CN117417991A - 一种鉴定奶牛产奶量、乳脂量和乳蛋白量的方法及其使用的试剂盒 - Google Patents

一种鉴定奶牛产奶量、乳脂量和乳蛋白量的方法及其使用的试剂盒 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种鉴定奶牛产奶量、乳脂量和乳蛋白量的方法及其使用的试剂盒。该方法为检测待测奶牛基于PC基因的基因型，判断产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率；基因型通过奶牛基因组中SEQ ID NO：11第205位的SNP1位点、奶牛基因组中SEQ ID NO：12第118位的SNP2位点、奶牛基因组中SEQ ID NO：13第465位的SNP3位点、奶牛基因组中SEQ ID NO：14第370位的SNP4位点、奶牛基因组中SEQ ID NO：15第355位、第364位和第443位分别所示的SNP5位点、SNP6位点和SNP7位点的多态性确定。本发明具有重要的应用价值。

Description

一种鉴定奶牛产奶量、乳脂量和乳蛋白量的方法及其使用的 试剂盒
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定奶牛产奶量、乳脂量和乳蛋白量的方法及其使用的试剂盒。
背景技术
奶业是畜牧业的重要组成部分，在我国国民经济中占有重要地位。牛奶已成为膳食结构中动物性来源蛋白质、氨基酸、脂肪、钙和多种维生素的最主要食品之一。奶业的发展对于增强国民体质、改善人们的膳食结构、促进国民经济发展等方面，都具有重要作用。由于我国奶牛的育种工作起步较晚，目前奶牛的生产水平与奶业发达国家相比仍然存在较大差距，尤其是乳成分方面。生产优质奶是我国奶业战略性调整的重要内容。因此，培育高产优质的奶牛群体已成为我国奶牛产业发展的关键。只有不断提高奶牛群体的遗传水平，加快我国奶牛群体的遗传进展，才能从根本上提高奶牛的生产性能，生产出更多的高品质牛奶，满足人们的物质生活需求。产奶量、乳脂量、乳脂率、乳蛋白量和乳蛋白率是评价产奶性状的重要指标。提高奶牛的产奶量以及牛奶中乳脂量、乳脂率、乳蛋白量和乳蛋白率具有重要的社会经济价值。
分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择的育种方法。分子育种将现代分子生物学技术和传统育种方法有机结合，为畜禽重要经济性状的选育提高开辟了一条新途径。随着分子数量遗传学和分子生物技术的迅猛发展，关于分子遗传标记和标记辅助选择的研究被广泛开展，并在畜禽育种中应用。目前，世界范围内许多国家已经将全基因组选择(Genomic Selection，GS)分子育种技术成功应用于奶牛育种中，大大缩短了世代间隔，提高了育种效率。如果将经过功能验证的分子遗传标记加入到基因组选择中，将会进一步提高选择的准确性，取得更大的遗传进展。利用简单快捷的技术方法对个体的分子标记(如SNP)进行基因型的检测，可以快速对个体进行选育，并且可以进行早期选择，即在没有个体表型时即可以对个体进行判断。
丙酮酸羧化酶(pyruvatecarboxylase，PC)是生物素依赖性酶家族的成员之一，位于牛29号染色体上，由21个外显子构成，该基因编码丙酮酸羧化酶，丙酮酸羧化酶以生物素作为辅基，催化丙酮酸生成草酰乙酸，草酰乙酸进入TCA完成葡萄糖和脂肪酸的彻底氧化分解，并为TCA提供中间产物。哺乳动物体内的PC仅表达于线粒体基质中，包含1178个氨基酸，是由4个相同亚基构成的四聚体。每个亚基包括4个功能结构域—生物素羧化酶、羧基转移酶、生物素载体和变构区域，经过不同结构域的羧化和羧基转移过程生成草酰乙酸。在哺乳动物体内，PC分布广泛，在肝脏、脂肪组织和胰腺等具有糖异生作用的组织中均有表达，调控糖异生和脂肪酸的合成。PC作为代谢过程中的重要酶，其表达缺乏或过剩均与疾病的发生密切相关。丙酮酸羧化酶参与糖异生、脂肪生成、胰岛素分泌和神经递质谷氨酸的合成。该基因在肝脏中葡萄糖生成的过程中起着至关重要的作用，并且为了适应增加的葡萄糖需求，其表达在围产期增加。
发明内容
本发明的目的为鉴定中国荷斯坦奶牛的产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率。由于涉及到产量性状，所以本发明中的中国荷斯坦奶牛均为母牛。
本发明首先保护鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的方法。
本发明所要保护的鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的方法，可为方法A1、方法A2、方法A3、方法A4、方法A5、方法A6、方法A7或方法A8。
所述方法A1可包括如下步骤：检测待测奶牛基于PC基因(Ensembl ID为ENSBTAG00000013333，Gene ID:338471)的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3，然后进行如下判断：基因型H1H2的奶牛的产奶量>基因型H1H1的奶牛的产奶量或基因型H1H4的奶牛的产奶量；基因型H2H2的奶牛的乳脂量>基因型H1H1的奶牛的乳脂量；基因型H2H2的奶牛的乳蛋白量>基因型H1H1的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H3的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H4的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H5的奶牛的乳蛋白量或基因型H2H3的奶牛的乳蛋白量；基因型H2H2的奶牛的乳蛋白率>基因型H1H5的奶牛或基因型H2H3的奶牛；
所述基因型H1H1的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为TT纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H2的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H3的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的奶牛；
所述基因型H1H4的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H5的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H2H2的奶牛为基于SNP1位点的基因型为GG纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为TT纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H2H3的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的奶牛。
所述方法A2可包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型为GG纯合型、AA纯合型还是AG杂合型，然后进行如下判断：基于SNP1位点的基因型为GG纯合型或AG杂合型的奶牛的产奶量、乳脂量、乳蛋白量或乳蛋白率>基于SNP1位点的基因型为AA纯合型的奶牛。
所述方法A3可包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、TT纯合型还是TG杂合型，然后进行如下判断：基于SNP2位点的基因型为GG纯合型或TG杂合型的奶牛的产奶量、乳脂量或乳蛋白量>基于SNP2位点的基因型为TT纯合型的奶牛。
所述方法A4可包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型为GG纯合型、AA纯合型还是AG杂合型，然后进行如下判断：基于SNP3位点的基因型为GG纯合型的奶牛的乳脂量>基于SNP3位点的基因型为AA纯合型或AG杂合型的奶牛。
所述方法A5可包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、TT纯合型还是TC杂合型，然后进行如下判断：基于SNP4位点的基因型为TT纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP4位点的基因型为CC纯合型或TC杂合型的奶牛。
所述方法A6可包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型，然后进行如下判断：基于SNP5位点的基因型为GG纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP5位点的基因型为GA杂合型或AA纯合型的奶牛。
所述方法A7可包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型为CC纯合型、TT纯合型还是TC杂合型，然后进行如下判断：基于SNP6位点的基因型为TT纯合型或TC杂合型的奶牛的产奶量或乳蛋白量>基于SNP6位点的基因型为CC纯合型的奶牛。
所述方法A8可包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型为TT纯合型、CC纯合型还是CT杂合型，然后进行如下判断：基于SNP7位点的基因型为CC纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP7位点的基因型为TT纯合型或CT杂合型的奶牛。
上述任一所述SNP1位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：11自5’末端起第205位的核苷酸。
上述任一所述SNP2位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：12自5’末端起第118位的核苷酸。
上述任一所述SNP3位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：13自5’末端起第465位的核苷酸。
上述任一所述SNP4位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：14自5’末端起第370位的核苷酸。
上述任一所述SNP5位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第355位的核苷酸。
上述任一所述SNP6位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第364位的核苷酸。
上述任一所述SNP7位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第443位的核苷酸。
本发明所要保护的鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的方法，可为方法B1、方法B2、方法B3、方法B4、方法B5、方法B6、方法B7或方法B8。
所述方法B1可包括如下步骤：
(b1)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物1F和下游引物1R组成的引物对1进行PCR扩增，得到PCR扩增产物1；将所述PCR扩增产物1进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物1的第205位仅为C，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物1的第205位仅为T，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物1的第205位为C和T，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为AG杂合型；
(b2)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物8F和下游引物8R组成的引物对2进行PCR扩增，得到PCR扩增产物2；将所述PCR扩增产物2进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物2的第118位仅为C，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物2的第118位仅为A，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物2的第118位为C和A，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为TG杂合型；
(b3)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物10F和下游引物10R组成的引物对3进行PCR扩增，得到PCR扩增产物3；将所述PCR扩增产物3进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物3的第465位仅为C，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物3的第465位仅为T，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物3的第465位为C和T，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为AG杂合型；
