CN117751423A - 用于为质谱设备提供辅助校准的方法、介质和系统 - Google Patents

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Abstract

示例性实施方案涉及质谱数据的校准,并且对于校准碰撞横截面数据尤其有用。这些技术应用辅助(而不是自动化)校准技术。提供了上下文敏感的用户界面,这些用户界面允许用户查看由校准算法作出的匹配,并且覆写先前的选择以改善用于作出校准调整的模型的拟合。然后可将该校准调整应用于来自装置的过去或未来的数据,以便对这些数据进行归一化并且能够将这些数据与其他数据进行比较。

Description

用于为质谱设备提供辅助校准的方法、介质和系统
相关申请的交叉引用
本申请要求于2021年5月21日提交的美国临时专利申请号63/191,601的权益和优先权,该临时专利申请的全部内容以引用方式并入。
背景技术
质谱(MS)装置用于测量样本中分子的质荷比(m/z)。在分析样本时,许多因素可能导致结果的可变性;这些因素可包括MS装置的使用年限或条件、MS装置上的设置、样本运行时实验室中的条件、装置用户的技能或偏好等。为了生成可重复的结果,可通过装置分析已知的参考化合物的样本,并且该样本用于生成一组样本结果。然后,样本结果可与该样本的标准结果进行比较,并且用于生成校准因子,该校准因子用于调整或缩放数据。校准因子可应用于来自MS装置的未来数据,以允许该数据与在不同时间来自同一MS装置或来自其他MS装置的其他数据协调一致。
根据样本结果生成校准因子可能是复杂的任务。因为用于生成样本的参考是已知实体,来自样本的预期的一组质量峰是已知的;例如,可以维护来自已知参考化合物的质谱库。然而,这些已知的质量峰(在本文被称为“参考”峰)必须与分析样本时实际观察到的峰相匹配。在一些情况下,真实的样本数据中可能缺少峰。在其他情况下,可生成多个彼此接近的峰,并且可能难以区分哪个峰对应于给定的参考峰。此外,噪声还可能导致在不应该出现峰的地方出现明显的峰(然而,如果峰的强度足够大,并且足够接近参考峰的位置,则可能会被误认为是参考峰)。注意,以上内容适用于质量校准;碰撞截面(CCS)校准可能更为复杂,因为需要考虑粒子在漂移管中的复杂运动。
常规系统可采用自动校准技术,其中将参考数据中的峰与样本数据中的峰进行比较。遗憾的是,许多自动校准技术采用了过分简单化的方法来匹配峰(通常是将参考峰与来自样本数据的最强烈的邻近峰进行匹配)。虽然此类技术可产生合理的结果,但这些技术也可能使参考峰与不正确的样本峰失配,从而降低校准因子的有效性。
发明内容
示例性实施方案涉及用于执行MS数据的辅助校准的方法、介质和系统。除非另有说明,否则预期以下描述的实施方案可单独使用以便实现所述益处,或以任何组合使用以便实现进一步的协同效应。
根据第一实施方案,可从质谱(MS)设备接收样本化合物的分析。该分析可与多个质量峰相关联。还可以接收参考化合物的一组质量峰。将样本化合物的质量峰的子集映射到参考化合物的峰的对应子集。映射最初可自动执行并且可包括将参考化合物的至少第一峰与样本化合物的第一峰匹配。映射可被覆写,这可涉及(除其他选项外)将参考化合物的第一峰与样本化合物的第二峰(不同于样本化合物的第一峰)匹配,或将参考化合物的第一峰不与样本化合物中的任何峰匹配。映射可用于定义可应用于从质谱设备接收的未来数据的校准调整。
由于可以覆写映射以去除峰配对或替换峰配对,因此可以减少或消除错误的匹配。这改善了用于定义校准调整的模型的拟合,从而产生更准确的校准。由于第一次检查映射可以以自动方式完成,因此比(理论上的)完全手动的映射过程节省很多时间,完全手动的映射过程执行起来是困难且耗时的,并且容易出错。
例如,如果自动校准将参考峰与样本峰匹配,并且后来才意识到样本峰实际上是两个重叠的峰,则优选地不使用匹配,因为无法确定样本峰的精确边界。
根据第二实施方案,MS设备可以是离子迁移质谱设备。根据第三实施方案,参考化合物可以是从用户接收的定制参考化合物。已经发现辅助峰匹配会更好地区分自动校准算法可能难以区分的情况,诸如当使用定制参考化合物时、采用CCS时,以及在有效漂移管长度超过约20cm的IMS装置中(特别是当漂移管允许离子以循环模式行进时)。
根据第四实施方案,可在显示器的参考化合物界面中显示参考化合物的峰的对应子集。可以接收对参考化合物的第一峰的选择,并且在显示器上的样本化合物界面中显示样本化合物的多个峰,这些多个峰落在参考化合物的第一峰周围的预定义质量窗口内。多个峰可包括样本化合物的第一峰和样本化合物的第二峰。
第四实施方案提供了样本化合物中的峰的上下文敏感显示,该峰可合理映射到参考化合物中的峰。如果不存在这样的峰,则不会显示。如果仅来自样本化合物的一个峰是相关的,则仅显示相关的峰。这简化了此时的决策:是否应该将峰包含在校准中?如果多个峰可用,则用户可以决定覆写自动校准算法的决策,并且将参考峰映射到期望的样本峰。这可能涉及替换由自动校准算法所选择的峰。由于显示是上下文敏感的,因此仅向用户显示相关信息(窗口内的样本峰),这使得更容易决定要考虑哪些峰。
根据与第四实施方案结合使用的第五实施方案,覆写映射可包括接收样本化合物界面中的样本化合物的第二峰的选择。由于显示是上下文敏感的,因此将在样本化合物界面中显示符合条件的第二峰,从而提供了选择第二峰以覆写第一样本峰对参考峰的初始分配的简单方法。
根据第六实施方案,对于映射到参考化合物的对应峰的样本化合物的质量峰中的每个质量峰,可基于每对映射峰之间的匹配的紧密程度计算残余值。残余值可显示在显示器上的残余界面中。可接收残余值中的一个残余值的选择,其中所选择的残余值对应于来自参考化合物和样本化合物的一对匹配峰。可以去除一对匹配峰之间的映射,并且重新计算校准调整。
根据第七实施方案,校准调整可基于与回归线拟合的多个点。可在显示器上的模型拟合界面中显示多个点和回归线。可接收点中的一个点的选择,其中所选择的点对应于来自参考化合物和样本化合物的一对匹配峰。可以去除一对匹配峰之间的映射,并且可以在从多个点去除所选择的点的情况下重新计算校准调整。
第六实施方案和第七实施方案允许出于校准调整的目的将由自动校准选择的峰匹配(或随后通过辅助校准进行的匹配)从考虑范围内去除(或用不同的匹配替换)。第六实施方案和第七实施方案提供了进入系统的附加进入点,这些进入点可对用户有帮助,但却不容易从仅示出匹配峰的界面访问。在第六实施方案中,用户可以看到每个峰匹配如何影响用于定义校准调整的模型,以及一些峰是否是离群值。可能的情况是,即使某些峰在可接受的公差范围内匹配,但将这些峰去除也可以简化或改善模型拟合。在第七实施方案中,用户可以看到参考峰与样本峰的匹配程度如何(例如,在应用校准调整之后)。如果残余值指示匹配不理想,这将在第七实施方案中显而易见,并且用户可以轻松采取行动以去除或替换映射来改善残余值。
