式中,所述反义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。示例性的5’磷酸基团的结构为:5’磷酸衍生基团的结构包括但不限于:等。
位于正义链或反义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团后,形成如下所示结构:
其中,Base表示碱基,例如A、U、G、C或T。R’为羟基或被本领域技术人员所知晓的各类基团所取代,例如,2’-氟代(2’-F)修饰的核苷酸,2’-烷氧基修饰的核苷酸,2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸,2’-烷基修饰的核苷酸,2’-取代的烷基修饰的核苷酸,2’-氨基修饰的核苷酸,2’-取代的氨基修饰的核苷酸,2’-脱氧核苷酸。
示例性的修饰的核苷酸具有如下所示结构:
其中,Base表示碱基,例如A、U、G、C或T。核糖基团2’位的羟基被R取代。这些核糖基团2’位的羟基可以为本领域技术人员所知晓的各类基团所取代,例如,2’-氟代(2’-F)修饰的核苷酸,2’-烷氧基修饰的核苷酸,2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸,2’-烷基修饰的核苷酸,2’-取代的烷基修饰的核苷酸,2’-氨基修饰的核苷酸,2’-取代的氨基修饰的核苷酸,2’-脱氧核苷酸。
在一些实施方案中,2’-烷氧基修饰的核苷酸为2’-甲氧基(2’-OMe,2’-O-CH3)修饰的核苷酸等等。
在一些实施方案中,2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸为2’-甲氧基乙氧基(2’-O-CH2-CH2-O-CH3)修饰的核苷酸,2’-O-CH2-CH=CH2修饰的核苷酸等。
在一些实施方案中,2’-取代的烷基修饰的核苷酸为2’-CH2-CH2-CH=CH2修饰的核苷酸等等。
在一些实施方式中,所述正义链和/或所述反义链中的全部核苷酸均为修饰的核苷酸。在一些实施方式中,本发明提供的siRNA的正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸或非氟代修饰的核苷酸。在一些实施方式中,每一个非氟代修饰的核苷酸为2’-甲氧基修饰的核苷酸、GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合;所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2’-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。在一些实施方式中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一些实施方式中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一些实施方式中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一些实施方式中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些优选的实施方案中,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。在一些更优选的实施方案中,每一个非氟代修饰的核苷酸均为2’-甲氧基修饰的核苷酸,所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2’-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
在一些实施方式中,所述siRNA中以下核苷酸之间的连接中至少一个为硫代磷酸酯基连接:
所述正义链的5’末端起始的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接;
所述正义链的5’末端起始的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接;
所述正义链的3’末端起始的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接;
所述正义链的3’末端起始的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接;
所述反义链的5’末端起始的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接;
所述反义链的5’末端起始的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接;
所述反义链的3’末端起始的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间的连接;
所述反义链的3’末端起始的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间的连接。
在一些实施方式中,所述siRNA沿5’末端向3’末端方向,所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
所述正义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
或者,
所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
在一些实施方式中,所述siRNA沿5’末端向3’末端方向,反义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述反义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述反义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
所述反义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述反义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
siRNA缀合物
本申请涉及一种siRNA缀合物,所述siRNA缀合物含有上述siRNA以及缀合连接至该siRNA的缀合基团。
在本申请中,siRNA缀合物的正义链与反义链形成siRNA缀合物的双链区,并且,在siRNA缀合物的正义链的3’末端形成平末端。在一些实施方案中,siRNA缀合物的正义链的3’末端形成平末端,siRNA缀合物的反义链的3’末端具有1-3个延伸出所述双链区的突出的核苷酸。在另外一些实施方案中,siRNA缀合物的正义链的3’末端形成平末端,siRNA缀合物的反义链的3’末端形成平末端。
在一些优选地实施方案中,siRNA缀合物由siRNA与缀合基团缀合连接得到。其中,siRNA的正义链与反义链互补形成siRNA的双链区,并且,siRNA的正义链的3’末端形成平末端,缀合基团与具有平末端的正义链的3’末端缀合连接,形成siRNA缀合物。
在一些优选的实施方案中,siRNA的正义链的3’末端具有延伸出双链区的突出的核苷酸,将位于正义链中3’末端的突出的核苷酸排除后形成的具有3’平末端的序列作为用于连接缀合基团的核苷酸序列,在正义链的3’平末端连接缀合基团,形成siRNA缀合物。
在一些更优选实施方式中,当正义链与反义链的核苷酸序列互补形成双链区后,正义链的3’末端不存在突出的核苷酸时,在正义链的3’末端添加核苷酸序列V,作为突出的核苷酸。将位于正义链中3’末端的突出的核苷酸排除后形成的具有3’平末端的序列作为用于连接缀合基团的核苷酸序列,在正义链的3’平末端连接缀合基团,形成siRNA缀合物。
在一些更优选实施方式中,当正义链与反义链的核苷酸序列互补形成双链区后,正义链的3’末端具有延伸出双链区的突出的核苷酸时,将位于正义链中3’末端的突出的核苷酸排除后形成的具有3’平末端的序列作为用于连接缀合基团的核苷酸序列,在正义链的3’平末端连接缀合基团,形成siRNA缀合物。
示例性地,序列如N-ER-FY022024M1所示的siRNA,该siRNA的正义链的3’末端具有延伸出双链区的突出的核苷酸,将位于正义链中3’末端的突出的-sTsT核苷酸排除后形成的gsgscuggUfgUfCfUfgacuucuu平末端序列作为用于连接L96缀合基团的核苷酸序列,因此,形成siRNA缀合物的序列为:正义链为
gsgscuggUfgUfCfUfgacuucuuL96,反义链为P1asAfsgAfaGfuCfaGfaCfaCfcAfgCfcsTsT。
一般来说,所述缀合基团包含药学上可接受的至少一个靶向基团,或者进一步还包含接头(linker),并且,所述siRNA、所述接头和所述靶向基团依次连接。在一些实施方式中,所述靶向基团为1-6个。在一些实施方式中,所述靶向基团为2-4个。所述siRNA分子可以非共价或共价缀合至所述缀合基团,例如可以共价缀合至所述缀合基团。siRNA与缀合基团的缀合位点可以在siRNA正义链的3'末端或5'末端,也可在反义链的5'末端,还可以在siRNA的内部序列中。在一些实施方式中,所述siRNA与缀合基团的缀合位点在siRNA正义链的3'末端。
在一些实施方式中,所述缀合基团可以连接在核苷酸的磷酸基团、2'-位羟基或者碱基上。在一些实施方式中,所述缀合基团还可以连接在3'-位羟基上,此时核苷酸之间采用2'-5'磷酸二酯键连接。当缀合基团连接在siRNA链的末端时,所述缀合基团通常连接在核苷酸的磷酸基团上;当缀合基团连接在siRNA的内部序列时,所述缀合基团通常连接在核糖糖环或者碱基上。各种连接方式可以参考文献:Muthiah Manoharan et.al.siRNAconjugates carrying sequentially assembled trivalent N-acetylgalactosaminelinked through nucleosides elicit robust gene silencing in vivo inhepatocytes.ACS Chemical biology,2015,10(5):1181-7.