(b4)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物33F和下游引物33R组成的引物对4进行PCR扩增，得到PCR扩增产物4；将所述PCR扩增产物4进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物4的第370位仅为G，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物4的第370位仅为A，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物4的第370位为G和A，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为TC杂合型；
(b5)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5；将所述PCR扩增产物5进行测序，然后进行如下评判：
如果PCR扩增产物5的第355位仅为T，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物5的第355位仅为C，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物5的第355位为T和C，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为GA杂合型；
如果PCR扩增产物5的第364位仅为G，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物5的第364位仅为A，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物5的第364位为G和A，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为TC杂合型；
如果PCR扩增产物5的第443位仅为G，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物5的第443位仅为A，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物5的第443位为G和A，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为CT杂合型；
(b6)根据(b1)-(b5)的结果，确定待测奶牛的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3，然后进行如下判断：
基因型H1H2的奶牛的产奶量>基因型H1H1的奶牛的产奶量或基因型H1H4的奶牛的产奶量；
基因型H2H2的奶牛的乳脂量>基因型H1H1的奶牛的乳脂量；
基因型H2H2的奶牛的乳蛋白量>基因型H1H1的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H3的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H4的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H5的奶牛的乳蛋白量或基因型H2H3的奶牛的乳蛋白量；
基因型H2H2的奶牛的乳蛋白率>基因型H1H5的奶牛或基因型H2H3的奶牛；
所述基因型H1H1的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为TT纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H2的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H3的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的奶牛；
所述基因型H1H4的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H5的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H2H2的奶牛为基于SNP1位点的基因型为GG纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为TT纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H2H3的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的奶牛。
所述方法B2可包括如下步骤：
(b1)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物1F和下游引物1R组成的引物对1进行PCR扩增，得到PCR扩增产物1；将所述PCR扩增产物1进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物1的第205位仅为C，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物1的第205位仅为T，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物1的第205位为C和T，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为AG杂合型；
(b7)根据(b1)的结果，进行如下判断：基于SNP1位点的基因型为GG纯合型或AG杂合型的奶牛的产奶量、乳脂量、乳蛋白量或乳蛋白率>基于SNP1位点的基因型为AA纯合型的奶牛。
所述方法B3可包括如下步骤：
(b2)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物8F和下游引物8R组成的引物对2进行PCR扩增，得到PCR扩增产物2；将所述PCR扩增产物2进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物2的第118位仅为C，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物2的第118位仅为A，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物2的第118位为C和A，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为TG杂合型；
(b8)根据(b2)的结果，进行如下判断：基于SNP2位点的基因型为GG纯合型或TG杂合型的奶牛的产奶量、乳脂量或乳蛋白量>基于SNP2位点的基因型为TT纯合型的奶牛。
所述方法B4可包括如下步骤：
(b3)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物10F和下游引物10R组成的引物对3进行PCR扩增，得到PCR扩增产物3；将所述PCR扩增产物3进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物3的第465位仅为C，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物3的第465位仅为T，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物3的第465位为C和T，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为AG杂合型；
(b9)根据(b3)的结果，进行如下判断：基于SNP3位点的基因型为GG纯合型的奶牛的乳脂量>基于SNP3位点的基因型为AA纯合型或AG杂合型的奶牛。
所述方法B5包括如下步骤：
(b4)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物33F和下游引物33R组成的引物对4进行PCR扩增，得到PCR扩增产物4；将所述PCR扩增产物4进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物4的第370位仅为G，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物4的第370位仅为A，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物4的第370位为G和A，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为TC杂合型；
(b10)根据(b4)的结果，进行如下判断：基于SNP4位点的基因型为TT纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP4位点的基因型为CC纯合型或TC杂合型的奶牛。
所述方法B6可包括如下步骤：
(b11)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5；将所述PCR扩增产物5进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物5的第355位仅为T，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物5的第355位仅为C，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物5的第355位为T和C，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为GA杂合型；
(b12)根据(b11)的结果，进行如下判断：基于SNP5位点的基因型为GG纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP5位点的基因型为GA杂合型或AA纯合型的奶牛。
所述方法B7可包括如下步骤：
(b13)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5；将所述PCR扩增产物5进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物5的第364位仅为G，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物5的第364位仅为A，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物5的第364位为G和A，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为TC杂合型；
(b14)根据(b13)的结果，进行如下判断：基于SNP6位点的基因型为TT纯合型或TC杂合型的奶牛的产奶量或乳蛋白量>基于SNP6位点的基因型为CC纯合型的奶牛。
所述方法B8可包括如下步骤：
(b15)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5；将所述PCR扩增产物5进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物5的第443位仅为G，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物5的第443位仅为A，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物5的第443位为G和A，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为CT杂合型；
(b16)根据(b15)的结果，进行如下判断：基于SNP7位点的基因型为CC纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP7位点的基因型为TT纯合型或CT杂合型的奶牛。
上述任一所述SNP1位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：11自5’末端起第205位的核苷酸。
上述任一所述SNP2位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：12自5’末端起第118位的核苷酸。
上述任一所述SNP3位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：13自5’末端起第465位的核苷酸。
上述任一所述SNP4位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：14自5’末端起第370位的核苷酸。
上述任一所述SNP5位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第355位的核苷酸。
上述任一所述SNP6位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第364位的核苷酸。
上述任一所述SNP7位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第443位的核苷酸。
上述任一所述上游引物1F可为SEQ ID NO:1所示的单链DNA分子。
上述任一所述下游引物1R可为SEQ ID NO:2所示的单链DNA分子。
上述任一所述上游引物8F可为SEQ ID NO:3所示的单链DNA分子。
上述任一所述下游引物8R可为SEQ ID NO:4所示的单链DNA分子。
上述任一所述上游引物10F可为SEQ ID NO:5所示的单链DNA分子。
上述任一所述下游引物10R可为SEQ ID NO:6所示的单链DNA分子。
上述任一所述上游引物33F可为SEQ ID NO:7所示的单链DNA分子。