类似这样的行动(或本文所述的其他行动中的任一行动)都可以记录在审计跟踪中,使得未来的审查人员可以确定校准调整是如何得出的,以及所做的决策是否是为了实现期望的结果,而不是科学合理的结果。
对于本领域的技术人员来说,从下列图、描述和权利要求可以很容易地看出其他技术特征。
附图说明
为了容易识别对任何特定元件或动作的论述,参考标号中的一个或多个最有效数字是指首先引入该元件的附图标号。
图1示出了根据示例性实施方案的质谱(MS)系统的示例。
图2A描绘了根据一个实施方案的用于设置MS实验的示例性用户界面。
图2B描绘了根据一个实施方案的用于设置MS实验的示例性用户界面。
图3描绘了根据一个实施方案的用于设置MS实验的示例性用户界面。
图4描绘了根据一个实施方案的用于设置MS实验的示例性用户界面。
图5A描绘了根据一个实施方案的用于设置MS实验的示例性用户界面。
图5B描绘了根据一个实施方案的用于设置MS实验的示例性用户界面。
图6A描绘了根据一个实施方案的用于设置MS实验的示例性用户界面。
图6B描绘了根据一个实施方案的用于设置MS实验的示例性用户界面。
图7描绘了根据一个实施方案的用于执行辅助校准的示例性用户界面。
图8A描绘了根据一个实施方案的用于执行辅助校准的示例性用户界面。
图8B描绘了根据一个实施方案的用于执行辅助校准的示例性用户界面。
图9A描绘了根据一个实施方案的用于执行辅助校准的示例性用户界面。
图9B描绘了根据一个实施方案的用于执行辅助校准的示例性用户界面。
图9C描绘了根据一个实施方案的用于执行辅助校准的示例性用户界面。
图9D描绘了根据一个实施方案的用于执行辅助校准的示例性用户界面。
图10是描绘用于执行根据一个示例性实施方案的方法的逻辑的流程图。
图11描绘了可用于实践本文所述的示例性实施方案的例示性计算机系统架构。
具体实施方式
涉及碰撞截面(CCS)数据的自动校准系统难以将样本数据与参考数据匹配的一个原因在于一些质谱装置以迭代方式采集数据,诸如离子迁移谱(IMS)数据。在传统的IMS中,分子通过充满漂移气体的线性漂移管。根据分子的电荷、质量、大小和化学结构,一些分子将比其他分子更快地行进。因素的该组合定义了分子的CCS,与更直接的m/z分析相比,CCS提供了附加的分辨率维度。
在IMS中,较长的漂移管允许对样本中的不同类型的分子进行更多的分离。可通过将漂移管制成(例如)可允许分子多次通过的圆形、环形、曲折形、折叠形、反射形或莫比乌斯形来近似较长漂移管的效果(参见,例如,马萨诸塞州米尔福德市沃特斯公司(WATERSCORPORATION of Milford,Massachusetts)的SELECT SERIES CYCLIC IMS,MOBILionSystems公司的基于SLIM的离子迁移产品)。当分子被选择性地喷射到检测器时,在对应的数据中可生成峰。每个分子都会生成峰,并且由于分子的有效行进长度比传统的线性漂移管的行进长度长,因此质量峰将变得越来越分离(因为较快的分子与较慢的分子由于它们的CCS而在更大的距离上分离的程度更大)。
然而,在分析由于这种IMS装置产生的数据以用于校准目的时,自动校准算法可能难以确定每个周期开始和结束的位置。例如,相对快的分子可在相对慢的分子完成第一次检查之前行进通过漂移管两次,从而使分子的漂移时间的计算变得复杂。在一个示例中,如果相对快的分子能够在随后的通过中“赶上”相对慢的分子,则可能难以区分快分子的峰结束和慢分子的峰开始的位置。
由于特定用户希望使用定制的参考化合物,这个问题会很复杂。有许多针对装置校准表现良好的常用参考化合物。特别是在与具有较大有效路径长度的取样方法一起使用时,选择其组成成分在合理的迭代次数内易于区分的化合物非常重要。然而,由于各种原因,用户可希望使用他们自己的参考化合物。在使用具有较大有效路径长度漂移管的MS装置进行分析时,这些化合物中的峰可能无法很好地区分,从而使得自动校准以识别分子的峰更加困难。
为了解决这些问题,本文描述的示例性实施方案采应用了辅助(而非自动)校准技术。提供了上下文敏感的用户界面,这些用户界面允许用户查看由校准算法作出的匹配,并且覆写先前的选择以改善用于作出校准调整的模型的拟合。然后可将该校准调整应用于来自装置的未来的数据,以便对这些数据进行归一化并且能够将这些数据与其他数据进行比较。
利用本文所述的技术,用户可以改善仪器校准过程,从而在某些有问题的条件下覆写自动峰匹配。例如,当使用定制参考化合物时,具有关于该化合物的经验的用户可以能够识别自动算法何时将参考峰与样本峰失配。如果在校准算法的容差内进行匹配,但只是勉强匹配,则用户可以将匹配的峰切换到不同的峰(或不切换到峰,从而将参考峰从考虑范围内去除)。这可改善模型拟合。为用户提供了若干种不同的方法来重新匹配或不匹配峰,这些方法基于在参考峰的某个窗口内的样本峰的上下文、峰匹配与用于进行校准调整的模型的拟合程度,或指示一对映射峰之间的匹配的紧密程度的残余值(例如,在应用校准调整之后)。
已经发现示例性实施方案在具有长度大于20cm的漂移管的IMS装置中工作的特别好。这种漂移管可以是长度大于20cm的线性漂移管,或有效长度大于20cm的漂移管。例如,如上所述的布置。特别是当采集技术是迭代式时,在这些距离上分子可以开始彼此重叠。就给定的样本峰属于哪个参考峰而言,这会混淆校准算法(并可能导致一些样本峰重叠)。
需注意,尽管示例性实施方案可特别适合于用于CCS装置中,尤其是IMS装置和迭代式IMS装置,但本发明并不限于这些使用情况。任何类型的MS校准数据都可能不完美或有噪声,或者难以以编程方式与参考数据集对齐,而本文所述的技术可用于改善MS数据的校准,无论是应用于m/z分析、CCS分析、IMS技术、迭代式装置、非循环装置等。
为了例示的目的,图1是可以结合本文的技术使用的系统的示意图。尽管图1描绘了特定IMS-MS配置中的特定类型的装置,但本领域的普通技术人员将理解,不同类型的色谱装置(例如,MS、LC-MS、串联MS等)也可以结合本公开使用。
将样本102注入电离器104,样本在该电离器中转化为气相离子。例如,可以使用热解吸、放射性电离、电晕放电电离、光离子化或任何其他合适的技术对样本进行电离。
可将电离后的样本导入离子迁移谱仪106。离子迁移谱仪106可包括充满漂移气体的漂移管108。漂移气体从漂移管108的末端(引入漂移气体的点)朝向漂移管108的开头移动,同时促进样本的离子从漂移管108的开头(引入离子的点)朝向漂移管108的末端移动。漂移管108可包括聚焦环,该聚焦环被配置为在漂移管108中生成电场梯度,该电场梯度促进样本离子朝向漂移管108的末端移动。漂移管108的长度可为(例如)5cm至300cm。当与有效长度为20cm或更长的漂移管一起使用时,示例性实施方案可以是特别有利的。