在一些实施方式中,所述siRNA与缀合基团间可以通过酸不稳定的、或可还原的化学键相连,在细胞内涵体的酸性环境下,这些化学键可降解,从而使siRNA成为自由状态。对于不可降解的缀合方式,缀合基团可连接在siRNA的正义链,从而尽量降低缀合对siRNA活性的影响。
在一些实施方式中,所述药学上可接受的靶向基团可以是siRNA给药领域常规使用的配体,例如WO2009082607A2中描述的各种配体,以引用的方式全文纳入本说明书。
在一些实施方式中,所述药学上可接受的靶向基团可以选自以下靶向分子或其衍生物形成的配体中的一种或多种:亲脂分子,例如胆固醇、胆汁酸、维生素(例如维生素E)、不同链长的脂质分子;聚合物,例如聚乙二醇;多肽,例如透膜肽;适配体;抗体;量子点;糖类,例如乳糖、聚乳糖、甘露糖、半乳糖、N-乙酰半乳糖胺(GalNAc);叶酸(folate);肝实质细胞表达的受体配体,例如去唾液酸糖蛋白、去唾液酸糖残基、脂蛋白(如高密度脂蛋白、低密度脂蛋白等)、胰高血糖素、神经递质(如肾上腺素)、生长因子、转铁蛋白等。
在一些实施方式中,所述的每个配体独立地选自一个能够与细胞表面受体结合的配体。在一些实施方式中,至少一个配体是能够与肝细胞表面受体结合的配体。在一些实施方式中,至少一个配体是能够与哺乳动物细胞表面受体结合的配体。在一些实施方式中,至少一个配体是能够与人肝细胞表面受体结合的配体。在一些实施方式中,至少一个配体是能够与肝表面去唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)结合的配体。这些配体的种类为本领域技术人员所公知,其作用一般是与靶细胞表面的特异性受体相结合,介导与配体连接的siRNA递送至靶细胞。
在一些实施方式中,所述药学上可接受的靶向基团可以是与哺乳动物肝细胞表面上的去唾液酸糖蛋白受体(ASGPR)结合的任意一种配体。在一些实施方式中,每个配体独立地为去唾液酸糖蛋白,例如去唾液酸血清类粘蛋白(asialoorosomucoid,ASOR)或去唾液酸胎球蛋白(asialofetuin,ASF)。在一些实施方式中,所述配体为糖或糖的衍生物。
在一些实施方式中,至少一个配体是糖。在一些实施方式中,每个配体均是糖。在一些实施方式中,至少一个配体是单糖、多糖、修饰的单糖、修饰的多糖或糖衍生物。在一些实施方式中,至少一个所述配体可以是单糖,双糖或三糖。在一些实施方式中,至少有一个配体是修饰的糖。在一些实施方式中,每一个配体均为修饰的糖。在一些实施方式中,每个配体均独立地选自多糖、修饰的多糖、单糖、修饰的单糖、多糖衍生物或单糖衍生物。在一些实施方式中,每一个或至少一个配体选自于由以下糖所组成的组:葡萄糖及其衍生物、甘露聚糖及其衍生物、半乳糖及其衍生物、木糖及其衍生物、核糖及其衍生物、岩藻糖及其衍生物、乳糖及其衍生物、麦芽糖及其衍生物,阿拉伯糖及其衍生物、果糖及其衍生物和唾液酸。
在一些实施方式中,每个所述配体可独立地选自D-吡喃甘露糖、L-吡喃甘露糖、D-阿拉伯糖、D-呋喃木糖、L-呋喃木糖、D-葡萄糖、L-葡萄糖、D-半乳糖、L-半乳糖、α-D-呋喃甘露糖、β-D-呋喃甘露糖、α-D-吡喃甘露糖、β-D-吡喃甘露糖、α-D-吡喃葡萄糖、β-D-吡喃葡萄糖、α-D-呋喃葡萄糖、β-D-呋喃葡萄糖、α-D-呋喃果糖、α-D-吡喃果糖、α-D-吡喃半乳糖、β-D-吡喃半乳糖、α-D-呋喃半乳糖、β-D-呋喃半乳糖、葡糖胺、唾液酸、半乳糖胺、N-乙酰半乳糖胺、N-三氟乙酰半乳糖胺、N-丙酰半乳糖胺、N-正丁酰半乳糖胺、N-异丁酰半乳糖胺、2-氨基-3-O-[(R)-1-羧乙基]-2-脱氧-β-D-吡喃葡萄糖、2-脱氧-2-甲基氨基-L-吡喃葡萄糖、4,6-二脱氧-4-甲酰胺基-2,3-二-O-甲基-D-吡喃甘露糖、2-脱氧-2-磺氨基-D-吡喃葡萄糖、N-乙醇酰基-α-神经氨酸、5-硫代-β-D-吡喃葡萄糖、2,3,4-三-O-乙酰基-1-硫代-6-O-三苯甲基-α-D-吡喃葡萄糖苷甲酯、4-硫代-β-D-吡喃半乳糖、3,4,6,7-四-O-乙酰基-2-脱氧-1,5-二硫代-α-D-吡喃葡庚糖苷乙酯、2,5-脱水-D-阿洛糖腈、核糖、D-核糖、D-4-硫代核糖、L-核糖或L-4-硫代核糖。所述配体的其它选择可参见例如CN105378082A的记载,以引用的方式全文纳入本说明书。
在一些实施方式中,所述siRNA缀合物中药学上可接受的靶向基团可以是半乳糖或N-乙酰半乳糖胺,其中,半乳糖或N-乙酰半乳糖胺分子可以是一价、二价、三价、四价。应当理解的是,这里所述的一价、二价、三价、四价分别指siRNA分子与含有作为靶向基团的半乳糖或N-乙酰半乳糖胺分子的缀合基团形成siRNA缀合物后,该siRNA缀合物中siRNA分子与半乳糖或N-乙酰半乳糖胺分子的摩尔比为1:1、1:2、1:3或1:4。在一些实施方式中,所述药学上可接受的靶向基团是N-乙酰半乳糖胺。在一些实施方式中,当本申请所述的siRNA与含有N-乙酰半乳糖胺的缀合基团缀合时,N-乙酰半乳糖胺分子是三价或四价。在一些实施方式中,当本申请所述的siRNA与含有N-乙酰半乳糖胺的缀合基团缀合时,N-乙酰半乳糖胺分子是三价。
靶向基团可经由合适的接头与siRNA分子相连,本领域技术人员可以根据靶向基团的具体类型选择合适的接头。这些接头、靶向基团的种类以及与siRNA的连接方式,可参见WO2015006740A2的公开内容,以引用的方式全文纳入本说明书。
siRNA的合成方法
通过本领域常规的固相亚磷酰胺法,按照核苷酸排布顺序自3'-5'方向逐一连接核苷单体。每连接一个核苷单体都包括脱保护、偶联、盖帽、氧化或硫化四步反应。其中,两个核苷酸之间采用磷酸酯连接时,连接后一个核苷单体时,包括脱保护、偶联、盖帽、氧化四步反应。两个核苷酸之间采用硫代磷酸酯连接时,连接后一个核苷单体时,包括脱保护、偶联、盖帽、硫化四步反应。
例如,本申请的siRNA的合成条件可以如下:
脱保护的条件包括:反应温度为25℃,反应时间为70秒,脱保护试剂选自二氯乙酸的二氯甲烷溶液(3%V/V),脱保护试剂与固相载体上的4,4’-二甲氧基三苯甲基保护基的摩尔比为5:1。
偶联反应条件包括:反应温度为25℃,反应时间为600秒,偶联试剂选自5-乙硫基-1H-四氮唑(ETT)的0.25M乙腈溶液,固相载体上连接的核酸序列与核苷单体的摩尔比为1:10,固相载体上连接的核酸序列和偶联试剂的摩尔比为1:65。
盖帽反应条件包括:反应温度为25℃,反应时间为15秒,盖帽试剂选自摩尔比为1:1的CapA(10%乙酸酐乙腈溶液)和CapB(10%的N-甲基咪唑吡啶/乙腈溶液)的混合溶液,盖帽试剂与固相载体上连接的核酸序列的摩尔比为乙酸酐:N-甲基咪唑:固相载体上连接的核酸序列的摩尔比为1:1:1。
氧化反应条件包括:反应温度为25℃,反应时间为15秒,氧化试剂选自0.05M碘四氢呋喃溶液,氧化试剂与偶联步骤中固相载体上连接的核酸序列的摩尔比为30:1。反应在四氢呋喃:水:吡啶=3:1:1的混合溶剂中进行。
硫化反应条件包括:反应温度为25℃,反应时间为300秒,硫化试剂选自氢化黄原素,硫化试剂与偶联步骤中固相载体上连接的核酸序列的摩尔比为120:1。反应在乙腈:吡啶=1:1的混合溶剂中进行。
在将所有核苷单体连接之后,依次对固相载体上连接的核酸序列进行切割、脱保护、纯化、脱盐,得到siRNA正义链和反义链,最后将两条链进行加热退火得到产品。
切割、脱保护、纯化、脱盐和退火的方法是本领域中公知的。例如,通过将连接有固相载体的核苷酸序列与浓氨水接触进行切割和脱保护;通过色谱法进行纯化;通过反相色谱进行脱盐;通过在不同严格条件下等摩尔比混合正义链和反义链后逐渐降温冷却。
siRNA缀合物合成方法
第一步,通过将DMTr-L96和丁二酸酐反应,得到化合物L96-A:
制备过程:将DMTr-L96、丁二酸酐、4-二甲基氨基吡啶和二异丙基乙胺加入二氯甲烷中,25℃下搅拌反应24小时,然后用0.5M三乙胺磷酸盐洗涤反应液,水相以二氯甲烷洗涤三次,合并有机相减压蒸干得粗品。然后柱层析纯化得到纯品L96-A。
第二步,将L96-A与NH2-SPS反应得到L96-B:
制备过程:将L96-A、O-苯并三氮唑-四甲基脲六氟磷酸酯(HBTU)和二异丙基乙胺(DIPEA)混合溶于乙腈中,室温搅拌5分钟得到均一溶液,加入氨甲基树脂(NH2-SPS,100-200目)至反应液体中,25℃下开始摇床反应,反应18小时后过滤,滤饼依次用二氯甲烷和乙腈洗涤,得滤饼。所得滤饼用CapA/CapB混合溶液进行盖帽反应得到L96-B,即为含有缀合分子的固相载体,然后在偶联反应下将核苷单体连接至缀合分子,随后按照前文所述的siRNA分子合成方法合成连接至缀合物分子的siRNA正义链,采用前文所述的siRNA分子合成方法合成siRNA反义链,退火生成本申请的siRNA缀合物。
药物组合物
本申请提供了一种药物组合物,所述药物组合物含有如上所述的siRNA作为活性成分和药学上可接受的载体。
所述药学上可接受的载体可以是siRNA给药领域常规使用的载体,例如但不限于脂质纳米颗粒(Lipid Nanoparticle,LNP)、磁性纳米粒(magnetic nanoparticles,如基于Fe3O4或Fe2O3的纳米粒)、碳纳米管(carbon nanotubes)、介孔硅(mesoporous silicon)、磷酸钙纳米粒(calcium phosphate nanoparticles)、聚乙烯亚胺(polyethylenimine,PEI)、聚酰胺型树形高分子(polyamidoamine(PAMAM)dendrimer)、聚赖氨酸(poly(L-lysine),PLL)、壳聚糖(chitosan)、1,2-二油酰基-3-三甲铵丙烷(1,2-dioleoyl-3-trimethylammonium-propane,DOTAP)、聚D型或L型乳酸/羟基乙酸共聚物(poly(D&L-lactic/glycolic acid)copolymer,PLGA)、聚(氨乙基乙撑磷酸酯)(poly(2-aminoethylethylene phosphate),PPEEA)和聚(甲基丙烯酸-N,N-二甲氨基乙酯)(poly(2-dimethylaminoethyl methacrylate),PDMAEMA)以及它们的衍生物中的一种或多种。
所述药物组合物中,对siRNA和药学上可接受的载体的含量没有特别要求,可以是各组分常规的含量。
在一些实施方式中,所述药物组合物中,还可以包含药学上可接受的其它辅料,该辅料可以为本领域常规采用的各种制剂或化合物的一种或多种。例如,所述药学上可接受的其它辅料可以包括pH缓冲液、保护剂和渗透压调节剂中的至少一种。
所述pH缓冲液可以为pH值7.5-8.5的三羟甲基胺基甲烷盐酸盐缓冲液和/或pH值5.5-8.5的磷酸盐缓冲液,例如可以为pH值5.5-8.5的磷酸盐缓冲液。
所述保护剂可以为肌醇、山梨醇、蔗糖、海藻糖、甘露糖、麦芽糖、乳糖和葡萄糖中的至少一种。以所述药物组合物的总重量为基准,所述保护剂的含量可以为0.01-30重量%。
所述渗透压调节剂可以为氯化钠和/或氯化钾。所述渗透压调节剂的含量使所述药物组合物的渗透压为200-700毫渗摩尔/千克(mOsm/kg)。根据所需渗透压,本领域技术人员可以容易地确定所述渗透压调节剂的含量。