上述任一所述下游引物33R可为SEQ ID NO:8所示的单链DNA分子。
上述任一所述上游引物35F可为SEQ ID NO:9所示的单链DNA分子。
上述任一所述下游引物35R可为SEQ ID NO:10所示的单链DNA分子。
本发明还保护一种鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的试剂盒，可包括“检测待测奶牛基于PC基因的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3的物质”、“检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型的物质”或“检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型的物质”；
所述基因型H1H1为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为TT纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H1H2为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H1H3为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的PC基因；
所述基因型H1H4为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H1H5为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H2H2为基于SNP1位点的基因型为GG纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为TT纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H2H3为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的PC基因；所述SNP1位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：11自5’末端起第205位的核苷酸；
所述SNP1位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：11自5’末端起第205位的核苷酸；
所述SNP2位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：12自5’末端起第118位的核苷酸；
所述SNP3位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：13自5’末端起第465位的核苷酸；
所述SNP4位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：14自5’末端起第370位的核苷酸；
所述SNP5位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第355位的核苷酸；
所述SNP6位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第364位的核苷酸；
所述SNP7位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第443位的核苷酸。
所述鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的试剂盒具体可由“检测待测奶牛基于PC基因的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3的物质”、“检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型的物质”、“检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型的物质”或“检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型的物质”组成。
上述任一所述“检测待测奶牛基于PC基因的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3的物质”具体可为上述任一所述上游引物1F和上述任一所述下游引物1R组成的引物对、上述任一所述上游引物8F和上述任一所述下游引物8R组成的引物对、上述任一所述上游引物10F和上述任一所述下游引物10R组成的引物对、上述任一所述上游引物33F和上述任一所述下游引物33R组成的引物对和上述任一所述上游引物35F和上述任一所述下游引物35R组成的引物对。
上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型的物质”具体可为上述任一所述上游引物1F和上述任一所述下游引物1R组成的引物对。
上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型的物质”具体可为上述任一所述上游引物8F和上述任一所述下游引物8R组成的引物对。
上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型的物质”具体可为上述任一所述上游引物10F和上述任一所述下游引物10R组成的引物对。
上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型的物质”具体可为上述任一所述上游引物33F和上述任一所述下游引物33R组成的引物对。
上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型的物质”具体可为上述任一所述上游引物35F和上述任一所述下游引物35R组成的引物对。
上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型的物质”具体可为上述任一所述上游引物35F和上述任一所述下游引物35R组成的引物对。
上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型的物质”具体可为上述任一所述上游引物35F和上述任一所述下游引物35R组成的引物对。
上述任一所述“检测待测奶牛基于PC基因的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3的物质”、上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型的物质”、上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型的物质”、上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型的物质”、上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型的物质”、上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型的物质”、上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型的物质”或上述任一所述“检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型的物质”还为通过下述至少一种方法确定奶牛基因组中SNP1位点、SNP2位点、SNP3位点、SNP4位点、SNP5位点、SNP6位点和/或SNP7位点的核苷酸种类：DNA测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和SNP芯片。其中，SNP芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白DNA结合反应的芯片和/或基于荧光分子DNA结合反应的芯片。
本发明还保护分子标记，可为SEQ ID NO：11所示的分子标记甲、SEQ ID NO：12所示的分子标记乙、SEQ ID NO：13所示的分子标记丙、SEQ ID NO：14所示的分子标记丁或SEQID NO：15所示的分子标记戊。
上述任一所述的试剂盒或上述任一所述分子标记在鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率中的应用也属于本发明的保护范围。
上述任一所述的试剂盒或上述任一所述分子标记在筛选不同产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的奶牛中的应用也属于本发明的保护范围。
上述任一所述的试剂盒或上述任一所述分子标记在鉴定奶牛PC基因的基因型中的应用也属于本发明的保护范围。
上述任一所述的试剂盒或上述任一所述分子标记在奶牛育种中的应用也属于本发明的保护范围。所述奶牛育种的目标为培育高产奶性状的奶牛品种，产奶性状可为产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率。
上述任一所述奶牛可为中国荷斯坦奶牛。
需要说明的是，PC基因上的7个SNP共构成一个单倍型块，并形成六种单倍型组合，即单倍型H1(ATACACT)、单倍型H2(GGACATT)、单倍型H3(AGGTGCC)、单倍型H4(AGACATT)、单倍型H5(AGACACT)和单倍型H6(AGGCACT)。单倍型H1是一条染色体上SNP1为A、SNP2为T、SNP3为A、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为C且SNP7为T的组合。单倍型H2是一条染色体上SNP1为G、SNP2为G、SNP3为A、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为T且SNP7为T的组合。单倍型H3是一条染色体上SNP1为A、SNP2为G、SNP3为G、SNP4为T、SNP5为G、SNP6为C且SNP7为C的组合。单倍型H4是一条染色体上SNP1为A、SNP2为G、SNP3为A、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为T且SNP7为T的组合。单倍型H5是一条染色体上SNP1为A、SNP2为G、SNP3为A、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为C且SNP7为T的组合。单倍型H6是一条染色体上SNP1为A、SNP2为G、SNP3为G、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为C且SNP7为T的组合。单倍型表现的是同一条染色体上的所述两个SNP的连锁关系，牛为2倍体，因此，中国荷斯坦奶牛中的两条染色体的单倍型组合形式分别为H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H5、H2H2和H2H3，分别对应基因型H1H1(由2个单倍型H1组成)、基因型H1H2(由单倍型H1和单倍型H2组成)、基因型H1H3(由单倍型H1和单倍型H3组成)、基因型H1H4(由单倍型H1和单倍型H4组成)、基因型H1H5(由单倍型H1和单倍型H5组成)、基因型H2H2(由2个单倍型H2组成)和基因型H2H3(由单倍型H2和单倍型H3组成)。
上文中，所述>具体可为统计学上的>。
实验证明，采用本发明所提供的方法检测待测奶牛基于PC基因的基因型、检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型、检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型、检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型、检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型、检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型、检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型或检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型，可以筛选或辅助筛选中国荷斯坦奶牛的产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率性状，不仅简便、快速、灵敏，而且结果可靠、稳定、准确。本发明适合大群体规模检测，具有重要的应用价值。
附图说明
图1为SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6和SNP7的连锁不平衡估计结果；其中g.44965658G>A为SNP1，g.44918032G>T为SNP2，g.44883644G>A为SNP3，g.44862106C>T为SNP4，g.44861428A>G为SNP5，g.44861419C>T为SNP6，g.44861340T>C为SNP7。
具体实施方式
下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本发明的限制。
下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
下述实施例中的中国荷斯坦奶牛均来自河北省畜牧良种工作总站，实施例中的中国荷斯坦奶牛均为中国荷斯坦母牛。
下述实施例中的数据均为泌乳期1的数据。泌乳期1指的是第一次分娩后的泌乳期。
