CN117279636A - 用于调节强直性肌营养不良1型的方法和化合物 - Google Patents

用于调节强直性肌营养不良1型的方法和化合物 Download PDF

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Abstract

本公开涉及用于调节dmpk的表达以及治疗dmpk在其中发挥积极作用的疾病和病症的转录调节剂分子化合物和方法。转录调节剂包含：a)第一末端，其包含能够与核苷酸重复序列CAG或CTG非共价结合的DNA结合部分；b)第二末端，其包含能够与调控分子结合的蛋白质结合部分，所述调控分子调节包含所述核苷酸重复序列CAG或CTG的基因的表达；以及c)寡聚骨架，其包含介于所述第一末端与所述第二末端之间的接头。

Description

用于调节强直性肌营养不良1型的方法和化合物
相关申请的交叉引用
本申请要求于2020年12月11日提交的美国申请号63/124,592的权益，该美国申请特此通过全文引用的方式并入。
技术领域
本文公开了新的嵌合杂环状聚酰胺化合物和组合物及其作为药物用于治疗疾病的应用。还提供了调节人类或动物受试者的包含CAG三核苷酸重复序列的靶基因的表达的方法，该方法用于治疗诸如强直性肌营养不良1型(“DM1”)、脊髓小脑性共济失调、亨廷顿病、亨廷顿病样综合征、脊髓延髓肌萎缩症和齿状核红核苍白球路易体萎缩症。
背景技术
本公开涉及以mRNA的过量产生为特征的遗传性遗传病的治疗。
强直性肌营养不良(“DM”)为被称为肌营养不良的疾病类别中的一员，大约每8000人中有1人受到影响。DM为成年发病患者中最常见的肌营养不良形式，大多数DM病例在20岁之后被诊断出来。DM以持续的肌肉收缩为特征，并与多种症状相关联，包括肌肉疾患和白内障，以及心脏和呼吸系统病患，这两种疾患通常出现在该疾病进展的后期。尽管可以通过治疗来改善相关联的症状，但目前尚无可阻止或逆转DM进展的治愈方法。呼吸衰竭和心律失常为DM患者最常见的死亡原因。
最严重的DM形式为1型强直性肌营养不良(“DM1”)。DM1是一种常染色体显性遗传病，由dmpk基因突变引起。该基因编码强直性肌营养不良蛋白激酶(MDPK)蛋白，该蛋白也称为肌强直蛋白激酶。MDPK蛋白可见于肌肉、心脏和神经组织中。
DM1由DM1受试者中有缺陷的dmpk基因的转录诱导。正常情况下，该基因含有具有5-37个CTG三核苷酸重复序列的3'非翻译区。在DM1基因型中，该三核苷酸被扩展到50至超过3,000个重复序列的计数，其中大多数具有CTG序列的超过1,000个重复序列。该计数具有在后裔中增加的趋势，导致后代的发病年龄较早。此外，已经观察到该计数在受试者的一生中增加，这可能是由于异常的DNA修复。
DM1的进展归因于来自具有扩展的CTG区域的dmpk mRNA的“RNA毒性”。该mRNA与某些蛋白质形成聚集体，并且这些聚集体干扰正常的细胞功能。有缺陷的mRNA与肌盲蛋白的结合可能是导致DM1症状的一种机制，特别是因为蝇类的正常肌肉发育需要肌盲蛋白活性。
脊髓小脑性共济失调是指以神经元变性(特别是在小脑中)为特征的遗传病家族。症状通常与运动功能丧失有关，并且包括步态不协调、手眼运动协调不良、构音障碍(言语不清)和有关并发症，诸如吞咽困难引起的营养不良。
已经鉴定了脊髓小脑性共济失调的几个亚类，其中一些与寡核苷酸重复序列的存在联系起来。这些亚类中，有几个与CAG三核苷酸重复序列的多个拷贝相关联。在该亚类中的六个中：SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7和SCA17，CAG三核苷酸重复序列在编码的蛋白质中产生聚谷氨酰胺(poly-Q)重复序列。SCA的这些亚类，连同亨廷顿病、齿状核红核苍白球路易体萎缩症和脊髓延髓肌萎缩症，统称为“多谷氨酰胺扩张疾患”。将有缺陷的poly-Q蛋白与观察到的病理联系起来的确切机制并不总是很清楚；已经提出了蛋白质的聚集以及泛素化包涵体的形成。
与上述疾病组相反，SCA12的CAG三核苷酸重复序列位于该基因的编码区之外。因此，虽然mRNA含有CAG三核苷酸重复序列，但mRNA的翻译不产生poly-Q链。与这种缺陷相关联的病理可能是由于正常细胞机制未能分解异常mRNA，可能是由于存在稳定的发夹结构，导致mRNA在细胞中积累。
1型脊髓小脑性共济失调(“SCA1”)与atxn1基因中CAG三核苷酸重复序列的存在相关联。患病个体具有39个或更多个三核苷酸重复序列；症状发病的年龄与较高的三核苷酸重复序列的计数呈负相关。该病症通常会在10至30年内致命；目前尚无治愈性措施。在mRNA中以及在基因组DNA中观察到CAG三核苷酸重复序列。基因编码一种名为ATXN1的蛋白质，该蛋白质含有来自该CAG三核苷酸重复序列的poly-Q链。动物研究表明，蛋白质毒性而非功能丧失是对有缺陷的ATXN1的病理负责的主要机制。蛋白酶体对有缺陷的ATXN1的降解受损，导致蛋白质积累。
2型脊髓小脑性共济失调(“SCA2”)与atxn2基因中CAG三核苷酸重复序列的存在相关联。患病个体具有32个或更多个三核苷酸重复序列；症状发病的年龄与较高的三核苷酸重复序列的计数呈负相关。基因编码一种名为ATXN2的蛋白质，该蛋白质含有来自该CAG三核苷酸重复序列的poly-Q链。ATXN2蛋白的功能尚未充分了解：它存在于细胞质中并且与高尔基体和内质网相关联。ATXN2的RNA结合特性表明了mRNA翻译的调控。
3型脊髓小脑性共济失调(“SCA3”)与atxn3基因中CAG三核苷酸重复序列的存在相关联。患病个体具有三核苷酸重复序列的50个或更多个拷贝；症状发病的年龄与较高的三核苷酸重复序列的计数呈负相关。基因编码一种名为ATXN3的蛋白质，该蛋白质含有来自该CAG三核苷酸重复序列的poly-Q链。ATXN3蛋白在蛋白质代谢的泛素/蛋白酶体机制中发挥作用：在蛋白质通过泛素化被标记为进行代谢后并且在蛋白酶体降解蛋白质之前，ATXN3去除泛素以进行回收。含有poly-Q链的有缺陷的ATXN3失去这种催化特性，从而导致不希望的蛋白质堆积。
6型脊髓小脑性共济失调(“SCA6”)与cacna1a基因中CAG三核苷酸重复序列的存在相关联。患病个体具有20个或更多个三核苷酸重复序列。平均发病年龄为45岁；病情进展缓慢，并且病程可达25年以上。针对该疾病的治疗为支持性的，其中乙酰唑胺可缓解共济失调。该基因编码CaV2.1钙通道的α-1亚基，该亚基对于正常的神经元功能至关重要。患病个体中有缺陷的cacna1a基因产生的α-1亚基迁移到细胞质以及细胞膜，在那里它形成聚集体。导致所观察到的症状的机制尚不清楚，尽管怀疑是钙通道的功能障碍，以及扩展蛋白的翻译后裂解形成有毒的C末端片段。
7型脊髓小脑性共济失调(“SCA7”)与atxn7基因中CAG三核苷酸重复序列的存在相关联。患病个体具有36个至超过300个三核苷酸重复序列。通常在二十岁到四十岁期间观察到症状的发病，且较早的发病与更严重的症状相关。除了针对SCA类疾病观察到的症状外，患有SCA7的受试者，特别是早期发病的受试者，可能会出现视力下降和失明。针对该疾病的治疗仅为支持性的。该基因编码ataxin-7蛋白，这是一种在转录中起作用的核蛋白。此外，有缺陷的基因产物干扰锥杆同源盒蛋白，这为针对这种综合征观察到的视网膜病变提供了解释。突变体ataxin-7的蛋白水解裂解和跨神经元应答可能对SCA7的发病机制负责。
17型脊髓小脑性共济失调(“SCA17”)与TATA盒结合蛋白(TBP)基因中具有CAA中断的CAG三核苷酸重复序列的存在相关联。TBP基因产物在转录起始中起作用。患病个体通常具有47个或更多个三核苷酸重复序列。症状通常在50岁时发病，且吞咽困难通常会导致误吸和死亡。扩展的CAG序列与所观察到的病理之间的联系尚不清楚，其中在不同的重复序列长度下表明功能获得和功能丧失两者。
亨廷顿病(“HD”)于19世纪末首次被确定为常染色体显性神经退行性疾患。HD的症状包括一系列运动、认知和精神疾患，通常在成年期出现。HD与htt基因中CAG三核苷酸重复序列的存在相关联，该基因编码一种称为亨廷顿蛋白的蛋白质。具有多于约36个三核苷酸重复序列的受试者通常表现出HD症状，其中更多数量的三核苷酸重复序列与较早出现的症状相关联。病理源于一系列步骤：poly-Q亨廷顿蛋白的产生，随后伸长的亨廷顿蛋白分裂成更小的肽，这些肽结合在一起并在神经元中积累。这种级联的效应在大脑的基底神经节和皮质中很明显。
亨廷顿病样综合征是指一组症状与亨廷顿病相似但缺乏htt基因特征性突变的疾病。亨廷顿病样2综合征(“HDL2”)与亲联蛋白3(jph3)基因中约40个或更多个CAG三核苷酸重复序列的计数相关联。HDL2为一种遗传性疾患，已在具有非洲血统的受试者中发现。发病年龄与三核苷酸重复序列的数量呈负相关。这种综合征的症状包括肌张力障碍和舞蹈病(不受控制的运动)、情绪障碍、构音障碍、运动迟缓、无法融入新的学习以及难以做出决定。预期寿命可以从诊断后几年到超过十年不等。目前的理论认为，由jph3基因编码的poly-Q蛋白在神经元细胞中形成聚集体，这种聚集体对疾病的病理负责。然而，还发现了表明mRNA的有毒功能获得的证据，表明针对病理的可能的双重途径。
脊髓延髓肌萎缩症，也称为肯尼迪病，是一种在男性中观察到的X连锁遗传病，其症状包括肌肉萎缩、构音障碍和由于面部和喉部延髓肌肉引起的吞咽困难、肌束震颤(不自主抽搐)和不育。该疾病与雄激素受体(ar)基因中CAG三核苷酸重复序列的存在有联系。病理被认为是由于雄激素受体蛋白片段在大脑和脊髓的神经细胞中的积累。治疗仅限于控制症状；抗雄激素药物、睾酮或类似物均无功效。最近的研究表明，poly-Q雄激素受体的病理是由于泛素连接酶后期促进复合物/细胞周期体(APC/C)受到抑制，随后神经突形成和细胞周期被中断。
齿状核红核苍白球路易体萎缩症(“DRPLA”)是一种常染色体显性遗传性疾患，主要在日本血统的受试者中观察到，其症状通常在成年期出现，包括癫痫发作、共济失调和肌阵挛(不自主痉挛性肌肉收缩)。在成年受试者中还观察到痴呆和精神疾患。DRPLA与肌萎缩蛋白-1(atn1)基因中的CAG三核苷酸重复序列相连接。健康个体具有少于约34个三核苷酸重复序列；患病个体通常具有多于约50个三核苷酸重复序列。肌萎缩蛋白-1蛋白(“ATN1”)在所有组织中均有表达，但在神经元中被蛋白水解地裂解，表明其在神经活动中发挥作用。毒性被认为是由于ATN1蛋白的积累。
Fuchs角膜内皮营养不良(“FECD”)的Fuchs内皮营养不良是一种涉及角膜内皮层的非炎症性、散发性或常染色体显性遗传性营养不良。伴随Fuchs营养不良，角膜开始肿胀，引起眩光、光晕和视力下降。Fuchs内皮营养不良对角膜的损伤可能非常严重，以致引起角膜性失明。Fuchs营养不良已分为早发性(十岁以下)和晚发性(四十岁至五十岁)，其中后者以女性为主。早发性Fuchs有8型胶原蛋白α2链受累。晚发以转录因子4、转录因子8(TCF8)、ATP/GTP结合蛋白样1(AGBL1)、脂氧合酶同源域1(LOXHD1)、溶质载体家族4成员11(SLC4A11)基因和转化生长因子β诱导以及凝聚素参与为特征。
在某些实施例中，上述机制提供对以靶基因中存在过量计数的CAG或CTG三核苷酸重复序列为特征的疾病或疾患的有效治疗。在一些实施例中，该疾病或疾患的病理是由于含有过量计数的CAG或CTG三核苷酸重复序列的mRNA的存在。在一些实施例中，该疾病或疾患的病理是由于含有过量计数的谷氨酰胺氨基酸残基的翻译产物的存在。在一些实施例中，该疾病或疾患的病理是由于翻译产物的功能丧失。在一些实施例中，该疾病或疾患的病理是由于翻译产物的功能获得。在一些实施例中，该疾病或疾患的病理可以通过增加有缺陷的基因的转录率来减轻。在一些实施例中，该疾病或疾患的病理可以通过减少有缺陷的基因的转录率来减轻。
在某些实施例中，上述机制将提供针对由dmpk的过度表达引起的DM1的有效治疗。因此，纠正有缺陷的dmpk基因的过表达代表了治疗DM1的有前途的方法。
发明内容
本公开利用存在于控制基因表达的细胞核中的调控分子。真核细胞提供几种用于控制基因复制、转录和/或翻译的机制。通过细胞内各种生化机制产生的调控分子可以调节遗传信息向细胞组分转化中所涉及的各种过程。已知有几种调控分子可调节mRNA的产生，如果针对靶基因(诸如dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1)，将会调节引起疾病诸如例如脊髓小脑性共济失调、亨廷顿病、亨廷顿病样综合征、脊髓延髓肌萎缩症和齿状核红核苍白球路易体萎缩症、Fuchs角膜内皮营养不良的靶基因mRNA的产生，并因此逆转进展这些疾病。
本公开提供用于将调控分子募集到紧邻包含CAG或CTG三核苷酸重复序列的靶基因的化合物和方法。本文公开的化合物含有：(a)将与靶基因选择性结合的DNA结合部分，任选地连接至(b)将与调控分子结合的募集部分。该化合物将以下列方式抵消有缺陷的靶基因的表达：
(1)DNA结合部分将会选择性地结合靶基因的特征性CAG三核苷酸重复序列；
(2)连接至DNA结合部分的募集部分将因此被保持在靶基因附近；
(3)现在位于靶基因附近的募集部分将调控分子募集到该靶基因附近；和
(4)调控分子将调节靶基因的表达，并因此通过与该基因的直接相互作用来抵消有缺陷的mRNA的表达。
DNA结合部分将选择性地结合atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的特征性CAG三核苷酸重复序列，或者该DNA结合部分将选择性地结合dmpk的特征性CTG三核苷酸重复序列。因此，与DNA结合部分相连的募集部分将保持在靶基因附近；将调控分子募集到基因附近；并且调控分子将调节表达，因此通过与靶基因的直接相互作用抵消有缺陷的靶基因的产生。
该机制提供针对由有缺陷的dmpk的表达引起的DM1的有效治疗。此外，该机制还提供针对脊髓小脑性共济失调、亨廷顿病、亨廷顿病样综合征、脊髓延髓肌萎缩症和齿状核红核苍白球路易体萎缩症的有效治疗方法，这些疾病是由有缺陷的atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar和/或atn1的表达引起的。因此，纠正有缺陷的靶基因的表达代表针对这些疾病进行治疗的有效方法。
本公开提供与调控分子结合的募集部分。调控分子的小分子抑制剂用作设计募集部分的模板，因为这些抑制剂通常通过与调控分子的非共价结合起作用。
本公开进一步提供与作为有缺陷的靶基因的特征的CAG或CTG三核苷酸重复的一个或多个拷贝选择性地结合的DNA结合部分。由于与有缺陷的靶基因相关联的高CAG或CTG计数，DNA结合部分与靶基因的选择性结合成为可能，将募集部分引导至基因附近，并将调控分子募集到位以调节基因转录。
DNA结合部分包含聚酰胺片段，它将与靶CAG或CTG序列选择性地结合。由例如Dervan(美国专利号9,630,950和8,524,899)和其他人设计的聚酰胺可以与选定的DNA序列选择性地结合。这些聚酰胺位于双螺旋DNA的小沟中，并与Watson-Crick碱基对形成氢键相互作用。可以根据已建立的化学规则通过连接单酰胺构建块来设计与特定DNA序列选择性地结合的聚酰胺。为每个DNA碱基对提供一个构建块，其中每个构建块与以下DNA碱基对中的一个碱基对非共价地并选择性地结合：A/T、T/A、G/C和C/G。遵循这一准则，三核苷酸与具有三个酰胺单元的分子(即三酰胺)结合。通常，这些聚酰胺可以定向在DNA序列的任一方向上。
原则上，通过将较大数量的单酰胺构建块组合成较长的聚酰胺链，可以以较高的特异性和/或较高的亲和力靶向较长的DNA序列。理想情况下，聚酰胺的结合亲和力将简单地等于每个单独的单酰胺/DNA碱基对相互作用的和。然而在实践中，由于相当刚性的聚酰胺与DNA结构之间的几何不匹配，较长的聚酰胺序列与较长的DNA序列的结合并不像简单的加性贡献所预期的那样紧密。较长的聚酰胺序列与较长的DNA序列之间的几何不匹配诱导不利的几何应变，从而降低预期的结合亲和力。
本公开提供转录调节剂分子，其包含由柔性间隔子(例如将DNA结合部分连接至蛋白质结合部分的接头部分)连接的DNA结合部分(例如包含多胺次单元的聚酰胺)。间隔子减轻几何应变，否则几何应变降低较大聚酰胺序列的结合亲和力。
本文公开包含聚酰胺部分的化合物，该聚酰胺部分可以与CAG或CTG三核苷酸重复序列的一个或多个拷贝结合，并且可以调节包含CAG或CTG三核苷酸重复序列的靶基因的表达。用这些化合物治疗受试者将会调节有缺陷的靶基因的表达，并且这可以减少与疾病相关联的症状的发生、严重程度或频率。本文所公开的某些化合物将会提供比先前针对此类化合物观察到的更高的结合亲和力和选择性。
然而，应当理解尽管详细描述和具体实例表示特定实施例，然而它们仅以说明的方式给出，因为根据此详细描述，处于本公开的精神和范围内的不同变化和修改对于本领域技术人员而言将变得显而易见的。
通过引用并入
本说明书中所提到的所有公开、专利和专利申请均通过相同的程度引用结合在此，如同特定且单独地指示每个单独的公开、专利或专利申请是通过引用并入的。
附图说明
本公开的各个方面在所附权利要求中具体阐述。通过参考阐述了说明性实施例的以下详细说明，将获得对本公开的特征和优点的更好理解，在所述实施例和以下附图中利用了本公开的原理。
图1示出用本公开的代表性化合物处理48小时后的DM1成纤维细胞(1000个重复序列)处理结果，与迪那西利(Dinaciclib)对照或未处理(NT)相比。
图2示出用本公开的代表性化合物处理6天后的DM1成纤维细胞处理结果。上图代表未处理，并且下图代表在以下两种成纤维细胞系中使用代表性化合物进行处理：GM04602和GM04647。
具体实施方式
本文所述的转录调节剂分子代表了化学、生物学和精准医学的界面，因为可以对分子进行编程以调控含有核苷酸重复序列CAG或CTG的靶基因的表达。如本文所述，本文使用的“CAG”或“CTG”是指核苷酸CAG及其互补序列CTG。本领域技术人员会理解，含有CAG三核苷酸的序列(5'-3'方向)在其互补链上也具有CTG三核苷酸；并且在一条链中具有CAG的多个重复序列的序列在互补链上也具有CTG的多个重复序列。因此，与“CAG或CTG”重复序列结合的聚酰胺可以表示与CAG和/或其互补序列CTG结合的聚酰胺。
转录调节剂分子含有DNA结合部分，这些部分将会与CAG或CTG三核苷酸重复序列的一个或多个拷贝选择性地结合，这是有缺陷的靶基因(例如，dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1)的特征。转录调节剂分子还含有与调控蛋白结合的部分。靶基因的选择性结合将调控蛋白带至靶基因附近，从而下调该靶基因的转录。本文公开的分子和化合物提供比以前观察到的此类化合物更高的结合亲和力和选择性，并且可以更有效地治疗与有缺陷的靶基因相关联的疾病。
用这些化合物治疗受试者将会调节有缺陷的靶基因的表达，并且这可以减少与遗传病(诸如例如DM1)相关联的症状的发生、严重程度或频率。本文所述的转录调节剂分子募集调控分子以调节有缺陷的靶基因的表达，并且有效地治疗并减轻与疾病相关联的症状。
转录调节剂分子
本文公开的转录调节剂分子或化合物具备用于调节具有一个或多个CAG或CTG重复序列的靶基因(例如，dmpk或atxn1)的转录的有用活性，并且可用于治疗或预防其中该靶基因(例如dmpk或atxn1)起积极作用的疾病或病症。因此，在广泛的方面，某些实施例还提供包含一种或多种本文公开的化合物连同药学上可接受的载体的药物组合物，以及制备和使用所述化合物和组合物的方法。某些实施例提供用于调节dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达的方法。其他实施例提供用于治疗需要此类治疗的患者的dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1介导的疾患的方法，其包括向所述患者施用治疗有效量的根据本公开的化合物或组合物。还提供本文公开的某些转录调节剂分子(即化合物)在制造药物中的用途，该药物用于治疗通过调节dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atnl的表达而改善的疾病或病症。
在一些实施例中，转录调节剂分子为具有第一末端、第二末端和寡聚骨架的化合物，其中：a)该第一末端包含能够与核苷酸重复序列CAG或CTG非共价结合的DNA结合部分；b)该第二末端包含与调控分子结合的蛋白质结合部分，该调控分子调节包含核苷酸重复序列CAG或CTG的基因的表达；c)该寡聚骨架包含介于该第一末端与该第二末端之间的接头。在一些实施例中，该第二末端不是Brd4结合部分。在一些实施例中，该核苷酸为CAG。在一些实施例中，该核苷酸为CTG。
在一些实施例中，该化合物具有式(I)的结构：
X-L-Y
式(I)
或其盐，其中：
X包含、为能够与细胞核内的调控部分非共价结合的募集部分；
Y包含能够与三核苷酸重复序列CAG或CTG的一个或多个拷贝非共价结合的DNA识别部分；并且
L为接头部分。
在一些实施例中，该调控分子为多梳基团(PcG)蛋白。在某些实施例中，该调控分子为多梳抑制复合物(PRC)。在一些实施例中，该调控分子为多梳抑制复合物1或多梳抑制复合物2，分别为PRC1和PRC2。在一些实施例中，该调控分子为选自以下的多梳旁系同源物：CBX2、CBX4、CBX6、CBX7和CBX8。
在一些实施例中，第一末端为Y，且第二末端为X，并且寡聚骨架为L。
在一些实施例中，该化合物具有式(II)的结构：
X-L-(Y1-Y2-Y3)n-Y0
式(II)
或其盐，其中：
X包含能够与细胞核内的调控分子非共价结合的募集部分；
L为接头部分；
Y1、Y2和Y3为内部次单元，每个次单元包含选自杂环状环或C1-6直链脂族链段的部分，并且每个次单元化学连接至两个相邻次单元；
Y0为末端次单元，其包含选自杂环状环或直链脂族链段的部分，其化学连接至其单个邻域；
每个次单元均可与CAG或CTG重复序列中的单独核苷酸非共价结合；
n为1与15之间的整数(包括端值)；并且
(Y1-Y2-Y3)n-Y0结合以形成DNA识别部分，该部分能够与三核苷酸序列CAG或CTG的一个或多个拷贝非共价结合。
在一些实施例中，结构式II化合物包含针对CAG或CTG重复序列中每个单独核苷酸的次单元。在某些实施例中，结构式(II)化合物包含针对CAG序列中每个单独核苷酸的次单元。在某些实施例中，结构式II化合物包含针对CTG重复序列中每个单独核苷酸的次单元。
在一些实施例中，每个内部次单元具有氨基(-NH-)基团和羧基(-CO-)基团。
在某些实施例中，结构式(II)化合物包含介于每对内部次单元之间的酰胺(-NHCO-)键。
在一些实施例中，结构式(II)化合物包含介于L与最左侧内部次单元之间的酰胺(-NHCO-)键。
在一些实施例中，结构式(II)化合物包含介于最右侧内部次单元与末端次单元之间的酰胺键。
在某些实施例中，每个次单元包含独立地选自杂环和脂族链的部分。
在一些实施例中，该杂环为单环状杂环。在某些实施例中，该杂环为单环状5元杂环。在某些实施例中，每个杂环含有独立地选自N、O或S的杂原子。在某些实施例中，每个杂环独立地选自吡咯、咪唑、三唑、噁唑、噻吩和呋喃。
在一些实施例中，该脂族链为C1-6直链脂族链。在某些实施例中，该脂族链具有结构式-(CH2)m-，其中m选自1、2、3、4和5。在某些实施例中，该脂族链为-CH2CH2-。
在一些实施例中，每个次单元包含独立地选自以下的部分：
-NH-亚苯并吡嗪基-CO-、-NH-亚苯基-CO-、-NH-亚吡啶基-CO-、-NH-亚哌啶基-CO-、-NH-亚嘧啶基-CO-、-NH-亚蒽基-CO-、-NH-亚喹啉基-CO-和/>其中Z为H、NH2、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6烷基-NH2。
在一些实施例中，Py为Im为/>Hp为Th为/>Pz为/>Nt为/>Tn为Nh为/>iNt为/>iIm为/>HpBi为/>ImBi为/>PyBi为Dp为/>-NH-亚苯并吡嗪基-CO-为-NH-亚苯基-CO-为/>-NH-亚吡啶基-CO-为-NH-亚哌啶基-CO-为/>-NH-亚吡嗪基-CO-为-NH-亚蒽基-CO-为/>并且-NH-亚喹啉基-CO-为在一些实施例中，Py为/>Im为/>Hp为Th为/>Pz为/>Nt为/>Tn为Nh为/>iNt为/>并且iIm为/>
在一些实施例中，n为1与5之间的整数(包括端值)。
在一些实施例中，n为1与3之间的整数(包括端值)。
在一些实施例中，n为1与2之间的整数(包括端值)。
在一些实施例中，n为1。
在一些实施例中，L包含C1-C6直链脂族链段。
在一些实施例中，L包括(CH2OCH2)m；并且m为1至20之间的整数(包括端值)。在某些进一步的实施例中，m为1至10之间的整数(包括端值)。在某些进一步的实施例中，m为1至5之间的整数(包括端值)。
在一些实施例中，该化合物具有式(III)的结构：
X-L-(Y1-Y2-Y3)-(W-Y1-Y2-Y3)n-Y0
式(III)
或其盐，其中：
X包含能够与细胞核内的调控分子非共价结合的募集部分；
L为接头部分；
Y1、Y2和Y3为内部次单元，每个次单元包含选自杂环状环或C1-6直链脂族链段的部分，并且每个次单元化学连接至两个相邻次单元；
Y0为末端次单元，其包含选自杂环状环或直链脂族链段的部分，其化学连接至其单个邻域；
每个次单元均可与CAG或CTG重复序列中的单独核苷酸非共价结合；
W为间隔子；
n为1与10之间的整数(包括端值)；并且
(Y1-Y2-Y3)-(W-Y1-Y2-Y3)n-Y0组合以形成能够与三核苷酸重复序列CAG或CTG的一个或多个拷贝非共价结合的DNA识别部分。
在一些实施例中，Y1-Y2-Y3为：
在一些实施例中，Y1-Y2-Y3为Im-β-Py。
在一些实施例中，该化合物具有式(IV)的结构：
X-L-(Y1-Y2-Y3)-V-(Y4-Y5-Y6)-Y0
式(IV)
或其盐，其中：
X包含能够与细胞核内的调控分子非共价结合的募集部分；
Y1、Y2、Y3、Y4、Y5和Y6为内部次单元，每个次单元包含选自杂环状环或C1-6直链脂族链段的部分，并且每个次单元化学连接至两个相邻次单元；
Y0为末端次单元，其包含选自杂环状环或直链脂族链段的部分，其化学连接至其单个邻域；
每个次单元均可与CAG或CTG重复序列中的单独核苷酸非共价结合；
L为接头部分；
V为形成发夹转弯的转角组分；并且
(Y1-Y2-Y3)-V-(Y4-Y5-Y6)-Y0组合以形成能够与三核苷酸重复序列CAG或CTG的一个或多个拷贝非共价结合的DNA识别部分。
在一些实施例中，V为-HN-CH2CH2CH2-CO-。
在一些实施例中，该化合物具有式(Va)的结构：
或其盐，其中：
X包含能够与细胞核内的调控分子非共价结合的募集部分；
Y0为末端次单元，其包含选自杂环状环或直链脂族链段的部分，其化学连接至其单个邻域；并且
n为1与5之间的整数(包括端值)。
在一些实施例中，该化合物具有式(VI)的结构：
或其盐，其中：
X包含能够与细胞核内的调控分子非共价结合的募集部分；
Y0为末端次单元，其包含选自杂环状环或直链脂族链段的部分，其化学连接至其单个邻域；并且
n为1与5之间的整数(包括端值)。
在一些实施例中，该化合物具有式(VII)的结构：
或其盐，其中：
X包含能够与细胞核内的调控分子非共价结合的募集部分；并且
W为间隔子；
Y0为末端次单元，其包含选自杂环状环或直链脂族链段的部分，其化学连接至其单个邻域；并且
n为1与200之间的整数(包括端值)。
在一些实施例中，该化合物具有结构式(VII)：
W为-NHCH2-(CH2OCH2)p-CH2CO-；并且
p为1与4之间的整数(包括端值)
在一些实施例中，该化合物具有式(VIII)的结构：
或其盐，其中：
X包含能够与细胞核内的调控分子非共价结合的募集部分；
V为形成发夹转弯的转角组分；
Y0为末端次单元，其包含选自杂环状环或直链脂族链段的部分，其化学连接至其单个邻域；并且
n为1与200之间的整数(包括端值)。
在结构式(VIII)化合物的一些实施例中，V为-(CH2)q-NH-(CH2)q-；并且q为2与4之间的整数(包括端值)。
在一些实施例中，V为-(CH2)a-NR1-(CH2)b-、-(CH2)a-、-(CH2)a-O-(CH2)b-、–(CH2)a-CH(NHR1)-、–(CH2)a-CH(NHR1)-、–(CR2R3)a-或-(CH2)a-CH(NR1 3)+-(CH2)b-，其中每个a独立地为2与4之间的整数；R1为H、任选地取代的C1-6烷基、任选地取代的C3-10环烷基、任选地取代的C6-10芳基、任选地取代的4至10元杂环基或任选地取代的5至10元杂芳基；每个R2和R3独立地为H、卤素、OH、NHAc或C1-4烷基。在一些实施例中，R1为H。在一些实施例中，R1为任选地由1至3个选自-C(O)-苯基的取代基取代的C1-6烷基。在一些实施例中，V为–(CR2R3)-(CH2)a-或–(CH2)a-(CR2R3)-(CH2)b-，其中每个a独立地为1至3，b为0至3，并且每个R2和R3独立地为H、卤素、OH、NHAc或C1-4烷基。在一些实施例中，V为-(CH2)-CH(NH3)+-(CH2)-或-(CH2)-CH2CH(NH3)+-。
一方面，本公开的化合物与dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttpk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的CAG或CTG结合，并且将调控部分募集到邻近dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1。由于其在基因附近，调控部分将更有可能调节dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttpk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达。
还提供实施例，其中上文公开的任何化合物，包括式(I)至(VIII)化合物，经单个、部分地或完全氘化。用于完成氘交换氢的方法为本领域中已知的。
还提供实施例，其中上文任何实施例可与这些实施例中的任何一个或多个组合，条件是该组合不相互排斥。
如本文所用，当一个实施例被定义为与另一个不同的事物时，两个实施例为“相互排斥”。例如，其中两个基团结合以形成环烷基的实施例与其中一个基团为乙基且另一个基团为氢的实施例相互排斥。类似地，其中一个基团为CH2的实施例与其中相同基团为NH的实施例相互排斥。
一方面，本公开的化合物与dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttpk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的CAG或CTG结合，并且将调控部分募集到邻近dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1。由于其在基因附近，调控部分将更有可能调节dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达。
在一些实施例中，本文所述的分子与atxn1、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar和atn1的CAG结合。在一些实施例中，本文所述的分子与编码TCF4的基因的CAG结合。在一些实施例中，本公开的分子与dmpk的CTG结合。在一些实施例中，本公开的分子与TCF4基因的CAG结合。
一方面，本公开的分子提供用于单个聚酰胺次单元与CAG或CTG重复序列中的每个碱基对相互作用的聚酰胺序列。一方面，本公开的分子提供转角组分V，以使得分子能够与CAG或CTG进行发夹结合，其中每个核苷酸对与聚酰胺的两个次单元相互作用。
一方面，本公开的分子提供聚酰胺序列的多于一个拷贝用于与CAG或CTG非共价结合。一方面，本公开的分子以比包含单个聚酰胺序列的相应分子大的亲和力与dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1结合。
一方面，本公开的分子提供聚酰胺序列的多于一个拷贝用于与CAT或CTG非共价结合，并且该分子中的单独聚酰胺序列通过间隔子W连接，如上文所定义。间隔子W允许该分子根据需要调整其几何形状，以减轻几何应变，否则会影响较长聚酰胺序列的非共价结合。
第一末端DNA结合部分
第一末端与基因相互作用并结合，特别是与CAG或CTG序列的小沟相互作用并结合。一方面，本公开的分子提供用于单个聚酰胺次单元与CAG或CTG重复序列中的每个碱基对相互作用的聚酰胺序列。一方面，本公开的分子提供转角组分(例如，脂族氨基酸部分)，以使得分子能够与CAG或CTG进行发夹结合，其中每个核苷酸对与聚酰胺的两个次单元相互作用。
一方面，本公开的分子提供聚酰胺序列的多于一个拷贝用于与CAG或CTG非共价结合。一方面，本公开的分子以比包含单个聚酰胺序列的相应分子大的亲和力与dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1结合。一方面，本公开的分子以比包含单个聚酰胺序列的相应分子大的亲和力与dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1结合。
一方面，本公开的分子提供聚酰胺序列的多于一个拷贝用于与CAG或CTG非共价结合，并且该分子中的单独聚酰胺序列通过间隔子W连接，如上文所定义。间隔子W允许该分子根据需要调整其几何形状，以减轻几何应变，否则会影响较长聚酰胺序列的非共价结合。
在一些实施例中，该DNA识别或结合部分结合在DNA的小沟中。
在一些实施例中，该DNA识别或结合部分包含单体的聚合序列，其中聚合物中的每个单体与特定DNA碱基对选择性地结合。
在一些实施例中，该DNA识别或结合部分包含聚酰胺部分。
在某些实施例中，该DNA识别或结合部分包含含有杂芳族单体的聚酰胺部分，其中每个杂芳族单体与特定核苷酸非共价结合，并且每个杂芳族单体通过酰胺键附接至其一个或多个邻域。
在一些实施例中，该DNA识别部分与包含至少1000个核苷酸重复的序列结合。在某些实施例中，该DNA识别部分与包含至少500个核苷酸重复的序列结合。在某些实施例中，该DNA识别部分与包含至少200个核苷酸重复的序列结合。在某些实施例中，该DNA识别部分与包含至少100个核苷酸重复的序列结合。在某些实施例中，该DNA识别部分与包含至少50个核苷酸重复的序列结合。在某些实施例中，该DNA识别部分与包含至少20个核苷酸重复的序列结合。
在某些实施例中，每个次单元包含独立地选自杂环和脂族链的部分。
在某些实施例中，该杂环为单环状杂环。在某些实施例中，该杂环为单环状5元杂环。在某些实施例中，每个杂环含有独立地选自N、O或S的杂原子。在某些实施例中，每个杂环独立地选自吡咯、咪唑、噻唑、噁唑、噻吩和呋喃。
在某些实施例中，该脂族链为C1-6直链脂族链。在某些实施例中，该脂族链具有结构式-(CH2)m-，其中m选自1、2、3、4和5。在某些实施例中，该脂族链为-CH2CH2-。
在一些实施例中，第一末端包含-NH-Q-C(O)-，其中Q为任选地取代的C6-10亚芳基基团、任选地取代的4至10元亚杂环基、任选地取代的5至10元亚杂芳基基团或任选地取代的亚烷基基团。在一些实施例中，Q为任选地取代的C6-10亚芳基基团或任选地取代的5至10元亚杂芳基基团。在一些实施例中，Q为任选地取代的5至10元亚杂芳基基团。在一些实施例中，该5至10元亚杂芳基基团任选地经选自以下的1至4个取代基取代的：H、OH、卤素、C1-10烷基、NO2、CN、NR'R”、C1-6卤代烷基、C1-6烷氧基、C1-6卤代烷氧基、(C1-6烷氧基)C1-6烷氧基、C2-10烯基、C2-10炔基、C3-7碳环基、4至10元杂环基、C6-10芳基、5至10元杂芳基、(C3-7碳环基)C1-6烷基、(4至10元杂环基)C1-6烷基、(C6-10芳基)C1-6烷基、(C6-10芳基)C1-6烷氧基、(5至10元杂芳基)C1-6烷基、(C3-7碳环基)-胺、(4至10元杂环基)胺、(C6-10芳基)胺、(5至10元杂芳基)胺、酰基、C-羧基、O-羧基、C-酰胺基、N-酰胺基、S-磺酰胺基、N-磺酰胺基、-SR'、COOH或CONR'R”；其中每个R'和R”独立地为H、C1-10烷基、C1-10卤氨基、C1-10烷氧基。
在一些实施例中，第一末端包含经选择以对应于核苷酸重复序列CAG或CTG的至少三个芳族甲酰胺部分和选自由甘氨酸、β-丙氨酸、γ-氨基丁酸、2,4-二氨基丁酸和5-氨基戊酸组成的组的至少一个脂族氨基酸残基。在一些实施例中，第一末端包含至少一个β-丙氨酸次单元。
在一些实施例中，单体元件独立地选自由以下项组成的组：任选地取代的吡咯甲酰胺单体、任选地取代的咪唑甲酰胺单体、任选地取代的C-C连接的杂单环状/杂双环状部分和β-丙氨酸。在一些实施例中，第一末端包含选自由以下项组成的组的一个或多个次单元：任选地取代的N-甲基吡咯、任选地取代的N-甲基咪唑和β-丙氨酸(β)。
所选择的聚酰胺的形式可以基于靶基因而变化。第一末端可包括选自由以下项组成的组的聚酰胺：线性聚酰胺、发夹聚酰胺、H型夹(H-pin)聚酰胺、重叠聚酰胺、滑动聚酰胺、环状聚酰胺、串联聚酰胺和延伸聚酰胺。在一些实施例中，第一末端包括线性聚酰胺。在一些实施例中，第一末端包括发夹聚酰胺。
聚酰胺与靶基因之间的结合亲和力可以基于聚酰胺的组成进行调整。在一些实施例中，聚酰胺能够以小于约600nM、约500nM、约400nM、约300nM、约250nM、约200nM、约150nM、约100nM或约50nM的亲和力结合DNA。在一些实施例中，聚酰胺能够以小于约300nM的亲和力结合DNA。在一些实施例中，聚酰胺能够以小于约200nM的亲和力结合DNA。在一些实施例中，聚酰胺能够以大于约200nM、约150nM、约100nM、约50nM、约10nM或约1nM的亲和力结合DNA。在一些实施例中，聚酰胺能够以约1至600nM、10至500nM、20至500nM、50至400nM或100至300nM范围内的亲和力结合DNA。
聚酰胺与靶DNA之间的结合亲和力可以使用定量足迹滴定实验来确定。该实验包括在24℃或37℃测量聚酰胺对于靶序列的解离常数Kd，并使用标准聚酰胺测定法溶液条件或近似的细胞内溶液条件。
调控蛋白与第二末端上的配体之间的结合亲和力可以使用适合于特定蛋白的测定来确定。该实验涉及测量该配体对于蛋白质的解离常数Kd，并使用标准蛋白质测定溶液条件或近似的细胞内溶液条件。
在一些实施例中，第一末端包含式(A-1)的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
–L1a-[A-M]p1-L2a-[M-A]q1-E1
式(A-1)，
其中：
L1a为键、C1-6亚烷基、-NH-C0-6亚烷基-C(O)-、-N(CH3)-C0-6亚烷基或-O-C0-6亚烷基；
L2a为键、C1-6亚烷基、-NH-C0-6亚烷基-C(O)-、-N(CH3)-C0-6亚烷基、-O-C0-6亚烷基、-(CH2)a1-NRa-(CH2)b1-、-(CH2)a-、-(CH2)a1-O-(CH2)b1-、–(CH2)a1-CH(NHRa)-、–(CH2)a1-CH(NHRa)-或-(CH2)a1-CH(NRaRb)-(CH2)b1-；
a1和b1各自独立地为2与4之间的整数；
每个Ra和Rb独立地选自H、任选地取代的C1-6烷基、任选地取代的C3-10环烷基、任选地取代的C6-10芳基、任选地取代的4至10元杂环基和任选地取代的5至10元杂芳基；
每个[A-M]出现p1次，并且p1为1至10之间的整数；
每个[M-A]出现q1次，并且q1为1至10之间的整数；
每个A选自键、C1-10亚烷基、任选地取代的C6-10亚芳基基团、任选地取代的4至10元亚杂环基、任选地取代的5至10元亚杂芳基基团、-C1-10亚烷基-C(O)-、-C1-10亚烷基-NRa-、—CO—、—NRa—、—CONRa—、—CONRaC1-4亚烷基—、—NRaCO-C1-4亚烷基—、—C(O)O—、—O—、—S—、—C(＝S)-NH—、—C(O)-NH-NH—、—C(O)-N＝N—、—C(O)-CH＝CH—、(CH2)0-4-CH＝CH-(CH2)0-4、-N(CH3)-C1-6亚烷基、-NH-C1-6亚烷基-NH-、-O-C1-6亚烷基-O-、-NH-N＝N-、-NH-C(O)-NH-，和它们的任意组合物，并且至少一个A为-CONH-；
每个[A-M]和[M-A]单元中的每个M独立地为任选地取代的C6-10亚芳基基团、任选地取代的4至10元亚杂环基、任选地取代的5至10元亚杂芳基基团或任选地取代的亚烷基；并且
E1选自由以下项组成的组：任选地取代的C6-10芳基、任选地取代的4至10元杂环基、任选地取代的5至10元杂芳基、任选地取代的C1-6烷基、C0-4亚烷基-NHC(＝NH)NH、-CN、-C0-4亚烷基-C(＝NH)(NRaR2)、-C0-4亚烷基-C(＝N+H2)(NRaRb)C1-5亚烷基-NRaRb、C0-4亚烷基-NHC(＝NH)Ra和任选地取代的胺。
在某些实施例中，整数p1和q1为2≦p1+q1≦20。
在式(A-1)的一些实施例中，每个A独立地为键、C1-6亚烷基、任选地取代的亚苯基、任选地取代的亚噻吩基、任选地取代的亚呋喃基、-C1-10亚烷基-C(O)-、-C1-10亚烷基-NH-、—CO—、—NRa—、—CONRa—、—CONRaC1-4亚烷基—、—NRaCO-C1-4亚烷基—、—C(O)O—、—O—、—S—、—S(O)—、—S(O)2—、—C(＝S)-NH—、—C(O)-NH-NH—、—C(O)-N＝N—、—C(O)-CH＝CH—、-CH＝CH-、-NH-N＝N-、-NH-C(O)-NH-、-N(CH3)-C1-6亚烷基和-NH-C1-6亚烷基-NH-、-O-C1-6亚烷基-O-以及任选地取代的5至10元亚杂芳基基团的任何组合。在式(A-1)的一些实施例中，L1a为键。在式(A-1)的一些实施例中，L1a为C1-6亚烷基。在式(A-1)的一些实施例中，L1a为-NH-C1-6亚烷基-C(O)-。在式(A-1)的一些实施例中，L1a为-N(CH3)-C1-6亚烷基-。在一些实施例中，在式(A-1)中，L1a为-O-C0-6亚烷基-。
在一些实施例中，L3a为键。在一些实施例中，L3a为C1-6亚烷基。在一些实施例中，L3a为-NH-C1-6亚烷基-C(O)-。在一些实施例中，L3a为-N(CH3)-C1-6亚烷基-C(O)-。在一些实施例中，L3a为-O-C0-6亚烷基。在一些实施例中，L3a为-(CH2)a-NRa-(CH2)b-。在一些实施例中，L3a为-(CH2)a-O-(CH2)b-。在一些实施例中，L3a为–(CH2)a-CH(NHRa)-。在一些实施例中，L3a为–(CH2)a-CH(NHRa)-。在一些实施例中，L3a为–(CR1aR1b)a-。在一些实施例中，L3a为-(CH2)a-CH(NRaRb)-(CH2)b-。
在式(A-1)的一些实施例中，至少一个A为NH且至少一个A为C(O)。在式(A-1)的一些实施例中，至少两个A为NH且至少两个A为C(O)。
在一些实施例中，当M为双环状环时，A为键。在一些实施例中，至少一个A为任选地经一个或多个烷基取代的亚苯基。在一些实施例中，至少一个A为任选地经一个或多个烷基取代的亚噻吩基。在一些实施例中，至少一个A为任选地经一个或多个烷基取代的亚呋喃基。在一些实施例中，至少一个A为(CH2)0-4-CH＝CH-(CH2)0-4，优选地-CH＝CH-。在一些实施例中，至少一个A为-NH-N＝N-。在一些实施例中，至少一个A为-NH-C(O)-NH-。在一些实施例中，至少一个A为-N(CH3)-C1-6亚烷基。在一些实施例中，至少一个A为在一些实施例中，至少一个A为-NH-C1-6亚烷基-NH-。在一些实施例中，至少一个A为-O-C1-6亚烷基-O-。
在一些实施例中，一个A为具有至少一个氮的5至10元杂芳基，任选地经C1-6烷基取代。
在一些实施例中，式(A-1)的[A-M]中的每个M为C6-10亚芳基基团、4至10元亚杂芳基、任选地取代的5至10元亚杂芳基基团或C1-6亚烷基；每个任选地由选自以下的1至3个取代基取代：H、OH、卤素、C1-10烷基、NO2、CN、NRaRb、C1-6卤代烷基、-C1-6烷氧基、C1-6卤代烷氧基、(C1-6烷氧基)C1-6烷基、C2-10烯基、C2-10炔基、C3-7碳环基、44至10元杂环基、C6-10芳基、5至10元杂芳基、-(C3-7碳环基)C1-6烷基、(4至10元杂环基)C1-6烷基、(C6-10芳基)C1-6烷基、(C6-10芳基)C1-6烷氧基、(5至10元杂芳基)C1-6烷基、-(C3-7碳环基)-胺、(4至10元杂环基)胺、(C6-10芳基)胺、(5至10元杂芳基)胺、酰基、C-羧基、O-羧基、C-酰胺基、N-酰胺基、S-磺酰胺基、N-磺酰胺基、-SR'、COOH或CONRaRb；其中每个Ra和Rb独立地为H、C1-10烷基、C1-10卤代烷基、-C1-10烷氧基。在一些实施例中，式(A-1)的[A-M]中的每个M为含有选自O、S和N的至少一个杂原子的5至10元亚杂芳基或C1-6亚烷基，并且该亚杂芳基或该C1-6亚烷基任选地经选自以下的1至3个取代基取代的：OH、卤素、C1-10烷基、NO2、CN、NRaRb、C1-6卤代烷基、-C1-6烷氧基、C1-6卤代烷氧基、C3-7碳环基、4至10元杂环基、C6-10芳基、5至10元杂芳基、-SR'、COOH或CONRaRb；其中每个Ra和Rb独立地为H、C1-10烷基、C1-10卤代烷基、-C1-10烷氧基。在一些实施例中，式(A-1)的[A-R]中的每个R为含有至少一个选自O、S和N的杂原子的5至10元亚杂芳基，并且亚杂芳基任选地经选自以下的1至3个取代基取代的：OH、C1-6烷基、卤素和C1-6烷氧基。
在式(A-1)的一些实施例中，至少一个M为具有选自O、N、S的至少一个杂原子并且任选地经一个或多个C1-10烷基取代的5元亚杂芳基。在一些实施例中，至少一个M为任选地经一个或多个C1-10烷基取代的吡咯。在一些实施例中，至少一个M为任选地经一个或多个C1-10烷基取代的咪唑。在式(A-1)的一些实施例中，至少一个M为任选地经一个或多个C1-10烷基取代的C2-6亚烷基。在一些实施例中，至少一个M为任选地经一个或多个C1-10烷基取代的吡咯。在式(A-1)的一些实施例中，至少一个M为双环状亚杂芳基或亚芳基。在一些实施例中，至少一个M为任选地经一个或多个C1-10烷基取代的亚苯基。在一些实施例中，至少一个M为任选地经一个或多个C1-10烷基取代的苯并咪唑
在一些实施例中，M为5至10元杂芳基环。在一些实施例中，M为单环状杂芳基环并且与M相邻的至少一个A为键。
在式(A-1)的一些实施例中，每个E1独立地包含任选地取代的含噻吩部分、任选地取代的含吡咯部分、任选地取代的含咪唑部分或任选地取代的胺。
在式(A-1)的一些实施例中，每个E1独立地包含选自由以下项组成的组的部分：任选地取代的N-甲基吡咯、任选地取代的N-甲基咪唑、任选地取代的苯并咪唑部分和任选地取代的3-(二甲基氨基)丙酰胺基。在某些实施例中，每个E1独立地包含噻吩、苯并噻吩、C-C连接的苯并咪唑/含噻吩部分或C-C连接的羟基苯并咪唑/含噻吩部分。在式(A-1)的一些实施例中，每个E1还独立地包含NH或CO基团。
在式(A-1)的一些实施例中，每个E1独立地包含选自由以下项组成的组的部分：间苯二甲酸；邻苯二甲酸；对苯二甲酸；吗啉；N,N-二甲基苯甲酰胺；N,N-双(三氟甲基)苯甲酰胺；氟苯；(三氟甲基)苯；硝基苯；乙酸苯酯；2,2,2-三氟乙酸苯酯；磷酸二氢苯酯；2H-吡喃；2H-噻喃；苯甲酸；异烟酸；和烟酸；其中任何候选端基中的一个、两个或三个环成员可独立地经C、N、S或O取代；并且其中与该环结合的氢中的任何一个、两个、三个、四个或五个可以经R3a取代，其中R5可以独立地选自H、OH、卤素、C1-10烷基、NO2、NH2、C1-10卤代烷基、-OC1-10卤代烷基、COOH和CONR1cR1d；其中每个R1c和R1d独立地为H、C1-10烷基、C1-10卤代烷基或-C1-10烷氧基。
在一些实施例中，第一末端包含式(A-2')的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中：
每个X1、X2、X3、X4、X5、X6和X7独立地为O、S或NR1D；
每个Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6和Y7独立地为CH或N；
W1为氢、任选地取代的5至10元杂芳基、C1-C6烷基、-C(O)-NR1ER1F、-NR1E-C(O)-NR1ER1F；
W2为氢、任选地取代的5至10元杂芳基、C1-C6烷基或-C(O)-NR1ER1F；