在一些实施方式中,所述药物组合物可以为液体制剂,例如注射液;也可以为冻干粉针剂,实施给药时与液体辅料混合,配制成液体制剂。所述液体制剂可以但不限于用于皮下、肌肉或静脉注射给药,也可以但不限于通过喷雾给药到肺脏、或通过喷雾经肺脏给药到其它脏器组织(如肝脏)。在一些实施方式中,所述药物组合物用于静脉注射给药。
在一些实施方式中,所述药物组合物可以为脂质体制剂的形式。在一些实施方式中,所述脂质体制剂中使用的药学上可接受的载体包含含胺的转染化合物(下文也可将其称为有机胺)、辅助脂质和/或聚乙二醇化脂质。
以下实施例用于进一步说明本发明,但不对本发明进行任何限制。
实施例
本公开的其他目的、特征和优点将从以下详细描述中变得明显。但是,应当理解的是,详细描述和具体实施例(虽然表示本公开的具体实施方式)仅为解释性目的而给出,因为在阅读该详细说明后,在本公开的精神和范围内所作出的各种改变和修饰,对于本领域技术人员来说将变得显而易见。
本实施例中所用到的实验技术与实验方法,如无特殊说明均为常规技术方法,例如下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件如Sambrook等人,分子克隆:实验室手册(New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。实施例中所使用的材料、试剂等,如无特殊说明,均可通过正规商业渠道获得。
下述实施例中使用的细胞、试剂如下表所示:
实施例1 siRNA的制备
由天霖生物科技(上海)有限公司合成了具有以下序列的siRNA分子。
表1 siRNA及其序列
其中,大写字母“G”、“C”、“A”、“T”和“U”每个通常代表分别含有鸟嘌呤、胞嘧啶、腺嘌呤、胸腺嘧啶和尿嘧啶作为碱基的核苷酸;小写字母a、u、c、g:表示2’-甲氧基修饰的核苷酸;Af、Gf、Cf、Uf:表示2’-氟代修饰的核苷酸;小写字母s表示与该字母s左右相邻的两个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;P1:表示该P1右侧相邻的一个核苷酸为5’-磷酸核苷酸;(下划线+粗体+斜体):表示GNA修饰的核苷酸。
由天霖生物科技(上海)有限公司合成了具有以下序列的siRNA缀合物:
表2 siRNA缀合物及其序列:
其中,L96为:
实施例2siRNA抑制SCAP基因表达
实验材料:
Huh7细胞,购自JCRB cell bank,货号JCRB0403;
96Kit,购自QIAGEN,货号QIAGEN-74182;
RNAiMAX转染试剂,购自Invitrogen,货号13778-150;
FastStart universal probe master,购自Roche,货号04914058001;
Opti-medium:减血清培养基,购自Gibco,货号31985-070;
DMEM Medium,购自Gibco,货号11965-092;
Fastking RT Kit(含gDNase),购自TianGen,货号KR116-02;
实验方法:
1.取Huh7细胞,先用DPBS洗涤后,加入胰蛋白酶进行消化,调整细胞密度至5.5×105细胞/mL,然后以每孔20,000个细胞的密度接种到96孔板中,每孔培养液为100μL。将Huh7细胞置于5% CO2、37℃孵箱中培养过夜。
2.将待测siRNA的干粉以低温高速离心,然后用超纯蒸馏水溶解,配制成100μM的siRNA母液。
3.配制2nM的siRNA稀释液Z和20nM的siRNA稀释液W
a)取上述步骤制得的100μM siRNA母液2μL,加入18μL超纯蒸馏水,得到终浓度为10μM的siRNA稀释液;
b)取步骤a)中制得的10μM的siRNA稀释液2μL,加入18μL超纯蒸馏水,得到终浓度为1μM的siRNA贮备液Y;
c)取步骤b)中制得的1μM的siRNA稀释液2μL,加入18μL超纯蒸馏水,得到终浓度为0.1μM的siRNA贮备液X;
取上述配置好的siRNA贮备液X和siRNA贮备液Y各2μL,分别加入98μLOpti-medium,分别得到2nM的siRNA稀释液Z和20nM的siRNA稀释液W。
4.转染Huh7细胞
(1)取RNAiMAX转染试剂3μL,加入97μL Opti-medium,得到RNAiMAX转染试剂稀释液;将RNAiMAX转染试剂稀释液与上述步骤3中制得的2nM的siRNA稀释液Z以1:1体积比混合制备成转染混合物,静置5分钟,取10μL转染混合物加入到96孔板中转染上述步骤1中培养的Huh7细胞(终体积100μL,该体系中siRNA的浓度为0.1nM);
(2)取RNAiMAX转染试剂3μL,加入97μL Opti-medium,得到RNAiMAX转染试剂稀释液;将RNAiMAX转染试剂稀释液与上述步骤3中制得的20nM的siRNA稀释液W以1:1体积比混合制备成转染混合物,静置5分钟,取10μL转染混合物加入到96孔板中转染上述步骤1中培养的Huh7细胞(终体积100μL,该体系中siRNA的浓度为1nM);
上述转染后培养48小时,每个浓度(1nM和0.1nM)设置2个重复。
5.根据96 Kit试剂盒产品说明书,提取步骤4获得的转染后Huh7细胞中的总RNA。
6.对提取的总RNA使用Fastking RT Kit(含gDNase)进行逆转录至cDNA,按照以下步骤进行:
a)按照下表用gDNase除去gDNA
体积/μL | |
5×gDNA Buffer(含gDNase) | 2 |
总RNA样品 | 8 |
42℃,3min;4℃,静置。
b)向步骤a)得到的体系中加入如下所述各试剂并进行逆转录:
体积/μL | |
FastKing RT Enzyme Mix | 1 |
FQ-RT Primer Mix | 2 |
10×King RT Buffer | 2 |
RNase-Free ddH2O | 5 |
42℃,15min;95℃,3min。
c)将步骤b)所得逆转录产物储存在-20℃,以进行实时PCR分析。
7.进行实时PCR分析
a)如下表所示制备实时PCR反应混合物,在整个操作过程中,所有试剂都放置在冰上:
b)如下所述进行qPCR程序:
95℃,10分钟;
95℃,15秒,60℃,1分钟(该操作40个循环)。
8.结果分析
a)使用Quant Studio 7软件采用默认设置,自动计算Ct值;
b)使用以下公式计算基因的相对表达量:
ΔCt=Ct(SCAP基因)-Ct(GAPDH)
ΔΔCt=ΔCt(检测样品组)-ΔCt(Mock组),其中Mock组表示和检测样品组相比,未加入siRNA的组;
相对于Mock组的mRNA表达=2-ΔΔCt。
抑制率=(Mock组mRNA表达量-检测样品组mRNA表达量)/Mock组mRNA表达量×100%
9.实验结果
选取siRNA浓度1nM和0.1nM进行测试。
表3本发明的siRNA的抑制率
表4对照siRNA的抑制率
siRNA ID | 1nM(%) | 0.1nM(%) |
N-ER-FY022015 | -7.55 | -13.05 |
从表3和表4可以看出,本发明的siRNA在1nM和0.1nM下均可显著抑制SCAP基因的表达,其中在1nM下48h抑制率最高达92.60%,在0.1nM下48h抑制率最高达88.92%。
实施例3 siRNA抑制SCAP基因表达的IC50测定
按照与实施例2相似的方法,进行siRNA抑制SCAP基因表达的IC50测定,其中用于转染的siRNA的浓度分别为10nM、2.5nM、0.625nM、0.156nM、0.039nM、0.0097nM、0.0024nM、0.0006nM。
结果分析
a)使用Quant Studio 7软件采用默认设置,自动计算Ct值;
b)使用以下公式计算基因的相对表达量:
ΔCt=Ct(SCAP基因)-Ct(GAPDH)
ΔΔCt=ΔCt(检测样品组)-ΔCt(Mock组)
相对于Mock组的mRNA表达=2-ΔΔCt。
Mock组表示:和检测样品组相比,未加入siRNA的组。
抑制率(%)=(Mock组mRNA相对表达量-检测样品组mRNA相对表达量)/Mock组相对mRNA表达量×100%
以siRNA浓度的log值作为X轴,百分比抑制率为Y轴,采用分析软件GraphPadPrism 8的“log(抑制剂)vs.响应-变量斜率”功能模块,来拟合量效曲线,从而得出各个siRNA的IC50值。
拟合公式为:Y=Bottom+(Top-Bottom)/(1+10^((LogIC50-X)×HillSlope))
其中:Top表示顶部平台处的百分比抑制率,曲线的Top标准一般在80%至120%;Bottom表示底部平台处的百分比抑制率,曲线的Bottom一般在-20%至20%之间;HillSlope表示百分比抑制率曲线的斜率。
实验结果如表5所示。
表5 siRNA的IC50
siRNA ID | IC50(nM) |
N-ER-FY022024M1 | 0.0320 |
N-ER-FY022036M1 | 0.0166 |
N-ER-FY022060M1 | 0.0339 |
N-ER-FY022063M1 | 0.0416 |
N-ER-FY022064M1 | 0.0116 |
N-ER-FY022069M1 | 0.0397 |
N-ER-FY022081M1 | 0.0526 |
N-ER-FY022082M3 | 0.2200 |
N-ER-FY022134M4 | 0.3950 |
N-ER-FY022209 | 0.1210 |
从表5中可以看出,本发明的siRNA可显著抑制SCAP基因表达,IC50约0.0116-0.3950nM,最低至0.0116nM。
实施例4 siRNA缀合物抑制SCAP基因表达的IC50测定
4.1试验材料:
人原代肝细胞PHH细胞,由上海药明康德新药开发有限公司提供;
PHH培养基:invitroGRO CP Meduim serum free BIOVIT,货号:S03316;
RNAiMAX转染试剂,购自Invitrogen,货号:13778-150;
96 Kit,购自QIAGEN,货号:QIAGEN-74182;
FastKing RT Kit(含gDNase),购自TianGen,货号:KR116-02;
FastStart Universal Probe master,购自Roche,货号:04914058001;
针对SCAP及GAPDH的引物,由上海药明康德新药开发有限公司提供。
4.2试验方法
siRNA缀合物(siRNA缀合物终浓度分别为10nM、2.5nM、0.63nM、0.16nM、0.04nM、0.01nM、0.0024nM和0.0006nM,复孔)通过转染进入PHH细胞,过程如下所述:取冻存的PHH细胞,复苏,计数,调整细胞到6×105细胞/mL,同时应用RNAiMax转染试剂将siRNA缀合物转入细胞,以每孔54,000个细胞的密度接种到96孔板中,每孔培养液(包含PHH培养基和siRNA缀合物)为100μL。细胞置于5% CO2、37℃孵箱中培养。48小时后,去除培养基并收集细胞用于总RNA提取。根据试剂盒产品说明书使用96Kit提取总RNA。