如无特殊说明，以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。
实施例1、中国荷斯坦奶牛PC基因(Ensembl ID为ENSBTAG00000013333，Gene ID:338471)中7个SNP位点的发现以及用于鉴定7个SNP位点的引物对的获得
一、中国荷斯坦奶牛PC基因中7个SNP位点的发现
本申请的发明人对中国荷斯坦奶牛的基因组进行了大量序列分析、比对以及预实验，在中国荷斯坦奶牛基因组的PC基因(Ensembl ID为ENSBTAG00000019700)的中发现了7个SNP位点。7个SNP位点分别命名为SNP1(位于SEQ ID NO：11自5’末端起的第205位，物理位置为第29号染色体的第44965658位，基因型为GG纯合型、AA纯合型和AG杂合型)、SNP2(位于SEQ ID NO：12自5’末端起的第118位，物理位置为第29号染色体的第44918032位，基因型为GG纯合型、TT纯合型和TG杂合型)、SNP3(位于SEQ ID NO：13自5’末端起的第465位，物理位置为第29号染色体的第44883644位，基因型为GG纯合型、AA纯合型和AG杂合型)、SNP4(位于SEQ ID NO：14自5’末端起的第370位，物理位置为第29号染色体的第44862106位，基因型为CC纯合型、TT纯合型和TC杂合型)、SNP5(位于SEQ ID NO：15自5’末端起的第355位，物理位置为第29号染色体的第44861428位，基因型为AA纯合型、GG纯合型和GA杂合型)、SNP6(位于SEQ ID NO：15自5’末端起的第364位，物理位置为第29号染色体的第44861419位，基因型为CC纯合型、TT纯合型和TC杂合型)和SNP7(位于SEQ ID NO：15自5’末端起的第443位，物理位置为第29号染色体的第44861340位，基因型为TT纯合型、CC纯合型和CT杂合型)。
SEQ ID NO：11：
CACCACCACAGCTGCTAAAAGACACAATCACATCAAGTCGTGTGGCACAAGCGCCATTTCCTTCCTCCTGCCCTTCGCAAACCCTTTTTCTCCGACTTCTCCTCCACCCACTAGCGCATATCTGAGTGTACCCGAACCCAGAGCCGGGTTGCTATCTGTTATGCTTGCGGCTTTGGGAGACACGTGCTACTCGAGTGAATGAATYGCATGGCCCCACCCCCGCCGACAGCCAATCACAGCCTGTCAAAGCACGGCCACTTCCGCCTATTGCGGGACGCGGCTGGGGCCTTGCGGCCCACGTGGGGCTCTGGAGACAAGGGAGTAGGCGGTGGTGTACCAGAGGCGGGCTCCCCCAGCCTCATCACCAATCAAGTGGCCCGCCGGGGACGCGAGGGGCGGGGCTAACGTGGGGCGCCAAGGCTTAAACGTGACGGGCGGGCGGGCGTAGGGAGGAGTCCTGGGC(Y为C或T)
SEQ ID NO：12：
GCTTTTCACCGCCTCCTCCCAGCTCACCCCTGACCTGATTTTGTGTTTTTTGCCTTTTCTCAAACAGTCTGTTCAAGGTCTAGTCGTGAGCTGGAGGTTGGCTCATAAGCAGCCTCTMTCTCCCCTGAGCTGTAAGGGAGGGGGCAATTCTGGAAAGTCATTGACAGAGGCTTAACCCAGAACGTCACTTATAAACAGGCAGCGGGCAGAGGGCCCAGACTTGGGTGTTCGCTCCGGCACCGAGGACAGTGTGGCCTCCCTGGGCCCTGCGGACCAGCTGCTGCGGTAAGGGGACCACCCTCAGCACCTCCAGGTTGCTCTCCTGGGGGGGCGTGCATGCACTGTGGCCGCCGTTTCTCTCCTCTCTAGAAGTCGGCAGCCTTCTCATACTTGGGAAAGGAGACGGCAGGTGGGTTCTGGGGCAGGAACCCGGGAGGGCTGGGCTGGACCGGTGGGGACACTGGTCAGGGGTGGGCAAAACCGAGGAGCCCGAGGAAGACAAACCCTACCGACGGTCAGAAGGGGTTCTGCCCAAGACCTAGGGACAGAGGAAGATGGACCA(M为C或A)
SEQ ID NO：13：
CTTCAGGGAATGCTGGGTCTGGCCAGGAACTGAGGCAGCGGTGGCGCTGGCCGCCGTGGGGCTGCTCTAAGCAGGCTCTGACCTCCCTCCCTAGATGCTGAAGTTTCAGACTGTCCGGGGGAGCCTGAGGCTCCTGGCTATCCGCCGGACCTCCACCGCAACCGCTGCCTCTCCCAATGTCCGGCGCCTGGAGTACAAGCCCATCAAGAAGGTCATGGTGGCCAACAGAGGTGAGCACGGGGGGAGCCTGCCCTAGCTTCTTGCCCCTGTTGCTGCGTCTCTTGGGACCCCAGGATCACTTCTTGCCCTGTTACCCTGTGCCCACCCCCAGGCGAGATCGCCATCCGTGTGTTCCGGGCCTGCACGGAGCTGGGCATCCGCACGGTGGCTGTCTACTCGGAGCAGGACACGGGCCAAATGCACCGACAGAAAGCTGACGAAGCCTACCTCATTGGCCGGGGTCTYGCCCCGGTGCAGGCCTATCTGCACATTCCAGACATCATTAAGGTCGCCAAGGTGAGGGGGCTAGGTGGGGATGGGGAACTCTTGAGAGCTGAGACTGGGTCCTGTGCCTGCCCGGCTCTCCCTCCCATTTCCAGTGCTCCCTGGCCGAAAGTCCCTGTGAAAAGG(Y为C或T)
SEQ ID NO：14：
CACCAGTGACGACTGTCAGCCGCTCAGTCATGTCTGCCTCTGACCCCACAGACCGTAGCCCACCAGCCTCCTCTGTCCATGGGATTCTCCAGGCAAGAATACTGAAGTGGGTTGCCATTACCTTCTCCAGGGGATCTTCCCCACCCAGGGATCAAACCCTGGCCTTGAATCAGGTCTCCTGCACTGCAGGTGGATTCTTAAGTGCCTGTTGTATACACACCCCAAATGGGGTGTTAGCTAGTTACTAAGAGCCTGGGCTGGGCAAGGGGTTGTTCTACATACTTAACACCTATTAACTCAAGGAGTCAACTTTTGCCCATTTTATAGATGCAGAAATGGAATCACAGGCAGGTTAAATAACTTGTCCGGRACCCACAGCTGGTAAGAGGCAGCGTTCAAGCCCAGGCTGTTGGTAGACTTGCTTCTCAACTACACACTGC(R为G或A)
SEQ ID NO：15：
AGGTCAGGAAGCGAGTCGTGGTGGGGTGGGGCCCAGGCAGTTCCTGAGCAGACGTGGAAGGACGTGGAGGGACAGCCCCAGCCTGACCTCAGGGCCCGGCCCCTGCCAGCACCTGCCAAGAGTGCTGAGGGCTGCTCCGAGGCTCCGGGCTGGGCCTGAACTGCCTCTTCTGGACTCTCAGATCCCAAATATGCCCTCTGAAACCCGCCTGTGCACAATTCCTTGGCTTCCTTGACAATGGTTACACAGGCTTGGGGAGAGAAAAATTCACCAGCGAGGTCAGTACACGCCTGTCACAAGGCCCGTTCAGCGCCAGTATAGTCATAGCCAACCTGGGGGCACCCTGGGGAGTGAYGTACATCCRAATCCTTTTCTTCAACTGCCAGCCTCAGGGAAGGGGACTCACGACAACCTCAAGTCTAGAATGGGACCTAAAGAGATARTACTCTATCACGAATGTTTTTAGAAAGTGTGTGTGGCGGGGAGAGGTGTCCTAGAGGCAGAGGAATGAGAACATAAGGACCATTCTAAAAACAAGAGGAAGAGCAAATAAAATACTGCCAGGTTCTAGAAAGAGCCCTGAGTTACAGCGTTGCTGGGCAGGGCTACGCATGCTCTCTGGGCCTTTGCTCTGGGTTCCTCCAGGGGCCAAAGGAGCACAGTGCGTGGCAGAGTGAGGTGGAGAGCGCCAGAACGGCCGCCCCTCCCTGCTGCCTGGGCAGACTCCTCTTCGGGTTAGACTTGTTTCCTCTGTGGCGTGAGGCTGGCAGATGCCGGGAGGTCCTGGTGGAAGGCCCGCAGTGGACGATCCACCCTCTGAGG(Y为C或T，R为G或A)
二、用于鉴定7个SNP位点的引物对的获得
根据SNP1位点及其前后的核苷酸序列，设计并合成用于鉴定SNP1的引物对1。引物对1由上游引物1F和下游引物1R组成，用于扩增包括SNP1的靶序列。
根据SNP2位点及其前后的核苷酸序列，设计并合成用于鉴定SNP2的引物对2。引物对2由上游引物8F和下游引物8R组成，用于扩增包括SNP2的靶序列。
根据SNP3位点及其前后的核苷酸序列，设计并合成用于鉴定SNP3的引物对3。引物对3由上游引物10F和下游引物10R组成，用于扩增包括SNP3的靶序列。
根据SNP4位点及其前后的核苷酸序列，设计并合成用于鉴定SNP4的引物对4。引物对4由上游引物33F和下游引物33R组成，用于扩增包括SNP4的靶序列。
根据SNP5、SNP6和SNP7位点及其前后的核苷酸序列，设计并合成用于鉴定SNP5、SNP6和SNP7的引物对5。引物对5由上游引物35F和下游引物35R组成，用于扩增包括SNP5、SNP6和SNP7的靶序列。
上游引物1F、下游引物1R、上游引物8F、下游引物8R、上游引物10F、下游引物10R、上游引物33F、下游引物33R、上游引物35F和下游引物35R的核苷酸序列如表1所示。
表1
引物名称 核苷酸序列(5’-3’)及其在序列表中的位置
上游引物1F CACCACCACAGCTGCTAAAA(SEQ ID NO:1)
下游引物1R GCCCAGGACTCCTCCCTAC(SEQ ID NO:2)
上游引物8F GCTTTTCACCGCCTCCTC(SEQ ID NO:3)
下游引物8R TGGTCCATCTTCCTCTGTCC(SEQ ID NO:4)
上游引物10F CTTCAGGGAATGCTGGGTCT(SEQ ID NO:5)
下游引物10R CCTTTTCACAGGGACTTTCG(SEQ ID NO:6)
上游引物33F CACCAGTGACGACTGTCAGC(SEQ ID NO:7)
下游引物33R GCAGTGTGTAGTTGAGAAGCAAG(SEQ ID NO:8)
上游引物35F AGGTCAGGAAGCGAGTCGT(SEQ ID NO:9)
下游引物35R CCTCAGAGGGTGGATCGTC(SEQ ID NO:10)
实施例2、中国荷斯坦奶牛基于PC基因上7个SNP位点的基因型分型方法的建立
一、中国荷斯坦奶牛基于SNP1的基因型分型方法的建立
1、提取待测中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA。
2、以待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物1F和下游引物1R组成的引物对1进行PCR扩增，得到PCR扩增产物1。
反应体系为25μL，由1.25μL上游引物1F水溶液(浓度为10pmol/μL)、1.25μL下游引物1R水溶液(浓度为10pmol/μL)、12.5μL 2×TAq MAster Mix(诺唯赞公司的产品，产品目录号为P111-01)、2μL中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA(浓度为50-100ng/μL)和8μLddH2O组成。
反应条件为：95℃5min；95℃30s，60℃30s，72℃30s，35个循环；72℃7min；4℃保存。
3、完成步骤2后，将PCR扩增产物1进行测序。根据测序结果，判断待测中国荷斯坦奶牛基于SNP1的基因型。具体的判断原则如下：
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物1的第205位仅为C，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP1的基因型为GG纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物1的第205位仅为T，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP1的基因型为AA纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物1的第205位为C和T，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP1的基因型为AG杂合型。
二、中国荷斯坦奶牛基于SNP2的基因型分型方法的建立
1、提取待测中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA。
2、以待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物8F和下游引物8R组成的引物对2进行PCR扩增，得到PCR扩增产物2。