m1为0、1、2或3；
n1为0、1、2或3；
p1为1、2、3或4。
每个R1D和R1E独立地为氢或任选地取代的C1-C6烷基；
R1F为氢、任选地取代的C1-C10烷基、C1-C10杂烷基、PEG1-20或一个或多个AA，其中AA为选自β-丙氨酸、赖氨酸和精氨酸的一种或多种氨基酸；并且
R1H为氢、氨基、氰基、或任选地取代的C1-C10烷基、C1-C10杂烷基。
在一些实施例中，第一末端通过W1连接至接头。
在一些实施例中，W2为-C(O)-NR1ER1F。在一些实施例中，W2为-C(O)NH2。在一些实施例中，W2为-C(O)-β-丙氨酸。
在一些实施例中，W2提供附接至接头部分的位点。在一些实施例中，W2为-C(O)NH-(CH2)2-C(O)-**，其中该接头部分在**处附接。在一些实施例中，W2为-C(O)NH-**，其中该接头部分在**处附接。在一些实施例中，W2为-C(O)-**，其中该接头部分在**处附接。
在一些实施例中，第一末端包含式(A-2)的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中：
每个X1、X2、X3、X4、X5、X6和X7独立地为O、S或NR1D；
每个Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6和Y7独立地为CH或N；
W1为氢、任选地取代的5至10元杂芳基、C1-C6烷基、-C(O)-NR1ER1F、-NR1E-C(O)-NR1ER1F；
m1为0、1、2或3；
n1为0、1、2或3；
p1为1、2、3或4。
每个R1D和R1E独立地为氢或任选地取代的C1-C6烷基；并且
R1F为氢、任选地取代的C1-C10烷基、C1-C10杂烷基、PEG1-20或一个或多个AA，其中AA为选自β-丙氨酸、赖氨酸和精氨酸的一种或多种氨基酸。
在一些实施例中，每个X1、X2、X3、X4、X5、X6和X7独立地为-NR1D，其中R1D为C1-C6烷基。在一些实施例中，每个X1、X2、X3、X4、X5、X6和X7独立地为-NCH3。在一些实施例中，R1D为支链或直链C1-C6烷基。
在一些实施例中，m1为0或1，并且n1为0或1。
在一些实施例中，p1为2或3。
在一些实施例中，W1为氢。
在一些实施例中，W1为-C(O)-NR1ER1F，其中R1D和R1E独立地为氢或C1-C6烷基或任选地取代的5至10元杂芳基。在一些实施例中，W1为-C(O)-吡唑或-C(O)-咪唑。
在一些实施例中，W1为在一些实施例中，W1为/>在一些实施例中，W1为氢。
在一些实施例中，第一末端包含式(A-3)的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第一末端包含式(A-4)的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第一末端包含式(A-5)的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第一末端不是：
本文所述分子中的第一末端对具有CAG或CTG的多个重复序列的序列具有高结合亲和力，并且优先与靶核苷酸重复序列结合而不是与其他核苷酸重复序列或其他核苷酸序列结合。在一些实施例中，第一末端对具有CAG或CTG的多个重复序列的序列具有比对具有CGG重复序列的序列更高的结合亲和力。在一些实施例中，第一末端对具有CAG或CTG的多个重复序列的序列具有比对具有CCG重复序列的序列更高的结合亲和力。在一些实施例中，第一末端对具有CAG或CTG的多个重复序列的序列具有比对具有CCTG重复序列的序列更高的结合亲和力。在一些实施例中，第一末端对具有CAG或CTG的多个重复序列的序列具有比对具有TGGAA重复序列的序列更高的结合亲和力。在一些实施例中，第一末端对具有CAG或CTG的多个重复序列的序列具有比对具有GGGGCC重复序列的序列更高的结合亲和力。在一些实施例中，第一末端对具有CAG或CTG的多个重复序列的序列具有比对具有GAA重复序列的序列更高的结合亲和力。
由于第一末端与靶核苷酸重复序列之间的优先结合，本文所述的转录调节剂分子变得定位在具有CAG或CTG的多个重复序列的区域周围。在一些实施例中，第一末端或本文所述分子的局部浓度在具有CAG或CTG的多个重复序列的序列附近比在具有CGG重复序列的序列附近更高。在一些实施例中，第一末端或本文所述分子的局部浓度在具有CAG或CTG的多个重复序列的序列附近比在具有CCG重复序列的序列附近更高。在一些实施例中，第一末端或本文所述分子的局部浓度在具有CAG或CTG的多个重复序列的序列附近比在具有CCTG重复序列的序列附近更高。在一些实施例中，第一末端或本文所述分子的局部浓度在具有CAG或CTG的多个重复序列的序列附近比在具有TGGAA重复序列的序列附近更高。在一些实施例中，第一末端或本文所述分子的局部浓度在具有CAG或CTG的多个重复序列的序列附近比在具有GGGGCC重复序列的序列附近更高。在一些实施例中，第一末端或本文所述分子的局部浓度在具有CAG或CTG的多个重复序列的序列附近比在具有GAA重复序列的序列附近更高。
一方面，由于与dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1相关联的大量CAG或CTG重复序列，本公开的分子优先与dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的重复CAG或CTG结合而不是与受试者DNA中别处的CAG或CTG结合。一方面，由于与dmpk相关联的大量CTG重复序列，与受试者DNA中别处的CTG相比，本公开的分子更可能与dmpk的重复CTG结合。一方面，由于与atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1相关联的大量CAG重复序列，与受试者DNA中别处的CAG相比，本公开的分子更可能与atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的重复CAG结合。一方面，由于与atxn8或atxn80s相关联的大量CTG重复序列，与受试者DNA中别处的CTG相比，本公开的分子更可能与atxn8或atxn80s的重复CTG结合。一方面，由于与TCF4相关联的大量CAG重复序列，与受试者DNA中别处的CAG相比，本公开的分子更可能与TCF4基因的重复CAG结合。一方面，由于与TTBK2相关联的大量CAG重复序列，与受试者DNA中别处的CAG相比，本公开的分子更可能与TTBK2基因的重复CAG结合。
第一末端定位于具有CAG或CTG的多个重复序列的序列，并优先与靶核苷酸重复序列结合而不是与其他核苷酸重复结合。在一些实施例中，该序列具有CAG或CTG的至少2、3、4、5、8、10、12、15、20、25、30、40、50、100、200、300、400或500个重复序列。在某些实施例中，该序列包含CAG或CTG的至少1000个核苷酸重复序列。在某些实施例中，该序列包含CAG或CTG的至少500个核苷酸重复序列。在某些实施例中，该序列包含CAG或CTG的至少200个核苷酸重复序列。在某些实施例中，该序列包含CAG或CTG的至少100个核苷酸重复序列。在某些实施例中，该序列包含CAG或CTG的至少50个核苷酸重复序列。在某些实施例中，该序列包含CAG或CTG的至少20个核苷酸重复序列。
由预先选择的次单元组合组成的聚酰胺可以选择性地与小沟中的DNA结合。在它们的发夹结构中，两个芳族氨基酸的反平行并排配对与DNA序列结合，其中聚酰胺环专门针对每个DNA碱基包装。N-甲基吡咯(Py)偏爱T、A和C碱基，不包括G；N-甲基咪唑(Im)为G-读取剂；3-羟基-N-甲基吡咯(Hp)对胸腺嘧啶碱基具有特异性。可以使用下表1A和1B中所示的配对原则，使用氨基酸次单元的不同配对来识别核苷酸碱基对。例如，Im/Py配对通过对称读出G·C，Py/Im配对读出C·G，Hp/Py配对可以区分T·A与A·T、G·C与C·G，并且Py/Py配对非特异性地将A·T和T·A与G·C和C·G区分开来。
在一些实施例中，第一末端包含对应于核苷酸G的Im；对应于核苷酸对G的Im或Nt；对应于核苷酸C的Py，其中Im为N-烷基咪唑，Py为N-烷基吡咯，Hp为3-羟基N-甲基吡咯；和β-丙氨酸。在一些实施例中，第一末端包含Im/Py以对应于核苷酸对G/C、Py/Im以对应于核苷酸对C/G，并且其中Im为N-烷基咪唑(例如，N-甲基咪唑)，Py为N-烷基吡咯(例如，N-甲基吡咯)，并且Hp为3-羟基N-甲基吡咯。
表1A.单个氨基酸亚基的碱基配对(有利(+)，不利(-)
/>
/>
*HpBi、ImBi和PyBi次单元充当两个单体次单元的结合物并与两个核苷酸结合。HpBi、ImBi和PyBi的结合特性分别对应于Hp-Py、Im-Py和Py-Py。
表1B.针对发夹聚酰胺的碱基配对
/>
聚酰胺的单体次单元可以基于表1A和表1B中所示的配对原则串在一起。聚酰胺的单体次单元可以基于表1C和表1D中所示的配对原则串在一起。
表1C示出可以与特定核苷酸结合的单体次单元的实例。第一末端可包括所述具有串在一起的数个单体次单元的聚酰胺，其中单体次单元选自每一行。例如，聚酰胺可包括与CAG结合的Py-Py-Im，其中Py选自C列，Py选自A列，并且Im选自第一个G列。聚酰胺可以是CAGCAG次单元的任意组合，其中次单元选自表1C中的每一列，其中该次单元按照CAG结合顺序串在一起。在另一实例中，聚酰胺可以包括与CTG结合的Py-β-Im，其中Py选自C列，β来自T列，并且Im来自G列。
此外，聚酰胺还可以包括这五种次单元的部分集或多个集，诸如三个次单元的1.5、2、2.5、3、3.5或4个集。聚酰胺可包括3、4、5、6、7、8、9、10、12、14和16个单体次单元。该多个集可以通过W接合在一起。除了五个次单元或十个次单元之外，聚酰胺还可以包括可以连接该五个次单元的多个集的1至4个另外的次单元。
聚酰胺可包括与CAG或CTG的2、3、4或5个核苷酸结合的单体次单元。例如，聚酰胺可以与CA、CAG、AGC、CAGC、CAGCA、CAGCAG结合。聚酰胺可包括与CAG重复序列的3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸结合的单体次单元。例如，聚酰胺可以与CT、CTG、TGC、CTGC、CTGCT、CTGCTG、CTGCTGC结合。聚酰胺可包括与CTG重复序列的3、4、5、6、7、8、9或10个核苷酸结合的单体次单元。核苷酸可以通过W接合。
当定位为末端单元时，单体次单元在末端处不具有胺、羰基或羧酸基团。末端的胺或羧酸基团被氢替代。例如，当Py用作末端单元时被理解为具有(例如，)的结构；并且当Im定位为末端单元时被理解为具有/>(例如，)的结构。另外，当使用Py或Im作为末端单元时，Py和Im可以分别被PyT(例如，/>)和/>(例如，/>)替代。
线性聚酰胺可具有非限制性实例，包括但不限于Py-Py-Im-Py-Py-Im-Py-Py-Im、β-Im-Py-β-Im-Py-β-Im、Im-Py-Py-Im-Py-Py-Im，Im-Py-Py-Im-Py-β，β-Im-Py-Py-Im-Py-β，Py-Py-Im-β-β-Im-Py-Py-Im和它们的任何组合。
表1C.与CAG或CTG结合的线性聚酰胺中单体次单元的实例。
DNA结合部分还可以包括发夹聚酰胺，其具有基于表1B中所示的配对原则串在一起的次单元。表1D示出与核苷酸对选择性地结合的单体次单元对的一些实例。发夹聚酰胺可包括2n个单体次单元(n为2至8范围内的整数)，聚酰胺还包括位于单体次单元中心的W。W可以是-(CH2)a-NR1-(CH2)b-、-(CH2)a-、-(CH2)a-O-(CH2)b-、–(CH2)a-CH(NHR1)-、–(CH2)a-CH(NHR1)-、–(CR2R3)a-或-(CH2)a-CH(NR1 3)+-(CH2)b-，其中每个a独立地为2与4之间的整数；R1为H、任选地取代的C1-6烷基、任选地取代的C3-10环烷基、任选地取代的C6-10芳基、任选地取代的4至10元杂环基或任选地取代的5至10元杂芳基；每个R2和R3独立地为H、卤素、OH、NHAc或C1-4烷基。在一些实施例中，W为-(CH2)-CH(NH3)+-(CH2)-或-(CH2)-CH2CH(NH3)+-。在一些实施例中，R1为H。在一些实施例中，R1为任选地由1至3个选自-C(O)-苯基的取代基取代的C1-6烷基。在一些实施例中，W为–(CR2R3)-(CH2)a-或–(CH2)a-(CR2R3)-(CH2)b-，其中每个a独立地为1至3，b为0至3，并且每个R2和R3独立地为H、卤素、OH、NHAc或C1-4烷基。W可以是表4中所示的脂族氨基酸残基，诸如gAB。W为gAB，它倾向于与T结合。
因为靶基因可以包括CAG或CTG的多个重复序列，所以次单元可以串在一起以结合一个或多个CAG或CTG重复序列中的至少两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个或十个核苷酸(例如，CAGCAG或CTGCTGCTG)。例如，聚酰胺可以通过与CAG或CTG的部分拷贝、完整拷贝或多个重复序列诸如CA、CAG、AGC、CAGC、CAGCA、CAGCAG、CT、CTG、TGC、CTGC、CTGCT、CTGCTG接合来与CAG或CTG重复序列结合。例如，聚酰胺可以包括Im-Im-Im-Im-β-β-W-Im-Im-β-Py-β-Py，其与GGGGCC及其在双链DNA上的互补核苷酸结合，其中Im/Py对与G·C结合，Im/β对与G·C结合，Im/Py对与G·C结合，Im/β与G·C结合，β/Im与C·G结合；并且β/Im与C·G结合。在一个实例中，Py-β-Im-β-W-Im-Py-Py-Im与CTGC及其在双链DNA上的互补核苷酸结合，其中Py/Im对与C·G结合，β/Py对与T·A结合，Im/Im对与C·G结合，并且β/Py对与C·G结合。W可以是脂族氨基酸残基，诸如gAB或其他适当的间隔子，如表4中所示。在另一实例中，聚酰胺可以包括Im-Py-Py-Im-Py-gAB-Im-Py-Py-Im-β，其与GCTGC及其在双链DNA上的互补核苷酸结合，其中Im/β对与G·C结合，Py/Im对与C·G结合，Py/Py与T·A结合，Im/Py对与G·C结合，并且Py/Im与C·G结合。在另一实例中，Im-Py-Py-Im-Py-gAB-Im-Py-Py通过双链DNA上的一部分互补核苷酸(ACG)与GCTGC结合，其中Im与G结合，Py与G结合C，Py/Py与T·A结合，Im/Py与G·C结合，并且Py/Im与C·G结合。
聚酰胺的一些另外的实例包括但不限于Py-β-Im-β-gAB-Im-Py-Py-Im、Im-Py-Py-Im-Py-gAB-Im-Py-Py-Im-β、Py-Py-Im-Py-gAB-Im-Py-Py-Im-β、Py-Py-Im-Py-gAB-Im-Py-Py-Im、Py-Py-Im-Py-gAB-Im-Py-Py、Im-Py-Py-Im-Py-gAB-Im-Py-Py-Im、Im-Py-Py-Im-Py-gAB-Im-Py-Py和它们的任何组合。
表1D.与CAG或CTG结合的发夹或H型夹聚酰胺中的单体对的实例。
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两条反平行的聚酰胺链对核苷酸重复序列或DNA序列的识别取决于小沟中并排的芳族氨基酸对的编码，通常相对于DNA螺旋的5'到3'方向从N到C定向。聚酰胺核苷酸结合的增强的亲和力和特异性是通过共价连接反平行链来完成的。“发夹基序”将两条链的N末端和C末端与W(例如，γ-氨基丁酸单元(γ-转角))连接，以形成折叠的线性链。“H型夹基序”通过一个短而柔性的桥将反平行链连接到中心或靠近中心的环/环对上。
DNA结合部分还可以包括H型夹聚酰胺，其具有基于表1A和/或表1B中所示的配对原则串在一起的次单元。表1C示出与核苷酸选择性地结合的单体次单元的一些实例，并且表1D示出与核苷酸对选择性地结合的单体次单元对的一些实例。h型夹聚酰胺可以包括2条链且每条链可以有多个单体次单元(每条链可以包括2至8个单体次单元)，并且聚酰胺还包括桥L1以在每条链的中心或中心附近处连接两条链。每条链上的至少一个或两个单体次单元按照表1D中的配对原则与另一链上的相应单体次单元配对，以促进G·C或C·G对的结合，这些单体次单元对通常定位在中心内、接近中心区域、位于或接近连接两股的桥处。在一些情况下，H型夹聚酰胺可以使所有单体次单元基于表1B和1D中的配对原则与反平行链上的相应单体次单元配对以与双链DNA上的核苷酸对结合。在一些情况下，H型夹聚酰胺的一部分单体次单元(2、3、4、5或6)可基于表1B和1D中的结合原则与反平行链上的相应单体次单元配对以与双链DNA上的核苷酸对结合，而其余单体次单元则基于表1A和1C中的结合原则与核苷酸结合，但不与反平行链上的单体次单元配对。h型夹聚酰胺可具有一个或多个突出的单体次单元，其与核苷酸结合但不与反平行链上的单体次单元配对。
另一种衍生自h型夹结构的聚酰胺结构是通过桥在端部连接两条反平行链，而只有通过桥连接的两个单体次单元形成基于表1B/1D的结合原则与核苷酸对G·C或C·G结合，但链上其余单体次单元形成突出部，基于表1A和/或1C的结合原则与核苷酸结合，而不与另一条链上的单体次单元配对。
该桥可以是选自以下的二价或三价基团： C1-10亚烷基、-NH-C0-6亚烷基-C(O)-、-N(CH3)-C0-6亚烷基和/>-(CH2)a-NR1-(CH2)b-、-(CH2)a-、-(CH2)a-O-(CH2)b-、–(CH2)a-CH(NHR1)-、–(CH2)a-CH(NHR1)-、–(CR2R3)a-或-(CH2)a-CH(NR1 3)+-(CH2)b-，其中m为0至10范围内的整数；n为0至10范围内的整数；每个a独立地为2与4之间的整数；R1为H、任选地取代的C1-6烷基、任选地取代的C3-10环烷基、任选地取代的C6-10芳基、任选地取代的4至10元杂环基或任选地取代的5至10元杂芳基；每个R2和R3独立地为H、卤素、OH、NHAc或C1-4烷基。在一些实施例中，W为-(CH2)-CH(NH3)+-(CH2)-或-(CH2)-CH2CH(NH3)+-。在一些实施例中，R1为H。在一些实施例中，R1为任选地由1至3个选自-C(O)-苯基的取代基取代的C1-6烷基。在一些实施例中，L1为–(CR2R3)-(CH2)a-或–(CH2)a-(CR2R3)-(CH2)b-，其中每个a独立地为1至3，b为0至3，并且每个R2和R3独立地为H、卤素、OH、NHAc或C1-4烷基。L1可以是C2-9亚烷基或(PEG)2-8。
聚酰胺的另外的实例包括但不限于Py-Py-Im-Py(在中部–位置2或3处连接)至Im-Py-Py-Im、Py-β-Im-β(在中部–位置2或3处连接)Im-Py-Py-Im、Im-Py-Py-Im-Py(在中部–位置2、3或4处连接)Im-Py-Py-Im-β、Py-Py-Im-Py(Py-Py-Im-Py的中部位置2或3与Im-Py-Py-Im-β的位置2、3或4连接)Im-Py-Py-Im-β、Py-Py-Im-Py(在中部–位置2或3中连接)Im-Py-Py-Im、Py-Py-Im-Py(Py-Py-Im-Py的中部位置2或3与Im-Py-Py的位置2连接)Im-Py-Py、Im-Py-Py-Im-Py(Im-Py-Py-Im-Py的中部位置2、3或4与Im-Py-Py-Im的中部位置2或3连接)Im-Py-Py-Im、Im-Py-Py-Im-Py(中部位置2、3或4与Im-Py-Py的中部位置连接)Im-Py-Py。
第二末端——调控结合部分
在某些实施例中，调控分子选自核小体重塑因子(NURF)、溴结构域PHD指转录因子(BPTF)、十-十一易位酶(TET)、甲基胞嘧啶双加氧酶(TET1)、DNA脱甲基酶、解旋酶、乙酰转移酶和组蛋白脱乙酰酶(“HDAC”)。在某些实施例中，调控分子选自CDK9i、CDK7i、CDK12/13i、泛CDKi、L3MBTL3募集子、CBX募集子或EED募集子。
调控蛋白与第二末端之间的结合亲和力可以基于分子的组成或蛋白质的类型进行调整。在一些实施例中，第二末端以小于约600nM、约500nM、约400nM、约300nM、约250nM、约200nM、约150nM、约100nM或约50nM的亲和力结合调控分子。在一些实施例中，第二末端以小于约300nM的亲和力结合调控分子。在一些实施例中，第二末端以小于约200nM的亲和力结合调控分子。在一些实施例中，聚酰胺能够以大于约200nM、约150nM、约100nM、约50nM、约10nM或约1nM的亲和力结合DNA。在一些实施例中，聚酰胺能够以约1至600nM、10至500nM、20至500nM、50至400nM、100至300nM或50至200nM范围内的亲和力结合DNA。
在一些实施例中，蛋白质结合部分与选自由以下项组成的组的调控分子结合：CREB结合蛋白(CBP)、P300、O-连接的β-N-乙酰葡糖胺转移酶-(OGT-)、P300-CBP相关因子-(PCAF-)、组蛋白甲基转移酶、组蛋白脱甲基酶、染色质结构域、细胞周期蛋白依赖性激酶9-(CDK9-)、核小体重塑因子-(NURF-)、溴结构域-PHD-指转录因子-(BPTF-)、十-十一易位酶-(TET-)、甲基胞嘧啶-双加氧酶-(TET1-)、组蛋白乙酰转移酶(HAT)、组蛋白脱乙酰酶(HDAC)、宿主细胞因子1(HCF1-)、八聚体结合转录因子-(OCT1-)、P-TEFb-、细胞周期蛋白-T1-、PRC2-、DNA脱甲基酶、解旋酶、乙酰转移酶、组蛋白脱乙酰酶、甲基化的组蛋白赖氨酸蛋白。
在一些实施例中，第二末端包含与O-连接的β-N-乙酰葡糖胺转移酶(OGT)或CREB结合蛋白(CBP)结合的部分。在一些实施例中，蛋白质结合部分为与O-连接的β-N-乙酰葡糖胺转移酶(OGT)或CREB结合蛋白(CBP)结合的分子的残基。
在一些实施例中，该调控分子为多梳基团(PcG)蛋白。在某些实施例中，该调控分子为多梳抑制复合物(PRC)。在一些实施例中，该调控分子为多梳抑制复合物1或多梳抑制复合物2，分别为PRC1和PRC2。在一些实施例中，该调控分子为选自以下的多梳旁系同源物：CBX2、CBX4、CBX6、CBX7和CBX8。
在一些实施例中，第二末端包含与p300/CBP HAT(组蛋白乙酰转移酶)结合的部分。
在一些实施例中，第二末端选自溴结构域抑制剂、BPTF抑制剂、甲基胞嘧啶双加氧酶抑制剂、DNA脱甲基酶抑制剂、解旋酶抑制剂、乙酰转移酶抑制剂、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、CDK-9抑制剂、正转录延伸因子抑制剂和多梳抑制复合物抑制剂。
在一些实施例中，第二末端为CDK9抑制剂。
在一些实施例中，第二末端选自CDK9i、CDK7i、CDK12/13i、泛CDKi、L3MBTL3募集子、CBX募集子或EED募集子。在一些实施例中，第二末端为CDK9i。在一些实施例中，第二末端为CDK7i。在一些实施例中，第二末端为CDK12/13i。在一些实施例中，第二末端为泛CDKi。在一些实施例中，第二末端为L3MBTL3募集子。在一些实施例中，第二末端为CBX募集子。在一些实施例中，第二末端为EED募集子。
在一些实施例中，第二末端包含一个或多个任选地取代的C6-10芳基、任选地取代的C4-10碳环、任选地取代的4至10元杂环或任选地取代的5至10元杂芳基。在一些实施例中，第二末端包含二嗪或二氮杂卓环，其中该二嗪或二氮杂卓环与包含选自S、N和O的一个或多个杂原子的C6-10芳基或5至10元杂芳基环稠合。
在一些实施例中，第二末端包含任选地取代的双环状或三环状结构。在一些实施例中，任选地取代的双环状或三环状结构包含与噻吩环稠合的二氮杂卓环。
在一些实施例中，第二末端包含能够与调控蛋白结合的部分，并且该部分来自能够与调控蛋白结合的化合物。
在一些实施例中，第二末端包括式(C)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或水合物：
其中，
环A为5至10元杂芳基或5至10元杂环；
A1和A2各自独立地为CH或N；
B1和B2各自独立地为O、S或NR5；
Z1为O、S或NR5；
R3和R4各自独立地为氢、卤素或C1-C6烷基；并且
R5为氢或C1-C6烷基。
在一些实施例中，环A为5、6、7或8元杂芳基。
在一些实施例中，环A为5、6、7或8元杂环。在一些实施例中，环A为5元杂环。在一些实施例中，环A为6元杂环。在一些实施例中，环A为7元杂环。在一些实施例中，环A为哌啶或吡啶。
在一些实施例中，A1为N且A2为N。在一些实施例中，A1为N且A2为CH。在一些实施例中，A1为CH且A2为N。
在一些实施例中，B1和B2各自独立地为O或S。在一些实施例中，B1为S。在一些实施例中，B2为O。
在一些实施例中，Z1为O。在一些实施例中，Z1为S。
在一些实施例中，R3和R4各自独立地为C1-C6烷基。在一些实施例中，R3和R4各自独立地为氢。
在一些实施例中，第二末端包括式(C-1)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(D)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
环B为苯基或5元至6元亚环烷基；
L3为任选地取代的亚烷基或亚杂烷基；
R6、R7、R8和R9各自独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；
R10A为氢、C1-C6烷基或SO2-R10C；
R10B为氢或C1-C6烷基；并且
R10C为C1-C6烷基或苯基。
在一些实施例中，环B为苯基。在一些实施例中，环B为5元至6元亚环烷基(例如5元至6元环烷基环)。在一些实施例中，环B为5元亚环烷基。在一些实施例中，环B为6元亚环烷基。
在一些实施例中，L3为任选地取代的亚烷基。在一些实施例中，L3为C3-C6亚烷基。在一些实施例中，L3为-CHCH-。
在一些实施例中，R6、R7、R8和R9各自独立地为卤素。R6、R7、R8和R9各自独立地为氢。
在一些实施例中，R10A为C1-C6烷基。在一些实施例中，R10A为SO2-R10C。在一些实施例中，R10A为SO2-苯基。在一些实施例中，R10A为氢。
在一些实施例中，R10B为C1-C6烷基。在一些实施例中，R10B为甲基、乙基或叔丁基。在一些实施例中，R10B为氢。
在一些实施例中，第二末端包括式(D-1)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(D-2)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(D-3)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(D-4)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(E)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
q2和q3各自独立地为1、2、3或4；
R11为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；并且
每个R12和R13独立地为任选地取代的5至8元杂环烷基。
在一些实施例中，R11为任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基。在一些实施例中，R11为卤素。在一些实施例中，R11为氢。
在一些实施例中，每个R12和R13独立地为任选地取代的5元杂环烷基环。在一些实施例中，每个R12和R13独立地为任选地取代的6元杂环烷基环。在一些实施例中，每个R12和R13独立地为任选地取代的6元杂环烷基环。在一些实施例中，每个R12和R13独立地为任选地取代的7元杂环烷基环。
在一些实施例中，q2和q3各自独立地为1、2或3。在一些实施例中，q2和q3各自独立地为1。在一些实施例中，q2和q3各自独立地为2。
在一些实施例中，第二末端包括式(E-1)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(F)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
R14和R17各自独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-20烷基、C1-20杂烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；
R15为任选地取代的5元杂芳基；并且
R16为氢或C1-C6烷基。
在一些实施例中，R14为任选地取代的C1-20烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基。在一些实施例中，R14为C1-20杂烷基。在一些实施例中，该杂烷基为PEG。在一些实施例中，该PEG包含1至20个PEG单元。在一些实施例中，R14为卤素。在一些实施例中，R17为氢。
在一些实施例中，R15为包含1、2或3个氮原子的任选5元杂芳基。
在一些实施例中，R17为任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基。在一些实施例中，R17为卤素。在一些实施例中，R17为氢。
在一些实施例中，第二末端包括式(F-1)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(G)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
r为0、1或2；
R18和R19各自独立地为氢、任选地取代的C1-20烷基、C1-20杂烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；
每个R20独立地为氢、卤素或C1-C6烷基；并且
每个R21独立地为氢或C1-C6烷基。
在一些实施例中，R18为任选地取代的C1-20烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基。在一些实施例中，R18为任选地取代的C1-6烷基。在一些实施例中，R18为任选地取代的C1-20杂烷基。在一些实施例中，该杂烷基为PEG。在一些实施例中，该PEG包含1至20个PEG单元。
在一些实施例中，R19为任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基。在一些实施例中，R19为卤素。在一些实施例中，R19为氢。在一些实施例中，R18为任选地取代的C1-20杂烷基。在一些实施例中，该杂烷基为PEG。在一些实施例中，该PEG包含1至20个PEG单元。
在一些实施例中，每个R20独立地为C1-C6烷基。在一些实施例中，每个R20独立地为卤素。
在一些实施例中，r为1或2。在一些实施例中，r为0。
在一些实施例中，第二末端包括式(G-1)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(H-1)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(H-2)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(J)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
R23为-NR23AR23B或-NR23A(R23B)2；其中
R23A和R23B各自独立地为任选地取代的C1-6烷基、C3-C10环烷基、芳基或杂芳基；
或者
R23A和R23B与它们所附接的氮接合在一起以形成杂环状环；
R24为氢、卤素、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6烷氧基；
R25为氢或C1-3烷基；
R30、R32和R33各自独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6烷氧基或C3-C6环烷基环；
R31为C1-6烷基或C3-10环烷基；
j1为0或1；并且
j2为0、1、2或3。
在一些实施例中，j1为0。在一些实施例中，j1为1。
在一些实施例中，j2为0，在一些实施例中，j2为1。在一些实施例中，j2为2。
在一些实施例中，第二末端包括式(J-1)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
R23为-NR23AR23B或-NR23A(R23B)2；其中
R23A和R23B各自独立地为任选地取代的C1-6烷基、C3-C10环烷基、芳基或杂芳基；
或者
R23A和R23B与它们所附接的氮接合在一起以形成杂环状环；
R24为氢、卤素、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6烷氧基；
R25为氢或C1-3烷基；
R30为氢、卤素、C1-6烷基或C1-6烷氧基；并且
R31为C1-6烷基或C3-10环烷基。
在一些实施例中，第二末端包括式(J-2)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
R23为-NR23AR23B或-NR23A(R23B)2；其中
R23A和R23B各自独立地为任选地取代的C1-6烷基、C3-C10环烷基、芳基或杂芳基；
或者
R23A和R23B与它们所附接的氮接合在一起以形成杂环状环；
R24为氢、卤素、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6烷氧基；并且
R25为氢或C1-3烷基。
在一些实施例中，R23A和R23B独立地为任选地取代的C1-6烷基。在一些实施例中，该烷基为-CH3、-CH2CH3、-CH2CH2CH3或-CH(CH3)2。在一些实施例中，R23A和R23B独立地为任选地取代的C3-C10环烷基。在一些实施例中，该环烷基为单环状或双环状环烷基。在一些实施例中，该环烷基为环丁基、环戊基、环己基或金刚烷基。在一些实施例中，R23A和R23B独立地为任选地取代的芳基。在一些实施例中，该芳基为苯基。
在一些实施例中，-NR23AR23B为
在一些实施例中，R24为C1-6烷基。在一些实施例中，R24为-CH3、-CH2CH3、-CH(CH3)2或-C(CH3)3。在一些实施例中，R24为卤素。在一些实施例中，R24为-Br、-Cl、-F或-I。在一些实施例中，R24为-CF3或-OCH3。在一些实施例中，R24为氢。
在一些实施例中，第二末端包括式(J-3)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(J-4)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，R30、R32和R33各自独立地为氢。在一些实施例中，R30、R32和R33各自独立地为卤素。在一些实施例中，R30、R32和R33各自独立地为氢、任选地取代的C1-6烷基、C1-6烷氧基或C3-C6环烷基环。在一些实施例中，R30、R32和R33各自独立地为甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、仲丁基、异丁基或叔丁基。在一些实施例中，R30、R32和R33各自独立地为环丁基、环戊基或环己基环。
在一些实施例中，第二末端包括式(J-5)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
环C为任选地取代的5至6元杂环基环；
R23为-NR23AR23B或-NR23A(R23B)2；其中
R23A和R23B各自独立地为任选地取代的C1-6烷基、C3-C10环烷基、芳基或杂芳基；
或者
R23A和R23B与它们所附接的氮接合在一起以形成杂环状环；
R24为氢、卤素、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6烷氧基；
R25为氢或C1-3烷基；并且
R30、R32和R33各自独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6烷氧基或C3-C6环烷基环。
在一些实施例中，环C为5元杂环基环。在一些实施例中，环C为包含选自N、S和O的1至3个杂原子的5元杂环基环。
在一些实施例中，第二末端包括式(J-6)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(J-7)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，第二末端包括式(J-8)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
L不存在或为任选地取代的C1-20亚烷基或C1-20亚杂烷基接头；
R23为-NR23AR23B或-NR23A(R23B)2；其中
R23A和R23B各自独立地为任选地取代的C1-6烷基、C3-C10环烷基、芳基或杂芳基；或者
R23A和R23B与它们所附接的氮接合在一起以形成杂环状环；
R33各自独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6烷氧基或C3-C6环烷基环；并且
R36为氢、-C(O)R37或-NR38C(O)R37；
R37为任选地取代的芳基、C1-6烷基或C3-C6环烷基环；
R38为氢或C1-6烷基；并且
j1为0或1。
在一些实施例中，L不存在。在一些实施例中，L为任选地取代的C1-20亚烷基接头。在一些实施例中，L为任选地取代的C1-20亚杂烷基接头。在一些实施例中，亚杂烷基接头为PEG接头。在一些实施例中，该PEG具有1至20个PEG单元。
在一些实施例中，R36为氢。在一些实施例中，R36为-C(O)R37或-NR38C(O)R37。在一些实施例中，R37为任选地取代的芳基。在一些实施例中，R37为任选地取代的苯基，任选地经1、2或3个卤素、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6烷氧基取代。在一些实施例中，R37为任选地经C1-6烷基取代的苯基。
在一些实施例中，第二末端包括式(K)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
X8为CH或N；
Y8为-C(O)-或-S(O)2-；
R27为C1-6烷基、C3-C10环烷基或5元至10元杂芳基的任选地取代的阳离子；
R28为氢、卤素或C1-6烷基；并且
R29为氢或C1-3烷基。
在一些实施例中，Y8为-C(O)-。在一些实施例中，Y8为-S(O)2-。
在一些实施例中，第二末端包括式(K-1)或(K-2)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
在一些实施例中，X8为CH。在一些实施例中，X8为N。
在一些实施例中，R27选自：
在一些实施例中，R28为卤素。在一些实施例中，R28为-Br、-Cl、-F或-I。在一些实施例中，R28为氢。
在一些实施例中，第二末端包括选自以下的化合物：
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在一些实施例中，第二末端包括式(L)化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
R33为卤素、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；
R35为卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6氨基烷基、C3-C10环烷基或5元至10元杂芳基；并且
s1和s2各自独立地为1、2、3或4。
在一些实施例中，第二末端包括选自以下的化合物：
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在一些实施例中，第二末端包括或其药学上可接受的盐或溶剂化物。/>
在一些实施例中，第二末端包括或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在一些实施例中，第二末端包括或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在一些实施例中，第二末端不包含JQ1、iBET762、OTX015、RVX208或AU1。在一些实施例中，第二末端不包含JQ1。在一些实施例中，第二末端不包含与溴结构域蛋白结合的部分。在一些实施例中，第二末端不包含JQ1、JQ-1、OTX015、RVX208酸或RVX208羟基。
在某些实施例中，调控分子不是选自BRD2、BRD3、BRD4和BRDT的含溴结构域蛋白。在某些实施例中，调控分子不是BRD2、BRD3、BRD4或BRDT
在一些实施例中，蛋白质结合部分不是
蛋白质结合部分可以包括与调控蛋白结合的化合物的残基。
在某些实施例中，调控分子为转录因子。
在某些实施例中，调控分子为RNA聚合酶。
在某些实施例中，调控分子为调控RNA聚合酶活性的部分。
在某些实施例中，调控分子与TATA结合蛋白相互作用。
在某些实施例中，调控分子与转录因子IID相互作用。
在某些实施例中，调控分子包含CDK9亚基。
在某些实施例中，调控分子为P-TEFb。
在某些实施例中，募集部分与调控分子结合但不抑制该调控分子的活性。在某些实施例中，募集部分与调控分子结合且抑制该调控分子的活性。在某些实施例中，募集部分与调控分子结合且增加该调控分子的活性。
在某些实施例中，募集部分与调控分子的活性位点结合。在某些实施例中，募集部分与调控分子的调控位点结合。
寡聚骨架接头
寡聚骨架包含连接第一末端和第二末端的接头，并将调控分子带到靶基因附近以调节基因表达。
接头的长度取决于调控蛋白的类型，并且还取决于靶基因。在一些实施例中，接头具有小于约50埃的长度。在一些实施例中，接头具有约20至30埃的长度。
在一些实施例中，接头包含5与50个之间的链原子。
在一些实施例中，接头包括具有2至50个间隔部分的多聚体，其中该间隔部分独立地选自由以下项组成的组：-((CR3aR3b)x-O)y-、-((CR3aR3b)x-NR4a)y-、-((CR3aR3b)x-CH＝CH-(CR3aR3b)x-O)y-、任选地取代的-C1-12烷基、任选地取代的C2-10烯基、任选地取代的C2-10炔基、任选地取代的C6-10亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基、任选地取代的4元至10元亚杂环烷基、氨基酸残基、—O—、—C(O)NR4a—、—NR4aC(O)—、—C(O)—、—NR1—、—C(O)O—、—O—、—S—、—S(O)—、—SO2—、—SO2NR4a—、—NR4aSO2—和—P(O)OH—，以及它们的任何组合；其中
每个x独立地为2至4；
每个y独立地为1至10；
每个R3a和R3b独立地选自氢、任选地取代的烷基、任选地取代的烯基、任选地取代的炔基、任选地取代的烷氧基、任选地取代的氨基、羧基、羧基酯、酰基、酰氧基、酰基氨基、氨基酰基、任选地取代的烷基酰胺、磺酰基、任选地取代的硫代烷氧基、任选地取代的芳基、任选地取代的杂芳基、任选地取代的环烷基和任选地取代的杂环基；并且
每个R4a独立地为氢或任选地取代的C1-6烷基。
在一些实施例中，寡聚骨架包括-(T1-V1)a-(T2-V2)b-(T3-V3)c-(T4-V4)d-(T5-V5)e—，
其中a、b、c、d和e各自独立地为0或1，并且其中a、b、c、d和e的和为1至5；
T1、T2、T3、T4和T5各自独立地选自任选地取代的(C1-C12)亚烷基、任选地取代的亚烯基、任选地取代的亚炔基、(EA)w、(EDA)m、(PEG)n、(修饰的PEG)n、(AA)p、—(CR2aOH)h—、任选地取代的(C6-C10)亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基、任选地取代的4元至10元亚杂环烷基、缩醛基团、二硫化物、肼、碳水化合物、β-内酰胺和酯，
(a)w为1至20的整数；
(b)m为1至20的整数；
(c)n为1至30的整数；
(d)p为1至20的整数；
(e)h为1至12的整数；
(f)EA具有以下结构
(g)EDA具有以下结构：
其中每个q独立地为1至6的整数，每个x独立地为1至4的整数，并且每个r独立地为0或1；
(h)(PEG)n具有–(CR2aR2b-CR2aR2b-O)n-CR2aR2b-的结构；–
(i)(修饰的PEG)n具有将(PEG)n中的至少一个–(CR2aR2b-CR2aR2b-O)-替换为–(CH2-CR2a＝CR2a-CH2-O)-或–(CR2aR2b-CR2aR2b-S)-的结构；
(j)AA为氨基酸残基；
(k)V1、V2、V3、V4和V5各自独立地选自由以下项组成的组：键、-CO-、-NR1a-、-CONR1a-、-NR1aCO-、-CONR1aC1-4烷基-、-NR1aCO-C1-4烷基-、-C(O)O-、-OC(O)-、-O-、-S-、-S(O)-、-SO2-、-SO2NR1a-、-NR1aSO2-和-P(O)OH-；
(l)每个R1a独立地为氢或和任选地取代的C1-6烷基；并且
每个R2a和R2b独立地选自氢、烷基、取代的烷基、烯基、取代的烯基、炔基、取代的炔基、卤素、烷氧基、取代的烷氧基、氨基、取代的氨基、羧基、羧基酯、酰基、酰氧基、酰基氨基、氨基酰基、烷基酰胺、取代的烷基酰胺、磺酰基、硫代烷氧基、取代的硫代烷氧基、芳基、取代的芳基、杂芳基、取代的杂芳基、环烷基、取代的环烷基、杂环基和取代的杂环基。
在一些实施例中，a、b、c、d和e各自独立地为0或1，其中a、b、c、d和e的和为1。在一些实施例中，a、b、c、d和e各自独立地为0或1，其中a、b、c、d和e的和为2。在一些实施例中，a、b、c、d和e各自独立地为0或1，其中a、b、c、d和e的和为3。在一些实施例中，a、b、c、d和e各自独立地为0或1，其中a、b、c、d和e的和为4。在一些实施例中，a、b、c、d和e各自独立地为0或1，其中a、b、c、d和e的和为5。
在一些实施例中，n为3至9。在一些实施例中，n为4至8。在一些实施例中，n为5或6。
在一些实施例中，T1、T2、T3和T4以及T5各自独立地选自(C1-C12)烷基、取代的(C1-C12)烷基、(EA)w、(EDA)m、(PEG)n、(修饰的PEG)n、(AA)p、—(CR2aOH)h—、苯基、取代的苯基、哌啶-4-氨基(P4A)、对-氨基-苄氧基羰基(PABC)、间-氨基-苄氧基羰基(MABC)、对-氨基-苄氧基(PABO)、间-氨基-苄氧基(MABO)、对-氨基苄基、缩醛基团、二硫化物、肼、碳水化合物、β-内酰胺、酯、(AA)p-MABC-(AA)p、(AA)p-MABO-(AA)p、(AA)p-PABO-(AA)p和(AA)p-PABC-(AA)p，在一些实施例中，哌啶-4-氨基(P4A)为其中R1a为H或C1-6烷基。
在一些实施例中，T1、T2、T3、T4和T5各自独立地选自(C1-C12)烷基、取代的(C1-C12)烷基、(EA)w、(EDA)m、(PEG)n、(修饰的PEG)n、(AA)p、—(CR2aOH)h—、任选地取代的(C6-C10)亚芳基、4至10元亚杂环烷基、任选地取代的5至10元亚杂芳基。在一些实施例中，EA具有以下结构：
并且
EDA具有以下结构：
在一些实施例中，对于EA和EDA，x为2至3并且q为1至3。在一些实施例中，R1a为H或C1-6烷基。
在一些实施例中，T4或T5为任选地取代的(C6-C10)亚芳基。
在一些实施例中，T4或T5为亚苯基或取代的亚苯基。在一些实施例中，T4或T5为亚苯基或经选自-C1-6烷基、卤素、OH或胺的1至3个取代基取代的亚苯基。在一些实施例中，T4或T5为5至10元亚杂芳基或取代的亚杂芳基。在一些实施例中，T4或T5为4至10元亚杂环基或取代的亚杂环基。在一些实施例中，T4或T5为任选地经选自-C1-6烷基、卤素、OH或胺的1至3个取代基取代的亚杂芳基或亚杂环基。
在一些实施例中，T1、T2、T3、T4和T5以及V1、V2、V3、V4和V5选自下表2。
表2.