siRNA缀合物(siRNA缀合物终浓度分别为500nM、125nM、31.25nM、7.81nM、1.95nM、0.49nM、0.12nM和0.03nM,复孔)通过自由摄取进入PHH细胞,过程如下所述:取冻存的PHH细胞,复苏,计数,调整细胞到6×105细胞/mL,同时加入siRNA缀合物,以每孔54,000个细胞的密度接种到96孔板中,每孔培养液为100μL。细胞置于5% CO2、37℃孵箱中培养。48小时后,去除培养基并收集细胞用于总RNA提取。根据试剂盒产品说明书使用96Kit提取总RNA。
采用与实施例2中相似的方法,通过逆转录反应将提取的总RNA逆转录为cDNA,以及通过qPCR对逆转录得到的SCAP cDNA进行定量扩增。GAPDH cDNA将作为内部对照进行平行扩增。PCR反应程序为:95℃,10分钟,然后进入循环模式,95℃,15秒,随后60℃,60秒,共40个循环。
结果分析:
a)使用Quant Studio 7软件采用默认设置,自动计算Ct值;
b)使用以下公式计算基因的相对表达量:
ΔCt=Ct(SCAP基因)-Ct(GAPDH)
ΔΔCt=ΔCt(检测样品组)-ΔCt(Mock组),其中Mock组表示和检测样品组相比,未加入siRNA缀合物的组;
相对于Mock组的mRNA表达=2-ΔΔCt
抑制率(%)=(Mock组mRNA相对表达量-检测样品组mRNA相对表达量)/Mock组相对mRNA表达量×100%
以siRNA缀合物浓度的log值作为X轴,百分比抑制率为Y轴,采用分析软件GraphPad Prism 8的“log(抑制剂)vs.响应-变量斜率”功能模块,来拟合量效曲线,从而得出各个siRNA缀合物的IC50值。
拟合公式为:Y=Bottom+(Top-Bottom)/(1+10^((LogIC50-X)×HillSlope))
其中:Top表示顶部平台处的百分比抑制率,曲线的Top标准一般在80%至120%;Bottom表示底部平台处的百分比抑制率,曲线的Bottom一般在-20%至20%之间;HillSlope表示百分比抑制率曲线的斜率。
实验结果如表6所示。
表6siRNA缀合物抑制SCAP基因表达的IC50值
从表6中可以看出,本发明的siRNA缀合物可显著抑制SCAP基因表达,在siRNA缀合物通过自由摄取进入PHH的情况下,IC50可低至0.312nM;在siRNA缀合物通过转染进入PHH的情况下,IC50可低至0.016nM。
实施例5siRNA缀合物抑制SCAP基因表达的抑制率测定
5.1试验材料:
人原代肝细胞PHH细胞,由上海药明康德新药开发有限公司提供;
PHH培养基:invitroGRO CP Meduim serum free BIOVIT,货号:S03316;
RNAiMAX转染试剂,购自Invitrogen,货号:13778-150;
96Kit,购自QIAGEN,货号:QIAGEN-74182;
FastKing RT Kit(含gDNase),购自TianGen,货号:KR116-02;
FastStart Universal Probe master,购自Roche,货号:04914058001;
针对SCAP及GAPDH的引物,由上海药明康德新药开发有限公司提供。
5.2试验方法
siRNA缀合物(siRNA缀合物终浓度分别为1nM和0.05nM,复孔)通过转染进入PHH细胞,过程如下所述:取冻存的PHH细胞,复苏,计数,调整细胞到6×105细胞/mL,同时应用RNAiMax转染试剂将siRNA缀合物转入细胞,以每孔54,000个细胞的密度接种到96孔板中,每孔培养液(包含PHH培养基和siRNA缀合物)为100μL。细胞置于5% CO2、37℃孵箱中培养。48小时后,去除培养基并收集细胞用于总RNA提取。根据试剂盒产品说明书使用96Kit提取总RNA。
siRNA缀合物(siRNA缀合物终浓度分别为100nM和5nM,复孔)通过自由摄取进入PHH细胞,过程如下所述:取冻存的PHH细胞,复苏,计数,调整细胞到6×105细胞/mL,同时加入siRNA缀合物,以每孔54,000个细胞的密度接种到96孔板中,每孔培养液为100μL。细胞置于5% CO2、37℃孵箱中培养。48小时后,去除培养基并收集细胞用于总RNA提取。根据试剂盒产品说明书使用96Kit提取总RNA。
采用与实施例2中相似的方法,通过逆转录反应将提取的总RNA逆转录为cDNA,以及通过qPCR对逆转录得到的SCAP cDNA进行定量扩增。GAPDH cDNA将作为内部对照进行平行扩增。PCR反应程序为:95℃,10分钟,然后进入循环模式,95℃,15秒,随后60℃,60秒,共40个循环。
结果分析:
a)使用Quant Studio 7软件采用默认设置,自动计算Ct值;
b)使用以下公式计算基因的相对表达量:
ΔCt=Ct(SCAP基因)-Ct(GAPDH)
ΔΔCt=ΔCt(检测样品组)-ΔCt(Mock组),其中Mock组表示和检测样品组相比,未加入siRNA的组;
相对于Mock组的mRNA表达=2-ΔΔCt
抑制率(%)=(Mock组mRNA相对表达量–检测样品组mRNA相对表达量)/Mock组mRNA相对表达量×100%;
表7 siRNA缀合物抑制SCAP基因表达的抑制率
本公开提供的siRNA缀合物显示出对SCAP基因的优异的抑制效果。在自由摄取条件下,在100nM浓度的抑制率高达88.38%,在5nM浓度的抑制率高达86.01%;在转染条件下,在1nM浓度的抑制率高达95.12%,在0.05nM浓度的抑制率高达90.33%。
实施例6:siRNA缀合物在C57BL/6小鼠中对SCAP基因表达的抑制作用
6-8周龄C57BL/6雄性小鼠(购买于北京维通利华实验动物技术有限公司),适应性饲养7天后,以体重随机分组,每组6只,皮下给药,3mg/kg单一剂量的siRNA缀合物(如下表8中的siRNA ID所示)和PBS,注射体积5μL/g,给药两周和四周后安乐死鼠,分别采集小鼠肝脏左中叶组织30mg 2份液氮速冻,冷冻研磨为组织匀浆后,提取组织RNA并检测靶基因mRNA表达。
表8
从表8可以看出,本公开的siRNA缀合物siRNA1-siRNA161在体内对SCAP基因具有较高的抑制活性,能够长时间降低SCAP表达水平。例如N-ER-FY022041M3L96和N-ER-FY022148M3L96在第14天的试验测定期间显示出抑制率高于72%的优异抑制效果,在第28天的试验测定期间,抑制率仍然保持在61%以上;对于N-ER-FY022095M3L96,在第14天的抑制率均在70%以上,在第28天的抑制率能达到56%以上。
实施例7:siRNA缀合物在CD-1小鼠血浆动力学研究
试验动物:CD-1小鼠,SPF级,雄性,30g左右,购买于斯贝福(北京)生物技术有限公司。
给药剂量和方式:siRNA缀合物在3mg/kg(10mL/kg)的剂量下给药,随机分组后单次皮下注射给药,每组6只小鼠。
样品采集:采集给药后0.0833、0.25、0.5、1、2、4、8、24、36、48h全血样品,共10个点。每组前3只采集0.0833、0.5、2、8、36h,后3只采集0.25、1、4、24、48h,采集全血后离心分离血浆进行检测分析。
样品检测与分析:采用LC-MS/MS方法检测各时间点血浆样品中原形药物的浓度,使用WinNonlin软件计算PK参数:Cmax、Tmax、AUC、MRT、t1/2。
从该实验中可以得出,本公开的siRNA缀合物siRNA1-siRNA161在血浆中半衰期较短,清除较快。
实施例8:siRNA缀合物在CD-1小鼠组织分布试验
试验动物:CD-1小鼠,SPF级,雄性,30g左右,购买于斯贝福(北京)生物技术有限公司。
给药剂量和方式:siRNA缀合物在3mg/kg(10mL/kg)的剂量下给药,随机分组后单次皮下注射给药,每个时间点3只动物,共24只小鼠。
样品采集:
给药后24h:采集血浆、肝、肾、脾;
给药后72h:采集血浆、肝、肾、脾;
给药后168h(1周):采集血浆、肝、肾、脾、脑、心、肺、胃、小肠、肌肉、睾丸;
给药后336h(2周):采集血浆、肝、肾、脾;
给药后672h(4周):采集血浆、肝、肾、脾、脑、心、肺、胃、小肠、肌肉、睾丸;
给药后1008h(6周):采集血浆、肝、肾、脾;
给药后1344h(8周):采集血浆、肝、肾、脾;
给药后1680h(10周):采集血浆、肝、肾、脾、脑、心、肺、胃、小肠、肌肉、睾丸。
样品检测与分析:采用LC-MS/MS方法检测各时间点血浆和组织样品中原形药物的浓度,采用梯形面积法计算血浆及组织中的AUC。
从该实验中可以得出,本公开的siRNA缀合物siRNA1-siRNA161主要富集于肝脏,在组织中保留时间较长,具有很好的稳定性。
实施例9:siRNA缀合物单次皮下注射C57B/L小鼠给予MTD试验
试验动物:C57小鼠,SPF级,雄性,25g左右,购买于斯贝福(北京)生物技术有限公司。根据适应性喂养期最后1天的体重,采用体重随机区组设计(Randomized BlockDesign)的方法对小鼠进行分组,具体剂量设计和分组如下表9所示:
表9
检测指标:
临床观察:给药日连续观察4小时,恢复期每天至少进行一次临床观察。
体重:对所有存活动物每周进行2次体重称量。
免疫毒性:MTD剂量组动物于D1给药后1h±2min,4h±5min,8h±10min,24h±20min交替采血,每个时间点采集3只/性别/组动物,检测细胞因子(IFN-γ、TNF-α、IL-2/6/8)。
毒代动力学:MTD剂量组动物于D1给药前、给药后30min±2min,1h±2min,4h±5min,8h±10min,24h±20min交替采血,每个时间点采集3只/性别/组动物,检测血药浓度。
血液生化学:主试验组动物于D28剖检,卫星组动物于D7、D14、D21、D28分批次剖检,检测血液生化学。
组织分布:主试验组动物于D28剖检,卫星组动物于D7、D14、D21、D28分批次剖检,采集血、肝,检测组织药物浓度。
组织病理学检查:主试验组动物于D28剖检,采集主要脏器(心、肝、脾、肺、肾、脑、肾上腺、胸腺、胃、子宫/睾丸、卵巢/附睾)以及发现异常的组织或脏器,取材并固定,进行组织病理学检查。
从该实验中可以得出,本公开的siRNA缀合物siRNA1-siRNA161毒性较低,具有优异的用药安全窗口。
本公开的上述实施例仅是为清楚地说明本公开所作的举例,而并非是对本公开的实施方式的限定。对于所属领域的普通技术人员来说,在上述说明的基础上还可以做出其它不同形式的变化或变动。这里无需也无法对所有的实施方式予以穷举。凡在本公开的精神和原则之内所作的任何修改、等同替换和改进等,均应包含在本公开权利要求的保护范围之内。
Claims (25)
1.一种抑制固醇调节元件结合蛋白裂解激活蛋白(SCAP)基因表达的siRNA,所述siRNA包含正义链与反义链,其中所述siRNA中的每个核苷酸各自独立地为修饰或未修饰的核苷酸,其中所述正义链含有核苷酸序列I,反义链含有核苷酸序列II,所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II至少部分地反向互补形成双链区,其中所述核苷酸序列I和核苷酸序列II选自以下序列:
(1)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:263所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:264所示的核苷酸序列:
5’-GGACCUGUGGAAU-3’(SEQ ID NO:263)