反应体系为25μL，由1.25μL上游引物8F水溶液(浓度为10pmol/μL)、1.25μL下游引物8R水溶液(浓度为10pmol/μL)、12.5μL 2×TAq MAster Mix、2μL中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA(浓度为50-100ng/μL)和8μL ddH2O组成。
反应条件为：95℃5min；95℃30s，60℃30s，72℃30s，35个循环；72℃7min；4℃保存。
3、完成步骤2后，将PCR扩增产物2进行测序。根据测序结果，判断待测中国荷斯坦奶牛基于SNP2的基因型。具体的判断原则如下：
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物2的第118位仅为C，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP2的基因型为GG纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物2的第118位仅为A，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP2的基因型为TT纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物2的第118位为C和A，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP2的基因型为TG杂合型。
三、中国荷斯坦奶牛基于SNP3的基因型分型方法的建立
1、提取待测中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA。
2、以待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物10F和下游引物10R组成的引物对3进行PCR扩增，得到PCR扩增产物3。
反应体系为25μL，由1.25μL上游引物10F水溶液(浓度为10pmol/μL)、1.25μL下游引物10R水溶液(浓度为10pmol/μL)、12.5μL 2×TAq MAster Mix、2μL中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA(浓度为50-100ng/μL)和8μL ddH2O组成。
反应条件为：95℃5min；95℃30s，60℃30s，72℃30s，35个循环；72℃7min；4℃保存。
3、完成步骤2后，将PCR扩增产物3进行测序。根据测序结果，判断待测中国荷斯坦奶牛基于SNP3的基因型。具体的判断原则如下：
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物3的第465位仅为C，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP3的基因型为GG纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物3的第465位仅为T，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP3的基因型为AA纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物3的第465位为C和T，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP3的基因型为AG杂合型。
四、中国荷斯坦奶牛基于SNP4的基因型分型方法的建立
1、提取待测中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA。
2、以待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物33F和下游引物33R组成的引物对4进行PCR扩增，得到PCR扩增产物4。
反应体系为25μL，由1.25μL上游引物33F水溶液(浓度为10pmol/μL)、1.25μL下游引物33R水溶液(浓度为10pmol/μL)、12.5μL 2×TAq MAster Mix、2μL中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA(浓度为50-100ng/μL)和8μL ddH2O组成。
反应条件为：95℃5min；95℃30s，60℃30s，72℃30s，35个循环；72℃7min；4℃保存。
3、完成步骤2后，将PCR扩增产物4进行测序。根据测序结果，判断待测中国荷斯坦奶牛基于SNP4的基因型。具体的判断原则如下：
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物4的第370位仅为G，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP4的基因型为CC纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物4的第370位仅为A，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP4的基因型为TT纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物4的第370位为G和A，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP4的基因型为TC杂合型。
五、中国荷斯坦奶牛基于SNP5的基因型分型方法的建立
1、提取待测中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA。
2、以待测中国荷斯坦奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5。
反应体系为25μL，由1.25μL上游引物35F水溶液(浓度为10pmol/μL)、1.25μL下游引物35R水溶液(浓度为10pmol/μL)、12.5μL 2×TAq MAster Mix、2μL中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA(浓度为50-100ng/μL)和8μL ddH2O组成。
反应条件为：95℃5min；95℃30s，60℃30s，72℃30s，35个循环；72℃7min；4℃保存。
3、完成步骤2后，将PCR扩增产物5进行测序。根据测序结果，判断待测中国荷斯坦奶牛基于SNP5的基因型。具体的判断原则如下：
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第355位仅为T，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP5的基因型为AA纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第355位仅为C，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP5的基因型为GG纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第355位为T和C，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP5的基因型为GA杂合型。
六、中国荷斯坦奶牛基于SNP6的基因型分型方法的建立
1、提取待测中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA。
2、同步骤五中2。
3、完成步骤2后，将PCR扩增产物5进行测序。根据测序结果，判断待测中国荷斯坦奶牛基于SNP6的基因型。具体的判断原则如下：
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第364位仅为G，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP6的基因型为CC纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第364位仅为A，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP6的基因型为TT纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第364位为G和A，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP6的基因型为TC杂合型。
七、中国荷斯坦奶牛基于SNP7的基因型分型方法的建立
1、提取待测中国荷斯坦奶牛血液的基因组DNA。
2、同步骤五中2。
3、完成步骤2后，将PCR扩增产物5进行测序。根据测序结果，判断待测中国荷斯坦奶牛基于SNP7的基因型。具体的判断原则如下：
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第443位仅为G，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP7的基因型为CC纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第443位仅为A，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP7的基因型为TT纯合型；
如果待测中国荷斯坦奶牛的PCR扩增产物5的第443位为G和A，则该待测中国荷斯坦奶牛基于SNP7的基因型为CT杂合型。
实施例3、中国荷斯坦奶牛基于PC基因上7个SNP位点的基因型与产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率的关联分析
本实施例中的中国荷斯坦奶牛群体由925头中国荷斯坦奶牛组成。
一、检测中国荷斯坦奶牛群体基于PC基因上7个SNP位点的基因型
按照实施例2的方法，将中国荷斯坦奶牛分别替换为中国荷斯坦奶牛群体中的925头中国荷斯坦奶牛，其它步骤均不变，得到925头中国荷斯坦奶牛基于SNP1的基因型、基于SNP2的基因型、基于SNP3的基因型、基于SNP4的基因型、基于SNP5的基因型、基于SNP6的基因型和基于SNP7的基因型。
中国荷斯坦奶牛群体中的部分中国荷斯坦奶牛基于SNP1的基因型、基于SNP2的基因型、基于SNP3的基因型、基于SNP4的基因型、基于SNP5的基因型、基于SNP6的基因型和基于SNP7的基因型见表1。925头中国荷斯坦奶牛基于SNP1、SNP2、SNP3、SNP4、SNP5、SNP6和SNP7的基因型的样本数、基因型频率、基因频率和等位基因频率的统计结果见表2。
表1
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注：AA为AA纯合型，GG为GG纯合型，TT为TT纯合型，CC为CC纯合型，AG为AG杂合型或GA杂合型，GT为TG杂合型或GT杂合型，CT为TC杂合型或CT杂合型。
表2
二、中国荷斯坦奶牛群体中各个中国荷斯坦奶牛的产奶性状(如产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率)的检测
1、对中国荷斯坦奶牛群体中的各个中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行检测。产奶性状包括产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率。
其中，产奶量指自母牛产犊第1天开始到第305天为止的产奶总量，即个体305天的产奶量。当实际挤奶天数不足305天时，以实际产奶总量作为305天产奶量；当实际挤奶天数超出305天，只统计自母牛产犊第1天开始到第305天为止的产奶总量，即306天以后的产奶量不计在内。产奶量由每月Dairy Herd Improvement(DHI)测定，通过同一泌乳期内3次以上DHI数据绘制产奶量泌乳曲线计算可得该泌乳期305天产奶量。
其中，乳脂量指305天的乳脂总量，305天乳脂量＝乳脂率×305天产奶量。乳脂率由每月Dairy Herd Improvement(DHI)测定，通过同一泌乳期内3次以上DHI数据绘制乳脂率泌乳曲线计算可得该泌乳期的平均乳脂率。
其中，乳蛋白量指305天的乳蛋白总量，305天乳蛋白量＝乳蛋白率×305天产奶量。乳蛋白率由每月Dairy Herd Improvement(DHI)测定，通过同一泌乳期内3次以上DHI数据绘制乳蛋白率泌乳曲线计算可得该泌乳期的平均乳蛋白率。
部分中国荷斯坦奶牛的检测结果见表3。
表3
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2、对中国荷斯坦奶牛群体的产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率的表型值进行描述性统计。结果见表4。
表4
性状 平均值 标准差 最小值 最大值 变异系数
产奶量(kg) 10413.2 1481.55 6057.96 14505.68 0.14
乳脂量(kg) 352.84 61.51 184.8 537.97 0.17
乳脂率(％) 3.4 0.43 2.06 4.56 0.13
乳蛋白量(kg) 315.92 48.17 157.73 457.53 0.15
乳蛋白率(％) 3.04 0.19 2.35 3.51 0.06
三、中国荷斯坦奶牛基于PC基因上7个SNP位点的基因型与产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率的关联分析
采用SAS 9.4软件中的MIXED过程对步骤二获得的产奶性状的五个指标(即产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率)和步骤一获得的925头中国荷斯坦奶牛基于PC基因上7个SNP位点的基因型进行关联分析。关联分析采用动物模型，具体模型如下：