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在一些实施例中，接头包括N(R1a)(CH2)xN(R1b)(CH2)xN–，其中R1a和R1b各自独立地选自氢或任选地取代的C1-C6烷基；并且每个x独立地为1至6范围内的整数。
在一些实施例中，接头包括-(CH2-C(O)N(R”)-(CH2)q-N(R')-(CH2)q-N(R”)C(O)-(CH2)x-C(O)N(R”)-A-、-(CH2)x-C(O)N(R”)-(CH2CH2O)y(CH2)x-C(O)N(R”)-A-、-C(O)N(R”)-(CH2)q-N(R')-(CH2)q-N(R”)C(O)-(CH2)x-A-、-(CH2)x-O-(CH2CH2O)y-(CH2)x-N(R”)C(O)-(CH2)x-A-或-N(R”)C(O)-(CH2)-C(O)N(R”)-(CH2)x-O(CH2CH2O)y(CH2)x-A-；其中R'为甲基；R”为氢；每个x和y独立地为1至10的整数；每个q独立地为2至10的整数；并且每个A独立地选自键、任选地取代的C1-12烷基、任选地取代的C6-10亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基和任选地取代的4元至10元亚杂环烷基。
在一些实施例中，接头包括–(CH2CH2-O)x1-或–(CH2CH2-O)x2-A-(CH2CH2-O)x3-，其中A为任选地取代的4元至10元亚杂环烷基或亚螺环基，并且每个x1、x2和x3独立地为1至15的整数。
在一些实施例中，接头包含聚乙二醇(PEG)。在一些实施例中，接头包含1至20个PEG单元。在一些实施例中，接头包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20个PEG单元。
在一些实施例中，A选自 在一些实施例中，A为/>在一些实施例中，A为/>在一些实施例中，A为/>
在一些实施例中，用选自以下的基团将接头与第一末端接合：—CO—、—NR1a—、—CONR1a—、—NR1aCO—、—CONR1aC1-4烷基—、—NR1aCO-C1-4烷基—、—C(O)O—、—OC(O)—、—O—、—S—、—S(O)—、—SO2—、—SO2NR1a—、—NR1SO2—、—P(O)OH—、—((CH2)x-O)—、—((CH2)y-NR1a)—、任选地取代的-C1-12亚烷基、任选地取代的C2-10亚烯基、任选地取代的C2-10亚炔基、任选地取代的C6-10亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基和任选地取代的4元至10元亚杂环烷基；其中每个x独立地为1至4，每个y独立地为1至4，并且每个R1a独立地为氢或任选地取代的C1-6烷基。
在一些实施例中，用选自以下的基团将接头与第一末端接合：—CO—、—NR1a—、C1-12烷基、—CONR1a—和—NR1aCO—。
在一些实施例中，用选自以下的基团将接头与第二末端接合：—CO—、—NR1a—、—CONR1a—、—NR1aCO—、—CONR1aC1-4烷基—、—NR1aCO-C1-4烷基—、—C(O)O—、—OC(O)—、—O—、—S—、—S(O)—、—SO2—、—SO2NR1a—、—NR1SO2—、—P(O)OH—、—((CH2)x-O)—、—((CH2)y-NR1a)—、任选地取代的-C1-12亚烷基、任选地取代的C2-10亚烯基、任选地取代的C2-10亚炔基、任选地取代的C6-10亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基和任选地取代的4元至10元亚杂环烷基；其中每个x独立地为1至4，每个y独立地为1至4，并且每个R1a独立地为氢或任选地取代的C1-6烷基。
在一些实施例中，用选自以下的基团将接头与第二末端接合：—CO—、—NR1a—、—CONR1a—、—NR1aCO—、—((CH2)x-O)—、—((CH2)y-NR1a)—、-O-、任选地取代的-C1-12烷基、任选地取代的C6-10亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基和任选地取代的4元至10元亚杂环烷基，其中每个x独立地为1至4，每个y独立地为1至4，并且每个R1独立地为氢或任选地取代的C1-6烷基。
在一些实施例中，接头包含式(C-1)的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
环B不存在，为亚芳基或亚杂环烷基；
L5不存在，为任选地取代的亚烷基或亚烯基；
每个Y8和Y9独立地为CH或N；
s1为0至3；并且
**表示附接至第二末端。
在一些实施例中，环B不存在。在一些实施例中，环B为C4-C7亚杂环烷基。
在一些实施例中，Y8为N。在一些实施例中，Y8为CH。
在一些实施例中，Y9为N。在一些实施例中，Y9为CH。
在一些实施例中，L5不存在。
在一些实施例中，L5为亚烷基或亚烯基。
在一些实施例中，L5为-(CR1GR1G)x-(亚烷基)2-(CR1GR1G)y-；其中x和y各自独立地为0或1；每个R1G为氢或C1-C3烷基。
在一些实施例中，接头包含式(C-2)的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中
每个Y10和Y11独立地为N或CH。
在一些实施例中，Y8和Y9各自独立地为N或CH；并且Y9为N。
在一些实施例中，L5为C1-C3亚烷基或C1-C3亚烯基。
在一些实施例中，L5为-CH2-、-CH2CH2-、-C≡C-或-C≡C-C≡C-。在一些实施例中，L5为-CH2-或-CH2CH2-。在一些实施例中，L5为-C≡C-。在一些实施例中，L5为-C≡C-C≡C-。
在一些实施例中，接头包含式(C-3)的结构或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
s1为0至3；
s2为1至3；
R26为任选地取代的C1-20亚烷基或亚杂烷基；
每个R1G独立地为氢或C1-C3烷基；并且
**表示附接至第二末端。
在一些实施例中，R26为任选地取代的C1-20亚杂烷基。在一些实施例中，R26为PEG。
在一些实施例中，每个R1G独立地为氢。在一些实施例中，R1G独立地为C1-C3烷基。在一些实施例中，该C1-C3烷基为甲基、乙基或丙基。在一些实施例中，每个R1G独立地为甲基。
在一些实施例中，s1为0、1或2。在一些实施例中，s1为0。在一些实施例中，s1为1。在一些实施例中，s1为2。
在一些实施例中，s2为1或2。在一些实施例中，s2为1。在一些实施例中，s2为2。
在一些实施例中，接头选自：
在一些实施例中，本文所述的转录调节剂化合物的非限制性实例列于下表3中。
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使用方法
本公开还涉及调节dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的转录的方法，该方法包括使dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1与本文所述的分子接触的步骤。
可以监测细胞表型；细胞增殖；dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的转录；来自dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的转录的mRNA的产生；dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的翻译；通过由dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1编码的蛋白质产生的生化输出的变化；或由dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1编码的蛋白质与天然结合配偶体的非共价结合。此类方法可以是疾病治疗模式、生物测定、细胞测定、生化测定等。在一些实施例中，该基因为dmpk。在一些实施例中，该基因为atxn1。
在一些实施例中，该基因为atxn2。在一些实施例中，该基因为atxn3。在一些实施例中，该基因为cacna1a。在一些实施例中，该基因为atxn7。在一些实施例中，该基因为ppp2r2。在一些实施例中，该基因为tbp。在一些实施例中，该基因为htt。在一些实施例中，该基因为jph3。在一些实施例中，该基因为ar。在一些实施例中，该基因为atn1。在一些实施例中，该基因为atxn8。在一些实施例中，该基因为atxn80s。在一些实施例中，该基因为ttbk2。在一些实施例中，该基因为tcf4。在一些实施例中，该基因为htt。
本文还提供一种治疗由dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的转录介导的疾病的方法，其包括向有此需要的患者施用治疗有效量的本文公开的分子或其盐。
在某些实施例中，该疾病选自DM1、脊髓小脑性共济失调、亨廷顿病、亨廷顿病样综合征、脊髓延髓肌萎缩症和齿状核红核苍白球路易体萎缩症。
在某些实施例中，该疾病选自DM1。
在某些实施例中，该疾病为脊髓小脑性共济失调。在某些实施例中，该脊髓小脑性共济失调选自SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7、SCA12和SCA17。在某些实施例中，该脊髓小脑性共济失调选自SCA1、SCA2、SCA3、SCA6、SCA7和SCA17。
在某些实施例中，该疾病选自亨廷顿病和亨廷顿病样综合征。在某些实施例中，该疾病选自亨廷顿病和亨廷顿病样2综合征。
在某些实施例中，该疾病为脊髓延髓肌萎缩症。
在某些实施例中，该疾病为齿状核红核苍白球路易体萎缩症。
在某些实施例中，该疾病为Fuchs角膜内皮营养不良(FECD)。
本文还提供一种用作药物的如本文所公开的分子。
本文还提供一种用作药物的如本文公开的分子，该药物用于治疗由dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的转录介导的疾病。
还提供如本文公开的分子作为药物的用途。
还提供如本文公开的分子用作药物的用途，该药物用于治疗由dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的转录介导的疾病。
还提供如本文公开的分子在制造药物中的用途，该药物用于治疗由dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的转录介导的疾病。
还提供如本文公开的分用于治疗由dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar、或atn1的转录介导的疾病的用途。
本文还提供一种调节dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的转录的方法，其包括使dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1与本文公开的分子接触的步骤或其盐。
本文还提供一种用于在患者中实现效应的方法，其包括向患者施用治疗有效量的如本文公开的分子或其盐，其中该效应选自肌肉萎缩症、共济失调、肌束震颤、痴呆、构音障碍和吞咽困难。
本文还提供一种用于预防或治疗由TCF4的转录介导或与之相关联的疾病或病症的方法。
一种调节TCF4的表达的方法，其包括使TCF4与本文所述的分子接触。
一种治疗由TCF4的转录引起的疾病的方法，其包括向有此需要的患者施用治疗有效量的本文所述分子。
一些实施例涉及治疗由TCF4的转录引起的疾病的方法，该方法包括施用：治疗有效量的本文所述的分子；和另一治疗剂。
本文提供一种用于在患者中实现效应的方法，其包括向患者施用治疗有效量的如本文公开的分子或其盐，其中该效应选自眩光、视力模糊、疼痛或角膜粗糙。
本公开的某些分子可能对于治疗其基因型具有CAG或CTG的3个或更多个重复序列的受试者有效。本公开的某些分子可能对于治疗其基因型具有CAG或CTG的5个或更多个重复序列的受试者有效。本公开的某些分子可能对于治疗其基因型具有CAG或CTG的10个或更多个重复序列的受试者有效。本公开的某些分子可能对于治疗其基因型具有CAG或CTG的20个或更多个重复序列的受试者有效。本公开的某些分子可能对于治疗其基因型具有CAG或CTG的50个或更多个重复序列的受试者有效。本公开的某些分子可能对于治疗其基因型具有CAG或CTG的100个或更多个重复序列的受试者有效。本公开的某些分子可能对于治疗其基因型具有CAG或CTG的200个或更多个重复序列的受试者有效。本公开的某些化合物或分子可能对于治疗其基因型具有CAG或CTG的500个或更多个重复序列的受试者有效。
还提供一种调节受试者的dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1介导的功能的方法，其包括施用治疗有效量的如本文公开的化合物。
还提供一种药物组合物，其包含本文公开的化合物以及药学上可接受的载体。
在某些实施例中，该药物组合物被配制成用于口服施用。
在某些实施例中，该药物组合物被配制成用于静脉内注射和/或输液。
在某些实施例中，口服药物组合物选自片剂和胶囊。
在某些实施例中，提供离体治疗方法。离体方法通常包括从受试者取出的细胞、器官和/或组织。该细胞、器官和/或组织可以例如在适当条件下用药剂进行孵育。所接触的细胞、器官和/或组织典型地返回到供体、被置于受体中或储存以供将来使用。因此，化合物通常在药学上可接受的载体中。
在某些实施例中，药物组合物的施用在治疗的6小时内调节靶基因的表达。在某些实施例中，药物组合物的施用在治疗的24小时内调节dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达。在某些实施例中，药物组合物的施用在治疗的72小时内调节dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达。
在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达增加2倍。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达增加5倍。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达增加10倍。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达增加20倍。
在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达降低20％。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达降低50％。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达降低80％。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达降低90％。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达降低95％。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达降低99％。
在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达落入针对健康个体观察到的表达水平的25％内。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达落入针对健康个体观察到的表达水平的50％内。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达落入针对健康个体观察到的表达水平的75％内。在某些实施例中，药物组合物的施用导致dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn80s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1的表达落入针对健康个体观察到的表达水平的90％内。
药物组合物和施用
还提供一种调节受试者的dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、atxn8、atxn0s、ttbk2、tcf4、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar或atn1介导的功能的方法，其包括施用治疗有效量的如本文公开的化合物或分子。
还提供一种药物组合物，其包含本文公开的化合物以及药学上可接受的载体。
在某些实施例中，该药物组合物被配制成用于口服施用。
在某些实施例中，该药物组合物被配制成用于静脉内注射或输液。
在某些实施例中，口服药物组合物选自片剂和胶囊。
在某些实施例中，提供离体治疗方法。离体方法通常包括从受试者取出的细胞、器官或组织。该细胞、器官或组织可以例如在适当条件下用药剂进行孵育。所接触细胞、器官或组织典型地返回到供体、被置于受体中或储存以供将来使用。因此，化合物通常在药学上可接受的载体中。
缩写和定义
如本文所用，以下术语具有指示的含义。
应当理解，某些自由基命名约定可以包括单自由基或双自由基，这取决于上下文。例如，当取代基需要两个点附接至分子的其余部分时，应理解该取代基是双自由基。例如，需要两个附接点的烷基取代基包括双自由基，诸如–CH2–、–CH2CH2–、–CH2CH(CH3)CH2–等。其他自由基命名约定清楚地表明该自由基是双自由基，诸如“亚烷基”、“亚烯基”、“亚芳基”、“亚杂芳基”。
当两个R基团被称为“与它们所附接的原子一起”形成环(例如，碳环基、杂环基、芳基或杂芳基环)时，意味着该原子和该两个R基团的集体单元为所列举的环。当单独使用时，该环不受每个R基团的定义的限制。例如，当存在以下子结构：
并且R1和R2被定义为选自由氢和烷基组成的组，或者R1和R2与它们所附接的氮一起形成杂环基时，意味着R1和R2可以选自氢或烷基，或者替代性地，该子结构具有以下结构：
其中环A为含有所示氮的杂芳基环。
类似地，当两个“相邻的”R基团被称为“与它们所附接的原子一起”形成环时，意味着该原子、中间键和两个R基团的集体单元为所列举的环。例如，当存在以下子结构：
并且R1和R2被定义为选自由氢和烷基组成的组，或者R1和R2与它们所附接的原子一起形成芳基或碳环基时，这意味着R1和R2可以选自氢或烷基，或者替代性地，该子结构具有以下结构：
其中A为芳基环或含有所示双键的碳环基。
凡将取代基描述为双自由基(即，具有与分子其余部分的两个附接点)的地方，应理解取代基可以以任何方向构型附接，除非另有说明。因此，例如，被描述为-AE-或的取代基包括被这样定向的取代基：使得A附接在分子的最左边的连接点并且其中A附接在分子的最右边的连接点。
当公开的数值范围并使用“n1…至n2”或“n1…与n2之间”的表述时，其中n1和n2为数字，除非另有说明，否则该表述旨在包括数字本身以及它们之间的范围。该范围可以在端值之间是整数的或连续的并且包括端值。举例来说，“2至6个碳”的范围旨在包括两个、三个、四个、五个和六个碳，因为碳以整数单元出现。相比之下，举例而言，范围“1至3μM(微摩尔)”，它旨在包括1μM、3μM以及介于两者之间的任何有效数字(例如，1.255μM、2.1μM、2.9999μM等)。
如本文所用，术语“约”旨在限定其修饰的数值，表示此类值在误差范围内可变。当没有特定的误差范围诸如图表或数据表中给出的平均值的标准偏差时，术语“约”应理解为意指将会包含所列举的值的范围和将会通过向上或向下舍入到该数字而被包括在内的范围，同时考虑重要数字。
术语“聚酰胺”是指通过酰胺(即CONH)键合来化学结合的可连接单元的聚合物；任选地，聚酰胺包括与其缀合的化学探针。聚酰胺可以使用本领域已知的方法通过羧酸(COOH)与胺(RR'NH)的逐步缩合来合成。替代性地，可以使用体外酶促反应或通过采用微生物发酵来形成聚酰胺。
术语“可连接单元”是指甲基咪唑、甲基吡咯以及直链和支链脂族官能度(例如，亚甲基、亚乙基、亚丙基、亚丁基等)，其任选地含有氮取代基，及其化学衍生物。可连接单元的脂族官能度例如可以通过本领域周知的方法通过B-丙氨酸或二甲基氨基丙胺的缩合在聚酰胺合成期间提供。
术语“接头”是指至少有10个连续原子的链。在某些实施例中，接头含有不超过20个非氢原子。在某些实施例中，接头含有不超过40个非氢原子。在某些实施例中，接头含有不超过60个非氢原子。在某些实施例中，接头含有选自C、H、N、O和S的原子。在某些实施例中，每一个非氢原子化学键合至接头中的2个相邻原子、或接头中的一个相邻原子和接头的末端。在某些实施例中，接头与其所附接的两个其他基团中的至少一个形成酰胺键。在某些实施例中，接头与其所附接的两个其他基团中的至少一个形成酯或醚键。在某些实施例中，接头与其所附接的两个其他基团中的至少一个形成硫代键或硫醚键。在某些实施例中，接头与其所附接的两个其他基团中的至少一个形成直接碳-碳键。在某些实施例中，接头与其所附接的两个其他基团中的至少一个形成胺或酰胺键。在某些实施例中，接头包含-(CH2OCH2)-单元。在某些实施例中，接头包含-(CH(CH3)OCH2)-单元。在某些实施例中，接头包含-(CH2NRNCH2)单元，其中RN＝C1-4烷基。在某些实施例中，接头包含亚芳基、亚环烷基或亚杂环烷基部分。
术语“间隔子”是指至少5个连续原子的链。在某些实施例中，间隔子包含不超过10个非氢原子。在某些实施例中，间隔子包含选自C、H、N、O和S的原子。在某些实施例中，间隔子与其所附接的两个其他基团形成酰胺键。在某些实施例中，间隔子包含-(CH2OCH2)-单元。在某些实施例中，间隔子包含-(CH2NRNCH2)单元，其中RN＝C1-4烷基。在某些实施例中，间隔子在生理pH值下含有至少一个正电荷。
术语“转角组分”是指约4至10个连续原子的链。在某些实施例中，转角组分包含选自C、H、N、O和S的原子。在某些实施例中，转角组分与其所附接的两个其他基团形成酰胺键。在某些实施例中，转角组分在生理pH值下含有至少一个正电荷。
术语“核酸”和“核苷酸”是指本领域周知的核糖核苷酸和脱氧核糖核苷酸及它们的类似物。
术语“寡核苷酸序列”是指具有确定的序列和长度(例如，2、3、4、5、6或甚至更多个核苷酸)的多个核酸。术语“寡核苷酸重复序列”是指寡核苷酸序列的连续扩展。
本领域周知的术语“转录”是指通过DNA指导的RNA聚合酶进行的RNA(即核糖核酸)合成。术语“调节转录”是指转录水平的变化，其可以通过本领域周知的方法测量，例如，mRNA、转录产物的测定。在某些实施例中，调节是转录的增加。在其他实施例中，调节是转录的降低
如本文单独或组合使用的术语“酰基”是指附接至烯基、烷基、芳基、环烷基、杂芳基、杂环或任何其他部分的羰基，其中附接至羰基的原子为碳。“乙酰基”是指–C(O)CH3基团。“烷基羰基”或“烷酰基”是指通过羰基附接至母体分子部分的烷基。这种基团的实例包括甲基羰基和乙基羰基。酰基基团的实例包括甲酰基、烷酰基和芳酰基。
如本文单独或组合使用的术语“烯基”是指具有一个或多个双键且含有2至20个碳原子的直链或支链烃基。在某些实施例中，所述烯基将包含2至6个碳原子。术语“亚烯基”是指在两个或多个位置附接的碳-碳双键系统，诸如亚乙烯基[(-CH＝CH-)，(-C::C-)]。合适的烯基的实例包括乙烯基、丙烯基、2-甲基丙烯基、1,4-丁二烯基等。除非另有说明，否则术语“烯基”可包括“亚烯基”基团。
如本文单独或组合使用的术语“烷氧基”是指烷基醚自由基，其中术语烷基定义如下。合适的烷基醚自由基的实例包括甲氧基、乙氧基、正丙氧基、异丙氧基、正丁氧基、异丁氧基、仲丁氧基、叔丁氧基等。
如本文单独或组合使用的术语“烷基”是指含有1至20个碳原子的直链或支链烷基自由基。在某些实施例中，所述烷基将包含1至10个碳原子。在进一步的实施例中，所述烷基将包含1至8个碳原子。烷基基团可以任选地经取代，如本文所定义。烷基自由基的实例包括甲基、乙基、正丙基、异丙基、正丁基、异丁基、仲丁基、叔丁基、戊基、异戊基、己基、辛基、壬基等。如本文单独或组合使用的术语“亚烷基”是指在两个或更多个位置附接的衍生自直链或支链饱和烃的饱和脂族基团，诸如亚甲基(-CH2-)。除非另有说明，否则术语“烷基”可包括“亚烷基”基团。
如本文单独或组合使用的术语“烷基氨基”是指通过氨基基团附接至母体分子部分的烷基基团。合适的烷基氨基基团可以被单烷基化或二烷基化，从而形成基团诸如，例如，N-甲基氨基、N-乙基氨基、N,N-二甲基氨基、N,N-乙基甲基氨基等。
如本文单独或组合使用的术语“次烷基”是指烯基基团，其中碳-碳双键中的一个碳原子属于烯基所附接的部分。
本文单独或组合使用的术语“烷硫基”是指烷基硫醚(R-S-)自由基，其中术语烷基如上定义，其中硫可被单氧化或双氧化。合适的烷基硫醚基自由基的实例包括甲硫基、乙硫基、正丙硫基、异丙硫基、正丁硫基、异丁硫基、仲丁硫基、叔丁硫基、甲磺酰基、乙亚磺酰基等。
如本文单独或组合使用的术语“炔基”是指具有一个或多个三键且含有2至20个碳原子的直链或支链烃基。在某些实施例中，所述炔基包含2至6个碳原子。在进一步的实施例中，所述炔基包含2至4个碳原子。术语“亚炔基”是指在两个位置处附接的碳-碳三键，诸如亚乙炔基(-C:::C-，-C≡C-)。炔基自由基的实例包括乙炔基、丙炔基、羟基丙炔基、丁炔-1-基、丁炔-2-基、戊炔-1-基、3-甲基丁炔-1-基、己炔-2-基等。除非另有说明，否则术语“炔基”可包括“亚炔基”基团。
如本文单独或组合使用的术语“酰胺基”和“氨基甲酰基”是指如下所述的氨基通过羰基附接至母体分子部分，反之亦然。如本文单独或组合使用的术语“C-酰胺基”是指-C(O)N(RR')基团，其中R和R'如本文所定义或如通过指定的具体枚举的“R”基团所定义。如本文单独或组合使用的术语“N-酰胺基”是指RC(O)N(R')-基团，其中R和R'如本文所定义或如通过指定的具体枚举的“R”基团所定义。如本文单独或组合使用的术语“酰基氨基”包括通过氨基酰基基团附接至母体部分的烷基基团。“酰胺基”的一实例为乙酰胺基(CH3C(O)NH-)。
如本文单独组合使用的术语“酰胺”是指-C(O)NRR'，其中R和R'独立地选自氢、烷基、酰基、杂烷基、芳基、环烷基、杂芳基和杂环烷基，其中任何一个本身可以任选地经取代。此外，R和R'可以组合以形成杂环烷基，其中任何一个都可以任选地经取代。酰胺可通过羧酸与胺的直接缩合或通过使用酰氯来形成。此外，偶联试剂为本领域已知的，包括基于碳二亚胺的化合物诸如DCC和EDCI。
如本文单独组合使用的术语“氨基”是指-NRR'，其中R和R'独立地选自氢、烷基、酰基、杂烷基、芳基、环烷基、杂芳基和杂环烷基，其中任何一个本身可以任选地经取代。此外，R和R'可以组合以形成杂环烷基，其中任何一个都可以任选地经取代。
如本文单独或组合使用的术语“芳基”是指含有一个、两个或三个环的碳环状芳族系统，其中此类多环状环系统稠合在一起。术语“芳基”包括芳族基团诸如苯基、萘基、蒽基和菲基。术语“亚芳基”包括芳族基团诸如亚苯基、亚萘基、亚蒽基和亚菲基。
如本文单独或组合使用的术语“芳基烯基”或“芳烯基”是指通过烯基基团附接至母体分子部分的芳基。
如本文单独或组合使用的术语“芳基烷氧基”或“芳烷氧基”是指通过烷氧基基团附接至母体分子部分的芳基。
如本文单独或组合使用的术语“芳基烷基”或“芳烷基”是指通过烷基基团附接至母体分子部分的芳基。
如本文单独或组合使用的术语“芳基炔基”或“芳炔基”是指通过炔基基团附接至母体分子部分的芳基。
如本文单独或组合使用的术语“芳基烷酰基”或“芳烷酰基”或“芳酰基”是指衍生自芳基取代的烷羧酸的酰基，诸如苯甲酰基、萘甲酰基、苯乙酰基、3-苯基丙酰基(氢化肉桂酰基)、4-苯基丁酰基、(2-萘基)乙酰基、4-氯氢肉桂酰基等。
如本文单独或组合使用的术语芳氧基是指通过氧基附接至母体分子部分的芳基基团。
如本文单独或组合使用的术语“苯并”(benzo和benz)是指衍生自苯的二价基团C6H4＝。实例包括苯并噻吩和苯并咪唑。
如本文单独或组合使用的术语“氨基甲酸酯”是指氨基甲酸的酯(-NHCOO-)，它可以从氮端或酸端连接到附接至母体分子部分，并且可以任选地经取代，如本文所定义。
如本文单独或组合使用的术语“O-氨基甲酰基”是指-OC(O)NRR'-基团，其中R和R'如本文所定义。
如本文单独或组合使用的术语“N-氨基甲酰基”是指ROC(O)NR'-基团，其中R和R'如本文所定义。
如本文所用，术语“羰基”在单独时包括甲酰基[-C(O)H]并且在组合时为-C(O)-基团。
如本文所用，术语“羧基”或“羧”是指-C(O)OH或相应的“羧酸根”阴离子，诸如在羧酸盐中。“O-羧基”基团是指RC(O)O-基团，其中R如本文所定义。“C-羧基”基团是指-C(O)OR基团，其中R如本文所定义。
如本文单独或组合使用的术语“氰基”是指-CN。
如本文单独或组合使用的术语“环烷基”，或替代性地，“碳环”，是指饱和或部分饱和的单环状、双环状或三环状烷基基团，其中每个环状部分含有3至12个碳原子环成员并且其可以任选地为如本文所定义的任选地取代的苯并稠环系统。在某些实施例中，所述环烷基将包含5至7个碳原子。此类环烷基的实例包括环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、四氢萘基、茚满基、八氢萘基、2,3-二氢-1H-茚基、金刚烷基等。如本文所用，“双环状”和“三环状”旨在包括两种稠环系统，诸如十氢萘、八氢萘以及多环状(多中心)饱和或部分不饱和类型。后一类型的异构体通常以双环[1,1,1]戊烷、樟脑、金刚烷和双环[3,2,1]辛烷为例。
如本文单独或组合使用的术语“酯”是指桥接在碳原子处连接的两个部分的羧基。
如本文单独或组合使用的术语“醚”是指桥接在碳原子处连接的两个部分的氧基。
如本文单独或组合使用的术语“卤代”或“卤素”是指氟、氯、溴或碘。
如本文单独或组合使用的术语“卤代烷氧基”是指通过氧原子附接至母体分子部分的卤代烷基。
如本文单独或组合使用的术语“卤代烷基”是指具有如上所定义的含义的烷基，其中一个或多个氢被卤素替代。具体包括单卤代烷基、二卤代烷基和多卤代烷基。例如，单卤代烷基可以在自由基内具有碘、溴、氯或氟原子。二卤代和多卤代烷基自由基可以具有两个或更多个相同的卤原子或不同卤素自由基的组合。卤代烷基的实例包括氟甲基、二氟甲基、三氟甲基、氯甲基、二氯甲基、三氯甲基、五氟乙基、七氟丙基、二氟氯甲基、二氯氟甲基、二氟乙基、二氟丙基、二氯乙基和二氯丙基。“卤代亚烷基”是指在两个或更多个位置处附接的卤代烷基。实例包括氟亚甲基(-CFH-)、二氟亚甲基(-CF2-)、氯亚甲基(-CHCl-)等。
如本文单独或组合使用的术语“杂烷基”是指稳定的直链或支链或它们的组合，完全饱和或含有1至3个不饱和度，由规定数目的碳原子以及选自N、O和S的一至三个杂原子组成，并且其中N和S原子可以任选地被氧化并且N杂原子可以任选地被季铵化。杂原子可位于杂烷基基团的任何内部位置处。至多两个杂原子可以是连续的，诸如例如-CH2-NH-OCH3。
如本文单独或组合使用的术语“杂芳基”是指3至15元不饱和杂单环状环，或稠合单环状、双环状或三环状环系统，其中稠合的环中的至少一者是为芳族的，其含有选自N、O和S的至少一个原子。在某些实施例中，所述杂芳基将包含1至4个杂原子作为环成员。在进一步的实施例中，所述杂芳基将包含1至2个杂原子作为环成员。在某些实施例中，所述杂芳基将包含5至7个原子。该术语还包括稠合的多环状基团，其中杂环状环与芳基环稠合，其中杂芳基环与其他杂芳基环稠合，其中杂芳基环与杂环烷基环稠合，或其中杂芳基环与环烷基环稠合。杂芳基基团的实例包括吡咯基、吡咯啉基、咪唑基、吡唑基、吡啶基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、三唑基、吡喃基、呋喃基、噻吩基、噁唑基、异噁唑基、噁二唑基、噻唑基、噻二唑基、异噻唑基、吲哚基、异吲哚基、中氮茚基、苯并咪唑基、喹啉基、异喹啉基、喹喔啉基、喹唑啉基、吲唑基、苯并三唑基、苯并二噁唑基、苯并吡喃基、苯并噁唑基、苯并噁二唑基、苯并噻唑基、苯并噻二唑基、苯并呋喃基、苯并噻吩基、色酮基、香豆素基、苯并吡喃基、四氢喹啉基、四唑并哒嗪基、四氢异喹啉基、噻吩并吡啶基、呋喃并吡啶基、吡咯并吡啶基等。示例性三环状杂环状基团包括咔唑基、苯并吲哚基、菲咯啉基、二苯并呋喃基、吖啶基、菲啶基、呫吨基等。
如本文单独或组合使用的术语“杂环烷基”和可互换地“杂环”各自指饱和、部分不饱和或完全不饱和的(但非芳族)单环状、双环状或三环状杂环状基团，其含有至少一个杂原子作为环成员，其中每个所述杂原子可独立地选自氮、氧和硫。在某些实施例中，所述杂环烷基将包含1至4个杂原子作为环成员。在进一步的实施例中，所述杂环烷基将包含1至2个杂原子作为环成员。在某些实施例中，所述杂环烷基将在每个环中包含3至8个环成员。在进一步的实施例中，所述杂环烷基将在每个环中包含3至7个环成员。在更进一步的实施例中，所述杂环烷基将在每个环中包含5至6个环成员。“杂环烷基”和“杂环”旨在包括砜、亚砜、叔氮环成员的N-氧化物，以及碳环状稠合和苯并稠合环系统；此外，这两个术语还包括其中杂环环稠合至如本文所定义的芳基基团或另外的杂环基团的系统。杂环基团的实例包括四氢异喹啉、氮杂环丙烷基、氮杂环丁基、1,3-苯并二氧杂环戊基、二氢异吲哚基、二氢异喹啉基、二氢噌啉基、二氢苯并二氧杂苯基、二氢[1,3]噁唑并[4,5-b]吡啶基、苯并噻唑基、二氢吲哚基、二氢吡啶基、1,3-二噁烷基、1,4-二噁烷基、1,3-二氧戊环基、异吲哚啉基、吗啉基、哌嗪基、吡咯烷基、四氢吡啶基、哌啶基、硫代吗啉基等。除非特别禁止，否则杂环基团可以任选地经取代。
如本文单独或组合使用的术语“肼基”是指通过单键接合的两个氨基基团，即-N-N-。
如本文单独或组合使用的术语“羟基”是指-OH。
如本文单独或组合使用的术语“羟基烷基”是指通过烷基基团附接至母体分子部分的羟基基团。
如本文单独或组合使用的术语“亚氨基”是指＝N-。
如本文单独或组合使用的术语“亚氨基羟基”是指＝N(OH)和＝N-O-。
短语“在主链中”是指从基团与本文公开的任一式的化合物或分子的附接点开始的最长连续或相邻的碳原子链。
术语“异氰酸基”是指-NCO基团。
术语“异硫氰酸基”是指-NCS基团。
短语“原子的直链”是指独立地选自碳、氮、氧和硫的原子的最长直链。
如本文单独或组合使用的术语“低级”，在没有另做具体定义的情况下，是指含有1至并包括6个碳原子(即，C1-C6烷基)。
如本文单独或组合使用的术语“低级芳基”意指苯基或萘基，它们中的任一个可以如所提供的那样任选地经取代。
如本文单独或组合使用的术语“低级杂芳基”意指1)包含五个或六个环成员的单环状杂芳基，其中介于一个与四个之间的所述成员可以是选自N、O和S的杂原子，或2)双环状杂芳基，其中稠合的环中的每个环包含五个或六个环成员，在它们之间包含选自N、O和S的一至四个杂原子。
如本文单独或组合使用的术语“低级环烷基”意指具有介于三个与六个之间的环成员的单环状环烷基(即，C3-C6环烷基)。低级环烷基可以是不饱和的。低级环烷基的实例包括环丙基、环丁基、环戊基和环己基。
如本文单独或组合使用的术语“低级杂环烷基”意指具有介于三个与六个之间的环成员的单环状杂环烷基，其中介于一个与四个之间的环成员可以是选自N、O和S的杂原子(即，C3-C6杂环烷基)。低级杂环烷基的实例包括吡咯烷基、咪唑烷基、吡唑烷基、哌啶基、哌嗪基和吗啉基。低级杂环烷基可以是不饱和的。
如本文单独或组合使用的术语“低级氨基”是指-NRR'，其中R和R'独立地选自氢和低级烷基，它们中的任一个可以任选地经取代。
如本文单独或组合使用的术语“巯基”是指RS-基团，其中R如本文所定义。
如本文单独或组合使用的术语“硝基”是指–NO2。
如本文单独或组合使用的术语“氧基”或“氧杂”指-O-。
如本文单独或组合使用的术语“氧代”是指＝O。
术语“全卤代烷氧基”是指其中所有氢原子均被卤素原子替代的烷氧基。
如本文单独或组合使用的术语“全卤代烷基”是指其中所有氢原子均被卤素原子替代的烷基。
本文单独或组合使用的术语“磺酸根”、“磺酸”(sulfonic acid和sulfonic)是指–SO3H基团及其阴离子，因为在盐形成中使用磺酸。
如本文单独或组合使用的术语“硫烷基”是指-S-。
如本文单独或组合使用的术语“亚磺酰基”是指-S(O)-。
如本文单独或组合使用的术语“磺酰基”是指-S(O)2-。
术语“N-磺酰胺基”是指RS(＝O)2NR'-基团，其中R和R'如本文所定义。
术语“S-磺胺基”是指-S(＝O)2NRR'基团，其中R和R'如本文所定义。
如本文单独或组合使用的术语“硫杂”和“硫代”是指-S-基团或其中氧被硫替代的醚。硫代基团的氧化衍生物，即亚磺酰基和磺酰基，包括在硫杂和硫代的定义中。
如本文单独或组合使用的术语“硫醇”是指-SH基团。
如本文所用，术语“硫代羰基”在单独时包括硫代甲酰基-C(S)H并且在组合时为-C(S)-基团。
术语“N-硫代氨基甲酰基”是指ROC(S)NR'–基团，其中R和R'如本文所定义。
术语“O-硫代氨基甲酰基”是指-OC(S)NRR'基团，其中R和R'如本文所定义。
术语“硫氰酸基”是指-CNS基团。
术语“三卤代甲磺酰胺基”是指X3CS(O)2NR-基团，其中X为卤素，并且R如本文所定义。
术语“三卤代甲磺酰基”是指X3CS(O)2–基团，其中X为卤素。
术语“三卤代甲氧基”是指X3CO–基团，其中X为卤素。
如本文单独或组合使用的术语“三取代的甲硅烷基”是指在其三个游离价处经如本文在取代氨基的定义下列出的基团取代的有机硅基团。实例包括三甲基甲硅烷基、叔丁基二甲基甲硅烷基、三苯基甲硅烷基等。
本文的任何定义可以与任何其他定义组合使用以描述复合结构基团。按照惯例，任何这种定义的尾随元素是附着到母体部分的元素。例如，复合基团烷基酰胺基将会表示通过酰胺基基团附接至母体分子的烷基基团，术语烷氧基烷基将会表示通过烷基基团附接至体母分子的烷氧基基团。
当一个基团定义为“空”时，意味着该基团不存在。
术语“任选地取代的”意指前面的基团可以是取代的或未取代的。当是取代的时，“任选地取代的”基团的取代基可以包括但不限于以单独或组合的兴衰独立地选自以下基团或特别指定的一组基团的一个或多个取代基：低级烷基、低级烯基、低级炔基，低级烷酰基、低级杂烷基、低级杂环烷基、低级卤代烷基、低级卤代烯基、低级卤代炔基、低级全卤代烷基、低级全卤代烷氧基、低级环烷基、苯基、芳基、芳氧基、低级烷氧基、低级卤代烷氧基、氧代、低级酰氧基、羰基、羧基、低级烷基羰基、低级羧基酯、低级酰胺基、氰基、氢、卤素、羟基、氨基、低级烷基氨基、芳基氨基、酰胺基、硝基、硫醇、低级烷硫基、低级卤代烷硫基、低级全卤代烷硫基、芳硫基、磺酸根、磺酸、三取代的甲硅烷基、N3、SH、SCH3、C(O)CH3、CO2CH3、CO2H、吡啶基、噻吩、呋喃基、低级氨基甲酸酯和低级脲。在结构上可行的情况下，两个取代基可以接合在一起以形成由零至三个杂原子组成的稠合五元、六元或七元碳环状或杂环状环，例如形成亚甲二氧基或亚乙二氧基。任选地取代的基团可以是未取代的(例如，-CH2CH3)、完全取代的(例如，-CF2CF3)、单取代的(例如，-CH2CH2F)或在介于完全取代与单取代之间的任何水平上经取代(例如，-CH2CF3)。在没有对取代进行限定的情况下列举取代基时，涵盖取代和未取代的两种形式。当取代基被限定为“取代的”时，取代的形式是具体预期的。此外，可以按需要定义特定部分的任选使用的取代基的不同集合；在这些情况下，任选使用的取代将按照定义，通常紧跟在短语“任选地取代为”之后。
如本文所用，取代的基团衍生自未取代的母体基团，其中一个或多个氢原子已交换为另一个原子或基团。除非另做说明，否则当基团被认为是“取代的”时，意味着该基团经独立地选自以下的一个或多个取代基取代的：C1-C6烷基、C1-C6烯基、C1-C6炔基、C1-C6杂烷基、C3-C7碳环基(任选地经卤代、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基和C1-C6卤代烷氧基取代)、C3-C7-碳环基-C1-C6-烷基(任选地经卤代、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基和C1-C6卤代烷氧基取代)、3至10元杂环基(任选地经卤代、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基和C1-C6卤代烷氧基取代)、3至10元杂环基-C1-C6-烷基(任选地经卤代、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基和C1-C6卤代烷氧基)、芳基(任选地经卤代、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基和C1-C6卤代烷氧基取代)、芳基(C1-C6)烷基(任选地经卤代、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基和C1-C6卤代烷氧基取代)、5至10元杂芳基(任选地经卤代、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基和C1-C6卤代烷氧基取代)、5至10元杂芳基(C1-C6)烷基(任选地经卤代、C1-C6烷基、C1-C6烷氧基、C1-C6卤代烷基和C1-C6卤代烷氧基取代)、卤代、氰基、羟基、C1-C6烷氧基、C1-C6烷氧基(C1-C6)烷基(即，醚)、芳氧基、氢硫基(巯基)、卤(C1-C6)烷基(例如，–CF3)、卤(C1-C6)烷氧基(例如，–OCF3)、C1-C6烷硫基、芳硫基、氨基、氨基(C1-C6)烷基、硝基、O-氨基甲酰基、N-氨基甲酰基、O-硫代氨基甲酰基、N-硫代氨基甲酰基、C-酰胺基、N-酰胺基、S-磺酰胺基、N-磺酰胺基、C-羧基、O-羧基、酰基、氰酸根、异氰酸根、硫氰酸根、异硫氰酸根、亚磺酰基、磺酰基和氧代(＝O)。当基团被描述为“任选地取代的”时，该基团可以经上述取代基取代。
除非另做定义，否则单独出现并且没有数字指定的术语R或术语R'是指选自氢、烷基、环烷基、杂烷基、芳基、杂芳基和杂环烷基的部分，它们中的任何一个可以任选地取代的。此类R和R'基团应理解为如本文所定义的那样任选地取代的。无论R基团是否具有编号名称，每一个R基团(包括R、R'和Rn，其中n＝(1,2,3,…n))、每一个取代基和每一个术语均应理解为独立于每一个其他术语而从一组中选择。如果任何变量、取代基或术语(例如芳基、杂环、R等)在式或一般结构中出现多于一次，则其在每次出现时的定义独立于其他每一次出现时的定义。本领域技术人员将进一步认识到，某些基团可以附接至母体分子或可以占据所写的元件链中任一端的位置。例如，不对称基团诸如-C(O)N(R)-可以在碳或氮处附接至母体部分。
不对称中心存在于本文公开的化合物或分子中。这些中心由符号“R”或“S”指定，取决于手性碳原子周围取代基的构型。应理解，本公开涵盖所有立体化学异构体形式，包括非对映体、对映体和差向异构体形式，以及d-异构体和1-异构体，以及它们的混合物。化合物或分子的单独立体异构体可以从可商购获得的含有手性中心的起始材料来合成地制备，或者通过下述来制备：制备对映体产物的混合物，然后分离(诸如转化)为非对映体的混合物，然后分离或进行重结晶、色谱技术、对映体在手性色谱柱上的直接分离或本领域已知的任何其他合适的方法。具有特定立体化学的起始化合物或分子可商购获得或可通过本领域已知的技术制备和拆分。此外，本文公开的化合物或分子可以作为几何异构体存在。本公开包括所有顺式(cis)、反式(trans)、顺(syn)、反(anti)、异侧(entgegen，E)和同侧(zusammen，Z)异构体以及它们的合适的混合物。此外，化合物或分子可能作为互变异构体存在；本公开提供了所有互变异构体。另外，本文公开的化合物或分子可以以非溶剂化形式以及具有药学上可接受的溶剂诸如水、乙醇等的溶剂化形式存在。通常，溶剂化形式被认为等同于非溶剂化形式。
术语“键”是指两个原子或两个部分(当通过键接合的原子被视为较大子结构的一部分时)之间的共价键合。除非另做说明，否则键可以是单键、双键或三键。分子图中介于两个原子之间的虚线指示该位置处可能存在或不存在另外的键。
本文所用的术语“疾病”通常与术语“疾患”、“综合征”和“病症”(如在医学条件下)同义，并可互换使用，因为它们都反映了人体或动物的身体或其某一部分的损害正常功能的异常状况，通常表现为明显的体征和症状，并导致人类或动物的生命持续时间缩短或质量下降。
术语“组合疗法”意指施用两种或更多种治疗剂来治疗本公开中描述的治疗性病症或疾患。此类施用涵盖以基本上同时的方式共同施用这些治疗剂，诸如在具有固定比例的活性成分的单个胶囊中或在用于每种活性成分的多个独立的胶囊中。此外，此类施用还涵盖以顺序方式使用每种类型的治疗剂。在任一情况下，治疗方案均将提供药物组合在治疗本文所述的病症或疾患中的有益效应。
短语“治疗有效量的”旨在限定用于治疗疾病或疾患或影响临床终点的活性成分的量。
术语“治疗上可接受的”是指适合于与患者的组织接触而没有过度的毒性、刺激和过敏反应，与合理的收益/风险比相称，并且针对其预期用途有效的那些化合物或分子(或盐、前药、互变异构体、两性离子形式等)。
如本文所用，提及患者的“治疗”旨在包括预防。治疗在本质上也可以是先发制人的，即它可以包括预防疾病。预防疾病可能涉及完全保护免受疾病侵害，例如在预防病原体感染的情况下，或可能涉及预防疾病进展。例如，预防疾病可能并不意味着完全排除在任何水平上与疾病相关的任何效应，而是可能意指阻止疾病的症状达到临床显著或可检测的水平。预防疾病还可以意指预防疾病进展到疾病的晚期阶段。
术语“患者”通常与术语“受试者”同义并且包括所有哺乳动物(包括人类在内)。患者的实例包括人类，家畜诸如牛、山羊、绵羊、猪和兔，以及伴侣动物诸如狗、猫、兔和马。优选地，患者为人类。
术语“前药”是指在体内变得更有活性的化合物或分子。本文公开的某些化合物或分子也可能作为前药存在，如以下文献中所述：Hydrolysis in Drug and ProdrugMetabolism:Chemistry,Biochemistry,and Enzymology(Testa,Bernard和Mayer，JoachimM.Wiley-VHCA,Zurich,Switzerland 2003)。本文所述化合物的前药为化合物的结构上修饰的形式，其在生理条件下容易发生化学变化以提供该化合物。此外，前药可以在离体环境中通过化学或生化方法转化为化合物。例如，当将前药放入具有合适的酶或化学试剂的透皮贴剂储库中时，前药可以缓慢转化为化合物。因为在一些情况下前药可能比化合物或母体药物更易于施用，所以前药通常是有用的。例如，前药可以通过口服施用而成为生物可利用的，而母体药物却不行。前药还可以在药物组合物中具有改进的超过母体药物的溶解度。多种前药衍生物为本领域已知的，诸如那些依赖于前药的水解裂解或氧化活化的前药衍生物。前药的实例但不限于下述化合物，其作为酯(“前药”)施用，但随后被代谢地水解以提供羧酸，即活性实体。另外的实例包括化合物的肽基衍生物。
术语“接触”是指将化合物(例如本公开的转录调节剂分子)带至所期望的靶基因附近。接触可导致与靶部分的结合或导致靶部分的构象变化。
本文公开的化合物或分子可以作为治疗上可接受的盐存在。本公开包括上面列出的盐形式的化合物或分子，包括酸加成盐。合适的盐包括那些与有机酸和无机酸形成的盐。此类酸加成盐通常是药学上可接受的。然而，非药学上可接受的盐的盐可用于制备和纯化所讨论的化合物或分子。碱加成盐也是可以形成的并且是药学上可接受的。有关盐的制备和选择的更完整讨论，请参阅Pharmaceutical Salts:Properties,Selection,and Use(Stahl,P.Heinrich.Wiley-VCHA,Zurich,Switzerland,2002)。
碱加成盐可以通过使羧基基团与合适的碱诸如金属阳离子的氢氧化物、碳酸盐或碳酸氢盐或与氨或有机伯、仲或叔胺反应，在化合物或分子的最终分离和纯化过程中制备。治疗上可接受的盐的阳离子包括锂、钠、钾、钙、镁和铝，以及无毒的季胺阳离子诸如铵、四甲铵、四乙铵、甲胺、二甲胺、三甲胺、三乙胺、二乙胺、乙胺、三丁胺、吡啶、N,N-二甲基苯胺、N-甲基哌啶、N-甲基吗啉、二环己胺、普鲁卡因、二苄基胺、N,N-二苄基苯乙胺、1-二苯羟甲胺(1-ephenamine)和N,N'-二苄基乙二胺。可用于形成碱加成盐的其他代表性有机胺包括乙二胺、乙醇胺、二乙醇胺、哌啶和哌嗪。
也可以使用药学领域已知的其他载体材料和施用方式。本公开的药物组合物可以通过任何周知的制药技术制备，诸如有效的配制和施用程序。优选的单位剂量制剂是含有如下文所列举的有效剂量或其适当分数的活性成分的制剂。
应理解，关于正在讨论的制剂类型，除以上特别提及的成分外，本文所述的制剂可以包含本领域中的常规的其他试剂，例如，适合于口服施用的那些制剂可以包含调味剂。
能够与载体材料组合以产生单一剂型的活性成分的量将取决于所治疗的宿主和特定的施用模式而变化。
化合物或分子可以多种方式施用，例如口服、局部或通过注射。向患者施用的化合物的精确量将由主治医师负责。用于任何特定患者的具体剂量水平将取决于各种因素，包含所采用的具体化合物的活性、年龄、体重、总体健康状况、性别、饮食、施用时间、施用途径、排泄率、药物组合、被治疗的精确疾患以及被治疗的适应症或病症的严重程度。此外，施用途径可依据病症及其严重程度而变。上述有关有效制剂和施用程序的考虑因素为本领域中周知的，并在标准教科书中有所描述。
组合和组合疗法
在某些情况下，将本文所述的化合物或分子中的至少一者(或其药学上可接受的盐)与另一种治疗剂组合施用可能是合适的。仅举例来说，如果患者在接受本文化合物中的一种时经历的副作用之一为高血压，则与初始治疗剂组合施用抗高血压剂可能是合适的。或者，仅举例来说，本文所述化合物中的一种的治疗效果可通过施用佐剂来增强(即，佐剂本身可能仅具有最低限度的治疗益处，但与另一种治疗剂组合时，对患者的总体治疗益处得到增强)。或者，仅举例来说，可以通过将本文所述化合物中的一种与也具有治疗益处的另一种治疗剂(其还包括治疗方案)一起施用来增加患者经历的益处。仅举例来说，在涉及施用本文所述化合物中的一种的糖尿病治疗中，增加的治疗益处可通过还为患者提供另一种糖尿病治疗剂而产生。在任何情况下，无论所治疗的疾病、疾患或病症如何，患者经历的总体益处可能是两种治疗剂的简单累加，或者患者可能经历协同益处。
在任何情况下，多种治疗剂(其中至少一种为本文公开的化合物)可以以任何顺序或甚至同时施用。如果同时施用，则多种治疗剂可以以单一、统一的形式提供，也可以以多种形式提供(仅作为实例，作为单一丸粒或作为两个单独的丸粒)。其中一种治疗剂可以多次给药，或者两种治疗剂都可以多次给药。如果不同时，多次施用之间的时间间隔可以是从几分钟到四个星期的任何持续时间。
因此，在另一方面，某些实施例提供用于治疗需要此类治疗的人类或动物受试者的本文所述疾患的方法，其包括向所述受试者施用有效减少或预防受试者的所述疾患的量的本文公开的化合物，与至少一种本领域已知的用于治疗所述疾患的另外的药剂组合。在相关方面，某些实施例提供治疗组合物，其包含至少一种本文公开的化合物与一种或多种用于治疗疾患的另外的药剂组合。这些疾患可能与有缺陷的基因诸如dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar、atn和编码TCF4的基因的表达相关联。
除了可用于人类治疗外，本文公开的某些化合物和制剂还可用于伴侣动物、珍稀动物和农场动物(包括哺乳动物、啮齿动物等)的兽医治疗。更优选的动物包括马、狗和猫。
化合物合成
本公开的化合物可以使用在下面详述的一般合成方案和实验程序中说明的方法来制备。一般合成方案和实验程序是为了说明的目的而提出的，而不是为了限制。用于制备本公开化合物的起始材料可商购获得或可使用本领域已知的常规方法制备。
缩写列表
Ac2O＝乙酸酐；AcCl＝乙酰氯；AcOH＝醋酸；AIBN＝偶氮二异丁腈；aq.＝水性；Bu3SnH＝三丁基氢化锡；CD3OD＝氘代甲醇；CDCl3＝氘代氯仿；CDI＝1,1'-羰基二咪唑；DBU＝1,8-二氮杂双环[5.4.0]十一碳-7-烯；DCM＝二氯甲烷；DEAD＝偶氮二甲酸二乙酯；DIBAL-H＝二异丁基氢化铝；DIEA＝DIPEA＝N,N-二异丙基乙胺；DMAP＝4-二甲基氨基吡啶；DMF＝N,N-二甲基甲酰胺；DMSO-d6＝氘代二甲基亚砜；DMSO＝二甲基亚砜；DPPA＝二苯基磷酰叠氮；EDC.HCl＝EDCI.HCl＝1-乙基-3-(3-二甲基氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐；Et2O＝乙醚；EtOAc＝乙酸乙酯；EtOH＝乙醇；h＝小时；HATU＝2-(1H-7-氮杂苯并三唑-1-基)-1,1,3,3-四甲基脲阳离子六氟磷酸盐甲铵；HMDS＝六甲基二硅氮烷；HOBT＝1-羟基苯并三唑；i-PrOH＝异丙醇；LAH＝氢化铝锂；LiHMDS＝双(三甲基甲硅烷基)氨基锂；MeCN＝乙腈；MeOH＝甲醇；MP-碳酸盐树脂＝大孔甲基聚苯乙烯碳酸三乙铵树脂；MsCl＝甲磺酰氯；MTBE＝甲基叔丁基醚；MW＝微波辐射；n-BuLi＝正丁基锂；NaHMDS＝双(三甲基甲硅烷基)氨基钠；NaOMe＝甲醇钠；NaOtBu＝叔丁醇钠；NBS＝N-溴代琥珀酰亚胺；NCS＝N-氯代琥珀酰亚胺；NMP＝N-甲基-2-吡咯烷酮；Pd(Ph3)4＝肆(三苯基膦)钯(0)；Pd2(dba)3＝三(二亚苄基丙酮)二钯(0)；PdCl2(PPh3)2＝双(三苯基膦)二氯化钯(II)；PG＝保护基团；制备型HPLC＝制备型高效液相色谱；PyBop＝(苯并三唑-1-基氧基)三(N-吡咯烷基)鏻六氟磷酸盐；Pyr＝吡啶；RT＝室温；RuPhos＝2-二环己基膦基-2',6'-二异丙氧基联苯；sat.＝饱和；ss＝饱和溶液；t-BuOH＝叔丁醇；T3P＝丙基膦酸酐；TBS＝TBDMS＝叔丁基二甲基甲硅烷基；TBSCl＝TBDMSCl＝叔丁基二甲基氯硅烷；TEA＝Et3N＝三乙胺；TFA＝三氟乙酸；TFAA＝三氟乙酸酐；THF＝四氢呋喃；Tol＝甲苯；TsCl＝甲苯磺酰氯；XPhos＝2-二环己基膦基-2',4',6'-三异丙基联苯。
用于制备化合物的一般合成方法
一般而言，本公开的聚酰胺可以通过固相支持的合成方法合成，使用诸如Boc保护的直链脂族和杂芳族氨基酸及其烷基化衍生物的化合物(其通过氨解从载体上裂解)，脱保护(例如，利用苯硫酚钠)，并通过反相HPLC纯化，如本领域众所周知的。可以使用本领域技术人员可用的各种分析技术中的任何一种，诸如1H-NMR、分析型HPLC或质谱法，来验证聚酰胺的身份和纯度。
以下方案可用于实践本发明：
方案A.聚酰胺的合成
本文公开的化合物可以使用方案A合成。为了清楚和紧凑，该方案描述了包含次单元“C”和“D”的二酰胺的合成，这两个次单元均表示为具有氨基部分和羧基部分的未指定的五元环。次单元“D”的氨基基团经保护基团“PG”诸如Boc或CBz氨基甲酸酯保护以得到101。然后使用偶联试剂(诸如EDC)将游离羧酸与固体支持物反应，得到支持的化合物103。在酸性条件下去除PG得到游离胺104，它与氮保护的羧酸105偶联得到酰胺106。在酸性条件下去除PG得到游离胺107。在该实例中，游离胺与乙酸酐反应以形成乙酰胺(未显示。然后将该分子在碱性条件下从固体支持物上裂解以得到羧酸108。下文公开用于将接头L与募集部分X附接的方法。
技术人员将理解上述方案的许多变体可用于提供范围广泛的化合物：
1)序列104–106–107可以根据需要重复，以形成更长的聚胺序列。
2)可以使用多种氨基杂环羧酸来形成不同的次单元。表4虽然不旨在限制，但提供了几种杂环氨基酸，这些氨基酸被考虑用于合成本公开的化合物。氨基甲酸酯保护基团PG可以使用本领域公认的技术并入。
表4.杂环氨基酸。
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3)含羟基的杂环氨基酸可以作为它们的TBS醚并入方案B。虽然不旨在限制，但方案B提供了TBS保护的杂环氨基酸的合成，该杂环氨基酸被考虑用于本公开中的分子的合成。
方案B.TBS保护的杂环氨基酸的合成
4)脂族氨基酸可用于上述合成以形成间隔单元“W”和识别DNA核苷酸的次单元。表5虽然不旨在限制，但提供了几种脂族氨基酸，这些氨基酸被考虑用于合成本公开的分子。
表5.脂族氨基酸
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方案C.聚酰胺/募集剂/接头缀合物的合成。
接头L与募集部分X的附接可以用方案III中公开的方法完成，该方法使用三甘醇部分作为接头L。三甘醇301的单-TBS醚在Mitsunobu条件下转化为溴代化合物302。募集部分X通过用羟基部分置换溴来附接，得到醚303。然后通过用氟化物处理去除TBS基团，得到适合于聚酰胺部分偶联的醇304。其他方法对本领域技术人员来说将是显而易见的，对于替代性接头L的包含，包括但不限于丙二醇或聚胺接头，或募集部分X的替代性附接点，包括但不限于使用胺和硫醇。
方案D.聚酰胺/募集剂/接头缀合物的合成。
X-L-Y分子的合成可以用方案D中列出的方法完成。将羧酸108转化为酰氯401。在碱性条件下与301的醇官能度反应提供偶联产物402。用于执行该偶联程序的其他方法对于本领域技术人员将是显而易见的，包括但不限于使用碳二亚胺试剂。例如，酰胺偶联试剂可以使用但不限于碳二亚胺诸如二环己基碳二亚胺(DCC)、二异丙基碳二亚胺(DIC)、乙基-(N',N'-二甲基氨基)丙基碳二亚胺盐酸盐(EDC)，与试剂诸如1-羟基苯并三唑(HOBt)、4-(N,N-二甲氨基)吡啶(DMAP)和二异丙基乙胺(DIEA)组合。根据实际的偶联反应，还经常使用其他试剂，包括(苯并三唑-1-基氧基)叄(二甲基氨基)鏻六氟磷酸盐(BOP)、(苯并三唑-1-基氧基)三(N-吡咯烷基)鏻六氟磷酸盐(PyBOP)、(7-氮杂苯并三唑-1-基氧基)三(N-吡咯烷基)鏻六氟磷酸盐(PyAOP)、溴代三(N-吡咯烷基)鏻六氟磷酸盐(PyBrOP)、双(2-氧代-3-噁唑烷基)膦酰氯(BOP-Cl)、O-(苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子六氟磷酸盐(HBTU)、O-(苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子四氟硼酸盐(TBTU)、O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子六氟磷酸盐(HATU)、O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子四氟硼酸盐(TATU)、O-(6-氯苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子六氟磷酸盐(HCTU)、羰基二咪唑(CDI)和N,N,N',N'-四甲基氯甲脒阳离子六氟磷酸盐(TCFH)。
将蛋白质结合分子附接至寡聚骨架
通常，寡聚骨架经功能化以适应可以进行的化学反应的类型，以将寡聚物连接至蛋白质结合部分中的附接位置。合适的类型反应为但不限于酰胺偶联反应、醚形成反应(O-烷基化反应)、胺形成反应(N-烷基化反应)，有时还有碳-碳偶联反应。用于连接低聚物与蛋白质结合剂的一般反应如下所示。表2中所示的化合物和结构可以在化学上可行的任何位置附接至本文所述的寡聚骨架，而不干扰化合物与调控蛋白之间的氢键。
方案E.酰胺偶联。
低聚物或蛋白质结合剂可以经功能化以具有羧酸，并且另一个偶联对应物用氨基基团进行功能化，因此这些部分可以通过酰胺偶联试剂介导而缀合在一起。酰胺偶联试剂可以使用但不限于碳二亚胺诸如二环己基碳二亚胺(DCC)、二异丙基碳二亚胺(DIC)、乙基-(N',N'-二甲基氨基)丙基碳二亚胺盐酸盐(EDC)，与试剂诸如1-羟基苯并三唑(HOBt)、4-(N,N-二甲氨基)吡啶(DMAP)和二异丙基乙胺(DIEA)组合。根据实际的偶联反应，还经常使用其他试剂，包括(苯并三唑-1-基氧基)叄(二甲基氨基)鏻六氟磷酸盐(BOP)、(苯并三唑-1-基氧基)三(N-吡咯烷基)鏻六氟磷酸盐(PyBOP)、(7-氮杂苯并三唑-1-基氧基)三(N-吡咯烷基)鏻六氟磷酸盐(PyAOP)、溴代三(N-吡咯烷基)鏻六氟磷酸盐(PyBrOP)、双(2-氧代-3-噁唑烷基)膦酰氯(BOP-Cl)、O-(苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子六氟磷酸盐(HBTU)、O-(苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子四氟硼酸盐(TBTU)、O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子六氟磷酸盐(HATU)、O-(7-氮杂苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子四氟硼酸盐(TATU)、O-(6-氯苯并三唑-1-基)-N,N,N',N'-四甲基脲阳离子六氟磷酸盐(HCTU)、羰基二咪唑(CDI)和N,N,N',N'-四甲基氯甲脒阳离子六氟磷酸盐(TCFH)。
一方面，本公开的分子包含细胞穿透配体部分。细胞穿透配体部分用于促进化合物跨细胞膜的转运。在某些实施例中，细胞穿透配体部分为多肽。几种肽序列可以促进进入细胞，包括聚阳离子序列，诸如poly-R；插有间隔子的富含精氨酸的序列，诸如(RXR)n(X＝6-氨基己酸)和(RXRRBR)n(B＝β-丙氨酸)；衍生自Penetratin肽的序列；和衍生自PNA/PMO内化肽(Pip)的序列。Pip5系列以序列ILFQY为特征。
在某些实施例中，细胞穿透多肽包含N末端阳离子序列H2N-(R)n-CO-，其中n＝5至10，包括端值。在某些实施例中，N末端阳离子序列的1、2或3个R被取代为独立地选自β-丙氨酸和6-氨基己酸的氨基酸残基。
在某些实施例中，细胞穿透多肽包含ILFQY序列。在某些实施例中，细胞穿透多肽包含QFLY序列。在某些实施例中，细胞穿透多肽包含QFL序列。
在某些实施例中，细胞穿透多肽包含C末端阳离子序列-HN-(R)n-COOH，其中n＝5至10，包括端值。在某些实施例中，C末端阳离子序列的1、2或3个R被取代为独立地选自β-丙氨酸和6-氨基己酸的氨基酸残基。在某些实施例中，C末端阳离子序列在每隔一个位置用独立地选自β-丙氨酸和6-氨基己酸的氨基酸残基进行取代。在某些实施例中，C末端阳离子序列为-HN-RXRBRXRB-COOH。
表6.细胞穿透肽。
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Ac＝乙酰基；B＝β-丙氨酸；X＝6-氨基己酸；dK/dR＝相应的D-氨基酸。
实例
以下实例是为了说明本发明的各种实施例而给出的，并不意味着以任何方式限制本发明。本实例以及本文所述的方法目前代表优选的实施例，是示例性的，并且不旨在限制本发明的范围。本领域技术人员会想到其中的变化和其他用途涵盖在权利要求书的范围所定义的本发明的精神范围内。
虽然已经在本文中显示和描述了本发明的优选实施方案，但所属领域的技术人员应清楚这类实施方案仅是作为示例而提供的。在不脱离本发明的情况下，本领域的技术人员现在将意识到许多变化、改变和替代。应当理解，可以采用本文所描述的实施例的各种替代方案。下列权利要求旨在界定本发明的范围，并据此涵盖这些权利要求及其等效物范围内的方法和结构。
以下实例旨在说明而非限制所公开的实施例。
方案A描述了用于制备聚酰胺、将聚酰胺附接至寡聚骨架、然后将配体附接至寡聚骨架的另一端所涉及的步骤。可以使用该合成来制备转录调节剂分子，诸如下表3中所列的那些。
代表性配体的合成
实例1.N-(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)-4-[(2E)-4-(甲 基氨基)丁-2-烯酰胺基]苯甲酰胺(INT-10)的合成
方案1
步骤：(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酸甲酯的合成
将3颈250mL烧瓶冷却至-15℃至-25℃。用(2E)-4-溴丁-2-烯酸甲酯(5.00g，27.93mmol，1.00当量)在THF(25.00mL)中的溶液填充加料漏斗。用甲胺(2M，在THF中)(13.79mL，2.50当量)填充第二加料漏斗。历经30分钟逐滴且同时地添加这两种溶液，将锅温度保持在-30℃。将混合物温热至室温并保持3.0小时。然后将反应混合物冷却至-60℃至-65℃。添加TEA(14.13g，139.66mmol，5.00当量)，并历经1.0小时逐滴添加(Boc)2O(24.38g，111.73mmol，4.00当量)在THF(50.00mL)中的溶液。将混合物保持2.0小时，同时使其温热至室温。通过TLC(9:1庚烷：EtOAc)检查反应是否完成。滤出沉淀并将混合物浓缩成油状物。将该油状物重新溶解在CH2Cl2(50mL)中，连续用水(25mL)、1N HCl(25mL)和水(2x25mL)洗涤。有机层经硫酸钠(10g)干燥10分钟。过滤混合物并浓缩。获得黄色油状(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酸甲酯(6.00g，92.75％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C11H19NO4：229.13，测量值：247.15[M+H2O]+。
步骤2：(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酸的合成
在0℃向(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酸甲酯(6.00g，26.17mmol，1.00当量)在THF(40.00mL)和H2O(40.00mL)中的搅拌溶液中添加KOH(5.87g，104.62mmol，4.00当量)。将所得混合物在室温搅拌17.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。将残余物溶解在水(20mL)中。用2M HCl将混合物酸化至pH＝4至5。所得混合物用EA(3x50mL)萃取。合并的有机层用水性NaCl(40mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在真空下浓缩。获得黄色油状(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酸(4.50g，79.89％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C10H17NO4：215.12，测量值：238.10[M+Na]+。
步骤3：4-[(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酰胺基]苯甲酸甲酯的合成
在室温向(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酸(4.50g，20.91mmol，1.00当量)在DMF(60.00mL)中的搅拌溶液中添加HATU(9.54g，25.09mmol，1.20当量)、DIEA(8.11g，62.72mmol，3.00当量)和4-氨基苯甲酸甲酯(3.16g，20.91mmol，1.00当量)。将所得混合物在室温搅拌3.0小时。在0℃用水/冰(150mL)淬灭反应。所得混合物用EA(3x200 mL)萃取。合并的有机层用水性NaCl(80mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(3:1)洗脱，以得到黄色固体状4-[(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酰胺基]苯甲酸甲酯(2.00g，27.46％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C18H24N2O5：348.17，测量值：371.05[M+Na]+。