5’-AUUCCACAGGUCC-3’(SEQ ID NO:264);
(2)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:265所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:266所示的核苷酸序列:
5’-GUCCAGCAGAUAUU-3’(SEQ ID NO:265)
5’-AAUAUCUGCUGGAC-3’(SEQ ID NO:266);
(3)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:267所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:268所示的核苷酸序列:
5’-GCAGUAGAUGUAU-3’(SEQ ID NO:267)
5’-AUACAUCUACUGC-3’(SEQ ID NO:268);
(4)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:269所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:270所示的核苷酸序列:
5’-GUAUUUCGUUCACCU-3’(SEQ ID NO:269)
5’-AGGUGAACGAAAUAC-3’(SEQ ID NO:270);
(5)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:271所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:272所示的核苷酸序列:
5’-CACCUACAUCA-3’(SEQ ID NO:271)
5’-UGAUGUAGGUG-3’(SEQ ID NO:272);
(6)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:273所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:274所示的核苷酸序列:
5’-GAUCGACAUGGU-3’(SEQ ID NO:273)
5’-ACCAUGUCGAUC-3’(SEQ ID NO:274);
(7)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:275所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:276所示的核苷酸序列:
5’-GCUGCUCAUGUCUGU-3’(SEQ ID NO:275)
5’-ACAGACAUGAGCAGC-3’(SEQ ID NO:276);
(8)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:277所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:278所示的核苷酸序列:
5’-UGUGGUGGUUAUU-3’(SEQ ID NO:277)
5’-AAUAACCACCACA-3’(SEQ ID NO:278),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:83,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:84;
(9)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:279所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:280所示的核苷酸序列:
5’-UUGGGUUAGAGAAU-3’(SEQ ID NO:279)
5’-AUUCUCUAACCCAA-3’(SEQ ID NO:280),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:87,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:88;
(10)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:281所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:282所示的核苷酸序列:
5’-GAGAAUGUGUUGGU-3’(SEQ ID NO:281)
5’-ACCAACACAUUCUC-3’(SEQ ID NO:282);
(11)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:283所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:284所示的核苷酸序列:
5’-GGCUGGUGUCUGACUUCU-3’(SEQ ID NO:283)
5’-AGAAGUCAGACACCAGCC-3’(SEQ ID NO:284);
(12)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:285所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:286所示的核苷酸序列:
5’-CUAGCAGACCUGAACA-3’(SEQ ID NO:285)
5’-UGUUCAGGUCUGCUAG-3’(SEQ ID NO:286);
(13)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:287所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:288所示的核苷酸序列:
5’-GCUAUUACAACAU-3’(SEQ ID NO:287)
5’-AUGUUGUAAUAGC-3’(SEQ ID NO:288),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:161,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:162;
(14)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:289所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:290所示的核苷酸序列:
5’-GGAACGACUUUCA-3’(SEQ ID NO:289)
5’-UGAAAGUCGUUCC-3’(SEQ ID NO:290),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:179,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:180,
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:185,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:186,
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:201,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:202;
(15)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:291所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:292所示的核苷酸序列:
5’-CUUGGACAAAA-3’(SEQ ID NO:291)
5’-UUUUGUCCAAG-3’(SEQ ID NO:292);
(16)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:293所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:294所示的核苷酸序列:
5’-CCUUUUGGGACCUAA-3’(SEQ ID NO:293)
5’-UUAGGUCCCAAAAGG-3’(SEQ ID NO:294),
其中所述核苷酸序列I不为SEQ ID NO:255,且所述核苷酸序列II不为SEQ ID NO:256;
(17)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:1所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:2所示的核苷酸序列;
(18)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:21所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:22所示的核苷酸序列;
(19)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:41所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:42所示的核苷酸序列;
(20)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:43所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:44所示的核苷酸序列;
(21)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:45所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:46所示的核苷酸序列;
(22)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:47所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:48所示的核苷酸序列;
(23)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:79所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:80所示的核苷酸序列;
(24)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:107所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:108所示的核苷酸序列;