Y＝μ+hys+b×M+G+a+e；
其中Y为产奶性状(产奶量、乳脂量、乳脂率、乳蛋白量或乳蛋白率)观察值；μ为总体均值；hys为场年季效应；b为协变量M的回归系数；M为产犊月龄效应；G为基因型效应；a为个体随机加性遗传效应；e为随机残差效应。
中国荷斯坦奶牛基于PC基因上7个SNP位点的基因型与产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率的关联分析结果见表5(最小二乘均值±标准误)。
表5
注：*P<0.05，表示差异显著；**P<0.01，表示差异极显著。a和b表示同一列数据有不同上标表示差异显著；A和B表示同一列数据有不同上标表示差异极显著。
结果如下：
SNP1与产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率显著关联(P＝0.0005～0.0165)，因此对于产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率性状，优势等位基因为G；
SNP2与产奶量、乳脂量和乳蛋白量极显著关联(P＝<.0001～0.0004)，因此对于产奶量、乳脂量和乳蛋白量性状，优势等位基因为G；
SNP3与乳脂量显著关联(P＝0.0146)，因此对于乳脂量性状，优势等位基因为G；
SNP4与乳脂量和乳蛋白量显著关联(P＝0.0209～0.0331)，因此对于乳脂量和乳蛋白量性状，优势等位基因为T；
SNP5与乳脂量和乳蛋白量显著关联(P＝0.0224～0.0407)，因此对于乳脂量和乳蛋白量性状，优势等位基因为G；
SNP6与产奶量和乳蛋白量显著关联(P＝0.0166～0.0168)，因此对于产奶量和乳蛋白量性状，优势等位基因为T；
SNP7与乳脂量和乳蛋白量显著关联(P＝0.0207～0.0359)，因此对于乳脂量和乳蛋白量性状，优势等位基因为C。
四、遗传效应分析
采用SAS9.4软件对步骤二获得的产奶性状的五个指标(即产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率)和步骤一获得的925头中国荷斯坦奶牛基于PC基因上7个SNP位点的基因型进行SNP加性效应、显性效应及等位基因替代效应显著性检验。基本计算公式如下：
a＝(AA-BB)/2；
d＝AB-(AA+BB)/2；
α＝a+d(q-p)；
其中，a为加性效应，d为显性效应，α为等位基因替代效应；AA、AB、BB为相应基因型产奶性状最小二乘均值；p为等位基因A的频率，q为等位基因B的频率。
加性效应、显性效应及等位基因替代效应的检测结果见表6。
表6
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注：*P<0.05，表示差异显著；**P<0.01，表示差异极显著。
结果如下：
SNP1对产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率的加性效应、显性效应和等位基因替代效应达到显著或极显著，即每个A等位基因替代G等位基因会导致产奶量减少121.34kg(P＜0.01)、乳脂量减少3.702kg(P＜0.01)和乳蛋白量减少3.9756kg(P＜0.01)；
SNP2对产奶量、乳脂量和乳蛋白量的加性效应、显性效应和等位基因替代效应均极显著，即每个T等位基因替代G等位基因会导致产奶量增加195.1kg(P＜0.01)、乳脂量增加5.6091kg(P＜0.01)和乳蛋白量增加4.8128kg(P＜0.01)；
SNP3对乳脂量的加性效应和显性效应达到极显著或显著；
SNP4对产奶量、乳脂量和乳蛋白量的加性效应、显性效应和等位基因替代效应达到显著或极显著，即每个T等位基因替代C等位基因会导致产奶量减少273.9kg(P＜0.05)、乳脂量减少13.526kg(P＜0.01)和乳蛋白量减少9.2111kg(P＜0.05)；
SNP5对产奶量、乳脂量和乳蛋白量的加性效应、显性效应和等位基因替代效应达到显著或极显著，即每个G等位基因替代A等位基因会导致产奶量减少268.97kg(P＜0.05)、乳脂量减少13.4567kg(P＜0.01)和乳蛋白量减少9.0492kg(P＜0.05)；
SNP6对产奶量和乳蛋白量的加性效应和等位基因替代效应达到显著或极显著，即每个T等位基因替代C等位基因会导致产奶量减少93.2465kg(P＜0.05)和乳蛋白量减少2.9632kg(P＜0.01)；
SNP7对产奶量、乳脂量和乳蛋白量的加性效应和显性效应达到显著或极显著。
五、单倍型分析
相较于单标记分析，单倍型分析往往会表达出更多的信息，并且基因内部的一些位点相互作用变化，会对表型性状产生很大影响，因此，单倍型分析在复杂性状关联分析上明显的优于常规的单标记分析。应用Haploview4.2软件对步骤一获得的925头中国荷斯坦奶牛基于PC基因上7个SNP位点的基因型构建单倍型，估计单倍型频率与连锁程度分析，并采用SAS9.4软件中的MIXED过程对步骤二获得的与产奶性状的五个指标(即产奶量、乳脂量、乳蛋白量、乳脂率和乳蛋白率)进行关联分析。关联分析采用动物模型，具体模型如下：
Y＝μ+hys+b×M+G+a+e；
其中Y为产奶性状(产奶量、乳脂量、乳脂率、乳蛋白量或乳蛋白率)观察值；μ为总体均值；hys为场年季效应；b为协变量M的回归系数；M为产犊月龄效应；G为单倍型组合效应；a为个体随机加性遗传效应；e为随机残差效应。
由925头中国荷斯坦奶牛组成的中国荷斯坦奶牛群体中，PC基因上的7个SNP共构成一个单倍型块，并形成六种单倍型组合，即单倍型H1、单倍型H2、单倍型H3、单倍型H4、单倍型H5和单倍型H6。
单倍型H1(ATACACT)是一条染色体上SNP1为A、SNP2为T、SNP3为A、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为C且SNP7为T的组合。单倍型H2(GGACATT)是一条染色体上SNP1为G、SNP2为G、SNP3为A、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为T且SNP7为T的组合。单倍型H3(AGGTGCC)是一条染色体上SNP1为A、SNP2为G、SNP3为G、SNP4为T、SNP5为G、SNP6为C且SNP7为C的组合。单倍型H4(AGACATT)是一条染色体上SNP1为A、SNP2为G、SNP3为A、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为T且SNP7为T的组合。单倍型H5(AGACACT)是一条染色体上SNP1为A、SNP2为G、SNP3为A、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为C且SNP7为T的组合。单倍型H6(AGGCACT)是一条染色体上SNP1为A、SNP2为G、SNP3为G、SNP4为C、SNP5为A、SNP6为C且SNP7为T的组合。单倍型H1频率为36.9％，单倍型H2频率为30.3％，单倍型H3频率为15.9％，单倍型H4频率为7.6％，单倍型H5频率为7.3％，单倍型H6频率为1.3％。对这7个SNP进行连锁不平衡估计，结果表明这7个SNP处于完全连锁状态(r2＝1)，如图1所示。
单倍型表现的是同一条染色体上的所述两个SNP的连锁关系，牛为2倍体，因此，中国荷斯坦奶牛群体中925头中国荷斯坦奶牛的两条染色体的单倍型组合形式分别为H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H5、H2H2和H2H3，分别对应基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2和基因型H2H3。
基因型H1H1为基于SNP1的基因型为AA纯合型，基于SNP2的基因型为TT纯合型，基于SNP3的基因型为AA纯合型，基于SNP4的基因型为CC纯合型，基于SNP5的基因型为AA纯合型，基于SNP6的基因型为CC纯合型，基于SNP7的基因型为TT纯合型的组合基因型。
基因型H1H2为基于SNP1的基因型为AG杂合型，基于SNP2的基因型为GT杂合型，基于SNP3的基因型为AA纯合型，基于SNP4的基因型为CC纯合型，基于SNP5的基因型为AA纯合型，基于SNP6的基因型为CT杂合型，基于SNP7的基因型为TT纯合型的组合基因型。
基因型H1H3为基于SNP1的基因型为AA纯合型，基于SNP2的基因型为GT杂合型，基于SNP3的基因型为AG杂合型，基于SNP4的基因型为CT杂合型，基于SNP5的基因型为AG杂合型，基于SNP6的基因型为CC纯合型，基于SNP7的基因型为CT杂合型的组合基因型。
基因型H1H4为基于SNP1的基因型为AA纯合型，基于SNP2的基因型为GT杂合型，基于SNP3的基因型为AA纯合型，基于SNP4的基因型为CC纯合型，基于SNP5的基因型为AA纯合型，基于SNP6的基因型为CT杂合型，基于SNP7的基因型为TT纯合型的组合基因型。
基因型H1H5为基于SNP1的基因型为AA纯合型，基于SNP2的基因型为GT杂合型，基于SNP3的基因型为AA纯合型，基于SNP4的基因型为CC纯合型，基于SNP5的基因型为AA纯合型，基于SNP6的基因型为CC纯合型，基于SNP7的基因型为TT纯合型的组合基因型。
基因型H2H2为基于SNP1的基因型为GG纯合型，基于SNP2的基因型为GG纯合型，基于SNP3的基因型为AA纯合型，基于SNP4的基因型为CC纯合型，基于SNP5的基因型为AA纯合型，基于SNP6的基因型为TT纯合型，基于SNP7的基因型为TT纯合型的组合基因型。
基因型H2H3为基于SNP1的基因型为AG杂合型，基于SNP2的基因型为GG纯合型，基于SNP3的基因型为AG杂合型，基于SNP4的基因型为CT杂合型，基于SNP5的基因型为AG杂合型，基于SNP6的基因型为CT杂合型，基于SNP7的基因型为CT杂合型的组合基因型。
基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2和基因型H2H3(即PC基因单倍型组合)与产奶性状关联分析结果见表7(最小二乘均值±标准误)。
结果表明，PC基因7个SNP的单倍型组合(即基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2和基因型H2H3)与产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率达到极显著或显著水平的关联(P＝<0.0001-0.0406)，其中单倍型H2对于产奶量、乳脂量、乳蛋白量和乳蛋白率4个产奶性状而言均为优势单倍型；基因型H1H2的母牛的产奶量高于基因型H1H1的母牛和基因型H1H4的母牛；基因型H2H2的母牛的乳脂量高于基因型H1H1的母牛；基因型H2H2的的母牛的乳蛋白量高于基因型H1H1的母牛、基因型H1H3的母牛、基因型H1H4的母牛、基因型H1H5的母牛和基因型H2H3的母牛；基因型H2H2的母牛的乳蛋白率高于基因型H1H5的母牛和基因型H2H3的母牛。
表7
注：*P<0.05，表示差异显著；**P<0.01，表示差异极显著。a,b,c,d同一列数据有不同上标表示差异显著；A,B,C,D同一列数据有不同上标表示差异极显著。
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本申请欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本申请中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。按以下附带的权利要求的范围，可以进行一些基本特征的应用。

Claims (10)

1.鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的方法，为方法A1、方法A2、方法A3、方法A4、方法A5、方法A6、方法A7或方法A8：
所述方法A1包括如下步骤：检测待测奶牛基于PC基因的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3，然后进行如下判断：
基因型H1H2的奶牛的产奶量>基因型H1H1的奶牛的产奶量或基因型H1H4的奶牛的产奶量；
基因型H2H2的奶牛的乳脂量>基因型H1H1的奶牛的乳脂量；
基因型H2H2的奶牛的乳蛋白量>基因型H1H1的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H3的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H4的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H5的奶牛的乳蛋白量或基因型H2H3的奶牛的乳蛋白量；
基因型H2H2的奶牛的乳蛋白率>基因型H1H5的奶牛或基因型H2H3的奶牛；
所述基因型H1H1的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为TT纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H2的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H3的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的奶牛；