步骤4：4-[(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酰胺基]苯甲酸的合成
在室温向4-[(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酰胺基]苯甲酸甲酯(1.00g，2.87mmol，1.00当量)在THF(10.00mL)和H2O(5.00mL)中的搅拌溶液中分批添加LiOH.H2O(361.34mg，8.61mmol，3.00当量)。将所得混合物在室温搅拌17.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。然后将残余物溶解在水(4mL)中。用2N HCl将混合物中和至pH 7。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x5 mL)洗涤，在真空下干燥。获得浅黄色固体状4-[(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酰胺基]苯甲酸(670.00mg，63.87％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C17H22N2O5：334.15，测量值：335.15[M+H]+。
步骤5：3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)-1H-吲哚的合成
在0℃历经10分钟将甲基溴化镁(在2-甲基四氢呋喃中的3.2M，9.84mL，85.41mmol，2.00当量)逐滴添加至吲哚(10.00g，117.15mmol，2.75当量)在THF(200.00mL)中的溶液中。将溶液在0℃至2℃搅拌30分钟。逐滴添加2,4,5-三氯嘧啶(7.83g，42.68mmol，1.00当量)。移除冰浴并将溶液在环境温度搅拌1.0小时。将温度升至60℃，并将混合物在60℃搅拌1.5小时。将混合物冷却至25℃并逐滴添加乙酸(4.94mL，86.4mmol，2.00当量)。添加水(80mL)和THF(16mL)，并将混合物在60℃搅拌20分钟，得到双相溶液。分层并将庚烷(80mL)添加至有机溶液中，导致固体结晶。通过过滤收集固体，用庚烷(16mL)洗涤并在真空烘箱中干燥，以黄色固体状得到3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)-1H-吲哚(5.10g，21.45％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C12H7Cl2N3：263.00，测量值：264.05[M+H]+。
步骤6：5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)-N-(3-硝基苯基)嘧啶-2-胺的合成
在室温向250mL圆底烧瓶中添加3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)-1H-吲哚(5.10g，19.31mmol，1.00当量)、对甲苯磺酸(6.65g，38.62mmol，2.00当量)和3-硝基苯胺(2.67g，19.33mmol，1.00当量)。将所得混合物在120℃和氮气气氛下搅拌24.0小时。将反应混合物蒸发至干，再溶解在DCM(100mL)和MeOH(10mL)中并依次用饱和NaHCO3(50mL)、水(50mL)和饱和盐水(50mL)洗涤。将有机层经Na2SO4干燥。过滤固体并蒸发滤液以得到粗产物。将所得固体与DCM/MeOH(9:1)一起研磨，过滤并用DCM洗涤，得到浅黄色固体状5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)-N-(3-硝基苯基)嘧啶-2-胺(4.90g，96.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C18H12ClN5O2：365.07，测量值：366.15[M+H]+。
步骤7：N1-[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]苯-1,3-二胺的合成
在氮气气氛下，在250mL圆底烧瓶中，向5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)-N-(3-硝基苯基)嘧啶-2-胺(4.90g，13.40mmol，1.00当量)在40.00mL THF和40.00mL H2O中的溶液添加Fe(11.22g，200.94mmol，15.00当量)和NH4Cl(17.91g，334.90mmol，25.00当量)。将混合物在80℃搅拌17.0小时，然后将反应混合物通过硅藻土垫过滤。分离有机相，用水(50mL)、盐水(50mL)洗涤，用无水Na2SO4干燥并蒸发，以得到4.40g浅黄色固体状N1-[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]苯-1,3-二胺粗品。LC/MS：质量计算值。对于C18H14ClN5：335.09，测量值：336.10[M+H]+。
步骤8：N-[(2E)-3-([4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]氨基甲酰基)丙-2-烯-1-基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯的合成
在室温向4-[(2E)-4-[(叔丁氧基羰基)(甲基)氨基]丁-2-烯酰胺基]苯甲酸(262.88mg，0.79mmol，1.10当量)在DMF(8.00mL)中的搅拌溶液中添加HATU(326.11mg，0.86mmol，1.20当量)、DIEA(277.11mg，2.14mmol，3.00当量)和N1-[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]苯-1,3-二胺(240.00mg，0.72mmol，1.00当量)。将所得混合物在室温搅拌17.0小时。在0℃用水/冰(20mL)淬灭反应。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x5 mL)洗涤，在真空下干燥。获得黄色固体状N-[(2E)-3-([4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]氨基甲酰基)丙-2-烯-1-基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(500.00mg，85.82％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C35H34ClN7O4：651.24，测量值：652.35[M+H]+。
步骤9：N-(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)-4-[(2E)-4-(甲基氨基)丁-2-烯酰胺基]苯甲酰胺的合成
在室温向N-[(2E)-3-([4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]氨基甲酰基)丙-2-烯-1-基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(500.00mg，0.77mmol，1.00当量)在DCM(16.00mL)中的搅拌溶液中添加TFA(4.00mL)。将所得混合物在室温搅拌1.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，15分钟内30％至50％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩。获得黄色油状N-(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)-4-[(2E)-4-(甲基氨基)丁-2-烯酰胺基]苯甲酰胺(330.00mg，72.48％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C30H26ClN7O2：551.18，测量值：552.30[M+H]+。
实例2.N-[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]-4- [(2E)-4-溴丁-2-烯酰胺基]苯甲酰胺(INT-11-Br)的合成
方案2
步骤1：(2E)-4-溴丁-2-烯酰氯的合成
在室温向4-溴-反式巴豆酸(1.50g，9.09mmol，1.00当量)在DCM(20.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加(COCl)2(6.92g，54.52mmol，6.00当量)和DMF(0.50mL)。将所得混合物在室温搅拌2.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。获得黄色油状(2E)-4-溴丁-2-烯酰氯(1.50g，89.94％收率)。
步骤2：1-(苯磺酰基)-3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)吲哚的合成
向1-(苯磺酰基)吲哚基硼酸(2.00g，6.64mmol，1.00当量)和2,4,5-三氯嘧啶(1.22g，6.64mmol，1.00当量)在乙腈(20.00mL)和H2O(10.00mL)中的搅拌混合物中添加Na2CO3(1.41g，13.28mmol，2.00当量)和Pd(PPh3)4(0.38g，0.33mmol，0.05当量)。进行N2交换三次。将反应混合物在85℃和氮气气氛下搅拌2.0小时。然后过滤，滤饼用水(3x5 mL)、正己烷(2x5 mL)洗涤，在真空下干燥。这产生了白色固体状1-(苯磺酰基)-3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)吲哚(2.60g,87.15％)。LC/MS：质量计算值。对于C18H11Cl2N3O2S：402.99，测量值：403.95[M+H]+。
步骤3：4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯-N-(3-硝基苯基)嘧啶-2-胺的合成
在室温向1-(苯磺酰基)-3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)吲哚(2.00g，4.95mmol，1.00当量)和3-硝基苯胺(683.34mg，4.95mmol，1.00当量)在戊-2-醇(50.00mL)中的搅拌溶液中添加对甲苯磺酸(1.70g，9.89mmol，2.00当量)。将所得混合物在120℃搅拌17.0小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物溶解在DCM(100mL)和MeOH(10mL)中，并用饱和NaHCO3(1x50mL)、H2O(1x50 mL)和盐水(1x50 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在真空下浓缩。获得黄色固体状4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯-N-(3-硝基苯基)嘧啶-2-胺(2.20g，58.16％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C24H16ClN5O4S：505.06，测量值：506.15[M+H]+。
步骤4：N1-[4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]苯-1,3-二胺的合成
在室温向4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯-N-(3-硝基苯基)嘧啶-2-胺(2.20g，4.35mmol，1.00当量)在EtOH(30.00mL)和H2O(10.00mL)中的搅拌溶液中分批添加Fe(2.43g，43.51mmol，10.01当量)和NH4Cl(3.49g，65.23mmol，15.00当量)。将所得混合物在80℃搅拌17.0小时。使混合物冷却至室温。过滤所得混合物，用EA(3x10 mL)洗涤滤饼。将滤液在减压下浓缩。将残余物溶解在H2O(30mL)中，用EA(3x50 mL)萃取。合并的有机层用盐水(30mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在真空下浓缩。获得红色油状粗制N1-[4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]苯-1,3-二胺(2.00g，78.48％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C24H18ClN5O2S：475.09，测量值：476.15[M+H]+。
步骤5：N-(4-[[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]氨基甲酰基]苯基)氨基甲酸叔丁酯的合成
在0℃向4-[(叔丁氧基羰基)氨基]苯甲酸(1.00g，4.20mmol，1.00当量)在DMF(25.00mL)中的搅拌溶液中添加HATU(2.40g，6.30mmol，1.50当量)、DIEA(1.63g，12.61mmol，3.00当量)和N1-[4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]苯-1,3-二胺(2.00g，4.20mmol，1.00当量)。将所得混合物在室温搅拌17.0小时。在0℃用水/冰(75mL)淬灭反应。所得混合物通过EA(3x100 mL)萃取。合并的有机层用盐水(3x100 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱纯化，用PE/EA(3:2)洗脱，以得到黄色固体状N-(4-[[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]氨基甲酰基]苯基)氨基甲酸叔丁酯(2.00g，61.16％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C36H31ClN6O5S：694.18，测量值：695.10[M+H]+。
步骤6：4-氨基-N-[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]苯甲酰胺的合成
将N-(4-[[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]氨基甲酰基]苯基)氨基甲酸叔丁酯(2.00g，2.88mmol，1.00当量)在1,4-二噁烷中的HCl(4M,20.00mL)中的溶液在室温搅拌1.5小时。将所得混合物在真空下浓缩。获得黄色固体状4-氨基-N-[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]苯甲酰胺(2.00g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C31H23ClN6O3S：594.12，测量值：595.25[M+H]+。
步骤7：N-[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]-4-[(2E)-4-溴丁-2-烯酰胺基]苯甲酰胺的合成
在0℃向4-氨基-N-[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]苯甲酰胺(1.90g，3.19mmol，1.00当量)在THF(20.00mL)的搅拌溶液中逐滴添加DIEA(1.24g，9.58mmol，3.00当量)以及(2E)-4-溴丁-2-烯酰氯(0.59g，3.22mmol，1.01当量)在THF(10.00mL)中的溶液。将所得混合物在室温搅拌1.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(1:4)洗脱，以得到黄色固体状N-[3-[4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]-4-[(2E)-4-溴丁-2-烯酰胺基]苯甲酰胺(1.60g，64.21％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C35H26BrClN6O4S：740.06、742.06，测量值：741.00、743.00[M+H，M+2+H]+。
实例3.(2E)-N-[4-[(3R)-3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]哌啶-1- 羰基]苯基]-4-(甲基氨基)丁-2-烯酰胺(INT-12)的合成
方案3
步骤1：(3R)-3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成
向1-(苯磺酰基)-3-(2,5-二氯嘧啶-4-基)吲哚(4.00g，9.89mmol，1.00当量)和(3R)-3-氨基哌啶-1-甲酸叔丁酯(3.21g，16.03mmol，1.62当量)的在NMP(50.00mL)中的搅拌混合物中添加DIEA(1.91g，14.84mmol，15.00当量)。将反应混合物在140℃搅拌17.0小时。在0℃用水(200mL)淬灭反应。所得混合物用EtOAc(3x50 mL)萃取。合并的有机层用盐水(2x50 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EtOAc(1:1)洗脱，以得到棕色油状(3R)-3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(5.00g，66.63％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C28H30ClN5O4S：567.17，测量值：568.20[M+H]+。
步骤2：(3R)-3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成
在室温向(3R)-3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(4.00g，7.04mmol，1.00当量)在MeOH(50.00mL)中的搅拌溶液中添加在H2O(25.00mL)中的KOH(1.58g，28.16mmol，4.00当量)。将所得混合物在室温搅拌4.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(2:1)洗脱，以得到黄色固体状(3R)-3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]哌啶-1-甲酸叔丁酯(2.00g，63.53％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C22H26ClN5O2：427.18，测量值：428.10[M+H]+。
步骤3：5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)-N-[(3R)-哌啶-3-基]嘧啶-2-胺的合成
在室温向(3R)-3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]哌啶-1-甲酸叔丁酯(500.00mg，1.17mmol，1.00当量)在MeOH(5.00mL)中的搅拌溶液中添加在1,4-二噁烷中的HCl(气体)(4M,15.00mL)。将所得混合物在室温搅拌2.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。获得黄色固体状5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)-N-[(3R)-哌啶-3-基]嘧啶-2-胺(500.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C17H18ClN5：327.13，测量值：328.15[M+H]+。
步骤4：N-[(2E)-3-([4-[(3R)-3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]哌啶-1-羰基]苯基]氨基甲酰基)丙-2-烯-1-基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯的合成
程序与N-[(2E)-3-([4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]氨基甲酰基)丙-2-烯-1-基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(INT-10.8)相同。使用500.00mg的5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)-N-[(3R)-哌啶-3-基]嘧啶-2-胺，获得900.00mg的黄色固体状所期望产物(69.14％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C34H38ClN7O4：643.27，测量值：644.35[M+H]+。
步骤5：(2E)-N-[4-[(3R)-3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]哌啶-1-羰基]苯基]-4-(甲基氨基)丁-2-烯酰胺的合成
程序与N-(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)-4-[(2E)-4-(甲基氨基)丁-2-烯酰胺基]苯甲酰胺(INT-10)相同。使用900.00mg的N-[(2E)-3-([4-[(3R)-3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]哌啶-1-羰基]苯基]氨基甲酰基)丙-2-烯-1-基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯，获得450.00mg的浅黄色固体状所期望产物(59.20％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C29H30ClN7O2：543.21，测量值：544.15[M+H]+。
实例4.(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺 基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙 酸(INT-14)的合成
方案4
步骤1：(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯的合成
向1000ml烧瓶中添加4-叔丁基苯甲酸(10.00g，56.11mmol，1.00当量)和DMF(250.00mL)，将溶液在0℃搅拌10分钟，添加L-苯丙氨酸甲酯(12.07g，67.33mmol，1.20当量)、TBTU(23.42g，72.94mmol，1.30当量)、DIEA(18.13g，140.27mmol，2.50当量)，将反应在0℃搅拌1.0小时。将反应倒入冰水(800mL)中，通过过滤收集沉淀的固体并用水(3x100mL)洗涤，在真空下干燥。这产生白色固体状(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(20.00g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C21H25NO3：339.18，测量值：340.20[M+H]+。
步骤2：(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸的合成
向1000ml烧瓶中添加(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸酯(19.00g，55.98mmol，1.00当量)、MeOH(160.00mL)、LiOH.H2O(2M，83.96mL，167.93mmol，3.00当量)、THF(80.00mL)，将反应在室温搅拌1.0小时。将反应浓缩，将残余物溶解在水(200mL)中，冷却至0℃，用2M盐酸调节至pH＝5。通过过滤收集沉淀的固体并用水(3x50 mL)洗涤，在真空下干燥。这产生白色固体状(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸(19.00g，粗品)。LCMS：质量计算值。对于C20H23NO3：325.17，测量值：326.15[M+H]+。
步骤3：(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT14.1)相同，但反应温度为室温。使用10.00g的(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸，获得13.00g灰白色固体状(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酸酯粗品。LC/MS：质量计算值。对于C25H32N2O4：424.24，测量值：425.25[M+H]+。
步骤4：(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酸的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.2)相同。使用13.00g的(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酸甲酯，获得12.00g的灰白色固体状(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酸(95.68％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C23H28N2O4：396.20，测量值：397.25[M+H]+。
步骤5：(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同，但反应温度为室温。使用10.00g的(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酸，获得12.00g白色固体状所期望产物的粗品(94.99％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C30H39N3O8：569.27，测量值：592.45[M+Na]+。
步骤6：(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
将(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(13.00g，22.82mmol，1.00当量)和在1,4-二噁烷中的HCl(气体)(50.00mL,4M)在DCM(100.00mL)中的溶液在室温搅拌1.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。所得固体用Et2O(2x50 mL)洗涤并在真空下干燥。这产生白色固体状(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(12.00g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C25H31N3O6：469.22，测量值：470.40[M+H]+。
步骤7：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同，但反应温度为室温，并且反应时间为2.0小时。使用9.00g的(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯，获得8.50g的白色固体状所期望产物(64.99％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C36H50N4O9：682.36，测量值：683.55[M+H]+。
步骤8：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同。使用8.50g的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯，获得8.40g的白色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C31H42N4O7：582.31，测量值：583.50[M+H]+。
步骤9：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同，但反应温度为室温。并且所获固体通过制备型手性SFC纯化，柱：GreenSep Basic,3*15cm,5μm；流动相A：CO2，流动相B：MeOH(0.5％2M NH3-MeOH)--HPLC；流速：75mL/min；梯度：等度30％B；柱温(℃):35；背压(巴)：100；波长：254nm；RT1(分钟)：4.82；样品溶剂：MeOH--HPLC。使用8.00g的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-4-甲戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯，获得4.80g的黄色固体状所期望产物(40.23％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C54H68N6O10：960.50，测量值：961.95[M+H]+。
步骤10：(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
将(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(2.60g，2.71mmol，1.00当量)和二乙胺(2.00mL)在DMF(8.00mL)中的溶液在室温搅拌20分钟。所得溶液通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，30分钟内5％至38％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并蒸发，以得到黄色固体状(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(2.00g,85.05％)。LC/MS：质量计算值。对于C39H58N6O8：738.43，测量值：739.65[M+H]+。
步骤11：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯
在室温向(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(1.80g，2.44mmol，1.00当量)和乙醛(428.00mg，9.72mmol，3.99当量)在MeOH(10.00mL)中的搅拌溶液中分批添加NaBH3CN(459.00mg，7.30mmol，3.00当量)。将所得混合物在室温搅拌3.0小时。将所得混合物在减压下浓缩。所得混合物用水(150mL)稀释。所得混合物用CH2Cl2(3x150mL)萃取。合并的有机层用盐水(2x50 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，以得到黄色油状(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(1.75g，90.50％收率)。HRMS：质量计算值。对于C43H66N6O8：794.4942，测量值：795.5154[M+H]+。
步骤12：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸(INT-14.2)相同，但溶剂为MeOH/H2O，反应温度为30℃，并且反应时间为2.0小时。使用1.60g的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯，获得1.70g白色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C42H64N6O8：780.48，测量值：781.45[M+H]+。
实例5.4-([2,5-双[4-(吡咯烷-1-基)哌啶-1-羰基]苯基]氨基)苯甲酸(INT-18) 的合成
方案5
步骤1：1-[3-溴-4-[4-(吡咯烷-1-基)哌啶-1-羰基]苯甲酰基]-4-(吡咯烷-1-基)哌啶的合成
向2-溴苯-1,4-二甲酸(1.00g，4.08mmol，1.00当量)在DMF(25.00mL)中的溶液中添加TBTU(3.12g，12.24mmol，3.00当量)和三乙胺(1.23g，12.20mmol，2.99当量)。然后添加4-(吡咯烷-1-基)哌啶(1.26g，8.16mmol，2.00当量)。将混合物在室温搅拌过夜。将混合物倒入50mL冰水中，EA萃取(3x50 mL)。合并有机相并且用H2O(2x50 mL)和盐水(50mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。滤出固体并浓缩。残余物通过硅胶柱用DCM/MeOH＝5:1纯化。获得1.00g棕色固体状所期望产物(46.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C26H37BrN4O2：516.21，测量值：517.05、519.05[M+H，M+2+H]+。
步骤2：4-([2,5-双[4-(吡咯烷-1-基)哌啶-1-羰基]苯基]氨基)苯甲酸叔丁酯的合成
向1-[3-溴-4-[4-(吡咯烷-1-基)哌啶-1-羰基]苯甲酰基]-4-(吡咯烷-1-基)哌啶(1.00g，1.93mmol，1.00当量)在Tol(25.00mL)中的溶液中添加4-氨基苯甲酸叔丁酯(373.41mg，1.93mmol，1.00当量)、叔丁醇钾(433.66mg，3.865mmol，2.0当量)、X-Phos(184.23mg，0.39mmol，0.20当量)和Pd2(dba)3.CHCl3(200.01mg，0.19mmol，0.10当量)。进行N2交换三次。将混合物在120℃搅拌12.0小时。去除溶剂并且残余物通过硅胶柱用MeOH/DCM＝1:5纯化。获得950.00mg棕色固体状所期望产物(58.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C37H51N5O4：629.39，测量值：630.50[M+H]+。
步骤3：4-([2,5-双[4-(吡咯烷-1-基)哌啶-1-羰基]苯基]氨基)苯甲酸的合成
向100mL烧瓶中添加4-([2,5-双[4-(吡咯烷-1-基)哌啶-1-羰基]苯基]氨基)苯甲酸叔丁酯(950.00mg，1.51mmol，1.00当量)和在二噁烷中的4M HCl(20.00mL)。将混合物在室温搅拌2.0小时。去除溶剂并且残余物用Et2O(2x10 mL)洗涤，在真空下干燥。这产生850mg浅棕色固体状所期望产物(90.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C33H43N5O4：573.33，测量值：574.50[M+H]+。
实例6.3-[[4-([[4-羟基-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]氨基)-8-异丙基吡唑并[1, 5-a][1,3,5]三嗪-2-基]氧基]哌啶-1-甲酸叔丁酯(INT-22-Boc)的合成
方案6
步骤1：4-甲氧基-2-(吡唑-1-基)苯甲腈的合成
在室温向2-溴-4-甲氧基苯甲腈(4.50g，21.22mmol，1.00当量)在DMF(80.00mL)中的搅拌溶液中分批添加吡唑(7.22g，106.05mmol，5.00当量)、Cs2CO3(13.83g，42.44mmol，2.00当量)和CuBr(6.09g，42.44mmol，2.00当量)。将所得混合物在N2气氛下在120℃搅拌17.0小时。过滤所得混合物，并用H2O(150mL)稀释滤液。所得混合物用EA(3x200 mL)萃取。合并的有机层用盐水(3x200 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱纯化，用PA/EA(3:1)洗脱，以得到白色固体状4-甲氧基-2-(吡唑-1-基)苯甲腈(1.70g，39.44％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C11H9N3O：199.07，测量值：200.05[M+H]+。
步骤2：4-羟基-2-(吡唑-1-基)苯甲腈的合成
在-78℃向4-甲氧基-2-(吡唑-1-基)苯甲腈(1.30g，6.53mmol，1.00当量)在DCM(20.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加三溴化硼(32.70g，0.13mmol，20.00当量)。将所得混合物在室温搅拌两天。在0℃用水/冰(20mL)淬灭反应。所得混合物用DCM(3x50 mL)萃取。合并的有机层用盐水(1x50 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在真空下浓缩。获得黄色固体状4-羟基-2-(吡唑-1-基)苯甲腈(1.20g，84.72％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C10H7N3O：185.06，测量值：186.10[M+H]+。
步骤3：4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯甲腈的合成
在室温向4-羟基-2-(吡唑-1-基)苯甲腈(1.10g，5.94mmol，1.00当量)在CH3CN(20.00mL)中的搅拌溶液中分批添加BnBr(1.52g，5.89mmol，1.50当量)和K2CO3(2.46g，17.82mmol，3.00当量)。将所得混合物在60℃搅拌3.0小时。滤出固体并将滤液在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(4:1)洗脱，以得到白色固体状4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯甲腈(1.20g，73.07％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C17H13N3O：275.11，测量值：276.10[M+H]+。
步骤4：1-[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲胺的合成
在室温向4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯甲腈(1.20g，4.36mmol，1.00当量)在MeOH(20.00mL)中的搅拌溶液中分批添加雷尼镍(373.43mg，4.36mmol，1.00当量)和NH3.H2O(76.38mg，2.18mmol，0.50当量)。然后进行H2交换三次。将所得混合物在室温在H2气氛下搅拌3.0小时。滤出固体并且滤饼用MeOH(3x10 mL)洗涤。将滤液在真空下浓缩。获得黄色油状1-[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲胺(1.20g，86.69％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C17H17N3O：279.14，测量值：280.15[M+H]+。
步骤5：8-异丙基-2-亚硫基-1H,3H-吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-酮的合成
在室温向4-异丙基-1H-吡唑-3-胺(2.50g，19.97mmol，1.00当量)在DCM(40.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加在DCM(20.00mL)中的N-硫代甲酰基氨基甲酸乙酯(2.62g，19.98mmol，1.00当量)。将所得混合物在室温搅拌3.0小时。通过过滤收集沉淀的固体并用DCM(3x10 mL)洗涤，在真空下干燥。
将残余物溶解在CH3CN(45.00mL)中。在室温向上述混合物中分批添加K2CO3(8.28g，59.92mmol，3.00当量)。将所得混合物在80℃再搅拌3.0小时。用AcOH将混合物酸化至pH 3-5。将所得混合物在真空下浓缩。将残余物悬浮在H2O(50mL)中。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x10 mL)洗涤，在真空下干燥。获得白色固体状8-异丙基-2-亚硫基-1H,3H-吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-酮(3.00g，66.64％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C8H10N4OS：210.06，测量值：211.00[M+H]+。
步骤6：8-异丙基-2-(甲基硫烷基)-1H-吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-酮的合成
在0℃向8-异丙基-2-亚硫基-1H,3H-吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-酮(2.50g，11.89mmol，1.00当量)在EtOH(35.00mL)中的搅拌溶液和在H2O(12.00mL)中的2M NaOH中逐滴添加碘甲烷(1.86g，13.10mmol，1.10当量)。将所得混合物在室温搅拌3.0小时。用6M HCl将混合物酸化至pH 3-5。将所得混合物在真空下浓缩。将残余物悬浮在水(20mL)中。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x5 mL)洗涤，在真空下干燥。获得白色固体状8-异丙基-2-(甲基硫烷基)-1H-吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-酮(1.10g，41.25％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C9H12N4OS：224.07，测量值：225.10[M+H]+。
步骤7：4-氯-8-异丙基-2-(甲基硫烷基)吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪的合成
在室温向8-异丙基-2-(甲基硫烷基)-1H-吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-酮(1.00g，4.46mmol，1.00当量)在POCl3(10.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加N,N-二乙基苯胺(2.00g，13.40mmol，3.01当量)。将所得混合物在90℃搅拌3.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。获得红色油状4-氯-8-异丙基-2-(甲基硫烷基)吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪(1.17g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C9H11ClN4S：242.04，测量值：243.05[M+H]+。
步骤8：N-[[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]-8-异丙基-2-(甲基硫烷基)吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-胺
在室温向4-氯-8-异丙基-2-(甲基硫烷基)吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪(1.00g，4.12mmol，1.00当量)在CH3CN(15.00mL)中的搅拌溶液中分批添加1-[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲胺(1.15g，4.12mmol，1.00当量)和DIEA(2.66g，20.60mmol，5.00当量)。将所得混合物在50℃搅拌17.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。将残余物溶解在EA(50mL)中。所得混合物用饱和水性NaHCO3(1x30 mL)和盐水(1x20 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(4:1)洗脱，以得到黄色固体状N-[[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]-8-异丙基-2-(甲基硫烷基)吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-胺(1.10g，53.44％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C26H27N7OS：485.20，测量值：486.30[M+H]+。
步骤9：N-[[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]-8-异丙基-2-甲磺酰基吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-胺的合成
在室温向N-[[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]-8-异丙基-2-(甲基硫烷基)吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-胺(1.00g，2.06mmol，1.00当量)在DCM(15.00mL)中的搅拌溶液中分批添加m-CPBA(1.07g，6.20mmol，3.01当量)。将所得混合物在室温搅拌3.0小时。所得混合物用饱和水性NaHCO3(1x10 mL)和盐水(1x5 mL)，用Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(3:2)洗脱，以得到无色油体状N-[[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]-8-异丙基-2-甲磺酰基吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-胺(1.00g，58.05％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C26H27N7O3S：517.19，测量值：540.30[M+Na]+。
步骤10：3-[[4-([[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]氨基)-8-异丙基吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-2-基]氧基]哌啶-1-甲酸叔丁酯的合成
在室温向3-羟基哌啶-1-甲酸叔丁酯(1.17g，5.81mmol，3.01当量)在DMF(10.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加在THF中的1M KHMDS(5.80mL)。将所得混合物在室温搅拌10分钟。在室温向上述混合物中逐滴添加在DMF(5.00mL)中的N-[[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]-8-异丙基-2-甲磺酰基吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-4-胺(1.00g，1.93mmol，1.00当量)。将所得混合物在70℃再搅拌2.0小时。所得混合物用EA(60mL)稀释。混合物用饱和水性NaHCO3(1x30 mL)和盐水(3x30 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(3:1)洗脱，以得到黄色油状3-[[4-([[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]氨基)-8-异丙基吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-2-基]氧基]哌啶-1-甲酸叔丁酯(900.00mg，72.93％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C35H42N8O4：638.33，测量值：639.45[M+H]+。
步骤11：3-[[4-([[4-羟基-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]氨基)-8-异丙基吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-2-基]氧基]哌啶-1-甲酸叔丁酯
在室温向3-[[4-([[4-(苄氧基)-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]氨基)-8-异丙基吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-2-基]氧基]哌啶-1-甲酸叔丁酯(900.00mg，1.41mmol，1.00当量)在MeOH(20.00mL)中的搅拌溶液中分批添加Pd/C(149.94mg)。然后进行H2交换三次。将所得混合物在室温搅拌17.0小时。过滤所得混合物，用EA(3x10 mL)洗涤滤饼。将滤液在真空下浓缩。获得白色固体状3-[[4-([[4-羟基-2-(吡唑-1-基)苯基]甲基]氨基)-8-异丙基吡唑并[1,5-a][1,3,5]三嗪-2-基]氧基]哌啶-1-甲酸叔丁酯(720.00mg，91.90％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C28H36N8O4：548.29，测量值：549.40[M+H]+。
实例7.2-[([3-乙基-5-[(2S)-2-[2-(氧杂环己烷-2-基氧基)乙基]哌啶-1-基]吡 唑并[1,5-a]嘧啶-7-基]氨基)甲基]-3-(氧杂环己烷-2-基)-1,3-苯并二唑-5-醇(INT-23- THP)的合成
方案7
步骤1：4-(苄氧基)-2-硝基苯胺的合成
在0℃历经10分钟向4-氨基-3-硝基苯酚(4.00g，25.95mmol，1.00当量)在DMF(30.00mL)溶液中添加t-BuOK(3.20g，28.25mmol，1.10当量)在THF(7.00mL)中的溶液。在已经将混合物在0℃搅拌20分钟后，逐滴添加苄基溴(4.88g，28.25mmol，1.10当量)在DMF(5.00mL)中的溶液。将反应混合物在0℃搅拌2.0小时。然后逐滴添加100mL NH4Cl以淬灭反应。滤出产物，并且滤液用水洗涤直至变为无色。将滤饼在真空下干燥。获得6.29g的红色固体状所期望产物(99.33％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C13H12N2O3：244.08，测量值：245.20[M+H]+。
步骤2：N-[[5-(苄氧基)-3H-1,3-苯并二唑-2-基]甲基]氨基甲酸叔丁酯的合成
向密封管中添加4-(苄氧基)-2-硝基苯胺(2.80g，11.46mmol，1.00当量)、N-(2-氧代乙基)氨基甲酸叔丁酯(2.19g，13.76mmol，1.20当量)、Na2S2O4(5.99g，34.39mmol，3.00当量)、EtOH(20.00mL)和DMSO(40.00mL)。将混合物在80℃搅拌17.0小时。然后将混合物倒入50mL冰水中，EA萃取(3x50 mL)。合并有机相并用水(50mL)、盐水(50mL)洗涤，然后经无水Na2SO4干燥。滤出固体并浓缩。残余物通过硅胶柱用PE/EA＝1:1纯化。获得1.71g深黄色固体状所期望产物。(38.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H23N3O3：353.17，测量值：354.25[M+H]+。
步骤3：1-[5-(苄氧基)-3H-1,3-苯并二唑-2-基]甲胺三氟乙酸盐的合成
向N-[[5-(苄氧基)-3H-1,3-苯并二唑-2-基]甲基]氨基甲酸叔丁酯(1.71g，4.84mmol，1.00当量)在DCM(25.00mL)中的溶液中添加TFA(5.00mL)。将混合物在室温搅拌2.0小时。然后去除溶剂并将残余物直接用于下一步骤。获得1.71g作为TFA盐的粗产物，其为深黄色固体。LC/MS：质量计算值。对于C15H15N3O：253.12，测量值：254.15[M+H]+。
步骤4：N-[[5-(苄氧基)-3H-1,3-苯并二唑-2-基]甲基]-5-氯-3-乙基吡唑并[1,5-a]嘧啶-7-胺
向微波管中添加1-[5-(苄氧基)-3H-1,3-苯并二唑-2-基]甲胺三氟乙酸盐(1.71g，4.66mmol，1.00当量)、5,7-二氯-3-乙基吡唑并[1,5-a]嘧啶(1.01g，4.66mmol，1.00当量)、i-PrOH(20.00mL)和CH3CN(5.00mL)。最后添加DIEA(3.01g，23.29mmol，5.00当量)。在微波条件下将溶液加热至100℃并搅拌2.0小时。去除溶剂，并且残余物通过硅胶柱用100％EA纯化。获得2.00g深黄色固体状所期望产物(89.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C23H21ClN6O：432.15，测量值：433.20[M+H]+。
步骤5：2-[(2S)-1-[7-([[5-(苄氧基)-3H-1,3-苯并二唑-2-基]甲基]氨基)-3-乙基吡唑并[1,5-a]嘧啶-5-基]哌啶-2-基]乙醇的合成
向微波管中添加N-[[5-(苄氧基)-3H-1,3-苯并二唑-2-基]甲基]-5-氯-3-乙基吡唑并[1,5-a]嘧啶-7-胺(2.00g，4.62mmol，1.00当量)、2-[(2S)-哌啶基-2-基]乙醇(1.79mol，13.86mmol，3.00当量)、NMP(28.00mL)和DIEA(2985.45mg，23.10mmol 5.00当量)。将混合物在微波条件下在230℃搅拌14.0小时。然后将混合物倒入100mL冰水中，EA萃取(3x70 mL)。合并有机相，用水(3x50 mL)洗涤并且经无水Na2SO4干燥。滤出固体并浓缩。残余物通过硅胶柱用DCM/MeOH＝12:1纯化。获得1.01g深黄色固体状所期望产物(37.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C30H35N7O2：525.29，测量值：526.40[M+H]+。
步骤6：N-[[6-(苄氧基)-1-(氧杂环己烷-2-基)-1,3-苯并二唑-2-基]甲基]-3-乙基-5-[(2S)-2-[2-(氧杂环己烷-2-基氧基)乙基]哌啶-1-基]吡唑基[1,5-a]嘧啶-7-胺的合成
向2-[(2S)-1-[7-([[5-(苄氧基)-3H-1,3-苯并二唑-2-基]甲基]氨基)-3-乙基吡唑并[1,5-a]嘧啶-5-基]哌啶-2-基]乙醇(1.01g，1.92mmol，1.00当量)在THF(10.00mL)中添加DHP(3.22g，38.35mmol，20.00当量)和p-TsOH(66.04mg，0.384mmol，0.20当量)。将混合物在N2气氛下在75℃搅拌36.0小时。然后去除溶剂，并且残余物通过反相柱在以下条件下纯化：H2O(0.05％NH4HCO3)/CH3CN，100分钟内从20％至90％。合并级分并浓缩。获得600.00mg浅棕色固体状所期望产物(42.39％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C40H51N7O4：693.40，测量值：694.55[M+H]+。
步骤7：2-[([3-乙基-5-[(2S)-2-[2-(氧杂环己烷-2-基氧基)乙基]哌啶-1-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-7-基]氨基)甲基]-3-(氧杂环己烷-2-基)-1,3-苯并二唑-5-醇的合成
将N-[[6-(苄氧基)-1-(氧杂环己烷-2-基)-1,3-苯并二唑-2-基]甲基]-3-乙基-5-[(2S)-2-[2-(氧杂环己烷-2-基氧基)乙基]哌啶-1-基]吡唑基[1,5-a]嘧啶-7-胺(500.00mg，0.72mmol，1.00当量)在EA(3.00mL)和MeOH(3.00mL)中的溶液在室温搅拌过夜。将混合物过滤并浓缩，以得到2-[([3-乙基-5-[(2S)-2-[2-(氧杂环己烷-2-基氧基)乙基]哌啶-1-基]吡唑并[1,5-a]嘧啶-7-基]氨基)甲基]-3-(氧杂环己烷-2-基)-1,3-苯并二唑-5-醇(400.00mg，91.94％收率)。LCMS：质量计算值。对于C33H45N7O4：603.35，测量值：604.50[M+H]+。
实例8.(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)- 2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己 酰胺基]-3-羟基丙酸(INT-024-OH)的合成
方案8
步骤1：(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同。使用10.00g的(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酸，获得13.00g的白色固体状(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(94.33％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C36H43N3O8：645.31，测量值：646.50[M+H]+。
步骤2：(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同。使用9.00g的(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯，获得7.60g的白色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C31H35N3O6：545.25，测量值：546.40[M+H]+。
步骤3：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同。使用7.60g的(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯，获得10.04g的白色固体状所期望产物(94.98％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C42H54N4O9：758.38，测量值：759.60[M+H]+。
步骤4：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-4-甲基戊酰胺基]6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同。使用4.32g的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯，获得3.75g的黄色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C37H46N4O7：658.34，测量值：659.40[M+H]+。
步骤5：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
在0℃向(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酸(4.32g，10.90mmol，1.00当量)在DMF(150.00mL)中的搅拌溶液中分批添加TBTU(5.25g，16.34mmol，1.50当量)、DIEA(4.22g，32.69mmol，3.00当量)和(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(7.90g，11.99mmol，1.10当量)。将所得混合物在室温搅拌3.0小时。将反应倒入冰水(450mL)中。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x150 mL)洗涤，在真空下干燥。然后，所沉淀的固体通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，20分钟内35％至50％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩。获得白色固体状(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(3.20g，28.31％收率)。然后，将1.50g的该白色固体通过非手性制备型HPLC在以下条件下纯化：柱：GreenSep Basic,3*15cm,5μm；流动相A：CO2，流动相B：MeOH(0.5％2MNH3-MeOH)--HPLC；流速：75mL/min；梯度：等度37％B；柱温(℃):35；背压(巴)：100；波长：254nm；RT1(分钟)：2.95；RT2(分钟)：4.05；样品溶剂：DCM--HPLC；进样体积：1mL；运行次数：30。合并级分并浓缩，获得700.00mg的浅黄色固体状所期望产物。LC/MS：质量计算值。对于C60H72N6O10：1036.53，测量值：1037.95[M+H]+。
步骤6：(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
该程序与(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.11)相同，但反应时间为1.0小时。使用2.30g的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯，获得1.20g的黄色固体状所期望产物。LC/MS：质量计算值。对于C45H62N6O8：814.46，测量值：815.75[M+H]+。
步骤7：(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
在0℃向(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(500.00mg，0.61mmol，1.00当量)在ClCH2CH2Cl(10.00mL)中的搅拌溶液中分批添加NaBH3CN(308.42mg，4.90mmol，8.00当量)。将所得混合物在50℃搅拌17.0小时。反应混合物用NH4Cl(5mL)稀释并浓缩，将残余物溶解在DMF(5.0mL)中并通过反相快速色谱用以下条件纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，20分钟内30％至50％的梯度；检测器，UV254nm。合并级分并浓缩。获得白色固体状(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(280.00mg，50.20％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C52H72N6O8：908.54，测量值：455.45[1/2M+H]+。
步骤8：(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
在室温向(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(200.00mg，0.220mmol，1.00当量)在甲醇(6mL)中的搅拌溶液中分批添加NaBH3CN(110.59mg，1.76mmol，8.00当量)和(HCHO)n(329.97mg，1.10mmol，5.00当量)。将所得混合物在室温搅拌1.0小时。反应混合物用NH4Cl(20.00mL)稀释，然后将所得混合物在真空下浓缩。反应混合物通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，20分钟内30％至35％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩。获得白色固体状(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(200.00mg，98.48％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C53H74N6O8：922.56，测量值：923.60[M+H]+。
步骤9：(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸的合成
在室温向(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(450.00mg，0.49mmol，1.00当量)在CHCl3(5.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加CH3SO3H(1.00mL)。将所得混合物在室温搅拌1.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。反应混合物通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，15分钟内25％至30％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩。获得黄色油状(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸(220.00mg，54.18％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C46H68N6O8：832.51，测量值：833.40[M+H]+