当离子移动通过漂移管108时,它们与漂移气体的相互作用会导致离子中的一些离子比其他离子更快地通过漂移管108。在常规MS中,分子移动通过MS设备的速度可取决于其质量和电荷;在使用IMS时,分子的速度也可能受到分子大小和形状的影响—例如,具有较开放三维结构的分子通过漂移气体的速度不会与类似重量的但具有较封闭三维结构的分子相同。因此,离子迁移谱仪106能够分析分子的碰撞截面(CCS)。特别是当与MS分析结合时,CCS分析相比于单独的MS提供更大程度的分辨率。
来自离子迁移谱仪106的输出被输入到质谱仪110以用于分析。最初,样本由去溶剂/电离装置112进行去溶剂和电离(注意,如果质谱仪110接收电离输入,则电离可能是不必要的,因为当该质谱仪耦合到离子迁移谱仪106时可能需要电离)。去溶剂化可以是任何去溶剂化技术,包括例如加热器、气体、与气体组合的加热器或其他去溶剂化技术。离子化可以采用任何离子化技术来实现,包括例如电喷雾离子化(ESI)、大气压化学离子化(APCI)、基质辅助激光解吸(MALDI)或其他离子化技术。由离子化产生的离子通过施加到离子导向器114的电压梯度被送入碰撞室116。碰撞室116可用于传递离子(低能量)或将离子碎片化(高能量)。
可以使用不同的技术(包括在授予Bateman等人的美国专利6,717,128号中描述的技术,该专利以引用方式并入本文),其中可以在碰撞室116上施加交变电压来引起碎片化。收集低能量下的前体(无碰撞)以及高能量下的碎片(碰撞的产物)的光谱。
碰撞室116的输出被输入到质量分析仪118。质量分析仪118可以是任何质量分析仪,包括四极杆、飞行时间(TOF)、离子阱、扇形磁场质量分析仪以及它们的组合。检测器120检测从质量分析仪120发出的离子。检测器120可以与质量分析仪118成一体。例如,在TOF质量分析仪的情况下,检测器120可以是对离子强度进行计数(即,对射入的离子进行计数)的微通道板检测器。
原始数据存储库122可为存储用于分析的离子计数提供永久性存储。例如,原始数据存储库122可以是内部或外部计算机数据存储装置,诸如磁盘、基于闪存的存储装置等。采集装置124分析所存储的数据。还可以实时分析数据,而不需要存储在存储介质122中。在实时分析中,检测器120将要分析的数据直接传递到计算机124,而不是首先将其存储到永久性存储装置中。
碰撞室116执行前体离子的碎片化。可以使用碎片化来确定肽的一级序列,随后识别起源蛋白质。碰撞室116包含气体,诸如氦气、氩气、氮气、空气或甲烷。当带电前体与气体原子相互作用时,所产生的碰撞可以通过将前体分解成所得的碎片离子而使前体碎片化。这种碎片化可以使用Bateman中描述的技术,通过将碰撞室中的电压在低电压状态(例如,低能量,<5V)和高电压状态(例如,高能量或升高能量,>15V)之间切换来实现,其中低电压状态用于获得肽前体的MS光谱,高电压状态用于获得前体的碰撞诱导碎片的MS光谱。高电压和低电压可以被称为高能量和低能量,因为分别使用高电压或低电压来将动能赋予离子。
可以使用各种规程来确定何时以及如何切换用于这种MS/MS采集的电压。例如,常规方法以目标或数据相关模式(数据相关分析,即DDA)触发电压。这些方法还包括目标前体的耦联的气相隔离(或预选)。低能量光谱由软件实时获取并检查。当所需的质量达到低能量光谱中的规定强度值时,碰撞室中的电压切换到高能量状态。然后获得针预选的前体离子的高能量光谱。这些光谱包含在低能量下看到的前体肽的碎片。在收集到足够的高能量光谱之后,数据采集回到低能量状态,继续寻找具有合适强度的前体质量来用于高能量碰撞分析。实施方案还可以使用Bateman中描述的技术,其可以被表征为以简单的交替循环来切换电压的碎片化规程。
由高-低规程采集的数据允许准确确定在低能量模式和高能量模式两者下收集的所有离子的保留时间、质荷比和强度。一般来讲,在两种不同的模式中看到不同的离子,并且在每种模式下采集的光谱可以单独或组合地被进一步分析。如在一种或两种模式中看到的来自公共前体的离子将共享相同的保留时间(并因此具有基本上相同的扫描时间)和峰形。高-低规程允许在单个模式内和在模式之间对离子的不同特征进行有意义的比较。该比较然后可以用来将在低能量光谱和高能量光谱中看到的离子分组。
描述与数据采集相关的各种参数的元数据可与原始数据一起生成。该信息可包括离子迁移谱仪106或质谱仪110(或采集数据的其他色谱设备)的配置,其可定义数据类型。被配置为对数据进行解码的编解码器的标识符(例如,密钥)也可作为元数据的一部分和/或与原始数据一起被存储。元数据可被存储在文档存储库126中的元数据目录128中。
采集装置124可根据工作流进行操作,在工作流步骤中的每个工作流步骤处向分析人员提供数据的可视化,并且允许分析人员通过执行特定于工作流步骤的处理来生成输出数据。可经由客户端浏览器130生成和检索工作流。当采集装置124执行工作流的步骤时,它可从位于原始数据存储库122中的数据流读取原始数据。当采集装置124执行工作流的步骤时,它可生成存储在文档存储库126中的元数据目录128中的经处理的数据;另选地或除此之外,经处理的数据可被存储在由采集装置124的用户指定的不同位置中。它还可生成可被存储在审计日志132中的审计记录。审计日志132可记录数据收集、校准和分析期间所采取的行动中的每个行动,该审计日志可包括正式记录下文参考示例性实施方案所描述的行动。
本文描述的示例性实施方案可在客户端浏览器130和采集装置124以及其他位置处执行。在图11中描绘了适合用作采集装置124和/或客户端浏览器130的装置以及各种数据存储装置的示例。
图2A描绘了用于设置MS校准实验的示例性界面,其中将从MS装置采集数据,以便定义要应用于从装置接收的未来数据的校准调整。在该视图中,已经选择了仪器设置元件202,以便在屏幕右侧上显示校准设置界面。校准设置界面包括示出可用于校准的CCS插槽的CCS校准设置元件204。采集启动元件206允许用户在设置好所有校准设置后开始采集数据。
图2B示出了在用户已经选择CCS校准设置元件204之后的图2A的界面,指示用户希望结合当前实验使用CCS。为反映该选择,CCS校准插槽选择器208被标记为选中。在CCS校准状态210中指示了校准将用于执行CCS分析的IMS仪器的当前状态。
如在图3所示的样本瓶界面302上所示,用户接下来可以选择样本瓶进行测试。接下来,用户可以使用输注界面402开始样本的输注,图4示出了输注界面的示例。
当用户然后返回到图2A所示的界面时,该用户可选择采集启动元件206,从而使界面诸如图5A所示的界面被显示。该界面允许用户告知系统正在分析哪种类型的校准(参考)化合物。为此,可提供包括一些针对常用参考化合物的选项的参考化合物下拉菜单502。参考化合物下拉菜单502还可以提供选择定制参考化合物的选项。每个参考化合物可以与预定义的参考质量峰数据相关联,这些数据可存储在库(例如,存在于采集装置124上的或可访问的库)中。如果使用定制参考化合物,用户还可以提供预定义的参考质量峰数据(例如,通过指示可检索此类数据的位置或通过直接上传数据)。