所述基因型H1H4的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H5的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H2H2的奶牛为基于SNP1位点的基因型为GG纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为TT纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H2H3的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的奶牛；
所述方法A2包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型为GG纯合型、AA纯合型还是AG杂合型，然后进行如下判断：基于SNP1位点的基因型为GG纯合型或AG杂合型的奶牛的产奶量、乳脂量、乳蛋白量或乳蛋白率>基于SNP1位点的基因型为AA纯合型的奶牛；
所述方法A3包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、TT纯合型还是TG杂合型，然后进行如下判断：基于SNP2位点的基因型为GG纯合型或TG杂合型的奶牛的产奶量、乳脂量或乳蛋白量>基于SNP2位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述方法A4包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型为GG纯合型、AA纯合型还是AG杂合型，然后进行如下判断：基于SNP3位点的基因型为GG纯合型的奶牛的乳脂量>基于SNP3位点的基因型为AA纯合型或AG杂合型的奶牛；
所述方法A5包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、TT纯合型还是TC杂合型，然后进行如下判断：基于SNP4位点的基因型为TT纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP4位点的基因型为CC纯合型或TC杂合型的奶牛；
所述方法A6包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、GG纯合型还是GA杂合型，然后进行如下判断：基于SNP5位点的基因型为GG纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP5位点的基因型为GA杂合型或AA纯合型的奶牛；
所述方法A7包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型为CC纯合型、TT纯合型还是TC杂合型，然后进行如下判断：基于SNP6位点的基因型为TT纯合型或TC杂合型的奶牛的产奶量或乳蛋白量>基于SNP6位点的基因型为CC纯合型的奶牛；
所述方法A8包括如下步骤：检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型为TT纯合型、CC纯合型还是CT杂合型，然后进行如下判断：基于SNP7位点的基因型为CC纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP7位点的基因型为TT纯合型或CT杂合型的奶牛；
所述SNP1位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：11自5’末端起第205位的核苷酸；
所述SNP2位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：12自5’末端起第118位的核苷酸；
所述SNP3位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：13自5’末端起第465位的核苷酸；
所述SNP4位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：14自5’末端起第370位的核苷酸；
所述SNP5位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第355位的核苷酸；
所述SNP6位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第364位的核苷酸；
所述SNP7位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第443位的核苷酸。
2.鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的方法，为方法B1、方法B2、方法B3、方法B4、方法B5、方法B6、方法B7或方法B8：
所述方法B1包括如下步骤：
(b1)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物1F和下游引物1R组成的引物对1进行PCR扩增，得到PCR扩增产物1；将所述PCR扩增产物1进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物1的第205位仅为C，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物1的第205位仅为T，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物1的第205位为C和T，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为AG杂合型；
(b2)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物8F和下游引物8R组成的引物对2进行PCR扩增，得到PCR扩增产物2；将所述PCR扩增产物2进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物2的第118位仅为C，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物2的第118位仅为A，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物2的第118位为C和A，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为TG杂合型；
(b3)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物10F和下游引物10R组成的引物对3进行PCR扩增，得到PCR扩增产物3；将所述PCR扩增产物3进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物3的第465位仅为C，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物3的第465位仅为T，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物3的第465位为C和T，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为AG杂合型；
(b4)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物33F和下游引物33R组成的引物对4进行PCR扩增，得到PCR扩增产物4；将所述PCR扩增产物4进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物4的第370位仅为G，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物4的第370位仅为A，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物4的第370位为G和A，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为TC杂合型；
(b5)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5；将所述PCR扩增产物5进行测序，然后进行如下评判：
如果PCR扩增产物5的第355位仅为T，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物5的第355位仅为C，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物5的第355位为T和C，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为GA杂合型；
如果PCR扩增产物5的第364位仅为G，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物5的第364位仅为A，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物5的第364位为G和A，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为TC杂合型；
如果PCR扩增产物5的第443位仅为G，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物5的第443位仅为A，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物5的第443位为G和A，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为CT杂合型；
(b6)根据(b1)-(b5)的结果，确定待测奶牛的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3，然后进行如下判断：
基因型H1H2的奶牛的产奶量>基因型H1H1的奶牛的产奶量或基因型H1H4的奶牛的产奶量；
基因型H2H2的奶牛的乳脂量>基因型H1H1的奶牛的乳脂量；
基因型H2H2的奶牛的乳蛋白量>基因型H1H1的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H3的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H4的奶牛的乳蛋白量、基因型H1H5的奶牛的乳蛋白量或基因型H2H3的奶牛的乳蛋白量；
基因型H2H2的奶牛的乳蛋白率>基因型H1H5的奶牛或基因型H2H3的奶牛；
所述基因型H1H1的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为TT纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H2的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H3的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的奶牛；
所述基因型H1H4的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H1H5的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H2H2的奶牛为基于SNP1位点的基因型为GG纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为TT纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述基因型H2H3的奶牛为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的奶牛；
所述SNP1位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：11自5’末端起第205位的核苷酸；
所述SNP2位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：12自5’末端起第118位的核苷酸；
所述SNP3位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：13自5’末端起第465位的核苷酸；
所述SNP4位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：14自5’末端起第370位的核苷酸；
所述SNP5位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第355位的核苷酸；
所述SNP6位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第364位的核苷酸；
所述SNP7位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第443位的核苷酸；
所述方法B2包括如下步骤：
(b1)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物1F和下游引物1R组成的引物对1进行PCR扩增，得到PCR扩增产物1；将所述PCR扩增产物1进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物1的第205位仅为C，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物1的第205位仅为T，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物1的第205位为C和T，则该待测奶牛基于SNP1位点的基因型为AG杂合型；