实例9.4-{5-[(呋喃-2-基甲基)氨基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基}苯甲酸 (INT-25)的合成方案9
步骤1：5-溴-4-肼基-2-(甲基硫烷基)嘧啶的合成
向250ml烧瓶中添加5-溴-4-氯-2-(甲基硫烷基)嘧啶(9.00g，37.58mmol，1.00当量)、EtOH(100.00mL)、NH2NH2.H2O(3.78g，75.53mmol，2.01当量)，将反应在室温搅拌17.0小时。通过过滤收集沉淀的固体并用己烷(3x10 mL)洗涤，在真空下干燥。这产生白色固体状5-溴-4-肼基-2-(甲基硫烷基)嘧啶(10.00g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C5H7BrN4S：233.96，测量值：235.00、237.00[M+H，M+2+H]+。
步骤2：8-溴-5-(甲基硫烷基)-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶的合成
向100mL烧瓶中添加5-溴-4-肼基-2-(甲基硫烷基)嘧啶(5.00g，0.02mmol，1.00当量)和CH(OMe)3(40.00mL)。将混合物在90℃搅拌3.0小时。通过过滤收集沉淀的固体并用乙醇(3x50 mL)洗涤。这产生橙色固体状8-溴-5-(甲基硫烷基)-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶(4.20g，81.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C6H5BrN4S：243.94，测量值：244.95，246.95[M+H,M+H+2]+。
步骤3：8-溴-N-(呋喃-2-基甲基)-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-5-胺
向25mL烧瓶中添加8-溴-5-(甲基硫烷基)-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶(500.00mg，2.05mmol，1.00当量)和呋喃胺(5.00mL)。将反应在室温搅拌1.0小时。通过过滤收集沉淀的固体并用乙醇(3x50 mL)洗涤。这产生白色固体状8-溴-N-(呋喃-2-基甲基)-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-5-胺(435.00mg，73.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C10H8BrN5O：292.99，测量值：293.85、295.85[M+H，M+2+H]+。
步骤4：4-{5-[(呋喃-2-基甲基)氨基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基}苯甲酸甲酯
向100mL烧瓶中添加在二噁烷(20.00mL)和H2O(2.00mL)中的8-溴-N-(呋喃-2-基甲基)-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-5-胺(500.00mg，1.70mmol，1.00当量)。然后将K3PO4(1.08g，5.10mmol，3.00当量)和Pd(DtBPF)Cl2(554.00mg，0.85mmol，0.50当量)添加至上述混合物中。在N2下将混合物加热至90℃过夜。将所得混合物冷却至室温，并且向混合物中添加20mL H2O并用EtOAc(3x20 mL)萃取。合并的有机层经无水Na2SO4干燥，过滤并浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用CH2Cl2/MeOH(9:1)洗脱，以得到黄色固体状4-{5-[(呋喃-2-基甲基)氨基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基}苯甲酸甲酯(600.00mg，96.91％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C18H115N5O3：349.12，测量值：350.15[M+H]+。
步骤5：4-{5-[(呋喃-2-基甲基)氨基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基}苯甲酸的合成
在室温向4-{5-[(呋喃-2-基甲基)氨基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基}苯甲酸甲酯(600.00mg，1.72mmol，1.00当量)在MeOH(10.00mL)和THF(10.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加LiOH溶液(2M，8.60mL，17.19mmol，10.00当量)。将所得混合物在50℃搅拌2.0小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物溶解在H2O(5mL)中。用2M HCl将混合物酸化至pH3-5。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x10 mL)洗涤，在真空下干燥。获得白色固体状4-{5-[(呋喃-2-基甲基)氨基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基}苯甲酸(450.00mg，78.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C17H13N5O3：335.10，测量值：336.10[M+H]+。
实例10.3-[5-(5-{[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]氨基}-[1,2,4]三 唑并[4,3-c]嘧啶-8-基)-6-甲基吡啶-2-基]丙酸(SM-040)的合成
方案10
步骤1：(2E)-3-(5-溴-6-甲基吡啶-2-基)丙-2-烯酸乙酯的合成
向100mL烧瓶中添加在甲苯(40.00mL)中的5-溴-6-甲基吡啶-2-甲醛(1.00g，5.02mmol，1.00当量)以及2-(三苯基-λ5-亚膦基)乙酸乙酯(2.62g，7.53mmol，1.50当量)。将混合物在90℃搅拌17.0小时。将反应在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(25/75)洗脱，以得到浅黄色结晶状(2E)-3-(5-溴-6-甲基吡啶-2-基)丙-2-烯酸乙酯(1.20g，88.90％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C11H12BrNO2：269.01，测量值：269.85、271.85[M+H，M+2+H]+。
步骤2：3-(5-溴-6-甲基吡啶-2-基)丙酸乙酯
向100mL烧瓶中添加在DME(24.00mL)和水(6.00mL)中的(2E)-3-(5-溴-6-甲基吡啶-2-基)丙-2-烯酸乙酯(1.20g，4.46mmol，1.00当量)、TsNHNH2(4.14g，22.21mmol，5.00当量)、AcONa(1.09g，13.33mmol，3.00当量)。将混合物在100℃搅拌17.0小时。将混合物在真空下浓缩，并且残余物通过硅胶色谱纯化，用PE/EA(9:1)洗脱，以得到无色液体状3-(5-溴-6-甲基吡啶-2-基)丙酸乙酯(1.14g,95％)。LC/MS：质量计算值。对于C11H14BrNO2：271.02，测量值：271.85、273.85[M+H，M+2+H]+。
步骤3：3-[6-甲基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)吡啶-2-基]丙酸乙酯的合成
在室温向25mL烧瓶中添加3-(5-溴-6-甲基吡啶-2-基)丙酸乙酯(900.00mg，3.31mmol，1.00当量)、双(频哪醇合)二硼(2.52g，9.92mmol，3.00当量)、AcOK(973.70mg，9.92mmol，3.00当量)、Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(538.81mg，0.66mmol，0.20当量)和1,4-二噁烷(10.00mL)。将反应物在N2气氛下在90℃搅拌17.0小时。混合物通过EA(3x30 mL)萃取，合并有机相并通过经无水Na2SO4干燥来洗涤。过滤后，将滤液在减压下浓缩。该粗产物(2.12g粗产物)不经进一步纯化直接用于下一步骤。LC/MS：质量计算值。对于C17H26BNO4：319.20，测量值：320.20[M+H]+。
步骤4：1-(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲胺的合成
向100mL烧瓶中添加1-(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲胺盐酸盐(1.00g，4.93mmol，1.00当量)在MeOH(2.00mL)和MeCN(20.00mL)和K2CO3(3.39g，24.50mmol，5.00当量)。将混合物在60℃搅拌3.0小时。将混合物冷却至室温。过滤反应混合物并浓缩滤液。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用DCM/MeOH(9/1)洗脱。合并级分并浓缩，以得到橙色固体状1-(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲胺(513.00mg，62.50％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C9H10FNO：167.07，测量值：168.05[M+H]+。
步骤5：8-溴-N-[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-5-胺的合成
向25mL烧瓶中添加8-溴-5-(甲基硫烷基)-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶(372.00mg，1.52mmol，1.00当量)和1-(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲胺(507.48mg，3.04mmol，2.00当量)。将混合物在40℃搅拌17.0小时。反应用EtOAc稀释。通过过滤收集沉淀的固体并用EtOAc(3x10 mL)洗涤。这产生白色固体状8-溴-N-[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-5-胺(430.00mg，72.27％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C14H11BrFN5O：363.01，测量值：364.00、366.00[M+H，M+2+H]+。
步骤6：3-[5-(5-{[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]氨基}-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基)-6-甲基吡啶-2-基]丙酸乙酯的合成
将8-溴-N-[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-5-胺(677.80mg，1.81mmol，1.80当量)、3-[6-甲基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)吡啶-2-基]丙酸乙酯(330.00mg，1.03mmol，1.00当量)、K3PO4(658.46mg，3.10mmol，3.00当量)、Pd(DtBPF)Cl2(134.78mg，0.21mmol，0.20当量)、二噁烷(10.00mL)和H2O(2.00mL)添加至微波管中。然后进行N2交换三次。在微波下将混合物加热至120℃并保持0.5小时。添加10mL水，并且所得混合物用EtOAc(3x10 mL)萃取。合并的有机层用EtOAc(3x30 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过反相快速在以下条件下纯化(C18柱；流动相，ACN在水(0.05％NH4HCO3)中，10分钟内10％至50％梯度；检测器，UV 254nm)。合并级分并浓缩。获得白色固体状3-[5-(5-{[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]氨基}-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基)-6-甲基吡啶-2-基]丙酸乙酯(120.00mg，24.3％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C25H25FN6O3：476.20，测量值：477.20[M+H]+。
步骤7：3-[5-(5-{[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]氨基}-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基)-6-甲基吡啶-2-基]丙酸
向50mL烧瓶中添加3-[5-(5-{[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]氨基}-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基)-6-甲基吡啶-2-基]丙酸乙酯(120.00mg，0.25mmol，1.00当量)、MeOH(2.00mL)和THF(2.00mL)。然后将LiOH溶液(2M，1.26mL，2.52mmol，10.00当量)分批添加至上述混合物中。将反应在50℃搅拌2.0小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物溶解在H2O(30mL)中。用2M HCl将混合物酸化至pH 3-5。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x3 mL)洗涤，在真空下干燥。这产生白色固体状3-[5-(5-{[(5-氟-2,3-二氢-1-苯并呋喃-4-基)甲基]氨基}-[1,2,4]三唑并[4,3-c]嘧啶-8-基)-6-甲基吡啶-2-基]丙酸(100.00mg，86.54％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C23H21FN6O3：448.17，测量值：449.15[M+H]+
实例11.(2S)-2-[(2S)-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基) 乙酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸(INT-29-PEG2-C(O)-PTBPh)的合成
方案11
步骤1：2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸叔丁酯的合成
向100mL烧瓶中添加4-叔丁基苯甲酸(1.63g，9.12mmol，1.00当量)和DMF(20.00mL)。将混合物冷却至0℃，然后添加PyBOP(7.12g，13.68mmol，1.50当量)和2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙酸叔丁酯(2.00g，9.12mmol，1.00当量)，然后通过添加DIEA(4.77mL，27.36mmol，3.00当量)。将反应在室温搅拌1.0小时。将反应混合物倒入水(60mL)中。反应混合物通过EA(3x60 mL)萃取，合并有机相并用H2O(1x60 mL)和NaCl(1x60 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EtOAc(40:60)洗脱，以得到棕色油状2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸叔丁酯(1.18g，32.05％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H33NO5：379.24，测量值：380.25[M+H]+。
步骤2：(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸的合成
向50mL烧瓶中添加2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸叔丁酯(1.18g，3.11mmol，1.00当量)、DCM(10.00mL)和TFA(5.00mL)。将混合物在室温搅拌1.0小时。将混合物在真空下浓缩，并且这产生白色固体状(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸(1.92g粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C17H25NO5：323.17，测量值：324.10[M+H]+。
步骤3：(2S)-2-[(2S)-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同。使用1.36g的(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯，获得1.97g的灰白色固体状所期望产物。LC/MS：质量计算值。对于C48H58N4O10：850.42，测量值：851.40[M+H]+。
步骤4：(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.11)相同，但Et2NH与DMF的比率为1:1。使用1.97g的(2S)-2-[(2S)-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯，得到1.24g棕色油状所期望产物(79.40％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C33H48N4O8：628.35，测量值：629.35[M+H]+。
步骤5：(2S)-2-[(2S)-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯三氟乙酸的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(INT-024-OBn)相同。使用500.00mg的(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯，得到523.00mg棕色固体状所期望产物(79.56％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C37H56N4O8：684.41，测量值：685.40[M+H]+。
步骤6：(2S)-2-[(2S)-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸(INT-024-OH)相同。使用200.00mg的(2S)-2-[(2S)-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯，得到130.00mg的棕黄色油状所期望产物。LC/MS：质量计算值。对于C30H50N4O8：594.36，测量值：595.40[M+H]+。
实例12.(2S)-2-[3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂 环丁烷-1-羰基氨基]-6-(二乙基氨基)己酸(INT-36-UAZ-IMTB)的合成
方案12
步骤1：3-(2-溴乙酰基)氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯的合成
向250ml烧瓶中添加3-乙酰氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯(2.00g，10.04mmol，1.00当量)、THF(30.00mL)，将混合物冷却至-78℃并在N2气氛下。将LDA(在2M THF中)(6.02mL，12.05mmol，1.20当量)逐滴添加至上述溶液中，将混合物在-78℃搅拌40分钟，然后逐滴添加TMSCl(1.97g，18.17mmol，1.81当量)，再搅拌1.0小时。添加NaHCO3溶液(50mL)，用EA(3x50 mL)萃取，用NaCl溶液(50mL)洗涤，用Na2SO4干燥(滤出)，浓缩有机相。将粗产物溶解在THF(30.00mL)中，冷却至0℃，然后添加NaHCO3(1.10g，13.05mmol，1.30当量)、NBS(1.61g，9.03mmol，0.90当量)，将反应在室温搅拌1.0小时。通过在室温添加NaHCO3溶液(20mL)来淬灭反应。所得混合物用EtOAc(3x50 mL)萃取。合并的有机层用NaHCO3溶液(30mL)、NaCl(30mL)洗涤，经Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。这产生黄色油状3-(2-溴乙酰基)氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯(4.00g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C10H16BrNO3：277.03，测量值：221.95、223.95[M-t-Bu+1+H]+。
步骤2：3-[2-({[(苄氧基)羰基]氨基}甲基)-3H-咪唑-4-基]氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯的合成
向3-(2-溴乙酰基)氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯(2.60g，9.35mmol，1.00当量)在DMF(8.00mL)中的搅拌溶液中添加N-(氨基甲酰亚胺基甲基)氨基甲酸苄酯(581.14mg，2.80mmol，0.30当量)和K2CO3(1.68g，12.15mmol，1.30当量)，并将所得混合物在50℃搅拌17.0小时。过滤所得混合物，滤饼用CH3OH(3x3 mL)洗涤。将滤液在减压下浓缩，并且残余物通过反相快速色谱用以下条件纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％NH4HCO3)中，40分钟内5％至45％梯度；检测器，UV 254nm。合并馏分并浓缩，以得到棕色油状3-[2-({[(苄氧基)羰基]氨基}甲基)-3H-咪唑-4-基]氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯(350.00mg，9.69％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H26N4O4：386.19，测量值：387.20[M+H]+。
步骤3：3-[2-(氨基甲基)-3H-咪唑-4-基]氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯的合成
向3-[2-({[(苄氧基)羰基]氨基}甲基)-3H-咪唑-4-基]氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯(330.00mg，0.85mmol，1.00当量)在DMF(2.00mL)中的溶液中添加Pd/C(99.00mg,30％w/w)，并将反应在室温和H2气氛下搅拌17.0小时。过滤所得混合物，滤饼用MeOH(2x1 mL)洗涤。粗品通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％NH4HCO3)中，30分钟内5％至30％梯度；检测器，UV 254nm。将滤液在减压下浓缩，以提供棕色油状3-[2-(氨基甲基)-3H-咪唑-4-基]氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯(90.00mg，41.77％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C12H20N4O2：252.15，测量值：253.30[M+H]+。
步骤4：3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯的合成
程序与2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸叔丁酯(INT-29-300)相同，但反应温度为50℃，并且反应时间为3.0小时。最终产物通过TLC板纯化。使用80.00mg的3-[2-(氨基甲基)-3H-咪唑-4-基]氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯，获得120.00mg的棕色油状所期望产物(91.97％收率)。
步骤5：N-{[4-(氮杂环丁烷-3-基)-3H-咪唑-2-基]甲基}-4-叔丁基苯甲酰胺的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-5-(吗啉-4-基)戊酰胺基]-6-{[(9H-芴素-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-50-6)相同。使用100.00mg的3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂环丁烷-1-甲酸叔丁酯，获得100.00mg的所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C18H24N4O：312.19，测量值：313.55[M+H]+。
步骤6：(2S)-6-[(叔丁氧基羰基)氨基]-2-(咪唑-1-羰基氨基)己酸叔丁酯的合成
向(2S)-2-氨基-6-[(叔丁氧基羰基)氨基]己酸叔丁酯(300.00mg，0.99mmol，1.00当量)在THF(2.00mL)中的搅拌溶液中添加DIEA(384.63mg，2.98mmol，3.00当量)和CDI(804.27mg，4.96mmol，5.00当量)，并将所得混合物在室温搅拌2.0小时。将所得混合物倒入水(50mL)中，用DCM(2x100 mL)萃取。合并的有机层用水(3x150 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩，以得到无色油状(2S)-6-[(叔丁氧基羰基)氨基]-2-(咪唑-1-羰基氨基)己酸叔丁酯(350.00mg，88.99％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C19H32N4O5：396.23，测量值：397.15[M+H]+。
步骤7：(2S)-6-[(叔丁氧基羰基)氨基]-2-[3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂环丁烷-1-羰基氨基]己酸叔丁酯的合成
向N-{[4-(氮杂环丁烷-3-基)-3H-咪唑-2-基]甲基}-4-叔丁基苯甲酰胺(80.00mg，0.26mmol，1.00当量)在THF(3.00mL)中的搅拌溶液中添加DIEA(99.29mg，0.77mmol，3.00当量)和N-{[4-(氮杂环丁烷-3-基)-3H-咪唑-2-基]甲基}-4-叔丁基苯甲酰胺(80.00mg，0.26mmol，1.00当量)，将所得混合物在室温搅拌1.0小时。将所得混合物在减压下浓缩并通过制备型TLC(DCM:MeOH＝18:1)纯化，以得到浅黄色固体状(2S)-6-[(叔丁氧基羰基)氨基]-2-[3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂环丁烷-1-羰基氨基]己酸叔丁酯(85.00mg，51.80％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C34H52N6O6：640.39，测量值：641.70[M+H]+。
步骤8：(2S)-6-氨基-2-[3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂环丁烷-1-羰基氨基]己酸的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-5-(吗啉-4-基)戊酰胺基]-6-{[(9H-芴素-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-50-6)相同。使用80.00mg的(2S)-6-[(叔丁氧基羰基)氨基]-2-[3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂环丁烷-1-羰基氨基]己酸叔丁酯，获得80.00mg棕色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C25H36N6O4：484.27，测量值：485.45[M+H]+。
步骤9：(2S)-2-[3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂环丁烷-1-羰基氨基]-6-(二乙基氨基)己酸的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(INT-024-OBn)相同。使用60.00mg的(2S)-6-氨基-2-[3-(2-{[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]甲基}-3H-咪唑-4-基)氮杂环丁烷-1-羰基氨基]己酸，获得60.00mg的白色固体状所期望产物(89.62％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C29H44N6O4：540.34，测量值：541.55[M+H]+。
实例13.2-(3,5-二甲基苯氧基)-1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基] 乙酮(INT-37)的合成
方案13
步骤1：3-[(叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基]-2-羟基苯甲酸甲酯的合成
在0℃在氮气气氛下向2,3-二羟基苯甲酸甲酯(10.00g，59.47mmol，1.00当量)在DMF(300.00mL)中的搅拌溶液中添加DIEA(10.76g，83.26mmol，1.40当量)和叔丁基二甲基氯硅烷(9.86g，65.42mmol，1.10当量)。将混合物在0℃搅拌1.0小时。向混合物中添加水(300mL)并通过EA(3x200 mL)萃取。有机层用水(300mL)和盐水(150mL)洗涤。将有机层经Na2SO4干燥。将混合物通过硅藻土垫过滤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱(PE/EA＝10:1)纯化。获得16.90g的黄色油状所期望产物(99.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C14H22O4Si：282.13，测量值：283.00[M+H]+。
步骤2：3-[(叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基]-2-甲氧基苯甲酸甲酯的合成
在室温向3-[(叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基]-2-羟基苯甲酸甲酯(11.40g，40.37mmol，1.00当量)和K2CO3(10.04g，72.66mmol，1.80当量)在DMF(200.00mL)中的搅拌混合物中添加CH3I(10.31g，72.66mmol，1.80当量)。将混合物搅拌16.0小时。过滤所得混合物，滤饼用EA(200mL)洗涤。有机层用盐水(3x100 mL)洗涤，并且经Na2SO4干燥。将溶剂在减压下浓缩。获得12.00g的浅黄色固体状所期望产物(99％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C15H24O4Si：296.14，测量值：297.15[M+H]+。
步骤3：3-羟基-2-甲氧基苯甲酸的合成
在室温向3-[(叔丁基二甲基甲硅烷基)氧基]-2-甲氧基苯甲酸甲酯(12.00g，40.48mmol，1.00当量)在H2O(40.00mL)和THF(80.00mL)中的搅拌混合物中添加LiOH(14.54g，607.22mmol，15.00当量)。将混合物在室温搅拌4.0小时。将混合物在减压下浓缩。向混合物中添加水并用EA洗涤。水层用3M HCl酸化至pH＝1。混合物通过EA萃取并且有机层经Na2SO4干燥。将溶剂在减压下浓缩。获得5.60g的黄色油状所期望产物(82.27％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C8H8O4：168.04，测量值：169.05[M+H]+。
步骤4：4-(2-溴乙酰基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯的合成
用DCM(100.00mL)处理哌嗪-1-甲酸叔丁酯(5.60g，30.06mmol，1.41当量)在Na2CO3(10.00mL，238.70mmol，11.20当量)中的溶液。在0℃向混合物中分批添加溴乙酰溴(4.30g，21.30mmol，1.00当量)，持续40分钟。然后将所得混合物在室温搅拌2.0小时。通过水淬灭反应并用EtOAc(3x30 mL)萃取。合并的有机层用5％NaHCO3(3x30 mL)和水性柠檬酸(3x30mL)洗涤，经Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。获得7.40g的白色固体状所期望产物(97.25％收率)。对于C11H19BrN2O3：306.06、308.06，测量值：251.00、253.00[M-Boc+H+H]+。
步骤5：4-[2-(3,5-二甲基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯的合成
将4-(2-溴乙酰基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯(1.00g，3.26mmol，1.00当量)、3,5-二甲基苯酚(0.60g，4.88mmol，1.50当量)和K2CO3(1.35g，9.77mmol，3.00当量)在CH3CN(20.00mL)中混合物在室温搅拌14.0小时。通过水淬灭反应并用EA(3x200 mL)萃取。合并有机层，经Na2SO4干燥，过滤并浓缩。所获残余物通过硅胶色谱(EA/PE＝1:3)纯化。合并级分并浓缩。获得1.00g的浅黄色油状所期望产物(88.16％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C19H28N2O4：348.44，测量值：349.20[M+H]+。
步骤6：2-(3,5-二甲基苯氧基)-1-(哌嗪-1-基)乙酮的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同，但在反应后，将混合物浓缩。粗品直接用于下一步骤。使用1.00g的4-[2-(3,5-二甲基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯。获得0.70g的灰白色固体状所期望产物(98.22％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C14H20N2O2：248.33，测量值：249.20[M+H]+。
步骤7：2-(3,5-二甲基苯氧基)-1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮的合成
将2-(3,5-二甲基苯氧基)-1-(哌嗪-1-基)乙酮(324.90mg，1.31mmol，1.10当量)、EDCI(342.02mg，1.78mmol，1.50当量)、HOBT(241.07mg，1.78mmol，1.50当量)和DIEA(384.30mg，2.97mmol，2.50当量)在DMF(5.00mL)中的混合物在室温搅拌2.0小时。向混合物中添加H2O(5mL)并用EtOAc(3x10 mL)萃取。合并有机层，用饱和水性柠檬酸(2x30mL)和饱和水性NaHCO3(2x30 mL)和盐水(30mL)洗涤，经Na2SO4干燥，滤出并在减压下浓缩。残余物通过硅胶色谱(EA/PE＝1:1)纯化。合并级分并浓缩。获得0.28g的白色固体状所期望产物(57.10％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C22H26N2O5：398.46，测量值：399.20[M+H]+。
实例14.4-{2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}-2-甲基 苯基脲(SM-045(OMe)-pUA)的合成
方案14
步骤1：4-[2-(3-甲基-4-硝基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯的合成
程序与4-[2-(3,5-二甲基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT-37-5)相同。使用1.00g的4-(2-溴乙酰基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯。获得1.20g的浅黄色油状所期望产物(97.16％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C18H25N3O6：379.17，测量值：379.97[M+H]+。
步骤2：2-(3-甲基-4-硝基苯氧基)-1-(哌嗪-1-基)乙酮的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同，但反应为16.0小时，将混合物浓缩。粗品直接用于下一步骤。使用1.20g的4-[2-(3-甲基-4-硝基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯。获得1.00g的白色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C13H17N3O4：279.12，测量值：279.90[M+H]+。
步骤3：1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-(3-甲基-4-硝基苯氧基)乙酮的合成
程序与2-(3,5-二甲基苯氧基)-1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮(INT-037)相同。使用0.59g的2-(3-甲基-4-硝基苯氧基)-1-(哌嗪-1-基)乙酮。获得0.36g的浅黄色油状所期望产物(46.99％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H23N3O7：429.15，测量值：429.95[M+H]+。
步骤4：2-(4-氨基-3-甲基苯氧基)-1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮的合成
程序与2-(4-氨基-3,5-二甲基苯氧基)-1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮(INT-38-pNH2)相同，但反应时间为16.00小时。使用0.36g的1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-(3-甲基-4-硝基苯氧基)乙酮。获得0.35g的浅黄色油状所期望产物(94.07％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H25N3O5：399.18，测量值：399.90[M+H]+。
步骤5：4-{2-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}-2-甲基苯基脲的合成
程序与4-{2-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}-2,6-二甲基苯基脲(INT-38-pUA)相同。使用0.30g的2-(4-氨基-3-甲基苯氧基)-1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮。获得0.13g的白色固体状所期望产物(38.98％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C23H28N4O6：456.20，测量值：457.20[M+H]+。
步骤6：4-{2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}-2-甲基苯基脲的合成
在室温向4-{2-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}-2-甲基苯基脲(15.00mg，0.03mmol，1.00当量)和K2CO3(8.43mg，0.06mmol，1.80当量)在DMF(1.00mL)中的搅拌混合物中添加CH3I(8.66mg，0.06mmol，1.8当量)。将所得混合物在50℃搅拌2小时。过滤所得混合物，然后将滤液通过制备型HPLC在以下条件下纯化：柱：XBridgePrep Phenyl OBD柱，19*250mm，5μm；流动相A：水(10mmol/L NH4HCO3+0.1％NH3.H2O)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：10分钟内22％B至24％B，24％B；波长：254nm；RT1(分钟)：8.92；运行次数：5。合并级分并浓缩。获得2.00mg的灰白色固体状所期望产物(12.92％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C23H28N4O6：456.20，测量值：457.20[M+H]+。
实例15.2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-N-[2-(3-{2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰 基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}苯氧基)乙基]乙酰胺(INT-041)的合成
方案15
步骤1：4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯的合成
程序与2-(3,5-二甲基苯氧基)-1-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮(INT-037)相同，但反应时间为4.0小时。使用2.00g的2,3-二甲氧基苯甲酸。获得4.20g的白色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C18H26N2O5：350.18，测量值：351.10[M+H]+。
步骤2：1-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同，但反应为4.0小时，将混合物浓缩。粗品直接用于下一步骤。使用4.20g的4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯。获得2.90g的白色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C13H18N2O3：250.13，测量值：251.05[M+H]+。
步骤3：2-溴-1-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮的合成
在0℃向1-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪(2.60g，10.39mmol，1.00当量)在CH2Cl2(50.00mL)和水性Na2CO3(5％,50mL)中的搅拌溶液中逐滴添加溴乙酰溴(2.31g，11.43mmol，1.10当量)。将所得混合物在室温搅拌2.0小时。所得混合物用DCM(10mL)稀释。所得混合物用2x10 mL的5％HCl洗涤。合并的有机层用盐水、H2O洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。获得3.50g的黄色固体状所期望产物(90.76％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C15H19BrN2O4：370.05、372.05，测量值：371.00、373.00[M+H]+。
步骤4：1-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-(3-羟基苯氧基)乙酮的合成
程序与4-[2-(3,5-二甲基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT-37-5)相同，但反应温度为60℃，反应时间为2.0小时。使用3.20g的2-溴-1-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮。获得2.4g的浅黄色油状所期望产物(69.53％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H24N2O6：400.16，测量值：401.25[M+H]+。
步骤5：N-[2-(3-{2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}苯氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯的合成
程序与4-[2-(3,5-二甲基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT-37-5)相同，但反应温度为80℃，反应时间为2.0小时。使用0.20g的1-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-(3-羟基苯氧基)乙酮。获得0.25g的黄色固体状所期望产物(92.08％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C28H37N3O8：543.26，测量值：544.30[M+H]+。
步骤6：2-[3-(2-氨基乙氧基)苯氧基]-1-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同，但反应为3.0小时，将混合物浓缩。粗品直接用于下一步骤。使用0.33g的N-[2-(3-{2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪1-基]-2-氧代乙氧基}苯氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯。获得0.24g黄色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C23H29N3O6：443.21，测量值：444.15[M+H]+。
步骤7：2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸乙酯的合成
向4-叔丁基苯甲酸(500.00mg，2.81mmol，1.00当量)和氨基乙酸乙酯(347.15mg，3.37mmol，1.20当量)在DMF(10.00mL)中的搅拌溶液中添加HATU(1.60g，4.21mmol，1.50当量)和Et3N(567.75mg，5.61mmol，2.00当量)。将所得混合物在室温搅拌2.0小时。所得混合物用水(20mL)稀释。所得混合物用EtOAc(3x20 mL)萃取。合并的有机层用水(3x10mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(5:1)洗脱，以得到白色固体状2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸乙酯(700.00mg,94.75％)。LC/MS：质量计算值。对于C15H21NO3：263.15，测量值：264.10[M+H]+。
步骤8：[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸(INT-14.2)相同，但反应时间为16.0小时。使用0.70g的2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸乙酯。获得0.50g的白色固体状所期望产物(79.95％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C13H17NO3：235.12，测量值：236.10[M+H]+。
步骤9：2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-N-[2-(3-{2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}苯氧基)乙基]乙酰胺的合成
程序与2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸叔丁酯(INT-29-300)相同。反应后，将反应混合物通过HPLC纯化。使用0.10g的(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸。获得39.80mg的白色固体状所期望产物(14.14％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C36H44N4O8：660.32，测量值：661.25[M+H]+。
实例16.(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-{[1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-基]甲 酰胺基}丙酰胺]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT- 042)的合成
方案16
步骤1：1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-甲酸乙酯的合成
在0℃在空气气氛下向[(4-叔丁基苯基)甲基]肼(3.71g，20.82mmol，1.00当量)在乙醇(120.00mL)中的搅拌混合物中逐滴添加2-甲酰基-3-氧代丙酸乙酯(3.00g，20.82mmol，1.00当量)。将混合物在25℃搅拌6.0小时。将所得混合物在减压下浓缩，以得到棕色固体状1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-甲酸乙酯(2.00g,35.28％)。LC/MS：质量计算值。对于C16H20N2O2：272.15，测量值：273.15[M+H]+。
步骤2：1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-甲酸的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸(INT-14.2)相同，但反应时间为5.0小时。使用1.00g的1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-甲酸乙酯。获得0.64g的白色固体状所期望产物(71.19％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C14H16N2O2：244.29，测量值：246.10[M+H]+。
步骤3：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-{[1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-基]甲酰胺基}丙酰胺]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙酰胺基)乙酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-32-102)相同。使用0.26g的1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-甲酸。获得0.80g的黄色固体状所期望产物(85.41％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C48H61N7O9：879.45，测量值：880.40[M+H]+。
步骤4：(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-{[1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-基]甲酰胺基}丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.11)相同，但反应时间为1.0小时。使用1.0g的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-{[1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-基]甲酰胺基}丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯。获得1.0g黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C33H51N7O7：657.81，测量值：658.60[M+H]+。
步骤5：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-{[1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-基]甲酰胺基}丙酰胺]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14-OMe)相同，但反应时间为4.0小时。使用1.0g的(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-{[1-(4-叔丁基苯基)吡唑-4-基]甲酰胺基}丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯。获得0.40g的黄色固体状所期望产物(36.86％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C37H59N7O7：713.92，测量值：714.45[M+H]+。
实例17.(6-{[(4-叔丁基苯基)甲基]氨基甲酰基}-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-基) 乙酸(INT-043)的合成
方案17
步骤1：2-{6-溴-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-基}乙腈的合成
将氰基乙酸乙酯(2.71g，23.93mmol，1.50当量)和5-溴吡啶-2,3-二胺(3.00g，15.96mmol，1.00当量)在DMF(10.00mL)中的混合物在160℃在微波条件下搅拌1.0小时。在室温用水(20mL)淬灭反应。通过过滤收集沉淀的固体并用水(3x20 mL)洗涤。将所得固体在真空下干燥，以得到棕色固体状2-{6-溴-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-基}乙腈(2.40g，63.45％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C8H5BrN4：235.96，测量值：237.00、239.00[M+H，M+2+H]+。
步骤2：2-(氰基甲基)-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-6-甲酸甲酯的合成
向2-{6-溴-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-基}乙腈(1.80g，7.59mmol，1.00当量)在MeOH(20.00mL)中的搅拌溶液中添加Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(1.24g，1.52mmol，0.20当量)和Et3N(2.31g，22.78mmol，3.00当量)。将所得混合物在5巴CO气氛下在100℃搅拌16.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，硅胶；流动相，MeCN在水(0.05％TFA)中，30分钟内10％至30％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩，以得到白色固体状2-(氰甲基)-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-6-甲酸甲酯(510.00mg，31.07％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C10H8N4O2：216.06，测量值：217.10[M+H]+。
步骤3：2-(氰基甲基)-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-6-甲酸的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸(INT-14.2)相同，但溶剂为MeOH，反应温度为45℃。使用490.00mg的2-(氰基甲基)-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-6-甲酸甲酯，获得410.00mg的黄色固体状所期望产物(89.48％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C9H6N4O2：202.04，测量值：203.00[M+H]+。
步骤4：N-[(4-叔丁基苯基)甲基]-2-(氰基甲基)-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-6-甲酰胺的合成
程序与2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸叔丁酯(INT-29-300)相同。使用390.00mg的2-(氰基甲基)-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-6-甲酸，获得660.00mg的黄色固体状所期望产物(98.48％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H21N5O：347.17，测量值：348.25[M+H]+。
步骤5：2-(6-{[(4-叔丁基苯基)甲基]氨基甲酰基}-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-基)乙酸乙酯的合成
将N-[(4-叔丁基苯基)甲基]-2-(氰基甲基)-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-6-甲酰胺(660.00mg，1.90mmol，1.00当量)在盐酸(在乙醇中)(30％,15.00mL)中的溶液在0℃静置16.0小时。将所得混合物浓缩，以得到黄色固体状2-(6-{[(4-叔丁基苯基)甲基]氨基甲酰基}-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-基)乙酸乙酯(740.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C22H26N4O3：394.20，测量值：395.25[M+H]+。
步骤6：(6-{[(4-叔丁基苯基)甲基]氨基甲酰基}-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-基)乙酸的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-(二乙基氨基)-2-乙酰胺基己酰胺基]-3-羟基丙酸(INT-27-Ac)相同。使用200.00mg的2-(6-{[(4-叔丁基苯基)甲基]氨基甲酰基}-3H-咪唑并[4,5-b]吡啶-2-基)乙酸乙酯，获得185.00mg黄色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C20H22N4O3：366.16，测量值：367.35[M+H]+。
实例18.N-[2-(4-氨基苯甲酰胺基)苯基]氨基甲酸叔丁酯(INT-44片段)的合成
方案18
步骤44-1：N-[4-({2-[(叔丁氧基羰基)氨基]苯基}氨基甲酰基)苯基]氨基甲酸苄酯的合成
将N-(2-氨基苯基)氨基甲酸叔丁酯(765.00mg，3.67mmol，1.00当量)和4-{[(苄氧基)羰基]氨基}苯甲酸(1.00g，3.69mmol，1.00当量)、TCFH(1.30g，4.63mmol，1.26当量)、NMI(1.80g，21.92mmol，5.95当量)在DMF(5.00mL)中的溶液在室温搅拌1.0小时。将反应倒入冰水(50mL)中，并将混合物搅拌15分钟。通过过滤收集沉淀的固体，并且用水(3x50mL)洗涤并在真空下干燥。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，以得到白色固体状N-[4-({2-[(叔丁氧基羰基)氨基]苯基}氨基甲酰基)苯基]氨基甲酸苄酯(1.40g，79.82％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C26H27N3O5：461.20，测量值：484.30[M+Na]+。
步骤44-2：N-[2-(4-氨基苯甲酰胺基)苯基]氨基甲酸叔丁酯的合成
在室温向N-[4-({2-[(叔丁氧基羰基)氨基]苯基}氨基甲酰基)苯基]氨基甲酸苄酯(1.40g，3.03mmol，1.00当量)在MeOH(20.00mL)中的搅拌混合物中分批添加Pd/C(280.00mg,20％w/w)。将所得混合物在室温在氢气氛下搅拌1.0小时。过滤所得混合物，滤饼用MeOH(3x10mL)洗涤。将滤液减压浓缩。这产生白色固体状N-[2-(4-氨基苯甲酰胺基)苯基]氨基甲酸叔丁酯(950.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C18H21N3O3：327.16，测量值：350.20[M+Na]+。
实例19.4-{[丁基({[4-(丙-2-炔-1-基氧基)苯基]氨基甲酰基})氨基]甲基}苯甲 酸甲酯(INT-046-AR-片段)
方案19
步骤1：4-[(丁基氨基)甲基]苯甲酸甲酯
程序与(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(INT-024-OBn)相同，但反应溶剂为DCM，并且在反应后，将混合物浓缩并通过反相直接纯化。使用1.00g的4-甲酰基苯甲酸甲酯，获得400.00mg的浅黄色油状所期望产物。LC/MS：质量计算值。对于C13H19NO2：221.14，测量值：222.15[M+H]+。
步骤2：4-[({[4-(苄氧基)苯基]氨基甲酰基}(丁基)氨基)甲基]苯甲酸甲酯的合成
将4-[(丁基氨基)甲基]苯甲酸甲酯(380.00mg，1.72mmol，1.00当量)和1-(苄氧基)-4-异氰酸基苯(425.46mg，1.90mmol，1.10当量)溶解在DCM(3.00mL)中。将所得混合物在室温搅拌1.0小时。将所得混合物在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱纯化，用PE和EA(PE:EA＝2:1)洗脱。合并级分并浓缩，以得到浅棕色油状4-[({[4-(苄氧基)苯基]氨基甲酰基}(丁基)氨基)甲基]苯甲酸甲酯(560.00mg，73.03％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C27H30N2O4：446.22，测量值：447.30[M+H]+。
步骤3：4-({丁基[(4-羟基苯基)氨基甲酰基]氨基}甲基)苯甲酸甲酯的合成
将4-[({[4-(苄氧基)苯基]氨基甲酰基}(丁基)氨基)甲基]苯甲酸甲酯(500.00mg，1.12mmol，1.00当量)溶解在三氟乙醛(3.00mL)中，并将所得混合物在70℃搅拌2.0小时。将所得混合物在减压下浓缩，以得到棕色油状4-({丁基[(4-羟基苯基)氨基甲酰基]氨基}甲基)苯甲酸甲酯(500.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C20H24N2O4：356.17，测量值：357.20[M+H]+。
步骤4：4-{[丁基({[4-(丙-2-炔-1-基氧基)苯基]氨基甲酰基})氨基]甲基}苯甲酸甲酯的合成