在自动采集样本数据时,与图5A所示的界面类似的界面可以是有用的;然而,也可以使用手动采集的样本数据来定义校准调整因子。在这种情况下,可以使用与图5B所示的界面类似的界面。在该示例中,除了参考化合物下拉菜单502之外,界面还可以包括原始数据文件输入元件504,该原始数据文件输入元件允许用户提供可以找到手动采集的样本数据的位置。校准模式选择器506允许用户在自动校准模式(其中自动匹配峰而不允许用户干预以覆写峰匹配算法的决策)或辅助校准模式(其中系统关于如何匹配峰提出建议,但用户可以自行选择或覆写峰匹配算法)之间切换。
如图6A所示,在提供数据采集中使用的参考化合物的指示之后,用户可返回主界面。此时,CCS校准状态210被更新,以反映针对样本的数据采集正在进行中。
当样本数据采集完成时,可更新显示器。在这种情况下,用户选择了辅助校准模式,因此系统应用了自动峰匹配算法,以将来自库的预定义参考质量峰数据的质量峰与最近采集的样本中观察到的峰进行初步匹配。系统现在将允许用户查看并可能覆写这些初始匹配,并且因此CCS校准状态210被更新,以反应“等待协助”的状态。
用户可以选择CCS校准状态210以使辅助界面702(诸如图7所描绘的辅助界面)被显示。辅助界面702呈现由自动校准算法进行的初始峰匹配,并且允许用户覆写这些匹配;在其他实施方案中,辅助界面702可提供如由自动校准算法所确定的建议映射,但随后可要求用户针对每个峰作出选择。在确定校准调整时,不包括任何未选择匹配的峰。辅助界面702可包括示出与参考化合物和校准调整(如当前所配置的)有关的各种参数的概述界面704,使得用户可以看到峰匹配的变化如何影响校准。
自动校准算法可以通过将预定义参考质量峰数据中的质量峰的相对位置于样本中观察到的质量峰进行比较来工作。给定分子到达MS装置上的检测器所需的时间量部分取决于分子的质荷比和分子在(例如)迭代式IMS漂移管中可行进通过的迭代次数。预定义的参考质量峰数据可提供参考化合物中存在的已知分子的已知质荷比(m/z)。这些已知的m/z值可用于确定从参考化合物注入MS装置到对应于m/z值的分子到达检测器的预期时间量(“漂移时间”)。自动校准算法可基于预定义阈值定义在预期漂移时间周围的窗口。可选择窗口的大小,使得在窗口内观察到的样本化合物数据中观察到的任何质量峰都可以被合理地(例如,在预定义阈值概率内)认为是由预定义参考质量峰数据中的m/z所表示的分子。通常,在窗口内观察到的最强质量峰将被认为对应于来自参考化合物数据的m/z值;因此,可由自动校准算法初步选择窗口内具有最高强度的峰(如果有的话)作为针对参考化合物数据的质量峰的初始匹配。
在参考化合物界面708中可显示来自参考化合物数据的m/z值。由于各种因素,对真实样本的单次分析不太可能包括对应于来自参考化合物数据的所有理论m/z值的峰。因此,参考化合物界面708中的m/z值可以从视觉上彼此区分(例如,使用不同的颜色)。所描绘的示例包括由实线指示的解除匹配的峰714;不匹配的峰714可以是在可接受的窗口内的样本数据中未观察到对应质量峰的峰(或至少未观察到高于预定最小阈值强度的峰)。
所描绘的示例还包括由虚线指示的匹配峰716。匹配峰716表示参考化合物数据中的与样本化合物数据中的峰成功匹配的质量峰。需注意,在对应于参考化合物m/z值的窗口内的样本化合物数据中可存在多于一个的峰。在这种情况下,参考化合物界面708指示峰已经匹配(最初是与窗口中最高强度的峰匹配)。
所描绘的示例还包括由点线指示的拒绝峰718。拒绝峰718表示参考化合物数据中的质量峰,该质量峰在样本化合物数据中的窗口内具有至少一个候选峰,但所有这些候选峰都已被拒绝而无法进行匹配。可由自动校准算法进行拒绝。例如,窗口内没有样本化合物峰可超过预定的最小阈值。另选地或除此之外,在计算与匹配峰的模型拟合之后,可计算残余值。残余值可表示样本峰与预期参考峰的匹配程度(例如,在应用校准调整之后)。如果与匹配峰相关联的残余值低于预定的最小阈值,或等效地高于预定的最大阈值,或在预定范围之外,则可拒绝匹配。更进一步地,如下所述,可以由用户拒绝匹配。
辅助界面702包括对上下文敏感的样本化合物界面706。如图7所示,当没有进行任何选择时,样本化合物界面706最初可以是空的。当用户在辅助界面702的其他部分中选择峰或点时,样本化合物界面706可更新,以示出样本化合物中与当前选择相关的峰。
例如,如果用户从参考化合物界面708中选择了匹配峰716,则可在样本化合物界面706中显示参考化合物质量峰周围的窗口内的一个或多个样本峰。由于所选择的峰是匹配峰716,因此该峰必须与样本化合物峰中的一个样本化合物峰匹配,并且与之匹配的该峰可以与其他峰区分开来(例如,以不同颜色显示、加粗、以不同图案显示等)。如果选择解除匹配的峰714,则样本化合物界面706将保持空白—解除匹配的峰714意味着在样本数据中没有找到对应的峰,并且因此没有峰示出。如果选择拒绝峰718,则样本化合物界面706将用在窗口中呈现的一个或多个峰进行更新,但不选择任何峰。如果参考化合物界面708中的峰被拒绝,则意味着至少一个对应的峰确实存在,但由于某种原因而被拒绝。
样本化合物界面706可用于覆写初始映射。例如,如果选择匹配峰716,并且在样本化合物界面706中示出多于一个的对应样本峰,则可以更改匹配峰716所映射的峰(例如,通过选择不同的峰)。也可以解除匹配峰,使匹配峰716在样本化合物界面706中不映射到任何峰;在这种情况下,参考化合物界面708中的显示可以被更新,使得匹配峰716变为拒绝峰718。如果在参考化合物界面708中选择拒绝峰718,则在样本化合物界面706中可示出窗口内的可用峰;用户可以选择这些峰中的一个峰,这将导致拒绝峰718更新变为匹配峰716。
随着峰的匹配和解除匹配,它们对尝试调整样本数据以更好地匹配参考数据的模型有贡献。该模型定义了校准调整(诸如缩放因子),当应用于样本数据时,该校准调整使样本数据接近参考数据。有助于模型拟合的峰在模型拟合界面710中显示为点。参考峰中的每个参考峰可以反映在模型拟合界面710中,其中对模型有贡献的那些峰(即,在样本数据中具有匹配峰的那些峰)与对模型没有贡献的那些峰(即在样本数据中没有匹配峰的那些峰)可以从视觉上区分开来。例如,模型拟合界面710用一种颜色示出所包含的模型点720,并且用另一种颜色示出被排除的模型点722。
模型拟合724(例如,回归线)示出模型与数据的匹配程度;如果模型拟合724穿过或非常接近所有包含的模型点,则这通常表示能够很好地将样本数据与参考数据匹配的模型。为了评估每个单独峰的模型拟合,可以显示残余界面712。残余界面712示出针对每个参考峰计算的残余值。如果模型将样本峰与参考峰精确匹配,则残余值可为零。否则,将存在一些残余分数(在该示例中,随着拟合度变差,该分数变得更负)。在自动校准算法的初始检查中,如果所产生的残余值过低,则可剔除初始匹配的峰。