(25)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:119所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:120所示的核苷酸序列;
(26)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:151所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:152所示的核苷酸序列;
(27)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:153所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:154所示的核苷酸序列;
(28)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:157所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:158所示的核苷酸序列;
(29)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:205所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:206所示的核苷酸序列;
(30)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:239所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:240所示的核苷酸序列;
(31)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:241所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:242所示的核苷酸序列;
(32)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:243所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:244所示的核苷酸序列;
(33)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:245所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:246所示的核苷酸序列;
(34)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:733所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:734所示的核苷酸序列:
5’-GAGCUGGGAAC-3’(SEQ ID NO:733)
5’-GUUCCCAGCUC-3’(SEQ ID NO:734);
(35)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:735所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:736所示的核苷酸序列:
5’-GGGCUGGUGUCU-3’(SEQ ID NO:735)
5’-AGACACCAGCCC-3’(SEQ ID NO:736);
(36)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:737所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:738所示的核苷酸序列:
5’-UCUGACUUCUU-3’(SEQ ID NO:737)
5’-AAGAAGUCAGA-3’(SEQ ID NO:738);
(37)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:739所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:740所示的核苷酸序列:
5’-CUUCCUUCAGAU-3’(SEQ ID NO:739)
5’-AUCUGAAGGAAG-3’(SEQ ID NO:740);
(38)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:741所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:742所示的核苷酸序列:
5’-UGGAGCUAGCAGA-3’(SEQ ID NO:741)
5’-UCUGCUAGCUCCA-3’(SEQ ID NO:742);
(39)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:743所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:744所示的核苷酸序列:
5’-ACCUGAACAAGC-3’(SEQ ID NO:743)
5’-GCUUGUUCAGGU-3’(SEQ ID NO:744);
(40)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:745所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:746所示的核苷酸序列:
5’-CUUUCAGAUGGUGG-3’(SEQ ID NO:745)
5’-CCACCAUCUGAAAG-3’(SEQ ID NO:746);
(41)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:747所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:748所示的核苷酸序列:
5’-UCUGGUGUUCUUGGACAA-3’(SEQ ID NO:747)
5’-UUGUCCAAGAACACCAGA-3’(SEQ ID NO:748);
(42)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:749所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:750所示的核苷酸序列:
5’-GACAAAAGGAUUGUG-3’(SEQ ID NO:749)
5’-CACAAUCCUUUUGUC-3’(SEQ ID NO:750);
(43)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:751所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:752所示的核苷酸序列:
5’-UUUGGGACCUAAACUA-3’(SEQ ID NO:751)
5’-UAGUUUAGGUCCCAAA-3’(SEQ ID NO:752);
(44)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:633所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:634所示的核苷酸序列:
5’-UGGUCACUUUCCGGGAUGA-3’(SEQ ID NO:633)
5’-UCAUCCCGGAAAGUGACCA-3’(SEQ ID NO:634);
(45)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:753所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:754所示的核苷酸序列:
5’-CGCCGGAUGGAGCUAG-3’(SEQ ID NO:753)
5’-CUAGCUCCAUCCGGCG-3’(SEQ ID NO:754);
(46)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:755所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:756所示的核苷酸序列:
5’-GGGCCUGAGGAUGAGGAA-3’(SEQ ID NO:755)
5’-UUCCUCAUCCUCAGGCCC-3’(SEQ ID NO:756);
(47)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:757所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:758所示的核苷酸序列:
5’-GUGUGGGACGCCAUU-3’(SEQ ID NO:757)
5’-AAUGGCGUCCCACAC-3’(SEQ ID NO:758);
(48)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:759所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:760所示的核苷酸序列:
5’-UGGUGCAAGCUU-3’(SEQ ID NO:759)
5’-AAGCUUGCACCA-3’(SEQ ID NO:760);
(49)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:761所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:762所示的核苷酸序列:
5’-CUUGGGUGUCAUCUCAGA-3’(SEQ ID NO:761)
5’-UCUGAGAUGACACCCAAG-3’(SEQ ID NO:762);
(50)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:635所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:636所示的核苷酸序列;
(51)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:637所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:638所示的核苷酸序列;
(52)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:639所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:640所示的核苷酸序列;
(53)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:646所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:647所示的核苷酸序列;