向4-({丁基[(4-羟基苯基)氨基甲酰基]氨基}甲基)苯甲酸甲酯(400.00mg，1.12mmol，1.00当量)在ACN(3.00mL)中的搅拌溶液中添加炔丙基溴(200.26mg，1.68mmol，1.50当量)和K2CO3(930.62mg，6.73mmol，6.00当量)，并将所得溶液在70℃搅拌17.0小时。过滤所得混合物，滤饼用ACN(3x2 mL)洗涤。将滤液在减压下浓缩并通过反相快速色谱用以下条件纯化：柱，C18硅胶；流动相，0.5％NH4HCO3在水中和CH3CN，20分钟内25％至35％梯度；检测器，UV 254nm和220nm。合并级分并浓缩，以得到浅棕色油状4-{[丁基({[4-(丙-2-炔-1-基氧基)苯基]氨基甲酰基})氨基]甲基}苯甲酸甲酯(180.00mg，40.66％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C23H26N2O4：394.18，测量值：395.15[M+H]+。
实例20.(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-{[(2S,3aS,7aS)-1-(叔丁氧基羰基)-八氢吲 哚-2-基]甲酰胺基}-6-[异丙基(甲基)氨基]己酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸 (INT-047)的合成
方案20
步骤1：(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同。使用5.00的亮氨酸甲酯，获得8.20g的白色固体状所期望产物(60.67％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H32N2O5：392.23，测量值：393.25[M+H]+。
步骤2：(2S)-2-[(2S)-2-氨基-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同，但在反应后，将混合物浓缩。粗品直接用于下一步骤。使用8.10g的(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸甲酯，获得8.10g棕色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C16H24N2O3：292.18，测量值：293.15[M+H]+。
步骤3：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同。使用10.40g的(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酸，获得14.00g的白色固体状所期望产物(78.11％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C42H54N4O8：742.39，测量值：765.65[M+Na]+。
步骤4：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸甲酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基)甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.6)相同，但在反应后，将混合物浓缩。粗品直接用于下一步骤。使用4.00g的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸甲酯，获得4.00g棕色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C37H46N4O6：642.34，测量值：643.35[M+H]+。
步骤5：(2S,3aS,7aS)-2-{[(1S)-5-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}-1-{[(1S)-1-{[(2S)-1-甲氧基-4-甲基-1-氧代戊-2-基]氨基甲酰基}-2-苯基乙基]氨基甲酰基}戊基]氨基甲酰基}-八氢吲哚-1-甲酸叔丁酯的合成
程序与(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酸甲酯(INT-14.1)相同。使用3.46g的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸甲酯，获得3.70g的粉色固体状所期望产物。LC/MS：质量计算值。对于C51H67N5O9：893.49，测量值：894.55[M+H]+。
步骤6：(2S,3aS,7aS)-2-{[(1S)-5-氨基-1-{[(1S)-1-{[(2S)-1-甲氧基-4-甲基-1-氧代戊-2-基]氨基甲酰基}-2-苯基乙基]氨基甲酰基}戊基]氨基甲酰基}-八氢吲哚-1-甲酸叔丁酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-氨基-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-14.11)相同。使用3.65g的(2S,3aS,7aS)-2-{[(1S)-5-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}-1-{[(1S)-1-{[(2S)-1-甲氧基-4-甲基-1-氧代戊-2-基]氨基甲酰基}-2-苯基乙基]氨基甲酰基}戊基]氨基甲酰基}-八氢吲哚-1-甲酸叔丁酯，获得1.30g的白色固体状所期望产物(42.66％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C36H57N5O7：671.43，测量值：672.70[M+H]+。
步骤7：(2S,3aS,7aS)-2-{[(1S)-5-[异丙基(甲基)氨基]-1-{[(1S)-1-{[(2S)-1-甲氧基-4-甲基-1-氧代戊-2-基]氨基甲酰基}-2-苯基乙基]氨基甲酰基}戊基]氨基甲酰基}-八氢吲哚-1-甲酸叔丁酯的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙酰胺基)乙酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯和(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(甲基)氨基}-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙酰胺基)乙酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸(INT-33-2)相同。使用900.00mg的(2S,3aS,7aS)-2-{[(1S)-5-氨基-1-{[(1S)-1-{[(2S)-1-甲氧基-4-甲基-1-氧代戊-2-基]氨基甲酰基}-2-苯基乙基]氨基甲酰基}戊基]氨基甲酰基}-八氢吲哚-1-甲酸叔丁酯，获得310.00mg的黄色固体状所期望产物。LC/MS：质量计算值。对于C40H65N5O7：727.49，测量值：728.75[M+H]+。
步骤8：(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-{[(2S,3aS,7aS)-1-(叔丁氧基羰基)-八氢吲哚-2-基]甲酰胺基}-6-[异丙基(甲基)氨基]己酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]-4-甲基戊酸的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚-2-基(2-甲基丙基)氨基}-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸(INT-34-PEG2-C(O)-PTBPh-NIB)相同。但反应温度为50℃，并且反应时间为3.0小时。使用170.00mg的(2S,3aS,7aS)-2-{[(1S)-5-[异丙基(甲基)氨基]-1-{[(1S)-1-{[(2S)-1-甲氧基-4-甲基-1-氧代戊-2-基]氨基甲酰基}-2-苯基乙基]氨基甲酰基}戊基]氨基甲酰基}-八氢吲哚-1-甲酸叔丁酯，获得100.00mg的白色固体状所期望产物(60.98％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C39H63N5O7：713.47，测量值：714.75[M+H]+。
实例21.4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)吡咯 烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT-048A-Boc)的合成
方案21
步骤1：(3S,4R)-1-苄基-3-(4-溴苯基)-4-硝基吡咯烷的合成
在0℃向1-溴-4-[(E)-2-硝基乙烯基]苯(5.00g，21.93mmol，1.00当量)和TFA(5.00mL)在DCM(50.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加在DCM(10.00mL)中的苄基(甲氧基甲基)[(三甲基甲硅烷基)甲基]胺(6.25g，26.33mmol，1.20当量)。将所得混合物在0℃搅拌1.0小时。使所得混合物温热至室温并在室温搅拌1.5小时。通过在0℃添加饱和NaHCO3(水性)(200mL)淬灭反应。所得混合物用CH2Cl2(3x150 mL)萃取。合并的有机层用水(3x100 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(5:1)洗脱，以得到白色固体状(3S,4R)-1-苄基-3-(4-溴苯基)-4-硝基吡咯烷(7.20g，87.27％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C17H17BrN2O2：360.05，测量值：361.10、363.10[M+H,M+2+H]+。
步骤2：(3R,4S)-1-苄基-4-(4-溴苯基)吡咯烷-3-胺的合成
将(3S,4R)-1-苄基-3-(4-溴苯基)-4-硝基吡咯烷(3.50g，9.69mmol，1.00当量)和Fe粉(9.00g，161.16mmol，16.63当量)、NH4Cl(9.00g，168.25mmol，17.37当量)在H2O(20.00mL)和EtOH(80.00mL)中的混合物在50℃搅拌3.0小时。使混合物冷却至室温。过滤所得混合物，并且滤饼用EtOH(3x30 mL)洗涤。将滤液减压浓缩。残余物用水(100mL)稀释。所得混合物用CH2Cl2(3x150 mL)萃取。合并的有机层用盐水(2x100 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。这产生黄色固体状(3R,4S)-1-苄基-4-(4-溴苯基)吡咯烷-3-胺(2.90g，粗品)。LCMS：质量计算值。对于C17H19BrN2：330.07，测量值：331.10、333.10[M+H,M+2+H]+。
步骤3：(3R,4S)-1-苄基-4-(4-溴苯基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-6-{双环[2.2.1]庚2-基(甲基)氨基}-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]己酰胺基]-3-羟基丙酸苄酯(INT-024-OBn)相同，但反应温度为35℃，反应时间为17.0小时。使用2.50g的(3R,4S)-1-苄基-4-(4-溴苯基)吡咯烷-3-胺，获得1.30g的白色油状所期望产物(47.94％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C19H23BrN2：358.10，测量值：359.20、361.20[M+H,M+2+H]+。
步骤4：(3R,4S)-1-苄基-4-(4-溴苯基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺和(3S,4R)-1-苄基-4-(4-溴苯基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺的合成
外消旋混合物产物(3R,4S)-1-苄基-4-(4-溴苯基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺(1.30g，3.62mmol，1.00当量)通过SFC用以下条件分离：柱：CHIRAL ART Amylose-C NEO,5*25cm,10μm；流动相A：CO2，流动相B：MeOH(0.1％2M NH3-MeOH)；流速：200mL/min；梯度：等度20％B；柱温(℃):35；背压(巴)：100；波长：220nm；RT1(分钟)：6.29；RT2(分钟)：8.54；样品溶剂：MeOH-----制备型；进样体积：1mL；运行次数：35。合并级分并蒸发，以得到白色油状(3R,4S)-1-苄基-4-(4-溴苯基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺(450.00mg，34.62％收率)和白色油状(3S,4R)-1-苄基-4-(4-溴苯基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺(430.00mg，33.08％收率)。4A：LC/MS：质量计算值。对于C19H23BrN2：358.10，测量值：359.15、361.15[M+H,M+2+H]+。4B:LC/MS：质量计算值。对于C19H23BrN2：358.10，测量值：359.15、361.15[M+H+2]+。
步骤5：4-{4-[(3S,4R)-1-苄基-4-(二甲基氨基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯的合成
将(3R,4S)-1-苄基-4-(4-溴苯基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺(400.00mg，1.11mmol，1.00当量)和哌嗪-1-甲酸叔丁酯(414.00mg，2.22mmol，2.00当量)、Pd2(dba)3(103.00mg，0.11mmol，0.10当量)、XPhos(106.00mg，0.22mmol，0.20当量)、叔丁醇钠(290.00mg，3.02mmol，2.71当量)在二噁烷(10.00mL)中的混合物在110℃在氮气气氛下搅拌2.0小时。使混合物冷却至室温。过滤所得混合物，并且滤饼用1,4-二噁烷(2x5 mL)洗涤。将滤液减压浓缩。残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，以得到棕色油状4-{4-[(3S,4R)-1-苄基-4-(二甲基氨基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(430.00mg，83.13％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C28H40N4O2：464.32，测量值：465.30[M+H]+。
步骤6：4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯的合成
在室温向4-{4-[(3S,4R)-1-苄基-4-(二甲基氨基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(420.00mg，0.90mmol，1.00当量)在CF3CH2OH(6.00mL)中的搅拌溶液中分批添加Pd(OH)2/C(84.00mg,20％w/w)。将所得混合物在室温在氢气氛下搅拌36.0小时。过滤所得混合物，并且滤饼用CF3CH2OH(2x5 mL)洗涤。将滤液减压浓缩。这产生棕色油状4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(370.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C21H34N4O2：374.27，测量值：375.30[M+H]+。
步骤7：4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲氨基)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯的合成
在室温向4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(350.00mg，0.94mmol，1.00当量)和7-氟-2,3-二氢茚-1-酮(210.00mg，1.40mmol，1.50当量)在MeOH(4.00mL)中的搅拌溶液中分批添加NaBH3CN(180.00mg，7.83mmol，8.38当量)、氯化锌(在乙醚中的1M，4mL)。将所得混合物在50℃搅拌24.0小时。使混合物冷却至室温。过滤所得混合物，并且滤饼用MeOH(3x5 mL)洗涤。将滤液减压浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用CH2Cl2/MeOH(20:1)洗脱，以得到棕色油状4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(390.00mg，79.10％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C30H41FN4O2：508.32，测量值：509.30[M+H]+。
实例22.N-[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]-5-[乙基(氧杂环己烷-4- 基)氨基]-4-甲基-4'-(哌嗪-1-基甲基)-[1,1'-联苯]-3-甲酰胺(INT-052)的合成
方案22
步骤1：5-溴-2-甲基-3-(氧杂环己烷-4-基氨基)苯甲酸甲酯的合成
向3-氨基-5-溴-2-甲基苯甲酸甲酯(5.00g，20.48mmol，1.00当量)在MeOH(50.00mL)中的溶液中添加四氢-4H-吡喃-4-酮(4.10g，40.97mmol，2.00当量)、AcOH(2.46g，40.97mmol，2.00当量)、NaBH3CN(3.86g，61.452mmol，3.00当量)。将所得混合物在35℃搅拌17.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。所获残余物通过硅胶色谱(0-20％乙酸乙酯/石油醚)纯化，以得到白色固体状5-溴-2-甲基-3-(氧杂环己烷-4-基氨基)苯甲酸甲酯(4.45g，66.19％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C14H18BrNO3：327.04，测量值：328.05、330.05[M+H，M+2+H]+。
步骤2：5-溴-3-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-2-甲基苯甲酸甲酯的合成
程序与5-溴-2-甲基-3-(氧杂环己烷-4-基氨基)苯甲酸甲酯相同，但反应时间为48.0小时。使用4.45g的5-溴-2-甲基-3-(氧杂环己烷-4-基氨基)苯甲酸甲酯，获得3.40g的黄色固体状所期望产物(70.39％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C16H22BrNO3：355.07，测量值：356.25、358.25[M+H，M+2+H]+。
步骤3：5-溴-3-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-2-甲基苯甲酸的合成
向5-溴-3-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-2-甲基苯甲酸甲酯(3.40g，9.54mmol，1.00当量)在EtOH(40.00mL)中的溶液中添加10NaOH水性(19.09mL，38.18mmol，4.00当量)。将所得混合物在80℃搅拌1.0小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物溶解在H2O(40mL)中。用2M HCl将混合物酸化至pH 3-5，反应混合物通过EA(3x40 mL)萃取，合并有机相并用H2O(1x20 mL)和NaCl(1x20 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。获得黄色固体状5-溴-3-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-2-甲基苯甲酸(3.20g，97.98％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C15H20BrNO3：341.06，测量值：342.25、344.25[M+H，M+2+H]+。
步骤4：5-溴-N-[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]-3-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-2-甲基苯甲酰胺的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-[2-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙酰胺基)乙酰胺基]-6-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-32-102)相同。使用3.00g的5-溴-3-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-2-甲基苯甲酸，获得4.00g的白色固体状所期望产物(95.78％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C23H30BrN3O3：475.14，测量值：476.30、478.30[M+H，M+2+H]+。
步骤5：4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯的合成
向5-溴-N-[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]-3-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-2-甲基苯甲酰胺(3.80g，7.98mmol，1.00当量)在1,4-二噁烷(32.00mL)和H2O(8.00mL)中的溶液中添加4-{[4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]甲基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(3.21g，7.98mmol，1.00当量)、Na2CO3(2.54g，23.93mmol，3.00当量)、Pd(PPh3)4(0.92g，0.80mmol，0.10当量)。然后将反应物在N2气氛下在100℃搅拌2.0小时。用水(40mL)淬灭反应。所得混合物用乙酸乙酯(3x40 mL)萃取。合并有机层，经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩。所获残余物通过硅胶色谱(0-20％DCM/MeOH)纯化，以得到黄色油状4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯(5.20g，97.03％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C39H53N5O5：671.40，测量值：672.45[M+H]+。
步骤6：N-[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]-5-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4-甲基-4'-(哌嗪-1-基甲基)-[1,1'-联苯]-3-甲酰胺的合成
程序与(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-氨基-5-(吗啉-4-基)戊酰胺基]-6-{[(9H-芴素-9-基甲氧基)羰基]氨基}己酰胺基]-3-羟基丙酸甲酯(INT-50-6)相同。使用300.00mg的4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯，获得250.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C34H45N5O3：571.35，测量值：572.65[M+H]+。
实例23.1-[7-羟基-1-(2-甲磺酰基苯基)中氮茚-3-基]乙酮(INT-053)的合成
方案23
步骤1：4-甲氧基-1-(2-氧代丙基)吡啶-1-鎓氯化物的合成
将4-甲氧基吡啶(1.20g，11.00mmol，1.00当量)和氯丙酮(5.09g，54.98mmol，5.00当量)溶解在EA(20.00mL)中。将所得混合物在80℃搅拌2.0小时。将所得混合物在真空下浓缩，以得到棕色油状4-甲氧基-1-(2-氧代丙基)吡啶-1-鎓氯化物(2.20g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C9H12ClNO2：201.05，测量值：166.10[M-Cl]+。
步骤2：3-乙酰基-7-甲氧基中氮茚-1-甲酸甲酯的合成
向4-甲氧基-1-(2-氧代丙基)吡啶-1-鎓氯化物(2.80g，13.89mmol，1.00当量)在甲苯(30.00mL)中的搅拌溶液中添加丙烯酸甲酯(11.95g，138.85mmol，10.00当量)、Et3N(2.11g，20.83mmol，1.50当量)和MnO2(9.66g，111.08mmol，8.00当量)，并将所得混合物在90℃搅拌1.0小时。过滤所得混合物，滤饼用EA(3x8 mL)洗涤。将滤液在减压下浓缩并通过硅胶柱色谱纯化，用PE和EA(PE:EA＝4:1)洗脱。合并级分并浓缩，以得到黄色固体状3-乙酰基-7-甲氧基中氮茚-1-甲酸甲酯(2.00g，52.43％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C13H13NO4：247.08，测量值：248.10[M+H]+。
步骤3：3-乙酰基-7-甲氧基中氮茚-1-甲酸的合成
向3-乙酰基-7-甲氧基中氮茚-1-甲酸甲酯(1.90g，7.69mmol，1.00当量)在MeOH(20.00mL)和THF(20.00mL)中的搅拌溶液中添加NaOH(2M，38.42mL，10.00当量)。将所得混合物在80℃搅拌2.0小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物溶解在H2O(15mL)中。用2MHCl将混合物酸化至pH 3-4。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x10 mL)洗涤，在真空下干燥，以得到黄色固体状3-乙酰基-7-甲氧基中氮茚-1-甲酸(1.00g，52.45％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C12H11NO4：233.06，测量值：234.25[M+H]+。
步骤4：1-(1-溴-7-甲氧基中氮茚-3-基)乙酮的合成
在0℃向3-乙酰基-7-甲氧基中氮茚-1-甲酸(1.00g，4.29mmol，1.00当量)在二甲基甲酰胺(8.00mL)中的搅拌溶液中添加NaHCO3(1.08g，12.86mmol，3.00当量)和NBS(0.84g，4.72mmol，1.10当量)，将所得混合物在室温搅拌2.0小时。将所得混合物倒入水(200mL)中，并且用EA(3x100 mL)萃取。合并的有机层用H2O(3x150 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩，以得到深绿色固体状1-(1-溴-7-甲氧基中氮茚-3-基)乙酮(950.00mg，78.51％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C11H10BrNO2：266.98，测量值：268.00、27.00[M+H，M+2+H]+。
步骤5：1-[1-(2-甲磺酰基苯基)-7-甲氧基中氮茚-3-基]乙酮的合成
将氮气鼓泡通过1-(1-溴-7-甲氧基中氮茚-3-基)乙酮(900.00mg，3.36mmol，1.00当量)、2-甲磺酰基苯基硼酸(1342.87mg，6.71mmol，2.00当量)、1,1'-双(二苯基膦基)二茂铁-二氯化钯(II)二氯甲烷络合物(191.42mg，0.24mmol，0.07当量)和K2CO3(1391.80mg，10.07mmol，3.00当量)在二噁烷(8.00mL)和H2O(1.00mL)(二噁烷与H2O的体积比＝8:1)中的混合物。将所得混合物在密封管中在微波条件下加热(120℃，30分钟)。所得混合物用EA(2x10 mL)萃取。合并的有机层用H2O(3x15 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。粗品通过硅胶柱色谱纯化，用PE和EA(PE:EA＝2:1)洗脱。合并级分并浓缩，以得到棕色固体状1-[1-(2-甲磺酰基苯基)-7-甲氧基中氮茚-3-基]乙酮(540.00mg，42.16％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C18H17NO4S：343.08，测量值：343.95[M+H]+。
步骤6：1-[7-羟基-1-(2-甲磺酰基苯基)中氮茚-3-基]乙酮的合成
向1-[1-(2-甲磺酰基苯基)-7-甲氧基中氮茚-3-基]乙酮(200.00mg，0.58mmol，1.00当量)在DMF(3.00mL)中的搅拌溶液中添加碘代环己烷(1223.39mg，5.82mmol，10.00当量)，并将所得混合物在180℃用微波辐射照射5.0小时。将所得混合物倒入水(100mL)中，用EA(2x100 mL)萃取。合并的有机层用水(3x150 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩，以得到深绿色油状1-[7-羟基-1-(2-甲磺酰基苯基)中氮茚-3-基]乙酮(200.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C17H15NO4S：329.07，测量值：330.10[M+H]+。
实例24.4-[2-甲酰基-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪 唑-4-基]苯甲腈(INT-054)的合成
方案24
步骤1：1-甲基-4-(三丁基甲锡烷基)吡唑的合成
在-20℃向4-溴-1-甲基吡唑(5.00g，31.06mmol，1.00当量)在THF(200.00mL)中的溶液中逐滴添加在己烷中的正丁基锂(2.5M，12.50mL，132.70mmol，4.27当量)，并将混合物在-20℃至-10℃搅拌0.5小时，然后逐滴添加Tin-Sn(8087.10mg，24.85mmol，0.80当量)。0.5小时后，用饱和NH4Cl(水性)淬灭反应混合物，并且残余物用EA(3x300 mL)萃取，经Na2SO4干燥，过滤并浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用DCM/MeOH＝10:1洗脱，以得到黄色油状1-甲基-4-(三丁基甲锡烷基)吡唑(1.20g，10.41％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C16H32N2Sn：372.16，测量值：373.20[M+H]+。
步骤2：4-[(1E)-{[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]亚氨基}甲基]苯甲腈的合成
在室温向4-甲酰基苯甲腈(3.20g，24.40mmol，1.00当量)在EtOH(50.00mL)中的搅拌溶液中添加2-(1-甲基吡唑-4-基)乙胺(3.05g，24.40mmol，1.00当量)和AcOH(4.19mL，73.12mmol，3.00当量)。将所得混合物在80℃搅拌17.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。获得黄色油状4-[(1E)-{[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]亚氨基}甲基]苯甲腈(5.80g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C14H14N4：238.12，测量值：239.15[M+H]+。
步骤3：4-{3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基}苯甲腈的合成
在室温向4-[(1E)-{[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]亚氨基}甲基]苯甲腈(5.80g，24.34mmol，1.00当量)在DMF(200.00mL)中的搅拌溶液中添加K2CO3(6.73g，48.68mmol，2.00当量)和{[(4-甲基苯磺酰基)甲基]亚氨基}甲烷化物(7.13g，36.51mmol，1.50当量)。将所得混合物在95℃搅拌17.0小时。冷却至室温后，将反应混合物倒入水(600mL)中。反应混合物通过EA(3x200 mL)萃取，合并有机相并用H2O(1x200 mL)和NaCl(1x200 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。所获残余物通过硅胶色谱(0-10％甲醇/二氯甲烷)纯化，以得到所获得的黄色固体状4-{3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基}苯甲腈(6.10g，90.37％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C16H15N5：277.13，测量值：278.30[M+H]+。
步骤4：4-{5-溴-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基}苯甲腈的合成
在0℃向4-{3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基}苯甲腈(6.10g，22.00mmol，1.00当量)在DMF(100.00mL)中的搅拌溶液中分配添加1,3-二溴-5,5-二甲基咪唑啉-2,4-二酮(3.14g，11.00mmol，0.50当量)。将所得混合物在0℃搅拌3.0小时。将反应混合物倒入水(300mL)中。反应混合物通过EA(3x200 mL)萃取，合并有机相并用H2O(1x200mL)和NaCl(1x200 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。所获残余物通过硅胶色谱(0-10％甲醇/二氯甲烷)纯化，以得到黄色固体状4-{5-溴-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基}苯甲腈(4.30g，54.88％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C16H14BrN5：355.04，测量值：356.20、358.20[M+H,M+2+H]+。
步骤5：4-[5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈的合成
在室温向4-{5-溴-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基}苯甲腈(500.00mg，1.40mmol，1.00当量)在二噁烷(8.00mL)中的搅拌溶液中分批添加1-甲基-4-(三丁基甲锡烷基)吡唑(781.43mg，2.11mmol，1.50当量)、Pd(PPh3)4(162.19mg，0.14mmol，0.10当量)。将最终反应物在N2气氛下在150℃用微波辐射照射1.5小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用DCM/MeOH(10:1)洗脱，以得到黄色固体状4-[5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈(270.00mg，53.82％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H19N7：357.17，测量值：358.20[M+H]+。
步骤6：4-[2-溴-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈的合成
在室温向4-[5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈(270.00mg，0.76mmol，1.00当量)在CH3CN(10.00mL)中的搅拌溶液中分批添加NBS(201.68mg，1.13mmol，1.50当量)。将所得混合物在室温搅拌2.0小时。冷却至室温后，在减压下去除反应物。所获残余物通过硅胶色谱(0-10％甲醇/二氯甲烷)纯化，以得到黄色固体状4-[2-溴-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈(210.00mg，63.71％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H18BrN7：435.08，测量值：436.20，438.20[M+H,M+2+H]+。
步骤7：4-[2-乙烯基-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈的合成
在室温向4-[2-溴-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈(210.00mg，0.48mmol，1.00当量)在DMF/H2O(7mL:1mL)中的搅拌溶液中分批添加三丁基(乙烯基)锡烷(228.93mg，0.72mmol，1.50当量)、Na2CO3(153.04mg，1.44mmol，3.00当量)和Pd(PPh3)4(55.62mg，0.045mmol，0.10当量)。将最终反应混合物在N2气氛下在120℃搅拌17.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用DCM/MeOH(10:1)洗脱，以得到黄色固体状4-[2-乙烯基-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈(180.00mg，97.53％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C22H21N7：383.19，测量值：384.35[M+H]+。
步骤8：4-[2-甲酰基-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈的合成
在室温向4-[2-乙烯基-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈(330.00mg，0.86mmol，1.00当量)在二噁烷/H2O(2mL:2mL)中的搅拌溶液中分批添加OsO4(21.88mg，0.09mmol，0.10当量)、2,6-二甲基吡啶(184.43mg，1.72mmol，2.00当量)和NaIO4(368.14mg，1.72mmol，2.00当量)。将最终反应混合物在室温搅拌2.0小时。用饱和Na2SO3(水性)淬灭反应混合物，并且残余物用EA(3x50 mL)萃取，经Na2SO4干燥，过滤并浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用DCM/MeOH＝10:1洗脱，以得到黄色油状4-[2-甲酰基-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈(310.00mg，93.46％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H19N7O：385.17，测量值：386.35[M+H]+。
代表性聚酰胺的合成
实例25.PA-003的合成
方案25
步骤1：4-氨基-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT60-022-100)的合成
向1-甲基-4-硝基咪唑-2-甲酸乙酯(30.00g，150.63mmol，1.00当量)在EtOH(120.00mL)和EA(120.00mL)中的溶液中添加Pd/C(8.01g,27％w/w)。然后将反应在室温和H2气氛下搅拌17.0小时。滤出固体，并且浓缩滤液，以得到黄色固体状4-氨基-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(22.30g，75.20％)。LC/MS：质量计算值。对于C7H11N3O2：169.09，测量值：170.10[M+H]+。
步骤2：4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT60-017-10)的合成
向500mL烧瓶中添加3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酸(22.45g，118.65mmol，0.90当量)、DMF(180.00mL)。将混合物冷却至0℃，然后添加HATU(75.18g，197.71mmol，1.50当量)和DIEA(51.11g，395.43mmol，3.00当量)，将混合物搅拌10分钟，然后分批添加4-氨基-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(22.30g，131.81mmol，1.00当量)。将反应在室温搅拌1.0小时。用冰水(600mL)淬灭反应，并将溶液搅拌15分钟。通过过滤收集沉淀的固体并用水(3x50mL)洗涤，在真空下干燥。这产生浅黄色固体状4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(34.50g,76.90％)。LC/MS：质量计算值。对于C15H24N4O5：340.17，测量值：341.20[M+H]+。
步骤3：4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)的合成
在室温向4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(34.50g，101.36mmol，1.00当量)在MeOH(200.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加LiOH溶液(2M，202mL，4.00当量)。将所得混合物在45℃搅拌2.0小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物溶解在H2O(50mL)中。用2M HCl将混合物酸化至pH 3至5。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x30 mL)洗涤，在真空下干燥。获得白色固体状4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(30.00g,94.77％)。LC/MS：质量计算值。对于C13H20N4O5：312.14，测量值：313.15[M+H]+。
步骤4：4-(4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯(INT60-022-200)的合成
在0℃向4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基-1-甲基咪唑-2-甲酸(16.00g，51.23mmol，1.00当量)在CH3CN(150.00mL)中的搅拌溶液中分批添加TCFH(21.56g，76.84mmol，1.50当量)、NMI(12.62g，153.69mmol，3.00当量)和4-氨基-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯盐酸盐(10.74g，56.34mmol，1.10当量)。将所得混合物在室温搅拌2.0小时。通过过滤收集沉淀的固体并用CH3CN(3x20 mL)洗涤，在真空下干燥。获得白色固体4-(4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯(19.00g,82.70％)。LC/MS：质量计算值。对于C20H28N6O6：448.21，测量值：449.25[M+H]+。
步骤5：4-[4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯盐酸盐(INT60-022-201)的合成
将4-(4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯(19.00g，42.37mmol，1.00当量)在HCl/1,4-二噁烷(4M,200.00mL)中的溶液在室温搅拌2小时。将所得混合物在真空下浓缩。获得黄色固体状4-[4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯盐酸盐(19.00g粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C15H21ClN6O4：348.15，测量值：349.05[M+H]+。
步骤6：4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基-1H-咪唑-2-甲酸乙酯(INT60-017-11)的合成
程序与4-[4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯盐酸盐(INT60-017-11)相同。使用2.00g的4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯，获得2.00g灰白色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C10H16N4O3：240.12，测量值：241.10[M+H]+。
步骤7：1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸甲酯(INT60-022-202)的合成
向1-甲基吡咯-2-甲酸(600.00mg，4.80mmol，1.00当量)在CH3CN(20.00mL)中的溶液中添加NMI(1.22g，14.87mmol，3.10当量)、TCFH(1.48g，5.28mmol，1.10当量)和4-[4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯(2004.53mg，5.75mmol，1.20当量)。将混合物在室温搅拌2.0小时。去除溶剂，并且残余物通过反相柱在以下条件下纯化：柱，C18柱，MeCN/水(0.05％TFA)，100分钟内5％至50％梯度；检测器，254nm。合并级分并浓缩。获得1.30g的白色固体状所期望产物(56％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H25N7O5：455.19，测量值：456.30[M+H]+。
步骤8：1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸(INT60-022-203)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用2.00g的1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸甲酯，获得1.90g的白色固体状所期望产物(92.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H23N7O5：441.18，测量值：442.25[M+H]+。
步骤9：1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-甲酸甲酯(INT60-022-204)的合成
程序与4-(4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯(INT60-022-200)相同，但将滤液浓缩并通过反相柱纯化。使用1.90g的1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸，获得2.70g的白色固体状所期望产物(71.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C35H41N13O8：771.32，测量值：772.35[M+H]+。
步骤10：1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-甲酸(INT60-022-205)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用2.70g的1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-甲酸甲酯，获得2.80g的白色固体状所期望产物。(78.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C34H39N13O8：757.30，测量值：758.50[M+H]+。
步骤11：1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯(INT60-022-206)的合成
向1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-甲酸(2.90g，3.83mmol，1.00当量)在DMF(25.00mL)中的溶液中添加NMI(3.20g，39.04mmol，10.20当量)、TCFH(1.18g，4.21mmol，1.10当量)和4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(1.16g，4.21mmol，1.10当量)。然后将反应在室温搅拌3.0小时。将混合物倒入冰水中，滤出固体，然后通过硅胶柱色谱(DCM/MeOH＝10:1)对其进行纯化。获得2.5g的白色固体状所期望产物(66.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C44H53N17O10：979.42，测量值：980.80[M+H]+。
步骤12：1-甲基-4-(3-(1-甲基-4-(1-甲基-4-(3-(1-甲基-4-(1-甲基-4-(3-(1-甲基-1H-吡咯-2-甲酰胺基)丙酰胺基)-1H-咪唑-2-甲酰胺基)-1H-吡咯-2-甲酰胺基)丙酰胺基)-1H-咪唑-2-甲酰胺基)-1H-吡咯-2-甲酰胺基)丙酰胺基)-1H-咪唑-2-甲酸(PA-003)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同，但反应温度为40℃，反应时间为4.0小时。使用2.50g的1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯，观察到1.90g的白色固体状所期望产物(78.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C42H49N17O10：951.38，测量值：952.65[M+H]+。
实例26.PA-004的合成
方案26
步骤1：3-[(4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸甲酯(INT61-025-30)的合成
向1000ml烧瓶中添加4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(11.00g，35.22mmol，1.00当量)、DMF(300.00mL)，将混合物冷却至0℃，然后逐滴添加HATU(20.09g，52.83mmol，1.50当量)、DIEA(18.21g，140.88mmol，4.00当量)，将混合物搅拌10分钟，分批添加3-氨基丙酸甲酯(3.63g，35.22mmol，1.00当量)。将反应在室温搅拌1.0小时。将反应混合物倒入水/冰(600mL)中，滤出固体并在真空下干燥。水相用EA(3x200 mL)萃取，合并有机相并用H2O(1x200 mL)和NaCl(1x200 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱纯化，用纯EA洗脱。合并级分并浓缩。获得黄色固体3-[(4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸甲酯(13.00g,87.95％)。LC/MS：质量计算值。对于C17H27N5O6：397.20，测量值：398.20[M+H]+。
步骤2：3-[[4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-基]甲酰胺基]丙酸甲酯盐酸盐的合成
程序与4-[4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2甲酸盐酸盐-(INT60-017-11)相同，但反应时间为1.0小时。使用11.00g的3-[(4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸甲酯，获得11.00g黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C12H19N5O4：297.14，测量值：298.20[M+H]+。
步骤3：1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸甲酯(INT61-001-100)的合成
在0℃向1-甲基咪唑-2-甲酸(10.00g，79.29mmol，7.00当量)在DMF(150.00mL)中的搅拌溶液中分批添加TBTU(38.19g，118.94mmol，1.50当量)、4-氨基-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯盐酸盐(16.63g，87.24mmol，1.10当量)和DIEA(30.74g，237.88mmol，3.00当量)。将所得混合物在室温搅拌17.0小时。将反应倒入水/冰(450mL)中。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x50 mL)洗涤，在真空下干燥。获得白色固体状1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸甲酯(16.5g,78.37％)。LC/MS：质量计算值。对于C12H14N4O3：262.11，测量值：263.15[M+H]+。
步骤4：1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸(INT61-001-101)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用16.50g的1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸甲酯，获得12.00g的白色固体状1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸甲酯(76.84％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C11H12N4O3：248.09，测量值：249.10[M+H]+。
步骤5：1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-甲酸甲酯(INT61-001-102)的合成
程序与3-[(4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸乙酯(INT60-017-10)相同。使用9.00g的1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-甲酸，获得14.00g的黄色固体状所期望产物(63.54％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C26H30N10O6：578.23，测量值：579.10[M+H]+。
步骤6：1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺基]吡咯-2-甲酸(INT61-001-103)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用14.00g的1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基甲酸甲酯，获得12.00g的黄色固体状所期望产物(81.49％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C25H28N10O6：564.22，测量值：565.15[M+H]+。
步骤7：4-{4-[(叔丁氧基羰基)氨基]丁酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-10)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT60-017-10)相同。获得7.80g的4-[(叔丁氧基羰基)氨基]丁酸，获得11.00g的微粉色固体状所期望产物(80.70％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C16H26N4O5：354.19，测量值：355.15[M+H]+。
步骤8：4-(4-氨基丁酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-11)的合成
程序与4-[4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯盐酸盐(INT60-017-11)相同。使用9.40g的4-{4-[(叔丁氧基羰基)氨基]丁酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯，获得6.20g的白色固体状所期望产物(90.89％收率)。LCMS：质量计算值。对于C11H18N4O3：254.14，测量值：255.15[M+H]+。
步骤9：1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-12)的合成
在0℃向1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-甲酸(18.20g，32.24mmol，1.00当量)在DMF(250.00mL)中的搅拌溶液中添加DIEA(12.50g，96.71mmol，3.00当量)、4-(4-氨基丁酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(9.02g，35.46mmol，1.10当量)和PyBOP(20.13g，38.68mmol，1.20当量)。将所得混合物在室温搅拌1.0小时。将反应倒入冰/水(800mL)中。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x200 mL)洗涤，在真空下干燥。获得24.70g的黄色固体状1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯(95.74％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C36H44N14O8：800.35，测量值：801.30[M+H]+。
步骤10：1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸(INT61-04-OH-13)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用24.00g的1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯，获得23.10g的黄色固体状所期望产物(99.36％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C34H40N14O8：772.32，测量值：773.30[M+H]+。
步骤11：4-[4-[(叔丁氧基羰基)氨基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-025-20)的合成
在0℃向4-[(叔丁氧基羰基)氨基]-1-甲基吡咯-2-甲酸(11.50g，47.87mmol，1.00当量)在DMF(200.00mL)中的搅拌溶液中添加EDCI(22.94g，119.66mmol，2.50当量)、4-氨基-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(8.10g，47.87mmol，1.00当量)和DMAP(14.62g，119.66mmol，2.50当量)。将所得混合物在35℃搅拌17.0小时。反应后，将反应倒入500mL冰/水中。通过过滤收集沉淀的固体并用水(3x50 mL)洗涤，在真空下干燥。这产生浅黄色固体状4-{4-[(叔丁氧基羰基)氨基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(16.00g，85.48％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C18H25N5O5：391.19，测量值：392.30[M+H]+。
步骤12：4-(4-氨基-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-20)的合成
在室温向4-{4-[(叔丁氧基羰基)氨基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(16.00g，40.88mmol，1.00当量)在DCM(135.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加TFA(45.00mL)。将所得混合物在室温搅拌2.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余棕色油状物用Et2O(200mL)稀释。通过过滤收集沉淀的固体并用Et2O(2x100 mL)洗涤。将所得固体在真空下干燥。这产生棕色固体状4-(4-氨基-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(16.00g，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C13H17N5O3：291.13，测量值：292.15[M+H]+。
步骤13：4-(4-{3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基}-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-21)的合成
将4-(4-氨基-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(12.00g，41.19mmol，1.00当量)和3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酸(7.50g，39.64mmol，0.96当量)、PyBOP(22.00g，42.28mmol，1.03当量)、DIEA(45.00g，348.18mmol，8.45当量)在DMF(120.00mL)中的溶液在室温搅拌1.0小时。将反应倒入冰水(400mL)中，并将混合物搅拌15分钟。通过过滤收集沉淀的固体，并且用水(3x150 mL)洗涤并在真空下干燥。水相用EA(3x150 mL)萃取，合并有机相并用H2O(200mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。滤出固体并浓缩滤液。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(1:8)洗脱。总计获得17.00g的黄色固体状4-(4-{3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基}-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(89.28％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H30N6O6：462.22，测量值：463.35[M+H]+。
步骤14：4-(4-{3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基}-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT61-04-OH-22)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用12.00g的4-(4-{3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基}-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯，获得10.00g的白色固体状所期望产物(88.81％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C19H26N6O6：434.19，测量值：435.25[M+H]+。.