残余界面712可包括对应于参考峰的若干点。可根据点对模型有贡献(即,匹配)或没有贡献(即,被拒绝)而将它们从视觉上区分开来。例如,图7中描绘的残余界面712包括一种颜色的包含残余点726和不同颜色的排除残余点728。
除了能够在参考化合物界面708中选择参考峰进行匹配和解除匹配之外,还能够选择模型点和残余点。辅助界面702的其他部分可响应于选择进行更新。例如,如果用户查看到模型拟合界面710中的某个特定点已经包含在模型中,但为了使模型拟合724更好,可以将该特定点排除,然后用户可以选择该模型点。残余界面712将更新,以突出显示与所选择的点相关联的残余点,并且样本化合物界面706和参考化合物界面708也将被更新。参考化合物界面708将更新以突出显示与所选择的模型点相关联的匹配参考峰,并且样本化合物界面706将更新以至少示出映射到突出显示的参考峰的样本化合物中的峰(在一些实施方案中,可显示参考峰窗口内的所有样本峰)。然后,用户可以将参考峰与不同的样本峰匹配,以查看模型拟合724是否有所改善,或者将参考峰与任何样本峰解除匹配,使得参考峰不再对模型有贡献。然后计算新的校准调整,并且对应地更新模型拟合界面710和残余界面712。通过直接与模型拟合界面710中的点进行交互,该程序允许用户快速改善模型拟合。在没有这些功能的系统中,改善模型拟合可涉及大量的试验和错误,因为用户要试图找到哪个或哪些峰匹配会影响模型,以及以何种方式影响模型。
用户还可以直接与残余界面712交互。在一些情况下,残余值可以是低的,但不足以导致自动校准算法将其直接拒绝。如果用户查看到的残余值相对低,则他们可以在残余界面712中选择该值,这导致模型拟合界面710、参考化合物界面708和样本化合物界面706的更新,如以上结合选择模型点所描述。然后,用户可以重新匹配或解除匹配参考峰,以便改善残余值,或将该峰从模型拟合排除。该过程允许用户排除模型无法精确拟合的点,即使在模型拟合界面710中不易识别该信息。
图8A和图8B描绘了解除匹配参考峰的示例。在该示例中,在参考化合物界面中接收所选择的参考峰802的选择。与在先前的示例一样,所选择的参考峰802用虚线示出,因为它已经与样本峰匹配。由于该所选择的参考峰已被选择,因此也以粗体示出。作为响应,样本化合物界面更新,以显示在参考峰周围的窗口内的可用样本峰;峰中的每个峰的线的长度可对应于它们的如由检测器测量的强度。在这种情况下,两个样本峰可用:自动校准算法选择的与所选择的参考峰802匹配的较高强度的匹配样本峰804,以及未被选择的较低强度的另选样本峰806。由于匹配样本峰804与所选择的参考峰802匹配,因此将其用虚线示出并加粗。另选样本峰806以实的不加粗的线示出,以表明它未被匹配。图8A还示出了如何更新模型拟合界面,从而以粗体示出对应于所选择的参考峰802的模型点808,以及如何更新残余界面,从而以粗体示出对应于所选择的参考峰802的残余值810。
如果用户决定拒绝所选择的参考峰802与匹配的样本峰804之间的匹配,则用户可仅在样本化合物界面中点击远离样本峰中的任一个样本峰的位置,以便取消选择所有样本峰。如图8B所示,在取消样本峰的情况下,更新各种界面。特别地,样本化合物界面中的匹配样本峰804变为非粗体实线,以反映其既不是匹配的也不是所选择的。参考化合物界面中的所选择的参考峰802变为粗体实线,以反映其仍被选择(粗体)但不再是匹配的(实线)。模型点808和残余值810变为虚线或不同颜色,以反映该点不再对模型有贡献。
作为另选方案,用户可以决定通过在样本化合物界面中选择另选样本峰806而将所选择的参考峰802重新映射到另选样本峰806。然后,所显示的界面将更新以反映新的匹配和对应的更新模型拟合:另选样本峰806将被示为粗体和虚线,所选择的参考峰802将保持粗体和虚线,并且模型点808和残余值810将基于从更新模型计算得出的更新的校准调整值更新为新的值。
图9A至图9D描绘了用户与模型拟合界面710或残余界面712交互的示例性界面。本示例将被描述为用户在模型拟合界面710中选择点,但可以理解的是,如果在残余界面712中选择残余点,将采取对应的行动;由于讨论将是重复的,在此省略了在残余界面712中选择点的具体示例。
图9A描绘了选择任何点或峰之前的各种界面。在该示例中,已经匹配了参考峰906(如虚线所示),但由于其当前未被选择,因此在样本化合物界面中未出现任何峰。参考峰906在模型拟合界面中具有对应的模型点904和对应的残余值902。
如果用户选择了模型点904,则残余值902和参考峰906被选择并加粗。由于参考峰906现在已被选择,因此样本化合物界面更新以显示参考峰906窗口内的样本峰中的任何样本峰。这包括参考峰906所映射的对应样本峰908。参考峰906和对应的样本峰908两者都加粗并用虚线示出,以指示它们已经匹配。
如果用户选择拒绝匹配(例如,通过在样本化合物界面中点击远离对应样本峰908的区域),则对应的样本峰908可能与参考峰906解除匹配。这在图9C中示出,其中对应的样本峰908已更新,以示出其不再与参考峰906匹配。因此,对应的样本峰908现在被示出为未加粗的实线,而参考峰906现在被示出为虚线。由于这些峰不再对模型有贡献,因此模型点904和残余值902被示出为虚线。
只要参考峰906被选择,对应的样本峰908就可继续在样本化合物界面中示出,因为对应的样本峰908仍在参考峰906的窗口内。当用户点击离开参考峰和样本化合物界面时,这些界面会更新以反映没有选择峰;参考峰906由于不再被选择而未加粗,样本化合物界面由于没有选择参考峰而被清空。
为清楚起见,需注意,图中的虚线可根据上下文的不同而指代不同的含义。例如,当在样本化合物界面或参考化合物界面中以虚线示出峰时,这指示该峰已与其他数据集中的对应峰匹配;实线指示不匹配。另一方面,当在模型拟合界面或残余界面中以实线示出点时,这指示该点对模型没有贡献,并且因此对校准调整没有贡献;点周围的实线指示该点有贡献。
图10描绘了可用于执行本文所述的实施方案的示例性逻辑1000。逻辑1000可以体现为由具有显示器的计算装置的处理器执行的方法。另选地或除此之外,逻辑1000还可以体现为存储在非暂态计算机可读介质上的指令,这些指令可由处理器实行,以执行本文所述的实施方案。此外,逻辑1000还可以编码到设备中,诸如具有存储器和处理器的计算装置。
逻辑1000从框1002开始,在该框中接收对样本化合物的分析。样本化合物可对应于用于校准质谱装置的指定参考化合物。样本化合物的分析可以直接从质谱装置接收,或者可以以包括样本数据的文件的形式提供。样本化合物的分析可包括指示由检测器所接收的信号的强度的一组强度值,以及接收到信号的对应漂移时间。