(54)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:648所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:649所示的核苷酸序列;
(55)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:650所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:651所示的核苷酸序列;
(56)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:661所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:662所示的核苷酸序列;
(57)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:663所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:664所示的核苷酸序列;
(58)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:670所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:671所示的核苷酸序列;
(59)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:680所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:681所示的核苷酸序列;
(60)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:686所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:687所示的核苷酸序列;
(61)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:698所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:699所示的核苷酸序列;
(62)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:700所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:701所示的核苷酸序列;
(63)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:702所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:703所示的核苷酸序列;
(64)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:704所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:705所示的核苷酸序列;
(65)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:706所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:707所示的核苷酸序列;
(66)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:708所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:709所示的核苷酸序列;
(67)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:725所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:726所示的核苷酸序列;
(68)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:729所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:730所示的核苷酸序列;
(69)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:181所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:314所示的核苷酸序列;
(70)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:181所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:315所示的核苷酸序列;
(71)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:203所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:326所示的核苷酸序列;
(72)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:203所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:327所示的核苷酸序列;
(73)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:259所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:260所示的核苷酸序列;
(74)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:765所示的核苷酸序列;
(75)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:85所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:86所示的核苷酸序列;
(76)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:89所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:90所示的核苷酸序列;
(77)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:163所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:164所示的核苷酸序列;
(78)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:181所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:182所示的核苷酸序列;
(79)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:187所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:188所示的核苷酸序列;
(80)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:203所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:204所示的核苷酸序列;
(81)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:258所示的核苷酸序列;
(82)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:259所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:258所示的核苷酸序列;
(83)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:260所示的核苷酸序列;
(84)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:261所示的核苷酸序列;
(85)所述核苷酸序列I包含SEQ ID NO:257所示的核苷酸序列,且所述核苷酸序列II包含SEQ ID NO:262所示的核苷酸序列。
2.根据权利要求1所述的siRNA,其中所述核苷酸序列I和所述核苷酸序列II基本上反向互补、实质上反向互补或完全反向互补;所述基本上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于3个的碱基错配;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
3.根据权利要求1或2所述的siRNA,其中所述正义链还含有核苷酸序列III,所述反义链还含有核苷酸序列IV,核苷酸序列III和核苷酸序列IV的长度各自独立地为0-10个核苷酸,其中所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的5'末端,核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的3'末端,所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配;和/或,所述核苷酸序列III连接在核苷酸序列I的3'末端,核苷酸序列IV连接在核苷酸序列II的5'末端,所述核苷酸序列III和所述核苷酸序列IV长度相等并且实质上反向互补或完全反向互补;所述实质上反向互补是指两个核苷酸序列之间存在不多于1个的碱基错配;完全反向互补是指两个核苷酸序列之间没有错配。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的siRNA,所述正义链还含有核苷酸序列V和/或所述反义链还含有核苷酸序列VI,核苷酸序列V和VI的长度为0至3个核苷酸,核苷酸序列V连接在所述正义链的3'末端构成正义链的3'突出端和/或核苷酸序列VI连接在所述反义链的3'末端构成反义链的3'突出端;优选地,所述核苷酸序列V或VI的长度为2个核苷酸;更优选地,所述核苷酸序列V或VI为连续的两个胸腺嘧啶脱氧核糖核苷酸或连续的两个尿嘧啶核糖核苷酸;