步骤15：3-{[4-(4-{3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基}-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-基]甲酰胺基}丙酸乙酯(INT61-04-OH-23)的合成
将4-(4-{3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基}-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸(10.00g，23.02mmol，1.00当量)和β-丙氨酸乙酯盐酸盐(4.90g，31.90mmol，1.39当量)、PyBOP(12.50g，24.02mmol，1.04当量)、DIEA(9.00g，69.64mmol，3.03当量)在DMF(120.00mL)中的溶液在室温搅拌1.0小时。通过在室温添加水(500mL)来淬灭反应。所得混合物用EtOAc(3x400 mL)萃取。合并的有机层用盐水(3x200 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(1:8)洗脱，以得到黄色固体状3-{[4-(4-{3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基}-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-基]甲酰胺基}丙酸乙酯(12.00g,93.80％)。LC/MS：质量计算值。对于C24H35N7O7：533.26，测量值：534.30[M+H]+。
步骤16：3-({4-[4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酸乙酯(INT61-04-OH-24)的合成
程序与4-(4-氨基-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-20)相同。使用12.00g的3-{[4-(4-{3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基}-1-甲基吡咯-2-酰胺基)-1-甲基咪唑-2-基]甲酰胺基}丙酸乙酯，获得12.00g白色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C19H27N7O5：433.21，测量值：434.25[M+H]+。
步骤17：3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸乙酯(INT61-004-OEt)的合成
程序与1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-12)相同。使用10.00g的1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸，获得13.60g的黄色固体状所期望产物(88.61％收率)。在通过制备型HPLC纯化后获得一些浅黄色固体状纯产物。HRMS：质量计算值。对于C53H65N21O12：1187.5122，测量值：1188.5153[M+H]+。
步骤18：3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸(PA-004-OH)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同，但反应温度为35℃。使用10.60g的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸乙酯，获得10.00g黄色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C51H61N21O12：1159.48，测量值：581.25[M/2+H]+。
实例27.PA-023的合成
方案27
步骤1：1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酸乙酯(INT81-023-4)的合成
程序与1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-12)相同，但反应时间为2.0小时。使用1.50g的4-(3-氨基丙酰胺基)-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯，获得2.00g的灰白色固体状所期望产物(68.09％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H26N8O5：470.20，测量值：471.40[M+H]+。
步骤2：1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酸(INT81-023-5)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同，但反应温度为室温(r.t.)，反应时间为2.0小时。使用2.00g的1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酸乙酯，获得1.80g的灰白色固体状1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酸(95.71％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C19H22N8O5：442.17，测量值：443.10[M+H]+。
步骤3：4-{4-[(2S)-2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(INT81-023-6)的合成
程序与1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-12)相同，但反应时间为2.0小时。使用1.60g的4-{4-[(2S)-4-氨基-2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯，获得1.90g的浅黄色固体状所期望产物(70.20％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C51H55N15O10：1037.43，测量值：1038.45[M+H]+。
步骤4：4-[4-(4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸(INT81-023-7)的合成
将4-{4-[(2S)-2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸乙酯(1.90g，1.83mmol，1.00当量)和LiOH(0.22g，9.15mmol，5.00当量)在MeOH(5.00mL)、THF(15.00mL)和H2O(18.30mL)中的混合物在室温搅拌2.0小时。所得粗产物不经进一步纯化直接用于下一步骤。LC/MS：质量计算值。对于C34H41N15O8：787.33，测量值：788.40[M+H]+。
步骤5：4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT81-023-8)的合成
向4-{4-[(2S)-2-氨基4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸(1.40g，1.78mmol，1.00当量)在MeOH/THF/H2O(5.00mL/15.00mL/18.30mL)中添加二碳酸二叔丁酯(0.78g，3.55mmol，2.00当量)和DMAP(0.02g，0.18mmol，0.10当量)。将反应在室温搅拌3.0小时。向混合物中添加H2O(30mL)。混合物通过硅藻土垫过滤，并且固体用乙酸乙酯(3x30 mL)洗涤，以得到黄色固体状4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-甲酸(1.20g，76.05％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C39H49N15O10：887.38，测量值：888.45[M+H]+。
步骤6：4-[4-(4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯(INT81-023-9)的合成
程序与1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺)丁酰胺基]咪唑-2-甲酸乙酯(INT61-04-OH-12)相同，但反应时间为2.0小时。使用1.20g的4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基唑-2-甲酸，获得1.10g的黄色固体状所期望产物(71.01％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C52H63N19O12：1145.49，测量值：1146.50[M+H]+。
步骤7：4-[4-(4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸(PA-023)的合成
程序与4-[4-(4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-酰胺基]吡咯2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸(INT60-022-0)相同。使用1.00g的4-[4-(4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸甲酯，获得400.00mg的白色固体状所期望产物(39.16％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C51H61N19O12：1131.47，测量值：1132.65[M+H]+
代表性化合物的合成
实例28.化合物1的合成
方案28
步骤1：N-(17-[4-[(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)氨基甲酰基]哌啶-1-基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(INT91-010-50)的合成
向N-(17-溴-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(100.00mg，0.22mmol，1.00当量)在DMF(1.50mL)中的溶液中添加N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(89.92mg，0.24mmol，1.05当量)和K2CO3(93.31mmol，0.68mmol，3.00当量)。然后将反应在室温搅拌3.0天。过滤反应混合物，并且滤液用反相柱在以下条件下纯化：柱，C18柱；流动相，MeCN在水中，40分钟内5％至50％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并在真空下浓缩。获得130mg无色油状所期望产物(77.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C34H57N5O9S2：743.36，测量值：744.55[M+H]+。
步骤2：1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(INT91-010-51)的合成
将N-(17-[4-[(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)氨基甲酰基]哌啶-1-基]-3,6,9,12,15-五氧杂庚烷-1-基)氨基甲酸叔丁酯(30.00mg)在1,4-二噁烷(1.00mL)中的4M HCl中的溶液在室温搅拌2.0小时。将混合物浓缩，以得到油状1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(30.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C29H49N5O7S2：643.31，测量值：644.45[M+H]+。
步骤3：N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(化合物001)
向1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(21.00mg，0.033mmol，1.05当量)的DMF(2.00mL)中的溶液中添加NMI(21.00mg，0.26mmol，8.10当量)、TCFH(10mg，0.07mmol，2.19当量)和1-甲基-4-(3-(1-甲基-4-(1-甲基-4-(3-(1-甲基-4-(1-甲基-4-(3-(1-甲基-1H-吡咯-2-甲酰胺基)丙酰胺基)-1H-咪唑-2-甲酰胺基)-1H-吡咯-2-甲酰胺基)丙酰胺基)-1H-咪唑-2-甲酰胺基)-1H-吡咯-2-甲酰胺基)丙酰胺基)-1H-咪唑-2-甲酸(30.00mg，0.032mmol，1.00当量)。然后将反应在室温搅拌2.0小时。在DMF(2.0mL)中的粗混合物通过制备型HPLC在以下条件下纯化(柱：XSelect CSH Prep C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(10mmol/L NH4HCO3)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：20分钟内从20B到40B；220nm；RT1：19.35；RT2：；进样体积：2ml；运行次数：5)，以得到白色固体状N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(21.20mg，41.00％收率)。HRMS：质量计算值。对于C71H96N22O16S2：1576.6816，测量值：1577.6870[M+H]+。
实例29.化合物004的合成
方案29
步骤1：N-[(20E)-21-[(4-[[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]氨基甲酰基]苯基)氨基甲酰基]-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十一碳-20-烯-1-基]氨基甲酸叔丁酯(INT92-013-1)的合成
在室温向N-[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]-4-[(2E)-4-溴丁-2-烯酰胺基]苯甲酰胺(150.00mg，0.20mmol，1.00当量)在DMF(4.00mL)中的搅拌溶液中分批添加N-(5,8,11,14,17-五氧杂-2-氮杂十九碳-19-基)氨基甲酸叔丁酯(79.75mg，0.20mmol，1.00当量)、K2CO3(83.81mg，0.60mmol，3.00当量)和NaI(60.60mg，0.40mmol，2.00当量)。将所得混合物在室温搅拌17.0小时。滤出固体，并且滤液通过反相快速色谱用以下条件纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，20分钟内35％至55％的梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩。获得黄色油状N-[(20E)-21-[(4-[[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]氨基甲酰基]苯基)氨基甲酰基]-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十一碳-20-烯-1-基]氨基甲酸叔丁酯(200.00mg，88.40％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C53H63ClN8O11S：1054.40，测量值：1055.65[M+H]+。
步骤2：N-[(20E)-21-([4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]氨基甲酰基)-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十一碳-20-烯-1-基]氨基甲酸叔丁酯(INT92-013-2)的合成
在室温向N-[(20E)-21-[(4-[[3-([4-[1-(苯磺酰基)吲哚-3-基]-5-氯嘧啶-2-基]氨基)苯基]氨基甲酰基]苯基)氨基甲酰基]-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十一碳-20-烯-1-基]氨基甲酸叔丁酯(190.00mg，0.18mmol，1.00当量)在二噁烷(3.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加在H2O(3.0mL)中的1M KOH。将所得混合物在室温搅拌2.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，20分钟内30％至50％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩。获得黄色油状N-[(20E)-21-([4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]氨基甲酰基)-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十一碳-20-烯-1-基]氨基甲酸叔丁酯(100.00mg，43.48％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C47H59ClN8O9：914.41，测量值：915.65[M+H]+。
步骤3：(20E)-1-氨基-N-[4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十二碳-20-烯-22-酰胺(INT92-013-3)的合成
程序与(INT90-050-6)相同。使用100.00mg的N-[(20E)-21-([4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]氨基酰基)-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十一碳-20-烯-1-基]氨基甲酸叔丁酯甲，获得100.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C42H51ClN8O7：814.36，测量值：815.55[M+H]+。
步骤4：N-[5-([2-[(2-[[5-([2-[(2-[[(20E)-21-([4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]氨基甲酰基)-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十一碳-20-烯-1-基]氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]乙基]氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]乙基]氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-甲酰胺(化合物004)
程序与N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(化合物001)相同。使用45.00mg的(20E)-1-氨基-N-[4-[(3-[[5-氯-4-(1H-吲哚-3-基)嘧啶-2-基]氨基]苯基)氨基甲酰基]苯基]-18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十二碳-20-烯-22-酰胺，获得8.60mg的白色固体状所期望产物(8.54％收率)。HRMS：质量计算值。对于C84H98ClN25O16：1747.7312，测量值：1748.7334[M+H]+。
实例30.化合物010的合成
方案30
步骤1：N-[17-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯(INT93-019-101)的合成
程序与(INT60-017-10)相同，但反应时间为1.0小时。使用100.00mg的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸，获得50.00mg的黄色固体状所期望产物(34.15％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C59H98N8O14：1142.72，测量值：522.70[1/2(M-Boc)+H]+。
步骤2：(2S)-N-[(1S)-1-[(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酰基]-2-羟基乙基]-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺(INT93-019-102)的合成
程序与(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙酸(INT-29-110)的成相同，使用50.00mg的N-[17-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯，获得50.00mg黄色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C54H90N8O12：1042.66，测量值：1043.90[M+H]+。
步骤3：[5-[(2-[[2-([5-[(2-[[2-([17-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基]乙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基]乙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-甲酰胺(化合物010)的合成。
程序与N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(化合物001)相同，但反应时间为1.0小时。使用28.00mg的1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-甲酸，获得10.70mg的白色固体状所期望产物(18.10％收率)。HRMS：质量计算值。对于C96H137N25O21：1976.0421，测量值：1977.0458[M+H]+。
实例31.化合物096的合成
方案31
步骤1：N-[5-(4-氨基苯基)戊-2,4-二炔-1-基]氨基甲酸叔丁酯(INT-94-139-1000)的合成
在室温在空气气氛下向CuI(56.90mg，0.30mmol，0.05当量)和NiCl2.6H2O(71.01mg，0.30mmol，0.05当量)在THF(20.00mL)中的搅拌溶液中逐滴添加TMEDA(138.87mg，1.20mmol，0.20当量)。将所得混合物在室温在空气气氛下搅拌5分钟。向上述混合物中分批添加在THF(10.00mL)中的4-乙炔基苯胺(700.00mg，5.98mmol，1.00当量)和N-(丙-2-炔-1-基)氨基甲酸叔丁酯(463.67mg，2.99mmol，0.50当量)。将所得混合物在室温再搅拌17.0小时。通过在室温添加H2O(50mL)淬灭反应。所得混合物用EA(3x80 mL)萃取。合并的有机层用盐水(1x50 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(3:1)洗脱，以得到黄色固体状N-[5-(4-氨基苯基)戊-2,4-二炔-1-基]氨基甲酸叔丁酯(600.00mg，37.15％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C16H18N2O2：270.14，测量值：215.05[M-tBu+1+H]+。
步骤2：(2R)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}丙酸(INT94-417-10)的合成
在室温向(2R)-2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}-3-羟基丙酸(2.00g，6.11mmol，1.00当量)在DMF(25.00mL)中的搅拌溶液中分批添加DMAP(0.07g，0.61mmol，0.10当量)、咪唑(0.83g，12.22mmol，2.00当量)和TBDPSCl(3.36g，12.22mmol，2.00当量)。将所得混合物在30℃搅拌17.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，以得到白色固体状(2R)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}丙酸(1.70g，49.24％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C34H35NO5Si：565.23，测量值：566.45[M+H]+。
步骤3：N-[(1S)-1-[(4-{5-[(叔丁氧基羰基)氨基]戊-1,3-二炔-1-基}苯基)氨基甲酰基]-2-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]乙基]氨基甲酸9H-芴-9-基甲酯(INT94-417-11)的合成
程序与N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(化合物001)相同，但反应时间为1.0小时。使用520.00mg的(2S)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}丙酸。反应后，将反应混合物倒入冰水中，所获固体通过硅胶色谱纯化。获得350.00mg的黄色固体状所期望产物(46.55％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C50H51N3O6Si：817.35，测量值：818.70[M+H]+。
步骤4：N-(5-{4-[(2S)-2-氨基-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]丙酰胺基]苯基}芴-2,4-二炔-1-基)氨基甲酸叔丁酯(INT94-417-12)的合成
在室温向N-[(1S)-1-[(4-{5-[(叔丁氧基羰基)氨基]戊-1,3-二炔-1-基}苯基)氨基甲酰基]-2-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]乙基]氨基甲酸9H-芴-9-基甲酯(330.00mg，0.40mmol，1.00当量)在DMF(5.00mL)中的搅拌溶液中添加哌啶(0.50mL)。将所得混合物在室温搅拌20分钟。反应混合物通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，20分钟内35％至50％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩。获得黄色油状N-(5-{4-[(2S)-2-氨基-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]丙酰胺基]苯基}戊-2,4-二炔-1-基)氨基甲酸叔丁酯(160.00mg，66.57％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C35H41N3O4Si：595.29，测量值：596.25[M+H]+。
步骤5：N-(5-{4-[(2S)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]丙酰胺基]苯基}戊-2,4-二炔-1-基)氨基甲酸叔丁酯(INT94-417-13)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。使用45.00mg的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酸，获得50.00mg的黄色固体状所期望产物(60.63％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C74H98N8O9Si：1270.72，测量值：1272.00[M+H]+。
步骤6：(2S)-N-[(1S)-1-{[4-(5-氨基戊-1,3-二炔-1-基)苯基]氨基甲酰基}-2-羟基乙基]-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺(INT94-417-15)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用45.00mg的N-(5-{4-[(2S)-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]丙酰胺基]苯基}戊-2,4-二炔-1-基)氨基甲酸叔丁酯，获得45.00mg黄色固体状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C53H72N8O7：932.55，测量值：933.95[M+H]+。
步骤7：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(5-{4-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]苯基}戊-2,4-二炔-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物096)
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用40.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得3.50mg的白色固体状所期望产物(4.53％收率)。HRMS：质量计算值。对于C104H131N29O18：2074.0227，测量值：2075.0222[M+H]+。
实例32.化合物098的合成
方案32
步骤1：N-{2-[2-(丙-2-炔-1-基氨基)乙氧基]乙基}氨基甲酸叔丁酯(INT95-419-201)的合成
向N-[2-(2-溴乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(1.00g，3.73mmol，1.00当量)在ACN(10.00mL)中的溶液中添加Et3N(1.13g，11.187mmol，3.00当量)和2-丙炔胺(2.05g，37.29mmol，10.00当量)。然后将反应在50℃搅拌17.0小时。反应混合物通过反相快速色谱用以下条件纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％NH4HCO3)中，60分钟内5％至40％梯度；检测器，UV 220nm。合并级分并浓缩，以得到黄色油状N-{2-[2-(丙-2-炔-1-基氨基)乙氧基]乙基}氨基甲酸叔丁酯(600.00mg，66.40％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C12H22N2O3：242.16，测量值：243.20[M+H]+。
步骤2：N-[2-(2-{[5-(4-氨基苯基)戊-2,4-二炔-1-基]氨基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT95-419-101)的合成
程序与N-[5-(4-氨基苯基)戊-2,4-二炔-1-基]氨基甲酸叔丁酯(INT94-139-1000)相同，但产物通过反相柱纯化。使用300.00mg的N-{2-[2-(丙-2-炔-1-基氨基)乙氧基]乙基}氨基甲酸叔丁酯，获得250.00mg黄色油状所期望产物(56.49％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H27N3O3：357.21，测量值：358.20[M+H]+。
步骤3：N-[2-(2-{[5-(4-氨基苯基)戊-2,4-二炔-1-基][(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT95-419-102)的合成
在室温向N-[2-(2-{[5-(4-氨基苯基)戊-2,4-二炔-1-基]氨基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁基胺(100.00mg,0.27mmol，1.00当量)在THF(3.00mL)中的搅拌溶液中分批添加碳酸2,5-二氧代吡咯烷-1-酯9H-芴-9-基甲酯(136.00mg，0.40mmol，1.50当量)。将所得混合物在室温搅拌17.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过TLC板纯化，用DCM/MeOH(10:1)洗脱，以得到黄色油状N-[2-(2-{[5-(4-氨基苯基)戊-2,4-二炔-1-基][(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(100.00mg，64.60％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C35H37N3O5：579.27，测量值：602.50[M+Na]+。
步骤4：N-[2-(2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基][5-(4-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}苯基)戊-2,4-二炔-1-基]氨基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT95-419-103)的合成
程序与N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(化合物001)相同，但反应混合物通过反相柱纯化。使用120.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得50.00mg的黄色固体状所期望产物(28.07％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C86H96N24O16：1720.74，测量值：861.90[M/2+H]+。
步骤5：N-[2-(2-氨基乙氧基)乙基]-N-[5-(4-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}苯基)戊-2,4-二炔-1-基]氨基甲酸9H-芴-9-基甲酯(INT95-419-104)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用40.00mg的N-[2-(2-{[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基][5-(4-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}苯基)戊-2,4-二炔-1-基]氨基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯，获得40.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C81H88N24O14：1620.69，测量值：811.85[M/2+H]+。
步骤6：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(4-{5-[(2-{2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]乙氧基}乙基)氨基]戊-1,3-二炔-1-基}苯基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物098)的合成。
程序与(INT61-025-20)相同，但反应温度为室温。使用15.00 mg的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸，获得4.10 mg的白色固体状所期望产物(10.15％收率)。HRMS：质量计算值。对于C108H140N30O19：2161.0911，测量值：2162.1060[M+H]+。
实例33.化合物071的合成
方案33
步骤1：N-[3-({3-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]丙基}(甲基)氨基)丙基]氨基甲酸叔丁酯(INT96-385-1)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。使用40.00 mg的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸，获得50.00 mg的浅黄色油体状所期望产物(96.82％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C54H89N9O9：1007.69，测量值：505.30[M/2+H]+。
步骤2：(2S)-N-[(1S)-1-({3-[(3-氨基丙基)(甲基)氨基]丙基}氨基甲酰基)-2-羟基乙基]-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺(INT96-385-2)的合成
程序与(INT91-010-51)相同。使用50.00mg的N-[3-({3-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]丙基}(甲基)氨基)丙基]氨基甲酸叔丁酯，获得50.00mg无色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C49H81N9O7：907.63，测量值：908.90[M+H]+。
步骤3：N-(5-{[3-({2-[(2-{[5-({2-[(2-{[3-({3-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]丙基}(甲基)氨基)丙基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)丙基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物071)的合成。
程序与(INT61-025-20)相同，但反应温度为室温，并且反应时间为1.0小时。使用54.00mg的1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-甲酸，获得8.80mg的白色固体状所期望产物(8.29％收率)。HRMS：质量计算值。对于C100H140N30O18：2049.0962，测量值：2050.1128[M+H]+。
实例34.化合物109的合成
方案34
步骤1：乙酸(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-2-({17-[(4-{3-[(4-{4-[(2R)-2-乙酰胺基-4-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[1-甲基-4-(1-甲基吡咯-2-酰胺基)吡咯-2-酰胺基]咪唑-2-酰胺基}吡咯-2-基)甲酰胺基]丁酰胺基]-1-甲基咪唑-2-酰胺基}-1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-1-甲基咪唑-2-基)甲酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酰基)乙酯(INT97-430-1)的合成
向4-[(2R)-2-氨基-4-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[1-甲基-4-(1-甲基吡咯-2-酰胺基)吡咯-2-酰胺基]咪唑-2-酰胺基}吡咯-2-基)甲酰胺基]丁酰胺基]-N-{5-[(2-{[2-({17-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基咪唑-2-甲酰胺(20.00mg，0.01mmol，1.00当量)在DCM(1.50mL)中的溶液中添加Ac2O(6.95mg，0.07mmol，7.00当量)、TEA(6.89mg，0.07mmol，7.00当量)。将所得混合物在室温搅拌1.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。获得黄色油状乙酸(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-2-({17-[(4-{3-[(4-{4-[(2R)-2-乙酰胺基-4-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[1-甲基-4-(1-甲基吡咯-2-酰胺基)吡咯-2-酰胺基]咪唑-2-酰胺基}吡咯-2-基)甲酰胺基]丁酰胺基]-1-甲基咪唑-2-酰胺基}-1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-1-甲基咪唑-2-基)甲酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酰基)乙酯(20.00mg粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C104H145N27O23：2140.10，测量值：1071.95[M/2+H]+。
步骤2：N-{5-[(2-{[2-({17-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-4-[(2R)-2-乙酰胺基-4-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[1-甲基-4-(1-甲基吡咯-2-酰胺基)吡咯-2-酰胺基]咪唑-2-酰胺基}吡咯-2-基)甲酰胺基]丁酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酰胺(化合物109)
向乙酸(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-2-({17-[(4-{3-[(4-{4-[(2R)-2-乙酰胺基-4-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[1-甲基-4-(1-甲基吡咯-2-酰胺基)吡咯-2-酰胺基]咪唑-2-酰胺基}吡咯-2-基)甲酰胺基]丁酰胺基]-1-甲基咪唑-2-酰胺基}-1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-1-甲基咪唑-2-基)甲酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酰基)乙酯(25.00mg，0.01mmol，1.00当量)在MeOH(1.50mL)中的溶液中添加2M LiOH(0.02mL，3.33当量)。将所得混合物在45℃搅拌1.0小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物溶解在H2O(5mL)中。用2M HCl将混合物酸化至pH 3-5。通过过滤收集沉淀的固体并用H2O(3x5 mL)洗涤，在真空下干燥。将固体溶解在DMF(1.0mL)中，过滤所得混合物，并且在DMF(1.0mL)中的过滤物通过制备型HPLC纯化：柱：XBridge Prep Phenyl OBD柱，19*150mm，5μm 13nm；流动相A：水(0.05％TFA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：15分钟内40％B至65％B，65％B；波长：254nm；RT1(分钟)：9.35。合并级分并直接冻干。获得浅黄色固体状N-{5-[(2-{[2-({17-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-4-[(2R)-2-乙酰胺基-4-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[1-甲基-4-(1-甲基吡咯-2-酰胺基)吡咯-2-酰胺基]咪唑-2-酰胺基}吡咯-2-基)甲酰胺基]丁酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酰胺(3.70mg，14.83％收率)。HRMS：质量计算值。对于C102H143N27O22：2098.0900，测量值：2099.0925[M+H]+。
实例35.化合物120的合成
方案35
步骤1：N-[(1S)-1-({5-[(2-{[5-({5-[(17-{4-[(5-{[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基}-1,3-噻唑-2-基)氨基甲酰基]哌啶-1-基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)-3-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丙基]氨基甲酸叔丁酯(INT98-441-3)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。使用41.20mg的4-[4-(4-{4-[(2S)-2-[(叔丁氧基羰基)氨基]-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-甲酸，获得35.00mg的浅黄色固体状所期望产物(49.20％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C80H108N24O18S2：1756.77，测量值：880.05[M/2+H]+。
步骤2：1-[17-({4-[4-(4-{4-[(2S)-2-氨基-4-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丁酰胺基]-1-甲基吡咯-2-酰胺基}-1-甲基咪唑-2-酰胺基)-1-甲基吡咯-2-酰胺基]-1-甲基吡咯-2-基}甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]-N-(5-{[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基}-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(化合物120)
程序与(INT-29-110)相同，并且粗产物通过制备型HPLC纯化。使用30.00mg的N-[(1S)-1-({5-[(2-{[5-({5-[(17-{4-[(5-{[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基}-1,3-噻唑-2-基)氨基甲酰基]哌啶-1-基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)-3-{[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-基]甲酰胺基}丙基]氨基甲酸叔丁酯，获得9.60mg的白色固体状所期望产物(32.93％收率)。HRMS：质量计算值。对于C75H100N24O16S2：1656.7191，测量值：1657.7342[M+H]+。
实例36.化合物123的合成
方案36
步骤1：N-[5-({3-[(2-{[2-({5-[(2-{[2-({2-[2-(2-叠氮基乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]丙基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(INT99-461-4)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。使用200.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得220.00mg的黄色固体状所期望产物(87.25％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C57H73N25O13：1315.58，测量值：659.35[1/2M+H]+。
步骤2：2-(1-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}-1,2,3-三唑-4-基)乙酸甲酯(INT99-461-5)的合成
向CuSO4.5H2O(4.36mg，0.02mmol，0.10当量)、抗坏血酸钠(17.39mg，0.09mmol，0.50当量)、THPTA(379.59mg，0.88mmol，5.00当量)在DMSO(2.00mL)中的溶液中添加N-[5-({3-[(2-{[2-({5-[(2-{[2-({2-[2-(2-叠氮基乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]丙基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(230.00mg，0.18mmol，1.00当量)、丁-3-炔酸甲酯(17.14mg，0.18mmol，1.00当量)。将所得混合物在室温搅拌1.0小时。反应混合物通过反相快速色谱用以下条件纯化：柱，C18硅胶；流动相，ACN在水(0.05％TFA)中，20分钟内35％至50％梯度；检测器，UV 254nm。合并级分并浓缩。获得白色固体状2-(1-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}-1,2,3-三唑-4-基)乙酸甲酯(150.00mg，60.69％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C62H79N25O15：1413.61，测量值：708.35[1/2M+H]+。
步骤3：(1-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}-1,2,3-三唑-4-基)乙酸(INT99-461-6)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用140.00mg的2-(1-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}-1,2,3-三唑-4-基)乙酸甲酯，获得90.00mg的黄色固体状所期望产物(64.93％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C61H77N25O15：1399.60，测量值：701.35[1/2M+H]+。
步骤99-4：N-(2-{4-[2-(1-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}-1,2,3-三唑-4-基)乙酰胺基]苯甲酰胺基}苯基)氨基甲酸叔丁酯(INT99-461-7)的合成
程序与N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(化合物001相同，但反应时间为1.0小时。反应后，反应混合物通过反相柱纯化。使用70.00mg的(1-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}-1,2,3-三唑-4-基)乙酸，获得50.00mg的黄色固体状所期望产物(58.50％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C79H96N28O17：1708.75，测量值：856.05[1/2M+H]+。
步骤5：N-[5-({3-[(2-{[2-({5-[(2-{[2-({2-[2-(2-{4-[({4-[(2-氨基苯基)氨基甲酰基]苯基}氨基甲酰基)甲基]-1,2,3-三唑-1-基}乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]丙基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物123)
程序与(INT-29-110)相同，但粗品通过制备型HPLC纯化。使用46.00mg的N-(2-{4-[2-(1-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}-1,2,3-三唑-4-基)乙酰胺基]苯甲酰胺基}苯基)氨基甲酸叔丁酯，获得1.10mg的白色固体状所期望产物(2.35％收率)。HRMS：质量计算值。对于C74H88N28O15：1608.6983，测量值：1631.6928[M+Na]+。
实例37.化合物124的合成
方案37
步骤1：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(20-叠氮基-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(INT100-462-1)的合成
程序与N(INT61-04-OH-21)相同。反应后，将反应混合物倒入冰水中，所获固体可直接用于下一步骤。使用300.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得340.00mg的黄色固体状所期望产物(88.09％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C65H89N25O17：1491.68，测量值：747.45[M/2+H]+。
步骤2：2-[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]乙酸甲酯(INT100-462-2)的合成
程序与(INT99-461-5)相同。使用300.00mg的N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(20-叠氮基3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺，获得300.00mg的白色固体状所期望产物(93.83％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C70H95N25O19：1589.72，测量值：796.50[M/2+H]+。
步骤3：[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]乙酸(INT100-462-3)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用300.00mg的2-[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]乙酸甲酯，获得160.00mg的白色固体状所期望产物(53.80％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C69H93N25O19：1575.70，测量值：789.50[M/2+H]+。
步骤4：N-[2-(4-{2-[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]乙酰胺基}苯甲酰胺基)苯基]氨基甲酸叔丁酯(INT100-462-4)的合成
程序与(INT61-025-20)相同，但反应温度为室温，反应时间为1.0小时。反应后，反应混合物通过反相柱纯化。使用110.00mg的[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]乙酸，获得50.00mg的白色固体状所期望产物(38.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C87H112N28O21：1884.85，测量值：944.20[M/2+H]+。
步骤5：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(20-{4-[({4-[(2-氨基苯基)氨基甲酰基]苯基}氨基甲酰基)甲基]-1,2,3-三唑-1-基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物124)。
程序与(INT-29-110)相同，但粗产物通过制备型HPLC纯化。使用41.00mg的N-[2-(4-{2-[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]乙酰胺基}苯甲酰胺基)苯基]氨基甲酸叔丁酯，获得6.40mg的白色固体状所期望产物(16.13％收率)。HRMS：质量计算值。对于C82H104N28O19：1784.8032，测量值：1785.8050[M+H]+。
实例38.化合物128的合成
方案38
步骤1：4-({丁基[(4-{[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]甲氧基}苯基)氨基甲酰基]氨基}甲基)苯甲酸甲酯(INT101-466-10)的合成
程序与2-(1-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}-1,2,3-三唑-4-基)乙酸甲酯(INT99-461-5)相同，但反应时间为2.0小时。使用115.00mg的N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(20-叠氮基-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺，获得110.00mg的浅棕色固体状所期望产物(75.66％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C88H115N27O21：1885.87，测量值：944.30[M/2+H]+。
步骤2：4-({丁基[(4-{[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[-4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]甲氧基}苯基)氨基甲酰基]氨基}甲基)苯甲酸(INT101-466-11)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同，但溶剂为THF/MeOH。使用110.00mg的4-({丁基[(4-{[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]甲氧基}苯基)氨基甲酰基]氨基}甲基)苯甲酸甲酯，获得84.00mg的深绿色固体状所期望产物(76.94％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C87H113N27O21：1871.86，测量值：937.75[M/2+H]+。
步骤3：N-[5-({3-[(2-{[2-({5-[(2-{[2-({20-[4-(4-{[丁基({[4-(羟基氨基甲酰基)苯基]甲基})氨基甲酰基]氨基}苯氧基甲基)-1,2,3-三唑-1-基]-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]丙基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物128)的合成。
程序与N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(化合物001)相同。使用75.00mg的4-({丁基[(4-{[1-(20-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15,18-六氧杂二十碳-1-基)-1,2,3-三唑-4-基]甲氧基}苯基)氨基甲酰基]氨基}甲基)苯甲酸，获得2.80mg的白色固体状所期望产物(3.53％收率)。HRMS：质量计算值。对于C87H114N28O21：1886.8713，测量值：1887.8745[M+H]+。
实例39.化合物074的合成
方案39
步骤1：N-[2-(2-{2-[苄基(甲基)氨基]乙氧基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT102-388-1)的合成
向N-{2-[2-(2-溴乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酸叔丁酯(1.00g，3.203mmol，1.00当量)在ACN(10.00mL)中的溶液中添加K2CO3(1.33g，9.609mmol，3.00当量)和N-甲基苄胺(0.78g，6.406mmol,2.00当量)。然后将反应在70℃搅拌过夜。过滤悬浮液，并且滤液通过硅胶柱色谱纯化，用CH2Cl2/MeOH(15:01)洗脱，以得到浅黄色油状N-[2-(2-{2-[苄基(甲基)氨基]乙氧基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(1.00g,88.57％)。LC/MS：质量计算值。对于C19H32N2O4：352.24，测量值：353.15[M+H]+。
步骤2：N-(2-{2-[2-(甲基氨基)乙氧基]乙氧基}乙基)氨基甲酸叔丁酯(INT102-388-2)的合成
向N-[2-(2-{2-[苄基(甲基)氨基]乙氧基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(160.00mg，0.45mmol，1.00当量)在MeOH(3.00mL)中的溶液中添加Pd(OH)2/C(40.00mg,25％w/w)。然后将反应在室温和H2气氛下搅拌17.0小时。过滤混合物并浓缩滤液，以得到浅黄色油状N-(2-{2-[2-(甲基氨基)乙氧基]乙氧基}乙基)氨基甲酸叔丁酯(100.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C12H26N2O4：262.19，测量值：263.20[M+H]+。
步骤3：N-{2-[2-(2-{N-甲基-3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酸叔丁酯(INT102-388-3)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。使用79.60mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得60.00mg的白色固体状所期望产物(56.04％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C63H85N23O15：1403.66，测量值：703.35[M/2+H]+。
步骤4：N-[5-({3-[(2-{[2-({5-[(2-{[2-({2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙基(甲基)}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]丙基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(INT102-388-4)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用50.00mg的N-{2-[2-(2-{N-甲基-3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酸叔丁酯，获得50.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C58H77N23O13：1303.61，测量值：1304.80[M+H]+。
步骤5：N-(5-{[3-({2-[(2-{[5-({2-[(2-{[2-(2-{2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙基](甲基)氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)丙基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物074)。
程序与(INT61-06-OH-21)相同，但反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用30.00mg的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸，获得10.60mg的白色固体状所期望产物(11.92％收率)。HRMS：质量计算值。对于C100H139N29O20：2066.0751，测量值：2067.0925[M+H]+。
实例40.化合物129的合成
方案40
步骤1：N-(17-{4-[(叔丁氧基羰基)氨基]苯氧基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酸苄酯(INT103-467-1)的合成
程序与N-[2-(2-{2-[苄基(甲基)氨基]乙氧基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT102-388-1)相同。使用1.00mg的N-(4-羟基苯基)氨基甲酸叔丁酯，获得150.00mg的黄色油状所期望产物(68.98％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C31H46N2O10：606.32，测量值：607.60[M+H]+。
步骤2：N-[17-(4-氨基苯氧基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸苄酯(INT103-467-2)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用140.00mg的N-(17-{4-[(叔丁氧基羰基)氨基]苯氧基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酸苄酯，获得140.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C26H38N2O8：506.26，测量值：507.30[M+H]+。
步骤3：7-({4-[(17-{[(苄氧基)羰基]氨基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]苯基}氨基甲酰基)庚酸叔丁酯(INT103-467-3)的合成
程序与N-[2-(2-{2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]乙氧基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT61-04-OH-21)相同。使用64.00mg的8-(叔丁氧基)-8-氧代辛酸，获得110.00mg的黄色油状所期望产物(55.37％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C38H58N2O11：718.40，测量值：719.45[M+H]+。
步骤4：7-({4-[(17-氨基-3,6,9,12,15-戊氧基十七碳-1-基)氧基]苯基}氨基甲酰基)庚酸叔丁酯(INT103-467-40)的合成
向7-({4-[(17-{[(苄氧基)羰基]氨基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]苯基}氨基甲酰基)庚酸叔丁酯(85.00mg，0.12mmol，1.00当量)在DMF(2.00mL)中的溶液中添加Pd/C(17.00mg,20％w/w)。然后进行H2交换三次。将混合物在室温搅拌2.0小时。将Pd/C滤出并用MeOH洗涤，将滤液浓缩并冻干。获得黄色油状7-({4-[(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]苯基}氨基甲酰基)庚酸叔丁酯(70.00mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C30H52N2O9：584.37，测量值：585.40[M+H]+。
步骤5：7-({4-[(17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]苯基}氨基甲酰基)庚酸叔丁酯(INT103-467-41)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。使用117.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得140.00mg的黄色固体状所期望产物(72.93％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C81H111N23O20：1725.84，测量值：864.50[M/2+H]+。
步骤6：7-({4-[(17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]苯基}氨基甲酰基)庚酸(INT103-467-42)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用50.00mg的7-({4-[(17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]苯基}氨基甲酰基)庚酸叔丁酯，获得50.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C77H103N23O20：1669.77，测量值：836.45[M/2+H]+。
步骤7：N-羟基-N'-{4-[(17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]苯基}辛二酰胺(化合物129)。
程序与N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)-1-[17-([1-甲基-4-[3-([1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-[[1-甲基-4-(1-甲基-4-[3-[(1-甲基吡咯-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基]丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基]甲酰胺基)丙酰胺基]咪唑-2-基]甲酰胺基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]哌啶-4-甲酰胺(化合物001)相同，但反应时间为17.0小时。使用50.00mg的7-({4-[(17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]苯基}氨基甲酰基)庚酸，获得8.50mg的白色固体状所期望产物(16.69％收率)。HRMS：质量计算值。对于C77H104N24O20：1684.7859，测量值：1685.7944[M+H]+。
实例41.化合物142的合成
方案41
步骤1：4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT104-484-1)的合成
向2,3-二甲氧基苯甲酸(2.00g，10.98mmol，1.00当量)和哌嗪-1-甲酸叔丁酯(2.25g，12.08mmol，1.10当量)在DMF(20.00mL，258.44mmol，23.54当量)中的混合物中添加EDCI(3.16g，16.47mmol，1.50当量)、HOBT(2.23g，16.47mmol，1.50当量)和DIEA(3.55g，27.45mmol，2.50当量)。将混合物在室温搅拌2.0小时。向混合物中添加H2O(20mL)并且用EtOAc(30mL x3)萃取。合并有机层并用饱和水性柠檬酸(50mL x 2)、饱和水性NaHCO3(50mLx 2)、盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，滤出并在减压下浓缩。获得3.50g的白色固体状所期望产物(90.98％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C18H26N2O5：350.18，测量值：351.10[M+H]+。
步骤2：1-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪(INT104-484-2)的合成
程序与1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(INT91-010-51)相同。使用4.00g的4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯，获得2.80g的白色固体状所期望产物(98.00％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C13H18N2O3：250.13，测量值：251.10[M+H]+。
步骤3：2-溴-1-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙烯酮(INT104-484-3)的合成
向1-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪(2.80g，11.19mmol，1.00当量)和溴乙酰溴(2.48g，12.31mmol，1.10当量)在CH2Cl2(40.00mL，629.27mmol，56.25当量)中的混合物中添加在H2O(40.00mL，2220.40mmol，198.48当量)中的Na2CO3(3.56g，33.56mmol，3.00当量)。将混合物在室温搅拌2.0小时。有机层用5％HCl(50mL x 2)、H2O(50mL x2)、盐水(50mL x 2)洗涤并且经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩。粗产物通过快速色谱(DCM:MeOH＝10:1)纯化。获得3.00g的白色固体状所期望产物(72.24％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C15H19BrN2O4：370.05，测量值：371.00[M+H]+。
步骤4：N-{17-[(3-甲基苯基)氨基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酸叔丁酯(INT104-484-4)的合成
向间甲苯胺(50.00mg，0.47mmol，1.00当量)和N-(17-溴-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(207.34mg，0.47mmol，1.00当量)在DMF(3.00mL，38.77mmol，83.08当量)中的混合物中添加NaI(69.94mg，0.47mmol，1.00当量)和Cs2CO3(456.09mg，1.40mmol，3.00当量)。将混合物在80℃搅拌16.0小时。残余物通过反相快速色谱在以下条件下纯化：柱，硅胶；流动相，MeCN在水(0.05％TFA)中，20分钟内10％至60％梯度；检测器，UV 254nm。获得70.00mg的无色油状所期望产物(31.88％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C24H42N2O7：470.30，测量值：471.25[M+H]+。
步骤5：N-{20-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-18-(3-甲基苯基)-20-氧代-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-1-基}氨基甲酸叔丁酯(INT104-484-5)的合成
程序与N-[2-(2-{2-[苄基(甲基)氨基]乙氧基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT102-388-1)相同。反应后，过滤反应混合物并浓缩滤液。残余物通过制备型TLC纯化。使用70.00mg的N-{17-[(3-甲基苯基)氨基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酸酯，获得80.00mg的白色固体状所期望产物(70.68％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C39H60N4O11：760.43，测量值：761.40[M+H]+。
步骤6：1-氨基-20-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-18-(3-甲基苯基)-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-20-酮(INT104-484-6)的合成
程序与1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(INT91-010-51)相同。但反应时间为1小时。使用90.00mg的N-{20-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-18-(3-甲基苯基)-20-氧代-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-1-基}氨基甲酸叔丁酯，获得70.00mg的无色油状所期望产物(89.56％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C34H52N4O9：660.37，测量值：661.35[M+H]+。
步骤7：N-[5-({3-[(2-{[2-({5-[(2-{[2-({20-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-18-(3-甲基苯基)-20-氧代-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-1-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]丙基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物142)。
程序与(INT61-025-20)相同，但反应温度为室温，反应时间为16小时。使用30.00mg的1-氨基-20-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-18-(3-甲基苯基)-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-20-酮，获得11.50mg的白色固体状所期望产物(13.50％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C85H111N25O20：1801.8437，测量值：1824.8310[M+Na]+。
实例42.化合物143的合成
方案42
步骤1：2-甲基-4-硝基苯基脲(INT105-485-1)的合成
向4-硝基-2-甲苯胺(2.00g，13.15mmol，1.00当量)在CH3COOH(20.00mL)中的混合物中添加在H2O(15.00mL)中的氰酸钠(1.79g，27.61mmol，2.10当量)。将混合物在室温搅拌16.0小时。通过过滤收集沉淀的固体并且用Et2O(3x10 mL)洗涤。获得700.00mg的灰白色固体状所期望产物。LC/MS：质量计算值。对于C8H9N3O3：195.06，测量值：196.10[M+H]+。
步骤2：4-氨基-2-甲基苯基脲(INT105-485-2)的合成
在80℃向2-甲基-4-硝基苯基脲(700.00mg，3.59mmol，1.00当量)和NH4Cl(1918.44mg，35.86mmol，10.00当量)在EtOH(15.00mL)和H2O(10.00mL)中的混合物中缓慢添加Fe(2002.86mg，35.86mmol，10.00当量)。将混合物在相同温度搅拌30分钟。过滤所得混合物，并且滤饼用EtOAc洗涤。将滤液减压浓缩。将残余物溶解在EtOAc(30mL)中。过滤所得混合物，滤饼用EtOAc洗涤。将滤液减压浓缩。获得200.00mg的棕黄色固体状所期望产物(33.76％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C8H11N3O：165.09，测量值：166.00[M+H]+。
步骤3：4-({2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙基}氨基)-2-甲基苯基脲(INT105-485-3)的合成
向4-氨基-2-甲基苯基脲(1.00g，6.05mmol，1.00当量)和2-溴-1-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]乙酮(2.36g，6.36mmol，1.05当量)在DMF(20.00mL)中的混合物中添加NaHCO3(1.02g，12.11mmol，2当量)和NaI(1.00g，6.66mmol，1.1当量)。将混合物在60℃搅拌16.0小时。向混合物中添加H2O(20mL)并且用DCM(20mL x3)萃取。合并有机层，用H2O(50mL)和盐水(50mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩。残余物通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，MeOH在水中，20分钟内10％至50％梯度；检测器，UV 254nm。获得740.00mg的黑色固体状所期望产物(26.84％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C23H29N5O5：455.22，测量值：456.15[M+H]+。
步骤4：N-(1-{[4-(氨基甲酰基氨基)-3-甲基苯基]({2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙基})氨基甲酰基}-2,5,8,11,14-五氧杂十六碳-16-基)氨基甲酸酯叔丁酯(INT105-485-4)的合成
程序与(化合物001)相同。但反应通过反相柱纯化。使用100.00mg的4-({2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)-1-基]-2-氧代乙基}氨基)-2-甲基苯基脲，获得60.00mg的无色油状所期望产物(32.81％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C40H60N6O13：832.42，测量值：855.40[M+Na]+。
步骤5：17-氨基-N-[4-(氨基甲酰基氨基)-3-甲基苯基]-N-{2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七烷酰胺(INT105-485-5)的合成
程序与1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(INT91-010-51)相同。但反应时间为1.0小时。使用60.00mg的N-(1-{[4-(氨基甲酰基氨基)-3-甲基苯基]({2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧乙基})氨基甲酰基}-2,5,8,11,14-五氧杂十六碳-16-基)氨基甲酸叔丁酯，获得40.00mg的无色油状所期望产物(75.77％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C35H52N6O11：732.37，测量值：733.35[M+H]+。
步骤6：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(1-{[4-(氨基甲酰基氨基)-3-甲基苯基]({2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙基})氨基甲酰基}-2,5,8,11,14-五氧杂十六碳-16-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物143)
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用35.00mg的17-氨基-N-[4-(氨基甲酰基氨基)-3-甲基苯基]-N-{2-[4-(2,3-二甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧乙基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七烷酰胺，获得4.60mg的白色固体状所期望产物(4.62％收率)。HRMS：质量计算值。对于C86H111N27O22：1873.8379，测量值：1874.8405[M+H]+。
实例43.化合物146的合成
方案43
步骤1：17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七烷酸叔丁酯(INT106-488-50)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。使用250.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得260.00mg的黄色固体状所期望产物(80.78％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C67H92N22O18：1492.70，测量值：747.56[M/2+H]+。
步骤2：17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七烷酸(INT106-488-51)的合成
将17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七烷酸叔丁酯(260.00mg，0.17mmol，1.00当量)和TFA(1mL)在DCM(5mL)中的溶液在室温搅拌1小时。将所得混合物在真空下浓缩。这产生黄色油状17-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂十七烷酸(300mg，粗品)。LC/MS：质量计算值。对于C63H84N22O18：1436.63，测量值：1437.80[M+H]+。