在框1004处,可接收参考化合物的一组质量峰。该组质量峰可以是参考化合物的分子的预定义预期质荷比的列表,并且可以从预定义的参考化合物库中检索。另选地或除此之外,用户可以提供包含质荷比的文件。
接下来,可将参考峰映射到样本峰。样本化合物的分子中的每个分子将具有影响其通过IMS装置的漂移时间的质荷比;框1006至框1012试图将观察到的漂移时间与参考数据中的对应质量峰匹配。
在框1006处,可选择下一个参考峰进行分析。如果没有对先前的峰进行分析,则可选择数据中的第一参考峰作为初始匹配候选峰。在框1008处,可确定对应于所选择的参考峰的质荷比的预期漂移时间,并且可确定在预期漂移时间周围的窗口。本领域的普通技术人员将理解如何选择合适的漂移时间和窗口。在样本数据中的该窗口内,可以选择任何高于预定最小阈值的峰进行比较。
窗口中的每个峰可与强度值相关联。在对样本数据的初始检查中,可在框1010处选择窗口内的具有最高强度的峰作为初始匹配。如果在窗口内找不到对应的样本峰,则参考峰可保持解除匹配。此外,在框1016处计算残余后,系统可以可选地拒绝残余值低于预定阈值的任何匹配,从而导致峰变得解除匹配。
在框1012处,确定是否还有更多参考峰要匹配。如果是,处理返回到框1006;如果不是,处理前进至框1014。
在框1014处,可计算并显示校准调整。这可涉及定义将样本化合物峰映射到如由参考数据所确定的预期漂移时间或m/z比的模型或函数。该模型或函数可具有以不同方式缩放样本数据的可调整参数,并且这些参数可以被调整直到满足停止条件或找到最佳拟合。模型或函数可代表校准调整,该校准调整可应用于MS装置的未来数据,以使数据与来自不同装置或在不同时间采集的其他数据协调一致。模型拟合可在显示器上表示为通过与用于计算模型的参考峰对应的模型点的回归线。
在框1016处,模型拟合可用于计算残余值,从而表示模型导致映射参考/样本峰保持匹配的程度。残余可在界面中被显示为残余点。
在框1018处,可在界面中接收来自用户的选择。例如,用户可以在参考化合物界面中选择参考峰,在模型拟合界面中选择模型点,或在残余界面中选择残余值。接收到选择后,在框1020处,可在界面中显示上下文映射信息。如果选择是参考峰的选择,则可在样本化合物界面中显示参考峰的窗口内的样本峰,并且对应于所选择的参考峰的模型点和残余值可在它们对应的界面中突出显示。如果选择了模型点或残余值,则其他界面可基于对应于所选择的点/值的数据值以类似方式更新。可选地,在接收到与参考峰相关联的模型点或残余值的选择后,可立即显示样本化合物界面中对应于参考峰的窗口内的峰。作为另选方案,仅突出显示参考峰,并且系统可避免用窗口内的样本峰来更新样本化合物界面,直到用户肯定地选择突出显示的参考峰。
在框1022处,系统可接收到覆写命令。该命令可涉及使参考峰与窗口中的样本峰中的任何样本峰解除匹配,将参考峰与窗口内的不同样本峰匹配,或请求设置模型点或残余值,使其不对模型有贡献。在这后两种情况下,这种覆写命令仅使与所选择的点/值相关联的参考峰变成解除匹配。
然后,处理可返回到框1014,并且以这种方式重复,直到用户对由模型拟合所示出的他们的校准调整满意为止。当用户满意时,他们可以保存校准调整以供将来使用,并且可将该校准调整应用于从MS设备接收的未来(或过去)数据。
图11示出了可用于在独立和/或联网环境中实现本文所述的一个或多个例示性方面的系统架构和数据处理装置的一个示例。诸如数据服务器1110、web服务器1106、计算机1104和膝上型计算机1102的各种网络节点可经由诸如互联网的广域网1108(WAN)互连。也可以或可另选地使用其他网络,包括专用内联网、公司网络、LAN、城域网(MAN)、无线网络、个人网络(PAN)等。网络1108是为了例示目的,并且可以用更少或更多的计算机网络来代替。局域网(LAN)可以具有任何已知LAN拓扑结构中的一个或多个拓扑结构,并且可以使用各种不同协议中的一个或多个协议,诸如以太网。装置数据服务器1110、web服务器1106、计算机1104、膝上型计算机1102和其他装置(未示出)可以经由双绞线、同轴电缆、光纤、无线电波或其他通信介质连接到一个或多个网络。
计算机软件、硬件和网络可用于各种不同的系统环境中,包括独立的、联网的、远程访问(也称为远程桌面)、虚拟化的和/或基于云的环境等等。
本文使用并在附图中所描绘的术语“网络”不仅指其中远程存储装置经由一个或多个通信路径耦接在一起的系统,而且还指可以不时地耦接到具有存储能力的此类系统的独立装置。因此,术语“网络”不仅包括“物理网络”,还包括“内容网络”,该内容网络由驻留在所有物理网络上的—能够归属于单个实体的—数据构成。
部件可包括数据服务器1110、web服务器1106、客户端计算机1104和膝上型计算机1102。数据服务器1110提供数据库和控制软件的整体访问、控制和管理,以用于执行本文所述的一个或多个例示性方面。数据服务器1110可连接到web服务器1106,用户通过该web服务器与所请求的数据交互并获得该数据。另选地,数据服务器1110本身可以充当web服务器并且直接连接到互联网。数据服务器1110可通过网络1108(例如,互联网)、经由直接或间接连接或经由某一其他网络连接到web服务器1106。用户可使用远程计算机1104、膝上型计算机1102与数据服务器1110交互,例如使用web浏览器经由由web服务器1106托管的一个或多个外部公开web站点连接到数据服务器1110。客户端计算机1104、膝上型计算机1102可以与数据服务器1110一起使用以访问存储在其中的数据或者可以用于其他目的。例如,从客户端计算机1104,用户可使用互联网浏览器(如本领域已知的)或通过执行经由计算机网络(诸如互联网)与web服务器1106和/或数据服务器1110通信的软件应用程序来访问web服务器1106。
服务器和应用程序可以组合在相同的物理机器上,并且保留单独的虚拟或逻辑地址,或者可以驻留在单独的物理机器上。图11仅示出了可以使用的网络架构的一个示例,并且本领域技术人员将理解,所使用的特定网络架构和数据处理装置可能有所不同,并且对于它们所提供的功能是次要的,如本文进一步描述的。例如,由web服务器1106和数据服务器1110提供的服务可被组合在单个服务器上。
每个部件数据服务器1110、web服务器1106、计算机1104、膝上型计算机1102可以是任何类型的已知计算机、服务器或数据处理装置。数据服务器1110例如可包括控制数据服务器1110的总体操作的处理器1112。数据服务器1110还可以包括RAM 1116、ROM 1118、网络接口1114、输入/输出接口1120(例如,键盘、鼠标、显示器、打印机等)以及存储器1122。输入/输出接口1120可以包括用于读取、写入、显示和/或打印数据或文件的各种接口单元和驱动器。存储器1122还可以存储用于控制数据服务器1110的总体操作的操作系统软件1124、用于指示数据服务器1110执行本文所述的各方面的控制逻辑部件1126,以及用于提供可结合或不结合本文所述的各方面使用的辅助、支持和/或其他功能的其他应用软件1128。控制逻辑部件在本文中也可被称为数据服务器软件控制逻辑部件1126。数据服务器软件的功能可以指基于被编码到控制逻辑部件中的规则自动做出的、由向系统提供输入的用户手动做出的操作或决策,和/或基于用户输入(例如,查询、数据更新等)的自动处理的组合。