(b7)根据(b1)的结果，进行如下判断：基于SNP1位点的基因型为GG纯合型或AG杂合型的奶牛的产奶量、乳脂量、乳蛋白量或乳蛋白率>基于SNP1位点的基因型为AA纯合型的奶牛；
所述方法B3包括如下步骤：
(b2)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物8F和下游引物8R组成的引物对2进行PCR扩增，得到PCR扩增产物2；将所述PCR扩增产物2进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物2的第118位仅为C，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物2的第118位仅为A，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物2的第118位为C和A，则该待测奶牛基于SNP2位点的基因型为TG杂合型；
(b8)根据(b2)的结果，进行如下判断：基于SNP2位点的基因型为GG纯合型或TG杂合型的奶牛的产奶量、乳脂量或乳蛋白量>基于SNP2位点的基因型为TT纯合型的奶牛；
所述方法B4包括如下步骤：
(b3)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物10F和下游引物10R组成的引物对3进行PCR扩增，得到PCR扩增产物3；将所述PCR扩增产物3进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物3的第465位仅为C，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物3的第465位仅为T，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物3的第465位为C和T，则该待测奶牛基于SNP3位点的基因型为AG杂合型；
(b9)根据(b3)的结果，进行如下判断：基于SNP3位点的基因型为GG纯合型的奶牛的乳脂量>基于SNP3位点的基因型为AA纯合型或AG杂合型的奶牛；
所述方法B5包括如下步骤：
(b4)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物33F和下游引物33R组成的引物对4进行PCR扩增，得到PCR扩增产物4；将所述PCR扩增产物4进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物4的第370位仅为G，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物4的第370位仅为A，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物4的第370位为G和A，则该待测奶牛基于SNP4位点的基因型为TC杂合型；
(b10)根据(b4)的结果，进行如下判断：基于SNP4位点的基因型为TT纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP4位点的基因型为CC纯合型或TC杂合型的奶牛；
所述方法B6包括如下步骤：
(b11)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5；将所述PCR扩增产物5进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物5的第355位仅为T，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为AA纯合型；如果PCR扩增产物5的第355位仅为C，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为GG纯合型；如果PCR扩增产物5的第355位为T和C，则该待测奶牛基于SNP5位点的基因型为GA杂合型；
(b12)根据(b11)的结果，进行如下判断：基于SNP5位点的基因型为GG纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP5位点的基因型为GA杂合型或AA纯合型的奶牛；
所述方法B7包括如下步骤：
(b13)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5；将所述PCR扩增产物5进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物5的第364位仅为G，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物5的第364位仅为A，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物5的第364位为G和A，则该待测奶牛基于SNP6位点的基因型为TC杂合型；
(b14)根据(b13)的结果，进行如下判断：基于SNP6位点的基因型为TT纯合型或TC杂合型的奶牛的产奶量或乳蛋白量>基于SNP6位点的基因型为CC纯合型的奶牛；
所述方法B8包括如下步骤：
(b15)以待测奶牛的基因组DNA为模板，采用上游引物35F和下游引物35R组成的引物对5进行PCR扩增，得到PCR扩增产物5；将所述PCR扩增产物5进行测序，然后进行如下评判：如果PCR扩增产物5的第443位仅为G，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为CC纯合型；如果PCR扩增产物5的第443位仅为A，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为TT纯合型；如果PCR扩增产物5的第443位为G和A，则该待测奶牛基于SNP7位点的基因型为CT杂合型；
(b16)根据(b15)的结果，进行如下判断：基于SNP7位点的基因型为CC纯合型的奶牛的乳脂量或乳蛋白量>基于SNP7位点的基因型为TT纯合型或CT杂合型的奶牛；
所述上游引物1F为SEQ ID NO:1所示的单链DNA分子；
所述下游引物1R为SEQ ID NO:2所示的单链DNA分子；
所述上游引物8F为SEQ ID NO:3所示的单链DNA分子；
所述下游引物8R为SEQ ID NO:4所示的单链DNA分子；
所述上游引物10F为SEQ ID NO:5所示的单链DNA分子；
所述下游引物10R为SEQ ID NO:6所示的单链DNA分子；
所述上游引物33F为SEQ ID NO:7所示的单链DNA分子；
所述下游引物33R为SEQ ID NO:8所示的单链DNA分子；
所述上游引物35F为SEQ ID NO:9所示的单链DNA分子；
所述下游引物35R为SEQ ID NO:10所示的单链DNA分子。
3.一种鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的试剂盒，包括检测待测奶牛基于PC基因的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3的物质、检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型的物质、检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型的物质、检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型的物质、检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型的物质、检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型的物质、检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型的物质或检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型的物质；
所述基因型H1H1为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为TT纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H1H2为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H1H3为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的PC基因；
所述基因型H1H4为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H1H5为基于SNP1位点的基因型为AA纯合型、基于SNP2位点的基因型为GT杂合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为CC纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H2H2为基于SNP1位点的基因型为GG纯合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AA纯合型、基于SNP4位点的基因型为CC纯合型、基于SNP5位点的基因型为AA纯合型、基于SNP6位点的基因型为TT纯合型且基于SNP7位点的基因型为TT纯合型的PC基因；
所述基因型H2H3为基于SNP1位点的基因型为AG杂合型、基于SNP2位点的基因型为GG纯合型、基于SNP3位点的基因型为AG杂合型、基于SNP4位点的基因型为CT杂合型、基于SNP5位点的基因型为AG杂合型、基于SNP6位点的基因型为CT杂合型且基于SNP7位点的基因型为CT杂合型的PC基因；所述SNP1位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：11自5’末端起第205位的核苷酸；
所述SNP1位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：11自5’末端起第205位的核苷酸；
所述SNP2位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：12自5’末端起第118位的核苷酸；
所述SNP3位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：13自5’末端起第465位的核苷酸；
所述SNP4位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：14自5’末端起第370位的核苷酸；
所述SNP5位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第355位的核苷酸；
所述SNP6位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第364位的核苷酸；
所述SNP7位点为奶牛基因组中SEQ ID NO：15自5’末端起第443位的核苷酸。
4.根据权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：
所述“检测待测奶牛基于PC基因的基因型为基因型H1H1、基因型H1H2、基因型H1H3、基因型H1H4、基因型H1H5、基因型H2H2还是基因型H2H3的物质”为权利要求2中所述上游引物1F和所述下游引物1R组成的引物对、权利要求2中所述上游引物8F和所述下游引物8R组成的引物对、权利要求2中所述上游引物10F和所述下游引物10R组成的引物对、权利要求2中所述上游引物33F和所述下游引物33R组成的引物对和权利要求2中所述上游引物35F和所述下游引物35R组成的引物对；
所述“检测待测奶牛基于SNP1位点的基因型的物质”为权利要求2中所述上游引物1F和所述下游引物1R组成的引物对；
所述“检测待测奶牛基于SNP2位点的基因型的物质”为权利要求2中所述上游引物8F和所述下游引物8R组成的引物对；
所述“检测待测奶牛基于SNP3位点的基因型的物质”为权利要求2中所述上游引物10F和所述下游引物10R组成的引物对；
所述“检测待测奶牛基于SNP4位点的基因型的物质”为权利要求2中所述上游引物33F和所述下游引物33R组成的引物对；
所述“检测待测奶牛基于SNP5位点的基因型的物质”为权利要求2中所述上游引物35F和所述下游引物35R组成的引物对；
所述“检测待测奶牛基于SNP6位点的基因型的物质”为权利要求2中所述上游引物35F和所述下游引物35R组成的引物对；
所述“检测待测奶牛基于SNP7位点的基因型的物质”为权利要求2中所述上游引物35F和所述下游引物35R组成的引物对。
5.分子标记，为SEQ ID NO：11所示的分子标记甲、SEQ ID NO：12所示的分子标记乙、SEQ ID NO：13所示的分子标记丙、SEQ ID NO：14所示的分子标记丁或SEQ ID NO：15所示的分子标记戊。
6.权利要求3或4所述的试剂盒或权利要求5所述分子标记在鉴定奶牛产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率中的应用。
7.权利要求3或4所述的试剂盒或权利要求5所述分子标记在筛选不同产奶量、乳脂量、乳蛋白量和/或乳蛋白率的奶牛中的应用。
8.权利要求3或4所述的试剂盒或权利要求5所述分子标记在鉴定奶牛PC基因的基因型中的应用。
9.权利要求3或4所述的试剂盒或权利要求5所述分子标记在奶牛育种中的应用。
10.根据权利要求1或2所述的方法、权利要求3或4所述的试剂盒、权利要求5所述分子标记或权利要求6至9任一所述的应用，其特征在于：所述奶牛为中国荷斯坦奶牛。
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