或者,所述核苷酸序列V或VI与靶mRNA相应位置的核苷酸错配或互补。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的siRNA,其中该双链区的长度是15-30个核苷酸对;优选地,双链区的长度是17-23个核苷酸对;更优选地,双链区的长度是19-21个核苷酸对。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的siRNA,其中正义链或反义链具有15-30个核苷酸;优选地,正义链或反义链具有19-25个核苷酸;更优选地,正义链或反义链具有19-23个核苷酸。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的siRNA,其中所述正义链或所述反义链中的至少一个核苷酸为修饰的核苷酸,和/或至少一个磷酸酯基为具有修饰基团的磷酸酯基;优选地,所述具有修饰基团的磷酸酯基为磷酸酯基中的磷酸二酯键中的至少一个氧原子被硫原子取代而形成的硫代磷酸酯基;和/或,所述siRNA包括不包含3’突出端核苷酸的正义链。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的siRNA,其中,所述正义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团,和/或所述反义链的5’末端核苷酸连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的siRNA,其中所述修饰的核苷酸选自2’-氟代修饰的核苷酸,2’-烷氧基修饰的核苷酸,2’-取代的烷氧基修饰的核苷酸,2’-烷基修饰的核苷酸,2’-取代的烷基修饰的核苷酸,2’-脱氧核苷酸,2’-氨基修饰的核苷酸,2’-取代的氨基修饰的核苷酸,核苷酸类似物或其中任意两种以上的组合;
优选地,所述修饰的核苷酸选自2’-氟代修饰的核苷酸,2’-甲氧基修饰的核苷酸,2’-O-CH2-CH2-O-CH3修饰的核苷酸,2’-O-CH2-CH=CH2修饰的核苷酸,
2’-CH2-CH2-CH=CH2修饰的核苷酸,2’-脱氧核苷酸,核苷酸类似物或其中任意两种以上的组合。
10.根据权利要求1-9中任一项所述的siRNA,其中所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸或非氟代修饰的核苷酸;
优选地,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位,其余位置为非氟代修饰的核苷酸;
进一步优选地,每一个非氟代修饰的核苷酸均为2’-甲氧基修饰的核苷酸,所述2’-甲氧基修饰的核苷酸指核糖基的2’-羟基被甲氧基取代而形成的核苷酸。
11.根据权利要求10所述的siRNA,其中每一个非氟代修饰的核苷酸独立地选自核苷酸的核糖基2'位的羟基被非氟基团取代形成的核苷酸或核苷酸类似物中的一种,所述核苷酸类似物选自假尿嘧啶、异核苷酸、LNA、ENA、cET BNA、UNA和GNA中的一种。
12.根据权利要求1-11中任一项所述的siRNA,其中所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸、2’-甲氧基修饰的核苷酸、GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合;
优选地,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸。
13.根据权利要求1-12中任一项所述的siRNA,按照5’到3’的方向,所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
所述正义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
或者,
所述正义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述正义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述正义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的siRNA,按照5’到3’的方向,所述反义链包含位于如下所示位置处的硫代磷酸酯基:
所述反义链5’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述反义链5’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间;
所述反义链3’末端起始的第1个核苷酸与第2个核苷酸之间;
所述反义链3’末端起始的第2个核苷酸与第3个核苷酸之间。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的siRNA,其中所述正义链和所述反义链中的每一个核苷酸独立地为2’-氟代修饰的核苷酸,2’-甲氧基修饰的核苷酸,GNA修饰的核苷酸或其中任意两种以上的组合;
优选地,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接,3’末端除去突出端;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的偶数位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接,3’末端除去突出端;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第6位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,GNA修饰的核苷酸位于反义链的第7位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;且所述正义链的5’末端核苷酸不连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团,和/或所述反义链的5’末端核苷酸不连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团;
或者,按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于正义链的第7、9、10和11位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;按照5’到3’的方向,2’-氟代修饰的核苷酸位于反义链的第2、6、8、9、14和16位,其余位置为2’-甲氧基修饰的核苷酸,5’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,5’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间,3’末端的第1个核苷酸和第2个核苷酸之间,3’末端的第2个核苷酸和第3个核苷酸之间为硫代磷酸酯基连接;且所述正义链的5’末端核苷酸不连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团,和/或所述反义链的5’末端核苷酸不连接5’磷酸基团或5’磷酸衍生基团。
16.根据权利要求1所述的siRNA,其选自表1的siRNA;优选地,所述siRNA选自N-ER-FY022064、N-ER-FY022064M1、N-ER-FY022064MD2、N-ER-FY022064M2、N-ER-FY022064M3、N-ER-FY022064M4、N-ER-FY022064M5、N-ER-FY022064M2D2、N-ER-FY022069、N-ER-FY022069M1、N-ER-FY022069MD2、N-ER-FY022069M2、N-ER-FY022069M3、N-ER-FY022069M4、N-ER-FY022069M5、N-ER-FY022069M2D2、N-ER-FY022036、N-ER-FY022036M1、N-ER-FY022036MD2、N-ER-FY022036M2、N-ER-FY022036M3、N-ER-FY022036M4、N-ER-FY022036M5、N-ER-FY022036M2D2、N-ER-FY022081M1、N-ER-FY022081MD2、N-ER-FY022081M2、N-ER-FY022081M3、N-ER-FY022081M4、N-ER-FY022081M5、N-ER-FY022081M2D2、N-ER-FY022041、N-ER-FY022041M1、N-ER-FY022041M2、N-ER-FY022041M3、N-ER-FY022041M4、N-ER-FY022041M5、N-ER-FY022041M6、N-ER-FY022041M7、N-ER-FY022148、N-ER-FY022148M2、N-ER-FY022148M3、N-ER-FY022148M4、N-ER-FY022148M5、N-ER-FY022148M6、N-ER-FY022148M7、N-ER-FY022095、N-ER-FY022095M2、N-ER-FY022095M3、N-ER-FY022095M4、N-ER-FY022095M5、N-ER-FY022095M6、N-ER-FY022095M7。
17.一种siRNA缀合物,所述siRNA缀合物含有权利要求1-16中任一项所述的siRNA以及缀合至该siRNA的缀合基团。
18.根据权利要求17所述的siRNA缀合物,其中所述缀合基团包含药学上可接受的靶向基团和接头,并且所述siRNA、所述接头和所述靶向基团依次共价或非共价连接;
优选地,在所述siRNA缀合物中,siRNA的正义链与反义链互补形成所述siRNA缀合物的双链区,且所述正义链的3’末端形成平末端,所述反义链的3’末端具有1-3个延伸出所述双链区的突出的核苷酸;
或者,
在所述siRNA缀合物中,siRNA的正义链与反义链互补形成所述siRNA缀合物的双链区,且所述正义链的3’末端形成平末端,所述反义链的3’末端形成平末端。
19.根据权利要求18所述的siRNA缀合物,其中所述缀合基团为下式的L96:
20.根据权利要求17-19中任一项所述的siRNA缀合物,其中所述siRNA缀合物为选自表2的siRNA缀合物。
21.一种药物组合物,其包含权利要求1-16中任一项所述的siRNA,或权利要求17-20中任一项所述的siRNA缀合物,以及药学上可接受的载体。
22.一种试剂盒,其包含权利要求1-16中任一项所述的siRNA,或权利要求17-20中任一项所述的siRNA缀合物,或权利要求21所述的药物组合物。
23.权利要求1-16中任一项所述的siRNA,或权利要求17-20中任一项所述的siRNA缀合物,或权利要求21所述的药物组合物用于制备抑制SCAP基因表达的药剂的用途。
24.权利要求1-16中任一项所述的siRNA,或权利要求17-20中任一项所述的siRNA缀合物,或权利要求21所述的药物组合物用于制备预防和/或治疗SCAP基因过表达相关的疾病的药剂的用途。
25.根据权利要求24所述的用途,所述疾病为所述疾病为食管癌、高血脂症、肥胖、脂肪性肝病如非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)、肝纤维化疾病;优选地,所述疾病为脂肪性肝病、肝纤维化疾病。
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