存储器1122还可以存储用于执行本文所述的一个或多个方面的数据,包括第一数据库1132和第二数据库1130。在一些实施方案中,第一数据库可包括第二数据库(例如,作为单独的表、报告等)。即,信息可根据系统设计存储在单个数据库中,或被分成不同的逻辑、虚拟或物理数据库。web服务器1106、计算机1104、膝上型计算机1102可具有与相对于数据服务器1110所描述的类似或不同的架构。本领域的技术人员将理解,如本文所述的数据服务器1110(或web服务器1106、计算机1104、膝上型计算机1102)的功能可分布在多个数据处理装置上,例如,以跨多个计算机分配处理负载,以基于地理位置、用户访问级别、服务质量(QoS)等来分离事务。
一个或多个方面可体现在计算机可用或可读数据和/或计算机可执行指令中,诸如体现在由如本文所述的一个或多个计算机或其他装置执行的一个或多个程序模块中。通常,程序模块包括例程、程序、对象、部件、数据结构等,其在由计算机或其他装置中的处理器执行时执行特定任务或实现特定抽象数据类型。这些模块可以用源代码编程语言来编写,这些源代码编程语言随后被编译以供执行,或者这些模块可以用诸如(但不限于)HTML或XML的脚本语言来编写。计算机可执行指令可以存储在诸如非易失性存储装置的计算机可读介质上。可以利用任何合适的计算机可读存储介质,包括硬盘、CD-ROM、光学存储装置、磁性存储装置和/或它们的任何组合。此外,如本文所述的表示数据或事件的各种传输(非存储)介质可以以通过信号传导介质(诸如金属线、光纤和/或无线传输介质)传播的电磁波的形式在来源与目的地之间传送,本文所述的各个方面可以体现为方法、数据处理系统或计算机程序产品。因此,各种功能可全部或部分地体现在软件、固件和/或硬件或硬件等效物(诸如集成电路、现场可编程门阵列(FPGA)等)中。特定数据结构可用于更有效地实现本文所述的一个或多个方面,并且设想此类数据结构在本文所述的计算机可执行指令和计算机可用数据的范围内。
可使用离散电路系统、专用集成电路(ASIC)、逻辑门和/或单芯片架构的任何组合来实现上文所述的装置的部件和特征。此外,在适当的情况下,可以使用微控制器、可编程逻辑阵列和/或微处理器或前述的任何组合来实现这些装置的特征。需注意,硬件、固件和/或软件元件在本文中可被统称为或单独地称为“逻辑部件”或“电路”。
应当理解,上述框图中示出的示例性装置可以表示许多可能具体实施的一个功能描述性示例。因此,附图中描绘的块功能的划分、省略或包含并不意味着用于实现这些功能的硬件部件、电路、软件和/或元件将必然在实施方案中被划分、省略或包含。
至少一个计算机可读存储介质可以包括指令,这些指令在被执行时使得系统执行本文所述的计算机实现的方法中的任一种。
可使用表述“一个实施方案”或“实施方案”以及其派生词来描述一些实施方案。这些术语意味着结合实施方案描述的特定特征、结构或特性包括在至少一个实施方案中。短语“在一个实施方案中”在说明书中不同位置处出现不一定都指同一实施方案。此外,除非另有说明,否则上述特征被认为可以以任何组合一起使用。因此,单独讨论的任何特征可以彼此组合地使用,除非指出这些特征彼此不相容。
一般参考本文使用的标记和命名,本文的详细描述可以按照在计算机或计算机网络上执行的程序过程来呈现。本领域的技术人员使用这些程序描述和表示来最有效地向本领域的其他技术人员传达他们工作的实质。
这里的过程通常被认为是带来期望结果的自洽操作序列。这些操作是需要对物理量进行物理操纵的那些操作。尽管不是必须的,但这些量通常采用能够被存储、传送、组合、比较和以其他方式操纵的电、磁或光信号的形式。实践证明,将这些信号称为位、值、元素、符号、字符、术语、数字等有时是很方便的,主要是出于通用的原因。然而,应当注意,所有这些和类似的术语都与适当的物理量相关联,并且仅仅是应用于这些量的方便标记。
此外,所执行的操纵通常被称为诸如添加或比较等术语,其通常与由人类操作者执行的脑力操作相关联。在形成一个或多个实施方案的一部分的本文所述的任何操作中,在大多数情况下,人类操作者的这种能力不是必需的或期望的。相反,这些操作是机器操作。用于执行各种实施方案的操作的有用机器包括通用数字计算机或类似装置。
可使用表述“耦接”和“连接”以及其派生词来描述一些实施方案。这些术语并不一定旨在互为同义词。例如,可使用术语“连接”和/或“耦接”来描述一些实施方案,以指示两个或更多个元件彼此直接物理或电接触。然而,术语“耦接”还可表示两个或更多个元件不彼此直接接触,但是仍然彼此协作或相互作用。
各种实施方案还涉及用于执行这些操作的设备或系统。该设备可以为所需目的而专门构造,或者其可以包括由存储在计算机中的计算机程序选择性地激活或重新配置的通用计算机。本文所呈现的过程本质上与特定计算机或其他设备不相关。各种通用机器可以与根据本文的教导内容编写的程序一起使用,或者可以证明构造更专用的设备来执行所需的方法步骤是方便的。各种这些机器的所需结构将出现在所给出的描述中。
需强调,提供本公开的摘要,从而允许读者快速地确定技术公开的实质。应当理解,所提交的摘要将不会被用于解释或限制权利要求的范围或含义。另外,在前述具体实施方式中,可以看出,可以出于简化本公开目的,各种特征在单一实施方案中被分组在一起。本公开的该方法不应被解释为反映要求保护的实施方案要求比每项权利要求中明确地表述的特征更多的特征的意图。相反,如以下权利要求所反映,本发明的主题比单个公开的实施方案的所有特征少。因此,以下权利要求在此结合到具体实施方式中,其中每项权利要求作为一个单独的实施方案独立存在。在所附权利要求中,术语“包括(including)”和“其中(inwhich)”分别用作相应术语“包括(comprising)”和“其中(wherein)”的通俗英文等效用语。此外,术语“第一”、“第二”、“第三”等仅用作标签,而不旨在对它们的对象强加数字要求。
上文已描述的内容包括所公开的架构的示例。当然,不可能描述部件和/或方法的每一种可想到的组合,但本领域的普通技术人员可以认识到,许多进一步的组合和置换是可能的。因此,该新型架构旨在涵盖落入所附权利要求书的实质和范围内的所有此类变更、修改和变型。

Claims (20)

1.一种方法,所述方法包括:
从质谱MS设备接收样本化合物的分析,所述分析与多个质量峰相关联;