步骤3：N-(5-{[3-({2-[(2-{[5-({2-[(2-{[17-(4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-基)-17-氧代-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)丙基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物146)。
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用25.00mg的(3R,4S)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)-N,N-二甲基-4-[4-(哌嗪-1-基)苯基]吡咯烷-3-胺，获得11.40mg的白色固体状所期望产物的(9.53％收率)。HRMS：质量计算值。对于C88H115FN26O17：1826.8918，测量值：1827.8891[M+H]+。
实例44.化合物147的合成
方案44
步骤1：(3R,4S)-4-{4-[4-(乙烯磺酰基)哌嗪-1-基]苯基}-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺(INT107-489-1)的合成
将(3R,4S)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)-N,N-二甲基-4-[4-(哌嗪-1-基)苯基]吡咯烷-3-胺(200.00mg，0.49mmol，1.00当量)和2-氯乙磺酰氯(190.00mg，1.17mmol，2.38当量)、TEA(158.00mg，1.56mmol，3.19当量)在DCM(5.00mL)中的溶液在室温搅拌2.0小时。将所得混合物在真空下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，以得到白色固体状(3R,4S)-4-{4-[4-(乙烯磺酰基)哌嗪-1-基]苯基}-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺(70.00mg，28.68％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C27H35FN4O2S：498.25，测量值：499.20[M+H]+。
步骤2：N-[17-(4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-基磺酰基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯(INT107-489-2)的合成
将(3R,4S)-4-{4-[4-(乙烯磺酰基)哌嗪-1-基]苯基}-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺(60.00mg，0.12mmol，1.00当量)和N-(14-羟基-3,6,9,12-四氧杂十四碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(41.00mg，0.12mmol，1.01当量)、Cs2CO3(117.00mg，0.36mmol，2.98当量)在ACN(3.00mL)中的混合物在50℃搅拌24.0小时。使混合物冷却至室温。过滤所得混合物，并且滤饼用ACN(3x3 mL)洗涤。将滤液减压浓缩。残余物通过制备型TLC(CH2Cl2/MeOH 10:1)纯化，以得到白色油状N-[17-(4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)吡咯烷3-基]苯基}哌嗪-1-基磺酰基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯(65.00mg,64.61％)。LC/MS：质量计算值。对于C42H66FN5O9S：835.46，测量值：858.40[M+Na]+。
步骤3：(3R,4S)-4-{4-[4-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-磺酰基)哌嗪-1-基]苯基}-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)-N,N-二甲基吡咯烷-3-胺(INT107-489-3)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用30.00mg的N-[17-(4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-基磺酰基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯，获得30.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LCMS：质量计算值。对于C37H58FN5O7S：735.40，测量值：758.70[M+Na]+。
步骤4：N-(5-{[3-({2-[(2-{[5-({2-[(2-{[17-(4-{4-[(3S,4R)-4-(二甲基氨基)-1-(7-氟-2,3-二氢-1H-茚-1-基)吡咯烷-3-基]苯基}哌嗪-1-磺酰基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)丙基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物147)
程序与(INT61-025-20)相同，但反应温度为室温，反应时间为4.0小时。使用45.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得11.10mg的白色固体状所期望产物(14.36％收率)。HRMS：质量计算值。对于C88H117FN26O18S：1876.8744，测量值：1877.8772[M+H]+。
实例45.化合物159的合成
方案45
步骤1：4-[2-(3-羟基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT108-507-1)的合成
程序与(INT102-388-1)相同。但溶剂为MeCN。使用2.00g的4-(2-溴乙酰基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯，获得1.20g的白色固体状所期望产物(54.79％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C17H24N2O5：336.17，测量值：281.10[M+H-tBu]+。
步骤2：4-{2-[3-(氰基甲氧基)苯氧基]乙酰基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT108-507-2)的合成
程序与(INT102-388-1)相同。但溶剂为MeCN。使用1.20g的4-[2-(3-羟基苯氧基)乙酰基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯，得到1.10g的黄色固体状所期望产物(82.14％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C19H25N3O5：375.18，测量值：320.05[M+H-tBu]+。
步骤3：4-{2-[3-(2-氨基乙氧基)苯氧基]乙酰基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT108-507-3)的合成
向4-{2-[3-(氰基甲氧基)苯氧基]乙酰基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(1.00g，2.66mmol，1.00当量)在NH3H2O(10.00mL，256.81mmol，96.41当量)和MeOH(15.00mL，370.48mmol，139.09当量)中的混合物中添加雷尼镍(22.82g，26.64mmol，10.00当量)。将混合物在H2气氛下在室温搅拌4.0小时。过滤所得混合物，滤饼用MeOH洗涤。将滤液减压浓缩。残余物通过反相快速色谱使用以下条件进行纯化：柱，C18硅胶；流动相，MeOH在水(0.05％TFA)中，20分钟内10％至50％梯度；检测器，UV 254nm。获得250.00mg的灰白色固体状所期望产物(24.73％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C19H29N3O5：379.21，测量值：323.10[M+H-tBu]+。
步骤4：2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸乙酯(INT108-507-4)的合成
向4-叔丁基苯甲酸(2.00g，11.22mmol，1.00当量)和氨基乙酸乙酯(1.16g，11.22mmol，1.00当量)在DMF(20.00mL，258.44mmol，23.03当量)中的混合物中添加HATU(6.40g，16.83mmol，1.50当量)和TEA(2.84g，28.05mmol，2.50当量)。将混合物在室温搅拌2.0小时。向混合物中添加H2O(30mL)并且用EtAOc(30mL x3)萃取。合并有机层，用H2O(50mL)和盐水(50mL x 2)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA(1:1)洗脱。获得2.50g的白色固体状所期望产物(84.60％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C15H21NO3：263.15，测量值：264.15[M+H]+。
步骤5：[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸(INT108-507-5)的合成
程序与4-[3-[(叔丁氧基羰基)氨基]丙酰胺基]-1-甲基咪唑-2-甲酸(INT60-022-2000)相同。使用2.40g的2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸酯，获得2.00g白色固体状所期望产物(93.27％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C13H17NO3：235.12，测量值：236.15[M+H]+。
步骤6：4-{2-[3-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙氧基)苯氧基]乙酰基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯(INT108-507-6)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。但反应时间为2.0小时。使用160.00mg的[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酸，获得130.00mg的无色油状所期望产物(32.04％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C32H44N4O7：596.32，测量值：619.30[M+Na]+。
步骤7：2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-N-(2-{3-[2-氧代-2-(哌嗪-1-基)乙氧基]苯氧基}乙基)乙酰胺(INT108-507-7)的合成
程序与1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(INT91-010-51)相同。使用130.00mg的4-{2-[3-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙氧基)苯氧基]乙酰基}哌嗪-1-甲酸叔丁酯，获得100.00mg的无色油状所期望产物(92.43％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C27H36N4O5：496.27，测量值：497.25[M+H]+。
步骤8：2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-N-[2-(3-{2-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}苯氧基)乙基]乙酰胺(INT108-507-80)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。但反应时间为2.0小时。使用130.00mg的2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-N-(2-{3-[2-氧代-2-(哌嗪-1-基)乙氧基]苯氧基}乙基)乙酰胺。获得90.00mg的无色油状所期望产物(53.16％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C35H42N4O8：646.30，测量值：647.20[M+H]+。
步骤9：N-{17-[3-(4-{2-[3-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙氧基)苯氧基]乙酰基}哌嗪-1-羰基)-2-甲氧基苯氧基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酸叔丁酯(INT108-507-9)的合成
程序与(INT102-388-1)相同。但反应时间为2.0小时，并且溶剂为MeCN。使用80.00mg的2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-N-[2-(3-{2-[4-(3-羟基-2-甲氧基苯甲酰基)哌嗪-1-基]-2-氧代乙氧基}苯氧基)乙基]乙酰胺，获得60.00mg的无色油状所期望产物(48.02％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C52H75N5O15：1009.53，测量值：1010.50[M+H]+。
步骤10：N-(2-{3-[2-(4-{3-[(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]-2-甲氧基苯甲酰基}哌嗪-1-基)-2-氧代乙氧基]苯氧基}乙基)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺(INT108-507-10)的合成
程序与(INT91-010-51)相同。但反应时间为1.0小时。使用50.00mg的N-{17-[3-(4-{2-[3-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙氧基)苯氧基]乙酰基}哌嗪-1-羰基)-2-甲氧基苯氧基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酸叔丁酯，获得40.00mg的无色油状所期望产物(88.80％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C47H67N5O13：909.47，测量值：910.60[M+H]+。
步骤11：N-[5-({3-[(2-{[2-({5-[(2-{[2-({17-[3-(4-{2-[3-(2-{2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺基}乙氧基)苯氧基]乙酰基}哌嗪-1-羰基)-2-甲氧基苯氧基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}氨基甲酰基)乙基]氨基甲酰基}-1-甲基咪唑-4-基)氨基甲酰基]丙基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物159)。
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但反应时间为2.0小时，反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用30.00mg的N-(2-{3-[2-(4-{3-[(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氧基]-2-甲氧基苯甲酰基}哌嗪-1-基)-2-氧代乙氧基]苯氧基}乙基)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]乙酰胺，获得6.60mg的白色固体状所期望产物(9.51％收率)。HRMS：质量计算值。对于C98H126N26O24：2050.9438，测量值：2051.9442[M+H]+。
实例46.化合物163的合成
方案46
步骤1：{[(4-氰基吡啶-2-基)甲基]氨基}乙酸(INT109-511-1)的合成
在室温向2-甲酰基吡啶-4-腈(300.00 mg，2.27 mmol，1.00当量)和甘氨酸(170.45 mg，2.27 mmol，1.00当量)在MeOH(5.00 mL)中的搅拌混合物中添加NaBH3CN(285.38mg，4.54mmol，2.00当量)。将反应搅拌16.0小时。反应混合物通过硅藻土垫过滤。将滤液减压浓缩。残余物通过反相快速色谱在以下条件下纯化：柱，硅胶；流动相，MeCN在水(0.05％TFA)中，10分钟内1％至10％梯度；检测器，UV 254 nm，以得到浅黄色油状{[(4-氰基吡啶-2-基)甲基]氨基}乙酸(310.00mg，71.41％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C9H9N3O2：191.07，测量值：192.10[M+H]+。
步骤2：((4-氨基甲酰基吡啶-2-基)甲基)甘氨酸(INT109-511-2)的合成
将{[(4-氰基吡啶-2-基)甲基]氨基}乙酸(310.00mg，1.62mmol，1.00当量)和H2SO4(1.00mL，18.76mmol，11.57当量)、TFA(4.00mL，53.85mmol，33.21当量)的混合物在室温搅拌过夜。可以通过LCMS检测到所期望产物。用NaHCO3将混合物碱化至pH＝10。LC/MS：质量计算值。对于C9H11N3O3：209.08，测量值：210.10[M+H]+。向混合物中添加二碳酸二叔丁酯(1.00mL)。将反应在室温搅拌2.0小时。根据LCMS，反应有效。将混合物减压浓缩。残余物通过反相快速色谱在以下条件下纯化：柱，硅胶；流动相，MeCN在水中，20分钟内10％至60％梯度；检测器，UV 254nm，以得到浅黄色油状[(叔丁氧基羰基)[(4-氨基甲酰基吡啶-2-基)甲基]氨基]乙酸(60.00mg，11.96％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C14H19N3O5：309.13，测量值：310.30[M+H]+。
步骤3：基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-20-基)氨基甲酸酯(INT-109-511-3)的合成
在室温向N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(140.00mg，0.10mmol，1.00当量)和N-乙基-N-(2-氧代乙基)氨基甲酸叔丁酯(36.85mg，0.20mmol，2.00当量)在MeOH(5.00mL)中添加NaBH3CN(24.74mg，0.39mmol，4.00当量)。将反应搅拌过夜。反应混合物不经进一步纯化直接用于下一步骤。LC/MS：质量计算值。对于C72H104N24O18：1592.80，测量值：797.80[1/2M+H]+。在室温向所得混合物中添加甲醛(50.00mg，1.67mmol，14.74当量)和NaBH3CN(14.19mg，0.23mmol，2.00当量)。将反应搅拌1.0小时。可以通过LCMS检测到所期望产物。将反应混合物在减压下浓缩。残余物通过反向快速色谱在以下条件下纯化：柱，硅胶；流动相，MeCN在水(0.05％TFA)中，20分钟内10％至50％梯度；检测器，UV 254nm，以得到无色油状N-乙基-N-(18-甲基-1-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-20-基)氨基甲酸叔丁酯(180.00mg，99.13％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C73H106N24O18：1606.81，测量值：804.75[1/2M+H]+。
步骤4：1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)-N-{1-甲基-5-[(3-{[1-甲基-2-({2-[(1-甲基-5-{[1-甲基-2-({2-[(18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18,21-二氮杂二十三碳-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)咪唑-4-基]氨基甲酰基}吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]吡咯-3-基}咪唑-2-甲酰胺(INT109-511-4)的合成
程序与(INT-29-110)相同。反应后，将反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用180.00mg的N-乙基-N-(18-甲基-1-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-20-基)氨基甲酸叔丁酯。获得20.00mg的灰白色固体状所期望产物(11.85％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C68H98N24O16：1506.76，测量值：754.65[1/2M+H]+。
步骤5：N-[(4-氨基甲酰基吡啶-2-基)甲基]-N-{[乙基(18-甲基-1-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-20-基)氨基甲酰基]甲基}氨基甲酸叔丁酯(INT109-511-5)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但反应时间为2.0小时。使用40.00mg的1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)-N-{1-甲基-5-[(3-{[1-甲基-2-({2-[(1-甲基-5-{[1-甲基-2-({2-[(18-甲基-3,6,9,12,15-五氧杂-18,21-二氮杂二十三碳-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)咪唑-4-基]氨基甲酰基}吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]吡咯-3-基}咪唑-2-甲酰胺。获得20.00mg的浅黄色固体状所期望产物(41.90％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C82H115N27O20：1797.88，测量值：900.60[M+H]+。
步骤6：2-[({[乙基(18-甲基-1-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-20-基)氨基甲酰基]甲基}氨基)甲基]吡啶-4-甲酰胺(化合物163)的合成。
程序与(INT-29-110)相同。反应后，将反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用20.00mg的N-[(4-氨基甲酰基吡啶-2-基)甲基]-N-{[乙基(18-甲基-1-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十碳-20-基)氨基甲酰基]甲基}氨基甲酸叔丁酯。获得3.40mg的棕色油状所期望产物(14.49％收率)。HRMS：质量计算值。对于C77H107N27O18：1697.8287，测量值：1698.8281[M+H]+。
实例47.化合物164的合成
方案47
/>
步骤1：N-(7-{4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪-1-基}庚基)氨基甲酸叔丁酯(INT110-512-1)的合成
程序与N-[2-(2-{2-[苄基(甲基)氨基]乙氧基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT102-388-1)相同。反应后，过滤反应混合物并浓缩滤液。残余物通过反相柱纯化。使用50.00mg的N-[(4,6--2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]-5-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4-甲基-4'-(哌嗪-1-基甲基)-[1,1'-联苯]-3-甲酰胺，获得28.90mg的白色固体状所期望产物(40.41％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C46H68N6O5：784.53，测量值：785.80[M+H]+。
步骤2：4'-{[4-(7-氨基庚基)哌嗪-1-基]甲基}-N-[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]-5-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4-甲基-[1,1'-联苯]-3-甲酰胺(INT110-512-2)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用23.00mg的N-(7-{4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪-1-基}庚基)氨基甲酸叔丁酯，获得22.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C41H60N6O3：684.47，测量值：685.75[M+H]+。
步骤3：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(7-{4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪-1-基}庚基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物164)。
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用33.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得10.70mg的白色固体状所期望产物(20.21％收率)。HRMS：质量计算值。对于C92H119N27O14：1825.9430，测量值：1826.9410[M+H]+。
实例48.化合物167的合成
方案48
步骤1：N-(32-{4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-3,6,9,12,15,18,21,24,27,30-十氧杂三十二碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(INT111-515-1)的合成
程序与N-[2-(2-{2-[苄基(甲基)氨基]乙氧基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT102-388-1)相同，但反应混合物通过PLC板纯化。使用30.00mg的N-[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]-5-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4-甲基-4'-(哌嗪-1-基甲基)-[1,1'-联苯]-3-甲酰胺，获得44.60mg的白色固体状所期望产物(73.56％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C61H98N6O15：1154.70，测量值：578.85[1/2M+H]+。
步骤2：4'-{[4-(32-氨基-3,6,9,12,15,18,21,24,27,30-十氧杂三十二碳-1-基)哌嗪-1-基]甲基}-N-[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]-5-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4-甲基-[1,1'-联苯]-3-甲酰胺(INT111-515-2)的合成
程序与(INT-29-110))相同。使用35.00mg的N-(32-{4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪1-基}-3,6,9,12,15,18,21,24,27,30-十氧杂三十二碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯，获得31.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C56H90N6O13：1054.65，测量值：1055.95[M+H]+。
步骤3：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(32-{4-[(3'-{[(4,6-二甲基-2-氧代-1H-吡啶-3-基)甲基]氨基甲酰基}-5'-[乙基(氧杂环己烷-4-基)氨基]-4'-甲基-[1,1'-联苯]-4-基)甲基]哌嗪-1-基}-3,6,9,12,15,18,21,24,27,30-十氧杂三十二碳-1-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物167)
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用32.98mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得5.90mg的浅黄色固体状所期望产物(9.18％收率)。HRMS：质量计算值。对于C107H149N27O24：2196.1268，测量值：2197.1299[M+H]+。
实例49.化合物171的合成
方案49
步骤1：N-(2-{2-[2-({[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}氨基)乙氧基]乙氧基}乙基)氨基甲酸叔丁酯(INT112-519-1)的合成
在室温向4-[2-甲酰基-5-(1-甲基吡唑-4-基)-3-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-4-基]苯甲腈(100.00mg，0.26mmol，1.00当量)在THF(5.00mL)中的搅拌溶液中分批添加NaBH(OAc)3(164.96mg，0.78mmol，3.00当量)和N-{2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酸叔丁酯(77.31mg，0.31mmol，1.20当量)。将所得混合物在50℃搅拌17.0小时。将反应混合物用饱和NH4Cl(水性)淬灭，并且残余物用EA(3x10 mL)萃取，经Na2SO4干燥，过滤并浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，以得到黄色油状N-(2-{2-[2-({[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}氨基)乙氧基]乙氧基}乙基)氨基甲酸叔丁酯(80.00mg，49.91％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C32H43N9O4：617.34，测量值：618.45[M+H]+。
步骤2：N-(2-{2-[2-({[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基)乙氧基]乙氧基}乙基)氨基甲酸叔丁酯(INT112-519-2)的合成
程序与N-[2-(2-{[5-(4-氨基苯基)戊-2,4-二炔-1-基][(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基}乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(INT95-419-102)相同。使用70.00mg的N-(2-{2-[2-({[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}氨基)乙氧基]乙氧基}乙基)氨基甲酸叔丁酯，获得120.00mg的黄色固体状所期望产物(126.07％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C47H53N9O6：839.41，测量值：840.40[M+H]+。
步骤3：N-{2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙基}-N-{[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}氨基甲酸9H-芴-9-基甲酯(INT112-519-3)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用60.00mg的N-(2-{2-[2-({[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}[(9H-芴-9-基甲氧基)羰基]氨基)乙氧基]乙氧基}乙基)氨基甲酸叔丁酯，获得60.00mg黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C42H45N9O4：739.36，测量值：370.95[1/2M+H]+。
步骤4：N-{[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}-N-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酸9H-芴-9-基甲酯(INT112-519-4)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同。使用70.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得55.00mg的黄色油状所期望产物(48.44％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C93H104N30O15：1880.83，测量值：942.15[M//2+H]+。
步骤5：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(2-{2-[2-({[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}氨基)乙氧基]乙氧基}乙基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物171)
程序与N-(5-{4-[(2S)-2-氨基-3-[(叔丁基二苯基甲硅烷基)氧基]丙酰胺基]苯基}戊-2,4-二炔-1-基)氨基甲酸叔丁酯(INT94-417-12)相同，但反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用55.00mg的N-{[5-(4-氰基苯基)-4-(1-甲基吡唑-4-基)-1-[2-(1-甲基吡唑-4-基)乙基]咪唑-2-基]甲基}-N-{2-[2-(2-{3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基}乙氧基)乙氧基]乙基}氨基甲酸9H-芴-9-基甲酯，获得15.50mg的白色固体状所期望产物(31.25％收率)。HRMS：质量计算值。对于C78H94N30O13：1658.7617，测量值：1659.7675[M+H]+。
实例50.化合物189的合成
方案50
步骤1：4-叠氮基丁醛(INT113-546-1)的合成
将(COCl)2(0.67mL，7.82mmol，3.00当量)在DCM(10.00mL)中的搅拌溶液冷却至-78℃，并历经2分钟逐滴添加在DCM(10.00mL)中的DMSO(1.11mL，15.636mmol，6当量)。将反应混合物在–78℃搅拌20分钟，然后逐滴添加4-叠氮基丁-1-醇(300.00mg，2.61mmol，1.00当量)在DCM(5.00mL)中的溶液。将反应混合物在–78℃再搅拌30分钟，然后逐滴添加NEt3(2.90mL，20.85mmol，8.00当量)。然后将反应混合物温热至0℃并搅拌5分钟。添加饱和NaHCO3水溶液(10mL)以淬灭反应。分离有机层，并且水性层用DCM(3x20mL)萃取。合并的有机萃取物用盐水(20mL)洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并在真空中浓缩。这产生了浅黄色油状4-叠氮基丁醛(300.00mg，粗品)。粗产物不经进一步纯化直接用于下一步骤。1H NMR(300MHz,CDCl3)δ：9.80(s,1H),3.63(t,J＝6.6Hz,2H),2.58(t,J＝6.0Hz,2H),1.81-1.96(m,2H)。
步骤2：N-(22-叠氮基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十二碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(INT113-546-2)的合成
在室温向4-叠氮基丁醛(300.00mg，2.65mmol，4.04当量)和N-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(250.00mg，0.66mmol，1.00当量)在MeOH(5.00mL)中的溶液中添加NaBH3CN(123.87mg，1.97mmol，3.00当量)。将所得混合物在室温搅拌过夜。反应后，通过在0℃添加饱和NH4Cl(水性)(10mL)淬灭反应。将所得混合物在真空下浓缩。所得混合物用EtOAc(3x10 mL)萃取。合并的有机层用水(2x10 mL)洗涤，经无水Na2SO4干燥。过滤后，将滤液在减压下浓缩。残余物通过制备型TLC(CH2Cl2/MeOH＝12:1)纯化，以得到浅黄色油状N-(22-叠氮基-3,6,9,12,15-五氧杂-18-氮杂二十二碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(150.00mg，47.80％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H43N5O7：477.32，测量值：478.20[M+H]+。
步骤3：N-{17-[N-(4-叠氮基丁基)-3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酸叔丁酯(INT113-546-3)的合成
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但溶剂为DMA。使用170.00mg的3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酸，获得130.00mg的浅黄色固体状所期望产物(53.54％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C72H102N26O18：1618.79，测量值：1619.85[M+H]+。
步骤4：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)(4-叠氮基丁基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(INT113-546-4)的合成
程序与(INT-29-110)相同。使用160.00mg的N-{17-[N-(4-叠氮基丁基)-3-[(1-甲基-4-{1-甲基-4-[3-({1-甲基-4-[4-({1-甲基-4-[1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-酰胺基]吡咯-2-基}甲酰胺基)丁酰胺基]咪唑-2-基}甲酰胺基)丙酰胺基]吡咯-2-酰胺基}咪唑-2-基)甲酰胺基]丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基}氨基甲酸叔丁酯，获得160.00mg浅黄色油状所期望产物的粗品。LC/MS：质量计算值。对于C67H94N26O16：1518.73，测量值：761.10[M/2+H]+。
步骤4：N-{5-[(3-{[2-({2-[(5-{[2-({2-[(4-叠氮基丁基)({17-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯基丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酰胺基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基})氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)氨基甲酰基]乙基}氨基甲酰基)-1-甲基咪唑-4-基]氨基甲酰基}丙基)氨基甲酰基]-1-甲基吡咯-3-基}-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物181)。
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但溶剂为DMA，并且固体通过制备型HPLC纯化。使用70.00mg的(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(2S)-2-[(4-叔丁基苯基)甲酰胺基]-3-苯丙酰胺基]丙酰胺基]-4-甲基戊酰胺基]-6-(二乙基氨基)己酰胺基]-3-羟基丙酸，获得97.30mg的白色固体状所期望产物(47.40％收率)。HRMS：质量计算值。对于C109H156N32O23：2281.2021，测量值：2304.1859[M+Na]+。
实例51.化合物190的合成
方案51
步骤1：4-[(2-氯-6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基)氨基]哌啶-1-甲酸叔丁酯(INT114-547-1)的合成
在室温向2,4-二氯-6,7-二甲氧基喹唑啉(3.00g，11.58mmol，1当量)在THF(50mL，617.15mmol，53.30当量)中的搅拌混合物中添加4-氨基哌啶-1-甲酸叔丁酯(5.10g，25.47mmol，2.2当量)和DIEA(1.80g，13.89mmol，1.2当量)。将所得混合物在室温搅拌12.0小时。过滤所得混合物，滤饼用THF(50mL x 2)洗涤。将滤液减压浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA洗脱。获得5.00g的浅黄色固体状所期望产物(91.90％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H27ClN4O4：422.17，测量值：423.19[M+H]+。
步骤2：4-{[2-(己基氨基)-6,7-二己氧基喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-甲酸叔丁酯(INT114-547-2)的合成
在室温向4-[(2-氯-6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基)氨基]哌啶-1-甲酸叔丁酯(700mg，1.655mmol，1当量)在t-BuOH(7mL，73.663mmol，44.50当量)中的搅拌混合物中添加己胺(1674.95mg，16.550mmol，10当量)。将所得混合物在130℃搅拌4.0小时。将所得混合物(与EB2104506-100P1和EB2104506-101P1合并)在减压下浓缩。残余物通过硅胶柱色谱纯化，用PE/EA洗脱。获得2.10g的浅黄色固体状所期望产物(86.72％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C26H41N5O4：487.32，测量值：488.30[M+H]+。
步骤3：N2-己基-6,7-二甲氧基-N4-(哌啶-4-基)喹唑啉-2,4-二胺(INT114-547-3)的合成
程序与(INT91-010-51)相同。使用1.90g的4-{[2-(己基氨基)-6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-甲酸叔丁酯，获得1.70g的浅黄色固体状所期望产物(101.33％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C21H33N5O2：387.53，测量值：388.20[M+H]+。
步骤4：N-[17-(4-{[2-(己基氨基)-6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯(INT114-547-4)的合成
程序与N-(17-[4-[(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)氨基甲酰基]哌啶-1-基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(INT91-010-50)相同，但反应碱为Cs2CO3，并且反应时间为4.0小时。使用300.00mg的N2-己基-6,7-二甲氧基-N4-(哌啶-4-基)喹唑啉-2,4-二胺，获得330.00mg的浅黄色油状所期望产物(56.76％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C38H66N6O9：750.49，测量值：751.35[M+H]+。
步骤5：N4-[1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)哌啶-4-基]-N2-己基-6,7-二甲氧基喹唑啉-2,4-二胺(INT114-547-5)的合成
程序与1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(INT91-010-51)相同，但反应时间为4.0小时。使用320.00mg的N-[17-(4-{[2-(己基氨基)-6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯，获得274.00mg的黄色油状所期望产物(98.80％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C32H56N6O7：650.44，测量值：651.35[M+H]+。
步骤6：N-(5-{[3-({2-[(2-{[5-({2-[(2-{[17-(4-{[2-(己基氨基)-6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)丙基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物190)
程序与(INT61-025-20)相同。使用36.46mg的N4-[1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)哌啶-4-基]-N2-己基-6,7-二甲氧基喹唑啉-2,4-二胺，获得3.10mg的白色固体状所期望产物(4.01％收率)。HRMS：质量计算值。对于C84H117N27O18：1791.91，测量值：1792.91[M+H]+。
实例52.化合物192的合成
方案52
步骤1：4-{[6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-甲酸叔丁酯(INT115-549-1)的合成
程序与4-{[2-(己基氨基)-6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-甲酸叔丁酯(INT114-547-2)相同，但反应时间为1.0小时。使用700.00mg的4-[(2-氯-6,7-二甲氧基喹唑啉-4-基)氨基]哌啶-1-甲酸叔丁酯，获得1.50g的灰白色固体状所期望产物(64.05％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C25H37N5O4：471.28，测量值：472.20[M+H]+。
步骤2：6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)-N-(哌啶-4-基)喹唑啉-4-胺(INT115-549-2)的合成
程序与1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(INT91-010-51)相同。使用1.40g的4-{[6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-甲酸叔丁酯，获得1.60g的浅黄色固体状所期望产物(130.58％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C20H29N5O2：371.23，测量值：372.15[M+H]+。
步骤3：N-[17-(4-{[6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯(INT115-549-3)的合成
程序与N-(17-[4-[(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)氨基甲酰基]哌啶-1-基]-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)氨基甲酸叔丁酯(INT91-010-50)相同，但反应碱为Cs2CO3，并且反应时间为4.0小时。使用300.00mg的6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)-N-(哌啶-4-基)喹唑啉-4-胺，获得440.00mg的浅黄色油状所期望产物(74.13％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C37H62N6O9：734.46，测量值：735.35[M+H]+。
步骤4：N-[1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)哌啶-4-基]-6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)喹唑啉-4-胺(INT115-549-4)的合成
程序与1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)-N-(5-[[(5-叔丁基-1,3-噁唑-2-基)甲基]硫烷基]-1,3-噻唑-2-基)哌啶-4-甲酰胺(INT91-010-51)相同，但反应时间为4.0小时。使用430.00mg的N-[17-(4-{[6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酸叔丁酯，获得50.00mg的黄色油状所期望产物(13.46％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C32H54N6O7：634.41，测量值：635.30[M+H]+。
步骤5：N-(5-{[3-({2-[(2-{[5-({2-[(2-{[17-(4-{[6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)喹唑啉-4-基]氨基}哌啶-1-基)-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)-1-甲基吡咯-3-基]氨基甲酰基}乙基)氨基甲酰基]-1-甲基咪唑-4-基}氨基甲酰基)丙基]氨基甲酰基}-1-甲基吡咯-3-基)-1-甲基-4-(3-{[1-甲基-4-(1-甲基咪唑-2-酰胺基)吡咯-2-基]甲酰胺基}丙酰胺基)咪唑-2-甲酰胺(化合物192)。
程序与(INT61-04-OH-21)相同，但反应时间为4.0小时，反应混合物通过制备型HPLC纯化。使用32.83mg的N-[1-(17-氨基-3,6,9,12,15-五氧杂十七碳-1-基)哌啶-4-基]-6,7-二甲氧基-2-(哌啶-1-基)喹唑啉-4-胺，获得1.70mg的白色固体状所期望产物(2.22％收率)。LC/MS：质量计算值。对于C83H113N27O18：1775.88，测量值：1776.87[M+H]+。
实例53.本公开的其他化合物的合成
本申请的化合物通过类似于实例1至52的方法制备。分析数据的汇总呈现于表7中。
表7.本公开化合物的质谱数据。
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生物学实例
实例B1.生物测定
如下所述的方法将用于证明所公开分子的结合以及在治疗中的功效。一般而言，该测定法旨在评估所公开分子对含有CAG或CTG重复序列(例如，dmpk、atxnl、atxn2、atxn3、cacna1a、atxn7、ppp2r2b、tbp、htt、jph3、ar、atn和编码TCF4的基因)的靶基因表达水平的影响。
基因表达
包含CAG或CTG重复序列的靶基因的表达将通过本领域已知的技术进行测定。这些测定法包括但不限于定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、微阵列或多重RNA测序(RNA-seq)，其中所选的测定法可测量靶基因的总表达或等位基因特异性表达。示例性测定见于：Freeman WM等人，“Quantitative RT-PCR:pitfalls and potential”，BioTechniques1999,26,112-125；Dudley AM等人“Measuring absolute expression with microarrayswith a calibrated reference sample and an extended signal intensity range”，PNAS USA 2002,99(11),7554-7559；Wang Z等人，“RNA-Seq:a revolutionary tool fortranscriptomics”，Nature Rev.Genetics 2009,10,57-63。
靶基因的翻译产物的产生将通过本领域已知的技术进行测定。这些测定法包括但不限于蛋白质印迹测定法，其中所选择的测定法可以测量总蛋白表达或靶基因的等位基因特异性表达。
为了用于测定法，考虑了两种组织模型和两种动物模型。
疾病模型I：人类细胞培养物
该模型将构成患者来源的细胞，包括成纤维细胞、诱导多能干细胞和从干细胞分化而来的细胞。将特别注意显示疾病的影响的细胞类型，例如神经元细胞类型。
疾病模型II：小鼠细胞培养物
该模型将构建来自小鼠的细胞培养物，这些细胞来自特别是对疾病症状负责的组织，其将包括成纤维细胞、诱导多能干细胞和从干细胞分化而来的细胞以及显示疾病的影响的原代细胞，例如神经元细胞类型。
疾病模型III：鼠类
该模型将构建其基因型含有疾病表型相关重复序列的小鼠——这些模型应显示预期的改变的基因表达(例如，靶基因的表达的调节。
疾病模型IV：鼠类
该模型将构建其基因型含有来自患病患者的人类基因位点的敲入的小鼠——这些模型应显示预期的改变的基因表达(例如，靶基因的表达的调节。
本申请中引用的所有美国或外国的参考文献、专利或申请均通过引用并入本文，就好像它们的全部内容都写在本文中一样。如果出现任何不一致之处，以本文字面披露的材料为准。
实例B2.EC50测定
DM1病灶减少测定方法：在以10％FBS和1x Pen/Strep补充的Gibco DMEM(1X)+4.5g/L D-葡萄糖+L-谷氨酰胺+110mg/L丙酮酸钠中独立地培养强直性肌营养不良1型影响的患者成纤维细胞(Coriell GM04602；1600个CTG重复序列)和野生型成纤维细胞(CoriellGM07492；对照系)。将细胞在培养箱中在37℃和5％CO2下维持，每48至72小时更换一次培养基。
在90-95％融合时，使用Trypl-E收获两种细胞系，然后以500xg沉淀5分钟，并重新悬浮在培养基中。在黑色Agilent 96孔板中，将DM1成纤维细胞以5,000个细胞/孔的密度接种在200μL培养基中；保留8个孔用于对照成纤维细胞。将板放回培养箱，在37℃和5％CO2下培养24小时。
将化合物在DMSO中从10mM储备液稀释至1mM，然后在介质中再次稀释至6μM(2倍浓度)。从所有板中去除培养基，并且用100μL培养基对细胞进行补给。通过向带有细胞的100μL培养基中添加100μL 6μM(2倍浓度)化合物，以8点剂量应答、1:3倍稀释、3μM最高剂量处理细胞。将板放回培养箱，在37℃和5％CO2下进行48小时时程实验。
处理后，去除化合物，并且用PBS洗涤板，然后将细胞在75μL 4％PFA溶液中在室温固定20分钟。用PBS洗涤板两次，用冷的70％乙醇洗涤两次，然后在-20℃用250μL冷的70％乙醇透化24至72小时。
透化后，用30％甲酰胺和2X SSC缓冲液洗涤板一次，并在室温在该缓冲液中再水化15分钟。细胞在37℃的75μL杂交溶液中孵育过夜，该杂交溶液含有30％甲酰胺、2X SSC、25mg/mL硫酸葡聚糖、2.5mg/mL BSA、0.2μg/mL鲱鱼精DNA、2mM氧钒根-核糖核苷复合物和5nM CAG10-Cy3探针。
用含30％甲酰胺的2X SSC缓冲液洗涤板一次，然后用该缓冲液在37℃、300RPM孵育板振荡器中洗涤两次，每次30分钟。细胞在室温用75μL的在PBS中的2.5μg/mL DAPI染色5分钟。然后用PBS洗涤板两次并储存在250μL PBS中。板用粘合箔密封并用70％乙醇擦拭掉。
在具有20倍物镜的Cytation5上对细胞成像，从每个孔的4个区域采样。在DAPI通道下捕获细胞核，在RFP通道下捕获病灶。以每孔每细胞核的平均病灶为基础对板进行分析。活性化合物定义为那些以剂量应答方式显示每细胞核的病灶相对于阴性对照细胞显著降低的化合物。
FECD中的病灶减少：将F35T细胞在以8％FBS、20μg/mL抗坏血酸、200mg/mL CaCl2、0.08％硫酸软骨素、1X Pen/Strep、100μg/mL牛垂体提取物、5ng/mL表皮生长因子和20ng/mL神经生长因子补充的含有Opti-MEM(ThermoFisher)的培养基中培养。在整个培养过程中，将细胞在培养箱中在37℃和5％CO2下维持。每48小时更换一次培养基。一旦细胞达到足够的融合度，就收获它们，并且在96孔板中，以每孔5000个细胞每孔的密度接种在200μL的补充的Opti-MEM培养基中。将细胞放回培养箱，并在37℃和5％CO2下静置24小时。然后用化合物或阴性对照以8点剂量应答处理细胞，并在37℃和5％CO2下孵育48小时。处理后，细胞在室温用4％PFA固定20分钟，然后用70％乙醇透化。细胞在-20℃孵育最短1小时且最长72小时，之后去除乙醇，并用PBS洗涤细胞。细胞在室温用30％甲酰胺和2XSSC缓冲液再水化10分钟。然后将细胞在杂交溶液中在37℃孵育过夜，该杂交溶液含有30％甲酰胺、2XSSC、55mg/mL硫酸葡聚糖、2.75mg/mL牛血清白蛋白、0.2μg/mL鲱鱼精DNA、1％氧钒根-核糖核苷复合物和0.05％10μM CAG10-Cy3探针。细胞用含30％甲酰胺的2XSSC溶液洗涤两次，一边摇晃一边孵育细胞，第二次洗涤是在37℃和200rpm下进行60分钟。在PBS中用5mg/mL DAPI 1:1000对细胞进行染色，在室温孵育5分钟。然后用PBS洗涤细胞并用粘性箔密封，其中每个孔含有150μL PBS的最终体积。在Cytation 5上对细胞成像，并在每个细胞核的病灶基础上进行分析。活性化合物定义为那些以剂量应答方式显示每细胞核的病灶相对于阴性对照细胞显著降低的化合物。
表8中呈现代表性的体外生化数据。A<100nM；B为100nM至500nM；C>500nM。
表8.代表性生化数据
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实例B3.病灶减少
图1示出用本公开的代表性化合物处理48小时后的DM1成纤维细胞(1000个重复序列)处理结果与用迪那西利处理或未处理(NT)相比的绘图表示。图2示出用本公开的代表性化合物处理6天后的成纤维细胞。
虽然已经在本文中显示和描述了本发明的优选实施方案，但所属领域的技术人员应清楚这类实施方案仅是作为示例而提供的。在不脱离本发明的情况下，本领域的技术人员现在将意识到许多变化、改变和替代。应当理解，本文所描述的本发明的实施例的各个替代方案都可以用于实践本发明。下列权利要求旨在界定本发明的范围，并据此涵盖这些权利要求及其等效物范围内的方法和结构。

Claims (67)

1.一种转录调节剂分子，其具有第一末端、第二末端和接头部分，其中：
a)所述第一末端包含能够与核苷酸重复序列CTG或CAG非共价结合的DNA结合部分；
b)所述第二末端包含能够与调控分子结合的蛋白质结合部分，所述调控分子调节包含所述核苷酸重复序列CTG或CAG的基因的表达；并且
c)所述接头部分连接所述第一末端与所述第二末端；并且
其中第一个包含式(A-2')的结构，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中：
每个X1、X2、X3、X4、X5、X6和X7独立地为O、S或NR1D；
每个Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6和Y7独立地为CH或N；
W1为氢、任选地取代的5至10元杂芳基、C1-C6烷基、-C(O)-NR1ER1F、-NR1E-C(O)-NR1ER1F；
W2为任选地取代的5至10元杂芳基、C1-C6烷基或-C(O)-NR1ER1F；
m1为0、1、2或3；
n1为0、1、2或3；
p1为1、2、3或4；
每个R1D和R1E独立地为氢或任选地取代的C1-C6烷基；
R1F为氢、任选地取代的C1-C10烷基、C1-C10杂烷基、PEG1-20或一个或多个AA，其中AA为选自β-丙氨酸、赖氨酸和精氨酸的一种或多种氨基酸；并且
R1H为氢、氨基、氰基，或任选地C1-C10烷基、C2-C10杂烷基。
2.根据权利要求1所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第一末端包括线性聚酰胺。
3.根据权利要求1或2所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述聚酰胺能够以小于500nM的亲和力结合DNA。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中W2为-C(O)-NR1ER1F。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中W2为-C(O)-(β-丙氨酸)。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第一末端包含式(A-2)的结构，或其药学上可接受的盐、溶剂化物或水合物：
其中：
每个X1、X2、X3、X4、X5、X6和X7独立地为O、S或NR1D；
每个Y1、Y2、Y3、Y4、Y5、Y6和Y7独立地为CH或N；
W1为氢、任选地取代的5至10元杂芳基、C1-C6烷基、-C(O)-NR1ER1F或-NR1E-C(O)-NR1ER1F，
m1为0、1、2或3；
n1为0、1、2或3；
p1为1、2、3或4；
每个R1D和R1E独立地为氢或C1-C6烷基；并且
R1F为氢、任选地取代的C1-C10烷基、C2-C10杂烷基、PEG1-20或一个或多个AA，
其中AA为选自β-丙氨酸、赖氨酸和精氨酸的一种或多种氨基酸。
7.根据权利要求1或6所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中每个X1、X2、X3、X4、X5、X6和X7独立地为-NR1D，其中R1D为C1-C6烷基。
8.根据权利要求1、6或7中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中每个X1、X2、X3、X4、X5、X6和X7独立地为-NCH3。
9.根据权利要求1至8中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中m1为0或1，并且n1为0或1。
10.根据权利要求1至9中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中p1为2或3。
11.根据权利要求1至10中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中W1为氢或任选地取代的5至10元杂芳基。
12.根据权利要求11所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述5至10元杂芳基为吡咯或咪唑。
13.根据权利要求1至11中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中W1为氢。
14.根据权利要求1至13中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第一末端包含式(A-3)的结构，或其药学上可接受的盐、溶剂化物或水合物：
15.根据权利要求1至13中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第一末端包含式(A-4)的结构，或其药学上可接受的盐、溶剂化物或水合物：
16.根据权利要求1至13中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第一末端包含式(A-5)的结构，或其药学上可接受的盐、溶剂化物或水合物：
17.根据权利要求1至13中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第一末端不具有结构
18.根据权利要求1至17中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中接头具有小于约50埃的长度。
19.根据权利要求1至17中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中接头具有约10至60埃的长度。
20.根据权利要求1至17中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中接头具有约20至40埃的长度。
21.根据权利要求1至20中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述接头包括具有2至50个间隔部分的多聚体，并且其中所述间隔部分独立地选自由以下项组成的组：-((CR3aR3b)x-O)y-、-((CR3aR3b)x-NR4a)y-、-((CR3aR3b)x-CH＝CH-(CR3aR3b)x-O)y-、任选地取代的-C1-12烷基、任选地取代的C2-10烯基、任选地取代的C2-10炔基、任选地取代的C6-10亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基、任选地取代的4元至10元亚杂环烷基、氨基酸残基、-O-、-C(O)NR4a-、-NR4aC(O)-、-C(O)-、-NR4a-、-C(O)O-、-O-、-S-、-S(O)-、-SO2-、-SO2NR4a-、-NR4aSO2-和-P(O)OH-，以及它们的任何组合；其中
每个x独立地为2至4；
每个y独立地为1至10；
每个R3a和R3b独立地选自氢、任选地取代的烷基、任选地取代的烯基、任选地取代的炔基、任选地取代的烷氧基、任选地取代的氨基、羧基、羧基酯、酰基、酰氧基、酰基氨基、氨基酰基、任选地取代的烷基酰胺、磺酰基、任选地取代的硫代烷氧基、任选地取代的芳基、任选地取代的杂芳基、任选地取代的环烷基和任选地取代的杂环基；并且
每个R4a独立地为氢或任选地取代的C1-6烷基。
22.根据权利要求1至20中任一项所述的转录调节剂分子，其中寡聚骨架包括-(T1-V1)a-(T2-V2)b-(T3-V3)c-(T4-V4)d-(T5-V5)e-，
其中a、b、c、d和e各自独立地为0或1，并且其中a、b、c、d和e的和为1至5；
T1、T2、T3、T4和T5各自独立地选自任选地取代的(C1-C12)亚烷基、任选地取代的亚烯基、任选地取代的亚炔基、(EA)w、(EDA)m、(PEG)n、(修饰的PEG)n、
(AA)p、—(CR2aOH)h—、任选地取代的(C6-C10)亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基、任选地取代的4元至10元亚杂环烷基、二硫化物、肼、碳水化合物、β-内酰胺和酯；
每个m、p和w独立地为1至20的整数；
n为1至30的整数；
h为1至12的整数；
EA具有以下结构：
EDA具有以下结构：
其中每个q独立地为1至6的整数；
每个x独立地为2至4的整数；并且
每个r独立地为0或1；
(PEG)n具有–(CR2aR2b-CR2aR2b-O)n-CR2aR2b-的结构；
(修饰的PEG)n具有将(PEG)n中的至少一个–(CR2aR2b-CR2aR2b-O)-替换为–(CH2-CR2a＝CR2a-CH2-O)-或–(CR2aR2b-CR2aR2b-S)-的结构；
AA为氨基酸残基；
V1、V2、V3、V4和V5各自独立地选自由以下项组成的组：键、-CO-、-NR1a-、-CONR1a-、-NR1aCO-、-CONR1aC1-4烷基-、-NR1aCO-C1-4烷基-、-C(O)O-、-OC(O)-、-O-、-S-、-S(O)-、-SO2-、-SO2NR1a-、-NR1aSO2-和-P(O)OH-；
每个R1a独立地为氢或和任选地取代的C1-6烷基；并且每个R2a和R2b独立地选自氢、烷基、取代的烷基、烯基、取代的烯基、炔基、取代的炔基、卤素、烷氧基、取代的烷氧基、氨基、取代的氨基、羧基、羧基酯、酰基、酰氧基、酰基氨基、氨基酰基、烷基酰胺、取代的烷基酰胺、磺酰基、硫代烷氧基、取代的硫代烷氧基、芳基、取代的芳基、杂芳基、取代的杂芳基、环烷基、取代的环烷基、杂环基和取代的杂环基。
23.根据权利要求22所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中T1、T2、T3、T4和T5各自独立地选自(C1-C12)烷基、取代的(C1-C12)烷基、(EA)w、(EDA)m、(PEG)n、(修饰的PEG)n、(AA)p、—(CR2aOH)h—、任选地取代的苯基、哌啶-4-氨基(P4A)、哌啶-3-氨基、哌嗪、吡咯烷-3-氨基、氮杂环丁烷-3-氨基、对-氨基-苄氧基羰基(PABC)、间-氨基-苄氧基羰基(MABC)、对-氨基-苄氧基(PABO)、间-氨基-苄氧基(MABO)、对-氨基苄基、缩醛基团、二硫化物、肼、碳水化合物、β-内酰胺、酯、(AA)p-MABC-(AA)p、(AA)p-MABO-(AA)p、(AA)p-PABO-(AA)p和(AA)p-PABC-(AA)p。
24.根据权利要求22所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中哌啶-4-氨基(P4A)为其中R1a为H或C1-6烷基。
25.根据权利要求22所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中T1、T2、T3、T4和T5各自独立地选自(C1-C12)烷基、取代的(C1-C12)烷基、(EA)w、(EDA)m、(PEG)n、(修饰的PEG)n、(AA)p、—(CR2aOH)h—、任选地取代的(C6-C10)亚芳基、4至10元亚杂环烷基和任选地取代的5至10元亚杂芳基。
26.根据权利要求1至25中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述接头包括–N(R1a)(CH2)xN(R1b)(CH2)xN–，其中R1a和R1b各自独立地选自氢或任选地取代的C1-C6烷基；并且每个x独立地为1至6范围内的整数。
27.根据权利要求1至25中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述接头包括-(CH2-C(O)N(R”)-(CH2)q-N(R')-(CH2)q-N(R”)C(O)-(CH2)x-C(O)N(R”)-A-、-(CH2)x-C(O)N(R”)-(CH2CH2O)y(CH2)x-C(O)N(R”)-A-、-C(O)N(R”)-(CH2)q-N(R')-(CH2)q-N(R”)C(O)-(CH2)x-A-、-(CH2)x-O-(CH2CH2O)y-(CH2)x-N(R”)C(O)-(CH2)x-A-或-N(R”)C(O)-(CH2)-C(O)N(R”)-(CH2)x-O(CH2CH2O)y(CH2)x-A-；其中R'为甲基；R”为氢；每个x和y独立地为1至10的整数；每个q独立地为2至10的整数；并且每个A独立地选自键、任选地取代的C1-12烷基、任选地取代的C6-10亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基和任选地取代的4元至10元亚杂环烷基。
28.根据权利要求1至27中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述接头包含式(C-1)的结构：
其中，
环B不存在，为亚芳基或亚杂环亚烷基；
L5不存在，为任选地取代的亚烷基或亚烯基；
每个Y8和Y9独立地为CH或N；
s1为0至3；并且
**表示附接至所述第二末端。
29.根据权利要求28所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述接头包含式(C-2)的结构：
其中每个Y10和Y11独立地为N或CH。
30.根据权利要求28所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述接头包含式(C-3)的结构：
其中，
s1为0至3；
s2为1至3；
R26为任选地取代的C1-20亚烷基或亚杂烷基；
每个R1G独立地为氢或C1-C3烷基；并且
**表示附接至所述第二末端。
31.根据权利要求1至30中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中用选自以下的基团将所述接头与所述第一末端接合：–CO-、-NR1a-、-CONR1a-、-NR1aCO-、-CONR1aC1-4烷基-、-NR1aCO-C1-4烷基-、-C(O)O-、-OC(O)-、-O-、-S-、-S(O)-、-SO2-、-SO2NR1a-、-NR1aSO2-、-P(O)OH-、-((CH2)x-O)-、-((CH2)y-NR1a)-、任选地取代的-C1-12亚烷基、任选地取代的C2-10亚烯基、任选地取代的C2-10亚炔基、任选地取代的C6-10亚芳基、任选地取代的C3-7亚环烷基、任选地取代的5元至10元亚杂芳基和任选地取代的4元至10元亚杂环烷基；其中每个x和y独立地为1至4，并且每个R1a独立地为氢或任选地取代的C1-6烷基。
32.根据权利要求1至31中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述接头用选自以下的基团与所述第一末端接合：–CO-、-NR1a-、C1-12烷基、-CONR1a-和-NR1aCO-；其中每个R1a独立地为氢或任选地取代的C1-6烷基。
33.根据权利要求1至32中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第二末端包含能够与调控蛋白结合的部分，并且所述部分来自能够与所述调控蛋白结合的化合物。
34.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第二末端选自溴结构域抑制剂、BPTF抑制剂、甲基胞嘧啶双加氧酶抑制剂、DNA脱甲基酶抑制剂、解旋酶抑制剂、乙酰转移酶抑制剂、组蛋白脱乙酰酶抑制剂、CDK-9抑制剂、正转录延伸因子抑制剂和多梳抑制复合物抑制剂。
35.根据权利要求34所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第二末端为CDK9抑制剂。
36.根据权利要求34所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第二末端选自CDK9i、CDK7i、CDK12/13i、泛CDKi、L3MBTL3募集子、CBX募集子或EED募集子。
37.根据权利要求34所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第二末端为PRC1或PRC2的募集子。
38.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中所述第二末端不是Brd4结合部分。
39.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(C)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
环A为5至10元杂芳基或杂环烷基；
A1和A2各自独立地为CH或N；
B1和B2各自独立地为O、S或NR5；
Z1为O、S或NR5；
每个R3和R4独立地为氢、卤素或C1-C6烷基；并且
R5为氢或C1-C6烷基。
40.根据权利要求39所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(C-1)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
41.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(D)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
L3为任选地取代的亚烷基或亚杂烷基；
每个R6、R7、R8和R9独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；并且
R10A为氢、C1-C6烷基或SO2-R10C；
R10B独立地为氢或C1-C6烷基；并且
R10C为C1-C6烷基或芳基。
42.根据权利要求41所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(D-1)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
43.根据权利要求41所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(D-2)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
44.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(E)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
每个q2和q3独立地为1、2、3或4；
R11为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；并且
每个R12和R13独立地为任选地取代的5至8元杂环烷基。
45.根据权利要求44所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(E-1)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
46.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(F)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
每个R14和R17独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；
R15为任选地取代的5元杂芳基；并且
R16为氢或C1-C6烷基。
47.根据权利要求46所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(F-1)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
48.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(G)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
r为0、1或2；
R18为氢、任选地取代的C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6羟基烷基；
R19为氢、卤素或任选地取代的C1-6烷基；
每个R20独立地为氢、卤素或C1-C6烷基；并且
每个R21独立地为氢或C1-C6烷基。
49.根据权利要求48所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(G-1)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
50.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(H-1)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
51.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(H-2)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
52.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂，其中所述第二末端包括式(J)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
R23为-NR23AR23B或-NR23A(R23B)2；其中
R23A和R23B各自独立地为任选地取代的C1-6烷基、C3-C10环烷基、芳基或杂芳基；或者
R23A和R23B与它们所附接的氮接合在一起以形成杂环状环；
R24为氢、卤素、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6烷氧基；
R25为氢或C1-3烷基；
R30、R32和R33各自独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6烷氧基或C3-6环烷基；
R31为C1-6烷基或C3-10环烷基；
j1为0或1；并且
j2为0、1、2或3。
53.根据权利要求52所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(J-1)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
54.根据权利要求52所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(J-2)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
55.根据权利要求52所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(J-3)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
56.根据权利要求52所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(J-4)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
57.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(J-5)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
/>
其中，
环C为任选地取代的5至6元杂环基环；
R23为-NR23AR23B或-NR23A(R23B)2；其中
R23A和R23B各自独立地为任选地取代的C1-6烷基、C3-C10环烷基、芳基或杂芳基；或者
R23A和R23B与它们所附接的氮接合在一起以形成杂环状环；
R24为氢、卤素、C1-6烷基、C1-6卤代烷基或C1-6烷氧基；
R25为氢或C1-3烷基；并且
R30、R32和R33各自独立地为氢、卤素、任选地取代的C1-6烷基、C1-6烷氧基或C3-C6环烷基环。
58.根据权利要求57所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(J-6)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
59.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(J-7)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
60.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括式(K)化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物：
其中，
X8为CH或N；
Y8为-C(O)-或-S(O)2-；
R27为C1-6烷基、C3-C10环烷基或5元至10元杂芳基的任选地取代的阳离子；
R28为氢、卤素或C1-6烷基；并且
R29为氢或C1-3烷基。
61.根据权利要求1至33中任一项所述的转录调节剂分子，其中所述第二末端包括选自以下的化合物：
或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
62.一种药物组合物，其包含根据权利要求1至61中任一项所述的转录调节剂分子或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及药学上可接受的载体。
63.一种调节dmpk的表达的方法，其包括使所述dmpk与根据权利要求1至61中任一项所述的转录调节剂分子或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或根据权利要求62所述的药物组合物接触。
64.一种治疗有此需要的受试者的由dmpk的过表达引起的疾病或病症的方法，其包括向所述受试者施用治疗有效量的根据权利要求1至61中任一项所述的转录调节剂分子或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或根据权利要求62所述的药学上可接受的组合物。
65.根据权利要求64所述的方法，其中所述疾病或病症为强直性肌营养不良1型(DM1)。
66.一种治疗有此需要的受试者的Fuchs角膜内皮营养不良(FECD)的方法，所述方法包括向所述受试者施用治疗有效量的根据权利要求1至61中任一项所述的转录调节剂分子或其药学上可接受的盐或溶剂化物、或根据权利要求62所述的药物组合物。
67.根据权利要求63至66中任一项所述的方法，其包括施用另外的治疗剂。
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