接收参考化合物的一组质量峰;
将所述样本化合物的所述多个质量峰的子集映射到所述参考化合物的峰的对应子集,所述映射使所述参考化合物的第一峰与所述样本化合物的第一峰匹配;
通过执行以下中的至少一者覆写所述映射:
使所述参考化合物的所述第一峰与所述样本化合物的第二峰匹配,或者
使所述参考化合物的所述第一峰不与所述样本化合物中的任何峰匹配;并且
使用所述映射定义校准调整。
2.根据权利要求1所述的方法,其中所述MS设备是离子迁移质谱设备。
3.根据权利要求1所述的方法,其中所述参考化合物是从用户接收的定制参考化合物。
4.根据权利要求1所述的方法,所述方法还包括:
在显示器上的参考化合物界面中显示所述参考化合物的峰的所述对应子集;
接收所述参考化合物的所述第一峰的选择;以及
在所述显示器上的样本化合物界面中显示所述样本化合物的多个峰,所述多个峰落在所述参考化合物的所述第一峰周围的预定义质量窗口内,所述多个峰包括所述样本化合物的所述第一峰和所述样本化合物的所述第二峰。
5.根据权利要求4所述的方法,其中覆写所述映射包括在所述样本化合物界面中接收所述样本化合物的所述第二峰的选择。
6.根据权利要求1所述的方法,所述方法还包括:
对于所述样本化合物的所述多个质量峰中的每个映射到所述参考化合物的对应峰的质量峰,基于每对映射的峰之间的匹配的接近程度计算残余值;
在所述显示器上的残余界面中显示所述残余值;
接收所述残余值中的一个残余值的选择,所选择的残余值对应于来自所述参考化合物和所述样本化合物的一对匹配峰;
去除所述一对匹配峰之间的所述映射;以及
重新计算所述校准调整。
7.根据权利要求1所述的方法,其中所述校准调整基于用回归线拟合的多个点,所述方法还包括:
在所述显示器上的模型拟合界面中显示所述多个点和所述回归线;
接收所述点中的一个点的选择,所选择的点对应于来自所述参考化合物和所述样本化合物的一对匹配峰;
去除所述一对匹配峰之间的所述映射;以及
在从所述多个点去除所选择的点的情况下重新计算所述校准调整。
8.一种非暂态计算机可读存储介质,所述计算机可读存储介质包括当由计算机执行时使所述计算机执行以下操作的指令:
从质谱MS设备接收样本化合物的分析,所述分析与多个质量峰相关联;
接收参考化合物的一组质量峰;
将所述样本化合物的所述多个质量峰的子集映射到所述参考化合物的峰的对应子集,所述映射使所述参考化合物的第一峰与所述样本化合物的第一峰匹配;
通过执行以下中的至少一者覆写所述映射:
使所述参考化合物的所述第一峰与所述样本化合物的第二峰匹配,或者
使所述参考化合物的所述第一峰不与所述样本化合物中的任何峰匹配;并且
使用所述映射定义校准调整。
9.根据权利要求8所述的计算机可读存储介质,其中所述MS设备是离子迁移质谱设备。
10.根据权利要求8所述的计算机可读存储介质,其中所述参考化合物是从用户接收的定制参考化合物。
11.根据权利要求8所述的计算机可读存储介质,其中所述指令还将所述计算机配置为:
在显示器上的参考化合物界面中显示所述参考化合物的峰的所述对应子集;
接收所述参考化合物的所述第一峰的选择;并且
在所述显示器上的样本化合物界面中显示所述样本化合物的多个峰,所述多个峰落在所述参考化合物的所述第一峰周围的预定义质量窗口内,所述多个峰包括所述样本化合物的所述第一峰和所述样本化合物的所述第二峰。
12.根据权利要求11所述的计算机可读存储介质,其中覆写所述映射包括在所述样本化合物界面中接收所述样本化合物的所述第二峰的选择。
13.根据权利要求8所述的计算机可读存储介质,其中所述指令还将所述计算机配置为:
对于所述样本化合物的所述多个质量峰中的每个映射到所述参考化合物的对应峰的质量峰,基于每对映射的峰之间的匹配的接近程度计算残余值;
在所述显示器上的残余界面中显示所述残余值;
接收所述残余值中的一个残余值的选择,所选择的残余值对应于来自所述参考化合物和所述样本化合物的一对匹配峰;
去除所述一对匹配峰之间的所述映射;并且
重新计算所述校准调整。
14.根据权利要求8所述的计算机可读存储介质,其中所述校准调整基于用回归线拟合的多个点,并且其中所述指令还将所述计算机配置为:
在所述显示器上的模型拟合界面中显示所述多个点和所述回归线;
接收所述点中的一个点的选择,所选择的点对应于来自所述参考化合物和所述样本化合物的一对匹配峰;
去除所述一对匹配峰之间的所述映射;并且
在从所述多个点去除所选择的点的情况下重新计算所述校准调整。
15.一种计算设备,所述计算设备包括:
处理器;和
存储器,所述存储器存储指令,所述指令在由所述处理器执行时将所述设备配置为:
从质谱MS设备接收样本化合物的分析,所述分析与多个质量峰相关联;
接收参考化合物的一组质量峰;
将所述样本化合物的所述多个质量峰的子集映射到所述参考化合物的峰的对应子集,所述映射使所述参考化合物的第一峰与所述样本化合物的第一峰匹配;
通过执行以下中的至少一者覆写所述映射:
使所述参考化合物的所述第一峰与所述样本化合物的第二峰匹配,或者
使所述参考化合物的所述第一峰不与所述样本化合物中的任何峰匹配;并且
使用所述映射定义校准调整。
16.根据权利要求15所述的计算设备,其中所述MS设备是离子迁移质谱设备。
17.根据权利要求15所述的计算设备,其中所述指令还将所述设备配置为:
在显示器上的参考化合物界面中显示所述参考化合物的峰的所述对应子集;
接收所述参考化合物的所述第一峰的选择;并且
在所述显示器上的样本化合物界面中显示所述样本化合物的多个峰,所述多个峰落在所述参考化合物的所述第一峰周围的预定义质量窗口内,所述多个峰包括所述样本化合物的所述第一峰和所述样本化合物的所述第二峰。
18.根据权利要求17所述的计算设备,其中覆写所述映射包括在所述样本化合物界面中接收所述样本化合物的所述第二峰的选择。
19.根据权利要求15所述的计算设备,其中所述指令还将所述设备配置为:
对于所述样本化合物的所述多个质量峰中的每个映射到所述参考化合物的对应峰的质量峰,基于每对映射的峰之间的匹配的接近程度计算残余值;
在所述显示器上的残余界面中显示所述残余值;
接收所述残余值中的一个残余值的选择,所选择的残余值对应于来自所述参考化合物和所述样本化合物的一对匹配峰;
去除所述一对匹配峰之间的所述映射;并且
重新计算所述校准调整。
20.根据权利要求15所述的计算设备,其中所述校准调整基于用回归线拟合的多个点,并且其中所述指令还将所述设备配置为:
在所述显示器上的模型拟合界面中显示所述多个点和所述回归线;
接收所述点中的一个点的选择,所选择的点对应于来自所述参考化合物和所述样本化合物的一对匹配峰;
去除所述一对匹配峰之间的所述映射;并且
在从所述多个点去除所选择的点的情况下重新计算所述校准调整。
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